KR20210058865A

KR20210058865A - 배당체 화합물의 제조 방법

Info

Publication number: KR20210058865A
Application number: KR1020217009766A
Authority: KR
Inventors: 다츠야 사이토; 히데키 이하라
Original assignee: 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤
Priority date: 2018-09-07
Filing date: 2019-09-06
Publication date: 2021-05-24
Also published as: US20210355153A1; EP3848381A1; JPWO2020050411A1; EP3848381A4; WO2020050411A1; JP7423533B2; CN112638926A

Abstract

본 발명은 고순도에서의 목적 화합물 (아미다이트) 의 합성이 가능해지는, 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 방법으로서, 공정 A : 산화제 및 산의 존재 하에서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정으로서, 반응계 내에 산화제를 첨가하고, 이어서 산을 첨가하는, 그 공정 (하기 식 중,

식 중, B^a 는, 아실기에 의해서 치환되어 있어도 되는 시토신기, 또는 우라실기를 나타내고, R¹ 은 C1 ∼ C6 알킬기, 또는 페닐기를 나타내며, 그리고, n 은 0 또는 1 을 나타낸다.) 을 포함하고, 여기서, 산화제는, N-할로겐화숙신이미드 및 N-할로겐화히단토인으로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고, 산은, 퍼플루오로알킬카르복실산 및 그 염, 알킬술폰산 및 그 염, 아릴술폰산 및 그 염, 퍼플루오로알킬술폰산 및 그 염, 및 이것들의 2 종류 이상의 조합으로 이루어지는 군에서 선택되는, 그 방법을 제공한다.

Description

배당체 화합물의 제조 방법

본 특허출원은 일본 특허출원 2018-168135 호 (2018년 9월 7 일 출원) 에 기초하는 파리 조약상의 우선권 및 이익을 주장하는 것이고, 여기에 인용함으로써, 상기 출원에 기재된 내용의 전체가 본 명세서 내에 들어 가는 것으로 한다.

본 발명은 배당체 화합물 및 아미다이트 화합물의 제조 방법에 관한 것이다.

RNA 는 RNA 프로브, 안티센스 RNA, 리보자임, siRNA, 앱타머 등으로서 이용 가능하여, 유용한 소재이다.

RNA 는 고상 합성법 등에 의해서 합성 가능하고, 고상 합성법에서는 뉴클레오티드의 포스포르아미다이트 (이하,「아미다이트」라고 칭한다) 가 원료로서 사용된다. 이와 같은 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로는, 예를 들어, TBDMS (t-부틸디메틸실릴), TOM (트리이소프로필실릴옥시메틸), ACE (비스(2-아세톡시에톡시)메틸) 등이 알려져 있다. 또한 아미다이트의 2' 위치의 수산기의 보호기로서, 특허문헌 1, 2 및 3 에 개시된 보호기가 보고되어 있지만, 이들 보호기를 갖는 아미다이트의 합성 방법으로는, 얻어지는 아미다이트의 수율이나 순도의 관점에서 반드시 만족할 수 있는 것은 아니다.

아미다이트의 포지션 아이소머가 존재한 경우에는, RNA 의 합성에 있어서 최종물의 합성에 악영향을 미치는 것이 알려져 있다 (He, Kaizhang and Hasan, Ahmad Classification and Characterization of Impurities in Phosphoramidites Used in Making Therapeutic Oligonucleotides : Risk Mitigation Strategies for Entering Clinical Phases, <URL:https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/BID/Technical-Notes/amidite-impurity-classification-technote.pdf> 참조).

일본 특허공보 제5157168 호 일본 특허공보 제5554881 호 WO2007/097447

본 발명은 고순도에서의 목적 화합물 (아미다이트 화합물) 의 합성이 가능해지는 배당체 화합물 및 아미다이트 화합물을 제조하는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.

아미다이트의 합성 반응에 있어서, 상기 특허문헌 1, 2 및 3 에서는, 아래의 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조할 때, 반응계 내에 트리플루오로메탄술폰산 또는 트리플루오로메탄술폰산은 등의 산을 첨가하고, 이어서 N-요오드숙신이미드 또는 N-브로모숙신이미드 등의 산화제를 첨가하는 것이 행해졌다. 그렇게 하면, 질량 분석을 행하면 목적물과 동일 분자량의 불순물이 생성되어 있는 것이 확인되었다.

본 발명자들은, 상기 목적을 달성할 수 있도록 예의 연구를 거듭한 결과, 아미다이트 화합물의 합성 반응에 있어서 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조할 때, 반응계 내에 산화제 (N-요오드숙신이미드) 를 첨가하고, 이어서 산 (트리플루오로메탄술폰산) 을 첨가함으로써, 목적물과 동일 분자량의 불순물의 생성을 억제할 수 있다는 지견을 얻었다. 결과적으로, 고순도에서의 목적 화합물 (아미다이트 화합물) 의 합성이 가능해진다.

본 발명은 이들 지견에 기초하여, 더욱 검토를 거듭하여 완성된 것으로서, 다음의 배당체 화합물 및 아미다이트 화합물을 제조하는 방법을 제공하는 것이다. 본 발명은 아래의 항에 기재하는 실시양태를 포함하지만, 이것들에 한정되는 것은 아니다.

항 1. 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 방법으로서,

공정 A : 산화제 및 산의 존재 하에서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정으로서, 반응계 내에 산화제를 첨가하고, 이어서 산을 첨가하는, 그 공정

[화학식 1]

(식 중,

B^a 는, 아실기에 의해서 치환되어 있어도 되는 시토신기, 또는 우라실기를 나타내고,

R¹ 은 C1 ∼ C6 알킬기, 또는 페닐기를 나타내며, 그리고,

n 은 0 또는 1 을 나타낸다.) 을 포함하고,

여기서,

산화제는, N-할로겐화숙신이미드 및 N-할로겐화히단토인으로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고,

산은, 퍼플루오로알킬카르복실산 및 그 염, 알킬술폰산 및 그 염, 아릴술폰산 및 그 염, 퍼플루오로알킬술폰산 및 그 염, 및 이것들의 2 종류 이상의 조합으로 이루어지는 군에서 선택되는, 그 방법.

항 2. n 이 1 인, 항 1 에 기재된 제조 방법.

항 3. n 이 0 인, 항 1 에 기재된 제조 방법.

항 4. 산화제가 N-할로겐화숙신이미드인, 항 1 ∼ 3 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 5. 산화제가 N-요오드숙신이미드인, 항 1 ∼ 4 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 6. 산이 트리플루오로메탄술폰산, 트리플루오로메탄술폰산은, 및 메탄술폰산으로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 1 개인, 항 1 ∼ 5 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 7. 산이 트리플루오로메탄술폰산인, 항 1 ∼ 6 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 8. 용매로서 테트라하이드로푸란을 사용하는, 항 1 ∼ 7 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 9. R¹ 이 메틸기인, 항 1 ∼ 8 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 10. B^a 가 아세틸기로 치환된 시토신기, 또는 무치환의 우라실기인, 항 1 ∼ 9 중 어느 하나에 기재된 제조 방법.

항 11. 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 방법으로서,

[화학식 2]

(식 중, B^a 및 n 은 상기와 동일하고,

G¹ 및 G² 는 동일 또는 상이하며 수산기의 보호기를 나타내고, 그리고,

G³ 은 동일 또는 상이하며 알킬기를 나타낸다.)

공정 A : 항 1 ∼ 10 중 어느 하나에 기재된 제조 방법에 의해서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정을 포함하는, 그 방법.

[화학식 3]

(식 중, B^a, R¹ 및 n 은 상기와 동일하다.)

항 12. 공정 B : 공정 A 에서 얻어진 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물의 3' 위치와 5' 위치의 수산기를 탈보호하여 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정

[화학식 4]

(식 중, B^a 및 n 은 상기와 동일하다.)

을 추가로 포함하는, 항 11 에 기재된 방법.

항 13. 탈보호제로서 트리에틸아민삼불화수소산염 또는 피리딘불화수소산염을 사용하는, 항 12 에 기재된 방법.

항 14. 공정 C : 공정 B 에서 얻어진 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물의 5' 위치의 수산기에 보호기 G¹ 을 도입하고, 3' 위치의 수산기를 포스포르아미다이트화하여 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 공정

[화학식 5]

(식 중, B^a, n, G¹, G² 및 G³ 은 상기와 동일하다.)

을 추가로 포함하는, 항 12 또는 13 에 기재된 방법.

항 15. 5' 위치 수산기의 보호기 도입 시약으로서 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드를 사용하는, 항 14 에 기재된 방법.

항 16. 3' 위치 수산기의 포스포르아미다이트화 시약으로서 2-시아노에틸-N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포르디아미다이트를 사용하는, 항 14 또는 15 에 기재된 방법.

본 발명의 제조 방법에 의하면, 아미다이트 화합물의 합성 반응에 있어서 중간체 화합물의 불순물의 생성을 억제할 수 있고, 결과적으로 목적 화합물 (아미다이트 화합물) 을 높은 순도로 제조하는 것이 가능해진다.

이하, 본 발명에 대해서 상세하게 설명한다.

또한, 본 명세서에 있어서「포함하다 (comprise)」는,「본질적으로 이루어지는 (essentially consist of)」이라는 의미와,「만으로 이루어지는 (consist of)」이라는 의미도 포함한다.

본 발명은 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 방법으로서, 아래의 공정 A, 공정 A 및 B, 또는 공정 A ∼ C 를 포함하는 것을 특징으로 한다.

[화학식 6]

(식 중,

B^a 는 아실기에 의해서 치환되어 있어도 되는 시토신기, 또는 우라실기를 나타내고,

n 은 0 또는 1 을 나타내며,

G³ 은 동일 또는 상이하며 알킬기를 나타낸다.)

공정 A : 산화제 및 산의 존재 하에서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정으로서, 반응계 내에 산화제를 첨가하고, 이어서 산을 첨가하는, 공정

[화학식 7]

(식 중, B^a, 및 n 은 상기와 동일하고, 그리고, R¹ 은 C1 ∼ C6 알킬기, 또는 페닐기를 나타낸다.)

공정 B : 공정 A 에서 얻어진 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물의 3' 위치와 5' 위치의 수산기를 탈보호하여 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정

[화학식 8]

(식 중, B^a 및 n 은 상기와 동일하다.)

공정 C : 공정 B 에서 얻어진 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물의 5' 위치의 수산기에 보호기 G¹ 을 도입하고, 3' 위치의 수산기를 포스포르아미다이트화하여 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 공정

[화학식 9]

(식 중, B^a, n, G¹, G² 및 G³ 은 상기와 동일하다.)

R¹ 로서 바람직하게는 메틸기이다.

B^a 에 있어서의 핵산염기는, 아래에 나타내는 시토신기, 또는 우라실기이다.

[화학식 10]

(식 중, R² 는 수소 원자, 아세틸기, 이소부티릴기 또는 벤조일기를 나타낸다.)

G¹ 로는, 보호기로서 기능할 수 있는 것이면 특별히 제한없이 사용할 수 있고, 아미다이트 화합물에서 사용되는 공지된 보호기를 널리 사용할 수 있다.

G¹ 로는, 바람직하게는 아래의 기이다.

[화학식 11]

(식 중, R³, R⁴ 및 R⁵ 는 동일 또는 상이하며 수소 또는 알콕시기를 나타낸다.)

R³, R⁴ 및 R⁵ 는, 1 개가 수소이고, 나머지의 2 개가 알콕시기인 것이 바람직하고, 알콕시기로는 메톡시기가 특히 바람직하다.

G² 로는, 보호기로서 기능할 수 있는 것이면 특별히 제한없이 사용할 수 있고, 아미다이트 화합물에서 사용되는 공지된 보호기를 널리 사용할 수 있다. G² 로는, 예를 들어, 수소 원자, 알킬기, 알케닐기, 알키닐기, 시클로알킬기, 상기 알킬기 등 이외의 탄화수소기, 할로알킬기, 아릴기, 헤테로아릴기, 아릴알킬기, 시클로알케닐기, 시클로알킬알킬기, 시크릴알킬기, 하이드록시알킬기, 아미노알킬기, 알콕시알킬기, 헤테로시크릴알케닐기, 헤테로시크릴알킬기, 헤테로아릴알킬기, 실릴기, 실릴옥시알킬기, 모노, 디 또는 트리알킬실릴기, 모노, 디 또는 트리알킬실릴옥시알킬기 등을 들 수 있고, 이것들은 전자구인기로 치환되어 있어도 된다.

G² 로는, 바람직하게는 전자구인기로 치환된 알킬기이다. 당해 전자구인기로는, 예를 들어, 시아노기, 니트로기, 알킬술포닐기, 할로겐, 아릴술포닐기, 트리할로메틸기, 트리알킬아미노기 등을 들 수 있고, 바람직하게는 시아노기이다.

G² 로는, 특히 바람직하게는 이하의 기이다.

[화학식 12]

G³ 은, 동일 또는 상이하며 알킬기이고, 2 개의 G³ 이 서로 결합하여 고리형 구조를 형성하고 있어도 된다. G³ 으로는, 양방이 이소프로필기인 것이 바람직하다.

알킬기는, 직사슬형 또는 분기 사슬형 중 어느 것이어도 되고, 바람직하게는 탄소수 1 ∼ 12 의 알킬기, 보다 바람직하게는 탄소수 1 ∼ 6 의 알킬기이다. 알킬기로는, 예를 들어, 메틸, 에틸, n-프로필, 이소프로필, n-부틸, 이소부틸, tert-부틸, n-펜틸, 이소펜틸, 및 헥실을 들 수 있다. 여기서의 알킬기로는 알콕시기 등의 알킬 부분도 포함된다.

아실기는, 직사슬형 혹은 분기 사슬형의 지방족 아실기, 또는, 방향족 아실기를 나타내고, 카르보닐의 탄소도 포함한 합계의 탄소수가 2 ∼ 12 이고, 바람직하게는 탄소수가 2 ∼ 7 이며, 아실기의 예로는, 지방족 아실기 (예를 들어, 아세틸기, 프로피오닐기, 부타노일기 (부티릴기), 이소부타노일기 (이소부티릴기), 펜타노일기, 헥사노일기, 헵타노일기, 옥타노일기, 노나노일기, 데카노일기, 운데카노일기 등), 및 방향족 아실기 (예를 들어, 벤조일기, 1-나프토일기 및 2-나프토일기) 를 들 수 있고, 바람직하게는 아세틸기, 이소부티릴기 또는 벤조일기를 들 수 있다.

또, 본 발명의 아미다이트 화합물에는 프리한 상태 및 염의 상태가 포함된다. 본 발명의 아미다이트 화합물의 염으로는 특별히 제한되지 않고, 염기부가염이어도 되고, 예를 들어, 나트륨염, 마그네슘염, 칼륨염, 칼슘염, 알루미늄염 등의 무기 염기와의 염 ; 메틸아민염, 에틸아민염, 에탄올아민염 등의 유기 염기와의 염 ; 리신염, 오르니틴염, 아르기닌염 등의 염기성 아미노산과의 염, 및 암모늄염 등의 염기 부가염을 들 수 있다. 또, 당해 염은 산 부가염이어도 되고, 이러한 염으로는, 구체적으로는, 염산, 브롬화수소산, 요오드화수소산, 황산, 질산, 인산 등의 광산 ; 포름산, 아세트산, 프로피온산, 옥살산, 말론산, 말산, 타르타르산, 푸마르산, 숙신산, 락트산, 말레산, 시트르산, 메탄술폰산, 트리플루오로메탄술폰산, 에탄술폰산 등의 유기산 ; 아스파르트산, 글루타민산 등의 산성 아미노산과의 산 부가염을 들 수 있다.

공정 A :

본 반응에서는, 산화제 및 산의 존재 하에서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응 (커플링 반응) 시킴으로써 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 얻을 수 있고, 특히, 반응계 내에 산화제를 첨가하고, 이어서 산을 첨가하는 것을 특징으로 한다.

산화제로는, 예를 들어, N-클로로숙신이미드, N-브로모숙신이미드, N-요오드숙신이미드 등의 N-할로겐화숙신이미드, 1,3-디요오드-5,5-디메틸히단토인 등의 N-할로겐화히단토인을 들 수 있다. 본 발명에 있어서는, N-할로겐화숙신이미드가 바람직하게 사용되고, N-요오드숙신이미드가 더욱 바람직하게 사용된다.

산으로는, 예를 들어, 퍼플루오로알킬카르복실산 및 그 염, 알킬술폰산 및 그 염, 아릴술폰산 및 그 염, 퍼플루오로알킬술폰산 및 그 염, 그리고 이것들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 염으로는, 예를 들어, 금속염 (예를 들어, 구리염 및 은염) 을 들 수 있다. 산으로는, 구체적으로는, 메탄술폰산, 파라톨루엔술폰산, 캄파술폰산, 트리플루오로메탄술폰산, 및 트리플루오로메탄술폰산은 등, 그리고 이것들의 2 종류 이상의 조합을 들 수 있다. 본 발명에 있어서는 트리플루오로메탄술폰산이 바람직하게 사용된다.

본 반응의 용매로는 특별히 한정되지 않고, 예를 들어, 디에틸에테르, 테트라하이드로푸란 (THF), 시클로펜틸메틸에테르, 2-메틸테트라하이드로푸란, 디메톡시에탄, 디옥산 등의 에테르, 톨루엔 등의 탄화수소, 아세토니트릴 등의 니트릴, 및 클로로벤젠, 디클로로메탄 등의 할로겐화탄화수소 등을 들 수 있다.

식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물의 양은, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 1 ∼ 5 몰, 바람직하게는 1 ∼ 3 몰, 보다 바람직하게는 1 ∼ 1.5 몰이다. 산화제의 양은, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 1 ∼ 3 몰, 바람직하게는 1 ∼ 2 몰, 보다 바람직하게는 1 ∼ 1.5 몰이다. 산의 양은 일반식 (1) 로 나타내는 에테르 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 0.1 ∼ 5 몰, 바람직하게는 0.5 ∼ 3 몰, 보다 바람직하게는 0.5 ∼ 1.5 몰이다.

본 반응의 반응 온도는, 통상적으로 -80 ∼ 0 ℃, 바람직하게는 -60 ∼ -10 ℃, 보다 바람직하게는 -50 ∼ -40 ℃ 이다. 본 반응의 반응 시간은, 통상적으로 1 ∼ 12 시간, 바람직하게는 1 ∼ 8 시간, 보다 바람직하게는 1 ∼ 4 시간이다.

일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물은, 공지된 방법에 의해서 제조할 수 있고, 시판품을 입수할 수도 있다. 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물은, 공지된 방법 (상기 특허문헌 1, 2 및 3 참조) 에 의해서 제조할 수 있다.

공정 A 의 반응은, 전형적으로는, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물의 혼합물에 산화제를 첨가하고, 이어서, 생성되는 혼합물에 산을 첨가하여 실시될 수 있다. 예를 들어, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물, 식 (2) 의 에테르 화합물, N-요오드숙신이미드, 트리플루오로메탄술폰산을 순서대로 적하하여 실시될 수 있다.

공정 B :

본 반응에서는, 공정 A 에서 얻어진 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물의 3' 위치와 5' 위치의 수산기를 탈보호함으로써, 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물을 얻을 수 있다.

탈보호 반응은, 보호기에 따라서, 사용하는 보호제를 적절히 바꿀 수 있고, 예를 들어, 공지된 탈보호제를 사용함으로써 행할 수 있다. 탈보호제로는 특별히 한정되지 않고, 예를 들어, 불화수소피리딘, 트리에틸아민삼불화수소산염, 피리딘불화수소산염, 불화암모늄, 불화수소산, 테트라부틸암모늄플로라이드 등을 들 수 있다.

탈보호제의 양은, 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 0.1 ∼ 20 몰, 바람직하게는 0.2 ∼ 10 몰, 보다 바람직하게는 1 ∼ 5 몰이다.

본 반응의 용매로는 특별히 한정되지 않고, 예를 들어, 아세톤 등의 케톤, 디에틸에테르, 테트라하이드로푸란 (THF) 등의 에테르, 톨루엔 등의 탄화수소, 메탄올, 에탄올 등의 알코올, 아세토니트릴 등의 니트릴 등을 들 수 있다.

본 반응의 반응 온도는, 통상적으로 0 ∼ 100 ℃, 바람직하게는 10 ∼ 60 ℃, 보다 바람직하게는 10 ∼ 30 ℃ 이다. 본 반응의 반응 시간은, 통상적으로 30 분 ∼ 72 시간, 바람직하게는 2 ∼ 24 시간이다.

공정 C :

본 반응에서는, 공정 B 에서 얻어진 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물의 5' 위치의 수산기에 보호기 G¹ 을 도입하고, 3' 위치의 수산기를 포스포르아미다이트화함으로써, 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 얻을 수 있다.

본 반응에 있어서는, 보호기 G¹ 의 도입과 포스포르아미다이트화는, 동시에 (1 공정에서) 행할 수도 있고, 보호기 G¹ 을 도입한 후에 포스포르아미다이트화를 행할 수도 있고, 혹은 포스포르아미다이트화를 행한 후에 보호기 G¹ 을 도입할 수도 있다. 그 중에서도, 보호기 G¹ 을 도입한 후에 포스포르아미다이트화를 행하는 것이 바람직하다.

보호기 G¹ 의 도입 반응에 있어서, 보호기 도입제는, G¹ 에 따라서 적절히 선택할 수 있고, 예를 들어, 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드 등을 들 수 있다. 용매로는 특별히 한정되지 않고, 예를 들어, 톨루엔, 피리딘 등의 방향족 용매, 아세토니트릴 등의 니트릴, 테트라하이드로푸란 등의 에테르 등을 들 수 있다. 반응 온도는, 통상적으로 0 ∼ 100 ℃, 바람직하게는 10 ∼ 60 ℃, 보다 바람직하게는 20 ∼ 30 ℃ 이다. 반응 시간은, 통상적으로 30 분 ∼ 24 시간, 바람직하게는 1 ∼ 8 시간이다. 보호기 도입제의 양은, 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 1 ∼ 100 몰, 바람직하게는 1 ∼ 20 몰, 보다 바람직하게는 1 ∼ 5 몰이다.

포스포르아미다이트화 반응에 있어서, 포스포르아미다이트화 시약은 G² 및 G³ 에 따라서 적절히 선택할 수 있고, 예를 들어, 2-시아노에틸-N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포르디아미다이트 등을 들 수 있다. 용매로는 특별히 한정되지 않고, 예를 들어, 아세토니트릴 등의 니트릴, 테트라하이드로푸란 등의 에테르, 디클로로메탄 등의 할로겐화 용매 등을 들 수 있다. 반응 온도는, 통상적으로 0 ∼ 40 ℃, 바람직하게는 20 ∼ 40 ℃ 이다. 반응 시간은, 통상적으로 30 분 ∼ 24 시간, 바람직하게는 1 ∼ 6 시간이다. 포스포르아미다이트화 시약은, 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물 1 몰에 대해서, 통상적으로 1 ∼ 20 몰, 바람직하게는 1 ∼ 5 몰, 보다 바람직하게는 1 ∼ 1.5 몰이다.

공정 A 내지 C 의 어느 공정에 의해서 얻어진 반응 생성물은, 공지된 방법에 의해서 정제, 세정, 농축 등의 처리를 할 수 있다.

본 발명의 제조 방법에 의해서, 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정에 있어서, 동일 분자량의 불순물의 생성을 억제할 수 있다. 결과적으로, 목적 화합물인 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 높은 순도로 제조하는 것이 가능해진다.

[실시예]

이하, 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기 위해서 실시예를 든다. 그러나, 본 발명은 이들 실시예 등에 한정되는 것은 전혀 아니다.

실시예 1

[화학식 13]

N4⁴-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (10.0 g, 19.0 m㏖), 톨루엔 (50 ㎖) 을 플라스크에 첨가하고, 용액을 30 ㎖ 까지 농축시켰다. 테트라하이드로푸란 (22 ㎖) 을 첨가한 후, 반응액을 -50 ℃ 까지 냉각시키고, 그곳에 2-시아노에톡시메틸메틸티오메틸에테르 (이하, EMM 화제로 기재한다.) (4.58 g, 28.4 m㏖), N-요오드숙신이미드 (5.76 g, 25.6 m㏖) 의 테트라하이드로푸란 (13 ㎖) 용액, 트리플루오로메탄술폰산 (4.27 g, 28.5 m㏖) 의 순으로 적하하였다. -50 ℃ 에서 2 시간 교반 후, 반응액을 탄산수소나트륨 (3.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (10.0 g) 및 물 (65 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (1.75 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (5.0 g) 및 물 (32.5 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 639.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 99.1 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 0.9 ％ 였다.

실시예 2

[화학식 14]

3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)우리딘 (TIPS-U) (5.0 g, 10.0 m㏖), 톨루엔 (25 ㎖) 을 플라스크에 첨가하고, 15 ㎖ 까지 농축시켰다. 테트라하이드로푸란 (3.5 ㎖) 을 첨가한 후, 용액을 -50 ℃ 까지 냉각시키고, 그곳에 EMM 화제 (2.48 g, 15.4 m㏖), N-요오드숙신이미드 (3.18 g, 14.1 m㏖) 의 테트라하이드로푸란 (6.5 ㎖) 용액, 트리플루오로메탄술폰산 (2.31 g, 15.4 m㏖) 의 순으로 적하하였다. -50 ℃ 에서 2 시간 교반 후, 반응액을 탄산수소나트륨 (1.75 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (5.0 g) 및 물 (32.5 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (0.85 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (2.5 g) 및 물 (16 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

[화학식 15]

상기한 미정제 EMM U-1 을 테트라하이드로푸란 (15 ㎖), 아세톤 (15 ㎖) 에 용해시키고, 삼불화수소/트리에틸아민 (1.82 g, 11.3 m㏖) 을 첨가하여, 혼합액을 20 ℃ 에서 17 시간 교반하였다. 반응액을 tert-부틸메틸에테르 (50 ㎖) 에 주입하고, 혼합액을 1 시간 교반하였다. 반응액을 여과하고, 얻어진 고체를 tert-부틸메틸에테르 (10 ㎖) 로 씻고, 그 고체를 감압 건조시켜, 목적 화합물 (3.01 g, 수율 84 ％) 을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 392.1 (장치·유리 기구 등 유래의 염화물 이온 부가체) 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 99.6 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 0.4 ％ 였다.

실시예 3

[화학식 16]

상기한 미정제 EMM C-1 을 테트라하이드로푸란 (40 ㎖) 에 용해시키고, 삼불화수소/트리에틸아민 (3.36 g, 20.8 m㏖) 을 첨가하여, 혼합액을 20 ℃ 에서 16 시간 교반하였다. 반응액을 0 ℃ 로 냉각시키고, tert-부틸메틸에테르 (60 ㎖) 를 적하하였다. 생성된 고체를 여과로 회수, 건조시켜, 목적 화합물 (7.95 g) 을 얻었다.

실시예 4

[화학식 17]

상기한 미정제 EMM C-2 (7.0 g, 17.6 m㏖) 를 피리딘 (35 ㎖), 아세토니트릴 (14 ㎖), 톨루엔 (35 ㎖) 에 용해시키고, 0 ℃ 로 냉각시켰다. 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드 (7.14 g, 21.1 m㏖) 를 그곳에 첨가하여, 혼합액을 20 ℃ 에서 4 시간 교반하였다. 메탄올 (3.5 ㎖) 을 첨가하여 5 분간 교반하고, 반응액을 탄산수소나트륨 (1.75 g) 및 물 (35 ㎖) 로 이루어지는 용액에 톨루엔 (7 ㎖) 으로 씻어 넣어, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 다음으로 유기층을 탄산수소나트륨 (1.75 g) 및 물 (35 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 추가로 유기층을 염화나트륨 (3.5 g) 및 물 (35 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하여, 유기층을 21 ㎖ 까지 농축시켰다. 톨루엔 (28 ㎖) 을 첨가하여 21 ㎖ 까지 농축시키는 조작을 3 회 행하여, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다. 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피에 의한 정제 (헵탄/아세트산에틸-아세톤의 1 : 1 용액 = 40/60 ∼ 10/90) 를 행하여, 목적 화합물 (6.42 g, TIPS-C 로부터의 수율 61 ％) 을 얻었다.

실시예 5

[화학식 18]

상기한 EMM C-3 (6.0 g, 8.6 m㏖) 에 아세토니트릴 (18 ㎖) 을 첨가하고, 그곳에 25 ℃ 에서 디이소프로필아민테트라졸리드 (1.68 g, 9.8 m㏖), 2-시아노에틸N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포르디아미다이트 (3.09 g, 10.3 m㏖) 를 첨가하여, 혼합액을 35 ℃ 에서 2 시간 교반하였다. 반응액을 톨루엔 (60 ㎖), 물 (30 ㎖) 및 탄산수소나트륨 (1.5 g) 으로 이루어지는 용액에 붓고, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 DMF (30 ㎖) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 4 회, 물 (30 ㎖) 로 2 회, 염화나트륨 (3.0 g) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 1 회 각각 세정하였다. 유기층에 황산나트륨 (3.0 g) 을 첨가하여 여과하고, 18 ㎖ 까지 농축시켜 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다. 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피에 의한 정제 (헵탄/아세톤 = 60/40 ∼ 30/70) 를 행하여, 목적 화합물 (6.45 g, EMM C-3 으로부터의 수율 84 ％) 을 얻었다.

실시예 6

[화학식 19]

N4-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (1.0 g, 1.9 m㏖) 을 테트라하이드로푸란 (10 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 메틸티오메틸2-시아노에틸에테르 (이하, CEM 화제로 기재한다.) (0.37 g, 2.8 m㏖), 몰레큘러 시브 4 A (0.8 g) 를 첨가하여, 혼합액을 질소 분위기 하, -45 ℃ 에서 30 분간 교반하였다. 그곳에 N-요오드숙신이미드 (0.64 g, 2.8 m㏖) 를 첨가한 후, 트리플루오로메탄술폰산 (0.42 g, 2.8 m㏖) 을 적하하여, 혼합액을 -45 ℃ 에서 30 분간 교반하였다. 반응액에 트리에틸아민 (1.6 ㎖) 을 첨가하고, 여과 후, 아세트산에틸을 첨가하여, 유기층을 물 (10 ㎖), 티오황산나트륨 5 수화물 (1.0 g), 탄산수소나트륨 (0.35 g) 의 혼합 용액으로 2 회 세정하였다. 용매를 증류 제거하여, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 609.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 99.93 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 0.07 ％ 였다.

[화학식 20]

상기한 미정제 CMMC-1 을 테트라하이드로푸란 (6 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 25 ℃ 에서 삼불화수소/트리에틸아민 (0.37 g, 2.2 m㏖) 을 첨가하여, 혼합액을 45 ℃ 에서 2 시간 교반하였다. 생성된 석출물을 흡인 여과로 회수하고, 테트라하이드로푸란으로 세정, 건조시켜 목적 화합물 (0.68 g, 수율 97 ％) 을 얻었다.

실시예 7

[화학식 21]

N4-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (3.0 g, 5.7 m㏖) 을 톨루엔 (15 ㎖) 으로 3 회 공비하고, 진공 펌프로 용매 증류 제거하였다. 질소 분위기 하, 잔류물을 테트라하이드로푸란 (30 ㎖) 에 용해시키고, 용액을 -45 ℃ 로 냉각시켰다. 이 용액에 EMM 화제 (2.8 g, 18 m㏖), N-요오드숙신이미드 (2.0 g, 9.0 m㏖), 트리플루오로메탄술폰산 (1.3 g, 8.8 m㏖) 을 이 순서로 적하하였다. -45 ℃ 에서 5 시간 교반 후, 반응액에 트리에틸아민을 첨가하여 ??치하였다. 반응액을 아세트산에틸 (30 ㎖), 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 639.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 99.87 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 0.13 ％ 였다.

실시예 8

[화학식 22]

3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)우리딘 (TIPS-U) (3.0 g, 6.0 m㏖) 을 질소 분위기 하, 테트라하이드로푸란 (30 ㎖) 에 용해시키고, 용액을 -45 ℃ 로 냉각시켰다. 이 용액에 EMM 화제 (1.56 g, 9.7 m㏖), N-요오드숙신이미드 (2.16 g, 9.7 m㏖) 및 트리플루오로메탄술폰산 (1.44 g, 9.7 m㏖) 을 이 순서로 적하하였다. -45 ℃ 에서 5 시간 교반 후, 반응액에 트리에틸아민을 첨가하여 ??치하였다. 반응액을 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g), 물 (30 ㎖) 및 아세트산에틸 (15 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다. 얻어진 미정제 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (아세트산에틸: 헵탄 = 1 : 1) 로 정제하여, 목적 화합물 (3.0 g, 수율 83 ％) 을 얻었다.

[화학식 23]

상기한 EMM U-1 (2.0 g, 3.3 m㏖) 을 테트라하이드로푸란 (8 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 불화수소피리딘 (65.5 ％, 0.81 g) 을 첨가하여, 혼합물을 25 ℃ 에서 17 시간 교반하였다. 얻어진 침전물을 여과 채취하여, 목적 화합물 (1.10 g, 수율 92 ％) 을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 356.1 에서 스캔 측정한 결과, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 검출되지 않았다.

비교예 1

[화학식 24]

N4-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (10.0 g, 19.0 m㏖), 톨루엔 (50 ㎖) 을 플라스크에 첨가하고, 용액을 30 ㎖ 까지 농축시켰다. 테트라하이드로푸란 (22 ㎖) 을 첨가하고, 반응액을 -50 ℃ 까지 냉각한 후, 그곳에 EMM 화제 (4.58 g, 28.4 m㏖), 트리플루오로메탄술폰산 (4.27 g, 28.5 m㏖), N-요오드숙신이미드 (5.76 g, 25.6 m㏖) 의 테트라하이드로푸란 (13 ㎖) 용액의 순서로 적하하였다. -50 ℃ 에서 1 시간 교반 후, 반응액을 탄산수소나트륨 (3.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (10.0 g) 및 물 (65 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (1.75 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (5.0 g) 및 물 (32.5 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 639.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 96.4 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 3.6 ％ 였다.

비교예 2

[화학식 25]

3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)우리딘 (TIPS-U) (5.0 g, 10.0 m㏖), 톨루엔 (25 ㎖) 을 플라스크에 첨가하고, 용액을 15 ㎖ 까지 농축시켰다. 그곳에 테트라하이드로푸란 (3.5 ㎖) 을 첨가한 후, 용액을 -50 ℃ 까지 냉각시키고, 그곳에 EMM 화제 (2.48 g, 15.4 m㏖), 트리플루오로메탄술폰산 (2.31 g, 15.4 m㏖), 및 N-요오드숙신이미드 (3.18 g, 14.1 m㏖) 의 테트라하이드로푸란 (6.5 ㎖) 용액의 순서로 적하하였다. -50 ℃ 에서 2 시간 교반 후, 반응액을 탄산수소나트륨 (1.75 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (5.0 g) 및 물 (32.5 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (0.85 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (2.5 g) 및 물 (16 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

[화학식 26]

상기한 미정제 EMM U-1 을 테트라하이드로푸란 (15 ㎖), 아세톤 (15 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 삼불화수소/트리에틸아민 (1.82 g, 11.3 m㏖) 을 첨가하여, 반응액을 20 ℃ 에서 17 시간 교반하였다. 반응액을 tert-부틸메틸에테르 (50 ㎖) 에 주입하여, 혼합액을 1 시간 교반하였다. 반응액을 여과하고, 얻어진 고체를 tert-부틸메틸에테르 (10 ㎖) 로 씻고, 그 고체를 감압 건조시켜, 목적 화합물 (3.05 g, 수율 85 ％) 을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 392.1 (장치·유리 기구 등 유래의 염화물 이온 부가체) 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 92.6 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 7.4 ％ 였다.

비교예 3

[화학식 27]

N4-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (1.0 g, 1.9 m㏖) 를 테트라하이드로푸란 (10 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 CEM 화제 (0.37 g, 2.8 m㏖), 몰레큘러 시브 4 A (0.8 g) 을 첨가하여, 혼합액을 질소 분위기 하, -45 ℃ 에서 30 분간 교반하였다. 그곳에 트리플루오로메탄술폰산 (0.42 g, 2.8 m㏖) 을 적하한 후, N-요오드숙신이미드 (0.64 g, 2.8 m㏖) 를 첨가하여, 혼합액을 -45 ℃ 에서 30 분간 교반하였다. 반응액에 트리에틸아민 (1.6 ㎖) 을 첨가하고, 여과 후, 여과액에 아세트산에틸을 첨가하여, 유기층을 물 (10 ㎖), 티오황산나트륨 5 수화물 (1.0 g), 탄산수소나트륨 (0.35 g) 의 혼합 용액으로 2 회 세정하였다. 용매를 증류 제거하여, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 609.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 97.3 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 2.7 ％ 였다.

[화학식 28]

상기한 미정제 CMMC-1 을 테트라하이드로푸란 (6 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 25 ℃ 에서 삼불화수소/트리에틸아민 (0.37 g, 2.2 m㏖) 을 첨가하여, 혼합액을 45 ℃ 에서 2 시간 교반하였다. 생성된 석출물을 흡인 여과로 회수하고, 테트라하이드로푸란으로 세정, 건조시켜 목적 화합물 (0.63 g, 수율 90 ％) 을 얻었다.

비교예 4

[화학식 29]

N4-아세틸-3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)시티딘 (TIPS-C) (3.0 g, 5.7 m㏖) 을 톨루엔 (15 ㎖) 으로 3 회 공비하고, 진공 펌프로 용매 증류 제거하였다. 질소 분위기 하, 테트라하이드로푸란 (30 ㎖) 에 용해시키고, 용액을 -45 ℃ 로 냉각시켰다. 이 용액에 EMM 화제 (2.8 g, 18 m㏖), 트리플루오로메탄술폰산 (1.3 g, 8.8 m㏖), N-요오드숙신이미드 (2.0 g, 9.0 m㏖) 를 이 순서로 적하하였다. -45 ℃ 에서 5 시간 교반 후, 그곳에 트리에틸아민을 첨가하여 ??치하였다. 반응액을 아세트산에틸 (30 ㎖), 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 639.3 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 97.7 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 2.3 ％ 였다.

비교예 5

[화학식 30]

3',5'-O-(테트라이소프로필디실록산-1,3-디일)우리딘 (TIPS-U) (3.0 g, 6.0 m㏖) 을 질소 분위기 하, 테트라하이드로푸란 (30 ㎖) 에 용해시키고, 용액을 -45 ℃ 로 냉각시켰다. 이 용액에 EMM 화제 (1.56 g, 9.7 m㏖), 트리플루오로메탄술폰산 (1.44 g, 9.7 m㏖) 및 N-요오드숙신이미드 (2.16 g, 9.7 m㏖) 를 이 순서로 적하하였다. -45 ℃ 에서 5 시간 교반 후, 그곳에 트리에틸아민을 첨가하여 ??치하였다. 반응액을 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g), 물 (30 ㎖) 및 아세트산에틸 (15 ㎖) 로 이루어지는 빙랭한 수용액에 첨가하여, 혼합액을 실온에서 분액하였다. 유기층을 다시 탄산수소나트륨 (1.5 g), 티오황산나트륨 5 수화물 (3.0 g) 및 물 (30 ㎖) 로 이루어지는 용액으로 세정하였다. 유기층을 농축시켜, 목적 화합물을 함유하는 미정제 생성물을 얻었다. 얻어진 미정제 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (아세트산에틸: 헵탄 = 1 : 1) 로 정제하여, 목적 화합물 (2.82 g, 수율 78 ％) 을 얻었다.

[화학식 31]

상기한 EMM U-1 (2.0 g, 3.3 m㏖) 을 THF (8 ㎖) 에 용해시키고, 그곳에 불화수소피리딘 (65.5 ％, 0.81 g) 을 첨가하여, 혼합액을 25 ℃ 에서 17 시간 교반하였다. 얻어진 침전물을 여과 채취하여, 목적 화합물 (1.08 g, 수율 90 ％) 을 얻었다.

LC-MS 분석을 행하고, 네거티브 모드에 있어서의 목적물의 m/z 인 356.1 에서 스캔 측정한 결과, 목적물 피크 98.9 ％ 에 비해서, 크리티컬 불순물인 목적물과 동일 m/z 의 피크는 1.1 ％ 였다.

시약 첨가 순서 1 :

EMM 화제 또는 CEM 화제, N-요오드숙신이미드, 트리플루오로메탄술폰산의 순서

시약 첨가 순서 2 :

EMM 화제 또는 CEM 화제, 트리플루오로메탄술폰산, N-요오드숙신이미드의 순서

이상의 표 1 에 나타내는 바와 같이, N-요오드숙신이미드 후에 트리플루오로메탄술폰산을 첨가함으로써 불순물의 생성을 억제하여, 보다 고순도로 목적물을 얻을 수 있었다.

Claims

일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 방법으로서,
공정 A : 산화제 및 산의 존재 하에서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정으로서, 반응계 내에 산화제를 첨가하고, 이어서 산을 첨가하는, 그 공정

(식 중,
B^a 는, 아실기에 의해서 치환되어 있어도 되는 시토신기, 또는 우라실기를 나타내고,
R¹ 은 C1 ∼ C6 알킬기, 또는 페닐기를 나타내며, 그리고,
n 은 0 또는 1 을 나타낸다.) 을 포함하고,
여기서,
산화제는, N-할로겐화숙신이미드 및 N-할로겐화히단토인으로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고,
산은, 퍼플루오로알킬카르복실산 및 그 염, 알킬술폰산 및 그 염, 아릴술폰산 및 그 염, 퍼플루오로알킬술폰산 및 그 염, 및 이것들의 2 종류 이상의 조합으로 이루어지는 군에서 선택되는, 그 방법.
제 1 항에 있어서,
n 이 1 인, 제조 방법.
제 1 항에 있어서,
n 이 0 인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
산화제가 N-할로겐화숙신이미드인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
산화제가 N-요오드숙신이미드인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 있어서,
산이 트리플루오로메탄술폰산, 트리플루오로메탄술폰산은, 및 메탄술폰산으로 이루어지는 군에서 선택되는 적어도 1 개인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 있어서,
산이 트리플루오로메탄술폰산인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 7항 중 어느 한 항에 있어서,
용매로서 테트라하이드로푸란을 사용하는, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 있어서,
R¹ 이 메틸기인, 제조 방법.
제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 있어서,
B^a 가 아세틸기로 치환된 시토신기, 또는 무치환의 우라실기인, 제조 방법.
일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 방법으로서,

(식 중, B^a 및 n 은 상기와 동일하고,
G¹ 및 G² 는 동일 또는 상이하며 수산기의 보호기를 나타내고, 그리고,
G³ 은 동일 또는 상이하며 알킬기를 나타낸다.)
공정 A : 청구항 1 ∼ 10 중 어느 하나에 기재된 제조 방법에 의해서, 일반식 (1) 로 나타내는 배당체 화합물과 식 (2) 로 나타내는 에테르 화합물을 반응시켜 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정을 포함하는, 그 방법.

(식 중, B^a, R¹ 및 n 은 상기와 동일하다.)
제 11 항에 있어서,
공정 B : 공정 A 에서 얻어진 일반식 (3) 으로 나타내는 배당체 화합물의 3' 위치와 5' 위치의 수산기를 탈보호하여 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물을 제조하는 공정

(식 중, B^a 및 n 은 상기와 동일하다.)
을 추가로 포함하는, 방법.
제 12 항에 있어서,
탈보호제로서 트리에틸아민삼불화수소산염 또는 피리딘불화수소산염을 사용하는, 방법.
제 12 항 또는 제 13 항에 있어서,
공정 C : 공정 B 에서 얻어진 일반식 (4) 로 나타내는 배당체 화합물의 5' 위치의 수산기에 보호기 G¹ 을 도입하고, 3' 위치의 수산기를 포스포르아미다이트화하여 일반식 (I) 로 나타내는 아미다이트 화합물을 제조하는 공정

(식 중, B^a, n, G^1, G² 및 G³ 은 상기와 동일하다.)
을 추가로 포함하는, 방법.
제 14 항에 있어서,
5' 위치 수산기의 보호기 도입 시약으로서 4,4'-디메톡시트리틸클로라이드를 사용하는, 방법.
제 14 항 또는 제 15 항에 있어서,
3' 위치 수산기의 포스포르아미다이트화 시약으로서 2-시아노에틸-N,N,N',N'-테트라이소프로필포스포르디아미다이트를 사용하는, 방법.