TWI694084B

TWI694084B - Ｕｔｉ融合蛋白質

Info

Publication number: TWI694084B
Application number: TW104127393A
Authority: TW
Inventors: 亞倫Ｋ查柏蘭恩; 強劉; 馬修斯史密德
Original assignee: 日商武田藥品工業有限公司; 德商武田公司
Priority date: 2014-02-24
Filing date: 2015-08-21
Publication date: 2020-05-21
Also published as: SG10201708400QA; PE20170257A1; MX2019013124A; SG11201606691QA; EA201691702A1; CA3178241A1; EP3110434B1; AU2021225156A1; CN110092837A; US10351618B2; PT3110434T; ECSP16076535A; EA037256B1; KR20220151005A; US20160362475A1; CL2016002136A1; JP2023123763A; AU2021225156B2; PL3110434T3; NZ760789A

Abstract

本發明提供UTI融合蛋白質、用於產生該融合蛋白質之DNA序列，及使用該融合蛋白質之醫藥組成物及方法。

Description

UTI融合蛋白質

本發明係關於分子生物學、藥理學及醫學。

尿胰蛋白酶抑制劑(UTI)，亦稱為烏司他丁、尿抑制素(uristatin/urinastatin/ulistin)、人抑制劑30(HI-30)、明京(mingin)及比庫蛋白，為具有約40kD分子量之蛋白酶抑制劑。UTI存在於人尿液及血液(hUTI)中並且具有各種生理活性諸如對於絲胺酸蛋白酶家族，諸如胰蛋白酶、α-胰凝乳蛋白酶、胞漿素、組織蛋白酶-G及白細胞彈性蛋白酶之抑制效應。UTI亦具有免疫調節效應，且其可下調促炎性細胞因子，諸如腫瘤壞死因子-α(TNF-α)、白介素-1(IL-1)及白介素(IL-6)之釋放。另外，UTI亦干擾PDGF-D(PDGF-DD)/PDGF-BBR活性二聚物介導之傳訊途徑，此干擾係藉由中和該二聚物來實現的。

hUTI已經收到上市授權並且一種產品在日本以商品名稱Miraclid銷售並且從人尿液分離。事實上，從人尿液分離之hUTI當前由多個製造商銷售以治療胰腺炎及由休克造成之急性循環衰竭。

UTI首先在人類體內以被稱為AMBP(α1-微球蛋白/比庫蛋白前驅物)的前驅蛋白形式產生，其編碼於人染色體9上。AMBP之蛋白水解產生含有143個胺基酸的游離UTI。UTI包括已知抑制絲胺酸蛋白酶之兩個Kunitz域，其藉由UTI之N及C末端上之非結構化胺基酸側接。預期該等兩個域賦予蛋白酶抑制之不同特異性，此歸因於涉及蛋白酶結合之不同胺基酸。藉由與其他絲胺酸蛋白酶抑制劑(例如BPTI、牛胰腺胰蛋白酶抑制劑)類比之方法，可估計用於蛋白酶抑制之兩個關鍵胺基酸包括Met26(Kunitz域1)及Arg88(Kunitz域2)。關於UTI之不同部分在抑制不同蛋白酶期間之牽涉所知甚少，但是移除Kunitz域1已被證明可改變蛋白酶特異性，從而揭示針對因子Xa及血漿激肽釋放酶之新抑制活性。全長UTI不展示此兩種蛋白酶之抑制(Morishita等人，Thrombosis Research 1994，第73卷(3/4)第193-204頁)。UTI亦包括兩個連接糖，一個糖O連結於Ser10處並且一個糖N連結於Asn45處。UTI在齧齒動物及人中之半衰期為4-30分鐘(Fries等人，International Journal of Biochemistry and Cell Biology,2000,第32卷，第125-137頁)。

UTI融合蛋白質應含有胺基酸之優化序列，包括任何UTI域之最佳開始及終止點，且可融合至另一種蛋白質以增強性質諸如表現、純化、半衰期及穩定性。融合搭配物之確切序列需要判定並且可包括可改變融合搭配物之功能性質的連接子、開始/終止點及/或突變之變化。

自尿液獲得之烏司他丁之變異體已知WO199856916、US5792629、US5407915、US5409895、US7019123及US6583108。烏司他丁之融合蛋白質(及其變化形式)之概念已經揭示US20080181892、US5541288及US20080255025。某些UTI融合蛋白質描述於CN 103044554A中。CN 103044554A之融合蛋白質涉及Fc域中之特異性變異體，大概用於避免任何Fc介導藥理學作用(ADCC，CDC)。已經意外地發現具有野生型IgG1之UTI-Fc為良好耐受的並且提供半衰期之顯著增加。另外，與CN 103044554A之UTI融合蛋白質相比，本發明UTI融合蛋白質，尤其SEQ ID NO：1，展現更大熱穩定性。

本發明提供UTI融合蛋白質、包括該等融合蛋白質之醫藥組成物、製備方法及其用途。

本發明提供包含UTI域及融合搭配物之UTI融合蛋白質，其中UTI域可操作地連結至融合搭配物。本發明提供包含UTI域及Fc域之UTI融合蛋白質，其中UTI域可操作地連結至Fc域。本發明亦提供如本文描述之分離的UTI融合蛋白質。

在一些實施例中，本發明提供UTI融合蛋白質，其包括包含SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27及29之序列。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：1之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：3之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：5之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：7之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：9之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：11之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：13之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：15之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：17之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：19之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：21之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：23之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：25之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：27之UTI融合蛋白質。在一實施例中，本發明提供包含SEQ ID NO：29之UTI融合蛋白質。

根據本發明之另一實施例，本發明提供編碼UTI融合蛋白質包括本文所述UTI融合蛋白質的核酸序列。此外，本發明提供闡明為SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28及30之DNA序列。在一實施例中，編碼UTI融合蛋白質之核酸進一步包括含有核酸可操作連結之控制序列的載體。在另一實施例中，本發明提供包含編碼UTI融合蛋白質之核酸序列的寄主細胞，如哺乳動物、昆蟲、大腸桿菌或酵母細胞，且將寄主細胞保持在融合蛋白質分子得以表現之條件下。

在另一實施例中，本發明提供包括本文所述UTI融合蛋白質及醫藥學上可接受之載體或賦形劑之醫藥組成物。

根據本發明之另一實施例，提供治療UTI相關病症之方法，包括向有需要的患者投與有效量之本文所述UTI融合蛋白質。

亦即，本發明提供UTI融合蛋白質作為藥物之用途，包括製造藥物，且使用本文所述UTI融合蛋白質來治療本文所述UTI相關病症。

圖1係UTI域結構及醣化位點。

圖2係展示不同連接子之兩種UTI-Fc構築體。

圖3係本發明之各種UTI-Fc構築體。

圖4係用於UTI融合構築中之DNA裝配策略(SLIC)。

圖5係藉由UTI及UTI-Fc1，SEQ ID NO：1對於蛋白酶活性(胰蛋白酶)之抑制

圖6係藉由UTI-Fc1、UFC1，SEQ ID NO：1對於蛋白酶活性(胰凝乳蛋白酶)之抑制。

圖7係藉由UTI-Fc1、UFC1，SEQ ID NO：1對於蛋白酶活性(多個蛋白酶)之抑制。

圖8係藉由UTI及UTI-Fc1，UTI-Fc，SEQ ID NO：1對於細胞因子分泌(IL-6)之抑制。

圖9係UTI融合蛋白質之純化產量。

圖10係SEQ ID NO：1對於C3H小鼠中之LPS誘導C5a之效應。

本發明提供包含UTI域及融合搭配物之UTI融合蛋白質，其中UTI域可操作地連結至融合搭配物。本發明之UTI融合蛋白質對於蛋白酶，包括胰蛋白酶具有抑制效應。

在一些實施例中，融合搭配物為Fc多肽。在一些實施例中，融合搭配物為人Fc多肽。在一些實施例中，融合搭配物為人Fc多肽之類似物。在一些實施例中，融合搭配物為人Fc多肽之片段。在其他實施例中，融合搭配物為小鼠Fc多肽。在其他實施例中，融合搭配物為大鼠Fc多肽。

在一些實施例中，融合搭配物為人血清蛋白。在一些實施例中，融合搭配物為人血清蛋白之類似物。在一些實施例中，融合搭配物為修飾人血清蛋白。在一些實施例中，融合搭配物為人血清蛋白之片段。

在一些實施例中，UTI域為人UTI(hUTI)。在一些實施例中，UTI域為hUTI之類似物。在一些實施例中，UTI域為hUTI之片段。在一些實施例中，UTI融合蛋白質包含野生型hUTI域。

在一些實施例中，UTI融合蛋白質包含野生型人UTI域及人Fc域。在一些實施例中，UTI融合蛋白質包含野生型hUTI域，及連接子域，及人Fc域。

在一些實施例中，UTI融合蛋白質包含野生型人UTI域及人血清蛋白或其類似物或其片段。在一些實施例中，UTI融合蛋白質包含野生型hUTI域、連接子域，及人血清蛋白或其類似物或其片段。

在一些實施例中，Fc域結合至人細胞上之Fc受體。在一些實施例中，分子之血清半衰期顯著長於單獨UTI域之血清半衰期。在一些實施例中，分子之UTI域之蛋白酶抑制活性相同或大於單獨UTI域。在一些實施例中，將分子投與小鼠減少炎症反應，包括但不限於，降低免疫細胞之活化或降低細胞因子或趨化因子之產生、分泌或活性。

應瞭解UTI域藉由連接子域可操作連結至融合搭配物。

本發明提供UTI融合蛋白質，其包含融合至選自由以下組成之群之多肽的UTI域：a)Fc域，b)Fc域之類似物，及c)Fc域之片段，其中UTI域藉由連接子域融合至Fc域、其類似物或其片段。本發明提供UTI融合蛋白質，其包含融合至選自由以下組成之群之多肽的hUTI域：a)Fc域，b)Fc域之類似物，及c)Fc域之片段，其中hUTI域藉由連接子域融合至Fc域、其類似物或其片段。

本發明融合蛋白質涵蓋具有單體及多聚物形式之蛋白質，不論藉由完整抗體之消化製備或藉由其他方法產生。

術語「多聚物」及「多聚」係關於其中Fc域或包含Fc域之分子具有共價、非共價締合，或同時具有共價及非共價相互作用之兩個或兩個以上多肽鏈的蛋白質。術語多聚物包括術語二聚物。

術語「二聚物」係關於其中Fc域或包含Fc域之分子具有共價、非共價締合，或同時具有共價及非共價相互作用之兩個多肽鏈的蛋白質。亦即，術語「二聚物」係關於其中兩個Fc域共價、非共價締合，或同時具有共價及非共價相互作用之UTI融合蛋白質。更具體而言，術語「二聚物」係關於其中兩個Fc域共價締合之UTI融合蛋白質。

本發明提供UTI融合蛋白質，其包含融合至選自由以下組成之群之多肽的UTI域：a)清蛋白、b)清蛋白類似物、c)清蛋白片段。本發明亦提供UTI融合蛋白質，其包含融合至選自由以下組成之群之多肽的 hUTI域：a)人血清蛋白、b)清蛋白類似物、c)人血清蛋白之片段，其中hUTI藉由連接子域融合至清蛋白、其類似物或其片段。

術語定義

用於本說明書及申請專利範圍中之術語如以下闡明來定義，除非另外指示。

如本文使用，術語「連結(的)」、「融合(的)」或「融合」可互換使用。

此等術語係關於藉由無論何種手段包括化學偶聯或重組手段將兩個更多元件或組分或域連接在一起。化學偶聯方法在此項技術中為已知的。

「融合蛋白質」係關於具有共價連結在一起之兩個或兩個以上部分的多肽，其中一個或多個部分來源於不同蛋白質。兩個部分可藉由單一肽鍵來直接連結(例如，各部分彼此直接連結)或經由含有一或多個胺基酸殘基之肽連接子(例如在各部分之間具有介入胺基酸或胺基酸序列)。總體上，編碼兩個部分及連接子之DNA彼此處於解讀碼組中並且使用重組技術來產生。

「UTI域」係模擬UTI活性之蛋白質或肽。應瞭解可改變本發明之UTI域以使得其改變其衍生之天然發生或原始序列的序列，同時保持原始序列之所需活性。較佳UTI域為原始人UTI(hUTI)、其類似物及變異體。hUTI之變異體包括替換或修飾原始hUTI之一或多個胺基酸，其並非所需結構特徵或提供功能活性，包括保守取代。hUTI之變異體包括移除或插入原始hUTI中之一或多個胺基酸，其並非所需結構特徵或提供功能活性。hUTI之變異體包括替換或修飾原始hUTI之一或多個胺基酸以修飾一或多個性質或活性。hUTI之變異體包括移除或插入原始hUTI中之一或多個胺基酸以修飾一或多個UTI性質或活性。hUTI之變異體包括移除或改變原始人UTI中之醣化位點。hUTI之變異體包括移除或改變一或多個Kunitz域。hUTI之變異體可藉由標準技術，如定點誘變及PCR介導誘變來引入。

重組hUTI域之胺基酸殘基序列闡明為SEQ ID NO：31。總體上，UTI域包括與闡明為SEQ ID NO：31之重組hUTI域至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的序列。

「Fc域」為包含抗體之恆定區排除第一恆定區免疫球蛋白域並且在一些情況下，包含鉸鏈之一部分或全部的多肽。因此，Fc域係關於抗體之非抗原結合部分，不論是否呈單體或多聚物形式。產生Fc域之抗體較佳為人來源並且可為任何免疫球蛋白，但是IgG1及IgG2較佳。

Fc域包括重鏈之鉸鏈區。本文中之「鉸鏈」或「鉸鏈區」或「抗體鉸鏈區」或「免疫球蛋白鉸鏈區」意謂可撓性多肽，其包含介於抗體之第一恆定域與第二恆定域之間之胺基酸，恰好在木瓜蛋白酶裂解上游。因此，對於IgG，Fc域包含免疫球蛋白域CH2及CH3以及CH1與CH2之間之鉸鏈區。雖然Fc區之邊界可能變化，但通常所界定之人IgG重鏈Fc區包括其羧基末端之殘基C226或P230，其中編號係根據如Kabat中之EU指數。在一些實施例中，如下文更全面所述，對Fc區進行胺基酸修飾，例如用以改變與一或多個FcγR受體或FcRn受體之結合。

因此，在某些實施例中，術語Fc域包括可截斷，藉由置換、缺失及/或插入來修飾之鉸鏈區並且此外修飾或未修改鉸鏈區可為位連接子域之連接點。

「Fc域之類似物」係關於自原始Fc修飾但是仍然包括拯救受體之結合位點的分子或序列。術語Fc域之類似物包括自非人原始Fc人源化之分子或序列。術語Fc域之類似物亦包括缺少一或多個原始Fc殘基，或具有該等Fc殘基之修飾的分子或序列，該等Fc殘基影響或涉及二硫化物形成、與寄主細胞之不相容性、表現後之N末端多樣性、穩定性、醣化、與補體之相互作用、結合至Fc拯救受體及/或與Fcγ受體相互作用。

術語「Fc域之多個片段」或「Fc域之片段」係關於其中一個或多個位點已經移除之原始Fc，其中所移除的位點不構成本發明之融合蛋白質所需要的結構特徵或功能活性。Fc域之片段包括缺失原始Fc之殘基或截斷原始Fc並且可包括其餘殘基之取代。插入或改變殘基(例如，取代的殘基)可為天然胺基酸或改變胺基酸、擬肽物、非天然胺基酸或D胺基酸。

總體上，Fc域包括與IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA、IgE或IgM，尤其人IgG1或IgG2至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的序列。

術語Fc域包括原始Fc及Fc之類似物並且包括單體及多聚物形式，不論藉由完整抗體之消化製備或藉由其他方法產生。

在某些實施例中，Fc域包括至少鉸鏈域(上部、中間及/或下部鉸鏈區)、CH2域(或變異體或其片段)及CH3域(或變異體或其片段)。在另一實施例中，Fc域由鉸鏈域(上部、中間及/或下部鉸鏈區)、CH2域(或變異體或其片段)及CH3域(或變異體或其片段)組成。在某些其它實施方案中，Fc域由鉸鏈域(上部、中間及/或下部鉸鏈區)、CH2域(或變異體或其片段)、CH3域(或變異體或其片段)及CH4域(或變異體或其片段)組成。在另一實施例中，Fc域由鉸鏈域(上部、中間及/或下部鉸鏈區)及CH2域組成。在另一實施例中，Fc域由鉸鏈域(上部、中間及/或下部鉸鏈區)及CH3域(或變異體或其片段)組成。在另一實施例中，Fc域由CH2域(或變異體或其片段)，及CH3域(或變異體或其片段)組成。在另一實施例中，Fc域由完整CH2域及完整CH3域組成。在另一實施例中，Fc域由完整CH2域及完整CH3域組成。在一實施例中，本發明之Fc域包括Fc分子的在此項技術中已知為FcRn結合所需要的至少一部分。在另一實施例中，本發明之Fc域包括Fc分子的在此項技術中已知為蛋白質A結合所需要的至少一部分。在另一實施例中，本發明之Fc域包括Fc分子的在此項技術中已知為蛋白質G結合所需要的至少一部分。

根據本發明，Fc域總體上係關於包含免疫球蛋白重鏈之Fc域之全部或一部分的多肽。如以上論述，此包括但不限於包含整個鉸鏈區、CH1、CH2及/或CH3域之多肽以及包含例如鉸鏈、CH2及CH3域的此等肽之片段。Fc域可來源於任何物種及/或亞型之任何免疫球蛋白，包括但不限於人IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA、IgE或IgM抗體。因此，Fc域包括IgA、IgD及IgG之最後兩個恆定區免疫球蛋白域，IgE及IgM之最後三個恆定區免疫球蛋白域，以及該等域之可撓性鉸鏈N末端。對於IgA 及IgM而言，Fc可包括J鏈。

如本文使用之Fc域包括原始Fc及Fc變異體分子。與Fc變異體及原始Fc蛋白質一樣，術語Fc域包括單體及多聚物形式之分子，不論自抗體消化或藉由其他手段產生。

如在本文中闡明，應瞭解，可修飾任何Fc域以使得其在胺基酸序列上自天然發生免疫球蛋白分子之原始Fc域變化。在某些示例性實施方案中，Fc域保留效應功能，例如，FcγR結合。在某些示例性實施方案中，Fc域缺少效應功能，例如，FcγR結合。

本發明之Fc域可來源於不同免疫球蛋白分子。舉例而言，Fc域可包括來源於IgG1之CH2及/或CH3域及來源於IgG3之鉸鏈區。

在一些實施例中，UTI融合蛋白質包括Fc域。適用於產生本發明之UTI融合蛋白質之Fc域可自許多不同來源獲得。在較佳實施例中，UTI融合蛋白質之Fc域來源於人免疫球蛋白。然而，應瞭解，Fc域可來源於另一個哺乳動物物種之免疫球蛋白，包括例如齧齒動物(例如小鼠、大鼠、兔、豚鼠)或非人靈長類動物(例如黑猩猩、彌猴)物種。此外，UTI融合蛋白質Fc域或其一部分可來源於任何免疫球蛋白種類。

本文所用之術語「野生型」或「wt」或「原始」意指自然界中所見之胺基酸序列或核苷酸序列，包括對偶基因變異。野生型蛋白質、多肽、抗體、免疫球蛋白、IgG、多核苷酸、DNA、RNA等具有未經有意修飾之胺基酸序列或核苷酸序列。

在某些實施例中，本發明之UTI融合蛋白質可使用連接子域。連接子域用於在操作上將UTI域連接至融合搭配物。

術語「連接子域」係關於多肽連接子、非肽連接子及其組合。具體而言，連接子域可為多肽。如本文使用，術語「連接子域」係關於將兩個域以線性序列來連接的序列。如本文使用，術語「多肽連接子」係關於將兩個域以多肽鏈之線性胺基酸序列來連接的肽或多肽序列(例如，合成肽或多肽序列)。舉例而言，多肽連接子可用於將UTI域連接至Fc域。較佳地，此等多肽連接子可為多肽分子提供可撓性。本發明之UTI融合蛋白質可包含連接子域，包括肽連接子。

舉例而言，連接子域可用於將兩個域以多肽連接子之線性胺基酸序列來連接，諸如將UTI域與Fc域連接。在某些實施例中，連接子域可用於將UTI域連接至Fc域。連接子域可用於將域以任何順序連接。舉例而言，在一些實施例中，連接子以順序UTI-連接子-Fc來連接UTI域與Fc域，而在其他實施例中連接子以順序Fc-連接子-UTI來連接UTI域與Fc域，其中多肽區域自N末端至C末端指示。示例性多肽連接子包括由甘胺酸及絲胺酸殘基組成之彼等，所謂Gly-Ser多肽連接子。如本文使用，術語「Gly-Ser多肽連接子」係關於由甘胺酸及絲胺酸殘基組成之肽。示例性Gly-Ser多肽連接子包括胺基酸序列Ser(Gly₄Ser)_n，其中n為1至10之整數，分別為SEQ ID NO：33-42。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=1。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=2。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=3。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=4。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=5。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=6。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=7。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=8。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=9。在一實施例中，UTI融合蛋白質包括一個或兩個Gly-Ser多肽連接子，其中n=10。

另一示例性連接子在SEQ ID NO：43中給出。

術語「包括」意謂化合物，即，融合蛋白質可在N-或C-末端中之一者或兩者上包括額外胺基酸。當然，此等額外胺基酸不應顯著干擾化合物，即，融合蛋白質之活性。

術語「胺基酸」係關於天然發生及合成胺基酸以及以與天然發生胺基酸類似方式起作用的胺基酸類似物及胺基酸模擬物。天然發生胺基酸為藉由遺傳密碼編碼之彼等，以及後來修飾之彼等編碼胺基酸，例如，羥基脯胺酸及磷酸絲胺酸。胺基酸類似物意指具有與天然發生胺基酸相同鹼性化學結構之化合物，即，融合蛋白質，亦即，結合至氫原子之碳原子、羧基、胺基及R基團。胺基酸類似物具有修飾R基團，或產生修飾肽骨架，但是保持與天然發生胺基酸相同鹼性化學結構。

術語「胺基酸取代」係關於預定或原始胺基酸序列中之至少一個現有胺基酸殘基用不同「置換」胺基酸置換。

術語「胺基酸插入」係關於將一或多個額外胺基酸插入預定或原始胺基酸序列中。插入可為一個、兩個、三個、四個、五個或直至二十個胺基酸殘基。

術語「胺基酸缺失」係關於將至少一個胺基酸自預定或原始胺基酸序列移除。缺失可為一個、兩個、三個、四個、五個或直至二十個胺基酸殘基。

術語「多肽」、「肽」及「蛋白質」在本文中互換使用並且指胺基酸殘基之聚合物。該等術語適用於一或多個胺基酸為非天然胺基酸、合成胺基酸或胺基酸模擬物之胺基酸聚合物。

術語「核酸」係關於脫氧核苷酸或核糖核苷酸及其呈單鏈或雙鏈形式之聚合物。術語「核酸」可與基因、核苷酸、多核苷酸、cDNA、DNA及mRNA互換使用。除非特別限制，該術語包括具有與天然核酸類似結合性質的含有天然核苷酸之已知類似物的核酸。除非特別限制，具體核苷酸序列亦包括其保守修飾變異體(例如，含有簡併密碼子取代之彼等)及互補序列以及特別描述之序列。

本發明之多核苷酸可主要由任何多核糖核苷酸或多聚脫氧核苷酸組成，其可為未修飾RNA或DNA或修飾RNA或DNA。舉例而言，多核苷酸可主要由單或雙鏈區域、混合單或雙鏈區域組成。另外，多核苷酸可為含有RNA或DNA或同時RNA及DNA之三鏈區域。修飾多核苷酸包括修飾鹼基，如三苯甲基鹼基或不尋常鹼基如肌苷。可對於RNA及DNA產生各種修飾，因而多核苷酸包括化學、酶或代謝修飾形式。

術語「衍生」或「衍生物」係關於具有例如在半胱胺醯基殘基之間交聯之環狀部分的化合物，即融合蛋白質，化合物，即融合蛋白質得以交聯，一或多個肽基鍵合藉由非肽鍵置換，或N末端藉由NRR₁、 NRC(O)R₁、NRC(O)OR₁、NHC(O)NHR₁、NRS(O)₂R₂、琥珀醯胺或其他基團置換，其中R及R₁在本文中定義且/或C末端用C(O)R₃或NR₄R₅置換，以及其中胺基酸部分藉由用能夠與選定側鏈或終端殘基反應之試劑處理來修飾的化合物，即融合蛋白質。R選自由氫及C_1-6烷基組成之群，R₁選自由氫及C_1-6烷基組成之群，R₂選自由C_1-6烷基、C_3-8環烷基及視情況取代的苯基組成之群；R₃選自由氫、C_1-6烷基及C_3-8環烷基組成之群；R₄選自由氫及C_1-6烷基組成之群；R₅選自由氫、C_1-6烷基及C_3-8環烷基組成之群；或R₄及R₅與其連接之氮結合以形成4至7員飽和環，該環視情況具有選自基團N、O及S之1個額外環雜原子。

術語「C_1-6烷基」係指具有1至6個碳原子之直鏈或分支鏈烷基。

術語「C_3-8環烷基」係指具有3至8個碳原子之單環或雙環飽和或部分(但不完全)不飽和烷基環，且包括環丙基、環丁基、環戊基、環己基及其類似基團。應瞭解該術語包括苯并稠合環戊基及環己基。

術語「視情況取代的苯基」係關於用1至3個獨立地選自由以下組成之群之取代基視情況取代的苯基：鹵基、C_1-6烷基、C_1-6烷氧基、氰基及三氟甲基。

製備

本發明之化合物，即，融合蛋白質，可藉由標準合成方法、重組DNA技術或製備肽及融合蛋白質之其他方法來製備。在示例性過程中，hUTI域藉由編碼UTI域及Fc域及任何連接子域之DNA構築體之表現來共價連結至Fc域。

預想構築UTI融合蛋白質之替代方法。在一些實施例中，可改變域定向來構築保留FcR結合並且具有活性UTI域之Fc-UTI分子或UTI-Fc分子或UTI-Fc-UTI分子。

在一些實施例中，UTI融合蛋白質包括野生型Fc域，其可允許融合蛋白質在結合FcRn(Fc新生兒受體)之後經歷胞吞。因此，本發明進一步提供產生所公開UTI融合蛋白質之方法。該等方法涵蓋培養含有編碼本發明UTI融合蛋白質之分離核酸之寄主細胞。如熟習此項技術者瞭解，取決於UTI融合蛋白質之性質，此舉可用各種方法進行。在一些實施例中，本發明之UTI融合蛋白質產生並且可分離。

一般而言，提供編碼本發明UTI融合蛋白質之核酸。此多核苷酸編碼UTI域、融合搭配物及任何連接子域。本發明亦涵蓋來源於所揭示之聚核苷酸之寡核苷酸片段及與該等聚核苷酸互補之核酸序列。

該等聚核苷酸可呈RNA或DNA之形式。呈DNA、cDNA、基因組DNA、核酸類似物及合成DNA形式之聚核苷酸處於本發明之範疇內。DNA可為雙鏈或單鏈，且若為單鏈，則可為編碼鏈(有義鏈)或非編碼鏈(反義鏈)。編碼多肽之編碼序列可與本文提供之編碼序列一致或者可為不同編碼序列，該序列由於遺傳密碼之冗餘性或簡併性而編碼與本文提供之DNA相同的多肽。

在一些實施例中，將編碼本發明UTI融合蛋白質之核酸併入表現載體中，該等表現載體可為染色體外載體或者經設計以整合入其所引入之寄主細胞之基因組中。表現載體可含有許多適當調節序列(包括但不限於轉錄及轉譯控制序列、啟動子、核糖體結合位點、增強子、複製起點等)或其他組分(選擇基因等)，其皆如此項技藝中眾所熟知經可操作地連結。在一些情況下，使用兩個核酸並且各自置於不同表現載體中(例如，重鏈在第一表現載體中，輕鏈在第二表現載體中)，或替代地其可置於相同表現載體中。熟習此項技藝者將瞭解，該(等)表現載體之設計，包括調節序列之選擇，可取決於諸如寄主細胞之選擇、所要之蛋白質表現位準等因素。

一般而言，核酸及/或表現可引入適合之寄主細胞中以創造重組寄主細胞，該引入使用適合於所選寄主細胞之任何方法(例如轉型、轉染、電穿孔、感染)，以使得該(等)核酸分子可操作地連結至一或多個表現控制元件(例如載體中、細胞中藉由諸過程創造之構築體中、整合入寄主細胞基因組中)。所得重組寄主細胞可保持在適合於表現之條件下(例如，在誘導劑存在下，在合適非人類動物中，在補充有合適鹽、生長因子、抗生素、營養補充物等之合適培養基中)，由此產生所編碼的多肽。在一些情況下，重鏈於一種細胞中產生且輕鏈於另一細胞中產生。

可作為表現寄主獲得之哺乳動物細胞系在此項技藝中為已知的且包括可自美國菌種保存中心(ATCC)(Manassas,VA)獲得之許多永生化細胞系，包括但不限於中國倉鼠卵巢(CHO)細胞、HEK 293細胞、NSO細胞、HeLa細胞、幼倉鼠腎臟(BHK)細胞、猴腎臟細胞(COS)、人肝細胞癌細胞(例如Hep G2)，及許多其他細胞系。亦可使用非哺乳動物細胞來表現重組抗體，該等非哺乳動物細胞包括但不限於細菌、酵母、昆蟲及植物細胞。在一些實施例中，抗體可於諸如牛或雞之基因轉殖動物中產生。

在一實施例中，本發明融合蛋白質藉由核苷酸序列編碼。本發明核苷酸序列可適用於許多應用，包括：選殖，基因療法，蛋白質表現及純化，突變引入，有需要的寄主之DNA疫苗接種，用於例如被動免疫之抗體產生，PCR，引物及探針產生，siRNA設計及產生等。在一實施例中，本發明核苷酸序列包括選自SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30或32之核苷酸序列，由其組成，或基本上由其組成。

在一實施例中，核苷酸序列包括與在SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30或32中闡明之核苷酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同之核苷酸序列。在一實施例中，核苷酸序列包括與在SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30或32中闡明之連續核苷酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同之連續核苷酸序列。

本發明的較佳UTI融合蛋白質包括來源於人免疫球蛋白序列之序列(例如，至少一個Fc域)。然而，序列可包括來自另一個哺乳動物物種之一或多個序列。舉例而言，靈長類動物Fc域或核酸酶域可包含於目標序列中。或者，一或多個鼠科胺基酸可存在於多肽中。在一些實施例中，本發明多肽序列不具有免疫原性及/或具有降低之免疫原性。本發明之UTI融合蛋白質可包括在一或多個胺基酸殘基處，例如，在必需或非必需胺基酸殘基處之保守胺基酸取代。「保守胺基酸取代」為胺基酸殘基經具有類似側鏈之胺基酸殘基置換之胺基酸取代。具有類似側鏈之胺基酸殘基之家族已在此項技術中加以定義，包括鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電荷極性側鏈(例如甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、酥胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β-分支側鏈(例如酥胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。因此，結合多肽中之非必需胺基酸殘基較佳用來自相同側鏈家族之另一個胺基酸殘基置換。在另一實施例中，一串胺基酸可經側鏈家族成員之順序及/或組成不同之在結構上類似之串置換。或者，在另一實施例中，突變可沿著全部或一部分編碼序列，如藉由飽和誘變來隨機引入，且所得突變體可併入本發明之結合多肽中並且針對其結合至所需靶之能力來進行篩選。

使用

在一實施例中，本發明提供方法診斷及治療UTI相關病狀。如本文所用，術語「病狀」、「病症」及「疾病」涉及任何不健康或異常狀態。術語「UTI相關病狀」包括其中UTI提供治療益處之病狀、病症及疾病。術語「UTI相關病狀」包括以免疫調節或炎症效應為特徵之病狀。具體而言，術語UTI相關病狀包括胰腺炎，包括急性胰腺炎及慢性胰腺炎，全身炎症反應症候群，急性循環衰竭(例如，由休克造成)，彌散性血管內凝血，及多器官功能障礙症候群。術語UTI相關病狀亦包括用於高風險手術患者中。術語UTI相關病狀亦包括肺、肝、心或腎之感染。術語UTI相關病狀亦包括嚴重敗血症。術語UTI相關病狀亦包括由SARS病毒造成之急性肺損傷(ALI)或急性呼吸窘迫症候群(ARDS)。

在一實施例中，本發明提供治療UTI相關病狀之方法，包括投與有需要的患者有效量，例如，醫藥學有效量之所公開UTI融合蛋白質。在某些實施例中，病狀為本文具體提到者。

本發明之醫藥組合物係以醫藥技術中熟知之方式製備且包括至少一種本發明UTI融合蛋白質作為活性成分。根據本發明使用之UTI融合蛋白質之醫藥組成物藉由將具有所需純度之UTI融合蛋白質與任擇醫藥學上可接受之賦形劑混合來製備。術語「醫藥學上可接受之賦形劑」係指通常用於製備醫藥組合物且應為醫藥純淨並在所用量下無毒之賦形劑。其通常為合計可充當活性成分之媒劑或介質之固體、半固體或液體物質。醫藥學上可接受之賦形劑之一些實例見於Remington’s Pharmaceutical Sciences and the Handbook of Pharmaceutical Excipients中，且包括稀釋劑、媒劑、載劑、持續釋放基質、穩定劑、防腐劑、溶劑、懸浮劑、緩衝劑、乳化劑、染料、推進劑、包衣劑及其他賦形劑。總體上對於注射或靜脈內投與，本發明之UTI融合蛋白質呈凍乾調配物或水溶液形式。

醫藥學上可接受之賦形劑在所用劑量下對接受者無毒，且包括：緩衝劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(諸如氯化十八烷基二甲基苯甲基銨；氯化六羥季銨；氯化苯甲烴銨；苄索氯銨；苯酚、丁醇或苯甲醇；對羥基苯甲酸烴酯，諸如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚(catechol)；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(少於約10個殘基)多肽；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、二醣及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成鹽相對離子，諸如鈉；金屬錯合物(例如Zn-蛋白質錯合物)；及/或非離子界面活性劑，諸如TWEEN^TM、PLURONICS^TM或聚乙二醇(PEG)。

本文中之醫藥組成物亦可含有所治療之特定適應症所需要之一種以上活性化合物，較佳為具有互補活性且不會對彼此有不利影響者。此等分子適當地以對預期之目的有效之量組合存在。

欲活體內投與之醫藥組成物應當無菌或接近無菌。此可藉由經無菌過濾膜過濾來輕易達成。

本發明之UTI融合蛋白質根據已知方法投與至受試者，該等已知方法諸如作為丸劑形式或經連續輸注一段時間之靜脈內投與、藉由肌肉內、腹膜內、腦脊髓內、皮下、關節內、滑膜內或鞘內注射或輸注，或藉由局部或吸入途徑。UTI融合蛋白質之靜脈內或皮下投與係較佳。

術語「治療(treat/treatment/treating)」包括改善本文所述之病狀。術語「治療」包括提供減緩、間斷、遏止、控制或停止本文所述之病狀之狀態或進展之所有過程，但未必指示完全消除病狀之所有症狀或治癒病狀。術語「治療」意欲包括治療性治療此等病症。術語「治療」意欲包括防治性治療此等病症。

如本文所用，術語「患者」及「受試者」包括人類及非人類動物，例如哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、天竺鼠、狗、貓、兔、母牛、馬、綿羊、山羊及豬。該術語亦包括禽類、魚類、爬行動物、兩棲動物及其類似物。應瞭解更特定患者為人類。此外，更特定患者及受試者為非人類哺乳動物，諸如小鼠、大鼠及狗。

如本文所用，術語「有效量」係指在投與單次或多次劑量後，本發明化合物治療罹患提及之病狀之患者的量。有效量可易於由如熟習此項技術者之照護診斷醫師諸如醫師或獸醫藉由使用已知技術及藉由觀測在類似情況下獲得之結果來確定。例如，醫師或獸醫可以低於達成所要治療作用之所需位準之位準起始醫藥組合物中採用之藥劑之劑量且逐步增加劑量直至達成所要作用。

在確定有效量，即劑量時，照護診斷醫師考慮許多因素，包括但不限於：患者之物種；其身材、年齡及一般健康狀況；涉及之特定病狀、病症或疾病；病狀、病症或疾病之程度或牽連或嚴重性；個別患者之反應；投與之特定化合物，亦即融合蛋白質；投藥模式；投與之製劑之生物可用度特徵；所選劑量方案；相伴藥物之使用；及其他相關情況。特定量可由熟練人士確定。雖然此等劑量係基於具有約60kg至約70kg之平均質量的人類受試者，但醫師將能夠確定用於質量落在此重量範圍外之患者(例如，嬰兒)之適當劑量。

調節劑量方案以提供所需反應。例如，可投與單次丸劑，可隨時間投與幾次分開劑量，或者可按照治療情形之緊張程度所指示，按比例減少或增加劑量。

為投與方便及劑量均勻，不經腸組合物可調配成劑量單位形式。本文使用之劑量單位形式係指對於欲治療之受試者適合作為單位劑量之物理離散單位；每一單位含有經計算產生所要治療作用之預定量活性化合物即融合蛋白質與所需醫藥載劑結合。

本發明醫藥組合物較佳以單位劑型調配，其中各劑通常含有約0.5mg至約100mg本發明UTI融合蛋白質。術語「單位劑型」係指含有預定量之活性成分以及適合醫藥賦形劑之物理個別單元，在整個給藥方案期間使用一或多個該物理個別單元來產生所要治療效應。可採用一或多個「單位劑型」以實現治療劑量。

用於本發明之UTI融合蛋白質之有效量之示例性、非限制性範圍為約0.1-100mg/kg，如約0.1-50mg/kg，例如約0.1-20mg/kg，如約0.1-10mg/kg，例如約0.5mg/kg，約如0.3mg/kg，約1mg/kg，或約3mg/kg。在另一實施例中，UTI融合蛋白質以1mg/kg或更多之劑量，如1至20mg/kg之劑量，例如5至20mg/kg之劑量，例如8mg/kg之劑量投與。用於本發明之UTI融合蛋白質之有效量之示例性、非限制性範圍為約1-500mg/劑量，如約1-100mg/劑量，例如約1-50mg/劑量，如約1-10mg/劑量，例如約1mg/劑量，或約3mg/劑量，或約5mg/劑量。

在一實施例中，UTI融合蛋白質藉由輸注以每3天或每週10至500mg/劑量之劑量投與。必要時，此投與可重複以保持所需治療效應。

作為非限制性實例，根據本發明之治療可以每天約0.1-100mg/kg，諸如0.5、0.9、1.0、1.1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、45、50、60、70、80、90或100mg/kg之量作為UTI融合蛋白質之每日劑量，於治療起始後第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40天中之至少一者，或者第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20週中之至少一者，或其任何組合來提供。作為非限制性實例，根據本發明之治療可以以約1-100mg/劑量，如1、5、10、20、30、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350或400mg/劑量之量提供UTI融合蛋白質劑量。於治療起始後第1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40天中之至少一者，或其任何組合。或者第1、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100週中之至少一者，或其任何組合。

本發明之UTI融合蛋白質適用於各種應用，包括治療UTI相關疾病。本發明之UTI融合蛋白質可適用於治療涉及免疫系統之疾病、自身免疫疾病、炎症疾病、手術後炎症響應、溶酶體相關疾病、凝血疾病蛋白酶相關疾病以及作為手術期間之輔助療法。本發明之UTI融合蛋白質可適用於治療胰腺炎(包括內窺鏡檢查誘導胰腺炎及急性胰腺炎)，關節炎，SARS，全身炎症反應症候群，急性循環衰竭，敗血症，肝炎，闌尾炎，結腸炎，器官衰竭，器官損傷(包括胰腺、腎臟、肺)，再灌注損傷，斯蒂文斯-約翰遜症候群，毒性表皮壞死溶解，休克，缺血性損傷，急性肺損傷(包括由急性主動脈夾層造成者)，哮喘，肺炎症，肺炎(包括呼吸器相關者)，彌散性血管內凝血(DIC)，急性呼吸窘迫症候群(ARDS)，及全身炎症反應症候群。

本發明之UTI融合蛋白質可適用於抑制蛋白酶，包括絲胺酸蛋白酶，包括胰蛋白酶，胰凝乳蛋白酶，凝血酶，激肽釋放酶，胞漿素，彈性蛋白酶，組織蛋白酶，脂肪酶，透明質酸酶，因子IXa、Xa、XIa及XlIa，及分葉核白細胞彈性蛋白酶。

本發明之UTI融合蛋白質可適用於抑制促炎性介體，如細胞因子，腫瘤壞死因子-α，白介素-1，-1β，-4，-6及-8，-10及趨化因子。

本發明之UTI融合蛋白質可適用於治療癌症，包括預防腫瘤侵入及轉移，改變細胞凋亡速率，及在順鉑治療中減少腎功能損失。

本發明之UTI融合蛋白質可適用於治療AIDS，包括作為輔助治療。

實例

以下為執行本發明之具體實施例之實例。提供實例僅係為說明性之目的，而非打算以任何方式限制本發明之範疇。已努力確保關於所用數值(例如量、溫度等)之準確性，但應慮及一些實驗誤差及偏差。除非另外指示，本發明之實踐使用此技術之技能範圍內之蛋白質化學、生物化學、重組DNA技術及藥理學之習知方法。此類技術在文獻中得到完全解釋。參見例如T.E.Creighton,Proteins：Structure and Molecular Properties(W.H.Freeman and Company,1993)；A.L.Lehninger,Biochemistry(Worth Publishers,Inc.)；Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory J\lanual(第2版，1989)；Methods In Enzymology(S.Colowlck及N.Kaplan編，Academic Press,Inc.)；Remington’s Pharmaceutical Sciences，第18版(Easton,Pennsylvania：Mack Publishing Company,1990)；Carey及Sundberg Advanced Organic Chemistry第3版(Plenum Press)第A及B卷(1992)。

實例1：構築編碼UTI融合蛋白質之DNA載體。

執行分子生物學之方法在此項技術中為已知的並且可發現例如於Molecular Cloning：A laboratory Manual第4版(Micheal Green及Joseph Sambrook,Cold Spring Harbor Press,2012)中。

編碼UTI-Fc1之基因使用來自Life Technologies(Carlsbad,CA)之GeneArt密碼子優化基因合成服務來定序。蛋白質序列如SEQ ID NO：1中列出，其中添加信號肽，MGWSCIILFLVATATGVHS，用於分泌。圖1示出用於融合之UTI之一般區域。編碼UTI-Fc1之基因連接至哺乳動物表現載體中。哺乳動物表現載體在此項技術中為已知的，包括pSecTag2/HygroA、pcDNA4及pcDNA6載體(Life Technologies,Carlsbad CA)。載體用限制酶，來自New England Biolabs(NEB)之HindIII-HF及EcoRI來消化。此片段連接至表現載體，其提供羥苄青黴素抗性並且用相同兩個限制酶消化。1：3之載體：插入物莫耳比用於連接反應。將連接DNA轉化至來自NEB之10-β化學感受態大腸桿菌細胞中，且塗覆於LB-羥苄青黴素板上生長隔夜。集落在LB中與羥苄青黴素一起生長隔夜並且miniprep DNA藉由Qiagen’s QIAprep Spin Miniprep套組(Qiagen,Hilden,Germany)製備。然後，DNA使用來自Bio Applied Technologies Joint(BATJ,San Diego)之DNA測序服務來測序。隨後，序列驗證集落與羥苄青黴素一起生長於LB培養基中，使用BenchPro2100儀器及來自Life Technologies之MaxiCard來進行DNA純化。

實例2：構築編碼UTI-Fc融合蛋白質之變異體之DNA載體

SEQ ID NO：1-28列出一些UTI-Fc融合蛋白質之DNA及蛋白質序列。此等UTI融合蛋白質包括修飾，該等修飾改變Ig同種型、連接子、UTI域、UTI及Fc域順序(N-或C-末端)、UTI物種、Fc物種、UTI開始/終止殘基、糖連接、蛋白酶敏感位點及Fc效應功能。一些UTI-Fc蛋白質描繪於圖2及3中。包括Ser之三個胺基酸修飾(IgG1 Fc3Ser,C154S/P172S/P265S)之UTI-Fc融合蛋白質包括改變二硫鍵形成及FcγR功能之突變。

產生UTI-Fc表現構築體

將UTI(例如野生型、S10A及K21SK22S變異體)及人Fc3Ser域之核苷酸序列密碼子優化用於CHO細胞表現並且藉由Life Technologies(Carlsbad,CA)合成。藉由經由與序列及連接反應無關之選殖(SLIC)方法(Li及Elledge 2007 Nature Methods 4(3)：251-256)來裝配UTI及Fc3Ser域在CHO表現載體中建立以下構築體：UTI-Fc3Ser,UTI S10A-Fc3Ser,UTI K21S K22S-Fc3Ser,UTI m2-Fc3Ser,UTI L1-Fc3Ser,UTI L2-Fc3Ser(圖4A)。藉由將線性化載體(30ng)、UTI(100ng)及Fc3Ser(100ng)PCR產物與用於同源重組之合適突出端序列，及T4 DNA聚合酶(0.5U)在含有NEBuffer2及BSA(New England Biolabs)之5μL體積中混合來進行基於SLIC之DNA裝配。在室溫下孵育30min之後，T4 DNA聚合酶之外切核酸酶活性藉由添加2mM之dCTP來中止。然後，活體外同源重組藉由在30min內之75℃至37℃之溫度梯度來進行。含有裝配DNA之反應混合物化學轉化至TOP10大腸桿菌(Invitrogen)中，且塗覆於含有羥苄青黴素之LB-瓊脂中。將其餘構築體之開放解讀碼組(UTI m1-Fc3Ser、UTI d1-Fc3Ser、UTI d2-Fc3Ser、UTI L3-Fc3Ser、UTI-Fc IgG2、Fc3Ser-UTI，及小鼠UTI-小鼠IgG1)密碼子優化並且合成為融合構築體。此等構築體使用如上所述SLIC方法選殖至表現載體中(圖4B)。載體中之所有13個構築體之DNA序列藉由Sanger DNA測序來驗證。

實例3：在CHO細胞中表現UTI-Fc融合。

編碼UTI-Fc1之DNA載體使用Invitrogen之Freestyle MAX試劑穩定轉染至CHO-S細胞中。大量培養物塗覆至T燒瓶中並且使用補充有50-100μM範圍內之不同濃度之甲硫胺酸磺醯亞胺(MSX)的CD CHO來選擇。一旦培養物自選擇回收，將其擴增以產生及冷凍保存。進行多重產生批次以支援活體外及活體內測試。產生過程為使用來自Invitrogen之CD FortiCHO、CD Efficient Feed B及CD Efficient Feed C之10-14天分批補料培養。產生體積為1L-3L範圍內，且培養物藉由在3500rpm下離心1-2小時隨後將上清液無菌過濾來收穫並且所得細胞上清液用於純化。

實例4：純化UTI-Fc融合蛋白質。

2批次UTI-Fc1之純化藉由將所表現的UTI-Fc1施加至2.3升CHO細胞條件培養基來進行直至產生在25mM檸檬酸三鈉pH 8.1，125mM NaCl中平衡之30ml蛋白質A mAb select lx(GE healthcare)。管柱用2管柱體積(60ml)25mM檸檬酸三鈉pH 8.1，125mM NaCl，然後用2管柱體積(60ml)25mM檸檬酸三鈉pH 8.1，2000mM NaCl清洗。然後，管柱用2管柱體積(60ml)25mM檸檬酸三鈉pH 8.1，125mM NaCl平衡。UTI-Fc1用7管柱容積(210ml)梯度溶離至100% 25mM檸檬酸pH 2.9，125mM NaCl。UTI-Fc1溶離為兩個峰，近似5.5 pH下之寬闊的側接峰及近似3.5 pH下之較尖峰。然後，使用具有30K M.W.C.O.之Amicon Ultra離心濃縮機將濃的UTI-Fc緩衝液交換至TBS pH 7.4最終緩衝液(25mM三(羥甲基)胺基甲烷，130mM NaCl，2.7mM KCl pH 7.4)中。純化蛋白質產量展示於表1中並且蛋白質儲存於-80℃下以進一步使用。

實例5：表現及純化額外UTI-Fc融合蛋白質。

轉染當天，將CHO細胞計數並且以2.2x10^6活的細胞/毫升之密度接種於90%總體積900mL中並且在33℃下在搖瓶中生長直到轉染為止。將冷凍DNA解凍並且添加至PEI(聚乙烯亞胺-陽離子聚合物)及AKT。以0.625ug/l百萬細胞添加DNA。1L細胞需要1.25mg。添加的總DNA的90%為所關注的DNA=1.125mg。其餘10%為AKT(編碼抗凋亡蛋白質)=0.125mg。以2.5ug/l百萬細胞添加PEI。對於1L轉染，此為5mg。將PEI溶液添加至稀釋DNA並且在室溫下孵育15分鐘，然後將DNA複合物添加至細胞。

培養物在33℃下，5% CO2，及125rpm下生長。轉染後1至4小時，添加0.6mM丙戊酸。對於1L轉染，此為2mL之300mM儲備物。第1天，添加1：250抗凝集劑，即4mL/1L及15% v/v CD Efficient Feed C即150mL/1L。第5天及第9天，添加15% CD Efficient Feed C。

細胞上清液在第14天收穫，將細胞計數並且判定蛋白質滴度。細胞藉由在3000rpm下在4℃下30分鐘離心來旋轉沉降。上清液經由0.2微米過濾器過濾並且儲存於4℃下或冷凍於-20℃下。

純化UTI-Fc融合藉由蛋白質A層析進行。200mL細胞培養物上清液與2ml之MabSelect Sure Protein A Sepharose珠粒混合並且在4℃下振盪隔夜。然後，珠粒混合物在50ml管中在1200rpm下離心5分鐘並且將上清液丟棄。將珠粒添加至管柱並且清洗以結合緩衝液(Biorad,Hercules,CA)三次。將UTI-融合以8ml MAPS II溶離緩衝液(Biorad,Hercules,CA)溶離。添加2ml中和溶液(1M Tris-HCl pH 8)。樣本然後藉由使用Amicon Centrifugal單元(30MWCO,15mLs,Millipore)以緩衝液重複濃縮並稀釋來緩衝液交換至25mM檸檬酸，125mM NaCl，pH 5.5中。圖9列出各種UTI融合蛋白質之純化結果。

實例6：藉由UTI融合蛋白質抑制蛋白酶

胰蛋白酶藉由UTI-Fc融合蛋白質來抑制的活體外酶法檢定

各種濃度(

200nM最終濃度)之UTI-Fc1溶液在50mM HEPES,150mM NaCl,20mM CaCl2及0.01% Brij L23,pH 7.4中製備。活性檢定在Greiner384-孔小體積板中執行。所有步驟在周圍溫度下進行。

人類胰腺胰蛋白酶(1.5nM最終濃度)(Athens Research & Teclnology,Inc)添加至稀釋液，然後與測試UTI-Fc15一起預孵育分鐘。隨後，反應以100μM(最終)基質Nα-苯甲醯基-L-精胺酸-7-醯胺基-4-甲基香豆素鹽酸鹽SIGMA B7260-25MG開始。反應混合物總體積為20μl。胰蛋白酶活性經由螢光來判定。舉例而言，螢光強度在30至60分鐘之窗口內、在BMG PHERAstar FS或PHERAstar plus上使用370nm之激發波長及470nm之發射波長在動力學模式下判定。胰蛋白酶活性與所觀察到的螢光線性成比例地變化(最終-初始)。在給定UTI-Fc濃度下之胰蛋白酶之抑制百分比定義為：抑制百分比=100 *(1-((Fi-Fp)/(Fn-Fp)))

其中：Fi為在測試UTI-Fc之給定濃度下所觀察到的螢光。

Fp為陽性對照之所觀察到的螢光，即不存在胰蛋白酶時的2至6個檢定之平均值。

Fn為陰性對照之所觀察到的螢光，即在存在單獨載體時的胰蛋白酶之2至6個檢定之平均值。

測試化合物，即，融合蛋白質之IC50(產生50%抑制之化合物，即，融合蛋白質之莫耳濃度)藉由方程抑制百分比=底部+((頂部-底部)/(1+((IC50/[UTI-Fc])^Hill)))之非線性最小平方曲線擬合來計算。包含在UTI-Fc之圖內者為一個陽性對照。如圖5展示，人UTI具有~3nM之IC50。

其他蛋白酶藉由UTI-Fc1之抑制之測量亦量測於Reaction Biology Corporation(Malvern,PA)。圖6展示UTI-Fc1對於胰凝乳蛋白酶之抑制。圖7列出UTI-Fc1對於各種蛋白酶之抑制常數。UTI-Fc1適度地抑制胰凝乳蛋白酶及胞漿素並且示出胱冬酶-1、組織蛋白酶C及木瓜蛋白酶之微弱抑制。

實例7：用UTI融合蛋白質治療之細胞效應

細胞因子釋放之UTI-Fc1抑制在基於細胞的檢定中量測。BEAS2B細胞以20,000細胞/孔之密度接種於96孔板中並且使用完整BEGM Bullet Kit(Lonza)在CO2恆溫箱中培養。24小時之後，培養基置換為普通DMEM以隔絕氧氣並且將細胞培養隔夜。然後細胞與含有100nM胰蛋白酶與各種濃度人尿液UTI或重組UTI-Fc1蛋白質之新製普通DMEM一起孵育。8小時之後，將培養上清液收集並且IL-6蛋白質位準使用人IL-6DuoSet(R&D Systems)來評估。

結果證明在BEAS2B細胞中，UTI及UTI-Fc均降低胰蛋白酶誘導之IL-6產生。如圖8展示，抑制為劑量依賴性的，其中IC50值分別為0.40及0.41μg/mL。

實例8

UTI-Fc分子之穩定性量測-熱變性

執行檢定來量測熱及即時穩定性。所有分子在胰蛋白酶抑制中展示活性。熱穩定性藉由在Microcal VP-DSC量熱計上差示掃描量熱法來量測。樣本以1mg/ml製備並且在0.25mM Tris pH7.4,0.13M NaCl及0.0027M KCl中緩衝。樣本以每小時200℃之速率自25℃加熱至110℃。將UTI-Fc1與分別包含IgG2或IgG1 Fc域之申請公開案第CN 103044554 A號，SEQ ID 2及6比較。結果呈現於表2中。

實例9

實時穩定性量測

即時穩定性量測藉由在TBS，pH7.4緩衝液中將SEQ ID NO：1(UTI-Fc1)或CN 103044554 A，SEQ ID 2或6在2-8℃及40℃下孵育0、2及4週來執行。較高及較低分子量物質之形成藉由體積排除層析(SEC)來判定並且以聚丙烯醯胺凝膠電泳(PAGE)來觀測。每個UTI-Fc之濃度亦藉由使用藉由蛋白質組成來判定之消光係數來判定280nm下之溶液之吸光率(A280)來監測。當藉由SEC分析時，UTI-Fc分子產生兩個部分重疊峰。藉由SEC量測之每個UTI-Fc樣本中之峰面積百分比在表3中在時間=0週、2週及4週來報告。亦展示在時間=2週及4週時藉由A280(%△(mg/ml))量測之濃度之變化百分比。每個樣本之初始T0濃度為UTI-Fc1=33.5mg/mL，CN 103044554 A SEQ ID 2=8.5mg/mL及CN 103044554 A SEQ ID 6=5.6mg/mL。3%之可變性對於SEC為典型的並且對於個別UV量測為15%。藉由PAGE之分析顯示每個UTI-Fc分子顯示全長UTI-Fc之預期帶型。

實例10

補體抑制之活體內測試

在活體內量測UTI-Fc1(SEQ ID NO：1)對於補體系統之影響。雌性C3h/HeJ小鼠購自Jackson Laboratories。動物根據實驗設計表4來給藥。在零時給予LPS後15分鐘，將動物腹膜內注射(100ul/小鼠)。在LPS注射後2及4小時，將動物藉由CO2超劑量來安樂死並且藉由心臟穿刺來收集血液。將血液轉移至血清分離微管並且使其在室溫下凝結30分鐘。隨後，微管在12,000rpm下離心5分鐘並且將血清移除並且分裝至96孔板。迷迭香酸用作陽性對照並且以3mg/ml用於鹽水。96孔板在-20℃下冷凍。血清樣本藉由duoset對C5a含量進行分析。統計顯著性使用Prism製圖軟體來判定並且若p<0.05，則作用視為統計上顯著。如圖10展示，在LPS給藥後4小時，SEQ ID NO：1(UTI-Fc1)在20、50及100mg/kg下顯著降低C5a。

【序列表】

序列表

SEQ ID NO：1 UTI-Fc 1蛋白質序列

SEQ ID NO：2 UTI-Fc 1 DNA序列

SEQ ID NO：3 UTI-Fc IgG1 3Ser蛋白質序列

SEQ ID NO：4 UTI-Fc IgG1 3Ser DNA序列

SEQ ID NO：5 UTI-Fc IgG2 Ser蛋白質序列

SEQ ID NO：6 UTI-Fc IgG2 Ser DNA序列

SEQ ID NO：7 UTI-Fc IgG2蛋白質序列

SEQ ID NO：8 UTI-Fc IgG2 DNA序列

SEQ ID NO：9 UTI-Fc IgG1 3Ser S10A蛋白質序列

SEQ ID NO：10 UTI-Fc IgG1 3Ser S10A DNA序列

SEQ ID NO：11 UTI-Fc IgG1 3Ser m2蛋白質序列

SEQ ID NO：12 UTI-Fc IgG1 3Ser m2 DNA序列

SEQ ID NO：13 UTI-Fc IgG1 3Ser m1蛋白質序列

SEQ ID NO：14 UTI-Fc IgG1 3Ser m1 DNA序列

SEQ ID NO：15 UTI-Fc 1gG1 3Ser連接子3蛋白質序列

SEQ ID NO：16 UTI-Fc IgG1 3Ser連接子3 DNA序列

SEQ ID NO：17 UTI-Fc IgG1 3Ser連接子2蛋白質序列

SEQ ID NO：18 UTI-Fc IgG1 3Ser連接子2 DNA序列

SEQ ID NO：19 UTI-Fc IgG1 3Ser連接子1蛋白質序列

SEQ ID NO：20 UTI-Fc IgG1 3Ser連接子1 DNA序列

SEQ ID NO：21 UTI-Fc IgG1 3Ser K21S K22S蛋白質序列

SEQ ID NO：22 UTI-Fc IgG1 3Ser K21S K22S DNA序列

SEQ ID NO：23 UTI-Fc IgG1 3Ser d2蛋白質序列

SEQ ID NO：24 UTI-Fc IgG1 3Ser d2 DNA序列

SEQ ID NO：25 UTI-Fc IgG1 3Ser d1蛋白質序列

SEQ ID NO：26 UTI-Fc IgG1 3Ser d1 DNA序列

SEQ ID NO：27 mUTI-mFc mIgG1蛋白質序列

SEQ ID NO：28 mUTI-mFc mIgG1 DNA序列

SEQ ID NO：29 Fc IgG1 3Ser UTI蛋白質序列

SEQ ID NO：30 Fc IgG1 3Ser UTI DNA序列

SEQ ID NO：31 hUTI蛋白質序列

SEQ ID NO：32 AMBP前原蛋白序列

SEQ ID NO：33 SGGGGS

SEQ ID NO：34 SGGGGSGGGGS

SEQ ID NO： 35 SGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：36 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：37 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：38 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：39 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：40 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：41 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：42 SGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO：43 GSGGGSGGGGSGGGGS

<110> 日商武田藥品工業有限公司(TAKEDA PHARMACEUTICAL COMPANY LIMITED) 德商武田公司(TAKEDA GMBH)

<120> UTI融合蛋白質

<140> TW104127393

<141> 2015-08-21

<150> PCT/US2015/017152

<151> 2015-02-23

<150> 61/943,617

<151> 2014-02-24

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<213> 人工序列

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<213> 人工序列

<220>

<221> 來源

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<400> 49

Claims

一種經分離的尿胰蛋白酶抑制劑(UTI)融合蛋白質，其包含SEQ ID NO：1。
一種經分離的UTI融合蛋白質，其包含SEQ ID NO：1之胺基酸1至149連接至野生型Fc域，其中該Fc域排除第一恆定區免疫球蛋白域，或其不含有一或多個取代之片段。
如請求項1或2之經分離的UTI融合蛋白質，其中該UTI融合蛋白質為二聚物，該二聚物包含Fc域或其片段，其為共價締合。
如請求項1或2之經分離的UTI融合蛋白質，其中該Fc域係選自由IgG1、IgG2及IgG4 Fc域組成之群。
如請求項4之經分離的UTI融合蛋白質，其中該Fc域為IgG1 Fc域。
一種醫藥組成物，其包含如請求項1至5中任一項之經分離的UTI融合蛋白質及醫藥學上可接受之賦形劑。
一種如請求項1至5中任一項之經分離的UTI融合蛋白質之用途，其係用於製備治療UTI相關病狀的藥物。
如請求項7之用途，其中該UTI相關病狀係選自由胰腺炎、內窺鏡檢查誘導胰腺炎、急性胰腺炎、關節炎、SARS、全身炎症反應症候群、急性循環衰竭、敗血症、肝炎、闌尾炎、結腸炎、器官衰竭、器官損傷、胰腺損傷、腎臟損傷、肺損傷、再灌注損傷、斯蒂文斯-約翰遜症候群、毒性表皮壞死溶解、休克、缺血性損傷、急性肺損傷、由急性主動脈剝離造成之肺損傷、哮喘、肺炎症、肺炎、呼吸器相關之肺炎、彌散性血管內凝血及急性呼吸窘迫症候群。
一種核酸，其包含編碼SEQ ID NO：1之多核苷酸序列。
一種核酸，其包含編碼如請求項1至5中任一項之經分離的UTI融合蛋白質。
一種表現載體，其包含如請求項9或10之核酸。
一種重組寄主細胞，其包含如請求項11之表現載體。
如請求項12之重組寄主細胞，其中該細胞係選自由哺乳動物細胞、昆蟲細胞、大腸桿菌細胞、酵母細胞及植物細胞組成之群。
如請求項13之重組寄主細胞，其中該哺乳動物細胞係選自由中國倉鼠卵巢(CHO)細胞、HEK 293細胞、NSO細胞、HeLa細胞、幼倉鼠腎臟(BHK)細胞、猴腎臟細胞(COS)及人肝細胞癌細胞組成之群。
一種生產UTI融合蛋白質之方法，該方法包括將如請求項12之重組寄主細胞放置於生長培養基中，以使得該重組融合蛋白質得以表現，且將該重組融合蛋白質自該細胞或生長培養基分離。