RU2018137800A - Обнаружение нуклеиновых кислот на поверхности в устройствах с конвекционным потоком жидкости - Google Patents
Обнаружение нуклеиновых кислот на поверхности в устройствах с конвекционным потоком жидкости Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018137800A RU2018137800A RU2018137800A RU2018137800A RU2018137800A RU 2018137800 A RU2018137800 A RU 2018137800A RU 2018137800 A RU2018137800 A RU 2018137800A RU 2018137800 A RU2018137800 A RU 2018137800A RU 2018137800 A RU2018137800 A RU 2018137800A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- reaction chamber
- oligonucleotide
- sequence
- liquid reaction
- nucleotides
- Prior art date
Links
- 239000007788 liquid Substances 0.000 title claims 67
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 85
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 65
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 40
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 37
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 37
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 17
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 10
- 150000001337 aliphatic alkines Chemical class 0.000 claims 6
- 125000002355 alkine group Chemical group 0.000 claims 6
- IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N azide group Chemical group [N-]=[N+]=[N-] IVRMZWNICZWHMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 6
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 claims 6
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 5
- 239000000980 acid dye Substances 0.000 claims 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 claims 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L7/00—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices
- B01L7/52—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices with provision for submitting samples to a predetermined sequence of different temperatures, e.g. for treating nucleic acid samples
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
- B01L2200/06—Fluid handling related problems
- B01L2200/0647—Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
- B01L2200/0663—Stretching or orienting elongated molecules or particles
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0809—Geometry, shape and general structure rectangular shaped
- B01L2300/0819—Microarrays; Biochips
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/18—Means for temperature control
- B01L2300/1805—Conductive heating, heat from thermostatted solids is conducted to receptacles, e.g. heating plates, blocks
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
- C12Q2565/513—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the pattern of the arrayed oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/60—Detection means characterised by use of a special device
- C12Q2565/629—Detection means characterised by use of a special device being a microfluidic device
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/483—Physical analysis of biological material
- G01N33/487—Physical analysis of biological material of liquid biological material
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Claims (155)
1. Устройство, содержащее поверхность, имеющую множество олигонуклеотидных комплексов, причем каждый из указанных олигонуклеотидных комплексов содержит:
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с поверхностью, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность ДНК комплементарна первой последовательности ДНК и гибридизована с ней, при этом указанный второй олигонуклеотид ДНК не содержит флуоресцентного звена и не связан необратимо с поверхностью.
2. Устройство по п. 1, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
3. Устройство по п. 1, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
4. Устройство по п. 2, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
5. Устройство по п. 3, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
6. Устройство по пп. 1-5, в котором каждый из указанных первых олигонуклеотидов содержит флуоресцентное звено.
7. Устройство по п. 6, в котором указанный каждый из указанных вторых олигонуклеотидов содержит гаситель флуоресценции.
8. Устройство по пп. 4-5, в котором каждая из указанных пространственно дискретных областей дополнительно содержит третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и пятую последовательность ДНК, причем четвертая последовательность ДНК комплементарна третьей последовательности ДНК.
9. Устройство по п. 8, в котором каждый из третьих олигонуклеотидов содержит звено гасителя флуоресценции.
10. Устройство по п. 1, в котором связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
11. Устройство по пп. 1-10, в котором каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
12. Устройство по пп. 1-10, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
13. Устройство по п. 12, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
14. Устройство по п. 8, в котором каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
15. Устройство по п. 8, в котором каждая из четвертых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
16. Жидкостная реакционная камера, содержащая:
первую поверхность,
вторую поверхность, которая не контактирует с первой поверхностью, причем указанные первая и вторая поверхности обращены друг к другу,
материал, контактирующий с первой поверхностью и второй поверхностью и образующий внешнюю границу указанной реакционной камеры, и
материал, контактирующий с первой поверхностью и второй поверхностью и образующий внутреннюю границу указанной реакционной камеры,
причем первая поверхность содержит множество олигонуклеотидных комплексов, при этом каждый из указанных олигонуклеотидных комплексов содержит:
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с поверхностью, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность ДНК комплементарна первой последовательности ДНК и гибридизована с ней, при этом указанный второй олигонуклеотид ДНК не связан необратимо с первой поверхностью и необязательно не содержит флуоресцентного звена.
17. Жидкостная реакционная камера по п. 16, в которой каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
18. Жидкостная реакционная камера по п. 16, в которой каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
19. Жидкостная реакционная камера по п. 17, в которой каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
20. Жидкостная реакционная камера по п. 18, в которой каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
21. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-20, в которой каждый из указанных первых олигонуклеотидов содержит флуоресцентное звено.
22. Жидкостная реакционная камера по п. 21, в которой указанный каждый из указанных вторых олигонуклеотидов содержит звено гасителя флуоресценции.
23. Жидкостная реакционная камера по пп. 20-21, в которой каждая из указанных пространственно дискретных областей дополнительно содержит третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и пятую последовательность ДНК, причем четвертая последовательность ДНК комплементарна третьей последовательности ДНК.
24. Жидкостная реакционная камера по п. 23, в которой каждый из третьих олигонуклеотидов содержит звено гасителя флуоресценции.
25. Жидкостная реакционная камера по п. 16, в которой связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
26. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-25, в которой каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
27. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-25, в которой каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
28. Жидкостная реакционная камера по п. 27, в которой каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
29. Жидкостная реакционная камера по п. 23, в которой каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
30. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-29, в которой материалы, контактирующие с первой и со второй поверхностями, которые образуют внутреннюю и внешнюю границы камеры, имеют толщину от 40 микрон (40 мкм) до 2 миллиметров (2 мм).
31. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-30, причем жидкостная реакционная камера является круглой, овальной, квадратной, прямоугольной, треугольной, шестиугольной, восьмиугольной, ромбовидной или трапециевидной.
32. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-31, причем жидкостная реакционная камера не имеет равномерной температуры, и при этом самая теплая область реакционной камеры имеет температуру по меньшей мере на 10°С выше, чем самая холодная область реакционной камеры.
33. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-32, в которой самая холодная область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 50°C до приблизительно 75°C.
34. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-33, в которой самая горячая область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 80°C до приблизительно 100°C.
35. Жидкостная реакционная камера по пп. 16-34, дополнительно содержащая жидкость, расположенную внутри жидкостной реакционной камеры, причем указанный жидкий раствор содержит ДНК-полимеразу, дНТФ и буфер ПЦР.
36. Способ амплификации целевой нуклеиновой кислоты, включающий
(a) обеспечение жидкостной реакционной камеры по п. 16, причем указанная жидкостная реакционная камера находится в управляющем соотношении с первым и вторым источниками нагрева, при этом указанные первый и второй источники нагрева выполнены с возможностью приложения различающихся первого и второго уровней нагрева к указанной кольцевой камере, и при этом указанные первый и второй уровни нагрева не являются одинаковыми;
(b) введение в указанную жидкостную реакционную камеру жидкости, содержащей целевую нуклеотидную последовательность, ДНК-полимеразу, дНТФ и буфер полимеразной цепной реакции (ПЦР); и
(c) приложение первого и второго уровней нагрева к указанной жидкостной реакционной камере.
37. Способ по п. 36, дополнительно включающий обнаружение амплификации указанной целевой нуклеиновой кислоты.
38. Способ по п. 36, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
39. Способ по п. 36, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
40. Способ по п. 38, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
41. Способ по п. 37, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
42. Способ по пп. 36-40, в котором каждый из указанных первых олигонуклеотидов содержит флуоресцентное звено.
43. Способ по п. 42, в котором указанный каждый из указанных вторых олигонуклеотидов содержит звено гасителя флуоресценции.
44. Способ по пп. 42-43, в котором каждая из указанных пространственно дискретных областей дополнительно содержит третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и пятую последовательность ДНК, причем четвертая последовательность ДНК комплементарна третьей последовательности ДНК.
45. Способ по п. 43, в котором каждый из третьих олигонуклеотидов содержит звено гасителя флуоресценции.
46. Способ по п. 36, в котором связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
47. Способ по пп. 36-45, в котором каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
48. Способ по пп. 36-45, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
49. Способ по п. 48, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
50. Способ по п. 44, в котором каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
51. Способ по пп. 36-50, в котором указанная жидкость дополнительно содержит неспецифичный краситель нуклеиновой кислоты.
52. Способ по пп. 36-51, в котором жидкостная реакционная камера является круглой, овальной, квадратной, треугольной, прямоугольной, шестиугольной, восьмиугольной, ромбовидной или трапециевидной.
53. Способ по пп. 36-52, в котором жидкостная реакционная камера не имеет равномерной температуры, и при этом самая теплая область реакционной камеры имеет температуру по меньшей мере на 10 °С выше, чем самая холодная область реакционной камеры.
54. Способ по пп. 36-53, в котором самая холодная область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 50°C до приблизительно 75°C.
55. Способ по пп. 36-54, в котором самая горячая область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 80°C до приблизительно 100°C.
56. Устройство, содержащее первую область поверхности и вторую область поверхности,
причем первая область поверхности содержит
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с первой областью поверхности, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность комплементарна первой последовательности, и
причем вторая область поверхности содержит
третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания третьего олигонуклеотида со второй областью поверхности, и
при этом четвертая последовательность комплементарна второй последовательности, третьей последовательности или комбинации по меньшей мере шести непрерывных нуклеотидов второй последовательности и шести непрерывных нуклеотидов третьей последовательности.
57. Устройство, содержащее первую область поверхности и вторую область поверхности,
причем первая область поверхности содержит
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с первой областью поверхности, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность комплементарна первой последовательности, и
причем вторая область поверхности содержит
третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания третьего олигонуклеотида со второй областью поверхности, и
четвертый олигонуклеотид, содержащий пятую последовательность ДНК и шестую последовательность ДНК, причем пятая последовательность комплементарна четвертой последовательности, и
причем вторая последовательность комплементарна пятой последовательности или комплементарна шестой последовательности.
58. Устройство по пп. 56-57, в котором первый или второй олигонуклеотид содержит флуоресцентное звено.
59. Устройство по пп. 56-57, в котором первый или второй олигонуклеотид содержит гаситель флуоресценции.
60. Устройство по пп. 56-59, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
61. Устройство по пп. 56-59, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
62. Устройство по п. 60, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
63. Устройство по п. 61, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
64. Устройство по пп. 56-57, в котором связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
65. Устройство по пп. 56-64, в котором каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
66. Устройство по пп. 56-65, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
67. Устройство по п. 66, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
68. Устройство по пп. 56-67, в котором каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
69. Устройство по пп. 56-67, в котором каждая из четвертых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
70. Устройство по пп. 56-67, в котором каждая из шестых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
71. Жидкостная реакционная камера, содержащая:
первую поверхность,
вторую поверхность, которая не контактирует с первой поверхностью, причем указанные первая и вторая поверхности обращены друг к другу,
материал, контактирующий с первой поверхностью и второй поверхностью и образующий внешнюю границу указанной реакционной камеры, и
материал, контактирующий с первой поверхностью и второй поверхностью и образующий внутреннюю границу указанной реакционной камеры, причем
(a) первая поверхность содержит
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с первой областью поверхности, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность комплементарна первой последовательности, и
вторая область поверхности содержит
третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания третьего олигонуклеотида со второй областью поверхности, и
при этом четвертая последовательность комплементарна второй последовательности, третьей последовательности или комбинации по меньшей мере шести непрерывных нуклеотидов второй последовательности и шести непрерывных нуклеотидов третьей последовательности; или
(b) первая область поверхности содержит
первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания первого олигонуклеотида с первой областью поверхности, и
второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность ДНК и третью последовательность ДНК, причем вторая последовательность комплементарна первой последовательности, и
вторая область поверхности содержит
третий олигонуклеотид, содержащий четвертую последовательность ДНК и связующее звено для необратимого связывания третьего олигонуклеотида со второй областью поверхности, и
четвертый олигонуклеотид, содержащий пятую последовательность ДНК и шестую последовательность ДНК, причем пятая последовательность комплементарна четвертой последовательности, и
причем вторая последовательность комплементарна пятой последовательности или комплементарна шестой последовательности.
72. Жидкостная реакционная камера по п. 71, в которой первый или второй олигонуклеотид содержит флуоресцентное звено.
73. Жидкостная реакционная камера по п. 71, в которой первый или второй олигонуклеотид содержит гаситель флуоресценции.
74. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-73, в которой каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
75. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-73, в которой каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
76. Жидкостная реакционная камера по п. 74, в которой каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
77. Жидкостная реакционная камера по п. 75, в которой каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
78. Жидкостная реакционная камера по п. 71, в которой связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
79. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-78, в которой каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
80. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-79, в которой каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
81. Жидкостная реакционная камера по п. 80, в которой каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
82. Жидкостная реакционная камера по п. 71, в которой каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
83. Жидкостная реакционная камера по п. 80, в которой каждая из четвертых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
84. Жидкостная реакционная камера по п. 71, в которой каждая из шестых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
85. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-84, причем жидкостная реакционная камера является круглой, овальной, квадратной, треугольной, прямоугольной, шестиугольной, восьмиугольной, ромбовидной или трапециевидной.
86. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-85, причем жидкостная реакционная камера не имеет равномерной температуры, и при этом самая теплая область реакционной камеры имеет температуру по меньшей мере на 10 °С выше, чем самая холодная область реакционной камеры.
87. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-86, в которой самая холодная область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 10°C до приблизительно 50°C.
88. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-87, в которой самая горячая область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 51°C до приблизительно 100°C.
89. Жидкостная реакционная камера по пп. 71-88, дополнительно содержащая жидкость, расположенную внутри жидкостной реакционной камеры, причем указанная жидкость содержит один или более олигонуклеотидов и буфер гибридизации.
90. Жидкостная реакционная камера по п. 89, в которой указанная жидкость дополнительно содержит неспецифичный краситель нуклеиновой кислоты.
91. Способ амплификации целевой нуклеиновой кислоты, включающий:
(a) обеспечение жидкостной реакционной камеры по п. 71, причем указанная жидкостная реакционная камера находится в управляющем соотношении с первым и вторым источниками нагрева, при этом указанные первый и второй источники нагрева выполнены с возможностью приложения различающихся первого и второго уровней нагрева к указанной кольцевой камере, и при этом указанные первый и второй уровни нагрева не являются одинаковыми;
(b) введение в указанную жидкостную реакционную камеру жидкости, содержащей целевую нуклеотидную последовательность; и
(c) приложение первого и второго уровней нагрева к указанной жидкостной реакционной камере.
92. Способ по п. 91, обнаруживающий амплификации указанной целевой нуклеиновой кислоты.
93. Способ по пп. 91-92, в котором первый или второй олигонуклеотид содержит флуоресцентное звено.
94. Способ по пп. 91-92, в котором первый или второй олигонуклеотид содержит гаситель флуоресценции.
95. Способ по пп. 91-94, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК является идентичной.
96. Способ по пп. 91-94, в котором каждая из указанных вторых последовательностей ДНК не является идентичной.
97. Способ по п. 94, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
98. Способ по п. 95, в котором каждое из указанных множеств указанных олигонуклеотидных комплексов расположено в пространственно дискретных областях на указанной поверхности.
99. Способ по п. 91, в котором связующее звено содержит группу алкина, включая напряженный алкин, или группу азида.
100. Способ по пп. 91-99, в котором каждая из первых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
101. Способ по пп. 91-100, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
102. Способ по п. 101, в котором каждая из третьих последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 15 до приблизительно 80 нуклеотидов.
103. Способ по п. 91, в котором каждая из пятых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 20 нуклеотидов.
104. Способ по п. 101, в котором каждая из четвертых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
105. Способ по п. 91, в котором каждая из шестых последовательностей ДНК имеет длину от приблизительно 5 до приблизительно 80 нуклеотидов.
106. Способ по пп. 91-105, в котором жидкостная реакционная камера является круглой, овальной, квадратной, прямоугольной, треугольной, шестиугольной, восьмиугольной, ромбовидной или трапециевидной.
107. Способ по пп. 91-106, в котором жидкостная реакционная камера не имеет равномерной температуры, и при этом самая теплая область реакционной камеры имеет температуру по меньшей мере на 10 °С выше, чем самая холодная область реакционной камеры.
108. Способ по пп. 91-107, в котором самая холодная область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 10°C до приблизительно 50°C.
109. Способ по пп. 91-108, в котором самая горячая область реакционной камеры имеет температуру от приблизительно 51°C до приблизительно 100°C.
110. Способ по пп. 91-109, в котором указанная жидкость дополнительно содержит неспецифичный краситель нуклеиновой кислоты.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662314909P | 2016-03-29 | 2016-03-29 | |
US62/314,909 | 2016-03-29 | ||
PCT/US2017/024530 WO2017172760A1 (en) | 2016-03-29 | 2017-03-28 | Surface-based detection of nucleic acid in a convection flow fluidic device |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2018137800A true RU2018137800A (ru) | 2020-04-29 |
RU2018137800A3 RU2018137800A3 (ru) | 2020-06-18 |
Family
ID=59965134
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2018137800A RU2018137800A (ru) | 2016-03-29 | 2017-03-28 | Обнаружение нуклеиновых кислот на поверхности в устройствах с конвекционным потоком жидкости |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20200324292A1 (ru) |
EP (2) | EP4063014A1 (ru) |
JP (3) | JP6998319B2 (ru) |
KR (2) | KR102472071B1 (ru) |
CN (1) | CN109477136A (ru) |
AU (2) | AU2017241766A1 (ru) |
BR (1) | BR112018070197A2 (ru) |
CA (1) | CA3019422A1 (ru) |
DK (1) | DK3436198T3 (ru) |
ES (1) | ES2920954T3 (ru) |
IL (1) | IL261980B2 (ru) |
PH (1) | PH12018502100A1 (ru) |
PT (1) | PT3436198T (ru) |
RU (1) | RU2018137800A (ru) |
SG (1) | SG11201808493QA (ru) |
WO (1) | WO2017172760A1 (ru) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112996601A (zh) * | 2018-09-14 | 2021-06-18 | 威廉马歇莱思大学 | 使用对流加热和无标记微阵列对dna进行多重扩增和检测的装置和方法 |
CN113257351A (zh) * | 2020-02-12 | 2021-08-13 | 赛纳生物科技(北京)有限公司 | 一种用于多碱基基因测序的基因文库及其构建方法 |
CN111879922A (zh) * | 2020-07-13 | 2020-11-03 | 东南大学 | 适用于核酸及免疫同步检测集成纸基芯片结构及制造方法 |
Family Cites Families (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6027880A (en) | 1995-08-02 | 2000-02-22 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis |
US6300070B1 (en) | 1999-06-04 | 2001-10-09 | Mosaic Technologies, Inc. | Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids |
US6642000B1 (en) | 1999-11-12 | 2003-11-04 | University Of Chicago | PCR amplification on microarrays of gel immobilized oligonucleotides |
WO2001061041A2 (en) * | 2000-02-18 | 2001-08-23 | Aclara Biosciences Inc. | Multiple-site reaction device and method |
US6586233B2 (en) | 2001-03-09 | 2003-07-01 | The Regents Of The University Of California | Convectively driven PCR thermal-cycling |
US7846656B2 (en) | 2001-10-16 | 2010-12-07 | Institut Molekulyarnoi Biologii Im.V.A. Engelgardta Rossiiskoi Akademii Nauk | Composition for polymerizing immobilization of biological molecules and method for producing said composition |
KR100647289B1 (ko) * | 2004-09-15 | 2006-11-23 | 삼성전자주식회사 | 마랑고니 대류를 이용한 pcr 장치 및 이를 이용한pcr 방법 |
JP5438320B2 (ja) * | 2005-10-03 | 2014-03-12 | アプライド バイオシステムズ リミテッド ライアビリティー カンパニー | 核酸を増幅するための組成物、方法およびキット |
US8114636B2 (en) * | 2006-02-10 | 2012-02-14 | Life Technologies Corporation | Labeling and detection of nucleic acids |
US8735103B2 (en) | 2006-12-05 | 2014-05-27 | Electronics And Telecommunications Research Institute | Natural convection-driven PCR apparatus and method using disposable polymer chip |
WO2008097929A2 (en) | 2007-02-05 | 2008-08-14 | California Institute Of Technology | Engineered toehold reactions and networks |
US8043810B2 (en) | 2007-05-02 | 2011-10-25 | Eagle Eye Research, Inc. | Analyte detection using autocatalytic chain reactions |
NZ582786A (en) | 2007-07-23 | 2012-09-28 | Clondiag Gmbh | Assays for nucleic acids |
NZ587183A (en) | 2008-01-24 | 2012-08-31 | Medigen Biotechnology Corp | Methods and apparatuses for convective polymerase chain reaction (pcr) |
KR20100025328A (ko) | 2008-08-27 | 2010-03-09 | 삼성전자주식회사 | 이중가닥 영역과 말단 단일가닥 영역을 포함하는 이중가닥 핵산 프로브가 고정된 마이크로어레이를 제조하는 방법 |
EP3699828A1 (en) * | 2010-05-27 | 2020-08-26 | Emerald Therapeutics, Inc. | System and method for propagating information using modified nucleic acids |
AU2011319755B2 (en) * | 2010-10-27 | 2017-02-23 | President And Fellows Of Harvard College | Compositions of toehold primer duplexes and methods of use |
US20140302486A1 (en) | 2011-09-02 | 2014-10-09 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for detecting biomarkers of interest |
JP6427753B2 (ja) * | 2013-09-11 | 2018-11-28 | 国立大学法人大阪大学 | 熱対流生成用チップ、熱対流生成装置、及び熱対流生成方法 |
JP6637423B2 (ja) | 2013-12-16 | 2020-01-29 | ウィリアム マーシュ ライス ユニバーシティWilliam Marsh Rice University | 微調整された超特異的核酸ハイブリダイゼーションプローブ |
-
2017
- 2017-03-28 EP EP22156862.9A patent/EP4063014A1/en active Pending
- 2017-03-28 DK DK17776453.7T patent/DK3436198T3/da active
- 2017-03-28 ES ES17776453T patent/ES2920954T3/es active Active
- 2017-03-28 US US16/089,496 patent/US20200324292A1/en not_active Abandoned
- 2017-03-28 AU AU2017241766A patent/AU2017241766A1/en not_active Abandoned
- 2017-03-28 JP JP2018551295A patent/JP6998319B2/ja active Active
- 2017-03-28 PT PT177764537T patent/PT3436198T/pt unknown
- 2017-03-28 CN CN201780026551.7A patent/CN109477136A/zh active Pending
- 2017-03-28 KR KR1020187030052A patent/KR102472071B1/ko active IP Right Grant
- 2017-03-28 SG SG11201808493QA patent/SG11201808493QA/en unknown
- 2017-03-28 EP EP17776453.7A patent/EP3436198B1/en active Active
- 2017-03-28 KR KR1020227041286A patent/KR20230004792A/ko not_active Application Discontinuation
- 2017-03-28 WO PCT/US2017/024530 patent/WO2017172760A1/en active Application Filing
- 2017-03-28 RU RU2018137800A patent/RU2018137800A/ru not_active Application Discontinuation
- 2017-03-28 BR BR112018070197A patent/BR112018070197A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2017-03-28 CA CA3019422A patent/CA3019422A1/en active Pending
-
2018
- 2018-09-26 IL IL261980A patent/IL261980B2/en unknown
- 2018-09-28 PH PH12018502100A patent/PH12018502100A1/en unknown
-
2021
- 2021-12-20 JP JP2021205691A patent/JP2022037151A/ja not_active Withdrawn
-
2023
- 2023-06-23 AU AU2023203972A patent/AU2023203972A1/en active Pending
- 2023-11-10 JP JP2023192003A patent/JP2023184748A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2017241766A1 (en) | 2018-10-25 |
EP3436198B1 (en) | 2022-05-04 |
JP2022037151A (ja) | 2022-03-08 |
DK3436198T3 (en) | 2022-06-27 |
KR20190021198A (ko) | 2019-03-05 |
RU2018137800A3 (ru) | 2020-06-18 |
AU2023203972A1 (en) | 2023-07-13 |
EP4063014A1 (en) | 2022-09-28 |
CN109477136A (zh) | 2019-03-15 |
IL261980A (en) | 2018-10-31 |
IL261980B1 (en) | 2023-04-01 |
ES2920954T3 (es) | 2022-08-12 |
PT3436198T (pt) | 2022-07-13 |
WO2017172760A1 (en) | 2017-10-05 |
EP3436198A4 (en) | 2019-10-30 |
KR20230004792A (ko) | 2023-01-06 |
JP2019509751A (ja) | 2019-04-11 |
CA3019422A1 (en) | 2017-10-05 |
BR112018070197A2 (pt) | 2019-01-29 |
JP2023184748A (ja) | 2023-12-28 |
IL261980B2 (en) | 2023-08-01 |
US20200324292A1 (en) | 2020-10-15 |
SG11201808493QA (en) | 2018-10-30 |
PH12018502100A1 (en) | 2019-07-29 |
KR102472071B1 (ko) | 2022-11-29 |
JP6998319B2 (ja) | 2022-01-18 |
EP3436198A1 (en) | 2019-02-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US6524830B2 (en) | Microfluidic devices and systems for performing inefficient fast PCR | |
CA2384528C (en) | Reaction system for performing in the amplification of nucleic acids | |
Li et al. | Fast identification of foodborne pathogenic viruses using continuous-flow reverse transcription-PCR with fluorescence detection | |
RU2018137800A (ru) | Обнаружение нуклеиновых кислот на поверхности в устройствах с конвекционным потоком жидкости | |
Zhang et al. | Multichannel oscillatory-flow multiplex PCR microfluidics for high-throughput and fast detection of foodborne bacterial pathogens | |
JP2014513534A (ja) | 核酸のための周期変動性増幅反応 | |
Hettiarachchi et al. | Optical manipulation and control of real-time PCR in cell encapsulating microdroplets by IR laser | |
EP3006938B1 (en) | Real time quantitative and qualitative analysis method for biosubstance | |
Atceken et al. | Point‐of‐Care diagnostic platforms for loop‐mediated isothermal amplification | |
Guo et al. | An integrated microfluidic chip for the detection of bacteria–A proof of concept | |
JP2019509751A5 (ru) | ||
Peham et al. | Disposable microfluidic chip for rapid pathogen identification with DNA microarrays | |
Wages Jr | Polymerase chain reaction | |
Wang et al. | Towards a portable microchip system with integrated thermal control and polymer waveguides for real‐time PCR | |
AU2001235856B2 (en) | Method for analysing the length of a nucleic acid molecule | |
AU2018225245A1 (en) | System and method for purifying and amplifying nucleic acids | |
JP2019532647A5 (ru) | ||
Dey et al. | Polymerase chain reaction: principle, technique and applications in pathology | |
Dey | Polymerase Chain Reaction: Principle, Technique and Applications in Pathology | |
Qiu et al. | Development of a Real-Time Polymerase Chain Reaction Method to Measure Ligation Efficiency | |
Hataoka¹ et al. | Integrated microsystem of isothermal amplification of DNA and electrophoresis on a microfabricated plastic chip for detection of specific gene and analysis of genetic materials | |
CN103124796A (zh) | 用于pcr反应缓冲液中的细胞裂解的方法 | |
Batten et al. | Real-time reverse transcriptase PCR for the detection of bluetongue virus | |
Nilsson et al. | Single‐Nucleotide Sequence Discrimination In Situ Using Padlock Probes | |
Yetisen et al. | Nazente Atceken, Muhammad Munzer Alseed, Sajjad Rahmani Dabbagh |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20210716 |