RU2014120420A - Способ определения зиготности гена fad3 в каноле - Google Patents
Способ определения зиготности гена fad3 в каноле Download PDFInfo
- Publication number
- RU2014120420A RU2014120420A RU2014120420/10A RU2014120420A RU2014120420A RU 2014120420 A RU2014120420 A RU 2014120420A RU 2014120420/10 A RU2014120420/10 A RU 2014120420/10A RU 2014120420 A RU2014120420 A RU 2014120420A RU 2014120420 A RU2014120420 A RU 2014120420A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- probe
- primer
- amplicon
- nucleotide polymorphism
- interest
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
1. Способ определения зиготности растения канолы, содержащего ген fad-3c, причем упомянутый способ включает в себя:получение геномного образца ДНК от упомянутого растения канолы;получение приведенного в контакт образца посредством приведения упомянутого геномного образца ДНК в контакт с первым праймером и вторым праймером, причем упомянутый первый праймер преимущественно связывается с участком упомянутого гена fad-3c, расположенным против хода транскрипции от локализации представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, упомянутый второй праймер преимущественно связывается с участком упомянутого гена fad-3c, расположенным по ходу транскрипции от представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, причем упомянутый первый праймер и упомянутый второй праймер производят ампликон, когда подвергаются условиям полимеразной цепной реакции (ПЦР);подвергание упомянутого приведенного в контакт образца условиям ПЦР, причем производится упомянутый ампликон;предоставление возможности каждому из первого флуоресцентного зонда и второго флуоресцентного зонда гибридизоваться с ампликоном в течение периода времени и при температуре 50-70 градусов Цельсия, причем упомянутый первый флуоресцентный зонд преимущественно гибридизуется с упомянутым ампликоном, когда упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм не присутствует в упомянутом ампликоне, упомянутый второй флуоресцентный зонд преимущественно гибридизуется с упомянутым ампликоном, когда упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм присутствует в упомянутом ампликоне;повышение упомянутой температуры пос
Claims (16)
1. Способ определения зиготности растения канолы, содержащего ген fad-3c, причем упомянутый способ включает в себя:
получение геномного образца ДНК от упомянутого растения канолы;
получение приведенного в контакт образца посредством приведения упомянутого геномного образца ДНК в контакт с первым праймером и вторым праймером, причем упомянутый первый праймер преимущественно связывается с участком упомянутого гена fad-3c, расположенным против хода транскрипции от локализации представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, упомянутый второй праймер преимущественно связывается с участком упомянутого гена fad-3c, расположенным по ходу транскрипции от представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, причем упомянутый первый праймер и упомянутый второй праймер производят ампликон, когда подвергаются условиям полимеразной цепной реакции (ПЦР);
подвергание упомянутого приведенного в контакт образца условиям ПЦР, причем производится упомянутый ампликон;
предоставление возможности каждому из первого флуоресцентного зонда и второго флуоресцентного зонда гибридизоваться с ампликоном в течение периода времени и при температуре 50-70 градусов Цельсия, причем упомянутый первый флуоресцентный зонд преимущественно гибридизуется с упомянутым ампликоном, когда упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм не присутствует в упомянутом ампликоне, упомянутый второй флуоресцентный зонд преимущественно гибридизуется с упомянутым ампликоном, когда упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм присутствует в упомянутом ампликоне;
повышение упомянутой температуры после периода времени, определенного на стадии предоставления возможности;
регистрацию упомянутой флуоресценции, создаваемой каждым из упомянутых первого и второго зондов во время стадии повышения; и
определение зиготности упомянутого растения канолы, причем стадия определения содержит сравнение флуоресценции, создаваемой каждым из первого и второго зондов, причем флуоресценция первого и второго зондов, преимущественно соответствующая флуоресценции, создаваемой в гомозиготном SNP-положительном контрольном образце, указывает на наличие упомянутого представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, флуоресценция первого и второго зондов, преимущественно соответствующая флуоресценции, создаваемой в гомозиготном SNP-отрицательном контрольном образце, указывает на отсутствие наличия упомянутого представляющего интерес однонуклеотидного полиморфизма, и флуоресценция первого и второго зондов, преимущественно соответствующая флуоресценции, создаваемой в гетерозиготном SNP-положительном контрольном образце, указывает на то, что упомянутое растение канолы содержит первый аллель, содержащий упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм, и второй аллель, не содержащий упомянутый представляющий интерес однонуклеотидный полиморфизм.
2. Способ по п. 1, в котором упомянутые ампликоны состоят из 91-154 пар оснований.
3. Способ по п. 1, в котором упомянутый однонуклеотидный полиморфизм состоит из полиморфизма G->A.
4. Способ по п. 3, в котором упомянутая последовательность дикого типа содержит в упомянутой локализации глицин.
5. Способ по п. 1, в котором упомянутый способ применяют для верификации интрогрессии при селекции у кроссбредных растений канолы.
6. Способ по п. 1, в котором упомянутые праймеры содержат SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 3, и упомянутые первый и второй зонд содержат SEQ ID NO: 5 и 4.
7. Способ по п. 1, в котором упомянутые первый и второй зонды помечены как флуоресцентным красителем, так и гасителем.
8. Способ по п. 7, в котором упомянутый первый зонд содержит FAM в качестве упомянутого флуоресцентного красителя на 5'-конце упомянутого первого зонда и MGB-гаситель на 3'-конце упомянутого первого зонда.
9. Способ по п. 7, в котором упомянутый второй зонд помечен VIC на 5'-конце упомянутого второго зонда и MGB-гасителем на 3'-конце упомянутого второго зонда.
10. Способ по п. 1, в котором упомянутый второй зонд содержит SEQ ID NO: 4.
11. Способ по п. 1, в котором результаты флуоресценции упомянутого способа считывают непосредственно в планшет-ридере.
12. Способ по п. 1, в котором упомянутый образец ДНК получают от растения канолы в поле.
13. Способ по п. 1, в котором стадия повышения включает в себя повышение упомянутой температуры с по существу однородными приращениями температуры за период времени.
14. Способ по п. 1, в котором упомянутую флуоресценцию, создаваемую каждым из упомянутых первого и второго зондов во время стадии повышения, регистрируют на стадии регистрации во время каждого приращения на стадии повышения.
15. Набор для осуществления способа по п. 1, причем упомянутый набор содержит упомянутый первый праймер, упомянутый второй праймер, упомянутый первый зонд и упомянутый второй зонд.
16. Набор по п. 15, в котором упомянутый первый праймер состоит из SEQ ID NO: 2, упомянутый второй праймер состоит из SEQ ID NO: 3, упомянутый первый зонд состоит из SEQ ID NO: 5, и упомянутый второй зонд состоит из SEQ ID NO: 4.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201161550170P | 2011-10-21 | 2011-10-21 | |
| US61/550,170 | 2011-10-21 | ||
| PCT/US2012/061000 WO2013059578A1 (en) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Method to determine zygosity of the fad3 gene in canola |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017128518A Division RU2017128518A (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2014120420A true RU2014120420A (ru) | 2015-11-27 |
| RU2630998C2 RU2630998C2 (ru) | 2017-09-15 |
Family
ID=48136263
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017128518A RU2017128518A (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
| RU2014120420A RU2630998C2 (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017128518A RU2017128518A (ru) | 2011-10-21 | 2012-10-19 | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле |
Country Status (17)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US9663832B2 (ru) |
| EP (2) | EP2768984B1 (ru) |
| JP (1) | JP2014530624A (ru) |
| CN (1) | CN104011225A (ru) |
| AR (1) | AR088407A1 (ru) |
| AU (1) | AU2012325990B2 (ru) |
| CA (1) | CA2852934C (ru) |
| ES (1) | ES2660976T3 (ru) |
| HK (1) | HK1201076A1 (ru) |
| HU (1) | HUE037107T2 (ru) |
| IN (1) | IN2014DN03017A (ru) |
| NO (1) | NO2823060T3 (ru) |
| PL (1) | PL2768984T3 (ru) |
| PT (1) | PT2768984T (ru) |
| RU (2) | RU2017128518A (ru) |
| UA (1) | UA114301C2 (ru) |
| WO (1) | WO2013059578A1 (ru) |
Family Cites Families (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5176995A (en) | 1985-03-28 | 1993-01-05 | Hoffmann-La Roche Inc. | Detection of viruses by amplification and hybridization |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| AR006830A1 (es) * | 1996-04-26 | 1999-09-29 | Du Pont | Aceite de soja con alta estabilidad oxidativa |
| DE60037735T2 (de) * | 1999-08-26 | 2009-01-02 | Calgene Llc, Davis | Pflanzen mit veränderten mehrfachungesättigten fettsäuren |
| CA2284246A1 (en) * | 1999-10-01 | 2001-04-01 | Agriculture And Agrifood Canada Of Agriculture And Agri-Food | Plant fatty acid desaturases and alleles therefor |
| DK1613725T3 (da) * | 2003-02-11 | 2012-10-29 | Dow Agrosciences Llc | Ændrede FAD2- og FAD3-gener i brassica og påvisning heraf ved hjælp af molekylære markører |
| EP2136911A2 (en) * | 2007-01-19 | 2009-12-30 | Biodot, Inc. | Systems and methods for high speed array printing and hybridization |
| CN101591697A (zh) * | 2008-05-27 | 2009-12-02 | 北京华安佛医药研究中心有限公司 | 一种检测巯基嘌呤甲基转移酶基因a719g多态性位点基因型的试剂盒、方法和用途 |
| WO2011060946A1 (en) | 2009-11-20 | 2011-05-26 | Bayer Bioscience N.V. | Brassica plants comprising mutant fad3 alleles |
| EP2513319A4 (en) * | 2009-12-17 | 2013-05-08 | Univ Missouri | PLANT GENES ASSOCIATED WITH SEED OIL CONTENT AND METHODS OF USE |
| US20110151441A1 (en) | 2009-12-18 | 2011-06-23 | Dow Agrosciences Llc | Endpoint taqman methods for determining zygosity of corn comprising tc1507 events |
| CN101818196B (zh) * | 2009-12-28 | 2012-02-08 | 华中农业大学 | 甘蓝型油菜低亚麻酸分子标记及其制备方法与应用 |
| BR112013009001A2 (pt) * | 2010-10-12 | 2016-07-05 | Monsanto Technology Llc | planta e semente de soja correspondendo a evento transgênico mon87712 e métodos para deteção das mesmas |
-
2012
- 2012-10-19 HU HUE12841612A patent/HUE037107T2/hu unknown
- 2012-10-19 AU AU2012325990A patent/AU2012325990B2/en active Active
- 2012-10-19 CN CN201280063464.6A patent/CN104011225A/zh active Pending
- 2012-10-19 RU RU2017128518A patent/RU2017128518A/ru not_active Application Discontinuation
- 2012-10-19 EP EP12841612.0A patent/EP2768984B1/en not_active Not-in-force
- 2012-10-19 ES ES12841612.0T patent/ES2660976T3/es active Active
- 2012-10-19 US US13/656,270 patent/US9663832B2/en active Active
- 2012-10-19 AR ARP120103918A patent/AR088407A1/es active IP Right Grant
- 2012-10-19 PT PT128416120T patent/PT2768984T/pt unknown
- 2012-10-19 UA UAA201405393A patent/UA114301C2/uk unknown
- 2012-10-19 IN IN3017DEN2014 patent/IN2014DN03017A/en unknown
- 2012-10-19 CA CA2852934A patent/CA2852934C/en active Active
- 2012-10-19 RU RU2014120420A patent/RU2630998C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2012-10-19 PL PL12841612T patent/PL2768984T3/pl unknown
- 2012-10-19 EP EP17205337.3A patent/EP3342882A1/en not_active Withdrawn
- 2012-10-19 JP JP2014537282A patent/JP2014530624A/ja not_active Ceased
- 2012-10-19 WO PCT/US2012/061000 patent/WO2013059578A1/en active Application Filing
-
2013
- 2013-03-04 NO NO13757482A patent/NO2823060T3/no unknown
-
2015
- 2015-02-12 HK HK15101548.8A patent/HK1201076A1/xx unknown
-
2017
- 2017-04-24 US US15/495,937 patent/US20170298451A1/en not_active Abandoned
-
2019
- 2019-09-17 US US16/573,484 patent/US20200140962A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AR088407A1 (es) | 2014-05-28 |
| US20130102002A1 (en) | 2013-04-25 |
| CN104011225A (zh) | 2014-08-27 |
| PL2768984T3 (pl) | 2018-07-31 |
| CA2852934C (en) | 2023-01-03 |
| EP2768984A4 (en) | 2015-07-01 |
| US20170298451A1 (en) | 2017-10-19 |
| NO2823060T3 (ru) | 2018-07-14 |
| RU2630998C2 (ru) | 2017-09-15 |
| UA114301C2 (uk) | 2017-05-25 |
| US20200140962A1 (en) | 2020-05-07 |
| ES2660976T3 (es) | 2018-03-26 |
| IN2014DN03017A (ru) | 2015-05-08 |
| EP3342882A1 (en) | 2018-07-04 |
| EP2768984A1 (en) | 2014-08-27 |
| CA2852934A1 (en) | 2013-04-25 |
| AU2012325990B2 (en) | 2018-04-19 |
| AU2012325990A1 (en) | 2014-04-24 |
| WO2013059578A1 (en) | 2013-04-25 |
| HUE037107T2 (hu) | 2018-08-28 |
| HK1201076A1 (en) | 2015-08-21 |
| EP2768984B1 (en) | 2018-01-10 |
| PT2768984T (pt) | 2018-04-17 |
| JP2014530624A (ja) | 2014-11-20 |
| RU2017128518A (ru) | 2019-02-04 |
| US9663832B2 (en) | 2017-05-30 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| NZ598598A (en) | Detection of aad-1 event das-40278-9 | |
| RU2012125961A (ru) | Растения сои, устойчивой к гербицидам, и способы их идентификации | |
| JP2013505020A5 (ru) | ||
| CN107488711B (zh) | 点突变的基因型检测的方法及其试剂盒 | |
| RU2013113407A (ru) | Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот | |
| CN105779574B (zh) | 抗稻瘟病基因Pi2的HRM检测方法及其应用 | |
| WO2015178978A2 (en) | Strand exchange hairpin primers that give high allelic discrimination | |
| CN103710432A (zh) | 用于cyp2c9和vkorc1基因芯片检测的特异性引物对和探针 | |
| JP2015533281A (ja) | 複数の異なる核酸標的配列を同時に増幅する方法 | |
| Narshimulu et al. | Potentiality of evenly distributed hypervariable microsatellite markers in marker‐assisted breeding of rice | |
| CN103525925A (zh) | 用于cyp2c19基因芯片检测的特异性引物对和探针 | |
| RU2012126088A (ru) | Детектирование aad-12-события 416 у сои | |
| RU2012153685A (ru) | Применение специфических маркеров гена коричневой средней жилки 3 (brown midrib-3) у кукурузы для интрогрессии признаков | |
| CN112695114B (zh) | 一种用于检测抗稻瘟病Pik基因的SNP分子标记及其应用 | |
| CN107488731B (zh) | 水稻抗褐飞虱基因bph9基因内特异snp共显性分子标记引物及应用 | |
| KR20120005596A (ko) | Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ 법을 이용한 병원성 Ｖｉｂｒｉｏ 종의 동시 탐지 방법 | |
| CA2845444C (en) | Soybean markers linked to phytophthora resistance | |
| Abdolmohammadi et al. | High resolution melting as an alternative method to genotype diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1) K232A polymorphism in cattle. | |
| KR20090087488A (ko) | 다수의 대립 유전자의 하플로타입의 결정방법 | |
| Braglia et al. | Tubulin-based polymorphism (TBP) in plant genotyping | |
| RU2014120420A (ru) | Способ определения зиготности гена fad3 в каноле | |
| Ostezan et al. | Target region sequencing and applications in plants | |
| WO2011092792A1 (ja) | 特定カビ検出用マイクロアレイ、及び特定カビ検出用マイクロアレイの使用方法 | |
| Lee et al. | Allele-specific polymerase chain reaction for the discrimination of elite Korean cattle associated with high beef quality and quantity | |
| CN1678753A (zh) | 监测引物延伸和多态性检测反应的方法和组合物 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20181020 |