NO177863B - Method for Preparation of Recombinant Human IFN Type I, IFN1, IFN-Pseudo-2, -3, and -4, and Expression Vectors - Google Patents
Method for Preparation of Recombinant Human IFN Type I, IFN1, IFN-Pseudo-2, -3, and -4, and Expression Vectors Download PDFInfo
- Publication number
- NO177863B NO177863B NO853012A NO853012A NO177863B NO 177863 B NO177863 B NO 177863B NO 853012 A NO853012 A NO 853012A NO 853012 A NO853012 A NO 853012A NO 177863 B NO177863 B NO 177863B
- Authority
- NO
- Norway
- Prior art keywords
- interferon
- ifn
- dna
- plasmid
- interferons
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 41
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 title claims description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 title description 20
- 229940047124 interferons Drugs 0.000 claims abstract description 53
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract description 25
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims abstract description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 98
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 81
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 78
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 claims description 77
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 claims description 70
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 claims description 64
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 61
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 30
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 30
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 29
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 26
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 claims description 17
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 16
- 241001131785 Escherichia coli HB101 Species 0.000 claims description 14
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 14
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 claims description 13
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 claims description 12
- 230000009466 transformation Effects 0.000 claims description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 4
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 3
- UHNQRAFSEBGZFZ-YESZJQIVSA-N Leu-Phe-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N UHNQRAFSEBGZFZ-YESZJQIVSA-N 0.000 claims 1
- QEVRUYFHWJJUHZ-DCAQKATOSA-N Met-Ala-Leu Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C QEVRUYFHWJJUHZ-DCAQKATOSA-N 0.000 claims 1
- FUOGXAQMNJMBFG-WPRPVWTQSA-N Pro-Val-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 FUOGXAQMNJMBFG-WPRPVWTQSA-N 0.000 claims 1
- XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N Ser-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N 0.000 claims 1
- VVKVHAOOUGNDPJ-SRVKXCTJSA-N Ser-Tyr-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VVKVHAOOUGNDPJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 claims 1
- QPPZEDOTPZOSEC-RCWTZXSCSA-N Val-Met-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O QPPZEDOTPZOSEC-RCWTZXSCSA-N 0.000 claims 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 claims 1
- 108010090894 prolylleucine Proteins 0.000 claims 1
- 108010026333 seryl-proline Proteins 0.000 claims 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 abstract description 23
- 108010014726 Interferon Type I Proteins 0.000 abstract description 10
- 102000002227 Interferon Type I Human genes 0.000 abstract description 7
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 129
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 70
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 51
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 50
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 49
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 41
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 35
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 29
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 26
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 26
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 25
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 25
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 24
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 23
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 23
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 22
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 21
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 21
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 20
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 20
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 17
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 15
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 15
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 15
- FJWGYAHXMCUOOM-QHOUIDNNSA-N [(2s,3r,4s,5r,6r)-2-[(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5-dinitrooxy-2-(nitrooxymethyl)-6-[(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5,6-trinitrooxy-2-(nitrooxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-3,5-dinitrooxy-6-(nitrooxymethyl)oxan-4-yl] nitrate Chemical compound O([C@@H]1O[C@@H]([C@H]([C@H](O[N+]([O-])=O)[C@H]1O[N+]([O-])=O)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O[N+]([O-])=O)[C@H](O[N+]([O-])=O)[C@@H](CO[N+]([O-])=O)O1)O[N+]([O-])=O)CO[N+](=O)[O-])[C@@H]1[C@@H](CO[N+]([O-])=O)O[C@@H](O[N+]([O-])=O)[C@H](O[N+]([O-])=O)[C@H]1O[N+]([O-])=O FJWGYAHXMCUOOM-QHOUIDNNSA-N 0.000 description 15
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 15
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 15
- 229940079938 nitrocellulose Drugs 0.000 description 15
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 14
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 14
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 14
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 13
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 13
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 13
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 12
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 12
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 12
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 12
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 12
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 12
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 12
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 11
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 11
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 11
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 10
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 10
- 239000006142 Luria-Bertani Agar Substances 0.000 description 10
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 10
- 239000002585 base Substances 0.000 description 10
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 10
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 9
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 9
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 9
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 9
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 9
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 8
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 8
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 8
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 8
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 8
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 8
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 8
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 7
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 7
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 7
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 7
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 7
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 7
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 6
- 101000959820 Homo sapiens Interferon alpha-1/13 Proteins 0.000 description 6
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 6
- 108091008109 Pseudogenes Proteins 0.000 description 6
- 102000057361 Pseudogenes Human genes 0.000 description 6
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 6
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 6
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 6
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 6
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 6
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 6
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 6
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 6
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 6
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 5
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 102100040019 Interferon alpha-1/13 Human genes 0.000 description 5
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 5
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 5
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 5
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 5
- 244000309466 calf Species 0.000 description 5
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 5
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 5
- 229960003957 dexamethasone Drugs 0.000 description 5
- UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N dexamethasone Chemical compound C1CC2=CC(=O)C=C[C@]2(C)[C@]2(F)[C@@H]1[C@@H]1C[C@@H](C)[C@@](C(=O)CO)(O)[C@@]1(C)C[C@@H]2O UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N 0.000 description 5
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 5
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 5
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 5
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 5
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 5
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 5
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- 239000012137 tryptone Substances 0.000 description 5
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 5
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 5
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 4
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 101150103227 IFN gene Proteins 0.000 description 4
- 108090000467 Interferon-beta Proteins 0.000 description 4
- 102000003996 Interferon-beta Human genes 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 4
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 4
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 4
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 4
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 4
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 description 4
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 4
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 4
- 241000711975 Vesicular stomatitis virus Species 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N acetic acid Substances CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000001028 anti-proliverative effect Effects 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 4
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 4
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 4
- 108010045648 interferon omega 1 Proteins 0.000 description 4
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 4
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 4
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 4
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 4
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 4
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 4
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 4
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 4
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 3
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 3
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 241001452028 Escherichia coli DH1 Species 0.000 description 3
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 3
- 101100221616 Halobacterium salinarum (strain ATCC 29341 / DSM 671 / R1) cosB gene Proteins 0.000 description 3
- 102100036479 Interferon omega-1 Human genes 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- 241000711408 Murine respirovirus Species 0.000 description 3
- 230000004988 N-glycosylation Effects 0.000 description 3
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 3
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 3
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 3
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 3
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 3
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 3
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 3
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 3
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 3
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 3
- KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N boric acid Chemical compound OB(O)O KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004327 boric acid Substances 0.000 description 3
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 3
- 235000011148 calcium chloride Nutrition 0.000 description 3
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 208000019065 cervical carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 3
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 3
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 3
- 229960001031 glucose Drugs 0.000 description 3
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 3
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 3
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 3
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 3
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 3
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 3
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 3
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- SPFMQWBKVUQXJV-QGROCUHESA-N (2s,3r,4s,5s)-2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;hydrate Chemical compound O.OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O SPFMQWBKVUQXJV-QGROCUHESA-N 0.000 description 2
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000011691 Burkitt lymphomas Diseases 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 2
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000710188 Encephalomyocarditis virus Species 0.000 description 2
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 2
- 102000005731 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 description 2
- 108010070600 Glucose-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 2
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 2
- DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N Propylene glycol Chemical compound CC(O)CO DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 238000000211 autoradiogram Methods 0.000 description 2
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 2
- 239000008366 buffered solution Substances 0.000 description 2
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000005018 casein Substances 0.000 description 2
- BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N casein, tech. Chemical compound NCCCCC(C(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CC(C)C)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(C(C)O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(COP(O)(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(N)CC1=CC=CC=C1 BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000021240 caseins Nutrition 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 description 2
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 2
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 230000001085 cytostatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 2
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- -1 isocytochrome C Proteins 0.000 description 2
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 2
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 2
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N n-methyl-1-(2-naphthalen-1-ylsulfanylphenyl)methanamine Chemical compound CNCC1=CC=CC=C1SC1=CC=CC2=CC=CC=C12 OHDXDNUPVVYWOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- FSYKKLYZXJSNPZ-UHFFFAOYSA-N sarcosine Chemical compound C[NH2+]CC([O-])=O FSYKKLYZXJSNPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 2
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- DPJRMOMPQZCRJU-UHFFFAOYSA-M thiamine hydrochloride Chemical compound Cl.[Cl-].CC1=C(CCO)SC=[N+]1CC1=CN=C(C)N=C1N DPJRMOMPQZCRJU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229960000344 thiamine hydrochloride Drugs 0.000 description 2
- 235000019190 thiamine hydrochloride Nutrition 0.000 description 2
- 239000011747 thiamine hydrochloride Substances 0.000 description 2
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 2
- HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K trisodium citrate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O HRXKRNGNAMMEHJ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 229940038773 trisodium citrate Drugs 0.000 description 2
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 2
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 2
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 2
- UDPGUMQDCGORJQ-UHFFFAOYSA-N (2-chloroethyl)phosphonic acid Chemical compound OP(O)(=O)CCCl UDPGUMQDCGORJQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L (R)-2-Hydroxy-3-(phosphonooxy)-propanal Natural products O=C[C@H](O)COP([O-])([O-])=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-L 0.000 description 1
- GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 1-prop-2-ynoxypropan-2-ol Chemical compound CC(O)COCC#C GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 2',3'-Dideoxyadenosine-5-triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1CC[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 OAKPWEUQDVLTCN-NKWVEPMBSA-N 0.000 description 1
- IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 2,2'-piperazine-1,4-diylbisethanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCN1CCN(CCS(O)(=O)=O)CC1 IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OSJPPGNTCRNQQC-UWTATZPHSA-N 3-phospho-D-glyceric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)COP(O)(O)=O OSJPPGNTCRNQQC-UWTATZPHSA-N 0.000 description 1
- 101150033839 4 gene Proteins 0.000 description 1
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- 102100030310 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase Human genes 0.000 description 1
- 101710163881 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase Proteins 0.000 description 1
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- 102000013563 Acid Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108010051457 Acid Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710187578 Alcohol dehydrogenase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101710187573 Alcohol dehydrogenase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101710133776 Alcohol dehydrogenase class-3 Proteins 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000006820 Arthralgia Diseases 0.000 description 1
- YXVAESUIQFDBHN-SRVKXCTJSA-N Asn-Phe-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YXVAESUIQFDBHN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 1
- 101001047514 Bos taurus Lethal(2) giant larvae protein homolog 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100283604 Caenorhabditis elegans pigk-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000004031 Carboxy-Lyases Human genes 0.000 description 1
- 108090000489 Carboxy-Lyases Proteins 0.000 description 1
- 206010049993 Cardiac death Diseases 0.000 description 1
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 108010073254 Colicins Proteins 0.000 description 1
- 206010010904 Convulsion Diseases 0.000 description 1
- LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N D-glyceraldehyde 3-phosphate Chemical compound O=C[C@H](O)COP(O)(O)=O LXJXRIRHZLFYRP-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010011906 Death Diseases 0.000 description 1
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 1
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 description 1
- 241001646716 Escherichia coli K-12 Species 0.000 description 1
- 241001302584 Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 Species 0.000 description 1
- 241001524679 Escherichia virus M13 Species 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 102000005548 Hexokinase Human genes 0.000 description 1
- 108700040460 Hexokinases Proteins 0.000 description 1
- 101000959794 Homo sapiens Interferon alpha-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000611183 Homo sapiens Tumor necrosis factor Proteins 0.000 description 1
- 108091006905 Human Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000008100 Human Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- 241000701109 Human adenovirus 2 Species 0.000 description 1
- XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N IDUR Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(I)=C1 XQFRJNBWHJMXHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 1
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 239000007836 KH2PO4 Substances 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- NPBGTPKLVJEOBE-IUCAKERBSA-N Lys-Arg Chemical group NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N NPBGTPKLVJEOBE-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- 241000829100 Macaca mulatta polyomavirus 1 Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699673 Mesocricetus auratus Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108700005084 Multigene Family Proteins 0.000 description 1
- 101100018717 Mus musculus Il1rl1 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000009525 Myocarditis Diseases 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000007990 PIPES buffer Substances 0.000 description 1
- 108010087702 Penicillinase Proteins 0.000 description 1
- 102000001105 Phosphofructokinases Human genes 0.000 description 1
- 108010069341 Phosphofructokinases Proteins 0.000 description 1
- 102000012288 Phosphopyruvate Hydratase Human genes 0.000 description 1
- 108010022181 Phosphopyruvate Hydratase Proteins 0.000 description 1
- 235000014676 Phragmites communis Nutrition 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M Pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 101150006985 STE2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 1
- 101100204213 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) STE3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100204216 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) STE5 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000293869 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Species 0.000 description 1
- 108010077895 Sarcosine Proteins 0.000 description 1
- 241000607720 Serratia Species 0.000 description 1
- 108700026226 TATA Box Proteins 0.000 description 1
- 101150006914 TRP1 gene Proteins 0.000 description 1
- JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N Thiamine Natural products CC1=C(CCO)SC=[N+]1CC1=CN=C(C)N=C1N JZRWCGZRTZMZEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 description 1
- 101150003160 X gene Proteins 0.000 description 1
- HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N [[(2s,5r)-5-(2-amino-6-oxo-3h-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@H]1CC[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HDRRAMINWIWTNU-NTSWFWBYSA-N 0.000 description 1
- ARLKCWCREKRROD-POYBYMJQSA-N [[(2s,5r)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)CC1 ARLKCWCREKRROD-POYBYMJQSA-N 0.000 description 1
- LPQOADBMXVRBNX-UHFFFAOYSA-N ac1ldcw0 Chemical compound Cl.C1CN(C)CCN1C1=C(F)C=C2C(=O)C(C(O)=O)=CN3CCSC1=C32 LPQOADBMXVRBNX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 238000007605 air drying Methods 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 230000003698 anagen phase Effects 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 1
- 230000002022 anti-cellular effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000036528 appetite Effects 0.000 description 1
- 235000019789 appetite Nutrition 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000721 bacterilogical effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004799 bromophenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 238000005341 cation exchange Methods 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 108091092328 cellular RNA Proteins 0.000 description 1
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- XMEVHPAGJVLHIG-FMZCEJRJSA-N chembl454950 Chemical compound [Cl-].C1=CC=C2[C@](O)(C)[C@H]3C[C@H]4[C@H]([NH+](C)C)C(O)=C(C(N)=O)C(=O)[C@@]4(O)C(O)=C3C(=O)C2=C1O XMEVHPAGJVLHIG-FMZCEJRJSA-N 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000013375 chromatographic separation Methods 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000004690 coupled electron pair approximation Methods 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000000120 cytopathologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002842 cytophatogenic effect reduction assay Methods 0.000 description 1
- 239000000824 cytostatic agent Substances 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- URGJWIFLBWJRMF-JGVFFNPUSA-N ddTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)CC1 URGJWIFLBWJRMF-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L dipotassium hydrogen phosphate Chemical compound [K+].[K+].OP([O-])([O-])=O ZPWVASYFFYYZEW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 235000019797 dipotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 229910000396 dipotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910000397 disodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethyl mercaptane Natural products CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 239000012894 fetal calf serum Substances 0.000 description 1
- RZILCCPWPBTYDO-UHFFFAOYSA-N fluometuron Chemical compound CN(C)C(=O)NC1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 RZILCCPWPBTYDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 238000001879 gelation Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 230000002414 glycolytic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000304 hepatotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 1
- 102000057041 human TNF Human genes 0.000 description 1
- 229960000890 hydrocortisone Drugs 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000013383 initial experiment Methods 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000007169 ligase reaction Methods 0.000 description 1
- 230000007056 liver toxicity Effects 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 231100000897 loss of orientation Toxicity 0.000 description 1
- 201000005296 lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010025482 malaise Diseases 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 description 1
- 230000035407 negative regulation of cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 239000006916 nutrient agar Substances 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 229950009506 penicillinase Drugs 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 108010083127 phage repressor proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000008177 pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003016 pheromone Substances 0.000 description 1
- 238000002962 plaque-reduction assay Methods 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M potassium dihydrogen phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 description 1
- 101150059159 proA2 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000012857 radioactive material Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000284 resting effect Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 229940043230 sarcosine Drugs 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000012679 serum free medium Substances 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 230000002195 synergetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010257 thawing Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 235000019157 thiamine Nutrition 0.000 description 1
- 229960003495 thiamine Drugs 0.000 description 1
- 239000011721 thiamine Substances 0.000 description 1
- KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N thiamine Chemical compound CC1=C(CCO)SCN1CC1=CN=C(C)N=C1N KYMBYSLLVAOCFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
- C07K14/555—Interferons [IFN]
- C07K14/56—IFN-alpha
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
- C07K14/555—Interferons [IFN]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Virology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Electrotherapy Devices (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Foreliggende oppfinnelse vedrører en fremgangsmåte for fremstilling av rekombinante DNA-molekyler som koder for nye menneske-interferoner av type I IFNiol (figur 1), som inneholder The present invention relates to a method for the production of recombinant DNA molecules that code for new human interferons of type I IFNiol (Figure 1), which contain
168 til 174 aminosyrer, for interferon-pseudo-u>2 (figur 12) , 168 to 174 amino acids, for interferon-pseudo-u>2 (Figure 12),
for interferon-pseudo-o)3 (figur 13) eller for interferon-pseudo-o)4 (figur 14) ; et ekspresjonsplasmid for IFN-ul, som for interferon-pseudo-o)3 (Figure 13) or for interferon-pseudo-o)4 (Figure 14); an expression plasmid for IFN-ul, which
er et derivat av plasmidet PBR322; og en fremgangsmåte for fremstilling av nye menneskeinterferoner av typen I, hvorunder de ferdige interferoner har en divergens på 30 tii'50% i forhold til menneske-a-interferonene, og av deres N-glykosylerte derivater. is a derivative of plasmid PBR322; and a method for the production of new type I human interferons, wherein the finished interferons have a divergence of 30 to 50% in relation to the human α-interferons, and of their N-glycosylated derivatives.
Interferon er et begrep som er fremkommet for å beskrive Interferon is a term that has been coined to describe
et utvalg av proteiner som er endogene til menneskeceller og er karakterisert ved at de har delvis overlappende og delvis divergerende biologiske aktiviteter. Disse proteiner modifi-serer den legemsspesifikke immunreaksjon, og man antar at de bidrar til en virkningsfull beskyttelse mot virussykdommer. Interferonene ble f.eks. inndelt i tre klasser, nemlig a-, a selection of proteins that are endogenous to human cells and are characterized by having partly overlapping and partly divergent biological activities. These proteins modify the body's specific immune reaction, and it is assumed that they contribute to effective protection against viral diseases. The interferons were e.g. divided into three classes, namely a-,
/3- og t-interferon. /3- and t-interferon.
Av jS- og 7-interferon er bare én undertype kjent i den menneskelige organismen (f.eks. S. Ohno et al., Proe. Nati. Of jS- and 7-interferon only one subtype is known in the human organism (eg S. Ohno et al., Proe. Nati.
Acad. Sei. 78, 5305-5309 (1981); Gray et al., Nature 295, 503-508 (1982); Taya et al., EMBO Journal 1(8, 953-958 (1982)). Derimot er det beskrevet forskjellige subtyper av a-interferon (f.eks. Phil. Trans. R. Soc. Lond. 299, 7-28 (1982)). De ferdige a-interferoner adskiller seg derunder seg imellom ved maksimalt 23% divergens og er ca. 166 aminosyrer lange. Acad. Pollock. 78, 5305-5309 (1981); Gray et al., Nature 295, 503-508 (1982); Taya et al., EMBO Journal 1(8, 953-958 (1982)). In contrast, different subtypes of α-interferon have been described (eg Phil. Trans. R. Soc. Lond. 299, 7-28 (1982)). The finished α-interferons differ among themselves at a maximum of 23% divergence and are approx. 166 amino acids long.
Videre er en rapport over et a-interferon bemerkelsesverdig, Furthermore, a report of an α-interferon is noteworthy,
som har en overraskende høy molekylvekt (26 000 bestemt med SDS polyakrylamid/gelelektroforese) (Goren, P. et al., Virol- which has a surprisingly high molecular weight (26,000 determined by SDS polyacrylamide/gel electrophoresis) (Goren, P. et al., Virol-
ogy 130, 273-280 (1983)). Dette interferonet kalles IFN-a 26K. Man har funnet at dette har den hittil høyeste spesi- and ogy 130, 273-280 (1983)). This interferon is called IFN-a 26K. It has been found that this has the highest speci-
fikke antivirus og anticellulære aktivitet. acquired antiviral and anti-cellular activity.
De kjente interferoner synes å virke på forskjellige sykdommer, men viser liten eller overhodet ingen virkning ved mange andre sykdommer (f.eks. Powledge, Bio/Technology, Mars 1984, 215-228 "Interferon On Trial"). Interferoner gir dertil bivirkninger. For eksempel fant man ved undersøkelser av antikreftvirkningen av rekombinant a-interferon at doser på ca. 50 millioner enheter, som etter resultatene fra fase I-undersøkelser gjaldt som sikre, frembragte akutte forvirrings-tilstander, leddsmerter som førte til arbeidsudyktighet, sterk utmattelse, appetittmangel, tap av orienteringsevne, epilept-iske anfall og levertoksisitet. I 1982 forbød den franske regjering undersøkelser med IFN-a etter at kreftpasienter som var blitt behandlet med dette fikk dødelige hjerteantall. Det er rapportert minst to kardiale dødsfall også ved nylig utfør-te undersøkelser i Amerika. Dertil er det blitt tydelig at i det minste en del av bivirkningene, såsom feber og utilpass-het, står i umiddelbar sammenheng med selve interferon-molekylet og ikke kan tilbakeføres til forurensninger. The known interferons appear to work in various diseases, but show little or no effect in many other diseases (eg, Powledge, Bio/Technology, March 1984, 215-228 "Interferon On Trial"). Interferons also cause side effects. For example, investigations into the anti-cancer effect of recombinant α-interferon found that doses of approx. 50 million units, which according to the results of phase I studies were considered safe, produced acute states of confusion, joint pain leading to inability to work, severe fatigue, lack of appetite, loss of orientation, epileptic seizures and liver toxicity. In 1982, the French government banned research with IFN-a after cancer patients who had been treated with it had fatal heart attacks. At least two cardiac deaths have also been reported in recently carried out investigations in America. In addition, it has become clear that at least some of the side effects, such as fever and malaise, are directly related to the interferon molecule itself and cannot be attributed to contamination.
På grunn av de store forhåpninger som interferonet hadde vekket, og stimulert av ønsket om å finne nye interferonlignende molekyler med reduserte bivirkninger, var oppgaven for foreliggende oppfinnelse å finne frem til og fremstille slike nye forbindelser. Due to the great hopes that the interferon had raised, and stimulated by the desire to find new interferon-like molecules with reduced side effects, the task of the present invention was to find and prepare such new compounds.
Foreliggende oppfinnelse tilveiebringer nye interferoner av type I, som kan inneholde et Leader-peptid, og deres N-glykosylerte derivater (her kalt omega-interferon eller IFN-u)) , som inneholder 168-174, fortrinnsvis 172 aminosyrer, og som har en divergens på 30 til 50%, fortrinnsvis 40-48% i forhold til de hittil kjente undertyper av a-interferon, og en divergens på ca. 70% i forhold til /3-interferon, og på den ene side viser lignende virkninger som a-interferonet, men på den annen side ikke har de mange terapeutiske ulemper hos kjente forbindelser. The present invention provides new interferons of type I, which may contain a Leader peptide, and their N-glycosylated derivatives (here called omega-interferon or IFN-u)), which contain 168-174, preferably 172 amino acids, and which have a divergence of 30 to 50%, preferably 40-48% in relation to the hitherto known subtypes of α-interferon, and a divergence of approx. 70% compared to β-interferon, and on the one hand show similar effects to the α-interferon, but on the other hand do not have the many therapeutic disadvantages of known compounds.
Gjenstand for oppfinnelsen er således fremstilling av nye interferoner i fullstendig ren form, deres ikke-glykosylerte og glykosylerte former, videre ekspresjonsplasmider som inneholder de tilsvarende gensekvenser. The object of the invention is thus the production of new interferons in completely pure form, their non-glycosylated and glycosylated forms, further expression plasmids containing the corresponding gene sequences.
I henhold til oppfinnelsen fremstilles de innledningsvis nevnte rekombinante DNA-molekyler ved at cDNA fra en B-lymfo-cyttcellelinje hybrideres med, under stringente betingelser som gir en homologi som er større enn 85%, IFN-ul innskuddet eller en degenerert variant derav, i Pstl-setet i According to the invention, the initially mentioned recombinant DNA molecules are produced by hybridizing cDNA from a B-lymphocyte cell line with, under stringent conditions that give a homology greater than 85%, the IFN-ul insert or a degenerate variant thereof, in The Pstl seat i
a) plasmidet E76E9 med dep. nr. DSM 3003 a) the plasmid E76E9 with Dep. No. DSM 3003
b) plasmidet P9A2 med dep. nr. DSM 3004 b) the plasmid P9A2 with Dep. No. DSM 3004
og settes inn i en ekspresjonsvektor pRWHIO (fig. 6), pRWHll and inserted into an expression vector pRWHIO (Fig. 6), pRWH11
eller pRWH12 (fig. 6) med påfølgende transformasjon av E. coli. or pRWH12 (Fig. 6) with subsequent transformation of E. coli.
Ekspresjonsplasmidet for IFN-ol er kjennetegnet ved at ekspresjonsplasmidet for IFN-ul er et pBR322-plasmid, som istedet for det plasmid-egne, kortere EcoRI-BamHI-fragmentet, inneholder DNA-sekvensen med formelen: The expression plasmid for IFN-11 is characterized by the fact that the expression plasmid for IFN-11 is a pBR322 plasmid, which instead of the plasmid-specific, shorter EcoRI-BamHI fragment, contains the DNA sequence with the formula:
Fremgangsmåten for fremstilling av de nye menneske-interferoner av typen I er særpreget ved at en egnet vertsorganisme transformeres med et ekspresjonsplasmid ifølge krav 10 med den genetiske informasjon som et rekombinant DNA-molekyl ifølge krav 1 til 6 inneholder, uttrykkes, og det således produserte interferonpeptid isoleres fra denne vertsorganismen. The method for producing the new human interferons of type I is characterized by the fact that a suitable host organism is transformed with an expression plasmid according to claim 10 with the genetic information that a recombinant DNA molecule according to claims 1 to 6 contains, is expressed, and the thus produced interferon peptide is isolated from this host organism.
En foretrukket gjenstand for oppfinnelsen er fremstilling av co-interferoner med etterfølgende formel, som har de tilsvarende gensekvenser: A preferred object of the invention is the production of co-interferons with the following formula, which have the corresponding gene sequences:
I stilling 111 kan sekvensen GGG (som koder for Gly) erstattes med GAG (som koder for Glu). De foretrukne molekyler inneholder likeledes derivater som er N-glykosylert på aminosyreposisjon 78. In position 111, the sequence GGG (which codes for Gly) can be replaced with GAG (which codes for Glu). The preferred molecules also contain derivatives which are N-glycosylated at amino acid position 78.
For eksempel kan de to forannevnte o>-interferoner inneholde lederpeptidet med formel For example, the two aforementioned o>-interferons may contain the leader peptide of formula
Met Ala Leu Leu Phe Pro Leu Leu Ala Ala Leu Val Met Thr Ser Tyr Ser Pro Val Gly Ser Leu Gly. Kommentar til tegningene: Met Ala Leu Leu Phe Pro Leu Leu Ala Ala Leu Val Met Thr Ser Tyr Ser Pro Val Gly Ser Leu Gly. Comment on the drawings:
Fig. 1. restriksjonskart av klon E76E9 Fig. 1. Restriction map of clone E76E9
Fig. 2. restriksjonskart av klon P9A2 Fig. 2. Restriction map of clone P9A2
Fig. 3. DNA-sekvens av klon P9A2 Fig. 3. DNA sequence of clone P9A2
Fig. 4. DNA-sekvens av klon E76E9 Fig. 4. DNA sequence of clone E76E9
Fig. 5. genomisk Southern Blot-analyse under anvendelse Fig. 5. Genomic Southern Blot analysis in use
av DNA fra klon P9A2 som probe of DNA from clone P9A2 as a probe
Fig. 6. konstruksjon av ekspresjonsklon pRHW12 Fig. 6. Construction of expression clone pRHW12
Fig. 7. aminosyre og nukleotidforskjeller mellom type I-interferoner Fig. 7. Amino acid and nucleotide differences between type I interferons
Fig. 8a. nukleotidsammensetning for IFN-aA-genet Fig. 8a. nucleotide composition of the IFN-αA gene
Fig. 8b. nukleotidsammensetning for IFN-col-genet Fig. 8b. nucleotide composition for the IFN-col gene
Fig. 8c. nukleotidsammensetning for IFN-aD-genet Fig. 8c. nucleotide composition of the IFN-αD gene
Fig. 9. skjematisk fremstilling av syntese av interferon- subtype-spesifikke prober Fig. 10. påvisning av interferon-subtype spesifikke mRNA'er Fig. 9. schematic presentation of synthesis of interferon- subtype-specific probes Fig. 10. detection of interferon-subtype-specific mRNAs
Fig. 11. DNA-sekvens for IFN-col-genet Fig. 11. DNA sequence for the IFN-col gene
Fig. 12. DNA-sekvens for IFN-pseudo-w2-genet Fig. 12. DNA sequence for the IFN-pseudo-w2 gene
Fig. 13. DNA-sekvens for IFN-pseudo-co3-genet Fig. 13. DNA sequence for the IFN-pseudo-co3 gene
Fig. 14. DNA-sekvens for IFN-pseudo-u)4-genet Fig. 14. DNA sequence for the IFN-pseudo-u)4 gene
Fig. 15. korrigert oppstilling av IFN-co-gensekvenser Fig. 15. corrected arrangement of IFN co-gene sequences
Fig. 16. homologi av signalsekvenser Fig. 16. homology of signal sequences
Fig. 17. homologi a "modne" proteinsekvenser Fig. 17. homology of "mature" protein sequences
Fig. 18. homologi av 4 DNA-sekvenser til hverandre. Fig. 18. homology of 4 DNA sequences to each other.
Ifølge oppfinnelsen får man de nye cj-interferoner og DNA-sekvensene som koder for disse som følger: En human B-limfom-cellelinje, f.eks. Namalwa-celler (se G. Klein et al., Int. j. Cancer 10, 44 (1972)), kan aktiveres ved behandling med en virus, f.eks. Sendai-virus til å samti dig produsere a- og /J-interferon. Isoleres det dannede mRNA fra stimulerte Namalwa-celler, kan disse tjene som mal for cDNA-syntese. For å øke utbyttet av interferonspesifikke sekvenser ved kloningnsprosessen, spalter mRNA-preparatet tilsvarende etter forskjellig lengde av de enkelte mRNA-molekyler gjennom en sukkerdensistets-gradient. Med fordel samles mRNA'en i området rundt 12S (ca. 800 til 1000 basers lengde av mRNA). I dette området sedimenteter de spesifikke mRNA'er for a- og /9-interferoner. mRNA'ene fra dette gradientområdet According to the invention, the new cj-interferons and the DNA sequences that code for them are obtained as follows: A human B-lymphoma cell line, e.g. Namalwa cells (see G. Klein et al., Int. j. Cancer 10, 44 (1972)), can be activated by treatment with a virus, e.g. Sendai virus to consent you produce α- and β-interferon. If the mRNA produced is isolated from stimulated Namalwa cells, these can serve as a template for cDNA synthesis. In order to increase the yield of interferon-specific sequences during the cloning process, the mRNA preparation cleaves correspondingly according to different lengths of the individual mRNA molecules through a sugar density gradient. Advantageously, the mRNA is collected in the area around 12S (approx. 800 to 1000 bases length of mRNA). In this area, they deposit specific mRNAs for α- and β-interferons. the mRNAs from this gradient region
konsentreres ved utfelling og oppløsning i vann. is concentrated by precipitation and dissolution in water.
Fremstillingen av et cDNA-bibliotek følger i det vesentlige metoder som er kjent fra litteraturen (se f.eks. E. Dworkin-Rastl, M.B. Dworking og P. Swetley, Journal of Interferon Research 2/4, 575-585 (1982)). mRNA'ene primes ved tilsetning av oligo-dT. Deretter syntetiseres ved tilsetning av de fire deoksynukleosidtrifosfater (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) og enzymet reverstranskriptase i en tilsvarende bufret løsning cDNA 1 time ved 45"C. Ved kloroformekstraksjon og kromatografi gjennom en gelsøyle, f.eks. gjennom Sephadex G50, renses cDNA/mRNA-hybridet. RNA'et hydrolyseres ved alkalibehandling (0,3 mol NaOH ved 50°C i 1 time), og cDNA'et utfelles etter nøytralisering med sur natriumacetatløsing med etanol. Etter tilsetning av de fire deoksynukleosidtrifosfater og E. coli DNA-polymerase I i tilsvarende løsning, utføres dobbeltkjede-syntesen, hvorunder cDNA samtidig fungerer som mal og som primer ved hårnålstrukturdannelse på sin 3'-ende (6 timer ved 15°C) (se A. Eftratiadis et al., Cell 7, 279 (1976)). Etter fenolekstraksjon, Sephadex G50 kromatografi og etanolutfelling, behandles DNA'et i egnet løsning med den enkeltkjede-spesifikke endonuklease Sl. Derved nedbygges hårnålstruk-turen, samt cDNA som ikke er omsatt til dobbelkjede. Etter kloroformekstraksjon og utfelling med etanol, skilles dobbeltkjedet DNA (dsDNA) etter størrelse på en sukkergradient. For de følgende kloningstrinn anvendes fortrinnsvis bare dsDNA med størrelse 600 bp og mer for å øke sannsynligheten for bare å få kloner som inneholder den komplette kodende sekvensen for de nye interferoner. dsDNA med mer enn 600 bp lengde konsentreres fra gradienten ved utfelling med etanol og oppløsning i vann. The preparation of a cDNA library essentially follows methods known from the literature (see, for example, E. Dworkin-Rastl, M.B. Dworking and P. Swetley, Journal of Interferon Research 2/4, 575-585 (1982)) . The mRNAs are primed by addition of oligo-dT. Then, by adding the four deoxynucleoside triphosphates (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) and the enzyme reverse transcriptase in a corresponding buffered solution, cDNA is synthesized for 1 hour at 45°C. By chloroform extraction and chromatography through a gel column, e.g. through Sephadex G50, purified The cDNA/mRNA hybrid. The RNA is hydrolyzed by alkali treatment (0.3 mol NaOH at 50°C for 1 hour), and the cDNA is precipitated after neutralization with acidic sodium acetate solution with ethanol. After addition of the four deoxynucleoside triphosphates and E. coli DNA polymerase I in the corresponding solution, the double-stranded synthesis is carried out, during which the cDNA simultaneously functions as a template and as a primer by hairpin structure formation at its 3'-end (6 hours at 15°C) (see A. Eftratiadis et al., Cell 7, 279 (1976)). After phenol extraction, Sephadex G50 chromatography and ethanol precipitation, the DNA is treated in a suitable solution with the single-chain-specific endonuclease Sl. This breaks down the hairpin structure, as well as cDNA that has not been converted to a double chain. After k loroform extraction and ethanol precipitation, double-stranded DNA (dsDNA) is separated by size on a sugar gradient. For the following cloning steps, preferably only dsDNA with a size of 600 bp and more is used to increase the probability of obtaining only clones containing the complete coding sequence for the new interferons. dsDNA with a length of more than 600 bp is concentrated from the gradient by precipitation with ethanol and dissolution in water.
For å formere dsDNA-molekylene, må disse først bringes inn i en tilsvarende bærer og deretter føres inn i bakterien E. coli. Den anvendte bærer er fortrinnsvis plasmid pBR322 (F. Bolivar et al., Gene 2, 95 (1977)). Dette plasmidet består i det vesentlige av et replikon og to seleksjons-markører. Disse gir verten resistens overfor antibiotikaene Ampicillin og Tetracyklin (AP<1>, Tcr) . Genet for /3-lactamasen (Ap<r>) inneholder gjenkjennelsessekvensen for restriksjonsendonukleasen Pstl. pBR322 kan kuttes med Pstl. De utstikk-ende 3'-endene forlenges med enzymet terminal deoksynukleo-tid-transferase (TdT) når dGTP foreligger i tilsvarende bufret løsning. Samtidig forlenges dsDNA'et likeledes med enzymet TdT under anvendelse av dCTP på 3'-endene. Homopolymerendene av plasmidet og dsDNA er komplementære og hybridiserer for plasmid-DNA og dsDNA blandes i tilsvarende konsentrasjons-forhold og under egnede salt-, buffer- og temperaturbetingel-ser (T. Nelson et al., Methods in Enzymology 68, 41-50 In order to multiply the dsDNA molecules, these must first be brought into a corresponding carrier and then introduced into the bacterium E. coli. The carrier used is preferably plasmid pBR322 (F. Bolivar et al., Gene 2, 95 (1977)). This plasmid essentially consists of a replicon and two selection markers. These give the host resistance to the antibiotics Ampicillin and Tetracycline (AP<1>, Tcr). The gene for the /3-lactamase (Ap<r>) contains the recognition sequence for the restriction endonuclease Pstl. pBR322 can be cut with Pstl. The protruding 3' ends are extended with the enzyme terminal deoxynucleotid transferase (TdT) when dGTP is present in a corresponding buffered solution. At the same time, the dsDNA is likewise extended with the enzyme TdT using dCTP on the 3' ends. The homopolymer ends of the plasmid and dsDNA are complementary and hybridize for plasmid DNA and dsDNA are mixed in corresponding concentration ratios and under suitable salt, buffer and temperature conditions (T. Nelson et al., Methods in Enzymology 68, 41-50
(1980)). (1980)).
E. coli av stammen HB 101 (Genotype F-, hsdS20 (r-B, m-B) recA13, ara-14, proA2, lacYl, galK2, rpsL20 (Smr), xyl-5, mt-1-1, supE44, lambda-) forberedes til opptak av de rekombinante bærer-dsDNA-molekyler ved vasking med en CaCl2-løsning. Kompetente E. coli HB 101 blandes med DNA'et, og etter inkubasjon ved 0°C, transformeres det således erholdte plasmid-DNA ved varmesjokk ved 42°C i 2 minutter (M. Dagert et al., Gene 6, 23-28 (1979)). Deretter pletteres de transformerte bakteriene på tetracyklinholdige agarplater (10 /ig/ml) . På denne agaren kan bare E. coli HB 101 vokse som har opptatt et bærer-eller rekombinant bærermolekyl (Tcr) . Rekombinante bærer-dsDNA-molekyler tilfører verten genotypen Ap<s>Tc<r>, da informasjonen for /3-lactamasen ødelegges ved innføringen av dsDNA'et i /9-lactamasegenet. Klonene overføres på agarplater som inneholder 50 /ig/ml Ampicillin. Bare ca. 3% vokste opp, hvilket betyr at 97% av klonene inneholdt innsatt et dsDNA-molekyl. Ut fra 0,5 fig dsDNA, fikk man mer enn 30 000 kloner. 28 600 koner derav ble overført enkeltvis i skålene av mikrotiterplater som inneholdt næringsmedium, 10 /xg/ml tetracyklin og glycerol. Etter at klonene var vokst deri, holdes platene oppbevart ved -70°C (cDNA-bibliotek). E. coli strain HB 101 (Genotype F-, hsdS20 (r-B, m-B) recA13, ara-14, proA2, lacYl, galK2, rpsL20 (Smr), xyl-5, mt-1-1, supE44, lambda-) is prepared for uptake of the recombinant carrier dsDNA molecules by washing with a CaCl2 solution. Competent E. coli HB 101 is mixed with the DNA, and after incubation at 0°C, the plasmid DNA thus obtained is transformed by heat shock at 42°C for 2 minutes (M. Dagert et al., Gene 6, 23-28 (1979)). The transformed bacteria are then plated on tetracycline-containing agar plates (10 µg/ml). On this agar, only E. coli HB 101 that has taken up a carrier or recombinant carrier molecule (Tcr) can grow. Recombinant carrier dsDNA molecules impart the Ap<s>Tc<r> genotype to the host, as the information for the /3-lactamase is destroyed by the introduction of the dsDNA into the /9-lactamase gene. The clones are transferred onto agar plates containing 50 µg/ml Ampicillin. Only approx. 3% grew up, meaning that 97% of the clones contained an inserted dsDNA molecule. From 0.5 µg of dsDNA, more than 30,000 clones were obtained. 28,600 cones thereof were transferred individually into the dishes of microtiter plates containing nutrient medium, 10 µg/ml tetracycline and glycerol. After the clones were grown therein, the plates are kept at -70°C (cDNA library).
Ved gjennomsøkning av cDNA-biblioteket etter nye inter-ferongenholdige kloner, overføres klonene etter opptining på nitrocellulosefilter. Dette filteret ligger på tetracyklin-holdig næringsagar. Etter oppvekst av bakteriekolonier, fikseres DNA til bakteriene på filteret. When screening the cDNA library for new interferon gene-containing clones, the clones are transferred after thawing onto a nitrocellulose filter. This filter is on nutrient agar containing tetracycline. After the growth of bacterial colonies, the DNA of the bacteria is fixed on the filter.
Som probe tjener med fordel innsatsen fra klonet pER33 (E. Rasti et al., Gene 21, 237-248 (1983 - se også EP-A-0.115.613) , som inneholder genet for IFN-a2-arg. Ved nick-translasjon merkes dette stykket DNA radioaktivt, hvorunder DNA-polymerasel, dATP, dGTP, dTTP og a-32P-dCTP anvendes. Nitro-cellulosefilteret forbehandles først under egnede, ikke-stringente hybridiseringsbetingelser uten tilsetning av radioaktiv probe, og deretter ca. 16 timer under tilsetning av radioaktiv probe. Deretter vaskes filteret likeledes under ikke-stringente betingelser. Gjennom den lave hybridiserings-stringens og vasking oppfanges ikke bare interferon-a2-arg-holdige kloner, men også andre interferonholdige kloner, hvis sekvenser kan avvike betraktelig fra det hittil kjente interferon-a. Etter tørking, eksponeres filteret på en røntgenfilm. En sverting som ligger tydelig over bakgrunns-nivået viser tilstedeværelsen av et klon med interferon-spesifikke sekvenser. The insert from the clone pER33 (E. Rasti et al., Gene 21, 237-248 (1983 - see also EP-A-0,115,613)), which contains the gene for IFN-α2-arg, serves as a probe. By nick- translation, this piece of DNA is labeled radioactively, during which DNA polymerase, dATP, dGTP, dTTP and α-32P-dCTP are used. addition of radioactive probe. The filter is then similarly washed under non-stringent conditions. Through the low hybridization stringency and washing, not only interferon-α2-arg-containing clones are captured, but also other interferon-containing clones, whose sequences may deviate considerably from what is known so far interferon-a. After drying, the filter is exposed to an X-ray film. A blackening clearly above the background level indicates the presence of a clone with interferon-specific sequences.
Da radioaktivitetssignalene er av forskjellig kvalitet, dyrkes de positive kloner, henholdsvis klonene som mistenkes for å reagere positivt, i liten målestokk. Plasmid-DNA-molekylene isoleres, spaltes med restriksjonsendonuklease Pstl og oppspaltes elektroforetisk på en agarosegel etter størrelsen (Birnboim et al., Nucl. Acid. Res. 7, 1513 (1979)). DNA'et i agarosegelen overføres etter metoden til Southern (E.M. Southern, J. Mol. Biol. 98, 503-517 (1975)) på et nitro-cellu-losef ilter. Dette filterets DNA hybridiseres med den radioaktive, IFN-gen-holdige, denaturerte probe. Plasmidet 1F7 tjener som kontroll (deponert hos DSM under DSM-nummer 23 62), som inneholder genet for interferon-a2-arg. Autoradiogrammet viser tydelig at klonet E76E9 og klonet P9A2 inneholder en sekvens som under ikke-stringente betingelser hybridiserer med genet for interferon-a2-arg. For å karakterisere dsDNA innsatsen av klonet E76E9 og E9A2 nærmere, fremstilles plasmidene til dette klonet i større målestokk. DNA'et spaltes med forskjellige restriksjonsendonukleaser, således f.eks. med Alul, Sau3A, Bglll, Hinfl, Pstl og Haelll. De dannede fragmenter oppspaltes i en agarosegel. Ved sammenligning med tilsvarende størrelsesmarkører, således f.eks. fragmentene som dannes ved spaltning av pBR322 med restriksjonsendonuklease Hinfl og henholdsvis Haelll, bestemmes fragmentenes størrelser. Ved kart-legging ifølge Smith og Birnstiel (H.O. Smith et al., Nucl. Acid. Res. 3, 2387-2398 (1967)), bestemmes rekkefølgen til disse fragmentene. Fra de således oppstilte restriksjons-enzymkart (fig. 1 og 2), finner man overraskende at innsatsene til klonen E76E9 og P9A2 hittil er ukjente interferongener, nemlig sådanne for co-inter f er oner. As the radioactivity signals are of different quality, the positive clones, or the clones suspected of reacting positively, are grown on a small scale. The plasmid DNA molecules are isolated, cleaved with restriction endonuclease Pstl and resolved electrophoretically on an agarose gel according to size (Birnboim et al., Nucl. Acid. Res. 7, 1513 (1979)). The DNA in the agarose gel is transferred according to the method of Southern (E.M. Southern, J. Mol. Biol. 98, 503-517 (1975)) onto a nitro-cellulose filter. This filter's DNA is hybridized with the radioactive, IFN gene-containing, denatured probe. Plasmid 1F7 serves as a control (deposited at DSM under DSM number 23 62), which contains the gene for interferon-α2-arg. The autoradiogram clearly shows that clone E76E9 and clone P9A2 contain a sequence which, under non-stringent conditions, hybridizes with the gene for interferon-α2-arg. To characterize the dsDNA input of the clone E76E9 and E9A2 more closely, the plasmids of this clone are produced on a larger scale. The DNA is cleaved with various restriction endonucleases, thus e.g. with Alul, Sau3A, Bglll, Hinfl, Pstl and Haelll. The resulting fragments are separated in an agarose gel. When compared with corresponding size markers, thus e.g. the fragments formed by cleavage of pBR322 with restriction endonuclease Hinfl and Haelll, respectively, the sizes of the fragments are determined. By mapping according to Smith and Birnstiel (H.O. Smith et al., Nucl. Acid. Res. 3, 2387-2398 (1967)), the order of these fragments is determined. From the thus drawn up restriction enzyme maps (fig. 1 and 2), one surprisingly finds that the inserts of clone E76E9 and P9A2 are hitherto unknown interferon genes, namely those for co-interferons.
Denne informasjon om co-inter f er onen brukes til å spalte cDNA-innsatsen med egnede restriksjonsendonukleaser. De dannede fragmenter ligeres i dsDNA-formen (replikativ form) av bakteriogfagen M13mp9 (J. Messing et al., Gene 19, 269-276 This information about the co-interferon is used to cleave the cDNA insert with appropriate restriction endonucleases. The fragments formed are ligated into the dsDNA form (replicative form) by the bacteriophage M13mp9 (J. Messing et al., Gene 19, 269-276
(1982)), og sekvenseres med den sanger'ske dideoksymetode (1982)), and sequenced with the Sanger dideoxy method
(F. Sanger et al., Proe. Nati. Acad. Sei. 74, 5463-5467 (F. Sanger et al., Proe. Nati. Acad. Sei. 74, 5463-5467
(1977)). Den enkeltkjedede DNA fra rekombinante fager isoleres. Etter binding av en syntetisk oligomer, utføres i fire atskilte satser to kjedesynteser under anvendelse av store fragmenter av DNA-polymerase I fra E. coli (Klenow-fragment). Til hver av de fire delreaksjoner settes ett av de fire dideoksynukleosid-trifosfater (ddATP, ddGTP, ddCTP og ddTTP). Det fører til statistisk fordelte kjedebrudd på de steder hvor den komplementære base til det enkelte dideoksynukleosid-trifosfat befinner seg i mal-DNA'et. Dertil anvendes radioaktivt merket dATP. Etter avsluttede syntesereaksjoner, denatureres produktene,og de enkeltkjedede DNA-fragmenter adskilles etter størrelse i en denaturerende polyakrylamidgel (1977)). The single-stranded DNA from recombinant phages is isolated. After binding of a synthetic oligomer, two chain syntheses are performed in four separate batches using large fragments of DNA polymerase I from E. coli (Klenow fragment). One of the four dideoxynucleoside triphosphates (ddATP, ddGTP, ddCTP and ddTTP) is added to each of the four partial reactions. This leads to statistically distributed chain breaks in the places where the complementary base of the individual dideoxynucleoside triphosphate is located in the template DNA. For this, radioactively labeled dATP is used. After completed synthesis reactions, the products are denatured, and the single-stranded DNA fragments are separated by size in a denaturing polyacrylamide gel
(F. Sanger et al., FEBS Letters 87, 107-111 (1978)). Deretter eksponeres en røntgenfilm på gelen. Fra autoradiogrammet kan DNA-sekvensen til de rekombinante M13 fager avleses. Sekvensene til innsatsen av de forskjellige rekombinante fager behandles ved hjelp av egnede computer-programmer (R. Staden, Nucl. Acid, Res. 10, 4731-4751 (1982)). (F. Sanger et al., FEBS Letters 87, 107-111 (1978)). An X-ray film is then exposed on the gel. The DNA sequence of the recombinant M13 phages can be read from the autoradiogram. The sequences of the inserts of the various recombinant phages are processed using suitable computer programs (R. Staden, Nucl. Acid, Res. 10, 4731-4751 (1982)).
Fig. 1 og 2 viser strategien for sekventeringen. Fig. 3 viser DNA-sekvensen til klonets P9A2-innsats, fig. 4 for klonet E76E9. Den ikke-kodende DNA-kjeden er vist i 5'-> 3'-retningen sammen med aminosyresekvensen som utledes derav. Fig. 1 and 2 show the strategy for the sequencing. Fig. 3 shows the DNA sequence of the clone's P9A2 insert, Fig. 4 for clone E76E9. The non-coding DNA strand is shown in the 5'-> 3' direction together with the amino acid sequence deduced from it.
De isolerte cDNA fra klonet E76E9 for co- (Glu-) interferon er 858 basepar lang og har et 3'-ikke-translatert område. Dette området som koder for ferdig co-(Glu-) interferon, går fra nukleotid 9 til nukleotid 524. De isolerte cDNA fra klonet P9A2 for co-(Glu-) interferon er 877 basepar lang, hvorunder sekvensen som koder for ferdig co-interferon rekker fra nukleotid 8 til nukleotid 523. Det 3'-ikke-translaterte området rekker i tilfellet P9A2 til poly-A-avsnittet. The isolated cDNA from clone E76E9 for co-(Glu-) interferon is 858 base pairs long and has a 3' untranslated region. This region coding for finished co-(Glu-) interferon runs from nucleotide 9 to nucleotide 524. The isolated cDNA from clone P9A2 for co-(Glu-) interferon is 877 base pairs long, below which the sequence coding for finished co-interferon extends from nucleotide 8 to nucleotide 523. The 3' untranslated region in the case of P9A2 extends to the poly-A section.
DNA-sekvensene som koder for ferdig co-interferon foreligger fullstendig i klonen E76E9 og P9A2. De begynner på den N-terminale ende med aminosyrene cystein-asparaginsyreleucin. Overraskende er de to ferdige co-interferoner 172 aminosyrer lange, hvilket tydelig avviker fra lengden til de hittil kjente interferoner, f.eks. 166 (henholdsvis 165) aminosyrer ved a-interferoner. Overraskende har de to co-interferoner et potensielt N-glykosyleringssted på aminosyreposisjon 78 (asparagin-metionin-treonin). The DNA sequences that code for finished co-interferon are completely present in clone E76E9 and P9A2. They begin at the N-terminal end with the amino acids cysteine-aspartic acid leucine. Surprisingly, the two finished co-interferons are 172 amino acids long, which clearly differs from the length of the previously known interferons, e.g. 166 (respectively 165) amino acids in α-interferons. Surprisingly, the two co-interferons have a potential N-glycosylation site at amino acid position 78 (asparagine-methionine-threonine).
En sammenligning av DNA fra klonet E76E9 og P9A2 viser en forskjell. Tripletten i klonet E76E9 som koder for aminosyren 111 er GAG og koder for glutaminsyre, mens denne tripletten i klonet P9A2 er GGG og koder for glycin. De to co-inter f er on - proteiner adskiller seg derfor i én aminosyre og betegnes med co-(Glu-) interferon (E76E9) og co-(Gly-) interferon (P9A2) . A comparison of DNA from clone E76E9 and P9A2 shows a difference. The triplet in clone E76E9 that codes for amino acid 111 is GAG and codes for glutamic acid, while this triplet in clone P9A2 is GGG and codes for glycine. The two co-interferon proteins therefore differ in one amino acid and are designated co-(Glu-) interferon (E76E9) and co-(Gly-) interferon (P9A2).
Sammenligningen av de to co-interferoner med de tidligere kjente humane a-interferon-subtyper gir følgende bilde: The comparison of the two co-interferons with the previously known human α-interferon subtypes gives the following picture:
E. coli HB 101 med plasmidet E76E9 og E. coli 101 med plasmidet P9A2 er deponert hos Deutschen Sammlung fur Mikroor-ganismen (DSM Gottingen) under nummeret DSM 3003 henholdsvis DSM 3004 3. juli 1984. E. coli HB 101 with the plasmid E76E9 and E. coli 101 with the plasmid P9A2 have been deposited with the Deutschen Sammlung fur Mikroorganismen (DSM Gottingen) under the number DSM 3003 and DSM 3004 respectively on 3 July 1984.
For å underbygge at de nye funnede kloner produserer To substantiate that the newly found clones produce
en interferonlignende aktivitet, dyrkes f.eks. klonen E76E9 an interferon-like activity, is cultivated e.g. the clone E76E9
og lysatet til bakterien etter veksten prøves i et plaque-reaksjonsforsøk. Bakterien produserte som forventet interferonlignende aktivitet (se eksempel 3). and the lysate of the bacteria after growth is tested in a plaque reaction test. As expected, the bacteria produced interferon-like activity (see example 3).
Videre ble som understøttelse for at de to nye funnede interferoner var medlemmer av en ny interferonfamilie isolert totalt DNA fra Namalwa-celler og spaltet med forskjellige restr iksjonsendonukleaser. Furthermore, as support for the fact that the two newly discovered interferons were members of a new interferon family, total DNA was isolated from Namalwa cells and cleaved with different restriction endonucleases.
Herved kan antallet av gener som koder gjennom cDNA'ene til klonene P9A2 og E76E9 bestemmes. I denne hensikt spaltes de erholdte DNA-fragmenter på agarosegel etter metoden til Southern (E.M. Southern et al., J. Mol. Biol. 98, 503 - 517 In this way, the number of genes that code through the cDNAs of the clones P9A2 and E76E9 can be determined. For this purpose, the obtained DNA fragments are cleaved on agarose gel according to the method of Southern (E.M. Southern et al., J. Mol. Biol. 98, 503 - 517
(1975)), settes på nitrocellulosefilter og hybridiseres under relativt strenge betingelser med radioaktivt merket spesifikt DNA fra klonet P9A2. Resultatet man får etter hybridisering med DNA'er fra plasmidet P9A2 og pER33 er vist i fig. 5a: Herunder er de enkelte spor karakterisert ved bokstaver som viser de forskjellige spaltede DNA-prober (E = EcoRI, H=HindIII, B=BamHI, S=SphI, P=PstI, C=ClaI). Den venstre halvpart av filteret ble hybridisert med interferon-<X-gen-proben ("A") og den høyre halvpart med cDNA-innsatsen fra klonet P9A2 (1975)), are placed on nitrocellulose filters and hybridized under relatively strict conditions with radioactively labeled specific DNA from clone P9A2. The result obtained after hybridization with DNAs from the plasmid P9A2 and pER33 is shown in fig. 5a: Below, the individual tracks are characterized by letters showing the different cleaved DNA probes (E = EcoRI, H=HindIII, B=BamHI, S=SphI, P=PstI, C=ClaI). The left half of the filter was hybridized with the interferon-<X gene probe ("A") and the right half with the cDNA insert from clone P9A2
("0"). Båndsatsen som enten hybridiserer med a-interferon-gen-proben eller med den nye interferon-gen-probe er forskjellig. Ved de to forskjellige prober kunne ingen krysshybridi- " sering konstateres når man vurderer de tilsvarende spor. ("0"). The band set that either hybridizes with the α-interferon gene probe or with the new interferon gene probe is different. With the two different probes, no cross-hybridization could be observed when considering the corresponding traces.
I fig. 5b er cDNA'et fra klonet P9A2 og fragmentet som brukes for hybridiseringen avbildet. Avskjæringsstedene til noen restriksjonsenzymer er vist (P=PstI, S=Sau3A, A=AluI). Proben omfatter bare to av de tre mulige Pstl-fragmenter. Hybridiseringsmønsteret viser bare et hybridiserende fragment med ca. 1300 basepar (bp), som tilhører det homologe genet. In fig. 5b, the cDNA from clone P9A2 and the fragment used for the hybridization are depicted. The cutoff sites of some restriction enzymes are shown (P=PstI, S=Sau3A, A=AluI). The probe comprises only two of the three possible Pstl fragments. The hybridization pattern shows only a hybridizing fragment with approx. 1300 base pairs (bp), belonging to the homologous gene.
Det mindre 120 bp lange fragment var løpt ut av gelen. Båndet som tilhører 5'-delen av genet kan ikke oppdages, da proben ikke inneholder dette området. Minst 6 forskjellige bånd kan oppdages i PstI-sporet. Dette betyr at et annet gen som er beslektet med de nye sekvenser må være tilstede i det humane genom. Skal ett eller flere Pstl avskjæringssteder foreligge i disse gener, kan det ventes at enda minst tre ytterligere gener kunne isoleres. The smaller 120 bp fragment had run out of the gel. The band belonging to the 5' part of the gene cannot be detected, as the probe does not contain this region. At least 6 different bands can be detected in the PstI trace. This means that another gene related to the new sequences must be present in the human genome. Should one or more Pstl cut-off sites be present in these genes, it can be expected that at least three further genes could be isolated.
Disse gener kunne fortrinnsvis isoleres ved hjelp av hybridisering fra et humant gen-bibliotek som foreligger i en plasmidbærer, fagbærer eler kosmidbærer (se eksempel 4e). These genes could preferably be isolated by means of hybridization from a human gene library present in a plasmid carrier, phage carrier or cosmid carrier (see example 4e).
Det skal her nevnes at det ved co-interferonet fremstilt ifølge oppfinnelsen ikke bare dreier seg om to ferdige interferoner som er detaljert beskrevet, men likeledes om enhver modifikasjon av disse polypeptider som ikke påvirker IFN-co-aktiviteten. Disse modifikasjoner innbefatter f.eks. for-kortelse av molekylet på den N- eller C-terminale ende, ut-skifting av aminosyrer med andre rester, hvorved aktiviteten ikke forandres vesentlig, kjemiske eller biokjemiske bindinger av molekylet til andre molekyler som er inerte eller aktive. Ved de sistnevnte modifikasjoner kan det f.eks. dreie seg om hybridmolekyler av ett eller flere co-interferoner og/eller kjente a- eller /3-interferoner. It should be mentioned here that the co-interferon produced according to the invention is not only about two ready-made interferons which are described in detail, but also about any modification of these polypeptides which does not affect the IFN-co-activity. These modifications include e.g. shortening of the molecule at the N- or C-terminal end, replacement of amino acids with other residues, whereby the activity does not change significantly, chemical or biochemical bonds of the molecule to other molecules that are inert or active. In the case of the latter modifications, it can e.g. involve hybrid molecules of one or more co-interferons and/or known α- or β-interferons.
For å kunne sammenligne forskjellene av aminosyre- og nukleotidsekvensene til de nye interferoner, spesielt co(Glu)-og co (Gly) -interf eronet i sammenligning med de publiserte aminosyrenukleotidsekvenser for a-interferonet og for /3-interferonet (C. Weissmann et al., Phil. Trans. R. Soc. London 299, 7-28 (1982); A. Ullrich et al., J. Molec. Biol. 156, 467-486 In order to be able to compare the differences of the amino acid and nucleotide sequences of the new interferons, especially the co(Glu) and co (Gly) interferon in comparison with the published amino acid nucleotide sequences for the α-interferon and for the /3-interferon (C. Weissmann et al., Phil. Trans. R. Soc. London 299, 7-28 (1982); A. Ullrich et al., J. Molec. Biol. 156, 467-486
(1982); T. Taniguchi et al., Proe. Nat, Acad. Sei. 77, 4003-4006 (1980); K. Tokodoro et al., EMBO J. 3, 669-670 (1984)) anordnes de tilsvarende sekvenser parvis og forskjellene telles på de enkelte posisjoner. (1982); T. Taniguchi et al., Proe. Nat., Acad. Pollock. 77, 4003-4006 (1980); K. Tokodoro et al., EMBO J. 3, 669-670 (1984)) the corresponding sequences are arranged in pairs and the differences are counted at the individual positions.
Av resultatene som er vist på fig. 7 fremgår at DNA-sekvensene til klonet P9A2 og E76E9 er beslektet med sekvensene til type I-interferonet (f .eks. a- og /3-inter feronet) . På den annen side vises at forskjellene i aminosyresekvenser mellom de enkelte interferoner av de nye sekvenser er større enn 41,6% og mindre enn 47,0%. Forskjellene mellom de nye sekvenser og sådanne for de enkelte interferoner og for /3-interferoner ligger i størrelsesorden ca. 70%. Ut fra resultatene i eksempel 4, hvori eksistensen til et helt sett beslektede gener dokumenteres, og under hensyn til den foreslåt-te nomen-klatur for interferonene (J. Vilceck et al., J. Gen. Virol. 65, 669-670 (1984)) antas at cDNA-innsatsene av klonene P9A2 og E76E9 koder for en ny klasse av type I-interferon som angis som interf eron-co. Of the results shown in fig. 7 shows that the DNA sequences of the clones P9A2 and E76E9 are related to the sequences of the type I interferon (e.g. α- and β-interferon). On the other hand, it is shown that the differences in amino acid sequences between the individual interferons of the new sequences are greater than 41.6% and less than 47.0%. The differences between the new sequences and those for the individual interferons and for /3-interferons are of the order of magnitude approx. 70%. Based on the results in example 4, in which the existence of a whole set of related genes is documented, and taking into account the proposed nomenclature for the interferons (J. Vilceck et al., J. Gen. Virol. 65, 669-670 ( 1984)) the cDNA inserts of clones P9A2 and E76E9 are believed to encode a new class of type I interferon designated as interferon-co.
Videre underbygges at co-interferon-genekspresjon finner sted analogt med for et interferon-typel-gen. Dertil under-søkes transkripsjonen for de enkelte medlemmer av multigen-familien a- og co-interferoner på basis av Sl-kartleggings-metoden (A.J. Berk et al., Cell 12, 721 (1977)) (se eksempel 7) , og det vises at ekspresjonen co-l-mRNA er virus induserbar. Da transkriptene til en slik genfamilie bare adskiller seg ved noen baser av ca. 1000, er hybridiseringen alene ikke noe tilstrekkelig ømfintlig forskjellstrekk til å adskille de forskjellige IFN mRNA'er. Furthermore, it is substantiated that co-interferon gene expression takes place analogously to that of an interferon type I gene. In addition, the transcription for the individual members of the multigene family a- and co-interferons is examined on the basis of the S1 mapping method (A.J. Berk et al., Cell 12, 721 (1977)) (see example 7), and the it is shown that the expression co-l-mRNA is virus inducible. Since the transcripts of such a gene family only differ by a few bases of approx. 1000, the hybridization alone is not a sufficiently delicate distinguishing feature to separate the different IFN mRNAs.
Til dette fremstilles mRNA-sekvensene av 9 a-interferoner, av interferon-co-1 og av /3-inter f er on. De baser er her angitt méd store bokstaver som er spesifikke for den øverste sekvensen. Slike spesifikke steder kan lett finnes ved et trivielt computerprogram. En hybridiseringsprobe som går ut fra et spesifikt punkt kan bare hybridisere perfekt med mRNA'et til en bestemt subtype. Alle andre mRNA'er kan ikke hybridisere til det spesifikke punktet av subtypen. Når hybridiseringsprøven er radioaktivt markert på sin spesifikke 5'-ende, er bare de radioaktive markeringer beskyttet mot spaltninger med en enkeltkjede-spesifikk nuklease (fortrinnsvis Sl-nuklease) som har hybridisert med interferon-subtype-mRNA som proben var konstruert for. For this, the mRNA sequences of 9 α-interferons, of interferon-co-1 and of β-interferon are prepared. The bases are indicated here with capital letters that are specific to the top sequence. Such specific locations can easily be found by a trivial computer program. A hybridization probe starting from a specific point can only hybridize perfectly with the mRNA of a specific subtype. All other mRNAs cannot hybridize to the specific point of the subtype. When the hybridization probe is radioactively labeled at its specific 5' end, only the radioactive labels are protected from cleavage by a single-strand specific nuclease (preferably S1 nuclease) that has hybridized with the interferon subtype mRNA for which the probe was designed.
Dette prinsipp er ikke begrenset til interferon, men kan tvert imot anvendes på enhver type kjente sekvenser som har de spesifikke punkter som er beskrevet i fig. 8. This principle is not limited to interferon, but can, on the contrary, be applied to any type of known sequence having the specific points described in fig. 8.
De ovenfor nevnte spesifikke punkter for subtyper er i de fleste tilfeller ingen restriksjonspunkter, slik at kappingen av cDNA'er med restriksjonsendonukleaser ikke er egnet til å fremstille subtype-spesifikke hybridiseringsprober. Probene som benyttes i dette eksempel er derfor fremstilt ved utvidel-se av et 5'-ende radioaktivt merket oligonukleotid som er komplementært til mRNA'et for interferon-col ovenfor det spesifikke punkt. The above-mentioned specific points for subtypes are in most cases no restriction points, so that the cutting of cDNAs with restriction endonucleases is not suitable for producing subtype-specific hybridization probes. The probes used in this example are therefore prepared by extension of a 5'-end radioactively labeled oligonucleotide which is complementary to the mRNA for interferon-col above the specific point.
Fra fig. 10 fremgår at som ventet, er col-mRNA induserbart i Namalwa- og NC37-celler. From fig. 10 shows that, as expected, col mRNA is inducible in Namalwa and NC37 cells.
Gjenstanden for foreliggende oppfinnelse er derfor ikke bare fremstilling av gensekvenser som koder spesifikt for de angitte co-interferoner, men likeledes modifikasjoner som lett og rutinemessig kan erholdes ved mutasjon, nedbygning, trans-posisjon eller addisjon. Enhver sekvens som koder for de beskrevne humane co-interferoner (dvs. som har det biologiske aktivitetsspektrum som her er beskrevet) og er degenerert i sammenligning med det viste, kan fremstilles på tilsvarende måte, og en fagmann på dette området er istand til å degenere-re DNA-sekvensene til de kodende områder. Likeledes kan enhver sekvens som koder for et polypeptid med aktivitets-spekteret til IFN-co, og som hybridiserer med de viste sekvenser (eller deler derav) under stringente betingelser (f.eks. betingelser som selekterer for mer enn 85%, fortrinnsvis mer enn 90% homologi), fremstiles. The object of the present invention is therefore not only the production of gene sequences that code specifically for the specified co-interferons, but also modifications that can be easily and routinely obtained by mutation, degradation, trans-position or addition. Any sequence encoding the described human co-interferons (ie having the spectrum of biological activity described herein) and degenerate in comparison to that shown can be similarly prepared, and one skilled in the art is able to degenerate -re the DNA sequences of the coding regions. Likewise, any sequence that codes for a polypeptide with the activity spectrum of IFN-co, and that hybridizes with the shown sequences (or parts thereof) under stringent conditions (e.g., conditions that select for more than 85%, preferably more than 90% homology), are produced.
Hybridiseringen utføres i 6 x SSC/5 x Denhardfs Løs-ning/0,1% SDS ved 65°C. Stringensgraden bestemmes i hvert vasketrinn. Således er betingelsene 0,2 x SSC/0,01%, SDS/65°G egnet for en seleksjonering på DNA-sekvenser med ca. 85% eller mer homologi og for en seleksjonering på DNA-sekvens med mer enn 90% eller mer homologi er betingelsene 0,1 x SSC/0,01% SDS/65°C egnet. The hybridization is carried out in 6 x SSC/5 x Denhardf's solution/0.1% SDS at 65°C. The degree of stringency is determined in each washing step. Thus, the conditions 0.2 x SSC/0.01%, SDS/65°G are suitable for a selection on DNA sequences with approx. 85% or more homology and for a selection on DNA sequence with more than 90% or more homology the conditions 0.1 x SSC/0.01% SDS/65°C are suitable.
Ved gjennomsøking av et kosmid-bibliotek under disse betingelser (0,2 x SSC), får man noen kosmider som hybridiserer med en IFN-col-probe. Sekvensanalysen av restriksj ons-enzymfragmenter isolert fra disse gir det autentiske IFN-iol-gen (se fig. 11) samt tre ytterligere beslektede gener som kalles IFN-pseudo-co2, IFN-pseudo-o)3 og IFN-pseudo-o)4 (se fig. 12-14) . When screening a cosmid library under these conditions (0.2 x SSC), some cosmids are obtained that hybridize with an IFN-col probe. The sequence analysis of restriction enzyme fragments isolated from these gives the authentic IFN-11 gene (see Fig. 11) as well as three further related genes called IFN-pseudo-co2, IFN-pseudo-o)3 and IFN-pseudo-o) 4 (see fig. 12-14) .
DNA-sammenligningene viser en rundt 85% homologi a pseudo-genet til IFN-col-genet (interferon-col-gen) . The DNA comparisons show an around 85% homology of the pseudo-gene to the IFN-col gene (interferon-col gene).
Videre viser IFN-tol-genet at ved transkripsjon inneholder mRNA'et informasjonen for et funksjonelt interferonprotein, dvs. det koder for et 23 aminosyrer langt signalpeptid med formel Furthermore, the IFN-tol gene shows that upon transcription the mRNA contains the information for a functional interferon protein, i.e. it codes for a 23 amino acid long signal peptide with the formula
Met Ala Leu Leu Phe Pro Leu Leu Ala Ala Leu Val Met Thr Ser Tyr Ser Pro Val Gly Ser Leu Gly Met Ala Leu Leu Phe Pro Leu Leu Ala Ala Leu Val Met Thr Ser Tyr Ser Pro Val Gly Ser Leu Gly
som etterfølges av det ferdige 172 aminosyrer lange IFN-col. which is followed by the finished 172 amino acid long IFN-col.
Interferon-io-gener kan innføres under betingelser i enhver organisme som fører til høye utbytter. Egnede verter og bærere er velkjente for fagmannen, og som eksempel vises til EP-A- 0.093.619. Interferon-10 genes can be introduced under conditions into any organism that lead to high yields. Suitable hosts and carriers are well known to those skilled in the art, and as an example reference is made to EP-A-0,093,619.
Spesielt er prokaryoter foretrukne for ekspresjonen. Som eksempel er E. coli K 12, stamme 294 (ATCC nr. 31 446) egnet. Andre stammer som er egnet er E. coli X1776 (ATCC nr. 31.537). I likhet med de foran nevnte stammer, kan også E. coli W3110 (F", Lambda", Prototroph, ATCC nr. 27325), basiller såsom Bacillus subtilis og andre Enterobacteriaceae såsom Salmonella typhimurium eller Serratia marcenses og forskjellige Pseudo-monader anvendes. In particular, prokaryotes are preferred for the expression. As an example, E. coli K 12, strain 294 (ATCC No. 31 446) is suitable. Other strains that are suitable are E. coli X1776 (ATCC No. 31,537). Similar to the aforementioned strains, E. coli W3110 (F", Lambda", Prototroph, ATCC no. 27325), bacilli such as Bacillus subtilis and other Enterobacteriaceae such as Salmonella typhimurium or Serratia marcenses and various Pseudo-monads can also be used.
Generelt kan plasmidbærere som inneholder replikon og kontrollsekvenser som stammer fra arter som er kompatible med vertcellene anvendes i forbindelse med disse vertene. Bæreren inneholder normalt ved siden av et replikasjonspunkt, gjen-kjennelsessekvenser som gjør det mulig å selektere de transformerte cellene genotypisk. For eksempel transformeres E. coli normalt med pBR322, et plasmid som stammer fra E. coli-arter (Bolivar, et al., Gene 2, 95 (1977)). pBR322 inneholder gener for Ampicillin- og Tetracyklin-resistens og gir derved enkle midler til å identifisere transformerte celler. pBR322-plasmidet eller også andre plasmider, må dertil i seg selv inneholde promotorer eller må være således tilstrekkelig modifisert at de inneholder promotor som kan anvendes fra den mikrobielle organisme til ekspresjon av dens egne proteiner. Prmotorene som oftest anvendes for fremstilling av rekombinant DNA, inneholder beta-lactamase (Penicillinase) og laktose-promotor-systemer (Chang et al., Nature, 275, 615 (1978); Itakura et al., Science 198, 1056 (1977); Goeddel et al., Nature 281, 544 (1979)) og Tryptofan (trp) promotorsystemer (Goeddel et al., Nucleic Acids Res. 8, 4057 (1980); EP-A-0.036.776). Skjønt de nevnte er de vanligste promotorer, er det også utviklet og benyttet andre mikrobielle promotorer. Gen-sekvensen for IFN-io kan f.eks. anvendes under kontroll av Leftward-promotoren til bakteriofagen Lambda (PL) . Denne promotoren er en promotor som er kjent for å være spesielt sterk og kontrollerbar. Kontrollen muliggjøres med Lambda-repressoren hos hvilken naborestriksjonsavskjæringssteder er kj ente. In general, plasmid carriers containing replicon and control sequences derived from species compatible with the host cells can be used in conjunction with these hosts. The carrier normally contains, next to a point of replication, recognition sequences that make it possible to select the transformed cells genotypically. For example, E. coli is normally transformed with pBR322, a plasmid derived from E. coli species (Bolivar, et al., Gene 2, 95 (1977)). pBR322 contains genes for Ampicillin and Tetracycline resistance and thereby provides easy means to identify transformed cells. The pBR322 plasmid or other plasmids must therefore themselves contain promoters or must be sufficiently modified in such a way that they contain promoters that can be used by the microbial organism for expression of its own proteins. The promoters most often used for the production of recombinant DNA contain beta-lactamase (Penicillinase) and lactose promoter systems (Chang et al., Nature, 275, 615 (1978); Itakura et al., Science 198, 1056 (1977) ; Goeddel et al., Nature 281, 544 (1979)) and Tryptophan (trp) promoter systems (Goeddel et al., Nucleic Acids Res. 8, 4057 (1980); EP-A-0,036,776). Although the ones mentioned are the most common promoters, other microbial promoters have also been developed and used. The gene sequence for IFN-10 can e.g. is used under the control of the Leftward promoter of the bacteriophage Lambda (PL). This promoter is a promoter known to be particularly strong and controllable. The control is made possible with the Lambda repressor for which the neighboring restriction cutoff sites are known.
Et temperaturømfintlig allel for dette repressor-gen kan innsettes i en vektor, som inneholder en fullstendig IFN-w-sekvens. Økes temperaturen til 42°C, inaktiveres repressoren, og promotoren eksprimeres til sin maksimale konsentrasjon. Summen av mRNA som produseres under disse betingelser skulle være tilstrekkelig til å oppnå en celle som blant sine nye syntetiske ribonukleinsyrer inneholder ca. 10% som stammer fra PL-promotoren. På denne måte er det mulig å etablere en klonebank, hvori det er plassert en funksjonell IFM-co-sekvens i naboskap til et ribosombindingspunkt i varierende avstander fra Lambda-PL-promotoren. Disse klonene kan så granskes, og det med det høyeste utbytte selekteres. A temperature-sensitive allele for this repressor gene can be inserted into a vector, which contains a complete IFN-w sequence. If the temperature is increased to 42°C, the repressor is inactivated, and the promoter is expressed to its maximum concentration. The sum of mRNA produced under these conditions should be sufficient to obtain a cell which, among its new synthetic ribonucleic acids, contains approx. 10% originating from the PL promoter. In this way, it is possible to establish a clone bank, in which a functional IFM co-sequence is placed in the vicinity of a ribosome binding point at varying distances from the Lambda-PL promoter. These clones can then be examined, and the one with the highest yield selected.
Ekspresjon og translasjon av IFN-co-sekvens kan også foregå under kontroll av andre reguleringssystemer som gjelder for "homologe" til organismen i sin ikke-transformerte form. Således inneholder f.eks. kromosomalt DNA fra en laktoseav-hengig E. coli et laktose eller lac-operon, som muliggjør laktosenedbrytning ved utskillelse av enzymet Ø-galaktosidase. Expression and translation of the IFN co-sequence can also take place under the control of other regulatory systems that apply to "homologous" organisms in their non-transformed form. Thus contains e.g. chromosomal DNA from a lactose-dependent E. coli a lactose or lac operon, which enables lactose breakdown by secretion of the enzyme Ø-galactosidase.
Lac-kontrollelementene kan erholdes fra batakeriofagen lambda-plac<5> som kan infisere E. coli. Lac-operonet til fagen kan ved transduksjon stamme fra den samme bakterieart. Regu-leringssystemet som finner anvendelse i fremgangsmåten ifølge oppfinnelsen, kan stamme fra plasmid-DNA som er egenartet for organismen. Lac-promotor-operatorsystemet kan induseres ved The lac control elements can be obtained from the bacterial phage lambda-plac<5> which can infect E. coli. The lac operon of the phage can, by transduction, originate from the same bacterial species. The regulatory system which finds use in the method according to the invention can originate from plasmid DNA which is unique to the organism. The lac promoter-operator system can be induced by
IPTG. IPTG.
Andre promotor-operatorsystemer eller deler derav kan like godt anvendes: f.eks. arabinose-operator, Colicine Ex-operator, galaktoseoperator, alkalisk fosfataseoperator, trp-operator, xylose-A-operator, tac-promotor og andre. Other promoter-operator systems or parts thereof may equally well be used: e.g. arabinose operator, Colicine Ex operator, galactose operator, alkaline phosphatase operator, trp operator, xylose-A operator, tac promoter and others.
I tillegg til prokaryoter kan også eukaryote mikro-organismer såsom gjærkulturer anvendes. Saccharomyces cerevisiae er den mest anvendte av de eukaryote mikroorganismer, skjønt flere andre arter er generelt tilgjengelige. For ekspresjon i Saccharomyces anvendes f.eks. plasmidet YRp7 (Stinchcomb et al. Nature 282, 39 (1979); Kingsman et al., Gene 7, 141 In addition to prokaryotes, eukaryotic micro-organisms such as yeast cultures can also be used. Saccharomyces cerevisiae is the most widely used of the eukaryotic microorganisms, although several other species are generally available. For expression in Saccharomyces, e.g. the plasmid YRp7 (Stinchcomb et al. Nature 282, 39 (1979); Kingsman et al., Gene 7, 141
(1979); Tschumper et al., Gene 10, 157 (1980)) og plasmidet YEpl3 (Bwach et al., Gene 8, 121-133 (1979)) normalt. Plasmidet YRp7 inneholder TRPl-genet, som er en seleksjonerings-merking for en gjærmutant som ikke er istand til å vokse i tryptofanholdig medium; f.eks. ATCC nr. 44076. (1979); Tschumper et al., Gene 10, 157 (1980)) and the plasmid YEpl3 (Bwach et al., Gene 8, 121-133 (1979)) normally. The plasmid YRp7 contains the TRP1 gene, which is a selection marker for a yeast mutant unable to grow in tryptophan-containing medium; e.g. ATCC No. 44076.
Tilstedeværelsen av TRP1 Schadens som karakteristikum for gjærverts-genomet utgjør da et effektivt hjelpemiddel til å påvise transformasjonen, idet man dyrker uten tryptofan. Lignende forholder det seg med plasmidet YEpl3, som inneholder gjærgenet LEU 2, som kan anvendes for komplettering av en LEU 2-minus-mutant. Egnede promotor-sekvenser for gjærbærere inneholder det 5'-flankerende området til genet av ADH I (Ammerer G., Methods of Enzymology 101, 192-201 (1983)), 3-fosfoglycerat-kinase (Hitzeman et al., J. Biol. Chem. 255,2073 (1980)) eller andre glykolytiske enzymer (Kawaski og Fraenkel, BBRC 1008, 1107-1112 (1982)) såsom enolase, glycer-aldehyd-3-fosfat, dehydrogenase, heksokinase, pyruvat, dekar-boksylase, fosfofruktokinase, glukose-6-fosfat-isomerase, fosfoglukose-isomerase og -glukokinase. Ved konsentrering av egnede ekspresjonsplasmider, kan avslutningssekvensen i forbindelse med disse gener likeledes anvendes i ekspresjons-vektoren på 3'-enden til sekvensen som skal eksprimeres for å frembringe polyadenylering og avslutning av mRNA'et. The presence of TRP1 Schadens as a characteristic of the yeast host genome then constitutes an effective aid to detect the transformation, as one cultivates without tryptophan. The situation is similar with the plasmid YEpl3, which contains the yeast gene LEU 2, which can be used for complementing a LEU 2-minus mutant. Suitable promoter sequences for yeast carriers include the 5'-flanking region of the gene of ADH I (Ammerer G., Methods of Enzymology 101, 192-201 (1983)), 3-phosphoglycerate kinase (Hitzeman et al., J. Biol . Chem. 255,2073 (1980)) or other glycolytic enzymes (Kawaski and Fraenkel, BBRC 1008, 1107-1112 (1982)) such as enolase, glyceraldehyde-3-phosphate, dehydrogenase, hexokinase, pyruvate, decarboxylase, phosphofructokinase, glucose-6-phosphate isomerase, phosphoglucose isomerase and -glucokinase. When concentrating suitable expression plasmids, the termination sequence in connection with these genes can likewise be used in the expression vector at the 3' end of the sequence to be expressed to produce polyadenylation and termination of the mRNA.
Andre promotorer som dertil også har fordelen av transkripsjon kontrollert med vekstbetingelser, er promotorområdene til genet for alkohol-dehydrogenase-2, isocytochrom C, syre-fosfatase nedbrytende enzymer som er forbundet med nitrogen-metabolismen, de ovenfor nevnte glyceraldehyd-3-fosfat-dehydrogenase og enzymer som er ansvarlig for reaksjonene til maltose og galaktose. Promotorer som reguleres med gjær-matingstype-lokus, f.eks. promotorer for genene BARI, MFal, STE2, STE3, STE5 kan anvendes ved temperaturregulerende syste-mer gjennom anvendelsen av temperaturavhengige siv-mutasjoner. Other promoters that also have the advantage of transcription controlled by growth conditions are the promoter regions of the gene for alcohol dehydrogenase-2, isocytochrome C, acid phosphatase degrading enzymes associated with nitrogen metabolism, the above-mentioned glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and enzymes responsible for the reactions of maltose and galactose. Promoters that are regulated by the yeast feeding type locus, e.g. promoters for the genes BARI, MFal, STE2, STE3, STE5 can be used in temperature-regulating systems through the use of temperature-dependent reed mutations.
(Rhine PH.D. i Thesis, University of Oregon, Eugene, Oregon (Rhine PH.D. in Thesis, University of Oregon, Eugene, Oregon
(1979), Herskowitz og Oshima, The Molecular Biology of the yeast Saccharomyces, del I, 181-209 (1981), Cold Spring Harbor Laboratory). Disse mutasjonene påvirker ekspresjonen av hvilende matingtype-kassetter av gjær og derved indirekte matingtype-avhengige promotorer. Generelt er imidlertid enhver plasmidbærer som inneholder en gjærfordragelig promotor, opprinnelig replikasjons- og termineringssekvenser egnet. I tillegg til mikroorganismer er kulturer av fler-cellede organismer likeledes egnede vertsorganismer. Prinsippielt kan enhver av disse kulturer anvendes, både av virveldyr eller virvelløse dyrekulturer. Størst interesse består imidlertid i virveldyrceller, slik at formeringen av virveldyrceller i kultur (vevskultur) i de siste år er blitt en rutinemessig metode (Tissue, Culture, Academic Press, Kruse og Patterson, utgivere (1973)). Eksempler på slike nyttige verts-cellelinjer er VERO- og HeLa-celler, gullhamster-egg-stokk (CHO)-celler og W138, BHK, COS-7 og MDCK-cellelinjer. Ekspre-sjonsbærer for disse celler inneholder normalt (om nødvendig) et replikasjonssted, en promotor som befinner seg foran genet som skal eksprimeres, sammen med et nødvendig ribosombindings-sted, RNA-spleising-sted, polyadenyleringssted og transkrip-sjonelle termineringssekvenser. (1979), Herskowitz and Oshima, The Molecular Biology of the yeast Saccharomyces, Part I, 181-209 (1981), Cold Spring Harbor Laboratory). These mutations affect the expression of yeast resting feeding type cassettes and thereby indirectly feeding type dependent promoters. In general, however, any plasmid carrier containing a yeast-tolerable promoter, origin of replication and termination sequences is suitable. In addition to microorganisms, cultures of multicellular organisms are also suitable host organisms. In principle, any of these cultures can be used, both by vertebrate or invertebrate animal cultures. However, the greatest interest is in vertebrate cells, so that the propagation of vertebrate cells in culture (tissue culture) has become a routine method in recent years (Tissue, Culture, Academic Press, Kruse and Patterson, publishers (1973)). Examples of such useful host cell lines are VERO and HeLa cells, golden hamster ovary (CHO) cells, and W138, BHK, COS-7, and MDCK cell lines. Expression carriers for these cells normally contain (if necessary) a replication site, a promoter located in front of the gene to be expressed, together with a necessary ribosome binding site, RNA splicing site, polyadenylation site and transcriptional termination sequences.
Ved anvendelse av pattedyrceller benyttes det for kon-trollfunksjoner på ekspresjonsbærerne ofte virusmateriale. For eksempel stammer de normalt anvendte promotorer fra polyoma Adenovirus 2, og særlig ofte fra Simian Virus 40 (SV 40). De tidlige og sene sluttpromotorer fra SV 40 er likeledes nyttige, da begge er lette å oppnå fra virusen som fragment, hvilken også inneholder virusreplikasjonsstedet til SV 40. (Fiers et al., Nature 273, 113 (1978)). Også mindre eller større fragmenter av SV 40 kan anvendes forutsatt at de inneholder den tilnærmet 250 bp lange sekvens som går fra Hindlll-skjæringsstedet til Bgl 1-skjæringsstedet i det virale replikasjonsstedet. Dertil er det likeledes mulig og ofte anbefalelsesverdig å anvende promotor eller kontrollsekvenser som normalt er knyttet sammen med de ønskede gensekvenser, forutsatt at disse kontrollsekvenser er forenlige med vert-cellesysternene. When using mammalian cells, viral material is often used for control functions on the expression carriers. For example, the normally used promoters originate from polyoma Adenovirus 2, and particularly often from Simian Virus 40 (SV 40). The early and late end promoters from SV 40 are also useful, as both are easily obtained from the virus as a fragment, which also contains the viral replication site of SV 40. (Fiers et al., Nature 273, 113 (1978)). Smaller or larger fragments of SV 40 can also be used provided that they contain the approximately 250 bp long sequence that runs from the HindIII cleavage site to the Bgl 1 cleavage site in the viral replication site. In addition, it is also possible and often advisable to use promoter or control sequences which are normally linked together with the desired gene sequences, provided that these control sequences are compatible with the host cell systems.
Et replikasjonssted kan enten frembringes ved tilsvarende bærerkonstruksjon for å innbygge et eksogent sted, f.eks. av SV 40 eller fra andre viruskilder (f.eks. polyoma, adeno, VSV, PVB osv.) eller kan tilveiebringes ved kromosomreplikasjons-mekanismer fra vertcellen. Integreres bæreren i vertcelle-kromosomet, er den sistnevnte fremgangsmåte som regel tilstrekkelig. A replication site can either be produced by corresponding carrier construction to incorporate an exogenous site, e.g. of SV 40 or from other virus sources (e.g. polyoma, adeno, VSV, PVB, etc.) or may be provided by chromosome replication mechanisms from the host cell. If the carrier is integrated into the host cell chromosome, the latter method is usually sufficient.
Genet kan likevel fortrinnsvis uttrykkes i et ekspresjonsplasmid pER103 (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-248 The gene can nevertheless preferably be expressed in an expression plasmid pER103 (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-248
(1983) og EP-A-0.115.613 - deponert hos DSM under nummeret DSM 2773 den 20. desember 1983), da denne bæreren inneholder alle regulatorelementer som fører til en høy ekspresjonsgrad av det klonede gen. Ifølge oppfinnelsen ble altså i plasmidet pBR322 det plasmid-egne kortere EcoRI/BamHI-fragment erstattet med DNA-sekvensen med formel For å oppnå målet med oppfinnelsen går man frem som f.eks. vist på fig. 6: I. Fremstilling av de her nødvendige enkelte DNA-fragmenter: (1983) and EP-A-0,115,613 - deposited with DSM under the number DSM 2773 on December 20, 1983), as this carrier contains all regulatory elements leading to a high level of expression of the cloned gene. According to the invention, therefore, in the plasmid pBR322, the plasmid's own shorter EcoRI/BamHI fragment was replaced with the DNA sequence with the formula To achieve the goal of the invention, one proceeds as e.g. shown in fig. 6: I. Production of the individual DNA fragments required here:
Fragment a) Fragment a)
For fremstilling av fragment a) spaltes et plasmid som inneholder et gen for IFN-omega, f.eks. plasmidet P9A2 med restriksjonsendonukleasen Avall. Etter kromatografi og rensning av den erholdte cDNA-innsats spaltes videre dette med restriksjonsendonukleasen Ncol og Alul to ganger, og isoleres så ved hjelp av kromatografi og elektroeluering. Dette fragment inneholder den største delen av det tilsvarende omega-interferon-gen. Således har f.eks. omega(Gly)-interferon-genet av klonet P9A2 følgende struktur : For the production of fragment a) a plasmid containing a gene for IFN-omega is cleaved, e.g. the plasmid P9A2 with the restriction endonuclease Avall. After chromatography and purification of the cDNA insert obtained, this is further cleaved with the restriction endonuclease Ncol and Alul twice, and then isolated by means of chromatography and electroelution. This fragment contains the largest part of the corresponding omega-interferon gene. Thus, e.g. The omega(Gly) interferon gene of clone P9A2 has the following structure:
Fragment b) Fragment b)
For fremstilling av fragment b) spaltes plasmidet P9A2 med restriksjonsendonukleasen Avall. Etter kromatografi og rensing av det erholdte cDNA-innskudd spaltes dette videre med restriksjonsendonukleasen Sau3A og det ønskede 189bp lange fragment isoleres ved hjelp av kromatografi og elektroeluering. Dette er den følgende struktur: To prepare fragment b), the plasmid P9A2 is cleaved with the restriction endonuclease Avall. After chromatography and purification of the obtained cDNA insert, this is cleaved further with the restriction endonuclease Sau3A and the desired 189bp long fragment is isolated by means of chromatography and electroelution. This is the following structure:
Fragment c) Fragment c)
For fremstilling av fragment c) spaltes plasmidet pER33 (se E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237 - 248 (1983) og EP-A-0.115.613) med restriksjonsenzymene EcoRI og PvuII to ganger. Det 389bp lange fragment man får etter agarosegelfrak-sjonering og rensning, som inneholder Trp-promotoren, det ribosomale bindingspunkt og startkodonet, spaltes deretter med Sau3A. Det ønskede 108bp lange fragment får man ved agarosegel-elektroforese, elektroeluering og Elutip-søylerensning. Dette har følgende struktur: To prepare fragment c), the plasmid pER33 (see E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237 - 248 (1983) and EP-A-0,115,613) is cleaved twice with the restriction enzymes EcoRI and PvuII. The 389bp long fragment obtained after agarose gel fractionation and purification, which contains the Trp promoter, the ribosomal binding point and the start codon, is then cleaved with Sau3A. The desired 108bp long fragment is obtained by agarose gel electrophoresis, electroelution and Elutip column purification. This has the following structure:
Ligering av fragmentene b) og c) Ligation of the fragments b) and c)
Fragmentene b) og c) ligeres med T4-ligase og avskjæres etter destruksjon av enzymet med Hindlll. Dette ligerte fragment har følgende struktur: Fragments b) and c) are ligated with T4 ligase and cut off after destruction of the enzyme with HindIII. This ligated fragment has the following structure:
Alternativt kan dette DNA-fragment som er nødvendig for fremstillingen av plasmidet pRHWI0 også fremstilles ved anvendelse av to syntetisk fremstilte oligonukleotider: Alternatively, this DNA fragment which is necessary for the production of the plasmid pRHWI0 can also be produced using two synthetically produced oligonucleotides:
Oligonukleotidet med formel The oligonucleotide of formula
forblir defosforylert på sin 5'-ende. remains dephosphorylated at its 5' end.
Oligonukleotidet med formel The oligonucleotide of formula
kinasebehandles ved hjelp av T4~polynukleotidkinase og ATP på 5'-enden. kinase is processed using T4~polynucleotide kinase and ATP at the 5' end.
Ved hybridisering av de to oligonukleotider får man føl-gende korte DNA-fragment: By hybridizing the two oligonucleotides, the following short DNA fragment is obtained:
Derved dannes på én ende 5'-overhenget som er typisk for Hindlll og på den andre ende 5 *-overhenget som er typisk for Sau3A. Thereby, the 5' overhang that is typical for HindIII is formed on one end and the 5* overhang that is typical for Sau3A on the other end.
Fragmentet b) defosforyleres under anvendelse av kalvetarmfosfatase. Fragment b) og det ovenfor beskrevne fragment bringes sammen og forbindes med hverandre ved hjelp av T^-ligase. The fragment b) is dephosphorylated using calf intestinal phosphatase. Fragment b) and the fragment described above are brought together and connected to each other by means of T^-ligase.
Da ligasen krever minst én 5'-fosfatholdig ende, kan As the ligase requires at least one 5'-phosphate-containing end, can
bare det syntetiske DNA-stykke med fragment b), eller 2 syntetiske fragmenter på sine Sau3A-ender knyttes sammen. Da de to resulterende fragmenter har forskjellig lengde, kan de adskilles ved selektiv isopropanolfelling. Således rensede fragment fosforyleres ved hjelp av T4~polynukleotidkinase og ATP. only the synthetic DNA piece with fragment b), or 2 synthetic fragments at their Sau3A ends are joined together. As the two resulting fragments have different lengths, they can be separated by selective isopropanol precipitation. The thus purified fragment is phosphorylated with the help of T4~polynucleotide kinase and ATP.
II. Fremstilling av ekspresjonsplasmidene II. Preparation of the expression plasmids
a) Fremstilling av plasmidet pRHW 10 a) Preparation of the plasmid pRHW 10
Man lineæriserer ekspresjonsplasmidet pER103 (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237 - 384 (1983) og EP-A-0.115.613 - som er innsendt til DSM under DSM-nummeret 2773) med Hindlll og behandler deretter med kalvetarmfosfatase. Etter isolering og rensing av det således erholdte DNA defosforyleres dette og ligeres deretter med ligerte fragmenter b) og c) (etter spaltning av dem med Hindlll). Deretter transformeres E. coli HB 101 med den erholdte ligeringsblanding og dyrkes på LB-agar pluss 50 [ ig/ ml Ampicillin. Plasmidet med den ønskede struktur får betegnelsen pRHWI0 (se fig. 6), som etter sin replikasjon tjente som mellomprodukt for fremstilling av ytterligere plasmider . The expression plasmid pER103 (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-384 (1983) and EP-A-0,115,613 - submitted to DSM under DSM number 2773) is linearized with HindIII and then treated with calf intestinal phosphatase . After isolation and purification of the DNA thus obtained, this is dephosphorylated and then ligated with ligated fragments b) and c) (after cleavage with HindIII). E. coli HB 101 is then transformed with the ligation mixture obtained and grown on LB agar plus 50 µg/ml Ampicillin. The plasmid with the desired structure is given the designation pRHWI0 (see fig. 6), which after its replication served as an intermediate for the production of further plasmids.
b) Fremstilling av plasmidet pRHWI2 b) Preparation of the plasmid pRHWI2
Til plasmidet pRHWIO som var kuttet med BamHI setter man To the plasmid pRHWIO which had been cut with BamHI, one puts
Klenow-fragment av DNA-polymerase I og de fire deoksynukleo-sidtrifosfåtene. Plasmidet som oppnås lineærisert etter inkubasjon og med stumpe ender renses og avskjæres så med Ncol. Det større fragment, som oppnås ved hjelp av agarosegelelektro-forese, elektroeluering og elutip-rensning, ligeres med fragmentet a). Deretter transformeres ligeringsblandingen med E. coli HB101 og dyrkes på LB-agar pluss 50 |ag/ml Ampicillin. Plasmidet med den ønskede struktur får betegnelsen pRHW12 (se fig. 6), som eksprimerer det ønskede omega/Gly Jointerferon. Klenow fragment of DNA polymerase I and the four deoxynucleoside triphosphates. The plasmid obtained linearized after incubation and with blunt ends is purified and then cut off with NcoI. The larger fragment, which is obtained by means of agarose gel electrophoresis, electroelution and elutip purification, is ligated with the fragment a). The ligation mixture is then transformed with E. coli HB101 and grown on LB agar plus 50 µg/ml Ampicillin. The plasmid with the desired structure is designated pRHW12 (see Fig. 6), which expresses the desired omega/Gly Joint interferon.
For eksempelvis inneholder 1 1 av den således erholdte bakteriekultur (optisk tetthet: 0,6 ved 600 nm) 1 x 10<6> internasjonale enheter interferon. For example, 1 1 of the thus obtained bacterial culture (optical density: 0.6 at 600 nm) contains 1 x 10<6> international units of interferon.
c) Fremstilling av plasmidet pRHWI1 c) Preparation of the plasmid pRHWI1
Til plasmidet pRHWIO som er avskåret med BamHI setter To the plasmid pRHWIO cut with BamHI sets
man Klenow-fragmentet av DNA-polymerase I og de fire deoksynukleosidtrifosfater. Plasmidet som erholdes lineærisert etter inkubasjon med rette ender renses og avskjæres så med Ncol. man the Klenow fragment of DNA polymerase I and the four deoxynucleoside triphosphates. The plasmid obtained linearized after incubation with straight ends is purified and then cut off with NcoI.
Det større fragment, som oppnås ved hjelp av agarosegelelektro-forese, elektroeluering og elutip-rensning, ligeres med fragment a) som er analogt fremstilt fra plasmid E79E9, hvori bare GGG-kodonet som koder for den 111. aminosyren (Gly) er erstattet med GAG-kodonet (Glu). Deretter transformeres E. coli HB 101 med den erholdte ligeringsblanding og dyrkes på LB-agar. Plasmidet som har den ønskeae struktur får betegnelsen pRHWI1 (se analogt fig. 6) som eksprimerer det ønskede omega(Glu)-interferon. The larger fragment, which is obtained by means of agarose gel electrophoresis, electroelution and elutip purification, is ligated with fragment a) which is analogously prepared from plasmid E79E9, in which only the GGG codon coding for the 111th amino acid (Gly) is replaced with The GAG codon (Glu). E. coli HB 101 is then transformed with the ligation mixture obtained and grown on LB agar. The plasmid which has the desired structure is named pRHWI1 (see analogously to Fig. 6) which expresses the desired omega (Glu) interferon.
Transformsjon av cellene med bærerne kan oppnås gjennom flere fremgangsmåter. For eksempel kan den skje med kalsium, hvorunder enten cellene vaskes i magnesium og DNA'et settes til cellene som er oppslemmet i kalsium, eller cellene utsettes for et kopresipitat av DNA og kalsiumfosfat. Ved etter-følgende gen-ekspresjon overføres cellene til medier som selekterer for de transformerte celler. Transformation of the cells with the carriers can be achieved through several methods. For example, it can be done with calcium, during which either the cells are washed in magnesium and the DNA is added to the cells suspended in calcium, or the cells are exposed to a coprecipitate of DNA and calcium phosphate. Upon subsequent gene expression, the cells are transferred to media that selects for the transformed cells.
Etter gjennomført transformasjon av verten, ekspresjon av genet og fermentering eller celledyrking under betingelser hvorunder IFN-omega eksprimeres, kan produktet normalt ekstraheres ved kjente kromatografiske adskillelsesmetoder for således å oppnå et materiale som inneholder IFN-omega med eller uten leder og halesekvenser. IFN-omega kan eksprimeres med en ledersekvens på N-enden (Pre-IFN-omega), som kan fjernes fra noen vertceller. Hvis ikke er en avspaltning av leder-polypeptidet (om slikt foreligger) nødvendig for å oppnå fullstendig IFN-omega. Alternativt kan IFN-omega-klonet modifise-res slik at det ferdige protein produseres direkte i mikroorga-nismen i stedet for pre-IFN-omega. I dette tilfelle kan forsta-diesekvensen av gjærmodningsferomonet MF-alfa-1 anvendes for å oppnå en korrekt "modning" av de fusjonerte proteiner og utskillelse av produktene i vekstmediet eller i det periplas-miske rom. DNA-sekvensen for funksjonelt eller ferdig IFN-omega kan forbindes med MF-alfa-1 på den antatte katepsinlig-nende avskjæringspunkt (etter Lys-Arg) i stilling 256 ut fra påbegynnelseskodonet ATG (Kurjan,_ Herskowitz, Cell 30, 933 - 943 (1982)). After complete transformation of the host, expression of the gene and fermentation or cell cultivation under conditions under which IFN-omega is expressed, the product can normally be extracted by known chromatographic separation methods to thus obtain a material containing IFN-omega with or without leader and tail sequences. IFN-omega can be expressed with a leader sequence at the N-terminus (Pre-IFN-omega), which can be removed from some host cells. If not, cleavage of the leader polypeptide (if present) is necessary to obtain complete IFN-omega. Alternatively, the IFN-omega clone can be modified so that the finished protein is produced directly in the microorganism instead of pre-IFN-omega. In this case, the precursor sequence of the yeast maturation pheromone MF-alpha-1 can be used to achieve a correct "maturation" of the fused proteins and excretion of the products in the growth medium or in the periplasmic space. The DNA sequence for functional or finished IFN-omega can be joined with MF-alpha-1 at the putative cathepsin-like cut-off point (after Lys-Arg) in position 256 from the start codon ATG (Kurjan, _ Herskowitz, Cell 30, 933 - 943 (1982)).
På basis av sitt biologiske virkningsspektrum er de nye interferoner anvendelige for enhver type behandling som også de kjente interferoner er egnet for. Dette omfatter f.eks. herpes, rhinovirus, opportunistiske AIDS-infeksjoner, forskjellige krefttyper og lignende. De nye interferoner kan anvendes alene eller i kombinasjon med andre kjente interferoner eller biologisk aktive produkter, f.eks. med IFN-a, IL-2, andre immun-modulatorer og lignende. On the basis of their biological spectrum of action, the new interferons are applicable for any type of treatment for which the known interferons are also suitable. This includes e.g. herpes, rhinovirus, opportunistic AIDS infections, various types of cancer and the like. The new interferons can be used alone or in combination with other known interferons or biologically active products, e.g. with IFN-α, IL-2, other immune modulators and the like.
eller antivirusbehandling er nødvendig, og i tilfeller hvor det vises immunoundertrykkende egenskaper. Dosering og dose-ringshastighet kan være lignende som det som for tiden gjelder for kliniske undersøkelser av IFN-o(-materialer, f.eks. ca. or antiviral treatment is necessary, and in cases where immunosuppressive properties are shown. Dosage and dosage rate may be similar to what currently applies to clinical investigations of IFN-α materials, e.g. approx.
(1-10) x IO<6> enheter daglig, og ved preparater som er enn 1% (1-10) x IO<6> units daily, and in preparations that are less than 1%
rene, opptil f.eks. 5 x 10<7> enheter daglig. clean, up to e.g. 5 x 10<7> units daily.
For eksempel kan 3 mg IFN-omega oppløses i 25 ml 5% human-serumalbumin for en hensiktsmessig doseringsform ved en i det vesentlige homogen, bakterielt produsert IFN-omega ved parenteral anvendelse. Denne løsning sendes så gjennom et bakterio-logisk filter, og den filtrerte løsning fordeles aseptisk på 100 flasker, hvorav hver inneholder 6 x 106 enheter rent IFN-omega egnet for parenteral anvendelse. Glassene oppbevares. For example, 3 mg of IFN-omega can be dissolved in 25 ml of 5% human serum albumin for an appropriate dosage form for an essentially homogeneous, bacterially produced IFN-omega for parenteral use. This solution is then passed through a bacteriological filter, and the filtered solution is distributed aseptically into 100 bottles, each of which contains 6 x 106 units of pure IFN-omega suitable for parenteral use. The glasses are stored.
før anvendelse fortrinnsvis kaldt (-20°C). Substansen kan formuleres på kjent måte til farmasøytisk anvendelige midler, hvorunder det fremstilte polypeptid blandes med en farmasøy-tisk akseptabel bærersubstans. Brukbare bærestoffer og for-muleringen av disse er beskrevet av E.W. Martin i Remington's Pharmaceutical Sciences. IFNto- blandes med en tilmålt mengde av bærerstoffet for å gi egnede farmasøytiske midler som er egnet for en effektiv anvendelse hos mottageren (pasienten). Fortrinnsvis foretas en parenteral applikasjon. preferably cold (-20°C) before use. The substance can be formulated in a known manner into pharmaceutically usable agents, during which the produced polypeptide is mixed with a pharmaceutically acceptable carrier substance. Useful carriers and their formulation are described by E.W. Martin at Remington's Pharmaceutical Sciences. IFNto- is mixed with a measured amount of the carrier substance to provide suitable pharmaceutical agents suitable for effective use in the recipient (patient). Preferably, a parenteral application is made.
De følgende eksempler beskriver oppfinnelsen i detalj. The following examples describe the invention in detail.
EKSEMPEL 1 EXAMPLE 1
Utplukking av IFN- sekvens- spesifikke kloner Selection of IFN sequence-specific clones
a) Fremstilling av cDNA-biblioteket a) Preparation of the cDNA library
mRNA fra Sendai-virus-stimulerte celler anvendes som mRNA from Sendai virus-stimulated cells is used as
utgangsmateriale for fremstilling av et cDNA-bibliotek etter metoder kjent fra litteraturen (E. Dworkin-Rastl et al., Journal of Interferon Research Vol 2/4, 575 - 585 (1982)). De dannede 30 000 kloner overføres enkeltvis i skålene til mikrotiterplater. starting material for the preparation of a cDNA library according to methods known from the literature (E. Dworkin-Rastl et al., Journal of Interferon Research Vol 2/4, 575 - 585 (1982)). The 30,000 clones formed are transferred individually into the dishes of microtiter plates.
Følgende medium anvendes for vekst og nedfrysing av kolonier: The following medium is used for growth and freezing of colonies:
10 g Trypton 10 g Tryptone
5 g Gjærekstrakt 5 g Yeast extract
5 g NaCl 0,51 g Na-sitrat x 2 H20 5 g NaCl 0.51 g Na citrate x 2 H2O
7,5 g K2HP04 x 2 H20 7.5 g K 2 HPO 4 x 2 H 2 O
1,8 g KH2P041.8 g of KH 2 PO 4
0,09 g MgS04 x 7 H20 0.09 g MgSO 4 x 7 H 2 O
0,9 g (NH4)2S040.9 g of (NH 4 ) 2 SO 4
44 g Glycerol 44 g Glycerol
0,01 g Tetracyklin x HC1 0.01 g Tetracycline x HC1
ad 1 1 H20 ad 1 1 H2O
Mikrotiterplatene inkuberes med de individuelle kloner natten over ved 37°C og oppbevares deretter ved -70°C. The microtiter plates are incubated with the individual clones overnight at 37°C and then stored at -70°C.
b) Hybridiseringsprobe b) Hybridization probe
Det rekombinante plasmid pER33 (E. Dworkin-Rastl et al., The recombinant plasmid pER33 (E. Dworkin-Rastl et al.,
Gene 21, 237 - 248 (1983)) tjener som utgangsmateriale for hybridiseringsproben. Dette plasmid inneholder det kodende område for det ferdige interferon IFN-0(2arg pluss 190 baser av det 3'-ikke-translaterte område. 20 ug pER33 inkuberes med 30 enheter Hindlll restriksjonsendonuklease i 200 \ il reaksjons-løsning (10 rtiM Tris-HCl, pH 7,5, 10 mM MgCl2, 1 mM ditiotreitol (DTT), 50 mM NaCl) 1 time ved 37°C. Reaksjonen avsluttes ved tilsetning av 1/25 volum 0,5 M etylendinitrotetraeddiksyre (EDTA) og oppvarmning til 70°C i 10 minutter. Etter tilsetning av 1/4 volum 5 x buffer (80% glycerol, 40 mM tris-eddiksyre pH = 7,8, 50 mM EDTA, 0,05% natriumdodecylsulfat (SDS), 0,1% bromfenylblått) adskilles de dannede fragmenter elektroforetisk etter størrelse i en 1 % agarosegel (gel- og vandringsbuffer Gene 21, 237-248 (1983)) serves as starting material for the hybridization probe. This plasmid contains the coding region for the finished interferon IFN-0(2arg plus 190 bases of the 3'-untranslated region. 20 µg of pER33 is incubated with 30 units of HindIII restriction endonuclease in 200 µl of reaction solution (10 rtiM Tris-HCl , pH 7.5, 10 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol (DTT), 50 mM NaCl) for 1 hour at 37° C. The reaction is terminated by adding 1/25 volume of 0.5 M ethylenedinitrotetraacetic acid (EDTA) and heating to 70° C for 10 min. After addition of 1/4 volume 5x buffer (80% glycerol, 40 mM tris-acetic acid pH = 7.8, 50 mM EDTA, 0.05% sodium dodecyl sulfate (SDS), 0.1% bromophenyl blue) the formed fragments are separated electrophoretically according to size in a 1% agarose gel (gel and migration buffer
(TBE): 10,8 g/l trishydroksymetylaminometan (TrisBase), 5,5 g/l borsyre, 0,9 3 g/l EDTA). Etter inkubering av gelen i en 0,5 ug/ml etidiumbromidløsning synliggjøres DNA-båndene i UV-lys, og det gelområde som inneholder det IFN-gen-holdige DNA-stykket (ca. 800 bp lang) skjæres ut. Ved å legge på en spen-ning elektroelueres DNA'et i 1/10 x TBE-buffer. DNA-løsningen ekstraheres én gang med fenol og fire ganger med eter, og DNA'et utfelles ved tilsetning av 1/10 volum 3M natriumacetat (NaAc) (TBE): 10.8 g/l trishydroxymethylaminomethane (TrisBase), 5.5 g/l boric acid, 0.9 3 g/l EDTA). After incubation of the gel in a 0.5 ug/ml ethidium bromide solution, the DNA bands are visualized in UV light, and the gel area containing the IFN gene-containing piece of DNA (approx. 800 bp long) is excised. By applying a voltage, the DNA is electroeluted in 1/10 x TBE buffer. The DNA solution is extracted once with phenol and four times with ether, and the DNA is precipitated by adding 1/10 volume of 3M sodium acetate (NaAc)
pH = 5,8 og 2,5 volumer EtOH fra den vandige løsning ved -20°C. Etter frasentrifugering vaskes DNA'et én gang med 70% etanol pH = 5.8 and 2.5 volumes of EtOH from the aqueous solution at -20°C. After centrifugation, the DNA is washed once with 70% ethanol
og tørkes 5 minutter i vakuum. DNA'et tas opp i 50 (il vann (ca. 50ug/ul). Dette DNA merkes radioaktivt ved nick-translasjon (modifisert ifølge T. Maniatis et al., MOlecular Cloning, ed. CSH). 50ul inkubasjonsløsning inneholder: 50 mM Tris pH = 7,8, 5 mM MgCl2, 10 mM merkaptoetanol, 100 ng innsats-DNA av pER33, 16 pg DNasel, 25 uMol dATP, 25 uMol dGTP, 25 uMOl dTTP, 20 uCicX 32P-dCTP O3000 Ci/mMol) samt 3 enheter DNA-polymerase I (E. coli). Inkuberingen fant sted ved 14°C i 45 minutter. Reaksjonen avsluttes ved tilsetning av 1 volum 50 mM EDTA; and dried for 5 minutes in a vacuum. The DNA is taken up in 50 µl of water (approx. 50ug/µl). This DNA is radioactively labeled by nick translation (modified according to T. Maniatis et al., Molecular Cloning, ed. CSH). 50 µl incubation solution contains: 50 mM Tris pH = 7.8, 5 mM MgCl2, 10 mM mercaptoethanol, 100 ng insert DNA of pER33, 16 pg DNasel, 25 uMol dATP, 25 uMol dGTP, 25 uMol dTTP, 20 uCicX 32P-dCTP O3000 Ci/mMol) as well as 3 units of DNA polymerase I (E. coli). Incubation took place at 14°C for 45 minutes. The reaction is terminated by the addition of 1 volume of 50 mM EDTA;
2% SDS, 10 mM Tris pH = 7,6-løsning og oppvarmning til 70°C 2% SDS, 10 mM Tris pH = 7.6 solution and heating to 70°C
i 10 minutter. DNA'et adskilles ved kromatografi gjennom Sephadex G-100 i TE-buffer (10 mM Tris pH = 8,0, 1 mM EDTA) fra ikke innebygget radioaktivitet. Den radioaktivt markerte probe har en spesifikk aktivitet på ca. 4 x 10' cpm/ng. for 10 minutes. The DNA is separated by chromatography through Sephadex G-100 in TE buffer (10 mM Tris pH = 8.0, 1 mM EDTA) from non-incorporated radioactivity. The radioactively labeled probe has a specific activity of approx. 4 x 10' cpm/ng.
c) Utplukking av klonene méd IFN-gen-innhold c) Selection of the clones with IFN gene content
Bakteriekulturen som var frosset inn i mikrotiterplater The bacterial culture that was frozen into microtiter plates
tines opp (a). Ett stykke nitrocellulosefilter av tilsvarende størrelse (Schleicher og Schiill, BA 85, 0,45 um porestørrelse) legges på LB-agar (LB-agar: 10 g/l Trypton, 5 g/l gjær-ekstrakt, 5 g/l NaCl, 15 g/l Bacto-agar, 20 mg/l Tetracyklin-HCl. Med et stempel tilpasset mikrotiterplatene overføres de enkelte kloner til nitrocellulosefilteret. Bakteriene vokser natten over ved 37°C til kolonier med ca. 5 mm diameter. For å ødelegge bakteriene og denaturere DNA'et legges nitrocellulosefiltrene 1 rekkefølge på en stabel med Whatman 3MM filteret gjennomtruk-ket med følgende løsninger: 1) 8 minutter på 0,5 M NaOH, 2) thawed (a). One piece of nitrocellulose filter of similar size (Schleicher and Schiill, BA 85, 0.45 µm pore size) is placed on LB agar (LB agar: 10 g/l Tryptone, 5 g/l yeast extract, 5 g/l NaCl, 15 g/l Bacto-agar, 20 mg/l Tetracycline-HCl. With a stamp adapted to the microtitre plates, the individual clones are transferred to the nitrocellulose filter. The bacteria grow overnight at 37°C to colonies with a diameter of about 5 mm. To destroy the bacteria and to denature the DNA, the nitrocellulose filters are placed 1 order on a stack with the Whatman 3MM filter permeated with the following solutions: 1) 8 minutes in 0.5 M NaOH, 2)
2 minutter 1 M Tris pH = 7,4, 3) 2 minutter 1 M Tris pH = 7,4 2 minutes 1 M Tris pH = 7.4, 3) 2 minutes 1 M Tris pH = 7.4
og 4) 4 minutter 1,5 M NaCl, 0,5 M Tris pH = 7,4. Filtrene and 4) 4 min 1.5 M NaCl, 0.5 M Tris pH = 7.4. The filters
lufttørkes og holdes så 2 timer på 80°C. Forbehandlingen av filteret fant sted 4 timer ved 65°C i hybridiseringsløsningen bestående av 6 x SSC (1 x SSC tilsvarer 0,15 M NaCl; 0,015 M trinatriumsitrat; pH = 7,0), 5 x Denhardt<1>s løsning (1 x Denhardfs løsning tilsvarer 0,02% PVP (polyvinylpyrrolidon); 0,02% Ficoll (MG: 40 000 D); 0,02% BSM (Bovin serumalbumin) air-dried and then kept for 2 hours at 80°C. The pretreatment of the filter took place for 4 hours at 65°C in the hybridization solution consisting of 6 x SSC (1 x SSC corresponds to 0.15 M NaCl; 0.015 M trisodium citrate; pH = 7.0), 5 x Denhardt<1>'s solution (1 x Denhardf's solution corresponds to 0.02% PVP (polyvinylpyrrolidone); 0.02% Ficoll (MG: 40,000 D); 0.02% BSM (Bovine serum albumin)
og 0,1% SDS (natriumdodecylsulfat). Ca. 1 x 10 cpm pr. filter av den i b) fremstilte probe denatureres ved koking og settes til hybridiseringsløsningen. Hybridisering finner sted i 16 timer ved 65°C. Vaskingen av filteret finner sted ved 65°C 4 x 1 time med 3 x SSC/0,1% SDS. Filterne lufttørkes, dekkes med Såran Wrap og eksponeres på Kodaks X-OmatS-film. and 0.1% SDS (sodium dodecyl sulfate). About. 1 x 10 cpm per filter of the probe produced in b) is denatured by boiling and added to the hybridization solution. Hybridization takes place for 16 hours at 65°C. The washing of the filter takes place at 65°C 4 x 1 hour with 3 x SSC/0.1% SDS. The filters are air-dried, covered with Såran Wrap and exposed on Kodak's X-OmatS film.
EKSEMPEL 2 EXAMPLE 2
Southern Transfer for bekreftelse av IFN- gen- holdige rekombinante plasmider Southern Transfer for confirmation of IFN gene-containing recombinant plasmids
Fra koloniene som reagerer positivt eller mistenkes for From the colonies that react positively or are suspected
å reagere positivt dyrkes 5 ml kulturer i L-medium (10 g/l Trypton, 5 g/l gjærekstrakt, 5 g/l NaCl, 20 mg/l tetracyklin x HCl) natten over ved 37°C. Plasmid-DNA'et behandles ifølge Birnboim og Doly (Nucl. Acid Res. 7, 1513, (1979)) og isoleres. Cellene fra 1,5 ml suspensjon sentrifugeres fra (Eppendorf-sentrifuge) og oppslemmes på nytt ved 0°C i 100 ul lysozym-løsning bestående av 50 mM glukose, 10 mM EDTA, 25 mM Tris- to react positively, 5 ml cultures are grown in L medium (10 g/l Tryptone, 5 g/l yeast extract, 5 g/l NaCl, 20 mg/l tetracycline x HCl) overnight at 37°C. The plasmid DNA is treated according to Birnboim and Doly (Nucl. Acid Res. 7, 1513, (1979)) and isolated. The cells from 1.5 ml suspension are centrifuged (Eppendorf centrifuge) and resuspended at 0°C in 100 μl lysozyme solution consisting of 50 mM glucose, 10 mM EDTA, 25 mM Tris-
HCl pH = 8,0 og 4 mg/ml lysozym. Etter 5 minutters inkubering ved romtemperatur tilsettes 2 volumdeler iskald 0,2 M NaOH, HCl pH = 8.0 and 4 mg/ml lysozyme. After 5 minutes of incubation at room temperature, 2 volumes of ice-cold 0.2 M NaOH are added,
1% SDS-løsning og inkuberes ytterligere 5 minutter. Så tilsettes 150 ul iskald natriumacetatløsning pH = 4,8 og inkuberes 5 minutter. De utfelte cellebestanddeler sentrifugeres fra. DNA-løsningen ekstraheres med 1 volumdel fenol/CHCl^ (1:1) 1% SDS solution and incubated for a further 5 minutes. Then 150 ul of ice-cold sodium acetate solution pH = 4.8 is added and incubated for 5 minutes. The precipitated cell components are centrifuged. The DNA solution is extracted with 1 part by volume of phenol/CHCl^ (1:1)
og DNA'et utfelles ved tilsetnina av 2 volumdeler etanol. Etter fra sentr i fuger ingen vaskes pelleten én gang med 70%.- etanol og tørkes 5 minutter i vakuum. DNA'et oppløses i 50 ul (TE)-buffer. 10 ul av dette spaltes i 50 ul reaksjonsløsning (10 mM Tris-HCl pH = 7,5, 10 mM MgCl2, 50 mM NaCl, 1 mM DTT) med 10 enheter Pstl-restriksjonsendonuklease i 1 time ved 37°C. Etter tilsetning av 1/25 volumdeler 0,5 M EDTA samt 1/4 volumdeler and the DNA is precipitated by the addition of 2 volumes of ethanol. After no joints, the pellet is washed once with 70% ethanol and dried for 5 minutes in a vacuum. The DNA is dissolved in 50 µl (TE) buffer. 10 µl of this is cleaved in 50 µl reaction solution (10 mM Tris-HCl pH = 7.5, 10 mM MgCl2, 50 mM NaCl, 1 mM DTT) with 10 units of Pstl restriction endonuclease for 1 hour at 37°C. After adding 1/25 parts by volume of 0.5 M EDTA and 1/4 parts by volume
5 x buffer (se eksempel 1b)) oppvarmes 10 minutter ved 70°C, 5 x buffer (see example 1b)) is heated for 10 minutes at 70°C,
og DNA'et adskilles deretter elektroforetisk i en 1% agarosegel and the DNA is then electrophoretically separated in a 1% agarose gel
(TBE-buffer). DNA'et i agarose-gelen overføres på et nitro-cellulosef ilter etter metoden til Southern (E.M. Southern, (TBE buffer). The DNA in the agarose gel is transferred onto a nitro-cellulose filter according to the method of Southern (E.M. Southern,
J. Mol. Biol. 98, 503 - 517 (197 5)). DNA'et i gelen denatureres ved én times inkubasjon av gelen med en 1,5 M NaCl/0,5 M NaOH løsning. Deretter nøytraliseres 1 time med en 1 M Tris J. Mol. Biol. 98, 503-517 (1975)). The DNA in the gel is denatured by incubating the gel for one hour with a 1.5 M NaCl/0.5 M NaOH solution. It is then neutralized for 1 hour with a 1 M Tris
x HC1 pH = 8/1,5 M NaCl-løsning. DNA'et overføres med 10 x SSC (1,5 M NaCl, 0,15 M natriumsitrat, pH = 7,0) på nitrocel-lulosef ilteret . Etter avsluttet overføring (ca. 16 timer) skylles filteret kort i 6 x SSC-buffer, lufttørkes så og varmes så 2 timer ved 80°C. Filteret forbehandles 4 timer med en 6 x SSC/5 x Denhardfs løsning/0,1% SDS (se eksempel 1c) ved 65°o C. Ca. 2 x 10 6 cpm av hybridiseringsproben (se eksempel lb) denatureres ved oppvarmning til 100°C og innføres så i hybridiseringsløsningen. Hybridiseringens varighet er 16 timer ved 65°C. Deretter vaskes filteret 4 x 1 time ved 65°C med en 3 x SSC/0,1% SDS-løsning. Etter lufttørking dekkes filteret med Såran Wrap og eksponeres på Kodak X-OmatS-film. x HC1 pH = 8/1.5 M NaCl solution. The DNA is transferred with 10 x SSC (1.5 M NaCl, 0.15 M sodium citrate, pH = 7.0) onto the nitrocellulose filter. After the end of the transfer (approx. 16 hours), the filter is rinsed briefly in 6 x SSC buffer, then air-dried and then heated for 2 hours at 80°C. The filter is pretreated for 4 hours with a 6 x SSC/5 x Denhardfs solution/0.1% SDS (see example 1c) at 65°o C. Approx. 2 x 10 6 cpm of the hybridization probe (see example 1b) is denatured by heating to 100°C and then introduced into the hybridization solution. The duration of the hybridization is 16 hours at 65°C. The filter is then washed 4 x 1 hour at 65°C with a 3 x SSC/0.1% SDS solution. After air drying, the filter is covered with Såran Wrap and exposed on Kodak X-OmatS film.
EKSEMPEL 3 EXAMPLE 3
Påvisning av interferonaktivitet i klon E76E9 Detection of interferon activity in clone E76E9
En 100 ml kultur av klonet E76E9 dyrkes i L-medium (10 g/l Trypton, 5 g/l gjærekstrakt, 5 g/l NaCl, 5 g/l glukose, 20 mg tetracyklin x HC1 pr. 1) ved 37°C inntil optisk tetthet Ag00 = 0,8. Bakteriene sentrifugeres fra 10 minutter ved 7000 opm, vaskes én gang med 50 mM Tris x HC1 pH = 8,0, 30 mM NaCl-løsning og oppslemmes i 1,5 ml vaskeløsning. Etter inkubasjon med 1 mg/ml lysozym ved 0°C i en halv time, fryses og tines bakte-riesuspensjonen fem ganger. Cellerestene sentrifugeres fra ved 40 000 opm i én time. Supernatantens sterilfiltreres og undersøkes med hensyn til interferonaktivitet. Som undersøkelse anvender man plaque-reduksjonsundersøkelsen m©6 V3-celler og Vesiculær stomatitt-virus (G.R. Adolf et al., Arch. Virol. A 100 ml culture of clone E76E9 is grown in L medium (10 g/l Tryptone, 5 g/l yeast extract, 5 g/l NaCl, 5 g/l glucose, 20 mg tetracycline x HC1 per 1) at 37°C up to optical density Ag00 = 0.8. The bacteria are centrifuged from 10 minutes at 7000 rpm, washed once with 50 mM Tris x HC1 pH = 8.0, 30 mM NaCl solution and suspended in 1.5 ml of washing solution. After incubation with 1 mg/ml lysozyme at 0°C for half an hour, the bacterial suspension is frozen and thawed five times. The cell remains are centrifuged at 40,000 rpm for one hour. The supernatant is sterile filtered and examined for interferon activity. As a test, the plaque reduction test with ©6 V3 cells and Vesicular stomatitis virus is used (G.R. Adolf et al., Arch. Virol.
72, 169 - 178 (1982)). Overraskende produserer klonet opptil 9 000 IU interferon pr. liter utgangskultur. 72, 169-178 (1982)). Surprisingly, the clone produces up to 9,000 IU of interferon per liters of starting culture.
EKSEMPEL 4 EXAMPLE 4
Genomisk Southern Blot for bestemmelse av antall gener som Genomic Southern Blot for determination of the number of genes that
er tilordnet de nye sekvenser is assigned to the new sequences
a) Isolering av DNA'et fra Namalwa-celler a) Isolation of the DNA from Namalwa cells
400 ml av en Namalwa-cellekultur sentrifugeres ved 1000 400 ml of a Namalwa cell culture is centrifuged at 1000
opm i en JA21-sentrifuge for å pelletere cellene. De erholdte pelletene vaskes forsiktig, idet disse gjenoppslemmes i NP40-buffer (NP40-buffer: 140 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM Tris/Cl pH = 7,4) og pelleteres på nytt ved 1000 opm. De erholdte klumper oppslemmes på nytt i 20 ml NP40-buffer og blandes med 1 ml av en 10% NP40-løsning for å ødelegge celleveggene. rpm in a JA21 centrifuge to pellet the cells. The obtained pellets are carefully washed, resuspended in NP40 buffer (NP40 buffer: 140 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM Tris/Cl pH = 7.4) and pelleted again at 1000 rpm. The obtained clumps are resuspended in 20 ml of NP40 buffer and mixed with 1 ml of a 10% NP40 solution to destroy the cell walls.
Etter 5 minutters henstand i et isbad, pelleteres de intakte cellekjerner ved sentrifugering ved 1000 opm, og supernatanten kastes. Cellekjernene oppslemmes på nytt i 10 ml av en løs-ning bestående av 40 mM Tris/HCl pH = 8,0, 10 mM EDTA og 200 mM NaCl, oppslemmes på nytt og blandes så med 20 ml 20% SDS for å fjerne proteinene. Den dannene viskøse løsning ekstraheres 2 ganger med samme mengde fenol (mettet med 10 mM Tris/HCl pH = 8,0) og to ganger med kloroform. DNA<*>et utfelles ved tilsetning av etanol, skilles fra ved sentrifugering, deretter vaskes den erholdte DNA-klumpen én gang med 70% etanol, tørkes 5 minutter i vakuum og oppløses i 6 ml TE-buffer (TE-buffer: 10 mM Tris/Cl pH = 8,0, 1 mM EDTA). Konsentrasjonen av DNA er 0,8 mg/ml. After standing for 5 minutes in an ice bath, the intact cell nuclei are pelleted by centrifugation at 1000 rpm, and the supernatant is discarded. The cell nuclei are resuspended in 10 ml of a solution consisting of 40 mM Tris/HCl pH = 8.0, 10 mM EDTA and 200 mM NaCl, resuspended and then mixed with 20 ml of 20% SDS to remove the proteins. The resulting viscous solution is extracted twice with the same amount of phenol (saturated with 10 mM Tris/HCl pH = 8.0) and twice with chloroform. The DNA<*> is precipitated by the addition of ethanol, separated by centrifugation, then the obtained DNA clump is washed once with 70% ethanol, dried for 5 minutes in vacuum and dissolved in 6 ml of TE buffer (TE buffer: 10 mM Tris/Cl pH = 8.0, 1 mM EDTA). The concentration of DNA is 0.8 mg/ml.
b) Restriksjonsendonuklease-spaltning av DNA'et fra Namalwa-celler b) Restriction endonuclease cleavage of the DNA from Namalwa cells
Restriksjonsendonuklease-spaltningen utføres alltid ifølge betingelsene som er angitt av produsenten. The restriction endonuclease cleavage is always performed according to the conditions specified by the manufacturer.
1 ug DNA spaltes 1 time med 2 enheter av den egnede restriksjonsendonuklease i et volum på 10 ul ved 37°C i 2 timer eller lenger. EcoRI, Hindlll, BamHI, SphI, Pstl og Clal anvendes som restriksjonsendonukleaser. 20 ug DNA anvendes ved hver spaltning. For å kontrollere fullstendigheten av spaltningen adskilles alltid ved starten av reaksjonen 10 ul (alikvote deler) og blandes med 0,4 ug lambda fag-DNA. Etter 2 timers inkubasjon kontrolleres disse alikvote deler ved hjelp av aga-rosegelelektroforese og fullstendigheten av spaltningen bedøm-mes ved hjelp av et mønster av fargede lambda-fag-DNA-fragmenter. 1 µg of DNA is digested for 1 hour with 2 units of the appropriate restriction endonuclease in a volume of 10 µl at 37°C for 2 hours or longer. EcoRI, HindIII, BamHI, SphI, PstI and ClaI are used as restriction endonucleases. 20 µg of DNA is used for each cleavage. To check the completeness of the cleavage, always separate at the start of the reaction 10 µl (aliquots) and mix with 0.4 µg of lambda phage DNA. After 2 hours of incubation, these aliquots are checked by means of agarose gel electrophoresis and the completeness of cleavage is assessed by means of a pattern of colored lambda phage DNA fragments.
Etter gjennomføring av disse kontroller stoppes reaksjonene ved tilsetning av EDTA inntil en sluttkonsentrasjon på 20 mM og 10 minutters opvarming av løsningen ved 70°C. DNA'et felles ved tilsetning av 0,3 M NaAc pH = 5,6 og 2,5 volumdeler etanol. Etter 30 minutters inkubasjon ved -70°C, pelleteres DNA'et i en Eppendorf -sentrifuge,vaskes én gang med 70% etanol og tørkes. Det erholdte DNA tas opp i 30 /xl TE-buffer. After carrying out these checks, the reactions are stopped by adding EDTA up to a final concentration of 20 mM and heating the solution at 70°C for 10 minutes. The DNA is separated by adding 0.3 M NaAc pH = 5.6 and 2.5 parts by volume of ethanol. After 30 minutes of incubation at -70°C, the DNA is pelleted in an Eppendorf centrifuge, washed once with 70% ethanol and dried. The DNA obtained is taken up in 30 µl TE buffer.
c) Gel-elektroforese og Southern overføring c) Gel electrophoresis and Southern transfer
De spaltede DNA-prober fraksjoneres etter størrelse i The cleaved DNA probes are fractionated according to size i
en 0,8% agarosegel i TBE-buffer (10,8 g/l Tris-base, 5,5 g/l borsyre, 0,93 g/l EDTA). For dette blandes 15 ul av DNA-proben med 4 ul belastningsbuf f er 0,02% SDS, 5 x TBE-buffer , 50 mM EDTA, 50% glycerol, 0,1% bromfenolblått), oppvarmes kort til 70°C og settes i gelene i de foreliggende trau. Lambda-DNA, som er avskåret med EcoRI og Hindlll settes i et tilsvarende trau og tjener til merking for størrelsen av DNA'et. Gelelektroforesen utføres 24 timer ved ca. 1 V/cm. Deretter bringes DNA'et ifølge Southerns metode på et nitrocellulosefilter (Schleicher og Schuell, BA85), og herunder anvendes som overføringsbuffer 10 x SSC (1 x SSC: 150 mM trinatriumsitrat, 15 mM NaCl, pH = 7,0). Etter tørking av filteret ved romtemperatur, oppvarmes dette 2 timer ved 80°C for å binde DNA'et til dette. a 0.8% agarose gel in TBE buffer (10.8 g/l Tris base, 5.5 g/l boric acid, 0.93 g/l EDTA). For this, 15 ul of the DNA probe is mixed with 4 ul of loading buffer (0.02% SDS, 5 x TBE buffer, 50 mM EDTA, 50% glycerol, 0.1% bromophenol blue), briefly heated to 70°C and placed in the gels in the present troughs. Lambda DNA, which is cut off with EcoRI and HindIII, is placed in a corresponding trough and serves to mark the size of the DNA. The gel electrophoresis is carried out for 24 hours at approx. 1 V/cm. Then, according to Southern's method, the DNA is placed on a nitrocellulose filter (Schleicher and Schuell, BA85), and 10 x SSC (1 x SSC: 150 mM trisodium citrate, 15 mM NaCl, pH = 7.0) is used as a transfer buffer. After drying the filter at room temperature, it is heated for 2 hours at 80°C to bind the DNA to it.
d) Hybridiseringsprobe d) Hybridization probe
20 ug av plasmidet P9A2 avskjæres med Avall, hvorunder 20 µg of the plasmid P9A2 is cut off with Avall, under which
et ca. 1100 bp langt fragment frigjøres, som inneholder hele cDNA-innsatsen. Dette DNA-stykket kappes på nytt med Sau3A an approx. 1100 bp long fragment is released, which contains the entire cDNA insert. This piece of DNA is recut with Sau3A
og Alul og det største DNA-stykket etter agarose-gel-elektroforese (se fig. 5b) isoleres ved hjelp av elektroeluering og elutip-søylekromatografi. Det således erholdte DNA (1,5 ug) oppløses i 15 (il vann. and Alul and the largest piece of DNA after agarose gel electrophoresis (see Fig. 5b) is isolated by electroelution and elutip column chromatography. The DNA thus obtained (1.5 µg) is dissolved in 15 µl of water.
20 ug av plasmidet pER33 kappes med Hindlll, hvorunder dette ekspresjonsplasmidet for IFN-ofé-Arg (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237 - 248 (1983)) kappes to ganger. Det mindre DNA-f ragment inneholder genet for interf eron-0C2-Ai;g og 20 µg of the plasmid pER33 is cleaved with HindIII, during which this expression plasmid for IFN-ofé-Arg (E. Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-248 (1983)) is cleaved twice. The smaller DNA fragment contains the gene for interferon-0C2-Ai;g and
isoleres på samme måte som ved plasmidet P9A2. is isolated in the same way as for the plasmid P9A2.
Begge DNA'er nick-translateres ifølge metoden som er foreslått av P.W.J. Rigby et al. (J. Mol. Biol. 113, 237 - Both DNAs are nick-translated according to the method proposed by P.W.J. Rigby et al. (J. Mol. Biol. 113, 237 -
251 (1977)). Nick-translasjonen utføres med 0,2 ug DNA i en løsning av 50 ul bestående av 1 x Nick-buffer (1 x Nick-buffer: 50 mM Tris/Cl pH = 7,2, 10 mM MgS04, 0,1 mM DTT, 50 ug/ml BSA), hver 100 JiMOl dATP, dGTP og dTTP, 150 uCi d-32P-dCTP 251 (1977)). The Nick translation is performed with 0.2 µg DNA in a solution of 50 µl consisting of 1 x Nick buffer (1 x Nick buffer: 50 mM Tris/Cl pH = 7.2, 10 mM MgSO 4 , 0.1 mM DTT , 50 ug/ml BSA), each 100 JiMOl dATP, dGTP and dTTP, 150 uCi d-32P-dCTP
3 000 Ci/mMol) og 5 enheter DNA-polymerase I 3,000 Ci/mMol) and 5 units of DNA polymerase I
( Nick-translasjonskvalitet). Etter 2 timer ved 14°C avbrytes reaksjonen ved tilsetning av den samme mengde av en EDTA-løsning (40 mMol) og det ikke omsatte radioaktive materiale skilles fra ved hjelp av G50-søylekromatografi i TE-buffer. Den gjenværende spesifikke radioaktivitet er ca. 100 x 10 cpm/ug DNA: ( Nick translation quality). After 2 hours at 14°C, the reaction is stopped by adding the same amount of an EDTA solution (40 mmol) and the unreacted radioactive material is separated by means of G50 column chromatography in TE buffer. The remaining specific radioactivity is approx. 100 x 10 cpm/ug DNA:
e) Hybridisering og autoradiografi e) Hybridization and autoradiography
Cellulosefilteret skjæres i to halvdeler. Hver halvdel The cellulose filter is cut into two halves. Each half
inneholder en identisk sats av spor med Namalwa-DNA som er behandlet med restriksjonsenzymet som er omtalt i eksempel 4a. Filteret forhybridiseres i en løsning inneholdende 6 x SSC, 5 x Denhardfs (1 x Denhardt' s: 0,02% storfeserum-albumin (BSA), 0,02% polyvinylpyrrolidon (PVP), 0,02% Ficoll 400), 0,5% SDS; 0,1 mg/ml denaturert kalvetymus-DNA og 10 mM EDTA 2 timer ved 65°C. Hybridiseringen utføres i en løsning inneholdende 6 x SSC, 5 x Denhardfs, 10 mM EDTA; 0,5% SDS contains an identical set of tracks with Namalwa DNA treated with the restriction enzyme discussed in Example 4a. The filter is prehybridized in a solution containing 6 x SSC, 5 x Denhardt's (1 x Denhardt's: 0.02% bovine serum albumin (BSA), 0.02% polyvinylpyrrolidone (PVP), 0.02% Ficoll 400), 0, 5% SDS; 0.1 mg/ml denatured calf thymus DNA and 10 mM EDTA for 2 hours at 65°C. The hybridization is carried out in a solution containing 6 x SSC, 5 x Denhardfs, 10 mM EDTA; 0.5% SDS
og ca. 10 x 106 cpm nick-translatert DNA i 16 timer ved 65°C. Den ene halvdelen av filteret hybridiseres med interferon- 2-Arg-DNA og den andre halvdelen med interferon-DNA som ble isolert fra plasmidet P9A2. Etter hybridisering vaskes begge filtrene ved romtemperatur 4 ganger med en løsning bestående av 2 x SSC og 0,1% SDS og deretter to ganger ved 65°C i 45 minutter med en løsning bestående av 0,2 x SSC og 0,01% SDS. Deretter tørkes filtrene og en Kodak X-OmatS-film eksponeres. and approx. 10 x 106 cpm nick-translated DNA for 16 hours at 65°C. One half of the filter is hybridized with interferon-2-Arg DNA and the other half with interferon DNA that was isolated from the plasmid P9A2. After hybridization, both filters are washed at room temperature 4 times with a solution consisting of 2 x SSC and 0.1% SDS and then twice at 65°C for 45 minutes with a solution consisting of 0.2 x SSC and 0.01% SDS . The filters are then dried and a Kodak X-OmatS film is exposed.
EKSEMPEL 5 EXAMPLE 5
Fremstilling av ekspresjonsplasmidene pRHW 12 og pRHW 11 Preparation of the expression plasmids pRHW 12 and pRHW 11
Forbemerkning: Preliminary remark:
Fremstillingen av ekspresjonsplasmidene vises _L fig. The preparation of the expression plasmids is shown _L fig.
6 (ikke målestokktro), videre utføres alle restriksjonsenzym- 6 (not true to scale), further all restriction enzyme-
spaltninger ifølge enzymfremstillerens forskrifter. cleavages according to the enzyme manufacturer's instructions.
<a>) Fremstillin<g> av plasmidet pRHW 10 <a>) Preparation<g> of the plasmid pRHW 10
100 ug av plasmidet P9A2 spaltes med 100 enheter av restr iks jonsendonukleasen Avall. Etter spaltningen inaktiveres enzymet ved oppvarming til 70°C, de erholdte fragmenter fraksjoneres på 1,4% agarosegel med TBE-buffer (TBE-buffer: 10.8 100 µg of the plasmid P9A2 is cleaved with 100 units of the restric ion endonuclease Avall. After cleavage, the enzyme is inactivated by heating to 70°C, the fragments obtained are fractionated on a 1.4% agarose gel with TBE buffer (TBE buffer: 10.8
g/l Tris-Base, 5,5g/l borsyre, 0,93 g/l EDTA) etter størrel-sen. Båndene som inneholder hele cDNA-innsatsen elektro- g/l Tris-Base, 5.5g/l boric acid, 0.93 g/l EDTA) according to size. The bands containing the entire cDNA insert electro-
elueres og renses på en elutip-søyle. Av de erholdte 20 iiq spaltes 6 /tg med restr iks jonsendonukleasen Sau3A (20 enheter i tilsammen 100 /il løsning) videre. Fragmentene adskiller man ved hjelp av 2% agarosegel i TBE-buffer. Etter farging med etidiumbromid (EtBr) elektroelueres det 189 bp lange DNA-stykket og renses som ovenfor beskrevet (= fragment b i fig-6). eluted and purified on an elutip column. Of the 20 µl obtained, 6 µl are further cleaved with the restric ion endonuclease Sau3A (20 units in a total of 100 µl solution). The fragments are separated using 2% agarose gel in TBE buffer. After staining with ethidium bromide (EtBr), the 189 bp DNA piece is electroeluted and purified as described above (= fragment b in fig-6).
For å knytte interferongenet til en promotor, et riboso-malt bindingssted og et startkodon, isoleres det tilsvarende DNA-stykke fra ekspresjonsplasmidet pER33 (E. Rastl-Dworkin To connect the interferon gene to a promoter, a ribosomal binding site and a start codon, the corresponding piece of DNA is isolated from the expression plasmid pER33 (E. Rastl-Dworkin
et al., Gene 21, 237 - 248 (1983)). I denne hensikt spaltes 50 ug pER33 med restriksjonsenzymet Ecol og PvuII to ganger og de erholdte fragmenter fraksjoneres etter størrelsen på et al., Gene 21, 237-248 (1983)). For this purpose, 50 µg of pER33 is cleaved with the restriction enzymes Ecol and PvuII twice and the fragments obtained are fractionated according to the size of
1,4% agarose-gel i TBE-buffer. 389 bp lange DNA-stykker som .inneholder Trp-promotor, det ribosomale bindingssted og startkodonet, elektroelueres og renses over en elutip-søyle. Det således erholdte fragment spaltes med Sau3A, og det ønskede 108 bp lange fragment får man ved hjelp av agarose-gel-elektroforese, elektroeluering og elutip-søylerensning i et utbytte på ca. 100 ng (= fragment c i fig. 6). 1.4% agarose gel in TBE buffer. 389 bp long DNA pieces containing the Trp promoter, the ribosomal binding site and the start codon are electroeluted and purified over an elutip column. The thus obtained fragment is cleaved with Sau3A, and the desired 108 bp long fragment is obtained by means of agarose gel electrophoresis, electroelution and elutip column purification in a yield of approx. 100 ng (= fragment c in Fig. 6).
20 ng av fragment b ligeres med 20 ng av fragment c i 20 ng of fragment b is ligated with 20 ng of fragment c i
et volum på 40 ul under anvendelse av 10 enheter T4-ligase i en løsning som inneholder 50 mM Tris/Cl pH = 7,5, 10 mM a volume of 40 µl using 10 units of T4 ligase in a solution containing 50 mM Tris/Cl pH = 7.5, 10 mM
MgCl2, 1 mM DTT og 1 mM ATP ved 14°C i 18 timer. Deretter ødelegges enzymet ved oppvarming til 70°C, og det erholdte DNA kappes med Hindlll i et tallvolum på 50ul. MgCl2, 1 mM DTT and 1 mM ATP at 14°C for 18 h. The enzyme is then destroyed by heating to 70°C, and the DNA obtained is cut with HindIII in a number volume of 50ul.
10 ug av ekspresjonsplasmid pER103 (E. Rastl-Dworkin 10 µg of expression plasmid pER103 (E. Rastl-Dworkin
et al., Gene 21, 237 - 248 (1983)) lineæriserer man med Hindlll i et totalvolum på 100 ul. Etter 2 timer ved 37°C tilsettes et volum 2 x fosfatasebuffer (20 mM Tris/Cl pH = 9,2, 0,2 mM et al., Gene 21, 237-248 (1983)) is linearized with HindIII in a total volume of 100 µl. After 2 hours at 37°C, a volume of 2 x phosphatase buffer (20 mM Tris/Cl pH = 9.2, 0.2 mM
EDTA) sammen med én enhet kalvetarmfosfatase (CIP). Etter EDTA) together with one unit of calf intestinal phosphatase (CIP). After
30 minutter ved 45°C tilsetter man en ytterligere enhet CIP After 30 minutes at 45°C, a further unit of CIP is added
og inkuberer igjen i 30 minutter. Det derved erholdte DNA renses ved 2 gangers fenolekstraksjon, en gang kloroformeks-traks jon og ved felling ved hjelp av tilsetning av 0,3 M natriumacetat (pH = 5,5) og 2,5 volumer etanol. Deretter defosforyleres for å forhindre deligeringen av bæreren ved neste ligeringstrinn. and incubate again for 30 minutes. The DNA thus obtained is purified by 2 times phenol extraction, once by chloroform extraction and by precipitation using the addition of 0.3 M sodium acetate (pH = 5.5) and 2.5 volumes of ethanol. It is then dephosphorylated to prevent the deligation of the carrier in the next ligation step.
100 ng av det lineære pER103 og de ligerte fragmenter 100 ng of the linear pER103 and the ligated fragments
b og c (etter HindiII-spaltningen) innføres en løsning på 100 ul som inneholder ligase-buffer og ligeres ved 14°C i 18 timer med T^-DNA-ligase. b and c (after the HindiII cleavage) a solution of 100 µl containing ligase buffer is introduced and ligated at 14°C for 18 hours with T^-DNA ligase.
200 ul kompetent E. coli HB 101 (E. Dworkin et al., Dev. Biol. 76, 435 - 448 (1980)) blandes med 20 ul ligeringsblanding og inkuberes 4 5 minutter på is. Deretter avsluttes DNA-opptaket med et varmesjokk på 2 minutter ved 42°C. Cellesuspensjonen inkuberes ytterligere 10 minutter på is og bringes til slutt på LB-agar som inneholder 50 mg/l ampicillin. Plasmidene som foreligger i de 24 erholdte kolonier isoleres etter metoden til Birnboim og Doly (se Nucl. Acid Res. 7, 1513 - 1523 (1979)). Etter spaltningen med de forskjellige restriksjonsenzymer har et plasmid den ønskede struktur. Dette fikk betegnelsen pRHW 10 (se fig. 6 ) . 200 µl of competent E. coli HB 101 (E. Dworkin et al., Dev. Biol. 76, 435-448 (1980)) is mixed with 20 µl of ligation mixture and incubated for 45 minutes on ice. The DNA uptake is then terminated with a 2-minute heat shock at 42°C. The cell suspension is incubated for a further 10 minutes on ice and finally transferred to LB-agar containing 50 mg/l ampicillin. The plasmids present in the 24 colonies obtained are isolated according to the method of Birnboim and Doly (see Nucl. Acid Res. 7, 1513 - 1523 (1979)). After cleavage with the various restriction enzymes, a plasmid has the desired structure. This was named pRHW 10 (see fig. 6).
b) Fremstilling av plasmidet pRHW 12 b) Preparation of the plasmid pRHW 12
Ca. 10 ug av plasmidet pRHW 10 kappes med Barn HI. Deretter tilsettes Klenow-fragmentet av DNA-polymerase I og de fire deoksynukleosid-trifosfater og inkuberes 20 minutter ved romtemperatur. Plasmidet med rette ender som er lineærisert renses ved fenolekstraksjon og felling og kappes deretter med restriksjonsendonukleasen Ncol i et volum på 100 ul. Det største fragmentet isoleres ved hjelp av agarosegel-elektroforese, elektroeluering og elektrotip-rensing. Fragmentet a) (se fig. 6) får man ved spaltning av 4 ug AvaII-fragment, som inneholder P9A2-cDNA-innsatsen (se ovenfor) med Ncol og Alul, hvorunder man får ca. 2 (ag av fragment a). About. 10 µg of the plasmid pRHW 10 is cleaved with Barn HI. The Klenow fragment of DNA polymerase I and the four deoxynucleoside triphosphates are then added and incubated for 20 minutes at room temperature. The straight-ended plasmid that has been linearized is purified by phenol extraction and precipitation and then cut with the restriction endonuclease NcoI in a volume of 100 µl. The largest fragment is isolated using agarose gel electrophoresis, electroelution and electrotip purification. The fragment a) (see fig. 6) is obtained by cleavage of 4 µg of the AvaII fragment, which contains the P9A2 cDNA insert (see above) with NcoI and AlUl, whereby approx. 2 (ag of fragment a).
I det siste ligeringstrinn ligeres fragment a) og det tilsatte pRHW 10 som er spaltet to ganger med BamHI/NcoI i et volum på 10 ul, hvorunder det av hvert DNA anvendes 10 ng. Ligeringen av et utfylt BamHI-skjæringssted på et DNA kappet med Alul gir igjen et BamHI-skjæringssted. In the last ligation step, fragment a) and the added pRHW 10, which has been cleaved twice with BamHI/NcoI, are ligated in a volume of 10 ul, during which 10 ng of each DNA is used. The ligation of a filled-in BamHI cleavage site on a DNA capped with AluI again yields a BamHI cleavage site.
Den erholdte ligeringsblanding transformeres som ovenfor beskrevet med kompetente E. coli HB 101. Fra de erholdte 40 kolonier velger man ut én, og denne får betegnelsen pRHW 12. The obtained ligation mixture is transformed as described above with competent E. coli HB 101. From the 40 colonies obtained, one is selected, and this is designated pRHW 12.
Plasmidet isoleres og EcoRI/BamHI-innsatsen sekvenseres etter metoden til Sanger (F. Sanger et al., Proe. Nat. Acad. Sei. 74, 5463-5467 (1979)). Dette har den ventede sekvens. The plasmid is isolated and the EcoRI/BamHI insert is sequenced according to the method of Sanger (F. Sanger et al., Proe. Nat. Acad. Sei. 74, 5463-5467 (1979)). This has the expected sequence.
c) Fremstilling av plasmidet pRHW 11 c) Preparation of the plasmid pRHW 11
Denne finner sted analogt eksempel 5b. 1ug av plasmid This takes place analogously to example 5b. 1 µg of plasmid
pRHW 10 spaltes med BamHI. De overhengende (sticky) ender av det erholdte DNA gjøres stumpe ved hjelp av Klemow-fragmentet av DNA-polymerase I og de fire doeksynukleosidtrifosfater, og deretter kappes det lineæriserte DNA med Ncol. Det største fragmentet isoleres ved hjelp av agarosegel-elektroforese, elektroeluering eller elutip-søylekromatografi. pRHW 10 is digested with BamHI. The overhanging (sticky) ends of the obtained DNA are made blunt with the help of the Klemow fragment of DNA polymerase I and the four deoxynucleoside triphosphates, and then the linearized DNA is cut with Ncol. The largest fragment is isolated by agarose gel electrophoresis, electroelution or elutip column chromatography.
NcoI-AluI-fragmentet isolerer man fra klonet E76E9 analogt eksempel 5b. Deretter ligerer man 10 ng av vektordelen med 10 ng av cDNA-delen i et volum på 10 ul under egnede betingelser og under anvendelse av 1 enhet T^-ligase. Etter transformasjon av den erholdte DNA-blanding i E. coli HB 101 og seleksjon av de erholdte 45 kolonier på ampicillinholdig LB-plater utvelges et klon som får betegnelsen pRHW 11. Etter dyrking av det tilsvarende klon, isolerer man plasmid-DNA. Dettes struktur underbygges ved nærvær av flere spesifikke restriksjonsendonuklase-skjæringssteder (Alul, EcoRI, Hindlll, Ncol, Pstl). The NcoI-AluI fragment is isolated from clone E76E9 analogously to example 5b. 10 ng of the vector part is then ligated with 10 ng of the cDNA part in a volume of 10 ul under suitable conditions and using 1 unit of T^-ligase. After transformation of the obtained DNA mixture into E. coli HB 101 and selection of the obtained 45 colonies on ampicillin-containing LB plates, a clone is selected which is designated pRHW 11. After cultivation of the corresponding clone, plasmid DNA is isolated. This structure is supported by the presence of several specific restriction endonuclease cleavage sites (Alul, EcoRI, HindIII, Ncol, Pstl).
d) Ekspresjon av interferonaktivitet med E. coli HB 101 d) Expression of interferon activity with E. coli HB 101
som inneholder plasmidet pRHW 12 which contains the plasmid pRHW 12
100 ml av bakteriekulturen inkuberes inntil en optisk tetthet på 0,6 ved 600 nm i M9 minimal-medium, som inneholder alle aminosyrer unntatt tryptofan (20 ug/ml pr. aminosyre), 100 ml of the bacterial culture is incubated until an optical density of 0.6 at 600 nm in M9 minimal medium, which contains all amino acids except tryptophan (20 ug/ml per amino acid),
1 ug/ml tiamin, 0,2% glukose og 20 ug/ml indol-(3)-akrylsyre (IAA), induktoren til tryptofan-operonet. Så klumpes bakteriene ved sentrifugering (10 minutter ved 7000 opm), vaskes én gang med 50 mM Tris/Cl pH = 8, 30mM NaCl og oppslemmes til-slutt i 1,5 ml av den samme buffer. Etter 30 minutters inkubering med 1 mg/ml lysozym på is, fryses og tines bakteriene fem ganger. Celleresten fjerner man ved 1 times sentrifugering ved 40 000 opm. Supernatanten sterilfiltreres og prøves med hensyn til interferonaktivitet i plaque-reduksjonsmålingen under anvendelse av A549 celler fra mennesker og Encophalo-myocardit-virus. 1 µg/ml thiamine, 0.2% glucose and 20 µg/ml indole-(3)-acrylic acid (IAA), the inducer of the tryptophan operon. The bacteria are then clumped by centrifugation (10 minutes at 7000 rpm), washed once with 50 mM Tris/Cl pH = 8, 30 mM NaCl and finally resuspended in 1.5 ml of the same buffer. After 30 minutes of incubation with 1 mg/ml lysozyme on ice, the bacteria are frozen and thawed five times. The cell residue is removed by centrifugation for 1 hour at 40,000 rpm. The supernatant is sterile filtered and tested for interferon activity in the plaque reduction assay using human A549 cells and Encophalo myocarditis virus.
Resultat: 1 1 av den fremstilte bakteriekultur inneholder Result: 1 1 of the prepared bacterial culture contains
1 x 10<6> internasjonale enheter interferon (A. Bil-liau, Antiviral Res. 4, 75 - 98 (1984)). 1 x 10<6> international units interferon (A. Bil-liau, Antiviral Res. 4, 75-98 (1984)).
EKSEMPEL 6 EXAMPLE 6
SAMMENSTILLING AV FORSKJELLENE TIL AMINOSYRE- OG NUKLEOTID-SEKVENSER FRA TYPI- INTERFERONER COMPILATION OF AMINO ACID AND NUCLEOTIDE SEQUENCE DIFFERENCES FROM TYPI INTERFERONS
a) Sammenligning av aminosyresekvensene a) Comparison of the amino acid sequences
Den parvise sammenligning av aminosyresekvensene får The pairwise comparison of the amino acid sequences gives
man ved oppstilling av den første cystein-resten av det ferdige (/-interferon med den første cystein-resten til aminosyresekvensene som kodes gjennom cDNA-innsetningene i plasmidene P9A2 one by aligning the first cysteine residue of the finished (/-interferon with the first cysteine residue to the amino acid sequences encoded through the cDNA inserts in the plasmids P9A2
og E76E9. Begge sekvenser vises i fig. 7 som i IFN-omega, da man ikke kunne finne noen forskjeller mellom de spesifikke sekvenser for P9A2- eller E76E9-kloner ved de målte verdier. Den eneste utførte korrektur var en innføring av et tomrom and E76E9. Both sequences are shown in fig. 7 as in IFN-omega, as no differences could be found between the specific sequences for P9A2 or E76E9 clones at the measured values. The only correction made was the introduction of a blank space
ved posisjon 45 av interf eron- c( k, som ble talt feilsted. Når sekvensen til omega-interferonet er en partner, ble sammenligningen utført under hensyntagen til de øvrige 166 aminosyrer. Denne verdi vises i fig. 7 sammen med de ytterligere 6 aminosyrer som kodes gjennom klonene P9A2 og E76E9. De prosentvise forskjeller oppnås ved divisjon av de målte forskjeller med tallet 1,66. En ytterligere aminosyre utgjør således prosent-tallet 0,6. Det gir 3,6% for de seks ytterligere aminosyrer av IFN-omega, som allerede foreligger i prosentsatstallet. at position 45 of interferon-c(k), which was counted as the wrong site. When the sequence of the omega interferon is a partner, the comparison was carried out taking into account the other 166 amino acids. This value is shown in Fig. 7 together with the additional 6 amino acids which is encoded through the clones P9A2 and E76E9. The percentage differences are obtained by dividing the measured differences by the number 1.66. An additional amino acid thus makes the percentage 0.6. This gives 3.6% for the six additional amino acids of IFN- omega, which is already present in the percentage figure.
Sammenligningene med Æ-interferonet utførs ved opplisting av den tredje aminosyre til det ferdige /i-interf eron med den første aminosyre til det ferdige oC-interferon eller den første aminosyre som kodes gjennom plasmidene P9A2 og E76E9. Den lengste sammenligningsstruktur av et <X-interf eron med ^-interferon går således over 162 aminosyrer, hvilket gir to ytterligere aminosyrer for <<>*-interferonet og $-interferonet. Disse telles som feilsteder og vises adskilt i fig. 7, men inngår i prosentsatstallet. Opplistingen av co-inter f eronet med aminosyresekvensene til klonene P9A2 eller E76E9, utføres på samme måte. Dette gir imidlertid tilsammen 10 ytterligere aminosyrer. The comparisons with the Æ-interferon are performed by listing the third amino acid of the finished /i-interferon with the first amino acid of the finished oC-interferon or the first amino acid encoded by plasmids P9A2 and E76E9. The longest comparative structure of a <X-interferon with ^-interferon thus extends over 162 amino acids, which gives two additional amino acids for the <<>*-interferon and the $-interferon. These are counted as fault locations and are shown separately in fig. 7, but is included in the percentage rate figure. The listing of the co-interferon with the amino acid sequences of the clones P9A2 or E76E9 is carried out in the same way. However, this gives a total of 10 additional amino acids.
b) Sammenligning av nukleotid- sekvenser b) Comparison of nucleotide sequences
Opplistingen av sekvensene som skal sammenlignes foregår The listing of the sequences to be compared takes place
analogt eksempel 6a. Det første nukleotidet fra DNA'et til det ferdige a-interferon er det første nukleotidet til tripletten som koder for cystein i det ferdige a-interferon. Det første nukleotidet fra DNA'et til plasmidene P9A2 eller E76E9 analogous to example 6a. The first nucleotide from the DNA of the finished α-interferon is the first nucleotide of the triplet that codes for cysteine in the finished α-interferon. The first nucleotide from the DNA of plasmids P9A2 or E76E9
er likeledes det første nukleotidet til kodonet for cystein-1. Det første nukleotidet fra DNA'et til / 3- inter f eronet er det første nukleotidet til den tredje triplett. Sammenligningen skjer over tilsammen 498 nukleotider når de enkelte DNA'er av a-interferonene sammenlignes med DNA'et til /3-inter f eronet, og over 516 nukleotider når DNA-sekvensene til de enkelte a-interferoner eller /3-interferoner sammenlignes med sådanne for plasmidene P9A2 eller E76E9. Det absolutte tallet for feilsteder angis i venstre del av tabellen på fig. 7 og deretter i parenteser de tilsvarende prosentangivelser. is likewise the first nucleotide of the codon for cysteine-1. The first nucleotide from the DNA of the /3-interferon is the first nucleotide of the third triplet. The comparison takes place over a total of 498 nucleotides when the individual DNAs of the a-interferons are compared with the DNA of the /3-interferon, and over 516 nucleotides when the DNA sequences of the individual a-interferons or /3-interferons are compared with such for the plasmids P9A2 or E76E9. The absolute number for fault locations is indicated in the left part of the table in fig. 7 and then in brackets the corresponding percentages.
VIRUSINDUSERBAR EKSPRESJON AV OMEGA- 1- mRNA OG NC3 7- CELLER VIRUS-INDUCIBLE EXPRESSION OF OMEGA-1- mRNA AND NC3 7- CELLS
a) Syntese av en omega- interferon spesifikk hybridiseringsprobe a) Synthesis of an omega-interferon specific hybridization probe
10 pMOl av oligonukleotidet d(TGCAGGGCTGCTAA) blandes 10 pMOl of the oligonucleotide d(TGCAGGGCTGCTAA) are mixed
med 12 pMol gamma- 32-P-ATP (spesifikk aktivitet: > 5 000 Ci/mMol) og 10 enheter polynukleotid-kinase i et totalvolum på 10 ul with 12 pMol gamma-32-P-ATP (specific activity: > 5,000 Ci/mMol) and 10 units of polynucleotide kinase in a total volume of 10 ul
(70 mM Tris/Cl pH = 7,6, 10 mM MgCl2, 50 mM DTT) og får stå (70 mM Tris/Cl pH = 7.6, 10 mM MgCl2, 50 mM DTT) and allowed to stand
1 time ved 37°C. Deretter avbrytes omsetningen ved 10 minutters oppvarming ved 70°C. Det erholdte radioaktivt merkede oligonukleotidet hybridiseres med 5 pMol M13pRHW 12 ssDNA (se fig. 9) i et totalvolum på 35 ul (100 mM NaCl) ved 1 times henstand ved 50°C. 1 hour at 37°C. The reaction is then interrupted by heating for 10 minutes at 70°C. The radioactively labeled oligonucleotide obtained is hybridized with 5 pMol M13pRHW 12 ssDNA (see Fig. 9) in a total volume of 35 ul (100 mM NaCl) with a 1-hour standing time at 50°C.
Etter avkjøling til romtemperatur tilsettes nick-trans-las jonsbuffer, de fire deoksynukleosid-trifosfater og 10 enheter Klenow-polymerase til et totalvolum på 50ul (50 mM Tris/Cl pH = 7,2, 1<0> mM <MgCl>2, 5u ug/ml BSA; 1 mM pr. nukleotid). Polymeriseringen utføres ved 1 times henstand ved romtemperatur, deretter stoppes omsetningen ved 5 minutters oppvarming ved 70°C. After cooling to room temperature, nick-trans-lase ion buffer, the four deoxynucleoside triphosphates and 10 units of Klenow polymerase are added to a total volume of 50 µl (50 mM Tris/Cl pH = 7.2, 1<0> mM <MgCl>2, 5 µg/ml BSA; 1 mM per nucleotide). The polymerization is carried out with 1 hour's rest at room temperature, then the reaction is stopped by heating for 5 minutes at 70°C.
Ved omsetningen får man et delvis dobbeltkjedet sirku-lært DNA. Dette kappes deretter i et totalvolum på 500 ul The conversion results in a partially double-stranded circular DNA. This is then cut into a total volume of 500 ul
med 25 enheter Avall, hvorunder man anvender bufferen fremstil-leren har beskrevet. Herunder kappes de dobbeltkjedede områder til enhetlige størrelser. Så avbrytes omsetningen ved 5 minutters oppvarming ved 70°C. with 25 units Avall, under which the buffer described by the manufacturer is used. Below, the double-chained areas are cut to uniform sizes. The reaction is then interrupted by heating for 5 minutes at 70°C.
b) Fremstilling av RNA fra celler infisert med virus b) Production of RNA from cells infected with virus
100 x 10<6> celler (0,5 x 10<6>/ml) behandles 48-72 timer med 100 x 10<6> cells (0.5 x 10<6>/ml) are treated for 48-72 hours with
100 jiMol deksametason (16a-metyl-9a-fluor-A'-hydrocortison) - kontrollene inneholder ikke noe deksametason. For interferon-induksjon oppslemmes ekspresjonscellene i serumfritt medium i en konsentrasjon på 5 x 10<6>/ml og infiseres med 2<10> enheter/ml Sendai-virus. Alikvote deler av cellekultur-supernatantene prøves med hensyn til IFN-aktivitet ved plaque-reduksjonsmål-ing (se eksempel 5b). Cellene høstes 6 timer etter virus-infeksjon ved hjelp av sentrifugering (1000 g, 10 minutter), vaskes i 50 ml NP40-buffer (eksempel 4a), gjenoppslemmes i 9,5 ml iskald NP4 0-buffer og lyses ved tilsetning av 0,5 ml 10% NP40 i 5 minutter på is. Etter ferning av kjernene ved sentrifugering, (1000 x g, 10 minutter), innstilles supernatanten med 50 mM Tris/Cl, 0,5% Sarkosin og 5 mM EDTA på pH = 8 og oppbevares ved -20°C. For å isolere alt RNA fra supernatanten, ekstraheres én gang med fenol, én gang med fenol/- kloroform/isoamylalkohol og én gang med kloroform/isoamyl-alkohol. Den vandige fasen plasseres på en 4 ml 5,7 molar CsCl-pute og sentrifugeres i en SW40-rotor (35 opm, 20 timer) for å befri ekstraktet for DNA og gjenværende proteiner. Den erholdte RNA-pellet gjenoppslemmes i 2 ml TE pH=8,0, og utfelles med etanol. Det utfelte RNA oppløses så i vann med en konsentrasjon på 5 mg/ml. 100 jiMole dexamethasone (16α-methyl-9α-fluoro-A'-hydrocortisone) - the controls contain no dexamethasone. For interferon induction, the expression cells are resuspended in serum-free medium at a concentration of 5 x 10<6>/ml and infected with 2<10> units/ml of Sendai virus. Aliquots of the cell culture supernatants are tested for IFN activity by plaque reduction measurement (see example 5b). The cells are harvested 6 hours after virus infection by centrifugation (1000 g, 10 minutes), washed in 50 ml NP40 buffer (Example 4a), resuspended in 9.5 ml ice-cold NP4 0 buffer and lysed by adding 0, 5 ml 10% NP40 for 5 minutes on ice. After separation of the nuclei by centrifugation (1000 x g, 10 minutes), the supernatant is adjusted with 50 mM Tris/Cl, 0.5% Sarcosine and 5 mM EDTA to pH = 8 and stored at -20°C. To isolate all RNA from the supernatant, extract once with phenol, once with phenol/chloroform/isoamyl alcohol and once with chloroform/isoamyl alcohol. The aqueous phase is placed on a 4 ml 5.7 molar CsCl pad and centrifuged in a SW40 rotor (35 rpm, 20 hours) to free the extract of DNA and residual proteins. The RNA pellet obtained is resuspended in 2 ml TE pH=8.0, and precipitated with ethanol. The precipitated RNA is then dissolved in water at a concentration of 5 mg/ml.
c) Påvisning av interferon- omega mRNA c) Detection of interferon-omega mRNA
0,2 ul av hybridiseringsprøven fremstilt ifølge eksempel 0.2 µl of the hybridization sample prepared according to example
7b, utfelles sammen med 20 - 50 ug av RNA"et fremstilt ifølge 7c ved tilsetning av etanol. I kontrolleksperimentet tilsettes i stedet for det cellulære RNA overførings-RNA (tRNA) eller RNA, som stammer fra E. coli transformert med plasmidet pRHW 12 7b, is precipitated together with 20 - 50 µg of the RNA prepared according to 7c by the addition of ethanol. In the control experiment, transfer RNA (tRNA) or RNA originating from E. coli transformed with the plasmid pRHW 12 is added instead of the cellular RNA
(eksempel 5). De erholdte pelletene vaskes saltfrie med 70% etanol, tørkes og oppløses i 25 /il 80% formamid (100 mM PIPES(Example 5). The pellets obtained are washed salt-free with 70% ethanol, dried and dissolved in 25 µl 80% formamide (100 mM PIPES
pH = 6,8, 400 mM NaCl , .10 mM EDTA). Så oppvarmes proben 5 minutter ved 100°C for å denaturere hybridiseringsprobene, innstilles umiddelbart på 52°C og inkuberes 24 timer ved denne temperaturen. Etter hybridiseringen stilles probene på is og 475 ul S1-reaksjonsblanding (4 mM Zn(Ac)2, 30 mM NaAc, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 20 ug ss kalvetymus-DNA, 100 enheter S1-nuklease) tilsettes. Etter 1 times spaltning ved 37°C avbrytes omsetningen med etanolutfelling. pH = 6.8, 400 mM NaCl, .10 mM EDTA). The probe is then heated for 5 minutes at 100°C to denature the hybridization probes, immediately set to 52°C and incubated for 24 hours at this temperature. After the hybridization, the probes are placed on ice and 475 µl of S1 reaction mixture (4 mM Zn(Ac) 2 , 30 mM NaAc, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 20 µg of calf thymus DNA, 100 units of S1 nuclease) is added. After 1 hour of cleavage at 37°C, the reaction is interrupted by ethanol precipitation.
Pelletene oppløses i 6 /il formamid-buffer og oppspaltes The pellets are dissolved in 6 µl formamide buffer and split
i det vesentlige lik som probene fra DNA-sekvenserings-reaksjonene på en 6% akrylamidgel som inneholder 8 M urea, (F. Sanger et al., Proe. Nat. Acad. Sei. 74, 5463 - 5467 (1979)). substantially similar to the probes from the DNA sequencing reactions on a 6% acrylamide gel containing 8 M urea, (F. Sanger et al., Proe. Nat. Acad. Sci. 74, 5463-5467 (1979)).
For autoradiografi utsettes den tørkede gel for en DuPont Cronex røntgenfilm under anvendelse av Kodak Lanex Regulær intensivatorer ved -70°C. For autoradiography, the dried gel is exposed to a DuPont Cronex x-ray film using Kodak Lanex Regular intensifiers at -70°C.
Tekst til fig. 10 Text to fig. 10
Sporene A til C er kontroller. Lanes A to C are controls.
Spor A: 20 ug tRNA Lane A: 20 µg tRNA
Spor B: 10 ug RNA fra pER 33 (E. coli-ekspresjonsstamme Lane B: 10 µg RNA from pER 33 (E. coli expression strain
for interferon-d2-Arg) for interferon-d2-Arg)
Spor C: 1 ng RNA fra pRHW 12 (E. coli-ekspresjonsstamme Lane C: 1 ng RNA from pRHW 12 (E. coli expression strain
for interferon-omega 1) for interferon-omega 1)
Spor D: 50 ug RNA fra ubehandlede Namalwa-celler Lane D: 50 µg RNA from untreated Namalwa cells
Spor E: 50 ug RNA fra Namalwa-celler infisert med virus Spor F: 50 ug RNA fra Namalwa-celler forbehandlet med deksametason og infisert med virus Lane E: 50 µg RNA from Namalwa cells infected with virus Lane F: 50 µg RNA from Namalwa cells pretreated with dexamethasone and infected with virus
Spor G: 20 ug RNA fra ubehandlede NC 37-celler Lane G: 20 µg RNA from untreated NC 37 cells
Spor H: 20 ug RNA fra NC 37-celler infisert med virus Lane H: 20 µg RNA from NC 37 cells infected with virus
Spor I: 20 ug RNA fra NC 37-celler forbehandlet med deksametason og infisert med virus Lane I: 20 µg RNA from NC 37 cells pretreated with dexamethasone and infected with virus
Spor M: størrelsesmerking (pBR 322 kappet med Hinfl) Track M: size marking (pBR 322 coated with Hinfl)
Sporene B og C viser at det ventede signal bare kan påvi-ses når et omega 1-spesifikt RNA befinner seg blant RNA-molekylene. Videre vises at selv et stort overskudd av det falske RNA ikke frembringer noe bakgrunnssignal (se spor B). Videre gir også tRNA som anvendes som hybridiseringspartner ikke noe signal (se spor A). Tracks B and C show that the expected signal can only be detected when an omega 1-specific RNA is found among the RNA molecules. Furthermore, it is shown that even a large excess of the fake RNA does not produce any background signal (see lane B). Furthermore, the tRNA used as a hybridization partner also does not give any signal (see lane A).
Sporene G til I viser induksjon av det omega 1-spesifikke RNA i NC 37-celler infisert med virus. Forbehandlingen med deksametason forsterker herunder denne virkning. Lanes G to I show induction of the omega 1-specific RNA in NC 37 cells infected with virus. The pre-treatment with dexamethasone also enhances this effect.
Sporene D til F viser prinsippielt det samme resultat Tracks D to F show basically the same result
som oppnås med Namalwa-celler. Induksjonen med omega1-spesifikt RNA er imidlertid ikke så sterkt som ved NC 37-cellene. Dette resultat er parallelt med interferonkonsentrasjonene which is achieved with Namalwa cells. However, the induction with omega1-specific RNA is not as strong as in the NC 37 cells. This result is parallel to the interferon concentrations
som ble målt i den enkelte supernatant. which was measured in the individual supernatant.
Disse forholdene til interferon-omega1-gen-ekspresjon These relationships to interferon-omega1 gene expression
er også slik det var å vente for et interferon type I-gen. is also as expected for an interferon type I gene.
EKSEMPEL 8 EXAMPLE 8
ISOLERING AV GENET SOM KODER FOR IFN- OMEGA1 HENHOLDSVIS DERTIL BESLEKTEDE GENER: ISOLATION OF THE GENE ENCODING FOR IFN-OMEGA1 AND ITS RELATED GENES:
a) Kosmidsortering a) Cosmid sorting
En human kosmidbank (humant DNA (fra menn) klonet i A human cosmid bank (human DNA (from males) cloned in
Kosmid pcos2 EMBL (A. Ponstka, H.R. Rockwitz, A.M. Frischauf, B. Hohn, H. Lehrach Proe. Nati. Acad. Sel. 81, 4129 - 4133 Cosmid pcos2 EMBL (A. Ponstka, H.R. Rockwitz, A.M. Frischauf, B. Hohn, H. Lehrach Proe. Nati. Acad. Sel. 81, 4129 - 4133
(1984)) med en kompleksitet på 2 x 10^) ble undersøkt med hensyn til IFN-omega- henholdsvis dermed beslektede gener. E. coli DH1 (r„-, m„+, rec.A; gyrA96, sup.E) ble anvendt som vert. Man fremstilte først Mg -celler (lik "pletteringsbakterier"). E. coli DH1 vokser over natten i L-medium (10 g/l trypton, 5 g/l gjaerekstrakt, 5 g/l NaCl) tilsatt 0,2% maltose. Bakteriene sentrifugeres vekk^g tas opp i en 10 mM MgSO^-løsning til en ODgQQ =2. 5 ml av denne cellesuspensjonen inkuberes med 12,5 x 10^ kolonidannende enheter forpakkede kosmider i 20 minutter ved 37°C. Deretter tilsettes 10 vol LB og suspensjonen holdes 1 time for ekspresjon av kanamycinresistensen som formidles ved kosmidet på 37°C. Så sentrifugeres bakteriene vekk, oppslemmes igjen i 5 ml LB og strykes i 200 ul alikvoter på nitrocellulosefilteret (BA85, 132 mm diameter), som ligger på LB-agar (1,5% agar i L-medium) pluss 30 ug/ml kanamycin. Pr. filter vokser ca. 10 000 til 20 000 kolonier opp. Koloniene replika-plates på ytterligere nitro-cellulosef iltere som oppbevares ved 4°C. (1984)) with a complexity of 2 x 10^) was examined with respect to IFN-omega and related genes. E. coli DH1 (r„-, m„+, rec.A; gyrA96, sup.E) was used as host. Mg cells (similar to "plating bacteria") were first produced. E. coli DH1 grows overnight in L-medium (10 g/l tryptone, 5 g/l yeast extract, 5 g/l NaCl) supplemented with 0.2% maltose. The bacteria are centrifuged away and taken up in a 10 mM MgSO^ solution to an ODgQQ =2. 5 ml of this cell suspension is incubated with 12.5 x 10 5 colony forming units of prepackaged cosmids for 20 minutes at 37°C. Then 10 vol LB is added and the suspension is kept for 1 hour for expression of the kanamycin resistance mediated by the cosmid at 37°C. The bacteria are then centrifuged away, resuspended in 5 ml LB and streaked in 200 ul aliquots on the nitrocellulose filter (BA85, 132 mm diameter), which lies on LB agar (1.5% agar in L medium) plus 30 ug/ml kanamycin . Per filter grows approx. 10,000 to 20,000 colonies up. The colonies are replica-plated onto additional nitro-cellulose filters which are stored at 4°C.
En sats kolonifiltere behandles som beskrevet i eksempel A batch of colony filters is processed as described in the example
lc), dvs. dsDNA denatureres, og det enkeltkjedede DNA lc), i.e. the dsDNA is denatured, and the single-stranded DNA
fikseres på nitrocellulose. Filtrene forvaskes 4 timer ved 65°C i en 50 mM Tris/HCl, pH = 8,0, IM NaCl, 1 mM EDTA; 0,1% SDS-løsning. Deretter inkuberes filtrene i en 5 x Denhardfs (se eksempel 1c), 6 x SSC, 0,1% SDS-løsning i 2 timer ved 65°C og hybridiseres med ca. 50 x 10<6> cpm nicktranslaterte, denaturert IFN-omega 1 -DNA (Hind III-BamHI innsats av klone pRHWl2, fixed on nitrocellulose. The filters are pre-washed for 4 hours at 65°C in a 50 mM Tris/HCl, pH = 8.0, IM NaCl, 1 mM EDTA; 0.1% SDS solution. The filters are then incubated in a 5 x Denhardfs (see example 1c), 6 x SSC, 0.1% SDS solution for 2 hours at 65°C and hybridized with approx. 50 x 10<6> cpm nick-translated, denatured IFN-omega 1 DNA (Hind III-BamHI insert of clone pRHW12,
se fig. 6) 24 timer ved 65°C i den .samme løsning. Etter utført hybridisering vaskes filtrene først 3 x 10 minutter ved romtemperatur i en 2 x SSC, 0,01% SDS-løsning og deretter 3 x 45 minutter ved 65°C i en 0,2 x SSC, 0,01% SDS-løsning. Filtrene tørkes og eksponeres på Kodak X-OmatS film under anvendelse av en forsterkerfolie ved -70°C. Positivt reagerende kolonier lokaliseres på replika-filtrene, skrapes av og gjenoppslemm.es i L-medium + kanamycin (30 ug/ml). Fra denne suspensjonen ut-pletteres noen ul på LB-agar + 30 ug/ml kanamycin. De resulterende kolonier replika-pletteres på nitrocellulosefilter. Disse see fig. 6) 24 hours at 65°C in the same solution. After completed hybridization, the filters are first washed 3 x 10 minutes at room temperature in a 2 x SSC, 0.01% SDS solution and then 3 x 45 minutes at 65°C in a 0.2 x SSC, 0.01% SDS solution . The filters are dried and exposed on Kodak X-OmatS film using an intensifier foil at -70°C. Positively reacting colonies are located on the replica filters, scraped off and resuspended in L-medium + kanamycin (30 µg/ml). From this suspension, a few µl are plated on LB agar + 30 µg/ml kanamycin. The resulting colonies are replica-plated onto nitrocellulose filters. These
32 32
filtrene hybridiseres som ovenfor beskrevet med P-merket IFN-omega1-DNA. Fra en hybridiserende koloni ble kosmidet isolert ved hjelp av metoden som er beskrevet av Birnboim & Doly (Nucl. Acids Res. 7, 1513 (1979)). Med dette kosmid-DNA-preparatet transformertes E. coli DH1 og transformantene ble selektert på LB-agar + 30 ug/ml kanamycin. Transformantene the filters are hybridized as described above with P-labeled IFN-omega1 DNA. From a hybridizing colony the cosmid was isolated by the method described by Birnboim & Doly (Nucl. Acids Res. 7, 1513 (1979)). With this cosmid DNA preparation, E. coli DH1 was transformed and the transformants were selected on LB agar + 30 ug/ml kanamycin. The transformants
32 32
ble igjen prøvet med P-radioaktivt merket IFN-omega1-DNA etter positivt reagerende kloner. Ett klon utvelges fra det opprinnelige isolat og dets kosmid ble fremstilt i større målestokk (Clewell, D.B. og Helinski, D.R., Biochemistry 9, 4428 ( 1970)). Tre av de isolerte kosmider har navnene cos9, cos 10 og cosB. were again tested with P-radioactively labeled IFN-omega1-DNA after positively reacting clones. One clone was selected from the original isolate and its cosmid was prepared on a larger scale (Clewell, D.B. and Helinski, D.R., Biochemistry 9, 4428 (1970)). Three of the isolated cosmids are named cos9, cos 10 and cosB.
b) Subklonina av hybridiserte fra<g>menter i PUC8 b) Subcloning of hybridized fragments in PUC8
1 jug av kosmidene cos9, coslO og cosB ble kuttet med 1 µg of the cosmids cos9, cos10 and cosB were cut with
Hindlll. Fragmentene adskilles elektroforetisk på 1% agarose-geler i TBE-buffer og overføres ifølge Southern til nitro-cellulosef ilteret (se eksempel 4c). Begge filtrene hybridiseres med nick-translatert ul-DNA som beskrevet eksempel 4d, vaskes og eksponeres. Ca. 20 rø av hvert kosmid kuttes med Hindlll, og de dannede fragmenter adskilles gel-elektroforetisk. Fragmentene som er hybridisert med tol-DNA i det innle-dende forsøket, elektroelueres og renses over elutip-søyler. Disse fragmentene ligeres med Hindlll-lineærisert, defos-forylisert pUC8 (Messing, J., Vieira, J., Gene 19, 269-276 Hindllll. The fragments are separated electrophoretically on 1% agarose gels in TBE buffer and transferred according to Southern to the nitro-cellulose filter (see example 4c). Both filters are hybridized with nick-translated ul-DNA as described in example 4d, washed and exposed. About. 20 strands of each cosmid are cut with HindIII, and the resulting fragments are separated gel-electrophoretically. The fragments that are hybridized with tol DNA in the initial experiment are electroeluted and purified over elutip columns. These fragments are ligated with HindIII-linearized, dephos-phorylated pUC8 (Messing, J., Vieira, J., Gene 19, 269-276
(1982)). E. coli JM101 (supE, thi, (lac-proAB), (F', traD36, pro AB, lac q Z Ml 5) (f.eks. Fa. P.L. Biochemicals) transformeres med ligasereaksjonsløsning. Bakteriene strykes ut på LB-agar som inneholder 50 ug/ml ampicillin, 250 ug/ml 5-brom-4-klor-3-indolyl-0_D-galaktopyranosid (BCIG) , og 250 /ig/ml isopropyl-Ø-D-tiogalakto-pyranosid (IPTG). En blåfar- ging av de oppvokste kolonier viser at det mangler en innsetning i pUC8. Fra noen hvite kloner isolertes plasmid-DNA'er i liten målestokk, ble kuttet med Hindlll og adskilt på 1% agarosegel. DNA-fragmentene ble overført på nitrocellulose-filtere og hybridisert som ovenfor med <32>P-omega1-DNA. Ut fra cos9 og cos 10 valgte man et subklon og betegnet det med pRHW22 henholdsvis pRH57. Fra cosB ble to DNA-fragmenter som hybridiserte godt med omega1-proben subklonet og betegnet med pRH51 henholdsvis pRH52. (1982)). E. coli JM101 (supE, thi, (lac-proAB), (F', traD36, pro AB, lac q Z Ml 5) (e.g. Fa. P.L. Biochemicals) is transformed with ligase reaction solution. The bacteria are plated on LB- agar containing 50 µg/ml ampicillin, 250 µg/ml 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-O-D-galactopyranoside (BCIG), and 250 µg/ml isopropyl-Ø-D-thiogalacto-pyranoside (IPTG) .A blue father- ging of the reared colonies shows that an insert is missing in pUC8. Small-scale plasmid DNAs were isolated from some white clones, cut with HindIII and separated on 1% agarose gel. The DNA fragments were transferred onto nitrocellulose filters and hybridized as above with <32>P-omega1 DNA. From cos9 and cos 10, a subclone was chosen and designated pRHW22 and pRH57 respectively. From cosB, two DNA fragments that hybridized well with the omega1 probe were subcloned and designated pRH51 and pRH52, respectively.
c) Sekvensanalyse c) Sequence analysis
DNA'et som er innsatt i pUC8 adskilles ved kutting med The DNA inserted into pUC8 is separated by cutting with
Hindlll og etterfølgende gel-elektroforese fra bærerdelen. Dette DNA, ca. 10 ug, ligeres under anvendelse av T4~DNA-ligase i 50 ul reaksjonsløsning, volumet bringes på 250 ul med nick-translas jonsbuf f er (eksempel 4d) og brytes deretter under is-kjøling ved hjelp av ultralyd (MSE 100 Watt Ultrasonic Disinte-grator, maks. avgivelse ved 20 kHz, 5 x 30 sekunder). Deretter repareres endene av bruddstykkene ved tilsetning av ^100 volum av 0,5 mM dATP; dGTP, dCTP og dTTP samt 10 enheter Klenow-fragment av DNA-polymerase I i 2 timer ved 14°C. De resulterende DNA-fragmenter med rette ender adskilles etter størrelse på HindIII and subsequent gel electrophoresis from the support portion. This DNA, approx. 10 µg, ligated using T4~DNA ligase in 50 µl reaction solution, the volume is brought to 250 µl with nick translation buffer (Example 4d) and then broken under ice-cooling using ultrasound (MSE 100 Watt Ultrasonic Disinte -grator, max output at 20 kHz, 5 x 30 seconds). Then, the ends of the breaks are repaired by adding ^100 volume of 0.5 mM dATP; dGTP, dCTP and dTTP as well as 10 units of Klenow fragment of DNA polymerase I for 2 hours at 14°C. The resulting DNA fragments with straight ends are separated by size
en 1% agarosegel. Fragmenter med størrelser mellom 500 og a 1% agarose gel. Fragments with sizes between 500 and
1000 bp ble isolert og subklonet i den med Smal kuttede, defos-forylerte fagbærer M13 mp8. Rekombinantfagene med enkeltkjedet DNA isoleres og sekventeres etter metoden som er utviklet av Sanger (Sanger, F. et al., Proe. Nati. Acad. Sei 74, 5463 - 5467 (1976)). Sammensetningen av enkeltsekvensene i forhold til totalsekvensen finner sted ved hjelp av Computer (Staden, 1000 bp was isolated and subcloned into the Smal-cut, defos-forylated phage carrier M13 mp8. The recombinant single-stranded DNA phages are isolated and sequenced according to the method developed by Sanger (Sanger, F. et al., Proe. Nati. Acad. Sei 74, 5463-5467 (1976)). The composition of the individual sequences in relation to the total sequence takes place with the help of Computer (Staden,
R., Nucl. Acids Res. 10, 4731 - 4751 (1982)). R., Nucl. Acids Res. 10, 4731-4751 (1982)).
d) Sekvens av subklonet pRH57 ( IFN- omega1) d) Sequence of the subclone pRH57 (IFN-omega1)
Sekvensen er gjengitt i fig. 11. Dette 1933 bp lange The sequence is reproduced in fig. 11. This 1933 bp long
fragment inneholder genet for interferon-omega1. Området som koder for protein omfatter nukleotidene 576 til 1163. Sekvensen er fullstendig identisk med den frå cDNA-klonet P9A2. Nu-kleotidavsnittet 576 til 574 koder for ett 23 aminosyrelangt signalpeptid. TATA-boksen ligger i en avstand som er karakte-ristisk for interferon type I-gen foran startkodonet ATG (posisjoner 476 - 482). Genet har noen signalsekvenser for polyadenyleringen ved transskripsjonen på (ATTAAA på posisjo-nene 1497 - 1502, henholdsvis 1764 - 1796; AATAAA på posisjo-nene 1729 - 1734, henholdsvis 1798 - 1803), hvis første ble anvendt i klonet P9A2. fragment contains the gene for interferon-omega1. The area that codes for protein comprises nucleotides 576 to 1163. The sequence is completely identical to that from the cDNA clone P9A2. The nucleotide section 576 to 574 codes for a 23 amino acid long signal peptide. The TATA box is located at a distance that is characteristic of the interferon type I gene in front of the start codon ATG (positions 476 - 482). The gene has some signal sequences for the polyadenylation during transcription (ATTAAA at positions 1497 - 1502, respectively 1764 - 1796; AATAAA at positions 1729 - 1734, respectively 1798 - 1803), the first of which was used in the clone P9A2.
e) Sekvens av subklonet pRHW22 ( IFN- pseudo- omega2) e) Sequence of the subclone pRHW22 (IFN-pseudo-omega2)
I fig. 2 er det 2132 bp lange sekvens av det med omega1-DNA-proben hybridiserende Hindlll fragment fra kosmid cos9 vist. Det dannes en åpen leseramme fra nukleotid 905 til nukleotid 1366. Aminosyresekvensen som kan utledes derav er gjengitt. De første 23 aminosyrer ligner på de fra signalpeptidet til et typisk type I interferon. De etterfølgende 31 aminosyrer viser inntil aminosyre 65 likhet med omega1-interferon, hvorunder tyrosin er bemerkelsesverdig som første aminosyre i det ferdige protein. In fig. 2, the 2132 bp long sequence of the HindIII fragment from cosmid cos9 hybridizing with the omega1 DNA probe is shown. An open reading frame is formed from nucleotide 905 to nucleotide 1366. The amino acid sequence that can be derived from it is reproduced. The first 23 amino acids are similar to those of the signal peptide of a typical type I interferon. The subsequent 31 amino acids show similarity to omega 1 interferon up to amino acid 65, during which tyrosine is notable as the first amino acid in the finished protein.
Etter aminosyreposisjon 66 følger sekvensen til et potensielt N-glykosyleringssted (Asn-Phe-Ser). På dette sted er aminosyresekvensen forskjellig fra et type I-interferon. Det lar seg imidlertid påvise at ved egnet innsetning og derav resulterende forskyvning av proteinleserammen kan man få likhet med IFN-omega1 (eksempel 9). Det dreier seg derfor ved det isolerte gen sett fra synspunktet type I-interferonet om et pseudogen: IFN-pseudo-omega2. After amino acid position 66 follows the sequence of a potential N-glycosylation site (Asn-Phe-Ser). At this location, the amino acid sequence differs from a type I interferon. However, it can be demonstrated that by suitable insertion and resulting displacement of the protein reading frame, similarity to IFN-omega1 can be obtained (Example 9). From the point of view of the type I interferon, the isolated gene is therefore a pseudogene: IFN-pseudo-omega2.
f) Sekvens av subklonet pRH51 ( IFN- pseudo- omega3) f) Sequence of the subclone pRH51 (IFN-pseudo-omega3)
Det ene ca. 3 500 bp lange og med omega1-probe hybridisert One approx. 3,500 bp long and hybridized with an omega1 probe
HindIII-fragment som stammer fra cosmid B ble delvis sekvensert (fig. 13). Det foreligger en åpen leseramme fra nukleotidposi-sjon 92 til 94. De første 23 aminosyrene viser trekkene til et signalpeptid. Den deretter følgende sekvens begynner med tryptofan og viser likhet med IFN-omega1 inntil aminosyre 42. Deretter blir den avledede sekvens forskjellig fra IFN-omega1 HindIII fragment originating from cosmid B was partially sequenced (Fig. 13). There is an open reading frame from nucleotide position 92 to 94. The first 23 amino acids show the features of a signal peptide. The subsequent sequence begins with tryptophan and shows similarity to IFN-omega1 until amino acid 42. Thereafter, the derived sequence differs from IFN-omega1
og ender etter aminosyre 98. Sekvensen lar seg forandre slik ved innsetninger at den da har stor homologi ved IFN-omega1 (eksempel 9). Genet betegnes med IFN-pseudo-omega3. and ends after amino acid 98. The sequence can be changed by insertions so that it then has great homology with IFN-omega1 (example 9). The gene is designated IFN-pseudo-omega3.
g) Sekvens av innsatsen fra pRH52 ( IFN- pseudo- omega4 ) g) Sequence of the insert from pRH52 (IFN-pseudo-omega4)
Den 3659 bp lange sekvensen av HindIII-fragmentet som The 3659 bp sequence of the HindIII fragment which
er isolert fra kosmid B og hybridiserer med omega1-DNA'et, is isolated from cosmid B and hybridizes with the omega1 DNA,
er vist i fig. 14. En åpen leseramme,hvis translasjonsprodukt delvis viser homologi med IFN-omega1, befinner seg mellom nukle-otidposisjon 2951 og 3250. Etter det 23 aminosyre lange signalpeptid begynner den videre aminosyresekvensen med fenylalanin. Homologien med IFN-1 er allerede avbrutt etter den 16. aminosyre, fortsetter ved den 22. aminosyre og ender med den 41. aminosyre. En eventuell translasjon vil være mulig frem til aminosyre 77. Analogt med eksempel 8f og 8g kan man også her få en god homo-r logi med IFN-omega1 ved innføring av innsetninger (eksempel 9). Det her isolerte pseudogen betegnes som IFN-pseudo-omega4. is shown in fig. 14. An open reading frame, whose translation product partially shows homology with IFN-omega1, is located between nucleotide position 2951 and 3250. After the 23 amino acid long signal peptide, the further amino acid sequence begins with phenylalanine. The homology with IFN-1 is already interrupted after the 16th amino acid, continues at the 22nd amino acid and ends at the 41st amino acid. A possible translation will be possible up to amino acid 77. Analogous to examples 8f and 8g, a good homology with IFN-omega1 can also be obtained here by introducing insertions (example 9). The pseudogene isolated here is called IFN-pseudo-omega4.
EKSEMPEL 9 EXAMPLE 9
VURDERING AV GENET FOR 4 MEDLEMMER AV IFN- OMEGA- FAMILIEN EVALUATION OF THE GENE FOR 4 MEMBERS OF THE IFN-OMEGA FAMILY
På fig. 15 er genene for IFN-omega1 til IFN-pseudo-omega4 oppstilt sammen med aminosyre-oversettelsen. For å få bedre overensstemmelse innføres huller i de enkelte gener som er vist ved punkter. Ingen baser utelates. Basenummereringen innbefatter hullene. Aminosyre-oversettelsen av IFN-omega1 bibeholdes (f.eks. posisjon 352 - 355: "C.AC" koder for His). Ved pseudogenene finner oversettelsen i en aminosyre bare sted der hvor den er entydig mulig. På grunn av denne oppstillingen ser man straks at de fire isolerte genene er beslektet med hverandre. Således får man f.eks. det potensielle N-glykosyle-ringsstedet (nukleotidposisjonene 301 til 309) i alle fire gener. In fig. 15, the genes for IFN-omega1 to IFN-pseudo-omega4 are listed together with the amino acid translation. To achieve better agreement, gaps are introduced in the individual genes shown by dots. No bases are omitted. The base numbering includes the holes. The amino acid translation of IFN-omega1 is retained (eg, position 352 - 355: "C.AC" codes for His). In the case of pseudogenes, the translation into an amino acid only takes place where it is unambiguously possible. Because of this arrangement, one immediately sees that the four isolated genes are related to each other. Thus, you get e.g. the potential N-glycosylation site (nucleotide positions 301 to 309) in all four genes.
Likeledes befinner det seg en triplett som er et stopp-kodon foruten ved IFN-pseudo-omega4 på nukleotidposisjonene Likewise, a triplet which is a stop codon is also found in IFN-pseudo-omega4 at the nucleotide positions
611 - 614, og som ved IFN-omega1 avslutter et ferdig protein 611 - 614, and as with IFN-omega1 ends a finished protein
med lengde på 172 aminosyrer. Imidlertid foreligger det i with a length of 172 amino acids. However, it exists in
denne anordningen hos IFN-pseudo-omega2 (nukleotidposisjoner 497 til 499) og ved IFN-pseudo-omega4 (nukleotidposisjoner 512 - 514) tidligere stoppkodoner. this arrangement in IFN-pseudo-omega2 (nucleotide positions 497 to 499) and in IFN-pseudo-omega4 (nucleotide positions 512 - 514) previous stop codons.
Slektskapsgraden mellom genene henholdsvis aminosyretrans-lasjonene lar seg beregne ut fra anordningen som er truffet i fig. 15. Fig. 16 gjengir DNA-homologien mellom medlemmene av IFN-omega-familien. Derunder telles de posisjoner ikke med ved parvis sammenligning hvor én av de to parter eller begge har et hull. Sammenligningen gir en homologi på rundt 85% mellom IFN-omega1-DNA og sekvensene til pseudogenene. IFN-pseudo-omega2-DNA er homologt med DNA'ene fra IFN-pseudo-omega3 henholdsvis IFN-pseudo-omega4 i omtrent 82%. Fig. 17 viser sammenligningsresultatene for signalsekvenser og fig. 18 sammenligningene av "ferdige" proteiner. De sistnevnte ligger mellom 72 og 88%. Denne homologien er likevel vesentlig større enn mellom IFN-omega 1 og IFN-oCenet og IFN-0> (eksempel 6). Det forhold at de enkelte medlemmer av IFN-omega-familien ligger fjernere fra hverandre enn for IFN-a-familien seg imellom, The degree of kinship between the genes and the amino acid translations can be calculated from the arrangement shown in fig. 15. Fig. 16 depicts the DNA homology between the members of the IFN-omega family. Below that, those positions are not counted in pairwise comparisons where one of the two parties or both have a hole. The comparison gives a homology of around 85% between the IFN-omega1 DNA and the sequences of the pseudogenes. IFN-pseudo-omega2-DNA is homologous with the DNAs from IFN-pseudo-omega3 and IFN-pseudo-omega4 respectively in approximately 82%. Fig. 17 shows the comparison results for signal sequences and fig. 18 the comparisons of "finished" proteins. The latter are between 72 and 88%. This homology is nevertheless significantly greater than between IFN-omega 1 and IFN-oCenet and IFN-0> (Example 6). The fact that the individual members of the IFN-omega family are further apart than for the IFN-a family,
lar seg forklare ved at tre av de fire isolerte IFN-omega-gener er pseudogener og åpenbart ikke lenger er utsatt for det samme seleksjonstrykk som funksjonelle gener. can be explained by the fact that three of the four isolated IFN-omega genes are pseudogenes and are obviously no longer exposed to the same selection pressure as functional genes.
EKSEMPEL 10 EXAMPLE 10
FERMENTERING FERMENTATION
Stammehold: Tribe:
En enkeltkoloni av stammen HB101/pRHW12 på LB-agar (med 25 mg/ml ampicillin) podes over i trypton-soya-medium (OXDID CM129) med 25 mg/ml ampicillin og rystes med 250 omdreininger pr. minutt (U/min) og 37°C inntil en optisk tetthet (546 nm) A single colony of the strain HB101/pRHW12 on LB-agar (with 25 mg/ml ampicillin) is inoculated into tryptone-soya medium (OXDID CM129) with 25 mg/ml ampicillin and shaken at 250 rpm. minute (R/min) and 37°C until an optical density (546 nm)
på ca. 5 erholdt (logaritmisk vekstfase). Deretter tilsettes 10 vektprosent sterilt glycerol, kulturen fylles i 1,5 ml por-sjoner i sterile ampuller og fryses inn ved -70°C: of approx. 5 obtained (logarithmic growth phase). Then 10% by weight of sterile glycerol is added, the culture is filled in 1.5 ml portions into sterile ampoules and frozen at -70°C:
Forkultur: Preculture:
Kulturmediet inneholder 15 g/l Na2HP04 x 12H20; 0,5 g/l NaCl; 1,0 g/l NH4C1; 3,0 g/l KH2P04; 0,25 g/l MgS04 x 7H20; 0,011 g/l CaCl2; 5 g/l kaseinhydrolysat (merck 2238); 6,6 g/l glukose-monohydrat; 0,1 g/l ampicillin; 20 mg/l cystein og The culture medium contains 15 g/l Na2HP04 x 12H20; 0.5 g/l NaCl; 1.0 g/l NH4Cl; 3.0 g/l KH2PO4; 0.25 g/l MgSO 4 x 7H 2 O; 0.011 g/l CaCl2; 5 g/l casein hydrolyzate (merck 2238); 6.6 g/l glucose monohydrate; 0.1 g/l ampicillin; 20 mg/l cysteine and
1 mg/l tiamin-hydroklorid. 4 x 200 ml av dette mediet i hver sin 1000 ml Erlenmeyerkolbe podes hver med 1 ml av en stam-kultur av HB101/pRHW14 og rystes 16 - 18 timer ved 37°C og 250 omdreininger pr. minutt. 1 mg/l thiamine hydrochloride. 4 x 200 ml of this medium in each 1000 ml Erlenmeyer flask are each inoculated with 1 ml of a stock culture of HB101/pRHW14 and shaken for 16 - 18 hours at 37°C and 250 rpm. minute.
Hovedkultur: Main culture:
Mediet for fermenteringen inneholder 10 g/l.,.(NH4 ) 2HP04 ; 4,6 g/l K2HP04 x 3H20; 0,5 g/l NaCl; 0,25 g/l MgS04 x 7H20; 0,011 g/l CaCl2; 11 g/l glukose-monohydrat; 21 g/l kaseinhydrolysat (merck 2238); 20 mg/l cystein, 1 mg/l tiamin-hydroklorid og 20 mg/l 3-/?-indolakrylsyre. 8 liter sterilt medium i en fermentator med 14 liters totalvolum (høyde:radius = 3:1) inok-uleres med 800 ml av forkulturen. Fermenteringen finner sted ved 28°C; 1000 O/min. (Effigas-Turbine), en luftgjennomblås-ningshastighet på 1vvm (volum/volum/minutt) og en start-pH The medium for the fermentation contains 10 g/l.,.(NH4 ) 2HP04 ; 4.6 g/l K2HPO4 x 3H2O; 0.5 g/l NaCl; 0.25 g/l MgSO 4 x 7H 2 O; 0.011 g/l CaCl2; 11 g/l glucose monohydrate; 21 g/l casein hydrolyzate (merck 2238); 20 mg/l cysteine, 1 mg/l thiamine hydrochloride and 20 mg/l 3-/?-indole acrylic acid. 8 liters of sterile medium in a fermenter with a total volume of 14 liters (height: radius = 3:1) are inoculated with 800 ml of the pre-culture. Fermentation takes place at 28°C; 1000 rpm. (Effigas-Turbine), an air flow rate of 1vvm (volume/volume/minute) and an initial pH
på 6,9. Under fermenteringen synker pH-verdien og holdes så konstant på 6,0 med 3N NaOH. Er en optisk tetthet (546 nm) på 18 til 20 nådd (normalt etter 8,5 til 9,5 timers fermenterings-tid), avkjøles under forøvrig like betingelser til 20°C og deretter innstiller man pH på 2,2 med 6N H2S04 (uten luftgjen-nomblåsning) og rører 1 time ved 10°C og 800 O/min. (uten luft-gjennomblåsning). Den biologiske masse som er inaktivert på denne måten sentrifugeres deretter fra i en CEPA-laboratorie-sentrifuge type GLE ved 30 000 O/min. og nedfryses og oppbevares ved -20°C. of 6.9. During fermentation, the pH value drops and is then kept constant at 6.0 with 3N NaOH. If an optical density (546 nm) of 18 to 20 is reached (normally after 8.5 to 9.5 hours of fermentation), cool under otherwise identical conditions to 20°C and then adjust the pH to 2.2 with 6N H2S04 (without air recirculation) and stir for 1 hour at 10°C and 800 rpm. (without air blow-through). The biological mass that has been inactivated in this way is then centrifuged in a CEPA laboratory centrifuge type GLE at 30,000 rpm. and frozen and stored at -20°C.
EKSEMPEL 11 EXAMPLE 11
RENSING AV INTERFERON- OMEGA- Gly PURIFICATION OF INTERFERON- OMEGA- Gly
a) Delvis rensing a) Partial purification
Alle trinn utføres ved 4°C. All steps are performed at 4°C.
140 g biomasse (E. coli HB101 transformert med ekspresjonsklonet pRHWl2) gjenoppslemmes i 1150 ml 1% eddiksyre (for-kjølt til 4°C) og røres 30 minutter. Suspensjonen innstilles på pH 10,0 med 5 M NaOH og røres videre i 2 timer. Etter inn-stillingen med 5 M HC1 på pH = 7,5 rører man videre i 15 minutter og sentrifugerer så (4°C, 1 time med 10 000 O/min, J21-sentrifuge (Beckman), JAlO-rotor). 140 g of biomass (E. coli HB101 transformed with the expression clone pRHW12) is resuspended in 1150 ml of 1% acetic acid (pre-cooled to 4°C) and stirred for 30 minutes. The suspension is adjusted to pH 10.0 with 5 M NaOH and stirred further for 2 hours. After the setting with 5 M HC1 at pH = 7.5, stirring is continued for 15 minutes and then centrifuged (4°C, 1 hour at 10,000 rpm, J21 centrifuge (Beckman), JAlO rotor).
Den klare supernatanten settes på en 150 ml CPG (kontrol-lert poreglass)-søyle (CPG 10-350, mesh størrelse 120/200) med 50 ml/time, ettervaskes med 1000 ml 25 mM Tris/1M NaCl, pH 7,5 og elueres med 25 mM Tris/1M KCNS/50% etylenglykol, pH = 7,5 (50 ml/time). The clear supernatant is placed on a 150 ml CPG (controlled pore glass) column (CPG 10-350, mesh size 120/200) at 50 ml/h, washed with 1000 ml 25 mM Tris/1 M NaCl, pH 7.5 and eluted with 25 mM Tris/1 M KCNS/50% ethylene glycol, pH = 7.5 (50 ml/hour).
Proteintoppen som inneholder interferonaktivitet ble oppsamlet, dialysert mot 0,1 M Na-fosfat, pH = 6,0 og 10% poly-etylenglykol 40 000 natten over, og den dannede felling ble sentrifugert fra (4°C, 1 time, 10 000 O/min, J21-sentrifuge, JA20-rotor) (se tabell 1). The protein peak containing interferon activity was collected, dialyzed against 0.1 M Na phosphate, pH = 6.0 and 10% polyethylene glycol 40,000 overnight, and the precipitate formed was centrifuged from (4°C, 1 hour, 10,000 rpm, J21 centrifuge, JA20 rotor) (see Table 1).
b) Videre rensing b) Further purification
Det dialyserte og konsentrerte CPG-eluat fortynnes med The dialyzed and concentrated CPG eluate is diluted with
buffer A (0,1 M Na-fosfat pH = 6,25/25% 1,2-propylenglykol) buffer A (0.1 M Na phosphate pH = 6.25/25% 1,2-propylene glycol)
1:5 og føres gjennom et "superloop"-injeksjonsapparat (Pharmacia) med 0,5 ml/min på den buffer A ekvilibrerte MonoS 5/5 (Pharmacia, kationbytter)-søyle. Elueringen finner sted med 20 ml av en lineær gradient av 0 til 1 M NaCl i buffer A, likeledes ved en gjennomstrømningshastighet på 0,5 ml/min. Gjennom-løpet og 1 ml-fraksjonene ble samlet og undersøkt ved hjelp av en CPE-reduksjonsprøve med hensyn til interferonaktivitet. 1:5 and passed through a "superloop" injector (Pharmacia) at 0.5 ml/min onto the buffer A equilibrated MonoS 5/5 (Pharmacia, cation exchange) column. The elution takes place with 20 ml of a linear gradient of 0 to 1 M NaCl in buffer A, likewise at a flow rate of 0.5 ml/min. The flow-through and 1 ml fractions were pooled and examined using a CPE reduction assay for interferon activity.
De aktive fraksjoner ble samlet. The active factions were gathered.
U:enheter i forhold til interferon-d2 (se eksempel 2 i EP-A-0.115.613: E. Coli HB101 transformert med ekspresjonsklonet pER 33) som standard U:units relative to interferon-d2 (see example 2 in EP-A-0.115.613: E. Coli HB101 transformed with the expression clone pER 33) as standard
DL: gjennomløp DL: throughput
EKSEMPEL 12 EXAMPLE 12
KARAKTERISERING AV HuIFN- OMEGAI CHARACTERIZATION OF HuIFN- OMEGAI
A. Antivirusaktivitet på humanceller A. Antiviral activity on human cells
B. Antivirusaktivitet på apeceller B. Antiviral activity on monkey cells
C. Antiformeringsaktivitet på humane Burkitfs lymfocytter (cellelinje Daudi) D. Antiformeringsaktivitet på humane cervixcarcinomceller C. Antiproliferative activity on human Burkitt's lymphocytes (cell line Daudi) D. Antiproliferative activity on human cervical carcinoma cells
(cellelinje HeLa) (cell line HeLa)
E. Syrestabilitet E. Acid stability
F. Serologisk karakterisering. F. Serological characterization.
A. Antivirusaktivitet på menneskeceller A. Antiviral activity on human cells
Cellelinje: Human lungekarcinom-cellelinje (A549) Cell line: Human lung carcinoma cell line (A549)
(ATCC CCL 185) (ATCC CCL 185)
Virus: Muse-encefalomyocarditis-virus (EMCV) Prøvesystem: Hemning av cytopatisk virkning (alle styrke-bestemmelser ble utført fire ganger) Virus: Mouse encephalomyocarditis virus (EMCV) Test system: Inhibition of cytopathic effect (all potency determinations were performed in quadruplicate)
Et partielt renset preparat fra HuIFN-omegal med et protein-innhold på 9,4 mg/ml ble titrert gjennom egnet fortynning i det nevnte prøvesystem. Preparatet viste en antivirusvirk-ning med en spesifikk aktivitet på 8300 IE/mg i forhold til referansestandarden Go-23-901-527. A partially purified preparation from HuIFN-omegal with a protein content of 9.4 mg/ml was titrated through suitable dilution in the aforementioned test system. The preparation showed an antiviral effect with a specific activity of 8300 IU/mg in relation to the reference standard Go-23-901-527.
B. Antivirusaktivitet på apeceller B. Antiviral activity on monkey cells
Cellelinje: GL-V3 apenyreceller (Christofinis G.J., J. Cell line: GL-V3 monkey kidney cells (Christofinis G.J., J.
Med. Microbiol. 3, 251 - 258, 1970) With. Microbiol. 3, 251 - 258, 1970)
Virus: Vesikulær stomatitt-virus (VSV) Virus: Vesicular stomatitis virus (VSV)
Prøvesystem: Plaque-reduksjons-prøve (alle titreringer fire ganger) Test system: Plaque reduction test (all titrations four times)
Preparatet som er beskrevet i eksempel 12A viste en spesifikk antivirusaktivitet på 580 E/mg i nevnte prøvesystem. The preparation described in example 12A showed a specific antiviral activity of 580 U/mg in said test system.
C. Antiformeringsaktivitet på humane Burkitts' s lymfom- celler C. Antiproliferative activity on human Burkitt's lymphoma cells
( cellelinje Daudi) (cell line Daudi)
Den humane Burkitfs lymofom-cellelinje Daudi ble dyrket The human Burkitt's lymphoma cell line Daudi was cultured
i nærvær av forskjellige konsentrasjoner HuIFN-omegal. Etter 2, 4 og 6 dagers inkubasjon ved 37°C ble celletettheten bestemt, ubehandlede kulturer tjente som kontroller. Alle kulturer in the presence of different concentrations of HuIFN-omegal. After 2, 4 and 6 days of incubation at 37°C, the cell density was determined, untreated cultures serving as controls. All cultures
ble ansatt tre ganger parallelt. Fra den etterfølgende figur fremgår at IFN-omega viser en utpreget hemning av celleforme-ringen ved en konsentrasjon på 100 antivirus-enheter (IE, se eksempel 12A) pr. ml; ved en konsentrasjon på 10 IE/ml obser-verte man en partiell, transient hemning (følgende symboler anvendes i den følgende figur: 0 kontroll, ° 1 IE/ml, □ 10 IE/ml, ▼ 1 00 IÉ/ml): was employed three times in parallel. From the subsequent figure it appears that IFN-omega shows a pronounced inhibition of cell proliferation at a concentration of 100 antiviral units (IU, see example 12A) per ml; at a concentration of 10 IU/ml, a partial, transient inhibition was observed (the following symbols are used in the following figure: 0 control, ° 1 IU/ml, □ 10 IU/ml, ▼ 1 00 IÉ/ml):
D. Antiformeringsaktivitet på humane cervixcarcinomceller ( cellelinje HeLa) D. Antiproliferative activity on human cervical carcinoma cells (cell line HeLa)
Den humane cervixcarcinom-cellelinje HeLa ble dyrket The human cervical carcinoma cell line HeLa was cultured
i nærvær av følgende proteiner henholdsvis proteinblandinger: in the presence of the following proteins or protein mixtures:
HuIFN-omegal (se eksempel 12A) 100 IE/ml HuIFN-omegal (see Example 12A) 100 IU/ml
HuIFN-gamma (se eksempel 12A) 100 IE/ml HuIFN-gamma (see Example 12A) 100 IU/ml
Human tumor-nekrose-faktor (HuIFN), >_ 98% ren, fremstilt av Genentech Inc., San Fransisco, USA (se Pennica D. Human tumor necrosis factor (HuIFN), >_ 98% pure, manufactured by Genentech Inc., San Francisco, USA (see Pennica D.
et al., Nature 312, 724 - 729; 1984) 100 ng/ml et al., Nature 312, 724-729; 1984) 100 ng/ml
Alle binære kombinasjoner av de nevnte proteinkonsentra-sjoner som ovenfor 2 kulturer ble startet i hver av 3 cm plast vevskultur-skåler (50 000 celler/skål) og inkubert 6 dager ved 37°C, og deretter ble celletettheten bestemt. Behandlingen av cellene med HuIFN-omegal eller HuIFN-gamma hadde bare liten innflytelse-på celleveksten, mens HuIFN-gamma viste en tydelig cytostatisk virking. Kombinasjoner av IFN-gamma med IFN-omega1 viste syner-gistisk cytostatisk/cytotoksisk virkning. All binary combinations of the mentioned protein concentrations as above 2 cultures were started in each of 3 cm plastic tissue culture dishes (50,000 cells/dish) and incubated for 6 days at 37°C, and then the cell density was determined. The treatment of the cells with HuIFN-omega or HuIFN-gamma had only a small influence on cell growth, while HuIFN-gamma showed a clear cytostatic effect. Combinations of IFN-gamma with IFN-omega1 showed synergistic cytostatic/cytotoxic action.
Den etterfølgende figur viser resultatet av forsøket: The following figure shows the result of the experiment:
Følgende symboler anvendes i figuren ovenfor: C ubehandlede kontroller, T HuTNF, 0 HuIFN-omega, G HuIFN-gamma. The following symbols are used in the figure above: C untreated controls, T HuTNF, 0 HuIFN-omega, G HuIFN-gamma.
E. Syrestabilitet E. Acid stability
For å undersøke syrestabiliteten til HuIFN-omegal innstilles en fortynning av preparat som er omtalt i eksempel 12A i cellekulturmedium (E/min.I 1640 med 10% føtalt kalve-serum) ved hjelp av HCl på pH 2, inkuberes 24 timer ved 4°C og nøytraliseres deretter med NaOH. Denne proben ble titrert i antivirusprøven (eksempel 12A), og den viste 75% av den biologiske aktiviteten til en kontroll inkubert ved nøytral pH. IFN-omega1 må dermed betegnes som syrestabil. To investigate the acid stability of HuIFN-omegal, a dilution of the preparation described in example 12A is set up in cell culture medium (E/min.I 1640 with 10% fetal calf serum) using HCl at pH 2, incubated for 24 hours at 4° C and then neutralized with NaOH. This probe was titrated in the antiviral sample (Example 12A) and it showed 75% of the biological activity of a control incubated at neutral pH. IFN-omega1 must therefore be described as acid-stable.
F. Seroloqisk karakterisering F. Seroloqical characterization
For å bestemme de serologiske egenskapene til HuIFN-col To determine the serological properties of HuIFN-col
i sammenligning med HuIFN-a2, ble prober (fortynnet til 100 IE/ml) for-inkubert med samme volum av løsninger av monoklonale antistoffer eller polyklonale antisera 90 minutter ved 37°C, in comparison with HuIFN-α2, probes (diluted to 100 IU/ml) were pre-incubated with the same volume of solutions of monoclonal antibodies or polyclonal antisera for 90 minutes at 37°C,
og deretter ble probenes antivirusaktivitet bestemt. Den et-terfølgende tabell viser at HuIFN-omegal bare kan nøytraliseres med et antiserum mot leukocyttinterferon i relativt høy konsentrasjon, men ikke med antistoffer som er rettet mot HuIFN-a2 eller HuIFN-/3. HuIFN-col er derfor hverken serologisk beslektet med HuIFN-a2 eller HuIFN-Ø: and then the antiviral activity of the probes was determined. The following table shows that HuIFN-omega can only be neutralized with an antiserum against leukocyte interferon in a relatively high concentration, but not with antibodies directed against HuIFN-a2 or HuIFN-/3. HuIFN-col is therefore neither serologically related to HuIFN-a2 nor HuIFN-Ø:
Symboler: - ikke undersøkt; 0 ingen nøytralisering; + partiell-nøytralisering; +++ fullstendig nøytralisering. Symbols: - not examined; 0 no neutralization; + partial-neutralization; +++ complete neutralization.
Claims (18)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE3428370A DE3428370A1 (en) | 1984-08-01 | 1984-08-01 | Interferon, genetic sequences which code therefor, and organisms producing these |
DE19853505060 DE3505060A1 (en) | 1985-02-14 | 1985-02-14 | Type I interferons, genetic sequences which code therefor, and organisms producing these |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
NO853012L NO853012L (en) | 1986-02-03 |
NO177863B true NO177863B (en) | 1995-08-28 |
NO177863C NO177863C (en) | 1995-12-06 |
Family
ID=25823496
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
NO853012A NO177863C (en) | 1984-08-01 | 1985-07-30 | Method for Preparation of Recombinant Human IFN Type I, IFN1, IFN-Pseudo-2, -3, and -4, and Expression Vectors |
Country Status (21)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0170204B1 (en) |
JP (2) | JP2566909B2 (en) |
KR (1) | KR0136799B1 (en) |
AT (1) | ATE67786T1 (en) |
AU (1) | AU600653B2 (en) |
BG (1) | BG60445B2 (en) |
CA (1) | CA1340184C (en) |
DD (1) | DD246318A5 (en) |
DE (1) | DE3584198D1 (en) |
DK (1) | DK175194B1 (en) |
ES (2) | ES8609475A1 (en) |
FI (1) | FI90667C (en) |
GR (1) | GR851866B (en) |
HK (1) | HK187896A (en) |
HU (1) | HU205779B (en) |
IE (1) | IE58942B1 (en) |
IL (1) | IL75963A (en) |
MX (1) | MX9203645A (en) |
NO (1) | NO177863C (en) |
NZ (1) | NZ212937A (en) |
PT (1) | PT80901B (en) |
Families Citing this family (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5231176A (en) * | 1984-08-27 | 1993-07-27 | Genentech, Inc. | Distinct family DNA encoding of human leukocyte interferons |
DE3607835A1 (en) * | 1986-03-10 | 1987-09-24 | Boehringer Ingelheim Int | HYBRID INTERFERONS, THEIR USE AS MEDICINAL PRODUCTS AND AS INTERMEDIATE PRODUCTS FOR THE PRODUCTION OF ANTIBODIES AND THE USE THEREOF AND METHOD FOR THEIR PRODUCTION |
EP0490233A1 (en) * | 1986-03-10 | 1992-06-17 | BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GmbH | Monoclonal antibodies against Bgl III-hybrid interferons, their use and process for preparing them |
US4863727A (en) * | 1986-04-09 | 1989-09-05 | Cetus Corporation | Combination therapy using interleukin-2 and tumor necrosis factor |
DE3633323A1 (en) * | 1986-10-01 | 1988-04-07 | Boehringer Ingelheim Int | NEW MONOCLONAL ANTIBODIES AGAINST IFN-OMEGA, METHOD FOR THE PRODUCTION THEREOF AND THEIR USE FOR CLEANING AND DETECTING IFN-OMEGA |
DE3635867A1 (en) * | 1986-10-22 | 1988-05-11 | Boehringer Ingelheim Int | NEW YEAR EXPRESSION VECTORS FOR IFN-OMEGA, METHOD FOR THEIR PRODUCTION AND USE THEREOF |
EP1987845B1 (en) | 1997-11-20 | 2012-03-21 | Vical Incorporated | Treatment of cancer using cytokine-expressing polynucleotides and compositions therefor. |
WO2000040273A2 (en) * | 1999-01-08 | 2000-07-13 | Vical Incorporated | Treatment of viral diseases using an interferon omega expressing polynucleotide |
ES2258214T3 (en) | 2002-03-07 | 2006-08-16 | Eidgenossische Technische Hochschule Zurich | SYSTEM AND PROCEDURE FOR THE PRODUCTION OF RECOMBINANT GLUCOSYLED PROTEINS IN A PROCEDURAL GUEST. |
JP4727927B2 (en) * | 2002-03-07 | 2011-07-20 | アイトゲネシシェ・テッヒニシェ・ホーホシューレ・チューリッヒ | Systems and methods for production of recombinant glycosylated proteins in prokaryotic hosts |
US20070026485A1 (en) | 2003-04-09 | 2007-02-01 | Neose Technologies, Inc. | Glycopegylation methods and proteins/peptides produced by the methods |
WO2004096852A1 (en) * | 2003-04-25 | 2004-11-11 | The Institute Of Microbiology And Epidemiology, Academy Of Military Medical Sciemces, Pla | A RECOMBINANT HUMAN INTERFERON ϖ, THE METHOD FOR EXPRESSING IT AND THE USES OF IT |
KR101524636B1 (en) | 2005-05-11 | 2015-06-03 | 에테하 취리히 | Recombinant n-glycosylated proteins from procaryotic cells |
SI2257307T1 (en) | 2008-02-20 | 2018-09-28 | Glaxosmithkline Biologicals S.A. | Bioconjugates made from recombinant n-glycosylated proteins from procaryotic cells |
PT2501406T (en) | 2009-11-19 | 2018-02-21 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Biosynthetic system that produces immunogenic polysaccharides in prokaryotic cells |
ES2844596T3 (en) | 2010-05-06 | 2021-07-22 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Capsular gram-positive bacteria bioconjugate vaccines |
WO2013024158A1 (en) | 2011-08-17 | 2013-02-21 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Combinations of protein kinase inhibitors and interferons or of protein kinase inhibitors and direct acting antivirals for the treatment and the prevention of hcv infection |
WO2013024156A2 (en) | 2011-08-17 | 2013-02-21 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Combinations of anti-hcv-entry factor antibodies and interferons for the treatment and the prevention of hcv infection |
WO2014033266A1 (en) | 2012-08-31 | 2014-03-06 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Anti-sr-bi antibodies for the inhibition of hepatitis c virus infection |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU1946283A (en) * | 1982-08-18 | 1984-03-07 | Cetus Corporation | Interferon-alpha 6l |
CA1217440A (en) * | 1982-08-18 | 1987-02-03 | Michael A. Innis | INTERFERON .alpha. 6L |
DE3247922A1 (en) * | 1982-12-24 | 1984-06-28 | Boehringer Ingelheim International GmbH, 6507 Ingelheim | DNA SEQUENCES, THEIR PRODUCTION, PLASMIDES CONTAINING THESE SEQUENCES AND THE USE THEREOF FOR THE SYNTHESIS OF EUKARYOTIC GENE PRODUCTS IN PROKARYOTS |
ATE47864T1 (en) * | 1984-08-27 | 1989-11-15 | Genentech Inc | MISCELLANEOUS FAMILY OF HUMAN WBC INTERFERONS, COMPOSITIONS CONTAINING THEM, METHODS FOR THEIR PRODUCTION, AND DNA AND TRANSFECTED HOSTS THEREOF. |
-
1985
- 1985-07-24 EP EP85109284A patent/EP0170204B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1985-07-24 DE DE8585109284T patent/DE3584198D1/en not_active Expired - Lifetime
- 1985-07-24 AT AT85109284T patent/ATE67786T1/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-29 DD DD27937585A patent/DD246318A5/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-29 AU AU45549/85A patent/AU600653B2/en not_active Expired
- 1985-07-29 GR GR851866A patent/GR851866B/el unknown
- 1985-07-30 IL IL75963A patent/IL75963A/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-30 ES ES545725A patent/ES8609475A1/en not_active Expired
- 1985-07-30 DK DK198503463A patent/DK175194B1/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-30 NO NO853012A patent/NO177863C/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-31 FI FI852956A patent/FI90667C/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-31 NZ NZ212937A patent/NZ212937A/en unknown
- 1985-07-31 CA CA000487921A patent/CA1340184C/en not_active Expired - Lifetime
- 1985-07-31 IE IE190685A patent/IE58942B1/en not_active IP Right Cessation
- 1985-07-31 JP JP60169667A patent/JP2566909B2/en not_active Expired - Lifetime
- 1985-07-31 HU HU852942A patent/HU205779B/en unknown
- 1985-07-31 KR KR1019850005511A patent/KR0136799B1/en not_active IP Right Cessation
- 1985-08-01 PT PT80901A patent/PT80901B/en unknown
-
1986
- 1986-02-26 ES ES552431A patent/ES8708013A1/en not_active Expired
-
1992
- 1992-06-26 MX MX9203645A patent/MX9203645A/en unknown
-
1993
- 1993-08-27 JP JP5212933A patent/JP2567195B2/en not_active Expired - Lifetime
-
1994
- 1994-01-25 BG BG98417A patent/BG60445B2/en unknown
-
1996
- 1996-10-10 HK HK187896A patent/HK187896A/en not_active IP Right Cessation
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
NO177863B (en) | Method for Preparation of Recombinant Human IFN Type I, IFN1, IFN-Pseudo-2, -3, and -4, and Expression Vectors | |
Yelverton et al. | Bacterial synthesis of a novel human leukocyte interferon | |
FI99116C (en) | Process for producing horse interferon | |
US5798228A (en) | Recombinant production of dog and horse type I interferons | |
US7635466B1 (en) | DNA sequences, recombinant DNA molecules and processes for producing human fibroblast interferon-like polypeptides | |
JP2515308B2 (en) | Human immune interferon | |
DK168794B1 (en) | Hybrid interferon polypeptide, process for its preparation, pharmaceutical composition containing it, hybrid vector containing a DNA sequence encoding the hybrid interferon polypeptide, and host transformed with an expression vector containing the DNA sequence | |
JPH07308191A (en) | Dna coding for hybrid type human leukocyte interferon | |
EP0165654B1 (en) | Purified interleukin 1 | |
DK164108B (en) | DERIVATIVES OF HUMANT INTERFERON-GAMMA POLYPEPTIDE, RECOMBINANT PLASMID USED IN PREPARING THEREOF, PROCEDURES FOR PRODUCING THEREOF AND MICROORGANISM CONTAINING RECOMBINANT PLASMID | |
FI104637B (en) | New hybrid DNA molecules and bacterial and fungal pathogens for the production of hybrid interferons and pectin lyases | |
YAMAMOTO et al. | Determination of the initiation sites of transcription and translation of the uvrD gene of Escherichia coli | |
JPS59140897A (en) | Production of interleukin 2 | |
HRP950157A2 (en) | Polypeptide with human interferon (ifn-gamma) characteristics |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MK1K | Patent expired |