WO2021070507A1 - 配糖体化合物の製造方法 - Google Patents

配糖体化合物の製造方法 Download PDF

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竜也 齋藤
井原　秀樹
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住友化学株式会社
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    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
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    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
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    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Definitions

  • RNA which is a nucleic acid oligomer containing ribose, can be used as an RNA probe, antisense RNA, ribozyme, siRNA, aptamer, etc., and is a useful material.
  • a phosphoramidite compound of a nucleoside in which the hydroxyl group at the 3'position of the nucleoside is phosphoramidite is used. Then, as a precursor of the phosphoroamide compound of the nucleoside, the 3'- and 5'-hydroxyl groups of the nucleoside are substituted with protecting groups, and the 2'-hydroxyl group can be desorbed under mild conditions. Glycoside compounds substituted with groups are known.
  • glycoside compound As a method for producing the glycoside compound, a glycoside compound in which the 3'-hydroxyl group and the 5'-hydroxyl group are protected by a silicon protecting group and a thioether compound are reacted with tetrahydrofuran as a solvent to react 2'.
  • a production method for obtaining a glycoside compound in which an ether derivative group is introduced into a hydroxyl group is known (Patent Documents 1 and 2).
  • An object of the present invention is to provide a method for producing a high-purity glycoside compound.
  • the present invention provides a method for producing the following glycoside compounds.
  • the present invention includes, but is not limited to, the embodiments described in the following sections.
  • Item 1. Equation (1): (. Wherein, B a represents a optionally substituted adenine group by an acyl group, i-Pr is representative of the isopropyl group) and glycoside compound of formula (2): (In the formula, R 1 represents a C1-C6 alkyl group or a phenyl group, and n represents 0 or 1) with an ether compound of halogen, N-halogenated succinimide, and N-halogenated hydantin.
  • the reaction is carried out in the presence of one or more halogenating agents selected from the group consisting of tetrahydropyran and at least one solvent selected from the group consisting of 4-methyltetrahydropyran, according to the formula (3).
  • one or more halogenating agents selected from the group consisting of tetrahydropyran and at least one solvent selected from the group consisting of 4-methyltetrahydropyran, according to the formula (3).
  • a method of manufacturing a glycoside compound hereinafter, referred to as "production method of the present invention").
  • glycoside compound which is a raw material for oligonucleic acid synthesis.
  • Such glycosides are suitable for the synthesis of oligonucleic acids.
  • halogenating agents selected from the group consisting of halogen, N-halogenated succinimide, and N-halogenated hydantin from the glycosyl compound of formula (1) and the ether compound of formula (2).
  • a method for producing a glycosyl compound of the formula (3) which comprises reacting in at least one solvent selected from the group consisting of tetrahydropyran and 4-methyltetrahydropyran (hereinafter, "the method of the present invention"). ") Will be described.
  • glycosides of the formula (1) and (3) may adenine group which may be substituted with an acyl group represented by B a has the following structure.
  • R 2 represents a hydrogen atom or an acyl group.
  • the acyl group represents a linear or branched aliphatic acyl group or an aromatic acyl group, and has a total carbon number of 2 to 12, including carbon of carbonyl, preferably 2 to 12. 7.
  • the acyl group include an aliphatic acyl group (for example, an acetyl group, a propionyl group, a butanoyl group (butyryl group), an isobutanoyl group (isobutyryl group), a pentanoyl group, a hexanoyl group, a heptanoil group, an octanoyl group, and the like.
  • Nonanoyl groups, decanoyl groups, and undecanoyl groups, etc. include aromatic acyl groups (eg, benzoyl groups, 1-naphthoyl groups and 2-naphthoyl groups), preferably acetyl groups or benzoyl groups.
  • halogenating agent examples include halogens such as iodine and bromine; N-halogenated succinimide such as N-chlorosuccinimide, N-bromosuccinimide (NBS), and N-iodosuccinimide (NIS); 1,3-diiodo-.
  • N-halogenated hydantoins such as 5,5-dimethylhydantoin, 1,3-dibromo-5,5-dimethylhydantoin, and 1-bromo-3-chloro-5,5-dimethylhydantoin.
  • halogen is preferably used, and iodine is more preferably used.
  • the reaction of the present invention may be carried out by adding an acid in addition to the halogenating agent.
  • the acid include perfluoroalkylcarboxylic acid and its salt, alkylsulfonic acid and its salt, arylsulfonic acid and its salt, perfluoroalkylsulfonic acid and its salt, alkylsulfonic acid and its salt, and two of them.
  • the salt include metal salts (for example, copper salt and silver salt).
  • the acid include methanesulfonic acid, paratoluenesulfonic acid, camphorsulfonic acid, trifluoromethanesulfonic acid, silver trifluoromethanesulfonic acid, and a combination of two or more of these.
  • the alkyl group of the alkyl sulfonic acid may be either linear or branched, preferably an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms. Examples of the alkyl group include methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, tert-butyl, n-pentyl, isopentyl, and hexyl.
  • Examples of the aryl group of the aryl sulfonic acid include a phenyl group and a tolyl group.
  • the alkyl group represented by R 1 may be either linear or branched, and is preferably an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms.
  • Alkyl groups include, for example, methyl, ethyl, n-propyl, isopropyl, n-butyl, isobutyl, tert-butyl, n-pentyl, isopentyl, and hexyl.
  • a methyl group is preferable.
  • Examples of the solvent for the reaction of the present invention include tetrahydropyran compounds, and specifically, tetrahydropyran (THP) or 4-methyltetrahydropyran (MTHP) or a mixed solvent thereof is used.
  • the amount of the solvent is usually 0.5 v / w to 20 v / w%, preferably 1 v / w to 10 v / w%, based on the glycoside compound represented by the formula (1).
  • the amount of the ether compound represented by the formula (2) is usually 0.8 to 5 mol, preferably 1 to 3 mol, more preferably 1 mol, based on 1 mol of the glycoside compound represented by the general formula (1). Is 1 to 1.5 mol.
  • the amount of the halogenating agent is usually 0.8 to 10 mol, preferably 3 to 10 mol, and more preferably 3 to 6 mol with respect to 1 mol of the glycoside compound represented by the general formula (1).
  • the amount of the acid is usually 0 to 5 mol, preferably 0 to 1.5 mol, and more preferably 0 to 0.1 mol with respect to 1 mol of the glycoside compound represented by the general formula (1). ..
  • the reaction temperature of the present invention is usually ⁇ 30 to 30 ° C., preferably ⁇ 20 to 25 ° C., and more preferably ⁇ 15 to 5 ° C.
  • the reaction time of the reaction of the present invention is usually 0.5 to 10 hours, preferably 0.5 to 6 hours.
  • the glycoside compound represented by the formula (1) can be produced by a known method, or a commercially available product can also be obtained.
  • the ether compound represented by the formula (2) can be produced by a known method (see Patent Documents 1 and 2 and JP-A-2016-50203).
  • the glycoside compound obtained in the present invention can be used as a crude product in the next reaction, but may be purified by silica gel column chromatography or the like if necessary.
  • the purity of the synthesized glycoside compound was measured by HPLC.
  • the glycoside compound was separated into each component by HPLC, and the total area percentage of the by-product in the obtained chromatogram was calculated as the amount of the by-product.
  • the HPLC apparatus used was set to detect a peak with an area value of 1000 or more, and the peak with the minimum area value that could be detected under this condition was 0.03% as an area percentage.
  • CEM means 2-cyanoethoxymethyl
  • EMM 2-cyanoethoxymethoxymethyl.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (1.0 g, 1.8 mmol) was dissolved in 4-methyltetrahydropyran (10 ml) to prepare the mixture. It was cooled to 0 ° C. Methanesulfonic acid (17 mg, 0.18 mmol), iodine (2.7 g, 10.8 mmol), and 2-cyanoethoxymethylmethylthiomethyl ether (0.44 g, 2.7 mmol) are added thereto, and the mixture is mixed under a nitrogen atmosphere. , Stirred at 0 ° C. for 3 hours.
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with ethyl acetate.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 5.9%.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (1.0 g, 1.8 mmol) was dissolved in 4-methyltetrahydropyran (5 ml) to prepare the mixture. It was cooled to 0 ° C. Methanesulfonic acid (17 mg, 0.18 mmol), iodine (2.7 g, 10.8 mmol), and methylthiomethyl 2-cyanoethyl ether (0.35 g, 2.7 mmol) were added thereto, and the mixture was mixed under a nitrogen atmosphere at 0. The mixture was stirred at ° C. for 3 hours.
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with ethyl acetate.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 3.3%.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (5.0 g, 9.0 mmol) is dissolved in toluene (25 ml) to bring the solution volume to 15 ml. Concentrated to. To this solution was added 4-methyltetrahydropyran (10 ml) and the mixture was cooled to ⁇ 10 ° C. Iodine (13.8 g, 55.2 mmol) and 2-cyanoethoxymethylmethylthiomethyl ether (2.18 g, 13.4 mmol) were added thereto, and the mixture was stirred at 0 ° C. for 1 hour under a nitrogen atmosphere.
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with toluene.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 7.1%.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (1.0 g, 1.8 mmol) was dissolved in tetrahydrofuran (10 ml) and the mixture was cooled to 0 ° C. did.
  • Methanesulfonic acid 17.0 mg, 0.18 mmol
  • iodine 2.7 g, 10.8 mmol
  • 2-cyanoethoxymethylmethylthiomethyl ether (0.44 g, 2.7 mmol)
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with ethyl acetate.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 10.2%.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (1.0 g, 1.8 mmol) was dissolved in tetrahydrofuran (5 ml) and the mixture was cooled to 0 ° C. did.
  • Methanesulfonic acid 17.0 mg, 0.18 mmol
  • iodine 2.7 g, 10.8 mmol
  • methylthiomethyl 2-cyanoethyl ether (0.35 g, 2.7 mmol) were added thereto, and the mixture was mixed under a nitrogen atmosphere at 0. The mixture was stirred at ° C. for 3 hours.
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with ethyl acetate.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 8.6%.
  • N 6 -Acetyl-3', 5'-O- (tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl) adenosine (5.0 g, 9.0 mmol) is dissolved in toluene (25 ml) to bring the solution volume to 15 ml. Concentrated to. Tetrahydrofuran (10 ml) was added to this solution and the mixture was cooled to ⁇ 10 ° C. Iodine (13.8 g, 55.2 mmol) and 2-cyanoethoxymethylmethylthiomethyl ether (2.18 g, 13.4 mmol) were added thereto, and the mixture was stirred at 0 ° C. for 1 hour under a nitrogen atmosphere.
  • the reaction solution was added to a mixed solution of saturated aqueous sodium thiosulfate solution and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution, and the mixture was extracted with toluene.
  • the solvent was distilled off to obtain a crude product containing the target compound.
  • the total LC area percentage of the by-product was 10.7%. Table 2 shows the test results of the above Examples and Comparative Examples.
  • the present invention provides a method for producing a glycoside compound. Since the glycoside compound obtained according to the production method has high purity, it is suitable for the synthesis of high-purity oligonucleic acid.

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Abstract

本発明は、高純度の配糖体化合物を製造する方法を提供することを目的とする。本発明は、式（１）（式中、Ｂａは、アシル基により置換されていてもよいアデニン基を表し、ｉ－Ｐｒは、イソプロピル基を表す。）の配糖体化合物と、式（２）（式中、Ｒ１は、Ｃ１～Ｃ６アルキル基又はフェニル基を表し、そして、ｎは０又は１を表す。）のエーテル化合物とを、ハロゲン、Ｎ－ハロゲン化スクシンイミド、およびＮ－ハロゲン化ヒダントインからなる群から選ばれる１種以上のハロゲン化剤の存在下、テトラヒドロピランおよび４－メチルテトラヒドロピランからなる群から選ばれる少なくとも１種の溶媒中で反応させる式（３）（式中、Ｂａ、ｉ－Ｐｒおよびｎの定義は、前記のとおりである。）の配糖体化合物の製造方法。

Description

配糖体化合物の製造方法
　本特許出願は、日本国特許出願２０１９－１８５１０９号（２０１９年１０月８日出願）に基づくパリ条約上の優先権および利益を主張するものであり、ここに引用することによって、上記出願に記載された内容の全体が本明細書中に組み込まれるものとする。
　リボースを含む核酸オリゴマーであるＲＮＡは、ＲＮＡプローブ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、アプタマーなどとして利用可能であり、有用な素材である。
　核酸オリゴマーの製造方法としては、ヌクレオシドの３’位の水酸基がホスホロアミダイト化されたヌクレオシドのホスホロアミダイト化合物が用いられる。そして、当該ヌクレオシドのホスホロアミダイト化合物の前駆体として、ヌクレオシドの３’位水酸基と５’位水酸基とが保護基で置換され、且つ２’位の水酸基が温和な条件下で脱離可能な保護基で置換された、配糖体化合物が知られる。
　当該配糖体化合物の製造方法としては、３’位水酸基と５’位水酸基とがケイ素保護基で保護されている配糖体化合物と、チオエーテル化合物とをテトラヒドロフランを溶媒として反応させて、２’位水酸基にエーテル誘導体基が導入された配糖体化合物を得る製造方法が知られる（特許文献１および２）。
特許第５１６８１４５号公報 国際公開第２０１６/１５９３７４号公報
　前記特許文献１及び２の方法で製造される下記式（３）の配糖体化合物の純度は、必ずしも満足のいくものではない。本発明は、高純度の配糖体化合物を製造する方法を提供することを目的とする。
　本発明は、次の配糖体化合物を製造する方法を提供するものである。本発明は以下の項に記載する実施態様を含むが、これらに限定されるものではない。
項１．　式（１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
 （式中、Ｂａは、アシル基により置換されていてもよいアデニン基を表し、ｉ－Ｐｒは、イソプロピル基を表す。）の配糖体化合物と、式（２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
 （式中、Ｒ１は、Ｃ１～Ｃ６アルキル基又はフェニル基を表し、そして、ｎは０又は１を表す。）のエーテル化合物とを、ハロゲン、Ｎ－ハロゲン化スクシンイミド、およびＮ－ハロゲン化ヒダントインからなる群から選ばれる１種以上のハロゲン化剤の存在下、テトラヒドロピランおよび４－メチルテトラヒドロピランからなる群から選ばれる少なくとも１種の溶媒中で反応させることを特徴とする、式（３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
 （式中、Ｂａ、ｉ－Ｐｒおよびｎの定義は、前記のとおりである。）の配糖体化合物の製造方法（以下、「本発明の製造方法」と呼称する）。
項２．　ｎが１である、前記項１に記載の製造方法。
項３．　ｎが０である、前記項１に記載の製造方法。
項４．　ハロゲン化剤がハロゲンである、前記項１～３のいずれか１つに記載の製造方法。
項５．　ハロゲン化剤がヨウ素である、前記項１～４のいずれか１つに記載の製造方法。
項６．　Ｒ１がメチル基である、前記項１～５のいずれか１つに記載の製造方法。
項７．　Ｂａが、アセチル基またはベンゾイル基で置換されたアデニン基である、前記項１～６のいずれか１つに記載の製造方法。
項８．　Ｂａが、アセチル基で置換されたアデニン基である、前記項１～６のいずれか１つに記載の製造方法。
　本発明の製造方法によれば、オリゴ核酸合成の原料である配糖体化合物の不純物の生成を抑制することができる。かかる配糖体は、オリゴ核酸の合成に好適である。
　以下、本発明について詳細に説明する。
　なお、本明細書において「含む（comprise）」とは、「本質的にからなる（essentially consist of）」という意味と、「のみからなる（consist of）」という意味をも包含する。
　式（１）の配糖体化合物と、式（２）のエーテル化合物とを、ハロゲン、Ｎ－ハロゲン化スクシンイミド、およびＮ－ハロゲン化ヒダントインからなる群から選ばれる１種以上のハロゲン化剤の存在下、テトラヒドロピランおよび４－メチルテトラヒドロピランからなる群から選ばれる少なくとも１種の溶媒中で反応させることを特徴とする式（３）の配糖体化合物の製造方法（以下、「本発明の方法」と呼称する）について説明する。
　式（１）および式（３）の配糖体において、Ｂａで示されるアシル基で置換されていてもよいアデニン基は、以下の構造を有する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
 （式中、Ｒ２は、水素原子又はアシル基を表す。）
　アシル基は、直鎖状もしくは分岐鎖状の脂肪族アシル基、または、芳香族アシル基を表し、カルボニルの炭素も含めた合計の炭素数が２～１２であり、好ましくは炭素数が２～７であり、アシル基の例としては、脂肪族アシル基（例えば、アセチル基、プロピオニル基、ブタノイル基（ブチリル基）、イソブタノイル基（イソブチリル基）、ペンタノイル基、ヘキサノイル基、ヘプタノイル基、オクタノイル基、ノナノイル基、デカノイル基、およびウンデカノイル基など）、および芳香族アシル基（例えば、ベンゾイル基、１－ナフトイル基および２－ナフトイル基）が挙げられ、好ましくはアセチル基又はベンゾイル基が挙げられる。
　ハロゲン化剤としては、例えば、ヨウ素、臭素などのハロゲン；Ｎ－クロロスクシンイミド、Ｎ－ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、およびＮ－ヨードスクシンイミド（ＮＩＳ）等のＮ－ハロゲン化スクシンイミド；１，３－ジヨード－５，５－ジメチルヒダントイン、１，３－ジブロモ－５，５－ジメチルヒダントイン、および１－ブロモ－３－クロロ－５，５－ジメチルヒダントイン等のＮ－ハロゲン化ヒダントインが挙げられる。本発明においては、ハロゲンが好ましく用いられ、ヨウ素が更に好ましく用いられる。
　本発明反応は、ハロゲン化剤のほかに、酸を添加して実施してもよい。酸としては、例えば、パーフルオロアルキルカルボン酸及びその塩、アルキルスルホン酸及びその塩、アリールスルホン酸及びその塩、パーフルオロアルキルスルホン酸及びその塩、並びにアルキルスルホン酸及びその塩、並びにこれらの２種類以上の組み合わせが挙げられる。塩としては、例えば、金属塩（例えば、銅塩及び銀塩）が挙げられる。酸としては、具体的には、メタンスルホン酸、パラトルエンスルホン酸、カンファースルホン酸、トリフルオロメタンスルホン酸、およびトリフルオロメタンスルホン酸銀など、並びにこれらの２種類以上の組み合わせが挙げられる。アルキルスルホン酸のアルキル基は、直鎖状又は分岐鎖状のいずれでもよく、好ましくは炭素数１～６のアルキル基である。アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、イソブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、イソペンチル、及びヘキシルが例示される。アリールスルホン酸のアリール基としては、例えば、フェニル基、トリル基が挙げられる。
　式（２）のエーテル化合物において、Ｒ１で表されるアルキル基は、直鎖状又は分岐鎖状のいずれでもよく、好ましくは炭素数１～６のアルキル基である。アルキル基としては、例えば、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、イソブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、イソペンチル、およびヘキシルが挙げられる。アルキル基としては、メチル基が好ましい。
　本発明の反応の溶媒としては、テトラヒドロピラン化合物が挙げられ、具体的には、テトラヒドロピラン（ＴＨＰ）もしくは４－メチルテトラヒドロピラン（ＭＴＨＰ）またはそれらの混合溶媒が用いられる。溶媒の量は、式（１）で表される配糖体化合物に対して、通常０．５ｖ／ｗ～２０ｖ／ｗ％、好ましくは１ｖ／ｗ～１０ｖ／ｗ％である。
　式（２）で表されるエーテル化合物の量は、一般式（１）で表される配糖体化合物１モルに対して、通常０．８～５モル、好ましくは１～３モル、より好ましくは１～１．５モルである。ハロゲン化剤の量は、一般式（１）で表される配糖体化合物１モルに対して、通常０．８～１０モル、好ましく３～１０モル、より好ましくは３～６モルである。酸の量は、一般式（１）で表される配糖体化合物１モルに対して、通常０～５モル、好ましくは０～１．５モル、より好ましくは０～０．１モルである。
　本発明の反応温度は、通常－３０～３０℃、好ましくは－２０～２５℃、より好ましくは－１５～５℃である。本発明反応の反応時間は、通常０．５～１０時間、好ましくは０．５～６時間である。
　式（１）で表される配糖体化合物は、公知の方法により製造することができ、または市販品を入手することもできる。式（２）で表されるエーテル化合物は、公知の方法（前記特許文献１、２及び特開２０１６－５０２０３号公報参照）により製造することができる。
　本発明で得られた配糖体化合物は、粗生成物として次の反応に使用することができるが、必要に応じてシリカゲルカラムクロマトグラフィーなどによる精製を行ってもよい。
　以下、本発明を更に詳しく説明するため実施例を挙げる。しかし、本発明はこれら実施例等になんら限定されるものではない。
　合成した配糖体化合物の純度の測定はＨＰＬＣにより行った。配糖体化合物をＨＰＬＣによって各成分に分離し、副生成物の量として、得られたクロマトグラムにおける副生成物の面積百分率の総和を算出した。使用したＨＰＬＣ装置は、面積値１０００以上のピークを検出するように設定しており、本条件において検出可能な最小面積値のピークは面積百分率として０．０３％であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
 　以下、本明細書中、ＣＥＭは２－シアノエトキシメチルを、ＥＭＭは２－シアノエトキシメトキシメチルを、意味する。
実施例１
Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメトキシメチル）アデノシン（ＥＭＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（１．０ｇ、１．８ｍｍｏｌ）を４－メチルテトラヒドロピラン（１０ｍｌ）に溶解し、混合物を０℃に冷却した。そこにメタンスルホン酸（１７ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）、ヨウ素（２．７ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）、および２－シアノエトキシメチルメチルチオメチルエーテル（０．４４ｇ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で３時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、酢酸エチルで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が５．９％であった。
実施例２
Ｎ６－アセチル－３’、５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１、３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメチル）アデノシン（ＣＥＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（１．０ｇ、１．８ｍｍｏｌ）を４－メチルテトラヒドロピラン（５ｍｌ）に溶解し、混合物を０℃に冷却した。そこにメタンスルホン酸（１７ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）、ヨウ素（２．７ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）、およびメチルチオメチル２－シアノエチルエーテル（０．３５ｇ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で３時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、酢酸エチルで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が３．３％であった。
実施例３
Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメトキシメチル）アデノシン（ＥＭＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（５．０ｇ、９．０ｍｍｏｌ）をトルエン（２５ｍｌ）に溶解し、溶液量が１５ｍｌになるまで濃縮した。この溶液に、４－メチルテトラヒドロピラン（１０ｍｌ）を加え、混合物を－１０℃に冷却した。そこにヨウ素（１３．８ｇ、５５．２ｍｍｏｌ）、および２－シアノエトキシメチルメチルチオメチルエーテル（２．１８ｇ、１３．４ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で１時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、トルエンで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が７．１％であった。
比較例１
Ｎ６－アセチル－３’、５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１、３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメトキシメチル）アデノシン（ＥＭＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（１．０ｇ、１．８ｍｍｏｌ）をテトラヒドロフラン（１０ｍｌ）に溶解し、混合物を０℃に冷却した。そこにメタンスルホン酸（１７ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）、ヨウ素（２．７ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）、および２－シアノエトキシメチルメチルチオメチルエーテル（０．４４ｇ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で３時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、酢酸エチルで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が１０．２％であった。
比較例２
Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメチル）アデノシン（ＣＥＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（１．０ｇ、１．８ｍｍｏｌ）をテトラヒドロフラン（５ｍｌ）に溶解し、混合物を０℃に冷却した。そこにメタンスルホン酸（１７ｍｇ、０．１８ｍｍｏｌ）、ヨウ素（２．７ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）、およびメチルチオメチル２－シアノエチルエーテル（０．３５ｇ、２．７ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で３時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、酢酸エチルで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が８．６％であった。
比較例３
Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）－２’－Ｏ－（２－シアノエトキシメトキシメチル）アデノシン（ＥＭＭ　Ａ）
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
　Ｎ６－アセチル－３’，５’－Ｏ－（テトライソプロピルジシロキサン－１，３－ジイル）アデノシン（５．０ｇ、９．０ｍｍｏｌ）をトルエン（２５ｍｌ）に溶解し、溶液量が１５ｍｌになるまで濃縮した。この溶液に、テトラヒドロフラン（１０ｍｌ）を加え、混合物を－１０℃に冷却した。そこにヨウ素（１３．８ｇ、５５．２ｍｍｏｌ）、および２－シアノエトキシメチルメチルチオメチルエーテル（２．１８ｇ、１３．４ｍｍｏｌ）を加え、混合物を窒素雰囲気下、０℃で１時間攪拌した。反応液を飽和チオ硫酸ナトリウム水溶液と飽和炭酸水素ナトリウム水溶液の混合溶液に加え、トルエンで抽出した。溶媒を留去し、目的化合物を含む粗生成物を得た。
　ＨＰＬＣ分析の結果、副生成物のＬＣ面積百分率の総和が１０．７％であった。
　以上の実施例及び比較例の試験結果を、表２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
　以上の表２に示すように、溶媒として４－メチルテトラヒドロピラン（ＭＴＨＰ）を用いることで副生成物の生成を抑制し、より高純度で目的物を得ることができた。
　本発明は、配糖体化合物の製造方法を提供する。該製造方法に従って得られる配糖体化合物は高純度であるため、高純度のオリゴ核酸の合成に適している。

Claims (8)

  1. 　式（１）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
     （式中、Ｂａは、アシル基により置換されていてもよいアデニン基を表し、ｉ－Ｐｒは、イソプロピル基を表す。）の配糖体化合物と、式（２）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
     （式中、Ｒ１は、Ｃ１～Ｃ６アルキル基又はフェニル基を表し、そして、ｎは０又は１を表す。）のエーテル化合物とを、ハロゲン、Ｎ－ハロゲン化スクシンイミド、およびＮ－ハロゲン化ヒダントインからなる群から選ばれる１種以上のハロゲン化剤の存在下、テトラヒドロピランおよび４－メチルテトラヒドロピランからなる群から選ばれる少なくとも１種の溶媒中で反応させることを特徴とする式（３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
     （式中、Ｂａ、ｉ－Ｐｒおよびｎの定義は、前記のとおりである。）の配糖体化合物の製造方法。
  2. 　ｎが１である、請求項１に記載の製造方法。
  3. 　ｎが０である、請求項１に記載の製造方法。
  4. 　ハロゲン化剤が、ハロゲンである、請求項１～３のいずれか１つに記載の製造方法。
  5. 　ハロゲン化剤がヨウ素である、請求項１～４のいずれか１つに記載の製造方法。
  6. 　Ｒ１がメチル基である、請求項１～５のいずれか１つに記載の製造方法。
  7. 　Ｂａが、アセチル基またはベンゾイル基で置換されたアデニン基である、請求項１～６のいずれか１つに記載の製造方法。
  8. 　Ｂａが、アセチル基で置換されたアデニン基である、請求項１～６のいずれか１つに記載の製造方法。
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Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008016079A1 (en) * 2006-08-02 2008-02-07 Nippon Shinyaku Co., Ltd. Method for introducing nucleic-acid-protecting group
WO2013027843A1 (ja) * 2011-08-25 2013-02-28 株式会社ボナック 配糖体化合物、チオエーテルの製造方法、エーテル、エーテルの製造方法、配糖体化合物の製造方法、核酸の製造方法
JP2016050203A (ja) 2014-08-29 2016-04-11 住友化学株式会社 エーテル化合物の製造方法
WO2016159374A1 (ja) 2015-04-02 2016-10-06 株式会社ボナック 配糖体化合物の製造方法
JP2019185109A (ja) 2018-04-02 2019-10-24 パイオニア株式会社 検知装置、検知方法及びプログラム
WO2019208571A1 (ja) * 2018-04-24 2019-10-31 住友化学株式会社 アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008016079A1 (en) * 2006-08-02 2008-02-07 Nippon Shinyaku Co., Ltd. Method for introducing nucleic-acid-protecting group
JP5168145B2 (ja) 2006-08-02 2013-03-21 日本新薬株式会社 核酸保護基の導入方法
WO2013027843A1 (ja) * 2011-08-25 2013-02-28 株式会社ボナック 配糖体化合物、チオエーテルの製造方法、エーテル、エーテルの製造方法、配糖体化合物の製造方法、核酸の製造方法
JP2016050203A (ja) 2014-08-29 2016-04-11 住友化学株式会社 エーテル化合物の製造方法
WO2016159374A1 (ja) 2015-04-02 2016-10-06 株式会社ボナック 配糖体化合物の製造方法
JP2019185109A (ja) 2018-04-02 2019-10-24 パイオニア株式会社 検知装置、検知方法及びプログラム
WO2019208571A1 (ja) * 2018-04-24 2019-10-31 住友化学株式会社 アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Y. SHIBA, H. MASUDA, N. WATANABE, T. EGO, K. TAKAGAKI, K. ISHIYAMA, T. OHGI, J. YANO: "Chemical synthesis of a very long oligoribonucleotide with 2-cyanoethoxymethyl (CEM) as the 2'-O-protecting group: structural identification and biological activity of a synthetic 110mer precursor-microRNA candidate", NUCLEIC ACIDS RESEARCH, INFORMATION RETRIEVAL LTD., vol. 35, no. 10, 22 April 2007 (2007-04-22), pages 3287 - 3296, XP055127336, ISSN: 03051048, DOI: 10.1093/nar/gkm202 *

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