RU2019145084A - Проточные ячейки - Google Patents

Проточные ячейки Download PDF

Info

Publication number
RU2019145084A
RU2019145084A RU2019145084A RU2019145084A RU2019145084A RU 2019145084 A RU2019145084 A RU 2019145084A RU 2019145084 A RU2019145084 A RU 2019145084A RU 2019145084 A RU2019145084 A RU 2019145084A RU 2019145084 A RU2019145084 A RU 2019145084A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
functionalized
primers
primer
layer
resin
Prior art date
Application number
RU2019145084A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019145084A3 (ru
RU2763555C2 (ru
Inventor
Джеффри С. ФИШЕР
Брайан Д. МЕЙДЗЕР
Мариа Канделариа РОДЖЕРТ БАЧИГАЛУПО
Джастин ФУЛЛЕРТОН
Людовик ВИНСЕНТ
Льюис Дж. КРАФТ
Сангки ХУН
Боян БОЯНОВ
М. Шейн БОУЭН
Сан ПАРК
Уэйн Н. ДЖОРДЖ
Эндрю А. БРАУН
Дацзюнь ЮАНЬ
Original Assignee
Иллюмина, Инк.
Иллюмина Кембридж Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллюмина, Инк., Иллюмина Кембридж Лимитед filed Critical Иллюмина, Инк.
Publication of RU2019145084A3 publication Critical patent/RU2019145084A3/ru
Publication of RU2019145084A publication Critical patent/RU2019145084A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2763555C2 publication Critical patent/RU2763555C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08F—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED BY REACTIONS ONLY INVOLVING CARBON-TO-CARBON UNSATURATED BONDS
    • C08F220/00—Copolymers of compounds having one or more unsaturated aliphatic radicals, each having only one carbon-to-carbon double bond, and only one being terminated by only one carboxyl radical or a salt, anhydride ester, amide, imide or nitrile thereof
    • C08F220/02—Monocarboxylic acids having less than ten carbon atoms; Derivatives thereof
    • C08F220/52—Amides or imides
    • C08F220/54—Amides, e.g. N,N-dimethylacrylamide or N-isopropylacrylamide
    • C08F220/56—Acrylamide; Methacrylamide
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08F—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED BY REACTIONS ONLY INVOLVING CARBON-TO-CARBON UNSATURATED BONDS
    • C08F212/00—Copolymers of compounds having one or more unsaturated aliphatic radicals, each having only one carbon-to-carbon double bond, and at least one being terminated by an aromatic carbocyclic ring
    • C08F212/02—Monomers containing only one unsaturated aliphatic radical
    • C08F212/04—Monomers containing only one unsaturated aliphatic radical containing one ring
    • C08F212/06—Hydrocarbons
    • C08F212/08—Styrene
    • C08F212/10—Styrene with nitriles
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08F—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED BY REACTIONS ONLY INVOLVING CARBON-TO-CARBON UNSATURATED BONDS
    • C08F299/00—Macromolecular compounds obtained by interreacting polymers involving only carbon-to-carbon unsaturated bond reactions, in the absence of non-macromolecular monomers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08G—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED OTHERWISE THAN BY REACTIONS ONLY INVOLVING UNSATURATED CARBON-TO-CARBON BONDS
    • C08G77/00—Macromolecular compounds obtained by reactions forming a linkage containing silicon with or without sulfur, nitrogen, oxygen or carbon in the main chain of the macromolecule
    • C08G77/04—Polysiloxanes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08G—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED OTHERWISE THAN BY REACTIONS ONLY INVOLVING UNSATURATED CARBON-TO-CARBON BONDS
    • C08G77/00—Macromolecular compounds obtained by reactions forming a linkage containing silicon with or without sulfur, nitrogen, oxygen or carbon in the main chain of the macromolecule
    • C08G77/04—Polysiloxanes
    • C08G77/14—Polysiloxanes containing silicon bound to oxygen-containing groups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/0002—Lithographic processes using patterning methods other than those involving the exposure to radiation, e.g. by stamping
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/004—Photosensitive materials
    • G03F7/027—Non-macromolecular photopolymerisable compounds having carbon-to-carbon double bonds, e.g. ethylenic compounds
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/004—Photosensitive materials
    • G03F7/038—Macromolecular compounds which are rendered insoluble or differentially wettable
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/004—Photosensitive materials
    • G03F7/075—Silicon-containing compounds
    • G03F7/0755—Non-macromolecular compounds containing Si-O, Si-C or Si-N bonds
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/004—Photosensitive materials
    • G03F7/075—Silicon-containing compounds
    • G03F7/0757—Macromolecular compounds containing Si-O, Si-C or Si-N bonds
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/16—Coating processes; Apparatus therefor
    • G03F7/165—Monolayers, e.g. Langmuir-Blodgett
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00279—Features relating to reactor vessels
    • B01J2219/00306—Reactor vessels in a multiple arrangement
    • B01J2219/00313—Reactor vessels in a multiple arrangement the reactor vessels being formed by arrays of wells in blocks
    • B01J2219/00315—Microtiter plates
    • B01J2219/00317—Microwell devices, i.e. having large numbers of wells
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00527—Sheets
    • B01J2219/00529—DNA chips
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00608—DNA chips
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
    • B01J2219/00617—Delimitation of the attachment areas by chemical means
    • B01J2219/00619—Delimitation of the attachment areas by chemical means using hydrophilic or hydrophobic regions
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
    • B01J2219/00621—Delimitation of the attachment areas by physical means, e.g. trenches, raised areas
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00722—Nucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/513—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the pattern of the arrayed oligonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/518—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the immobilisation of the nucleic acid sample or target
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/537—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the capture oligonucleotide acting as a primer
    • G—PHYSICS
    • G03—PHOTOGRAPHY; CINEMATOGRAPHY; ANALOGOUS TECHNIQUES USING WAVES OTHER THAN OPTICAL WAVES; ELECTROGRAPHY; HOLOGRAPHY
    • G03F—PHOTOMECHANICAL PRODUCTION OF TEXTURED OR PATTERNED SURFACES, e.g. FOR PRINTING, FOR PROCESSING OF SEMICONDUCTOR DEVICES; MATERIALS THEREFOR; ORIGINALS THEREFOR; APPARATUS SPECIALLY ADAPTED THEREFOR
    • G03F7/00—Photomechanical, e.g. photolithographic, production of textured or patterned surfaces, e.g. printing surfaces; Materials therefor, e.g. comprising photoresists; Apparatus specially adapted therefor
    • G03F7/004—Photosensitive materials
    • G03F7/0046—Photosensitive materials with perfluoro compounds, e.g. for dry lithography
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02E—REDUCTION OF GREENHOUSE GAS [GHG] EMISSIONS, RELATED TO ENERGY GENERATION, TRANSMISSION OR DISTRIBUTION
    • Y02E60/00—Enabling technologies; Technologies with a potential or indirect contribution to GHG emissions mitigation
    • Y02E60/30—Hydrogen technology
    • Y02E60/50—Fuel cells

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Polymers & Plastics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Optical Measuring Cells (AREA)
  • Shaping Of Tube Ends By Bending Or Straightening (AREA)
  • Application Of Or Painting With Fluid Materials (AREA)
  • Automatic Analysis And Handling Materials Therefor (AREA)
  • Micromachines (AREA)
  • External Artificial Organs (AREA)

Claims (259)

1. Проточная ячейка, содержащая субстрат; первый набор праймеров, присоединенных к первой области на субстрате, причем первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер; и второй набор праймеров, присоединенных ко второй области на субстрате, причем второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
2. Проточная ячейка по п. 1, в которой первая область включает вещество, имеющее первую функциональную группу; и вторая область включает вещество, имеющее вторую функциональную группу, которая отличается от первой функциональной группы.
3. Проточная ячейка по п. 1, дополнительно содержащая промежуток, отделяющий первый набор праймеров от второго набора праймеров.
4. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
A) субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями; и каждая из впадин включает:
первую область, расположенную на первой части; и вторую область, расположенную на второй части, факультативно:
i) дополнительно содержащая промежуток, отделяющий первую область от второй области; и/или
ii) в которой первая область и вторая область частично перекрываются; и/или
iii) в которой первая и вторая части имеют разную глубину; и/или
iv) в которой первая и вторая области представляют собой разные блоки блок-сополимера;
или
B) субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями; каждая из впадин включает первую область; и
вторая область расположена на по меньшей мере некоторых промежуточных областях.
5. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
первая область включает первый полимер, и первый набор праймеров привит к первому полимеру; и
вторая область включает второй полимер, и второй набор праймеров привит ко второму полимеру;
факультативно, при этом:
i) указанная проточная ячейка дополнительно содержит защитное покрытие на первом наборе праймеров и на первом полимере; и/или
ii) первый полимер представляет собой первый слой на субстрате; второй полимер представляет собой второй слой на первом слое; при этом указанная проточная ячейка дополнительно содержит: пассивирующую смолу на втором слое; и
элементы, заданные в пассивирующей смоле, втором полимере и первом полимере; и
каждый из первого и второго набора праймеров экспонирован на каждом из указанных элементов.
6. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями;
при этом каждая из впадин включает:
первую часть, где расположена первая область; и
вторую часть; и
и указанная проточная ячейка дополнительно содержит шарик, расположенный во второй части, где вторая область находится на поверхности шарика.
7. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
i) расщепляемый первый праймер включает первый сайт расщепления, расщепляемый второй праймер включает второй сайт расщепления, причем первый и второй сайты расщепления относятся к одному типу; факультативно, при этом:
каждый из нерасщепляемого первого праймера, расщепляемого второго праймера, расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера включает соответствующий линкер;
первый сайт расщепления первого расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера; и
второй сайт расщепления второго расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера;
или
ii) расщепляемый первый праймер включает первый сайт расщепления, расщепляемый второй праймер включает второй сайт расщепления, причем первый и второй сайты расщепления относятся к разным типам; факультативно, при этом:
каждый из нерасщепляемого первого праймера, расщепляемого второго праймера, расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера включает соответствующий линкер;
первый сайт расщепления первого расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера; и
второй сайт расщепления второго расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера.
8. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
первый набор праймеров присоединен к первой опорной структуре;
первая область представляет собой первый сайт захвата, который присоединен к первой опорной структуре;
второй набор праймеров присоединен ко второй опорной структуре, отличной от первой опорной структуры; и
вторая область представляет собой второй сайт захвата, который присоединен ко второй опорной структуре.
9. Проточная ячейка, содержащая: первый субстрат;
первый набор праймеров, присоединенных к первому субстрату, причем первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер;
второй субстрат напротив первого субстрата; и
второй набор праймеров, присоединенных ко второму субстрату, причем второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
10. Набор, содержащий: проточную ячейку, включающую:
субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями;
первый полимерный слой в каждой из впадин, где некоторые функциональные группы первого полимерного слоя являются кэппированными;
первый набор праймеров, присоединенных к другим функциональным группам первого полимерного слоя в каждой из впадин; и
второй полимерный слой на промежуточных областях; и примирующую жидкость, включающую: жидкий носитель; и
второй набор праймеров, который отличается от первого набора праймеров.
11. Набор по п. 10, в котором:
первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер; и
второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
12. Способ, включающий:
введение матричной жидкости в проточную ячейку, включающую:
субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями;
первый полимерный слой в каждой из впадин, где экспонированные функциональные группы первого полимерного слоя являются кэппированными;
первый набор праймеров, присоединенных к первому полимерному слою в каждой из впадин, причем первый набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер;
и
второй полимерный слой на промежуточных областях;
при этом матрица из матричной жидкости амплифицируется с образованием кластера в по меньшей мере некоторых из впадин;
введение примирующей жидкости, включающей нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер, в проточную ячейку, при этом нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер прививаются ко второму полимерному слою; и
инициацию мостиковой амплификации от кластера к нерасщепляемому первому праймеру и расщепляемому второму праймеру, образуя, посредством этого, второй кластер на по меньшей мере некоторых промежуточных областях.
13. Способ, включающий:
введение матричной жидкости в проточную ячейку, включающую: субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями; первый полимерный слой в каждой из впадин;
первый набор праймеров, присоединенных к первому полимерному слою, причем первый набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер;
факультативный защитный покровный слой на первом полимерном слое и на первом наборе праймеров;
второй полимерный слой на промежуточных областях; и
второй набор праймеров, присоединенных ко второму полимерному слою, причем второй набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер;
при этом матрица из матричной жидкости амплифицируется с образованием кластера в по меньшей мере некоторых из впадин и на по меньшей мере некоторых из промежуточных областей; и
расщепление расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера.
14. Проточная ячейка, содержащая: подложку,
структурированную смолу на указанной подложке, включающую первые впадины и вторые впадины, разделенные промежуточными областями, причем первые впадины имеют меньшие размеры отверстия, чем вторые впадины;
первый набор праймеров, присоединенных к по меньшей мере некоторым из первых впадин; и
функционализированный шарик, соответственно, расположенный в по меньшей мере некоторых из вторых впадин, включающий второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где второй набор праймеров отличается от первого набора праймеров.
15. Проточная ячейка по п. 14, в которой:
a) сердцевинная структура функционализированного шарика выбрана из группы, состоящей из диоксида кремния, суперпарамагнитного материала, полистирола и акрилата; и/или
b) структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций; и/или
c) указанная проточная ячейка дополнительно содержит полимер в первых впадинах и во вторых впадинах, и при этом первый набор праймеров присоединен к полимеру в по меньшей мере некоторых из первых впадин; факультативно, при этом:
i) функционализированный шарик расположен на полимере в по меньшей мере некоторых из вторых впадин; или
ii) первый набор праймеров также присоединен к полимеру в по меньшей мере некоторых из вторых впадин; и функционализированный шарик расположен на первом наборе праймеров в по меньшей мере некоторых из вторых впадин;
и/или
d) первый набор праймеров включает первый праймер и модифицированный урацилом второй праймер; и второй набор праймеров включает модифицированный урацилом первый праймер и второй праймер.
16. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на указанной подложке, причем указанная структурированная смола включает впадины, разделенные промежуточными областями;
первый набор праймеров, присоединенных к по меньшей мере некоторым впадинам; и
функционализированный шарик, расположенный в по меньшей мере некоторых впадинах таким образом, что по меньшей мере некоторые праймеры первого набора праймеров экспонированы, причем указанный функционализированный шарик включает второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где второй набор праймеров отличается от первого набора праймеров.
17. Проточная ячейка по п. 16, в которой:
a) каждая из впадин включает первую часть с первым размером отверстия, который больше или равен диаметру функционализированного шарика, и вторую часть со вторым размером отверстия, который меньше, чем диаметр функционализированного шарика; и
указанный функционализированный шарик расположен в первой части каждой из по меньшей мере некоторых впадин; и/или
b) сердцевинная структура функционализированного шарика выбрана из группы, состоящей из диоксида кремния, суперпарамагнитного материала, полистирола и акрилата; и/или
c) структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций; и/или
d) указанная проточная ячейка дополнительно содержит полимер во впадинах; факультативно, при этом первый набор праймеров присоединен к части полимера, не занятой функционализированным шариком, также факультативно, при этом:
первый набор праймеров присоединен к полимеру во впадинах; и
функционализированный шарик расположен на некоторых других праймерах первого набора праймеров.
18. Способ, включающий:
селективное нанесение полимера во впадины структурированной смолы на подложке;
прививку первого набора праймеров к полимеру в по меньшей мере некоторых из впадин; и
до или после прививки первого набора праймеров отложение функционализированных шариков
i) в часть каждой из по меньшей мере некоторых впадин, или
ii) во вторые впадины, имеющие большие размеры отверстия, чем по меньшей мере некоторые из впадин,
причем указанные функционализированные шарики включают второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где первый и второй наборы праймеров являются разными.
19. Способ по п. 18, в котором
i) перед отложением функционализированных шариков указанный способ дополнительно включает образование функционализированных шариков посредством присоединения второго набора праймеров к сердцевинной структуре; и/или
ii) часть каждой из по меньшей мере некоторых впадин имеет размер отверстия, который больше или равен диаметру каждого из функционализированных шариков;
указанные по меньшей мере некоторые из впадин включают вторую часть, взаимосвязанную с указанной частью, где вторая часть имеет второй размер отверстия, который меньше, чем диаметр каждого из функционализированных шариков; и
функционализированные шарики самоорганизуются в части каждой из по меньшей мере некоторых из впадин посредством исключения по размеру; и/или
iii) перед селективным нанесением полимера указанный способ дополнительно включает образование структурированной смолы на подложке посредством отложения смолы на подложке; и структурирования указанной смолы с использованием наноимпринтной литографии.
20. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на подложке, включающую впадины, разделенные промежуточными областями;
блок-сополимер на структурированной смоле во впадинах, причем каждый блок блок-сополимера имеет блок-специфичную функциональную группу, которая отличается от блок-специфичной функциональной группы каждого другого блока указанного блок-сополимера; и
праймер, присоединенный к блок-специфичной функциональной группе по меньшей мере одного из блоков.
21. Проточная ячейка по п. 20, в которой структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций;
факультативно,
в которой структурированная смола представляет собой смолу на основе POSS, и при этом смола на основе POSS представляет собой сшитую эпокси POSS смолу; также, факультативно, в которой:
i) блок-сополимер включает:
первый блок, включающий акриламидный мономер, имеющий аминогруппу в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий азидоацетамидопентилакриламидный мономер, имеющий азидогруппу в качестве его блок-специфичной функциональной группы;
также, факультативно, где блок-сополимер представляет собой:
Figure 00000001
где R представляет собой атом водорода или концевую группу полимер-инициирующего соединения, n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000; или
ii) в которой блок-сополимер представляет собой:
Figure 00000002
где n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000.
22. Проточная ячейка по п. 20, в которой
A) структурированная смола представляет собой аморфный фторполимер, факультативно, при этом, блок-сополимер включает:
первый блок, включающий мономер, имеющий трифторметильную группу в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий мономер, имеющий функциональную группу для прививки праймера в качестве его блок-специфичной функциональной группы; или
B) блок-сополимер включает:
первый блок, включающий мономер, имеющий функциональную группу для прививки праймера в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий мономер для регулировки параметра взаимодействия для управления разделением фаз первого и второго блоков, факультативно, при этом:
функциональная группа для прививки праймера представляет собой азидогруппу; и
блок-специфичная функциональная группа мономера второго блока выбрана из группы, состоящей из аминогруппы, спиртовой группы, арильной группы и заряженной группы;
или
C) блок-сополимер представляет собой терполимер, включающий первый блок, второй блок и третий блок;
блок-специфичная функциональная группа первого блока присоединена к структурированной смоле;
блок-специфичная функциональная группа второго блока присоединена к праймеру;
и
блок-специфичная функциональная группа третьего блока присоединена к другому праймеру, отличному от указанного праймера, или к ферменту; или
D) блок-сополимер представляет собой терполимер, включающий первый блок, второй блок и третий блок;
блок-специфичная функциональная группа первого блока присоединена к структурированной смоле;
блок-специфичная функциональная группа второго блока присоединена к праймеру; и
блок-специфичная функциональная группа третьего блока влияет на свободную энергию поверхности блок-сополимера или влияет на стабильность блок-сополимера.
23. Проточная ячейка по п. 20, в которой:
i) впадины выбраны из группы, состоящей из лунок и бороздок; или
ii) каждый из структурированной смолы и блок-сополимера имеет свободную энергию поверхности в диапазоне от примерно 25 мН/м до примерно 50 мН/м.
24. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на основе полиэдрического олигомерного силсесквиоксана (POSS) на подложке, включающую впадины, разделенные промежуточными областями;
сегрегированный блок-сополимер на структурированной смоле на основе POSS во впадинах, где один блок сегрегированного блок-сополимера имеет функциональную группу, присоединенную к структурированной смоле на основе POSS, и другой блок сегрегированного блок-сополимера имеет другую функциональную группу; и
праймер, присоединенный к другой функциональной группе.
25. Проточная ячейка по п. 24, в которой сегрегированный блок-сополимер выбран из группы, состоящей из:
Figure 00000003
i)
где n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000; и
Figure 00000004
ii)
где R представляет собой атом водорода или концевую группу полимер-инициирующего соединения, n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000.
26. Способ, включающий:
структурирование смолы с образованием структурированной смолы, включающей впадины, разделенные промежуточными областями;
введение раствора, включающего блок-сополимер, на структурированную смолу, причем каждый блок указанного блок-сополимера имеет блок-специфичную функциональную группу, которая отличается от блок-специфичной функциональной группы каждого другого блока указанного блок-сополимера;
воздействие на данный раствор отжига парами растворителя, посредством чего разделяются фазы и осуществляется самоорганизация блок-сополимера во впадинах; и
прививку праймера к блок-специфичной функциональной группе по меньшей мере одного из блоков.
27. Способ по п. 26, в котором:
i) структурирование смолы включает наноимпринтную литографию; и/или
ii) раствор, включающий блок-сополимер, имеет параметр взаимодействия Флори-Хаггинса, варьирующий от примерно 0,04 до примерно 0,30; и/или
iii) перед прививкой указанный способ дополнительно включает воздействие процесса отверждения на структурированную смолу, включая самоорганизующийся блок-сополимер с разделенными фазами во впадинах.
28. Способ, включающий:
нанесение первого функционализированного слоя на субстрат;
структурирование первого функционализированного слоя, образуя посредством этого первую функционализированную область, покрытую фоторезистом;
нанесение второго функционализированного слоя на фоторезист и части субстрата;
отрыв фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем;
удаление части второго функционализированного слоя, образуя посредством этого вторую функционализированную область, смежную с первой функционализированной областью; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
29. Способ по п. 28,
i) в котором удаление включает:
нанесение второго фоторезиста на первую функционализированную область и вторую часть второго функционализированного слоя, которая должна стать второй функционализированной областью; и
травление части второго функционализированного слоя; и/или
ii) в котором
а) субстрат включает смолу на подложке; смола включает впадины, разделенные промежуточными областями; первая функционализированная область находится на первой части каждой впадины; второй функционализированный слой находится на второй части каждой впадины и на промежуточных областях; и удаление включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от промежуточных областей; или
b) субстрат включает смолу на подложке; смола включает многоуровневые впадины, разделенные промежуточными областями; первая функционализированная область находится на первом уровне каждой многоуровневой впадины; и, перед нанесением второго функционализированного слоя, указанный способ дополнительно включает: нанесение жертвенного слоя на фоторезист и части смолы; удаление жертвенного слоя с частей смолы; и удаление области смолы с многоуровневой впадины с созданием площади, которая является смежной с первой функционализированной областью; и второй функционализированный слой наносят на жертвенный слой на фоторезисте, на указанную площадь и на промежуточные области.
30. Способ, включающий:
нанесение первого фоторезиста на субстрат таким образом, что экспонируется первая часть субстрата;
нанесение первого функционализированного слоя на фоторезист и первую часть субстрата;
отрыв фоторезиста и любого первого функционализированного слоя на нем, образуя посредством этого первую функционализированную область на первой части субстрата;
нанесение второго фоторезиста на первую функционализированную область и на субстрат таким образом, что экспонируется вторая часть субстрата, смежная с первой функционализированной областью;
нанесение второго функционализированного слоя на второй фоторезист и вторую часть субстрата;
отрыв второго фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем, образуя посредством этого вторую функционализированную область, смежную с первой функционализированной областью; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
31. Способ по п. 28 или 30, дополнительно включающий:
отложение, соответственно, первого самоорганизующегося монослоя на первую функционализированную область и второго самоорганизующегося монослоя на вторую функционализированную область;
при этом присоединение первого набора праймеров включает прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первому самоорганизующемуся монослою; и
при этом присоединение второго набора праймеров включает прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второму самоорганизующемуся монослою.
32. Способ, включающий:
нанесение первого функционализированного слоя на субстрат, включающий бороздки, разделенные промежуточными областями, и область жертвенного материала в первой части каждой из бороздок;
структурирование первого функционализированного слоя, образуя посредством этого первую функционализированную область, покрытую фоторезистом, во второй части каждой из бороздок;
удаление области жертвенного материала для экспонирования первой части каждой из бороздок;
нанесение второго функционализированного слоя на промежуточные области, на указанную первую часть и на фоторезист;
отрыв фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем;
удаление любого второго функционализированного слоя с промежуточных областей, при этом вторая функционализированная область остается в первой части каждой из бороздок;
нанесение второго фоторезиста в структуре пространственно-разделенных полосок, которые по меньшей мере существенно перпендикулярны бороздкам;
удаление частей первых функционализированных областей и вторых функционализированных областей, которые экспонированы между пространственно разделенными полосками;
удаление второго фоторезиста; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первым функционализированным областям и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или вторым функционализированным областям, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
33. Способ по п. 32, в котором:
субстрат включает область второго жертвенного материала во второй части каждой из бороздок;
субстрат, область жертвенного материала и область второго жертвенного материала имеют разные скорости травления; и
перед нанесением первого функционализированного слоя указанный способ дополнительно включает удаление области второго жертвенного материала из второй части каждой из бороздок;
факультативно, где перед удалением области второго жертвенного материала указанный способ дополнительно включает образование области жертвенного материала и области второго жертвенного материала посредством следующего:
нанесение жертвенного материала на субстрат, включающий бороздки, разделенные промежуточными областями;
удаление части жертвенного материала таким образом, что область жертвенного материала остается непосредственно смежной с каждой боковой стенкой каждой из бороздок;
нанесение второго жертвенного материала на субстрат и на области жертвенного материала;
удаление части второго жертвенного материала таким образом, что область второго жертвенного материала остается непосредственно смежной с каждой из областей жертвенного материала; и
нанесение материала для заполнения любых пространств между областями второго жертвенного материала;
также, факультативно, в где субстрат представляет собой многослойный субстрат;
бороздки заданы в самом наружном слое многослойного субстрата; и
вещество и самый наружный слой являются одинаковыми.
34. Способ, включающий:
нанесение жертвенного материала на субстрат, включающий впадины, разделенные первыми промежуточными областями, где каждая впадина включает глубокую часть и мелкую часть, ограниченную частью в виде ступеньки, и где жертвенный слой частично заполняет глубокую часть;
последовательное удаление части жертвенного слоя и части субстрата для образования вторых промежуточных областей, которые по меньшей мере по существу выравниваются с остающейся частью жертвенного слоя, и для удаления части в виде ступеньки с образованием площади рядом с остающейся частью жертвенного слоя;
нанесение первого функционализированного слоя на вторые промежуточные области, остающуюся часть жертвенного слоя и указанную площадь;
нанесение фоторезиста на первый функционализированный слой;
удаление части фоторезиста и нижележащей части первого функционализированного слоя так, что экспонируются остающаяся часть жертвенного слоя и вторые промежуточные области, а часть первого функционализированного слоя, имеющая на ней вторую часть фоторезиста, остается на указанной площади;
удаление остающейся части жертвенного слоя с образованием второй площади рядом с частью первой функционализированной области;
нанесение второго функционализированного слоя на указанную площадь, образуя посредством этого вторую функционализированную область;
отрыв второй части фоторезиста, образуя, посредством этого, первую функционализированную область; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
35. Способ по п. 34, в котором:
второй функционализированный слой также наносят на вторую часть фоторезиста и вторые промежуточные области;
первую часть второго функционализированного слоя удаляют со второй частью фоторезиста; и
указанный способ дополнительно включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от вторых промежуточных областей.
36. Способ, включающий:
отпечатывание многослойного субстрата, включающего: подложку;
первый функционализированный слой на подложке;
второй функционализированный слой на первом функционализированном слое; и
пассивирующий слой на втором функционализированном слое;
образуя посредством этого элементы, разделенные промежуточными областями пассивирующего слоя, где область каждого из первого и второго функционализированных слоев является экспонированной в каждом элементе;
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
37. Способ по любому из пп. 28, 30, 32, 34 или 36, в котором присоединение первого набора праймеров включает:
i) предварительную прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первому функционализированному слою перед включением первого функционализированного слоя в многослойный субстрат; и
присоединение второго набора праймеров включает предварительную прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второму функционализированному слою перед включением второго функционализированного слоя в многослойный субстрат; или
ii) прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первой функционализированной области в каждой впадине; и
присоединение второго набора праймеров включает прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второй функционализированной области в каждой впадине.
38. Способ, включающий:
отпечатывание первой смолы с образованием впадины, включающей глубокую часть и мелкую часть, ограниченную частью в виде ступеньки, при этом первая смола расположена на жертвенном слое, который расположен на второй смоле;
травление первой части первой смолы и части жертвенного слоя, лежащего под глубокой частью, экспонируя посредством этого часть второй смолы;
травление части в виде ступеньки, экспонируя посредством этого вторую часть жертвенного слоя;
нанесение первого функционализированного слоя на часть второй смолы с образованием первой функционализированной области;
удаление второй части жертвенного слоя, экспонируя посредством этого вторую часть второй смолы;
нанесение второго функционализированного слоя на вторую часть второй смолы с образованием второй функционализированной области; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
39. Способ по п. 38, в котором:
В процессе нанесения второго функционализированного слоя указанный второй функционализированный слой откладывается на промежуточные области, окружающие впадину, и не откладывается на первую функционализированную область; и
указанный способ дополнительно включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от промежуточных областей.
40. Способ, включающий:
присоединение первого набора праймеров к первой опорной структуре;
присоединение второго набора праймеров ко второй опорной структуре, при этом второй набор праймеров и вторая опорная структура отличаются от первого набора праймеров и первой опорной структуры; и
загрузку первой и второй опорных структур на поверхность субстрата, имеющую множество первых сайтов захвата для селективного присоединения к первым опорным структурам и множество вторых сайтов захвата для селективного присоединения ко вторым опорным структурам.
RU2019145084A 2018-06-29 2019-06-07 Проточные ячейки RU2763555C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862692511P 2018-06-29 2018-06-29
US62/692,511 2018-06-29
US201862743373P 2018-10-09 2018-10-09
US62/743,373 2018-10-09
PCT/US2019/036105 WO2020005503A1 (en) 2018-06-29 2019-06-07 Flow cells

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019145084A3 RU2019145084A3 (ru) 2021-07-02
RU2019145084A true RU2019145084A (ru) 2021-07-02
RU2763555C2 RU2763555C2 (ru) 2021-12-30

Family

ID=68985182

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019145084A RU2763555C2 (ru) 2018-06-29 2019-06-07 Проточные ячейки

Country Status (20)

Country Link
US (4) US11124829B2 (ru)
EP (1) EP3814530A4 (ru)
JP (2) JP7437161B2 (ru)
KR (2) KR102406439B1 (ru)
CN (2) CN212476738U (ru)
AU (2) AU2019275675A1 (ru)
BR (1) BR112019028058A2 (ru)
CA (1) CA3064690C (ru)
CL (1) CL2019003786A1 (ru)
CO (1) CO2019014781A2 (ru)
CR (1) CR20190591A (ru)
IL (1) IL271441A (ru)
MX (1) MX2019015848A (ru)
PE (1) PE20220773A1 (ru)
PH (1) PH12019502897A1 (ru)
RU (1) RU2763555C2 (ru)
SG (1) SG11201912113XA (ru)
TW (1) TWI721450B (ru)
WO (1) WO2020005503A1 (ru)
ZA (1) ZA201908180B (ru)

Families Citing this family (38)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2019275675A1 (en) * 2018-06-29 2020-01-16 Illumina Cambridge Limited Flow cells
TW202130416A (zh) * 2019-12-20 2021-08-16 美商伊路米納有限公司 流動池
WO2021154648A2 (en) * 2020-01-27 2021-08-05 Illumina, Inc. Kit, system, and flow cell
BR112021026701A2 (pt) * 2020-01-27 2022-08-02 Illumina Inc Kit, sistema e célula de fluxo
KR20230007915A (ko) * 2020-04-24 2023-01-13 일루미나 케임브리지 리미티드 플로우 셀
CN115803112A (zh) * 2020-09-29 2023-03-14 伊鲁米纳公司 用于制造流通池的方法
EP4221884A1 (en) * 2020-09-29 2023-08-09 Illumina, Inc. Flow cells and methods for making the same
BR112022027055A2 (pt) * 2020-10-20 2023-05-09 Illumina Inc Células de fluxo
JP2023552932A (ja) * 2020-12-10 2023-12-20 イルミナ インコーポレイテッド 画像センサ構造及び関連付けられた方法
KR20230128487A (ko) * 2020-12-15 2023-09-05 일루미나, 인코포레이티드 플로우 셀 코팅 방법
US20220228210A1 (en) * 2020-12-30 2022-07-21 10X Genomics, Inc. Molecular array generation using photoresist
BR112023022509A2 (pt) * 2021-04-30 2024-01-02 Illumina Cambridge Ltd Célula de fluxo e métodos
WO2022256226A1 (en) * 2021-05-31 2022-12-08 Illumina, Inc. Flow cells and methods
EP4347107A1 (en) * 2021-05-31 2024-04-10 Illumina, Inc. Flow cells and methods for making the same
EP4347108A2 (en) * 2021-05-31 2024-04-10 Illumina, Inc. Flow cells and methods for making the same
EP4363615A1 (en) * 2021-07-02 2024-05-08 Illumina, Inc. Flow cells
WO2023069927A1 (en) * 2021-10-20 2023-04-27 Illumina, Inc. Methods for capturing library dna for sequencing
WO2023075852A1 (en) * 2021-10-28 2023-05-04 Illumina, Inc. Flow cells and methods for making the same
TW202317262A (zh) * 2021-10-28 2023-05-01 美商伊路米納有限公司 流通槽及其製造方法
CA3223595A1 (en) 2021-12-16 2023-06-22 Xiaoyu Ma Hybrid clustering
AU2022413263A1 (en) * 2021-12-17 2024-01-18 Illumina, Inc. Orthogonal hybridization
TW202335738A (zh) * 2021-12-21 2023-09-16 美商伊路米納有限公司 流體槽及其製造方法
WO2023129877A1 (en) * 2021-12-27 2023-07-06 Illumina, Inc. Flow cell surface patterning
CN117858963A (zh) * 2021-12-27 2024-04-09 因美纳有限公司 流通池表面图案化
AU2023227364A1 (en) * 2022-03-01 2024-01-18 Illumina, Inc. Functionalized nanostructures and flow cell depressions
WO2023183325A1 (en) * 2022-03-22 2023-09-28 Illumina, Inc. Chemical planar array
CA3222807A1 (en) 2022-03-22 2023-09-28 Alexandra SZEMJONOV Substrate with orthogonally functional nanodomains
US20230350297A1 (en) * 2022-03-22 2023-11-02 Illumina Cambridge Limited Methods for making flow cell surfaces
US20230416435A1 (en) * 2022-06-07 2023-12-28 Illumina, Inc. Enhancing clustering efficiency and kinetics
WO2024006799A1 (en) * 2022-06-29 2024-01-04 10X Genomics, Inc. Covalent attachment of splint oligonucleotides for molecular array generation using ligation
WO2024003100A1 (en) * 2022-06-30 2024-01-04 Illumina Cambridge Limited Sequencing nanoparticles and methods of making the same
US20240091782A1 (en) * 2022-08-26 2024-03-21 Illumina Cambridge Limited Flow cells
JP2024033616A (ja) * 2022-08-30 2024-03-13 富士フイルム株式会社 モールド及び構造物の製造方法
US20240117424A1 (en) * 2022-09-16 2024-04-11 Illumina, Inc. Reusable Flow Cells Having Signal Intensity Retention, Methods of Retaining Signal Intensity in Reusable Flow Cells and Reagents and Kits Therefor
WO2024061799A1 (en) 2022-09-19 2024-03-28 Illumina, Inc. Deformable polymers comprising immobilised primers
WO2024073599A1 (en) * 2022-09-29 2024-04-04 Nautilus Subsidiary, Inc. Preparation of array surfaces for single-analyte processes
WO2024118811A1 (en) * 2022-11-30 2024-06-06 Illumina, Inc. Flow cells with passivation components
WO2024123748A1 (en) 2022-12-07 2024-06-13 Illumina, Inc. Etch-free photoresist patterning in multi-depth nanowells

Family Cites Families (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6133436A (en) 1996-11-06 2000-10-17 Sequenom, Inc. Beads bound to a solid support and to nucleic acids
US6429027B1 (en) 1998-12-28 2002-08-06 Illumina, Inc. Composite arrays utilizing microspheres
US6238868B1 (en) * 1999-04-12 2001-05-29 Nanogen/Becton Dickinson Partnership Multiplex amplification and separation of nucleic acid sequences using ligation-dependant strand displacement amplification and bioelectronic chip technology
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US7335153B2 (en) 2001-12-28 2008-02-26 Bio Array Solutions Ltd. Arrays of microparticles and methods of preparation thereof
US9586346B2 (en) 2006-06-28 2017-03-07 Swinburne University Of Technology Bead immobilisation method and bead arrays made thereby
JP2008109864A (ja) * 2006-10-30 2008-05-15 Hitachi Ltd 遺伝子配列解析システム
WO2008094980A2 (en) 2007-01-30 2008-08-07 The Florida International University Board Of Trustees Nanoscale dna detection system using species-specific and/or disease-specific probes for rapid identification thereof
US7790350B2 (en) * 2007-07-30 2010-09-07 International Business Machines Corporation Method and materials for patterning a neutral surface
JP5283924B2 (ja) * 2008-02-21 2013-09-04 株式会社日立製作所 核酸増幅用デバイス
US8906831B2 (en) * 2008-03-31 2014-12-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Single molecule loading methods and compositions
US8114301B2 (en) 2008-05-02 2012-02-14 Micron Technology, Inc. Graphoepitaxial self-assembly of arrays of downward facing half-cylinders
EP2291533B2 (en) 2008-07-02 2020-09-30 Illumina Cambridge Limited Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
JP5457222B2 (ja) 2009-02-25 2014-04-02 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 小型化ハイスループット核酸分析
US10127349B2 (en) 2010-07-16 2018-11-13 Elitechgroup B.V. Method of producing oligomer affinity pairs
US20130344540A1 (en) * 2011-02-03 2013-12-26 Mark T. Reed Methods for minimizing sequence specific bias
US9299381B2 (en) 2011-02-07 2016-03-29 Wisconsin Alumni Research Foundation Solvent annealing block copolymers on patterned substrates
US9926596B2 (en) * 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
US8778848B2 (en) 2011-06-09 2014-07-15 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
CA2856163C (en) 2011-10-28 2019-05-07 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
GB201202519D0 (en) * 2012-02-13 2012-03-28 Oxford Nanopore Tech Ltd Apparatus for supporting an array of layers of amphiphilic molecules and method of forming an array of layers of amphiphilic molecules
WO2013123125A1 (en) 2012-02-17 2013-08-22 President And Fellows Of Harvard College Assembly of nucleic acid sequences in emulsions
GB201212775D0 (en) * 2012-07-18 2012-08-29 Dna Electronics Ltd Sensing apparatus and method
US9087699B2 (en) * 2012-10-05 2015-07-21 Micron Technology, Inc. Methods of forming an array of openings in a substrate, and related methods of forming a semiconductor device structure
US9683230B2 (en) * 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
WO2014145075A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 The Trustees Of Princeton University Methods and devices for high throughpout purification
TR201816438T4 (tr) * 2013-07-01 2018-11-21 Illumina Inc Katalizörsüz yüzey işlevselleştirme ve polimer aşılama.
CN109112193A (zh) 2013-07-03 2019-01-01 伊鲁米那股份有限公司 正交合成测序
CN105916689A (zh) 2013-08-30 2016-08-31 Illumina公司 在亲水性或斑驳亲水性表面上的微滴操纵
RU2539038C1 (ru) * 2013-11-02 2015-01-10 Общество с ограниченной ответственностью "Гамма" Способ секвенирования днк и устройство для его осуществления (варианты)
US10537889B2 (en) * 2013-12-31 2020-01-21 Illumina, Inc. Addressable flow cell using patterned electrodes
JP6650879B2 (ja) * 2014-03-15 2020-02-19 ボード・オブ・リージエンツ，ザ・ユニバーシテイ・オブ・テキサス・システム ブロックコポリマーの秩序化
JP6472208B2 (ja) * 2014-10-24 2019-02-20 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸搬送制御デバイス及びその製造方法、並びに核酸シーケンシング装置
PL3218511T3 (pl) 2014-11-11 2020-10-19 Illumina Cambridge Limited Sposoby i macierze do wytwarzania i sekwencjonowania monoklonalnych klastrów kwasu nukleinowego
DK3792378T3 (da) * 2015-02-04 2023-11-27 Univ British Columbia Fremgangsmåder og anordninger til analyse af partikler
CN107924121B (zh) 2015-07-07 2021-06-08 亿明达股份有限公司 经由纳米压印的选择性表面图案化
WO2017015018A1 (en) 2015-07-17 2017-01-26 Illumina, Inc. Polymer sheets for sequencing applications
US9962701B2 (en) * 2015-12-28 2018-05-08 Qiagen Sciences, Llc Flowcells with microretainers and particle separators for discrete seeding microspots
ES2861478T3 (es) 2016-05-18 2021-10-06 Illumina Inc Estampación de autoensamblado que utiliza superficies hidrófobas estampadas
US10793683B2 (en) * 2016-07-27 2020-10-06 Massachusetts Institute Of Technology Block co-poly(metal organic nanostructures) (BCPMONs) and uses thereof
US10329610B2 (en) 2016-08-02 2019-06-25 Damoun Nashtaali Paired-end sequencing method
AU2017379872A1 (en) 2016-12-22 2019-06-20 Illumina, Inc. Arrays with quality control tracers
WO2018119101A1 (en) * 2016-12-22 2018-06-28 Illumina, Inc. Flow cell package and method for making the same
EP3558511A4 (en) * 2016-12-22 2020-11-25 Illumina, Inc. ARRAYS WITH A RESIN FILM AND A STRUCTURED POLYMER LAYER
DE112016007542T5 (de) * 2016-12-23 2019-09-12 Intel Corporation Fortschrittliche Lithographie und selbstorganisierende Vorrichtungen
CA3059559A1 (en) * 2017-06-05 2018-12-13 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
WO2019079653A1 (en) * 2017-10-19 2019-04-25 Ultima Genomics, Inc. METHODS OF TREATING APPARATUSED END SEQUENCES
AU2019275675A1 (en) * 2018-06-29 2020-01-16 Illumina Cambridge Limited Flow cells
US11787930B2 (en) * 2019-01-14 2023-10-17 Illumina Inc. Flow cell including a heteropolymer
CA3135280A1 (en) * 2019-12-16 2021-06-24 Illumina, Inc. Kits and flow cells
TW202130416A (zh) * 2019-12-20 2021-08-16 美商伊路米納有限公司 流動池
KR20230111207A (ko) * 2020-11-16 2023-07-25 일루미나 케임브리지 리미티드 관능화된 플라즈몬 나노구조

Also Published As

Publication number Publication date
PH12019502897A1 (en) 2020-10-26
AU2021203672A1 (en) 2021-07-01
PE20220773A1 (es) 2022-05-16
KR20200017430A (ko) 2020-02-18
MX2019015848A (es) 2020-08-03
US11988957B2 (en) 2024-05-21
US20210024991A1 (en) 2021-01-28
US20230002822A1 (en) 2023-01-05
RU2019145084A3 (ru) 2021-07-02
AU2021203672B2 (en) 2022-09-08
KR20220086697A (ko) 2022-06-23
CN110656036A (zh) 2020-01-07
JP7437161B2 (ja) 2024-02-22
JP2022141628A (ja) 2022-09-29
US11124829B2 (en) 2021-09-21
WO2020005503A1 (en) 2020-01-02
CA3064690C (en) 2024-05-21
CA3064690A1 (en) 2019-12-29
BR112019028058A2 (pt) 2020-07-14
ZA201908180B (en) 2024-04-24
CR20190591A (es) 2020-02-26
EP3814530A1 (en) 2021-05-05
JP2021512587A (ja) 2021-05-20
SG11201912113XA (en) 2020-01-30
TW202012623A (zh) 2020-04-01
RU2763555C2 (ru) 2021-12-30
AU2019275675A1 (en) 2020-01-16
CL2019003786A1 (es) 2020-07-31
IL271441A (en) 2020-01-30
TWI721450B (zh) 2021-03-11
US11680292B2 (en) 2023-06-20
KR102406439B1 (ko) 2022-06-08
US11384392B2 (en) 2022-07-12
CN212476738U (zh) 2021-02-05
EP3814530A4 (en) 2022-03-23
CO2019014781A2 (es) 2020-04-13
US20210139975A1 (en) 2021-05-13
US20230332224A1 (en) 2023-10-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019145084A (ru) Проточные ячейки
RU2753172C2 (ru) Устройство для выдавливания рельефа
US20090035668A1 (en) Method and materials for patterning a neutral surface
KR102512186B1 (ko) 수지 필름 및 패턴화된 중합체층을 포함하는 어레이
TW202222424A (zh) 製造流動池之方法
TW202231350A (zh) 流動池及製造其方法
KR20240017849A (ko) 플로우 셀 및 이의 제조 방법
EP4347107A1 (en) Flow cells and methods for making the same
KR20230128487A (ko) 플로우 셀 코팅 방법
TW202208064A (zh) 流體槽
JP2024520317A (ja) フローセル及び方法
TW202317262A (zh) 流通槽及其製造方法
US11886110B2 (en) Imprinting apparatus
US20240207846A1 (en) Flow cells
JP2024522524A (ja) フローセル及びそれを作製するための方法
WO2024130126A2 (en) Flow cells