KR20170104550A - 코어 모티프를 갖는 핵산 나노구조 - Google Patents

코어 모티프를 갖는 핵산 나노구조 Download PDF

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KR20170104550A
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misc
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웨스톤 다니엘
스콧 믹스
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엑시큐어, 인크.
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Abstract

최적화된 억제 핵산이 제공된다. 핵산은 최적 억제 모티프, 예컨대 GGG를 포함하는 서열을 갖는다. 관련 방법이 또한 기재된다.

Description

코어 모티프를 갖는 핵산 나노구조
관련 출원
본 출원은 35 U.S.C. § 119(e) 하에 2015년 1월 14일에 출원된 표제 "NUCLEIC ACID NANOSTRUCTURES WITH CORE MOTIFS"의 미국 가출원 일련 번호 62/103,303을 우선권 주장하며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
억제 핵산은 다양한 메카니즘을 통해 유전자 발현을 하향조절한다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어, 선택된 표적 서열에 적어도 부분적으로 상보적인 전형적으로 단일 가닥의 DNA 또는 RNA이고, 특이적 메신저 RNA 가닥의 단백질 번역을 막음으로써 기능한다. 이중-가닥 RNA (dsRNA)는 RNA 간섭 (RNAi)으로 공지된 과정에 의해 많은 유기체에서 서열-특이적 전사후 유전자 침묵을 유도할 수 있는 또 다른 유형의 억제 핵산이다. 이들 기능적 RNA는 적어도 2종의 유형의 소형 RNA 분자 (1) mRNA 분해를 유도하는 siRNA 분자, 및 (2) 번역 억제를 유도하는 miRNA (마이크로RNA)를 포함한다. 다른 소형 RNA는 DNA 및 히스톤 메틸화에 영향을 미침으로써 전사 수준에서 작용한다.
일부 측면에서 본 발명은 지질화된 구조 주위에 방사상으로 위치하는 올리고뉴클레오티드의 밀집 형상을 갖는 구형 핵산 (SNA)으로, 여기서 올리고뉴클레오티드는 8-200개의 뉴클레오티드 길이를 갖고 적어도 1개의 GGG를 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 하기 구조: 5' X1GGGX2 3'를 갖고, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드이고, 임의로 여기서 X1은 G 및 A로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다른 실시양태에서 5' X1GGGX2 3'는 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다른 실시양태에서 적어도 1개의 GGG는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에서 처음 10개의 뉴클레오티드 내에 위치한다. 또 다른 실시양태에서 적어도 1개의 GGG는 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에서 3' 말단에서의 10개의 뉴클레오티드 내에 위치하거나 또는 적어도 1개의 GGG는 올리고뉴클레오티드의 중심에 위치한다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 2-5개의 GGG 모티프를 포함한다.
또 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 2-10,000개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 100-10,000, 500-10,000, 1,000-10,000, 5,000-10,000, 6,000-10,000, 7,000-10,000, 8,000-10,000, 9,000-10,000 또는 9,500-10,000개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
SNA는 일부 실시양태에서 덴드리머가 아니다.
일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 안티센스 올리고뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 핵지질이다. 또 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 siRNA이다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 단일-가닥 또는 이중-가닥 DNA 올리고뉴클레오티드로 구성된다. 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 단일-가닥 또는 이중-가닥 RNA 올리고뉴클레오티드로 구성된다. 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 키메라 RNA-DNA 올리고뉴클레오티드로 구성된다. 또 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 RNA-DNA 또는 DNA-RNA 올리고뉴클레오티드 헤테로듀플렉스로 구성된다. 또 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 단일-가닥 또는 이중-가닥 DNA, RNA, 또는 키메라 RNA-DNA 올리고뉴클레오티드의 조합으로 구성된다. 일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 이중 가닥이고, 오버행을 갖지 않는다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 선형이다.
또 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 및 뉴클레오티드 서열상 동일한 올리고뉴클레오티드를 갖는다. 일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 적어도 2종의 구조적으로 및 뉴클레오티드 서열상 상이한 올리고뉴클레오티드를 갖는다.
다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 2-10개의 상이한 뉴클레오티드 서열을 갖는다.
한 실시양태에서 올리고뉴클레오티드 중 적어도 1종은 변형된 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드 중 적어도 50%는 변형된 올리고뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서 모든 올리고뉴클레오티드는 변형된 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 적어도 1개의 포스포로티오에이트 연결을 갖는다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결을 갖지 않는다.
또 다른 실시양태에서 나노구조는 지질 이중층을 갖는 리포솜 코어를 포함한다.
일부 실시양태에서 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드는 나노구조의 외부 표면에 노출된 그의 5'- 말단을 갖는다. 다른 실시양태에서 모든 올리고뉴클레오티드는 나노구조의 외부 표면에 노출된 그의 5'- 말단을 갖는다. 다른 실시양태에서 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드는 나노구조의 외부 표면에 노출된 그의 3'- 말단을 갖는다. 모든 올리고뉴클레오티드는 다른 실시양태에서 나노구조의 외부 표면에 노출된 그의 3'- 말단을 갖는다.
또 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 코어에 직접적으로 연결된다. 일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 코어에 링커를 통해 간접적으로 연결된다. 다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 코어에 1개 초과의 링커를 통해 간접적으로 연결된다.
다른 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 가역적으로 또는 비가역적으로 코어에 커플링된다.
일부 실시양태에서 올리고뉴클레오티드는 코어에 링커를 통해 연결된다. 링커는 일부 실시양태에서 다양한 쇄 길이의 알칸 티올, 시클릭 디티올, 리포산, PEG-티올, 및 다른 티올 기 함유 링커를 포함한, 1개 이상의 티올 기를 함유하는 화학 구조이다. 임의로 올리고뉴클레오티드는 리포솜 코어에 연결되고 링커는 하기 링커 중 1개 이상이다: 다양한 길이 및 포화 상태의 토코페롤, 스핑고지질 예컨대 스핑고신, 스핑고신 포스페이트, 메틸화된 스핑고신 및 스핑가닌, 세라미드, 세라미드 포스페이트, 1-0 아실 세라미드, 디히드로세라미드, 2-히드록시 세라미드, 스핑고미엘린, 글리코실화된 스핑고지질, 술파티드, 강글리오시드, 포스포스핑고지질, 및 피토스핑고신 및 그의 유도체, 다양한 길이, 포화 상태의 인지질 예컨대 포스파티딜콜린, 리소포스파티딜콜린, 포스파티드산, 리소포스파티드산, 시클릭 LPA, 포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 리소포스파티딜세린, 포스파티딜이노시톨, 이노시톨 포스페이트, LPI, 카르디올리핀, 리소카르디올리핀, 비스(모노아실글리세로) 포스페이트, (디아실글리세로) 포스페이트, 에테르 지질, 디피타닐 에테르 지질, 및 플라스마로겐, 및 그의 유도체, 상이한 길이, 포화 상태의 스테롤 예컨대 콜레스테롤, 데스모스테롤, 스티그마스테롤, 라노스테롤, 라토스테롤, 디오스게닌, 시토스테롤, 지모스테롤, 지모스테놀, 14-데메틸-라노스테롤, 콜레스테롤 술페이트, DHEA, DHEA 술페이트, 14-데메틸-14-데히드로라노스테롤, 시토스타놀, 캄페스테롤, 에테르 음이온성 지질, 에테르 양이온성 지질, 란타나이드 킬레이트화 지질, A-고리 치환된 옥시스테롤, B-고리 치환된 옥시스테롤, D-고리 치환된 옥시스테롤, 측쇄 치환된 옥시스테롤, 이중 치환된 옥시스테롤, 콜레스탄산 유도체, 플루오린화된 스테롤, 형광 스테롤, 술폰화된 스테롤, 인산화된 스테롤 및 다중불포화된 스테롤 및 그의 유도체.
코어는 일부 실시양태에서 솔리드 또는 중공 코어이고, 불활성, 상자성 또는 초상자성일 수 있다. 다른 실시양태에서, 솔리드 코어는 금 및 은을 포함한 귀금속, 철 및 코발트를 포함한 전이 금속, 실리카를 포함한 금속 산화물, 중합체 또는 그의 조합으로 구성된다. 다른 실시양태에서, 코어는 중합체 코어이고, 여기서 중합체 코어는 친양쪽성 블록 공중합체, 폴리스티렌, 폴리(락트산), 폴리(락트산 코-글리콜산), 폴리(글리콜산), 폴리(카프로락톤)을 포함한 소수성 중합체 및 다른 생체적합성 중합체로 구성된다.
또 다른 실시양태에서 코어는 리포솜 코어이고, 1종의 유형의 지질로 구성되거나 또는 대안적으로 2-10종의 상이한 지질로 구성된다. 리포솜 코어는 일부 실시양태에서 하기로부터 선택된 1종 이상의 지질로 구성된다: 다양한 길이 및 포화 상태의 스핑고지질 예컨대 스핑고신, 스핑고신 포스페이트, 메틸화된 스핑고신 및 스핑가닌, 세라미드, 세라미드 포스페이트, 1-0 아실 세라미드, 디히드로세라미드, 2-히드록시 세라미드, 스핑고미엘린, 글리코실화된 스핑고지질, 술파티드, 강글리오시드, 포스포스핑고지질, 및 피토스핑고신 및 그의 유도체, 다양한 길이, 포화 상태의 인지질 예컨대 포스파티딜콜린, 리소포스파티딜콜린, 포스파티드산, 리소포스파티드산, 시클릭 LPA, 포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 리소포스파티딜세린, 포스파티딜이노시톨, 이노시톨 포스페이트, LPI, 카르디올리핀, 리소카르디올리핀, 비스(모노아실글리세로) 포스페이트, (디아실글리세로) 포스페이트, 에테르 지질, 디피타닐 에테르 지질, 및 플라스마로겐, 및 그의 유도체, 상이한 길이, 포화 상태의 스테롤 예컨대 콜레스테롤, 데스모스테롤, 스티그마스테롤, 라노스테롤, 라토스테롤, 디오스게닌, 시토스테롤, 지모스테롤, 지모스테놀, 14-데메틸-라노스테롤, 콜레스테롤 술페이트, DHEA, DHEA 술페이트, 14-데메틸-14-데히드로라노스테롤, 시토스타놀, 캄페스테롤, 에테르 음이온성 지질, 에테르 양이온성 지질, 란타나이드 킬레이트화 지질, A-고리 치환된 옥시스테롤, B-고리 치환된 옥시스테롤, D-고리 치환된 옥시스테롤, 측쇄 치환된 옥시스테롤, 이중 치환된 옥시스테롤, 콜레스탄산 유도체, 플루오린화된 스테롤, 형광 스테롤, 술폰화된 스테롤, 인산화된 스테롤 및 다중불포화된 스테롤 및 그의 유도체.
또 다른 실시양태에서 SNA는 활성제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서 활성제는 SNA와 함께 혼합된다. 다른 실시양태에서 활성제는 올리고뉴클레오티드 쉘에 직접적으로 연결된다. 일부 실시양태에서 활성제는 올리고뉴클레오티드 쉘에 링커를 통해 간접적으로 연결된다. 다른 실시양태에서 활성제는 코어에 직접적으로 연결된다. 또 다른 실시양태에서 활성제는 코어에 링커를 통해 간접적으로 연결된다. 또 다른 실시양태에서 활성제 -올리고뉴클레오티드 접합체는 코어에 올리고뉴클레오티드 혼성화를 통해 연결된다. 일부 실시양태에서 활성제는 코어, 임의로 리포솜 코어 내에 내장됨으로써 코어와 회합된다. 일부 실시양태에서 활성제는 내부 수성 층에서 리포솜 코어 내에 캡슐화된다.
일부 실시양태에서 SNA는 자기-어셈블링 나노구조이다.
세포를 적어도 1개의 GGG 모티프를 갖는 억제 올리고뉴클레오티드를 갖는 뉴클레오티드 친양쪽성체를 포함하는 나노구조와 접촉시킴으로써 유전자 발현을 감소시키는 방법이며, 여기서 유전자 발현은 세포를 유리 억제 올리고뉴클레오티드와 접촉시킨 경우보다 더 큰 정도로 감소되는 것인 방법이 본 발명의 다른 측면에서 제공된다. 뉴클레오티드 친양쪽성체는, 본원에 기재된 바와 같은 구형 핵산 (SNA)일 수 있다.
일부 실시양태에서 억제 올리고뉴클레오티드는 안티센스 올리고뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서 억제 올리고뉴클레오티드는 하기 구조: 5' X1GGGX2 3'를 가지며, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드이고, 여기서 X1은 임의로 G 및 A로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 5' X1GGGX2 3'는 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서 억제 올리고뉴클레오티드는 TNF, Bcl-2, EGFR, mdm2, MyD88, PCSK9, 서바이빈, VEGF, 발생 유전자 (예를 들어 부착 분자, 시클린 키나제 억제제, Wnt 패밀리 구성원, Pax 패밀리 구성원, 윙드 헬릭스 패밀리 구성원, Hox 패밀리 구성원, 시토카인/림포카인 및 그의 수용체, 성장 또는 분화 인자 및 그의 수용체, 신경전달물질 및 그의 수용체), 종양유전자 (예를 들어 ABLI, BLC1, BCL6, CBFA1, CBL, CSFIR, ERBA, ERBB, EBRB2, ETS1, ETS1, ETV6, FGR, FOX, FYN, HCR, HRAS, JUN, KRAS, LCK, LYN, MDM2, MLL, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, NRAS, PIM1, PML, RET, SRC, TAL1, TCL3 및 YES), 종양 억제 유전자 (예를 들어 APC, BRCA1, BRCA2, MADH4, MCC, NF1, NF2, RB1, TP53 및 WT1), 효소 (예를 들어 ACP 데새투라제 및 히드록실라제, ADP-글루코스 피로포릴라제, ATPase, 알콜 데히드로게나제, 아밀라제, 아밀로글루코시다제, 카탈라제, 셀룰라제, 시클로옥시게나제, 데카르복실라제, 덱스트리나제, 에스테라제, DNA 및 RNA 폴리머라제, 갈락토시다제, 글루카나제, 글루코스 옥시다제, GTPase, 헬리카제, 헤미셀룰라제, 인테그라제, 인버타제, 이소머라제, 키나제, 락타제, 리파제, 리폭시게나제, 리소자임, 펙틴에스테라제, 퍼옥시다제, 포스파타제, 포스포리파제, 포스포릴라제, 폴리갈락투로나제, 프로테이나제 및 펩티다제, 풀라나제, 레콤비나제, 리버스 트랜스크립타제, 토포이소머라제, 크실라나제), 및 TLR (예를 들어 TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8 및 TLR9)로 이루어진 군으로부터 선택된 표적 서열에 상보적이다.
억제 올리고뉴클레오티드는 항바이러스제, 항종양제, 및 유전성 장애를 치료하기 위한 작용제로 이루어진 군으로부터 선택된 치료제일 수 있다.
방법은, 일부 실시양태에서, 자가면역 질환, 감염성 질환, 이식 거부 또는 이식편-대-숙주 질환, 악성종양, 폐 장애, 장 장애, 심장 장애, 패혈증, 척추관절병증, 대사 장애, 빈혈, 통증, 간 장애, 피부 장애, 손발톱 장애, 류마티스 관절염, 건선, 건선성 관절염을 동반한 건선, 궤양성 결장염, 크론병, 혈관염, 베체트병, 강직성 척추염, 천식, 만성 폐쇄성 폐 장애 (COPD), 특발성 폐 섬유증 (IPF), 재협착, 당뇨병, 빈혈, 통증, 크론병-관련 장애, 소아 류마티스 관절염 (JRA), C형 간염 바이러스 감염, 건선성 관절염, 및 만성 판상 건선으로 이루어진 군으로부터 선택된 장애를 치료하는 방법이다.
또 다른 측면에서 질환의 치료에 사용하기 위한 조성물은 SNA 및 그의 실시양태를 포함한다.
본 발명의 각각의 제한은 본 발명의 다양한 실시양태를 포괄할 수 있다. 따라서, 어느 하나의 요소 또는 요소의 조합을 수반하는 본 발명의 각각의 제한은 본 발명의 각각의 측면에 포함될 수 있는 것으로 예상된다. 본 발명은 그의 적용에서 하기 기재에 제시되거나 도면에 예시된 성분의 구축 및 배열의 세부사항으로 제한되지 않는다. 본 발명은 다른 실시양태일 수 있고, 다양한 방식으로 실시 또는 수행될 수 있다. 본 발명의 하나 이상의 실시양태에 대한 세부사항은 첨부한 상세한 설명, 실시예, 청구범위 및 도면에 제시되어 있다. 본 발명의 다른 특색, 목적 및 이점은 기재 및 청구범위로부터 명백할 것이다.
첨부 도면은 일정한 비례로 도시된 것으로 의도되지 않는다. 도면에서 다양한 형상으로 예시된 각각의 동일하거나 거의 동일한 성분은 같은 숫자에 의해 나타내어진다. 명료함을 위해, 모든 성분이 모든 도면에서 라벨링되지 않을 수 있다. 도면에서:
도 1은 SNA-제제화된 올리고뉴클레오티드 내의 GGG 모티프의 존재가 인간 각질세포에서 더 큰 유전자 녹다운과 상관된다는 것을 제시하는 데이터를 도시한 그래프이다. 0개의 GGG 모티프와, 1개의 모티프 (p = 0.0034) 및 2개의 모티프 (p = 0.0216) 둘 다와의 사이에서 통계적으로 유의한 차이가 존재한다.
유전자 발현을 억제하는 방법 및 생성물이 본원에 제공된다. 억제 핵산을 사용하여 유전자 발현을 억제하는 최적 서열 모티프가 본원에서 발견되었다. 특히 적어도 1개의 GGG 모티프를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 GGG 모티프가 결여된 유사한 올리고뉴클레오티드보다 유전자 발현을 감소시키는데 있어서 더 효과적이라는 것이 발견되었다.
본 발명의 억제 올리고뉴클레오티드 또는 억제 핵산은 바람직하게는 하기 구조:
5' X1GGGX2 3'
를 갖고, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서 X1은 G, A 또는 T이다. 다른 실시양태에서 5' X1GGGX2 3'는 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된다.
올리고뉴클레오티드는 단일 GGG 모티프 또는 다중 GGG 모티프를 가질 수 있다. 일부 경우에 올리고뉴클레오티드는 2-10개의 GGG 모티프 및/또는 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC GGGG, GGGT, AGGG 또는 GGGC 모티프를 임의의 조합으로 포함한다.
적어도 1개의 GGG는 올리고뉴클레오티드 내의 어느 곳에 위치할 수 있다. 예를 들어 이는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에서 처음 10개의 뉴클레오티드 내에 위치할 수 있다. 대안적으로 이는 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에서 3' 말단에서의 10개의 뉴클레오티드 내에 위치할 수 있다. 적어도 1개의 GGG는 또한 올리고뉴클레오티드의 중심에 위치할 수 있다.
본원에 사용된 올리고뉴클레오티드는 임의의 핵산 함유 분자를 지칭한다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "핵산"은 포스페이트 기에, 및 치환된 피리미딘 (예를 들어, 시토신 (C), 티민 (T) 또는 우라실 (U)) 또는 치환된 퓨린 (예를 들어, 아데닌 (A) 또는 구아닌 (G))인 교환가능한 유기 염기에 연결된 다중 뉴클레오티드, 즉, 당 (예를 들어, 리보스 또는 데옥시리보스)을 포함하는 분자를 의미하는 것으로 상호교환가능하게 사용된다. 이 용어는 또한 올리고뉴클레오시드 (즉, 올리고뉴클레오티드 마이너스 포스페이트) 및 임의의 다른 유기 염기 함유 중합체를 포함할 것이다.
핵산은 DNA, RNA, PNA, LNA, ENA, 핵지질 또는 그의 조합 또는 변형일 수 있다. 이는 또한 단일, 이중 또는 삼중 가닥일 수 있다. 따라서 올리고뉴클레오티드는 단일-가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 및 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 변형 중 1 또는 다수개가 혼입된 다른 단일-가닥 올리고뉴클레오티드, 이중-가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 및 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 변형 중 1 또는 다수개가 혼입된 다른 이중-가닥 올리고뉴클레오티드를 포함하나 이에 제한되지는 않는 매우 다양한 분자일 수 있다.
본원에서 또한 억제 핵산으로도 지칭되는 억제 올리고뉴클레오티드는 유전자, RNA 전사체, 또는 단백질 내의 표적 서열에 대해 지시된 안티센스 핵산 (단일 또는 이중 가닥), RNAi 올리고뉴클레오티드, 리보자임, 펩티드, DNA자임, 펩티드 핵산 (PNA), 삼중 헬릭스 형성 올리고뉴클레오티드, 및 그의 압타머 및 변형된 형태(들)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
안티센스 핵산은 변형된 또는 비변형된 RNA, DNA, 또는 혼합된 중합체 핵산을 포함하고, 주로 매칭 서열에 특이적으로 결합함으로써 기능하여 펩티드 합성의 조정을 발생시킨다. 안티센스 핵산은 왓슨 크릭 염기-쌍형성에 의해 표적 RNA에 결합하고, 입체 차단에 의해 또는 RNase H 효소를 활성화시킴으로써 결합된 서열의 리보솜 번역을 막음으로써 유전자 발현을 차단한다. 안티센스 분자는 또한 RNA 프로세싱 또는 핵으로부터 세포질 내로의 수송을 방해함으로써 단백질 합성을 변경시킬 수 있다.
본원에 사용된 용어 "안티센스 핵산" 또는 "안티센스 올리고뉴클레오티드"는 생리학적 조건 하에 특정한 유전자를 포함하는 DNA 또는 그러한 유전자의 mRNA 전사체에 혼성화하고, 이에 의해 그러한 유전자의 전사 및/또는 그러한 mRNA의 번역을 억제하는, 올리고리보뉴클레오티드, 올리고데옥시리보뉴클레오티드, 변형된 올리고리보뉴클레오티드 또는 변형된 올리고데옥시리보뉴클레오티드인 핵산을 기재한다. 안티센스 분자는 표적 유전자 또는 전사체와의 혼성화 시 표적 유전자의 전사 또는 번역을 방해하도록 설계된다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 정확한 길이 및 그의 표적과의 그의 상보성 정도가, 그러한 서열을 포함하는 표적 및 특정한 염기의 서열을 포함한, 선택된 특이적 표적에 의존할 것이라는 것을 인식할 것이다.
억제 올리고뉴클레오티드는 또한 세포에서 유전자의 발현을 억제하는데 유용한 광범위한 RNAi-기반 양식, 예컨대 siRNA-기반 올리고뉴클레오티드 및/또는 변경된 siRNA-기반 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 변경된 siRNA 기반 올리고뉴클레오티드는 효력, 표적 친화도, 안전성 프로파일 및/또는 안정성을 변경하기 위해, 예를 들어 이들이 세포내 분해에 대해 저항성이도록 또는 부분적으로 저항성이도록 하기 위해 변형된 것이다. 변형, 예컨대 포스포로티오에이트는, 예를 들어 뉴클레아제 분해에 대한 저항성, 결합 친화도 및/또는 흡수를 증가시키기 위해 올리고뉴클레오티드에 대해 이루어질 수 있다. 또한, siRNA의 2'-당 위치 및 포스포디에스테르 연결에서의 변형은 효능의 손실 없이 개선된 혈청 안정성을 부여한다.
리보자임은 또한 돌연변이체 유전자의 유전자 발현을 억제하고 표적화된 트랜스-스플라이싱에 의해 돌연변이체를 교정하는 둘 다의 수단으로서 제안된 바 있다. 리보자임 활성은, 예를 들어, 비-특이적 핵산 결합 단백질 또는 촉진제 올리고뉴클레오티드의 사용에 의해 증대될 수 있다. 다중표적 리보자임 (연결 또는 샷건)은 유전자 억제를 위한 리보자임의 효율을 개선시키는 수단으로서 시사된 바 있다. 삼중 헬릭스 접근법이 또한 서열-특이적 유전자 억제를 위해 조사된 바 있다. 삼중 헬릭스 형성 올리고뉴클레오티드는 일부 경우에 서열-특이적 방식으로 결합하는 것으로 밝혀진 바 있다. 유사하게, 펩티드 핵산이 유전자 발현을 억제하는 것으로 제시된 바 있다 (Hanvey et al., Antisense Res. Dev. 1(4):307-17, 1991; Knudsen and Nielson Nucleic Acids Res. 24(3):494-500, 1996; Taylor et al., Arch. Surg. 132(11):1177-83, 1997). 작은 홈 결합 폴리아미드는 DNA 표적에 서열-특이적 방식으로 결합할 수 있고, 따라서 DNA 수준에서의 억제를 위해 유용한 소분자를 대표할 수 있다. 사용될 수 있는 다양한 어레이의 억제 전략은 관심 단백질을 표적화하기 위해 선택될 수 있는 DNA 및/또는 RNA 압타머의 사용을 포함한다.
일부 실시양태에서 억제 올리고뉴클레오티드는 핵산 표적과 100% 동일하다. 다른 실시양태에서 이는 핵산 표적과 적어도 99%, 95%, 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 또는 50% 동일하다. 용어 "퍼센트 동일성"은 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 서열 동일성을 지칭한다. 퍼센트 동일성은 비교 목적으로 정렬될 수 있는 각각의 서열에서의 위치를 비교하여 결정될 수 있다. 동일성의 백분율로서의 표현은 비교된 서열에 의해 공유된 위치에서의 동일한 아미노산 또는 핵산의 수의 함수를 지칭한다. FASTA, BLAST, 또는 ENTREZ-FASTA를 포함한 다양한 정렬 알고리즘 및/또는 프로그램이 사용될 수 있고, BLAST는 GCG 서열 분석 패키지의 일부로서 입수가능하고 (위스콘신주 매디슨 소재의 위스콘신 대학교), 예를 들어 디폴트 설정으로 사용될 수 있다. ENTREZ는 메릴랜드주 베데스다 소재의 국립 보건원 국립 의학 도서관 국립 생물 정보 센터를 통해 입수가능하다.
다른 정렬 기술이 문헌 [Methods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, Calif., USA]에 기재되어 있다. 바람직하게는, 서열을 정렬하기 위해 서열 내에 갭을 허용하는 정렬 프로그램이 이용된다. 스미스-워터만은 서열 정렬에서 갭을 허용하는 1종의 유형의 알고리즘이다. 문헌 [Meth. Mol. Biol. 70: 173-187 (1997)]을 참조한다. 또한, 서열을 정렬하기 위해 니들만 및 분쉬 정렬 방법을 사용한 GAP 프로그램이 사용될 수 있다. 대안적인 검색 전략은 MPSRCH 소프트웨어를 사용하며, 이는 MASPAR 컴퓨터 상에서 실행된다. MPSRCH는 스미스-워터만 알고리즘을 사용하여 대규모 병렬 컴퓨터 상에서 서열을 점수화한다. 이러한 접근법은 멀리 관련된 매칭을 찾아내는 능력을 개선시키고, 특히 작은 갭 및 뉴클레오티드 서열 오류를 허용한다. 핵산-코딩된 아미노산 서열은 단백질 및 DNA 데이터베이스 둘 다를 검색하는데 사용될 수 있다.
억제 올리고뉴클레오티드는 1종 이상의 표적 유전자와 부분적이거나 완전한 상보성을 갖도록 설계될 수 있다. 특정한 표적 유전자, 억제 올리고뉴클레오티드의 속성 및 억제 올리고뉴클레오티드의 발현 수준에 따라 (예를 들어 카피수, 프로모터 강도에 따라) 절차는 표적 유전자에 대해 부분적이거나 완전한 기능 상실을 제공할 수 있다. 세포에서 유전자 발현의 정량화는 표적 mRNA의 축적 또는 표적 단백질의 번역의 수준에서 유사한 억제의 양을 제시할 수 있다.
"유전자 발현의 억제"는 표적 유전자로부터의 단백질 및/또는 mRNA 생성물의 부재 또는 그의 수준에서의 관찰가능한 감소를 지칭한다. "특이성"은 세포의 다른 유전자에 대한 명백한 효과 없이 표적 유전자를 억제하는 능력을 지칭한다. 억제의 결과는 세포 또는 유기체의 외부 특성의 검사에 의해, 또는 생화학적 기술 예컨대 마이크로어레이, 항체 결합, 효소 연결된 면역흡착 검정 (ELISA), 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정 (RIA), 다른 면역검정, 및 형광 활성화 세포 분석 (FACS)에 의한 RNA 용액 혼성화, 뉴클레아제 보호, 노던 혼성화, 역전사, 유전자 발현 모니터링에 의해 확인될 수 있다. 검정에 따라, 유전자 발현의 양의 정량화는 본 발명에 따라 처리되지 않은 세포와 비교 시 10%, 33%, 50%, 90%, 95% 또는 99% 초과의 억제의 정도를 결정하게 한다. 예로서, 억제의 효율은 세포에서 유전자 산물의 양을 평가함으로써 결정될 수 있다.
일부 경우에 억제 올리고뉴클레오티드는 펩티드 핵산 (PNA)이다. PNA 올리고머는 DNA/DNA 듀플렉스와 비교 시 PNA/DNA 듀플렉스 또는 PNA/DNA/PNA 트리플렉스의 형성에서 더 큰 결합 강도 및 특이성을 갖는다. PNA는 또한 넓은 pH 범위에 걸쳐 뉴클레아제 및 프로테아제에 대해 증가된 안정성을 갖고, 이는 이들을 효소적 분해에 대해 저항성이도록 한다.
올리고뉴클레오티드는 듀플렉스일 수 있다. 본원에 사용된 용어 "듀플렉스"는 상보적 서열 또는 부분 상보적 서열이 서로 수소 결합된 이중-가닥 핵산 분자(들)를 포함한다. 상보적 서열은 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함할 수 있다. 이중-가닥 올리고뉴클레오티드는 그의 전체 길이에 걸쳐 이중-가닥일 수 있고, 이는 이것이 오버행잉 단일-가닥 서열을 갖지 않고, 따라서 평활-말단이라는 것을 의미한다. 다른 실시양태에서, 이중-가닥 올리고뉴클레오티드의 2개의 가닥은 1개 이상의 단일-가닥 오버행을 생산하는 상이한 길이를 가질 수 있다. 본 발명의 이중-가닥 올리고뉴클레오티드는 미스매치 및/또는 루프 또는 돌출을 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이는 올리고뉴클레오티드의 길이의 적어도 약 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%에 걸쳐 이중-가닥이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 이중-가닥 올리고뉴클레오티드는 적어도 또는 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15개의 미스매치를 함유한다.
본 발명과 연관된 올리고뉴클레오티드는 예컨대 당 모이어티, 포스포디에스테르 연결 및/또는 염기에서 변형될 수 있다. 본원에 사용된 "당 모이어티"는 펜토스, 리보스 및 데옥시리보스를 포함한 천연, 비변형된 당, 변형된 당 및 당 유사체를 포함한다. 당 모이어티의 변형은 히드록실 기를 할로겐, 헤테로원자 또는 지방족 기로 대체하는 것을 포함할 수 있고, 히드록실 기를 예를 들어 에테르, 아민 또는 티올로서 관능화하는 것을 포함할 수 있다.
당 모이어티의 변형은 "메틸화된" 것으로 지칭되는 2'-O-메틸 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 본 발명과 연관된 올리고뉴클레오티드는 단지 변형된 또는 비변형된 당 모이어티만을 함유할 수 있는 한편, 다른 경우에, 올리고뉴클레오티드는 변형된 일부 당 모이어티 및 변형되지 않은 일부 당 모이어티를 함유한다.
일부 경우에, 변형된 뉴클레오단량체는 당- 또는 백본-변형된 리보뉴클레오티드를 포함한다. 변형된 리보뉴클레오티드는 비-자연 발생 염기, 예컨대 5'-위치에서 변형된 우리딘 또는 시티딘, 예를 들어 5'-(2-아미노)프로필 우리딘 및 5'-브로모 우리딘; 8-위치에서 변형된 아데노신 및 구아노신, 예를 들어 8-브로모 구아노신; 데아자 뉴클레오티드, 예를 들어 7-데아자-아데노신; 및 N-알킬화된 뉴클레오티드, 예를 들어 N6-메틸 아데노신을 함유할 수 있다. 또한, 당-변형된 리보뉴클레오티드는 2'-OH 기가 H, 알콕시 (또는 OR), R 또는 알킬, 할로겐, SH, SR, 아미노 (예컨대 NH2, NHR, NR2,), 또는 CN 기에 의해 대체된 것일 수 있고, 여기서 R은 저급 알킬, 알케닐, 또는 알키닐이다. 일부 실시양태에서, 변형된 리보뉴클레오티드는 인접한 리보뉴클레오티드를 연결하는 포스포디에스테르 기가 변형된 기, 예컨대 포스포로티오에이트 기에 의해 대체된 것일 수 있다.
일부 측면에서, 2'-O-메틸 변형은 바람직하지 않은 세포 스트레스 반응, 예컨대 이중-가닥 핵산에 대한 인터페론 반응을 감소시키는데 유익할 수 있다. 변형된 당은 D-리보스, 2'-O-알킬 (2'-O-메틸 및 2'-O-에틸 포함), 즉 2'-알콕시, 2'-아미노, 2'-S-알킬, 2'-할로 (2'-플루오로 포함), 2'-메톡시에톡시, 2'-알릴옥시 (-OCH2CH=CH2), 2'-프로파르길, 2'-프로필, 에티닐, 에테닐, 프로페닐, 및 시아노 등을 포함할 수 있다. 당 모이어티는 또한 헥소스일 수 있다.
용어 "알킬"은 직쇄 알킬 기 (예를 들어, 메틸, 에틸, 프로필, 부틸, 펜틸, 헥실, 헵틸, 옥틸, 노닐, 데실 등), 분지쇄 알킬 기 (이소프로필, tert-부틸, 이소부틸 등), 시클로알킬 (지환족) 기 (시클로프로필, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸, 시클로옥틸), 알킬 치환된 시클로알킬 기, 및 시클로알킬 치환된 알킬 기를 포함한 포화된 지방족 기를 포함한다. 일부 실시양태에서, 직쇄 또는 분지쇄 알킬은 그의 백본에 6개 이하의 탄소 원자 (예를 들어, 직쇄의 경우에 C1-C6, 분지쇄의 경우에 C3-C6), 보다 바람직하게는 4개 이하의 탄소 원자를 갖는다. 마찬가지로, 바람직한 시클로알킬은 그의 고리 구조에 3-8개의 탄소 원자를 갖고, 보다 바람직하게는 고리 구조에 5 또는 6개의 탄소를 갖는다. 용어 C1-C6은 1 내지 6개의 탄소 원자를 함유하는 알킬 기를 포함한다.
달리 명시되지 않는 한, 용어 알킬은 "비치환된 알킬" 및 "치환된 알킬" 둘 다를 포함하고, 이들 중 후자는 탄화수소 백본의 1개 이상의 탄소 상의 수소를 대체하는 독립적으로 선택된 치환기를 갖는 알킬 모이어티를 지칭한다. 용어 "알케닐"은, 상기 기재된 알킬에 대해 길이 및 가능한 치환면에서 유사하지만 적어도 1개의 이중 결합을 함유하는 불포화된 지방족 기를 포함한다. 달리 명시되지 않는 한, 용어 알케닐은 "비치환된 알케닐" 및 "치환된 알케닐" 둘 다를 포함하고, 이들 중 후자는 탄화수소 백본의 1개 이상의 탄소 상의 수소를 대체하는 독립적으로 선택된 치환기를 갖는 알케닐 모이어티를 지칭한다.
용어 "염기"는 공지된 퓨린 및 피리미딘 헤테로시클릭 염기, 데아자퓨린, 및 그의 유사체 (헤테로시클릭 치환된 유사체, 예를 들어 아미노에톡시 페녹사진 포함), 유도체 (예를 들어, 1-알킬-, 1-알케닐-, 헤테로방향족- 및 1-알키닐 유도체) 및 호변이성질체를 포함한다. 퓨린의 예는 아데닌, 구아닌, 이노신, 디아미노퓨린 및 크산틴, 및 그의 유사체 (예를 들어, 8-옥소-N6-메틸아데닌 또는 7-디아자크산틴) 및 유도체를 포함한다. 피리미딘은 예를 들어 티민, 우라실 및 시토신, 및 그의 유사체 (예를 들어, 5-메틸시토신, 5-메틸우라실, 5-(1-프로피닐)우라실, 5-(1-프로피닐)시토신 및 4,4-에타노시토신)를 포함한다. 적합한 염기의 다른 예는 비-퓨리닐 및 비-피리미디닐 염기, 예컨대 2-아미노피리딘 및 트리아진을 포함한다.
용어 "뉴클레오시드"는 당 모이어티, 바람직하게는 리보스 또는 데옥시리보스에 공유 부착된 염기를 포함한다. 바람직한 뉴클레오시드의 예는 리보뉴클레오시드 및 데옥시리보뉴클레오시드를 포함한다. 뉴클레오시드는, 아미노산, 또는 유리 카르복실 기, 유리 아미노 기 또는 보호기를 포함할 수 있는 아미노산 유사체에 연결된 염기를 또한 포함한다. 적합한 보호기는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다 (문헌 [P. G. M. Wuts and T. W. Greene, "Protective Groups in Organic Synthesis", 2nd Ed., Wiley-Interscience, New York, 1999] 참조).
본원에 사용된, 뉴클레오티드간 연결의 문맥에서 사용된 용어 "연결"은 인접한 뉴클레오단량체를 공유 커플링하는 자연 발생, 비변형된 포스포디에스테르 모이어티 (-O-(PO2-)-O-)를 포함한다. 본원에 사용된 용어 "치환 연결" 또는 "변형된 연결" 또는 "변형된 뉴클레오티드간 연결"은 인접한 뉴클레오단량체를 공유 커플링하는 천연 포스포디에스테르 기의 임의의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 치환 연결은 포스포디에스테르 유사체, 예를 들어 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 및 P-에티옥시포스포디에스테르, P-에톡시포스포디에스테르, P-알킬옥시포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, 및 인 무함유 연결, 예를 들어 아세탈 및 아미드를 포함한다. 이러한 치환 연결은 관련 기술분야에 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Bjergarde et al. 1991. Nucleic Acids Res. 19:5843; Caruthers et al. 1991. Nucleosides Nucleotides. 10:47]). 특정 실시양태에서, 비가수분해가능한 연결, 예컨대 포스포로티오에이트 연결이 바람직하다.
일부 측면에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 3' 및 5' 말단을 포함한다 (원형 올리고뉴클레오티드 제외). 올리고뉴클레오티드의 3' 및 5' 말단은 예를 들어, 3' 또는 5' 연결을 변형시킴으로써 뉴클레아제로부터 실질적으로 보호될 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,849,902 및 WO 98/13526). 올리고뉴클레오티드는 "차단기"의 포함에 의해 저항성이 될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "차단기"는 합성 동안 보호기 또는 커플링기로서 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오단량체에 부착될 수 있는 (예를 들어, OH 기 이외의) 치환기 (예를 들어, FITC, 프로필 (CH2-CH2-CH3), 글리콜 (-O-CH2-CH2-O-) 포스페이트 (PO3 2-), 수소 포스포네이트 또는 포스포르아미다이트)를 지칭한다. 또한, "차단기"는 변형된 뉴클레오티드 및 비-뉴클레오티드 엑소뉴클레아제 저항성 구조를 포함한, 올리고뉴클레오티드의 5' 및 3' 말단을 보호하는 "말단 차단기" 또는 "엑소뉴클레아제 차단기"를 포함한다.
예시적인 말단-차단기는 캡 구조 (예를 들어, 7-메틸구아노신 캡), 예를 들어 3'-3' 또는 5'-5' 말단 역전을 갖는 역전된 뉴클레오단량체 (예를 들어, 문헌 [Ortiagao et al. 1992. Antisense Res. Dev. 2:129] 참조), 메틸포스포네이트, 포스포르아미다이트, 비-뉴클레오티드 기 (예를 들어, 비-뉴클레오티드 링커, 아미노 링커, 접합체) 등을 포함한다. 3' 말단 뉴클레오단량체는 변형된 당 모이어티를 포함할 수 있다. 3' 말단 뉴클레오단량체는 올리고뉴클레오티드의 3'-엑소뉴클레아제 분해를 막는 차단기에 의해 임의로 치환될 수 있는 3'-O를 포함한다. 예를 들어, 3'-히드록실은 3'→3' 뉴클레오티드간 연결을 통해 뉴클레오티드로 에스테르화될 수 있다. 예를 들어, 알킬옥시 라디칼은 메톡시, 에톡시 또는 이소프로폭시, 및 바람직하게는 에톡시일 수 있다. 임의로, 3' 말단에서 3'→3' 연결된 뉴클레오티드는 치환 연결에 의해 연결될 수 있다. 뉴클레아제 분해를 감소시키기 위해, 가장 5'쪽 3'→5' 연결은 변형된 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 또는 P-알킬옥시포스포트리에스테르 연결일 수 있다. 바람직하게는, 2개의 가장 5'쪽 3'→5' 연결은 변형된 연결이다. 임의로, 5' 말단 히드록시 모이어티는 인 함유 모이어티, 예를 들어 포스페이트, 포스포로티오에이트 또는 P-에톡시포스페이트로 에스테르화될 수 있다.
일부 측면에서, 올리고뉴클레오티드는 DNA 및 RNA 둘 다 또는 DNA-RNA 또는 RNA-DNA 듀플렉스를 포함하는 키메라 RNA-DNA 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 바람직하게는 2 내지 1000개, 2-500, 2-100, 5-500, 5-100, 10-500, 10-100, 8-100, 8-200, 10-50, 15-500, 15-100, 15-50, 20-500, 20-100, 20-50, 또는 20-40개 염기 또는 뉴클레오티드 길이 범위이다. 그러나, 다른 크기의 핵산은 유용하다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 변형된 백본 예컨대 포스포로티오에이트 (PS) 백본을 갖는다. 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르 (PO) 백본을 갖는다. 또 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 혼합 또는 키메라 PO 및 PS 백본을 갖는다.
본 발명의 억제 핵산은 나노구조로서 제제화될 수 있다. 나노구조는 전형적으로 구형 핵산 (SNA)이다. 본원에 사용된 SNA는 지질화된 구조 주위에 방사상으로 위치하는 올리고뉴클레오티드의 밀집 형상을 지칭한다. 일부 측면에서, 본 발명은 지질화된 구조 주위에 방사상으로 위치하는 올리고뉴클레오티드의 밀집 형상으로 구성된 SNA이며, 여기서 올리고뉴클레오티드는 8-200개의 뉴클레오티드 길이를 갖고, 적어도 1개의 GGG를 포함한다.
지질화된 구조는 적어도 부분적으로 지질로 구성된 구형 구조이다. 일부 경우에 지질화된 구조는 전적으로 지질로 구성된다. 지질은, 예를 들어, 지질 단층 또는 지질 이중층으로 배열될 수 있다. 지질은 중공 중심 주위에 배열될 수 있고, 따라서 중공 코어를 형성한다. 대안적으로 지질은 코어를 형성하는 비-지질 물질 주위에 배열될 수 있다. 코어는 중공 또는 솔리드일 수 있다 (다공성 코어 포함). 중공 코어는, 예를 들어, 지질에 의해 둘러싸인 빈 공간일 수 있고, 즉 리포솜 코어 또는 중공 공간은 비-지질 물질에 의해 둘러싸인다. 솔리드 코어는 중공 중심을 갖지 않는 구형의 형상화된 물질이다. 솔리드 코어는 그 안에 1개 이상의 파단부를 갖는 다공성 또는 다른 물질을 포함한다.
본원에 사용된 용어 구형은 일반적 형상을 지칭하고, 완전 구체 또는 둥근 형상을 암시하지 않거나 이에 제한되지 않는다. 이는 불완전성을 포함할 수 있다.
솔리드 코어는 귀금속 (금, 은), 전이 금속 (철, 코발트) 및 금속 산화물 (실리카)을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 매우 다양한 물질로 구축될 수 있다. 또한, 이들 코어는 불활성, 상자성, 또는 초상자성일 수 있다. 이들 솔리드 코어는 기재된 물질의 순수한 조성물로부터, 또는 임의의 수의 물질의 혼합물과 조합되어, 또는 물질의 층상 조성물로 구축될 수 있다. 또한, 솔리드 코어는 중합체 코어, 예컨대 친양쪽성 블록 공중합체, 소수성 중합체, 예컨대 폴리스티렌, 폴리(락트산), 폴리(락트산 코-글리콜산), 폴리(글리콜산), 폴리(카프로락톤) 및 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 다른 생체적합성 중합체로 구성될 수 있다.
코어는 대안적으로 쉘 물질의 중심 영역에 적어도 일부의 공간을 갖는 중공 코어일 수 있다. 중공 코어는 리포솜 코어를 포함한다. 본원에 사용된 바와 같은 리포솜 코어는 지질 이중층을 형성하는 지질 또는 인지질의 성분에 의해 형성된 중심에 위치한 코어 구획을 지칭한다. "리포솜"은 1개 또는 여러개의 막이 수성 코어를 캡슐화하는, 다양한 크기 및 구조의 인공적인 자기 폐쇄 소포성 구조이다. 가장 전형적으로, 리포솜 막은 친수성 머리기가 수성 환경을 향해 배향되고, 지질 쇄가 친지성 코어에 내장된, 지질 이중층 막으로 형성된다. 리포솜은 또한 다른 친양쪽성 단량체 및 중합체 분자, 예컨대 중합체, 유사 블록 공중합체, 또는 폴리펩티드 또는 지질 단층으로 형성될 수 있다. 단층 소포는 수성 공간을 둘러싸는 단일 막에 의해 한정된 리포솜이다. 대조적으로, 올리고- 또는 다층 소포는 여러개의 막으로 구축된다. 전형적으로, 막은 대략 4 nm 두께이고, 천연 또는 합성 기원의 친양쪽성 지질, 예컨대 인지질로 구성된다. 임의로, 막 특성은 다른 지질 예컨대 스테롤 또는 콜산 유도체의 혼입에 의해 변형될 수 있다.
지질 이중층은 지질 분자의 2개의 층으로 구성되고 지질 단층은 지질 분자의 1개의 층으로 구성된다. 층에서 각각의 지질 분자는 인접한 지질 이중층에 실질적으로 평행하게 배향되고, 이중층을 형성하는 2개의 층은 수성 상에 노출된 그의 분자의 극성 말단 및 서로에게 인접한 비-극성 말단을 갖는다. 리포솜 코어의 중심 수성 영역은 비어 있거나, 또는 물, 수성 에멀젼, 올리고뉴클레오티드, 또는 다른 치료제 또는 진단제로 완전히 또는 부분적으로 채워질 수 있다.
"지질"은 수중 불용성인 원형질의 지방, 지질, 알콜-에테르-가용성 성분을 포괄하는 일반적 용어이다. 지질은 통상적으로 친수성 및 소수성 모이어티로 이루어진다. 물에서 지질은 자기 조직화하여, 친수성 모이어티 (머리기)가 수성 상을 향해 배향되고, 친지성 모이어티 (아실 쇄)가 이중층 코어에 내장된 이중층 막을 형성할 수 있다. 지질은 또한 2개의 친수성 모이어티를 포함할 수 있다 (볼라 친양쪽성체). 그러한 경우에, 막은 이중층이 아닌 단일 지질 층으로 형성될 수 있다. 현 문맥에서 지질에 대한 전형적인 예는 지방, 지방 오일, 에센셜 오일, 왁스, 스테로이드, 스테롤, 인지질, 당지질, 황지질, 아미노지질, 색소지질 및 지방산이다. 상기 용어는 자연 발생 및 합성 지질 둘 다를 포괄한다. 본 발명과 관련된 바람직한 지질은 스테로이드 및 스테롤, 특히 콜레스테롤, 인지질, 예컨대 포스파티딜, 포스파티딜콜린 및 포스파티딜에탄올아민 및 스핑고미엘린이다. 지방산이 존재하는 경우에, 이들은 최대 6개의 이중 결합을 함유하는 약 12-24개의 탄소 쇄 길이일 수 있다. 지방산은 글리세롤로부터 유래될 수 있는 백본에 연결된다. 1개의 지질 내의 지방산은 상이할 수 있거나 (비대칭), 또는 단지 1개의 지방산 쇄만이 존재할 수 있다 (예를 들어 리소레시틴). 특히 비-양이온성 지질이 천연 공급원으로부터 유래된 경우에, 예컨대 난황, 소 심장, 뇌, 간 또는 대두로부터 정제된 레시틴 (포스파티딜콜린)의 경우에, 혼합 제제가 또한 가능하다.
리포솜 코어는 하기를 포함하나 이에 제한되지는 않는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 1종 이상의 지질로 구축될 수 있다: 다양한 길이 및 포화 상태의 스핑고지질 예컨대 스핑고신, 스핑고신 포스페이트, 메틸화된 스핑고신 및 스핑가닌, 세라미드, 세라미드 포스페이트, 1-0 아실 세라미드, 디히드로세라미드, 2-히드록시 세라미드, 스핑고미엘린, 글리코실화된 스핑고지질, 술파티드, 강글리오시드, 포스포스핑고지질, 및 피토스핑고신 및 그의 유도체, 다양한 길이, 포화 상태의 인지질 예컨대 포스파티딜콜린, 리소포스파티딜콜린, 포스파티드산, 리소포스파티드산, 시클릭 LPA, 포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 리소포스파티딜세린, 포스파티딜이노시톨, 이노시톨 포스페이트, LPI, 카르디올리핀, 리소카르디올리핀, 비스(모노아실글리세로) 포스페이트, (디아실글리세로) 포스페이트, 에테르 지질, 디피타닐 에테르 지질, 및 플라스마로겐, 및 그의 유도체, 상이한 길이, 포화 상태의 스테롤 예컨대 콜레스테롤, 데스모스테롤, 스티그마스테롤, 라노스테롤, 라토스테롤, 디오스게닌, 시토스테롤, 지모스테롤, 지모스테놀, 14-데메틸-라노스테롤, 콜레스테롤 술페이트, DHEA, DHEA 술페이트, 14-데메틸-14-데히드로라노스테롤, 시토스타놀, 캄페스테롤, 에테르 음이온성 지질, 에테르 양이온성 지질, 란타나이드 킬레이트화 지질, A-고리 치환된 옥시스테롤, B-고리 치환된 옥시스테롤, D-고리 치환된 옥시스테롤, 측쇄 치환된 옥시스테롤, 이중 치환된 옥시스테롤, 콜레스탄산 유도체, 플루오린화된 스테롤, 형광 스테롤, 술폰화된 스테롤, 인산화된 스테롤 및 다중불포화된 스테롤 및 그의 유도체.
올리고뉴클레오티드는 지질화된 구조 상에 위치하거나 또는 그의 외부에 커플링된다. 커플링은 직접적 또는 간접적 또는 가역적 또는 비가역적일 수 있다. 가역적으로 커플링된 화합물은 감수성 연결을 사용하여 서로 회합된다. 감수성 연결은 생리학적 조건 하에서의 분리에 감수성인 것이다. 예를 들어 왓슨 크릭 염기 쌍형성은 감수성 연결이다. 절단가능한 링커도 또한 감수성 연결이다.
올리고뉴클레오티드의 밀집 형상은 서로 가까이 근접하여 위치한 올리고뉴클레오티드의 집합이다. 적어도 2개의 올리고뉴클레오티드는 지질화된 구조의 외부에 위치한다. 일부 실시양태에서 적어도 25, 50, 75, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1,000, 2,000, 3,000, 4,000, 5,000, 6,000, 7,000, 8,000, 9,000 또는 10,000개의 올리고뉴클레오티드 또는 그의 임의의 범위의 조합이 지질화된 구조의 외부에 있다. 일부 실시양태에서, 1-1000, 2-10,000, 10-500, 50-250, 50-300, 1,000-10,000, 2,000-10,000, 3,000-10,000, 4,000-10,000, 5,000-10,000, 6,000-10,000, 7,000-10,000, 8,000-10,000, 9,000-10,000, 또는 9,500-10,000개의 올리고뉴클레오티드가 표면 상에 존재한다.
일부 경우에, 억제 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 쉘을 형성한다. 올리고뉴클레오티드 쉘은 지질화된 구조의 외부 표면의 사용가능한 표면적의 적어도 50%가 올리고뉴클레오티드를 포함하는 경우에 형성된다. 일부 실시양태에서, 지질화된 구조의 외부 표면의 사용가능한 표면적의 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97% 98% 또는 99%는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 쉘의 올리고뉴클레오티드는 다양한 방향으로 배향될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 방사상으로 외향으로 배향된다. 이들 올리고뉴클레오티드의 배향은 코어에 대해 5' 원위/3' 말단, 또는 코어에 대해 3' 원위/5' 말단일 수 있다. 한 실시양태에서, 상이한 올리고뉴클레오티드 중 1 또는 다수개가 단일 SNA의 동일한 표면 상에 존재한다. 모든 경우에, 적어도 1개의 올리고뉴클레오티드가 표면 상에 존재하지만, 최대 10,000개가 존재할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 직접적으로 또는 링커를 통해 간접적으로 코어에, 또는 서로에 및/또는 다른 분자, 예컨대 활성제에 연결될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 5' 말단 또는 3' 말단을 통해 링커에 접합되어, 예를 들어 [서열, 5'-3']-링커 또는 링커-[서열, 5'-3']일 수 있다. 나노구조의 올리고뉴클레오티드의 일부 또는 모두는 공유 또는 비-공유 연결을 통해 직접적으로 또는 간접적으로 서로에 연결될 수 있다. 한 올리고뉴클레오티드의 또 다른 올리고뉴클레오티드에의 연결은 그러한 올리고뉴클레오티드의 리포솜 코어에의 연결에 추가적 또는 대안적일 수 있다. 올리고뉴클레오티드 중 1개 이상은 또한 다른 분자 예컨대 대안적 치료제에 연결될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 공유 또는 비-공유 연결을 통해 직접적으로 또는 간접적으로 치료제에 연결될 수 있다.
적어도 억제 올리고뉴클레오티드로 형성된 올리고뉴클레오티드 쉘은 1 또는 다수개의 티올, 예컨대 다양한 쇄 길이 알칸 티올, 시클릭 디티올, 리포산, 또는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 다른 티올 링커를 함유하는 임의의 화학 구조를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 링커 분자 중 1 또는 다수개를 통해 지질화된 구조 또는 코어의 표면에 고정될 수 있다.
리포솜 코어를 함유하는 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 쉘은 하기를 포함하나 이에 제한되지는 않는 링커 분자 중 1 또는 다수개에의 접합을 통해 리포솜 코어의 표면에 고정될 수 있다: 다양한 길이 및 포화 상태의 토코페롤, 스핑고지질 예컨대 스핑고신, 스핑고신 포스페이트, 메틸화된 스핑고신 및 스핑가닌, 세라미드, 세라미드 포스페이트, 1-0 아실 세라미드, 디히드로세라미드, 2-히드록시 세라미드, 스핑고미엘린, 글리코실화된 스핑고지질, 술파티드, 강글리오시드, 포스포스핑고지질, 및 피토스핑고신 및 그의 유도체, 다양한 길이, 포화 상태의 인지질 예컨대 포스파티딜콜린, 리소포스파티딜콜린, 포스파티드산, 리소포스파티드산, 시클릭 LPA, 포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 리소포스파티딜세린, 포스파티딜이노시톨, 이노시톨 포스페이트, LPI, 카르디올리핀, 리소카르디올리핀, 비스(모노아실글리세로) 포스페이트, (디아실글리세로) 포스페이트, 에테르 지질, 디피타닐 에테르 지질, 및 플라스마로겐, 및 그의 유도체, 상이한 길이, 포화 상태의 스테롤 예컨대 콜레스테롤, 데스모스테롤, 스티그마스테롤, 라노스테롤, 라토스테롤, 디오스게닌, 시토스테롤, 지모스테롤, 지모스테놀, 14-데메틸-라노스테롤, 콜레스테롤 술페이트, DHEA, DHEA 술페이트, 14-데메틸-14-데히드로라노스테롤, 시토스타놀, 캄페스테롤, 에테르 음이온성 지질, 에테르 양이온성 지질, 란타나이드 킬레이트화 지질, A-고리 치환된 옥시스테롤, B-고리 치환된 옥시스테롤, D-고리 치환된 옥시스테롤, 측쇄 치환된 옥시스테롤, 이중 치환된 옥시스테롤, 콜레스탄산 유도체, 플루오린화된 스테롤, 형광 스테롤, 술폰화된 스테롤, 인산화된 스테롤 및 다중불포화된 스테롤 및 그의 유도체.
일부 실시양태에서, 1,000 Da 내지 40,000 Da 크기를 포함하나 이에 제한되지는 않는 상이한 크기의 PEG가 생체내 특성을 변경시키기 위해 구조 내로 혼입된다.
나노구조는 또한 활성제를 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같은 활성제는 세포 또는 대상체에게 일부 치료상 또는 진단상 장점을 제공할 수 있는 분자이다. 활성제는 공유 또는 비-공유, 예를 들어 왓슨/크릭 혼성화를 통해 외부-대면 올리고뉴클레오티드에 의해 구조에 부착될 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로 활성제는 소수성 모이어티에의 접합을 통해 리포솜 이중층 내로 혼입될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 활성제는 리포솜의 내부 수성 층 내부에 혼입될 수 있다.
한 실시양태에서, 활성제는 올리고뉴클레오티드 쉘과의 상호작용을 통해 리포솜 나노구조에 접합된다. 일부 경우에 활성제 -올리고뉴클레오티드 접합체는 올리고뉴클레오티드 혼성화를 통해 코어에 연결된다. 다시 말해서 올리고뉴클레오티드는 상보적 또는 부분 상보적 올리고뉴클레오티드에 혼성화되어 듀플렉스 또는 부분 듀플렉스를 형성한다. 듀플렉스의 올리고뉴클레오티드 중 하나 또는 둘 다는 코어에 직접적으로 연결되고, 외부 대면이거나 (지질 이중층의 외부 상) 또는 내부이고 (내부 수성 층 내) 코어에 직접적으로 연결되지 않은 활성제는 듀플렉스 내의 올리고뉴클레오티드 중 하나 또는 둘 다에 연결된다. 또 다른 실시양태에서, 활성제는 코어와의 직접 상호작용을 통해 리포솜 나노구조에 접합된다. 활성제는 하기를 포함하나 이에 제한되지는 않는 링커 분자 중 1 또는 다수개에의 접합을 통해 리포솜 코어의 표면에 앵커링될 수 있다: 다양한 길이 및 포화 상태의 토코페롤, 스핑고지질 예컨대 스핑고신, 스핑고신 포스페이트, 메틸화된 스핑고신 및 스핑가닌, 세라미드, 세라미드 포스페이트, 1-0 아실 세라미드, 디히드로세라미드, 2-히드록시 세라미드, 스핑고미엘린, 글리코실화된 스핑고지질, 술파티드, 강글리오시드, 포스포스핑고지질, 및 피토스핑고신 및 그의 유도체, 다양한 길이, 포화 상태의 인지질 예컨대 포스파티딜콜린, 리소포스파티딜콜린, 포스파티드산, 리소포스파티드산, 시클릭 LPA, 포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 리소포스파티딜세린, 포스파티딜이노시톨, 이노시톨 포스페이트, LPI, 카르디올리핀, 리소카르디올리핀, 비스(모노아실글리세로) 포스페이트, (디아실글리세로) 포스페이트, 에테르 지질, 디피타닐 에테르 지질, 및 플라스마로겐, 및 그의 유도체, 상이한 길이, 포화 상태의 스테롤 예컨대 콜레스테롤, 데스모스테롤, 스티그마스테롤, 라노스테롤, 라토스테롤, 디오스게닌, 시토스테롤, 지모스테롤, 지모스테놀, 14-데메틸-라노스테롤, 콜레스테롤 술페이트, DHEA, DHEA 술페이트, 14-데메틸-14-데히드로라노스테롤, 시토스타놀, 캄페스테롤, 에테르 음이온성 지질, 에테르 양이온성 지질, 란타나이드 킬레이트화 지질, A-고리 치환된 옥시스테롤, B-고리 치환된 옥시스테롤, D-고리 치환된 옥시스테롤, 측쇄 치환된 옥시스테롤, 이중 치환된 옥시스테롤, 콜레스탄산 유도체, 플루오린화된 스테롤, 형광 스테롤, 술폰화된 스테롤, 인산화된 스테롤 및 다중불포화된 스테롤 및 그의 유도체.
본 발명은 또한 세포에서 유전자 발현을 감소시키기 위한 억제 올리고뉴클레오티드의 용도를 포괄한다. 방법은 유전자 발현을 감소시키기 위해 세포를 본원에 기재된 억제 올리고뉴클레오티드 또는 나노구조 중 임의의 것과 접촉시키는 것에 의해 달성된다. 예를 들어, 적어도 1개의 GGG 모티프를 갖는 억제 올리고뉴클레오티드를 갖는 뉴클레오티드 친양쪽성체를 포함하는 나노구조를 세포에 전달하여 유전자 발현을 감소시킬 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 뉴클레오티드 친양쪽성체는 약한 비공유 화학 결합을 포함한 상호작용을 통해 서로 회합된 억제 올리고뉴클레오티드 및 지질로 최소한으로 구성된 초분자 구조이다. 지질은 올리고뉴클레오티드의 말단을 포획한 리포솜 구조로 어셈블리될 수 있다. 일부 실시양태에서 뉴클레오티드 친양쪽성체는 본원에 기재된 바와 같은 구형 핵산 (SNA)이다.
뉴클레오티드 친양쪽성체는 전체적으로 또는 부분적으로 핵지질로 구성될 수 있다. 핵산 성분 및 친지성 쇄 성분 둘 다를 보유하는 핵지질은 특이적 염기-염기 인식과 조합된 협동적 비-공유 상호작용을 할 수 있는 다양한 관능기를 포함하기 때문에, 이들 초분자 구조를 구축하기 위한 빌딩 블록으로서 유용하다. 핵지질은 퓨린 염기 (아데닌 또는 구아닌) 또는 피리미딘 염기 (시토신, 티민 또는 우라실)로부터 유래된 극성 머리를 보유할 수 있다. 이들 염기는 각각 상이한 결합 특징을 디스플레이하는 염기-염기 모티프인 π-스택킹 및 수소 결합을 통해 상호작용할 수 있다. 핵산에 존재하는 염기 쌍은 DNA 이중 가닥에서 아데닌-티민 및 구아닌-시토신, 또는 RNA 이중 가닥에서 아데닌-우라실 및 구아닌-시토신이다. DNA (또는 RNA)의 각각의 가닥은 상보적 염기 서열에 의해 형성된 다른 가닥에 H-결합을 통해 커플링된다.
유전자 발현은 세포가 유리 억제 올리고뉴클레오티드와 접촉된 경우보다 세포가 나노구조의 형태의 억제 올리고뉴클레오티드와 접촉된 경우에 더 큰 정도로 감소될 수 있다. 유전자 발현의 상대 수준은 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 평가될 수 있다. 예를 들어, 여러 방법이 본원에 기재되어 있다. 통상의 기술자는 다른 방법을 인식한다.
억제 올리고뉴클레오티드는 표적 서열에 상보적이다. 수많은 표적이 이용가능하고 공지되어 있다. 일부 실시양태에서 표적은 TNF, Bcl-2, EGFR, mdm2, MyD88, PCSK9, 서바이빈, VEGF, 발생 유전자 (예를 들어 부착 분자, 시클린 키나제 억제제, Wnt 패밀리 구성원, Pax 패밀리 구성원, 윙드 헬릭스 패밀리 구성원, Hox 패밀리 구성원, 시토카인/림포카인 및 그의 수용체, 성장 또는 분화 인자 및 그의 수용체, 신경전달물질 및 그의 수용체), 종양유전자 (예를 들어 ABLI, BLC1, BCL6, CBFA1, CBL, CSFIR, ERBA, ERBB, EBRB2, ETS1, ETS1, ETV6, FGR, FOX, FYN, HCR, HRAS, JUN, KRAS, LCK, LYN, MDM2, MLL, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, NRAS, PIM1, PML, RET, SRC, TAL1, TCL3 및 YES), 종양 억제 유전자 (예를 들어 APC, BRCA1, BRCA2, MADH4, MCC, NF1, NF2, RB1, TP53 및 WT1), 효소 (예를 들어 ACP 데새투라제 및 히드록실라제, ADP-글루코스 피로포릴라제, ATPase, 알콜 데히드로게나제, 아밀라제, 아밀로글루코시다제, 카탈라제, 셀룰라제, 시클로옥시게나제, 데카르복실라제, 덱스트리나제, 에스테라제, DNA 및 RNA 폴리머라제, 갈락토시다제, 글루카나제, 글루코스 옥시다제, GTPase, 헬리카제, 헤미셀룰라제, 인테그라제, 인버타제, 이소머라제, 키나제, 락타제, 리파제, 리폭시게나제, 리소자임, 펙틴에스테라제, 퍼옥시다제, 포스파타제, 포스포리파제, 포스포릴라제, 폴리갈락투로나제, 프로테이나제 및 펩티다제, 풀라나제, 레콤비나제, 리버스 트랜스크립타제, 토포이소머라제, 크실라나제), 및 TLR (예를 들어 TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8 및 TLR9)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서 억제 올리고뉴클레오티드는 항바이러스제, 항종양제, 및 유전성 장애를 치료하기 위한 작용제로 이루어진 군으로부터 선택된 치료제이다.
억제 올리고뉴클레오티드로 구성된 나노구조는 동일한 올리고뉴클레오티드의 다중 카피를 포함할 수 있다. 대안적으로 구조는 상이한 서열을 갖는 다중 억제 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 이들 상이한 억제 올리고뉴클레오티드는 연구 또는 요법의 목적에 따라, 동일하거나 상이한 표적에 대해 지시될 수 있다.
본 발명은 또한 상태 또는 질환을 갖는 대상체의 치료 방법을 포괄한다. 장애는 예를 들어 자가면역 질환, 감염성 질환, 이식 거부 또는 이식편-대-숙주 질환, 악성종양, 폐 장애, 장 장애, 심장 장애, 패혈증, 척추관절병증, 대사 장애, 빈혈, 통증, 간 장애, 피부 장애, 손발톱 장애, 류마티스 관절염, 건선, 건선성 관절염을 동반한 건선, 궤양성 결장염, 크론병, 혈관염, 베체트병, 강직성 척추염, 천식, 만성 폐쇄성 폐 장애 (COPD), 특발성 폐 섬유증 (IPF), 재협착, 당뇨병, 빈혈, 통증, 크론병-관련 장애, 소아 류마티스 관절염 (JRA), C형 간염 바이러스 감염, 건선성 관절염 및 만성 판상 건선일 수 있다.
나노구조는 장애를 치료하기 위한 다른 비연결된 치료제와 조합될 수 있다. 나노구조 및/또는 다른 치료제는 동시에 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 다른 치료제가 동시에 투여되는 경우에, 이는 동일 또는 개별 제제로 투여될 수 있지만, 동일한 시간에 투여된다. 다른 치료제는 다른 치료제 및 나노구조 및 치료제의 투여가 시간적으로 분리된 경우에 서로 및 나노구조와 순차적으로 투여된다. 이들 화합물의 투여 사이의 시간상 분리는 수분일 수 있거나 또는 더 긴, 예를 들어 수일, 수주, 수개월일 수 있다.
용어 억제 올리고뉴클레오티드 또는 억제 올리고뉴클레오티드를 함유하는 나노구조의 "유효량"은 목적하는 생물학적 효과를 실현하는데 필요하거나 충분한 양을 지칭한다. 예를 들어, 질환을 치료 또는 예방하기 위한 억제 올리고뉴클레오티드 또는 억제 올리고뉴클레오티드를 함유하는 나노구조의 유효량은 질환의 진행 또는 추가의 악화를 예방하는데 필요한 양이거나 또는 억제 올리고뉴클레오티드 또는 억제 올리고뉴클레오티드를 함유하는 나노구조의 부재 하에 달리 발생할 질환의 중증도 또는 지속기간의 양을 감소시키는데 필요한 양이다. 본원에 제공된 교시와 조합하여, 다양한 활성 화합물 중에서 선택하고, 효력, 상대 생체이용률, 환자 체중, 유해 부작용의 중증도 및 바람직한 투여 방식과 같은 인자를 가늠함으로써, 실질적 독성을 유발하지 않고, 또한 특정한 대상체를 치료하는데 전적으로 유효한 효과적인 예방적 또는 치유적 치료 요법이 계획될 수 있다. 임의의 특정한 적용에 대한 유효량은 치료할 질환 또는 상태, 투여될 특정한 나노구조, 대상체의 크기, 또는 질환 또는 상태의 중증도와 같은 인자에 따라 달라질 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 과도한 실험을 필요로 하지 않고 특정한 나노구조의 유효량을 실험적으로 결정할 수 있다.
본원에 기재된 화합물의 대상 용량은 전형적으로 약 0.1 μg 내지 10,000 mg, 보다 전형적으로 약 1 μg/일 내지 8000 mg, 및 가장 전형적으로 약 10 μg 내지 100 μg의 범위이다. 대상체 체중과 관련하여, 전형적인 투여량 범위는 약 0.1 μg 내지 20 mg/kg/일, 보다 전형적으로 약 1 내지 10 mg/kg/일, 및 가장 전형적으로 약 1 내지 5 mg/kg/일로 언급된다.
억제 올리고뉴클레오티드 또는 본 발명의 억제 올리고뉴클레오티드를 함유하는 나노구조 (집합적으로 SNA로 지칭됨)는 치료 및/또는 진단 용도를 위해 대상체에게 생체내 또는 생체외 전달될 수 있거나 또는 연구 목적을 위해 시험관내, 생체외 또는 생체내 사용될 수 있다. SNA는 생체내 투여를 위해 단독으로 또는 임의의 적절한 제약 담체, 예컨대 액체, 예를 들어 염수, 또는 분말 중에서 투여될 수 있다. 이는 또한 더 큰 담체 입자와 함께 또는 투여 장치 내에서 공동-전달될 수 있다. SNA는 제제화 또는 비제제화될 수 있다. 본 발명의 제제는 제약상 허용되는 농도의 염, 완충제, 보존제, 상용성 담체, 아주반트 및 임의로 다른 치료 성분을 상용적으로 함유할 수 있는 제약상 허용되는 용액으로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, SNA는 로션 (예를 들어, 아쿠아포어)과 같은 물질과 혼합되고, 대상체의 피부에 투여되며, 이에 의해 SNA가 대상체의 피부를 통해 전달된다. SNA는 또한 멸균일 수 있다.
본 발명의 다른 실시양태에서, SNA는 상용 스케줄로 투여된다. 본원에 사용된 "상용 스케줄"은 미리 결정된 지정된 기간을 지칭한다. 상용 스케줄은, 스케줄이 미리 결정된 것인 한, 길이상 동일하거나 상이한 기간을 포괄할 수 있다. 예를 들어, 상용 스케줄은 매일 기준, 2일마다, 3일마다, 4일마다, 5일마다, 6일마다, 매주 기준, 매월 기준으로의 또는 그 사이의 임의의 세트의 일수 또는 주수, 2개월마다, 3개월마다, 4개월마다, 5개월마다, 6개월마다, 7개월마다, 8개월마다, 9개월마다, 10개월마다, 11개월마다, 12개월마다 등으로의 SNA의 투여를 수반할 수 있다. 대안적으로, 미리 결정된 상용 스케줄은 제1 주 동안은 매일 기준으로, 이어서 수 개월 동안은 매월 기준으로, 이어서 그 후에는 3개월마다의 SNA의 투여를 수반할 수 있다. 적절한 스케줄이 특정 일의 투여를 수반하는 것으로 먼저 결정된 한, 임의의 특정한 조합이 상용 스케줄에 포괄될 것이다.
요법에 사용하기 위해, 유효량의 SNA는 SNA를 목적하는 세포로 전달하는 임의의 방식에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 제약 조성물을 투여하는 것은 통상의 기술자에게 공지된 임의의 수단에 의해 달성될 수 있다. 투여 경로는 경구, 비경구, 근육내, 정맥내, 피하, 점막, 비강내, 설하, 기관내, 흡입, 안구, 질, 피부, 직장 및 직접 주사에 의한 것을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
대상체는 개, 고양이, 말, 소, 돼지, 양, 염소, 칠면조, 닭, 영장류, 예를 들어 원숭이, 및 어류 (양식 종), 예를 들어 연어를 포함하나 이에 제한되지는 않는 인간 또는 척추 동물을 의미할 것이다. 따라서, 본 발명은 또한 비-인간 대상체에서 질환을 치료하는데 사용될 수 있다.
본원에 사용된 용어 치료, 치료되는, 또는 치료하는은 장애와 관련하여 사용된 경우에, 질환의 발생에 대해 대상체의 저항성을 증가시키거나, 또는 다시 말해서, 대상체에서 질환이 발생할 가능성을 감소시키는 예방적 치료 뿐만 아니라 대상체에서 질환이 발생한 후 질환과 싸우거나 질환이 악화되는 것을 방지하기 위한 치료를 지칭한다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 이전에 논의된 조성물 중 1종 이상을 포함하는 키트에 관한 것이다. 본원에 사용된 "키트"는 전형적으로 본 발명의 조성물, 및/또는 예를 들어 이전에 기재된 바와 같은 본 발명과 연관된 다른 조성물 중 1종 이상을 포함하는 패키지 또는 어셈블리를 정의한다. 키트의 각각의 조성물은, 존재하는 경우에, 액체 형태로 (예를 들어, 용액으로), 또는 고체 형태 (예를 들어, 건조된 분말)로 제공될 수 있다. 특정 경우에, 조성물 중 일부는, 예를 들어 키트와 함께 제공될 수 있거나 또는 제공될 수 없는 적합한 용매 또는 다른 종의 첨가에 의해 구성가능할 수 있거나 또는 달리 가공가능할 수 있다 (예를 들어, 활성 형태로). 본 발명과 연관될 수 있는 다른 조성물의 예는, 예를 들어 샘플 및/또는 대상체에 대한 특정한 용도를 위해, 예를 들어 조성물 또는 성분을 사용, 투여, 변형, 어셈블리, 저장, 포장, 제조, 혼합, 희석 및/또는 보존하기 위한, 용매, 계면활성제, 희석제, 염, 완충제, 유화제, 킬레이트화제, 충전제, 항산화제, 결합제, 벌킹제, 보존제, 건조제, 항미생물제, 바늘, 시린지, 포장 재료, 튜브, 병, 플라스크, 비커, 디쉬, 프릿, 필터, 링, 클램프, 랩, 패치, 용기, 테이프, 접착제 등을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 본 발명과 연관된 키트는 SNA의 1종 이상의 성분을 포함한다. 예를 들어, 키트는 리포솜 코어를 형성하기 위한 리포솜 또는 솔리드 코어를 형성하기 위한 금속, 및/또는 나노구조의 외부를 위한 억제 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 키트는 또한 1종 이상의 다른 치료제를 포함할 수 있다.
본 발명의 키트는, 일부 경우에, 본 발명의 조성물과 함께 제공되는 임의의 형태의 지침서를 그 지침서가 본 발명의 조성물과 연관된 것임을 관련 기술분야의 통상의 기술자가 인식할 방식으로 포함할 수 있다. 예를 들어, 지침서는 조성물 및/또는 키트와 연관된 다른 조성물의 사용, 변형, 혼합, 희석, 보존, 투여, 어셈블리, 저장, 포장 및/또는 제조에 대한 지침서를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 지침서는 또한 예를 들어 샘플에 대한, 예를 들어 특정한 용도를 위한, 조성물의 사용에 대한 지침서를 포함할 수 있다. 지침서는, 이러한 지침서를 함유하는 적합한 비히클, 예를 들어 임의의 방식으로 제공되는 서면 또는 출판, 구두, 가청 (예를 들어, 전화), 디지털, 광학, 시각 (예를 들어, 비디오테이프, DVD 등) 또는 전자 통신 (인터넷 또는 웹-기반 통신 포함)으로서 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 인식가능한 임의의 형태로 제공될 수 있다.
본 발명은 하기 실시예에 의해 추가로 예시되며, 이는 어떠한 방식으로든 추가로 제한하는 것으로서 해석되어서는 안된다. 본 출원 전체에 걸쳐 인용되는 모든 참고문헌 (문헌 참고문헌, 허여된 특허, 공개된 특허 출원, 및 동시-계류 특허 출원 포함)의 전체 내용은 본원에 명백하게 참조로 포함된다.
등가물
관련 기술분야의 통상의 기술자는 상용 실험만을 사용하여 본원에 기재된 본 발명의 구체적 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 하기 청구범위에 의해 포괄되는 것으로 의도된다.
특허 문헌을 포함한 본원에 개시된 모든 참고문헌은 그 전문이 참조로 포함된다.
본원에 기재된 발명이 보다 완전하게 이해될 수 있도록 하기 위해, 하기 실시예를 제시한다. 본 출원에 기재된 실시예는 본원에 제공되는 화합물, 제약 조성물, 및 방법을 예시하기 위해 제공되고, 그 범주를 제한하는 것으로 어떠한 방식으로도 해석되지 않아야 한다.
실시예
실시예 1: 서열 특색과 안티센스 SNA 효력의 상관관계
방법
I. 리포솜 구형 핵산 합성
대략 50 nm 직경의 디올레오일포스파티딜콜린 (DOPC) 리포솜을 압출을 통해 합성하였다. RNAse-무함유 및 멸균 조건 하에, 활성 및 음성 대조군 안티센스 올리고뉴클레오티드를 리포솜에 첨가하고 밤새 정치되도록 하였다. 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에서 지질이 DOPC 이중층 내로 삽입되어, 리포솜의 외부 핵산 관능화를 발생시켰다. 이들 SNA는 리포솜당 100개의 안티센스 가닥의 최종 로딩에 의해 관능화되었다. 리포솜 SNA는 본질적으로 정량적으로 핵산을 혼입시키는 것으로 밝혀진 바 있다. SNA는, 사용 전 실온으로 가온되는 때인 형질감염 일까지, 4℃에서 저장하였다.
II. 세포 배양 및 형질감염
1차 인간 태아 각질세포 (HKF)를 70 μM 염화칼슘 및 1% 인간 각질세포 성장 보충제 (HKGS, 라이프 테크놀로지스(Life Technologies), S-001-K)가 보충된 배지 154 (라이프 테크놀로지스, M-154CF-500) 중에 유지시켰다. 1차 신생아 인간 표피 멜라닌세포 (HEMn)는 1% 인간 멜라닌세포 성장 보충제 (HMGS, 라이프 테크놀로지스, S-002-5로)가 보충된 배지 254 (라이프 테크놀로지스, M-254-500) 중에 유지시켰다. HFK 실험을 위해, 세포를 계대 5에서 96-웰 조직 배양 처리된 플레이트에 웰당 15,000개 세포의 밀도로 시딩하였다. HEMn 실험을 위해, 세포를 계대 7-12 사이에서 HFK의 것과 유사한 방식으로 시딩하였다. HFK 세포를 핵 인자-카파 B1 (NF-κB1), 인터류킨-22 수용체 A1 (IL-22RA1), 인터류킨-17 수용체 A1 (IL-17RA1) 또는 진행성 당화 최종-산물에 대한 수용체 (RAGE)를 표적화하는 억제 SNA 및 비-표적화 대조군 SNA로 사중으로 처리하였다. 모든 실험에서, SNA 농도는 신선한 유지 배지 중 5 nM이었다 (상응하는 안티센스 농도는 500 nM임). HEMn 세포는 티로시나제 (TYR)를 표적화하는 억제 SNA 및 비-표적화 대조군 SNA로 신선한 유지 배지 중 5 nM의 최종 SNA 농도 (500 nM의 안티센스 농도)로 사중으로 처리하였다. SNA를 세포와 24시간 동안 인큐베이션하였다.
III. RNA 단리 및 실시간 PCR
세포를 SNA 형질감염 24시간 후에 RLT 완충제 (퀴아젠(Qiagen)) 중에서 용해시켰다. RN이지 96-웰 키트 (퀴아젠)를 제조업체의 지침에 따라 사용하여 용해물로부터 RNA를 단리하였다. 이어서 cDNA 고용량 역전사 키트 (라이프 테크놀로지스)를 사용하여 RNA 단리물로부터 cDNA를 합성하였다. RNA 단리물을 써모사이클러 상에서 25℃에서 10분, 37℃에서 90분, 85℃에서 5분 동안 처리하고 4℃로 유지하여 cDNA를 생성하였다. 384-웰 광학 반응 플레이트 (로슈(Roche))의 반응 웰당 합성된 cDNA 6 μL, 라이트사이클러480 프로브스 마스터 믹스 (로슈) 4.66 μL, 유전자 특이적 FAM-표지된 프로브 및 프라이머 0.47 μL, 및 인간 글리세르알데히드-3-포스페이트 데히드로게나제 (GAPDH) 특이적 HEX-표지된 프로브 및 프라이머 0.37 μL를 함유하는 혼합물을 사용하여 RT-PCR을 수행하였다. 공지된 인간 게놈 서열 (NCBI 참조 서열 각각 NM_003998.3 , NM_021258.3, NM_014339.6, NM_001136.4, NM_000372.4 및 NM_002046.4)을 사용하여 NF-κB1, IL22RA, IL17RA, RAGE, TYR 및 GAPDH에 대한 프라이머 및 프로브 세트를 설계하고, "blastn" 분석 (NCBI)에 의해 특이적인 것을 발견하였다. 사용된 올리고뉴클레오티드 프로브 및 프라이머는 하기 표에서 발견할 수 있다. RT-PCR 반응을, 이중으로, 로슈 라이트사이클러 480 상에서 하기 주기 프로그래밍으로 수행하였다: 95℃에서 10분 동안 초기 변성, 및 이어서 95℃에서 10초 동안 변성, 60℃에서 30초 동안 어닐링 및 72℃에서 1초 동안 연장의 50 주기. 2차 미분 방법을 사용한 분석에 의해 Cp 값을 수득하였다. 하우스키핑 유전자 (GAPDH)에 의한 정규화 및 ΔΔ-Cp 방법에 의해 상대 유전자 발현을 결정하였다. 각각의 활성 SNA를 그의 대조군 SNA와 비교하였다.
Figure pct00001
Figure pct00002
SNA 녹다운 데이터는 하기 안티센스 가닥 특색의 함수로서 분석하였다: G 함량, G 이중선, 삼중선, 및 사중선의 수, 및 가닥 자기-이량체화 ΔG (표 1). 분석에서, 5종의 상이한 유전자에 대한 녹다운 데이터 (표 2-6)를 함께 병합하였다.
결과
데이터세트의 서열에서 GGG 모티프의 존재는 녹다운 대 특이적 모티프가 없는 그러한 서열에서 통계적으로 유의한 증가를 발생시켰다.
표 1: 5nM 중공 SNA에 의한 처리 후 퍼센트 mRNA 발현
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
Figure pct00006
Figure pct00007
mN = 2' O-메틸 RNA
* = 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결
iSp18 = 헥사(에틸렌 글리콜) 포스포디에스테르
Stearyl = 옥타데실 포스포디에스테르 (www.glenresearch.com/ProductFiles/10-1979.html)
Chol = 콜레스테릴 테트라(에틸렌 글리콜) (켐진스(ChemGenes)로부터의 CLP-2795)
Figure pct00008
Figure pct00009
본 출원은 다양한 허여 특허, 공개 특허 출원, 학술지 논문, 및 다른 공개물을 언급하며, 이들 모두는 본원에 참조로 포함된다. 임의의 포함된 참고문헌과 본 명세서 사이에 충돌이 존재하는 경우에, 본 명세서가 우선할 것이다. 추가로, 선행 기술에 속하는 본 발명의 임의의 특정한 실시양태는 청구범위 중 어느 하나 이상으로부터 명시적으로 제외될 수 있다. 이러한 실시양태는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 것으로 여겨지기 때문에, 이들은 제외가 본원에서 명시적으로 제시되지 않더라도 제외될 수 있다. 본 발명의 임의의 특정한 실시양태는 선행 기술의 존재와 관련이 있는지 여부와 관계 없이, 임의의 이유로, 임의의 청구범위로부터 제외될 수 있다.
관련 기술분야의 통상의 기술자는 상용 실험만을 사용하여, 본원에 기재된 구체적 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 또는 확인할 수 있을 것이다. 본원에 기재된 본 실시양태의 범주는 상기 상세한 설명으로 제한되는 것으로 의도되지 않으며, 오히려 첨부된 청구범위에 제시된 바와 같다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 이러한 기재에 대한 다양한 변화 및 변형이 하기 청구범위에 정의된 바와 같이, 본 발명의 취지 또는 범주를 벗어나지 않고 이루어질 수 있음을 인지할 것이다.
SEQUENCE LISTING <110> Exicure, Inc <120> NUCLEIC ACID NANOSTRUCTURES WITH CORE MOTIFS <130> A1107.70006WO00 <140> Not Yet Assigned <141> Concurrently Herewith <150> US 62/103,303 <151> 2015-01-14 <160> 82 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 1 actctggcgc agaaattagg 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 2 tgtagcccat ttgtctcagg 20 <210> 3 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> Modified with /FAM/ <220> <221> misc_feature <222> (25)..(25) <223> Modified with /BHQ1/ <400> 3 acaactatga ggtctctggg ggtac 25 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 4 gctgctgacc atcttgactg 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polynucleotide <400> 5 ggactggaat ttcacgtgct g 21 <210> 6 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Claims (51)

  1. 지질화된 구조 주위에 방사상으로 위치하는 올리고뉴클레오티드의 밀집 형상을 포함하는 구형 핵산 (SNA)이며, 여기서 올리고뉴클레오티드는 8-200개의 뉴클레오티드 길이를 갖고 적어도 1개의 GGG를 포함하는 것인 SNA.
  2. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 하기 구조:
    5' X1GGGX2 3'
    를 갖고, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드인 SNA.
  3. 제2항에 있어서, X1이 G 및 A로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 SNA.
  4. 제2항 또는 제3항에 있어서, 5' X1GGGX2 3'가 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 SNA.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 안티센스 올리고뉴클레오티드인 SNA.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 2-5개의 GGG 모티프를 포함하는 것인 SNA.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, SNA 구조가 2-10,000개의 올리고뉴클레오티드를 함유하는 것인 SNA.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 덴드리머가 아닌 SNA.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 코어에 연결된 것인 SNA.
  10. 제9항에 있어서, 코어가 지질화된 구조이고, 리포솜 코어인 SNA.
  11. 제10항에 있어서, 리포솜 코어가 1종의 유형의 지질로 구성된 것인 SNA.
  12. 제10항에 있어서, 리포솜 코어가 2-10종의 상이한 지질로 구성된 것인 SNA.
  13. 제9항에 있어서, 코어가 솔리드 또는 중공 코어인 SNA.
  14. 제9항에 있어서, 코어가 불활성, 상자성 또는 초자성인 SNA.
  15. 제9항에 있어서, 코어가 솔리드 코어인 SNA.
  16. 제15항에 있어서, 솔리드 코어가 금 및 은을 포함한 귀금속, 철 및 코발트를 포함한 전이 금속, 실리카를 포함한 금속 산화물, 중합체 또는 그의 조합으로 구성된 것인 SNA.
  17. 제16항에 있어서, 코어가 중합체 코어이고, 여기서 중합체 코어는 친양쪽성 블록 공중합체, 폴리스티렌, 폴리(락트산), 폴리(락트산 코-글리콜산), 폴리(글리콜산), 폴리(카프로락톤)을 포함한 소수성 중합체 및 다른 생체적합성 중합체로 구성된 것인 SNA.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 SNA의 외부 표면에 노출된 5'- 말단을 갖는 것인 SNA.
  19. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 SNA의 외부 표면에 노출된 3'- 말단을 갖는 것인 SNA.
  20. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 코어에 직접적으로 연결된 것인 SNA.
  21. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 코어에 링커를 통해 간접적으로 연결된 것인 SNA.
  22. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 핵지질인 SNA.
  23. 제1항 내지 제4항 및 제6항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 siRNA인 SNA.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 단일 가닥인 SNA.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 선형인 SNA.
  26. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 이중 가닥이고, 오버행을 갖지 않는 것인 SNA.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 GGG가 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에서 처음 10개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 SNA.
  28. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 GGG가 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에서 3' 말단에서의 10개의 뉴클레오티드 내에 위치하는 것인 SNA.
  29. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 GGG가 올리고뉴클레오티드의 중심에 위치하는 것인 SNA.
  30. 세포를 적어도 1개의 GGG 모티프를 갖는 억제 올리고뉴클레오티드를 갖는 뉴클레오티드 친양쪽성체를 포함하는 나노구조와 접촉시키는 것을 포함하는 유전자 발현을 감소시키는 방법이며,
    여기서 유전자 발현은 세포를 유리 억제 올리고뉴클레오티드와 접촉시킨 경우보다 더 큰 정도로 감소되는 것인, 유전자 발현을 감소시키는 방법.
  31. 제30항에 있어서, 뉴클레오티드 친양쪽성체가 구형 핵산 (SNA)인 방법.
  32. 제31항에 있어서, SNA가 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항의 SNA인 방법.
  33. 제30항 또는 제31항에 있어서, 억제 올리고뉴클레오티드가 안티센스 올리고뉴클레오티드인 방법.
  34. 제30항 또는 제31항에 있어서, 억제 올리고뉴클레오티드가 하기 구조:
    5' X1GGGX2 3'
    를 갖고, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드인 방법.
  35. 제34항에 있어서, X1이 G 및 A로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
  36. 제34항 또는 제35항에 있어서, 5' X1GGGX2 3'가 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
  37. 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 억제 올리고뉴클레오티드가 TNF, Bcl-2, EGFR, mdm2, MyD88, PCSK9, 서바이빈, VEGF, 발생 유전자 (예를 들어 부착 분자, 시클린 키나제 억제제, Wnt 패밀리 구성원, Pax 패밀리 구성원, 윙드 헬릭스 패밀리 구성원, Hox 패밀리 구성원, 시토카인/림포카인 및 그의 수용체, 성장 또는 분화 인자 및 그의 수용체, 신경전달물질 및 그의 수용체), 종양유전자 (예를 들어 ABLI, BCL1, BCL6, CBFA1, CBL, CSFIR, ERBA, ERBB, EBRB2, ETS1, ETS1, ETV6, FGR, FOX, FYN, HCR, HRAS, JUN, KRAS, LCK, LYN, MDM2, MLL, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, NRAS, PIM1, PML, RET, SRC, TAL1, TCL3 및 YES), 종양 억제 유전자 (예를 들어 APC, BRCA1, BRCA2, MADH4, MCC, NF1, NF2, RB1, TP53 및 WT1), 효소 (예를 들어 ACP 데새투라제 및 히드록실라제, ADP-글루코스 피로포릴라제, ATPase, 알콜 데히드로게나제, 아밀라제, 아밀로글루코시다제, 카탈라제, 셀룰라제, 시클로옥시게나제, 데카르복실라제, 덱스트리나제, 에스테라제, DNA 및 RNA 폴리머라제, 갈락토시다제, 글루카나제, 글루코스 옥시다제, GTPase, 헬리카제, 헤미셀룰라제, 인테그라제, 인버타제, 이소머라제, 키나제, 락타제, 리파제, 리폭시게나제, 리소자임, 펙틴에스테라제, 퍼옥시다제, 포스파타제, 포스포리파제, 포스포릴라제, 폴리갈락투로나제, 프로테이나제 및 펩티다제, 풀라나제, 레콤비나제, 리버스 트랜스크립타제, 토포이소머라제, 크실라나제), 및 TLR (예를 들어 TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8 및 TLR9)로 이루어진 군으로부터 선택된 표적 서열에 상보적인 방법.
  38. 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 억제 올리고뉴클레오티드가 항바이러스제, 항종양제, 및 유전성 장애를 치료하기 위한 작용제로 이루어진 군으로부터 선택된 치료제인 방법.
  39. 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 자가면역 질환, 감염성 질환, 이식 거부 또는 이식편-대-숙주 질환, 악성종양, 폐 장애, 장 장애, 심장 장애, 패혈증, 척추관절병증, 대사 장애, 빈혈, 통증, 간 장애, 피부 장애, 손발톱 장애, 류마티스 관절염, 건선, 건선성 관절염을 동반한 건선, 궤양성 결장염, 크론병, 혈관염, 베체트병, 강직성 척추염, 천식, 만성 폐쇄성 폐 장애 (COPD), 특발성 폐 섬유증 (IPF), 재협착, 당뇨병, 빈혈, 통증, 크론병-관련 장애, 소아 류마티스 관절염 (JRA), C형 간염 바이러스 감염, 건선성 관절염, 및 만성 판상 건선으로 이루어진 군으로부터 선택된 장애를 치료하기 위한 방법.
  40. 적어도 1개의 GGG를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 연결된 지질을 포함하는 핵지질을 포함하는 억제 올리고뉴클레오티드이며, 여기서 올리고뉴클레오티드는 8-200개의 뉴클레오티드 길이를 갖고, 여기서 뉴클레오티드 중 30%-90%는 변형된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  41. 제40항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 하기 구조:
    5' X1GGGX2 3'
    를 갖고, 여기서 X1 및 X2는 서로 독립적으로 임의의 뉴클레오티드인 억제 올리고뉴클레오티드.
  42. 제41항에 있어서, X1이 G 및 A로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  43. 제41항 또는 제42항에 있어서, 5' X1GGGX2 3'가 GGGG, GGGT, AGGG 및 GGGC로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  44. 제40항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 안티센스 올리고뉴클레오티드인 억제 올리고뉴클레오티드.
  45. 제40항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 2-5개의 GGG 모티프를 포함하는 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  46. 제40항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 지질이 스테아릴 또는 콜레스테롤인 억제 올리고뉴클레오티드.
  47. 제40항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 뉴클레오티드 변형이 포스포로티오에이트 변형인 억제 올리고뉴클레오티드.
  48. 제40항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 뉴클레오티드 변형이 2'O 메틸 변형인 억제 올리고뉴클레오티드.
  49. 제40항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 뉴클레오티드 중 40%-70%가 변형된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  50. 제40항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 40% G로 구성된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
  51. 제40항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 50% G로 구성된 것인 억제 올리고뉴클레오티드.
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