RU2017131048A - Способы и системы для проверки инструментов - Google Patents
Способы и системы для проверки инструментов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017131048A RU2017131048A RU2017131048A RU2017131048A RU2017131048A RU 2017131048 A RU2017131048 A RU 2017131048A RU 2017131048 A RU2017131048 A RU 2017131048A RU 2017131048 A RU2017131048 A RU 2017131048A RU 2017131048 A RU2017131048 A RU 2017131048A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- values
- threshold
- fluorescence
- amplification
- amplification curves
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
- G01N21/25—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
- G01N21/27—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands using photo-electric detection ; circuits for computing concentration
- G01N21/274—Calibration, base line adjustment, drift correction
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N21/6452—Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N21/6456—Spatial resolved fluorescence measurements; Imaging
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
- G16B40/10—Signal processing, e.g. from mass spectrometry [MS] or from PCR
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
- G01N2021/6439—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
Claims (69)
1. Способ проверки инструмента, включающий в себя:
прием данных амплификации с проверочного планшета для генерирования множества кривых амплификации, причем проверочный планшет включает в себя пробу первого количества и второго количества, и каждая кривая амплификации включает в себя экспоненциальную область;
определение набора пороговых значений флуоресценции на основе экспоненциальных областей множества кривых амплификации;
определение, для каждого порогового значения флуоресценции набора, первого набора пороговых значений цикла (Ct) кривых амплификации, генерируемых из проб первого количества, и второго набора значений Ct кривых амплификации, полученных из проб второго количества; и
вычисление наличия достаточного различия первого и второго количества на основе значений Ct на каждом из множества пороговых значений флуоресценции.
2. Способ по п. 1, дополнительно содержащий:
отображение индикации того, что инструмент проверен, если первое и второе количества достаточно различимы.
3. Способ по п. 1, в котором вычисление достаточного различия первого и второго количества включает в себя определение среднего значения (μ) и стандартного отклонения (σ) первого и второго набора значений Ct.
4. Способ по п. 3, в котором первое и второе количество считаются достаточно различимыми, если следующее уравнение дает положительное число:
5. Способ по п. 1, в котором проба представляет собой ген RNase Р.
6. Способ по п. 1, в котором первое и второе количество отличаются.
7. Способ по п. 1, в котором имеет место 2-кратное различие между вторым количеством и первым количеством.
8. Способ по п. 4, в котором первое и второе количество считаются достаточно различимыми, если результатом уравнения будет положительное число хотя бы для одного порогового значения флуоресценции.
9. Способ по п. 1, дополнительно содержащий:
отбрасывание заданного количества выбросов из первого и второго наборов значений Ct.
10. Способ по п. 1, в котором набор пороговых значений флуоресценции включает в себя 90 пороговых значений флуоресценции.
11. Машиночитаемый носитель данных, содержащий исполняемые процессором инструкции для проверки инструмента, при этом инструкции содержат инструкции для:
приема данных амплификации с проверочного планшета для генерирования множества кривых амплификации, причем проверочный планшет включает в себя пробу первого количества и второго количества, и каждая кривая амплификации включает в себя экспоненциальную область;
определение набора пороговых значений флуоресценции на основе экспоненциальных областей множества кривых амплификации;
определение, для каждого порогового значения флуоресценции набора, первого набора пороговых значений цикла (Ct) кривых амплификации, генерируемых из проб первого количества, и второго набора значений Ct кривых амплификации, полученных из проб второго количества; и
вычисление наличия достаточного различия первого и второго количества на основе значений Ct на каждом из множества пороговых значений флуоресценции.
12. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, дополнительно содержащий инструкции для:
отображения индикации того, что инструмент проверен, если первое и второе количества достаточно различимы.
13. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, в котором инструкция для вычисления достаточного различия первого и второго количества включает в себя определение среднего значения (μ) и стандартного отклонения (σ) первого и второго набора значений Ct.
14. Машиночитаемый носитель данных по п. 13, в котором первое и второе количества достаточно различимыми, если следующее уравнение приводит к положительному числу:
15. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, в котором проба представляет собой ген RNase Р.
16. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, в котором первое и второе количество отличаются.
17. Машиночитаемый носитель записи по п. 11, в котором имеет место 2-кратное различие между вторым количеством и первым количеством.
18. Машиночитаемый носитель данных по п. 14, в котором первое и второе количества считаются достаточно различимыми, если результатом уравнения будет положительное число хотя бы для одного порогового значения флуоресценции.
19. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, дополнительно содержащий инструкции для:
отбрасывание заданного количества выбросов из первого и второго наборов значений Ct.
20. Машиночитаемый носитель данных по п. 11, в котором набор пороговых значений флуоресценции включает в себя 90 пороговых значений флуоресценции.
21. Система для проверки инструмента, содержащая:
процессор; и
память, сконфигурированную для хранения исполняемых процессором инструкций для:
приема данных амплификации с проверочного планшета для генерирования множества кривых амплификации, причем проверочный планшет включает в себя пробу первого количества и второго количества, и каждая кривая амплификации включает в себя экспоненциальную область;
определения набора пороговых значений флуоресценции на основе экспоненциальных областей множества кривых амплификации;
определение, для каждого порогового значения флуоресценции набора, первого набора пороговых значений цикла (Ct) кривых амплификации, генерируемых из проб первого количества, и второго набора значений Ct кривых амплификации, полученных из проб второго количества; и
вычисление наличия достаточного различия первого и второго количества на основе значений Ct на каждом из множества пороговых значений флуоресценции.
22. Система по п. 21, в которой память дополнительно содержит инструкции для:
отображения индикации того, что инструмент проверен, если первое и второе количества достаточно различимы.
23. Система по п. 21, в которой инструкция для вычисления достаточного различия первого и второго количеств включает в себя определение среднего значения (μ) и стандартного отклонения (σ) первого и второго набора значений Ct.
24. Система по п. 23, в которой первое и второе количества считаются достаточно различимыми, если следующее уравнение дает положительное число:
25. Система по п. 21, в которой проба представляет собой ген RNase Р.
26. Система по п. 21, в котором первое и второе количество отличаются.
27. Система по п. 21, в которой имеет место 2-кратное различие между вторым количеством и первым количеством.
28. Система по п. 24, в которой первое и второе количества считаются достаточно различимыми, если результатом уравнения будет положительное число хотя бы для одного порогового значения флуоресценции.
29. Система по п. 21, в которой память дополнительно содержит инструкции для отбрасывания заранее определенного количества выбросов из первого и второго множества значений Ct.
30. Система по п. 21, в которой набор пороговых значений флуоресценции включает в себя 90 пороговых значений флуоресценции.
31. Система для проверки инструмента, содержащая:
интерфейс ПЦР-инструмента, сконфигурированный для приема данных амплификации с проверочного планшета для генерирования множества кривых амплификации, причем проверочный планшет включает в себя пробу первого количества и второго количества, а каждая кривая амплификации включает в себя экспоненциальную область;
вычислитель Ct (порогового значения цикла), сконфигурированный для:
определения набора пороговых значений флуоресценции на основе экспоненциальных областей множества кривых амплификации, и
определения, для каждого порогового значения флуоресценции набора, первого набора пороговых значений цикла Ct кривых амплификации, генерируемых из проб первого количества, и второго набора значений Ct кривых амплификации, полученных из проб второго количества; базу данных Ct, сконфигурированную для хранения первого и второго набора значений Ct для каждого порогового значения флуоресценции набора; а также
устройство для проверки, сконфигурированное для вычисления наличия достаточного различия между первым количеством и вторым количеством на основе значений Ct на каждом из множества пороговых значений флуоресценции.
32. Система по п. 31, дополнительно содержащая:
Двигатель дисплея, сконфигурированный для отображения индикации того, что инструмент проверен, если первое и второе количества достаточно различимы.
33. Система по п. 31, в которой устройство для проверки дополнительно сконфигурировано для вычисления достаточного различия первого и второго количества и на определение среднего значения (μ) и стандартного отклонения (σ) первого и второго набора значений Ct.
34. Система по п. 33, в которой устройство для проверки определяет то, что первое и второе количества считаются достаточно различимыми, если следующее уравнение дает положительное число:
((μC tquant 1-3σC tquant 1) -((μC tquant 2-3σC tquant 2)).
35. Система по п. 31, в которой проба представляет собой ген RNase Р.
36. Система по п. 31, в котором первое и второе количество отличаются.
37. Система по п. 31, в которой имеет место 2-кратное различие между вторым количеством и первым количеством.
38. Система по п. 34, в которой устройство для проверки определяет то, что первое и второе количества считаются достаточно различимыми, если результатом уравнения будет положительное число хотя бы для одного порогового значения флуоресценции.
39. Система по п. 31, в которой Ct сконфигурирован для отбрасывания, заранее определенного количества выбросов из первого и второго множества значений Ct.
40. Система по п. 31, в которой набор пороговых значений флуоресценции включает в себя 90 пороговых значений флуоресценции.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562113077P | 2015-02-06 | 2015-02-06 | |
| US62/113,077 | 2015-02-06 | ||
| PCT/US2016/016730 WO2016127032A1 (en) | 2015-02-06 | 2016-02-05 | Methods and systems for instrument validation |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017131048A true RU2017131048A (ru) | 2019-03-06 |
Family
ID=55411745
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017131048A RU2017131048A (ru) | 2015-02-06 | 2016-02-05 | Способы и системы для проверки инструментов |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10648912B2 (ru) |
| EP (1) | EP3254080B1 (ru) |
| JP (1) | JP6782244B2 (ru) |
| KR (1) | KR102434235B1 (ru) |
| CN (1) | CN107430066B (ru) |
| BR (1) | BR112017016791B1 (ru) |
| RU (1) | RU2017131048A (ru) |
| SG (1) | SG11201706250VA (ru) |
| WO (1) | WO2016127032A1 (ru) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102531008B1 (ko) * | 2017-09-28 | 2023-05-11 | 주식회사 씨젠 | 증폭 데이터 표시 방법 및 장치 |
| CN107622185B (zh) * | 2017-10-27 | 2020-08-21 | 领航基因科技（杭州）有限公司 | 一种数字pcr浓度计算方法 |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU2003217749A1 (en) * | 2002-02-26 | 2003-09-09 | Pharmacia Corporation | Sequence detection system calculator |
| ATE496141T1 (de) * | 2003-12-06 | 2011-02-15 | Abbott Lab | Verfahren und system zum analysieren von reaktionen unter verwendung eines informationssystems |
| US7630849B2 (en) * | 2005-09-01 | 2009-12-08 | Applied Biosystems, Llc | Method of automated calibration and diagnosis of laboratory instruments |
| CN102597272A (zh) | 2009-11-12 | 2012-07-18 | 艾索特里克斯遗传实验室有限责任公司 | 基因座的拷贝数分析 |
| WO2011130184A2 (en) * | 2010-04-11 | 2011-10-20 | Life Technologies Corporation | SYSTEMS AND METHODS FOR MODEL-BASED qPCR |
| EP2641201B1 (en) * | 2010-11-16 | 2018-12-26 | Life Technologies Corporation | Systems and methods for the analysis of proximity binding assay data |
| JP2014507031A (ja) * | 2011-02-01 | 2014-03-20 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | タンパク質融解曲線データの分析のためのシステムおよび方法 |
| KR20120103496A (ko) * | 2011-03-09 | 2012-09-19 | 삼성테크윈 주식회사 | 실시간 중합효소 연쇄 반응에 있어서 표준 곡선 및 임계값을 획득하는 방법 |
| CN102787121B (zh) * | 2012-06-14 | 2014-04-30 | 浙江大学 | 一种转录因子基因功能验证的方法 |
| JP2014029282A (ja) * | 2012-07-31 | 2014-02-13 | Shimadzu Corp | 分析装置バリデーションシステム及び該システム用プログラム |
| EP2976434B1 (en) * | 2013-03-18 | 2017-08-02 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for analyzing biological reaction systems |
| CN103667439B (zh) * | 2013-08-02 | 2015-05-13 | 福建医科大学附属第一医院 | 可区分hbv b型和非b型的双探针实时定量pcr法 |
| CN104099370A (zh) * | 2014-07-16 | 2014-10-15 | 中国人民解放军南京军区福州总医院 | 肿瘤靶向治疗的非整合慢病毒载体系统及制备方法和应用 |
-
2016
- 2016-02-05 WO PCT/US2016/016730 patent/WO2016127032A1/en active Application Filing
- 2016-02-05 EP EP16706289.2A patent/EP3254080B1/en active Active
- 2016-02-05 JP JP2017541268A patent/JP6782244B2/ja active Active
- 2016-02-05 BR BR112017016791-3A patent/BR112017016791B1/pt active IP Right Grant
- 2016-02-05 RU RU2017131048A patent/RU2017131048A/ru not_active Application Discontinuation
- 2016-02-05 US US15/016,485 patent/US10648912B2/en active Active
- 2016-02-05 KR KR1020177025093A patent/KR102434235B1/ko active IP Right Grant
- 2016-02-05 CN CN201680009016.6A patent/CN107430066B/zh active Active
- 2016-02-05 SG SG11201706250VA patent/SG11201706250VA/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN107430066A (zh) | 2017-12-01 |
| US10648912B2 (en) | 2020-05-12 |
| EP3254080A1 (en) | 2017-12-13 |
| BR112017016791A2 (pt) | 2018-04-17 |
| BR112017016791B1 (pt) | 2023-02-14 |
| KR102434235B1 (ko) | 2022-08-22 |
| KR20170134361A (ko) | 2017-12-06 |
| US20160231245A1 (en) | 2016-08-11 |
| EP3254080B1 (en) | 2023-10-04 |
| JP2018510619A (ja) | 2018-04-19 |
| JP6782244B2 (ja) | 2020-11-11 |
| SG11201706250VA (en) | 2017-08-30 |
| CN107430066B (zh) | 2021-07-13 |
| WO2016127032A1 (en) | 2016-08-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20220223233A1 (en) | Display of estimated parental contribution to ancestry | |
| RU2654575C2 (ru) | Способ и устройство для детектирования хромосомных структурных аномалий | |
| EA021550B1 (ru) | Способ и система для оценки целостности трубопровода и машиночитаемый носитель | |
| JP2019511037A5 (ru) | ||
| US9607128B2 (en) | Detection and correction of jumps in real-time PCR signals | |
| JP2016509308A5 (ru) | ||
| JP6043793B2 (ja) | 試料処理量を増やすための補間センサデータの外挿 | |
| JP6228639B2 (ja) | 試料処理量を高めるための内挿センサデータの外挿 | |
| RU2017102502A (ru) | Визуальные инструменты для анализа отказов в распределенных системах | |
| US20160371177A1 (en) | Method for determining an amount of available resources ensuring a quality user experience | |
| US10998083B2 (en) | Method and apparatus for estimating the quantity of microorganisms within a taxonomic unit in a sample | |
| JP2016517565A5 (ru) | ||
| RU2017131048A (ru) | Способы и системы для проверки инструментов | |
| WO2016046183A1 (en) | Design of digital pcr for non-invasive prenatal testing | |
| US20160132637A1 (en) | Noise model to detect copy number alterations | |
| US20160154931A1 (en) | Method and device for detecting chromosomal aneuploidy | |
| JP5895358B2 (ja) | 破壊検査システム、破壊検査方法、データ処理プログラムおよびプログラム記録媒体 | |
| US9720759B2 (en) | Server, model applicability/non-applicability determining method and non-transitory computer readable medium | |
| JP5895396B2 (ja) | 破壊検査システム、破壊検査方法、データ処理プログラムおよびプログラム記録媒体 | |
| US20130117275A1 (en) | Index monitoring system, index monitoring method and program | |
| RU2016105643A (ru) | Способ и устройство для ликвидации скважины | |
| JP2015041259A (ja) | リスク計量システム | |
| Aimé et al. | Different kinds of genetic markers permit inference of Paleolithic and Neolithic expansions in humans | |
| CN112613263B (zh) | 仿真验证方法、装置、电子设备和计算机可读存储介质 | |
| CN108073518A (zh) | 一种测试用例管理方法及装置 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20190206 |