WO2005094532B1 - Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles - Google Patents

Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles

Info

Publication number
WO2005094532B1
WO2005094532B1 PCT/US2005/009882 US2005009882W WO2005094532B1 WO 2005094532 B1 WO2005094532 B1 WO 2005094532B1 US 2005009882 W US2005009882 W US 2005009882W WO 2005094532 B1 WO2005094532 B1 WO 2005094532B1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
primer
encoding
reverse
target polynucleotide
labeling probe
Prior art date
Application number
PCT/US2005/009882
Other languages
English (en)
Other versions
WO2005094532A2 (fr
WO2005094532A3 (fr
Filing date
Publication date
Application filed filed Critical
Priority to DE602005007874T priority Critical patent/DE602005007874D1/de
Priority to EP05732398A priority patent/EP1730312B1/fr
Priority to JP2007505187A priority patent/JP2007530048A/ja
Publication of WO2005094532A2 publication Critical patent/WO2005094532A2/fr
Publication of WO2005094532A3 publication Critical patent/WO2005094532A3/fr
Publication of WO2005094532B1 publication Critical patent/WO2005094532B1/fr

Links

Abstract

La présente invention concerne des procédés, des réactifs et des trousses permettant de détecter (ou quantifier) la présence ou l'absence de séquences de polynucléotides cibles dans au moins un échantillon au moyen d'une réaction de codage et de décodage. Lorsqu'un polynucléotide cible particulier est présent dans un échantillon, un produit réactionnel se forme dans la réaction de codage qui comprend des parties amorces adressables. On utilise au moins un marqueur et au moins une amorce adresse dans la réaction d'amplification de décodage, obtenant de la sorte une valeur de signal détectable selon qu'une séquence est présente ou absente. Dans certains modes de réalisation, on peut utiliser des bases universelles et des bibliothèques de sondes réduites pour parvenir à une analyse hautement multiplexée de polynucléotides cibles.
PCT/US2005/009882 2004-03-24 2005-03-24 Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles WO2005094532A2 (fr)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE602005007874T DE602005007874D1 (de) 2004-03-24 2005-03-24 Codierungs- und decodierungsreaktionen zur bestimmung von target-polynukleotiden
EP05732398A EP1730312B1 (fr) 2004-03-24 2005-03-24 Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles
JP2007505187A JP2007530048A (ja) 2004-03-24 2005-03-24 標的ポリヌクレオチドを検出するためのコード化反応およびデコード反応

Applications Claiming Priority (10)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US55615704P 2004-03-24 2004-03-24
US55616204P 2004-03-24 2004-03-24
US55622404P 2004-03-24 2004-03-24
US55616304P 2004-03-24 2004-03-24
US60/556,162 2004-03-24
US60/556,157 2004-03-24
US60/556,224 2004-03-24
US60/556,163 2004-03-24
US63068104P 2004-11-24 2004-11-24
US60/630,681 2004-11-24

Publications (3)

Publication Number Publication Date
WO2005094532A2 WO2005094532A2 (fr) 2005-10-13
WO2005094532A3 WO2005094532A3 (fr) 2005-12-22
WO2005094532B1 true WO2005094532B1 (fr) 2006-03-02

Family

ID=35064420

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/US2005/010184 WO2005098040A2 (fr) 2004-03-24 2005-03-24 Reactions de codage et de decodage pour detection de molecules cibles
PCT/US2005/009882 WO2005094532A2 (fr) 2004-03-24 2005-03-24 Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/US2005/010184 WO2005098040A2 (fr) 2004-03-24 2005-03-24 Reactions de codage et de decodage pour detection de molecules cibles

Country Status (6)

Country Link
US (2) US7601821B2 (fr)
EP (3) EP2161346B1 (fr)
JP (2) JP2007530048A (fr)
AT (2) ATE399884T1 (fr)
DE (2) DE602005014453D1 (fr)
WO (2) WO2005098040A2 (fr)

Families Citing this family (45)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1552001A4 (fr) * 2002-09-19 2006-01-04 Applera Corp Procedes et compositions de detection de cibles
US7570443B2 (en) 2003-09-19 2009-08-04 Applied Biosystems, Llc Optical camera alignment
EP2161346B1 (fr) 2004-03-24 2013-06-19 Applied Biosystems, LLC Réactions de ligature et d'amplification pour déterminer les molécules cibles
WO2005108618A2 (fr) * 2004-04-30 2005-11-17 Applera Corporation Procedes et kits de detection de methylation
WO2006076017A2 (fr) * 2004-04-30 2006-07-20 Applera Corporation Procedes et kits d'identification de nucleotides cibles dans des populations melangees
US7575863B2 (en) 2004-05-28 2009-08-18 Applied Biosystems, Llc Methods, compositions, and kits comprising linker probes for quantifying polynucleotides
JP2008502352A (ja) * 2004-06-30 2008-01-31 アプレラ コーポレイション ポリヌクレオチドをライゲーションするための、方法、反応混合物およびキット
DE602005025782D1 (de) * 2004-09-21 2011-02-17 Life Technologies Corp Zweifarbige echtzeit/endpunkt-quantifizierung von mikro-rnas (mirnas)
WO2007011867A2 (fr) * 2005-07-15 2007-01-25 Applera Corporation Dispositif et procede de traitement de fluide
ATE489473T1 (de) 2005-07-15 2010-12-15 Life Technologies Corp Analyse von boten-rna und mikro-rna im gleichen reaktionsansatz
EP2660482B1 (fr) * 2005-08-22 2019-08-07 Life Technologies Corporation Appareil, système et procédé utilisant des volumes discrets de fluides non miscibles
US20070111226A1 (en) 2005-08-24 2007-05-17 Applera Corporation Method to Quantify siRNAs, miRNAs and Polymorphic miRNAs
WO2007133703A2 (fr) * 2006-05-10 2007-11-22 Dxterity Diagnostics Détection de cibles d'acides nucléiques au moyen de sondes oligonucléotidiques chimiquement réactives
US8597938B2 (en) * 2007-10-12 2013-12-03 Qiagen Sciences Llc System for providing control reactions for real time RT-PCR
US9157116B2 (en) * 2008-02-08 2015-10-13 Fluidigm Corporation Combinatorial amplification and detection of nucleic acids
EP2326732A4 (fr) * 2008-08-26 2012-11-14 Fluidigm Corp Procédés de dosage pour un débit amélioré d'échantillons et/ou de cibles
WO2010028288A2 (fr) 2008-09-05 2010-03-11 Aueon, Inc. Procédés pour la stratification et l’annotation des options de traitement médicamenteux contre le cancer
JP5608998B2 (ja) * 2009-03-31 2014-10-22 東洋紡株式会社 保存安定性に優れた核酸増幅検出試薬キット
AU2010232972B2 (en) * 2009-04-01 2016-10-27 Dxterity Diagnostics Incorporated Chemical ligation dependent probe amplification (CLPA)
CA3018687C (fr) 2009-04-02 2021-07-13 Fluidigm Corporation Procede d'amplification a amorce multiple pour codage a barres d'acides nucleiques cibles
US8574864B2 (en) 2009-11-05 2013-11-05 Epicentre Technologies Corporation Methods and kits for 3'-end-tagging of RNA
SG10201407883PA (en) * 2009-12-07 2015-01-29 Illumina Inc Multi-sample indexing for multiplex genotyping
EP2534263B1 (fr) * 2010-02-09 2020-08-05 Unitaq Bio Procédés et compositions pour la détection universelle d'acides nucléiques
CA2810931C (fr) 2010-09-24 2018-04-17 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Capture directe, amplification et sequencage d'adn cible a l'aide d'amorces immobilisees
WO2012054933A2 (fr) * 2010-10-22 2012-04-26 Fluidigm Corporation Méthodes de dosage par sondes universelles
WO2012106668A2 (fr) * 2011-02-03 2012-08-09 Fluidigm Corporation Sondes-amorces multifonctionnelles
WO2012142003A2 (fr) 2011-04-15 2012-10-18 Life Technologies Corporation Ligature chimique
CN103635594B (zh) 2011-05-09 2018-02-13 富鲁达公司 基于探针的核酸检测
EP2710145B1 (fr) 2011-05-17 2015-12-09 Dxterity Diagnostics Incorporated Procédés et compositions pour la détection d'acides nucléiques cibles
CN103890245B (zh) 2011-05-20 2020-11-17 富鲁达公司 核酸编码反应
WO2013052124A2 (fr) * 2011-10-03 2013-04-11 University Of Florida Research Foundation, Inc. Détection rapide et fiable d'agents infectieux
WO2013101902A2 (fr) 2011-12-30 2013-07-04 University Of Washington, Through Its Center For Commercialization Points polymères chromophores à émission à bande étroite
US10648030B2 (en) 2012-01-13 2020-05-12 Affymetrix, Inc. Methods of determining the presence or absence of a plurality of target polynucleotides in a sample
KR102145677B1 (ko) 2012-02-03 2020-08-18 캘리포니아 인스티튜트 오브 테크놀로지 다중화된 생화학적 분석에서의 시그널 인코딩 및 디코딩
US9598728B2 (en) 2012-02-14 2017-03-21 Cornell University Method for relative quantification of nucleic acid sequence, expression, or copy changes, using combined nuclease, ligation, and polymerase reactions
WO2013177206A2 (fr) 2012-05-21 2013-11-28 Fluidigm Corporation Analyse de particules uniques de populations de particules
CN104662172B (zh) 2012-08-03 2018-07-06 加州理工学院 Pcr中具有减少的硬件和要求的多重化和定量
ES2746237T3 (es) 2013-03-14 2020-03-05 Univ Cornell Método para la cuantificación relativa de cambios en la metilación del ADN, usando reacciones combinadas de nucleasa, ligamiento, y polimerasa
US10221447B2 (en) 2014-04-01 2019-03-05 Cornell University Detection of DNA methylation using combined nuclease ligation reactions
AU2015274660B2 (en) 2014-06-10 2020-07-16 Dxterity Diagnostics Incorporated Devices and methods for collecting and stabilizing biological samples
IL296204B1 (en) 2014-10-08 2024-04-01 Univ Cornell A method for the detection and relative quantification of nucleic acid sequence, expression, variants, transition, copy number, or methylation changes, using a combination of nuclease, ligase, and polymerase reactions with protection against contamination
US11118216B2 (en) 2015-09-08 2021-09-14 Affymetrix, Inc. Nucleic acid analysis by joining barcoded polynucleotide probes
WO2017106777A1 (fr) 2015-12-16 2017-06-22 Fluidigm Corporation Amplification multiplex de haut niveau
EP3347497A4 (fr) * 2016-01-31 2019-01-23 Affymetrix, Inc. Analyse d'acides nucléiques par assemblage de sondes polynucléotidiques à codes barres
WO2017218777A1 (fr) 2016-06-17 2017-12-21 California Institute Of Technology Réactions d'acides nucléiques et procédés et compositions associés

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4988617A (en) * 1988-03-25 1991-01-29 California Institute Of Technology Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids
US5494810A (en) * 1990-05-03 1996-02-27 Cornell Research Foundation, Inc. Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease
DK51092D0 (da) 1991-05-24 1992-04-15 Ole Buchardt Oligonucleotid-analoge betegnet pna, monomere synthoner og fremgangsmaade til fremstilling deraf samt anvendelser deraf
EP0636186B1 (fr) * 1992-04-03 1998-11-25 The Perkin-Elmer Corporation Procede et composition de sondage
WO1996015271A1 (fr) 1994-11-16 1996-05-23 Abbott Laboratories Amplification multiplex dependant des ligatures
GB9609441D0 (en) * 1996-05-04 1996-07-10 Zeneca Ltd Process
AU730633B2 (en) * 1996-05-29 2001-03-08 Phillip Belgrader Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
US7014994B1 (en) * 1999-03-19 2006-03-21 Cornell Research Foundation,Inc. Coupled polymerase chain reaction-restriction-endonuclease digestion-ligase detection reaction process
US6331393B1 (en) * 1999-05-14 2001-12-18 University Of Southern California Process for high-throughput DNA methylation analysis
EP1257664A4 (fr) 2000-01-28 2006-04-05 Althea Technologies Inc Procedes d'analyse de l'expression genique
JP2004507226A (ja) * 2000-05-30 2004-03-11 ピーイー コーポレイション (エヌワイ) ライゲーションおよび増幅の組み合わせを用いて標的核酸を検出するための方法
US6620586B2 (en) * 2001-02-20 2003-09-16 Applied Gene Technologies, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acids
US20030119004A1 (en) 2001-12-05 2003-06-26 Wenz H. Michael Methods for quantitating nucleic acids using coupled ligation and amplification
EP1319718A1 (fr) 2001-12-14 2003-06-18 Keygene N.V. Analyse et détection de séquences cibles multiples à haut rendement
US20060088826A1 (en) * 2001-12-28 2006-04-27 Van Eijk Michael Josephus Ther Discrimination and detection of target nucleotide sequences using mass spectrometry
US6960436B2 (en) * 2002-02-06 2005-11-01 Epigenomics Ag Quantitative methylation detection in DNA samples
US7176002B2 (en) * 2002-05-16 2007-02-13 Applera Corporation Universal-tagged oligonucleotide primers and methods of use
EP1552001A4 (fr) * 2002-09-19 2006-01-04 Applera Corp Procedes et compositions de detection de cibles
WO2004027081A2 (fr) * 2002-09-19 2004-04-01 Applera Corporation Procedes et composition pour detecter des cibles
US20040235005A1 (en) * 2002-10-23 2004-11-25 Ernest Friedlander Methods and composition for detecting targets
US20040110134A1 (en) * 2002-12-05 2004-06-10 Wenz H. Michael Methods for quantitating nucleic acids using coupled ligation and amplification
WO2005026389A2 (fr) 2003-08-29 2005-03-24 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Procede a base de ligature permettant l'analyse de polymorphismes simples nucleotides sur l'adn genomique
EP2161346B1 (fr) 2004-03-24 2013-06-19 Applied Biosystems, LLC Réactions de ligature et d'amplification pour déterminer les molécules cibles

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2005094532B1 (fr) Reactions de codage et de decodage permettant de determiner des polynucleotides cibles
EP3252174B1 (fr) Compositions, procédés, systèmes et kits pour l'enrichissement d'acides nucléiques cibles
US20210324468A1 (en) Compositions and methods for screening mutations in thyroid cancer
WO2005098040A8 (fr) Reactions de codage et de decodage pour detection de molecules cibles
AU2010225937B2 (en) Abscription based molecular detection
JP2003510020A5 (fr)
AU2006213972A1 (en) Detecting gene methylation
KR20210142690A (ko) 시스템
US20080050725A1 (en) Methods of detecting DNA N-glycosylases, methods of determining N-glycosylase activity, and N-glycosylase assay kits
WO2005047462A2 (fr) Systeme universel de commande d'amplification d'acides nucleiques
EP1275738A1 (fr) Procédé pour la synthèse aléatoire et l'amplification d'ADNc
US20070122827A1 (en) Target nucleic acid signal detection
EP1275734A1 (fr) Méthode pour la synthèse aléatoire et l'amplification d'ADNc
WO2018050835A1 (fr) Contrôle interne d'amplification
EP4015646A1 (fr) Procédé de traitement d'échantillon d'acide nucléique, procédé de séquençage et kit
US20220127600A1 (en) Methods of Detecting Analytes and Compositions Thereof
US20180291443A1 (en) Library Quantitation And Qualification
WO2021091803A1 (fr) Kit de détection de mutation idh et procédé associé
WO2005059505A3 (fr) Procede et kit de genotypification de hla-b27 fondes sur la reaction de la polymerase en chaine en temps reel
CA2482795A1 (fr) Sondes oligonucleotidiques dirigees vers une sequence cible ck19 pour la detection de cellules tumorales
AU2002357968A1 (en) Method and integrated device for the detection of cytosine methylations
EP3610031A1 (fr) Quantification et qualification de banques
WO2002024960A1 (fr) Detection de la variation d'adn
JP2002034599A (ja) 1塩基多型を検出する方法