JP2014507031A - タンパク質融解曲線データの分析のためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、米国仮特許出願第61/438,621号(2011年2月1日出願)、米国仮特許出願第61/450,306号(2011年3月8日出願)、および米国仮特許出願第61/496,980号(2011年6月14日出願)に基づく優先権を主張する。これら全ての出願は、参照により本明細書に引用される。
FTinitial=データが適合される、初期温度に対する信号振幅であり、
FTfinal=データが適合される、最終温度に対する信号振幅であり、
T=FTinitialとFTfinalとの間の任意のデータ点に対する温度であり、
Tm=適合に対して解決されるべき、曲線に対するタンパク質融解温度であり、
C=定数である。
Norm=max(N1,N2,・・・Nn)
に基づいて、得られ得る。
本式では、N1、N2,・・・Nnは、ピーク(P1、P2・・・Pn)が、多相融解曲線のn次導関数プロットの限界R1とR2との間の連続移動閾値に対して段階的にカウントされる回数を表す。加えて、図3の方法120の種々の実施形態に対して、ピーク検出頻度値は、以下のように、各ピークに対して決定され得る。
Γ(n)=N1/max(N1,N2,・・・Nn),N2/max(N1,N2,・・・Nn),...Νn/max(N1,N2,・・・Nn)
本式では、各ピークに対するピーク検出頻度は、ピークが、正規化値によって除算される連続移動閾値に対して連続的にカウントされる回数の商として決定される。
X%=Nr/max(N1,N2,・・・Nn)
種々の実施形態では、棄却限界X%は、約0.5%から約6%であり得る。種々の実施形態では、エンドユーザが、棄却限界を選択し得る。図3の方法120の種々の実施形態の実施例は、図8に描写される。図8では、19の連続的段階的閾値が、求められ、ピークの数が、19の閾値の各々において決定された。本実施例では、P1は、Γ(1)16%で、3回、カウントされ、P2は、Γ(1)5%で、1回、カウントされ、P3は、Γ(1)100%で、19回、カウントされる。2%に設定された棄却限界に対しては、本実施例における全ピークが、一次導関数ピーク値によって決定されたTm値を有するピークとして選択されるであろう。6%に設定された棄却限界に対しては、P2は、棄却され、2つのピークP1およびP3が、一次導関数ピーク値によって決定されたTm値を有するピークとして選択されるであろう。
Claims (15)
- プロセッサと、
前記プロセッサと通信するメモリと
を含み、
前記メモリは、
前記プロセッサによって、タンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を行うための命令を記憶し、
前記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの前記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、システム。 - 前記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、前記データのn次導関数プロットの表示である、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、請求項1に記載のシステム。
- タンパク質融解曲線データを分析するために、プロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたコンピュータ可読媒体であって、前記命令は、
複数のサンプルに対するタンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を行うための命令を含み、
前記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの前記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、コンピュータ可読媒体。 - 前記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、前記データのn次導関数プロットの表示である、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 生物学的サンプル中のゲノム遺伝子座に対する遺伝子型を決定するためのコンピュータ実装方法であって、
プロセッサによって、タンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
コンピュータ上で、前記タンパク質融解曲線データのセットを処理することと
を含み、前記処理することは、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を含み、前記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの前記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、方法。 - 前記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、前記データのn次導関数プロットの表示である、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
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