RU2019141361A - Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения - Google Patents
Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения Download PDFInfo
- Publication number
- RU2019141361A RU2019141361A RU2019141361A RU2019141361A RU2019141361A RU 2019141361 A RU2019141361 A RU 2019141361A RU 2019141361 A RU2019141361 A RU 2019141361A RU 2019141361 A RU2019141361 A RU 2019141361A RU 2019141361 A RU2019141361 A RU 2019141361A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- charge
- integer
- polynucleotide
- optionally
- polypeptide
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B70/00—Tags or labels specially adapted for combinatorial chemistry or libraries, e.g. fluorescent tags or bar codes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/50—Other enzymatic activities
- C12Q2521/543—Immobilised enzyme(s)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/101—Modifications characterised by incorporating non-naturally occurring nucleotides, e.g. inosine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2535/00—Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
- C12Q2535/122—Massive parallel sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/113—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being electroactive, e.g. redox labels
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Claims (41)
1. Способ, включающий
выявление включения меченого нуклеотида в растущую полинуклеотидную нить, комплементарную нити полинуклеотида-матрицы, посредством полимеразы, где указанная полимераза связана с проводящим каналом твердой подложки посредством связки,
причем меченый нуклеотид представляет собой соединение формулы I
где n представляет собой целое число от 3 до 10,
m представляет собой целое число от 1 до 10,
t представляет собой целое число от 0 до 50,
X1 представляет собой прямую связь, С1-С10алкил, С1-С10оксаалкил, С1-С10тиаалкил или C1-С10азаалкил,
Х2 представляет собой С1-С20алкил, где факультативно один или более чем один индивидуальный остаток СН2 заменен одной или более чем одной пептидной связью и (-О-СН2-СН2-)а, где а представляет собой целое число от 1 до 24,
Х3 представляет собой прямую связь или олигонуклеотид, где указанный олигонуклеотид гибридизуется с акцепторной областью связки, когда метка находится поблизости от проводящего канала,
F1 выбран из флуорофора и прямой связи, и F2 отсутствует или представляет собой флуорофор,
и где
В представляет собой
a) аминокислоту или содержит аминокислоту,
b) нуклеотид,
и где q представляет собой целое число от 1 до 100, и проводящий канал предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения; при этом, факультативно, число q В имеет заряд и плотность заряда;
или В включает дендрон, причем В имеет заряд и плотность заряда, q равно 1, и сенсор заряда предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения, при этом, факультативно, проводящий канал предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения.
2. Способ по п. 1, в котором заряд составляет от примерно -100е до примерно +100е.
3. Способ по п. 2, в котором плотность заряда составляет от примерно -100е на кубический нанометр до примерно +100е на кубический нанометр.
4. Способ по п. 1, в котором заряд составляет от примерно -200е до примерно +200е.
5. Способ по п. 4, в котором плотность заряда составляет от примерно -200е на кубический нанометр до примерно +200е на кубический нанометр.
6. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором число q В включает полинуклеотид.
7. Способ по п. 6, в котором полинуклеотид выбран из разветвленного полинуклеотида и одной или более чем одной петли шпильки.
8. Способ по п. 7, в котором полинуклеотид содержит от двух до пяти петель шпильки.
9. Способ по п. любому из пп. 1-5, в котором число q В включает полипептид.
10. Способ по п. 9, в котором полипептид выбран из разветвленного полипептида, спирального полипептида и суперспирального полипептида.
11. Способ по любому из пп. 1-5, в котором В включает аминокислоту, и одно или более чем одно число q В включает метиллизин, диметиллизин или триметиллизин.
12. Способ по любому из пп. 1-5, в котором В представляет собой дендрон z генераций, содержащий одно или более чем одно составное повторяющееся звено и множество концевых звеньев, где z представляет собой целое число от 1 до 6, причем составные концевые звенья выбраны из
где p1 представляет собой целое число от 1 до 3, где любая одна или более чем одна из р1 групп -СН2- факультативно заменена 1-3 группами -O-СН2-СН2-,
р2 представляет собой целое число от 1 до 3, где любая одна или более чем одна из р2 групп -СН2- факультативно заменена 1-3 группами -O-СН2-СН2-, и
концевые группы выбраны из карбоновой кислоты, сульфоновой кислоты, фосфоновой кислоты, сперминильной группы, аминогруппы и четвертичной аммонийной группы.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором А образован реакцией, включающей реакцию связывания, причем данная реакция связывания выбрана из клик-реакции азид-алкин с помощью меди, лигирования тетразин-транс-циклооктен, клик-реакции азид-дибензоциклооктиновая группа без участия меди и конъюгирования тиол-малеимид.
14. Способ по любому из пп. 1-13, дополнительно включающий последовательное включение множества меченых нуклеотидов, где заряд каждого из множества меченых нуклеотидов отличается от заряда любого другого из множества меченых нуклеотидов, когда Y каждого и Y любого другого отличаются друг от друга, факультативно дополнительно включающий идентификацию Y одного или более чем одного меченого полинуклеотида, включенного в растущую полинуклеотидную нить, на основе заряда, выявленного проводящим каналом.
15. Способ по любому из пп. 1-11, в котором Х2 представляет собой (-O-СН2-СН2-)а, где а представляет собой целое число от 1 до 24, при этом факультативно а равно 4, 8, 12, 16 или 24.
Applications Claiming Priority (9)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201862710333P | 2018-02-16 | 2018-02-16 | |
US201862710327P | 2018-02-16 | 2018-02-16 | |
US201862710461P | 2018-02-16 | 2018-02-16 | |
US201862710362P | 2018-02-16 | 2018-02-16 | |
US62/710,362 | 2018-02-16 | ||
US62/710,327 | 2018-02-16 | ||
US62/710,333 | 2018-02-16 | ||
US62/710,461 | 2018-02-16 | ||
PCT/US2019/018565 WO2019161381A1 (en) | 2018-02-16 | 2019-02-19 | Charge-tagged nucleotides and methods of use thereof |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2019141361A3 RU2019141361A3 (ru) | 2021-06-15 |
RU2019141361A true RU2019141361A (ru) | 2021-06-15 |
RU2751359C2 RU2751359C2 (ru) | 2021-07-13 |
Family
ID=67619079
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2019141361A RU2751359C2 (ru) | 2018-02-16 | 2019-02-19 | Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US10851131B2 (ru) |
EP (1) | EP3752631A4 (ru) |
JP (2) | JP6938690B2 (ru) |
KR (2) | KR102330071B1 (ru) |
CN (1) | CN111164222A (ru) |
AU (2) | AU2019221691B2 (ru) |
BR (1) | BR112019027628A2 (ru) |
CA (1) | CA3067433C (ru) |
IL (1) | IL271303A (ru) |
MX (1) | MX2019015011A (ru) |
PH (1) | PH12019502905A1 (ru) |
RU (1) | RU2751359C2 (ru) |
SA (1) | SA519410901B1 (ru) |
SG (1) | SG11201912273WA (ru) |
WO (1) | WO2019161381A1 (ru) |
ZA (1) | ZA201908276B (ru) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA3067433C (en) * | 2018-02-16 | 2022-11-22 | Illumina, Inc. | Charge-tagged nucleotides and methods of use thereof |
KR102429576B1 (ko) * | 2020-04-29 | 2022-08-03 | 경희대학교 산학협력단 | 전도성 태그를 이용한 dna 염기서열을 식별하는 방법 및 장치 |
Family Cites Families (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2044616A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-04-27 | Roger Y. Tsien | Dna sequencing |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
US7414116B2 (en) | 2002-08-23 | 2008-08-19 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
US20090186343A1 (en) | 2003-01-28 | 2009-07-23 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Methods for preparing modified biomolecules, modified biomolecules and methods for using same |
US8637650B2 (en) | 2003-11-05 | 2014-01-28 | Genovoxx Gmbh | Macromolecular nucleotide compounds and methods for using the same |
CA2648149A1 (en) | 2006-03-31 | 2007-11-01 | Solexa, Inc. | Systems and devices for sequence by synthesis analysis |
AU2009251883B2 (en) | 2008-03-31 | 2014-09-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Generation of modified polymerases for improved accuracy in single molecule sequencing |
EP2346889B1 (en) | 2008-09-03 | 2015-11-11 | Quantumdx Group Limited | Design, synthesis and use of synthetic nucleotides comprising ionic reporter groups |
US20100311144A1 (en) | 2009-06-05 | 2010-12-09 | Life Technologies Corporation | Mutant dna polymerases |
WO2012009206A2 (en) | 2010-07-12 | 2012-01-19 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequencing reactions with alkali metal cations for pulse width control |
US9164053B2 (en) | 2011-09-26 | 2015-10-20 | The Regents Of The University Of California | Electronic device for monitoring single molecule dynamics |
JP5970049B2 (ja) * | 2013-11-28 | 2016-08-17 | 日本特殊陶業株式会社 | スパークプラグおよびその製造方法 |
MA39774A (fr) * | 2014-03-24 | 2021-05-12 | Roche Sequencing Solutions Inc | Procédés chimiques pour produire des nucléotides étiquetés |
DK3460075T3 (da) * | 2014-07-15 | 2021-02-01 | Illumina Inc | Biokemisk aktiveret elektronisk anordning |
IL255446B2 (en) | 2015-05-12 | 2024-01-01 | Illumina Inc | Field effect device and method for sequencing amino acids |
EP3332033B1 (en) * | 2015-08-06 | 2021-04-21 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Single-molecule nanofet sequencing systems and methods |
CN108350017B (zh) * | 2015-09-10 | 2022-03-15 | 豪夫迈·罗氏有限公司 | 多肽标记的核苷酸及其在通过纳米孔检测的核酸测序中的用途 |
WO2017087974A1 (en) * | 2015-11-20 | 2017-05-26 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Protected dye-labeled reagents |
US11225687B2 (en) * | 2016-04-04 | 2022-01-18 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | DNA sequencing by synthesis with nucleotide analogues and Raman detection |
AU2017254688B2 (en) | 2016-04-22 | 2020-05-14 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Nucleic acid sequencing method and system employing enhanced detection of nucleotide-specific ternary complex formation |
EP3449011B1 (en) | 2016-04-29 | 2020-11-04 | Omniome, Inc. | Method of nucleic acid sequence determination |
US10655174B2 (en) * | 2016-05-27 | 2020-05-19 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Tagged multi-nucleotides useful for nucleic acid sequencing |
JP6833079B2 (ja) | 2017-08-01 | 2021-02-24 | イラミーナ インコーポレーテッド | 電界効果センサ |
CA3067433C (en) | 2018-02-16 | 2022-11-22 | Illumina, Inc. | Charge-tagged nucleotides and methods of use thereof |
-
2019
- 2019-02-19 CA CA3067433A patent/CA3067433C/en active Active
- 2019-02-19 US US16/627,035 patent/US10851131B2/en active Active
- 2019-02-19 EP EP19754735.9A patent/EP3752631A4/en active Pending
- 2019-02-19 MX MX2019015011A patent/MX2019015011A/es unknown
- 2019-02-19 BR BR112019027628-9A patent/BR112019027628A2/pt unknown
- 2019-02-19 CN CN201980003313.3A patent/CN111164222A/zh active Pending
- 2019-02-19 RU RU2019141361A patent/RU2751359C2/ru active
- 2019-02-19 SG SG11201912273WA patent/SG11201912273WA/en unknown
- 2019-02-19 KR KR1020197038685A patent/KR102330071B1/ko active IP Right Grant
- 2019-02-19 JP JP2019571441A patent/JP6938690B2/ja active Active
- 2019-02-19 WO PCT/US2019/018565 patent/WO2019161381A1/en unknown
- 2019-02-19 AU AU2019221691A patent/AU2019221691B2/en not_active Ceased
- 2019-02-19 KR KR1020217036461A patent/KR102430323B1/ko active IP Right Grant
- 2019-12-10 IL IL271303A patent/IL271303A/en unknown
- 2019-12-11 ZA ZA2019/08276A patent/ZA201908276B/en unknown
- 2019-12-20 PH PH12019502905A patent/PH12019502905A1/en unknown
- 2019-12-25 SA SA519410901A patent/SA519410901B1/ar unknown
-
2020
- 2020-11-30 US US17/106,963 patent/US11578094B2/en active Active
-
2021
- 2021-09-01 JP JP2021142695A patent/JP2022000029A/ja active Pending
-
2022
- 2022-04-12 AU AU2022202417A patent/AU2022202417A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2019141361A3 (ru) | 2021-06-15 |
KR102330071B1 (ko) | 2021-11-23 |
KR102430323B1 (ko) | 2022-08-08 |
PH12019502905A1 (en) | 2020-09-14 |
ZA201908276B (en) | 2022-07-27 |
CN111164222A (zh) | 2020-05-15 |
AU2019221691B2 (en) | 2022-04-28 |
SA519410901B1 (ar) | 2022-07-17 |
AU2019221691A1 (en) | 2020-01-16 |
EP3752631A1 (en) | 2020-12-23 |
US20200123193A1 (en) | 2020-04-23 |
CA3067433C (en) | 2022-11-22 |
AU2022202417A1 (en) | 2022-05-05 |
CA3067433A1 (en) | 2019-08-22 |
BR112019027628A2 (pt) | 2020-08-25 |
US20210179657A1 (en) | 2021-06-17 |
JP2020534790A (ja) | 2020-12-03 |
EP3752631A4 (en) | 2021-11-10 |
KR20210138136A (ko) | 2021-11-18 |
JP6938690B2 (ja) | 2021-09-22 |
RU2751359C2 (ru) | 2021-07-13 |
WO2019161381A1 (en) | 2019-08-22 |
US10851131B2 (en) | 2020-12-01 |
KR20200028344A (ko) | 2020-03-16 |
JP2022000029A (ja) | 2022-01-04 |
SG11201912273WA (en) | 2020-01-30 |
WO2019161381A9 (en) | 2019-11-28 |
IL271303A (en) | 2020-01-30 |
MX2019015011A (es) | 2021-01-08 |
US11578094B2 (en) | 2023-02-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2019141361A (ru) | Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения | |
ES2575223T3 (es) | Ratones que expresan una cadena ligera con las regiones variable lambda humana y constante de ratón | |
JP2022173349A5 (ru) | ||
ES2638324T3 (es) | Métodos de creación y examen de bibliotecas codificadas por ADN | |
JP4480423B2 (ja) | 免疫細胞クローンの拡大の有無の判定方法 | |
WO2018183538A1 (en) | 3'-o-modified nucleotide analogues with different cleavable linkers for attaching fluorescent labels to the base for dna sequencing by synthesis | |
JPWO2022067130A5 (ru) | ||
JP2004535382A5 (ru) | ||
NO309482B1 (no) | Fremgangsmåte for syntese av mer enn ett oligonukleotid samt forbindelse og anvendelse derav | |
CA3025609A1 (en) | Tagged multi-nucleotides useful for nucleic acid sequencing | |
JP2015521616A5 (ru) | ||
RU2020130258A (ru) | Способ получения шпилечной одноцепочечной молекулы рнк | |
US20120322994A1 (en) | Synthesis of oligonucleotides | |
JP2022000029A5 (ru) | ||
ES2624993T3 (es) | Oligonucleótidos modificados que comprenden funciones tiol y su uso para la detección de ácidos nucleicos | |
JP5954989B2 (ja) | N−アルキル(アルキル)アクリルアミドの製造方法及びn−アルキル(メタ)アクリルアミドの製造方法 | |
EP1858909A1 (en) | Synthesis of oligonucleotides | |
AU2015239394A1 (en) | Fluorescent labeled single-stranded nucleic acid and use thereof | |
RU2017142635A (ru) | Способы доставки агента в икринки и эмбрионы мечущих икру водных животных для лекарственного скрининга, анализ токсичности агента и получение бесплодной рыбы | |
RU2021118882A (ru) | Присоединение нуклеотидов к полинуклеотиду с помощью полимеразы | |
Yin et al. | Long oligos: direct chemical synthesis of genes with up to 1,728 nucleotides | |
KR102403904B1 (ko) | 용액공정상 pna 올리고머의 제조방법 | |
KR20210082091A (ko) | 개질된 감마탄소 골격 화합물 및 이의 제조방법 | |
CN107109478A (zh) | 获得配对末端测序信息的方法 | |
WO2021034853A1 (en) | Attaching nucleotides to a polynucleotide with a polymerase |