TWI674108B - 索脊瘤之以酵母菌爲基礎之免疫療法 - Google Patents

索脊瘤之以酵母菌爲基礎之免疫療法 Download PDF

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Timothy C. Rodell
大衛 艾佩連
David Apelian
克勞蒂雅 潘拉娜
Claudia PALENA
傑佛瑞 史庫倫
Jeffrey Schlom
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美商環球免疫公司
Globeimmune, Inc.
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Abstract

本發明揭示治療或預防索脊瘤之方法，其包括投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之步驟。以酵母菌為基礎之免疫治療組合物較佳包含短尾突變體抗原。

Description

索脊瘤之以酵母菌為基礎之免疫療法 相關申請案之交叉參考
本申請案主張2013年3月19日申請之美國臨時申請案第61/803,332號之35 U.S.C.119(e)下之優先權。2013年3月19日申請之美國臨時申請案第61/803,332號之全部揭示內容均以引用的方式併入本文中。
政府權利
由美國國家衛生研究院(衛生及人類服務部門之機構)在執行合作研究及開發協議中創建本發明。政府對本發明享有某些權利。
關於聯合研究協議之說明
本發明藉由或代表2008年5月8日執行之合作研究及開發協議之當事人製得。合作研究及開發協議之雙方為：GlobeImmune,Inc.及美國衛生及人類服務部門(如由國家癌症研究所(美國國家衛生研究院之研究所、中心或分部)代表)。
序列表參考
本申請案含有藉由EFS-Web作為文本文件以電子方式提交之序列表。名為「7797-2-PCT_ST25」之文本文件具有76KB位組大小且於2014年3月14日記錄。該文本文件中所含資訊依據37 CFR § 1.52(e)(5)以全文引用的方式併入本文中。
本發明大體上係關於用於預防及/或治療索脊瘤之以酵母菌為基 礎之免疫治療劑組合物及方法。
索脊瘤為罕見的骨癌，主要為由脊索之胚胎殘留產生為侵略性，局部侵襲性及具有不良預後之脊椎(Chugh等人，2007,The Oncologist 12：1344-1350)。相比於女性其更常發生在男性中(60%相對於40%)，其中59歲之診斷的中值年齡，其發病率通常隨年齡呈漸進式增加(McMaster等人，2001,Cancer Causes Control 12：1-11)。儘管文獻中經常錯誤引用傾向於骶尾區域，但來自SEER資料庫之400例最全面的族群分析指出索脊瘤幾乎同樣分佈於薦骨(29.2%)、顱底(32%)及活動脊椎(32.8%)之間(McMaster等人，出處同上；Walcott等人(2012)Lancet Oncol 13：e69-76)。在此研究中，中位生存期為6.29年，其中在所有種族及性別中5年、10年及20年存活率分別突然降至68%、40%及13%(McMaster等人，同前文獻)。但是，重要的是應注意作者確認在之後的22年調查中，經診斷及經治療之患者具有顯著提高之生存期，且假設此為改進手術及輻射技術之結果。四個稍後(較小)研究支持此假設，總共230個受試者其中82%及57%具有5年及10年總生存期(Ferraresi等人(2010),BMC Cancer 10：22(表4)；Stacchiotti等人(2010),Ann Surg Oncol 17(1)：211-9)。
美國索脊瘤發病率為每100,000有0.08例，從而導致每年產生約250例新U.S.病例(McMaster等人，同前文獻；2013年1月1日美國人口普查局估計美國人口(315,091,138))。歐洲-27(EU)之發病率類似於美國，從而導致每年產生約400例新EU病例(索脊瘤基金會網站，2013年；2012年1月1日歐洲委員會歐盟統計局資料庫EU-27人口(503,700,000))。在平均生存期約為10年之情況下，索脊瘤之流行率為每一百萬約8例或在美國約2500及在EU為4000。其他區域之索脊瘤之發病率及流行率未知。
索脊瘤為惰性的且生長緩慢，因此其通常在臨床上無症狀直至疾病後期。索脊瘤在最初呈現時通常呈現非轉移性的，僅5%展示轉移至肺、骨、皮膚及腦。與疾病之局部進展相比，患者存活率似乎較少受遠端轉移影響。局部進展顯現為死亡率之最重要預測值，且最初切除術之程度已變為獲得治癒機會之最重要的因素(Walcott等人，同前文獻)。
著重於保護神經，繼之以輔助性輻射療法之侵略性手術切除術為治療此疾病之標準。具有寬手術切緣之侵略性整塊手術切除術已實質上提高疾病復發之局部控制(Hsieh等人(2009),Spine 34：2233-39；Stacchiotti等人，同前文獻；Tzortzidis等人(2006),Neurosurgery 59(2)：230-7)。但是，腫瘤本身複雜的移除並不為令人滿意的治療目標；當評估手術結果時保護患者之神經功能及生活品質亦必須為優先的。術後殘餘之任何腫瘤尤其當體積較小時，係經輻射療法管理。目前，在約50%薦骨索脊瘤中可進行完整切除術，而脊椎及顱底索脊瘤之比率則低得多(Walcott等人，同前文獻)。而單獨輻射療法已證實為無效的，似乎已形成共識以強子為基礎之輔助性輻射療法在單獨的手術過程中提供額外優點，5年局部控制率為50-60%(Walcott等人，同前文獻)。
索脊瘤通常對習知的化學療法不敏感，正如預期所提供索脊瘤之緩慢的生長性質(Azzarelli等人(1988),J Surg Oncol 37(3)：185-91)。但是，有限的病例報告已提出去分化之脊索瘤可對侵略性化學療法敏感(Fleming等人(1993),Cancer 72：714-18)。索脊瘤之分子特徵已揭示此等腫瘤過表現PDGF受體A及B以及KIT受體。因此已在索脊瘤患者中嘗試諸如伊馬替尼(imatinib)及舒尼替尼(sunitinib)之若乾酪胺酸激酶抑制劑。迄今為止獲得之最佳結果為經舒尼替尼治療，44%患有索脊瘤之患者(4/9)持續16週病情穩定(Merriam等人(2009),J Clin Oncol 27：3154-60)。
精確診斷基於脊椎及顱骨之腫瘤為重要的。短尾突變體(Brachyury)已變為鑑別索脊瘤之生物標記。當與細胞角蛋白染色組合時，用於偵測索脊瘤之靈敏度及特異性分別為98%及100%(Oakley等人(2008),Mod Path 21,1461-1469)。短尾突變體(亦稱為「T」)為中胚層轉錄因子及基因之T-box複合物之成員，在脊椎動物之早期發育以及後部中胚層形成及分化及中軸發育中起作用(參見例如Wilkinson等人，1990,Nature 343(6259)：657-659)；Beddington等人，1992,Development(增刊)：157-165；Schulte-Merker等人，1994,Development 120：1009-1015；Kispert及Herrmann,1994,Dev.Biol.161：179-193；Showell等人，2004,Dev Dyn 229：201-218)。最近，Palena及同事已證明短尾突變體在多種人類腫瘤組織及癌細胞株中表現(Palena等人，2007,Clin.Cancer Res.13(8)：2471-2478)。Fernando等人研究已展示短尾突變體促進人類腫瘤細胞中上皮間葉細胞轉化(EMT)，從而賦予腫瘤細胞間葉細胞表型以及遷移性及侵襲性能力，同時使腫瘤細胞週期進程衰減(Fernando等人，2010,J.Clin.Invest.120(2)：533-544)。因此短尾突變體參與癌症之轉移性進程。但是在索脊瘤中，短尾突變體似乎更廣泛地參與疾病之所有階段。在患有家族性及偶發性索脊瘤之患者中，研究已確定短尾突變體之共同基因複製(Yang等人，Nat Genet 2009；41：1176-78)。
儘管在最初治療時盡最大努力，但大部分索脊瘤將復發或發展。同時許多患者選擇進行複雜的再次手術，儘管所有病變部位之發病率為高的，但關於復發性病變之治療方案及結果極少有報導。預先輻射治療通常限制安全重新照射之能力以及引起隨後手術之發病率增加。因此在本領域中需要用於治療索脊瘤之經改良之治療方法。另外，考慮到存在家族性索脊瘤，因此在本領域中需要用於預防索脊瘤 之選項或延緩家族性索脊瘤發作或改善家族性索脊瘤結果之選項。
本發明之一實施例係關於治療患有索脊瘤之個體中之索脊瘤的方法。該方法包括向患有索脊瘤個體投與免疫治療組合物之步驟，該組合物包含：(a)酵母菌媒劑及(b)包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原。本發明之另一實施例係關於在患有索脊瘤個體中使用包含酵母菌媒劑及包含至少一種針對索脊瘤之短尾突變體抗原之癌抗原的免疫治療組合物。本發明之又一實施例係關於使用包含酵母菌媒劑及包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原的免疫治療組合物以預防或延緩索脊瘤發作。
在本發明之此等實施例之一個態樣中，個體為患有不可切除、局部復發病變之個體。在一個態樣中，病變之局部復發發生在投與免疫治療組合物前的3個月與9個月之間。在一個態樣中，個體為患有寡轉移性疾病之個體。在再一態樣中，個體為患有不可切除病變或可切除病變之初次復發之個體。在又一態樣中，個體為患有轉移性疾病之個體。
在上述態樣中之任一者中，個體係經治療或已經用於癌症之另一療法治療。在上述態樣中之任一者中，療法為輻射療法。可在投與免疫治療組合物之前施以輻射療法，在投與免疫治療組合物同時施以及/或繼投與免疫治療組合物之後施以。在上述態樣中之又任一者中，療法亦可包括腫瘤切除術。在上述態樣中之又任一者中，療法亦可包括化學療法。在上述態樣中之又任一者中，療法可包括藥物靶向療法。在一個態樣中，藥物靶向療法係選自酪胺酸激酶抑制劑、EGFR抑制劑及STAT3抑制劑之療法。在上述態樣中之又任一者中，療法可包括投與一或多個額外免疫治療組合物。在一個態樣中，額外免疫治療組合物為酵母菌媒劑及除短尾突變體抗原以外之抗原。在再 一態樣中，額外免疫治療組合物為酵母菌媒劑及選自表皮生長因子受體(EGFR)、血小板衍生生長因子(PDGF)受體、kit受體、CD24、II型& X膠原蛋白、纖維結合蛋白、母系蛋白3(MATN3)、高分子量-黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)、基質金屬蛋白酶MMP-9及MMP-19之抗原。
本發明之另一實施例係關於預防患有家族性索脊瘤病史之個體中之索脊瘤、延緩索脊瘤發作或改善索脊瘤結果之方法。方法包括向患有家族性索脊瘤病史之個體投與免疫治療組合物之步驟，該組合物包含：(a)酵母菌媒劑及(b)包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原；其中在投與時個體尚未診斷為患有索脊瘤。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例或態樣的一個態樣中，短尾突變體抗原為全長人類短尾突變體。在一個態樣中，短尾突變體抗原並非全長短尾突變體。在一個態樣中，短尾突變體抗原具有由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：2表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2至少95%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至255位與C端之間的胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至430位與C端之間的胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之246位至254位的胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：6之2-435位或與SEQ ID NO：6至少95%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：18之2-435位或與SEQ ID NO：18至少95%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：2之2-435位或與SEQ ID NO：2至少95% 一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：6之2-435位或與SEQ ID NO：6至少99%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：18之2-435位或與SEQ ID NO：18至少99%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：2之2-435位或與SEQ ID NO：2至少99%一致之胺基酸序列。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例或態樣的一個態樣中，癌抗原為融合蛋白質。在一個態樣中，融合蛋白質具有由SEQ ID NO：8表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：8至少95%一致之胺基酸序列。在一個態樣中，融合蛋白質具有由SEQ ID NO：20表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：20至少95%一致之胺基酸序列。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例或態樣的上述態樣中之任一者中，酵母菌媒劑為全酵母菌。在上述態樣中之任一者中，全酵母菌為殺死的。在上述態樣中任一者中，全酵母菌為加熱失活。在上述態樣中之任一者中，酵母菌表現抗原。在上述態樣中之任一者中，酵母菌來自選自由酵母(Saccharomyces)、假絲酵母(Candida)、隱球酵母(Cryptococcus)、漢森酵母(Hansenula)、克魯維酵母(Kluyveromyces)、畢赤酵母(Pichia)、紅酵母(Rhodotorula)、裂殖酵母(Schizosaccharomyces)及耶氏酵母(Yarrowia)組成之群之屬。在一個態樣中，酵母菌來自酵母。在一個態樣中，酵母菌來自釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例的上述態樣中之任一者中，組合物係在適用於藉由注射投與受試者之醫藥學上可接受之賦形劑中調配。在上述態樣中之任一者中，按約0.1 Y.U.至約100 Y.U.之劑量將免疫治療組合物投與受試者。在上述態樣中之任一者中，按約10 Y.U.至約80 Y.U.之劑量將免疫治療組合物投與個體。 在上述態樣中之任一者中，按2 Y.U.、40 Y.U.或80 Y.U.之劑量將免疫治療組合物投與個體。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例的上述態樣中之任一者中，每週投與免疫治療組合物。在上述態樣中之任一者中，每隔一週投與免疫治療組合物。在上述態樣中之任一者中，每月投與免疫治療組合物。在上述態樣中之又任一者中，持續5週每週投與繼之以每月投與免疫治療組合物。在上述態樣中之又任一者中，持續7輪治療按每隔兩週投與繼之以每月投與免疫治療組合物。在上述態樣中之任一者中，在個體上一個以上部位投與免疫治療組合物以形成單次劑量。
在上文或本文其他地方所述之本發明之任何實施例的上述態樣中之任一者中，在進行如上文或其他地方所述用於癌症之另一療法同時投與免疫治療組合物。
圖1展示在階段I擴張研究中個別受試者中之腫瘤量測變化，其中向7位患者投與40 Y.U.之本文所揭示之免疫治療組合物，特定言之GI-6301。在第零天左側之X軸標度不同於第零天右側之標度。
本發明總體係關於以酵母菌為基礎之免疫治療組合物及用於預防及/或治療索脊瘤之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的用途。本發明包括使用以酵母菌為基礎之免疫治療組合物(亦稱為以酵母菌為基礎之免疫治療)，其包括(但不限於)包含酵母菌媒劑及短尾突變體抗原或其免疫原性結構域之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物(在本文中亦稱為「酵母菌短尾突變體免疫療法」或「酵母菌短尾突變體免疫治療組合物」)。靶向短尾突變體之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物已在2012年9月30日公佈之PCT公開案第WO 2012/125998號中詳細 描述，該PCT公開案以全文引用的方式併入本文中。本發明人在本文中描述以酵母菌為基礎之免疫療法之特定用途，且在本發明之一個態樣中，以酵母菌為基礎之短尾突變體免疫療法用於治療索脊瘤(例如經典(或習知)、軟骨狀或去分化索脊瘤)及/或用於預防或延緩索脊瘤(例如家族性索脊瘤)發作。
習知索脊瘤為索脊瘤之最常見類型。其特徵在於缺少軟骨或額外間葉細胞組分。軟骨狀索脊瘤含有索脊瘤及軟骨瘤兩個特徵且趨於形成顱底之蝶枕區域。如2007年，此變異體占所有索脊瘤之5%-15%及占顱側索脊瘤至多35%。在2%-8%索脊瘤中出現去分化或肉瘤轉化(Chugh等人，2007,The Oncologist 12：1344-1350)。軟骨狀索脊瘤與習知索脊瘤相比往往不太具有侵略性，而去分化索脊瘤更具侵略性，生長更快且更有可能轉移(www.chordomafoundation.org)。
本發明之方法亦易於適合於使用相同酵母菌組合物內之額外腫瘤抗原或與靶向存在於索脊瘤(本文亦稱為病變)中之其他抗原的其他以酵母菌為基礎之免疫療法組合使用(依次或同時)，或與用於索脊瘤之其他治療/療法組合使用。以下詳細描述適用於索脊瘤之治療或預防之額外腫瘤抗原及額外治療/療法。
描述用於本發明之方法中的以酵母菌為基礎之免疫治療組合物誘發先天性免疫反應以及抗靶抗原(例如短尾突變體)之應變性免疫反應，該等反應包括CD4依賴性TH17及TH1 T細胞反應及抗原特異性CD8+ T細胞反應，其包括細胞毒性T淋巴細胞(CTL)反應，均不使用外源性佐劑、細胞激素或其他免疫刺激性分子，其中許多具有毒性問題。另外，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物抑制調節T細胞(Treg)數目及/或功能性，由此例如增強可通常受腫瘤之存在抑制之效應T細胞反應。此外，與藉由產生抗體反應而免疫之免疫治療組合物相比，認為藉由以酵母菌為基礎之免疫療法引起之抗原特異性，廣泛式及有 效細胞免疫反應在靶向腫瘤細胞中尤其有效。實際上，許多研究已展示當腫瘤細胞經由識別MHC I類分子情形下之腫瘤肽之CD8+ CTL靶向時，增進免疫治療方法。
以酵母菌為基礎之免疫療法高度熟練於激活抗原呈現細胞且具有跨素免疫反應之獨特能力，從而產生典型地有效抗腫瘤之CD8+ CTL反應，甚至面對其另外可為抑制性環境。如以下詳細所述，由於此類型免疫療法利用抗原呈現細胞之固有能力來呈現相關免疫原，儘管促效劑抗原決定基可包括在以酵母菌為基礎之免疫治療組合物中以進一步增強免疫反應，因此沒有必要知道靶抗原(例如短尾突變體)之CTL抗原決定基或MHC II類抗原決定基之精確特性以製造本發明之有效免疫治療劑。實際上，多種CD4+及CD8+ T細胞抗原決定基可靶向單個以酵母菌為基礎之免疫治療組合物，且因此本發明之以酵母菌為基礎之免疫療法不限於使用短肽，且實際上在此等組合物中使用較長多肽及融合蛋白質為有效的。因此藉由使用以酵母菌為基礎之免疫療法，消除使用算法及複雜配方以識別假定T細胞抗原決定基。
此外，以酵母菌為基礎之免疫療法可以免疫接種方案(預防或治療)有效使用而不使用外源性佐劑、免疫刺激性試劑或分子、協同刺激性分子或細胞激素，儘管視需要可包括該等試劑。此外，以酵母菌為基礎之免疫療法可反覆投與而不損失功效，對於其他類型之免疫療法此可為難以解決的。
用於治療或預防索脊瘤之方法
本發明之一個實施例係關於藉由向患有索脊瘤之個體(受試者)投與本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物來治療索脊瘤之方法。以下詳細描述用於索脊瘤之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物。如本文所用，為「治療」索脊瘤或其任何突變(例如「用於索脊瘤治療」等)通常係指一旦索脊瘤已出現(例如一旦已在個體中診斷或偵測到索 脊瘤)或一旦索脊瘤已復發，即投與本發明之組合物，其中治療之至少一個治療目標(與在不存在此治療之情況下相比)包括：減輕索脊瘤之至少一個症狀，諸如降低個體中之腫瘤負荷；抑制、減少、降低或衰減個體中之腫瘤生長或腫瘤生長率(腫瘤生長動力學)；增加或延長個體之生存期，其可包括總生存期及/或無進展生存期；提高腫瘤反應率(亦即，如藉由以下定義之RECIST及/或Choi所量測)；延遲、抑制、阻止或預防腫瘤復發；預防、抑制、逆轉或延遲其他組織之腫瘤遷移及/或腫瘤侵入(轉移性癌症)的發生；阻止、預防、抑制、逆轉或延遲個體中之癌症進展；改進抗藉由索脊瘤表現之腫瘤抗原之長期記憶免疫反應；增加病變對輻射療法、化學療法及/或靶向藥物療法之敏感性；及/或改進個體之總體健康。如本文所用，術語「腫瘤」就索脊瘤而言可與術語「病變」互換使用。
本發明之另一實施例係關於預防索脊瘤、抑制或延緩索脊瘤發作或改善索脊瘤結果(例如藉由增加存活率、藉由抑制癌症進展、藉由隨時間減少或控制腫瘤負荷及/或增加腫瘤對化學療法或輻射療法之敏感性)之方法。此方法包括向目前並不患有索脊瘤但易顯現或可能易顯現索脊瘤之個體投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的步驟。舉例而言，易顯現索脊瘤之個體可包括有索脊瘤家族史(本文稱作家族性索脊瘤)之個體，且因此總體上與群體相比有較高之顯現索脊瘤之風險。可能易顯現索脊瘤之個體亦可經由基因篩檢或存在良性索脊腫瘤來識別。家族性索脊瘤典型地識別為在家族中出現之索脊瘤，其中兩個或兩個以上血親患有索脊瘤病史(Yang,X.等人Int.J.Cancer.116：487-491；2005)。在家族性索脊瘤之一些狀況下，已發現獨特之短尾突變體基因複製(Yang,X.等人Nat Gen.2009,41(11)：1176-1178)。
「預防」或「防止」索脊瘤或其任何突變(例如「預防索脊瘤」 等)通常係指在索脊瘤已出現或顯現之前投與本發明之組合物，其中至少一個治療目標(與在不存在此治療之情況下相比)包括：預防或延遲索脊瘤發作或顯現或在治療之後雖然仍然會出現索脊瘤，但與在不存在該治療之情況下相比至少改善個體中之結果，包括(但不限於)減少個體中之腫瘤負荷；抑制(減少、降低、衰減)個體中之腫瘤生長或腫瘤生長率；增加(延長)個體生存期，其可包括總生存期及/或無進展生存期；提高腫瘤反應率(亦即，如藉由以下定義之RECIST及/或Choi量測)；延遲、抑制、阻止或預防腫瘤復發；預防、抑制、逆轉或延遲其他組織之腫瘤遷移及/或腫瘤侵入(轉移性癌症)的顯現；阻止、預防、抑制、逆轉或延遲個體癌症之進展；改善對由索脊瘤表現之腫瘤抗原之長期記憶免疫反應；增加腫瘤對輻射療法、化學療法及/或靶向藥物療法之敏感性；及/或改善個體之總體健康。
如上文所論述，在本發明之一個實施例中，經本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物治療改善經治療之受試者中之無進展生存期(PFS)及/或總生存期(OS)。癌症中之無進展生存期通常定義為在治療癌症期間及之後，患者忍受癌症但癌症並不惡化之時間長度，如藉由治療臨床醫生及適用於癌症之評價標準所測定。癌症中之總生存期通常定義為自診斷或開始治療之日期起無論癌症是否已發展(惡化)患者仍存活之時間長度。
在本發明之一個實施例中，經本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物治療降低腫瘤生長率(腫瘤生長率動力學)。可使用各種模型來計算腫瘤生長率，包括基於指數生長之模型(Yorke等人，1993,Cancer Research 53,2987-2993)、普遍規律模型(West等人，2001,Nature 413,628-631)及/或「加倍時間」(細胞群體達到其大小兩倍所需時間；Spratt等人，1964,Annals of surgery 159,161-171；Steele等人，1973,The Journal of thoracic and cardiovascular surgery 65,140- 151；Collins等人，1956,The American journal of roentgenology,radium therapy,and nuclear medicine 76,988-1000。
在本發明之一個實施例中，經本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物治療提高受試者中之反應率，亦即如藉由RECIST或Choi標準量測。「RECIST」係指實體腫瘤之療效評價標準且為一套界定癌症患者中之腫瘤何時改善、穩定或發展之公開指南。經RECIST定義之療效視靶向病變之大小變化而定，如藉由非侵入性成像評估測定。RECIST標準最初由包括歐洲癌症研究及治療組織(EORTC)、美國國家癌症研究所(NCI)及加拿大國家癌症研究所臨床試驗組之國際合作於2000年2月公佈。(Therasse等人，J.Natl.Cancer Inst.2000,92：205-216))且於2009年修訂，如Eisenhauer等人，Eur.J.Cancer,2009,45：228-247中所描述。如Eisenhauer等人，同前文獻中所描述，「完全有效」或CR目前定義為所有靶向病變消失，其中任何病理性淋巴結(靶向或非靶向)之短軸減少至<10mm。「部分有效」或「PR」目前定義為以基線直徑總和作為參照，靶向病變之直徑總和至少減少30%。「穩定疾病」或「SD」定義為以同時處於研究之最小直徑總和作為參照，既不充分縮小以使PR合格亦不充分增加以使PD合格。「進行性疾病」或「PD」定義為以研究之最小總和作為參照，靶向病變之直徑總和至少一增加20%。另外，總和必須亦顯示至少5mm之絕對增量。出現一或多種新病變亦視為進展。適用於非靶向病變之額外標準如Eisenhauer等人(同前文獻)中所描述。
「Choi」標準係指最初由Choi等人(J.Clin.Oncol.2007,25(13)：1753-1759)所述之一組計算出的斷層攝影術療效標準，且如藉由CT量測評估靶向病變之大小或密度變化。Choi標準亦使用CR、PR、SD及PD組將患者分類。CR定義為所有病變消失而無新病變。PR定義為在CT上大小減少>10%或腫瘤衰減降低>15%，而無新病變 及無非可量測疾病之明顯的進展。SD定義為未滿足CR、PR或PD標準且無歸因於腫瘤進展之症狀性惡化。PD定義為腫瘤大小增加>10%且在CT上腫瘤衰減並不滿足PR標準且/或具有新病變。
在本發明之一個實施例中，經本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物治療改善抗藉由索脊瘤表現之腫瘤抗原之長期記憶免疫反應。抗索脊瘤及索脊瘤腫瘤抗原之免疫反應可藉由偵測治療中CD4+及/或CD8+ T細胞出現或擴張來評價，且一般免疫激活之參數之量測包括周邊血液中之免疫細胞亞群(CD8+記憶/效應T細胞、CD4+記憶/效應T細胞、Treg、NK細胞、DC)之頻率及細胞激素(例如IFN-γ、IL-10、IL-12、IL-2、IL-4、TGF-β等)之血清含量變化。免疫反應可使用此項技術中已知之各種免疫分析偵測及評價，包括(但不限於)ELISpot反應、流動式細胞法及淋巴細胞增殖分析(LPA)。
如上文所論述，索脊瘤其特徵在於短尾突變體之表現且實際上短尾突變體為辨別此癌症之生物標記，亦即對於所有索脊瘤短尾突變體表現為共同的且為特異性生物標記。因此，在一個實施例中，以如上文或本文其他地方所述之本發明之任何方法投與的酵母菌免疫治療組合物為酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(以下詳細描述)。因此本發明之方法包括向患有索脊瘤之個體或處於索脊瘤顯現中之危險中但在其體內目前未偵測到短尾突變體表現之癌細胞的個體投與之步驟，如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物包括(但不限於)：(a)酵母菌媒劑及(b)包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原。本發明包括向受試者或個體傳遞(投與，免疫接種)包括(但不限於)酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之本發明之以酵母菌為基礎的免疫治療組合物。投與過程可在活體外或活體內進行但典型地在活體內進行。活體外投與係指在患者體外進行一部分調節步驟，諸如在以使酵母菌媒劑、抗原及任何其他試劑或組合物裝載至細胞中之條件下，向自患者 移除之細胞(樹突狀細胞)群投與本發明之組合物，及將細胞返回至患者中。本發明之治療組合物可藉由任何合適之投藥方式返回至患者中或投與患者。
投與組合物可為全身性、經黏膜及/或接近目標部位(例如靠近腫瘤部位)之位置。對熟習此項技術者而言合適之投與途徑將為顯而易見。各種投藥之可接受方法包括(但不限於)靜脈內投藥、腹膜內投藥、肌肉內投藥、節點內投藥、冠狀動脈內投藥、動脈內投藥(例如至頸動脈中)、皮下投藥、經皮傳遞、氣管內投藥、關節內投藥、心室內投藥、吸入(例如氣溶膠)、顱內、脊柱內、眼內、耳、鼻內、口服、經肺投藥、導管浸漬及直接注射至組織中。在一個態樣中，投藥途徑包括：靜脈內、腹膜內、皮下、鞘內、皮內、節點內、肌肉內、經皮、吸入、鼻內、口服、眼內、關節內、顱內及脊柱內。非經腸傳遞可包括皮層內、肌肉內、腹膜內、胸膜內、肺內、靜脈內、皮下、心房導管及靜脈導管途徑。耳傳遞可包括滴耳劑，鼻內傳遞可包括滴鼻劑或鼻內注射，及眼內傳遞可包括滴眼劑。氣溶膠(吸入)傳遞亦可使用本領域中標準方法進行(參見，例如Stribling等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 189：11277-11281,1992)。在一個態樣中，本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物經皮下投與。在一個態樣中，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物直接投與至腫瘤環境中。在一個態樣中，本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物經鞘內投與。
一般而言，包括酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的合適之單次劑量為當歷經合適之時間段投與一或多次時，能夠以有效引發抗一或多種腫瘤抗原或抗原決定基(例如短尾突變體)之抗原特異性免疫反應之量，有效向病體之既定細胞類型、組織或區域提供酵母菌媒劑及抗原之劑量。舉例而言，在一個實施例中，本發明之以酵母菌為基礎之組合物的單次劑量為投與該 組合物之生物體之每公斤體重約1×105至約5×107個酵母菌細胞等效物。在一個態樣中，本發明之酵母菌媒劑之單次劑量為每劑量(亦即，每個生物體)約0.1酵母菌單位(Y.U.，其為1×106個酵母菌細胞或酵母菌細胞等效物)至約100 Y.U.(1×109個細胞)，包括以0.1×106個細胞之增量的任何中間劑量(亦即，1.1×106、1.2×106、1.3×106...)。在一個實施例中，劑量包括1 Y.U.與40 Y.U.之間的劑量、1 Y.U.與50 Y.U.之間的劑量、1 Y.U.與60 Y.U.之間的劑量、1 Y.U.與70 Y.U.之間的劑量或1 Y.U.與80 Y.U.之間的劑量，及在一個態樣中，10 Y.U與40 Y.U.之間、50 Y.U.、60 Y.U.、70 Y.U.或80 Y.U.。在一個實施例中，在個體上之不同部位但在相同給藥時間段期間投與劑量。舉例而言，在一個給藥時間段期間可藉由注射10 Y.U.劑量將40 Y.U.劑量投與個體上之四個不同部位，或在相同給藥時間段期間，可藉由注射5 Y.U.劑量將20 Y.U.劑量投與個體上之四個不同部位或藉由注射10 Y.U.劑量投與個體上之兩個不同部位。本發明包括在個體上之1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個或更多不同部位投與一定量(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20 Y.U.或更多)之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物以形成單次劑量。一個酵母菌單位(Y.U.)為1×107個酵母菌細胞或酵母菌細胞等效物。
例如當抗抗原之免疫反應已衰減或按需要提供免疫反應或誘發抗特定抗原之記憶反應時，投與本發明之免疫治療組合物之「輔助劑」或「增強免疫」。輔助劑可在初始投藥之後約隔1、2、3、4、5、6、7或8週或每月、每兩月、每季、每年及/或以數年或若干年增量投與，視經治療之個體及在投藥時之治療目標(例如預防、主動治療、維持)之情況而定。在一個實施例中，投藥時程為其中以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之劑量歷經自週至月，年之時間段至少投與1、 2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多次之時程。在一個實施例中，劑量係每週或每兩週投與1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多劑量，按需要繼之以每兩週或每月投與劑量以實現所需預防性或治療性治療索脊瘤。在一個實施例中，劑量係每兩週投與1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多劑量，繼之以每月投與額外劑量直至實現所需預防性或治療性結果。在一個實施例中，劑量係每月投與1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多劑量，繼之以每月投與額外劑量或繼之以按需要以不同頻率傳遞劑量以實現所需預防性或治療性治療索脊瘤。在本文所述之所有給藥方案中，視需要可隨後按類似或較長間隔(例如月或年)提供額外輔助劑作為維持或緩解療法。在一個態樣中，投與輔助劑用於長期維持療法(亦即，在主要治療時程完成之後，意欲預防或延緩疾病復發或意欲維持疾病穩定)。在一個態樣中，投與輔助劑用於預防性治療患有家族性索脊瘤之個體。
在治療索脊瘤之方法之一個態樣中，個體另外經適用於治療索脊瘤之至少一種其他治療化合物或治療方案治療。該治療可包括治療方案或適用於治療索脊瘤或可適用於治療索脊瘤之任何治療化合物或試劑之用途中的任一者，包括(但不限於)手術切除術、輻射療法(包括(但不限於)單獨輻射療法及輔助輻射療法，尤其基於強子之輻射療法)、化學療法或靶向癌症或藥物治療(例如酪胺酸激酶抑制劑。包括(但不限於)伊馬替尼、舒尼替尼、西妥昔單抗(cetuximab)、吉非替尼(gefitinib)、埃羅替尼(erlotinib)、尼羅替尼(nilotinib)、達沙替尼(dasatinib)、拉帕替尼(lapatinib)及依維莫司(everolimus)；STAT3抑制劑、蒽環黴素；順鉑(cisplatins)；烷基化劑；喜樹鹼類似物)、幹細胞轉移、細胞因子治療、授受性T細胞轉移及/或投與第二免疫治療組合物。在投與第二免疫治療組合物之情況下，該等組合物可包括(但不限於)額外以酵母菌為基礎之免疫療法、重組基於病毒免疫療法(病毒 載體)、免疫刺激劑療法(包括具有免疫刺激特性之化學療法)、DNA疫苗及其他免疫治療組合物。
在一個態樣中，可在投與本發明之免疫治療組合物之前、同時及/或依次施以輻射療法。另外，輻射療法可與手術切除術組合施以。輻射技術及治療之推進已導致採用較高劑量輻射產生病變之更具戰略性標靶。另外，諸如引入強子(亦即，高劑量質子或帶電粒子，包括碳離子、氦或氖)之進展已導致傳遞至標靶對周圍組織具有最小損傷且具有經改良之放射生物效應之較高劑量(將永久病變正常組織之劑量)的輻射(Walcott,B.The Lacent Oncology，第13卷2012年2月，第e69-e79頁)。舉例而言，使用碳離子放射治療骶骨索脊瘤之回顧分析報導52.8至73.6 GyE劑量(Imai等人，2011,J.Radiol.,84：S048-S054)。另一類型之輻射稱為利用質子(由氫原子獲得之帶電粒子)之質子束療法，最常建議用於索脊瘤患者，由於其允許極高劑量之輻射傳遞至腫瘤而使傳遞至僅毫米之組織之劑量減至最小(參見，例如Wilson,Radiology,1946,47：487-491；及Hug等人，1999,J.Neurosurgery 91,432-439(1999))。質子束傳遞為個別腫瘤定製以使得輻射能量沈積在組織中之質子最大穿透點處，極少超出標靶輻射至正常組織。光子輻射(例如典型地藉由外部光束輻射傳遞之電磁輻射)亦用於治療索脊瘤。用於索脊瘤治療之光子輻射之高劑量可為約45-80 Gy，然而經習知輻射療法之治療典型地為約40-60 Gy之劑量(Walcott,B.The Lacent Onccology，第13卷2012年2月，第e69-e79頁)。適形輻射之某些其他類型(諸如放射外科手術(包括γ刀及射波刀))及強度調控放射療法(IMRT)亦用於治療索脊瘤，且其用途典型地視腫瘤大小及位置而定(Di Maio等人，2011,J Neurosurg.12月；115(6)：1094-105)。若在最初輻射之後病變恢復，則其可能或可沒有可能再次進行輻射療法。此由於身體中之每個組織對於輻射具有一定壽命最大耐受度，超過此 壽命最大耐受度將發生嚴重損傷。但是，在本發明之方法中，若治療臨床醫生及當前最佳操作認為病變之額外輻射有可能及很可能對索脊瘤患者有益，則可在方案中包括病變之額外輻射。
在一個態樣中，受試者在接受本發明之免疫治療組合物投與之前，在約18個月、約17個月、約16個月、約15個月、約14個月、約13個月、約12個月、約11個月、約10個月、約9個月、約8個月、約7個月、約6個月、約5個月、約4個月、約3個月、約2個月或約1個月內向一或多個病變施以輻射療法。在輻射療法期間，受試者可接受至少1個劑量、至少2個劑量、至少3個劑量、至少4個劑量、至少5個劑量、至少6個劑量、至少7個劑量、至少8個劑量、至少9個劑量或至少10個劑量之輻射療法。另外，在初次投與免疫治療組合物之後，受試者可接受一或多個劑量之輻射療法。
在另一態樣中，受試者可單獨接受靶向藥物療法或在施以輻射療法之前、同時或依次施以。該靶向藥物療法可包括投與酪胺酸激酶(TKI)抑制劑藥物、表皮生長因子受體(EGFR)抑制劑藥物及/或信號轉導及轉錄激活子3(STAT3)抑制劑藥物中之一或多者(Walcott,B.The Lacent Onccology，第13卷2012年2月，第e69-e79頁)。舉例而言，可典型地以口服劑量每天向受試者投與400mg至800mg甲磺酸伊馬替尼(Gleevec®)，甲磺酸伊馬替尼為具有血小板衍生生長因子受體(PDGFR)之激酶結構域特異性之小分子TKI抑制劑藥物。可監測如藉由RECIST界定之整體腫瘤反應率以確定受試者是否響應於療法。甲磺酸伊馬替尼可自天至年投與受試者(Stacchiotti,S.等人Curr Oncol Rep,2011年5月online；Casali,P.G.,J Clinical Oncology,2005 ASCO Annual Meeting Proceedings，第23卷第16S號)。靶向藥物療法之另一實例包括典型地以口服劑量每天向受試者投與150mg劑量之埃羅替尼(Tarceva®)，EGFR抑制劑藥物(Lauay等人BMC Cancer,2011, 11：423)。在監測整體腫瘤率之情況下，可自天至年投與埃羅替尼。靶向藥物療法可單獨或以與另一靶向藥物療法組合之形式施以，或可在施以另一藥物療法之前、同時或依次施以。
在一個態樣中，第二免疫治療組合物包括不包括短尾突變體抗原之第二癌抗原。舉例而言，適用於與酵母菌短尾突變體免疫治療組合物組合之第二免疫治療組合物為包含另一癌抗原之酵母菌-免疫治療組合物。已與索脊瘤相關聯或在索脊瘤中觀測到之癌抗原在本發明中作為靶抗原備受關注。該等癌抗原可包括(但不限於)表皮生長因子受體(EGFR)(參見，例如Harris等人，Breast Cancer Res.Treat,29：1-2(1994)；血小板衍生生長因子(PDGF)受體(參見，例如GenBank®登錄號GI：129890及Gronwald等人，1988,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85(10),3435-3439；及GenBank®登錄號GI：129892及Claesson-Welsh等人，1989,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.86(13),4917-4921)；kit受體(參見，例如登錄號GI：125472及Yarden等人，1987,EMBO J.6(11),3341-3351)；CD24(參見，例如GI：143811372及Kay等人，1991,J.Immunol.147(4),1412-1416)；聚集蛋白聚糖(參見，例如登錄號GI：22209083及Strausberg等人，2002,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99(26),16899-16903)；II型及X膠原蛋白(參見，例如登錄號GI：124056489及Su等人，1989,Nucleic Acids Res.17(22),9473；及登錄號GI：1405723及Beier等人，1996,Matrix Biol.15(6),415-422)；纖維結合蛋白(參見，例如登錄號GI：384872704及Labeit及Kolmerer,1995,Science 270(5234),293-296(1995))；母系蛋白3(MATN3)(參見，例如登錄號GI：14548113及Belluoccio等人，1998,Genomics 53(3),391-394)；高分子量-黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)(參見，例如登錄號GI：47419930及Campoli等人，2004,Crit Rev Immunol.24(4)：267-96)；基質金屬蛋白酶MMP-9(參見，例如登錄號GI：269849668及Huhtala等人，1991,J. Biol.Chem.266(25),16485-16490)及MMP-19(參見，例如登錄號GI：442535505及Sedlacek等人，1998,Immunobiology 198(4)：408-23)；以及該等抗原之修飾、該等抗原之剪接變異體及該等抗原之抗原決定基促效劑，以及該等抗原之組合及/或其免疫原性結構域、其修飾及其變異體。其他癌抗原為此項技術中已知且亦可為用於免疫治療索脊瘤之合適靶抗原。本發明不限於上文或本文其他地方特定所述之抗原。
在本發明之一個態樣中，依次及/或與投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物同時施以或執行一或多種額外治療劑或治療方案(例如腫瘤之手術切除術、施以輻射療法、施以化學療法或靶向癌症療法、施以另一免疫治療組合物或方案、細胞因子療法、授受性T細胞轉移、適用於與以酵母菌為基礎之免疫療法或幹細胞移植組合之試劑)。適用於與本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物組合之試劑包括(但不限於)抗CD40，CD40L，淋巴細胞激活基因3(LAG3)蛋白質及/或源自LAG3之可溶形式之IMP321(T細胞免疫刺激性因子)，抗-CTLA-4抗體(例如為釋放無免疫性T細胞)；T細胞協同刺激劑(例如抗-CD137、抗CD28、抗-CD40)；阿侖單抗(alemtuzumab)(例如CamPath®)，地尼介白素(denileukin diftitox)(例如ONTAK®)；抗-CD4；抗-CD25；抗-PD-1、抗-PD-L1、抗-PD-L2；阻斷FOXP3之試劑(例如為消除CD4+/CD25+調節性T細胞活性/殺死該細胞)；Flt3配位體、咪喹莫特(imiquimod)(AldaraTM)、Toll樣受體(TLR)促效劑，包括(但不限於)TLR-2促效劑、TLR-4促效劑、TLR-7促效劑及TLR-9促效劑；TLR拮抗劑，包括(但不限於)TLR-2拮抗劑、TLR-4拮抗劑、TLR-7拮抗劑及TLR-9拮抗劑；消炎劑及免疫調節劑，包括(但不限於)COX-2抑制劑(例如塞內昔布(Celecoxib)，NSAIDS)、糖皮質激素、他汀類(statins)及沙立度胺(thalidomide)及其類似物(包括IMiDs®) (其為沙立度胺之結構及官能性類似物(例如REVLIMID®(來那度胺(lenalidomide))，POMALYST®(泊馬度胺(pomalidomide)))及調整抗原呈現細胞或TH17、TH1及/或Treg細胞之數目、調整該等細胞之激活狀態及/或調整該等細胞之生存期的任何試劑。本發明涵蓋該等試劑之任何組合，且與以酵母菌為基礎之免疫治療劑組合或以一種方案(例如同時、依次或以其他形式)與其一起投與之該等試劑中之任一者為本發明所包涵之組合物。該等試劑已為本領域中所熟知。此等試劑可單獨使用或與本文所述之其他試劑組合使用。另外，可在投與初次劑量之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之前或投與該初次劑量之後施以或執行一或多種療法。作為一個實例，對於患有可切除之索脊瘤之個體，手術切除術，視情況繼之以輻射療法，且隨後藉由以酵母菌為基礎之免疫療法可代表治療過程。在一個實施例中，可以與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之給藥交替的方式施以或執行一或多種療法，諸如在一種方案中，以酵母菌為基礎之組合物在一或多個連續劑量之化學療法或其他靶向治療之間按規定間隔投與。作為另一實例，對於患有局部復發之索脊瘤或患有轉移性疾病之個體，腫瘤發展在治療開始之前的前12個月內或在最後3-9個月內已發生，以酵母菌為基礎之免疫療法可代表治療之主要過程。在用以酵母菌為基礎之免疫療法治療開始之前，個體亦可接受手術、輻射療法或另一索脊瘤療法。 在開始以酵母菌為基礎之免疫療法之後大約6個月(或在藉由治療醫師確定之適當時間點)若確定受試者是否患有可經輻照之病變，則視情況可提供輻射療法，接著監測直至確定腫瘤發展或治療之部分或完全療效。若不提供額外輻射療法，則可監測受試者直至確定腫瘤發展或治療之部分或完全療效。
在一個實施例中，在開始額外療法之前歷經一段時間以一或多個劑量投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物。換言之，以酵母菌為 基礎之免疫治療組合物以單一療法投與一段時間，且隨後附加額外療法(例如化學療法)，與新劑量之以酵母菌為基礎之免疫療法同時或以與以酵母菌為基礎之免疫療法交替之方式進行。或者或另外，在開始投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之前可施以另一療法段一時間，且可合併概念(例如腫瘤之手術切除術，繼之以使用以酵母菌為基礎之免疫療法作為單一療法持續數週，繼之以施以交替劑量之化學療法或靶向療法及以酵母菌為基礎之免疫療法持續數週或數月，視情況可繼之以使用以酵母菌為基礎之免疫療法或另一療法作為單一療法，或藉由與所提供之療法依次、同時或以交替方式組合之新方案)。本發明涵蓋使用以酵母菌為基礎之免疫療法治療索脊瘤之各種方案，且此等實例應視為各種可能方案之非限制性實例。
在本發明之方法中，待用本發明之免疫治療組合物治療之受試者可為患有不可切除(亦即，不能以手術方式澈底移除)或可切除病變之原發性索脊瘤個體；患有不可切除、局部復發病變(不論是否初次復發，亦即，局部復發為在已移除之初始或原發性病變之相同位置附近(在或靠近)再現的病變)之個體；患有如下所述寡轉移性疾病之個體或患有如下所述轉移性疾病之個體。在一個態樣中，受試者可已進行或可尚未進行前期輻射療法、手術及/或靶向藥物療法。在另一態樣中，病變可經或可尚未經預先輻射。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊瘤受試者的一個實例為患有不可切除(亦即，不能以手術方式澈底地移除)、局部復發病變(亦即，局部復發為在已移除之初始或原發性病變之相同位置附近(在或靠近)再現的病變)之個體。在一個態樣中，不可切除病變尚未經預先輻射，但是受試者之其他病變在經本發明之免疫治療組合物治療之前可或可尚未暴露於輻射療法。在又一態樣中，在經本發明之免疫治療組合物治療之前，不可切除病變已經預先輻 射。在另一實施例中，受試者由於病變位置患有不可切除病變，但可已接受用於索脊瘤之一或多種額外治療性療法。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊瘤受試者的另一實例為患有寡轉移性疾病及不可切除病變之個體。如本文所用，「寡轉移性疾病」定義為受限之腫瘤轉移能力，或更尤其為轉移性癌症(已自起源之原發部位擴散至其他部位之癌症)，其中癌轉移(轉移性損害或轉移性腫瘤)在數目及位置中受限(參見，例如Hellman及Weichselbaum,1995,J.Clin.Oncol.13(1)：8-10；Weichselbaum及Hellman,2011,S.Nat.Rev.Clin.Oncol.8,378-382)。就索脊瘤而言，寡轉移性疾病通常視為構成靠近原發病變部位出現之5個或更少、4個或更少、3個或更少、2個或更少或1個病變。在一個態樣中，不可切除病變尚未經預先輻射，但是受試者之其他位置在經本發明之免疫治療組合物治療之前可或可尚未暴露於輻射療法。在又一態樣中，在經本發明之免疫治療組合物治療之前，不可切除病變已經預先輻射。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊瘤受試者的另一實例為患有寡轉移性疾病及切除後病變(亦即，手術移除經監測之病變)之個體。在一個態樣中，受試者尚未預先接受輻射療法。在另一態樣中，受試者已接受預先輻射療法。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊瘤受試者的又一實例為患有初次發生不可切除之病變之個體。在一個態樣中，不可切除病變尚未經預先輻射，但是受試者之其他位置在經本發明之免疫治療組合物治療之前可或可尚未暴露於輻射療法。在又一態樣中，在經本發明之免疫治療組合物治療之前，不可切除病變已經預先輻射。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊 瘤受試者的另一實例為患有轉移性疾病(亦即，癌症已自其初次開始之位置或原發部位擴散至身體中之另一位置，其特徵為癌症含有源自初始或原發腫瘤之細胞)及尚未經預先輻射之病變的個體。在另一態樣中，病變已經預先輻射。
在本發明之方法中，待經本發明之免疫治療組合物治療之索脊瘤受試者的另一實例為患有患有局部復發性或轉移性疾病之個體，其中腫瘤發展發生在經本發明之免疫治療組合物治療開始之前的3個月與9個月之間。在一個態樣中，受試者可已接受用於索脊瘤治療之任何可接受之線，包括(但不限於)手術、輻射、化學療法或經靶向藥物療法之治療。受試者接受如本文所述之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物。在開始投與免疫治療組合物之後的6個月時，受試者藉由保健提供者評價以確定其是否患有可經輻射之病變。若病變可經輻射，則病變將用輻射療法治療且將監測及評價受試者直至受試者視為對免疫治療組合物有反應，如下文所討論。若沒有可經輻射之病變，則受試者將不接受輻射療法且將監測及評價直至個體視為對免疫治療組合物有反應。受試者藉由確定如藉由RECIST界定之無進展生存期(PFS)以及藉由腫瘤反應率(藉由RECIST及Choi界定，及評價輻射及非輻射病變用於比較)及/或腫瘤生長率動力學(在免疫治療劑治療之前6個月相對於在免疫治療劑治療之後6個月評價)視為對免疫治療組合物有反應。對於PFS，與非經治療控制之受試者(預期5個月)相比中值預期為9個月。受試者對免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
可經本發明之免疫治療組合物治療之受試者可包括患有以下中之一或多者：存在實體腫瘤，可量測疾病(疾病必須可評估)或不可量測疾病，藉由高度敏感法(諸如用於循環中之腫瘤細胞基於PCR之分 析法或其他類似方法)疾病之陽性，東部腫瘤協作組(ECOG)狀況等級為0-1(其中0級指示完全活動，能夠進行所有疾病前效能而無限制且1級指示限制在物理上劇烈活動但能走動且能夠從事輕鬆或久坐性質之工作)，自化學療法治療、免疫療法或其組合之前最少2週，肌酸酐量</-1.5xULN(正常值上限)，ALT量(丙胺酸-轉胺酶)</- 2.5xULN，AST量(天冬胺酸轉胺酶)</- 2.5xULN，膽紅素(Bili)量</- 1.5xULN，嗜中性細胞絕對計數(ANC)>1500，血小板數>100,000。
在本發明之方法中，組合物及治療性組合物可投與任何動物，包括任何脊椎動物，及尤其投與脊椎動物類(哺乳綱)之任何成員，包含(但不限於)靈長類動物、嚙齒動物、家畜及家養寵物。家畜包括待消費或製造有用產品之哺乳動物(例如用於羊毛生產之綿羊)。待使用本發明治療或保護之哺乳動物包括人類、非人類靈長類動物、狗、貓、小鼠、大鼠、山羊、綿羊、牛、馬及豬。
「個體」為包括(但不限於)人類之脊椎動物(諸如哺乳動物)。哺乳動物包括(但不限於)農畜、運動型動物、寵物、靈長類動物、小鼠及大鼠。術語「個體」可與術語「動物」、「受試者」或「患者」互換使用。
用於本發明之方法的組合物
本發明之方法使用以酵母菌為基礎之免疫治療組合物，且在一個實施例中使用酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物。根據本發明，適用於本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物為包含(a)酵母菌媒劑(以下詳細描述)及(b)至少一種癌抗原之組合物。癌抗原為藉由索脊瘤表現之抗原，包括(但不限於)短尾突變體、表皮生長因子受體(EGFR)、血小板衍生生長因子(PDGF)受體(A或B)、kit受體、CD24、聚集蛋白聚糖、II型& X膠原蛋白、纖維結合蛋白、母系蛋白3、高分子量-黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)、基質金屬蛋白酶MMP-9及MMP- 19。在酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之情況下，組合物包含(a)酵母菌媒劑及(b)包含一或多種短尾突變體抗原及/或其免疫原性結構域之癌抗原。儘管在本發明之一實施例中，將一或多種癌抗原裝載至酵母菌媒劑中或以其他方式與如本文所述之酵母菌媒劑複合、連接、混合或一起投與以形成本發明之組合物，但可包括短尾突變體抗原及/或其他經索脊瘤表現之抗原的癌抗原最典型地藉由酵母菌媒劑表現為重組蛋白質(例如藉由完整酵母菌或酵母菌球形質體，其視情況進一步加工成酵母菌胞質體、酵母菌殘骸、或酵母菌膜提取物或其部分)。
「酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物」為含有至少一種短尾突變體抗原或其免疫原性結構域之「以酵母菌為基礎之免疫治療組合物」之特定類型。短語「以酵母菌為基礎之免疫治療組合物」可與「以酵母菌為基礎之免疫治療產物」、「以酵母菌為基礎之免疫治療組合物」、「以酵母菌為基礎之組合物」、「以酵母菌為基礎之免疫治療劑」、「以酵母菌為基礎之疫苗」或此等短語之衍生物互換使用。「免疫治療組合物」為引發免疫反應足以在受試者中實現至少一個治療效益之組合物。如本文所用，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物係指包括酵母菌媒劑組分及引發免疫反應足以在受試者中實現至少一個治療效益之組合物。更特定言之，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物為包括酵母菌媒劑組分及典型地抗原組分，且可引發或誘發諸如細胞免疫反應(包括(但不限於)T細胞介導之細胞免疫反應)之免疫反應的組合物。在一個態樣中，適用於本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物能夠誘發CD8+及/或CD4+ T細胞介導之免疫反應，且在一個態樣中，CD8+及CD4+ T細胞介導之免疫反應尤其抗靶抗原(例如癌抗原)。CD4+免疫反應可包括TH1免疫反應、TH2免疫反應、TH17免疫反應或以上之任何組合。以酵母菌為基礎之免疫療法尤其能夠產生TH1及 TH17反應。CD8+免疫反應可包括細胞毒性T淋巴細胞(CTL)反應，且以酵母菌為基礎之免疫療法能夠產生該等反應。在一個態樣中，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物調整受試者中之調節T細胞(Treg)之數目及/或功能性。以酵母菌為基礎之免疫療法亦可經改良以促進一種類型反應而非另一種，例如藉由添加細胞激素、抗體及/或調整酵母菌之製造過程。以酵母菌為基礎之免疫治療組合物視情況能夠引發體液免疫反應。當抗原呈現於酵母菌外，諸如附著在酵母菌表面或作為混雜物附著時，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物可引發體液免疫反應。
本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物可為「預防性」或「治療性」。當假設為預防性的，則在索脊瘤發生或偵測到索脊瘤發生之前提供本發明之組合物，目標為預防、抑制或延緩索脊瘤之發生或發作；及/或預防、抑制或延緩腫瘤遷移及/或腫瘤侵入其他組織(癌轉移)及/或通常預防或抑制個體中索脊瘤之進展。如本文所討論，短尾突變體在所有索脊瘤中表現且及索脊瘤之標誌，且因此酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物尤其適用作可顯現索脊瘤之個體中之預防性療法。可向似乎未患癌症(健康或正常個體)，但處於或可處於顯現索脊瘤之危險(諸如具有家族性索脊瘤病史或否則至少一個患有索脊瘤之直系親屬)中之個體投與預防性組合物。當假設為治療性的，則向患有索脊瘤之個體提供免疫治療組合物，目標為改善癌症，諸如藉由減少個體中腫瘤負荷；抑制個體中腫瘤生長；增加個體生存期；預防、抑制、逆轉或延緩腫瘤遷移及/或腫瘤侵入其他組織(轉移性癌症)之發生及/或預防、抑制、逆轉、或延緩個體中癌症之進展。
典型地，以酵母菌為基礎之免疫治療組合物包括酵母菌媒劑及至少一種包含索脊瘤抗原(與索脊瘤相關或藉由索脊瘤表現之癌抗原)之癌抗原，其中該索脊瘤抗原藉由酵母菌媒劑表現、與其連接、裝載 入其中或與其混合。在一些實施例中，索脊瘤抗原作為融合蛋白質提供。如本文所討論，索脊瘤抗原可包括(但不限於)短尾突變體、EGFR、PDGF受體、kit受體、CD24、聚集蛋白聚糖、II型& X膠原蛋白、纖維結合蛋白、母系蛋白3、高分子量-黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)、基質金屬蛋白酶MMP-9及MMP-19。適用於本發明之組合物及方法之若干短尾突變體蛋白質及融合蛋白質如下所述。在本發明之一個態樣中，適用作為索脊瘤之癌抗原之融合蛋白質可包括兩種或兩種以上抗原，例如短尾突變體抗原及另一不為短尾突變體抗原之癌抗原，在一個實施例中其可以單個融合蛋白質或兩種不同短尾突變體抗原提供。
根據本發明，用於供索脊瘤之治療或預防用之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的酵母菌媒劑為可用於與本發明之組合物(例如治療性或預防性組合物)中之一或多種抗原、其免疫原性結構域或其抗原決定基結合之任何酵母菌細胞(例如全或完整細胞)或其衍生物(見下文)。因此酵母菌媒劑可包括(但不限於)活的完整(全)酵母菌微生物(亦即，具有包括細胞壁之所有其組分之酵母菌細胞)、經殺死(死的)或失活的完整酵母菌微生物或完整酵母菌之衍生物，其包括：酵母菌球形質體(亦即，缺少細胞壁之酵母菌細胞)、酵母菌胞質體(亦即，缺少細胞壁及細胞核之酵母菌細胞)、酵母菌殘骸(亦即，缺少細胞壁、細胞核及細胞質之酵母菌細胞)、亞細胞酵母菌膜提取物或其部分(亦稱為酵母菌膜粒子及預先作為亞細胞酵母菌粒子)、任何其他酵母菌粒子或酵母菌細胞壁製劑。
酵母菌球形質體一般藉由酶促消化酵母菌細胞壁而製得。此類方法描述於例如Franzusoff等人，1991,Meth.Enzymol.194,662-674中，該文獻以全文引用的方式併入本文中。
酵母菌胞質體一般藉由使酵母菌細胞去核來製得。此類方法描 述於例如Coon,1978,Natl.Cancer Inst.Monogr.48,45-55中，該文獻以全文引用的方式併入本文中。
酵母菌殘骸一般藉由重封透性化或溶胞細胞來製得且可(但非必需)含有至少一些該細胞之細胞器官。此類方法描述於例如Franzusoff等人，1983,J.Biol.Chem.258,3608-3614及Bussey等人，1979,Biochim.Biophys.Acta 553,185-196，各文獻以全文引用的方式併入本文中。
酵母菌膜粒子(亞細胞酵母膜提取物或其部分)係指缺少天然核或細胞質之酵母菌膜。該粒子可為任何尺寸，包括自天然酵母菌膜尺寸至藉由超音波處理或熟習此項技術者已知之其他膜破壞方法隨後重封而製得之微粒之尺寸範圍內之尺寸。用於生產亞細胞酵母菌膜提取物之方法描述於例如Franzusoff等人，1991,Meth.Enzymol.194,662-674中。吾人亦可使用含有酵母菌膜部分及抗原或其他所關注之蛋白質(當抗原或其他蛋白質在製備酵母菌膜粒子之前藉由酵母菌重組表現時)之酵母菌膜粒子的部分。抗原或其他所關注之蛋白質可載入膜內，膜之任一表面或其組合(亦即，蛋白質可在膜內及膜外及/或跨越酵母菌膜粒子之膜)。在一個實施例中，酵母菌膜粒子為重組酵母菌膜粒子，其可為包括膜表面或至少部分嵌入膜內之至少一種所需抗原或其他所關注之蛋白質的完整、經破壞或經破壞及重封之酵母菌膜。
酵母菌細胞壁製劑之實例為攜有其表面上或至少部分嵌入細胞壁內之抗原的經分離之酵母菌細胞壁製劑，以使得當投與動物時酵母菌細胞壁製劑刺激產生抗疾病標靶之所需免疫反應。
可使用任何酵母菌菌株以製造用於本發明之酵母菌媒劑。酵母菌為單細胞微生物，其屬於以下三類中之一類：子囊菌(Ascomycetes)、擔子菌(Basidiomycetes)及半知菌(Fungi Imperfecti)。選擇用作免疫調節劑之酵母菌類型之一個考慮因素為酵母菌致病性。 在一個實施例中，酵母菌為非致病性菌株，諸如釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。選擇非致病性酵母菌菌株使投與酵母菌媒劑之個體之任何不良作用減至最小。然而，若酵母菌致病性可由熟習此項技術者已知之任何方法(例如，突變株)消除，則可使用致病性酵母菌。根據本發明之一個態樣，使用非致病性酵母菌菌株。
可用於本發明之酵母菌菌株屬包括(但不限於)酵母、假絲酵母(其可為致病性)、隱球酵母、漢森酵母、克魯維酵母、畢赤酵母、紅酵母、裂殖酵母及耶氏酵母屬(Yarrowia)。在一個態樣中，酵母菌屬選自酵母、假絲酵母、漢森酵母、畢赤酵母或裂殖酵母，且在一個態樣中，使用酵母。可用於本發明之酵母菌菌株之種包括(但不限於)釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、卡爾酵母(Saccharomyces carlsbergensis)、白色念珠菌(Candida albicans)、乳酒假絲酵母(Candida kefyr)、熱帶念珠菌(Candida tropicalis)、羅倫隱球酵母(Cryptococcus laurentii)、新型隱球菌(Cryptococcus neoformans)、漢森酵母(Hansenula anomala)、多形漢森酵母(Hansenula polymorpha)、脆壁克魯維酵母(Kluyveromyces fragilis)、乳酸克魯維酵母(Kluyveromyces lactis)、乳酸馬克斯克魯維酵母(Kluyveromyces marxianus var.lactis)、甲醇酵母(Pichia pastoris)、紅酵母(Rhodotorula rubra)、粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)及解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)。應瞭解許多此等種類包括多種亞種、菌型、亞型等，其意欲包括在前述種類中。在一個態樣中，用於本發明之酵母菌種包括釀酒酵母(S.cerevisiae)、白色念珠菌(C.albicans)、多形漢森酵母(H.polymorpha)、巴斯德畢赤酵母(P.pastoris)及粟酒裂殖酵母(S.pombe)。釀酒酵母(S.cerevisiae)由於其相對易於操作且為「普遍認為安全」或「GRAS」用作食品添加劑(GRAS,FDA建議規則62FR18938,1997年4月17日)而為適用的。本發 明之一個實施例為能夠將質體複製至尤其高的複本數之酵母菌菌株，諸如釀酒酵母cir°菌株。釀酒酵母菌株為能夠支持允許一或多個靶抗原及/或抗原融合蛋白質及/或其他蛋白質以高含量表現之表現載體的此一菌株。適用於本發明之另一酵母菌菌株為釀酒酵母W303α。此外，本發明中可使用任何突變體酵母菌株，包括展現所表現靶抗原或其他蛋白質之轉譯後修飾減少之彼等菌株(諸如擴大N-連接糖基化之酶中的突變體)。
本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物包括至少一種藉由索脊瘤表現或與索脊瘤相關之抗原。根據本發明，本文術語「抗原」之一般用途係指蛋白質(例如肽、不完全蛋白質、全長蛋白質)之任何部分，其中該蛋白質為天然存在或經合成方式衍生或設計，係指細胞組合物(全細胞、細胞裂解物或經破壞之細胞)、生物體(整個生物體、裂解物或經破壞之細胞)或碳水化合物或其他分子或其部分。抗原可引發抗免疫系統之要素(例如T細胞，抗體)所遇到之相同或相似抗原的抗原特異性免疫反應(例如體液及/或細胞介導免疫反應)。
抗原可如單個抗原決定基，單個免疫原性結構域一般小或更大，且可包括多個抗原決定基或免疫原性結構域。同樣，抗原之大小可如約8-11個胺基酸(亦即，肽)一般小及如全長蛋白質、多聚體、融合蛋白質、嵌合蛋白質、全細胞、完整微生物或其任何部分(例如微生物之全細胞或提取物之裂解物的蛋白質片段(多肽))一般大。適用於本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療劑的抗原為肽、多肽、全長蛋白質、多聚體、融合蛋白質及嵌合蛋白質。另外，抗原可包括可裝載入酵母菌媒劑或本發明之組合物中之碳水化合物。應瞭解在一些實施例中(例如當抗原藉由酵母菌媒劑由重組核酸分子表現時)，抗原為蛋白質、融合蛋白質、嵌合蛋白質或其片段，而非整個細胞或微生物。對於酵母菌中之表現，若抗原為待藉由酵母菌表現之整個蛋白質，則抗 原為能夠在酵母菌中重組表現之最小尺寸，且長度一般至少為或大於25個胺基酸、或至少為或大於26個、至少為或大於27個、至少為或大於28個、至少為或大於28個、至少為或大於29個、至少為或大於30個、至少為或大於31個、至少為或大於32個、至少為或大於33個、至少為或大於34個、至少為或大於35個、至少為或大於36個、至少為或大於37個、至少為或大於38個、至少為或大於39個、至少為或大於40個、至少為或大於41個、至少為或大於42個、至少為或大於43個、至少為或大於44個、至少為或大於45個、至少為或大於46個、至少為或大於47個、至少為或大於48個、至少為或大於49個、至少為或大於50個胺基酸長度，或至少為或大於25-50個胺基酸長度、或至少為或大於30-50個胺基酸長度、或至少為或大於35-50個胺基酸長度、或至少為或大於40-50個胺基酸長度、或至少為或大於45-50個胺基酸長度，儘管可表現較小蛋白質，但亦可表現相當大的蛋白質(例如數百個胺基酸長度或甚至數千個胺基酸長度)。在一個態樣中，可表現全長蛋白質或自N端及/或C端缺失1個至20個胺基酸之蛋白質。融合蛋白質及嵌合蛋白質亦為可在本發明中表現之抗原。「靶抗原」為藉由本發明之免疫治療組合物特異靶向之抗原(亦即，抗此抗原需要引發免疫反應)。「癌抗原」為包含至少一種與癌症(例如索脊瘤)相關或藉由癌症表現之抗原，諸如藉由腫瘤細胞表現之抗原以使得靶向亦靶向癌症之抗原。癌抗原可包括來自一或多種包括一或多種腫瘤相關之蛋白質之蛋白質的一或多種抗原。「短尾突變體抗原」為自短尾突變體蛋白質衍生、設計或產生之抗原。
當涉及刺激免疫反應時，術語「免疫原」為術語「抗原」之子集，且因此在一些情況下可與術語「抗原」互換使用。如本文所用，免疫原描述引發體液及/或細胞介導免疫反應之抗原(亦即，為免疫原性)，以使得向增加抗藉由個體之免疫系統所遇到之相同或相似抗原 的抗原特異性免疫反應之個體投與該免疫原。在一個實施例中免疫原引發細胞介導免疫反應，該免疫反應包括CD4+ T細胞反應(例如TH1、TH2及/或TH17)及/或CD8+ T細胞反應(例如CTL反應)。
給定抗原之「免疫原區」可為含有至少一種當投與動物時充當免疫原之抗原決定基之抗原的任何部分、片段或抗原決定基(例如，肽片段或次單位或抗體抗原決定基或其他構形抗原決定基)。因此，免疫原區大於單個胺基酸且至少為足以含有至少一個可充當免疫原之抗原決定基之大小。舉例而言，單個蛋白質可含有多個不同免疫原區。免疫原區無需在蛋白質內為線性序列，諸如在體液免疫反應之情況下，其中涵蓋構形結構域。
本文將抗原決定基定義為當在免疫系統之適當協同刺激信號及/或活化的細胞之情形下，提供至免疫系統時，足以引發免疫反應之給定抗原內之單個免疫原位點。換言之，抗原決定基為藉由免疫系統之組分識別之抗原的一部分且亦可為稱為抗原決定子。熟習此項技術者應認識到T細胞抗原決定基不同於B細胞或抗體抗原決定基之大小及組合物，及經由I類MHC路徑呈現之抗原決定基不同於經由II類MHC路徑呈現之抗原決定基之大小及結構屬性。舉例而言，藉由I類MHC分子呈現之T細胞抗原決定基長度典型地在8個與11個胺基酸之間，而藉由II類MHC分子呈現之抗原決定基之長度限制較少且可至多為25個胺基酸或更長。另外，T細胞抗原決定基已預測視藉由抗原決定基結合之特定MHC分子而定之結構特徵。抗原決定基可為線性序列抗原決定基或構形抗原決定基(保守結合區)。大部分抗體識別構形抗原決定基。
在本發明之一個實施例中，本發明中所使用之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物為酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物。短尾突變體(其亦可稱為「T」)在多個不同動物物種中為高度保守之蛋白質， 且為含有「T-box」區或「T-區」，若干不同蛋白質中共享之DNA結合域基元(統稱為蛋白質之T-box家族)之轉錄因子。人類短尾突變體初次於1996年選殖(Edwards等人，同前文獻)。在本文中一個編碼人類短尾突變體之核苷酸序列藉由SEQ ID NO：1表示，其為由GENBANK®登錄號NM_003181(GI：19743811)獲得之mRNA序列。SEQ ID NO：1編碼435個胺基酸人類短尾突變體蛋白質，在本文中其胺基酸序列表示為SEQ ID NO：2(亦在GENBANK®登錄號NP_003172；GI：4507339中查找)。
本文所揭示之另一人類短尾突變體蛋白質為由SEQ ID NO：2表示之人類短尾突變體蛋白質之變異體，且具有SEQ ID NO：6之胺基酸序列。SEQ ID NO：6(亦435個胺基酸蛋白質)藉由本文中由SEQ ID NO：5表示之核苷酸序列編碼。SEQ ID NO：6與SEQ ID NO：2在蛋白質全長上大約99%一致。SEQ ID NO：6與SEQ ID NO：2在177位(分別為Asp相對於Gly)、368位(分別為Thr相對於Ser)及409位(分別為Asn相對於Asp)不同。
本文所揭示之另一人類短尾突變體蛋白質為例如藉由SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：6表示之人類短尾突變體蛋白質之促效劑。如本文通常所用，「促效劑」為與受體或配位體結合且產生或觸發反應之任何化合物或試劑，其包括(但不限於)小分子、蛋白質、肽、抗體、核酸結合劑等，可包括模擬或增強天然存在物質與受體或配位體結合之作用的試劑。當用於本發明之短尾突變體抗原之情形中時，「促效劑」抗原或蛋白質係指包含至少一種亦可稱為「模擬抗原決定基」之T細胞促效劑抗原決定基之抗原或蛋白質。模擬抗原決定基肽為模擬野生型抗原決定基之結構且作為促效劑之肽，模擬抗原決定基模擬或增強天然抗原決定基之作用(生物功能)。舉例而言，SEQ ID NO：12之胺基酸序列(WLLPGTSTL)為野生型短尾突變體蛋白質之T細胞抗原決 定基。SEQ ID NO：13之胺基酸序列(WLLPGTSTV)為SEQ ID NO：12之T細胞抗原決定基之模擬抗原決定基或促效劑，其中SEQ ID NO：12之9位上之白胺酸已經SEQ ID NO：13中之纈胺酸取代。
在本文中一個人類短尾突變體促效劑抗原藉由SEQ ID NO：18表示。SEQ ID NO：18為藉由在本文中由SEQ ID NO：17表示之核苷酸序列編碼之435個胺基酸蛋白質。SEQ ID NO：18與SEQ ID NO：6一致，除了254位(就SEQ ID NO：6而言)上之白胺酸經SEQ ID NO：18中之纈胺酸取代。在不受理論束縛之情況下，此取代在SEQ ID NO：18之246至254位中產生T細胞促效劑抗原決定基，咸信與野生型抗原決定基(SEQ ID NO：6之246至254位)相比，引起抗短尾突變體之增強型T細胞反應。
SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18中之任一者之41至223位表示人類短尾突變體之T-box DNA結合域，且其他包括來自其他物種之短尾突變體序列之短尾突變體序列中之T-box區可易於藉由與此等序列比較來識別。如本文所用，提及本文所述或此項技術中已知及本發明中所使用之任何短尾突變體蛋白質之T-box區可在所界定之T-box區之N端及/或C端(例如在SEQ ID NO：2、6或18之41-223位之任一側)之短尾突變體序列上包括額外的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。包括兩種本文所述之人類短尾突變體蛋白質之人類短尾突變體亦含有各種CD4+及CD8+ T細胞抗原決定基。該等抗原決定基已描述於例如WO 2008/106551中，且在SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：6之246至254位上包括CD8+ CTL抗原決定基，WLLPGTSTL(在本文中亦稱為Tp2，SEQ ID NO：12)。如上文所論述，SEQ ID NO：18包含本文中由SEQ ID NO：13表示之SEQ ID NO：12之促效劑抗原 決定基。
人類短尾突變體與來自其他動物物種之短尾突變體具有極高的同源性且因此吾人能夠在製備本發明之酵母菌短尾突變體免疫治療組合物中使用來自其他生物體之短尾突變體序列，尤其其中此等序列為一致，實質上同源，且引發抗靶抗原(例如藉由腫瘤細胞表現之天然短尾突變體)之有效免疫反應。舉例而言，鼠類短尾突變體(藉由Hermann及同事於1990年初次選殖(Hermann等人，同前文獻))與人類短尾突變體在核苷酸位準上大約85%一致，在胺基酸位準上大約91%一致。就來自其他動物之短尾突變體而言，在胺基酸位準上，人類短尾突變體與來自黑猩猩之短尾突變體99.5%一致，與來自家犬之短尾突變體90.1%一致，與來自溫帶牛之短尾突變體88.5%一致，與來自褐家鼠之短尾突變體92.2%一致及與來自原雞之短尾突變體80.9%一致。在含有T-box區之短尾突變體之胺基酸1-223內，小鼠與人類短尾突變體僅相差兩個胺基酸(位於26及96位)。編碼鼠類短尾突變體之核苷酸序列在本文中由SEQ ID NO：3表示，其為由GENBANK®登錄號NM_009309(GI：118130357)獲得之mRNA序列。SEQ ID NO：3編碼436個胺基酸鼠類短尾突變體蛋白質，其胺基酸序列在本文中表示為SEQ ID NO：4。SEQ ID NO：4之41至223位表示鼠類短尾突變體之T-box DNA結合域。
在本發明之一個實施例中，短尾突變體抗原包含由SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或其至少一個免疫原區表示之胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。在一個實施例中，短尾突變體抗原包含短尾突變體之兩個、三個、四個、五個或更多個免疫原區或由該等免疫原區組成。在本發明之一個實施例中，短尾突變體抗原包含由經由SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之C端之最後25個胺基酸中之一者(亦即，經由SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之441至435位中之任一者，或經由SEQ ID NO：4之442至436位中之任一者)的胺基酸1位或2位表示之胺基酸序列或由該胺基酸序列組成。另一適用於本發明之短尾突變體抗原亦至少包括短尾突變體之1-223位(例如SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之1-223位)或短尾突變體之41-223位(例如SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之41-223位)胺基酸。另一適用於本發明之短尾突變體抗原包括SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之至少1至85位至255位與C端之間的胺基酸。另一適用於本發明之短尾突變體抗原包括SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之至少1至85位至430位與C端之間的胺基酸。另一適用於本發明之短尾突變體抗原包括SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10位至255位與C端之間的胺基酸。
根據本發明之任何實施例，提及「全長」蛋白質(或全長功能域或全長免疫區)包括如本文所述或以其他方式已知或描述於公開可獲得之序列中之蛋白質之全長胺基酸序列或功能域或免疫區。「接近全長」之蛋白質或域(亦為蛋白質之同系物類型)藉由自此類全長蛋白質或全長域之N端及/或C端添加或缺失或省略1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸在全長蛋白質或域上有所不同。舉例而言，本文所述之若干融合蛋白質由於抗原略去1位上之甲硫胺酸及取代N端肽而包含「接近全長」之短尾突變體抗原。一般提及蛋白質或域或抗原可包括全長及接近全長之蛋白質以及其其他同系物。
在與用於治療或預防索脊瘤之方法中之抗原相關的任何實施例之一個態樣中，癌抗原(索脊瘤抗原)為足以使抗原藉由酵母菌表現之最小尺寸。對於酵母菌中之表現，蛋白質長度一般至少為約25個胺基 酸，儘管可表現較小蛋白質，但藉由酵母菌可表現相當大的蛋白質。舉例而言，適用於本發明之短尾突變體抗原為可藉由酵母菌重組表現且含有至少一個短尾突變體免疫原區之短尾突變體蛋白質之片段，其可包括SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18中之任一者之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為25個胺基酸且含有索脊瘤抗原(諸如短尾突變體)之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度大於30個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為25-50個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為30-50個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為35-50個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為40-50個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個態樣中，此類抗原長度至少為45-50個胺基酸且含有癌抗原之至少一個免疫原區。在一個實施例中，適用於本發明之癌抗原長度至少為25個胺基酸或長度至少為：30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、205、210、215、220、225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325、330、335、340、345、350、355、360、365、370、375、380、385、390、395、400、405、410、415、420、425或430個胺基酸，就短尾突變體抗原而言其可包括SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：18之此等長度中之至少任一者的任何片段。
在一個態樣中，適用於本發明之方法之抗原包含一或多個CTL抗原決定基，其可包括任何一個、兩個、三個或更多個本文所述之CTL 抗原決定基之兩個或兩個以上複本。在一個態樣中，抗原包含一或多個CD4+ T細胞抗原決定基。在一個態樣中，抗原包含一或多個CTL抗原決定基及一或多個CD4+ T細胞抗原決定基。在一個態樣中，T細胞抗原決定基為促效劑抗原決定基。
在一個態樣中，短尾突變體抗原包含WLLPGTSTL(SEQ ID NO：12，亦由SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：6之245至254位表示)之胺基酸序列。在一個態樣中，短尾突變體抗原包含WLLPGTSTV(SEQ ID NO：13，亦由SEQ ID NO：18之245至254位表示)之胺基酸序列。在一個態樣中，SEQ ID NO：12或SEQ ID NO：13之4位上之胺基酸(此等序列中之脯胺酸或P)經絲胺酸(S)、蘇胺酸(T)、異白胺酸(I)或纈胺酸(V)取代。
在一個態樣中，短尾突變體抗原包含SQYPSLWSV(SEQ ID NO：14)之胺基酸序列。在一個態樣中，SEQ ID NO：14之2位上之胺基酸(此序列中之麩醯胺酸或Q)經白胺酸(L)取代。在一個態樣中，SEQ ID NO：14之4位上之胺基酸(此序列中之脯胺酸或P)經絲胺酸(S)、蘇胺酸(T)、白胺酸(L)或纈胺酸(V)取代。在一個態樣中，SEQ ID NO：14之7位上之胺基酸(此序列中之色胺酸或W)經纈胺酸(V)、白胺酸(L)、異白胺酸(I)、絲胺酸(S)或蘇胺酸(T)取代。在一個態樣中，SEQ ID NO：14之9位上之胺基酸(此序列中之纈胺酸或V)經白胺酸(L)取代。本發明涵蓋包含具有SEQ ID NO：14中一或多個此等取代之任何組合之序列的抗原。
在一個態樣中，短尾突變體抗原包含RLIASWTPV(SEQ ID NO：15)之胺基酸序列。在一個態樣中，SEQ ID NO：15之1位上之胺基酸(此序列中之精胺酸或R)經酪胺酸(Y)或色胺酸(W)取代。在一個態樣中，SEQ ID NO：15之6位上之胺基酸(此序列中之色胺酸或W)經纈胺酸(V)、離胺酸(L)、異白胺酸(I)、絲胺酸(S)或蘇胺酸(T)取代。本 發明涵蓋包含具有SEQ ID NO：15中一或兩個此等取代之任何組合之序列的抗原。
在一個態樣中，短尾突變體抗原包含AMYSFLLDFV(SEQ ID NO：16)之胺基酸序列。在一個態樣中，SEQ ID NO：16之2位上之胺基酸(此序列中之甲硫胺酸或M)經白胺酸(L)取代。
在本發明之一個實施例中，短尾突變體抗原包含具有SEQ ID NO：8之胺基酸序列之融合蛋白質，基本上由該融合蛋白質組成或由該融合蛋白質組成。SEQ ID NO：8之融合蛋白質為具有以下融合於N端至C端框中之序列組件的單個多肽：(1)賦予抗蛋白酶體降解性及使在酵母菌中表現穩定之N端肽(SEQ ID NO：8之1-6位)；(2)由SEQ ID NO：6之2-435位(SEQ ID NO：8之7-440位)組成之人類短尾突變體抗原；及(3)六組胺酸標籤(SEQ ID NO：8之441-446位)。SEQ ID NO：8之胺基酸序列藉由SEQ ID NO：7之聚核苷酸序列編碼。用於此融合蛋白質之胺基酸測序可視需要藉由使用額外或交替胺基酸側接短尾突變體抗原之任一端改良，且亦可使用短尾突變體之較短部分。
在本發明之另一實施例中，短尾突變體抗原包含具有SEQ ID NO：10之胺基酸序列之融合蛋白質，基本上由該融合蛋白質組成或由該融合蛋白質組成。SEQ ID NO：10之融合蛋白質為具有以下融合於N端至C端框中之序列組件的單個多肽：(1)賦予抗蛋白酶體降解性及使在酵母菌中表現穩定之N端肽(SEQ ID NO：10之1-6位)；(2)由SEQ ID NO：4之2-436位(SEQ ID NO：10之7-441位)組成之鼠類短尾突變體抗原；及(3)六組胺酸標籤(SEQ ID NO：10之442-447位)。SEQ ID NO：10之胺基酸序列藉由SEQ ID NO：9之聚核苷酸序列編碼。
在本發明之另一實施例中，短尾突變體抗原包含具有SEQ ID NO：20之胺基酸序列之融合蛋白質，基本上由該融合蛋白質組成或由該融合蛋白質組成。SEQ ID NO：20之融合蛋白質為具有以下融合於N 端至C端框中之序列組件的單個多肽：(1)賦予抗蛋白酶體降解性及穩定化表現之N端肽(SEQ ID NO：20之1至6位，該肽序列在本文中亦由SEQ ID NO：11表示)；2)SEQ ID NO：18之2-435位(SEQ ID NO：20之7-440位)胺基酸，SEQ ID NO：18表示全長人類短尾突變體促效劑蛋白質；及(3)六組胺酸標籤(SEQ ID NO：20之441-446位)。促效劑抗原決定基(SEQ ID NO：13)位於SEQ ID NO：20之251至259位(SEQ ID NO：18之246至254位)。SEQ ID NO：20之胺基酸序列藉由SEQ ID NO：19之聚核苷酸序列編碼。
適用於本發明之方法之組合物的抗原亦包括在蛋白質全長上，或就形成蛋白質之一部分之所界定片段或其區(例如免疫區或功能域(具有至少一種生物活性之域))而言，具有與本文所述之癌蛋白質或癌抗原中之任一者的胺基酸序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列之蛋白質。舉例而言，本文所述之短尾突變體蛋白質之域包括T-box區。免疫區已在上文中詳細描述。
在本發明之一些態樣中，可對野生型或參考蛋白質之一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個或更多個胺基酸進行胺基酸插入、缺失及/或取代，其限制條件為當所得蛋白質用作本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物中之抗原時，如野生型或參考蛋白質引發抗天然蛋白質之免疫反應，該免疫反應可包括增強型免疫反應、降低型免疫反應或實質上相似免疫反應。舉例而言，本發明包括使用包括短尾突變體促效劑抗原之促效劑抗原，其可包括已經突變以增強抗促效劑之T細胞反應之一或多個T細胞抗原決定基，諸如藉由提高抗原決定基與MHC分子或與在MHC呈現之情形下識別抗原決定基之T細胞受體之親合力或親和性。因此抗原促效劑可改善抗藉由腫瘤細胞表現之天然抗原之T細胞反應的效能或效率。具 有SEQ ID NO：18之胺基酸序列的短尾突變體抗原(或包含促效劑抗原決定基之短尾突變體抗原)為短尾突變體促效劑之非限制性實例。
另外，N端表現序列及C端標籤，諸如上文所述之彼等者，就SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：該10或SEQ ID NO：20之融合蛋白質而言視情況選用之，但可選自本文其他地方所述之若干不同序列以改善或有助於蛋白質表現、穩定及/或允許蛋白質識別及/或純化。同樣，許多適用於酵母菌之不同啟動子為此項技術中已知。此外，短插入連接子序列(例如1個、2個、3個、4個或5個胺基酸肽)可出於多種原因引入包含癌抗原之融合蛋白質之部分之間，包括引入作為宿主吞噬體蛋白酶之裂解位點之限制酶位點以促進選殖，以加速蛋白質或抗原加工及用於進一步構築體操作。
包括融合蛋白質，用作本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的組分之蛋白質視情況使用尤其適用於改善或穩定異源抗原在酵母菌中表現之抗原構築體製得。在一個實施例中，所需抗原蛋白質或肽在其胺基端與以下蛋白質融合：(a)使融合蛋白質在酵母菌媒劑中表現穩定或防止經表現之融合蛋白質轉譯後修飾之特定合成肽(該等肽詳細描述例如於2004年8月12日公開之美國專利公開案第2004-0156858 A1號中，該公開案以全文引用的方式併入本文中)；(b)包括(但不限於)酵母菌α因子前導序列之內源性酵母菌蛋白質之至少一部分，其中任一融合搭配物提供蛋白質在酵母菌中經改良之穩定表現及/或防止藉由酵母菌細胞之蛋白質轉譯後修飾(蛋白質亦詳細描述例如於美國專利公開案第2004-0156858 A1號中，同前文獻)；及/或(c)引起融合蛋白質在酵母菌表面上表現之酵母菌蛋白質之至少一部分(例如本文中較詳細描述之Aga蛋白質)。另外，本發明視情況包括使用與抗原編碼構築體之C端融合，尤其用於選擇及識別蛋白質之肽。該等肽包括(但不限於)任何合成或天然肽，諸如肽標籤(例如6×His或六肽) 或任何其他短抗原決定基標籤。與本發明之抗原之C端連接的肽可在添加或不添加上文所論述之N端肽之情況下使用，且反之亦然。
在一個實施例中，融合蛋白質包含M-X2-X3-X4-X5-X6之胺基酸序列，其中M為甲硫胺酸；其中X2為除甘胺酸、脯胺酸、離胺酸或精胺酸外之任何胺基酸；其中X3為除甲硫胺酸、離胺酸或精胺酸外之任何胺基酸；其中X4為除甲硫胺酸、離胺酸或精胺酸外之任何胺基酸；其中X5為除甲硫胺酸、離胺酸或精胺酸外之任何胺基酸；及其中X6為除甲硫胺酸、離胺酸或精胺酸外之任何胺基酸。在一個實施例中，X6殘基為脯胺酸。增強抗原在酵母菌細胞中表現之穩定性及/或防止蛋白質在酵母菌中轉譯後修飾之例示性合成序列包括序列M-A-D-E-A-P(本文由SEQ ID NO：11表示)。除表現產物之穩定性增強外，此融合搭配物似乎未對針對構築體內之免疫抗原的免疫反應產生負面影響。另外，合成融合肽可經設計以提供可由諸如抗體之選擇劑識別之抗原決定基。
本發明涵蓋生產酵母菌媒劑及使酵母菌媒劑表現抗原及/或其他所關注之蛋白質及/或試劑、與其合併及/或結合以製造以酵母菌為基礎之免疫治療組合物的方法。
根據本發明，術語「酵母菌媒劑-抗原複合物」或「酵母菌-抗原複合物」一般用於描述酵母菌媒劑與抗原之任何關聯，且當該組合物用於引發如上文所述之免疫反應時，可與「以酵母菌為基礎之免疫治療組合物」互換使用。該關聯包括：由酵母菌(重組酵母)表現之抗原、將抗原引入酵母菌、抗原與酵母菌之實體連接及將酵母菌與抗原一起混合於諸如緩衝液或其他溶液或調配物中。該等類型之複合物在下文詳述。
在一個實施例中，用於製備酵母菌媒劑之酵母菌細胞使用編碼蛋白質(例如抗原)之異源核酸分子轉染，以使得藉由酵母菌細胞表現 蛋白質。此類酵母菌在本文中亦稱作重組酵母菌或重組酵母菌媒劑。酵母菌細胞可隨後與醫藥學上可接受之賦形劑調配且直接投與患者，儲存用於稍後投與或裝載入如完整細胞之樹突狀細胞中。亦可殺死酵母菌細胞或其可諸如藉由形成酵母菌球形質體、胞質體、殘骸或亞細胞顆粒而衍生化，其中任一者可接著儲存、投與或將衍生物裝載入樹突狀細胞中。亦可將酵母菌球形質體直接用重組核酸分子轉染(例如自全酵母菌製得球形質體且接著轉染)用以製造表現抗原之重組球形質體。重組表現抗原之酵母菌細胞或酵母菌球形質體可用於製造包含酵母菌胞質體、酵母菌殘骸或酵母菌膜粒子或酵母菌細胞壁粒子或其部分之酵母菌媒劑。
一般而言，酵母菌媒劑及抗原及/或其他試劑可藉由本文所述之任何技術相結合。在一個態樣中，酵母菌媒劑與抗原及/或試劑裝載入細胞內。在另一態樣中，抗原及/或試劑共價或非共價與酵母菌媒劑連接。在又一態樣中，酵母菌媒劑及抗原及/或試劑藉由混合相結合。在另一態樣中及在一個實施例中，抗原及/或試劑藉由酵母菌媒劑或藉由自其衍生酵母菌媒劑之酵母菌細胞或酵母菌球形質體重組表現。
待藉由本發明之酵母菌媒劑製得之許多抗原及/或其他蛋白質為任何數目之可適當地藉由酵母菌媒劑製得之抗原及/或其他蛋白質，且一般在至少一個至至少約6個或更多個範圍內，包括約2個至約6個抗原及/或其他蛋白質。
抗原或其他蛋白質在本發明之酵母菌媒劑中表現使用熟習此項技術者已知之技術實現。簡言之，編碼至少一種所需抗原或其他蛋白質之核酸分子以核酸分子與轉錄控制序列可操作性連接之方式插入表現載體中以便當轉化至宿主酵母菌細胞中時，能夠實現核酸分子之組成性或經調節之表現。編碼一或多種抗原及/或其他蛋白質之核酸分 子可位於與一或多個表現控制序列可操作性連接之一或多個表現載體上。尤其重要之表現控制序列為控制轉錄起始之彼等序列，諸如啟動子序列及上游活化序列。可用於本發明之任何合適之酵母菌啟動子及多種該等啟動子為熟習此項技術者已知。用於在釀酒酵母中表現之啟動子包括(但不限於)編碼以下酵母菌蛋白質之基因的啟動子：乙醇脫氫酶I(ADH1)或II(ADH2)、CUP1、磷酸甘油酸激酶(PGK)、磷酸丙醣異構酶(TPI)、轉譯延伸因子EF-1 α(TEF2)、甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH；對於磷酸丙醣脫氫酶亦稱為TDH3)、半乳糖激酶(GAL1)、半乳糖-1-磷酸尿苷酸轉移酶(GAL7)、UDP-半乳糖差向異構酶(GAL10)、細胞色素c1(CYC1)、Sec7蛋白質(SEC7)及酸性磷酸酶(PHO5)，包括雜合啟動子(諸如ADH2/GAPDH及CYC1/GAL10啟動子)，及包括當細胞中之葡萄糖濃度為低(例如約0.1%至約0.2%)時誘發之ADH2/GAPDH啟動子，以及CUP1啟動子及TEF2啟動子。同樣，許多上游活化序列(UAS)(亦稱為強化子)為已知的。用於在釀酒酵母中表現之上游活化序列包括(但不限於)編碼以下蛋白質之基因之UAS：PCK1、TPI、TDH3、CYC1、ADH1、ADH2、SUC2、GAL1、GAL7及GAL10，以及其他藉由GAL4基因產物活化之UAS，其中在一個態樣中使用ADH2 UAS。由於ADH2 UAS藉由ADR1基因產物活化，因此當異源基因與ADH2 UAS可操作性連接時，過度表現ADR1基因為較佳的。用於在釀酒酵母中表現之轉錄終止序列包括α因子、GAPDH及CYC1基因之終止序列。
待在甲基營養型酵母菌中表現基因之轉錄控制序列包括編碼乙醇氧化酶及甲酸脫氫酶之基因的轉錄控制區域。
將核酸分子轉染至本發明之酵母菌細胞中可藉由將核酸分子引入細胞內之任何方法實現，該方法包括(但不限於)：擴散、主動輸送、浴式超音波處理、電穿孔、微注射、脂質轉染、吸附及原生質體 融合。經轉染之核酸分子可使用熟習此項技術者已知之技術整合至酵母菌染色體中或維持在染色體外之載體上。攜有該等核酸分子之酵母菌媒劑之實例詳細揭示於本文中。如上所述，酵母菌胞質體、酵母菌殘骸及酵母菌膜粒子或細胞壁製劑亦可藉由用所需核酸分子轉染完整酵母微生物或酵母球形質體、於其中產生抗原且接著使用熟習此項技術者已知之技術進一步操作該等微生物或球形質體以產生含有所需抗原或其他蛋白質之胞質體、殘骸或亞細胞酵母膜提取物或其部分來重組產生。
用於生產重組酵母菌媒劑及藉由酵母菌媒劑表現抗原及/或其他蛋白質之有效條件包括可在其中培養酵母菌菌株之有效培養基。有效培養基一般為包含可同化碳水化合物、氮及磷來源以及適當鹽類、礦物質、金屬及其他養分(諸如維生素及生長因子)之水性培養基。培養基可包含複合養分或可為限定無機培養基。本發明之酵母菌菌株可培養於多種容器內，包括(但不限於)生物反應器、錐形依氏燒瓶(Erlenmeyer flask)、試管、微量滴定盤及皮氏培養皿(Petri plate)。培養係在適合於酵母菌菌株之溫度、pH及氧含量下進行。該等培養條件很好地在一般熟習此項技術者之專長內(參見，例如Guthrie等人(編)，1991,Methods in Enzymology，第194卷，Academic Press,San Diego)。舉例而言，在一個方案下，含有合適之培養基之液體培養物可使用由酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之起子培養盤及/或起子培養物獲得的培養物接種，且在30℃下在250rpm攪拌下生長大約20小時。初代培養可隨後視需要擴展至較大培養。若所使用之啟動子一組成性啟動子，則自酵母菌經其轉化之載體之蛋白質表現(例如短尾突變體表現)可為組成性，或若所使用之啟動子為誘導性啟動子(例如在CUP1啟動子之情況下的硫酸銅)，則可藉由添加用於啟動子之適當誘導條件誘發蛋白質表現。在誘導性啟動子之情況下，蛋白質表現之 誘導可在培養物已生長至合適之細胞密度(可為約0.2 Y.U./ml或更高密度)之後引發。
在本發明之一個態樣中，適用於本發明之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物為包含釀酒酵母酵母菌之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(在本文中亦稱為GI-6301)，該釀酒酵母酵母菌在控制CUP1啟動子下表現編碼由SEQ ID NO：8表示之人類短尾突變體融合蛋白質之聚核苷酸。在另一態樣中，適用於本發明之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物為包含釀酒酵母酵母菌之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(在本文中亦稱為GI-6302)，該釀酒酵母酵母菌在控制TEF2啟動子(在載體plu011中)下表現編碼由SEQ ID NO：8表示之人類短尾突變體融合蛋白質之聚核苷酸。在另一態樣中，適用於本發明之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物為包含釀酒酵母酵母菌之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(在本文中亦稱為GI-6303)，該釀酒酵母酵母菌在控制TEF2啟動子(在載體pGI-172中)下表現編碼由SEQ ID NO：8表示之人類短尾突變體融合蛋白質之聚核苷酸。在又一態樣中，適用於本發明之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物為包含釀酒酵母酵母菌之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(在本文中亦稱為GI-6305)，該釀酒酵母酵母菌在控制CUP1啟動子下表現編碼由SEQ ID NO：20表示之人類短尾突變體促效劑融合蛋白質之聚核苷酸。
在本發明之一個實施例中，作為在酵母菌媒劑中重組表現抗原或其他蛋白質之替代方案，將酵母菌媒劑與蛋白質或肽，或與充當抗原及/或適用作本發明之免疫調節劑或生物反應調節劑之碳水化合物或其他分子裝載入細胞內。隨後可將目前細胞內含有抗原及/或其他蛋白質之酵母菌媒劑投與個體或裝載入諸如樹突狀細胞之載體中。肽及蛋白質可藉由熟習此項技術者已知之技術(諸如擴散、主動輸送、脂質體融合、電穿孔、吞噬、冷凍-融化循環及浴式超音波處理)直接 插入本發明之酵母菌媒劑中。可直接裝載肽、蛋白質、碳水化合物或其他分子之酵母菌媒劑包括完整酵母菌以及球形質體、殘骸或胞質體，在製造之後其可裝載抗原及其他試劑。或者，完整酵母菌可裝載抗原及/或試劑，且隨後可自其製備球形質體、殘骸、胞質體或亞細胞顆粒。在此實施例中，任何數目之抗原及/或其他試劑可裝載入酵母菌媒劑中，至少1個、2個、3個、4個或任何全整數個至多數百或數千個抗原及/或其他試劑，例如將藉由裝載微生物或其部分提供。
在本發明之另一實施例中，抗原及/或其他試劑與酵母菌媒劑物理上連接。抗原及/或其他試劑與酵母菌媒劑之物理連接可藉由適合於本領域中之任何方法實現，包括共價及非共價結合方法，其包括(但不限於)抗原及/或其他試劑與酵母菌媒劑之外表面化學交聯或抗原及/或其他試劑與酵母菌媒劑之外表面生物連接(諸如藉由使用抗體或其他結合搭配物)。化學交聯可例如藉由包括戊二醛鍵、光親和標記、經碳化二亞胺處理、經能夠連接雙硫鍵之化學物質處理及經本領域中其他交聯化學標準物處理之方法實現。或者，化學物質可與改變酵母菌膜之脂質雙層或細胞壁之組合物之電荷的酵母菌媒劑接觸，以使得酵母菌外表面較可能與具有特定電荷特徵之抗原及/或其他試劑融合或結合。諸如抗體、結合肽、可溶性受體及其他配位體之靶向劑亦可作為融合蛋白質併入抗原中或以其他方式與抗原結合以使抗原與酵母菌媒劑結合。
當抗原或其他蛋白質在酵母菌表面上表現或與酵母菌表面物理連接時，在一個態樣中，可謹慎地選擇間隔臂以使抗原或其他蛋白質在表面上之表現或含量最佳化。間隔臂之尺寸可影響暴露多少抗原或其他蛋白質用於結合在酵母菌表面上。因此，視所使用之抗原或其他蛋白質而定，本領域之技術人員將選擇在酵母菌表面上實現抗原或其他蛋白質之適當間距的間隔臂。在一個實施例中，間隔臂為至少有 450個胺基酸之酵母菌蛋白質。上文已詳細論述間隔臂。
在又一實施例中，酵母菌媒劑及抗原或其他蛋白質藉由更加被動，非特異性或非共價結合機制彼此結合，諸如藉由輕輕地使酵母菌媒劑及抗原或其他蛋白質在緩衝液或其他合適之調配物(例如混雜物)中混合在一起。
在一個實施例中，完整酵母菌(具有或不具有異源抗原或其他蛋白質表現)可以一種方式磨碎或加工以製造酵母細胞壁製劑、酵母菌膜粒子或酵母菌片段(亦即，非完整)，且在一些實施例中，酵母菌片段可具備包括抗原(例如DNA疫苗、蛋白質次單位疫苗、殺死或失活病原體、病毒載體疫苗)之其他組合物或與該等組合物一起投與以增強免疫反應。舉例而言，可使用酶促處理、化學處理或物理力(例如，機械剪切或超音波處理)將酵母粉碎成可用作佐劑之部分。
在本發明之一個實施例中，適用於本發明之酵母菌媒劑包括已經殺死或失活之酵母菌媒劑。殺死或滅活酵母菌可藉由此項技術中已知之多種合適之方法中的任一者實現。舉例而言，加熱滅活酵母菌為滅活酵母菌之標準方式，且視需要本領域之技術人員可藉由此項技術中已知之標準方法監測靶抗原之結構變化。或者，可使用其他滅活酵母菌之方法，諸如化學法、電法、放射法或UV法。參見，例如揭示於標準酵母菌培養教科書(諸如Methods of Enzymology，第194卷，Cold Spring Harbor Publishing(1990))中之方法。所使用之滅活策略中之任一者應考慮靶抗原之二級、三級或四級結構且保留該結構以使其免疫原性最佳化。
可使用熟習此項技術者已知之許多技術將酵母菌媒劑調配成本發明之以酵母菌為基礎之免疫治療組合物或產物。舉例而言，酵母菌媒劑可藉由凍乾來乾燥。亦可藉由將酵母菌壓擠成餅或錠劑(諸如對烘焙或釀造操作中所使用之酵母菌進行)來製備包含酵母菌媒劑之調 配物。另外，酵母菌媒劑可與醫藥學上可接受之賦形劑混合，諸如宿主或宿主細胞所耐受之等張緩衝液。該等賦形劑之實例包括水、生理食鹽水、林格(Ringer)溶液、右旋糖溶液、漢克(Hank)溶液及其他水性生理平衡鹽溶液。亦可使用非水媒劑，諸如不揮發性油、芝麻油、油酸乙酯或三酸甘油酯。其他適用之組合物包括含有黏度增強型試劑(諸如羧甲基纖維素鈉、山梨糖醇、甘油或聚葡萄糖)之懸浮液。賦形劑亦可含有少量添加劑，諸如增強等滲性及化學穩定性之物質。緩衝液之實例包括磷酸鹽緩衝液、碳酸氫鹽緩衝液及Tris緩衝液，而防腐劑之實例包括硫柳汞、間甲酚或鄰甲酚、福馬林及苯甲醇。標準調配物可為液體可注射物或可吸收於適合之液體中作為注射用懸浮液或溶液之固體。因此，在非液體調配物中，賦形劑可包含(例如)右旋糖、人類血清白蛋白及/或防腐劑，可在投與前向其中添加無菌水或生理食鹽水。
在本發明之一個實施例中，組合物可包括其他試劑(亦可稱為生物反應改質劑化合物)或製造該等試劑/改質劑之能力。舉例而言，酵母菌媒劑可經至少一種抗原及至少一種試劑/生物反應改質劑化合物轉染或裝載有該等物，或本發明之組合物可與至少一種試劑/生物反應改質劑一起投與。生物反應改質劑包括佐劑及其他可調節免疫反應之化合物(可稱為免疫調節化合物)以及改變另一化合物或試劑之生物活性的化合物(諸如以酵母菌為基礎之免疫治療劑)，該生物活性並非限於免疫系統效應。某些免疫調節化合物可刺激保護性免疫反應而其他則可抑制有害免疫反應，且免疫調節是否適用於與給定以酵母菌為基礎之免疫治療劑組合，至少部分可視待治療或預防之疾病病況或病症及/或待治療在個體而定。某些生物反應調節劑優先增強細胞介導之免疫反應，而其他優先增強體液免疫反應(亦即，與體液免疫相比，可激發其中存在細胞免疫增強的免疫反應；或反之亦然)。某些 生物反應改質劑具有與以酵母菌為基礎之免疫治療劑之生物特性相同的一或多個特性或增強或補充以酵母菌為基礎之免疫治療劑之生物特性。存在許多熟習此項技術者已知之技術用於量測免疫反應之刺激或抑制以及用於自體液免疫反應區分細胞介導免疫反應，及用於區分一種類型之細胞介導反應與另一種(例如TH17反應相對於TH1反應)。
適用於本發明之試劑/生物反應改質劑可包括(但不限於)細胞激素、趨化因子、激素、脂質衍生物、肽、蛋白質、多醣、小分子藥物、抗體及其抗原結合片段(包括(但不限於)抗細胞因子抗體、抗細胞因子受體抗體、抗趨化因子抗體)、維生素、聚核苷酸、核酸結合部分、適體及生長調節劑。本發明涵蓋該等試劑之任何組合，且與以酵母菌為基礎之免疫治療劑組合或以一種方案(例如同時、依次或以其他形式)與其一起投與之該等試劑中之任一者為本發明所包涵之組合物。該等試劑已為本領域中所熟知。此等試劑可單獨使用或與本文所述之其他試劑組合使用。
試劑可包括給定蛋白質或肽或其功能域之促效劑及拮抗劑。如本文所用，「促效劑」為與受體或配位體結合且產生或觸發反應之任何化合物或試劑，包括(但不限於)小分子、蛋白質、肽、抗體、核酸結合劑等，其可包括模擬或增強與受體或配位體結合之天然存在物質之作用的試劑。「拮抗劑」為阻斷或抑制或降低促效劑作用之任何化合物或試劑，其包括(但不限於)小分子、蛋白質、肽、抗體、核酸結合劑等。
適用於本發明之一般技術
除非另外指明，否則本發明之實踐將採用已為熟習此項技術者所熟知之習知分子生物學(包括重組技術)、微生物學、細胞生物學、生物化學、核酸化學及免疫學技術。該等技術在以下文獻中完全說明，諸如Methods of Enzymology，第194卷，Guthrie等人編，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1990)；Biology and activities of yeasts,Skinner等人編，Academic Press(1980)；Methods in yeast genetics：a laboratory course manual,Rose等人，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1990)；The Yeast Saccharomyces：Cell Cycle and Cell Biology,Pringle等人編，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1997)；The Yeast Saccharomyces：Gene Expression,Jones等人編，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1993)；The Yeast Saccharomyces：Genome Dynamics,Protein Synthesis,and Energetics,Broach等人編，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1992)；Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版(Sambrook等人，1989)及Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第三版(Sambrook及Russel,2001)，(本文共同稱為「Sambrook」)；Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人編，1987，包括2001年增刊)；PCR：The Polymerase Chain Reaction,(Mullis等人編，1994)；Harlow and Lane(1988),Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Publications,New York；Harlow及Lane(1999)Using Antibodies：A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NY(本文共同稱為「Harlow及Lane」)，Beaucage等人編，Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,John Wiley & Sons公司，New York,2000)；Casarett及Doull's Toxicology The Basic Science of Poisons,C.Klaassen編，第6版(2001)及Vaccines,S.Plotkin,W.Orenstein及P.Offit編，第5版(2008)。
一般定義
「TARMOGEN®」(GlobeImmune公司，Louisville,Colorado)一般係指在細胞外(在其表面上)、細胞內(內部或細胞溶質)或細胞外及細 胞內表現一或多種異源抗原之酵母菌媒劑。TARMOGEN®已經一般描述(參見例如美國專利第5,830,463號)。某些以酵母菌為基礎之免疫治療組合物及製造及通常使用同一組合物之方法亦詳細描述於例如美國專利第5,830,463號、美國專利第7,083,787號、美國專利第7,736,642號、Stubbs等人，Nat.Med.7：625-629(2001)，Lu等人，Cancer Research 64：5084-5088(2004)及Bernstein等人，Vaccine 2008年1月24日；26(4)：509-21中，其中之每一者均以全文引用的方式併入本文中。
一般而言，術語「生物活性」指示化合物(包括蛋白質或肽)具有對細胞、組織或生物體之代謝、生理、化學或其他過程產生效應之至少一種可偵測活性，如活體內(亦即，在天然生理環境中)或活體外(亦即，在實驗室條件下)量測或觀測。
根據本發明，術語「調節(modulate)」可與「調節(regulate)」互換使用且通常係指上調或下調特定活性。如本文所用，就特定活性而言術語「上調」通常可用於描述引發、啟動、增加、加強、強化、改善、增強、放大、促進或提供中之任一者。類似地，就特定活性而言術語「下調」通常可用於描述降低、減少、抑制、減輕、降低、減少、阻斷或阻止中之任一者。
在本發明之一個實施例中，可製得本文所述之胺基酸序列中之任一者，具有至少一個及至多約20個側接於特定胺基酸序列之C端及/或N端中之每一者的額外異源胺基酸。所得蛋白質或多肽可稱為「基本上由特定胺基酸序列組成」。根據本發明，異源胺基酸為一種胺基酸序列，其並非天然存在(亦即，非活體內天然存在)側接於特定胺基酸序列，或與特定胺基酸序列之功能無關，或若對於給定胺基酸序列所來源之有機體，天然存在之序列中編碼特定胺基酸序列之天然存在之核苷酸利用標準密碼子使用轉譯，則其將不由側接於編碼該特定胺基酸序列之天然存在之核酸序列(當其存在於基因中時)的核苷酸編 碼。類似地，當在本文中提及核酸序列使用時，短語「基本上由……組成」係指編碼特定胺基酸序列之核酸序列，在編碼該特定胺基酸序列之核酸序列之5'端及/或3'端中之每一端，該核酸序列可由至少一個且至多高達約60個其他異源核苷酸側接。異源核苷酸並非天然存在(亦即，非活體內天然存在)側接於編碼特定胺基酸序列之核酸序列(當其存在於天然基因中時)，或不編碼賦予蛋白質任何其他功能或改變具有特定胺基酸序列之蛋白質功能之蛋白質。
根據本發明，短語「選擇性結合」係指本發明之抗體、抗原結合片段或結合搭配物優先結合特定蛋白質之能力。更特定言之，短語「選擇性結合」係指一種蛋白質與另一種蛋白質(例如，針對抗原之抗體、其片段或結合搭配物)之特異性結合，其中如由任何標準檢定法(例如，免疫檢定)所量測之結合量在統計學上顯著高於該檢定之本底對照。舉例而言，當執行免疫檢定時，對照物通常包括含有單獨抗體或抗原結合片段(亦即，不存在抗原)之反應孔/管，其中將抗原不存在之情況下抗體或其抗原結合片段之反應量(例如，與孔非特異性結合)視為本底。結合可使用此項技術中之多種標準方法(包括酶免疫檢定(例如ELISA)、免疫印跡檢定等)量測。
本發明中所使用之蛋白質或多肽之一般參考物包括全長蛋白質、接近全長蛋白質(上文所定義)或任何片段、區域(結構、功能或免疫原)、構形抗原決定基或給定蛋白質之同系物或變異體。融合蛋白質亦可通常稱為蛋白質或多肽。更特定言之，根據本發明，經分離之蛋白質為已自其天然環境中移除之蛋白質(包括多肽或肽)(亦即，已經受人類處理)，且可包括例如經純化之蛋白質、經部分純化之蛋白質、重組製備之蛋白質及合成製備之蛋白質。因而，「經分離之」並不反映蛋白質已經純化之程度。較佳地本發明之經分離之蛋白質經重組製得。根據本發明，術語「改質」及「突變」可互換使用，尤其對 於本文所述之蛋白質或其部分之胺基酸序列(或核酸序列)的改質/突變。
如本文所用，術語「同系物」或「變異體」用於係指不同於參考蛋白質或肽(亦即，「原型」或「野生型」蛋白質)之蛋白質或肽，藉由稍微對參考蛋白質或肽進行改質，但維持天然存在形式之基本蛋白質及側鏈結構。該等變化包括(但不限於)一個或幾個胺基酸側鏈中之變化；一個或幾個胺基酸之變化(包括缺失(例如截短型蛋白質或肽)、插入及/或取代)；一個或幾個原子立體化學中之變化；及/或少量衍生化(包括(但不限於)甲基化、糖基化、磷酸化、乙醯化、豆蔻醯化、異戊烯化、棕櫚酸化、醯胺化及/或添加糖基磷脂醯肌醇)。同系物或變異體可具有相比於參考蛋白質或肽之增強型、降低或實質上類似特性。同系物或變異體可包括蛋白質之促效劑或蛋白質之拮抗劑。可使用此項技術中已知用於製造蛋白質之技術製造同系物或變異體，包括(但不限於)直接改質經分離之參考蛋白質、直接蛋白質合成或使用例如典型或重組DNA技術實現隨機或靶向突變誘發，從而導致蛋白質變異體之編碼以改質編碼蛋白質之核酸序列。另外，可存在參考蛋白質之天然存在變異體(例如同功異型物、對偶基因變異體或其他可自個體至個體發生之天然變異體)且在本發明中可經分離、製造及/或使用。
給定蛋白質之同系物或變異體可包含與參考蛋白質(例如本文中特定胺基酸序列或特定蛋白質之胺基酸序列)之胺基酸序列至少約45%、或至少約50%、或至少約55%、或至少約60%、或至少約65%、或至少約70%、或至少約75%、或至少約80%、或至少約85%、或至少約86%一致、或至少約87%一致、或至少約88%一致、或至少約89%一致、或至少約90%、或至少約91%一致、或至少約92%一致、或至少約93%一致、或至少約94%一致、或至少約95%一致、或至少 約96%一致、或至少約97%一致、或至少約98%一致、或至少約99%一致(或以全整數遞增之介於45%與99%之間的任何一致性百分比)之胺基酸序列、基本上由該等胺基酸序列組成或由該等胺基酸序列組成。在一個實施例中，同系物或變異體包含與參考蛋白質之胺基酸序列低於100%一致、低於約99%一致、低於約98%一致、低於約97%一致、低於約96%一致、低於約95%一致等(以1%遞增)至低於約70%一致之胺基酸序列、基本上由該胺基酸序列組成或由該胺基酸序列組成。
如本文所用，除非另外規定，否則提及一致性百分比(%)係指使用以下工具進行同源性評價：(1)使用具有標準預設參數之用於胺基酸檢索之blastp及用於核酸檢索之blastn的鹼基局部比對檢索工具(BLAST)基本同源性檢索，其中針對低複雜度區域藉由預設值過濾查詢序列(諸如描述於Altschul,S.F.,Madden,T.L.,Schääffer,A.A.,Zhang,J.,Zhang,Z.,Miller,W.& Lipman,D.J.(1997)「Gapped BLAST and PSI-BLAST：a new generation of protein database search programs.」Nucleic Acids Res.25：3389-3402中，該文獻以全文引用的方式併入本文中)；(2)BLAST比對兩個序列(例如使用以下所述之參數)；(3)及/或具有標準預設參數之PSI-BLAST(位置特異性疊代BLAST)。應注意由於針對兩個序列在基本BLAST與BLAST之間的標準參數存在一些差異，因此使用BLAST程式可識別兩個特異性序列具有顯著同源性，然採用基本BLAST進行檢索，使用該等序列中之一者作為查詢序列可並未將第二序列識別為高度匹配。另外，PSI-BLAST提供自動便用型「概況」搜尋，其為尋找序列同源物之靈敏方式。該程序首先執行空位BLAST資料庫搜尋。PSI-BLAST程序使用所返回之任何顯著比對資訊建構位置特異性記分矩陣，其置換詢問序列用於下一輪資料庫搜尋。因此，應瞭解，一致性百分比可利用此等程式中任 一種程式來判定。
兩個特異性序列可使用如Tatusova及Madden,(1999),「Blast 2 sequences-a new tool for comparing protein and nucleotide sequences」,FEMS Microbiol Lett.174：247-250(該文獻以全文引用的方式併入本文中)中所述之BLAST彼此比對。此類序列比對使用BLAST 2.0算法以blastp或blastn執行，以在兩個序列之間執行空位BLAST搜尋(BLAST 2.0)，從而將缺口(缺失及插入)引入所得比對中。出於本文清晰性之目的，使用如下標準預設參數執行兩個序列之BLAST序列比對。
對於blastn，使用0 BLOSUM62矩陣：匹配之獎勵分=1
不匹配之罰分=-2
開放缺口(5)及延伸缺口(2)罰分
缺口x_下降(50)預期(10)字尺寸(11)過濾(打開)
對於blastp，使用0 BLOSUM62矩陣：開放缺口(11)及延伸缺口(1)罰分
缺口x_下降(50)預期(10)字尺寸(3)過濾(打開)。
經分離核酸分子為已自其天然環境移除(亦即，已經人類操作)之核酸分子，其天然環境為在其中在本質上發現核酸分子之基因組或染色體。同樣，「經分離」未必反映核酸分子已經純化之程度，但指示分子不包括整個基因組或整個染色體或含有一個以上基因之基因組之區段，其中在本質上發現核酸分子。經分離核酸分子可包括完整基因。包括基因之經分離核酸分子不為包括該基因之染色體片段，而包括與該基因有關之編碼區及調節區，但無天然存在於同一染色體上之其他基因。經分離核酸分子亦可包括基因之一部分。經分離核酸分子亦可包括由通常在本質上不與特定核酸序列側接之其他核酸(亦即，異源序列)側接(亦即，在該序列之5'端及/或3'端)之核酸序列。經分離 核酸分子可包括DNA、RNA(例如mRNA)，或DNA或RNA之衍生物(例如cDNA)。儘管短語「核酸分子」主要係指實體核酸分子而短語「核酸序列」主要係指核酸分子上核苷酸之序列，但兩個短語可互換使用，尤其就能夠編碼蛋白質或蛋白質之域的核酸分子或核酸序列而言。
重組核酸分子為可包括編碼本文所述之任何一或多種蛋白質之任何核酸序列中之至少一者的分子，本文所述之任何一或多種蛋白質操作性地與能夠有效調節細胞中待轉染之核酸分子表現之任何轉錄控制序列中之至少一者連接。儘管短語「核酸分子」主要係指實體核酸分子及短語「核酸序列」主要係指核酸分子上之核苷酸序列，但兩個短語可互換使用，尤其就能夠編碼蛋白質之核酸分子或核酸序列而言。另外，短語「重組分子」主要係指操作性地與轉錄控制序列連接之核酸分子，但可與短語「核酸分子」(投與動物)互換使用。
重組核酸分子包括重組載體，該重組載體為操作性地與編碼本發明之融合蛋白質之經分離核酸分子連接之任何核酸序列(典型地為異源序列)，能夠實現融合蛋白質之重組製造且能夠將核酸分子傳遞至本發明之宿主細胞中。此類載體可含有非自然發現鄰近待插入載體中之經分離核酸分子之核酸序列。載體可為RNA或DNA，原核或真核，及在本發明中較佳地為適用於轉染酵母菌之質體。重組載體可用於選殖、測序及/或以其他方式操作核酸分子，且可用於傳遞該等分子(例如如在DNA組合物或基於病毒載體之組合物中)。重組載體較佳用於核酸分子之表現，且亦可稱為表現載體。較佳重組載體能夠在經轉染之宿主細胞(諸如酵母菌)中表現。
在本發明之重組分子中，核酸分子操作性地與含有與宿主細胞相容及控制本發明之核酸分子之表現的調節序列(諸如轉錄控制序列、轉譯控制序列、複製起點及其他調節序列)之表現載體連接。特 定言之，本發明之重組分子包括與一或多個表現控制序列操作性連接之核酸分子。短語「操作性連接」係指以當轉染(亦即，轉化、轉導或轉染)至宿主細胞中時以使分子表現之方式將核酸分子連接至表現控制序列。
根據本發明，術語「轉染」用於係指可將外源核酸分子(亦即，重組核酸分子)插入細胞中之任何方法。當該術語用於係指將核酸分子引入微生物細胞(諸如藻、細菌及酵母菌)中時，術語「轉形」可與術語「轉染」互換使用。在微生物體系中，術語「轉形」用於描述因藉由微生物獲取外源性核酸所致之遺傳性變化且基本上與術語「轉染」同義。因此，轉染技術包括(但不限於)轉化、化學處理細胞、粒子轟擊、電穿孔、顯微注射、脂質體轉染、吸附、侵染及原生質體融合。
以下實驗結果為說明之目的提供且不意欲限制本發明之範疇。
實例 實例1
以下實例描述患有索脊瘤之受試者中1期或2期臨床試驗。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在患有索脊瘤之患者中進行隨機1期或2期臨床試驗。至少20個或更多個患有索脊瘤之受試者參加。
試驗按雙盲或非盲、安慰劑對照、多中心試驗進行。所有患者接受標準護理療法，其包括腫瘤切除及輻射療法，其中在治療期間治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之數次連續注射。主要終點為短尾突變體陽性腫瘤細胞降低，經改良之症狀性及輻射性反應，腫瘤生長之無進展、無復發之生存期或總生存期。其他終點可 包括抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+ T細胞在治療中出現或擴展)。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌短尾突變體免疫治療組合物預期在至少一些或大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或預先存在短尾突變體特異性基線T細胞反應中之改進。一些或大多數患者亦預期已穩定疾病及/或已延長無復發生存期(無進展生存期)及/或總生存期。
實例2
以下實例描述患有家族性索脊瘤病史之健康受試者中2期臨床試驗。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在患有家族性索脊瘤病史之健康受試者(亦即來自具有兩個或兩個以上患有索脊瘤病史之直系親屬之家族的個體)中進行隨機2期臨床試驗。至少40個或更多個受試者參加。
試驗按雙盲或非盲、安慰劑對照、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物之數次連續注射。針對索脊瘤發生監測受試者。終點可包括抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+ T細胞在治療中出現或擴展)、維持索脊瘤陰性及延遲索脊瘤進展。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌短尾突變體免疫治療組合物預期在至少一些或大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應。相比於接受安慰劑之受試者或相比於尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之患有索脊瘤病史(亦即，家族性索脊瘤)的個體群體，個體之治療群 組預期具有較低索脊瘤發病率或索脊瘤延遲發作。出於比較判定治療有效性之目的，控制可包括用於家族性索脊瘤發生之有效/參考之歷史控制率，諸如可藉由隨時間跟蹤來自患有家族性索脊瘤之家族的家族成員以提供疾病發生之基線參考來判定。
實例3
以下實例描述在患有已知表現短尾突變體之癌症之受試者中所進行的1期臨床試驗。
非盲，劑量依次遞增，1期臨床試驗使用稱為GI-6301之酵母菌-短尾突變體免疫療法組合物引發。在此臨床試驗方案下，關鍵入選標準包括實體腫瘤、可量測疾病(疾病必須可評估)或非可量測疾病之存在，美國東部腫瘤協作組(ECOG)狀況等級為0-1(其中等級0指示完全活性，能夠進行所有疾病前效能而無限制且等級1指示在物理劇烈活動中受限但能走動及能夠從事輕鬆或久坐性質之工作)，自化學療法治療之前最少2週，肌酸酐量</- 1.5xULN(正常值上限)，ALT量(丙胺酸-轉胺酶)</- 2.5xULN，AST量(天冬胺酸轉胺酶)</- 2.5xULN，膽紅素(Bili)量</- 1.5xULN，嗜中性細胞絕對計數(ANC)>1500，血小板數>100,000。另外，允許之前進行免疫治療之患者。
關鍵淘汰標準包括患有HIV或肝炎之患者；懷孕女性、乳房餵養女性、患有活動性自體免疫疾病，使用一些全身性類固醇，對以酵母菌為基礎之產品過敏，患有CNS疾病，心包腫塊>2cm，患有EBV病毒血症(藉由PCR界定，log10值>3.0)，甲狀腺疾病(腫塊或自體免疫)之患者及使用三環抗抑鬱劑之患者。
27名患有晚期癌症之患者(每劑量群體3-16名患者)參加，且以劑量群體依次遞增之方案投與稱為GI-6301之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物。方案使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上之4個不同部位投與1 Y U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位) 及40 Y.U.(10 Y.U.×4個部位)之劑量範圍經皮下投與。GI-6301以2週間隔投與總共7次訪視(約3個月)，且之後每月進行再分級掃描，而在研究時每2個月。主要終點為安全的。次要終點包括分析腫瘤相關之抗原免疫反應，亦即可偵測T細胞前驅體中之顯著變化，如藉由ELISpot分析中短尾突變體特異性T細胞增加及回應於短尾突變體蛋白質之增殖(例如短尾突變體特異性CD8+或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)來量測。其他次要終點包括臨床效益，諸如無進展生存期、腫瘤標記或變化率之變化以及一般免疫活化之參數，包括周邊血液中免疫細胞亞群(CD8+記憶/效應T細胞、CD4+記憶/效應T細胞、Treg、NK細胞、DC)之頻率及細胞激素(例如IFN-γ、IL-10、IL-12、IL-2、IL-4、TGF-β等)之血清含量變化。舉例而言，免疫反應藉由針對細胞激素干擾素γ(IFN-γ)、腫瘤壞死因子(TNF)及介白素2(IL-2)對CD4及CD8 T淋巴細胞進行細胞內染色(ICS)之流動式細胞測量術來量測。
治療對提供至27名患者之191個疫苗週期耐受良好。兩名患者經歷3級注射部位反應(短暫性)。不存在與疫苗相關之其他3級及4級毒性。僅九個週期與2級毒性相關(通常流感狀症狀)。
可獲得21個樣品用於免疫反應分析，其中如藉由ICS所量測7個樣品顯示短尾突變體特異性反應。研究之中間時間為74天(範圍)。患有轉移性結腸癌之患者持續15個月具有穩定疾病。
總體而言，發現免疫治療組合物(GI-6301)為安全及耐受良好而無顯著毒性。關於GI-6301免疫治療組合物，此項1期研究顯示在一些患者中該組合物為安全的且增強免疫反應。此等結果顯示首次在人類中轉錄因子可經由疫苗接種免疫靶向。
實例4
以下實例描述實例3中所述之1階段研究之擴展，其展示來自使用本發明之酵母菌-短尾突變體組合物免疫接種患有索脊瘤之受試者 的結果。
開始實例3中所述之1階段研究之擴展階段。擴展階段之目標為以最高耐受劑量向其他群體之患者投與GI-6301及在研究中包括晚期索脊瘤患者。為參加擴展階段，相比於實例3中所述之最初研究，移除以下合格標準：排除CNS疾病(特定允許索脊瘤患者參加)、甲狀腺疾病(及監測)及埃-巴二氏病毒(EBV)PCR要求。
患有復發性(晚期)索脊瘤之七名患者參加40 Y.U.劑量水準擴展階段且此等患者之臨床及免疫結果已經最初評價。所有七名患者已經歷預先輻射(自輻射中間470天：範圍111-1883)。中間年齡為59(41-66)。所有患者每2週×7接受40 Y.U.疫苗，在第8天首次再分級。若穩定，患者繼續每月給藥且每2個月進行再分級掃描γ。雖然主要終點為安全的但亦遵循臨床結果。短尾突變體特異性T細胞反應亦藉由針對細胞激素IFN-γ、TNF及IL-2對CD4及CD8 T淋巴細胞進行細胞內染色(ICS)之流動式細胞測量術來分析。
如上文所論述，所有7名患者已經受廣泛預治療。在研究中兩名患者分別持續6個及12個月具有相對穩定疾病，且分別在第141天及第197天再分級時皆保持穩定。剩餘5名患者在登記時患有進行性疾病。在彼等5名中，1名在第141天指數病變降低>30%且在稍後4週重複掃描中具有確認之部分反應(PR)。1名患者經由第141天再分級具有穩定疾病。其他3名在第141天再分級有進展。經最常見之注射部位反應，不良反應為最低(63次劑量中13次反應(21%)，7次劑量中6次反應(86%))。藉由ICS 7次劑量中兩次反應具有短尾突變體特異性T細胞反應。
在40 Y.U.擴展群組中，腫瘤量測變化如圖4中所見記錄。零天之左側上之x軸標度不同於零天之右側標度。
迄今為止，在I階段GI-6301疫苗研究中，患有晚期索脊瘤之此群 體患者顯示具有確認之部分反應(PR)為安全的且增強免疫反應。
4-5名患有復發性索脊瘤之患者已經排程進入80 Y.U.劑量水準擴展階段。
實例5
以下實例描述患有局部復發性或轉移性疾病，在參加試驗之前腫瘤進展發生在3個月與9個月之間之索脊瘤受試者的2期臨床試驗。
此臨床研究評估患有局部復發性或轉移性疾病之索脊瘤受試者中之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物。研究接受已接受任何預先治療線路之受試者。另外，為包括在研究中，受試者必須在參加研究之前具有3個月與9個月之間發生之腫瘤進展。受試者接受以酵母菌為基礎之免疫治療組合物(例如如本文所述之GI-6301)。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。
在開始免疫接種免疫治療組合物之後大約6個月，受試者將藉由護理提供者評價以確定其是否具有可輻射之病變。若病變可輻射，則將用輻射療法治療病變且將監測及評價受試者直至達到試驗之主要及次要終點。若病變不可輻射，則受試者將不接受輻射療法且將監測及評價直至達到試驗之主要及次要終點。在此時間期間繼續投與以酵母菌為基礎之免疫治療組合物直至達到試驗之主要及次要終點。
主要終點將為如藉由RECIST界定之無進展生存期(PFS)之確定。次要終點包括腫瘤反應率(藉由RECIST及Choi界定，及評價輻射及非輻射病變用於比較)及腫瘤生長率動力學(免疫治療劑治療之前6個月相對於免疫治療劑治療6個月之後評價)。對於PFS，與非經治療控制之受試者(預期5個月)相比中值預期為9個月。受試者對免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合 物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
酵母菌-短尾突變體組合物之投與在此研究中預期為安全的及耐受良好而無顯著毒性。另外，對於接受標準護理之此類別受試者，與標準中值PFS相比酵母菌-短尾突變體組合物之投與預期改善無進展生存期，且PFS中之改進預期藉由其他疫苗後輻射治療增強。另外，酵母菌-短尾突變體組合物之投與預期改善反應率及有利地改變腫瘤生長率動力學。最後，酵母菌-短尾突變體組合物之投與預期在至少一些或大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應。
實例6
以下實例描述患有不可切除、局部復發病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該病變尚未經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物治療或其組合之標準護理療法，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可 藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例7
以下實例描述患有不可切除、局部復發病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該病變已經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等 索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免 疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例8
以下實例描述患有寡轉移性疾病及不可切除病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該病變尚未經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、 腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例9
以下實例描述患有寡轉移性疾病及不可切除病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該病變已經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治 療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群 體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例10
以下實例描述患有寡轉移性疾病及可切除後病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該受試者尚未針對索脊瘤預先接受輻射療法。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例11
以下實例描述患有寡轉移性疾病及可切除後病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該受試者已預先接受輻射療法。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位 投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例12
以下實例描述患有首次復發不可切除病變之索脊瘤受試者中的2 期臨床試驗，其中該病變尚未經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式推動試驗以使適當數目之患者參與使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期會改善無進展生存期，在至少一些或大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加，且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例13
以下實例描述患有首次復發不可切除病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗，其中該病變已經預先輻射。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可 藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例14
以下實例描述患有轉移性疾病及尚未經預先輻射之病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等 索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免 疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
實例15
以下實例描述患有轉移性疾病及已經預先輻射之病變之索脊瘤受試者中的2期臨床試驗。
使用如本文所述之酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(例如包含已表現SEQ ID NO：8(GI-6301)或SEQ ID NO：20(GI-6305)之加熱殺死之全酵母菌屬酵母菌的酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物)，在此等索脊瘤受試者中進行隨機2期臨床試驗。將以統計學方式提供試驗以使適當數目之患者參加，從而使用下文所述之標準評估臨床療效。
試驗按雙盲或非盲、多中心試驗進行。所有患者接受常規監測及/或輻射療法、全身性藥物療法或其組合之標準護理治療，其中治療組患者接受酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物(亦即GI-6301或其他酵母菌-短尾突變體免疫治療劑)之數次連續注射。舉例而言，方案可使用4 Y.U.(1 Y.U.×4個部位意謂在各訪視患者之身體上4個不同部位投與1 Y.U.GI-6301)、16 Y.U.(4 Y.U×4個部位)、40 Y.U.(10 Y.U×4個部位)以及80 Y.U.之劑量範圍(經皮下投與)。劑量可例如如實例3中所述投與或每月投與。入選標準可包括實體腫瘤及可量測疾病之存在。主要及/或次要終點可包括無進展生存期(可藉由RECIST界定或可藉由針對RECIST修改之免疫相關反應標準或藉由Choi標準界定)、進展之延遲時間、腫瘤反應率(亦即藉由在時間段期間使未經治療腫瘤成像進行登記之前6個月至12個月界定之放射反應，如藉由RECIST及/或Choi標準量測及/或與受試者中非輻射病變相比之穩定性或進展)、 腫瘤生長率動力學之變化(諸如治療前6個月相對於治療後6個月)、抗原特異性T細胞反應(例如短尾突變體特異性CD8+及/或CD4+ T細胞在治療中出現或擴展)、總生存期或其組合。
受試者對以酵母菌為基礎之免疫治療組合物之反應可與經相同方式治療之受試者相比，但不添加免疫治療組合物或與二線療法(諸如輻射療法、手術切除、靶向藥物治療或其組合)組合之免疫治療組合物。
以酵母菌為基礎之免疫治療組合物預期為安全及耐受良好而無顯著毒性。另外，酵母菌-短尾突變體免疫治療組合物預期改善無進展生存期，在至少一些大多數患者中產生治療出現之短尾突變體特異性T細胞反應及/或降低腫瘤生長率。與尚未接受以酵母菌為基礎之免疫療法之對照受試者相比，治療群組之受試者預期會使進展之時間延遲。研究之目標為實現中值PFS自此實例中所揭示之索脊瘤群體之預期中值PFS趨向於增加且較佳統計學上顯著增加。藉助於說明，可實現9個月之中值PFS之統計學目標，其中對於研究下之相關索脊瘤群體，預期中值PFS可典型地為約5個月。
雖然已對本發明之各種實施例進行詳細描述，但是顯而易見對於熟習此項技術者會產生彼等實施例之改良及修改。但是應明確瞭解該等改良及修改係在本發明範疇內，如以下例示性申請專利範圍中所述。
<110> 美商環球免疫公司美國衛生與公眾服務部提摩西C羅迪爾大衛 艾佩連克勞蒂雅 潘拉娜傑弗瑞 史庫倫
<120> 索脊瘤之以酵母菌為基礎之免疫療法
<130> 7797-2-PCT
<140> Not Yet Assigned
<141> 2014-03-14
<150> 61/803,332
<151> 2013-03-19
<160> 20
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2518
<212> DNA
<213> 智人
<220>
<221> CDS
<222> (494)..(1801)
<400> 1
<210> 2
<211> 435
<212> PRT
<213> 智人
<400> 2
<210> 3
<211> 2046
<212> DNA
<213> 小家鼠
<220>
<221> CDS
<222> (109)..(1419)
<400> 3
<210> 4
<211> 436
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 4
<210> 5
<211> 1305
<212> DNA
<213> 智人
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(1305)
<400> 5
<210> 6
<211> 435
<212> PRT
<213> 智人
<400> 6
<210> 7
<211> 1357
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<220>
<221> CDS
<222> (10)..(1347)
<400> 7
<210> 8
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<400> 8
<210> 9
<211> 1360
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<220>
<221> CDS
<222> (10)..(1353)
<400> 9
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<400> 10
<210> 11
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成肽
<400> 11
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<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
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<213> 智人
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<212> PRT
<213> 智人
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<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<220>
<221> CDS
<222> (1)..(1305)
<400> 17
<210> 18
<211> 435
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<400> 18
<210> 19
<211> 1370
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<220>
<221> CDS
<222> (10)..(1350)
<400> 19
<210> 20
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 合成構築體
<400> 20

Claims (50)

  1. 一種免疫治療組合物之用途，其係用以製備治療患有索脊瘤之個體之藥物，其中該免疫治療組合物包含：a)酵母菌媒劑；及b)包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原，其中該短尾突變體抗原係選自下列：i)由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20所表示之胺基酸序列；ii)與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20至少95%一致之胺基酸序列；iii)自SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至430位與該等C端；iv)SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之2至435位或與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2至少95%一致之胺基酸序列。
  2. 如請求項1之用途，其中該個體為患有不可切除、局部復發病變之個體。
  3. 如請求項2之用途，其中該病變之局部復發發生在投與該藥物之前的3個月與9個月之間。
  4. 如請求項1之用途，其中該個體為患有寡轉移性疾病之個體。
  5. 如請求項1之用途，其中該個體為患有不可切除病變或可切除病變之初次復發之個體。
  6. 如請求項1之用途，其中該個體為患有轉移性疾病之個體。
  7. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經用於癌症之另一療法治療。
  8. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經輻射療法治療。
  9. 如請求項8之用途，其中在投與該藥物之前施以該輻射療法。
  10. 如請求項8之用途，其中在投與該藥物同時施以該輻射療法。
  11. 如請求項8之用途，其中繼投與該藥物之後施以該輻射療法。
  12. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經腫瘤切除術治療。
  13. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經化學療法治療。
  14. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經選自由酪胺酸激酶抑制劑、EGFR抑制劑及STAT3抑制劑組成之群之藥物靶向療法治療。
  15. 如請求項1至6中任一項之用途，其中該個體係經治療或已經投與一或多種額外免疫治療組合物治療。
  16. 如請求項15之用途，其中該額外免疫治療組合物為酵母菌媒劑及除短尾突變體抗原以外之抗原。
  17. 如請求項15之用途，其中該額外免疫治療組合物為酵母菌媒劑及表皮生長因子受體(EGFR)抗原。
  18. 一種免疫治療組合物之用途，其係用以製備用於預防患有家族性索脊瘤病史之個體中之索脊瘤、延緩索脊瘤發作或改善索脊瘤之結果的藥物，其中該免疫治療組合物包含：a)酵母菌媒劑；及b)包含至少一種短尾突變體抗原之癌抗原；其中，在投與該藥物時該個體尚未診斷患有索脊瘤；且其中該短尾突變體抗原係選自下列：i)由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20所表示之胺基酸序列；ii)與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：20至少95%一致之胺基酸序列；iii)自SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至430位與該等C端；iv)SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之2至435位或與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2至少95%一致之胺基酸序列。
  19. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原為全長人類短尾突變體。
  20. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原並非全長短尾突變體。
  21. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原具有由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2至少95%一致之胺基酸序列。
  22. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含自SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至255位與C端之間。
  23. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含自SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之至少1或2位至430位與該等C端。
  24. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：18或SEQ ID NO：2之246至254位。
  25. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：6之2至435位或與SEQ ID NO：6至少95%一致之胺基酸序列。
  26. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：18之2至435位或與SEQ ID NO：18至少95%一致之胺基酸序列。
  27. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：2之2至435位或與SEQ ID NO：2至少95%一致之胺基酸序列。
  28. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：6之2至435位或與SEQ ID NO：6至少99%一致之胺基酸序列。
  29. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：18之2至435位或與SEQ ID NO：18至少99%一致之胺基酸序列。
  30. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原包含SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：2之2至435位或與SEQ ID NO：2至少99%一致之胺基酸序列。
  31. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原具有由SEQ ID NO：8表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：8至少95%一致之胺基酸序列。
  32. 如請求項1或18之用途，其中該短尾突變體抗原具有由SEQ ID NO：20表示之胺基酸序列或與SEQ ID NO：20至少95%一致之胺基酸序列。
  33. 如請求項1或18之用途，其中該酵母菌媒劑為全酵母菌。
  34. 如請求項33之用途，其中將該全酵母菌殺死。
  35. 如請求項33之用途，其中將該全酵母菌加熱失活。
  36. 如請求項1或18之用途，其中該酵母菌媒劑表現該抗原。
  37. 如請求項1或18之用途，其中該酵母菌來自選自由酵母(Saccharomyces)、假絲酵母(Candida)、隱球酵母(Cryptococcus)、漢森酵母(Hansenula)、克魯維酵母(Kluyveromyces)、畢赤酵母(Pichia)、紅酵母(Rhodotorula)、裂殖酵母(Schizosaccharomyces)及耶氏酵母(Yarrowia)組成之群之屬。
  38. 如請求項1或18之用途，其中該酵母菌來自酵母。
  39. 如請求項1或18之用途，其中該酵母菌來自釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。
  40. 如請求項1或18之用途，其中該組合物係在適用於藉由注射投與受試者之醫藥學上可接受之賦形劑中調配。
  41. 如請求項1或18之用途，其中向該受試者投與劑量為約0.1 Y.U.至約100 Y.U.之該藥物。
  42. 如請求項1或18之用途，其中向該受試者投與劑量為約10 Y.U.至約80 Y.U.之該藥物。
  43. 如請求項1或18之用途，其中向該受試者投與劑量為2 Y.U.、40 Y.U.或80 Y.U.之該藥物。
  44. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係每週投與。
  45. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係每隔一週投與。
  46. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係每月投與。
  47. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係每週投與持續5週繼之以每月投與。
  48. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係每隔兩週投與持續7輪治療繼之以每月投與。
  49. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係在該個體上之一個以上部位投與以形成單次劑量。
  50. 如請求項1或18之用途，其中該藥物係與用於癌症之另一療法同時投與。
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