KR20190088480A - Pd-1에 대한 항체 및 그의 용도 - Google Patents

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조지 로버트 3세 마브리
스티븐 사진스키
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조운스 테라퓨틱스, 인크.
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Abstract

항체와 관련된 다양한 구체예들이 제공된다. 일부 구체예들은 PD-1에 결합하는 길항제 항체를 포함한다. 이러한 항체는 예를 들면, 암을 치료하는 방법에 이용될 수 있다.

Description

PD-1에 대한 항체 및 그의 용도
관련 출원들에 대한 교차-참조
본 출원은 2016년 11월 2일자로 제출된 미국 가출원 번호 62/416,602을 우선권으로 주장하며, 이의 전문이 본 명세서의 참고자료에 편입된다.
발명의 분야
예정된 사멸-1 단백질 (PD-1)에 결합하는 항체를 제공한다. 항-PD-1 항체를 투여하는 것을 포함하는 치료 방법도 또한 제공된다.
배경
예정된 사멸 1 (PD-1) 단백질은 CD28 수용체 패밀리의 억제 구성요소이며, 이 패밀리는 또한 CD28, CTLA-4, ICOS 및 BTLA를 포함한다. PD-1은 활성화된 B 세포, T 세포 및 골수 세포 표면에서 발현된다. PD-1은 막 근위 면역수용체 타이로신 억제 모티프 (ITIM) 및 막 원위 티로신-기반 스위치 모티브(ITSM)를 함유한다. 구조적으로 CTLA-4와 유사하지만, PD-1에는 B7-1 및 B7-2 결합에 중요한 MYPPY 모티프가 결여되어 있다. 또한, CD28, ICOS 및 CTLA-4 (CD28 패밀리의 다른 구성원) 모두는 동종이량체화(homodimerization)를 허용하는 쌍을 이루지 않은 시스테인 잔기를 가지고 있지만, PD-1은 단량체로 존재하는 것으로 여겨지며, 다른 CD28 패밀리 구성원에서 특징적인 쌍을 이루지 않은 시스테인 잔기는 결여되어 있다. PD-1 수용체는 PD- 리간드 -1 (PD-L1) 및 PD-L2의 2 가지 리간드를 갖는다. 용어 "PD-L1"은 CD274 및 B7H1로도 알려진 PD-1 수용체의 리간드를 나타낸다. PD-L1은 세포외 IgV-유사 도메인, 세포외 IgC-유사 도메인, 막경유 도메인 및 약 30 개의 아미노산으로 고도로 보존된 세포내 도메인을 갖는 290개의 아미노산 단백질이다. PD-L1은 항원 제시 세포 (예컨대, 수지상 세포, 대식세포 및 B 세포) 및 조혈 세포 및 비-조혈 세포(예를 들어, 혈관 내피 세포, 췌도(pancreatic islets) 및 면역 특권 부위)와 같은 많은 세포 상에 지속적으로 발현된다. 용어 "PD-L2"은 CD273 및 B7-DC로도 알려진 PD-1 수용체의 리간드를 나타낸다. PD-L2는 세포외 IgV- 유사 도메인, 세포외 IgC- 유사 도메인, 막경유 도메인 및 인간에서 약 30 개 아미노산의 세포내 도메인을 갖는다. PD-L2는 PD-L1보다 더 제한적인 발현을 보이는데, 발현은 대식세포, 수지상 세포, 일부 B 세포 하위 그룹 및 골수-유래 비만 세포를 포함하는 조혈 세포에 주로 국한된다.
PD-1은 면역 검문소(checkpoint)로서 기능하며, T 세포의 활성화를 방지하기 위해 작용한다. PD-1 길항제는 종양을 공격하기 위해 면역계를 활성화시키고, 암 치료에 성공을 보였고, 일부 경우에는 다른 화학 요법 치료법보다 독성이 적었다. PD-1 길항제는 또한 다른 화학 요법제와 병용 요법으로 사용될 수 있다. 현재 승인된 PD-1 길항제는 항-PD-1 항체, Opdivo® 및 Keytruda®, 그리고 항-PD-L1 항체, Tecentriq™를 포함한다.
암 및 다른 질병 및 장애의 치료를 위한 PD-1의 추가 길항제가 여전히 필요하다.
요약
예정된 사멸 1 (PD-1)에 결합하는 항체가 제공되며, 이때 상기 항체는 인간 PD-1 및 마우스 PD-1에 결합하고, 이때 상기 항체는 PD-L1 및/또는 PD-L2가 PD-1에 결합하는 것을 차단한다.
일부 구체예들에서, 예정된 사멸 1 (PD-1)에 결합하는 단리된 항체가 제공되며, 이때 상기 항체는 인간 PD-1의 아미노산 126 내지 136을 포함하는 에피토프에 결합한다. 일부 구체예들에서, 아미노산 126 내지 136은 서열 번호: 1에 따라 번호매김된다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 I126A, L128A, A132L, I134A, 및 E136A로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 PD-1 변이체에 결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 382의 인간 PD-1에 결합한다.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 :
a) 이 항체가 PD-1 변이체 I126A ECD-Fc (서열 번호: 389)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
b) 이 항체가 PD-1 변이체 L128A ECD-Fc (서열 번호: 390)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
c) 이 항체가 PD-1 변이체 A132L ECD-Fc (서열 번호: 391)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
d) 이 항체가 PD-1 변이체 I134A ECD-Fc (서열 번호: 392)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
e) 이 항체가 PD-1 변이체 E136A ECD-Fc (서열 번호: 393)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합한다.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 서열 번호: 403의 마우스 PD-1 ECD-Fc에 결합한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 이 항체가 PD-1 변이체 H129P ECD-Fc (서열 번호: 394)결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 403의 마우스 PD-1 ECD-Fc에 결합한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 이 항체가 렛 PD-1 ECD-Fc (서열 번호: 405)에 결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 렛 PD-1 변이체 P129H ECD-Fc (서열 번호: 397)에 결합한다.
다양한 구체예들에서, 친화력은 바이오레이어 간섭측정(biolayer interferometry)에 의해 측정된다.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 서열 번호: 20의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일한 중쇄 가변 영역 (VH) 그리고 서열 번호: 24의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일한 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하는 VH와 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
일부 구체예들에서, 예정된 사멸 1 (PD-1)에 결합하는 단리된 항체가 제공되며, 이때 상기 항체는 다음을 포함한다:
i) (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
ii) 상기 항체는 (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iii) (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iv) (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
v) (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vi) (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vii) (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
viii) (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, PD-1에 결합하는 항체가 제공되며, 이 항체는 중쇄 가변 영역 (VH)과 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 이때:
i) VH는 서열 번호: 4의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 8의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
ii) VH는 서열 번호: 12의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 16의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
iii) VH는 서열 번호: 20의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 24의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
iv) VH는 서열 번호: 28의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 32의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
v) VH는 서열 번호: 36의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 40의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
vi) VH는 서열 번호: 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108 및 116으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 및 120으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 또는
vii) VH는 서열 번호: 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 및 284으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280 및 288으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 또는
viii) VH는 서열 번호: 292, 300, 308 및 316으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 296, 304, 312, 및 320으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
일부 구체예들에서, PD-1에 결합하는 항체가 제공되며, 이 항체는 중쇄 가변 영역 (VH)과 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 이때:
i) VH는 서열 번호: 4의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 8의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
ii) VH는 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
iii) VH는 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
iv) VH는 서열 번호: 28의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
v) VH는 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 40의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
vi) VH는 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
vii) VH는 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
viii) VH는 서열 번호: 60의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
ix) VH는 서열 번호: 68의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
x) VH는 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 80의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xi) VH는 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 88의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xii) VH는 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xiii) VH는 서열 번호: 100의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xiv) VH는 서열 번호: 108의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xv) VH는 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 120의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xvi) VH는 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 128의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xvii) VH는 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xviii) VH는 서열 번호: 140의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xix) VH는 서열 번호: 148의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xx) VH는 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 160의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxi) VH는 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 168의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxii) VH는 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxiii) VH는 서열 번호: 180의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxiv) VH는 서열 번호: 188의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxv) VH는 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxvi) VH는 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxvii) VH는 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 216의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxviii) VH는 서열 번호: 220의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 224의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxix) VH는 서열 번호: 228의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 232의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxx) VH는 서열 번호: 236의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 240의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxi) VH는 서열 번호: 244의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 248의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxii) VH는 서열 번호: 252의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 256의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxiii) VH는 서열 번호: 260의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 264의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxiv) VH는 서열 번호: 268의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 272의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxv) VH는 서열 번호: 276의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 280의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxvi) VH는 서열 번호: 284의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 288의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxvii) VH는 서열 번호: 292의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 296의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxviii) VH는 서열 번호: 300의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 304의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xxxix) VH는 서열 번호: 308의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 312의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
xl) VH는 서열 번호: 316의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 320의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
일부 구체예들에서, 인간 PD-1에 결합하기 위하여 본원에서 제공되는 항체와 경쟁하는 항체가 제공되며, 이때 상기 항체는 인간 PD-1 및 마우스 PD-1에 결합하고, 여기에서 상기 항체는 인간 PD-1이 인간 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, 인간 PD-1이 인간 PD-L2에 결합하는 것을 억제하고, 마우스 PD-1이 마우스 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, 그리고 마우스 PD-1이 마우스 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 5 nM 미만의 친화력 (KD)으로 인간 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 10 nM 미만의 친화력 (KD)으로 마우스 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 친화력은 바이오레이어 간섭측정에 의해 측정된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 단일클론 항체다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 인간 항체, 키메라 항체, 또는 인간화된 항체다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 Fab, Fab', Fv, scFv 또는 (Fab')2 단편에서 선택된 항체 단편이다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 전장(full length) 항체다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 IgG1 또는 IgG4 항체다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 인간 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 인간 PD-1은 서열 번호: 382의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 마우스 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 마우스 PD-1은 서열 번호: 383의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 시노몰구스 원숭이 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 시노몰구스 원숭이 PD-1은 서열 번호: 384의 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체 PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 포유류에 투여하면 IFNγ및 IL-2에서 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준이 증가된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 IFNγ 및 IL-2에서 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준을 최소한 2-배 증가시킨다. 일부 구체예들에서, 사이토킨의 수준은 상기 항체의 투여 후, 1 시간, 2 시간, 3 시간, 4 시간, 5 시간, 6 시간, 8 시간, 10 시간, 12 시간, 14 시간, 16 시간, 18 시간, 20 시간, 22 시간, 24 시간, 36 시간, 또는 48 시간 시점에 측정된다. 일부 구체예들에서, 최소한 하나의 사이토킨은 IFNγ이다. 일부 구체예들에서, 최소한 하나의 사이토킨은 IL-2이다. 일부 구체예들에서, 케모킨의 수준은 상기 항체 투여 후 24시간 시점에 측정된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 포유류에게 투여하면 이 포유류에서 면역 반응이 강화된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 포유류에게 투여하면 이 포유류에서 T 세포가 활성화된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 포유류에게 투여하면 암을 가진 포유류에서 종양 크기가 감소된다. 일부 구체예들에서, 상기 포유류는 인간이다. 일부 구체예들에서, 상기 인간은 암을 가지고 있다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 인코드하는 단리된 핵산이 제공된다. 일부 구체예들에서, 핵산을 포함하는 벡터가 제공된다. 일부 구체예들에서, 상기 벡터를 포함하는 숙주 세포가 제공된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체를 만드는 숙주 세포가 제공된다. 일부 구체예들에서, 제공된 항-PD-1 항체를 만드는 방법이 제시되는데, 이 방법은 상기 항체의 발현에 적합한 조건하에 숙주 세포를 배양하는 것을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 방법은 상기 숙주 세포에서 만들어진 항체를 회수하는 것을 더 포함한다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체와 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물이 제공된다.
일부 구체예들에서, 포유류에서 암을 치료하는 방법이 제공되는데, 이 방법은 본원에서 제공된 항-PD-1 항체, 또는 본원에서 제공된 항-PD-1 항체의 효과량과 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 포유류에서 면역 반응을 강화시키는 방법이 제시되는데, 이 방법은 효과량의 본원에서 제공된 항-PD-1 항체, 또는 본원에서 제공된 항-PD-1 항체와 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
일부 구체예들에서, 포유류에서 T 세포의 활성화를 증가시키는 방법이 제시되는데, 이 방법은 본원에서 제공된 항-PD-1 항체, 또는 본원에서 제공된 항-PD-1 항체의 효과량과 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
일부 구체예들에서, 암을 가진 포유류에서 종양 크기를 감소시키는 방법이 제공되는데, 이 방법은 본원에서 제공된 항-PD-1 항체, 또는 본원에서 제공된 항-PD-1 항체의 효과량과 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
본원에서 제공되는 임의의 구체예에서, 상기 포유류는 인간일 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 포유류에게 최소한 하나의 추가 치료물질이 투여된다. 일부 이러한 구체예에서, 상기 추가 치료물질은 항-PD-1 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 암 백신이다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된(engineered) 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체의 용도는 암을 치료하는 약물 제조용으로 제공된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 약물은 최소한 하나의 추가 치료물질과 함께 투여하기 위함이다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 암 백신이다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된(engineered) 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 본 명세서는 본원에서 제공된 항체 또는 본원에서 제공된 항체 및 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물은 암 치료 용도로 제공한다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 본 명세서는 본원에서 제공된 항체 또는 본원에서 제공된 항체 및 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물, 그리고 최소한 하나의 추가 치료물질의 용도를 암을 치료하기 위한 용도로 제공한다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 암 백신이다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된(engineered) 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체 또는 본원에서 제공된 항체 및 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물은 암 치료에서 용도로 제공된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 포유류에서 IFNγ 및 IL-2에서 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준을 증가시키는 방법이 제시되는데, 이 방법은 상기 포유류에게 본원에서 제공된 항체를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구체예들에서, 사이토킨의 수준은 상기 항체의 투여 후, 1 시간, 2 시간, 3 시간, 4 시간, 5 시간, 6 시간, 8 시간, 10 시간, 12 시간, 14 시간, 16 시간, 18 시간, 20 시간, 22 시간, 24 시간, 36 시간, 또는 48 시간 시점에 측정된다. 일부 구체예들에서, 최소한 하나의 사이토킨은 IFNγ이다. 일부 구체예들에서, 최소한 하나의 사이토킨은 IL-2이다. 일부 구체예들에서, 사이토킨의 수준은 상기 항체 투여 후 24시간 시점에 측정된다. 일부 구체예들에서, 상기 포유류는 인간이다. 일부 구체예들에서, 상기 인간은 암을 가지고 있다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 면역 반응은 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, 강화된다. 일부 구체예들에서, T 세포의 활성화는 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, 증가된다. 일부 구체예들에서, 종양 크기는 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, 감소된다.
일부 구체예들에서, 상기 포유류에게 최소한 하나의 추가 치료물질이 투여된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-PD-1 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료제는 항-ICOS 항체다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 암 백신이다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된(engineered) 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택된다.
일부 구체예들에서, 상기 포유류의 암 시료는 PD-1를 발현시키는 지에 대하여 측정되었다. 일부 구체예들에서, 상기 시료는 면역조직화학 (IHC)에 의해 PD-1의 1+, 2+, 또는 3+ 착색을 보인다. 일부 구체예들에서, 상기 시료는 샘플은 PD-L1의 상승된 수준을 갖는지에 대하여 측정되었다. 일부 구체예들에서, PD-L1 수준은 IHC를 이용하여 측정된다.
도 1은 항-CD3 및 항-CD28 항체로 활성화된 마우스 비장세포 T 세포를 항-PD-1 항체에 접촉시킨 후, IFNγ 농도를 보여준다. 마우스 IgG1 및 렛 IgG2a는 대조군으로 이용되었다. RMP1-14는 양성 대조군 항-PD-1 항체로 이용되었다.
도 2는 스타필로코커스(Staphylococcal) 장독소 B (SEB)로 활성화된 전혈 시료를 항-PD1 항체로 항온처리 후 IL-2 증가의 EC50를 보여준다. 니볼루마브 (Nivo) 및 펨브롤리주마브 (Pembro)는 대조군 항-PD1 항체로 이용된다. 항체 12228 (28), 13406 (6), 13407 (7), 13408 (8), 및 13409 (9)의 효과를 나타낸다.
도 3a-3b는 마우스 리간드가 마우스 PD-1에 결합하는 것을 차단하는 본원에 기재된 항-PD-1 항체의 능력을 보여준다. 마우스 PD-1에 의한 마우스 PD-L1과 마우스 PD-L2 사이의 상호 작용에 대한 이 항체의 영향을 평가하기 위해 Forte-Bio 기기에서 Octet 분석을 사용했다.
도 4a-1, 4a-2, 4b-1, 4b-2, 그리고 4c는 인간 리간드가 인간 PD-1에 결합하는 것을 차단하는 본원에 기재된 항-PD-1 항체의 능력을 보여준다. 인간 PD-1에 의한 인간 PD-L1과 인간 PD-L2 사이의 상호 작용에 대한 이 항체의 영향을 평가하기 위해 Forte-Bio 기기에서 Octet 분석을 사용했다.
도 5는 본원에 기재된 항-PD-1 항체 투여시 마우스 종양 모델에서 종양 크기의 감소를 보여준다. C57BL6/J 마우스는 MC38 세포를 그들의 측면에 피하 주사 하였다. 마우스 IgG1 (MOPC-21) 및 렛 IgG2a (2A3)은 대조군으로 이용되었다. RMP1-14는 양성 대조군 항-PD1 항체로 이용되었다.
구체예들의 상세한 설명
PD-1에 결합하는 항체가 제공된다. PD-1에 결합하는 항체를 형성할 수 있는 항체의 중쇄 및 경쇄들이 또한 제공된다. 추가적으로, 하나 또는 그 이상의 특정 상보성 결정 영역 (CDRs)을 포함하는 항체, 중쇄, 그리고 경쇄가 제공된다. PD-1에 대한 항체를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드가 제공된다. 항체 중쇄 또는 경쇄를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드가 또한 제공된다. PD-1에 대한 항체를 생산 및/또는 정제하는 방법들이 제공된다. PD-1에 대한 항체를 이용한 치료 방법들이 제공된다. 이러한 방법들은 암을 치료하는 것을 포함하나, 이에 국한되지 않는다. PD-1을 탐지하는 방법들이 제공된다. 이러한 방법은 항-PD-1 항체로 치료하는 것이 유익한 개체를 확인하는 방법, 개체를 항-PD-1 항체로 모니터링하는 방법 및 항-PD-1 항체의 치료 효능을 향상시키는 방법을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 섹션 제목은 오로지 구획을 분리하려는 목적을 위함이며 서술된 주제를 제한하는 것으로 간주되어서는 안된다.
특허 출원, 특허 공보 및 Genbank 수탁 번호를 포함하여 본원에 인용된 모든 참고 문헌은 각각의 개별적인 참고 문헌이 구체적으로 및 개별적으로 참조로서 본 명세서에 통합되어 있는 것처럼 인용 됨으로써 여기에 포함된다.
본원에 기술되거나 참조된 기술 및 절차는 일반적으로 잘 이해되고, 당업자에 의한 통상적 인 방법론을 사용하여 일반적으로 사용되는데, 예를 들면, 다음에 기술된 방법들이 광범위하게 이용된다: Sambrook 외, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd. edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F. M. Ausubel, 외 eds., (2003)); the series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.): PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames and G. R. Taylor eds. (1995)), Harlow and Lane, eds. (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL, and ANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1987)); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (R. I. Freshney), ed., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P. E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and D. G. Newell, eds., 1993-8) J. Wiley and Sons; Handbook of Experimental Immunology (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds.); Gene Transfer Vectors for Mammalian 세포 (J. M. Miller and M. P. Calos, eds., 1987); PCR: The Polymerase 쇄 Reaction, (Mullis 외, eds., 1994); Current Protocols in Immunology (J. E. Coligan 외, eds., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999); Immunobiology (C. A. Janeway and P. Travers, 1997); Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: A Practical Approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal Antibodies: A Practical Approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000); Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995); 그리고 Cancer: Principles and Practice of Oncology (V. T. DeVita 외, eds., J.B. Lippincott Company, 1993); 및 이들의 업데이트된 버젼.
I. 정의
다르게 정의되지 않는 한, 본 개시와 관련하여 사용되는 과학적 및 기술적 용어는 당업자가 일반적으로 이해하는 의미를 가져야 한다. 더욱이, 내용에 의해 요구되지 않는 한, 또는 명시적으로 나타내지 않는 한, 단수는 복수를 포함하며, 복사는 단수를 포함한다. 다양한 소스 또는 참조 간의 정의가 충돌하는 경우, 여기에 제공된 정의에 따른다.
본 명세서에 기술된 본 발명의 실시 예는 실시예들에서 "구성되는" 및/또는 "~은 본질적으로 구성되는"을 포함하는 것으로 이해된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 단수 형태("a", "an" 및 "the")는 다르게 표시되지 않는 한 복수의 참고 문헌을 포함한다. " 또는"이라는 용어의 사용은 대체물이 상호 배타적이라는 것을 의미하지 않는다.
본원에서, " 또는"의 사용은 당업자에 의해 명시적으로 또는 이해되지 않는 한 " 및/또는"을 의미한다. 다중 종속 청구항의 문맥에서, " 또는"의 사용은 하나 이상의 선행 독립 또는 종속 청구항을 가리킨다.
당해 분야의 숙련자에 의해 이해되는 바와 같이, 본 명세서의 값 또는 매개변수에서 "약~"이란 언급은 그 값 또는 매개변수 또는 그 값 자체에 관한 구체예를 포함한다 (및 설명한다). 예를 들어, "약 X"에 대한 설명은 "X"에 대한 설명을 포함한다.
용어 “핵산 분자”, “핵산” 및 “폴리뉴클레오티드”는 호환될 수 있으며, 뉴클레오티드의 중합체를 지칭한다. 이러한 뉴클레오티드의 중합체는 천연 및/또는 비-천연 뉴클레오티드를 함유할 수 있으며, DNA, RNA 및 PNA를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다. "핵산 서열"은 핵산 분자 또는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 선형 뉴클레오티드 서열을 의미한다.
용어 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 상호 호환적으로 사용되고, 최소 길이로 제한되지 않는다. 이러한 아미노산 잔기의 중합체는 천연 또는 비-천연 아미노산 잔기를 함유할 수 있으며, 아미노산 잔기의 펩티드, 올리고펩티드, 이량체, 삼량체 및 다량체를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다. 전장 단백질 및 그 단편은 모두 정의에 포함된다. 이 용어는 또한 폴리펩티드의 발현-후 변형, 예를 들어, 당화, 시알릴화, 아세틸 화, 인산화 등을 포함한다. 또한, 본 발명의 목적을 위하여, "폴리펩티드"는 단백질이 원하는 활성을 유지하는 한, 고유 서열에 결실, 부가 및 치환 (본질 상 일반적으로 보존적인)과 같은 변형을 포함하는 단백질을 지칭한다.이러한 변형은 부위 특이적 돌연변이 유발을 통해 의도적으로 이루어지거나, PCR 증폭으로 인해 단백질을 생성하는 숙주의 돌연변이 또는 우연히 발생할 수 있다.
본원에 사용된 "PD-1" 및 "예정된 사멸 1"은 세포에서 PD-1의 발현 및 프로세싱으로부터 기인한 임의의 고유 PD-1을 지칭한다. 상기 용어는 다른 언급이 없는 한, 포유류, 이를 테면 영장류 (예를 들면, 인간 및 시노몰구스 원숭이) 및 설치류 (예를 들면, 마우스 및 렛)가 포함된 임의의 척추동물 원천으로부터 PD-1을 포함한다. 상기 용어는 PD-1의 자연 발생 변이체, 가령, 접합(splice) 변이체 또는 대립유전자 변이체를 또한 포함한다. (신호 서열과 함께, 아미노산 1-20과 함께)과 함께, 예시적인 인간 PD-1 전구물질 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 1에 나타낸다. 예시적인 성숙한 인간 PD-1의 아미노산 서열은 서열 번호: 382에 나타낸다. (신호 서열과 함께, 아미노산 1-20과 함께)과 함께, 예시적인 마우스 PD-1 전구물질 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 2에 나타낸다. 예시적인 성숙한 마우스 PD-1의 아미노산 서열은 서열 번호: 383에 나타낸다. (신호 서열과 함께, 아미노산 1-20과 함께)과 함께, 예시적인 시노몰구스 원숭이 PD-1 전구물질 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 3에 나타낸다. 예시적인 성숙한 시노몰구스 원숭이 PD-1의 아미노산 서열은 서열 번호: 384에 나타낸다.
용어 항원 또는 에피토프에 "특이적으로 결합한다"는 당해 기술 분야에서 잘 이해되어있는 용어이며, 이러한 특이적 결합을 결정하는 방법 또한 당 업계에 잘 알려져 있다. 한 분자가 대체 세포 또는 물질을 사용하는 것보다 특정 세포 또는 특정 물질과 더 자주, 더 빠르게, 더 오래 지속되거나 더 큰 친화력으로 반응하거나 결합하는 경우 "특이적 결합" 또는 "우선적 결합"을 나타낸다고 한다. 한 항체는 다른 물질에 결합하는 것보다 더 큰 친화력, 결합력,보다 쉽게 그리고/또는 더 긴 지속 시간으로 결합하는 경우 표적에 "특이적으로 결합" 또는 "우선적으로 결합"한다라고 한다. 예를 들면, PD-1 에피토프에 특이적으로 또는 우선적으로 결합하는 항체는 다른 PD-1 에피토프 또는 비-PD-1에 결합하는 것보다 큰 친화력, 결합력, 보다 용이하게 및/또는 더 긴 지속 시간으로 이 에피토프를 결합시키는 항체이다. 또한, 이 정의를 읽음으로써, 예를 들어, 제 1 표적에 특이적으로 또는 우선적으로 결합하는 항체 (또는 잔기 또는 에피토프)가 제 2 표적에 특이적으로 또는 선택적으로 결합할 수 있다는 것을 이해할 수 있다. 따라서, "특이적 결합" 또는 "우선적인 결합"은 배타적인 결합을 (포함할 수는 있을지라도) 반드시 포함할 필요는 없다. 일반적으로, 그러나 반드시 그런 것은 아니지만, 결합에 대한 참조는 우선적인 결합을 의미한다. "특이성"은 항원에 선택적으로 결합하는 결합 단백질의 능력을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, "실질적으로 순도(substantially pure)"은 적어도 50% 순도 (즉, 오염물이 없음), 보다 바람직하게는 적어도 90% 순도, 보다 바람직하게는 적어도 95% 순도, 보다 더 바람직하게는 최소 98% 순도, 가장 바람직하게는 99% 이상의 순도를 갖는다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 "에피토프(epitope)"는 표적 분자(가령, 항원 이를 테면, 단백질, 핵산, 탄수화물 또는 지질) 상에 항원-결합 분자 (예를 들어, 항체, 항체 단편, 또는 항체 결합 영역을 함유하는 스캐폴드 단백질)가 결합하는 부위를 지칭한다. 에피토프는 종종 아미노산, 폴리펩티드 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적 활성 표면 그룹을 포함하며, 특정 전하 특성 뿐만 아니라 특정 3 차원 구조적 특성을 갖는다. 에피토프는 표적 분자의 인접 및/또는 병치된 비-인접 잔기 (예 : 아미노산, 뉴클레오티드, 당, 지질 잔기)로부터 형성될 수 있다. 인접한 잔기 (예 : 아미노산, 뉴클레오티드, 당, 지질 잔기)로부터 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매에 노출시 유지되는 반면, 3 차 폴딩에 의해 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매로 처리시 손실된다. 에피토프는 적어도 3 개, 적어도 5 개 또는 8-10 개의 잔기 (예를 들어, 아미노산 또는 뉴클레오티드)를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다. 일부 예에서, 에피토프는 길이가 20개 잔기 (예를 들어, 아미노산 또는 뉴클레오티드) 미만, 15개 잔기 미만 또는 12개 잔기 미만이다. 2 개의 항체는 항원에 대한 경쟁적 결합을 나타내는 경우, 항원 내의 동일한 에피토프에 결합할 수 있다. 일부 구체예들에서, 에피토프는 항원-결합 분자상의 CDR 잔기에 대한 특정 최소 거리에 의해 동정될 수 있다. 일부 구체예들에서, 에피토프는 상기 거리로 특정되어 질 수 있으며, 그리고 항체 잔기와 항원 잔기 사이에서 결합(예를 들면, 수소결합)에 관여하는 잔기로 추가 제한된다. 에피토프는 다양한 스캔에 의해 동정될 수 있는데, 예를 들어 알라닌 또는 아르기닌 스캔은 항원-결합 분자가 상호 작용할 수 있는 하나 이상의 잔기를 나타낼 수 있다. 명시적으로 나타내지 않는 한, 에피토프로서의 잔기의 세트는 특정 항체에 대한 에피토프의 일부가 되는 다른 잔기를 배제하지 않는다. 오히려, 이러한 세트의 존재는 에피토프의 최소 시리즈 (또는 종 세트)를 나타낸다. 따라서, 일부 구체예들에서, 에피토프로 확인된 잔기 세트는 항원상의 에피토프에 대한 잔기의 독점적인 목록보다는 오히려 항원에 대한 최소의 항원 결정기를 나타낸다.
"비선형(nonlinear) 항원 결정기" 또는 "입체구조적(conformational) 항원 결정기"는 에피토프에 특이적인 항체가 결합하는 항원 단백질 내의 비-인접 폴리펩티드, 아미노산 및/또는 당을 포함한다. 일부 구체예들에서, 적어도 하나의 잔기는 에피토프의 다른 언급된 잔기와 비인접일 할 것이다; 그러나, 하나 이상의 잔기는 또한 다른 잔기와 인접할 수 있다.
"선형(linear) 항원 결정기"는 에피토프에 특이적인 항체가 결합하는 항원 단백질 내의 인접 폴리펩티드, 아미노산 및/또는 당을 포함한다. 일부 구체예들에서, 선형 에피토프 내의 모든 잔기가 항체와 직접 결합 (또는 결합에 관련된)할 필요는 없다는 것을 주지해야 한다. 일부 구체예들에서, 선형 에피토프는 선형 에피토프의 서열로 효과적으로 구성된 펩티드, 또는 이 단백질의 나머지, 즉, 그 서열만을 가진(가령, 항체와 적어도 주로 상호작용하는) 상대적으로 단리된 단백질의 구조적 섹션으로 부터 면역화될 수 있다.
용어 항체는 본 명세서에서 단클론 항체, 다클론 항체, 다중특이적 항체 (가령, 이중특이적 (이를 테면, 이중특이적 T 연결자(engager) 또는 삼중 특이적 항체), 그리고 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 한 항체 단편을 포함하나, 이에 국한되지 않은 다양한 항체 구조를 포괄하는 광범위한 의미로 이용된다.
항체라는 용어는 항원에 결합할 수 있는 단편, 가령, Fv, 단일 쇄 Fv (scFv), Fab, Fab', 이중-scFv, sdAb (단일 도메인 항체) 및 (단일 도메인 항체) 및 (Fab')2 (화학적으로 연결된 (Fab')2 포함)를 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 항체를 파파인으로 절단하면 각각 하나의 항원 결합 부위를 가진 "Fab" 단편이라고 불리는 2 개의 동일한 항원 결합 단편과 쉽게 결정화할 수 있는 능력을 반영하는 잔여 "Fc" 단편이 생성된다. 펩신 처리는 2 개의 항원-결합 부위를 가지며, 여전히 항원을 가교 결합시킬 수 있는 F(ab')2 단편을 생성한다. 용어 항체는 또한 키메라 항체, 인간화된 항체, 그리고 다양한 종, 이를 테면, 마우스, 인간, 시노몰구스 원숭이, 등의 항체를 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 또한, 본원에서 제공된 모든 항체 구조물에 대해, 다른 유기체로부터의 서열을 갖는 변이체도 고려된다. 따라서, 인간 버전의 항체가 개시된다면, 당업자는 인간 서열 기반 항체를 마우스, 렛, 고양이, 개, 말 등의 서열로 형질 전환시키는 방법을 이해할 것이다. 항체 단편은 또한 단일 쇄 scFv, 탠덤 디-scFv, 디아바디 (diabody), 탠덤 트리-sdcFv, 미니바디(minibodies) 등의 배향을 포함한다. 항체 단편은 또한 나노바디 (sdAb, 경쇄가 없이, 중쇄의 한 쌍의 가변 도메인과 같은 단량체 도메인을 갖는 항체)를 포함한다. 항체 단편은 일부 구체예들에서 특정 종으로 지칭 (예를 들면, 인간 scFv 또는 마우스 scFv)될 수 있다. 이것은 구조체의 원천보다는 비-CDR 영역의 적어도 일부의 서열을 나타낸다.
용어 “단일클론 항체”는 항체의 실질적으로 균질한 집단의 항체를 나타내는데, 즉, 개체군을 구성하는 개개의 항체는 소량으로 존재할 수 있는 있을 수 있는 자연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 단일클론 항체는 매우 특이적이며, 단일 항원 부위를 지향한다. 더욱이, 상이한 결정인자 (에피토프)에 대항하는 상이한 항체를 일반적으로 함유하는 다중클론성 항체 조제물과 대조적으로, 각 단일클론 항체는 항원에 있는 단일 결정인자를 지향한다. 따라서, 단일클론 항체 샘플은 항원상의 동일한 에피토프에 결합할 수 있다. 변경인자 “단일클론”은 상기 항체의 특징은 실질적으로 동질성 집단의 항체로부터 획득되나, 이 항체 생산에 임의의 특정 방법이 요구되지 않는 것으로 간주되는 것을 나타낸다. 예를 들면, 단일클론 항체는 Kohler and Milstein, 1975, Nature 256 : 495에 의해 처음으로 기술된 하이브리도마 방법에 의해 제조될 수 있거나, U.S. 특허 번호 4,816,567에서 기술된 재조합 DNA 방법에 의해 만들어질 수 있다. 단일클론 항체는 또한 예를 들면, McCafferty 외, 1990, Nature 348:552-554에 기재된 기술을 사용하여 생성된 파아지 라이브러리로부터 단리될 수 있다.
용어 "CDR"은 당업자에게 적어도 하나의 식별 방법에 의해 정의된 바와 같은 상보성 결정 영역을 나타낸다. 일부 구체예들에서, CDRs은 Chothia 번호 매김 체계, Kabat 번호매김 체계, Kabat 및 Chothia의 조합, AbM 정의, 접촉 정의(contact definitions), 및/또는 a combination of the Kabat, Chothia, AbM, 및/또는 접촉 정의의 조합중 임의의 하나에 따라 특정될 수 있다. 예시적인 CDRs (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및CDR-H3)는 L1의 아미노산 잔기 24-34, L2의 아미노산 잔기 50-56, L3의 아미노산 잔기 89-97, H1의 아미노산 잔기 31-35B, H2의 아미노산 잔기 50-65, 그리고 H3의 아미노산 잔기 95-102에서 발생된다. (Kabat 외., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991).) AbM 정의는 예를 들면, L1의 아미노산 잔기 24-34, L2의 아미노산 잔기 50-56, L3의 아미노산 잔기 89-97, H1의 아미노산 잔기 H26-H35B, H2의 아미노산 잔기 50-58, 그리고 H3의 아미노산 잔기 95-102에서 CDRs (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및CDR-H3)을 포함한다. 접촉 정의는 예를 들면, L1의 아미노산 잔기 30-36, L2의 아미노산 잔기 46-55, L3의 아미노산 잔기 89-96, H1의 아미노산 잔기 30-35, H2의 아미노산 잔기 47-58, 그리고 H3의 아미노산 잔기 93-101에서 CDRs(CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 그리고 CDR-H3)를 포함한다. Chothia 정의는 예를 들면, L1의 아미노산 잔기 24-34, L2의 아미노산 잔기 50-56, L3의 아미노산 잔기 89-97, H1의 아미노산 잔기 26-32…34, H2의 아미노산 잔기 52-56, 그리고 H3의 아미노산 잔기 95-102에서 CDRs(CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 그리고 CDR-H3)를 포함한다. CDRs은 또한 하나 이상의 첨부된 도면에 도시된 바와 같이 제공 될 수 있다. VH에서 CDR1을 제외하고, CDRs는 초가변 루프를 형성하는 아미노산 잔기를 일반적으로 포함한다. 항체내 다양한 CDRs는 이들의 적절한 수와 쇄 유형으로 표시될 수 있는데, 다음을 포함하나, 이에 국한되지는 않는다: a) CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 그리고 CDR-H3; b) CDRL1, CDRL2, CDRL3, CDRH1, CDRH2, 그리고 CDRH3; c) LCDR-1, LCDR-2, LCDR-3, HCDR-1, HCDR-2, 그리고 HCDR-3; 또는 d) LCDR1, LCDR2, LCDR3, HCDR1, HCDR2, 그리고 HCDR3; 등. 용어 "CDR"은 초가변 루프를 포함하는 HVR 또는 "초가변 영역"을 또한 포괄하도록 본원에서 사용된다. 예시적인 초가변적 루프는 아미노산 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2), 및 96-101 (H3)에서 발생된다 (Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987).)
본원에 사용된 용어 "중쇄 가변 영역"은 적어도 3 개의 중쇄 CDRs을 포함하는 영역을 말한다. 일부 구체예들에서, 중쇄 가변 영역은 3 개의 CDRs 및 적어도 FR2 및 FR3을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 중쇄 가변 영역은 최소한 중쇄 HCDR1, 틀구조(FR) 2, HCDR2, FR3, 그리고 HCDR3을 포함한다. 일부 구체예들에서, 중쇄 가변 영역은 또한 FR1의 적어도 일부 및/또는 FR4의 적어도 일부를 포함한다.
본원에 사용된 용어 “중쇄 불변 영역”은 최소한 3개의 중쇄 불변 도메인, CH1, CH2, 그리고 CH3을 포함하는 영역을 지칭한다. 물론, 도메인 내 비-기능-변경(non-function-altering) 결실 및 변경은 달리 지정되지 않는 한, 용어 "중쇄 불변 영역"의 범위 내에 포함된다. 비제한적 예시적인 중쇄 불변 영역은 γ,δ, 그리고 α를 포함한다. 비제한적 예시적인 중쇄 불변 영역은 또한 ε 및 μ를 포함한다. 각 중쇄 불변 영역은 항체 아이소타입(isotype)에 대응한다. 예를 들면, γ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgG 항체, δ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgD 항체, 그리고 α 불변 영역을 포함하는 항체는 IgA 항체다. 더욱이, μ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgM 항체이며, 그리고 ε 불변 영역을 포함하는 항체는 IgE 항체이다. 특정 아이소타입은 서브 클래스로 더 세분화 될 수 있다. 예를 들면, IgG 항체는 다음을 포함하나 이에 국한되지 않는다: IgG1 (γ1 불변 영역을 포함), IgG2 (γ2 불변 영역을 포함), IgG3 (γ3 불변 영역을 포함), 그리고 IgG4 (γ4 불변 영역을 포함) 항체; IgA 항체는 다음을 포함하나 이에 국한되지 않는다: IgA1 (α1 불변 영역을 포함) 및 IgA2 (α2 불변 영역을 포함) 항체; 그리고 IgM 항체는 다음을 포함하나 이에 국한되지 않는다: IgM1 및 IgM2.
본원에 사용된 용어 "중쇄"는 리더 서열을 갖거나 갖지않는 중쇄 가변 영역을 적어도 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일부 구체예들에서, 중쇄는 중쇄 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전장의 중쇄"는 리더 서열을 갖거나 갖지않는 중쇄 가변 영역 및 중쇄 불변 영역을 적어도 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "경쇄 가변 영역"은 적어도 3 개의 경쇄 CDRs을 포함하는 영역을 말한다. 일부 구체예들에서, 경쇄 가변 영역은 3 개의 CDRs 및 적어도 FR2 및 FR3을 포함한다. 일부 구체예들에서, 경쇄 가변 영역은 최소한 경쇄 LCDR1, 틀구조(FR) 2, LCDR2, FR3, 그리고 LCDR3을 포함한다. 예를 들면, 경쇄 가변 영역은 경쇄 CDR1, 틀구조(FR) 2, CDR2, FR3, 그리고 CDR3을 포함할 수 있다. 일부 구체예들에서, 경쇄 가변 영역은 또한 FR1의 적어도 일부 및/또는 FR4의 적어도 일부를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "경쇄 불변 영역”은 경쇄 불변 도메인, CL을 포함하는 영역을 말한다. 비제한적 예시적인 경쇄 불변 영역은 λ및 κ를 포함한다. 물론, 도메인 내 비-기능-변경(non-function-altering) 결실 및 변경은 달리 지정되지 않는 한, 용어 "경쇄 불변 영역"의 범위 내에 포함된다.
본원에 사용된 용어 "경쇄"는 리더 서열을 갖거나 갖지않는 경쇄 가변 영역을 적어도 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일부 구체예들에서, 경쇄는 경쇄 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전장의 경쇄"는 리더 서열을 갖거나 갖지않는 경쇄 가변 영역 및 경쇄 불변 영역을 적어도 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다.
본 명세서에서 목적을 위하여 “수용체 인간 틀구조(acceptor human framework)”이란 하기에서 정의된 바와 같이, 인간 면역글로블린 틀구조 또는 인간 콘센수스(콘센수스) 틀구조에서 유도된 경쇄 가변 도메인 (VL) 틀구조, 또는 중쇄 가변 도메인 (VH) 틀구조의 아미노산 서열이 포함된 틀구조이다. 인간 면역글로블린 틀구조 또는 인간 콘센수스 틀구조로부터 유도된 수용체 인간 틀구조는 이의 동일한 아미노산 서열을 포함할 수 있거나, 또는 아미노산 서열 변화를 함유할 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 아미노산 변화의 수는 10 또는 그 미만, 9 또는 그 미만, 8 또는 그 미만, 7 또는 그 미만, 6 또는 그 미만, 5 또는 그 미만, 4 또는 그 미만, 3 또는 그 미만, 또는 2 또는 그 미만이 된다. 일부 구체예들에서, 상기 VL 수용체 인간 틀구조는 상기 VL 인간 면역글로블린 틀구조 서열 또는 인간 콘센수스 틀구조 서열의 서열과 동일하다.
"친화력(affinity)"이란 분자의 단일 결합 부위 (예를 들어, 항체)와 이의 결합 짝 (예를 들어, 항원) 사이에 비공유 상호작용의 총 강도를 말한다. 분자 X가 이의 짝 Y에 대한 친화성은 일반적으로 해리 상수 (KD)로 나타낼 수 있다. 친화력은 본 명세서에서 설명된 것이 포함된 당분야에 공통적인 방법들(이를 테면, 예를 들면, ELISA KD, KinExA, 바이오-레이어 간섭측정 (BLI), 및/또는 표면 플라스몬 공명 장치 (이를 테면 BIAcore®장치)에 의해 측정될 수 있다).
본원에 사용된 용어 "KD"는 항체-항원 상호 작용의 평형 해리 상수를 나타낸다.
일부 구체예들에서, 항체의 “KD,” “Kd,” “Kd”또는 “Kd값”은 of 상기 항체는 25 ℃에서 ~10 반응 단위 (RU)에서 고정화된 항원 CM5 칩과 함께 BIACORE®-2000 또는 BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, N.J.)을 이용한 표면 플라스몬 공명 검정에 의해 측정된다. 간략하게 설명하자면, 카르복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, BIACORE, Inc.)은 공급업자에 따라 N-에틸-N'- (3-디메틸아미노프로필)-카르보디이미드 염화수소산염 (EDC) 및 N-히드록시숙시니미드 (NHS)로 활성화된다. 항원은 10 mM 나트륨 아세테이트, pH 4.8을 이용하여 5 μg/ml (~0.2 μM)으로 희석시킨 후, 5 μL/분의 유속으로 주사하여 결합된 단백질의 대략 10 반응 단위 (RU)를 얻는다. 항원 주입 후, 1 M 에탄올아민을 주입하여 미-반응 그룹을 차단한다. 운동성 측정을 위하여, 예를 들면, 연속 희석된 폴리펩티드는 25℃, 대략적으로 25 μL/분의 유속에서 0.05% TWEEN-20TM 계면활성제 (PBST)와 함께 PBS에서 주사된다. 연합(association)과 해리(dissociation) 센서그램을 동시에 피팅함으로써, 단순 일대일 Langmuir 결합 모델 (BIACORE ® Evaluation Software 버젼 3.2)을 이용하여 연합 속도 (kon)와 해리 속도 (koff)가 산출된다. 평형 해리 상수 (Kd)는 koff/kon비율로 산출된다. 예를 들면, Chen 외, J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999) 참고. 상기 표면 플라스몬 공명 분석에 의해 연합 속도가 106 M-1 s-1 를 초과한다면, 분광계, 이를 테면 스탑-플로우(stop-flow) 구비된 분광광도계 (Aviv Instruments) 또는 교반 큐빗이 있는 8000-시리즈 SLM-AMINCOTM 분광광도계(ThermoSpectronic)에서 25 ℃에서 측정될 때, 항원의 농도를 증가시키면서 PBS, pH 7.2 안에 20 nM 항-항원 항체의 형광 방출 강도(가령, 여기=295 nm; 방출=340 nm, 16 nm 밴드-패스)의 증가 또는 감소를 측정하는 형광 ?칭 기술에 의해 연합 속도(on-rate)는 측정될 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 두 값 (예를 들어, Kd 값) 사이의 차이는 실질적으로 동일하며, 예를 들어 기준/비교기 값의 함수로서 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만 및/또는 약 10% 미만이다.
일부 구체예들에서, 상기 두 값 (예를 들어, Kd 값) 사이의 차이는 실질적으로 상이하며, 예를 들어, 기준/비교기 값의 함수로서 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과, 및/또는 약 50% 초과한다.
"표면 플라스몬 공명"은 BIAcoreTM 시스템 (BIAcore International AB, GE Healthcare company, Uppsala, Sweden and Piscataway, N.J.)을 사용하여 바이오 센서 매트릭스 내에서 단백질 농도의 변화를 감지함으로써 실시간의 생물 특이적 상호 작용을 분석 할 수 있는 광학 현상을 나타낸다. 추가 설명을 위하여, Jonsson 외 (1993) Ann. Biol. Clin. 51:19-26 참고.
“바이오레이어 간섭측정(Biolayer interferometry)”이란 바이오 센서 팁 및 내부 기준층상의 고정된 단백질 층으로부터 반사된 광의 간섭 패턴을 분석하는 광학 분석 기술을 지칭한다. 바이오 센서 팁에 결합된 분자의 수의 변화는 실시간으로 측정 할 수 있는 간섭 패턴의 변화를 일으킨다. 바이오레이어 간섭측정을 위한 비제한적 예시적인 장치는 ForteBio Octet® RED96 시스템 (Pall Corporation)이다. 가령, Abdiche 외, 2008, Anal. Biochem. 377: 209-277 참고.
용어 “kon”은 본원에 사용된 바와 같이, 항체와 항원의 결합에 대한 속도 상수를 의미한다. 구체적으로, 속도 상수 (kon 및 koff) 및 평형 해리 상수는 1가(monovalent) PD-1 항원과 함께 IgGs (2가)를 사용하여 측정된다. “Kon”, “kon”, “결합 속도 상수”, 또는 “Ka”는 본원에서 호환된다. 이 값은 다음과 같은 방정식으로 표시되는 항원과 항원 사이의 복합체 형성 속도 또는 표적 항원에 대한 결합 단백질의 결합 속도를 나타낸다: 항체(“Ab”)+항원(“Ag”)→Ab-Ag.
용어 “koff”는 본원에서 사용된 바와 같이, 상기 항체/항원 복합체로부터 항체의 해리를 위한 속도 상수를 말한다. koff는 또한 “Koff” 또는 “해리 속도 상수”로도 지칭된다. 이 값은 다음 식으로 나타낸 바와 같이, 표적 항원으로부터 항체의 해리 속도 또는 유리 항체 및 항원으로의 시간에 따른 Ab-Ag 복합체의 분리를 나타낸다:
Ab+Ag←Ab-Ag.
용어 "생물학적 활성"은 분자의 임의의 하나 또는 그 이상의 생물학적 특성 (생체 내에서 발견되는 바와 같이 자연적으로 존재하거나 또는 재조합 수단에 의해 제공되거나 가능하게 됨)을 지칭한다. 생물학적 특성은 수용체 결합, 세포 증식 유도, 세포 성장 억제, 다른 사이토킨 유도, 세포 자가사멸 유도 및 효소 활성을 포함 하나, 이에 한정되지 않는다. 일부 구체예들에서, PD-1 단백질의 생물학적 활성은 예를 들어, 항원 특이적 T 세포에서의 세포 자가사멸 촉진, 조절 T 세포 (Treg)에서의 세포 자가사멸 감소, T 세포 활성화 억제, T 세포 증식 억제 및 T 세포 면역성결여(anergy) 또는 고갈(exhaustion) 촉진을 포함한다.
“친화력 발달된(affinity matured)”항체는 변이를 소유하지 않는 부모 항체와 비교하였을 때, 하나 또는 그 이상의 CDRs에 하나 또는 그 이상의 변이를 갖는 항체를 지칭하며, 이러한 변이로 인하여 항원에 대한 상기 항체의 친화력 개선을 초래한다.
본원에 사용된 바와 같이, "키메라 항체(chimeric antibody)"는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정 공급원 또는 종으로부터 유래된 반면, 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지 부분의 적어도 일부분은 상이한 공급원 또는 종으로부터 유래된 항체를 지칭한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항체는 제 1 종 (이를 테면 마우스, 렛, 시노몰구스 원숭이, 등)으로부터 유래된 최소한 하나의 가변 영역과 제 2 종 (이를 테면 인간, 시노몰구스 원숭이, 등)으로부터 유래된 최소한 하나의 불변 영역을 포함하는 항체를 지칭한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항체는 최소한 하나의 마우스 가변 영역과 최소한 하나의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항체는 최소한 하나의 시노몰구스 가변 영역과 최소한 하나의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항체의 모든 가변 영역은 제 1 종으로부터 유래되고, 키메라 항체의 모든 불변 영역은 제 2 종으로부터 유래된다. 키메라 구조체는 또한 전술 한 바와 같은 기능적 단편일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "인간화(humanized) 항체"는 비-인간 가변 영역의 골격 부위의 적어도 하나의 아미노산이 인간 가변 영역의 상응하는 아미노산으로 치환된 항체를 말한다. 일부 구체예들에서, 인간화된 항체는 최소한 하나의 인간 불변 영역 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 구체예들에서, 인간화된 항체는 항체 단편, 이를 테면 Fab, scFv, (Fab')2, 등이다. 용어 인간화된이란 비-인간 면역글로블린의 최소 서열을 포함하는 키메라 면역글로블린, 면역글로블린 쇄, 또는 이의 단편인 (이를 테면 Fv, Fab, Fab', F(ab')2 또는 항체의 다른 항원-결합 하위서열) 비-인간 (예를 들면, 뮤린) 항체다. 인간화된 항체는 수령자의 상보적 결정 영역 (CDR)의 잔기가 원하는 특이성, 친화력, 그리고 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체) 이를 테면 마우스, 렛, 또는 토끼의 CDR의 잔기로 대체된, 인간 면역글로블린 (수령자 항체) 을 포함한다. 일부 경우에서, 상기 인간 면역글로블린의 Fv 틀구조영역 (FR) 잔기는 대응하는 비-인간 잔기로 대체된다. 더욱이, 상기 인간화된 항체는 수령자 항체 또는 도입된 CDR 또는 틀구조 서열에서 볼 수 없는 잔기를 포함할 수 있지만, 항체 성능을 더욱 개선하고 최적화시키는 것을 포함한다. 일반적으로, 상기 인간화된 항체는 실질적으로 최소한 하나의, 그리고 일반적으로 2개의, 가변 도메인을 포함할 수 있는데, 이때 비-인간 면역글로블린의 것들에 상응하는 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 영역 및 모든 또는 실질적으로 모든 FR 영역은 인간 면역글로블린 콘센수스 서열의 것들이다. 일부 구체예들에서, 상기 인간화된 항체는 면역글로블린 불변 영역 또는 도메인 (Fc)의 최소한 일부분, 전형적으로 인간 면역글로블린의 것을 또한 포함할 수 있다. 인간화된 항체의 다른 형태는 고유 항체에 대해 변형된 하나 또는 그 이상의 CDRs (CDR L1, CDR L2, CDR L3, CDR H1, CDR H2, 및/또는 CDR H3)을 갖는데, 이들은 또한 고유 항체의 하나 또는 그 이상의 CDRs 로부터 "유도된" 하나 또는 그 이상의 CDRs로 지칭된다. 인식할 수 있는 바와 같이, 인간화된 서열은 그의 일차 서열에 의해 동정될 수 있으며, 반드시 항체가 생성되는 과정을 나타내는 것은 아니다.
본원에서 사용된 바와 같이, “CDR-접목된(grafted) 항체”란 제 1 종 (비-인간)의 하나 또는 그 이상의 상보성 결정 영역 (CDRs)이 제 2 종 (인간)의 틀구조영역 (FRs) 상에 접목된 인간화된 항체를 지칭한다.
본원에 사용된 "인간 항체"는 인간에서 생성된 항체, XenoMouse®마우스와 같은 인간 면역글로불린 유전자를 포함하는 비-인간 동물에서 생성된 항체를 포괄하고, 이들 항체는 시험관내 방법, 예를 들어 파지 디스플레이를 사용하여 선별되고(Vaughan 외, 1996, Nature Biotechnology, 14:309-314; Sheets 외, 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 95:6157-6162; Hoogenboom and Winter, 1991, J. Mol. Biol., 227:381; Marks 외, 1991, J. Mol. Biol., 222:581), 이때 상기 항체 레퍼토리는 인간 면역글로블린 서열에 기초한다. 용어 "인간 항체"는 인간 서열인 서열의 속(genus)을 나타낸다. 따라서, 이 용어는 항체가 생성된 과정을 지정하는 것이 아니라 관련된 서열의 속(genus)을 지정하는 것이다.
"기능적 Fc 영역"은 천연 서열 Fc 영역의 "작동체(effector) 기능"을 보유한다. 예시적인 “작동체 기능”은 Fc 수용체 결합; C1q 결합; CDC; ADCC; 식작용; 세포 표면 수용체 (예를 들면 B 세포 수용체; BCR)의 하량 조절, 등을 포함한다. 이러한 작동체 기능은 일반적으로 Fc 영역이 결합 도메인 (예 : 항체 가변 도메인)과 결합될 것을 요구하며, 다양한 분석법을 사용하여 평가할 수 있다.
“고유의(native) 서열 Fc 영역”은 자연계에서 발견되는 Fc 영역의 아미노산 서열과 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 고유의 서열 인간 Fc 영역은 고유의 서열 인간 IgG1 Fc 영역 (비-A 및 A 동종이형); 고유의 서열 인간 IgG2 Fc 영역; 고유의 서열 인간 IgG3 Fc 영역; 그리고 고유의 서열 인간 IgG4 Fc 영역 뿐만 아니라 이의 자연발생적 변이체를 포함한다.
"변이체 Fc 영역"은 적어도 하나의 아미노산 변형에 의해 고유 서열 Fc 영역의 것과 상이한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, "변이체 Fc 영역"은 적어도 하나의 아미노산 변형에 의해 고유 서열 Fc 영역의 것과 상이한 아미노산 서열을 포함하나, 고유의 서열 Fc 영역의 최소한 하나의 작동체 기능은 유지한다. 일부 구체예들에서, 상기 변이체 Fc 영역은 고유의 서열 Fc 영역 또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역에 비교하여 최소한 하나의 아미노산 치환을 갖는데, 예를 들면, 고유의 서열 Fc 영역 또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역에서 약 1 내지 약 10개의 아미노산 치환, 그리고 바람직하게는 약 1 내지 약 5개의 아미노산 치환을 갖는다. 일부 구체예들에서, 본원의 상기 변이체 Fc 영역은 고유의 서열 Fc 영역 및/또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역 안에 최소한 약 80% 서열 동일성, 최소한 약 90% 서열 동일성, 최소한 약 95%, 최소한 약 96%, 최소한 약 97%, 최소한 약 98%, 또는 최소한 약 99% 서열 동일성을 가질 수 있다.
“Fc 수용체” 또는 “FcR”은 항체의 Fc 영역에 결합하는 수용체를 기술한다. 일부 구체예들에서, FcγR은 고유의 인간 FcR이다. 일부 구체예들에서, FcR은 IgG 항체 (감마 수용체)에 결합하고, FcγRI, FcγRII 그리고 FcγRIII 하위클라스의 수용체를 포함하며, 여기에는 이들 수용체의 대립형질 변이체 및 대안으로 접합된 형태를 포함한다. FcγRII 수용체는 FcγRIIA(“활성화 수용체”) 및 FcγRIIB(“억제화 수용체”)를 포함하며, 이들은 유사한 아미노산 서열을 갖고, 주로 이의 세포질 도메인에서 상이하다. 활성화 수용체 FcγRIIA는 이의 세포질 도메인에서 면역수용체 티로신-기반의 활성화 모티프 (ITAM)를 포함한다. 억제 수용체 FcγRIIB는 이의 세포질 도메인에서 면역수용체 티로신-기반의 억제 모티프 (ITIM)를 포함한다(예를 들면, Daeron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997) 참고). FcRs는, 예를 들면, Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991); Capel 외, Immunomethods 4:25-34 (1994); 그리고 de Haas 외, J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)에서 검토된다. 앞으로 확인되어야 할 것을 포함하는, 다른 FcR은 본원에서 "FcR"이라는 용어에 의해 포함된다.
용어 “Fc 수용체” 또는 “FcR”은 또한 태아 수용체, FcRn를 포함하는데, 이는 모계 IgGs를 태아로 전달을 담당하고(Guyer 외, J. Immunol. 117:587 (1976) and Kim 외, J. Immunol. 24:249 (1994)), 면역글로블린의 항성성 제어를 담당한다. FcRn에 대한 결합 측정 방법은 공지되어 있다 (예를 들면, Ghetie and Ward., Immunol. Today 18(12):592-598 (1997); Ghetie 외, Nature Biotechnology, 15(7):637-640 (1997); Hinton 외, J. Biol. Chem. 279(8):6213-6216 (2004); WO 2004/92219 (Hinton 외) 참고.
용어 "작동 기능(effector functions)"이란 항체 아이소타입(isotype)에 의해 가변적인, 항체의 Fc 영역에 기인된 생물학적 활성을 지칭한다 항체 작동 기능의 실시예로는 다음을 포함한다: C1q 결합 및 보체 의존성 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존성 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식작용; 세포 표면 수용체들 (예로써 B 세포 수용체)의 하향 조절; 그리고 B 세포 활성화.
“인간 작동체 세포”는 하나 또는 그 이상의 FcR을 발현하고, 작동체 기능을 수행하는 백혈구이다. 일부 구체예들에서, 상기 세포는 최소한 FcγRIII를 발현시키고, ADCC 작동체 기능(들)을 수행한다. ADCC를 매개하는 인간 백혈구의 예로는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 자연 킬러 세포 (NK), 단핵구, 세포 독성 T 세포 및 호중구를 포함한다. 상기 작동체 세포는 천연 공급원, 예를 들어 혈액으로부터 분리 될 수 있다.
"항체 의존 세포-매개된 세포 독성" 또는 "ADCC"는 특정 세포 독성 세포 (예 : NK 세포, 호중구 및 대식세포)에 존재하는 Fc 수용체 (FcR)에 결합된 분비된 Ig는 이들 세포 독성 작동체가 항원-보유 표적 세포에 특이적으로 결합하도록 하고, 결국 세포독소로 이 표적 세포를 죽이게 하는, 세포독성 형태를 지칭한다. ADCC를 중개하는 일차 세포, NK 세포는 오직 FcγRIII만을 발현시키고, 반면 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII를 발현시킨다. 조혈 세포들에서 FcR 발현은 Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-92 (1991)의 페이지 464의 표 3에 요약되어 있다. 관심있는 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위해, U.S. 특허 번호. 5,500,362 또는 5,821,337, 또는 U.S. 특허 번호 6,737,056 (Presta)에서 기술된 바와 같은 시험관내 ADCC 검증을 수행할 수 있다. 이러한 분석에 유용한 작동체 세포들은 PBMC 및 NK 세포들을 포함한다. 대안으로, 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은 예를 들면, 동물 모델에서 생체에서 평가될 수 있는데, 이를 테면 Clynes 외. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 95:652-656 (1998)에서 설명된다. 변경된 Fc 영역 아미노산 서열 (변이체 Fc 영역과 함께 폴리펩티드) 그리고 증가된 또는 감소된 ADCC 활성을 갖는 추가 폴리펩티드 변이체는 예를 들면, U.S. 특허 번호. 7,923,538, 그리고 U.S. 특허 번호. 7,994,290에서 기술된다.
"보체 의존성 세포 독성" 또는 "CDC"는 보체의 존재 하에서 표적 세포의 용해를 말한다. 고전적인 보체 경로의 활성화는 보체 시스템 (C1q)의 첫 번째 구성 요소가 그들의 동종 항원에 결합된 (적절한 하위 클래스의) 항체에 결합함으로써 시작된다. 보체 활성화를 평가하기 위하여, 예를 들면, Gazzano-Santoro 외, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)에 기술된 바의 CDC 검증이 실행될 수 있다. 변경된 Fc 영역 아미노산 서열 (변이체 Fc 영역과 함께 폴리펩티드) 그리고 증가된 또는 감소된 C1q 결합 능력을 갖는 폴리펩티드 변이체는 예를 들면, U.S. 특허 번호. 6,194,551 B1, U.S. 특허 번호. 7,923,538, U.S. 특허 번호. 7,994,290 및 WO 1999/51642에서 기술된다. 또한, 예를 들면, Idusogie 외, J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)을 참고한다.
"변경된" FcR 결합 친화력 또는 ADCC 활성을 갖는 폴리펩티드 변이체는 부모 폴리펩티드 또는 고유 서열 Fc 영역을 포함하는 폴리펩티드와 비교하여 FcR 결합 활성 및/또는 ADCC 활성이 증강되거나 감소된 것이다. FcR에 대한 "증가된 결합을 나타내는" 폴리펩티드 변이체는 부모 폴리펩티드보다 우수한 친화력으로 적어도 하나의 FcR에 결합한다. FcR에 대한 "감소된 결합을 나타내는" 폴리펩티드 변이체는 부모 폴리펩티드보다 더 낮은 친화력으로 적어도 하나의 FcR에 결합한다. FcR에 대한 감소된 결합을 나타내는 그러한 변이체는 FcR에 대한 거의 또는 전혀 감지할 수 없는 결합, 예를 들어 고유 서열 IgG Fc 영역과 비교하여, FcR에 대한 0-20% 결합을 보유할 수 있다.
부모 항체보다 "효과적으로 인간 작동체 세포의 존재 하에 항체- 의존성 세포-매개 세포 독성 (ADCC)을 매개하는" 폴리펩티드 변이체는 시험관내 또는 생체 내에서 시험에 사용된 폴리 펩타이드 변이체 및 부모 항체의 양이 본질적으로 동일할 때, ADCC를 매개하는데 있어서 더 효과적이다. 일반적으로, 이러한 변이체는 본원에 개시된 바와 같은 시험관 내 ADCC 분석법을 사용하여 동정될 것이지만, ADCC 활성을 측정하기 위한 다른 분석법 또는 방법은 예를 들어 동물 모델 등에서 고려된다.
본원에 사용된 용어 "실질적으로 유사한" 또는 "실질적으로 동일한"이란 2 개 이상의 숫자 값 사이의 유사성이 충분히 높다는 것을 나타내고, 당업자는 2 개 이상의 값 사이의 차이가 상기 값에 의해 측정된 생물학적 특성의 맥락 내에서 거의 또는 전혀 생물학적 및/또는 통계적으로 유의미하지 않다고 간주할 수 있다. 일부 구체예들에서 2 개 또는 그 이상의 실질적으로 유사한 값은 5%, 10%, 15%, 20%, 25% 또는 50% 중 임의의 하나 이상만큼 상이하지 않다.
본 명세서에서 사용되는 "실질적으로 상이한"이라는 문구는 두 개의 수치 사이의 차이가 충분히 높다는 것을 의미하고, 당업자는 두 값 사이의 차이가 상기 값에 의해 측정된 생물학적 특성의 문맥 내에서 통계적으로 유의미하다고 간주할 수 있다. 일부 구체예들에서, 2 개의 실질적으로 다른 수치 값은 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%중 임의의 하나 이상으로 상이하다.
본 명세서에서 사용되는 "실질적으로 감소된"이라는 표현은 수치와 기준 수치 사이의 충분히 높은 수준의 감소를 나타내고, 당업자는 두 값 사이의 차이가 상기 값에 의해 측정된 생물학적 특성의 문맥 내에서 통계적으로 유의미하다고 간주할 수 있다. 일부 구체예들에서, 실질적으로 감소된 수치값은 기준 값과 비교하였을 때, 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100%중 임의의 하나 이상으로 감소된다.
용어 "리더(leader) 서열"은 포유 동물 세포로부터 폴리펩티드의 분비를 용이하게 하는 폴리펩티드의 N- 말단에 위치한 아미노산 잔기의 서열을 의미한다. 리더 서열은 포유 동물 세포로부터 폴리펩티드의 방출시 절단되어 성숙한 단백질을 형성할 수 있다. 리더 서열은 천연 또는 합성일 수 있으며, 부착된 단백질과 이종 또는 동종일 수 있다.
“고유의 서열” 폴리펩티드는 자연계에서 발견되는 폴리 펩티드와 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 따라서, 고유의 서열 폴리펩티드는 임의의 포유 동물로부터의 천연 폴리펩티드의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 이러한 고유의 서열 폴리펩티드는 자연으로부터 단리될 수 있거나, 재조합 또는 합성 수단에 의해 생산될 수 있다. 용어 “고유의 서열” 폴리펩티드는 폴리펩티드의 자연 발생 단편화 또는 분비된 형태 (예를 들어, 세포외 도메인 서열), 자연 발생 변이체 형태 (예를 들어, 대체 접합된 형태) 및 폴리 펩티드의 자연 발생 대립 유전자 변이체를 특이적으로 포함한다.
폴리펩티드 "변이체"는 서열을 정렬한 후, 필요에 따라 최대 백분율의 서열 동일성을 얻기 위하여 갭을 도입시키고, 고유의 서열 폴리펩타이드와 적어도 약 80%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 생물학적으로 활성인 폴리 펩타이드를 의미하고, 상기 서열 동일성의 일부분으로 임의의 보존 치환은 고려하지 않는다. 이러한 변이체는 예를 들어 하나 또는 그 이상의 아미노산 잔기가 폴리펩타이드의 N- 또는 C- 말단에 첨가되거나 결실된 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 구체예들에서, 변이체는 최소한 약 80% 아미노산 서열 동일성을 보유할 것이다. 일부 구체예들에서, 변이체는 최소한 약 90% 아미노산 서열 동일성을 보유할 것이다. 일부 구체예들에서, 변이체는 고유의 서열 폴리펩티드와 최소한 약 95% 아미노산 서열 동일성을 보유할 것이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 펩티드, 폴리펩티드 또는 항체 서열에 대하여 “아미노산 서열 동일성 백분율(percent amino acid sequence identity(%))”및 상동성(homology)"은 특정 펩티드 또는 폴리펩티드 서열들을 배열하고, 필요에 따라 최대 백분율의 서열 동일성을 획득하기 위하여 갭을 도입한 후, 특정 펩티드 또는 폴리펩티드 서열에 있는 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에 있는 아미노산 잔기의 백분율로 정의되며, 임의의 보존 치환은 서열 동일성 부분으로 간주되지 않는다. 아미노산 서열 동일성 백분율을 결정하기 위한 목적으로 배열은 당업자의 기술 분야에 있는 다양한 방법을 통하여 이루어질 수 있는데, 예를 들면, 공개 이용가능한 컴퓨터 소프트웨어, 이를 테면 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 MEGALIGNTM (DNASTAR) 소프트웨어를 이용하여 이루어질 수 있다. 당업자는 비교되는 서열의 전장에 걸쳐 최대 배열을 획득하기 위한 임의의 알고리즘을 포함하는, 배열을 측정하기 위한 적절한 매개변수를 결정할 수 있다.
아미노산 치환은 폴리펩티드 내의 하나의 아미노산을 또 다른 아미노산으로 대체하는 것을 포함할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다. 예시적인 치환은 표 1에 나타낸다. 아미노산 치환들은 바람직한 활성, 예를 들면, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대하여 스크린된 관심대상 항체 및 산물 안으로 도입될 수 있다.
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아미노산은 공통적인 측쇄 성질들에 따라 집단화될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 측쇄 방향에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비-보존성 치환들은 한 클래스의 멤버를 또다른 클래스로 교환을 수반할 것이다.
용어 "벡터"는 숙주 세포에서 증식될 수있는 클로닝된 폴리뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드를 포함하도록 조작될 수있는 폴리뉴클레오티드를 기술하는데 사용된다. 벡터는 다음중 하나 또는 그 이상의 요소들을 포함할 수 있다: 복제 원점, 관심 폴리펩티드의 발현을 조절하는 하나 이상의 조절 서열 (예를 들어, 프로모터 및/또는 인핸서) 및/또는 하나 이상의 선택가능한 표식 유전자 (예를 들어, 항생제 내성 유전자 및 비색 분석에서 사용될 수 있는 유전자, 예를 들어, β-갈 락토시다아제). "발현 벡터"라는 용어는 숙주 세포에서 관심 폴리펩티드를 발현하는데 사용되는 벡터를 말한다.
"숙주 세포"는 벡터 또는 분리된 폴리뉴클레오티드이거나 또는 이의 수령자일 수 있는 세포를 의미한다. 숙주 세포는 원핵 세포 또는 진핵 세포일 수 있다. 예시적인 진핵 세포는 포유류 세포, 예컨대 영장류 또는 비 영장류 동물 세포; 효모와 같은 곰팡이 세포; 식물 세포; 곤충 세포를 포함한다. 비제한적 예시적인 포유류 세포는 NSO 세포, PER.C6® 세포 (Crucell), 및 293 및 CHO 세포, 그리고 이의 유도체들, 이를 테면 차례로 293-6E 및 DG44 세포를 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 숙주 세포는 단일 숙주 세포의 자손을 포함하며, 자손은 자연적, 우발적 또는 고의적 돌연변이로 인해 원래의 부모 세포와 반드시 동일할 필요는 없다(형태학적 또는 게놈 DNA 상보성에서). 숙주 세포는 본원에서 제공된 폴리뉴클레오티드(들)로 생체 내에서 형질감염된 세포를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "단리된 (isolated)"이란 자연에서 통상적으로 발견되거나 생산되는 성분의 적어도 일부로부터 분리된 분자를 의미한다. 예를 들면, 폴리펩티드는 그것이 생산된 세포의 성분 중 적어도 일부로부터 분리될 때 "단리된 (isolated)"것으로 언급된다. 여기에서 폴리펩티드가 발현 후 세포에 의해 분비되는 경우, 폴리펩타이드를 생산하는 세포로부터 폴리펩티드를 함유하는 상등액을 물리적으로 분리하는 것은 폴리펩티드를 "단리하는"것으로 간주된다. 마찬가지로, 폴리뉴클레오티드는 더 큰 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, DNA 폴리뉴클레오티드의 경우 게놈 DNA 또는 미토콘드리아 DNA와 같은)의 일부가 아닌 경우, 이때 이는 일반적으로 자연에서 발견되거나, RNA 폴리뉴클레오티드의 경우와 같이 생성된 세포의 성분 중 적어도 일부로부터 분리된 경우, "단리된" 것으로 지칭된다. 따라서, 숙주 세포 내부의 벡터에 포함되는 DNA 폴리 뉴클레오티드를 "단리된"것이라고 할 수 있다.
"개인" 또는 "대상"이라는 용어는 동물, 예를 들어, 포유 동물을 지칭하기 위해 여기서 상호 교환적으로 사용된다. 일부 구체예들에서, 인간, 설치류, 원숭이, 고양이과, 갯과, 소, 돼지, 양, 염소, 포유류 실험실 동물, 포유류 농장 동물, 포유류 스포츠 동물, 그리고 포유류 애관 동물을 포함하나, 이에 국한되지 않은 포유류를 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시예에서, "개인" 또는 "대상"은 질병 또는 장애 치료가 필요한 개인 또는 대상을 의미한다. 일부 구체예들에서, 치료를 받는 피험자는 환자가 될 수 있으며, 피험자는 치료와 관련이 있는 장애가 있거나 장애에 걸릴 위험이 있다고 판별된다.
본원에서 사용된 "질병" 또는 "장애"는 치료가 필요하고 및/또는 원하는 상태를 나타낸다.
본문에서 사용된 "암" 및 "종양"은 동물의 비정상적인 세포 또는 조직 성장 또는 증식을 나타내는 상호 교환 가능한 용어다. 본원에서 사용된 바와 같이, "암" 및 "종양"이라는 용어는 고형 및 혈액학/림프 암을 포함하고, 또한 악성 종양, 전-악성 종양 및 양성 종양, 예컨대 형성 장애를 포함한다. 암의 예로는 암종, 림프종, 모세포종, 육종, 및 백혈병을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 그러한 암의 보다 특별한 비-제한적인 예는 편평 세포 암, 소세포 폐암, 뇌하수체 암, 식도암, 성상 세포종, 연조직 육종, 비-소 세포 폐암, 폐의 선암, 폐의 편평 상피암, 복막의 암, 간세포 암, 위장 암, 췌장암, 아교모세포종, 자궁 경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간종양, 유방암, 결장암, 결장직장암, 자궁 내막 또는 자궁암, 타액선 암종, 신장암, 신암(renal cancer), 간암, 전립선 암, 외음부 암, 갑상선암, 간의 암종, 뇌암, 자궁 내막암, 고환암, 담관암, 담낭 암종, 위암, 흑색종, 중피종 그리고 다양한 유형의 두경부암을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "치료"는 유익하거나 바람직한 임상 결과를 얻기 위한 접근법이다. 본원에서 사용된 "치료"는 인간을 비롯한, 포유 동물에서 질병 치료제의 투여 또는 적용을 포함한다. 이 개시 내용의 목적을 위해, 유익한 또는 바람직한 임상 결과는 다음 중 하나 이상을 포함하지만 이에 한정되지는 않는다: 하나 이상의 증상 완화, 질병 범위의 감소: 질병의 확산 (예를 들어, 전이, 예를 들어 폐 또는 림프절로의 전이)의 예방 또는 지연, 질병의 재발 방지 또는 지연, 질병 진행 지연 또는 지연, 질병 상태의 개선, 질병 또는 질병의 진행을 억제, 질병 또는 그 진행을 억제 또는 지연, 질병의 발달 억제 및 재발(부분적 또는 전체) 억제. 또한 증식성 질환의 병리학적 결과의 감소 또한 "치료"에 포함된다. 본원에서 제공된 방법은 이들 치료 측면 중 임의의 하나 이상을 고려한다. 상기와 같이, 치료라는 용어는 장애의 모든 측면을 100 퍼센트 제거를 요구하지 않는다.
"개선(Ameliorating)"은 항-PD-1 항체를 투여하지 않는 것과 비교하여, 하나 또는 그 이상의 증상이 완화되거나 개선되는 것을 의미한다. "개선"에는 증상의 지속 기간 단축 또는 감소도 포함된다.
암과 관련하여, 용어 "치료하는"이란 암세포의 성장 억제, 암세포 복제 억제, 전체 종양 부하의 감소 및 질병과 관련된 하나 이상의 증상의 개선 중 어느 하나 또는 모두를 포함한다.
"생물학적 샘플"이란 용어는 생물체 또는 이전에 생물체에서 나온 물질의 양을 의미한다. 이러한 물질은 혈액 (예를 들면, 전혈), 혈장, 혈청, 소변, 양수, 활액, 내피 세포, 백혈구, 단구세포, 다른 세포, 기관, 조직, 골수, 림프절 및 비장을 포함하나, 이에 국한되지 않는다.
“상승된 수준의 PD-1”또는 “PD-1을 상승된 수준으로 발현시키는” 또는 “PD-1고”을 갖는 샘플이란 PD-1의 수준이 당업자가 해당 암은 항-PD-1 요법, 이를 테면 본원에서 제공된 항체로 치료될 수 있다는 결론을 내린다는 것을 의미한다.　 일부 구체예들에서, “상승된 수준의 PD-1”이란 종양 샘플 안에 세포의 1%가 PD-1에 대한 착색을 보인다는 것이다.　 일부 구체예들에서, PD-1에 대하여 "높은 수준"이란 1% 또는 그 이상의 착색, 예를 들면, 종양 샘플 안에 세포의 1, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100%가 착색을 보인다는 것이다. 　 일부 구체예들에서, PD-1 수준은 색소원 IHC 또는 면역형광 IHC (Aqua 점수)에 의해 측정될 수 있다.
　 “PD-1을 발현시키는” 또는 “PD-1 에 대하여 양성 착색”을 갖는 또는 “PD-1 양성”인 샘플은 이 샘플 안에 세포의 1% 또는 그 이상이 PD-1에 대하여 착색을 나타낸다는 것을 의미한다.　 일부 구체예들에서, PD-1 양성인 샘플은 최소한 약한, 중간의, 및/또는 강한 세포 착색 (PD-1의 막 발현에 근거하여)을 나타낸다.　 PD-1에 대하여 중간의 또는 강력한 세포 착색을 갖는 샘플 또한 “PD-1고”로 간주된다.
“낮은 수준의 PD-L1” 또는 “PD-L1을 낮은 수준”으로 갖거나, 또는 “PD-L1저”인 샘플이란 PD-L1의 수준이 암 발현의 임계 수준보다 아래에 있고, 이것은 PD-1 요법으로 치료할 수 있음을 일반적으로 나타낸다.　 일부 구체예들에서, “낮은 수준의 PD-L1”이란 종양 안에 세포의 5% 미만이 PD-L1에 대한 막 착색을 보인다는 것이다.　 일부 구체예들에서 PD-L1에 대하여 "낮은 수준"이란 5% 미만의 착색, 예를 들면, 종양 세포의 4%, 3%, 2%, 1%, 또는 0%가 착색을 보인다.　 일부 구체예들에서, PD-L1 수준은 색소원 IHC 또는 면역형광 IHC (Aqua 점수)에 의해 측정될 수 있다. 검출 할 수 있는 PD-L1을 발현하지 않는 샘플은 "낮은 수준의 PD-L1을 발현한다"고 할 수 있다.　 따라서, 검출 불가능한 PD-L1은 "낮은(low)"라는 용어 내에 포함된다.
“상승된 수준의 PD-L1”또는 “PD-L1을 상승된 수준으로 발현시키는” 또는 “PD-L1고”을 갖는 샘플이란 PD-L1의 수준이 당업자가 해당 암은 PD-1 요법으로 치료될 수 있다는 결론을 내린다는 것을 의미한다.　 일부 구체예들에서, “상승된 수준의 PD-L1”이란 종양의 세포의 50% 또는 그 이상이 PD-L1의 막 착색을 갖는다는 것으로, 예를 들면, 종양 세포의 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100%가 막 착색을 보인다는 것이다.　 일부 구체예들에서, PD-L1 수준은 색소원 IHC 또는 면역형광 IHC (AQUA 점수)에 의해 측정될 수 있다.
　 “PD-L1을 발현시키는” 또는 “PD-L1 에 대하여 양성 착색”을 갖는 또는 “PD-L1 양성”인 샘플은 세포의 1% 또는 그 이상이 PD-L1에 대하여 막 착색을 나타낸다는 것을 의미한다.　 일부 구체예들에서, PD-L1 양성인 샘플은 최소한 약한, 중간의, 및/또는 강한 세포 착색 (PD-L1의 막 발현에 근거하여)을 나타낸다.　
“PD-L1 발현이 부족한” 또는 “PD-L1에 대한 음성 착색”을 갖거나, 또는 “PD-L1 음성”인 샘플은 상기 샘플의 세포 표면 상에 PD-L1 발현은 IHC, 이를 테면 색소원 IHC 또는 면역형광 IHC (Aqua scoring)에 의해 탐지불가능하다는 것을 의미한다. PD-L1 음성 샘플은 또한 “PD-L1저”으로 간주된다.
일부 구체예들에서, PD-L1의 수준을 측정하는 임의의 방법이 이용될 수 있다. 일부 구체예들에서, 이것은 PD-L1 IHC 22C3 pharmDx 테스트 (Dako, Inc., Carpinteria, CA)를 이용하는 것을 포함할 수 있으며, 이것은 NSCLC에서 PD-L1 발현을 평가하기 위하여 임상적으로 입증된, 그리고 FDA 승인된 테스트이다. PD-L1 IHC 22C3 pharmDx는 단일클론 마우스 항-PD-L1 항체, (클론 22C3)을 이용한 정량적인 면역조직화학 검증이며, 포르말린-고정된 파라핀-매립된 (FFPE) 비-소 세포 폐암 (NSCLC) 조직에서 PD-L1 단백질 탐지에 이용될 수 있다 이 검증은 Autostainer Link 48 시스템에서 수행할 수 있으며 EnVision FLEX 시스템을 사용하여 시각화할 수 있다. PD-L1 단백질 발현은 부분 또는 완전한 막 착색을 보이는 생존 가능한 종양 세포의 백분율이 되는 종양 비율 점수 (TPS)를 사용하여 검정한다. 일부 구체예들에서, 표본은 생존 가능한 종양 세포의 TPS ≥ 1%가 모든 강도에서 막 염색을 보일 경우 표본은 PD-L1 양성으로 간주된다. 일부 구체예들에서, 표본은 생존 가능한 종양 세포의 TPS ≥ 50%가 모든 강도에서 막 염색을 보일 경우 표본은 PD-L1고 양성으로 간주된다. PD-L1 IHC 22C3 pharmDx는 KEYTRUDA® (펨브롤리주마브)로 치료하기 위해 NSCLC 환자를 확인하는데 도움이 된다. 상기 점수매김 시스템 및 펨브롤리주마브에 대한 반응의 추가 상세한 내용은 Garon 외의 문헌에 기술된다(N Engl J Med 2015;372:2018-28).
"대조군"이란 용어는 분석물 ( "음성 대조군")을 포함하지 않거나 분석물을 함유하는 것으로 알려진 조성물 ( "양성 대조군")을 의미한다. 양성 대조군은 공지 농도의 분석물을 포함할 수 있다. "대조군", "양성 대조군" 및 "검정기(calibrator)"는 공지된 농도의 분석물을 포함하는 조성물을 지칭하기 위해 상호 교환 적으로 사용될 수 있다. "양성 대조군"은 검증 성능 특성을 확립하는데 사용될 수 있으며, 시약 (예: 분석물)의 무결성을 나타내는 유용한 지표다.
“서전결정된 컷오프(Predetermined cutoff)”및 “사전결정된 수준”이란 분석 결과를 사전 결정된 컷오프/레벨과 비교함으로써, 일반적으로 진단/예후/치료 효능 결과를 평가하는 데 사용되는 분석 컷오프 값을 지칭하며, 여기에서 사전결정된 컷오프/레벨이 이미 다양한 임상 매개 변수 (예 : 질병의 중증도, 진행/진행/개선 등)와 관련되거나 연관되어있다. 본 발명은 예시적인 사전결정된 수준을 제공할 수 있지만, 컷오프 값은 면역 분석 (예를 들어, 사용된 항체 등)의 성질에 따라 변할 수 있음이 잘 알려져 있다. 본 개시 내용에 기초한 다른 면역 분석법에 대한 면역 분석 특이 적 컷오프 값을 얻기 위한 다른 면역 분석법에 대한 본원의 개시 내용을 적응시키는 것은 당업자의 기술 범위 내에 있다. 사전결정된 컷오프/레벨의 정확한 값이 분석들 사이에서 변할 수 있는 반면, 본원에 기재된 상관 관계 (존재한다면)가 일반적으로 적용될 수 있다.
"억제 (inhibition)" 또는 "억제하다 (inhibit)"라는 용어는 임의의 표현형 특성의 감소 또는 중단 또는 그 특성의 발생률, 정도 또는 가능성의 감소 또는 중지를 의미한다. "감소하다" 또는 "억제하다"는 기준과 비교하여, 활동, 기능 및/또는 양이 줄거나 감소되거나 또는 잡아두는 것이다. 일부 구체예들에서, "감소하다" 또는 "억제하다"란 20% 이상의 전체적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구체예들에서, "감소하다" 또는 "억제하다"란 50% 이상의 전체적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구체예들에서, "감소하다" 또는 "억제하다"란 75%, 85%, 90%, 95% 또는 그 이상의 전체적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구체예들에서, 상기 언급된 양은 동일한 시간 동안 대조 복용량 (위약과 같은)에 비교하여, 일정 기간에 걸쳐 억제되거나 감소된다. 여기에 사용된 "참조"는 비교 목적으로 사용되는 모든 샘플, 표준 또는 수준을 나타낸다. 참조 문헌은 건강 및/또는 병이 없는 샘플에서 얻을 수 있다. 일부 실시예에서, 참조는 미처리된 샘플로부터 수득될 수 있다. 일부 실시예에서, 참조는 대상 개체의 미치료된 샘플 상에서 질병이 없는 것으로부터 수득된다. 일부 실시예에서, 참조는 대상 또는 환자가 아닌 한명 또는 그 이상의 건강한 개인으로부터 얻어진다.
본원에서 사용된 바와 같이, "질병 발병 지연"은 질병 (암과 같은)의 발달을 연기, 방해, 느리게함, 지체, 안정화, 억제 및/또는 연기하는 것을 말한다. 이러한 지연은 질병 및/또는 치료받는 개인의 병력에 따라 다양한 시간 길이가 될 수 있다. 당업자에게 명백한 바와 같이, 충분하거나 현저한 지연은 실제로 개체가 질병을 발병하지 않는다는 점에서 예방을 포함할 수 있다. 예를 들면, 전이 발달과 같은 말기 암이 지연될 수 있다.
본원에서 사용되는 "예방하다"란 질병에 걸리기 쉽지만 아직 질병으로 진단되지 않은 대상에서 질병의 발생 또는 재발에 관한 예방을 제공하는 것을 포함한다. 달리 명시하지 않는 한, "감소하다", "억제하다" 또는 "방지하다"이라는 용어는 모든 시간에 걸쳐 완전한 예방을 나타내거나 요구하지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, 기능 또는 활동을 "억제"시키는 것은 관심있는 조건 또는 매개 변수를 제외하고, 동일한 조건에서 비교할 때, 또는 대안으로 또다른 조건과 비교할 때, 기능 또는 활동을 감소시키는 것이다. 예를 들면, 종양 성장을 억제하는 항체는 항체가 없는 경우에서 종양의 성장 속도와 비교하여 종양의 성장 속도를 감소시킨다.
물질/분자, 항진제 또는 길항제의 "치료요법적으로 효과적인 양"은 인자들, 이를 테면 개인의 질환 상태, 연령, 성별, 그리고 체중에 따라, 그리고 개인에서 바람직한 반응을 유도하기 위한 하여 물질/분자, 항진제 또는 길항제의 능력에 따라 변화될 수 있다. 치료요법적으로 효과적인 양은 치료요법적으로 유익한 효과가 물질/분자, 항진제 또는 길항제의 임의의 독성 또는 해로운 효과를 능가하는 것을 또한 말한다. 치료요법적으로 효과량이 하나 또는 그 이상의 투여로 전달될 수 있다. "효과적인 양(effective amount)"은 바람직한 치료요법적 및/또는 예방적 결과를 얻기 위하여 필요한 투여량(dosages)에서 그리고 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다.
물질의 "예방차원의 효과량"이란 원하는 예방 결과를 달성하는데 필요한 투여량 및 필요한 시간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 전형적으로, 그러나, 반드시 그런 것은 아니지만, 예방적 투여 분량(dose)은 질환 전 또는 초기 단계에 이용되기 때문에, 예방적으로 효과적인 양은 치료요법적으로 효과적인 양보다 적을 것이다.
용어 “약학 제형(pharmaceutical formulation)”및 "약학 조성물(pharmaceutical composition)"이란 활성 성분의 생물학적 활성이 효과가 있도록 하기 위한 형태의 조제물을 지칭하며, 제형이 투여되는 대상에게 수용불가능한 독성을 주는 추가 성분들은 포함하지 않는다. 이러한 제형은 무균일 수 있다.
“약학적으로 수용가능한 담체”는 대상에게 투여를 위한 "약제학적 조성물"을 함께 포함하는 치료제와 함께 사용하기 위해 당업계에 통상적인 비-독성의 고체, 반고체 또는 액체 충전제, 희석제, 캡슐화 물질, 제형 보조제 또는 담체를 지칭한다. 약학적으로 수용가능한 담체는 사용된 투여량 및 농도에서 수령자에게 무독성이며, 제제의 다른 성분과 양립 가능하다. 약학적으로 수용가능한 담체는 사용된 제형에 적합하다.
"무균" 제형은 무균이거나 살아있는 미생물 및 그 포자가 본질적으로 없다.
"IDO 억제제"라는 용어는 인돌아민 2,3-디옥시게나제 (IDO)의 활성을 억제하여, IDO-매개 면역억제를 역전시킬 수 있는 제제를 의미한다. IDO 억제제는 IDO1 및/또는 IDO2 (INDOL1)를 억제할 수 있다. IDO 억제제는 가역성 또는 비가역성 IDO 억제제일 수 있다. "가역적 IDO 억제제"는 촉매 부위 또는 비-촉매 부위에서 IDO 효소 활성을 가역적으로 억제하는 화합물이며, "비가역성 IDO 억제제"는 효소와 공유결합을 형성함으로써, IDO 효소 활성을 비가역적으로 억제하는 화합물이다. 비제한적 예시적인 IDO 억제제는 Indoximod (New Link Genetics), INCB024360 (Incyte Corp.), 1-메틸-D-트립토판 (New Link Genetics), 그리고 GDC-0919 (Genentech, Inc.)을 포함한다.
“키메라 항원 수용체 T 세포 요법” 또는 “CAR-T요법”은 종양 세포에 의해 발현되는 항원을 인식하는 수용체를 발현하도록 유전적으로 변형된 T 세포를 포함하는 치료제를 의미한다. 상기 항원은 종양에 의해 특이적으로 발현되는 항원 또는 암세포와 건강한 조직 모두에 의해 발현되는 항원일 수 있다. 일부 구체예들에서, CAR-T 요법은 적응성 CAR-T 요법으로, 환자의 T 세포를 제거하여, 키메라 항원 수용체를 발현하도록 변형시킨 다음 환자에게 복귀시킨다. 가령, Dai 외, 2016, J Natl Cancer Inst, 108 (7): djv439, doi: 10.1093/jnci/djv439; Gill 외, 2015, Blood Rev, pii: S0268-960X(15)00080-6, doi: 10.1016/j.blre.2015.10.003; Gill 외, 2015, Immunol Rev, 263(1):68-89. doi: 10.1111/imr.12243 참고.
하나 이상의 치료제와 "병용 투여"는 임의의 순서로 동시 (공존) 및 연속 또는 순차 투여를 포함한다.
용어 "공존적으로(concurrently)"라는 것은 2 종 이상의 치료제의 투여를 의미한다, 여기에서 투여의 적어도 일부는 시간상으로 겹치거나, 또는 하나의 치료제의 투여가 다른 치료제의 투여에 비해 짧은 시간 내안에 투여될 수 있는 것을 의미한다. 예를 들면, 2 개 또는 그 이상의 치료 물질은 특정 명시된 분(minutes) 간격으로 시격을 두고 투여된다.
용어 "순차적으로(sequentially)"라는 것은 하나 또는 그 이상의 약물 (들)의 투여가 하나 또는 이상의 다른 약물 (들)의 투여를 중단한 후에 계속되는 경우, 또는 하나 또는 그 이상의 약물 (들)의 투여가 하나 또는 그 이상의 다른 약물 (들)의 투여 전에 시작되는 것과 같이, 2 종 또는 그 이상의 치료제의 투여를 의미한다 예를 들면, 2 개 또는 그 이상의 치료 물질의 투여는 특정 명시된 분(minutes) 간격으로 시격을 두고 투여된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "~함께(in conjunction with)"라는 것은 다른 치료 양식에 추가하여, 하나의 치료 양식의 투여를 의미한다. 이와 같이, "~함께"는 개인에게 다른 치료 양식을 투여하기 전, 투여하는 동안 또는 투여한 후에 하나의 치료 방식을 투여하는 것을 의미한다.
용어 “포장 삽입물(package insert)”은 이러한 치료요법적 산물의 사용과 관련된 지시, 용도, 투여량, 투여, 복합 요법, 금기 및/또는 경고에 대한 정보가 포함된 치료요법적 산물의 시판 포장에 관례적으로 포함되는 지침을 칭할 때 이용된다.
"제조 물품"은 적어도 하나의 시약, 예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 치료를 위한 의약, 또는 본원에 기술된 생물 표식을 특이적으로 탐지하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조물 [예컨대, 패키지 또는 용기]이다. 일부 구체예들에서, 제조 또는 키트는 여기에 설명된 방법을 수행하기 위한 단위로 승격, 배포 또는 판매된다.
"라벨" 및 "검출 가능한 라벨"이란 용어는 특정 결합 쌍의 구성원 사이의 반응 (예를 들어, 결합)을 검출하기 위해, 항체 또는 그의 분석물에 부착된 탐지가능한 모이어티(moiety)를 의미한다. 특이적 결합 쌍의 라벨된 구성원은 "검출 가능하게 라벨된"것으로 언급된다. 따라서, "라벨된 결합 단백질"이라는 용어는 결합 단백질의 동정을 제공하는 통합된 라벨된 단백질을 의미한다. 일부 구체예들에서, 상기 라벨은 시각적 또는 기계적 수단에 의해 검출가능한 신호를 생성할 수 있는 검출가능한 표식인데, 예를 들어, 방사성라벨된 아미노산이 폴리펩티드의 바이오티닐 모이어티에 통합되어, 표시된 아비딘에 의해 탐지가능하다(예를 들면, 광학적 또는 비색법으로 검출할 수 있는 형광 표식 또는 효소 활성을 함유한 스트렙트아비딘). 폴리펩티드용 라벨의 예로는 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: 방사능동위원소 또는 핵종 (예를 들면, 3H, 14C, 35S, 90Y, 99Tc, 111In, 125I, 131I, 177Lu, 166Ho, 또는 153Sm); 색소원, 형광 라벨 (예를 들면, FITC, 로다민, 란탄계열 인광체), 효소 라벨 (예를 들면, 양고추냉이 과산화효소, 루시퍼라제, 알칼리 포스파타제); 화학적발광 표식; 비오티닐 기; 2차 리포터(예를 들면, 류신 지퍼 쌍 서열, 2차 항체용 결합 부위, 금속 결합 도메인, 에피토프 테그)에 의해 인지되는 사전결정된 폴리펩티드 에피토프; 그리고 자성 물질, 이를 테면 가돌리늄 킬레이트. 면역 분석법에 일반적으로 사용되는 라벨의 대표적인 예로는 빛을 생성하는 모이어티, 예를 들어 아크리디늄 화합물 및 형광을 생성하는 모이어티, 예를 들어 플루오레세인을 들 수 있다. 이와 관련하여, 그 잔기 자체는 검출가능하게 라벨되지 않을 수 있지만, 또 다른 잔기와의 반응시 검출가능하게 될 수 있다.
"접합체(conjugate)"라는 용어는 치료 또는 세포 독성제와 같은 제 2 화학적 잔기에 화학적으로 연결된 항체를 의미한다. "물질"이라는 용어는 화합물, 화합물의 혼합물, 생물학적 거대 분자 또는 생물학적 물질로 만든 추출물을 포함한다. 일부 구체예들에서, 치료제 또는 세포독성물질은 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: 백일해 독소, 탁솔, 시토칼라신 B, 그라미시딘 D, 에티디움 브롬화물, 에미틴, 미토마이신, 에토포시드, 테노포시드, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 콜치신, 독소루비친, 다우노루비친, 디히드록시 안트라신 디온, 미토산트론, 미트라마이신, 악티노마이신 D, 1-데히드로테스토스테론, 글루코코르티코이드, 프로카인, 테트라카인, 리도카인, 프로프라놀올, 그리고 퓨로마이신 및 이의 유사체 또는 동사체. 면역 분석과 관련하여 사용될 때, 접합체 항체는 검출 항체로서 사용되는 검출 가능하게 라벨된 항체일 수 있다.
II. 항-PD-1 항체
PD-1에 대한 새로운 항체가 제공된다. 항-PD-1 항체는 인간화된 항체, 키메라 항체, 마우스 항체, 인간 항체, 그리고 본원에서 논의된 중쇄 및/또는 경쇄 CDRs을 포함하는 항체를 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 일부 구체예들에서, PD-1에 결합하는 단리된 항체가 제공된다. 일부 구체예들에서, PD-1에 결합하는 단일클론 항체가 제공된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 길항제 항-PD-1 항체다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항-PD-1 항체의 투여로 대상에서 면역 반응이 강화되며, 및/또는 대상에서 T 세포의 활성화가 증가된다.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs를 포함한다: (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs를 포함한다: (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs를 포함한다: (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs를 포함한다: (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs를 포함한다: (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다음으로부터 선택된 최소한 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 중쇄 가변 영역과 중쇄 불변 영역의 최소한 일부분을 포함하는 최소한 하나의 중쇄, 그리고 경쇄 가변 영역과 경쇄 불변 영역의 최소한 일부분을 포함하는 최소한 하나의 경쇄를 포함한다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 2개의 중쇄와 2개의 경쇄를 포함하는데, 이때 각 중쇄는 중쇄 가변 영역과 중쇄 불변 영역의 최소한 일부분을 포함하고, 그리고 각 경쇄는 경쇄 가변 영역과 경쇄 불변 영역의 최소한 일부분을 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 단일-쇄 Fv (scFv), 또는 임의의 다른 항체, 예를 들면, 6개의 CDRs 모두 (3개의 중쇄 CDRs 및 3개의 경쇄 CDRs)를 포함하는 단일 폴리펩티드 쇄를 포함하는 임의의 다른 항체는 중쇄 및 경쇄를 보유하는 것으로 간주된다. 일부 구체예들에서, 상기 중쇄는 3개의 중쇄 CDRs을 포함하는 항-PD-1 항체의 영역이다. 일부 구체예들에서, 상기 경쇄는 3개의 경쇄 CDRs을 포함하는 항-PD-1 항체의 영역이다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다:(a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함하는 6개의 CDRs을 포함한다: (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기 기재된 바와 같은 6 개의 CDRs를 포함하고, PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기 기재된 바와 같은 6 개의 CDRs를 포함하고, PD-1에 결합하고, 그리고 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기 기재된 바와 같은 6 개의 CDRs를 포함하고, PD-1에 결합하고, PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기 기재된 바와 같은 6 개의 CDRs를 포함하고, PD-1에 결합하고, PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기 기재된 바와 같은 6 개의 CDRs를 포함하고, PD-1에 결합하고, 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다.
일부 구체예들에서, PD-1에 결합에 대해 본원에서 기술된 항-PD-1 항체와 경쟁하는 항-PD-1 항체가 제공된다. 일부 구체예들에서, 상기 본원에서 제공된 임의의 항체와 결합에 대하여 경쟁하는 항체가 만들어지거나 및/또는 이용될 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호:31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 61의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115, 및 123로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항체는 다음에서 선택된 최소한 1개, 최소한 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다 (a) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 6 개의 CDRs 중 임의의 것은 구조체에서 총 6 개의 CDRs에 대해 본원에서 제공된 임의의 다른 CDRs의 부분로서 복합될 수 있다. 따라서, 일부 구체예들에서, 제1 항체의 2개의 CDRs (예를 들면, HCDR1 및 HCDR2)은 제2 항체의 4개의 CDRs (HCDR3, LCDR1, LCDR2, 그리고 LCDR3)와 복합될 수 있다. 일부 구체예들에서, CDRs중 하나 또는 그 이상에서 2개 또는 그보다 적은 수의 잔기는 이의 변이체를 획득하기 위하여 대체될 수 있다. 일부 구체예들에서, 2개 또는 그보다 적은 수의 잔기가 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개 CDRs에서 대체될 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3으로부터 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) :(a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) :(a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) :(a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (I) :(a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함하는 VH 도메인; 그리고 (II) (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3에서 선택된 최소한 1, 2 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함하는 VL 도메인.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 기준 서열에 대하여 치환 (가령, 보존적 치환), 삽입, 또는 결손을 함유하지만, 이 서열을 포함하는 항-PD-1 항체는 여전히 PD-1에 결합하는 능력을 보유한다. 일부 구체예들에서, 전체 1 내지 10개의 아미노산이 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316에서 치환되거나, 삽입되거나 및/또는 결손된다. 일부 구체예들에서, 치환, 삽입, 또는 결손은 CDRs 밖의 영역 (즉, FRs에서)에서 발생한다. 임의선택적으로, 상기 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316내 VH 서열 및 이 서열의 해독-수 변형을 포함한다.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 29 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 37 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다:(a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, VH는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체가 제공되는데, 이때 상기 항체는 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320의 아미노산 서열에 대하여 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL) 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 기준 서열에 대하여 치환 (가령, 보존적 치환), 삽입, 또는 결손을 함유하지만, 이 서열을 포함하는 항-PD-1 항체는 여전히 PD-1에 결합하는 능력을 보유한다. 일부 구체예들에서, 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320에서 전체 1 내지 10개의 아미노산이 치환되거나, 삽입되거나 및/또는 결손된다. 일부 구체예들에서, 치환, 삽입, 또는 결손은 CDRs 밖의 영역 (즉, FRs에서)에서 발생한다. 임의선택적으로, 상기 항-PD-1 항체는 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320내 VL 서열 및 이 서열의 해독-수 변형을 포함한다.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; (c) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; (c) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; (c) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; (c) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; (c) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115, 및 123로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, VL은 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (c) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열과 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함한다. 일부 구체예들에서, 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은기준 서열에 대하여 치환 (가령, 보존적 치환), 삽입, 또는 결손을 함유하고, 그리고 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 기준 서열에 대하여 치환 (가령, 보존적 치환), 삽입, 또는 결손을 함유하지만, 이 서열을 포함하는 항-PD-1 항체는 여전히 PD-1에 결합하는 능력을 보유한다. 일부 구체예들에서, 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220,228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316에서 전체 1 내지 10개의 아미노산이 치환되거나, 삽입되거나 및/또는 결손된다. 일부 구체예들에서, 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320에서 전체 1 내지 10개의 아미노산이 치환되거나, 삽입되거나 및/또는 결손된다. 일부 구체예들에서, 치환, 삽입, 또는 결손은 CDRs 밖의 영역 (즉, FRs에서)에서 발생한다. 임의선택적으로, 상기 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316의 VH 서열과 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320의 VL 서열, 그리고 이들 하나 또는 두 서열 모두의 해독-후 변형을 포함한다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호:33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호:41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 285, 237, 245, 253, 261 및 269로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 286, 238, 246, 254, 262, 및 270으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 287, 239, 247, 255, 263, 및 271로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 289, 241, 249, 257, 265, 및 273으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 290, 242, 250, 258, 266, 및 274로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 291, 243, 251, 259, 267, 및 275로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다:(a) 서열 번호: 189, 197, 205, 213, 221, 및 229로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 190, 198, 206, 214, 222, 및 230으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 191, 199, 207, 215, 223, 및 231로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 193, 201, 209, 217, 225, 및 233으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 194, 202, 210, 218, 226, 및 234로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 195, 203, 211, 219, 227, 및 235로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 277, 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 및 181로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCR1; (b) 서열 번호: 278, 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 및 182으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 279, 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 및 183로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 281, 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 및 185으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 282, 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 283, 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 다음을 포함한다: (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 본원에서 제공되는 임의의 구체예에서의 VH, 그리고 본원에서 제공되는 임의의 구체예에서의 VL을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:4 및 서열 번호:8의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:12 및 서열 번호:16의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:20 및 서열 번호:24의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:28 및 서열 번호:32의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:36 및 서열 번호:40의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:44 및 서열 번호:48의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:52 및 서열 번호:56의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:60 및 서열 번호:64의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:68 및 서열 번호:72의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:76 및 서열 번호:80의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:84 및 서열 번호:88의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:92 및 서열 번호:96의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:100 및 서열 번호:104의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:108 및 서열 번호:112의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:116 및 서열 번호:120의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:124 및 서열 번호:128의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:132 및 서열 번호:136의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:140 및 서열 번호:144의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:148 및 서열 번호:152의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:156 및 서열 번호:160의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:164 및 서열 번호:168의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:172 및 서열 번호:176의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:180 및 서열 번호:184의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:188 및 서열 번호:192의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:196 및 서열 번호:200의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:204 및 서열 번호:208의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:212 및 서열 번호:216의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:220 및 서열 번호:224의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:228 및 서열 번호:232의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:236 및 서열 번호:240의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:244 및 서열 번호:248의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:252 및 서열 번호:256의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:260 및 서열 번호:264의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:268 및 서열 번호:272의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:276 및 서열 번호:280의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:284 및 서열 번호:288의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:292 및 서열 번호:296의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:300 및 서열 번호:304의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:308 및 서열 번호:312의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 차례로 서열 번호:316 및 서열 번호:320의 VH와 VL 서열, 그리고 이들 서열의 전사-후 변형을 포함한다.
일부 구체예들에서, PD-1에 결합에 대해 본원에서 제공된 항-PD-1 항체와 경쟁하는 항체가 제공된다. 일부 구체예들에서, PD-1상의 에피토프에 결합에 대해 본원에서 제공된 항-PD-1 항체와 경쟁하는 항체가 제공된다.
일부 구체예들에서, 경쟁 검증을 이용하여 PD-1에 결합에 대해 본원에서 기술된 항-PD-1 항체 (이를 테면 12228, 13406, 13407, 13408, 및 13409)와 경쟁하는 단일클론 항체를 식별해낼 수 있다. 경쟁 분석은 두 개의 항체가 동일하거나 입체적으로 중첩되는 에피토프를 인식함으로써 동일한 에피토프에 결합하는지 또는 또다른 항체가 항원에 대한 결합을 경쟁적으로 억제하는지 여부를 결정하는데 사용될 수 있다. 일부 구체예들에서, 그러한 경합하는 항체는 본원에 기재된 항체에 의해 결합되는 동일한 에피토프에 결합한다. 예시적인 경쟁 분석은 이를 테면 Harlow and Lane(1988) Antibodies: A Laboratory Manual ch.14 (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.) 에서 제공된 것과 같은 일상적 검정을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 항체가 결합하는 에피토프를 멥핑하는 상세한 예시적인 방법들은 Morris (1996) “Epitope Mapping Protocols,”in Method in Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, N.J.)에서 제공된다. 일부 구체예들에서, 2 개의 항체가 서로의 항원에 결합하는 것을 50% 이상 차단한다면, 이들은 동일한 항원 결정기에 결합한다고 말한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항-PD-1 항체와 경쟁하는 항체는 키메라, 인간화된 또는 인간 항체다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 키메라, 인간화된, 또는 인간 항-PD-1 항체와 경쟁하는 항체가 제시된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체의 하나 또는 그 이상의 에피토프에 결합하는 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 본 항체가 결합하는 에피토프에 결합하거나, 중접하는 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체의 최소한 하나와 경쟁하는 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체의 최소한 두개와 경쟁하는 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체의 최소한 세개와 경쟁하는 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 본원의 실시예에 기재된 항체와 중첩하는 에피토프에 결합한다. 일부 구체예들에서, 전체 에피토프는 경쟁 항체에 의해 결합 및/또는 차단된다. 일부 구체예들에서, 일부 에피토프는 경쟁 항체에 의해 결합 및/또는 차단된다. 일부 구체예들에서, 경쟁 항체의 파라토프(paratope)는 본원에서 제공된 항체의 에피토프의 최소한 일부분에 결합한다. 일부 구체예들에서, 경쟁하는 항체 파라토프는 표적에 결합하고, 경쟁하는 항체의 구조의 다른 부분은 본원에서 제공된 항체의 에피토프의 적어도 일부를 차단한다.
예시적인 키메라 항체
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항체는 키메라 항체다. 특정 키메라 항체는 예를 들면, U.S. 특허 번호 4,816,567; 그리고 Morrison 외.(1984), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)에서 설명된다. 한 실시예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변적 영역 (예로써, 마우스, 렛(rat), 햄스터, 토끼, 또는 비-인간 영장류, 이를 테면 원숭이로부터 유도된 가변적 영역)과 인간 불변 영역을 포함한다. 추가 실시예에서, 키메라 항체는 “클래스 전환된(class switched)”항체로써, 부모 항체의 것과는 다른 클래스 또는 하위클래스로 변화된 것이다. 키메라 항체는 이의 항원-결합 단편들을 함유한다.
비제한적 예시적인 키메라 항체는 본원에서 기술된 다음으로부터 선택된 항체의 중쇄 및/또는 경쇄 가변 영역을 포함하는 키메라 항체를 포함한다: 가령, 항체 11606; 항체 11613; 항체 11645; 항체 12191; 항체 12195; 항체 12220; 항체 12228; 항체 12535; 항체 12536; 항체 12541; 항체 12543; 항체 12544; 항체 12545; 항체 12549; 항체 12550; 항체 12553; 항체 12554; 항체 12562; 항체 12563; 항체 12564; 항체 12565; 항체 12571; 항체 12572; 항체 12576; 항체 12583; 항체 12584; 항체 13396; 항체 13398; 항체 13399; 항체 13401; 항체 13402; 항체 13403; 항체 13404; 항체 13405; 항체 13406; 항체 13407; 항체 13408; 항체 13409; 항체 11624; 그리고 항체 12190. 추가 비제한적 예시적인 키메라 항체는 본원에서 기술된 다음으로부터 선택된 항체의 중쇄 CDR1, CDR2, 그리고 CDR3, 및/또는 경쇄 CDR1, CDR2, 그리고 CDR3을 포함하는 키메라 항체를 포함한다: 항체 11606; 항체 11613; 항체 11645; 항체 12191; 항체 12195; 항체 12220; 항체 12228; 항체 12535; 항체 12536; 항체 12541; 항체 12543; 항체 12544; 항체 12545; 항체 12549; 항체 12550; 항체 12553; 항체 12554; 항체 12562; 항체 12563; 항체 12564; 항체 12565; 항체 12571; 항체 12572; 항체 12576; 항체 12583; 항체 12584; 항체 13396; 항체 13398; 항체 13399; 항체 13401; 항체 13402; 항체 13403; 항체 13404; 항체 13405; 항체 13406; 항체 13407; 항체 13408; 항체 13409; 항체 11624; 그리고 항체 12190. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 상기에서 기술된 가변 영역을 포함하고, PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 상기에서 기술된 가변 영역을 포함하고, PD-1에 결합하고, PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기에서 기술된 가변 영역을 포함하고, PD-1에 결합하고, PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기에서 기술된 가변 영역을 포함하고, PD-1에 결합하고, 그리고 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 상기에서 기술된 가변 영역을 포함하고, PD-1에 결합하고, 그리고 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항-PD-1 항체를 투여하면 대상에서 면역 세포의 활성을 자극하고, 면역 세포의 하향조절을 감소시키고, 또는 T 세포 반응을 증가시킨다.
일부 구체예들에서, 키메라 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220,228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316으로부터 선택된 서열에 대하여 최소한 90%, 최소한 91%, 최소한 92%, 최소한 93%, 최소한 94%, 최소한 95%, 최소한 96%, 최소한 97%, 최소한 98%, 또는 최소한 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 중쇄를 포함하고, 이때 상기 항체는 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항-PD-1 항체는 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320으로부터 선택된 서열에 대하여 최소한 90%, 최소한 91%, 최소한 92%, 최소한 93%, 최소한 94%, 최소한 95%, 최소한 96%, 최소한 97%, 최소한 98%, 또는 최소한 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고, 이때 상기 항체는 PD-1에 결합한다. 일부 구체예들에서, 키메라 항-PD-1 항체는 서열 번호: 4, 12, 20, 28, 36, 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108, 116, 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 284, 292, 300, 308, 또는 316으로부터 선택된 서열에 대하여 최소한 90%, 최소한 91%, 최소한 92%, 최소한 93%, 최소한 94%, 최소한 95%, 최소한 96%, 최소한 97%, 최소한 98%, 또는 최소한 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 중쇄; 그리고 서열 번호: 8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 120, 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280, 288, 296, 304, 312 또는 320으로부터 선택된 서열에 대하여 최소한 90%, 최소한 91%, 최소한 92%, 최소한 93%, 최소한 94%, 최소한 95%, 최소한 96%, 최소한 97%, 최소한 98%, 또는 최소한 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 경쇄쇄를 포함하고, 이때 상기 항체는 PD-1에 결합한다.
예시적인 키메라 항-PD-1 항체는 본원에서 기술하는 항체 또는 이의 단편과 PD-1에 결합을 경쟁하는 키메라 항체를 또한 포함한다. 따라서, 일부 구체예들에서, 항체 11606; 항체 11613; 항체 11645; 항체 12191; 항체 12195; 항체 12220; 항체 12228; 항체 12535; 항체 12536; 항체 12541; 항체 12543; 항체 12544; 항체 12545; 항체 12549; 항체 12550; 항체 12553; 항체 12554; 항체 12562; 항체 12563; 항체 12564; 항체 12565; 항체 12571; 항체 12572; 항체 12576; 항체 12583; 항체 12584; 항체 13396; 항체 13398; 항체 13399; 항체 13401; 항체 13402; 항체 13403; 항체 13404; 항체 13405; 항체 13406; 항체 13407; 항체 13408; 항체 13409; 항체 11624; 그리고 항체 12190, 또는 이의 단편으로부터 선택된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하는 키메라 항-PD-1 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고, 그리고 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 키메라 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고, 그리고 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다 .
일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 키메라 항체는 하나 또는 그 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 그리고 IgD로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 경쇄 불변 영역은 κ및 λ로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 키메라 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 키메라 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 키메라 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ경쇄을 포함한다.
상기 한 바와 같이, 작동체 기능이 바람직한 지의 여부는 항체를 위한 특정 치료 방법에 따라 달라질 수 있다. 따라서, 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직한 경우, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 키메라 항-PD-1 항체가 선택된다. 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직하지 않는 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 키메라 항-PD-1 항체가 선택된다.
예시적인 인간화된 항체
일부 구체예들에서, 인간화된 PD-1에 결합하는 항체가 제시된다. 인간화된 항체는 비-인간 항체와 비교하였을 때, 인간 면역 반응을 제거하거나 또는 줄이는데, 이 반응은 항체 치료제에 대한 면역 반응 (이를 테면 상기 인간 항-마우스 항체 (HAMA) 반응)을 초래할 수 있고, 그리고 이 치료제의 효과를 감소시킬 수 있기 때문에, 치료 분자로 유용하다.
일부 구체예들에서, 키메라 항체는 인간화된 항체다. 전형적으로, 비-인간 항체는 인간에 대한 면역원성이 감소되도록 인간화되지만, 부모계 비-인간 항체의 특이성 및 친화력은 유지된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 하나 또는 그 이상의 가변적 도메인을 포함하는데, 이때 CDRs, (또는 이의 부분들)는 비-인간 항체로부터 유도되고, FRs (또는 이의 부분들)은 인간 항체 서열로부터 유도된다. 인간화된 항체는 임의선택적으로 인간 불변 영역의 최소한 일부분을 또한 포함할 것이다. 일부 구체예들에 있어서, 인간화된 항체에서 일부 FR 잔기는 비-인간 항체 (예로써, CDR 잔기가 유도된 항체)의 대응 잔기로 대체되어, 예로써, 항체 특이성 또는 친화력이 복원 또는 개선된다.
인간화된 항체 및 이를 만드는 방법은 예를 들면, Almagro and Fransson, (2008) Front. Biosci. 13: 1619-1633에서 검토되며, 그리고 예를 들면, Riechmann 외, (1988) Nature 332:323-329; Queen 외, (1989) Proc. Natl Acad. Sci. USA 86: 10029-10033; US Patent Nos. 5, 821,337, 7,527,791, 6,982,321, 그리고 7,087,409; Kashmiri 외, (2005) Methods 36:25-34; Padlan, (1991) Mol. Immunol. 28:489-498 (“재표면처리”를 기술); Dall'Acqua 외, (2005) Methods 36:43-60 (“FR 셔플링”을 기술); 그리고 Osbourn 외, (2005) Methods 36:61-68 and Klimka 외, (2000) Br. J. Cancer, 83:252-260 (FR 셔플링에 대한 "유도된 선택"을 기술)에서 더 설명되고 있다.
인간화에 이용되는 인간 틀-구조 영역은 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: "베스트-핏(best-fit)" 방법을 이용하여 선택된 틀-구조 영역 (가령, Sims 외. (1993) J. Immunol. 151:2296); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위집단의 인간 항체의 콘센수스 서열로부터 유도된 틀-구조 영역 (가령, Carter 외. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285; 그리고 Presta 외. (1993) J. Immunol., 151:2623); 인간 성숙 (체세포적으로 성숙된) 틀-구조 영역 또는 인간 생식계 틀-구조 영역 (가령, Almagro and Fransson (2008) Front. Biosci. 13:1619-1633); 그리고 FR 라이브러리 스크리닝으로부터 유도된 틀-구조 영역 (가령, Baca 외., (1997) J. Biol. Chem. 272:10678-10684; 그리고 Rosok 외., (1996) J. Biol. Chem. 271:22611-22618).
예시적인 인간화된 항-PD-1 항체는 본원에서 기술하는 항체 또는 이의 단편과 PD-1에 결합을 경쟁하는 항체를 또한 포함한다. 따라서, 일부 구체예들에서, 항체 11606; 항체 11613; 항체 11645; 항체 12191; 항체 12195; 항체 12220; 항체 12228; 항체 12535; 항체 12536; 항체 12541; 항체 12543; 항체 12544; 항체 12545; 항체 12549; 항체 12550; 항체 12553; 항체 12554; 항체 12562; 항체 12563; 항체 12564; 항체 12565; 항체 12571; 항체 12572; 항체 12576; 항체 12583; 항체 12584; 항체 13396; 항체 13398; 항체 13399; 항체 13401; 항체 13402; 항체 13403; 항체 13404; 항체 13405; 항체 13406; 항체 13407; 항체 13408; 항체 13409; 항체 11624; 그리고 항체 12190로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 PD-1에 결합을 경쟁하는 인간화된 항-PD-1 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 인간화된 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간화된 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다 일부 구체예들에서, 상기 인간화된 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간화된 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고, 그리고 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다.
예시적인 인간 항체
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 인간 항체다. 인간 항체는 당분야에 공지된 다양한 기술을 이용하며 만들어질 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 van Dijk and van de Winkel, (2001) Curr. Opin. Pharmacol. 5:368-374 및 Lonberg, (2008) Curr. Opin. Immunol. 20:450-459에서 기술된다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항체는 자연 발생적 항체가 아니다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항체는 단일클론 항체이고; 따라서, 일부 구체예들에서, 한 세트의 인간 항체 각각은 항원상의 동일한 에피토프에 결합할 수 있다.
항원 시험감염(challenge)에 반응하여, 무손상 인간 항체 또는 인간 가변적 영역을 가진 무손상 항체를 만들기 위하여 변형된 유전자삽입 동물에 면역원을 주사함으로써, 인간 항체를 만들수 있다. 그러한 동물은 전형적으로 내인성 면역 글로불린 좌를 대체하거나, 또는 염색체 외적으로 존재하거나 무작위로 동물의 염색체에 통합된 인간 면역 글로불린 좌 전부 또는 일부를 포함한다. 이러한 유전자삽입 마우스에서 상기 내생적 면역글로블린 좌는 일반적으로 비활성화된다. 유전자삽입 동물로부터 인간 항체를 획득하는 방법은 Lonberg, (2005) Nat. Biotech. 23: 1117-1125을 참고한다. 또한, 예로써, U.S. 특허번호 6,075,181 및 6,150,584에서는 XENOMOUSETM 기술을 설명하고; U.S. 특허번호. 5,770,429에서는 HUMAB® 기술을 설명하고; U.S. 특허번호. 7,041,870에서는 K-M MOUSE® 기술을 설명하고, 그리고 U.S. 특허 출원 공개 번호. US 2007/0061900에서는 VELOCIMOUSE®기술을 설명한다). 그러한 동물에 의해 생성된 손상되지 않은 항체로부터 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 결합시킴으로써 추가로 변형 될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마-기반의 방법들에 의해 만들어질 수 있다. 인간 단일클론 항체를 만들기 위하여 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포계가 설명되었다. (예를 들면, Kozb또는 (1984) J. Immunol, 133: 3001; Brodeur 외, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 그리고 Boerner 외, (1991) J. Immunol., 147:86 참고). 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통하여 만들어진 인간 항체는 Li 외, (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562에서 설명되고 있다. 추가 방법들은 예를 들면, U.S. 특허번호. 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단일클론 인간 IgM 항체의 생산을 설명) 및 Ni, (2006) Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (인간-인간 하이브리도마를 설명)에서 설명된 것들을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술 (Trioma 기술)은 Vollmers and Brandlein, (2005) Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 그리고 Vollmers and Brandlein, (2005) Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-191에서 또한 기술된다.
인간 항체는 또한 인간-유도된 파아지 디스플레이 라이브러리로부터 선별된 Fv 클론 가변적 도메인 서열을 단리시킴으로써 생성될 수 있다. 이러한 가변적 도메인 서열은 그 다음 바람직한 인간 불변 도메인과 복합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선별하기 위한 기술은 하기에서 설명된다.
항체들은 바람직한 활성 또는 활성들을 가진 항체에 대한 복합 라이브러리를 스크리닝함으로써 단리될 수 있다. 예를 들면, 파아지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 바람직한 결합 특징들을 보유하는 항체에 대하여 이러한 라이브러리를 스크리닝하는 다양한 방법들이 당분야에 공지되어 있다. 이러한 방법들은 예를 들면, Hoogenboom 외 in Methods in Molecular Biology 178: 1-37 (O'Brien 외, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)에서 검토되며, 그리고 예를 들면, McCafferty 외, (1990) Nature 348:552-554; Clackson 외, (1991) Nature 352: 624-628; Marks 외, (1992) J. Mol. Biol 222: 581-597; Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248: 161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu 외, (2004) J. Mol. Biol. 338(2): 299-310; Lee 외, (2004) J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093; Fellouse, (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472; 그리고 Lee 외, (2004) J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 및 PCT 공개 WO 99/10494에서 추가 설명된다.
특정 파아지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레파토리는 중합효소 쇄 반응 (PCR)에 의해 별도로 클론되고, 그 다음 파아지 라이브러리에 무작위로 재복합되고, 그 다음 Winter 외, (1994) Ann. Rev. Immunol., 12:433-455에서 설명된 바와 같이, 항원-결합 파아지에 대하여 스크리닝될 수 있다. 파아지는 전형적으로 단일-쇄 Fv (scFv) 단편들 또는 Fab 단편들로써 디스플레이 항체 단편들을 나타낸다. 면역화된 원천으로부터 라이브러리는 하이브리도마의 구축 요구없이 면역원에 대한 고-친화력 항체를 제공한다. 대안으로, 순수(naive) 레퍼토리가 클론되어 (가령, 인간으로부터) Griffiths 외, (1993) EMBO J 12:725-734에서 설명된 바와 같이 임의의 면역화없이 광범위의 비-자가 및 자가 항원에 대한 항체의 단일 원천을 제공할 수 있다. 끝으로, 순수 라이브러리는 줄기 세포로부터 재배치되지 않은 V- 유전자 단편을 클로닝하고, 고도로 가변적인 CDR3 영역을 인코딩하고, 시험 관내에서 재배열을 수행하기 위하여 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용하여, 합성에 의해 만들어 질 수 있다(Hoogenboom and Winter (1992), J. Mol. Biol, 227:381-388에서 기술된 바와 같이). 인간 항체 파아지 라이브러리를 설명하는 특허 공개는 예를 들면: US 특허번호. 5,750,373, 그리고 US 특허 공개 번호. 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360을 포함한다.
일부 구체예들에서, 인간 항-PD-1 항체는 서열 번호: 1, 2, 3, 382, 383, 또는 384의 서열을 갖는 폴리펩티드에 결합한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 PD-1에 결합하고, 그리고 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 PD-1에 결합하고, 그리고 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 PD-1에 결합하고, 그리고 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 PD-1에 결합하고, 그리고 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다.
예시적인 인간 항-PD-1 항체는 본원에서 기술하는 항체 또는 이의 단편과 PD-1에 결합을 경쟁하는 항체를 또한 포함한다. 따라서, 일부 구체예들에서, 항체 11606; 항체 11613; 항체 11645; 항체 12191; 항체 12195; 항체 12220; 항체 12228; 항체 12535; 항체 12536; 항체 12541; 항체 12543; 항체 12544; 항체 12545; 항체 12549; 항체 12550; 항체 12553; 항체 12554; 항체 12562; 항체 12563; 항체 12564; 항체 12565; 항체 12571; 항체 12572; 항체 12576; 항체 12583; 항체 12584; 항체 13396; 항체 13398; 항체 13399; 항체 13401; 항체 13402; 항체 13403; 항체 13404; 항체 13405; 항체 13406; 항체 13407; 항체 13408; 항체 13409; 항체 11624; 그리고 항체 12190로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 PD-1에 결합을 경쟁하는 인간 항-PD-1 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제한다 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고 그리고 PD-1이 PD-L1 및 PD-L2에 결합하는 것을 억제한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 항-PD-1 항체는 본원에서 기술된 항체와 PD-1에 결합을 경쟁하고, 그리고 상기 항체를 대상에게 투여한 후, 이 대상에서 면역 반응을 강화시키고, 및/또는 이 대상에서 T 세포의 활성화를 증가시킨다.
일부 구체예들에서, 키메라 인간 항-PD-1 항체가 제시되며, 여기에서 상기 항체는 인간 PD-1에 결합하는 항체의 가변 영역과 상이한 인간 항체의 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 키메라 인간 항-PD-1 항체가 제시되는데, 여기에서 상기 항체는 인간 PD-1에 결합하는 항체의 CDRs과 상이한 인간 항체의 틀구조를 갖는다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 자연 발생적 인간 항체가 아니다.
일부 구체예들에서, 인간 항-PD-1 항체는 하나 또는 그 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 그리고 IgD로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 경쇄 불변 영역은 κ및 λ로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 인간 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 인간 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 인간 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ경쇄를 포함한다.
일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직한 경우, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 인간 항-PD-1 항체가 선택된다. 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직하지 않는 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 인간 항-PD-1 항체가 선택된다.
본원에서 기술된 바와 같이, 용어 "인간 항체"는 항체의 원천보다는 항체 구조물에 대한 가능한 서열의 속(genus)을 나타낸다.
예시적인 항체 불변 영역
일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항체는 하나 또는 그 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 그리고 IgD로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직한 경우, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-PD-1 항체가 선택된다. 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직하지 않는 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-PD-1 항체가 선택된다. 일부 구체예들에서, 상기 인간 경쇄 불변 영역은 κ및 λ로부터 선택된 아이소타입의 것이다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ경쇄를 포함한다.
당업자에게 명시적으로 언급되거나 공지되지 않는 한, 본 명세서 및 청구 범위를 통해, 면역글로블린 중쇄의 잔기 넘버링은 Kabat 외, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)(본 발명의 참고자료에 명시적으로 통합됨)와 같이 EU 색인에 따른다. “Kabat에서와 같은 EU 색인”이란 상기 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 번호매김을 지칭한다.
상기 한 바와 같이, 작동체 기능이 바람직한 지의 여부는 항체를 위한 특정 치료 방법에 따라 달라질 수 있다. 따라서, 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직한 경우, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-PD-1 항체가 선택된다. 일부 구체예들에서, 작동체 기능이 바람직하지 않는 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-PD-1 항체가 선택된다.
일부 구체예들에서, 항체는 야생형 IgG 또는 야생형 항체의 Fc 영역과 비교하였을 때, 최소한 하나의 아미노산 치환을 보유하는 변이체 Fc 영역을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 변이체 Fc 영역은 야생형 항체의 Fc 영역에서 2개 또는 그 이상의 아미노산 치환을 보유한다. 일부 구체예들에서, 상기 변이체 Fc 영역은 야생형 항체의 Fc 영역에서 3개 또는 그 이상의 아미노산 치환을 보유한다. 일부 구체예들에서, 상기 변이체 Fc 영역은 본원에서 기술한 최소한 1, 2 또는 3개 또는 그 이상의 Fc 영역 아미노산 치환을 보유한다. 일부 구체예들에서, 본 명세서의 상기 변이체 Fc 영역은 고유의 서열 Fc 영역 및/또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역과 최소한 약 80% 상동성을 보유할 것이다. 일부 구체예들에서, 본 명세서의 상기 변이체 Fc 영역은 고유의 서열 Fc 영역 및/또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역과 최소한 약 90% 상동성을 보유할 것이다. 일부 구체예들에서, 본 명세서의 상기 변이체 Fc 영역은 고유의 서열 Fc 영역 및/또는 부모 폴리펩티드의 Fc 영역과 최소한 약 95% 상동성을 보유할 것이다. 일부 구체예들에서, 중쇄 불변 영역은 C-말단 리신 (K) 잔기가 결여된다. 일부 이러한 구체예에서, 상기 중쇄 또는 중쇄 불변 영역은 “desK”로 지칭할 수 있다. 일부 구체예들에서, C-말단 리신이 결여된 중쇄 불변 영역은 IgG, 이를 테면 IgG1, IgG2, IgG3, 또는 IgG4이다.
일부 구체예들에서, 본 명세서에서 제공된 항체는 이 항체가 당화되는 정도를 증가 또는 감소시키기 위하여 변경된다. 항체의 당화 부위의 추가 또는 결손은 하나 또는 그 이상의 당화 부위가 만들어지거나 또는 제거되도록 아미노산 서열을 변경시킴으로써 편의적으로 실행될 수 있다.
상기 항체가 Fc 영역을 포함할 때, 이에 부착된 탄수화물이 변경될 수 있다. 포유류 세포들에 의해 만들어지는 고유 항체는 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 N-링키지에 의해 일반적으로 부착된 분기화된, 바이안테너리(biantennary) 올리고사카라이드를 전형적으로 포함한다. 예를 들면, Wright 외 TIBTECH 15:26-32 (1997) 참고. 상기 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예로써, 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토스, 및 시알산, 뿐만 아니라 상기 바이안테너리 올리고사카라이드 구조의 "줄기(stem)"에 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 구체예들에 있어서, 항체의 올리고사카라이드의 변형은 특정 개선된 성질들을 가진 항체 변이체들을 만들기 위하여 만들어질 수 있다.
일부 구체예들에서, Fc 영역에 부착된(직접 또는 간접적으로) 푸코스가 없는 탄수화물 구조를 가진 항체 변이체들이 제공된다. 예를 들면, 이러한 항체에서 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%가 될 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들면, WO　2008/077546에서 설명된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분광분석에 의해 측정된 바와 같이, Asn 297에 부착된 모든 당구조(가령, 복합체, 하이브리드 및 높은 만노스 구조)의 합과 비교하여 Asn297에서 슈가 쇄 안에 평균 푸코스 양을 산출함으로써, 결정된다. Asn297은 Fc 영역에서 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 EU 번호매김)에 위치한 아스파라긴 잔기를 지칭하며; 그러나, Asn297은 항체에서 소수의 서열 변이로 인하여 위치 297의 상류 또는 하류 약 ± 3개의 아미노산, 가령, 위치 294와 300에 또한 위치할 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체들은 개선된 ADCC 기능을 보유할 수 있다. 예를 들면, US Patent Publication Nos. US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd) 참고. "탈퓨코실화된(defucosylated)" 또는 "퓨코스-결핍 성 (fucose-deficient)" 항체 변이체와 관련된 출판물의 예로는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki 외 J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki 외 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈퓨코실화된 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예로는 단백질 퓨코실화 결핍 Lec13 CHO 세포들 (Ripka 외 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); US 특허 출원 번호 US 2003/0157108 A1, Presta, L; 그리고 WO 2004/056312 A1, Adams 외, 구체적으로 실시예 11에서), 그리고 녹아웃 세포주, 이를 테면 알파-1,6-퓨코실전이효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포들 (예를 들면, Yamane-Ohnuki 외 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. 외, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 그리고 WO2003/085107 참고)를 포함한다.
예를 들면, 양분된 올리고사카라이드를 가진 항체 변이체들이 더 제공되는데, 항체의 Fc 영역의 바이안테너리 올리고사카라이드는 GlcNAc에 의해 양분된다. 이러한 항체 변이체들은 감소된 퓨코실화 및/또는 개선된 ADCC 기능을 보유할 수 있다. 이러한 변이체들의 예들은 예로써, 예를 들면, WO 2003/011878 (Jean-Mairet 외); US Patent No. 6,602,684 (Umana 외); 그리고 US 2005/0123546 (Umana 외)에서 설명된다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드에서 최소한 한 개의 갈락토스 잔기를 가진 항체 변이체들이 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체들은 개선된 CDC 기능을 보유할 수 있다. 이러한 항체 변이체들은 예로써, WO 1997/30087 (Patel 외); WO 1998/58964 (Raju, S.); 그리고 WO 1999/22764 (Raju, S.)에서 설명된다.
아미노-말단 리더 연장을 갖는 항체 변이체가 또한 제시된다. 예를 들면, 아미노-말단 리더 서열의 하나 또는 그 이상의 아미노산 잔기는 항체의 임의의 하나 또는 그 이상의 중쇄 또는 경쇄의 아미노-말단에 존재한다. 예시적인 아미노-말단 리더 연장부는 항체 변이체의 하나의 경쇄 또는 두 경쇄에 모두 존재하는 3개의 아미노산 잔기, VHS를 포함하거나, 또는 이로 구성된다.
인간 FcRn 고 친화력 결합 폴리펩티드의 생체내 또는 혈청 반감기는 변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드를 투여한 예를 들면, 이식유전자를 가진(transgenic) 마우스, 인간, 또는 비-인간 영장류에서 검정될 수 있다. 예를 들면, Petkova 외 International Immunology 18(12):1759-1769 (2006) 참고.
일부 구체예들에서, 항체 변이체는 모체 항체보다 효과적으로 인간 작동체 세포의 존재 하에 ADCC를 매개한다. 일부 구체예들에서, 검정에 사용된 폴리펩티드 변이체 및 모 항체의 양은 본질적으로 동일할 때, 항체 변이체는 시험관 내에서 ADCC를 매개하는데 실질적으로 더 효과적이다. 일부 구체예들에서, 검정에 사용된 폴리펩티드 변이체 및 모 항체의 양은 본질적으로 동일할 때, 항체 변이체는 생체 내에서 ADCC를 매개하는데 실질적으로 더 효과적이다. 일반적으로, 이러한 변이체는 본원에 개시된 바와 같은 시험관 내 ADCC 분석법을 사용하여 동정될 것이지만, ADCC 활성을 측정하기 위한 다른 분석법 또는 방법은 예를 들어 동물 모델 등에서 고려된다.
예시적인 항체 접합체
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 또다른 분자에 접합된다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 분자는 탐지가능한 표식, 이를 테면, 라벨일 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 분자는 치료제 분자, 이를 테면, 세포독성 물질일 수 있다. 일부 구체예들에서, 라벨 및/또는 세포독성 물질은 상기 항체에 접합될 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 라벨은 항체의 검출을 용이하게 하고 및/또는 항체가 결합하는 분자의 검출을 용이하게 하는 모이어티다. 비제한적 예시적인 라벨은 방사성 동위 원소, 형광기, 효소기, 화학 발광기, 바이오틴, 에피토프 태그, 금속-결합 태그 등을 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 당업자는 특정 용도에 따라 적합한 라벨을 선택할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 세포독성 물질은 하나 이상의 세포의 증식능을 감소시키는 모이어티다. 예를 들어, 세포가 자가사멸을 겪거나 또는 그렇지 않으면 죽고, 세포가 세포주기를 진행하지 못하거나 분열하지 못하고, 세포가 분화되기 때문에, 세포가 증식할 수 없게 될 때, 세포는 감소된 증식 능력을 보유한다. 비제한적 예시적인 세포독성 물질에는 방사성 동위 원소, 독소 및 화학 치료제가 포함되나, 이에 국한되지는 않는다. 당업자는 의도된 용도에 따라 적합한 세포 독성을 선택할 수 있다. 일부 구체예들에서, 세포독성 물질은 항-대사 물질, 알킬화제, 항생제, 성장 인자, 사이토킨, 항-혈관 형성제, 항-유사분열 물질, 안트라사이클린, 독소 또는 세포 자가 사멸 제제중 적어도 하나이다.
일부 구체예들에서, 라벨 및/또는 세포독성 물질은 시험관내 화학적 방법을 사용하여 항체에 접합된다. 접합의 비제한적 예시적인 화학적 방법은 당 업계에 공지되어 있고, 그리고 예를 들면, Thermo Scientific Life Science Research Produces (formerly Pierce; Rockford, Ill.), Prozyme (Hayward, Calif.), SACRI Antibody Services (Calgary, Canada), AbD Serotec (Raleigh, N.C.), 등으로부터 시판되는 이용가능한 서비스, 방법 및/또는 시약들을 포함한다. 일부 구체예들에서, 라벨 및/또는 세포독성 물질이 폴리펩티드인 경우, 상기 라벨 및/또는 세포독성 물질은 항체 쇄에 융합된 라벨 및/또는 세포독성 물질을 포함하는 폴리펩티드를 만들기 위하여, 최소한 하나의 항체 쇄를 갖는 동일한 발현 벡터로부터 발현될 수 있다. 당업자는 목적하는 용도에 따라 항체에 라벨 및/또는 세포독성 물질을 접합시키는 적합한 방법을 선택할 수 있다.
일부 구체예들에서, 접합은 공유적일 수 있다. 일부 구체예들에서, 접합은 비-공유적일 수 있다. 일부 구체예들에서, 접합은 예를 들어, 2 차 항체의 결합을 통한 특정 결합 상호 작용을 통해 이루어질 수 있다.
예시적인 리더 서열
일부 분비된 단백질이 대량으로 발현 및 분비되기 위해서는 이종 단백질의 리더 서열이 바람직할 수 있다. 일부 구체예들에서, 이종성(heterologous) 리더 서열을 사용하는 것은 결과로서 성숙한 폴리펩티드가 리더 서열이 분비 과정 중에 ER에서 제거됨에 따라 변하지 않고 유지될 수 있다는 점에서 유리할 수 있다. 이종성 리더 서열 첨가는 일부 단백질을 발현 및 분비하는데 유용할 수 있다.
특정 예시적인 리더 서열은 예를 들면, Department of Biochemistry, National University of Singapore에서 유지하는 온라인 리더 서열 데이터베이스에 기술된다. Choo 외, BMC Bioinformatics, 6: 249 (2005); 그리고 PCT 공개 번호 WO 2006/081430 참고.
III. 항체 발현 및 생산
항-PD-1 항체를 인코딩하는 핵산 분자
항-PD-1 항체의 하나 또는 그 이상의 쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산 분자가 본 명세서에서 제시된다. 일부 구체예들에서, 핵산 분자는 항-PD-1 항체의 중쇄 또는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예들에서, 핵산 분자는 항-PD-1 항체의 중쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드와 이의 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 모두 포함한다. 일부 구체예들에서, 제 1 핵산 분자는 중쇄를 인코드하는 제 1 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 제 2 핵산 분자는 경쇄를 인코드하는 제 2 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예들에서, 상기 중쇄와 상기 경쇄는 하나의 핵산 분자, 또는 2개의 별도 핵산 분자로부터 2개의 별도 폴리펩티드로 발현된다. 일부 구체예들에서, 이를 테면 항체가 scFv인 경우, 단일 폴리뉴클레오티드는 중쇄와 경쇄가 함께 연계된 단일 폴리펩티드를 인코드한다.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 중쇄 또는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드는 본원에서 제시된 CDRs중 최소한 하나를 인코드하는 뉴클레오티드 서열이다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 중쇄 또는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드는 본원에서 제시된 CDRs중 최소한 3개를 인코드하는 뉴클레오티드 서열이다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 중쇄 또는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드는 본원에서 제시된 CDRs중 최소한 6개를 인코드하는 뉴클레오티드 서열이다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 중쇄 또는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드는 해독되었을 때, 상기 중쇄 또는 경쇄의 N 말단에 위치하는 리더 서열을 인코드하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 상기에서 논의된 바와 같이, 상기 리더 서열은 고유의 중쇄 또는 경쇄 리더 서열일 수 있거나, 또는 또다른 이종성 리더 서열일 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 핵산은 본원에서 제시되는 서열 표에서 항체의 임의의 아미노산 서열을 인코드하는 것이다. 일부 구체예들에서, 상기 핵산은 본원에서 제시되는 서열 표에서 항체의 임의의 아미노산 서열을 인코드하는 핵산에 대하여 최소한 80% 동일한, 예를 들면, 최소한 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 또는 99% 동일한 것이다. 일부 구체예들에서, 상기 핵산은 본원에서 제시된 핵산 서열중 임의의 하나 또는 그 이상에 혼성화되는 것이다. 일부 구체예에서, 상기 혼성화는 중간 조건하에서 이루어진다. 일부 구체예들에서, 상기 혼성화는 매우 엄격한 조건하에서 이루어지는데, 이를 테면: 65℃에서 최소한 약 6X SSC 및 1% SDS, 그리고 약 42℃에서 , 0.1X SSC에서 약 20% (v/v) 포름아미드로 10분간 제 1 세척, 그리고 65℃에서 0.2 X SSC 및 0.1% SDS로 후속 세척.
핵산 분자는 당업계에 통상적인 재조합 DNA 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 일부 구체예들에서, 핵산 분자는 선택된 숙주 세포에서의 발현에 적합한 발현 벡터다.
항-PD-1 중쇄 및/또는 항-PD-1 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터가 제시된다. 항-PD-1 중쇄 및/또는 항-PD-1 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터가 또한 제시된다. 이러한 벡터들로는 DNA 벡터들, 파지 벡터들, 바이러스성 벡터들, 레트로바이러스성 벡터들, 등이 포함되나 이에 한정되지 않는다. 일부 구체예들에서, 벡터는 중쇄를 인코드하는 제 1 폴리뉴클레오티드 서열과 경쇄를 인코드하는 제 2 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 중쇄와 경쇄는 2개의 별도 폴리펩티드로 벡터로부터 발현된다. 일부 구체예들에서, 이를 테면, 상기 항체가 scFv인 경우, 상기 중쇄와 경쇄는 예를 들면 단일 폴리펩티드의 일부분으로 발현된다.
일부 구체예들에서, 제 1 벡터는 중쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 제 2 벡터는 경쇄를 인코드하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예들에서, 제 1 벡터와 제 2 벡터는 유사한 양(이를 테면, 유사한 몰량 또는 유사한 질량)으로 숙주 세포 안으로 형질감염된다. 일부 구체예들에서, 제 1 벡터와 제 2 벡터의 5:1 내지 1:5의 몰- 또는 질량 비가 숙주 세포 안으로 형질감염된다. 일부 구체예들에서, 상기 중쇄를 인코드하는 벡터와 경쇄를 인코드하는 벡터의 1:1 내지 1:5의 질량비가 이용된다. 일부 구체예들에서, 상기 중쇄를 인코드하는 벡터와 경쇄를 인코드하는 벡터의 1:2의 질량비가 이용된다.
일부 구체예들에서, CHO 또는 CHO-유도된 세포 또는 NSO 세포에서 폴리펩티드의 발현에 최적화되는 벡터가 선택된다. 예시적인 이러한 벡터들은 가령, 예를 들면, Running Deer 외, Biotechnol. Prog. 20:880-889 (2004). Host Cells에서 설명된다.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체 중쇄 및/또는 항-PD-1 항체 경쇄는 원핵 세포, 이를 테면 박테리아 세포; 또는 진핵 세포, 이를 테면 곰팡이 세포 (이를 테면 효모), 식물 세포, 곤충 세포, 그리고 포유류 세포에서 발현될 수 있다. 이러한 발현은 예를 들어, 당업계에 공지된 절차에 따라 수행될 수 있다. 폴리펩티드를 발현시키는데 이용될 수 있는 예시적인 진핵 세포는 COS 7 세포를 포함하는 COS 세포; 293-6E 세포를 포함하는 293 세포; CHO-S, DG44. Lec13 CHO 세포, 그리고 FUT8 CHO 세포를 포함하는 CHO 세포; PER.C6® 세포 (Crucell); 그리고 NSO 세포를 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체 중쇄 및/또는 항-PD-1 항체 경쇄는 효모에서 발현될 수 있다. 예를 들면, U.S. 공고 번호. US 2006/0270045 A1 참고. 일부 구체예들에서, 특정 진핵 숙주 세포는 상기 항-PD-1 항체 중쇄 및/또는 항-PD-1 항체 경쇄에 바람직한 해독-후 변형을 만들 수 있는 능력에 근거하여 선택된다. 예를 들면, 일부 구체예들에서, CHO 세포는 293 세포에서 생산된 동일한 폴리펩티드보다 더 높은 수준의 시알화(sialylation)를 보유하는 폴리펩티드를 만든다.
원하는 숙주 세포 안으로 하나 또는 그 이상의 핵산의 도입은 인산칼슘 형질감염, DEAE-덱스트란 매개 형질감염, 양이온성 지질 매개 형질감염, 전기천공, 형질도입, 감염 등을 포함하는 임의의 방법에 의해 달성될 수 있지만, 이에 국한되지 않는다. 예시적인 트랜스펙션의 비제한적 방법은 가령, Sambrook 외,　Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press (2001)에서 설명된다. 임의의 적합한 방법에 따라 핵산은 바람직한 숙주 세포에서 일시적으로 또는 안정적으로 형질감염될 수 있다.
본원에 기재된 임의의 폴리뉴클레오티드 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포도 제공된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체를 포함하는 숙주 세포가 제시된다. 이종성 DNAs를 과발현할 수 있는 임의의 숙주 세포는 관심 항체, 폴리펩티드 또는 단백질을 인코딩하는 유전자를 단리하는 목적으로 사용될 수 있다. 포유류 숙주 세포의 비-제한적인 예는 COS, HeLa 및 CHO 세포를 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다. PCT 공개 번호. WO 87/04462 참고. 적합한 비-포유류 숙주 세포는 원핵세포 (이를 테면 대장균(E. coli) 또는 B. 서브틸리스(subtillis)) 및 효모 (이를 테면 S. 세레비시에(cerevisae), S. 폼베(pombe); 또는 K. 락티스(lactis))를 포함한다.
항체의 정제
항-PD-1 항체는 임의의 적합한 방법에 의해 정제될 수 있다. 이러한 방법은 친화성 매트릭스 또는 소수성 상호 작용 크로마토그래피의 사용을 포함하나, 이에 한정되지 않는다. 적합한 친화력 리간드는 항체 불변 영역에 결합하는 ROR1 ECD 및 리간드를 포함한다. 예를 들면, 단백질 A, 단백질 G, 단백질 A/G, 또는 항체 친화력 컬럼을 이용하여 불변 영역에 결합하고, 항-PD-1 항체를 정제할 수 있다. 소수성 상호 작용 크로마토그래피, 예를 들어 부틸 또는 페닐 컬럼은 항체와 같은 일부 폴리펩티드를 정제하는 데에도 적합할 수 있다. 이온 교환 크로마토그래피 (예를 들어, 음이온 교환 크로마토그래피 및/또는 양이온 교환 크로마토그래피)는 항체와 같은 일부 폴리펩티드를 정제하는 데에도 적합할 수 있다. 혼합 모드 크로마토그래피 (예를 들어, 역상/음이온 교환, 역상/양이온 교환, 친수성 상호 작용/음이온 교환, 친수성 상호 작용/양이온 교환 등)은 또한 항체와 같은 일부 폴리펩티드를 정제하는데 적합할 수 있다. 폴리펩티드를 정제하는 많은 방법이 당 업계에 공지되어 있다.
항체의 무-세포(cell-free) 생산
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 무-세포 시스템에서 생성된다. 비제한적 예시적인 무-세포 시스템은 예를 들면, Sitaraman 외, Methods Mol. Biol. 498: 229-44 (2009); Spirin, Trends Biotechnol. 22: 538-45 (2004); Endo 외, Biotechnol. Adv. 21: 695-713 (2003)에서 기술된다.
조성물
일부 구체예들에서, 상기 기술된 방법에 의해 준비된 항체가 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 숙주 세포에서 준비된다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 무-세포 시스템에서 준비된다. 일부 구체예들에서, 상기 항체는 정제된다. 일부 구체예들에서, 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 항체는 키메라 항체다. 일부 구체예들에서, 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 항체는 인간화된 항체다. 일부 구체예들에서, 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 항체는 인간 항체다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체를 포함하는 세포 배양 배지가 제공된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체를 포함하는 숙주 세포 배양 유체가 제공된다.
일부 구체예들에서, 상기 기술된 방법에 의해 준비된 항체를 포함하는 조성물이 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 안에 준비된 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 무-세포 시스템에서 준비된 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 정제된 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 키메라 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 인간화 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 인간 항체를 포함한다.
일부 구체예들에서, 10 mg/mL, 20 mg/mL, 30 mg/mL, 40 mg/mL, 50 mg/mL, 60 mg/mL, 70 mg/mL, 80 mg/mL, 90 mg/mL, 100 mg/mL, 125 mg/mL, 150 mg/mL, 175 mg/mL, 200 mg/mL, 225 mg/mL, 또는 250 mg/mL중 임의의 하나 이상의 농도의 항-PD-1 항체를 포함하는 조성물이 제공된다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 키메라 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 인간 항체를 포함한다.
IV. 치료제 조성물 및 방법
항-PD-1 항체를 이용하여 질환을 치료하는 방법
인간 또는 동물 치료 방법에 사용하기 위한 항체 및 항체를 포함하는 조성물이 제공된다. 항-PD-1 항체를 투여하는 것을 포함하는 질환 치료 방법도 또한 제공된다. 항-PD-1 항체로 치료할 수 있는 비제한적 예시적인 질환은 암을 포함하나, 이에 국한되지 않는다.
일부 구체예들에서, 암을 치료하는 방법이 제시되며, 이때 종양 샘플 안에 세포는 PD-L1을 발현시킨다. 일부 이러한 구체예에서, 상기 종양은 PD-L1-양성이거나, 또는 PD-L1을 발현시키는 것으로 간주될 수 있다. PD-L1의 발현은 본원에서 논의된 바와 같이, IHC에 의해 결정될 수 있다. 일부 구체예들에서, 종양은 상기 종양의 샘플이 IHC에 의해 PD-L1의 착색이 1+, 2+, 또는 3+ 으로 나타날 때, PD-L1을 발현시키는 것으로 간주된다. 일부 구체예들에서, 상기 종양의 샘플은 IHC에 의해 PD-L1의 착색이 2+, 또는 3+을 나타낸다. 일부 구체예들에서, 대상으로부터의 종양 샘플을 PD-L1 발현에 대해 분석하고, 이 종양 샘플이 PD-L1 발현을 나타내는 경우, 대상은 본원에 기재된 항체로 치료하기 위해 선택된다. 일부 구체예들에서, 이 종양 샘플이 PD-L1의 상승된 발현을 나타내는 경우 대상을 선택한다.
일부 구체예들에서, 대상의 종양이 PD-L1고인 경우, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체로 치료하기 위해 이 대상을 선택한다. 일부 구체예들에서, 대상의 종양이 PD-L1저인 경우, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체로 치료하기 위해 이 대상을 선택한다. 일부 구체예들에서, 대상의 종양이 PD-1고/PD-L1저인 경우, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체로 치료하기 위해 이 대상을 선택한다. 일부 구체예들에서, 대상의 종양이 PD-1고/PD-L1고인 경우, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체로 치료하기 위해 이 대상을 선택한다.
상기 항-PD-1 항체는 필요에 따라 대상에게 투여될 수 있다. 투여 빈도의 결정은 이를 테면, 치료되는 상태의 고려 사항, 치료되는 대상의 나이, 치료되는 상태의 중증도, 치료되는 대상의 건강 상태의 전반적 상태 등에 근거하여, 주치의와 같은 당업자에 의해 결정될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 유효 투여량이 대상에게 1회 또는 그 이상으로 투여된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 유효 투여량은 예를 들어, 매 2 개월마다 또는 3 개월 마다와 같이, 1 달에 1 회, 1 달에 1 회 미만으로 대상에게 투여된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 유효 투여량은 예를 들어, 3 주에 1 회, 2 주에 1 회, 매주 1 회와 같이 1 달에 1 회 미만으로 투여된다. 항-PD-1 항체의 유효 투여량은 대상에게 최소 한번 투여된다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체의 유효 투여량은 최소 1 개월, 최소 6 개월 또는 적어도 1 년의 기간을 포함한 기간 동안 여러 번 투여될 수 있다.
일부 구체예들에서, 약학 조성물은 암 치료 (예방 포함)에 효과적인 양으로 투여된다. 상기 치료요법적으로 유효량은 전형적으로 치료되는 환자의 체중, 신체 상태 또는 건강 상태, 치료될 상태의 범위 또는 치료되는 환자의 나이에 좌우된다. 일반적으로, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 10 μg/kg 체중 내지 약 100 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 50 μg/kg 체중 내지 약 5 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.5 mg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다.
약학 조성물은 대상에서 면역 반응을 강화시키고 및/또는 T 세포 활성화를 증가시키는데 효과적인 양으로 투여된다.
상기 치료요법적으로 유효량은 전형적으로 치료되는 환자의 체중, 신체 상태 또는 건강 상태, 치료될 상태의 범위 또는 치료되는 환자의 나이에 좌우된다. 일반적으로, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 10 μg/kg 체중 내지 약 100 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 50 μg/kg 체중 내지 약 5 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.5 mg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다.
약학 조성물
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체를 포함하는 조성물은 다양한 약학적으로 허용 가능한 담체와 함께 제형으로 제공된다 (예를 들면, Gennaro, Remington: The Science and Practice of Pharmacy with Facts and Comparisons: Drugfacts Plus, 20th ed. (2003); Ansel 외, Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, 7th ed., Lippencott Williams and Wilkins (2004); Kibbe 외, Handbook of Pharmaceutical Excipients, 3rd ed., Pharmaceutical Press (2000) 참고). 비이클, 어쥬번트 및 희석제를 포함하는 다양한 약학적으로 수용가능한 담체가 이용 가능하다. 또한, pH 조절 및 완충제, 등장성 조절제, 안정제, 습윤제 등과 같은 다양한 약학적으로 수용가능한 보조 물질도 이용 가능하다. 비-제한적 예시적인 담체는 식염수, 완충된 염수, 덱스트로스, 물, 글리세롤, 에탄올 및 이들의 조합 물을 포함한다.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체를 포함하는 약학 조성물이 제공된다. 일부 구체예들에서, 상기 약학 조성물은 키메라 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 약학 조성물은 인간화된 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 약학 조성물은 본원에서 논의된 바와 같은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템에서 준비된 항체를 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 약학 조성물은 약학적으로 수용가능한 담체를 포함한다.
일부 구체예들에서, 약학 조성물은 암 치료 (예방 포함)에 효과적인 양으로 투여된다. 상기 치료요법적으로 유효량은 전형적으로 치료되는 환자의 체중, 신체 상태 또는 건강 상태, 치료될 상태의 범위 또는 치료되는 환자의 나이에 좌우된다. 일반적으로, 항-PD-1 항체는 투여량당 약 0.05 mg/kg 체중 내지 약 100 mg/kg 체중 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 10 μg/kg 체중 내지 약 100 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 50 μg/kg 체중 내지 약 5 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.5 mg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.5 mg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.05 mg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 0.05 mg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 약 5 mg/kg 체중 또는 더 낮은 범위, 예를 들면 4 미만의, 3 미만의, 2 미만의, 또는 1 mg/kg 미만의 상기 항체의 양으로 투여될 수 있다.
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 투여량 당 약 50 μg/kg 체중 내지 약 5 mg/kg 체중의 범위의 양으로 존재할 수 있다. 예를 들면, 일부 구체예들에서, 20 kg의 체중을 가진 사람의 투여량은 약 1 mg 내지 약 100 mg 범위 안에 있을 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 투여량은 2 mg 내지 200 mg 범위의 상기 항-PD-1 항체 안에 있을 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 투여량은 10 mg 내지 400 mg 범위의 상기 항-PD-1 항체 안에 있을 수 있다.
투여 경로
일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 정맥내, 동맥내, 비경구, 종양내, 복강 내 또는 피하를 포함하는 다양한 경로로 생체내로 투여될 수 있다. 적절한 제형 및 투여 경로는 의도된 용도에 따라 선택될 수 있다.
복합 요법(Combination Therapy)
항-PD-1 항체는 단독 또는 다른 치료법과 함께 투여될 수 있다. 이들은 수술, 화학 요법, 방사선 요법, 또는 다른 치료 항체와 같은 생물학적 제제의 투여와 같은 다른 치료법 이전에, 실질적으로 동시 및/또는 이후에 제공될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-PD-1 항체는 다른 항암제와 함께 병용 투여된다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 제 2 치료물질과 동시에 제공된다. 예를 들면, 2 개 또는 그 이상의 치료 물질은 30 분, 15 분, 10 분, 5 분 또는 1 분 이하와 같이 약 60 분 이하의 시간 간격으로 투여된다. 일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 제 2 치료물질과 연속적으로 투여된다. 예를 들면, 2 개 또는 그 이상의 치료 물질은 약 15 분 이상의 시간 간격, 이를 테면, 약 20 분, 30 분, 40 분, 50 분 또는 60 분, 1 일, 2 일, 3 일, 1 주, 2 주 또는 1 개월 또는 그 이상의 시간 간격을 두고 투여된다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 치료용 제 2 치료 방법과 함께 투여된다. 따라서, 본원에서 제공된 항체의 투여는 또다른 치료 시스템과 복합될 수 있다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 항-ICOS 요법과 함께 투여된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 유도성 T-세포 공동-자극물질(ICOS)에 결합하는 항체와 함께 투여된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 ICOS에 결합하는 단리된 항체와 함께 투여되며, 이때 상기 항-ICOS 항체는 CD4+ T 세포의 항진제 (이를 테면 CD4+ T 작동체 (Teff) 세포)이다. 일부 구체예들에서, ICOS에 결합하는 항체는 CD4+ T 세포 (이를 테면 CD4+ Teff 세포)의 작용제이며, T 조절 (Treg) 세포를 고갈시킨다. 일부 구체예들에서, ICOS에 결합하는 항체는 Treg 세포를 고갈시키지만, Teff 세포를 고갈시키지 않는다. 일부 구체예들에서, ICOS에 결합하는 항체는 CD4+ T 세포 상에서 pAKT 신호생성을 유도한다. 일부 구체예들에서, ICOS에 결합하는 단리된 항체는 CD4+ T 세포 상에서 pAKT 신호생성을 유도하고, Treg 세포를 고갈시킨다. 일부 구체예들에서, 상기 ICOS에 결합하는 단리된 항체는 다음을 포함한다:
i) (a) 서열 번호: 326의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 327의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 328의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 329의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 330의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 331의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
ii) (a) 서열 번호: 334의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 335의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 336의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 337의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 338의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 339의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iii) (a) 서열 번호: 342의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 343의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 344의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 345의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 346의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 347의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iv) (a) 서열 번호: 350의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 351의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 352의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 353의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 354의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 355의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
v) (a) 서열 번호: 358의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 359의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 360의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 361의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 362의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 363의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vi) (a) 서열 번호: 366의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 367의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 368의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 369의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 370의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 371의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vii) (a) 서열 번호: 374의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 375의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 376의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 377의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 378의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 379의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
일부 구체예들에서, ICOS에 결합하는 항체가 제시되는데, 이때 상기 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 이때:
i) VH는 서열 번호: 324의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL는 서열 번호: 325의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
ii) VH는 서열 번호: 332의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 333의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
iii) VH는 서열 번호: 340의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 341의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
iv) VH는 서열 번호: 348의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 349의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
v) VH는 서열 번호: 356의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 357의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
vi) VH는 서열 번호: 364의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 365의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하거나; 또는
vii) VH는 서열 번호: 372의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고, VL은 서열 번호: 373의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
일반적으로, 항-ICOS 항체는 투여량 당 약 10 μg/kg 체중 내지 약 100 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-ICOS 항체는 투여량 당 약 50 μg/kg 체중 내지 약 5 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-ICOS 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 10 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-ICOS 항체는 투여량 당 약 100 μg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다. 일부 구체예들에서, 항-ICOS 항체는 투여량 당 약 0.5 mg/kg 체중 내지 약 20 mg/kg 체중의 범위의 양으로 투여될 수 있다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 항진제 항-OX40 항체 (이를 테면 Medi6469, MedImmune; MOXR0916/RG7888, Roche)와 함께 투여된다. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 항-CTLA4 항체 (이를 테면, 이필리무맙, YERVOY®, BMS)와 함께 투여된다.
일부 구체예들에서, 추가 치료물질은 화학치료물질이다. 본원에 제공된 항-PD-1 항체와 복합될 수 있는 예시적인 화학 치료제는 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: 카페시티아빈, 시클로포스파미드, 데카르바진, 테모졸로미드, 시클로포스파미드, 도세탁셀, 독소루비친, 다우노루비친, 시스플라틴, 카르보플라틴, 에피루비친, 에리부린, 5-FU, 겜시타빈, 이리노테칸, 이사베피론, 메토트렉세이트, 미토산트론, 옥살리플라틴, 파클리탁셀, 나브-파클리탁셀, ABRAXANE® (단백질-결합된 파클리탁셀), 페메트렉세드, 비노렐빈, 그리고 빈크리스틴. 일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 최소한 하나의 키나제 억제제와 함께 투여된다. 비제한적 예시적인 키나제 억제제는 에르로티니브, 아파니티브, 게피티니브, 크리조티니브, 다브라페니브, 트라메티니브, 베무라페니브, 그리고 코비메타니브를 포함한다.
일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 IDO 억제제이다. 비제한적 예시적인 IDO 억제제는 가령, US 2016/0060237; 그리고 US 2015/0352206에 기술된다. 비제한적 예시적인 IDO 억제제는 Indoximod (New Link Genetics), INCB024360 (Incyte Corp.), 1-메틸-D-트립토판 (New Link Genetics), 그리고 GDC-0919 (Genentech)을 포함한다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 면역-변형 약물(IMiD)과 복합 투여된다. 비제한적 예시적인 IMiDs는 탈리도미드, 레날리도미드, 그리고 포말리도미드를 포함한다.
일부 구체예들에서, 추가 치료물질은 암 백신이다. 암 백신은 항원 전달 및 수지상 세포의 활성화에 대한 잠재적인 접근법으로 연구되어 왔다. 특히, 공동 자극 경로에 대한 면역 검사점 또는 항진제와 함께 백신 접종은 내성을 극복하고, 항-종양 반응을 증가시키는 증거를 보여 주었다. 종양에 대한 면역 반응을 촉진시키는 다양한 접근법을 사용하는 다양한 종류의 암 백신이 테스트되었다 (가령, Emens LA, Expert Opin Emerg Drugs 13(2): 295-308 (2008) 참고). 접근법은 종양에 대한 B 세포, T 세포 또는 전문 항원-제시 세포의 반응을 향상 시키도록 고안되었다. 암 백신의 예시적인 유형은 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: 분명한 종양 항원을 표적화하는 것을 이용하는 펩티드-기반의 백신, 이것은 펩티드/단백질로 전달될 수 있거나, 또는 유전공학적으로-조작된 DNA 벡터, 바이러스, 박테리아, 또는 이와 유사한 것; 그리고 예를 들면, 덜-특정화된 표적에 대한 암 백신 개발을 위한 세포 생물학적 접근법, 예를 들면, 환자-유도된 수지상 세포, 자가유래의 종양 세포 또는 종양 세포 용해물, 동종이계 종양 세포, 그리고 이와 유사한 것으로부터 발생된 백신을 포함하나, 이에 국한되지 않는다.
따라서, 특정 구체예에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 암 백신과 복합 이용될 수 있다. 예시적인 암 백신은 수지상 세포 백신, 종양용해성(oncolytic) 바이러스, 종양 세포 백신, 등을 포함하나, 이에 국한되지 않는다. 일부 구체예들에서, 이러한 백신은 상기 항-종양 반응을 증가시킨다. 본원에서 제공된 항-PD-1 항체와 복합 사용될 수 있는 암 백신의 예로는 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: MAGE3 백신 (가령, 흑색종 및 방광 암의 경우), MUC1 백신 (가령, 유방 암의 경우), EGFRv3 (이를 테면 Rindopepimut, 가령, 뇌 암의 경우, 다형성신경교아종 포함), 또는 ALVAC-CEA (가령, CEA+ 암의 경우).
비제한적 예시적인 암 백신은 또한 Sipuleucel-T를 포함하는데, 이것은 항원-제시 세포를 포함하는 자가유래의 말초-혈액 단핵 세포 (PBMCs)로부터 유도된다 (가령, Kantoff PW 외, N Engl J Med 363:411-22 (2010) 참고). Sipuleucel-T 생성에서, 환자의 PBMCs는 전립선 산(acid) 포스파타제 (전립선 항원)와 과립구-대식세포 콜로니-자극 인자 (면역-세포 활성자)의 재조합 융합 단백질인, PA2024로 체외(ex vivo) 활성화된다. 후보 암 백신에 대한 또다른 방법은 종양 조직, 이를 테면 흑색종에서 돌연변이된 특이적 펩티드에 대한 면역 반응을 생성시키는 것이다 (가령, Carreno BM 외, Science 348:6236 (2015) 참고). 이러한 돌연변이된 펩티드는 일부 구체예들에서, 신생항원(neoantigens)으로 지칭된다. 종양 백신에서 신생 항원 사용의 비 제한적인 예로서, 주요 조직 합성 복합체 단백질인 HLA-A*02:01에 결합할 것으로 예측되는 종양의 신생 항원은 흑색종과 같은 암을 가진 개별 환자에 대해 확인된다. 환자의 수상 돌기 세포를 생체 내에서 성숙시킨 다음 신생 항원과 함께 배양한다. 그 다음 상기 활성화된 수지상 세포는 환자에게 투여된다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신을 투여한 후, 이 신생항원에 대한 강력한 T-세포 면역이 탐지가능하다.
일부 이러한 구체예에서, 상기 암 백신은 신생항원을 이용하여 발달된다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 DNA 백신이다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 항원, 이를 테면 PROSTVAC (리리모겐 갈바씨레펩/리리모겐 글라포리벡(rilimogene galvacirepvec/rilimogene glafolivec))을 포함하는 조작된 바이러스다. 일부 구체예들에서, 상기 암 백신은 조작된 종양 세포, 이를 테면 GVAX를 포함하는데, 이것은 과립구-대식세포 콜로니-자극 인자 (GM-CSF) 유전자-형질감염된 종양 세포 백신 (가령, Nemunaitis, 2005, Expert Rev 백신, 4: 259-74 참고)이다.
일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 항-PD-1 항체는 암 백신과 동시에, 또는 투여 전, 및/또는 투여 후 투여된다. 일부 구체예들에서, 신생항원을 이용하여 발생된 암 백신은 본원에서 기술된 항-PD-1 항체와 복합 이용된다. 일부 이러한 구체예에서, 이 병용 요법은 흑색종, 폐, 방광 또는 대장 암과 같은 돌연변이가 큰 암을 치료하는 데 사용된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 제공된 항-PD-1 항체는 키메라 항원 수용체 T 세포 요법 (CAR-T 요법)과 복합 투여된다.
진단학적 용도
상기 항-PD-1 항체 에피토프 발현(정상 샘플와 비교하여 증가된 또는 감소된, 및/또는 부적절한 발현, 이를 테면 에피토프 발현이 정상적으로 결여된 조직(들) 및/또는 세포(들)에서 발현이 존재함)과 연합된 질환, 장애 또는 상태를 탐지, 진단 및 모니터링하기 위하여 상기 항-PD-1 항체, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드를 이용하는 방법이 본원에서 제시된다. 환자가 항-PD-1 항체 요법에 반응하는지의 결정 방법들이 본원에 제시된다.
일부 구체예들에서, 상기 방법은 이 환자가 항-PD-1 항체를 이용하여 PD-1을 발현시키는 세포를 보유하는 지를 탐지하는 것을 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 탐지 방법은 항체, 폴리펩티드, 또는 폴리뉴클레오티드를 상기 시료에 접촉시키고, 그리고 결합 수준이 기준 또는 비교 샘플 (이를 테면 대조군)과 상이한 지를 결정하는 것을 포함한다. 일부 구체예들에서, 이 방법은 본원에서 기술된 항체 또는 폴리펩티드가 대상의 적절한 치료가 되는지를 결정하는데 유용할 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 세포 또는 세포/조직 용해물은 항-PD-1 항체와 접촉되며, 상기 항체와 이 세포 사이의 결합이 결정된다. 시험 세포가 동일한 조직 유형의 기준 세포와 비교하여 결합 활성을 나타내는 경우, 이 대상은 항-PD-1 항체 치료 효과를 가짐을 나타낼 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 시험 세포는 인간 조직의 것이다. 일부 구체예들에서, 상기 시험 세포는 인간 혈액의 것이다.
특정 항체-항원 결합을 검출하기 위한 당 업계에 공지된 다양한 방법이 사용될 수 있다. 수행할 수 있는 예시적인 면역 검정에는 형광 분극 면역 검정(FPIA), 형광 면역 측정법 (FIA), 효소 면역 측정법 (EIA), 혼탁(nephelometric) 억제 면역측정법 (NIA), 효소 연계된 면역흡착 검정법 (ELISA), 그리고 방사능면역측정법 (RIA)을 포함한다. 표시기 모이어티 또는 라벨 그룹은 대상 항체에 부착될 수 있으며, 종종 분석 장비 및 호환 가능한 면역 측정법의 이용 가능성에 의해 지시되는 방법의 다양한 용도의 요구를 충족 시키도록 선택된다. 적절한 라벨은 다음을 포함하나, 이에 국한되지 않는다: 방사성핵종 (예를 들면 125I, 131I, 35S, 3H, 또는 32P), 효소 (예를 들면, 알칼리 포스파타제, 양고추냉이 과산화효소, 루시퍼라제, 또는 β갈락토시다제), 형광 모이어티 또는 단백질 (예를 들면, 플루오레신, 로다민, 피코에리틴, GFP, 또는 BFP), 또는 발광 모이어티 (예를 들면, Quantum Dot Corporation, Palo Alto, Calif.에 의해 공급되는 QdotTM 나노입자). 전술한 다양한 면역 분석을 수행하는데 사용되는 일반적인 기술은 당업자에게 공지되어 있다.
진단 목적상, 항체를 포함하는 폴리펩티드는 방사성 동위 원소, 형광 라벨 및 당업계에 공지된 다양한 효소-기질 라벨을 포함하지만, 이에 한정되지 않는 검출 가능한 부분으로 라벨될 수 있다. 항체에 라벨을 접합시키는 방법은 당업계에 공지되어 있다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 라벨될 필요가 없고, 그의 존재는 제 1 항-PD-1 항체에 결합하는 제 2 표지 항체를 사용하여 검출될 수 있다.
일부 구체예들에서, 상기 항-PD-1 항체는 경쟁적 결합 분석, 직접 및 간접 샌드위치 분석 및 면역 침강 분석과 같은 임의의 공지된 분석 방법에 사용될 수 있다. Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, pp. 147-158 (CRC Press, Inc. 1987).
상기 항-PD-1 항체 및 폴리펩티드는 또한 생체내 이미징과 같은 생체내 진단 분석에 사용될 수 있다. 일반적으로, 상기 항체 또는 폴리펩티드는 방사능핵종 (이를 테면 111In, 99Tc, 14C, 131I, 125I, 3H, 또는 본원에서 기술된 것들을 포함하여 임의의 다른 방사능핵종 라벨)으로 라벨되어, 관심 세포 또는 조직은 면역신티그래피(immunoscintigraphy)를 이용하여 국소화될 수 있다.
상기 항체는 또한 당업계에 공지된 기술을 사용하여 병리학에서 착색 시약으로 사용될 수 있다.
일부 구체예들에서, 제 1 항체는 진단을 위해 사용되고, 제 2 항체는 치료제로서 사용된다. 일부 구체예들에서, 제 1 및 제 2 항체는 상이하다. 일부 구체예들에서, 제 1 항체는 비인간 동물에서 유래한 반면, 치료제는 인간에서 유래한 것이다. 일부 구체예들에서, 제 1 및 제 2 항체는 별도의 에피토프에 결합함으로써 동시에 항원에 결합 할 수 있다.
제조물품/키트
여기에 기재된 방법 중 임의의 방법에서 사용하기 위한 키트, 의약품, 조성물 및 단위 투약 형태도 본원에 제공된다.
키트는 항-PD-1 항체 (또는 단위 투약 형태 및/또는 제조 물품)를 포함하는 하나 또는 그 이상의 용기를 포함할 수 있다. 일부 구체예들에서, 하나 또는 이상의 추가의 제제가 있거나 또는 없이, 항-PD-1 항체를 포함하는 조성물의 미리결정된 양을 함유하는 단위 투여량(unit dosage)이 제공된다. 일부 구체예들에서, 이러한 단위 투여량은 일회 사용 주입용 주사기에서 공급된다. 일부 구체예들에서, 단위 투여량 중에 함유된 조성물은 식염수, 수크로스; 인산염과 같은 완충액등;을 포함할 수 있고 및/또는 안정하고 효과적인 pH 범위 내에서 제제화될 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 적합한 액체, 예를 들어 멸균 수의 첨가시 재구성될 수 있는 동결 건조 분말로서 제공될 수 있다. 일부 구체예들에서, 상기 조성물은 수크로오스 및 아르기닌을 포함하나 이에 한정되지 않는 단백질 응집을 억제하는 하나 또는 그 이상의 물질을 포함한다. 일부 구체예들에서, 조성물은 헤파린 및/또는 프로테오글라이칸을 포함한다.
일부 구체예들에서, 단위 투여량에 사용되는 항-PD-1 항체의 양은 기재된 다양한 방법 및/또는 조성물에 대해 본원에서 제공된 임의의 양일 수 있다.
일부 구체예들에서, 키트는 본원에 기재된 방법 중 임의의 방법에 따라 암 치료에 사용하기 위한 설명서를 추가로 포함한다. 키트는 개개의 적합한 또는 치료의 선택에 대한 설명을 더 포함 할 수 있다. 키트에 제공된 지침은 일반적으로 레이블 또는 패키지 삽입물 (예 : 키트에 포함된 종이 시트)에 작성된 지침이지만, 기계 판독 가능한 지침 (예 : 자기 또는 광학 저장 디스크에 담긴 지침)도 허용된다. 일부 구체예들에서, 키트는 또다른 치료물질을 더 포함한다. 일부 구체예들에서, 상기 추가 치료물질은 가령, 본원에서 기술된 바와 같은 항-ICOS 항체, 또는 항-CTLA4 항체다.
키트는 적절하게 포장된다. 적합한 포장은 바이알, 병, 항아리, 연질 포장 (예 : 밀봉된 Mylar 또는 플라스틱 백) 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 키트는 선택적으로 완충액 및 해석 정보와 같은 추가 구성 요소를 제공할 수 있다. 따라서, 본 출원은 바이알 (밀봉된 바이알과 같은), 병, 항아리,가요성 포장 등을 포함하는 제품을 제공한다.
실시예
하기에서 논의되는 예들은 본 발명의 순전히 예시적인 것으로 의도된 것이며 어떤 식으로든 본 발명을 제한하는 것으로 간주되어서는 안된다. 이 예들은 실험이 전부 또는 수행된 유일한 실험임을 나타 내기 위한 것이 아니다. 사용된 숫자 (예 : 양, 온도 등)에 대한 정확성을 확보하기 위한 노력이 있었지만, 일부 실험상의 오류 및 편차가 고려되어야 한다. 다른 언급이 없는 한, 부(parts)는 중량부, 분자량은 중량 평균 분자량, 온도는 섭씨 온도, 압력은 대기압 또는 대기압 부근이다.
실시예 1: 항-PD-1 항체의 생산
이미 설명한 바와 같이, 8개의 순수(naive) 인간 합성 효모 라이브러리 각 ~109 다양성이 기획되고, 생성되고, 그리고 증식되었다 (가령, WO2009036379; WO2010105256; WO2012009568; Xu 외, Protein Eng Des Sel. 2013 Oct;26(10):663-70 참고). 처음 2 라운드 동안 Miltenyi MACs 시스템을 활용한 자기 비드 분류 기법이 본질적으로 기술된 바와 같이 수행되었다 (Siegel 외, J Immunol Methods. 2004 Mar;286(1-2):141-53). 간략하게, 효모 세포 (~1010 세포/라이브러리)를 10 nM 바이오틴화된 인간 PD-1-Fc 융합 항원 3 ml와 함께 실온에서 15 분 동안 FACS 세척 완충액 PBS (0.1% BSA 함유)로 항온처리되었다(바이오틴화는 EZ-Link Sulfo-NHS-Biotinylation Kit, Thermo Scientific, Cat. #21425를 이용하여 실행되었다). 50 ml의 얼음-냉각된 세척 완충액으로 1 회 세척한 후, 세포 펠렛을 40 mL 세척 완충액에 재현탁시키고, 그리고 500 μl Streptavidin MicroBeads (Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Germany, Cat. # 130-048-101)를 이스트에 추가하고, 4℃에서 15분간 항온처리하였다. 다음, 효모를 펠렛화하고, 5 mL 세척완충액에 재현탁시키고, 그리고 MACS LS 컬럼 (Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Germany, Cat. # 130-042-401)에 로딩하였다. 5 mL을 로딩한 후, 칼럼을 3 ml FACS 세척 완충액으로 3 회 세척 하였다. 그 다음 칼럼을 자기장으로부터 제거하고, 효모를 5 mL의 성장 배지로 용리하고 밤새 성장시켰다. 유세포 분석을 이용하여 다음의 3 회 분류를 수행하였다. 대략적으로 1×108 효모를 펠렛화하고, 세척 완충액으로 3 회 세척하였고, 그리고 200, 100 또는 10 nM 바이오티닐화된 인간 PD-1 또는 10 nM 또는 1 nM 바이오티닐화된 인간 PD-1-Fc 융합 항원과 함께 실온에서 10 분 내지 최대 2 시간 동안 항온처리하였다. 배양 시간은 항원 농도에 따라 다르다. 효모는 그 다음 2회 세척하였고, 염소 항-인간 F(ab')2 카파-FITC 희석된 1:100 (Southern Biotech, Birmingham, Alabama, Cat. # 2062-02) 및 스트렙타아비딘-Alexa Fluor 633 (Life Technologies, Grand Island, NY, Cat. # S21375) 희석된 1:500, 또는 Extravidin-피코에티린 (Sigma-Aldrich, St Louis, Cat. # E4011) 희석된 1:50, 제 2 시약과 함께 4℃에서 15분간 착색되었다. 얼음-냉각된 세척 완충액으로 2회 세척한 후, 세포 펠렛은 0.4 mL 세척 완충액에 재현탁시키고, 체(strainer)-마개가 있는 분류 튜브로 이동시켰다. 분류는 FACS ARIA 분류기 (BD Biosciences)를 사용하여 수행하였고, 분류 게이트는 2 회 동안 PD-1 결합 클론만을 선택하도록 결정되었다. 집단에 따라, 세 번째 라운드는 시약 결합제를 줄이거나 더 많은 양성 농축을 하는 음성 분류였다. 분류의 최종 라운드 후, 효모를 도말하고 개별 콜로니를 특성화하기 위해 골랐다.
라운드 5 또는 라운드 6 결합 모집단은 경쇄 다양화를 위해 사용되었다. 중쇄 플라스미드를 추출하고, 1 x 106의 다양성으로 경쇄 라이브러리로 형질전환되었다. 상기 기술한 바와 같이, MACS 분류 1 회 및 다양한 농도의 바이오티닐화된 항원을 이용한 3 회 FACS 선별을 이용하여 선택을 수행하였다.
친화력 성숙(Maturation)
순수(
Figure pct00002
) 및 경쇄 배치(batch) 셔플 클론의 결합 최적화는 CDRH1 및 CDRH2의 다양화를 이용하여 수행되었다.
CDRH1 및 CDRH2 선택: 경쇄 다양화 절차 (경쇄 배치 셔플 클론)로부터 선택된 클론으로부터의 CDRH3s을 1 x 108의 다양성을 갖는 CDRH1 및 CDRH2 변이체를 갖는 미리 만든 라이브러리로 재조합시켰고, 선택은 상기에서 기술된 바와 같이 PD-1 항원을 이용하여 수행되었다. 바이오티닐화된 항원을 준-나노몰(sub-nanomolar) 농도로 적정하고, 항체-제시 효모로 항온처리함으로써, 친화도 압력을 적용하였다.
항체 생산 및 정제
효모 클론을 포화 상태로 성장시킨 다음, 30 ℃에서 48 시간 동안 흔들어서 유도하였다. 유도 후, 효모 세포를 펠렛화하고 상층액을 수거하여 정제하였다. IgGs는 단백질 A 컬럼을 사용하여 정제하고, 아세트산, pH 2.0으로 용출시켰다. Fab 단편들은 파파인 절단에 의해 생성되었고, KappaSelect (GE Healthcare LifeSciences, Cat. # 17-5458-01)에 걸쳐 정제되었다.
PD-1 항체의 친화력 측정
PD-1 항체의 친화력은 ForteBio 또는 MSD-SET를 이용하여 이들의 KD를 측정함으로써 결정되었다. ForteBio 친화력 측정은 이미 언급된 바와 같이, 일반적으로 실행되었다(Estep　외, MAbs. 2013 Mar-Apr;5(2):270-8). 간략하게 설명하자면,　ForteBio 친화력 측정은 AHQ 센서상에 IgGs를 온라인으로 로딩함으로써 실행되었다. 센서를 분석 완충액에서 30 분 동안 평형상태로 평형시킨 다음, 기준선 형성을 위해 60 초 동안 온라인으로 모니터링하였다. 로딩된 IgGs가 있는 센서를 100 nM 항원에 5 분 동안 노출시킨 후, 해리속도(off-rate) 측정을 위해 5 분 동안 분석 완충액으로 옮겼다. 동역학은 1:1 결합 모델을 사용하여 분석되었다.　
전술 한 바와 같이 평형 친화도 측정이 수행되었다 (Estep　외, 2013). 용액 평형 적정 (SET)은 항원이 50 pM로 일정하게 유지된 PBS+ 0.1% IgG-없는 BSA (PBSF)에서 수행되었고, 10 nM에서 시작하여 항체를 3- 내지 5-배 연속 희석하면서 항온처리하였다. 항체 (PBS 중 20 nM)를 4 ℃에서 밤새 또는 실온에서 30 분 동안 표준 결합 MSD-ECL 플레이트 상에 코팅하였다. 이어서, 플레이트를 700 rpm으로 진탕하면서 30 분 동안 차단한 다음, 세척 완충액(PBSF + 0.05% Tween 20)으로 3 회 세척하였다. SET 샘플을 도포하고, 700 rpm으로 진탕하면서 150 초 동안 플레이트상에서 배양한 후 1 회 세척하였다. 플레이트 상에 포획된 항원은 플레이트상에서 3 분 동안 항온처리함으로써 PBSF 중의 250ng/mL 설포태그-라벨된 스트렙 타비딘으로 검출되었다. 플레이트를 세척 완충액으로 3 회 세척 한 후, 계면 활성제가 함유된 1x Read Buffer T를 사용하여 MSD Sector Imager 2400 기기에서 판독한다. 백분율 유리(free) 항원을 Prism에서 적정된 항체의 함수로 플롯하고, 2 차 방정식에 맞추어 KD를 추출하였다. 처리량을 향상시키기 위해, SET 시료 준비를 포함하여 MSD-SET 실험 전반에 액체 취급 로봇을 사용했다. 표 1은 ForteBio 친화력 측정 결과를 나타낸다.
항체 인간 PD-1 단가(Monovalent) 친화력 (K D ) 마우스 PD-1 단가 친화력 (K D )
mAb 1 (12228) 49 nM 6.3 nM
mAb 2 (13405) 73 nM 7.2 nM
mAb 3 (13406) 3.2 nM 3.5 nM
mAb 4 (13407) 3.9 nM 3.2 nM
mAb 5 (13408) 1.2 nM 5.3 nM
실시예 2: 항-PD-1 항체에 대한 마우스 활성화된 비장세포 반응
비장 세포로부터 유래된 마우스 T 세포가 항-CD3 및 항-CD28 항체로 활성화될 때, 그들은 세포 표면 분자를 발현하고 가용성 분자 인터페론-감마 (IFNγ를 분비한다. PD-1에 대한 항체를 차단하면 IFNγ의 생성이 증가한다. 마우스 비장 세포를 채취하여 가용성 항-CD3 및 항-CD28 항체로 배양하였다. 5 일 후, 이들은 새로 준비된 비장 세포 및 항-PD-1 항체로부터 상이한 농도로 정제된 동등한 수의 T 세포와 혼합하였다. 양성 및 음성 대조군 항체 RMP1-14, 2A3 및 C1.18.4는 BioXCell로부터 구입하였다. 24 시간 후, 상등액을 수집하고 IFNγ농도를 사이토킨 비드 어레이로 측정하였다. 본원에 개시된 항-PD-1 항체는 대조 항체와 유사한 방식으로 IFNγ의 생산을 증가시킬 수 있었다. 도 1 참고. 최소한 항체 12191, 13396, 13398, 13399, 12195, 13406, 13407, 13408, 및 13409는 IFNγ발현을 상당히 증가시켰다. 항체 13396, 13399, 12195, 13406, 13407, 및 13408은 IFNγ발현을 최대 증가시켰다.
실시예 3: 항-PD-1 항체에 대한 인간 활성화된 말초 단핵 혈액 세포의 반응
스타필로코커스 장독소 B (SEB)로 활성화된 전혈 샘플은 IL-2 분비 증가에 의해 측정된 항-PD-1 항체를 이용한 면역 검사 점 차단에 반응하는 것으로 나타났다(가령, EP2170959B1 참고). 항-PD-1 항체를 일정 농도 범위로 준비하고, 96-웰 플레이트의 웰에 첨가하였다. 4 명의 기증자의 전혈을 완전한 RPMI에서 1:10으로 희석하고, 동일한 웰에 첨가하였다. 플레이트를 실온에서 30 분 동안 항온처리한 후, 10 μg/ml의 최종 농도를 위하여 40 μg/ml의 농도로 웰당 50 μl의 SEB를 첨가 하였다. 플레이트를 37℃에서 4 일 동안 배양하고, 상청액을 수집하여, 사이토킨 비드 어레이 (CBA) 분석에 의해 분비된 IL-2의 측정하였다. 본원에 기재된 항-PD-1 항체는 이들 항체로부터 기준 항-PD-1 항체와 동일한 수준으로 IL-2의 생산을 증가시킬 수 있었다. 도 2는 4 개의 건강한 사람 기증자 샘플에서 테스트한 각 항체에 대한 이러한 증가의 EC50을 보여준다.
실시예 4: 마우스 PD-L1 및 마우스 PD-L2가 마우스 PD-1에 결합을 항체 차단
PD-L1 및 PD-L2는 PD-1에 대한 2 개의 천연 리간드이고, PD-1과 어느 하나의 리간드의 상호 작용은 T 세포에서 활성화 반응을 하향 조절할 수 있다. 승인된 치료제 항체, 이를 테면 니볼루마브 및 펨브롤리주마브는 이 상호 작용을 차단하고, 인간 T 세포 반응을 하향 조절하는 것으로 나타났지만, 어느 항체도 마우스 PD-1에 결합하지 않고, 마우스 PD-L1 또는 마우스 PD-L2와 마우스 PD-1의 상호 작용을 차단하지도 않는다. 마우스 PD-L1과 마우스 PD-1 및 마우스 PD-L2와 마우스 PD-1 사이의 상호 작용에 대하여 본원에서 기술한 항-PD-1 항체의 영향을 평가하기 위해 Forte-Bio 기기에서 Octet 분석을 사용했다. 배경 차감에 사용하기 위하여 이소타입 대조군 항체를 포함한 항체를 10μg/mL로 희석하였다. 마우스 PD-1-Fc 융합은 원하는 농도 (가령, 100 nM)로 희석되었다. 블로킹 시약으로 사용할 수용성 마우스 이소타입 항체를 250 μg/mL로 희석하였다. 마우스-PD-1을 센서에 코팅한 다음, 사람 Fc를 코팅했다. 항-PD-1 항체를 첨가하였고, 최종적으로 마우스 PD-L1 또는 마우스 PD-L2의 결합을 측정하였다. 도 3은 시험된 항-PD-1 항체는 마우스 PD-1의 양쪽 마우스 리간드 모두의 결합을 차단할 수 있음을 보여준다. 대조적으로, 펨브롤리주마브 또는 니볼루마브는 마우스 PD-1에 결합하거나, 또는 마우스 PD-1에 마우스 리간드의 결합을 차단하였다.
실시예 5: 인간 PD-1에 대한 인간 PD-L1 및 인간 PD-L2의 결합을 항체 차단
PD-L1 및 PD-L2는 PD-1에 대한 2 개의 천연 리간드이고, PD-1과 어느 하나의 리간드의 상호 작용은 T 세포에서 활성화 반응을 하향 조절할 수 있다. 승인된 치료제 항체, 이를 테면 니볼루마브 및 펨브롤리주마브는 이 상호 작용을 차단하고, 인간 T 세포 반응을 하향 조절하는 것으로 나타났다. 인간 PD-L1과 인간 PD-1 사이, 그리고 인간 PD-L2와 인간 PD-1 사이의 상호 작용에 대하여 본원에서 기술하는 항-PD-1 항체의 영향을 평가하기 위해 Forte-Bio 기기에서 Octet 분석을 사용했다. 배경 차감에 사용하기 위하여 이소타입 대조군 항체를 포함한 항체를 10μg/mL로 희석하였다. 인간 PD-1-Fc 융합은 원하는 농도 (가령, 100 nM)로 희석되었다. 블로킹 시약으로 사용할 가용성 인간 Fc는 250 μg/mL로 희석하였다. 인간-PD-1을 센서에 코팅한 다음, 사람 Fc를 코팅했다. 항-PD-1 항체를 첨가하였고, 최종적으로 인간 PD-L1 또는 인간 PD-L2의 결합을 측정하였다. 도 4는 펨브롤리주마브 및 니볼루마브와 유사하게, 시험된 항-PD-1 항체는 인간 PD-1의 양쪽 인간 리간드 모두의 결합을 차단할 수 있음을 보여준다.
실시예 6: 생체내 종양 공격
마우스 모델에서 종양 성장을 감소시키는 항-PD-1 항체의 능력을 MC38 세포를 C57BL6/J 마우스의 옆구리에 피하 주사하여 검사하였다. 마우스를 11 일째에 약 100 mm3의 평균 종양 크기를 갖는 군으로 무작위화시키고, 200 μg의 항-PD-1 항체 13407을 복강 내 주사하였다. 반복 투여분량(doses)은 14, 18 및 21 일차에 투여되었다. 대조군 항체, 마우스 IgG1 (MOPC-21), 렛 IgG2a (2A3), 그리고 양성 대조군 렛 항-마우스 PD-1 (RMP1-14)은 BioXcell로부터 구입하였다. 종양 크기는 매주 2 회 측정하였고, 실험은 24 일 후에 종료되었다. 실험의 종결시 종양 중량을 도 5에 나타내었고, 항-PD-1 항체 13407이 대조군 항-PD-1 항체와 유사한 정도로 마우스에서 종양 성장을 감소시키는 것을 나타낸다.
실시예 7: 항체 에피토프 멥핑
다양한 PD-1 변이체, PD-L1, PD-L2 및 항체 Fab 단편을 인코드하는 유전자를 합성하고, Atum inc에 의해 코돈 최적화되었다. 상기 인간 카파 경쇄 시그날 서열 (MGTPAQLLFLLLLWLPDTTG; 서열 번호: 400)은 모든 유전자의 5' 말단에 포함되어 있다. 유전자를 포유류 발현 벡터에 클로닝하고, 단백질 발현 전에 서열을 확인하였다.
재조합 단백질은 매체, 형질 전환 시약, 사료(feeds) 및 세포에 대한 제조업체 키트를 사용하여 Expi293 ™Expresion System (Thermo Fisher Scientific)에서 발현되었다. 세포를 제조자의 프로토콜에 따라 Expifectamine ™을 사용하여 배지에 플라스미드 DNA 1 μg/mL로 형질감염시켰다. 세포를 37℃ 및 5% CO2로 유지되는 배양기에서 진탕 플라스크로 배양하였다. 5 일 후, 배양액을 3000 rcf에서 15 분간 원심분리한 후, 0.2 μm 필터를 사용하여 여과하여 수확하였다.
수확한 상청액을 친화력 정제하였다. 단백질에는 헥사-히스티딘 태그 또는 Fc 태그가 포함되어 있어, Ni-친화도 정제 또는 단백질 A 친화도 정제가 가능하다.
Ni-친화력 정제는 HisTrap™Excel IMAC 컬럼 (GE Healthcare Life Sciences) 상에서 결합 완충액으로써 43 mM 인산 나트륨, 0.5 M 염화나트륨, pH 7.4을 이용하여 실시되었다. 결합된 단백질을 결합 완충액으로 세척한 다음, 20 mM 이미다졸을 함유하는 결합 완충액으로 세척하였다. 용출 단계는 90 mM, 150 mM 및 250 mM 이미다졸을 함유하는 결합 완충액으로 수행하였다. 단백질 A 친화력 정제는 HiTrap MabSelect Sure 컬럼(GE Healthcare Life Sciences) 상에서 결합 완충액으로 PBS, pH 7.4를 이용하여 실시되었다. pH 4.0, pH 3.5 및 pH 2.0에서 0.1 M 구연산 완충액을 이용하여 결합된 단백질을 용리하기 위하여 용출 단계가 실행되었다. 20% v/v 비율을 이용하여 1M Tris, pH 9.0로 모든 산성 용출 분획이 중화되었다. 모든 용출 분획을 SEC-HPLC로 분석하여 표적 순도 (> 90% 단량체) 이상의 분획을 분석하였다. 표적 순도 이상의 분획물을 생성하지 않는 정제를 위해, 표적 순도를 달성하기 위해 Superdex 200 크로마토그래피 칼럼을 사용하여 예지 크기 배제 크로마토그래피를 수행하였다. 동결전, 정제된 단백질은 최종 완충액 (20mM 히스티딘, 150mM NaCl, pH6.0, 또는 20mM HEPES, 150mM NaCl, pH7.5)으로 완충액 교환되었고, 이들은 표적 단백질의 예상 pI로부터 최소한 pH 1 단위 떨어진 상태로 유지되었다.
모든 단백질 상호작용은 ForteBio OctetRED96 기구 상에서 측정되었다. 단백질은 역동학 완충액 제제 (PBS + 0.1% BSA, 0.02% Tween20, 0.05% 아지드 나트륨)에서 희석시키고, 샘플 체적은 220 μl/웰이었다. 리간드 농도를 10 μg/ml로 표준화하고, 분석물 농도를 100 nM으로 표준화했다. 차단 시약은 250 μg/ml의 농도로 사용하였다. 센서 평형 시간은 60 초, 그리고 샘플 로딩 시간은 300 초로 설정되었다. 인간 Fc 차단 시간을 300 초로 설정하였다. 결합 시간의 분석은 300 초, 그리고 해리 시간은 600 초로 설정하였다.
이 방법에 대해, 관심있는 항체는 항-인간 (또는 항-마우스) Fc 항체로 유도체화된 바이오센서 상에 배향되고 포획된다. 항체-로딩된 센서에 대해, 목적 단백질의 용액 내에서의 결합을 분석한다.
단백질이 유사한 종 Fc 도메인을 함유하는 경우 상호 작용을 위하여, 포획된 항체와 무관하게 바이오센서에 대한 표적 단백질의 직접 결합을 최소화하기 위한 추가적인 차단 단계가 포함된다.
PD-1 변이체 또는 다른 종의 PD-1에 대한 친화력은 야생형 인간 PD-1에 대한 친화력에 비해 약 5 배 이내이면, Y (예)로 결합 이벤트가 확인되었다. > 10-배 및 <100-배 감소된 친화력은 감소로 표시된다. > 100-배 감소한 친화력은 N (아니오)로 표시된다. 평가되지 않은 상호 작용은 ND (결정되지 않음)로 표시된다.
인간 PD-1의 변이체는 C-말단 His6 테그를 갖는 세포외 도메인 (ECD)-Fc 융합체로 생성되었고, PD-1 리간드 뿐만 아니라 니볼루마브, 펨브롤리주마브, 및 13407의 Fab 단편의 결합 분석에 이용되었다. 결과는 표 2에 제공된다.
표 2: PD-1 결합 데이터 요약
PD-1 종 PD-1 변이체 (ECD-Fc 융합) PD-L1 Fc
융합 		PD-L2 Fc 융합 Nivo Fab Pembro Fab 13407 Fab
인간 WT Y Y Y Y Y
D85G ND ND Y N Y
R86L ND ND Y Y Y
D85G/R86L ND ND Y N Y
N33-Q167 Y Y N Y Y
K78A N N Y Y Y
I126A N Y Y Y 감소됨
L128A 감소됨 Y Y Y 감소됨
A132L Y Y Y Y N
I134A N Y Y Y N
E136A N Y Y Y 감소됨
마우스 WT Y Y N N Y
H129P ND ND N N N
렛 WT ND ND N N N
P129H ND ND N N Y
개 WT ND ND N N N
시아노 WT Y Y Y Y Y
펨브롤리주마브의 결합에 영향을 주는 것으로 보고된 아미노산 치환은 분자들의 패널에 대한 결합으로 평가되었다 (Na 외, 2017, Cell Res., 27: 147-150). PD-1에 펨브롤리주마브 결합은 D85G 치환으로 제거되었고, 한편 니볼루마브 및 13407의 결합은 영향을 받지 않았다. 니볼루마브의 PD-1에 결합은 N-말단 절두된 변이체 N33-Q167에 대하여 평가되었을 때 또한 감소된다. 이들 결과에서 13407은 펨브롤리주마브 및 니볼루마브와 접촉한 아미노산과 유의적으로 상이하게 다른 아미노산과 접촉함을 나타낸다.
추가 변이체가 생성되었고, PD-L1 및 PD-L2 리간드에 대하여 이미 평가되었다 (
Figure pct00003
외, 2008, PNAS, 105: 10483-10488). 니볼루마브 및 펨브롤리주마브의 결합은 대개 이들 아미노산 치환에 영향을 받지 않았고, 반면 13407의 결합 친화력은 I126A, L128A, 그리고 E136A 치환에 의해 유의적으로 감소되었고, 그리고 A132L 및 I134A 치환으로 제거되었다. 이 데이터는 PD-L1에 13407의 유사한 결합 프로파일을 나타낸다.
Fab 단편의 패널은 PD-1의 추가 종에 대한 결합에 대해서도 또한 평가되었다. 펨브롤리주마브 및 니볼루마브는 마우스, 렛, 또는 개의 PD-1에는 결합되지 않는다. 대조적으로, 13407은 마우스 PD-1에 결합한다. 놀라운 것은, 13407은 렛과 마우스 PD-1 간의 높은 상동성에도 불구하고, 렛 PD-1에 결합하지 못한다. 잔기 129가 랫트 서열 (H129P)의 상응하는 잔기로 대체된 마우스 PD-1 변이체가 생성되어, 13407의 결합을 제거하는 것으로 밝혀졌다. 상호적인 돌연변이 P129H가 렛 서열에 도입되었을 때, 13407은 변이체에 결합하였다. 주목할 것은, 13407이 결합하지 않는 개 PD-1 서열은 이 위치에서 프롤린이 결여되어 있다.
요약하면, 13407은 니볼루마브 및 펨브롤리주마브에 의해 결합된 에피토프와는 별개의 PD-1 에피토프에 결합한다.
개시 내용은 그 정신 또는 본질적인 특성을 벗어나지 않고, 다른 특정 형태로 구체화될 수 있다. 따라서, 전술한 실시예들은 본 발명을 제한하는 것이 아니라 모든 면에서 고려되어야 한다. 따라서, 개시의 범위는 전술 한 설명보다는 첨부된 청구 범위에 의해 나타나지만, 청구항의 등가물의 의미 및 범위 내에 있는 모든 변경이 본 명세서에 포함되도록 의도된다.
서열 표
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SEQUENCE LISTING <110> JOUNCE THERAPEUTICS, INC. <120> ANTIBODIES TO PD-1 AND USES THEREOF <130> 01140-0006-00PCT <150> US 62/416,602 <151> 2016-11-02 <160> 406 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 288 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Gln Ile Pro Gln Ala Pro Trp Pro Val Val Trp Ala Val Leu Gln 1 5 10 15 Leu Gly Trp Arg Pro Gly Trp Phe Leu Asp Ser Pro Asp Arg Pro Trp 20 25 30 Asn Pro Pro Thr Phe Ser Pro Ala Leu Leu Val Val Thr Glu Gly Asp 35 40 45 Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe Ser Asn Thr Ser Glu Ser Phe Val 50 55 60 Leu Asn Trp Tyr Arg Met Ser Pro Ser Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala 65 70 75 80 Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Gln Pro Gly Gln Asp Cys Arg Phe Arg 85 90 95 Val Thr Gln Leu Pro Asn Gly Arg Asp Phe His Met Ser Val Val Arg 100 105 110 Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Thr Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu 115 120 125 Ala Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu Ser Leu Arg Ala Glu Leu Arg Val 130 135 140 Thr Glu Arg Arg Ala Glu Val Pro Thr Ala His Pro Ser Pro Ser Pro 145 150 155 160 Arg Pro Ala Gly Gln Phe Gln Thr Leu Val Val Gly Val Val Gly Gly 165 170 175 Leu Leu Gly Ser Leu Val Leu Leu Val Trp Val Leu Ala Val Ile Cys 180 185 190 Ser Arg Ala Ala Arg Gly Thr Ile Gly Ala Arg Arg Thr Gly Gln Pro 195 200 205 Leu Lys Glu Asp Pro Ser Ala Val Pro Val Phe Ser Val Asp Tyr Gly 210 215 220 Glu Leu Asp Phe Gln Trp Arg Glu Lys Thr Pro Glu Pro Pro Val Pro 225 230 235 240 Cys Val Pro Glu Gln Thr Glu Tyr Ala Thr Ile Val Phe Pro Ser Gly 245 250 255 Met Gly Thr Ser Ser Pro Ala Arg Arg Gly Ser Ala Asp Gly Pro Arg 260 265 270 Ser Ala Gln Pro Leu Arg Pro Glu Asp Gly His Cys Ser Trp Pro Leu 275 280 285 <210> 2 <211> 288 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 2 Met Trp Val Arg Gln Val Pro Trp Ser Phe Thr Trp Ala Val Leu Gln 1 5 10 15 Leu Ser Trp Gln Ser Gly Trp Leu Leu Glu Val Pro Asn Gly Pro Trp 20 25 30 Arg Ser Leu Thr Phe Tyr Pro Ala Trp Leu Thr Val Ser Glu Gly Ala 35 40 45 Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Leu Ser Asn Trp Ser Glu Asp Leu Met 50 55 60 Leu Asn Trp Asn Arg Leu Ser Pro Ser Asn Gln Thr 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Val Ser Glu Gly Ala Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe 20 25 30 Ser Asn Trp Ser Glu Asp Leu Lys Leu Asn Trp Tyr Arg Leu Ser Pro 35 40 45 Ser Asn Gln Thr Glu Lys Gln Ala Ala Phe Cys Asn Gly Tyr Ser Gln 50 55 60 Pro Val Arg Asp Ala Arg Phe Gln Ile Val Gln Leu Pro Asn Gly His 65 70 75 80 Asp Phe His Met Asn Ile Leu Asp Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Ile 85 90 95 Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu Pro Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu 100 105 110 Ser Pro Gly Ala Glu Leu Val Val Thr Glu Arg Ile Leu Glu Thr Pro 115 120 125 Thr Arg Tyr Pro Arg Pro Ser Pro Lys Pro Glu Gly Gln Phe Gln Gly 130 135 140 Leu Val Ile Val Ile Met Ser Val Leu Val Gly Ile Pro Val Leu Leu 145 150 155 160 Leu Leu Ala Trp Ala Leu Ala Ala Phe Cys Ser Thr Gly Met Ser Glu 165 170 175 Ala Arg Glu Ala Gly Arg Lys Glu Asp Pro Pro Lys Glu Ala His Ala 180 185 190 Ala Ala Pro Val Pro Ser Val Ala Tyr Glu Glu Leu Asp Phe Gln Gly 195 200 205 Arg Glu Lys Thr Pro Glu Pro Ala Pro Cys Val His Thr Glu Tyr Ala 210 215 220 Thr Ile Val Phe Thr Glu Gly Leu 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Leu Leu Leu Leu Leu Thr Trp Val Leu Ala Ala 180 185 190 Val Phe Pro Arg Ala Thr Arg Gly Ala Cys Val Cys Gly Ser Glu Asp 195 200 205 Glu Pro Leu Lys Glu Gly Pro Asp Ala Ala Pro Val Phe Thr Leu Asp 210 215 220 Tyr Gly Glu Leu Asp Phe Gln Trp Arg Glu Lys Thr Pro Glu Pro Pro 225 230 235 240 Ala Pro Cys Ala Pro Glu Gln Thr Glu Tyr Ala Thr Ile Val Phe Pro 245 250 255 Gly Arg Pro Ala Ser Pro Gly Arg Arg Ala Ser Ala Ser Ser Leu Gln 260 265 270 Gly Ala Gln Pro Pro Ser Pro Glu Asp Gly Pro Gly Leu Trp Pro Pro 275 280 285 <210> 399 <211> 264 <212> PRT <213> Canis lupus familiaris <400> 399 Leu Asp Ser Pro Asp Arg Pro Trp Ser Pro Leu Thr Phe Ser Pro Ala 1 5 10 15 Gln Leu Thr Val Gln Glu Gly Glu Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Leu 20 25 30 Ala Asp Ile Pro Asp Ser Phe Val Leu Asn Trp Tyr Arg Leu Ser Pro 35 40 45 Arg Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala Ala Phe Gln Glu Asp Arg Ile Glu 50 55 60 Pro Gly Arg Asp Arg Arg Phe Arg Val Thr Arg Leu Pro Asn Gly Arg 65 70 75 80 Asp Phe His Met Ser Ile Val Ala Ala Arg Leu 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384 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Human PD-1 extracellular domain (ECD)-Fc-His6 <400> 401 Leu Asp Ser Pro Asp Arg Pro Trp Asn Pro Pro Thr Phe Ser Pro Ala 1 5 10 15 Leu Leu Val Val Thr Glu Gly Asp Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe 20 25 30 Ser Asn Thr Ser Glu Ser Phe Val Leu Asn Trp Tyr Arg Met Ser Pro 35 40 45 Ser Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Gln 50 55 60 Pro Gly Gln Asp Cys Arg Phe Arg Val Thr Gln Leu Pro Asn Gly Arg 65 70 75 80 Asp Phe His Met Ser Val Val Arg Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Thr 85 90 95 Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu Ala Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu 100 105 110 Ser Leu Arg Ala Glu Leu Arg Val Thr Glu Arg Arg Ala Glu Val Pro 115 120 125 Thr Ala His Pro Ser Pro Ser Pro Arg Pro Ala Gly Gln Phe Gln Gly 130 135 140 Gly Ser Gly Gly Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro 145 150 155 160 Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys 165 170 175 Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val 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Human PD-1 D85G/R86L ECD-Fc-His6 <400> 402 Asp Ser Pro Asp Arg Pro Trp Asn Pro Pro Thr Phe Ser Pro Ala Leu 1 5 10 15 Leu Val Val Thr Glu Gly Asp Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe Ser 20 25 30 Asn Thr Ser Glu Ser Phe Val Leu Asn Trp Tyr Arg Met Ser Pro Ser 35 40 45 Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala Ala Phe Pro Glu Gly Leu Ser Gln Pro 50 55 60 Gly Gln Asp Cys Arg Phe Arg Val Thr Gln Leu Pro Asn Gly Arg Asp 65 70 75 80 Phe His Met Ser Val Val Arg Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Thr Tyr 85 90 95 Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu Ala Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu Ser 100 105 110 Leu Arg Ala Glu Leu Arg Val Thr Glu Arg Arg Ala Glu Val Pro Thr 115 120 125 Ala His Pro Ser Pro Ser Pro Arg Pro Ala Gly Gln Phe Gln Thr Leu 130 135 140 Val Gly Gly Ser Gly Gly Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro 145 150 155 160 Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys 165 170 175 Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val 180 185 190 Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn 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Pro Trp Arg Ser Leu Thr Phe Tyr Pro Ala 1 5 10 15 Trp Leu Thr Val Ser Glu Gly Ala Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Leu 20 25 30 Ser Asn Trp Ser Glu Asp Leu Met Leu Asn Trp Asn Arg Leu Ser Pro 35 40 45 Ser Asn Gln Thr Glu Lys Gln Ala Ala Phe Cys Asn Gly Leu Ser Gln 50 55 60 Pro Val Gln Asp Ala Arg Phe Gln Ile Ile Gln Leu Pro Asn Arg His 65 70 75 80 Asp Phe His Met Asn Ile Leu Asp Thr Arg Arg Asn Asp Ser Gly Ile 85 90 95 Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu His Pro Lys Ala Lys Ile Glu Glu 100 105 110 Ser Pro Gly Ala Glu Leu Val Val Thr Glu Arg Ile Leu Glu Thr Ser 115 120 125 Thr Arg Tyr Pro Ser Pro Ser Pro Lys Pro Glu Gly Arg Phe Gln Gly 130 135 140 Gly Ser Gly Gly Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro 145 150 155 160 Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys 165 170 175 Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val 180 185 190 Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp 195 200 205 Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro 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Val Thr Glu Gly Asp Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe 20 25 30 Ser Asn Ala Ser Glu Ser Phe Val Leu Asn Trp Tyr Arg Met Ser Pro 35 40 45 Ser Asn Gln Thr Asp Lys Leu Ala Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Gln 50 55 60 Pro Gly Gln Asp Cys Arg Phe Arg Val Thr Arg Leu Pro Asn Gly Arg 65 70 75 80 Asp Phe His Met Ser Val Val Arg Ala Arg Arg Asn Asp Ser Gly Thr 85 90 95 Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Ser Leu Ala Pro Lys Ala Gln Ile Lys Glu 100 105 110 Ser Leu Arg Ala Glu Leu Arg Val Thr Glu Arg Arg Ala Glu Val Pro 115 120 125 Thr Ala His Pro Ser Pro Ser Pro Arg Pro Ala Gly Gln Phe Gln Gly 130 135 140 Gly Ser Gly Gly Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro 145 150 155 160 Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys 165 170 175 Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val 180 185 190 Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp 195 200 205 Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr 210 215 220 Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp 225 230 235 240 Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu 245 250 255 Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg 260 265 270 Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys 275 280 285 Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp 290 295 300 Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys 305 310 315 320 Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser 325 330 335 Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser 340 345 350 Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser 355 360 365 Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys Gly Ser Gly His His His His His His 370 375 380 <210> 405 <211> 384 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Rat PD-1 ECD-Fc-His6 <400> 405 Leu Glu Val Leu Asn Lys Pro Trp Arg Pro Leu Thr Phe Ser Pro Thr 1 5 10 15 Trp Leu Thr Val Ser Glu Gly Ala Asn Ala Thr Phe Thr Cys Ser Phe 20 25 30 Ser Asn Trp Ser 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Lys Leu Ala Ala Phe Gln Glu Asp Arg Ile Glu 50 55 60 Pro Gly Arg Asp Arg Arg Phe Arg Val Thr Arg Leu Pro Asn Gly Arg 65 70 75 80 Asp Phe His Met Ser Ile Val Ala Ala Arg Leu Asn Asp Ser Gly Ile 85 90 95 Tyr Leu Cys Gly Ala Ile Tyr Leu Pro Pro Asn Thr Gln Ile Asn Glu 100 105 110 Ser Pro Arg Ala Glu Leu Ser Val Thr Glu Arg Thr Leu Glu Pro Pro 115 120 125 Thr Gln Ser Pro Ser Pro Pro Pro Arg Leu Ser Gly Gln Leu Gln Gly 130 135 140 Gly Ser Gly Gly Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro 145 150 155 160 Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys 165 170 175 Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val 180 185 190 Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp 195 200 205 Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr 210 215 220 Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp 225 230 235 240 Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu 245 250 255 Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg 260 265 270 Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys 275 280 285 Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp 290 295 300 Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys 305 310 315 320 Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser 325 330 335 Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser 340 345 350 Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser 355 360 365 Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys Gly Ser Gly His His His His His His 370 375 380

Claims (106)

  1. 예정된 사멸 1 (PD-1)에 결합하는 단리된 항체, 이때 상기 항체는 인간 PD-1의 아미노산 126 내지 136을 포함하는 에피토프에 결합하고, 이때 아미노산 126 내지 136은 서열 번호: 1에 따라 번호매겨지는, 단리된 항체.
  2. 청구항 1에 있어서, 이때 상기 항체는 이 항체가 I126A, L128A, A132L, I134A, 그리고 E136A로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 PD-1 변이체에 결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 382의 인간 PD-1에 결하하는, 단리된 항체.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 이때
    a) 이 항체는 PD-1 변이체 I126A ECD-Fc (서열 번호: 389)에 결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하며; 및/또는
    b) 이 항체는 PD-1 변이체 L128A ECD-Fc (서열 번호: 390)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
    c) 이 항체는 PD-1 변이체 A132L ECD-Fc (서열 번호: 391)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
    d) 이 항체는 PD-1 변이체 I134A ECD-Fc (서열 번호: 392)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하고; 및/또는
    e) 이 항체는 PD-1 변이체 E136A ECD-Fc (서열 번호: 393)결합하는 것보다 최소한 10배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 401의 인간 PD-1 ECD-Fc에 결합하는, 항체.
  4. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 서열 번호: 403의 마우스 PD-1 ECD-Fc에 결합하는, 항체.
  5. 청구항 4에 있어서, 이때 상기 항체는 이 항체가 PD-1 변이체 H129P ECD-Fc (서열 번호: 394)결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 서열 번호: 403의 마우스 PD-1 ECD-Fc에 결합하는 항체.
  6. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 이 항체가 렛 PD-1 ECD-Fc (서열 번호: 405)에 결합하는 것보다 최소한 10-배 더 큰 친화력으로 렛 PD-1 변이체 P129H ECD-Fc (서열 번호: 397)에 결합하는, 항체.
  7. 청구항 2 내지 6중 임의의 한 항에 있어서, 이때 친화력은 바이오레이어 간섭측정에 의해 측정되는, 항체.
  8. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3을 포함하는, 항체.
  9. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 서열 번호: 20의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일한 중쇄 가변 영역 (VH) 그리고 서열 번호: 24의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일한 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하는, 항체.
  10. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하는 VH와 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는, 항체.
  11. 예정된 사멸 1 (PD-1)에 결합하는 단리된 항체; 이때 상기 항체는 다음을 포함한다:
    i) (a) 서열 번호: 5의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 6의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 9의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 18의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 19의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iv) (a) 서열 번호: 29의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    v) (a) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 38의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 39의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vi) (a) 서열 번호: 45, 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102, 110 및 118로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103, 111, 및 119로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105, 113, 및 121로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106, 114, 및 122부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107, 115 및 123부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vii) (a) 서열 번호: 125, 133, 141, 149, 157, 165, 173, 181, 189, 197, 205, 213, 221, 229, 237, 245, 253, 261, 269, 277 및 285로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 126, 134, 142, 150, 158, 166, 174, 182, 190, 198, 206, 214, 222, 230, 238, 246, 254, 262, 270, 278 및 286로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 127, 135, 143, 151, 159, 167, 175, 183, 191, 199, 207, 215, 223, 231, 239, 247, 255, 263, 271, 279 및 287로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 129, 137, 145, 153, 161, 169, 177, 185, 193, 201, 209, 217, 225, 233, 241, 249, 257, 265, 273, 281 및 289로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 130, 138, 146, 154, 162, 170, 178, 186, 194, 202, 210, 218, 226, 234, 242, 250, 258, 266, 274, 282, 및 290로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 131, 139, 147, 155, 163, 171, 179, 187, 195, 203, 211, 219, 227, 235, 243, 251, 259, 267, 275, 283 및 291로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    viii) (a) 서열 번호: 293, 301, 309 및 317로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 294, 302, 310 및 318로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 295, 303, 311 및 319로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 297, 305, 313, 및 321로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 298, 306, 314 및 322로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 그리고 (f) 서열 번호: 299, 307, 315, 및 323로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  12. 청구항 11에 있어서, 하기와 같이 중쇄 가변 영역 (VH)과 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하는 항체:
    i) VH는 서열 번호: 4의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 8의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    ii) VH는 서열 번호: 12의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 16의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iii) VH는 서열 번호: 20의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 24의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iv) VH는 서열 번호: 28의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 32의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    v) VH는 서열 번호: 36의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, VL은 서열 번호: 40의 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    vi) VH는 서열 번호: 44, 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108 및 116으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104, 112, 및 120으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 또는
    vii) VH는 서열 번호: 124, 132, 140, 148, 156, 164, 172, 180, 188, 196, 204, 212, 220, 228, 236, 244, 252, 260, 268, 276, 및 284으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 128, 136, 144, 152, 160, 168, 176, 184, 192, 200, 208, 216, 224, 232, 240, 248, 256, 264, 272, 280 및 288으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 또는
    viii) VH는 서열 번호: 292, 300, 308 및 316으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하고; 그리고 VL은 서열 번호: 296, 304, 312, 및 320으로부터 선택된 아미노산 서열에 대하여 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
  13. 청구항 11 또는 12에 있어서, 하기와 같이 중쇄 가변 영역 (VH)과 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하는 항체:
    i) VH는 서열 번호: 4의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 8의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    ii) VH는 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    iii) VH는 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    iv) VH는 서열 번호: 28의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    v) VH는 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 40의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    vi) VH는 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 48의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    vii) VH는 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    viii) VH는 서열 번호: 60의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    ix) VH는 서열 번호: 68의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    x) VH는 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 80의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xi) VH는 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 88의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xii) VH는 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xiii) VH는 서열 번호: 100의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xiv) VH는 서열 번호: 108의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xv) VH는 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 120의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xvi) VH는 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 128의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xvii) VH는 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xviii) VH는 서열 번호: 140의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xix) VH는 서열 번호: 148의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xx) VH는 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 160의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxi) VH는 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 168의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxii) VH는 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxiii) VH는 서열 번호: 180의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxiv) VH는 서열 번호: 188의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxv) VH는 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxvi) VH는 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxvii) VH는 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 216의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxviii) VH는 서열 번호: 220의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 224의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxix) VH는 서열 번호: 228의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 232의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxx) VH는 서열 번호: 236의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 240의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxi) VH는 서열 번호: 244의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 248의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxii) VH는 서열 번호: 252의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 256의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxiii) VH는 서열 번호: 260의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 264의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxiv) VH는 서열 번호: 268의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 272의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxv) VH는 서열 번호: 276의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 280의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxvi) VH는 서열 번호: 284의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 288의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxvii) VH는 서열 번호: 292의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 296의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxviii) VH는 서열 번호: 300의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 304의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xxxix) VH는 서열 번호: 308의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 312의 아미노산 서열을 포함하고; 또는
    xl) VH는 서열 번호: 316의 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열 번호: 320의 아미노산 서열을 포함한다.
  14. 인간 PD-1에 결합하기 위하여 전술한 청구항중 임의의 한 항에 따른 항체와 경쟁하는 항체에 있어서, 이때 상기 항체는 인간 PD-1 및 마우스 PD-1에 결합하고, 여기에서 상기 항체는 인간 PD-1이 인간 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, 인간 PD-1이 인간 PD-L2에 결합하는 것을 억제하고, 마우스 PD-1이 마우스 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, 그리고 마우스 PD-1이 마우스 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 항체.
  15. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 5 nM 미만의 친화력 (KD)으로 인간 PD-1에 결합하는 항체.
  16. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 10 nM 미만의 친화력 (KD)으로 인간 PD-1에 결합하는 항체.
  17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 이때 친화력은 바이오레이어 간섭측정에 의해 측정되는, 항체.
  18. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 단일클론 항체인, 항체.
  19. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 인간 항체, 키메라 항체, 또는 인간화된 항체인, 항체.
  20. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 Fab, Fab', Fv, scFv 또는 (Fab')2 단편으로부터 선택된 항체 단편인, 항체.
  21. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 전장 항체인, 항체.
  22. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 인간 PD-1에 결합하는, 항체.
  23. 청구항 22에 있어서, 이때 인간 PD-1은 서열 번호: 382의 아미노산을 포함하는, 항체.
  24. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 마우스 PD-1에 결합하는, 항체.
  25. 청구항 24에 있어서, 이때 마우스 PD-1은 서열 번호: 383의 아미노산 서열을 포함하는, 항체.
  26. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체는 시노몰구스 원숭이 PD-1에 결합하는, 항체.
  27. 청구항 26에 있어서, 이때 시노몰구스 원숭이 PD-1은 서열 번호: 384의 아미노산 서열을 포함하는, 항체.
  28. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체 PD-1은 PD-L1에 결합하는 것을 억제하는, 항체.
  29. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체 PD-1은 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 항체.
  30. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체 PD-1이 PD-L1에 결합하는 것을 억제하고, PD-1이 PD-L2에 결합하는 것을 억제하는, 항체.
  31. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체를 포유류에 투여하면 IFNγ및 IL-2로부터 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준을 증가시키는, 항체.
  32. 청구항 31에 있어서, 이때 상기 항체는 IFNγ및 IL-2에서 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준을 최소한 2-배 증가시키는, 항체.
  33. 청구항 32에 있어서, 이때 사이토킨의 수준은 상기 항체 투여 후, 1 시간, 2 시간, 3 시간, 4 시간, 5 시간, 6 시간, 8 시간, 10 시간, 12 시간, 14 시간, 16 시간, 18 시간, 20 시간, 22 시간, 24 시간, 36 시간, 또는 48 시간에 측정되는, 항체.
  34. 청구항 31 내지 33중 임의의 한 항에 있어서, 이때 최소한 하나의 사이토킨은 IFNγ인, 항체.
  35. 청구항 31 내지 34중 임의의 한 항에 있어서, 이때 최소한 하나의 사이토킨은 IL-2인, 항체.
  36. 청구항 31 내지 35중 임의의 한 항에 있어서, 이때 케모킨의 수준은 상기 항체 투여 후 24 시간에 측정되는, 항체.
  37. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체를 포유류에 투여하면 상기 포유류에서 면역 반응을 강화시키는, 항체.
  38. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체를 포유류에 투여하면 상기 포유류에서 T 세포가 활성화되는, 항체.
  39. 전술한 항중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항체를 포유류에 투여하면 암을 가진 포유류에서 종양 크기가 감소되는, 항체.
  40. 청구항 31 내지 39중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 포유류는 인간인, 항체.
  41. 청구항 40에 있어서, 이때 상기 인간은 암을 가지고 있는 항체.
  42. 청구항 41에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 항체.
  43. 청구항 42에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 항체.
  44. 전술한 항중 임의의 한 항에 따른 항체를 인코딩하는 단리된 핵산.
  45. 청구항 44의 핵산을 포함하는 벡터.
  46. 청구항 45의 벡터를 포함하는 숙주 세포.
  47. 청구항 1 내지 43항중 임의의 한 항에 따른 항체를 생산하는 숙주 세포.
  48. 항-PD-1 항체를 만드는 방법에 있어서, 이 방법은 상기 항체의 발현에 적합한 조건하에 청구항 47의 숙주 세포를 배양하는 것을 포함하는, 방법.
  49. 청구항 48에 있어서, 상기 숙주 세포에서 만들어진 항체를 회수하는 것을 더 포함하는, 방법.
  50. 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항-PD-1 항체와 약학적으로 수용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물.
  51. 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항-PD-1 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 효과량을 투여하는 것을 포함하는, 포유류에서 암을 치료하는 방법.
  52. 청구항 51에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 방법.
  53. 청구항 52에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 방법.
  54. 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항-PD-1 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 효과량을 투여하는 것을 포함하는, 포유류에서 면역 반응을 강화시키는 방법.
  55. 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항-PD-1 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 효과량을 투여하는 것을 포함하는, 포유류에서 T 세포의 활성화를 증가시키는 방법.
  56. 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항-PD-1 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 효과량을 투여하는 것을 포함하는, 암을 가진 포유류에서 종양 크기를 감소시키는 방법.
  57. 청구항 51 내지 56중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 포유류는 인간인, 방법.
  58. 청구항 51 내지 57중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 포유류에게 최소한 하나의 추가 치료물질을 투여하는, 방법.
  59. 청구항 58에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-PD-1 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여되는, 방법.
  60. 청구항 58 또는 59에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택되는, 방법.
  61. 청구항 60에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체인, 방법.
  62. 청구항 58 또는 59에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 암 백신인, 방법.
  63. 청구항 62에 있어서, 이때 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택되는, 방법.
  64. 암을 치료하는 약물 제조용 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항체.
  65. 청구항 64에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  66. 청구항 65에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  67. 청구항 64 내지 66중 임의의 하나에 있어서, 이때 상기 약물은 최소한 하나의 추가 치료물질과 함께 투여를 위한 것인, 용도.
  68. 청구항 67에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택되는, 용도.
  69. 청구항 68에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체인, 용도.
  70. 청구항 67에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 암 백신인, 용도.
  71. 청구항 70에 있어서, 이때 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택되는, 용도.
  72. 암을 치료하기 위한 용도로 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 용도.
  73. 청구항 72에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  74. 청구항 73에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  75. 암을 치료하기 위한 용도로 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물 및 최소한 하나의 추가 치료물질의 용도.
  76. 청구항 75에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택되는, 용도.
  77. 청구항 76에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체인, 용도.
  78. 청구항 75에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 암 백신인, 용도.
  79. 청구항 78에 있어서, 이때 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택되는, 용도.
  80. 청구항 75 내지 79중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  81. 청구항 80에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  82. 암 치료에서 상기 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항체 또는 청구항 50의 약학 조성물의 용도.
  83. 청구항 82에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 항체.
  84. 청구항 83에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 항체.
  85. 청구항 1 내지 43중 임의의 하나에 따른 항체를 포유류에 투여하는 것을 포함하는, 포유류에서 IFNγ및 IL-2에서 선택된 최소한 하나의 사이토킨 수준을 증가시키는 방법.
  86. 청구항 85에 있어서, 이때 사이토킨의 수준은 이 항체 투여 후, 1 시간, 2 시간, 3 시간, 4 시간, 5 시간, 6 시간, 8 시간, 10 시간, 12 시간, 14 시간, 16 시간, 18 시간, 20 시간, 22 시간, 24 시간, 36 시간, 또는 48 시간에 측정되는, 방법.
  87. 청구항 85 또는 86에 있어서, 이때 최소한 하나의 사이토킨은 IFNγ인, 방법.
  88. 청구항 85 내지 87중 임의의 한 항에 있어서, 이때 최소한 하나의 사이토킨은 IL-2인, 방법.
  89. 청구항 85 내지 88중 임의의 한 항에 있어서, 이때 사이토킨의 수준은 상기 항체 투여 후 24 시간에 측정되는, 항체.
  90. 청구항 85 내지 89중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 포유류는 인간인, 방법.
  91. 청구항 90에 있어서, 이때 상기 인간은 암을 가지고 있는 방법.
  92. 청구항 91에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 중피종 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 방법.
  93. 청구항 92에 있어서, 이때 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 염색성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 방법.
  94. 청구항 85 내지 93중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, 면역 반응이 강화되는, 방법.
  95. 청구항 85 내지 94중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, T 세포의 활성화가 증가되는, 방법.
  96. 청구항 85 내지 95중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 항-PD-1 항체를 투여한 후, 종양 크기가 감소되는, 방법.
  97. 청구항 85 내지 96중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 포유류에게 최소한 하나의 추가 치료물질을 투여하는, 방법.
  98. 청구항 97에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-PD-1 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여되는, 방법.
  99. 청구항 97 또는 98에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체 및 항-CTLA4 항체로부터 선택되는, 방법.
  100. 청구항 99에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 항-ICOS 항체인, 방법.
  101. 청구항 97 또는 98에 있어서, 이때 상기 추가 치료물질은 암 백신인, 방법.
  102. 청구항 101에 있어서, 이때 상기 암 백신은 DNA 백신, 공작된 바이러스 백신, 공작된 종양 세포 백신 및 신생 항원을 사용하여 개발된 암 백신으로 부터 선택되는, 방법.
  103. 청구항 51 내지 81중 임의의 하나에 있어서, 이때 상기 암의 시료에서 PD-1이 발현되는지를 결정하는, 방법 또는 용도.
  104. 청구항 103에 있어서, 이때 상기 시료는 면역조직화학 (IHC)에 의해 PD-1의 1+, 2+, 또는 3+ 착색을 보이는, 방법.
  105. 청구항 51 내지 81, 103, 또는 104에 있어서, 이때 상기 시료는 샘플은 PD-L1의 상승된 수준을 갖는지에 대하여 측정되는, 방법.
  106. 청구항 105에 있어서, 이때 PD-L1 수준은 IHC를 이용하여 측정되는, 방법.
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