CN101379183A - 流感病毒的拯救 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及流感疫苗生产领域。流感疫苗已在含胚鸡蛋中生产了50多年,但近来对发展用于疫苗生产的细胞培养系统作出了相当多的努力。本发明提供了核酸或所述核酸的互补链以及细胞,所述核酸包含流感基因片段和噬菌体聚合酶启动子,所述细胞包含这样的能够产生想要的流感病毒的核酸。此外,本发明提供了组合物,所述组合物包含细胞或来自本发明的细胞的材料以及来源于本发明的病毒颗粒的病毒或材料。

Description

流感病毒的拯救
本发明涉及流感病毒疫苗生产的领域。
流感病毒(正粘病毒科)是具有片段化基因组(Taubenberger和Layne,Molecular Diagnosis第6卷No.4 2001)的有包膜负链RNA病毒。基于其核蛋白和基质蛋白之间的显著抗原差异,将其分为两个属:一个属包含A型和B型流感病毒,而另一个属由C型流感病毒组成。所述三种病毒类型在病原性和基因组组织上也不相同。A型发现于广泛的恒温动物中,但B型和C型主要是人的病原体。根据血凝素(HA)和NA表面糖蛋白的抗原特征对A型流感病毒进一步分类,所述NA表面糖蛋白是病毒体表面突出物。目前有15种HA和9种NA亚型。A型流感病毒感染广泛的动物,包括禽类、猪、马、人和其它哺乳动物。水生禽类充当了所有已知A型流感病毒亚型的天然储存库,并且可能是人大流行性流感株系的遗传材料源。
与相关的副粘病毒不同,流感病毒具有片段化的RNA基因组。A型和B型流感病毒具有相似的结构,而C型流感病毒更具趋异性。其中A和B型病毒各包含8个分开的基因片段(各编码至少一个蛋白),C型包含7个分开的片段,其中合并了A和B型的片段4和6。A和B型流感病毒覆盖有三种蛋白:HA、NA和基质2(M2)。C型流感病毒只具有一种表面糖蛋白。各流感RNA片段被核蛋白(NP)包裹以形成核糖核苷酸核蛋白(RNP)复合体。三个聚合酶蛋白与RNP复合体的一个末端结合。RNPs被具有基质蛋白(基质1)的膜包围。所述膜的磷脂部分来源于细胞宿主的膜。在病毒颗粒内部也发现了非结构性蛋白2(NS2)。针对流感病毒的命名系统,世界卫生组织(WHO)的指导方针如下。首先,指出病毒类型(A、B或C),然后是宿主(如果是非人类)、分离的地方、分离的编号和分离的年份(通过斜扛分隔)。对于A型流感病毒,在括号内注明HA和NA亚型。例如,包含于最近的2000至2001季度的三价疫苗的株系是:A/Panama/2007/99(H3N2)、A/New Caledonia/20/99(H1N1)和B/Yamanashi/16/98。自1977年以来,已有两种A型亚型流感病毒H1N1和H3N2在人中共循环。
流感病毒在复制期间积累了点突变,因为其RNA聚合酶复合物不具有校正活性。改变表面糖蛋白抗原部分的氨基酸的突变可能为病毒株系提供选择性的有利方面,以允许其避开已存在的免疫性。HA分子通过结合某些宿主细胞上的受体启动感染。抗HA蛋白的抗体阻止受体结合并且非常有效地阻止相同株系的再感染。通过抗原性飘移或抗原性转变,HA可逃避之前已获得的免疫性,在所述抗原性飘移中,当前循环的HA基因的突变干扰了抗体结合,而在抗原性转变中,所述病毒获得了HA新亚型。在HA分子中,抗原性飘移压力是不均等的,正选择变化主要发生在HA蛋白的球状头部。在HA中,这些变化积累的程度也超过NA中积累的程度。在其它流感蛋白中变化的发生更加缓慢。同样,在人适合的流感株系中抗原性飘移压力是最大的,在猪和马适合性株系中抗原性飘移压力居中,在禽类适合性株系中抗原性飘移压力是最小的。
因为流感病毒具有片段化的基因组,所以在相同的宿主中用两种不同的株系共感染可导致新的重排流感病毒株系的产生,所述重排株系包含亲本基因片段的不同重组。已知在野生鸟类中存在15种HA亚型,其提供了新的人HAs源。通过抗原性转变在人循环中出现的具有新亚型的流感株系曾经是过去的1957和1968年中两次流感大流行的原因和很可能是1918年流感大流行的原因。与所有已知的有关大流行流感病毒出现相一致,大流行株系必须具有在抗原性上不同于当前流行的HA的HA;该HA不能已在人中循环60-70年;并且所述病毒必须可在人与人之间传染。1957年和1968年中,大流行是由于HA转变导致的,在这两种情况下,大流行株系的HAs与禽类株系紧密相关。尽管大流行的一个必要条件是HA必须改变,但病毒的其余部分可以或必须改变的程度是未知的。只能获得1957和1968年的大流行病毒用于直接研究,1918年的大流行流感病毒可通过使用分子考古学来进行表征。在1957年,三个基因:HA、NA和聚合酶复合物(PB1)的亚基被鸟类样基因替换。在1968年,只有HA和PB1被替换。
可通过病毒分离、血凝素抑制(HI)检测、通过免疫测定进行的抗原检测、血清学检验、分泌物中NA活性的验证或基于分子的测定法进行流感感染的特异性诊断。可将唾液、鼻咽抹拭物或用缓冲盐水溶液漱洗的鼻咽洗出液作为样品进行收集。流感诊断的标准曾经是培养后进行免疫学表征。血清学分析提供了精确的但溯及以往的用于流感感染的方法,因为其要求收集急性的和康复期的血清。
流感病毒可培养在含胚鸡蛋或许多组织培养系统中。胰蛋白酶(用于HA的切割激活)的加入允许流感病毒在Madin-Darby犬肾(MDCK)细胞和其它细胞系中增殖。用于疫苗生产的主要方法仍是在蛋中培养流感病毒。细胞系中的培养通常用于初级的人流感病毒(A型和B型)分离。许多人流感病毒可直接在含胚蛋的尿囊腔中培养。一些A型和B型流感病毒要求在羊膜腔中进行初始培养,然后再适应在尿囊腔中培养。在培养分离后,使用免疫测定法或免疫荧光最后确定大部分流感分离株。流感病毒的HA分子结合呼吸细胞表面上的唾液酸残基以使病毒进入。
通过利用流感病毒在体外凝集红细胞的能力在抗原性上表征流感株系。抗HA抗体可抑制凝集。因此,血凝抑制(HI)测定法是用于表征流感株系的一个标准方法。HI测定法用于确定样品株系是否是与最近的疫苗株系免疫学相关(即,交叉反应的)的。将确定的血清类型(通常在白鼬中产生的)以两倍稀释的系列加入小孔中,然后实验室工作人员通过观察悬浮的与凝聚成团的红细胞的比值来给测定小孔打分。在大多数情况下,成组的血清用于将样品株系与疫苗和参照株系匹配,在任何给定的流感活动期,通过HI测定法,绝大多数样品株系被成功地匹配。
在鉴定单个病毒株系的抗原特征上,WHO提供了指导方针,WHO合作中心也提供了指导,并且可为希望获得其的机构提供这些株系。根据免疫学系谱可对样品株系进行分类,例如A/Moscow/10/99(H3N2)样、A/New Caledonia/20/99(H1N1)样和B/Beijing/184/93样病毒。对于在HI测定法中未能表征的样品株系,实验室工作人员必须将其接种到白鼬中以产生株系特异性抗血清。当准备好新的抗血清后,如上所述再次进行HI测定。如果新的血清在交叉反应性上显示显著的差距(通常定义为样品和疫苗株系之间的4倍差异),那么将其合并入常规的实验室组中并用于寻找新的流行性株系。因此,HI测定法在用于疫苗株系选择的流感病毒监视努力中是极其重要的并且是估计抗原性飘移最普遍使用的方法。
通过单个基因片段的序列比较可从遗传上表征流感株系,WHO指导方针和WHO合作中心对包含流感病毒基因组的单个RNA片段的性质的鉴定提供了指导;也提供指导鉴定下列的性质:A型和B型流感病毒核酸片段,编码核蛋白(NP)、碱性聚合酶1(PB1)、碱性聚合酶2(PB2)、酸性聚合酶(PA)、血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M1和M2)和非结构蛋白(NS1和NS2);和C型流感病毒核酸片段,编码核蛋白(NP)、碱性聚合酶1(PB1)、碱性聚合酶2(PB2)、血凝素-神经氨酸酶样糖蛋白(HN)、基质蛋白(M1和M2)和非结构蛋白(NS1和NS2)。
如果需要参照株系,例如用于抗原性分析、核酸序列比较和鉴定疫苗病毒,可求助于位于45 Poplar Road,Parkville,Victoria 3052,澳大利亚(传真:+61 3 9389 1881,网址:http//www.influenzacentre.org)的WHO流感鉴定和研究合作中心;WHO流感鉴定和研究合作中心,国家传染病研究所,Gakuen 4-7-1,Musashi-Murayama,东京208-0011,日本(传真:+81 42 5610812或+81 42 5652498);WHO监视、流行病学和流感控制合作中心、疾病控制和预防中心,1600Clifton Road,Mail stop G16,亚特兰大,GA 30333,美国(传真:+1404 639 23 34);或WHO流感鉴定和研究合作中心,国家医学研究所,The Ridgeway,Mill Hill,伦敦NW7 1AA,英国(传真:+44 208 9064477)。在WHO的网站http://www.who.int/influenza和地理信息系统,FluNet,http://www.who.int/flunet上可获得更新的流行病学信息。
对流感的影响和其预防的健康和经济利益的意识在不断地增长,过去十年已看到接种的用途和益处,并且产生了大量的抗流感药物。在许多国家,由于更长的预期寿命的原因,更多的人处于并发症的风险中,在流感大流行期间健康保健系统的负担受到更广泛的承认,更频繁的国际旅行已为病毒的传播提供了机会,同时新的药物的引入已增加了预防和治疗疾病的选择。大约50个国家具有政府资助的国家流感免疫项目,并且所述疫苗在许多其它国家是可获得的。疫苗应用的特定推荐是可变的,但通常包括对年长的和超过6个月大的个体每年进行免疫,所述个体由于已存在的慢性医学状况的原因,处于增加的严重疾病的风险中。在一些国家,疫苗用于减少流感对处于增加的医学风险的人的传播。成员国家需要考虑流感预防工作在其全体公共卫生优先背景中的利益。
灭活的疫苗分为几种类型,视其是否包含完整的病毒颗粒、部分破坏的病毒颗粒(分裂疫苗)或纯化的包膜抗原(亚单位疫苗)而定。一些亚单位疫苗已和佐剂或递送系统结合。
少数国家已批准针对某些靶群体的活的减毒流感疫苗。在俄罗斯联邦,一种疫苗的两种不同制剂已用于健康的成人和孩子中,并且另一种活疫苗已进行广泛的测试但仍未被批准。在活的减毒疫苗能更广泛地获得之前,其通常不会被推荐用于流感预防。
已发展了两类抗病毒剂用于预防和治疗流感。M2抑制剂,即金刚烷胺和金刚乙胺,被限定用于治疗A型流感病毒并且据报道在流感预防方面也是有效的。然而两种药物都导致一些副作用,在使用金刚烷胺的情况下,更容易产生显著的神经学上的副作用。神经氨酸酶抑制剂,例如扎那米韦和奥塞米韦,在许多国家近来被批准用于治疗A型和B型流感,并且已报道在预防方面是有效的。在接受这两类抗病毒剂的患者中已检测到抗性突变体。尽管目前并不认为这是个重要的公共卫生问题,但当这些药物在非常大的规模上使用时,情形将发生变化。
WHO维持着由位于82个国家的110个国家流感中心以及位于亚特兰大(美国)、伦敦(英国)、墨尔本(澳大利亚)和东京(日本)的4个WHO流感鉴定和研究合作中心合作运行的国际监视项目。这些中心为具有大流行潜能的新出现的株系提供早期预警系统。该系统非常重要,因为如果流感疫苗不包含目前循环的株系那么其功效将会降低。WHO发布疫苗组合物的推荐组合物,如可在由世界卫生组织出版的Weekly Epidemiological Record(例如参见2004,79,第9期,第88页或http://www.who.int/wer)中查到的,在二月份用于北半球的疫苗和在九月份用于南半球的疫苗。由于在赤道地区的流感季节模式还不明确,流行病学因素将影响这些推荐疫苗(二月或九月)中何种疫苗适合用作用于赤道国家的疫苗。
所述合作中心对国家中心提供的流感分离株系进行抗原和遗传分析。当观察到抗原变异的迹象时,将该变异与流行病学数据进行比较以估计变体的流行病学重要性。通过使用成组的在接种之前或之后收集的人血清,将代表性的分离株与当前的疫苗株系进行比较,从而估计目前的疫苗是否预期能抵抗这些病毒。根据WHO公开的每年的推荐疫苗,培育了高生长速率的株系并作为参照病毒提供给生产者以帮助产生用于疫苗生产的种子病毒。流感疫苗的安全性和功效检测包括病毒的灭活、微生物灭菌、用于破坏所述病毒的化学物质的测量和推荐的抗原的浓度确定。一般推荐疫苗要遵照WHO的要求,然而,国家控制机构应当批准用于各国的特异性疫苗病毒。国家公共卫生机构负责有关疫苗使用的推荐。WHO也公开了用于预防流感病毒感染的推荐疫苗。(参见WER No.35,2002,pp.281-288.)。
在含胚鸡蛋中生产流感疫苗已超过50年,但近来在发展用于疫苗生产的细胞培养系统上作出了大量的努力。含胚鸡蛋中的常规标准方法学非常繁琐并且具有一些主要的不利方面:需要数百万的鸡蛋;在美国每个季度超过100万个鸡蛋必须单个地接种和收获;要求许多过滤和离心步骤进行繁琐的纯化以确保疫苗不含卵蛋白,从而最大限度地减小过敏的风险;要求许多难以自动化并且非常费力的生产步骤,更不用说费时和遭受污染。
因此在工业上长期存在对发展疫苗生产技术的需求,所述生产技术证明要优于目前的疫苗生产技术,即,通过发展利用特异性细胞系的生产方案以取代现有的疫苗生产方法学,所述细胞系能够支持流感病毒生长并适合在自动化的生物反应器中、在生物载体上或在其它细胞培养系统中生长。
通常,良好表征的传代细胞系,例如VERO细胞或其它灵长类动物来源的细胞,被建议用于流感病毒疫苗的生产。然而,注册机构今天仍回避用于人用途的灵长类动物细胞中生产的疫苗。越来越多地,这些机构建议所有来自灵长类动物细胞(例如Vero)的产品不含有残留的完整细胞并且对在这些细胞中生产的产物中的残留材料(例如灵长类动物细胞DNA)水平表示持续的关注。尽管世界卫生组织(WHO)目前接受在肠胃外施用时每剂10ng来自传代细胞系的残留DNA的限定,但基于个案基础,注册机构仍要考虑由残留的灵长类细胞材料例如DNA施加的风险水平。
长期以来,由于缺少可获得的有效的反向遗传学系统,阻碍了A型流感病毒的基础研究。尽管事实上发展了最早的针对A型流感病毒的用于负链RNA病毒的反向遗传学技术,但只有到最近才实现从重组DNA中专门地拯救出该病毒。重组流感病毒通过用成组的八个质粒(各基因组病毒RNA(vRNA)片段通过RNA聚合酶I从所述质粒转录)和成组的四个额外的表达核蛋白(NP)和聚合酶蛋白PB1、PB2和PA的质粒转染真核细胞产生。据报道使用该12-质粒系统的病毒生产效率相对较低。当编码血凝素(HA)、神经氨酸酶(HA)、基质蛋白1和2(M1和M2)和非结构蛋白2(NS2)的5个额外质粒共表达时,上清液中病毒的滴度可增加。这些12和17-质粒系统的简化修饰是提供双向载体将转染的质粒数目减少至8个。使用该系统后,可从同一质粒中合成负链vRNA和正链mRNA。
产生重组A型流感病毒的能力促进了未来流感病毒的研究,然而,由于绝大部分(如果不是全部)用于疫苗生产的细胞系统由于聚合酶(参与反向遗传学系统)和最常用的细胞种类之间的不相容性导致不允许或仅极少量允许上述重组病毒的复制,还未发现使用重组A型病毒以充分地提高疫苗产品滴度的实际解决方案,所述重组A型病毒通过反向遗传学技术获得。
A型流感病毒是负链RNA病毒。这意味着在一轮复制周期中,产生三种类型的RNA:反义vRNA、有义cRNA和有义mRNA。与病毒RNA(vRNA)不同,mRNA被加帽并且具有poly(A)尾巴。mRNA的poly(A)尾巴的第一A残基与基因组中的U残基短片段匹配,所述U片段被认为是转录终止/聚腺苷酰信号。据认为,当聚合酶到达该U残基片段时,其进行相反方向滑动的重复循环并通过这种方式产生完整的mRNA poly(A)尾巴。
发明简述
本发明提供了能够应用于不同物种的细胞类型的用于流感病毒的反向遗传学系统。聚合酶I是转录核糖体RNA的核仁中的酶并且在正在生长的细胞中大量表达。rRNA,与vRNA相似,不具有帽和poly(A)尾巴,因此聚合酶I可用于从cDNA产生vRNA。通过聚合酶I的病毒cDNA的转录允许产生具有正确5’和3’末端的病毒样RNAs。然而,尽管聚合酶II的转录机器通常与来自不同物种的基因相容,但聚合酶I转录表现出严格的(尽管不是绝对的)种特异性。该种特异性是由转录因子与启动子之间的相互作用和在较低的程度上由所述因子间的蛋白-蛋白相互作用提供的。基于聚合酶I的反向遗传学系统的种特异性是疫苗发展的主要不利方面,因为除了人以外的细胞种类的聚合酶I启动子例如犬类或禽类的聚合酶I启动子还未曾被描述,而在工业上,良好确定的犬类(即Madin Darby犬肾(MDCK)细胞)或禽类细胞(鸡胚胎成纤维细胞(CEF))通常用于流感病毒疫苗生产。
本发明提供了包含流感病毒基因片段和噬菌体聚合酶启动子的核酸或所述核酸的互补链。与Neumann和Kawaoka(Virology 287,243-240,2001)的发现相反,本发明为该基于噬菌体聚合酶的反向遗传学技术学在有关质粒载体和其包含的元件方面提供了显著的灵活性,所述发现表明:与非片段病毒相反,所述非片段病毒明显例外地是流感病毒,其中T7聚合酶被认为不起作用,除了来自克隆的cDNA的聚合酶和核蛋白外,其产生包括八个病毒RNAs的增加的合成复杂性。例如,我们使用噬菌体T7的RNA聚合酶产生vRNA或cRNA样RNA分子,但也可使用各种其它的RNA聚合酶例如噬菌体SP6RNA聚合酶。在优选的实施方案中,本发明提供了包含流感基因片段和T7启动子的核酸或所述核酸的互补链,从而允许我们将本发明的系统建立在于T7启动子的控制之下的流感病毒基因片段的表达的基础上。在一个实施方案中,缺少聚合酶终止子。优选地,在紧邻启动子之后给所述核酸提供了一个或两个额外的鸟嘌呤残基。为了疫苗目的,提供了根据本发明的核酸,所述核酸包含来源于流感病毒的基因片段,所述病毒是由WHO推荐用于疫苗目的的病毒。在优选的实施方案中,本发明提供了包含A型流感病毒的基因片段和T7启动子的核酸或所述核酸的互补链。特别是在双向系统中,优选地,根据本发明的核酸不包含T7终止子。因为所述聚合酶优选地表达自与表达所述病毒的质粒一起转染的质粒,此处提供的系统并不限定于特定物种。尽管基于T7聚合酶的反向遗传学系统有时用于非片段负链病毒的拯救,但基于噬菌体聚合酶技术的片段化流感病毒的反向遗传学系统之前从未被成功地利用过。有时试图通过在转录起始位点引入G残基以增强T7聚合酶驱动的转录来克服使用T7聚合酶转录cDNA的反向遗传学系统中的一个限制因素。该方法已用于例如RV、VSV和SV的拯救,然而,Zobel等人(Virology.1994 Jul;202(1):477-9;Nucleic Acids Res.1993 Aug11;21(16):3607-14)明确指出需要精确地确定A型流感基因片段的5’和3’以使病毒聚合酶正确地发挥作用;因此明显地在转录位点无空间加入额外的核苷酸,从而与在转录起始位点引入G残基冲突。然而,令人惊奇的是,在本发明优选的实施方案中,我们提供了根据本发明的核酸,在所述核酸上,在紧接着T7启动子的位置提供了至少一个额外的鸟嘌呤残基。甚至更优选地,在紧接着T7启动子之处提供了两个额外的鸟嘌呤残基。此外,本发明还提供了具有T7聚合酶的MadinDarby犬肾(MDCK)或鸡胚胎成纤维(CEF)细胞。特别地,本发明提供了具有至少一个根据本发明的核酸的细胞。本发明有助于多质粒系统例如17-质粒或12-质粒或8-质粒系统的使用,并且,因为本发明提供了具有根据本发明的核酸的细胞,所述核酸额外地被提供T7聚合酶,所述核酸优选地表达自与一个或多个能够表达根据本发明的流感病毒基因片段的质粒一起转染的质粒,因此所述系统不限定于特定物种。此处也提供了根据本发明的细胞的用途,其中所述T7聚合酶包含细胞核定位信号。在优选的实施方案中,此处提供的细胞是非灵长类动物细胞,因此避免了将灵长类动物DNA引入来源于根据本发明的核酸或细胞的细胞材料或疫苗中。优选地,使用MDCK细胞或CEF细胞。本发明的有利方面是反向遗传学系统不需要辅助病毒,所有通过转染提供的病毒颗粒包含想要的核酸并且可被使用而不用在随后的疫苗生产系统中建立克隆步骤。本发明也第一次提供了包含根据本发明的核酸的复制型病毒颗粒。在美国5,166,057中,还未提供这种能够复制的病毒颗粒,在本发明之前,其它试图将T7系统用于片段化流感病毒的努力也未获成功。如此处提供的具有大约104个病毒颗粒的病毒滴度的细胞培养组合物可在经转染的细胞培养物中在无病毒复制的情况下容易地获得,当病毒复制时所述细胞培养物的病毒滴度可被提高至>107。在无辅助病毒的情况下实现根据本发明的颗粒的复制特别有用。这种细胞培养组合物可有利地用于生产药物组合物,所述细胞培养组合物包含细胞或来源于本发明细胞的材料或者病毒或来源于本发明病毒颗粒的材料,所述药物组合物用于产生抵抗流感病毒感染受试者的免疫学保护作用。可以肯定的是,在美国5,166,057中还未提供如此处提供的这些细胞。因此,本发明也提供了用于生产复制型流感病毒颗粒的方法,所述方法包括培养具有至少一个根据本发明的核酸的细胞。优选地,用于所述方法的至少一个核酸包含至少一个,但优选地7或8个流感基因片段和噬菌体聚合酶启动子或所述核酸或酸的互补链。更优选地,所述片段不包含噬菌体聚合酶终止子,由此有利地该片段在紧接着启动子的位置被提供以至少一个额外的鸟嘌呤残基,或在紧接启动子的位置被提供以二个额外的鸟嘌呤残基。优选地,所述片段来源于由WHO推荐的用于疫苗目的的流感病毒,例如A型流感病毒的基因片段。最后,本发明提供了可用上面公开的方法获得的复制型流感病毒颗粒。因此本明也提供了用于产生抗流感病毒对受试者感染的免疫保护的方法,所述方法包括为有此需要的受试者提供此处提供的组合物。将该组合物优选地配制为疫苗,即,通过将病毒颗粒或来源于该颗粒的病毒蛋白(亚单位疫苗)与恰当的药物载体例如盐溶液或佐剂(例如,铝盐或其它普遍使用的赋形剂(参见例如http://www.cdc.gov/nip/publications/pink/Appendices/A/Excip ient.pdf.))混合。
附图说明
图1,用于基于T7pol的反向遗传学系统的构建体。克隆策略的详述参见说明书。
图2,用编码GFP小基因组(0.6μg)、T7pol(0.6μg)和A型流感病毒聚合酶基因(各1μg)的构建体转染的293T细胞的FACS分析。左图:转染30小时后GFP阳性细胞的百分比。右图:GFP阳性部分中GFP表达的水平(平均荧光强度)。在X轴上,显示以有义(S)或反义(AS)方向排列的被转染的GFP小基因组构建体,并标明额外G核苷酸的数目。黑色条形表示用A型流感病毒聚合酶复合体的所有4个成分(PB2、PB1、PA和NP)进行的共转染,白色条形表示用省去pHMG-NP构建体的构建体转染的对照。
图3,经转染的293T细胞的FACS分析,所述细胞用0.6μg具有2个额外G残基的反义GFP小基因组、4μg A型流感病毒聚合酶构建体、和0.6μg野生型T7pol(C)、含有核定位信号(N)的T7pol或以1:1比例(C/N)的两种构建体来进行转染。左图:转染30小时后GFP阳性细胞的百分比。右图:GFP阳性部分中GFP表达的水平(平均荧光强度)。
图4,经转染的293T或BSR-T7细胞的FACS分析,所述细胞用0.6μg编码具有2个额外G残基的GFP小基因组的构建体和4μg A型流感病毒聚合酶构建体来进行转染。显示了细胞的GFP阳性部分中GFP表达的水平(平均荧光强度)。用或不用表达T7pol的质粒转染细胞,所述T7pol含有核定位信号(293T和293T N比较或BSR-T7和BSR-T7 N的比较)。黑色条形表示用A型流感病毒聚合酶复合体的所有4个成分(PB2、PB1、PA和NP)进行的共转染,白色条形表示用省去pHMG-NP构建体的构建体转染的对照。
图5,经转染的293T细胞的FACS分析,所述细胞用0.6μg编码具有2个额外G残基的反义GFP小基因组(AS-2G)或有义GFP小基因组(S-0G)的构建体和0.6μg表达具有核定位信号的T7pol的质粒和4μg表达A型流感病毒聚合酶基因的质粒来进行转染。左图:转染30小时后GFP阳性细胞的百分比。右图:GFP阳性部分中GFP表达的水平(平均荧光强度)。黑色条形表示用A型流感病毒聚合酶复合体的所有4个成分(PB2、PB1、PA和NP)进行的共转染,白色条形表示用省去pHMG-NP构建体的构建体转染的对照。
图6,经转染的293T和MDCK细胞的FACS分析,所述细胞用0.6
μg编码具有2个额外G残基的反义GFP小基因组(AS-2G)的构建体、0.6μg表达具有核定位信号的T7pol的质粒和4μg表达A型流感病毒聚合酶基因的质粒来进行转染。左图:转染30小时后GFP阳性细胞的百分比。右图:GFP阳性部分的GFP表达水平(平均荧光强度)。黑色条形表示用A型流感病毒聚合酶复合体的所有4个成分(PB2、PB1、PA和NP)进行的共转染,白色条形表示用省去pHMG-NP构建体的构建体转染的对照。
详述
实施例1
使用基于T7 RNA聚合酶的反向遗传系统产生重组A型流感病毒
导言
长期以来,由于缺少可获得的有效的反向遗传学系统,阻碍了A型流感病毒的基础研究。尽管事实上发展了最早的针对A型流感病毒(7,18)的用于负链RNA病毒的反向遗传学技术,但只是到最近才实现从重组DNA中专门地拯救该病毒(9,20)。
A型流感病毒是负链RNA病毒。在病毒复制周期中,产生三种类型的RNA:反义基因组病毒RNA(vRNA)、与基因组RNA互补的有义RNA(cRNA)和有义信使RNA(mRNA)。尽管vRNA和cRNA基本上不含修饰的末端,但mRNA被加帽并且具有poly(A)尾巴(16)。
RNA聚合酶I(PolI)是转录核糖体RNA(rRNA)的核仁中的酶并且在正在生长的细胞中大量表达。与vRNA相似,rRNA不具有帽和poly(A)尾巴(23)。Hobom和同事成功地使用PolI产生具有精确的5’和3’末端的人工流感病毒vRNA样片段。在PolI启动子-终止子盒背景中克隆的cDNA的转录允许产生具有正确的5’和3’末端的vRNA样分子(29)。随后的涉及辅助流感病毒的研究证明这些基因组vRNA分子可被识别并且通过流感病毒聚合酶复合体进行复制并被包装入后代流感病毒中。该系统允许产生流感病毒,所述流感病毒包含其中一个病毒基因片段或额外的基因片段内的突变,因此允许对病毒基因和其产物进行研究。作为使用辅助病毒的结果,要求选择转染子病毒,这是非常麻烦的。
Neumann等人设计了用于从克隆的cDNA(20)完整地回收A型流感病毒的PolI系统。将编码A型流感病毒的全长vRNAs的cDNAs克隆入人PolI启动子和小鼠PolI终止子之间。原则上,将这8个质粒导入真核细胞应当导致所有8个流感vRNAs的合成。用这8个vRNA表达质粒和表达病毒核蛋白以及来自RNA聚合酶II(PolII)启动子控制下的聚合酶蛋白PB2、PB1和PA的质粒共转染人胚胎肾细胞(293T)。由细胞PolI合成的vRNAs被包装入RNPs并且可以每ml(pfu/ml)上清液超过1 x 103蚀斑形成单位的感染性病毒的量回收。用表达其它病毒结构蛋白的质粒共转染导致病毒产量的显著增加,即3 x 104至5 x 107pfu/ml(20)。Fodor等人报道了相似的用于回收A型流感病毒(9)的系统。该系统依赖于8个编码所有8个vRNA cDNAs的质粒,所述cDNAs在侧翼连接人PolI启动子,但其包含δ型肝炎病毒核酶(HδVrib)序列而非PolI终止子序列。这些质粒与四个表达2型腺病毒主要晚期启动子控制下的PB1、PB2、PA和NP蛋白的质粒共转染Vero细胞。通过使用等量的各表达质粒,Fodor等人报道了从106经转染的细胞(9)中获得1-2个感染性病毒颗粒的拯救率。我们已设计了相似的反向遗传学系统来产生重组流感病毒A/PR/8/34。我们得出在经转染的细胞培养物中在无病毒复制的情况下可获得大约104的病毒滴度,当病毒复制时,所述病毒滴度可提高至>107(4)。因为这些PolI驱动的系统要求12-16个质粒的共转染,因此使用可高效转染的细胞系是有效地生产重组病毒所必需的。
后来,Hoffmann等人发展了用于产生仅来自8个质粒(12)的A型流感病毒的双向PolI-PolII转录系统。在该双向系统中,将vRNAcDNA插入在人PolI启动子和小鼠PolI最小终止子序列之间。将该完整盒插入PolII启动子和多聚腺苷酰位点之间。这使得可以从单个构建体中分别转录来自PolI和PolII启动子的vRNA和mRNA。8个PolI-PolII质粒(各编码一个A型流感病毒基因片段)在和MadinDarby犬肾(MDCK)细胞共培养的293T细胞中的共转染导致感染性A型流感病毒的回收,产量高达2 x 107pfu/ml上清液(12)。mRNA和vRNA的合成都使用一个模板,这减少了要求用于病毒产生的质粒数目。据报道在该系统中病毒产生的效率与单向(12-16质粒)PolI系统中的效率相似。
尽管PolII启动子通常与来自不同种的转录机器相容,但来自PolI启动子的转录表现严格的(尽管不是绝对的)种特异性。该种特异性是由转录因子与启动子之间的相互作用和在较低的程度上由所述因子间的蛋白-蛋白相互作用提供的(23)。
基于PolI的反向遗传学系统的种特异性形成了主要的不利方面。上述的反向遗传学系统使用了人PolI启动子,从而将重组病毒的产生限制在灵长类动物来源的细胞例如293T细胞或Vero细胞中。尽管对几种物种包括人、小鼠、大鼠和猪(8,14,17)的PolI启动子已进行了表征,但对其它许多物种仍不了解。犬和禽类细胞常规地用于A型流感病毒的研究和疫苗生产中,但犬和禽类PolI启动子仍未得以描述。为提高流感病毒反向遗传学技术的灵活性,我们试图发展通用的反向遗传学系统。我们已选择设计基于在噬菌体T7RNA聚合酶启动子(pT7)控制之下表达A型流感病毒的基因片段的系统。因为可通过转染或通过使用稳定修饰的细胞系将噬菌体T7RNA聚合酶(T7pol)提供给细胞,所以该系统并不被限定于来自特定物种的细胞。
将基于T7pol的反向遗传学系统用于拯救非片段化负链病毒。Schnell等人第一次从克隆的cDNA(27)中单独地拯救出非片段化负链病毒。制备编码狂犬病毒(RV)的全长反基因组RNA的cDNA克隆。该cDNA在紧接着T7pol终止子序列(tT7)的位置侧翼连接pT7和HδVrib序列。通过T7pol转录后,通过所述HδVrib序列在3’末端的自溶性切割产生精确的基因组3’末端。将该质粒和编码在pT7控制下的病毒N蛋白以及聚合酶L和P蛋白的质粒共转染入表达T7pol的细胞中。该方法导致重组RV的拯救,但只从大约2x107个经转染的细胞(27)中拯救出一个。其后,曾描述过用于副粘病毒科、弹状病毒科和非片段NSV的线状病毒科家族(10)的类似系统。
为了成功地回收来自cDNA的非片段负链病毒,通常产生有义反基因组RNA(cRNA)而非反义vRNA。据认为,裸露的反义vRNA和编码病毒蛋白的有义mRNA的同时存在将导致杂交,阻止了基因组装配成核糖核蛋白复合体(RNPs)(27)。负链病毒通常不会遭遇这种问题,因为其总是以RNP形式保持其基因组,所述形式防止了杂交。已报道了用编码反义基因组RNA的cDNA回收仙台病毒(15)、人3型副流感病毒(6)和人metapneumovirus(11);然而,效率显著低于通过用有义RNA获得的结果。该原理也已用于重组流感病毒的拯救。Hoffmann等人(13)也确定了来自反基因组有义RNA的重组流感病毒生产的效率。与只在细胞质中复制的非片段化和片段化负链病毒相反,A型流感病毒可从基因组和反基因组载体中拯救,并且具有相似的效率。
使用pT7的病毒拯救系统中的一个限制因素是在+1至+3位点的残基可影响转录。据观察,通过在pT7(22)的下游直接导入2或3个G残基可增加cDNA的转录。该观察结果已用于例如重组RV(27)、水疱性口炎病毒(28)、呼吸道合胞病毒(3)和人metapneumovirus(11)的拯救。很明显,对于这些病毒,在基因组的一个末端加入G残基不会影响病毒复制但对T7pol驱动的转录具有正效应。
基于T7pol的系统已广泛地用于流感病毒的反向遗传学研究(18),但基于质粒的重组流感病毒的生产至今仍未得以描述。此处我们第一次描述了这种用于重组流感病毒生产的基于T7pol的反向遗传学系统。
材料和方法
细胞和病毒
将Madin-Darby犬肾(MDCK)细胞培养在含有10% FCS、100IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素、2mM谷氨酰胺、1.5mg/ml碳酸氢钠、10mM Hepes和非必需氨基酸的EMEM(BioWhittaker)中。将293T细胞培养在含有10% FCS、100 IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素、2mM谷氨酰胺、1mM丙酮酸钠和非必需氨基酸的DMEM(BioWhittaker)中。BSR-T7细胞是稳定地表达T7RNA聚合酶(2)的幼年仓鼠肾细胞系。将BSR-T7细胞培养在含有10 %FCS、100IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素、2mM谷氨酰胺、1mM丙酮酸钠和0.5mg/ml G418(Life Technologies,Breda,The Netherlands)的DMEM中。
将适合于在含胚鸡蛋中复制但可能不在哺乳动物细胞培养物中最优复制的流感病毒A/PR/8/34以低感染复数在培养于Episerf培养基(Gibco BRL)中的MDCK细胞中传代7次,所述培养基含有10IU/ml青霉素和10μg/ml链霉素。第七次传代后,常规地获得108TCID50/ml的病毒滴度。
293T细胞的转染
基本上按(24)所描述的方法进行磷酸钙介导的293T细胞瞬时转染。在转染前一天将细胞涂布在凝胶化的100mm直径的培养皿中以获得50%的汇合单层。转染过夜后,用新鲜的含有2% FCS的培养基替换转染培养基以用于病毒生产或用含有10% FCS的培养基替换以用于所有其它转染。将细胞温育30至72小时,之后收集上清液,如果合适对细胞进行荧光分析。在所有的实验中平行地使用质粒pEGFP-N1(Clontech,BD Biosciences,Amsterdam,The Netherlands)进行转染并在FACSCa libur(Becton Dickinson)流式细胞仪中测量荧光细胞的百分比,经确定转染效率在95-100%的范围之内。通过在300xg下离心10分钟澄清含有病毒的上清液。立即或在4℃贮存短于一周后,或在-80℃贮存超过一周后确定上清液中的病毒滴度。
MDCK细胞的转染
基本上如以前(1)所描述的进行MDCK细胞的瞬时转染。简而言之,向10μl脂转染胺2000中加入240μl Optimem I培养基(GibcoBRL)并在室温下温育5分钟。将所需量的DNA用Optimem I培养基调整至50μl体积再加入至该混合物中。将该混合物在室温下温育20分钟。温育后,加入200μl不含青霉素和链霉素的MDCK培养基(参见上面)并将该混合物加入至6孔板中的1 x 106个悬浮MDCK细胞中。在5小时温育后,用PBS清洗细胞两次并在2ml不含青霉素和链霉素的MDCK培养基中培养。在过夜温育后,用含有2%FCS的MDCK培养基替换该培养基。
BSR-T7细胞的转染
为进行BSR-T7细胞的瞬时转染,在转染前将400.000细胞涂布在6孔培养皿中以获得50-70%的汇合单层。将无血清DMEM(240μl)加入至10μl脂转染胺2000中并在室温下温育4分钟。用无血清DMEM将DNA调整至50μl再加入到该混合物中,并在室温下温育20分钟。在转染前,用2ml无血清DMEM替换培养基。温育后,将转染混合物逐滴加入至细胞中并在37℃下温育5小时。转染后,用PBS清洗细胞一次并加入2ml含有2% FCS的DMEM以用于病毒生产或含有10% FCS的DMEM以用于FACS分析。
质粒
使用编码T7pol(pAR3126和pAR3132)的真核表达载体。尽管质粒pAR3126编码野生型T7pol,但质粒pAR3132表达含有核定位信号(NLS)的T7pol,所述核定位信号有效地将T7pol靶向细胞核(5)。表达A型流感病毒聚合酶蛋白的真核表达质粒使用小鼠羟基甲基戊二酰辅酶A还原酶启动子,它们是pHMG-PB1、pHMG-PB2、pHMG-PA和pHMG-NP(25)。
通过PCR扩增pPolI-CAT-RT(25)的HδVrib并克隆入pSP72的XbaI-BamHI位点。将用BamHI-EcoRV消化的tT7序列克隆在pSP72-HδVrib的BamHI-HpaI位点,产生pSP72-HδVrib-tT7(MS24)。在合适的背景中将编码pT7的寡核苷酸连接在pSP72-HδVrib-tT7的NdeI-XbaI位点以引入BbsI位点,产生载体pSP72-pT7-Hδ Vrib-tT7(MS25,图1)。通过使用pSP-Hu-GFP-Mu(4)作为模板,将绿色荧光蛋白(GFP)的开放阅读框克隆在pSP72-pT7-Hδ Vrib-tT7的BbsI位点,所述开放阅读框的侧翼连接有来自流感病毒A/PR/8/34的片段5的NCRs。将该GFP小基因组以有义和反义的方向克隆,并且在紧接着pT7的下游包含0/2/3个额外的G残基(图1)。
为将流感病毒A/PR/8/34的基因片段克隆pSP72-pT7-HδVrib-tT7,de Wit等人(4)描述的双向流感病毒A/PR/8/34构建体被用作PCR的模板(第4个3’核苷酸对应着国家流感序列数据库中报道的流感病毒A/PR/8/34的序列)。将包含AarI限制性位点的引物用于克隆片段1、2、3、4、6、7、8,并对片段5使用平末端连接;将基因片段以反义方向克隆BbsI位点并在pT7之后包含2个额外的G残基。
通过克隆tT7下游的CMV启动子(pCMV)产生双向载体pSP72-pT7-HδVrib-tT7-pCMV(MS65,图1),从而允许从相应的基因片段产生mRNA。使用含有AseI限制性位点的引物通过PCR扩增pCMV。用AseI部分消化pSP72-pT7-HδVrib-tT7并以合适的方向将pCMV连接在tT7的下游,从而从基因片段产生mRNA.
再次克隆流感病毒A/PR/8/34片段以获得各双向T7pol驱动的流感病毒A/PR/8/34构建体。
我们也产生了其中删除了tT7的一组双向载体。通过用BamHI-BpeEI消化pSP72-pT7-Hδ Vrib-tT7-pCMV、用klenow酶进行处理、和再连接以产生pSP72-pT7-HδVrib-pCMV(MS90,图1)来制备该双向载体。再次克隆流感病毒A/PR/8/34的片段以获得各双向T7pol驱动的流感病毒A/PR/8/34构建体。
按照厂商说明书,使用Big Dye Terminator v3.1 CycleSequencing试剂盒(Applied Biosystems)和3100 Genetic Analyser(Applied Biosystems)对所有质粒进行测序。
用基于T7pol的系统产生重组病毒
如上所述,用5μg包含PR/8/34的基因片段的各单向质粒、表达质粒HMG-PB2、HMG-PB1、HMG-PA、HMG-NP各5μg和15μg pAR3132转染293T细胞。或者,我们用5μg包含PR/8/34的基因片段的各双向质粒和15μg pAR3132进行转染。转染72小时后收集上清液并用1ml感染汇合的MDCK细胞单层。
病毒的感染和滴定
在接种之前,用PBS清洗MDCK细胞2次,并用1ml293T上清液接种6孔板中的MDCK细胞汇合单层;在感染期间加入40μg胰蛋白酶(2.5%,Bio Whittaker)。将板在37℃贮存1小时并用PBS清洗两次,之后加入2ml含有4% BSA、100IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素、2mM谷氨酰胺、1.5mg/ml碳酸氢钠、10mM Hepes、非必需氨基酸和20μg/ml胰蛋白酶的EMEM(BioWhittaker)(感染培养基)。在感染后3天,收集培养物的上清液并检测作为细胞感染指标的HA的活性。如前面所述(26)进行病毒滴定。简而言之,在感染培养基中制备转染细胞的十倍系列稀释。在接种之前,用PBS清洗细胞两次。将100μl稀释的培养上清液用于接种96孔板中的MDCK细胞汇合单层。在37℃温育1小时后再次用PBS清洗细胞,并向各孔中加入200μl新鲜感染培养基。感染后3天,就各孔中作为细胞感染指示剂的HA活性对培养物的上清液进行检测。根据Spearman-Karber(26)的方法从10个重复实验中计算感染性滴度。
结果
使用基于单向T7pol的反向遗传学系统的GFP小基因组测定法
构建包含pT7、HδVrib和tT7的单向载体。以有义(S)和反义(AS)方向将GFP开放阅读框克隆入pSP72-pT7-HδVrib-tT7并且具有0、2或3个额外的G残基(图1和附录2和3),所述开放阅读框侧翼连接有流感病毒A/PR/8/34的片段5的非编码区(NCRs)。这些构建体分别称为S-0G、S-2G、S-3G、AS-0G、AS-2G和AS-3G。我们检测这些选择中产生最佳表现的选择。
我们用GFP小基因组(S-0G、S-2G、S-3G、AS-0G、AS-2G、AS-3G)、T7pol表达质粒(pAR3132)和4种表达PB2,PB1,PA和NP蛋白的质粒(pHMG-PB2,pHMG-PB1,pHMG-PA,pHMG-NP)之一转染293T细胞。作为对照,我们用省去pHMG-NP从而导致GFP小基因复制丧失的质粒进行相同的转染。转染后30小时,在FACSCalibur中对细胞进行荧光分析。
图2描述了所述结果。从左图可看出在以反义方向排列的、具有两个额外的G残基的GFP小基因的转染中观察到最高比例的GFP阳性细胞。
其它的GFP小基因组构建体也产生了稍小比例的GFP阳性细胞。当将GFP阳性细胞的平均荧光值进行比较(图2,右图)时,具有两个额外G残基以反义方向排列的GFP小基因组再次显示最佳的表现。在该实验中,具有两个额外G残基以有义方向排列的GFP小基因组显示最差的表现,而其它构建体表现适中。
尽管我们在不同的实验中在表达GFP的细胞的比例上和不同GFP小基因组质粒之间的GFP表达水平上观察到一些变化(数据未显示),但具有两个额外G残基以反义方向排列的GFP小基因组总体上表现最佳,因此选用该构建体进行随后的实验。
细胞核与细胞质T7pol表达的比较。
我们潜在地需要解决的一个问题是T7pol的表达。对于副粘病毒反向遗传学,使用主要在细胞质中表达的T7pol,这是想要的,因为副粘病毒的复制也发生在细胞质中。流感病毒在细胞核中复制,因此在细胞质中表达T7pol可能不是最佳选择。因此当使用细胞质版本的T7pol(质粒AR3126)或包含核定位信号(NLS,质粒pAR3132)的T7pol时,我们希望比较GFP表达水平。
该实验的结果显示于图3。当使用野生型T7pol表达质粒时,阳性细胞中的平均GFP荧光强度是521。通过使用包含核定位信号的T7pol可显著增加GFP的表达水平(平均荧光1106)。当将具有和不具有核定位信号的T7pol一起使用(1:1比例,保持转染质粒的总量不变)时,观察到中等的GFP表达水平(平均荧光强度为775)。在大量的独立实验中,使用多种GFP小基因组质粒,这些结果是可重复的;当使用细胞核版本的T7pol时观察到GFP的表达增加2至10倍(数据未显示)。因此,在随后的实验中,我们使用包含核定位信号的T7pol。
瞬时和稳定的T7pol表达的比较
对于几种副粘病毒反向遗传学系统,不是通过质粒转染而是通过使用允许T7pol稳定表达的细胞系提供T7pol。为进行该目的,可获得幼年仓鼠肾细胞(BSR-T7)。我们检测BSR-T7是否能用于流感病毒GFP小基因组的转录,所述GFP小基因组随后可被流感病毒聚合酶复合体复制,从而导致GFP表达(图4)。
从图4中可看到,293T细胞中高度GFP荧光强烈地依赖于T7pol的表达。在BSR-T7细胞中,与用其中省去pHMG-NP质粒的材料的转染相反,在用GFP小基因组与流感病毒聚合酶复合体共转染时观察到相对较高水平的GFP表达。当加入表达细胞核版本的T7pol后,发现GFP的表达水平甚至更高。BSR-T7细胞中相对高水平的GFP表达暗示着T7pol的稳定表达比通过转染进行的瞬时表达更有效。然而,其中由转染提供细胞核T7pol的实验表明:对于流感病毒反向遗传学,表达细胞核T7pol而非野生型T7pol的稳定细胞系将更有效。
用基于单向T7pol的反向遗传学系统产生重组病毒
然后,将流感病毒A/PR/8/34的基因片段克隆入pSP72-pT7-HδVrib-tT7载体中以产生重组流感病毒A/PR/8/34。
我们用编码流感病毒A/PR/8/34的基因片段的8个构建体、pT7pol(pAR3132)、pHMG-PB1、pHMG-PB2、pHMG-PA和pHMG-NP转染293T细胞。转染后,向培养基中加入胰蛋白酶以使产生的病毒能够复制。转染后72小时,收集上清液并用于接种MDCK细胞。接种后3天,对这些MDCK细胞的上清液进行HA检测,其作为病毒复制的指示。HA检测呈阳性。接着,确定293T和MDCK上清液的病毒滴度。293T上清液中的病毒滴度显示为1.6 x 101TCID50/ml;MDCK上清液中的病毒滴度为2.0 x 107TCID50/ml。当转染后不向293T细胞中加入胰蛋白酶时,在293T细胞和MDCK细胞中获得稍微下降的病毒滴度(数据未显示)。因此这代表了第一个只是质粒重组流感A病毒的拯救,所述拯救不使用PolI启动子。
双向T7系统
然后我们希望发展在pT7控制下的双向反向遗传学系统。通过将pCMV克隆入pSP72-pT7-HδVrib-tT7,导致载体pSP72-pT7-HδVrib-tT7-pCMV(图1)的产生。将侧翼连接流感病毒A/PR/8/34的片段5的非编码区(NCRs)的GFP开放阅读框(具有2个额外G残基)以反义方向克隆在pSP72-pT7-HδVrib-tT7-pCMV内。因为我们预期该质粒在无需通过流感聚合酶复合体复制小基因组的情况下产生GFP表达(相对于所述小基因组,pCMV是以有义方向排列),我们也制备了相似的包含小基因组(0G残基)的构建体,所述小基因组相对pT7以有义方向排列,从而与pCMV形成反义方向排列)。将小基因组质粒和表达细胞核T7pol的质粒和pHMG-PB1、pHMG-PB2、pHMG-PA和pHMG-NP转染293T细胞。30小时后通过FACS分析细胞(图5)。
用不完整的流感病毒聚合酶复合体和有义GFP小基因组(S-0G)进行转染导致非常少的具有非常低的GFP表达(图5,右图)的GFP阳性细胞(图5,左图)。在完整的流感病毒聚合酶复合体存在的情况下,大约7%的细胞是具有平均荧光强度大约为1200的GFP阳性细胞。通过使用反义GFP小基因组质粒,在缺少完整流感病毒聚合酶复合体的情况下,相对较大比例的细胞(大约10%)表达GFP,但只以低水平表达(平均GFP荧光强度为182)。当用完整的流感病毒聚合酶复合体共转染时,表达GFP的细胞的比例不增加,但是每个细胞的GFP表达水平显著增加(平均GFP荧光强度为1205)。因此,从这个实验我们可以得出结论:双向表达载体是有功能的;我们观察到作为来自pCMV的GFP mRNA产生的结果,在无需流感病毒聚合酶复合体的情况下GFP表达水平较低。很明显,这可以通过单独地使用AS-2G GFP小基因组质粒转染293T细胞来证实,所述转染导致相似的GFP表达水平(约19%细胞以128的平均荧光值表达)(数据未显示)。此外,我们观察到作为从pT7转录的小基因组的复制的结果,在流感病毒聚合酶复合体存在的情况下GFP表达水平增加。因此,双向pT7-pCMV表达质粒是有功能的。
用基于双向T7pol的反向遗传学系统产生重组病毒
然后,将流感病毒A/PR/8/34的基因片段克隆入载体pSP72-pT7-HδVrib-tT7-pCMV中以产生重组流感病毒A/PR/8/34。
我们用编码流感病毒A/PR/8/34的基因片段和pT7pol(pAR3132)的8个构建体转染293T细胞。转染后,向培养基中加入胰蛋白酶以允许所产生的病毒复制。转染后72小时,收集上清液并用于接种MDCK细胞。接种后3天,对这些MDCK细胞的上清液进行HA检测,其作为病毒复制的指示。所述HA检测呈阴性,表明没有重组病毒被回收。
根据使用双向载体表达PB2、PB1、PA和NP基因的小基因组报道测定,我们获得证据:来自这些质粒的蛋白表达非常低(数据未显示)。我们假设tT7序列干扰从pCMV的转录,导致被编码的基因的产量较低。因此我们产生新的双向质粒,在该质粒中tT7序列被除去(pSP72-pT7-HδVrib-pCMV)。将流感病毒A/PR/8/34的基因片段克隆入载体pSP72-pT7-HδVrib-pCMV以产生重组流感病毒A/PR/8/34。在最初的努力中,再次未产生重组病毒。然而,当对用于转染的质粒量进行一些优化后,我们成功地产生了重组病毒。用于该实验的质粒的量是:编码PB2、PB1、PA和HA的各构建体各10μg和编码NP、NA、MA和NS的各构建体各5μg。尽管不能检测到293T细胞中的重组病毒滴度,但随后MDCK细胞的接种产生具有1.3 x 105TCID50/ml的初始滴度的病毒。
MDCK细胞中的T7pol系统
为给基于T7pol的反向遗传学系统的通用特性提供进一步的证据,我们检测MDCK细胞而非293T细胞中的GFP小基因组的复制。尽管使用BSR-T7细胞的实验已提供了证据:T7pol反向遗传学系统在非灵长类动物来源的细胞中发挥作用(图4),但MDCK更广泛地用于流感病毒研究和疫苗生产。
如可在图6中看到的,发现基于T7pol的反向遗传学系统在MDCK细胞中具有功能。与BSR-T7细胞(图4)中的结果相结合,这些实验表明T7pol反向遗传系统确实代表着“通用”系统,可用于广泛的细胞类型。根据该实验,可以认为可以从非灵长类动物细胞中生产重组流感病毒。
此处我们已第一次显示,使用基于T7pol的系统可在293T细胞中产生重组流感病毒A/PR/8/34(MDCK-适应性NIBSC株系)。然而,并不假定将这些方法的应用限定于流感病毒A/PR/8/34;其可用于所有A、B和C型流感病毒以及其它片段化负链RNA病毒。也没有假定将这些方法的应用限定于293T细胞、BSR-T7细胞和MDCK细胞;可通过例如广泛的细胞系的转染来提供T7pol,在所述细胞系中可产生重组病毒。
用于该基于T7pol的反向遗传学系统技术学的质粒载体和其包含的元件也具有明显的灵活性。此处,我们使用噬菌体T7的RNA聚合酶产生vRNA或cRNA样RNA分子,但也可使用各种其它的RNA聚合酶例如噬菌体SP6RNA聚合酶。在此处显示的实验中,T7RNA聚合酶经修饰包含SV40大T抗原的核定位信号,但可使用各种其它核靶向信号(例如,hnRNP K蛋白的核靶向信号)修饰RNA聚合酶。我们在此使用δ型肝炎病毒的核酶序列,但已描述了其它可选择使用的核酶序列。最后,此处描述的系统不依赖于流感病毒聚合酶蛋白质表达载体的应用,所述表达载体基于小鼠羟基甲基戊二酰辅酶A还原酶启动子(pHMG构建体);可使用来自广泛的流感病毒的聚合酶蛋白,并且可使用广泛的表达载体表达所述聚合酶蛋白。
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实施例2
如上所述基于相关流行性病毒(例如A/Moscow/10/99)的HA和NA基因和高生产能力的病毒主链(例如来源于疫苗株系A/PR/8/34)生产重组病毒。在通过转染产生重组病毒后,在合适的细胞基质(例如,鸡蛋、MDCK细胞、Vero细胞)中扩增所述病毒以达到足够高的量。当在含胚鸡蛋中扩增时,通过在1000xg下离心10分钟和通过0.45微米的过滤器过滤来清除尿囊液体。通过在4℃下在150.000xg下离心1.5小时沉淀所述病毒并重新悬浮于磷酸缓冲盐溶液(PBS)中。然后用2%的癸酰基-N-甲基葡糖胺(MEGA)处理病毒,将病毒加在一层25%的PBS中的蔗糖上并在4℃下在250.000xg下离心1.5小时。
然后将含有HA和NA蛋白的最上层对PBS进行透析并用12.5%的经考马斯亮蓝染色的SDS聚丙烯酰胺凝胶确定蛋白制剂的纯度和量。用大约10微克HA/NA蛋白肌内免疫白鼬。如果想要,可使用连续多剂或使用佐剂(MF59、ISCOM)进行接种。使用血凝抑制测定法、神经氨酸酶抑制测定法、ELISA、病毒中和测定法等确定接种前和接种后收集的血清样品中的抗HA和NA抗体的滴度。在接种后6周,使用1 x 10E550%组织培养半感染剂量(TCID-50)的流感病毒A/Moscow/10/99或异源病毒分离株攻击接受接种的动物和对照动物。攻击后,10天内每天从动物收集鼻或咽拭抹样品,通过定量PCR分析或病毒滴定确定由接受感染的动物分泌的病毒量。因此,通过对抗体滴度和抗所述攻击病毒感染的保护水平的增加进行定量来确定获得的疫苗诱导的免疫性。

Claims (20)

1.包含流感基因片段和噬菌体聚合酶启动子的核酸或所述核酸的互补链。
2.权利要求1的核酸,其不包含噬菌体聚合酶终止子。
3.权利要求1或2的核酸,在其与启动子相邻的位置被提供以至少一个额外的鸟嘌呤残基。
4.权利要求3的核酸,在其与启动子相邻的位置被提供以两个额外的鸟嘌呤残基。
5.权利要求1至4中任一项的核酸,所述核酸包含来源于流感病毒的基因片段,所述流感病毒由WHO推荐用于疫苗目的。
6.权利要求1至5中任一项的核酸,所述核酸包含A型流感病毒基因片段。
7.权利要求1至6中任一项的核酸,其中所述噬菌体聚合酶是T7聚合酶。
8.被提供以至少一个权利要求1至7中任一项的核酸的细胞。
9.被额外地提供以噬菌体聚合酶的权利要求8的细胞。
10.权利要求9的细胞,其中所述聚合酶包含核定位信号。
11.权利要求8至10中任一项的非灵长类动物细胞。
12.权利要求11的细胞,所述细胞是MDCK细胞或CEF细胞。
13.权利要求8至12中任一项的细胞,所述细胞未提供以辅助病毒。
14.权利要求8至13中任一项的细胞,其中所述噬菌体聚合酶是T7聚合酶。
15.包含权利要求1至7中任一项的核酸的病毒颗粒。
16.一种组合物,所述组合物包含权利要求8至14中任一项的细胞或来自所述细胞的材料或来自权利要求15的病毒颗粒的病毒或材料。
17.权利要求16的组合物用于生产药物组合物的用途,所述药物组合物用于产生抵抗流感病毒感染受试者的免疫学保护作用。
18.用于产生抵抗流感病毒感染受试者的免疫学保护作用的方法,其包括为有此需要的受试者提供权利要求16的组合物。
19.被提供以噬菌体聚合酶,优选T7聚合酶的Madin Darby犬肾(MDCK)或鸡胚成纤维(CEF)细胞。
20.被提供以核酸或所述核酸的互补链的权利要求19的细胞,所述核酸包含流感基因片段和噬菌体聚合酶启动子。
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