RU2014139546A - Методы прогнозирования, диагностики и лечения идиопатического легочного фиброза - Google Patents

Методы прогнозирования, диагностики и лечения идиопатического легочного фиброза Download PDF

Info

Publication number
RU2014139546A
RU2014139546A RU2014139546A RU2014139546A RU2014139546A RU 2014139546 A RU2014139546 A RU 2014139546A RU 2014139546 A RU2014139546 A RU 2014139546A RU 2014139546 A RU2014139546 A RU 2014139546A RU 2014139546 A RU2014139546 A RU 2014139546A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
combination
genes
gene
expression
protein
Prior art date
Application number
RU2014139546A
Other languages
English (en)
Inventor
Александр Р. АББАС
Джозеф Р. АРРОН
Санжай ЧАНДРИАНИ
Гуйкван ДЖИА
Николас Дж. И. ЛЕВИН-КОХ
Дэрил ДЕПИАНТО
Original Assignee
Дженентек, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Дженентек, Инк. filed Critical Дженентек, Инк.
Publication of RU2014139546A publication Critical patent/RU2014139546A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/24—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against cytokines, lymphokines or interferons
    • C07K16/244—Interleukins [IL]
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/54—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the route of administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/51—Complete heavy chain or Fd fragment, i.e. VH + CH1
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/515—Complete light chain, i.e. VL + CL
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/52—Assays involving cytokines
    • G01N2333/521—Chemokines
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/775—Apolipopeptides
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/914—Hydrolases (3)
    • G01N2333/948—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • G01N2333/95—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99)
    • G01N2333/964—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue
    • G01N2333/96425—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals
    • G01N2333/96427—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals in general
    • G01N2333/9643—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals in general with EC number
    • G01N2333/96486—Metalloendopeptidases (3.4.24)
    • G01N2333/96491—Metalloendopeptidases (3.4.24) with definite EC number
    • G01N2333/96494—Matrix metalloproteases, e. g. 3.4.24.7
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/12—Pulmonary diseases
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

1. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию идиопатического легочного фиброза (ИЛФ) у пациента, включающий получение биологического образца от пациента, измерение в биологическом образце экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов, выбирают из любой из таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4 или таблицы 5, где повышенный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или повышенный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков является показателем прогноза сокращенного срока выживаемости по сравнению с медианой выживаемости, и в котором сниженный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или сниженный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков, является показателем для прогноза увеличения выживаемости по сравнению с медианой выживаемости.2. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов, или один белок или комбинацию белков выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММР3 и SAA4.3. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79a, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3-48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK @, IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM.4. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, Gli2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3.5. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из CHI3L1 (YKL-40), CCL11, CCL13, CCL17, CCL18, CXCL13, СОМР, ММР3, ММР7, SAA4 (конститутивного SAA), POSTN AND SPP1 (OPN).6. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок, или комбинацию белков выбирают из ММРЗ и SAA4 (конститутивного SAA).7. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбин

Claims (25)

1. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию идиопатического легочного фиброза (ИЛФ) у пациента, включающий получение биологического образца от пациента, измерение в биологическом образце экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов, выбирают из любой из таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4 или таблицы 5, где повышенный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или повышенный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков является показателем прогноза сокращенного срока выживаемости по сравнению с медианой выживаемости, и в котором сниженный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или сниженный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков, является показателем для прогноза увеличения выживаемости по сравнению с медианой выживаемости.
2. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов, или один белок или комбинацию белков выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММР3 и SAA4.
3. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79a, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3-48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK @, IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM.
4. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, Gli2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3.
5. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из CHI3L1 (YKL-40), CCL11, CCL13, CCL17, CCL18, CXCL13, СОМР, ММР3, ММР7, SAA4 (конститутивного SAA), POSTN AND SPP1 (OPN).
6. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок, или комбинацию белков выбирают из ММРЗ и SAA4 (конститутивного SAA).
7. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из YKL-40 и CCL18.
8. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии CXCL13.
9. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии ММР3.
10. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии SAA4 (конститутивного SAA).
11. Способ по п. 5, в котором пациент проходит курс иммуномодулирующей терапии.
12. Способ по любому из пп. 1-11, в котором биологический образец выбирают из легочной ткани, сыворотки и плазмы.
13. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию ИЛФ у пациента, включающий получение биологического образца от пациента и определения общей исходной балльной оценки биомаркеров,
в котором определение исходной балльной оценки биомаркеров включает измерение уровня экспрессии белка, по меньшей мере одного из CXCL13, OPN, и СОМР и присвоение балльной оценки 0, если уровень экспрессии ниже медианы для CXCL13, OPN и СОМР, соответственно, и присвоение балльной оценки 1, если уровень экспрессии выше медианы для CXCL13, OPN и СОМР, соответственно, в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает измерение уровня экспрессии YKL-40, и присвоение балльной оценки 0, если уровень экспрессии ниже медианы для YKL-40, и присвоение балльной оценки 1, если уровень экспрессии выше медианы для YKL-40, и в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает добавление каждой индивидуальной балльной оценки, чтобы получить общую исходную балльную оценку биомаркеров,
в котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная двум или выше, указывает на прогноз сокращенного срока выживаемости по сравнению со медианой выживаемости, и в котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная нулю или единице, является показателем прогноза увеличенного срока выживаемости по сравнению со медианой выживаемости.
14. Способ по п. 13, в котором общая исходная балльная оценка биомаркера составляет два или выше, и пациента выбирают для лечения с кандидатным терапевтическим агентом в клиническом исследовании, в котором кандидатный терапевтический агент выбирают из анти-ИЛ-13-агента, анти-ИЛ-4-агента, комбинации анти-ИЛ-13/анти-ИЛ-4-агента, пирфенидона, анти-LOXL2-антитела (GS-6624), N-ацетилцистеина, анти-ΤΦΡ-β антитела (GC1008), анти-6βvα интегрин-антитела (STX-100), анти-ФРСТ-антитела (FG-3019), анти-CCL2-антитела (CNTO 888), аналога соматостатина (SOM230, октреотида), ингибитора ангиотензина II (лозартана), монооксида углерода, талидомида, тетратиомолибдата, доксициклина, миноциклина и ингибитора тирозинкиназы (BIBF1120).
15. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию ИЛФ у пациента, включающий получение биологического образца у пациента и определения общей исходной балльной оценки биомаркеров,
в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров включает измерение уровня экспрессии белка, по меньшей мере одного из ММР3 и СОМР и назначение оценки 0 баллов, если уровень экспрессии ниже медианы для ММР3 и СОМР, соответственно, и присвоение 1 балла, если уровень экспрессии выше медианы для ММР3 и СОМР, соответственно, в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает измерения уровня экспрессии белка YKL-40 и присвоения 0 баллов, если уровень экспрессии ниже медианы для YKL-40 и присвоения оценки 1 балл, если уровень экспрессии выше медианы для YKL-40, и в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает добавление каждой индивидуальной оценки, чтобы получить общую исходную балльную оценку биомаркеров,
в котором общей исходной балльной оценки биомаркера из одного или выше указывает на прогноза сокращения выживаемости по сравнению с медианой выживаемости и котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная нулю, является показателем прогноза повышенной выживаемости по сравнению с медианой выживаемости.
16. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММРЗ и SAA4, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
17. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), TNFRSF17 (ВСМА), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79a, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3-48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK@ (иммуноглобулин каппа локуса), IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков, является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
18. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, Gli2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков, является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
19. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММР3 и SAA4.
20. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического средства ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), TNFRSF17 (ВСМА), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79A, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3 48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK@ (иммуноглобулин каппа локуса), IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM.
21. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического средства ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, G1I2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3.
22. Способ лечения пациента с ИЛФ, для которого ранее был определен прогноз сокращения срока выживаемости в соответствии со способом по любому из пп. 1-12, 13 или 15, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ.
23. Способ лечения пациента с ИЛФ, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ, при условии, что пациент имеет исходную балльную оценку, равную двум или выше, определенную в соответствии со способом по п. 13.
24. Способ лечения пациента с ИЛФ, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ, при условии, что пациент имеет исходную балльную оценку, равную единице или выше, определенной в соответствии со способом по п. 15.
25. Способ контроля прогрессирования заболевания у пациента с ИЛФ, включающий получение биологического образца от пациента в первой временной точке и одной или нескольких дополнительных временных точках, измерение в биологических образцах экспрессии одного гена или комбинации генов, или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из любой из таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4 или таблицы 5, в котором изменение уровня экспрессии в первой временной точке до одной или более дополнительных временных точек является показателем прогрессирования заболевания.
RU2014139546A 2012-03-27 2013-03-14 Методы прогнозирования, диагностики и лечения идиопатического легочного фиброза RU2014139546A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261616394P 2012-03-27 2012-03-27
US61/616,394 2012-03-27
US201261707411P 2012-09-28 2012-09-28
US61/707,411 2012-09-28
PCT/US2013/031178 WO2013148232A1 (en) 2012-03-27 2013-03-14 Methods of prognosing, diagnosing and treating idiopathic pulmonary fibrosis

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2014139546A true RU2014139546A (ru) 2016-05-20

Family

ID=49261043

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014139546A RU2014139546A (ru) 2012-03-27 2013-03-14 Методы прогнозирования, диагностики и лечения идиопатического легочного фиброза

Country Status (16)

Country Link
US (2) US20160230226A1 (ru)
EP (2) EP2831280B1 (ru)
JP (1) JP6404208B2 (ru)
KR (1) KR102197524B1 (ru)
CN (2) CN107099581B (ru)
AR (1) AR090339A1 (ru)
AU (2) AU2013240344A1 (ru)
BR (1) BR112014023348A2 (ru)
CA (1) CA2864884A1 (ru)
HK (1) HK1206796A1 (ru)
IL (1) IL256396A (ru)
MX (2) MX370486B (ru)
NZ (1) NZ628458A (ru)
RU (1) RU2014139546A (ru)
SG (2) SG11201405830VA (ru)
WO (1) WO2013148232A1 (ru)

Families Citing this family (34)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2754672B1 (en) 2011-09-06 2019-02-27 Shino-Test Corporation Antibody capable of binding to specific region of periostin, and method of measuring periostin using the same
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
CA3172586A1 (en) 2013-07-31 2015-02-05 Avalyn Pharma Inc. Aerosol imatininb compounds and uses thereof
CA2924873A1 (en) * 2013-10-23 2015-04-30 Genentech, Inc. Methods of diagnosing and treating eosinophilic disorders
JP6312054B2 (ja) * 2013-11-06 2018-04-18 学校法人日本大学 間質性肺炎のバイオマーカー
WO2015073912A1 (en) * 2013-11-14 2015-05-21 Wager Jeffrey Treatment or prevention of pulmonary conditions with carbon monoxide
CN106459898A (zh) * 2013-12-20 2017-02-22 哈佛大学校长及研究员协会 低剪切微流控装置及其使用方法和制造方法
US9970935B2 (en) 2014-02-06 2018-05-15 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Uses of GLI1 in detecting tissue fibrosis
TW201618795A (zh) 2014-04-15 2016-06-01 波泰里斯股份有限公司 用以改良器官功能及延長器官移植物壽命之系統及方法
US9994905B2 (en) 2014-04-25 2018-06-12 Brown University Methods for the diagnosis and treatment of pulmonary fibrosis in subjects with hermansky pudlak syndrome
US9913819B2 (en) 2014-06-12 2018-03-13 Yale University Methods of treating or preventing fibrotic lung diseases
EP2957634A1 (en) 2014-06-20 2015-12-23 Consejo Superior De Investigaciones Científicas Compounds for prevention and/or treatment of fibrotic diseases
EP3215170A4 (en) 2014-11-05 2018-04-25 Veracyte, Inc. Systems and methods of diagnosing idiopathic pulmonary fibrosis on transbronchial biopsies using machine learning and high dimensional transcriptional data
CN104792998B (zh) * 2015-03-09 2016-06-08 中国人民解放军第四军医大学 Loxl2抗原用于制备甲状腺癌预示、侵袭、转移试剂盒的应用
CN106290892A (zh) * 2015-06-26 2017-01-04 上海市肿瘤研究所 Cthrc1在肝硬化诊断和治疗中的应用
US20180244792A1 (en) * 2015-09-10 2018-08-30 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Anti-fibrotic effect of cd70
US11278523B2 (en) 2015-10-27 2022-03-22 Taipei Medical University Indoline derivatives for treatment and/or prevention of fibrosis diseases
CN105400870B (zh) * 2015-11-11 2018-09-25 南方医科大学 CD1c在菌阴肺结核诊断中的应用
BR112018010337A2 (pt) * 2015-11-23 2018-12-04 Merck Patent Gmbh anticorpo anti-alfa-v integrina para o tratamento de fibrose e/ou transtornos fibróticos
US20190144547A1 (en) 2015-11-23 2019-05-16 Merck Patent Gmbh Anti-alpha-v integrin antibody for the treatment of fibrosis and/or fibrotic disorders
EP3464240A1 (en) * 2016-05-27 2019-04-10 Boehringer Ingelheim International GmbH Use of ecm biomarkers for the determining the treatment onset with nintedanib and pirfenidone
CN106319058B (zh) * 2016-08-31 2019-09-10 汪道文 一种检测特发性肺纤维化致病基因的dna文库及其应用
EP3510173A4 (en) * 2016-09-07 2020-05-20 Veracyte, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR DETECTING COMMON INTERSTITIAL PNEUMONIA
US11397178B2 (en) 2016-10-28 2022-07-26 Cedars-Sinai Medical Center Method of predicting progression of idiopathic pulmonary fibrosis and monitoring of therapeutic efficacy
WO2018160925A1 (en) * 2017-03-02 2018-09-07 President And Fellows Of Harvard College Methods and systems for predicting treatment responses in subjects
IT201700026858A1 (it) * 2017-03-10 2018-09-10 Univ Degli Studi Padova Uso di inibitori delle serin proteasi, in particolare di serpinb3
US20190127456A1 (en) * 2017-10-31 2019-05-02 Fibrogen, Inc. Methods of treating idiopathic pulmonary fibrosis
CN108931645A (zh) * 2018-07-26 2018-12-04 北京大学第医院 一种hcv清除后肝纤维化评估系统及评估方法
KR20210084453A (ko) 2018-09-10 2021-07-07 렁 세라퓨틱스, 인크. Cav-1 단백질의 변형된 펩타이드 단편 및 섬유증의 치료에 있어서 이의 용도
WO2020090683A1 (ja) * 2018-10-29 2020-05-07 国立大学法人東京医科歯科大学 間質性肺炎患者の呼吸機能の低下リスクに関する情報を取得する方法及びその利用
WO2020146887A1 (en) * 2019-01-11 2020-07-16 University Of Virginia Patent Foundation Compositions and methods for predicting lung function decline in idiopathic pulmonary fibrosis
ES2957479A1 (es) * 2022-06-07 2024-01-19 Baigene S L Metodo de obtencion de datos utiles para la prediccion del riesgo de un sujeto de sufrir fibrosis
CN115925920B (zh) * 2022-08-04 2023-07-25 瑞因细胞工程科技(广州)有限公司 一种基因增强型免疫细胞治疗肝硬化的方法
WO2024105446A1 (en) * 2022-11-14 2024-05-23 Alentis Therapeutics Ag Biomarkers for fibrosis treatment using anti-claudin-1 antibodies

Family Cites Families (39)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4018653A (en) 1971-10-29 1977-04-19 U.S. Packaging Corporation Instrument for the detection of Neisseria gonorrhoeae without culture
US4016043A (en) 1975-09-04 1977-04-05 Akzona Incorporated Enzymatic immunological method for the determination of antigens and antibodies
US4424279A (en) 1982-08-12 1984-01-03 Quidel Rapid plunger immunoassay method and apparatus
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
US5175384A (en) 1988-12-05 1992-12-29 Genpharm International Transgenic mice depleted in mature t-cells and methods for making transgenic mice
US5413923A (en) 1989-07-25 1995-05-09 Cell Genesys, Inc. Homologous recombination for universal donor cells and chimeric mammalian hosts
EP1690935A3 (en) 1990-01-12 2008-07-30 Abgenix, Inc. Generation of xenogeneic antibodies
GB9015198D0 (en) 1990-07-10 1990-08-29 Brien Caroline J O Binding substance
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
DK0546073T3 (da) 1990-08-29 1998-02-02 Genpharm Int Frembringelse og anvendelse af transgene, ikke-humane dyr, der er i stand til at danne heterologe antistoffer
US5814318A (en) 1990-08-29 1998-09-29 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
WO1993011236A1 (en) 1991-12-02 1993-06-10 Medical Research Council Production of anti-self antibodies from antibody segment repertoires and displayed on phage
AU658072B2 (en) 1992-06-09 1995-03-30 Hoppe Ag Latch and lockset system
DE69637481T2 (de) 1995-04-27 2009-04-09 Amgen Fremont Inc. Aus immunisierten Xenomäusen stammende menschliche Antikörper gegen IL-8
AU2466895A (en) 1995-04-28 1996-11-18 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
DE19544393A1 (de) 1995-11-15 1997-05-22 Hoechst Schering Agrevo Gmbh Synergistische herbizide Mischungen
US5916771A (en) 1996-10-11 1999-06-29 Abgenix, Inc. Production of a multimeric protein by cell fusion method
ATE387495T1 (de) 1996-12-03 2008-03-15 Amgen Fremont Inc Vollkommen humane antikörper die egfr binden
AR045614A1 (es) * 2003-09-10 2005-11-02 Hoffmann La Roche Anticuerpos contra el recepctor de la interleuquina- 1 y los usos de los mismos
PT2805728T (pt) 2003-12-23 2020-04-08 Genentech Inc Novos anticorpos anti-il13 e o uso dos mesmos
WO2006124451A2 (en) 2005-05-11 2006-11-23 Centocor, Inc. Anti-il-13 antibodies, compositions, methods and uses
PL1942939T5 (pl) 2005-09-30 2021-10-11 Medimmune Limited Kompozycja przeciwciała interleukiny-13
WO2007045477A2 (en) 2005-10-21 2007-04-26 Novartis Ag Human antibodies against il-13 and therapeutic uses
BRPI0706575B8 (pt) * 2006-01-13 2021-05-25 Univ Indiana Res & Tech Corp uso colágeno de tipo v ou um componente antigênico do mesmo, e, método para identificar um paciente em espera de transplante de pulmão para um risco aumentado de rejeição de tecido de órgão transplantado.
TWI395754B (zh) * 2006-04-24 2013-05-11 Amgen Inc 人類化之ｃ-ｋｉｔ抗體
WO2008060783A2 (en) * 2006-10-05 2008-05-22 Centocor Ortho Biotech Inc. Ccr2 antagonists for treatment of fibrosis
WO2008083695A1 (de) 2006-12-20 2008-07-17 Patent-Treuhand-Gesellschaft für elektrische Glühlampen mbH Vorrichtung und verfahren zur messung der intensität des lichtes einer ersten gruppe von lichtquellen einer beleuchtungseinheit
WO2008131376A2 (en) * 2007-04-23 2008-10-30 Wyeth Methods and compositions for treating and monitoring treatment of il-13-associated disorders
EP2050764A1 (en) * 2007-10-15 2009-04-22 sanofi-aventis Novel polyvalent bispecific antibody format and uses thereof
JP5580205B2 (ja) * 2007-11-19 2014-08-27 セレラ コーポレーション 肺癌マーカーとその使用
CN112481367A (zh) * 2008-03-31 2021-03-12 健泰科生物技术公司 用于治疗和诊断哮喘的组合物和方法
WO2010028274A1 (en) * 2008-09-05 2010-03-11 University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education Marker panels for idiopathic pulmonary fibrosis diagnosis and evaluation
KR20110092328A (ko) * 2008-11-26 2011-08-17 글락소 그룹 리미티드 Ｉｌ-13에 결합하는 리간드
WO2010141469A2 (en) * 2009-06-01 2010-12-09 Case Western Reserve University Protein biomarkers and therapeutic targets for autoimmune and alloimmune diseases
KR101615474B1 (ko) * 2010-12-16 2016-04-25 제넨테크, 인크. Th2 억제에 관한 진단 및 치료

Also Published As

Publication number Publication date
JP6404208B2 (ja) 2018-10-10
IL256396A (en) 2018-02-28
EP2831280A4 (en) 2016-02-24
AU2018250393A1 (en) 2018-11-08
MX2014011503A (es) 2014-12-05
MX370486B (es) 2019-12-16
AU2013240344A1 (en) 2014-09-18
EP3725892A1 (en) 2020-10-21
CA2864884A1 (en) 2013-10-03
NZ628458A (en) 2016-11-25
WO2013148232A1 (en) 2013-10-03
SG10201702842SA (en) 2017-06-29
AR090339A1 (es) 2014-11-05
CN107099581B (zh) 2021-07-13
BR112014023348A2 (pt) 2019-03-19
KR102197524B1 (ko) 2020-12-31
EP2831280B1 (en) 2020-04-15
MX2019015159A (es) 2020-02-19
CN104334744A (zh) 2015-02-04
HK1206796A1 (en) 2016-01-15
US20190062836A1 (en) 2019-02-28
KR20140143196A (ko) 2014-12-15
CN107099581A (zh) 2017-08-29
JP2015522246A (ja) 2015-08-06
US20160230226A1 (en) 2016-08-11
SG11201405830VA (en) 2014-10-30
EP2831280A1 (en) 2015-02-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014139546A (ru) Методы прогнозирования, диагностики и лечения идиопатического легочного фиброза
Gur et al. LGR5 expressing skin fibroblasts define a major cellular hub perturbed in scleroderma
US10744116B2 (en) Detection and treatment of anti-PD-1 therapy resistant metastatic melanomas
Christmann et al. Association of interferon‐and transforming growth factor β–regulated genes and macrophage activation with systemic sclerosis–related progressive lung fibrosis
AU2011291599B2 (en) Circulating biomarkers for disease
ES2647154T3 (es) Combinaciones de biomarcadores para tumores colorrectales
ES2821383T3 (es) Firmas genéticas de trastornos inflamatorios relacionados con el hígado y la enfermedad de Crohn
WO2012094643A2 (en) Esophageal cytokine expression profiles in eosinophilic esophagitis
CA2795776A1 (en) Circulating biomarkers for disease
CN105861724B (zh) 一种kras基因超低频突变检测试剂盒
CN109402254B (zh) 一种预测胰腺癌术后生存的LncRNA模型及检测试剂盒
JP2016502400A (ja) ＴＮＦα阻害剤に対する応答性を予測する診断法
JP2021043216A (ja) 疾患の診断用組成物
CN109097461A (zh) 一种心肌病相关基因检测试剂及其应用
Pacheco-Rodriguez et al. Chemokine-enhanced chemotaxis of lymphangioleiomyomatosis cells with mutations in the tumor suppressor TSC2 gene
CN109295204A (zh) 诊断冠心病的外周血单个核细胞环状RNAs及相关应用
CN112609015A (zh) 一种预测结直肠癌风险的微生物标志物及其应用
JPWO2012002011A1 (ja) がん患者に対する免疫療法の治療効果の予測方法、ならびに該方法に用いる遺伝子セットおよびキット
US20210293814A1 (en) Systems and methods for spectral imaging characterization of macrophages for use in personalization of targeted therapies to prevent fibrosis development in patients with chronic liver disease
Yamauchi et al. Increased serum levels of macrophage inflammatory protein-3α in hepatocellular carcinoma: relationship with clinical factors and prognostic importance during therapy
RU2009144277A (ru) Способы и композиции для диагностики остеоартрита у животного семейства кошачьих
CN103911439A (zh) 系统性红斑狼疮羟甲基化状态的差异表达基因的分析方法和应用
RU2008146886A (ru) Быстрое назначение адекватной неоадъювантной химиотерапии пациентам, страдающим раком молочной железы, основанное на идентификации системных мутаций brca1
EP1667669A2 (en) Inflammatory bowel diseases
CN113234817B (zh) 利用CpG位点甲基化水平检测早期肝癌的标志物

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20180320