RU2012111733A - Улучшенный способ количественного определения нуклеиновой кислоты - Google Patents
Улучшенный способ количественного определения нуклеиновой кислоты Download PDFInfo
- Publication number
- RU2012111733A RU2012111733A RU2012111733/10A RU2012111733A RU2012111733A RU 2012111733 A RU2012111733 A RU 2012111733A RU 2012111733/10 A RU2012111733/10 A RU 2012111733/10A RU 2012111733 A RU2012111733 A RU 2012111733A RU 2012111733 A RU2012111733 A RU 2012111733A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- target nucleic
- reference oligonucleotide
- amplified
- detectable marker
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/173—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties staining/intercalating agent, e.g. ethidium bromide
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ количественного определения нуклеиновых кислот, содержащий этапы, на которых:a) метят эталонный олигонуклеотид, имеющий заранее установленную длину, выявляемым маркером;b) создают стандартную кривую, используя серийные разведения меченого эталонного олигонуклеотида, путем построения графика зависимости интенсивности выявляемого маркера от концентрации меченого эталонного олигонуклеотида;c) амплифицируют целевую нуклеиновую кислоту в присутствии выявляемого маркера, который метит амплифицированную целевую нуклеиновую кислоту,d) сравнивают интенсивность выявляемого маркера, связанного с меченой амплифицированной целевой нуклеиновой кислотой, со стандартной кривой и определяют количество амплифицированной целевой нуклеиновой кислоты, где указанная стандартная кривая не амплифицирована или совместно амплифицирована с целевой нуклеиновой кислотой.2. Способ количественного определения нуклеиновых кислот, содержащий этапы, на которых:a) метят эталонный олигонуклеотид, имеющий заранее установленную длину, выявляемым маркером;b) создают стандартную кривую, используя серийные разведения меченого эталонного олигонуклеотида, путем построения графика зависимости интенсивности выявляемого маркера от концентрации меченого эталонного олигонуклеотида;c) амплифицируют целевую нуклеиновую кислоту;d) метят амплифицированную целевую нуклеиновую кислоту выявляемыми маркером;e) сравнивают интенсивность выявляемого маркера, связанного с меченой амплифицированной целевой нуклеиновой кислотой, со стандартной кривой и определяют количество амплифицированной целевой нуклеиновой кислоты, где указа�
Claims (22)
1. Способ количественного определения нуклеиновых кислот, содержащий этапы, на которых:
a) метят эталонный олигонуклеотид, имеющий заранее установленную длину, выявляемым маркером;
b) создают стандартную кривую, используя серийные разведения меченого эталонного олигонуклеотида, путем построения графика зависимости интенсивности выявляемого маркера от концентрации меченого эталонного олигонуклеотида;
c) амплифицируют целевую нуклеиновую кислоту в присутствии выявляемого маркера, который метит амплифицированную целевую нуклеиновую кислоту,
d) сравнивают интенсивность выявляемого маркера, связанного с меченой амплифицированной целевой нуклеиновой кислотой, со стандартной кривой и определяют количество амплифицированной целевой нуклеиновой кислоты, где указанная стандартная кривая не амплифицирована или совместно амплифицирована с целевой нуклеиновой кислотой.
2. Способ количественного определения нуклеиновых кислот, содержащий этапы, на которых:
a) метят эталонный олигонуклеотид, имеющий заранее установленную длину, выявляемым маркером;
b) создают стандартную кривую, используя серийные разведения меченого эталонного олигонуклеотида, путем построения графика зависимости интенсивности выявляемого маркера от концентрации меченого эталонного олигонуклеотида;
c) амплифицируют целевую нуклеиновую кислоту;
d) метят амплифицированную целевую нуклеиновую кислоту выявляемыми маркером;
e) сравнивают интенсивность выявляемого маркера, связанного с меченой амплифицированной целевой нуклеиновой кислотой, со стандартной кривой и определяют количество амплифицированной целевой нуклеиновой кислоты, где указанная стандартная кривая не амплифицирована или совместно амплифицирована с целевой нуклеиновой кислотой.
3. Способ по п.1 или 2, где выявляемый маркер представляет собой краситель.
4. Способ по п.3, где краситель связывается с дцДНК.
5. Способ по п.4, где краситель представляет собой интеркалирующий краситель.
6. Способ по п.3, где краситель представляет собой флюоресцентный краситель.
7. Способ по п.6, где используемый краситель выбран из любого одного из: SYBR зеленого I, SYBR зеленого II, SYBR золотого, EvaGreen, оксазола желтого, тиазола оранжевого, PicoGreen, ТОТО, ВЕВО или Deep Purple.
8. Способ по п.1 или 2, где эталонный олигонуклеотид имеет длину около 60 п.н. или больше.
9. Способ по п.1 или 2, где эталонный олигонуклеотид имеет содержание GC 45% или больше.
10. Способ по п.8, где эталонный олигонуклеотид имеет длину от около 60 п.н. до около 170 п.н.
11. Способ по п.9, где эталонный олигонуклеотид имеет содержание GC от около 45% до около 75%.
12. Способ по п.1 или 2, где эталонный олигонуклеотид имеет длину около 100 п.н. и содержание GC около 50%.
13. Способ по п.1 или 2, где эталонный олигонуклеотид длиннее или короче, чем целевая нуклеиновая кислота.
14. Способ по п.1 или 2, где амплификацию целевой нуклеиновой кислоты проводят с помощью способа полимеразной цепной реакции (ПЦР).
15. Способ по п.1 или 2, где одну стандартную кривую используют для многократных амплификации и количественных анализов целевой нуклеиновой кислоты.
16. Способ по п.15, где каждую из многократных амплификации и количественных анализов целевой нуклеиновой кислоты проводят за разное время.
17. Способ по п.14, где целевую нуклеиновую кислоту амплифицируют в течение 15 циклов.
18. Набор для применения в способе по любому одному из пп.1-17, содержащий один или несколько эталонных олигонуклеотидов и флюоресцентный краситель.
19. Набор по п.18, где, если присутствует более чем один эталонный олигонуклеотид, каждый имеет различную длину.
20. Набор для применения в способе по любому одному из пп.1-17, содержащий один или несколько эталонных олигонуклеотидов, меченых выявляемым маркером.
21. Набор для применения в способе по любому одному из пп.1-17, содержащий серийные разведения одного или нескольких эталонных олигонуклеотидов, меченых выявляемым маркером.
22. Набор по любому из пп.18-21, где по меньшей мере один эталонный олигонуклеотид имеет от около 60 п.н. до около 170 п.н. в длину с содержанием GC от около 45% до около 75%.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US2009904258 | 2009-09-02 | ||
| AU2009904258A AU2009904258A0 (en) | 2009-09-02 | Improved quantitation method | |
| AU2009904258 | 2009-09-02 | ||
| PCT/AU2010/001131 WO2011026182A1 (en) | 2009-09-02 | 2010-09-02 | Improved nucleic acid quantitation method |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2012111733A true RU2012111733A (ru) | 2013-10-10 |
| RU2562161C2 RU2562161C2 (ru) | 2015-09-10 |
Family
ID=43648774
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2012111733/10A RU2562161C2 (ru) | 2009-09-02 | 2010-09-02 | Улучшенный способ количественного определения нуклеиновой кислоты |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9238831B2 (ru) |
| EP (1) | EP2473632B1 (ru) |
| JP (1) | JP5870030B2 (ru) |
| KR (4) | KR20170051544A (ru) |
| CN (1) | CN102725421B (ru) |
| AU (1) | AU2010291867B2 (ru) |
| BR (1) | BR112012004788B1 (ru) |
| CA (1) | CA2772770C (ru) |
| CL (1) | CL2012000569A1 (ru) |
| DK (1) | DK2473632T3 (ru) |
| ES (1) | ES2665763T3 (ru) |
| IL (1) | IL218423A (ru) |
| MX (1) | MX2012002734A (ru) |
| MY (1) | MY159569A (ru) |
| NZ (1) | NZ598876A (ru) |
| PL (1) | PL2473632T3 (ru) |
| RU (1) | RU2562161C2 (ru) |
| SG (1) | SG178960A1 (ru) |
| WO (1) | WO2011026182A1 (ru) |
| ZA (1) | ZA201202210B (ru) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| BR112017007733A2 (pt) * | 2014-10-17 | 2018-01-30 | Accugen Pty Ltd | método para quantificação de um ácido nucleico alvo, e, kit. |
| RU2631935C1 (ru) * | 2016-08-04 | 2017-09-28 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Набор олигонуклеотидных праймеров для идентификации медицински значимых микромицетов методом секвенирования днк |
| CN114341627A (zh) * | 2019-11-13 | 2022-04-12 | 李峰 | 核酸检测方法及装置 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7235358B2 (en) * | 2001-06-08 | 2007-06-26 | Expression Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection |
| US20050042639A1 (en) * | 2002-12-20 | 2005-02-24 | Caliper Life Sciences, Inc. | Single molecule amplification and detection of DNA length |
| CN100338227C (zh) * | 2005-04-20 | 2007-09-19 | 浙江大学医学院附属妇产科医院 | 实时定量pcr技术检测人21号染色体数目的方法 |
| US20070122818A1 (en) * | 2005-10-31 | 2007-05-31 | Abhijit Mazumder | Gene methylation assay controls |
| US20110008328A1 (en) * | 2007-04-17 | 2011-01-13 | Pfizer Inc. | Method for controlling glucose uptake and insulin sensitivity |
-
2010
- 2010-09-02 MY MYPI2012000971A patent/MY159569A/en unknown
- 2010-09-02 DK DK10813163.2T patent/DK2473632T3/en active
- 2010-09-02 KR KR1020177012130A patent/KR20170051544A/ko not_active Application Discontinuation
- 2010-09-02 EP EP10813163.2A patent/EP2473632B1/en active Active
- 2010-09-02 WO PCT/AU2010/001131 patent/WO2011026182A1/en active Application Filing
- 2010-09-02 KR KR1020167019922A patent/KR20160092522A/ko active Application Filing
- 2010-09-02 KR KR1020127008496A patent/KR20120100902A/ko active Application Filing
- 2010-09-02 ES ES10813163.2T patent/ES2665763T3/es active Active
- 2010-09-02 NZ NZ598876A patent/NZ598876A/en unknown
- 2010-09-02 KR KR1020157023025A patent/KR20150104639A/ko active Application Filing
- 2010-09-02 RU RU2012111733/10A patent/RU2562161C2/ru active
- 2010-09-02 SG SG2012014999A patent/SG178960A1/en unknown
- 2010-09-02 US US13/393,763 patent/US9238831B2/en active Active
- 2010-09-02 JP JP2012527157A patent/JP5870030B2/ja active Active
- 2010-09-02 MX MX2012002734A patent/MX2012002734A/es active IP Right Grant
- 2010-09-02 AU AU2010291867A patent/AU2010291867B2/en active Active
- 2010-09-02 PL PL10813163T patent/PL2473632T3/pl unknown
- 2010-09-02 CN CN201080048692.7A patent/CN102725421B/zh active Active
- 2010-09-02 BR BR112012004788-4A patent/BR112012004788B1/pt active IP Right Grant
- 2010-09-02 CA CA2772770A patent/CA2772770C/en active Active
-
2012
- 2012-03-01 IL IL218423A patent/IL218423A/en active IP Right Grant
- 2012-03-02 CL CL2012000569A patent/CL2012000569A1/es unknown
- 2012-03-27 ZA ZA2012/02210A patent/ZA201202210B/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN102725421B (zh) | 2018-04-10 |
| BR112012004788B1 (pt) | 2021-02-09 |
| KR20170051544A (ko) | 2017-05-11 |
| IL218423A (en) | 2016-07-31 |
| DK2473632T3 (en) | 2018-07-16 |
| ZA201202210B (en) | 2014-06-25 |
| CA2772770C (en) | 2019-01-15 |
| JP5870030B2 (ja) | 2016-02-24 |
| RU2562161C2 (ru) | 2015-09-10 |
| SG178960A1 (en) | 2012-04-27 |
| MX2012002734A (es) | 2012-07-20 |
| EP2473632A4 (en) | 2013-07-17 |
| WO2011026182A1 (en) | 2011-03-10 |
| EP2473632A1 (en) | 2012-07-11 |
| US20120231465A1 (en) | 2012-09-13 |
| AU2010291867A1 (en) | 2012-04-12 |
| IL218423A0 (en) | 2012-04-30 |
| KR20120100902A (ko) | 2012-09-12 |
| MY159569A (en) | 2017-01-13 |
| US9238831B2 (en) | 2016-01-19 |
| KR20150104639A (ko) | 2015-09-15 |
| CN102725421A (zh) | 2012-10-10 |
| EP2473632B1 (en) | 2018-04-04 |
| CA2772770A1 (en) | 2011-03-10 |
| NZ598876A (en) | 2014-07-25 |
| KR20160092522A (ko) | 2016-08-04 |
| ES2665763T3 (es) | 2018-04-27 |
| BR112012004788A2 (pt) | 2020-02-04 |
| AU2010291867B2 (en) | 2014-08-14 |
| CL2012000569A1 (es) | 2012-11-23 |
| JP2013503608A (ja) | 2013-02-04 |
| PL2473632T3 (pl) | 2018-08-31 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Mori et al. | Real-time turbidimetry of LAMP reaction for quantifying template DNA | |
| Rodríguez-Lázaro et al. | Real-time PCR in food science: introduction | |
| HRP20171356T1 (hr) | Izotermičko pojačavanje nukleinske kiseline | |
| Andersson et al. | Properties of targeted preamplification in DNA and cDNA quantification | |
| CN102071251B (zh) | 一种pcr检测核酸的方法 | |
| JP2011514163A5 (ru) | ||
| ATE497018T1 (de) | Materialien und methoden zum nachweis von nukleinsäuren | |
| ATE480644T1 (de) | Verfahren zur quantifizierung kleiner rna- moleküle | |
| DK2017356T3 (da) | Mærkede oligonukleotider og anvendelse deraf i fremgangsmåder til amplifikation af nukleinsyrer | |
| MX2012014917A (es) | Monitoreo en tiempo real, especifico de secuencia de la amplificacion isotermica mediada por asa (lamp). | |
| DK2175018T3 (da) | Fremgangsmåde til ren kloning | |
| KR101424192B1 (ko) | 블로킹 올리고뉴클레오티드를 포함하는 핫스타트 ｐｃｒ용 조성물 | |
| CA2692633A1 (en) | Method for the simultaneous detection of multiple nucleic acid sequences in a sample | |
| Sidoti et al. | Alternative molecular tests for virological diagnosis | |
| Srivastava et al. | Isothermal nucleic acid amplification and its uses in modern diagnostic technologies | |
| US20090220961A1 (en) | Fluorescent Primer System For Detection Of Nucleic Acids (Q Priming) | |
| JP2016512437A5 (ru) | ||
| Lewis et al. | Quantitative real-time PCR (qPCR) workflow for analyzing Staphylococcus aureus gene expression | |
| Ooi et al. | A sensitive and specific fluorescent RT-LAMP assay for SARS-CoV-2 detection in clinical samples | |
| RU2012111733A (ru) | Улучшенный способ количественного определения нуклеиновой кислоты | |
| Heissl et al. | High-throughput genotyping with TaqMan allelic discrimination and allele-specific genotyping assays | |
| Soliman et al. | Detection of fish pathogens by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technique | |
| ATE480639T1 (de) | Neues format zur detektion von heissstart- und echtzeit-polymerasekettenreaktion | |
| DE602008004702D1 (de) | Verfahren zur Amplifikation von Nukleinsäure | |
| ATE528395T1 (de) | In an den 5'-terminus eines primers zur verwendung bei einer nukleinsäureamplifikationsreaktion gebundener form verwendetes dna-fragment und verwendung davon |