RU2010129854A

RU2010129854A - Устройство и способ параллельного количественного анализа многочисленных нуклеиновых кислот

Info

Publication number: RU2010129854A
Application number: RU2010129854/10A
Authority: RU
Inventors: Эрик Р. ВОССЕНАР (NL); Эрик Р. ВОССЕНАР; Дерк Й.В. КЛЮНДЕР (NL); Дерк Й.В. КЛЮНДЕР; Хендрик Р. СТАПЕРТ (NL); Хендрик Р. СТАПЕРТ; ХАУТЕН Хенк ВАН (NL); ХАУТЕН Хенк ВАН; ГЕМЕН Боб ВАН (NL); ГЕМЕН Боб ВАН; ДЕЙК Эрик М.Х.П. ВАН (NL); ДЕЙК Эрик М.Х.П. ВАН
Original assignee: Биокартис С.А. (Ch); Биокартис С.А.
Priority date: 2007-12-19
Filing date: 2008-12-16
Publication date: 2012-01-27
Also published as: EP2235207A1; CN101903536A; JP2011507503A; US20110039720A1; WO2009077982A1; EP2077336A1

Abstract

1. Способ одновременного количественного определения многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот во время амплификации в режиме реального времени, ! в котором количество одновременно и количественно определяемых целевых нуклеиновых кислот, которые амплифицируют и обнаруживают в одной камере, составляет более шести, предпочтительно более семи, более предпочтительно более десяти, и где зонды захвата представляют собой зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции в непосредственной близости вследствие структуры зондов, а сигнал может быть детектирован в случает гибридизации ампликона с указанными зондами захвата. ! 2. Способ по п.1, ! где зонды захвата представляют собой зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата, вызывая ферментативный гидролиз зондов захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель из указанного флуорофора. ! 3. Способ по п.1, ! где зонды захвата представляют собой складчатые зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель из указанного флуорофора. ! 4. Способ по п.1, ! где иммобилизированные на поверхности олигонуклеотидные зонды, комплементарные указанным многочисленным последовательностям нуклеиновой кислоты, действуют как зонды захвата для указанных многочисленных амплифицируемых последовательностей нуклеиновой кислоты, ! и где определение указанных многочисленных амплифицированных последова�

Claims

1. Способ одновременного количественного определения многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот во время амплификации в режиме реального времени,

в котором количество одновременно и количественно определяемых целевых нуклеиновых кислот, которые амплифицируют и обнаруживают в одной камере, составляет более шести, предпочтительно более семи, более предпочтительно более десяти, и где зонды захвата представляют собой зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции в непосредственной близости вследствие структуры зондов, а сигнал может быть детектирован в случает гибридизации ампликона с указанными зондами захвата.

2. Способ по п.1,

где зонды захвата представляют собой зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата, вызывая ферментативный гидролиз зондов захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель из указанного флуорофора.

3. Способ по п.1,

где зонды захвата представляют собой складчатые зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель из указанного флуорофора.

4. Способ по п.1,

где иммобилизированные на поверхности олигонуклеотидные зонды, комплементарные указанным многочисленным последовательностям нуклеиновой кислоты, действуют как зонды захвата для указанных многочисленных амплифицируемых последовательностей нуклеиновой кислоты,

и где определение указанных многочисленных амплифицированных последовательностей нуклеиновой кислоты, захваченных зондами захвата, проводят с помощью поверхностно-специфичного способа определения, определяющего сигнал вблизи поверхности.

5. Способ по п.4, где детекцию сигнала вблизи поверхности осуществляют с помощью системы для поверхностно-специфического определения и/или с помощью поверхностно-специфического генерирования определяемого сигнала.

6. Способ по п.4, где зонды захвата иммобилизованы на индивидуально идентифицируемых бусинах.

7. Способ по п.6, в котором различные бусины содержат различные зонды захвата.

8. Способ по п.6, в котором указанные бусины помещены на поверхность камеры и захваченные ампликоны определяют с помощью поверхностно-специфичного обнаружения, определяя сигнал вблизи указанной поверхности указанной камеры.

9. Способ по любому из пп.1-8, где зонды захвата расположены на поверхности гибридизации в структурированной матрице.

10. Способ по любому из пп.1-8, где та же метка используется для детекции каждой из указанных целевых последовательностей нуклеиновых кислот.

11. Способ по любому из пп.1-5, предусматривающий следующие стадии:

- получение устройства, содержащего реакционную камеру, где реакционная камера содержит поверхность, которая покрыта многочисленными зондами захвата для указанных многочисленных последовательностей нуклеиновых кислот,

- добавление в эту камеру многочисленных целевых нуклеиновых кислот и амплификационной смеси, содержащей амплификационный праймер для амплификации указанных многочисленных целевых нуклеиновых кислот,

- начало амплификационного термоцикла, во время которого специфичные сегменты указанных целевых аминокислот амплифицируются, образуя, таким образом, ампликоны,

где во время фазы отжига реакции амплификации репродуцируемая часть ампликонов гибридизируется с зондами захвата, и

где ампликоны, которые гибридизируются с указанными зондами захвата специфично и количественно определяются, где соответствующий сигнал, который детектируется, является показателем исходной концентрации соответствующей целевой нуклеиновой кислоты и посредством чего многочисленные целевые последовательности нуклеиновых кислот определяют количественно.

12. Способ по п.11, в котором зонды захвата упорядоченно расположены на поверхности гибридизации в структурированной матрице.

13. Способ по п.11, в котором одну и ту же метку используют для обнаружения каждой из указанных многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот.

14. Устройство для проведения способа по любому из пп.1-5 и 11-13, содержащее камеру, внутренняя поверхность которой покрыта зондами захвата для многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот, и где зонды захвата являются мечеными, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата.

15. Устройство для проведения способа по любому из пп.6-8, содержащее камеру с индивидуально идентифицируемыми бусинами, где зонды захвата для многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот иммобилизованы на указанных индивидуально идентифицируемых бусинах.

16. Устройство по п.15, где указанное устройство дополнительно содержит средства доставки бусин к поверхности камеры, и поверхностно-специфичный детектор, который обнаруживает те метки, которые связаны с поверхностью, но по существу не обнаруживает метки, которые находятся в растворе.

17. Устройство по любому из пп.14-16, в котором зонды захвата представляют собой зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации целевой нуклеиновой кислоты с указанными зондами захвата, вызывая ферментативный гидролиз зондов захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель флуоресценции из указанного флуорофора.

18. Устройство по любому из пп.14-16, в котором зонды захвата представляют собой складчатые зонды с флуоресцентной меткой и гасителем флуоресценции, а сигнал может быть детектирован в случае гибридизации ампликона с указанными зондами захвата, тем самым высвобождая указанный гаситель из указанного флуорофора.

19. Применение устройства по любому из пп.14-18 для одновременного количественного анализа многочисленных целевых последовательностей нуклеиновых кислот.