CN101223169A - 吡咯并[2,3-b]吡啶衍生物蛋白激酶抑制剂 - Google Patents

吡咯并[2,3-b]吡啶衍生物蛋白激酶抑制剂 Download PDF

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Abstract

本文提供了对受体蛋白酪氨酸激酶c-kit和c-fms具有活性的化合物。也提供了用于治疗c-kit介导的疾病或病症和c-fms介导的疾病或病症的组合物,和它们的应用方法。

Description

吡咯并[2,3-b]吡啶衍生物蛋白激酶抑制剂
发明领域
[0001]本发明涉及c-kit和c-fms的配体,和应用它们的方法。所提供的信息仅意图于帮助读者进行理解。所提供的信息和所引用的参考文献都不是对本发明现有技术的承认。所引用的每一参考文献以整体并入本文并用于任何目的。
发明背景
[0002]c-kit和c-fms都是调节控制细胞生长和增殖的关键信号转导级联反应的III型跨膜受体蛋白质酪氨酸激酶(receptor protein tyrosine kinases(RPTKs))。这两种受体具有相似的结构特征,包括5个细胞外免疫球蛋白(immunoglobulin(IG))结构域、1个跨膜结构域和由激酶插入部分隔开的分开的细胞质激酶结构域。
c-KIT
[0003]干细胞因子(Stem Cell Factor(SCF))受体c-kit在黑素细胞和肥大细胞、生殖细胞和造血细胞的发育中起重要作用。干细胞因子(SCF)是S1基因座编码的蛋白质,根据用于鉴定它的生物学性质,其也被称为“kit配体”(KL)和肥大细胞生长因子(mast cell growth factor(MGF))(在Tsujimura,Pathol Int 1996,46:933-938;Loveland,et al.,J.Endocrinol 1997,153:337-344;Vliagoftis,et al.,Clin Immunol 1997,100:435-440;Broudy,Blood 1997,90:1345-1364;Pignon,Hermatol Cell Ther 1997,39:114-116;和Lyman,et al.,Blood 1998,91:1101-1134.中综述)。本文中的缩写SCF是指c-kit的生理学配体。
[0004]SCF作为跨膜蛋白质合成,取决于编码外显子6的mRNA的可选剪接,其分子量是220或248道尔顿。较大的蛋白质可以被水解切割形成非共价二聚化的可溶性、糖化蛋白质。可溶性和膜聚合形式的SCF都可以结合和激活c-kit。例如,在皮肤中,SCF主要由成纤维细胞、角化细胞和内皮细胞表达,其调节表达c-kit的黑素细胞和肥大细胞的活性。在骨中,骨髓基质细胞表达SCF和调节表达c-kit的干细胞的造血作用。在胃肠道中,肠上皮细胞表达SCF并影响Cajal间质细胞和上皮内淋巴细胞。在睾丸中,支持细胞(sertoli cells)和粒层细胞表达CSF,其通过与生殖细胞上的c-kit相互作用调节精子产生。
c-Fms
[0005]c-fms是从最初猫肉瘤病毒Susan McDonough株中分离的基因家族的成员。细胞原癌基因FMS(c-fms,cellular feline McDonough sarcoma(细胞的猫McDonough肉瘤))编码巨噬细胞集落刺激因子(macrophage colony-stimulatingfactor(M-CSF))的受体。C-fms对于单核细胞-巨噬细胞系的生长和分化至关重要,并且一旦M-CSF与c-fms的细胞外结构域结合,受体二聚化和跨膜自磷酸化胞浆酪氨酸残基。
[0006]M-CSF最初由Robinsin及其同事描述(Blood.1969,33:396-9),它是控制巨噬细胞产生、分化和行使功能的细胞因子。M-CSF刺激祖细胞分化成成熟的单核细胞,并延长单核细胞的存活。而且,M-CSF增强单核细胞和巨噬细胞中的细胞毒性、过氧化物产生、吞噬作用、趋化性和其它因子的二级细胞因子产生。这种其它因子的例子包括粒细胞集落刺激因子(G-CSF)、白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)。M-CSF刺激造血作用,促进破骨祖细胞的分化和增殖,并且对脂质代谢具有重要作用。而且,M-CSF在妊娠中是重要的。在生理上,胎盘中生成大量M-CSF,并且认为M-CSF在滋养层分化中起重要作用(Motoyoshi,hit JHematol.1998,67:109-22)。早期妊娠时M-CSF血清水平升高可以参与负责维持妊娠的免疫机制(Flanagan&Lader,Curr Opin Hematol.1998,5:181-5)。
[0007]涉及c-fms和c-kit的是两种血小板衍生生长因子受体(platelet-derivedgrowth factor receptors),α(alpha)(即,pdgfra)和β(beta)(pdgfrb)(PDGF)。编码pdgffa的基因位于染色体4q11-q12处,与编码c-kit的癌基因位于染色体4的同一区域。编码pdgffa和c-fms的基因似乎是通过基因复制从共同的祖先基因进化而来,因为这两种基因在染色体5上串联连接。它们的方向是头对尾,c-fms基因的5’-端外显子仅位于编码pdgfra的基因的最后3’-端外显子500bp远。大多数胃肠间质肿瘤(gastrointestinal stomal tumors(GIST))在c-kit中有活化突变,大多数胃肠间质肿瘤(GIST)患者对抑制c-kit的格列卫(伊马替尼甲磺酸盐,蛋白酪氨酸激酶抑制剂,Gleevec)具有很好的响应。Heinrich等(Science 2003,299:708-10)描述了缺少c-kit突变的约35%的GIST在编码pdgfra的基因中有基因内活化突变,并且表达c-kit或pdgfra的肿瘤在与肿瘤进展有关的下游信号转导中间体和细胞遗传学改变方面是不能区分的。因此,在GIST中,c-kit和pdgfra突变似乎是可选的和相互排斥的癌基因机制。
[0008]相似地,在炎症期间在组织中观察到重要的巨噬细胞生长因子M-CSF产生的增加,指明了c-fms在疾病如,例如,炎性疾病中的作用。更具体地,由于在疾病状态中发现M-CSF水平增加,对c-fms活性的调节可以改善与M-CSF水平增加有关的疾病。
[0009]因此,在本领域中,存在着对有效的和特异的c-kit和/或c-fms的抑制剂和调节剂以及设计它们的方法的需求。
发明概述
[0010]本发明涉及对c-kit、c-fms、或对c-kit和c-fms两者具有活性的化合物。根据本发明的一方面,已经发现,在适于应用有效量的单独的c-kit或单独的c-fms的调节剂的治疗的疾病的治疗过程中,如果所述化合物是c-kit和c-fms的双重抑制剂,则治疗效应可以增强。特别地,本发明提供了应用下述式I的化合物的方法。因此,本发明提供了应用能够治疗性应用和/或预防性应用的化合物的方法,其涉及对c-kit、c-fms、或c-kit和c-fms两者的调节。
[0011]式I化合物具有下列结构:
Figure S2006800260055D00031
                            式I
其所有盐、前体药物和异构体,
其中:
X1是N或CR2,X2是N或CR6,Y1是N或CR4,Y2是N或CR5,然而,条件是,X2、Y1和Y2中的不多于一个是N;
L1选自:任选取代的低碳亚烷基、-S-、-O-、-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR7-;
L2选自:键、任选取代的低碳亚烷基、-(alk)a-S-(alk)b-、-(alk)a-O-(alk)b-、-(alk)a-OC(O)-(alk)b-、-(alk)a-C(O)O-(alk)b-、-(alk)a-OC(S)-(alk)b-、-(alk)a-C(S)O-(alk)b-、-(alk)a-C(O)-(alk)b-、(alk)a-C(S)-(alk)b-、-(alk)a-C(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-OC(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-OC(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-C(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-S(O)-(alk)b-、-(alk)a-S(O)2-(alk)b-、-(alk)a-S(O)2NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)O-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)O-(alk)b-、-(alk)a-NR9S(O)2-(alk)b-和-(alk)a-NR9S(O)2NR9-(alk)b-,其中alk是任选取代的C1-3亚烷基,并且a和b独立地为0或1;
R1选自:任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
R2、R4、R5和R6独立选自:氢、卤素、任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-NR10R11、-NHR3、-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3和-NR3S(O)2NR3R3
Ar1是5元或6元任选取代的杂亚芳基,具有下列结构:
Figure S2006800260055D00041
其中
Figure S2006800260055D00042
表示L1连接点,
Figure S2006800260055D00043
表示L2连接点,并且其中所表示的N是=N-或-N=;n是0或1;
F和J都是C,或F和J中的一个是C并且F和J中的另一个是N;
P和Q独立选自CR、N、NR、O或S;
T选自CR或N;
其中
当n是1时,F和J是C,P、T和Q是CR,或P、T和Q中的任一个是N并且P、T和Q中的另两个是CR,
当n是0并且F和J都是C时,则P和Q之一是CR、N或NR,P和Q中的另外一个是C、N、NR、O或S,条件是P和Q都不是CR,
当n是0并且F和J中的一个是N并且F和J中的另一个是C时,则P和Q之一是N,P和Q中的另外一个是CR或P和Q都是CR,和
R是氢或如本文对任选取代的杂亚芳基所限定的任选取代基,其提供稳定化合物;
各个情况下,R3独立选自任选取代的低碳烷基;任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其中的烯碳都不结合于-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHR3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3或-NR3S(O)2NR3R3中的任意的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;
任选取代的低碳炔基,然而条件是,其炔碳都不结合于-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHR3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3或-NR3S(O)2NR3R3中的任意的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的环烷基;任选取代的杂环烷基;任选取代的芳基;和任选取代的杂芳基;
R7选自氢、任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(O)R8和-S(O)2R8
R8选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
在各种情况下,R9独立选自氢、低碳烷基、和取代有一种或多种取代基的低碳烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、氟取代的单烷基氨基、二烷基氨基、氟取代的二烷基氨基、和-NR12R13,然而,条件是当R9是取代的低碳烷基时,与-NR9-中的-N-结合的烷基碳上的任何取代基是氟;
在各种情况下,R10和R11独立选自任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基——然而条件是,其烯碳都不与-NR10R11的氮结合、任选取代的低碳炔基——然而条件是其炔碳都不与-NR10R11的氮结合、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、和任选取代的杂芳基;或
R10和R11与它们所连接的氮共同形成单环的5-7元任选取代的杂环烷基基或单环5元或7元任选取代的含氮杂芳基;和
R12和R13与它们所连接的氮联合形成5-7元杂环烷基,或者取代有一种或多种取代基的5-7元杂环芳基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、和氟取代的低碳烷基硫代;
然而条件是,当化合物具有下述结构:
Figure S2006800260055D00061
和L1a是-CH2-、-CH(OH)-或-C(O)-时,则R1a不是苯基、4-三氟甲基-苯基、4-甲氧基-苯基、4-氯-苯基、4-氟-苯基、4-甲基-苯基、3-氟-苯基或噻吩-2-基,并且化合物不具有下列结构:
Figure S2006800260055D00062
[0012]参考式I,上述核心结构——其中X1、X2、Y1和Y2是CH并且L1-Ar1-L2-R1替换成H——被称为“氮杂吲哚核心”。对于该氮杂吲哚核心,对环原子或环位置的指代如下列结构所示:
Figure S2006800260055D00063
[0013]在式I化合物的一个实施方式中,化合物具有选自下列的结构:
Figure S2006800260055D00064
Figure S2006800260055D00071
其中L1、Ar1、L2、R1、R2、R4、R5和R6如对式I所限定。
[0014]在式I化合物的一个实施方式中,X1和X2是N或CH。在另一实施方式中,X1、X2和Y1是N或CH,其中在又一实施方式中,Y2是CR5并且R5不是氢。在另一实施方式中,X1、X2和Y2是N或CH,其中在又一实施方式中,Y1是CR4并且R4不是氢。在另一实施方式中,X1、X2和Y1是CH,其中在又一实施方式中,Y2是CR5并且R5不是氢。在另一实施方式中,X1、X2和Y2是CH,其中在又一实施方式中,Y1是CR4并且R4不是氢。
[0015]在式I化合物的一个实施方式中,其中X1、X2、Y1和Y2分别独立为CR2、CR6、CR4和CR5,R4或R5中的一个不是氢,优选地,其中R2和R6是氢。在一个实施方式中,其中X1、X2、Y1和Y2分别独立为CR2、CR6、CR4和CR5,R2、R5和R6是氢并且R4不是氢。在一个实施方式中,其中X1、X2、Y1和Y2分别独立为CR2、CR6、CR4和CR5,R2、R4和R6是氢并且R5不是氢。
[0016]在式I化合物的一个实施方式中,X1和X2是N或CH,优选地,其中X1和X2都是CH。
[0017]在式I化合物的一个实施方式中,L1选自-S-、-O-、低碳亚烷基、-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、和-NR7-,其中低碳亚烷基任选取代有氟,并且其中当L2是任选取代的低碳亚烷基或包括任选取代的C1-3亚烷基时,所述亚烷基任选地取代有氟或低碳烷基。在一个实施方式中,L1选自-S-、-O-、-CH2-、CF2-、-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、和-NH-。
[0018]在式I化合物的一个实施方式中,L2选自:键、任选取代的低碳亚烷基、-O-(alk)b-、-OC(O)-(alk)b-、-C(O)O-(alk)b-、-OC(S)-(alk)b-、-C(S)O-(alk)b-、-C(O)-(alk)b-、-C(S)-(alk)b-、-C(O)NR9-(alk)b-、-OC(O)NR9-(alk)b-、-OC(S)NR9-(alk)b-、-C(S)NR9-(alk)b-、-S(O)-(alk)b-、-S(O)2-(alk)b-、-S(O)2NR9-(alk)b-、-NR9-(alk)b-、-NR9C(O)-(alk)b-、-NR9C(O)O-(alk)b-、-NR9C(S)-(alk)b-、-NR9C(S)O-(alk)b-、-NR9C(O)NR9-(alk)b-、-NR9C(S)NR9-(alk)b-、-NR9S(O)2-(alk)b-和-NR9S(O)2NR9-(alk)b-。
[0019]对于上述式I实施方式,进一步地,当L1是取代的低碳亚烷基或当L2是取代的低碳亚烷基或包括取代的C1-3亚烷基时,所述亚烷基取代有一个或多个,优选1、2或3个取代基,所述取代基选自:氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和-NR12R13,其中所述低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基或二烷基氨基的烷基链(一个或多个)任选取代有一个或多个,优选1、2或3个取代基,所述取代基选自:氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基或环烷基氨基。
[0020]在式I化合物的一个实施方式中,变量P、J、Q、T、F和n被选择以提供Ar1结构,所述结构选自:
Figure S2006800260055D00081
Figure S2006800260055D00091
Figure S2006800260055D00092
其中每一R独立为氢或任选的取代基,如本文对任选取代的杂芳基所限定的。
[0021]式I化合物和本文详述的所有子实施方式,可以用于治疗患有Kit和/或Fms蛋白激酶介导的疾病或病症或处于这种疾病或病症的风险中的对象,所述疾病或病症如本申请中公开的那些疾病或病症。
[0022]在一个实施方式中,式I化合物具有根据下列子-一般结构,式Ia的结构,
Figure S2006800260055D00093
                                式Ia
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中L1、Ar1、R1、R2、R4、R5和R6如对式I所限定;
L3选自键、任选取代的低碳亚烷基、-O-(alk)b-、-S-(alk)b-、-NR14-(alk)b-、-C(O)-(alk)b-、-C(S)-(alk)b-、-(S)O-(alk)b-、-S(O)2-(alk)b-、-NR14-C(O)-(alk)b-、-C(O)NR14-(alk)b-、-S(O)2NR14-(alk)b-、-NR14S(O)2-(alk)b-、-NR14C(O)NR14-(alk)b-、-NR14C(S)NR14-(alk)b-、和-NR14S(O)2NR14-(alk)b-;
alk是任选取代的低碳亚烷基;
b是0或1;和
R14是氢或低碳烷基。
[0023]在式Ia化合物的另一实施方式中,R2、R5和R6是氢,进一步地,其中R4不是氢。在另一实施方式中,R2、R4和R6是氢,进一步地,其中R5不是氢。
[0024]式Ia化合物和本文详述的所有子实施方式,可以用于治疗患有Kit和/或Fms蛋白激酶介导的疾病或病症或处于这种疾病或病症的风险中的对象,所述疾病或病症如本申请中公开的那些疾病或病症。
[0025]在特定实施方式中,式I化合物的具有根据下列子一般结构,式Ib的结构,
Figure S2006800260055D00101
                                式Ib
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中:
V和W独立选自N和CH;
U和Z独立选自N和CR18,然而条件是,W、U和Z中的不多于一个是N;
A选自-CR19R20-、-C(O)-、-C(S)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NR21-和-O-;
n是0或1;
F和J都是C,或F和J中的一个是C并且F和J中的另一个是N;
E和K选自C、N、O或S;
G选自C或N;
其中
当n是1时,F和J是C,并且E、G和K是C,或E、G和K中的任一个是N,E、G和K中的其它两个是C,条件是当E、G或K是N时,R15、R17、和R16分别不存在,
当n是0并且F和J都是C时,则E和K中的一个是C或N并且E和K中的另一个是C、N、O或S,条件是当E和K都不是C,并且条件是当E和K都是N时,R15和R16中的一个不存在,并且条件是当E和K中的一个是N,另一个是O或S时,R15和R16不存在,
当n是0,F和J中的一个是N,F和J中的另一个是C时,则E和K中的一个是N并且E和K中的另一个是C,或E和K都是C,条件是当E是N时,R15不存在,并且当K是N时,R16不存在;
R1选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
R15:当E是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,当E是O或S时或当n=1和E是N时不存在,当n=0和E是N时不存在或选自氢和任选取代的低碳烷基;
R16:当K是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,当K是O或S时或当n=1和K是N时不存在,当n=0和K是N时不存在或选自氢和任选取代的低碳烷基;
R17:当G是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,或当G是N时不存在;
R18选自氢、卤素、任选取代的低碳烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-NR24R25、-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23和-NR23S(O)2NR23R23
M选自键、-(CR19R20)u-、-(CR19R20)t-C(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(O)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)2-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)2NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(0)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(O)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26S(O)2-(CR19R20)s-和-(CR19R20)t-NR26S(O)2NR26-(CR19R20)s-;
其中每一情况下,R19和R20独立选自氢、氟、-OH、-NH2、低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、和-NR27R28,其中低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基或二烷基氨基中的烷基链(一个或多个)任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;或
同一或不同碳上的R19和R20中的任意两个联合形成3-7元单环环烷基或5-7元单环杂环烷基,并且R19和R20中的任何其它基团独立地选自氢、氟、-OH、-NH2、低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、和-NR27R28,其中低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基或二烷基氨基中的烷基链(一个或多个)任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,并且其中单环环烷基或单环杂环烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;
每一情况下,R21和R22独立为氢、或任选取代的低碳烷基;
每一情况下,R23独立选自任选取代的低碳烷基;任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其任何烯碳都不结合于-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23或-NR23S(O)2NR23R23中的任意的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的低碳炔基,然而条件是,其任何炔碳都不结合于-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23或-NR23S(O)2NR23R23中的任意的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的环烷基;任选取代的杂环烷基;任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
每一情况下,R24和R25独立选自任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基——然而条件是,其任何烯碳都不结合于-NR24R25中的氮、任选取代的低碳炔基——然而条件是,其任何炔碳都不结合于-NR24R25中的氮、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;或
R24和R25与它们所连接的氮共同形成单环5-7元任选取代的杂环烷基或单环5元或7元任选取代的含氮杂芳基;
每一情况下,R26独立选自氢、低碳烷基、和取代有一个或多个取代基的低碳烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、氟取代的单烷基氨基、二烷基氨基、氟取代的二烷基氨基、和-NR27R28,然而条件是,当R26是取代的低碳烷基时,与-NR26-的N-结合的低碳烷基碳上的任何取代基是氟;
R27和R28与它们所连接的氮结合形成5-7元杂环烷基或取代有一个或多个取代基的5-7元杂环烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代和氟取代的低碳烷基硫代;
u是1-6;
t是0-3;和
s是0-3;
条件是,
当V、W、U和Z是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,A是-CH2-、-CH(OH)-或-C(O)-,和M是-NHCH2-时,则R1不是苯基、4-三氟甲基-苯基、4-甲氧基-苯基、4-氯-苯基、4-氟-苯基、4-甲基-苯基、3-氟-苯基或噻吩-2-基,
当V、W、U和Z是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,和A是-CH2-时,则M-R1不是-NHCH2CH(CH3)2
当V、W和U是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,A是-CH2-,M-R1是-OCH3,和Z是CR18时,则R18不是噻吩-3-基,和
当V、W和U是CH,n=0,F、J和K是C,E是N,R15是CH3,R16是H,A是-C(O)-,M-R1是-CH(CH3)3,和Z是CR18时,则R18不是3-((E)-2-羧基-乙烯基)苯基。
[0026]在式Ib化合物的一个实施方式中,E、J、K、G、F、n、R15、R16和R17被选择以提供选自下列的结构:
Figure S2006800260055D00131
Figure S2006800260055D00142
其中R15、R16和R17如对式Ib化合物所定义,并且其中
Figure S2006800260055D00143
表示A的连接点,表示M的连接点。
[0027]在式Ib化合物的一个实施方式中,M选自-O-(CR19R20)s-、-S-(CR19R20)s-、-OC(O)-(CR19R20)s-、-OC(S)-(CR19R20)s-、-OC(O)NR26-(CR19R20)s-、-OC(S)NR26-(CR19R20)s-、-C(O)NR26-(CR19R20)s-、-C(S)NR26-(CR19R20)s-、-S(O)2NR26-(CR19R20)s-、-NR26-(CR19R20)s-、-NR26C(O)-(CR19R20)s-、-NR26C(S)-(CR19R20)s-、-NR26C(O)O-(CR19R20)s-、-NR26C(S)O-(CR19R20)s-、-NR26C(O)NR26-(CR19R20)s-、-NR26C(S)NR26-(CR19R20)s-、-NR26S(O)2-(CR19R20)s-、和-NR26S(O)2NR26-(CR19R20)s-。
[0028]在式Ib化合物的一个实施方式中,各种情况下,R26独立选自氢、低碳烷基、或取代有1、2或3个取代基的低碳烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,条件是与-NR26的氮结合的碳上的任何取代基是氟。
[0029]在式Ib化合物的一个实施方式中,R1选自任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0030]在式Ib化合物的一个实施方式中,Z是N或CH,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH,和G-R17是N或CH,条件是E-R15、K-R16和G-R17中的不多于一个是N。在一个实施方式中,Z是N或CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH。
[0031]在式Ib化合物的一个实施方式中,V、W和Z是CH,U是CR18,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH,G-R17是N或CH,条件是E-R15、K-R16和G-R17中的不多于一个是N。在另一实施方式中,V、W和Z是CH,U是CR18,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH。
[0032]在式Ib化合物的一个实施方式中,Z是N或CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在另一实施方式中,V、Z、U和W是CH,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH,G-R17是N或CH,条件是E-R15、K-R16和G-R17中的不多于一个是N。
[0033]在式Ib化合物的一个实施方式中,Z是N或CH,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH,G-R17是N或CH,条件是E-R15、K-R16和G-R17中的不多于一个是N,和R1是任选取代有一个或多个取代基的苯基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0034]在式Ib化合物的一个实施方式中,V、Z、U和W是CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2,R1是任选取代的苯基,进一步地,其中R1是任选取代有一个或多个取代基的苯基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0035]在式Ib化合物的一个实施方式中,V、W和Z是CH,U是CR18,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2,R1是任选取代的苯基,进一步地,其中R1是任选取代有一个或多个取代基的苯基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0036]在式Ib化合物的一个实施方式中,当n是1,E、K和G是C时,R15、R16和R17中的至少一个不是氢。在另一实施方式中,n是1,E、K和G中的一个是N并且E、K和G中的另外两个是C,并且R15、R16和R17中的至少一个不是氢。在另一实施方式中,n是1,E、K和G是C,R15、R16和R17中的至少一个不是氢。
[0037]在式Ib化合物的一个实施方式中,n是1,V和W是CH,U和Z独立为CR18,E、K和G中的一个是N并且E、K和G中的另外两个是C,并且R15、R16和R17中的至少一个不是氢。在另一实施方式中,n是1,V和W是CH,U和Z独立为CR18,E、K和G是C,并且R15、R16和R17中的至少一个不是氢。
[0038]在式Ib化合物的一个实施方式中,n是1,E、K和G中的一个是N并且E、K和G中的另外两个是C,R15、R16和R17中的至少一个不是氢,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在另一实施方式中,n是1,E、K和G是C,R15、R16和R17中的至少一个不是氢,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。
[0039]在式Ib化合物的一个实施方式中,n是1,V、Z、U和W是CH,E、K和G中的一个是N,E、K和G中的另外两个是C,并且R15、R16和R17中的至少一个不是氢。在另一实施方式中,V、Z、U和W是CH,E、K和G是C,并且R15、R16和R17中的至少一个不是氢。
[0040]在式Ib化合物的一个实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH并且G-R17是N或CH。在另一实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,n是1,并且E-R15、K-R16和G-R17是CH。在另一实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,U是CR18,V和W是CH,n是1,并且E-R15、K-R16和G-R17是CH,进一步地,其中U是CH。
[0041]在式Ib化合物的一个实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在又一实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,U是CR18,V和W是CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在又一实施方式中,Z是CR18,其中R18不是氢,V、U和W是CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。
[0042]在式Ib化合物的一个实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,n是1,E-R15是N或CH,K-R16是N或CH并且G-R17是N或CH。在另一实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,n是1,并且E-R15、K-R16和G-R17是CH。在另一实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,Z是CR18,V和W是CH,n是1,并且E-R15、K-R16和G-R17是CH,进一步地,其中Z是CH。
[0043]在式Ib化合物的一个实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在又一实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,Z是CR18,V和W是CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。在又一实施方式中,U是CR18,其中R18不是氢,V、Z和W是CH,n是1,E-R15、K-R16和G-R17是CH,A是-CH2-,M是-NHCH2-,进一步地,其中R1是任选取代的苯基。
[0044]在式Ib化合物的一个实施方式中,对于上述实施方式,进一步地,R15、R16和R17独立选自卤素、-OH、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基和氟取代的低碳烷氧基。对于这些实施方式中的任意,进一步地,R1是任选取代有一个或多个取代基的苯基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0045]在式Ib化合物的一个实施方式中,对于上述实施方式,进一步地,R18选自卤素、-OH、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。对于这些实施方式中的任意,进一步地,R1是任选取代有一个或多个取代基的苯基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、任选取代的低碳烷基和-OR29,其中R29选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基。
[0046]在式Ib化合物的另一实施方式中,M是键并且R1不是苯硫基。
[0047]在式Ib化合物的另一实施方式中,Z是N或CR18,其中R18不是氢。对于此实施方式,进一步地,如式Ib的描述中允许的,E是NR15或CR15,K是NR16或CR16和G是CR17,或其联合,其中R15、R16和R17中的至少一个不是氢。
[0048]式Ib化合物和本文详述的所有子实施方式,可以用于治疗患有Kit和/或Fms蛋白激酶介导的疾病或病症或处于这种疾病或病症的风险中的对象,所述疾病或病症如本申请中公开的那些疾病或病症。
[0049]在一个实施方式中,式I化合物具有根据下列子-一般结构,式Ig的结构,
                                式Ig
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中:
Z1选自N和CR34
U1选自N和CR35
A1选自-CH2-和-C(O)-;
M3选自
键、-NR39-、-S-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-C(O)NR39-、-S(O)2NR39-、-CH2NR39-、-CH(R40)NR39-、-NR39C(O)-、和-NR39S(O)2-;
n是0或1;
v是0、1、2或3;
F1和J1都是C,或F1和J1中的一个是C,F1和J1中的另一个是N;
E1和K1选自C、N、O或S;
G1选自C或N;
其中
当n是1时,F1和J1是C,和E1、G1和K1是C,或E1、G1和K1中的任一个是N并且E1、G1和K1中的另外两个是C,条件是当E1、G1或K1是N时,R36、R37和R38分别不存在。
当n是0,以及F1和J1都是C时,则E1和K1中的一个是C或N并且E1和K1中的另一个是C、N、O或S,条件是E1和K1都不是C,并且条件是当E1和K1都是N时,R36和R37中的一个不存在,并且条件是当E1和K1中的一个是N而另一个是O或S时,R36和R37不存在,
当n是0,F1和J1中的一个是N,F1和J1中的另一个是C时,则E1和K1中的一个是N,E1和K1中的另一个是C,或E1和K1都是C,条件是当E1是N时,R36不存在和当K1是N时,R37不存在;
Cy选自环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基;
R34和R35独立选自
氢、-OR41、-SR41、-NHR41、-NR41R41、-NR39C(O)R41、-NR39S(O)2R41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代(lower alkylthio)、氟取代的低碳烷基硫代(lower alylthio)、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R34或R35,或作为低碳烷基的取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;
每一情况下,R45独立选自
-OR41、-SR41、-NHR41、-NR41R41、-NR39C(O)R41、-NR39S(O)2R41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R45,或作为低碳烷基的取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;
R36:当E1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基和氟取代的低碳烷氧基,当E1是O或S或当n=1和E1是N时不存在,和当n=0和E1是N时不存在或选自氢、低碳烷基、和氟取代的低碳烷基;
R37:当K1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、和氟取代的低碳烷氧基,当K1是O或S或当n=1和K1是N时不存在,和当n=0和K1是N时不存在或选自氢、低碳烷基、和氟取代的低碳烷基;
R38:当G1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、和氟取代的低碳烷氧基,或当G1是N时不存在;
在每一情况下,R39独立选自氢和低碳烷基;
R40选自低碳烷基和氟取代的低碳烷基;
R41选自低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R41或作为低碳烷基取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;和
在每一情况下,R42独立选自低碳烷基、杂环烷基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
[0050]在式Ig化合物的一个实施方式中,n是1,G1和K1是C,E是N或C,优选地其中E是C。
[0051]在式Ig化合物的一个实施方式中,M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-,优选地,其中M3是-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-或-CH2NR39-。
[0052]在式Ig化合物的一个实施方式中,n是1,G1和K1是C,E是N或C,优选地,其中E是C,M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-,优选地,其中M3是-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-或-CH2NR39-。
[0053]在式Ig化合物的一个实施方式中,每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1。
[0054]在式Ig化合物的一个实施方式中,n是1,G1和K1是C,E是N或C,优选地,其中E是C,M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-,优选地,其中M3是-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-或-CH2NR39-,并且每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1。
[0055]在式Ig化合物的一个实施方式中,Z1是CR34,U1是CR35,并且R34和R35都是氢。在一个实施方式中,Z1是CR34,U1是CR35,并且R34和R35独立选自氢、-OR41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基,并且其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。在进一步的实施方式中,R34和R35中的一个是氢,R34和R35中的另一个选自氢、卤素、低碳烷基、低碳烷氧基、芳基和杂芳基,其中芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基,并且其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,进一步地,其中R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基和低碳烷氧基,其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
[0056]在式Ig化合物的一个实施方式中,每一R45独立选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳硫代烷基、氟取代的低碳硫代烷基、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1,Z1是CR34,U1是CR35,R34和R35独立选自氢、-OR41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基和环烷基氨基,并且其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。在又一实施方式中,R34和R35都是氢。
[0057]在式Ig化合物的一个实施方式中,每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳硫代烷基、氟取代的低碳硫代烷基、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1,Z1是CR34,U1是CR35,R34和R35中的一个是氢,R34和R35中的另一个选自氢、卤素、低碳烷基、低碳烷氧基、芳基和杂芳基,其中芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基和环烷基氨基,并且其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,进一步地,其中R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基、和低碳烷氧基,其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
[0058]在式Ig化合物的一个实施方式中,n是1,G1和K1是C,并且E是N或C,优选地,其中E是C,M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-,优选地,其中M3是-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-或-CH2NR39-,每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳硫代烷基、氟取代的低碳硫代烷基、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1,Z1是CR34,U1是CR35,并且R34和R35都是氢。
[0059]在式Ig化合物的一个实施方式中,n是1,G1和K1是C,E是N或C,优选地,其中E是C,M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-,优选地,其中M3是-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-或-CH2NR39-,每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳硫代烷基、氟取代的低碳硫代烷基、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,优选地,其中v是0、1或2,也是0或1,Z1是CR34,U1是CR35,并且R34和R35独立选自氢、-OR41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基和环烷基氨基,并且其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。在又一实施方式中,R34和R35中的一个是氢,R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基、低碳烷氧基、芳基和杂芳基,其中芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基和环烷基氨基,并且其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,进一步地,其中R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基和低碳烷氧基,其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,进一步地,其中R34是氢。
[0060]式Ig化合物和本文详述的所有子实施方式,可以用于治疗患有Kit和/或Fms蛋白激酶介导的疾病或病症或处于这种疾病或病症的风险中的对象,如本申请中公开的那些疾病或病症。
[0061]在上述化合物的某些实施方式中,下述化合物被排除:其中N(除了N是杂芳环原子之外)、O或S结合于碳,所述碳也结合于N(除了N是杂芳环原子之外)、O或S;或其中N(除了N是杂芳环原子之外)、O、C(S)、C(O)或S(O)n(n是0-2)结合于链烯基的烯碳或结合于炔基的炔碳;因此,在一些实施方式中,包括如下述键的化合物从本发明中被排除:-NR-CH2-NR-、-O-CH2-NR-、-S-CH2-NR-、-NR-CH2-O-、-O-CH2-O-、-S-CH2-O-、-NR-CH2-S-、-O-CH2-S-、-S-CH2-S-、-NR-CH=CH-、-CH=CH-NR-、-NR-C≡C-、-C≡C-NR-、-O-CH=CH-、-CH=CH-O-、-O-C≡C-、-C≡C-O-、-S(O)0-2-CH=CH-、-CH=CH-S(O)0-2-、-S(O)0-2-C≡C-、-C≡C-S(O)0-2-、-C(O)-CH=CH-、-CH=CH-C(O)-、-C≡C-C(O)-或-C(O)-C≡C-、-C(S)-CH=CH-、-CH=CH-C(S)-、-C≡C-C(S)-或-C(S)-C≡C-。
[0062]另一方面,本发明提供了在动物对象(例如,哺乳动物如人、其它灵长动物、运动动物、具有商业利益的动物如家畜、农场动物如马、或宠物如狗和猫)中治疗c-kit介导的疾病或病症的方法,例如,以c-kit活性(例如,激酶活性)异常为特征的疾病或病症。本发明方法涉及将有效量的式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物给予患有c-kit介导的疾病或病症或具有这种风险的对象。在一个实施方式中,c-kit介导的疾病选自恶性病,包括肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤(GITSs)、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、肥大细胞增生、黑色素瘤和犬肥大细胞肿瘤、和炎性疾病,包括哮喘、类风湿性关节炎、过敏性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥和嗜酸粒细胞增多症。
[0063]在一个相关方面,式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物可以用于制备药物,所述药物用于治疗c-kit介导的疾病或病症,所述疾病或病症选自恶性病,包括:肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤(GITSs)、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、肥大细胞增生、黑色素瘤和犬肥大细胞肿瘤、和炎性疾病,包括哮喘、类风湿性关节炎、过敏性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥和嗜酸粒细胞增多症。
[0064]在又一方面,本发明提供了在动物对象(例如,哺乳动物如人、其它灵长动物、运动动物、具有商业利益的动物如家畜、农场动物如马、或宠物如狗和猫)中治疗c-fms介导的疾病或病症的方法,例如,以c-fms活性(例如,激酶活性)异常为特征的疾病或病症。本发明方法涉及将有效量的式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物给予患有c-fms介导的疾病或病症或具有这种风险的对象。在一个实施方式中,c-fms介导的疾病选自:免疫疾病,包括类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮(SLE)、韦格纳肉芽肿病和移植排斥,炎性疾病包括慢性阻塞性肺疾病(COPD)、肺气肿和动脉粥样硬化,代谢疾病,包括胰岛素抵抗、高血糖、和脂肪分解,骨结构或矿化疾病,包括骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙和骨转移,肾脏疾病,包括肾炎(例如,肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎)、肾小管坏死、糖尿病相关性肾脏并发症,和肥大,以及癌症,包括多发性骨髓瘤、急性髓样白血病、慢性髓样白血病(CML)、乳腺癌和卵巢癌。
[0065]在一个相关方面,式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物可以用于制备药物,所述药物用于治疗c-fms介导的疾病或病症,所述疾病或病症选自:免疫疾病,包括类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮(SLE)、韦格纳肉芽肿病和移植排斥,炎性疾病,包括慢性阻塞性肺疾病(COPD)、肺气肿和动脉粥样硬化,代谢疾病,包括胰岛素抵抗、高血糖、和脂肪分解,骨结构或矿化疾病,包括骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙和骨转移,肾脏疾病,包括肾炎(例如,肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎)、肾小管坏死、糖尿病相关性肾脏并发症,和肥大(hypertrophy),以及癌症,包括多发性骨髓瘤、急性髓样白血病、慢性髓样白血病(CML)、乳腺癌和卵巢癌。
[0066]在又一方面,本发明提供了在动物对象(例如,哺乳动物如人、其它灵长动物、运动动物、具有商业利益的动物如家畜、农场动物如马、或宠物如狗和猫)中治疗c-fms介导和/或c-kit介导的疾病或病症的方法,例如,以c-fms活性和/或c-kit活性(例如,激酶活性)异常为特征的疾病或病症。本发明方法涉及将有效量的式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物给予患有c-fms介导的和/或c-kit介导的疾病或病症或具有这种风险的对象。在一个实施方式中,c-fms介导的和/或c-kit介导的疾病选自:肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤(GITSs)、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、肥大细胞增生、黑色素瘤、乳腺癌、卵巢癌、犬肥大细胞肿瘤、肥大、哮喘、类风湿性关节炎、过敏性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥、系统性红斑狼疮(SLE)、韦格纳肉芽肿病、慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、高血糖、脂肪分解、嗜酸粒细胞增多症、骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙、骨转移、肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎、肾小管坏死、和糖尿病相关性肾脏并发症。
[0067]在一个相关方面,式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物可以用于制备药物,所述药物用于治疗c-fms介导的和/或c-kit介导的疾病或病症,所述疾病或病症选自:肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤(GITSs)、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、肥大细胞增生、黑色素瘤、乳腺癌、卵巢癌、犬肥大细胞肿瘤、肥大、哮喘、类风湿性关节炎、过敏性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥、系统性红斑狼疮(SLE)、韦格纳肉芽肿病、慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、高血糖、脂肪分解、嗜酸粒细胞增多症、骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙、骨转移、肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎、肾小管坏死、和糖尿病相关性肾脏并发症。
[0068]在另一方面,本发明提供了应用本文所述的式I、式Ia、式Ib、或式Ig和所有其子实施方式的化合物(例如,对c-kit、c-fms或c-kit和c-fms二者具有有益的活性水平和/或选择性的化合物)的方法。在一些实施方式中,化合物在核心双环结构(氮杂吲哚核心)的3位被取代基取代,其顺序包括与第一芳基或杂芳基结合的第一接头,所述第一芳基或杂芳基结合到与第二芳基或杂芳基结合的1至3个原子的接头上。在包括上述3位取代基的一些实施方式中,第一接头是亚甲基、亚乙基、-C(O)-、-C(S)-、-O-、-S-或-S(O)2-;第一芳基或杂芳基是吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡咯基、咪唑基、三唑基、噻唑基、或唑基;第二接头是甲氨基(NHCH2)、乙氨基(NHCH2CH2)、酰胺(NHC(O))或氨磺酰(NHSO2);第二芳基或杂芳基是苯基、吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡咯基、咪唑基、三唑基、噻唑基、呋喃基或唑基;第二芳基或杂芳基任选取代有低碳烷基(例如,甲基,乙基,丙基或丁基)、烷氧基(例如,甲氧基、乙氧基、丙氧基或丁氧基)、卤素取代的低碳烷基(例如,-CH2F、-CHF2或-CF3)或卤素(例如F或Cl)。在特定实施方式中,第二芳基或杂芳基是6-元环;所述6-元环在对位有取代;所述6-元环在间位有取代;所述6-元环在邻位有取代;或所述6-元环在间位和对位有取代。在特定实施方式中,第二芳基或杂芳基是5-元环;所述5-元环在与结合于第二接头的原子相邻的位置有取代;或所述5-元环在不与结合于第二接头的原子相邻的位置有取代。在特定实施方式中,3位取代基是氮杂吲哚核心上仅有的非氢取代基。
[0069]在特定实施方式中,化合物的IC50是100nM以下、50nM以下、20nM以下、10nM以下、或5nM以下,如在一般接受的激酶活性试验中测定。在一些实施方式中,化合物的选择性是这样的:所述化合物对c-kit的活性是对Ret、PDGF或Ret和PDGF二者的活性的至少2倍、5倍、10倍、或100倍。在一些实施方式中,化合物的选择性是这样的:所述化合物对c-kit的活性是对c-fms的活性的至少2倍、5倍、10倍、或100倍。在一些实施方式中,化合物的选择性是这样的:所述化合物对c-fms的活性是对c-kit的活性的至少2倍、5倍、10倍、或100倍。在一些实施方式中,化合物组合了如本段指明的活性(例如IC50)和/或选择性的各个匹配。
[0070]在特定实施方式中,化合物的IC50是100nM以下、50nM以下、20nM以下、10nM以下、或5nM以下,如在一般接受的针对c-kit、c-fms、或c-kit和c-fms二者激酶活性的激酶活性试验中测定。在一些实施方式中,化合物的选择性是这样的:所述化合物对c-kit、c-fms、或c-kit和c-fms二者的活性是对Ret、PDGF、或Ret和PDGF二者的活性的至少2倍、5倍、10倍、或100倍。
[0071]本发明的其它方面涉及组合物,其包括治疗有效量的式I(包括式Ia、Ib、Ig和其所有子实施方式)化合物和至少一种药学上可接受的载体、赋形剂和/或稀释剂。组合物可以包括多种不同的药理学活性化合物,所述化合物可以包括多种式I(包括式Ia、Ib、Ig和其所有子实施方式)化合物。
[0072]在一个相关方面,本发明提供了试剂盒,其包括本文所述的组合物。在特定实施方式中,组合物被包装在例如小皿、瓶子、长颈瓶中,被包装的组合物可被进一步包装在如盒、封套或袋中,所述组合物由美国食品药品管理局(U.S.Foodand Drug Administration)或类似管理机构(regulatory agency)批准用于哺乳动物,例如人;所述组合物被批准施用给哺乳动物例如人,用于c-kit-和/或c-fms-介导的疾病或病症;本发明试剂盒包括书写的使用说明书和/或所述组合物适于或批准给予哺乳动物例如人用于c-kit-和/或c-fms-介导的疾病或病症的其它表示;所述组合物包装为以单位剂量或单一剂型,例如,单一剂量的丸剂、胶囊等。
[0073]本发明提供了鉴定或开发对c-kit和c-fms具有活性的其它化合物的方法,例如,改进的调节剂,通过确定对c-kit和c-fms有活性的多种式I、式Ia、式Ib、式Ig和其所有子实施方式的测试化合物的任一种,是否提供了相对于对c-kit和c-fms有活性的参照化合物的一种或多种期望的药理学特性的改进,和选择在期望药理学特性方面有改进的化合物—如果存在这种化合物,从而提供改进的调节剂。
[0074]在调节剂开发的特定方面,期望的药理学特性是血清半衰期为2小时以上或4小时以上或8小时以上、水溶性、口服生物利用度为10%以上或口服生物利用度为20%以上。
[0075]而且,在调节剂开发的特定方面,所述过程可以重复多次,即,进行多轮次的衍生物制备和/或其它相关化合物的选择,以及进行相关化合物的这样进一步的衍生物的评价,例如进行1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多额外轮次。
[0076]另一方面,本发明也提供了用对c-kit和/或c-fms具有活性的有效量的式I(包括式Ia、Ib、Ig和其所有子实施方式)化合物(诸如用本文中所述方法开发的化合物)接触c-kit或c-fms,调节c-kit或c-fms活性的方法。该化合物优选地以足以调节c-kit或c-fms活性至少10%、更优选地至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、或90%以上的水平提供。在许多实施方案中,该化合物的浓度将会是大约1μM、100μM或1mM,或者范围为1-100nM、100-500nM、500-1000nM、1-100μM、100-500μM或500-1000μM。在特定实施方案中,接触是在体外进行的。
[0077]从下面的详述和权利要求,其它方面和实施方式将是显而易见的。
优选实施方式详述
[0078]如本文所用,使用下列定义:
[0079]“卤”和“卤素”指所有卤素,即,氯(Cl)、氟(F)、溴(Br)或碘(I)。
[0080]“羟基”(hydroxyl)和“羟”(hydroxy)指基团-OH。
[0081]“硫醇”是指基团-SH。
[0082]“低碳烷基”单独或结合应用,是指衍生自烷烃的基团,其包含1至6个碳原子(如果没有特别限定),其包括直链烷基或支链烷基。直链或支链烷基基团在任何可及位点连接以产生稳定化合物。在许多实施方式中,低碳烷基是直链烷基或支链烷基,包含1-6、1-4或1-2个碳原子,如甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、叔丁基以及类似的基团。“任选取代的低碳烷基”如果没有另外指明,是指由1个或多个,优选地,1、2、3、4或5个,也是1、2、或3个取代基独立取代的低碳烷基,所述取代基被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自:-F、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Re、-Rf和-Rg。进一步地,可能的取代基包括这些取代基的子集,如本文所指出,例如,在对式I化合物的描述中(包括式Ia、Ib、Ig及其所有子实施方式)中,其被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物。例如,“氟取代的低碳烷基”是指由1个或多个氟原子取代的低碳烷基,如全氟烷基,其中优选地,低碳烷基取代有1、2、3、4或5个氟原子,也可以是1、2或3个氟原子。虽然应当理解,取代基在任何可用原子上连接以产生稳定化合物,然而,当任选取代的烷基是部分如-OR、-NHR、-C(O)NHR等的R基团时,烷基R基团的取代是这样的,结合于所述部分的任意-O-、-S-或-N-的烷基碳的取代(除了-N-是杂芳环原子之外)不包括如下的取代基:该取代基会引起其任何-O-、-S-或-N-(除了-N-是杂芳环原子之外)与结合于所述部分的任意-O-、-S-或-N-的烷基碳相结合。
[0083]“低碳亚烷基”是指含有1-6个碳原子的二价的烷衍生基团,其为直链或支链,在该基团中从同一个碳原子或不同碳原子上去掉了两个氢原子。低碳亚烷基的例子包括但不限于,亚甲基-CH2-、亚乙基-CH2CH2-、亚丙基-CH2CH2CH2-、异亚丙基-CH(CH3)CH-等。如果没有另外指明,“任选取代的低碳亚烷基”是指被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的低碳亚烷基,所述取代基被连接于任何可用原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自:-F、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Re、-Rf和-Rg,或亚烷基链中的任一碳上的两个取代基或任意两个碳的每一个上的取代基可以结合而形成3-7元单环环烷基或5-7元单环杂环烷基,其中所述单环环烷基或单环杂环烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
[0084]“低碳链烯基”单独或联合,是指含有2-6个碳原子(如果没有特别限定)和至少1、优选1-3个、更优选地1-2个、最优选地1个碳碳双键的直链或支链烃。碳碳双键可以包含在直链或支链部分中。低碳链烯基的实例包括,乙烯基、丙烯基、异丙烯基、丁烯基、和类似的基团。如果没有另外指明,“取代的低碳链烯基”是指被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的低碳链烯基,所述取代基被连接于任何可用原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自:-F、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Rf和-Rg。进一步地,可能的取代基包括这些取代基的子集,如本文所指出,例如,在对式I化合物的描述中(包括式Ia、Ib、Ig及其所有子实施方式)中,其被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物。例如,“氟取代的低碳链烯基”是指由1个或多个氟原子取代的低碳链烯基,其中优选地,低碳链烯基由1、2、3、4或5个氟原子,也可以是1、2或3个氟原子取代。虽然应当理解,取代基在任何可用原子连接以产生稳定化合物,但是链烯基的取代是这样的,-F、-C(O)-、-C(S)-、-C(NH)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-(除了-N-是杂芳环原子之外)并不与其烯碳结合。进一步地,当链烯基是另一部分的取代基或部分如-OR、-NHR、-C(O)R等的R基时,所述部分的取代是这样的,其任意-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-(除了其中-N-是杂芳环原子之外)不结合于链烯基取代基或R基的烯碳。进一步地,当链烯基是另一部分的取代基或部分如-OR、-NHR、-C(O)NHR等的R基时,所述链烯基R基的取代是这样的,结合于所述部分的任何-O-、-S-或-N-的链烯基碳的取代(除了其中-N-是杂芳环原子之外)不包括会引起取代基的任何-O-、-S-或-N-(除了-N-是杂芳环原子之外)与结合于所述部分的任意-O-、-S-或-N-的链烯基碳相结合的取代。“链烯基碳(alkenyl carbon)”是指链烯基中的任何碳,不论是饱和的或是碳碳双键的一部分。“烯碳(alkenecarbon)”是指链烯基中的碳,是碳碳双键的一部分。
[0085]“低碳炔基”单独或联合,是指含有2-6个碳原子(如果没有特别限定)的直链或支链烃,其含有至少1个、优选1个碳碳三键。炔基基团的实例包括乙炔基、丙炔基、丁炔基和类似的基团。如果没有另外指明,“取代的低碳炔基”是指被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的低碳炔基,所述取代基被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自:-F、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Re和-Rg。进一步地,可能的取代基包括这些取代基的子集,如本文所指出,例如,在对式I化合物的描述中(包括式Ia、Ib、Ig及其所有子实施方式)中,其被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物。例如,“氟取代的低碳炔基”是指由1个或多个氟原子取代的低碳炔基,其中优选地,低碳炔基由1、2、3、4或5个氟原子,也可以是1、2或3个氟原子取代。虽然应当理解,取代基在任何可用原子处连接以产生稳定化合物,但是炔基取代是这样的,-F、-C(O)-、-C(S)-、-C(NH)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-(除了-N-是杂芳环原子之外)不与其炔碳连接。进一步地,当炔基是另一部分的取代基或部分如-OR、-NHR、-C(O)R等的R基时,所述部分的取代是这样的,其任意-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-(除了其中-N-是杂芳环原子之外)不结合于炔基取代基或R基的炔碳。进一步地,当炔基是另一部分的取代基或部分如-OR、-NHR、-C(O)NHR等的R基时,所述炔基R基的取代是这样的,结合于所述部分的任何-O-、-S-或-N-的炔基碳的取代(除了其中-N-是杂芳环原子之外)不包括会引起取代基的任何-O-、-S-或-N-(除了-N-是杂芳环原子之外)与结合于所述部分的任意-O-、-S-或-N-的炔基碳相结合的取代。“炔基碳(alkynyl carbon)”是指炔基中的任何碳,不论是饱和的或是碳碳三键的一部分。“炔碳(alkyne carbon)”是指炔基中的碳,是碳碳三键的一部分。
[0086]“环烷基”指饱和的或不饱和的,每环3-10个环原子、也可以是3-8个环原子、更优选地3-6个环原子的非芳香单环、二环或三环碳环系统,诸如环丙基、环戊基、环己基、金刚烷基和类似的基团。“环亚烷基”是二价环烷基。如果没有另外指明,“取代的环烷基”是指被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的环烷基,所述取代基被连接于任何可用的原子处以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自:卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Re、-Rf和-Rg。“取代的环亚烷基”是二价的取代环烷基。
[0087]“杂环烷基”指具有5至10个原子的饱和或不饱和非芳香环烷基,其中环中的1至3个原子替换为杂原子O、S或N,并且任选地与苯或5-6元环的杂芳基稠合。杂环烷基也倾向于包括氧化的S或N,如亚磺酰基、磺酰基和叔环氮(tertiary ring nitrogen)的N-氧化物。杂环烷基也倾向于包括化合物,其中环中的碳之一是氧取代的,即,环中的碳是羰基,如内酯和内酰胺。杂环烷基环的连接点是碳原子或氮原子,使得保持稳定的环。杂环烷基的实例包括但不限于,吗啉基、四氢呋喃基、二氢吡啶基、哌啶基、吡咯烷基、吡咯烷酮基、哌嗪基、二氢苯并呋喃基和二氢吲哚基。“杂环亚烷基”是二价杂环烷基。如果没有另外指明,“取代的杂环亚烷基”是被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的杂环烷基,所述取代基被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Re、-Rf和-Rg。“取代的杂环亚烷基”是二价的取代杂环烷基。
[0088]“芳基”单独或联合地,是指单环或双环环体系,含有芳香烃如苯基或萘基,其可以任选地与优选5-7、更优选5-6元环的环烷基稠合。“亚芳基”是二价的芳基。如果没有另外指明,“取代的芳基”是被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的芳基,所述取代基被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-、NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Re、-Rf和-Rg。“取代的亚芳基”是二价的取代芳基。
[0089]“杂芳基”单独或联合,是指含5或6个环原子的单环芳香环结构、或者含有8至10个原子的双环芳香基团,其含有一个或多个,优选地1-4个、更优选地1-3个、甚至更优选地1-2个独立地选自O、S和N的杂原子。杂芳基意欲包括氧化的S或N,诸如亚磺酰基、磺酰基和叔环氮的N-氧化物。碳或氮原子是杂芳基环结构的连接位点,这样可以产生稳定的化合物。杂芳基基团的实例包括但不限于:吡啶基、哒嗪基、吡嗪基、喹喔啉基、中氮茚基、苯并[b]噻吩基、喹唑啉基、嘌呤基、吲哚基、喹啉基、嘧啶基、吡咯基、唑基、噻唑基、噻吩基、异唑基、噻二唑基(oxathiadiazolyl)、异噻唑基、四唑基、咪唑基、三嗪基、呋喃基、苯并呋喃基和吲哚基。“含氮杂芳基”是指其中任意杂原子是N的杂芳基。“杂亚芳基”是二价杂芳基。如果没有另外指明,“取代的杂芳基”是被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基独立取代的杂芳基,所述取代基被连接于任何可用的原子以产生稳定的化合物,其中所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORa、-SRa、-OC(O)Ra、-OC(S)Ra、-C(O)Ra、-C(S)Ra、-C(O)ORa、-C(S)ORa、-S(O)Ra、-S(O)2Ra、-C(O)NHRa、-C(S)NHRa、-C(O)NRaRa、-C(S)NRaRa、-S(O)2NHRa、-S(O)2NRaRa、-C(NH)NHRa、-C(NH)NRbRc、-NHC(O)Ra、-NHC(S)Ra、-NRaC(O)Ra、-NRaC(S)Ra、-NHS(O)2Ra、-NRaS(O)2Ra、-NHC(O)NHRa、-NHC(S)NHRa、-NRaC(O)NH2、-NRaC(S)NH2、-NRaC(O)NHRa、-NRaC(S)NHRa、-NHC(O)NRaRa、-NHC(S)NRaRa、-NRaC(O)NRaRa、-NRaC(S)NRaRa、-NHS(O)2NHRa、-NRaS(O)2NH2、-NRaS(O)2NHRa、-NHS(O)2NRaRa、-NRaS(O)2NRaRa、-NHRa、-NRaRa、-Rd、-Re、-Rf和-Rg。“取代的杂亚芳基”是二价的取代杂芳基。
[0090]用于描述烷基、亚烷基、链烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基的任选的取代基的变量Ra、Rb、Rc、-Rd、-Re、-Rf和-Rg被如下定义:每一Ra、Rb和Rc独立选自-Rd、-Re、-Rf和-Rg,或Rb和Rc与它们所连接的氮结合形成5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基,其中所述5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-NO2、-CN、-OH、-NH2、-ORu、-SRu、-NHRu、-NRuRu、-Rx和-Ry
每一-Rd独立为低碳烷基,其中低碳烷基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORk、-SRk、-OC(O)Rk、-OC(S)Rk、-C(O)Rk、-C(S)Rk、-C(O)ORk、-C(S)ORk、-S(O)Rk、-S(O)2Rk、-C(O)NHRk、-C(S)NHRk、-C(O)NRkRk、-C(S)NRkRk、-S(O)2NHRk、-S(O)2NRkRk、-C(NH)NHRk、-C(NH)NRmRn、-NHC(O)Rk、-NHC(S)Rk、-NRkC(O)Rk、-NRkC(S)Rk、-NHS(O)2Rk、-NRkS(O)2Rk、-NHC(O)NHRk、-NHC(S)NHRk、-NRkC(O)NH2、-NRkC(S)NH2、-NRkC(O)NHRk、-NRkC(S)NHRk、-NHC(O)NRkRk、-NHC(S)NRkRk、-NRkC(O)NRkRk、-NRkC(S)NRkRk、-NHS(O)2NHRk、-NRkS(O)2NH2、-NRkS(O)2NHRk、-NHS(O)2NRkRk、-NRkS(O)2NRkRk、-NHRk、-NRkRk、-Ri和-Rj
每一-Re独立为低碳链烯基,其中低碳链烯基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORk、-SRk、-OC(O)Rk、-OC(S)Rk、-C(O)Rk、-C(S)Rk、-C(O)ORk、-C(S)ORk、-S(O)Rk、-S(O)2Rk、-C(O)NHRk、-C(S)NHRk、-C(O)NRkRk、-C(S)NRkRk、-S(O)2NHRk、-S(O)2NRkRk、-C(NH)NHRk、-C(NH)NRmRn、-NHC(O)Rk、-NHC(S)Rk、-NRkC(O)Rk、-NRkC(S)Rk、-NHS(O)2Rk、-NRkS(O)2Rk、-NHC(O)NHRk、-NHC(S)NHRk、-NRkC(O)NH2、-NRkC(S)NH2、-NRkC(O)NHRk、-NRkC(S)NHRk、-NHC(O)NRkRk、-NHC(S)NRkRk、-NRkC(O)NRkRk、-NRkC(S)NRkRk、-NHS(O)2NHRk、-NRkS(O)2NH2、-NRkS(O)2NHRk、-NHS(O)2NRkRk、-NRkS(O)2NRkRk、-NHRk、-NRkRk、-Ri和-Rj
每一-Rf独立为低碳炔基,其中低碳炔基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORk、-SRk、-OC(O)Rk、-OC(S)Rk、-C(O)Rk、-C(S)Rk、-C(O)ORk、-C(S)ORk、-S(O)Rk、-S(O)2Rk、-C(O)NHRk、-C(S)NHRk、-C(O)NRkRk、-C(S)NRkRk、-S(O)2NHRk、-S(O)2NRkRk、-C(NH)NHRk、-C(NH)NRmRn、-NHC(O)Rk、-NHC(S)Rk、-NRkC(O)Rk、-NRkC(S)Rk、-NHS(O)2Rk、-NRkS(O)2Rk、-NHC(O)NHRk、-NHC(S)NHRk、-NRkC(O)NH2、-NRkC(S)NH2、-NRkC(O)NHRk、-NRkC(S)NHRk、-NHC(O)NRkRk、-NHC(S)NRkRk、-NRkC(O)NRkRk、-NRkC(S)NRkRk、-NHS(O)2NHRk、-NRkS(O)2NH2、-NRkS(O)2NHRk、-NHS(O)2NRkRk、-NRkS(O)2NRkRk、-NHRk、-NRkRk、-Rh和-Rj
每一-Rg独立选自环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORk、-SRk、-OC(O)Rk、-OC(S)Rk、-C(O)Rk、-C(S)Rk、-C(O)ORk、-C(S)ORk、-S(O)Rk、-S(O)2Rk、-C(O)NHRk、-C(S)NHRk、-C(O)NRkRk、-C(S)NRkRk、-S(O)2NHRk、-S(O)2NRkRk、-C(NH)NHRk、-C(NH)NRmRn、-NHC(O)Rk、-NHC(S)Rk、-NRkC(O)Rk、-NRkC(S)Rk、-NHS(O)2Rk、-NRkS(O)2Rk、-NHC(O)NHRk、-NHC(S)NHRk、-NRkC(O)NH2、-NRkC(S)NH2、-NRkC(O)NHRk、-NRkC(S)NHRk、-NHC(O)NRkRk、-NHC(S)NRkRk、-NRkC(O)NRkRk、-NRkC(S)NRkRk、-NHS(O)2NHRk、-NRkS(O)2NH2、-NRkS(O)2NHRk、-NHS(O)2NRkRk、-NRkS(O)2NRkRk、-NHRk、-NRkRk、-Rh、-Ri和-Rj
其中每一情况下,Rk、Rm和Rn独立选自-Rh、-Ri和-Rj,或Rm和Rn与它们所连接的氮结合形成5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基,其中所述5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-NO2、-CN、-OH、-NH2、ORu、-SRu、-NHRu、-NRuRu、-Rx和-Ry
其中每一-Rh独立为低碳烷基,其中低碳烷基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORr、-SRr、-OC(O)Rr、-OC(S)Rr、-C(O)Rr、-C(S)Rr、-C(O)ORr、-C(S)ORr、-S(O)Rr、-S(O)2Rr、-C(O)NHRr、-C(S)NHRr、-C(O)NRrRr、-C(S)NRrRr、-S(O)2NHRr、-S(O)2NRrRr、-C(NH)NHRr、-C(NH)NRsRt、-NHC(O)Rr、-NHC(S)Rr、-NRrC(O)Rr、-NRrC(S)Rr、-NHS(O)2Rr、-NRrS(O)2Rr、-NHC(O)NHRr、-NHC(S)NHRr、-NRrC(O)NH2、-NRrC(S)NH2、-NRrC(O)NHRr、-NRrC(S)NHRr、-NHC(O)NRrRr、-NHC(S)NRrRr、-NRrC(O)NRrRr、-NRrC(S)NRrRr、-NHS(O)2NHRr、-NRrS(O)2NH2、-NRrS(O)2NHRr、-NHS(O)2NRrRr、-NRrS(O)2NRrRr、-NHRr、-NRrRr、-Ri和-Rj
其中每一-Ri独立选自低碳链烯基和低碳炔基,其中低碳链烯基和低碳炔基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORr、-SRr、-OC(O)Rr、-OC(S)Rr、-C(O)Rr、-C(S)Rr、-C(O)ORr、-C(S)ORr、-S(O)Rr、-S(O)2Rr、-C(O)NHRr、-C(S)NHRr、-C(O)NRrRr、-C(S)NRrRr、-S(O)2NHRr、-S(O)2NRrRr、-C(NH)NHRr、-C(NH)NRsRt、-NHC(O)Rr、-NHC(S)Rr、-NRrC(O)Rr、-NRrC(S)Rr、-NHS(O)2Rr、-NRrS(O)2Rr、-NHC(O)NHRr、-NHC(S)NHRr、-NRrC(O)NH2、-NRrC(S)NH2、-NRrC(O)NHRr、-NRrC(S)NHRr、-NHC(O)NRrRr、-NHC(S)NRrRr、-NRrC(O)NRrRr、-NRrC(S)NRrRr、-NHS(O)2NHRr、-NRrS(O)2NH2、-NRrS(O)2NHRr、-NHS(O)2NRrRr、-NRrS(O)2NRrRr、-NHRr、-NRrRr、和-Rj
其中每一-Rj独立选自环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-C(NH)NH2、-ORr、-SRr、-OC(O)Rr、-OC(S)Rr、-C(O)Rr、-C(S)Rr、-C(O)ORr、-C(S)ORr、-S(O)Rr、-S(O)2Rr、-C(O)NHRr、-C(S)NHRr、-C(O)NRrRr、-C(S)NRrRr、-S(O)2NHRr、-S(O)2NRrRr、-C(NH)NHRr、-C(NH)NRsRt、-NHC(O)Rr、-NHC(S)Rr、-NRrC(O)Rr、-NRrC(S)Rr、-NHS(O)2Rr、-NRrS(O)2Rr、-NHC(O)NHRr、-NHC(S)NHRr、-NRrC(O)NH2、-NRrC(S)NH2、-NRrC(O)NHRr、-NRrC(S)NHRr、-NHC(O)NRrRr、-NHC(S)NRrRr、-NRrC(O)NRrRr、-NRrC(S)NRrRr、-NHS(O)2NHRr、-NRrS(O)2NH2、-NRrS(O)2NHRr、-NHS(O)2NRrRr、-NRrS(O)2NRrRr、-NHRr、-NRrRr、环烷基氨基和-Rx
其中每一情况下,Rr、Rs和Rt独立选自低碳烷基、C3-6链烯基、C3-6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,条件是与-ORr、-SRr、-C(O)ORr、-C(S)ORr、-C(O)NHRr、-C(S)NHRr、-C(O)NRrRr、-C(S)NRrRr、-S(O)2NHRr、-S(O)2NRrRr、-C(NH)NHRr、-NRrC(O)Rr、-NRrC(S)Rr、-NRrS(O)2Rr、-NHC(O)NHRr、-NHC(S)NHRr、-NRrC(O)NH2、-NRrC(S)NH2、-NRrC(O)NHRr、-NRrC(S)NHRr、-NHC(O)NRrRr、-NHC(S)NRrRr、-NRrC(O)NRrRr、-NRrC(S)NRrRr、-NHS(O)2NHRr、-NRrS(O)2NH2、-NRrS(O)2NHRr、-NHS(O)2NRrRr、-NRrS(O)2NRrRr、-NHRr或-NRrRr的任何-O-、-S-或-N-结合的低碳烷基碳的任何取代基选自氟和-Ry,并且其中C3-6链烯基或C3-6炔基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,条件是与-ORr、-SRr、-C(O)ORr、-C(S)ORr、-C(O)NHRr、-C(S)NHRr、-C(O)NRrRr、-C(S)NRrRr、-S(O)2NHRr、-S(O)2NRrRr、-C(NH)NHRr、-NRrC(O)Rr、-NRrC(S)Rr、-NRrS(O)2Rr、-NHC(O)NHRr、-NHC(S)NHRr、-NRrC(O)NH2、-NRrC(S)NH2、-NRrC(O)NHRr、-NRrC(S)NHRr、-NHC(O)NRrRr、-NHC(S)NRrRr、-NRrC(O)NRrRr、-NRrC(S)NRrRr、-NHS(O)2NHRr、-NRrS(O)2NH2、-NRrS(O)2NHRr、-NHS(O)2NRrRr、-NRrS(O)2NRrRr、-NHRr或-NRrRr的任何-O-、-S-或-N-结合的C3-6链烯基碳或C3-6炔基碳的任何取代基选自氟、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、或-Ry,并且其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,或Rs和Rt与它们所连接的氮结合形成5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基,其中所述5-7元杂环烷基或5或7元含氮杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-NO2、-CN、-OH、-NH2、ORu、-SRu、-NHRu、-NRuRu、-Rx和-Ry;其中每一Ru独立选自低碳烷基、C3-6链烯基、C3-6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,条件是与-ORu的-O-、-SRu的-S-、或-NHRu的-N-结合的低碳烷基碳的任何取代基是氟或-Ry,并且其中C3-6链烯基或C3-6炔基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,条件是与-ORu的-O-、-SRu的-S-、或-NHRu的-N-结合的C3-6链烯基碳或C3-6炔基碳的任何取代基是氟、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、或-Ry,并且其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;
其中每一-Rx选自低碳烷基、低碳链烯基和低碳炔基,其中低碳烷基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,并且其中低碳链烯基或低碳炔基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自-Ry、氟、OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;其中每一-Ry选自环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,并且环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选地被一个或多个取代基,优选地1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、-NO2、-CN、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
[0091]“低碳烷氧基”是指基团-ORz,其中Rz是低碳烷基。“取代的低碳烷氧基”是指低碳烷氧基,其中Rz是由本文所述的一个或多个取代基取代的低碳烷基,例如,在描述式I(包括式Ia、Ib、Ig和所有其子实施方式)化合物中,包括对取代环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基的描述,所述取代基在任何可用原子处连接产生稳定化合物。优选地,低碳烷氧基由1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代。例如,“氟取代的低碳烷氧基”是指其中低碳烷基被一个或多个氟原子取代的低碳烷氧基,其中优选地,低碳烷氧基被1、2、3、4或5个氟原子取代,也可以被1、2或3个氟原子取代。虽然应当理解,烷氧基上的取代基在任何可用原子处连接以产生稳定化合物,然而,烷氧基的取代基是这样的:-O-、-S-或-N-(除了N是杂芳基环原子之外)不与结合于烷氧基-O-的烷基碳结合。进一步地,当烷氧基被描述为另一部分的取代基时,烷氧基的氧不与结合于所述另一部分的-O-、-S-或-N-(除了N是杂芳基环原子之外)的碳原子结合,或不与所述另一部分的烯碳或炔碳结合。
[0092]“低碳烷基硫代”是指基团-SRaa,其中Raa是低碳烷基。“取代的低碳烷基硫代”表示低碳烷基硫代,其中Raa是由本文所述的一个或多个取代基取代的低碳烷基,例如,在描述式I(包括式Ia、Ib、Ig和所有其子实施方式)化合物中,包括对取代的环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基的描述,所述取代基在任何可用原子处连接以产生稳定化合物。优选地,低碳烷基硫代由1、2、3、4或5个取代基,也可以是1、2或3个取代基取代。例如,“氟取代的低碳烷基硫代”是指其中低碳烷基被一个或多个氟原子取代的低碳烷基硫代,其中优选地,低碳烷基硫代被1、2、3、4或5个氟原子取代,也可以被1、2或3个氟原子取代。虽然应当理解,烷基硫代上的取代在任何可用原子上连接而产生稳定化合物,然而,烷基硫代的取代基是这样的:-O-、-S-或-N-(除了N是杂芳基环原子)不与结合于烷基硫代的-S-的烷基碳结合。进一步地,当烷基硫代被描述为另一部分的取代基时,该烷基硫代的硫不与结合于所述另一部分的-O-、-S-或-N-(除了N是杂芳基环原子)的碳原子结合,或不与所述另一部分的烯碳或炔碳结合。
[0093]“氨基”或“胺”表示为基团-NH2。“单烷基氨基”表示基团-NHRbb,其中Rbb是低碳烷基。“二烷基氨基”表示基团-NRbbRcc,其中Rbb和Rcc是独立的低碳烷基。“环烷基氨基”表示基团-NRddRee,其中Rdd和Ree与氮联合形成5-7元杂环烷基,其中杂环烷基在环中可以包含其它杂原子,如-O-、-N-或-S-,并且也可以进一步被低碳烷基取代。5-7元杂环烷基的例子包括但不限于,哌啶基、哌嗪基、4-甲基哌嗪基、吗啉基和硫代吗啉基。虽然可以理解,当单烷基氨基、二烷基氨基或环烷基氨基是其它部分上的取代基时,其在任何可用原子上连接以形成稳定化合物,然而,作为取代基的单烷基氨基、二烷基氨基或环烷基氨基的氮不与结合于所述其它部分的-O-、-S-或-N-的碳原子结合。
[0094]如本文所使用的,术语c-kit-介导的疾病或病症是指这样的疾病或病症,其中c-kit的生物学功能影响所述疾病或病症的发展和/或进程,和/或其中对c-kit的调节改变发展、进程、和/或症状。例如,c-kit基因突变如Herbst等(J.Biol.Chem.,1992,267:13210-13216)报告的W42、Wv和W41突变分别赋予严重、中度和轻微的表型特征。这些突变不同程度地削弱了受体的固有酪氨酸激酶活性并且是影响c-kit活性调节的模型。c-kit-介导的疾病或病症包括c-kit的抑制提供了治疗益处的疾病或病症,例如,其中应用包括本发明化合物在内的c-kit抑制剂进行治疗,对患有所述疾病或病症或处于所述疾病或病症的风险的对象提供了治疗益处。
[0095]如本文所使用的,术语c-fms介导的疾病或病症是指这样的疾病或病症,其中c-fms的生物学功能影响所述疾病或病症的发展和/或进程,和/或其中对c-fms的调节改变发展、进程、和/或症状。例如,Dai等(Blood,2002,99:111-120)的缺失c-fms的Csflr-/Csflr-突变小鼠是用于其中c-fms活性已被破坏的疾病或病症的动物模型。c-fms-介导的疾病或病症包括c-fms的抑制提供了治疗益处的疾病或病症,例如,其中应用包括本发明化合物在内的c-fms抑制剂进行治疗,对患有所述疾病或病症或处于所述疾病或病症的风险的对象提供了治疗益处。
[0096]如本文所使用的,术语“组合物”指适于给意图的动物对象施用以达到治疗目的的制剂,其含有至少一种药物活性化合物和至少一种药物学上可容许的载体或赋形剂。
[0097]术语“药物学上可容许的”表示所述物质不具有这样的特性,即考虑到将被治疗的疾病或病症以及各自的施用途径,该特性将会使理性谨慎的医疗从业者避免给患者服用该物质。例如,对于可注射物来说,通常要求这样的物质是基本无菌的。
[0098]在本上下文中,术语“治疗上有效的(therapeutically effective)”和“有效量(effective amount)”表示所述物质和物质的量对于预防、减轻或改善疾病或病症的一种或多种症状,和/或延长接受治疗的对象的存活是有效的。
[0099]对人c-kit多肽中的具体氨基酸残基的引用由相应于GenBankNP_000213(SEQ ID NO:1)中的Kit序列的编号定义。对编码全部或部分c-kit的核苷酸序列中具体核苷酸位置的引用由相应于GenBank NM_000222(SEQ ID NO:2)中提供的序列的编号定义。对人c-fms多肽中的具体氨基酸残基的引用由相应于GenBank NP 005202(SEQ ID NO:3)中的FMS前体序列的编号定义。对编码全部或部分c-fms的核苷酸序列中具体核苷酸位置的引用由相应于GenBank NM 005211(SEQ ID NO:4)中提供的序列的编号定义。
[0100]术语“Kit”、“c-kit”和“c-Kit”指一种具有酶促活性的激酶,该激酶含有与包括全长c-Kit(例如人c-Kit,例如序列NP_000213,SEQ ID NO:1)的ATP结合位点在内的氨基酸残基有90%以上氨基酸序列同一性的部分,这是对于相等长度的片段内进行的最大程度比对而言的;或者含有与天然c-Kit的至少200个连续氨基酸有90%以上氨基酸序列同一性的部分,并且保持其激酶活性。优选地,序列同一性是至少95%、97%、98%、99%或者甚至100%。优选地,所描述的序列同一性水平是在长度至少为100-500、至少200-400、或至少300个连续的氨基酸残基序列内。除非有相反的说明,该术语还包括对照野生型c-kit、等位基因变体和突变形式(例如,具有活化突变)。
[0101]术语“fms”、“c-fms”、“FMS”和“c-Fms”指一种具有酶促活性的激酶,该激酶含有与包括全长c-fms(例如人c-fms,例如GenBank序列NP 005202,SEQ ID NO:3的残基20-972)的ATP结合位点在内的氨基酸残基具有90%以上氨基酸序列同一性的部分,这是对于相等长度的片段内进行的最大程度比对而言的;或者含有与天然c-fms的至少200个连续氨基酸具有90%以上氨基酸序列同一性的部分,并且保持其激酶活性。优选地,序列同一性是至少95%、97%、98%、99%或者100%。优选地,所描述的序列同一性水平是在长度至少为100-500、至少200-400、或至少300个连续的氨基酸残基序列内。除非有相反的说明,该术语还包括野生型c-fms、等位基因变体和突变形式(例如,具有活化突变)。术语“pFMS”是指磷酸化c-fms。术语“c-fms活性”是指c-fms的生物学活性,特别是包括激酶活性。缩写“M-CSF”是指c-fms RPTK的配体,缩写“SCF”是指c-Kit RPTK的配体。
[0102]术语“c-Kit激酶结构域”指缩短长度的c-kit(即,比全长c-kit短至少100个氨基酸),其包括c-kit中的激酶催化区。术语“c-fms激酶结构域”指缩短长度的c-fms(即,比全长c-fms短至少100个氨基酸),其包括c-fms中的激酶催化区。高度优选地以用于本发明的是,该激酶结构域保留了激酶活性,优选地保留了至少60%、70%、80%、90%或100%的天然c-fms激酶活性。术语“激酶”或相似意义的术语涉及c-Kit或c-fms。
[0103]如本文所用的,术语“配体”和“调节剂”等同地用于指化合物,其能够改变(即提高或降低)靶生物分子例如酶诸如激酶或激酶的活性。一般而言,配体或调节剂会是一种小分子,其中“小分子”指分子量为1500道尔顿或更小的化合物,或者优选地1000道尔顿或更小,800道尔顿或更小,或者600道尔顿或更小。
[0104]与靶标和潜在的结合化合物之间的相互作用有关的术语“结合”表示,与和蛋白质的一般缔合作用(即非特异性结合)相比,该潜在的结合化合物以统计学上显著的程度与该靶标缔合。因此,术语“结合化合物”指与靶标分子具有统计上显著的缔合作用的化合物。优选地,结合化合物与特定靶标以1mM或更小的解离常数(kD)相互作用。结合化合物可以以“低亲和力”、“非常低亲和力”、“极低亲和力”、“中等亲和力”、“中等高亲和力”或“高亲和力”结合,如本文所述。
[0105]在结合于靶标的化合物的上下文中,术语“较高亲和力”表示该化合物比参照化合物,或者比参照条件下的相同化合物,结合得更加紧密,即具有较低的解离常数。在具体的实施方案中,较高亲和力是至少2、3、4、5、8、10、50、100、200、400、500、1000或10,000倍的亲和力。
[0106]同样在结合于生物分子靶标的化合物的上下文中,术语“较高特异性”表示,化合物结合于特定靶标的程度比结合于在相应结合条件下可能出现的另一种生物分子或多种生物分子的程度更高,其中结合于这样的其它生物分子产生不同于结合于特定靶标的生物学活性。一般地,特异性与一组有限的其它生物分子有关,例如在c-kit或c-fms的情况下,是其它酪氨酸激酶或者甚至是其它类型的酶。在具体实施方案中,较高特异性是至少2、3、4、5、8、10、50、100、200、400、500或1000倍的特异性。
[0107]如本文中与结合化合物或配体的有关之处所使用的,术语“c-kit激酶特异性的”、“c-kit特异性的”和类似意义的术语指具体化合物以统计上比在具体样品中可能出现的其它激酶更高的程度结合于c-kit。而且,在对除结合作用以外的生物学活性进行说明的情况下,术语“c-kit特异性的”表示,与结合于其它酪氨酸激酶相比,具体化合物具有与结合c-kit相关的更大生物学效应,例如激酶活性抑制作用。优选地,该特异性也是相对于可能在具体样品中出现的其它生物分子(并不限于酪氨酸激酶)而言的。术语“c-fms激酶特异性的”、“c-fms特异性的”和类似意义的术语指具体化合物以统计上比在具体样品中可能出现的其它激酶更高的程度结合于c-fms。而且,在对除结合作用以外的生物学活性进行说明的情况下,术语“c-fms特异性的”表示,与结合于其它酪氨酸激酶相比,具体化合物具有与结合c-fms相关的更大生物学效应,例如激酶活性抑制作用。优选地,该特异性也是相对于可能在具体样品中出现的其它生物分子(并不限于酪氨酸激酶)而言的。
[0108]如本文中与测试化合物、结合化合物和调节剂(配体)有关之处所使用的,术语“合成”(synthesizing)和类似的术语指从一种或多种前体物质进行的化学合成。
[0109]“分析”指创造实验条件并收集有关该实验条件下具体结果的数据。例如,酶可以根据其对可检测底物起作用的能力加以分析。化合物或配体可以通过其对特定靶标分子或多种分子的结合能力加以分析。
[0110]如本文中所用的,术语“调节”(modulating)或“调节”(modulate)指改变生物学活性的效应,尤其是与特定生物分子诸如c-kit或c-fms相关的生物学活性。例如,特定生物分子的激动剂或拮抗剂调节该生物分子例如酶的活性。
[0111]术语“c-kit活性”指c-kit的生物学活性,尤其包括激酶活性。术语“c-fms活性”指c-fms的生物学活性,尤其包括激酶活性。
[0112]在作为调节剂或可能作为调节剂的化合物的使用、检测或筛选的上下文中,术语“接触(contacting)”指使该种(多种)化合物充分接近特定分子、复合物、细胞、组织、生物或其它具体物质,以使该化合物与其它具体物质之间潜在的结合相互作用和/或化学反应可以发生。
[0113]如本文中与氨基酸序列或核酸序列有关之处所使用的,术语“分离”表示该序列是从在正常情况下同该序列相关的氨基酸和/或核酸序列的至少一部分分离开的。
[0114]关于氨基酸或核酸序列,术语“纯化的”表示,该特定分子在组合物中占据的生物分子的比例明显高于在现有组合物例如在细胞培养物中的比例。该较高的比例可以是2倍、5倍、10倍或者更高。
I.总述
[0115]一方面,本发明涉及式I、式Ia、式Ib、或式Ig及其所有子实施方式的化合物,它们是c-kit、c-fms、或c-kit和c-fms二者的抑制剂,并且涉及这些化合物在治疗由c-kit、c-fms、或c-kit和c-fms二者介导的疾病中的应用。
[0116]按照本文实施例中描述的下面的方法制备的式I、式Ia、式Ib、或式Ig的示例性化合物如下:
苯甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0001),
(6-苄氨基-吡啶-3-基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0002),
[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0003),
(4-甲氧基-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0004),
(4-氯-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0005),
(4-氟-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0006),
(4-甲基-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0007),
[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-噻吩-2-基甲基-胺(P-0008),
(4-氯-苯甲基)-[5-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0009),
(4-氯-苯甲基)-[5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0010),
[5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0011),
[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0012),
[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0013),
(4-氯-苯甲基)-[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0014),
[6-(4-氟-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0015),
[6-(3-氟-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0016),
(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲酮(P-0017),
(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-{6-[(噻吩-2-基甲基)-氨基]-吡啶-3-基)-甲酮(P-0018),
3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0019),
3-(6-叔丁氧基-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0020),
二甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0021),
3-(6-甲氧基-吡啶-3-基甲基)-4-噻吩-3-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0022),
(6-苯氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-yl)-甲酮(P-0023),
(6-异丙氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-yl)-甲酮(P-0024),
(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-yl)-甲酮(P-0025),
[6-(3-苄氧基-苯基氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0026),
[6-(3-羟基-苯基氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0027),
异丁基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0028),
(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0029),
[6-(环丙基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0030),
[6-(环己基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0031),
环丙基甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0032),
环己基甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0033),
[6-(环丙基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0034),
[6-(环己基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0035),
(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲醇(P-0036),
[6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0037),
[5-(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苯甲基)-胺(P-0038),
(4-氯-苯甲基)-{5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0039),
(4-氯-3-三氟甲基-苯甲基)-{5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0040),
(4-氯-苯甲基)-{5-[甲氧基-(5-吡啶-3-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0041),
(4-氯-苯甲基)-(5-{[5-(3-甲璜酰基-苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-甲氧基-甲基}-吡啶-2-基)-胺(P-0042),
{5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0043),
[6-(4-氯-苄氨基)-2-甲基-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0046),
[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0048),
[2,6-二-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0049),
[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(P-0050),
6-(4-氯-苄氨基)-3-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-醇(P-0051),
3-(2-乙基硫烷基-4,6-二甲基-嘧啶-5-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0052),
[5-(5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0053),
[5-(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0054),
3-[6-(3-氯-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0055),
3-[6-(4-氯-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0056),
3-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0057),
(4-氯-苯甲基)-[5-(5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0058),
(4-氯-苯甲基)-[5-(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0059),
{5-[5-(2-二乙氨基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0060),
3-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇(P-0061),
3-[6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇(P-0062),
(4-氯-苯甲基)-{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0063),
{5-[5-(2-吡咯烷-1-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0064),
{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0065),
{5-[5-(3-二乙氨基-丙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苯甲基)-胺(P-0066),
N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺(P-0067),
N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰氨(P-0068),
(4-氯-苯甲基)-{5-[5-(3-二乙氨基-丙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0069),
[6-(4-氯-苄氨基)-2-三氟甲基-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0070),
N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰氨(P-0071),
N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺(P-0072),
4-氟-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-苯甲酰胺(P-0073),
4-氯-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-苯甲酰胺(P-0074),
[(S)-1-(4-氯-苯基)-乙基]-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0075),
5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(P-0076),
[2-(4-氯-苄氨基)-噻唑-5-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0077),
(4-氯-苯基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基甲基]-胺(P-0078),
3-[(5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)-甲氧基-甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0079),
3-(5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0080),
(4-氯-苯甲基)-[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0081),
(4-氯-苯甲基)-[6-氟-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0082),
(4-氯-苯甲基)-[4-氯-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-噻唑-2-基]-胺(P-0083),
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苯甲酰胺(P-0084),
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苯酰胺(P-0085),
[3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-基]-苯基-甲酮(P-0086),
1-[3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-基]-3-苯基-1-丙酮(P-0087),
3-(3,5-二甲基-1-甲苯磺酰基-1H-吡唑-4-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0088),
3-[1-(丁烷-1-磺酰基)-3,5-二甲基-1H-吡唑-4-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0089),和
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸丁酰胺(P-0090)。
与c-Kit有关的示例性疾病
[0117]本文所述化合物用于治疗涉及c-kit的疾病,例如,涉及未调节的激酶信号转导的疾病,包括细胞增殖性疾病、纤维化疾病和代谢疾病等。如下面和整体并入本文作为参考的Lipson等的U.S.20040002534(美国申请10/600,868,2003年6月23日提交)更详细描述,能够被本发明治疗的细胞增殖性疾病包括癌症,和肥大细胞增殖性疾病。
[0118]c-kit的存在也与许多不同类型的癌症有关,如下文所述。此外,c-kit异常和疾病之间的关联不限于癌症。同样地,c-kit与恶性病有关,包括肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤(GITSs)、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、肥大细胞增生、黑色素瘤和犬肥大细胞肿瘤、和炎性疾病,包括哮喘、类风湿性关节炎、过敏性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥和嗜酸粒细胞增多症。
与c-kit相关的示例性恶性疾病
[0119]c-kit的异常表达和/或激活涉及各种癌症。c-kit对瘤形成病理的作用证据包括其与白血病和肥大细胞瘤、小细胞肺癌、睾丸癌以及胃肠道和中枢神经系统的一些癌症相关。另外,c-kit涉及在雌性生殖道的癌发生(Inoue等,1994,CancerRes.54:3049-3053)、神经外胚层起源的肉瘤(Ricotti等,1998,Blood 91:2397-2405)以及与神经纤维瘤病相关的许旺细胞瘤形成(Ryan等,1994,J.Neuro.Res.37:415-432)中发挥作用。已发现肥大细胞涉及改变肿瘤微环境和促进肿瘤生长(Yang等,2003,J Clin Invest.112:1851-1861;Viskochil,2003,J Clin Invest.112:1791-1793)。因此,c-kit在治疗神经纤维瘤病以及恶性肿瘤方面是有用的靶标。
[0120]小细胞肺癌:已发现在许多小细胞肺癌(SCLC)细胞的病例中,c-kit激酶受体表达异常(Hibi等,1991,Oncogene 6:2291-2296)。因此,作为实例,抑制c-kit激酶可以利于治疗SCLC,例如提高SCLC患者的长期存活。
[0121]白血病:结合至c-kit的SCF保护造血干细胞和祖细胞免于凋亡(Lee等,1997,J.Immunol.159:3211-3219),因此有助于集落形成和血细胞生成。在急性粒细胞白血病(AML)和急性淋巴细胞白血病(ALL)的一些病例中(综述参见Sperling等,1997,Haemat 82:617-621;Escribano等,1998,Leuk.Lymph.30:459-466),经常观察到c-Kit的表达。尽管c-kit在大多数AML细胞中表达,但其表达似乎并不是疾病进程的预兆(Sperling等,1997,Haemat 82:617-621)。但是,SCF保护了AML细胞免于化学治疗剂诱发的凋亡(Hassan等,1996,Acta.Hem.95:257-262)。通过本发明对c-kit进行抑制将会增强这些药剂的功效,可以诱发AML细胞的凋亡。
[0122]已发现来自骨髓增生异常综合征(Sawada等,Blood 1996,88:319-327)或慢性粒细胞白血病(CML)(Sawai等,Exp.Hem.1996,2:116-122)患者的细胞的克隆生长被SCF与其它细胞因子的组合显著增强。CML通过骨髓的费城染色体阳性细胞的扩增加以表征(Verfaillie等,Leuk.1998,12:136-138),这似乎主要是由对凋亡性死亡的抑制导致的(Jones,Curr.Opin.Onc.1997,9:3-7)。已报道,费城染色体的产物,p210BCR-ABL,介导了对凋亡的抑制(Bedi等,Blood 1995,86:1148-1158)。由于p210BCR-ABL和c-Kit都抑制凋亡,并且p62dok已被认为是底物(Carpino等,Cell1997,88:197-204),所以由这些激酶介导的克隆扩增可以通过共同的信号传导通路而发生。但是,也已有报道c-kit与p210BCR-ABL直接相互作用(Hallek等,Brit.J Haem.1996,94:5-16),这表明c-kit在CML病理中具有更为因果性的作用。因此对c-kit的抑制将对以上疾病的治疗有用。
[0123]胃肠道癌症:正常的结肠直肠黏膜不表达c-kit(Bellone等,1997,J.CellPhysiol.172:1-11)。但是,c-kit在结肠直肠癌中经常表达(Bellone等,1997,J.CellPhysiol.172:1-11),并且在若干直肠癌细胞系中部已观察到SCF和c-kit自分泌环路(Toyota等,1993,Turn Biol 14:295-302;Lahm等,1995,Cell Growth&Differ6:1111-1118;Bellone等,1997,J.Cell Physiol.172:1-11)。而且,通过使用中和抗体破坏该自分泌环路(Lahm等,1995,Cell Growth&Differ.6:1111-1118)以及下调c-kit和/或SCF,明显抑制细胞增殖(Lahm等,1995,Cell Growth&Differ 6:1111-1118;Bellone等,1997,J.Cell Physiol.172:1-11)。
[0124]SCF/c-kit的自分泌环路已在胃癌细胞系中被观察到(Turner等,1992,Blood 80:374-381;Hassan等,1998,Digest.Dis.Science 43:8-14),并且组成型c-kit的活化对于胃肠基质肿瘤(GISTs)似乎也是重要的。GISTs是最常见的消化系统间叶细胞瘤。90%以上的GISTs表达c-kit,其与这些来自卡雅尔肠细胞(interstitialcells of Cajal,ICCs)的肿瘤细胞的假定起源相一致(Hirota等,1998,Science279:577-580)。ICCs被认为是调节胃肠道收缩的,并且在其ICCs中缺少c-kit的患者表现为肌病型慢性特发性肠假性梗阻(Isozaki等,1997,Amer.J.of Gast.9:332-334)。在来自若干不同患者的GISTs中表达的c-kit中观察到在胞内近膜结构域中有突变,该突变导致此c-kit的组成型活化(Hirota等,1998,Science279:577-580)。因此,抑制c-kit激酶对于治疗这些癌症将会是有效的手段。
[0125]睾丸癌:男性生殖细胞癌在组织学上已被分类划分为精原细胞瘤,其保留了生殖细胞的特征,和非精原细胞瘤,其可以表现出胚胎分化的特征。精原细胞瘤和非精原细胞瘤均被认为起始于被命名为原位癌(carcinoma in situ,CIS)的侵袭前阶段(Murty等,1998,Sem.Oncol.25:133-144)。已报道,c-kit和SCF在胚胎发生过程中对于正常的性腺发育都是必要的(Loveland等,1997,J.Endocrinol153:337-344)。不论受体还是配体的损失都会导致动物丧失生殖细胞。在出生后的睾丸中,已发现c-kit在睾丸间质(Leydig)细胞和精原细胞中都有表达,而SCF是在塞尔托利细胞中表达(Loveland等,1997,J.Endocrinol 153:337-344)。睾丸肿瘤在表达人乳头瘤病毒16(HPV16)的E6和E7癌基因的转基因小鼠中高频率地由Leydig细胞发展起来(Kondoh等,1991,J.Virol.65:3335-3339;Kondoh等,1994,J.Urol.152:2151-2154)。这些肿瘤既表达c-kit也表达SCF,并且自分泌环路可能有助于肿瘤发生(Kondoh等,1995,Oncogene 10:341-347),该肿瘤发生与细胞功能性p53以及与E6和E7相联系的视网膜母细胞瘤基因产物的损失有关(Dyson等1989,Science 243:934-937;Werness等,1990,Science 248:76-79;Scheffner等,1990,Cell63:1129-1136)。SCF(Kondoh等,1995,Oncogene 10:341-347)或c-kit(Li等,1996,Canc.Res.56:4343-4346)的缺陷型信号传导突变体抑制睾丸肿瘤在表达HPV16 E6和E7的小鼠中形成。c-kit激酶的活化对这些动物的肿瘤发生是关键的,并且因此通过本发明调节c-kit激酶通路将会防止或治疗这样的病症。
[0126]生殖细胞肿瘤中c-kit的表达表明,该受体由大多数原位癌和精原细胞瘤表达,但是c-kit仅在少数非精原细胞瘤中表达(Strohmeyer等,1991,Canc.Res.51:1811-1816;Rajpert-de Meyts等,1994,Int.J.Androl.17:85-92;Izquierdo等,1995,J.Pathol.177:253-258;Strohmeyer等,1995,J.Urol.153:511-515;Bokenmeyer等,1996,J.Cancer Res.Clin.Oncol.122:301-306;Sandlow等,1996,J.Androl.17:403-408)。因此,抑制c-kit激酶提供了治疗这些病症的手段。
[0127]CNS癌症:SCF和c-kit在发育中的啮齿动物的CNS都有表达,并且该表达模式表明其在神经外胚层细胞的生长、迁移及分化中的作用。受体和配体在成人大脑中的表达也已被报道(Hamel等,1997,J.Neuro-Onc.35:327-333)。在正常的人脑组织中也已观察到c-kit的表达(Tada等,1994,J.Neuro 80:1063-1073)。胶质母细胞瘤和星形细胞瘤,其定义了大多数颅内肿瘤,产生自星形胶质细胞的瘤变转化(Levin等,1997,Principles&Practice of Oncology:2022-2082)。在胶质母细胞瘤细胞系和组织中已观察到c-kit表达(Berdel等,1992,Canc.Res.52:3498-3502;Tada等,1994,J.Neuro 80:1063-1073;Stanulla等,1995,Act Neuropath 89:158-165)。
[0128]Cohen等,1994,Blood 84:3465-3472报道所检测的全部14种神经母细胞瘤细胞系均含有c-kit/SCF自分泌环路,并且在45%的肿瘤检测样本中都观察到该受体和配体的表达。在两种细胞系中,抗c-kit抗体抑制细胞的增殖,这表明该SCF/c-kit自分泌环路有助于生长(Cohen等,1994,Blood 84:3465-3472)。因此,c-kit激酶抑制物可以被用于治疗这些癌症。
涉及c-Kit的示例性肥大细胞病
[0129]c-kit的过度活化也与由肥大细胞过量丰富引起的疾病有关。肥大细胞增生病是用于描述以肥大细胞过度增殖为特征的一组不同种类病症的术语(Metcalfe,1991,J.Invest.Derm 93:2S-4S;Golkar等,1997,Lancet 349:1379-1385)。有报道,患侵袭性的肥大细胞增生病的患者的肥大细胞c-kit水平提高(Nagata等,1998,Leukemia 12:175-181)。
[0130]另外,肥大细胞和嗜酸性粒细胞代表涉及变态反应、炎症和哮喘的关键细胞(Thomas等,1996,Gen.Pharmacol 27:593-597;Metcalfe等,1997,Physiol Rev77:1033-1079;Naclerio等,1997,JAMA 278:1842-1848;Costa等,1997,JAMA278:1815-1822)。SCF,以及因此c-kit,直接和间接地调控着肥大细胞和嗜酸性粒细胞的活化,因而通过多种机制影响着涉及变态反应和哮喘的主要细胞。由于对肥大细胞和嗜酸性粒细胞功能的这种相互调节,以及SCF在此调节过程中可以发挥的作用,抑制c-kit可以被用于治疗过敏相关性慢性鼻炎、炎症和哮喘。
[0131]肥大细胞增生病:已有报道,SCF(也称为肥大细胞生长因子)对c-kit的刺激作用对于肥大细胞的生长和发育是必要的(Hamel等,1997,J.Neuro-Onc.35:327-333;Kitamura等,1995,Int.Arch.Aller.Immunol.107:54-56)。带有削弱了c-kit的信号传导活性的c-Kit突变小鼠,在其皮肤中已表现出明显较少的肥大细胞(Tsujimura,1996,Pathol Int 46:933-938)。c-kit的过度活化可以与由肥大细胞的过量丰富引起的疾病有关。
[0132]在大多数患者中,肥大细胞增生病限于皮肤,但在15-20%的患者中可能涉及其它器官(Valent,1996,Wein/Klin Wochenschr 108:385-397;Golkar等,1997,Lancet 349:1379-1385)。甚至在患全身性肥大细胞增生病的患者中,该疾病的范围可以从相对良性的预后至侵袭性的肥大细胞增生病以及肥大细胞白血病。(Valent,1996,Wein/Klin Wochenschr 108:385-397;Golkar等,1997,Lancet 349:1379-1385)c-kit在来自犬肥大细胞瘤的恶性肥大细胞上(London等,1996,J.Compar.Pathol.115:399-414),以及在来自患侵袭性的全身性肥大细胞增生病的患者的肥大细胞上(Castells等,1996,J.Aller.Clin.Immunol.98:831-840)已被观察到。
[0133]已表明,SCF作为一种膜结合蛋白,在基质细胞上表达,并且其表达可以被纤维发生生长因子诸如PDGF诱导。同样已表明,SCF作为正常皮肤中的膜结合蛋白,在角质形成细胞上表达。但是,在患肥大细胞增生病的患者的皮肤中,已观察到增加量的可溶性SCF(Longley等,1993,New Engl.J.Med.328:1302-1307)。
[0134]已有报道,肥大细胞的糜蛋白酶(chymase)可将膜缔合SCF切割为可溶的生物学活性形式。肥大细胞介导的此过程可以产生反馈循环,从而增强肥大细胞的增殖和功能(Longley等,1997,Proc.Natl.Acad.Sci.94:9017-9021),并且对于肥大细胞增生病的病因学可能是重要的。过量表达无法从角质形成细胞上通过蛋白水解而被释放的形式的SCF的转基因小鼠,没有得肥大细胞增生病,尽管在角质形成细胞中表达正常SCF的类似动物表现出与人类皮肤肥大细胞增生病相似的表型(Kunisada等,1998,J.Exp.Med.187:1565-1573)。大量可溶性SCF的形成可以对一些患者的与肥大细胞增生病相关的病理学起作用,并且本发明通过调节SCF与c-kit激酶间的相互作用,可以治疗或防止这样的病症。c-kit的若干不同突变,其导致组成型的激酶活性,已在人和啮齿动物肥大细胞瘤细胞系中被发现(Furitsu等,1993,J.Clin.Invest.92:1736-1744;Tsujimura等,1994,Blood 9:2619-2626;Tsujimura等,1995,Int.Arch.Aller.Immunol 106:377-385;Tsujimura,1996,Pathol Int46:933-938)。此外,c-kit基因的活化突变已在分离自肥大细胞增生病和相关血液病患者的外周单核细胞中(Nagata等,1998,Mastocytosis Leuk 12:175-181),以及在患色素性荨麻疹和侵袭性肥大细胞增生病的患者的肥大细胞中(Longley等,1996,Nat.Gen.12:312-314)被观察到。因此抑制c-kit激酶将会证明在这些病症的治疗中具有极好的治疗作用。
[0135]在一些患者中,c-Kit的活化突变可能是造成该疾病的发病机制的原因,并且通过调节SCF与c-kit激酶的相互作用,可以治疗这些患者,或者预防他们的疾病。如已显示的,SCF对c-kit的活化作用可阻止肥大细胞的凋亡,该凋亡对于保持皮肤肥大细胞的动态平衡可能是至关重要的(Iemura等,1994,Amer.J.Pathol 144:321-328;Yee等,1994,J.Exp.Med.179:1777-1787;Mekori等,1994,J.Immunol 153:2194-2203;Mekori等,1995,Int.Arch.Allergy Immunol.107:137-138)。抑制肥大细胞的凋亡可能导致与肥大细胞增生病相关的肥大细胞贮积。因此,对由于受体的过量表达造成的c-kit活化、可溶性SCF的过量形成或者组成型地活化其激酶的c-kit基因突变的观察提供了理论基础,即抑制c-kit的激酶活性将会减少肥大细胞的数量并为肥大细胞增生病患者带来好处。
[0136]对于具有活化c-kit突变的细胞,已发现c-kit的抑制物抑制或者甚至杀死所述细胞(Ma等,2000,J Invest Dermatol.114:392-394),特别是对于调控区的突变(Ma等,2002,Blood 99:1741-1744)。Ma等,2002还表示,对于催化区的突变,抑制物STI571(Gleevec)和SU9529无法抑制所述细胞,因此其它类型的c-kit抑制物是有用的。所以,c-kit抑制物既可以用于对抗野生型c-kit也可以用于对抗含有突变的c-kit,所述突变例如在调节区和/或催化区的活化突变。
[0137]哮喘和变态反应:肥大细胞和嗜酸性粒细胞代表在寄生虫感染、变态反应、炎症和哮喘中的关键细胞(Thomas等,1996,Gen.Pharmacol 27:593-597;Metcalfe等,1997,Physiol Rev 77:1033-1079;Holgate,1997,CIBA Found.Symp.;Naclerio等,1997,JAMA 278:1842-1848;Costa等,1997,JAMA 778:1815-1822)。已表明,SCF对于肥大细胞的发育、存活和生长是必要的(Kitamura等,1995,Int.Arch.Aller.Immunol.107:54-56;Metcalfe等,1997,Physiol Rev 77:1033-1079)。此外,SCF与嗜酸性粒细胞特异性调节物IL-5相配合以增加嗜酸性粒细胞祖细胞的发育(Metcalf等,1998,Proc.Natl.Acad.Sci.,USA 95:6408-6412)。也有报道,SCF会诱导肥大细胞分泌多种因子(Okayama等,1997,Int.Arch.Aller.Immunol.114:75-77;Okayama等,1998,Eur.J.Immunol.28:708-715),这些因子有助于嗜酸性粒细胞的存活(Kay等,1997,Int.Arch.Aller.Immunol.113:196-199),嗜酸性粒细胞可能对慢性嗜酸性粒细胞介导的炎症起作用(0kayama等,1997,Int.Arch.Aller.Immunol.114:75-77;Okayama等,1998,Eur.J.Immunol.28:708-715)。在这方面,SCF直接地和间接地调节肥大细胞和嗜酸性粒细胞的活化。
[0138]SCF诱导肥大细胞释放介质,引发这些细胞进行IgE诱导的脱粒(Columbo等,1992,J.Immunol 149:599-602),并敏化这些细胞对嗜酸性粒细胞来源的颗粒主要碱性蛋白的响应(Furuta等,1998,Blood 92:1055-1061)。在活化的肥大细胞所释放的因子中,有IL-5、GM-CSF和TNF-α,它们影响着嗜酸性粒细胞的蛋白分泌(Okayama等,1997,Int.Arch.Aller.Immunol.114:75-77;Okayama等,1998,Eur.J.Immunol.28:708-715)。除诱导肥大细胞释放组胺(Luckacs等,1996,J.Immunol.156:3945-3951;Hogaboam等,1998,J.Immunol.160:6166-6171),SCF还促进肥大细胞产生嗜酸性粒细胞趋化因子eotaxin(Hogaboam等,1998,J.Immunol.160:6166-6171),以及嗜酸性粒细胞的浸润(Luckacs等,1996,J.Immunol.156:3945-3951)。
[0139]SCF还直接影响着肥大细胞(Dastych等,1994,J.Immunol.152:213-219;Kinashi等,1994,Blood 83:1033-1038)和嗜酸性粒细胞(Yuan等,1997,J.Exp.Med.186:313-323)的黏附,这又调节着组织浸润。因此,SCF可以通过多种机制影响涉及变态反应和哮喘的主要细胞。目前,皮质甾类是慢性鼻炎和变态反应相关炎症最有效的治疗方法(Naclerio等,1997,JAMA 278:1842-1848;Meltzer,1997,Aller.52:33-40)。这些药剂通过多种机制发挥作用,包括减少循环的和浸润的肥大细胞和嗜酸性粒细胞,以及缩短与抑制细胞因子产生相关的嗜酸性粒细胞的存活时间(Meltzer,1997,Aller.52:33-40)。同样已有报道,类固醇会抑制成纤维细胞和常驻结缔组织细胞的SCF表达,这导致了肥大细胞存活时间的缩短(Finotto等,1997,J.Clin.Invest.99:1721-1728)。由于对肥大细胞和嗜酸性粒细胞功能的共同调节作用,以及SCF在此调节过程中发挥的作用,对c-kit激酶的抑制提供了治疗变态反应相关性慢性鼻炎、炎症和哮喘的手段。
[0140]炎性关节炎(Inflammatory arthritis)(例如类风湿性关节炎):由于肥大细胞与关节炎病过程之间的联系(Lee等,2002,Science 297:1689-1692),c-kit提供了有用的靶标,用于预防、延缓和/或治疗炎症性关节炎,诸如类风湿性关节炎。
[0141]多发性硬化:已表明肥大细胞在自身免疫疾病中发挥了广泛的作用,如在多发性硬化(MS)、实验性变应性脑脊髓炎(EAE)的小鼠模型中所阐明的。已表明肥大细胞是该疾病的充分表现所必需的(Secor等,2000,J Exp Med191:813-821)。因此,c-kit也提供了有用的靶标,用于预防、延缓和/或治疗多发性硬化。
与c-fms有关的示例性疾病
[0142]c-fms的存在与许多不同类型的疾病有关。同样地,c-fms与下列疾病有关:免疫疾病,包括类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮(SLE)、韦格纳肉芽肿病和移植排斥,炎性疾病,包括慢性阻塞性肺疾病(COPD)、肺气肿和动脉粥样硬化,代谢疾病,包括胰岛素抵抗、高血糖、和脂肪分解,骨结构或矿化疾病,包括骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙和骨转移,肾脏疾病,包括肾炎(例如,肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎)、肾小管坏死、糖尿病相关性肾脏并发症,和肥大,以及癌症,包括多发性骨髓瘤、急性髓样白血病、慢性髓样白血病(CML)、乳腺癌和卵巢癌。
[0143]c-fms的异常表达和/或活化参与急性髓样白血病AML(Ridge等,Proc.Nat.Acad.Sci.,1990,87:1377-1380)。密码子301突变被认为是通过受体的配体非依赖和组成性酪氨酸激酶活性引起瘤形成。已经示出,密码子969处的酪氨酸残基参与负调节活性,这被氨基酸取代破坏。因此,c-fms突变在慢性骨髓单核细胞性白血病(20%)和AML M4型中(23%)最普遍,两种疾病的特征都是单核细胞分化。
[0144]与AML有关的情况是慢性髓样白血病(CML)。在CML的骨髓原始细胞危象(BC)期间,在超过80%患者中发生非随机附加染色体异常。然而,已报道,这些细胞遗传改变先于CML-BC的临床体征几个月至数年,这表明,其它生物学事件可能参与了CML急性变化的多步骤过程。已经显示,在几种血液恶性病,特别是AML中,发生生长因子的自分泌产生。Specchia等[Br J Haematol.1992 Mar;80(3):310-6]已经证明,在骨髓原始细胞危象中,在几乎所有CML情况下,IL-1β基因被表达,并且高比例的病例表明M-CSF基因的组成性表达。Specchia等研究中的许多相同患者证明了c-fms的同时共同表达。在5名被研究患者中的3名中,白细胞暴露于十四酰佛波乙酸酯(PMA)之后,证实了M-CSF蛋白的释放;然而,在这些患者中,没有检测到明显的白细胞介素-3(IL-3)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)或粒细胞集落刺激因子(G-CSF)。这表明在AML和CML中存在不同的生长因子分泌方式,并且不同的分子事件可能参与白血病增殖的控制。
[0145]在炎症期间,观察到组织中主要的巨噬细胞生长因子M-CSF增加(LeMeur等,J.Leukocyte Biology.2002;72:530-537),这提供了c-fms在一些疾病中的作用。例如,COPD的特征是气流受限,其不是完全可逆的。气流受限一般是进展性的并且与肺对有害颗粒或气体的异常炎症反应有关。在整个气道、软组织和肺血管中观察到COPD的慢性炎症。炎症细胞群由中性粒细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞以及在一些患者中连同嗜酸性粒细胞构成。巨噬细胞被假定为,在COPD炎症中,通过释放介质如TNF-α、IL-8和LTB4而起配合作用,所述介质能够损害肺结构和/或保持中性粒细胞炎症。
[0146]进一步地,M-CSF/Fms信号转导对于破骨细胞形成和破骨细胞前体的存活是关键的。例如,绝经期雌激素丧失引起M-CSF增加,从而引起破骨细胞数目增加和骨再吸收增加,引起骨折和骨质疏松症的风险增加。因此,此信号转导的阻断是抑制骨再吸收的靶点(Teitelbaum,Science.2000;289:1504;Rohan,Science.2000;289:1508.)
[0147]动脉粥样硬化是血管壁的炎性疾病,它与明显的发病率和死亡率有关。在治疗和预防动脉粥样硬化中,对c-fms抑制的作用依赖于几个观察结果(Libby,Nature.2002;420:868-874.)。首先,动脉内膜中的单核细胞增加清道夫受体和内化修饰的脂蛋白的表达。得到的载脂的巨噬细胞发展成泡沫细胞,该细胞是动脉粥样硬化损伤的特征。动脉粥样硬化中的巨噬细胞分泌参与损伤进展的细胞因子和生长因子。此外,巨噬细胞在内膜中复制。通过c-fms,M-CSF激活从单核细胞到载脂巨噬细胞的转变并增加清道夫受体A的表达。事实上,动脉粥样硬化斑块过表达对动脉粥样硬化的进展至关重要的M-CSF。已发现,M-CSF缺失小鼠比M-CSF正常的小鼠经历较不严重的动脉粥样硬化(Rajavashisth等,J.Clin.Invest.1998;101:2702-2710;Qiao等,Am.J.Path.1997;150:1687-1699)。因此,c-fms抑制剂破坏M-CSF信号转导,破坏单核细胞成为巨噬细胞泡沫细胞、巨噬细胞存活和复制、和参与损伤进展的细胞因子信号转导。
[0148]韦格纳肉芽肿病也已知为脉管炎,其特征是血管的肉芽肿炎症,伴有坏死。此炎症限制血流到器官,造成随后的损伤。虽然该疾病可以涉及任何器官系统,但韦格纳肉芽肿病主要影响呼吸道(即,鼻窦、鼻、气管和肺)和肾脏。内皮在许多炎症状态如韦格纳肉芽肿病的几种血管紊乱的免疫病理学中起重要作用,在所述状态中引用静脉内免疫球蛋白(IV Ig)显示出是有益的(参见,例如,Basta等,J Clin Invest 1994,94:1729-1735)。已报道(Xu等,Am.J.Path.1998;153:1257-1266),IV Ig以剂量和时间依赖性方式抑制内皮细胞增殖并下调由TNF-α或IL-1β诱导的粘附分子mRNA(ICAM-1和VCAM-1)、趋化因子mRNA(MCP-1、M-CSF和GM-CSF)和促炎细胞因子mRNA(TNF-α、IL-1β和IL-6)的表达。这些结果可以至少部分地解释血管疾病和炎性疾病中IV Ig的治疗效应。此外,这些结果表明,以与c-fms相互作用的水平抑制M-CSF活性是有效的治疗策略。
[0149]M-CSF和c-fms在肺气肿中的作用似乎通过调控基质金属蛋白而参与弹性蛋白的代谢调节。M-CSF在体内调节肺泡巨噬细胞(AMs)的积累和功能方面起作用(Shibata等,Blood 2001,98:pp.2845-2852)。骨硬化(Op/Op)小鼠没有可检测的M-CSF并且显示出巨噬细胞数目的可变的组织特异性降低。因此,假设在Op/Op小鼠中,AMs的数目会降低并且具有改变的功能,因为M-CSF不存在。Shibata等发现,在20日龄的Op/Op小鼠中而不是年龄大于4个月的Op/Op小鼠中,与年龄匹配的同窝幼崽对照相比,肺节段中鉴定的肺巨噬细胞的数目降低。在年轻而不是成体Op/Op小鼠中,与对照相比,支气管肺泡灌洗液(BAL)中获得的AMs数也降低。重要的是,与对照AMs相比,Op/Op小鼠的AMs自发地释放高水平的基质金属蛋白酶(MMPs)。与MMP释放增加一致,在肺炎症的分子或细胞证据不存在时,Op/Op小鼠具有异常弹性蛋白沉积和自发发展出肺气肿。因此,巨噬细胞中通过M-CSF的金属弹性蛋白酶(metalloelastase)活性调节可以调控肺或血管中的弹性蛋白纤维降解。
[0150]转移癌细胞引起骨破坏,伴有相关的骨折、疼痛、变性和高血钙,这是由于肿瘤细胞产生了破骨因子(osteoclasticogenic factors),包括M-CSF(Clohisy等,Clin.Orthop.2000,373:104-14)。M-CSF与c-fms产物的结合刺激破骨细胞形成和溶骨活性(Kodama等,J.Exp,.Med.1991,173:269-72;Feng等,Endocrinology2002,143:4868-74)。因此,c-fms水平上的破骨细胞活性抑制提供了改善骨转移的引人注意的靶标。
[0151]在许多形式的肾小球肾炎中,巨噬细胞累积是突出的特征。巨噬细胞在肾脏中的局部增殖已在人和试验性肾小球肾炎中描述,并且在增加炎症反应中可以具有重要作用。Isbel等(Nephrol Dial Transplant 2001,16:1638-1647)研究局部巨噬细胞增殖和肾脏M-CSF表达之间的关系。发现在人肾小球肾炎中,肾小球和肾小管间隙M-CSF表达上调,这在增殖形式的疾病中最为明显。由于这与局部巨噬细胞增殖有关,其表明肾脏M-CSF产量增加在调节人肾小球肾炎的局部巨噬细胞增殖中起重要作用。在肾脏炎症模型中(UUO-单侧输尿管阻塞),抗-c-fms抗体治疗降低巨噬细胞累积(Le Meur等,J Leukocyte Biology,2002,72:530-537)。因此,c-fms抑制提供了肾小球肾炎的治疗干预的靶标。
[0152]胰岛素抵抗和肥胖是II型糖尿病的特征,并且胰岛素抵抗和腹部内脏脂肪积累强烈相关(Biorntrop,Diabetes Metab.Res.Rev.,1999,15:427-441)。目前的证据表明,脂肪组织中累积的巨噬细胞释放TNF-a和引起脂肪细胞改变(肥大、脂肪分解、胰岛素敏感性降低)的其它因子,也促进周围组织中的胰岛素抵抗。因此,2型糖尿病中巨噬细胞积累对于疾病进展是重要的。因此,c-fms抑制在防止胰岛素抵抗和高血糖的进展中具有潜能。
[0153]Dewar等近来证明,激酶抑制剂伊马替尼(imatinib)在治疗浓度下也特异地靶向于巨噬细胞集落刺激因子受体c-fms。虽然这一发现在目前接受伊马替尼治疗的患者中对于潜在的副作用具有重要意义,这些结果表明,伊马替尼在治疗c-fms参与的疾病的治疗中也可以是有用的。这包括乳腺癌和卵巢癌和炎性状态如类风湿性关节炎。Dewar等也推测,伊马替尼可以用在由于过度破骨细胞活性而发生骨破坏的疾病中,如血液恶性病、多发性骨髓瘤(Dewar等,Cell Cycle 2005,4(7):851-3)。
[0154]为了确定M-CSF在急性排斥中驱动巨噬细胞增殖的重要性,Jose等在急性肾脏同种异体移植排斥小鼠模型中阻断M-CSF受体c-fms。他们观察到,治疗组的肾小管间隙排斥的严重程度降低,如tubulitis和肾小管细胞增殖降低所示。急性移植排斥期间的巨噬细胞增殖依赖于M-CSF与其受体c-fms的相互作用。他们表明,这一通路在排斥肾脏同种异体移植物中巨噬细胞累积方面起重要和特异性作用(Jose等,Am J Transplant 2003,3(3):294-300)。
[0155]进一步地,c-fms和c-kit功能的调节剂可以用于针对疾病如上述疾病,其中在一些情况下,调节剂对c-fms和c-kit的双重活性在治疗这些疾病中提供了不同益处。与靶向于一种或另一种活性的化合物或靶向于这些活性的分别的化合物相比,单一化合物提供的互补活性会提供附加益处。例如,通过减少肥大细胞释放巨噬细胞化学引诱物或巨噬细胞释放肥大细胞化学引诱物,这些抗炎作用会与伴随的固有细胞功能抑制协同。在双重抑制剂中,不存在共同施用方面的限制。进一步地,双重活性可以引起低得多的治疗效应剂量。
II.c-kit和c-fms相关多肽的产生
[0156]本文中所述的天然和突变的激酶多肽可以使用本领域所熟知的技术完全地或部分地化学合成(参见例如Creighton(1983)Biopolymers 22(1):49-58)。
[0157]可选地,本领域技术人员所熟知的方法可以用于构建包含天然或突变激酶多肽编码序列和适当的转录/翻译调控信号的表达载体。这些方法包括体外重组DNA技术、合成技术和体内重组/遗传重组。参见,例如Maniatis,T(1989)所描述的技术,Molecular cloning:A laboratory Manual.Cold Spring Harbor Laboratory,New York.Cold Spring Harbor Laboratory Press;和Ausubel,F.M.等(1994)Current Protocols in Molecular Biology.John Wiley&Sons,Secaucus,N.J.。
[0158]各种宿主表达载体系统可以被用来表达该激酶编码序列。这些系统包括但不限于微生物,诸如用包含该激酶结构域编码序列的重组噬菌体DNA、质粒DNA或粘粒DNA表达载体转化的细菌;用包含该激酶结构域编码序列的重组酵母表达载体转化的酵母;用包含该激酶结构域编码序列的重组病毒表达载体(例如杆状病毒)感染的昆虫细胞系统;用包含该激酶结构域编码序列的重组病毒表达载体(例如花椰菜花叶病毒,CaMV;烟草花叶病毒,TMV)感染的或者用包含该激酶结构域编码序列的重组质粒表达载体(例如Ti质粒)转化的植物细胞系统;或者动物细胞系统。这些系统的表达元件在其效力和特异性上会有所变化。
[0159]取决于所利用的宿主/载体系统,许多合适的转录元件和翻译元件中的任意元件,包括组成型启动子和诱导型启动子,都可以被用在表达载体中。例如,当在细菌系统中进行克隆时,可以应用诱导型启动子如噬菌体λ的pL、plac、ptrp、ptac(ptrp-lac杂合启动子)和类似启动子;当在昆虫细胞系统中进行克隆时,可以应用启动子如杆状病毒多角体蛋白启动子;当在植物细胞系统中进行克隆时,可以应用来自植物细胞基因组的启动子(例如,热休克蛋白启动子;RUBISCO小亚基的启动子;叶绿素a/b结合蛋白的启动子)或来自植物病毒的启动子(例如,CaMV的35S RNA启动子;TMV的包被蛋白启动子);当在哺乳动物细胞系统中进行克隆时,可以应用来自哺乳动物细胞基因组的启动子(例如,金属硫蛋白启动子)或来自哺乳动物病毒的启动子(例如,腺病毒晚期启动子;痘苗病毒7.5K启动子);当产生出含有多拷贝的激酶结构域DNA的细胞系时,基于SV40、BPV和EBV的载体可与适当的选择标记一起使用。
[0160]描述DNA操作方法、载体、应用的各种细胞类型、将载体整合入细胞的方法、表达技术、蛋白纯化和分离方法以及蛋白浓缩方法的示范性方法在PCT出版物WO 96/18738中详细公开。该出版物以整体并入本文作为参考,包括任何附图。本领域技术人员将理解,这样的描述可以用于本发明,并且可以容易地根据本发明进行调整。
III.结合分析
[0161]本发明的方法涉及能够检测化合物与靶分子的结合的分析试验。此类结合处于统计学上显著的水平,优选具有至少90%的置信水平,更优选至少95%、97%、98%、99%或更大的置信水平,试验信号表示与靶分子的结合,即不同于背景。优选地,对照被用于区分目标结合与非特异性结合。已知很多指示结合的试验可用于不同的靶类型,并且可以用于本发明。
[0162]结合化合物也可以以它们对靶分子的活性的影响来表征。因此,“低活性(low activity)”化合物在标准条件下具有1μM以上的抑制浓度(IC50)或有效浓度(effective concentration)(EC50)。“非常低的活性(very low activity)”是指在标准条件下100μM以上的IC50或EC50。“极低活性(extremely low activity)”是指在标准条件下1mM以上的IC50或EC50。“中等活性(moderate activity)”是指在标准条件下200nM至1μM的IC50或EC50。“适度高活性(moderately highactivity)”是指1nM至200nM的IC50或EC50。“高活性(high activity)”是指在标准条件下低于1nM的IC50或EC50。IC50或EC50被定义为化合物的浓度,在该浓度下,相对于无化合物存在时观察到的活性范围,靶分子(例如酶或其它蛋白质)活性的50%的活性损失或得到。使用本领域普通技术人员已知的方法可以测量活性,例如通过测量由酶反应的发生而产生的任何可检测产物或信号,或者通过测量被测蛋白质的其它活性。
[0163]关于结合试验的“背景信号(background signal)”是指在不存在与靶分子结合的试验化合物、分子骨架或配体的情况下,在标准条件下记录的具体测定的信号。本领域普通技术人员将意识到,存在已被接受的方法,并且它们对测定背景信号而言是广泛可得的。
[0164]“标准偏差(standard deviation)”是指方差的平方根。方差是分布如何被展开的量度。它被计算为每一个数与其平均值的平方差之平均值。例如,对于数1、2和3,平均数为2,方差为:
σ 2 = ( 1 - 2 ) 2 + ( 2 - 2 ) 2 + ( 3 - 2 ) 2 3 = 0.667 .
表面等离子体共振
[0165]结合参数可以用表面等离子体共振加以测量,例如用以固定化结合组分包被的BIAcore芯片(Biacore,Japan)。表面等离子体共振用于表征sFv或其它配体与靶标分子间反应的显微缔合与解离常数。这样的方法一般性地在以下以引用方式并入本文的参考文献中被加以描述。Vely F.等,(2000)BIAcoreanalysis to testphosphopeptide-SH2 domain interactions,Methods in Molecular Biology.121:313-21;Liparoto等,(1999)Biosensor analysis of the interleukin-2receptor complex,Journalof Molecular Recognition.12:316-21;Lipschultz等,(2000)Experimental design foranalysis of complex kinetics using surface plasmon resonance,Methods.20:310-8;Malmqvist.,(1999)BIACORE:an affinity biosensor system for characterization ofbiomolecular interactions,Biochemical Society Transactions 27:335-40;Alfthan,(1998)Surface plasmon resonance biosensors as a tool in antibody engineering,Biosensors&Bioelectronics.13:653-63;Fivash等,(1998)BIAcore for macromolecularinteraction,Current Opinion in Biotechnology.9:97-101;Price等,(1998)Summaryreport on the ISOBM TD-4 Workshop:analysis of 56 monoclonal antibodies against theMUC1 mucin.Tumour Biology 19 Suppl 1:1-20;Malmqvist等,(1997)Biomolecular interaction analysis:affinity biosensor technologies for functionalanalysis of proteins,Current Opinion in Chemical Biology.1:378-83;O’Shannessy等,(1996)Interpretation of deviations from pseudo-first-order kinetic behavior in thecharacterization of ligand binding by biosensor technology,Analytical Biochemistry.236:275-83;Malmborg等,(1995)BIAcore as a tool in antibody engineering,Journal ofImmunological Methods.183:7-13;Van Regenmortel,(1994)Use of biosensors tocharacterize recombinant proteins,Developments in Biological Standardization.83:143-51;和O’Shannessy,(1994)Determination of kinetic rate and equilibriumbinding constants for macromolecular interactions:a critique of the surface plasmonresonance literature,Current Opinions in Biotechnology.5:65-71。
[0166]BIAcore利用表面等离子共振(SPR)的光学性质检测结合于葡聚糖基质的蛋白质浓度的变化,所述葡聚糖基质平放在金/玻璃传感器芯片表面上,即为葡聚糖生物传感器基质。简言之,蛋白质以已知的浓度与葡聚糖基质共价结合,而蛋白质的配体被注入通过葡聚糖基质。定向于传感器芯片表面的相反面的近红外光被反射,并且还在金膜中诱导出消散波,该消散波又引起反射光在特定角度上的强度最低(intensity dip),该角被称为共振角。如果传感器芯片表面的折射率被改变(例如通过与结合蛋白结合的配体),则共振角发生改变。这个角的变化可以被测量,并以共振单位(RUs)表示,1000Rus相当于1ng/mm2的表面蛋白质浓度的变化。沿传感图的y轴,这些变化相对于时间而被显示,所述传感图描述了任何生物反应的缔合和解离。
高通量筛选(HTS)试验
[0167]HTS一般使用自动化分析来搜索大量化合物寻求期望的活性。一般地,通过筛选作用于特定酶或分子的化学品,HTS分析被用于发现新药。例如,如果化学品钝化酶,它可以证明对预防细胞中引起疾病的过程是有效的。使用机器人处理系统(robotic handling system)和自动化的结果分析,高通量方法使研究人员能够非常迅速地针对每一个靶分子测定数千种不同的化学品。
[0168]如此处所用,“高通量筛选”或“HTS”指的是大量化合物(文库)的快速的体外筛选;一般而言为数十至几十万化合物,使用机器人筛选分析。超高通量筛选(uHTS)一般指的是被加速为大于每天100,000次检测的高通量筛选。
[0169]为了实现高通量筛选,将样品放置在多容器载体或平台上是有利的。多容器载体有利于同时测定众多候选化合物的反应。多孔微孔板可以被用作载体。此类多孔微孔板以及它们在很多试验中的使用方法在本领域中都是熟知的,并且是商业可得的。
[0170]筛选试验可以包括对照,目的是对试验组分的适当操作进行校准和确认。含有所有反应物而不含化学文库成员的空白孔通常被包括在内。作为另一个实施例,其调节物被寻求的酶的已知抑制剂(或激活剂)可以与试验的一个样品温育,并且在酶活性上产生的减少(或增加)被用作比较或对照。应当意识到,调节物也可以与酶激活剂或抑制剂组合,以发现抑制酶活化或阻遏的调节物,所述酶活化或阻遏是另外由已知的酶调节物的存在而引起的。
筛选试验期间测量酶促反应和结合反应
[0171]用于测量酶促和结合反应进程的技术,例如在多容器载体(multicontainer carriers)中,是本领域已知的,并且包括但不限于以下。
[0172]分光光度和荧光分光光度试验是本领域所熟知的。这样试验的实例包括使用比色测定来检测过氧化物,如Gordon,A.J.和Ford,R.A.,(1972)The Chemist′s Companion:A Handbook Of Practical Data,Techniques,And References,John Wiley and Sons,N.Y.,Page 437中所述。
[0173]荧光分光光度计可被用于监测反应产物的生成。一般而言,荧光法比吸收法更灵敏。荧光探针的使用是本领域技术人员所熟知的。综述,参见Bashford等,(1987)Spectrophotometry and Spectrofluorometry:A Practical Approach,pp.91-114,IRL Press Ltd.;和Bell,(1981)Spectroscopy In Biochemistry,Vol.I,pp.155-194,CRC Press。
[0174]在荧光分光光度法中,酶被暴露于当被靶酶加工时会改变它们的固有荧光的底物。一般地,底物是非荧光的,并且通过一个或多个反应被转化为荧光团。作为一个非限定的例子,使用AmplexRed试剂(Molecular Probes,Eugene,OR)可以检测SMase活性。为了使用AmplexRed测量鞘磷脂酶活性,下面的反应发生了。首先,SMase水解鞘磷脂,产生神经酰胺和磷酸胆碱。第二,碱性磷酸酶水解磷酸胆碱产生胆碱。第三,胆碱被胆碱氧化酶氧化为甜菜碱。最后,在辣根过氧物酶存在下,H2O2与AmplexRed反应生成荧光产物,试卤灵(Resorufin),使用分光荧光法检测其中的信号。
[0175]荧光偏振(FP)基于荧光团的分子旋转速度的降低,这发生在与较大分子例如受体蛋白结合之后,这使得通过结合配体发生偏振荧光发射。在用平面偏振光激发之后,通过测量荧光团发射的垂直和水平分量,FP被经验性地确定。当荧光团的分子旋转减少时,偏振发射增加。当荧光团与较大分子(即受体)结合时,减缓了荧光团的分子旋转,荧光团产生较大的偏振信号。偏振信号的量级与荧光配体结合的程度在数量上相关。因此,“结合”信号的偏振取决于高亲和性结合的保持。
[0176]FP是均相技术,且反应非常迅速,达到平衡需数秒至数分钟。试剂是稳定的,可以制备大批量,这导致高的可重复性。因为这些性质,FP已经证明是高度可自动化的,经常用与单一试剂、预混合的试剂、示踪物-受体试剂的单温育进行。有关综述,参见Owickiet等,(1997),Application of Fluorescence PolarizationAssays in High-Throughput Screening,Genetic Engineering News,17:27。
[0177]FP是特别有利的,因为其读数不依赖发射强度(Checovich,W.J.等,(1995)Nature 375:254-256;Dandliker,W.B.等,(1981)Methods in Enzymology 74:3-28),因此对猝灭荧光发射的有色化合物的存在不敏感。FP和FRET(参见下文)非常适合鉴定阻断鞘脂受体与它们的配体之间相互作用的化合物。例如,参见Parker等,(2000)Development of high throughput screening assays using fluorescencepolarization:nuclear receptor-ligand-binding and kinase/phosphatase assays,J BiomolScreen 5:77-88。
[0178]可以被用于FP分析中的来自鞘脂的荧光团是商业可得的。例如Molecular Probes(Eugene,OR)目前出售鞘磷脂和一种神经酰胺荧光团。这些分别是N-(4,4-二氟-5,7-二甲基-4-硼-3a,4a-二氮杂-s-indacene-3-戊酰基)鞘氨基(sphingosyl)磷酸胆碱(BODIPYFL C5-鞘磷脂);N-(4,4-二氟-5,7-二甲基-4-硼-3a,4a-二氮杂-s-indacene-3-十二酰基)鞘氨基磷酸胆碱(BODIPYFL C12-鞘磷脂);和N-(4,4-二氟-5,7-二甲基-4-硼-3a,4a-二氮杂-s-indacene-3-戊酰基)鞘氨醇(BODIPYFL C5-神经酰胺)。美国专利4,150,949(庆大霉素的免疫测定(Immunoassay for gentamicin))公开了荧光素标记的庆大霉素,包括荧光素硫代氨基甲酰庆大霉素。使用本领域技术人员熟知的方法,可以制备另外的荧光团。
[0179]示例性的正交偏振荧光读数器包括POLARION荧光偏振系统(TecanAG,Hombrechtikon,瑞士)。用于其它分析的普通多孔板读数器是可得的,例如VERSAMAX读数器和SPECTRAMAX多孔板分光光度计(均来自MolecularDevices)。
[0180]荧光共振能量转移(FRET)是用于检测相互作用的另一种有用的测定,并且已经被描述。例如参见Heim等,(1996)Curr.Biol.6:178-182;Mitra等,(1996)Gene 173:13-17;和Selvin等,(1995)Meth.Enzymol.246:300-345。FRET检测紧密靠近的两种荧光物质之间的能量转移,其具有已知的激发波长和发射波长。举例来说,蛋白质可以被表达为与绿色荧光蛋白(GFP)融合的蛋白。当两种荧光蛋白靠近时,例如当蛋白质与靶分子特异性相互作用时,共振能量可以从一个受激发的分子转移到另一个分子。结果,样品的发射光谱移动了,这可以通过荧光计来测量,例如fMAX多孔荧光计(Molecular Devices,Sunnyvale Calif.)。
[0181]闪烁亲近测定法(SPA)是用于检测与靶分子的相互作用的特别有用的分析方法。SPA被广泛用于制药行业,并且已经被描述(Hanselman等,(1997)J.LipidRes.38:2365-2373;Kahl等,(1996)in proximity 243:282-283;Undenfriend等,(1987)Anal.Biochem.161:494-500)。也可参见美国专利4,626,513和4,568,649和欧洲专利0,154,734。一种商业可得的系统使用了FLASHPLATE闪烁体包被板(scintillant-coated plates)(NEN Life Science Products,Boston,MA)。
[0182]通过多种熟知的方法,靶分子可以与闪烁剂板结合。被衍生化处理以结合融合蛋白例如GST、His6或Flag融合蛋白的闪烁剂板是可得的。当靶分子为蛋白质复合物或多聚体时,一种蛋白质或亚基首先可以被附着到板上,然后在结合条件下,复合物的其它组分被加入,导致(产生)结合复合物。
[0183]在一个典型的SPA测定中,将表达库中的基因产物进行放射性标记,然后加入孔中,并使其与固相相互作用,所述固相为固定的靶分子和在孔中的闪烁体涂层。该试验可以立刻被测量,或允许达到平衡。任何方式下,当放射性标记与闪烁体涂层充分接近时,其产生了由例如TOPCOUNT NXT微板闪烁计数器(Packard BioScience Co.,Meriden Conn.)的装置可检测的信号。如果放射性标记的表达产物与靶分子结合,则放射性标记保持与闪烁体接近足够长时间,这足以产生可检测的信号。
[0184]相反,不与靶分子结合或者仅仅短暂结合的标记蛋白质不会在闪烁体的附近保持足以产生高于本底的信号的长时间。由随机的布朗运动引起的在闪烁体附近所耗用的任何时间也不会导致显著量的信号。同样,在表达步骤过程中所使用的残留的未掺入的放射性标记可能存在,但不会产生明显的信号,因为它处于溶液中,而不是与靶分子相互作用。因此,这些非结合性相互作用会引起某一水平的本底信号,所述本底信号在数学上可以被去除。如果得到太多的信号,可以直接向测定板中加入盐或其它改性剂,直到获得期望的特异性(Nichols等,(1998)Anal.Biochem.257:112-119)。
IV.激酶活性的测定
[0185]可以使用大量不同的激酶活性试验,用于分析活性调节剂和/或确定调节剂对具体激酶或激酶组的特异性。除在下面的实施例中所提及的测定外,本领域普通技术人员知道可以被使用的其它测定法,并且可以针对具体应用修改测定法。例如,涉及激酶的大量论文描述了可以被使用的测定法。
[0186]另外的可选测定可以使用结合测定。例如,以荧光共振能量转移(FRET)形式,或者使用AlphaScreen(放大的发光的邻近均相测定(amplified luminescentproximity homogeneous assay))形式,通过使附着于链霉抗生物素或磷光体特异抗体的供体和受体试剂变化,该种测定被格式化。
V.有机合成技术
[0187]在本领域中存在大量的有机合成技术,以满足构建这些潜在调节剂的挑战。这些有机合成方法中的许多种在本领域技术人员所用的标准参考来源中被加以详细描述。这样的参考的一个实例是March,1994,Advanced Organic Chemistry; Reactions,Mechanisms and Structure,New York,McGraw Hill。因此,用于合成潜在的激酶功能调节剂的有用技术对于有机化学合成领域的技术人员而言是方便可得的。
[0188]对于本文所述的合成实例,溶剂包括本领域技术人员已知的极性和非极性溶剂,包括极性非质子和极性质子溶剂。极性溶剂包括,质子溶剂如甲醇、乙醇、异丙醇、叔丁醇、正丁醇、乙酸、甲酸或水,或非质子溶剂如四氢呋喃(THF)、乙腈、二烷、二氯甲烷、二甲基亚砜(DMSO)、丙酮、N,N-二甲基甲酰胺(DMF)、N,N-二甲基乙酰胺(DMA)、乙酸乙酯、1,2-二甲氧基乙烷、1,2-二氯乙烷、氯仿、1,2-二氯乙烷、或吡啶,但不限于这些溶剂。极性溶剂包括水与上述任何溶剂的混合物,或上述任何两种或多种溶剂的混合物。非极性溶剂包括甲苯、苯、氯苯、二甲苯和己烷,但不限于这些溶剂。
[0189]关于上述合成实例,还原剂包括这样的还原剂,如应用氢和过渡金属催化剂如钯、铂、铑等的催化还原剂(例如,Pt/乙酸/H2);三氟乙酸和三乙基硅烷的混合物、硼烷四氢呋喃配合物、二硼烷、硼烷二甲硫配合物、和硼氢化钠和三氟化硼的组合物;金属如还原铁、锌粉、镁等;金属氢配位化合物如碱金属硼氢化物(例如,硼氢化钾、硼氢化钠、硼氢化锂、硼氢化锌、三乙氧基硼氢化钠等)、氢化铝锂等;金属氢化物如氢化钠等;有机锡化合物(氢化三苯基锡等);和金属盐如镍化合物、锌化合物、锡化合物(例如,氯化锡(II)),和碘化钐/新戊酸/六甲替磷酰三胺(hexamethylphorphoric triamide),但不限于这些还原剂。
[0190]关于上述合成实例,氧化剂包括这样的氧化剂,如Dess-Martin试剂、TEMPO(2,2,6,6-四甲基哌啶-N-氧化物)、DDQ(2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌)、PDC(重铬酸吡啶)、PCC(氯铬吡啶)、吡啶.SO3、三氧化铬、对硝基过苯甲酸、单过氧邻苯二甲酸镁、过碘酸钠、过碘酸钾、过氧化氢、过氧化脲、碱金属溴酸盐、氢过氧化枯烯、叔丁基过氧化物、过酸如过甲酸、过乙酸、过三氟乙酸、过苯甲酸、间氯过苯甲酸、邻羧基过苯甲酸、和类似物;偏过碘酸钠、重铬酸;重铬酸盐如重铬酸钠、重铬酸钾;高锰酸;高锰酸盐如高锰酸钾、高锰酸钠;和铅盐如四乙酸铅。
VI.可选的化合物形式或衍生物
(a)异构体(Isomers)、前体药物(Prodrugs)和活性代谢物
[0191]本发明考虑的化合物在此参考通式和具体化合物来描述。此外,本发明化合物可以以许多不同的形式或以衍生物存在,所有这些都在本发明的范围内。这些包括,例如,互变异构体(tautomers)、立体异构体(stereoisomers)、外消旋混合物、位置异构体(regioisomers)、盐、前体药物(例如羧酸酯)、溶剂化形式(solvated forms)、不同的晶形或多晶型物和活性代谢物。
(b)互变异构体、立体异构体、位置异构体和溶剂化形式
[0192]应该理解,一些化合物可以表现出互变异构。在这种情况下,本文中所提供的式子图明显地只是描述了可能的互变异构形式中的一种。因此,应该理解,本文中所提供的所述式子意图代表所描述的化合物的任何互变异构形式,不只限于结构式附图所描绘的具体的互变异构形式。
[0193]同样,本发明化合物中的一些可以以立体异构体存在,即,它们具有共价连接原子的相同序列,但是原子的空间方向不同。例如,化合物可以是包含一个或多个手性中心的光学立体异构体,因此,可以作为两种或多种立体异构形式存在(例如,对映异构体或非对映异构体)。因此,这样的化合物可以作为单一的立体异构体(即,基本上不含其它立体异构体)、外消旋体、和/或对映异构体和/或非对映异构体的混合物而存在。另一例子是,立体异构体包含几何学异构体,如在双键的相邻碳原子上的取代基为顺式或反式方向。所有这些单一立体异构体、外消旋体及其混合物意图包含在本发明范围内。如果没有相反指明,所有这些立体异构形式被包含在本文提供的式子中。
[0194]在一些实施方案中,本发明的手性化合物处于含有至少80%的单一异构体(60%对映异构体过量(“e.e.”)或非对映异构体过量(“d.e.”))的形式,或至少85%(70%e.e.或d.e.)、90%(80%e.e.或d.e.)、95%(90%e.e.或d.e.)、97.5%(95%e.e.或d.e.)或99%(98%e.e.或d.e.)。如本领域技术人员一般理解,具有一个手性中心的光学纯化合物是基本上由两种可能的对映异构体中的一种构成的化合物(即,对映异构纯),具有一个以上手性中心的光学纯化合物是非对映异构纯和对映异构纯的化合物。在一些实施方案中,化合物以光学纯的形式存在。
[0195]对于其中的合成涉及在双键处特别是碳碳双键处加入单个基团的化合物,所述加入可以发生在任一双键连接原子处。对于此类化合物,本发明包括两种这样的位置异构体。
[0196]此外,所述式子意图包括具有已鉴定结构的溶剂化形式以及非溶剂化形式。例如,所指明的结构包括水合和非水合形式。溶剂化物的其它例子包括与异丙醇、乙醇、甲醇、DMSO、乙酸乙酯、乙酸或乙醇胺组合的结构。
(c)前体药物和代谢物
[0197]除了本发明的式子和本文所述的化合物之外,本发明也包括前体药物(一般是药学上可接受的前体药物)、活性代谢衍生物(活性代谢产物)和它们的药学上可接受的盐。
[0198]前体药物是在生理条件下代谢或通过溶剂分解作用被转化时产生所需活性化合物的化合物或其药学上可接受的盐。一般地,前体药物是无活性的、或其活性低于活性化合物,但能够提供有利的处理、给药或代谢性质。例如,一些前体药物是活性化合物的酯;在代谢期间,酯基被切割而产生活性药物。同时,一些前体药物被酶促活化而产生活性化合物,或在进一步化学反应时产生活性化合物的化合物。
[0199]如The Practice of Medicinal Chemistry,Ch.31-32(Ed.Wermuth,Academic Press,San Diego,CA,2001)中所述,在概念上,前体药物可以被分为两个非排他的种类(non-exclusive categories),生物前体前体药物(bioprecursor prodrugs)和载体前体药物。一般地,生物前体前体药物是无活性的或者是相比对应的活性药物化合物活性低的化合物,其含有一个或多个保护基团并且通过代谢或溶剂分解作用被转化为活性形式。活性药物形式和任何被释放的代谢产物都应该具有可接受的低毒性。一般地,活性药物化合物的形成涉及下列类型之一的代谢过程或反应:
[0200]氧化反应:氧化反应被示例而不限于下述反应:如醇、羰基和酸官能基的氧化,脂族碳的羟化,脂环碳原子的羟基化,芳族碳原子的氧化,碳碳双键的氧化,含氮官能团的氧化,硅、磷、砷和硫的氧化,氧化性N-脱烷基化(delakylation),氧化性O-和S-脱烷基化,氧化性脱氨基,以及其它氧化反应。
[0201]还原反应:还原反应被示例而不限于下述反应:如羰基的还原,羟基和碳碳双键的还原,含氮官能团的还原和其它还原反应。
[0202]氧化状态下不发生变化的反应:氧化状态下不发生变化的反应示例而不限于下述反应:如酯和醚的水解,碳氮单键的水解断裂,非芳族杂环的水解裂解,多个键处进行水合和脱水,由脱水反应获得的新的原子键接,水解脱卤化反应,卤化氢分子的去除和其它这类反应。
[0203]载体前体药物是含有运输部分(transport moiety)的药物化合物,所述部分例如,改进摄取和/或向作用位点(一个或多个)的局部输送。对这种载体前体药物希望的是,药物部分和运输部分之间的键是共价键,前体药物无活性或者相比药物化合物活性低,前体药物和任何释放的运输部分是可接受地无毒的。对于运输部分意图增强摄取的前体药物,典型地,运输部分的释放应该是迅速的。在其它情况下,希望利用提供缓慢释放的部分,例如,一些聚合物或其它部分,如环糊精。(参见,例如,Cheng等,美国专利出版物20040077595,序列号10/656,838,并入本文作为参考)。这种载体前体药物通常对于经口给予的药物是有利的。例如,载体前体药物可以被用于改进下列性质中的一种或多种:增加的亲脂性、增加的药理效应持续时间、增加的位点特异性、降低的毒性和不利反应、和/或药物制剂的改进(例如,稳定性、水溶性、不需要的器官感觉或理化性质的抑制)。例如,通过用亲脂性羧酸酯化羟基,或用醇例如脂族醇酯化羧酸基团,可以增加亲脂性。Wermuth,The Practice of Medicinal Chemistry,Ch.31-32,Ed.Wermuth,Academic Press,San Diego,CA,2001。
[0204]前体药物可以在一个步骤中从前体药物形式变为活性形式,或者可以具有一个或多个中间体形式,所述中间体形式本身可以具有活性或者可以没有活性。
[0205]代谢物,例如,活性代谢物,与上述前体药物例如生物前体前体药物重叠。因此,这种代谢物是药理学上活性的化合物或进一步代谢为药理学活性化合物的化合物,所述药理学活性化合物是通过在对象或患者体内的代谢过程而得到的衍生物。其中,活性代谢物是这些药理学活性衍生化合物。对于前体药物,前体药物化合物通常是无活性的或比代谢产物的活性低。对于活性代谢物,母体化合物可以是活性化合物或者可以是无活性的前体药物。
[0206]应用本领域已知的常规技术,可以对前体药物和活性代谢物进行鉴定,参见,例如,Bertolini等,1997,J Med Chem 40:2011-2016;Shan等,J Pharm Sci86:756-757;Bagshawe,1995,Drug Dev Res 34:220-230;Wermuth,The Practice of Medicinal Chemistry,Ch.31-32,Academic Press,San Diego,CA,2001。
(d)药学上可接受的盐
[0207]化合物可以被配制为药学上可接受盐的形式或者是药学上可接受盐的形式。药学上可接受盐在它们被施用的量和浓度下是无毒的。在不阻止其发挥生理效应的情况下,通过改变化合物的物理特性,这样的盐的制备可以便于药理学应用。在物理性质上有用的改变包括降低熔点以促进经粘膜给药,以及增加溶解度以促进施用更高浓度的药物。
[0208]药学上可接受的盐包括酸加成盐,例如那些含硫酸盐、氯化物、氢氯化物、延胡索酸盐、马来酸盐、磷酸盐、氨基磺酸盐、乙酸盐、柠檬酸盐、乳酸盐、酒石酸盐、甲磺酸盐、乙磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、环己氨基磺酸盐和奎尼酸盐的盐。药学上可接受的盐可以从酸获得,所述酸例如盐酸、马来酸、硫酸、磷酸、氨基磺酸、乙酸、柠檬酸、乳酸、酒石酸、丙二酸、甲磺酸、乙磺酸、苯磺酸、对甲苯磺酸、环己氨基磺酸、延胡索酸和奎尼酸。
[0209]当酸性官能团例如羧酸或酚存在时,药学上可接受的盐也包括碱加成盐,例如那些含有苄星青霉素、氯普鲁卡因、胆碱、二乙醇胺、乙二胺、葡甲胺、普鲁卡因、铝、钙、锂、镁、钾、钠、铵、烷基胺和锌的盐。例如,参见Remington′s Pharmaceutical Sciences,19th ed.,Mack Publishing Co.,Easton,PA,Vol.2,p.1457,1995。使用合适的相应的碱可以制备此类盐。
[0210]通过标准技术,可以制备药学上可接受的盐。例如,将游离碱形式的化合物溶解在合适的溶剂中,例如含有适宜酸的水性溶液或水-醇溶液,然后蒸发溶液进行分离。在另一个实例中,通过使游离碱和酸在有机溶剂中反应来制备盐。
[0211]因此,例如,如果特定化合物是碱,则可以通过本领域可得的任何合适方法制备所需的药学上可接受的盐,例如,用无机酸或有机酸处理游离碱,所述无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸和类似酸,所述有机酸如乙酸、马来酸、琥珀酸、扁桃酸、富马酸、丙二酸、丙酮酸、草酸、乙醇酸、水杨酸、吡喃糖苷酸(pyranosidyl acid)如葡糖醛酸或半乳糖醛酸、α-羟基酸如柠檬酸或酒石酸、氨基酸如天冬氨酸或谷氨酸、芳香酸如苯甲酸或肉桂酸、磺酸如对甲苯磺酸或乙磺酸或类似物。
[0212]相似地,如果特定化合物是酸,则可以通过任何合适方法制备所需的药学上可接受的盐,例如,用无机碱或有机碱处理游离酸,所述无机碱或有机碱例如胺(伯胺、仲胺或叔胺)、碱金属氢氧化物或碱土金属氢氧化物或类似物。合适的盐的示范性例子包括有机盐,其衍生自氨基酸如甘氨酸和精氨酸、氨、伯胺、仲胺和叔胺,以及环胺,如哌啶、吗啉和哌嗪,以及无机盐,其衍生自钠、钙、钾、镁、锰、铁、铜、锌、铝和锂。
[0213]不同化合物的药学上可接受的盐可以作为络合物存在。络合物的例子包括8-氯茶碱络合物(类似于,例如,茶苯海明:苯海拉明8-氯茶碱(1∶1)络合物;晕海宁)和各种各样的包含环糊精的络合物。
[0214]如果没有相反的指定,对本文化合物的详述包括这些化合物的药学上可接受的盐。
(e)多晶形物形式
[0215]在制剂是固体时,本领域技术人员应该理解,化合物和盐可以以不同的晶体或多晶形物形式存在,所有这些意图于包含在本发明和指定的式子的范围内。
VII.给药
[0216]所述方法和化合物一般将被用于人类患者的治疗中。然而,它们也可以被用于治疗在其它脊椎动物中的相似的或相同的疾病,例如哺乳动物如其它灵长类、具有商业意义的动物例如运动动物,农场动物,例如牛、马、猪和绵羊,和宠物如狗和猫。
[0217]合适的剂型,部分地取决于用途或给药的途径,例如经口、经皮、经粘膜、吸入或通过注射(肠胃外)。此类剂型应当使该化合物能够到达靶细胞。其它因素在本领域中是熟知的,包括需要考虑的事项,诸如毒性和延迟化合物或组合物发挥其效应的剂型。技术和配方一般可以在RemingtonL:The Science and Practiceof Pharmacy,21th edition.,Lippincott,Williams and Wilkins,Philadelphia,PA,2005(于此引入作为参考)中找到。
[0218]本发明化合物(即,式I,包括式Ia、Ib、Ig和本文公开的所有子实施方式)可以被配制为药学上可接受的盐。
[0219]载体或赋形剂可以被用于产生组合物。所述载体或赋形剂可以被选择为促进化合物的给药。载体的例子包括碳酸钙、磷酸钙、各种糖例如乳糖、葡萄糖或蔗糖、或淀粉类型、纤维素衍生物、明胶、植物油、聚乙二醇和生理相容性溶剂。生理相容性溶剂的例子包括注射用水(WFI)无菌溶液、盐溶液和葡萄糖。
[0220]可以通过不同的路径施用化合物,包括静脉内、腹膜内、皮下、肌内、经口、经粘膜、直肠、经皮或吸入。在一些实施方式中,优选口服。对口服而言,例如,化合物可以被配制为常规口服剂型,例如胶囊、片剂,以及液体制剂,例如糖浆、酏剂和浓缩滴剂。
[0221]可以获得口服用途的药物制剂,例如通过组合活性化合物与固体赋形剂,任选研磨所形成的混合物,以及加工颗粒的混合物,这在加入合适的辅剂之后,如果需要辅剂的话,从而获得片剂或糖衣丸。合适的赋形剂,具体而言是,填料例如糖,包括乳糖、蔗糖、甘露糖醇或山梨醇;纤维素制剂,例如玉米淀粉、小麦淀粉、大米淀粉、马铃薯淀粉、明胶、黄蓍树胶、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素钠(CMC)和/或聚乙烯吡咯烷酮(PVP:聚维酮(povidone))。如果需要的话,可以加入崩解剂,例如交联的聚乙烯吡咯烷酮、琼脂或藻酸或它们的盐,例如藻酸钠。
[0222]糖衣丸被提供为具有合适的糖衣。对于此目的,可以使用浓缩糖溶液,其可以任选含有例如阿拉伯胶、滑石、聚乙烯吡咯烷酮、卡巴普凝胶、聚乙二醇(PEG)和/或二氧化钛、漆溶液和合适的有机溶剂或溶剂混合物。可以将染料或颜料加入片剂或糖衣丸糖衣中,用于识别或者表征活性化合物剂量的不同组合。
[0223]可以经口服用的药物制剂包括由明胶(“gelcaps”)制成的推合式(push-fit)胶囊,以及由明胶和增塑剂例如甘油或山梨醇制成的软的、密封胶囊。推合胶囊可以含有活性成分,其与填料例如乳糖、粘合剂例如淀粉和/或润滑剂例如滑石或硬脂酸镁,以及任选的稳定剂混合。在软胶囊中,活性化合物可以溶解或悬浮在合适的液体例如脂肪油、液体石蜡或液体聚乙二醇(PEGs)中。另外,可以加入稳定剂。
[0224]可选地,可以使用注射(肠胃外给药),例如肌内的、静脉内的、腹膜内的和/或皮下的。对于注射而言,本发明的化合物被配制为无菌液体溶液,优选在生理相容的缓冲液或溶液中,例如盐溶液、Hank′s溶液或Ringer′s溶液。另外,化合物可以被配制为固体形式,并在使用之前立刻被再溶解或悬浮。也可以生产冻干形式。
[0225]给药也可以通过经粘膜、局部、经皮或吸入方式。对于经粘膜、局部或经皮给药,在配方中使用适合待穿透的屏障的穿透剂。这样的穿透剂在本领域中是普遍已知的,包括,例如,对于经粘膜给药,胆汁盐和梭链孢酸衍生物。另外,去垢剂可以用于促进穿透。经粘膜给药,例如,可以通过鼻喷雾或栓剂(经直肠或阴道)。
[0226]本发明的局部组分可以优选地通过选择本领域已知的合适载体被配制为油、霜剂、洗剂、膏剂等。合适的载体包括植物油或矿物油、白色凡士林(白色软石蜡)、支链脂肪或油、动物脂肪和高分子量醇(C12以上)。优选载体是其中活性成分为可溶的那些载体。如果需要,乳化剂、稳定剂、湿润剂和抗氧化剂以及赋予颜色或香味的制剂也可以包含在内。局部施用的霜剂优选地从矿物油、自乳化蜂蜡和水的混合物配制,在所述混合物中,溶解于小量溶剂(例如油)中的活性成分被混合。此外,透皮方式施用包括透皮贴剂或敷料,如装有活性成分和任选地本领域已知的一种或多种载体或稀释剂的绷带。为了以透皮输送系统形式施用,给药方案期间的施用剂量将当然是持续的,而不是间断的。
[0227]对于吸入剂,可以将本发明的化合物配制为干粉或合适的溶液、悬浮液或气雾剂。粉末和溶液可以用本领域已知的合适的添加剂配制。例如,粉末可以包括合适的粉末基质(powder base)如乳糖或淀粉,溶液可以包括丙二醇、无菌水、乙醇、氯化钠和其它添加剂如酸、碱和缓冲盐。可以经喷雾、泵、喷雾器或雾化器等等通过吸入给予这种溶液或悬浮液。本发明的化合物也可以与其它吸入疗法联合应用,例如,皮质类固醇如氟替卡松丙酸酯、倍氯米松二丙酸酯、丙炎松(triamcinolone acetonide)、布德松和莫米松糠酸酯(mometasone furoate);β受体激动剂如沙丁胺醇、沙美特罗和福莫特罗;抗胆碱能剂如异丙托溴胺(ipratropriumbromide)或噻托(tiotropium);血管扩张剂如treprostinal和伊洛前列素(iloprost);酶如DNA酶;治疗性蛋白;免疫球蛋白抗体;寡核苷酸如单链或双链DNA或RNA、siRNA;抗生素如妥布霉素;毒蕈碱受体拮抗剂;白三烯拮抗剂;细胞因子拮抗剂;蛋白酶抑制剂;色甘酸钠(cromolyn sodium);nedocril sodium和色甘酸酯钠(sodiumcromoglycate)。
[0228]本发明化合物也可以与治疗相同疾病的其它疗法联合应用。这种联合应用包括在不同时间给予化合物和一种或多种其它疗法,或者共同给予化合物和一种或多种其它疗法。在一些实施方式中,应用本领域普通技术人员熟知的方法,对于本发明的一种或多种化合物或联合应用的其它疗法,可以改变剂量,例如,相对于单独应用的化合物或疗法减低给药量。
[0229]应该理解,联合应用包括与其它疗法、药物、医疗过程等一起应用,其中其它疗法或过程可以在与施用本发明化合物不同的时间施用(例如,在短时间内,如数小时内(例如,1、2、3、4-24小时),或在较长时间内(例如,1-2天、2-4天、4-7天、1-4周)),或在与施用本发明化合物相同的时间施用。联合应用也包括与给予一次或不频繁给予的疗法或过程如手术一起应用,以及本发明化合物在其它疗法或过程之前或之后的短时间或较长时间内施用。在一些实施方式中,本发明提供本发明化合物和通过不同给药途径或相同给药途径输送的一种或多种其它药物治疗的输送。任何给药途径的联合应用包括输送本发明化合物和通过相同给药途径输送的一种或多种其它药物治疗,它们共同处于任何制剂中,包括以在施用时以维持其治疗活性的方式化学连接的两种化合物的制剂。一方面,其它药物治疗可以与本发明的一种或多种化合物共同施用。通过共同施用的联合应用包括给予共同制剂或化学连接化合物的制剂,或通过相同或不同途径、在短时间内(例如,在1小时、2小时、3小时、多达24小时内)彼此给予分开制剂中的两种或多种化合物。分开制剂的共同给药包括经同一设备输送的共同给药,例如,同一吸入设备、同一注射器等,或在短时间内从单独的设备彼此给药。本发明化合物和通过同一途径输送的一种或多种另外药物治疗的共同制剂包括共同制备所述材料,以便它们能够通过一个设备给药,包括在一个制剂中组合的单独化合物、或被修饰以便化学连接但仍然保持其生物学活性的化合物。这种化学连接化合物可以具有在体内被基本上保持的连接,或所述连接可以在体内断裂,使两种活性化合物分开。
[0230]通过标准程序可以确定待施用的各种化合物的有效量,考虑的因素例如所述化合物IC50、所述化合物的生物半衰期、对象的年龄、大小和体重以及与对象有关的病症。这些因素和其它因素的重要性对本领域普通技术人员而言是熟知的。一般而言,剂量将在被治疗的对象的大约0.01mg/kg与50mg/kg之间,优选在0.1mg/kg和20mg/kg之间。可以使用多次剂量。
VIII.c-Kit和c-fms的操作
[0231]因为来自多种哺乳动物包括人的c-Kit和c-fms的全长编码序列和氨基酸序列是已知的,所以重组c-Kit和c-fms的克隆、构建,重组蛋白质的生产和纯化,将c-Kit或c-fms导入其它生物体以及c-Kit和c-fms的其它分子生物学操作可以容易地进行。
[0232]操作核酸的技术,诸如,如亚克隆、标记探针(例如使用Klenow聚合酶进行的随机-引物标记、切口平移、扩增)、测序、杂交以及类似技术被完整地公开在科学文献和专利文献中,参见例如Sambrook,ed.,Molecular Cloning:aLaboratory Manual(2nd ed.),Vols.1-3,Cold Spring Harbor Laboratory,(1989);Current Protocols in Molecular Biology,Ausubel,ed.John Wiley&Sons,Inc.,NewYork(1997);Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology:Hybridization With Nucleic Acid Probes,Part I.Theory and Nucleic Acid Preparation,Tijssen ed.Elservier,N.Y.(1993)。
[0233]使用扩增方法,诸如PCR、等温方法、滚环方法等,根据需要可以扩增核酸序列用于进一步的应用,这是技术人员熟知的。参见例如Saiki,“Amplification of Genomic DNA”in PCR Protocols,Innis等,Eds.,Academic Press,San Diego,CA 1990,pp 13-20;Wharam等,Nucleic Acids Res.200129(11):E54-E54;Hafner等,Biotechniques 2001 Apr;30(4):852-6,858,860 passim;Zhong等,Biotechniques 2001 Apr;30(4):852-6,858,860 passim。
[0234]通过本领域技术人员熟知的大量一般方法中的任意方法,可以分析和定量核酸、载体、衣壳、多肽以及类似物。这些包括,例如,分析生化方法例如NMR、分光光度法、射线照相术、电泳、毛细管电泳、高效液相色谱(HPLC)、薄层层析(TLC)及超扩散层析,多种免疫学方法,例如流体或凝胶扩散沉淀反应、免疫扩散、免疫电泳、放射免疫测定(RIAs)、酶联免疫吸附测定(ELISAs)、免疫荧光测定、DNA分析、RNA分析、斑点印迹分析、凝胶电泳(例如SDS-PAGE)、核酸或靶或信号放大方法、放射性标记、闪烁计数和亲和层析。
[0235]通过从基因组样品克隆,以及如果需要的话,通过筛选和再克隆插入片段,可以获得用于在实践本发明的方法中使用的核酸并对其进行操作,所述插入片段例如从基因组克隆或cDNA克隆分离或扩增。在本发明的方法中使用的核酸的来源包括基因组或cDNA文库,其包含在例如哺乳动物人工染色体(MACs)中,例如参见美国专利5,721,118;6,025,155;人类人工染色体,例如参见Rosenfeld(1997)Nat.Genet.15:333-335;酵母人工染色体(YAC);细菌人工染色体(BAC);P1人工染色体,例如参见Woon(1998)Genomics 50:306-316;P1-衍生载体(PACs),例如参见Kern(1997)Biotechniques 23:120-124;黏粒、重组病毒、噬菌体或质粒。
[0236]本发明的核酸可以被操纵性地连接到启动子。启动子可以是一个基序或者指导核酸转录的核酸控制序列的阵列。启动子可以包括在转录的起始位点附近的必要的核酸序列,例如,在聚合酶II型启动子情况下,TATA元件。启动子也任选包括远端增强子或阻遏物元件,其可以位于距离转录的起始位点多达数千碱基对之处。“组成型”启动子是在大多数环境和发育条件下是活性的启动子。“诱导型”启动子是在环境或发育调节下的启动子。“组织特异性”启动子在生物体的某些组织类型中是活性的,但在相同生物体的其它组织类型中不是活性的。词语“操纵性连接(operably linked)”指的是在核酸表达控制序列(例如启动子或转录因子结合位点的阵列)与第二核酸序列之间的功能连接,其中表达控制序列指导对应于第二序列的核酸的转录。
[0237]本发明的核酸也可以被提供在表达载体和克隆载体中,例如编码本发明的多肽的序列。本发明的表达载体和克隆载体可以包括病毒颗粒、杆状病毒、噬菌体、质粒、噬菌粒、黏粒、F黏粒、细菌人工染色体、病毒DNA(例如牛痘、腺病毒、foul痘病毒、伪狂犬病病毒和SV40的衍生物)、P1-型人工染色体、酵母质粒、酵母人工染色体和特异于特定的感兴趣宿主的任何其它载体(例如杆菌、曲霉属(Aspergillus)和酵母)。本发明的载体可以包括染色体DNA序列、非染色体DNA序列和合成的DNA序列。大量合适的载体是本领域技术人员已知的并且是商业可得的。
[0238]使用常规分子生物学方法,如果需要的话,本发明的核酸可以被克隆到多种载体中的任何一种中;克隆体外扩增的核酸的方法被公开在例如美国专利5,426,039中。为便于扩增序列的克隆,限制酶位点可以被“构建到”PCR引物对中。载体可以被引入到基因组或引入到胞质或细胞的核中,并且通过众多常规技术来表达,其在科学和专利文献中得以完整地描述。例如参见Roberts(1987)Nature328:731;Schmeider(1995)Protein Expr.Purif.6435:10;Sambrook,Tijssen or Ausubel。也可以从天然来源分离载体,从来源例如ATCC或GenBank文库获得载体,或者通过合成或重组方法制备载体。例如,本发明的核酸可以被表达在表达盒、载体或病毒中,所述表达盒、载体或病毒在细胞中被稳定表达或瞬时表达(例如游离型表达系统)。可以将选择标记整入到表达盒和载体中,以使转化的细胞和序列具有可选择的表型。例如,选择标记可以编码用于游离型的维持和复制(episomalmaintenance and replication),以致于不需要整合到宿主基因组中。
[0239]在一方面,本发明的核酸被施用于体内,用于在原位表达本发明的肽或多肽。核酸可以作为“裸DNA”施用(参见例如美国专利5,580,859),或者以表达载体的形式施用,例如重组病毒。可以通过任何途径施用核酸,包括肿瘤外周施用(peri-tumorally)或肿瘤内施用(intra-tumorally),如下所述。体内施用的载体可以来自病毒基因组,包括重组修饰的有包膜或无包膜的DNA病毒和RNA病毒,优选地选自杆状病毒科、细小病毒科、picornoviridiae、疱疹病毒科、痘病毒科、腺病毒科或picomnaviridiae。也可以使用嵌合载体,其利用了每一个亲代载体性质的有利价值(参见例如Feng(1997)Nature Biotechnology 15:866-870)。通过重组DNA技术,此类病毒基因组可以被修饰以包括本发明的核酸;并且可以被进一步改造为复制缺陷型、条件复制型或可复制型。在可选的方面,载体来自腺病毒(adenoviral)(例如来自人类腺病毒基因组的不可复制型载体,参见例如美国专利6,096,718;6,110,458;6,113,913;5,631,236);腺相关病毒(adeno-associated viral)和逆转录病毒基因组。逆转录病毒载体可以包括那些基于小鼠白血病病毒(MuLV)、长臂猿白血病病毒(GaLV)、猿免疫缺陷病毒(SIV)、人免疫缺陷病毒(HIV)以及它们的组合的载体;参见例如美国专利6,117,681;6,107,478;5,658,775;5,449,614;Buchscher(1992)J.Virol.66:2731-2739;Johann(1992)Virol.66:1635-1640)。基于腺相关病毒(AAV)型的载体可以被用于将目标核酸转导细胞,例如在核酸和肽的体外生产过程中,以及在体内基因治疗步骤和体外基因治疗步骤中;参见例如美国专利6,110,456;5,474,935;Okada(1996)Gene Ther.3:957-964。
[0240]本发明也涉及融合蛋白和编码它们的核酸。本发明的多肽可以被融合为异源的肽或多肽,诸如N端鉴别肽,其赋予了期望的特征,诸如增加的稳定性或简化的纯化。本发明的肽和多肽也可以被合成和表达为融合蛋白,在其上连有一个或多个额外的结构域,例如用于产生更具免疫原性的肽,以便更容易地分离重组合成肽、鉴定和分离抗体和表达抗体的B细胞等等。有利于检测和纯化的结构域包括例如金属螯合肽,诸如使得能够在固定化的金属上进行纯化的聚组氨酸区和组氨酸-色氨酸模块(histidine-tryptophan modules)、使得能够在固定化的免疫球蛋白上进行纯化的蛋白A结构域、以及用在FLAGS延伸/亲和纯化系统(ImmunexCorp,Seattle WA)中的结构域。在纯化结构域和含基序的肽或多肽之间引入可切割的接头序列,诸如因子Xa或肠激酶(Invitrogen,San Diego CA),以便于纯化。例如,表达载体可以包括表位编码核酸序列,其被连接于六个组氨酸残基,之后是硫氧还蛋白和肠激酶切割位点(参见例如Williams(1995)Biochemistry 34:1787-1797;Dobeli(1998)Protein Expr.Purif.12:404-414)。组氨酸残基有助于检测和纯化,而肠激酶切割位点提供了用于从融合蛋白的剩余部分中纯化表位的方法。在一方面,编码本发明的多肽的核酸与前导序列一起被装配在合适的位置,该前导序列能够指引翻译后的多肽或其片段的分泌。有关编码融合蛋白的载体以及融合蛋白的应用的技术被完整公开在科学文献和专利文献中,参见例如Kroll(1993)DNA Cell.Biol.12:441-53。
[0241]本发明的核酸和多肽可以被结合于固体支持物,例如用在筛选和诊断方法中。固体支持物可以包括例如膜(例如硝化纤维素或尼龙)、微量滴定盘(例如PVC、聚丙烯或聚苯乙烯)、试管(玻璃或塑料)、浸杆(例如玻璃、PVC、聚丙烯、聚苯乙烯、乳胶以及类似物)、微量离心管,或玻璃、硅石、塑料、金属或聚合物珠子,或其它基底例如纸。一种固体支持物使用含金属(例如钴或镍)的柱,其特异性结合通过工程手段连接于肽上的组氨酸标签。
[0242]将分子粘合到固体支持物上可以是直接的(即分子接触该固体支持物)或间接的(“接头”结合于该支持物,并且感兴趣的分子与该接头结合)。分子可以是被共价固定(例如,利用半胱氨酸残基的单反应性硫羟基(参见例如Colliuod(1993)Bioconjugate Chem.4:528-536)或者被非共价但是特异性地固定(例如,通过固定化的抗体(参见例如Schuhmann(1991)Adv.Mater.3:388-391;Lu(1995)Anal.Chem.67:83-87;生物素/链亲合素系统(参见例如Iwane(1997)Biophys.Biochem.Comm.230:76-80);金属螯合,例如Langmuir-Blodgett膜(参见例如Ng(1995)Languir 11:4048-55);金属螯合自组装单层(参见例如Sigal(1996)Anal.Chem.68:490-497),用于聚组氨酸融合物的结合。
[0243]使用商业可得的众多接头可以实现间接结合。反应端可以是多种官能团中的任何一种,包括但不限于:氨基反应端,例如N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活性酯、亚氨酸酯、醛、环氧化物、磺酰卤化物、异氰酸酯、异硫氰酸盐和硝基芳基卤化物(nitroaryl halides);和硫醇反应端,例如吡啶基二硫化物(pyridyldisulfides)、马来酰亚胺、硫代酞酰亚胺(thiophthalimides)和活性卤。异型双官能交联剂具有两个不同的反应端,例如氨基反应端和硫醇反应端,而同型双官能交联剂具有两个相似的反应端,例如双马来酰亚胺己烷(bismaleimidohexane,BMH),其允许含硫氢基的化合物的交联。间隔子可以具有变化的长度,并且可以是脂族或芳香族的。商业可得的同型双官能交联剂的例子包括但不限于亚氨酸酯,例如己二亚氨酸二甲酯二盐酸盐(二甲基己二酰亚氨酸二氢氯化物)(dimethyladipimidate dihydrochloride,DMA);庚二亚氨酸二甲酯二盐酸盐(dimethylpimelimidate dihydrochloride,DMP);和辛二亚氨酸二甲酯二盐酸盐(dimethylsuberimidate dihydrochloride,DMS)。异型双官能交联剂包括商业可得的活性卤-NHS活性酯偶联剂,例如N-琥珀酰亚胺基溴乙酯(N-succinimidyl bromoacetate)和N-琥珀酰亚胺基(4-碘乙酰基)氨基苯甲酸酯(N-succinimidyl(4-iodoacetyl)aminobenzoate,SIAB),以及磺基琥珀酰亚胺基(sulfosuccinimidyl)衍生物,例如磺基琥珀酰亚胺基(4-碘乙酰基)氨基苯甲酸酯(磺基-SIAB)(Pierce)。另一组偶联剂是异型双官能和硫醇可切割剂,例如N-琥珀酰亚胺基3-(2-吡啶基二硫)丙酸酯(SPDP)(Pierce Chemicals,Rockford,IL)。
[0244]抗体也可以被用于将本发明的多肽和肽结合到固相支持物上。这可以直接通过将肽特异性抗体结合到柱来完成,或者可以通过产生融合蛋白嵌合体来完成,所述嵌合体包括连接到例如已知表位(例如标签(例如FLAG、myc)或者合适的免疫球蛋白的恒定区序列(“免疫黏附素(immunoadhesin)”,例如参见Capon(1989)Nature 377:525-531(1989))的含基序的肽。
[0245]本发明的核酸或多肽可以被固定到阵列或应用于阵列。阵列可以被用于筛选或监测组分的文库(例如小分子、抗体、核酸等),检测它们结合本发明的核酸或多肽或调节本发明的核酸或多肽的活性的能力。例如,在本发明的一个方面,被监测的参数是包括本发明的核酸的基因的转录体表达。通过包括细胞的转录体的样品、或者细胞转录本的核酸代表或互补核酸与阵列或“生物芯片”上的固定化核酸杂交,可以测量细胞的一种或多种或者所有的转录体。通过使用在微芯片上的核酸的“阵列”,可以同时对细胞的一些或所有转录体进行定量。可选地,包括基因组核酸的阵列也可以被用于确定通过本发明的方法而制备的新工程菌株的基因型。多肽阵列也可以被用于同时对众多蛋白质进行定量。
[0246]如此处所用的术语“阵列(array)”或“微阵列(microarray)”或“生物芯片(biochip)”或“芯片(chip)”是多个靶标元件,每个靶标元件包括确定量的一种或多种多肽(包括抗体)或核酸,所述多肽(包括抗体)或核酸被固定到基底表面的确定区域。在实践本发明的方法中,可以完全地或部分地引入任何已知的阵列和/或制作和使用阵列的方法,或者其变化形式,例如,如在美国专利6,277,628;6,277,489;6,261,776;6,258,606;6,054,270;6,048,695;6,045,996;6,022,963;6,013,440;5,965,452;5,959,098;5,856,174;5,830,645;5,770,456;5,632,957;5,556,752;5,143,854;5,807,522;5,800,992;5,744,305;5,700,637;5,556,752;5,434,049中所公开的;也参见例如WO 99/51773;WO 99/09217;WO 97/46313;WO 96/17958;也参见例如Johnston(1998)Curr.Biol.8:R171-R174;Schummer(1997)Biotechniques 23:1087-1092;Kern(1997)Biotechniques 23:120-124;Solinas-Toldo(1997)Genes,Chromosomes&Cancer 20:399-407;Bowtell(1999)Nature GeneticsSupp.21:25-32。也参见公开的美国专利申请20010018642;20010019827;20010016322;20010014449;20010014448;20010012537;20010008765。
宿主细胞和转化细胞
[0247]本发明也提供转化细胞,其包含本发明的核酸序列,例如编码本发明的多肽的序列,或本发明的载体。宿主细胞可以是本领域技术人员所熟悉的宿主细胞中的任何一种,包括原核细胞、真核细胞,例如细菌细胞、真菌细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞、昆虫细胞或植物细胞。示例性细菌细胞包括大肠杆菌(E.coli)、链霉菌(Streptomyces)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)和假单胞菌(Pseudomonas)属、链霉菌(Streptomyces)属和葡萄球菌(Staphylococcus)属的各个种。示例性昆虫细胞包括果蝇(Drosophila)S2和夜蛾(Spodoptera)Sf9。示例性动物细胞包括CHO、COS或Bowes黑素瘤或任何鼠或人细胞系。对合适的宿主的选择在本领域技术人员的能力范围之内。
[0248]使用众多技术中的任何一种,可以将载体引入宿主细胞中,所述技术包括转化、转染、转导、病毒感染、基因枪或Ti-介导的基因转移。具体方法包括磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖介导的转染、脂转染或电穿孔。
[0249]可以在常规营养培养基中培养工程宿主细胞,所述培养基被改良为适合活化启动子、选择转化体或扩增本发明的基因。在合适的宿主菌株被转化并且该宿主菌株生长到适宜的细胞密度之后,被选择的启动子可以通过合适的手段(例如温度变动或化学诱导)被诱导,并且细胞可以被培养额外一段时间,以使它们产生期望的多肽或其片段。
[0250]通过离心可以收获细胞,通过物理方法或化学方法破裂细胞,并且保留所产生的粗提物用于进一步纯化。用于蛋白质表达的微生物细胞可以通过任何方便的方法来破裂,所述方法包括冻-融循环、超声处理、机械破碎或使用细胞裂解剂。此类方法是本领域技术人员熟知的。通过包括硫酸铵或乙醇沉淀、酸萃取、阴离子或阳离子交换层析、磷酸纤维素层析、疏水作用层析、亲和层析、羟磷灰石层析和凝集素层析的方法,表达的多肽或片段可以从重组细胞培养物中被回收且纯化。根据需要,可以使用蛋白质重折叠步骤来完成多肽的构型。如果需要的话,可以使用高效液相色谱(HPLC)进行最后的纯化步骤。
[0251]各种哺乳动物细胞培养系统也可以被用于表达重组蛋白。哺乳动物表达系统的例子包括猴肾成纤维细胞的COS-7系和能够表达来自相容载体的蛋白质的其它细胞系,例如C127、3T3、CHO、HeLa和BHK细胞系。
[0252]在宿主细胞中的构建物可以以常规的方式被用于生产被重组序列编码的基因产物。取决于在重组生产步骤中所使用的宿主,由含有载体的宿主细胞产生的多肽可以是糖基化的或者可以是非糖基化的。本发明的多肽也可以包括或不包括初始的甲硫氨酸氨基酸残基。
[0253]也可以使用无细胞翻译系统生产本发明的多肽。无细胞翻译系统可以使用转录自DNA构建物的mRNAs,该DNA构建物包括与编码多肽或其片段的核酸操纵性连接的启动子。在一些方面中,在进行体外转录反应之前,DNA构建物可以被线性化。然后用合适的无细胞翻译提取液,例如兔网织红细胞提取液,温育转录的mRNAs,以产生期望多肽或其片段。
[0254]表达载体可以含有一个或多个选择标记基因,以提供用于转化宿主细胞的选择的表型特性,例如真核细胞培养物的二氢叶酸还原酶抗性或新霉素抗性,或者例如在大肠杆菌中的四环素抗性或氨苄青霉素抗性。
[0255]对于在哺乳动物细胞中的瞬时表达,编码感兴趣多肽的cDNA可以被引入到哺乳动物表达载体中,例如pcDNA1,其商业供应自Invitrogen Corporation(San Diego,Calif.,U.S.A.;目录号V490-20)。这是为真核系统中的cDNA表达以及原核生物中的cDNA分析而设计的多功能4.2kb质粒载体,整合在载体上的是CMV启动子和增强子、剪接片段和多腺苷酸化信号、SV40和多瘤病毒的复制起点、拯救用于测序和突变发生的单链DNA的M13起点、用于产生正义和反义RNA转录体的Sp6和T7RNA启动子以及Col E1样高拷贝质粒起点。多接头适宜地位于CMV启动子的下游(和T7启动子的3′)。
[0256]cDNA插入物首先可以从上述整合在pcDNAI多接头的合适的限制位点的噬粒释放。可以沿着衔接点进行测序,以证明在pcDNAI中的插入方向正确。然后可以将所产生的质粒引入所选的哺乳动物细胞宿主,例如来自猴的COS-1谱系的成纤维样细胞(供应自美国典型培养物保藏中心,Rockville,Md.ATCC CRL1650),用于瞬时表达。
[0257]对于编码蛋白质的DNA的瞬时表达,例如,通过DEAE介导的DNA转染,可以按大约8μg DNA/106个COS细胞转染COS-1细胞,并用氯喹处理,如Sambrook等,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,1989,Cold Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor N.pp.16.30-16.37描述的步骤。示例性的方法如下。简言之,以5×106个细胞/盘的密度铺COS-1细胞,然后让细胞在含FBS的DMEM/F12培养基中生长24小时。然后移去培养基,在PBS中洗涤细胞,然后在培养基中洗涤细胞。将含有DEAE葡聚糖(0.4mg/ml)、100μM氯喹、10%NuSerum和DNA(0.4mg/ml)的DMEM/F12培养基的转染溶液以10ml体积施用于细胞上。在37℃温育3小时之后,如刚刚描述地在PBS和培养基中洗涤细胞,之后用含10%DMSO的DMEM/F12培养基休克细胞1分钟。使细胞在含10%FBS的培养基中生长2-3天,并在温育结束时将培养皿(dishes)置于冰上,用冰冷的PBS洗涤,然后通过刮擦(scraping)移除细胞。然后通过在1000rpm离心10分钟收获细胞,并且将细胞团在液氮中冷冻,以用于随后的蛋白质表达。可以使用冷冻细胞的解冻试样小份的RNA印迹分析来确认储存的细胞中编码受体的cDNA的表达。
[0258]以同样的方式,也可以制备稳定转染的细胞系,例如,使用两种不同的细胞类型作为宿主:CHO K1和CHO Pro5。为构建这些细胞系,可以将编码相关蛋白质的cNDA掺入到哺乳动物表达载体pRC/CMV(Invitrogen)中,使之稳定表达。在该部位的插入将cNDA放置于巨细胞病毒启动子的表达调控下和聚腺苷酸化位点以及牛生长激素基因的终止子的上游,并且将cNDA置于包括作为选择标记的新霉素抗性基因(通过SV40早期启动子驱动)的载体背景(vector background)中。
[0259]引入如上所述构建的质粒的示例性试验步骤如下。首先宿主CHO细胞以5×105的密度被接种在10%FBS补充的MEM培养基中。生长24小时之后,向板中加入新鲜培养基,三小时之后,使用磷酸钙-DNA共沉淀步骤转染细胞(Sambrook等,supra)。简言之,将3μg DNA与缓冲钙溶液混合且室温下温育10分钟。加入等体积的缓冲磷酸盐溶液,并且在室温下将悬液温育15分钟。接下来,将温育的悬液施用于细胞4小时,去除,并且用含有15%甘油的培养基短时作用细胞。三分钟之后,用培养基洗涤细胞,并使其在正常生长条件下培养24小时。在含有G418(1mg/ml)的10%FBS补充的α-MEM培养基中选择具有新霉素抗性的细胞。大约2-3周之后,分离抗G418细胞的单个克隆,进行克隆选择,然后繁殖,用于分析测定目的。
实施例
[0260]说明本发明的大量实施例被描述如下。在大多数情况下,也可以使用可选的技术。这些实施例意为说明性的而并非限定或限制本发明的范围。如果没有特别的相反指明,在实施例部分中化合物数前面没有“P”时(例如,“P-0001”),化合物命名和/或列举与本申请中其它部分中的命名和/或列举不相关。类似地,如果没有另外清楚地指明,实施例中的结构和取代基的命名和列举独立于本申请上述部分中的结构和取代基的命名和列举。
实施例1:式I化合物的合成,其中X1、X2、Y1和Y2是CH并且L1是-CH2-:
[0261]根据下述方案1-3中的一个方案,从7-氮杂吲哚可以合成式I化合物,其中X1、X2、Y1和Y2是CH并且L1是-CH2-,其中R24与Ar1一致,其可以被进一步取代,以提供其中R24是Ar1-L2-R1的化合物,如式I所述。
方案-1
Figure S2006800260055D00731
步骤-1-化合物2的合成。
[0262]按文献上的方法(Robinson,J.Am.Chem.Soc.,1955,77,p.457),从商业可得的7-氮杂吲哚合成化合物2。
步骤-2-式II化合物的合成。
[0263]式II化合物是通过在质子惰性溶剂如四氢呋喃或醚中使用碱(例如BuLi、NaH)进行脱质子化作用并将此阴离子与甲硅烷基氯化物(例如TIPS)或酸酐(例如Boc酸酐)反应而合成的。所述化合物通过标准程序(用冰冷盐水猝灭、整理并用急骤硅胶层析(flash silica gel chromatography)进行纯化)分离。
步骤-3和4-式1化合物的合成。
[0264]通过将式II化合物与氯甲酸异丙酯(或氯甲酸乙酯)室温下在甲苯中进行反应以提供3-氯甲基中间产物,合成式I化合物,其中R24是如式I所述的Ar1。此中间产物冷却至-78℃,并立即与有机铜试剂反应,该有机铜试剂是通过格氏试剂(Grignard reagent)(或有机锂试剂)与氰化铜和LiCl的溶液发生反应而生成的。在-78℃下,将所述混合物搅拌一小时,然后使之上升至室温。将所述反应用4∶1的氯化铵∶氢氧化铵溶液猝灭。以通常的方式操作(work up)所述反应,并通过急骤硅胶层析将其纯化以提供氮保护化合物。最终化合物可以通过在室温下使用标准条件(TFA或NH4F)对所述保护基团(Boc、TIPS)进行脱保护而实现。
方案-2
Figure S2006800260055D00741
步骤-1-化合物3的合成
[0265]化合物3是通过将商业可得的7-氮杂吲哚即化合物1,与六甲基四胺(hexamethyltetramine)和乙酸在水中反应,加热回流2小时而合成的。冷却之后,期望的化合物被沉淀并过滤收集。
步骤-2-式III化合物的合成
[0266]式III化合物,其中P是保护基团,是通过将化合物3与为引入保护基团的适当试剂(例如叔丁氧基羰基二酐(tert-butyloxycarbonyl di anhydride))和碱(例如氢化钠)在合适的溶剂中(例如四氢呋喃)典型地在室温下反应12-18小时而合成的。随后化合物可以通过常规方法分离(例如萃取)。
步骤-3-式IV化合物的合成
[0267]式IV化合物,其中R24是Ar1,是通过使合适的溶剂(例如1,2-二甲氧基乙烷)中的式III化合物与合适的溶剂(例如四氢呋喃)中的式R24MgCl或R24MgBr(例如吡啶基溴化镁)的格氏试剂或者等效的亲核试剂在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中在惰性气氛下反应,典型地被冷却至-10℃而合成的。典型地使所述反应上升至室温并搅拌12-18小时。通过反相高压液相色谱纯化所述期望的化合物。
步骤-4和5-式I化合物的中间产物的合成
[0268]式I化合物的中间产物是通过将式IV化合物与还原剂(例如硼氢化钠)在极性溶剂(例如乙醇)中典型地加热至80℃1-4小时,发生反应而合成的。所述反应通过加入甲醇而猝灭,浓缩并通过反相高效液相色谱纯化。式I化合物,其中R24是Ar1,是通过使此中间产物与适当的试剂在非极性溶剂(例如二烷)中发生反应以除去保护基团P(例如盐酸)而合成的。最终化合物是通过标准方法(例如反相制备型高压液相色谱)分离的。
方案-3
步骤-1-式I’化合物的合成
[0269]式I’化合物,其中R24是Ar1,是通过使化合物1与活化剂(例如甲基溴化镁和二氯化锌或者无水氯化铝)和杂芳基酰基氯(例如烟酸氯)在惰性溶剂(例如二氯甲烷)中,在惰性气氛下(例如氩气),室温下或加热至回流的条件下反应18-24小时而合成的。所述化合物通过标准方法(例如萃取和硅胶层析)分离。
实施例2:中间产物3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6)和(3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6a)的合成
[0270]根据下面方案4,可以从7-氮杂吲哚在四个步骤中合成化合物6,其为式I化合物的中间产物,其中X1、X2、Y1和Y2是CH,n是1,P、Q和T是CH,并且L1是-CH2-。
方案-4
步骤-1-二甲基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-胺(2)的合成
[0271]向三颈圆底烧瓶中加入异丙醇(320.0mL),随后加入1H-吡咯并[2,3-b]吡啶1(7.10g,60.1mmol)、盐酸二甲基胺(5.4g,0.066mol)和甲醛(2.0g,0.066mol)。将所述反应混合物在室温下搅拌12小时,然后回流30分钟。将悬浮液真空蒸发至干燥。向残留物中加入水(60.0mL,3.33mol)和浓盐酸(6.0mL,0.20mol)。用醚萃取所述水层并用碳酸钾中和该水层。用二氯甲烷萃取该水层,在硫酸钠上干燥并浓缩以提供化合物,然后用醚将其进一步洗涤并干燥以提供产物2(7.1g,收率=67.4%),为一种白色固体。
步骤2-二甲基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-胺(4)的合成。
[0272]向圆底烧瓶中加入7-氮杂芦竹碱(Azagramine)2(5.38g,30.7mmol)、N,N-二甲基甲酰胺(25.0mL)和氢化钠(1.35g,33.8mol)。向所述反应中加入三异丙基氯硅烷(6.8mL,0.032mol)。20℃下将该反应搅拌12小时。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层,在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage纯化以提供化合物4(6.0g,收率=58.8%),为一种无色的油。
步骤-3-3-氯甲基-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(5)的合成。
[0273]在氮气氛下,向圆底烧瓶中加入化合物4(500.0mg,1.51mmol)和甲苯(5.0mL,0.047mol)。室温下,向反应混合物中缓慢加入1.0M的氯甲酸异丙酯的甲苯溶液(1.6mL)。将所述反应混合物另外搅拌2小时以提供所期望的产物5,不经纯化用于下一步骤。
步骤-4-3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6)的合成。
[0274]在-40℃,氮气氛下,向圆底烧瓶中加入5-碘-2-氯-吡啶(315.0mg,1.32mmol)和四氢呋喃(12.0mL,0.15mol)。向所述反应中加入2.0M的异丙基氯化镁的四氢呋喃溶液(0.72mL,1.44mmol)。将所述反应混合物在-40℃搅拌40分钟。TLC(己烷/乙酸乙酯2∶1)表明无起始物质。向该反应混合物中加入0.6M的CuCN.2LiCl的四氢呋喃溶液(2.4mL,1.44mmol)。使反应混合物升至室温5分钟并加入亚磷酸三甲酯(0.29mL,2.4mmol)。10分钟后,将此溶液加入圆底烧瓶,该烧瓶含有化合物5(315.0mg)和甲苯(8.0mL)。在20℃,将所述反应搅拌40小时。将反应混合物倒入水中并用乙酸乙酯萃取化合物。将有机层用盐水洗涤,在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage(二氯甲烷/甲醇1∶10)纯化以提供产物6,(230mg,收率=59.0%),为白色固体。在步骤4中用5-碘-2-溴-吡啶替换5-碘-2-氯-吡啶,制备化合物6a(3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(MS(ESI)[M+H+]+=288.1,290.1),其中反应条件和操作步骤与用于合成化合物6的相同。
实施例3:中间产物(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(7)的合成
[0275]根据下面方案5,可以从7-氮杂吲哚在1个步骤中合成化合物7,其为式I化合物的中间产物,其中X1、X2、Y1和Y2是CH,n是1,P、Q和T是CH,并且L1是-CO-。
方案-5
Figure S2006800260055D00771
[0276]在氮气氛下,向圆底烧瓶中加入三氯化铝(16.0g,0.12mol)和二氯甲烷(100.0mL)。向所述反应混合物中加入1H-吡咯并[2,3-b]吡啶1(3.2g,0.027mol)的二氯甲烷溶液(20.0mL)。室温下,将该反应液搅拌70.0分钟,然后加入6-氯吡啶-3-碳酰氯8(5.4g,0.031mol)的二氯甲烷溶液(10.0mL)。室温下将所述反应混合物搅拌3小时。将甲醇(10mL)加入反应混合物中,并使溶剂真空蒸发。将残留物倒入水中,并过滤除去沉淀的化合物。用乙酸乙酯萃取水层,然后将有机层干燥浓缩,并与过滤分离的固体合并以提供7(6.2g,收率=88.6%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+258。
实施例4:苄基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0001)的合成
[0277]根据方案6,在两个步骤中从3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6)制备苄基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0001)。
方案-6
Figure S2006800260055D00781
步骤-1-苄基-[5-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(10)的合成。
[0278]在氮气氛下,向圆底烧瓶中加入3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶6(160.0mg,0.40mmol,如实施例2所述制备)、苄胺(32,0.1mL,0.90mmol)、乙酸钯(17.0mg,0.076mmol)、甲苯(10.0mL)、叔丁醇钾(80.0mg,0.71mmol)和2-(二-叔丁基膦基)联苯(31.4mg,0.11mmol)。回流状态下将所述反应搅拌3小时。TLC和MS表明无初始物质。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤,在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage(二氯甲烷/甲醇1∶20)纯化以提供化合物10(110mg,收率=58.5%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=471。
步骤-2-苄基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0001)的合成。
[0279]向圆底烧瓶中加入苄基-[5-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺10(400.0mg,0.85mmol)、四氢呋喃(20.0mL)和氟化四-正丁铵(240mg,0.93mmol)。20℃下将所述反应混合物搅拌30分钟。TLC表明无起始物质。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤,在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage(二氯甲烷/甲醇1∶10)纯化以提供化合物P-0001(220mg,收率=82.4%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=315。
[0280]按照方案6制备其它化合物,其中步骤1中的苄胺替换为合适的胺,并且应用步骤1中的3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶6或(3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶6a。根据此方法制备下列化合物:
二甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0021),
(4-甲氧基-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0004),
(4-氯-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0005),
(4-氟-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0006),
(4-甲基-苯甲基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0007),和
[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-噻吩-2-基甲基-胺(P-0008)。
下表中的第2列中表示在步骤1中所用的替换苄胺的胺,以及第3列中表示出在步骤1中应用3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶或(3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(分别是Cl或Br),第4列表示化合物的结构,第5列中表示试验质谱结果,第1列中表示化合物编号。
Figure S2006800260055D00791
实施例5:(6-苄氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0002)的合成
[0281]根据方案7,从(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(7)一步制备(6-苄氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0002)。
方案-7
Figure S2006800260055D00801
[0282]在氮气氛下,向耐压管中加入(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮7(270.0mg,1.05mmol,如实施例3所述制备)、苄胺(32,0.7mL,0.006mol)和四氢呋喃(25.0mL)。将所述反应混合物加热至185℃60分钟。浓缩反应混合物以除去大部分溶剂,然后将残留物倒入水中并用乙酸乙酯萃取。将有机层在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage(二氯甲烷/甲醇1∶20)纯化以提供化合物P-0002(30mg,收率=8.7%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=329。
[0283]按照方案7制备其它化合物,其中苄胺替换为合适的胺。根据此方法制备下列化合物:
[6-(4-氟-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0015),
[6-(3-氟-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0016),
(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲酮(P-0017),
(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-{6-[(噻吩-2-基甲基)-氨基]-吡啶-3-基}-甲酮(P-0018),
(6-苯基氨基)-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0023),
(6-异丙氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0024),
(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0025),
[6-(3-苄氧基-苯基氨基)-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0026),
[6-(环丙基甲基-氨基)-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0030),
[6-(环己基甲基-氨基)-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0031),
下表中的第2列中表示出替换苄胺的胺,以提供如第3列中所示的这些化合物。
第1列提供了化合物编号,第4列给出了试验质谱结果。
Figure S2006800260055D00802
Figure S2006800260055D00811
实施例6:异丁基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0028的合成
[0284]如方案8所示,从6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0025一步合成化合物P-0028。
方案8
步骤-1-异丁基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0028)的合成
[0285]向1,2-乙二醇(5.0mL)中的(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0025,60.0mg,0.20mmol,如实施例5所述制备)中加入肼(1.0mL,0.032mol)和氢氧化钾(200.0mg,3.56mmol)。将反应混合物加热到180℃过夜。将反应混合物倒入水中并用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层、在硫酸钠上干燥,浓缩并用硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷中的10%甲醇洗脱,得到化合物(P-0028,10mg,16.7%)。MS(ESI)[M+H+]+=281。
[0286]环丙基甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0032)
Figure S2006800260055D00822
按照方案8的方法制备,其中应用[6-(环丙基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0030(如实施例5制备)替换(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0025。MS(ESI)[M+H+]+=279。
[0287]环己基甲基-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0033)
Figure S2006800260055D00823
按照方案8的方法制备,其中应用[6-(环己基甲基-氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0031(如实施例5制备)替换(6-异丁氨基-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0025。MS(ESI)[M+H+]+=321。
实施例7:3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0019
[0288]如方案9所示,从3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶6以2步骤合成3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0019。
方案9
Figure S2006800260055D00831
步骤-1-3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(39)的合成
[0289]向四氢呋喃(4.0mL)中的3-(6-氯-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6,54.0mg,0.000135mol,如实施例2所述制备)中加入[1,1’-双(二苯膦)二茂铁]-二氯钯(II)(23.0mg)和异丙基氯化镁(0.15mL,2.0M,在四氢呋喃中)。氮气氛下于20℃搅拌反应3小时。将反应混合物倒入水中并用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层、在硫酸钠上干燥,浓缩并用硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷中的10%甲醇洗脱,得到化合物39(38mg,70.4%)。
步骤-2-3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0019)的合成
[0290]向四氢呋喃(3.0mL)中的3-(6-异丙基-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(39,35.0mg,0.086mol)中加入氟化四正丁胺(29.0mg,0.11mmol)。于20℃搅拌反应30分钟。将反应混合物倒入水中并用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层、在硫酸钠上干燥,浓缩并用硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷中的10%甲醇洗脱,得到化合物(P-0019,18.0mg,81.9%)。MS(ESI)[M+H+]+=252。
实施例8:[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0003)的合成
[0291]按照方案10,从(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(7)以3步骤制备5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0003)。
方案-10
Figure S2006800260055D00841
步骤-1-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苯甲基氨基)-吡啶-3-基]-甲酮(P-0017)的合成。
[0292]向耐压烧瓶中加入(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮7(3.5g,0.014mol,如实施例3制备)、4-(三氟甲基)苄胺(30,9.0g,0.051mol)、四氢呋喃(30.0mL,0.37mol)、乙酸钯(200.0mg,0.890mmol)和2-(二-叔丁基膦基)联苯(200.0mg,0.67mmol)。在180℃下将所述反应混合物搅拌过夜,倒入水中,并用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤,在硫酸钠上干燥,浓缩。向残留物中加入乙酸(15.0mL)和H2O(5.0mL)。在100℃下将反应混合物搅拌5小时并浓缩以去除乙酸。然后将该残留物用Na2HCO3水溶液处理并用乙酸乙酯萃取。将有机层洗涤、干燥、浓缩并纯化以提供产物P-0017(1.0g,收率=18.5%),为浅黄色固体。MS(ESI)[M+H+]+=397。
步骤-2-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲醇(14)的合成。
[0293]向圆底烧瓶中加入(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲酮P-0017(210.0mg,0.53mmol)和四氢硼酸钠(80.0mg,2.11mmol),并溶解于N,N-二甲基甲酰胺(5.0mL)和乙醇(20.0mL)中。室温下将所述反应搅拌过夜,倒入水中,并用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤,在硫酸钠上干燥,浓缩并用biotage(二氯甲烷/甲醇1∶20)纯化以提供化合物14(63mg,收率=30%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=399。
步骤-3-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0003)的合成
[0294]向圆底烧瓶中加入(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基]-甲醇14(200.0mg,0.50mmol)、三氟乙酸(5.0mL,0.065mol)和三乙基硅烷(3.0mL,0.019mol)。室温下将所述反应搅拌30分钟,倒入碳酸氢钠水溶液中,并用乙酸乙酯萃取。将有机层用盐水洗涤、在硫酸钠上干燥、浓缩并纯化以提供纯的化合物P-0003(120.0mg,收率=62.8%),为白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=383。
实施例9:式I化合物的合成,其中n是1,P、Q和T是CH,X1、X2和Y2是CH,Y1是CR4,L1是-CH2-,L2是-NHCH2-,R1是4取代苯基(式Ic)。
[0295]如下面的概括方案11所示,从2-氨基-5-溴吡啶,可以5步合成式Ic的化合物,其中R4如式I所限定,并且Z是如对任选取代芳基限定的取代基。
方案11
Figure S2006800260055D00851
步骤-1-式V化合物的制备
[0296]向合适的取代苯甲醛(例如,对三氟甲基苯甲醛)在无活性溶剂(例如,四氢呋喃)中的溶液中加入合适的2-氨基-5-溴-吡啶15,随后加入合适的试剂实现还原(例如,氯化二丁锡二和苯基硅烷)。典型地,将反应加热(例如,50℃)过夜。加热至50℃过夜后减压下去除溶剂。通过常规方法(例如萃取)分离得到式V化合物。
步骤-2-式VI化合物的制备
[0297]将式V化合物溶解在无活性溶剂(例如,四氢呋喃)中,典型地在惰性气氛下于-78℃冷却。向此混合物加入有机锂试剂(例如,甲基锂)。典型地于-78℃搅拌反应混合物数小时。向此混合物加入有机锂试剂(例如,叔丁基锂)并且搅拌混合物数小时。将反应混合物保持在-78℃,加入合适的甲酰化试剂(例如,1-哌啶甲醛(carboxaldehyde))。典型地,于-78℃搅拌反应混合物另外数小时并缓慢暖至室温。通过常规方法(例如萃取)分离得到式VI化合物。
步骤-3-式VII化合物的制备
[0298]将式VI化合物溶解在无活性溶剂(例如,四氢呋喃)中并在惰性气氛下搅拌。向此溶液中加入碱(例如,三乙胺)并典型地加入催化剂(例如,4-二甲氨基吡啶)。典型地,搅拌混合物数分钟,随后加入适于引入保护基团的试剂(例如,二碳酸二叔丁酯)。典型地使反应搅拌过夜。通过常规方法(例如萃取)分离得到式VII化合物。
步骤-4-式VIII和IX化合物的制备
[0299]将4-取代1H-吡咯并[2,3-b]吡啶XXX加入搅拌的含有碱(例如,氢氧化钾)的合适极性质子溶剂(例如甲醇)中。加入式VII化合物,典型地在室温下搅拌混合物数日。蒸发溶剂,向残余物中加入1M HCl。通过常规方法(例如萃取、硅胶层析)分离得到式VIII和IX的化合物。
步骤-5-式Ic化合物的制备
[0300]典型地,合并式VIII和IX化合物并溶解在合适的极性非质子溶剂(例如乙腈)中。加入适于引起还原的试剂(例如,三乙基硅烷和三氟乙酸)。典型地,室温下搅拌反应数日。通过常规方法(例如萃取、硅胶层析)分离得到式Ic化合物。
实施例10-[5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0011)的合成
[0301]如方案12所示合成[5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0011)
方案12
Figure S2006800260055D00872
步骤1:(5-溴-吡啶-2-基)-(4-三氟基-苄基)-胺(17)的制备
[0302]向配有搅拌器和回流冷凝器的圆底烧瓶中加入2-氨基-5-溴吡啶(15,1.73mol,300g)和对三氟甲基苯甲醛(16,1.723mol,300g),并加入三氟乙酸(400mL)、三乙基硅烷(825mL)和乙腈(7500mL)溶液。将反应加热回流过夜(24小时)。去除溶剂,残余物倒入K2CO3水溶液并用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层,经硫酸钠干燥并浓缩。粗提化合物用二乙醚/己烷结晶得到化合物17,420g(73.6%),为灰白色固体。MS(ESI)[M+H+]+=331.1和333.1(1∶1比例)。
步骤2:6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(18)的制备
[0303]在氩气氛下于-78℃向5L圆底烧瓶加入化合物17(0.6mol,198.6g)和四氢呋喃(2.5L)。在60分钟内向反应混合物加入含1.7M叔丁基锂的戊烷(800mL)。加入叔丁基锂后2小时,加入N,N-二甲基甲酰胺(100mL)。于-78℃搅拌反应混合物2小时,随后使反应混合物室温下静置另外1小时。将反应混合物倒入饱和氯化铵溶液并用乙酸乙酯萃取。用盐水洗涤有机层,经硫酸钠干燥,浓缩并用己烷/异丙醚(1∶1)磨碎,得到醛化合物18。
步骤3:(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苯甲基)-氨基甲酸叔丁酯(19)的制备
[0304]向2L圆底烧瓶加入二碳酸二叔丁酯(90g)、醛18(75g)、二异丙基乙胺(60g)、4-二甲氨基吡啶(2.0g,)和二氯甲烷(1000.0mL)。室温下搅拌反应物过夜(18小时)并蒸发溶剂得到化合物19(94g)。
步骤4和5:5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0011)的制备
[0305]步骤4:向甲醇溶液(20mL,0.5mol)加入氢氧化钠(0.62g,0.016mol),随后加入4-甲氧基-7-氮杂吲哚(20,600mg,4mmol,如实施例12制备)。一旦混合物均匀,加入化合物19(1.7g,4.46mmol),并在室温下搅拌混合物48小时。蒸发溶剂并向残余物加入稀HCl。用乙酸乙酯萃取残余物,用10%碳酸氢钠洗涤,随后盐水洗涤。有机层经过MgSO4干燥、过滤并蒸发得到粗提化合物21和22的混合物,其用在下一步中。
[0306]步骤5:将来自步骤4的21和22的混合物(2.36g,4.46mmol)溶解在二氯甲烷中(60mL,0.9mol),加入三乙基硅烷(3.6mL,0.022mol)和三氟乙酸(2.1mL,0.027mol)。室温下搅拌得到的混合物48小时。蒸发溶剂,用二氯甲烷∶甲醇(3∶1)萃取混合物。用饱和碳酸氢盐洗涤有机层,随后用盐水洗涤。有机层经MgSO4干燥、过滤并蒸发,得到粗提化合物,为残余物。通过急骤硅胶层析纯化残余物,得到1.15g固体P-0011,收率60%。MS(ESI)[M+H+]+=413.24。
[0307][5-(4-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苄基)-胺P-0010
按照方案12被制备,其中将步骤1中的4-三氟-苄胺替换为4-氯-苄胺。MS(ESI)[M+H+]+=379.2和381.2(3∶1比例)。
[0308][5-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苯甲基)-胺P-0009
Figure S2006800260055D00882
按照方案12被制备,其中将步骤1中的4-三氟-苄胺替换为4-氯-苄胺和步骤4中的4-甲氧基-7-氮杂吲哚替换为4-氯-7-氮杂吲哚(24,如实施例11制备)。MS(ESI)[M+H+]+=381.1和383.0。
实施例11:4-氯-7-氮杂吲哚(24)的合成
[0309]按照方案13,以2步从7-氮杂吲哚合成4-氯-7-氮杂吲哚。
方案13
Figure S2006800260055D00891
步骤-1-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物(23)的合成
[0310]通过在非活性溶剂(如二甲氧基乙烷)中使商业可得的7-氮杂吲哚1与氧化剂(如m-CPBA)反应,合成1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物23,如Schneller,S.W.;Luo,Jiann-Kuan.J.Org.Chem.1980,45:4045-4048所述。通过过滤得到的固体分离此化合物,所述固体在静置于5℃、一般1-3小时后形成。
步骤-2-4-氯-7-氮杂吲哚(24)的合成
[0311]通过使1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物23和纯氯化剂(例如POCl3)反应,制备4-氯-7-氮杂吲哚24,如Schneller,S.W.;Luo,Jiann-Kuan.J.Org.Chem.1980,45:4045-4048所述。升高的温度下(100-150℃)加热3-5小时后得到的溶液用碱(例如NH4OH)中和,直至沉淀出固体。过滤分离固体。
实施例12:4-甲氧基-7-氮杂吲哚(20)的合成
[0312]按照方案14的步骤,从4-氯-7-氮杂吲哚1步合成4-甲氧基-7-氮杂吲哚20。
方案14
Figure S2006800260055D00892
[0313]通过使4-氯-7-氮杂吲哚24(如实施例9所述制备)和氢氧化钠在甲醇中反应,制备4-甲氧基-7-氮杂吲哚20,如Girgis,N.等,J.Heterocyclic.Chem.1989,26:317-325所述。
实施例13:式I化合物的合成,其中n是1,P是CR30,Q、T、X1、X2、Y1和Y2是CH,L1是-CH2-,L2是-NHCH2-,R1是取代的苯基(式Id)。
[0314]式Id化合物,其中R30是如任选取代的杂亚芳基所限定(进一步在下面的方案13中限定)的取代基和R31是如任选取代芳基所限定的取代基,可以从合适的取代2-卤吡啶6步合成,如下面的通用方案15所示。
方案15
步骤1-式XI化合物的制备
[0315]在非活性溶剂(例如四氢呋喃)中,其一般在-78℃的丙酮/干冰浴中被冷却,向合适的取代2-卤代吡啶X(例如,2-氯-6-甲氧基吡啶)中加入有机锂试剂溶液(例如,叔丁基锂),其中Y是卤素,优选地是氯或溴,R30是适于指导随后的5位锂化的基团(例如,R30=甲氧基)。使反应搅拌一段时期,一般为1小时。加入合适的甲酰化剂(例如,二甲基甲酰胺),随后使反应物搅拌冷却一段时期,随后升温至室温一段时间,一般是30分钟。反应可以放回干冰浴中,用6N HCl(1.5mL)猝灭,随后用水猝灭,并使其升温至室温。通过常规方法分离(例如萃取)提供了式XI化合物。
步骤2-式XII化合物的制备
[0316]向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶1和式XI化合物加入合适的极性溶剂(例如甲醇)随后加入合适的碱(例如氢氧化钾)。一般地,室温下搅拌反应物过夜。通过常规方法分离(例如,萃取,洗涤和过滤)得到式XII化合物。
步骤3-式XIII化合物的制备
[0317]向式XII化合物在合适的极性溶剂(例如乙腈)的溶液中加入还原剂(例如,三氟乙酸和三乙基硅烷)。一般地,使反应室温下搅拌过夜。通过常规方法(例如,萃取和硅胶层析)分离得到式XIII化合物。
步骤4-式XIV化合物的制备
[0318]向式XIII化合物在合适的极性溶剂(例如二甲基甲酰胺)的溶液中加入碱(例如,氢化钠)。一般地,使反应室温下搅拌30分钟,随后加入引入保护基团(“P”)的合适的试剂(例如三异丙基氯硅烷)。一般地,使反应室温下搅拌数小时。通过常规方法(例如,萃取和硅胶层析)分离得到式XIV化合物。
步骤5:式XVI化合物的制备
[0319]在惰性气氛下,向式XIV化合物加入在非活性溶剂(例如甲苯)中的合适的取代苄胺XV(例如4-(三氟甲基)苄胺)、碱(例如,叔丁醇钠)、催化剂(例如,三(二亚苄基丙酮)二钯(0))和配体(例如,2,2′-二(二苯基膦)-1,1′-联萘)。特别地,将反应加热(例如80℃)数小时。通过常规方法(例如,萃取和硅胶层析)分离得到式XVI化合物。
步骤6-式Id化合物的制备
[0320]向式XVI化合物加入合适的极性溶剂(例如四氢呋喃),随后加入合适的试剂以去除保护基团(例如,氟化四正丁基铵)。一般地,使反应室温下搅拌数小时。通过常规方法(例如,萃取和硅胶层析)分离得到式Id化合物。
实施例14:式I化合物的合成,其中n是1,P是CR32,Q、T、X1、X2、Y1和Y2是CH,L1是-CH2-,L2是-NHCH2-,和R1是取代的苯基(式Ie)
[0321]式Id化合物——其中R32是如任选取代的杂亚芳基所限定的取代基,R33是如任选取代的芳基所限定的取代基——可以从合适的取代的2-氨基-5-溴吡啶5步合成,如下列通用方案16所示。
方案16
Figure S2006800260055D00921
步骤-1-式XLX化合物的制备
[0322]向非活性溶剂(例如,四氢呋喃)中的合适取代的苯甲醛XVIII(例如,对三氟甲基苯甲醛)中可加入合适的2-氨基-5-溴-吡啶XVII(例如,2-氨基-5-溴-6-甲基吡啶),随后加入合适的试剂以实现还原(例如,二丁锡化二氯和苯基硅烷)。一般地,将反应加热(例如,50℃)过夜。通过常规方法(例如,萃取)分离得到式XIX化合物。
步骤-2-式XX化合物的制备
[0323]将式XIX化合物溶解在非活性溶剂中(例如四氢呋喃)并且一般于-78℃在惰性气氛下冷却。向此混合物加入有机锂试剂(例如,甲基锂)。反应混合物一般在-78℃搅拌数小时。向此混合物加入有机锂试剂(例如,叔丁基锂)并搅拌混合物数小时。将反应混合物维持于-78℃,加入合适的甲酰化试剂(例如,1-哌啶甲醛)。反应一般在-78℃搅拌另外数小时并缓慢暖至室温。通过常规方法(例如,萃取)分离得到式XX化合物。
步骤-3-式XXI化合物的制备
[0324]将式XX化合物溶解在非活性溶剂中(例如四氢呋喃)并且在惰性气氛下搅拌。向此溶液加入碱(例如,三乙胺)和一般加入催化剂(例如,4-二甲氨基吡啶)。一般地,将混合物搅拌数分钟,随后加入适于引入保护基团的试剂(例如,二碳酸二叔丁酯)。一般地,将反应搅拌过夜。通过常规方法(例如萃取)分离得到式XXI化合物。
步骤-4-式XXII和XXIII化合物的制备
[0325]将1H-吡咯并[2,3-b]吡啶1加入碱(例如,氢氧化钾)的合适极性溶剂(例如甲醇)的搅拌溶液中。加入式XXI化合物,混合物一般在室温下搅拌数日。蒸发溶剂,向残余物加入1M HCl。通过常规方法(例如,萃取、硅胶层析)分离得到式XXII和XXIII的化合物。
步骤-5-方案14的式XIV化合物的制备
[0326]一般地,合并式XII和XIII化合物并溶解于合适的极性非质子溶剂中(例如,乙腈)。加入适于引起还原的试剂(例如,三乙基硅烷和三氟乙酸)。一般地,室温下搅拌反应数日。通过常规方法(例如,萃取、硅胶层析)分离得到式Ie的化合物。
实施例15:6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0012)的合成
[0327]从商业可得的2-氯-6-甲氧基吡啶和7-氮杂吲哚5步合成6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺P-0012,如方案17所示。
方案17
Figure S2006800260055D00931
步骤1-6-氯-2-甲氧基吡啶-3-甲醛(carbaldehyde)(26)的制备
[0328]向在-78℃的丙酮/干冰浴中冷却的四氢呋喃(10mL)中的2-氯-6-甲氧基吡啶(25,0.511g,3.56mmol)加入叔丁基锂(1.7M,在戊烷中,5.0mL,7.66mmol)。使反应搅拌1小时。加入二甲基甲酰胺(0.673mL,17.4mmol)并使反应于-78℃持续另外30分钟,随后在干冰浴外搅拌30分钟。将反应放回干冰浴中,用6N HCl(1.5mL)随后用水猝灭,并使其暖至室温。用二乙醚和碳酸氢钠水溶液(1M)萃取反应。分离有机层、用无水硫酸镁干燥、过滤和通过旋转蒸发去除挥发物,真空下干燥得到的黄色固体,得到561mg化合物26(3.27mmol,收率92%)。MS(ESI)[M+H+]+=172.0。
步骤2-(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲醇(27)的制备
[0329]向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,0.455g,3.85mmol)和6-氯-2-甲氧基吡啶-3-甲醛(26,0.661g,3.85mmol)加入甲醇(10mL)随后加入氢氧化钾(0.310g,5.52mmol)。使反应室温下搅拌过夜。用二乙醚/乙酸乙酯和水萃取反应。分离有机层、经无水硫酸镁干燥、过滤和通过旋转蒸发去除挥发物,得到固体,用二氯甲烷处理所述固体并在冰箱中储存过夜。真空过滤收集白色固体并真空干燥得到613mg化合物27(2.12mmol,55%)。MS(ESI)[M+H+]+=290.1。
步骤3-3-(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(28)的制备
[0330]向乙腈(10mL)中的(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲醇(27,0.613g,2.12mmol)加入三氟乙酸(0.82mL,10.0mmol),随后加入三乙基硅烷(1.69mL,10.6mmol)。反应室温下搅拌2日,随后于60℃4小时。用二乙醚和碳酸氢钠水溶液萃取反应。有机层经无水硫酸镁干燥和过滤。通过硅胶柱层析从滤液分离所需物质,用二氯甲烷中的1%甲醇洗脱,得到516mg白色固体化合物28(1.88mmol,89%)。MS(ESI)[M+H+]+=274.1。
步骤4-3-(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基甲基)-1-(三异丙基甲硅烷基)-1H吡咯并[2,3-b]吡啶(29)的制备
[0331]向含3-(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(28,0.516g,1.88mmol)的二甲基甲酰胺(10mL)的澄清溶液中加入氢化钠(60%分散体,0.113g,2.82mmol)。室温下搅拌30分钟后,加入三异丙基氯硅烷(600μL,2.83mmol)。室温下搅拌反应2小时,随后倒入碳酸氢钠水溶液(1M)并用乙酸乙酯萃取。分离有机层、干燥(硫酸镁)、过滤并通过旋转蒸发去除挥发物,得到粗提固体。硅胶柱层析纯化化合物,用己烷中的2%乙酸乙酯洗脱。得到了732mg的所需化合物,为白色结晶固体(29,1.70mmol,90%)。MS(ESI)[M+H+]+=430.2。
步骤5-[6-甲氧基-5-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(31)的制备
[0332]在氮气氛下,将3-(6-氯-2-甲氧基吡啶-3-基甲基)-1-(三异丙基甲硅烷基)-1H吡咯并[2,3-b]吡啶(29,0.104g,0.242mmol)、4-(三氟甲基)苄胺(30,0.047g,0.266mmol)、叔丁醇钠(0.0325g,0.338mmol)、三(二亚苄基丙酮)-二钯(0)(0.00062g,0.0006mmol)和2,2′-二(二苯基膦)-1,1′-联萘(0.0011g,0.0018mmol)加入甲苯(2mL)中。将反应瓶置于油浴,80℃3小时。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。干燥有机层(硫酸镁)、过滤、通过旋转蒸发去除挥发物。通过硅胶柱层析纯化残余物,应用己烷中的2%乙酸乙酯洗脱。这提供了34mg所需化合物31(0.060mmol,25%)。MS(ESI)[M+H+]+=569.3。
步骤6-[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0012)的制备
[0333]向[6-甲氧基-5-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(31,0.0340g,0.0598mmol)中加入四氢呋喃(5mL)随后加入氟化四正丁基铵(1M溶液,在四氢呋喃中,66μL,0.0658mmol)。室温下搅拌反应2小时,随后倒入1∶1的水∶饱和碳酸氢钠中并用乙酸乙酯萃取。分离有机层、经硫酸镁干燥、过滤和通过旋转蒸发去除挥发物。通过硅胶柱层析纯化得到的残余物,用二氯甲烷随后用二氯甲烷中的1%甲醇以及最后用二氯甲烷中的3%甲醇洗脱。这提供了20mg所需化合物,为白色固体,(P-0012,0.048mmol,81%)。MS(ESI)[M+H+]+=413.2。
实施例16:[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0013)的合成
[0334]如方案18所示,从商业可得的2-氨基-5-溴-6-甲基吡啶和7-氮杂吲哚5步合成[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0013)。
方案18
步骤-1-(5-溴-6-甲基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-胺(34)的制备
[0335]向对-三氟甲基苯甲醛(16,1.00g,5.74mmol)的四氢呋喃溶液(9mL)中加入2-氨基-5-溴-6-甲基吡啶(33,1.08g,5.77mmol),随后加入二丁锡化二氯(40mg,0.13mmol)。25℃搅拌混合物5分钟,加入苯基硅烷(0.69g,6.4mmol)。于50℃加热反应过夜,随后减压下去除溶剂。向得到的固体加入乙酸乙酯,该固体已用饱和碳酸钠洗涤,经硫酸镁干燥和过滤。减压下浓缩得到浅黄色固体(34,1.7g,4.93mmol)。MS(ESI)[M+H+]+=345.1。
步骤-2-2-甲基-6-(4-三氟甲基-苄胺)-吡啶-3-甲醛(35)的制备
[0336]氮气氛下,将(5-溴-6-甲基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-胺(34,1.7g,4.93mmol)溶解在四氢呋喃(40mL)中并于-78℃下冷却。在20分钟期间向此混合物滴加甲基锂(1.6M,在二乙醚中,5.91mmol)。甲基锂加入完成后,于-78℃搅拌反应混合物2小时。向此混合物加入叔丁基锂(1.7M,在戊烷中,10.85mmol),搅拌混合物4小时。使反应混合物维持在-78℃,滴加1-哌啶甲醛(0.60mL,5.42mmol)。使反应在-78℃下再搅拌2小时,干冰/丙酮冷却浴缓慢蒸发使得升温至25℃。用冰冷的饱和氯化钠猝灭反应,用乙酸乙酯萃取得到的混合物。有机层经硫酸镁干燥和过滤。减压下浓缩得到橙色油状物(35,1.4g,4.93mmol)。MS(ESI)[M+H+]+=295.1。
步骤-3-(5-甲酰基-6-甲基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(36)的制备
[0337]2-甲基-6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(35,1.4g,4.9mmol)溶解在四氢呋喃(22mL)中,在氮气氛下搅拌。向此溶液加入4-二甲氨基吡啶(150mg,1.23mmol)和三乙胺(0.66mL,4.9mmol)。搅拌混合物5分钟,随后向反应混合物中直接加入固体二碳酸二叔丁酯(1.0g,4.9mmol)。于25℃搅拌混合物过夜,用乙酸乙酯稀释,用碳酸氢钠洗涤,随后用饱和氯化钠洗涤。得到的有机层经硫酸镁干燥、过滤和蒸发,得到米色固体(36,1.8g,4.6mmol)。MS(ESI)[M+H+]+=395.2。
步骤4-{5-[羟基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲基-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(37)和{5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲基-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(38)的制备
[0338]将1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,540mg,4.57mmol)加入氢氧化钾(868mg,10.08mmol)在甲醇(33mL)中的搅拌溶液。一旦混合物均匀,加入(5-甲酰基-6甲基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(36,1.8g,4.6mmol),于25℃搅拌混合物72小时。蒸发溶剂,向残余物加入1M HCl。用乙酸乙酯萃取有机物质,用10%碳酸氢钠洗涤,随后用饱和氯化钠洗涤。有机层经硫酸镁干燥。减压下浓缩得到粗提物,通过硅胶柱层析纯化(0-5%甲醇,在二氯甲烷中),产生所需化合物,为浅黄色固体(37和38,混合物,294mg,产率13%)。37的MS(ESI)[M+H+]+=511.2,38的MS(ESI)[M+H+]+=525.2。
步骤-5[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]二吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0013)的制备
[0339]将{5-[羟基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲基-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(37)和{5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲基-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(38)的混合物(194mg,0.378mmol)溶解在乙腈(3mL)中,加入三乙基硅烷(0.30mL,1.9mmol)和三氟乙酸(0.17mL,2.3mmol)。于25℃搅拌过夜后,TLC分析表明,反应完成约50%。向反应混合物加入三乙基硅烷(0.30mL,1.9mmol)和三氟乙酸(0.17mL,2.3mmol)。使混合物于25℃搅拌又48小时,蒸发去除溶剂、过量三乙基硅烷和三氟乙酸。加入乙酸乙酯,用饱和碳酸氢钠洗涤。有机层经硫酸镁干燥、过滤并减压下浓缩得到棕色油。应用制备型色谱(50%乙酸乙酯,在己烷中)纯化80mg粗提物,得到化合物为灰白色固体(P-0013,10mg,0.025mmol)。MS(ESI)[M+H+]+=397.2。
[0340](4-氯-苄基)-[6-甲基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0014
Figure S2006800260055D00971
按照方案18的过程制备,其中将步骤1中的4-三氟甲基苯甲醛替换为4-氯苯甲醛(40)。MS(ESI)[M+H+]+=363.1。
实施例17:[5-(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苄基)-胺(P-0038)的合成
[0341]从商业可得的2-氨基-5-溴吡啶15以5步合成[5-(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苄基)-胺P-0038,如方案19所示。
方案19
Figure S2006800260055D00981
步骤1-(5-溴-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-胺(41)的合成
[0342]向甲苯(90.0mL)中的2-氨基-5-溴吡啶(15,6.10g,0.0352mol)加入4-氯苯甲醛(40,5.00g,0.0356mol)、三氟乙酸(8.0mL,0.10mol)和三乙基硅烷(16.5mL,0.103mol)。反应加热回流48小时。浓缩反应,倒入碳酸钾水溶液并用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤、经硫酸镁干燥并浓缩。用乙酸乙酯结晶粗提物得到化合物(41,6.8g,65.4%)。
步骤2-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(42)的合成
[0343]-78℃下,在氮气氛下,向(5-溴-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-胺(41,10.00g,0.03360mol)的四氢呋喃溶液中(400.0mL)加入正丁基锂(17.5mL,2.00M,在环己烷中)。90分钟后,向反应中加入叔丁基锂(42.00mL,1.70M,己烷中)。80分钟后,向反应中加入N,N-二甲基甲酰胺(6.9mL,0.089mol)。-78℃下,搅拌反应混合物2小时,随后使其加温至室温1小时。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤,经硫酸镁干燥和浓缩得到粗提化合物,其从叔丁氧基甲醚中结晶得到化合物(42,7.66g,92.2%)。
步骤3-(4-氯-苄基)-(5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(43)的合成
[0344]向6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(42,2.00g,8.11mmol)的二氯甲烷溶液(20.0mL)中加入三乙胺(1.70mL,12.2mmol)、二碳酸二叔丁酯(2.00g,9.16mmol)和4-二甲氨基吡啶(52.3mg,0.43mmol)。室温下搅拌反应48小时。浓缩反应,通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(43,2.50g,89.3%)。
步骤4-{5-[(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-羟基-甲基]-吡啶-2-基}-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(45)的合成
[0345]向甲醇(30.0mL,0.741mol)中的5-溴-7-氮杂吲哚(44,198.0mg,1.01mmol)加入(4-氯-苄基)-(5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(43,355.0mg,1.02mmol)和氢氧化钾(80.0mg,1.42mmol)。室温下搅拌反应48小时。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤,经硫酸镁干燥,浓缩并用二氯甲烷中的8%甲醇洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(45,200.0mg,36.8%)。
步骤5-[5-(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-(4-氯-苄基)-胺(P-0038)的合成
[0346]向乙腈(30.0mL)中的{5-[(5-溴-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-羟基-甲基]-吡啶-2-基}-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(45,180.0mg,0.33mmol)加入三氟乙酸(2.0mL,0.026mol)和三乙基硅烷(4.0mL,0.025mol)。反应加热回流4小时。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤,经硫酸镁干燥,浓缩并用二氯甲烷中的10%甲醇洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(P-0038,120mg,85.2%)。MS(ESI)[M+H+]+=427.2,429.2。
实施例18:1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛47的合成
[0347]化合物47从7-氮杂吲哚1以2步合成,如方案20所述。
方案20
步骤1-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(46)的制备
[0348]向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,16.0g,135mmol)的水(110mL)溶液中加入六亚甲基四胺(26.0g,185mmol)和乙酸(55.0mL,967mmol)。使反应回流12小时。加入水(329mL),将反应冷却至室温。过滤反应,用水洗涤得到化合物(46,15.0g,76%)。MS(ESI)[M+H+]+=147。
步骤2-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(47)的制备:
[0349]在氮气氛下,向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(46,4.05g,27.71mmol)的四氢呋喃溶液中(30.0mL)加入氢化钠(60%,在矿物油中,1.5g,38mmol)和三异丙基氯硅烷(8.0mL,38mmol)。室温下搅拌反应2小时。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤,经硫酸镁干燥和过滤。浓缩滤液并用己烷中的10%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(47,3.0g,36%)。MS(ESI)[M+H+]+=303。
[0350]1-(叔丁基-二甲基-硅烷基)-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶66
Figure S2006800260055D01001
按照方案20步骤2的过程制备,其中将1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛46替换为3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶,以及将三异丙基氯硅烷替换为叔丁基-二甲基-氯硅烷。
[0351]1-苯磺酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛55
Figure S2006800260055D01002
按照方案20的过程制备,其中在步骤2中将三异丙基氯硅烷替换为苯磺酰氯。
实施例19:N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰胺(P-0071)的合成
[0352]N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰胺P-0071从2-氨基-5-溴吡啶15以3步合成,如方案21所示。
方案21
Figure S2006800260055D01011
步骤1-N-(5-溴-吡啶-2-基)-4-三氟甲基-苯磺酰胺(49)的合成:
[0353]向2-氨基-5-溴吡啶(15,1.50g,8.67mmol)的乙腈溶液中(20.0mL)加入吡啶(6.0mL,0.074mol)、4-二甲氨基吡啶(0.10g,0.82mmol)和4-三氟甲基-苯磺酰氯(48,2.14g,8.75mmol)。室温下搅拌反应混合物过夜。浓缩反应、倒入水中、用1N HCl酸化至pH=2,用乙酸乙酯萃取。有机层用盐水洗涤,经无水硫酸钠干燥和浓缩。残余物用乙酸乙酯洗涤,得到白色固体,为所需化合物(49,2.80g,84.8%)。MS(ESI)[M+H+]+=381.0,383.0。
步骤2-N-5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基-4-三氟甲基-苯磺酰胺(50)的合成:
[0354]-78℃下,在氮气氛下,向四氢呋喃(50.0mL)中的N-(5-溴-吡啶-2-基)-4-三氟甲基-苯磺酰胺(49,0.96g,2.5mmol)缓慢加入叔丁基锂(4.62mL,1.70M,己烷中)。15分钟后,向反应中加入四氢呋喃(15.0mL)中的1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(47,0.30g,0.99mmol,如实施例18所述制备)。30分钟后,使反应达到室温10分钟。将反应倒入水中,用1N HCl酸化至pH约2,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液并通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体化合物(50,0.55g,90.1%)。MS(ESI)[M+H+]+=605.3。
步骤3-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰胺(P-0071)的合成
[0355]向N-5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基-4-三氟甲基-苯磺酰胺(50,0.27g,0.45mmol)的乙腈溶液(15.0mL)加入三氟乙酸(1.0mL,0.013mol)和三乙基硅烷(2.0mL,0.012mol)。加热反应至85℃1小时。浓缩反应,倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用己烷中的50%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体化合物(P-0071,28.5mg,14.7%)。MS(ESI)[M+H+]+=433.2。
[0356]4-氯-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-苯甲酰胺P-0074
按照方案21的过程制备,其中将步骤1中的4-三氟甲基-苯磺酰氯48替换为4-氯-苯甲酰氯。MS(ESI)[M+H+]+=363.2。
实施例20:N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺(P-0072)的合成
[0357]N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺P-0072从(3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶6a以1步合成,如方案22所示。
方案22
Figure S2006800260055D01022
步骤1-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺(P-0072)的合成:
[0358]氮气氛下,向1,4-二烷(4.0mL)中的3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6a,50.0mg,0.000174mol,如实施例2所述制备)加入4-三氟甲基-苯甲酰胺(51,70.0mg,0.37mmol)、Xanthphos(15.0mg,0.026mmol)、碳酸铯(130.0mg,0.40mmol)和三(二亚苄基丙酮)-二钯(0)(25.0mg,0.024mmol)。在CEMDiscover微波设备中将反应加热到120℃10分钟。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的50%乙酸乙酯洗脱硅胶柱层析纯化,得到白色固体(P-0072,4.7mg,6.8%)。MS(ESI)[M+H+]+=397.2。
[0359]4-氟-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-苯甲酰胺P-0073
按照方案22的过程制备,其中将4-三氟甲基-苯甲酰胺替换为4-氟甲基-苯甲酰胺。MS(ESI)[M+H+]+=347.2。
实施例21:(4-氯-苯基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基甲基]-胺(P-0078)的合成
[0360](4-氯-苯基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基甲基]-胺P-0078从5-溴-吡啶-2-甲醛52以3步合成,如方案23所示。
方案23
Figure S2006800260055D01032
步骤1-(5-溴-吡啶-2-基甲基)-(4-氯-苯基)-胺(54)的合成:
[0361]向5-溴-吡啶-2-甲醛(52,1.00g,5.38mmol)的乙腈(50.0mL)溶液中加入对-氯苯胺(53,0.686g,5.38mmol)、三乙基硅烷(6.00mL,0.0376mol)和三氟乙酸(3.00mL,0.0389mol)。将反应加热至回流3小时。浓缩反应,倒入水中,随后乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱硅胶柱层析纯化,得到白色固体(54,0.75g,47.0%)。
步骤2-(1-苯磺酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-6-[(4-氯-苯基氨基)-甲基]-吡啶-3-基-甲醇(56)的合成:
[0362]-78℃下,在氮气氛下,向(5-溴-吡啶-2-基甲基)-(4-氯-苯基)-胺(54,0.380g,1.28mmol)的四氢呋喃溶液中(15.0mL)加入正丁基锂(0.850mL,1.60M,己烷中)。10分钟后,向反应中加入1,2-二-(氯-二甲基-硅烷基)-乙烷(0.135g,0.627mmol)的四氢呋喃溶液(5.0mL)。使反应加温至室温40分钟。反应冷却至-78℃,随后加入1.70M叔丁基锂的己烷溶液(1.58mL)。30分钟后,向反应中加入1-苯磺酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(55,0.380g,1.33mmol,如实施例18所述制备)的四氢呋喃溶液(10.0mL)。20分钟后,使反应加温至室温。将反应倒入水中,并用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的50%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(56,0.30g,46.0%)。MS(ESI)[M+H+]+=505.3。
步骤3-(4-氯-苯基)-5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基甲基-胺(57)的合成:
[0363]向(1-苯磺酰基-1H-吡咯并[2,3-b]-吡啶-3-基)-6-[(4-氯-苯基氨基)-甲基]-吡啶-3-基-甲醇(56,120.0mg,0.24mmol)的甲醇溶液(20.0mL)中加入氢氧化钾(0.400g,7.13mmol)和水(5.0mL,0.28mol)。将反应加热至50℃10小时。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(57,30mg,33.0%)。MS(ESI)[M+H+]+=379.4。
步骤4-(4-氯-苯基)-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基甲基]-胺(P-0078)的合成:
[0364]向(4-氯-苯基)-5-[甲氧基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基甲基-胺(57,20.8mg,0.055mmol)的乙腈溶液(10.0mL)加入三氟乙酸(0.50mL,6.5mmol)和三乙基硅烷(1.00mL,6.26mmol)。使反应加热至回流3小时,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用二氯甲烷中的10%甲醇洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(P-0078,6.1mg,32.0%)。MS(ESI)[M+H+]+=349.4。
实施例22:(4-氯-苄基)-[6-氟-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0082)的合成
[0365](4-氯-苄基)-[6-氟-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0082从2,6-二氟吡啶58以8步合成,如方案24所示。
方案24
步骤1-2,6-二氟-烟酸(59)的合成:
[0366]-78℃下,在氮气氛下,向2,6-二氟吡啶(58,7.10g,0.0617mol)的四氢呋喃溶液(150.0mL)中缓慢加入正丁基锂(26.0mL,2.50M,己烷中)。30分钟后,向反应中加入干冰(3.0g)。1小时后,使反应加温至室温,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。用1N HCl酸化水层至pH=4-5并用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥、过滤并浓缩,得到粗提化合物,为浅黄色固体(59,5.6g,57.0%)。
步骤2-2,6-二氟-烟酸甲酯(60)的合成:
[0367]向2,6-二氟-烟酸(59,5.60g,0.0352mol)的甲醇溶液(60.0mL)中加入浓硫酸(1.0mL,0.019mol)。反应加热至回流过夜,随后倒入水中,用1M碳酸钾碱化至pH约9,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥并浓缩,得到黄色油(60,3.5g,57.0%)。
步骤3-6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-烟酸甲酯(62)的合成:
[0368]-40℃下,在氮气氛下,向2,6-二氟-烟酸甲酯(60,2.00g,0.0116mol)的N,N-二甲基甲酰胺(20.0mL)中加入对氯苄胺(61,2.60mL,0.0214mol)。于-40℃至-20℃搅拌反应2小时,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥并过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的25%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(62,2.0g,58.7%)。
步骤4-[6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-吡啶-3-基]-甲醇(63)的合成:
[0369]在氮气氛下,向6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-烟酸甲酯(62,2.00g,6.79mmol)的四氢呋喃溶液中(100.0mL)加入四氢铝酸锂(13.6mL,1.00M,四氢呋喃中)。室温下搅拌反应过夜。向反应中加入过量NaSO4·10H2O,搅拌1小时。过滤、浓缩并用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物63(1.0g,55.0%)。
步骤5-6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-吡啶-3-甲醛(64)的合成:
[0370]向[6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-吡啶-3-基]-甲醇(63,1.0g,3.7mmol)的四氢呋喃溶液(50.0mL)中加入戴斯-马丁过碘烷(Dess-Martin periodinane)(1.75g,4.12mmol)。室温下搅拌反应10分钟,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体(64,0.67g,68.0%)。
步骤6-(4-氯-苄基)-(6-氟-5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(65)的合成:
[0371]向6-(4-氯-苄氨基)-2-氟-吡啶-3-甲醛(64,670.0mg,2.53mmol)的二氯甲烷溶液中(16.2mL)加入二碳酸二叔丁酯(1.23g,5.65mmol)和4-二甲氨基吡啶(16.2mg,0.133mmol)。室温下搅拌反应过夜。浓缩反应并通过用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体(65,0.63g,68.0%)。
步骤7-(5-[1-(叔丁基-二甲基-硅烷基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-羟基-甲基6-氟-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(67)的合成:
[0372]-20℃下,在氮气氛下,向1-(叔丁基-二甲基-硅烷基)-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(66,0.53g,0.0015mol)和四氢呋喃中(15.0mL)加入异丙基氯化镁(0.78mL,2.0M,在四氢呋喃中)。使反应加温至0℃(约80分钟),随后冷却至-20℃,随后加入(4-氯-苄基)-(6-氟-5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(65,0.200g,0.55mmol)的四氢呋喃溶液(6.0mL)。在1小时内使反应加温至室温,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥,并过滤。浓缩滤液并通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到黄色固体(67,0.20g,61.1%)。MS(ESI)[M+H+]+=597.4。
步骤8-(4-氯-苄基)-[6-氟-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)吡啶-2-基]-胺(P-0082)的合成:
[0373]向(5-[1-(叔丁基-二甲基-硅烷基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-羟基-甲基-6-氟-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(67,0.10g,0.17mmol)的乙腈溶液(10.0mL)中加入三乙基硅烷(1.00mL,6.26mmol)和三氟乙酸(0.50mL,6.5mmol)。加热反应至回流2小时,然后倒入碳酸钾水溶液,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥,并过滤。浓缩滤液并通过用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体(P-0082,43.2mg,70.0%)。MS(ESI)[M+H+]+=367.4。
实施例23:(4-氯-苄基)-[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0081)的合成
[0374](4-氯-苄基)-[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0081从(4-氯-苄基)-(6-氟-5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯65以2步合成,如方案25所示。
方案25
Figure S2006800260055D01071
步骤1-(4-氯-苄基)-5-[羟基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲氧基-吡啶-2-基-氨基甲酸叔丁酯(68)的合成:
[0375]在氮气氛下,向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,90.0mg,0.76mmol)的甲醇溶液(30.0mL)中加入(4-氯-苄基)-(6-氟-5-甲酰基-吡啶-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(65,300.0mg,0.82mmol)和氢氧化钾(720.0mg,12.83mmol)。室温下搅拌反应2小时,随后倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(68,60mg,15.9%)。MS(ESI)[M+H+]+=495.3。
步骤2-(4-氯-苄基)-[6-甲氧基-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0081)的合成:
[0376]向(4-氯-苄基)-5-[羟基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-6-甲氧基-吡啶-2-基-氨基甲酸叔丁酯(68,40.0mg,0.081mmol)的乙腈溶液(10.0mL)加入三氟乙酸(0.30mL,0.0039mol)和三乙基硅烷(0.60mL,0.0038mol)。反应加热至回流3小时。浓缩反应去除溶剂,随后用己烷中的40%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物(P-0081,10mg,32.7%)。MS(ESI)[M+H+]+=379.4。
实施例24:5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(P-0076)的合成
[0377]5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺P-0076从5-溴-吡啶-2-碳酰氯69以3步骤合成,如方案26所示。
方案26
Figure S2006800260055D01081
步骤1-5-溴-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(70)的合成:
[0378]向5-溴-吡啶-2-碳酰氯(69,0.76g,3.4mmol)的乙腈溶液(29.0mL)加入对氯苯胺(53,0.702g,5.50mmol)、4-二甲氨基-吡啶(0.12g,0.96mmol)和吡啶(2.9mL,0.036mol)。68℃下搅拌反应过夜,随后倒入水中,用1N HCl酸化至pH约1,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用二氯甲烷洗脱的硅胶柱层析纯化,得到白色固体(70,0.75g,70.0%)。
步骤2-5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(71)的合成:
[0379]-78℃下,在氮气氛下,向5-溴-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(70,0.50g,1.60mmol)的四氢呋喃溶液(20.0mL)加入叔丁基锂(3.02mL,1.70M,己烷中)。20分钟后,向反应中加入1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(47,0.39g,1.3mmol,如实施例18制备)的四氢呋喃溶液(10.0mL)。于-78℃下搅拌反应1小时,随后使其加温至室温10分钟。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到化合物,为无色油(71,100mg,14%)。MS(ESI)[M+H+]+=535.3。
步骤3-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(P-0076)的合成:
[0380]向5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-羧酸(4-氯-苯基)-酰胺(71,100.0mg,0.19mmol)的乙腈溶液(10.0mL)中加入三氟乙酸(0.20mL,2.6mmol)和三乙基硅烷(0.40mL,2.5mmol)。于80℃搅拌反应2小时。浓缩反应并用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱的硅胶柱层析纯化,得到黄色固体化合物(P-0076,5.5mg,8.1%)。MS(ESI)[M-H+]-=361.1。
实施例25:[6-(3-羟基-苯氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0027)的合成
[0381][6-(3-羟基-苯基氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0027从[6-(3-苄氧基-苯基氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0026经1步制备,如方案27所示。
方案27
Figure S2006800260055D01091
[0382]在氢气氛下,向[6-(3-苄氧基-苯基氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0026,12.0mg,0.0285mmol)的甲醇溶液(5.0mL)加入碳载的20%氢氧化钯(10.0mg)。室温下搅拌反应5小时。过滤和浓缩,得到化合物(P-0027,3.5mg,37%)。MS(ESI)[M+H+]+=331。
实施例26:3-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0057的合成
[0383]3-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0057从商业可得的7-氮杂吲哚4步合成,如方案28所示。
方案28
Figure S2006800260055D01092
步骤1-(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[23-b]吡啶-3-基)-甲酮(7)的制备:
[0384]-10℃下,在氮气氛下,向二氯甲烷中的7-氮杂吲哚1加入6-氯烟酰氯8,随后加入氯化铝。搅拌反应并使其加温至室温过夜。用3N盐酸猝灭反应,并加入浓盐酸直至所有固体溶解。用二氯甲烷萃取混合物,用硫酸镁干燥合并的有机部分,过滤,浓缩滤液。从氯仿/己烷重结晶得到的固体物质,得到(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮7,其无需进一步纯化用于下一步。
步骤2-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲酮(73)的制备:
[0385]向DMSO中的(6-氯-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮7加入(3-三氟甲基-苯基)-甲醇72。加入氢化钠,使反应加热至60℃2小时。用水猝灭反应并用乙酸乙酯萃取。有机部分用硫酸镁干燥并浓缩,得到(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲酮73,其无需进一步纯化用于下一步。
步骤3-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲醇(74)的制备:
[0386]向(1H-吡咯并[2,3-b]-吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲酮73的乙醇溶液加入硼氢化钠。1小时后,用水猝灭反应并用乙酸乙酯萃取。有机部分用硫酸镁干燥并浓缩,得到(1H-吡咯并[2,3-b]-吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲醇74,其无需进一步纯化用于下一步。
步骤4-3-[6-(3-三氟甲基-苄基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0057的制备
[0387]将(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基]-甲醇74溶解在9∶1的三氟乙酸∶三乙基硅烷中。室温下搅拌反应15小时。用水稀释反应,用乙酸乙酯萃取并浓缩。粗提物通过反相HPLC纯化,得到3-[6-(3-三氟甲基-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0057。MS(ESI)[M+H+]+=384.3。
[0388]其它化合物可以应用方案28的步骤2-4制备,将(3-三氟甲基-苯基)-甲醇替换为合适的苄醇。按照此过程制备下列化合物:
3-[6-(4-氯-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0056)
3-[6-(3-氯-苄氧基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0055)
此过程的步骤2中应用的苄醇在下表第2列中表示,化合物结构表示在第3列中。
第1列提供了化合物编号,第4列提供了测定的质谱结果。
苄醇 化合物   观察的MS(ESI)[M+H+]+
实施例27:[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0048的合成
[0389][2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0048从商业可得的2,6-二氯吡啶-3-羧酸75以3步合成,如方案29所示。
方案29
Figure S2006800260055D01112
步骤1-2,6-二氯吡啶-3-碳酰氯(76)的制备:
[0390]向2,6-二氯吡啶-3-羧酸(75,1.00g,0.00521mol)的二氯甲烷溶液(75mL)加入2M草酰氯(2.61mL,0.727g,0.00573mol)。溶液开始显示出剧烈的气体产生,其被减慢但持续约2小时。使反应室温下持续另外3小时。浓缩反应得到化合物,为棕色油,其静置时结晶(76,1.09g,99%)。
步骤2-(2,6-二氯吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲酮(77)的制备:
[0391]在氮气氛下,向三氯化铝(4.18g,0.0314mol)和二氯甲烷(97.5mL,1.52mol)中加入1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,828.5mg,0.0070mol)的二氯甲烷溶液(5.0mL)。室温下搅拌反应60分钟,随后加入2,6-二氯吡啶-3-碳酰氯(76,1.09g,0.00523mol)的二氯甲烷溶液(6.0mL)。室温下搅拌反应2小时。形成沉淀物,硝基甲烷以~1mL份加入,直至几乎所有固体溶解(8mL)。在室温下另外60分钟后,将反应缓慢倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸镁干燥,过滤。浓缩滤液,得到1.54g固体,过夜放置后变为深紫色。用二氯甲烷处理固体,真空过滤收集不溶物,得到化合物(77,863mg,57%)。MS(ESI)[M+H+]+=292.2。
步骤3-[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0048)的制备:
[0392]向(2,6-二氯吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲酮(77,0.0570g,0.195mmol)中加入2-丙醇(1.5mL)随后加入对氯苄胺(61,49.8μL,0.410mmol)。在300瓦特下对反应微波处理,100℃10分钟,120℃10分钟,最后150℃10分钟。加入额外的对氯苄胺(50μL,0.410mmol),使反应于150℃持续20分钟。用乙酸乙酯和1M碳酸氢钠萃取反应。有机层经无水硫酸镁干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷随后应用1%甲醇洗脱,得到化合物(P-0048,47mg,61%)。MS(ESI)[M+H+]+=397.3。
[0393]根据方案29可以制备其它化合物,其中将2,6-二氯吡啶-3-羧酸替换为合适的羧酸。(6-(4-氯苄氨基)-2-(三氟甲基)吡啶3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲酮P-0070
Figure S2006800260055D01121
是根据此方案制备的,其中应用6-氯-2-三氟甲基-烟酸作为羧酸(从商业可得的2-氯-6-(三氟甲基)吡啶2步骤制备,根据Cottet,F.and Schlo ssev,M.Eur.J.Org.Chem.2004,3793-3798)。MS(ESI)[M+H+]+=431.2。
实施例28:3-((1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲基)-6-(4-氯苄氨基)吡啶-2-醇P-0051的合成
[0394]3-((1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲基)-6-(4-氯苄氨基)吡啶-2-醇P-0051从[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0048以2步合成,如方案30所示。
方案30
Figure S2006800260055D01122
步骤1-(6-(4-氯苄氨基)-2-氯吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲醇(P-0050)的制备:
[0395]向[2-氯-6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0048,0.045g,0.00011mol,如实施例27所述制备)中加入甲醇(10mL)和硼氢化钠(0.00428g,0.000113mol)。使反应于50℃搅拌过夜。从反应中去除挥发物,用乙酸乙酯和1M碳酸氢钠水溶液萃取得到的物质。有机层经硫酸镁干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷随后应用二氯甲烷中的1%甲醇洗脱,得到化合物(P-0050,31mg,68%)。MS(ESI)[M+H+]+=399.2。
步骤2-3-((1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲基)-6-(4-氯苄氨基)吡啶-2-醇(P-0051)的制备:
[0396]向溶于乙腈(1mL)的(6-(4-氯苄氨基)-2-氯吡啶-3-基)(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲醇(P-0050,0.028g,0.000070mol)中加入三乙基硅烷(42.6uL,0.000266mol)和三氟乙酸(28.4uL,0.000368mol)。反应于85℃加热过夜。用乙酸乙酯和饱和碳酸氢钠萃取反应。分离有机层,经硫酸镁干燥,过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,其中应用二氯甲烷,二氯甲烷中的3%甲醇、5%甲醇和最后10%甲醇洗脱,得到化合物,为白色固体(P-0051,20mg,78%)。MS(ESI)[M+H+]+=365.3。
实施例29:5-取代的7-氮杂吲哚中间体的合成
[0397]从商业可得的5-溴-氮杂吲哚1步合成5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶79,如方案31所示。
方案31
Figure S2006800260055D01131
步骤1-5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(79):
[0398]向4-吗啉乙醇(30mL,0.2mol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(30mL)缓慢加入氢化钠(7g,60%,分散在矿物油中,0.2mol)。溶液变清澈后,加入5-溴-7-氮杂吲哚(44,l.0g,0.0051mol)的N,N-二甲基甲酰胺(5mL)溶液和溴化铜(I)(1.4g,0.0098mol)。在氮气氛下,在120℃下,使反应混合物搅拌2小时。浓缩反应混合物,残余物溶解在乙酸乙酯和水中。收集有机层,用氯化铵和氢氧化铵溶液(4∶1)、盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂之后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为灰白色固体(79,0.62g,50%)。MS(ESI)[M+H+]+=248.25。
[0399]按照方案31的过程制备其它5-取代7-氮杂吲哚,其中将4-吗啉乙醇替换为2-二乙氨基-乙醇、3-二乙氨基-]-丙醇、2-哌啶-1-基-乙醇或2-吡咯烷-1-基-乙醇,分别提供二乙基-[2-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基氧基)-乙基]-胺、二乙基-[3-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基氧基)-丙基]-胺、5-(2-哌啶-1-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶和5-(2-吡咯烷-1-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶。
实施例30:{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-胺P-0065的合成
[0400]{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-胺P-0065从(5-溴-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基苄基)-胺17经4步合成,如方案32所示。
方案32
步骤1-6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(18)的制备:
[0401]在-78℃,在氮气氛下,在10分钟内向(5-溴-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-胺(17,3.55g,0.0107mol,商业可得,或如实施例10制备)的四氢呋喃溶液(150mL)中缓慢加入叔丁基锂(13.2mL,1.70M,戊烷中,0.0224mol)。在-78℃搅拌反应混合物90分钟。向反应混合物缓慢加入N,N-二甲基甲酰胺(2.2mL,0.028mol)。在-78℃搅拌反应混合物2小时,随后加温至室温。室温下搅拌2小时后,将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取。有机层用饱和碳酸氢钠、盐水洗涤并经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到浅黄色固体(18,1.67g,56%)。
步骤2-(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(19)的制备:
[0402]向6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-甲醛(18,3.7g,0.013mol)和二碳酸二叔丁酯(3.4g,0.016mol)的二氯甲烷溶液中(100mL)加入N,N-二异丙基乙胺(4.6mL,0.026mol)和4-二乙氨基吡啶(0.2g,0.002mol)。室温下搅拌反应混合物过夜。浓缩反应混合物,随后溶解于乙酸乙酯中。用盐酸(10%)、饱和碳酸氢钠、盐水洗涤溶液,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为白色固体(19,4.38g,87%)。
步骤4-(5-{羟基-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-甲基}-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(80)的制备:
[0403](5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(19,315mg,0.828mmol)、5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(79,205mg,0.829mmol,如实施例29所述制备)和氢氧化钾(70mg,1mmol)在甲醇(25mL)中的混合物在室温下搅拌过夜。将反应混合物倒入冰水中,用盐酸乙酯萃取,用盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用二氯甲烷中的甲醇洗脱,得到化合物,为黄色固体(80,0.2g,40%)。MS(ESI)[M+H+]+=628.42。
步骤5-{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基)-(4-三氟乙基-苄基)-胺(P-0065)的制备:
[0404](5-{羟基-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-甲基}-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(80,0.2g,0.3mmol)、三乙基硅烷(4mL,0.02mol)和三氟乙酸(2mL,0.02mol)在乙腈(30mL)中的混合物回流2小时。去除溶剂后,残余物溶解于乙酸乙酯中,用饱和碳酸氢钠、盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用二氯甲烷中的甲醇洗脱,得到化合物,为浅黄色固体(P-0065,17mg,10%)。MS(ESI)[M+H+]+=512.42。
[0405]应用方案32的步骤3和4,可以制备其它化合物,应用(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯19或用(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(43,如实施例17所述制备)替换其,和将5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶79替换为合适的氮杂吲哚,如实施例29中制备的,或5-甲氧基-7-氮杂吲哚(如实施例31所述制备)或应用商业可得的5-氯-7-氮杂吲哚。按照此过程制备下列化合物:
[5-(5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基}-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0053),
[5-(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基}-吡啶-2-基]-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0054),
(4-氯-苄基)-[5-(5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0058),
(4-氯-苄基)-[5-(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺(P-0059),
{5-[5-(2-二乙氨基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0060),
(4-氯-苄基)-{5-[5-(2-吗啉-4-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0063),
{5-[5-(2-吡咯烷-1-基-乙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0064),
{5-[5-(3-二乙氨基-丙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-胺(P-0066),
(4-氯-苄基)-{5-[5-(3-二乙氨基-丙氧基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基]-吡啶-2-基}-胺(P-0069),
此过程步骤4中应用的醛和氮杂吲哚在下表的第2和3列中表示,化合物结构在第4列中表示。第1列提供了化合物引用编号,第5列是试验质谱结果。
Figure S2006800260055D01171
实施例31:3-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇P-0061的合成:
[0406]3-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇P-0061从5-溴-7-氮杂吲哚44以6步合成,如方案33所示。
方案33
Figure S2006800260055D01172
步骤1-5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(81)的制备:
[0407]室温下,向5-溴-7-氮杂吲哚(1g,0.005mol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(20mL)和甲醇(20mL)的混合物中加入甲醇钠(13g,0.24mol)和溴化铜(I)(0.7g,0.0048mol)。氮气氛下,于120℃搅拌反应混合物3小时。浓缩反应混合物,残余物溶解于乙酸乙酯和水中。收集有机层,用氯化铵和氢氧化铵(4∶1)的溶液、盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为白色固体(81,0.4g,50%)。MS(ESI)[M+H+]+=149.09。
步骤2-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇(82)的制备:
[0408]0℃下,向5-甲氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(81,0.5g,3mmol)的四氢呋喃溶液(20mL)中加入三溴化硼(1.5g,6.0mmol)。使反应混合物加温至室温,随后室温下搅拌3小时。用甲醇猝灭反应混合物。重复加入甲醇和去除溶剂后,浓缩的反应混合物溶解于乙酸乙酯和水中。收集有机层,用盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为灰白色固体(82,0.18g,40%)。
步骤3-5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(83)的制备:
[0409]向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇(0.5g,0.004mol)和1H-咪唑(0.98g,0.014mol)在N,N-二甲基甲酰胺(5mL)的溶液中加入三异丙基氯硅烷(1mL,0.005mol)。室温下搅拌反应混合物过夜。加入二氯甲烷(10mL),盐水洗涤溶液并经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为粘性液体(83,0.4g,40%)。
步骤4-{5-[羟基-(5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(84)的制备:
[0410]室温下搅拌(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(19,41mg,0.11mmol,如实施例30所述制备)、5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(83,34mg,0.12mmol)和氢氧化钾(9.8mg,0.17mmol)在甲醇(10mL)中的混合物过夜。将反应混合物倒入水中,用乙酸乙酯萃取,盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为粘性液体(84,0.05g,70%)。MS(ESI)[M+H+]+=671.38。
步骤5-(4-三氟甲基-苄基)-[5-(5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并(2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]胺(85)的制备:
[0411]将{5-[羟基-(5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-吡啶-2-基}-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(84,0.05g,0.07mmol)、三氟乙酸(0.5mL,0.006mol)和三乙基硅烷(1mL,0.006mol)在乙腈(10mL)中的混合物回流2小时。将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,用饱和碳酸氢钠、盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为粘性液体(85,0.04g,97%)。MS(ESI)[M+H+]+=555.38。
步骤6-3-[6-(4-三氟甲基-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇(P-0061)的制备:
[0412]向(4-三氟甲基-苄基)-[5-(5-三异丙基硅烷基氧基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]胺(85,0.13g,0.23mmol)的四氢呋喃溶液(10mL)中加入氟化四丁基铵(3mL,1.0M,在四氢呋喃中,3mmol)。室温下搅拌反应混合物过夜,随后于65℃搅拌48小时。浓缩混合物,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为粘性液体(P-0061,0.062g,66%).MS(ESI)[M+H+]+=399.19。
[0413]3-[6-(4-氯-苄氨基)-吡啶-3-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-醇P-0062
Figure S2006800260055D01191
按照方案33的步骤制备,其中将(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-三氟甲基-苄基)-氨基甲酸叔丁酯19替换为(5-甲酰基-吡啶-2-基)-(4-氯-苄基)-氨基甲酸叔丁酯(43,如实施例17所述制备)。MS(ESI)[M+H+]+=365.2。
实施例32:N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺P-0067的合成
[0414]N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺P-0067从7-氮杂吲哚1以2步合成,如方案34所示。
方案34
Figure S2006800260055D01192
步骤1-(6-溴-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(87)的制备:
[0415]-10℃下,向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,1.2g,0.010mol)的二氯甲烷溶液(50mL)中加入6-溴-烟酰氯(86,2.6g,0.012mol)。溶液变清澈后,剧烈搅拌下,加入1份三氯化铝(10.2g,0.0765mol)。-10℃下,搅拌反应混合物30分钟,随后使其加温至室温并在室温下搅拌过夜。用冷水猝灭反应,用碳酸氢钠中和。用二氯甲烷萃取溶液,盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用二氯甲烷中的甲醇洗脱,得到化合物,为白色固体(87,0.35g,11%)。
步骤2-N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯甲酰胺(P-0067)的制备:
[0416]在110℃下,密封管中,搅拌(6-溴-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3.-基)-甲酮(87,160mg,0.53mmol)、4-三氟甲基苯甲酰胺(51,130mg,0.69mmol)、xanthphos(9mg,0.02mmol)、碳酸铯(245mg,0.752mmol)和三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(5mg,0.005mmol)在甲苯(2mL)中的混合物1小时。用水猝灭反应并用二氯甲烷萃取。收集有机层,用盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为灰白色固体(P-0067,0.42mg,19%)。MS(ESI)[M+H+]+=411.17。
[0417]N-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-吡啶-2-基]-4-三氟甲基-苯磺酰胺P-0068
Figure S2006800260055D01201
按照方案34制备,在步骤2中将4-三氟甲基苯甲酰胺51替换为4-三氟甲基苯磺酰胺。MS(ESI)[M+H+]+=445.1。
实施例33:[(S)-1-(4-氯-苯基)-乙基]-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0075的合成
[0418][(S)-1-(4-氯-苯基)-乙基]-[5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0075从7-氮杂吲哚1以3步合成,如方案35所示。
方案35:
Figure S2006800260055D01211
步骤1-(6-溴-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(89)的制备:
[0419]室温下搅拌1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,1.2g,0.010mol)、6-溴-吡啶-3-甲醛(88,1.8g,0.0097mol)和氢氧化钾(1.8g,0.032mol)在甲醇(25mL)中的混合物过夜。将反应物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用二氯甲烷中的甲醇洗脱,得到化合物,为白色固体(89,1.4g,45%),或者其可在步骤2中以89和90的混合物使用。
步骤2-3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(91)的制备:
[0420]将(6-溴-吡啶-3-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲醇(89,1g,0.003mol)和3-[(6-溴-吡啶-3-基)-甲氧基-甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(90,2g,0.006mol)、三乙基硅烷(1mL,0.006mol)和三氟乙酸(0.5mL,0.006mol)在乙腈(25mL)中的混合物回流2小时。浓缩反应混合物,残余物溶解于乙酸乙酯和水中。收集有机层,用饱和碳酸氢钠、盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为灰白色固体(91,0.75g,60%)。MS(ESI)[M+H+]+=288.06,290.00。
步骤3-[(S)-1-(4-氯-苯基)-乙基]-[5-(1H吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡啶-2-基]-胺P-0075的制备:
[0421]在150℃,微波中,搅拌3-(6-溴-吡啶-3-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(91,100mg,0.0003mol)和(S)-1-(4-氯-苯基)-乙胺(92,0.5g,0.003mol)在N-甲基吡咯烷(3mL)中的混合物100分钟。真空下浓缩反应混合物,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为白色固体(P-0075,0.03g,20%).MS(ESI)[M+H+]+=363.18。
实施例34:(4-氯-苄基)-[4-氯-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-噻唑-2-基]-胺P-0083的合成
[0422](4-氯-苄基)-[4-氯-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-噻唑-2-基]-胺P-0083从2,4-二氯-噻唑-5-甲醛93以4步合成,如方案36所示。
方案36
Figure S2006800260055D01221
步骤1-4-氯-2-(4-氯-苄氮基)-噻唑-5-甲醛(94)的制备:
[0423]室温下,向对氯苄胺(61,283mg,2.00mmol)和N,N-二异丙基乙胺(0.697mL)的四氢呋喃(20mL)溶液中缓慢加入2,4-二氯-噻唑-5-甲醛(93,364mg,2.00mmol)的四氢呋喃溶液(10mL)。室温下搅拌反应过夜。将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为黄色固体(94,0.3g,50%)。MS(ESI)[M-H+]=286.97。
步骤2-(4-氯-苄基)-(4氯-5-甲酰基-噻唑-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(95)的制备:
[0424]室温下,向4-氯-2-(4-氯-苄氨基)-噻唑-5-甲醛(94,0.32g,0.0011mol)的二氯甲烷(20mL)溶液中缓慢加入N,N-二异丙基乙胺(0.4mL,0.002mol)、4-二甲氨基吡啶(27mg,0.22mmol)和二碳酸二叔丁酯(290mg,0.0013mol)的二氯甲烷(5mL)溶液。室温下搅拌反应混合物过夜,随后将反应混合物倒入冰水中,用二氯甲烷萃取,盐水洗涤,经硫酸钠干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为浅棕色固体(95,0.32g,74%)。MS(ESI)[M+H+]=387.26。
步骤3-(4-氯-苄基)-(4氯-5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-噻唑-2-基}-氨基甲酸叔丁酯(97)的制备:
[0425]-20℃,氮气氛下,向3-碘-1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(96,99mg,0.25mmol)的四氢呋喃(5ml)溶液中加入2.0M异丙基氯化镁的四氢呋喃(0.2ml,0.31mmol)溶液。搅拌反应混合物1.5小时,使其加温至5℃。反应混合物冷却至-20℃后,缓慢加入(4-氯-苄基)-(4-氯-5-甲酰基-噻唑-2-基)-氨基甲酸叔丁酯(95,80mg,0.2mmol)的四氢呋喃(5mL)溶液。搅拌反应混合物2.5小时,随后使其加温至5℃。将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为灰白色固体(97,76mg,50%)。MS(ESI)[M+H+]=661.32,663.32。
步骤4-(4-氯-苄基)-[4-氯-5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-噻唑-2-基]-胺(P-0083)的制备:
[0426]将(4-氯-苄基)-(4-氯-5-[羟基-(1-三异丙基硅烷基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲基]-噻唑-2-基}-氨基甲酸叔丁酯(97,76mg,0.11mmol)、三乙基硅烷(0.5mL,3mmol)和三氟乙酸(0.25mL,3.2mmol)在乙腈(5mL)中的混合物回流3小时。将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,碳酸氢钠、盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为黄色固体(P-0083,5.6mg,14%).MS(ESI)[M+H+]=389.35,390.36。
实施例35:[2-(4-氯-苄氨基)-噻唑-5-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0077的合成:
[0427][2-(4-氯-苄氨基)-噻唑-5-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮P-0077从2-溴-噻唑-5-羧酸98和1H-吡咯并[2,3-b]吡啶1经2步合成,如方案37所示。
方案37:
Figure S2006800260055D01231
步骤1-(2-溴-噻唑-5-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(99)的制备
[0428]室温下搅拌2-溴-噻唑-5-羧酸(98,0.5g,0.002mol)在草酰氯(3mL)中的悬浮液,直至其变为清澈溶液。去除溶剂,残余物真空干燥。获得浅黄色固体,溶解于二氯甲烷中(10mL)并于-10℃缓慢加至1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,0.34g,0.0029mol)的二氯甲烷溶液(30mL)。随后向混合物加入一份三氯化铝(2.6g,0.019mol),同时剧烈搅拌。反应保持在-10℃30分钟,随后加温至室温。室温下搅拌反应混合物过夜。用冰水猝灭反应,用盐酸酸化(10%)至pH 4。随后用二氯甲烷萃取溶液。收集有机层,盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为白色固体(99,12mg,2%)。MS(ESI)[M-H+]=369.09。
步骤2-[2-(4-氯-苄氨基)-噻唑-5-基]-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(P-0077)的制备:
[0429]在密封反应容器中,室温下搅拌(2-溴-噻唑-5-基)-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-甲酮(99,5mg,0.02mmol)、对氯苄胺(61,10mg,0.08mmol)和N,N-二异丙基乙胺(10μL,0.08mmol)在四氢呋喃(10mL)中的混合物过夜。将反应混合物倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取,盐水洗涤,经硫酸镁干燥。去除溶剂后,经硅胶柱层析纯化残余物,其中用己烷中的乙酸乙酯洗脱,得到化合物,为浅黄色固体(P-0077,2mg,30%).MS(ESI)[M+H+]=305.90,307.88。
实施例36:3-((5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0080的合成
[0430]3-((5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶P-0080从5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-甲醛100经2步合成,如方案38所示。
方案38
Figure S2006800260055D01241
步骤1-3-((5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)(甲氧基)甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0079)的制备:
[0431]向1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1,0.100g,0.846mmol)和5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-甲醛(100,0.205g,0.931mmol)中加入2mL甲醇,生成溶液。加入氢氧化钾(0.0475g,0.846mmol),室温下搅拌反应48小时。用乙酸乙酯和水萃取反应。有机层经无水硫酸镁干燥并过滤。浓缩滤液,用硅胶柱层析纯化,其中用二氯甲烷中的0-5%的甲醇梯度洗脱,得到化合物(P-0079,32mg,11%)。MS(ESI)[M+H+]+=353.2。
步骤2-3-((5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0080)的制备
[0432]向3-((5-氯-3-甲基-1-苯基-1H-吡唑-4-基)(甲氧基)甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0079,0.030g,0.085mmol)中加入乙腈(10mL,0.2mol)。加入三氟乙酸(500uL,0.006mol)和三乙基硅烷(500uL,0.003mol),室温下搅拌反应16小时。用乙酸乙酯和水萃取反应。有机层经无水硫酸镁干燥并过滤。浓缩滤液,用硅胶柱层析纯化,其中用二氯甲烷随后用二氯甲烷中5%的甲醇洗脱,得到化合物,为浅黄色泡沫(P-0080,29mg,98%)。MS(ESI)[M+H+]+=323.2。
实施例37:c-Kit激酶结构域和c-Kit序列的构建
[0433]c-Kit cDNA序列可从NCBI获得,例如,GenBank登记号NM_000222。使用此序列,可以从商业可得的文库中(例如cDNA文库)克隆出或者可以通过常规的克隆方法合成出c-Kit的DNA序列。
[0434]使用常规的克隆方法,制备了编码三种c-Kit多肽的构建物,并将其用于表达c-Kit激酶结构域多肽。一种这样的活性c-Kit激酶结构域序列包括残基P551-S948,其中删除了残基Q694-T753。
实施例38:c-Kit激酶结构域的表达与纯化
[0435]纯化的c-Kit激酶结构域可以使用常规的表达和纯化方法获得。示例性的方法被描述,例如在Lipson等的U.S.20040002534(美国申请10/600,868,2003年6月23日提交),其以引用方式全文并入本文中。
实施例39:结合试验
[0436]可以用多种方法,包括本领域已知的各种方法进行结合试验。例如,如上所述,可以用荧光共振能量转移(FRET)方式或用AlphaScreen进行结合试验。
[0437]可选地,能够测定配体与ATP结合位点的结合的任何方法都可以被使用。例如,可以使用荧光配体。当与c-Kit结合时,发射的荧光发生偏振。一旦被抑制剂结合所替代,则偏振作用减少。
[0438]通过竞争性结合试验测定化合物的IC50。(注意KI是抑制剂结合的解离常数;KD是底物结合的解离常数)。对于本系统,IC50、抑制剂结合常数和底物结合常数可以根据下列公式相互关联:
[0439]当使用放射性标记的底物时,
K I = IC 50 1 + [ L * ] / K D ,
[0440]当存在小量的标记底物时,IC50约等于KI
实施例40:基于细胞的c-fms激酶活性或c-kit激酶活性试验
[0441]将M-CSF依赖性RAW264.7细胞种植在12孔板上,2.5×105个细胞/孔,使细胞于37℃、5%CO2粘附过夜。随后使细胞于37℃、5%CO2在无血清培养基中饥饿过夜。在无血清培养基(1%DMSO,最终浓度)中用化合物处理细胞1小时;随后用20ng/ml M-CSF刺激5分钟。刺激后,冰上裂解细胞,以13,000rpm离心裂解液1分钟。对样品中蛋白质的量进行测定,加入样品缓冲液,于95℃煮样品10分钟。随后以13,000rpm离心样品1分钟。将样品(15-20μg/泳道)加入并在4-12%Tris-甘氨酸凝胶上,75V跑胶,随后转移到PVDF膜上。根据所应用的一抗,应用含5%BSA的PBS/1%Tween-20(PBST)或5%牛奶的PBS/1%Tween-20(PBST)封闭膜1小时。随后用-抗温育印迹,4度过夜,轻轻振荡。捕获抗体温育后,用PBST洗膜3×10分钟,随后用检测抗体羊抗兔HRP温育1小时,轻轻振荡。再次用PBST洗膜3×10分钟。随后向印迹中加入ECL Plus底物,影像用化学发光照相机获得,定量条带测定pFMS和FMS水平。
[0442]也用M-NFS-60小鼠骨髓白细胞系(ATCC目录号#CRL-1838)评价Fms抑制剂。此细胞系增殖由M-CSF刺激,M-CSF结合和激活fms酪氨酸激酶受体。Fms激酶活性抑制剂降低或消除M-CSF刺激的激酶活性,引起细胞增殖降低。这一抑制作用测定为化合物浓度的函数,以评价IC50值。将M-NFS-60细胞以5×104个细胞/孔种植在96孔板中,在补充有10%FBS(HyClone目录号#SH30071.03)的50μl细胞培养基RPMI 1640(CellGro Mediatech目录号#10-040-CV)中。以1mM浓度将化合物溶解在DMSO中,1∶3连续稀释,总共8个点,加入至100μl细胞培养基中的终浓度为10、3.3、1.1、0.37、0.12、0.041、0.014和0.0046μM(最终浓度0.2%DMSO)。也用星形孢菌素处理细胞作为阳性对照。通过加入20μl的372ng/ml M-CSF至终浓度62ng/ml(R&D Systems目录号#216-MC)刺激细胞。将细胞于37℃、5%CO2中温育3天。使CellTiter-Glo缓冲液(Promega Cell ViabilityAssay目录号#G7573)和底物平衡至室温,重构酶/底物重组萤火虫荧光素酶/甲虫荧光素。将细胞板平衡至室温30分钟,随后加入等量Celltiter-Glo试剂而裂解。使平板在平板振荡器上混合2分钟,以便裂解细胞,随后室温下温育10分钟。在VictorWallac II上用荧光策略(Luminescence protocol)对平板读数,所述策略被修改为每孔读取0.1s。荧光读数评价ATP含量,这与细胞数正相关,因而该读数作为化合物浓度的函数,用于测定IC50值。
[0443]应用M-07e细胞系(DSMZ目录号ACC 104)评价c-Kit抑制剂。用SCF(干细胞因子)刺激M-07e增殖,SCF结合和激活c-Kit酪氨酸激酶受体。c-Kit激酶抑制剂降低或SCF介导的激酶活化,引起SCF刺激细胞的细胞增殖降低。通过化合物浓度对细胞生长的作用测定此抑制作用,以评价IC50值。将M-07e细胞以每孔5×104个细胞种植在96孔板细胞培养板中,在补充有10%FBS(HyClone目录号SH30071.03)的50μl Iscove’s Medium 1X细胞培养基中(MOD,CellGro Mediatech目录号15-016-CV)。化合物以浓度0.1mM溶解在DMSO中,1∶3连续稀释,总共8个点,加入至100μl细胞培养基中的终浓度为1、0.33、0.11、0.037、0.012、0.0041、0.0014和0.00046μM(终浓度0.2%DMSO)。也用星形孢菌素处理细胞作为阳性对照。通过加入20μl的600ng/ml SCF(Biosource International SCF kit ligand目录号PHC2115)至在细胞培养基中的终浓度为100ng/ml刺激细胞。将细胞于37℃、5%CO2中温育3天。使CellTiter-Glo Buffer(Promega Cell Viability Assay目录号G7573)和底物平衡至室温,重构酶/底物重组萤火虫荧光素酶/甲虫荧光素。将细胞板平衡至室温30分钟,随后加入等量Celltiter-Glo Reagent而裂解。使平板在平板振荡器上混合2分钟,以便裂解细胞,随后室温下温育10分钟。在Victor Wallac II上用荧光策略对平板读数,所述策略被修改为每孔读取0.1s。荧光读数评价ATP含量,这与细胞数正相关,因而该读数作为化合物浓度的函数,用于测定IC50值。
[0444]这种基于细胞的试验也被用于评估磷酸化作用。用如生长抑制试验所述化合物制备样品,仅将M-07e细胞以每孔2×105个细胞接种于96孔板中。用如上所述的化合物在37℃温育细胞1小时,然后通过加入SCF至终浓度50ng/ml进行刺激并在37℃温育10分钟。离心去除培养基并加入30μl裂解缓冲液(25mM TrisHCl pH 7.5、150mM NaCl、5mM EDTA、1%Triton X100、5mM NaF、1mM钒酸钠、10mMβ-甘油磷酸、无EDTA(Boehringer-Roche目录号1873580))裂解细胞,并放置于冰上30分钟。取出15μl裂解物测试小样并按照Biosource免疫分析试剂盒:人c-Kit[pY823](目录号KHO0401)通过在试验板中用85μl稀释缓冲液稀释该测试小样,在室温下温育2小时并用清洗缓冲液清洗该板4次,对其加以分析。将检测抗体(100μl)加入该板中并在室温下温育样品1小时,然后用清洗缓冲液清洗4次。加入HRP抗兔抗体(100μl)并在室温下温育样品30分钟,然后用清洗缓冲液清洗4次。加入稳定的生色团(100μl)并在室温下温育样品15-25分钟,然后用清洗缓冲液清洗4次。加入终止液(100μl)并在Wallac Victor读数器上在450nm读取所述样品。针对化合物的浓度为吸光度绘图并确定IC50浓度。
实施例41:c-Kit和c-Fms活性试验
[0445]潜在的c-Kit和其它激酶的激酶活性调节剂的作用可以用本领域已知的多种不同的试验,例如生化试验、基于细胞的试验以及体内测试(例如模型系统测试)加以测定。此类体外和/或体内试验或测试可以被用在本发明中。作为示例性激酶试验,在AlphaScreening(Packard BioScience)中测定c-kit或Fms的激酶活性。
示范性c-kit生化试验
[0446]在AlphaScreening中,c-kit(或其激酶结构域)是活化的激酶。关于c-Kit激酶活性的抑制,测定了IC50值,其中肽底物磷酸化的抑制是作为化合物浓度的函数来加以测量。将待测化合物溶解于DMSO至20mM的浓度。将30μl的这些化合物溶液稀释入120μl DMSO(4mM)中,并取1μl加至试验板。然后将它们以1∶3(将50μl加入100μl DMSO)系列稀释共8个点。制备平板,使得每一激酶反应是20μl,在1x激酶缓冲液(50mM HEPES,pH 7.2,5mM MgCl2,5mM MnCl2,0.01%NP-40,0.2%BSA)、5%DMSO和10μM ATP中。底物是100nM生物素-(E4Y)3(Open Source Biotech,Inc.)。C-kit激酶是0.1ng/样品。室温下温育激酶反应物1小时后,加入终止缓冲液(50mM EDTA,在1x激酶缓冲液中)中的5μl供体珠(链霉生物素包被珠(Perkin Elmer Life Science),终浓度1μg/ml),混合样品,室温下温育20分钟,随后加入终止缓冲液中的5μl受体珠(PY20包被珠(PerkinElmer Life Science),终浓度1μg/ml)。室温下温育样品60分钟,在AlphaQuest读数器上读取每孔的信号。磷酸化的底物导致PY20抗体的结合以及供体和受体珠子的缔合,从而信号与激酶活性相关联。所述信号比化合物浓度被用于确定IC50
[0447]也应用10倍高的ATP浓度、用相似的试验对化合物进行测试。对于这些样品,将待测化合物溶解在DMSO至20mM的浓度。将30μl的这些化合物溶液稀释入120μl DMSO(4mM)中,并取1μl加至试验板。然后将它们以1∶3(将50μl加入100μl DMSO)系列稀释共8个点。制备平板,使得每一激酶反应是20μl,在1x激酶缓冲液(8mM MOPS pH 7.0,1mM MgCl2,2mM MnCl2,0.01%Tween-20,1mM DTT,和0.001%BSA)、5%DMSO和100μM ATP中。底物是30nM生物素-(E4Y)10(Upstate Biotech,Cat#12-440)。C-kit激酶是0.1ng/样品。室温下温育激酶反应1小时后,加入终止缓冲液(8mM MOPS pH 7.0,100mM EDTA,0.3%BSA)中的5μl供体珠(链霉生物素包被珠(Perkin Elmer Life Science),终浓度10μg/ml),混合样品,室温下温育20分钟,随后加入终止缓冲液中的5μl受体珠(PY20包被珠(Perkin Elmer Life Science),终浓度10μg/ml)。室温下温育样品60分钟,在AlphaQuest读数器上读取每孔的信号。磷酸化的底物导致PY20抗体的结合以及供体和受体珠子的缔合,从而信号与激酶活性相关联。所述信号比化合物浓度被用于确定IC50
[0448]用于上述试验的c-kit酶或是得自Cell Signaling Technology(Cat.#7754)或是如下制备:应用普通的聚合酶链式反应(PCR)方法对编码kit的质粒(DNA和编码的蛋白序列,如下示)进行工程化改造。从各种人组织克隆的互补DNA购自Invitrogen,这些DNA用作PCR反应中的底物。特别定制的合成寡核苷酸引物被设计为,启动PCR产物,也提供了用于与质粒连接的合适的限制性酶切位点。通过基因合成方法制备编码酶的完整序列,其中应用覆盖全部编码序列的定制的合成寡核苷酸(Invitrogen,参见下述)。
[0449]用于与编码激酶的插入序列连接的质粒是pET衍生物(Novagen),用于利用大肠杆菌进行表达。Kit激酶被改造为,包括组胺酸标签进行金属亲和层析纯化。编码激酶的质粒被改造作为双顺反子mRNA以共同表达第二蛋白质,所述第二蛋白质在宿主细胞中表达期间修饰激酶蛋白。蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP)被共同表达,用于磷酸酪氨酸的脱磷酸化。
[0450]对于蛋白质表达,将含有Kit基因的质粒转化进大肠杆菌菌株BL21(DE3)RIL,并选择在含有合适抗生素的LB琼脂平板上生长的转化体。单个菌落于37℃在200ml TB(Terrific肉汤)培养基中生长过夜。在16个2.8L瓶中的1L新鲜TB培养基接种10ml的过夜培养物,并在连续振荡下37℃生长。一旦培养物达到600nm下的吸光度1.0,加入IPTG,使培养物在12-30℃的温度范围下再生长12至18小时。离心收获细胞,-80℃下冷冻沉淀物,直至准备裂解。
[0451]对于蛋白质纯化,将冷冻的大肠杆菌细胞沉淀物重悬浮于裂解缓冲液中,应用标准机械方法裂解。通过聚组胺酸标签、应用固定化金属亲和纯化IMAC纯化蛋白质。应用3步纯化方法纯化Kit激酶,其中利用IMAC、分子大小排阻层析和离子交换层析。用凝血酶(Thrombin)(Calbiochem)去除聚组胺酸标签。
[0452]用与上述试验相似的试验分析化合物,最终反应体积是25μl:c-Kit(h)(5-10mU),在8mM MOPS pH 7.0、0.2mM EDTA、10mM MnCl2、0.1mg/ml poly(Glu,Tyr)4∶1、10mM MgAcetate和γ-33P-ATP(约500cpm/pmol)中,其中带有合适浓度的化合物。室温下温育40分钟,通过加入5μl的3%磷酸而终止。在FilternatA上照射每一样品10μl,用75mM磷酸洗涤三次,其中一次用甲醇洗涤,干燥并在闪烁计数器上测定(在Upstate USA,Charlottesville,VA进行)。
[0453]在上述实施例40和41所述的c-kit试验的至少一个中,化合物P-0001、P-0002、P-0003、P-0004、P-0005、P-0006、P-0007、P-0008、P-0009、P-0010、P-0011、P-0012、P-0013、P-0014、P-0015、P-0016、P-0017、P-0018、P-0020、P-0022、P-0024、P-0025、P-0026、P-0027、P-0028、P-0030、P-0031、P-0032、P-0033、P-0038、P-0053、P-0054、P-0055、P-0056、P-0057、P-0058、P-0059、P-0060、P-0061、P-0062、P-0063、P-0064、P-0065、P-0066、P-0069、P-0071、P-0072、P-0073、P-0074、P-0075、P-0078和P-0082的IC50为1μM以下。
试剂盒
PCR引物
KIT 8K1A   ATGTACGAAGTTCAGTGGAAAGTTGTTGAAGAAATCAACGG(SEQ ID NO:5) 1776
8K1B   GGTCGATGTAAACGTAGTTGTTACCGTTGATTTCTTCAACAACTTT(SEQ ID NO:6) 1777
8K2A   AACAACTACGTTTACATCGACCCGACCCAGCTGCCGTACGAC(SEQ ID NO:7) 1779
8K2B   GTTACGCGGGAACTCCCATTTGTGGTCGTACGGCAGCTGGGTC(SEQ ID NO:8) 1781
8K3A   AAATGGGAGTTCCCGCGTAACCGTCTGTCTTTCGGTAAAACCC(SEQ ID NO:9) 1782
8K3B   ACCGAACGCACCCGCACCCAGGGTTTTACCGAAAGACAGAC(SEQ ID NO:10) 1783
8K4A   GGTGCGGGTGCGTTCGGTAAAGTTGTTGAAGCGACCGCGTACG(SEQ ID NO:11) 1784
8K4B   GCCGCGTCAGATTTGATCAGACCGTACGCGGTCGCTTCAAC(SEQ ID NO:12) 1785
8K5A   CTGATCAAATCTGACGCGGCGATGACCGTTGCGGTTAAAATGC(SEQ ID NO:13) 1786
8K5B   GTCAGGTGCGCAGACGGTTTCAGCATTTTAACCGCAACGGTCA(SEQ ID NO:14) 1787
8K6A   AAACCGTCTGCGCACCTGACCGAACGTGAAGCGCTGATGTCTG(SEQ ID NO:15) 1788
8K6B   CCAGGTAAGACAGAACTTTCAGTTCAGACATCAGCGCTTCACGT(SEQ ID NO:16) 1789
8K7A   CTGAAAGTTCTGTCTTACCTGGGTAACCACATGAACATCGTTAA(SEQ ID NO:17) 1791
8K7B   GGTGCACGCACCCAGCAGGTTAACGATGTTCATGTGGTTAC(SEQ ID NO:18) 1792
8K8A   CTGCTGGGTGCGTGCACCATCGGTGGTCCGACCCTGGTTATCA(SEQ ID NO:19) 1793
8K8B   GTCACCGTAGCAGCAGTATTCGGTGATAACCAGGGTCGGACCA(SEQ ID NO:20) 1794
8K9A   GAATACTGCTGCTACGGTGACCTGCTGAACTTCCTGCGTCGTA(SEQ ID NO:21) 1795
8K9B   AGAGCAGATGAAAGAGTCACGTTTACGACGCAGGAAGTTCAGC(SEQ ID NO:22) 1796
8K10A   CGTGACTCTTTCATCTGCTCTAAACAGGAAGACCACGCGGAAG(SEQ ID NO:23) 1797
8K10B   CAGCAGGTTTTTGTACAGCGCCGCTTCCGCGTGGTCTTCCTGT(SEQ ID NO:24) 1798
8K11A   GCGCTGTACAAAAACCTGCTGCACTCTAAAGAATCTTCTTGCTC(SEQ ID NO:25) 1799
8K11B   CCATGTATTCGTTGGTAGAGTCAGAGCAAGAAGATTCTTTAGAGT(SEQ ID NO:26) 1811
8K11A   GACTCTACCAACGAATACATGGACATGAAACCGGGTGTTTCTTA(SEQ ID NO:27) 1812
8K11B   TCCGCTTTGGTCGGAACAACGTAAGAAACACCCGGTTTCATGT(SEQ ID NO:28) 1813
8K12A   GTTGTTCCGACCAAAGCGGACAAACGTCGTTCTGTTCGTATCG(SEQ ID NO:29) 1814
8K12B   TAACGTCACGTTCGATGTAAGAACCGATACGAACAGAACGACGTTT(SEQ ID NO:30) 1815
8K13A   TCTTACATCGAACGTGACGTTACCCCGGCGATCATGGAAGACG(SEQ ID NO:31) 1816
8K13B   CCAGGTCCAGCGCCAGTTCGTCGTCTTCCATGATCGCCGG(SEQ ID NO:32) 1817
8K14A   GAACTGGCGCTGGACCTGGAAGACCTGCTGTCTTTCTCTTACC(SEQ ID NO:33) 1818
8K14B   GAACGCCATACCTTTCGCAACCTGGTAAGAGAAAGACAGCAGGT(SEQ ID NO:34) 1819
8K15A   GTTGCGAAAGGTATGGCGTTCCTGGCGTCTAAAAACTGCATCCA(SEQ ID NO:35) 1821
8K15B   CGCGCCGCCAGGTCACGGTGGATGCAGTTTTTAGACGCC(SEQ ID NO:36) 1822
8K16A   CGTGACCTGGCGGCGCGTAACATCCTGCTGACCCACGGTCG(SEQ ID NO:37) 1823
8K16B   ACCGAAGTCGCAGATTTTGGTGATACGACCGTGGGTCAGCAGG(SEQ ID NO:38) 1824
8K17A   ACCAAAATCTGCGACTTCGGTCTGGCGCGTGACATCAAAAACG(SEQ ID NO:39) 1825
8K17B   GTTACCTTTAACAACGTAGTTAGAGTCGTTTTTGATGTCACGCGCC(SEQ ID NO:40) 1826
8K18A   TCTAACTACGTTGTTAAAGGTAACGCGCGTCTGCCGGTTAAATG(SEQ ID NO:41) 1827
8K18B   GAAGATAGATTCCGGCGCCATCCATTTAACCGGCAGACGCGC(SEQ ID NO:42) 1829
8K19A   ATGGCGCCGGAATCTATCTTCAACTGCGTTTACACCTTCGAATC(SEQ ID NO:43) 1831
8K19B   GATACCGTAAGACCAAACGTCAGATTCGAAGGTGTAAACGCAG(SEQ ID NO:44) 1832
8K20A   GACGTTTGGTCTTACGGTATCTTCCTGTGGGAACTGTTCTCTC(SEQ ID NO:45) 1833
8K20B   CCTGTGGGAACTGTTCTCTCTGGGTTCTTCTCCGTACCCGG(SEQ ID NO:46) 1834
8K21A   GGTTCTTCTCCGTACCCGGGTATGCCGGTTGACTCTAAATTCTAT(SEQ ID NO:47) 1835
8K21B   CGGAAACCTTCTTTGATCATTTTGTAGAATTTAGAGTCAACCGGC(SEQ ID NO:48) 1836
8K22A   AAAATGATCAAAGAAGGTTTCCGTATGCTGTCTCCGGAACACG(SEQ ID NO:49) 1837
8K22B   ATGTCGTACATTTCCGCCGGCGCGTGTTCCGGAGACAGCATA(SEQ ID NO:50) 1838
8K23A   CCGGCGGAAATGTACGACATCATGAAAACCTGCTGGGACGCG(SEQ ID NO:51) 1839
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KIT COD-K948X   GTTCTTGTCGACTAtttctgacggttcggagagc(SEQ ID NO:63) 3411
P1332.N6BI PTP KIT M552-K948-X COD
(核酸SEQ ID NO:64)(蛋白质SEQ ID NO:65)
taatacgactcactataggggaattgtgagcggataacaattcccctctagaaataattt
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其它的生化和基于细胞的试验
[0454]一般而言,可以调整任何蛋白激酶试验以使其适用于c-Kit。例如,在Lipson等的美国专利公开20040002534(在此以其全部内容并入本文作为参考)中所述的试验(例如生化和基于细胞试验)可以被用于本发明。
体内模型系统测试
[0455]对于体内试验而言,可以选择使用合适的动物模型系统。例如,对于多发性硬化,一般使用啮齿动物实验变应性脑脊髓炎(EAE)。此系统已为人们所熟知,并在例如Steinman,1996,Cell 85:299-302和Secor et al.,2000,J Exp.Med5:813-821中被描述,在此以其全部内容并入本文作为参考。
[0456]同样,其它模型系统可以被选择和用于本发明。
示范性Fms生物化学试验
[0457]针对Fms激酶活性的抑制,测定IC50值,其中将肽底物的磷酸化的抑制作用测定为化合物浓度的函数。待测化合物溶解于DMSO(1μL)中,将其加入白色384孔板(Costar#3705)。Fms激酶的工作贮存液(Upstate Biotech,#14-551)、生物素-(E4Y)10底物(Upstate Biotech,Cat#12-440)和ATP(Sigma,Cat#A-3377)在8mM MOPS pH 7.4、2mM MgCl2、8mM MnCl2、2mM DTT和0.01%Tween-20中制备。将所有组分加入384孔板,最终浓度为0.5ng/孔Fms、30nM生物素-(E4Y)10(Upstate Biotechnology)和10μM ATP,在体积20μL中。每一样品处于5%DMSO。随后室温下温育平板60分钟。使用前,在8mM MOPS,pH 7.4、100mM EDTA、0.3%BSA中制备来自AlphaScreen PY20Detection Kit(PerkinElmer,Cat#676601M)的供体和受体珠工作贮存液。终止反应,将平板无遮盖地放在暗处,向每一孔加入5μl供体珠溶液(链霉生物素珠)。室温下温育平板20分钟。随后向每孔加入5微升受体珠溶液(PY20包被珠)。每一珠的最终浓度为20μg/mL。室温下温育平板60分钟。在Fusion Alpha读数器或AlphaQuest读数器上记录荧光信号。磷酸化的底物导致PY20抗体的结合以及供体和受体珠子的缔合,从而信号与激酶活性相关联。所述信号比化合物浓度被用于确定IC50
[0458]也应用10倍高的ATP浓度、用相似的试验对化合物进行测试。待测化合物溶解于DMSO(1μL)中,将其加入白色384孔板(Costar#3705)。Fms激酶的工作贮存液(Upstate Biotech,#14-551)、生物素-(E4Y)10底物(Upstate Biotech,Cat#12-440)和ATP(Sigma,Cat#A-3377)在8mM MOPS pH 7.0、2mM MgCl2、8mMMnCl2、2mM DTT、50mM NaCl、0.01%BSA和0.01%Tween-20中制备。将所有组分加入384孔板,最终浓度为0.5ng/孔Fms、30nM生物素-(E4Y)10(UpstateBiotechnology)和100μM ATP,在体积20μL中。每一样品处于5%DMSO。随后30℃下温育平板60分钟。使用前,在8mM MOPS,pH 7.0、100mM EDTA、0.01%BSA中制备来自AlphaScreen PY20 Detection Kit(PerkinElmer,Cat#676601M)的供体和受体珠工作贮存液。终止反应,将平板无遮盖地放在暗处,向每一孔加入5μl供体珠溶液(链霉生物素珠)。室温下温育平板20分钟。随后向每孔加入5微升受体珠溶液(PY20包被珠)。每一珠的最终浓度为10μg/mL。室温下温育平板60分钟。在Fusion Alpha读数器或AlphaQuest读数器上记录荧光信号。磷酸化的底物导致PY20抗体的结合以及供体和受体珠子的缔合,从而信号与激酶活性相关联。所述信号比化合物浓度被用于确定IC50
[0459]用与上述试验相似的试验分析化合物,最终反应体积是25μl:Fms(h)(5-10mU),在8mM MOPS pH 7.0、0.2mM EDTA、250mM KKKSPGEYVNIEFG(SEQ ID NO:__)、10mM乙酸镁和γ-33P-ATP(约500cpm/pmol)中,其中带有合适浓度的化合物。室温下温育样品40分钟,加入5μl的3%磷酸而终止。在P30Filtermat上照射每一样品10μl,用75mM磷酸洗涤三次,其中一次用甲醇洗涤,干燥并在闪烁计数器上测定(Upstate USA,Charlottesville,VA)。
[0460]在上述实施例40或41所述的Fms试验的至少一个中,化合物P-0001、P-0002、P-0003、P-0004、P-0005、P-0006、P-0007、P-0008、P-0009、P-0010、P-0011、P-0013、P-0014、P-0015、P-0016、P-0028、P-0032、P-0033、P-0038、P-0053、P-0054、P-0055、P-0056、P-0057、P-0058、P-0059、P-0060、P-0061、P-0062、P-0063、P-0064、P-0065、P-0066、P-0069、P-0072、P-0073、P-0074、P-0075、P-0076、P-0078、P-0081和P-0082的IC50为1μM以下。
实施例42:c-Kit、c-Fms和其它激酶的定点诱变
[0461]如Molecular Biology:Current Innovations and Future Trends.Eds.A.M.Griffin and H.G.Griffin.(1995)ISBN 1-898486-01-8,Horizon Scientific Press,PO Box1,Wymondham,Norfolk,U.K.等中所述,按照下列方法,可以对c-Kit和其它激酶(和其它感兴趣的序列)进行诱变。
[0462]体外定点诱变是研究蛋白质结构-功能关联、基因表达和载体修饰的非常有价值的技术。几种方法已经在文献中出现,但是这些方法中的许多需要用单链DNA作为模板。从历史上而言,其原因在于需要分离互补链以防止退火。通过应用变性步骤分离互补链并使得PCR引物有效聚合,PCR在定点诱变中的应用实现了链分离。因而,PCR定点方法使得位点特异性突变能够掺入到实质上任何双链质粒;排除了对M13型载体或单链拯救(single strand rescue)的需求。
[0463]在进行基于PCR的定点诱变时,通常期望减少PCR中的循环数,以便防止任何(不期望的)第二位点突变的克隆扩充。增加模板起始浓度,弥补了会导致产量降低的受限的循环数。应用选择,以减少进入反应的亲代分子数目。另外,为了应用单一PCR引物组,需要优化长PCR方法。进一步地,由于一些热稳定聚合酶的延伸酶(extendase)活性,常常需要在PCR所生成的产物的端-端连接之前在程序中并入末端削齐(end-polishing)步骤,其中PCR所生成的产物含有在一个或两个PCR引物中掺入的突变。
[0464]通过并入如下步骤,下列方案提供了定点诱变的容易方法并且实现了上述期望的特性:(i)使模板浓度比传统的PCR条件增加约1000倍;(ii)使循环数从25-30降低到5-10;(iii)加入限制性内切核酸酶DpnI(识别目标序列:5-Gm6ATC-3,其中A残基被甲基化),以便针对亲代DNA进行选择(注意:分离自几乎所有大肠杆菌普通菌株的DNA的序列5-GATC-3被Dam-甲基化);(iv)在PCR混合物中应用Taq Extender,使PCR的可靠性增加至10kb;(v)应用Pfu DNA聚合酶使PCR产物的末端平齐,和(vi)在T4DNA连接酶存在的情况下,实现有效的分子内连接。
[0465]将质粒模板DNA(大约0.5pmol)加入PCR混合物中,所述混合物包含,在25μl的1×诱变缓冲液中:(20mM Tris HCl,pH 7.5;8mM MgCl2;40μg/ml BSA);每种引物12-20pmol(其中的一种必须含有5’磷酸);每种dNTP 250μM,2.5U TaqDNA聚合酶,2.5U的Taq Extender(Stratagene)。
[0466]PCR循环参数是,94℃4分钟、50℃2分钟和72℃2分钟,1个循环;随后是94℃1分钟、54℃2分钟和72℃1分钟,5-10个循环(步骤1)。
[0467]用DpnI(10U)和Pfu DNA聚合酶(2.5U)处理亲代模板DNA和整入新合成DNA的线性诱变引物。这引起体内甲基化亲代模板和杂合DNA的DpnI消化,以及Pfu DNA聚合酶对线性PCR产物上的Taq DNA聚合酶延伸的碱基的去除。
[0468]将该反应在37℃下温育30分钟,然后将其转移至72℃温育另外30分钟(步骤2)。
[0469]将诱变缓冲液(1×,115μl,含有0.5mM ATP)加入经DpnI消化的PfuDNA聚合酶削齐的PCR产物中。
[0470]混合溶液,将10μl转移到新的微量离心管中,加入T4DNA连接酶(2-4U)。
[0471]37℃温育连接反应60分钟以上(步骤3)。
[0472]将处理过的溶液转化进感受态大肠杆菌中(步骤4)。
[0473]除了上述基于PCR的定点诱变,可以利用其它方法。实例包括Kunkel(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.82:488-492;Eckstein等.(1985)Nucl.Acids Res.13:8764-8785中描述的那些;以及应用来自Promega的GeneEditorTM Site-DirectedMutageneis System。
[0474]在下列实施例中,以及上述实施例1-36中,应该理解,应用或建议的溶剂和试剂不是限制性的,并且可以合适地替换为本领域技术人员已知的溶剂和试剂。可以通过本领域已知手段分离反应产物,如用合适的溶剂萃取、从合适的溶剂沉淀、用合适的溶剂系统的层析,其包括硅胶柱层析、HPLC、制备型TLC等。
[0475]可用的式I的合成路线
Figure S2006800260055D01351
                              式I
其中X1、X2、Y1、Y2、L1、Ar1、L2和R1如[0012]的式I所限定,或式Ib
                              式Ib
其中U、V、W、Z、R1、R15、R16、R17、A、M、E、G、J、K、F和n如[错误!未找到引用源。]的式Ib限定,描述于下面的方案和实施例中。虽然下面描述的方法是相对于式Ib而显示的,本领域技术人员清楚的是,所述方法可用于制备式I或式Ib的化合物。参照下面的方案和实施例,如果没有明确地相反指明,独立于上面描述中的这种列举,对每一方案或实施例限定式子和化合物列举,虽然对式I和Ib的一般性提及分别表示[0012]和[0026]中描述的式子。
[0476]式Ib化合物可以从式III和式X化合物制备,如方案39所示。
方案39
Figure S2006800260055D01361
[0477]应用本领域技术人员已知的标准偶合条件,使式III化合物,其中R41是氢或保护基团P(例如,苯基砜、叔丁氧基羰基、三异丙基甲硅烷基),R40是氢或适于偶联的官能团(例如,Br、SH、OH、CHO等),与式X化合物反应,其中R42是根据R40适当选择的官能基,形成连接A,提供式Ib化合物。
[0478]式Ib化合物可以从式III和式Xa化合物制备,其中R43是适于引入M-R1的官能团,描述于方案40中。
方案40:
Figure S2006800260055D01362
[0479]应用本领域技术人员已知的标准偶合条件,使式III化合物,其中R41是氢或保护基团P(例如,苯基砜、叔丁氧基羰基、三异丙基甲硅烷基),R40是氢或适于偶联的官能团(例如,Br、SH、OH、CHO等),与式Xa化合物反应,其中R42是根据R40适当选择的官能团,R43是适于引入M-R1的官能团,形成连接A,提供式II化合物。应用本领域技术人员已知的条件,进一步使式II化合物官能化而将M-R1引入,得到式Ib化合物。
[0480]方案40的步骤1和2可以颠倒,使得式X化合物通过步骤2的方法从式Xa化合物制备,随后按照步骤1的方法偶联得到的式X化合物和式III化合物。
[0481]方案39或40的许多式X或Xa化合物是商业可得的或可以用文献中已知的许多不同途径制备,这取决于具体的环体系和需要的取代方式,包括含氮杂环取代基,以及芳香杂环的从头合成。
[0482]方案39或40的式III化合物的一般合成描述于方案41中,其中R40是H或适于偶联式X或Xa化合物的官能团(例如,醛、羧酸、胺)。
方案41
Figure S2006800260055D01371
[0483]式IIIa化合物,其中U或Z是C-Br、C-Cl、C-NO2或C-NH2,可以根据本领域技术人员已知的方法,一般地从商业可得的单杂环或稠合的双杂环化合物制备。应用本领域技术人员已知的方法,式IIIa化合物进一步接受修饰,以提供适当取代的式III化合物,其中U或Z是C-Br、C-Cl、C-NO2或C-NH2,R41是H或保护基P。
[0484]方案39或40的式III化合物从式IIIb化合物的一般合成,描述于方案42中,其中R40是H。
方案42
Figure S2006800260055D01372
[0485]也可以应用本领域技术人员已知的合成方法,从式IIIb(此处R40是H)化合物制备式III化合物,其中R41是氢或保护基团P,R40适于偶联于方案39或40的式X或Xa的化合物(例如,醛、羧酸、胺)或适于变为这样的取代基(例如,酯、硝基),例如,如Merour和Joseph在Curr.Org.Chem.2001,5:471-506中描述。
[0486]除了这些方案,下列实施例中示出的反应可以以不同的顺序组合,以提供式Ib化合物。方案39-42和下列方案和实施例中示出的作为单一步骤的转化应该被认为代表了概述的全部转化,因为一些特定的情况可能需要一个以上的反应步骤以得到所需化合物。
[0487]在式Ib、式II和式III化合物的制备中,将7-氮杂吲哚或其类似物中的N-H中的氢取代为方案43步骤1中示出的保护基常常是有利的。根据步骤2,随后在适当的时候可以去除保护基,以暴露N-H。
方案43:
Figure S2006800260055D01381
步骤1-式IIIc的制备,其中R41是保护基P
[0488]式IIIc化合物——其中R41是保护基P——可以如下制备:将式IIIa化合物——其中R41是氢——溶解在非活性溶剂中(例如,二甲基甲酰胺、四氢呋喃)并且加入碱(例如,含水氢氧化钠、氢化钠)和可能地加入催化剂(例如,四丁基硫酸氢铵)。随后加入适于引入保护基的试剂(例如,苯磺酰氯、三异丙基氯硅烷、Boc酸酐),使反应搅拌1小时至数小时。通过常规方法分离和纯化(例如,萃取、硅胶层析)提供式IIIc化合物,其中R43是保护基。
步骤2-式IIIa的制备,其中R41是氢
[0489]式IIIa化合物——其中R41是氢——可以如下制备:将式IIIc化合物——其中R41是保护基团P——溶解在合适的溶剂中(例如,乙醇、四氢呋喃、二氯甲烷)并加入适于去除保护基的试剂(例如,氢氧化钾、氟化四丁基铵、三氟乙酸)。使反应搅拌30分钟至数小时,同时加热。通过常规方法分离和纯化(例如,萃取、硅胶层析)得到式IIIa化合物,其中R43是氢。
[0490]上述式II化合物类似于所示的式Ib化合物,其中R43被定义为M-R1,或是适于进一步取代以提供M-R1的取代基,并且R41是氢或保护基P。
Figure S2006800260055D01382
                        式II
[0491]式II化合物从下面的式IIa化合物制备,其中U、V、W、Z、J、E、F、G、K是C,n是1。
Figure S2006800260055D01391
                        式IIa
[0492]该实施例提供式IIa化合物的合成,它也适于满足式Ib和式II的其它限定的许多化合物。例如,在这些合成中,7-氮杂吲哚,即化合物1,可以被其中U、V、W和Z不是C-H的化合物替换。
实施例43:式IIa化合物的合成,其中A是CH2或C(O)
[0493]根据方案100,式IIa化合物,其中A是CH2或C(O),可以从式Xb化合物(式Xa,其中R42是C(O)H,J、E、F、G和K是C,以及n是1)和化合物1经2步合成。
方案100
Figure S2006800260055D01392
步骤1-式XI的制备,其中R44是氢或甲基
[0494]向7-氮杂吲哚1和式Xb化合物中加入合适的溶剂(例如,极性溶剂如甲醇、四氢呋喃和乙腈,或非极性溶剂如甲苯),随后加入合适的氢氧化物或醇盐型碱(alkoxide base)(例如,氢氧化钾、甲醇钠)。典型地使反应室温下搅拌过夜。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),当用甲醇作为溶剂时,提供R44是氢的式XI化合物,,或R44是甲基的式XI化合物,或当用甲醇作为溶剂时,提供R44是氢或甲基的式XI化合物的混合物。得到的混合物可以通过层析分离或作为混合物用在步骤2中。
步骤2a-式IIa的制备,其中A是CH2
[0495]向合适的极性溶剂(例如乙腈)中的式XI化合物中——其中R44是氢或甲基——加入还原剂(例如,三氟乙酸和三乙基硅烷)。典型地,室温下搅拌反应过夜。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),提供式IIa化合物,其中A是CH2并且R41是H。
步骤2b-式IIa的制备,其中A是C(O)
[0496]式IIa化合物——其中A是C(O)——如下制备:在非活性溶剂(例如,四氢呋喃)中,用合适的氧化剂(例如,戴斯-马丁试剂、TEMPO)氧化式XI化合物——其中R44是氢。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),,提供式IIa化合物,其中A是C(O)和R41是H。
[0497]一般地,也通过将7-氮杂吲哚1替换为在4、5或6位被取代、优选4或5位被取代的7-氮杂吲哚,方案100的反应可以用于式Xa化合物,以提供式I化合物,其中X1是CH,X2、Y1和Y2分别是CR6、CR4和CR5,或提供式Ib化合物,其中V和W是CH,并且U和Z独立为CR18。式Xa化合物可以商业得到,或可以按照本文实施例的过程合成。同样,A是CH2的式IIa化合物(或式I、式Ib的类似物)如下制备:使7-氮杂吲哚化合物,其任选地在4、5或6位被取代,与合适的杂芳基醛(式Xa,其中R42是C(O)H)在合适的溶剂(例如甲醇、四氢呋喃、乙腈、甲苯)中反应,以及与氢氧化物或醇盐碱(例如,氢氧化钾、甲醇钠)反应。在还原条件下,使得到的化合物在极性溶剂(例如乙腈)中反应,提供所需化合物。A是C(O)的式IIa化合物(或式I、式Ib的类似物)如下制备:使7-氮杂吲哚化合物,任选地在4、5或6位取代,与合适的杂芳基醛(式Xa,其中R42是C(O)H)在合适的溶剂(例如甲醇、四氢呋喃、乙腈、甲苯)中反应,以及与氢氧化物或醇盐碱(例如,氢氧化钾、甲醇钠)反应。从得到的化合物分离醇中间体(例如,式XI,其中R44是OH),并且在氧化条件下在非活性溶剂(例如,四氢呋喃)中反应,提供所需化合物。
实施例44:式IIa化合物的合成,其中A是CH2或C(O)
[0498]根据方案101,式IIa化合物,其中A是CH2或C(O),也可以从式Xc化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是有机金属取代基T)和化合物IIId(式III,其中U、V、W和Z是CH,R40是C(O)H,以及R41是P)经4步合成。
方案101
步骤1-式IIId的制备
[0499]在水中用六甲基四胺和乙酸处理7-氮杂吲哚1,加热至回流数小时,以便在3位引入醛。通过浓缩和萃取分离中间体。加入保护基P到中间体的N-1位,如方案43步骤1所述,得到式IIId化合物。
步骤2-式Xc的制备,其中R42是T
[0500]在非活性溶剂(例如四氢呋喃)中,一般在降低的温度下(例如,-78℃),通过用有机锂试剂(例如丁基锂)或镁处理R42是溴的式Xc化合物,或通过用有机锂试剂(例如丁基锂)邻位锂化R42是氢的式Xc化合物,获得式Xc化合物,其中R42是有机金属取代基T(例如,锂、MgBr),其无需分离用在步骤3中。
步骤3-式XIa的制备
[0501]在非活性溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),将式Xc化合物——其中R42是T——加入到式IIIc化合物中,搅拌数小时。加温至室温后,通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),提供式XIa化合物。
步骤4a-式IIa的制备,其中A是CH2
[0502]在合适的极性溶剂(例如乙腈)中,向式XIa化合物加入还原剂(例如,三氟乙酸和三乙基硅烷)。一般地,室温下搅拌反应过夜。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),随后根据方案43步骤2对N-P脱保护,提供式IIa化合物,其中A是CH2,R41是H。
步骤4b-式IIa的制备,其中A是C(O)
[0503]按照实施例43方案的步骤2b,随后根据方案43步骤2进行脱保护以提供R41是H的化合物,从式XIa制备式IIa化合物,其中A是C(O)。
实施例45:式IIa化合物的合成,其中A是C(O)或CH2
[0504]根据方案102,可以从式Xd化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是C(O)Cl)和化合物1分别经1步和2步合成式IIa化合物,其中A是C(O)或CH2
方案102
Figure S2006800260055D01421
步骤1-式IIa的制备,其中A是C=O
[0505]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在路易斯酸(例如,三氯化铝)存在下,通过使化合物1与式Xd的酰基氯反应,室温下搅拌数小时,制备式IIa化合物,其中A是羰基。反应可以用甲醇猝灭,并通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),提供式IIa化合物,其中A是C=O,R41是H。
步骤2-式IIa的制备,其中A是CH2
[0506]通过使式IIa化合物,其中A是C(O),与还原剂(例如,氢化锂铝)在非活性溶剂(例如,四氢呋喃)中反应数小时,可以制备式IIa化合物,其中A是CH2。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),提供式IIa化合物,其中A是CH2,R41是H。
实施例46:式IIa化合物的合成,其中A是CH2
[0507]根据方案103,从化合物1经2步可以合成式IIa化合物,其中A是CH2
方案103
Figure S2006800260055D01431
步骤1-式IIIe的制备
[0508]从化合物1,按照文献中的步骤(Robinson,J.Am.Chem.Soc.,1955,77,p.457),随后按照方案43步骤1保护N-H,合成式IIIe化合物(式III,其中U、V、W和Z是CH,R41是P,R40是CH2N(CH3)2)。
步骤2-式IIa的制备,其中A是CH2
[0509]在室温下,在甲苯中,通过式IIIe化合物与氯甲酸异丙酯(或氯甲酸乙酯)反应而产生3-氯甲基中间体,合成式IIa化合物,其中A是CH2。此中间体冷却至-78℃,与式Xc的有机铜试剂——其中R42是金属(如实施例44步骤2所述制备)——和氰化铜和氯化锂的溶液反应。可于-78℃搅拌反应1小时,随后加温至室温,用4∶1的氯化铵∶氢氧化铵溶液猝灭。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),得到式IIa化合物,其中A是CH2,R41是P,其可以根据方案43步骤2去除,得到其中R41是H的化合物。
实施例47:式IIa化合物的合成,其中A是O
[0510]根据方案104,可以从化合物1经2步合成式IIa化合物,其中A是O。
方案104
Figure S2006800260055D01441
步骤1-化合物400的制备
[0511]通过在0℃,在氯仿中溶解7-氮杂吲哚1并缓慢加入四氯化碳中的Br2,制备3-溴-7-氮杂吲哚400。搅拌1-2小时后,在盐酸水溶液中猝灭反应。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),得到化合物400。
步骤2-式IIa的制备,其中A是O
[0512]通过使3-溴-7-氮杂吲哚400——其根据方案43步骤1在N-H处被保护,与式Xe化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是OH)在碱(例如,氢化钠)和铜催化剂(例如,溴化铜)存在的情况下,在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中反应,同时加热(例如120℃)数小时,制备式IIa化合物,其中A是O。通过常规手段分离(例如,萃取和硅胶层析),随后根据方案43步骤2去除保护基,得到式IIa化合物,其中A是O,R41是H。
实施例48:中间体1-(3-羟基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)-乙酮(503)的合成
[0513]从2-氨基-烟酸500,可以3步合成1-(3-羟基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)-乙酮503,如方案105所述。该化合物是式III的示范性化合物,其中U、V、W和Z是CH,R40是OH,R41是P(例如,乙酰基)。
方案105
Figure S2006800260055D01442
步骤1-2-(羧甲基-氨基)-烟酸(501)的制备
[0514]2-(羧甲基-氨基)-烟酸501如下制备:使商业可得的2-氨基-烟酸500与2-氯乙酸在碱(例如,碳酸钠)存在下,一般在室温下反应1-4小时,随后通过常规手段(例如,酸碱萃取和重结晶)纯化和分离。
步骤2-乙酸1-乙酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3基酯(502)的制备
[0515]乙酸1-乙酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3基酯502如下制备:使2-(羧甲基-氨基)-烟酸501与回流无水乙酸中的乙酸钠中反应数小时,随后通过常规手段(例如,重结晶)纯化和分离(Su&Tsou;J.Am.Chem.Soc.,82,1960,1187)。
步骤3-1-(3-羟基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)-乙酮(503)的制备
[0516]从乙酸1-乙酰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3基酯502,通过室温下与甲醇中的钠反应而选择性去除3位的乙酸酯,一般反应30分钟至1小时,随后通过常规手段(例如,萃取和重结晶)纯化和分离,制备1-(3-羟基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)-乙酮503。
实施例49:式IIa化合物的合成,其中A是O
[0517]根据方案106,从式IIIf化合物(式III,其中U、V、W和Z是CH,R41是P,R40是OH)和式Xf化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是离去基团L)可以1步合成式IIa化合物,其中A是O。
方案106
Figure S2006800260055D01451
步骤1-式IIa的制备,其中A是O
[0518]通过在碱(例如,氢化钠)存在的情况下,在非活性溶剂(例如二甲基甲酰胺)中溶解式Xf化合物——其中L是离去基团(例如,卤素或三氟甲基磺酸酯(triflate)),制备式IIa,其中A是O。在存在铜催化剂(例如,溴化铜)的情况下加入式IIIf化合物,同时加热数小时。根据方案34步骤2去除保护基,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是O,R41是H。
实施例50:式IIa化合物的合成,其中A是NH或N-R45
[0519]根据方案107,从3-溴-7-氮杂吲哚400和式Xg化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是NH2)可以2步合成式IIa化合物,其中A是NH或NR45(R45与对式Ib化合物的A或式I化合物的L1的定义一致)。
方案107
Figure S2006800260055D01461
步骤1-式IIa的制备,其中A是NH
[0520]通过使3-溴-7-氮杂吲哚400和式Xg的纯化合物加热下(如150℃)反应数小时,制备式IIa化合物,其中A是NH。可选地,400可以与式Xg化合物反应,其中应用钯催化的Buchwald-Hartwig条件(即,钯催化剂(例如,三(二亚苄基丙酮)二钯(0))、配体(例如,三叔丁基膦)和碱(例如,叔丁醇钠),在非活性溶剂(例如甲苯)中,同时加热(例如80℃)数小时)。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIa化合物,其中A是NH,R41是P。根据方案43步骤2去除保护基,提供式IIa化合物,其中A是NH,R41是H。
步骤2-式IIa的制备,其中A是N-R45
[0521]其中A是N-R45的式IIa如下制备:使式IIa化合物——其中R41是P,A是NH——与带有离去基团的合适试剂(例如,甲基碘、乙酰氯)在碱(例如,碳酸钾、二异丙基乙胺)存在下,在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中室温下反应数小时。根据方案43步骤2去除保护基,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是N-R45,R41是H。
实施例51:式IIIh的中间体的合成,其中R40是NH2
[0522]按照方案108,从7-氮杂吲哚1,可以3步合成式IIIh化合物(式III,其中U、V、W和Z是CH,R41是H,R40是NH2)。
方案108
Figure S2006800260055D01462
步骤1-3-硝基-7-氮杂吲哚(504)的制备
[0523]通过将7-氮杂吲哚1加入发烟硝酸,同时冷却(例如0℃),制备3-硝基-7-氮杂吲哚504。搅拌1至数小时后,小心地加入水,用饱和碳酸氢钠中和混合物。过滤收集固体并干燥以提供3-硝基-7-氮杂吲哚504。
步骤2-式IIIg的制备
[0524]按照方案43步骤1,从3-硝基-7-氮杂吲哚504制备式IIIg化合物(式III,其中U、V、W和Z是CH,R41是H,R40是NH2)。
步骤3-式IIIh的制备
[0525]通过还原硝基(例如,氢气和甲醇中碳载钯)从式IIIg化合物制备式IIIh化合物。过滤混合物,浓缩,得到式IIIh化合物。
实施例52:式IIa化合物的合成,其中A是NH或NR45
[0526]如方案109所述,从式IIIh化合物和式Xh化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是Br),可以2步合成式IIa化合物,其中A是NH或NR45(R45与式Ib化合物的A或式I化合物的L1的定义一致)。
方案109
Figure S2006800260055D01471
步骤1-式IIa的制备,其中A是NH
[0527]通过使式Xh化合物与式IIIh化合物(如实施例51所述制备)在加热(例如,100℃)下反应数小时,制备式IIa化合物,其中A是NH。可选地,使式IIIh化合物与式Xh化合物反应,其中应用钯催化的Buchwald-Hartwig条件(即,钯催化剂(例如,三(二亚苄基丙酮)二钯(0))、配体(例如,三叔丁基膦)和碱(例如,叔丁醇钠),在非活性溶剂(例如甲苯)中,加热(例如80℃)数小时)。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIa化合物,其中A是NH,R41是P。根据方案43步骤2去除保护基,提供式IIa化合物,其中A是NH,R41是H。
步骤2-式IIa的制备,其中A是N-R45
[0528]如实施例50步骤2所述,制备式IIa化合物,其中A是N-R45
实施例53:式IIa化合物的制备,其中A是S
[0529]如方案110所述,从7-氮杂吲哚1和式Xi化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是芳基二硫化物)可以1步合成式IIa化合物,其中A是S。
方案110
步骤1-式IIa的制备,其中A是S
[0530]通过使7-氮杂吲哚1溶解在合适的溶剂(例如,二甲基甲酰胺)和碱(例如,氢化钠)中,随后加入对称的式Xi芳基二硫化物化合物,制备式IIa化合物,其中A是S。室温下搅拌数小时后,用水猝灭反应,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是S,R41是H。
实施例54:式IIa化合物的合成,其中A是S
[0531]如方案111所述,从3-溴7-氮杂吲哚400和式Xj化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是SH)可以1步合成式IIa化合物,其中A是S。
方案111
步骤1-式IIa的制备,其中A是S
[0532]通过使3-溴-7-氮杂吲哚400与式Xj化合物在碱(例如,氢化钠)存在下在合适的溶剂中(例如,二甲基甲酰胺)加热下(例如100℃)反应数小时,制备式IIa化合物,其中A是S。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是S,R41是H。
实施例55:式IIa化合物的合成,其中A是S(O)2
[0533]如方案112所述,从式IIa化合物,其中A是S,R41是H,可以1步合成式IIa化合物,其中A是S(O)2
方案112
Figure S2006800260055D01491
步骤1-式IIa的制备,其中A是S(O)2
[0534]通过使式IIa化合物——其中A是S,R41是H(如实施例53或54所述制备)——与氧化剂(例如,间氯过氧苯甲酸、过氧化氢)在合适的无质子溶剂(例如,二氯甲烷)中反应,制备式IIa化合物,其中A是S(O)2。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是S(O)2,R41是H。
实施例56:式IIa化合物的合成,其中A是S(O)2
[0535]如方案113所述,从7-氮杂吲哚1和式Xk化合物(式Xa,其中J、E、F、G和K是C,n是1,R42是S(O)2CI)可以1步合成式IIa化合物,其中A是S(O)2
方案113
Figure S2006800260055D01492
步骤1-式IIa的制备,其中A是S(O)2
[0536]在催化剂(例如,三氯化铟)和三氟磺酸存在的情况下,使7-氮杂吲哚1与溶解于三氟乙酸的式Xk的磺酰氯加热(例如,70℃)下反应数小时,制备式IIa化合物,其中A是S(O)2。用氢氧化钠中和并通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是S(O)2,R41是H(Garzya等,Tetrahedron Lett.2004,45:1499-1501)。
实施例57:式IIa化合物的合成,其中A是CF2
[0537]从式IIa化合物,其中A是C(O)并且R41是P,可以1步合成式IIa的化合物,其中A是CF2,如方案114所述。
方案114
Figure S2006800260055D01501
步骤1-式IIa的制备,其中A是CF2
[0538]使式IIa化合物,其中A是C(O)并且R41是P(如实施例44所述制备),与氟化剂(例如,三氟化(二乙氨基)硫)在加热下反应数小时,制备式IIa化合物,其中A是CF2。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是CF2并且R41是H。
实施例58:式IIa化合物的合成,其中A是C(S)
[0539]从式IIa化合物,其中A是C(O)并且R41是H,可以1步合成式IIa的化合物,其中A是C(S),如方案115所述。
方案115
Figure S2006800260055D01502
步骤1-式IIa的制备,其中A是C(S)
[0540]使式IIa化合物,其中A是C(O)并且R41是H(如实施例43、44或45所述制备),与Lawesson’s试剂(1,3,2,4-二硫代二phosphetane-2,3-二硫化物)在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中加热反应数小时,制备式IIa的化合物,其中A是C(S)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是C(S),R41是H。
实施例59:式IIa化合物的合成,其中A是S(O)
[0541]从式IIa化合物,其中A是S并且R41是H,可以1步合成式IIa的化合物,其中A是S(O),如方案116所述。
方案116
Figure S2006800260055D01511
步骤1-式IIa的制备,其中A是S(O)
[0542]使式IIa化合物,其中A是S并且R41是H(如实施例53或54所述制备),与一当量的氧化剂(例如,间氯过氧苯甲酸、过氧化氢、过硫酸氢钾制剂)在合适的质子惰性溶剂(例如,二氯甲烷)中反应,制备式IIa的化合物,其中A是S(O)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,得到式IIa化合物,其中A是S(O),R41是H。
[0543]式III化合物可以用在式Ib或IIa的化合物的制备中,如实施例43-59所述,通过将该实施例中示出的7-氮杂吲哚或其类似物替换为式III化合物而实施。R40是3位的取代基,其用于适于与式X化合物(例如,氢、C(O)H、CH2N(CH3)2、C(O)Cl、溴、氨基、羟基、硫)偶联的实施例中,R41是氢或保护基团P。
                            式III
[0544]式IIIi化合物,即,式III——其中V和W是CH,U和Z中的至少一个是CR46,优选地,U和Z中的一个是CR46,U和Z中的另一个是CH,其中R46如[0025]的式Ib中对R18所定义,不包括氢,可以用于合成式Ib和IIa化合物,如对式III化合物所述。
Figure S2006800260055D01513
                            式IIIi
[0545]提供用于式IIIi化合物合成的实施例也适用于满足式III其它定义的许多化合物,或式IIIi化合物可以被进一步取代,特别是在3位,以提供式III化合物,或可以用于合成式I化合物的相关化合物。
[0546]此外,用于制备式III和IIIi化合物的技术可以用于式Ib化合物,其中R5是溴、氯、或氨基,以提供式Ib的其它化合物。
实施例60:式IVa中间体的合成
[0547]从3-甲基-5-硝基-吡啶-2-基胺505,可以3步合成式IVa化合物,如方案117所述。
Figure S2006800260055D01521
步骤1-5-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(506)的制备
[0548]通过使3-甲基-5-硝基-吡啶-2-基胺505与叔丁氧基羰基酸酐(t-butyloxycarbonyl anhydride)在合适的溶剂(例如,乙酸乙酯和己烷)中反应,制备5-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶506。浓缩并萃取,提供Boc-保护的中间体,其随后与2当量丁基锂在合适的极性溶剂(例如,四氢呋喃)中反应,同时冷却(例如0℃),随后加入二甲基甲酰胺并搅拌30分钟至1小时,随后加入5.5M HCl。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供506.(Hands等,Synthesis 1996,877-882.)。
步骤2-式XIII的制备
[0549]通过如方案43步骤1中所述使5-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(506)反应,制备式XIII化合物。
步骤2-式IVa的制备
[0550]通过使硝基还原(例如,氢气和甲醇中的碳载钯),从式XIII化合物制备式IVa化合物。过滤混合物,浓缩提供式IVa化合物。
实施例61:式IVb中间体的合成
[0551]从7-氮杂吲哚1,可以4步合成式IVa化合物,如方案118所述。
方案118
Figure S2006800260055D01531
步骤1-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物(507)的制备
[0552]通过使7-氮杂吲哚1与氧化剂(例如,间氯过氧苯甲酸)在合适的溶剂(例如,二氯甲烷)中反应,制备1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物507。室温下搅拌30分钟至1小时后,过滤收集化合物507。
步骤2-4-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物(508)的制备
[0553]通过将1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物507溶解在硝酸中,随后加入硫酸,制备4-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物508。加热(例如,70℃)1小时,随后倒入水中,提供化合物508,过滤分离。(Schneller等,J.Org.Chem.1980,45:4045)。
步骤3-式XIV化合物的制备
[0554]通过在合适的溶剂(例如乙酸乙酯)中加入三氯化磷和加热(例如,80℃)数分钟,从4-硝基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物508制备式XIV化合物。用碱(例如碳酸钾)中和随后萃取,提供中间体,随后根据方案43步骤1,其在N-1氢处得到保护,以提供式XIV化合物。
步骤4-式IVb的制备
[0555]通过使硝基还原(例如,氢气和甲醇中的碳载钯),从式XIV化合物制备式IVb化合物。过滤混合物并浓缩,可以提供式IVb化合物。
实施例62:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHR47并且R40是H
[0556]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHR47并且R40是H,如方案119所述。
方案119
Figure S2006800260055D01541
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHR47并且R40是H
[0557]从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),通过与R47-X其中X是离去基团(例如,烷基化剂如甲基碘),在碱存在(例如碳酸钾)下,在合适的溶剂(如二甲基甲酰胺)室温下反应数小时,制备式IIIi化合物,其中R46是NHR47并且R40是H(R47是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHR47、R40是H,并且R41是P。
实施例63:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHCH2R48并且R40是H
[0558]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHCH2R48并且R40是H,如方案120所述。
方案120
Figure S2006800260055D01542
步骤1-式IIIc化合物的制备,其中R46是NHCH2R48并且R40是H
[0559]从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),通过在催化量的酸(例如乙酸)和还原剂(例如,三乙酰氧基硼氢化钠)存在下,在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,应用式R48-C(O)H的醛,进行还原性胺化,制备式IIIi化合物,其中R46是NHCH2R48并且R40是H(R48与任选取代的低碳烷基一致)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHCH2R48、R40是H并且R41是P。
实施例64:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHC(O)R49并且R40是H
[0560]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)R49并且R40是H,如方案121所述。
方案121
Figure S2006800260055D01551
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHC(O)R49并且R40是H
[0561]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如,N,N-二异丙基乙胺(DIEA))存在下,通过与式R49-C(O)X的活化羧酸反应,其中X是离去基团如氯(例如,苯甲酰氯),从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),制备式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)R49并且R40是H(R49是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)R49、R40是H、R41是P。
实施例65:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHC(O)NHR50并且R40是H
[0562]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)NHR50并且R40是H,如方案122所述。
方案122
Figure S2006800260055D01552
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHC(O)NHR50并且R40是H
[0563]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如,DIEA)存在下,通过与式R50-NCO的异氰酸酯(例如,异氰酸丙酯)反应,从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),制备式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)NHR50并且R40是H(R50是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHC(O)NHR50、R40是H、R41是P。
实施例66:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHC(S)NHR51并且R40是H
[0564]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHC(S)NHR51并且R40是H,如方案123所述。
方案123
Figure S2006800260055D01561
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHC(S)NHR51并且R40是H
[0565]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如,DIEA)存在下,通过与式R51-NCS的异硫氰酸酯(例如,异硫氰酸丙酯)反应,从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),制备式IIIi化合物,其中R46是NHC(S)NHR51并且R40是H(R51是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHC(S)NHR51、R40是H、R41是P。
实施例67:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHS(O)2R52并且R40是H
[0566]从式IVa或IVb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHS(O)2R52并且R40是H,如方案124所述。
方案124
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHS(O)2R52并且R40是H
[0567]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如,DIEA、吡啶)存在下,通过与式R52-S(O)2Cl的磺酰氯(例如,丙基磺酰氯)反应,从中间体式IVa(实施例60)或IVb(实施例61),制备式IIIi化合物,其中R46是NHS(O)2R52并且R40是H(R52是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHS(O)2R52、R40是H、R41是P。
实施例68:式Va中间体的合成
[0568]从7-氮杂吲哚1,可以2步合成式Va化合物,如方案125所述。
方案125
Figure S2006800260055D01572
步骤1-5-溴-7-氮杂吲哚(44)的制备
[0569]从7-氮杂吲哚1,制备5-溴-7-氮杂吲哚44,如Mazeas等,Heterocycles1999,50:1065-1080所述。
步骤2-式Va中间体的制备
[0570]通过保护5-溴-7-氮杂吲哚44,如方案43步骤1所述,制备式Va中间体。
实施例69:式Vb中间体的合成
[0571]从1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物507,可以2步合成式Vb化合物,如方案126所述。
方案126
Figure S2006800260055D01581
步骤1-4-溴-7-氮杂吲哚(509)的制备
[0572]从1H-吡咯并[2,3-b]吡啶7-氧化物507(如实施例61所述制备),制备4-溴-7-氮杂吲哚509,如Thibault等,Org.Lett.2003,5:5023-5025所述。
步骤2-式Vb中间体的制备
[0573]通过保护4-溴-7-氮杂吲哚509,如方案43步骤1所述,制备式Vb中间体。
实施例70:式IIIi化合物的合成,其中R46是卤素并且R40是H
[0574]从式Va或Vb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是卤素并且R40是H,如方案127所述。
方案127
Figure S2006800260055D01582
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是F或Cl并且R40是H
[0575]通过将相应的式Va(实施例68)或Vb(实施例69)的溴中间体溶解在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,同时冷却(例如,-78℃),并与有机锂试剂反应引起溴的锂-卤素交换(例如,叔丁基锂),随后加入氟源(例如,N-氟代双苯磺酰胺(N-fluorobenzenesulfnimide))或氯源(例如,六氯乙烷),制备式IIIi化合物,其中R46是卤素R53(优选地,氟或氯)并且R40是氢,类似于Thibault等,Org.Lett.2003,5:5023-5025所述。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是F或Cl,R40是H并且R41是P。
实施例71:式IIIi化合物的合成,其中R46是NHR47并且R40是H
[0576]从式Va或Vb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是NHR47并且R40是H,如方案128所述。
方案128
Figure S2006800260055D01591
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是NHR47并且R40是H
[0577]应用钯催化的Buchwald-Hartwig条件(即,钯催化剂(例如,乙酸钯(II))、配体(例如,二环己基(邻联苯基)膦)和碱(例如,叔丁醇钠),在非活性溶剂(例如,1,4-二烷)中,加热(例如100℃)数小时),使中间体式Va(实施例68)或Vb(实施例69)与式R47-NH2的胺反应,制备式IIIi化合物,其中R46是NHR47并且R40是H。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是NHR47、R40是H、R41是P。
实施例72:式IIIi化合物的合成,其中R46是OR54并且R40是H
[0578]从式Va或Vb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是OR54并且R40是H,如方案129所述。
方案129
Figure S2006800260055D01592
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是OR54并且R40是H
[0579]在碱(例如,氢化钠)和铜催化剂(例如,溴化铜)在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中,,使中间体式Va(实施例68)或Vb(实施例69)与式R54-OH的醇加热(例如120℃)反应数小时,制备式IIIi化合物,其中R46是OR54并且R40是H(R54是任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是OR54、R40是H、R41是P。
实施例73:式IIIi化合物的合成,其中R46是任选取代的低碳烷基并且R40是H
[0580]从式Va或Vb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是任选取代的低碳烷基,并且R40是H,如方案130所述。
方案130
Figure S2006800260055D01601
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是任选取代的低碳烷基并且R40是H
[0581]通过将中间体式Va(实施例68)或Vb(实施例69)中间体溶解在合适的溶剂(例如甲苯)中,随后加入钯催化剂(例如,[1,1′-二(二苯基膦)二茂铁二氯钯(II),其与二氯甲烷络合(1∶1)),制备式IIIi化合物,其中R46是任选取代的低碳烷基R55并且R40是H。数分钟后,可以加入式R55-MgBr的格氏试剂并加热反应(例如90℃)1至数小时。通过C盐过滤后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIc化合物,其中R46是任选取代的低碳烷基、R40是H和R41是P。
实施例74:式IIIi化合物的合成,其中R46是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基,R40是H
[0582]从式Va或Vb化合物,可以1步合成式IIIi化合物,其中R46是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基,R40是H,如方案131所述。
方案131
Figure S2006800260055D01602
步骤1-式IIIi化合物的制备,其中R46是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基,R40是H
[0583]在Suzuki偶合条件下(Muyaura and Suzuki,Chem.Rev.1995,95:2457)。如在钯催化剂(例如,四(三苯基膦)钯(0))和碱(例如碳酸钾水溶液)存在下在合适的溶剂(例如四氢呋喃、乙腈)中加热(例如80℃)1小时至数小时或用微波设备加热(例如120℃10分钟),使中间体式Va(实施例68)或Vb(实施例69)与式R56-B(OH)2的硼酸或R56-B(OR)2硼酸酯反应,制备式IIIi化合物,其中R46是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基R56,R40是H。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIIi化合物,其中R46是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基,R40是H,R41是P。
[0584]式Ib化合物,其中V、W、U和Z是CH,J、E、F、G和K是C,n是1,R15、R16和R17是氢,构成式VI的化合物。
Figure S2006800260055D01611
                            式VI
[0585]提供用于式VI化合物合成的实施例也适用于满足式I或式Ib的其它定义的许多化合物。
实施例75:式VI化合物的合成,其中M是NR57或O,R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基
[0586]从式IIb化合物,可以2步合成式VIa化合物(式VI,其中M是NR57或O(R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致),R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基),如方案132所述。
方案132
Figure S2006800260055D01612
步骤1-式IIc化合物的制备
[0587]在碱(例如氢化钠)存在下,在合适的溶剂(例如二甲基甲酰胺)中反应,使式IIb化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1H,其中M1是O或NR57)与式R58-X化合物——其中X是合适的离去基团如卤素或三氟甲基磺酸酯,,在加热(例如,80℃)下反应数小时,制备式IIc化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1R58,其中M1是O或NR57,R58是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。可选地,反应由金属催化(例如,当M1是NR57时,为乙酸钯和三叔丁基膦,当M1是O时,是溴化铜)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIc化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是NR57或O,R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基
[0588]从式IIc化合物,根据方案43步骤2,通过去除N-1保护基,制备式VIa化合物(式VI,其中M是NR57或O(M1),R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基(R58))。
实施例76:式VI化合物的合成,其中M是NR57或O,R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基
[0589]从式IId化合物,可以2步合成式VIa化合物(式VI,其中M是NR57或O(R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致)并且R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基),如方案133所述。
方案133
Figure S2006800260055D01621
步骤1-式IIc化合物的制备
[0590]在碱(例如氢化钠)存在下,在合适的溶剂(例如二甲基甲酰胺)中,,使式IId化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是卤素,R59是例如氯)与式R58-OH或式R58-NR57的化合物加热(例如,80℃)反应数小时,制备式IIc化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1R58,其中M1是O或NR57,R58是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基)。可选地,反应由金属催化(例如,当M1是NR57时,是乙酸钯和三叔丁基膦,当M1是O时,是溴化铜)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIc化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是NR57或O,R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基
[0591]从式IIc化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIa化合物(式VI,其中M是NR57或O(M1),R1是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基(R58))。
实施例77:式VI化合物的合成,其中M是-O-alk-或-NR57-alk-
[0592]从式IIb化合物,可以2步合成式VIb化合物(式VI,其中M是-O-alk-或-NR57-alk-(R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致)),如方案134所述。
方案134
Figure S2006800260055D01631
步骤1-式IIe化合物的制备
[0593]在碱(例如氢化钠、碳酸钾)存在下,在合适的溶剂(例如二甲基甲酰胺、乙腈)中,加热(例如,80℃)1小时至数小时,使式IIb化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1H,其中M1是O或NR57)与式R1-(CH2)1-3-X化合物—其中X是离去基团(例如,卤素、甲磺酸盐)—反应,制备式IIe化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1(CH2)1-3R1,其中M1是O或NR57)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式式IIe化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是M1(CH2)1-3,M1是O或NR57
[0594]从式IIe化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIb化合物(式VI,其中M是O(CH2)1-3或NR57(CH2)1-3)。
实施例78:式VI化合物的合成,其中M是-O-alk-或-NR57-alk-
[0595]从式IId化合物,可以2步合成式VIb化合物(式VI,其中M是-O-alk-或-NR57-alk-(R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致)),如方案135所述。
方案135
步骤1-式IIe化合物的制备
[0596]在碱(例如氢化钠、碳酸钾)存在下,在合适的溶剂(例如二甲基甲酰胺、乙腈)中,加热(例如,80℃)1小时至数小时,使式IId化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是卤素,R59是例如氯)与式R1-(CH2)1-3-OH或R1-(CH2)1-3-NR57化合物反应,制备式IIe化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1(CH2)1-3R1,其中M1是O或NR57)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIe化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是M1(CH2)1-3,M1是O或NR57
[0597]从式IIe化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIb化合物(式VI,其中M是O(CH2)1-3或NR57(CH2)1-3)。
实施例79:式VI化合物的合成,其中M是NH-alk-
[0598]从式IIf化合物,可以2步合成式VIc化合物(式VI,其中M是-NH-alk-),如方案136所述。
方案136
Figure S2006800260055D01642
步骤1-式IIg化合物的制备
[0599]在催化量的酸(例如乙酸)和还原剂(例如三乙酰氧基硼氢化钠)存在下,在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,通过应用式R1-(CH2)0-2-CHO的醛的还原性胺化,从式IIf化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NH2)制备式IIg化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NH(CH2)1-3R1)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIg化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是NH(CH2)1-3
[0600]从式IIg化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式Vic化合物(式VI,其中M是NH(CH2)1-3)。
实施例80:式VI化合物的合成,其中M是NR57C(O)或OC(O)
[0601]从式IIb化合物,可以2步合成式VId化合物(式VI,其中M是NR57C(O)或OC(O),其中R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致),如方案137所述。
方案137
Figure S2006800260055D01651
步骤1-式IIh化合物的制备
[0602]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如DIEA)存在下,使式IIb化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1H,其中M1是O或NR57)与式R1-COX的活化羧酸—其中X是离去基团如氯(例如,苯甲酰氯)—反应,制备式IIh化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M1C(O)R1,其中M1是O或NR57)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIh化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是OC(O)或NR57C(O)
[0603]从式IIh化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VId化合物(式VI,其中M是OC(O)或NR57C(O))。
实施例81:式VI化合物的合成,其中M是NR57S(O)2
[0604]从式IIh化合物,可以2步合成式VIe化合物(式VI,其中M是NR57S(O)2,其中R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致),如方案138所述。
方案138
Figure S2006800260055D01661
步骤1-式IIi化合物的制备
[0605]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如DIEA、吡啶)存在下,使式IIh化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57H)与式R1-SO2Cl的磺酰氯(例如,苯磺酰氯)反应,制备式IIi化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57S(O)2R1)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIi化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是NR57S(O)2
[0606]从式IIi化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIe化合物(式VI,其中M是NR57S(O)2)。
实施例82:式VI化合物的合成,其中M是NR57C(O)NH(CH2)1-3或NR57C(S)NH(CH2)1-3
[0607]从式IIh化合物,可以2步合成式VIf化合物(式VI,其中M是NR57C(O)NH(CH2)1-3或NR57C(S)NH(CH2)1-3,其中R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致),如方案139所述。
方案139
Figure S2006800260055D01662
步骤1-式IIj化合物的制备
[0608]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如DIEA)存在下,使式IIh化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57H)与式R1-(CH2)1-3NCL的化合物——其中L是O以形成异氰酸酯(例如,异氰酸苯酯)或L是S以形成异硫氰酸酯(例如,异硫氰酸苯酯)——反应,制备式IIj化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57C(L)NH(CH2)1-3R1,其中L是O或S)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIj化合物。
步骤2-式VI化合物的制备,其中B是NR并且D是C(=L)NH(CH2)q
[0609]从式IIj化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIf化合物(式VI,其中M是NR57C(O)NH(CH2)1-3或NR57C(S)NH(CH2)1-3)。
实施例83:式VI化合物的合成,其中M是NR57S(O)2NH(CH2)1-3
[0610]从式IIh化合物,可以3步合成式VIg化合物(式VI,其中M是NR57S(O)2NH(CH2)1-3,其中R57与式Ib化合物的M或式I化合物的L2的定义一致),如方案140所述。
方案140
Figure S2006800260055D01671
步骤1-式IIk化合物的制备
[0611]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,可能在加热(例如60℃)下,使式IIh化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57H)与磺酰氯反应,制备式IIk化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57S(O)2Cl)。搅拌数小时后,浓缩反应,提供式IIk化合物,其无需进一步纯化而被使用。
步骤2-式IIm化合物的制备
[0612]在非活性溶剂(例如,二氯甲烷)中,在碱(例如DIEA)存在下,通过与式NH2(CH2)1-3R1的胺反应,从式IIk化合物制备式IIm化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NR57S(O)2NH(CH2)1-3R1)。搅拌数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIm化合物。
步骤3-式VI化合物的制备,其中M是NR57S(O)2NH(CH2)1-3
[0613]从式IIm化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIg化合物(式VI,其中M是NR57S(O)2NH(CH2)1-3)。
实施例84:式VI化合物的合成,其中M是S(O)2(CH2)0-3或S(CH2)0-3
[0614]从式IId化合物,可以2步合成式VIh化合物(式VI,其中M是S(O)2(CH2)0-3或S(CH2)0-3),如方案141所述。
方案141
Figure S2006800260055D01681
步骤1-式IIn化合物的制备
[0615]在合适的溶剂(例如,二甲基甲酰胺、乙腈)中,在碱(例如氢化钠、碳酸钾)存在下,使式IId化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是卤素,R59例如是氯)与式R1-(CH2)0-3-SH的化合物在加热(例如80℃)反应1小时至数小时,制备式IIn化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是S(CH2)0-3R1)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIn化合物。其可以进入下一步骤,或N-1保护基团P可以根据方案43步骤2去除,提供式VI化合物,其中M是S(CH2)0-3
步骤2-式VI化合物的制备,其中M是SO2(CH2)0-3
[0616]在合适的无质子溶剂(例如,二氯甲烷)中,通过与氧化剂(例如,间氯过氧苯甲酸、过氧化氢)反应,从式IIn化合物制备式VIh化合物(式VI,其中M是S(O)2(CH2)0-3)。通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,随后根据方案43步骤2去除N-1保护基团,提供式VIh化合物。
实施例85:式VI化合物的合成,其中M是C(O)(CH2)0-3
[0617]从式IId化合物,可以3步合成式VIi化合物(式VI,其中M是C(O)(CH2)0-3),如方案142所述。
方案142
步骤1-式IIo化合物的制备
[0618]式IIo化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是C(OH)(CH2)0-3R1)如下制备:在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式IId化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是卤素,R59例如是氯)与有机锂试剂(例如丁基锂)反应,以实现锂-卤素交换,随后加入式R1-(CH2)0-3-C(O)H的醛。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIo化合物。
步骤2-式IIp化合物的制备
[0619]在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,使式IIo化合物与氧化剂(例如戴斯-马丁periodinane)反应,制备式IIp化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是C(O)(CH2)0-3R1)。搅拌1至数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIp化合物。
步骤3-式VI化合物的制备,其中B是C=O,D是(CH2)w
[0620]从式IIp化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIi化合物(式VI,其中M是C(O)(CH2)0-3)。
实施例86:式IIr化合物的制备
[0621]从式IIf化合物,可以2步合成式IIr化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是S(O)2Cl),如方案143所述。
方案143
Figure S2006800260055D01701
步骤1-式IIq化合物的制备
[0622]使式IIf化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是NH2)与盐酸水溶液和亚硝酸钠水溶液反应,制备式IIq化合物((式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是N2 +)。加入水和盐使化合物沉淀,过滤得到式IIq的氯化重氮盐。
步骤2-式IIr化合物的制备
[0623]使式IIq化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是N2 +)与用二氧化硫饱和的乙酸中的氯化亚铜混合物反应,同时冷却(例如10℃),制备式IIr化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是S(O)2Cl)。搅拌30分钟至1小时后,将混合物倒入水中,通过萃取分离化合物,浓缩干燥的有机部分,得到式IIr化合物。(Organic Syntheses,Coll.Vol.7,p.508;Vol.60,p.121)。
实施例87:式IIt化合物的合成
[0624]从式IIs化合物,可以1步合成式IIt化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是COOH),如方案144所述。
方案144
Figure S2006800260055D01702
步骤1-式IIt化合物的制备
[0625]使溶解在合适溶剂中(例如四氢呋喃)的式IIs化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是MgBr)与干冰反应,制备式IIt化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是COOH)。加入水,酸碱萃取化合物,得到式IIt化合物。
实施例88:式VI化合物的合成,其中M是C(O)NR57(CH2)0-3或S(O)2NR57(CH2)0-3
[0626]从式IIu化合物,可以3步合成式VIj化合物(式VI,其中M是C(O)NR57(CH2)0-3或S(O)2NR57(CH2)0-3),其中R57与式Ib化合物的M或式Ib化合物的L2一致),如方案145所述。
方案145
Figure S2006800260055D01711
步骤1-式IIv化合物的制备
[0627]可能在溶剂(例如甲苯)中,通过使式IIu化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M2OH,其中M2是C(O)或S(O)2)与合适的试剂在加热(例如80℃)下反应数小时,以实现酰基氯或磺酰氯(例如,亚硫酰氯)的形成,制备式IIv化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M2Cl,其中M2是C(O)或S(O)2)。浓缩反应混合物,得到式IIv化合物,其被应用而无需进一步纯化。
步骤2-式IIw化合物的制备
[0628]在合适的无质子溶剂(例如,二甲基甲酰胺、二氯甲烷)中,在碱(例如DIEA)存在下,使式IIv化合物与式NR57H(CH2)0-3R1的胺反应,制备式IIw化合物(式IIa,其中R15、R16和R17是H,R41是P,R43是M2NR57(CH2)0-3R1,其中M2是C(O)或S(O)2)。搅拌1小时至数小时后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式IIw化合物。
步骤3-式VI化合物的制备,其中M是C(O)NR57(CH2)0-3或S(O)2NR57(CH2)0-3
[0629]从式IIw化合物,按照方案43步骤2,通过去除N-1保护基团,制备式VIj化合物(式VI,其中M是C(O)NR57(CH2)0-3或S(O)2NR57(CH2)0-3)。
[0630]式X或Xa的化合物——其中R43是适于进一步取代以提供M-R1的取代基(例如,氯、NH2、NHR57、OH、MgBr、C(O)OH、S(O)2OH,如实施例78-88所述),R42是适于偶联到7-氮杂吲哚环或其类似物以形成A或L1的官能团——用于式I或Ib化合物或式II化合物的合成,如实施例43-59所述。
Figure S2006800260055D01721
式X                                            式Xa
[0631]许多式X或Xa的化合物是商业可得的,例如,许多5元或6元含氮杂环——其中R43是氯或氨基,R42是羧酸或醛——是商业可得的,并且可以应用已知方法制备。
[0632]式Xa化合物,其中E、F、G、K、L是C,n是1,构成式X10的化合物。式X10化合物的合成和它们在式I、Ib和II化合物的合成中的应用的实施例也可以用于符合式X定义的其它化合物。
Figure S2006800260055D01722
                          式X10
[0633]式Xa化合物——其中R42是氢或卤素(R60),R15、R16和R17如对式Xa中所定义或为用于进一步修饰以提供式X10化合物的合适的取代基——构成式X20化合物,其用在式Xa化合物的合成中。
Figure S2006800260055D01731
                            式X20
[0634]式X10或X20化合物的应用也在下列实施例中示例,作为也用于利用式X或Xa化合物的类似反应的代表性反应实施例。
实施例89:式X10化合物的合成,其中R42是C(O)H
[0635]从式X20a化合物,可以1步合成式X10a化合物(式X10,其中R42是C(O)H),如方案146所述。
方案146
Figure S2006800260055D01732
步骤1-式X20b化合物的制备
[0636]在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20a化合物(式X20,其中R60是Br)与有机锂试剂(例如丁基锂)反应,以实现锂-卤素交换,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺),制备式X10a化合物(式X10,其中R42是C(O)H)。搅拌数小时并加温至室温后,通过常规方式(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10a化合物。本反应的优选化合物X20a具有R15,其为任选取代的低碳烷基、三氟甲基、CH2CF3、OR或SR,其中R是任选取代的低碳烷基。
实施例90:式X10化合物的合成,其中R42是C(O)OH
[0637]从式X20a化合物,可以1步合成式X10b化合物(式X10,其中R42是C(O)OH),如方案147所述。
方案147
Figure S2006800260055D01741
步骤1-式X10b化合物的制备
[0638]使式X20a化合物(式X20,其中R60是Br)与固体镁在合适的溶剂中(例如四氢呋喃),可能应用催化剂(例如碘)并且加热(例如80℃)下反应,以提供相应的格氏试剂,制备式X10b化合物(式X10,其中R42是C(O)OH)。随后向反应物中加入干冰以猝灭格氏试剂,并于R42处形成羧酸。通过蒸发和酸碱萃取分离,提供式X10b化合物。
实施例91:式X10化合物的合成,其中R15是任选取代的低碳烷基,R42是C(O)H
[0639]从式X20b化合物,可以2步合成式X10c化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是任选取代的低碳烷基),如方案148所述。
方案148
Figure S2006800260055D01742
步骤1-式X20c化合物的制备
[0640]通过将式X20b的化合物(式X20,其中R60是H,R15是Br)溶解在合适的溶剂(例如甲苯)中,随后加入钯催化剂(例如,[1,1′-二(二苯基膦)-二茂铁]二氯钯(II),其与二氯甲烷络合(1∶1)),制备式X20c化合物(式X20,其中R60是H,R15是任选取代的低碳烷基R61)。数分钟后,可以加入式R61-MgBr的格氏试剂(其中R61是任选取代的低碳烷基),加热反应(例如,90℃)1小时至数小时。通过C盐过滤后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X20c化合物。
步骤2-式X10c化合物的制备
[0641]如下制备式X10c化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是任选取代的低碳烷基):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20c化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应以引起R42位处的锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10c化合物。
实施例92:式X10化合物的合成,其中R15是OR62或SR62,R42是C(O)H
[0642]从式X20d化合物,可以2步合成式X10d化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是OR62或SR62,其中R62是任选取代的低碳烷基),如方案149所述。
方案149
Figure S2006800260055D01751
步骤1-式X20e化合物的制备
[0643]在合适的溶剂(例如,二甲基甲酰胺、四氢呋喃)中,在碱(例如,氢化钠)存在下,使式X20d化合物(式X20,其中R60是H,R15是Cl)与式R62-OH或R62-SH的化合物在加热(例如,80℃)下反应,制备式X20e化合物(式X20,其中R60是H,R15是LR62,其中L是O或S,R62是任选取代的低碳烷基)。搅拌数小时后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X20e化合物。
步骤2-式X10d化合物的制备
[0644]如下制备式X10d化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是LR62,其中L是O或S,R62是任选取代的低碳烷基):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20e化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应,引起R42位上的邻位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10d化合物。
实施例93:式X10化合物的合成,其中R15是卤素,R42是C(O)H
[0645]从式X20f化合物,可以2步合成式X10e化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是卤素),如方案150所述。
方案150
Figure S2006800260055D01752
步骤1-式X20g化合物的制备
[0646]使冰冷乙酸中的式X20f化合物(式X20,其中R60是H,R15是NH2)与酸(例如,盐酸、硫酸)中的亚硝酸钠反应,制备式X20g化合物(式X20,其中R60是H,R15是氯或溴(卤素R63)),以提供重氮中间体。为了形成其中R63是氯或溴的化合物,在盐酸中,将重氮盐分别加入氯化亚铜或溴化亚铜中,同时加热(例如,80℃)30分钟至1小时。将反应添加到水中,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,获得式X20g化合物,其中R63是氯或溴。
[0647]使式X20f化合物在合适的无质子溶剂(例如,四氢呋喃或二氯甲烷)中与三氟化硼合乙醚反应,制备式X20g化合物(式X20,其中R60是H,R15是氟(卤素R63))。随后,加入叔丁基亚硝酸盐同时冷却反应(例如,-15℃),提供重氮四氟硼酸盐中间体,所述中间体是能够通过过滤被收集的沉淀物。为了形成其中R63是氟的化合物,用燃烧器对重氮盐加热干燥,引发形成三氟化硼,这一过程随后自发进行。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,获得式X20g化合物,其中R63是氟。(Doyle and Bryker,J.Org.Chem.1979,44:1572;Schiemann andWinkelmüller,Org.Syn.Coll.Vol.2:299)。
步骤2-式X10e化合物的制备
[0648]如下制备式X10e化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R15是卤素R63):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20g化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应引起R42位邻位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10e化合物。
实施例94:式X10化合物的合成,其中R16是任选取代的低碳烷基,R42是C(O)H
[0649]从式X20h化合物,可以2步合成式X10f化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是任选取代的低碳烷基),如方案151所述。
方案151
Figure S2006800260055D01761
步骤1-式X20i化合物的制备
[0650]将式X20h化合物(式X20,其中R60是H,R16是Br)溶解在合适的溶剂中(例如甲苯),随后加入钯催化剂(例如,与二氯甲烷络合的[1,1′-二(二苯基膦)-二茂铁]二氯钯(II)(1∶1)),制备式X20i化合物(式X20,其中R60是H,R16是任选取代的低碳烷基R64)。数分钟后,加入式R64-MgBr的格氏试剂(R64是任选取代的低碳烷基),加热反应(例如,90℃)1小时至数小时。通过C盐过滤后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X20i化合物。
步骤2-式X10f化合物的制备
[0651]如下制备式X10f化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是任选取代的低碳烷基R64):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20i化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应引起R42位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10f化合物。
实施例95:式X10化合物的合成,其中R16是卤素,R42是C(O)H
[0652]从式X20j化合物,可以2步合成式X10g化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是卤素),如方案152所述。
方案152
Figure S2006800260055D01771
步骤1-式X20k化合物的制备
[0653]使冰冷乙酸中的式X20j化合物(式X20,其中R60是H,R16是NH2)与酸(例如,盐酸、硫酸)中的亚硝酸钠反应,制备式X20k化合物(式X20,其中R60是H,R16是氯或溴(卤素R65)),以提供重氮中间体。为了形成其中R65是氯或溴的化合物,将重氮盐分别加入氯化亚铜或溴化亚铜中,在盐酸中,同时加热(例如,80℃)30分钟至1小时。向反应加入水后,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,得到式X20k化合物,其中R65是溴或氯。
[0654]使合适的无质子溶剂(例如,四氢呋喃或二氯甲烷)中的式X20j化合物与三氟化硼合乙醚反应,制备式X20k化合物(式X20,其中R60是H,R16是氟(卤素R65))。随后,加入叔丁基亚硝酸盐同时冷却反应(例如,-15℃),提供重氮四氟硼酸盐中间体,所述中间体是能够通过过滤被收集的沉淀物。为了形成其中R65是氟的化合物,用燃烧器对重氮盐加热干燥,引发形成三氟化硼,这一过程随后自发进行。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,获得式X20k化合物,其中R15是H,R65是氟。(Doyle and Bryker,J.Org.Chem.1979,44:157;Schiemannand Winkelmüller,Org.Syn.Coll.Vol.2:299.)
步骤2-式X10g化合物的制备
[0655]如下制备式X10g化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是卤素R65):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20k化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应引起R42位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10g化合物。
实施例96:式X10化合物的合成,其中R16是OR66,R42是C(O)H
[0656]从式X20h化合物,可以2步合成式X10h化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是OR66,其中R66是任选取代的低碳烷基),如方案153所述。
方案153
Figure S2006800260055D01781
步骤1-式X20m化合物的制备
[0657]如下制备式X20m化合物(式X20,其中R60是H,R16是OR66,其中R66是任选取代的低碳烷基):在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中,在碱(例如,氢化钠)和铜催化剂(例如,溴化铜)存在下,使式X20h化合物(式X20,其中R60是H,R16是Br)与式R66-OH化合物(R66是任选取代的低碳烷基)反应,同时加热(例如,120℃)数小时。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X20m化合物。
步骤2-式X10h化合物的制备
[0658]如下制备式X10h化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R16是OR66,其中R66是任选取代的低碳烷基):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20m化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应以引起R42位邻位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10h化合物。
实施例97:式X10化合物的合成,其中R17是卤素,R42是C(O)H
[0659]从式X20n化合物,可以2步合成式X10i化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R17是卤素),如方案154所述。
方案154
Figure S2006800260055D01791
步骤1-式X20o化合物的制备
[0660]使冰冷乙酸中的式X20n化合物(式X20,其中R60是H,R17是NH2)与酸(例如,盐酸、硫酸)中的亚硝酸钠反应,制备式X20o化合物(式X20,其中R60是H,R17是氯或溴(卤素R67)),提供重氮中间体。为了形成其中R67是氯或溴的化合物,将重氮盐分别加入氯化亚铜或溴化亚铜中,在盐酸中,同时加热(例如,80℃)30分钟至1小时。将反应加入水后,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,得到式X20o化合物,其中R67是溴或氯。
[0661]使合适的无质子溶剂(例如,四氢呋喃或二氯甲烷)中的式X20n化合物与三氟化硼合乙醚反应,制备式X20o化合物(式X20,其中R60是H,R17是氟(卤素R67))。随后,加入叔丁基亚硝酸盐同时冷却反应(例如,-15℃),以提供重氮四氟硼酸盐中间体,所述中间体是能够通过过滤被收集的沉淀物。为了形成其中R67是氟的化合物,用燃烧器对重氮盐加热干燥,引发形成三氟化硼,这一过程随后自发进行。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离后,获得式X20o化合物,其中R67是氟。(Doyle and Bryker,J.Org.Chem.1979,44:1572.Schiemann andWinkelmüller,Org.Syn.Coll.Vol.2:299)。
步骤2-式X10i化合物的制备
[0662]如下制备式X10i化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R17是卤素R67):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20o化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应以引起R42位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10i化合物。
实施例98:式X10化合物的合成,其中R17是OR68,R42是C(O)H
[0663]从式X20p化合物,可以2步合成式X10j化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R17是OR68,其中R68是任选取代的低碳烷基),如方案155所述。
方案155
Figure S2006800260055D01801
步骤1-式X20q化合物的制备
[0664]如下制备式X20q化合物(式X20,其中R60是H,R17是OR68,其中R68是任选取代的低碳烷基):在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中,在碱(例如,氢化钠)和铜催化剂(例如,溴化铜)存在下,使式X20p化合物(式X20,其中R60是H,R17是Br)与式R68-OH化合物(R68是任选取代的低碳烷基),在加热(例如,120℃)下反应数小时。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X20q化合物。
步骤2-式X10j化合物的制备
[0665]如下制备式X10j化合物(式X10,其中R42是C(O)H,R17是OR68,其中R68是任选取代的低碳烷基):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X20q化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应以引起R42位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X10j化合物。
实施例99:式X化合物的合成,其中n=1;G是N;K、J、F和E是C;R15和R16是任选取代的低碳烷基;M是NH-D-以及R42是C(O)H
[0666]式X化合物—其中n=1,G是N-是嘧啶衍生物,其可以通过文献中的许多已知途径制备,并用在类似于对式Xa化合物所述的那些反应中,如实施例89-98中的反应。M是NH-D,其中D与对M的限定一致。一种这样的化合物的合成在下面的方案156中示范。
方案156
Figure S2006800260055D01811
步骤1-式X30化合物的制备
[0667]在非活性溶剂(例如,乙醇)中,在碱(例如,氢氧化钠)存在下,使硫脲510与式XVII化合物(R69和R70独立为任选取代的低碳烷基)反应数小时,制备式X30化合物(式Xa,其中n=1,G是N,K、J、F和E是C,R15和R16是任选取代的低碳烷基(分别为R69和R70),R43是S-Me,R42是H)。随后,加入甲基碘同时加热(例如,60℃)数小时,随后通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X30化合物。
步骤2-式X40化合物的制备
[0668]在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中,在碱(例如,氢化钠)存在下,使式X30化合物与式NH2-D-R1化合物(例如,苄胺或其它合适的亲核试剂)反应数小时,制备式X40化合物(式X,其中n=1,G是N,K、J、F和E是C;R15和R16是任选取代的低碳烷基(分别为R69和R70),M是NH-D-(D与对式Ib的M或式I的L2的限定一致),R42是H)。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X40化合物。
步骤3-式X50化合物的制备
[0669]如下制备式X50化合物(式X,其中n=1,G是N,K、J、F和E是C;R15和R16是任选取代的低碳烷基(分别为R69和R70),M是NH-D-(D与对式Ib的M或式I的L2的限定一致),以及R42是C(O)H):在合适的溶剂(例如四氢呋喃)中,在降低的温度下(例如,-78℃),使式X40化合物与有机锂试剂(例如,二异丙胺锂)反应以引起R42位锂化,随后加入甲酰化试剂(例如,二甲基甲酰胺)。搅拌数小时和加温至室温后,通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X50化合物,其可以用在式II化合物的合成中,式II化合物可以用在式Ib化合物的合成中。
实施例100:式Xa化合物的合成,其中n=0;K是S;J、E和F是C;R43是NHP;R15是任选取代的低碳烷基或任选取代的低碳烷氧基,以及R42是COOH
[0670]式X化合物—其中n=0-是5元杂环,其可以通过文献中的许多已知途径制备,并用在类似于对式Xa化合物所述的那些反应中,如实施例89-98中的反应。一种这样的化合物的合成在下面的方案157中示范。
方案157
Figure S2006800260055D01821
步骤1-式X60化合物的制备
[0671]在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺、乙醇)中,使硫脲510与式XVI化合物——其中R71为任选取代的低碳烷基或O-R72(R72为任选取代的低碳烷基),R是低碳烷基——在加热(例如,60℃)下反应数小时,制备式X60化合物(式Xa,其中n=0,K是S,J、E和F是C,R43是NH2,R15是R71(R71为任选取代的低碳烷基或O-R72,其中R72为任选取代的低碳烷基),R42是CO2R,其中R是低碳烷基)。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X60化合物。
步骤2-式X70化合物的制备
[0672]在非活性溶剂(例如,二甲基甲酰胺)中,在碱(例如,氢化钠、二异丙基乙胺)存在下,使式X60化合物与适于引入保护基的试剂(例如,三异丙基氯硅烷、Boc酸酐)反应数小时,制备式X70化合物(式Xa,其中n=0,K是S,J、E和F是C,R43是NHP,其中P是保护基[例如,三异丙基甲硅烷基、叔丁氧基羰基])、R15是R71,R42是CO2R,其中R是低碳烷基)。通过常规手段(例如,萃取和硅胶层析)分离,提供式X70化合物。
步骤3-式X80化合物的制备
[0673]在合适的溶剂(例如,四氢呋喃和水)中,使式X70化合物与碱(例如,氢氧化锂)反应数小时,制备式X80化合物(式Xa,其中n=0,K是S,J、E和F是C,R43是NHP,R15是R71,R42是CO2H)。通过常规手段(例如,酸碱萃取)分离,提供式X80化合物,可以用在式II化合物的合成中一其中R43是NHP,式II化合物可以用于制备式Ib化合物。
实施例101:3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苄基酰胺P-0084的合成
[0674]从二甲基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-胺2以6步合成3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苄基酰胺P-0084,如方案158所示。
方案158
Figure S2006800260055D01831
步骤1:3-二甲氨基甲基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(511)的制备
[0675]向二甲基-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-胺(2,2.50g,14.3mmol,如实施例2方案4步骤1所述制备)的四氢呋喃(200.0mL)溶液中加入氢化钠(0.685g,60%,在矿物油中,17.1mmol)。10分钟后,向反应中加入二碳酸二叔丁酯(3.74g,17.1mmol)。室温下搅拌反应过夜。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱柱,得到白色固体(511,3.80g,96.7%)。
步骤2:3-氯甲基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(512)的制备
[0676]在氮气氛下,向3-二甲氨基甲基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(511,2.60g,9.44mmol)的甲苯(50.00mL)溶液加入氯甲酸异丙酯(11.3mL,1.0M,在甲苯中)。室温下搅拌反应3小时。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的20%乙酸乙酯洗脱柱,得到白色固体(512,2.0g,79.4%)。
步骤3-3-(2-乙酰基-3-氧代-丁基)-吡咯并(2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(513)的制备
[0677]向乙酰丙酮(0.563g,5.62mmol)的二甲亚砜(29.0mL)溶液中加入氢化钠(0.225g,60%,在矿物油中,5.62mmol)。20分钟后,向反应加入3-氯甲基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(512,1.00g,3.75mmol)。室温下搅拌反应2小时。将反应倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的40%乙酸乙酯洗脱柱,得到无色油(513,0.59g,48.0%)。MS(ESI)[M+H+]+=331.4。
步骤4-3-(3,5-二甲基-1H-吡唑-4-基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(514)的制备
[0678]在氮气氛下,向冷却至-20℃的3-(2-乙酰基-3-氧代-丁基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(513,1.20g,3.63mmol)的甲醇(15.0mL)溶液中加入肼(0.128g,4.00mmol)的二氯甲烷溶液(6.0mL)。搅拌反应2小时。浓缩反应去除溶剂,残余物倒入水中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的60%乙酸乙酯洗脱柱,得到白色固体(514,1.0g,84.4%)。MS(ESI)[M+H+]+=327.4。
步骤5-3-(1-苄基氨基甲酰-3,5-二甲基-1H-吡唑-4-基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(515)的制备
[0679]在氮气氛下,向3-(3,5-二甲基-1H-吡唑-4-基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(514,60.0mg,0.18mmol)的二氯甲烷溶液(6.0mL)中加入1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一-7-烯(0.033mL,0.220mmol)和异氰酸苄酯(29.4mg,0.220mmol)。室温下搅拌反应2小时。浓缩反应,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱柱,得到粗提化合物(515,约50mg),其直接用于下一步。MS(ESI)[M+H+]+=460.5。
步骤6-3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苄基酰胺(P-0084)
[0680]在氮气氛下,向3-(1-苄基氨基甲酰-3,5-二甲基-1H-吡唑-4-基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(515,50.0mg,0.11mmol)的二氯甲烷(6.0mL)溶液中加入三氟乙酸(0.20mL,2.6mmol)。室温下搅拌反应20分钟。将反应倒入碳酸钾水溶液中,用乙酸乙酯萃取。有机层经无水硫酸钠干燥和过滤。浓缩滤液,通过硅胶柱层析纯化,用己烷中的30%乙酸乙酯洗脱柱,得到白色固体(P-0084,11.0mg,28.1%)。MS(ESI)[M+H+]+=360.5。
[0681]按照方案158的过程制备其它化合物,其中在步骤5中将异氰酸苄酯替换为合适的亲电子试剂。按照此过程制备下列化合物:
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苯基酰胺(P-0085),
[3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-基]-苯基-甲酮(P-0086),
1-[3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-基]-3-苯基-1-丙酮(P-0087),
3-(3,5-二甲基-1-苯基甲磺酰基-1H-吡唑-4-基甲基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0088),
3-[1-(丁烷-1-磺酰基)-3,5-二甲基-1H-吡唑4-基甲基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P-0089),
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸丁酰胺(P-0090),和
3,5-二甲基-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-吡唑-1-羧酸苯乙基-酰胺(P-0091)。
[0682]替代步骤5中的异氰酸苄酯的亲电子试剂在下表的第2列中表示,化合物结构在第3列给出。第1列提供了化合物编号,第4列提供了试验的质谱结果。
Figure S2006800260055D01851
Figure S2006800260055D01861
[0683]本说明书中引用的所有专利和其它参考文献指出了本发明所属领域的技术人员的水平,并且以整体并入本文作为参考,包括任何的表和图,并入的程度如同每一参考文献单独地以整体并入本文作为参考。
[0684]本领域的技术人员应当很容易意识到本发明很适合于获得所提到的结果和优势,以及其中所固有的结果和优势。此处所述的方法、变化和组合作为优选实施方案目前的代表,是示范性的,不意图于成为对本发明范围的限制。本领域的技术人员将会实施其中的变化和其它应用,这包含在本发明的精神内,如权利要求书的范围所限定。
[0685]对于本领域的技术人员来说,应当很容易意识到在不背离本发明范围和精神的情况下,可对此处公开的本发明做出各种替代和修改。例如,可以做出改变以提供额外的式I化合物和/或可以使用各种施用方法。因此,这样的另外的实施方案也在本发明和权利要求书的范围之内。
[0686]本文中适当地例证性地描述的发明可以在缺少本文未具体公开的任一元素或许多元素、限定或许多限定的情况下被实施。已使用的术语和表述是作为描述性术语而不是限定性术语使用的,并且不意图于在使用这些术语和表述时排除显示和描述的特征或其部分的任何等同物,而是认识到在要求保护的发明范围内各种修改是可能的。因此,应该理解,尽管本发明已通过优选的实施方案和可选的特征被具体地公开,但本领域技术人员可以对本文公开的概念进行修改和变化,而这些修改和变化被认为包含在本发明的范围之内,如所附权利要求所限定的。
[0687]此外,当本发明的特征和方面根据马库什组或其它选择组进行描述时,本领域技术人员将会知道,本发明因而也是根据该马库什组或其它组的单独成员或亚组成员进行描述。
[0688]同时,如果没有相反指明,对实施方案给出各个数值时,通过采用两个不同值作为范围的端点,描述了其它实施方案。这样的范围也包含在所描述的发明的范围内。
[0689]因此,其它实施方案包含在本发明范围内和权利要求书的范围内。

Claims (42)

1.化合物,具有化学结构:
Figure S2006800260055C00011
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中:
X1是N或CR2,X2是N或CR6,Y1是N或CR4,Y2是N或CR5,然而,条件是,X2、Y1和Y2中的不多于一个是N;
L1选自:任选取代的低碳亚烷基、-S-、-O-、-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR7-;
L2选自:键、任选取代的低碳亚烷基、-(alk)a-S-(alk)b-、-(alk)a-O-(alk)b-、-(alk)a-OC(O)-(alk)b-、-(alk)a-C(O)O-(alk)b-、-(alk)a-OC(S)-(alk)b-、-(alk)a-C(S)O-(alk)b-、-(alk)a-C(O)-(alk)b-、(alk)a-C(S)-(alk)b-、-(alk)a-C(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-OC(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-OC(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-C(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-S(O)-(alk)b-、-(alk)a-S(O)2-(alk)b-、-(alk)a-S(O)2NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)NR9-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(O)O-(alk)b-、-(alk)a-NR9C(S)O-(alk)b-、-(alk)a-NR9S(O)2-(alk)b-和-(alk)a-NR9S(O)2NR9-(alk)b-,其中alk是任选取代的C1-3亚烷基并且a和b独立为0或1;
R1选自:任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
R2、R4、R5和R6独立选自:氢、卤素、任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基、任选取代的低碳炔基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-C(O)OH、-C(S)OH、-C(O)NH2、-C(S)NH2、-S(O)2NH2、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-NR10R11、-NHR3、-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3和-NR3S(O)2NR3R3
Ar1是5或6元任选取代的杂亚芳基,具有下列结构:
其中
Figure S2006800260055C00022
表示L1连接点,
Figure S2006800260055C00023
表示L2连接点,并且其中所表示的N是=N-或-N=;
n是0或1;
F和J都是C,或F和J中的一个是C并且F和J中的另一个是N;
P和Q独立选自CR、N、NR、O或S;
T选自CR或N;
其中,
当n是1时,F和J是C,P、T和Q是CR,或P、T和Q中任一个是N并且P、T和Q中的另两个是CR,
当n是0并且F和J都是C时,则P和Q之一是CR、N或NR,P和Q中的另外一个是C、N、NR、O或S,条件是P和Q都不是CR,
当n是0,F和J中的一个是N并且F和J中的另一个是C时,则P和Q之一是N,P和Q中的另外一个是CR,或P和Q都是CR,和
R是氢或取代杂亚芳基的取代基;
在各个情况下,R3独立选自任选取代的低碳烷基;任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其中的烯碳都不结合于-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHR3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3或-NR3S(O)2NR3R3中的任一的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的低碳炔基,然而条件是,其炔碳都不结合于-OR3、-SR3、-C(O)R3、-C(S)R3、-S(O)R3、-S(O)2R3、-C(O)OR3、-C(S)OR3、-C(O)NHR3、-C(O)NR3R3、-C(S)NHR3、-C(S)NR3R3、-S(O)2NHR3、-S(O)2NR3R3、-NHR3、-NHC(O)R3、-NR3C(O)R3、-NHC(S)R3、-NR3C(S)R3、-NHS(O)2R3、-NR3S(O)2R3、-NHC(O)OR3、-NR3C(O)OH、-NR3C(O)OR3、-NHC(S)OR3、-NR3C(S)OH、-NR3C(S)OR3、-NHC(O)NHR3、-NHC(O)NR3R3、-NR3C(O)NH2、-NR3C(O)NHR3、-NR3C(O)NR3R3、-NHC(S)NHR3、-NHC(S)NR3R3、-NR3C(S)NH2、-NR3C(S)NHR3、-NR3C(S)NR3R3、-NHS(O)2NHR3、-NHS(O)2NR3R3、-NR3S(O)2NH2、-NR3S(O)2NHR3或-NR3S(O)2NR3R3中的任一的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的环烷基;任选取代的杂环烷基;任选取代的芳基;和任选取代的杂芳基;
R7选自氢、任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(O)R8和-S(O)2R8
R8选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
在各种情况下,R9独立选自氢、低碳烷基、和取代有一种或多种取代基的低碳烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、氟取代的单烷基氨基、二烷基氨基、氟取代的二烷基氨基、和-NR12R13,然而,条件是当R9是取代的低碳烷基时,与-NR9-中的-N-结合的烷基碳上的任何取代基是氟;
在各种情况下,R10和R11独立选自氢任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其烯碳都不与-NR10R11的氮结合、任选取代的低碳炔基,然而条件是其炔碳都不与-NR10R11的氮结合、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基、和任选取代的杂芳基;或
R10和R11与它们所连接的氮共同形成单环的5-7元任选取代的杂环烷基或单环5或7元任选取代的含氮杂芳基;和
R12和R13与它们所连接的氮联合形成5-7元杂环烷基或取代有一种或多种取代基的5-7元杂环烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代和氟取代的低碳烷基硫代;
然而条件是,当化合物具有下述结构
Figure S2006800260055C00031
并且L1a是-CH2-、-CH(OH)-或-C(O)-时,则L1a不是苯基、4-三氟甲基-苯基、4-甲氧基-苯基、4-氯-苯基、4-氟-苯基、4-甲基-苯基、3-氟-苯基或噻吩-2-基,并且化合物不具有下列结构:
2.根据权利要求1的化合物,其中X1和X2是CH。
3.根据权利要求2的化合物,其中Y1是N或CH,Y2是CR5
4.根据权利要求3的化合物,其中Y1是CH,R5不是氢。
5.根据权利要求4的化合物,其中L1是-CH2-或C(O)-。
6.根据权利要求3的化合物,其中Y1是CH,R5是氢。
7.根据权利要求6的化合物,其中L1是-CH2-或C(O)-。
8.根据权利要求2的化合物,其中Y2是N或CH,Y1是CR4
9.根据权利要求8的化合物,其中Y2是CH,R4不是氢。
10.根据权利要求9的化合物,其中L1是-CH2-或C(O)-。
11.根据权利要求8的化合物,其中Y2是CH,R4是氢。
12.根据权利要求11的化合物,其中L1是-CH2-或-C(O)-。
13.根据权利要求1的化合物,具有化学结构:
Figure S2006800260055C00051
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中:
V和W独立选自N和CH;
U和Z独立选自N和CR18,然而条件是,W、U和Z中的不多于一个是N;
A选自-CR19R20-、-C(O)-、-C(S)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NR21-和-O-;
n是0或1;
F和J都是C,或F和J中的一个是C并且F和J中的另一个是N;
E和K选自C、N、O或S;
G选自C或N;
其中,
当n是1时,F和J是C,并且E、G和K是C,或E、G和K中的任一个是N,E、G和K中的其它两个是C,条件是当E、G或K是N时,R15、R17和R16分别不存在,
当n是0并且F和J都是C时,则E和K中的一个是C或N并且E和K中的另一个是C、N、O或S,条件是当E和K都不是C,并且条件是当E和K都是N时,R15和R16中的一个不存在,并且条件是当E和K中的一个是N,另一个是O或S时,R15和R16不存在,
当n是0,F和J中的一个是N,F和J中的另一个是C时,则E和K中的一个是N并且E和K中的另一个是C,或E和K都是C,条件是当E是N时,R15不存在,并且当K是N时,R16不存在;
R1选自任选取代的低碳烷基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
R15:当E是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,当E是O或S时或当n=1和E是N时不存在,当n=0和E是N时不存在或选自氢和任选取代的低碳烷基;
R16:当K是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,当K是O或S时或当n=1和K是N时不存在,当n=0和K是N时不存在或选自氢和任选取代的低碳烷基;
R17:当G是C时选自氢、任选取代的低碳烷基、-OR22、-SR22和卤素,或当G是N时不存在;
R18选自氢、卤素、任选取代的低碳烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-OH、-NH2、-NO2、-CN、-NHC(O)NH2、-NHC(S)NH2、-NHS(O)2NH2、-NR24R25、-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23和-NR23S(O)2NR23R23
M选自键、-(CR19R20)u-、-(CR19R20)t-C(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(O)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-C(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)2-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S(O)2NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-OC(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-S-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(O)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(O)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)O-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(O)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26C(S)NR26-(CR19R20)s-、-(CR19R20)t-NR26S(O)2-(CR19R20)s-和-(CR19R20)t-NR26S(O)2NR26-(CR19R20)s-;
其中每一情况下,R19和R20独立选自氢、氟、-OH、-NH2、低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、和-NR27R28,其中低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基或二烷基氨基中的烷基链任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;或
同一或不同碳上的R19和R20中的任意两个联合形成3-7元单环环烷基或5-7元单环杂环烷基,并且R19和R20中的任何其它基团独立地选自氢、氟、-OH、-NH2、低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、和-NR27R28,其中低碳烷基、低碳烷氧基、低碳烷基硫代、单烷基氨基或二烷基氨基中的烷基链任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,并且其中单环环烷基或单环杂环烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自卤素、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基;
每一情况下,R21和R22独立为氢、或任选取代的低碳烷基;
每一情况下,R23独立选自任选取代的低碳烷基;任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其任何烯碳都不结合于-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23或-NR23S(O)2NR23R23中的任一的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的低碳炔基,然而条件是,其任何炔碳都不结合于-NHR23、-OR23、-SR23、-NHC(O)R23、-NR23C(O)R23、-NHC(S)R23、-NR23C(S)R23、-NHS(O)2R23、-NR23S(O)2R23、-NHC(O)NHR23、-NR23C(O)NH2、-NR23C(O)NHR23、-NHC(O)NR23R23、-NR23C(O)NR23R23、-NHC(S)NHR23、-NR23C(S)NH2、-NR23C(S)NHR23、-NHC(S)NR23R23、-NR23C(S)NR23R23、-NHS(O)2NHR23、-NR23S(O)2NH2、-NR23S(O)2NHR23、-NHS(O)2NR23R23或-NR23S(O)2NR23R23中的任一的任何-C(O)-、-C(S)-、-S(O)2-、-O-、-S-或-N-;任选取代的环烷基;任选取代的杂环烷基;任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;
每一情况下,R24和R25独立选自任选取代的低碳烷基、任选取代的低碳链烯基,然而条件是,其任何烯碳都不结合于-NR24R25中的氮、任选取代的低碳炔基,然而条件是,其任何炔碳都不结合于-NR24R25中的氮、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的芳基和任选取代的杂芳基;或
R24和R25与它们所连接的氮共同形成单环5-7元任选取代的杂环烷基或单环5或7元任选取代的含氮杂芳基;
每一情况下,R26独立选自氢、低碳烷基、和取代有一个或多个取代基的低碳烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、氟取代的单烷基氨基、二烷基氨基、氟取代的二烷基氨基、和-NR27R28,然而条件是,当R26是取代的低碳烷基时,与-NR26-的-N-结合的低碳烷基碳上的任何取代基是氟;
R27和R28与它们所连接的氮结合形成5-7元杂环烷基或取代有一个或多个取代基的5-7元杂环烷基,所述取代基选自氟、-OH、-NH2、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、和氟取代的低碳烷基硫代;
u是1-6;
t是0-3;和
s是0-3;
条件是
当V、W、U和Z是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,A是-CH2-、-CH(OH)-或-C(O)-,和M是-NHCH2-时,则R1不是苯基、4-三氟甲基-苯基、4-甲氧基-苯基、4-氯-苯基、4-氟-苯基、4-甲基-苯基、3-氟-苯基或噻吩-2-基,
当V、W、U和Z是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,和A是-CH2-时,则M-R1不是-NHCH2CH(CH3)2
当V、W和U是CH,n=1,E、F、G、J和K是C,R15、R16和R17是H,A是-CH2-,M-R1是-OCH3,和Z是CR18时,则R18不是噻吩-3-基,和
当V、W和U是CH,n=0,F、J和K是C,E是N,R15是CH3,R16是H,A是-C(O)-,M-R1是-CH(CH3)3,和Z是CR18时,则R18不是3-((E)-2-羧基-乙烯基)苯基。
14.权利要求13的化合物,其中V和W是CH。
15.权利要求14的化合物,其中U和Z独立为CR18
16.权利要求15的化合物,其中n是1。
17.权利要求16的化合物,其中G和K是C。
18.权利要求17的化合物,其中E是N。
19.权利要求17的化合物,其中E是C。
20.权利要求1的化合物,具有结构:
Figure S2006800260055C00091
其所有盐、前体药物、互变异构体和异构体,
其中:
Z1选自N和CR34
U1选自N和CR35
A1选自-CH2-和-C(O)-;
M3选自键、-NR39-、-S-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-C(O)NR39-、-S(O)2NR39-、-CH2NR39-、-CH(R40)NR39-、-NR39C(O)-、和-NR39S(O)2-;
n是0或1;
v是0、1、2或3;
F1和J1都是C或F1和J1中的一个是C,F1和J1中的另一个是N;
E1和K1选自C、N、O或S;
G1选自C或N;
其中
当n是1时,F1和J1是C,和E1、G1和K1是C,或E1、G1和K1中的任一个是N并且E1、G1和K1中的另外两个是C,条件是当E1、G1或K1是N时,R36、R37和R38分别不存在。
当n是0,F1和J1都是C时,则E1和K1中的一个是C或N并且E1和K1中的另一个是C、N、O或S,条件是E1和K1都不是C,并且条件是当E1和K1都是N时,R36和R37中的一个不存在,并且条件是当E1和K1中的一个是N以及另一个是O或S时,R36和R37不存在,
当n是0,F1和J1中的一个是N,F1和J1中的另一个是C时,则E1和K1中的一个是N,E1和K1中的另一个是C,或E1和K1都是C,条件是当E1是N时,R36不存在和当K1是N时,R37不存在;
Cy选自环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基;
R34和R35独立选自氢、-OR41、-SR41、-NHR41、-NR41R41、-NR39C(O)R41、-NR39S(O)2R41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R34或R35,或作为低碳烷基的取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;
每一情况下,R45独立选自-OR41、-SR41、-NHR41、-NR41R41、-NR39C(O)R41、-NR39S(O)2R41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R45,或作为低碳烷基的取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;
R36:当E1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基和氟取代的低碳烷氧基,当E1是O或S或当n=1和E1是N时不存在,和当n=0和E1是N时不存在或选自氢、低碳烷基、和氟取代的低碳烷基;
R37:当K1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、和氟取代的低碳烷氧基,当K1是O或S或当n=1和K1是N时不存在,和当n=0和K1是N时不存在或选自氢、低碳烷基、和氟取代的低碳烷基;
R38:当G1是C时选自氢、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、和氟取代的低碳烷氧基,或当G1是N时不存在;
在每一情况下,R39独立选自氢和低碳烷基;
R40选自低碳烷基和氟取代的低碳烷基;
R41选自低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基作为R41或作为低碳烷基的取代基,任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基;和
在每一情况下,R42独立选自低碳烷基、杂环烷基和杂芳基,其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
21.权利要求20的化合物,
其中:
每一R45选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳硫代烷基、氟取代的低碳硫代烷基、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基,
Z1是CR34,U1是CR35,并且
R34和R35独立选自氢、-OR41、卤素、低碳烷基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基,
其中环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基,并且
其中低碳烷基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
22.权利要求21的化合物,其中v是0、1或2。
23.权利要求22的化合物,其中n是1,G1和K1是C。
24.权利要求23的化合物,其中E1是N。
25.权利要求23的化合物,其中E1是C。
26.权利要求25的化合物,其中M3选自-NR39-、-O-、-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-、-CH2NR39-、-NR39C(O)-和-NR39S(O)2-。
27.权利要求26的化合物,其中M3选自-NR39CH2-、-NR39CH(R40)-、-SCH2-、-OCH2-和-CH2NR39-。
28.权利要求27的化合物,其中R34和R35都是氢。
29.权利要求27的化合物,
其中:
R34和R35中的一个是氢,
R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基、低碳烷氧基、芳基和杂芳基,其中芳基和杂芳基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自-OH、-NH2、-CN、-NO2、-S(O)2NH2、-C(O)NH2、-OR42、-SR42、-NHR42、-NR42R42、-NR39C(O)R42、-NR39S(O)2R42、-S(O)2R42、卤素、低碳烷基、氟取代的低碳烷基、和环烷基氨基,并且
其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
30.权利要求29的化合物,其中R34是氢。
31.权利要求29的化合物,
其中
R34和R35中的一个是氢,
R34和R35中的另一个选自卤素、低碳烷基和低碳烷氧基,
其中低碳烷基和低碳烷氧基任选取代有一个或多个取代基,所述取代基选自氟、低碳烷氧基、氟取代的低碳烷氧基、低碳烷基硫代、氟取代的低碳烷基硫代、单烷基氨基、二烷基氨基和环烷基氨基。
32.权利要求31的化合物,其中R34是氢。
33.组合物,包括:
药学上可接受的载体;和
根据权利要求1的化合物。
34.组合物,包括:
药学上可接受的载体;和
根据权利要求13的化合物。
35.组合物,包括:
药学上可接受的载体;和
根据权利要求20的化合物。
36.治疗患有c-kit或c-fms介导的疾病或病症或处于c-kit或c-fms介导的疾病或病症的风险中的对象的方法,包括向所述对象施用有效量的权利要求1的化合物。
37.治疗患有c-kit或c-fms介导的疾病或病症或处于c-kit或c-fms介导的疾病或病症的风险中的对象的方法,包括向所述对象施用有效量的权利要求13的化合物。
38.治疗患有c-kit或c-fms介导的疾病或病症或处于c-kit或c-fms介导的疾病或病症的风险中的对象的方法,包括向所述对象施用有效量的权利要求20的化合物。
39.权利要求36-38中的任一项所述的方法,其中所述化合物被批准施用于人类。
40.权利要求39的方法,其中所述疾病或病症选自:肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、肥大细胞增生、黑色素瘤、乳腺癌、卵巢癌、犬肥大细胞肿瘤、肥大、哮喘、类风湿性关节炎、变应性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥、系统性红斑狼疮、韦格纳肉芽肿病、慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、高血糖、脂肪分解、嗜酸粒细胞增多症、骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙、骨转移、肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎、肾小管坏死、和糖尿病相关性肾脏并发症。
41.试剂盒,包括根据权利要求33-35的任一项的组合物。
42.权利要求41的试剂盒,其中所述组合物被批准用于医学适应症,选自:肥大细胞肿瘤、小细胞肺癌、睾丸癌、胃肠间质瘤、胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、雌性生殖道癌、神经外胚层起源的肉瘤、结肠直肠癌、原位癌、与神经纤维瘤病有关的许旺细胞瘤、急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、多发性骨髓瘤、肥大细胞增生、黑色素瘤、乳腺癌、卵巢癌、犬肥大细胞肿瘤、肥大、哮喘、类风湿性关节炎、变应性鼻炎、多发性硬化症、炎性肠综合症、移植排斥、系统性红斑狼疮、韦格纳肉芽肿病、慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、高血糖、脂肪分解、嗜酸粒细胞增多症、骨质疏松症、骨折风险增加、高血钙、骨转移、肾小球肾炎、间质性肾炎、狼疮性肾炎、肾小管坏死、和糖尿病相关性肾脏并发症。
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