RU2014102106A

RU2014102106A - Композиции, способы и наборы для гибридизации нуклеиновой кислоты

Info

Publication number: RU2014102106A
Application number: RU2014102106/10A
Authority: RU
Inventors: Данута ВРОНСКА; Кэтрин СКУЭСТ
Original assignee: Грайфолз Терепьютикс Инк.
Priority date: 2011-08-24
Filing date: 2012-07-31
Publication date: 2015-08-27
Also published as: HK1198656A1; RU2595420C2; PL2748320T3; TR201809355T4; EP2748320A2; ES2675725T3; CN103781908B; WO2013028316A3; PT2748320T; MX2014000908A; US20140295408A1; BR112014002134A2; AU2012299323B2; EP2748320A4; WO2013028316A2; HUE038608T2; MX355453B; EP2748320B1; AU2012299323A1; US9512493B2

Abstract

1. Полинуклеотид, имеющий первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому, где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента зонда для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности второго зондового сегмента зонда, где второй зондовый сегмент находится в прямом направлении к первому зондовому сегменту.2. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что последовательности первого и второго полинуклеотидных сегментов представляют собой, соответственно, обратные комплементы последовательностей первого и второго зондовых сегментов.3. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что полинуклеотид дополнительно содержит спейсер между первым и вторым полинуклеотидными сегментами.4. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет последовательность, как представлено в SEQ ID NO:2.5. Композиция, содержащая:a) полинуклеотид, имеющий первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому; иb) зонд нуклеиновой кислоты для обнаружения последовательности-мишени, где зонд содержит первый зондовый сегмент и второй зондовый сегмент в прямом направлении к первому зондовому сегменту;где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к п�

Claims

1. Полинуклеотид, имеющий первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому, где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента зонда для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности второго зондового сегмента зонда, где второй зондовый сегмент находится в прямом направлении к первому зондовому сегменту.

2. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что последовательности первого и второго полинуклеотидных сегментов представляют собой, соответственно, обратные комплементы последовательностей первого и второго зондовых сегментов.

3. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что полинуклеотид дополнительно содержит спейсер между первым и вторым полинуклеотидными сегментами.

4. Полинуклеотид по п.1, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет последовательность, как представлено в SEQ ID NO:2.

5. Композиция, содержащая:

a) полинуклеотид, имеющий первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому; и

b) зонд нуклеиновой кислоты для обнаружения последовательности-мишени, где зонд содержит первый зондовый сегмент и второй зондовый сегмент в прямом направлении к первому зондовому сегменту;

где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности второго зондового сегмента.

6. Композиция по п.5, отличающаяся тем, что последовательности первого и второго полинуклеотидных сегментов представляют собой, соответственно, обратные комплементы последовательностей первого и второго зондовых сегментов.

7. Композиция по п.5, отличающаяся тем, что полинуклеотид дополнительно содержит спейсер между первым и вторым полинуклеотидными сегментами.

8. Композиция по п.5, отличающаяся тем, что зонд нуклеиновой кислоты дополнительно содержит FRET пару.

9. Композиция по п.5, отличающаяся тем, что FRET пара представляет собой флуорофор и гаситель.

10. Способ определения присутствия нуклеиновой кислоты-мишени в образце, где способ включает:

контактирование образца с зондом в присутствии полинуклеотида, где полинуклеотид имеет первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому, где зонд представляет собой зонд нуклеиновой кислоты для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени, где зонд содержит первый зондовый сегмент и второй зондовый сегмент в прямом направлении к первому зондовому сегменту, где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности второго зондового сегмента.

11. Способ по п.10, отличающийся тем, что зонд дополнительно содержит FRET пару.

12. Способ по п.11, отличающийся тем, что FRET пара представляет собой флуорофор и гаситель.

13. Способ по п.12, отличающийся тем, что флуорофор имеет флуоресцентный сигнал на первом уровне, когда полинуклеотид является гибридизованным с зондом, причем флуоресцентный сигнал является большим, чем первый уровень, когда в образце присутствует нуклеиновая кислота-мишень.

14. Способ по п.10, отличающийся тем, что дополнительно включает определение изменения в флуоресцентном сигнале зонда при температуре обнаружения.

15. Набор, включающий полинуклеотид, имеющий первый полинуклеотидный сегмент смежный со вторым полинуклеотидным сегментом, находящимся в прямом направлении к первому, где последовательность первого нуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности первого зондового сегмента зонда для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени, где последовательность второго полинуклеотидного сегмента является комплементарной к последовательности второго зондового сегмента зонда, где второй зондовый сегмент находится в прямом направлении к первому зондовому сегменту.

16. Набор по п.15, отличающийся тем, что дополнительно включает зонд.

17. Набор по п.15, отличающийся тем, что последовательности первого и второго полинуклеотидных сегментов представляют собой, соответственно, обратные комплементы последовательностей первого и второго зондовых сегментов.

18. Набор по п.15, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет последовательность, как представлено в SEQ ID NO:2.