TWI456197B - 作為早發性大腸直腸癌之生物標記的（ｌｉｎｅ－１低甲基化作用） - Google Patents
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- 一種預測、偵測、診斷或監控人類個體之初癌或癌症之方法，其包含步驟：確定一或多個自該人類個體獲得之生物樣品之LINE-1甲基化作用程度；及將該LINE-1甲基化作用程度與LINE-1甲基化作用對照程度比較，其中較低LINE-1甲基化作用程度表示早發性大腸直腸癌。
- 如請求項1之方法，其中該等生物樣品係選自由以下組成之群：組織樣品、糞便樣品、細胞均質物、血液樣品、一或多種生物流體或其任何組合。
- 如請求項1之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由以下方法確定：甲基化間位點之擴增；亞硫酸氫鹽轉化，接著捕捉及定序；亞硫酸氫鹽甲基化作用概況分析；亞硫酸氫鹽定序；亞硫酸氫鹽掛鎖探針；相對甲基化作用之高通量陣列；亞硫酸氫鹽限制分析；差異甲基化雜交；藉由連接介導PCR之HpaII小型片段富集；甲基化CpG島擴增；利用微陣列雜交之甲基化CpG島擴增；甲基化DNA免疫沉澱；甲基化CpG免疫沉澱；甲基化CpG島回收分析；基於微陣列之甲基化作用評估；甲基化作用敏感任意引物PCR；甲基化作用敏感切除計數；甲基化作用特異PCR；甲基化作用敏感單核苷酸引子延伸；次世代定序；限制標記基因組掃描；簡化表示亞硫酸氫鹽定序；或全基因組霰彈槍亞硫酸氫鹽定序。
- 如請求項1之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序確定。
- 如請求項1之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序，使用核酸SEQ ID NO：13至16確定。
- 一種預測、偵測、診斷或監控人類個體之早發性大腸直腸癌之生物標記，其包含：確定LINE-1甲基化作用程度之生物標記，其中較低之LINE-1甲基化作用程度表示該人類個體存在早發性大腸直腸癌。
- 一種確定人類個體之早發性大腸直腸癌之套組，其包含：用於測量樣品之LINE-1甲基化作用程度之生物標記偵測試劑；及關於將該生物標記偵測試劑用於診斷早發性大腸直腸癌之存在之操作指南，其中該等操作指南包含將該樣品之LINE-1甲基化作用程度與LINE-1甲基化作用對照程度比較之逐步指示。
- 如請求項7之套組，其中該樣品係選自由以下組成之群：組織樣品、糞便樣品、細胞均質物、血液樣品、一或多種生物流體或其任何組合。
- 如請求項7之套組，其中該LINE-1甲基化作用對照程度係獲自健康個體之樣品，其中該健康個體係不罹患早發性大腸直腸癌之人類個體。
- 如請求項7之套組，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由以下方法確定：甲基化間位點之擴增；亞硫酸氫鹽轉化，接著捕捉及定序；亞硫酸氫鹽甲基化作用概況分析；亞硫酸氫鹽定序；亞硫酸氫鹽掛鎖探針；相對甲基化作用之高通量陣列；亞硫酸氫鹽限制分析；差異甲基化雜交；藉由連接介導PCR之HpaII小型片段富集；甲基化CpG島擴增；利用微陣列雜交之甲基化CpG島擴增；甲基化DNA免疫沉澱；甲基化CpG免疫沉澱；甲基化CpG島回收分析；基於微陣列之甲基化作用評估；甲基化作用敏感任意引物PCR；甲基化作用敏感切除計數；甲基化作用特異PCR；甲基化作用敏感單核苷酸引子延伸；次世代定序；限制標記基因組掃描；簡化表示亞硫酸氫鹽定序；或全基因組霰彈槍亞硫酸氫鹽定序。
- 如請求項7之套組，其中該偵測係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序實施。
- 如請求項7之套組，其中該偵測係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序，使用核酸SEQ ID NO：13至16實施。
- 一種對診斷罹患早發性大腸直腸癌之病患選擇癌症療法之方法，該方法包含步驟：確定個體之生物樣品之LINE-1甲基化作用程度，其中該LINE-1甲基化作用程度指示早發性大腸直腸癌；及基於早發性大腸直腸癌確定存在於該個體中選擇癌症療法。
- 一種體外實施臨床試驗以評估據信可用於治療早發性大 腸直腸癌之候選藥物之方法，該方法包含：a)藉由包含以下步驟之方法確定早發性大腸直腸癌之存在：確定獲自個體之生物樣品之一或多個細胞之整體LINE-1甲基化作用程度，其中相較於參考對照較低之整體LINE-1甲基化作用程度表示存在早發性大腸直腸癌；b)在將候選藥物投與第一病患子集或將安慰劑、可相比藥物或該候選藥物與另一活性劑之藥物組合投與第二病患子集之後，重複步驟a)；及c)監控整體LINE-1甲基化作用程度相較於在該第二病患子集中發生之任何下降之變化，其中第二病患子集中整體LINE-1甲基化作用之統計學顯著下降表示該候選藥物可用於治療該疾病狀態。
- 一種偵測人類個體之大腸直腸癌初癌或早發性大腸直腸癌之方法，其包含步驟：識別疑罹患大腸直腸癌之人類個體；確定一或多個自該人類個體獲得之生物樣品之LINE-1甲基化作用程度；及將該LINE-1甲基化作用程度與LINE-1甲基化作用對照程度比較，其中較低之該LINE-1甲基化作用程度表示存在早發性大腸直腸癌。
- 如請求項15之方法，其中該等生物樣品係選自由以下組成之群：組織樣品、糞便樣品、細胞均質物、血液樣品、一或多種生物流體或其任何組合。
- 如請求項15之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉 由以下方法確定：甲基化間位點之擴增；亞硫酸氫鹽轉化，接著捕捉及定序；亞硫酸氫鹽甲基化作用概況分析；亞硫酸氫鹽定序；亞硫酸氫鹽掛鎖探針；相對甲基化作用之高通量陣列；亞硫酸氫鹽限制分析；差異甲基化雜交；藉由連接介導PCR之HpaII小型片段富集；甲基化CpG島擴增；利用微陣列雜交之甲基化CpG島擴增；甲基化DNA免疫沉澱；甲基化CpG免疫沉澱；甲基化CpG島回收分析；基於微陣列之甲基化作用評估；甲基化作用敏感任意引物PCR；甲基化作用敏感切除計數；甲基化作用特異PCR；甲基化作用敏感單核苷酸引子延伸；次世代定序；限制標記基因組掃描；簡化表示亞硫酸氫鹽定序；或全基因組霰彈槍亞硫酸氫鹽定序。
- 如請求項15之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序確定。
- 如請求項15之方法，其中該LINE-1甲基化作用程度係藉由定量亞硫酸氫鹽焦磷酸定序，使用核酸SEQ ID NO：13至16確定。
- 一種偵測人類個體之初癌或癌症之方法，其包含步驟：處理一或多個自該人類個體獲得之生物樣品以確定該一或多個生物樣品之LINE-1甲基化作用程度；及將來自該一或多個生物樣品之該LINE-1甲基化作用程度與來自正常大腸直腸組織之LINE-1甲基化作用程度比較，其中較低之該LINE-1甲基化作用程度表示存在早發性大腸直腸癌。
- 一種體外使用藥效學(PD)生物標記以確定對早發性大腸直腸癌之治療之藥理學反應之方法，該方法包含：第一次確定獲自個體之第一生物樣品之一或多個細胞之整體LINE-1甲基化作用程度，其中若該整體LINE-1甲基化作用程度相較於不疑具有癌症之個體之正常樣品較低，則表示存在早發性大腸直腸癌；在投與藥物之後，重複步驟：第二次確定獲自該個體之第二生物樣品之一或多個細胞之整體LINE-1甲基化作用程度；及比較該第一與第二次之整體LINE-1甲基化作用，其中第一次之LINE-1甲基化作用發生統計學顯著下降表示該藥物可用於治療早發性大腸直腸癌。
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