RU2728639C1 - Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах - Google Patents

Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах Download PDF

Info

Publication number
RU2728639C1
RU2728639C1 RU2019133100A RU2019133100A RU2728639C1 RU 2728639 C1 RU2728639 C1 RU 2728639C1 RU 2019133100 A RU2019133100 A RU 2019133100A RU 2019133100 A RU2019133100 A RU 2019133100A RU 2728639 C1 RU2728639 C1 RU 2728639C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
bacteriophage
control sample
dna
genome
mixture
Prior art date
Application number
RU2019133100A
Other languages
English (en)
Inventor
Олег Юрьевич Черных
Денис Владиславович Малышев
Василий Александрович Баннов
Владимир Олегович Черных
Александр Анатолиевич Лысенко
Андрей Георгиевич Кощаев
Роман Анатольевич Кривонос
Юрий Дмитриевич Дробин
Александра Андреевна Котельникова
Ольга Геннадьевна Лоретц
Ольга Александровна Быкова
Ирина Владимировна Щукина
Владимир Григорьевич Тюрин
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" filed Critical Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина"
Priority to RU2019133100A priority Critical patent/RU2728639C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2728639C1 publication Critical patent/RU2728639C1/ru

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретение представляет собой тест систему для идентификации ДНК ткани кошки домашней
Figure 00000017
в сухих кормах и мясных полуфабрикатах, включающей буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения, состоящую из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов, специфичных для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующими активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащую фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер;
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер;
Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд, взятых в объемном соотношении 1:1, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4, а для положительного контрольного образца используют фрагменты геномов нативного бактериофага Т4 и кошки домашней
Figure 00000017
со следующей нуклеотидной последовательностью:
Figure 00000018
F ATTCggCCTACATCCgTgAC - прямой праймер;
Figure 00000018
R AgAAgACCCCTgCTACgACT - обратный праймер;

Description

Изобретение относится к ветеринарной микробиологии, в частности к методам определения видовой принадлежности мяса с помощью полимеразной цепной реакции.
Известно использование набора для выполнения ПЦР в реальном времени с целью определения ДНК следующих животных - лошади, коровы, свиньи, осла, курицы, индейки, кошки, собаки и кролика с помощью (https://stylab.ru/netcat_files/userfiles/Files/Articles/Meat/Meat_1_04_2013.pdf.).
Известно использование набора для реализации метода обнаружения с использованием митохондриальной ДНК для идентификации мяса кошки в говядине и баранине, в котором используют технологию LAMP и ген субъединицы цитохрома с оксидазы I (COXI) на митохондриальной ДНК животных для кошек (https://ru.espacenet.com/ publication Details/biblio?II=0&ND=3&adjacent=true&locale=ru RU&FT = D&date=20151111&CC=CN&NR=105039540А&KC=А), в известном техническом решении реакцию амплификации проводили на водяной бане при постоянной температуре в течение 40 минут, а результаты наблюдали непосредственно невооруженным глазом, добавляя краситель к конечному продукту.
Также известно техническое решение, содержащее набор для идентификации ДНК животных, входящих в группу: мышь, крыса, собака, кошка и др. в кормах и мясных продуктах (патент РФ №2560579, C12Q 1/68, 2015 г.), включающее буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец и другие контрольные образцы.
Однако известный набор используется для полимеразной цепной реакции с электрофоретической детекцией, в которой нуклеотидная последовательность непосредственно читается по электрофореграмме. Длина фрагмента, который может быть расшифрован этим методом, ограничивается разрешающей способностью метода гель-электрофореза, что влияет на точность диагностирования видовой принадлежности ткани животного в кормах и мясных продуктах.
Наиболее близким по технической сущности является техническое решение (патент РФ №2680094, кл. C12Q 1/68, G01N 33/569, 2019 г.) включающий буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащую фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер
Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд, взятых в объемном соотношении 1:1.
Недостатком известного технического решения является отсутствие возможности выявления ДНК ткани кошки в кормах и пищевых продуктах, недостаточная точность из-за использования суспензии бактериофага, которая требует предварительную обработку, включая центрифугирование, концентрирование и перевод в определенный буферный раствор, что влечет за собой значительную трудоемкость и финансовые затраты, а также использование генома бактериофага Т4 с возможными повреждениями, после исследования, что также влияет на точность выявления объекта.
Техническим результатом является расширение функциональных возможностей и повышение точности идентификации видовой принадлежности, упрощение процесса подготовки внутреннего контрольного образца и уменьшение стоимости этого процесса.
Технический результат достигается тем, что в тест системе для идентификации ДНК ткани кошки домашней
Figure 00000001
в сухих кормах и мясных полуфабрикатах, включающей буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения, состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащуюх фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер
Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд, взятых в объемном соотношении 1:1, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4, а для положительного контрольного образца используют фрагменты геномов нативного бактериофага Т4 и кошки домашней
Figure 00000002
со следующей нуклеотидной последовательностью:
Figure 00000003
F ATTCggCCTACATCCgTgAC - прямой праймер
Figure 00000003
R AgAAgACCCCTgCTACgACT - обратный праймер
Figure 00000003
Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 - зонд.
Новизна заявляемого технического решения заключается в том, что для уменьшения трудозатрат, времени и расходного материала при проведении ПЦР используют для внутреннего и положительного контрольных образцов различные формы материала бактериофага Т4: фаголизат и фрагмент генома нативного бактериофага со специфическими к нему праймерами и зондом. Такая постановка ПЦР в реальном времени сокращает и упрощает процедуру анализа, снижает риск контаминации. Кроме того, флуоресцентная детекция продуктов амплификации осуществляется с использованием принципа выщепления флуоресцентной метки на 5' конце олигонуклеотидного зонда.
Признаки, отличающие заявляемое техническое решение от прототипа, направлены на достижение технического результата и не выявлены при изучении данной и смежной областей науки и техники и, следовательно, соответствуют критерию «изобретательский уровень».
Заявляемая тест-система рекомендована для использования в специализированных ветеринарных, санитарно-эпидемиологических, животноводческих, сельскохозяйственных предприятиях, что соответствует критерию «промышленная применимость».
Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней
Figure 00000002
в сухих кормах и мясных полуфабрикатах реализуется следующим образом.
Для исследования сухих кормов и мясных полуфабрикатов на содержание ДНК ткани кошки проводят полимеразную цепную реакцию с флуоресцентной детекцией с применением термоциклера типа Rotor-Gene Q при соответствующих температурно-временных режимах амплификации и измеряют накопление флуоресцентных сигналов по каналам соответствующих флуоресцентных красителей: JOE/Yellow для специфического сигнала для ДНК ткани кошки домашней
Figure 00000004
и Cy5/Red - для внутреннего контрольного образца. Интерпретацию результатов проводят на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считается положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции - отрицательный.
Для повышения точности идентификации ткани кошки для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл, если концентрация фаговых частиц отклоняется в большую или меньшую сторону, то наблюдаются повторности сомнительных образцов. Для положительного контрольного образца используют смесь содержащую фрагменты геномов ДНК тканей кошки домашней
Figure 00000005
и нативного бактериофага Т4 взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
Figure 00000003
F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер
Figure 00000003
R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер
Figure 00000003
Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд.
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер
Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.
Использование для разных видов контроля различные формы материала бактериофага Т4: фаголизата и фрагмента генома нативного бактериофага Т4 со специфическими к нему праймерами и зондом обусловлено тем, что это позволяет контролировать корректное прохождение реакции в каждой пробирки, а также контролируется этап выделения ДНК из образцов. Кроме того, использование фаголизата бактериофага Т4, представляющего собой суспензию бактериофага, полученную после лизиса зараженных фагом клеток ткани, повышает чувствительность и упрощает процесс идентификации ткани кошки в продуктах.
Использование нативного бактериофага Т4, т.е. неповрежденного при исследовании обеспечивает улучшение синтеза ДНК, что также повышает качество идентификации ткани кошки в продуктах.
При конструировании праймеров и зонда основными требованиями были: степень гомологии (комплементарность) с выбранным участком гена; отсутствие самокоплементарных участков внутри олигонуклеотидов и комплементарности друг другу, чтобы не допускать возникновения устойчивых вторичных структур (димеров); близость значений температуры отжига праймеров.
Конструирование специфических праймеров и зонда осуществляли с помощью компьютерных программ на основании анализа нуклеотидных последовательностей референтных штаммов и изолятов, опубликованных на ресурсе GenBank и подбора условий для проведения ПЦР в реальном времени с применением разработанных праймеров и зонда, несущего флуорофор и тушитель, и комплементарного части амплифицируемого со специфическими праймерами фрагмента.
Праймеры, специфичные для кошки домашней
Figure 00000006
были отобраны на основе митохондриальных последовательностей ДНК генома кошки домашней (Felis silvestris lybica isolate Pe4 NADH dehydrogenase subunit 5 (ND5) gene, partial cds; NADH dehydrogenase subunit 6 (ND6) gene, complete cds; tRNA-Glu gene, complete sequence; and cytochrome b (cyt b) gene, partial cds; mitochondrial, код доступа MG813967.1 complete genome, участок между 670 и 767). Праймеры были спроектированы с использованием Primer Express Software v3.0 (Applied Biosystems) и исследованы с использованием BLAST, чтобы подтвердить их специфичность. Для детекции продуктов амплификации были подобраны олигонуклеотидные флуоресцентно-меченные зонды Felis Р (комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров Felis F и Felis R) Зонд был помечен красителем R6G.
Figure 00000003
F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер
Figure 00000003
R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер
Figure 00000003
Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд.
Используя программу "Oligo 6.0", описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР. Ни одна из выбранных последовательностей не обнаружена в геноме любых видов растений и животных, которые потенциально встречаются вблизи тех, которые определены в кормах и пищевых продуктах.
В качестве внутреннего контроля использовался фаголизат бактериофага Т4, имеющий геномную ДНК порядка 170 тысяч пар нуклеотидов (Enterobacteria phage Т4Т, complete genome GenBank: HM137666.1). В результате анализа был выбран участок между 400 и 600 нуклеотидами, содержащий уникальные нуклеотидные последовательности, рассчитаны первичные структуры олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих выбранный участок генома. Праймеры были спроектированы с использованием Primer Express Software v3.0 (Applied Biosystems) и исследованы с использованием BLAST, чтобы подтвердить их специфичность.
Для детекции продуктов амплификации подобран олигонуклеотидный флуоресцентно-меченный зонд Т4Р, комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров T4F и T4R. Зонд был помечен красителем Су5.
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер
Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.
Используя программу "Oligo 6.0" описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР.
Пример конкретного применения тест-системы для идентификации ткани кошки
Для подтверждения эффективности тест-системы были использованы сухие корма в виде рыбной и мясной муки; сырые и термически обработанные мясные продукты, т.е. мясные полуфабрикаты.
От пробы плотной консистенции отбирают на исследование общую пробу весом 10-50 г. Гранулированную или консервированную продукцию перед исследованием (10-20 г) растирают в ступке до гомогенного состояния.
Лабораторные пробы (20-40 мг) отбирают на исследование в одноразовые микропробирки вместимостью 1,5 мл в двух повторах. Отобранные лабораторные пробы направляют на выделения ДНК.
Исследование проводят с помощью набора реагентов «ПЦР-КОШКА-ФАКТОР». Набор состоит из комплекта реагентов для проведения мультиплексной ПЦР (комплект №1) и комплекта контрольных образцов (комплект №2). Набор выпускается в двух вариантах: 1) Для анализа 55 образцов (включая контрольные образцы)
2) Для анализа 110 образцов (включая контрольные образцы).
Наборы используют в соответствии с инструкцией по применению набора реагентов «ПЦР-КОШКА-ФАКТОР» для определения ДНК тканей кошки домашней
Figure 00000006
методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с флуоресцентной детекцией в РВ ТУ 21.10.60-163-51062356-2018, для диагностики in vitro, http://www.vetfaktor.ru/.
Состав набора приведен в Таблицах 1 и 2.
Figure 00000007
Figure 00000008
Исследования состоит из трех этапов:
• экстракция нуклеиновая кислота (НК);
• проведение реакции ПЦР РВ;
• учет результатов анализа.
Для экстракции (выделение) НК из исследуемых проб отбирают необходимое количество одноразовых пробирок объемом 1,5 мл, включая отрицательный контроль выделения. Во все пробирки с исследуемыми образцами, включая пробирку для отрицательного контрольного образца (ОКО), вносят по 10 мкл внутреннего контрольного образца (ВКО) для ткани кошки, в качестве которого, используют фаголизат бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл.
Следующий этап это подготовка образцов к проведению ПЦР.
Общий объем реакционной смеси - 25 мкл, объем ДНК-пробы - 10 мкл. Успешное прохождение реакции контролируют использованием положительного контрольного образца (ПКО) КОШКА, ВКО КОШКА и ДНК буфера. В качестве ПКО используют смесь содержащую фрагменты геномов ткани кошки и бактериофага Т4 взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:
Figure 00000003
F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер
Figure 00000003
R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер
Figure 00000003
Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд
T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер
T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер
Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.
В отдельной пробирке смешивают компоненты набора из расчета на каждую реакцию:
5 мкл ПЦР СМЕСЬ КОШКА;
10 мкл ПЦР БУФЕР КОШКА;
0,5 мкл TAQ POLYMERASE
Перемешивают смесь на вортексе и сбрасывают капли кратковременным центрифугированием.
Отбирают необходимое количество пробирок для амплификации ДНК исследуемых и контрольных проб. Вносят по 15 мкл приготовленной реакционной смеси.
Помещают подготовленные для проведения ПЦР пробирки в ячейки амплификатора и используют программное обеспечение прибора. Далее проводят ПЦР РВ с флуоресцентной детекцией.
Параметры температурно-временного режима амплификации на приборе «Rotor-Gene Q» представлены в таблице 3.
Figure 00000009
Интерпретация результатов анализа.
Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР в соответствии с инструкцией производителя к прибору.
Учет результатов ПЦР РВ проводится по наличию или отсутствию пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла «Ct» для исследуемого образца).
Результат считается достоверным в случае корректного прохождения положительных и отрицательных контролей амплификации и экстракции ДНК в соответствии с таблицей 4.
Появление любого значения Ct в таблице 4 результатов для отрицательного контроля этапа экстракции ВК - на канале JOE/Yellow и для отрицательного контроля этапа ПЦР К - на любом из каналов свидетельствует о наличии контаминации реактивов или образцов. В этом случае результаты анализа для всех проб считаются недействительными. Требуется повторить анализ всех проб, а также предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации.
Figure 00000010
Образцы, для которых значение Ct по каналу Cy5/Red отсутствует или превышает 35 цикл (и при этом не получен положительный результат на канале JOE/Yellow) требуют повторного проведения исследования с этапа экстракции ДНК. Задержка в значениях пороговых циклов для исследуемых образцов указывает на присутствие ингибиторов в пробе(ах) или на ошибки при экстракции ДНК или при постановке реакции ПЦР РВ.
В образце обнаружена ДНК ткани кошки
Figure 00000006
, если наблюдается экспоненциальный рост сигнала на канале JOE/Yellow, при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (Табл. 4).
Если для исследуемого образца по каналам JOE/Yellow значение Ct определяется позднее 37 цикла при корректном прохождении положительных и отрицательных контролей, образец исследуется повторно с этапа экстракция ДНК. Если при повторной постановке Ct более 37 результат считается отрицательным.
Образец считается отрицательным (ДНК
Figure 00000011
не обнаружена), если не определяется значение Ct (не наблюдается рост специфического сигнала) на канале JOE/Yellow при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (Табл. 4), а значение Ct по каналу Cy5/Red менее 35.
Для исследуемых образцов (сухой корм и мясные полуфабрикаты) предел точности содержания тканей кошки представлен в таблице 5.
Figure 00000012
Для доказательства эффективности использования тест-системы для ПЦР с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени проводился сравнительный анализ чувствительности заявляемого с прототипом, в котором использовался метод ПЦР с использованием внутреннего контроля в виде суспензии бактериофага, а в заявляемом - использовался фаголизат бактериофага и геном нативного бактериофага. Оказалось чувствительность ПЦР при обнаружении примеси ткани кошки в кормах и в мясных фаршах примерно в 1,5 раза выше. Трудоемкость и стоимость процесса определения ДНК ткани кошки в кормах и фаршах снизилась на 3-4,5%.
Перечень последовательностей
<110> Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина».
<120> Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Félissilvéstriscátus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
<140> 2019133100
<160> 6
<210> 1
< 211> 20
< 212> ДНК
< 213> Félissilvéstriscátus
< 400> 1
attcggcctacatccgtgac 20
<210> 2
< 211> 19
< 212> ДНК
< 213> Félissilvéstriscátus
< 400> 2
agaagacccctgctacgact 19
<210> 3
< 211> 19
< 212> ДНК
< 213> Félissilvéstriscátus
< 400> 3
cttgagtggagtagggcgg 19
<210> 4
< 211> 21
< 212> ДНК
< 213> Бактериофаг Т4
< 400> 4
tacatataaatcacgcaaagc 21
<210> 5
< 211> 21
< 212> ДНК
< 213> Бактериофаг Т4
< 400> 5
tagtatggctaatcttattgg 21
<210> 6
< 211> 21
< 212> ДНК
< 213> Бактериофаг Т4
< 400> 6
acattggcactgaccgagttc 21

Claims (8)

  1. Тест система для идентификации ДНК ткани кошки домашней
    Figure 00000013
    в сухих кормах и мясных полуфабрикатах, включающая буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения, состоящую из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов, специфичных для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующими активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×103 фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащую фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:
  2. T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер;
  3. T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер;
  4. Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд,
  5. взятых в объемном соотношении 1:1, отличающаяся тем, что для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4, а для положительного контрольного образца используют фрагменты геномов нативного бактериофага Т4 и кошки домашней
    Figure 00000013
    со следующей нуклеотидной последовательностью:
  6. Figure 00000014
    F ATTCggCCTACATCCgTgAC - прямой праймер;
  7. Figure 00000015
    R AgAAgACCCCTgCTACgACT - обратный праймер;
  8. Figure 00000016
    Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 - зонд.
RU2019133100A 2019-10-16 2019-10-16 Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах RU2728639C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2019133100A RU2728639C1 (ru) 2019-10-16 2019-10-16 Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2019133100A RU2728639C1 (ru) 2019-10-16 2019-10-16 Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2728639C1 true RU2728639C1 (ru) 2020-07-30

Family

ID=72085623

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019133100A RU2728639C1 (ru) 2019-10-16 2019-10-16 Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2728639C1 (ru)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106435008A (zh) * 2016-12-26 2017-02-22 河南科技大学 用于检测鹌鹑性别的引物、试剂盒及检测方法
CN108624659A (zh) * 2018-06-22 2018-10-09 武汉轻工大学 一种检测肉类制品成分的实时定量pcr方法
RU2680094C1 (ru) * 2018-10-01 2019-02-15 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Тест-система для выявления ДНК возбудителя лептоспироза (Leptospira spp.) у сельскохозяйственных животных

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106435008A (zh) * 2016-12-26 2017-02-22 河南科技大学 用于检测鹌鹑性别的引物、试剂盒及检测方法
CN108624659A (zh) * 2018-06-22 2018-10-09 武汉轻工大学 一种检测肉类制品成分的实时定量pcr方法
RU2680094C1 (ru) * 2018-10-01 2019-02-15 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Тест-система для выявления ДНК возбудителя лептоспироза (Leptospira spp.) у сельскохозяйственных животных

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2700480C1 (ru) Тест-система для определения видовой принадлежности тканей кур и свиней в продовольственном сырье, кормах и пищевых продуктах
RU2694713C1 (ru) Способ идентификации видовой принадлежности баранины и говядины в продовольственном сырье, кормах и пищевых продуктах
KR20110020706A (ko) 식품 중의 돼지고기 함량을 확인하는 방법
RU2726555C1 (ru) Тест-система для выявления ДНК ткани домашнего осла (Equus asinus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
CN114774563B (zh) 一种犬种布鲁氏菌病的检测试剂及应用
RU2725539C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК тканей крыс и мышей в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
CN113186312A (zh) 一种区分布鲁氏菌a19疫苗株与野毒株的分子标记
RU2728639C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2728662C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2700479C1 (ru) Способ определения видовой принадлежности тканей кур и свиней в продовольственном сырье, кормах и пищевых продуктах
RU2728382C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК ткани собаки домашней (Canis lupus familiaris) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2726429C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК ткани медведя (Ursus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2728612C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани собаки домашней (Canis lupus familiaris) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2726427C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани медведя (Ursus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2734035C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани перепелки обыкновенной (Coturnix coturnix) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2726433C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани ежа обыкновенного (Erinaceus europaeus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2742952C1 (ru) Способ идентификации видовой принадлежности тканей крыс и мышей в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2725215C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК ткани ежа обыкновенного (Erinaceus europaeus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2725216C1 (ru) Тест-система для определения ДНК ткани дятла (Picidae) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2725210C1 (ru) Тест-система для идентификации ДНК ткани перепелки обыкновенной (Coturnix coturnix) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2726242C1 (ru) Тест-система для выявления ДНК вируса нодулярного дерматита (LSDV) в биологическом материале животных с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени
RU2726248C1 (ru) Способ выявления ДНК ткани домашнего осла (Equus asinus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2702858C1 (ru) Тест-система для идентификации видовой принадлежности баранины и говядины в продовольственном сырье, кормах и пищевых продуктах
RU2714287C1 (ru) Способ определения ДНК ткани дятла (Picidae) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах
RU2814552C1 (ru) Способ идентификации ДНК ткани японской скумбрии (Scomber japonicus) в рыбных продуктах, в мясокостной рыбной муке и кормах с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени