TW201718618A - 架橋型核酸GuNA,其製造方法,及中間體化合物 - Google Patents

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Abstract

本發明係提供胍架橋型人工核酸(以下,簡稱為GuNA)之製造方法及用於該製造之中間體化合物。具體而言,本發明係提供製造通式I表示之化合物或其鹽之方法,為藉由將還原劑於通式II表示之化合物中進行反應製造之方法:□(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A為如說明書中記載者)通式II□(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’為如說明書中記載者)。

Description

架橋型核酸GuNA,其製造方法,及中間體化合物
本發明係有關架橋型核酸GuNA之單體及低聚物、其製造方法及用於該製造之中間體化合物。
藉由核酸醫藥治療疾病之方法有反義法、反基因法、使用適體(aptamer)之方法、使用siRNA之方法等。其中,反義法為從外部導入與疾病相關之mRNA互補之寡核苷酸(反義股),藉由形成雙股,阻礙病原RNA之轉譯過程,進行疾病的治療或預防之技術。使用siRNA之方法亦與反義法類似,藉由投予於生體內之雙股RNA,阻礙mRNA轉譯為蛋白質。另一方面,反基因法為藉由從外部導入對應將病原RNA轉錄之DNA部位之三股形成寡核苷酸,抑制DNA轉錄為RNA。又,適體為藉由與成為疾病原因之蛋白質等生體成分特異性結合,調節該蛋白質之活性,發揮機能。
作為經此操作之核酸醫藥之材料,雖然開發有種種人工核酸,惟,仍沒有成為王牌之分子存在。例如,至今己開發之核酸醫藥材料有硫代磷酸酯 (Phosphorothioate:S-PO3)型寡核苷酸(S-oligo)、2’,4’-橋狀(架橋)核酸(bridged nucleic acid)(BNA)/2’,4’-鎖核酸(Locked nucleic acid)(LNA)(專利文獻1至4及非專利文獻1至6)等。S-oligo作為對於巨細胞病毒之反義醫藥品,己於美國上市。該等雖然具有高的核酸酶耐性,惟,有與標的核酸鏈結合之親和性低之難點,有改善的必要。至今開發之2’,4’-BNA/LNA任何一種與標的核酸鏈結合之親和性都高,作為核酸醫藥之材料為最期待之分子。惟,對於核酸酶之耐性不充分,在生體內之安定性仍有改善之空間。
己有報告2’-胺基LNA為人工核酸之一種(非專利文獻7)。具有核酸酶耐性,與標的核酸鏈結合之親和性高,與上述LNA相同,作為核酸醫藥之材料為最期待之分子。惟,作為可成為用於合成寡核苷酸之原料,具備適當取代基之核苷只知道有具有胸腺嘧啶基或5-甲基-胞嘧啶基之核苷酸(非專利文獻8)。
又,其他之人工核酸已報告有Aza-ENA(非專利文獻9)。構成架橋之碳原子藉由2’-胺基LNA,具有1個增加之構造,該核酸之鹼基部分只知道胸腺嘧啶基。
另,作為其他之人工核酸,可列舉胍架橋型人工核酸(GuNA)。至此,對於胍架橋型人工核酸(GuNA),作為核酸鹼基部分己知有含有胸腺嘧啶基之GuNA(專利文獻5)。惟,對於含有胸腺嘧啶基以外之核酸鹼基部分之GuNA則未知。又,製造GuNA需要多階段,因此,要有 效率的製造並不容易。又,作為類似GuNA之人工核酸報告有GENA(非專利文獻10)。構成架橋之碳原子藉由GuNA,具有1個增加之構造,其核酸之鹼基部分只知道胸腺嘧啶基。
至今己知之GuNA之製造方法記載於非專利文獻11,惟,需要多階段之步驟,且GuNA之生成收率亦不充分。該製造路徑表示於下。
[先行技術文獻] [專利文獻]
[專利文獻1]國際公開第98/39352號
[專利文獻2]國際公開第2005/021570號
[專利文獻3]國際公開第2003/068795號
[專利文獻4]國際公開第2011/052436號
[專利文獻5]國際公開第2014/046212號
[非專利文獻]
[非專利文獻1] C. Wahlestedt等,Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000年,97卷,10號,5633-5638頁
[非專利文獻2] Y. Hari等,Bioorg. Med. Chem., 2006年,14卷,1029-1038頁
[非專利文獻3] K. Miyashita等,Chem. Commun., 2007 年,3765-3767頁
[非專利文獻4] S.M.A. Rahman等,J. Am. Chem. Soc., 2008年,130卷,14號,4886-4896頁
[非專利文獻5] M. Kuwahara等,Nucleic Acids Res., 2008年,36卷,13號,4257-4265頁
[非專利文獻6] S. Obika等,Bioorg. Med. Chem., 2001年,9卷,1001-1011頁
[非專利文獻7] S.K. Singh等,J. Org. Chem. 1998, 63, 6078-6079頁
[非專利文獻8] Christoph Rosenbohm等,Org. Biomol. Chem., 2003年,1卷,655-663頁
[非專利文獻9] Oommen P. Varghese等,J. AM. CHEM. SOC. 2006年,128卷,15173-15187頁
[非專利文獻10] Jharna Barman等,RSC Advances, 2015年,16卷,12257-12260頁
[非專利文獻11] Ajaya R. Shrestha等,Chem. Commun. 2014年,50卷,575-577頁
本發明係有關胍架橋型人工核酸(以下,簡稱為GuNA)之製造方法、用於該製造之中間體化合物及GuNA單體或低聚物。
本發明人等為了解決上述課題,經過深入研 究之結果發現如下所述之與以往之製造方法相比步驟少,且GuNA之收率獲得改善之GuNA之新穎製造方法及用於該製造方法之新穎中間體化合物,因而完成本發明。
亦即,本發明係有關以下之項[1]至[89]者,惟,本發明不只限於該等項。
項[1]
一種製造通式I表示之化合物或其鹽之方法,為包含將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,使與環A’縮合之噁唑啶環開裂之步驟:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上 之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A],
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式I者相同意義,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A’]。
項[2]
如項[1]所述之製造方法,其中,R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2:
還原劑為Ph3P。
項[3]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項1或項2所述步驟之製造方法:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經 1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[4]
一種通式I表示之化合物或其鹽:
[式中,R1及R2各自獨立為苯甲(Bn)基、2-萘甲基、對-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基或對-苯基苯甲基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮 合,形成環A。]
項[5]
如項4所述之化合物或其鹽,其中,R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[6]
一種通式II表示之化合物或其鹽:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
項[7]
如項6所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2。
項[8]
一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應之步驟之製造方法:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由 可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’各表示與通式II者相同意義。]。
項[9]
如項8所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2,疊氮化劑為DPPA。
項[10]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項8或9所述之步驟之製造方法:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[11]
一種通式III表示之化合物或其鹽:
通式III
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
項[12]
如項11所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2。
項[13]
一種通式IV表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,將通式V中取代於四氫呋喃環之無保護羥基活化之步驟之製造方法:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、 可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、X及m各表示與通式IV者相同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
項[14]
如項13所述之製造方法,其中,該R1及R2各個為Bn基,R3、R4、R5及R6各個為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2,羥基之活化劑為三氟甲烷磺醯氯。
項[15]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項13或14所述之步驟之製造方法:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨 立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[16]
一種通式IV表示之化合物或其鹽:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
項[17]
如項16所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為 Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A’為下述構造式II-1或II-2。
項[18]
一種通式V表示之化合物或其鹽:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵 素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
項[19]
如項18所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[20]
一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應之步驟之製造方法:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6 炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,X為脫離基,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’各表示與通式II者相同意義。]。
項[21]
如項20所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A’為下述構造式II-1或II-2,疊氮化劑為nBu4NN3或疊氮化鈉。
項[22]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包 含項20或21所述之步驟之製造方法:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[23]
一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,將於通式VI中取代於四氫呋喃環之無保護之羥基活化之步驟之製造方法:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式II 者相同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
項[24]
如項23所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2,羥基之活化劑為三氟甲烷磺醯氯。
項[25]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項23或24所述之步驟之製造方法:
通式VII
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[26]
一種通式VII表示之化合物或其鹽:
通式VII
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。(惟,m=1,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Boc基,R10為Boc基,R11為氫原子者及m=2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各個為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Ceoc基,R10為Ceoc基,R11為氫原子者除外。)]。
項[27]
如項26所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基或Boc基,R10為Teoc基或Boc基,R11為氫原子。
項[28]
如項[26]所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基,R10為Teoc基,R11為氫原子。
項[29]
一種通式VIII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將通式IX表示之化合物之環A以B取代之步驟之製造方法:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基 部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12及R13各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數]。
[式中,R3、R4、R5、R6及m各為與通式VIII表示者相同,R14及R15各自獨立為氫原子或羥基之保護基,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
項[30]
如項29所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤 基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12、R13、R14及R15均為Bn基,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[31]
如項29所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12為DMTr基,R13為TMS基,R14為DMTr基,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[32]
如項29所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12為TMS基,R13為TMS基,R14為氫原子,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[33]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如項29至32中任一項所述之步驟之製造方法:
通式VII
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[34]
一種通式VIII表示之化合物或其鹽:
通式VIII
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12為Bn基、DMTr基或TMS基,R13為Bn基、氫原子或TMS基,m為1至3之整數。]。
項[35]
如項34所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R12及R13各為Bn基。
項[36]
如項34所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸 腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R12為DMTr基,R13為氫原子。
項[37]
一種具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸之製造方法,(惟,具有只將m=1或2時,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17及R18各個為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外),為從通式XI表示之化合物藉由亞磷醯胺法製造之方法,
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保 護基,m為1至3之整數。]
[式中,B、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式X者相同意義,R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]
項[38]
如項37所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R7為羥基之保護基,R16、R17及R18為氫原子,R20為-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R21、R22及R23各自獨立為胺基之保護基。
項[39]
一種具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸或其鹽
(惟,具有只將m=1或2時,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17及R18各為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外):
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]
項[40]
如項39所述之寡核苷酸或其鹽,其中,該B為腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,R16、R17及R18為氫原子。
項[41]
一種通式XII表示之化合物或其鹽:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,D1為N3、羥基或-X(-X為脫離基,較好為羥基之脫離基,可例示甲烷磺醯基氧基(甲磺醯基氧基;Ms-O-)、三氟甲烷磺醯基氧基、對-甲苯磺醯基氧基等,惟,不只限於該等例),m為1至3之整數,環A’為可經1個以上之取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’(「5至7員環不飽和雜環」之取代基較好為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取 代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基或鹵素原子。)]。
項[42]
如項41所述之化合物或其鹽,其中,該R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子或C1-6烷基。
項[43]
如項41或42所述之化合物或其鹽,其中,該R3、R4、R5及R6各為氫原子。
項[44]
如項41至43中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各自獨立為Bn基、4,4’-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、第三丁基二甲基矽基、第三丁基二苯基矽基、三氟甲烷磺醯基、三甲基矽基或甲烷磺醯基等。
項[45]
如項41至44中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該環A’為可經1個以上之取代基取代之6員環不飽和雜環,較好為具有以下構造II-1或II-2之雜環。
項[46]
如項41至45中任一項所述之化合物或其鹽,其中, 該D1為N3
項[47]
如項41至45中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該D1為羥基。
項[48]
如項41至45中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該D1為-X(脫離基)。該脫離基較好為羥基之脫離基,可例示甲烷磺醯基氧基(甲磺醯基氧基;Ms-O-)、三氟甲烷磺醯基氧基、對-甲苯磺醯基氧基等,惟,不只限於該等例。
項[49]
一種通式I表示之化合物之製造方法,為藉由將還原劑與項46所述之化合物進行反應而製造之方法
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可 經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
本製造方法中使用之還原劑為膦類,較好為Ph3P。環A較好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[51]
一種項46所述之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與項47所述之化合物進行反應而製造項46所述之化合物之方法。本製造方法中使用之疊氮化劑為疊氮酸、疊氮化鈉、疊氮化鋰、疊氮化四丁基銨、疊氮化三甲基矽、疊氮磷酸二苯酯(DPPA)、煙醯疊氮、疊氮化鋅(Zn(N3)2),較好為DPPA。
項[52]
一種項46所述之化合物或其鹽之製造方法,為包含藉由將疊氮化劑與項48所述之化合物進行反應而製造之方法。本製造方法中使用之疊氮化劑例如nBu4NN3或疊氮化鈉,惟,不只限於此。
項[53]
一種項46所述之化合物或其鹽之製造方法,為包含藉由將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物中進行反應而製造之方法,
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
本製造方法中使用之羥基活化劑例如為三氟甲烷磺醯氯、甲烷磺醯氯或三氟甲烷磺酸酐,惟,不只限於此。
項[54]
一種項48所述之化合物或其鹽之製造方法,為包含藉由將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應而製造之方法,
通式V:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]。本製造方法中使用之羥基之活化劑例如為甲烷磺醯氯,惟,不只限於此。
項[55]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項49至54中任一項所述之製造方法
通式VII:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[56]
一種胍架橋型人工核酸之製造方法,為包含項49至55中任一項所述之製造方法,該胍架橋型人工核酸為具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸,為從通式XI所述之化合物藉由亞磷醯胺法製造之核酸。
通式X:
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、胺基之保護基,m為1至3之整數。]
通式XI:
[式中,B、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式X者相同意義,R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基。]
項[57]
一種通式XIII表示之化合物或其鹽。
[式中,R1及R2各自獨立為氫原子或羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之 C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,D為環A(式中,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。)或B(可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分)。]。
項[58]
如項57所述之化合物或其鹽,其中,該R3、R4、R5、R6各為氫原子。
項[59]
如項57或58所述之化合物或其鹽,其中,該D為環A。
項[60]
如項59所述之化合物或其鹽,其中,該環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[61]
如項59或60所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各自獨立為羥基之保護基。
項[62]
如項61所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各自獨立為Bn基、2-萘甲基、對-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基或對-苯基苯甲基。
項[63]
項59至62中任一項所述之化合物為選自以下之化合物或其鹽;1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮及1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-基}-嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮。
項[64]
如項57或58所述之化合物或其鹽,其中,該D為B(B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分。)。
項[65]
如項64所述之化合物或其鹽,其中,該B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶基。
項[66]
如項64或65所述之化合物或其鹽,其中,該R1為羥基之保護基。
項[67]
如項66所述之化合物或其鹽,其中,該R1為Bn基、DMTr基或TMS基之任何一種。
項[68]
如項64至67中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R2為羥基之保護基。
項[69]
如項68所述之化合物或其鹽,其中,該R2為Bn基。
項[70]
如項68所述之化合物或其鹽,其中,該R2為TMS基。
項[71]
如項64至67中任一項所述之化合物或其鹽,其中,R2為氫原子。
項[72]
一種項64至71中任一項所述之化合物,為選自以下之化合物或其鹽:1-[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜雙環[2.2.1]庚-3-基]-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮。
項[73]
一種項64所述之化合物或其鹽之製造方法,為包含藉由將通式IX表示之化合物之環A取代而製造項64所述之化合物之方法,通式IX:
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R14及R15各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
於本製造方法,較好B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基。又,環A較好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。R14、R15及R16較好均為Bn基或R14為DMTr基、R15為TMS基及R16為氫原子,惟,不只限於此。本製 造中將環A取代之方法為使用路易士酸之方法,較好為使用路易士酸及矽化劑之方法,惟,不只限於此。
項[74]
一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含項73所述之製造方法
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
項[75]
一種包含項62或63所述之製造方法之胍架橋型人工 核酸之製造方法,該胍架橋型人工核酸為具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸,為從通式XI所述之化合物藉由亞磷醯胺法製造之核酸:
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]
通式XI
[式中,B、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式X者相同意義,R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基。]。
項[76]
一種通式VII表示之化合物或其鹽:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。(惟,m=1,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Boc基,R10為Boc基,R11為氫原子及m=2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Ceoc基,R10為Ceoc基,R11為氫原子者除外。)]。
項[77]
如項76所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基、腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基或脲嘧啶基。
項[78]
如項76或77所述之化合物或其鹽,其中,該R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
項[79]
如項76至78中任一項所述之化合物或其鹽,其中, 該R7為羥基之保護基。R7之羥基之保護基較好為碳原子數1至6之烷基、碳原子數1至6之烷氧基、鹵素原子及/或經以經氰基取代之1至3個芳基取代之甲基,更好為DMTr基,惟,不只限於此。
項[80]
如項76至79中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R8為氫原子。
項[81]
如項76至79中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R8為可經1個以上之取代基取代之磷酸基。該磷酸基較好為-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,惟,不只限於此。
項[82]
如項76至81中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R9及R10各自獨立為胺基酸之保護基。該胺基酸之保護基較好為Teoc基或Boc基,惟,不只限於此。
項[83]
如項76至82中任一項所述之化合物或其鹽,其中,該R11為氫原子。
項[84]
如項76所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基。
項[85]
如項84所述之化合物或其鹽,其中,該R9及R10為Teoc基。
項[86]
一種具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸或其鹽(惟,具有只將B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17及R18各為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外):
[式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]。
項[87]
如項86所述之寡核苷酸或其鹽,其中,該B為腺嘌 呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
項[88]
如項86或87所述之寡核苷酸或其鹽,其中,該R16、R17及R18為氫原子。
項[89]
一種項86至89中任一項所述之寡核苷酸或其鹽之製造方法,為包含從通式XI所述之化合物藉由亞磷醯胺法製造之方法
[式中,B、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式X者相同意義,R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基。]。
本發明之製造方法與以往之製造方法相比,可大幅度縮短步驟數,可大大改善GuNA之生成收率。藉由本發明之核酸鹼基置換方法,可效率佳且可選擇適當β體製造具有胸腺嘧啶基以外之各種核酸鹼基之GuNA。藉由本發明之製造方法,可製造含有具有其他各種核酸鹼基之GuNA單體之GuNA低聚物,例如具有腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基或脲嘧啶基之鹼基部分之GuNA單體及含有該等GuNA單體之GuNA低聚物。本發明之中間體化合物可用於製造各種核酸鹼基之GuNA。
本發明之中間體化合物含有2’-胺基LNA之單體。藉由本發明之核酸鹼基置換方法,可製造不只具有腺嘌呤基、胸腺嘧啶基,還具有其他各種核酸鹼基之2’-胺基LNA,例如具有鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基或脲嘧啶基之鹼基部分之2’-胺基LNA。
使用具有藉由本發明所製造之各種核酸鹼基之2’-胺基LNA之單體,可製造2’-胺基LNA之低聚物。由於2’-胺基LNA之低聚物對於核酸酶具有耐性,強固結合於具有互補性序列之核酸,作為使用核酸之醫藥品,可廣泛利用於各種疾病之治療、減輕、預防、預防再發、診斷及作為使用核酸之試藥之各種檢査或試驗。
藉由本發明製造之GuNA對於核酸酶具有顯著之耐性,強固結合於具有互補性序列之核酸,另在細胞內可有效率的移行,作為使用核酸之醫藥品,可廣泛利用於各種疾病之治療、減輕、預防、預防再發、診斷及作為 使用核酸之試藥之各種檢査或試驗。
以下,對本發明作更詳細的說明。又,本說明書中引用之所有刊物作為參照,編入本說明書中。
(定義)
首先,將本說明書中使用之用語定義之。
於本說明書,用語「可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基」包含碳原子數1至6(C1-6),較好碳原子數1之4(C1-4)之任意直鏈烷基、具有相同或不同支鏈之碳原子數3至6之任意支鏈烷基、碳原子數3至6之任意環狀烷基及碳原子數4至6之該等之組合。例如,碳原子數1至6之任意直鏈烷基之具體例可列舉甲基、乙基、正丙基、正丁基、正戊基、正己基等,具有相同或不同支鏈之碳原子數3至6之任意支鏈烷基之具體例可列舉異(簡稱為「i」)丙基、異丁基、第三(簡稱為「t」)-丁基、第二(簡稱為「s」)-丁基、新戊基、異戊基等,碳原子數3至6之任意環狀烷基較好為3至6員單環式環烷基,具體例可列舉環丙基、環丁基、環戊基、環己基等,惟,不只限於該等。取代基可列舉1個以上(較好為1至3個)相同或不同,選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫基及鹵素原子所成群組之基。
於本說明書,用語「可經1個以上之取代基 取代之C2-6烯基」包含碳原子數2至6(C2-6),較好碳原子數2至4(C2-4)之任意直鏈烯基,具有相同或不同支鏈之碳原子數3至6之任意支鏈烯基、碳原子數3至6之任意環狀烯基及碳原子數4至6之該等之組合。例如,碳原子數2至6之任意直鏈烯基之具體例可列舉乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基、2-丁烯基、1-戊烯基、2-戊烯基、3-戊烯基、4-戊烯基、1-己烯基等,具有相同或不同支鏈之碳原子數3至6之任意支鏈烯基之具體例可列舉異丙烯基、1-甲基-1-丙烯基、1-甲基-2-丙烯基、2-甲基-1-丙烯基、2-甲基-2-丙烯基、1-甲基-2-丁烯基等,碳原子數3至6之任意環狀烯基較好為3至6員單環式環烯基,具體例可列舉環丙烯基、環丁烯基、環戊烯基、環己烯基等,惟,不只限於該等。取代基可列舉1個以上(較好為1至3個),相同或不同選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之基。
於本說明書,用語「可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基」包含碳原子數2至6(C2-6),較好碳原子數2至4(C2-4)之任意直鏈炔基,具有相同或不同支鏈之碳原子數3至6之任意支鏈炔基、碳原子數3至6之任意環狀炔基及碳原子數4至6之該等之組合。例如,碳原子數2至6之任意直鏈炔基之具體例可列舉乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基、1-丁炔基、2-丁炔基、1-戊炔基、2-戊炔基、3-戊炔基、4-戊炔基、1-己炔基等,具有相同或不同支鏈之 碳原子數3至6之任意支鏈炔基之具體例可列舉異丙炔基、1-甲基-1-丙炔基、1-甲基-2-丙炔基、2-甲基-1-丙炔基、2-甲基-2-丙炔基、1-甲基-2-丁炔基等,碳原子數3至6之任意環狀炔基較好為3至6員單環式環炔基,具體例可列舉環丁炔基、環戊炔基、環己炔基等,惟,不只限於該等。取代基可列舉1個以上(較好1至3個),相同或不同選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之基。
於本說明書,用語「C1-6烷氧基」係指C1-6烷基與氧原子結合之1價基、C1-6烷基-O基。具體例可列舉甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、正丁氧基、第三丁氧基、第二丁氧基、3-甲基丁氧基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「鹵素(原子)」可列舉例如氟原子(氟)、氯原子(氯)、溴原子(溴)或碘原子(碘)。
於本說明書,用語「芳基(基)」為從芳族烴衍生之官能基或取代基,包含由複數環所成者,具體而言,係指從芳族烴基除去1個氫原子之碳原子數6至14之1價基,可列舉例如苯基、茚基、萘基、菲基、蒽基等。又,芳環可經鹵素原子、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、羥基、C1-6烷氧基、芳基氧基、胺基、硝基、三氟甲基、苯基等1種以上之基取代,該等可經取代之芳基可列舉例如2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、2,6-二甲基苯基、2,4-二甲基苯基、2-氯苯基、4-氯苯基、2,4-二氯苯基、2,5-二氯 苯基、2,6-二氯苯基、2-溴苯基、4-甲氧基苯基、4-氯-2-硝基苯基、4-硝基苯基、2-硝基苯基、2,4-二硝基苯基、聯苯基等。較佳之芳基可列舉經鹵素原子、C1-6烷氧基或硝基取代之苯基或無取代苯基等。
於本說明書,用語「雜芳基(基)」係指從環構造中含有雜原子(例如氮原子、氧原子及/或硫原子)之碳原子數3至12之任意雜芳族化合物除去1個氫原子之1價基,可列舉吡啶基、嘧啶基、噠嗪基、吡咯基、異喹啉基、喹啉基、吲哚基、咪唑基、三唑基、呋喃基、噻吩基等。又,雜芳基環可經鹵素原子、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、羥基、C1-6烷氧基、芳基氧基、胺基、硝基、三氟甲基、苯基等1種以上之基取代。
於本說明書,於本發明化合物、中間體化合物、原料化合物等具有官能基(例如羥基、胺基、羧基等)時,以Theodora W.Greene,Peter G.M.Wuts,"Protective Groups in Organic Synthesis"4th.ed.,John Wiley & Sons,Inc.,1999記載之方法為基準,藉由以於有機合成化學通常使用之保護基保護,進行反應後除去該保護基,可獲得目的之化合物。保護基可列舉於同說明書中記載之有機合成化學通常使用之保護基,每個官能基之保護基記載於下。
於本說明書,「羥基之保護基」、「胺基之保護基」、「磷酸基之保護基」、「巰基之保護基」中記載之用語「保護基」只要在核酸合成時安定,可將胺基、羥基、磷酸基或巰基保護者即可,並無特別限制。具體而 言,係指在酸性或中性條件為安定,可藉由如加氫分解、加水分解、電氣分解及光分解之化學方法開裂之保護基。該等保護基可列舉例如碳原子數1至6之烷基;碳原子數2至6之烯基;碳原子數2至6之炔基;醯基;四氫吡喃基或四氫硫代吡喃基;四氫呋喃基或四氫硫代呋喃基;矽基;經碳原子數1至6之烷氧基取代之甲基;經以經碳原子數1至6之烷氧基取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之甲基;經以經鹵素原子取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之甲基;經碳原子數1至6之烷氧基取代之乙基;經鹵素原子取代之乙基;經1至3個芳基取代之甲基;經以經碳原子數1至6之烷基、碳原子數2至6之烯基、碳原子數2至6之炔基、碳原子數1至6之烷氧基、鹵素原子及/或氰基取代之1至3個芳基所取代之甲基;經碳原子數1至6之烷氧基取代之羰基;經鹵素原子、碳原子數1至6之烷氧基及/或硝基取代之芳基;經以經鹵素原子及/或3個碳原子數1至6之烷基取代之矽基取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之羰基;烯基氧基羰基;可經以經碳原子數1至6之烷氧基及/或硝基取代之芳基所取代之芳烷基氧基羰基等。
「羥基之保護基」係指於有機合成化學(尤其是核酸合成)通常使用之保護基,可列舉例如脂肪族醯基;芳族醯基;可經取代之胺基羰基;可經取代之烷氧基羰基;脂肪族磺醯基;芳族磺醯基;經1至3個芳基取代之甲基;經以經碳原子數1至6之烷基、碳原子數1至6之烷氧基、 鹵素原子及/或氰基取代之1至3個芳基所取代之甲基;或矽基。具體例可列舉苯甲(Bn)基、4,4’-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、4-甲氧基三苯甲基、三苯基甲基、2-萘甲基、二苯基胺基羰基(DPC)、氰基乙氧基羰基、四氫吡喃基、三甲基矽基、三乙基矽基、三異丙基矽基、第三丁基二甲基矽基、第三丁基二苯基矽基、三苯基矽基、4-甲氧基苯甲基(對-甲氧基苯甲基)、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基、對-苯基苯甲基、甲烷磺醯基、三氟甲烷磺醯基、甲氧基甲基、苯甲醯基(Bz)或乙醯基等,惟,不只限於該等。較好為例如苯甲(Bn)基、4,4’-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、第三丁基二甲基矽基、第三丁基二苯基矽基、三甲基矽基(TMS)、二苯基胺基羰基(DPC)、甲烷磺醯基、三氟甲烷磺醯基。
於本說明書中之「可經1個以上之取代基取代之羥基」包含可具有保護基之羥基,該取代基為例如前述羥基之保護基、C1-6烷基、可經取代之芳基、可經取代之雜芳基,作為羥基之保護基較好為Bn基、DPC基、DMTr基、4-甲氧基三苯甲基、三苯基甲基、2-萘甲基、氰基乙氧基羰基、四氫吡喃基、三甲基矽基、三乙基矽基、三異丙基矽基、第三丁基二甲基矽基、第三丁基二苯基矽基、三甲基矽基、4-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、苯甲醯基(Bz)、乙醯基,較佳之C1-6烷基為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、第二丁基、第三丁基、戊基、異戊基,較佳之芳基為苯基、聯苯基、萘基、蒽基,較佳之 雜芳基為吡啶基、嘧啶基、噠嗪基、吡咯基、異喹啉基、喹啉基、吲哚基、咪唑基、苯并咪唑基、三唑基、呋喃基、噻吩基等。再者,作為可經取代之芳基、可經取代之雜芳基之取代基可列舉鹵素原子、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、羥基、C1-6烷氧基、芳基氧基、胺基、硝基、三氟甲基、苯基等,可經該等1種以上之基取代。
「胺基之保護基」係指於有機合成化學(尤其是核酸合成)通常使用之保護基,可列舉例如脂肪族醯基;芳族醯基;可經取代之烷氧基羰基;經1至3個芳基取代之甲基;經以經鹵素原子及/或氰基取代之1至3個芳基所取代之甲基。具體例可列舉乙醯基(Ac)、苯氧基乙醯基(Pac)、丙醯基、異丁醯基、苯甲醯基(Bz)、甲氧基羰基、乙氧基羰基、第三丁氧基羰基(Boc)、三甲基矽基乙氧基羰基(Teoc)、氰基乙氧基羰基(Ceoc)、苯甲基氧基羰基(Cbz)、烯丙基氧基羰基、9-芴基甲氧基羰基(Fmoc)、2,2,2-三氯乙氧基羰基、第三戊基氧基羰基、4-甲氧基苯甲基、三苯基甲基、2-硝基苯磺醯基、2,4-二硝基苯磺醯基或2-(三甲基矽基)乙氧基甲基等,惟,不只限於該等。較好為例如異丁醯基、苯甲醯基(Bz)、第三丁氧基羰基(Boc)、三甲基矽基乙氧基羰基(Teoc)。
於本說明書中之「可經1個以上之取代基取代之胺基」包含可具有保護基之胺基,該取代基為例如前述胺基之保護基、C1-6烷基、可經取代之芳基、可經取代之雜芳基,較好胺基之保護基為Bn基、DPC基、DMTr基、 4-甲氧基三苯甲基、三苯基甲基、2-萘甲基、氰基乙氧基羰基、四氫吡喃基、三甲基矽基、三乙基矽基、三異丙基矽基、第三丁基二甲基矽基、第三丁基二苯基矽基、三甲基矽基、4-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、苯甲醯基(Bz)、乙醯基,較佳之C1-6烷基為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、第二丁基、第三丁基、戊基、異戊基,較佳之芳基為苯基、聯苯基、萘基、蒽基,較佳之雜芳基為吡啶基、嘧啶基、噠嗪基、吡咯基、異喹啉基、喹啉基、吲哚基、咪唑基、苯并咪唑基、三唑基、呋喃基、噻吩基等。可經取代之芳基或可經取代之雜芳基之取代基可列舉鹵素原子、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、羥基、C1-6烷氧基、芳基氧基、胺基、硝基、三氟甲基、苯基等,可經該等1種以上之基取代。
「磷酸基之保護基」係指有機合成化學(尤其是核酸合成)通常使用之保護基,可列舉例如經碳原子數1至6之烷基及/或氰基取代之碳原子數1至6之烷基;芳烷基;經以經硝基及/或鹵素原子取代之芳基所取代之芳烷基;經碳原子數1至6之烷基、鹵素原子或硝基取代之芳基;2-氰基乙基;2,2,2-三氯乙基;苯甲基;2-氯苯基;或4-氯苯基等,惟,不只限於該等。
「巰基之保護基」係指有機合成化學(尤其是核酸合成)通常使用之保護基,可列舉例如脂肪族醯基或芳族醯基、苯甲醯基(Bz)等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「脫離基」係指在反應之 間藉由不勻分裂(heterolysis)開裂而切斷時,帶有電子對之基質分子之一部分,包含例如鹵素原子(例如氟原子、氯原子、溴原子、碘原子)、「羥基之脫離基」。羥基之脫離基之例可列磺醯基氧基(例如對甲苯磺醯基氧基、甲磺醯基氧基、三氟甲烷磺醯基氧基等)、醯氧基(較好為碳原子數1至8,飽和或不飽和醯氧基,可列舉例如RL-C(=O)-O-表示之基,式中RL為可經烷基取代之芳基(較好總碳原子數為6至8,例如苯基、對-甲苯基等)、可經烷基取代之芳基氧基(較好總碳原子數為6至8,例如苯氧基、對-甲苯基氧基等)、芳烷基(較好總碳原子數為7至9,例如苯甲基等)、芳基烯基(較好總碳原子數為8或9,例如肉桂基等)、芳烷基氧基(總碳原子數7至15,例如苯甲基氧基、9-芴基甲基氧基等)、烷氧基(碳原子數1至8之直鏈或支鏈狀烷氧基,例如甲氧基、乙氧基、第三丁氧基等)表示之基,具體例可列舉碘原子、溴原子、氯原子、氟原子、甲磺醯基氧基、甲烷磺醯基氧基、三氟甲烷磺醯基氧基、乙烷磺醯基氧基、2,2,2-三氟-乙烷磺醯基氧基、丙烷磺醯基氧基、異丙烷磺醯基氧基、丁烷磺醯基氧基、九氟丁烷磺醯基氧基、七氟丙烷-1-磺醯基氧基、戊烷磺醯基氧基、五氟乙烷磺醯基氧基、戊烷磺醯基氧基、環戊烷磺醯基氧基、己烷磺醯基氧基、環己烷磺醯基氧基、鄰-甲苯磺醯基氧基、間-甲苯磺醯基氧基、對-甲苯磺醯基氧基、苯磺醯基氧基、鄰-溴苯磺醯基氧基、間-溴苯磺醯基氧基、對-溴苯磺醯基氧基、鄰-硝基苯磺醯基氧基、間-硝基苯磺醯基氧基及對-硝基苯 磺醯基氧基等,惟,不只限於該等。較佳脫離基之例可列舉甲烷磺醯基氧基(甲磺醯基氧基;Ms-O-)、三氟甲烷磺醯基氧基、對-甲苯磺醯基氧基。
於本說明書,用語「可經取代之磷酸基」包含可具有取代基(此處,包含保護基)之磷酸、亞磷酸或次磷酸。例如,包含式-R(RP1)RP2表示之磷酸基,式中,RP1及RP2各自獨立表示羥基、以核酸合成之保護基保護之羥基、巰基、以核酸合成之保護基保護之巰基、胺基、碳原子數1至5之烷氧基、碳原子數1至6之烷硫基、碳原子數1至6之氰基烷氧基或經碳原子數1至6之烷基取代之胺基。此處,上述式中可為RP1可為ORP1a,RP2可為NRP2a表示之基稱為「亞磷醯胺基」,為較佳之例。RP1a表示碳原子數1至5之烷基、碳原子數1至6之氰基烷基,RP2a為碳原子數1至6之烷基,「亞磷醯胺基」之具體例可列舉式-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)表示之基或式-P(OCH3)(N(iPr)2)表示之基等,惟,不只限於該等。此處,iPr表示異丙基。
於本說明書,用語「可經取代之硫代磷酸基」包含可具有取代基(包含保護基)之硫代磷酸基。例如包含式-P(=S)(RP3)RP4表示之磷酸基,式中,RP3及RP4各自獨立表示羥基,經核酸合成之保護基保護之羥基,巰基,經核酸合成之保護基保護之巰基,胺基,經碳原子數1至5之烷氧基、碳原子數1至6之烷硫基、碳原子數1至6之氰基烷氧基或碳原子數1至6之烷基取代之胺基。
於本說明書,用語「醯基」之例可列舉脂肪 族醯基及芳族醯基。具體而言,脂肪族醯基之例可列舉如甲醯基、乙醯基、丙醯基、丁醯基、異丁醯基、戊醯基、三甲基乙醯基、纈草醯基、異纈草醯基、辛醯基、壬醯基、癸醯基、3-甲基壬醯基、8-甲基壬醯基、3-乙基辛醯基、3,7-二甲基辛醯基、十一烷醯基、十二烷醯基、十三烷醯基、十四烷醯基、十五烷醯基、十六烷醯基、1-甲基十五烷醯基、14-甲基十五烷醯基、13,13-二甲基十四烷醯基、十七烷醯基、15-甲基十六烷醯基、十八烷醯基、1-甲基十七烷醯基、十九烷醯基、二十烷醯基及二十一烷醯基之烷基羰基;如苯氧基乙醯基(Pac)之芳基氧基烷基羰基;如琥珀醯基、戊二醯基、己二醯基之羧基化烷基羰基;如氯乙醯基、二氯乙醯基、三氯乙醯基、三氟乙醯基之經以經鹵素原子取代之碳原子數1至6之烷基所取代之羰基;如甲氧基乙醯基之碳原子數1至6之烷氧基烷基羰基;如(E)-2-甲基-2-丁烯醯基之不飽和烷基羰基。再者,芳族醯基之例可列舉如苯甲醯基、α-萘醯基、β-萘醯基之芳基羰基;如2-溴苯甲醯基、4-氯苯甲醯基之鹵素芳基羰基;如2,4,6-三甲基苯甲醯基、4-苯甲醯基之經碳原子數1至6之烷基取代之芳基羰基;如4-茴香醯基之經碳原子數1至6之烷氧基取代之芳基羰基;如2-羧基苯甲醯基、3-羧基苯甲醯基、4-羧基苯甲醯基之羧基化芳基羰基;如4-硝基苯甲醯基、2-硝基苯甲醯基之硝基化芳基羰基;如2-(甲氧基羰基)苯甲醯基之經碳原子數1至6之烷氧基取代之羰基化芳基羰基;如4-苯基苯甲醯基之芳基化芳基羰基等,惟,不只限 於該等。
於本說明書,用語「芳烷基」係指經芳族烴基(可列舉例如6至14員之單環式、二環式或三環式之芳族烴基)取代之碳原子數1至6,較好碳原子數1至4,更好碳原子數1至3之烷基。具體例可列舉苯甲基、苯乙基、1-萘甲基及2-萘甲基等,惟,不只限於該等。
四氫吡喃基或四氫硫代吡喃基更具體而言,可列舉四氫吡喃-2-基、3-溴四氫吡喃-2-基、4-甲氧基四氫吡喃-4-基、四氫硫代吡喃-4-基、4-甲氧基四氫硫代吡喃-4-基等,惟,不只限於該等。
四氫呋喃基或四氫硫代呋喃基更具體而言,可列舉四氫呋喃-2-基、四氫硫代呋喃-2-基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「矽基」之例可列舉如三甲基矽基、三乙基矽基、異丙基二甲基矽基、第三丁基二甲基矽基、甲基二異丙基矽基、甲基二-第三丁基矽基、三異丙基矽基之經碳原子數1至6之烷基取代之矽基;如第三丁基二苯基矽基、二苯基甲基矽基、丁基二苯基丁基矽基、二苯基異丙基矽基、苯基二異丙基矽基之經以經1至2個芳基取代之碳原子數1至6之3個烷基所取代之矽基、三苯基矽基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經碳原子數1至6之烷氧基取代之甲基」可列舉甲氧基甲基、1,1-二甲基-1-甲氧基甲基、乙氧基甲基、丙氧基甲基、異丙氧基甲基、丁氧 基甲基、第三丁氧基甲基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經以經碳原子數1至6之烷氧基取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之甲基」可列舉2-甲氧基乙氧基甲基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經以經鹵素原子取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之甲基」可列舉2,2,2-三氯乙氧基甲基、雙(2-氯乙氧基)甲基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經碳原子數1至6之烷氧基取代之乙基」可列舉1-乙氧基乙基、1-(異丙氧基)乙基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經鹵素原子取代之乙基」可列舉2,2,2-三氯乙基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經1至3個芳基取代之甲基」可列舉苯甲基、α-萘甲基、β-萘甲基、二苯基甲基、三苯基甲基、4,4’-二甲氧基三苯甲基、4-甲氧基三苯甲基、三苯甲基、α-萘基二苯基甲基、9-蒽基甲基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經以經碳原子數1至6之烷基、碳原子數1至6之烷氧基、鹵素原子及/或氰基取代之1至3個芳基所取代之甲基」可列舉4-甲基苯甲基、2,4,6-三甲基苯甲基、3,4,5-三甲基苯甲基、4-甲氧基苯甲基、4-甲氧基苯基二苯基甲基、4,4’-二甲氧基三苯基甲基、2-硝基苯甲基、4-硝基苯甲基、4-氯苯甲基、4-溴苯甲 基、4-氰基苯甲基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經碳原子數1至6之烷氧基取代之羰基」可列舉甲氧基羰基、乙氧基羰基、第三丁氧基羰基、異丁氧基羰基、Teoc基、Ceoc基、Fmoc基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經鹵素原子、碳原子數1至6之烷氧基及/或硝基取代之芳基」可列舉4-氯苯基、2-氟苯基、4-甲氧基苯基、4-硝基苯基、2,4-二硝基苯基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「經以經鹵素原子及/或3個碳原子數1至6之烷基取代之矽基取代之碳原子數1至6之烷氧基所取代之羰基」可列舉2,2,2-三氯乙氧基羰基、2-三甲基矽基乙氧基羰基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「烯基氧基羰基」可列舉乙烯基氧基羰基、烯丙基氧基羰基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「可經以經碳原子數1至6之烷氧基及/或硝基取代之芳基所取代之芳烷基氧基羰基」可列舉苯甲基氧基羰基、4-甲氧基苯甲基氧基羰基、3,4-二甲氧基苯甲基氧基羰基、2-硝基苯甲基氧基羰基、4-硝基苯甲基氧基羰基等,惟,不只限於該等。
於本說明書,用語「不飽和雜環」包含不飽和脂肪族雜環式基或芳族雜環式基。不飽和之脂肪族雜環式基係指環內至少具有1個雙鍵,含有各自獨立選自由氧原子、硫原子及氮原子所成群組之相同或不同的1至3個 雜原子之不飽和脂肪族雜環式基,較好為環內至少具有1個雙鍵,至少含有1個氮原子,另含有各自獨立選自由氧原子、硫原子或氮原子所成群組之至少1個(較好1至2個(2個以上時可相同亦可不同),更好為1個)雜原子之不飽和脂肪族雜環式基。該不飽和脂肪族雜環式基為例如4至8員環,較好為5至7員環,更好為5或6員環,最好為6員環。具體例可列舉二氫嘧啶基、吡咯啶基、咪唑啉基、吡唑啶基等,惟,不只限於該等。又,芳族雜環式基,作為其雜環式部分含有各自獨立選自由氧原子、硫原子及氮原子所成群組之相同或不同的1至3個雜原子之芳族雜環式基,較好至少含有1個氮原子,另可含有各自獨立選自由氧原子、硫原子或氮原子所成群組之至少1個(較好1至2個(2個以上時可相同亦可不同),更好為1個)雜原子之芳族雜環式基。該芳族雜環式基為例如4至8員環,較好為5至7員環,更好為5或6員環,最好為6員環。具體例可列舉吡咯基、呋喃基、噻吩基、吡啶基、嘧啶基、噠嗪基等,惟,不只限於該等。更好為嘧啶基。該不飽和雜環可適當經取代基取代,該取代基可列舉例如可經取代之C1-6烷基、可經取代之C2-6烯基、可經取代之C2-6炔基、可經取代之胺基、可經取代之羥基、側氧基、硫酮基或鹵素原子,較好可列舉可經取代之C1-6烷基、側氧基或硫酮基等,惟,不只限於該等。
該不飽和雜環更可與其他環進行縮合。該可縮合之其他環可列舉飽和或不飽和非芳族碳環、芳族碳 環、飽和或不飽和非芳族雜環或芳族雜環,較好為芳族環或芳族雜環。飽和碳環為形成環之烷,係指例如前述碳原子數3至6之環烷。不飽和非芳族之非芳族碳環為形成環之烯,係指例如前述碳原子數3至6環狀烯。芳族碳環(亦稱為芳基)包含例如6至14員環之單環式、二環式或三環式之芳族烴基,具體例可列舉苯、萘、菲或蒽等,惟,不只限於該等。飽和或不飽和非芳族之雜環可在環內至少具有1個雙鍵,含有各自獨立選自由氧原子、硫原子及氮原子所成群組之1至3個雜原子之飽和5至14員環之單環式或二環式非芳族雜環。具體例可列舉氮雜環丁烷、吡咯啶、吡唑啶、哌啶、六氫吡嗪、嗎啉、硫代嗎啉、高哌啶、噁唑啶、異噁唑啶、噻唑啶、異噻唑啶、咪唑啶、咪唑啉、四氫呋喃、二氫呋喃、四氫噻吩、二氫噻吩、二氫吡喃、四氫吡喃、吲哚滿、異吲哚滿、色滿、異色滿、二氫苯并呋喃、二氫呋喃并吡啶及二氫苯并噻吩等,惟,不只限於該等。
作為「環A」之「可經取代之5至7員環不飽和雜環」中之5至7員環不飽和雜環係指只要含有2個以上之氮原子且經1個以上之氧原子取代,亦可為本說明書中記載之用語「可具有取代基之核酸之鹼基部分」中之核酸之鹼基部分。可為源自天然之核酸鹼基及非天然之核酸鹼基之環部分,可列舉例如源自腺嘌呤、鳥嘌呤之嘌呤環或其衍生物、或源自脲嘧啶、胞嘧啶、胸腺嘧啶之嘧啶之單或二酮環或其衍生物,較好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基 等,惟,不只限於該等。取代基與前述不飽和雜環定義之情況為同意義。環A較佳之取代基可列舉可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子,惟,不只限於該等。
於本說明書之不飽和雜環之「環A’」與四氫呋喃環、噁唑啶環進行縮合,形成多環構造。環A’只要是含有2個以上氮原子之不飽和雜環即可,並無特別限制,惟,較好為「可經取代之5至7員環不飽和雜環」。該不飽和雜環可另與其他之環進行縮合。環A’之較佳取代基可為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子,惟,不只限於該等。
於本說明書之製造方法,環A藉由使用羥基活化劑之反應變化為環A’時,或環A’藉由使用還原劑之反應,經縮合之噁唑啶環開裂,變化為環A時,結合2個氮原子之構造非限定部分,環A與環A’一致。環A只要為含有2個以上氮原子之不飽和雜環即可,並無特別限制,惟,較好為可經取代之5至7員環不飽和雜環,更好為可經取代之嘧啶環,最好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。該不飽和雜環可另與其他之環進行縮合。
於本說明書,用語「可具有取代基之核酸之鹼基部分」中之「核酸之鹼基部分」包含天然之核酸之鹼基部分及非天然之核酸之鹼基部分,含有芳族雜環式基,包含例如單環基、二環基、三環基等。於該領域之業者明瞭至今被認為是「非天然」之種種核酸之鹼基部分可於之後於天然中發現。因此,「核酸之鹼基部分」不僅是公知之嘌呤及嘧啶之雜環,還包含其雜環類似物及互變異構物。核酸之鹼基部分之具體例可列舉腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胸腺嘧啶基、胞嘧啶基、脲嘧啶基、嘌呤基、黃嘌呤基、二胺基嘌呤基、8-側氧基-N6-甲基腺嘌呤基、7-去氮雜黃嘌呤基、7-去氮雜鳥嘌呤基、N4,N4-乙橋胞嘧啶基、N6,N6-乙橋-2,6-二胺基嘌呤基、5-甲基胞嘧啶基、5-(C3至C6)-炔基胞嘧啶基、5-氟胞嘧啶基、5-溴脲嘧啶基、假異胞嘧啶基、2-羥基-5-甲基-4-三唑吡啶基、異胞嘧啶基、異鳥嘌呤基、肌苷基、N6-烯丙基嘌呤基、N6-醯基嘌呤基、N6-苯甲基嘌呤基、N6-鹵嘌呤基、N6-乙烯基嘌呤基、N6-乙炔性嘌呤基、N6-醯基嘌呤基、N6-羥基烷基嘌呤基、N6-硫代烷基嘌呤基、N2-烷基嘌呤基、N4-烷基嘧啶基、N4-醯基嘧啶基、N4-苯甲基嘌呤基、N4-鹵嘧啶基、N4-乙烯基嘧啶基、N4-乙炔性嘧啶基、N4-乙醯基嘧啶基、N4-羥基烷基嘧啶基、N6-硫代烷基嘧啶基、6-氮雜嘧啶基、6-氮雜胞嘧啶基、2-及/或4-巰基嘧啶基、脲嘧啶基、C5-烷基嘧啶基、C5-苯甲基嘧啶基、C5-鹵嘧啶基、C5-乙烯基嘧啶基、C5-乙炔性嘧啶基、C5-醯基嘧啶基、C5-羥基烷基嘌呤基、C5-醯胺基嘧啶基、C5-氰 基嘧啶基、C5-硝基嘧啶基、C5-胺基嘧啶基、N2-烷基嘌呤基、N2-烷基-6-硫代嘌呤基、5-胞啶基、5-氮雜脲嘧啶基、三唑吡啶基、咪唑并吡啶基、吡咯并嘧啶基及吡唑并嘧啶基等,惟,不只限於該等。較佳之核酸之鹼基部分可列舉例如腺嘌呤基、鳥嘌呤基、2,6-二胺基嘌呤基、胸腺嘧啶基、2-硫代胸腺嘧啶基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、脲嘧啶基、5-氟胞嘧啶基、黃嘌呤基、6-胺基嘌呤基、2-胺基嘌呤基、6-氯-2-胺基-嘌呤基及6-氯嘌呤基,更佳之核酸鹼基部分可列舉例如腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。該等核酸之鹼基部分可另具有1個以上之取代基,取代基可列舉羥基、C1-6烷氧基、巰基、C1-6烷硫基、胺基、經C1-6烷基取代之胺基、C1-6烷基、C1-6炔基及側氧基、硫酮基、鹵素原子。該鹼基部分上官能性之氧、硫及氮基只要必需或成為所期待的,可進行保護及/或脫保護。適當之保護基於該領域之業者均己知,例如包含前述之羥基之保護基、胺基之保護基,可列舉二苯基胺基羰基、矽基(例如三甲基矽基、二甲基己基矽基、第三丁基二甲基矽基及第三丁基二苯基矽基)、三苯甲基、烷基、醯基(例如乙醯基、丙醯基、異丁醯基、苯甲醯基(Bz)、苯氧基乙醯基(Pac))、烷氧基羰基(例如第三丁氧基羰基(Boc)、苯甲基氧基羰基(Cbz)、二苯基胺基羰基(DPC)、氰基乙氧基羰基(Ceoc))、磺醯基(例如甲烷磺醯基及對-甲苯磺醯基)等,惟,不只限於該等。
於本發明,「疊氮化劑」為加成疊氮基之試 藥,較好為例如疊氮酸、疊氮化鈉、疊氮化鋰、疊氮化四丁基銨(nBu4NN3)、疊氮化三甲基矽、疊氮磷酸二苯酯(DPPA)、煙醯疊氮、疊氮化鋅(Zn(N3)2),更好為疊氮化四丁基銨、疊氮化鈉、疊氮磷酸二苯酯(DPPA)。
於本發明,「羥基活化劑」為將無保護之羥基活化,提高脫離能之試藥,可列舉例如甲烷磺醯化劑、三氟甲烷磺醯化劑、乙烷磺醯化劑、2,2,2-三氟乙烷磺醯化劑、丙烷磺醯化劑、異-丙烷磺醯化劑、丁烷磺醯化劑、九氟丁烷磺醯化劑、七氟丙烷-1-磺醯化劑、戊烷磺醯化劑、五氟乙烷磺醯化劑、環戊烷磺醯化劑、己烷磺醯化劑、環己烷磺醯化劑、鄰-甲苯磺醯化劑、間-甲苯磺醯化劑、對-甲苯磺醯化劑、苯磺醯化劑、鄰-溴苯磺醯化劑、間-溴苯磺醯化劑、對-溴苯磺醯化劑、鄰-硝基苯磺醯化劑、間-硝基苯磺醯化劑及對-硝基苯磺醯化劑,具體而言,可列舉甲烷磺醯氯、甲烷磺酸酐、三氟甲烷磺醯氯、三氟甲烷磺酸酐、乙烷磺醯氯、2,2,2-三氟乙烷磺醯氯、2,2,2-三氟乙烷磺醯氟、丙烷磺醯氯、丙烷磺醯氟、異丙基磺醯氯、異丙基磺醯氟、丁烷磺醯氯、丁烷磺醯氟、九氟丁烷磺醯氯、九氟丁烷磺醯氟、九氟丁烷磺酸酐、七氟丙烷-1-磺醯氯、七氟丙烷-1-磺醯氟、戊烷磺醯氯、戊烷磺醯氟、五氟乙烷磺醯氯、五氟乙烷磺醯氟、環戊烷磺醯氯、環戊烷磺醯氟、己烷磺醯氯、己烷磺醯氟、環己烷磺醯氯、環己烷磺醯氟、鄰-甲苯磺醯氯、鄰-甲苯磺醯氟、間-甲苯磺醯氯、間-甲苯磺醯氟、對-甲苯磺醯氯、對-甲苯磺醯氟、苯磺醯氯、苯 磺醯氟、鄰-溴苯磺醯氯、鄰-溴苯磺醯氟、間-溴苯磺醯氯、間-溴苯磺醯氟、對-溴苯磺醯氯、對-溴苯磺醯氟、鄰-硝基苯磺醯氯、鄰-硝基苯磺醯氟、間-硝基苯磺醯氯、間-硝基苯磺醯氟、對-硝基苯磺醯氯及對-硝基苯磺醯氟等,惟,不只限於該等。較好為例如三氟甲烷磺醯氯、三氟甲烷磺酸酐、甲烷磺醯氯、甲烷磺酸酐、對-甲苯磺酸氯、九氟-1-丁烷磺醯氟、七氟丙烷-1-磺醯氟、2,2,2-三氟乙烷磺醯氯、五氟乙烷磺醯氯,更好為三氟甲烷磺醯氯、三氟甲烷磺酸酐、甲烷磺醯氯、甲烷磺酸酐、對-甲苯磺醯氯。
於本發明,「還原劑」較好為例如在三烷基膦或三芳基膦等膦類、金屬氫化物類、氫氣等存在下之過渡金屬催化劑,更好為三苯基膦、三丁基膦、鋰氫化鋁、硼氫化鈉、硼氫化鎳、氫氣存在下之鈀-碳或氫氣存在下之氫氧化鈀。
「亞磷醯胺法」為使用為亞磷醯胺之核苷酸單體之核酸固相合成法,包含例如將核苷酸之5’羥基或3’羥基、核酸之鹼基部分之胺基、另,為RNA時將2’羥基經保護之亞磷醯胺單體使用四唑系化合物、咪唑系化合物等使偶合,之後以氧化或氧化性硫化形成磷酸二酯鍵之步驟。於本發明,「亞磷醯胺法」較好使用至少1種架橋型核酸之亞磷醯胺單體,架橋型核酸更好為GuNA。
於本發明,「以B取代環A」係指將結合於核酸糖部分之環A從糖部分離解,置換為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分之B(轉糖基化)。將結合於 核酸糖部分之環A藉由以路易士酸處理使離解,將B結合於環A經離解之核酸之糖部分。離解中使用之路易士酸可列舉例如TMSOTf、TBSOTf等,惟,不只限於該等。為了促進轉糖基化之反應,可使用矽基化劑。矽基化劑可列舉例如BSA、六甲基二矽氮烷等,惟,不只限於該等。該轉糖基化反應較好以一步驟進行。
於轉糖基化反應,只要是B可置換之態樣,可提供任何反應物,該反應物較好為「核酸鹼基」。「核酸鹼基」不僅為公知之嘌呤及嘧啶之雜環,亦包含其雜環類似物及互變異構物。核酸鹼基之具體例可列舉腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、脲嘧啶、嘌呤、黃嘌呤、二胺基嘌呤、8-側氧基-N6-甲基腺嘌呤、7-去氮雜黃嘌呤、7-去氮雜鳥嘌呤、N4,N4-乙橋胞嘧啶、N6,N6-乙橋-2,6-二胺基嘌呤、5-甲基胞嘧啶、5-(C3至C6)-炔基胞嘧啶、5-氟胞嘧啶、5-溴脲嘧啶、假異胞嘧啶、2-羥基-5-甲基-4-三唑吡啶、異胞嘧啶、異鳥嘌呤、肌苷、N6-烯丙基嘌呤、N6-醯基嘌呤、N6-苯甲基嘌呤、N6-鹵嘌呤、N6-乙烯基嘌呤、N6-乙炔性嘌呤、N6-醯基嘌呤、N6-羥基烷基嘌呤、N6-硫代烷基嘌呤、N2-烷基嘌呤、N4-烷基嘧啶、N4-醯基嘧啶、N4-苯甲基嘌呤、N4-鹵嘧啶、N4-乙烯基嘧啶、N4-乙炔性嘧啶、N4-乙醯基嘧啶、N4-羥基烷基嘧啶、N6-硫代烷基嘧啶、6-氮雜嘧啶、6-氮雜胞嘧啶、2-及/或4-巰基嘧啶、脲嘧啶、C5-烷基嘧啶、C5-苯甲基嘧啶、C5-鹵嘧啶、C5-乙烯基嘧啶、C5-乙炔性嘧啶、C5-醯基嘧啶、C5-羥基烷基嘌呤、C5-醯胺基 嘧啶、C5-氰基嘧啶、C5-硝基嘧啶、C5-胺基嘧啶、N2-烷基嘌呤、N2-烷基-6-硫代嘌呤、5-氮雜脲嘧啶、三唑并吡啶、咪唑并吡啶、吡咯并嘧啶及吡唑并嘧啶等,惟,不只限於該等。較佳核酸鹼基可列舉例如腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、胸腺嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、脲嘧啶、5-氟胞嘧啶、黃嘌呤、6-胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、6-氯-2-胺基-嘌呤及6-氯嘌呤,更佳之核酸鹼基可列舉例如腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、胸腺嘧啶或脲嘧啶。該等核酸鹼基可另具有1個以上之取代基,取代基可列舉羥基、C1-6烷氧基、巰基、C1-6烷硫基、胺基、經C1-6烷基取代之胺基、C1-6烷基、C1-6炔基及側氧基、硫酮基、鹵素原子。該核酸鹼基上之官能性之氧、硫及氮、必要時或有所期望時可進行保護及/或脫保護。適當之保護基於該領域之業者都充分了解,包含例如前述之羥基之保護基、胺基之保護基,可列舉二苯基胺基羰基、矽基(例如三甲基矽基、二甲基己基矽基、第三丁基二甲基矽基及第三丁基二苯基矽基)、三苯甲基、烷基、醯基(例如乙醯基、丙醯基、異丁醯基、苯甲醯基(Bz)、苯氧基乙醯基(Pac))、烷氧基羰基(例如第三丁氧基羰基(Boc)、苯甲基氧基羰基(Cbz)、二苯基胺基羰基(DPC)、氰基乙氧基羰基(Ceoc))、磺醯基(例如甲烷磺醯基及對-甲苯磺醯基)等,惟,不只限於該等。該等核酸鹼基可於商業上購得或使用可從商業購得之出發原料,藉由有機合成技術製造。
於本說明書,用語「β體」係指於核酸(去氧 基)核糖部位之1’位取代之核酸之鹼基部分,取代之方向與於核酸(去氧基)核糖4’位取代之5’位側鏈取代之方向具有於同一方向取代之立體化學。為架橋型人工核酸2’,4’-LNA時,意指於核酸(去氧基)核糖部位1’位取代之核酸之鹼基部分,取代之方向與於核酸(去氧基)核糖4’位取代之架橋中未使用之5’位側鏈取代之方向具有於同一方向取代之立體配置之化合物。又,用語「α體」係指於核酸核糖部位之1’位取代之核酸之鹼基部分,取代方向與於核酸核糖4’位取代之5’位側鏈之取代方向具有不同方向取代之立體化學者。
於本說明書,用語「β選擇性」係指β體為可選擇。對於藉由轉糖基化獲得之生成物α體及β體合計含量,可選擇β體之含量較好在80%以上,更好在90%以上,最好在99%以上。
於本說明書,用語「人工核酸」包含人工核苷、人工核苷酸(於本說明書,亦有將1個核苷或核苷酸記載為單體的情況)或人工寡核苷酸。該等人工核酸不是天然的核酸,且只能人為製造之核酸。該等人工核酸可列舉核酸鹼基部分為具有非天然之鹼基者、糖部分為具有經修飾之糖者及/或磷酸部分為具有非天然之磷酸基者,惟,於本發明,糖部分係指具有非天然之糖者,尤其在2’位及4’位之碳原子具有經架橋之(去氧基)核糖者。
於本說明書,用語「人工寡核苷酸」係指2個以上相同或不同之「人工核苷酸」以磷酸二酯鍵或硫代 磷酸二酯鍵等結合者,較好為2至100個,更好為5至50個,最好為10至30個之人工核苷酸經結合者或者與該等之互補股形成雙股者。於本說明書,亦有將結合2個以上核苷酸之寡核苷酸記載為低聚物的情況。
對於本發明之製造方法及化合物(包含中間體)之態樣加以記載。
通式I表示之化合物之製造方法
於一態樣,為提供通式I表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,使與環A’縮合之噁唑啶環開裂之步驟之製造方法:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取 代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A]、
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式I者相同意義,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A’]。
於一實施態樣,該還原劑較好為膦類,更好為三苯基膦(Ph3P)。
於一態樣,作為新穎之中間體化合物可列舉通式I表示之化合物或其鹽。
通式I:
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基、R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基。]
於一實施態樣,可列舉下述所表示之化合物或其鹽,於上述通式I中,R1及R2各自獨立為苯甲(Bn)基、2-萘甲基、4-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基或對-苯基苯甲基,R3、R4、R5及R6各自獨立 為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他之環進行縮合,形成環A。
於一實施態樣,通式I表示之化合物或其鹽較好為通式I-a表示之化合物或其鹽:
(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A與通式I同意義。此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基,R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基。)。
於一實施態樣,通式I(通式I-a)中R1及R2各自獨立為羥基之保護基時,可列舉經1至3個芳基取代之甲基,較好為例如苯甲(Bn)基、2-萘甲基、對-甲氧基苯甲 基、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基及對-苯基苯甲基,更好為苯甲基。
於一實施態樣,較好通式I(通式I-a)中R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式I(通式I-a)中R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上(較好為1至3個)之基。
於一實施態樣,通式I(通式I-a)中環A較好為6員環不飽和雜環,環A之取代基可列舉選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、鹵素原子及側氧基所成群組之1個以上(較好為2或3個)取代基。環A更好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。該取代基較好為甲基、鹵素原子(氟原子、氯原子、溴原子等)。
於一實施態樣,通式I表示之化合物或其鹽為前述通式I(較好為通式I-a)中R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’更好為下述構造式II-1或II-之化合物或其鹽
構造式II-1或II-2:
此處,於以下本說明書中構造式II-1或II-2中之波線:
表示與經縮合之四氫呋喃環或噁唑啶環之分子之殘餘部之結合點。
於一實施態樣,較好通式II表示之化合物或其鹽係指通式II中R1、R2、R3、R4、R5及R6與通式I(通式I-a)者同意義,環A’藉由該製造方法之還原反應步驟,開裂與環A’縮合之噁唑啶環,形成通式I之環A,含有2個以上氮原子且1個以上之氧原子為經取代之不飽和雜環之化合物或其鹽。
通式II表示之化合物之製造方法
於一態樣,為提供通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應之步驟之製造方法
通式II:
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式I者相同意義,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m、環A’各表示與通式II者同意義。]
於一實施態樣,該疊氮化劑較好為疊氮酸、疊氮化鈉、疊氮化鋰、疊氮化四丁基銨(nBu4NN3)、疊氮化三甲基矽、疊氮磷酸二苯酯(DPPA)、煙醯疊氮、疊氮化鋅 (Zn(N3)2),更好為疊氮磷酸二苯酯(DPPA)。
於一態樣,列舉通式II表示之化合物或其鹽作為新穎之中間體化合物。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,m為1至3之整數,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
於一實施態樣,通式II表示之化合物或其鹽較好為通式II-a表示之化合物或其鹽,
通式II-a:
(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m、環A’各與通式II同意義。)。
於一實施態樣,通式II(通式II-a)中R1及R2各自獨立為羥基之保護基時,可列舉經1至3個芳基取代之甲基,較好為例如苯甲基、2-萘甲基、4-甲氧基苯甲基,更好為苯甲基。
於一實施態樣,通式II(通式II-a)中較好R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式II(通式II-a)中R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上(較好為1至3個)之基。
於一實施態樣,通式II(通式II-a)中,較好環A’為6員環不飽和雜環,環A’更好為前述構造式II-1或II-2表示之構造。環A’之取代基較好為選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基 取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、鹵素原子及側氧基所成群組之1個以上(較好2或3個)取代基,該取代基更好為甲基、鹵素原子(氟原子、氯原子、溴原子等)。
於一實施態樣,通式II表示之化合物或其鹽更好為前述通式II(較好為通式II-a表示之化合物或其鹽,更好環A’為具有前述通式II-1或通式II-2之構造之前述通式II或通式II-a表示之化合物或其鹽。)中R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述通式II-1或II-2之化合物或其鹽。
於一態樣,可列舉通式III表示之化合物或其鹽作為中間體化合物。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之 取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
於一實施態樣,通式III表示之化合物或其鹽較好為通式III-a表示之化合物或其鹽
(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m、環A’各與通式III同意義。)。
於一實施態樣,較佳之通式III(或通式III-a)表示之化合物或其鹽係指前述通式III(或前述通式III-a)中R1、R2、R3、R4、R5、R6及環A’表示與通式II(或通式II-a)者相同意義,例如前述通式II-1或II-2之化合物或其鹽。
通式IV表示之化合物之製造方法
於一態樣,為提供通式IV表示之化合物或其鹽之製造方法,包含將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,將取代於通式V中四氫呋喃環之無保護之羥基活化之 步驟之製造方法。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環之不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
通式V:
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及X各表示與通式IV者同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
於一實施態樣,該羥基之活化劑較好為三氟甲烷磺醯化劑或甲烷磺醯化劑,更好為三氟甲烷磺醯氯、甲烷磺醯氯或三氟甲烷磺酸酐,最好為三氟甲烷磺醯氯。
於一態樣,可列舉通式IV表示之化合物或其鹽作為中間體化合物
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
於一實施態樣,通式IV表示之化合物或其鹽較好為通式IV-a表示之化合物或其鹽,
(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、X、m及環A’各與通式IV同意義。)。
於一實施態樣,通式IV表示之化合物或其鹽更好為前述通式IV(較好為通式IV-a)中,R1、R2各為Bn 基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為前述通式II-1或II-2表示之環A’,另,環A’可具有1個以上之取代基,該取代基較好為甲基、鹵素原子(氟原子、氯原子、溴原子等)。
於一實施態樣,通式IV(通式IV-a)中,X之脫離基較好為甲磺醯基氧基(Ms-O-)。
於一態樣,可列舉通式V表示之化合物或其鹽作為新穎之中間體化合物。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽 和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
於一實施態樣,通式V表示之化合物或其鹽較好為通式V-a表示之化合物或其鹽
(式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、X、m及環A各與通式V同意義。)。
於一實施態樣,通式V(通式V-a)中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基時,可列舉經1至3個芳基取代之甲基,較好為例如苯甲基、2-萘甲基、4-甲氧基苯甲基,更好為苯甲基。
於一實施態樣,通式V(通式V-a)中更好R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式V(通式V-a)中R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上 (較好1至3個)之基。
於一實施態樣,通式V(通式V-a)中,X之脫離基較好為甲磺醯基氧基(Ms-O-)。
於一實施態樣,通式V(通式V-a)中,環A較好為6員環不飽和雜環,環A之取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、鹵素原子及側氧基所成群組之1個以上(較好2或3個)取代基。環A更好為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。該取代基較好為甲基、鹵素原子(氟原子、氯原子、溴原子等)。
於一實施態樣,通式V表示之化合物或其鹽較好為前述通式V(較好為通式V-a)中,R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基之化合物或其鹽。
通式II表示之化合物之其他製造方法
於一實施態樣,為提供製造通式II表示之化合物或其鹽之方法,為包含將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應之步驟之製造方法。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,X為脫離基,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’各與通式II者同意義]
於一實施態樣,該疊氮化劑較好為nBu4NN3或疊氮化鈉。
於一實施態樣,較好通式II表示之化合物或其鹽及通式IV表示之化合物或其鹽各為如本說明書中其他地方所記載者。
於一實施態樣,於前述通式II表示之化合物或其鹽之製造法,較好R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A’為前述通式II-1或II-2,疊氮化劑為nBu4NN3或疊氮化鈉。
通式II表示之化合物之其他製造方法
於一態樣,為提供製造通式II表示之化合物或其鹽之方法,為包含將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,將取代於通式VI中四氫呋喃環之無保護之羥基活化之步驟之製造方法。
[式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上 之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環之不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’。]
[式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各與通式II者同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
於一實施態樣,該羥基之活化劑較好為三氟甲烷磺醯化劑或甲烷磺醯化劑,更好為三氟甲烷磺醯氯、甲烷磺醯氯或三氟甲烷磺酸酐,最好為三氟甲烷磺醯氯。
於一實施態樣,較佳之通式II表示之化合物或其鹽為如本說明書中其他地方記載者。
於一實施態樣,於前述通式II表示之化合物或其鹽之製造法,較好R1、R2各為Bn基,R3、R4、R5及 R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為前述之通式II-1或II-2,羥基之活化劑為三氟甲烷磺醯氯。
於一實施態樣,較佳通式VI表示之化合物或其鹽較好為通式VI-a:
於一實施態樣,較好通式VI(通式VI-a)表示之化合物或其鹽為通式VI中,R1及R2為Bn基,R3、R4、R5及R6為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基之化合物或其鹽。
於一實施態樣,較佳之通式II表示之化合物或其鹽,為如本說明書中其他地方記載者。
通式VIII表示之化合物之製造方法
於一態樣,為提供製造通式VIII表示之化合物或其鹽之方法,為包含將通式IX表示之化合物之環A以B取代之步驟之製造方法。
通式VIII:
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12及R13各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數]。
[式中,R3、R4、R5、R6及m各與通式VIII者同意義,R14及R15各自獨立為氫原子或羥基之保護基,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經 1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。]
於一實施態樣,環A之置換反應(轉糖基化)中使用之路易士酸較好為TMSOTf。又,為了促進置換反應,可使用矽基化劑,該矽基化劑較好為BSA。
於一態樣,可列舉通式VIII表示之化合物或其鹽作為新穎之中間體化合物
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12及R13各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數。此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基、R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基。]
於一實施態樣,通式VIII表示之化合物或其 鹽較好為通式VIII-a表示之化合物或其鹽。
此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基、R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基。
於一實施態樣,可列舉通式VIII(通式VIII-a)中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3、R4、R5、R6各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12為Bn基、DMTr基或TMS基,R13為Bn基、氫原子或TMS基之化合物或其鹽。
於一實施態樣,更好通式VIII(通式VIII-a)中,R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式VIII(通式VIII-a)中,R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以 上(較好1至3個)之基。
於一實施態樣,通式VIII(通式VIII-a)中,B為核酸之鹼基部分,較好為天然之核酸之鹼基部分及非天然之核酸之鹼基部分,更好為源自腺嘌呤、鳥嘌呤之嘌呤環或其衍生物或源自脲嘧啶、胞嘧啶、胸腺嘧啶之嘧啶之單或二酮環或其衍生物,最好為腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。該核酸之鹼基部分可具有1個以上之取代基,較好該取代基為羥基、C1-6烷氧基、巰基、C1-6烷硫基、胺基、經C1-6烷基取代之胺基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基及側氧基、硫酮基、鹵素原子,更好為選自由C1-6烷基及側氧基所成群組之1個以上(較好2或3個)取代基。該核酸之鹼基部分之羥基或胺基、硫醇基可經保護,該保護基較好為於核酸合成中通常使用之羥基之保護基及胺基之保護基,更好為乙醯基、苯氧基乙醯基、異丁醯基、苯甲醯基、氰基乙氧基羰基、二苯基胺基羰基,最好為異丁醯基、苯甲醯基、二苯基胺基羰基。
於一實施態樣,通式VIII表示之化合物或其鹽最好為前述通式VIII(較好為通式VIII-a)中,B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶基,R3、R4、R5、R6各為氫原子,R12、 R13均為Bn基之化合物或其鹽。
於一實施態樣,通式VIII表示之化合物或其鹽最好為前述通式VIII(較好為通式VIII-a)中,B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶基,R3、R4、R5、R6各為氫原子,R12為DMTr基,R13為氫原子之化合物或其鹽。
於一態樣,可列舉通式IX表示之化合物或其鹽作為新穎之中間體化合物
[式中,R3、R4、R5、R6各與通式VIII者同意義,R14、R15各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、 硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A。此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基,R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基。]
於一實施態樣,通式IX表示之化合物或其鹽較好為通式IX-a表示之化合物或其鹽,
(式中,R3、R4、R5、R6、R14、R15、m環A各與通式IX者同意義。此處,m=1或2且R3、R4、R5及R6為氫原子時,或m=1且R3或R5為甲基,R4及R6為氫原子時,環A較好不為胸腺嘧啶基)。
於一實施態樣,通式IX(通式IX-a)中,R3、R4、R5及R6與通式VIII(通式VIII-a)中之定義為同意義。
於一實施態樣,通式IX(通式IX-a)中,R15為羥基之保護基時,該羥基之保護基較好與通式I中定義之基為同意義。
於一實施態樣,通式IX(通式IX-a)中,更好 環A為可經選自由C1-6烷基及側氧基所成群組之1個以上(較好2或3個)取代基取代之核酸之嘧啶鹼基部分。
於一實施態樣,通式IX表示之化合物或其鹽更好為通式IX(通式IX-a)中,B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶基,R14及R15均為Bn基,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
於一實施態樣,通式IX表示之化合物或其鹽更好為通式IX(通式IX-a)中,B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶基,R14為DMTr基,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
於一實施態樣,通式IX表示之化合物或其鹽更好為通式IX(通式IX-a)中B為可經1個以上之取代基取代之腺嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之鳥嘌呤基、可經1個以上之取代基取代之胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之5-甲基胞嘧啶基、可經1個以上之取代基取代之胸腺嘧啶基或可經1個以上之取代基取代之脲嘧啶 基,R14為氫原子,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
通式VII表示之化合物之製造方法
於一態樣,可列舉通式VII表示之化合物或其鹽作為新穎之化合物。
[式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。(惟,m=1,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Boc基,R10為Boc 基,R11為氫原子者及m=2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Ceoc基,R10為Ceoc基,R11為氫原子者除外。)]
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽較好為通式VII-a表示之化合物或其鹽。
(式中,B、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11及m各與通式VII同意義。)。
通式VII中之但書中,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基、R9為Boc基、R10為Boc基,R11為氫原子者除外時,係指除去國際公開第2014/046212號中記載之公知之化合物。
於一實施態樣,通式VII(通式VII-a)中,更好R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式VII(通式VII-a)中,R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上(較好1至3個)之基。
於一實施態樣,通式VII(通式VII-a)中,較好R7為羥基之保護基,更好為三苯甲基型保護基,最好為DMTr基。
於一實施態樣,通式VII(通式VII-a)中,化合物或其鹽為亞磷醯胺時,R8較好為式:-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)之基。
於一實施態樣,通式VII(通式VII-a)中,較好R9及R10為胺基之保護基,R11為氫原子,該胺基之保護基更好為Teoc基或Boc基。
於一實施態樣,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,該取代基較好為羥基、C1-6烷氧基、巰基、C1-6烷硫基、胺基、經C1-6烷基取代之胺基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、側氧基、硫酮基、鹵素原子,更好為選自由C1-6烷基及側氧基所成群組之1個以上(較好為2或3個)取代基。該核酸之鹼基部分之羥基或胺基、硫醇基可經保護,該保護基較好為於核酸合成中通常使用之羥基之保護基及胺基之保護基,更好為乙醯基、苯 氧基乙醯基、異丁醯基、苯甲醯基、氰基乙氧基羰基、二苯基胺基羰基,最好為異丁醯基、苯甲醯基、二苯基胺基羰基。B之更佳態樣為可具有保護基之腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽較好為通式VII(通式VII-a)中,B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基或Boc基,R10為Teoc基或Boc基,R11為氫原子之化合物或其鹽。
於一實施態樣,較好為通式VII(通式VII-a)中,B為可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基,R10為Teoc基,R11為氫原子之化合物或其鹽。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法為於本說明書中記載之步驟中可含有至少1個之以下之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含藉由將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,製造通式I表示之化合物或其鹽之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其 鹽之製造方法包含藉由將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含藉由將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,將取代於通式V中四氫呋喃環之無保護之羥基活化,製造通式IV表示之化合物或其鹽之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含藉由將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含藉由將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,將取代於通式VI中四氫呋喃環之無保護之羥基活化,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
於一實施態樣,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含藉由將通式IX表示之化合物之環A以B取代,製造通式VIII表示之化合物或其鹽之步驟。
通式X表示之人工寡核苷酸之製造方法
於一態樣,為提供具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸之製造方法(惟,具有只將m=1或2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17、R18各為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外。),為從通式XI表示之化合物藉由亞磷醯胺法製造之方法:
通式X:
[式中,R3、R4、R5、R6各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17、R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]
從通式XI表示之化合物藉由亞磷醯胺法製造之方法:
[式中,B、R3、R4、R5、R6及m各與通式X者同意義, R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基。]
於一實施態樣,亞磷醯胺法較好為根據以WO 2014/046212A1中記載之方法為基準之方法。
於一實施態樣,於上述通式X表示之寡核苷酸之製造法,較好通式X或通式XI中,B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R7為羥基之保護基,R16、R17及R18為氫原子,R20為-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R21、R22及R23各自獨立為胺基之保護基。
於一態樣,提供新穎之GuNA寡核苷酸或其鹽,
於一實施態樣,為具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸或其鹽(惟,具有只將m=1或2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17、R18各個為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外。)、
通式X:
[式中,R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數。]
於一實施態樣,通式X表示之化合物或其鹽較好為具有1個以上通式X-a表示之核苷之寡核苷酸或其鹽
通式X-a:
於一實施態樣,較好通式X(通式X-a)中,R3、R4、R5及R6各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式X(通式X-a)中,R3、R4、R5及R6為可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上(較好1至3個)之基。
於一實施態樣,更好通式X(通式X-a)中,R16、R17及R18各自獨立為氫原子。
於一實施態樣,通式X(通式X-a)中,R16、R17及R18為可經1個以上之取代基取代之分枝或形成環之C1-6烷基時,該C1-6烷基較好為甲基、乙基、丙基、異丙基、丁基、異丁基、戊基或己基,更好為甲基。該取代基可列 舉選自由C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、胺基、羥基、側氧基、硫基及鹵素原子所成群組之相同或不同之1個以上(較好1至3個)之基。
於一實施態樣,較好通式X(通式X-a)中,B為腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,R16、R17及R18為氫原子之寡核苷酸或其鹽。
於一實施態樣,該寡核苷酸或其鹽為將2個以上該核苷酸以連續或不連續結合者,較好為含有2至100個核苷酸者,更好為含有5至50個核苷酸者,最好為10至30個人工核苷酸結合者,或形成該等之互補股及雙股者。該核苷酸以不連續結合時,位於核苷酸間之核苷酸並無特別限制,惟,較好為例如不具有架橋構造之天然核苷酸。
於本說明書,用語「化合物之鹽」中之「鹽」可列舉如鈉鹽、鉀鹽、鋰鹽之鹼金屬鹽,如鈣鹽、鎂鹽之鹼土金屬鹽,鋁鹽、鐵鹽、鋅鹽、銅鹽、鎳鹽、鈷鹽等金屬鹽;如銨鹽之無機鹽,如第三辛基胺鹽、二苯甲基胺鹽、嗎啉鹽、葡萄糖胺鹽、苯基甘胺酸烷基酯鹽、乙二胺鹽、N-甲基還原葡糖胺鹽、胍鹽、二乙胺鹽、三乙胺鹽、二環己胺鹽、N,N’-二苯甲基乙二胺鹽、氯普魯卡因鹽、普魯卡因鹽、二乙醇胺鹽、N-苯甲基-苯乙基胺鹽、六氫吡嗪鹽、四甲基銨鹽、三(羥基甲基)胺基甲烷鹽之有機鹽等胺鹽;如氫氟酸鹽、鹽酸鹽、氫溴酸鹽、氫碘酸鹽之鹵素原子氫 酸鹽;如硝酸鹽、過氯酸鹽、硫酸鹽、磷酸鹽等無機酸鹽;如甲烷磺酸鹽、三氟甲烷磺酸鹽、乙烷磺酸鹽之碳原子數1至6之烷磺酸鹽;如苯磺酸鹽、對-甲苯磺酸鹽之芳基磺酸鹽;如乙酸鹽、蘋果酸鹽、富馬酸鹽、琥珀酸鹽、檸檬酸鹽、酒石酸鹽、草酸鹽、馬來酸鹽等有機酸鹽;及如甘胺酸鹽、賴胺酸鹽、精胺酸鹽、鳥胺酸鹽、麩胺酸鹽、天冬胺酸鹽之胺基酸鹽等,惟,不只限於該等。包含藥理上容許之鹽。
本說明書中記載之通式I至XI表示之各化合物包含對映體或非對映體形態或該等之混合物。例如,於各化合物之構造,糖部分之立體配置包含α體及β體,惟,較好為β體。前述通式I至XI表示之化合物為可獲得非對映體或對映體形態時,可將該等以於有機合成(例如糖合成)領域周知之慣用方法,例如層析法或分別結晶法等分離之。例如,下述式表示之16a之化合物:
糖部分之立體配置為β體。
於本說明書記載之通式I至XI表示之各化合物包含以同位元素(例如3H、13C、14C、15N、18F、32P、35S、125I等)等標識之化合物及重氫變換體。
於本說明書記載之寡核苷酸及其類似物可調配例如賦形劑、結合劑、防腐劑、抗氧化劑、崩解劑、潤滑劑、矯味劑等於醫藥製劑技術領域通常使用之輔助劑,作成非經口投予製劑或脂質體製劑。又,例如可配合於該技術領域通常使用之醫藥用載體,調製成液劑、乳霜劑、軟膏劑等局部用之製劑。
(製造方法)
以下,記載於本說明書記載之架橋型核酸GuNA之製造方法。又,於通式I至XI表示之各化合物中具有絶對立體配置之光學活性體可藉由於起始原料中使用光學活性體者或者將於合成中途階段產生之異構物分離而製造。將以下記載之核酸鹼基置換之核酸鹼基交換反應,可使β選擇性轉糖基化效率佳的進行,獲得之通式VIII表示之化合物可選擇性的獲得所期待之β體。
本發明化合物或其藥理上容許之鹽可以下述之方法製造,惟,不只限於該等。
原料化合物於該等具體製法中未敍述時可使用市售品或根據公知方法或以該等方法為基準之方法製造。
又,本說明書中使用之簡稱,各為以下表示者。
THF:四氫呋喃
TBAF:四正丁基氟化銨
Ph3P:三苯基膦
DMF:N,N-二甲基甲醯胺
MSC1:甲烷磺醯氯
DMAP:N,N-二甲基-4-胺基吡啶
iPr2NEt及DIPEA:N,N-二異丙基乙胺
Tf2O:三氟甲烷磺酸酐
NaN3:疊氮化鈉
Bu4NN3:疊氮化四丁基銨
TfCl:三氟甲烷磺醯氯
Ph3PO:三苯基氧化膦
BSA:N,O-雙(三甲基矽基)乙醯胺
TMSOTf:三氟甲烷磺酸三甲基矽基
TBSOTf:第三丁基二甲基矽基三氟甲烷磺酸
Bn:苯甲基
TMS:三甲基矽基
T BDPS:第三丁基二苯基矽基
Ac:乙醯基
Teoc:三甲基矽基乙氧基羰基
Boc:第三丁氧基羰基
CH2Cl2:二氯乙烷
MeCN:乙腈
DPPA:疊氮磷酸二苯酯
DIAD:偶氮二羧酸二異丙酯
DMTr:4,4’-二甲氧基三苯甲基
BHT:二丁基羥基甲苯
首先,記載本申請專利發明之架橋型核酸GuNA製造方法之概略。
於主要製造路徑([A法]),使用糖化合物1作為起始物質,導入羥基保護基作為R1基,調製化合物2。接著,使用化合物2作為起始物質,根據公知之反應,經過多階段(6步驟)之反應路徑,調製通式III表示之化合物之前驅體(例如化合物7)。藉由將該化合物進行脫保護,可獲得通式III表示之化合物(例如化合物8)作為新穎之中間體。接著,藉由使用適當之疊氮化試藥進行光延反應,可獲得通式II表示之化合物(例如化合物9(胸腺嘧啶衍生物)、化合物36(脲嘧啶衍生物))作為新穎之中間體。
另,藉由將適當之還原劑進行反應,可獲得通式I表示之化合物(例如化合物12)作為新穎之中間體。
接著,將通式I表示之化合物進行脫保護,接著,藉由導入新的其他保護基,獲得通式IX表示之化合物(例如化合物14)。接著,與胍化試藥進行反應,獲得通式VII表示之胍化合物(例如化合物15)作為新穎之中間體,另,與亞磷醯胺試藥進行反應,可製造作為新穎化合物之通式VII(或通式XI)表示之GuNA亞磷醯胺化合物(例如化合物16)。該化合物可作為用於製造架橋型核酸GuNA之人工寡核苷酸之單體起始原料使用。
又,於上述之主要製造路徑([A法])中,可藉由採用另外之製造路徑進行改變。改變法包含甲磺醯化反應路徑([B法])、疊氮化反應路徑([C法])及核酸鹼基交換 反應路徑([D法])。
表示本專利發明製造法之製造路徑概要。
[A法]
製造通式III表示之新穎中間體化合物之前驅體
首先,從起始原料之化合物1至通式III之化合物之前驅體(例如化合物7),係根據文獻公知之方法(例如J.Org.Chem.2011,76,9891-9899中記載者),經過7步驟進行。
下述表示代表性之製造例。
化合物1可從商業購得或使用可從商業購得之原料化合物,根據通常之有機合成化學(尤其是核酸合成)中己知之方法製造。例如,將於上述文獻中記載之化合物1根據使用適當試藥之有機合成法,可獲得通式表示之其他1之化合物。
各製造步驟可根據J.Org.Chem.2011,76,9891-9899記載之方法之反應條件下進行,惟,可對應作為起始原料之化合物1之種類,適當改變個個反應步驟之條件(例如試藥、反應時間等)。又,只要根據J.Org.Chem.2011,76,9891-9899記載之方法,對於中間體化合物4,對於將胸腺嘧啶(T)作為核酸鹼基進行反應,如下述所示,經由以其他核酸鹼基(例如脲嘧啶(U))替代胸腺嘧啶(T)進行反應,可製造胸腺嘧啶以外之各種核酸鹼基之類似物。
製造通式II表示之新穎中間體化合物
(通式III化合物之前驅體之通式中,R’表示羥基之保護基。)
接著,將前述調製之通式III化合物之前驅體在適當之溶劑中,藉由脫保護反應可獲得新穎之通式III表示之中間體化合物(例如化合物8(胸腺嘧啶)、化合物34(脲嘧啶))。相關之脫保護反應可對應保護基之種類,在適當反應條件(例如試藥等)下進行。例如,羥基之保護基Ra為矽基型保護基(例如T BDPS)時,可藉由在酸性條件下之水解(例如乙酸-THF-水)或使用氟化物離子供予試藥(例如TBAF)處理而實施。
作為溶劑,只要不會影響反應者即可,可在適當溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在0℃至100℃,更好在0℃至50℃進行。
接著,藉由在光延反應條件下與適當之疊氮化試藥進行反應,可獲得新穎之通式II表示之中間體化合物(例如化合物9(胸腺嘧啶)、化合物36(脲嘧啶))。
相關之疊氮化反應可將通式III表示之化合物在光延反應條件下(例如疊氮化試藥(例如將疊氮磷酸二苯酯(DPPA)在偶氮二羧酸二酯(例如在偶氮二羧酸二乙酯(DEAD)、偶氮二羧酸二異丙酯(DIAD))及三苯基膦(Ph3P)存在下進行)實施。
作為溶劑,只要不會影響反應者即可,可在適當溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、甲苯等烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在-78℃至100℃,更好在0℃至50℃進行。
從該通式III表示之化合物獲得通式II表示之疊氮化合物反應之進行容易受到反應基質精製之程度等影響,在操作上不容易。此處,不直接製造通式II之化合物,而是先轉換為將羥基轉換為脫離基之通式IV表示之中間體化合物(例如化合物10(胸腺嘧啶)、化合物35(脲嘧啶))之後除去該脫離基,導入適當之疊氮化劑,可容易的導入通式II表示之化合物。
脫離基X只要是在有機合成上己知之基即可,並無特別限制,可列舉例如甲烷磺醯基氧基(甲磺醯基氧基;Ms-O-)、三氟甲烷磺醯基氧基、對-甲苯磺醯基氧基,較好為甲磺醯基氧基。用於導入脫離基之試藥之例可列舉三氟甲烷磺醯氯、甲烷磺醯氯、對-甲苯磺醯氯或三氟甲烷磺酸 酐,較好為甲烷磺醯氯。
疊氮化劑之例可列舉nBu4NN3或疊氮化鈉。
脫離基之導入可於有機合成化學(例如糖合成)通常了解之反應條件下實施(例如使用磺醯化劑(例如MsC1),在鹼條件下(例如二甲基胺基吡啶(DMAP))。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在-25℃至室溫,更好在0℃至室溫進行。
另一方面,伴隨脫保護及疊氮化之反應可於有機合成化學(例如糖合成)通常了解之反應條件下、對應脫離基之種類,將適當之疊氮化試藥(例如疊氮化四丁基銨)實施。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如二噁烷等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在室溫至溶劑回流下之溫度,例如100℃以上之溫度進行。
亦即,通式II表示之化合物之製造方法包含以下之步驟:a)將通式III之化合物之前驅體進行脫保護(5’位之羥基保護基之脫保護),獲得通式III表示之化合物;及b)將獲得之通式III表示之化合物使用適當之疊氮化試藥進行光延反應,獲得通式II表示之化合物。
作為另外之製法,可包含以以下之b')及c')步驟替代前述b)步驟: b')將獲得之通式III表示之化合物與適當之試藥進行反應,導入脫離基(X)(5’位之羥基上),獲得通式IV表示之化合物;c')將獲得之通式IV表示之化合物與適當之疊氮化試藥進行反應,獲得通式II表示之化合物。
通式II表示之新穎中間體化合物之另外製造方法
記載通式II表示之化合物之另外製造方法。
如前所述,使用從化合物1調製之化合物2作為起始,首先進行羥基之甲磺醯化,接著,根據以前述J.Org.Chem.2011,76,9891-9899中記載之方法為基準之方法(從化合物3製造化合物6),經過多階段(4步驟)之反應路徑,獲得通式V表示之新穎之中間體化合物(具體例為化合物25)。
甲磺醯化反應可於有機合成化學(例如核酸合成)通常了解之反應條件下(例如適當之羥基活化劑(例如甲烷磺醯氯、甲烷磺酸酐等甲磺醯化劑)在鹼條件下(例如三乙胺存 在下)實施。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度在-25℃至100℃,更好在0℃至室溫進行。
亦即,通式IV表示之化合物之製造方法包含以下之步驟: 將羥基之活化劑(例如三氟甲烷磺醯化劑)與作為新穎中間體之通式V表示之化合物進行反應,藉由將取代於通式V中四氫呋喃環之無保護之羥基活化,獲得通式IV表示之化合物。
如前所述,將疊氮化劑(例如nBu4NN3或疊氮化鈉)與通式IV表示之化合物(例如化合物10(胸腺嘧啶)、化合物35(脲嘧啶))中進行反應,取得通式II表示之化合物。
通式II表示之新穎中間體化合物之另外製造方法
記載通式II表示之化合物之另外製造方法。
如前所述,使用從化合物1調製之化合物2作為起始,根據以文獻(Henrik M.Pfundheller,H.M.,Bryld,T.,Olsen,C.E.,Wengel,J.Helvetica Chimica Acta 2000,83,128-151)中記載之方法為基準之方法,經過多階段(5步驟)之反應路徑,獲得作為中間體之通式VI表示之疊氮體化合物(具體例為化合物21)。
接著,將通式VI表示之中間體化合物在與前述製法中從化合物6獲得化合物7(或從化合物25獲得化合物10)之方法相同之反應條件下,藉由將羥基之活化劑於鹼條件下(例如DMAP存在下)進行反應,製造通式II表示之新穎之中間體化合物(具體例為化合物9)。
本反應中羥基之活化劑之例可列舉三氟甲烷磺醯氯、甲烷磺醯氯或三氟甲烷磺酸酐,較好為三氟甲烷磺醯氯。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑 等)中實施。反應溫度較好在0℃至100℃,更好在0℃至室溫進行。
亦即,從通式VI表示之化合物等製造作為新穎中間體之通式II表示之化合物之方法包含以下之步驟:
藉由將通式VI表示之化合物與羥基之活化劑進行反應,將取代於通式VI中四氫呋喃環之無保護之羥基活化,獲得通式II表示之化合物。
製造通式I表示之新穎中間體化合物
另,將獲得之通式II表示之化合物藉由進行還原反應,可獲得疊氮基經還原之通式I表示之新穎中間體化合物(例如化合物12(胸腺嘧啶)、化合物37(脲嘧啶))(本說明書中、亦稱為「2’-胺基LNA」)。
疊氮基之本還原反應可於例如還原劑(例如三苯基膦等膦類)下進行。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在0℃至高溫,更好在室溫至100℃以下之溫度進行。
亦即,通式I表示之新穎中間體化合物之製造方法包含以下之步驟:藉由將前述獲得之通式II表示之新穎中間體化合物與還原劑進行反應,製造通式I表示之化合物或其鹽。
此處,本反應為以將從4’位之碳原子將疊氮基甲基伸長,與2’位之碳原子進行架橋,導入2’位之胺基為特徴之新穎之反應步驟。
製造通式VII表示之新穎單體化合物之前驅體
將前述獲得之通式I表示之化合物於5’位及3’位上,各自將R1基及R2基進行脫保護,獲得中間體化合物3(例如實施例13之化合物)。接著,將經脫保護之保護基與脫保護條件不同之新穎羥基保護基只導入於5’位之羥基上(R7),獲得作為前驅體之中間體化合物4(例如化合物14)或其鹽。
此處,脫保護反應可對應保護基之種類,在有機合成化學(例如核酸合成)通常了解之反應條件下進行。例如,為苯甲基型保護基(例如Bn基)時,可在有機金屬催化劑(例如鈀-碳)存在下,藉由與氫之氫化分解反應實施脫保護反應。
溶劑只要不影響反應者即可,可使用適當之溶劑(例如THF等醚類、乙酸乙酯等乙酸酯類、二氯甲烷等鹵化烴類、乙酸等酸類、甲醇等醇類、水或該等之混合溶劑等)或將鹼本體作為溶劑使用實施。反應溫度較好在室溫至高溫,更好在室溫至50℃以下之溫度進行。
再者,作為新導入之羥基保護基可列舉例如三苯甲基型保護基(例如DMTr基)。本保護基之導入反應可對應保護基之種類,在有機合成化學(例如核酸合成)充分了解之反應條件下實施。例如,羥基之保護基為三苯甲基型保護基(例如DMTr基)時,可在鹼條件下(例如吡啶存在下)實施。
溶劑只要不影響反應者即可,可使用適當之溶劑(例如THF等醚類、二氯甲烷等鹵化烴類、水或該等之混合溶劑 等)或將鹼本體作為溶劑使用實施。反應溫度較好在0℃至50℃,更好在室溫進行。
亦即,中間體化合物4之製造方法包含以下之步驟。
a)將前述獲得之通式I表示之化合物(5’位及3’位上之R1基及R2基)進行脫保護反應(獲得中間體化合物3);b)於反應生成物中導入羥基之保護基(5’位)。
於本說明書中,如後所述,將獲得之中間體化合物4胍化,接著進行亞磷醯胺化,可製造通式VII表示之新穎化合物。
核酸鹼基交換反應
將如前所述獲得之通式I表示之化合物或中間體化合物4(總稱為通式IX表示之化合物(例如化合物12、化合物14))作為起始物質,藉由核酸鹼基交換反應(轉糖基化反應),將胸腺嘧啶(T)、脲嘧啶(U)等核酸鹼基之嘧啶置換為其他之核酸鹼基(例如腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、脲嘧啶(U)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)或5-甲基胞嘧啶(MeC)),可製造作 為新穎中間體之通式VIII表示之化合物或其鹽(例如化合物26、化合物28、化合物29)。
該鹼基交換反應可在例如將通式IX表示之化合物在路易士酸存在下實施,藉由將矽基化劑進行反應,可促進反應。
矽基化劑可列舉例如BSA、六甲基二矽氮烷等,路易士酸可列舉例如TMSOTf、TBSOTf、氯化錫等,惟,不只限於該等。
對於反應基質,矽基化劑可使用約1至約20莫耳當量數,路易士酸可使用催化劑量(約0.05莫耳當量數)至2莫耳當量數。
溶劑只要不影響反應者即可,可在適當之溶劑(例如THF等醚類,二氯甲烷、二氯乙烷、氯仿等鹵化烴類,苯、甲苯等烴類,乙腈,水或該等之混合溶劑等)中實施。反應溫度較好在0℃至高溫,更好在室溫至約60℃進行。
製造通式VII表示之單體化合物
將前述獲得之通式IX表示之化合物或通式VIII表示之化合物與胍化試藥進行反應,獲得在通式VIII表示之化合物之架橋胺基上經胍化之通式VII(通式中,R8a為氫原子)表示之胍化合物(例如化合物15)。此處,胍化反應可在有機合成(尤其是核酸合成)上一般己知之反應條件(例如試藥)下進行。該胍化試藥可列舉例如下述式:
[式中,Rpro為胺基之保護基(例如Teoc、Boc)],可在適當之活化試藥(例如三氟甲磺酸銀(AgOTf))存在下進行。
另,將獲得之通式VII表示之化合物與亞磷醯胺試藥進行反應,可獲得通式VII表示之化合物或其鹽(本專利申請說明書中亦稱為「GuNA亞磷醯胺」)(例如化合物16)。此處,亞磷醯胺化反應可在有機合成(尤其是核 酸合成)上一般己知之反應條件(例如試藥)下進行。該亞磷醯胺化試藥可列舉例如下述式: ,惟,不只限於該等。該亞磷醯胺化反應亦可在適當鹼(例如DIPEA)或適當酸(例如二異丙基銨四唑化物、4,5-二氰基咪唑)存在下進行。
亦即,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法包含以下之步驟:a)將通式IX表示之化合物或其鹽,或通式VIII表示之化合物或其鹽進行胍化反應,可獲得通式VII(式中,R8a為氫原子)表示之化合物;b)將反應生成物進行亞磷醯胺化反應,獲得通式VII(式中R8b為可經取代之磷酸基)表示之化合物。
又,通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法可包含本說明書所記載之步驟中至少1個之以下之步驟。
藉由將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,製造通式I表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,製造通式IV表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應,製 造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將通式IX表示之化合物之環A置換,製造通式VIII表示之化合物或其鹽之步驟。
製造通式X表示之GuNA寡核苷酸
通式VII或通式XI表示之化合物或其鹽可作為用於製造GuNA寡核苷酸之單體起始原料使用。GuNA寡核苷酸可經由使用通式VII或通式XI表示之化合物或其鹽,進行低聚物化反應後,必要時進行胺基保護基之脫保護合成。
低聚物化反應只要是例如合成化學(尤其是核酸合成) 上一般己知之方法即可,並無特別限制,可藉由例如亞磷醯胺法進行。亞磷醯胺法,可依照以例如WO 2014/046212A1中記載之方法為基準之方法進行。
藉由本低聚物化反應,可製造具有1個以上通式X表示之核苷酸之寡核苷酸。
亦即,通式X表示之寡核苷酸之製造方法包含以下之步驟:a)使用通式VII或通式XI表示之化合物或其鹽,進行低聚物化反應後,必要時進行胺基保護基之脫保護。
再者,通式VII或通式XI表示之化合物或其鹽之製造方法,本說明書中記載之步驟中可含有至少1個以下之步驟。
藉由將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,製造通式I表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,製造通式IV表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,製造通式II表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將通式IX表示之化合物之環A置換,製造通式VIII表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將通式IX表示之化合物或其鹽,通式VIII表示之化合物或其鹽進行胍化反應,製造通式VII(式中R8a為氫原子)表示之化合物或其鹽之步驟。
將通式VII(式中R8a為氫原子)表示之化合物或其鹽進行亞磷醯胺化反應,製造通式VII(式中R8b為可經取代之磷酸基)表示之化合物或其鹽之步驟。
藉由將任何1個以上通式VII表示之化合物之R9、R10、R11之胺基保護基進行脫保護,製造通式XI表示之化合物之步驟。
【實施例】
以下,列舉實施例對本發明做更具體的說明,惟,本發明不只限於該等實施例。又,化合物之鑑定係藉由元素分析值、質量‧光譜、高速液體色譜質量分析計;LCMS、IR光譜、NMR光譜、高速液體層析法(HPLC)等進行。於NMR,於氫核磁共振(1H-NMR),使用共振頻率為400MHz者,於磷核磁共振(31P-NMR),使用共振頻率為161.8MHz者。於NMR中使用之符號係指S為單峰、d為雙峰、dd為雙雙峰、t為參峰、tD為參雙峰、q為四峰、quin為五峰、sept為七峰、m為多峰、br為寬、brs為寬單峰、brd為寬雙峰、brt為寬三峰及J為偶合常數。
雖表示化合物12製造法之一例,惟,不只限於該等例。具體而言,使用市售之化合物1作為起始物質,以J.Org.Chem.2011,76,9891-9899記載之方法為基準製造。
實施例1
((2R,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-2-(羥基甲基)-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并 [2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物8)
將化合物7(以J.Org.Chem.2011,76,9891記載之方法為基準,從3,5-二-O-苯甲基-4-C-羥基甲基-1,2-O-異亞丙基-α-D-核呋喃糖2合成)(2.00g,2.903mmol)及THF(14.5mL)混合,於0℃冷卻下滴下TBAF(3.77mL,3.774mmol)。於室溫攪拌130分鐘後蒸餾除去溶劑。獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至85/15)精製,獲得化合物8(1260mg,收率96%)。
MS(APCI):m/z=451(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.24(8H,m),7.21-7.11(3H,m),6.25(1H,d,J=6.2Hz),5.32(1H,dd,J=6.2,2.6Hz),4.79(1H,d,J=11.8Hz),4.61(1H,d,J=11.8Hz),4.39(1H,d,J=12.3Hz),4.34(1H,d,J=2.6Hz),4.34(1H,d,J=12.3Hz),3.86(1H,dd,J=12.2,5.7Hz),3.69(1H,dd,J=12.2,7.7Hz),3.33(1H,d,J=10.3Hz),3.30(1H,d,J=10.3Hz),2.20(1H,dd,J=7.7,5.7Hz),1.99-1.95(3H,m)
實施例2
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(疊氮基甲基)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物9)
將化合物8(300mg,0.6659mmol)及THF(4.4mL)混合。於0℃冷卻下加入Ph3P(524mg,1.998mmol)及偶氮二羧酸二異丙酯(0.413mL,2.098mmol),接著滴下疊氮磷酸二苯酯 (0.431mL,1.998mmol)。於室溫下攪拌10分鐘後於外溫50℃加熱攪拌30分鐘。加入DMF(1.2mL),於外溫50℃加熱攪拌17小時。於0℃加入飽和食鹽水,以乙酸乙酯萃取。於獲得之有機層中加入無水硫酸鈉,乾燥、過濾後蒸餾除去溶劑。獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇、100/0至95/5)精製,獲得化合物9(285mg,收率90%、含有不純物Ph3PO)。
MS(APCI):m/z=476(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.26(8H,m),7.21-7.11(3H,m),6.19(1H,d,J=6.2Hz),5.29(1H,dd,J=6.2,2.3Hz),4.77(1H,d,J=11.8Hz),4.61(1H,d,J=11.8Hz),4.40(1H,d,J=12.0Hz),4.35(1H,d,J=12.0Hz),4.29(1H,d,J=2.3Hz),3.63(1H,d,J=12.8Hz),3.49(1H,d,J=12.8Hz),3.33(1H,d,J=10.2Hz),3.25(1H,d,J=10.2Hz),2.01-1.95(3H,m)
實施例3
化合物9可依照以下之實施例3及4,從化合物8合成。
甲磺酸{(2S,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-6-氧雜-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-2-基}甲酯(化合物10)
於冰冷下,於化合物8(7.00g,15.54mmol)之二氯甲烷(155mL)懸濁液中加入MsCl(2.05mL,26.42mmol)及 DMAP(5695mg,46.61mmol),於室溫攪拌1.5小時。加入二異丙醚(500mL),濾取產生之白色固體,以二異丙醚洗淨。將獲得之固體以二異丙醚(500mL)、氯仿(100mL)再結晶,獲得之結晶以水(1L)洗淨後乾燥,獲得化合物10(8.12g,15.4mmol,收率98.9%)。
MS(APCI):m/z=529(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.39-7.27(8H,m),7.21-7.14(3H,m),6.22(1H,d,J=6.1Hz),5.28(1H,dd,J=6.1,2.6Hz),4.76(1H,d,J=11.8Hz),4.60(1H,d,J=11.8Hz),4.44-4.31(5H,m),3.40(1H,d,J=10.2Hz),3.29(1H,d,J=10.2Hz),2.92(3H,s),2.00-1.95(3H,m)
實施例4
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(疊氮基甲基)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物9)
在化合物10(7.00g,13.24mmol)之1,4-二噁烷(132mL)溶液中加入疊氮化四丁基銨(11.3g,39.73mmol),於外溫120℃攪拌7小時。於冰冷下加入飽和碳酸氫鈉水。以乙酸乙酯萃取2次後將有機層以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物。將濾液蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇、90/10至85/15)精製,獲得化合物9(5.80g,12mmol,收率92%)。
MS(APCI):m/z=476(M+H)+
1H-NMR與實施例2獲得之化合物9一致。
實施例5
1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物12)
將化合物9(1446mg,3.041mmol)、THF(20mL)及水(4mL)混合,加入Ph3P(1196mg,4.562mmol),於外溫70℃加熱攪拌17小時。蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇,95/5至85/15)精製,獲得化合物12(1267mg,收率92%)。
MS(APCI):m/z=450(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.08(1H,brs),7.61-7.57(1H,m),7.39-7.23(10H,m),5.52(1H,s),4.65-4.51(4H,m),3.91(1H,s),3.87(1H,d,J=10.8Hz),3.80(1H,d,J=10.8Hz),3.64(1H,s),3.15(1H,d,J=9.7Hz),2.90(1H,d,J=9.7Hz),1.68-1.53(3H,m)
雖然例示化合物16a及15b製造法之1例,惟,不只限於該等例。具體而言,使用上述獲得之化合物12作為起始物質,製造化合物16a及15b。
實施例6
1-[(1R,3R,4R,7S)-7-羥基-1-(羥基甲基)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基]-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮 乙酸鹽(化合物13)
將化合物12(1.00g,2.225mmol)及乙酸(6mL)混合,加入氫氧化鈀(200mg,1.425mmol)。於氫氣大氣下,於外溫50℃加熱攪拌6小時。將反應液進行氮氣置換後使用甲醇,以膜濾器過濾,將濾液濃縮。於甲苯進行共沸,真空乾燥之,獲得化合物13(774mg,含有甲苯9.8wt%,收率100%)。
MS(APCI):m/z=270(M+H)+
1H-NMR(DMSO-d6)δ:11.31(1H,brs),7.75-7.70(1H,m),5.33(1H,s),3.83(1H,s),3.78-3.56(2H,m),3.26(1H,s),2.90(1H,d,J=10.2Hz),2.58(1H,d,J=10.2Hz),1.91(3H,s),1.79-1.75(3H,m)
實施例7
1-[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基]-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物14)
於冰冷下,於化合物13(4.00g,12.1mmol)之吡啶(37mL,462mmol)溶液中加入4,4’-二甲氧基三苯甲基氯(12.4g,36.4mmol)後昇溫至室溫,攪拌1.5小時。於乙酸水溶液(水250mL/乙酸69.5mL)中滴下反應液,加入乙酸乙酯(300mL),攪拌30分鐘。以乙酸乙酯萃取後將有機層依序以飽和食鹽水、飽和碳酸氫鈉水、飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。將濾液蒸餾除去溶劑後獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至90/10)精製,獲得化合物14(5.98g,收率86%)。
MS(APCI):m/z=572(M+H)+
1H-NMR(DMSO-d6)δ:11.33(1H,brs),7.63-7.59(1H,m),7.47-7.21(9H,m),6.94-6.86(4H,m),5.37(1H,d,J=5.1Hz),5.34(1H,s),4.05(1H,d,J=5.1Hz),3.74(6H,s),3.39-3.22(3H,m),2.84(1H,d,J=9.8Hz),2.63(1H,d,J=9.8Hz),1.53-1.46(3H,m)
實施例8
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-(5-甲基-2,4-二氧雜-3,4-二氫嘧啶-1(2H)-基)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物15a)
將化合物14(1266mg,2.215mmol)、THF(7.7mL)及N-[甲基硫基-(2-三甲基矽基乙氧基羰基胺基)亞甲基]胺基甲酸2-甲基矽基乙基酯(1258mg,3.322mmol)之THF(7mL)溶液混合,於冰冷下依序加入Et3N(1.23mL,8.859mmol)及AgOTf(854mg,3.322mmol)。昇溫至室溫後於室溫攪拌4小時。於冰冷下加入飽和食鹽水,以乙酸乙酯萃取。有機層以無水硫酸鈉乾燥、過濾除去不溶物。將濾液蒸餾除去溶劑後獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、55/45至45/55)精製,獲得化合物15a(1563mg,含有乙酸乙酯1.9wt%,收率78%)。
MS(APCI):m/z=902(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.36(1H,brs),8.26(1H,s),7.59(1H,s),7.49-7.42(2H,m),7.39-7.20(7H,m),6.89-6.80(4H,m),5.62(1H,s),4.71(1H,s),4.36-4.07(5H,m),3.84-3.70(7H,m),3.62(1H,d,J=11.8Hz),3.57-3.46(2H,m),1.67(3H,s),1.11-0.97(4H,m),0.04(18H,s)
實施例9
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2H)-基)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物16a)
將化合物15a(60.5mg,0.0671mmol)及二氯甲烷(1.5mL) 混合,於冰冷下依序滴下iPr2NEt(0.0232mL,0.134mmol)及2-氰基乙基N,N-二異丙基氯膦醯胺(0.0224mL,0.101mmol),於室溫攪拌4小時。再次於冰冷下追加iPr2NEt(0.0232mL,0.134mmol)、2-氰基乙基N,N-二異丙基氯膦醯胺(0.0224mL,0.101mmol),於室溫攪拌2小時。於冰冷下加入飽和碳酸氫鈉水,以氯仿萃取。有機層依序以水、飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥、過濾除去不溶物。將濾液蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、65/35至50/50)精製,獲得化合物16a(40.1mg,收率54%)。
MS(APCI):m/z=1102(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.44,149.31,148.87,148.69
實施例10
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-(5-甲基-2,4-二側氧基-3,4-二氫嘧啶-1(2H)-基)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物15b)
於室溫,於化合物14(1.20g,2.10mmol)之THF(21mL)懸濁液中依序加入Et3N(1.2mL,8.4mmol)、N-[(第三丁氧基羰基胺基)-甲基硫基-亞甲基]胺基甲酸第三丁基酯(910mg,3.1mmol)及AgOTf(810mg,3.1mmol),於室溫攪拌2小時。於反應液中加入飽和食鹽水,以乙酸乙酯萃取。將乙酸乙酯有機層以飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥,過濾除 去不溶物。將濾液蒸餾除去溶劑後獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、50/50至30/70)精製,獲得化合物15b(1.44g,1.77mmol,收率84%)。
MS(APCI):m/z=814(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.11(1H,brs),8.09(1H,brs),7.65-7.57(1H,m),7.52-7.41(2H,m),7.40-7.19(7H,m),6.89-6.78(4H,m),5.57(1H,s),4.67(1H,s),4.32(1H,s),4.15(1H,brs),3.85-3.72(7H,m),3.64-3.40(3H,m),1.72-1.65(3H,m),1.48(18H,s)
表示化合物12之其他製造法(以下,亦稱為疊氮基路徑)。
實施例11(疊氮基路徑)
從化合物2(3,5-二-O-苯甲基-4-C-羥基甲基-1,2-O-亞異丙基-α-D-核呋喃糖)合成化合物20係依照己知之文獻(Henrik M.Pfundheller,H.M.,Bryld,T.,Olsen,C.E., Wengel,J.Helvetica Chimica Acta 2000,83,128-151)實施。
3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-5-O-(三氟甲基磺醯基)-β-L-木糖呋喃糖(化合物17)
將化合物2(70.10g,174mmol)溶解於二氯甲烷(700mL),於此加入吡啶(41.51g,524mmol),冷卻至內溫-55℃。於內溫-55℃至-48℃,以30分鐘滴下Tf2O(78.93g,280mmol),於同溫度攪拌1小時。更換為冰浴,再攪拌1小時後加入8%碳酸氫鈉水溶液,將有機層分離,依序以8%碳酸氫鈉水溶液、飽和食鹽水洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,將合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物17(92.96g)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖呋喃糖(化合物18)
於氮氣流下將化合物17(92.96g,174mmol)溶解於DMF(465mL)。於室溫加入NaN3(45.42g,698mmol),於外溫60℃攪拌4小時30分鐘。放冷後分配於乙酸乙酯及水中。將有機層分離,依序以8%碳酸氫鈉水溶液、飽和食鹽水洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,將合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑,獲得粗體(75.70g)。以管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=90/10至80/20)精製,獲得化合物18(45.70g,收率60%)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
1,2-二-O-乙醯基-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-去氧基-L-木糖呋喃糖(化合物19)
於氮氣流下將化合物18(45.70g)溶解於乙酸酐(46mL)及乙酸(92mL)。於冰浴冷卻下加入濃硫酸(280μL),於室溫攪拌2小時。以乙酸乙酯(420mL)稀釋後於冰浴冷卻下滴下飽和碳酸鈉水溶液後將有機層分離,依序以8%碳酸氫鈉水溶液、飽和食鹽水洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,將合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑後以甲苯共沸之,獲得化合物19(50.72g)。不進行精製,以定量的收率於下一步驟使用。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
1-{2-O-乙醯基-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-去氧基-α-L-木糖呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物20)
於氮氣流下將化合物19(50.72g)溶解於乙腈(445mL),加入胸腺嘧啶(26.56g,210mmol)。於室溫以20分鐘滴下BSA(171.86g,841mmol),於外溫90℃攪拌1小時。放冷後,於冰浴冷卻下以15分鐘滴下TMSOTf(46.96g,210mmol),於外溫90℃攪拌1小時。放冷後,於冰浴冷卻下加入8%碳酸氫鈉水溶液後過濾除去析出之固體,減壓蒸餾除去乙腈。加入乙酸乙酯將有機層分離,以飽和食鹽水 洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物20(66.18g)。不進行精製,以定量的收率於下一步驟使用。
MS(ESI):m/z 536(M+H)+
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
1-{5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-去氧基-α-L-木糖呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物21)
將化合物20(66.18g)溶解於THF(70mL),共沸後溶解於THF(200mL),於氮氣流下,於室溫加入40%甲胺水溶液(132mL)。於室溫攪拌1小時30分鐘後減壓蒸餾除去溶劑。將濃縮殘渣分配於乙酸乙酯、水及飽和食鹽水中,將有機層分離,以飽和食鹽水洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,將合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物21(56.26g)。不進行精製,以定量的收率於下一步驟使用。
MS(ESI):m/z 494(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.40-7.26(12H,m),5.88(1H,d,J=5.1Hz),4.74(1H,d,J=11.3Hz),4.64(1H,d,J=11.3Hz),4.55(2H,s),4.40(1H,t,J=5.4Hz),4.26(1H,d,J=5.7Hz),3.72(1H,s),3.69(1H,d,J=4.1Hz),3.56(1H,d,J=9.8Hz),3.43(1H,d,J=12.8Hz),2.81(1H,d,J=5.1Hz),1.63(3H, brd)
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(疊氮基甲基)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物9)
於氮氣流下將化合物21(56.26g)溶解於二氯甲烷(935mL),加入DMAP(51.38g,420mmol)。於冰浴冷卻下攪拌30分鐘後以25分鐘滴下TfCl(51.44g,210mmol)。於室溫攪拌1小時後於冰浴冷卻下加入水。將有機層分離,依序以水、0.1M鹽酸水溶液、4%碳酸氫鈉水溶液、飽和食鹽水洗淨。將各水層以乙酸乙酯再萃取,將合併之有機層以無水硫酸鈉乾燥,過濾除去不溶物。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物9(52.10g)。不進行精製,以定量的收率於下一步驟使用。
MS(ESI):m/z 476(M+H)+
1H-NMR(CDCl3):與實施例2之化合物9一致。(DMAP殘留)
1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物12)
於氮氣流下將化合物9(46.9g)溶解於THF(810mL),加入水(160mL)。於室溫加入Ph3P(29.79g,113.5mmol),於外溫70℃攪拌17小時。放冷後減壓蒸餾除去溶劑,以 甲苯(200mL×2)共沸之,獲得粗體(167.79g)。以管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇=100/0至90/10至6/1至4/1)精製,獲得含有Ph3PO及乙酸乙酯之粗化合物12(42.78g)。於氮氣流下,於1L之茄形燒瓶中將粗化合物12(42.78g)懸濁於乙酸乙酯(200mL)。於外溫50℃攪拌1小時後加入二異丙醚(200mL),另,於外溫50℃攪拌30分鐘。經過整夜放冷後濾取固體,以乙酸乙酯/二異丙醚=1/1(100mL×2)洗淨,減壓乾燥,獲得化合物12(30.11g,收率70%:化合物18基準)。
MS(ESI):m/z 450(M+H)+
1H-NMR與實施例5獲得之化合物12一致。(CDCl3)
表示化合物10之1製造法(以下,亦稱為甲磺醯基路徑)。
實施例12(甲磺醯基路徑)
從化合物2合成化合物24依照己知之文獻(Henrik M.Pfundheller,H.M.,Bryld,T.,Olsen,C.E.,Wengel,J.Helvetica Chimica Acta 2000,83,128-151)實施之。
3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-5-O-(甲基磺醯基)-β-L-木糖呋喃糖(化合物22)
吡啶法:於氮氣大氣下將化合物2(1.00g,2.50mmol)及吡啶(10mL)混合,於0℃滴下MsCl(0.23mL,2.97mmol)。滴下後於同溫度攪拌1小時後昇溫至室溫,另攪拌4小時。於反應液中加入10%鹽酸水溶液,以乙酸乙酯萃取。有機層以無水硫酸鈉乾燥、過濾後濃縮之。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=100/0至2/1),獲得化合物22(743mg,收率62%)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
三乙胺法:
於氮氣大氣下將化合物2(7.50g,18.7mmol)、二氯甲烷(150mL)及Et3N(7.83mL,56.2mmol)混合,於0℃滴下MsCl(1.74mL,22.5mmol)。滴下後昇溫至室溫,攪拌2小時。於反應液中加入水,以二氯甲烷萃取。有機層以無水硫酸鈉乾燥、過濾後濃縮之。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=100/0至50/50),獲得化合物22(8.20g,收率92%)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
1,2-二-O-乙醯基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-O-甲基磺醯基)-L-木糖呋喃糖(化合物23)
於氮氣大氣下將化合物22(8.20g,17.1mmol)、乙酸(140mL)、乙酸酐(14mL)及濃硫酸(0.14mL)混合,攪拌整夜。於反應液中加入冰水,以乙酸乙酯萃取。有機層以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨,以無水硫酸鈉乾燥、過濾後濃縮之。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=100/0至2/1),獲得化合物23(5.45g,收率61%)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。
1-{2-O-乙醯基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-O-(甲基磺醯基)-α-L-木糖呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物24)
於氮氣大氣下將化合物23(5.15g,9.86mmol)及乙腈(25mL)混合,於0℃加入胸腺嘧啶(1.67g,13.2mmol),慢慢滴下BSA(5.20mL,21.3mmol)。滴下後於50℃攪拌3小時。確認完全溶解後於0℃冷卻,慢慢加入TMSOTf(1.90mL,10.5mmol)。將反應液於50℃攪拌整晚。為了不使原料消失,於0℃冷卻,慢慢加入TMSOTf(1.90mL,10.5mmol)。滴下後於50℃攪拌4小時。於反應液中加入飽和碳酸氫鈉水溶液,以乙酸乙酯萃取。有機層以飽和碳酸氫鈉水溶液洗淨,以無水硫酸鈉乾燥、過濾後濃縮之。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=100/0至50/50),獲得化合物24(5.00g,收率86%)。
1H-NMR(CDCl3):與文獻之值一致。 1-{3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-O-(甲基磺醯基)-α-L-木糖呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物25)
於氮氣大氣下將化合物24(5.00g,8.49mmol)、7N氨甲醇溶液(60mL)混合,攪拌4至7小時。將反應液濃縮,將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯100/0至30/70),獲得化合物25(4.12g,收率89%)。
MS(ESI):m/z 547(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.08(1H,brs),7.39-7.26(11H,m),5.94(1H,d,J=5.0Hz),4.80(1H,d,J=11.4Hz),4.62(1H,d,J=11.4Hz),4.56-4.43(4H,m),4.35(1H,d,J=5.8Hz),4.29(1H,d,J=11.0Hz),3.78(1H,d,J=10.1Hz),3.66-3.61(2H,m),2.94(3H,s),1.59(3H,d,J=0.8Hz)
甲磺酸{(2S,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-6-氧雜-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-2-基}甲酯(化合物10)
於氮氣大氣下將化合物25(4.10g,7.50mmol)、二氯甲烷(80mL)及DMAP(3.67g,30.0mmol)混合,於0℃滴下TfCl(2.4mL,22.5mmol)。滴下後昇溫至室溫,攪拌2至4小時。於反應液中加入水,以二氯甲烷萃取。有機層以無水硫酸鈉乾燥、過濾後濃縮之。將粗體重複進行管柱層析法(氯仿/甲醇=90/10)2次,獲得化合物10(3.20g,收率81%)。
MS(ESI):m/z 529(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)與實施例3獲得之化合物10一致。
揭示使用核酸鹼基置換法,從胸腺嘧啶化合物(化合物12)製造種種核酸鹼基化合物之方法。
實施例13
從胸腺嘧啶化合物(化合物12)合成腺嘌呤(bz)(化合物26A)
N-(9-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基)}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物26A)
於化合物12(100mg,0.2225mmol)及N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(159mg,0.6674mmol)之1,2-二氯乙烷(2mL)懸濁液中加入BSA(0.49mL,2.002mmol),於外溫60℃攪拌15分鐘。於室溫放冷15分鐘後加入TMSOTf(13μL,0.067mmol),再於外溫60℃攪拌15分鐘攪拌。於冰冷下在 反應液中加入氯仿(10mL)及飽和食鹽水(2mL)、飽和碳酸氫鈉水(2mL),於室溫攪拌10分鐘。將有機層通過相分離器。蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、96/4至90/10)精製,獲得化合物26A(119mg,含有乙酸乙酯1.0wt%,收率95%)。又,化合物26A為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=563(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.91(1H,s),8.77(1H,s),8.34(1H,s),8.06-8.01(2H,m),7.65-7.59(1H,m),7.57-7.51(2H,m),7.40-7.23(8H,m),7.22-7.17(2H,m),6.02(1H,s),4.67(1H,d,J=12.3Hz),4.62(1H,d,J=12.3Hz),4.53(1H,d,J=11.8Hz),4.50(1H,d,J=11.8Hz),4.16(1H,s),3.89(1H,s),3.84(1H,d,J=10.8Hz),3.79(1H,d,J=10.8Hz),3.22(1H,d,J=10.3Hz),3.02(1H,d,J=10.3Hz),2.21(1H,brs)
實施例14
從胸腺嘧啶化合物(化合物12)合成鳥嘌呤(ib,dpc)(化合物26G)
二苯基胺基甲酸9-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物26G)
進行與實施例13相同之操作,從化合物12(1000mg,2.225mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸[2-(2-甲基丙醯基胺基)-9H-嘌呤-6-基]酯(2779mg,6.674mmol)(合成法以J.Org. Chem.1996,61,9207記載之方法為基準),獲得化合物26G(1353mg,收率82%)。又,化合物26G為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=740(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.26(1H,s),7.90(1H,s),7.52-7.13(20H,m),5.92(1H,s),4.65(1H,d,J=12.3Hz),4.61(1H,d,J=12.3Hz),4.50(2H,s),4.10(1H,s),3.89(1H,s),3.81(1H,d,J=10.8Hz),3.76(1H,d,J=10.8Hz),3.19(1H,d,J=10.3Hz),3.04(1H,brd),2.98(1H,d,J=10.3Hz),1.26(6H,d,J=6.7Hz)
實施例15
從胸腺嘧啶化合物(化合物12)合成甲基胞嘧啶(bz)(化合物26MeC)
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物26mC)
於化合物12之乙腈(6.7mL)溶液中加入N-(5-甲基-2-側氧基-1H-嘧啶-4-基)苯甲醯胺(合成法以European Journal of Organic Chemistry,2006,3152記載之方法為基準,431mg,2.002mmol)及BSA(1.47mL,6.00mmol),於外溫60℃攪拌15分鐘。於室溫放冷後滴下TMSOTf(39μL,0.200mmol),再次於外溫60℃攪拌150分鐘。於冰冷下依序加入飽和碳酸氫鈉水、氯仿,分液之。將水層以氯仿萃 取2次後將有機層以飽和食鹽水洗淨,以硫酸鈉乾燥。過濾除去不溶物後蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至95/5)精製,獲得化合物26MeC(71mg,收率19%)。又,化合物26MeC為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=553(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:13.38(1H,brs),8.36-8.27(2H,m),7.81-7.75(1H,m),7.58-7.21(13H,m),5.57(1H,s),4.68-4.50(4H,m),3.92(1H,s),3.89(1H,d,J=11.3Hz),3.81(1H,d,J=11.3Hz),3.71(1H,s),3.16(1H,d,J=9.8Hz),2.91(1H,d,J=9.8Hz),1.80-1.75(3H,m)
實施例16
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物26C)
進行與實施例13相同之操作,從化合物12(20.0mg,0.0445mmol)及N-(2-側氧基-1H-嘧啶-4-基)苯甲醯胺(28.7mg,0.134mmol)獲得化合物26C(10.4mg,收率43%)。又,化合物26C為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=539(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.64(1H,brs),8.28(1H,d,J=7.2Hz),7.90(2H,d,J=7.7Hz),7.62(1H,m),7.53(2H,m),7.45-7.20(11H,m),5.66(1H,s),4.66(1H,d,J=11.8Hz), 4.62(1H,d,J=11.8Hz),4.55(1H,d,J=11.8Hz),4.47(1H,d,J=11.8Hz),3.87(2H,s),3.84(1H,d,J=10.8Hz),3.79(1H,d,J=10.8Hz),3.16(1H,d,J=9.8Hz),2.95(1H,d,J=9.8Hz)
揭示使用核酸鹼基置換法,從胸腺嘧啶化合物(化合物14)製造種種核酸鹼基化合物之方法。
實施例17
從胸腺嘧啶化合物(化合物14)合成腺嘌呤(bz)(化合物28A)
N-(9-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-[(三甲基矽基)氧基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物28A)
進行與實施例13相同之操作,從化合物14(1.50g,2.60mmol)及BSA(6.40mL,26.0mmol)獲得化合物28A(1.92g,收率97%)。又,化合物28A為「β體」,未獲得為異構 體之「α體」。
MS(APCI):m/z=757(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.07(1H,s),8.82(1H,s),8.42(1H,s),8.09-8.01(2H,m),7.66-7.19(12H,m),6.90-6.80(4H,m),6.05(1H,s),4.40(1H,s),3.89(1H,s),3.80(6H,s),3.46(1H,d,J=10.8Hz),3.32(1H,d,J=10.8Hz),3.11(1H,d,J=10.3Hz),2.99(1H,d,J=10.3Hz),-0.02(9H,s)
實施例18
腺嘌呤(bz)之脫矽基化(化合物29A)
N-(9-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物29A)
將化合物28A(110mg,0.1453mmol)及THF(2mL)混合,於冰冷下滴下TBAF(0.19mL,0.1889mmol),於同溫度攪拌50分鐘。於反應液中加入氯仿(10mL)及飽和食鹽水(2mL),攪拌、萃取之。有機層以飽和食鹽水(2mL)洗淨後以硫酸鈉乾燥。過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至91/9)精製,獲得化合物29A(96.5mg、含有乙酸乙酯1.4wt%、收率97%)。
MS(APCI):m/z=685(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.16(1H,s),8.78(1H,s),8.33(1H,s),8.08-7.99(2H,m),7.65-7.21(12H,m),6.89-6.81(4H,m),6.05(1H,s),4.31(1H,s),3.90(1H,s),3.80(6H,s),3.59(1H, d,J=10.8Hz),3.52(1H,d,J=10.8Hz),3.16(1H,d,J=10.8Hz),3.09(1H,d,J=10.8Hz)
實施例19
從胸腺嘧啶化合物(化合物14)合成鳥嘌呤(ib,dpc)(化合物28G)
二苯基胺基甲酸9-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-[(三甲基矽基)氧基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物28G)
於室溫,於化合物14(200mg,0.3499mmol)、N,N-二苯基胺基甲酸[2-(2-甲基丙醯基胺基)-9H-嘌呤-6-基]酯(437mg,1.050mmol)之1,2-二氯乙烷(4mL)懸濁液中加入BSA(0.856mL,3.499mmol),於外溫60℃攪拌15分鐘。於冰冷下滴下TMSOTf(20μL,0.1050mmol),於外溫60℃攪拌15分鐘。於冰冷下加入飽和碳酸氫鈉水、飽和氯化銨水、飽和碳酸氫鈉水、飽和食鹽水、氯仿,攪拌10分鐘。以矽藻土過濾除去不溶物後將濾液通過相分離器。蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、99/1至96/4)精製,獲得化合物28G(295mg,乙酸乙酯4.1wt%,含有源自BSA之乙醯胺1.9wt%,收率90%)。又,化合物28G為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=934(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.37(1H,s),7.95(1H,s), 7.52-7.20(19H,m),6.88-6.82(m,4H),5.99(1H,s),4.29(1H,s),3.84(1H,s),3.79(6H,s),3.46(1H,d,J=10.8Hz),3.29(1H,d,J=10.8Hz),3.14-3.00(1H,m),3.08(1H,d,J=10.2Hz),2.97(1H,d,J=10.2Hz),1.28(3H,d,J=6.7Hz),1.27(3H,d,J=6.7Hz)
實施例20
鳥嘌呤(ib,dpc)之脫矽基化(化合物29G)
二苯基胺基甲酸9-[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基]-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物29G)
進行與實施例18相同之操作,從化合物28G(210mg,0.2182mmol)獲得化合物29G(163mg,收率87%)。
MS(APCI):m/z=862(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.20(1H,s),8.08(1H,s),7.49-7.18(19H,m),6.85-6.80(m,4H),5.93(1H,s),4.48(1H,s),4.01(1H,s),3.77(6H,s),3.49(1H,d,J=10.8Hz),3.45(1H,d,J=10.8Hz),3.19(1H,d,J=10.8Hz),3.13(1H,d,J=10.8Hz),2.80(1H,brs),1.24(3H,d,J=6.7Hz),1.23(3H,d,J=6.7Hz)
實施例21
從胸腺嘧啶化合物(化合物14)合成甲基胞嘧啶(bz)(化 合物28MeC)
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-[(三甲基矽基)氧基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物28MeC)
於化合物14(200mg,0.3499mmol)及N-(5-甲基-2-側氧基-1H-嘧啶-4-基)苯甲醯胺(241mg,1.050mmol)之1,2-二氯乙烷(3.5mL)懸濁液中加入BSA(0.77mL,3.149mmol),於外溫40℃攪拌15分鐘。於冰冷下加入TMSOTf(10μL,0.05248mmol),再次於外溫40℃攪拌15分鐘。於冰冷下,於反應液中加入乙酸乙酯(10mL)及飽和碳酸氫鈉水(2mL),攪拌、萃取之。有機層以飽和食鹽水(2mL)洗淨後以硫酸鈉乾燥。過濾除去不溶物,將濾液蒸餾除去溶劑後將獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至95/5)精製,獲得化合物28MeC(176mg,收率67%)。又,化合物28MeC為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=747(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:13.44(1H,brs),8.36-8.29(2H,m),8.05(1H,s),7.58-7.21(12H,m),6.90-6.80(4H,m),5.58(1H,s),4.27(1H,s),3.81(6H,s),3.59(1H,s),3.53(1H,d,J=10.8Hz),3.23(1H,d,J=10.8Hz),2.97(1H,d,J=9.8Hz),2.78(1H,d,J=9.8Hz),1.87(3H,s),0.06(9H,s)
實施例22
甲基胞嘧啶(bz)之脫矽基化(化合物29MeC)
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物29MeC)
進行與實施例18相同之操作,從化合物28MeC(1124mg,1.5049mmol)合成化合物29MeC(1001mg,收率99%)。
MS(APCI):m/z=675(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:13.40(1H,brs),8.36-8.24(2H,m),7.91-7.86(1H,m),7.56-7.20(12H,m),6.92-6.79(4H,m),5.56(1H,s),4.22(1H,s),3.85-3.77(6H,m),3.68(1H,s),3.56(1H,d,J=10.8Hz),3.46(1H,d,J=10.8Hz),2.97(1H,d,J=10.3Hz),2.93(1H,d,J=10.3Hz),1.87-1.84(3H,m)
實施例23
從胸腺嘧啶化合物(化合物14)合成胞嘧啶(bz)(化合物28C)
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-[(三甲基矽基)氧基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物28C)
進行與實施例21相同之操作,從化合物14(200mg,0.350mmol)及N-(2-側氧基-1H-嘧啶-4-基)苯甲醯胺(226mg,1.05mmol)獲得化合物28C(101mg,收率39%)。又,化合物28C為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=733(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.61(1H,d,J=7.7Hz),7.94-7.89(2H,m),7.66-7.25(13H,m),6.92-6.86(4H,m),5.70(1H,s),4.22(1H,s),3.85(6H,s),3.70(1H,s),3.53(1H,d,J=10.8Hz),3.32(1H,d,J=10.8Hz),3.00(1H,d,J=9.8Hz),2.82(1H,d,J=9.8Hz),0.02(9H,s)
實施例24
胞嘧啶(bz)之脫矽基化(化合物29C)
N-(1-{(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-側氧基-1,2-二氫嘧啶-4-基)苯甲醯胺(化合物29C)
進行與實施例18相同之操作,從化合物28C(101mg,0.133mmol)獲得化合物29C(86.0mg,收率98%)。
MS(APCI):m/z=661(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.48(1H,d,J=7.7Hz),7.82-7.76(2H,m),7.60-7.19(13H,m),6.93-6.82(4H,m),5.63(1H,s),4.24(1H,s),3.87(1H,s),3.81(6H,s),3.53(1H,d,J=10.8Hz),3.44(1H,d,J=10.8Hz),3.01(1H,d,J=10.3Hz),2.88(1H,d,J=10.3Hz)
實施例25
腺嘌呤(bz)之胍化(teoc)(化合物15Aa)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-{6-[(苯基羰基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三 甲基矽基)乙基]酯(化合物15Aa)
進行與實施例8相同之操作,從化合物29A(91.5mg,0.134mmol)合成化合物15Aa(111mg,含有乙酸乙酯1.1wt%,收率82%)。
MS(APCI):m/z=1015(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.66(1H,brs),9.01(1H,s),8.77(1H,s),8.25(1H,s),8.08-7.98(2H,m),7.67-7.40(5H,m),7.39-7.17(7H,m),6.90-6.78(4H,m),6.28(1H,s),5.13(1H,brs),4.63-4.54(1H,m),4.32-4.15(4H,m),3.96(1H,d,J=11.3Hz),3.87-3.74(7H,m),3.62-3.50(2H,m),3.31-3.09(1H,m),1.16-0.98(4H,m),0.04(18H,s)
實施例26
腺嘌呤(bz)之磷酸化(teoc)(化合物16Aa)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{6-[(苯基羰基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物16Aa)
進行與實施例9相同之操作,從化合物15Aa(104.8mg,0.1032mmol)獲得化合物16Aa(66.8mg,收率53%)。
MS(APCI):m/z=1215(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.67,149.39,149.34,148.01
實施例27
鳥嘌呤(ib,dpc)之胍化(teoc)(化合物15Ga)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-3-{6-[(二苯基胺基甲醯基)氧基]-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物15Ga)
進行與實施例8相同之操作,從化合物29G(94.4mg,0.110mmol)獲得化合物15Ga(114mg,收率84%)。
MS(APCI):m/z=1192(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.87(1H,brs),8.12(1H,s),8.03(1H,s),7.52-7.33(11H,m),7.32-7.13(8H,m),6.81-6.75(4H,m),6.24(1H,brs),5.18(1H,s),4.99(1H,brs),4.26-4.03(6H,m),3.93-3.81(1H,m),3.76(3H,s),3.76(3H,s),3.45(1H,d,J=10.8Hz),3.38(1H,d,J=10.8Hz),2.65-2.52(1H,m),1.22(3H,d,J=7.2Hz),1.17(3H,d,J=6.7Hz),1.13-0.87(4H,m),0.03(9H,brs),-0.01(9H,brs)
實施例28
鳥嘌呤(ib,dpc)之磷酸化(teoc)(化合物16Ga)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{6-[(二苯基胺基甲醯基)氧基]-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲 基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物16Ga)
於室溫,於化合物15Ga(50.5mg,0.0423mmol)之乙腈(1mL)溶液中加入二異丙基銨四唑化物(10.9mg,0.0635mmol)、2-氰基乙基N,N,N’,N’-四異丙基亞磷醯二胺(19.1mg,0.0635mmol),於室溫攪拌1小時。另,追加二異丙基銨四唑化物(21.8mg,0.127mmol)、2-氰基乙基N,N,N’,N’-四異丙基亞磷醯二胺(38.3mg,0.127mmol),於室溫攪拌3小時。另,加入2-氰基乙基N,N,N’,N’-四異丙基亞磷醯二胺(6.4mg,0.0212mmol),於室溫攪拌20分鐘。於冰冷下加入氯仿(5mL)、飽和食鹽水(2mL),攪拌之,通過相分離器。蒸餾除去溶劑後進行矽膠管柱層析法精製(己烷/乙酸乙酯、80/20至60/40),獲得化合物16Ga(61.4mg,收率83%)。
MS(APCI):m/z=1392(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.16,148.68
實施例29
甲基胞嘧啶(bz)之胍化(teoc)(化合物15MeCa)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-{5-甲基-2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物15MeCa)
N-(((1R,4R,6R,7S)-6-(4-苯甲醯胺-5-甲基-2-側氧基-嘧啶-1-基)-4-((雙(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基)甲基)-7-羥基 -5-氧雜-2-氮雜二環(2.2.1)庚烷-2-基)-(2-三甲基矽基乙氧基羰基胺基)亞甲基)胺基甲酸2-三甲基矽基乙基酯(化合物15MeCa)
進行與實施例8相同之操作,從化合物29MeC(890mg,1.319mmol)獲得化合物15MeCa(870mg,收率66%)。
MS(APCI):m/z=1005(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:13.41(1H,brs),10.37(1H,brs),8.37-8.25(2H,m),7.75(1H,s),7.58-7.21(12H,m),6.93-6.81(4H,m),5.67(1H,s),4.76(1H,s),4.36-4.12(5H,m),3.86-3.73(7H,m),3.63(1H,d,J=11.7Hz),3.56(1H,d,J=11.3Hz),3.52(1H,d,J=11.3Hz),1.87(3H,s),1.11-1.00(4H,m),0.04(18H,s)
實施例30
甲基胞嘧啶(bz)之磷酸化(teoc)(化合物16MeCa)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{5-甲基-2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸雙[2-(三甲基矽基)乙基]酯(化合物16MeCa)
進行與實施例9相同之操作,從化合物15MeCa(50mg,0.0497mmol)獲得化合物16MeCa(31mg,收率52%)。
MS(APCI):m/z=1205(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.66,149.44,149.03,148.87
實施例31
腺嘌呤(bz)之胍化(boc)(化合物15Ab)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-{6-[(苯基羰基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物15Ab)
進行與實施例10相同之操作,從化合物29A(1.74g,2.54mmol)獲得化合物15Ab(1.735g,含有己烷2.0wt%,收率74%)。
MS(APCI):m/z=927(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.46(1H,brs),9.08(1H,s),8.76(1H,s),8.26(1H,s),8.06-7.99(2H,m),7.66-7.18(12H,m),6.88-6.80(4H,m),6.22(1H,s),5.21(1H,s),4.50(1H,s),3.95-3.81(2H,m),3.79(6H,s),3.58-3.49(2H,m),3.47-3.37(1H,m),1.65(9H,s),1.59-1.40(9H,m)
實施例32
腺嘌呤(bz)之磷酸化(boc)(化合物16Ab)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{6-[(苯基羰基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物16Ab)
進行與實施例9相同之操作,從化合物15Ab(100mg,0.1079mmol)獲得化合物16Ab(105mg,收率86%)。
MS(APCI):m/z=1127(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.39,149.23
實施例33
鳥嘌呤(ib,dpc)之胍化(boc)(化合物15Gb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-3-{6-[(二苯基胺基甲醯基)氧基]-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-7-羥基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物15Gb)
進行與實施例10相同之操作,從化合物29G(77.8mg,0.0903mmol)獲得化合物15Gb(83.2mg,收率82%)。
MS(APCI):m/z=1104(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.56(1H,s),8.13(1H,s),8.01(1H,s),7.49-7.33(11H,m),7.32-7.14(8H,m),6.77-6.80(4H,m),6.17(1H,brs),5.10(1H,brs),4.14-4.00(2H,m),3.89-3.81(1H,m),3.76(3H,s),3.76(3H,s),3.50-3.36(2H,m),2.73-2.58(1H,m),1.55-1.32(18H,m),1.22(3H,d,J=7.2Hz),1.17(3H,d,J=7.2Hz)
實施例34
鳥嘌呤(ib,dpc)之磷酸化(boc)(化合物16Gb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基] 甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{6-[(二苯基胺基甲醯基)氧基]-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-9-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物16Gb)
進行與實施例28相同之操作,從化合物15Gb(41.8mg,0.0379mmol)獲得化合物16Gb(43.8mg,收率84%)。
MS(APCI):m/z=1304(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:148.92,148.80,148.36
實施例35
甲基胞嘧啶(bz)之胍化(boc)(化合物15MeCb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-{5-甲基-2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物15MeCb)
進行與實施例10相同之操作,從化合物29MeC(1762mg,2.612mmol)獲得化合物15MeCb(1467mg,收率61%)。
MS(APCI):m/z=917(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:13.39(1H,brs),10.11(1H,brs),8.38-8.26(2H,m),7.77(1H,s),7.57-7.21(12H,m),6.91-6.80(4H,m),5.62(1H,s),4.71(1H,s),4.34(1H,s),3.85-3.75(7H,m),3.58(1H,d,J=11.3Hz),3.54(1H,d,J=11.3Hz),3.49(1H,d,J=11.3Hz),1.88(3H,s),1.53-1.45(18H,m)
實施例36
甲基胞嘧啶(bz)之磷酸化(boc)(化合物16MeCb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{5-甲基-2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物16MeCb)
進行與實施例9相同之操作,從15MeCb(142mg,0.1549mmol)獲得16MeCb(85.0mg,收率49%)。
MS(APCI):m/z=1117(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.48,149.08,148.56
實施例37
胞嘧啶(bz)之胍化(boc)(化合物15Cb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-羥基-3-{2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物15Cb)
進行與實施例10相同之操作,從化合物29C(86mg,0.130mmol)獲得化合物15Cb(91mg,收率77%)。
MS(APCI):m/z=903(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:10.06(1H,brs),8.66(1H,brs),8.33(1H,d,J=7.7Hz),7.92-7.85(2H,m),7.65-7.23(13H,m),6.92-6.85(4H,m),5.71(1H,s),4.86(1H,s),4.30(1H,s), 4.26-4.07(1H,m),3.87-3.74(7H,m),3.62-3.53(2H,m),3.45(1H,d,J=10.8Hz),1.49(18H,s)
實施例38
胞嘧啶(bz)之磷酸化(boc)(化合物16Cb)
{[(1R,3R,4R,7S)-1-{[雙(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基]甲基}-7-{[(2-氰基乙氧基)(二丙烷-2-基胺基)膦基]氧基}-3-{2-側氧基-4-[(苯基羰基)胺基]嘧啶-1(2H)-基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-5-基]亞甲基}雙胺基甲酸二-第三丁基酯(化合物16Cb)
進行與實施例9相同之操作,從化合物15Cb(91mg,0.100mmol)獲得化合物16Cb(61mg,收率55%)。
MS(APCI):m/z=1103(M+H)+
31P-NMR(CDCl3)δ:149.58.149.25.148.86
揭示脲嘧啶體(化合物26A)及鳥嘌呤體(化合物26G)之製造法(以下,亦稱為脲嘧啶路徑)。
實施例39
1-{2-O-乙醯基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-O-[第三丁基(二苯基)矽基]-α-L-木糖呋喃糖苷基} 嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物30)
於從3,5-二-O-苯甲基-4-C-羥基甲基-1,2-O-亞異丙基-α-D-核呋喃糖(化合物2)(15.0g,37.45mmol),以文獻記載之方法為基準(J.Org.Chem.2011,76,9891-9899),以2步驟獲得之化合物4(25.58g,37.46mmol)中,混合乙腈(100mL)及脲嘧啶(5.668g,50.57mmol)後,以10分鐘滴下BSA(21.02mL,85.97mmol)。於50℃加熱13分鐘至反應系呈均一後於0℃冷卻。於0℃下,滴下TMSOTf(7.7mL,40.08mmol)。於室溫下攪拌5分鐘後於50℃加熱攪拌2小時。於0℃下加入飽和碳酸氫鈉水(200mL)後將反應液濃縮。殘渣以乙酸乙酯萃取後以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=65/35至50/50),獲得化合物30(23.84g,收率87%,從2起3步驟)。
MS(APCI):m/z=735(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.00-7.95(1H,m),7.72(1H,d,J=8.2Hz),7.64-7.56(4H,m)7.46-7.27(14H,m),7.22-7.16(2H,m),6.07(1H,d,J=5.7Hz),5.35-5.27(2H,m),4.58-4.47(4H,m),4.35(1H,d,J=5.7Hz),3.92(1H,d,J=10.8Hz),3.82-3.63(3H,m),1.94(3H,s),1.04(9H,s)
實施例40
1-{3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5-O-[第三丁基(二苯基)矽基]-α-L-木糖呋喃糖苷基}嘧啶-2,4(1H,3H)-二 酮(化合物31)
將乙酸((2R,3R,4S,5S)-4-苯甲基氧基-5-(苯甲基氧基甲基)-5-((第三丁基(二苯基)矽基)氧基甲基)-2-(2,4-二側氧基嘧啶-1-基)四氫呋喃-3-基)酯(化合物30,11g,14.97mmol)、四氫呋喃(55mL)混合,於室溫下,以滴下漏斗滴下甲胺(34mL,306.5mmol),於室溫下攪拌1小時。加入乙酸乙酯後以乙酸乙酯萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯=50/50至40/60),獲得化合物31(9.23g,收率89%)。
MS(APCI):m/z=693(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.08(1H,brs),7.68-7.59(5H,m)7.48-7.26(14H,m),7.24-7.19(2H,m),5.95(1H,d,J=4.1Hz),5.40-5.33(1H,m),4.73(1H,d,J=11.1Hz),4.63(1H,d,J=11.1Hz),4.49-4.40(2H,m),4.37-4.26(2H,m),3.82-3.69(3H,m),3.59(1H,d,J=10.1Hz),3.54(1H,d,J=10.1Hz),1.06(9H,s)
實施例41
(2S,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-2-({[第三丁基(二苯基)矽基]氧基}甲基)-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物32)
將化合物31(9.23g,13.3mmol)、二氯甲烷(66.6mL) 及DMAP(5.70g,46.6mmol)混合,於0℃冷卻。於0℃下滴下TfCl(5.61g,33.3mmol)。於室溫下攪拌1小時。於0℃下加入水後以氯仿萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(氯仿/甲醇=100/0=90/10),獲得化合物32(8.58g、收率95%)。
MS(APCI):m/z=675(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.67-7.58(4H,m),7.48-7.19(15H,m),7.13-7.07(2H,m),6.21(1H,d,J=6.1Hz),6.09(1H,d,J=7.2Hz),5.51(1H,dd,J=6.1,4.1Hz),4.80(1H,d,J=11.3Hz),4.60(1H,d,J=11.3Hz),4.41-4.28(3H,m),3.82(1H,d,J=10.8Hz),3.68(1H,d,J=10.8Hz),3.36-3.27(2H,m),1.03(9H,s)
實施例42
(2R,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-2-(羥基甲基)-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物33)
將化合物32(8.58g,12.7mmol)、THF(63.6mL)混合,於0℃冷卻下以滴下漏斗滴下1M TBAF(16.5mL,16.5mmol)。於室溫下攪拌2.5小時。蒸餾除去溶劑後將粗體進行管柱層析法(氯仿/甲醇=100/0至85/15),獲得化合物33(5.54g、收率定量)。MS(APCI):m/z=437(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.26(9H,m),7.20-7.13(2H, m),6.27(1H,d,J=6.2Hz),6.06(1H,d,J=7.7Hz),5.35(1H,dd,J=6.2,2.6Hz),4.78(1H,d,J=11.8Hz),4.60(1H,d,J=11.8Hz),4.43-4.31(3H,m),3.88-3.80(1H,m),3.72-3.63(1H,m),3.40-3.26(2H,m),2.35-2.21(1H,m)
實施例43
甲磺酸{(2S,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-6-側氧基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-2-基}甲酯(化合物34)
將化合物33(5.54g,12.7mmol)、二氯甲烷(127mL)混合,於0℃下加入MsCl(1.68mL,21.6mmol)、DMAP(4.65g,38.1mmol)。於室溫攪拌1小時。於0℃下加入水後以氯仿萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇=100:0至90/10),獲得化合物34(5.47g、收率84%)。
MS(APCI):m/z=515(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.25(9H,m),7.21-7.15(2H,m),6.23(1H,d,J=6.2Hz),6.08(1H,d,J=7.7Hz),5.30(1H,dd,J=6.2,2.6Hz),4.76(1H,d,J=11.6Hz),4.60(1H,d,J=11.6Hz),4.46-4.29(5H,m),3.39(1H,d,J=10.3Hz),3.31(1H,d,J=10.3Hz),2.92(3H,s)
實施例44
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(疊氮基甲基)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物35)
將化合物34(3.00g,5.830mmol)、1,4-二噁烷(58.3mL)混合,加入疊氮化四丁基銨(4.976g,17.49mmol)。於120℃加熱攪拌4.5小時。成室溫後於0℃下加入飽和碳酸氫鈉水,以乙酸乙酯萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇=100:0至90/10),獲得化合物35(2.264g、收率84%)。
MS(APCI):m/z=462(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.24(9H,m),7.20-7.13(2H,m),6.21(1H,d,J=6.1Hz),6.07(1H,d,J=7.7Hz),5.32(1H,dd,J=6.1,2.1Hz),4.76(1H,d,J=11.8Hz),4.60(1H,d,J=11.8Hz),4.40(1H,d,J=12.1Hz),4.34(1H,d,J=12.1Hz),4.29(1H,d,J=2.1Hz),3.62(1H,d,J=12.8Hz),3.47(1H,d,J=12.8Hz),3.32(1H,d,J=10.2Hz),3.27(1H,d,J=10.2Hz)
實施例45
1-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物37)
將化合物35(2.2g,4.8mmol)、THF(32mL)、H2O(6.4 mL,360mmol)混合,加入Ph3P(1.90g,7.20mmol),於70℃加熱攪拌21.5小時。蒸餾除去溶劑後將粗體進行管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇=100:0至17/2),獲得化合物37(2.067g、收率定量)。
MS(APCI):m/z=436(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.30(1H,brs),7.80(1H,d,J=8.2Hz),7.40-7.21(10H,m),5.53(1H,s),5.46(1H,d,J=8.2Hz),4.65-4.49(4H,m),3.87(1H,s),3.83(1H,d,J=10.9Hz),3.78(1H,d,J=10.9Hz),3.64(1H,s),3.14(1H,d,J=10.0Hz),2.89(1H,d,J=10.0Hz)
實施例46
N-(9-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基)}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物26A)
於化合物37(100mg,0.2296mmol)、N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(164.8mg,0.6889mmol)之1,2-二氯乙烷(2.296mL)溶液中加入BSA(0.5053mL,2.067mmol),將反應液於60℃攪拌15分鐘。於室溫放冷,攪拌之,加入TMSOTf(0.01331mL,0.06889mmol),於50℃加熱攪拌15分鐘。以氯仿稀釋後於0℃下加入飽和碳酸氫鈉水,以氯仿萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後過濾除去不溶物,蒸餾除去溶劑。將粗體進行管柱層析法(氯仿/甲醇=100/0至95/5)及逆相分取(10mM碳酸銨水溶液/乙腈= 90/10至60/40),獲得化合物26A(129.2mg、收率84%)。又,化合物26A為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=563(M+H)+
1H-NMR與實施例13之化合物26A一致。
實施例47
從脲嘧啶體製造鳥嘌呤體(化合物26G)
二苯基胺基甲酸9-{(1R,3R,4R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物26G)
進行與實施例13相同之操作,從化合物37(300mg,0.689mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸(2-(2-甲基丙醯基胺基)-9-嘌呤-1-基)酯(861mg,2.07mmol)(合成法以J.Org.Chem.1996,61,9207記載之方法為基準)獲得化合物26G(412mg,收率81%)。又,化合物26G為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=740(M+H)+
1H-NMR與實施例14之化合物26G一致。
接著,揭示嘧啶衍生物(化合物38a及化合物38b)之製造法。
實施例48
(5xi)-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-6-去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖呋喃糖(化合物41)
將化合物40(J.Med.Chem.2000,43,4516-4525記載之方法為基準,從化合物2合成)(2.00g,5.02mmol)、THF(25.1mL)混合,於-78℃冷卻。於同溫度下滴下甲基溴化鎂(0.91M,8.3mL,7.53mmol),於-78℃攪拌1小時。加入飽和氯化銨水溶液後以乙酸乙酯萃取。以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後蒸餾除去溶劑。將粗體以矽膠管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯、80/20至75/25,獲得作為混合物之化合物41(1.62g)。
(5xi)-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5,6-二去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖呋喃糖(化合物42)
將化合物41(1.44g)、甲苯(17.4mL)混合,於0℃冷卻下放入Ph3P(2.73g,10.4mmol)、DIAD(2.15mL,10.9mmol)後滴下DPPA(2.24mL,10.4mmol)。於室溫下攪拌1小時後於50℃加熱攪拌2小時,蒸餾除去溶劑。將粗體以矽膠管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯、85/15至80/20)精製,獲得作為混合物之化合物42(1.53g)。
(5xi)-1,2-二-O-乙醯基-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5,6-二去氧基-L-木糖呋喃糖(化合物43)
將化合物42(1.47g)、乙酸酐(4mL)、乙酸(2.31mL)混合,於0℃滴下濃硫酸(17.9μL)後於室溫攪拌2小時。於0℃下滴下飽和碳酸鈉水溶液(8.8mL),作成pH=6後加入飽和碳酸氫鈉水溶液,以乙酸乙酯萃取。有機層依序以飽和碳酸氫鈉水溶液、水、飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。蒸餾除去溶劑後以甲苯共沸3次,獲得化合物43(1.60g)。不進行精製,於下一步驟使用。
1-{(5xi)-2-O-乙醯基-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5,6-二去氧基-α-L-木糖-己呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物44)
將化合物43(1.60g)、乙腈(11.0mL)、胸腺嘧啶(563mg,4.467mmol)混合後滴下BSA(1.86mL,7.60mmol)。於50℃加 熱10分鐘至反應系成均一後,於0℃冷卻。於同溫度下滴下TMSOTf(0.684mL,3.54mmol)。於室溫下攪拌5分鐘後於50℃加熱攪拌2小時。於0℃下滴下飽和碳酸氫鈉水溶液後將反應液濃縮。殘渣以乙酸乙酯萃取,有機層以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後蒸餾除去溶劑。粗體以矽膠管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯、67/33至50/50)精製,獲得作為混合物之化合物44(628mg,收率35%:化合物41基準)。
1-{(5xi)-5-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲基氧基)甲基]-5,6-二去氧基-α-L-木糖-己呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物45)
將化合物44(620mg,1.13mmol)、THF(4.5mL)混合,於室溫下滴下40%甲胺水溶液(2.56mL),於室溫下攪拌40分鐘。反應液以乙酸乙酯萃取。有機層以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後蒸餾除去溶劑。粗體以矽膠管柱層析法(正己烷/乙酸乙酯、60/40至40/60)精製,獲得作為混合物之化合物45(556mg,收率97%)。
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(1-疊氮基乙基)-3-(苯甲基氧基)-2-[(苯甲基氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物46)
將化合物45(541mg,1.07mmol)、二氯甲烷(5.3mL)、DMAP(456mg,3.73mmol)混合,於0℃冷卻。於同溫度下滴 下TfCl(0.282mL,2.67mmol)後,於室溫下攪拌90分鐘。於0℃下,於反應液中加入水後以氯仿萃取。有機層以飽和食鹽水洗淨,以無水硫酸鈉乾燥後蒸餾除去溶劑。粗體以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至89/11)精製,獲得作為混合物之化合物46(458mg,收率88%)。
1-{(1R,3R,4R,6S,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物38a)
1-{(1R,3R,4R,6R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物38b)
將化合物46(450mg,0.919mmol)、THF(6.1mL)及水(1.22mL)混合,加入Ph3P(362mg,1.38mmol),於70℃加熱攪拌16小時。蒸餾除去溶劑後,粗體以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇、100/0至85/15)精製,獲得作為混合物之化合物38(406mg,收率95%)。將化合物38(287mg)以對掌性HPLC(DAICEL,CHIRALPAK IC、φ 30X250mm、甲醇/THF/二乙胺、65/35/0.1、流速20mL/分鐘)精製,獲得含有為THF安定化劑之BHT之粗38a(138mg)及粗38b(139mg)。各個以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇、100/0至85/15)精製,獲得化合物38a(132mg)及化合物38b(123mg)。
化合物38a:
MS(APCI):m/z=464(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.21(1H,brs),7.55-7.50(1H,m),7.39-7.22(10H,m),5.48(1H,s),4.66-4.56(3H,m),4.49(1H,d,J=11.8Hz),3.91-3.83(3H,m),3.70(1H,s),3.25(1H,q,J=6.7Hz),1.62-1.57(3H,m),1.20(3H,d,J=6.7Hz)
化合物38b:
MS(APCI):m/z=464(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.18(1H,brs),7.67-7.62(1H,m),7.39-7.22(10H,m),5.47(1H,s),4.66-4.50(4H,m),4.02(1H,s),3.77(1H,d,J=11.0Hz),3.72(1H,d,J=11.0Hz),3.55(1H,s),3.49(1H,q,J=6.7Hz),1.58-1.54(3H,m),1.14(3H,d,J=6.7Hz)
從胸腺嘧啶體製造腺嘌呤體(化合物39Aa)
實施例49
N-(9-{(1R,3R,4R,6S,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基)}-9H-嘌 呤-6-基)苯甲醯胺(化合物39Aa)
進行與實施例13相同之操作,從化合物38a(50mg,0.108mmol)及(N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(77.4mg,0.324mmol)獲得化合物39Aa(50.9mg,收率82%)。又,化合物39Aa為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=577(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.03(1H,s),8.78(1H,s),8.28(1H,s),8.08-8.00(2H,m),7.65-7.50(3H,m),7.40-7.16(10H,m),5.99(1H,s),4.70-4.62(2H,m),4.53-4.44(2H,m),4.14(1H,s),3.96(1H,s),3.91-3.82(2H,m),3.37(1H,q,J=6.7Hz),1.25(3H,d,J=6.7Hz)
從胸腺嘧啶體製造腺嘌呤體(化合物39Ab)
實施例50
N-(9-{(1R,3R,4R,6R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基)}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物39Ab)
進行與實施例13相同之操作,從化合物38b(50mg,0.108mmol)及(N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(77.4mg,0.324mmol)獲得化合物39Ab(48.1mg,收率77%)。又,化合物39Ab為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=577(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.03(1H,s),8.77(1H,s),8.41(1H,s),8.08-8.00(2H,m),7.66-7.49(3H,m),7.41-7.14(10H,m),5.99(1H,s),4.70(1H,d,J=12.3Hz),4.60(1H,d,J=12.3Hz),4.56-4.46(2H,m),4.29(1H,s),3.78-3.68(3H,m),3.54(1H,q,J=6.7Hz),1.20(3H,d,J=6.7Hz)
從胸腺嘧啶體製造鳥嘌呤體(化合物39Ga)
實施例51
二苯基胺基甲酸9-{(1R,3R,4R,6S,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物 39Ga)
進行與實施例13相同之操作,從化合物38a(33mg,0.0712mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸(2-(2-甲基丙醯基胺基)-9-嘌呤-1-基)酯(130mg,0.641mmol)(合成法以J.Org.Chem.1996,61,9207記載之方法為基準)獲得化合物39Ga(37.6mg,收率70%)。又,化合物39Ga為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=754(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.21(1H,s),7.88(1H,s),7.49-7.41(2H,m),7.40-7.15(19H,m),5.87(1H,s),4.64(2H,s),4.49(1H,d,J=11.8Hz),4.45(1H,d,J=11.8Hz),4.07(1H,s),3.95(1H,s),3.87-3.80(2H,m),3.33(1H,q,J=6.7Hz),3.07(1H,brs),1.26(6H,d,J=6.7Hz),1.22(3H,d,J=6.7Hz)
從胸腺嘧啶體製造鳥嘌呤體(化合物39Gb)
實施例52
二苯基胺基甲酸9-{(1R,3R,4R,6R,7S)-7-(苯甲基氧基)-1-[(苯甲基氧基)甲基]-6-甲基-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物39Gb)
進行與實施例13相同之操作,從化合物38b(20mg,0.0432mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸(2-(2-甲基丙醯基胺基)-9-嘌呤-1-基)酯(79.0mg,0.388mmol)(合成法以J.Org.Chem.1996,61,9207記載之方法為基準)獲得化合物39Gb(27.9mg,收率86%)。又,化合物39Gb為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z=754(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.33(1H,s),7.88(1H,s),7.48-7.41(2H,m),7.41-7.14(19H,m),5.88(1H,s),4.69(1H,d,J=12.3Hz),4.58(1H,d,J=12.3Hz),4.52-4.45(2H,m),4.24(1H,s),3.74-3.65(3H,m),3.50(1H,q,J=6.7Hz),3.04(1H,brs),1.26(3H,d,J=7.2Hz),1.25(3H,d,J=7.2Hz),1.16(3H,d,J=6.7Hz)
從3’,5’-羥基之胸腺嘧啶體製造腺嘌呤體(化合物47)
實施例51
N-(9-{(1R,3R,4R,7S)-7-[(三甲基矽基)氧基]-1-{[(三甲基矽基)氧基]甲基}-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚-3-基)}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物47)
進行與實施例13相同之操作,從化合物13(50mg,0.132mmol)及BSA(0.36mL,1.45mmol)獲得化合物47(56.6mg,含有乙酸乙酯2.9wt%,收率79%)。又,化合物47為「β體」,未獲得為異構體之「α體」。
MS(APCI):m/z 527(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.07(1H,s),8.80(1H,s),8.36(1H,s),8.08-8.02(2H,m),7.65-7.59(1H,m),7.57-7.51(2H,m),6.04(1H,s),4.29(1H,s),3.90(1H,d,J=11.8Hz),3.84(1H,d,J=11.8Hz),3.76(1H,s),3.16(1H,d,J=9.7Hz),3.90(1H,d,J=9.7Hz),0.19(9H,s),0.09(9H,s)
藉由轉糖基化反應,製造架橋鏈之環大小不同之GuNA核苷酸單體
藉由改變與核糖骨架構成之架橋鏈之碳鏈之碳原子數,可製造架橋鏈環大小不同之GuNA單體。以下表示1例,惟,使用藉由下述流程獲得之化合物61,進行轉糖基化,可製造具有各種核酸鹼基之環大小不同之GuNA單體。
以下,記載上述製法之各步驟。
實施例52
(5E)-3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6-二去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖-庚-5烯-呋喃糖醛酸乙基酯(化合物48)
於冰冷下,於二乙基膦醯基乙酸乙酯(6.83mL,34.43mmol)之THF(163mL)溶液中加入氫化鈉(1.38g,34.43mmol,含有60%),於室溫攪拌30分鐘。將反應溶液 冰冷之,滴下化合物40(10.96g,26.48mmol)之THF(54mL)溶液。除去冰水浴,於室溫攪拌1小時。於反應液中加入乙酸乙酯(300mL)及冷水(500mL),短暫攪拌後將有機層分液。水層以乙酸乙酯(100mL)分液萃取,合併有機層,以水及飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、95/5至60/40)精製,獲得化合物48(12.18g,收率97%)。
MS(APCI):m/z 486(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.38-7.19(11H,m),6.24(1H,d,J=15.9Hz),5.76(1H,d,J=4.1Hz),4.77(1H,d,J=12.3Hz),4.60(1H,d,J=12.3Hz),4.57(1H,dd,J=4.6,4.1Hz),4.50(1H,d,J=11.8Hz),4.41(1H,d,J=11.8Hz),4.27(1H,t,J=4.6Hz),4.23-4.13(2H,m),3.38-3.30(2H,m),1.47(3H,s),1.30-1.24(6H,m)
實施例53
3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6-二去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖-庚呋喃糖醛酸乙基酯(化合物49)
於化合物48(12.06g,25.50mmol)之甲醇(241mL)溶液中加入氯化鎳(II)6水合物(1212mg、5.100mmol)。將反應液 冰冷之,以40分鐘加入硼氫化鈉(1930mg、51.00mmol)。除去冰水浴,於室溫攪拌2小時。反應液以矽藻土過濾,以乙酸乙酯(300mL)及水(300mL)洗淨後將濾液之有機層分液。水層以乙酸乙酯(以150mL實施2次)分液萃取,合併有機層,以水(300mL)及飽和食鹽水(300mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物49(11.90g,收率98%)。
MS(APCI):m/z 488(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.38-7.21(10H m),5.75(1H,d,J=4.1Hz),4.76(1H,d,J=12.3Hz),4.61(1H,dd,J=5.1,4.1Hz),4.55(1H,d,J=12.3Hz),4.49(1H,d,J=12.3Hz),4.40(1H,d,J=12.3Hz),4.14-4.06(3H,m),3.40(1H,d,J=10.3Hz),3.26(1H,d,J=10.3Hz),2.66-2.50(2H,m),2.37-2.26(1H,m),1.92-1.81(1H,m),1.62(3H,s),1.32(3H,s),1.23(3H,t,J=7.2Hz)
實施例54
3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6-二去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖-庚呋喃糖(化合物50)
於冰冷下,於氫化鋁鋰(1904mg、50.17mmol)之 THF(155mL)懸濁液中以15分鐘滴下化合物49(11.90g,25.08mmol)之THF(83mL)溶液,於室溫攪拌1小時。將反應液冰冷之,滴下飽和硫酸鈉水溶液(10mL),接著加入水(3mL),於室溫攪拌一晝夜。將反應液以矽藻土過濾,以乙酸乙酯(以100mL實施3次)洗淨,將濾液以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得化合物50(10.98g,25.04mmol,收率100%)。
MS(APCI):m/z 446(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.37-7.21(10H,m),5.76(1H,d,J=4.1Hz),4.76(1H,d,J=12.3Hz),4.62(1H,dd,J=5.7,4.1Hz),4.56(1H,d,J=12.3Hz),4.51(1H,d,J=12.3Hz),4.41(1H,d,J=12.3Hz),4.16(1H,d,J=5.7Hz),3.76-3.58(2H,m),3.50(1H,d,J=10.3Hz),3.32(1H,d,J=10.3Hz),2.28-2.15(1H,m),2.06-2.01(1H,m),1.79-1.67(2H,m),1.65-1.55(4H,m),1.33(3H,s)
實施例55
3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6-二去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-7-O-(甲基磺醯基)-β-L-木糖-庚呋喃糖(化合物51)
於冰冷下,於化合物50(10.45g,23.83mmol)之乙酸乙酯(209mL)溶液中加入三乙胺(4.64mL,33.36mmol),接著,滴下甲烷磺醯氯(2.22mL,28.60mmol),於同溫度攪拌1小時。反應液中加入甲醇(0.5mL),攪拌30分鐘。將反應液倒入水(200mL)中,將有機層分液。有機層以飽和食鹽水(100mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、90/10至30/70)精製,獲得化合物51(11.72g,含有乙酸乙酯3.3wt%,收率97%)。
MS(APCI):m/z 524(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.37-7.22(10H,m),5.74(1H,d,J=4.1Hz),4.76(1H,d,J=12.3Hz),4.61(1H,dd,J=5.7,4.1Hz),4.55(1H,d,J=12.3Hz),4.51(1H,d,J=12.3Hz),4.41(1H,d,J=12.3Hz),4.30-4.12(2H,m),4.11(1H,d,J=5.7Hz),3.41(1H,d,J=10.3Hz),3.28(1H,d,J=10.3Hz),2.95(3H,s),2.25-2.15(1H,m),2.07-1.94(1H,m),1.83-1.65(2H,m),1.59(3H,s),1.33(3H,s)
實施例56
7-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6,7-三去氧基-1,2-O-(1-甲基亞乙基)-β-L-木糖-庚呋喃糖(化合物52)
於化合物51(11.72g,22.38mmol)及15-冠-5(4.43mL,22.38mmol)之DMF(117mL)溶液中投入疊氮化鈉(4365mg,67.15mmol),於50℃攪拌16小時。於反應液中加入水,以乙酸乙酯分液萃取。合併有機層,以水及飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、95/5至70/30)精製,獲得化合物52(9.94g,收率98%)。
MS(APCI):m/z 471(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.36-7.22(10H,m),5.74(1H,d,J=4.1Hz),4.76(1H,d,J=12.3Hz),4.60(1H,dd,J=5.1,4.1Hz),4.55(1H,d,J=12.3Hz),4.51(1H,d,J=12.3Hz),4.41(1H,d,J=12.3Hz),4.11(1H,d,J=5.1Hz),3.42(1H,d,J=10.3Hz),3.34-3.19(3H,m),2.22-2.11(1H,m),1.92-1.80(1H,m),1.69-1.51(2H,m),1.60(3H,s),1.33(3H,s)
實施例57
1,2-二-O-乙醯基-7-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基) 甲基]-5,6,7-三去氧基-L-木糖-庚呋喃糖(化合物53)
於化合物52(9.94g,21.9mmol)之乙酸(19.9mL)溶液中加入乙酸酐(9.94mL,105mmol)及濃硫酸(0.0497mL,0.932mmol),於室溫攪拌4小時。反應液中加入乙酸乙酯(200mL)。於激烈攪拌下以40分鐘滴下10%碳酸鈉水溶液(200mL),以原狀激烈攪拌1小時。將有機層分液,水層以乙酸乙酯(50mL)分液萃取。合併有機層,以5%-碳酸氫鈉水(200mL)及飽和食鹽水(100mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,殘渣以甲苯共沸(以150mL實施2次)後減壓乾燥,獲得化合物53(11.40g,含有甲苯4.9wt%,收率100%)。
MS(APCI):m/z 515(M+NH4)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.38-7.13(10H,m),6.10(1H,s),5.33(1H,d,J=5.1Hz),4.60(1H,d,J=11.8Hz),4.55-4.42(3H,m),4.29(1H,d,J=5.1Hz),3.40(1H,d,J=9.8Hz),3.35(1H,d,J=9.8Hz),3.31-3.18(2H,m),2.11(3H,s),1.89(3H,s),1.89-1.56(4H,m)
實施例58
1-{2-O-乙醯基-7-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6,7-三去氧基-α-L-木糖-庚呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物54)
於室溫,於化合物53(11.40g,21.78mmol)之乙腈(57mL)溶液中投入胸腺嘧啶(3022mg,23.96mmol),接著,慢慢滴下BSA(16mL,47.93mmol)。於外溫60℃攪拌1小時。於同溫度慢慢滴下TMSOTf(4.337mL,23.96mmol),於外溫80℃攪拌3小時。將反應液冰冷之,以30分鐘加入5%碳酸鈉水溶液(50mL)將反應急冷。加入乙酸乙酯(100mL)及水(100mL),短暫攪拌後將有機層分液。水層以乙酸乙酯(50mL)分液萃取,合併有機層,以5%碳酸氫鈉水溶液(100mL)及飽和食鹽水(100mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、95/5至50/50)精製,獲得化合物54(10.62g,收率83%)。
MS(ESI):m/z 564(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.14(1H,s),7.44-7.42(1H,m),7.39-7.27(10H,m),6.19(1H,d,J=5.7Hz),5.39(1H,t,J=5.7Hz),4.64(1H,d,J=11.3Hz),4.55-4.42(3H,m),4.37(1H,d,J=5.7Hz),3.66(1H,d,J=10.3Hz),3.37(1H,d,J=10.3Hz),3.34-3.17(2H,m),2.10(3H,s),1.95-1.70(2H,m),1.63-1.51(5H,m)
實施例59
1-{7-疊氮基-3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-5,6,7-三去氧基-α-L-木糖-庚呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物55)
於冰冷下,於化合物54(10.62g,18.10mmol)之THF(32mL)及乙酸乙酯(11mL)溶液中加入甲胺(10.62mL,120mmol,40%水溶液),攪拌2小時。於反應液中加入1N-鹽酸(105mL),作成pH=8。以乙酸乙酯(200mL及50mL)分液萃取。合併有機層,以飽和食鹽水(100mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以甲苯共沸2次後減壓乾燥,獲得化合物55(10.74g,收率100%)。
MS(ESI):m/z 522(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.23(1H,brs),7.41-7.23(9H,m),7.19-7.12(2H,m),5.89(1H,d,J=6.2Hz),4.71(1H,d,J=11.3Hz),4.65(1H,d,J=11.3Hz),4.56(1H,d,J=11.3Hz),4.52(1H,d,J=11.3Hz),4.38-4.30(1H,m),4.17(1H,d,J=6.2Hz),3.63(1H,d,J=9.8Hz),3.41(1H,d,J=9.8Hz),3.37-3.28(1H,m),3.27-3.18(1H,m),2.94(1H,d,J=8.2Hz),1.98-1.71(2H,m),1.64-1.50(5H,m)
實施例60
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(3-疊氮基丙基)-3-(苯甲氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物56)
於冰冷下,於化合物55(10.74g,18.14mmol)之吡啶(32mL)溶液中滴下甲烷磺醯氯(1.83mL,23.59mmol),於室溫攪拌3.5小時。將反應液冰冷之,滴下1,8-二氮雜二環[5.4.0]-7-十一碳烯(8.21mL,54.43mmol)後於室溫攪拌4小時。將反應液以乙酸乙酯(400mL)稀釋,注入於10%檸檬酸水溶液(500mL)中,短暫攪拌。將有機層分液,水層以乙酸乙酯(100mL)分液萃取。合併有機層,以水(500mL)及飽和食鹽水(300mL)洗淨。於有機層(褐色)中加入活性碳(1.00g),攪拌20分鐘後以矽藻土過濾。將濾液減壓濃縮後以甲苯共沸之。於獲得之濃縮殘渣中加入乙酸乙酯(40mL),懸濁之,加入己烷(300mL),濾取析出物。於氮氣大氣下風乾後減壓乾燥,獲得化合物56(8.61g,收率94%)。
MS(ESI):m/z 504(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.41-7.27(8H,m),7.18(1H,d,J=1.5Hz),7.16-7.12(2H,m),6.09(1H,d,J=6.2Hz,),5.21(1H,dd,J=6.2,1.0Hz),4.72(1H,d,J=11.8Hz),4.57(1H,d,J=11.8Hz),4.37(1H,d,J=11.8Hz),4.29(1H,s),4.26(1H,d,J=11.8Hz),3.24(2H,t,J=6.2Hz),3.18(1H,d,J=9.8Hz),3.13(1H,d,J=9.8Hz),1.97(3H,d,J=1.0Hz),1.88-1.45(4H,m)
實施例61
(2R,3S,3aS,9aR)-2-(3-胺基丙基)-3-(苯甲氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-7-甲基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-6-酮(化合物57)
於化合物56(8.61g,17.1mmol)之1,2-二甲氧基乙烷(198mL)溶液中加入水(17.2mL),於60℃(外溫)將三苯基膦(4930mg,18.8mmol)以發泡均勻地細分加入。於同溫度攪拌20分鐘後於外溫80℃攪拌2小時。將反應液減壓濃縮,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至70/30)精製,獲得化合物57(8.25g,含有乙酸乙酯6.1wt%,收率100%)。
MS(ESI):m/z 478(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.39-7.23(8H,m),7.18(1H,d,J=1.0Hz),7.15-7.10(2H,m),6.11(1H,d,J=6.2Hz,),5.23(1H,dd,J=6.2,1.5Hz),4.72(1H,d,J=11.8Hz,),4.56(1H,d,J=11.8Hz),4.35(1H,d,J=11.8Hz),4.29(1H,d,J=1.5Hz),4.26(1H,d,J=11.8Hz),3.20(1H,d,J=10.3Hz),3.18(1H,d,J=10.3Hz,),2.65(2H,t,J=7.2Hz),1.95(3H,d,J=1.0Hz,),1.80-1.29(6H,m)
實施例62
(3-{(2R,3S,3aS,9aR)-3-(苯甲氧基)-2-[(苯甲氧基)甲基]-7-甲基-6-側氧基-2,3,3a,9a-四氫-6H-呋喃并[2',3':4,5][1,3]噁唑并[3,2-a]嘧啶-2-基}丙基)胺基甲酸第三丁基酯(化合物58)
於化合物57(7.54g,14.8mmol)之二氯甲烷(98mL)溶液中加入二碳酸二-第三丁酯(3560mg,16.3mmol),於室溫攪拌3小時。將反應液減壓濃縮,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(乙酸乙酯/甲醇、100/0至97/3)精製,獲得化合物58(7.67g,含有乙酸乙酯1.1wt%,收率89%)。
MS(ESI):m/z 578(M+H)+
1H-NMR(CDCl3)δ:7.40-7.27(8H,m),7.17(1H,d,J=1.5Hz),7.15-7.09(2H,m),6.09(1H,d,J=6.2Hz),5.20(1H,dd,J=6.4,1.5Hz),4.71(1H,d,J=11.8Hz),4.56(1H,d,J=11.8Hz),4.48(1H,brs),4.35(1H,d,J=12.3Hz),4.28(1H,d,J=1.5Hz),4.24(1H,d,J=12.3Hz),3.17(1H,d,J=9.8Hz),3.14(1H,d,J=9.8Hz),3.11-3.03(2H,m),1.97(3H,d,J=1.0Hz),1.78-1.62(2H,m),1.55-1.48(1H,m),1.43(9H,s),1.42-1.33(1H,m)
實施例63
1-{3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-7-[(第三丁氧基羰基)胺基]-5,6,7-三去氧基-α-L-木糖-庚呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物59)
於冰冷下,於化合物58(7.67g,13.1mmol)之THF(153mL)溶液中滴下1M氫氧化鈉水溶液(32.8mL,32.8mmol),除去冰浴,於室溫攪拌6小時。於反應液中加入乙酸乙酯(200mL)及5%檸檬酸水溶液(120mL),短暫攪拌後將有機層分液。水層以乙酸乙酯(100mL)分液萃取,合併有機層,以水(200mL)及飽和食鹽水(100mL)洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱 層析法(己烷/乙酸乙酯、90/10至0/100)精製,獲得化合物59(7.82g,含有乙酸乙酯2.4wt%,收率100%)。
MS(ESI):496[間-Boc+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.46(1H,brs),7.52(1H,d,J=1.0Hz),7.40-7.25(10H,m),6.07(1H,d,J=4.6Hz),4.77(1H,d,J=11.8Hz),4.61-4.46(4H,m),4.42(1H,brs),4.17-3.86(2H,m),3.73(1H,d,J=10.3Hz),3.47(1H,d,J=10.3Hz),3.17-2.98(2H,m),1.77-1.45(7H,m),1.43(9H,s)
實施例64
1-{3-O-苯甲基-4-[(苯甲氧基)甲基]-7-[(第三丁氧基羰基)胺基]-5,6,7-三去氧基-2-O-[(三氟甲基)磺醯基]-α-L-木糖-庚呋喃糖苷基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物60)
於化合物59(7.82g,12.8mmol)之二氯甲烷(63mL)溶液中加入吡啶(15.6mL,193mmol)及DMAP(3130mg,25.6mmol),於冰冷下,以30分鐘滴下三氟甲烷磺酸酐(5.39mL,32.0mmol),於同溫度攪拌1小時。追加三氟甲烷磺酸酐(2.16mL,12.8mmol),於同溫度攪拌3小時。於冰冷下,於反應液中加入飽和碳酸氫鈉水(200mL),短暫攪拌。將有機 層分液,水層以二氯甲烷(100mL)分液萃取。合併有機層,以飽和食鹽水洗淨後以無水硫酸鈉乾燥。減壓蒸餾除去溶劑,以甲苯共沸3次。獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(己烷/乙酸乙酯、90/10至50/50)精製,獲得化合物60(8.24g,含有乙酸乙酯4.2wt%,收率88%)。
MS(ESI):628[間-Boc+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.36(1H,brs),7.41-7.27(9 H,m),7.25-7.21(2H,m),6.31(1H,d,J=5.1Hz),5.44-5.38(1H,m,),4.75(1H,d,J=11.8Hz,),4.59-4.40(5H,m),3.52(1H,d,J=9.8Hz),3.40(1H,d,J=9.8Hz),3.22-3.01(2H,m),1.79-1.51(7H,m,),1.44(9H,s)
實施例65
1-{(1R,6R,8R,9S)-9-(苯甲氧基)-6-[(苯甲氧基)甲基]-7-氧雜-2-氮雜二環[4.2.1]酮-8-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(化合物61)
於冰冷下,於化合物60(8.24g,10.9mmol)之二氯甲烷(124mL)溶液中加入三氟乙酸(41.2mL,535mmol),除去冰浴,於室溫攪拌2小時。將反應液減壓濃縮後以甲苯共沸 之。將獲得之殘渣溶解於二氯甲烷(200mL),於冰冷下邊激烈攪拌邊加入飽和碳酸氫鈉水(100mL),於室溫攪拌13小時。將反應液之有機層分液,水層以氯仿(以50mL實施2次)分液萃取。合併有機層,以無水硫酸鈉乾燥。蒸餾除去溶劑,獲得之殘渣以矽膠管柱層析法(氯仿/甲醇、100/0至95/5)精製,獲得化合物61(4.96g,收率96%)。
MS(ESI):478[M+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.24(1H,brs),7.97(1H,d,J=1.5Hz),7.40-7.26(8H,m),7.25-7.20(2H,m),5.86(1H,s),4.76(1H,d,J=11.8Hz),4.56(1H d,J=11.8Hz),4.53-4.46(2H,m),4.40(1H,d,J=7.2Hz),3.72(1H,d,J=10.8Hz),3.58(1H,d,J=7.2Hz),3.54(1H,d,J=10.8Hz),3.34-3.21(1H,m),3.14-3.03(1H,m),1.90-1.55(4H,m),1.41(3H,d,J=1.5Hz)
實施例66
N-(9-{(1R,5R,7R,8S)-8-(苯甲氧基)-5-[(苯甲氧基)甲基]-6-氧雜-2-氮雜二環[3.2.1]辛-7-基}-9H-嘌呤-6-基)苯甲 醯胺(化合物63)
將化合物62(1-{(1R,5R,7R,8S)-8-(苯甲氧基)-5-[(苯甲氧基)甲基]-6-氧雜-2-氮雜二環[3.2.1]辛-7-基}-5-甲基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮,以J.Am.Chem.Soc.2006,128,15173.記載之方法為基準,從3,5-二-O-苯甲基-4-C-羥基甲基-1,2-O-異亞丙基-α-D-核呋喃糖2合成)(49.8mg,0.107mmol)及N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(77.1mg,0.322mmol)放入10mL茄形燒瓶中,加入甲苯(1mL)及BSA(0.235mL,0.961mmol)。於外溫60℃放置15分鐘後昇溫至外溫100℃,加入TMSOTf(0.005mL,0.026mmol)。於同溫度攪拌30分鐘後回到室溫,加入3%碳酸氫鈉水溶液(10mL)、氯仿(10mL),攪拌之。將有機層分離,以氯仿(10mL)從水層萃取。將有機層混合,以水(10mL)洗淨。水層以氯仿(5mL)萃取,與有機層混合。混合之有機層以綿栓過濾,除去固體。將濾液蒸餾除去溶劑後進行逆相HPLC分取(10mM碳酸銨水溶液/乙腈=60/40至30/70),另以薄層層析法(以氯仿/甲醇=12/1實施2次)精製,獲得化合物63(4.9mg,收率8%)。
MS(ESI):577[M+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.08(1H,brs),8.77(1H,s),8.72(1H,s),8.05(2H,d,J=7.7Hz),7.65-7.59(1H,m),7.57-7.51(2H,m),7.39-7.21(10H,m),6.45(1H,s),4.64(1H,d,J=12.3Hz),4.58(1H,d,J=12.3Hz),4.55(1H,d,J=11.8Hz),4.47(1H,d,J=11.8Hz),4.23(1H,d,J=3.6Hz),3.71(1H,d,J= 3.6Hz),3.66(1H,d,J=10.8Hz),3.52(1H,d,J=10.8Hz),3.26-3.16(1H,m),3.07(1H,dd,J=13.9,6.7Hz),2.07-1.97(1H,m),1.86(1H,brs),1.37(1H,dd,J=12.8,4.6Hz)
實施例67
二苯基胺基甲酸9-{(1R,5R,7R,8S)-8-(苯甲氧基)-5-[(苯甲氧基)甲基]-6-氧雜-2-氮雜二環[3.2.1]辛-7-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物64)
進行與實施例66相同之操作,從化合物62(49.8mg、0.107mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸[2-(2-甲基丙醯基胺基)-9H-嘌呤-6-基]酯(133.9mg,0.3216mmol)(合成法以J.Org.Chem.1996,61,9207記載之方法為基準)獲得化合物64(24.4mg,收率30%)。
MS(ESI):754[M+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.65(1H,s),8.04(1H,s),7.49-7.42(2H,m),7.40-7.21(18H,m),6.37(1H,s),4.64(1H,d,J=12.3Hz),4.56(1H,d,J=12.3Hz),4.53(1H,d,J=11.8Hz),4.44(1H,d,J=11.8Hz),4.24(1H,d,J=3.6Hz),3.66(1H, d,J=3.6Hz),3.63(1H,d,J=10.8Hz),3.50(1H,d,J=10.8Hz),3.21-3.12(1H,m),3.04(1H,dd,J=13.9,6.7Hz),2.90(1H,brs),2.07(1H,brs),2.06-1.93(1H,m),1.35(1H,dd,J=12.8,4.6Hz),1.27(3H,d,J=1.5Hz),1.25(3H,d,J=1.5Hz)
實施例68
N-(9-{(1R,6R,8R,9S)-9-(苯甲氧基)-6-[(苯甲氧基)甲基]-7-氧雜-2-氮雜二環[4.2.1]酮-8-基}-9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(化合物65)
將化合物61(49.7mg,0.104mmol)及N-(9H-嘌呤-6-基)苯甲醯胺(74.7mg,0.312mmol)放入10mL茄形燒瓶中,加入1,2-二氯乙烷(1mL)、BSA(0.230mL,0.941mmol)。於外浴60℃攪拌15分鐘後加入TMSOTf(0.0050mL,0.026mmol),於外浴60℃攪拌3.5小時。回到室溫,加入3%碳酸氫鈉水溶液(10mL)、氯仿(15mL),攪拌之。將有機層分離,以CHCl3(10mL)從水層萃取。將有機層混合,以自來水(10mL)洗淨。將水層以CHCl3(5mL)萃取,與有機層混合。以氯仿(5mL)從水層萃取,再次將有機層混合,於50℃減壓濃 縮後進行逆相HPLC分取(10mM碳酸銨水溶液/乙腈=50/50至20/80),獲得化合物65(19.2mg,收率31%)。
MS(ESI):591[M+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:9.00(1H,brs),8.80(1H,s),8.70(1H,s),8.04(2H,d,J=7.2Hz),7.64-7.59(1H,m),7.56-7.51(2H,m),7.37-7.24(10H,m),6.28(1H,s),4.65(1H,d,J=6.7Hz),4.60(1H,d,J=11.3Hz),4.59(1H,d,J=12.3Hz),4.52(1H,d,J=12.3Hz),4.47(1H,d,J=11.3Hz),3.86(1H,d,J=6.7Hz),3.65(1H,d,J=10.8Hz),3.51-3.47(2H,m),3.36-3.28(1H,m),3.17-3.08(1H,m),1.98-1.89(2H,m),1.83-1.67(2H,m)
實施例69
二苯基胺基甲酸9-{(1R,6R,8R,9S)-9-(苯甲氧基)-6-[(苯甲氧基)甲基]-7-氧雜-2-氮雜二環[4.2.1]酮-8-基}-2-[(2-甲基丙醯基)胺基]-9H-嘌呤-6-基酯(化合物66)
進行與實施例68相同之操作,從化合物61(50.1mg、0.105mmol)及N,N-二苯基胺基甲酸[2-(2-甲基丙醯基胺 基)-9H-嘌呤-6-基]酯(131.1mg,0.3148mmol)(合成法以J.Org.Chem.1996,61,9207記載之方法為基準),獲得化合物66(42.4mg,收率53%)。
MS(ESI):768[M+H]+
1H-NMR(CDCl3)δ:8.60(1H,s),8.01(1H,s),7.47-7.42(2H,m),7.40-7.21(18H,m),6.18(1H,s),4.68(1H,d,J=6.7Hz),4.62(1H,d,J=11.3Hz),4.60(1H,d,J=12.3Hz),4.51(1H,d,J=12.3Hz),4.47(1H,d,J=11.3Hz),3.84(1H,d,J=6.7Hz),3.63(1H,d,J=10.8Hz),3.49(1H,d,J=10.8Hz),3.36-3.25(1H,m),3.13-3.04(1H,m),2.92(1H,brs),1.97(1H,s),1.94-1.84(1H,m),1.80-1.65(3H,m),1.26(6H,d,J=7.2Hz)
實施例70 寡核苷酸類似物之合成及精製
使用實施例32獲得之化合物16Ab、實施例30獲得之化合物16MeCa、實施例28獲得之化合物16Ga及市售之各種亞磷醯胺,將具有各種核酸鹼基之寡核苷酸類似物藉由DNA/RNA寡核苷酸自動合成機nS-8或nS-8II(均為GeneDesign(股)公司製造),使用0.2μmol規模之CPG或聚苯乙烯載體,以5’末端DMTr ON或OFF合成。將GuNA單體進行偶合時,進行GuNA單體之乙腈溶液(0.1M)之偶合時間為8分鐘,除此之外之步驟以nS-8或nS-8II通常之寡核苷酸合成條件進行。活化劑使用5-乙基硫代-1H-四唑(0.25M)。
合成之寡核苷酸類似物之精製及純度確認藉由逆相HPLC,以下述之條件進行。
移動相
A液:0.1M乙酸三乙銨緩衝液,pH7.0
B液:0.1M乙酸三乙銨(水:乙腈=1:1)溶液
梯度:A:B=95:5→70:30(23分鐘)或A:B=95:5→50:50(22.5分鐘)
使用管柱:
分析 Waters XBridgeTM OST C18 2.5μm(4.6×50mm)
分取 Waters XBridgeTM OST C18 2.5μm(10×50mm)流速:
分析 1mL/分鐘
分取 4mL/分鐘
管柱溫度:50℃
檢出:UV(254nm)
合成之寡核苷酸類似物之分子量藉由飛行時間型質量分析(MALDI-TOF-MS)決定。
5’-d(TTTTATTTTT)-3’(序列編號1)(A:胍架橋型核酸,化合物48)之合成
使用實施例32獲得之化合物16Ab,在0.2μmol之聚苯乙烯載體(LV-PS dT 0.2μmol,Glen Research公司製造)上合成,作為Boc保護寡核苷酸,於合成後之管柱中填充20%三氟乙酸之二氯甲烷溶液,於室溫放置1小時。依序 通入二氯甲烷及乙腈,將載體洗淨,在氮氣流下將載體預先乾燥,將此減壓乾燥。
接著,於管柱中通入氨之甲醇溶液(7N),於室溫放置1小時,切出,將載體以28%氨水洗淨,將切出液及洗淨液於壓蓋瓶內合併後於外溫65℃加熱6小時。將此減壓濃縮至約80%,進行逆相HPLC精製(梯度:A:B=95:5→70:30(23分鐘))。收率27%。
MALDI-TOF-MS:m/z 理論值(M-H-)3057.06 實測值(M-H-)3053.00。
5’-d(TTTTATTTTT)-3’(序列編號1)(A:胍架橋型核酸,化合物48)之合成2
使用實施例32獲得之化合物16Ab,在CPG載體(CPG 500Å dT 0.2μmol,Proligo公司製造)上合成,作為Boc保護寡核苷酸,於合成後之管柱中填充脫Boc液(三氟甲磺酸三甲基矽酯940μL,2,6-二甲基吡啶1,260μL,二氯甲烷10mL之混合物),於室溫放置3小時。除去脫Boc液,於管柱中依序通入10v/v% 2,6-二甲基吡啶/二氯甲烷溶液及二氯甲烷,將載體洗淨。
接著,加入28%氨水,放置12小時後將切出液移至壓蓋瓶,於外溫65℃加熱5小時。將此減壓濃縮至半量,藉由逆相簡易管柱(Sep-Pak(註冊商標)Plus C18 Cartridges,Waters公司製造)精製,進行逆相HPLC精製(梯度:A:B=95:5→70:30(23分鐘))。收率12%。
MALDI-TOF-MS m/z 理論值(M-H-)3057.06 實測值(M-H-)3058.82。
5’-d(TTTTm CTTTTT)-3’(序列編號2)(m C:胍架橋型核酸,化合物49)之合成
使用實施例30獲得之化合物16MeCa,在0.2μmol之聚苯乙烯載體(LV-PS dT 0.2μmol,Glen Research公司製造)上合成,作為Teoc保護寡核苷酸,從管柱取出載體,移至壓蓋瓶。添加四正丁基氟化銨之四氫呋喃溶液(0.2M),於外溫65℃加熱8小時,接著,加入28%氨水,於外溫65℃加熱8小時。將此減壓濃縮至約半量,殘渣以凝膠過濾管柱(illustraTM NAPTM-10 Column SephadexTM G-25 DNA Grade,GE Healthcare公司製造),接著藉由逆相簡易管柱(Sep-Pak(註冊商標)Plus C18 Cartridges,Waters公司製造)精製,另進行逆相HPLC精製(梯度:A:B=95:5→50:50(22.5分鐘))。收率19%。
MALDI-TOF-MS m/z 理論值(M-H-)3047.06 實測值(M-H-)3046.06。
5’-d(TTTTGTTTTT)-3’(序列編號3)(G:胍架橋型核酸,化合物50)之合成
以上述化合物48合成2之製法為基準,使用實施例28獲得之化合物16Ga,以CPG載體(CPG 500Å dT 0.2μmol,Proligo公司製造)合成,作為Teoc保護寡核苷酸,從脫保 護至精製為止之處理以與化合物48相同之操作進行。收率23%。
MALDI-TOF-MS m/z 理論值(M-H-)3073.06 實測值(M-H-)3071.24。
由於藉由飛行時間型質量分析(MALDI-TOF-MS),分子量測定之結果顯示與理論值大約一致,確認獲得各個目的之寡核苷酸。
於化合物51至58亦以相同之操作合成。結果表示於表1。
表1:具有胍架橋型核酸之寡核苷酸
比較對照為與化合物51至58相同之鹼基序列,將不 含胍架橋型核酸,只具有天然型核苷之寡核苷酸(各個為化合物59至66)依照通常之寡核苷酸合成條件合成、精製之。又,作為可與前述寡核苷酸形成雙股之互補股寡核苷酸,為化合物51至58之互補序列,不含胍架橋型核酸,只具有天然型核苷之寡核苷酸(各個為化合物67至74)及為化合物51至54之互補序列,不含胍架橋型核酸,只具有天然型核苷之RNA之寡核苷酸(各個為化合物75至78)依照通常之寡核苷酸合成條件合成、精製之。
實施例71 融解溫度(Tm)之測定
將實施例70獲得之各種寡核苷酸(化合物48至66)與互補股寡核苷酸(化合物67至74或化合物75至78)進行降溫黏合處理,使形成雙股後藉由測定為雙股50%偏離之溫度之Tm值,調查寡核苷酸之雙股形成能。
具體而言,將含有氯化鈉100mM、磷酸鈉緩衝液(pH6.99)10mM、寡核苷酸4μM、互補股4μM之試樣溶液(130μL)對於表2記載之化合物,從室溫以毎分鐘5℃昇溫至95℃後以毎分鐘0.5℃之速度降溫,冷卻至5℃,對於表3記載之化合物,於沸騰水浴加熱後静置,冷卻至室溫。為了防止分光光度計(Shimadzu,UV-1650PC或UV-1800)之小室室內凝結,通入氮氣氣流,將試樣溶液慢慢冷卻至5℃,另於5℃保持1分鐘後開始測定。以毎分鐘0.5℃之比率將溫度慢慢上昇至90℃為止,測定每上昇0.5℃,於260nm之紫外部吸收。又,為了防止因溫度上昇導至濃度變 化,使用附有蓋子之小室。將結果以Tm值及每修飾單位之Tm值差表示於表2。Tm值越高,表示雙股形成能越高。
表2:導入1殘基之胍架橋型核酸對Tm值之影響
*:互補股寡核苷酸之鹼基序列:‧化合物51,59之互補股:DNA/5’-d(AGCAAAAAACGC)-3’(化合物67)(序列編號12),RNA/5’-r(AGCAAAAAACGC)-3’(化合物75)(序列編號13),‧化合物52,60之互補股: DNA/5’-d(AGCAAATAACGC)-3’(化合物68)(序列編號14),RNA/5’-r(AGCAAATAACGC)-3’(化合物76)(序列編號15),‧化合物53,61之互補股:DNA/5’-d(AGCAAAGAACGC)-3’(化合物69)(序列編號16),RNA/5’-r(AGCAAAGAACGC)-3’(化合物77)(序列編號17),‧化合物54,62之互補股:DNA/5’-d(AGCAAACAACGC)-3’(化合物70)(序列編號18),RNA/5’-r(AGCAAACAACGC)-3’(化合物78)(序列編號19)。
表3:導入3殘基之胍架橋型核酸對Tm值之影響
如表2及3所示,含有胍架橋型人工核酸之寡核苷酸於所有鹼基,不僅對於RNA,對於DNA亦具有優越之雙股形成能。又,對於任何一種鹼基,於寡核苷酸導入胍架橋型人工核酸之比率越多,越看到Tm值之上昇。因此,導入本發明之胍架橋型人工核酸之寡核苷酸認為是適合於反義法之寡核苷酸。
[產業上之利用可能性]
本發明架橋型核酸GuNA之新穎製造方法可縮短製造架橋型核酸GuNA之步驟數,可改善架橋型核酸GuNA之收率。又,使用為本發明新穎之中間體之化合物,可製造含有種種種類核酸鹼基之架橋型人工核酸GuNA。本發明之製造方法及中間體化合物可有效率的製造胍架橋 型核酸GuNA,胍架橋型人工核酸GuNA低聚物可用於各種醫藥、診斷、試驗研究。
【序列表自由正文(free-text)】
序列編號1至12、14、16、18及20至23表示DNA寡核苷酸。
序列編號13、15、17及19表示RNA寡核苷酸。
【序列表】
\\WS-CH1\Documents\上原\P249992-3\P249992序列表.txt
<110> 田邊三菱製藥股份有限公司國立大學法人大阪大學
<120> 架橋型核酸GuNA,其製造方法,及中間體化合物
<130> 573294
<150> JP 2015-185730
<151> 2015-09-18
<150> JP 2016-039351
<151> 2016-03-01
<160> 23
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
<400> 1
<210> 2
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<221> 經修飾鹼基
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> 經修飾鹼基
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<221> 經修飾鹼基
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<223> m5c
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<221> 經修飾鹼基
<222> (5)..(5)
<223> m5c
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<221> 經修飾鹼基
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<223> m5c
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> DNA
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> RNA
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> RNA
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
<400> 19
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 人工序列之敍述:寡核苷酸
<400> 23

Claims (40)

  1. 一種製造通式I表示之化合物或其鹽之方法,為包含將還原劑與通式II表示之化合物進行反應,使與環A’縮合之噁唑啶環開裂之步驟, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A],通式II: [式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式I者相同意義,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環亦可與其他環進行縮合,形成環A’]。
  2. 如申請專利範圍第1項所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2: 還原劑為Ph3P。
  3. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含 如申請專利範圍第1項或第2項所述步驟之製造方法, [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  4. 一種通式I表示之化合物或其鹽,通式I: [式中,R1及R2各自獨立為Bn基、2-萘甲基、對-甲氧基苯甲基、3,4-二甲氧基苯甲基、2,6-二甲氧基苯甲基或對-苯基苯甲基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
  5. 如申請專利範圍第4項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
  6. 一種通式II表示之化合物或其鹽,通式II: [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’]。
  7. 如申請專利範圍第6項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2
  8. 一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與通式III表示之化合物進行反應之步驟之製造方法, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5 至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’] [式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’各表示與通式II表示者相同意義]。
  9. 如申請專利範圍第8項所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2,疊氮化劑為DPPA
  10. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如申請專利範圍第8項或第9項所述之步驟之製造方法,通式VII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  11. 一種通式III表示之化合物或其鹽,通式III: [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’]。
  12. 如申請專利範圍第11項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A’為下述構造式II-1或II-2
  13. 一種通式IV表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將羥基之活化劑與通式V表示之化合物進行反應,將取代於通式V中四氫呋喃環之無保護羥基活化之步驟之製造方法, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥 基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’], [式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6、X及m各表示與通式IV者相同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
  14. 如申請專利範圍第13項所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2,羥基之活化劑為三氟甲烷磺醯氯
  15. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如申請專利範圍第13項或第14項所述之步驟之製造方法, [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸 基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  16. 一種通式IV表示之化合物或其鹽, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’]。
  17. 如申請專利範圍第16項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X 為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A’為下述構造式II-1或II-2
  18. 一種通式V表示之化合物或其鹽, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,X為脫離基,m為1至3之整數,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取 代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
  19. 如申請專利範圍第18項所述之化合物或其鹽,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
  20. 一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將疊氮化劑與通式IV表示之化合物進行反應之步驟之製造方法, [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫 酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’], [式中,X為脫離基,R1、R2、R3、R4、R5、R6、m及環A’各表示與通式II者相同意義]。
  21. 如專利範圍第20項所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,X為甲磺醯基氧基(Ms-O-),環A’為下述構造式II-1或II-2,疊氮化劑為nBu4NN3或疊氮化鈉
  22. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如申請專利範圍第20項或第21項所述之步驟之製造方法,通式VII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  23. 一種通式II表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將羥基之活化劑與通式VI表示之化合物進行反應,將取代於通式VI中四氫呋喃環之無保護之羥基活化之步驟之製造方法,通式II: [式中,R1及R2各自獨立為羥基之保護基,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,m為1至3之整數,環A’為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A’], [式中,R1、R2、R3、R4、R5、R6及m各表示與通式II 者相同意義,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
  24. 如申請專利範圍第23項所述之製造方法,其中,該R1及R2各為Bn基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,環A’為下述構造式II-1或II-2,羥基之活化劑為三氟甲烷磺醯氯
  25. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如申請專利範圍第23項或第24項所述之步驟之製造方法,通式VII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  26. 一種通式VII表示之化合物或其鹽,通式VII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數,(惟,m=1,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Boc基,R10為Boc基,R11為氫原子者及m=2,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Ceoc基,R10為Ceoc基,R11為氫原子者除外)]。
  27. 如申請專利範圍第26項所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各個為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基或Boc基,R10為Teoc基或Boc基,R11為氫原子。
  28. 如申請專利範圍第26項所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R7為DMTr基,R8為氫原子或-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2)基,R9為Teoc基,R10為Teoc基,R11為氫原子。
  29. 一種通式VIII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含將通式IX表示之化合物之環A以B取代之步驟之製造方法, [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基 部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12及R13各自獨立為氫原子或羥基之保護基,m為1至3之整數], [式中,R3、R4、R5、R6及m各為與通式VIII者相同意義,R14及R15各自獨立為氫原子或羥基之保護基,環A為可經選自由可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基、可經1個以上之取代基取代之C2-6烯基、可經1個以上之取代基取代之C2-6炔基、可經1個以上之取代基取代之胺基、可經1個以上之取代基取代之羥基、側氧基、硫酮基及鹵素原子所成群組之1個以上取代基取代之5至7員環不飽和雜環,另,該不飽和雜環可與其他環進行縮合,形成環A]。
  30. 如申請專利範圍第29項所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶 基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12、R13、R14及R15均為Bn基,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
  31. 如申請專利範圍第29項所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12為DMTr基,R13為TMS基,R14為DMTr基,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
  32. 如申請專利範圍第29項所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R12為TMS基,R13為TMS基,R14為氫原子,R15為氫原子,環A為胸腺嘧啶基或脲嘧啶基。
  33. 一種通式VII表示之化合物或其鹽之製造方法,為包含如申請專利範圍第29項至第32項中任一項所述之步驟之製造方法,通式VII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R7為氫原子或羥基之保護基,R8為氫原子、可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R9、R10及R11各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  34. 一種通式VIII表示之化合物或其鹽,通式VIII: [式中,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,R12為Bn基、DMTr基或TMS基,R13為Bn基、氫原子或TMS基,m為1至3之整數]。
  35. 如申請專利範圍第34項所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R12及R13各為Bn基。
  36. 如申請專利範圍第34項所述之化合物或其鹽,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基、 可具有1個以上保護基之胸腺嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R3、R4、R5及R6各為氫原子,R12為DMTr基,R13為氫原子。
  37. 一種具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸之製造方法,為從通式XI表示之化合物藉由亞磷醯胺法製造之方法, [式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數](惟,具有只 將m=1或2時,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17及R18各為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外), [式中,B、R3、R4、R5及R6各與通式X者相同意義,R7為氫原子或羥基之保護基,R20為可經1個以上之取代基取代之磷酸基或可經1個以上之取代基取代之硫磷酸基,R21、R22及R23各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數]。
  38. 如申請專利範圍第37項所述之製造方法,其中,該B為可具有1個以上保護基之腺嘌呤基、可具有1個以上保護基之鳥嘌呤基、可具有1個以上保護基之胞嘧啶基、可具有1個以上保護基之5-甲基胞嘧啶基或可具有1個以上保護基之脲嘧啶基,R7為羥基之保護基,R16、R17及R18為氫原子,R20為-P(O(CH2)2CN)(N(iPr)2) 基,R21、R22及R23各自獨立為胺基之保護基。
  39. 一種具有1個以上通式X表示之核苷之寡核苷酸或其鹽, [式中,R3及R4各自獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R5獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,各R6獨立為氫原子或可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基,B為可經1個以上之取代基取代之核酸之鹼基部分,R16、R17及R18各自獨立為氫原子、可經1個以上之取代基取代之C1-6烷基或胺基之保護基,m為1至3之整數],(惟,具有只將m=1或2時,B為胸腺嘧啶基,R3、R4、R5、R6、R16、R17及R18各為氫原子之核苷作為架橋型核酸之寡核苷酸除外)。
  40. 如申請專利範圍第39項所述之寡核苷酸或其鹽,其中,該B為腺嘌呤基、鳥嘌呤基、胞嘧啶基、5-甲基胞嘧啶基、胸腺嘧啶基或脲嘧啶基,R16、R17及R18為氫原子。
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