KR102531008B1 - 증폭 데이터 표시 방법 및 장치 - Google Patents

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Abstract

본 발명에 따른 증폭 데이터 표시 방법은 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하는 단계; 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고, 상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 플레이트들을 표시하는 단계; 및 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 단계;를 포함한다.

Description

증폭 데이터 표시 방법 및 장치
본 발명은 핵산 증폭 반응에 의해 생성된 증폭 데이터를 표시하는 방법 및 장치에 관한 것이다.
중합효소 연쇄반응(Polynucleotide chain reaction: PCR)으로 공지된 가장 많이 사용되는 핵산 증폭 반응은 이중가닥 DNA의 변성, DNA 주형에로의 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 어닐링 및 DNA 중합효소에 의한 프라이머 연장의 반복된 사이클 과정을 포함한다(Mullis 등, 미국 특허 제4,683,195호, 제4,683,202호 및 제4,800,159호; Saiki et al., (1985) Science 230, 1350-1354).
실시간 PCR(Real time PCR)은 샘플에서 타겟 핵산을 실시간으로 검출하기 위한 PCR 기반 기술이다. 특정 타겟 핵산을 검출하기 위하여, PCR 반응 시 타겟 핵산의 양에 비례하여 검출 가능한 형광신호를 방출하는 신호발생수단이 이용된다. 타겟 핵산의 양에 비례하는 형광신호가 실시간 PCR을 통하여 각 측정지점(사이클) 마다 검출되어, 각 측정지점 및 상기 측정지점에서의 신호값을 포함하는 데이터 세트가 수득되고, 데이터 세트로부터 측정지점 대비 검출되는 형광신호의 세기를 표시한 증폭곡선(amplification curve) 또는 증폭 프로파일 곡선(amplification profile curve)이 수득된다.
일반적으로 실시간 PCR에 의한 증폭곡선은 베이스라인(baseline) 영역, 지수(exponential) 영역, 정체(plateau) 영역으로 구분된다. 지수 영역은 PCR 증폭 산물의 증가에 비례하여 방출되는 형광신호가 증가하는 영역이며, 정체 영역은 PCR 증폭 산물의 증가 및 형광신호의 방출이 포화상태에 이르러 더 이상 형광신호의 증가가 나타나지 않는 영역이다. 베이스라인 영역은 반응 초기에 형광신호가 변화 없이 일정하게 유지되는 영역을 의미한다. 베이스라인 영역은 PCR 반응 산물이 방출하는 형광신호가 검출될 정도로 충분하지 않기 때문에, 타겟 분석 물질의 증폭에 의한 형광신호보다는 반응 샘플 자체의 형광신호와 측정 시스템 자체의 형광신호인 배경신호(background signal)가 베이스라인 영역의 형광신호의 대부분을 차지한다.
종래 실시간 PCR 반응 장치들(예를 들어, Bio-rad 사의 CFX96, Thermo Fisher 사의 QS5 등)은 플레이트에 포함된 반응 웰들로부터 수득된 데이터 세트를 증폭곡선 또는 테이블의 형식 등으로 표시할 수 있는 윈도우를 제공한다. 다만, 종래의 실시간 PCR 반응 장치들이 제공하는 윈도우는 하나의 플레이트에 포함된 반응 웰들로부터 수득된 데이터 세트를 표시하게 할 뿐이고, 서로 다른 플레이트에 포함된 2개 이상의 반응 웰들에 수득된 정보를 통합하여 표시하게 하지는 못한다. 종래 실시간 PCR 반응 장치들은 하나의 윈도우에 하나의 플레이트에 대한 데이터만을 표시할 수 있기 때문에, 새로운 윈도우에 또 다른 플레이트에 대한 데이터를 표시한다. 따라서, 사용자가 서로 다른 플레이트에 포함된 데이터 세트 또는 증폭곡선을 동시에 확인하거나 비교하기 어려운 단점이 있다. 예를 들어, 동일한 환자의 2개 이상의 샘플들이 서로 다른 플레이트에 포함된 경우, 사용자는 동일한 환자의 샘플들의 데이터를 확인하기 위해 2개 이상의 윈도우를 확인해야 한다.
본 발명은 서로 다른 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합하여 표시하는 방법 및 장치를 제공한다.
본 발명에 따른 증폭 데이터 표시 방법은 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하는 단계; 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고, 상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 플레이트들을 표시하는 단계; 및 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 단계;를 포함한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 상기 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터의 표시는 상기 선택된 반응 웰들을 상기 통합 데이터 표시 영역으로 드래그 앤 드랍하는 동작을 수신하여 실시되는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 설정된 선택 기준에 따라 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 서로 다른 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 식별 정보를 이용한 분류 방식에 따라 증폭 데이터를 정렬하여 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 플레이트 표시 영역에는 플레이트의 이미지가 표시되고, 플레이트 상의 반응 웰들은 아이콘으로 표시되거나 또는 반응 웰들에 대한 식별 정보를 나타내는 텍스트로 표시되는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터는 사이클 번호 및 신호값 세트, 특정 사이클에서의 신호값, 양성/음성 판단 결과 및 Ct 값 중 최소 하나를 포함하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 플레이트 표시 영역은 표시되는 플레이트의 추가를 위한 아이콘을 포함하거나 또는 상기 통합 데이터 표시 영역은 다른 증폭 데이터의 표시의 추가를 위한 아이콘을 포함하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따른 데이터 처리 장치는 메모리; 디스플레이 장치; 및 프로세서를 포함하고, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하고, 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 플레이트들을 표시하고, 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시한다.
일 예에서, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터의 표시는 상기 선택된 반응 웰들을 상기 통합 데이터 표시 영역으로 드래그 앤 드랍하는 동작을 수신하여 실시되는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 설정된 선택 기준에 따라 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 서로 다른 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 식별 정보를 이용한 분류 방식에 따라 증폭 데이터를 정렬하여 표시하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 플레이트 표시 영역에는 플레이트의 이미지가 표시되고, 플레이트 상의 반응 웰들은 아이콘으로 표시되거나 또는 반응 웰들에 대한 식별 정보를 나타내는 텍스트로 표시되는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 증폭 데이터는 사이클 번호 및 신호값 세트, 특정 사이클에서의 신호값, 양성/음성 판단 결과 및 Ct 값 중 최소 하나를 포함하는 것을 특징으로 한다.
일 예에서, 상기 플레이트 표시 영역은 표시되는 플레이트의 추가를 위한 아이콘을 포함하거나 또는 상기 통합 데이터 표시 영역은 다른 증폭 데이터의 표시의 추가를 위한 아이콘을 포함하는 것을 특징으로 한다.
다음 단계들을 컴퓨터에서 실행시키기 위한 프로그램을 기록한 비-일시적(non-transitory) 기록매체는 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하는 단계; 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고, 상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 플레이트들을 표시하는 단계; 및 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 단계;를 포함한다.
본 발명은 사용자에 의해 선택에 따라 복수의 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합하여 표시할 수 있다.
본 발명은 선택 기준 또는 정렬 기준에 따라 복수의 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시할 수 있다.
도 1은 일 실시 예에 따른 증폭 장치 및 증폭 데이터를 표시하는 장치를 나타낸다.
도 2는 일 실시 예에 따른 데이터 처리 장치를 설명하기 위한 구성도이다.
도 3은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 순서도이다.
도 4는 일 실시 예에 따라 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 Graphic User Interface (GUI) 및 이를 이용한 증폭 데이터 표시 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 5 및 6은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 GUI를 이용하여 복수의 통합 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 7은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 GUI를 이용하여 복수의 통합 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 8은 일 실시 예에 따른 플레이트를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 9 및 도 10은 일 실시 예에 따라 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 Graphic User Interface (GUI) 및 이를 이용한 증폭 데이터 표시 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 11은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 플레이트를 추가하기 위한 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 12는 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 통합 데이터를 추가하기 위한 방법을 설명하기 위한 도면이다.
이하, 실시 예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시 예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시 예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
본 발명에서 용어 "핵산 증폭 반응"은 polymerase chain reaction을 기반으로 하는 다양한 PCR을 포함한다. 예를 들어, 정량 PCR (quantitative PCR), digital PCR, 비대칭 PCR (asymmetric PCR), 역전사 효소 PCR (RT-PCR), 분별 디스플레이 PCR (Differential Display PCR: DD-PCR), 중첩 (nested PCR) 임의적 프라이밍 PCR(AP-PCR), 멀티플렉스 PCR, SNP 지놈 타이핑 PCR 등을 포함한다.
본 발명에서 용어 “플레이트"는 PCR 장치에서 증폭 반응이 수행되는 기준 단위이며, 증폭 반응 후 생성되는 데이터가 저장되는 기본 단위를 의미한다. 서로 다른 플레이트들은 동일한 증폭 장치를 이용하여 서로 다른 시간에 증폭반응이 수행된 플레이트들이거나, 같은 시간에 다른 증폭 장치들에 의해 증폭반응이 수행된 플레이트들일 수 있다.
플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함한다. 플레이트는 N x M 개의 반응 웰들을 포함할 수 있다. 통상적으로 플레이트는 12 x 8 또는 8 x 12 개의 반응 웰들을 포함한다. 플레이트의 반응 웰은 플레이트와 일체형이거나 분리 가능한 튜브 형태일 수 있다. 플레이트는 직사각형의 형태일 수 있으나, 플레이트는 하나 이상의 반응 웰을 포함하는 것으로 직사각형 이외에도 원형, 사다리, 마름모 등 다양한 형태로 구현될 수 있다.
플레이트의 웰은 분석하고자 하는 샘플 및 핵산 증폭 반응에 필요한 시약들을 포함한다.
본 발명에서 용어 “타겟 분석물(target analyte)”은 타겟 핵산분자(예컨대, DNA 및 RNA)이다.
타겟 핵산분자는 예컨대, 원핵세포 핵산, 진핵세포 (예컨대, 원생동물과 기생동물, 균류, 효모, 고등 식물, 하등 동물 및 포유동물과 인간을 포함하는 고등동물) 핵산, 바이러스(예컨대, 헤르페스 바이러스, HIV, 인플루엔자 바이러스, 엡스타인-바 바이러스, 간염 바이러스, 폴리오바이러스 등) 핵산 또는 비로이드 핵산을 포함한다. 타겟 핵산분자는 자연적으로 발생된 것뿐 만 아니라 인위적인 핵산서열들을 포함하며, 알려진 서열이나 알려지지 않은 서열을 포함할 수 있다. 상기 핵산서열은 자연적으로 유도되거나, 재조합에 의해 생성 (recombinantly produced), 또는 화학적으로 합성될 수 있다. 본 발명의 일 구현예에 따르면, 타겟 핵산분자는 뉴클레오타이드 변이를 포함하는 핵산서열이다.
본 명세서에서 용어 “샘플”는 생물학적 샘플(예컨대, 세포, 조직 및 체액) 및 비생물학적 샘플(예컨대, 음식물, 물 및 토양)를 포함하며, 상기 생물학적 샘플은 예컨대, 바이러스, 세균, 조직, 세포, 혈액(전혈, 혈장 및 혈청 포함), 림프, 골수액, 타액, 객담(sputum), 스왑(예컨대, nasopharyngeal swab, nasal swab, throat swab, cervical swab, urethral swab, vaginal swab, rectal swab), 흡인액(aspirate, 예컨대 nasopharyngeal aspirate), 우유, 소변(urine), 분변(stool), 안구액, 정액, 뇌 추출물, 척수액, 뇌척수액(cerebrospinal fluid), 관절액, 흉선액, 기관지 세척액, 기관지폐포 세척액(bronchoalveolar lavage), 복수, 양막액 및 LBC(liquid based cytology) 시료(예컨대, ThrinPrepTM 및 SurepathTM)이다. 타겟 분석물이 타겟 핵산분자인 경우 상기 샘플은 본 기술분야에서 공지된 핵산 추출(nucleic acid extraction) 과정을 거칠 수 있다(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001). 상기 핵산 추출 과정은 샘플의 종류에 따라 달라질 수 있다. 또한, 상기 추출된 핵산이 RNA인 경우 cDNA를 합성하기 위한 역전사(reverse transcription) 과정을 추가로 거칠 수 있다(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001).
본 명세서에서 용어 "신호-발생 반응“은 샘플 내 타겟 분석물의 특성(properties), 예컨대 활성, 양 또는 존재(또는 부존재), 구체적으로 존재(또는 부존재)에 의존적으로 신호를 발생시키는 반응을 의미한다. 본 발명의 일 구현 예에 따르면, 신호-발생 반응은 유전적 분석 과정이다. 신호-발생 반응은 신호 변화를 동반한다. 본 명세서에서 용어 "신호“는 측정 가능한 아웃풋을 의미한다.
신호의 크기, 변화 등은 타겟 분석물의 특성, 구체적으로 존재 또는 부존재를 정성적으로 또는 정량적으로 지시하는 지시자 역할을 한다. 빈번히 사용되는 지시자는 형광 세기(fluorescence intensity)이다. 상기 신호 변화는 신호의 발생 또는 소멸, 신호의 크기 등의 증가뿐만 아니라 감소도 포함한다.
핵산 증폭 과정에서 타겟 핵산분자의 존재에 의존적으로 신호를 발생시킬 수 있는 다양한 신호-발생 수단을 이용하여 신호를 제공하는 방법이 알려져 있으며, 본 발명에서는 어떠한 방법도 사용할 수 있다.
증폭 반응을 통하여 수득하는 데이터 세트에는 증폭 사이클이 포함된다.
용어 "사이클"은 일정한 과정의 반응을 반복하거나 일정한 시간 간격 기준으로 반응을 반복하는 경우, 상기 반복의 하나의 단위를 의미한다.
일 예로 중합효소 연쇄 반응(PCR)의 경우 하나의 사이클은 핵산의 변성단계(denaturation), 핵산과 프라이머의 결합 단계(hybridization 또는 annealing) 및 프라이머의 연장 단계(extension)를 포함하는 반응을 의미한다. 이 경우 일정한 조건의 변화는 반응의 반복 횟수의 증가이며, 상기 일련의 단계를 포함하는 반응의 반복 단위가 하나의 사이클로 설정된다.
본 발명에서 타겟 핵산분자의 증폭은 알려진 다양한 방법으로 실시할 수 있다. 예를 들어, 중합효소연쇄반응(the polymerase chain reaction (PCR)), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification (SDA)), 전사 매개 증폭(transcription-mediated amplification), 염기순서기반증폭(nucleic acid sequence-based amplification (NASBA)) 등이 있다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 상기 신호-발생수단은 형광 표지를 포함한다. 보다 구체적으로 상기 신호-발생수단은 형광 단일표지 또는 공여 분자(donor molecule) 및 수용 분자(acceptor molecule)를 포함하는 상호작용적인 이중 표지(예컨대, 형광 리포터 분자 및 퀀처 분자 포함)를 포함한다.
형광표지를 사용하는 경우, 신호값은 RFU(Relative Fluorescence Unit) 값으로 표현될 수 있다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 증폭 반응은 타겟 분석물(구체적으로, 타겟 핵산분자)의 증폭이 수반되면서 신호를 증폭한다. 본 발명의 일 구현 예에 따르면, 증폭 반응은 PCR, 구체적으로 실시간 PCR에 따라 실시된다.
신호-발생 반응에 의해 얻은 데이터 세트는 신호-발생 반응의 사이클들 및 사이클들에서의 신호값들을 포함하는 복수의 데이터 지점을 포함한다.
본 명세서에서 용어 “신호값”은 신호-발생 반응, 특히 증폭 반응의 사이클에서 실제적으로 측정된 신호의 수준(예컨대, 신호의 세기)을 일정한 스케일에 따라 수치화한 값 또는 이들의 변형값을 의미한다.
본 명세서에 용어 “데이터 지점(data point)”은 사이클 및 신호값을 포함하는 하나의 좌표값(a coordinate value)을 의미한다. 용어 “데이터”는 데이터 세트를 구성하는 모든 정보를 의미한다. 예컨대, 증폭 반응의 사이클 및 신호값 각각은 데이터이다.
신호-발생 반응, 특히 증폭 반응에 의해 얻어진 데이터 지점들은 2차원 직교 좌표계에 나타낼 수 있는 좌표값으로 표시될 수 있다. 상기 좌표값에서 X-축은 해당 사이클 수를 나타내며, Y-축은 해당 사이클에서 측정 또는 가공된 신호값을 나타낸다.
본 명세서에 용어 “데이터 세트”는 상기 데이터 지점들의 집합을 의미한다. 예를 들어, 데이터 세트는 신호-발생수단의 존재 하에서 수행된 증폭 반응을 통하여 직접적으로 수득되는 데이터 지점의 집합일 수 있으며 또는 이러한 데이터 세트를 변형한 변형된 데이터 세트일 수 있다. 상기 데이터 세트는 증폭 반응에 의해 수득되는 복수의 데이터 지점들 또는 이의 변형된 데이터 지점들의 일부 또는 전체일 수 있다.
한편 본 발명의 데이터 세트는 복수의 데이터 세트를 가공하여 수득한 데이터 세트일 수 있다. 복수의 타겟 분석물에 대한 분석을 하나의 반응용기에서 수행하는 경우, 경우에 따라 상기 복수의 타겟 분석물에 대한 데이터 세트는 상기 하나의 반응용기에서 이루어진 반응으로부터 수득된 데이터 세트들의 가공을 통하여 수득될 수 있다. 예를 들어 하나의 반응용기에서 이루어진 복수의 타겟 분석물에 대한 데이터 세트는 서로 다른 온도에서 측정된 신호로부터 수득한 복수의 데이터 세트를 가공(processing)하여 수득될 수 있다.
데이터 세트는 플롯팅될 수 있으며 이에 의해 증폭곡선을 얻을 수 있다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 본 발명의 방법은 데이터 세트를 수득하기 위한 신호-발생 반응을 실시하는 단계를 추가적으로 포함한다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 신호-발생 반응에 의해 수득되는 타겟 분석물에 대한 데이터 세트는 타겟 분석물의 존재 또는 부존재를 나타내는 데이터 세트이다. 용어 “샘플 내 타겟 분석물의 존재 또는 부존재 결정”은 샘플 내 타겟 분석물을 정성적으로 또는 정량적으로 결정하는 것을 의미한다.
도 1은 일 실시 예에 따른 증폭 장치 및 증폭 데이터를 표시하는 장치를 나타낸다. 도 1을 참조하면, 분석 시스템은 증폭 장치(110) 및 데이터 처리 장치(120)를 포함한다. 분석 시스템은 샘플 내 타겟 분석물의 존재 또는 부존재를 결정하고, 사용자에게 분석 결과를 표시할 수 있다. 샘플 내 타겟 분석물의 존재는 양성, 부존재는 음성을 표현될 수 있다.
증폭 장치(110)는 핵산 증폭 반응을 수행하는 장치이다. 증폭 장치(110)는 샘플들의 온도를 증가, 감소시키는 동작을 반복하여 수행할 수 있다. 증폭 장치(110)는 각 사이클마다 샘플들로부터 발생하는 신호를 측정하여 데이터 세트를 수득할 수 있다.
증폭 장치(110)는 하나의 플레이트에 대한 핵산 증폭 반응을 수행할 수 있다. 증폭 장치(110)는 서로 다른 시간에 복수의 플레이트들에 대한 핵산 증폭 반응을 수행할 수 있다. 또한, 복수의 증폭 장치(110)들이 동시에 복수의 플레이트들에 대한 핵산 증폭 반응을 수행할 수 있다. 증폭 장치(110)는 핵산 증폭 반응을 수행하여 샘플들로부터 데이터 세트를 수득한다.
데이터 처리 장치(120)는 데이터 세트를 이용하여 증폭곡선을 생성할 수 있다. 데이터 처리 장치(120)는 데이터 세트로부터 노이즈를 제거하고, 노이즈-제거 데이터 세트를 이용하여 증폭곡선을 생성할 수 있다. 데이터 처리 장치(120)는 플레이트의 반응 웰에서 생성된 데이터를 분석하여 각 샘플에 대한 양성/음성(positive/negative), Ct(Cycle threshold) 값, 특정 사이클에서의 신호값 (예를 들어, RFU 값) 등을 결정할 수 있다.
데이터 세트로부터 노이즈를 제거, 증폭곡선을 생성, 데이터 세트 분석, 양성/음성 등을 결정하는 것은 증폭 장치(110)에 의해 수행될 수도 있다. 또는 2 이상의 데이터 처리 장치에 의하여 수행될 수 있다.
증폭 장치(110)와 데이터 처리 장치(120) 간 또는 복수의 데이터 처리 장치 간은 케이블(130)로 연결되거나, 무선으로 연결되어 상호 정보를 전송할 수 있다. 또는 기록매체를 통하여 데이터가 교환될 수 있다.
데이터 처리 장치(120)는 데이터 세트를 분석하여, 샘플 내 타겟 분석물이 존재 또는 부존재 하는지 여부를 결정하고, 샘플에 대한 데이터를 검출 및 메모리에 저장할 수 있다.
데이터 처리 장치(120)는 디스플레이 장치(124)를 포함한다. 디스플레이 장치(120)는 데이터 세트, 노이즈-제거 데이터 또는 증폭곡선 등을 표시할 수 있다. 또한, 디스플레이 장치(124)는 각 샘플마다 타겟 분석물이 존재하는지 부존재 하는지를 표시할 수 있고, 각 샘플마다 Ct 값, 신호값 (예를 들어, RFU 값) 등의 검출 결과를 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치(120)는 기록매체(122)에 포함된 데이터를 독출(read)할 수 있다. 기록매체(122)는 데이터 세트를 저장하거나, 데이터 처리 장치(120)에서 사용되는 프로그램 등을 저장할 수 있다. 기록 매체(122)는 CD 또는 USB 등일 수 있다.
데이터 처리 장치(120)는 컴퓨터, 스마트폰, 테블릿, 웨어러블 디바이스 등일 수 있다.
도 2는 일 실시 예에 따른 데이터 처리 장치를 설명하기 위한 구성도이다. 도 2를 참조하면, 데이터 처리 장치(200)는 프로세서(210), 메모리(220) 및 디스플레이 장치(230)를 포함한다.
메모리(220)는 데이터를 저장한다. 메모리(220)는 증폭 장치(110)로부터 수신된 데이터를 저장하거나, 프로세서(210)에 의해 처리된 데이터를 저장할 수 있다. 예를 들어, 메모리(220)는 데이터 세트, 노이즈-제거 데이터 세트, 증폭곡선, Ct 값, 신호값 (예를 들어, RFU 값) 등을 저장할 수 있다. 메모리(220)는 플레이트 단위 또는 스트립 단위로 데이터를 저장할 수 있다. 메모리(220)는 복수의 플레이트들에 대한 데이터 및 복수의 플레이트들에 대한 데이터에 기초하여 생성된 통합 데이터를 저장할 수 있다. 플레이트에 대한 데이터는 플레이트를 식별하기 위한 숫자나 문자, 플레이트에 대해 기록된 정보 또는 플레이트에 포함된 반응 웰들에 대한 데이터를 포함한다. 플레이트에 대해 기록된 정보는 플레이트에 대해 증폭 반응이 수행된 날짜, 시간, 방법 등 다양한 정보를 포함한다. 반응 웰들에 대한 데이터는 반응 웰들 각각에 대한 데이터 세트, 노이즈-제거 데이터 세트, 증폭곡선, Ct 값, 신호값 등을 포함한다.
도 2에서는 메모리(220)가 프로세서(210)와 별도의 구성으로 도시되어 있으나, 메모리(220)가 프로세서(210)과 하나의 장치로 구현될 수도 있다. 예를 들어, 메모리(220)는 프로세서(210)의 내부에 포함된 캐쉬와 같은 스토리지일 수 있다.
프로세서(210)는 메모리(220)에 데이터를 기록(write)하거나, 메모리(220)로부터 데이터를 독출(read)할 수 있다. 프로세서(210)는 디스플레이 장치(230)를 제어하여, 디스플레이 장치(230)에 데이터를 표시할 수 있다. 예를 들어, 프로세서(210)는 디스플레이 장치(230)에 테이블, 그래프 또는 텍스트 등을 표시할 수 있다.
도 2에서는 데이터 처리 장치(200)가 하나의 프로세서(210)를 포함하는 것을 도시하고 있으나, 데이터 처리 장치(200)는 하나 이상의 프로세서(210)를 포함할 수 있다.
디스플레이 장치(230)는 프로세서(210)의 제어에 의해 그래프, 테이블 또는 텍스트 등을 표시할 수 있다. 예를 들어, 디스플레이 장치(230)는 데이터 세트, 증폭 곡선 등을 그래프로 표시할 수 있다. 디스플레이 장치(230)는 플레이트 식별 정보, 반응 웰 식별 정보 및 증폭 데이터 등을 테이블로 표시할 수 있다.
도 3은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 순서도이다. 도 3을 참조하면, 데이터 처리 장치는 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시할 수 있다.
단계 310에서, 데이터 처리 장치는 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시한다. 데이터 처리 장치는 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 하나의 윈도우에 표시할 수 있다. 예를 들어, 통합 데이터 표시 영역은 윈도우에서 왼쪽에 표시되고, 플레이트 표시 영역은 윈도우에서 오른쪽에 표시될 수 있다.
플레이트 표시 영역은 2 이상의 탭들을 포함할 수 있고, 각각의 탭이 선택되면 표시되는 영역도 플레이트 표시 영역에 포함된다.
플레이트 표시 영역은 2 이상의 별도의 윈도우들을 포함할 수 있고, 각각의 윈도우가 선택되면 표시되는 영역도 플레이트 표시 영역에 포함된다.
플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 복수의 플레이트들이 표시되는 영역이다. 다시 말해서, 플레이트 표시 영역은 플레이트들에 대한 핵산 증폭 반응이 수행된 후에 핵산 증폭 반응의 결과가 플레이트 단위로 표시되는 영역이다.
통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터가 표시되는 영역이다. 증폭 데이터는 각각의 반응 웰들로부터 생성된다. 예를 들어, 증폭 데이터는 사이클에 대한 신호값의 세트, Ct 값, 특정 사이클에서의 신호값 (예를 들어, RFU 값) 등일 수 있다.
통합 데이터 표시 영역에 표시되는 통합 데이터는 서로 다른 플레이트들에 포함된 웰들의 증폭 데이터이다. 복수의 통합 데이터가 표시되는 경우, 각각의 통합 데이터는 서로 다른 플레이트들에 포함된 2이상의 웰들의 증폭 데이터를 포함한다. 예를 들어, 제1 통합 데이터는 제1 플레이트의 A1 웰 및 제2 플레이트의 B2 웰의 증폭 데이터를 포함할 수 있고, 제2 통합 데이터는 제2 플레이트의 C4 웰 및 제3 플레이트의 D5 웰의 증폭 데이터를 포함할 수 있다.
통합 데이터 표시 영역은 2 이상의 탭들을 포함할 수 있고, 탭이 선택되면 표시되는 영역도 통합 데이터 표시 영역에 포함된다.
통합 데이터 표시 영역은 2 이상의 별도의 윈도우들을 포함할 수 있고, 윈도우가 선택되면 표시되는 영역도 통합 데이터 표시 영역에 포함된다.
단계 320에서, 데이터 처리 장치는 플레이트 표시 영역에 2 이상의 플레이트들을 표시한다. 데이터 처리 장치는 사용자 입력을 수신한 후, 사용자 입력에 의해 선택된 플레이트들을 표시할 수 있다. 예를 들어, 사용자는 핵산 증폭 반응이 완료된 플레이트들을 선택할 수 있고, 데이터 처리 장치는 사용자에 의해 선택된 플레이트들을 표시한다. 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 반응 웰들로부터 증폭 데이터가 생성된다.
플레이트 표시 영역은 단순히 하나의 화면을 나타내는 것이 아니며, 2 이상의 탭들을 포함하거나 2 이상의 별도의 윈도우들을 포함할 수 있다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 2 이상의 플레이트들을 하나의 화면에 영역을 나누어 표시하거나, 서로 다른 플레이트들을 서로 다른 탭에 표시하거나 서로 다른 플레이트들을 서로 다른 윈도우들에 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치는 플레이트를 표시할 때, 플레이트에 포함된 복수의 반응 웰들을 선택 가능한 아이콘으로 표시할 수 있다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 하나의 플레이트에 96개의 반응 웰들을 96개의 원으로 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 반응 웰들의 특성, 반응 결과 등에 따라 컬러, 패턴, 모양 등을 다르게 표시할 수 있다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 양성인 반응 웰들은 흰색으로 표시하고, 음성인 반응 웰들은 검은색으로 표시할 수 있다.
단계 330에서, 데이터 처리 장치는 표시된 플레이트들 중 2 이상의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역에 표시한다. 2 이상의 플레이트들은 서로 다른 플레이트들을 의미한다. 다시 말해서, 데이터 처리 장치는 2 이상의 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역에 표시할 수 있고, 2 이상의 반응 웰들은 서로 다른 플레이트들에 포함된다. 예를 들어, 사용자가 제1 반응 웰 및 제2 반응 웰을 선택하였다면, 제1 반응 웰은 제1 플레이트에 포함된 반응 웰이고, 제2 반응 웰은 제2 플레이트에 포함된 반응 웰일 수 있다. 만약, 사용자가 4개의 반응 웰들을 선택하였다면, 제1 및 제2 반응 웰들은 제1 플레이트에 포함된 반응 웰이고, 제3 반응 웰은 제2 플레이트에 포함된 반응 웰이고, 제4 반응 웰은 제3 플레이트에 포함된 반응 웰일 수 있다.
통합 데이터 표시 영역은 단순히 하나의 화면을 나타내는 것이 아니고, 2 이상의 탭들을 포함하거나 2 이상의 윈도우들을 포함할 수 있다. 각각의 통합 데이터는 서로 다른 탭 또는 서로 다른 윈도우에 표시될 수 있고, 각각의 통합 데이터는 서로 다른 플레이트들에 포함된 2 이상의 웰들의 증폭 데이터를 포함한다.증폭 데이터를 표시하는 것은 선택된 2 이상의 반응 웰들의 증폭 데이터를 동일한 영역에 그래프로 표시하거나, 하나의 테이블에 함께 표시하는 것을 의미한다. 데이터 처리 장치가 증폭 데이터를 표시하는 방법은 이하의 도면을 통해 자세히 설명한다.
도 4는 일 실시 예에 따라 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 Graphic User Interface (GUI) 및 이를 이용한 증폭 데이터 표시 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 4를 참조하면, 데이터 처리 장치는 복수의 플레이트들에서 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 하나의 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 복수의 플레이트들에 포함된 반응 웰들 중 선택된 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시할 수 있다. 예를 들어, 도 4는 플레이트 표시 영역(420)에 검은색으로 표시된 2개의 반응 웰들이 선택된 경우를 설명한다. 데이터 처리 장치는 제1 플레이트(421)의 C2 웰의 증폭 데이터 및 제2 플레이트(422)의 B5 웰의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시한다.
예를 들어, 제1 플레이트(421)의 C2 웰의 증폭 데이터 및 제2 플레이트(422)의 B5 웰의 증폭 데이터는 동일한 환자로부터 수집된 샘플을 이용하여 서로 다른 타겟 분석물에 대하여 분석을 실시하는 경우 수득될 수 있는 증폭 데이터일 수 있다. 따라서, 동일한 환자에 대한 증폭 반응이 서로 다른 플레이트에서 수행되어도, 사용자는 동일한 환자의 증폭 데이터를 통합하여 확인할 수 있다.
데이터 처리 장치는 복수의 플레이트들을 하나의 화면에 표시하기 때문에, 사용자가 복수의 플레이트들에서 복수의 반응 웰들을 선택하는 것이 용이하다. 또한, 데이터 처리 장치는 동일한 환자의 반응 웰들은 동일한 컬러 또는 패턴을 갖는 아이콘 등으로 표시할 수 있고, 사용자가 동일한 환자의 반응 웰들을 용이하게 확인 및 선택할 수 있다. 또는, 데이터 처리 장치는 동일한 환자의 반응 웰들은 동일한 숫자, 문자 또는 기호 등으로 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치는 통합 데이터 표시 영역(410)과 플레이트 표시 영역(420)을 구분하여 표시할 수 있다. 플레이트 표시 영역(420)에 제1 플레이트(421), 제2 플레이트(422) 및 제3 플레이트(423)가 표시된다.
각각의 플레이트 부분 (part)에 표시될 증폭 반응 플레이트는 사용자가 지정할 수 있거나, 미리 정해져 있을 수 있다. 해당 플레이트 부분에서 사용자의 선택 요청 입력을 인식하고, 증폭 반응 플레이트 리스트를 제공하며, 사용자의 선택 입력을 인식하는 방식으로 표시되는 증폭 반응 플레이트가 설정(또는 결정)될 수 있다.
도 4에서는 플레이트 표시 영역(420)에 3개의 플레이트들(421 내지 423)을 표시하는 경우를 예를 들어 설명하지만, 데이터 처리 장치는 플레이트 표시 영역(420)에 4개 이상의 플레이트들을 표시할 수 있다.
플레이트 표시 영역(420)에 추가 아이콘(430)이 표시될 수 있다. 사용자에 의해 추가 아이콘(430)이 선택되면, 데이터 처리 장치는 플레이트를 표시할 수 있는 영역을 추가로 표시할 수 있다. 예를 들어, 도 4에서는 제1 내지 제3 플레이트들(421 내지 423)을 표시하고 있을 때, 사용자가 추가 아이콘(430)을 선택하면, 데이터 처리 장치는 제4 플레이트를 표시할 수 있는 영역을 제3 플레이트의 하단에 표시할 수 있다. 도 4에서 추가 아이콘(430)이 도형으로 표시되었으나, "추가"와 같은 문자가 표시된 박스 등으로 표시될 수 있다.
데이터 처리 장치는 사용자가 선택한 반응 웰들을 식별하고, 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시한다. 도 4에서는 사용자에 의해 선택된 반응 웰들을 검정색으로 표시하였다. 사용자에 의해 선택된 제1 반응 웰은 제1 플레이트(421)의 C2 웰이고, 제2 반응 웰은 제2 플레이트(422)의 B5 웰이다.
사용자가 선택한 웰들은 자동으로 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시될 수 있다. 또는 사용자는 제1 플레이트(421)의 C2 웰 및 제2 플레이트(422)의 B5 웰을 통합 데이터 표시 영역(410)으로 드래그 앤 드랍할 수 있다.
데이터 처리 장치는 드래그 앤 드랍을 인식하여 C2 웰 및 B5 웰의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시한다. 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시된 그래프는 C2 웰 및 B5 웰의 데이터 세트 또는 증폭곡선을 나타낸다. 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시된 테이블은 C2 웰 및 B5 웰의 Ct 값, RFU 값 등을 표시할 수 있다. 사용자에 의해 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터가 표시될 때, 각각의 반응 웰들이 포함된 플레이트가 함께 표시될 수 있다. 예를 들어, 통합 데이터 표시 영역(410)의 테이블의 "plate"항목에 선택된 반응 웰들이 포함된 플레이트가 표시된다.
사용자는 플레이트에서 복수의 웰들을 영역 지정 방식으로 지정할 수 있고, 데이터 처리 장치는 지정된 영역에 포함된 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합하여 통합 데이터 표시 영역(410)에 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치는 선택 기준 또는 정렬 기준에 따라 플레이트들의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(1010)에 표시할 수 있다. 선택 기준 또는 정렬 기준은 디폴트로 설정되거나 사용자에 의해 미리 설정될 수 있다.
통합 데이터는 그래프 및/또는 테이블 형태로 표시 될 수 있다.
도 5 및 6은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 GUI를 이용하여 복수의 통합 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 5는 제1 통합 데이터(511)를 표시하는 화면을 도시하고, 도 6은 제2 통합 데이터(512)를 표시하는 화면을 도시한다. 도 5 및 6에서 현재 표시되는 통합 데이터는 굵은 선으로 표시된다. 어느 통합 데이터를 표시할지는 사용자의 선택에 따라 결정된다. 데이터 처리 장치는 복수의 통합 데이터를 서브 탭들을 이용하여 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 사용자가 선택하는 서브 탭을 식별하고, 선택된 서브 탭에 대응하는 통합 데이터를 표시한다. 도 5는 제1 통합 데이터(511)를 나타내는 서브 탭이 선택된 경우를 도시한다.
도 5는 제1 통합 데이터(511)로 제1 플레이트의 C2 웰 및 제2 플레이트의 B5 웰의 증폭 데이터를 표시하는 것을 예로서 도시한다. 도 6은 제2 통합 데이터(512)로 제1 플레이트의 D3 웰 및 제3 플레이트의 A1 웰의 증폭 데이터를 표시하는 것을 예로서 도시한다. 도 5 및 6에 도시된 바와 같이, 제1 통합 데이터와 제2 통합 데이터는 서로 다른 반응 웰들의 증폭 데이터를 포함할 수 있다.
추가 아이콘(513)은 또 다른 통합 데이터를 표시하기 위한 아이콘이다. 사용자가 추가 아이콘(513)을 선택하면, 제3 통합 데이터를 표시하기 위한 서브 탭이 생성된다. 도 5 및 도 6에서 추가 아이콘(513)이 도형으로 표시되었으나, "추가"와 같은 문자가 표시된 박스 등으로 표시될 수 있다.
도 7은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제1 GUI를 이용하여 복수의 통합 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 7은 제1 통합 데이터(711) 및 제2 통합 데이터(712)가 하나의 화면상에 표시되는 예를 설명한다. 도 5 및 6에서는 제1 통합 데이터(511) 및 제2 통합 데이터(512)가 서로 다른 서브 탭들을 이용하여 표시되었으나, 도 7은 제1 통합 데이터(711) 및 제2 통합 데이터(712)가 동일한 화면의 상, 하에 배치되는 예이다.
도 7에서는 제1 통합 데이터(711)에는 제1 플레이트의 C2 웰의 증폭 데이터 및 제2 플레이트의 B1 웰의 증폭 데이터가 표시된다. 제2 통합 데이터(12)에는 제2 플레이트의 D1 웰의 증폭 데이터 및 제3 플레이트의 B2 웰의 증폭 데이터가 표시된다.
도 7과 같이 하나의 화면에 2 이상의 통합 데이터가 함께 표시되면, 사용자는 통합 데이터 영역(710)에 표시된 증폭 데이터를 함께 확인할 수 있다. 도 7에서는 제1 통합 데이터(711)가 화면의 상단에 표시되고, 제2 통합 데이터(712)가 화면의 하단에 표시되었으나, 제1 통합 데이터(711)이 화면의 왼쪽에 표시되고, 제2 통합 데이터(712)가 제1 통합 데이터(711)의 오른쪽에 표시될 수도 있다. 도 7에서는 2개의 통합 데이터(711, 712)가 표시된 예를 설명하였으나, 통합 데이터 표시 영역(710)은 3 이상의 통합 데이터를 포함할 수 있다.
서로 다른 통합 데이터에 표시되는 반응 웰들은 서로 다른 컬러, 패턴, 모양 등으로 구별될 수 있다. 예를 들어, 제1 통합 데이터(711)에 표시되는 반응 웰들은 파란색으로 표시되고, 제2 통합 데이터(712)에 표시되는 반응 웰들은 빨간색으로 표시될 수 있다. 또한, 도 7에 도시된 바와 같이, 제1 통합 데이터(711)에 표시되는 반응 웰들은 세로 방향의 패턴으로 표시되고, 제2 통합 데이터(712)에 표시되는 반응 웰들은 가로 방향의 패턴으로 표시될 수 있다.
통합 데이터 표시 영역에 복수 개의 통합 데이터 부분(part)를 한 화면에 표시하는 경우, 선택 반응 웰을 드래그 앤 드랍하여 원하는 통합 데이터 부분에 위치시킬 수 있다.
도 8은 일 실시 예에 따른 플레이트를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 8을 참조하면, 데이터 처리 장치는 플레이트에 포함된 반응 웰들을 다양한 방법으로 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 증폭 반응의 결과를 표시하거나, 반응 웰들의 특성을 표시하거나, 반응 웰들에 대해 사용자가 입력한 정보를 표시할 수 있다.
사용자가 플레이트(810)를 선택하면, 데이터 처리 장치는 반응 웰들의 양성/음성 검출 결과를 표시할 수 있다. 예를 들어, 도 8에서 검정색으로 표시된 반응 웰들은 음성인 반응 웰들을 나타내고, 흰색으로 표시된 반응 웰들은 양성인 반응 웰들을 나타낸다. 데이터 처리 장치는 양성/음성뿐만 아니라, 음성 대조군(negative control)을 포함한 반응 웰은 N으로 표시하거나, 양성 대조군(positive control)을 포함한 반응 웰은 P로 표시할 수 있다.
사용자가 웰 정보(820)을 선택하면, 데이터 처리 장치는 반응 웰들에 대해 입력된 식별 정보를 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 환자 식별 정보 (환자 ID), 샘플 번호, 농도, 타겟 병원균, 검출신호 제공 표지 타입 등을 나타내는 텍스트를 표시할 수 있다. 예를 들어, 도 8에서 반응 웰들의 위치에 기재된 1 내지 8의 숫자들은 환자들을 식별하기 위한 숫자일 수 있다. 데이터 처리 장치는 동일한 환자에 대한 반응 웰들에 동일한 숫자를 표시할 수 있다. 예를 들어, 8명의 환자들에 대한 증폭 반응을 수행하였을 때, ID-1번이 표시된 2개의 반응 웰들은 제1 환자를 나타내고, ID-2번이 표시된 3개의 반응 웰들은 제2 환자를 나타낼 수 있다. 도 8에서는 환자를 식별하는 경우를 예를 들어 설명하였으나, 웰 정보(820)에서 표시되는 텍스트는 사용자가 지정할 수 있으며, 복수개의 정보를 표시할 수 있다.
도 9 및 도 10은 일 실시 예에 따라 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 Graphic User Interface (GUI) 및 이를 이용한 증폭 데이터 표시 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 9는 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 플레이트를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다.
도 9을 참조하면, 데이터 처리 장치는 서브 탭들을 이용하여 복수의 플레이트들을 서로 다른 서브 탭들에 표시할 수 있다.
도 9에서 플레이트 표시 영역(910)은 점선으로 표시된 영역이다. 굵은 실선으로 표시된 영역은 현재 화면에 표시된 플레이트이다. 도 9에서는 플레이트 표시 영역(910)에 제 1 내지 제3 플레이트가 포함되고, 제1 플레이트가 현재 화면에 표시되고 있다. 사용자가 제2 플레이트를 선택하면, 제2 플레이트가 화면에 표시된다.
플레이트 표시 영역(910)은 3개의 서브 탭들을 포함한다. 도 9에서는 3개의 서브 탭들을 이용하여 3개의 플레이트들만을 도시하고 있으나, 플레이트 표시 영역(910)에는 3개 이상의 서브 탭들이 표시될 수 있다.
사용자가 제1 플레이트를 선택하면, 제1 플레이트의 반응 웰들이 아이콘들로 표시되거나 반응 웰들에 대한 증폭 데이터가 텍스트 또는 그래프로 표시된다. 각각의 플레이트 탭에 표시되는 플레이트는 미리 정하여져 있거나, 각각의 탭에서 직접 선택할 수 있다. 사용자는 증폭 데이터를 표시하고자 하는 반응 웰들을 선택할 수 있다.
아이콘들에 컬러나 텍스트 등을 이용하여 반응 웰들의 정보를 표시할 수 있다. 그래프에는 반응 웰들의 데이터 세트가 표시되고, 테이블에는 반응 웰들의 Ct 값, RFU 값 같은 데이터가 표시된다.
도 10은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 통합 데이터를 표시하는 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 10을 참조하면, 데이터 처리 장치는 서브 탭들을 이용하여 복수의 통합 데이터를 표시할 수 있다. 또한, 데이터 처리 장치는 선택 기준 또는 정렬 기준에 따라 플레이트들의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역(1010)에 표시할 수 있다.
도 10에서는 제1 및 제2 통합 데이터를 표시하는 경우를 예를 들어 설명하지만, 데이터 처리 장치는 1개의 통합 데이터를 표시하거나 3개 이상의 통합 데이터를 표시할 수 있다. 통합 데이터는 적어도 하나 이상의 플레이트에 포함된 증폭 데이터를 포함한다.
도 10에서 통합 데이터 표시 영역(1010)은 점선으로 표시된 영역이다. 굵은 실선으로 표시된 영역은 현재 화면에 표시된 통합 데이터이다. 도 10은 제1 통합 데이터를 도시하고 있고, 환자 ID를 기준으로 정렬된 증폭 데이터를 표시한다. 환자 ID가 동일하면, 플레이트를 기준으로 증폭 데이터가 정렬된다.
도 10에서는 제1 내지 제3 플레이트들이 사용자에 의해 선택되었으므로, 데이터 처리 장치는 제1 내지 제3 플레이트들에 포함된 증폭 데이터를 표시할 수 있다. 다시 말해서, 사용자가 플레이트들을 선택하면, 데이터 처리 장치는 선택된 플레이트들을 자동으로 식별하고, 식별된 플레이트들에 포함된 증폭 데이터를 표시할 수 있다.
일 구현예에 따르면, 데이터 처리 장치는 선택 기준(또는 정렬 기준)을 설정한다. 선택 기준(또는 정렬 기준)은 사용자에 의해 설정되거나, 디폴트로 설정될 수 있다. 데이터 처리 장치는 설정된 선택 기준에 따라 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터만을 통합 데이터 표시 영역(1010)에 표시할 수 있다. 또한, 데이터 처리 장치는 설정된 정렬 기준에 따라 반응 웰들의 증폭 데이터를 정렬하여 통합 데이터 표시 영역(1010)에 표시할 수 있다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 반응 웰들의 식별 정보를 이용한 분류 방식에 따라 증폭 데이터를 정렬하여 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치는 선택 기준(또는 정렬 기준)에 따라 증폭 데이터를 표시한다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 선택 기준에 따라 복수의 플레이트에서 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 제1 통합 데이터로 표시할 수 있다. 데이터 처리 장치는 정렬 기준에 따라 추가적으로 정렬된 증폭 데이터를 제1 통합 데이터로 표시할 수 있다. 또 다른 예에 따르면, 데이터 처리 장치는 선택된 모든 플레이트의 반응 웰의 증폭 데이터를 정렬 기준에 따라 정렬된 증폭 데이터를 제2 통합 데이터로 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치는 또 다른 선택 기준에 따라 선택된 증폭 데이터 또는 또 다른 정렬 기준에 따라 정렬된 증폭 데이터를 제3 통합 데이터로 표시할 수 있다.
데이터 처리 장치가 선택 기준에 따라 선택하거나 정렬 기준에 따라 정렬하는 증폭 데이터는 사용자에 의해 선택된 플레이트들에 포함된 반응 웰들에 포함된 증폭 데이터이다. 다시 말해서, 데이터 처리 장치는 현재 윈도우에서 사용자에 의해 선택된 플레이트들(현재 윈도우에 표시된 플레이트들)에 포함된 증폭 데이터를 통합 데이터에 표시한다. 선택 기준이나 정렬 기준이 미리 설정되어 있다면, 사용자가 플레이트를 선택하는 것만으로도, 데이터 처리 장치는 자동으로 통합 데이터를 생성 및 표시할 수 있다.
사용자는 통합 데이터에 표시되는 증폭 데이터의 선택 기준을 결정할 수 있다. 예를 들어, 반응 웰 고유번호, 환자 식별 정보 (환자 ID), 샘플 번호, 농도, 타겟 병원균, 검출신호 제공 표지 타입 등 플레이트 내의 반응 웰의 식별에 사용될 수 있는 반응 웰 식별 정보, 플레이트 번호 등 플레이트 식별에 사용되는 플레이트 식별 정보 또는 반응 웰의 Ct 값, 양성/음성 등의 증폭 데이터 정보를 이용하여 사용자는 선택 기준을 결정할 수 있다.
데이터 처리 장치는 사용자에 의해 결정된 선택 기준에 따라 증폭 데이터를 표시한다. 예를 들어, 사용자가 환자 ID로 001을 선택하면, 데이터 처리 장치는 환자 ID가 001인 증폭 데이터만을 수집하여 통합 데이터로 표시한다.
사용자는 제1 통합 데이터에 표시되는 증폭 데이터의 정렬 기준을 결정할 수 있다. 예를 들어, 반응 웰 고유번호, 환자 식별 정보 (환자 ID), 샘플 번호, 농도, 타겟 병원균, 검출신호 제공 표지 타입 등 플레이트 내의 반응 웰의 식별에 사용될 수 있는 반응 웰 식별 정보, 플레이트 번호 등 플레이트 식별에 사용되는 플레이트 식별 정보 또는 반응 웰의 Ct 값, 양성/음성 등의 증폭 데이터 정보를 이용하여 정렬 기준을 결정할 수 있다. 예를 들어, 사용자가 환자 ID를 선택 기준으로 결정하면, 데이터 처리 장치는 환자 ID를 기준으로 증폭 데이터를 정렬하여 표시한다.
선택 기준 또는 정렬 기준은 디폴트로 설정될 수 있다. 디폴트는 사용자가 특별히 지정하지 않아도 미리 설정된 선택 또는 정렬 기준이다. 예를 들어, 선택 기준의 디폴트로 플레이트 전부가 설정될 수 있다. 또는 선택 기준의 디폴트로 특정 타입의 검출 표지를 이용한 반응 웰이 설정되거나, 특정 병원균을 검출하기 위한 반응 웰이 설정할 수 있다. 한편, 정렬 기준의 디폴트로 환자 ID가 설정할 수 있다. 이 경우, 사용자의 입력이 없어도, 환자 ID를 기준으로 증폭 데이터를 정렬한다. 환자 ID 또는 샘플 번호를 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 플레이트들에 포함된 동일한 환자 ID 또는 샘플 번호의 증폭 데이터를 테이블의 인접한 위치에 표시한다. 농도를 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 농도가 낮은 순에서 높은 순으로 증폭 데이터를 정렬하거나, 농도가 높은 순에서 낮은 순으로 증폭 데이터를 정렬할 수 있다. 플레이트 번호를 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 동일한 플레이트 번호의 증폭 데이터를 테이블의 인접한 위치에 표시한다. 웰을 기준으로 정렬하는 경우, 반응 웰들의 위치에 따라 증폭 데이터를 정렬한다. 예를 들어, 데이터 처리 장치는 제1 플레이트의 A3 웰, 제2 플레이트의 A3 웰, 제3 플레이트의 A3 웰을 테이블의 인접한 위치에 표시할 수 있다. Ct 값을 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 Ct 값이 낮은 순에서 높은 순으로 증폭 데이터를 정렬하거나, Ct 값이 높은 순에서 낮은 순으로 증폭 데이터를 정렬한다. 양성/음성을 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 양성인 반응 웰들의 증폭 데이터를 테이블의 인접한 위치에 표시하고, 음성인 반응 웰들의 증폭 데이터를 테이블의 인접한 위치에 표시한다.
데이터 처리 장치는 2 이상의 정렬 기준을 기초로 증폭 데이터를 정렬하여 표시할 수 있다. 예를 들어, 양성/음성 및 Ct 값을 기준으로 정렬하는 경우, 데이터 처리 장치는 양성인 증폭 데이터를 Ct 값이 높은 순서에서 낮은 순으로 정렬할 수 있다. 도 10의 경우, ID 및 플레이트를 기준으로 증폭 데이터가 정렬된 경우이다. 따라서, 데이터 처리 장치는 ID순으로 정렬하되, ID가 동일하면 플레이트의 순서로 증폭 데이터를 정렬한다.
선택적으로 (alternatively), 사용자에 의해 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 통합 데이터 표시 영역 (1010)에 표시할 수 있다.
도 11은 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 플레이트를 추가하기 위한 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 11을 참조하면, 데이터 처리 장치는 추가 아이콘들(1110, 1120)을 표시할 수 있다. 제1 추가 아이콘(1110)은 플레이트를 추가하기 위한 아이콘이고, 제2 추가 아이콘(1120)은 통합 데이터를 추가하기 위한 아이콘이다. 굵은 실선은 현재 화면에 표시되는 플레이트를 나타낸다. 상단의 윈도우는 굵은 실선으로 제1 플레이트를 표시하고, 하단의 윈도우는 굵은 실선으로 제2 플레이트를 표시한다.
도 11은 사용자가 제1 추가 아이콘(1110)을 선택하였을 때, 제2 플레이트를 추가하는 것을 설명한다. 제2 플레이트는 제1 플레이트의 오른쪽에 생성된다. 데이터 처리 장치는 표시된 플레이트들에 포함된 증폭 데이터만을 통합 데이터로 표시할 수 있다.
도 12는 일 실시 예에 따른 증폭 데이터 표시 방법을 수행하기 위한 제2 GUI를 이용하여 통합 데이터를 추가하기 위한 방법을 설명하기 위한 도면이다. 도 12는 사용자가 제2 추가 아이콘(1120)을 선택하였을 때, 제2 통합 데이터를 추가하는 것을 설명한다. 제2 통합 데이터는 제1 통합 데이터의 오른쪽에 생성된다. 데이터 처리 장치는 제2 통합 데이터에 대한 선택 기준 또는 정렬 기준에 따라 증폭 데이터를 표시할 수 있다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현 예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서, 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.

Claims (17)

  1. 핵산 증폭 반응에 의해 생성된 증폭 데이터를 표시하는 방법에 있어서,
    플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하는 단계; 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고,
    상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 서로 다른 플레이트들을 동시에 표시하는 단계; 및 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 반응 웰들은 사용자로부터 선택 가능한 아이콘으로 상기 플레이트에 표시되고,
    상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 서로 다른 플레이트들에서 사용자로부터 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 단계;를 포함하는 방법.
  2. 제 1 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 상기 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제 2 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터의 표시는 상기 선택된 반응 웰들을 상기 통합 데이터 표시 영역으로 드래그 앤 드랍하는 동작을 수신하여 실시되는 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제 1 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 설정된 선택 기준에 따라 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 하는 방법.
  5. 제 1 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터를 표시하는 단계는 서로 다른 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 식별 정보를 이용한 분류 방식에 따라 증폭 데이터를 정렬하여 표시하는 것을 특징으로 하는 방법.
  6. 제 1 항에 있어서,
    상기 플레이트 표시 영역에는 플레이트의 이미지가 표시되고, 플레이트 상의 상기 반응 웰들은 반응 웰들에 대한 식별 정보를 나타내는 텍스트로 표시되는 것을 특징으로 하는 방법.
  7. 제 1 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터는 사이클 번호 및 신호값 세트, 특정 사이클에서의 신호값, 양성/음성 판단 결과 및 Ct 값 중 최소 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 제 1 항에 있어서,
    상기 플레이트 표시 영역은 표시되는 플레이트의 추가를 위한 아이콘을 포함하거나 또는 상기 통합 데이터 표시 영역은 다른 증폭 데이터의 표시의 추가를 위한 아이콘을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 핵산 증폭 반응에 의해 생성된 증폭 데이터를 표시하는 장치에 있어서,
    메모리;
    디스플레이 장치; 및
    프로세서를 포함하고,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하고, 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 서로 다른 플레이트들을 동시에 표시하고, 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 반응 웰들은 사용자로부터 선택 가능한 아이콘으로 상기 플레이트에 표시되고,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 서로 다른 플레이트들에서 사용자로부터 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 것을 특징으로 하는 장치.
  10. 제 9 항에 있어서,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 상기 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 하는 장치.
  11. 제 10 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터의 표시는 상기 선택된 반응 웰들을 상기 통합 데이터 표시 영역으로 드래그 앤 드랍하는 동작을 수신하여 실시되는 것을 특징으로 하는 장치.
  12. 제 9 항에 있어서,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 설정된 선택 기준에 따라 선택된 반응 웰들의 증폭 데이터를 그래프 및/또는 테이블로 표시하는 것을 특징으로 하는 장치.
  13. 제 9 항에 있어서,
    상기 프로세서는 상기 디스플레이 장치에 서로 다른 플레이트들에 포함된 반응 웰들의 식별 정보를 이용한 분류 방식에 따라 증폭 데이터를 정렬하여 표시하는 것을 특징으로 하는 장치.
  14. 제 9 항에 있어서,
    상기 플레이트 표시 영역에는 플레이트의 이미지가 표시되고, 플레이트 상의 상기 반응 웰들은 반응 웰들에 대한 식별 정보를 나타내는 텍스트로 표시되는 것을 특징으로 하는 장치.
  15. 제 9 항에 있어서,
    상기 증폭 데이터는 사이클 번호 및 신호값 세트, 특정 사이클에서의 신호값, 양성/음성 판단 결과 및 Ct 값 중 최소 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 장치.
  16. 제 9 항에 있어서,
    상기 플레이트 표시 영역은 표시되는 플레이트의 추가를 위한 아이콘을 포함하거나 또는 상기 통합 데이터 표시 영역은 다른 증폭 데이터의 표시의 추가를 위한 아이콘을 포함하는 것을 특징으로 하는 장치.
  17. 다음 단계들을 컴퓨터에서 실행시키기 위한 프로그램을 기록한 비-일시적(non-transitory) 기록매체:
    플레이트 표시 영역 및 통합 데이터 표시 영역을 표시하는 단계; 상기 플레이트 표시 영역은 핵산 증폭 반응이 수행된 플레이트들을 표시하고, 상기 통합 데이터 표시 영역은 증폭 데이터를 표시하고,
    상기 플레이트 표시 영역에 2 이상의 서로 다른 플레이트들을 동시에 표시하는 단계; 및 각 플레이트는 복수의 반응 웰들을 포함하고, 핵산 증폭 반응에 의해 상기 반응 웰들로부터 상기 증폭 데이터가 생성되고, 상기 반응 웰들은 사용자로부터 선택 가능한 아이콘으로 상기 플레이트에 표시되고,
    상기 통합 데이터 표시 영역에 상기 표시된 플레이트들 중 2 이상의 서로 다른 플레이트들에서 사용자로부터 선택된 복수의 반응 웰들의 증폭 데이터를 표시하는 단계;
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