JP2023516525A - Dnaメチル化バイオマーカーの組み合わせ、検出方法および試薬キット - Google Patents
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Abstract
Description
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配列番号2に対応して配列番号90と配列番号112と、そして配列番号134であり、
配列番号3に対応して配列番号91と配列番号113と、そして配列番号135であり、
配列番号4に対応して配列番号92と配列番号114と、そして配列番号136であり、
配列番号5に対応して配列番号93と配列番号115と、そして配列番号137であり、
配列番号6に対応して配列番号94と配列番号116と、そして配列番号138であり、
配列番号7に対応して配列番号95と配列番号117と、そして配列番号139であり、
配列番号8に対応して配列番号96と配列番号118と、そして配列番号140であり、
配列番号9に対応して配列番号97と配列番号119と、そして配列番号141であり、
配列番号10に対応して配列番号98と配列番号120と、そして配列番号142であり、
配列番号11に対応して配列番号99と配列番号121と、そして配列番号143であり、
配列番号12に対応して配列番号100と配列番号122と、そして配列番号144であり、
配列番号13に対応して配列番号101と配列番号123と、そして配列番号145であり、
配列番号14に対応して配列番号101と配列番号124と、そして配列番号146であり、
配列番号15に対応して配列番号103と配列番号125と、そして配列番号147であり、
配列番号16に対応して配列番号104と配列番号126と、そして配列番号148であり、
配列番号17に対応して配列番号105と配列番号127と、そして配列番号149であり、
配列番号18に対応して配列番号106と配列番号128と、そして配列番号150であり、
配列番号19に対応して配列番号107と配列番号129と、そして配列番号151であり、
配列番号20に対応して配列番号108と配列番号130と、そして配列番号152であり、
配列番号21に対応して配列番号109と配列番号131と、そして配列番号153であり、
配列番号22に対応して配列番号110と配列番号132と、そして配列番号154であり、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブである。
配列番号1に対応して配列番号155と配列番号177と、そして配列番号199であり、
配列番号2に対応して配列番号156と配列番号178と、そして配列番号200であり、
配列番号3に対応して配列番号157と配列番号179と、そして配列番号201であり、
配列番号4に対応して配列番業158と配列番号180と、そして配列番号202であり、
配列番号5に対応して配列番号159と配列番号181と、そして配列番号203であり、
配列番号6に対応して配列番業160と配列番号182と、そして配列番号204であり、
配列番号7に対応して配列番号161と配列番号183と、そして配列番号205であり、
配列番号8に対応して配列番号162と配列番号184と、そして配列番号206であり、
配列番号9に対応して配列番号163と配列番号185と、そして配列番号207であり、
配列番号10に対応して配列番号164と配列番号186と、そして配列番号208であり、
配列番号11に対応して配列番号165と配列番号187と、そして配列番号209であり、
配列番号12に対応して配列番号166と配列番号188と、そして配列番号210であり、
配列番号13に対応して配列番号167と配列番号189と、そして配列番号211であり、
配列番号14に対応して配列番号168と配列番号190と、そして配列番号212であり、
配列番号15に対応して配列番号169と配列番号191と、そして配列番号213であり、
配列番号16に対応して配列番号170と配列番号192と、そして配列番号214であり、
配列番号17に対応して配列番号171と配列番号193と、そして配列番号215であり、
配列番号18に対応して配列番号172と配列番号194と、そして配列番号216であり、
配列番号19に対応して配列番号173と配列番号195と、そして配列番号217であり、
配列番号20に対応して配列番号174と配列番号196と、そして配列番号218であり、
配列番号21に対応して配列番号175と配列番号197と、そして配列番号219であり、
配列番号22に対応して配列番号176と配列番号198および配列番号220、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブである。
膀胱がんの検出方法であって、以下のステップ:
被験生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換された前記DNAと対照群に対して上記のようなDNAメチル化マーカーの組み合わせの共メチル化検出を行って、メチル化プロファイルを得るステップと、
メチル化マーカーの組み合わせのメチル化プロファイルをデータセットによる数学的モデリングから得られたプロファイルの判定閾値と比較して、生体試料中の膀胱がんの存在を判断するステップと、
を含む、膀胱がんの検出方法。
被験生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換された前記DNAに対して上記のようなDNAメチル化マーカーの組み合わせの共メチル化検出を行うステップと、
標的DNAメチル化マーカー領域の相対サイクル数d-CTを得て、設定された閾値と比較し、異なる由来の生体試料の膀胱がんのグレード分類またはステージ分類を判断するステップと
を含む、膀胱がんの診断、ステージ分類、分類のための方法。
個体の生体試料を取得するステップと、
前記生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換されたDNAを上記DNAメチル化マーカーの共メチル化程度を特異的に検出する複数の試薬と接触させ、前記生体試料の前記的DNAメチル化マーカーの共メチル化程度をアッセイし、データセットによる数学的モデリングから得られた共メチル化程度の判定閾値と比較して、膀胱がんの予測、治療検出、予後を判断するステップと、
を含む、膀胱がんの予測、治療モニタリング、予後またはその他の評価のための方法。
本技術の理解を容易にするため、以下にいくつかの用語および文言を定義する。
DNA抽出キットで被験生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換された前記DNAに対して複数のメチル化領域の共メチル化検出を行うステップと、
を含む、上記検出方法。
1)特異的プライマーペア配列番号23~44を利用してバイサルファイト変換されたDNAに対して選択された標的領域の共メチル化断片をそれぞれ増幅するステップと、
2)特異的プライマーペアを利用してバイサルファイト変換されたDNAに対して選択された標的領域の非メチル化断片をそれぞれ増幅するステップと、
3)前記1)および2)の増幅産物に対してアガロースゲル電気泳動分析を行うステップと、
4)電気泳動結果のバンドの有無および密度に基づいて、選択された標的領域の共メチル化程度を判断するステップと
を含む、上記方法。
1)バイサルファイト変換されたDNAに対して全ゲノム増幅を行うステップと、
2)配列番号1~配列番号22または配列上でそれらと完全に相補的な核酸配列を標的領域として使用し、チップ上で共メチル化および非メチル化のキャプチャープローブを合成するステップと、
3)前記2)の増幅産物に対してチップ内で標的捕捉を行い、標識された単一塩基伸長反応を行うステップと、
4)蛍光染色反応により、捕捉された配列シグナルを増幅および読み取り、標的領域の共メチル化程度を計算するステップと
を含む、上記方法。
1)バイサルファイト変換されたDNAに対して全ゲノム増幅を行うステップと、
2)前記1)の増幅産物をアダプターでライゲーションするステップと、
3)前記2)のライブラリーの作製産物に対して標的捕捉を行うステップ(ここで用いられる捕捉プローブは配列番号1~22またはその逆相補的な対合配列を含む形質転換されたDNA配列である)と、
4)前記3)の捕捉産物をシーケンシングするステップと、
5)シーケンシング結果に基づいて、選択された標的領域の共メチル化程度を計算するステップと
を含む、上記方法。
1)特異的プライマーおよびプローブ配列番号23~20を使用してバイサルファイト変換されたDNAに対して選択された標的領域の共メチル化程度の絶対定量をそれぞれ行うステップと、
2)特異的プライマーおよびプローブを使用して形質転換されたDNAに対して選択された標的領域の非メチル化の程度の絶対定量をそれぞれ行うステップと、
3)各領域の非メチル化の程度および共メチル化程度の絶対定量に基づいて該領域のメチル化率を計算するステップと
を含む、上記方法。
1)前記プライマー、プローブおよび反応試薬を使用して、バイサルファイト変換された全ゲノムDNAに対して直接蛍光定量PCR反応を行うステップと、
2)得られたCT値を内部標準で補正した後、標的領域の共メチル化程度を測定し、ロジスティック回帰法で膀胱がんリスクスコアを算出するステップと、
を含む、上記応用。
内部標準プライマーおよびプローブ:
市販の完全メチル化(陽性対照)および非メチル化(陰性対照)標準品(QIAGEN社から購入)を使用して22個のメチル化領域(配列番号1~22)に対して2~3個のメチル化領域ごとの共メチル化検出を行った。
抽出キットは、QIAGEN社から購入し、キットの説明書に従って実施した。
DNAバイサルファイト変換キットは、Zymo社から購入し、キットの説明書に従って実施した。
22個のメチル化領域(配列番号1~8)のプライマーペアを用い、1つの反応ウェル(プライマー配列は表2を参照)においてマルチプレックスPCRを行い、標的領域を含む標的配列を増幅し、産物サイズは70~130bpの範囲であった。
1)22個のメチル化領域のプライマーとプローブ(配列は表2を参照)、および内部標準プライマーとプローブ内の各メチル化領域は、各プライマー濃度10μM、各プローブ濃度5μMの終濃度に従って1セットの混合液として調製し、22個のメチル化領域の22セットの混合液を2~3個のメチル化領域ごとに等しい割合で混合できる。リストされている3個のメチル化領域の組み合わせを表4に示す。
市販の完全メチル化(陽性対照)および非メチル化(陰性対照)標準品を使用して22個のメチル化領域の共メチル化程度に対して表4に示す混合方法(組み合わせA~L)に従ってマルチプレックス蛍光定量PCRアッセイを行い、22個のメチル化領域の単一のメチル化蛍光定量PCRアッセイ(単一の定量)のCT値と比較し、ここで全ての組み合わせおよび単一の定量においていずれも陰性対照が検出されず、陽性対照のCT値を表5に示す。
実施例3に記載の検出方法を使用して。膀胱がん細胞株5637、T24(上海細胞研究所から購入)と、UM-UC-3(sigmaから購入)の細胞DNAと、16例の膀胱がん組織DNAおよびそれらと対合するがん周囲の正常組織のDNAとに対して22個のメチル化領域の共メチル化を検出して、膀胱がん診断におけるこれらのメチル化領域の応用を検証した。ここで、検出によって得られた各メチル化領域のCT値は、内部標準CT値で補正して標的領域の相対サイクル数d-CT=CT(標的領域)-CT(内部標準)を得た。標的領域が検出されない場合、標的領域の相対サイクル数d-CT=35を与える。
膀胱がん患者群、良性泌尿器疾患群および健常者群の尿からDNAサンプルに対して22個のメチル化領域の共メチル化を検出して、尿サンプル内の膀胱がん発生およびステージ分類の判断におけるこれらのメチル化領域の応用を確認する。ここで、膀胱がん患者群の尿サンプルは計70例あり、良性泌尿器疾患群(尿路結石、尿路感染症、良性前立腺肥大症、線状膀胱炎などを含む)の尿サンプルが計49例あり、健常者群(尿一般検査/泌尿器系超音波検査の結果が正常で、他の腫瘍の疑いがない)の尿サンプルが5例あり、全てのサンプルの病理・臨床情報を表9に示す。
標的メチル化領域の共メチル化の並行検出は、22個のメチル化領域における任意の1~3個に対して行う場合、実施例3内の組み合わせスキームを使用すると、次の検出方法を用いることができる。具体的な検出フローは、次の通りである。
抽出キットは、QIAGEN社から購入し、キットの説明書に従って実施した。
DNAバイサルファイト変換キットは、Zymo社から購入し、キットの説明書に従って実施した。
1~3個のメチル化領域のプライマーとプローブおよび内部標準のプライマーとプローブを選択し、1つの反応ウェルでアッセイする(プライマープローブ配列は、表2を参照し、メチル化領域の組み合わせスキームが実施例3を参照)
標的領域の検出により得られた各メチル化領域のCT値は、内部標準CT値で補正して標的領域の相対サイクル数d-CT=CT(標的領域)-CT(内部標準)を得た。標的領域が検出されない場合、標的領域の相対サイクル数d-CT=35を与える。
Claims (25)
- 膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせであって、CGにより示される共メチル化領域を有する、配列番号1~配列番号22の任意の2つ以上の配列の組み合わせから選択され、または配列番号1~配列番号22の完全に相補的な配列の任意の2つ以上の配列の組み合わせから選択されることを特徴とする、膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号2と、配列番号3と、配列番号6と、配列番号13と、配列番号14と、配列番号15と、配列番号17とから選択される少なくとも2つの組み合わせ、または配列番号2と、配列番号3と、配列番号6と、配列番号13と、配列番号14と、配列番号15と、配列番号17と完全に相補的な配列から選択される少なくとも2つを含むことを特徴とする、請求項1に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号1と配列番号2との組み合わせ、またはこれらの完全に相補的な配列の組み合わせであることを特徴とする、請求項1に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号1と、配列番号2と配列番号3との組み合わせ、または配列番号1と、配列番号2と配列番号3とから選択される完全に相補的な配列の組み合わせであることを特徴とする、請求項3に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号1ないし配列番号8の組み合わせ、またはこれらの完全に相補的な配列の組み合わせであることを特徴とする、請求項4に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号1ないし配列番号22の組み合わせ、またはこれらの相補的配列の組み合わせであることを特徴とする、請求項1に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。
- 前記組み合わせが、配列番号2と配列番号1との組み合わせ、
配列番号17、配列番号20、および配列番号1の組み合わせ、
配列番号2、配列番号9と配列番号8の組み合わせ、
配列番号15と配列番号6の組み合わせ、
配列番号3、配列番号18、および配列番号14の組み合わせ、
配列番号16と配列番号12の組み合わせ、
配列番号22、配列番号5、および配列番号4の組み合わせ、
配列番号13、配列番号10、および配列番号21の組み合わせ、
配列番号19、配列番号11、および配列番号7の組み合わせ、
配列番号2と配列番号6の組み合わせ、
配列番号3と配列番号4の組み合わせ、
からなる上記グループのいずれか、または上記DNAメチル化マーカーの組み合わせの完全に相補的な配列の組み合わせである、
ことを特徴とする、請求項1に記載の膀胱がんを検出するためのDNAメチル化マーカーの組み合わせ。 - 膀胱癌の検出、診断、分類または予測、治療モニタリング、予後或いは他の評価のための試薬キットの調製における請求項1~7のいずれかに記載のDNAメチル化マーカーの組み合わせの使用。
- 膀胱がんの異なるグレードまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キットであって、[CG]により示される共メチル化領域の配列番号2、配列番号3、配列番号5、配列番号6、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号21、配列番号22のうち少なくとも2つのDNAメチル化マーカーの組み合わせ、またはこれらの完全に相補的な配列の組み合わせを含む共メチル化程度を検出する試薬を有することを特徴とする、膀胱がんの異なるグレードまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キット。
- 前記DNAメチル化マーカーの組み合わせが、配列番号6と、配列番号13と、配列番号16と、配列番号18とを、またはこれらの完全に相補的な配列のDNAメチル化マーカーを含むことを特徴とする、請求項9に記載の膀胱がんの異なるグレードまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キット。
- 前記DNAメチル化マーカーの組み合わせが、配列番号6と、配列番号10と、配列番号13と、配列番号16と、配列番号18とを、またはこれらの完全に相補的な配列のDNAメチル化マーカーを含むことを特徴とする、請求項10に記載の膀胱がんの異なるステージまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キット。
- 前記DNAメチル化マーカーの組み合わせが、配列番号17と、配列番号13とを、またはこれらの完全に相補的な配列のDNAメチル化マーカーを含むことを特徴とする、請求項9に記載の膀胱がんの異なるグレードまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キット。
- 前記DNAメチル化マーカーの組み合わせが、配列番号17と、配列番号13と、配列番号5とを、またはこれらの完全に相補的な配列、或いは、前記DNAメチル化マーカーの組み合わせが、配列番号17と、配列番号13と配列番号22とを、またはこれらの完全に相補的な配列であることを特徴とする、請求項12に記載の膀胱がんの異なるグレードまたは異なるステージ分類を判断するための試薬キット。
- 請求項1~7のいずれかに記載のDNAメチル化マーカーの組み合わせのメチル化の程度を検出する試薬を含む膀胱がんを検出するための試薬キット。
- 前記検出試薬キットが、各メチル化用の増幅プライマーおよび蛍光プローブを含む蛍光定量PCR法を用いることと、前記増幅プライマーおよび蛍光プローブは、
配列番号1に対応して配列番号23と配列番号45と、そして配列番号67であり、
配列番号2に対応して配列番号24と配列番号46と、そして配列番号68であり、
配列番号3に対応して配列番号25と配列番号47と、そして配列番号69であり、
配列番号4に対応して配列番号26と配列番号48と、そして配列番号70であり、
配列番号5に対応して配列番号27と配列番号49と、そして配列番号71であり、
配列番号6に対応して配列番号28と配列番号50と、そして配列番号72であり、
配列番号7に対応して配列番号29と配列番号51と、そして配列番号73であり、
配列番号8に対応して配列番号30と配列番号52と、そして配列番号74であり、
配列番号9に対応して配列番号31と配列番号53と、そして配列番号75であり、
配列番号10に対応して配列番号32と配列番号54と、そして配列番号76であり、
配列番号11に対応して配列番号33と配列番号55と、そして配列番号77であり、
配列番号12に対応して配列番号34と配列番号56と、そして配列番号78であり、
配列番号13に対応して配列番号35と配列番号57と、そして配列番号79であり、
配列番号14に対応して配列番号36と配列番号58と、そして配列番号80であり、
配列番号15に対応して配列番号37と配列番号59と、そして配列番号81であり、
配列番号16に対応して配列番号38と配列番号60と、そして配列番号82であり、
配列番号17に対応して配列番号39と配列番号61と、そして配列番号83であり、
配列番号18に対応して配列番号40と配列番号62と、そして配列番号84であり、
配列番号19に対応して配列番号41と配列番号63と、そして配列番号85であり、
配列番号20に対応して配列番号42と配列番号64と、そして配列番号86であり、
配列番号21に対応して配列番号43と配列番号65と、そして配列番号87であり、
配列番号22に対応して配列番号44と配列番号66と、そして配列番号88であり、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブから選択されることと、
を特徴とする、請求項14に記載の膀胱がんを検出するための試薬キット。 - 前記検出試薬キットが、各メチル化用の増幅プライマーおよび蛍光プローブを含む蛍光定量PCR法を用いることと、前記増幅プライマーおよび蛍光プローブは、
配列番号1に対応して配列番号89と配列番号111と、そして配列番号133で、
配列番号2に対応して配列番号90と配列番号112と、そして配列番号134で、
配列番号3に対応して配列番号91と配列番号113と、そして配列番号135で、
配列番号4に対応して配列番号92と配列番号114と、そして配列番号136で、
配列番号5に対応して配列番号93と配列番号115と、そして配列番号137で、
配列番号6に対応して配列番号94と配列番号116と、そして配列番号138で、
配列番号7に対応して配列番号95と配列番号117と、そして配列番号139で、
配列番号8に対応して配列番号96と配列番号118と、そして配列番号140で、
配列番号9に対応して配列番号97と配列番号119と、そして配列番号141で、
配列番号10に対応して配列番号98と配列番号120と、そして配列番号142で、
配列番号11に対応して配列番号99と配列番号121と、そして配列番号143で、
配列番号12に対応して配列番号100と配列番号122と、そして配列番号144で、
配列番号13に対応して配列番号101と配列番号123と、そして配列番号145で、
配列番号14に対応して配列番号101と配列番号124と、そして配列番号146で、
配列番号15に対応して配列番号103と配列番号125と、そして配列番号147で、
配列番号16に対応して配列番号104と配列番号126と、そして配列番号148で、
配列番号17に対応して配列番号105と配列番号127と、そして配列番号149で、
配列番号18に対応して配列番号106と配列番号128と、そして配列番号150で、
配列番号19に対応して配列番号107と配列番号129と、そして配列番号151で、
配列番号20に対応して配列番号108と配列番号130と、そして配列番号152で、
配列番号21に対応して配列番号109と配列番号131と、そして配列番号153で、
配列番号22に対応して配列番号110と配列番号132と、そして配列番号154から選択され、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブから選択されることを特徴とする、請求項14に記載の膀胱がんを検出するための試薬キット。 - 前記検出試薬キットが、各メチル化用の増幅プライマーおよび蛍光プローブを含む蛍光定量PCR法を用いることと、前記増幅プライマーおよび蛍光プローブは、
配列番号1に対応して配列番号155と配列番号177と、そして配列番号199で、
配列番号2に対応して配列番号156と配列番号178と、そして配列番号200で、
配列番号3に対応して配列番号157と配列番号179と、そして配列番号201で、
配列番号4に対応して配列番号158と配列番号180と、そして配列番号202で、
配列番号5に対応して配列番号159と配列番号181と、そして配列番号203で、
配列番号6に対応して配列番号160と配列番号182と、そして配列番号204で、
配列番号7に対応して配列番号161と配列番号183と、そして配列番号205で、
配列番号8に対応して配列番号162と配列番号184と、そして配列番号206で、
配列番号9に対応して配列番号163と配列番号185と、そして配列番号207で、
配列番号10に対応して配列番号164と配列番号186と、そして配列番号208で、
配列番号11に対応して配列番号165と配列番号187と、そして配列番号209で、
配列番号12に対応して配列番号166と配列番号188と、そして配列番号210で、
配列番号13に対応して配列番号167と配列番号189と、そして配列番号211で、
配列番号14に対応して配列番号168と配列番号190と、そして配列番号212で、
配列番号15に対応して配列番号169と配列番号191と、そして配列番号213で、
配列番号16に対応して配列番号170と配列番号192と、そして配列番号214で、
配列番号17に対応して配列番号171と配列番号193と、そして配列番号215で、
配列番号18に対応して配列番号172と配列番号194と、そして配列番号216で、
配列番号19に対応して配列番号173と配列番号195と、そして配列番号217で、
配列番号20に対応して配列番号174と配列番号196と、そして配列番号218で、
配列番号21に対応して配列番号175と配列番号197と、そして配列番号219で、
配列番号22に対応して配列番号176と配列番号198と、そして配列番号220から選択され、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブから選択されることを特徴とする、請求項14に記載の膀胱がんを検出するための試薬キット。 - 内部標準遺伝子を有するプライマーおよびプローブである配列番号221ないし配列番号223を含み、または上記配列の複数の連続ヌクレオチドに対して少なくとも70%、80%、90%、95%または99%の配列同一性を有するプライマーおよびプローブから選択されることを特徴とする、請求項14~17のいずれかに記載の膀胱がんを検出するための試薬キット。
- 膀胱がんの検出方法であって、
被験生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換された前記DNAと対照群に対して請求項1に記載のDNAメチル化マーカーの組み合わせの共メチル化検出を行って、メチル化プロファイルを得るステップと、
メチル化マーカーの組み合わせのメチル化プロファイルをデータセットによる数学的モデリングから得られたプロファイル判定閾値と比較して、生体試料中の膀胱がんの存在を判断するステップと、
を含むことを特徴とする膀胱がんの検出方法。 - 前記共メチル化検出方法としては、メチル化特異的PCR、DNAメチル化チップ、標的DNAメチル化シーケンシング、デジタル・定量PCRおよび蛍光定量PCRが挙げられることを特徴とする、請求項19に記載の膀胱がんの検出方法。
- 膀胱がんの診断、ステージ分類、分類のための方法であって、
被験生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換された前記DNAに対して請求項1に記載のDNAメチル化マーカーの組み合わせの共メチル化検出を行うステップと、
標的DNAメチル化マーカー領域の相対サイクル数d-CTを得て、設定された閾値と比較し、異なる由来の生体試料の膀胱がんのグレード分類またはステージ分類を判断するステップと、
を含むことを特徴とする、膀胱がんの診断、ステージ分類、分類のための方法。 - 膀胱がんの予測、治療モニタリング、予後またはその他の評価のための方法であって、
個体の生体試料を取得するステップと、
前記生体試料のゲノムDNAおよび/または遊離DNAを抽出するステップと、
前記DNAをバイサルファイト変換するステップと、
バイサルファイト変換されたDNAを請求項1に記載のDNAメチル化マーカーの共メチル化程度を特異的に検出する複数の試薬と接触させ、前記生体試料の前記的DNAメチル化マーカーの共メチル化程度をアッセイし、データセットによる数学的モデリングから得られた共メチル化程度判定閾値と比較して、膀胱がんの予測、治療検出、予後を判断するステップと、
を含むことを特徴とする、膀胱がんの予測、治療モニタリング、予後またはその他の評価のための方法。 - 前記生体試料は、血液、血漿、唾液、血清であることを特徴とする、請求項19~22のいずれかに記載の方法。
- 前記生体試料は、組織であることを特徴とする、請求項19~22のいずれかに記載の膀胱がんの検出方法。
- 前記生体試料は、尿、尿中剥離細胞、尿沈渣、尿上清であることを特徴とする、請求項19~22のいずれかに記載の膀胱がんの検出方法。
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