JP6127116B2 - タンパク質融解曲線データの分析のためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Description
本願は、米国仮特許出願第61/438,621号(2011年2月1日出願)、米国仮特許出願第61/450,306号(2011年3月8日出願)、および米国仮特許出願第61/496,980号(2011年6月14日出願)に基づく優先権を主張する。これら全ての出願は、参照により本明細書に引用される。
例えば、本明細書は、以下を提供する。
(項目1)
プロセッサと、
上記プロセッサと通信するメモリと
を含み、
上記メモリは、
上記プロセッサによって、タンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
上記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの上記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を行うための命令を記憶し、
上記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの上記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、システム。
(項目2)
上記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、項目1に記載のシステム。
(項目3)
上記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、上記データのボルツマン適合の表示である、項目1に記載のシステム。
(項目4)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、上記データのn次導関数プロットの表示である、項目1に記載のシステム。
(項目5)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、項目1に記載のシステム。
(項目6)
タンパク質融解曲線データを分析するために、プロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたコンピュータ可読媒体であって、上記命令は、
複数のサンプルに対するタンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
上記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの上記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を行うための命令を含み、
上記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの上記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、コンピュータ可読媒体。
(項目7)
上記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、項目6に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目8)
上記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、上記データのボルツマン適合の表示である、項目6に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目9)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、上記データのn次導関数プロットの表示である、項目6に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目10)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、項目6に記載のコンピュータ可読媒体。
(項目11)
生物学的サンプル中のゲノム遺伝子座に対する遺伝子型を決定するためのコンピュータ実装方法であって、
プロセッサによって、タンパク質融解曲線データのセットを受信することと、
コンピュータ上で、上記タンパク質融解曲線データのセットを処理することと
を含み、上記処理することは、
上記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットを生成して、表示することと、
処理されたタンパク質融解曲線データの上記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することと
を含み、上記双方向分析は、処理されたタンパク質融解曲線データの第2のデータセットの表示を生成することを含み、処理されたタンパク質融解曲線データの上記第2のセットは、ユーザ入力に応答して生成される、方法。
(項目12)
上記タンパク質融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、項目11に記載のコンピュータ実装方法。
(項目13)
上記第1のデータセットおよび第2のデータセットの表示は、上記データのボルツマン適合の表示である、項目11に記載のコンピュータ実装方法。
(項目14)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、上記データのn次導関数プロットの表示である、項目11に記載のコンピュータ実装方法。
(項目15)
上記第1のデータおよび第2のデータセットの表示は、複製群の中心化傾向および分散を表示する菱形プロットである、項目11に記載のコンピュータ実装方法。
FTinitial=データが適合される、初期温度に対する信号振幅であり、
FTfinal=データが適合される、最終温度に対する信号振幅であり、
T=FTinitialとFTfinalとの間の任意のデータ点に対する温度であり、Tm=適合に対して解決されるべき、曲線に対するタンパク質融解温度であり、
C=定数である。
Norm=max(N1,N2,・・・Nn)
に基づいて、得られ得る。
本式では、N1、N2,・・・Nnは、ピーク(P1、P2・・・Pn)が、多相融解曲線のn次導関数プロットの限界R1とR2との間の連続移動閾値に対して段階的にカウントされる回数を表す。加えて、図3の方法120の種々の実施形態に対して、ピーク検出頻度値は、以下のように、各ピークに対して決定され得る。
Γ(n)=N1/max(N1,N2,・・・Nn),N2/max(N1,N2,・・・Nn),...Νn/max(N1,N2,・・・Nn)
本式では、各ピークに対するピーク検出頻度は、ピークが、正規化値によって除算される連続移動閾値に対して連続的にカウントされる回数の商として決定される。
X%=Nr/max(N1,N2,・・・Nn)
種々の実施形態では、棄却限界X%は、約0.5%から約6%であり得る。種々の実施形態では、エンドユーザが、棄却限界を選択し得る。図3の方法120の種々の実施形態の実施例は、図8に描写される。図8では、19の連続的段階的閾値が、求められ、ピークの数が、19の閾値の各々において決定された。本実施例では、P1は、Γ(1)16%で、3回、カウントされ、P2は、Γ(1)5%で、1回、カウントされ、P3は、Γ(1)100%で、19回、カウントされる。2%に設定された棄却限界に対しては、本実施例における全ピークが、一次導関数ピーク値によって決定されたTm値を有するピークとして選択されるであろう。6%に設定された棄却限界に対しては、P2は、棄却され、2つのピークP1およびP3が、一次導関数ピーク値によって決定されたTm値を有するピークとして選択されるであろう。
Claims (15)
- プロセッサと、
前記プロセッサと通信するメモリと
を含み、
前記メモリは、
前記プロセッサによって、初期融解曲線データのセットを受信することと、
前記プロセッサによって、データを適合するために、第1の温度範囲を定義する分析の第1の領域を受信することであって、前記第1の温度範囲における初期温度および最終温度は、第2の温度範囲を定義する分析の第2の領域を定義するために、反復的に変化させられることが可能である、ことと、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットの第1の表示を生成して、表示することと、
処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することであって、前記双方向分析は、処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの第2の表示を生成して、表示することを含み、
前記第1の表示および前記第2の表示は、前記ユーザに対して並行して表示され、
前記第2の表示は、前記第1のデータセットのn次導関数であり、
前記第1の表示および前記第2の表示は、前記第1の表示に対する温度範囲の変化が、同時に、前記第2の表示に対する温度範囲を変化させるように同期され、前記温度範囲は、前記インターフェース上で双方向ツールを用いて反復的に変化させられることが可能である、ことと
を行うための命令を記憶する、システム。 - 前記融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータセットの前記第1の表示は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータセットの前記第2の表示は、前記データの一次導関数プロットの表示である、請求項1に記載のシステム。
- 前記第1のデータセットの菱形プロットを表示することをさらに含み、前記菱形プロットは、複製群の中心化傾向および分散を表示する、請求項1に記載のシステム。
- 融解曲線データを分析するために、プロセッサによって実行可能な命令を含むプログラムを記憶している非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記命令は、
複数のサンプルに対する初期融解曲線データのセットを受信することと、
データを適合するために、第1の温度範囲を定義する分析の領域を受信することであって、前記第1の温度範囲における初期温度および最終温度は、第2の温度範囲を定義するために、反復的に変化させられることが可能である、ことと、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットの第1の曲線を生成して、表示することと、
処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することであって、前記双方向分析は、処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの第2の曲線を生成して、表示することを含み、
前記第1の曲線および前記第2の曲線は、前記ユーザに対して並行して表示され、
前記第2の曲線は、前記第1のデータセットのn次導関数であり、
第1の表示および第2の表示は、分析の領域の変化が、前記第1の表示および前記第2の表示に対する分析の領域を同時に変化させるように同期され、前記分析の領域は、前記インターフェース上で双方向ツールを用いて反復的に変化させられることが可能である、ことと
を行うための命令を含む、コンピュータ可読媒体。 - 前記融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータセットの前記第1の曲線は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータセットの前記第2の曲線は、前記データの一次導関数プロットの表示である、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 前記第1のデータセットの菱形プロットを表示することをさらに含み、前記菱形プロットは、複製群の中心化傾向および分散を表示する、請求項6に記載のコンピュータ可読媒体。
- 生物学的サンプル中のゲノム遺伝子座に対する遺伝子型を決定するためのコンピュータ実装方法であって、
プロセッサによって、初期融解曲線データのセットを受信することと、
前記プロセッサによって、データを適合するために、第1の温度範囲を定義する分析の領域を受信することであって、前記第1の温度範囲における初期温度および最終温度は、第2の温度範囲を定義するために、反復的に変化させられることが可能である、ことと、
コンピュータ上で、前記融解曲線データのセットを処理することと
を含み、前記処理することは、
前記初期融解曲線データからの処理された融解曲線データの第1のデータセットの第1の表示を生成して、表示することと、
処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの双方向分析のためのインターフェースをエンドユーザに提示することであって、前記双方向分析は、処理された融解曲線データの前記第1のデータセットの第2の表示を生成して、表示することを含み、
前記第1の表示および前記第2の表示は、前記ユーザに対して並行して表示され、
前記第2の表示は、前記第1のデータセットのn次導関数であり、
前記第1の表示および前記第2の表示は、分析の領域の変化が、前記第1の表示および前記第2の表示に対する分析の領域を同時に変化させるように同期され、前記分析の領域は、前記インターフェース上で双方向ツールを用いて反復的に変化させられることが可能である、ことと
を含む、方法。 - 前記融解曲線データは、エンドユーザによって選択された分析群に対する温度の関数としての検出器応答値を含む、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータセットの前記第1の表示は、前記データのボルツマン適合の表示である、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータセットの前記第2の表示は、前記データの一次導関数プロットの表示である、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記第1のデータセットの菱形プロットを形成することをさらに含み、前記菱形プロットは、複製群の中心化傾向および分散を表示する、請求項11に記載のコンピュータ実装方法。
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