CN116732158A - 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 - Google Patents
22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116732158A CN116732158A CN202211207126.7A CN202211207126A CN116732158A CN 116732158 A CN116732158 A CN 116732158A CN 202211207126 A CN202211207126 A CN 202211207126A CN 116732158 A CN116732158 A CN 116732158A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- primer
- seq
- region
- lcr22
- probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 84
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 76
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 23
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 30
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 44
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 36
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 3
- 239000012502 diagnostic product Substances 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 3
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 21
- 230000003321 amplification Effects 0.000 abstract description 14
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 abstract description 14
- 238000012217 deletion Methods 0.000 abstract description 11
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 abstract description 9
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 7
- 238000013461 design Methods 0.000 abstract description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 9
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 description 9
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 8
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- 238000002509 fluorescent in situ hybridization Methods 0.000 description 5
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 4
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 3
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 3
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 208000010543 22q11.2 deletion syndrome Diseases 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 2
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 206010000210 abortion Diseases 0.000 description 2
- 231100000176 abortion Toxicity 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 208000035850 clinical syndrome Diseases 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 238000003066 decision tree Methods 0.000 description 2
- 230000001815 facial effect Effects 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 2
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 238000009609 prenatal screening Methods 0.000 description 2
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 2
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 description 1
- 208000031639 Chromosome Deletion Diseases 0.000 description 1
- 206010009269 Cleft palate Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 208000000398 DiGeorge Syndrome Diseases 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 208000031448 Genomic Instability Diseases 0.000 description 1
- 208000000038 Hypoparathyroidism Diseases 0.000 description 1
- 208000036071 Rhinorrhea Diseases 0.000 description 1
- 206010039101 Rhinorrhoea Diseases 0.000 description 1
- 108091035242 Sequence-tagged site Proteins 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 238000007635 classification algorithm Methods 0.000 description 1
- 238000010224 classification analysis Methods 0.000 description 1
- 238000013145 classification model Methods 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 1
- 230000002380 cytological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 238000009795 derivation Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 210000003917 human chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 101150044508 key gene Proteins 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000031864 metaphase Effects 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 210000003254 palate Anatomy 0.000 description 1
- 238000003909 pattern recognition Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 210000001995 reticulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 1
- 230000002992 thymic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 201000000866 velocardiofacial syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本申请涉及一种22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用，其包括具有如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.24所示序列的12对引物P1‑P12。本申请针对染色体22q11微缺失和/或微重复，对序列进行分析，平衡各序列之间的稳定性、反应条件、扩增效率、灵敏性等因素，对染色体22q11进行区域划分，设计了12对引物和探针。在保证引物的扩增效率的同时，避免引物之间的交叉影响，同时具有极高的精确度。
Description
本申请要求了申请日为2022年04月15日，申请号为202210394768.6的中国专利申请的优先权，其全部内容通过引用结合在本申请中。
技术领域
本发明涉及一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用，属于核酸检测技术领域。
背景技术
22q11微缺失/微重复综合征是指22号染色体22q11.21～q11.23微小缺失/重复所造成的临床症候群。一般的发病概率为1/4000，男女发病无差异。这一段缺失/重复因涉及多个遗传性基因，不同的基因异常导致的临床综合征略有差异。主要有：DiGeorge综合征；腭心面综合征(velocardiofacial syndrome，VCFS)；先天性异常面容综合征等。微缺失/微重复的范围大约在1.5Mb至3Mb不一(覆盖基因20-30个)，一般来说该缺失/重复大部分为新发变异(占94％)，也有部分为遗传性(占6％)。
该微缺失/微重复综合征最主要临床表现有：心脏缺陷、胸腺发育不全、咽腭闭锁不全伴腭裂、甲状旁腺发育不全版低钙血症、异常面容等。但在生长发育和智力发育方面来说还算是正常的，通常有发育迟缓，身高、体重增长较正常人慢，智商位于正常范围，1/3有说话延迟，少部分有严重智力缺陷，在抽象理解能力方面有困难，解决问题的能力差，学习方面有困难。总体来说，大部分患者发育倾向于正常水平，学习有轻微障碍。
检测22q11微缺失/微重复的方法目前有多种，主要有染色体核型分析、限制性片段长度多态性检测、Southern杂交以及FISH、基因芯片技术等方法，其中以FISH方法最为灵敏、可靠，已被运用于临床诊断，但由于成本高、耗时长、技术难度高等原因，还不能成为大范围高危人群的筛查手段。染色体核型分析包括普通带型分析和高分辨技术，它不仅可以检测22q11微缺失/微重复，还可以同时观察其他的染色体异常，且技术成熟，操作简单，但检出率仅为10％～20％。基因芯片技术用gDNA克隆或cDNAs微阵列代替中期染色体铺片作为杂交靶，用微阵列每个靶点上的两种信号的荧光比例反映待测基因组DNA在相应的序列或基因上的拷贝数变化。此技术可以自动化操作，具有灵敏度和准确是高，实现了自动化和程序化等优点，但也存在价格高、需一定量的特殊设备及需要一定技术的专业人员进行操作等限制，不能被广泛的应用。由于以上技术都各自存在局限性，使其无法成为临床常用的或可信的诊断手段。微卫星DNA广泛分布于基因组中，具有高度多态性、遗传稳定性高等优点，在22q11区域内选取这些微卫星DNA标记，进行PCR扩增，可以快速、低成本的检出微小缺失/重复，并大致界定缺失范围。但缺点是必须有双亲的DNA样本，多态信息量不高时难以下诊断性结论；并且在进行PCR扩增时，存在等位基因丢失现象，需要反复验证结果，因此经典的PCR-STR方法是一种快速筛查方法，但对筛查出的阳性病例还需用FISH、基因芯片技术等其它检测方法进一步确诊。
发明内容
本发明的目的在于提供一种22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用，能以较低的成本精准地进行22q11微缺失和/或微重复得检测。
为达到上述目的，本发明提供如下技术方案：
第一方面，本申请提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物组，所述引物组包括12对引物：
P1，包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的上游引物和下游引物；
P2，包括如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的上游引物和下游引物；
P3，包括如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的上游引物和下游引物；
P4，包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的上游引物和下游引物；
P5，包括如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示的上游引物和下游引物；
P6，包括如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示的上游引物和下游引物；
P7，包括如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示的上游引物和下游引物；
P8，包括如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示的上游引物和下游引物；
P9，包括如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示的上游引物和下游引物；
P10，包括如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示的上游引物和下游引物；
P11，包括如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示的上游引物和下游引物；
P12，包括如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示的上游引物和下游引物。
第二方面，本申请还提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物探针组合物，包括第一方面所述的引物组，以及探针。
进一步地，所述探针为Taqman探针，所述Taqman探针的5’末端标记有荧光基因，3’末端标记有萃灭基团。
进一步地，所述引物探针组合物检测染色体22q11的微缺失和/或微重复，检测区域为所述染色体22q11的18.5-25区域。
进一步地，所述检测区域包括第一区域、第二区域和第三区域，所述第一区域为LCR22-2至LCR22-3a的区域，所述第二区域为LCR22-3a至LCR22-4的区域，所述第三区域为LCR22-4至LCR22-8的区域。
进一步地，所述P1至P3的靶基因位于所述第一区域，所述P4至P6的靶基因位于所述第二区域，所述P7至P12的靶基因位于所述第三区域；所述第三区域包括由LCR22-4至LCR22-5的第一检测段、LCR22-5至LCR22-6的第二检测段，以及LCR22-6至LCR22-7的第三检测段。
进一步地，检测所述第一区域和第二区域的探针组分别标记不同的荧光基因，检测所述第三区域中不同检测段的探针组分别标记不同的荧光基因。
第三方面，本申请还提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的试剂盒，包括第二方面所述的引物探针组合物。
进一步地，所述试剂盒还包括酶混合液、dNTP混合液或PCR缓冲液中的任意一种或至少两种的组合，以及，内参基因引物探针。
第四方面，本申请还提供第一方面所述的引物组、第二方面所述的引物探针组合物或第三方面所述的试剂盒在制备22q11微缺失和/或微重复诊断产品中的应用。
与现有技术相比，本申请的有益效果在于：
(1)本申请针对染色体22q11微缺失和/或微重复，对序列进行分析，平衡各序列之间的稳定性、反应条件、扩增效率、灵敏性等因素，对染色体22q11进行区域划分，设计了12对引物和探针。在保证引物的扩增效率的同时，避免引物之间的交叉影响，同时具有极高的精确度。
(2)本申请可以仅采用孕妇外周血为主要监测样本，无需孕妇双亲的DNA样本，相较于传统的产前早筛更安全，基本无流产风险，且更便利。
(3)本申请可以仅通过数字PCR扩增技术获得数据来分析判别结果，缩短检测周期，由原来的5～10个工作日缩短至约3小时即可完成；并且，操作简单，无需一定量的特殊设备及需要一定技术的专业人员进行操作等限制，仅需掌握基础分子生物学实验技能即可操作。
(4)本申请的检测成本接近经典的PCR-STR检测成本，并且无需后续的FISH、基因芯片技术等其它检测方法进一步确诊。
上述说明仅是本发明技术方案的概述，为了能够更清楚了解本发明的技术手段，并可依照说明书的内容予以实施，以下以本发明的较佳实施例并配合附图详细说明如后。
附图说明
图1为本申请一实施例所示的染色体22q11区域的LCRs及关键基因位点示意图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例，对本发明的具体实施方式作进一步详细描述。以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。
需要说明的是：本申请中，“精确度”是指测量或计算的数量(测试报告值)与其实际(或真实)值的符合程度。临床精确度是指真实输出(真阳性(TP)或真阴性(TN)与误分类输出(假阳性(FP)或假阴性(FN))的比例，并且除了别的测量以外，可以表述为灵敏度、特异性、阳性预测值(PPV)或阴性预测值(NPV)、Matheus相关系数(MCC)，或似然度、让步比、接受者操作特性(ROC)曲线、曲线下面积(AUC)。
“公式”、“算法”或“模型”为任何数学公式、算法、分析或程式化过程、或统计技术，其采用一种或多种连续或类别输入(本文称为“参数”)并且计算输出值(有时称为“指数”或“指数值”)。“公式”的非限制性实例包括总和、比率和回归算子(例如系数或幂(exponent))、生物标记值转化和归一化(包括但不限于基于临床-决定因素如性别、年龄等的那些归一化方案)、规则和准则、统计分类模型和在历史群体上训练的神经网。在组合决定因素中特别使用线性和非线性公式和统计分类分析以确定对象样品中检测的决定因素的水平与具有感染或某类型感染的对象的概率之间关系。在组和组合构建中，特别要关注的是结构和句法统计分类算法，和指数构建、利用模式识别特征的方法，包括已确认技术，如互相关法，主组分分析法(PCA)，因子旋转法，逻辑回归法(LogReg)，线性判别分析法(LDA)，Eigengene线性判别分析法(ELDA)，支持向量机法(SVM)，随机森林法(RF)，递归分割树法(RPART)以及其他有关决定树分类技术，缩小重心法(SC)，StepAIC，Kth-NearestNeighbor，Boosting，决策树，Neural Networks，贝叶斯网络法，和隐马尔可夫模型等等。其他技术可以在事件危害分析的存活和时间中使用，包括本领域的技术人员熟知的Cox、Weibull、Kaplan-Meier和Greenwood模型。许多这些技术可与决定因素选择技术组合使用，例如前向选择，向后选择，或逐步选择，给定大小的所有潜在组的全面调查，基因算法，或它们可以自身包括在其自身技术内的生物标记选择方法。这些可以与信息标准例如Akaike信息标准(AIC)或Bayes信息标准(BIC)结合，以便定量其他生物标记和模型改进之间的折衷，并且有助于最小化过度拟合。使用诸如Bootstrap、Leave-One-Out(LOO)和10-Fold交叉验证验证(10-Fold CV)之类技术，所得预测模型可以在其他研究中验证，或在最初训练的研究中交叉验证。在各种步骤中，错误发现率可以根据本领域已知技术通过值置换来估算。
对于本发明的诊断性(或预后性)干预，由于各输出(其在疾病分类诊断测试中可能为TP、FP、TN、或FN)承担不同成本，健康经济效用函数可能基于临床情况和个体输出成本和值，优选倾向灵敏度超过特异性，或PPV超过NPV，因此提供健康经济性能和值的另一个测量，该测量可能不同于更直接临床或分析性能测量。这些不同测量和相对折衷一般将仅在具有零误差率的完美测试(也称零预测对象输出误分类或FP和FN)的情况下会聚，所有性能测量将倾向不完美，但程度不同。
“测量”、“测定”、“检测”或“检查”是指评价临床中给定物质或者对象衍生样品(包含这种物质的定性或定量浓度水平的衍生)的存在、不存在、数量或量(其能是有效量)，或另外评估对象的非分析物临床参数或临床-决定因素的值或分类。
本发明上下文中的“样本”是从对象中分离的生物样品，并且能包括，例如但不限于，全血、血清、血浆、口水、黏液、呼吸的空气、尿液、CSF、唾液、汗、粪便、毛发、精液、活检物、鼻液溢、组织活检物、细胞学样品、血小板、网状细胞、白细胞、上皮细胞、或全血细胞。
所谓“统计学显著”指改变大于单独偶然发生可预期(可以是“假阳性”)。统计学显著能用本领域已知的任何方法测定。常用的显著性量度包括p值，其表示至少极限值在给定数据点获得结果的概率，假定该数据点是单独偶然结果。p值是0.05或更小时，通常认为结果显著性高。
第一方面，本申请提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物组，所述引物组包括12对引物：
P1，包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的上游引物和下游引物；
P2，包括如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的上游引物和下游引物；
P3，包括如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的上游引物和下游引物；
P4，包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的上游引物和下游引物；
P5，包括如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示的上游引物和下游引物；
P6，包括如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示的上游引物和下游引物；
P7，包括如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示的上游引物和下游引物；
P8，包括如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示的上游引物和下游引物；
P9，包括如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示的上游引物和下游引物；
P10，包括如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示的上游引物和下游引物；
P11，包括如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示的上游引物和下游引物；
P12，包括如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示的上游引物和下游引物。
人类的22号染色体是一个端着丝粒染色体，多个基因组病发生于22q11染色体区域。该区域富含具有高度同源性，导致基因组不稳定的低拷贝重复序列(LCRs)，也叫片段重复。如图1所示，红绿颜色的8个低拷贝重复序列是主要研究热点。在基因组不同位置出现的低拷贝重复序列，在胚胎早期染色体同源重组的过程中发生序列的交换，也就是非等位的同源重组，导致位于低拷贝重复序列之间的序列重排，包括了缺失、重复和倒位，从而出现疾病。
请参见图1，本申请的P1至P12的靶基因位于22号染色体22q11区域，具体的：作为本申请其中一个实施例，通过对序列进行分析，平衡各序列之间的稳定性、反应条件、扩增效率、灵敏性等因素，本申请的引物组、引物探针组合物以及试剂盒的检测区域位于22q11的18.5-25区域，包括第一区域1、第二区域2和第三区域3，所述第一区域1为LCR22-2至LCR22-3a的区域，所述第二区域2为LCR22-3a至LCR22-4的区域，所述第三区域3为LCR22-4至LCR22-8的区域；其中，将第三区域3划分为LCR22-4至LCR22-5的第一检测段31、LCR22-5至LCR22-6的第二检测段32，以及LCR22-6至LCR22-7的第三检测段33。
可选的，检测位点为热点检测区域的序列标签位点(Sequence tagged site，STS)或候选基因。STS作为基因组中的单拷贝序列，在染色体上只出现一次，原则上各区域仅检测一个非多态性STS就可以说明该区域是否存在缺失/重复。作为本申请其中一个实施例，在第一区域1和第二区域2分别设置3个STS或候选基因检测点，在第一检测段31、第二检测段32以及第三检测段33分别设置2个STS或候选基因检测点，即，所述P1至P3的靶基因位于所述第一区域1；所述P4至P6的靶基因位于所述第二区域2；所述P7和P8的靶基因位于第一检测段31，所述P9和P10的靶基因位于第二检测段32，所述P11和P12的靶基因位于第三检测段33。
第二方面，本申请提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物探针组合物，包括第一方面所述的引物组，以及探针。
作为本申请的一个实施例，该探针为Taqman探针，所述Taqman探针的序列如SEQID NO.25所示。所有待测染色体上的Taqman探针，根据设计需求采用单一特定荧光染料(FAM、HEX或ROX)在5’末端进行标记，3’末端标记萃灭基团(MGB、TAMRA、BHQ1或BHQ2)。其中，检测所述第一区域1和第二区域2的探针组分别标记不同的荧光基因，检测所述第三区域3中不同检测段的探针组分别标记不同的荧光基因；即，第一区域1与第二区域2的检测点分别用两种不同荧光探针标记(FAM、HEX或ROX)；第三区域3的检测点根据区分的检测段分别用三种互不相同的荧光探针标记(FAM、HEX或ROX)。
本申请中，设计的引物对退火温度通常在57～63，℃产生扩增子大小约为50～150bp左右，引物之间互不干扰，避免二级结构的产生。
第三方面，本申请还提供一种检测22q11微缺失和/或微重复的试剂盒，包括第二方面所述的引物探针组合物。
其中，所述试剂盒还包括酶混合液、dNTP混合液或PCR缓冲液中的任意一种或至少两种的组合，以及，内参基因引物探针；可选的，内参基因引物探针为Cy5探针组。并且，其检测用引物探针与内参引物探针组(Cy5)混合至同一管检测。
第四方面，本申请还提供第一方面所述的引物组、第二方面所述的引物探针组合物或第三方面所述的试剂盒在制备22q11微缺失和/或微重复诊断产品中的应用。
下面将结合具体实施例来对本申请进行进一步详细说明，其中，实施例中未注明具体技术或者条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件，或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可通过正规渠道商购买获得的常规产品。
利用数字PCR检测胎儿22q11微缺失/微重复
1.样本选择
外周血样本(来源于12～20周孕龄妇女)，采用天根生化科技(北京)有限公司的磁珠法血清/血浆游离DNA提取试剂盒(DP709)，提取该外周血中2ml血浆游离的DNA。用Agencount Ampure XP磁珠回收纯化大小为140bp～180bp区间内的DNA片段，将AgencountAmpure XP磁珠与DNA溶液体积比2:1轻轻混合，然后室温静置10min，将Ep管放到磁力架上静置5min，弃上清废液，在EP管中加入200μl 70％无水乙醇，洗涤磁珠两次，弃上清废液，室温静置5min，直至磁珠干燥完全，在管内加入40μl ddH2O，室温静置5min，将Ep管放到磁力架上静置2min，吸取保存管内液体即为纯化产物140bp～180bp区间内的DNA片段溶液。最后使用Qubit仪测定DNA浓度，获得检测模板于-20℃保存。
2.待测染色体以及参考染色体靶向区域选择及引物、探针设计
本实施例的试剂盒主要针对12～20周孕龄妇女胎儿22q11微缺失/微重复的筛查检测，22号染色体为待测染色体，以1号～12号中任意一条染色体为参照染色体。
通过对序列进行分析，平衡各序列之间的稳定性、反应条件、扩增效率、灵敏性等因素筛选获得具有高度保守且特异性位点并对其序列进行引物及探针的设计和优化。得到P1至P12所示的引物组，并基于引物组设计引物探针组合物以及试剂盒。本实施例中，检测区域位于22q11的18.5-25区域，包括第一区域1、第二区域2和第三区域3，所述第一区域1为LCR22-2至LCR22-3a的区域，所述第二区域2为LCR22-3a至LCR22-4的区域，所述第三区域3为LCR22-4至LCR22-8的区域；其中，将第三区域3划分为LCR22-4至LCR22-5的第一检测段31、LCR22-5至LCR22-6的第二检测段32，以及LCR22-6至LCR22-7的第三检测段33。
在第一区域1和第二区域2分别设置3个STS或候选基因检测点，在第一检测段31、第二检测段32以及第三检测段33分别设置2个STS或候选基因检测点，即，所述P1至P3的靶基因位于所述第一区域1；所述P4至P6的靶基因位于所述第二区域2；所述P7和P8的靶基因位于第一检测段31，所述P9和P10的靶基因位于第二检测段32，所述P11和P12的靶基因位于第三检测段33。并且，第一区域1和第二区域2的检测点分别用两种不同荧光探针标记(FAM、HEX或ROX)，优化多重扩增体系，其检测用引物探针与内参引物探针组(Cy5)混合至同一管检测；第三区域3的检测点根据区分的检测段分别用三种互不相同的荧光探针标记(FAM、HEX或ROX)，优化多重扩增体系，其检测用引物探针与内参引物探针组(Cy5)混合至同一管检测。
本实施例试剂盒所设计的引物对退火温度通常在57～63，℃产生扩增子大小约为50～150bp左右，引物之间互不干扰，避免二级结构的产生。同时对扩增区设计Taqman探针，所有待测染色体上的Taqman探针，根据设计需求采用单一特定荧光染料(FAM、HEX或ROX)在5’末端进行标记，3’末端标记萃灭基团(MGB、TAMRA、BHQ1或BHQ2)。另外，参照染色体(1号～12号中任意一条染色体)按照上述原则设计引物和配套的探针，所有探针用不同于上述荧光染料的另外同一种荧光染料(Cy5)在5’末端进行标记，3’末端标记萃灭基团(MGB、TAMRA、BHQ1或BHQ2)。
具体的，本实施例选择的基因以及引物探针如表1所示。
表1选择的基因以及引物探针
各检测段分别通过以引物扩增拷贝数与内参引物扩增拷贝数比值为基础统计分析计算，判断是否发生缺失/重复，其中只要有1个检测段判定缺失/重复，即检测样本存在22号染色体缺失/重复。
具体的，先对200例阴性样本进行检测，按照统计学要求，确定阴性样本群各检测段每对引物扩增拷贝数与内参引物扩增拷贝数比值的均值μn(n＝1,2,3,4,5)以及标准差σn(n＝1,2,3,4,5)，共5个检测段，每个检测段对应1组μ以及σ。
判别量比值＝检测段引物扩增拷贝数与内参引物扩增拷贝数比值/μn
经大量阴性样本统计，计算z值，z＝(x-μ)/σ。其中x为某一具体检测值，μ为阴性样本平均数，σ为阴性样本标准差。结果判别规则如下：若z值绝对值≥4时，判别样本为阳性，且此区域内，若z值为正数则存在重复变异，z值为负数则存在缺失变异；若z值绝对值＜3时，判别样本为阴性；若z值绝对值≥3且＜4时，需重新检测样本。
3.数字PCR反应：采用QIAGEN公司数字PCR自动集成一体式系统QIAcuity以及匹配的数字PCR扩增产品试剂。按下表要求，在0.5或1.5mL反应管中，室温下制备足量的PCR反应混合物(根据样本数适当扩大组分量)：。
盖上反应管，然后以1000rpm离心1分钟，去除反应体系中的气泡。立即上样至数字PCR芯片。上样并密封芯片，对数字PCR芯片进行热循环。每次运行成功后，数字PCR仪均显示成像数据总结。
4.数据统计与结果分析：检测116例临床样本22q11变异情况，按照统计学要求，数据统计结果如表2所示。
表2临床样本统计结果
根据判别规则：若z值绝对值≥4时，判别样本为阳性，且此区域内，若z值为正数则存在重复变异，z值为负数则存在缺失变异；若z值绝对值＜3时，判别样本为阴性；若z值绝对值≥3且＜4时，需重新检测样本。经统计，结果判别如下：在第一区域和第二区域中，编号21060、21198、21478、21270为22q11重复变异样本；编号19708、20699、21636为22q11缺失变异样本；其余109例样本22号染色体正常；与实际诊断完全一致。第三区域由于阳性样本太少，目前暂无法得到统计学显著的结果，但根据仅有的样本来判断，采用本实施例的方案，其与实际诊断同样完全一致。
综上所述：
(1)本申请针对染色体22q11微缺失和/或微重复，对序列进行分析，平衡各序列之间的稳定性、反应条件、扩增效率等因素，对染色体22q11进行区域划分，设计了12对引物和探针。在保证引物的扩增效率的同时，避免引物之间的交叉影响，同时具有极高的精确度。
(2)本申请可以仅采用孕妇外周血为主要监测样本，无需孕妇双亲的DNA样本，相较于传统的产前早筛更安全，基本无流产风险，且更便利。
(3)本申请可以仅通过数字PCR扩增技术获得数据来分析判别结果，缩短检测周期，由原来的5～10个工作日缩短至约3小时即可完成；并且，操作简单，无需一定量的特殊设备及需要一定技术的专业人员进行操作等限制，仅需掌握基础分子生物学实验技能即可操作。
(4)本申请的检测成本接近经典的PCR-STR检测成本，并且无需后续的FISH、基因芯片技术等其它检测方法进一步确诊。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (10)
1.一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物组，其特征在于，所述引物组包括12对引物：
P1，包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的上游引物和下游引物；
P2，包括如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的上游引物和下游引物；
P3，包括如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的上游引物和下游引物；
P4，包括如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的上游引物和下游引物；
P5，包括如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示的上游引物和下游引物；
P6，包括如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示的上游引物和下游引物；
P7，包括如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示的上游引物和下游引物；
P8，包括如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示的上游引物和下游引物；
P9，包括如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示的上游引物和下游引物；
P10，包括如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示的上游引物和下游引物；
P11，包括如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示的上游引物和下游引物；
P12，包括如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示的上游引物和下游引物。
2.一种检测22q11微缺失和/或微重复的引物探针组合物，其特征在于，包括如权利要求1所述的引物组，以及探针。
3.如权利要求2所述的引物探针组合物，其特征在于，所述探针为Taqman探针，所述Taqman探针的5’末端标记有荧光基因，3’末端标记有萃灭基团。
4.如权利要求2所述的引物探针组合物，其特征在于，所述引物探针组合物检测染色体22q11的微缺失和/或微重复，检测区域为所述染色体22q11的18.5-25区域。
5.如权利要求4所述的引物探针组合物，其特征在于，所述检测区域包括第一区域、第二区域和第三区域，所述第一区域为LCR22-2至LCR22-3a的区域，所述第二区域为LCR22-3a至LCR22-4的区域，所述第三区域为LCR22-4至LCR22-8的区域。
6.如权利要求5所述的引物探针组合物，其特征在于，所述P1至P3的靶基因位于所述第一区域，所述P4至P6的靶基因位于所述第二区域，所述P7至P12的靶基因位于所述第三区域；所述第三区域包括由LCR22-4至LCR22-5的第一检测段、LCR22-5至LCR22-6的第二检测段，以及LCR22-6至LCR22-7的第三检测段。
7.如权利要求6所述的引物探针组合物，其特征在于，检测所述第一区域和第二区域的探针组分别标记不同的荧光基因，检测所述第三区域中不同检测段的探针组分别标记不同的荧光基因。
8.一种检测22q11微缺失和/或微重复的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求2至7中任一项所述的引物探针组合物。
9.如权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括酶混合液、dNTP混合液或PCR缓冲液中的任意一种或至少两种的组合，以及，内参基因引物探针。
10.权利要求1所述的引物组、权利要求2至7中任一项所述的引物探针组合物或权利要求8或9所述的试剂盒在制备22q11微缺失和/或微重复诊断产品中的应用。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210394768.6A CN114592056A (zh) | 2022-04-15 | 2022-04-15 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
| CN2022103947686 | 2022-04-15 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116732158A true CN116732158A (zh) | 2023-09-12 |
Family
ID=81820449
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210394768.6A Withdrawn CN114592056A (zh) | 2022-04-15 | 2022-04-15 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
| CN202211207126.7A Pending CN116732158A (zh) | 2022-04-15 | 2022-09-30 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210394768.6A Withdrawn CN114592056A (zh) | 2022-04-15 | 2022-04-15 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (2) | CN114592056A (zh) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114592056A (zh) * | 2022-04-15 | 2022-06-07 | 常州市妇幼保健院 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101555528A (zh) * | 2008-09-28 | 2009-10-14 | 南京市妇幼保健院 | 一种染色体22q11.2区微缺失、微重复的测定方法 |
| US20140274745A1 (en) * | 2011-10-28 | 2014-09-18 | Bgi Diagnosis Co., Ltd. | Method for detecting micro-deletion and micro-repetition of chromosome |
| JP2014530629A (ja) * | 2011-10-28 | 2014-11-20 | ビージーアイダイアグノーシス カンパニー リミテッドＢｇｉ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ Ｃｏ．， Ｌｔｄ． | 染色体の微細欠失及び微細重複を検出する方法 |
| CN106282384A (zh) * | 2016-09-30 | 2017-01-04 | 广东省妇幼保健院 | 一种检测22q11.2微缺失的特异性引物、探针、检测试剂盒及方法 |
| WO2020174109A1 (es) * | 2019-02-25 | 2020-09-03 | Servei De Salut De Les Illes Balears - Ibsalut | MÉTODO PARA DETECTAR DUPLICACIONES Y/O DELECIONES EN LA REGIÓN CROMOSÓMICA 22q11.2 |
| CN112322722A (zh) * | 2020-11-13 | 2021-02-05 | 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 | 检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
| CN114592056A (zh) * | 2022-04-15 | 2022-06-07 | 常州市妇幼保健院 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106319079B (zh) * | 2016-10-26 | 2019-12-10 | 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 | 一种检测22q11.2拷贝数缺失的方法 |
| CN110106247A (zh) * | 2019-03-22 | 2019-08-09 | 朱琦 | 质控品及其制备方法、试剂盒及检测胎儿21和18三体综合征的方法 |
-
2022
- 2022-04-15 CN CN202210394768.6A patent/CN114592056A/zh not_active Withdrawn
- 2022-09-30 CN CN202211207126.7A patent/CN116732158A/zh active Pending
Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101555528A (zh) * | 2008-09-28 | 2009-10-14 | 南京市妇幼保健院 | 一种染色体22q11.2区微缺失、微重复的测定方法 |
| US20140274745A1 (en) * | 2011-10-28 | 2014-09-18 | Bgi Diagnosis Co., Ltd. | Method for detecting micro-deletion and micro-repetition of chromosome |
| JP2014530629A (ja) * | 2011-10-28 | 2014-11-20 | ビージーアイダイアグノーシス カンパニー リミテッドＢｇｉ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ Ｃｏ．， Ｌｔｄ． | 染色体の微細欠失及び微細重複を検出する方法 |
| CN106282384A (zh) * | 2016-09-30 | 2017-01-04 | 广东省妇幼保健院 | 一种检测22q11.2微缺失的特异性引物、探针、检测试剂盒及方法 |
| WO2020174109A1 (es) * | 2019-02-25 | 2020-09-03 | Servei De Salut De Les Illes Balears - Ibsalut | MÉTODO PARA DETECTAR DUPLICACIONES Y/O DELECIONES EN LA REGIÓN CROMOSÓMICA 22q11.2 |
| CN112322722A (zh) * | 2020-11-13 | 2021-02-05 | 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 | 检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
| CN114592056A (zh) * | 2022-04-15 | 2022-06-07 | 常州市妇幼保健院 | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| NC_000022.11: "Homo sapiens chromosome 22, GRCh38.p13 Primary Assembly", 《GENBANK》, pages 1 - 2 * |
| NUO SI ET AL.: "De novo 22q11.2 deletions and auricular findings in two Chinese patients with microtia", 《MOL GENET GENOMIC MED. 》, pages 1862 * |
| YING-FAN CHEN ET AL.: "Computational analysis and refinement of sequence structure on chromosome 22q11.2 region: Application to the development of quantitative real-time PCR assay for clinical diagnosis", 《GENOMICS》, vol. 87, no. 2, pages 293 - 297 * |
| ZHISHUO OU ET AL.: "Microduplications of 22q11.2 are frequently inherited and are associated with variable phenotypes", 《GENETICS IN MEDICINE》, vol. 10, no. 4, pages 4 * |
| 杨芳梅: "探针熔解曲线分析用于染色体微缺失/微重复检测的研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》, pages 060 - 150 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN114592056A (zh) | 2022-06-07 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN114292909B (zh) | SNP rs241970作为靶标在开发用于筛查高原肺水肿易感人群的试剂盒中的应用 | |
| CN111826446A (zh) | 用于膀胱癌早期筛查与辅助诊断的引物、探针和试剂盒 | |
| CN103436609A (zh) | 一种无创产前诊断先天性耳聋遗传病的方法 | |
| CN106939334B (zh) | 一种孕妇血浆中胎儿dna含量的检测方法 | |
| CN111534588B (zh) | 基于荧光定量pcr检测急性淋巴细胞白血病中基因突变的试剂盒及方法 | |
| CN116732158A (zh) | 22q11微缺失和/或微重复检测引物组、引物探针组合物、试剂盒及其应用 | |
| CN109182493A (zh) | 人16p11.2微缺失综合征检测的引物和试剂盒及其检测方法 | |
| CN114381517B (zh) | 检测SNP rs12569857多态性在制备筛查高原肺水肿易感人群试剂盒中的应用 | |
| CN107058486B (zh) | 检测鼻咽癌糖酵解相关基因分型的引物组及试剂盒 | |
| CN116555427A (zh) | 用于宫颈癌早期检测的甲基化基因组合、引物和探针、试剂盒 | |
| CN108546755A (zh) | 用于脆性x综合征致病基因检测的校准品及其应用 | |
| CN114507738A (zh) | 甲基化位点、检测甲基化水平的产品的用途及试剂盒 | |
| CN116287227B (zh) | 用于诊断前列腺癌的试剂和试剂盒 | |
| CN118685526B (zh) | 用于诊断肺癌基因甲基化的pcr引物探针组合、试剂盒及其应用 | |
| JP2023516525A (ja) | Ｄｎａメチル化バイオマーカーの組み合わせ、検出方法および試薬キット | |
| CN112553318B (zh) | 基于Taqman探针的缺失型α-地中海贫血检测试剂盒及其检测方法 | |
| CN116356027B (zh) | 一种用于食管鳞癌或癌前病变检测的试剂、试剂盒及应用 | |
| RU2804110C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров и зондов для определения аллей полиморфизма rs55986091 и способ его применения | |
| CN115074449B (zh) | 一种与绵羊尾脂沉积相关的分子标记及其应用 | |
| CN108929912B (zh) | 一种用于筛查急性髓系白血病的引物、试剂盒和方法 | |
| CN111041086B (zh) | Rpl13基因先天性心脏病易感snp位点及其应用 | |
| CN106755435B (zh) | 检测糖酵解相关基因的产品在制备鼻咽癌诊断试剂盒中的应用 | |
| CN118667958A (zh) | 用于子宫内膜癌筛查的标志物组合及检测试剂盒 | |
| CN118240939A (zh) | 一种结直肠癌诊断试剂盒、方法及其装置 | |
| CN114908153A (zh) | 一种基于39个snp位点筛查高原肺水肿易感人群的试剂盒 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20230912 |