RU2807575C1 - Способ определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза - Google Patents
Способ определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза Download PDFInfo
- Publication number
- RU2807575C1 RU2807575C1 RU2022128287A RU2022128287A RU2807575C1 RU 2807575 C1 RU2807575 C1 RU 2807575C1 RU 2022128287 A RU2022128287 A RU 2022128287A RU 2022128287 A RU2022128287 A RU 2022128287A RU 2807575 C1 RU2807575 C1 RU 2807575C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- resistance
- leukemia
- cattle
- bola
- alleles
- Prior art date
Links
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 title claims abstract description 33
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 33
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 title claims abstract description 29
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 14
- 241000700605 Viruses Species 0.000 title claims abstract description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 40
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 10
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 5
- 108010063590 BoLA-DRB3 antigen Proteins 0.000 claims description 11
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 1
- 101150034979 DRB3 gene Proteins 0.000 claims 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 1
- 101100278514 Oryza sativa subsp. japonica DRB2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 abstract description 16
- 239000012634 fragment Substances 0.000 abstract description 10
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 abstract description 9
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 abstract description 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 abstract description 5
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 abstract description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 abstract description 2
- 238000012800 visualization Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 16
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 5
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 5
- 241000714266 Bovine leukemia virus Species 0.000 description 4
- 206010025280 Lymphocytosis Diseases 0.000 description 4
- 244000144980 herd Species 0.000 description 4
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 3
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 102000043131 MHC class II family Human genes 0.000 description 2
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 2
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 2
- 244000309464 bull Species 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 2
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 2
- VADKRMSMGWJZCF-UHFFFAOYSA-N 2-bromophenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1Br VADKRMSMGWJZCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 208000034454 F12-related hereditary angioedema with normal C1Inh Diseases 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 101001100327 Homo sapiens RNA-binding protein 45 Proteins 0.000 description 1
- 201000009794 Idiopathic Pulmonary Fibrosis Diseases 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102100038823 RNA-binding protein 45 Human genes 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N boric acid Chemical compound OB(O)O KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004327 boric acid Substances 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000000295 emission spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 210000000777 hematopoietic system Anatomy 0.000 description 1
- 208000016861 hereditary angioedema type 3 Diseases 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 208000036971 interstitial lung disease 2 Diseases 0.000 description 1
- 206010024378 leukocytosis Diseases 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 description 1
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии и молекулярной генетики в сельском хозяйстве, и может быть использовано для определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза путем выявления аллеля *0902, ассоциированного с устойчивостью к лейкозу, и аллеля *1501, ассоциированного с восприимчивостью к данному заболеванию, методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с праймерами, ограничивающими фрагмент длиной 216 нуклеотидов в пределах второго экзона гена BOLA-DRB3 крупного рогатого скота, последующим секвенированием и компьютерным распознаванием с использованием референс-последовательностей. Предложенный метод включает программный сценарий BDRB32ex, созданный для компьютерного автоматического распознавания аллелей гена BOLA-DRB3 с использованием референс-последовательностей. Для проведения ПЦР используются праймеры ex2_for - 5'-GTGTCATTTCTTCAACGGGAC-3' и ex2_rev - 5'-CGACCCCGTAGTTGTGTCTG-3'. Продукт сиквенсной реакции используется для постановки на автоматическом секвенаторе. Визуализация хроматограм осуществляется с помощью он-лайн алгоритма Benchling (https://www.benchling.com/). Определение аллелей производится автоматически по референс-последовательностям с помощью программного сценария BDRB32ex, содержащего инструкции на языке программирования «Python». Метод демонстрирует стабильную воспроизводимость результатов при анализе количества копий ДНК, превышающего порог чувствительности тест-системы. 1 табл.
Description
Изобретение относится к области биотехнологии и молекулярной генетики в сельском хозяйстве, в частности к способам диагностики генетической устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу.
Лейкоз крупного рогатого скота - одна из главных проблем скотоводства, так как очень легко передается от одного животного другому. Оздоровление стада после обнаружения больных животных - сложный процесс, который несет за собой большие материальные затраты. Необходимо регулярно проверять поголовье на наличие вируса лейкоза КРС, на протяжении многих лет выбраковывать коров с подтвержденным диагнозом, производить ремонт стада, заменяя выявленных больных животных здоровыми.
Данное заболевание характеризуется поражением кроветворной системы, лимфоцитозом, возникновением новообразований. Лейкоз КРС характеризуется продолжительным инкубационным периодом, чаще всего проявляется у коров старше четырех лет. Заболевание протекает двухстадийно. На гематологическом этапе лейкоз диагностируют по результатам анализа крови. Наблюдают лейкоцитоз, главным образом за счет лимфоцитов, появление в периферической крови функционально незрелых клеток. На онкологической стадии становятся заметными характерные клинические признаки. Чаще скотоводы имеют дело с энзоотической формой лейкоза коров, диагностируемого по результатам серологических и гематологических исследований крови, которые проводят весной и осенью у животных, достигших полугода.
Чтобы предотвратить экономический ущерб, существует множество методов определения генетической устойчивости животных к лейкозу путем их генотипирования в раннем возрасте. Таким образом, появляется возможность заранее комплектовать стадо из животных с повышенной резистентностью к данному заболеванию.
Впервые селекционно-генетический способ определения устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу в системе регистрации результатов исследовательской деятельности Российской Федерации упоминается в патенте RU 2032337 С1 (опубл. 10.04.1995). Его суть состоит в определении наследственно обусловленной устойчивости животных к заболеванию лейкозом путем выявления специфических маркеров, представленных определенными эритроцитарными антигенами Несмотря на свою прогрессивность относительно серологических методов, данное изобретение обладает существенными недостатками ввиду выбора в качестве генетических маркеров эритроцитарных антигенов, имеющих весьма опосредованную связь с устойчивостью к лейкозу.
Более точный способ определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу был предложен в патенте RU2287587 С2 (опубл. 20.11.2006), где в качестве генетического маркера устойчивости к заболеванию указываются аллельные варианты гена BoLA-DRB3 главного комплекса гистосовместимости класса II (МНС class II), ассоциированного с иммунным ответом. Указанным способом возможно определение 30 аллелей гена BoLA-DRB3, в том числе, аллелей *11, *23 и *28, ассоциированных с устойчивостью к персистентному лимфоцитозу крупного рогатого скота, однако данный метод предполагает проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР) с определением полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ), в которой участвует комбинация из 4 эндонуклеаз (RsaI, HaeIII, BstYI и Bst2UI), что сильно усложняет проведение анализа.
Развитием идеи использования гена BoLA-DRB3 в качестве генетического маркера, ассоциированного с устойчивостью крупного рогатого скота к заболеванию лейкозом, является патент RU2316207 (опубл. 10.02.2008). Его суть заключается в создании высокопродуктивного и устойчивого к персистентному лимфоцитозу стада крупного рогатого скота путем определения генотипов коров маточного поголовья и племенных быков по гену BoLA-DRB3 и дальнейшего распределения животных по группам с различной чувствительностью к лимфоцитозу с осуществлением специального подбора пар. Недостатком метода является то, что распределение крупного рогатого скота на группы осуществляется на основе определения восьми аллелей, признанных отвечающими за устойчивость или чувствительность к лейкозу без учета специфических аллелей устойчивости, а также анализ осуществляется методом ПЦР ПДРФ с использованием эндонуклеаз Rsa I, Нае III, Bst YI, что удлиняет и усложняет процесс анализа.
В настоящий момент наиболее совершенный метод определения устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу методом ПЦР ПДРФ, зарегистрированный в патентной системе Российской Федерации, изложен в патенте RU2737552 С1 (опубл. 12.01.2020). Тестирование с помощью данного метода позволяет выявить животных-носителей не только общепризнанных аллелей устойчивости к лейкозу (0902, 2701, 2702, 2703, 2704, 2705, 2706, 0701), но и аллелей 1801 и 0601, являющихся специфическими генетическим маркерами резистентности к вирусу лейкоза. Недостатком данного способа является специфика проведения полимеразных цепных реакций типа ПДРФ - необходимость выполнения дополнительных процедур после процесса амплификации ДНК (рестрикция и электрофорез), что увеличивает возможность ошибок при проведении лабораторных процедур. При этом сам анализ и интерпретация его результатов требует определенной квалификации от сотрудников, занимает значительное количество времени и плохо поддается переводу в цифровой формат.
Наиболее близким по сущности аналогом к предлагаемому является способ диагностики устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу (патент России RU2428485 С1, опубл. 10.09.2011), который предполагает проведение аллель-специфичной Nested-ПЦР с праймерами, подобранными к позициям 70-71 в аминокислотной последовательности таким образом, что выявляют животных-носителей, только устойчивых к лейкозу, с последующим определением гомо- или гетерозиготности этих животных по данным аллелям путем пиросеквенирования. Несмотря на прогрессивность данного способа относительно методов ПЦР ПДРФ, он также обладает существенными недостатками: необходимость конструировать специфические праймеры для каждого диагностируемого аллеля гена BoLA-DRB3, большое количество дополнительных инструментальных операций в процессе анализа, требующих дополнительного оборудования, а также учет в анализе только аллелей, ассоциированных с устойчивостью к лейкозу.
Техническим результатом настоящего изобретения является создание способа выявления носителей аллеля *0902, ассоциированного с устойчивостью к лейкозу крупного рогатого скота, и аллеля *1501, ассоциированного с восприимчивостью к данному заболеванию, в любых популяциях, что позволяет отбирать животных, устойчивых к вирусу лейкоза крупного рогатого скота и отбраковывать носителей генетической предрасположенности к заболеванию. Путем воспроизводства особей с генетической устойчивостью можно обеспечить формирование популяций крупного рогатого скота, устойчивых к заболеванию лейкозом.
Технический результат изобретения достигается путем амплификации определенного участка второго экзона гена BoLA-DRB3 и последующего секвенирования полученной матрицы для определения первичной структуры исследуемого участка ДНК с автоматической расшифровкой хроматограммы и выравниванием ее относительно референс-последовательности. Далее вырожденные (варьирующие) нуклеотиды обозначаются вручную, после чего применяют сценарий BDRB32ex, сверяющий исследуемую последовательность с референсной базой данных последовательностей всех аллелей и распознающий отдельный аллель или группу аллелей гена BOLA-DRB3. ПЦР проводится с праймерами ex2_for - 5'-GTGTCATTTCTTCAACGGGAC-3' и ex2_rev - 5'-CGACCCCGTAGTTGTGTCTG-3', ограничивающими фрагмент длиной 216 нуклеотидов в пределах второго экзона гена BOLA-DRB3 крупного рогатого скота. Последовательность нуклеотидов на указанном фрагменте генома включает аллель *0902, ассоциированный с устойчивостью к лейкозу КРС, и аллель и *1501, ассоциированный с восприимчивостью к данному заболеванию. Данным способом может быть определена групповая специфичность или иные аллели, определяемые в составе фрагмента гена. При этом использование данного метода не требует от оператора амплификатора никаких дополнительных манипуляций с пробирками или приборами, а интерпретация полученных данных автоматизирована и формализована.
Предлагаемый способ предназначен для проведения исследований по идентификации аллеля *0902, ассоциированного с устойчивостью к лейкозу КРС, и аллеля и *1501, ассоциированного с восприимчивостью к данному заболеванию.
Принцип действия: определение аллелей основано на проведении полимеразной цепной реакции (ПЦР) с праймерами, ограничивающими фрагмент длиной 216 нуклеотидов в пределах второго экзона гена BOLA-DRB3 крупного рогатого скота. Продукты ПЦР используются в качестве матрицы для определения первичной последовательности фрагмента гена BOLA-DRB3. В сиквенсной реакции используется комплементарный праймер ex2_for - 5'-GTGTCATTTCTTCAACGGGAC-3' и набор меченых дидезоксирибонуклеотидтрифосфатов BigDye Terminator Kit (Applied Biosystems, США). Реакция проводится в соответствии с инструкцией к набору для секвенирования BigDye™ Terminator Kit (Thermofisher, США). Возможность определения первичной нуклеотидной последовательности обеспечивается добавлением в сиквенсную реакцию меченых нуклеотидов, терминирующих синтез. Формирующиеся фрагменты разной длины, несущие меченый концевой нуклеотид, разделяются по длине с фиксацией спектра излучения флуорофора. Продукт сиквенсной реакции используется для постановки на автоматическом секвенаторе ABI 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, США) или аналогичном оборудовании последующих поколений в соответствии с инструкцией производителя. Визуализация хроматограм осуществляется с помощью он-лайн алгоритма Benchling (https://www.benchling.com/). Определение аллелей производится автоматически с помощью программного сценария BDRB32ex.
После проведения секвенирования и первичной обработки хроматограм с помощью алгоритма Benchling выделяются вырожденные нуклеотиды в соответствии с международной номенклатурой и загружаются последовательности в программный сценарий BDRB32ex, написанный на языке программирования «Python». На начальном этапе обработки программный сценарий осуществляет выравнивание загружаемых последовательностей против конкретного референс-аллеля и посимвольно сравнивает с ним изучаемую последовательность. Если совпадения не обнаружено, сценарий выравнивает каждую из загружаемых последовательностей относительно базы данных, содержащей информацию о всех аллелях, детектируемых в пределах анализируемого фрагмента. На первом этапе алгоритм исключает наличие аллелей *0902 и *1501 в загруженных последовательностях. На втором этапе обработки программный сценарий определяет наличие иных аллелей, детектируемых в пределах анализируемого фрагмента гена BOLA-DRB3. В результате анализа можно определить аллель образца с точностью до группы аллелей или конкретного аллеля.
В апробации разработанного метода использовался биоматериал (периферическая кровь), отобранный у крупного рогатого скота костромской породы (n=50) из хвостовой вены в промаркированные стерильные вакуумные пробирки «Vacumed» с антикоагулянтом ЭДТА K2 («Greiner Bio-One», Австрия). Очистку ДНК проводили при помощи набора «DNeasy Blood & Tissue Kit» для выделения ДНК из образцов крови и тканей животных, а также из клеток, дрожжей, бактерий и вирусов («Qiagen», Германия) в соответствии с инструкцией производителя.
Полимеразную цепную реакцию проводили в амплификаторе «Терцик» (ЗАО «НПФ ДНК-Технология») в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем, по следующей программе: 94°С - 10 с, 56°С - 20 с, 72°С - 20 с в течение 40 циклов. Для контроля качества ДНК и оценки эффективности работы праймеров продукты ПЦР анализировали методом агарозного гель-электрофореза. Для приготовления 1 л 10 кратного ТВЕ-буфера добавляли в мерную колбу 108 г TRIS (основного), 55 г. борной кислоты, 40 мл 0,5М ЭДТА (рН 8,0) и довести объем mQ до 1 л. Для приготовления геля для электрофореза в мерном стакане на 50 мл смешивали 25 мл 1% ТВЕ-буфера, 0,25 г агарозы и 1 мкл бромистого этидия. Разогревали смесь в микроволновой печи до полного растворения агарозы. Заливали смесь в камеру для приготовления гелей. Образцы наносили в лунки в составе 5× загрузочного буфера (бромфенол/глицерин). Условия проведения электрофореза выставляли в соответствии с инструкцией производителя камеры Mupid-exU, Япония. Специфические ПЦР-продукты использовали в качестве ДНК-матрицы при проведении сиквенсной реакции. Затем применяли предлагаемый способ.
В результате исследований установлено, что в протестированной выборке животных костромской породы отсутствует аллель BoLA-DRB3 *1501, связанный с высокой вирусной нагрузкой (таблица 1).
В то же время, выявлено 6 носителей (12%) аллельного варианта BoLA-DRB3 *0902, ассоциированного с подавлением репликации вируса бычьего лейкоза. Таким образом, отсутствие в исследуемой группе животных с аллелем BoLA-DRB3 *1501 в сочетании с присутствием в выборке носителей аллеля BoLA-DRB3 *0902 позволяет судить о высокой устойчивости данных животных к лейкозу, что корреспондируется с данными о генетической устойчивости скота костромской породы к лейкозу.
Источники информации:
1. Шинкаренко А.С. Селекционно-генетический способ профилактики лейкозов у крупного рогатого скота [Текст] / Патент России RU2032337 С1 - 1995 г. - Журнал «Ветеринария», 1987, № 2, С. 28-29.
2. Ковалюк Н.В., Ковалюк А.Н., Сивогривое Д.Е. Способ определения генотипа крупного рогатого скота [Текст] / Патент России RU2287587 С2. - 2006 г. - Бюлл. №32.
3. Горковенко Л.Г., Ковалюк Н.В., Сацук В.Ф. Селекционно-генетический способ создания высокопродуктивного и устойчивого к персистентному лимфоцитозу стада крупного рогатого скота [Текст] // Патент России RU2316207 С2 - 2008 г. - Бюлл. №4.
4. Гладырь Е.А., Зиновьева Н.А., Быкова А.С., Эрнст Л.К. Способ диагностики устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза [Текст] / Патент России RU2428485 С1 - 2011 г. - Бюлл. №25.
5. Ласкавый В.Н., Малинин М.Л., Кузнецова А. Е., Караблин П.М., Шибаева М.А. Способ оценки устойчивости крупного рогатого скота к лейкозу [Текст] // Патент России RU2452955 С1 - 2012 г. - Бюлл. №16.
6. Чалова Н.А., Корякина К.С., Плешков В.А., Миронов А.Н. Способ оценки устойчивости к лейкозу крупного рогатого скота [Текст] // Патент России RU2737552 C1 - 2020 г. - Бюлл. №34.
7. Xue J, Gochuico BR, Alawad AS, Feghali-Bostwick CA, Noth I, Nathan SD, Rosen GD, Rosas IO, Dacic S, Ocak I, Fuhrman CR, Cuenco KT, Smith MA, Jacobs SS, Zeevi A, Morel PA, Pilewski JM, Valentine VG, Gibson KF, Kaminski N, Sciurba FC, Zhang Y, Duncan SR. The HLA class II Allele DRB1* 1501 is over-represented in patients with idiopathic pulmonary fibrosis. PLoS One. 2011 Feb 23;6(2):e14715. doi: 10.1371/journal.pone.0014715. PMID: 21373184; PMCID: PMC3044131.
Claims (1)
- Способ определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза, включающий амплификацию участка второго экзона гена BoLA-DRB3 праймерами ex2_for -5’-GTGTCATTTCTTCAACGGGAC-3’ и ex2_rev -5’-CGACCCCGTAGTTGTGTCTG-3’, последующее секвенирование полученной матрицы для определения первичной структуры исследуемого участка ДНК и выравнивание ее относительно референс-последовательности с помощью программного сценария BDRB32ex, представляющего собой набор инструкций на языке программирования «Python», осуществляющий посимвольное сравнение расшифрованной в результате секвенирования последовательности ДНК с референс-последовательностями, распознавание аллелей *0902 и *1501 гена BOLA-DRB3 крупного рогатого скота, при этом аллель *0902, ассоциирован с устойчивостью к лейкозу КРС, а аллель *1501, ассоциирован с восприимчивостью к данному заболеванию.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2807575C1 true RU2807575C1 (ru) | 2023-11-16 |
Family
ID=
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2428485C1 (ru) * | 2010-03-09 | 2011-09-10 | Государственное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт животноводства Российской академии сельскохозяйственных наук" ГНУ ВНИИЖ Россельхозакадемии | Способ диагностики устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза |
| RU2737552C1 (ru) * | 2020-06-02 | 2020-12-01 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кузбасская государственная сельскохозяйственная академия" | Способ оценки устойчивости к лейкозу крупного рогатого скота |
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2428485C1 (ru) * | 2010-03-09 | 2011-09-10 | Государственное научное учреждение "Всероссийский научно-исследовательский институт животноводства Российской академии сельскохозяйственных наук" ГНУ ВНИИЖ Россельхозакадемии | Способ диагностики устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза |
| RU2737552C1 (ru) * | 2020-06-02 | 2020-12-01 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кузбасская государственная сельскохозяйственная академия" | Способ оценки устойчивости к лейкозу крупного рогатого скота |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| IMTIAZ A.S., et al., DNA Testing and Genetic Evaluation for Poll Breeding in Tropically Adapted Beef Cattle, Proceedings2019, 36, 98; doi:10.3390/proceedings2019036098. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US9920370B2 (en) | Haplotying of HLA loci with ultra-deep shotgun sequencing | |
| CN105339508B (zh) | Hla基因的多重dna分型方法和试剂盒 | |
| US20060147925A1 (en) | Method of detection | |
| EP3075863B1 (en) | Simple method and kit for dna profiling of hla genes by high-throughput massively parallel sequencer | |
| KR20060015604A (ko) | Ｔ-세포 수용체 ｖ/ｄ/ｊ 유전자 내의 반복 서열에 의한클론 세포의 확인 방법 | |
| JPH06511380A (ja) | 遺伝子ファミリーのメンバーのヌクレオチドシーケンスを比較して遺伝子型を決定する方法とそのためのキット | |
| CN107794304B (zh) | 用于牦牛个体识别和亲子鉴定的基因分型检测试剂盒 | |
| CN113481311B (zh) | 用于鉴定布鲁氏菌疫苗株m5的snp分子标记及其应用 | |
| WO2023001212A1 (zh) | 分析绵羊产奶性能的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| CN111793704B (zh) | 鉴别布鲁氏菌疫苗株s2和野毒株的snp分子标记及其应用 | |
| WO2023001209A1 (zh) | 分析绵羊脂尾的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用 | |
| RU2807575C1 (ru) | Способ определения генетической устойчивости крупного рогатого скота к вирусу лейкоза | |
| JP2020043859A (ja) | 主要組織適合遺伝子複合体一塩基多型 | |
| CN112501320B (zh) | 一种蛇源成分快速检测试剂盒及其应用 | |
| CN109371119A (zh) | 用于检测人类线粒体dna删除突变及耗竭的引物对、试剂盒及其方法 | |
| CN110863044A (zh) | 用于检测vcl基因突变的引物组合及其应用 | |
| CN114480615B (zh) | 一种用于检测hla-b*5101等位基因的引物组及试剂盒 | |
| JP2001137000A (ja) | 遺伝子変異の判別方法 | |
| JPH11216000A (ja) | Ｈｌａ−ａ対立遺伝子型の判別方法 | |
| Baek et al. | Distributions of 11‐loci HLA alleles typed by amplicon‐based next‐generation sequencing in South Koreans | |
| Kouniaki et al. | Short Tandem Repeats Loci in Parentage Testing | |
| Gläser et al. | HLA DNA preorgan retrieval donor typing in renal transplantation | |
| CN116121383A (zh) | 一种用于血液恶性肿瘤临床诊疗中的组合物及其应用 | |
| JP2000201685A (ja) | Ｈｌａ―ｄｑａ１対立遺伝子型の判別のためのプライマ―およびそれを用いる判別方法 | |
| CN117363716A (zh) | 一种药物导致粒细胞缺乏症和肝损伤相关基因突变位点的检测试剂、试剂盒及应用 |