PL192129B1 - Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka - Google Patents

Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka

Info

Publication number
PL192129B1
PL192129B1 PL345573A PL34557398A PL192129B1 PL 192129 B1 PL192129 B1 PL 192129B1 PL 345573 A PL345573 A PL 345573A PL 34557398 A PL34557398 A PL 34557398A PL 192129 B1 PL192129 B1 PL 192129B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
polypeptide
amino acid
hepatitis
surface antigen
acid sequence
Prior art date
Application number
PL345573A
Other languages
English (en)
Other versions
PL345573A1 (en
Inventor
Chong Jin Oon
Gek Keow Lim
Yi Zhao
Wei Ning Chen
Original Assignee
Government Of The Republic Of Singapore
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Government Of The Republic Of Singapore filed Critical Government Of The Republic Of Singapore
Publication of PL345573A1 publication Critical patent/PL345573A1/xx
Publication of PL192129B1 publication Critical patent/PL192129B1/pl

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N7/00Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12Antivirals
    • A61P31/20Antivirals for DNA viruses
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2730/00Reverse transcribing DNA viruses
    • C12N2730/00011Details
    • C12N2730/10011Hepadnaviridae
    • C12N2730/10111Orthohepadnavirus, e.g. hepatitis B virus
    • C12N2730/10122New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

1. Wyizolowany szczep wirusa zapalenia w atroby typu B, okre slony jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia w atroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoni- n e), zdeponowany pod numerami dost epu P97121501, P97121502 i P97121503 w European Col- lection of Cell Culture 15 grudnia 1997 r. 2. Wyizolowany kwas nukleinowy koduj acy polipeptyd, który jest zmutowanym g lównym an- tygenem powierzchniowym wirusa zapalenia w atroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencj e aminokwasów, która ró zni si e od sekwencji aminokwasów g lównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia w atroby typu B tym, ze aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina. 56. Kompozycja, znamienna tym, ze zawiera polipeptyd, który jest zmutowanym g lównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia w atroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencj e aminokwasów, która ró zni si e od sekwencji aminokwasów g lównego antygenu po- wierzchniowego wirusa zapalenia w atroby typu B typu dzikiego tym, ze aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym ilo sci takiego polipeptydu s a sku- teczne do stymulacji lub wzmagania wytwarzania przeciwcia l u osobnika, oraz farmaceutycznie dopuszczalny no snik. PL PL PL

Description

Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku są wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka.
W szczególności wynalazek dotyczy genomu ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowanego z raka wątrobowo-komórkowego (HCC), z mutacją w reszcie aminokwasu 133 w głównym antygenie powierzchniowym, jego sekwencji nukleotydów, wydedukowanej sekwencji aminokwasów czterech głównych białek, antygenu, przeciwciała, układów detekcji, opracowania skutecznych szczepionek i środków przeciwwirusowych.
HCC jest jednym z najczęstszych ludzkich nowotworów, szczególnie w Azji, gdzie, co roku stwierdza się 70% nowych przypadków z całego świata. Na ogół powstaje w marskich wątrobach jako powikłanie przewlekłej choroby wątroby. Kliniczne objawy pacjentów z HCC są niespecyficzne z objawami i oznakami pojawiającymi się w późniejszych stadiach raka.
Jedną z głównych przyczyn przewlekłej choroby wątroby jest zakażenie wirusem zapalenia wątroby typu B. Wirus ten został wykryty po raz pierwszy w 1963 r. jako wirus ludzki, który jest przekazywany pozajelitowo. Przewlekłe zakażenie wirusem zapalenia wątroby typu B jest na ogół najbardziej powszechnie implikowane w serologicznie niezdefiniowanej patogenezie HCC. Mimo faktu, że wirus zapalenia wątroby typu B nie wykazuje cech całkowitego onkogenu wirusowego, jego udział w rozwoju HCC można przypisać różnym aspektom jego oddziaływania z hepatocytowymi komórkami gospodarza. Obejmuje to różnorodną aktywność transkrypcyjną najmniejszego białka wirusowego X, które wzmaga poziom ekspresji wielu docelowych genów komórkowych, w tym protoonkogenów. Natomiast wintegrowany wirusowy DNA w chromosomach gospodarza jest regularnie spotykany u pacjentów z HCC. Istnieją też dowody wskazujące na aktywną rolę głównego antygenu powierzchniowego w rozwoju HCC. Biał ko to był o wykorzystywane jako gł ówny marker do detekcji noś ników wirusa zapalenia wątroby typu B. Najbardziej antygenowym epitopem jest wysoce konserwatywny region obejmujący 23 reszty aminokwasów i zlokalizowany od pozycji aminokwasu 124 do 147 głównego antygenu powierzchniowego. Ten mały region określany jako specyficzna determinanta grupowa „a jest spotykany we wszystkich podtypach i izolatach genomów wirusa zapalenia wątroby typu B. Jego właściwości antygenowe wydają się wynikać z jego proponowanej struktury podwójnej pętli, do której wiąże się indukowane przez szczepionkę neutralizujące przeciwciało.
Dane epidemiologiczne wskazują, że główny antygen powierzchniowy typu dzikiego znaleziono u wię kszości pacjentów z HCC. Co więcej obserwacje wskazują, że szereg wariantów głównego antygenu powierzchniowego od pacjentów z HCC może brać udział w patogenezie HCC. Bezpośrednia analiza sekwencyjna wykazała, że 24 z 63 pacjentów z HCC (około 38%) niesie różne mutacje w epitopie „a głównego antygenu powierzchniowego. Gdy połączy się zarówno przypadki typu dzikiego, jak i warianty, udział wariantowego wirusa niosą cego mutację w reszcie aminokwasu 133, zlokalizowanej w pierwszej pę tli epitopu „a gł ównego antygenu powierzchniowego (metionina na treoninę ) wynosi aż 12,7% u 63 pacjentów z HCC z obszaru Azji Południowo-Wschodniej, i ta mutacja występuje w 5 lokalnych przypadkach HCC. Jednakże tę samą mutację spotyka się tylko u 2% nosicieli wirusa zapalenia wątroby typu B w populacji losowej (ponad 100 przypadków). Znaczenie tego wariantu w reszcie aminokwasu 133 jest jeszcze bardziej wzmocnione przez fakt, że udział wariantowego wirusa z mutacją w reszcie aminokwasu 145 (glicyna na argininę ), lepiej znanego jako mutant indukowany przez szczepionkę i zlokalizowanego w drugiej pętli epitopu „a, pozostaje stały na poziomie 8% u nosicieli wirusa zapalenia wątroby typu B w losowej próbce populacji.
Choć ten wariantowy szczep wirusa zapalenia wątroby typu B niosący mutację w pozycji reszty aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego u pacjentów z HCC może pojawiać się inaczej od indukowanych przez szczepienie (czyli z mutacją w pozycji reszty aminokwasu 145 głównego antygenu powierzchniowego), ten szczep ma podobną charakterystykę, jako że oba są stabilne i opisano przypadki pionowego przekazywania tych szczepów, mimo skutecznej profilaktyki przeciw wirusowi zapalenia wątroby typu B i stosowania immunoglobuliny wirusa zapalenia wątroby typu B (HBIG).
Powstanie wariantu ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, niosącego mutację w epitopie „a głównego antygenu powierzchniowego w HCC, stanowi poważny problem. Wysoki udział zmutowanego
PL 192 129 B1 wirusa z podstawieniem w reszcie aminokwasu 133 głównego antygenu powierzchniowego jest szczególnie interesująca, jako że może wykazywać na bliski związek z patogenezą HCC. Ta korelacja wymagałaby więc w sposób naglący opracowania specyficznych systemów detekcji, jak i skutecznych profilaktycznych i terapeutycznych szczepionek i środków przeciwwirusowych. Określenie sekwencji nukleotydów tego zmutowanego wirusa stanowi pierwszy krok do osiągnięcia tych celów i na pewno będzie pomocne w opracowywaniu wymienionych powyżej schematów diagnostycznych i terapeutycznych.
Wynalazek dotyczy wyizolowanego szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, określonego jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), zdeponowanego pod numerami dostępu P97121501, P97121502 i P97121503 w European Collection of Cell Culture 15 grudnia 1997 r.
Wynalazek dotyczy również wyizolowanego kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
Szczególnie jest to kwas nukleinowy, w przypadku którego polipeptyd jest kodowany przez nukleotydy 155 - 835 sekwencji kwasu nukleinowego określonej jako SEQ ID NO: 1, a zwłaszcza wyizolowany kwas nukleinowy zawierający nukleotydy „ATG w pozycjach 551 - 553 zamiast „ACG.
Ten wyizolowany kwas nukleinowy stanowi DNA lub RNA, a zwłaszcza cDNA lub genomowy DNA.
Szczególnie jest to również kwas nukleinowy, w przypadku którego polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zasadniczo identyczną z resztami aminokwasów 174 - 400 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
Wynalazek dotyczy także wyizolowanego kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który to polipeptyd jest kodowany przez cząsteczkę kwasu nukleinowego zawierającą nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
Wynalazek dotyczy także wyizolowanego kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
Wynalazek dotyczy również wektora zawierającego wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, i jest funkcjonalnie połączony z promotorem transkrypcji RNA.
Wynalazek dotyczy również wektora zawierającego wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który to polipeptyd jest kodowany przez cząsteczkę kwasu nukleinowego zawierającą nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
W przypadku obu wyżej określonych wektorów, każdy z nich szczególnie zawiera wirusowy DNA.
Wynalazek dotyczy również układu gospodarz-wektor do wytwarzania polipeptydu, który to układ zawiera każdy z wektorów określonych powyżej.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu wytwarzania polipeptydu, zgodnie z którym układ gospodarz-wektor hoduje się w warunkach umożliwiających wytwarzanie polipeptydu, przy czym hoduje się układ gospodarz-wektor określony powyżej i odzyskuje się tak wytworzony polipeptyd.
Wynalazek dotyczy również sposobu wytwarzania polipeptydu w postaci oczyszczonej, polegającego na tym, że:
(a) wprowadza się wektor określony powyżej do komórki gospodarza;
(b) hoduje się powstałą komórkę gospodarza do wytworzenia polipeptydu;
(c) odzyskuje się polipeptyd wytworzony w etapie (b); i (d) oczyszcza się tak odzyskany polipeptyd.
Wynalazek dotyczy ponadto oczyszczonego polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
Wynalazek dotyczy ponadto oczyszczonego polipeptydu otrzymanego sposobem określonym powyżej.
PL 192 129 B1
Wynalazek dotyczy ponadto oczyszczonego polipeptydu, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów obejmującą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
Wynalazek dotyczy ponadto oligonukleotydu o długości co najmniej 15 nukleotydów, zdolnego do specyficznej hybrydyzacji z unikatową sekwencją nukleotydów w obrębie kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, bez hybrydyzowania do jakiejkolwiek sekwencji nukleotydów w obrębie kwasu nukleinowego, który koduje główny antygen powierzchniowy wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego.
W szczególności ten oligonukleotyd zawiera nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
Wynalazek dotyczy także sposobu otrzymywania przeciwciał dla polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, a nie dla głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, przy czym ten sposób polega na tym, że:
(a) otrzymuje się polipeptyd w postaci oczyszczonej;
(b) immunizuje się organizm zdolny do wytwarzania przeciwciał przeciw oczyszczonemu polipeptydowi;
(c) zbiera się wytworzone przeciwciała;
(d) łączy się wytworzone przeciwciała z oczyszczonym polipeptydem do wytworzenia kompleksu; i (e) ustala się, które wytworzone przeciwciała tworzą kompleks z oczyszczonym polipeptydem, z otrzymaniem przeciwciał dla polipeptydu.
W szczególności otrzymuje się polipeptyd kodowany przez nukleotydy 155 - 835 sekwencji kwasu nukleinowego określonej jako SEQ ID NO: 1.
W innej postaci, polipeptyd ma sekwencję zasadniczo identyczną z resztami aminokwasów 174 - 400 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
W szczególności immunizuje się organizm królika lub myszy.
Wynalazek dotyczy też sposobu otrzymywania przeciwciał dla polipeptydu, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów obejmującą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3, przy czym ten sposób polega na tym, że:
(a) otrzymuje się polipeptyd w postaci oczyszczonej;
(b) immunizuje się organizm zdolny do wytwarzania przeciwciał przeciw oczyszczonemu polipeptydowi;
(c) zbiera się wytworzone przeciwciała;
(d) łączy się wytworzone przeciwciała z oczyszczonym polipeptydem do wytworzenia kompleksu; i (e) ustala się, które wytworzone przeciwciała tworzą kompleks z oczyszczonym polipeptydem, z otrzymaniem przeciwciał dla polipeptydu.
W szczególności immunizuje się organizm królika lub myszy.
Wynalazek dotyczy ponadto przeciwciał, korzystnie przeciwciał monoklonalnych, otrzymanych sposobem określonym powyżej.
Wynalazek dotyczy ponadto przeciwciał zdolnych do wykrywania polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, i niezdolnych do wykrywania głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego.
Wynalazek dotyczy ponadto przeciwciał zdolnych do wykrywania polipeptydu, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas
PL 192 129 B1 w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania czy osobnik jest zakażony szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), przy czym takie ustalanie obejmuje:
(a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
Gdy próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, etap ustalania (b) obejmuje:
(i) kontaktowanie mRNA z oligonukleotydem określonym powyżej, w warunkach umożliwiających wiązanie mRNA z oligonukleotydem, do wytworzenia kompleksu;
(ii) izolację tak wytworzonego kompleksu, i (iii) identyfikację mRNA w wyizolowanym kompleksie, dla ustalenia czy mRNA stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
Ponadto, gdy próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, etap ustalania (b) obejmuje:
(i) translację mRNA w warunkach otrzymywania sekwencji aminokwasów; i (ii) porównanie sekwencji aminokwasów etapu (i) z sekwencją aminokwasów kodowaną przez wyizolowany kwas nukleinowy określony powyżej, dla ustalenia czy próbkę kwasu nukleinowego stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
W opisanym powyżej zastosowaniu zazwyczaj etap ustalania (b) obejmuje:
(i) amplifikację kwasu nukleinowego obecnego w próbce w etapie (a); i (ii) wykrywanie obecności polipeptydu w otrzymanym zamplifikowanym kwasie nukleinowym.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania przeciwciał, które rozpoznają polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania czy osobnik jest zakażony szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), przy czym takie ustalanie obejmuje:
(a) uzyskanie próbki od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przez skontaktowanie próbki w warunkach wiązania z przeciwciałami określonymi powyżej, dla ustalenia czy osobnik jest zakaż ony.
W szczególności wyizolowany kwas nukleinowy, oligonukleotyd lub przeciwciało są znakowane wykrywalnym markerem, który stanowi zwłaszcza radioaktywny izotop, fluorofor lub enzym.
W szczególności uzyskana próbka to krew, surowice lub tkanka, taka jak tkanka wątroby.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B,
PL 192 129 B1 który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowo-komórkowego, przy czym takie ustalanie obejmuje:
(a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
Gdy próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, etap ustalania (b) obejmuje:
(i) kontaktowanie mRNA z oligonukleotydem określonym powyżej, w warunkach umożliwiających wiązanie mRNA z oligonukleotydem, do wytworzenia kompleksu;
(ii) izolację tak wytworzonego kompleksu, i (iii) identyfikację mRNA w wyizolowanym kompleksie, dla ustalenia czy mRNA stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
Ponadto, gdy próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, etap ustalania (b) obejmuje:
(i) translację mRNA w warunkach otrzymywania sekwencji aminokwasów; i (ii) porównanie sekwencji aminokwasów etapu (i) z sekwencją aminokwasów kodowaną przez wyizolowany kwas nukleinowy określony powyżej, dla ustalenia czy próbkę kwasu nukleinowego stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
W opisanym powyżej zastosowaniu zazwyczaj etap ustalania (b) obejmuje:
(i) amplifikację kwasu nukleinowego obecnego w próbce w etapie (a); i (ii) wykrywanie obecności polipeptydu w powstałym zamplifikowanym kwasie nukleinowym.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania przeciwciał, które rozpoznają polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowo-komórkowego, przy czym takie ustalanie obejmuje:
(a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przez skontaktowanie próbki w warunkach wiązania z przeciwciałami określonymi powyż ej, dla ustalenia predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowo-komórkowego.
W szczególności wyizolowany kwas nukleinowy, oligonukleotyd lub przeciwciało są znakowane wykrywalnym markerem, który stanowi zwłaszcza radioaktywny izotop, fluorofor lub enzym.
W szczególności uzyskana próbka to krew, surowice lub tkanka, taka jak tkanka wątroby.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do leczenia zakażenia przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B,
PL 192 129 B1 określany jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), który to sposób polega na tym, że:
(a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, ż e aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
(b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do leczenia zakażenia przez szczep wirusa 'S'-133 Oon.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do zapobiegania zakażeniu przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określany jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), który to sposób polega na tym, że:
(a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, ż e aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
(b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego który jest zdolny do zapobiegania zakażeniu przez szczep wirusa 'S'-133 Oon.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do leczenia raka wątrobowo-komórkowego, przy czym ten sposób polega na tym, że:
(a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
(b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do leczenia raka wątrobowo-komórkowego.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu, przy czym ten sposób polega na tym, że:
(a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
(b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu.
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym ilości takiego polipeptydu są skuteczne do stymulacji lub wzmagania wytwarzania przeciwciał u osobnika, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
PL 192 129 B1
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera polipeptyd mający sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 330 SEQ ID NO: 3, przy czym ilości takiego polipeptydu są skuteczne do stymulacji lub wzmagania wytwarzania przeciwciał u osobnika, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym powyżej, w ilości skutecznej do leczenia raka wątrobowo-komórkowego, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym powyżej, w ilości skutecznej do zapobiegania rakowi wątrobowokomórkowemu, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym powyżej, w ilości skutecznej do leczenia zakażenia przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określany jako ludzki wirus zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
Wynalazek dotyczy ponadto kompozycji, która zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym powyżej, w ilości skutecznej do zapobiegania zakażeniu szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę ), oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kompozycji określonej powyżej do leczenia osobnika zakażonego szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę).
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kompozycji określonej powyżej do zapobiegania zakażeniu szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenią wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę) u osobnika.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kompozycji określonej powyżej do wytwarzania leku do leczenia osobnika z rakiem wątrobowo-komórkowym.
Wynalazek dotyczy ponadto zastosowania kompozycji określonej powyżej do wytwarzania leku do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu u osobnika.
Wynalazek dotyczy ponadto sposobu skriningu płynów ustrojowych od osobnika pod kątem szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, określanego jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), który to sposób polega na tym, że:
(a) uzyskuje się próbkę płynu ustrojowego od osobnika; i (b) ustala się obecność polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, w próbce z etapu (a) dla potwierdzenia ewentualnej obecnoś ci tego szczepu.
W szczególności jako płyn ustrojowy stosuje się krew, surowice lub próbkę kwasu nukleinowego z krwi lub surowic.
Wynalazek dotyczy ponadto szczepionki na wirusowe zapalenie wątroby typu B, która to szczepionka zawiera zmutowany główny antygen powierzchniowy szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
Korzystnie ta szczepionka zawiera ponadto adiuwant.
Wynalazek umożliwia realizację sposobu leczenia osobnika z rakiem wątrobowo-komórkowym lub zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu, przez podawanie skutecznej ilości opisanych powyżej kompozycji.
W opisanych powyżej kompozycjach konkretna skuteczna ilość będzie zależała od wielkości polipeptydu, zdolności polipeptydu do biodegradacji, bioaktywności polipeptydu i biodostępności polipeptydu. Jeśli polipeptyd nie ulega szybko degradacji, jest biodostępny i wysoce aktywny, wymagana skuteczna ilość będzie mniejsza. Skuteczna ilość będzie znana fachowcom, będzie też zależała od postaci polipeptydu, wielkości polipeptydu i bioaktywności polipeptydu. Tak np. dzięki użyciu adiuwantu można
PL 192 129 B1 zmniejszyć wymaganą ilość polipeptydu. Fachowiec mógłby rutynowo wykonać empiryczne testy aktywności, aby określić bioaktywność w biooznaczeniach i w ten sposób określić skuteczną ilość.
Farmaceutycznie dopuszczalne nośniki są dobrze znane fachowcom i należą do nich, ale nie wyłącznie, 0,01 - 0,1 M, korzystnie 0,05 M bufor fosforanowy lub 0,8% roztwór soli. Ponadto takie farmaceutycznie dopuszczalne nośniki mogą stanowić roztwory, zawiesiny i emulsje wodne lub niewodne. Do przykładowych niewodnych rozpuszczalników należą glikol propylenowy, glikol polietylenowy, oleje roślinne, takie jak olej oliwkowy i estry organiczne do wstrzyknięć, takie jak oleinian etylu. Do wodnych nośników należą woda, roztwory alkoholowo/wodne, emulsje lub zawiesiny, w tym sól fizjologiczna i buforowane ośrodki. Do nośników pozajelitowych należą roztwory chlorku sodu, dekstroza Ringera, dekstroza i chlorek sodu, mleczanowy roztwór Ringera lub utwardzone oleje. Do nośników dożylnych należą uzupełniacze płynu i składników odżywczych, uzupełniacze elektrolitów, takie jak oparte na dekstrozie Ringera itp. Mogą być też obecne konserwanty i inne dodatki, takie jak np. środki przeciwdrobnoustrojowe, przeciwutleniacze, związki chelatujące, obojętne gazy itp.
W całym opisie odnoś niki do konkretnych nukleotydów dotyczą nukleotydów obecnych na nici kodującej kwasu nukleinowego. Dla określenia konkretnych nukleotydów w całym opisie stosowane są następujące standardowe skróty: C - cytozyna, A - adenozyna, T - tymidyna, G - guanozyna.
Zgodnie z wynalazkiem ujawniono sekwencję nukleotydów genomu ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowanego z raka wątrobowo-komórkowego (HCC), który niesie mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, złożonego z 3215 nukleotydów (fig. 3) kodujących 4 zachodzą ce na siebie białka przedstawione na fig. 4-7.
W szczególności ujawniono sekwencje czterech głównych białek wirusa obejmujących polimerazę DNA, antygen powierzchniowy duży/średni/główny, rdzeniowe i transaktywujący X. Te białka mogą być wytwarzane z zastosowaniem techniki rekombinacji technologii i stosowane w opracowaniu przeciwciał poliklonalnych lub monoklonalnych.
Wynalazek zapewnia także układ diagnostyczny ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, specyficzny w stosunku do mutacji w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, z wykorzystaniem opisanych powyżej sekwencji nukleotydów lub białek albo przeciwciał.
Poniżej opisano figury rysunku dla dokładniejszego przedstawienia wynalazku.
Figura 1. Struktura czterech otwartych ramek odczytu genomu ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowanego z HCC (z mutacją metionina na treoninę w reszcie aminokwasu 133 głównego antygenu powierzchniowego, zaznaczoną gwiazdką). Główne białka wirusowe: polimeraza DNA, antygen powierzchniowy duży/średni/główny, przedrdzeniowy, rdzeniowy i transaktywujący X są określone odpowiednio jako PreS 1/PreS2/S, PreC, C i X.
Figura 2. Strategia klonowania i określania sekwencji tego samego genomu wirusa zapalenia wątroby typu B.
Figura 3. Pełna sekwencja nukleotydów ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowanego z HCC, niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego (SEQ ID NO: 1). Mutacja jest przedstawiona w kwasach nukleinowych oznaczonych 551 - 553.
Figura 4. Wydedukowana sekwencja aminokwasów polimerazy DNA z sekwencji nukleotydów fig. 3 (SEQ ID NO: 2).
Figura 5. Wydedukowana sekwencja aminokwasów dużego antygenu powierzchniowego z sekwencji nukleotydów fig. 3 (SEQ ID NO: 3). Zmutowana reszta aminokwasu (M na T) ma numer 307.
Figura 6. Wydedukowana sekwencja aminokwasów białka rdzenia z sekwencji nukleotydów fig. 3 (SEQ ID NO: 4).
Figura 7. Wydedukowana sekwencja aminokwasów transaktywującego białka X z sekwencji nukleotydów fig. 3 (SEQ ID NO: 5).
Figura 8. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca miejscu inicjacji regionu kodującego polimerazy DNA, w pozycji 2307 genomu wirusa, która odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny) (SEQ ID NO: 6).
Figura 9. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca pozycji 250 sekwencji nukleotydów wirusa, która odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny) (SEQ ID NO: 7).
Figura 10. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca pozycji 250 sekwencji nukleotydów wirusa, która odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny) (SEQ ID NO: 8).
PL 192 129 B1
Figura 11. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca kodonowi stop regionu kodującego polimerazy DNA, w pozycji 1623 genomu wirusa, która odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny) (SEQ ID NO: 9).
Figura 12. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca pozycji 1420 genomu wirusa, która odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny) (SEQ ID NO: 10).
Figura 13. Sekwencja oligonukleotydów odpowiadająca pozycji 2340 genomu wirusa, która odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny) (SEQ ID NO: 11).
Niniejszy wynalazek zilustrowano w poniższej części opisu dotyczącej przeprowadzonych doświadczeń, dla przedstawienia i lepszego zrozumienia wynalazku, bez ograniczania jego zakresu.
W sposobie opisanym poniż ej wyizolowano ludzki wirus zapalenia wą troby typu B niosą cy mutację w pozycji aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego i okreś lono jego sekwencję nukleotydów.
Próbkę surowicy (5194) uzyskano od 63-letniej chińskiej pacjentki będącej nośnikiem antygenu powierzchniowego. Następnie potwierdzono, że to pacjentka z HCC, za pomocą biopsji. Wirus zapalenia wątroby typu B z jej surowicy niósł mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) w głównym antygenie powierzchniowym, jak wykazano przez uprzednią analizę sekwencyjną epitopu „a. Wirusowy DNA wyekstrahowano przed określeniem jego sekwencji w opisany sposób.
Jak opisano w przykładach poniżej, genom tego zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC, niosą cego mutację w reszcie aminokwasu 133 gł ównego antygenu powierzchniowego skł ada się z 3215 nukleotydów, i jest identyczny z genomem wirusa typu dzikiego, tego samego podtypu (adr). Otwarte ramki odczytu (ORF) kodujące główne białka wirusowe znajdują się w odpowiadających pozycjach, przy porównywaniu z wirusem typu dzikiego. Pozycja 1 w genomie zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B jest określana według wirusa typu dzikiego.
Struktura różnych ORF w genomie zmutowanego ludzkiego wirusa jest tu opisana i przedstawiona na fig. 1. Pozycje wskazane są w sposób następujący.
- Gen polimerazy DNA rozpoczyna się w pozycji 2307 i kończy się w pozycji 1623, tak więc składa się z 2532 nukleotydów i koduje 843 reszty aminokwasów;
- Gen dużego antygenu powierzchniowego rozpoczyna się w pozycji 2848 i kończy w pozycji 835, składa się więc z 1203 nukleotydów i koduje 400 reszt aminokwasów. Ten duży antygen powierzchniowy zachodzi na średni antygen powierzchniowy, który zaczyna się w pozycji 3205 i główny antygen powierzchniowy, który zaczyna się w pozycji 155. Zarówno średni (złożony z 281 reszt aminokwasów) i główny (złożony z 226 reszt aminokwasów) antygen powierzchniowy kończy się w tej samej pozycji jak duży antygen powierzchniowy;
- Gen rdzeniowy zaczyna się w pozycji 1814 i koń czy w pozycji 2452, zawiera wię c 639 nukleotydów i koduje 212 reszt aminokwasów.
- Gen transaktywują cy X zaczyna się w pozycji 1374 i koń czy się w pozycji 1838, zawiera wię c 465 nukleotydów i koduje 154 reszty aminokwasów.
Co więcej, analiza sekwencyjna ustaliła, że ten zmutowany wirus zapalenia wątroby typu B należy do podtypu adr, na co wskazuje reszta lizyny i reszta argininy, odpowiednio w pozycjach 122 i 160 w gł ównym antygenie powierzchniowym. Zgodnie z uprzednią analizą epitopu „a przez bezpośrednie sekwencjonowanie mutacja (metionina na treoninę) znajduje się w reszcie 133 aminokwasu głównego antygenu powierzchniowego.
W porównaniu z dzikim wirusem zapalenia wą troby typu B zdeponowanym w bazie danych Genbank (numer dostępu D16665), identyczność tego szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B wynosi 90,3% dla sekwencji nukleotydów. Identyczność różnych białek wirusowych obecnego zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B w porównaniu z jego odpowiednikiem wirusem typu dzikiego wynosi 95,8%, 97,5%, 95,1% i 94,8%, odpowiednio dla białek polimerazy DNA (PIR - numer dostępu Protein Identification Resources S434951), dużego antygenu powierzchniowego (PIR numer dostępu JQ2107), rdzenia (PIR numer dostępu S43490) i transaktywującego X (PIR numer dostępu S35529). Odwrotnie, liczne podstawienia aminokwasów są obecne w każdym z białek wirusa w porównaniu z ich dzikimi odpowiednikami, przy czym obejmują one: 5 mutacji w polimerazie DNA, 5 w dużym antygenie powierzchniowym (obejmując zmianę metionina na treoninę dla kodonu inicjacyjnego głównego antygenu powierzchniowego), 5 w rdzeniu i 4 w transaktywującym białku X.
Genom ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany z HCC i niosący mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę ) gł ównego antygenu powierzchniowego moż na stosować jako materiał do zaprojektowania oligonukleotydów specyficznych dla zmutowanego
PL 192 129 B1 genomu wirusa. Te oligonukleotydy można stosować jako materiał do wysoce specyficznych środków diagnostycznych, które wykrywają wirus pochodzący z HCC, niosący mutację w reszcie aminokwasu 133 głównego antygenu powierzchniowego.
Genom ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, z mutacją w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego można stosować jako materiał do wytwarzania białek zgodnych z wynalazkiem przez ekspresję wektora, który niesie odpowiedni region kodujący i może namnażać się w komórkach gospodarza takiego jak Escherichia coli, drogą standardowej techniki rekombinacji DNA.
Białka zgodne z wynalazkiem są użyteczne jako materiał do wysoce specyficznych środków diagnostycznych zdolnych do detekcji wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę ) gł ównego antygenu powierzchniowego. Stosują c znane metody takie same białka można stosować do wytwarzania poliklonalnych i monoklonalnych przeciwciał.
Poliklonalne i monoklonalne przeciwciała można stosować jako materiał do środków diagnostycznych do detekcji z wysoką specyficznością antygenów wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC z mutacją w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę ) gł ównego antygenu powierzchniowego.
Układ detekcji, w którym stosuje się każde białko zgodne z wynalazkiem lub białka z częściowym zastąpieniem aminokwasów i układ detekcji, w którym stosuje się monoklonalne lub poliklonalne przeciwciała na takie białka, są użyteczne jako wysoce specyficzne środki diagnostyczne zdolne do detekcji ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC, do detekcji tego wirusa u pacjentów, którzy są nosicielami antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B, a więc mogą być wówczas zagrożeni rozwojem HCC. Białka lub przeciwciała takich białek można stosować jako materiał dla rozwoju profilaktycznych i terapeutycznych szczepionek przeciw temu szczepowi wirusa.
Dobrze wiadomo, że jeden lub większa liczba nukleotydów w sekwencji DNA może być podstawionych innymi nukleotydami i wytwarzać takie samo białko. Możliwe są także takie zmiany nukleotydów, że kodowane białka są zgodne z wynalazkiem. Wiadomo równie dobrze, że jeden lub większa liczba aminokwasów w sekwencji białka może być zastąpionych przez inne analogiczne aminokwasy, zdefiniowane przez ich właściwości hydrofilowe lub ładunki, z wytworzeniem analogu sekwencji aminokwasów. Można stosować dowolne analogi białek zgodnych z wynalazkiem, obejmujące zastąpienia, delecje, izostery (zmodyfikowane aminokwasy, które wykazują bliskie podobieństwo strukturalne i przestrzenne do aminokwasów białek) lub addycje aminokwasów, o ile wynikaj ące sekwencje wywołują powstanie przeciwciał rozpoznających wirus zapalenia wątroby typu B z HCC z mutacją w aminokwasie 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego.
P r z y k ł a d y
Sekwencję nukleotydów i wydedukowaną sekwencję aminokwasów ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B wyizolowanego z HCC i niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, określono w sposób następujący.
1. Izolacja wirusowego DNA
Wirusowy DNA wyizolowano z próbki surowicy (5194) pobranej od 63-letniej chińskiej pacjentki będącej nośnikiem antygenu powierzchniowego. Następnie potwierdzono, że jest to pacjentka z HCC, za pomocą biopsji. Wirus zapalenia wątroby typu B z jej surowicy niósł mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) w głównym antygenie powierzchniowym, jak wykazano drogą uprzedniej analizy sekwencyjnej epitopu „a”.
Stosowano następującą metodę izolacji.
Dodano 200 μΐ próbki surowicy z 400 μΐ buforu do lizy (chlorek Tris 10 mM, pH 7,4, EDTA 1 mM i dodecylosiarczan sodu 2%) i 25 μl proteinazy K (20 mg/ml) i prowadzono inkubację w 65°C przez 3 godziny. Wirusowy DNA następnie wyekstrahowano za pomocą fenolu/chloroformu i strącono etanolem.
2. Amplifikacja wirusowego DNA drogą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR)
Genom wirusa według wynalazku zamplifikowano drogą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) z użyciem 3 zestawów zachodzących na siebie oligonukleotydów, które zaprojektowano na podstawie wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego. Włączono różne miejsca restrykcyjne, aby ułatwić klonowanie produktów PCR. Pozycję tych oligonukleotydów przedstawiono na fig. 2 i wskazano w sposób następujący:
- Flag 1 (ATAAGCTTATGCCCCTATCTTATCAACACTTCCGGA) (SEQ ID NO: 6) rozpoczyna się przy miejscu inicjacji regionu kodującego polimerazy DNA w pozycji 2307 sekwencji nukleotydów
PL 192 129 B1 wirusa i odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny). Podkreślono dodatkowe miejsce restrykcyjne Hindlll;
- Xba3 (GAGTCTAGACTCTGCGGTATTGTGA) (SEQ ID NO: 7) rozpoczyna się przy wewnętrznym miejscu restrykcyjnym Xbal w pozycji 250 sekwencji nukleotydów wirusa i odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny). Podkreślono dodatkowe miejsce restrykcyjne Xbal;
- Xba5 (GAGTCTAGACTCGTGGTGGACTTCT) (SEQ ID NO: 8) rozpoczyna się przy wewnętrznym miejscu Xbal w tej samej pozycji jak miejsce startu oligonukleotydu Xba3, ale odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny). Podkreślono dodatkowe miejsce restrykcyjne Xbal;
- Common 3 (TGAGAATTCTCACGGTGGTCTCCATGCGACGT) (SEQ ID NO: 9) rozpoczyna się przy kodonie stop polimerazy DNA w pozycji 1623 sekwencji nukleotydów wirusa i odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny). Podkreślono dodatkowe miejsce restrykcyjne EcoRI;
- V11 (TTTGTTTACGTCCCGT) (SEQ ID NO: 10) rozpoczyna się blisko miejsca inicjacji genu X w pozycji 1420 sekwencji nukleotydów wirusa i odpowiada nici kodującej (oligonukleotyd sensowny);
- HindlllADW3 (CTAAGCTTAGTTTCCGGAAGTGTTGAT) (SEQ ID NO: 11) rozpoczyna się blisko miejsca inicjacji polimerazy DNA w pozycji 2340 i odpowiada nici komplementarnej (oligonukleotyd antysensowny). Podkreślono dodatkowe miejsce restrykcyjne Hindlll.
Zastosowano wirusowy DNA jako matrycę i przeprowadzono PCR w termocyklerze do DNA (Perkin-Elmer, Cetus) przez 35 cykli z użyciem polimerazy Pfu (Stratagene, USA), przy czym każdy cykl trwał 1,5 minuty w temperaturze denaturującej 94°C, 2 minuty w temperaturze hybrydyzacji 53°C i 4 minuty w temperaturze elongacji 72°C. Zastosowano następujące połączenia oligonukleotydów: Flag1/Xba3, Xba5/Common 3 i V11/HindIIIADW3 i otrzymano produkty amplifikacji odpowiednio o wielkości odpowiednio 1,2 kb, 1,4 kb i 1,1 kb.
3. Klonowanie fragmentów zamplifikowanego wirusowego DNA
Zamplifikowany fragment wirusowego DNA z Flag1/Xba3 (1,2 kb) poddano trawieniu enzymami restrykcyjnymi Hindlll i Xbal przed klonowaniem w plazmidzie Bluescript potraktowanym wstępnie takimi samymi enzymami restrykcyjnymi. Podobne trawienie Xbal i EcoRI zastosowano w przypadku produktu PCR z Xba 5/Common 3 (1,4 kb), przed sklonowaniem w plazmidzie Bluescript trawionym Xbal i EcoRI. Natomiast fragment DNA zamplifikowany z V11 i HindlllADW (1,1 kb) wklonowano bezpośrednio do plazmidu Zero-Blunt, opracowanego przez InvitroGen (USA) do klonowania fragmentów o tępych końcach.
4. Określenie sekwencji nukleotydów
Sekwencję nukleotydów ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B wyizolowanego z HCC i opisanego powyżej określono na matrycy z plazmidowego DNA za pomocą inhibitorów terminujących łańcuch, z użyciem zestawu Sequenase DNA Sequencing Kit (United States Biochemical Corp.). Aby ułatwić procedury sekwencjonowania opracowano różne oligonukleotydy wewnętrzne (od V1 do V16) według cech wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego i ich pozycje wskazano na fig. 2.
Na podstawie analizy opisanej powyżej, określono sekwencję nukleotydów pełnej długości wirusa zapalenia wątroby typu B wyizolowanego z HCC i niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, jak przedstawiono na fig. 3. Wydedukowane sekwencje aminokwasów kodujące główne białka wirusowe przedstawiono na fig. 4-7: polimeraza DNA wirusa zapalenia wątroby typu B (fig. 4), duży antygen powierzchniowy obejmujący średni antygen i główny antygen powierzchniowy (fig. 5), białko rdzenia (fig. 6) i transaktywujące białko X (fig. 7).
Porównanie sekwencji wirusa według wynalazku z innymi sekwencjami wirusa zapalenia wątroby typu B dostępnymi w bazie danych GenBank wykaże specyficzne różnice sekwencji, które z kolei można wykorzystać do zaprojektowania sond DNA. Można wówczas opracować układ detekcji z zastosowaniem reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Takie reakcje PCR będą obejmowały połączenia oligonukleotydów specyficznych w stosunku do ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, określonego w opisie, z mutacją w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, co umożliwia wysoce specyficzną detekcję tego zmutowanego wirusowego DNA. Pokrótce, wirusowy DNA można wyekstrahować w sposób podany w opisie. Można przeprowadzić reakcje PCR stosując specyficzne oligonukleotydy i podobne warunki cykli jak opisane powyżej. Wyniki można następnie zanalizować po rozdziale produktów PCR w 1% żelu agarozowym.
Zgodnie ze znanymi procedurami immunologicznymi można określić epitopy z sekwencji białek, takich jak te na fig. 4-7. Określenie tych epitopów specyficznych dla ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC i niosących mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego
PL 192 129 B1 antygenu powierzchniowego umożliwi syntezę peptydów znanymi metodami inżynierii genetycznej, syntezę białek, wytwarzanie przeciwciał specyficznych dla tych epitopów, opracowanie specyficznych odczynników diagnostycznych, opracowanie profilaktycznych i terapeutycznych szczepionek i środków przeciwwirusowych.
Można opracować układ detekcji dla przeciwciał przeciw wirusowi zapalenia wątroby typu B wyizolowanemu z HCC i niosącemu mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego, stosując poliwinylowe płytki do mikromianowania i metodę typu „sandwich. Pokrótce, 50 μΐ peptydu w stężeniu 5 μg/ml z wirusa zapalenia wątroby typu B wyizolowanego z HCC i niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego można umieścić w każdej studzience płytek do mikromianowania i inkubować przez noc w temperaturze pokojowej w celu konsolidacji. Podobną procedurę można zastosować do białka oczyszczonego z komórek gospodarza, takiego jak Escherichia coli. Płytki do mikromianowania można przemyć 5 razy fizjologicznym roztworem soli, zawierającym 0,05% Tween 20. Dla pokrycia można do każdej studzienki dodać 100 μl buforu NaCl zawierającego 30% (obj.) surowicy cielęcej i 0,05% Tween 20 (bufor CS) w każdej studzience, i usunąć po inkubacji przez 30 minut w temperaturze pokojowej.
Aby określić przeciwciała specyficzne dla zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B (metionina na treoninę w reszcie aminokwasu 133 głównego antygenu powierzchniowego) w surowicy można przeprowadzić reakcję podstawową tak, że można umieścić 50 μl buforu CS i 10 μl próbki surowicy w każdej studzience płytki do mikromianowania i prowadzić inkubację z użyciem wibratora do mikropłytek przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Po przeprowadzeniu reakcji podstawowej płytki do mikromianowania przemywa się pięć razy jak opisano powyżej.
W reakcji wtórnej 1 ng monoklonalnych mysich, przeciwludzkich przeciwciał IgG, znakowanych peroksydazą chrzanową, rozpuszczonych w 50 μl surowicy cielęcej, można rozmieścić w każdej studzience mikropłytek i inkubować z użyciem wibratora do mikropłytek przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Po zakończeniu można przemyć studzienki pięć razy w taki sam sposób. Po dodaniu nadtlenku wodoru (jako substratu) i 50 μl roztworu O-fenylenodiaminy (do wywołania barwy) do każdej studzienki i po inkubacji przez 30 minut w temperaturze pokojowej można dodać 50 μl 4 M kwasu siarkowego do każdej studzienki, aby zapobiec dalszemu pogłębianiu się barwy i odczytać absorbancję przy 490 nm.
Wynalazek umożliwia detekcję zmutowanych wirusów zapalenia wątroby typu B, w szczególności tych, które niosą mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego. Wynalazek zapewnia także układy zdolne do wysoce specyficznej i czułej detekcji we wczesnym stadium infekcji lub rozwoju HCC, gdy HCC można leczyć i wyleczyć.
Dodatkowo te cechy pozwalają na dokładną diagnozę pacjenta we wczesnym stadium w HCC, a także ułatwiają hamowanie z wyższą skutecznością zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B.
Białka i ich przeciwciała według wynalazku można stosować do opracowania szczepionek profilaktycznych i terapeutycznych, a także farmaceutyków immunologicznych. Informacje o sekwencji strukturalnych genów tych zmutowanych wirusów będą pomocne w opracowywaniu układów detekcji odnośnych antygenów białkowych i przeciwciał.
Kompleksy antygen-przeciwciało można wykrywać znanymi sposobami. Specyficzne przeciwciała monoklonalne i poliklonalne można uzyskać przez immunizację zwierząt, takich jak myszy i króliki, peptydami lub białkami, specyficznymi w stosunku do zmutowanych wirusów zapalenia wątroby typu B z HCC. Można zaprojektować hamujące środki przeciwwirusowe i ukierunkować je na te białka i cząsteczki w hodowli komórkowej lub in vivo.
Wynalazek jest oparty na badaniach genomu ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowanego z HCC i niosącego mutację w reszcie aminokwasu 133 (metionina na treoninę) głównego antygenu powierzchniowego. Wynalazek umożliwia wysoce specyficzną detekcję zmutowanego wirusa zapalenia wątroby typu B z HCC i zapewnia materiał, taki jak białko, poliklonalne i monoklonalne przeciwciała, do opracowania takich układów detekcji.
PL 192 129 B1
Pozycje literaturowe
1. Oon, C-J., „Viral hepatitis B in Singapore; epidemiology, prevention and control-monitoring the hepatitis B programme and management of carriers J. Royal College Physic. London (1997), w druku.
2. Ogata, N. i inni, „Infectivity and pathogenicity in chimpanzees of a surface gene mutant of hepatitis B virus that emerged in a vaccinated infant J. Infec. Disease (1997) 175: 511-523.
3. Oon, C-J., „Issues associated with HBV mutant strains J. Royal College Physic. London (1997), w druku.
4. Oon, C-J. i inni, „Hepatitis B surface antigen (HB-sAg) mutants - their significance Annals Acad. Med. Singapore (1997), w druku.
5. Tsai, J.F. i inni, „Additive effect modification of hepatitis B surface antigen and e antigen on the development of hepatocellular carcinoma Brit. J. Cancer (1996) 73: 1498-1502.
6. Oon, C-J., „Molecular epidemiology of hepatitis B 'a' variants and mutants: significance in immune population JAMA (1996) 12: str. 5-6.
7. Goh, K-T, „Hepatitis B immunization in Singapore Lancet (1996) 348: 1385-1386.
8. Oon, C-J. i inni, „Natural history of hepatitis B surface antigen mutants in children Lancet (1996) 348: 1524-1525.
9. Harrison, T.J., „Genetic variation in hepatitis B virus Eur. J. Gastroenter. & Hepatol. (1996) 8: str. 306-311.
10. Oon, C-J. i inni, „Molecular epidemiology of hepatitis B virus vaccine variants in Singapore Vaccine (1995) 13: 699-702.
11. Oon, C-J. i inni, „Molecular epidemiology of hepatitis B variants and mutants - significance and transmissibility Proc. 3rd Internatl. Syrop. Viral Hepatitis & HCC. Singapore (1995) str. 39-43.
12. Carman, W. i inni, „Viral genetic variation: hepatitis B virus as a clinical example Lancet (1993) 341: 349-353.
13. Harrison, T.J., „Variants of hepatitis B virus Vox Sang (1992) 63: 161-167.
14. Carman, W.F. i inni, „Vaccine-induced escape mutant of hepatitis B virus Lancet (1990)
336: 325-329.
PL 192 129 B1
Wykaz sekwencji (1) Informacja ogólna:
(i) Tytuł wynalazku: Zmutowany szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B i jego zastosowanie (ii) Liczba sekwencji: 11 (2) Informacja o SEQ ID NO: 1: (Figura 3) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 3215 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: podwójna (D) Topologia: kolista (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 1:
CTCCACAACA ttccaccaag CTCTGCTAGA TGG GAGG GTG AGGGGCCTAT ATTTTGCTGC 60
TG3TGGCTCC AGTTCCGGAA CAGTAAACCC TGTTCCGACT ACTGCCTGTC CCATATCGTC 12 0
AATCTTCTCG AGGACTGGGG ACCCTGCACC GAACATGGAG AACACAACAT CAC-GATTCCT 180
AGGACCCCTG CTCGTGTTAC AGGCGGGGTT TTTCTCGTTO ACAAGAATCC TGAGAATACC 240
GCAGAGTCTA GACTCTGGTG GACTTCTCTC AKTTTTCTAG GGGGAGCACC CACGTGTTCC 300
TGGCCAAAAT TCGCAGTCCC CAACCTCCAA TCACTCACCA ACCTCTTGTC CTCCAATTTG 360
TCCTGGCTAT C3CTGGAT3T GTCTGCGGCG TTTTATCATA TTCCTCTTCA TCCTGCTGCT 420
ATGCCTCATC TTCTTGTTGG TTCTTCTGGA CTACCAAGGT ATGTTGCCCG TTTGTCCTCT ASO
ACTTCCAG3A ACATCAACCA CCAGCACGGG GCCATGCAAG ACCTGCACGA CTCCTGCTCA 540
A3GAAACT Cl* ACGTTTCCCT CTTGTTGCTG TACAAAACCT TCGGACGGAA ACTGCACTTG 600
TATTCCCATC CCATCATCCT GGGCTTTCGC AAGATTCCTA TGoGAGTGGG CCTCAGTCCG 660
TTTCTCCTGG CTCAGTTTAC TAGTGCCATT TGTTCAGTGG TTCGTAGGGC TTTCCCCCAC 720
TGTTTG3CTT TCAGTTATAT GG AT GAT GTG t: - η 1 * Cikjts CGAAGTCTGT ACAACATCTT 780
GAGTCGGTTT TTACCTCTAT TACGAATTTT CTT!1 TGT CTT TGGGTATACA TTTAAACCCT 840
AATAAAACGA AACGTTGGGG CTACTGCGTT AACTTCATGG GATATGTAAT TGGAAGTTGG 900
GGTACTT_AC CGCAGGAACA TATTGTACTA AAACTCAAGC AATGTTTTCG AAAACTGCCT S60
GTAAATAGAC CTATTGATTG GAAAGTATGT CAAAGAATT 3 iii GGGCTTTGCT 1020
GCCCCTTTTA CACAATGTGG CTATCCTGCC TTGATGCCTT TATATGCATG TATACAATCT 1080
AAGCAGGCTT TCACTTTCTC GCCAACTTAC AAGGCCTTTC TGTGTAAACA ATATCTGAAC 1140
CTTTACCCCG TTGCCCGGCA ACGGTCCGGT CTCTGCCAAG TGTTTGCTGA CGCAACCCCC 1200
ACTGGATGGG GCTTGGCCAT AGGCCATCAG CGCATggctg GAACCTTTCT GGCTCCTCTG 1260
CCGATGCATA CTGTGGAACT CCTAGGAGCT TGTTTTGCTC GCAGCCGGTC TGGAGCAAAA 1320
PL 192 129 B1
CTTATCGGAA CCGACAACTC TGTTGTCCTC TCTCGGAAAT ACACCTCCTT TCCATGGCTG 13S0
CTAGGCTGTG CTGCCAACTG GATCCTGCGC GGGACGTCCT TTGTCTACGT CCCGTCGGCG 1440
CTGAATCCCG CGGACGACCC GTCTCGGGGC CGTTTGGGGC TCTACCGTCC CCTTCTTCAT 1500
CTGCCGTTCC GGCCGACCAC GGGGCGCACC TCTCTTTACG CGGTCTCCCC GTATGTGCCT 1560
TCTCATCTGC CGGACCSTGT GCACTTCGCT TCACCTCTGC ACGTCGCATG GAGACCACCG 1620
TGAACGCACG CCAGGTCTTG CCCAAG3TCT TATATAAGAG GACTCTTGGA CTCTCAGCAA 1660
TGTCAACGAC CGACCTTGAG GCATACTTCA AAGACTGTGT GTTTAAAGAC TGGGAGGAGT 1740
TGGGGGAGGA GATTAGGTTA AAGATTTATG TACTAGGAGG CTGTAGGCAT AAATTGGTCT 13 00
gttcaccagc ACCATGCAAC TTT TTC T CC T CTGCCTAATC ATCTCATGTT CATGTCCTAC 1360
TGTTCAAGCC TCCAAGCTGT GCCTTGGGTG GCTTTGGGAC ATGGACATTG ACCCGTATAA 1520
AGAATTTGGA GCATCTGCTG AGTTACTCTC TTTTTTGCCT TCTGACTTCT TTCCGTCTAT 19Θ0
tcgagatctc CTCGACACCG CCTCTGCTCT GTATCGGGAG GCCTTAGAGT CTCCGGAACA 2040
ttgttcgcct CACCATACAG CACTCAGGCA AGCTATTTTG TGTTGGGGTG AGTTGATGAA 2100
TCTGGCCACC TGGGTGGGAA GTAATTTGGA AGATCCAGCA TCCAGGGAAT TAGTAGTCAG 2160
CTATSTCAAC GTTAATATGG GCCTAAAACT CAGACAAATA TTGTGGTTTC ACATTTCCTG 2220
TCTTACTTTT GGAAGAGAAA CTGTTCTTGA GTACTTGGTA TCTTTTGGAG TGTGGATTCG 2290
CACTCCTACC gcttacagac CACCAAATGC CCCTATCTTA TCAACACTTC CGGAAACTAC 2340
TGTTGTTAGA CGACGAGGCA GGTCCCCTAG AAGAAGAACT CCCTCGCCTC GCAGACGAAG 2400
GTCTCAATCG CCGCGTCGCA GAAGATCTCA ATCTCGGGAA TCTCAACGTT AGTATTCCTT 2460
GGACTGATAA GGTGGGAAAC TTTACTGGGC TTTATTCTTC TACTGTACCT GTCTTTAATC 2520
CGGAGTGGCA AATTCCTTCC TTTCCTCACA TTCATTTACA AGAGGACATT ATTAATAGAT 25Θ0
GTCAACAATA TGTGGGCCCT CTTACAGTTA ATGAAAAAAG AAGATTAAAA TTAATTATGC 2640
CTGCTAGGTT TTATCCTAAC CTTACTAAAT ATTTGCCCTT AC ACAAAGGC ATTAAACCGT 2700
ATTATCCTGA ACATGCAGTT AATCATTACT TCAAAACTAG GCATTATTTA ' CATACTCTGT 2760
GGAAGGCTGG CATTCTATAT AAGAGAGAAA CTACACGCAG CGCCTCATTT TGTGGGTCAC 2320 CATATTCTTG GGAACAAGAG CTACAGCATG GGAGGTTGGT CTTCCAAACC TCGACAAGGC 2 6B0 ATGGGGAGCA ATCTTGCTGT TCCCAATCCT CTGGGATTCT TTCCCGATCA CCAGTTGGAC 2340
CCTGCGTTCG GAGCCAACTC AAACAATCCA GATTGGGACT TCAACCCCAA CAAGGATCAC 300 0
TGGCCAGAGG CAAATCAGGT AGGAGTGGGA GCATTCGGGC CAGSGTTCAC CCCACCACAC 3060
GGCGGTCTTT TGGGGGgGALj CCCTCAGGCT CAGGG CAT AT TGACAACAGT GCCAGCAGCA 3120
CCTCCTCCTG CCTCCACCAA TCGGCAGTCA GGAAGACAGC CTACTCCCAT CTCTCCACCT 3130
CTAAGAGACA gtcatcctca GGCCACGCAG TGGAA 321Ξ
(2) Informacja o SEQ ID NO: 2: (Figura 4) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 843 aminokwasy (B) Typ: aminokwas (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa
PL 192 129 B1 (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 2:
Het 1 Pro ' Leu Ser Tyr 5 Gin His Phe Arg Lys 10 Leu : Leu Leu Leu Asp 15 Asp
Glu Ala Gly Pro 20 Leu Glu Glu Glu Leu 25 Pro Arg Leu Ala Asp 30 Glu Gly
Leu Asn Arg 35 Arg Val Ala Glu Asp 40 Leu Asn Leu Gly Asn 45 Leu Asn Val
Ser Ile 50 Pro Trp Thr His Lys 55 Val Gly Asn Phe Thr 60 Gly Leu Tyr Ser
Ser 65 Thr Val Pro Val Phe 70 Asn Pro Glu Trp Gin 75 Ile Pro Ser Phe Pro BO
His Ile His Leu Gin 85 Glu Asp Ile Ile Asn 90 Arg Cys Gin Gin Tyr 95 Val
Gly Pro Leu Thr 100 Val Asn Glu Lys Arg 10 5 Arg Leu Lys Leu Ile 110 Met Pro
Ala Arg Phe 115 Tyr Pro Asn Leu Thr 120 Lys Tyr Leu Pro Leu 12 5 Asp Lys Gly
Ile Lys 130 Pro Tyr Tyr Pro Glu 135 His Ala Val Asn His 14 0 Tyr Phe Lys Thr
Arg 145 His Tyr Leu His Thr 150 Leu Trp Lys Ala Gly 155 Ile Leu Tyr Lys Arg 160
Glu Thr Thr Arg Ser 165 Ala Ser Phe Cys Gly 170 Ser Pro Tyr Ser Trp 17S Glu
Gin Glu Leu Gin ISO His Gly Arg Leu Val 13 5 Phe Gin Thr Ser Thr 190 Arg Eis
Gly Asp Glu 195 Ser Cys Cys Ser Gin 200 Ser Ser Gly Ile Leu 205 Ser Arg Ser
Pro Val 210 Gly Pro Cys Val Aro 215 Ser Gin Leu Lys Gin 220 Ser Arg Leu Gly
Leu 225 Gin Pro Gin Gin Gly 230 Ser Leu Ala Arg Gly 235 Lys Ser Gly Arg Ser 240
Gly Ser Ile Arg Ala 245 Arg Val His Pro Thr Thr 250 Arg Arg Ser Phe 255 Gly
Gly Glu Pro Ser 260 Gly ser Gly His Ile 265 Asp Asn Ser Ala Ser 270 Ser Thr
Ser Ser Cys 275 Leu His Gin Ser Ala 2S0 Val Arg Lys Thr Ala 285 Tyr Ser His
Leu Ser 290 Thr Ser Lys Arg Gin 295 Ser Ser Ser Gly His 300 Ala Val Glu Leu
His 305 Asn Ile Pro Pro Ser 310 Ser Ala Arg Ser Gin 315 Gly Glu Gly Pro Ile 320
Phe Ser Cys Trp Trp 325 Leu Gin Phe Arg Asn Ser 330 Lys Pro Cys Ser 335 Asp
Tyr Cys Leu Ser 340 Eis Ile Val Asn Leu 345 Leu Glu Asp Trp C-ly 350 Pro Cys
Thr Glu His 355 Gly Glu His Asn Ile 360 Arg Ile Pro Arg Thr 365 Pro Ala Arg
Val Thr 370 Gly Gly Val Phe Leu 37S Vai Asp Lys Asn Pro 380 His Asn Thr Ala
Glu 385 Ser Arg Leu Trp Trp 390 Thr Sar Leu Asn Phe 395 Leu Gly Gly Ala Pro 400
Thr Cys Ser Trp Pro Lys Phe Ala Val Pro Asn Leu Gin Ser Leu Thr
405 410 115
PL 192 129 B1
Asn Leu Leu Ser Ser Asn Leu Ser Trp Leu Ser Len Asp Val Ser Ala
420 425 430
Ala Phe Tyr His Ile Pro Leu His Pro Ala Ala Met Pro His Leu Leu
435 440 445
Val Gly 450 Ser Ser Gly Leu Pro 4SS Arg Tyr Val Ala Arg 460 Leu Ser Ser Thr
Ser 465 Arg Asn Ile Asn His 470 Gin His Gly Ala Met 475 Gin Asp Leu His Aso 400
Ser Cys Ser Arg Lys 405 Leu Tyr Val Ser Leu 490 Leu Leu Leu Tyr Lys 495 Thr
Phe Gly Arg Lys 500 Leu His Leu Tyr Ser SOS His Pro Ile Ile Leu 510 Gly Phe
Arg Lys Ile Pro Het Gly Val Gly Leu Ser Pro Phe Leu Leu Ala Gin
515 520 52S
Phe Thr 530 Ser Ala Ile Cys Ser 535 Val Val Arg Arg Ala 540 Phe Pro His Cys
Leu 545 Ala Phe Ser Tyr Ket 550 Asp Asp Val Val Leu 555 Gly Ala Lys Ser Val 560
Gin His Leu Glu Ser Leu Phe Thr Ser Ile Thr Asn Phe Leu Leu Ser
Ξ65 570 575
Leu Gly Ile His 500 Leu Asn Pro Asn Lys 535 Thr Lys Arg Trp Gly 590 Tyr Ser
Leu Asn. Phe Ket Gly Tyr Val Ile Gly Ser Trp Gly Thr Leu Pro Gin
595 600 60S
Glu His 610 Ile Val Leu Lys Leu 61S Lys Gin Cys Phe Arg 620 Lys Leu Pro Val
Asn 525 Arg Pro Ile Asp Tr? 630 Lys Val Cys Gin Arg 635 Ile Val Gly Leu Leu 640
Gly Phe Ala Ala Pro Phe Thr Gin Cys Gly Tyr Pro Ala Leu Met Pro
645 650 655
Leu Tyr Ala Cys Ile Gin Ser Lys Gin Ala Phe Thr Phe Ser Pro Thr
660 665 670
Tyr Lys Ala Phe Leu Cys Lys Gin Tyr Leu Asn Leu Tyr Pro Val Ala
67 5 6S0 6SS
Arg Gin 690 Arg Ser Gly Leu Cys 695 Gin Val Phe Ala Aso 700 Ala Thr Pro Thr
Gly 705 Trp Gly Leu Ala Ile 710 Gly His Gin Arg Met 715 Ala Gly Thr Phe Leu 720
Ala Pro Leu Pro Ile His Thr Ala Glu Leu Leu Ala Ala Cys Phe Ala
725 730 735
Arg Ser Arg Ser Gly Ala Lys Leu Ile Glv Thr Asp Asn Ser Val Val
740 745 750
Leu Ser Arg 755 Lys Tyr Thr Ser Phe 760 Pro Trp Leu Leu Gly 765 Cys Ala Ala
Asn Trp Ile Leu Arg Gly Thr Ser Phe Val Tyr Val Pro Ser Ala Leu
770 775 700
Asn 705 Pro Ala Asp Asp Pro 790 Ser Arg Gly Arg Leu 795 Gly Leu Tyr Arg Pro 800
Leu Leu His Leu Pro 005 Phe Arg Pro Thr Thr 810 Gly Arg Thr Ser Leu 815 Tyr
Ala Val Ser Pro Tyr Val Pro Ser His Leu Pro Asp Arg Val His Phe
820 325 030
Ala Ser Pro Leu His Val Ala Trp Arg Pro Pro
835 840
PL 192 129 B1 (2) Informacja o SEQ ID NO: 3: (Figura 5) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 400 aminokwasów (B) Typ: aminokwas (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 3:
Met 1 Gly Gly Trp Ser 5 ser Lys Pro Arg Gin ίο Gly Met Gly Thr . Asn 15 Leu
Ala Val Pro Asn 20 Pro Leu Gly Phe Phe 25 Pro Asp His Gin Leu 30 Asp Pro
Ala Phe Gly 35 Ala Asn Ser Asn Asn 40 Pro Asp Trp Asp Phe 45 Asn Pro Asn
Lys Asp SO His Trp Pro Glu Ala 55 Asn Gin Val Gly Val 90 Gly Ala Phe Gly
Pro €5 Gly Phe Thr Pro Pro 70 His Gly Gly Leu Leu 75 Gly Gly Ser Pro Gin BO
Ala Gin Gly Ile Leu 65 Thr Thr Val Pro Ala 90 Ala Pro Pro Pro Ala 95 Ser
Thr As n Arg Gin 100 Ser Gly Arg Gin Pro 105 Thr Pro Ile Ser Pro 110 Pro Leu
Arg Asp Ser 115 His Pro Gin Ala Thr 120 Gin Trp Asn Ser Thr 125 Thr Phe His
Gin Ala 130 len Leu Aso Pro Arg 135 Val Arg Gly Leu Tyr 140 Phe Prc Ala Gly
Gly 145 Ser Ser Ser Gly Thr ISO Val Asn Pro Val Pro 155 Thr Thr Ala Ser Pro ieo
Ile Ser Ser Ile Phe 165 Ser Arg Thr Gly Asp 170 Pro Ala Pro Asn Met 175 Glu
Asn Thr Thr Ser iao Gly Phe Leu Gly Pro 195 Leu Leu Val Leu Gin 190 Ala Gly
Phe Phe ser 195 Leu Thr Arg Ile Leu 200 Thr Ile Pro Gin Ser 20S Leu Aso Ser
Trp Trp 210 Thr Ser Leu Asn Phe 215 Leu Gly Gly Ala Pro 220 Thr Cys Pro Gly
Gin 225 Asn. Ser Gin Ser Pro 230 Thr Ser Asn His Ser 235 Pro Thr Ser Cys Pro 240
Pro Ile Cys Pro Gly 245 Tyr Arg Trp Asn Cys 250 Leu Arg Arg Phe Ile 255 Ile
Phe Leu Phe Ile 250 Leu Leu Leu Cys Leu 26S Ile Phe Leu Leu Val 270 Leu Leu
Asp Tyr Gin 275 Gly Met Leu Pro Val 2S0 Cys Pro Leu Leu Pro 295 Gly Thr Ser
Thr Thr 290 Ser Thr Gly Pro Cys 295 Lys Thr Cys Thr Thr 300 Pro Ala Gin Gly
Asn 305 Ser Thr Phe Pro Ser 310 Cys Cys Cys Thr Lys 315 Pro Ser Asp Gly Asn 320
Cys Thr Cys Ile Pro 325 Ile Pro Ser Ser Trp 33C Ala Phe Ala Arg Phe 335 Leu
PL 192 129 B1
Trp Glu Trp Ala 340 Ser Val Arg Phe Ser 345 Trp Leu Ser Leu Leu 350 Val Pro
Ehe Val Gin 355 Trp Phe Val Gly Leu 3GC Ser Pro Thr Val Trp 365 Leu Ser Val
Tle Trp 3-70 Met Met Trp Tyr Trp 375 Gly Arg Ser Leu Tyr 360 Asn Ile Leu Ser
Pro 3B5 Phe Leu Pro Leu Leu 390 Pro Ile Phe Phe Cys 395 Leu Trp Val Tyr Ile 400
(2) Informacja o SEQ ID NO: 4: (Figura 6) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 212 aminokwasów (B) Typ: aminokwas (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 4:
Met Gin 1 Leu Phe Leu Leu Cys Leu Ile Ile Ser Cys Ser Cys Pro Thr 15
5 10
Val Gin Ala Ser Lya Leu Cys Leu Gly Trp Leu Trp Asp Met Asp Ile
20 25 30
Asp Pro Tyr Lys Glu Phe Gly Ala Ser Ala Glu Leu Leu Ser Phe Leu
35 40 45
Pro ser Asp Phe Phe Pro ser Ile Arg Asp Leu Leu Asp Thr Ala Ser
SO 55 GO
Ala Leu Tyr Arg Glu Ala Leu Glu Ser Pro Glu His Cys Ser Pro Eis
65 70 75 BO
Eis Thr Ala Leu Aro Glu Ala Ile Leu Cys Tm Gly Glu Leu Met Asn
05 90 ' 95
Leu Ala Thr Trp Val Gly Ser Asn Leu Glu Asp Pro Ala Ser Arg Glu
100 105 110
Leu Val Val Ser Tyr Val Asa Val Asn Met Gly Leu Lys Leu Arg Gin
115 120 125
Tle Leu Trp Phe His Ile Ser Cys Leu Thr Phe Gly Arg Glu Thr Val
13 0 135 140
Leu Glu Tyr Leu Val Ser Phe Gly Val Trp Ile Arg Thr Pro Thr Ala
145 150 155 IGO
Tyr Arg Pro Pro Asn Ala Pro Ile Leu Ser Thr Leu Pro Glu Thr Thr
IG 5 170 175
Val Val Arg Arg Arg Gly Arg Ser Pro Arg Arg Arg Thr Pro Ser Pro
130 IBS 190
Arg Arg Arg Arg Ser Gin Ser Pro Arg Arg Arg Arg Ser Gin Ser Arg
13S 200 205
Glu Ser Gin Arg
210
Informacja o SEQ ID NO: 5: (Figura 7)
(i) Charakterystyka sekwencji
PL 192 129 B1 (A) Długość: 154 aminokwasy (B) Typ: aminokwas (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 5:
Ket 1 Ala Ala Arg Val S Cya Cys Gin Leu Asp 10 Pro Ala Arg Asp Val 15 Leu
Cya Leu Arg Pro 20 Val Gly Ala Glu Ser 25 Arg Gly Arg Pro Val 30 Ser Gly
Pro Phe Gly 35 Ala Leu Pro Ser Pro 40 Ser Ser Ser Ala Val 45 Pro Ala Asp
His Gly 50 Ala His Leu Ser Leu 55 Arg Gly Leu Pro Val 60 Cys Ala Phe Ser
Ser 65 Ala Gly Pro Cys Ala 70 Leu Arg Phe Thr Ser 75 Ala Arg Arg Met Glu 60
Thr Thr Val Asn Ala 85 Arg Gin Val Leu Pro 90 Lys Val Leu Tyr Lys 95 Arg
Thr Leu Gly Leu 100 Ser Ala Met Ser Thr 105 Thr Asp Leu Glu Ala no Tyr Phe
Lys Asp Cys 115 Val Phe Lys Asp Trp 12 0 Glu Glu Leu Gly Glu 125 Glu Ile Arg
Leu Lys 13 0 Ile Tyr Val Leu Gly Gly 135 Cys Arg His Lys 140 Leu Val Cys Ser
Pro Ala Pro Cys Asn Phe Phe Ser Ser Ala
145 ISO (2) Informacja o SEQ ID NO: 6: (Figura 8) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 36 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 6:
ATAAGCTTAT GCCCCTATCT TATCAACACT TCCGSA (2) Informacja o SEQ ID NO: 7: (Figura 9) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 25 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza
PL 192 129 B1 (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 7:
GAGTCTAGAC TCTGCGGTAT TGTGA 2S (2) Informacja o SEQ ID NO: 8: (Figura 10) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 25 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 8:
GAGTCTAGAC TCGTGGTGGA CTTCT 2S (2) Informacja o SEQ ID NO: 9: (Figura 11) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 32 pary zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 9:
TGAGAATTCT CACGGTGGTC TCCATGCGAC GT 32 (2) Informacja o SEQ ID NO: 10: (Figura 12) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 16 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 10:
TTT5TTTACG TCCCGT
PL 192 129 B1 (2) Informacja o SEQ ID NO: 11: (Figura 13) (i) Charakterystyka sekwencji:
(A) Długość: 36 par zasad (B) Typ: kwas nukleinowy (C) Rodzaj niciowości: pojedyncza (D) Topologia: liniowa (xi) Opis sekwencji: SEQ ID NO: 11:
ATAAGCTTAT GCCCCTATCT TATCAACACT TCCGGA

Claims (73)

  1. Zastrzeżenia patentowe
    1. Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określony jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), zdeponowany pod numerami dostępu P97121501, P97121502 i P97121503 w European Collection of Cell Culture 15 grudnia 1997 r.
  2. 2. Wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
  3. 3. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 2, w przypadku którego polipeptyd jest kodowany przez nukleotydy 155 - 835 sekwencji kwasu nukleinowego określonej jako SEQ ID NO: 1.
  4. 4. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 3, zawierający nukleotydy „ACG w pozycjach 551 - 553.
  5. 5. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 2, który to kwas nukleinowy stanowi DNA.
  6. 6. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 2, który to kwas nukleinowy stanowi RNA.
  7. 7. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 5, który to kwas nukleinowy stanowi cDNA.
  8. 8. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 5, który to kwas nukleinowy stanowi genomowy DNA.
  9. 9. Wyizolowany kwas nukleinowy według zastrz. 2, w przypadku którego polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zasadniczo identyczną z resztami aminokwasów 174 - 400 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
  10. 10. Wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który to polipeptyd jest kodowany przez cząsteczkę kwasu nukleinowego zawierającą nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
  11. 11. Wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
  12. 12. Wektor zawierający wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, i jest funkcjonalnie połączony z promotorem transkrypcji RNA.
  13. 13. Wektor zawierający wyizolowany kwas nukleinowy kodujący polipeptyd, który to polipeptyd jest kodowany przez cząsteczkę kwasu nukleinowego zawierającą nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
  14. 14. Wektor według zastrz. 12 albo 13, który to wektor zawiera wirusowy DNA.
  15. 15. Układ gospodarz-wektor do wytwarzania polipeptydu, znamienny tym, że zawiera wektor określony w zastrz. 12.
    PL 192 129 B1
  16. 16. Układ gospodarz-wektor do wytwarzania polipeptydu, znamienny tym, że zawiera wektor określony w zastrz. 13.
  17. 17. Sposób wytwarzania polipeptydu, w którym układ gospodarz-wektor hoduje się w warunkach umożliwiających wytwarzanie polipeptydu, znamienny tym, że hoduje się układ gospodarzwektor określony w zastrz. 15 i odzyskuje się tak wytworzony polipeptyd.
  18. 18. Sposób wytwarzania polipeptydu, w którym układ gospodarz-wektor hoduje się w warunkach umożliwiających wytwarzanie polipeptydu, znamienny tym, że hoduje się układ gospodarzwektor określony w zastrz. 16 i odzyskuje się tak wytworzony polipeptyd.
  19. 19. Sposób wytwarzania polipeptydu w postaci oczyszczonej, znamienny tym, że:
    (a) wprowadza się wektor określony w zastrz. 12 do komórki gospodarza;
    (b) hoduje się powstałą komórkę gospodarza do wytworzenia polipeptydu;
    (c) odzyskuje się polipeptyd wytworzony w etapie (b); i (d) oczyszcza się tak odzyskany polipeptyd.
  20. 20. Sposób wytwarzania polipeptydu w postaci oczyszczonej, znamienny tym, że:
    (a) wprowadza się wektor określony w zastrz. 13 do komórki gospodarza;
    (b) hoduje się powstałą komórkę gospodarza do wytworzenia polipeptydu;
    (c) odzyskuje się polipeptyd wytworzony w etapie (b); i (d) oczyszcza się tak odzyskany polipeptyd.
  21. 21. Oczyszczony polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
  22. 22. Oczyszczony polipeptyd otrzymany sposobem określonym w zastrz. 19.
  23. 23. Oczyszczony polipeptyd, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów obejmującą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
  24. 24. Oczyszczony polipeptyd otrzymany sposobem określonym w zastrz. 20.
  25. 25. Oligonukleotyd o długości, co najmniej 15 nukleotydów, zdolny do specyficznej hybrydyzacji z unikatową sekwencją nukleotydów w obrę bie kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, bez hybrydyzowania do jakiejkolwiek sekwencji nukleotydów w obrębie kwasu nukleinowego, który koduje główny antygen powierzchniowy wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego.
  26. 26. Oligonukleotyd według zastrz. 25, zawierający nukleotydy 527 - 595 SEQ ID NO: 1.
  27. 27. Sposób otrzymywania przeciwciał dla polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, a nie dla głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, znamienny tym, że:
    (a) otrzymuje się polipeptyd w postaci oczyszczonej;
    (b) immunizuje się organizm zdolny do wytwarzania przeciwciał przeciw oczyszczonemu polipeptydowi;
    (c) zbiera się wytworzone przeciwciała;
    (d) łączy się wytworzone przeciwciała z oczyszczonym polipeptydem do wytworzenia kompleksu; i (e) ustala się, które wytworzone przeciwciała tworzą kompleks z oczyszczonym polipeptydem, z otrzymaniem przeciwciał dla polipeptydu.
  28. 28. Sposób według zastrz. 27, znamienny tym, że polipeptyd jest kodowany przez nukleotydy 155 - 835 sekwencji kwasu nukleinowego określonej jako SEQ ID NO: 1.
  29. 29. Sposób według zastrz. 27, znamienny tym, że polipeptyd ma sekwencję zasadniczo identyczną z resztami aminokwasów 174 - 400 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
  30. 30. Sposób według zastrz. 27, znamienny tym, że immunizuje się organizm królika lub myszy.
  31. 31. Sposób otrzymywania przeciwciał dla polipeptydu, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów obejmującą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3, znamienny tym, że:
    PL 192 129 B1 (a) otrzymuje się polipeptyd w postaci oczyszczonej;
    (b) immunizuje się organizm zdolny do wytwarzania przeciwciał przeciw oczyszczonemu polipeptydowi;
    (c) zbiera się wytworzone przeciwciała;
    (d) łączy się wytworzone przeciwciała z oczyszczonym polipeptydem do wytworzenia kompleksu; i (e) ustala się, które wytworzone przeciwciała tworzą kompleks z oczyszczonym polipeptydem, z otrzymaniem przeciwciał dla polipeptydu.
  32. 32. Sposób według zastrz. 31, znamienny tym, że immunizuje się organizm królika lub myszy.
  33. 33. Przeciwciała, korzystnie przeciwciała monoklonalne, otrzymane sposobem określonym w zastrz. 27 albo 31.
  34. 34. Przeciwciała zdolne do wykrywania polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, i niezdolne do wykrywania głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego.
  35. 35. Przeciwciała zdolne do wykrywania polipeptydu, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 320 sekwencji aminokwasów określonej jako SEQ ID NO: 3.
  36. 36. Zastosowanie kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania czy osobnik jest zakażony szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), przy czym takie ustalanie obejmuje:
    (a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
  37. 37. Zastosowanie według zastrz. 36, w którym próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) kontaktowanie mRNA z oligonukleotydem określonym w zastrz. 25, w warunkach umożliwiających wiązanie mRNA z oligonukleotydem, do wytworzenia kompleksu;
    (ii) izolację tak wytworzonego kompleksu, i (iii) identyfikację mRNA w wyizolowanym kompleksie, dla ustalenia czy mRNA stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
  38. 38. Zastosowanie według zastrz. 36, w którym próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) translację mRNA w warunkach otrzymywania sekwencji aminokwasów; i (ii) porównanie sekwencji aminokwasów etapu (i) z sekwencją aminokwasów kodowaną przez wyizolowany kwas nukleinowy określony w zastrz. 9, dla ustalenia czy próbkę kwasu nukleinowego stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
    PL 192 129 B1
  39. 39. Zastosowanie według zastrz. 36, w którym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) amplifikację kwasu nukleinowego obecnego w próbce w etapie (a); i (ii) wykrywanie obecności polipeptydu w otrzymanym zamplifikowanym kwasie nukleinowym.
  40. 40. Zastosowanie przeciwciał, które rozpoznają polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania czy osobnik jest zakażony szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), przy czym takie ustalanie obejmuje:
    (a) uzyskanie próbki od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przez skontaktowanie próbki w warunkach wiązania z przeciwciał ami okreś lonymi w zastrz. 34 albo 35, dla ustalenia czy osobnik jest zakaż ony.
  41. 41. Zastosowanie według zastrz. 36, 37 albo 40, w którym wyizolowany kwas nukleinowy, oligonukleotyd lub przeciwciało są znakowane wykrywalnym markerem.
  42. 42. Zastosowanie według zastrz. 41, w którym wykrywalny marker stanowi radioaktywny izotop, fluorofor lub enzym.
  43. 43. Zastosowanie według zastrz. 36, w którym próbkę stanowią krew, surowice lub tkanka, taka jak tkanka wątroby.
  44. 44. Zastosowanie kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowo-komórkowego, przy czym takie ustalanie obejmuje:
    (a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
  45. 45. Zastosowanie według zastrz. 44, w którym próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) kontaktowanie mRNA z oligonukleotydem określonym w zastrz. 25, w warunkach umożliwiających wiązanie mRNA z oligonukleotydem, do wytworzenia kompleksu;
    (ii) izolację tak wytworzonego kompleksu, i (iii) identyfikację mRNA w wyizolowanym kompleksie, dla ustalenia czy mRNA stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
  46. 46. Zastosowanie według zastrz. 44, w którym próbka kwasu nukleinowego w etapie (a) zawiera mRNA odpowiadający transkryptowi DNA kodującemu polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) translację mRNA w warunkach otrzymywania sekwencji aminokwasów; i
    PL 192 129 B1 (ii) porównanie sekwencji aminokwasów etapu (i) z sekwencją aminokwasów kodowaną przez wyizolowany kwas nukleinowy określony w zastrz. 9, dla ustalenia czy próbkę kwasu nukleinowego stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna tego kwasu nukleinowego.
  47. 47. Zastosowanie według zastrz. 44, w którym etap ustalania (b) obejmuje:
    (i) amplifikację kwasu nukleinowego obecnego w próbce w etapie (a); i (ii) wykrywanie obecności polipeptydu w powstałym zamplifikowanym kwasie nukleinowym.
  48. 48. Zastosowanie przeciwciał, które rozpoznają polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, do ustalania predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowokomórkowego, przy czym takie ustalanie obejmuje:
    (a) uzyskanie próbki kwasu nukleinowego od osobnika; i (b) ustalenie czy próbkę kwasu nukleinowego z etapu (a) stanowi kwas nukleinowy kodujący polipeptyd lub pochodna kwasu nukleinowego kodującego polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przez skontaktowanie próbki w warunkach wiązania z przeciwciał ami okreś lonymi w zastrz. 34 albo 35, dla ustalenia predyspozycji do zachorowania na raka wątrobowo-komórkowego.
  49. 49. Zastosowanie według zastrz. 45, 46 albo 48, w którym wyizolowany kwas nukleinowy, oligonukleotyd lub przeciwciało są znakowane wykrywalnym markerem.
  50. 50. Zastosowanie według zastrz. 49, w którym wykrywalny marker stanowi radioaktywny izotop, fluorofor lub enzym.
  51. 51. Zastosowanie według zastrz. 44, w którym próbkę stanowią krew, surowice lub tkanka, taka jak tkanka wątroby.
  52. 52. Sposób oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do leczenia zakażenia przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określany jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), znamienny tym, że:
    (a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
    (b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do leczenia zakażenia przez szczep wirusa 'S'-133 Oon.
  53. 53. Sposób oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do zapobiegania zakażeniu przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określany jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), znamienny tym, że:
    (a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
    (b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do zapobiegania zakażeniu przez szczep wirusa 'S'-133 Oon.
  54. 54. Sposób oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny do leczenia raka wątrobowo-komórkowego, znamienny tym, że:
    (a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu
    PL 192 129 B1 dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
    (b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do leczenia raka wątrobowo-komórkowego.
  55. 55. Sposób oznaczania związku chemicznego do stosowania do wytwarzania leku, który jest zdolny zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu, znamienny tym, że:
    (a) kontaktuje się polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, ze związkiem chemicznym w warunkach umożliwiających wiązanie polipeptydu ze związkiem chemicznym;
    (b) wykrywa się specyficzne wiązanie związku chemicznego z polipeptydem; i (c) ustala się czy związek chemiczny hamuje polipeptyd, dla zidentyfikowania związku chemicznego, który jest zdolny do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu.
  56. 56. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera polipeptyd, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, przy czym ilości takiego polipeptydu są skuteczne do stymulacji lub wzmagania wytwarzania przeciwciał u osobnika, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  57. 57. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera polipeptyd mający sekwencję aminokwasów zawierającą reszty aminokwasów 298 - 330 SEQ ID NO: 3, przy czym ilości takiego polipeptydu są skuteczne do stymulacji lub wzmagania wytwarzania przeciwciał u osobnika, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  58. 58. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym w zastrz. 54, w ilości skutecznej do leczenia raka wątrobowo-komórkowego, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  59. 59. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym w zastrz. 55, w ilości skutecznej do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu, oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  60. 60. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym w zastrz. 52, w ilości skutecznej do leczenia zakażenia przez szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, określany jako ludzki wirus zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  61. 61. Kompozycja, znamienna tym, że zawiera związek chemiczny zidentyfikowany sposobem określonym w zastrz. 53, w ilości skutecznej do zapobiegania zakażeniu szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), oraz farmaceutycznie dopuszczalny nośnik.
  62. 62. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 56 albo 57 do leczenia osobnika zakażonego szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę).
  63. 63. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 60 do leczenia osobnika zakażonego szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę).
  64. 64. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 56 albo 57 do zapobiegania zakażeniu szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę) u osobnika.
  65. 65. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 61 do zapobiegania zakażeniu szczepem wirusa zapalenia wątroby typu B, określanym jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę) u osobnika.
  66. 66. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 56 albo 57 do wytwarzania leku do leczenia osobnika z rakiem wątrobowo-komórkowym.
  67. 67. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 58 do wytwarzania leku do leczenia osobnika z rakiem wątrobowo-komórkowym.
    PL 192 129 B1
  68. 68. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 56 albo 58 do wytwarzania leku do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu u osobnika.
  69. 69. Zastosowanie kompozycji określonej w zastrz. 59 do wytwarzania leku do zapobiegania rakowi wątrobowo-komórkowemu u osobnika.
  70. 70. Sposób skriningu płynów ustrojowych od osobnika pod kątem szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, określanego jako szczep ludzkiego wirusa zakażenia wątroby typu B z antygenem powierzchniowym 'S'-133 Oon (metionina na treoninę), znamienny tym, że:
    (a) uzyskuje się próbkę płynu ustrojowego od osobnika; i (b) ustala się obecność polipeptydu, który jest zmutowanym głównym antygenem powierzchniowym szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B typu dzikiego tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina, w próbce z etapu (a) dla potwierdzenia ewentualnej obecności tego szczepu.
  71. 71. Sposób według zastrz. 70, znamienny tym, że jako płyn ustrojowy stosuje się krew, surowice lub próbkę kwasu nukleinowego z krwi lub surowic.
  72. 72. Szczepionka na wirusowe zapalenie wątroby typu B, znamienna tym, że zawiera zmutowany główny antygen powierzchniowy szczepu wirusa zapalenia wątroby typu B, który to polipeptyd ma sekwencję aminokwasów, która różni się od sekwencji aminokwasów głównego antygenu powierzchniowego wirusa zapalenia wątroby typu B tym, że aminokwas w pozycji 133 takiego polipeptydu stanowi treonina, a nie metionina.
  73. 73. Szczepionka według zastrz. 72, znamienna tym, że zawiera ponadto adiuwant.
PL345573A 1998-06-19 1998-06-19 Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka PL192129B1 (pl)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/SG1998/000046 WO1999066048A1 (en) 1998-06-19 1998-06-19 A mutant human hepatitis b viral strain and uses thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL345573A1 PL345573A1 (en) 2001-12-17
PL192129B1 true PL192129B1 (pl) 2006-09-29

Family

ID=20429862

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL345573A PL192129B1 (pl) 1998-06-19 1998-06-19 Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka

Country Status (22)

Country Link
US (1) US6558675B1 (pl)
EP (1) EP1098981A1 (pl)
JP (1) JP2002518014A (pl)
KR (1) KR100498118B1 (pl)
CN (1) CN1322251A (pl)
AR (1) AR020093A1 (pl)
AU (1) AU756866B2 (pl)
BG (1) BG105066A (pl)
BR (1) BR9815913A (pl)
CA (1) CA2330935C (pl)
HU (1) HUP0103409A3 (pl)
IL (1) IL140364A0 (pl)
IS (1) IS5778A (pl)
MX (1) MXPA00012720A (pl)
MY (1) MY118955A (pl)
NO (1) NO20006456L (pl)
NZ (1) NZ508890A (pl)
PL (1) PL192129B1 (pl)
TR (1) TR200003777T2 (pl)
UA (1) UA73476C2 (pl)
WO (1) WO1999066048A1 (pl)
YU (1) YU80600A (pl)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TW200643171A (en) 2005-06-07 2006-12-16 Temasek Life Sciences Lab Ltd Porcine circovirus type 2 vaccines
EP3708176A1 (en) * 2019-03-15 2020-09-16 Centre National De La Recherche Scientifique -Cnrs- Mutant vsv ectodomain polypeptide and uses thereof
BR112022005687A2 (pt) 2019-09-30 2022-06-21 Gilead Sciences Inc Vacinas contra o hbv e métodos para tratar o hbv
CN113201051B (zh) * 2021-04-27 2022-08-02 复旦大学 一种乙肝病毒表面蛋白突变体及其在抗乙肝病毒中的应用

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9401987D0 (en) 1994-02-02 1994-03-30 Imperial College Modified nucleic acid
US5980901A (en) 1996-09-18 1999-11-09 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Viral defective interfering particles and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
PL345573A1 (en) 2001-12-17
NZ508890A (en) 2004-04-30
IL140364A0 (en) 2002-02-10
TR200003777T2 (tr) 2001-06-21
IS5778A (is) 2000-12-19
KR20010106129A (ko) 2001-11-29
HUP0103409A3 (en) 2003-10-28
JP2002518014A (ja) 2002-06-25
AU7795198A (en) 2000-01-05
YU80600A (sh) 2005-06-10
CA2330935A1 (en) 1999-12-23
HUP0103409A2 (hu) 2001-12-28
US6558675B1 (en) 2003-05-06
UA73476C2 (en) 2005-08-15
AU756866B2 (en) 2003-01-23
BR9815913A (pt) 2001-12-26
MY118955A (en) 2005-02-28
AR020093A1 (es) 2002-04-10
CA2330935C (en) 2005-05-10
MXPA00012720A (es) 2002-05-08
KR100498118B1 (ko) 2005-07-01
CN1322251A (zh) 2001-11-14
NO20006456L (no) 2001-02-16
BG105066A (en) 2001-09-28
WO1999066048A1 (en) 1999-12-23
EP1098981A1 (en) 2001-05-16
NO20006456D0 (no) 2000-12-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR0181517B1 (ko) 비-에이 비-비형 간염-특이 항원 및 간염 진단에서 그의 용도
JPH06508837A (ja) C型肝炎ウイルス(hcv)ポリペプチド
KR100498117B1 (ko) 백신-유도 b형 간염 바이러스 균주 및 그 용도
JP4641695B2 (ja) 新規なhev抗原性ペプチド及び方法
PL192129B1 (pl) Wyizolowany szczep wirusa zapalenia wątroby typu B, wyizolowany kwas nukleinowy, wektor, układ gospodarz-wektor, sposób wytwarzania polipeptydu, oczyszczony polipeptyd, oligonukleotyd, sposób otrzymywania przeciwciał, przeciwciała, zastosowanie kwasu nukleinowego, zastosowanie przeciwciał, sposób oznaczania związku chemicznego, kompozycja, zastosowanie kompozycji, sposób skriningu płynów ustrojowych i szczepionka
US6787142B2 (en) Mutant human hepatitis B viral strain and uses thereof
JPH11500001A (ja) E型肝炎のパキスタン菌株の組み換えタンパク質並びにその診断法及び種痘における利用
CA2529997A1 (en) Novel surface protein (hbsag) variant of hepatitis b virus
Bodjo et al. Mapping and structural analysis of B-cell epitopes on the morbillivirus nucleoprotein amino terminus
JP2002529092A (ja) Senv遺伝子型の同定
JP3110437B2 (ja) 流行性非a非b型肝炎ウイルス抗原ペプチドおよびこれをコードする核酸断片
NZ528739A (en) A mutant human hepatitis B viral strain and uses thereof
RU2270863C2 (ru) Мутантный штамм вируса гепатита в и его применение
WO2004060914A1 (fr) Proteine associee a la regeneration du foie humain et utilisation de cette proteine
KR960015513B1 (ko) 한국형 c형 간염 진단시약 및 백신
NZ528350A (en) A vaccine-induced hepatitis B viral strain and uses thereof
WO1992018532A1 (fr) Arn, adn et proteine antigenique virale du virus de l'hepatite non-a, non-b
JPH06239894A (ja) 新規な非a非b型肝炎ウイルス抗原ポリペプチド及び診断方法
JPH04169192A (ja) 非a非b型肝炎ウイルス抗原ポリペプチド、該抗原ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、及びそれらを用いた非a非b型肝炎の診断方法 3
JPH0466596A (ja) 非a非b型肝炎ウイルス抗原ペプチド、これをコードする核酸断片およびこれらの利用法
RU2000133299A (ru) Штамм вируса поствакцинального гепатита B и его применение

Legal Events

Date Code Title Description
RECP Rectifications of patent specification
LAPS Decisions on the lapse of the protection rights

Effective date: 20070619