KR20190099218A

KR20190099218A - 약독화된 돼지 인플루엔자 백신 및 이의 제조 및 사용 방법

Info

Publication number: KR20190099218A
Application number: KR1020197018063A
Authority: KR
Inventors: 테쇼메 메뱃션; 태중 김; 폴 마이클 도어; 마르틴 레오나르도 립슈타인-벨리아; 앨튼 티모시 리어드
Original assignee: 뵈링거 잉겔하임 애니멀 헬스 유에스에이 인코포레이티드
Priority date: 2016-11-30
Filing date: 2017-11-30
Publication date: 2019-08-26
Also published as: US20180147276A1; WO2018102586A1; CA3045315A1; PH12019501173A1; EP3548078A1; US10548967B2; CN110225765B; BR112019010830A2; EA201991319A1; AU2017367644A1; CN110225765A; JP2020502080A

Abstract

본 개시 내용은 약독화된 돼지 인플루엔자 균주, 특히 역유전학적 접근법을 통해서 생성된 것, 이를 포함하는 조성물, 및 이의 제조 및 사용 방법을 제공한다.

Description

약독화된 돼지 인플루엔자 백신 및 이의 제조 및 사용 방법

관련 출원의 교차-참조

본 출원은 2016년 11월 30일 출원된 미국 가출원 제62/428,062호에 대한 우선권을 청구하고, 이의 전문을 참조로 본 명세서에 편입시킨다.

참조문헌의 편입

임의의 전술한 출원 및 그들 내에 또는 그들 절차 동안 인용된 모든 문서 ("출원 인용 문헌") 및 출원 인용 문헌에 인용되거나 또는 참조된 모든 문헌, 및 본 명세서에 인용되거나 또는 참조된 모든 문헌 ("본 명세서에 인용된 문헌"), 및 본 명세서에 인용된 문서에서 인용되거나 또는 참조된 모든 문헌은 본 명세서에서 또는 본 명세서에서 참조로 편입시킨 임의의 문서에서 언급되는 임의 제품에 대한 임의의 제조사 지시서, 설명서, 제품 사양서 및 제품 시트와 함께, 본 명세서에서 참조로 편입시키고, 본 발명의 실시에서 적용될 수 있다. 본 출원에서 임의의 이러한 문헌의 인용 또는 식별은 이러한 문서가 본 발명에 대한 종래 기술로서 이용가능하다는 것을 인정하는 것이 아니고 그러한 인용된 특허 문헌의 타당성, 특허성 및/또는 이행가능성에 관한 임의의 견해를 반영하는 것이 아니다. GenBank 수탁 번호로 본 명세서에 참조된 모든 서열은 그들 전체로 참조로 본 명세서에 편입되고, 상기 서열은 본 출원의 출원일 자로 GenBank에 제시된 바와 같다.

발명의 분야

본 발명은 일반적으로 약독화된 바이러스 백신, 특히 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV)에 의해 발병되는 감염/질환에 대해 돼지에서 광범위하고, 안전하며, 효율적인 보호성을 제공하는 백신에 관한 것이다. 본 발명은 또한 약독화된 바이러스를 제조, 시험 및 방출하는 방법, 및 보호 면역성 유발을 필요로 하는 돼지 동물에서 보호 면역성을 유발시키기 위해 이들 약독화된 SIV를 사용하는 방법에 관한 것이다.

서열 목록에 관한 진술

본 출원과 관련된 서열 목록은 서류 사본 대신에 텍스트 포맷으로 제공되고, 본 명세서에 참조로 편입된다. 서열 목록을 함유하는 텍스트 파일의 명칭은 MER 16-309p_ST25.txt이다. 텍스트 파일은 326 KB이고; 2016년 8월 16일에 생성되었고; 본 명세서의 출원과 동시에 EFS-웹을 통해서 전자 제출되었다.

인플루엔자 비리온은 단일-가닥 RNA 게놈을 함유하는 내부 리보뉴클레오단백질 코어 (나선형 뉴클레오캡시드), 및 매트릭스 단백질 (M1)이 내부에 배열된 외부 지질단백질 엔벨로프를 포함한다. 인플루엔자 A 바이러스의 게놈은 8개의 분절화된 네거티브 센스 단일-가닥 RNA 분자로 이루어진다. 각각의 분절은 5' 및 3' 말단 양쪽에 넌코딩 영역 및 짧은 코딩 영역으로 구성된 분절-특이적 RNA 패키징 신호를 보유한다. 8개의 분절화된 RNA는 뉴클레오캡시드를 형성하는 핵단백질 (NP) 및 RNA-의존적 RNA 중합효소 단백질 (PB2, PB1 및 PA); 매트릭스 막 단백질 (M1, M2); 둘 모두가 지질-함유 엔벨로프로부터 돌출된 표면 당단백질인, 헤마글루티닌 (HA) 및 뉴라미니다제 (NA); 비구조 단백질 (NS1), 핵 이출 단백질 (NS2라고도 하는 NEP), 프로아폽토시스 인자 PB1-F2를 포함하는 11개 바이러스 단백질을 코딩한다. HA는 바이러스 결합 및 세포로의 진입에 핵심적이고, 주요한 중화 항체 표적인 한편, NA는 자손 바이러스 방출에서 역할을 하고, 바이러스 증식에 필수적이다. 게놈의 전사 및 복제는 핵에서 일어나고 조립은 형질막 상에서 버딩을 통해 일어난다.

돼지 인플루엔자 (SI)는 A형 및 C형 인플루엔자에 의해 야기되는 돼지의 급성 호흡기 질환이다. 돼지는 또한 인간 및 조류 인플루엔자 A 바이러스 둘 모두의 복제를 지원하여서 상이한 숙주에 특이적인 바이러스 간 재편성을 위한 "혼합통 (mixing vessel)"으로서 작용하여 종간 전파에서 중요한 역할을 하는 것으로 여겨지고 있다 (Scholtissek, Eur. J. Epidemiol. (1994) 10:455-458). 다수의 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV) 아형이 이용가능한 백신에도 불구하고 돼지 개체군에서 계속적으로 순환하고 있다. 현재, H1N1, H3N2, 및 H1N2가 북미 돼지 개체군에서 질환을 야기시키는 우세한 아형이다. 아형 H3N2의 SIV는 인간, 조류 및 고전적인 돼지 바이러스 간 재편성에 의해 발생되었고, 급속한 진화를 겪어, 일반적으로 고전적인 H1N1 SIV 보다 훨씬 중증의 질환을 야기시킨다. 현행 SIV 백신은 다수의 항원성 SIV 변이체로부터 보호하지 못하고 있다.

신규한 인플루엔자 백신 균주를 제조하기 위한 한 접근법은 질환을 야기하지 않지만, 후속 병독성 SIV 공격에 대해 면역학적 반응을 유발시키는 재조합/재편성 인플루엔자를 생성시키도록 유전자 중 하나 이상을 탈최적화시켰다 (예를 들어, Research Foundation of the State University of New York의 US 2012/026,9849 참조). 그러나, 이러한 접근법은 신규한 약독화된 SIV 백신 균주를 생성시키도록 돼지 인플루엔자 바이러스를 변형시키는데 사용되지 않았었다. 따라서, 돼지 인플루엔자 감염의 치료 및 예방을 위한 효과적인 전략의 개발을 위한 필요성이 여전히 남아있다.

본 발명의 목적은 약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV), 이를 포함하는 안전하고 효과적인 백신, 및 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV)에 의해 야기된 감염 및 질환의 치료 및 예방을 위한 방법을 제공하는 것이다.

일부 실시형태에서, 백신은 그들이 유래된 상응하는 부모 균주에 비해서, 탈최적화된 코딩 서열을 함유하도록 변형된 약독화된 인플루엔자 바이러스를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 안전하고 효과적인 SIV 백신 균주는 코돈 탈최적화된 헤마글루티닌 (HA-DO), 뉴라미니다제 (NA-DO), 및 임의로 비구조적 (NS-DO) 유전자 코딩 서열을 보유한다.

본 발명의 다른 목적은 본 개시 내용에 따라서 약독화된 인플루엔자를 제조하기 위한 역유전학 시스템에서 사용을 위한 cDNA 및/또는 플라스미드를 제공하는 것이다. 실시형태에서, cDNA 및/또는 플라스미드는 SEQ ID NO: 22, 29, 35 또는 105에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 탈최적화된 HA 서열; SEQ ID NO: 25, 32 또는 38에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 탈최적화된 NA; 및 임의로, SEQ ID NO: 27에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 탈최적화된 NS를 포함한다.

일반적으로, 탈최적화된 HA, NA 및 임의로 NS1 SIV 코딩 서열을 사용하는 재편성 SIV의 제조는 HA, NA 및 임의로 NS1 서열이 유래된 병독성 야생형 균주와 비교했을 때 약독화된 병독성을 갖는 재편성체를 생성시킨다.

본 발명은 또한 부모 H1N1, H1N2 및 H3N2 SIV 균주에 비해서, 안전하고, 효과적이며, 광범위한 보호성 - 교차-보호성 포함 - 면역을 제공하는 SIV의 신규한 약독화된 균주에 관한 것이다.

따라서, 본 발명은 부모 바이러스에 비해서, 돌연변이체/재편성체 바이러스를 약독화되게 하는, 야생형/부모 바이러스에 비해, 하나 이상의 SIV HA, NA 및 임의로 NS1 핵산 서열에 침묵 돌연변이를 포함하는 돌연변이체 돼지 인플루엔자 바이러스를 제공한다. 일부 실시형태에서, 부모 SIV는 야생형 H1N1, H1N2 또는 H3N2 SIV 균주 유래의 SIV HA, NA 및 NS1 핵산 분자를 포함하고, 각각의 서열은 야생형 HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열을 포함한다. 다른 실시형태에서, 부모 SIV는 합성적으로 또는 천연적으로-약독화된 H1N1, H1N2 또는 H3N2 SIV 균주 유래의 SIV HA, NA 및 NS 핵산 분자를 포함하고, 각각의 서열은 비야생형 SIV HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열을 포함한다.

따라서 HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열의 탈최적화된 형태이외에도, SIV 내부 유전자의 베이스 세트를 포함하는, 약독화된 재편성 SIV를 제공하는 것이 본 발명의 중요한 목적이다.

따라서, 출원인은 본 명세서에서 최초로, 탈최적화된 HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열의 상이한 세트를 TRIG 골격 H1N1 SIV M, NP, PA, PB1, PB2 및 임의로 NS 서열의 동일한 코어 세트와 조합하여, 안전하고 효과적인 재편성, 약독화 SIV 백신 균주를 제조할 수 있다는 것을 개시한다.

본 발명은 또한 인플루엔자에 대해 면역학적 (또는 면역원성) 또는 보호성 반응을 유도시키기 위한 방법을 비롯하여, 인플루엔자 또는 인플루엔자에 의해 야기된 질환 상태(들)를 예방 또는 치료하기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 이것을 필요로 하는 동물에게 약독화된 바이러스, 또는 약독화된 바이러스를 포함하는 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.

적어도 약독화된 인플루엔자 균주 및 사용 지시서를 포함하는 키트가 또한 제공된다.

이들 및 다른 실시형태는 하기의 구체적인 설명을 통해서 분명해지고 그에 포괄된다.

당업자에게 이의 최적 방식을 포함하여, 본 발명의 완전하고 가능한 개시 내용은 첨부된 도면의 참조를 포함하는 명세서의 나머지 부분에서 더욱 구체적으로 기재된다.
도 1은 그룹 (1=vSIV01, 2=vSIV02, 3=vSIV05, 4=vSIV06, 5=대조군)에 따른 총 강화율%을 도시한 그래프이다;
도 2는 본 출원에 개시된 서열을 기술하는 표이다;
도 3A는 감염성, 재편성, 역유전학-제조된 돼지 인플루엔자 바이러스 (rgSIV)를 제조하기 위한 유전자 분절을 보유하는 pHW2000 클로닝 벡터의 지도이다;
도 3B는 합성된 pHW2000 클로닝 영역 및 pcDNA3.1/V5-His B 플라스미드를 사용해 시작된, pHW2000의 구축을 도식화한다;
도 4는 HA 분절 (H1 아형)의 3'UTR/신호 서열 및 경막/꼬리부 도메인/5'UTR의 PCR 앰플리콘을 도시한다.
도 5는 HA 분절 (H1N2-DO)의 3'UTR, 신호 서열 (SS), 경막 도메인 (TMD), 세포질 꼬리부 도메인 (CTD), 및 5'UTR를 포함하는 서열 (SEQ ID NO: 103)의 도식적인 지도를 나타낸다;
도 6은 pHW2000-H1 SP-TM 키메라에 대한 클로닝 계획을 나타낸다;
도 7은 H3 엑토도메인 PCR 앰플리콘의 뉴클레오티드 서열 (밑줄)이다.
도 8은 pHW2000-HA-DO (H1-H3 키메라)의 제조를 위한 클로닝 계획을 도시한다;
도 9는 pHW2000-HA-DO (H1-H3 키메라)의 뉴클레오티드 서열 (SEQ ID NO: 105)을 나타낸다;
도 10은 공격 후 그룹 평균 백신접종 온도를 도시하는 그래프이다;
도 11은 공격 후 치료 그룹 및 각 일수에 따라 관찰된 호흡 지수의 발생률을 도시하는 그래프이다;
도 12는 공격 후 치료 그룹 및 각 일수에 따른 총 우울증 지수를 도시하는 그래프이다;
도 13은 그룹 및 일수에 따른 SIV ELISA 결과를 도시하는 그래프이다;
도 14는 그룹에 따른 총 강화율%로 표시된 공격 후 폐 병변 지수를 도시하는 상자 그림이다.

본 발명은 미생물, 예컨대 바이러스, 예를 들어 인플루엔자의 약독화에 관여되는 뉴클레오티드 서열 및 유전자, 뉴클레오티드 서열에 의해 코딩되는 생성물 (예를 들어, 단백질, 항원, 면역원, 에피토프), 이러한 뉴클레오티드 서열, 생성물, 미생물의 제조를 위한 방법, 및 그를 위한, 예컨대 백신 또는 면역원성 조성물의 제조를 위하거나 또는 면역학적 또는 면역 반응의 유발을 위하거나, 또는 벡터, 예를 들어 발현 벡터 (예를 들어, 시험관 내 또는 생체 내 발현 벡터)로서의 용도를 제공한다.

미생물의 뉴클레오티드 서열 및 유전자에 도입되는 돌연변이는 신규하고 불분명한 약독화된 돌연변이체를 생성시킨다. 이들 돌연변이체는 높은 정도의 면역원성을 갖는 생 약독화 면역원성 조성물 또는 생 약독화 백신의 생성에 유용하다.

돌연변이의 식별은 신규하고 불분명한 뉴클레오티드 서열 및 유전자를 비롯하여, 뉴클레오티드 서열 및 유전자에 의해 코딩되는 신규하고 불분명한 유전자 생성물을 제공한다.

본 발명은 부분적으로, 개시된 약독화된 SIV를 백신접종시킨 후, 병독성 H1N2 SIV를 공격시킨 돼지가 비백신접종 돼지와 비교하여 호흡기로부터 바이러스 발산 및 폐 병변이 상당히 감소되었다는 주목할만한 관찰을 기반으로 한다. 현재 승인된 상업적인 불활성화 생성물에 의한 백신접종이 전파를 완전하게 예방하지 못하기 때문에, 발산, 전파 및 인수공통 전염을 제한하도록 돼지에서 추가적인 방제 척도와 함께 LAIV 백신의 사용을 포함하는 새로운 방제 전략의 도입을 추천한다. 이러한 전략은 그 다음으로 범유행의 공급원이 될 돼지의 위험성을 최소화시키게 될 것이다.

일부 실시형태에서, 본 발명은 질환 전염/전파를 감소시키는 약독화된 SIV의 능력을 평가하기 위한 새로운 모델을 제공한다. 일부 실시형태에서, 동물은 본 개시 내용에 따라서 하나 이상의 약독화된 SIV로 백신접종된다. 보호 면역성을 발생시키도록 동물에서 충분한 기간이 지나간 후에, 동물은 SIV의 병독성 균주의 유효량으로 공격받을 수 있다. 전형적으로, 투여되는 공격 균주의 양은 대조군/모의군-백신접종과 비교하여, 당업자가 백신접종에서 이종성 보호 면역성을 포함하는, 보호 면역성을 유발시키는지 여부를 결정할 수 있도록 충분하다.

동물을 공격하면, 그들은 백신접종이 SIV 전파에 대해 센티넬을 보호하는 정도를 평가하기 위해서, 센티넬 동물에 근접하여 위치될 수 있다. 일부 실시형태에서, 백신접종 그룹 및 대조군 동물이 센티넬 그룹에 충분히 가깝게 근접하여 위치되어서, 동물이 바이러스의 충분량을 발산한다면, 센티넬이 노출되어서 감염될 것이다. 각각의 백신접종 그룹 및 센티넬 그룹은 서로 물리적으로 격리될 수 있어서, 백신접종의 한 그룹과 수용된 센티넬은 백신접종 그룹 또는 대조군의 다른 그룹에 의해 발산된 바이러스가 공격하도록 노출되지 않게 될 것이다.

실시형태에서, 본 발명은 인플루엔자 또는 인플루엔자에 의해 야기된 질환에 대해 돼지에서 안전하고 효과적인 면역 반응을 제공할 수 있는 약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV) 균주를 제공한다.

일부 실시형태에서, 탈최적화된 서열은 SEQ ID NO: 21, 28 또는 34에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 야생형 HA 서열, SEQ ID NO: 24, 31 또는 37에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 서열 동일성을 갖는 야생형 NA 서열, 및 임의로 SEQ ID NO: 1에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 NS1 서열에 의해 생성되었다. 일부 실시형태에서, 이들 야생형 서열은 야생형, 병독성 H1N1, H1N2 또는 H3N2 SIV 균주와 동일하다.

특정한 실시형태에서, 돌연변이체 바이러스는 돌연변이체 바이러스가 병독성 야생형/부모 바이러스에 비해 약독화되고/비병독성이게 야기하는, SEQ ID NO: 22, 29, 35 또는 105 (HA-DO); SEQ ID NO: 25, 32 또는 38 (NA-DO); 및 임의로, SEQ ID NO: 27 (NS1-DO)에 제시된 탈최적화된 DNA 서열에 상응하는 (즉, 역상보성이고 티미딘 대신 우라실을 갖는) vRNA 핵산 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, SIV 유전자 분절 (즉, M, NP, PA, PB1, PB2 및 임의로 NS)의 잔여부는 야생형 코딩 서열을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 야생형 (즉, 비-탈최적화된) 서열은 H1N1 SIV M, NP, PA, PB1, PB2 및 임의로 NS 서열이다.

일부 실시형태에서, H1N1 NS1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 1에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, NS1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 1에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 M1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 3에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, M1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 3에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 M2 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 5에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, M2 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 5에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 NP 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 9에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, NP 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 9에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 PA 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO:13에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, PA 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO:13에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 PB1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO:15에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, PB1 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO:15에 제시된 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, H1N1 PB2 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 17에 제시된 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, PB2 야생형 코딩 서열은 SEQ ID NO: 17에 제시된 서열을 포함한다.

다른 실시형태에서, 비-탈최적화된 코딩 서열은 또한 H1N2 또는 H3N2 SIV 균주로부터 얻을 수 있다. 예를 들어, 탈최적화 이전에, HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열은 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74 또는 76에 제시된 바와 같은 서열을 포함할 수 있다. 게다가, 베이스 균주 (즉, "야생형" H1N1, H1N2 또는 H3N2 SIV 균주)는 또한 그들 자체가 그들의 보다-병독성인 부모 균주의 합성적으로 또는 천연적으로 약독화된 형태일 수 있다.

다른 측면에서, 본 발명은 상기에 상술한 바와 같이 약독화된 인플루엔자 균주를 포함하는 면역학적 조성물을 제공한다. 일 실시형태에서, 조성물은 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 비히클, 희석제 또는 부형제를 더 포함할 수 있다.

일부 실시형태에서, 면역학적 조성물은 이의 저장 안정성을 개선시키기 위해 다양한 성분을 포함할 수 있다. 백신은 제제화되어 예를 들어 가속 안정화 실험을 사용하여 검사될 수 있다. 일부 실시형태에서, 하기의 성분 조합을 사용하여 본 발명에 따른 안정한 백신 제제를 제조할 수 있다:

· 수크로스, 포스페이트 완충제, 글루타마트산, 소 혈청 알부민

· 대두 펩톤, 덱스트란 70, 글루탐산, 수크로스

· 젤라틴, 카제인 가수분해물, 수크로스

· 덱스트란 40, 솔비톨, 젤라틴, 카제인 가수분해물, 수크로스

따라서, 일부 실시형태에서, 적합한 중합체는 덱스트란 40, 덱스트란 70, PEG, 포비돈, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 적합한 동물 단백질은 카제인 가수분해물, 젤라틴, 소 혈청 알부민 (BSA), 락트알부민 가수분해물을 포함할 수 있고, 비-동물 단백질은 대두 펩톤을 포함할 수 있다. 적합한 탄수화물 성분은 수크로스, 라피노스, 락토스를 포함할 수 있고, 적합한 완충제는 포스페이트 및 히스티딘을 포함할 수 있다. 일부 유리한 제제 성분은 PEG 및 포비돈, 락트알부민 가수분해물, 라피노스 및 락토스, 및 히스티딘을 포함한다.

일부 실시형태에서, 면역학적 조성물은 하기 안정화 성분 중 어느 하나 또는 전부를 포함할 수 있다: 약 0.1% 내지 약 2.5%의 중합체 증량제 (예를 들어, 덱스트란, PEG, 포비돈 등), 약 0.1% 내지 약 4.5%의 당알콜 (예를 들어, 솔비톨, 만니톨 등), 약 0.1% 내지 약 2.5%의 동물 단백질 (예를 들어, 카세인 가수분해물, 젤라틴, BSA, LAH 등), 약 0.1% 내지 약 2.5%의 식물성 단백질 (예를 들어, 대두 펩톤 등), 포스페이트 완충제, 히스티딘 완충제, 약 1.0% 내지 약 7.5%의 탄수화물 (예를 들어, 락토스, 라피노스, 수크로스, 이의 조합 등).

일부 실시형태에서, 면역학적 조성물은 하기의 성분을 포함할 수 있고, 그 각각은 조성물 중 w/v (g/100 mL)로 표시된다:

. 약 0.5% 내지 약 1.0%의 제1 단백질 유형, 약 0.5% 내지 약 1.0%의 제2 단백질 유형, 및 약 2.0% 내지 약 5.0%의 비환원 사카라이드

. 약 0.5% 내지 약 1.0%의 젤라틴, 약 0.5% 내지 약 1.0%의 카제인 가수분해물 (CH), 및 약 2.0% 내지 약 5.0%의 수크로스

. 약 1.0% 내지 약 2.0%의 중합체, 약 1.0% 내지 약 2.0%의 동물이외 출처의 단백질, 및 약 0.25% 내지 약 0.5%의 글루탐산 염, 및 약 2% 내지 약 5%의 비환원당

. 약 1.0% 내지 약 2.0%의 덱스트란 중합체, 약 1.0% 내지 약 2.0%의 대두 펩톤, 및 약 0.25% 내지 약 0.5%의 l-글루탐산 모노포타슘 염, 약 2% 내지 약 5%의 수크로스

. 약 1.0% 내지 약 2.0%의 BSA, 약 0.05%의 KH₂PO₄, 약 0.14%의 K₂HPO₄, 약 0.03% 내지 약 0.1%의 글루탐산 염, 및 약 2% 내지 약 5% 수크로스

. 약 1.2% 내지 약 2.4%의 덱스트란 중합체, 약 1.2% 내지 약 2.4%의 솔비톨, 약 0.6% 내지 약 1.2%의 CH, 약 0.75% 내지 약 1.5%의 젤라틴, 약 0.015% 내지 약 0.031%의 KH₂PO₄, 약 0.0375% 내지 약 0.075%의 K₂HPO₄, 및 약 2% 내지 약 5%의 수크로스

실시형태에서, 조성물은 병독성 돼지 인플루엔자 공격에 대해 돼지에서 보호성 면역 반응을 제공한다. 보호는 동종성, 이종성 또는 둘 모두일 수 있다. 일부 실시형태에서, 조성물은 돼지 인플루엔자 이외의 병원체와 연관된 적어도 하나의 추가 항원을 더 포함한다.

다른 실시형태에서, 적어도 하나의 추가 항원은 마이코플라즈마 하이오뉴모니아 (Mycoplasma hyopneumoniae) (M. hyo), PCV2, PRRSV, SIV 또는 돼지에서 감염되어 질병 또는 질병에 대한 감수성을 야기할 수 있는 다른 병원체, 또는 이의 조합으로부터 선택된다.

일부 실시형태에서, 조합은 3가 H1N1, H1N2, H3N2 백신 조성물을 포함한다. 이러한 조성물은 어린 돼지에게, 예를 들어 비내 경로를 통해서 투여될 수 있다. 다른 조합은 점막 투여용 분말 제제 중 단일 용량 MLV, 돼지 옆에서 재구성을 위한 다수-용량 샤세 프레젠테이션, 및 코돈 탈최적화된, M2 유전자 음성 SIV 조성물을 포함한다.

실시형태에서, 본 발명은 약독화된 SIV 조성물의 적어도 1회 투여 단계를 포함하는 동물을 백신접종하는 방법을 제공한다. 다른 실시형태에서, 돼지는 분만전 약 3주 내지 약 6주인 모돈 또는 초산돈이다. 또 다른 실시형태에서, 분만된 새끼돼지는 미백신접종 모돈이 낳은 새끼돼지와 비교하여 감소된 이환율 및/또는 폐사율을 가질 수 있다. 다른 실시형태에서, 백신접종하려는 동물은 새끼돼지이다. 새끼돼지는 약 1일령 내지 약 30일령을 포함하는 임의 연령일 수 있다. 일부 실시형태에서, 새끼돼지는 약 1일령부터 약 2주령 내지 4주령이다.

실시형태에서, 본 발명은 인플루엔자 바이러스를 제조하기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 감염성 인플루엔자 바이러스를 생성시키기 위해 유효한 양으로 본 발명의 조성물 중 하나와 세포를 접촉시키는 단계를 포함한다. 방법은 바이러스를 단리하기 위한 단계를 더 포함할 수 있다.

다른 실시형태에서, 본 발명은 유전자 전달 비히클을 제조하기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 인플루엔자 바이러스를 생성시키는데 유효한 양으로 본 발명의 조성물과 세포를 접촉시키는 단계, 및 바이러스를 단리시키는 단계를 포함한다. 본 발명은 또한 본 발명의 조성물과 접촉된 세포를 제공한다.

실시형태에서, 본 발명은 인플루엔자 바이러스 HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 벡터를 포함하는 약독화된 돼지 인플루엔자의 생성을 위한 다수의 벡터를 포함하는 척추동물 세포를 제공하고, HA, NA 및 임의로 NS1 코딩 서열은 병독성 부모 SIV 균주에 존재하는 비-탈최적화된 HA, NA 및 NS1 코딩 서열에 비해서, 코돈 탈최적화된다.

본 발명은 또한 항원, 면역원 및 에피토프를 제공하고, 단리된 유전자 생성물로서 유용한, 유전자 생성물을 포괄한다.

이러한 단리된 유전자 생성물을 비롯하여, 이의 에피토프는 또한 진단 적용분야에서 유용한 항체를 생성시키는데 유용하다.

에피토프, 항원 또는 면역원을 제공할 수 있거나 또는 생성시킬 수 있는 이러한 유전자 생성물은 또한, 면역원성 또는 면역학적 조성물을 비롯하여, 백신에 유용하다.

일 양상에서, 본 발명은 뉴클레오티드 서열 또는 유전자에 약독화 돌연변이를 함유하는 바이러스를 제공하고, 돌연변이는 유전자에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 단백질의 생물학적 활성을 변형시켜서, 그 결과로 바이러스의 약독화된 병독성이 초래된다.

특히, 본 발명은 동물에서 면역원성 반응을 유발시키는, 약독화된 돼지 인플루엔자 균주, 이를 포함하는 백신, 특히 돼지에서 반응을 유발시키거나, 유도시키거나 또는 자극시키는 약독화된 돼지 인플루엔자 균주를 포괄한다.

특정한 관심 돼지 인플루엔자 약독화된 균주는 야생형 병독성 부모 균주에 비해, 병독성과 연관된 유전자에 돌연변이를 갖는다. 개시된 돌연변이를 갖는 균주이외에도, 개시된 병독성 유전자에 임의 개수의 돌연변이를 갖는 약독화된 균주가 본 발명의 실시에서 사용될 수 있다는 것을 인식한다.

다른 측면에서, 신규한 약독화된 재편성 돼지 인플루엔자 균주는 돼지 인플루엔자 및 돼지 인플루엔자에 의해 야기되는 질환/감염에 대해 안전하고, 효과적인 백신으로 제제화된다.

실시형태에서, 돼지 인플루엔자 백신은 보강제를 더 포함한다. 특정한 실시형태에서, 보강제는 점막 보강제, 예컨대 키토산, 메틸화 키토산, 트리메틸화 키토산, 또는 이의 유도체 또는 이의 조합이다.

실시형태에서, 보강제는 에이치. 파라수이스 (H. parasuis), 클로스트리듐 (clostridium), 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV), 돼지 써코바이러스 2 (PCV2), 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스 (PRRSV), 만헤이미아 (Mannheimia), 파스퇴렐라 (Pasteurella), 히스토필러스 (Histophilus), 살모넬라 (Salmonella), 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 또는 이의 조합 및/또는 변이를 포함하는 전체 박테리아 및/또는 바이러스를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 보강제는 IgM, IgG, IgA, 및/또는 이의 조합의 동물 생성을 증가시킨다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "유전자"는 광의로 사용될 수 있고, 코딩 및 넌코딩 서열 둘 모두를 포괄한다 (즉, 상류 및 하류 조절 서열, 프로모터, 5'/3' UTR, 인트론 및 엑손). 오직 유전자의 코딩 서열만의 언급을 의도하는 경우에, 용어 "유전자의 코딩 서열" 또는 "CDS"는 본 개시 내용 전반에서 상호교환적으로 사용될 것이다. 특별한 핵산, 예를 들어 SEQ ID NO: 17 (부모 바이러스 cRNA "센스" 가닥과 동등한 DNA 서열)에 제시된 바와 같은 서열이 기술될 때, 당업자는 즉시 그 서열 (mRNA, vRNA, cRNA, DNA, 단백질 등)의 모든 유도가능한 형태를 보유하게 될 것이다. 예를 들어, 인플루엔자 바이러스는 네거티브 단일 가닥 RNA 바이러스 (ssRNA)이다. 복제를 위해서, 이의 네거티브 ssRNA ("vRNA"로서 본 명세서에서 정의됨)는 포지티브 또는 센스 RNA ("cRNA"로서 본 명세서에서 정의됨)로 전사되어야 한다. 숙주 세포 기구가 바이러스 단백질 및 vRNA를 생성하도록 cRNA를 사용하기 위해 끌어들여진다. 충분히 공지된 유전자 코드를 사용하는 당업자는 DNA 서열로부터 vRNA, cRNA, 및 펩티드 서열을 통상적으로 유도시킬 수 있다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "야생형"은 자연계로부터 단리되었을 때 그 자체와 동일한 유전자 서열을 함유하는 균주 또는 서열을 의미하고자 한다. 예를 들어, 바이러스-감염된 동물의 세포, 조직 또는 장기로부터 회수된 "현장 단리주"가 "야생형" 바이러스이다. 이들 현장 단리주 내에 함유되는 유전자 분절은 야생형 폴리펩티드를 코딩하는 야생형 폴리뉴클레오티드 서열를 함유한다. "비야생형" 균주 및 서열은 유전자 조작 기술을 사용하거나, 또는 세포, 조직 또는 장기에서 야생형 또는 변형된 바이러스를 연속 계대배양하여 변경시킨 것들이다. 세포 계대배양은 약독화된 바이러스를 생성시키기 위해 충분히 공지된 기술이다.

"항원" 또는 "면역원"은 숙주 동물에서 특이적 면역 반응을 유도하는 물질을 의미한다. 항원은 사멸, 약독화 또는 생존의 전체 유기체; 유기체의 서브유닛 또는 일부분; 면역원성 특성을 갖는 삽입부를 함유하는 재조합 벡터; 숙주 동물에게 제시 시 면역 반응을 유도할 수 있는 DNA의 조각 또는 단편; 폴리펩티드, 에피토프, 합텐, 또는 이의 임의 조합을 포함할 수 있다. 대안적으로, 면역원 또는 항원은 독소 또는 항독소를 포함할 수 있다.

용어 "단백질", "펩티드", "폴리펩티드" 및 "폴리펩티드 단편"은 본 명세서에서 상호교환적으로 임의 길이의 아미노산 잔기의 중합체를 의미한다. 중합체는 선형일 수 있거나 또는 분지형일 수 있고, 변형된 아미노산 또는 아미노산 유사체를 포함할 수 있으며, 아미노산 이외의 화학적 모이어티에 의해 개재될 수도 있다. 이 용어는 또한 천연적으로 또는 개재에 의해; 예를 들어 디술피드 결합 형성, 글리코실화, 리피드화, 아세틸화, 인산화, 또는 임의의 다른 조작 또는 변형, 예컨대 표지화 또는 생물활성 성분과의 접합에 의해 변형된 아미노산 중합체를 포괄한다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "면역원성 또는 항원성 폴리펩티드"는 숙주에 투여되었을 때, 단백질에 대한 체액 및/또는 세포 유형의 면역 반응을 유발시킬 수 있다는 의미에서 면역학적으로 활성인 폴리펩티드를 포함한다. 바람직하게 단백질 단편은 총 단백질과 실질적으로 동일한 면역학적 활성을 갖는 것이다. 따라서, 본 발명에 따른 단백질 단편은 적어도 하나의 에피토프 또는 항원성 결정부를 포함하거나 또는 그로 실질적으로 이루어진다. 본 명세서에서 사용되는 "면역원성" 단백질 또는 폴리펩티드는 단백질의 전체-길이 서열, 이의 유사체, 또는 이의 면역원성 단편을 포함한다. "면역원성 단편"이란 하나 이상의 에피토프를 포함하고 그리하여 상기 기술된 면역학적 반응을 유발시키는 단백질의 단편을 의미한다. 이러한 단편은 당분야에 충분히 공지된 임의의 많은 에피토프 맵핑 기술을 사용해 동정될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, Vol. 66 (Glenn E. Morris, Ed., 1996)]을 참조한다. 예를 들어, 선형 에피토프는 예를 들어 고형 지지체 상에 많은 수의 펩티드를 동시발생적으로 합성하고, 지지체에 여전히 펩티드가 부착된 상태로 항체와 펩티드를 반응시켜서 결정될 수 있고, 펩티드는 단백질 분자의 일부분에 상응한다. 이러한 기술은 당분야에 공지되어 있고, 예를 들어, 미국 특허 제4,708,871호; [Geysen et al., 1984]; [Geysen et al., 1986]에 기술되어 있다. 유사하게, 입체형태 에피토프는 아미노산의 공간적 입체 형태를 예컨대 예를 들어, X-선 결정학 및 2차원 핵 자기 공명을 통해서 결정하여 쉽게 동정된다. 예를 들어, 문헌 [Epitope Mapping Protocols, 상동]을 참조한다. 티. 파르바 (T. parva)의 단백질에 특히 적용가능한 방법은 그 전문이 참조로 본 명세서에 편입되는 PCT/US2004/022605에 완전히 기술되어 있다.

본 명세서에 기술된 바와 같이, 본 발명은 항원성 폴리펩티드의 활성 단편 및 변이체를 포괄한다. 따라서, 용어 "면역원성 또는 항원성 폴리펩티드"는 폴리펩티드가 본 명세서에 정의된 바와 같이 면역학적 반응을 생성시키도록 기능하는 한, 서열에 대한 결실, 첨가 및 치환을 더 고려한다. 용어 "보존성 변이"는 한 아미노산 잔기의 다른 생물학적 유사한 잔기로의 치환, 또는 코딩되는 아미노산 잔기가 변화되지 않거나 또는 다른 생물학적으로 유사한 잔기이게 되는 핵산 서열 중 뉴클레오티드의 치환을 의미한다. 이와 관련하여, 특히 바람직한 치환은 일반적으로 자연계에서 보존적이게 될 것이고, 즉 아미노산 패밀리 내에서 발생되는 치환일 것이다. 예를 들어, 아미노산은 일반적으로 다음의 4개 패밀리로 분류된다: (1) 산성--아스파테이트 및 글루타메이트; (2) 염기성--리신, 아르기닌, 히스티딘; (3) 비극성--알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌, 트립토판; 및 (4) 비하전 극성--글리신, 아스파라긴, 글루타민, 시스테인, 세린, 트레오닌, 티로신. 페닐알라닌, 트립토판 및 티로신은 때때로 방향족 아미노산으로서 분류된다. 보존성 변이의 예는 하나의 소수성 잔기 예컨대 이소류신, 발린, 류신 또는 메티오닌의 다른 소수성 잔기로의 치환, 또는 한 극성 잔기의 다른 극성 잔기로의 치환, 예컨대 아르기닌의 리신으로의 치환, 글루탐산의 아스파르트산으로의 치환, 또는 글루타민의 아스파라긴으로의 치환 등; 또는 생물학적 활성에 대한 주요한 효과를 갖지 않게 되는 구조적으로 관련된 아미노산으로의 아미노산의 유사한 보존성 치환을 포함한다. 그러므로, 기준 분자와 실질적으로 동일한 아미노산 서열을 갖지만 단백질의 면역원성에 실질적으로 영향을 미치지 않는 소수의 아미노산 치환을 보유하는 단백질이 기준 폴리펩티드의 정의 내에 속한다. 이들 변형에 의해 생성된 모든 폴리펩티드는 본 명세서에 포함된다. 용어 "보존성 변이"는 또한 치환된 폴리펩티드에 대해 발생된 항체가 역시 미치환된 폴리펩티드와 면역반응한다는 것을 조건으로 하는 한 미치환된 부모 아미노산 대신 치환된 아미노산의 사용을 포함한다.

용어 "에피토프"는 특이적 B 세포 및/또는 T 세포에 반응하는 항원 또는 합텐 상의 부위를 의미한다. 이 용어는 또한 "항원성 결정부" 또는 "항원성 결정 부위"와 상호교환적으로 사용된다. 동일 에피토프를 인식하는 항체는 표적 항원에 대한 다른 항체의 결합을 차단하는 한 항체의 능력을 보여주는 단순한 면역어세이로 동정될 수 있다.

조성물 또는 백신에 대한 "면역학적 반응"은 숙주에서 관심 조성물 또는 백신에 대한 세포성 및/또는 항체-매개성 면역 반응의 발생이다. 일반적으로, "면역학적 반응"은 하기 효과 중 하나 이상을 포함하지만 이에 제한되지 않는다: 관심 조성물 또는 백신에 포함되는 항원 또는 항원들에 대해 특이적으로 유도되는, 항체, B 세포, 헬퍼 T 세포, 및/또는 세포독성 T 세포의 생성. 바람직하게, 숙주는 새로운 감염에 대한 내성이 증강되게 되고/되거나 질환의 임상적 중증도가 감소되게 되도록 치료적 또는 보호적 면역학적 반응을 나타내게 된다. 이러한 보호성은 감염된 숙주에 의해 정상적으로 나타나는 임상적 질환 징후 및/또는 증상의 감소 또는 결여, 감염된 숙주에서 저하된 바이러스 역가 및/또는 더 신속한 회복 시간으로 증명될 것이다.

"동물"이란 의도하는 포유동물, 조류 등이다. 본 명세서에서 사용되는 동물 또는 숙주는 포유동물 및 인간을 포함한다. 동물은 말과 동물 (예를 들어, 말), 갯과 동물 (예를 들어, 개, 늑대, 여우, 코요테, 재칼), 고양잇과 동물 (예를 들어, 사자, 호랑이, 집 고양이, 야생 고양이, 다른 대형 고양이, 치타 및 스라소니를 포함하는 다른 고양잇과), 양과 동물 (예를 들어, 양), 솟과 동물 (예를 들어, 축우), 돼지과 동물 (예를 들어, 돼지), 조류 (예를 들어, 닭, 오리, 거위, 칠면조, 메추라기, 꿩, 앵무새, 되새류, 매, 까마귀, 타조, 에뮤 및 화식조), 영장류 (예를 들어, 원원류, 안경원숭이, 원숭이, 긴팔원숭이, 유인원), 페럿, 물개, 및 어류로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 용어 "동물"은 또한 신생, 배아 및 태아 단계를 포함하는 모든 발생 단계의 개별 동물을 포함한다.

달리 설명하지 않으면, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시 내용이 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 단수 용어 "한", "하나" 및 "그"는 달리 문맥에서 명확하게 표시하지 않으면 다수의 대상을 포함한다. 유사하게, 단어 "또는"은 달리 문맥에서 명확하게 표시하지 않으면 "및"을 포함하고자 한다.

본 개시 내용에서, 특히 청구항 및/또는 단락에서, 용어 예컨대 "포함하다", "포함되는", "포함하는" 등은 미국 특허법에서 그것에 대해 부여하는 의미를 가질 수 있으며; 예를 들어 그들은 "포괄하다", "포괄되는", "포괄하는" 등을 의미할 수 있고; 용어 예컨대 "본질적으로 이루어지는" 및 "본질적으로 이루어지다"는 미국 특허법에서 그들에 부여하는 의미를 가질 수 있고, 예를 들어, 그들은 요소들이 명확하게 인용되지 않는 것을 허용하지만, 본 발명의 기본 또는 신규 특징에 영향을 미치거나 또는 종래 기술에서 확인되는 요소들은 배제한다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "약"은 대략적으로, 부근, 대개 또는 쯤을 의미한다. 용어 "약"이 수치 범위와 함께 사용될 때, 이것은 기재된 수치 값 이상 및 이하의 경계로 확장하여 그 범위를 변형시킨다. 일반적으로, 용어 "약"은 10%의 변동만큼 명시된 값 이상 및 이하로 수치 값을 변형시키기 위해 본 명세서에서 사용된다. 일 양상에서, 용어 "약"은 사용되는 수치의 20%를 더하거나 또는 뺀 수치값을 의미한다. 그러므로, 약 50%는 45% 내지 55%의 범위를 의미한다. 종결값으로 본 명세서에서 인용되는 수치 범위는 그 범위 내에 포괄되는 모든 수치 및 분수를 포함한다 (예를 들어, 1 내지 5는 1, 1.5, 2, 2.75, 3, 3.90, 4, 및 5를 포함함). 또한 모든 수치 및 이의 분수는 용어 "약"에 의해 변형되는 것으로 간주된다는 것을 또한 이해한다.

조성물

본 발명은 동물에서 반응을 유발, 유도 또는 자극시키는 약독화된 돼지 인플루엔자 균주 및 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 담체, 부형제 또는 비히클을 포함할 수 있는 돼지 인플루엔자 백신 또는 조성물에 관한 것이다.

용어 "핵산" 및"폴리뉴클레오티드"는 선형 또는 분지형, 단일 또는 이중 가닥, 또는 이의 하이브리드인 RNA 또는 DNA를 의미한다. 이 용어는 또한 RNA/DNA 하이브리드를 포괄한다. 다음은 폴리뉴클레오티드의 비제한적인 예이다: 유전자 또는 유전자 단편, 엑손, 인트론, mRNA, tRNA, rRNA, 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오티드, 분지형 폴리뉴클레오티드, 플라스미드, 벡터, 임의 서열의 단리된 DNA, 임의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체, 우라실, 다른 당류 및 연결기 예컨대 플루오로리보스 및 티올레이트, 및 뉴클레오티드 분지를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드의 서열은 중합반응 이후에, 예컨대 표지화 성분에 의한 접합에 의해 더욱 변형될 수 있다. 이러한 정의에 포함되는 다른 유형의 변형에는 캡, 유사체로 하나 이상의 천연 발생 뉴클레오티드의 치환, 및 단백질, 금속 이온, 표지화 성분, 다른 폴리뉴클레오티드 또는 고형 지지체에 폴리뉴클레오티드를 부착시키기 위한 수단의 도입이 있다. 폴리뉴클레오티드는 미생물로부터 유래되거나 또는 화학 합성에 의해 수득될 수 있다.

용어 "유전자"는 광범위하게 생물학적 기능과 연관된 폴리뉴클레오티드의 임의 분절을 언급하는데 사용된다. 따라서, 유전자는 게놈 서열 내에서와 같이 인트론 및 엑손, 또는 cDNA 처럼 단지 코딩 서열 및/또는 그들 발현에 필요한 조절 서열을 포함한다. 예를 들어, 유전자는 또한 mRNA 또는 기능성 RNA를 발현하거나, 또는 특이적 단백질을 코딩하고, 조절 서열을 포함하는 핵산 단편을 의미한다.

"단리된" 생물학적 성분 (예컨대 핵산 또는 단백질 또는 세포 소기관)은 성분이 천연적으로 발생되는 유기체의 세포 내 다른 생물학적 성분, 예를 들어, 다른 염색체 및 염색체외 DNA 및 RNA, 단백질, 및 세포 소기관으로부터 실질적으로 분리되거나 또는 정제된 성분을 의미한다. "단리된" 핵산 및 단백질은 표준 정제 방법에 의해 정제된 핵산 및 단백질을 포함한다. 이 용어는 또한 재조합 기술을 비롯하여 화학 합성으로 제조된 핵산 및 단백질을 포괄한다.

용어 "보존성 변이"는 코딩되는 아미노산 잔기가 변화되지 않거나 또는 다른 생물학적으로 유사한 잔기가 되게 하는 다른 생물학적으로 유사한 잔기로 아미노산 잔기의 치환, 또는 핵산 서열 중 뉴클레오티드의 치환을 의미한다. 이와 관련하여, 특히 바람직한 치환은 일반적으로 상기에 기술된 바와 같이, 사실상 보존될 것이다.

용어 "재조합체"는 자연계에서 발생되지 않거나 또는 자연계에서 확인되지 않는 배열로 다른 폴리뉴클레오티드에 연결된 반합성, 또는 합성 기원의 폴리뉴클레오티드를 의미한다.

"이종성"은 비교하게 되는 독립체의 나머지와 유전적으로 별개인 독립체로부터 유래된 것을 의미한다. 예를 들어, 폴리뉴클레오티드는 유전자 조작 기술을 통해서 상이한 공급원으로부터 유래된 플라스미드 또는 벡터에 위치될 수 있고, 이종성 폴리뉴클레오티드이다. 이의 천연 코딩 서열로부터 제거되어서 그 천연 서열 이외의 코딩 서열에 작동적으로 연결된 프로모터는 이종성 프로모터이다.

본 발명의 폴리뉴클레오티드는 추가의 서열, 예컨대 동일한 전사 유닛 내에 추가의 코딩 서열, 제어 엘리먼트 예컨대 프로모터, 리보솜 결합 부위, 5'UTR, 3'UTR, 전사 종결인자, 폴리아데닐화 부위, 동일하거나 또는 상이한 프로모터의 제어 하에 있는 추가의 전사 유닛, 클로닝, 발현, 상동성 재조합 및 숙주 세포의 형질전환을 가능하게 하는 서열, 및 본 발명의 실시형태를 제공하기에 바람직할 수 있는 임의의 이러한 구성체를 포함할 수 있다.

사용 방법 및 제조 물품

본 발명은 하기의 방법 실시형태를 포함한다. 실시형태에서, 약독화된 돼지 인플루엔자 균주 및 약학적 또는 수의학적 허용가능한 담체, 부형제, 또는 비히클을 포함하는 조성물을 동물에게 투여하는 단계를 포함하는 동물을 백신접종하는 방법이 개시된다. 이러한 실시형태의 일 양상에서, 동물은 돼지이다.

본 발명의 일 실시형태에서, 적어도 하나의 공통 폴리펩티드, 항원, 에피토프 또는 면역원을 사용하는 적어도 1회의 1차 투여 및 적어도 1회의 부스터 투여로 구성된 프라임-부스트 계획이 적용될 수 있다. 전형적으로 1차 투여에서 사용되는 면역학적 조성물 또는 백신은 부스터로서 사용되는 것과 사실상 상이하다. 그러나, 동일한 조성물이 1차 투여 및 부스터 투여로서 사용될 수 있다는 것을 언급한다. 이러한 투여 프로토콜을 "프라임-부스트"라고 한다.

프라임-부스트 계획은 적어도 하나의 공통 폴리펩티드 및/또는 이의 변이체 또는 단편을 사용하는 적어도 1회의 1차-투여 및 적어도 1회의 부스트 투여를 포함한다. 프라임-투여에서 사용되는 백신은 이후의 부스터 백신으로서 사용되는 것과 사실상 상이할 수 있다. 프라임-투여는 1회 이상의 투여를 포함할 수 있다. 유사하게, 부스트 투여는 1회 이상의 투여를 포함할 수 있다.

일부 실시형태에서, 프라임-백신접종은 개시된 재편성 약독화된 SIV 백신 제제 중 하나로 수행될 수 있다. 이러한 실시형태에서, 부스트는 동일한 약독화 SIV 백신 제제를 사용하여 수행될 수 있거나, 또는 상이한 약독화 SIV 백신 제제를 사용해 수행될 수 있다. 다른 실시형태에서, 프라임-백신접종는 자생 백신 (즉, 돼지 동물의 개체군에서 현재 순환중인 균주로부터 유래되거나 또는 그를 기반으로 하는 백신)으로 수행될 수 있다. 이러한 실시형태에서, 부스트-백신접종은 동일한 자생 백신, 또는 본 명세서에 개시된 약독화 SIV 백신 제제 중 하나 이상으로 수행될 수 있다. 프라임 및 부스트의 다른 효과적인 조합은 당업자에게 쉽게 분명해질 것이고, 이제 본 발명에서 기술하였다.

포유동물인 표적 종에 대한 조성물의 용량 부피, 예를 들어, 바이러스 항원을 기반으로 하는 돼지 또는 돼지과 조성물의 용량 부피는 일반적으로 약 0.1 mL 내지 약 2.0 mL, 약 0.1 mL 내지 약 1.0 mL, 및 약 0.5 mL 내지 약 1.0 mL이다.

백신의 효능은 돼지 인플루엔자의 병독성 균주로, 동물, 예컨대 돼지를 공격하여 마지막 면역화 후 약 2 내지 4주에 시험할 수 있다. 동종성 및 이종성 균주 둘 모두가 백신의 효능을 시험하기 위한 공격에 사용된다. 동물은 IM 또는 SC 주사, 분무, 비내, 안내, 기관내 및/또는 경구로 공격될 수 있다. 관절, 폐, 뇌 및/또는 입 유래의 샘플은 공격 전 및 후에 수집될 수 있고 돼지 인플루엔자-특이적 항체의 존재에 대해 분석될 수 있다.

프라임-부스트 프로토콜에 사용되는 본 발명의 약독화된 바이러스 균주를 포함하는 조성물은 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 비히클, 희석제 또는 부형제가 함유된다. 본 발명의 프로토콜은 동물을 돼지 인플루엔자로부터 보호하고/하거나 감염된 동물에서 질환 진행을 예방한다.

다양한 투여가 바람직하게 1 내지 6주 간격으로 수행된다. 특정 실시형태에서, 시간 간격은 약 3주 내지 약 5주이다. 보다 특정한 실시형태에서, 간격은 약 4주이고, 연간 부스터가 또한 고려된다. 돼지 동물은 최초 투여의 시기에 적어도 약 3주령 내지 4주령일 수 있거나, 또는 그들은 심지어 1일령 정도로 어려도 된다.

일부 실시형태에서, 개시된 약독화 SIV 백신 제제는 각 임신 동안 투여될 수 있다. 따라서, 일부 실시형태에서, 모돈은 년간 약 2회 내지 약 3회 백신접종될 수 있다 (즉, 년간 약 4회 내지 약 6회, 이러한 경우에 프라임-부스트 백신접종 계획이 사용됨). 모돈에 특히 유용한 투여 경로는 근육내 (IM)이다.

본 명세서의 개시 내용은 예로서 제공되고 이에 본 발명을 제한하는 것이 아님을 당업자는 이해해야 한다. 본 명세서의 개시 내용 및 당분야의 지식으로부터, 당업자는 임의의 과도한 실험없이, 각 주사 프로토콜에서 사용하려는 투여 횟수, 투여 경로, 및 용량을 결정할 수 있다.

본 발명의 다른 실시형태는 약독화된 돼지 인플루엔자 면역학적 조성물 또는 백신 및 동물에서 면역 반응을 유발시키는데 유효한 양으로 전달 방법을 수행하기 위한 지시서를 포함하는, 동물에서 돼지 인플루엔자에 대해 면역학적 또는 보호성 반응을 유발시키거나 또는 유도시키는 방법을 수행하기 위한 키트이다.

본 발명의 다른 실시형태는 본 발명의 약독화된 돼지 인플루엔자 균주를 포함하는 조성물 또는 백신, 및 동물에서 면역 반응을 유발시키는데 유효한 양으로 전달 방법을 수행하기 위한 지시서를 포함하는, 동물에서 돼지 인플루엔자에 대한 면역학적 또는 보호성 반응을 유도시키는 방법을 수행하기 위한 키트이다.

본 발명의 역시 다른 양상은 상기 기술된 바와 같이 본 발명에 따른 프라임-부스트 백신접종을 위한 키트에 관한 것이다. 키트는 본 발명에 따른 프라임-백신접종을 위한 백신 또는 조성물을 함유하는 제1 바이알, 및 본 발명에 따른 부스트-백신접종을 위한 백신 또는 조성물을 함유하는 제2 바이알의, 적어도 2개 바이알을 포함할 수 있다. 키트는 유리하게 추가의 프라임-백신접종 또는 추가의 부스트-백신접종을 위한 추가의 제1 또는 제2 바이알을 함유할 수 있다.

약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 담체 또는 비히클 또는 부형제는 당업자에게 충분히 공지되어 있다. 예를 들어, 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 담체 또는 비히클 또는 부형제는 0.9% NaCl (예를 들어, 염수) 용액 또는 포스페이트 완충제일 수 있다. 본 발명의 방법에서 사용할 수 있는 다른 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 담체 또는 비히클 또는 부형제는 제한없이, 폴리-(L-글루타메이트) 또는 폴리비닐피롤리돈을 포함한다. 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 담체 또는 비히클 또는 부형제는 벡터의 투여를 용이하게 하는 임의의 화합물 또는 화합물의 조합 (또는 시험관 내에서 본 발명의 벡터로부터 발현된 단백질)일 수 있고; 유리하게, 담체, 비히클 또는 부형제는 벡터 (또는 단백질)의 형질감염을 용이하게 할 수 있고/있거나 보존을 개선시킬 수 있다. 용량 및 용량 부피는 본 발명의 일반 설명에서 기술하며 또한 임의의 과도한 실험없이, 당분야의 지식과 함께 본 개시 내용으로부터 당업자가 결정할 수 있다.

본 발명에 따른 면역학적 조성물 및 백신은 하나 이상의 보강제를 포함할 수 있거나 또는 그로 본질적으로 이루어질 수 있다. 본 발명의 실시에서 사용을 위한 적합한 보강제는 (1) 아크릴산 또는 메타크릴산의 중합체, 말레산 무수물 및 알케닐 유도체 중합체, (2) 면역자극성 서열 (ISS), 예컨대 하나 이상의 비메틸화된 CpG 유닛을 갖는 올리고데옥시리보뉴클레오티드 서열 (Klinman et al., 1996; WO98/16247), (3) 수중유 에멀션, 예컨대 M. Powell, M. Newman, Plenum Press가 1995년에 출판한 "Vaccine Design, The Subunit and Adjuvant Approach"의 페이지 147에 기술된 SPT 에멀션, 및 동일 작업의 페이지 183에 기술된 에멀션 MF59, (4) 4차 암모늄 염을 함유하는 양이온성 지질, 예를 들어, DDA (5) 사이토카인, (6) 수산화암모늄 또는 인산암모늄, (7) 사포닌 또는 (8) 본 출원에서 인용되고 참조로 편입되는 임의 문헌에 기술된 다른 보강제, 또는 (9) 이의 임의의 조합 또는 혼합물이다.

실시형태에서, 보강제는 점막 내층을 통한 개선된 흡수를 촉진하는 것들을 포함한다. 일부 예는 MPL, LTK63, 독소, PLG 미세입자 및 몇몇 다른 것들 (Vajdy, M. Immunology and Cell Biology (2004) 82, 617-627)을 포함한다. 실시형태에서, 보강제는 키토산일 수 있다 (Van der Lubben et al. 2001; Patel et al. 2005; Majithiya et al. 2008; US 특허 제5,980.912호).

일부 실시형태에서, 본 발명은 탈최적화된 SIV 헤마글루티닌 (HA) 유전자, 탈최적화된 SIV 뉴라미니다제 (NA) 유전자, 비-탈최적화된 SIV M, NP, PA, PB1 및 PB2 유전자, 및 임의로 탈최적화된 SIV NS1 유전자를 코딩하는 핵산을 포함하는, 약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV)를 포함하는 백신을 제공하고; 약독화된 표현형의 원인이 되는, 탈최적화된 유전자의 야생형 형태를 함유하는 상응하는 병독성 부모 SIV 균주에 비해서, 탈최적화된 유전자가 SIV에 존재한다.

일부 실시형태에서, 약독화된 SIV 균주는 탈최적화된 SIV NS1 유전자를 포함한다.

일부 실시형태에서, 병독성 부모 SIV 균주는 천연 SIV 단리주이다. 일부 실시형태에서, 병독성 부모 균주는 H1N1, H1N2 또는 H3N2 균주이다.

일부 실시형태에서, 탈최적화된 HA 유전자는 SEQ ID NO: 22, 29 또는 105에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고; 탈최적화된 NA 유전자는 SEQ ID NO: 25, 32 또는 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함한다.

일부 실시형태에서, 탈최적화된 HA 및 NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 22 및 25; 각각 29 및 32; 또는 각각 105 및 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함한다.

일부 실시형태에서, 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 27에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, 비-탈최적화된 M, NP, PA, PB1 및 PB2는

a) SIV H1N1 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 19 (M), 9 (NP), 13 (PA), 15 (PB1) 및 17 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자; 또는

b) SIV H1N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 44 (M), 48 (NP), 52 (PA), 54 (PB1) 및 56 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자; 또는

c) SIV H3N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 62 (M1), 64 (M2), 68 (NP), 72 (PA), 74 (PB1) 및 76 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자이다.

일부 실시형태에서, 비-탈최적화된 M, NP, PA, PB1 및 PB2는

a) SIV H1N1 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 19 (M), 9 (NP), 13 (PA), 15 (PB1) 및 17 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자; 또는

b) SIV H1N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 44 (M), 48 (NP), 52 (PA), 54 (PB1) 및 56 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자; 또는

c) SIV H3N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 62 (M1), 64 (M2), 68 (NP), 72 (PA), 74 (PB1) 및 76 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자이다.

다른 측면에서, 본 발명은 본 개시 내용에 따른 하나 이상의 약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스를 포함하는, 돼지 동물에서 보호성 면역 반응을 유도시키기 위한, 백신 조성물을 제공하고, 여기서 보호성 반응은 백신 접종 이후 약 삼 (3) 주 이내에 유발된다.

일부 실시형태에서, 백신 조성물은 탈최적화된 SIV 헤마글루티닌 (HA) 유전자, 탈최적화된 SIV 뉴라미니다제 (NA) 유전자, 비-탈최적화된 SIV M, NP, PA, PB1 및 PB2 유전자, 및 임의로 탈최적화된 SIV NS1 유전자를 코딩하는 적어도 하나의 핵산 분자를 포함하는, 하나 이상의 약독화된 SIV(들)를 포함한다. 약독화된 SIV가 비-탈최적화된 NS 유전자를 포함하는 경우에, 상기 SIV는 또한 탈최적화된 NS1 유전자를 함유하지 않는다.

일부 실시형태에서, 약독화된 표현형의 원인이 되는, 탈최적화된 유전자의 야생형 형태를 함유하는, 상응하는 부모 SIV에 비해서, 재편성 SIV에 탈최적화된 유전자가 존재한다. 일부 실시형태에서, 약독화된 SIV 균주는 탈최적화된 SIV NS1 유전자, 탈최적화된 HA 유전자 및 탈최적화된 NA 유전자 분절을 포함하고, 단 나머지 SIV 유전자 분절은 탈최적화되지 않는 것을 조건으로 한다.

일부 실시형태에서, 백신 조성물은 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 비히클, 희석제 또는 부형제를 더 포함한다. 일부 실시형태에서, 백신은 병독성 돼지 인플루엔자 공격에 대해서 돼지에서 보호성 면역 반응을 제공한다. 일부 실시형태에서, 보호는 동종성이다. 다른 실시형태에서, 보호는 동종성 및 이종성이다. 역시 다른 실시형태에서, 백신은 다수의 아형 약독화 재편성 SIV를 포함하고, 병독성 공격 및/또는 병독성 SIV H1N1, H1N2 및 H3N2 아형에 대한 후속 노출에 대해 돼지에서 보호성 면역 반응을 유발시킨다.

일부 실시형태에서, 백신 조성물은 돼지 인플루엔자 이외의 돼지 병원체와 연관되거나 또는 그로부터 유래되는 적어도 하나의 추가 항원을 더 포함한다.

일부 실시형태에서, 적어도 하나 이상의 추가 항원(들)은 마이코플라즈마 하이오뉴코니아 (M. hyo), 돼지 써코바이러스 2 (PCV2), 돼지 호흡기 및 생식기 증후군 바이러스 (PRRSV) 또는 돼지에서 감염되어 질병 또는 질병에 대한 감수성을 야기시킬 수 있는 다른 병원체에 대한 면역 반응을 돼지에서 유발시킬 수 있다.

다른 측면에서, 본 발명은 돼지 대상체에서 보호성 면역 반응을 유발시키는 방법을 제공하고 이 방법은 본 개시 내용에 따른 약독화 SIV를 최소로 포함하는, 개시된 백신 조성물의 예방적 또는 치료적 유효 용량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.

일부 실시형태에서, 이 방법은 적어도 하나의 보강제를 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.

다른 측면에서, 본 발명은 본 개시 내용에 따른 적어도 백신 조성물의 적어도 1회 투여 단계를 포함하는 동물에서 백신접종 방법을 제공한다.

방법의 일부 실시형태에서, 돼지는 분만전 약 3주 내지 약 6주의 모돈이다.

방법의 일부 실시형태에서, 태어난 새끼돼지는 비백신접종 모돈이 낳은 새끼와 비교하여 감소된 이환율 및/또는 폐사율을 갖는다.

다른 측면에서, 본 발명은 SIV HA, NA 및 임의로 NS1 cDNA에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 벡터를 포함하는 약독화된 재편성 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV)의 생성을 위한 다수의 벡터를 포함하는 백신-생성용 조성물을 제공하고, HA, NA 및 임의로 NS1 cDNA는 상응하는 병독성 SIV 균주의 HA, NA 및 NS1 코딩 서열에 비해서, 탈최적화된 코딩 서열을 코딩한다. 본 명세서에서 사용되는 "백신-생성용 조성물"은 조성물이 적합한 숙주 세포, 예를 들어 HEK 세포에 형질감염될 때, 재편성 인플루엔자 백신 균주가 생성될 것이라는 의미이다.

일부 실시형태에서, 조성물은 탈최적화된 HA를 포함하는 플라스미드를 포함하고, NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 22 및 25; 각각 29 및 32; 또는 각각 105 및 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고, 임의로 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 27에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, 탈최적화된 HA 및 NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 91 및 92; 각각 93 및 94; 또는 각각 105 및 96에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고; 임의로 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 90에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함한다.

일부 실시형태에서, 벡터는 하기 TRIG 유전자 분절을 포함한다: NS (SEQ ID NO: 83), M (SEQ ID NO: 82), NP (SEQ ID NO: 81), PA (SEQ ID NO: 80), PB1 (SEQ ID NO: 79), PB2 (SEQ ID NO: 78).

일부 실시형태에서, 플라스미드는 a) SEQ ID NO: 109 및 110; b) SEQ ID NO: 108, 109 및 110; c) SEQ ID NO: 111 및 112; d) SEQ ID NO: 108, 111 및 112; e) SEQ ID NO: 115 및 114; 또는 f) SEQ ID NO: 108, 115 및 114에 제시된 바와 같은 서열을 갖는다.

일부 실시형태에서, 적합한,바이러스-생성용 세포에 형질감염될 때, vSIV01, vSIV02, vSIV03, vSIV04, vSIV05 및 vSIV06으로부터 선택되는 약독화, 재편성 바이러스가 생성되어 구제가능 (rescuable) 하다.

다른 측면에서, 본 발명은 재편성, 약독화, 감염성 인플루엔자 바이러스를 생성시키는데 효과적인 제19항 내지 제26항 중 어느 하나의 조성물의 양과 세포를 접촉시키는 단계를 포함하는, 인플루엔자 바이러스를 제조하기 위한 방법을 제공한다.

다른 측면에서, 본 발명은 SIV 유전자 분절을 코딩하는 개시된 다수의 역유전학 벡터를 포함하는 조성물을 포함하는 세포를 제공한다.

여전히 다른 양상에서, 본 발명은 약독화된 H1N1 SIV의 유효량 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함하는 2가 약독화된 SIV 백신을 제공한다.

일부 실시형태에서, 2가 약독화된 SIV 백신은 약독화된 H1N2 SIV의 유효량 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함한다.

일부 실시형태에서, 본 발명은 약독화된 H1N1 SIV의 유효량, 약독화된 H1N2의 유효량, 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함하는, 3가 약독화된 SIV 백신을 제공한다.

참조문헌:

이제 본 발명은 하기의 비제한적인 실시예를 통해서 더욱 설명될 것이다.

실시예

실시예 1 - 탈최적화된 돼지 인플루엔자 바이러스의 구축

재료/방법.

간략하게, 삼중 재편성 내부 유전자 (triple reassortant internal gene) (TRIG) 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV) (A/돼지/노쓰 캐롤라이나/3793/08(H1N1)) "베이스 게놈"에서 시작하여, 재편성 변형된 생 약독화 (Modified Live Attenuated) (MLV) 인플루엔자 바이러스 (LAIV)가 표준 8가지 플라스미드 역유전학 접근법을 사용해 생성되었다 (Hoffman, 2003; US 9,216,211 (Merial, Inc.)). 재편성 LAIV를 제조하기 위해서, TRIG 서열이 코돈 탈최적화된 HA (SEQ ID NO: 22, 29, 35 또는 105), NA (SEQ ID NO: 25, 32 또는 38) 및 NS (SEQ ID NO: 27)에 첨가되었다. 탈최적화된 서열은 하기의 베이스 서열에서 시작하여 생성되었다: H1N1 HA (SEQ ID NO: 21), H1N2 HA (SEQ ID NO: 28), 및 H3N2 HA (SEQ ID NO: 34); H1N1 NA (SEQ ID NO: 24), H1N2 NA (SEQ ID NO: 31), 및 H3N2 NA (SEQ ID NO: 37). 베이스 CDS에 대해서 본래 코딩되는 아미노산의 변경없이, 컴퓨터-보조 코돈 탈최적화가 수행되었다. LAIV 구성체의 CDS 내용은 표 1에 요약되어 있다.

표 1. vSIV01, vSIV02, vSIV05 및 vSIV06에 존재하는 CDS.

TRIG 서열이 야생형 H1N1 또는 야생형 H1N2 SIV 균주 유래의 HA-DO, NA-DO 및 NS1-DO와 조합되었을 때, 감염성 재편성 SIV 비리온이 회수되었다. 대조적으로, TRIG 서열이 H3N2 SIV 균주 유래의 HA-DO, NA-DO 및 NS1-DO와 조합되었을 때, 감염성 재편성 SIV 비리온은 회수되지 않았다. 따라서, 출원인은 하나의 특별한 H3N2 균주가 아닌, H1N1 또는 H1N2 인플루엔자 균주 유래의 HA, NA 및 NS1 유전자가 H1N1-기반 TRIG 유전자와 성공적으로 조합되어 약독화된 재편성 SIV를 생성시킬 수 있다는 광범위한 원리를 입증하였다.

감염성 비리온을 생성시키도록 H3N2-유래된 HA-DO, NA-DO 및 NS1-DO 서열이 TRIG 서열과 성공적으로 조합되지 않은 예상치 않은 문제를 해결하기 위해서, 출원인은 H3N2 코돈 탈최적화된 HA 유전자의 키메라 형태를 고안하여 구축하였다. 간략하게, 야생형 H3N2 HA (SEQ ID NO: 34) 및 NA (SEQ ID NO: 37) 유전자 코딩 서열에 대해 코돈 탈최적화 (Codagenix)를 수행하여 코돈 탈최적화된 H3N2 HA-DO (SEQ ID NO: 35) 및 H3N2 NA-DO (SEQ ID NO: 38)를 생성시켰다. 코딩된 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 34 및 35 둘 모두가 SEQ ID NO: 36에 제시된 아미노산 서열을 코딩하고, SEQ ID NO: 37 및 38 둘 모두가 SEQ ID NO: 39에 제시된 아미노산 서열을 코딩하도록 동일하게 남아있었다. 추가적으로, A/돼지/NC/3793/2008 (H1N1)의 NS1 유전자 (SEQ ID NO: 1)의 코딩 서열은 코돈 탈최적화되어 NS1-DO (SEQ ID NO: 27)가 생성되었다.

A/돼지/노쓰 캐롤라이나/3793/2008 (H1N1) 유래의 6개의 내부 유전자 분절을 pHW2000 클로닝 벡터 (도 3A) (SEQ ID NO:107)에 클로닝하여 pHW2000-PB2, pHW2000-PB1, pHW2000-PA, pHW2000-NP, pHW2000-M, pHW2000-NS를 생성시켰다. pHW2000 자체는 5' 및 3' EcoRV 제한효소 부위를 포함하는, 이중 프로모터-꼬리부 카세트, pHW2000 클로닝 영역을 합성하여 생성시켰다 (본 명세서에서 그 전문이 참조로 편입되는, [Virology 267, 310-317, 2000] 참조). 다음으로, 항생제 내성 유전자 카세트 및 pUC 기원은 HincII 제한효소 단편을 절단하여, pCDNA3.1/V5-His B로부터 얻고, 상기 단편을 이중 프로모터-함유 EcoRV 단편과 함께 결찰시켰다. 최종 플라스미드는 pHW2000였고, 이의 구축은 도 3B에 요약되어 있다.

각각 이중 프로모터 카세트 (pCMV-tI-제한효소 부위-pIh-BGH 꼬리부) 및 하나 이상의 인플루엔자 바이러스 유전자 분절(들)을 함유하는, 다수의 플라스미드를세포에 형질감염시켜서 감염성 인플루엔자 바이러스 입자를 생성시킬 수 있다 (예를 들어, 그 전문이 참조로 본 명세서에 역시 편입되는, US 2005/0186563 A1 (St. Jude Children's Research Hospital) 참조).

이제 본 발명의 SIV 재편성 바이러스의 조합 및 서열을 개시하였고, 당업자는 임의의 적합한 역유전학 시스템을 적용하여 본 명세서에 개시된 인플루엔자 입자를 생성시킬 수 있다는 것을 이해하게 될 것이다. 예를 들어, 개시된 탈최적화된 및 TRIG 서열은 8-플라스미드 시스템 (US 6,951,754 B2 (St. Jude)) 또는 단일 플라스미드 시스템 (US 9,163,219 B2 (Arizona Board of Regents)) (이들 공보는 그들 전문이 참조로 본 명세서에 편입됨)을 사용하여 온전한 감염성 재편성 비리온을 생성시키도록 발현될 수 있다.

완전한 "TRIG" H1N1 분절은 하기의 서열 명칭을 갖는다: PB2 (SEQ ID NO: 78); PB1 (SEQ ID NO: 79); PA (SEQ ID NO: 80); NP (SEQ ID NO: 81); M (SEQ ID NO: 82); NS (SEQ ID NO: 83). HA 및 NA는 하기의 서열 명칭을 갖는다: H1N1의 HA (SEQ ID NO:84); H1N1의 NA (SEQ ID NO:85); H1N2의 HA (SEQ ID NO:86); H1N2의 NA (SEQ ID NO:87); H3N2의 HA (SEQ ID NO:88); 및 H3N2의 NA (SEQ ID NO:89).

H3N2 재편성 SIV를 생성시키기 위해서, 코돈 탈최적화된 H3N2 HA (HA-DO) (SEQ ID NO: 95) 및 NA (NA-DO) (SEQ ID NO: 96) 유전자 분절을 화학적으로 합성하였고 (GenScript), 서브클로닝하여 pHW2000에 클로닝시켰다: pHW2000-H3N2-HA-DO (SEQ ID NO: 113); 및 pHW2000-H3N2-NA-DO (SEQ ID NO: 114). pHW2000-TRIG-NS-DO (SEQ ID NO: 108)은 유사하게 구축되었고, 코돈 탈최적화된 NS1 유전자 (SEQ ID NO: 90)를 함유하였다.

바이러스 구제. TRIG (H1N1) 유래의 내부 분절 플라스미드 (PB2, PB1, PA, NP, M, NS 또는 NS-DO) 및 H3N2 유래의 코돈 탈최적화된 HA, NA 분절으로 이루어진 여덟 (8)개의 역유전학 플라스미드의 공동-형질감염은 제조사의 프로토콜에 따라서 Lipofectamine 2000CD (Invitrogen)를 사용해 수행하였다 (표 2 및 3). 그러나, 3회의 독립적인 형질감염/계대 시험은 감염성 바이러스를 구제하는데 성공적이지 않았다.

표 2. H3N2 HA, NA 탈최적화 바이러스에 대한 역유전학 플라스미드

표 3. H3N2 HA, NA, NS 탈최적화 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

상이한 NA 분절의 형질감염. 탈최적화된 H3N2 바이러스를 구제할 수 없었으므로, 코돈 탈최적화된 NA 분절 (H1N2 NA-DO; SEQ ID NO: 94; A/돼지/NC/0036-2/2010 (H1N2) 유래)이 H3N2 NA-DO 대신 사용되었다 (표 4 및 5). H1N2-NA-DO는 동일한 프로토콜을 사용하여 코돈 탈최적화된 H1N2 바이러스를 지원하였다 (즉,HA-DO, NA-DO, NS1-DO를 갖는 H1N2 재편성 바이러스는 쉽게 회수됨). NA가 세포로부터 SIV의 방출에서 중요한 역할을 하므로, 출원인은 H1N2-NA-DO를 사용하여 H3 바이러스를 회수하고자 시도하였다. 더 나아가서, 이러한 접근법은 양쪽 NA가 N2 아형이고, 약 92%의 아미노산 동일성을 가지므로, 타당해 보였다. 그러나, 어떠한 H3/H1N2-NA-DO 재편성 바이러스도 회수가능하지 않았다. 이것은 HA가 문제일 수 있지만, NA는 그렇지 않다는 것을 의미하였다. 그러므로, 키메라 HA 분절을 고안하여 구축하였다.

표 4. 코돈 탈최적화된 H3N2의 H1N2 NA 분절에 의한 형질감염

표 5. 코돈 탈최적화된 H3N2 의 H1N2 NA 분절에 의한 형질감염

유감스럽게도 (그리고 예측할 수 없게), 감염성 재편성 바이러스의 구제는 코돈 탈최적화된 H1N2 NA 분절 (pHW2000-H1N2-NA-DO)을 사용하여 획득되지 않았다. 따라서, TRIG PB2, PB1, PA, NP, M, (NS) 및 H3N2 HA-DO의 조합 (TRIG NS-DO)은 구제가능한 양의 감염성 바이러스를 생성시키지 않았다. 재편성 H3N2 SIV를 생성시키기 위한 추가의 노력으로, 상이한 탈최적화된 HA 또는 NA 분절의 조합을 사용하여 골격 플라스미드와 H3N2 HA 및 NA 분절의 적합성을 조사하였다 (표 6 및 7). 그럼에도, 다수의 시도에도 불구하고, 감염성 바이러스가 구제되지 않았다.

표 6. 바이러스 구제를 위한 상이한 HA 분절에 의한 형질감염

표 7. 바이러스 구제를 위한 상이한 NA 분절에 의한 형질감염

키메라 HA의 구축. 재편성 SIV가 H3N2 HA-DO 또는 H3N2 NA-DO를 사용하여 구제될 수 없었기 때문에, 키메라 HA-DO 분절은 H3N2의 엑토도메인의 도메인을 H1N2 HA-DO 단백질 (SEQ ID NO: 86)의 신호 서열 (SS) 및 경막 도메인 (TMD)/세포질 꼬리부 도메인 (CTD)에 융합시켜 구축되었다. 따라서, HA (H3N2)의 엑토-도메인을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 H1N2 HA 단백질의 SS, TMD 및 CTD를 함유하는 pHW2000 (pHW2000-H1 SP-TM)에 클로닝되었다.

pHW2000-H1 SP-TM의 구축. HA 분절의 3'UTR/신호 서열은 Bm-HA-F 및 3-Rev 프라이머 세트를 사용하는 PCR을 통해서 pUC57-Kan-H1N2-HA-DO로부터 증폭되었다 (표 8, 도 4). 또한, HA 분절의 TMD, CTD, 및 5'UTR은 pUC57-Kan-H1N2-HA-DO로부터 5-For 및 Bm-HA-R 프라이머 세트를 사용하여 PCR에 의해 증폭되었다 (표 8, 도 4). 2개 PCR 앰플리콘은 중복 서열 (21 nt, 5'-GACACAATATGTGTAGGCTAC-3') (SEQ ID NO: 103)을 가져서, 이것이 전체 영역의 증폭을 가능하게 한다. 2개 PCR 앰플리콘의 혼합물을 주형으로서 사용하여 HA 분절의 3'UTR/SS/TMD/CTD/5'UTR (H1 키메라 PCR 앰플리콘)을 Bm-HA-전방향 및 Bm-HA-역방향 프라이머 세트를 사용해 증폭시켰다 (도 5).

표 8. 구성체 pHW2000-H1 SP-TM에 사용된 프라이머

pHW2000-H1 SP-TM의 구축. H1 키메라 PCR 앰플리콘은 pHW2000에 BsmBI 제한효소 부위를 통해 클로닝되었다 (도 6).

H3 엑토-도메인의 PCR 증폭 및 pHW2000-H1-SP-TM 키메라로의 클로닝. HA (H3N2)의 엑토-도메인은 pUC57-Kan-H3N2-HA-DO (도 7)로부터 H3ectFP (SEQ ID NO: 101) 및 H3ectRP (SEQ ID NO: 102) 프라이머를 사용해 증폭되었다. 다음으로, H3 엑토도메인 PCR 앰플리콘 (도 7)은 pHW2000-H1 SP-TM 키메라로 NdeI 및 EcoRV 제한효소 부위를 통해서 클로닝되었다 (도 8). 최종 플라스미드의 뉴클레오티드 서열은 시퀀싱 분석으로 확증하였다 (도 9).

H3N2 바이러스 구제. 내부 분절 플라스미드, pHW2000-HA-DO (H1-H3 키메라) 및 pHW2000-H3N2-NA-DO 또는 pHW2000-H1N2-NA-DO, pHW2000-H1N1-NA-DO를 포함하는 역유전학 플라스미드의 공동-형질감염은 상기에 상술되고 하기에 요약된 바와 같이 Lipofectamine 2000CD를 사용해 수행되었다 (표 9, 10 및 11).

표 9. 코돈 탈최적화된 HA-DO-H1-H3 / H3N2 NA-DO 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

표 10. 코돈 탈최적화된 HA-DO-H1-H3 / H1N2 NA-DO 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

표 11. 코돈 탈최적화된 HA-DO-H1-H3 / H1N1 NA-DO 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

모든 3종의 바이러스는 HEK 세포의 형질감염 및 MDCK 세포에서의 계대 배양을 통해서 회수되었다. 코돈 탈최적화된 HA H1-H3 키메라 (SEQ ID NO: 105), 및 코돈 탈최적화된 NA 분절 (H3N2) (SEQ ID NO:96)을 갖는 회수된 바이러스는 vSIV03이라고 명명하였다. 또한, 탈최적화된 NS 분절과 탈최적화된 HA 및 NA 분절 바이러스도 동일한 프로토콜에 따라 회수되었다 (표 12 및 13).

표 12. 코돈 탈최적화된 H3 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

표 13. 코돈 탈최적화된 H3 바이러스를 위한 역유전학 플라스미드

H1-H3 키메라 HA 분절을 사용하여, 코돈 탈최적화된 HA, NA 분절 또는 코돈 탈최적화된 HA, NA, NS 분절을 갖는 감염성 인플루엔자 바이러스가 성공적으로 회수되어 증식되었다. 코돈 탈최적화된 HA H1-H3 키메라 (SEQ ID NO: 105), 코돈 탈최적화된 NA (SEQ ID NO: 96), 및 코돈 탈최적화된 NS 분절 (SEQ ID NO: 90)을 갖는 회수된 바이러스는 vSIV04라고 명명하였다.

따라서, 여덟 (8)종의 pHW2000-기반, 역유전학 플라스미드의 여섯 (6)개 세트를 사용하여 본 명세서에서 기술되고 시험된 바와 같은, vSIV01, vSIV02, vSIV03, vSIV04, vSIV05 및 vSIV06을 생성시켰다. 표 14는 이들 재편성 SIV를 생성시키는데 사용된 유전자 분절을 요약한다.

표 14. vSIV01, vSIV02, vSIV03, vSIV04, vSIV05 및 vSIV06 제조에 사용된 유전자 분절

실시예 2 - H1N2 아형 공격에 대한 새끼돼지에서 약독화 돼지 인플루엔자 백신의 보호 효능

재료 및 방법. 이 실험은 SIV ELISA 음성으로 확인되고, 0일에 대략 4주령인, 암컷 및 중성화된 수컷으로 이루어진 15마리의 요크셔 교배종 돼지를 포함하였다. 새끼돼지는 미드웨스트 돼지 연구소, 프린스톤 모돈 축군 (Midwest Research Swine, Princeton Sow herd)에서 공급받았다. 모든 돼지는 그들 체격 및 연령에 적합한 시판되는 펠렛화된 돼지 사료량에 충분히 접근하였고 자동 급수기를 통해서 물 공급에 충분히 접근하였다. 새끼돼지는 코-대-코 접촉없이 동일한 축사 내에서 상이한 펜에 치료 그룹으로 수용되었다.

0일에 모든 동물은 2 mL (각 비공에 1 mL 씩)의 그들의 개별 시험 백신이 비내 (IN)로 백신접종되었다. 21일에 모든 동물은 2 mL의 SIV H1N2 아형 (각 비공에 1 mL 씩)을 비내로 공격되었다. 실험 생성물을 조작하고 투여할 때 적절한 예방책, 기술 및 안전 실무를 따랐다. 스크리닝 목적을 위해서 실험 시작 전 및 0일, 21일 및 26일에 혈청 역가 분석을 위한 혈액을 돼지로부터 채혈하였다. 1일, 7일, 22일, 24일 및 26일에 돼지로부터 비강 면봉을 수집하였고, qRT-PCR을 통해서 바이러스 복제를 검출하는데 사용하였다. 21일 (공격전)부터 26일에, 직장 체온을 돼지로부터 수집하였다. 일간 일반 건강 관찰을 수행하였고 -7일부터 26일까지 기록하였다. 공격후 임상적 관찰을 수행하였고 22일부터 26일까지 기록하였다. 모든 폐는 하기 식으로부터 유도되고 미가공 데이타로 기록되는, 치료 배치에 맹검인 수의사가, 폐엽 당 강화율/폐렴 관련율의 추산을 통해서 병리학에 대해 육안으로 평가하였다.

총 강화율 = [(%LA*0.05) + (%LC*0.06) + (%LD*0.29) + (%RA*0.11) + (%RC*0.10) + (%RD*0.34) + (%I*0.05)]*100

각 폐의 우측 중간엽의 샘플을 10% 포르말린에 고정시켰고 면역조직화학 (IHC) 지수에 대해 평가하였다. 또한, 각 폐의 유사한 절개부를 신선하게 유지시켰고 RT-PCR 시험으로 분석하였다.

표 15. 실험 백신 상세사항 ("DO" = 탈최적화된 서열); PBS 음성 대조군; 6.0 log 10 TCID50/mL 의 SIV 10-0036-1 051515 (H1N2)로 공격

표 16. 실험 그룹

결과. 도 1은 그룹에 따른 총 강화율을 도시한 상자 그림을 도시한다. 폐렴 조직에 대해 발병률 평가를 수득하려는 목적을 위해서, 폐렴 조직 지수 백분율이 ≥ 10%인 새끼돼지는 양성으로 분류되었고 폐렴 조직 지수 백분율이 < 10%인 새끼돼지는 음성으로 분류하였다. 중요하게, 탈최적화된 HA (HA-DO) 및 NA 탈최적화된 (NA-DO) 유전자 (그룹 1, 2, 3 및 4)를 함유하는 rgSIV는 PBS 대조군과 비교하여 폐 병변에 대해 유의한 보호성을 제공한다.

게다가, HA-DO, NA-DO 및 NS1-DO를 함유하는 rgSIV (그룹 2 및 4)는 오직 그들의 HA 및 NA 유전자만이 탈최적화된 그들의 상응하는 rgSIV에 비해서 증강된 보호성 경향을 보인다 (각각, 그룹 1 및 3). 공격 균주가 병독성 H1N2이었으므로 그룹 1 및 2에 투여된 rgSIV는 본질적으로 동종성 보호성을 유발시키는 그들 능력에 대해서 평가되었는데 반해, 그룹 3 및 4에 투여된 rgSIV는 본질적으로 이종성 보호성을 유발시키는 그들 능력에 대해 평가되었다는 것을 주의하는 것이 중요하다. 이것은 적어도 부분적으로, 그룹 3 및 4의 동물에서 유발된 보호성이 그룹 5 동물 (즉, 대조군 그룹)에서 유발된 것과 비교하여 유의하였지만, 그룹 1 및 2 동물에서 유발된 보호성만큼 강력하지 않은 이유를 설명한다.

출원인은 탈최적화된 HA, NA 및/또는 NS1의 많은 상이한 조합을 본 발명의 실시에 적용하는 것을 계획한다. 예를 들어, H1N2에 대한 보호성이 바람직하다면, 고도로 유효한 약독화 H1N2 탈최적화된 rgSIV를 생성시키도록, 탈최적화된 HA, NA, 및 NS1을 다른 5종의 TRIG 분절에 첨가할 수 있다 (또는 바람직하다면, 다른 SIV 골격 균주에도 첨가됨).

표 17. 양성 폐렴 조직 지수의 발생률

표 18: 바이러스 존재량

표 19. 그룹에 따른 양성 PCR 결과의 발생률

표 20. 발생 요약 통계, 위약 그룹 대비 백신접종 그룹의 PCR 결과의 비교를 위한 윌콕슨 검정의 p-값, 및 완화 분율

표 21. 일수 및 그룹에 따른 SIV 혈청학의 최소 제곱 평균 (LSM)

결론. 공격후 폐 병변 지수는 모든 치료 그룹에 대해 유의하게 더 낮았다. 그룹 vSIV01 및 vSIV02는 폐 병변의 예방을 보조하였고, 그에 반해 그룹 vSIV05 및 vSIV06은 폐 병변의 방제를 보조하였다. vSIV01 및 vSIV02의 경우, 완화 분율이 100%였고, 동종성 공격에 대한 완전한 보호를 입증하였다. 유망하게, vSIV05 및 vSIV06의 완화 분율은 각각 70% 및 82%여서, 이종성 공격에 대한 폐 병변의 상당한 수준의 교차-보호성을 보여주였다. 이러한 수준은 개시된 발명을 출원인이 개발할 당시에 당분야의 이해 관점에서는 예측불가능한 것이었다. 마지막으로, 우울증 및 아나필락시스를 포함하는, 비정상적인 백신접종 후 반응은 관찰되지 않았다.

실시예 3 - H1N1 또는 H3N2 아형 공격에 대한 새끼돼지에서 약독화 돼지 인플루엔자 백신의 보호 효능

이 실험은 일반적으로 달리 명시하지 않으면 실시예 2에 기술된 방법을 사용하여 수행하였다 (상세 설명은 표 22에 요약됨). 간략하게, 새끼돼지는 임의추출 인자로서 한배새끼를 사용하여 여섯 (6)개 치료 그룹 중 하나로 배정하였다. 백신접종 이후, 공격 전에, 그룹 1, 2, 4, 및 5의 새끼돼지는 대조군과 분리하여 별개 축사(들) (하나/두개 축사(들) 내 모든 백신접종체)에 수용하였다. 상이한 백신접종 그룹의 돼지는 코 대 코 접촉을 하지 않았다. 그러나, 그룹 1 및 4는 공격 전에 함께 수용하였다.

공격 전 21일에, 그룹 1, 2, 및 3으로 지정된 새끼돼지를 혼합하여 함께 수용하였고 그룹 4, 5, 및 6으로 지정된 새끼돼지를 혼합하여 실험 종료까지 함께 수용하였다.

표 22. 실험 디자인

실시예 2에 제시된 결과를 통해서 입증된 보호 효능 관점에서, 그룹 1, 2, 4 및 5 백신은 개별 대조군 백신, 3 및 6보다 상당히 더 큰 보호 면역성을 유발시킬 것으로 예상되었다.

결과. 도 14는 그룹에 따른 총 강화율%을 도시한 상자 그림을 도시한다.

표 23. 대조군 그룹 대비 백신접종 그룹의 총 강화율의 비교를 위한 윌콕슨 검정의 P-값 및 완화 분율

표 24. 대조군 그룹 대비 백신접종 그룹의 미시적 폐 IAV 병변의 비교를 위한 윌콕슨 검정의 P-값 및 완화 분율

표 25. 대조군 그룹 대비 백신접종 그룹의 폐 IAV IHC 점수의 비교를 위한 윌콕슨 검정의 P-값 및 완화 분율

표 26. 대조군 그룹 대비 백신접종 그룹의 공격 후, 비내 경로 내 바이러스 존재량의 발생률 비교를 위한 피셔 정확 검정의 P-값 및 예방 분율

결론. 대조군 그룹과 비교했을 때 1가 백신 및 3가 백신 둘 모두의 경우에 전체 폐 병변에 대해서 유의한 백신 효과가 관찰되었다. 이것은 또한 유의한 감소를 보이지 않은 그룹 4 (3가/H3N2 공격)를 제외하고 미시적 병변의 경우에 사실이었다. 대조군 그룹과 비교하여 이 그룹에서 지수가 더 낮았고 선택 편중의 산물일 수 있지만, 이러한 관찰은 하기 기술된 동일한 그룹에서 관찰된 IHC 지수와 일관적이다.

폐 집락화의 경우, H1N1로 공격된 대조군 그룹과 비교하여 그룹 1 및 2에서 유의한 백신 효과가 관찰되었다. H3N2로 공격된 대조군과 비교하여 그룹 4 및 5에서 백신 효과가 관찰되지 않았다. 비강 발산의 경우에, 대조군과 비교하여 발산을 예방하는 유의한 백신 효과가 모든 백신접종 그룹에서 관찰되었다. H1N1 공격을 받은 그룹의 경우에, 임상적 특징이 6일 관찰일 중 4일에 대조군에 비해 백신접종 그룹에서 더 낮아졌다. H3N2 공격을 받은 그룹들의 경우에, 임상적 호흡 특징이 6일 관찰일 중 2일에 백신접종 그룹에서 더 낮아졌다. 우울증 지수는 대조군과 비교하여 H1N1 공격을 받은 백신접종 그룹에서 더 낮아졌지만, H3N2 공격을 받은 경우에 우울증이 매우 소수의 돼지에서 관찰되었고 그러므로 적절하게 평가할 수 없었다. 공격 후 온도는 대조군과 비교하여 모든 백신접종 그룹에서 낮아졌다. 마지막으로, 우울증 및 아나필락시스를 포함하는 비정상적인 백선접종 후 반응은 관찰되지 않았다.

실시예 4 - 공격 바이러스 전파에 대한 백신접종의 효과를 평가하기 위한 센티넬 모델의 개발 및 실행

이 실험은 일반적으로 달리 명시하지 않으면, 양성 대조군 센티넬 동물 혼합군을 첨가하여, 실시예 3에 기술된 방법을 사용해 수행된다 (상세 설명은 표 27에 요약됨).

단지 바이러스 발산 (예를 들어, 비강 면봉 및 바이러스 검출을 통함)을 평가하는 대신, 실제 바이러스 전파를 평가하기 위해서, 센티넬 모델을 개발하는 것이 필요하였다. 출원인은 최적 조건이 공격 직후에, 또는 공격 후 어느 시점에 센티넬과 대조군 및 백신접종 동물을 혼합하여 생성되는지 여부를 확실성을 갖고 예측할 수 없다고 생각하였다. 피크 SIV 발산이 정상적으로 병독성 공격 SIV 균주에 노출 후 약 48시간에 발생된다는 이해하에, 출원인은 혼합을 시작하기 좋은 시간은 약 12시간 내지 약 36시간일 것이라고 판단하였다. 이 실험의 경우 24시간 지연을 선택하였다. 혼합에서 이러한 지연은 공격 바이러스가 수용 환경에서 흡수되어 분산되도록 충분한 시간을 허용한다. 대안적으로, 동물은 공격 후 즉시 혼합될 수 있다.

표 27. 실험 디자인 - 센티넬 모델 조건

백신은 하기의 사례에서 전파를 감소시키는 것으로 입증된다:

(a) 혼합 그룹 1 및 2

이제 출원인이 이러한 접근법을 개발하여, 공격 바이러스 전파를 감소시키는 그들 능력에 대해 임의 수의 백신을 시험할 수 있다. 센티넬 모델 실험 디자인과 실시예 2 및 3에 개시된 실험 디자인 간 중요한 차이는 양성 대조군 그룹의 포함이다 (즉, 각 백신의 경우에, 영공/수용 환경 당 2개 그룹이 존재함). 공격 및 혼합 간 시간을 지연시키는 선택안과 함께, 이러한 특징은 센티넬 모델이 바이러스 전파에 대한 임의의 SIV 백신의 영향을 측정할 수 있게 한다.

실시예 5 - 변형된 생 백신의 유전자 안정성

목적. 야생형 바이러스와 생체 내 동시-접종 이후에 변형된 생 백신의 유전자 안정성을 평가하고 IAV 백신을 사용하여 돼지에서 VAERD의 잠재적인 발생을 평가하는 것이다. 표 28은 전체 실험 디자인을 나타낸다.

주요 변수. 다음을 평가하였다: 1) 동시-접종된 백신 및 공격 바이러스의 생체 내 계대 이후에 회수된 백신 바이러스의 코돈 탈최적화된 HA, NA 및 NS1 유전자의 유전자 안정성; 2) 생체 내 계대 이후에 MLV IAV 백신을 투여받은 돼지로부터의 바이러스 발산 및 폐 병변의 평가를 기반으로 하는 VAERD (Vaccine Associated Enhanced Respiratory Disease; 백신 연관되어 증강된 호흡기 질환); 및 3) 시험 백신의 효능.

백신접종 및 공격접종. 새끼돼지는 0일 및 21일에 우측 비공에 2용량의 백신을 투여받았다. 모든 새끼돼지는 21일에 좌측 비공에 적절한 공격 재료의 용량을 투여받았다.

일간 임상 관찰: 모든 새끼돼지는 전반적인 웰빙 및 IAV 질환의 징후 (발열, 무기력, 호흡곤란)에 대해 매일 관찰되었다.

표 28. 실험 디자인

실시예 6 - 변형된 생 백신의 시험관 내 유전자 안정성

백신은 ST 세포에서 연속 계대하였고 표 29에 표시된 바와 같이, vSIV01, 02, 05 및 06은 상당히 안정한 채로 남아 있었다.

표 29. vSIV가 ST 세포에서 10회 계대 후 안정하게 남아있다는 것을 의미하는 서열 분석

실시예 7 - 미세-과립 분말로서 제제화된 분말

3종의 마스터 씨드 바이러스 (MSV)인, SIV02 (H1N2), SIV 04 (H3N2) 및 SIV06 (H1N1)을 개의 세포주 MDCK에서 생성시켰다. 이전에 설명된 기술 (예를 들어, US 2013/0040370 및 US 2016/0256554, 둘 모두 Merial, Inc.)을 사용하여 바이러스를 안정화 성분과 배합하였고 동결건조 및/또는 유리화시켰다. 이어서, 건조된 생물학적 재료를 분쇄하여 미세-과립 분말을 생성시켰다. 분말을 시간 경과에 따른 안정성에 대해 어세이하였다.

표 30. 분말로서 제제화된, 1가 SIV04 (H3N2)의 안정성

표 31. 분말로서 제제화된, 3가 SIV02 (H1N2) SIV04 (H3N2) SIV06 (H1N1)의 안정성

따라서, 본 발명의 면역학적 조성물은 건조된, 미세-과립 분말로서 제제화되었을 때 안정하다.

* * * * * * * *

본 발명의 바람직한 실시형태를 상세하게 기술하였지만, 상기 단락들로 정의된 본 발명은 이의 많은 분명한 변형이 본 발명의 범주 또는 사조를 벗어나지 않고 가능하므로 상기 설명에 기재된 특정한 상세한 내용에 제한되는 것이 아님을 이해해야 한다.

SEQUENCE LISTING <110> Merial, Inc. Mebatsion, Teshome Kim, Taejoong Dorr, Paul Liebstein, Martin Alton Timothy Leard <120> Attenuated Swine Influenza Vaccines and Methods of Making and Use Thereof <130> MER 16-309 <160> 117 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 657 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 1 atggactcca atactgtgtc aagctttcag gtagactgtt tcctttggca catccgcaaa 60 cgatttgcag acaatggatt gggtgatgcc ccattccttg atcggctccg ccgagatcaa 120 aagtccctaa aaggaagggg caacaccctt agcctagaca tcgaaacagc cactcttgtt 180 gggaaacaaa ttgttgagtg gattttgaaa gaggaatcca gcgatatact taagatgacc 240 attgcatctg tgcctacttc gcgctaccta gctgacatga ccctcgagga aatgtcacga 300 gactggttca tgctaatgcc taggcaaaag ataataggcc ctctttgtgt gcgagtggac 360 caggcgatca tggaaaagaa catcatactg aaagcgaact tcagtgtgat ctttaaccga 420 ttagagactt tgatactact aagggctttc actgaggagg gagcaatcgt tggagaaatt 480 tcaccattac cttatcttcc aggacatact aatgaggatg tcaaaaatgc agttggggtc 540 ctcatcggag ggcttgaatg gaatggtaac acggttcgag gctctgaaaa tctacagaga 600 ttcgcttgga gaaaccataa tgaggatggg agatcttcac tacctccaga acagaaa 657 <210> 2 <211> 219 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 2 Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp 1 5 10 15 His Ile Arg Lys Arg Phe Ala Asp Asn Gly Leu Gly Asp Ala Pro Phe 20 25 30 Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln Lys Ser Leu Lys Gly Arg Gly Asn 35 40 45 Thr Leu Ser Leu Asp Ile Glu Thr Ala Thr Leu Val Gly Lys Gln Ile 50 55 60 Val Glu Trp Ile Leu Lys Glu Glu Ser Ser Asp Ile Leu Lys Met Thr 65 70 75 80 Ile Ala Ser Val Pro Thr Ser Arg Tyr Leu Ala Asp Met Thr Leu Glu 85 90 95 Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met Leu Met Pro Arg Gln Lys Ile Ile 100 105 110 Gly Pro Leu Cys Val Arg Val Asp Gln Ala Ile Met Glu Lys Asn Ile 115 120 125 Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val Ile Phe Asn Arg Leu Glu Thr Leu 130 135 140 Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu Glu Gly Ala Ile Val Gly Glu Ile 145 150 155 160 Ser Pro Leu Pro Tyr Leu Pro Gly His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn 165 170 175 Ala Val Gly Val Leu Ile Gly Gly Leu Glu Trp Asn Gly Asn Thr Val 180 185 190 Arg Gly Ser Glu Asn Leu Gln Arg Phe Ala Trp Arg Asn His Asn Glu 195 200 205 Asp Gly Arg Ser Ser Leu Pro Pro Glu Gln Lys 210 215 <210> 3 <211> 756 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 3 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgtat gttctctcta tcgtcccgtc aggccccctc 60 aaagccgaga tagcacagag gctcgaagac gtttttgcag ggaaaaacac cgatcttgag 120 gctctcatgg aatggctaaa gacaagacca atcctgtcac ctctgactaa agggatttta 180 gggtttgtgt tcacgctcac cgtgcccagt gagcgaggac tgcagcgtag acgttttgtc 240 cagaatgccc tcaatgggaa tggtgaccca aacaacatgg acaaggcggt aaaactgtac 300 aggaaactaa aaagggaaat aacattccat ggggccaagg aagtagcgct cagttactct 360 gctggtgcac ttgccagttg catgggcctc atatacaaca gaatggggac tgtcgccact 420 gaggtggcat ttggtctggt atgcgcaacc tgtgaacaaa ttgctgattc tcagcatcga 480 tctcatagac aaatggtgac aacaaccaat ccactaatca ggcacgagaa cagaatggta 540 atagccagca caacagctaa ggccatggaa caaatggctg gatcaagtga acaagcagca 600 gaggctatgg aggttgccag tcaggctaga caaatggtac aggcaatgag aacaattggg 660 actcacccta gttccagcac tggtctaaaa gatgatcttc ttgaaaattt acaggcctat 720 cagaaacgga tgggagtgca aatgcaacga ttcaag 756 <210> 4 <211> 252 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 4 Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro 1 5 10 15 Ser Gly Pro Leu Lys Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe 20 25 30 Ala Gly Lys Asn Thr Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr 35 40 45 Arg Pro Ile Leu Ser Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe 50 55 60 Thr Leu Thr Val Pro Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val 65 70 75 80 Gln Asn Ala Leu Asn Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Lys Ala 85 90 95 Val Lys Leu Tyr Arg Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Gly Ala 100 105 110 Lys Glu Val Ala Leu Ser Tyr Ser Ala Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met 115 120 125 Gly Leu Ile Tyr Asn Arg Met Gly Thr Val Ala Thr Glu Val Ala Phe 130 135 140 Gly Leu Val Cys Ala Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg 145 150 155 160 Ser His Arg Gln Met Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu 165 170 175 Asn Arg Met Val Ile Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met 180 185 190 Ala Gly Ser Ser Glu Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Gln 195 200 205 Ala Arg Gln Met Val Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser 210 215 220 Ser Ser Thr Gly Leu Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr 225 230 235 240 Gln Lys Arg Met Gly Val Gln Met Gln Arg Phe Lys 245 250 <210> 5 <211> 291 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 5 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgcct atcagaaacg gatgggagtg caaatgcaac 60 gattcaagtg atcctctcat tgatgccgca agcatcattg gtattttgca cctgatattg 120 tggattcttg atcgtctttt tttcaaatgc atctaccgtc gctttaaata cggtctgcaa 180 agagggcctt ctacggaagg agtgccggag tccatgaggg aagaatatcg gcagaaacag 240 cagagtgctg tggatgttga cgatggtcat tttgtcaaca tagtgctaga g 291 <210> 6 <211> 97 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 6 Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Pro Ile Arg Asn Gly Trp Glu 1 5 10 15 Cys Lys Cys Asn Asp Ser Ser Asp Pro Leu Ile Asp Ala Ala Ser Ile 20 25 30 Ile Gly Ile Leu His Leu Ile Leu Trp Ile Leu Asp Arg Leu Phe Phe 35 40 45 Lys Cys Ile Tyr Arg Arg Phe Lys Tyr Gly Leu Gln Arg Gly Pro Ser 50 55 60 Thr Glu Gly Val Pro Glu Ser Met Arg Glu Glu Tyr Arg Gln Lys Gln 65 70 75 80 Gln Ser Ala Val Asp Val Asp Asp Gly His Phe Val Asn Ile Val Leu 85 90 95 Glu <210> 7 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 7 atgaatacaa atcaaagaat aataaccatt gggacagttt gtctgatagt tggaataatt 60 agtctattgt tacagatagg aaacatggtt tcgttatgga tcagccattc aattcagact 120 gaagggaaaa atcatactga gatgtgcaat caaaatgtca ttacatatgt aaataacaca 180 tgggtgaacc gaacttatgt aaacattagc aataccaaaa ttgttaatgt acaggacgtg 240 gtttcagtaa tattaaccgg caattcctct ctctgcccaa taagtgggtg ggctatatac 300 agcaaagaca atagcataag gattggttct aaaggggaca tttttgtcat aagagaacca 360 ttcatttcat gctctcactt ggaatgcaga actttttttc tgacccaagg cgctttgctg 420 aatgacaagc attctaatgg aaccgtcaag gacaggagtc cctatagaac tttaatgagc 480 tgtcccatcg gtgaagctcc atctccatat aactcaaggt tcgaatcagt tgcttggtca 540 gcaagtgcat gccatgatgg gatgggatgg ctaacaatcg gaatctccgg tccagataat 600 ggagcagtag ctgttttaaa atacaacggt ataataacag atacaataaa aagttggaga 660 aacaaaatat taagaacaca agagtcagaa tgtgtttgta tgaacggttc ttgttttact 720 gtattaactg atggcccaag caatgggcaa gcatcgtaca aaatattcaa gatggaaaaa 780 ggaaaaataa ttaaatcaat tgagctggat gcacccaatt accactatga ggaatgctcc 840 tgttatcctg atgcaggcaa agtaatgtgt gtttgcagag acaactggca tgcctcgaac 900 cggccatggg tctctttcga tcagaatctt aattatcaaa tagggtacat atgcagtggg 960 gttttcggtg ataacccgcg ttctaatgat ggaaagggca attgtggccc agtacattct 1020 aatggagcaa atggagtgaa aggattctca tataaatatg gtaatggtgt ttggatagga 1080 aggactaaaa gtatcaactc cagaagtgga tttgaaatga tttgggatcc aaatgggtgg 1140 actggaactg atagtagttt ctctatgaag caggatatta tagcattaac tgattggtca 1200 ggatacagtg gaagttttgt ccaacatcct gaattaacag gaatgaattg cataaggccc 1260 tgtttctggg tagaattaat cagagggcaa cccaaggaaa acaccatctg ggctagcgga 1320 agcagcatct ctttctgtgg tgtaaatggt gaaaccgcaa gctggtcatg gccagacgga 1380 gctgatctgc cattcaccat tgacaag 1407 <210> 8 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 8 Met Asn Thr Asn Gln Arg Ile Ile Thr Ile Gly Thr Val Cys Leu Ile 1 5 10 15 Val Gly Ile Ile Ser Leu Leu Leu Gln Ile Gly Asn Met Val Ser Leu 20 25 30 Trp Ile Ser His Ser Ile Gln Thr Glu Gly Lys Asn His Thr Glu Met 35 40 45 Cys Asn Gln Asn Val Ile Thr Tyr Val Asn Asn Thr Trp Val Asn Arg 50 55 60 Thr Tyr Val Asn Ile Ser Asn Thr Lys Ile Val Asn Val Gln Asp Val 65 70 75 80 Val Ser Val Ile Leu Thr Gly Asn Ser Ser Leu Cys Pro Ile Ser Gly 85 90 95 Trp Ala Ile Tyr Ser Lys Asp Asn Ser Ile Arg Ile Gly Ser Lys Gly 100 105 110 Asp Ile Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Ile Ser Cys Ser His Leu Glu 115 120 125 Cys Arg Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ala Leu Leu Asn Asp Lys His 130 135 140 Ser Asn Gly Thr Val Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser 145 150 155 160 Cys Pro Ile Gly Glu Ala Pro Ser Pro Tyr Asn Ser Arg Phe Glu Ser 165 170 175 Val Ala Trp Ser Ala Ser Ala Cys His Asp Gly Met Gly Trp Leu Thr 180 185 190 Ile Gly Ile Ser Gly Pro Asp Asn Gly Ala Val Ala Val Leu Lys Tyr 195 200 205 Asn Gly Ile Ile Thr Asp Thr Ile Lys Ser Trp Arg Asn Lys Ile Leu 210 215 220 Arg Thr Gln Glu Ser Glu Cys Val Cys Met Asn Gly Ser Cys Phe Thr 225 230 235 240 Val Leu Thr Asp Gly Pro Ser Asn Gly Gln Ala Ser Tyr Lys Ile Phe 245 250 255 Lys Met Glu Lys Gly Lys Ile Ile Lys Ser Ile Glu Leu Asp Ala Pro 260 265 270 Asn Tyr His Tyr Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asp Ala Gly Lys Val 275 280 285 Met Cys Val Cys Arg Asp Asn Trp His Ala Ser Asn Arg Pro Trp Val 290 295 300 Ser Phe Asp Gln Asn Leu Asn Tyr Gln Ile Gly Tyr Ile Cys Ser Gly 305 310 315 320 Val Phe Gly Asp Asn Pro Arg Ser Asn Asp Gly Lys Gly Asn Cys Gly 325 330 335 Pro Val His Ser Asn Gly Ala Asn Gly Val Lys Gly Phe Ser Tyr Lys 340 345 350 Tyr Gly Asn Gly Val Trp Ile Gly Arg Thr Lys Ser Ile Asn Ser Arg 355 360 365 Ser Gly Phe Glu Met Ile Trp Asp Pro Asn Gly Trp Thr Gly Thr Asp 370 375 380 Ser Ser Phe Ser Met Lys Gln Asp Ile Ile Ala Leu Thr Asp Trp Ser 385 390 395 400 Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Val Gln His Pro Glu Leu Thr Gly Met Asn 405 410 415 Cys Ile Arg Pro Cys Phe Trp Val Glu Leu Ile Arg Gly Gln Pro Lys 420 425 430 Glu Asn Thr Ile Trp Ala Ser Gly Ser Ser Ile Ser Phe Cys Gly Val 435 440 445 Asn Gly Glu Thr Ala Ser Trp Ser Trp Pro Asp Gly Ala Asp Leu Pro 450 455 460 Phe Thr Ile Asp Lys 465 <210> 9 <211> 1512 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 9 atgagtgaca tcgaagccat ggcgtctcaa ggcaccaaac gatcatatga acaaatggag 60 actggtggtg aacgccagga tgccacagaa atcagagcat ctgtcggaag aatgattggt 120 ggaatcggga aattctacat ccaaatgtgc actgaactca aactcagtga ctatgaggga 180 cgactaatcc aaaatagcat aacaatagag agaatggtgc tctctgcttt tgatgagaga 240 agaaataaat acctagaaga gcatcccagt gctgggaaag accctaagaa aactggagga 300 cccatatata gaagagtaga cggaaagtgg atgagagaac tcattcttta tgacaaagaa 360 gaaataagga gagtttggcg ccaggcaaac aatggtgatg atgcaacagc tggtcttact 420 catatcatga tttggcattc caatctgaat gatgccacgt accagagaac aagagcactt 480 gttcgcaccg gaatggatcc cagaatgtgc tctctaatgc aaggttcaac acttcccaga 540 aggtctggag cagcaggtgc tgcagtgaaa ggagttggaa caataacaat ggaattaatc 600 agaatgatca aacgggggat caatgaccga aatttctgga gaggtgaaaa tggaagaagg 660 acaaggattg catatgaaag aatgtgcaat attctcaaag gaaaatttca gacagctgcc 720 caaagggcaa tgatggatca agtgagagaa agtcggaacc cagggaacgc tgagattgaa 780 gatctcattt tcctggcacg gtcagcactt atcctaaggg gatcagttgc acataagtct 840 tgcctgcctg cttgcgtgta tgggcttgca gtggcaagtg ggcatgactt tgaaagggaa 900 gggtattcgc tggtcgggat agacccattt aaattactcc agaacagtca agtgttcagc 960 ctggtaagac caaatgaaaa cccagctcac aagagtcaat tagtgtggat ggcatgccac 1020 tctgctgcat ttgaggatct aagggtctca agtttcataa gagggaagaa agtgattcca 1080 aggggaaagc tttccacaag aggggttcag attgcttcaa atgagaatgt ggaagccatg 1140 gattccaata ccttagagct gagaagcaga tactgggcta taaggaccag aagtggagga 1200 aatactaatc aacagaaagc atccgcaggc cagatcagtg tgcaacctac attctcagtg 1260 caacggaatc tcccttttga aagagcaacc gttatggcag ctttcagcgg aaacaatgaa 1320 ggacggacat ccgatatgcg gacagaaatt ataaggatga tggaaaatgc aaaaccagaa 1380 gatttgtcct tccaggggcg gggagtcttc gagctctcgg acgaaaaggc aacgagcccg 1440 atcgtgcctt cctttgacat gagtaatgaa gggtcttatt tcttcggaga caatgcagag 1500 gagtatgaca gt 1512 <210> 10 <211> 504 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 10 Met Ser Asp Ile Glu Ala Met Ala Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr 1 5 10 15 Glu Gln Met Glu Thr Gly Gly Glu Arg Gln Asp Ala Thr Glu Ile Arg 20 25 30 Ala Ser Val Gly Arg Met Ile Gly Gly Ile Gly Lys Phe Tyr Ile Gln 35 40 45 Met Cys Thr Glu Leu Lys Leu Ser Asp Tyr Glu Gly Arg Leu Ile Gln 50 55 60 Asn Ser Ile Thr Ile Glu Arg Met Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg 65 70 75 80 Arg Asn Lys Tyr Leu Glu Glu His Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys 85 90 95 Lys Thr Gly Gly Pro Ile Tyr Arg Arg Val Asp Gly Lys Trp Met Arg 100 105 110 Glu Leu Ile Leu Tyr Asp Lys Glu Glu Ile Arg Arg Val Trp Arg Gln 115 120 125 Ala Asn Asn Gly Asp Asp Ala Thr Ala Gly Leu Thr His Ile Met Ile 130 135 140 Trp His Ser Asn Leu Asn Asp Ala Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu 145 150 155 160 Val Arg Thr Gly Met Asp Pro Arg Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser 165 170 175 Thr Leu Pro Arg Arg Ser Gly Ala Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val 180 185 190 Gly Thr Ile Thr Met Glu Leu Ile Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn 195 200 205 Asp Arg Asn Phe Trp Arg Gly Glu Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala 210 215 220 Tyr Glu Arg Met Cys Asn Ile Leu Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala 225 230 235 240 Gln Arg Ala Met Met Asp Gln Val Arg Glu Ser Arg Asn Pro Gly Asn 245 250 255 Ala Glu Ile Glu Asp Leu Ile Phe Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu 260 265 270 Arg Gly Ser Val Ala His Lys Ser Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly 275 280 285 Leu Ala Val Ala Ser Gly His Asp Phe Glu Arg Glu Gly Tyr Ser Leu 290 295 300 Val Gly Ile Asp Pro Phe Lys Leu Leu Gln Asn Ser Gln Val Phe Ser 305 310 315 320 Leu Val Arg Pro Asn Glu Asn Pro Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp 325 330 335 Met Ala Cys His Ser Ala Ala Phe Glu Asp Leu Arg Val Ser Ser Phe 340 345 350 Ile Arg Gly Lys Lys Val Ile Pro Arg Gly Lys Leu Ser Thr Arg Gly 355 360 365 Val Gln Ile Ala Ser Asn Glu Asn Val Glu Ala Met Asp Ser Asn Thr 370 375 380 Leu Glu Leu Arg Ser Arg Tyr Trp Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly 385 390 395 400 Asn Thr Asn Gln Gln Lys Ala Ser Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro 405 410 415 Thr Phe Ser Val Gln Arg Asn Leu Pro Phe Glu Arg Ala Thr Val Met 420 425 430 Ala Ala Phe Ser Gly Asn Asn Glu Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr 435 440 445 Glu Ile Ile Arg Met Met Glu Asn Ala Lys Pro Glu Asp Leu Ser Phe 450 455 460 Gln Gly Arg Gly Val Phe Glu Leu Ser Asp Glu Lys Ala Thr Ser Pro 465 470 475 480 Ile Val Pro Ser Phe Asp Met Ser Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly 485 490 495 Asp Asn Ala Glu Glu Tyr Asp Ser 500 <210> 11 <211> 1698 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 11 atgaaggcaa tactagtagt cctgctatat acatttacaa ccgcaaatgc cgacacatta 60 tgcataggtt atcatgcgaa caattcaact gacaccgtag acacagtgct agaaaaaaat 120 gtaacagtaa cacactctgt caaccttcta gaaaacaggc ataatgggaa actatgtaaa 180 ctaagagggg tagctccatt gcatttgggt aaatgtaaca ttgctggctg gctcctggga 240 aatccagagt gtgagtcaat ctccaaagca agctcatggt cctacattgt ggaaacatct 300 aattcagaca atgggacgtg ttacccagga gatttcatca attatgagga gctaagagag 360 cagttgagct cagtgtcatc atttgaaaga tttgagatat tccccatgac aagttcatgg 420 cccaatcatg acacgaacag aggtgtgacg gcagcatgtc ctcacgctgg gacaaatagc 480 ttctacaaaa atttaatatg gctggtcaaa aaaggaaatt catacccaaa gatcaacaaa 540 tcctacatta acaacaaaga gaaagaagtt ctcgtgctat gggccataca tcatccacct 600 accaatgccg accaacaaag cctctaccaa aatgcagatg cctatgtttt tgtggggtca 660 tcaagataca gcaggaagtt cgagccagaa atagcaacaa gacccaaggt gagagaccaa 720 gcagggagaa tgaactatta ctggacattg gtagagcctg gagacaagat aacattcgaa 780 gcaactggaa atctagtggt accgagatat gccttcgcat tgaaaagaaa ttctggatct 840 ggtattatca tttcagatac atcagtccac gattgtgata cgacttgtca gacacccaat 900 ggtgctataa acaccagcct cccatttcaa aatatacatc cagtcacaat tggagaatgt 960 ccaaaatatg taaaaagtac taaactgaga atggccacag gattaaggaa tatcccgtct 1020 attcaatcta gaggcctgtt tggggccatt gctggcttta ttgaaggggg ctggacagga 1080 atgatagacg gatggtacgg ttaccaccat caaaatgagc agggatcagg atatgcagcc 1140 gacctgaaaa gcacacagaa tgccattgac gggatcacta acaaggtaaa ttctgttatt 1200 gaaaagatga acacacaatt cacagcagta ggtaaagagt tcagccactt ggaaagaaga 1260 atagagaatt taaataaaaa ggttgatgat ggttttctag atatttggac ttacaatgcc 1320 gaactgttgg ttctgttgga gaatgaaaga actttggatt accacgattc aaatgtgaaa 1380 aacttatatg aaaaagtaag aagccaacta aaaaacaatg ccaaagaaat tggaaatggc 1440 tgctttgaat tttaccacaa atgtgatgac acgtgtatgg aaagcgtcaa aaatgggact 1500 tatgattacc caaaatactc agaggaagca aaactaaaca gagaggaaat agatggggta 1560 aagttggaat caacaagggt ttaccaaatt ttggcgatct attcaacggt cgccagttca 1620 ttggtactgg tagtctccct gggggcaatc agtttctgga tgtgctctaa tgggtcgcta 1680 cagtgcagaa tatgtatt 1698 <210> 12 <211> 566 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 12 Met Lys Ala Ile Leu Val Val Leu Leu Tyr Thr Phe Thr Thr Ala Asn 1 5 10 15 Ala Asp Thr Leu Cys Ile Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Asp Thr 20 25 30 Val Asp Thr Val Leu Glu Lys Asn Val Thr Val Thr His Ser Val Asn 35 40 45 Leu Leu Glu Asn Arg His Asn Gly Lys Leu Cys Lys Leu Arg Gly Val 50 55 60 Ala Pro Leu His Leu Gly Lys Cys Asn Ile Ala Gly Trp Leu Leu Gly 65 70 75 80 Asn Pro Glu Cys Glu Ser Ile Ser Lys Ala Ser Ser Trp Ser Tyr Ile 85 90 95 Val Glu Thr Ser Asn Ser Asp Asn Gly Thr Cys Tyr Pro Gly Asp Phe 100 105 110 Ile Asn Tyr Glu Glu Leu Arg Glu Gln Leu Ser Ser Val Ser Ser Phe 115 120 125 Glu Arg Phe Glu Ile Phe Pro Met Thr Ser Ser Trp Pro Asn His Asp 130 135 140 Thr Asn Arg Gly Val Thr Ala Ala Cys Pro His Ala Gly Thr Asn Ser 145 150 155 160 Phe Tyr Lys Asn Leu Ile Trp Leu Val Lys Lys Gly Asn Ser Tyr Pro 165 170 175 Lys Ile Asn Lys Ser Tyr Ile Asn Asn Lys Glu Lys Glu Val Leu Val 180 185 190 Leu Trp Ala Ile His His Pro Pro Thr Asn Ala Asp Gln Gln Ser Leu 195 200 205 Tyr Gln Asn Ala Asp Ala Tyr Val Phe Val Gly Ser Ser Arg Tyr Ser 210 215 220 Arg Lys Phe Glu Pro Glu Ile Ala Thr Arg Pro Lys Val Arg Asp Gln 225 230 235 240 Ala Gly Arg Met Asn Tyr Tyr Trp Thr Leu Val Glu Pro Gly Asp Lys 245 250 255 Ile Thr Phe Glu Ala Thr Gly Asn Leu Val Val Pro Arg Tyr Ala Phe 260 265 270 Ala Leu Lys Arg Asn Ser Gly Ser Gly Ile Ile Ile Ser Asp Thr Ser 275 280 285 Val His Asp Cys Asp Thr Thr Cys Gln Thr Pro Asn Gly Ala Ile Asn 290 295 300 Thr Ser Leu Pro Phe Gln Asn Ile His Pro Val Thr Ile Gly Glu Cys 305 310 315 320 Pro Lys Tyr Val Lys Ser Thr Lys Leu Arg Met Ala Thr Gly Leu Arg 325 330 335 Asn Ile Pro Ser Ile Gln Ser Arg Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly 340 345 350 Phe Ile Glu Gly Gly Trp Thr Gly Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly Tyr 355 360 365 His His Gln Asn Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ala Ala Asp Leu Lys Ser 370 375 380 Thr Gln Asn Ala Ile Asp Gly Ile Thr Asn Lys Val Asn Ser Val Ile 385 390 395 400 Glu Lys Met Asn Thr Gln Phe Thr Ala Val Gly Lys Glu Phe Ser His 405 410 415 Leu Glu Arg Arg Ile Glu Asn Leu Asn Lys Lys Val Asp Asp Gly Phe 420 425 430 Leu Asp Ile Trp Thr Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Leu Leu Glu Asn 435 440 445 Glu Arg Thr Leu Asp Tyr His Asp Ser Asn Val Lys Asn Leu Tyr Glu 450 455 460 Lys Val Arg Ser Gln Leu Lys Asn Asn Ala Lys Glu Ile Gly Asn Gly 465 470 475 480 Cys Phe Glu Phe Tyr His Lys Cys Asp Asp Thr Cys Met Glu Ser Val 485 490 495 Lys Asn Gly Thr Tyr Asp Tyr Pro Lys Tyr Ser Glu Glu Ala Lys Leu 500 505 510 Asn Arg Glu Glu Ile Asp Gly Val Lys Leu Glu Ser Thr Arg Val Tyr 515 520 525 Gln Ile Leu Ala Ile Tyr Ser Thr Val Ala Ser Ser Leu Val Leu Val 530 535 540 Val Ser Leu Gly Ala Ile Ser Phe Trp Met Cys Ser Asn Gly Ser Leu 545 550 555 560 Gln Cys Arg Ile Cys Ile 565 <210> 13 <211> 2148 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 13 atggaagact ttgtgcgaca atgcttcaat ccaatgatcg tcgagcttgc ggaaaaggca 60 atgaaagaat atggagaaga tccgaaaatt gaaactaaca aattcgctgc aatatgcaca 120 cacttggaag tatgtttcat gtattcagat ttccatttca ttgacgagcg gggtgaatca 180 atcattgtag aatctggtga tccaaatgca ttactgaagc accgatttga gataattgaa 240 ggacgagacc ggaccatggc ctggacagta gtgaacagta tctgcaacac cacaggggta 300 gagaagccta aatttcttcc ggatttatac gactacaaag aaaatcggtt cattgaaatt 360 ggagtgacac gaagggaggt ccacatatac tacctagaga aagccaacaa aataaaatcc 420 gagaagacac acattcacat tttttcattc actggagagg agatggccac caaagcagac 480 tacacccttg atgaagaaag cagggcaaga atcaaaacca ggcttttcac cataagacaa 540 gaaatggcaa gtaggggtct atgggattcc tttcgtcagt ccgaaagagg cgaggagaca 600 attgaagaaa gatttgaaat tacaggaacc atgcgcagac ttgccgacca aagtctccca 660 ccgaacttct ccagtcttga aaactttaga gcttatgtag atgggttcga accaaacggc 720 tgcattgagg gcaagctttc tcaaatgtca aaagaagtga gcgcccaaat tgaacccttc 780 ttgaagacaa caccacgccc tctaaaattg cctgatgggc ctccttgctc tcagcggtca 840 aagttcttgc tgatggatgc tctgaaacta agtattgaag acccgagtca tgaaggagaa 900 ggaataccac tatatgatgc aatcaagtgc atgaagacat tttttggctg gaaagaaccc 960 aacataatca aaccacatga gaaaggcata aaccccaatt acctactggc ttggaagcag 1020 gtgctagcag agctccaaga cattgaaaat gaagagaaga tcccaaagac aaagaacatg 1080 aggagaacaa gccaattgaa gtgggcactc ggtgagaata tggcaccaga gaaagtagat 1140 tttgatgact gcaaagatgt tggtgatctt aaacagtatg acagcgacga gccagagccc 1200 agatctctag caagttgggt ccaaaatgaa ttcaacaagg catgtgaatt gaccgattca 1260 agctggatag aacttgatga gataggagaa gatattgcac cgattgaaca catcgcaagt 1320 atgaggagga actattttac agcagaagtg tcccattgta gggctacgga atacataatg 1380 aagggagtgt acataaacac ggctttgctt aatgcatctt gtgcagccat ggatgacttt 1440 cagctgatcc caatgataag caaatgcagg accaaagaag gaagacgaaa aacaaatctg 1500 tatgggttca ttataaaagg aaggtcccat ctgaggaatg atactgacgt ggtgaacttt 1560 gtaagcatgg agttctccct caccgacccg agactggagc cacacaaatg ggaaaaatac 1620 tgtgttcttg aaataggaga catgctcctg aggactgcga taggccaagt gtcgaggccc 1680 atgttcttat atgtgagaac caatggaacc tccaagatca agatgaaatg gggcatggaa 1740 atgaggcgct gccttcttca atctcttcag cagattgaga gcatgattga ggctgagtct 1800 tctgtaaaag agaaagacat gaccaaggaa ttttttgaaa acaaatcgga aacatggcca 1860 attggagaat cacccaaagg agtggaggaa ggctctattg ggaaagtgtg caggacctta 1920 ctggcaaaat ctgtattcaa cagtctatac gcgtctccac aacttgaggg attttcggct 1980 gaatcgagaa agttgcttct cattgttcag gcacttaggg acaacctgga acctggaacc 2040 ttcgatcttg gggggctata tgaagcaatc gaggagtgcc tgattaatga tccctgggtt 2100 ttgcttaatg catcttggtt caactccttc ctcacacatg cactgaaa 2148 <210> 14 <211> 716 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 14 Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu 1 5 10 15 Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asp Pro Lys Ile Glu Thr 20 25 30 Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr 35 40 45 Ser Asp Phe His Phe Ile Asp Glu Arg Gly Glu Ser Ile Ile Val Glu 50 55 60 Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu 65 70 75 80 Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn 85 90 95 Thr Thr Gly Val Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr 100 105 110 Lys Glu Asn Arg Phe Ile Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His 115 120 125 Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His 130 135 140 Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala Asp 145 150 155 160 Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe 165 170 175 Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg 180 185 190 Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr 195 200 205 Gly Thr Met Arg Arg Leu Ala Asp Gln Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser 210 215 220 Ser Leu Glu Asn Phe Arg Ala Tyr Val Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly 225 230 235 240 Cys Ile Glu Gly Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Ser Ala Gln 245 250 255 Ile Glu Pro Phe Leu Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Lys Leu Pro Asp 260 265 270 Gly Pro Pro Cys Ser Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu 275 280 285 Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu 290 295 300 Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro 305 310 315 320 Asn Ile Ile Lys Pro His Glu Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Leu 325 330 335 Ala Trp Lys Gln Val Leu Ala Glu Leu Gln Asp Ile Glu Asn Glu Glu 340 345 350 Lys Ile Pro Lys Thr Lys Asn Met Arg Arg Thr Ser Gln Leu Lys Trp 355 360 365 Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Asp Asp Cys 370 375 380 Lys Asp Val Gly Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu Pro 385 390 395 400 Arg Ser Leu Ala Ser Trp Val Gln Asn Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu 405 410 415 Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Ile 420 425 430 Ala Pro Ile Glu His Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala 435 440 445 Glu Val Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr 450 455 460 Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Asp Phe 465 470 475 480 Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg 485 490 495 Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg 500 505 510 Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr 515 520 525 Asp Pro Arg Leu Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu 530 535 540 Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Ile Gly Gln Val Ser Arg Pro 545 550 555 560 Met Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys 565 570 575 Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile 580 585 590 Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr 595 600 605 Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser 610 615 620 Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu 625 630 635 640 Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu 645 650 655 Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu 660 665 670 Arg Asp Asn Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Leu Gly Gly Leu Tyr Glu 675 680 685 Ala Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala 690 695 700 Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys 705 710 715 <210> 15 <211> 2271 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 15 atggatgtca acccgactct acttttccta aaggttccag cgcaaaatgc cataagcacc 60 acattccctt atactggaga tcctccatac agccatggaa caggaacagg atacaccatg 120 gacacagtca acagaacaca ccagtattca gaaaaaggga aatggacgac aaacacagag 180 actggggcac cccagctcaa cccgattgat ggaccactac ccgatgataa tgaaccaagt 240 gggtatgcac aaacagactg tgtcctggag gccatggctt tccttgaaga atcccaccca 300 gggatatttg agaattcatg ccttgaaaca atggaaattg tccaacaaac aagggtggat 360 aaactaactc aaggtcgcca gacttatgat tggacattaa acagaaatca accggcagca 420 actgcattgg ccaacaccat agaagttttt agatcaaacg gtctaacagc taatgagtca 480 ggaaggctaa tagatttcct aaaggatgta atggaatcaa tggataagga ggaaatagag 540 ataacaacac attttcaaag aaaaaggaga gtaagagaca acatgaccaa gaagatggtc 600 acacaaagaa caatagggaa gaaaaaacaa aaattgaata agagaagtta tctaataaga 660 gcactgacat tgaatacgat gaccaaagat gcagagagag gcaagttaaa aaggagggct 720 atcgcaacac ctgggatgca gattagaggg ttcgtgtact ttgttgagac tttagctaga 780 agcatctgcg aaaagcttga acagtccgga ctcccagtag ggggcaatga aaagaaagcc 840 aaattggcaa atgttgtgag aaagatgatg actaattcac aagacacaga gctttctttc 900 acaatcactg gagataacac taaatggaat gaaaaccaga atcctcgaat gttcctggcg 960 atgatcacat acattaccag aaatcaaccc gagtggttca gaaacatact gagtatggca 1020 ccaataatgt tctcaaacaa aatggcaaga ctaggaaaag ggtacatgtt cgagagtaaa 1080 agaatgaagc tccgaacaca ggtaccagca gaaatgctag caagcattga tcttaagtat 1140 ttcaatgaat caacaaggaa gaaaattgag aaaataaggc ctctcctaat agatggcaca 1200 gcatcattga gccctgggat gatgatgggc atgttcaaca tgctaagtac ggttttggga 1260 gtctcaatac tgaatcttgg acaaaagaaa tacaccagga caacatactg gtgggatgga 1320 ctccaatcct cagacgattt tgccctcata gtaaatgcac caaatcatga gggaatacaa 1380 gcaggagtgg atagattcta caggacctgc aagttagtag ggatcaacat gagcaaaaag 1440 aagtcctata taaataagac tgggacattt gaattcacaa gcttttttta tcgctatggg 1500 tttgtagcta attttagcat ggagctgccc agttttggag tgtctggaat aaacgaatca 1560 gctgatatga gcatcggagt aacagtgata aagaacaaca tgataaataa tgatcttgga 1620 cctgcaacag cccagatggc cctccagttg ttcatcaaag actacagata cacatataga 1680 tgccatagag gggacacaca aatccagacg agaagatcat tcgagctaaa gagcctgtgg 1740 aatcaaactc aatcaaaggc aggattatta gtatctgatg gaggaccaaa tttatacaat 1800 atccggaatc ttcacattcc tgaagtctgc ttaaaatggg agctaatgga tgaggattat 1860 cggggaagac tttgtaatcc cctgaatccc tttgtcagcc ataaagagat tgattctgta 1920 aacagtgctg tggtgatgcc agcccatggt ccagccaaaa gtatggagta tgatgccgtt 1980 gcaactacac actcctggat tcccaagagg aaccgctcta ttctcaacac aagccaaagg 2040 ggaattcttg aggatgaaca gatgtaccag aagtgctgca acctgttcga gaaatttttc 2100 cctagtagtt catacagaag accagttgga atttctagca tggtggaggc catggtgtct 2160 agggcccgga ttgatgccag gattgacttc gagtctggac ggattaagaa agaagagttc 2220 tctgagatca tgaagatctg ttccaccatt gaagaactca gacggcaaaa g 2271 <210> 16 <211> 757 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 16 Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn 1 5 10 15 Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His 20 25 30 Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln 35 40 45 Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Thr Gly Ala Pro 50 55 60 Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Asp Asp Asn Glu Pro Ser 65 70 75 80 Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu 85 90 95 Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu 100 105 110 Ile Val Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr 115 120 125 Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala 130 135 140 Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ala Asn Glu Ser 145 150 155 160 Gly Arg Leu Ile Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asp Lys 165 170 175 Glu Glu Ile Glu Ile Thr Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg 180 185 190 Asp Asn Met Thr Lys Lys Met Val Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys 195 200 205 Lys Gln Lys Leu Asn Lys Arg Ser Tyr Leu Ile Arg Ala Leu Thr Leu 210 215 220 Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala 225 230 235 240 Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu 245 250 255 Thr Leu Ala Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro 260 265 270 Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys 275 280 285 Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly 290 295 300 Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Met Phe Leu Ala 305 310 315 320 Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Ile 325 330 335 Leu Ser Met Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly 340 345 350 Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Arg Met Lys Leu Arg Thr Gln Val 355 360 365 Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Glu Ser 370 375 380 Thr Arg Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Ile Asp Gly Thr 385 390 395 400 Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser 405 410 415 Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Lys Lys Tyr Thr 420 425 430 Arg Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Ala 435 440 445 Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp 450 455 460 Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ser Tyr Ile Asn Lys Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe 485 490 495 Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe 500 505 510 Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr 515 520 525 Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala 530 535 540 Gln Met Ala Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg 545 550 555 560 Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu 565 570 575 Lys Ser Leu Trp Asn Gln Thr Gln Ser Lys Ala Gly Leu Leu Val Ser 580 585 590 Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu 595 600 605 Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Arg Gly Arg Leu 610 615 620 Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Asp Ser Val 625 630 635 640 Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu 645 650 655 Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg 660 665 670 Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met 675 680 685 Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser 690 695 700 Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser 705 710 715 720 Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys 725 730 735 Lys Glu Glu Phe Ser Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu 740 745 750 Leu Arg Arg Gln Lys 755 <210> 17 <211> 2277 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 17 atggagagaa taaaagaact aagagatctg atgtcgcagt ctcgcactcg cgagatactc 60 acaaagacca ctgtggacca tatggccata atcaaaaagt acacatcagg aaggcaagag 120 aagaaccccg cactcagaat gaagtggatg atggcaatga aatacccaat tacagcagac 180 aagagaataa tggacatgat tccagagagg aatgaacaag gacaaaccct ctggagcaaa 240 acaaacgatg ctggatcgga ccgtgtgatg gtatcacccc tggccgtaac atggtggaat 300 aggaatggcc caacaacaag cacagttcac taccctaagg tatataaaac ttatttcgaa 360 aagatcgaaa ggttaaaaca tggtatcttt ggccctgtcc acttcagaaa tcaagttaaa 420 ataagaagga gggttgacac aaaccctggt catgcagatc tcagtgccaa ggaggcacag 480 gatgtgatca tggaagttgt tttcccaaat gaagtggggg caagagtact gacgtcagag 540 tcacagctga caataacaaa ggaaaagaaa gaagagctcc aggattgtaa gattgctccc 600 ctgatggtgg catacatgct agaaagagag ttggttcgca agacgaggtt tctcccggtg 660 gctggtggaa caagcagtgt ttatattgaa gtgctacact taactcaggg aacatgctgg 720 gaacaaatgt acactccagg aggagaagtg agaaatgatg atgttgacca aagtttgatt 780 atcgctgcta gaaacatagt aagaagagca gcagtgtcag cagacccatt agcatctctc 840 ttggaaatgt gccacagcac acagattgga ggaataagga tggtggacat ccttagacag 900 aacccaacgg aggaacaagc cgtagacata tgcaaggcag caatggggct gaggattagc 960 tcttctttca gctttggtgg gttcaccttc aaaagaacaa gcggatcatc agttaagaaa 1020 gaagaagaag tgctcacggg caacctccaa acactgaaaa taagagtaca tgaaggatat 1080 gaagaattca caatggtagg gagaagagca actgctattc tcagaaaagc aaccaggaga 1140 ttgatccagt taatagtaag tgggagagac gatcaatcaa ttgctgaggc aataattgta 1200 gccatggtat tttcacaaga ggattgcatg atcaaggcag ttaggggcga tctgaacttt 1260 gtcaataggg caaaccagcg actgaatccc atgcaccaac tcttgaggca tttccaaaaa 1320 gatgcaaaag tgcttttcca gaactgggga attgaaccca tcgacagtgt gatgggaatg 1380 atcgggatat tgcctgatat gaccccaagc acggaaatgt cgctgagagg tataagagtc 1440 agcaaaatgg gagtagatga gtattccagc acggagagag tggtagtgag cattgaccga 1500 tttttgagag ttcgggatca acgagggaac gtactattgt cccccgaaga ggtcagcgag 1560 acacaaggaa ctgagaaatt gacaataact tattcgtcat caatgatgtg ggagatcaat 1620 ggtcctgagt cagtgctggt caacacttat caatggatca taaggaattg ggaaagcttg 1680 aaaattcaat ggtcacaaga tcccacgatg ttatacaaca aaatggaatt tgaaccattc 1740 cagtctcttg tccctaaggc aaccagaagt cgttacagtg gattcgtgag gacactgttc 1800 cagcaaatgc gggatgtgct tggaacattt gacactgtcc aaataataaa acttctcccc 1860 tttgctgctg ctccaccgga acagagtagg atacagttct cctcgctgac tgtgaatgtg 1920 agaggatcag ggctgaggat actggtaaga ggcaattctc cagtgttcaa ttacaacaaa 1980 gcaaccaaaa ggcttacaat tcttggaaaa gatgcaggtg cattgactga agatccagat 2040 gaaggcacag ctggagtgga gtctgctgtc ctgaggggat tcctcatttt gggtaaagaa 2100 gacaagagat atggcccagc attaagcatc aatgaactga gcaatcttgc aaaaggagag 2160 aaggctaatg tgttaattgg gcaaggagac gtggtgttgg taatgaaacg gaaacggaac 2220 tctagcatac ttactgacag ccagacagcg accaaaagaa ttcggatggc catcaat 2277 <210> 18 <211> 759 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 18 Met Glu Arg Ile Lys Glu Leu Arg Asp Leu Met Ser Gln Ser Arg Thr 1 5 10 15 Arg Glu Ile Leu Thr Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys 20 25 30 Lys Tyr Thr Ser Gly Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys 35 40 45 Trp Met Met Ala Met Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met 50 55 60 Asp Met Ile Pro Glu Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys 65 70 75 80 Thr Asn Asp Ala Gly Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val 85 90 95 Thr Trp Trp Asn Arg Asn Gly Pro Thr Thr Ser Thr Val His Tyr Pro 100 105 110 Lys Val Tyr Lys Thr Tyr Phe Glu Lys Ile Glu Arg Leu Lys His Gly 115 120 125 Ile Phe Gly Pro Val His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg 130 135 140 Val Asp Thr Asn Pro Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln 145 150 155 160 Asp Val Ile Met Glu Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Val 165 170 175 Leu Thr Ser Glu Ser Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu 180 185 190 Leu Gln Asp Cys Lys Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu 195 200 205 Arg Glu Leu Val Arg Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Ala Gly Gly Thr 210 215 220 Ser Ser Val Tyr Ile Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp 225 230 235 240 Glu Gln Met Tyr Thr Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Val Asp 245 250 255 Gln Ser Leu Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Ala Val 260 265 270 Ser Ala Asp Pro Leu Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln 275 280 285 Ile Gly Gly Ile Arg Met Val Asp Ile Leu Arg Gln Asn Pro Thr Glu 290 295 300 Glu Gln Ala Val Asp Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser 305 310 315 320 Ser Ser Phe Ser Phe Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser 325 330 335 Ser Val Lys Lys Glu Glu Glu Val Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu 340 345 350 Lys Ile Arg Val His Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg 355 360 365 Arg Ala Thr Ala Ile Leu Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu 370 375 380 Ile Val Ser Gly Arg Asp Asp Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val 385 390 395 400 Ala Met Val Phe Ser Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly 405 410 415 Asp Leu Asn Phe Val Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His 420 425 430 Gln Leu Leu Arg His Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn 435 440 445 Trp Gly Ile Glu Pro Ile Asp Ser Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu 450 455 460 Pro Asp Met Thr Pro Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Ile Arg Val 465 470 475 480 Ser Lys Met Gly Val Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val 485 490 495 Ser Ile Asp Arg Phe Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Val Leu 500 505 510 Leu Ser Pro Glu Glu Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr 515 520 525 Ile Thr Tyr Ser Ser Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser 530 535 540 Val Leu Val Asn Thr Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Ser Leu 545 550 555 560 Lys Ile Gln Trp Ser Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Met Glu 565 570 575 Phe Glu Pro Phe Gln Ser Leu Val Pro Lys Ala Thr Arg Ser Arg Tyr 580 585 590 Ser Gly Phe Val Arg Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly 595 600 605 Thr Phe Asp Thr Val Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala 610 615 620 Pro Pro Glu Gln Ser Arg Ile Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val 625 630 635 640 Arg Gly Ser Gly Leu Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe 645 650 655 Asn Tyr Asn Lys Ala Thr Lys Arg Leu Thr Ile Leu Gly Lys Asp Ala 660 665 670 Gly Ala Leu Thr Glu Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser 675 680 685 Ala Val Leu Arg Gly Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asp Lys Arg Tyr 690 695 700 Gly Pro Ala Leu Ser Ile Asn Glu Leu Ser Asn Leu Ala Lys Gly Glu 705 710 715 720 Lys Ala Asn Val Leu Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys 725 730 735 Arg Lys Arg Asn Ser Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys 740 745 750 Arg Ile Arg Met Ala Ile Asn 755 <210> 19 <211> 979 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 19 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgtat gttctctcta tcgtcccgtc aggccccctc 60 aaagccgaga tagcacagag gctcgaagac gtttttgcag ggaaaaacac cgatcttgag 120 gctctcatgg aatggctaaa gacaagacca atcctgtcac ctctgactaa agggatttta 180 gggtttgtgt tcacgctcac cgtgcccagt gagcgaggac tgcagcgtag acgttttgtc 240 cagaatgccc tcaatgggaa tggtgaccca aacaacatgg acaaggcggt aaaactgtac 300 aggaaactaa aaagggaaat aacattccat ggggccaagg aagtagcgct cagttactct 360 gctggtgcac ttgccagttg catgggcctc atatacaaca gaatggggac tgtcgccact 420 gaggtggcat ttggtctggt atgcgcaacc tgtgaacaaa ttgctgattc tcagcatcga 480 tctcatagac aaatggtgac aacaaccaat ccactaatca ggcacgagaa cagaatggta 540 atagccagca caacagctaa ggccatggaa caaatggctg gatcaagtga acaagcagca 600 gaggctatgg aggttgccag tcaggctaga caaatggtac aggcaatgag aacaattggg 660 actcacccta gttccagcac tggtctaaaa gatgatcttc ttgaaaattt acaggcctat 720 cagaaacgga tgggagtgca aatgcaacga ttcaagtgat cctctcattg atgccgcaag 780 catcattggt attttgcacc tgatattgtg gattcttgat cgtctttttt tcaaatgcat 840 ctaccgtcgc tttaaatacg gtctgcaaag agggccttct acggaaggag tgccggagtc 900 catgagggaa gaatatcggc agaaacagca gagtgctgtg gatgttgacg atggtcattt 960 tgtcaacata gtgctagag 979 <210> 20 <211> 835 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 20 atggactcca atactgtgtc aagctttcag gtagactgtt tcctttggca catccgcaaa 60 cgatttgcag acaatggatt gggtgatgcc ccattccttg atcggctccg ccgagatcaa 120 aagtccctaa aaggaagggg caacaccctt agcctagaca tcgaaacagc cactcttgtt 180 gggaaacaaa ttgttgagtg gattttgaaa gaggaatcca gcgatatact taagatgacc 240 attgcatctg tgcctacttc gcgctaccta gctgacatga ccctcgagga aatgtcacga 300 gactggttca tgctaatgcc taggcaaaag ataataggcc ctctttgtgt gcgagtggac 360 caggcgatca tggaaaagaa catcatactg aaagcgaact tcagtgtgat ctttaaccga 420 ttagagactt tgatactact aagggctttc actgaggagg gagcaatcgt tggagaaatt 480 tcaccattac cttatcttcc aggacatact aatgaggatg tcaaaaatgc agttggggtc 540 ctcatcggag ggcttgaatg gaatggtaac acggttcgag gctctgaaaa tctacagaga 600 ttcgcttgga gaaaccataa tgaggatggg agatcttcac tacctccaga acagaaatga 660 aaagtggcga gagcaattgg gacagaaatt tgaggaaata agatggttaa ttgaagaaat 720 acggcacaga ttgaaagcga cagaaaatag tttcgagcaa ataacattta tgcaagcctt 780 acaactactg cttgaagtag aacaagagat aaggactttc tcgtttcagc ttatt 835 <210> 21 <211> 1698 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 21 atgaaggcaa tactagtagt tctgctatat acatttgcaa cctcaaatgc agacacatta 60 tgtataggtt atcatgcgaa caattcaaca gacactgtag acacagtact agaaaagaat 120 gtaacagtaa cacactctgt taaccttcta gaagacaagc ataacgggaa actatgcaaa 180 ctaagagggg tagccccatt gcatttgggt aaatgtaaca ttgctggctg gatcctggga 240 aatccagagt gtgaatcact ctccacagca agctcatggt cctacattgt ggaaacatct 300 agttcaggca atggaacgtg ttacccagga gatttcatcg attatgagga gctaagagag 360 caattgagct cagtgtcatc atttgaaagg tttgagatat tccccaagac aagttcatgg 420 cccaatcatg aatcgaacaa aggtgtaacg gcagcatgtc ctcatgctgg agaaaaaagc 480 ttctacaaaa atttaatatg gctagttaaa aaaggaaact catacccaaa gctcagcaaa 540 tcctacatta atgataaagg gaaagaagtc ctcgtgctat ggggcattca ccatccatct 600 actagtgctg accaacaaag tctctatcag aatgcagatg catatgtttt tgtggggaca 660 tcaagataca gcaagaagtt caagccggaa atagcaataa gacccaaagt gagggatcaa 720 gaagggagaa tgaactatta ctggacacta gtagagccgg gagacaaaat aacattcgaa 780 gcaactggaa atctagtggt accgagatat gcattcgcaa tggaaagaaa tgctggatct 840 ggtattatca tttcagatac accagtccac gattgcaata caacttgtca gacacccaag 900 ggtgctataa acaccagcct tccttttcag aatatacatc cgatcacaat tggaaaatgt 960 ccaaaatatg taaaaagcac aaaattgaga ctggccacag gattgaggaa tgtcccgtct 1020 attcaatcta gaggcctatt tggggccatt gccggtttca ttgaaggggg gtggacaggg 1080 atggtagatg gatggtacgg ttatcaccat caaaatgagc aggggtcagg atatgcagcc 1140 gacctgaaga gcacacagaa tgccattgac gagattacta acaaagtaaa ttctgttatt 1200 gaaaagatga atacacagtt cacagcagta ggtaaagagt tcaaccacct ggaaaaaaga 1260 atagagaatt taaataaaaa agttgatgat ggtttcctgg acatttggac ttacaatgcc 1320 gaactgttgg ttctattgga aaatgaaaga actttggact accacgattc aaatgtgaag 1380 aacttatatg aaaaggtaag aagccagtta aaaaacaatg ccaaggaaat tggaaacggc 1440 tgctttgaat tttaccacaa atgcgataac acgtgcatgg aaagtgtcaa aaatgggact 1500 tatgactacc caaaatactc agaggaagca aaattaaaca gagaagaaat agatggggta 1560 aagctggaat caacaaggat ttaccagatt ttggcgatct attcaactgt cgccagttca 1620 ttggtactgg tagtctccct gggggcaatc agtttctgga tgtgctctaa tgggtctcta 1680 cagtgtagaa tatgtatt 1698 <210> 22 <211> 1698 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HA-DO (de-optimized) <400> 22 atgaaggcaa tactagtagt tctgctatat acatttgcaa cctcaaatgc agacacatta 60 tgtataggtt atcatgcgaa caattcaaca gatacggtcg atacggtctt agaaaaaaat 120 gtcacggtca cgcattcggt caatttatta gaagataaac ataatggaaa attatgtaaa 180 ttacgtggag tcgcgccgtt acatttagga aaatgtaata tagcgggatg gatattagga 240 aatccggaat gtgaatcgtt atcgacggcg tcgtcgtggt cgtatatagt cgaaacgtcg 300 tcgtcgggaa atggaacgtg ttatccggga gattttatag attatgaaga attacgtgaa 360 caattatcgt cggtctcgtc gtttgaacgt tttgaaatat ttccgaaaac gtcgtcgtgg 420 ccgaatcatg aatcgaataa aggagtcacg gcggcgtgtc cgcatgcggg agaaaaatcg 480 ttttataaaa atttaatatg gctagtcaaa aaaggaaatt cgtatccgaa attatcgaaa 540 tcgtatataa atgataaagg aaaagaagtc ttagtcttat ggggaataca tcatccgtcg 600 acgtcggcgg atcaacaatc gttatatcaa aatgcggatg cgtatgtctt tgtcggaacg 660 tcgcgttatt cgaaaaaatt taaaccggaa atagcgatac gtccgaaagt ccgtgatcaa 720 gaaggacgca tgaattatta ttggacgcta gtcgaaccgg gagataaaat aacgtttgaa 780 gcgacgggaa atttagtcgt cccgcgttat gcgtttgcga tggaacgtaa tgcgggatcg 840 ggaataataa tatcggatac gccggtccat gattgtaata cgacgtgtca aacgccgaaa 900 ggagcgataa atacgtcgtt accgtttcaa aatatacatc cgataacgat aggaaaatgt 960 ccgaaatatg tcaaatcgac gaaattacgt ttagcgacgg gattacgtaa tgtcccgtcg 1020 atacaatcgc gtggattatt tggagcgata gcgggattta tagaaggagg atggacggga 1080 atggtcgatg gatggtatgg atatcatcat caaaatgaac aaggatcggg atatgcggcg 1140 gatttaaaat cgacgcaaaa tgcgatagat gaaataacga ataaagtcaa ttcggtcata 1200 gaaaaaatga atacgcaatt tacggcggtc ggaaaagaat ttaatcattt agaaaaacgt 1260 atagaaaatt taaataaaaa agtcgatgat ggatttttag atatatggac gtataatgcg 1320 gaattattag tcttattaga aaatgaacgt acgttagatt atcatgattc gaatgtcaaa 1380 aatttatatg aaaaagtccg ttcgcaatta aaaaataatg cgaaagaaat aggaaatgga 1440 tgttttgaat tttatcataa atgtgataat acgtgtatgg aatcggtcaa aaatggaacg 1500 tatgattatc cgaaatattc ggaagaagcg aaattaaatc gtgaagaaat agatggagtc 1560 aaattagaat cgacgcgtat atatcaaata ttagcgatat attcgacggt cgcgtcgtca 1620 ttggtactgg tagtctccct gggggcaatc agtttctgga tgtgctctaa tgggtctcta 1680 cagtgtagaa tatgtatt 1698 <210> 23 <211> 566 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 23 Met Lys Ala Ile Leu Val Val Leu Leu Tyr Thr Phe Ala Thr Ser Asn 1 5 10 15 Ala Asp Thr Leu Cys Ile Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Asp Thr 20 25 30 Val Asp Thr Val Leu Glu Lys Asn Val Thr Val Thr His Ser Val Asn 35 40 45 Leu Leu Glu Asp Lys His Asn Gly Lys Leu Cys Lys Leu Arg Gly Val 50 55 60 Ala Pro Leu His Leu Gly Lys Cys Asn Ile Ala Gly Trp Ile Leu Gly 65 70 75 80 Asn Pro Glu Cys Glu Ser Leu Ser Thr Ala Ser Ser Trp Ser Tyr Ile 85 90 95 Val Glu Thr Ser Ser Ser Gly Asn Gly Thr Cys Tyr Pro Gly Asp Phe 100 105 110 Ile Asp Tyr Glu Glu Leu Arg Glu Gln Leu Ser Ser Val Ser Ser Phe 115 120 125 Glu Arg Phe Glu Ile Phe Pro Lys Thr Ser Ser Trp Pro Asn His Glu 130 135 140 Ser Asn Lys Gly Val Thr Ala Ala Cys Pro His Ala Gly Glu Lys Ser 145 150 155 160 Phe Tyr Lys Asn Leu Ile Trp Leu Val Lys Lys Gly Asn Ser Tyr Pro 165 170 175 Lys Leu Ser Lys Ser Tyr Ile Asn Asp Lys Gly Lys Glu Val Leu Val 180 185 190 Leu Trp Gly Ile His His Pro Ser Thr Ser Ala Asp Gln Gln Ser Leu 195 200 205 Tyr Gln Asn Ala Asp Ala Tyr Val Phe Val Gly Thr Ser Arg Tyr Ser 210 215 220 Lys Lys Phe Lys Pro Glu Ile Ala Ile Arg Pro Lys Val Arg Asp Gln 225 230 235 240 Glu Gly Arg Met Asn Tyr Tyr Trp Thr Leu Val Glu Pro Gly Asp Lys 245 250 255 Ile Thr Phe Glu Ala Thr Gly Asn Leu Val Val Pro Arg Tyr Ala Phe 260 265 270 Ala Met Glu Arg Asn Ala Gly Ser Gly Ile Ile Ile Ser Asp Thr Pro 275 280 285 Val His Asp Cys Asn Thr Thr Cys Gln Thr Pro Lys Gly Ala Ile Asn 290 295 300 Thr Ser Leu Pro Phe Gln Asn Ile His Pro Ile Thr Ile Gly Lys Cys 305 310 315 320 Pro Lys Tyr Val Lys Ser Thr Lys Leu Arg Leu Ala Thr Gly Leu Arg 325 330 335 Asn Val Pro Ser Ile Gln Ser Arg Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly 340 345 350 Phe Ile Glu Gly Gly Trp Thr Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Tyr 355 360 365 His His Gln Asn Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ala Ala Asp Leu Lys Ser 370 375 380 Thr Gln Asn Ala Ile Asp Glu Ile Thr Asn Lys Val Asn Ser Val Ile 385 390 395 400 Glu Lys Met Asn Thr Gln Phe Thr Ala Val Gly Lys Glu Phe Asn His 405 410 415 Leu Glu Lys Arg Ile Glu Asn Leu Asn Lys Lys Val Asp Asp Gly Phe 420 425 430 Leu Asp Ile Trp Thr Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Leu Leu Glu Asn 435 440 445 Glu Arg Thr Leu Asp Tyr His Asp Ser Asn Val Lys Asn Leu Tyr Glu 450 455 460 Lys Val Arg Ser Gln Leu Lys Asn Asn Ala Lys Glu Ile Gly Asn Gly 465 470 475 480 Cys Phe Glu Phe Tyr His Lys Cys Asp Asn Thr Cys Met Glu Ser Val 485 490 495 Lys Asn Gly Thr Tyr Asp Tyr Pro Lys Tyr Ser Glu Glu Ala Lys Leu 500 505 510 Asn Arg Glu Glu Ile Asp Gly Val Lys Leu Glu Ser Thr Arg Ile Tyr 515 520 525 Gln Ile Leu Ala Ile Tyr Ser Thr Val Ala Ser Ser Leu Val Leu Val 530 535 540 Val Ser Leu Gly Ala Ile Ser Phe Trp Met Cys Ser Asn Gly Ser Leu 545 550 555 560 Gln Cys Arg Ile Cys Ile 565 <210> 24 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 24 atgaatccaa accaaaagat aataaccatt ggttcggtct gtatgacaat tggaatggct 60 aacttaatat tacaaattgg aaacataatc tcaatatgga ttagccactc aattcaactt 120 gggaatcaaa atcagattga aacatgcaat caaagcgtca ttacttatga aaacaacact 180 tgggtaaatc agacatatgt taacatcagc aacaccaact ttgctgctgg acagtcagtg 240 gtttccgtga aattagcggg caattcctct ctctgccctg ttagtggatg ggctatatac 300 agtaaagaca acagtgtaag aatcggttcc aagggggatg tgtttgtcat aagggaacca 360 ttcatatcat gctccccctt ggaatgcaga accttcttct tgactcaagg ggccttgcta 420 aatgacaaac attccaatgg aaccattaaa gacaggagcc catatcgaac cctaatgagc 480 tgtcctattg gtgaagttcc ctctccatac aactcaagat ttgagtcagt cgcttggtca 540 gcaagtgctt gtcatgatgg catcaattgg ctaacaattg gaatttctgg cccagacaat 600 ggggcagtgg ctgtgttaaa gtacaacggc ataataacag acactatcaa gagttggaga 660 aacaatatat tgagaacaca agagtctgaa tgtgcatgtg taaatggttc ttgctttact 720 gtaatgaccg atggaccaag taatggacag gcctcataca agatcttcag aatagaaaag 780 ggaaagatag tcaaatcagt cgaaatgaat gcccctaatt atcactatga ggaatgctcc 840 tgttatcctg attctagtga aatcacatgt gtgtgcaggg ataactggca tggctcgaat 900 cgaccgtggg tgtctttcaa ccagaatctg gaatatcaga taggatacat atgcagtggg 960 attttcggag acaatccacg ccctaatgat aagacaggca gttgtggtcc agtatcgtct 1020 aatggagcaa atggagtaaa agggttttca ttcaaatacg gcaatggtgt ttggataggg 1080 agaactaaaa gcattagttc aagaaacggt tttgagatga tttgggatcc gaacggatgg 1140 actgggacag acaataactt ctcaataaag caagatatcg taggaataaa tgagtggtca 1200 ggatatagcg ggagttttgt tcagcatcca gaactaacag ggctggattg tataagacct 1260 tgcttctggg ttgaactaat cagagggcga cccaaagaga acacaatctg gactagcggg 1320 agcagcatat ccttttgtgg tgtaaacagt gacactgtgg gttggtcttg gccagacggt 1380 gctgagttgc catttaccat tgacaag 1407 <210> 25 <211> 1407 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NA-DO (de-optimized) <400> 25 atgaatccaa accaaaagat aataaccatt ggttcggtct gtatgacaat tggaatggct 60 aacttaatat tacaaattgg aaacataatc tcaatatgga tttcgcattc gatacaatta 120 ggaaatcaaa atcaaataga aacgtgtaat caatcggtca taacgtatga aaataatacg 180 tgggtcaatc aaacgtatgt caatatatcg aatacgaatt ttgcggcggg acaatcggtc 240 gtatcggtca aattagcggg aaattcgtcg ttatgtccgg tctcgggatg ggcgatatat 300 tcgaaagata attcggtccg tataggatcg aaaggagatg tctttgtcat acgtgaaccg 360 tttatatcgt gttcgccgtt agaatgtcgt acgttttttt taacgcaagg agcgttatta 420 aatgataaac attcgaatgg aacgataaaa gatcgttcgc cgtatcgtac gttaatgtcg 480 tgtccgatag gagaagtccc gtcgccgtat aattcgcgtt ttgaatcggt cgcgtggtcg 540 gcgtcggcgt gtcatgatgg aataaattgg ttaacgatag gaatatcggg accggataat 600 ggagcggtcg cggtcttaaa atataatgga ataataacgg atacgataaa atcgtggcgt 660 aataatatat tacgtacgca agaatcggaa tgtgcgtgtg tcaatggatc gtgttttacg 720 gtcatgacgg atggaccgtc gaatggacaa gcgtcgtata aaatatttcg tatagaaaaa 780 ggaaaaatag tcaaatcggt cgaaatgaat gcgccgaatt atcattatga agaatgttcg 840 tgttatccgg attcgtcgga aataacgtgt gtctgtcgtg ataattggca tggatcgaat 900 cgtccgtggg tctcgtttaa tcaaaattta gaatatcaaa taggatatat atgttcggga 960 atatttggag ataatccgcg tccgaatgat aaaacgggat cgtgtggacc ggtctcgtcg 1020 aatggagcga atggagtcaa aggattttcg tttaaatatg gaaatggagt ctggatagga 1080 cgtacgaaat cgatatcgtc gcgtaatgga tttgaaatga tatgggatcc gaatggatgg 1140 acgggaacgg ataataattt ttcgataaaa caagatatag tcggaataaa tgaatggtcg 1200 ggatattcgg gatcgtttgt ccaacatccg gaattaacgg gattagattg tatacgtccg 1260 tgtttttggg tcgaattaat acgtggacgt ccgaaagaaa atacgatatg gactagcggg 1320 agcagcatat ccttttgtgg tgtaaacagt gacactgtgg gttggtcttg gccagacggt 1380 gctgagttgc catttaccat tgacaag 1407 <210> 26 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 26 Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Thr Ile Gly Ser Val Cys Met Thr 1 5 10 15 Ile Gly Met Ala Asn Leu Ile Leu Gln Ile Gly Asn Ile Ile Ser Ile 20 25 30 Trp Ile Ser His Ser Ile Gln Leu Gly Asn Gln Asn Gln Ile Glu Thr 35 40 45 Cys Asn Gln Ser Val Ile Thr Tyr Glu Asn Asn Thr Trp Val Asn Gln 50 55 60 Thr Tyr Val Asn Ile Ser Asn Thr Asn Phe Ala Ala Gly Gln Ser Val 65 70 75 80 Val Ser Val Lys Leu Ala Gly Asn Ser Ser Leu Cys Pro Val Ser Gly 85 90 95 Trp Ala Ile Tyr Ser Lys Asp Asn Ser Val Arg Ile Gly Ser Lys Gly 100 105 110 Asp Val Phe Val Ile Arg Glu Pro Phe Ile Ser Cys Ser Pro Leu Glu 115 120 125 Cys Arg Thr Phe Phe Leu Thr Gln Gly Ala Leu Leu Asn Asp Lys His 130 135 140 Ser Asn Gly Thr Ile Lys Asp Arg Ser Pro Tyr Arg Thr Leu Met Ser 145 150 155 160 Cys Pro Ile Gly Glu Val Pro Ser Pro Tyr Asn Ser Arg Phe Glu Ser 165 170 175 Val Ala Trp Ser Ala Ser Ala Cys His Asp Gly Ile Asn Trp Leu Thr 180 185 190 Ile Gly Ile Ser Gly Pro Asp Asn Gly Ala Val Ala Val Leu Lys Tyr 195 200 205 Asn Gly Ile Ile Thr Asp Thr Ile Lys Ser Trp Arg Asn Asn Ile Leu 210 215 220 Arg Thr Gln Glu Ser Glu Cys Ala Cys Val Asn Gly Ser Cys Phe Thr 225 230 235 240 Val Met Thr Asp Gly Pro Ser Asn Gly Gln Ala Ser Tyr Lys Ile Phe 245 250 255 Arg Ile Glu Lys Gly Lys Ile Val Lys Ser Val Glu Met Asn Ala Pro 260 265 270 Asn Tyr His Tyr Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Asp Ser Ser Glu Ile 275 280 285 Thr Cys Val Cys Arg Asp Asn Trp His Gly Ser Asn Arg Pro Trp Val 290 295 300 Ser Phe Asn Gln Asn Leu Glu Tyr Gln Ile Gly Tyr Ile Cys Ser Gly 305 310 315 320 Ile Phe Gly Asp Asn Pro Arg Pro Asn Asp Lys Thr Gly Ser Cys Gly 325 330 335 Pro Val Ser Ser Asn Gly Ala Asn Gly Val Lys Gly Phe Ser Phe Lys 340 345 350 Tyr Gly Asn Gly Val Trp Ile Gly Arg Thr Lys Ser Ile Ser Ser Arg 355 360 365 Asn Gly Phe Glu Met Ile Trp Asp Pro Asn Gly Trp Thr Gly Thr Asp 370 375 380 Asn Asn Phe Ser Ile Lys Gln Asp Ile Val Gly Ile Asn Glu Trp Ser 385 390 395 400 Gly Tyr Ser Gly Ser Phe Val Gln His Pro Glu Leu Thr Gly Leu Asp 405 410 415 Cys Ile Arg Pro Cys Phe Trp Val Glu Leu Ile Arg Gly Arg Pro Lys 420 425 430 Glu Asn Thr Ile Trp Thr Ser Gly Ser Ser Ile Ser Phe Cys Gly Val 435 440 445 Asn Ser Asp Thr Val Gly Trp Ser Trp Pro Asp Gly Ala Glu Leu Pro 450 455 460 Phe Thr Ile Asp Lys 465 <210> 27 <211> 657 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NS1 DO CDS of A/swine/NC/3793/2008(H1N1) - TRIG, de-optimized <400> 27 atggactcca atactgtgtc aagctttcag gtagactgtt tcctttggca catccgcaaa 60 cgatttgcag acaatggatt gggtgatgcc ccattccttg atcggctccg ccgagatcaa 120 aaatcgttaa aaggacgtgg aaatacgtta tcgttagata tagaaacggc gacgctagtc 180 ggaaaacaaa tagtcgaatg gatattaaaa gaagaatcgt cggatatatt aaaaatgacg 240 atagcgtcgg tcccgacgtc gcgttattta gcggatatga cgttagaaga aatgtcgcgt 300 gattggttta tgttaatgcc gcgtcaaaaa ataataggac cgttatgtgt ccgtgtcgat 360 caagcgataa tggaaaaaaa tataatatta aaagcgaatt tttcggtcat atttaatcgt 420 ttagaaacgt taatattatt acgtgcgttt acggaggagg gagcaatcgt tggagaaatt 480 tcaccattac cttatcttcc aggacatact aatgaggatg tcaaaaatgc agttggggtc 540 ctcatcggag ggcttgaatg gaatggtaac acggttcgag gctctgaaaa tctacagaga 600 ttcgcttgga gaaaccataa tgaggatggg agatcttcac tacctccaga acagaaa 657 <210> 28 <211> 1695 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 28 atgaaagtaa aactaatggt tctgttatgt acatttacag ctacatatgc agacacaata 60 tgtgtaggct accatgccaa caactcaact gacactgttg acacagtact tgagaagaat 120 gtgacagtga cacactctgt caacctactt gaggacagcc acaatggaaa actatgtcta 180 ctaaaaggaa tagctccact acaattgggt agttgcagcg ttgccggatg gatcttagga 240 aacccagagt gcgaattgct gatttccaag gaatcttggt cctacattgt agaaacacca 300 aatcctgaga atggaacatg ttacccaggg tatttcacag actatgaaga actgagggag 360 caattgagtt cagtatcttc atttaagagg ttcgaaatat tccccaaaga gagctcatgg 420 cccaaccaca ccgtaaccgg agtgtcatca tcatgctccc ataacgggaa aagcagcttc 480 tacagaaatt tgctatggct gacggtgaag aacggtctgt acccaaacct gagcaagtcc 540 tatacaaaca aaaaggagaa agaagtcctt gtactatggg gtgttcatca cccatctaac 600 ataggggacc aaagggccct ctatcataca gaaaatgctt atgtctctgt agtgtcttca 660 cattatagca gaagattcac cccagaaata gccaaaagac ccaaggtgag aaatcaggaa 720 ggaagaatca actactactg gaccctgcta gaacccgggg atacaataat atttgaggca 780 aatggaaatc taatagcacc aaggtatgcc ttcgaactga gtaagggttt tggatcagga 840 atcatcacat caaatgcacc aatgggtgaa tgtaatgcaa agtgtcaaac acctcaggga 900 gctataaaca gcagtcttcc tttccagaat gtacacccag taacaatagg agagtgccca 960 aagtatgtca aaagtgcaaa attaaggatg gttacaggac taaggaacac cccatccatt 1020 caatccagag gtttgtttgg agccattgcc ggtttcattg aaggagggtg gactggaatg 1080 gtagatggtt ggtatggtta tcaccatcag aatgagcaag gatctgggta tgctgcagac 1140 caacaaagca cacaaaatgc cattaatggg attacaaaca aggtgaattc tgtgattgaa 1200 aaaatgaaca ctcaattcac agctgtgggc aaagaattca acaaactgga aagaagaatg 1260 gaaaacttaa ataaaaaggt tgatgatggg tttctagaca tttggacata taatgcagaa 1320 ttgttagttc tactggaaaa tgaaaggact ttggatttcc atgactccaa cgtgaagaat 1380 ctgtatgaga aagtaaaaag ccaattaaaa aataatgcca aagaaatagg aaacgggtgt 1440 tttgaattct atcataagtg taacgatgaa tgcatggaga gtgtgaaaaa tggaacttat 1500 gactatccaa aatattccga agaatcaaag ttaaacaggg agaaaattga tggagtgaaa 1560 ttggaatcaa tgggagtcta taatatcctg gcgatctact caacagtcgc cagttcccta 1620 gttcttttag tctccctggg ggcaatcagc ttctggatgt gttccaatgg gtctttacag 1680 tgtagaatat gcatc 1695 <210> 29 <211> 1695 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HA-DO (H1N2; de-optimized) <400> 29 atgaaagtaa aactaatggt tctgttatgt acatttacag ctacatatgc agacacaata 60 tgtgtaggct accatgccaa caactcaact gatacggtcg atacggtctt agaaaaaaat 120 gtcacggtca cgcattcggt caatttatta gaagattcgc ataatggaaa attatgttta 180 ttaaaaggaa tagcgccgtt acaattagga tcgtgttcgg tcgcgggatg gatattagga 240 aatccggaat gtgaattatt aatatcgaaa gaatcgtggt cgtatatagt cgaaacgccg 300 aatccggaaa atggaacgtg ttatccggga tattttacgg attatgaaga attacgtgaa 360 caattatcgt cggtctcgtc gtttaaacgt tttgaaatat ttccgaaaga atcgtcgtgg 420 ccgaatcata cggtcacggg agtctcgtcg tcgtgttcgc ataatggaaa atcgtcgttt 480 tatcgtaatt tattatggtt aacggtcaaa aatggattat atccgaattt atcgaaatcg 540 tatacgaata aaaaagaaaa agaagtctta gtcttatggg gagtccatca tccgtcgaat 600 ataggagatc aacgtgcgtt atatcatacg gaaaatgcgt atgtctcggt cgtatcgtcg 660 cattattcgc gtcgttttac gccggaaata gcgaaacgtc cgaaagtccg taatcaagaa 720 ggacgtataa attattattg gacgttatta gaaccgggag atacgataat atttgaagcg 780 aatggaaatt taatagcgcc gcgttatgcg tttgaattat cgaaaggatt tggatcggga 840 ataataacgt cgaatgcgcc gatgggagaa tgtaatgcga aatgtcaaac gccgcaagga 900 gcgataaatt cgtcgttacc gtttcaaaat gtccatccgg tcacgatagg agaatgtccg 960 aaatatgtca aatcggcgaa attacgtatg gtcacgggat tacgtaatac gccgtcgata 1020 caatcgcgtg gattatttgg agcgatagcg ggatttatag aaggaggatg gacgggaatg 1080 gtcgatggat ggtatggata tcatcatcaa aatgaacaag gatcgggata tgcggcggat 1140 caacaatcga cgcaaaatgc gataaatgga ataacgaata aagtcaattc ggtcatagaa 1200 aaaatgaata cgcaatttac ggcggtcgga aaagaattta ataaattaga acgtcgtatg 1260 gaaaatttaa ataaaaaagt cgatgatgga tttttagata tatggacgta taatgcggaa 1320 ttattagtct tattagaaaa tgaacgtacg ttagattttc atgattcgaa tgtcaaaaat 1380 ttatatgaaa aagtcaaatc gcaattaaaa aataatgcga aagaaatagg aaatggatgt 1440 tttgaatttt atcataaatg taatgatgaa tgtatggaat cggtcaaaaa tggaacgtat 1500 gattatccga aatattcgga agaatcgaaa ttaaatcgtg aaaaaataga tggagtcaaa 1560 ttagaatcga tgggagtcta taatatatta gcgatatatt cgacggtcgc gtcgtcccta 1620 gttcttttag tctccctggg ggcaatcagc ttctggatgt gttccaatgg gtctttacag 1680 tgtagaatat gcatc 1695 <210> 30 <211> 565 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 30 Met Lys Val Lys Leu Met Val Leu Leu Cys Thr Phe Thr Ala Thr Tyr 1 5 10 15 Ala Asp Thr Ile Cys Val Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Asp Thr 20 25 30 Val Asp Thr Val Leu Glu Lys Asn Val Thr Val Thr His Ser Val Asn 35 40 45 Leu Leu Glu Asp Ser His Asn Gly Lys Leu Cys Leu Leu Lys Gly Ile 50 55 60 Ala Pro Leu Gln Leu Gly Ser Cys Ser Val Ala Gly Trp Ile Leu Gly 65 70 75 80 Asn Pro Glu Cys Glu Leu Leu Ile Ser Lys Glu Ser Trp Ser Tyr Ile 85 90 95 Val Glu Thr Pro Asn Pro Glu Asn Gly Thr Cys Tyr Pro Gly Tyr Phe 100 105 110 Thr Asp Tyr Glu Glu Leu Arg Glu Gln Leu Ser Ser Val Ser Ser Phe 115 120 125 Lys Arg Phe Glu Ile Phe Pro Lys Glu Ser Ser Trp Pro Asn His Thr 130 135 140 Val Thr Gly Val Ser Ser Ser Cys Ser His Asn Gly Lys Ser Ser Phe 145 150 155 160 Tyr Arg Asn Leu Leu Trp Leu Thr Val Lys Asn Gly Leu Tyr Pro Asn 165 170 175 Leu Ser Lys Ser Tyr Thr Asn Lys Lys Glu Lys Glu Val Leu Val Leu 180 185 190 Trp Gly Val His His Pro Ser Asn Ile Gly Asp Gln Arg Ala Leu Tyr 195 200 205 His Thr Glu Asn Ala Tyr Val Ser Val Val Ser Ser His Tyr Ser Arg 210 215 220 Arg Phe Thr Pro Glu Ile Ala Lys Arg Pro Lys Val Arg Asn Gln Glu 225 230 235 240 Gly Arg Ile Asn Tyr Tyr Trp Thr Leu Leu Glu Pro Gly Asp Thr Ile 245 250 255 Ile Phe Glu Ala Asn Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg Tyr Ala Phe Glu 260 265 270 Leu Ser Lys Gly Phe Gly Ser Gly Ile Ile Thr Ser Asn Ala Pro Met 275 280 285 Gly Glu Cys Asn Ala Lys Cys Gln Thr Pro Gln Gly Ala Ile Asn Ser 290 295 300 Ser Leu Pro Phe Gln Asn Val His Pro Val Thr Ile Gly Glu Cys Pro 305 310 315 320 Lys Tyr Val Lys Ser Ala Lys Leu Arg Met Val Thr Gly Leu Arg Asn 325 330 335 Thr Pro Ser Ile Gln Ser Arg Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe 340 345 350 Ile Glu Gly Gly Trp Thr Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Tyr His 355 360 365 His Gln Asn Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ala Ala Asp Gln Gln Ser Thr 370 375 380 Gln Asn Ala Ile Asn Gly Ile Thr Asn Lys Val Asn Ser Val Ile Glu 385 390 395 400 Lys Met Asn Thr Gln Phe Thr Ala Val Gly Lys Glu Phe Asn Lys Leu 405 410 415 Glu Arg Arg Met Glu Asn Leu Asn Lys Lys Val Asp Asp Gly Phe Leu 420 425 430 Asp Ile Trp Thr Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Leu Leu Glu Asn Glu 435 440 445 Arg Thr Leu Asp Phe His Asp Ser Asn Val Lys Asn Leu Tyr Glu Lys 450 455 460 Val Lys Ser Gln Leu Lys Asn Asn Ala Lys Glu Ile Gly Asn Gly Cys 465 470 475 480 Phe Glu Phe Tyr His Lys Cys Asn Asp Glu Cys Met Glu Ser Val Lys 485 490 495 Asn Gly Thr Tyr Asp Tyr Pro Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Lys Leu Asn 500 505 510 Arg Glu Lys Ile Asp Gly Val Lys Leu Glu Ser Met Gly Val Tyr Asn 515 520 525 Ile Leu Ala Ile Tyr Ser Thr Val Ala Ser Ser Leu Val Leu Leu Val 530 535 540 Ser Leu Gly Ala Ile Ser Phe Trp Met Cys Ser Asn Gly Ser Leu Gln 545 550 555 560 Cys Arg Ile Cys Ile 565 <210> 31 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 31 atgaatccaa atcaaaagat aataacgatt ggctctgttt ctcttactat tgccacaatg 60 tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actaatgtaa cattgcactt caatcaatat 120 gaatgcaact accccccaaa caaccaagta atactgtgtg aaccaacaat aatagaaaga 180 aacataacag agatagtgta tctgaccaac accaccatag agaaggaaat atgccccaaa 240 ctagcagaat acagaaattg gtcaaagccg caatgtaaaa ttacagggtt tgcacctttt 300 tccaaggaca attcgattag gctttctgct ggtggggaca tttgggtgac gagagaacct 360 tatgtgtcat gcgatcctga taagtgttat cagtttgccc ttggacaagg aacaacatta 420 aacaacaggc attcaaatga cacagtacat gataggaccc cttatcgaac cctattgatg 480 aatgagttgg gtattccatt ccatttgggg accaaacaag tgtgcatagc atggtccagc 540 tcaagttgtc atgatggaaa agcatggctt cacgtttgta ttactgggca tgatgaaaat 600 gcaactgcca gcatcattta caatggaaga cttgtagata gtattggttc atggtccaaa 660 aaaatactca ggacacagga gtcggaatgt gtttgcatca atggaacttg tacagtagta 720 atgactgatg ggagtgcttc aggaatagct gacactaaaa tattattcat tgaagagggg 780 aaaatcgttc atattagccc attgttagga agtgctcagc atgtagagga gtgctcctgt 840 tatccccgat atcctggtgt cagatgcatc tgtagagaca actggaaagg ttccaataga 900 cccgtcgtag atataaatgt aaaggattat agcattgttt ccagttatgt gtgctcagga 960 cttgttggag atacacccag aaaagacgac agatccagca gtagcgattg tctgaatcct 1020 aacaatgagg aaggggggca tggagtgaaa ggctgggcct ttgatgatgg aaatgatgtg 1080 tggatgggaa gaacaatcaa cgagacgtta cgctcaggtt atgaaacctt caaagtcatt 1140 gaaggctggt ccaaacctaa ttccaaattg cagataaata ggcaagtcat agttgaaaga 1200 ggtgataggt ccggttattc tggcattttc tctgttgaag gcaaaagctg tatcaatcgg 1260 tgcttttatg tggagttgat aagaggaagg aaacaggaaa ctgcagtatg gtggacgtca 1320 aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcgaaca tcaatctcat gcctgta 1407 <210> 32 <211> 1407 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NA-DO (H1N2; de-optimized) <400> 32 atgaatccaa atcaaaagat aataacgatt ggctctgttt ctcttactat tgccacaatg 60 tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actaatgtaa cattgcactt caatcaatat 120 gaatgtaatt atccgccgaa taatcaagtc atattatgtg aaccgacgat aatagaacgt 180 aatataacgg aaatagtcta tttaacgaat acgacgatag aaaaagaaat atgtccgaaa 240 ttagcggaat atcgtaattg gtcgaaaccg caatgtaaaa taacgggatt tgcgccgttt 300 tcgaaagata attcgatacg tttatcggcg ggaggagata tatgggtcac gcgtgaaccg 360 tatgtctcgt gtgatccgga taaatgttat caatttgcgt taggacaagg aacgacgtta 420 aataatcgtc attcgaatga tacggtccat gatcgtacgc cgtatcgcac gttattaatg 480 aatgaattag gaataccgtt tcatttagga acgaaacaag tctgtatagc gtggtcgtcg 540 tcgtcgtgtc atgatggaaa agcgtggtta catgtctgta taacgggaca tgatgaaaat 600 gcgacggcgt cgataatata taatggacgt ttagtcgatt cgataggatc gtggtcgaaa 660 aaaatattac gtacgcaaga atcggaatgt gtctgtataa atggaacgtg tacggtcgtc 720 atgacggatg gatcggcgtc gggaatagcg gatacgaaaa tattatttat agaagaagga 780 aaaatagtcc atatatcgcc gttattagga tcggcgcaac atgtcgaaga atgttcgtgt 840 tatccgcgtt atccgggagt ccgttgtata tgtcgtgata attggaaagg atcgaatcgt 900 ccggtcgtcg atataaatgt caaagattat tcgatagtct cgtcgtatgt ctgttcggga 960 ttagtcggag atacgccgcg taaagatgat cgttcgtcgt cgtcggattg tttaaatccg 1020 aataatgaag aaggaggaca tggagtcaaa ggatgggcgt ttgatgatgg aaatgatgtc 1080 tggatgggac gtacgataaa tgaaacgtta cgttcgggat atgaaacgtt taaagtcata 1140 gaaggatggt cgaaaccgaa ttcgaaatta caaataaatc gtcaagtcat agtcgaacgt 1200 ggagatcgtt cgggatattc gggaatattt tcggtcgaag gaaaatcgtg tataaatcgt 1260 tgtttttatg tcgaattaat acgtggacgt aaacaagaaa ctgcagtatg gtggacgtca 1320 aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcgaaca tcaatctcat gcctgta 1407 <210> 33 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 33 Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Thr Ile Gly Ser Val Ser Leu Thr 1 5 10 15 Ile Ala Thr Met Cys Phe Leu Met Gln Ile Ala Ile Leu Val Thr Asn 20 25 30 Val Thr Leu His Phe Asn Gln Tyr Glu Cys Asn Tyr Pro Pro Asn Asn 35 40 45 Gln Val Ile Leu Cys Glu Pro Thr Ile Ile Glu Arg Asn Ile Thr Glu 50 55 60 Ile Val Tyr Leu Thr Asn Thr Thr Ile Glu Lys Glu Ile Cys Pro Lys 65 70 75 80 Leu Ala Glu Tyr Arg Asn Trp Ser Lys Pro Gln Cys Lys Ile Thr Gly 85 90 95 Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Ser Ile Arg Leu Ser Ala Gly Gly 100 105 110 Asp Ile Trp Val Thr Arg Glu Pro Tyr Val Ser Cys Asp Pro Asp Lys 115 120 125 Cys Tyr Gln Phe Ala Leu Gly Gln Gly Thr Thr Leu Asn Asn Arg His 130 135 140 Ser Asn Asp Thr Val His Asp Arg Thr Pro Tyr Arg Thr Leu Leu Met 145 150 155 160 Asn Glu Leu Gly Ile Pro Phe His Leu Gly Thr Lys Gln Val Cys Ile 165 170 175 Ala Trp Ser Ser Ser Ser Cys His Asp Gly Lys Ala Trp Leu His Val 180 185 190 Cys Ile Thr Gly His Asp Glu Asn Ala Thr Ala Ser Ile Ile Tyr Asn 195 200 205 Gly Arg Leu Val Asp Ser Ile Gly Ser Trp Ser Lys Lys Ile Leu Arg 210 215 220 Thr Gln Glu Ser Glu Cys Val Cys Ile Asn Gly Thr Cys Thr Val Val 225 230 235 240 Met Thr Asp Gly Ser Ala Ser Gly Ile Ala Asp Thr Lys Ile Leu Phe 245 250 255 Ile Glu Glu Gly Lys Ile Val His Ile Ser Pro Leu Leu Gly Ser Ala 260 265 270 Gln His Val Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Arg Tyr Pro Gly Val Arg 275 280 285 Cys Ile Cys Arg Asp Asn Trp Lys Gly Ser Asn Arg Pro Val Val Asp 290 295 300 Ile Asn Val Lys Asp Tyr Ser Ile Val Ser Ser Tyr Val Cys Ser Gly 305 310 315 320 Leu Val Gly Asp Thr Pro Arg Lys Asp Asp Arg Ser Ser Ser Ser Asp 325 330 335 Cys Leu Asn Pro Asn Asn Glu Glu Gly Gly His Gly Val Lys Gly Trp 340 345 350 Ala Phe Asp Asp Gly Asn Asp Val Trp Met Gly Arg Thr Ile Asn Glu 355 360 365 Thr Leu Arg Ser Gly Tyr Glu Thr Phe Lys Val Ile Glu Gly Trp Ser 370 375 380 Lys Pro Asn Ser Lys Leu Gln Ile Asn Arg Gln Val Ile Val Glu Arg 385 390 395 400 Gly Asp Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ile Phe Ser Val Glu Gly Lys Ser 405 410 415 Cys Ile Asn Arg Cys Phe Tyr Val Glu Leu Ile Arg Gly Arg Lys Gln 420 425 430 Glu Thr Ala Val Trp Trp Thr Ser Asn Ser Ile Val Val Phe Cys Gly 435 440 445 Thr Ser Gly Thr Tyr Gly Thr Gly Ser Trp Pro Asp Gly Ala Asn Ile 450 455 460 Asn Leu Met Pro Val 465 <210> 34 <211> 1698 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 34 atgaagacta tcattgcttt tagctgcgtt ttatgtttga ttttcgctca aaaacttccc 60 ggaagtgaca acagcatggc aacgctgtgc ctgggacacc atgcagtacc aaacggaacg 120 ttagtgaaaa caatcacgga tgaccaaatt gaagtgacta atgctactga gctggttcag 180 agttcctcaa caggtagaat atgcaacagt cctcaccaaa tccttgatgg gaaaaattgc 240 acactgatag atgctctatt gggagaccct cattgtgatg acttccaaaa caaggaatgg 300 gacctttttg ttgaacgaag cacagcctac agcaactgtt acccttatta tgtgccggat 360 tatgcctccc ttaggtcact agttgcatca tccggcaccc tggaatttac ccaagaaagc 420 ttcaattgga ctggagttgc tcaagatgga tcaagctatg cttgcagaag ggaatctgtt 480 aacagtttct ttagtagatt gaattggttg cataaattgg attacaaata tccagcgctg 540 aaagtaacta tgccgaacaa tgacaaattc gacaaattgt acatttgggg ggttcaccac 600 ccgggcactg acagggacca aaccaaccta tatgttcaaa catcagggag agttacagtc 660 tccaccaaaa gaagccaaca aactgtaatc ccaaatatcg ggtctagacc ctgggtaagg 720 ggtgtctcca gcataataag catctattgg acaatagtaa aaccgggaga catacttttg 780 attaacagca cagggaatct aattgcccct cggggttact tcaaattaca aagtgggaaa 840 agctcaataa tgagatcaga tgcacccatt ggcatctgca attctgaatg cattactcca 900 aatggaagca ttcccaacga caaacctttt caaaatgtaa acaggatcac ttatggggcc 960 tgtcccagat atgttaagca aaacaccctg aaattggcaa caggaatgcg gaatgtacca 1020 gagaaacaaa ccagaggcat atttggcgca atcgcaggtt tcatagaaaa tggttgggaa 1080 gggatggtgg acggttggta cggtttcagg catcaaaatt ctgaaggcac aggacaagca 1140 gcagatctta aaagcactcg tgcagcaatc aaccaaatca ccgggaaact aaatagagta 1200 atcaagaaaa cgaacgagaa attccatcag atcgaaaaag aattctcaga agtagaaggg 1260 agaattcagg acctagagaa atacgttgaa gacactaaaa tagacctctg gtcttacaac 1320 gcggagcttc ttgttgccct ggagaaccaa cacacaattg atttaactga ctcagaaatg 1380 aacaaactgt tcgaaagaac aagaaagcaa ttgcgggaaa atgctgagga catgggcaat 1440 ggttgcttca aaatatacca caaatgtgac aatgcctgca taggatcaat cagaaatgga 1500 acttatgacc atgatgtata cagagatgag gcattaaaca atcggttcca gatcaaaggt 1560 gttcagctga agtcaggata caaagattgg atcctatgga tttcctttgc catatcatgc 1620 tttttgcttt gtgttgttct gctggggttc attatgtggg cctgccaaaa aggcaacatt 1680 aggtgcaaca tttgcatt 1698 <210> 35 <211> 1698 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HA-DO (H3N2; de-optimized) <400> 35 atgaagacta tcattgcttt tagctgcgtt ttatgtttga ttttcgctca aaaacttccc 60 ggaagtgaca acagcatggc aacgctgtgc ttaggacatc atgcggtccc gaatggaacg 120 ttagtcaaaa cgataacgga tgatcaaata gaagtcacga atgcgacgga attagtccaa 180 tcgtcgtcga cgggacgtat atgtaattcg ccgcatcaaa tattagatgg aaaaaattgt 240 acgttaatag atgcgttatt aggagatccg cattgtgatg attttcaaaa taaagaatgg 300 gatttatttg tcgaacgttc gacggcgtat tcgaattgtt atccgtatta tgtcccggat 360 tatgcgtcgt tacgttcgtt agtcgcgtcg tcgggaacgt tagaatttac gcaagaatcg 420 tttaattgga cgggagtcgc gcaagatgga tcgtcgtatg cgtgtcgtcg tgaatcggtc 480 aattcgtttt tttcgcgttt aaattggtta cataaattag attataaata tccggcgtta 540 aaagtcacga tgccgaataa tgataaattt gataaattat atatatgggg agtccatcat 600 ccgggaacgg atcgtgatca aacgaattta tatgtccaaa cgtcgggacg tgtcacggtc 660 tcgacgaaac gttcgcaaca aacggtcata ccgaatatag gatcgcgtcc gtgggtccgt 720 ggagtctcgt cgataatatc gatatattgg acgatagtca aaccgggaga tatattatta 780 ataaattcga cgggaaattt aatagcgccg cgtggatatt ttaaattaca atcgggaaaa 840 tcgtcgataa tgcgttcgga tgcgccgata ggaatatgta attcggaatg tataacgccg 900 aatggatcga taccgaatga taaaccgttt caaaatgtca atcgtataac ctatggagcg 960 tgtccgcgtt atgtcaaaca aaatacgtta aaattagcga cgggaatgcg taatgtcccg 1020 gaaaaacaaa cgcgtggaat atttggagcg atagcgggat ttatagaaaa tggatgggaa 1080 ggaatggtcg atggatggta tggatttcgt catcaaaatt cggaaggaac gggacaagcg 1140 gcggatttaa aatcgacgcg tgcggcgata aatcaaataa cgggaaaatt aaatcgtgtc 1200 ataaaaaaaa cgaatgaaaa atttcatcaa atagaaaaag aattttcgga agtcgaagga 1260 cgtatacaag atttagaaaa atatgtcgaa gatacgaaaa tagatttatg gtcgtataat 1320 gcggaattat tagtcgcgtt agaaaatcaa catacgatag atttaacgga ttcggaaatg 1380 aataaattat ttgaacgtac gcgtaaacaa ttacgtgaaa atgcggaaga tatgggaaat 1440 ggatgtttta aaatatatca taaatgtgat aatgcgtgta taggatcgat acgtaatgga 1500 acgtatgatc atgatgtcta tcgtgatgaa gcgttaaata atcgttttca aataaaagga 1560 gtccaattaa aatcgggata taaagattgg atattatgga tatcgtttgc gatatcgtgc 1620 tttttgcttt gtgttgttct gctggggttc attatgtggg cctgccaaaa aggcaacatt 1680 aggtgcaaca tttgcatt 1698 <210> 36 <211> 566 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 36 Met Lys Thr Ile Ile Ala Phe Ser Cys Val Leu Cys Leu Ile Phe Ala 1 5 10 15 Gln Lys Leu Pro Gly Ser Asp Asn Ser Met Ala Thr Leu Cys Leu Gly 20 25 30 His His Ala Val Pro Asn Gly Thr Leu Val Lys Thr Ile Thr Asp Asp 35 40 45 Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ser Ser Thr 50 55 60 Gly Arg Ile Cys Asn Ser Pro His Gln Ile Leu Asp Gly Lys Asn Cys 65 70 75 80 Thr Leu Ile Asp Ala Leu Leu Gly Asp Pro His Cys Asp Asp Phe Gln 85 90 95 Asn Lys Glu Trp Asp Leu Phe Val Glu Arg Ser Thr Ala Tyr Ser Asn 100 105 110 Cys Tyr Pro Tyr Tyr Val Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Leu Val 115 120 125 Ala Ser Ser Gly Thr Leu Glu Phe Thr Gln Glu Ser Phe Asn Trp Thr 130 135 140 Gly Val Ala Gln Asp Gly Ser Ser Tyr Ala Cys Arg Arg Glu Ser Val 145 150 155 160 Asn Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu His Lys Leu Asp Tyr Lys 165 170 175 Tyr Pro Ala Leu Lys Val Thr Met Pro Asn Asn Asp Lys Phe Asp Lys 180 185 190 Leu Tyr Ile Trp Gly Val His His Pro Gly Thr Asp Arg Asp Gln Thr 195 200 205 Asn Leu Tyr Val Gln Thr Ser Gly Arg Val Thr Val Ser Thr Lys Arg 210 215 220 Ser Gln Gln Thr Val Ile Pro Asn Ile Gly Ser Arg Pro Trp Val Arg 225 230 235 240 Gly Val Ser Ser Ile Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly 245 250 255 Asp Ile Leu Leu Ile Asn Ser Thr Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg Gly 260 265 270 Tyr Phe Lys Leu Gln Ser Gly Lys Ser Ser Ile Met Arg Ser Asp Ala 275 280 285 Pro Ile Gly Ile Cys Asn Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile 290 295 300 Pro Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Arg Ile Thr Tyr Gly Ala 305 310 315 320 Cys Pro Arg Tyr Val Lys Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met 325 330 335 Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala 340 345 350 Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly 355 360 365 Phe Arg His Gln Asn Ser Glu Gly Thr Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys 370 375 380 Ser Thr Arg Ala Ala Ile Asn Gln Ile Thr Gly Lys Leu Asn Arg Val 385 390 395 400 Ile Lys Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser 405 410 415 Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr 420 425 430 Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu 435 440 445 Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu Phe 450 455 460 Glu Arg Thr Arg Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Asn 465 470 475 480 Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly Ser 485 490 495 Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala Leu 500 505 510 Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Gln Leu Lys Ser Gly Tyr Lys 515 520 525 Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Leu Cys 530 535 540 Val Val Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile 545 550 555 560 Arg Cys Asn Ile Cys Ile 565 <210> 37 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 37 atgaatccaa atcaaaagat aataacaatt ggctctgttt ctctcctcat tgccacaata 60 tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actactgtaa cattgcattt caagcagcat 120 gattgcaact cctccccaaa caaccaagta atgctgtgtg aaccaacaat aatagaaaga 180 aacacaacag agattgtgta tctgaccaac ataactatag agaaggaaat atgccccaaa 240 ctagcagaat acagaaattg gtcaaagcct caatgtaaca ttacaggatt tgcacctttc 300 tctaaggaca attcgattcg gctttccgct ggcggggaca tctgggtgac aagagaacct 360 tatgtgtcgt gcgatcctga caagtgttat caatttgccc ttgggcaggg aacaacacta 420 aacaacggtc attcaaatga cactgtacat gataggaccc cttaccgaac cctattgatg 480 aatgaattgg gtgttccatt tcatttgggg accaggcaag tgtgcatagc atggtccagc 540 tcaagttgtc acgatggaaa agcatggttg catgtttgta taactgggga tgataaaaat 600 gcaactgcta gcttcattta caatgggagg cttgtagata gtattggttc atggtccaaa 660 aatatactca gaacccagga gtcggaatgc gtttgtatca atggaacttg tacagtagta 720 atgactgatg ggagcgcttc aggaaaagct gatactaaag tactattcat tgaggaggga 780 aaaatcgttc atattagcac attgtcagga agtgctcagc atgtcgagga gtgctcctgt 840 tatcctcgat atcctggtgt cagatgtgtc tgtagagaca actggaaagg ctccaacagg 900 cccatcgtag acataaatgt aaaggattat agtattgttt ccagttatgt atgctcagga 960 cttgttggag acacacccag aaaaaacgac agattcagca gtagccattg ccaagatcct 1020 aacaatgagg aaggaggtca tggggtgaaa ggctgggcct ttgatgatgg aaatgacgtg 1080 tggatgggaa gaacgatcaa cgagaaatta cgctcaggtt atgaaacctt caaagtcatc 1140 gaaggctggt ccaaacctaa ctccaaatta cagacaaata ggcaagtcat agttgaaaga 1200 ggtaacaggt ccggttattc tggtattttc tccgttgaag gcaaaagctg catcaatcgg 1260 tgtttttatg tggagttgat aaggggaagg aaagaggaaa ctaaagtctg gtggacctca 1320 aacagtattg ttgtgctttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcggata tcaatctcat gcctata 1407 <210> 38 <211> 1407 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NA-DO (H3N2; de-optimized) <400> 38 atgaatccaa atcaaaagat aataacaatt ggctctgttt ctctcctcat tgccacaata 60 tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actactgtaa cattgcattt caaacaacat 120 gattgtaatt cgtcgccgaa taatcaagtc atgttatgtg aaccgacgat aatagaacgt 180 aatacgacgg aaatagtcta tttaacgaat ataacgatag aaaaagaaat atgtccgaaa 240 ttagcggaat atcgtaattg gtcgaaaccg caatgtaata taacgggatt tgcgccgttt 300 tcgaaagata attcgatacg tttatcggcg ggaggagata tatgggtcac gcgtgaaccg 360 tatgtctcgt gtgatccgga taaatgttat caatttgcgt taggacaagg aacgacgtta 420 aataatggac attcgaatga tacggtccat gatcgtacgc cgtatcgcac gttattaatg 480 aatgaattag gagtcccgtt tcatttagga acgcgtcaag tctgtatagc gtggtcgtcg 540 tcgtcgtgtc atgatggaaa agcgtggtta catgtctgta taacgggaga tgataaaaat 600 gcgacggcgt cgtttatata taatggacgt ttagtcgatt cgataggatc gtggtcgaaa 660 aatatattac gtacgcaaga atcggaatgt gtctgtataa atggaacgtg tacggtcgtc 720 atgacggatg gatcggcgtc gggaaaagcg gatacgaaag tcttatttat agaagaagga 780 aaaatagtcc atatatcgac gttatcggga tcggcgcaac atgtcgaaga atgttcgtgt 840 tatccgcgtt atccgggagt ccgttgtgtc tgtcgtgata attggaaagg atcgaatcgt 900 ccgatagtcg atataaatgt caaagattat tcgatagtct cgtcgtatgt ctgttcggga 960 ttagtcggag atacgccgcg taaaaatgat cgtttttcgt cgtcgcattg tcaagatccg 1020 aataatgaag aaggaggaca tggagtcaaa ggatgggcgt ttgatgatgg aaatgatgtc 1080 tggatgggac gtacgataaa tgaaaaatta cgttcgggat atgaaacgtt taaagtcata 1140 gaaggatggt cgaaaccgaa ttcgaaatta caaacgaatc gtcaagtcat agtcgaacgt 1200 ggaaatcgtt cgggatattc gggaatattt tcggtcgaag gaaaatcgtg tataaatcgt 1260 tgtttttatg tcgaattaat acgtggacgt aaagaagaaa ctaaagtctg gtggacctca 1320 aacagtattg ttgtgctttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcggata tcaatctcat gcctata 1407 <210> 39 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 39 Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Thr Ile Gly Ser Val Ser Leu Leu 1 5 10 15 Ile Ala Thr Ile Cys Phe Leu Met Gln Ile Ala Ile Leu Val Thr Thr 20 25 30 Val Thr Leu His Phe Lys Gln His Asp Cys Asn Ser Ser Pro Asn Asn 35 40 45 Gln Val Met Leu Cys Glu Pro Thr Ile Ile Glu Arg Asn Thr Thr Glu 50 55 60 Ile Val Tyr Leu Thr Asn Ile Thr Ile Glu Lys Glu Ile Cys Pro Lys 65 70 75 80 Leu Ala Glu Tyr Arg Asn Trp Ser Lys Pro Gln Cys Asn Ile Thr Gly 85 90 95 Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Ser Ile Arg Leu Ser Ala Gly Gly 100 105 110 Asp Ile Trp Val Thr Arg Glu Pro Tyr Val Ser Cys Asp Pro Asp Lys 115 120 125 Cys Tyr Gln Phe Ala Leu Gly Gln Gly Thr Thr Leu Asn Asn Gly His 130 135 140 Ser Asn Asp Thr Val His Asp Arg Thr Pro Tyr Arg Thr Leu Leu Met 145 150 155 160 Asn Glu Leu Gly Val Pro Phe His Leu Gly Thr Arg Gln Val Cys Ile 165 170 175 Ala Trp Ser Ser Ser Ser Cys His Asp Gly Lys Ala Trp Leu His Val 180 185 190 Cys Ile Thr Gly Asp Asp Lys Asn Ala Thr Ala Ser Phe Ile Tyr Asn 195 200 205 Gly Arg Leu Val Asp Ser Ile Gly Ser Trp Ser Lys Asn Ile Leu Arg 210 215 220 Thr Gln Glu Ser Glu Cys Val Cys Ile Asn Gly Thr Cys Thr Val Val 225 230 235 240 Met Thr Asp Gly Ser Ala Ser Gly Lys Ala Asp Thr Lys Val Leu Phe 245 250 255 Ile Glu Glu Gly Lys Ile Val His Ile Ser Thr Leu Ser Gly Ser Ala 260 265 270 Gln His Val Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Arg Tyr Pro Gly Val Arg 275 280 285 Cys Val Cys Arg Asp Asn Trp Lys Gly Ser Asn Arg Pro Ile Val Asp 290 295 300 Ile Asn Val Lys Asp Tyr Ser Ile Val Ser Ser Tyr Val Cys Ser Gly 305 310 315 320 Leu Val Gly Asp Thr Pro Arg Lys Asn Asp Arg Phe Ser Ser Ser His 325 330 335 Cys Gln Asp Pro Asn Asn Glu Glu Gly Gly His Gly Val Lys Gly Trp 340 345 350 Ala Phe Asp Asp Gly Asn Asp Val Trp Met Gly Arg Thr Ile Asn Glu 355 360 365 Lys Leu Arg Ser Gly Tyr Glu Thr Phe Lys Val Ile Glu Gly Trp Ser 370 375 380 Lys Pro Asn Ser Lys Leu Gln Thr Asn Arg Gln Val Ile Val Glu Arg 385 390 395 400 Gly Asn Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ile Phe Ser Val Glu Gly Lys Ser 405 410 415 Cys Ile Asn Arg Cys Phe Tyr Val Glu Leu Ile Arg Gly Arg Lys Glu 420 425 430 Glu Thr Lys Val Trp Trp Thr Ser Asn Ser Ile Val Val Leu Cys Gly 435 440 445 Thr Ser Gly Thr Tyr Gly Thr Gly Ser Trp Pro Asp Gly Ala Asp Ile 450 455 460 Asn Leu Met Pro Ile 465 <210> 40 <211> 363 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 40 atggactcca acactgtgtc aagctttcag gacatactga agaggatgtc aaaaatgcag 60 ttggggtcct catcggagga cttgaatgga atggtaacac ggttcgagtc cctgaaaatc 120 tacagagatt cgcttggaga aaccgtaatg aggatgggag accttcacta cctccagagc 180 agaaatgaaa aatggcgaga gcaattggga cagaaatttg aggaaattag gtggttaatt 240 gaagaagtgc ggcacagatt gaaagcgaca gagaatagtt tcgaacaaat aacatttatg 300 caagccttac aactactgct tgaagtagaa caagagataa gaactttctc gtttcagctt 360 att 363 <210> 41 <211> 121 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 41 Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Asp Ile Leu Lys Arg Met 1 5 10 15 Ser Lys Met Gln Leu Gly Ser Ser Ser Glu Asp Leu Asn Gly Met Val 20 25 30 Thr Arg Phe Glu Ser Leu Lys Ile Tyr Arg Asp Ser Leu Gly Glu Thr 35 40 45 Val Met Arg Met Gly Asp Leu His Tyr Leu Gln Ser Arg Asn Glu Lys 50 55 60 Trp Arg Glu Gln Leu Gly Gln Lys Phe Glu Glu Ile Arg Trp Leu Ile 65 70 75 80 Glu Glu Val Arg His Arg Leu Lys Ala Thr Glu Asn Ser Phe Glu Gln 85 90 95 Ile Thr Phe Met Gln Ala Leu Gln Leu Leu Leu Glu Val Glu Gln Glu 100 105 110 Ile Arg Thr Phe Ser Phe Gln Leu Ile 115 120 <210> 42 <211> 657 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 42 atggactcca acactgtgtc aagctttcag gtagactgtt tcctttggca tatccgcaaa 60 cggtttgcag acaatggatt gggtgatgcc ccattccttg atcggctccg ccgagatcaa 120 aagtccctaa aaggaagagg caacaccctt ggcctcgaca tcgaaacagc cactcttgtt 180 gggaaacaaa ttgtggagtg gattttgaaa gaggaatcca gcgagacact taagatgacc 240 attgcatctg tacctacttc gcgctactta gctgacatga ccctcgagga aatgtcacga 300 gactggttca tgctcatgcc taggcaaaag ataataggct ctctttgtgt gcgaatggac 360 caggcgatca tggaaaagaa catcatactg aaagcgaact tcagtgtgat cttcaaccga 420 ttagagactt tgatactact aagggctttc actgaggagg gagcaatcgt tggagaaatt 480 tcaccattac cttctcttcc aggacatact gaagaggatg tcaaaaatgc agttggggtc 540 ctcatcggag gacttgaatg gaatggtaac acggttcgag tccctgaaaa tctacagaga 600 ttcgcttgga gaaaccgtaa tgaggatggg agaccttcac tacctccaga gcagaaa 657 <210> 43 <211> 219 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 43 Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp 1 5 10 15 His Ile Arg Lys Arg Phe Ala Asp Asn Gly Leu Gly Asp Ala Pro Phe 20 25 30 Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln Lys Ser Leu Lys Gly Arg Gly Asn 35 40 45 Thr Leu Gly Leu Asp Ile Glu Thr Ala Thr Leu Val Gly Lys Gln Ile 50 55 60 Val Glu Trp Ile Leu Lys Glu Glu Ser Ser Glu Thr Leu Lys Met Thr 65 70 75 80 Ile Ala Ser Val Pro Thr Ser Arg Tyr Leu Ala Asp Met Thr Leu Glu 85 90 95 Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met Leu Met Pro Arg Gln Lys Ile Ile 100 105 110 Gly Ser Leu Cys Val Arg Met Asp Gln Ala Ile Met Glu Lys Asn Ile 115 120 125 Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val Ile Phe Asn Arg Leu Glu Thr Leu 130 135 140 Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu Glu Gly Ala Ile Val Gly Glu Ile 145 150 155 160 Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly His Thr Glu Glu Asp Val Lys Asn 165 170 175 Ala Val Gly Val Leu Ile Gly Gly Leu Glu Trp Asn Gly Asn Thr Val 180 185 190 Arg Val Pro Glu Asn Leu Gln Arg Phe Ala Trp Arg Asn Arg Asn Glu 195 200 205 Asp Gly Arg Pro Ser Leu Pro Pro Glu Gln Lys 210 215 <210> 44 <211> 756 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 44 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgtat gttctctcta tcgttccgtc aggccccctc 60 aaagccgaga tagcacagag actcgaagac gtttttgcag ggaaaaacac cgatcttgag 120 gctctcatgg aatggctaaa gacaagacca atcctgtcac ctctgactaa ggggatttta 180 gggtttgtgt tcacgctcac cgtgcccagt gagcgaggac tgcagcgtag acgctttgtc 240 cagaatgccc tcaatgggaa tggtgacccg aacaacatgg acaaagcagt caaactgtac 300 aggaaactca aaagggaaat aacattccat ggggccaaag aagtagcgct cagttactct 360 gctggtgcgc ttgccagttg catgggtctc atatacaaca gaatggggac tgtcaccact 420 gaggtggcct ttggtctagt atgcgcaacc tgtgaacaga ttgctgattc ccagcatcga 480 tctcatagac aaatggtgac aacaaccaat ccactaatca ggcacgagaa cagaatggtg 540 atagccagca caacagctaa agccatggaa caaatggctg gatcaagcga acaagcagca 600 gaggctatgg aggttgccag ccaggctaga caaatggtac aggcaatgag aacaattggg 660 actcacccta gttccagcgc tggtctaaaa gatgatcttc ttgaaaattt acaggcctat 720 cagaaacgga tgggagtgca aatgcaacga ttcaag 756 <210> 45 <211> 252 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 45 Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro 1 5 10 15 Ser Gly Pro Leu Lys Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe 20 25 30 Ala Gly Lys Asn Thr Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr 35 40 45 Arg Pro Ile Leu Ser Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe 50 55 60 Thr Leu Thr Val Pro Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val 65 70 75 80 Gln Asn Ala Leu Asn Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Lys Ala 85 90 95 Val Lys Leu Tyr Arg Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Gly Ala 100 105 110 Lys Glu Val Ala Leu Ser Tyr Ser Ala Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met 115 120 125 Gly Leu Ile Tyr Asn Arg Met Gly Thr Val Thr Thr Glu Val Ala Phe 130 135 140 Gly Leu Val Cys Ala Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg 145 150 155 160 Ser His Arg Gln Met Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu 165 170 175 Asn Arg Met Val Ile Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met 180 185 190 Ala Gly Ser Ser Glu Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Gln 195 200 205 Ala Arg Gln Met Val Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser 210 215 220 Ser Ser Ala Gly Leu Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr 225 230 235 240 Gln Lys Arg Met Gly Val Gln Met Gln Arg Phe Lys 245 250 <210> 46 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 46 atgaatccaa atcaaaagat aataacgatt ggctctgtct ctctcactat tgccacaatg 60 tgcctcctta tgcaaattgc catcctggta actactgtaa cattgcattt caagcaatat 120 gaatgcaact cccccccaaa caaccaagta atactgtgtg aaccaacaat aatagaaaga 180 aacataacag agatagtgta tctgaccaac accaccatag agaaggaaat gtgccccaag 240 ctagcagaat acagaagttg gtcaaagccg caatgtaaaa ttacaggatt tgcacctttt 300 tccaaggaca attcgattag gctttccgct ggtggggaca tttgggtgac aagagaacct 360 tatgtgtcat gcgatcctga caagtgttac caatttgccc ttggacaggg aacaacacta 420 aacaacaggc attcaaatga cacagtacat gataggaccc cttatcgaac cctattgatg 480 aatgagttgg gtgttccatt tcatttggga accaagcaag tgtgcatagc atggtccagc 540 tcaagttgtc atgatggaaa agcatggctg catgtttgtg taactgggca tgatgaaaat 600 gcaactgcta gcttcattta cgatgggagg ctggtagata gtattggttc atggaccaaa 660 aaaatcctca ggacccatga gtcggaatgc gtttgtatca atggaacttg tacagtagta 720 atgactgatg ggagtgcttc aggaagagct gatactaaaa tattattcat tgaggagggg 780 aaaatcgttc atattagccc attgttggga agtgctcagc atgttgagga gtgctcctgt 840 tatcctcgat atcctggtgt cagatgtgtc tgcagagaca actggaaagg ctccaatagg 900 cccgtcgtag atataaatgt aaaggattat agcattgttt ccagttatgt gtgctcagga 960 cttgttggag acacacccag aaaaaacgac agatccagca gtagcagttg cctgaatcct 1020 accaatgagg aagggggtca tggagtgaaa ggctgggcct ttgatgatgg aaatgacgtg 1080 tggatgggaa gaacgatcag cgagaaatta cgctcaggtt atgaaacctt caaagtcatt 1140 gaaggctggt ccaaacccaa ctccaaattg cagataaata ggcaagtcat agttgacaga 1200 ggtgataggt ccggttattc tggcattttc tctgttgaag gcaaaagctg catcaatcgg 1260 tgcttttatg tggagttgat aaggggaagg aaacaggaaa ctgaagtatg gtggacctca 1320 aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcggaca tcaatctcat gcctata 1407 <210> 47 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 47 Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Thr Ile Gly Ser Val Ser Leu Thr 1 5 10 15 Ile Ala Thr Met Cys Leu Leu Met Gln Ile Ala Ile Leu Val Thr Thr 20 25 30 Val Thr Leu His Phe Lys Gln Tyr Glu Cys Asn Ser Pro Pro Asn Asn 35 40 45 Gln Val Ile Leu Cys Glu Pro Thr Ile Ile Glu Arg Asn Ile Thr Glu 50 55 60 Ile Val Tyr Leu Thr Asn Thr Thr Ile Glu Lys Glu Met Cys Pro Lys 65 70 75 80 Leu Ala Glu Tyr Arg Ser Trp Ser Lys Pro Gln Cys Lys Ile Thr Gly 85 90 95 Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Ser Ile Arg Leu Ser Ala Gly Gly 100 105 110 Asp Ile Trp Val Thr Arg Glu Pro Tyr Val Ser Cys Asp Pro Asp Lys 115 120 125 Cys Tyr Gln Phe Ala Leu Gly Gln Gly Thr Thr Leu Asn Asn Arg His 130 135 140 Ser Asn Asp Thr Val His Asp Arg Thr Pro Tyr Arg Thr Leu Leu Met 145 150 155 160 Asn Glu Leu Gly Val Pro Phe His Leu Gly Thr Lys Gln Val Cys Ile 165 170 175 Ala Trp Ser Ser Ser Ser Cys His Asp Gly Lys Ala Trp Leu His Val 180 185 190 Cys Val Thr Gly His Asp Glu Asn Ala Thr Ala Ser Phe Ile Tyr Asp 195 200 205 Gly Arg Leu Val Asp Ser Ile Gly Ser Trp Thr Lys Lys Ile Leu Arg 210 215 220 Thr His Glu Ser Glu Cys Val Cys Ile Asn Gly Thr Cys Thr Val Val 225 230 235 240 Met Thr Asp Gly Ser Ala Ser Gly Arg Ala Asp Thr Lys Ile Leu Phe 245 250 255 Ile Glu Glu Gly Lys Ile Val His Ile Ser Pro Leu Leu Gly Ser Ala 260 265 270 Gln His Val Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Arg Tyr Pro Gly Val Arg 275 280 285 Cys Val Cys Arg Asp Asn Trp Lys Gly Ser Asn Arg Pro Val Val Asp 290 295 300 Ile Asn Val Lys Asp Tyr Ser Ile Val Ser Ser Tyr Val Cys Ser Gly 305 310 315 320 Leu Val Gly Asp Thr Pro Arg Lys Asn Asp Arg Ser Ser Ser Ser Ser 325 330 335 Cys Leu Asn Pro Thr Asn Glu Glu Gly Gly His Gly Val Lys Gly Trp 340 345 350 Ala Phe Asp Asp Gly Asn Asp Val Trp Met Gly Arg Thr Ile Ser Glu 355 360 365 Lys Leu Arg Ser Gly Tyr Glu Thr Phe Lys Val Ile Glu Gly Trp Ser 370 375 380 Lys Pro Asn Ser Lys Leu Gln Ile Asn Arg Gln Val Ile Val Asp Arg 385 390 395 400 Gly Asp Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ile Phe Ser Val Glu Gly Lys Ser 405 410 415 Cys Ile Asn Arg Cys Phe Tyr Val Glu Leu Ile Arg Gly Arg Lys Gln 420 425 430 Glu Thr Glu Val Trp Trp Thr Ser Asn Ser Ile Val Val Phe Cys Gly 435 440 445 Thr Ser Gly Thr Tyr Gly Thr Gly Ser Trp Pro Asp Gly Ala Asp Ile 450 455 460 Asn Leu Met Pro Ile 465 <210> 48 <211> 1512 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 48 atgagtgaca tcgaagccat ggcgtctcaa ggcaccaaac gatcatatga acagatggag 60 actggtgggg aacgccagga tgccacagaa atcagagcat ctgtcggaag aatgattggt 120 ggaatcggga gattctacat ccaaatgtgc actgaactca aactcagtga ctatgaggga 180 cgactaatcc aaaatagcat aacaatagag agaatggtgc tctctgcttt tgatgagaga 240 agaaataagt acctagaaga gcatcccagt gctgggaagg atcctaagaa aactggagga 300 cccatatata gaagagtaga cggaaagtgg atgagagaac tcatccttta tgacaaagaa 360 gaaataagga gagtttggcg ccaagcaaac aatggtgaag atgcaacagc tggtcttact 420 catatcatga tttggcattc caatctgaat gatgccacgt atcagagaac aagagcactt 480 gttcgcaccg gaatggatcc cagaatgtgc tctctgatgc aaggttcaac acttcccaga 540 aggtctgggg ccgcaggtgc tgcagtgaaa ggagttggaa caatagcaat ggagttaatc 600 agaatgatca aacgtggaat caatgaccga aacttctgga ggggtgaaaa tggacgaagg 660 acaaggactg catatgaaag gatgtgcaat attctcaaag gaaaatttca gacagctgcc 720 cagagagcaa tgatggatca agtgagagaa agtcggaacc caggaaacgc tgagattgaa 780 gatctcattt tcctggcacg gtcagcactt attctaaggg gatcagttgc acataagtct 840 tgcctgcctg cttgtgtgta tgggcttgca gtagcaagtg ggcatgactt tgaaagggaa 900 gggtattcac tggttgggat agacccattt aaattacttc aaaacagtca agtgttcagc 960 ctgataagac caaatgaaaa cccagctcac aagagtcaat tggtgtggat ggcatgccac 1020 tctgctgcat ttgaggattt gagagtatca agtttcataa gggggaagaa ggtgattcca 1080 agaggaaagc tttccacaag aggggttcag attgcttcaa atgaaaatgt ggaagccatg 1140 gactccaata ccctagaact gagaagcaga tactgggcca taaggaccag gagtggagga 1200 aataccaatc aacagaaggc atccgcgggc cagatcagtg tgcaacctac attctcagta 1260 caacggaacc tcccttttga aagagcaacc gttttggcag ctttcagcgg gaacaatgaa 1320 ggacggacat ccgatatgcg aacagaagtt ataaggatga tggaaagtgc aaagccagaa 1380 gatttgtcct tccaggggcg gggagtcttc gagctctcgg acgaaaaggc aacgagcccg 1440 atcgtgcctt cctttgacat gagtaatgaa gggtcttatt tcttcggaga caatgcagag 1500 gagtatgaca gt 1512 <210> 49 <211> 498 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 49 Met Ala Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Gly 1 5 10 15 Gly Glu Arg Gln Asp Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met 20 25 30 Ile Gly Gly Ile Gly Arg Phe Tyr Ile Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys 35 40 45 Leu Ser Asp Tyr Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu 50 55 60 Arg Met Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu 65 70 75 80 Glu His Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile 85 90 95 Tyr Arg Arg Val Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu Tyr Asp 100 105 110 Lys Glu Glu Ile Arg Arg Val Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Glu Asp 115 120 125 Ala Thr Ala Gly Leu Thr His Ile Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn 130 135 140 Asp Ala Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp 145 150 155 160 Pro Arg Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser 165 170 175 Gly Ala Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Ile Ala Met Glu 180 185 190 Leu Ile Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg 195 200 205 Gly Glu Asn Gly Arg Arg Thr Arg Thr Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn 210 215 220 Ile Leu Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp 225 230 235 240 Gln Val Arg Glu Ser Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Ile Phe Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His 260 265 270 Lys Ser Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Ala Ser Gly 275 280 285 His Asp Phe Glu Arg Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe 290 295 300 Lys Leu Leu Gln Asn Ser Gln Val Phe Ser Leu Ile Arg Pro Asn Glu 305 310 315 320 Asn Pro Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Met Ala Cys His Ser Ala 325 330 335 Ala Phe Glu Asp Leu Arg Val Ser Ser Phe Ile Arg Gly Lys Lys Val 340 345 350 Ile Pro Arg Gly Lys Leu Ser Thr Arg Gly Val Gln Ile Ala Ser Asn 355 360 365 Glu Asn Val Glu Ala Met Asp Ser Asn Thr Leu Glu Leu Arg Ser Arg 370 375 380 Tyr Trp Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Asn Gln Gln Lys 385 390 395 400 Ala Ser Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg 405 410 415 Asn Leu Pro Phe Glu Arg Ala Thr Val Leu Ala Ala Phe Ser Gly Asn 420 425 430 Asn Glu Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Val Ile Arg Met Met 435 440 445 Glu Ser Ala Lys Pro Glu Asp Leu Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe 450 455 460 Glu Leu Ser Asp Glu Lys Ala Thr Ser Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp 465 470 475 480 Met Ser Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Tyr 485 490 495 Asp Ser <210> 50 <211> 1695 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 50 atgaaggcaa tactagtagt cttgctatat acatttacaa ccgcaaaagc agacacatta 60 tgtataggtt accatgcaaa caattcaact gacactgtag acacagtact agaaaagaat 120 gtaacagtaa cacactctgt taaccttcta gaagacaggc ataacgggaa actatgtaaa 180 ctaagagggg tagccccatt gcatttgggt aaatgtaaca ttgctggatg gctcctggga 240 aatccagagt gtgaatcact cttcacagca agctcatggt cttacattgt ggaaacacct 300 aattcagaca atgggacgtg ttacccagga gatttcatca attatgaaga gctaagagag 360 cagttgagct cagtctcatc atttgaaaga tttgagatat tccccaagac aagttggccc 420 aatcatgaca cgaacagagg tgtgacggca gcatgtcctc atgctggagc aaatagcttc 480 tacagaaatt taatatggct ggttgaaaaa gaaaattcat acccaaagct cagcaaatcc 540 tatatcaaca ataaggagat ggaagtcctc gtgctatggg gcattcacca cccatctacc 600 agtgccgacc aacgaagtct ctaccagaat gcagatgcct atgtttttgt ggggtcatca 660 agatacagca agaagttcaa gccagaaata gcaataagac ccaaggtgag ggatcaagca 720 gggagaatga actattactg gacactagta gagcctggag ataaaataac attcgaagca 780 actggaaatc tagtggtacc gagatatgcc ttcgcaatga aaagaggttc aggatctggt 840 attatcattt cagatacatc agttcacgat tgtaacacga cttgtcagac acccaagggt 900 gctataaaca ccagcctccc atttcagaat gtacatccag tcacgattgg agaatgtcca 960 aaatatgtca aaagcacaaa attgagaatg gccacaggat taaggaatat cccgtctatt 1020 caatctagag gcctgtttgg tgccattgcc ggctttattg aggggggatg gacaggaatg 1080 atagatggat ggtacggtta tcaccatcaa aatgagcagg gatcaggata tgcagctgac 1140 ctaaagagca cacagaatgc cattgacggg atcactaaca aagtaaattc tgttattgaa 1200 aagatgaaca cacaattcac agcagtgggt aaagagttca accacctgga aaaaagaata 1260 gagaatttaa ataaaaaggt tgatgatggt tttctggatg tttggactta caatgctgag 1320 ctattggttc tgttggaaaa tgaaagaact ttggattacc acgattcaaa tgtgaagaac 1380 ttatatgaaa aagtaagaag ccagctaaaa aacaatgcca aggaaattgg aaatggctgc 1440 tttgaatttt accacaaatg tgatgacaca tgcatggaaa gcgtcaaaaa tgggacttat 1500 gattacccaa aatactcaga ggaagcaaaa ctaaacagag aggaaataga cggggtaaaa 1560 ctggaatcaa caaggattta ccagattttg gcgatctatt caactgtcgc cagttcattg 1620 gtactggtag tctccctggg ggcaatcagt ttctggatgt gctctaatgg gtctttacag 1680 tgcagaatat gtatt 1695 <210> 51 <211> 565 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 51 Met Lys Ala Ile Leu Val Val Leu Leu Tyr Thr Phe Thr Thr Ala Lys 1 5 10 15 Ala Asp Thr Leu Cys Ile Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Asp Thr 20 25 30 Val Asp Thr Val Leu Glu Lys Asn Val Thr Val Thr His Ser Val Asn 35 40 45 Leu Leu Glu Asp Arg His Asn Gly Lys Leu Cys Lys Leu Arg Gly Val 50 55 60 Ala Pro Leu His Leu Gly Lys Cys Asn Ile Ala Gly Trp Leu Leu Gly 65 70 75 80 Asn Pro Glu Cys Glu Ser Leu Phe Thr Ala Ser Ser Trp Ser Tyr Ile 85 90 95 Val Glu Thr Pro Asn Ser Asp Asn Gly Thr Cys Tyr Pro Gly Asp Phe 100 105 110 Ile Asn Tyr Glu Glu Leu Arg Glu Gln Leu Ser Ser Val Ser Ser Phe 115 120 125 Glu Arg Phe Glu Ile Phe Pro Lys Thr Ser Trp Pro Asn His Asp Thr 130 135 140 Asn Arg Gly Val Thr Ala Ala Cys Pro His Ala Gly Ala Asn Ser Phe 145 150 155 160 Tyr Arg Asn Leu Ile Trp Leu Val Glu Lys Glu Asn Ser Tyr Pro Lys 165 170 175 Leu Ser Lys Ser Tyr Ile Asn Asn Lys Glu Met Glu Val Leu Val Leu 180 185 190 Trp Gly Ile His His Pro Ser Thr Ser Ala Asp Gln Arg Ser Leu Tyr 195 200 205 Gln Asn Ala Asp Ala Tyr Val Phe Val Gly Ser Ser Arg Tyr Ser Lys 210 215 220 Lys Phe Lys Pro Glu Ile Ala Ile Arg Pro Lys Val Arg Asp Gln Ala 225 230 235 240 Gly Arg Met Asn Tyr Tyr Trp Thr Leu Val Glu Pro Gly Asp Lys Ile 245 250 255 Thr Phe Glu Ala Thr Gly Asn Leu Val Val Pro Arg Tyr Ala Phe Ala 260 265 270 Met Lys Arg Gly Ser Gly Ser Gly Ile Ile Ile Ser Asp Thr Ser Val 275 280 285 His Asp Cys Asn Thr Thr Cys Gln Thr Pro Lys Gly Ala Ile Asn Thr 290 295 300 Ser Leu Pro Phe Gln Asn Val His Pro Val Thr Ile Gly Glu Cys Pro 305 310 315 320 Lys Tyr Val Lys Ser Thr Lys Leu Arg Met Ala Thr Gly Leu Arg Asn 325 330 335 Ile Pro Ser Ile Gln Ser Arg Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe 340 345 350 Ile Glu Gly Gly Trp Thr Gly Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly Tyr His 355 360 365 His Gln Asn Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ala Ala Asp Leu Lys Ser Thr 370 375 380 Gln Asn Ala Ile Asp Gly Ile Thr Asn Lys Val Asn Ser Val Ile Glu 385 390 395 400 Lys Met Asn Thr Gln Phe Thr Ala Val Gly Lys Glu Phe Asn His Leu 405 410 415 Glu Lys Arg Ile Glu Asn Leu Asn Lys Lys Val Asp Asp Gly Phe Leu 420 425 430 Asp Val Trp Thr Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Leu Leu Glu Asn Glu 435 440 445 Arg Thr Leu Asp Tyr His Asp Ser Asn Val Lys Asn Leu Tyr Glu Lys 450 455 460 Val Arg Ser Gln Leu Lys Asn Asn Ala Lys Glu Ile Gly Asn Gly Cys 465 470 475 480 Phe Glu Phe Tyr His Lys Cys Asp Asp Thr Cys Met Glu Ser Val Lys 485 490 495 Asn Gly Thr Tyr Asp Tyr Pro Lys Tyr Ser Glu Glu Ala Lys Leu Asn 500 505 510 Arg Glu Glu Ile Asp Gly Val Lys Leu Glu Ser Thr Arg Ile Tyr Gln 515 520 525 Ile Leu Ala Ile Tyr Ser Thr Val Ala Ser Ser Leu Val Leu Val Val 530 535 540 Ser Leu Gly Ala Ile Ser Phe Trp Met Cys Ser Asn Gly Ser Leu Gln 545 550 555 560 Cys Arg Ile Cys Ile 565 <210> 52 <211> 2148 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 52 atggaagact ttgtgcgaca atgcttcaat ccaatgatcg tcgagcttgc ggaaaaggca 60 atgaaagaat atggagaaga tccgaaaatc gaaaccaaca aattcgctgc aatatgcaca 120 cacttggaag tctgtttcat gtattcagat ttccatttca tcgacgaacg gggtgaatca 180 ataattgtag aatctggtga tccaaatgca ttactgaagc accgatttga gataattgaa 240 ggaagagacc gaaccatggc ctggacagtg gtgaatagta tctgcaacac cacaggggta 300 gagaagccta aatttcttcc ggatttgtat gattacaaag agaaccgatt cattgaaatt 360 ggagtgacac ggagggaggt ccacatatac tacctagaga aagccaacaa aataaaatcc 420 gagaagacac acattcacat tttttcattc actggagagg agatggccac cagagcggac 480 tacacccttg atgaagagag cagggcaaga atcaaaacca ggcttttcac cataagacaa 540 gaaatggcca gtaggggtct atgggattcc tttcgtcaat ccgagagagg cgaagagaca 600 attgaagaaa gatttgaaat tacaggaacc atgcgcaggc ttgccgacca aagtctccca 660 ccgaacttct ccagccttga aaactttaga gcctatgtag atggattcga accgaacggc 720 tgcattgagg gcaagctttc tcaaatgtca aaagaagtga gcgccaaaat tgaaccattc 780 ttgaagacga caccacgccc cctcagattg cctggtgggc ctccttgctc tcagcggtca 840 aagttcctgc tgatggatgc tctgaaacta agtattgaag acccgagtca tgagggggaa 900 gggataccac tatatgatgc aatcaaatgc atgaagacat tttttggctg gaaagagcct 960 aacataatca aaccacatga gaaaggcata aaccccaatt acctcctggc ttggaagcag 1020 gtgctagcag agctgcagga cattgaaaat gaagagaaga tcccaaaaac aaagaacatg 1080 aagagaacga gccaattgaa gtgggcactc ggtgagaata tggcaccaga gaaagtagac 1140 tttgatgagt gcaaagatgt tggtgatctt aaacagtatg acagcgatga gccagagccc 1200 agatctctag caagctgggt ccaaaatgaa ttcaataagg catgtgaatt gaccgattca 1260 agctggatag aacttgatga gataggagaa gatgttgccc cgattgaaca catcgcaagc 1320 atgaggagga actattttac agcagaagtg tcccattgca gggctactga atacataatg 1380 aagggagtgt acataaatac ggctttgctc aatgcatctt gcgcagccat ggatgacttc 1440 cagctgatcc caatgataag caaatgtagg accaaagaag gaagacggaa aacaaatctg 1500 tatgggttca ttataaaagg aaggtctcat ttgagaaatg atactgacgt ggtgaacttt 1560 gtaagcatgg agttctccct cactgacccg aaactggagc cacacaaatg ggaaaagtac 1620 tgtgttcttg aaataggaga tatgctcctg aggactgcga taggccaagt gtcgaggccc 1680 atgttcctat atgtgagaac caatggaacc tctaagatca agatgaaatg gggcatggaa 1740 atgaggcgct gccttcttca gtctcttcag cagattgaga gcatgattga agcagagtct 1800 tctgtcaaag agaaagacat gaccaaggaa ttctttgaaa ccaaatcgga aacatggcca 1860 atcggagaat cacccaaagg agtggaggaa ggctctattg ggaaagtgtg caggacctta 1920 ctggcaaaat ctgtattcaa tagtctatac gcgtctccac aacttgaggg gttttcggct 1980 gaatcgagaa aattgcttct cattgtccag gcacttaggg acaacctgga acctggaacc 2040 ttcgatcttg gggggctata tgaagcaatc gaggagtgcc tgattaatga tccctgggtt 2100 ttgcttaatg catcttggtt caactccttc ctcacacatg cactgaaa 2148 <210> 53 <211> 716 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 53 Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu 1 5 10 15 Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asp Pro Lys Ile Glu Thr 20 25 30 Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr 35 40 45 Ser Asp Phe His Phe Ile Asp Glu Arg Gly Glu Ser Ile Ile Val Glu 50 55 60 Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu 65 70 75 80 Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn 85 90 95 Thr Thr Gly Val Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr 100 105 110 Lys Glu Asn Arg Phe Ile Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His 115 120 125 Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His 130 135 140 Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Arg Ala Asp 145 150 155 160 Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe 165 170 175 Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg 180 185 190 Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr 195 200 205 Gly Thr Met Arg Arg Leu Ala Asp Gln Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser 210 215 220 Ser Leu Glu Asn Phe Arg Ala Tyr Val Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly 225 230 235 240 Cys Ile Glu Gly Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Ser Ala Lys 245 250 255 Ile Glu Pro Phe Leu Lys Thr Thr Pro Arg Pro Leu Arg Leu Pro Gly 260 265 270 Gly Pro Pro Cys Ser Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu 275 280 285 Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu 290 295 300 Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro 305 310 315 320 Asn Ile Ile Lys Pro His Glu Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Leu 325 330 335 Ala Trp Lys Gln Val Leu Ala Glu Leu Gln Asp Ile Glu Asn Glu Glu 340 345 350 Lys Ile Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Arg Thr Ser Gln Leu Lys Trp 355 360 365 Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Asp Glu Cys 370 375 380 Lys Asp Val Gly Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu Pro 385 390 395 400 Arg Ser Leu Ala Ser Trp Val Gln Asn Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu 405 410 415 Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Val 420 425 430 Ala Pro Ile Glu His Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala 435 440 445 Glu Val Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr 450 455 460 Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Asp Phe 465 470 475 480 Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg 485 490 495 Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg 500 505 510 Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr 515 520 525 Asp Pro Lys Leu Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu 530 535 540 Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Ile Gly Gln Val Ser Arg Pro 545 550 555 560 Met Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys 565 570 575 Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile 580 585 590 Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr 595 600 605 Lys Glu Phe Phe Glu Thr Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser 610 615 620 Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu 625 630 635 640 Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu 645 650 655 Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu 660 665 670 Arg Asp Asn Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Leu Gly Gly Leu Tyr Glu 675 680 685 Ala Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala 690 695 700 Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys 705 710 715 <210> 54 <211> 2271 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 54 atggatgtca atccgactct acttttccta agggttccag cgcaaaatgc cataagcacc 60 acattccctt atactggaga tcctccatac agccatggaa caggaacagg atacaccatg 120 gacacagtca acagaacaca ccaatattca gagaaaggga agtggacgac aaacacagag 180 acaggggcac cccagctcaa cccgattgat ggaccactac ctgaggataa tgaaccaagt 240 ggatatgcac aaacagactg tgttctggag gccatggctt tccttgaaga atcccaccca 300 gggatatttg agaattcatg ccttgagaca atggaagttg ttcaacaaac aagggtggat 360 aaactaactc aaggtcgcca gacttatgat tggacattaa acagaaatca accggcagca 420 actgcattgg caaacaccat agaagttttt agatcaaatg gtctaacagc taatgagtca 480 ggaaggctaa tagatttcct aaaggatgta atggaatcaa tggataaaga ggaaatagag 540 ataacaacac actttcaaag aaaaaggaga gtaagagaca acatgaccaa gaagatggtc 600 acacaaagaa caataggaaa gaaaaaacaa agaatgaata agagaggtta tctaataaga 660 gcactaacat tgaatacgat gaccaaagat gcagagagag gcaaattaaa aagaagggct 720 atcgcaacac ctgggatgca aattagaggg ttcgtgtact ttgttgaaac tttagctaga 780 agcatttgcg aaaagctgga acagtctgga ctcccagtag ggggcaatga aaagaaggcc 840 aaattggcaa atgttgtgag aaagatgatg actaattcac aagacacaga gctttctttc 900 acaatcactg gggacaacac taagtggaat gaaaatcaaa atcctcgaat gttcctggcg 960 atgattacat atatcaccag aaatcaaccc gaatggttca gaaacatcct gagcatggca 1020 cccataatgt tctcaaacaa aatggcaagg ctaggaaaag ggtacatgtt cgagagtaaa 1080 agaatgaagc tccgaacaca aataccatca gaaatgctag caagcattga cctgaagtat 1140 ttcaatgaat caacaaggaa gaaaattgag aaaataaggc ctcttctaat agatggcaca 1200 gcatcattga gccctggaat gatgatgggc atgttcaaca tgctaagtac ggttttggga 1260 gtctcaatac tgaatcttgg acaaaagaaa tacaccaaga caacgtactg gtgggatggg 1320 cttcaatcct ccgacgattt tgtcctcata gtgaatgcat caaatcatga gggaatacaa 1380 gcaggagtgg atagattcta caggacctgc aagttagtgg gaatcaacat gagcaaaaag 1440 aagtcctata taaataagac agggacattt gaattcacaa gcttttttta tcgctatgga 1500 tttgtggcta attttagcat ggagctgccc agttttggag tgtctggaat aaatgaatca 1560 gctgatatga gtattggagt aacaatgata aagaacaaca tgataaacaa tgaccttgga 1620 cctgcaacag cccagatggc ccttcaattg ttcatcaaag actacagata cacatatagg 1680 tgccatagag gagacacaca aattcagacg agaagatcat tcgagctaaa gaagctgtgg 1740 gatcaaaccc aatcaaaggc aggactatta gtatctgatg gaggaccaaa cttatacaat 1800 atccggaatc ttcacattcc tgaagtctgc ttaaaatggg agctaatgga tgagggttat 1860 cggggaagac tttgtaatcc cctgaatcct tttgtcagcc ataaagagat tgattctgta 1920 aacaatgctg tggtgatgcc agcccatggt ccagccaaaa gcatggaata tgatgccgtt 1980 gcaactacac actcctggat tcccaagagg aaccgctcta ttctcaacac aagccaaagg 2040 ggaattcttg aggatgaaca gatgtaccag aagtgctgca acctgttcga gaaatttttc 2100 cctagtagtt catacaggag accggttgga atttctagca tggtggaggc catggtgtct 2160 agagcccgga ttgatgccag aattgacttc gagtctggac ggattaagaa agaagagttc 2220 tctgagatca tgaagatctg ttccaccatt gaagaactca gacggcaaaa a 2271 <210> 55 <211> 757 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 55 Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Arg Val Pro Ala Gln Asn 1 5 10 15 Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His 20 25 30 Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln 35 40 45 Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Thr Gly Ala Pro 50 55 60 Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser 65 70 75 80 Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu 85 90 95 Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu 100 105 110 Val Val Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr 115 120 125 Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala 130 135 140 Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ala Asn Glu Ser 145 150 155 160 Gly Arg Leu Ile Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asp Lys 165 170 175 Glu Glu Ile Glu Ile Thr Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Val Arg 180 185 190 Asp Asn Met Thr Lys Lys Met Val Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys 195 200 205 Lys Gln Arg Met Asn Lys Arg Gly Tyr Leu Ile Arg Ala Leu Thr Leu 210 215 220 Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala 225 230 235 240 Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu 245 250 255 Thr Leu Ala Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro 260 265 270 Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys 275 280 285 Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly 290 295 300 Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Met Phe Leu Ala 305 310 315 320 Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Ile 325 330 335 Leu Ser Met Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly 340 345 350 Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Arg Met Lys Leu Arg Thr Gln Ile 355 360 365 Pro Ser Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Glu Ser 370 375 380 Thr Arg Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Ile Asp Gly Thr 385 390 395 400 Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser 405 410 415 Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Lys Lys Tyr Thr 420 425 430 Lys Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Val 435 440 445 Leu Ile Val Asn Ala Ser Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp 450 455 460 Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ser Tyr Ile Asn Lys Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe 485 490 495 Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe 500 505 510 Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr 515 520 525 Met Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala 530 535 540 Gln Met Ala Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg 545 550 555 560 Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu 565 570 575 Lys Lys Leu Trp Asp Gln Thr Gln Ser Lys Ala Gly Leu Leu Val Ser 580 585 590 Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu 595 600 605 Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Gly Tyr Arg Gly Arg Leu 610 615 620 Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Asp Ser Val 625 630 635 640 Asn Asn Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu 645 650 655 Tyr Asp Ala Val Ala Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg 660 665 670 Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met 675 680 685 Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser 690 695 700 Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser 705 710 715 720 Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys 725 730 735 Lys Glu Glu Phe Ser Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu 740 745 750 Leu Arg Arg Gln Lys 755 <210> 56 <211> 2277 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 56 atggagagaa taaaggaact aagagatcta atgtcgcagt cccgcactcg cgagatactc 60 actaagacca ctgtggacca tatggccata atcaaaaagt acacatcagg aaggcaagag 120 aagaatcccg cactcagaat gaagtggatg atggcaatga aatacccaat tacagcagac 180 aagagaataa tgggcatgat tccagagagg aatgaacaag gacaaaccct ctggagcaaa 240 acaaacgatg ctggatcaga acgcgtgatg gtatcacctc tggccgtaac atggtggaat 300 agaaatggcc caacaacaag tacagttcac taccctaagg tatataaaac ttatttcgaa 360 aaagtcgaaa ggttaaaaca tggtaccttt ggccctgtcc acttcagaaa tcaagttaaa 420 ataagaagga gagttgacac aaaccctggt cacgcagatc tcagtgccaa ggaggcacag 480 gatgtgatca tggaagttgt tttcccaaat gaagtggggg caagaatact gacatcagag 540 tcacagctga caataacaaa ggagaagaaa gaagagctcc aggattgtaa aattgctccc 600 ttgatggtgg catacatgct agaaagagag ttggtccgta aaacgaggtt tctcccggtg 660 gctggtggaa caggcagtgt ttatattgag gtgctgcact taacccaggg aacatgctgg 720 gagcagatgt acactccagg aggagaagtg agaaatgatg atgttgacca aagtttgatt 780 atcgctgcta gaaacatagt aagaagagca gcagtgtcag cagacccatt agcatctctc 840 ttggaaatgt gccacagcac acagattgga ggaataagga tggtagacat ccttagacag 900 aatccaacag aggaacaagc cgtagacata tgcaaggcag caatggggtt gaggattagc 960 tcatctttca gctttggtgg gttcactttc aaaagaacaa gcggatcatc agtcaagaaa 1020 gaagaagaaa tgctcacagg caacctccaa acactgaaaa taagagtaca tgaaggatat 1080 gaagaattca caatggtagg gagaagagca acagctattc tcagaaaggc aaccaggaga 1140 ttgatccagt taatagtaag tgggagagac gagcagtcaa ttgctgaggc aataattgtg 1200 gccatggtat tttcacaaga agattgcatg atcaaggcag ttaggggcga tctgaacttt 1260 gtcaataggg caaaccagcg actgaatccc atgcaccaac tcttgagaca tttccaaaaa 1320 gatgcgaaag tgcttttcca gaactgggga attgaaccta tcgacaatgt gatgggaatg 1380 attggaatat tgcccgatat gaccccaagc acggagatgt cgctgagagg gataagagtc 1440 agcaaaatgg gagtagatga atactccagc acggagagag tggtagtgag cattgaccga 1500 tttttgaggg ttcgggatca acgagggaac gtactattgt ctcccgaaga ggtcagcgag 1560 acacaaggaa cggagaagtt gacaataact tattcgtcat caatgatgtg ggagatcaat 1620 ggtcctgagt cagtgctggt caacacttat caatggatca tcaggaactg ggaaactgtg 1680 aaaattcaat ggtcacaaga ccccacgatg ttatacaaca aaatggaatt tgaaccattt 1740 cagtctcttg tccctaaggc aaccagaagc cgatacagtg gattcgtaag gacactgttc 1800 cagcaaatgc gggatgtgct tggaacattt gacactgtcc aaataataaa acttctccca 1860 tttgctgctg ctccaccaga acagagtagg atgcagtttt cctcattgac tgtgaatgtg 1920 agaggatcag ggttgaggat actggtgaga ggcaattctc cagtattcaa ttacaacaag 1980 gcaaccaaaa ggcttacagt tcttgggaaa gatgcaggtg cattgactga agatccagat 2040 gaaggcacag ctggggtgga gtctgctgtc ctgagaggat ttctcatttt gggcaaagaa 2100 gacaagagat atggaccagc attaagcatc aatgaactga gcaatcttgc aagaggagag 2160 aaggctaatg tgctaattgg gcaaggagac gtagtgttgg taatgaaacg gaaacgagac 2220 tctagcatac ttactgacag ccagacagcg accaaaagaa ttcggatggc catcaat 2277 <210> 57 <211> 759 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 57 Met Glu Arg Ile Lys Glu Leu Arg Asp Leu Met Ser Gln Ser Arg Thr 1 5 10 15 Arg Glu Ile Leu Thr Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys 20 25 30 Lys Tyr Thr Ser Gly Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys 35 40 45 Trp Met Met Ala Met Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met 50 55 60 Gly Met Ile Pro Glu Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys 65 70 75 80 Thr Asn Asp Ala Gly Ser Glu Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val 85 90 95 Thr Trp Trp Asn Arg Asn Gly Pro Thr Thr Ser Thr Val His Tyr Pro 100 105 110 Lys Val Tyr Lys Thr Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly 115 120 125 Thr Phe Gly Pro Val His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg 130 135 140 Val Asp Thr Asn Pro Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln 145 150 155 160 Asp Val Ile Met Glu Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile 165 170 175 Leu Thr Ser Glu Ser Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu 180 185 190 Leu Gln Asp Cys Lys Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu 195 200 205 Arg Glu Leu Val Arg Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Ala Gly Gly Thr 210 215 220 Gly Ser Val Tyr Ile Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp 225 230 235 240 Glu Gln Met Tyr Thr Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Val Asp 245 250 255 Gln Ser Leu Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Ala Val 260 265 270 Ser Ala Asp Pro Leu Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln 275 280 285 Ile Gly Gly Ile Arg Met Val Asp Ile Leu Arg Gln Asn Pro Thr Glu 290 295 300 Glu Gln Ala Val Asp Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser 305 310 315 320 Ser Ser Phe Ser Phe Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser 325 330 335 Ser Val Lys Lys Glu Glu Glu Met Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu 340 345 350 Lys Ile Arg Val His Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Arg 355 360 365 Arg Ala Thr Ala Ile Leu Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu 370 375 380 Ile Val Ser Gly Arg Asp Glu Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val 385 390 395 400 Ala Met Val Phe Ser Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly 405 410 415 Asp Leu Asn Phe Val Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His 420 425 430 Gln Leu Leu Arg His Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn 435 440 445 Trp Gly Ile Glu Pro Ile Asp Asn Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu 450 455 460 Pro Asp Met Thr Pro Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Ile Arg Val 465 470 475 480 Ser Lys Met Gly Val Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val 485 490 495 Ser Ile Asp Arg Phe Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Val Leu 500 505 510 Leu Ser Pro Glu Glu Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr 515 520 525 Ile Thr Tyr Ser Ser Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser 530 535 540 Val Leu Val Asn Thr Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Thr Val 545 550 555 560 Lys Ile Gln Trp Ser Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Met Glu 565 570 575 Phe Glu Pro Phe Gln Ser Leu Val Pro Lys Ala Thr Arg Ser Arg Tyr 580 585 590 Ser Gly Phe Val Arg Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly 595 600 605 Thr Phe Asp Thr Val Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala 610 615 620 Pro Pro Glu Gln Ser Arg Met Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val 625 630 635 640 Arg Gly Ser Gly Leu Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe 645 650 655 Asn Tyr Asn Lys Ala Thr Lys Arg Leu Thr Val Leu Gly Lys Asp Ala 660 665 670 Gly Ala Leu Thr Glu Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser 675 680 685 Ala Val Leu Arg Gly Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asp Lys Arg Tyr 690 695 700 Gly Pro Ala Leu Ser Ile Asn Glu Leu Ser Asn Leu Ala Arg Gly Glu 705 710 715 720 Lys Ala Asn Val Leu Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys 725 730 735 Arg Lys Arg Asp Ser Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys 740 745 750 Arg Ile Arg Met Ala Ile Asn 755 <210> 58 <211> 372 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 58 atggactcca atactgtgtc aagctttcag ctcttccagg acatactaat gaggatgtca 60 aaaatgcagt tggggtcctc atcggaggac ttgaatggaa tggtaacacg gttcgaggct 120 ctgaaaatct acagagattc gcttggagaa accgtaatga gaatgggaga ccttcattac 180 ctccagaaca gaaatgaaaa gtggcgagag caattgggac agaaatttga ggaaataaga 240 tggttaattg aagaagtacg gcacagattg aaagcgacag aaaatagttt cgaacaaata 300 acatttatgc aagccttaca actactgctt gaagtagaac aagagataag gactttctcg 360 tttcagctta tt 372 <210> 59 <211> 121 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 59 Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Asp Ile Leu Met Arg Met 1 5 10 15 Ser Lys Met Gln Leu Gly Ser Ser Ser Glu Asp Leu Asn Gly Met Val 20 25 30 Thr Arg Phe Glu Ala Leu Lys Ile Tyr Arg Asp Ser Leu Gly Glu Thr 35 40 45 Val Met Arg Met Gly Asp Leu His Tyr Leu Gln Asn Arg Asn Glu Lys 50 55 60 Trp Arg Glu Gln Leu Gly Gln Lys Phe Glu Glu Ile Arg Trp Leu Ile 65 70 75 80 Glu Glu Val Arg His Arg Leu Lys Ala Thr Glu Asn Ser Phe Glu Gln 85 90 95 Ile Thr Phe Met Gln Ala Leu Gln Leu Leu Leu Glu Val Glu Gln Glu 100 105 110 Ile Arg Thr Phe Ser Phe Gln Leu Ile 115 120 <210> 60 <211> 657 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 60 atggactcca atactgtgtc aagctttcag gtagactgtt tcctttggca catccgcaaa 60 cggtttgcag acaatggatt gggtgatgcc ccgttccttg atcggctccg ccgagatcaa 120 aagtccctga aaggaagagg caacaccctt agcctagaca tcgaaacagc cactcttgtt 180 gggaaacaaa ttgttgagtg gattttgaaa gaggaatcca gcgatacact taagatgacc 240 attgcatctg tacctacttc gcgctaccta gctgacatga ccctcgagga aatgtcacga 300 gactggttca tgctcatgcc taggcaaaag ataataggcc ctctttgtgt gcgaatggac 360 caggcgatca tggaaaagaa catcatactg aaagcgaact tcagtgtgat ctttaaccga 420 ttagagactt tgatactact aagggctttc actgaggagg gagcaatcgt tggagaaatt 480 tcaccattac cttctcttcc aggacatact aatgaggatg tcaaaaatgc agttggggtc 540 ctcatcggag gacttgaatg gaatggtaac acggttcgag gctctgaaaa tctacagaga 600 ttcgcttgga gaaaccgtaa tgagaatggg agaccttcat tacctccaga acagaaa 657 <210> 61 <211> 219 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 61 Met Asp Ser Asn Thr Val Ser Ser Phe Gln Val Asp Cys Phe Leu Trp 1 5 10 15 His Ile Arg Lys Arg Phe Ala Asp Asn Gly Leu Gly Asp Ala Pro Phe 20 25 30 Leu Asp Arg Leu Arg Arg Asp Gln Lys Ser Leu Lys Gly Arg Gly Asn 35 40 45 Thr Leu Ser Leu Asp Ile Glu Thr Ala Thr Leu Val Gly Lys Gln Ile 50 55 60 Val Glu Trp Ile Leu Lys Glu Glu Ser Ser Asp Thr Leu Lys Met Thr 65 70 75 80 Ile Ala Ser Val Pro Thr Ser Arg Tyr Leu Ala Asp Met Thr Leu Glu 85 90 95 Glu Met Ser Arg Asp Trp Phe Met Leu Met Pro Arg Gln Lys Ile Ile 100 105 110 Gly Pro Leu Cys Val Arg Met Asp Gln Ala Ile Met Glu Lys Asn Ile 115 120 125 Ile Leu Lys Ala Asn Phe Ser Val Ile Phe Asn Arg Leu Glu Thr Leu 130 135 140 Ile Leu Leu Arg Ala Phe Thr Glu Glu Gly Ala Ile Val Gly Glu Ile 145 150 155 160 Ser Pro Leu Pro Ser Leu Pro Gly His Thr Asn Glu Asp Val Lys Asn 165 170 175 Ala Val Gly Val Leu Ile Gly Gly Leu Glu Trp Asn Gly Asn Thr Val 180 185 190 Arg Gly Ser Glu Asn Leu Gln Arg Phe Ala Trp Arg Asn Arg Asn Glu 195 200 205 Asn Gly Arg Pro Ser Leu Pro Pro Glu Gln Lys 210 215 <210> 62 <211> 756 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 62 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgtat gttctctcta tcgtcccgtc aggccccctc 60 aaagccgaga tagcacagag actcgaagac gtttttgcag ggaaaaacac cgatcttgag 120 gctctcatgg aatggctaaa gacaagacca atcctgtcac ctctgactaa ggggatttta 180 gggtttgtgt tcacgctcac cgtgcccagt gagcgaggac tgcagcgtag acgttttgtc 240 cagaatgccc tcaatgggaa tggtgacccg aacaacatgg acaaggcggt caaactgtac 300 aggaaactaa aaagggaaat aacattccat ggggccaagg aagtagcgct cagttactct 360 gctggtgcac ttgccagttg catgggcctc atatacaaca gaatggggac tgtcgccact 420 gaggtggcat ttggtctggt atgcgcaacc tgtgaacaga ttgctgattc tcagcatcga 480 tctcatagac aaatggtgac aacaaccaat ccactaatca ggcacgagaa cagaatggta 540 atagccagca caacagctaa ggccatggaa caaatggctg gatcaagtga acaagcagca 600 gaggctatgg aggttgccag ccaggctaga caaatggtac aggcaatgag aacaattggg 660 actcacccta gttccagcac tggtctaaaa gatgatcttc ttgaaaattt acaggcctat 720 cagaaacgga tgggagtgca aatgcaacga ttcaag 756 <210> 63 <211> 252 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 63 Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Tyr Val Leu Ser Ile Val Pro 1 5 10 15 Ser Gly Pro Leu Lys Ala Glu Ile Ala Gln Arg Leu Glu Asp Val Phe 20 25 30 Ala Gly Lys Asn Thr Asp Leu Glu Ala Leu Met Glu Trp Leu Lys Thr 35 40 45 Arg Pro Ile Leu Ser Pro Leu Thr Lys Gly Ile Leu Gly Phe Val Phe 50 55 60 Thr Leu Thr Val Pro Ser Glu Arg Gly Leu Gln Arg Arg Arg Phe Val 65 70 75 80 Gln Asn Ala Leu Asn Gly Asn Gly Asp Pro Asn Asn Met Asp Lys Ala 85 90 95 Val Lys Leu Tyr Arg Lys Leu Lys Arg Glu Ile Thr Phe His Gly Ala 100 105 110 Lys Glu Val Ala Leu Ser Tyr Ser Ala Gly Ala Leu Ala Ser Cys Met 115 120 125 Gly Leu Ile Tyr Asn Arg Met Gly Thr Val Ala Thr Glu Val Ala Phe 130 135 140 Gly Leu Val Cys Ala Thr Cys Glu Gln Ile Ala Asp Ser Gln His Arg 145 150 155 160 Ser His Arg Gln Met Val Thr Thr Thr Asn Pro Leu Ile Arg His Glu 165 170 175 Asn Arg Met Val Ile Ala Ser Thr Thr Ala Lys Ala Met Glu Gln Met 180 185 190 Ala Gly Ser Ser Glu Gln Ala Ala Glu Ala Met Glu Val Ala Ser Gln 195 200 205 Ala Arg Gln Met Val Gln Ala Met Arg Thr Ile Gly Thr His Pro Ser 210 215 220 Ser Ser Thr Gly Leu Lys Asp Asp Leu Leu Glu Asn Leu Gln Ala Tyr 225 230 235 240 Gln Lys Arg Met Gly Val Gln Met Gln Arg Phe Lys 245 250 <210> 64 <211> 291 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 64 atgagtcttc taaccgaggt cgaaacgcct atcagaaacg gatgggagtg caaatgcaac 60 gattcaagtg atcctctcat tgatgccgca agcatcattg ggattttgca cctgatattg 120 tggattcttg atcgtctttt tttcaaatgc atttaccgtc gctttaaata cggtctgcaa 180 agagggcctt ctacggaagg agtgccggag tccatgaggg aagaatatcg gcagaaacag 240 cagagtgctg tggatgttga cgatggtcat tttgtcaaca tagtgctaga g 291 <210> 65 <211> 97 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 65 Met Ser Leu Leu Thr Glu Val Glu Thr Pro Ile Arg Asn Gly Trp Glu 1 5 10 15 Cys Lys Cys Asn Asp Ser Ser Asp Pro Leu Ile Asp Ala Ala Ser Ile 20 25 30 Ile Gly Ile Leu His Leu Ile Leu Trp Ile Leu Asp Arg Leu Phe Phe 35 40 45 Lys Cys Ile Tyr Arg Arg Phe Lys Tyr Gly Leu Gln Arg Gly Pro Ser 50 55 60 Thr Glu Gly Val Pro Glu Ser Met Arg Glu Glu Tyr Arg Gln Lys Gln 65 70 75 80 Gln Ser Ala Val Asp Val Asp Asp Gly His Phe Val Asn Ile Val Leu 85 90 95 Glu <210> 66 <211> 1407 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 66 atgaatccaa atcaaaagat aataacaatt ggctctgttt ctctcatcat tgccacaata 60 tgcttcttta tgcaaattgc catcctggta actactgtaa cattgcattt caagcagcat 120 gactgcaact cccccccaaa caaccaagta atgctgtgtg aaccaacaat aatagaaaga 180 aacactacag aaattgtgta tttgaccaac accaccatag aaaaggaaat atgccccaaa 240 ctagcagaat acagaaattg gtcaaagccg caatgtaaca tcacaggatt tgcacctttt 300 tctaaggaca attcgattcg actttccgct ggtggagaca tctgggtgac aagagaacct 360 tatgtgtcat gcgatcctga caagtgttat caatttgccc ttgggcaggg aacaacacta 420 aacaacgggc attcaaatga cactgtacat gataggaccc cttaccgaac cctattgatg 480 aatgaattgg gtgttccatt ccatttggga accaggcaag tgtgcatagc atggtccagc 540 tcaagttgtc acgatggaaa agcatggctg catgtttgta taactgggga tgataaaaat 600 gcaactgcta gtttcattta caatgggagg cttgtagata gtattggttc atggtccaaa 660 aatatactca gaacccagga gtcggaatgc gtttgtatca atggaacttg tacagtagta 720 atgactgatg ggagcgcttc aggaaaagct gatactaaaa tactattcat tgaggagggg 780 aaaatcgttc atattagcac attgtcagga agtgctcagc atgtcgagga gtgctcctgt 840 tatcctcgat atcctggtgt cagatgtgtc tgcagagaca actggaaagg ctccaatagg 900 cccatcgtag atataaatgt aaaggattat agcattgttt ccagttatgt atgctcggga 960 cttgttggag acacacccag aaaaaacgac agcttcagca gtagccattg cctagatcct 1020 aacaatgagg aaggtggtca tggagtgaaa ggctgggcct ttgatgatgg aaatgacgtg 1080 tggatgggaa gaacgatcag cgagaagtca cgctcaggtt atgaaacctt caaagtcatc 1140 gaaggctggt ccaaacctaa ttccaaatta cagacaaata ggcaagtcat agttgaaaga 1200 ggtaaaaggt ccggttattc tggtattttc tccgttgaag gcaaaagctg catcaatcgg 1260 tgcttttatg tagagttgat aaggggaagg aaagaggaaa ctaaagtctg gtggacctca 1320 aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg gaacaggctc atggcctgat 1380 ggggcggata tcaatctcat gcctata 1407 <210> 67 <211> 469 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 67 Met Asn Pro Asn Gln Lys Ile Ile Thr Ile Gly Ser Val Ser Leu Ile 1 5 10 15 Ile Ala Thr Ile Cys Phe Phe Met Gln Ile Ala Ile Leu Val Thr Thr 20 25 30 Val Thr Leu His Phe Lys Gln His Asp Cys Asn Ser Pro Pro Asn Asn 35 40 45 Gln Val Met Leu Cys Glu Pro Thr Ile Ile Glu Arg Asn Thr Thr Glu 50 55 60 Ile Val Tyr Leu Thr Asn Thr Thr Ile Glu Lys Glu Ile Cys Pro Lys 65 70 75 80 Leu Ala Glu Tyr Arg Asn Trp Ser Lys Pro Gln Cys Asn Ile Thr Gly 85 90 95 Phe Ala Pro Phe Ser Lys Asp Asn Ser Ile Arg Leu Ser Ala Gly Gly 100 105 110 Asp Ile Trp Val Thr Arg Glu Pro Tyr Val Ser Cys Asp Pro Asp Lys 115 120 125 Cys Tyr Gln Phe Ala Leu Gly Gln Gly Thr Thr Leu Asn Asn Gly His 130 135 140 Ser Asn Asp Thr Val His Asp Arg Thr Pro Tyr Arg Thr Leu Leu Met 145 150 155 160 Asn Glu Leu Gly Val Pro Phe His Leu Gly Thr Arg Gln Val Cys Ile 165 170 175 Ala Trp Ser Ser Ser Ser Cys His Asp Gly Lys Ala Trp Leu His Val 180 185 190 Cys Ile Thr Gly Asp Asp Lys Asn Ala Thr Ala Ser Phe Ile Tyr Asn 195 200 205 Gly Arg Leu Val Asp Ser Ile Gly Ser Trp Ser Lys Asn Ile Leu Arg 210 215 220 Thr Gln Glu Ser Glu Cys Val Cys Ile Asn Gly Thr Cys Thr Val Val 225 230 235 240 Met Thr Asp Gly Ser Ala Ser Gly Lys Ala Asp Thr Lys Ile Leu Phe 245 250 255 Ile Glu Glu Gly Lys Ile Val His Ile Ser Thr Leu Ser Gly Ser Ala 260 265 270 Gln His Val Glu Glu Cys Ser Cys Tyr Pro Arg Tyr Pro Gly Val Arg 275 280 285 Cys Val Cys Arg Asp Asn Trp Lys Gly Ser Asn Arg Pro Ile Val Asp 290 295 300 Ile Asn Val Lys Asp Tyr Ser Ile Val Ser Ser Tyr Val Cys Ser Gly 305 310 315 320 Leu Val Gly Asp Thr Pro Arg Lys Asn Asp Ser Phe Ser Ser Ser His 325 330 335 Cys Leu Asp Pro Asn Asn Glu Glu Gly Gly His Gly Val Lys Gly Trp 340 345 350 Ala Phe Asp Asp Gly Asn Asp Val Trp Met Gly Arg Thr Ile Ser Glu 355 360 365 Lys Ser Arg Ser Gly Tyr Glu Thr Phe Lys Val Ile Glu Gly Trp Ser 370 375 380 Lys Pro Asn Ser Lys Leu Gln Thr Asn Arg Gln Val Ile Val Glu Arg 385 390 395 400 Gly Lys Arg Ser Gly Tyr Ser Gly Ile Phe Ser Val Glu Gly Lys Ser 405 410 415 Cys Ile Asn Arg Cys Phe Tyr Val Glu Leu Ile Arg Gly Arg Lys Glu 420 425 430 Glu Thr Lys Val Trp Trp Thr Ser Asn Ser Ile Val Val Phe Cys Gly 435 440 445 Thr Ser Gly Thr Tyr Gly Thr Gly Ser Trp Pro Asp Gly Ala Asp Ile 450 455 460 Asn Leu Met Pro Ile 465 <210> 68 <211> 1494 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 68 atggcgtctc aaggcaccaa acgatcatat gaacaaatgg agactggtgg tgaacgccaa 60 gatgccacag aaatcagagc atctgtcgga agaatgattg gtggaatcgg gaaattctac 120 atccaaatgt gcactgaact caaactcagt gactatgagg gacgactaat ccaaaatagc 180 ataacaatag agagaatggt gctctctgct tttgatgaga gaagaaataa atacctagaa 240 gagcatccca gtgctgggaa ggatcctaag aaaactggag gacccatata tagaagagta 300 gacggaaagt ggatgagaga actcattctt tatgacaaag aagaaataag gagaatttgg 360 cgccaggcaa acaatggtga tgatgcaaca gctggtctta ctcatatcat gatttggcat 420 tccaatctga atgatgccac gtaccagaga acaagagcac ttgttcgcac cggaatggat 480 cccagaatgt gctctctaat gcaaggttca acacttccca gaaggtctgg ggcagcaggt 540 gctgcagtga aaggagttgg aacaataaca atggaattaa tcagaatgat caaaaggggg 600 atcaatgacc gaaacttctg gagaggtgaa aatggaagaa ggacaaggat tgcatatgaa 660 agaatgtgca atattctcaa aggaaaattt cagacagctg cccaaagggc aatgatggat 720 caagtaagag aaagtcggaa cccaggaaat gctgagattg aagatctcat ttttctggca 780 cggtcagcac ttatcctaag gggatcagtt gcacataagt cttgcctgcc tgcttgtgtg 840 tatgggcttg cagtggcaag tgggcatgac tttgaaaggg aagggtattc gctggtaggg 900 atagacccat ttaaattact ccagaacagt caagtgttca gcctgataag accaaatgaa 960 aacccagctc acaagagtca attagtgtgg atagcatgcc actctgctgc atttgaggat 1020 ctaagggtct caagtttcat aagagggaag aaagtgattc caagggggaa gctttccaca 1080 agagggattc agattgcttc aaatgagaat gtggaagcca tggattccaa taccttagag 1140 ctgagaagca gatactgggc cataaggacc agaagtggag gaaataccaa tcaacagaaa 1200 gcatccgcag gccagatcag tgtgcaacct acattctcag tgcaacggaa tctccctttt 1260 gaaagagcaa ccgttatggc agctttcagc gggaacaatg aaggacggac atccgatatg 1320 cgaacagaaa ttataaggat gatggaaaat gcaaaaccag aagatttgtc cttccagggg 1380 cggggagtct tcgagctctc ggacgaaaag gcaacgagcc cgatcgtgcc ttcctttgac 1440 atgagtaatg aagggtctta tttcttcgga gacaatgcag aggagtatga cagt 1494 <210> 69 <211> 498 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 69 Met Ala Ser Gln Gly Thr Lys Arg Ser Tyr Glu Gln Met Glu Thr Gly 1 5 10 15 Gly Glu Arg Gln Asp Ala Thr Glu Ile Arg Ala Ser Val Gly Arg Met 20 25 30 Ile Gly Gly Ile Gly Lys Phe Tyr Ile Gln Met Cys Thr Glu Leu Lys 35 40 45 Leu Ser Asp Tyr Glu Gly Arg Leu Ile Gln Asn Ser Ile Thr Ile Glu 50 55 60 Arg Met Val Leu Ser Ala Phe Asp Glu Arg Arg Asn Lys Tyr Leu Glu 65 70 75 80 Glu His Pro Ser Ala Gly Lys Asp Pro Lys Lys Thr Gly Gly Pro Ile 85 90 95 Tyr Arg Arg Val Asp Gly Lys Trp Met Arg Glu Leu Ile Leu Tyr Asp 100 105 110 Lys Glu Glu Ile Arg Arg Ile Trp Arg Gln Ala Asn Asn Gly Asp Asp 115 120 125 Ala Thr Ala Gly Leu Thr His Ile Met Ile Trp His Ser Asn Leu Asn 130 135 140 Asp Ala Thr Tyr Gln Arg Thr Arg Ala Leu Val Arg Thr Gly Met Asp 145 150 155 160 Pro Arg Met Cys Ser Leu Met Gln Gly Ser Thr Leu Pro Arg Arg Ser 165 170 175 Gly Ala Ala Gly Ala Ala Val Lys Gly Val Gly Thr Ile Thr Met Glu 180 185 190 Leu Ile Arg Met Ile Lys Arg Gly Ile Asn Asp Arg Asn Phe Trp Arg 195 200 205 Gly Glu Asn Gly Arg Arg Thr Arg Ile Ala Tyr Glu Arg Met Cys Asn 210 215 220 Ile Leu Lys Gly Lys Phe Gln Thr Ala Ala Gln Arg Ala Met Met Asp 225 230 235 240 Gln Val Arg Glu Ser Arg Asn Pro Gly Asn Ala Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Ile Phe Leu Ala Arg Ser Ala Leu Ile Leu Arg Gly Ser Val Ala His 260 265 270 Lys Ser Cys Leu Pro Ala Cys Val Tyr Gly Leu Ala Val Ala Ser Gly 275 280 285 His Asp Phe Glu Arg Glu Gly Tyr Ser Leu Val Gly Ile Asp Pro Phe 290 295 300 Lys Leu Leu Gln Asn Ser Gln Val Phe Ser Leu Ile Arg Pro Asn Glu 305 310 315 320 Asn Pro Ala His Lys Ser Gln Leu Val Trp Ile Ala Cys His Ser Ala 325 330 335 Ala Phe Glu Asp Leu Arg Val Ser Ser Phe Ile Arg Gly Lys Lys Val 340 345 350 Ile Pro Arg Gly Lys Leu Ser Thr Arg Gly Ile Gln Ile Ala Ser Asn 355 360 365 Glu Asn Val Glu Ala Met Asp Ser Asn Thr Leu Glu Leu Arg Ser Arg 370 375 380 Tyr Trp Ala Ile Arg Thr Arg Ser Gly Gly Asn Thr Asn Gln Gln Lys 385 390 395 400 Ala Ser Ala Gly Gln Ile Ser Val Gln Pro Thr Phe Ser Val Gln Arg 405 410 415 Asn Leu Pro Phe Glu Arg Ala Thr Val Met Ala Ala Phe Ser Gly Asn 420 425 430 Asn Glu Gly Arg Thr Ser Asp Met Arg Thr Glu Ile Ile Arg Met Met 435 440 445 Glu Asn Ala Lys Pro Glu Asp Leu Ser Phe Gln Gly Arg Gly Val Phe 450 455 460 Glu Leu Ser Asp Glu Lys Ala Thr Ser Pro Ile Val Pro Ser Phe Asp 465 470 475 480 Met Ser Asn Glu Gly Ser Tyr Phe Phe Gly Asp Asn Ala Glu Glu Tyr 485 490 495 Asp Ser <210> 70 <211> 1698 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 70 atgaagacta tcattgcttt tagctacatt ttatgtctga ttttcgctca aaaacttccc 60 ggaagtgaca acagcatggc aacgctatgc ctaggacacc atgcagtacc aaacggaacg 120 ttagtgaaaa caatcacgga tgaccaaatt gaagtgacta atgctactga gctggtccaa 180 agttcctcaa caggtagaat atgcaacagt cctcaccaaa tccttgatgg gaaaaattgc 240 acactgatag atgctctatt gggagaccct cattgtgatg acttccaaaa caaggaatgg 300 gacctttttg ttgaacgaag cacagcctac agcaactgct acccttatta tgtgccggat 360 tatgcctccc ttaggtcact agttgcctca tccggcaccc tggaattcac ccaagaaagc 420 ttcaattgga ctggagttgc tcaagatgga tcaagctatg cttgcagaag gaaatctgtt 480 aacagtttct ttagtagatt aaattggttg cataatctga attacaaata tccagcgctg 540 aacgtaacta tgccaaacaa tgacaaattt gacaaattgt acatttgggg ggttcaccac 600 ccgggtacgg acagggacca aaccaaccta tatgttcaag catcagggag ggttacagtc 660 tccaccaaaa gaagccaaca aactgtaatc ccgaatatcg gatctagacc ctgggtaagg 720 ggtgtctcca gcataataag catctattgg acaatagtaa aaccgggaga catacttttg 780 attaacagca cagggaatct aattgcccct cggggttact tcaaaataca aagtgggaaa 840 agctcaataa tgaggtcaga tgcacccatt ggcaactgca attctgaatg cattactcca 900 aatggaagca ttcccaatga caaacctttt caaaatgtaa acaggatcac atatggggcc 960 tgtcccagat atgtgaagca aaacactctg aaattggcaa cagggatgcg gaatgtacca 1020 gagaaacaaa ctagaggcat attcggcgca atcgcaggtt tcatagaaaa tggttgggag 1080 gggatggtgg acggttggta cggtttcagg catcaaaatt ctgaaggcac aggacaagca 1140 gcagatctta aaagcactca agcagcagtc aaccaaatca ccgggaaact aaatagagta 1200 atcaagaaaa cgaacgagaa attccatcag atcgaaaaag aattctcaga agtagaaggg 1260 agaattcagg acctagagaa atacgttgaa gacactaaaa tagatctctg gtcttacaac 1320 gcggagcttc ttgttgccct ggagaaccaa catacaattg atttaactga ctcagaaatg 1380 aacaaactgt tcgaaagaac aaggaagcaa ctgcgggaaa atgctgagga catgggcaat 1440 ggttgcttca aaatatacca caagtgtgac aatgcctgca taggatcaat cagaaatgga 1500 acttatgacc atgatgtata cagagacgag gcattaaaca atcgattcca gatcaaaggt 1560 gttcagctga agtcaggata caaagattgg atcctatgga tttcctttgc catatcatgc 1620 tttttgcttt gtgttgttct gctggggttc atcatgtggg cctgccaaaa aggcaacatt 1680 aggtgcaaca tttgcatt 1698 <210> 71 <211> 566 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 71 Met Lys Thr Ile Ile Ala Phe Ser Tyr Ile Leu Cys Leu Ile Phe Ala 1 5 10 15 Gln Lys Leu Pro Gly Ser Asp Asn Ser Met Ala Thr Leu Cys Leu Gly 20 25 30 His His Ala Val Pro Asn Gly Thr Leu Val Lys Thr Ile Thr Asp Asp 35 40 45 Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ser Ser Thr 50 55 60 Gly Arg Ile Cys Asn Ser Pro His Gln Ile Leu Asp Gly Lys Asn Cys 65 70 75 80 Thr Leu Ile Asp Ala Leu Leu Gly Asp Pro His Cys Asp Asp Phe Gln 85 90 95 Asn Lys Glu Trp Asp Leu Phe Val Glu Arg Ser Thr Ala Tyr Ser Asn 100 105 110 Cys Tyr Pro Tyr Tyr Val Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Leu Val 115 120 125 Ala Ser Ser Gly Thr Leu Glu Phe Thr Gln Glu Ser Phe Asn Trp Thr 130 135 140 Gly Val Ala Gln Asp Gly Ser Ser Tyr Ala Cys Arg Arg Lys Ser Val 145 150 155 160 Asn Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu His Asn Leu Asn Tyr Lys 165 170 175 Tyr Pro Ala Leu Asn Val Thr Met Pro Asn Asn Asp Lys Phe Asp Lys 180 185 190 Leu Tyr Ile Trp Gly Val His His Pro Gly Thr Asp Arg Asp Gln Thr 195 200 205 Asn Leu Tyr Val Gln Ala Ser Gly Arg Val Thr Val Ser Thr Lys Arg 210 215 220 Ser Gln Gln Thr Val Ile Pro Asn Ile Gly Ser Arg Pro Trp Val Arg 225 230 235 240 Gly Val Ser Ser Ile Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly 245 250 255 Asp Ile Leu Leu Ile Asn Ser Thr Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg Gly 260 265 270 Tyr Phe Lys Ile Gln Ser Gly Lys Ser Ser Ile Met Arg Ser Asp Ala 275 280 285 Pro Ile Gly Asn Cys Asn Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile 290 295 300 Pro Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Arg Ile Thr Tyr Gly Ala 305 310 315 320 Cys Pro Arg Tyr Val Lys Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met 325 330 335 Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala 340 345 350 Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly 355 360 365 Phe Arg His Gln Asn Ser Glu Gly Thr Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys 370 375 380 Ser Thr Gln Ala Ala Val Asn Gln Ile Thr Gly Lys Leu Asn Arg Val 385 390 395 400 Ile Lys Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser 405 410 415 Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr 420 425 430 Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu 435 440 445 Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu Phe 450 455 460 Glu Arg Thr Arg Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Asn 465 470 475 480 Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly Ser 485 490 495 Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala Leu 500 505 510 Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Gln Leu Lys Ser Gly Tyr Lys 515 520 525 Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Leu Cys 530 535 540 Val Val Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile 545 550 555 560 Arg Cys Asn Ile Cys Ile 565 <210> 72 <211> 2148 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 72 atggaagact ttgtgcgaca atgcttcaat ccaatgatcg tcgagcttgc ggaaaaggca 60 atgaaagaat atggagagga ttcgaaaatc gaaaccaaca aattcgctgc aatatgcacg 120 cacttggaag tctgtttcat gtattcggat ttccatttca ttgacgaaca gggtgaatca 180 atcattatag aatctggtga tccaaatgca ttgctgaagc accgatttga gataattgaa 240 ggaagagaca ggactatggc ctggacagta gtgaacagta tctgcaacac cacaggggta 300 gagaagccta aatttcttcc ggatttatac gactacaaag aaaaccgatt cgttgaaatt 360 ggagtgacac gaagggaggt ccacatatac tacctagaga aagccaacaa gataaaatcc 420 gagaagacac acattcatat tttttcattc actggagagg agatggccac caaagcggac 480 tacacccttg atgaagagag cagggcaaga atcaaaacca ggctcttcac cataagacaa 540 gagatggcca gtaggggtct atgggattcc tttcgtcagt ccgagagagg cgaagagaca 600 attgaagaaa gatttgaaat tacaggaacc atgcgcaggc ttgccgacca aagtctccca 660 ccgaacttct ccagccttga aaactttaga gcctatgtag atgggttcga accaaacggc 720 tgcattgagg gcaagctttc tcaaatgtca aaagaagtga gtgcccaaat tgaaccattc 780 ttgaagacaa caccacaccc tctcagattg cctaatgggc ctccttgctc tcagcggtca 840 aagttcttgc tgatggatgc tctgaaacta agtattgaag acccgagtca tgagggagaa 900 ggaataccac tatatgatgc aatcaagtgc atgaagacat tttttggctg gaaagagcct 960 aacataatca aaccacatga gaaaggcata aaccccaatt atctactggc ttggaagcag 1020 gtgctagcag agctccagga cattgaaaat gaagagaaga tcccaaagac aaagaacatg 1080 aagagaacaa gccaattgaa gtgggcactt ggtgagaata tggcaccaga gaaagtagat 1140 tttgatgact gcaaagatgt cggtgatctc aaacagtatg acagcgatga gccagagccc 1200 agatctctag caagctgggt ccaaaatgag ttcaacaagg catgtgaatt gaccgattca 1260 agctggatag aacttgatga gataggagaa gatgttgccc cgattgaaca catcgcaagc 1320 atgaggagga actattttac agcagaagtg tcccattgca gggctactga atacataatg 1380 aagggagtgt acataaatac ggctctactt aatgcatctt gtgcagccat ggatgacttt 1440 cagctgatcc caatgataag caaatgtaga accaaagaag gaagacgaaa aacaaatctg 1500 tatggtttca ttataaaagg aaggtcccat ctgagaaatg atactgacgt ggtgaacttt 1560 gtaagcatgg agttctccct cactgacccg agactggagc cacacaaatg ggaaaagtac 1620 tgtgttcttg aaataggaga catgctcctg aggactgcga taggccaagt gtcgaggccc 1680 atgttcctat atgtgagaac caatggaacc tccaagatca agatgaaatg gggcatggaa 1740 atgaggcgct gcctcctcca gtctcttcag cagattgaga gcatgattga ggctgagtct 1800 tctgtcaaag agaaagacat gaccaaggaa ttctttgaaa acaaatcgga aacatggcca 1860 atcggagaat cacccaaagg agtggaggaa ggctctattg ggaaagtgtg caggacctta 1920 ctggcaaaat ctgtattcaa cagtctatac gcgtctccac aacttgaagg gttttcggct 1980 gaatcgagaa aattgctcct cattgttcag gcacttaggg acaacttgga acctggaacc 2040 ttcgatcttg gggggctata tgaagcaatc gaggagtgcc tgattaatga tccctgggtt 2100 ttgcttaatg catcttggtt caactccttc ctcacacatg cactgaaa 2148 <210> 73 <211> 716 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 73 Met Glu Asp Phe Val Arg Gln Cys Phe Asn Pro Met Ile Val Glu Leu 1 5 10 15 Ala Glu Lys Ala Met Lys Glu Tyr Gly Glu Asp Ser Lys Ile Glu Thr 20 25 30 Asn Lys Phe Ala Ala Ile Cys Thr His Leu Glu Val Cys Phe Met Tyr 35 40 45 Ser Asp Phe His Phe Ile Asp Glu Gln Gly Glu Ser Ile Ile Ile Glu 50 55 60 Ser Gly Asp Pro Asn Ala Leu Leu Lys His Arg Phe Glu Ile Ile Glu 65 70 75 80 Gly Arg Asp Arg Thr Met Ala Trp Thr Val Val Asn Ser Ile Cys Asn 85 90 95 Thr Thr Gly Val Glu Lys Pro Lys Phe Leu Pro Asp Leu Tyr Asp Tyr 100 105 110 Lys Glu Asn Arg Phe Val Glu Ile Gly Val Thr Arg Arg Glu Val His 115 120 125 Ile Tyr Tyr Leu Glu Lys Ala Asn Lys Ile Lys Ser Glu Lys Thr His 130 135 140 Ile His Ile Phe Ser Phe Thr Gly Glu Glu Met Ala Thr Lys Ala Asp 145 150 155 160 Tyr Thr Leu Asp Glu Glu Ser Arg Ala Arg Ile Lys Thr Arg Leu Phe 165 170 175 Thr Ile Arg Gln Glu Met Ala Ser Arg Gly Leu Trp Asp Ser Phe Arg 180 185 190 Gln Ser Glu Arg Gly Glu Glu Thr Ile Glu Glu Arg Phe Glu Ile Thr 195 200 205 Gly Thr Met Arg Arg Leu Ala Asp Gln Ser Leu Pro Pro Asn Phe Ser 210 215 220 Ser Leu Glu Asn Phe Arg Ala Tyr Val Asp Gly Phe Glu Pro Asn Gly 225 230 235 240 Cys Ile Glu Gly Lys Leu Ser Gln Met Ser Lys Glu Val Ser Ala Gln 245 250 255 Ile Glu Pro Phe Leu Lys Thr Thr Pro His Pro Leu Arg Leu Pro Asn 260 265 270 Gly Pro Pro Cys Ser Gln Arg Ser Lys Phe Leu Leu Met Asp Ala Leu 275 280 285 Lys Leu Ser Ile Glu Asp Pro Ser His Glu Gly Glu Gly Ile Pro Leu 290 295 300 Tyr Asp Ala Ile Lys Cys Met Lys Thr Phe Phe Gly Trp Lys Glu Pro 305 310 315 320 Asn Ile Ile Lys Pro His Glu Lys Gly Ile Asn Pro Asn Tyr Leu Leu 325 330 335 Ala Trp Lys Gln Val Leu Ala Glu Leu Gln Asp Ile Glu Asn Glu Glu 340 345 350 Lys Ile Pro Lys Thr Lys Asn Met Lys Arg Thr Ser Gln Leu Lys Trp 355 360 365 Ala Leu Gly Glu Asn Met Ala Pro Glu Lys Val Asp Phe Asp Asp Cys 370 375 380 Lys Asp Val Gly Asp Leu Lys Gln Tyr Asp Ser Asp Glu Pro Glu Pro 385 390 395 400 Arg Ser Leu Ala Ser Trp Val Gln Asn Glu Phe Asn Lys Ala Cys Glu 405 410 415 Leu Thr Asp Ser Ser Trp Ile Glu Leu Asp Glu Ile Gly Glu Asp Val 420 425 430 Ala Pro Ile Glu His Ile Ala Ser Met Arg Arg Asn Tyr Phe Thr Ala 435 440 445 Glu Val Ser His Cys Arg Ala Thr Glu Tyr Ile Met Lys Gly Val Tyr 450 455 460 Ile Asn Thr Ala Leu Leu Asn Ala Ser Cys Ala Ala Met Asp Asp Phe 465 470 475 480 Gln Leu Ile Pro Met Ile Ser Lys Cys Arg Thr Lys Glu Gly Arg Arg 485 490 495 Lys Thr Asn Leu Tyr Gly Phe Ile Ile Lys Gly Arg Ser His Leu Arg 500 505 510 Asn Asp Thr Asp Val Val Asn Phe Val Ser Met Glu Phe Ser Leu Thr 515 520 525 Asp Pro Arg Leu Glu Pro His Lys Trp Glu Lys Tyr Cys Val Leu Glu 530 535 540 Ile Gly Asp Met Leu Leu Arg Thr Ala Ile Gly Gln Val Ser Arg Pro 545 550 555 560 Met Phe Leu Tyr Val Arg Thr Asn Gly Thr Ser Lys Ile Lys Met Lys 565 570 575 Trp Gly Met Glu Met Arg Arg Cys Leu Leu Gln Ser Leu Gln Gln Ile 580 585 590 Glu Ser Met Ile Glu Ala Glu Ser Ser Val Lys Glu Lys Asp Met Thr 595 600 605 Lys Glu Phe Phe Glu Asn Lys Ser Glu Thr Trp Pro Ile Gly Glu Ser 610 615 620 Pro Lys Gly Val Glu Glu Gly Ser Ile Gly Lys Val Cys Arg Thr Leu 625 630 635 640 Leu Ala Lys Ser Val Phe Asn Ser Leu Tyr Ala Ser Pro Gln Leu Glu 645 650 655 Gly Phe Ser Ala Glu Ser Arg Lys Leu Leu Leu Ile Val Gln Ala Leu 660 665 670 Arg Asp Asn Leu Glu Pro Gly Thr Phe Asp Leu Gly Gly Leu Tyr Glu 675 680 685 Ala Ile Glu Glu Cys Leu Ile Asn Asp Pro Trp Val Leu Leu Asn Ala 690 695 700 Ser Trp Phe Asn Ser Phe Leu Thr His Ala Leu Lys 705 710 715 <210> 74 <211> 2271 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 74 atggatgtca atccgactct acttttccta aaggttccag cgcagaatgc cataagcacc 60 acattccctt atactggaga tcctccatac agccatggaa caggaacagg atacaccatg 120 gacacagtca acagaacaca ccaatattca gaaaaaggga aatggacgac aaacacagag 180 actggggcac cccagctcaa tccgattgat ggaccactac ctgaagataa tgaaccaagt 240 ggatatgcac aaacagactg tgttctggag gccatggctt tccttgaaga atcccaccca 300 gggatatttg agaattcatg ccttgaaaca atggaaattg tccaacaaac aagggtggat 360 aaactaactc agggtcgcca gacttatgat tggacattga atagaaatca accggcagca 420 actgcattgg ccaacaccat agaagttttt agatcaaatg gtctaacagc taatgagtca 480 ggaaggctaa tagatttctt aaaagatgta atggaatcaa tggataaaga ggaaatagag 540 ataacgacac actttcaaag aaaaaggaga ataagggaca acatgaccaa gaagatggtc 600 acgcaaagaa caatagggaa gaaaaaacaa agagtgtata agaaaagtta tctaataaga 660 gcactgacat tgaatacgat gaccaaagat gcagagagag gcaaattaaa aaggagggct 720 attgcaacac ctgggatgca aattagaggg ttcgtgtact ttgttgagac tttagctaga 780 agcatttgcg aaaagcttga acagtccgga ctcccagtag ggggcaatga aaagaaagct 840 aaattggcaa acgttgtgag aaagatgatg actaattcac aagacacaga gctttctttc 900 acaatcactg gggacaacac taaatggaat gaaaaccaaa atcctcgaat gttcctggcg 960 atgattacat acatcaccag aaatcaaccc gagtggttca gaaacatcct gagcatggca 1020 cccataatgt tctcaaacaa aatggcaaga ctagggaaag ggtacatgtt cgagagtaaa 1080 agaatgaggc tccgaacaca gataccagca gaaatgctag caagcattga cctgaagtat 1140 ttcaatgaat caacaaagaa gaaaattgag aaaataaggc ctctcctaat agatggcaca 1200 gcatcattga gccctgggat gatgatgggc atgttcaaca tgctaagtac ggttttggga 1260 gtctcgatac tgaatcttgg acaaaagaaa tacacaagga caacatactg gtgggacgga 1320 ctccaatcct ccgacgattt tgccctcata gtaaatgcac caaatcatga gggaatacaa 1380 gcaggagtgg atagattcta caggacctgc aagttagtag gaatcaacat gagcaaaaag 1440 aagtcctata taaataagac tgggacattt gaattcacaa gcttttttta tcgctatggg 1500 tttgtagcta attttagcat ggagctgccc agttttggag tgtctggaat aaacgaatca 1560 gctgatatga gtattggagt aacagtgata aagaacaaca tgataaacaa tgatcttgga 1620 cctgcaacag cccagatggc ccttcagttg ttcatcaaag actacagata cacatataga 1680 tgccatagag gggacacaca aatccagacg agaagatcat tcgagctaaa gaagctgtgg 1740 gatcaaaccc aatcaaaggc aggattatta gtatctgatg gaggaccaaa tttatacaat 1800 atccggaatc ttcacattcc tgaagtctgc ttaaaatggg agctaatgga tgaggattac 1860 cggggaagac tttgcaatcc cctgaatccc tttgtcagcc ataaagagat tgattctgta 1920 aacagtgctg tggtgatgcc agcccatggt ccagccaaaa gcatggaata tgatgccgtt 1980 acaactacac actcctggat tcccaagagg aaccgctcta ttctcaacac aagccaaagg 2040 ggaattcttg aggatgaaca gatgtaccag aagtgctgca acctgttcga gaaatttttc 2100 cctagtagtt catacaggag accggttgga atttctagca tggtagaggc catggtgtct 2160 agggcccgga ttgatgccag gattgacttc gagtctggac ggattaagaa agaagagttc 2220 tctgagatca tgaagatctg ttccaccatt gaagaactca gacggcaaaa g 2271 <210> 75 <211> 757 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 75 Met Asp Val Asn Pro Thr Leu Leu Phe Leu Lys Val Pro Ala Gln Asn 1 5 10 15 Ala Ile Ser Thr Thr Phe Pro Tyr Thr Gly Asp Pro Pro Tyr Ser His 20 25 30 Gly Thr Gly Thr Gly Tyr Thr Met Asp Thr Val Asn Arg Thr His Gln 35 40 45 Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Trp Thr Thr Asn Thr Glu Thr Gly Ala Pro 50 55 60 Gln Leu Asn Pro Ile Asp Gly Pro Leu Pro Glu Asp Asn Glu Pro Ser 65 70 75 80 Gly Tyr Ala Gln Thr Asp Cys Val Leu Glu Ala Met Ala Phe Leu Glu 85 90 95 Glu Ser His Pro Gly Ile Phe Glu Asn Ser Cys Leu Glu Thr Met Glu 100 105 110 Ile Val Gln Gln Thr Arg Val Asp Lys Leu Thr Gln Gly Arg Gln Thr 115 120 125 Tyr Asp Trp Thr Leu Asn Arg Asn Gln Pro Ala Ala Thr Ala Leu Ala 130 135 140 Asn Thr Ile Glu Val Phe Arg Ser Asn Gly Leu Thr Ala Asn Glu Ser 145 150 155 160 Gly Arg Leu Ile Asp Phe Leu Lys Asp Val Met Glu Ser Met Asp Lys 165 170 175 Glu Glu Ile Glu Ile Thr Thr His Phe Gln Arg Lys Arg Arg Ile Arg 180 185 190 Asp Asn Met Thr Lys Lys Met Val Thr Gln Arg Thr Ile Gly Lys Lys 195 200 205 Lys Gln Arg Val Tyr Lys Lys Ser Tyr Leu Ile Arg Ala Leu Thr Leu 210 215 220 Asn Thr Met Thr Lys Asp Ala Glu Arg Gly Lys Leu Lys Arg Arg Ala 225 230 235 240 Ile Ala Thr Pro Gly Met Gln Ile Arg Gly Phe Val Tyr Phe Val Glu 245 250 255 Thr Leu Ala Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Glu Gln Ser Gly Leu Pro 260 265 270 Val Gly Gly Asn Glu Lys Lys Ala Lys Leu Ala Asn Val Val Arg Lys 275 280 285 Met Met Thr Asn Ser Gln Asp Thr Glu Leu Ser Phe Thr Ile Thr Gly 290 295 300 Asp Asn Thr Lys Trp Asn Glu Asn Gln Asn Pro Arg Met Phe Leu Ala 305 310 315 320 Met Ile Thr Tyr Ile Thr Arg Asn Gln Pro Glu Trp Phe Arg Asn Ile 325 330 335 Leu Ser Met Ala Pro Ile Met Phe Ser Asn Lys Met Ala Arg Leu Gly 340 345 350 Lys Gly Tyr Met Phe Glu Ser Lys Arg Met Arg Leu Arg Thr Gln Ile 355 360 365 Pro Ala Glu Met Leu Ala Ser Ile Asp Leu Lys Tyr Phe Asn Glu Ser 370 375 380 Thr Lys Lys Lys Ile Glu Lys Ile Arg Pro Leu Leu Ile Asp Gly Thr 385 390 395 400 Ala Ser Leu Ser Pro Gly Met Met Met Gly Met Phe Asn Met Leu Ser 405 410 415 Thr Val Leu Gly Val Ser Ile Leu Asn Leu Gly Gln Lys Lys Tyr Thr 420 425 430 Arg Thr Thr Tyr Trp Trp Asp Gly Leu Gln Ser Ser Asp Asp Phe Ala 435 440 445 Leu Ile Val Asn Ala Pro Asn His Glu Gly Ile Gln Ala Gly Val Asp 450 455 460 Arg Phe Tyr Arg Thr Cys Lys Leu Val Gly Ile Asn Met Ser Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ser Tyr Ile Asn Lys Thr Gly Thr Phe Glu Phe Thr Ser Phe Phe 485 490 495 Tyr Arg Tyr Gly Phe Val Ala Asn Phe Ser Met Glu Leu Pro Ser Phe 500 505 510 Gly Val Ser Gly Ile Asn Glu Ser Ala Asp Met Ser Ile Gly Val Thr 515 520 525 Val Ile Lys Asn Asn Met Ile Asn Asn Asp Leu Gly Pro Ala Thr Ala 530 535 540 Gln Met Ala Leu Gln Leu Phe Ile Lys Asp Tyr Arg Tyr Thr Tyr Arg 545 550 555 560 Cys His Arg Gly Asp Thr Gln Ile Gln Thr Arg Arg Ser Phe Glu Leu 565 570 575 Lys Lys Leu Trp Asp Gln Thr Gln Ser Lys Ala Gly Leu Leu Val Ser 580 585 590 Asp Gly Gly Pro Asn Leu Tyr Asn Ile Arg Asn Leu His Ile Pro Glu 595 600 605 Val Cys Leu Lys Trp Glu Leu Met Asp Glu Asp Tyr Arg Gly Arg Leu 610 615 620 Cys Asn Pro Leu Asn Pro Phe Val Ser His Lys Glu Ile Asp Ser Val 625 630 635 640 Asn Ser Ala Val Val Met Pro Ala His Gly Pro Ala Lys Ser Met Glu 645 650 655 Tyr Asp Ala Val Thr Thr Thr His Ser Trp Ile Pro Lys Arg Asn Arg 660 665 670 Ser Ile Leu Asn Thr Ser Gln Arg Gly Ile Leu Glu Asp Glu Gln Met 675 680 685 Tyr Gln Lys Cys Cys Asn Leu Phe Glu Lys Phe Phe Pro Ser Ser Ser 690 695 700 Tyr Arg Arg Pro Val Gly Ile Ser Ser Met Val Glu Ala Met Val Ser 705 710 715 720 Arg Ala Arg Ile Asp Ala Arg Ile Asp Phe Glu Ser Gly Arg Ile Lys 725 730 735 Lys Glu Glu Phe Ser Glu Ile Met Lys Ile Cys Ser Thr Ile Glu Glu 740 745 750 Leu Arg Arg Gln Lys 755 <210> 76 <211> 2277 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 76 atggagagaa taaaagaact aagagatcta atgtcgcagt cccgcactcg cgagatactc 60 actaagacca ctgtggacca tatggccata atcaaaaagt acacatcagg aaggcaagag 120 aagaaccccg cactcagaat gaagtggatg atggcaatga aatacccaat tacagcagac 180 aagagaataa tggacatgat tccagagagg aatgaacaag gacaaaccct ctggagcaaa 240 acaaacgatg ctggatcgga ccgtgtgatg gtatcacccc tggccgtaac atggtggaat 300 aggaatggcc caacaacaag cacagttcac taccctaagg tatataaaac ttatttcgaa 360 aaagtcgaaa ggttaaaaca tggtaccttt ggccctgtcc acttcagaaa tcaagttaaa 420 ataagaagga gggttgacac aaaccctggt catgcagatc tcagtgccaa ggaggcacag 480 gatgtgatca tggaagttgt tttcccaaat gaagtggggg caagaatact gacatcagag 540 tcacagctga caataacaaa agaaaagaaa gaagaactcc aggattgtaa aattgctccc 600 ttgatggtgg catacatgct agaaagagag ttggttcgta agacgaggtt tctcccggtg 660 gcaggtggaa caagcagtgt ttatattgaa gtgctgcact taactcaggg aacatgctgg 720 gagcaaatgt acactccagg aggagaagtg agaaatgatg atgttgacca aagtttgatt 780 atcgctgcta gaaacatagt aagaagagca gcagtgtcag cagacccatt agcatctctc 840 ttggaaatgt gccacagcac acagattgga ggaataagga tggtggacat ccttagacag 900 aacccaacgg aggaacaagc cgtagacata tgcaaggcag caatggggct gaggattagc 960 tcctctttca gctttggtgg gttcaccttc aaaagaacaa gcggatcatc agttaagaag 1020 gaagaagaag tgctcacggg caacctccaa acactgaaaa taagagtaca tgaaggatat 1080 gaagaattca caatggtcgg gaaaagagca acagctattc tcagaaaagc aaccaggagg 1140 ttgatccagt taatagtaag tgggagagac gatcaatcaa ttgctgaggc aataattgtg 1200 gccatggtat tttcacaaga ggattgcatg atcaaggcag ttaggggcga tctgaacttt 1260 gtcaataggg caaaccagcg actgaatccc atgcaccaac tcttgaggca tttccaaaaa 1320 gatgcaaaag tgcttttcca gaactgggga attgaaccca tcgacagtgt gatgggaatg 1380 atcgggatat tgcctgatat gaccccaagc acggaaatgt cgctgagagg tataagagtc 1440 agcaaaatgg gagtagatga gtattccagc acggagagag tggtagtgag cattgaccga 1500 tttttgagag ttcgggatca acgagggaac gtactattgt ctcccgaaga ggtcagcgag 1560 acacaaggaa ctgagaaatt gacaataact tattcgtcat caatgatgtg ggagatcaat 1620 ggtcctgagt cagtgctggt caacacttat caatggatca taaggaactg ggaaagcttg 1680 aaaattcaat ggtcacaaga tcccacgatg ttatacaaca aaatggaatt tgaaccattc 1740 cagtctcttg tccctaaggc aatcagaagt cgttacagtg gattcgtaag gacactgttc 1800 cagcaaatgc gggatgtgct tggaacattt gacactgtcc aaataataaa actcctcccc 1860 tttgctgctg ctccacctga acagagtagg atgcagttct cctcgctgac tgtgaatgtg 1920 agaggatcag ggctgaggat actggtaaga ggcaattctc cagtgttcaa ttacaacaaa 1980 gcaaccaaaa ggcttacaat tcttgggaaa gatgcaggtg cattgactga agatccagat 2040 gaaggcacag ctggagtgga gtctgctgtc ctgaggggat tcctcatttt gggtaaagaa 2100 gacaagagat atggcccagc attaagcatc aatgaactga gcaatcttgc aaaaggggag 2160 aaggctaatg tgctaattgg gcaaggagac gtggtgttgg taatgaaacg gaaacgggac 2220 tctagcatac ttactgacag ccagacagcg accaaaagaa ttcggatggc catcaat 2277 <210> 77 <211> 759 <212> PRT <213> swine influenza virus <400> 77 Met Glu Arg Ile Lys Glu Leu Arg Asp Leu Met Ser Gln Ser Arg Thr 1 5 10 15 Arg Glu Ile Leu Thr Lys Thr Thr Val Asp His Met Ala Ile Ile Lys 20 25 30 Lys Tyr Thr Ser Gly Arg Gln Glu Lys Asn Pro Ala Leu Arg Met Lys 35 40 45 Trp Met Met Ala Met Lys Tyr Pro Ile Thr Ala Asp Lys Arg Ile Met 50 55 60 Asp Met Ile Pro Glu Arg Asn Glu Gln Gly Gln Thr Leu Trp Ser Lys 65 70 75 80 Thr Asn Asp Ala Gly Ser Asp Arg Val Met Val Ser Pro Leu Ala Val 85 90 95 Thr Trp Trp Asn Arg Asn Gly Pro Thr Thr Ser Thr Val His Tyr Pro 100 105 110 Lys Val Tyr Lys Thr Tyr Phe Glu Lys Val Glu Arg Leu Lys His Gly 115 120 125 Thr Phe Gly Pro Val His Phe Arg Asn Gln Val Lys Ile Arg Arg Arg 130 135 140 Val Asp Thr Asn Pro Gly His Ala Asp Leu Ser Ala Lys Glu Ala Gln 145 150 155 160 Asp Val Ile Met Glu Val Val Phe Pro Asn Glu Val Gly Ala Arg Ile 165 170 175 Leu Thr Ser Glu Ser Gln Leu Thr Ile Thr Lys Glu Lys Lys Glu Glu 180 185 190 Leu Gln Asp Cys Lys Ile Ala Pro Leu Met Val Ala Tyr Met Leu Glu 195 200 205 Arg Glu Leu Val Arg Lys Thr Arg Phe Leu Pro Val Ala Gly Gly Thr 210 215 220 Ser Ser Val Tyr Ile Glu Val Leu His Leu Thr Gln Gly Thr Cys Trp 225 230 235 240 Glu Gln Met Tyr Thr Pro Gly Gly Glu Val Arg Asn Asp Asp Val Asp 245 250 255 Gln Ser Leu Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Val Arg Arg Ala Ala Val 260 265 270 Ser Ala Asp Pro Leu Ala Ser Leu Leu Glu Met Cys His Ser Thr Gln 275 280 285 Ile Gly Gly Ile Arg Met Val Asp Ile Leu Arg Gln Asn Pro Thr Glu 290 295 300 Glu Gln Ala Val Asp Ile Cys Lys Ala Ala Met Gly Leu Arg Ile Ser 305 310 315 320 Ser Ser Phe Ser Phe Gly Gly Phe Thr Phe Lys Arg Thr Ser Gly Ser 325 330 335 Ser Val Lys Lys Glu Glu Glu Val Leu Thr Gly Asn Leu Gln Thr Leu 340 345 350 Lys Ile Arg Val His Glu Gly Tyr Glu Glu Phe Thr Met Val Gly Lys 355 360 365 Arg Ala Thr Ala Ile Leu Arg Lys Ala Thr Arg Arg Leu Ile Gln Leu 370 375 380 Ile Val Ser Gly Arg Asp Asp Gln Ser Ile Ala Glu Ala Ile Ile Val 385 390 395 400 Ala Met Val Phe Ser Gln Glu Asp Cys Met Ile Lys Ala Val Arg Gly 405 410 415 Asp Leu Asn Phe Val Asn Arg Ala Asn Gln Arg Leu Asn Pro Met His 420 425 430 Gln Leu Leu Arg His Phe Gln Lys Asp Ala Lys Val Leu Phe Gln Asn 435 440 445 Trp Gly Ile Glu Pro Ile Asp Ser Val Met Gly Met Ile Gly Ile Leu 450 455 460 Pro Asp Met Thr Pro Ser Thr Glu Met Ser Leu Arg Gly Ile Arg Val 465 470 475 480 Ser Lys Met Gly Val Asp Glu Tyr Ser Ser Thr Glu Arg Val Val Val 485 490 495 Ser Ile Asp Arg Phe Leu Arg Val Arg Asp Gln Arg Gly Asn Val Leu 500 505 510 Leu Ser Pro Glu Glu Val Ser Glu Thr Gln Gly Thr Glu Lys Leu Thr 515 520 525 Ile Thr Tyr Ser Ser Ser Met Met Trp Glu Ile Asn Gly Pro Glu Ser 530 535 540 Val Leu Val Asn Thr Tyr Gln Trp Ile Ile Arg Asn Trp Glu Ser Leu 545 550 555 560 Lys Ile Gln Trp Ser Gln Asp Pro Thr Met Leu Tyr Asn Lys Met Glu 565 570 575 Phe Glu Pro Phe Gln Ser Leu Val Pro Lys Ala Ile Arg Ser Arg Tyr 580 585 590 Ser Gly Phe Val Arg Thr Leu Phe Gln Gln Met Arg Asp Val Leu Gly 595 600 605 Thr Phe Asp Thr Val Gln Ile Ile Lys Leu Leu Pro Phe Ala Ala Ala 610 615 620 Pro Pro Glu Gln Ser Arg Met Gln Phe Ser Ser Leu Thr Val Asn Val 625 630 635 640 Arg Gly Ser Gly Leu Arg Ile Leu Val Arg Gly Asn Ser Pro Val Phe 645 650 655 Asn Tyr Asn Lys Ala Thr Lys Arg Leu Thr Ile Leu Gly Lys Asp Ala 660 665 670 Gly Ala Leu Thr Glu Asp Pro Asp Glu Gly Thr Ala Gly Val Glu Ser 675 680 685 Ala Val Leu Arg Gly Phe Leu Ile Leu Gly Lys Glu Asp Lys Arg Tyr 690 695 700 Gly Pro Ala Leu Ser Ile Asn Glu Leu Ser Asn Leu Ala Lys Gly Glu 705 710 715 720 Lys Ala Asn Val Leu Ile Gly Gln Gly Asp Val Val Leu Val Met Lys 725 730 735 Arg Lys Arg Asp Ser Ser Ile Leu Thr Asp Ser Gln Thr Ala Thr Lys 740 745 750 Arg Ile Arg Met Ala Ile Asn 755 <210> 78 <211> 2341 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 78 agcgaaagca ggtcaaatat attcaatatg gagagaataa aagaactaag agatctgatg 60 tcgcagtctc gcactcgcga gatactcaca aagaccactg tggaccatat ggccataatc 120 aaaaagtaca catcaggaag gcaagagaag aaccccgcac tcagaatgaa gtggatgatg 180 gcaatgaaat acccaattac agcagacaag agaataatgg acatgattcc agagaggaat 240 gaacaaggac aaaccctctg gagcaaaaca aacgatgctg gatcggaccg tgtgatggta 300 tcacccctgg ccgtaacatg gtggaatagg aatggcccaa caacaagcac agttcactac 360 cctaaggtat ataaaactta tttcgaaaag atcgaaaggt taaaacatgg tatctttggc 420 cctgtccact tcagaaatca agttaaaata agaaggaggg ttgacacaaa ccctggtcat 480 gcagatctca gtgccaagga ggcacaggat gtgatcatgg aagttgtttt cccaaatgaa 540 gtgggggcaa gagtactgac gtcagagtca cagctgacaa taacaaagga aaagaaagaa 600 gagctccagg attgtaagat tgctcccctg atggtggcat acatgctaga aagagagttg 660 gttcgcaaga cgaggtttct cccggtggct ggtggaacaa gcagtgttta tattgaagtg 720 ctacacttaa ctcagggaac atgctgggaa caaatgtaca ctccaggagg agaagtgaga 780 aatgatgatg ttgaccaaag tttgattatc gctgctagaa acatagtaag aagagcagca 840 gtgtcagcag acccattagc atctctcttg gaaatgtgcc acagcacaca gattggagga 900 ataaggatgg tggacatcct tagacagaac ccaacggagg aacaagccgt agacatatgc 960 aaggcagcaa tggggctgag gattagctct tctttcagct ttggtgggtt caccttcaaa 1020 agaacaagcg gatcatcagt taagaaagaa gaagaagtgc tcacgggcaa cctccaaaca 1080 ctgaaaataa gagtacatga aggatatgaa gaattcacaa tggtagggag aagagcaact 1140 gctattctca gaaaagcaac caggagattg atccagttaa tagtaagtgg gagagacgat 1200 caatcaattg ctgaggcaat aattgtagcc atggtatttt cacaagagga ttgcatgatc 1260 aaggcagtta ggggcgatct gaactttgtc aatagggcaa accagcgact gaatcccatg 1320 caccaactct tgaggcattt ccaaaaagat gcaaaagtgc ttttccagaa ctggggaatt 1380 gaacccatcg acagtgtgat gggaatgatc gggatattgc ctgatatgac cccaagcacg 1440 gaaatgtcgc tgagaggtat aagagtcagc aaaatgggag tagatgagta ttccagcacg 1500 gagagagtgg tagtgagcat tgaccgattt ttgagagttc gggatcaacg agggaacgta 1560 ctattgtccc ccgaagaggt cagcgagaca caaggaactg agaaattgac aataacttat 1620 tcgtcatcaa tgatgtggga gatcaatggt cctgagtcag tgctggtcaa cacttatcaa 1680 tggatcataa ggaattggga aagcttgaaa attcaatggt cacaagatcc cacgatgtta 1740 tacaacaaaa tggaatttga accattccag tctcttgtcc ctaaggcaac cagaagtcgt 1800 tacagtggat tcgtgaggac actgttccag caaatgcggg atgtgcttgg aacatttgac 1860 actgtccaaa taataaaact tctccccttt gctgctgctc caccggaaca gagtaggata 1920 cagttctcct cgctgactgt gaatgtgaga ggatcagggc tgaggatact ggtaagaggc 1980 aattctccag tgttcaatta caacaaagca accaaaaggc ttacaattct tggaaaagat 2040 gcaggtgcat tgactgaaga tccagatgaa ggcacagctg gagtggagtc tgctgtcctg 2100 aggggattcc tcattttggg taaagaagac aagagatatg gcccagcatt aagcatcaat 2160 gaactgagca atcttgcaaa aggagagaag gctaatgtgt taattgggca aggagacgtg 2220 gtgttggtaa tgaaacggaa acggaactct agcatactta ctgacagcca gacagcgacc 2280 aaaagaattc ggatggccat caattagtgt cgaattgttt aaaaacgacc ttgtttctac 2340 t 2341 <210> 79 <211> 2341 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 79 agcgaaagca ggcaaaccat ttgaatggat gtcaacccga ctctactttt cctaaaggtt 60 ccagcgcaaa atgccataag caccacattc ccttatactg gagatcctcc atacagccat 120 ggaacaggaa caggatacac catggacaca gtcaacagaa cacaccagta ttcagaaaaa 180 gggaaatgga cgacaaacac agagactggg gcaccccagc tcaacccgat tgatggacca 240 ctacccgatg ataatgaacc aagtgggtat gcacaaacag actgtgtcct ggaggccatg 300 gctttccttg aagaatccca cccagggata tttgagaatt catgccttga aacaatggaa 360 attgtccaac aaacaagggt ggataaacta actcaaggtc gccagactta tgattggaca 420 ttaaacagaa atcaaccggc agcaactgca ttggccaaca ccatagaagt ttttagatca 480 aacggtctaa cagctaatga gtcaggaagg ctaatagatt tcctaaagga tgtaatggaa 540 tcaatggata aggaggaaat agagataaca acacattttc aaagaaaaag gagagtaaga 600 gacaacatga ccaagaagat ggtcacacaa agaacaatag ggaagaaaaa acaaaaattg 660 aataagagaa gttatctaat aagagcactg acattgaata cgatgaccaa agatgcagag 720 agaggcaagt taaaaaggag ggctatcgca acacctggga tgcagattag agggttcgtg 780 tactttgttg agactttagc tagaagcatc tgcgaaaagc ttgaacagtc cggactccca 840 gtagggggca atgaaaagaa agccaaattg gcaaatgttg tgagaaagat gatgactaat 900 tcacaagaca cagagctttc tttcacaatc actggagata acactaaatg gaatgaaaac 960 cagaatcctc gaatgttcct ggcgatgatc acatacatta ccagaaatca acccgagtgg 1020 ttcagaaaca tactgagtat ggcaccaata atgttctcaa acaaaatggc aagactagga 1080 aaagggtaca tgttcgagag taaaagaatg aagctccgaa cacaggtacc agcagaaatg 1140 ctagcaagca ttgatcttaa gtatttcaat gaatcaacaa ggaagaaaat tgagaaaata 1200 aggcctctcc taatagatgg cacagcatca ttgagccctg ggatgatgat gggcatgttc 1260 aacatgctaa gtacggtttt gggagtctca atactgaatc ttggacaaaa gaaatacacc 1320 aggacaacat actggtggga tggactccaa tcctcagacg attttgccct catagtaaat 1380 gcaccaaatc atgagggaat acaagcagga gtggatagat tctacaggac ctgcaagtta 1440 gtagggatca acatgagcaa aaagaagtcc tatataaata agactgggac atttgaattc 1500 acaagctttt tttatcgcta tgggtttgta gctaatttta gcatggagct gcccagtttt 1560 ggagtgtctg gaataaacga atcagctgat atgagcatcg gagtaacagt gataaagaac 1620 aacatgataa ataatgatct tggacctgca acagcccaga tggccctcca gttgttcatc 1680 aaagactaca gatacacata tagatgccat agaggggaca cacaaatcca gacgagaaga 1740 tcattcgagc taaagagcct gtggaatcaa actcaatcaa aggcaggatt attagtatct 1800 gatggaggac caaatttata caatatccgg aatcttcaca ttcctgaagt ctgcttaaaa 1860 tgggagctaa tggatgagga ttatcgggga agactttgta atcccctgaa tccctttgtc 1920 agccataaag agattgattc tgtaaacagt gctgtggtga tgccagccca tggtccagcc 1980 aaaagtatgg agtatgatgc cgttgcaact acacactcct ggattcccaa gaggaaccgc 2040 tctattctca acacaagcca aaggggaatt cttgaggatg aacagatgta ccagaagtgc 2100 tgcaacctgt tcgagaaatt tttccctagt agttcataca gaagaccagt tggaatttct 2160 agcatggtgg aggccatggt gtctagggcc cggattgatg ccaggattga cttcgagtct 2220 ggacggatta agaaagaaga gttctctgag atcatgaaga tctgttccac cattgaagaa 2280 ctcagacggc aaaagtaatg aatttagctt gtccttcatg aaaaaatgcc ttgtttctac 2340 t 2341 <210> 80 <211> 2233 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 80 agcgaaagca ggtactgatc caaaatggaa gactttgtgc gacaatgctt caatccaatg 60 atcgtcgagc ttgcggaaaa ggcaatgaaa gaatatggag aagatccgaa aattgaaact 120 aacaaattcg ctgcaatatg cacacacttg gaagtatgtt tcatgtattc agatttccat 180 ttcattgacg agcggggtga atcaatcatt gtagaatctg gtgatccaaa tgcattactg 240 aagcaccgat ttgagataat tgaaggacgg gaccggacca tggcctggac agtagtgaac 300 agtatctgca acaccacagg ggtagagaag cctaaatttc ttccggattt atacgactac 360 aaagaaaatc ggttcattga aattggagtg acacgaaggg aggtccacat atactaccta 420 gagaaagcca acaaaataaa atccgagaag acacacattc acattttttc attcactgga 480 gaggagatgg ccaccaaagc agactacacc cttgatgaag aaagcagggc aagaatcaaa 540 accaggcttt tcaccataag acaagaaatg gcaagtaggg gtctatggga ttcctttcgt 600 cagtccgaaa gaggcgagga gacaattgaa gaaagatttg aaattacagg aaccatgcgc 660 agacttgccg accaaagtct cccaccgaac ttctccagtc ttgaaaactt tagagcttat 720 gtagatgggt tcgaaccaaa cggctgcatt gagggcaagc tttctcaaat gtcaaaagaa 780 gtgagcgccc aaattgaacc cttcttgaag acaacaccac gccctctaaa attgcctgat 840 gggcctcctt gctctcagcg gtcaaagttc ttgctgatgg atgctctgaa actaagtatt 900 gaagacccga gtcatgaagg agaaggaata ccactatatg atgcaatcaa gtgcatgaag 960 acattttttg gctggaaaga acccaacata atcaaaccac atgagaaagg cataaacccc 1020 aattacctac tggcttggaa gcaggtgcta gcagagctcc aagacattga aaatgaagag 1080 aagatcccaa agacaaagaa catgaggaga acaagccaat tgaagtgggc actcggtgag 1140 aatatggcac cagagaaagt agattttgat gactgcaaag atgttggtga tcttaaacag 1200 tatgacagcg acgagccaga gcccagatct ctagcaagtt gggtccaaaa tgaattcaac 1260 aaggcatgtg aattgaccga ttcaagctgg atagaacttg atgagatagg agaagatatt 1320 gcaccgattg aacacatcgc aagtatgagg aggaactatt ttacagcaga agtgtcccat 1380 tgtagggcta cggaatacat aatgaaggga gtgtacataa acacggcttt gcttaatgca 1440 tcttgtgcag ccatggatga ctttcagctg atcccaatga taagcaaatg caggaccaaa 1500 gaaggaagac gaaaaacaaa tctgtatggg ttcattataa aaggaaggtc ccatctgagg 1560 aatgatactg acgtggtgaa ctttgtaagc atggagttct ccctcaccga cccgagactg 1620 gagccacaca aatgggaaaa atactgtgtt cttgaaatag gagacatgct cctgaggact 1680 gcgataggcc aagtgtcgag gcccatgttc ttatatgtga gaaccaatgg aacctccaag 1740 atcaagatga aatggggcat ggaaatgagg cgctgccttc ttcaatctct tcagcagatt 1800 gagagcatga ttgaggctga gtcttctgta aaagagaaag acatgaccaa ggaatttttt 1860 gaaaacaaat cggaaacatg gccaattgga gaatcaccca aaggagtgga ggaaggctct 1920 attgggaaag tgtgcaggac cttactggca aaatctgtat tcaacagtct atacgcatct 1980 ccacaacttg agggattttc ggctgaatcg agaaagttgc ttctcattgt tcaggcactt 2040 agggacaacc tggaacctgg aaccttcgat cttggggggc tatatgaagc aatcgaggag 2100 tgcctgatta atgatccctg ggttttgctt aatgcatctt ggttcaactc cttcctcaca 2160 catgcactga aatagttgtg gcaatgctac tatttgctat ccatactgtc caaaaaagta 2220 ccttgtttct act 2233 <210> 81 <211> 1565 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 81 agcaaaagca gggtagataa tcactcaatg agtgacatcg aagccatggc atctcaaggc 60 accaaacgat catatgaaca aatggagact ggtggtgaac gccaggatgc cacagaaatc 120 agagcatctg tcggaagaat gattggtgga atcgggaaat tctacatcca aatgtgcact 180 gaactcaaac tcagtgacta tgagggacga ctaatccaaa atagcataac aatagagaga 240 atggtgctct ctgcttttga tgagagaaga aataaatacc tagaagagca tcccagtgct 300 gggaaagacc ctaagaaaac tggaggaccc atatatagaa gagtagacgg aaagtggatg 360 agagaactca ttctttatga caaagaagaa ataaggagag tttggcgcca ggcaaacaat 420 ggtgatgatg caacagctgg tcttactcat atcatgattt ggcattccaa tctgaatgat 480 gccacgtacc agagaacaag agcacttgtt cgcaccggaa tggatcccag aatgtgctct 540 ctaatgcaag gttcaacact tcccagaagg tctggagcag caggtgctgc agtgaaagga 600 gttggaacaa taacaatgga attaatcaga atgatcaaac gggggatcaa tgaccgaaat 660 ttctggagag gtgaaaatgg aagaaggaca aggattgcat atgaaagaat gtgcaatatt 720 ctcaaaggaa aatttcagac agctgcccaa agggcaatga tggatcaagt gagagaaagt 780 cggaacccag ggaacgctga gattgaagat ctcattttcc tggcacggtc agcacttatc 840 ctaaggggat cagttgcaca taagtcttgc ctgcctgctt gcgtgtatgg gcttgcagtg 900 gcaagtgggc atgactttga aagggaaggg tattcgctgg tcgggataga cccatttaaa 960 ttactccaga acagtcaagt gttcagcctg gtaagaccaa atgaaaaccc agctcacaag 1020 agtcaattag tgtggatggc atgccactct gctgcatttg aggatctaag ggtctcaagt 1080 ttcataagag ggaagaaagt gattccaagg ggaaagcttt ccacaagagg ggttcagatt 1140 gcttcaaatg agaatgtgga agccatggat tccaatacct tagagctgag aagcagatac 1200 tgggctataa ggaccagaag tggaggaaat actaatcaac agaaagcatc cgcaggccag 1260 atcagtgtgc aacctacatt ctcagtgcaa cggaatctcc cttttgaaag agcaaccgtt 1320 atggcagctt tcagcggaaa caatgaagga cggacatccg atatgcggac agaaattata 1380 aggatgatgg aaaatgcaaa accagaagat ttgtccttcc aggggcgggg agtcttcgag 1440 ctctcggacg aaaaggcaac gagcccgatc gtgccttcct ttgacatgag taatgaaggg 1500 tcttatttct tcggagacaa tgcagaggag tatgacagtt gatgaaaaat acccttgttt 1560 ctact 1565 <210> 82 <211> 1027 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 82 agcaaaagca ggtagatgtt taaagatgag tcttctaacc gaggtcgaaa cgtatgttct 60 ctctatcgtc ccgtcaggcc ccctcaaagc cgagatagca cagaggctcg aagacgtttt 120 tgcagggaaa aacaccgatc ttgaggctct catggaatgg ctaaagacaa gaccaatcct 180 gtcacctctg actaaaggga ttttagggtt tgtgttcacg ctcaccgtgc ccagtgagcg 240 aggactgcag cgtagacgtt ttgtccagaa tgccctcaat gggaatggtg acccaaacaa 300 catggacaag gcggtaaaac tgtacaggaa actaaaaagg gaaataacat tccatggggc 360 caaggaagta gcgctcagtt actctgctgg tgcacttgcc agttgcatgg gcctcatata 420 caacagaatg gggactgtcg ccactgaggt ggcatttggt ctggtatgcg caacctgtga 480 acaaattgct gattctcagc atcgatctca tagacaaatg gtgacaacaa ccaatccact 540 aatcaggcac gagaacagaa tggtaatagc cagcacaaca gctaaggcca tggaacaaat 600 ggctggatca agtgaacaag cagcagaggc tatggaggtt gccagtcagg ctagacaaat 660 ggtacaggca atgagaacaa ttgggactca ccctagttcc agcactggtc taaaagatga 720 tcttcttgaa aatttacagg cctatcagaa acggatggga gtgcaaatgc aacgattcaa 780 gtgatcctct cattgatgcc gcaagcatca ttggtatttt gcacctgata ttgtggattc 840 ttgatcgtct ttttttcaaa tgcatctacc gtcgctttaa atacggtctg caaagagggc 900 cttctacgga aggagtgccg gagtccatga gggaagaata tcggcagaaa cagcagagtg 960 ctgtggatgt tgacgatggt cattttgtca acatagtgct agagtaaaaa actaccttgt 1020 ttctact 1027 <210> 83 <211> 890 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 83 agcaaaagca gggtgacaaa gacataatgg actccaatac tgtgtcaagc tttcaggtag 60 actgtttcct ttggcacatc cgcaaacgat ttgcagacaa tggattgggt gatgccccat 120 tccttgatcg gctccgccga gatcaaaagt ccctaaaagg aaggggcaac acccttagcc 180 tagacatcga aacagccact cttgttggga aacaaattgt tgagtggatt ttgaaagagg 240 aatccagcga tatacttaag atgaccattg catctgtgcc tacttcgcgc tacctagctg 300 acatgaccct cgaggaaatg tcacgagact ggttcatgct aatgcctagg caaaagataa 360 taggccctct ttgtgtgcga gtggaccagg cgatcatgga aaagaacatc atactgaaag 420 cgaacttcag tgtgatcttt aaccgattag agactttgat actactaagg gctttcactg 480 aggagggagc aatcgttgga gaaatttcac cattacctta tcttccagga catactaatg 540 aggatgtcaa aaatgcagtt ggggtcctca tcggagggct tgaatggaat ggtaacacgg 600 ttcgaggctc tgaaaatcta cagagattcg cttggagaaa ccataatgag gatgggagat 660 cttcactacc tccagaacag aaatgaaaag tggcgagagc aattgggaca gaaatttgag 720 gaaataagat ggttaattga agaaatacgg cacagattga aagcgacaga aaatagtttc 780 gagcaaataa catttatgca agccttacaa ctactgcttg aagtagaaca agagataagg 840 actttctcgt ttcagcttat ttaatgataa aaaacaccct tgtttctact 890 <210> 84 <211> 1778 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 84 agcaaaagca ggggaaaata aaagcaacca aaatgaaggc aatactagta gttctgctat 60 atacatttgc aacctcaaat gcagacacat tatgtatagg ttatcatgcg aacaattcaa 120 cagacactgt agacacagta ctagaaaaga atgtaacagt aacacactct gttaaccttc 180 tagaagacaa gcataacggg aaactatgca aactaagagg ggtagcccca ttgcatttgg 240 gtaaatgtaa cattgctggc tggatcctgg gaaatccaga gtgtgaatca ctctccacag 300 caagctcatg gtcctacatt gtggaaacat ctagttcagg caatggaacg tgttacccag 360 gagatttcat cgattatgag gagctaagag agcaattgag ctcagtgtca tcatttgaaa 420 ggtttgagat attccccaag acaagttcat ggcccaatca tgaatcgaac aaaggtgtaa 480 cggcagcatg tcctcatgct ggagaaaaaa gcttctacaa aaatttaata tggctagtta 540 aaaaaggaaa ctcataccca aagctcagca aatcctacat taatgataaa gggaaagaag 600 tcctcgtgct atggggcatt caccatccat ctactagtgc tgaccaacaa agtctctatc 660 agaatgcaga tgcatatgtt tttgtgggga catcaagata cagcaagaag ttcaagccgg 720 aaatagcaat aagacccaaa gtgagggatc aagaagggag aatgaactat tactggacac 780 tagtagagcc gggagacaaa ataacattcg aagcaactgg aaatctagtg gtaccgagat 840 atgcattcgc aatggaaaga aatgctggat ctggtattat catttcagat acaccagtcc 900 acgattgcaa tacaacttgt cagacaccca agggtgctat aaacaccagc cttccttttc 960 agaatataca tccgatcaca attggaaaat gtccaaaata tgtaaaaagc acaaaattga 1020 gactggccac aggattgagg aatgtcccgt ctattcaatc tagaggccta tttggggcca 1080 ttgccggttt cattgaaggg gggtggacag ggatggtaga tggatggtac ggttatcacc 1140 atcaaaatga gcaggggtca ggatatgcag ccgacctgaa gagcacacag aatgccattg 1200 acgagattac taacaaagta aattctgtta ttgaaaagat gaatacacag ttcacagcag 1260 taggtaaaga gttcaaccac ctggaaaaaa gaatagagaa tttaaataaa aaagttgatg 1320 atggtttcct ggacatttgg acttacaatg ccgaactgtt ggttctattg gaaaatgaaa 1380 gaactttgga ctaccacgat tcaaatgtga agaacttata tgaaaaggta agaagccagt 1440 taaaaaacaa tgccaaggaa attggaaacg gctgctttga attttaccac aaatgcgata 1500 acacgtgcat ggaaagtgtc aaaaatggga cttatgacta cccaaaatac tcagaggaag 1560 caaaattaaa cagagaagaa atagatgggg taaagctgga atcaacaagg atttaccaga 1620 ttttggcgat ctattcaact gtcgccagtt cattggtact ggtagtctcc ctgggggcaa 1680 tcagtttctg gatgtgctct aatgggtctc tacagtgtag aatatgtatt taacattagg 1740 atttcagaaa catgagaaaa aacacccttg tttctact 1778 <210> 85 <211> 1458 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 85 agcaaaagca ggagtttaaa atgaatccaa accaaaagat aataaccatt ggttcggtct 60 gtatgacaat tggaatggct aacttaatat tacaaattgg aaacataatc tcaatatgga 120 ttagccactc aattcaactt gggaatcaaa atcagattga aacatgcaat caaagcgtca 180 ttacttatga aaacaacact tgggtaaatc agacatatgt taacatcagc aacaccaact 240 ttgctgctgg acagtcagtg gtttccgtga aattagcggg caattcctct ctctgccctg 300 ttagtggatg ggctatatac agtaaagaca acagtgtaag aatcggttcc aagggggatg 360 tgtttgtcat aagggaacca ttcatatcat gctccccctt ggaatgcaga accttcttct 420 tgactcaagg ggccttgcta aatgacaaac attccaatgg aaccattaaa gacaggagcc 480 catatcgaac cctaatgagc tgtcctattg gtgaagttcc ctctccatac aactcaagat 540 ttgagtcagt cgcttggtca gcaagtgctt gtcatgatgg catcaattgg ctaacaattg 600 gaatttctgg cccagacaat ggggcagtgg ctgtgttaaa gtacaacggc ataataacag 660 acactatcaa gagttggaga aacaatatat tgagaacaca agagtctgaa tgtgcatgtg 720 taaatggttc ttgctttact gtaatgaccg atggaccaag taatggacag gcctcataca 780 agatcttcag aatagaaaag ggaaagatag tcaaatcagt cgaaatgaat gcccctaatt 840 atcactatga ggaatgctcc tgttatcctg attctagtga aatcacatgt gtgtgcaggg 900 ataactggca tggctcgaat cgaccgtggg tgtctttcaa ccagaatctg gaatatcaga 960 taggatacat atgcagtggg attttcggag acaatccacg ccctaatgat aagacaggca 1020 gttgtggtcc agtatcgtct aatggagcaa atggagtaaa agggttttca ttcaaatacg 1080 gcaatggtgt ttggataggg agaactaaaa gcattagttc aagaaacggt tttgagatga 1140 tttgggatcc gaacggatgg actgggacag acaataactt ctcaataaag caagatatcg 1200 taggaataaa tgagtggtca ggatatagcg ggagttttgt tcagcatcca gaactaacag 1260 ggctggattg tataagacct tgcttctggg ttgaactaat cagagggcga cccaaagaga 1320 acacaatctg gactagcggg agcagcatat ccttttgtgg tgtaaacagt gacactgtgg 1380 gttggtcttg gccagacggt gctgagttgc catttaccat tgacaagtaa tttgttcaaa 1440 aaactccttg tttctact 1458 <210> 86 <211> 1776 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 86 agcaaaagca ggggaaaaat aaaagcaacc aaaatgaaag taaaactaat ggttctgtta 60 tgtacattta cagctacata tgcagacaca atatgtgtag gctaccatgc caacaactca 120 actgacactg ttgacacagt acttgagaag aatgtgacag tgacacactc tgtcaaccta 180 cttgaggaca gccacaatgg aaaactatgt ctactaaaag gaatagctcc actacaattg 240 ggtagttgca gcgttgccgg atggatctta ggaaacccag agtgcgaatt gctgatttcc 300 aaggaatctt ggtcctacat tgtagaaaca ccaaatcctg agaatggaac atgttaccca 360 gggtatttca cagactatga agaactgagg gagcaattga gttcagtatc ttcatttaag 420 aggttcgaaa tattccccaa agagagctca tggcccaacc acaccgtaac cggagtgtca 480 tcatcatgct cccataacgg gaaaagcagc ttctacagaa atttgctatg gctgacggtg 540 aagaacggtc tgtacccaaa cctgagcaag tcctatacaa acaaaaagga gaaagaagtc 600 cttgtactat ggggtgttca tcacccatct aacatagggg accaaagggc cctctatcat 660 acagaaaatg cttatgtctc tgtagtgtct tcacattata gcagaagatt caccccagaa 720 atagccaaaa gacccaaggt gagaaatcag gaaggaagaa tcaactacta ctggaccctg 780 ctagaacccg gggatacaat aatatttgag gcaaatggaa atctaatagc accaaggtat 840 gccttcgaac tgagtaaggg ttttggatca ggaatcatca catcaaatgc accaatgggt 900 gaatgtaatg caaagtgtca aacacctcag ggagctataa acagcagtct tcctttccag 960 aatgtacacc cagtaacaat aggagagtgc ccaaagtatg tcaaaagtgc aaaattaagg 1020 atggttacag gactaaggaa caccccatcc attcaatcca gaggtttgtt tggagccatt 1080 gccggtttca ttgaaggagg gtggactgga atggtagatg gttggtatgg ttatcaccat 1140 cagaatgagc aaggatctgg gtatgctgca gaccaacaaa gcacacaaaa tgccattaat 1200 gggattacaa acaaggtgaa ttctgtgatt gaaaaaatga acactcaatt cacagctgtg 1260 ggcaaagaat tcaacaaact ggaaagaaga atggaaaact taaataaaaa ggttgatgat 1320 gggtttctag acatttggac atataatgca gaattgttag ttctactgga aaatgaaagg 1380 actttggatt tccatgactc caacgtgaag aatctgtatg agaaagtaaa aagccaatta 1440 aaaaataatg ccaaagaaat aggaaacggg tgttttgaat tctatcataa gtgtaacgat 1500 gaatgcatgg agagtgtgaa aaatggaact tatgactatc caaaatattc cgaagaatca 1560 aagttaaaca gggagaaaat tgatggagtg aaattggaat caatgggagt ctataatatc 1620 ctggcgatct actcaacagt cgccagttcc ctagttcttt tagtctccct gggggcaatc 1680 agcttctgga tgtgttccaa tgggtcttta cagtgtagaa tatgcatcta agaccagaat 1740 ttcagaaata taaggaaaaa cacccttgtt tctact 1776 <210> 87 <211> 1458 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 87 agcaaaagca ggagtttaaa atgaatccaa atcaaaagat aataacgatt ggctctgttt 60 ctcttactat tgccacaatg tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actaatgtaa 120 cattgcactt caatcaatat gaatgcaact accccccaaa caaccaagta atactgtgtg 180 aaccaacaat aatagaaaga aacataacag agatagtgta tctgaccaac accaccatag 240 agaaggaaat atgccccaaa ctagcagaat acagaaattg gtcaaagccg caatgtaaaa 300 ttacagggtt tgcacctttt tccaaggaca attcgattag gctttctgct ggtggggaca 360 tttgggtgac gagagaacct tatgtgtcat gcgatcctga taagtgttat cagtttgccc 420 ttggacaagg aacaacatta aacaacaggc attcaaatga cacagtacat gataggaccc 480 cttatcgaac cctattgatg aatgagttgg gtattccatt ccatttgggg accaaacaag 540 tgtgcatagc atggtccagc tcaagttgtc atgatggaaa agcatggctt cacgtttgta 600 ttactgggca tgatgaaaat gcaactgcca gcatcattta caatggaaga cttgtagata 660 gtattggttc atggtccaaa aaaatactca ggacacagga gtcggaatgt gtttgcatca 720 atggaacttg tacagtagta atgactgatg ggagtgcttc aggaatagct gacactaaaa 780 tattattcat tgaagagggg aaaatcgttc atattagccc attgttagga agtgctcagc 840 atgtagagga gtgctcctgt tatccccgat atcctggtgt cagatgcatc tgtagagaca 900 actggaaagg ttccaataga cccgtcgtag atataaatgt aaaggattat agcattgttt 960 ccagttatgt gtgctcagga cttgttggag atacacccag aaaagacgac agatccagca 1020 gtagcgattg tctgaatcct aacaatgagg aaggggggca tggagtgaaa ggctgggcct 1080 ttgatgatgg aaatgatgtg tggatgggaa gaacaatcaa cgagacgtta cgctcaggtt 1140 atgaaacctt caaagtcatt gaaggctggt ccaaacctaa ttccaaattg cagataaata 1200 ggcaagtcat agttgaaaga ggtgataggt ccggttattc tggcattttc tctgttgaag 1260 gcaaaagctg tatcaatcgg tgcttttatg tggagttgat aagaggaagg aaacaggaaa 1320 ctgcagtatg gtggacgtca aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg 1380 gaacaggctc atggcctgat ggggcgaaca tcaatctcat gcctgtataa tttattcaaa 1440 aaactccttg tttctact 1458 <210> 88 <211> 1762 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 88 agcaaaagca ggggatattt ctattaacca tgaagactat cattgctttt agctgcgttt 60 tatgtttgat tttcgctcaa aaacttcccg gaagtgacaa cagcatggca acgctgtgcc 120 tgggacacca tgcagtacca aacggaacgt tagtgaaaac aatcacggat gaccaaattg 180 aagtgactaa tgctactgag ctggttcaga gttcctcaac aggtagaata tgcaacagtc 240 ctcaccaaat ccttgatggg aaaaattgca cactgataga tgctctattg ggagaccctc 300 attgtgatga cttccaaaac aaggaatggg acctttttgt tgaacgaagc acagcctaca 360 gcaactgtta cccttattat gtgccggatt atgcctccct taggtcacta gttgcatcat 420 ccggcaccct ggaatttacc caagaaagct tcaattggac tggagttgct caagatggat 480 caagctatgc ttgcagaagg gaatctgtta acagtttctt tagtagattg aattggttgc 540 ataaattgga ttacaaatat ccagcgctga aagtaactat gccgaacaat gacaaattcg 600 acaaattgta catttggggg gttcaccacc cgggcactga cagggaccaa accaacctat 660 atgttcaaac atcagggaga gttacagtct ccaccaaaag aagccaacaa actgtaatcc 720 caaatatcgg gtctagaccc tgggtaaggg gtgtctccag cataataagc atctattgga 780 caatagtaaa accgggagac atacttttga ttaacagcac agggaatcta attgcccctc 840 ggggttactt caaattacaa agtgggaaaa gctcaataat gagatcagat gcacccattg 900 gcatctgcaa ttctgaatgc attactccaa atggaagcat tcccaacgac aaaccttttc 960 aaaatgtaaa caggatcact tatggggcct gtcccagata tgttaagcaa aacaccctga 1020 aattggcaac aggaatgcgg aatgtaccag agaaacaaac cagaggcata tttggcgcaa 1080 tcgcaggttt catagaaaat ggttgggaag ggatggtgga cggttggtac ggtttcaggc 1140 atcaaaattc tgaaggcaca ggacaagcag cagatcttaa aagcactcgt gcagcaatca 1200 accaaatcac cgggaaacta aatagagtaa tcaagaaaac gaacgagaaa ttccatcaga 1260 tcgaaaaaga attctcagaa gtagaaggga gaattcagga cctagagaaa tacgttgaag 1320 acactaaaat agacctctgg tcttacaacg cggagcttct tgttgccctg gagaaccaac 1380 acacaattga tttaactgac tcagaaatga acaaactgtt cgaaagaaca agaaagcaat 1440 tgcgggaaaa tgctgaggac atgggcaatg gttgcttcaa aatataccac aaatgtgaca 1500 atgcctgcat aggatcaatc agaaatggaa cttatgacca tgatgtatac agagatgagg 1560 cattaaacaa tcggttccag atcaaaggtg ttcagctgaa gtcaggatac aaagattgga 1620 tcctatggat ttcctttgcc atatcatgct ttttgctttg tgttgttctg ctggggttca 1680 ttatgtgggc ctgccaaaaa ggcaacatta ggtgcaacat ttgcatttga gtgcattaat 1740 taaaaacacc cttgtttcta ct 1762 <210> 89 <211> 1465 <212> DNA <213> swine influenza virus <400> 89 agcaaaagca ggagtaaaga tgaatccaaa tcaaaagata ataacaattg gctctgtttc 60 tctcctcatt gccacaatat gcttccttat gcaaattgcc atcctggtaa ctactgtaac 120 attgcatttc aagcagcatg attgcaactc ctccccaaac aaccaagtaa tgctgtgtga 180 accaacaata atagaaagaa acacaacaga gattgtgtat ctgaccaaca taactataga 240 gaaggaaata tgccccaaac tagcagaata cagaaattgg tcaaagcctc aatgtaacat 300 tacaggattt gcacctttct ctaaggacaa ttcgattcgg ctttccgctg gcggggacat 360 ctgggtgaca agagaacctt atgtgtcgtg cgatcctgac aagtgttatc aatttgccct 420 tgggcaggga acaacactaa acaacggtca ttcaaatgac actgtacatg ataggacccc 480 ttaccgaacc ctattgatga atgaattggg tgttccattt catttgggga ccaggcaagt 540 gtgcatagca tggtccagct caagttgtca cgatggaaaa gcatggttgc atgtttgtat 600 aactggggat gataaaaatg caactgctag cttcatttac aatgggaggc ttgtagatag 660 tattggttca tggtccaaaa atatactcag aacccaggag tcggaatgcg tttgtatcaa 720 tggaacttgt acagtagtaa tgactgatgg gagcgcttca ggaaaagctg atactaaagt 780 actattcatt gaggagggaa aaatcgttca tattagcaca ttgtcaggaa gtgctcagca 840 tgtcgaggag tgctcctgtt atcctcgata tcctggtgtc agatgtgtct gtagagacaa 900 ctggaaaggc tccaacaggc ccatcgtaga cataaatgta aaggattata gtattgtttc 960 cagttatgta tgctcaggac ttgttggaga cacacccaga aaaaacgaca gattcagcag 1020 tagccattgc caagatccta acaatgagga aggaggtcat ggggtgaaag gctgggcctt 1080 tgatgatgga aatgacgtgt ggatgggaag aacgatcaac gagaaattac gctcaggtta 1140 tgaaaccttc aaagtcatcg aaggctggtc caaacctaac tccaaattac agacaaatag 1200 gcaagtcata gttgaaagag gtaacaggtc cggttattct ggtattttct ccgttgaagg 1260 caaaagctgc atcaatcggt gtttttatgt ggagttgata aggggaagga aagaggaaac 1320 taaagtctgg tggacctcaa acagtattgt tgtgctttgt ggcacctcag gtacatatgg 1380 aacaggctca tggcctgatg gggcggatat caatctcatg cctatataac tttcgcaatt 1440 ttagaaaaaa ctccttgttt ctact 1465 <210> 90 <211> 709 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> NS-DO of TRIG H1N1 CDS + 5' and 3'UTR <400> 90 agcaaaagca gggtgacaaa gacataatgg actccaatac tgtgtcaagc tttcaggtag 60 actgtttcct ttggcacatc cgcaaacgat ttgcagacaa tggattgggt gatgccccat 120 tccttgatcg gctccgccga gatcaaaaat cgttaaaagg acgtggaaat acgttatcgt 180 tagatataga aacggcgacg ctagtcggaa aacaaatagt cgaatggata ttaaaagaag 240 aatcgtcgga tatattaaaa atgacgatag cgtcggtccc gacgtcgcgt tatttagcgg 300 atatgacgtt agaagaaatg tcgcgtgatt ggtttatgtt aatgccgcgt caaaaaataa 360 taggaccgtt atgtgtccgt gtcgatcaag cgataatgga aaaaaatata atattaaaag 420 cgaatttttc ggtcatattt aatcgtttag aaacgttaat attattacgt gcgtttacgg 480 aggagggagc aatcgttgga gaaatttcac cattacctta tcttccagga catactaatg 540 aggatgtcaa aaatgcagtt ggggtcctca tcggagggct tgaatggaat ggtaacacgg 600 ttcgaggctc tgaaaatcta cagagattcg cttggagaaa ccataatgag gatgggagat 660 cttcactacc tccagaacag aaatgataaa aaacaccctt gtttctact 709 <210> 91 <211> 1778 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> HA-DO of H1N1 CDS + 5' and 3'UTR <400> 91 agcaaaagca ggggaaaata aaagcaacca aaatgaaggc aatactagta gttctgctat 60 atacatttgc aacctcaaat gcagacacat tatgtatagg ttatcatgcg aacaattcaa 120 cagatacggt cgatacggtc ttagaaaaaa atgtcacggt cacgcattcg gtcaatttat 180 tagaagataa acataatgga aaattatgta aattacgtgg agtcgcgccg ttacatttag 240 gaaaatgtaa tatagcggga tggatattag gaaatccgga atgtgaatcg ttatcgacgg 300 cgtcgtcgtg gtcgtatata gtcgaaacgt cgtcgtcggg aaatggaacg tgttatccgg 360 gagattttat agattatgaa gaattacgtg aacaattatc gtcggtctcg tcgtttgaac 420 gttttgaaat atttccgaaa acgtcgtcgt ggccgaatca tgaatcgaat aaaggagtca 480 cggcggcgtg tccgcatgcg ggagaaaaat cgttttataa aaatttaata tggctagtca 540 aaaaaggaaa ttcgtatccg aaattatcga aatcgtatat aaatgataaa ggaaaagaag 600 tcttagtctt atggggaata catcatccgt cgacgtcggc ggatcaacaa tcgttatatc 660 aaaatgcgga tgcgtatgtc tttgtcggaa cgtcgcgtta ttcgaaaaaa tttaaaccgg 720 aaatagcgat acgtccgaaa gtccgtgatc aagaaggacg catgaattat tattggacgc 780 tagtcgaacc gggagataaa ataacgtttg aagcgacggg aaatttagtc gtcccgcgtt 840 atgcgtttgc gatggaacgt aatgcgggat cgggaataat aatatcggat acgccggtcc 900 atgattgtaa tacgacgtgt caaacgccga aaggagcgat aaatacgtcg ttaccgtttc 960 aaaatataca tccgataacg ataggaaaat gtccgaaata tgtcaaatcg acgaaattac 1020 gtttagcgac gggattacgt aatgtcccgt cgatacaatc gcgtggatta tttggagcga 1080 tagcgggatt tatagaagga ggatggacgg gaatggtcga tggatggtat ggatatcatc 1140 atcaaaatga acaaggatcg ggatatgcgg cggatttaaa atcgacgcaa aatgcgatag 1200 atgaaataac gaataaagtc aattcggtca tagaaaaaat gaatacgcaa tttacggcgg 1260 tcggaaaaga atttaatcat ttagaaaaac gtatagaaaa tttaaataaa aaagtcgatg 1320 atggattttt agatatatgg acgtataatg cggaattatt agtcttatta gaaaatgaac 1380 gtacgttaga ttatcatgat tcgaatgtca aaaatttata tgaaaaagtc cgttcgcaat 1440 taaaaaataa tgcgaaagaa ataggaaatg gatgttttga attttatcat aaatgtgata 1500 atacgtgtat ggaatcggtc aaaaatggaa cgtatgatta tccgaaatat tcggaagaag 1560 cgaaattaaa tcgtgaagaa atagatggag tcaaattaga atcgacgcgt atatatcaaa 1620 tattagcgat atattcgacg gtcgcgtcgt cattggtact ggtagtctcc ctgggggcaa 1680 tcagtttctg gatgtgctct aatgggtctc tacagtgtag aatatgtatt taacattagg 1740 atttcagaaa catgagaaaa aacacccttg tttctact 1778 <210> 92 <211> 1458 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> NA-DO of H1N1 CDS + 5' and 3'UTR <400> 92 agcaaaagca ggagtttaaa atgaatccaa accaaaagat aataaccatt ggttcggtct 60 gtatgacaat tggaatggct aacttaatat tacaaattgg aaacataatc tcaatatgga 120 tttcgcattc gatacaatta ggaaatcaaa atcaaataga aacgtgtaat caatcggtca 180 taacgtatga aaataatacg tgggtcaatc aaacgtatgt caatatatcg aatacgaatt 240 ttgcggcggg acaatcggtc gtatcggtca aattagcggg aaattcgtcg ttatgtccgg 300 tctcgggatg ggcgatatat tcgaaagata attcggtccg tataggatcg aaaggagatg 360 tctttgtcat acgtgaaccg tttatatcgt gttcgccgtt agaatgtcgt acgttttttt 420 taacgcaagg agcgttatta aatgataaac attcgaatgg aacgataaaa gatcgttcgc 480 cgtatcgtac gttaatgtcg tgtccgatag gagaagtccc gtcgccgtat aattcgcgtt 540 ttgaatcggt cgcgtggtcg gcgtcggcgt gtcatgatgg aataaattgg ttaacgatag 600 gaatatcggg accggataat ggagcggtcg cggtcttaaa atataatgga ataataacgg 660 atacgataaa atcgtggcgt aataatatat tacgtacgca agaatcggaa tgtgcgtgtg 720 tcaatggatc gtgttttacg gtcatgacgg atggaccgtc gaatggacaa gcgtcgtata 780 aaatatttcg tatagaaaaa ggaaaaatag tcaaatcggt cgaaatgaat gcgccgaatt 840 atcattatga agaatgttcg tgttatccgg attcgtcgga aataacgtgt gtctgtcgtg 900 ataattggca tggatcgaat cgtccgtggg tctcgtttaa tcaaaattta gaatatcaaa 960 taggatatat atgttcggga atatttggag ataatccgcg tccgaatgat aaaacgggat 1020 cgtgtggacc ggtctcgtcg aatggagcga atggagtcaa aggattttcg tttaaatatg 1080 gaaatggagt ctggatagga cgtacgaaat cgatatcgtc gcgtaatgga tttgaaatga 1140 tatgggatcc gaatggatgg acgggaacgg ataataattt ttcgataaaa caagatatag 1200 tcggaataaa tgaatggtcg ggatattcgg gatcgtttgt ccaacatccg gaattaacgg 1260 gattagattg tatacgtccg tgtttttggg tcgaattaat acgtggacgt ccgaaagaaa 1320 atacgatatg gactagcggg agcagcatat ccttttgtgg tgtaaacagt gacactgtgg 1380 gttggtcttg gccagacggt gctgagttgc catttaccat tgacaagtaa tttgttcaaa 1440 aaactccttg tttctact 1458 <210> 93 <211> 1776 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> HA-DO of H1N2 CDS + 5' and 3'UTR <400> 93 agcaaaagca ggggaaaaat aaaagcaacc aaaatgaaag taaaactaat ggttctgtta 60 tgtacattta cagctacata tgcagacaca atatgtgtag gctaccatgc caacaactca 120 actgatacgg tcgatacggt cttagaaaaa aatgtcacgg tcacgcattc ggtcaattta 180 ttagaagatt cgcataatgg aaaattatgt ttattaaaag gaatagcgcc gttacaatta 240 ggatcgtgtt cggtcgcggg atggatatta ggaaatccgg aatgtgaatt attaatatcg 300 aaagaatcgt ggtcgtatat agtcgaaacg ccgaatccgg aaaatggaac gtgttatccg 360 ggatatttta cggattatga agaattacgt gaacaattat cgtcggtctc gtcgtttaaa 420 cgttttgaaa tatttccgaa agaatcgtcg tggccgaatc atacggtcac gggagtctcg 480 tcgtcgtgtt cgcataatgg aaaatcgtcg ttttatcgta atttattatg gttaacggtc 540 aaaaatggat tatatccgaa tttatcgaaa tcgtatacga ataaaaaaga aaaagaagtc 600 ttagtcttat ggggagtcca tcatccgtcg aatataggag atcaacgtgc gttatatcat 660 acggaaaatg cgtatgtctc ggtcgtatcg tcgcattatt cgcgtcgttt tacgccggaa 720 atagcgaaac gtccgaaagt ccgtaatcaa gaaggacgta taaattatta ttggacgtta 780 ttagaaccgg gagatacgat aatatttgaa gcgaatggaa atttaatagc gccgcgttat 840 gcgtttgaat tatcgaaagg atttggatcg ggaataataa cgtcgaatgc gccgatggga 900 gaatgtaatg cgaaatgtca aacgccgcaa ggagcgataa attcgtcgtt accgtttcaa 960 aatgtccatc cggtcacgat aggagaatgt ccgaaatatg tcaaatcggc gaaattacgt 1020 atggtcacgg gattacgtaa tacgccgtcg atacaatcgc gtggattatt tggagcgata 1080 gcgggattta tagaaggagg atggacggga atggtcgatg gatggtatgg atatcatcat 1140 caaaatgaac aaggatcggg atatgcggcg gatcaacaat cgacgcaaaa tgcgataaat 1200 ggaataacga ataaagtcaa ttcggtcata gaaaaaatga atacgcaatt tacggcggtc 1260 ggaaaagaat ttaataaatt agaacgtcgt atggaaaatt taaataaaaa agtcgatgat 1320 ggatttttag atatatggac gtataatgcg gaattattag tcttattaga aaatgaacgt 1380 acgttagatt ttcatgattc gaatgtcaaa aatttatatg aaaaagtcaa atcgcaatta 1440 aaaaataatg cgaaagaaat aggaaatgga tgttttgaat tttatcataa atgtaatgat 1500 gaatgtatgg aatcggtcaa aaatggaacg tatgattatc cgaaatattc ggaagaatcg 1560 aaattaaatc gtgaaaaaat agatggagtc aaattagaat cgatgggagt ctataatata 1620 ttagcgatat attcgacggt cgcgtcgtcc ctagttcttt tagtctccct gggggcaatc 1680 agcttctgga tgtgttccaa tgggtcttta cagtgtagaa tatgcatcta agaccagaat 1740 ttcagaaata taaggaaaaa cacccttgtt tctact 1776 <210> 94 <211> 1458 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> NA-DO of H1N2 CDS + 5' and 3'UTR <400> 94 agcaaaagca ggagtttaaa atgaatccaa atcaaaagat aataacgatt ggctctgttt 60 ctcttactat tgccacaatg tgcttcctta tgcaaattgc catcctggta actaatgtaa 120 cattgcactt caatcaatat gaatgtaatt atccgccgaa taatcaagtc atattatgtg 180 aaccgacgat aatagaacgt aatataacgg aaatagtcta tttaacgaat acgacgatag 240 aaaaagaaat atgtccgaaa ttagcggaat atcgtaattg gtcgaaaccg caatgtaaaa 300 taacgggatt tgcgccgttt tcgaaagata attcgatacg tttatcggcg ggaggagata 360 tatgggtcac gcgtgaaccg tatgtctcgt gtgatccgga taaatgttat caatttgcgt 420 taggacaagg aacgacgtta aataatcgtc attcgaatga tacggtccat gatcgtacgc 480 cgtatcgcac gttattaatg aatgaattag gaataccgtt tcatttagga acgaaacaag 540 tctgtatagc gtggtcgtcg tcgtcgtgtc atgatggaaa agcgtggtta catgtctgta 600 taacgggaca tgatgaaaat gcgacggcgt cgataatata taatggacgt ttagtcgatt 660 cgataggatc gtggtcgaaa aaaatattac gtacgcaaga atcggaatgt gtctgtataa 720 atggaacgtg tacggtcgtc atgacggatg gatcggcgtc gggaatagcg gatacgaaaa 780 tattatttat agaagaagga aaaatagtcc atatatcgcc gttattagga tcggcgcaac 840 atgtcgaaga atgttcgtgt tatccgcgtt atccgggagt ccgttgtata tgtcgtgata 900 attggaaagg atcgaatcgt ccggtcgtcg atataaatgt caaagattat tcgatagtct 960 cgtcgtatgt ctgttcggga ttagtcggag atacgccgcg taaagatgat cgttcgtcgt 1020 cgtcggattg tttaaatccg aataatgaag aaggaggaca tggagtcaaa ggatgggcgt 1080 ttgatgatgg aaatgatgtc tggatgggac gtacgataaa tgaaacgtta cgttcgggat 1140 atgaaacgtt taaagtcata gaaggatggt cgaaaccgaa ttcgaaatta caaataaatc 1200 gtcaagtcat agtcgaacgt ggagatcgtt cgggatattc gggaatattt tcggtcgaag 1260 gaaaatcgtg tataaatcgt tgtttttatg tcgaattaat acgtggacgt aaacaagaaa 1320 ctgcagtatg gtggacgtca aacagtattg ttgtgttttg tggcacctca ggtacatatg 1380 gaacaggctc atggcctgat ggggcgaaca tcaatctcat gcctgtataa tttattcaaa 1440 aaactccttg tttctact 1458 <210> 95 <211> 1762 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> HA-DO of H3N2 CDS + 5' and 3'UTR <400> 95 agcaaaagca ggggatattt ctattaacca tgaagactat cattgctttt agctgcgttt 60 tatgtttgat tttcgctcaa aaacttcccg gaagtgacaa cagcatggca acgctgtgct 120 taggacatca tgcggtcccg aatggaacgt tagtcaaaac gataacggat gatcaaatag 180 aagtcacgaa tgcgacggaa ttagtccaat cgtcgtcgac gggacgtata tgtaattcgc 240 cgcatcaaat attagatgga aaaaattgta cgttaataga tgcgttatta ggagatccgc 300 attgtgatga ttttcaaaat aaagaatggg atttatttgt cgaacgttcg acggcgtatt 360 cgaattgtta tccgtattat gtcccggatt atgcgtcgtt acgttcgtta gtcgcgtcgt 420 cgggaacgtt agaatttacg caagaatcgt ttaattggac gggagtcgcg caagatggat 480 cgtcgtatgc gtgtcgtcgt gaatcggtca attcgttttt ttcgcgttta aattggttac 540 ataaattaga ttataaatat ccggcgttaa aagtcacgat gccgaataat gataaatttg 600 ataaattata tatatgggga gtccatcatc cgggaacgga tcgtgatcaa acgaatttat 660 atgtccaaac gtcgggacgt gtcacggtct cgacgaaacg ttcgcaacaa acggtcatac 720 cgaatatagg atcgcgtccg tgggtccgtg gagtctcgtc gataatatcg atatattgga 780 cgatagtcaa accgggagat atattattaa taaattcgac gggaaattta atagcgccgc 840 gtggatattt taaattacaa tcgggaaaat cgtcgataat gcgttcggat gcgccgatag 900 gaatatgtaa ttcggaatgt ataacgccga atggatcgat accgaatgat aaaccgtttc 960 aaaatgtcaa tcgtataacc tatggagcgt gtccgcgtta tgtcaaacaa aatacgttaa 1020 aattagcgac gggaatgcgt aatgtcccgg aaaaacaaac gcgtggaata tttggagcga 1080 tagcgggatt tatagaaaat ggatgggaag gaatggtcga tggatggtat ggatttcgtc 1140 atcaaaattc ggaaggaacg ggacaagcgg cggatttaaa atcgacgcgt gcggcgataa 1200 atcaaataac gggaaaatta aatcgtgtca taaaaaaaac gaatgaaaaa tttcatcaaa 1260 tagaaaaaga attttcggaa gtcgaaggac gtatacaaga tttagaaaaa tatgtcgaag 1320 atacgaaaat agatttatgg tcgtataatg cggaattatt agtcgcgtta gaaaatcaac 1380 atacgataga tttaacggat tcggaaatga ataaattatt tgaacgtacg cgtaaacaat 1440 tacgtgaaaa tgcggaagat atgggaaatg gatgttttaa aatatatcat aaatgtgata 1500 atgcgtgtat aggatcgata cgtaatggaa cgtatgatca tgatgtctat cgtgatgaag 1560 cgttaaataa tcgttttcaa ataaaaggag tccaattaaa atcgggatat aaagattgga 1620 tattatggat atcgtttgcg atatcgtgct ttttgctttg tgttgttctg ctggggttca 1680 ttatgtgggc ctgccaaaaa ggcaacatta ggtgcaacat ttgcatttga gtgcattaat 1740 taaaaacacc cttgtttcta ct 1762 <210> 96 <211> 1465 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> NA-DO of H3N2 CDS + 5' and 3'UTR <400> 96 agcaaaagca ggagtaaaga tgaatccaaa tcaaaagata ataacaattg gctctgtttc 60 tctcctcatt gccacaatat gcttccttat gcaaattgcc atcctggtaa ctactgtaac 120 attgcatttc aaacaacatg attgtaattc gtcgccgaat aatcaagtca tgttatgtga 180 accgacgata atagaacgta atacgacgga aatagtctat ttaacgaata taacgataga 240 aaaagaaata tgtccgaaat tagcggaata tcgtaattgg tcgaaaccgc aatgtaatat 300 aacgggattt gcgccgtttt cgaaagataa ttcgatacgt ttatcggcgg gaggagatat 360 atgggtcacg cgtgaaccgt atgtctcgtg tgatccggat aaatgttatc aatttgcgtt 420 aggacaagga acgacgttaa ataatggaca ttcgaatgat acggtccatg atcgtacgcc 480 gtatcgcacg ttattaatga atgaattagg agtcccgttt catttaggaa cgcgtcaagt 540 ctgtatagcg tggtcgtcgt cgtcgtgtca tgatggaaaa gcgtggttac atgtctgtat 600 aacgggagat gataaaaatg cgacggcgtc gtttatatat aatggacgtt tagtcgattc 660 gataggatcg tggtcgaaaa atatattacg tacgcaagaa tcggaatgtg tctgtataaa 720 tggaacgtgt acggtcgtca tgacggatgg atcggcgtcg ggaaaagcgg atacgaaagt 780 cttatttata gaagaaggaa aaatagtcca tatatcgacg ttatcgggat cggcgcaaca 840 tgtcgaagaa tgttcgtgtt atccgcgtta tccgggagtc cgttgtgtct gtcgtgataa 900 ttggaaagga tcgaatcgtc cgatagtcga tataaatgtc aaagattatt cgatagtctc 960 gtcgtatgtc tgttcgggat tagtcggaga tacgccgcgt aaaaatgatc gtttttcgtc 1020 gtcgcattgt caagatccga ataatgaaga aggaggacat ggagtcaaag gatgggcgtt 1080 tgatgatgga aatgatgtct ggatgggacg tacgataaat gaaaaattac gttcgggata 1140 tgaaacgttt aaagtcatag aaggatggtc gaaaccgaat tcgaaattac aaacgaatcg 1200 tcaagtcata gtcgaacgtg gaaatcgttc gggatattcg ggaatatttt cggtcgaagg 1260 aaaatcgtgt ataaatcgtt gtttttatgt cgaattaata cgtggacgta aagaagaaac 1320 taaagtctgg tggacctcaa acagtattgt tgtgctttgt ggcacctcag gtacatatgg 1380 aacaggctca tggcctgatg gggcggatat caatctcatg cctatataac tttcgcaatt 1440 ttagaaaaaa ctccttgttt ctact 1465 <210> 97 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bm-HA-Forward Primer <400> 97 tattcgtctc agggagcaaa agcagggg 28 <210> 98 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 3' Reverse Primer <400> 98 gtagcctaca catattgtgt c 21 <210> 99 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 5' Forward Primer <400> 99 gacacaatat gtgtaggcta cgatatctta gcgatatatt cgacggt 47 <210> 100 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bm-HA-R <400> 100 atatcgtctc gtattagtag aaacaagggt gtttt 35 <210> 101 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> H3 Ecto Domain Forward Primer <400> 101 ctacatatgc acaaaaactt cccggaagt 29 <210> 102 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> H3 Ecto Domain Reverse Primer <400> 102 taagatatct ttatatcccg atttta 26 <210> 103 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Overlapping sequence of SEQ ID NOs: 98 & 99. <400> 103 gacacaatat gtgtaggcta c 21 <210> 104 <211> 325 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 3'UTR, signal sequence (SS), transmembrane domain (TMD), cytoplasmic tail domain (CTD), and 5'UTR of HA segment (H1N2-DO) <400> 104 tattcgtctc agggagcaaa agcaggggaa aaataaaagc aaccaaaatg aaagtaaaac 60 taatggttct gttatgtaca tttacagcta catatgcaga cacaatatgt gtaggctacg 120 atatcttagc gatatattcg acggtttagc gatatattcg acggtcgcgt cgtccctagt 180 tcttttagtc tccctggggg caatcagctt ctggatgtgt tccaatgggt ctttacagtg 240 tagaatatgc atctaagacc agaatttcag aaatataagg aaaaacaccc ttgtttctac 300 taatacgaga cgatatatcg gatcc 325 <210> 105 <211> 2100 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HA-DO (H1-H3 chimera) - Nucleotides 351 to 2450 of pHW2000 <400> 105 ggctaactag agaacccact gcttactggc ttatcgaaat taatacgact cactataggg 60 agacccaagc tgttaacgct agcagttaac cggagtactg gtcgacctcc gaagttgggg 120 gggagcaaaa gcaggggaaa aataaaagca accaaaatga aagtaaaact aatggttctg 180 ttatgtacat ttacagctac atatgcacaa aaacttcccg gaagtgacaa cagcatggca 240 acgctgtgct taggacatca tgcggtcccg aatggaacgt tagtcaaaac gataacggat 300 gatcaaatag aagtcacgaa tgcgacggaa ttagtccaat cgtcgtcgac gggacgtata 360 tgtaattcgc cgcatcaaat attagatgga aaaaattgta cgttaataga tgcgttatta 420 ggagatccgc attgtgatga ttttcaaaat aaagaatggg atttatttgt cgaacgttcg 480 acggcgtatt cgaattgtta tccgtattat gtcccggatt atgcgtcgtt acgttcgtta 540 gtcgcgtcgt cgggaacgtt agaatttacg caagaatcgt ttaattggac gggagtcgcg 600 caagatggat cgtcgtatgc gtgtcgtcgt gaatcggtca attcgttttt ttcgcgttta 660 aattggttac ataaattaga ttataaatat ccggcgttaa aagtcacgat gccgaataat 720 gataaatttg ataaattata tatatgggga gtccatcatc cgggaacgga tcgtgatcaa 780 acgaatttat atgtccaaac gtcgggacgt gtcacggtct cgacgaaacg ttcgcaacaa 840 acggtcatac cgaatatagg atcgcgtccg tgggtccgtg gagtctcgtc gataatatcg 900 atatattgga cgatagtcaa accgggagat atattattaa taaattcgac gggaaattta 960 atagcgccgc gtggatattt taaattacaa tcgggaaaat cgtcgataat gcgttcggat 1020 gcgccgatag gaatatgtaa ttcggaatgt ataacgccga atggatcgat accgaatgat 1080 aaaccgtttc aaaatgtcaa tcgtataacc tatggagcgt gtccgcgtta tgtcaaacaa 1140 aatacgttaa aattagcgac gggaatgcgt aatgtcccgg aaaaacaaac gcgtggaata 1200 tttggagcga tagcgggatt tatagaaaat ggatgggaag gaatggtcga tggatggtat 1260 ggatttcgtc atcaaaattc ggaaggaacg ggacaagcgg cggatttaaa atcgacgcgt 1320 gcggcgataa atcaaataac gggaaaatta aatcgtgtca taaaaaaaac gaatgaaaaa 1380 tttcatcaaa tagaaaaaga attttcggaa gtcgaaggac gtatacaaga tttagaaaaa 1440 tatgtcgaag atacgaaaat agatttatgg tcgtataatg cggaattatt agtcgcgtta 1500 gaaaatcaac atacgataga tttaacggat tcggaaatga ataaattatt tgaacgtacg 1560 cgtaaacaat tacgtgaaaa tgcggaagat atgggaaatg gatgttttaa aatatatcat 1620 aaatgtgata atgcgtgtat aggatcgata cgtaatggaa cgtatgatca tgatgtctat 1680 cgtgatgaag cgttaaataa tcgttttcaa ataaaaggag tccaattaaa atcgggatat 1740 aaagatatct tagcgatata ttcgacggtc gcgtcgtccc tagttctttt agtctccctg 1800 ggggcaatca gcttctggat gtgttccaat gggtctttac agtgtagaat atgcatctaa 1860 gaccagaatt tcagaaatat aaggaaaaac acccttgttt ctactaataa cccggcggcc 1920 caaaatgccg actcggagcg aaagatatac ctcccccggg gccgggaggt cgcgtcaccg 1980 accacgccgc cggcccaggc gacgcgcgac acggacacct gtccccaaaa acgccaccat 2040 cgcagccaca cacggagcgc ccggggccct ctggtcaacc ccaggacaca cgcgggagca 2100 <210> 106 <211> 567 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> HA-DO (H1-H3 chimera) <400> 106 Met Lys Val Lys Leu Met Val Leu Leu Cys Thr Phe Thr Ala Thr Tyr 1 5 10 15 Ala Gln Lys Leu Pro Gly Ser Asp Asn Ser Met Ala Thr Leu Cys Leu 20 25 30 Gly His His Ala Val Pro Asn Gly Thr Leu Val Lys Thr Ile Thr Asp 35 40 45 Asp Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ser Ser 50 55 60 Thr Gly Arg Ile Cys Asn Ser Pro His Gln Ile Leu Asp Gly Lys Asn 65 70 75 80 Cys Thr Leu Ile Asp Ala Leu Leu Gly Asp Pro His Cys Asp Asp Phe 85 90 95 Gln Asn Lys Glu Trp Asp Leu Phe Val Glu Arg Ser Thr Ala Tyr Ser 100 105 110 Asn Cys Tyr Pro Tyr Tyr Val Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Leu 115 120 125 Val Ala Ser Ser Gly Thr Leu Glu Phe Thr Gln Glu Ser Phe Asn Trp 130 135 140 Thr Gly Val Ala Gln Asp Gly Ser Ser Tyr Ala Cys Arg Arg Glu Ser 145 150 155 160 Val Asn Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu His Lys Leu Asp Tyr 165 170 175 Lys Tyr Pro Ala Leu Lys Val Thr Met Pro Asn Asn Asp Lys Phe Asp 180 185 190 Lys Leu Tyr Ile Trp Gly Val His His Pro Gly Thr Asp Arg Asp Gln 195 200 205 Thr Asn Leu Tyr Val Gln Thr Ser Gly Arg Val Thr Val Ser Thr Lys 210 215 220 Arg Ser Gln Gln Thr Val Ile Pro Asn Ile Gly Ser Arg Pro Trp Val 225 230 235 240 Arg Gly Val Ser Ser Ile Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro 245 250 255 Gly Asp Ile Leu Leu Ile Asn Ser Thr Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg 260 265 270 Gly Tyr Phe Lys Leu Gln Ser Gly Lys Ser Ser Ile Met Arg Ser Asp 275 280 285 Ala Pro Ile Gly Ile Cys Asn Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser 290 295 300 Ile Pro Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Arg Ile Thr Tyr Gly 305 310 315 320 Ala Cys Pro Arg Tyr Val Lys Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly 325 330 335 Met Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile 340 345 350 Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr 355 360 365 Gly Phe Arg His Gln Asn Ser Glu Gly Thr Gly Gln Ala Ala Asp Leu 370 375 380 Lys Ser Thr Arg Ala Ala Ile Asn Gln Ile Thr Gly Lys Leu Asn Arg 385 390 395 400 Val Ile Lys Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe 405 410 415 Ser Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp 420 425 430 Thr Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu 435 440 445 Glu Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu 450 455 460 Phe Glu Arg Thr Arg Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly 465 470 475 480 Asn Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly 485 490 495 Ser Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala 500 505 510 Leu Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Gln Leu Lys Ser Gly Tyr 515 520 525 Lys Asp Ile Leu Ala Ile Tyr Ser Thr Val Ala Ser Ser Leu Val Leu 530 535 540 Leu Val Ser Leu Gly Ala Ile Ser Phe Trp Met Cys Ser Asn Gly Ser 545 550 555 560 Leu Gln Cys Arg Ile Cys Ile 565 <210> 107 <211> 3259 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000 plasmid <400> 107 actcactata gggagaccca agctgttaac gctagcagtt aaccggagta ctggtcgacc 60 tccgaagttg ggggggagga gacggtaccg tctccaataa cccggcggcc caaaatgccg 120 actcggagcg aaagatatac ctcccccggg gccgggaggt cgcgtcaccg accacgccgc 180 cggcccaggc gacgcgcgac acggacacct gtccccaaaa acgccaccat cgcagccaca 240 cacggagcgc ccggggccct ctggtcaacc ccaggacaca cgcgggagca gcgccgggcc 300 ggggacgccc tcccggcggt cacctaaatg ctagagctcg ctgatcagcc tcgactgtgc 360 cttctagttg ccagccatct gttgtttgcc cctcccccgt gccttccttg accctggaag 420 gtgccactcc cactgtcctt tcctaataaa atgaggaaat tgcatcgcat tgtctgagta 480 ggtgtcattc tattctgggg ggtggggtgg ggcaggacag caagggggag gattgggaag 540 acaatagcag gcatgctggg gatgcggtgg gctctatggc ttctgaggcg gaaagaacca 600 gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg gagaggcggt ttgcgtattg ggcgctcttc 660 cgcttgatga cctctagcta gagcttggcg taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga 720 aattgttatc cgctcacaat tccacacaac atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc 780 tggggtgcct aatgagtgag ctaactcaca ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc 840 cagtcgggaa acctgtcgtg ccagctgcat taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc 900 ggtttgcgta ttgggcgctc ttccgcttcc tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt 960 cggctgcggc gagcggtatc agctcactca aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca 1020 ggggataacg caggaaagaa catgtgagca aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa 1080 aaggccgcgt tgctggcgtt tttccatagg ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat 1140 cgacgctcaa gtcagaggtg gcgaaacccg acaggactat aaagatacca ggcgtttccc 1200 cctggaagct ccctcgtgcg ctctcctgtt ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc 1260 gcctttctcc cttcgggaag cgtggcgctt tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt 1320 tcggtgtagg tcgttcgctc caagctgggc tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac 1380 cgctgcgcct tatccggtaa ctatcgtctt gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg 1440 ccactggcag cagccactgg taacaggatt agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca 1500 gagttcttga agtggtggcc taactacggc tacactagaa gaacagtatt tggtatctgc 1560 gctctgctga agccagttac cttcggaaaa agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa 1620 accaccgctg gtagcggtgg tttttttgtt tgcaagcagc agattacgcg cagaaaaaaa 1680 ggatctcaag aagatccttt gatcttttct acggggtctg acgctcagtg gaacgaaaac 1740 tcacgttaag ggattttggt catgagatta tcaaaaagga tcttcaccta gatcctttta 1800 aattaaaaat gaagttttaa atcaatctaa agtatatatg agtaaacttg gtctgacagt 1860 taccaatgct taatcagtga ggcacctatc tcagcgatct gtctatttcg ttcatccata 1920 gttgcctgac tccccgtcgt gtagataact acgatacggg agggcttacc atctggcccc 1980 agtgctgcaa tgataccgcg agacccacgc tcaccggctc cagatttatc agcaataaac 2040 cagccagccg gaagggccga gcgcagaagt ggtcctgcaa ctttatccgc ctccatccag 2100 tctattaatt gttgccggga agctagagta agtagttcgc cagttaatag tttgcgcaac 2160 gttgttgcca ttgctacagg catcgtggtg tcacgctcgt cgtttggtat ggcttcattc 2220 agctccggtt cccaacgatc aaggcgagtt acatgatccc ccatgttgtg caaaaaagcg 2280 gttagctcct tcggtcctcc gatcgttgtc agaagtaagt tggccgcagt gttatcactc 2340 atggttatgg cagcactgca taattctctt actgtcatgc catccgtaag atgcttttct 2400 gtgactggtg agtactcaac caagtcattc tgagaatagt gtatgcggcg accgagttgc 2460 tcttgcccgg cgtcaatacg ggataatacc gcgccacata gcagaacttt aaaagtgctc 2520 atcattggaa aacgttcttc ggggcgaaaa ctctcaagga tcttaccgct gttgagatcc 2580 agttcgatgt aacccactcg tgcacccaac tgatcttcag catcttttac tttcaccagc 2640 gtttctgggt gagcaaaaac aggaaggcaa aatgccgcaa aaaagggaat aagggcgaca 2700 cggaaatgtt gaatactcat actcttcctt tttcaatatt attgaagcat ttatcagggt 2760 tattgtctca tgagcggata catatttgaa tgtatttaga aaaataaaca aataggggtt 2820 ccgcgcacat ttccccgaaa agtgccacct gacgtcatcg ccacctgacg tcgatatgcc 2880 aagtacgccc cctattgacg tcaatgacgg taaatggccc gcctggcatt atgcccagta 2940 catgacctta tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tcgctattac 3000 catggtgatg cggttttggc agtacatcaa tgggcgtgga tagcggtttg actcacgggg 3060 atttccaagt ctccacccca ttgacgtcaa tgggagtttg ttttggcacc aaaatcaacg 3120 ggactttcca aaatgtcgta acaactccgc cccattgacg caaatgggcg gtaggcgtgt 3180 acggtgggag gtctatataa gcagagctct ctggctaact agagaaccca ctgcttactg 3240 gcttatcgaa attaatacg 3259 <210> 108 <211> 4130 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-TRIG-NS-DO <400> 108 gaaaagtgcc acctgacgtc atcgccacct gacgtcgata tgccaagtac gccccctatt 60 gacgtcaatg acggtaaatg gcccgcctgg cattatgccc agtacatgac cttatgggac 120 tttcctactt ggcagtacat ctacgtatta gtcatcgcta ttaccatggt gatgcggttt 180 tggcagtaca tcaatgggcg tggatagcgg tttgactcac ggggatttcc aagtctccac 240 cccattgacg tcaatgggag tttgttttgg caccaaaatc aacgggactt tccaaaatgt 300 cgtaacaact ccgccccatt gacgcaaatg ggcggtaggc gtgtacggtg ggaggtctat 360 ataagcagag ctctctggct aactagagaa cccactgctt actggcttat cgaaattaat 420 acgactcact atagggagac ccaagctgtt aacgctagca gttaaccgga gtactggtcg 480 acctccgaag ttggggggga gcaaaagcag ggtgacaaag acataatgga ctccaatact 540 gtgtcaagct ttcaggtaga ctgtttcctt tggcacatcc gcaaacgatt tgcagacaat 600 ggattgggtg atgccccatt ccttgatcgg ctccgccgag atcaaaaatc gttaaaagga 660 cgtggaaata cgttatcgtt agatatagaa acggcgacgc tagtcggaaa acaaatagtc 720 gaatggatat taaaagaaga atcgtcggat atattaaaaa tgacgatagc gtcggtcccg 780 acgtcgcgtt atttagcgga tatgacgtta gaagaaatgt cgcgtgattg gtttatgtta 840 atgccgcgtc aaaaaataat aggaccgtta tgtgtccgtg tcgatcaagc gataatggaa 900 aaaaatataa tattaaaagc gaatttttcg gtcatattta atcgtttaga aacgttaata 960 ttattacgtg cgtttacgga ggagggagca atcgttggag aaatttcacc attaccttat 1020 cttccaggac atactaatga ggatgtcaaa aatgcagttg gggtcctcat cggagggctt 1080 gaatggaatg gtaacacggt tcgaggctct gaaaatctac agagattcgc ttggagaaac 1140 cataatgagg atgggagatc ttcactacct ccagaacaga aatgaaaagt ggcgagagca 1200 attgggacag aaatttgagg aaataagatg gttaattgaa gaaatacggc acagattgaa 1260 agcgacagaa aatagtttcg agcaaataac atttatgcaa gccttacaac tactgcttga 1320 agtagaacaa gagataagga ctttctcgtt tcagcttatt taatgataaa aaacaccctt 1380 gtttctacta ataacccggc ggcccaaaat gccgactcgg agcgaaagat atacctcccc 1440 cggggccggg aggtcgcgtc accgaccacg ccgccggccc aggcgacgcg cgacacggac 1500 acctgtcccc aaaaacgcca ccatcgcagc cacacacgga gcgcccgggg ccctctggtc 1560 aaccccagga cacacgcggg agcagcgccg ggccggggac gccctcccgg cggtcaccta 1620 aatgctagag ctcgctgatc agcctcgact gtgccttcta gttgccagcc atctgttgtt 1680 tgcccctccc ccgtgccttc cttgaccctg gaaggtgcca ctcccactgt cctttcctaa 1740 taaaatgagg aaattgcatc gcattgtctg agtaggtgtc attctattct ggggggtggg 1800 gtggggcagg acagcaaggg ggaggattgg gaagacaata gcaggcatgc tggggatgcg 1860 gtgggctcta tggcttctga ggcggaaaga accagctgca ttaatgaatc ggccaacgcg 1920 cggggagagg cggtttgcgt attgggcgct cttccgcttg atgacctcta gctagagctt 1980 ggcgtaatca tggtcatagc tgtttcctgt gtgaaattgt tatccgctca caattccaca 2040 caacatacga gccggaagca taaagtgtaa agcctggggt gcctaatgag tgagctaact 2100 cacattaatt gcgttgcgct cactgcccgc tttccagtcg ggaaacctgt cgtgccagct 2160 gcattaatga atcggccaac gcgcggggag aggcggtttg cgtattgggc gctcttccgc 2220 ttcctcgctc actgactcgc tgcgctcggt cgttcggctg cggcgagcgg tatcagctca 2280 ctcaaaggcg gtaatacggt tatccacaga atcaggggat aacgcaggaa agaacatgtg 2340 agcaaaaggc cagcaaaagg ccaggaaccg taaaaaggcc gcgttgctgg cgtttttcca 2400 taggctccgc ccccctgacg agcatcacaa aaatcgacgc tcaagtcaga ggtggcgaaa 2460 cccgacagga ctataaagat accaggcgtt tccccctgga agctccctcg tgcgctctcc 2520 tgttccgacc ctgccgctta ccggatacct gtccgccttt ctcccttcgg gaagcgtggc 2580 gctttctcat agctcacgct gtaggtatct cagttcggtg taggtcgttc gctccaagct 2640 gggctgtgtg cacgaacccc ccgttcagcc cgaccgctgc gccttatccg gtaactatcg 2700 tcttgagtcc aacccggtaa gacacgactt atcgccactg gcagcagcca ctggtaacag 2760 gattagcaga gcgaggtatg taggcggtgc tacagagttc ttgaagtggt ggcctaacta 2820 cggctacact agaagaacag tatttggtat ctgcgctctg ctgaagccag ttaccttcgg 2880 aaaaagagtt ggtagctctt gatccggcaa acaaaccacc gctggtagcg gtggtttttt 2940 tgtttgcaag cagcagatta cgcgcagaaa aaaaggatct caagaagatc ctttgatctt 3000 ttctacgggg tctgacgctc agtggaacga aaactcacgt taagggattt tggtcatgag 3060 attatcaaaa aggatcttca cctagatcct tttaaattaa aaatgaagtt ttaaatcaat 3120 ctaaagtata tatgagtaaa cttggtctga cagttaccaa tgcttaatca gtgaggcacc 3180 tatctcagcg atctgtctat ttcgttcatc catagttgcc tgactccccg tcgtgtagat 3240 aactacgata cgggagggct taccatctgg ccccagtgct gcaatgatac cgcgagaccc 3300 acgctcaccg gctccagatt tatcagcaat aaaccagcca gccggaaggg ccgagcgcag 3360 aagtggtcct gcaactttat ccgcctccat ccagtctatt aattgttgcc gggaagctag 3420 agtaagtagt tcgccagtta atagtttgcg caacgttgtt gccattgcta caggcatcgt 3480 ggtgtcacgc tcgtcgtttg gtatggcttc attcagctcc ggttcccaac gatcaaggcg 3540 agttacatga tcccccatgt tgtgcaaaaa agcggttagc tccttcggtc ctccgatcgt 3600 tgtcagaagt aagttggccg cagtgttatc actcatggtt atggcagcac tgcataattc 3660 tcttactgtc atgccatccg taagatgctt ttctgtgact ggtgagtact caaccaagtc 3720 attctgagaa tagtgtatgc ggcgaccgag ttgctcttgc ccggcgtcaa tacgggataa 3780 taccgcgcca catagcagaa ctttaaaagt gctcatcatt ggaaaacgtt cttcggggcg 3840 aaaactctca aggatcttac cgctgttgag atccagttcg atgtaaccca ctcgtgcacc 3900 caactgatct tcagcatctt ttactttcac cagcgtttct gggtgagcaa aaacaggaag 3960 gcaaaatgcc gcaaaaaagg gaataagggc gacacggaaa tgttgaatac tcatactctt 4020 cctttttcaa tattattgaa gcatttatca gggttattgt ctcatgagcg gatacatatt 4080 tgaatgtatt tagaaaaata aacaaatagg ggttccgcgc acatttcccc 4130 <210> 109 <211> 5018 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H1N1-HA-DO <400> 109 ataggggttc cgcgcacatt tccccgaaaa gtgccacctg acgtcatcgc cacctgacgt 60 cgatatgcca agtacgcccc ctattgacgt caatgacggt aaatggcccg cctggcatta 120 tgcccagtac atgaccttat gggactttcc tacttggcag tacatctacg tattagtcat 180 cgctattacc atggtgatgc ggttttggca gtacatcaat gggcgtggat agcggtttga 240 ctcacgggga tttccaagtc tccaccccat tgacgtcaat gggagtttgt tttggcacca 300 aaatcaacgg gactttccaa aatgtcgtaa caactccgcc ccattgacgc aaatgggcgg 360 taggcgtgta cggtgggagg tctatataag cagagctctc tggctaacta gagaacccac 420 tgcttactgg cttatcgaaa ttaatacgac tcactatagg gagacccaag ctgttaacgc 480 tagcagttaa ccggagtact ggtcgacctc cgaagttggg ggggagcaaa agcaggggaa 540 aataaaagca accaaaatga aggcaatact agtagttctg ctatatacat ttgcaacctc 600 aaatgcagac acattatgta taggttatca tgcgaacaat tcaacagata cggtcgatac 660 ggtcttagaa aaaaatgtca cggtcacgca ttcggtcaat ttattagaag ataaacataa 720 tggaaaatta tgtaaattac gtggagtcgc gccgttacat ttaggaaaat gtaatatagc 780 gggatggata ttaggaaatc cggaatgtga atcgttatcg acggcgtcgt cgtggtcgta 840 tatagtcgaa acgtcgtcgt cgggaaatgg aacgtgttat ccgggagatt ttatagatta 900 tgaagaatta cgtgaacaat tatcgtcggt ctcgtcgttt gaacgttttg aaatatttcc 960 gaaaacgtcg tcgtggccga atcatgaatc gaataaagga gtcacggcgg cgtgtccgca 1020 tgcgggagaa aaatcgtttt ataaaaattt aatatggcta gtcaaaaaag gaaattcgta 1080 tccgaaatta tcgaaatcgt atataaatga taaaggaaaa gaagtcttag tcttatgggg 1140 aatacatcat ccgtcgacgt cggcggatca acaatcgtta tatcaaaatg cggatgcgta 1200 tgtctttgtc ggaacgtcgc gttattcgaa aaaatttaaa ccggaaatag cgatacgtcc 1260 gaaagtccgt gatcaagaag gacgcatgaa ttattattgg acgctagtcg aaccgggaga 1320 taaaataacg tttgaagcga cgggaaattt agtcgtcccg cgttatgcgt ttgcgatgga 1380 acgtaatgcg ggatcgggaa taataatatc ggatacgccg gtccatgatt gtaatacgac 1440 gtgtcaaacg ccgaaaggag cgataaatac gtcgttaccg tttcaaaata tacatccgat 1500 aacgatagga aaatgtccga aatatgtcaa atcgacgaaa ttacgtttag cgacgggatt 1560 acgtaatgtc ccgtcgatac aatcgcgtgg attatttgga gcgatagcgg gatttataga 1620 aggaggatgg acgggaatgg tcgatggatg gtatggatat catcatcaaa atgaacaagg 1680 atcgggatat gcggcggatt taaaatcgac gcaaaatgcg atagatgaaa taacgaataa 1740 agtcaattcg gtcatagaaa aaatgaatac gcaatttacg gcggtcggaa aagaatttaa 1800 tcatttagaa aaacgtatag aaaatttaaa taaaaaagtc gatgatggat ttttagatat 1860 atggacgtat aatgcggaat tattagtctt attagaaaat gaacgtacgt tagattatca 1920 tgattcgaat gtcaaaaatt tatatgaaaa agtccgttcg caattaaaaa ataatgcgaa 1980 agaaatagga aatggatgtt ttgaatttta tcataaatgt gataatacgt gtatggaatc 2040 ggtcaaaaat ggaacgtatg attatccgaa atattcggaa gaagcgaaat taaatcgtga 2100 agaaatagat ggagtcaaat tagaatcgac gcgtatatat caaatattag cgatatattc 2160 gacggtcgcg tcgtcattgg tactggtagt ctccctgggg gcaatcagtt tctggatgtg 2220 ctctaatggg tctctacagt gtagaatatg tatttaacat taggatttca gaaacatgag 2280 aaaaaacacc cttgtttcta ctaataaccc ggcggcccaa aatgccgact cggagcgaaa 2340 gatatacctc ccccggggcc gggaggtcgc gtcaccgacc acgccgccgg cccaggcgac 2400 gcgcgacacg gacacctgtc cccaaaaacg ccaccatcgc agccacacac ggagcgcccg 2460 gggccctctg gtcaacccca ggacacacgc gggagcagcg ccgggccggg gacgccctcc 2520 cggcggtcac ctaaatgcta gagctcgctg atcagcctcg actgtgcctt ctagttgcca 2580 gccatctgtt gtttgcccct cccccgtgcc ttccttgacc ctggaaggtg ccactcccac 2640 tgtcctttcc taataaaatg aggaaattgc atcgcattgt ctgagtaggt gtcattctat 2700 tctggggggt ggggtggggc aggacagcaa gggggaggat tgggaagaca atagcaggca 2760 tgctggggat gcggtgggct ctatggcttc tgaggcggaa agaaccagct gcattaatga 2820 atcggccaac gcgcggggag aggcggtttg cgtattgggc gctcttccgc ttgatgacct 2880 ctagctagag cttggcgtaa tcatggtcat agctgtttcc tgtgtgaaat tgttatccgc 2940 tcacaattcc acacaacata cgagccggaa gcataaagtg taaagcctgg ggtgcctaat 3000 gagtgagcta actcacatta attgcgttgc gctcactgcc cgctttccag tcgggaaacc 3060 tgtcgtgcca gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg gagaggcggt ttgcgtattg 3120 ggcgctcttc cgcttcctcg ctcactgact cgctgcgctc ggtcgttcgg ctgcggcgag 3180 cggtatcagc tcactcaaag gcggtaatac ggttatccac agaatcaggg gataacgcag 3240 gaaagaacat gtgagcaaaa ggccagcaaa aggccaggaa ccgtaaaaag gccgcgttgc 3300 tggcgttttt ccataggctc cgcccccctg acgagcatca caaaaatcga cgctcaagtc 3360 agaggtggcg aaacccgaca ggactataaa gataccaggc gtttccccct ggaagctccc 3420 tcgtgcgctc tcctgttccg accctgccgc ttaccggata cctgtccgcc tttctccctt 3480 cgggaagcgt ggcgctttct catagctcac gctgtaggta tctcagttcg gtgtaggtcg 3540 ttcgctccaa gctgggctgt gtgcacgaac cccccgttca gcccgaccgc tgcgccttat 3600 ccggtaacta tcgtcttgag tccaacccgg taagacacga cttatcgcca ctggcagcag 3660 ccactggtaa caggattagc agagcgaggt atgtaggcgg tgctacagag ttcttgaagt 3720 ggtggcctaa ctacggctac actagaagaa cagtatttgg tatctgcgct ctgctgaagc 3780 cagttacctt cggaaaaaga gttggtagct cttgatccgg caaacaaacc accgctggta 3840 gcggtggttt ttttgtttgc aagcagcaga ttacgcgcag aaaaaaagga tctcaagaag 3900 atcctttgat cttttctacg gggtctgacg ctcagtggaa cgaaaactca cgttaaggga 3960 ttttggtcat gagattatca aaaaggatct tcacctagat ccttttaaat taaaaatgaa 4020 gttttaaatc aatctaaagt atatatgagt aaacttggtc tgacagttac caatgcttaa 4080 tcagtgaggc acctatctca gcgatctgtc tatttcgttc atccatagtt gcctgactcc 4140 ccgtcgtgta gataactacg atacgggagg gcttaccatc tggccccagt gctgcaatga 4200 taccgcgaga cccacgctca ccggctccag atttatcagc aataaaccag ccagccggaa 4260 gggccgagcg cagaagtggt cctgcaactt tatccgcctc catccagtct attaattgtt 4320 gccgggaagc tagagtaagt agttcgccag ttaatagttt gcgcaacgtt gttgccattg 4380 ctacaggcat cgtggtgtca cgctcgtcgt ttggtatggc ttcattcagc tccggttccc 4440 aacgatcaag gcgagttaca tgatccccca tgttgtgcaa aaaagcggtt agctccttcg 4500 gtcctccgat cgttgtcaga agtaagttgg ccgcagtgtt atcactcatg gttatggcag 4560 cactgcataa ttctcttact gtcatgccat ccgtaagatg cttttctgtg actggtgagt 4620 actcaaccaa gtcattctga gaatagtgta tgcggcgacc gagttgctct tgcccggcgt 4680 caatacggga taataccgcg ccacatagca gaactttaaa agtgctcatc attggaaaac 4740 gttcttcggg gcgaaaactc tcaaggatct taccgctgtt gagatccagt tcgatgtaac 4800 ccactcgtgc acccaactga tcttcagcat cttttacttt caccagcgtt tctgggtgag 4860 caaaaacagg aaggcaaaat gccgcaaaaa agggaataag ggcgacacgg aaatgttgaa 4920 tactcatact cttccttttt caatattatt gaagcattta tcagggttat tgtctcatga 4980 gcggatacat atttgaatgt atttagaaaa ataaacaa 5018 <210> 110 <211> 4698 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H1N1-NA-DO <400> 110 caaatagggg ttccgcgcac atttccccga aaagtgccac ctgacgtcat cgccacctga 60 cgtcgatatg ccaagtacgc cccctattga cgtcaatgac ggtaaatggc ccgcctggca 120 ttatgcccag tacatgacct tatgggactt tcctacttgg cagtacatct acgtattagt 180 catcgctatt accatggtga tgcggttttg gcagtacatc aatgggcgtg gatagcggtt 240 tgactcacgg ggatttccaa gtctccaccc cattgacgtc aatgggagtt tgttttggca 300 ccaaaatcaa cgggactttc caaaatgtcg taacaactcc gccccattga cgcaaatggg 360 cggtaggcgt gtacggtggg aggtctatat aagcagagct ctctggctaa ctagagaacc 420 cactgcttac tggcttatcg aaattaatac gactcactat agggagaccc aagctgttaa 480 cgctagcagt taaccggagt actggtcgac ctccgaagtt gggggggagc aaaagcagga 540 gtttaaaatg aatccaaacc aaaagataat aaccattggt tcggtctgta tgacaattgg 600 aatggctaac ttaatattac aaattggaaa cataatctca atatggattt cgcattcgat 660 acaattagga aatcaaaatc aaatagaaac gtgtaatcaa tcggtcataa cgtatgaaaa 720 taatacgtgg gtcaatcaaa cgtatgtcaa tatatcgaat acgaattttg cggcgggaca 780 atcggtcgta tcggtcaaat tagcgggaaa ttcgtcgtta tgtccggtct cgggatgggc 840 gatatattcg aaagataatt cggtccgtat aggatcgaaa ggagatgtct ttgtcatacg 900 tgaaccgttt atatcgtgtt cgccgttaga atgtcgtacg ttttttttaa cgcaaggagc 960 gttattaaat gataaacatt cgaatggaac gataaaagat cgttcgccgt atcgtacgtt 1020 aatgtcgtgt ccgataggag aagtcccgtc gccgtataat tcgcgttttg aatcggtcgc 1080 gtggtcggcg tcggcgtgtc atgatggaat aaattggtta acgataggaa tatcgggacc 1140 ggataatgga gcggtcgcgg tcttaaaata taatggaata ataacggata cgataaaatc 1200 gtggcgtaat aatatattac gtacgcaaga atcggaatgt gcgtgtgtca atggatcgtg 1260 ttttacggtc atgacggatg gaccgtcgaa tggacaagcg tcgtataaaa tatttcgtat 1320 agaaaaagga aaaatagtca aatcggtcga aatgaatgcg ccgaattatc attatgaaga 1380 atgttcgtgt tatccggatt cgtcggaaat aacgtgtgtc tgtcgtgata attggcatgg 1440 atcgaatcgt ccgtgggtct cgtttaatca aaatttagaa tatcaaatag gatatatatg 1500 ttcgggaata tttggagata atccgcgtcc gaatgataaa acgggatcgt gtggaccggt 1560 ctcgtcgaat ggagcgaatg gagtcaaagg attttcgttt aaatatggaa atggagtctg 1620 gataggacgt acgaaatcga tatcgtcgcg taatggattt gaaatgatat gggatccgaa 1680 tggatggacg ggaacggata ataatttttc gataaaacaa gatatagtcg gaataaatga 1740 atggtcggga tattcgggat cgtttgtcca acatccggaa ttaacgggat tagattgtat 1800 acgtccgtgt ttttgggtcg aattaatacg tggacgtccg aaagaaaata cgatatggac 1860 tagcgggagc agcatatcct tttgtggtgt aaacagtgac actgtgggtt ggtcttggcc 1920 agacggtgct gagttgccat ttaccattga caagtaattt gttcaaaaaa ctccttgttt 1980 ctactaataa cccggcggcc caaaatgccg actcggagcg aaagatatac ctcccccggg 2040 gccgggaggt cgcgtcaccg accacgccgc cggcccaggc gacgcgcgac acggacacct 2100 gtccccaaaa acgccaccat cgcagccaca cacggagcgc ccggggccct ctggtcaacc 2160 ccaggacaca cgcgggagca gcgccgggcc ggggacgccc tcccggcggt cacctaaatg 2220 ctagagctcg ctgatcagcc tcgactgtgc cttctagttg ccagccatct gttgtttgcc 2280 cctcccccgt gccttccttg accctggaag gtgccactcc cactgtcctt tcctaataaa 2340 atgaggaaat tgcatcgcat tgtctgagta ggtgtcattc tattctgggg ggtggggtgg 2400 ggcaggacag caagggggag gattgggaag acaatagcag gcatgctggg gatgcggtgg 2460 gctctatggc ttctgaggcg gaaagaacca gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg 2520 gagaggcggt ttgcgtattg ggcgctcttc cgcttgatga cctctagcta gagcttggcg 2580 taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga aattgttatc cgctcacaat tccacacaac 2640 atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc tggggtgcct aatgagtgag ctaactcaca 2700 ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc cagtcgggaa acctgtcgtg ccagctgcat 2760 taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc ggtttgcgta ttgggcgctc ttccgcttcc 2820 tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt cggctgcggc gagcggtatc agctcactca 2880 aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca ggggataacg caggaaagaa catgtgagca 2940 aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa aaggccgcgt tgctggcgtt tttccatagg 3000 ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat cgacgctcaa gtcagaggtg gcgaaacccg 3060 acaggactat aaagatacca ggcgtttccc cctggaagct ccctcgtgcg ctctcctgtt 3120 ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc gcctttctcc cttcgggaag cgtggcgctt 3180 tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt tcggtgtagg tcgttcgctc caagctgggc 3240 tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac cgctgcgcct tatccggtaa ctatcgtctt 3300 gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg ccactggcag cagccactgg taacaggatt 3360 agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca gagttcttga agtggtggcc taactacggc 3420 tacactagaa gaacagtatt tggtatctgc gctctgctga agccagttac cttcggaaaa 3480 agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa accaccgctg gtagcggtgg tttttttgtt 3540 tgcaagcagc agattacgcg cagaaaaaaa ggatctcaag aagatccttt gatcttttct 3600 acggggtctg acgctcagtg gaacgaaaac tcacgttaag ggattttggt catgagatta 3660 tcaaaaagga tcttcaccta gatcctttta aattaaaaat gaagttttaa atcaatctaa 3720 agtatatatg agtaaacttg gtctgacagt taccaatgct taatcagtga ggcacctatc 3780 tcagcgatct gtctatttcg ttcatccata gttgcctgac tccccgtcgt gtagataact 3840 acgatacggg agggcttacc atctggcccc agtgctgcaa tgataccgcg agacccacgc 3900 tcaccggctc cagatttatc agcaataaac cagccagccg gaagggccga gcgcagaagt 3960 ggtcctgcaa ctttatccgc ctccatccag tctattaatt gttgccggga agctagagta 4020 agtagttcgc cagttaatag tttgcgcaac gttgttgcca ttgctacagg catcgtggtg 4080 tcacgctcgt cgtttggtat ggcttcattc agctccggtt cccaacgatc aaggcgagtt 4140 acatgatccc ccatgttgtg caaaaaagcg gttagctcct tcggtcctcc gatcgttgtc 4200 agaagtaagt tggccgcagt gttatcactc atggttatgg cagcactgca taattctctt 4260 actgtcatgc catccgtaag atgcttttct gtgactggtg agtactcaac caagtcattc 4320 tgagaatagt gtatgcggcg accgagttgc tcttgcccgg cgtcaatacg ggataatacc 4380 gcgccacata gcagaacttt aaaagtgctc atcattggaa aacgttcttc ggggcgaaaa 4440 ctctcaagga tcttaccgct gttgagatcc agttcgatgt aacccactcg tgcacccaac 4500 tgatcttcag catcttttac tttcaccagc gtttctgggt gagcaaaaac aggaaggcaa 4560 aatgccgcaa aaaagggaat aagggcgaca cggaaatgtt gaatactcat actcttcctt 4620 tttcaatatt attgaagcat ttatcagggt tattgtctca tgagcggata catatttgaa 4680 tgtatttaga aaaataaa 4698 <210> 111 <211> 5016 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H1N2-HA-DO <400> 111 ataggggttc cgcgcacatt tccccgaaaa gtgccacctg acgtcatcgc cacctgacgt 60 cgatatgcca agtacgcccc ctattgacgt caatgacggt aaatggcccg cctggcatta 120 tgcccagtac atgaccttat gggactttcc tacttggcag tacatctacg tattagtcat 180 cgctattacc atggtgatgc ggttttggca gtacatcaat gggcgtggat agcggtttga 240 ctcacgggga tttccaagtc tccaccccat tgacgtcaat gggagtttgt tttggcacca 300 aaatcaacgg gactttccaa aatgtcgtaa caactccgcc ccattgacgc aaatgggcgg 360 taggcgtgta cggtgggagg tctatataag cagagctctc tggctaacta gagaacccac 420 tgcttactgg cttatcgaaa ttaatacgac tcactatagg gagacccaag ctgttaacgc 480 tagcagttaa ccggagtact ggtcgacctc cgaagttggg ggggagcaaa agcaggggaa 540 aaataaaagc aaccaaaatg aaagtaaaac taatggttct gttatgtaca tttacagcta 600 catatgcaga cacaatatgt gtaggctacc atgccaacaa ctcaactgat acggtcgata 660 cggtcttaga aaaaaatgtc acggtcacgc attcggtcaa tttattagaa gattcgcata 720 atggaaaatt atgtttatta aaaggaatag cgccgttaca attaggatcg tgttcggtcg 780 cgggatggat attaggaaat ccggaatgtg aattattaat atcgaaagaa tcgtggtcgt 840 atatagtcga aacgccgaat ccggaaaatg gaacgtgtta tccgggatat tttacggatt 900 atgaagaatt acgtgaacaa ttatcgtcgg tctcgtcgtt taaacgtttt gaaatatttc 960 cgaaagaatc gtcgtggccg aatcatacgg tcacgggagt ctcgtcgtcg tgttcgcata 1020 atggaaaatc gtcgttttat cgtaatttat tatggttaac ggtcaaaaat ggattatatc 1080 cgaatttatc gaaatcgtat acgaataaaa aagaaaaaga agtcttagtc ttatggggag 1140 tccatcatcc gtcgaatata ggagatcaac gtgcgttata tcatacggaa aatgcgtatg 1200 tctcggtcgt atcgtcgcat tattcgcgtc gttttacgcc ggaaatagcg aaacgtccga 1260 aagtccgtaa tcaagaagga cgtataaatt attattggac gttattagaa ccgggagata 1320 cgataatatt tgaagcgaat ggaaatttaa tagcgccgcg ttatgcgttt gaattatcga 1380 aaggatttgg atcgggaata ataacgtcga atgcgccgat gggagaatgt aatgcgaaat 1440 gtcaaacgcc gcaaggagcg ataaattcgt cgttaccgtt tcaaaatgtc catccggtca 1500 cgataggaga atgtccgaaa tatgtcaaat cggcgaaatt acgtatggtc acgggattac 1560 gtaatacgcc gtcgatacaa tcgcgtggat tatttggagc gatagcggga tttatagaag 1620 gaggatggac gggaatggtc gatggatggt atggatatca tcatcaaaat gaacaaggat 1680 cgggatatgc ggcggatcaa caatcgacgc aaaatgcgat aaatggaata acgaataaag 1740 tcaattcggt catagaaaaa atgaatacgc aatttacggc ggtcggaaaa gaatttaata 1800 aattagaacg tcgtatggaa aatttaaata aaaaagtcga tgatggattt ttagatatat 1860 ggacgtataa tgcggaatta ttagtcttat tagaaaatga acgtacgtta gattttcatg 1920 attcgaatgt caaaaattta tatgaaaaag tcaaatcgca attaaaaaat aatgcgaaag 1980 aaataggaaa tggatgtttt gaattttatc ataaatgtaa tgatgaatgt atggaatcgg 2040 tcaaaaatgg aacgtatgat tatccgaaat attcggaaga atcgaaatta aatcgtgaaa 2100 aaatagatgg agtcaaatta gaatcgatgg gagtctataa tatattagcg atatattcga 2160 cggtcgcgtc gtccctagtt cttttagtct ccctgggggc aatcagcttc tggatgtgtt 2220 ccaatgggtc tttacagtgt agaatatgca tctaagacca gaatttcaga aatataagga 2280 aaaacaccct tgtttctact aataacccgg cggcccaaaa tgccgactcg gagcgaaaga 2340 tatacctccc ccggggccgg gaggtcgcgt caccgaccac gccgccggcc caggcgacgc 2400 gcgacacgga cacctgtccc caaaaacgcc accatcgcag ccacacacgg agcgcccggg 2460 gccctctggt caaccccagg acacacgcgg gagcagcgcc gggccgggga cgccctcccg 2520 gcggtcacct aaatgctaga gctcgctgat cagcctcgac tgtgccttct agttgccagc 2580 catctgttgt ttgcccctcc cccgtgcctt ccttgaccct ggaaggtgcc actcccactg 2640 tcctttccta ataaaatgag gaaattgcat cgcattgtct gagtaggtgt cattctattc 2700 tggggggtgg ggtggggcag gacagcaagg gggaggattg ggaagacaat agcaggcatg 2760 ctggggatgc ggtgggctct atggcttctg aggcggaaag aaccagctgc attaatgaat 2820 cggccaacgc gcggggagag gcggtttgcg tattgggcgc tcttccgctt gatgacctct 2880 agctagagct tggcgtaatc atggtcatag ctgtttcctg tgtgaaattg ttatccgctc 2940 acaattccac acaacatacg agccggaagc ataaagtgta aagcctgggg tgcctaatga 3000 gtgagctaac tcacattaat tgcgttgcgc tcactgcccg ctttccagtc gggaaacctg 3060 tcgtgccagc tgcattaatg aatcggccaa cgcgcgggga gaggcggttt gcgtattggg 3120 cgctcttccg cttcctcgct cactgactcg ctgcgctcgg tcgttcggct gcggcgagcg 3180 gtatcagctc actcaaaggc ggtaatacgg ttatccacag aatcagggga taacgcagga 3240 aagaacatgt gagcaaaagg ccagcaaaag gccaggaacc gtaaaaaggc cgcgttgctg 3300 gcgtttttcc ataggctccg cccccctgac gagcatcaca aaaatcgacg ctcaagtcag 3360 aggtggcgaa acccgacagg actataaaga taccaggcgt ttccccctgg aagctccctc 3420 gtgcgctctc ctgttccgac cctgccgctt accggatacc tgtccgcctt tctcccttcg 3480 ggaagcgtgg cgctttctca tagctcacgc tgtaggtatc tcagttcggt gtaggtcgtt 3540 cgctccaagc tgggctgtgt gcacgaaccc cccgttcagc ccgaccgctg cgccttatcc 3600 ggtaactatc gtcttgagtc caacccggta agacacgact tatcgccact ggcagcagcc 3660 actggtaaca ggattagcag agcgaggtat gtaggcggtg ctacagagtt cttgaagtgg 3720 tggcctaact acggctacac tagaagaaca gtatttggta tctgcgctct gctgaagcca 3780 gttaccttcg gaaaaagagt tggtagctct tgatccggca aacaaaccac cgctggtagc 3840 ggtggttttt ttgtttgcaa gcagcagatt acgcgcagaa aaaaaggatc tcaagaagat 3900 cctttgatct tttctacggg gtctgacgct cagtggaacg aaaactcacg ttaagggatt 3960 ttggtcatga gattatcaaa aaggatcttc acctagatcc ttttaaatta aaaatgaagt 4020 tttaaatcaa tctaaagtat atatgagtaa acttggtctg acagttacca atgcttaatc 4080 agtgaggcac ctatctcagc gatctgtcta tttcgttcat ccatagttgc ctgactcccc 4140 gtcgtgtaga taactacgat acgggagggc ttaccatctg gccccagtgc tgcaatgata 4200 ccgcgagacc cacgctcacc ggctccagat ttatcagcaa taaaccagcc agccggaagg 4260 gccgagcgca gaagtggtcc tgcaacttta tccgcctcca tccagtctat taattgttgc 4320 cgggaagcta gagtaagtag ttcgccagtt aatagtttgc gcaacgttgt tgccattgct 4380 acaggcatcg tggtgtcacg ctcgtcgttt ggtatggctt cattcagctc cggttcccaa 4440 cgatcaaggc gagttacatg atcccccatg ttgtgcaaaa aagcggttag ctccttcggt 4500 cctccgatcg ttgtcagaag taagttggcc gcagtgttat cactcatggt tatggcagca 4560 ctgcataatt ctcttactgt catgccatcc gtaagatgct tttctgtgac tggtgagtac 4620 tcaaccaagt cattctgaga atagtgtatg cggcgaccga gttgctcttg cccggcgtca 4680 atacgggata ataccgcgcc acatagcaga actttaaaag tgctcatcat tggaaaacgt 4740 tcttcggggc gaaaactctc aaggatctta ccgctgttga gatccagttc gatgtaaccc 4800 actcgtgcac ccaactgatc ttcagcatct tttactttca ccagcgtttc tgggtgagca 4860 aaaacaggaa ggcaaaatgc cgcaaaaaag ggaataaggg cgacacggaa atgttgaata 4920 ctcatactct tcctttttca atattattga agcatttatc agggttattg tctcatgagc 4980 ggatacatat ttgaatgtat ttagaaaaat aaacaa 5016 <210> 112 <211> 4698 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H1N2-NA-DO <400> 112 caaatagggg ttccgcgcac atttccccga aaagtgccac ctgacgtcat cgccacctga 60 cgtcgatatg ccaagtacgc cccctattga cgtcaatgac ggtaaatggc ccgcctggca 120 ttatgcccag tacatgacct tatgggactt tcctacttgg cagtacatct acgtattagt 180 catcgctatt accatggtga tgcggttttg gcagtacatc aatgggcgtg gatagcggtt 240 tgactcacgg ggatttccaa gtctccaccc cattgacgtc aatgggagtt tgttttggca 300 ccaaaatcaa cgggactttc caaaatgtcg taacaactcc gccccattga cgcaaatggg 360 cggtaggcgt gtacggtggg aggtctatat aagcagagct ctctggctaa ctagagaacc 420 cactgcttac tggcttatcg aaattaatac gactcactat agggagaccc aagctgttaa 480 cgctagcagt taaccggagt actggtcgac ctccgaagtt gggggggagc aaaagcagga 540 gtttaaaatg aatccaaatc aaaagataat aacgattggc tctgtttctc ttactattgc 600 cacaatgtgc ttccttatgc aaattgccat cctggtaact aatgtaacat tgcacttcaa 660 tcaatatgaa tgtaattatc cgccgaataa tcaagtcata ttatgtgaac cgacgataat 720 agaacgtaat ataacggaaa tagtctattt aacgaatacg acgatagaaa aagaaatatg 780 tccgaaatta gcggaatatc gtaattggtc gaaaccgcaa tgtaaaataa cgggatttgc 840 gccgttttcg aaagataatt cgatacgttt atcggcggga ggagatatat gggtcacgcg 900 tgaaccgtat gtctcgtgtg atccggataa atgttatcaa tttgcgttag gacaaggaac 960 gacgttaaat aatcgtcatt cgaatgatac ggtccatgat cgtacgccgt atcgcacgtt 1020 attaatgaat gaattaggaa taccgtttca tttaggaacg aaacaagtct gtatagcgtg 1080 gtcgtcgtcg tcgtgtcatg atggaaaagc gtggttacat gtctgtataa cgggacatga 1140 tgaaaatgcg acggcgtcga taatatataa tggacgttta gtcgattcga taggatcgtg 1200 gtcgaaaaaa atattacgta cgcaagaatc ggaatgtgtc tgtataaatg gaacgtgtac 1260 ggtcgtcatg acggatggat cggcgtcggg aatagcggat acgaaaatat tatttataga 1320 agaaggaaaa atagtccata tatcgccgtt attaggatcg gcgcaacatg tcgaagaatg 1380 ttcgtgttat ccgcgttatc cgggagtccg ttgtatatgt cgtgataatt ggaaaggatc 1440 gaatcgtccg gtcgtcgata taaatgtcaa agattattcg atagtctcgt cgtatgtctg 1500 ttcgggatta gtcggagata cgccgcgtaa agatgatcgt tcgtcgtcgt cggattgttt 1560 aaatccgaat aatgaagaag gaggacatgg agtcaaagga tgggcgtttg atgatggaaa 1620 tgatgtctgg atgggacgta cgataaatga aacgttacgt tcgggatatg aaacgtttaa 1680 agtcatagaa ggatggtcga aaccgaattc gaaattacaa ataaatcgtc aagtcatagt 1740 cgaacgtgga gatcgttcgg gatattcggg aatattttcg gtcgaaggaa aatcgtgtat 1800 aaatcgttgt ttttatgtcg aattaatacg tggacgtaaa caagaaactg cagtatggtg 1860 gacgtcaaac agtattgttg tgttttgtgg cacctcaggt acatatggaa caggctcatg 1920 gcctgatggg gcgaacatca atctcatgcc tgtataattt attcaaaaaa ctccttgttt 1980 ctactaataa cccggcggcc caaaatgccg actcggagcg aaagatatac ctcccccggg 2040 gccgggaggt cgcgtcaccg accacgccgc cggcccaggc gacgcgcgac acggacacct 2100 gtccccaaaa acgccaccat cgcagccaca cacggagcgc ccggggccct ctggtcaacc 2160 ccaggacaca cgcgggagca gcgccgggcc ggggacgccc tcccggcggt cacctaaatg 2220 ctagagctcg ctgatcagcc tcgactgtgc cttctagttg ccagccatct gttgtttgcc 2280 cctcccccgt gccttccttg accctggaag gtgccactcc cactgtcctt tcctaataaa 2340 atgaggaaat tgcatcgcat tgtctgagta ggtgtcattc tattctgggg ggtggggtgg 2400 ggcaggacag caagggggag gattgggaag acaatagcag gcatgctggg gatgcggtgg 2460 gctctatggc ttctgaggcg gaaagaacca gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg 2520 gagaggcggt ttgcgtattg ggcgctcttc cgcttgatga cctctagcta gagcttggcg 2580 taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga aattgttatc cgctcacaat tccacacaac 2640 atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc tggggtgcct aatgagtgag ctaactcaca 2700 ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc cagtcgggaa acctgtcgtg ccagctgcat 2760 taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc ggtttgcgta ttgggcgctc ttccgcttcc 2820 tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt cggctgcggc gagcggtatc agctcactca 2880 aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca ggggataacg caggaaagaa catgtgagca 2940 aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa aaggccgcgt tgctggcgtt tttccatagg 3000 ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat cgacgctcaa gtcagaggtg gcgaaacccg 3060 acaggactat aaagatacca ggcgtttccc cctggaagct ccctcgtgcg ctctcctgtt 3120 ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc gcctttctcc cttcgggaag cgtggcgctt 3180 tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt tcggtgtagg tcgttcgctc caagctgggc 3240 tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac cgctgcgcct tatccggtaa ctatcgtctt 3300 gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg ccactggcag cagccactgg taacaggatt 3360 agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca gagttcttga agtggtggcc taactacggc 3420 tacactagaa gaacagtatt tggtatctgc gctctgctga agccagttac cttcggaaaa 3480 agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa accaccgctg gtagcggtgg tttttttgtt 3540 tgcaagcagc agattacgcg cagaaaaaaa ggatctcaag aagatccttt gatcttttct 3600 acggggtctg acgctcagtg gaacgaaaac tcacgttaag ggattttggt catgagatta 3660 tcaaaaagga tcttcaccta gatcctttta aattaaaaat gaagttttaa atcaatctaa 3720 agtatatatg agtaaacttg gtctgacagt taccaatgct taatcagtga ggcacctatc 3780 tcagcgatct gtctatttcg ttcatccata gttgcctgac tccccgtcgt gtagataact 3840 acgatacggg agggcttacc atctggcccc agtgctgcaa tgataccgcg agacccacgc 3900 tcaccggctc cagatttatc agcaataaac cagccagccg gaagggccga gcgcagaagt 3960 ggtcctgcaa ctttatccgc ctccatccag tctattaatt gttgccggga agctagagta 4020 agtagttcgc cagttaatag tttgcgcaac gttgttgcca ttgctacagg catcgtggtg 4080 tcacgctcgt cgtttggtat ggcttcattc agctccggtt cccaacgatc aaggcgagtt 4140 acatgatccc ccatgttgtg caaaaaagcg gttagctcct tcggtcctcc gatcgttgtc 4200 agaagtaagt tggccgcagt gttatcactc atggttatgg cagcactgca taattctctt 4260 actgtcatgc catccgtaag atgcttttct gtgactggtg agtactcaac caagtcattc 4320 tgagaatagt gtatgcggcg accgagttgc tcttgcccgg cgtcaatacg ggataatacc 4380 gcgccacata gcagaacttt aaaagtgctc atcattggaa aacgttcttc ggggcgaaaa 4440 ctctcaagga tcttaccgct gttgagatcc agttcgatgt aacccactcg tgcacccaac 4500 tgatcttcag catcttttac tttcaccagc gtttctgggt gagcaaaaac aggaaggcaa 4560 aatgccgcaa aaaagggaat aagggcgaca cggaaatgtt gaatactcat actcttcctt 4620 tttcaatatt attgaagcat ttatcagggt tattgtctca tgagcggata catatttgaa 4680 tgtatttaga aaaataaa 4698 <210> 113 <211> 5002 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H3N2-HA-DO <400> 113 taaacaaata ggggttccgc gcacatttcc ccgaaaagtg ccacctgacg tcatcgccac 60 ctgacgtcga tatgccaagt acgcccccta ttgacgtcaa tgacggtaaa tggcccgcct 120 ggcattatgc ccagtacatg accttatggg actttcctac ttggcagtac atctacgtat 180 tagtcatcgc tattaccatg gtgatgcggt tttggcagta catcaatggg cgtggatagc 240 ggtttgactc acggggattt ccaagtctcc accccattga cgtcaatggg agtttgtttt 300 ggcaccaaaa tcaacgggac tttccaaaat gtcgtaacaa ctccgcccca ttgacgcaaa 360 tgggcggtag gcgtgtacgg tgggaggtct atataagcag agctctctgg ctaactagag 420 aacccactgc ttactggctt atcgaaatta atacgactca ctatagggag acccaagctg 480 ttaacgctag cagttaaccg gagtactggt cgacctccga agttgggggg gagcaaaagc 540 aggggatatt tctattaacc atgaagacta tcattgcttt tagctgcgtt ttatgtttga 600 ttttcgctca aaaacttccc ggaagtgaca acagcatggc aacgctgtgc ttaggacatc 660 atgcggtccc gaatggaacg ttagtcaaaa cgataacgga tgatcaaata gaagtcacga 720 atgcgacgga attagtccaa tcgtcgtcga cgggacgtat atgtaattcg ccgcatcaaa 780 tattagatgg aaaaaattgt acgttaatag atgcgttatt aggagatccg cattgtgatg 840 attttcaaaa taaagaatgg gatttatttg tcgaacgttc gacggcgtat tcgaattgtt 900 atccgtatta tgtcccggat tatgcgtcgt tacgttcgtt agtcgcgtcg tcgggaacgt 960 tagaatttac gcaagaatcg tttaattgga cgggagtcgc gcaagatgga tcgtcgtatg 1020 cgtgtcgtcg tgaatcggtc aattcgtttt tttcgcgttt aaattggtta cataaattag 1080 attataaata tccggcgtta aaagtcacga tgccgaataa tgataaattt gataaattat 1140 atatatgggg agtccatcat ccgggaacgg atcgtgatca aacgaattta tatgtccaaa 1200 cgtcgggacg tgtcacggtc tcgacgaaac gttcgcaaca aacggtcata ccgaatatag 1260 gatcgcgtcc gtgggtccgt ggagtctcgt cgataatatc gatatattgg acgatagtca 1320 aaccgggaga tatattatta ataaattcga cgggaaattt aatagcgccg cgtggatatt 1380 ttaaattaca atcgggaaaa tcgtcgataa tgcgttcgga tgcgccgata ggaatatgta 1440 attcggaatg tataacgccg aatggatcga taccgaatga taaaccgttt caaaatgtca 1500 atcgtataac ctatggagcg tgtccgcgtt atgtcaaaca aaatacgtta aaattagcga 1560 cgggaatgcg taatgtcccg gaaaaacaaa cgcgtggaat atttggagcg atagcgggat 1620 ttatagaaaa tggatgggaa ggaatggtcg atggatggta tggatttcgt catcaaaatt 1680 cggaaggaac gggacaagcg gcggatttaa aatcgacgcg tgcggcgata aatcaaataa 1740 cgggaaaatt aaatcgtgtc ataaaaaaaa cgaatgaaaa atttcatcaa atagaaaaag 1800 aattttcgga agtcgaagga cgtatacaag atttagaaaa atatgtcgaa gatacgaaaa 1860 tagatttatg gtcgtataat gcggaattat tagtcgcgtt agaaaatcaa catacgatag 1920 atttaacgga ttcggaaatg aataaattat ttgaacgtac gcgtaaacaa ttacgtgaaa 1980 atgcggaaga tatgggaaat ggatgtttta aaatatatca taaatgtgat aatgcgtgta 2040 taggatcgat acgtaatgga acgtatgatc atgatgtcta tcgtgatgaa gcgttaaata 2100 atcgttttca aataaaagga gtccaattaa aatcgggata taaagattgg atattatgga 2160 tatcgtttgc gatatcgtgc tttttgcttt gtgttgttct gctggggttc attatgtggg 2220 cctgccaaaa aggcaacatt aggtgcaaca tttgcatttg agtgcattaa ttaaaaacac 2280 ccttgtttct actaataacc cggcggccca aaatgccgac tcggagcgaa agatatacct 2340 cccccggggc cgggaggtcg cgtcaccgac cacgccgccg gcccaggcga cgcgcgacac 2400 ggacacctgt ccccaaaaac gccaccatcg cagccacaca cggagcgccc ggggccctct 2460 ggtcaacccc aggacacacg cgggagcagc gccgggccgg ggacgccctc ccggcggtca 2520 cctaaatgct agagctcgct gatcagcctc gactgtgcct tctagttgcc agccatctgt 2580 tgtttgcccc tcccccgtgc cttccttgac cctggaaggt gccactccca ctgtcctttc 2640 ctaataaaat gaggaaattg catcgcattg tctgagtagg tgtcattcta ttctgggggg 2700 tggggtgggg caggacagca agggggagga ttgggaagac aatagcaggc atgctgggga 2760 tgcggtgggc tctatggctt ctgaggcgga aagaaccagc tgcattaatg aatcggccaa 2820 cgcgcgggga gaggcggttt gcgtattggg cgctcttccg cttgatgacc tctagctaga 2880 gcttggcgta atcatggtca tagctgtttc ctgtgtgaaa ttgttatccg ctcacaattc 2940 cacacaacat acgagccgga agcataaagt gtaaagcctg gggtgcctaa tgagtgagct 3000 aactcacatt aattgcgttg cgctcactgc ccgctttcca gtcgggaaac ctgtcgtgcc 3060 agctgcatta atgaatcggc caacgcgcgg ggagaggcgg tttgcgtatt gggcgctctt 3120 ccgcttcctc gctcactgac tcgctgcgct cggtcgttcg gctgcggcga gcggtatcag 3180 ctcactcaaa ggcggtaata cggttatcca cagaatcagg ggataacgca ggaaagaaca 3240 tgtgagcaaa aggccagcaa aaggccagga accgtaaaaa ggccgcgttg ctggcgtttt 3300 tccataggct ccgcccccct gacgagcatc acaaaaatcg acgctcaagt cagaggtggc 3360 gaaacccgac aggactataa agataccagg cgtttccccc tggaagctcc ctcgtgcgct 3420 ctcctgttcc gaccctgccg cttaccggat acctgtccgc ctttctccct tcgggaagcg 3480 tggcgctttc tcatagctca cgctgtaggt atctcagttc ggtgtaggtc gttcgctcca 3540 agctgggctg tgtgcacgaa ccccccgttc agcccgaccg ctgcgcctta tccggtaact 3600 atcgtcttga gtccaacccg gtaagacacg acttatcgcc actggcagca gccactggta 3660 acaggattag cagagcgagg tatgtaggcg gtgctacaga gttcttgaag tggtggccta 3720 actacggcta cactagaaga acagtatttg gtatctgcgc tctgctgaag ccagttacct 3780 tcggaaaaag agttggtagc tcttgatccg gcaaacaaac caccgctggt agcggtggtt 3840 tttttgtttg caagcagcag attacgcgca gaaaaaaagg atctcaagaa gatcctttga 3900 tcttttctac ggggtctgac gctcagtgga acgaaaactc acgttaaggg attttggtca 3960 tgagattatc aaaaaggatc ttcacctaga tccttttaaa ttaaaaatga agttttaaat 4020 caatctaaag tatatatgag taaacttggt ctgacagtta ccaatgctta atcagtgagg 4080 cacctatctc agcgatctgt ctatttcgtt catccatagt tgcctgactc cccgtcgtgt 4140 agataactac gatacgggag ggcttaccat ctggccccag tgctgcaatg ataccgcgag 4200 acccacgctc accggctcca gatttatcag caataaacca gccagccgga agggccgagc 4260 gcagaagtgg tcctgcaact ttatccgcct ccatccagtc tattaattgt tgccgggaag 4320 ctagagtaag tagttcgcca gttaatagtt tgcgcaacgt tgttgccatt gctacaggca 4380 tcgtggtgtc acgctcgtcg tttggtatgg cttcattcag ctccggttcc caacgatcaa 4440 ggcgagttac atgatccccc atgttgtgca aaaaagcggt tagctccttc ggtcctccga 4500 tcgttgtcag aagtaagttg gccgcagtgt tatcactcat ggttatggca gcactgcata 4560 attctcttac tgtcatgcca tccgtaagat gcttttctgt gactggtgag tactcaacca 4620 agtcattctg agaatagtgt atgcggcgac cgagttgctc ttgcccggcg tcaatacggg 4680 ataataccgc gccacatagc agaactttaa aagtgctcat cattggaaaa cgttcttcgg 4740 ggcgaaaact ctcaaggatc ttaccgctgt tgagatccag ttcgatgtaa cccactcgtg 4800 cacccaactg atcttcagca tcttttactt tcaccagcgt ttctgggtga gcaaaaacag 4860 gaaggcaaaa tgccgcaaaa aagggaataa gggcgacacg gaaatgttga atactcatac 4920 tcttcctttt tcaatattat tgaagcattt atcagggtta ttgtctcatg agcggataca 4980 tatttgaatg tatttagaaa aa 5002 <210> 114 <211> 4705 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-H3N2-NA-DO <400> 114 tccgcgcaca tttccccgaa aagtgccacc tgacgtcatc gccacctgac gtcgatatgc 60 caagtacgcc ccctattgac gtcaatgacg gtaaatggcc cgcctggcat tatgcccagt 120 acatgacctt atgggacttt cctacttggc agtacatcta cgtattagtc atcgctatta 180 ccatggtgat gcggttttgg cagtacatca atgggcgtgg atagcggttt gactcacggg 240 gatttccaag tctccacccc attgacgtca atgggagttt gttttggcac caaaatcaac 300 gggactttcc aaaatgtcgt aacaactccg ccccattgac gcaaatgggc ggtaggcgtg 360 tacggtggga ggtctatata agcagagctc tctggctaac tagagaaccc actgcttact 420 ggcttatcga aattaatacg actcactata gggagaccca agctgttaac gctagcagtt 480 aaccggagta ctggtcgacc tccgaagttg ggggggagca aaagcaggag taaagatgaa 540 tccaaatcaa aagataataa caattggctc tgtttctctc ctcattgcca caatatgctt 600 ccttatgcaa attgccatcc tggtaactac tgtaacattg catttcaaac aacatgattg 660 taattcgtcg ccgaataatc aagtcatgtt atgtgaaccg acgataatag aacgtaatac 720 gacggaaata gtctatttaa cgaatataac gatagaaaaa gaaatatgtc cgaaattagc 780 ggaatatcgt aattggtcga aaccgcaatg taatataacg ggatttgcgc cgttttcgaa 840 agataattcg atacgtttat cggcgggagg agatatatgg gtcacgcgtg aaccgtatgt 900 ctcgtgtgat ccggataaat gttatcaatt tgcgttagga caaggaacga cgttaaataa 960 tggacattcg aatgatacgg tccatgatcg tacgccgtat cgcacgttat taatgaatga 1020 attaggagtc ccgtttcatt taggaacgcg tcaagtctgt atagcgtggt cgtcgtcgtc 1080 gtgtcatgat ggaaaagcgt ggttacatgt ctgtataacg ggagatgata aaaatgcgac 1140 ggcgtcgttt atatataatg gacgtttagt cgattcgata ggatcgtggt cgaaaaatat 1200 attacgtacg caagaatcgg aatgtgtctg tataaatgga acgtgtacgg tcgtcatgac 1260 ggatggatcg gcgtcgggaa aagcggatac gaaagtctta tttatagaag aaggaaaaat 1320 agtccatata tcgacgttat cgggatcggc gcaacatgtc gaagaatgtt cgtgttatcc 1380 gcgttatccg ggagtccgtt gtgtctgtcg tgataattgg aaaggatcga atcgtccgat 1440 agtcgatata aatgtcaaag attattcgat agtctcgtcg tatgtctgtt cgggattagt 1500 cggagatacg ccgcgtaaaa atgatcgttt ttcgtcgtcg cattgtcaag atccgaataa 1560 tgaagaagga ggacatggag tcaaaggatg ggcgtttgat gatggaaatg atgtctggat 1620 gggacgtacg ataaatgaaa aattacgttc gggatatgaa acgtttaaag tcatagaagg 1680 atggtcgaaa ccgaattcga aattacaaac gaatcgtcaa gtcatagtcg aacgtggaaa 1740 tcgttcggga tattcgggaa tattttcggt cgaaggaaaa tcgtgtataa atcgttgttt 1800 ttatgtcgaa ttaatacgtg gacgtaaaga agaaactaaa gtctggtgga cctcaaacag 1860 tattgttgtg ctttgtggca cctcaggtac atatggaaca ggctcatggc ctgatggggc 1920 ggatatcaat ctcatgccta tataactttc gcaattttag aaaaaactcc ttgtttctac 1980 taataacccg gcggcccaaa atgccgactc ggagcgaaag atatacctcc cccggggccg 2040 ggaggtcgcg tcaccgacca cgccgccggc ccaggcgacg cgcgacacgg acacctgtcc 2100 ccaaaaacgc caccatcgca gccacacacg gagcgcccgg ggccctctgg tcaaccccag 2160 gacacacgcg ggagcagcgc cgggccgggg acgccctccc ggcggtcacc taaatgctag 2220 agctcgctga tcagcctcga ctgtgccttc tagttgccag ccatctgttg tttgcccctc 2280 ccccgtgcct tccttgaccc tggaaggtgc cactcccact gtcctttcct aataaaatga 2340 ggaaattgca tcgcattgtc tgagtaggtg tcattctatt ctggggggtg gggtggggca 2400 ggacagcaag ggggaggatt gggaagacaa tagcaggcat gctggggatg cggtgggctc 2460 tatggcttct gaggcggaaa gaaccagctg cattaatgaa tcggccaacg cgcggggaga 2520 ggcggtttgc gtattgggcg ctcttccgct tgatgacctc tagctagagc ttggcgtaat 2580 catggtcata gctgtttcct gtgtgaaatt gttatccgct cacaattcca cacaacatac 2640 gagccggaag cataaagtgt aaagcctggg gtgcctaatg agtgagctaa ctcacattaa 2700 ttgcgttgcg ctcactgccc gctttccagt cgggaaacct gtcgtgccag ctgcattaat 2760 gaatcggcca acgcgcgggg agaggcggtt tgcgtattgg gcgctcttcc gcttcctcgc 2820 tcactgactc gctgcgctcg gtcgttcggc tgcggcgagc ggtatcagct cactcaaagg 2880 cggtaatacg gttatccaca gaatcagggg ataacgcagg aaagaacatg tgagcaaaag 2940 gccagcaaaa ggccaggaac cgtaaaaagg ccgcgttgct ggcgtttttc cataggctcc 3000 gcccccctga cgagcatcac aaaaatcgac gctcaagtca gaggtggcga aacccgacag 3060 gactataaag ataccaggcg tttccccctg gaagctccct cgtgcgctct cctgttccga 3120 ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc 3180 atagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg 3240 tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt 3300 ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca 3360 gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca 3420 ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc tgctgaagcc agttaccttc ggaaaaagag 3480 ttggtagctc ttgatccggc aaacaaacca ccgctggtag cggtggtttt tttgtttgca 3540 agcagcagat tacgcgcaga aaaaaaggat ctcaagaaga tcctttgatc ttttctacgg 3600 ggtctgacgc tcagtggaac gaaaactcac gttaagggat tttggtcatg agattatcaa 3660 aaaggatctt cacctagatc cttttaaatt aaaaatgaag ttttaaatca atctaaagta 3720 tatatgagta aacttggtct gacagttacc aatgcttaat cagtgaggca cctatctcag 3780 cgatctgtct atttcgttca tccatagttg cctgactccc cgtcgtgtag ataactacga 3840 tacgggaggg cttaccatct ggccccagtg ctgcaatgat accgcgagac ccacgctcac 3900 cggctccaga tttatcagca ataaaccagc cagccggaag ggccgagcgc agaagtggtc 3960 ctgcaacttt atccgcctcc atccagtcta ttaattgttg ccgggaagct agagtaagta 4020 gttcgccagt taatagtttg cgcaacgttg ttgccattgc tacaggcatc gtggtgtcac 4080 gctcgtcgtt tggtatggct tcattcagct ccggttccca acgatcaagg cgagttacat 4140 gatcccccat gttgtgcaaa aaagcggtta gctccttcgg tcctccgatc gttgtcagaa 4200 gtaagttggc cgcagtgtta tcactcatgg ttatggcagc actgcataat tctcttactg 4260 tcatgccatc cgtaagatgc ttttctgtga ctggtgagta ctcaaccaag tcattctgag 4320 aatagtgtat gcggcgaccg agttgctctt gcccggcgtc aatacgggat aataccgcgc 4380 cacatagcag aactttaaaa gtgctcatca ttggaaaacg ttcttcgggg cgaaaactct 4440 caaggatctt accgctgttg agatccagtt cgatgtaacc cactcgtgca cccaactgat 4500 cttcagcatc ttttactttc accagcgttt ctgggtgagc aaaaacagga aggcaaaatg 4560 ccgcaaaaaa gggaataagg gcgacacgga aatgttgaat actcatactc ttcctttttc 4620 aatattattg aagcatttat cagggttatt gtctcatgag cggatacata tttgaatgta 4680 tttagaaaaa taaacaaata ggggt 4705 <210> 115 <211> 5022 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000-HA-DO (H1-H3 chimera) <400> 115 acctgacgtc gatatgccaa gtacgccccc tattgacgtc aatgacggta aatggcccgc 60 ctggcattat gcccagtaca tgaccttatg ggactttcct acttggcagt acatctacgt 120 attagtcatc gctattacca tggtgatgcg gttttggcag tacatcaatg ggcgtggata 180 gcggtttgac tcacggggat ttccaagtct ccaccccatt gacgtcaatg ggagtttgtt 240 ttggcaccaa aatcaacggg actttccaaa atgtcgtaac aactccgccc cattgacgca 300 aatgggcggt aggcgtgtac ggtgggaggt ctatataagc agagctctct ggctaactag 360 agaacccact gcttactggc ttatcgaaat taatacgact cactataggg agacccaagc 420 tgttaacgct agcagttaac cggagtactg gtcgacctcc gaagttgggg gggagcaaaa 480 gcaggggaaa aataaaagca accaaaatga aagtaaaact aatggttctg ttatgtacat 540 ttacagctac atatgcacaa aaacttcccg gaagtgacaa cagcatggca acgctgtgct 600 taggacatca tgcggtcccg aatggaacgt tagtcaaaac gataacggat gatcaaatag 660 aagtcacgaa tgcgacggaa ttagtccaat cgtcgtcgac gggacgtata tgtaattcgc 720 cgcatcaaat attagatgga aaaaattgta cgttaataga tgcgttatta ggagatccgc 780 attgtgatga ttttcaaaat aaagaatggg atttatttgt cgaacgttcg acggcgtatt 840 cgaattgtta tccgtattat gtcccggatt atgcgtcgtt acgttcgtta gtcgcgtcgt 900 cgggaacgtt agaatttacg caagaatcgt ttaattggac gggagtcgcg caagatggat 960 cgtcgtatgc gtgtcgtcgt gaatcggtca attcgttttt ttcgcgttta aattggttac 1020 ataaattaga ttataaatat ccggcgttaa aagtcacgat gccgaataat gataaatttg 1080 ataaattata tatatgggga gtccatcatc cgggaacgga tcgtgatcaa acgaatttat 1140 atgtccaaac gtcgggacgt gtcacggtct cgacgaaacg ttcgcaacaa acggtcatac 1200 cgaatatagg atcgcgtccg tgggtccgtg gagtctcgtc gataatatcg atatattgga 1260 cgatagtcaa accgggagat atattattaa taaattcgac gggaaattta atagcgccgc 1320 gtggatattt taaattacaa tcgggaaaat cgtcgataat gcgttcggat gcgccgatag 1380 gaatatgtaa ttcggaatgt ataacgccga atggatcgat accgaatgat aaaccgtttc 1440 aaaatgtcaa tcgtataacc tatggagcgt gtccgcgtta tgtcaaacaa aatacgttaa 1500 aattagcgac gggaatgcgt aatgtcccgg aaaaacaaac gcgtggaata tttggagcga 1560 tagcgggatt tatagaaaat ggatgggaag gaatggtcga tggatggtat ggatttcgtc 1620 atcaaaattc ggaaggaacg ggacaagcgg cggatttaaa atcgacgcgt gcggcgataa 1680 atcaaataac gggaaaatta aatcgtgtca taaaaaaaac gaatgaaaaa tttcatcaaa 1740 tagaaaaaga attttcggaa gtcgaaggac gtatacaaga tttagaaaaa tatgtcgaag 1800 atacgaaaat agatttatgg tcgtataatg cggaattatt agtcgcgtta gaaaatcaac 1860 atacgataga tttaacggat tcggaaatga ataaattatt tgaacgtacg cgtaaacaat 1920 tacgtgaaaa tgcggaagat atgggaaatg gatgttttaa aatatatcat aaatgtgata 1980 atgcgtgtat aggatcgata cgtaatggaa cgtatgatca tgatgtctat cgtgatgaag 2040 cgttaaataa tcgttttcaa ataaaaggag tccaattaaa atcgggatat aaagatatct 2100 tagcgatata ttcgacggtc gcgtcgtccc tagttctttt agtctccctg ggggcaatca 2160 gcttctggat gtgttccaat gggtctttac agtgtagaat atgcatctaa gaccagaatt 2220 tcagaaatat aaggaaaaac acccttgttt ctactaataa cccggcggcc caaaatgccg 2280 actcggagcg aaagatatac ctcccccggg gccgggaggt cgcgtcaccg accacgccgc 2340 cggcccaggc gacgcgcgac acggacacct gtccccaaaa acgccaccat cgcagccaca 2400 cacggagcgc ccggggccct ctggtcaacc ccaggacaca cgcgggagca gcgccgggcc 2460 ggggacgccc tcccggcggt cacctaaatg ctagagctcg ctgatcagcc tcgactgtgc 2520 cttctagttg ccagccatct gttgtttgcc cctcccccgt gccttccttg accctggaag 2580 gtgccactcc cactgtcctt tcctaataaa atgaggaaat tgcatcgcat tgtctgagta 2640 ggtgtcattc tattctgggg ggtggggtgg ggcaggacag caagggggag gattgggaag 2700 acaatagcag gcatgctggg gatgcggtgg gctctatggc ttctgaggcg gaaagaacca 2760 gctgcattaa tgaatcggcc aacgcgcggg gagaggcggt ttgcgtattg ggcgctcttc 2820 cgcttgatga cctctagcta gagcttggcg taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga 2880 aattgttatc cgctcacaat tccacacaac atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc 2940 tggggtgcct aatgagtgag ctaactcaca ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc 3000 cagtcgggaa acctgtcgtg ccagctgcat taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc 3060 ggtttgcgta ttgggcgctc ttccgcttcc tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt 3120 cggctgcggc gagcggtatc agctcactca aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca 3180 ggggataacg caggaaagaa catgtgagca aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa 3240 aaggccgcgt tgctggcgtt tttccatagg ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat 3300 cgacgctcaa gtcagaggtg gcgaaacccg acaggactat aaagatacca ggcgtttccc 3360 cctggaagct ccctcgtgcg ctctcctgtt ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc 3420 gcctttctcc cttcgggaag cgtggcgctt tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt 3480 tcggtgtagg tcgttcgctc caagctgggc tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac 3540 cgctgcgcct tatccggtaa ctatcgtctt gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg 3600 ccactggcag cagccactgg taacaggatt agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca 3660 gagttcttga agtggtggcc taactacggc tacactagaa gaacagtatt tggtatctgc 3720 gctctgctga agccagttac cttcggaaaa agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa 3780 accaccgctg gtagcggtgg tttttttgtt tgcaagcagc agattacgcg cagaaaaaaa 3840 ggatctcaag aagatccttt gatcttttct acggggtctg acgctcagtg gaacgaaaac 3900 tcacgttaag ggattttggt catgagatta tcaaaaagga tcttcaccta gatcctttta 3960 aattaaaaat gaagttttaa atcaatctaa agtatatatg agtaaacttg gtctgacagt 4020 taccaatgct taatcagtga ggcacctatc tcagcgatct gtctatttcg ttcatccata 4080 gttgcctgac tccccgtcgt gtagataact acgatacggg agggcttacc atctggcccc 4140 agtgctgcaa tgataccgcg agacccacgc tcaccggctc cagatttatc agcaataaac 4200 cagccagccg gaagggccga gcgcagaagt ggtcctgcaa ctttatccgc ctccatccag 4260 tctattaatt gttgccggga agctagagta agtagttcgc cagttaatag tttgcgcaac 4320 gttgttgcca ttgctacagg catcgtggtg tcacgctcgt cgtttggtat ggcttcattc 4380 agctccggtt cccaacgatc aaggcgagtt acatgatccc ccatgttgtg caaaaaagcg 4440 gttagctcct tcggtcctcc gatcgttgtc agaagtaagt tggccgcagt gttatcactc 4500 atggttatgg cagcactgca taattctctt actgtcatgc catccgtaag atgcttttct 4560 gtgactggtg agtactcaac caagtcattc tgagaatagt gtatgcggcg accgagttgc 4620 tcttgcccgg cgtcaatacg ggataatacc gcgccacata gcagaacttt aaaagtgctc 4680 atcattggaa aacgttcttc ggggcgaaaa ctctcaagga tcttaccgct gttgagatcc 4740 agttcgatgt aacccactcg tgcacccaac tgatcttcag catcttttac tttcaccagc 4800 gtttctgggt gagcaaaaac aggaaggcaa aatgccgcaa aaaagggaat aagggcgaca 4860 cggaaatgtt gaatactcat actcttcctt tttcaatatt attgaagcat ttatcagggt 4920 tattgtctca tgagcggata catatttgaa tgtatttaga aaaataaaca aataggggtt 4980 ccgcgcacat ttccccgaaa agtgccacct gacgtcatcg cc 5022 <210> 116 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000 5' cloning site (BsmBI) sequence <400> 116 tccgaagttg ggggggagga gacggtaccg tctccaataa cccggcggcc c 51 <210> 117 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> pHW2000 3' cloning site (BsmBI) sequence <400> 117 gggccgccgg gttattggag acggtaccgt ctcctccccc ccaacttcgg a 51

Claims

약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV) 균주를 포함하는 백신으로서, 탈최적화된 SIV 헤마글루티닌 (HA) 유전자, 탈최적화된 SIV 뉴라미니다제 (NA) 유전자, 비-탈최적화된 SIV M, NP, PA, PB1 및 PB2 유전자, 및 임의로 탈최적화된 SIV NS1 유전자를 코딩하는 핵산 분자를 포함하고, 탈최적화된 유전자의 야생형 형태를 함유하는 상응하는 병독성 부모 SIV 균주에 비해, 탈최적화된 유전자의 SIV에서의 존재가 약독화된 표현형의 원인이 되는 것인 백신.
제1항에 있어서, 약독화된 SIV 균주는 탈최적화된 SIV NS1 유전자를 포함하는 것인 백신.
제1항에 있어서, 병독성 부모 SIV 균주는 천연 SIV 단리주인 백신.
제1항에 있어서, 병독성 부모 균주는 H1N1, H1N2 또는 H3N2 균주인 백신.
제1항에 있어서, 탈최적화된 HA 유전자는 SEQ ID NO: 22, 29 또는 105에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고; 탈최적화된 NA 유전자는 SEQ ID NO: 25, 32 또는 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하는 것인 백신.
제1항에 있어서, 탈최적화된 HA 및 NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 22 및 25; 각각 29 및 32; 또는 각각 105 및 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하는 것인 백신.
제6항에 있어서, 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 27에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함하는 것인 백신.
제1항에 있어서, 비-탈최적화된 M, NP, PA, PB1 및 PB2는
a. SIV H1N1 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 19 (M), 9 (NP), 13 (PA), 15 (PB1) 및 17 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자; 또는
b. SIV H1N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 44 (M), 48 (NP), 52 (PA), 54 (PB1) 및 56 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자; 또는
c. SIV H3N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 62 (M1), 64 (M2), 68 (NP), 72 (PA), 74 (PB1) 및 76 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열과 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%의 동일성을 갖는 것인 유전자
인 백신.
제1항에 있어서, 비-탈최적화된 M, NP, PA, PB1 및 PB2는
a. SIV H1N1 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 19 (M), 9 (NP), 13 (PA), 15 (PB1) 및 17 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자; 또는
b. SIV H1N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 44 (M), 48 (NP), 52 (PA), 54 (PB1) 및 56 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자; 또는
c. SIV H3N2 유전자로서, 각각의 유전자는 SEQ ID NO: 62 (M1), 64 (M2), 68 (NP), 72 (PA), 74 (PB1) 및 76 (PB2)에 제시된 바와 같은 서열을 포함하는 것인 유전자
인 백신.
제1항 또는 제2항에 있어서, 백신접종의 약 3주 이내에 돼지 동물에서 보호성 면역 반응을 유도시킬 수 있는 것인 백신.
제10항에 있어서, 약학적으로 또는 수의학적으로 허용가능한 비히클, 희석제 또는 부형제를 더 포함하고, 병독성 돼지 인플루엔자 공격에 대해 돼지에서 보호성 면역 반응을 제공하는 것인 백신.
제11항에 있어서, 돼지 인플루엔자 이외의 돼지 병원체와 연관되거나 또는 그로부터 유래되는 적어도 하나의 추가 항원을 더 포함하는 것인 백신.
제12항에 있어서, 적어도 하나 이상의 추가 항원(들)은 마이코플라즈마 하이오뉴모니아 (Mycoplasma hyopneumoniae) (M. hyo), 돼지 써코바이러스 2 (PCV2), 돼지 호흡기 및 생식기 증후군 바이러스 (PRRSV), 또는 돼지에서 질병 또는 질병에 대한 감수성을 감염 및 야기시킬 수 있는 다른 병원체에 대한 면역 반응을 돼지에서 유발시킬 수 있는 것인 백신.
돼지 대상체에서의 보호성 면역 반응 유발 방법으로서, 제1항 내지 제9항 또는 제11항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 백신의 예방적 또는 치료적 유효 용량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 것인 방법.
제14항에 있어서, 적어도 하나의 보강제를 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함하는 것인 보호성 면역 반응 유발 방법.
동물의 백신접종 방법으로서, 제1항 내지 제9항 또는 제11항 내지 제13항 중 어느 한 항의 백신의 적어도 1회 투여 단계를 포함하는 것인 방법.
제16항에 있어서, 돼지는 분만전 약 3주 내지 약 6주의 모돈인 백신접종 방법.
제17항에 있어서, 분만된 새끼돼지는 비백신접종 모돈이 낳은 새끼돼지와 비교하여 감소된 이환율 및/또는 폐사율을 갖는 것인 백신접종 방법.
제1항 내지 제9항 또는 제11항 내지 제13항 중 어느 한 항의 백신의 제조에서 사용을 위한 백신-생성용 조성물로서, SIV HA, NA 및 임의로 NS1 cDNA에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 벡터를 포함하는 약독화된 재편성 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV)의 생성을 위한 다수의 벡터를 포함하고, HA, NA 및 임의로 NS1 cDNA는 상응하는 병독성 SIV 균주의 HA, NA 및 NS1 코딩 서열에 비해, 탈최적화된 코딩 서열을 코딩하는 것인 백신-생성용 조성물.
제19항에 있어서, 탈최적화된 HA 및 NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 22 및 25; 각각 29 및 32; 또는 각각 105 및 38에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고, 임의로, 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 27에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함하는 것인 백신-생성용 조성물.
제19항에 있어서, 탈최적화된 HA 및 NA 유전자는 각각 SEQ ID NO: 91 및 92; 각각 93 및 94; 또는 각각 105 및 96에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 분자를 포함하고; 임의로 탈최적화된 NS1 유전자는 SEQ ID NO: 90에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 핵산 서열을 포함하는 것인 백신-생성용 조성물.
제19항에 있어서, 벡터는 하기의 TRIG 유전자 분절을 포함하는 것인 백신-생성용 조성물: NS (SEQ ID NO: 83), M (SEQ ID NO: 82), NP (SEQ ID NO: 81), PA (SEQ ID NO: 80), PB1 (SEQ ID NO: 79), PB2 (SEQ ID NO: 78).
제21항에 있어서, 벡터는 하기의 TRIG 유전자 분절을 포함하는 것인 백신-생성용 조성물: NS (SEQ ID NO: 83), M (SEQ ID NO: 82), NP (SEQ ID NO: 81), PA (SEQ ID NO: 80), PB1 (SEQ ID NO: 79), PB2 (SEQ ID NO: 78).
제19항에 있어서, 플라스미드는
a. SEQ ID NO: 109 및 110;
b. SEQ ID NO: 108, 109 및 110;
c. SEQ ID NO: 111 및 112;
d. SEQ ID NO: 108, 111 및 112;
e. SEQ ID NO: 115 및 114; 또는
f. SEQ ID NO: 108, 115 및 114
에 제시된 바와 같은 서열을 갖는 것인 백신-생성용 조성물.
제24항에 있어서, 플라스미드가 적합한 바이러스-생성용 세포에 형질감염되었을 때, vSIV01, vSIV02, vSIV03, vSIV04, vSIV05 및 vSIV06으로부터 선택되는 약독화된, 재편성 바이러스가 생성되어 구제가능한 것인 백신-생성용 조성물.
약독화된 돼지 인플루엔자 바이러스 (SIV) 백신 균주를 제조하는 방법으로서, 재편성, 약독화된, 감염성 인플루엔자 바이러스 입자를 생성시키는데 유효한 양의 제19항의 백신-생성용 조성물과 세포를 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
제19항의 백신-생성용 조성물을 포함하는 세포.
약독화된 H1N1 SIV의 유효량 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함하는 2가 백신으로서, 각각의 약독화된 SIV는 제1항에 따른 것인 2가 백신.
약독화된 H1N2 SIV의 유효량 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함하는 2가 백신으로서, 각각의 약독화된 SIV는 제1항에 따른 것인 2가 백신.
약독화된 H1N1 SIV의 유효량, 약독화된 H1N2의 유효량, 및 약독화된 H3N2 SIV의 유효량을 포함하는 3가 백신으로서, 각각의 약독화된 SIV는 제1항에 따른 것인 3가 백신.