KR20150134342A - 치료에 대한 반응성을 예측하기 위한 유전 마커 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 심혈관 질환을 갖는 환자를 선택하기 위한 유전형 분석(genotyping) 방법 및 조성물을 제공한다.

Description

치료에 대한 반응성을 예측하기 위한 유전 마커{GENETIC MARKERS FOR PREDICTING RESPONSIVENESS TO THERAPY}
본 발명의 분야는 심혈관 장애를 갖는 대상체의 치료 또는 예방에 관한 것이다.
20년 전이지만, 획일적인 치료(one treatment fits all)는 가공할만한 "블록버스터" 약물을 얻기 위해 수행된 방법이었다. 인간 게놈이 서열결정되고 분자 프로파일링 기술이 진보된 현재는 보다 더 등급화된 또는 맞춤화된 방법으로 약물 개발 방법이 수행되고 있다. 이들 진보는 점차적으로 개체들을, 특정 질환의 위험을 갖거나, 특정 치료에 반응하거나, 특정 치료에 반응하지 않거나, 치료받을 때 부작용의 고위험을 갖는 하위집단으로 분류할 수 있게 한다. 따라서, 유전 검사를 이용하여 진단, 예후 및 치료 선택을 알아낼 수 있다. 다수의 연구들이 유전형(genotype)과 약학 치료에 대한 반응 사이의 관계를 밝혔다. 이 방법은 특히, 다수의 맞춤형 의약 방법이 성공적으로 개발되어 있고 임상 결과에서 주요 개선을 제공한 종양학에서 지난 수십 년에 걸쳐 널리 수용되고 있다.
심혈관 장애에서는 특정 치료적 중재를 위한 유전형에 의한 집단의 등급화가 제한되어 있다. 본 발명의 목적들 중 하나는 심혈관 장애를 앓고 있는 집단이 상이하게 거동할 것이고 결과적으로 특정 치료에 상이하게 반응할 수 있다는 것을 입증하는 것이다. LDL의 낮춤은 심혈관 질환의 관리에 있어서 중요한 치료 전략이다. 실제로, LDL을 낮추는 스타틴 약물, 예컨대, 크레스토르(Crestor), 리피토르(Lipitor), 프라바콜(Pravachol) 및 조카르(Zocar)는 널리 사용되고 가장 많이 처방된 약물들에 속한다. 얼마 전부터 HDL의 증가도 심혈관 질환에서 치료제가 될 수 있다는 것이 일반적으로 받아들여졌다. 니아신(niacin) 및 CETP 억제제, 예컨대, 토르세트라핍(torcetrapib), 아나세트라핍(anacetrapib), 에바세트라핍(evacetrapib) 및 달세트라핍(dalcetrapib)을 비롯한 여러 HDL 상승 약물들이 개발되었다.
혈장 지질 전달 단백질로서도 지칭되는 콜레스테릴에스터 전달 단백질(CETP)은 여러 조직들에서 합성되지만 주로 간에서 합성되는 소수성 당단백질이다. CETP는 모든 혈장 지단백질 입자들 사이에 콜레스테릴에스터 및 트라이글리세라이드의 양방향 전달을 촉진한다. 혈장 지단백질에 대한 CETP 활성의 영향을 보여주는 첫 번째 증거는 CETP의 유전 결핍을 갖는 사람들에서의 관찰결과에 의해 제공되었다. 첫 번째 CETP 돌연변이는 현저히 상승된 HDL-C의 원인으로서 1989년 일본에서 확인되었다. 그 이후에 CETP 결핍과 관련된 10개의 돌연변이가 동양인에서 확인되었고 1개의 돌연변이가 백인에서 확인되었다. 100 mg/㎗ 초과의 HDL-C 수준을 갖는 대상체들의 57%가 CETP 유전자의 돌연변이를 갖는다는 것이 일본에서 발견되었다. 또한, 75 내지 100 mg/㎗의 HDL-C 수준을 갖는 일본인들의 37%가 CETP 유전자의 돌연변이를 갖는다. 그 후, 항-CETP 항체로 치료받은 동물의 연구는 CETP 억제가 HDL-C 농도의 실질적 증가를 초래하였다는 것을 보여주었다. 항-CETP 항체로 치료받은 CETP 결핍 환자 및 토끼에서의 이들 관찰결과와 일치하여, 그 이후에 CETP 억제제 약물을 사용한 인간의 치료가 HDL 콜레스테롤 및 apoA-I(HDL에서의 주요 아포지단백질)의 농도를 증가시킨다는 것이 발견되었다. 인간 돌연변이의 연구를 비롯한 다수의 전염병학 연구는 CETP 활성의 변경의 효과를 관상 심장 질환 위험과 상호관련시켰다(Hirano, K.I. Yamishita, S. and Matsuzawa Y. (2000) Curr. Opin. Lipido. 11(4), 389-396).
관상 심장 질환(CHD), 뇌졸중 및 말초 혈관 질환을 비롯한 죽상동맥경화증 및 이의 임상 결과는 국제적으로 건강 관리 시스템에 큰 부담이 된다. CETP를 억제하는 약물(CETP 억제제)은 죽상동맥경화증의 치료 또는 예방에 유용할 것이라는 예상으로 얼마 전부터 개발되고 있다. 달세트라핍, 토르세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, BAY 60-5521 등을 비롯한 다수의 클래스의 CETP 억제제 약물들이 인간에서 HDL을 증가시키고 LDL을 감소시키고 죽상동맥경화증 및 심혈관 질환의 치료에 치료 효과를 갖는 것으로 밝혀졌다(표 1).
[표 1]
Figure pct00001
그러나, 이들 약물들이 모든 환자들에서 안전할 수 없고 효과적일 수 없다는 증거가 있다. 토르세트라핍에 대한 임상 시험은 아토르바스타틴(atorvastatin)만으로 치료받은 환자에 비해 토르세트라핍 및 아토르바스타틴을 동시에 투여받은 환자에서의 사망률로 인해 III 기에서 종결되었다. 달세트라핍에 대한 임상 시험도 스타틴 단독에 비해 효능이 없기 때문에 이 경우 III 기에서 중단되었다. 추가 CETP 억제제들은 여전히 임상 시험 및 초기 단계 개발이 계속되고 있다. 일반적으로, 보다 더 우수한 효능 및 감소된 오프(off)-표적 효과를 제공하는 CETP 억제제를 사용하는 치료 방법이 임상적으로 유리할 것이다. CETP 억제제에 대한 반응을 예측하고 CETP 억제제의 투여와 관련된 부작용의 위험을 평가하는 생체마커, 방법 및 방식이 필요하다.
CETP 억제제는 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 심혈관 장애, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증의 치료 및/또는 예방에 유용하다.
임상 시험은 약물을 사용한 치료에 대한 환자 반응이 종종 다양하다는 것을 밝혔다. 개체 또는 환자 하위집단을 위한 약물의 약물 개발, 임상 개발 및 치료 영향을 개선할 긴급한 필요성이 존재한다. SNP는 특정 약물을 사용한 치료에 가장 적합한 환자를 확인하는 데에 사용될 수 있다(이것은 종종 "약물유전체학(Pharmacogenomics)"으로서 지칭된다). 유사하게, SNP는 독성 부작용을 발생시킬 환자의 증가된 가능성 또는 치료에 반응하지 않을 그의 가능성으로 인해 환자를 특정 치료로부터 배제하는 데에 사용될 수 있다. 약물유전체학은 약물 개발 및 선택 과정을 보조하기 위해 약학 연구에서도 사용될 수 있다(Linder et al, Clinical Chemistry 43:254 (1997); Marshall, Nature Biotechnology 15:1249 (1997); 국제 특허출원 공개 제WO97/40462호, Spectra Biomedical; and Schafer et al , Nature Biotechnology 16:3 (1998)).
달세트라핍 사망률 및 이환률 시험(dal-OUTCOMES)은 급성 관상 증후군(ACS)로 인해 최근에 입원한 안정한 CHD 환자들에서 수행된 이중-맹검 무작위배정 플라세보-대조 병렬 군 다중심 연구이었다. 상기 연구는 CETP 억제가 최근 ACS를 갖는 환자에서 재발성 심혈관 사건의 위험을 감소시킬 것이라는 가설을 검증하기 위해 CETP 억제를 통해 HDL-C 수준을 상승시킴으로써 수행되었다. 환자를 안정시키고 계획된 재혈관형성 절차를 완료하기 위해 적격 환자들이 약 4주 내지 6주의 단일-맹검 플라세보 런-인(run-in) 기간에 들어갔다. 상기 런-인 기간의 말기에, 안정한 상태에 있는 적격 환자들을 ACS에 대한 증거-기초 의료 관리에 근거하여 1:1 비로 600 mg의 달세트라핍 또는 플라세보로 무작위배정하였다. 달세트라핍은 콜레스테롤-에스터 전달 단백질(CETP)의 억제제이다. 이 억제제는 여러 동물 종들 및 인간에서 CETP 활성의 용량 관련 감소 및 HDL-C 수준의 증가를 유도하는 것으로 밝혀졌다. CETP 활성의 감소는 상이한 방법을 통해 여러 동물 모델들에서 항-죽상동맥경화증 효과를 나타내었다. 시험은 무익하다는 이유로 DSMB에 의해 2012년 5월에 중단되었다. dal-OUTCOMES 연구는 심혈관 질환 진행과 관련된 예상외의 관찰결과를 제공하였다. HDL-C의 현저한 증가에도 불구하고 치료 시 환자들이 심혈관 사건의 유의한 감소를 보이지 않았고 연구는 종결되었다.
dal-OUTCOMES 연구의 종결 후, 연구에 참여한 환자들의 하위집단이 달세트라핍에 상이하게 반응하고 달세트라핍이 환자의 하위집단에서 유의한 치료 효과를 가질 수 있다고 가정되었다. 달세트라핍 반응의 개체간 편차를 연구하고 달세트라핍 또는 다른 CETP 억제제에 대한 치료 반응의 예측, 환자 등급화 및 치료 선택을 위한 유전 마커를 찾기 위해 dal-OUTCOMES 연구 집단의 약물유전체학 연구가 수행되었다.
본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 수 있는 개체, 구체적으로 심혈관 장애를 갖는 개체를 선택하기 위한 유전형 분석 방법, 시약 및 조성물을 제공한다. 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 환자의 유전형 분석 및 선택을 포함하는, 심혈관 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법도 제공한다. 놀랍게도, dal-OUTCOMES 환자 코호트(cohort)의 약물유전체학 연구는 달세트라핍에 대한 개체의 반응과 관련되어 있고 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질(구체적으로 CETP 억제제/조절제)에 대한 치료 반응을 예측하고 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질(구체적으로 CETP 억제제/조절제)로 환자를 치료하는 데에 유용한 유전 마커인 단일 뉴클레오티드 다형성(polymorphism)(SNP)을 발견하였다.
본 발명의 유전형 분석 방법에서 검출된 유전 마커는 16번 염색체 상의 아데닐레이트 사이클라제 9형(Adenylate Cyclase Type 9)(ADCY9) 유전자에 존재하는 15개의 SNP들인 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675, 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응과 강하게 관련되어 있는(P=4.11·10-8) rs1967309를 포함한다.
본 발명의 다른 유전자 마커는 rs1967309와 연관 비평형(linkage disequillibrium)으로 존재하거나 P<0.05로 관련 신호를 제공하고 rs1967309의 유용한 대용 생체마커를 제공할 수 있는, ADCY9 유전자 내의 SNP를 포함한다. 한 실시양태에서, rs1967309와 연관 비평형으로 유전되는 SNP로 구성된 대용 생체마커가 검출되고 rs1967309의 유전형이 추정된다.
본 발명은 HDL 상승 약물, 특히 CETP 억제제로 환자를 유전형 분석하고 치료하는 방법에 관한 것이다. rs1967309에서의 3개의 유전형들은 HDL 상승 약물, 구체적으로 CETP 억제제에 대한 개체의 반응을 예측한다: AA, AG 및 GG. 이들 중 AA 유전형은 HDL 상승 약물로 치료받은 환자에서의 개선된 치료 반응과 관련되어 있고, AG 유전형은 부분적인 반응과 관련되어 있고, GG 유전형은 반응의 결여(비-반응)와 관련되어 있다. 본 발명의 목적상, AA 유전형을 보유하는 환자는 HDL 상승 약물을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 수 있고, AG 유전형을 보유하는 환자는 HDL 상승 약물을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 수 있고, GG 유전형을 보유하는 환자는 HDL 상승 약물을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 수 없다. rs1967309에서의 2개의 유전형, 즉 AA 및 AG는 심혈관 장애를 갖는 환자에서 CETP 억제제, 구체적으로 달세트라핍에 대한 치료 반응을 표시한다. 구체적으로, rs1967309에 대한 AA 유전형은 심혈관 장애를 갖는 환자에서 CETP 억제제, 구체적으로 달세트라핍에 대한 보다 더 큰 치료 반응을 표시한다.
본 발명은 다형성 또는 유전자 변이체를 함유하는 핵산 분자, 이 핵산 분자에 의해 코딩된 변이체 단백질, 다형성 핵산 분자를 검출하기 위한 시약, 및 상기 핵산 분자 및 단백질을 사용하는 방법뿐만 아니라 이들의 검출을 위해 시약(예를 들면, 본 발명의 유전형 분석 방법에서 사용되는 프라이머 및 프로브)을 사용하는 방법에 관한 것이다.
한 실시양태에서, 본 발명은 본 발명의 유전자 변이체를 검출하는 방법, 및 이 방법에서 사용되는 검출 시약, 예컨대, 프로브 또는 프라이머를 제공한다.
구체적으로, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 치료 반응과 관련된 유전 마커, 및 본 발명의 유전자 변이체를 함유하는 합성 핵산 분자(DNA 및 RNA 분자를 포함함)를 제공한다. 본 발명은 이러한 유전자 변이체를 함유하는 핵산 분자에 의해 코딩된 변이체 단백질, 코딩된 변이체 단백질에 대한 항체, 신규 유전자 변이체 또는 SNP 정보를 함유하는 컴퓨터-기반 및 데이터 저장 시스템, 시험 샘플에서 이들 SNP들을 검출하는 방법, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 투여받았을 때 하나 이상의 본 발명의 유전자 변이체의 존재 또는 부재, 또는 하나 이상의 코딩된 변이체 생성물(예를 들면, 변이체 mRNA 전사체 또는 변이체 단백질)의 검출에 근거하여 치료에 반응하는 개체를 확인하는 방법, 및 하나 이상의 본 발명의 유전자 변이체를 보유하는 심혈관 질환을 갖는 개체를 치료하는 방법도 제공한다.
본 발명의 예시적 실시양태는 치료 요법을 선택하거나 만들어내는 방법(예를 들면, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제 치료를 개체에게 투여할지 아니면 투여하지 않을지를 결정하는 방법)도 제공한다.
본 발명의 다양한 실시양태는 개체의 유전형에 근거하여 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질(구체적으로 CETP 억제제/조절제)이 치료적으로 투여될 수 있는 개체를 선택하는 방법, 및 개체의 유전형에 근거하여 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질(구체적으로 CETP 억제제/조절제)의 임상 시험에 참여할 개체를 선택하는(예를 들면, 개체의 유전형(들), 구체적으로 rs1967309에서의 유전형 AA에 근거하여 치료에 긍정적으로 반응할 가능성이 가장 높은, 시험에 참여할 개체를 선택하고/하거나 치료에 긍정적으로 반응할 가능성이 없는 개체를 시험으로부터 배제시키거나), 개체에게 유리할 수 있는 대안적 약물의 임상 시험에의 참여를 위해 긍정적으로 반응할 가능성이 없는 개체를 선택하는 방법도 제공한다.
본 발명의 핵산 분자는 발현 벡터 내에 삽입되어 숙주 세포에서 변이체 단백질을 생성할 수 있다. 따라서, 본 발명은 본 발명의 SNP 함유 핵산 분자를 포함하는 벡터, 이 벡터를 함유하는 유전적으로 조작된 숙주 세포, 및 이러한 숙주 세포를 사용하여 재조합 변이체 단백질을 발현시키는 방법도 제공한다. 또 다른 구체적인 실시양태에서, 숙주 세포, SNP 함유 핵산 분자 및/또는 변이체 단백질은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질(구체적으로 CETP 억제제/조절제)인 치료제를 스크리닝하거나 확인하는 방법에서 표적으로서 사용될 수 있다.
달세트라핍에 대한 개선된 반응을 확인하는, 본원에서 제공된 방법에서 결정/평가될 수 있는 ADCY9의 예시적 SNP들은 돌연변이가 서열번호 1 및 2에 나타낸 바와 같이 각각 식별기호 rs12595857 및 rs1967309를 갖는 단일 뉴클레오티드 다형성으로서도 공지되어 있는 위치 4,062,592 및 4,065,583(게놈 어셈블리 GRCh37.p5)에서 뉴클레오티드 서열의 변화를 초래하는 SNP들이다.
본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료가 심혈관 장애를 갖는 환자에게 유리할 증가된 가능성을 예측하는 유전 다형성의 확인에 근거한다.
도 1은 본 발명의 SNP들, 즉, rs1967309 및 rs12595857이 CETP 억제제인 달세트라핍으로 치료받은 환자에서 심혈관 사건(일차 복합 사건 또는 예상되지 않은 관상 재혈관형성)의 감소와 강하게 관련되어 있다는 것을 보여준다. 이 도면은 dal-OUTCOMES 연구의 치료 아암(arm)으로부터의 샘플을 사용한 게놈-범위 관련 연구(GWAS)의 결과를 보여준다. 패널 A는 16번 염색체 상의 ADCY9 유전자 영역에서 강한 신호를 갖는 로지스틱 회귀에 대한 맨하탄(Manhattan) 플롯(plot)을 보여준다. 각각의 점은 치료 동안 심혈관 사건을 경험한 참여자와 경험하지 않은 참여자의 비교를 위한 P 값을 나타내고 성별 및 유전 혈통에 대한 5개의 주요 성분에 대해 조절되어 있다. 패널 B는 ADCY9 영역 내의 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP들)에 대한 P 값을 보여준다. 치료 동안의 심혈관 사건과, rs1967309 SNP, 및 rs1967309와 연관 비평형으로 존재하는 인접 SNP rs12595857 사이에 강한 관련성이 존재한다. x 축은 16번 염색체 상의 SNP 위치를 보여준다(국립 생물공학정보 센터 어셈블리 GRCh37.p5). 좌측 y 축은 패널 A에 기재된 바와 같이 심혈관 사건의 존재와 부재 사이의 비교를 위한 P 값의 음성 log10을 보여준다. 우측 y 축은 16번 염색체에서의 재조합률을 보여준다. 마름모는 HapMap으로부터의 기준 CEU 샘플로부터 평가된 샘플에서의 연관 비평형(LD) 정도를 보여준다.
도 2는 달세트라핍 및 플라세보 치료 아암에서 별개로 연구 종결에 의해, 및 ADCY9 유전자에서의 rs1967309 유전형에 의한 심혈관 사건(dal-OUTCOMES 일차 복합 사건 또는 예상되지 않은 관상 재혈관형성)의 빈도를 보여준다. 사건의 발생률(%)은 95% CI로 보고되어 있다.
도 3은 ADCY9 유전자 내의 rs1967309 SNP에서의 3개 유전형들(GG, AG, AA)에 의해 별도로 등급화된 달세트라핀 치료 아암 및 플라세보 아암에 대한 심혈관 사건(dal-OUTCOMES 일차 복합 사건 또는 예상되지 않은 관상 재혈관형성)의 누적 발생률을 보여준다.
도 4는 24개월의 치료 동안 유전형에 따른 지질 수준의 변화를 보여준다. 패널 A: 달세트라핍 치료 아암에 대한 ADCY9 SNP rs1967309의 유전형 군에 의한 기준부터 1개월까지 지질 값 변화의 평균 ± SE(mg/㎗). 지질의 변화와 유전형 사이의 일변량 통계에 대한 P 값이 제시되어 있다. 패널 B: 치료 아암에서 환자에 대한 dal-OUTCOMES 시험의 추적조사 기간 동안 LDL 콜레스테롤의 절대 값에 대한 평균 ± 95% CI. 다변량 혼합 회귀 모델에 대한 P 값.
도 5는 dal-OUTCOMES의 유전 연구로부터의 6297명의 개체들, 및 1000 게놈 데이터 세트로부터의 83 CEU 파운더(founder), 186 JPT-CHB 및 88 YRI 파운더에 대한 76,854개 SNP들로부터의 처음 2 차원(C1, C2)을 보여주는 MDS 플롯이다.
도 6은 dal-OUTCOMES의 유전 연구로부터의 6297명의 개체들, 및 1000 게놈 데이터 세트로부터의 83 CEU 파운더, 186 JPT-CHB 및 88 YRI 파운더에 대한 76,854개 SNP들로부터의 주요 성분 분석으로부터의 처음 10개 성분들에 의해 설명된 누적 분산의 플롯이다.
도 7은 0.05 이상의 MAF를 갖는 SNP들의 게놈 범위 관련성에 대한 관찰된 -log10 P 값 대 널(null) 하에서의 기대치의 분위-분위(QQ) 플롯이다. 음영 영역은 널 가설 하에서의 분포의 2.5번째 및 97.5번째 백분위를 계산함으로써 형성된 95% 농도 밴드이다. 점은 치료 동안 심혈관 사건을 경험한 치료 아암의 dal-OUTCOMES 참여자와 경험하지 않은 참여자의 비교를 위한 PLINK에서의 로지스틱 회귀로부터의 등급화된 P 값을 나타내고 성별 및 유전 혈통에 대한 5개 주요 성분들에 대해 조절되어 있다.
도 8은 강하게 관련되어 있는 SNP rs1967309 주변의 ADCY9 유전자에서의 연관 비평형 패턴(r2)을 보여주는 열 플롯이다. 블록 6, 7, 8 및 9는 SNP rs12935810부터 SNP rs13337675까지 위치 16번 염색체 4049365부터 16번 염색체 4077178(어셈블리 GRCh37/hg19)까지 걸쳐있는 rs1967309와 높은 연관 비평형으로 존재하는 영역을 보여준다.
본 발명의 다양한 특징 및 실시양태는 본원에 개시되어 있으나, 본 발명의 다른 특징, 변경 및 균등물은 제공된 교시에 근거할 때 당업자에게 자명할 것이다. 기재된 본 발명은 제공된 실시예 및 실시양태로 한정되지 않고, 다양한 대안적 균등물이 당업자에 의해 인식될 것이다. 본원에서 사용된 바와 같이, 문맥이 달리 명시하지 않은 한, 단수형은 복수형을 포함한다. 예를 들면, 세포는 "세포들"도 포함할 것이다.
"대립형질"은 주어진 유전자의 어느 하나 이상의 대안적 형태로서 정의된다. 이배체 세포 또는 유기체에서 대립형질 쌍의 구성원(즉, 주어진 유전자의 2개의 대립형질)은 한 쌍의 상동성 염색체 상의 상응하는 위치(좌위)를 점유하고, 이들 대립형질이 유전적으로 동일한 경우 세포 또는 유기체는 "동형접합성"을 갖는다고 주장되나, 유전적으로 상이한 경우 세포 또는 유기체는 특정 유전자에 대한 "이형접합성"을 갖는다고 주장된다.
"유전자"는 특정 기능성 생성물을 코딩하고 코딩 영역에 인접한 비-번역 서열 및 비-전사 서열을 포함할 수 있는, 특정 염색체 상의 특정 위치에 위치하는 뉴클레오티드들의 정렬된 서열이다. 이러한 비-코딩 서열은 서열의 전사 및 번역에 필요환 조절 서열 또는 인트론 등을 함유할 수 있거나, 관심있는 SNP의 발생 이외에 그에게 기인하는 어떠한 기능도 아직 갖지 않을 수 있다.
"유전형 분석"은 개체가 게놈 내의 하나 이상의 위치에서 보유하는 유전 정보의 확인을 지칭한다. 예를 들면, 유전형 분석은 개체가 단일 SNP에 대해 어떤 대립형질 또는 대립형질들을 보유하는지를 확인하는 것, 또는 개체가 복수의 SNP들에 대해 어떤 대립형질 또는 대립형질들을 보유하는지를 확인하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들면, rs1967309에서 뉴클레오티드는 일부 개체에서 A일 수 있고 다른 개체에서 G일 수 있다. 상기 위치에서 A를 갖는 개체는 A 대립형질을 갖고, G를 갖는 개체는 G 대립형질을 갖는다. 이배체 유기체에서, 개체는 개체가 A 대립형질 및 G 대립형질을 가질 수 있도록 다형성 위치를 함유하는 서열의 2개 카피, 또는 대안적으로 A 대립형질의 2개 카피 또는 G 대립형질의 2개 카피를 가질 것이다. G 대립형질의 2개 카피를 갖는 개체는 G 대립형질에 대한 동형접합성을 갖고, A 대립형질의 2개 카피를 갖는 개체는 A 대립형질에 대한 동형접합성을 갖고, 각각의 대립형질의 1개 카피를 갖는 개체는 이형접합성을 갖는다. 대립형질은 종종 A 대립형질, 종종 다수(major) 대립형질, 및 B 대립형질, 종종 소수(minor) 대립형질로서 지칭된다. 유전형은 AA(동형접합 A), BB(동형접합 B) 또는 AB(이형접합)일 수 있다. 유전형 분석 방법은 일반적으로 AA, BB 또는 AB로서의 샘플의 확인을 제공한다.
용어 "포함하는"은 조성물 및 방법이 언급된 구성요소를 포함하나 다른 구성요소를 배제하지 않는다는 것을 의미하기 위한 것이다.
"HDL 상승 또는 HDL 모방 물질"은 하기 기작들 중 하나로 HDL 수준을 증가시키는 화합물, HDL 동맥 보호 활성들 중 하나 이상을 제공하는 화합물, 예컨대, 세포 지질(콜레스테롤 및/또는 인지질) 유출을 증가시킬 화합물을 지칭하고 항산화제 및 소염 활성을 갖는다: CETP 억제/조절, PPAR 작용기능(agonism), LXR 작용기능, HM74 작용기능(니아신 수용체), 티로트로핀(thyrotropin) 호르몬 수용체 작용기능, 리파제(lipase)의 억제제 및 HDL 이화작용 ApoA1 유도제. 구체적으로, HDL 모방 물질은 ApoA1 및 ApoA1 유도체(예컨대, ApoA1 밀라노(Milano), ApoA1 파리(Paris)) 및 다른 유사체, ApoA1 및/또는 ApoAII 및 적절한 지질, 예컨대, 인지질을 함유하는 재구성된 HDL, ApoE, 유도체, 유사체 및 양친매성 지단백질의 펩티도미메틱(peptidomimetic)이다. "HDL 상승 또는 HDL 모방 물질"의 예는 니아신, 피브레이트, 글리타존, 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, DEZ-001(이전에 TA-8995로서 공지됨)(미츠비시 타나베 파마(Mitsubishi Tanabe Pharma)), ATH-03(아프리스(Affris)), DRL-17822(닥터 레디스(Dr. Reddy's)), DLBS-1449(덱사 메디카(Dexa Medica)), RVX-208(레스버로긱스(Resverlogix)), CSL-112(씨엘에스 베링(Cls Behring)), CER-001(세레니스(Cerenis)), 및 ApoA1-밀나노(메디슨 컴파니(Medicine Company))이다. "HDL 상승 또는 HDL 모방 물질"의 구체적인 예는 니아신, 피브레이트, 글리타존, 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, 토르세트라핍, 바람직하게는 니아신, 피브레이트, 글리타존, 달세트라핍, 아나세트라핍 또는 에바세트라핍이다. 보다 구체적으로, HDL 상승 또는 모방 물질은 CETP 억제제/조절제로부터 선택된다. CETP 억제제/조절제의 예는 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, DEZ-001(이전에 TA-8995로서 공지됨)(미츠비시 타나베 파마), ATH-03(아프리스), DRL-17822(닥터 레디스) 및 DLBS-1449(덱사 메디카)이다. 보다 구체적으로, CETP 억제제/조절제의 예는 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍 및 토르세트라핍, 바람직하게는 달세트라핍, 아나세트라핍 및 에바세트라핍이다. 가장 구체적으로, 본 발명에 따른 HDL 상승 또는 모방 물질은 특히 CETP 억제제/조절제가 달세트라핍일 때 CETP 억제제/조절제를 지칭할 것이다.
"CETP 억제제/조절제"는 일단 CETP 폴리펩티드에 결합되었을 때 CETP를 억제하고/하거나 CETP 폴리펩티드의 입체구조적 변화를 유도함으로써 CETP 활성(표준 전달 분석에 의해 평가됨)을 감소시키는 화합물을 지칭한다. CETP 폴리펩티드의 CETP 입체구조적 변화는 CETP 활성이 HDL 입자들 사이에 진행되게 하고 신생 전구-베타 HDL 형성의 발생을 증가시킴으로써 그의 재활용/전환율을 증가시킨다. 바람직하게는, CETP 억제제/조절제는 CETP 폴리펩티드의 시스테인 13에 결합할 모든 화합물들을 지칭한다. 보다 바람직하게는, "CETP 억제제/조절제"는 S-[2-[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실카보닐아미노]-페닐]-2-메틸티오프로피오네이트, 1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카복실산 (2-머캡토-페닐)-아미드 및/또는 비스[2-[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실카보닐아미노]페닐]다이설파이드로부터 선택된다. 가장 바람직하게는, "CETP 억제제/조절제"는 전구약물로서 S-[2-[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실카보닐아미노]-페닐]-2-메틸티오프로피오네이트이거나 그의 활성 대사물질인 1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카복실산 (2-머캡토-페닐)-아미드이다.
"아나세트라핍"은 MK 0859, CAS 875446-37-0 또는 화학식 XA의 화합물로서도 공지된 ((4S,5R)-5-[3,5-비스(트라이플루오로메틸)페닐]-3-{[4'-플루오로-2'-메톡시-5'-(프로판-2-일)-4-(트라이플루오로메틸)[1,1'-비페닐]-2-일]메틸}-4-메틸-I,3-옥사졸리딘-2-온)을 지칭한다.
[화학식 XA]
Figure pct00002
아나세트라핍뿐만 아니라 이 화합물의 제조 방법 및 사용 방법도 국제 특허출원 공개 제WO2006/014413호, 제WO2006/014357호 및 제WO2007/005572호에 기재되어 있다.
"에바카트라핍"은 LY2484595, CAS1186486-62-3 또는 화학식 XB의 화합물로서도 공지된 트랜스-4-({(5S)-5-[{[3,5-비스(트라이플루오로메틸)페닐]메틸}(2-메틸-2H-테트라졸-5-일)아미노]-7,9-다이메틸-2,3,4,5-테트라하이드로-1H-벤즈아제핀-1-일}메틸)사이클로헥산카복실산을 지칭한다.
[화학식 XB]
Figure pct00003
에바세트라핍뿐만 아니라 이 화합물의 제조 방법 및 사용 방법도 국제 특허출원 공개 제WO2011/002696호에 기재되어 있다.
"토르세트라핍"은 CP-529,414, CAS 262352-17-0 또는 화학식 XC의 화합물로서도 공지된 (2R,4S)-4-[(3,5-비스트라이플루오로메틸벤질)메톡시카보닐아미노]-2-에틸-6-트라이플루오로메틸-3,4-다이하이드로-2H-퀴놀린-1-카복실산 에틸 에스터를 지칭한다.
[화학식 XC]
Figure pct00004
토르세트라핍뿐만 아니라 이 화합물의 제조 방법 및 사용 방법도 국제 특허출원 공개 제WO00/17164호 또는 제WO0140190호에 기재되어 있다.
"BAY 60-5521"은 CAS 893409-49-9 또는 화학식 XD의 화합물로서도 공지된 (5S)-5-퀴놀리놀, 4-사이클로헥실-2-사이클로펜틸-3-[(S)-플루오로[4-(트라이플루오로메틸)페닐]메틸]-5,6,7,8-테트라하이드로-7,7-다이메틸을 지칭한다.
[화학식 XD]
Figure pct00005
BAY 60-5521뿐만 아니라 이 화합물의 제조 방법 및 사용 방법도 국제 특허출원 공개 제WO2006/063828호에 기재되어 있다.
"치료"는 치유적 치료 및 예방적 또는 방지적 조치 둘다를 지칭한다. 치료를 필요로 하는 개체는 이미 장애를 갖는 개체뿐만 아니라 장애가 예방되거나 지연되어야 하는 개체도 포함한다.
용어 "다형성", "다형성 부위", "다형성을 갖는 부위", "단일 뉴클레오티드 다형성 부위"(SNP 부위) 또는 "단일 뉴클레오티드 다형성"은 집단 내에서 상이한, 유전자 서열 내의 위치를 지칭한다. 다형성은 가장 드문 형태의 존재가 돌연변이만으로 설명될 수 없는 빈도로 집단 내에서 유전자 또는 유전자 내의 위치의 2개 이상의 형태("대립형질")가 발생하는 것이다. 바람직한 다형성 부위는 2개 이상의 대립형질을 갖는다. 그 결과는 다형성 대립형질이 숙주에게 일부 표현형 가변성을 부여한다는 것이다. 다형성은 유전자의 코딩 영역 및 비-코딩 영역 둘다에서 일어날 수 있다. 다형성은 단일 뉴클레오티드 부위에서 일어날 수 있거나 삽입 또는 결실을 수반할 수 있다. 이러한 다형성의 위치는 뉴클레오티드 다형성에 의해 변경된 아미노산에 의해 유전자, 염색체 또는 전사체 상의 그의 뉴클레오티드 위치에 의해 확인될 수 있다. 개체 다형성은 당업자에게 공지된 독특한 식별기호(참조번호 SNP", "refSNP" 또는 "rs#")도 배정받고, 예를 들면, NCBI 웹사이트 상에서 입수가능한 뉴클레오티드 서열 변이의 단일 뉴클레오티드 다형성 데이터베이스(dbSNP)에서 사용된다.
용어 "연관 비평형", "연관 비평형으로" 또는 "LD"는 개체 집단에서의 대립형질의 비-무작위적 회합을 지칭한다. 즉, 상기 용어는 예상된 우발적인 빈도보다 더 빈번하게 상이한 염색체 위치에서 특정 다형성 형태와 또 다른 다형성 형태가 우선적으로 분리되는 것이다. 대조적으로, 예상된 빈도로 함께 존재하는 대립형질들은 "연관 평형"으로 존재한다고 주장된다.
"rs"는 NCBI SNP 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/?term)에서 발견된 데이터베이스에서의 SNP를 지칭한다. "rs" 숫자는 NCBI rsSNP ID 형태이다.
용어 "샘플"은 세포, 조직 샘플 또는 체액을 비롯한, 환자 또는 개체로부터 채취된 임의의 생물학적 샘플을 포함한다. 예를 들면, 샘플은 피부 샘플, 뺨 세포 샘플, 타액 또는 혈액 세포를 포함할 수 있다. 샘플은 단일 세포, 다수의 세포, 세포의 단편, 체액의 분취물, 전혈, 혈소판, 혈청, 혈장, 적혈구 세포, 백혈구 세포, 내피 세포, 조직 생검, 활액 및 림프액을 포함할 수 있으나 이들로 한정되지 않는다. 구체적으로, "샘플"은 혈액 세포를 지칭한다.
용어 "치료제"는 심혈관 장애를 치료할 수 있거나 예방할 수 있는 물질을 지칭한다. 본원에서 사용된 바와 같이, "심혈관 장애를 치료할 수 있거나 예방할 수 있는" 물질은 인간, 및/또는 심혈관 장애의 세포 또는 동물 모델에서 심혈관 장애를 치료할 수 있고/있거나 예방할 수 있는 분자를 지칭한다.
본원에서 사용된 "개선된 반응 다형성", "개선된 반응 유전형" 또는 "반응성 유전형"은 본원에 기재된 ADCY9 유전자 내의 하나 이상의 다형성 부위에서의 대립형질 변이체 또는 유전형(예를 들면, rs1967309/AA)을 지칭하고, 대상체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질 투여에 덜 반응할 것임을 예측하는 대립형질 변이체 또는 유전형, 또는 다형성(예를 들면, rs1967309/AG 또는 rs1967309/GG)에 비해 대상체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 치료에 치료적으로 반응할 것이고 이러한 치료로부터 이익(심혈관 사건의 감소된 수에 의해 측정될 수 있음)을 얻을 것임을 예측한다. "감소된 반응", "부분적인 반응", "비-반응" 또는 "치료 효능의 결여"는 "개선된 반응 유전형"을 갖는 대상체에 비해 심혈관 사건의 수의 상대적 증가에 의해 측정될 수 있다. 대안적으로, "개선된 반응", "반응자" 또는 "치료 효능"은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질에 대한 "비-반응" 또는 "부분적인 반응"과 관련된 다형성을 보유하는 대상체에 비해 심혈관 사건의 수의 상대적 감소에 의해 측정될 수 있다. 구체적으로, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA가 개선된 반응 유전형이다. 보다 구체적으로, rs1967309/AA는 개선된 반응 유전형이다.
본원에서 사용된 "심혈관 사건"은 심혈관 사망, 비-치명적인 심근경색(MI), 허혈 유래의 비-치명적인 뇌졸중, 불안정한 협심증으로 인한 입원 및 관상 재혈관형성을 지칭한다.
본원에서 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 변화가능한 길이의 핵산 또는 폴리뉴클레오티드이다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 프로브 또는 프라이머로서 유용할 수 있고 특정 핵산의 검출 및/또는 증폭을 위한 마이크로어레이(어레이)의 제조에 유용할 수 있다. 이러한 DNA 또는 RNA 가닥은 활성화된 단량체가 불용성 지지체에 연결될 수 있는 성장하는 쇄에 순차적으로 추가됨으로써(5'-3' 또는 3'-5') 합성될 수 있다. 추후 개별적으로 사용되거나 예를 들면, 어레이에서 불용성 지지체의 일부로서 사용되는 올리고뉴클레오티드를 합성하는 다수의 방법들이 당분야에서 공지되어 있다(BERNFIELD MR. and ROTTMAN FM. J. Biol. Chem. (1967) 242(18):4134-43; SULSTON J. et al. PNAS (1968) 60(2):409-415; GILLAM S. et al. Nucleic Acid Res. (1975) 2(5):613-624; BONORA GM. et al. Nucleic Acid Res. (1990) 18(11):3155-9; LASHKARI DA. et al. PNAS (1995) 92(17):7912-5; MCGALL G. et al. PNAS (1996) 93(24):13555-60; ALBERT TJ. et al. Nucleic Acid Res. (2003) 31(7):e35; GAO X. et al. Biopolymers (2004) 73(5):579-96; and MOORCROFT MJ. et al. Nucleic Acid Res. (2005) 33(8):e75). 일반적으로, 올리고뉴클레오티드는 이용되는 방법에 따라 활성화되고 보호된 단량체를 다양한 조건 하에서 단계적으로 추가함으로써 합성된다. 그 후, 추가 연장을 후속적으로 허용하도록 특정 보호기가 제거될 수 있고, 일단 합성이 완료되면, 모든 보호기들이 제거될 수 있고 원하는 경우 올리고뉴클레오티드가 완성된 쇄의 정제를 위해 그의 고체 지지체로부터 제거될 수 있다.
용어 "유전형"은 통상적으로 특정 환경과 관련된 1개의 유전자 또는 소수의 유전자들 또는 유전자의 영역(즉, 특정 표현형을 담당하는 유전 좌위)에 대한 유기체의 유전 구성을 지칭한다. 구체적으로, 유전형은 유전자 내의 주어진 위치에서의 대립형질들의 특정 조합, 예를 들면, rs1967309 SNP의 가능한 유전형일 수 있는 유전형 AA, AG 또는 GG를 지칭한다.
"표현형"은 유기체의 관찰가능한 특성으로서 정의된다. 표 1은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 심혈관 장애의 치료에 대한 반응성의 표시를 나타내는 값과 ADCY9 SNP의 유전형 상관관계를 보여준다.
본원에서 사용된 용어 "생체마커"는 특정 변이체 대립형질(다형성 부위, 예컨대, SNP) 또는 야생형 대립형질의 서열 특성을 지칭한다. 생체마커는 특정 변이체 또는 야생형 대립형질에 의해 코딩된 펩티드 또는 에피토프도 지칭한다.
본원에서 사용된 용어 "대용 마커"는 본 발명의 개선된 반응 유전형, 구체적으로 rs1967309 AA와 연관 비평형으로 존재하는 SNP를 비롯한 유전 변이체를 지칭한다.
본원에서 사용된 용어 "유전 마커"는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응과 관련된 특정 유전자의 다형성 부위의 변이체를 지칭한다. 구체적으로, 본원에서 사용된 "유전 마커"는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응과 관련된 ADCY9 유전자 내의 다형성 부위의 변이체를 지칭한다.
본원에 기재된 일부 방법에서, 하나 이상의 생체마커는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 개체를 확인하거나 선택하는 데에 사용된다. 본원에서 사용되는 SNP 생체마커는 치료에 대한 치료 반응(R) 또는 치료에 대한 비-반응(NR)을 예측할 수 있다. 표 2는 달세트라핍, 또는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 다른 CETP 억제제/조절제에 대한 반응을 예측하기 위한 생체마커로서 사용될 수 있는, 다형성 부위 rs1967309에 존재하는 dal-OUTCOMES 코호트에서 관찰된 유전형을 보여준다. 표 2 또는 3에 제시된 각각의 유전형은 단독으로 또는 다른 다형성 부위에서의 유전형과 함께 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응을 예측하기 위한 생체마커로서 사용될 수 있다.
[표 2]
Figure pct00006
[표 3]
Figure pct00007
[표 4]
Figure pct00008
rs1967309 및 rs12595857 둘다가 영역 내의 ADCY9 유전자의 인트론(비-코딩) 영역에 위치하는데, 이것은 ADCY9 유전자 발현에 대한 조절 활성을 갖는 것과 일치한다.
본원에 기재된 일부 방법에서, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료에 치료적으로 반응할 개체는 본 발명의 유전형 분석 방법의 이용에 의해 확인되고 치료를 위해 선택된다. 구체적으로, 하기 개선된 반응 유전형들 중 하나 이상을 보유하는 환자가 본 발명의 방법에서 치료를 위해 선택된다: rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA. 보다 구체적으로, rs12595857/GG 또는 rs1967309/AA 유전형을 보유하는 환자가 본 발명의 방법에서 치료를 위해 선택된다. 가장 구체적으로, rs1967309/AA 유전형을 보유하는 환자가 본 발명의 방법에서 치료를 위해 선택된다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질로부터 이익을 얻을 대상체를 확인하는 방법으로서, ADCY9 유전자 내의 하나 이상의 다형성 부위에서 상기 대상체의 유전형을 결정(예를 들면,, 유전형을 분석)하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제에 대한 개체의 반응성을 측정하는 방법으로서, 본원에 개시된 프라이머들 또는 프로브들 중 하나 이상을 사용하여 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448 중 하나 이상에서 상기 개체의 유전형을 결정(예를 들면, 유전형을 분석)하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제에 대한 개체의 반응성을 측정하는 방법으로서, 본원에 개시된 프라이머들 또는 프로브들 중 하나 이상을 사용하여 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675 중 하나 이상에서 상기 개체의 유전형을 결정(예를 들면, 유전형을 분석)하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 다형성 부위가 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 부위를 포함하는, 구체적으로 다형성 부위가 rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675로 구성된 군으로부터 선택되는, 보다 구체적으로 다형성 부위가 rs1967309 또는 rs12595857인, 보다 구체적으로 다형성 부위가 rs1967309인, 구체적으로 상응하는 유전형이 AA를 포함하는, 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 다형성 부위, 구체적으로 rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675로 구성된 군으로부터 선택된 다형성 부위, 보다 구체적으로 rs1967309 또는 rs12595857인 다형성 부위, 보다 구체적으로 rs1967309인 다형성 부위를 유전형 분석하는 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 대상체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 치료로부터 rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA 이익 중 하나 이상을 보유하는 방법을 제공하는데, 이때 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질은 CETP 억제제/조절제이고, 보다 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질은 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터이다. 특정 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 상기 대상체에게 투여되는 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA 중 하나 이상을 보유하는 대상체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질로 치료받는 방법을 제공하는데, 이때 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질은 CETP 억제제/조절제이고, 보다 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질은 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터이다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 대상체가 심혈관 장애를 갖고 구체적으로 심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되고, 보다 구체적으로 심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
(a) 하기 부위들 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는 대상체를 선택하는 단계: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448; 및
(b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
(a) 하기 부위들 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는 대상체를 선택하는 단계: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675; 및
(b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
(a) rs1967309에서 개선된 반응 다형성을 갖는 대상체, 구체적으로 rs1967309에서 AA 유전형을 갖는 대상체를 선택하는 단계: 및
(b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
(a) 하기 부위들 중 하나 이상에서 대상체를 유전형 분석하는 단계: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448; 및
(b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
(a) 하기 부위들 중 하나 이상에서 대상체를 유전형 분석하는 단계: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675; 및
(b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
본 발명은 환자를 치료하는 방법으로서,
(a) rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전 마커의 존재에 대해 환자 샘플을 분석하는 단계; 및
(b) 상기 유전 마커들 중 하나 이상을 보유하는 환자를 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제로 치료하는 단계
를 포함하는 방법도 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 유전형이 rs1967309 및 rs12595857로부터 선택된 하나 이상의 부위에서 결정되는 상기 방법을 제공한다.
구체적으로, HDL 상승 약물에 대한 개체의 반응성을 측정하는 방법은
(a) 상기 개체로부터 유전 물질을 포함하는 샘플을 수득하는 단계;
(b) 샘플을 시약과 접촉시켜 시약과 표 7로부터 선택된 유전 마커 사이에 복합체를 생성하는 단계;
(c) 상기 복합체를 검출하여 상기 샘플과 관련된 데이터세트를 수득하는 단계; 및
(d) 상기 데이터세트를 분석하여 유전 마커의 존재 또는 부재를 확인하는 단계
를 포함한다.
제공된 유전형 분석 방법에서 생성된, 시약과 유전 마커 사이의 복합체는 중합효소 연쇄 반응(PCR) 또는 DNA 서열결정에 의해 생성될 수 있다.
본 발명은 rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA 및 rs11647828/AG로 구성된 군으로부터 선택된 유전 마커를 유전형 분석하기 위한 시약, 구체적으로 프라이머 또는 프로브를 제공한다.
특정 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 또는 rs2238448에 인접한 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프라이머이다.
특정 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 또는 rs13337675에 인접한 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프라이머이다.
또 다른 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 또는 rs2238448과 중첩되는 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프라이머이다.
또 다른 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 또는 rs13337675와 중첩되는 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프라이머이다.
또 다른 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 또는 rs2238448과 중첩되는 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프로브이다.
또 다른 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 또는 rs13337675와 중첩되는 16번 염색체의 영역에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프로브이다.
또 다른 실시양태에서, 시약은 15개 내지 30개 뉴클레오티드의 길이를 갖고 고엄격성 조건 하에서 서열번호 1 내지 15로부터 선택된 올리고뉴클레오티드에 혼성화하는 DNA의 가닥을 포함하는 프로브이다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 CETP 억제제/조절제인, 구체적으로 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인 상기 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료를 위한 약제의 제조에 있어서 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제의 용도를 제공하는데, 이때 치료받는 대상체는 하기 부위들 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는다: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675.
특정 실시양태에서, 본 발명은 치료받는 대상체가 rs1967309에서 개선된 반응 다형성을 갖는 본원에서 정의된 용도를 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료에 사용되는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 제공하는데, 이때 치료받는 대상체는 하기 유전 마커들로부터 선택된 하나 이상의 유전 마커를 보유한다: rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA 및 rs11647828/AG.
특정 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애의 치료에 사용되는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 제공하는데, 이때 치료받는 대상체는 개선된 반응 유전형 rs1967309를 보유한다. 특정 실시양태에서, 본 발명은 유전형이 AA인 본원에서 정의된 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 제공하는데, 이때 심혈관 장애는 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 제공하는데, 이때 심혈관 장애는 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 제공하는데, 이때 HDL 상승 또는 모방 물질은 HDL 상승 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제, 보다 구체적으로 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터이다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 개선된 반응 유전형을 보유하는 심혈관 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터를 제공하는데, 이때 구체적으로 유전형은 rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 또는 rs8061182/AA이고, 보다 구체적으로 유전형은 rs1967309/AA이다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 개선된 반응 유전형을 보유하는 심혈관 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터를 제공하는데, 이때 심혈관 장애는 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 개선된 반응 유전형을 보유하는 심혈관 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터를 제공하는데, 이때 심혈관 장애는 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애 환자가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는지를 예측하는 방법으로서, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA로부터 선택된 아데닐레이트 사이클라제 9형(ADCY9) 유전자 내의 유전 마커에 대해 상기 환자로부터 단리된 샘플을 스크리닝하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고, 이때 상기 환자는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 상기 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는다. 특정 실시양태에서, 스크리닝되는 유전 마커는 rs12595857/GG 및 rs1967309/AA로부터 선택된다. 보다 구체적으로, 스크리닝되는 유전 마커는 rs1967309/AA이다.
추가 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 치료에 반응할 가능성을 갖는 환자로서 심혈관 장애 환자를 선택하는 방법으로서,
(a) 상기 환자로부터의 샘플에서 rs1967309에서의 AA 유전형을 검출하는 단계; 및
(b) AA 유전형을 갖는 rs1967309가 환자로부터의 샘플에서 검출되는 경우 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 포함하는 치료에 반응할 보다 더 큰 가능성을 갖는 환자로서 상기 환자를 선택하는 단계
를 포함하는 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 기준 샘플에서 rs1967309에서의 AA 유전형의 존재가, 상기 환자가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 치료에 반응할 보다 더 큰 가능성을 갖는다는 것을 표시하는, 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 (c) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함하는, 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 rs1967309의 검출이 환자로부터의 샘플에서 rs1967309를 검출하고 상기 샘플을 rs1967309에 결합하는 시약과 접촉시켜 상기 시약과 rs1967309 사이에 복합체를 형성하고 형성된 복합체를 검출하여 rs1967309를 검출함으로써 수행되는 본원에 기재된 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 인간 환자에서 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질에 대한 임상 반응의 예후를 결정하는 방법을 제공하는데, 이때 상기 HDL 상승 또는 모방 물질에 대한 지연된, 부분적인 최적 미만의 또는 결여된 임상 반응과 관련된, 상기 환자의 ADCY9 유전자 내의 하나 이상의 다형성의 존재가 확인되고, 하나 이상의 제1 다형성 rs1967309가 확인된다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 다형성이 유전형 분석에 의해 확인되는 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 유전형 분석이 마이크로어레이 분석 또는 질량-분광측정 분석, 또는 다형성 특이적 프라이머 및/또는 프로브의 사용, 구체적으로 프라이머 연장 반응을 포함하는 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 HDL 상승 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제, 보다 구체적으로 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인 본원에 기재된 방법을 제공한다.
특정 실시양태에서, "CETP 억제제/조절제"는 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트, 달세트라핍 또는 화학식 I의 화합물로서도 공지된 티오이소부티르산 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터이다.
[화학식 I]
Figure pct00009
S-[2-([[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실]카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트는 인간(de Grooth et al., Circulation, 105, 2159-2165 (2002)) 및 토끼(Shinkai et al., J. Med. Chem., 43, 3566-3572 (2000); Kobayashi et al., Atherosclerosis, 162, 131-135 (2002); and Okamoto et al., Nature, 406 (13), 203-207 (2000))에서 CETP 활성의 억제제인 것으로 밝혀졌다. S-[2-([[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실]카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트는 인간(de Grooth et al., supra) 및 토끼(Shinkai et al., supra; Kobayashi et al., supra; Okamoto et al., supra)에서 혈장 HDL 콜레스테롤을 증가시키는 것으로 밝혀졌다. 더욱이, S-[2-([[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실]카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트는 인간(de Grooth et al. , supra) 및 토끼(Okamoto et al., supra)에서 LDL 콜레스테롤을 감소시키는 것으로 밝혀졌다. S-[2-([[1-(2-에틸부틸)사이클로헥실]카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트뿐만 아니라 이 화합물의 제조 방법 및 사용 방법도 유럽 특허 제1020439호, 문헌(Shinkai et al., J. Med. Chem. 43:3566-3572 (2000)), 또는 국제 특허출원 공개 제WO2007/051714호, 제WO2008/074677호 또는 제WO2011/000793호에 기재되어 있다.
바람직한 실시양태에서, CETP 억제제/조절제(예를 들면, 화학식 I의 화합물)는 결정성 또는 비결정성 형태, 보다 바람직하게는 결정성 형태의 고체이다. 특정 실시양태에서, S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트는 국제 특허출원 공개 제WO2012/069087호에 개시된 바와 같이 결정성 형태 A로 존재한다. 형태 A는 약 7.9o, 8.5o, 11.7o, 12.7o, 17.1o, 18.0o, 18.5o, 20.2o, 22.1o, 24.7o ± 0.2o에서 피크를 갖는 X-선 분말 회절 패턴, 구체적으로 7.9o, 11.7o, 17.1o, 18.5o(± 0.2o)의 회절각 2세타(θ)에서 관찰된 XRPD 피크를 특징으로 한다.
당분야에서 공지되어 있고 본 발명에서 유용한 다른 CETP 억제제는 에바세트라핍, 아나세트라핍 및 토르세트라핍, 구체적으로 에바세트라핍 및 아나세트라핍을 포함한다.
따라서, 본 발명은 포유동물에서 심혈관 장애를 치료하거나 예방하는 방법으로서, 치료 유효량의 약학 조성물을 포유동물(바람직하게는 상기 치료 또는 예방을 필요로 하는 포유동물)에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 포유동물은 바람직하게는 인간(즉, 남성 또는 여성)이다. 인간은 임의의 인종(예를 들면, 백인 또는 동양인)일 수 있다.
심혈관 장애는 바람직하게는 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택된다. 보다 바람직하게는, 심혈관 장애는 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 대상체는 100 mg 내지 600 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다. 구체적으로, 대상체는 150 mg 내지 450 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다. 보다 구체적으로, 대상체는 250 mg 내지 350 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다. 가장 구체적으로, 대상체는 250 mg 내지 350 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다.
본 발명의 또 다른 실시양태에서, 소아과 사용의 경우 대상체는 25 mg 내지 300 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다. 구체적으로, 소아과 사용의 경우 대상체는 75 mg 내지 150 mg의 S-[2-([[1-(2-에틸부틸)-사이클로헥실]-카보닐]아미노)페닐]-2-메틸프로판티오에이트를 투여받는다.
CETP 억제제는 (예를 들면, 치료 유효량을 달성하기 위해) 임의의 적합한 용량으로 포유동물에게 투여될 수 있다. 예를 들면, 환자에게 투여되는 화학식 I의 화합물의 치료 유효량의 적합한 용량은 1일 당 약 100 mg 내지 약 1800 mg일 것이다. 바람직한 용량은 바람직하게는 1일 당 약 300 mg 내지 약 900 mg이다. 바람직한 용량은 1일 당 약 600 mg이다.
유전형 분석 방법
샘플에서 특정 유전형의 확인은 당업자에게 잘 공지된 다수의 방법들 중 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 예를 들면, 다형성의 확인은 대립형질을 클로닝하고 당분야에서 잘 공지된 기법을 이용하여 상기 대립형질을 서열결정함으로써 달성될 수 있다. 대안적으로, 예를 들면, PCR을 이용하여 게놈 DNA로부터 유전자 서열을 증폭할 수 있고 생성물을 서열결정할 수 있다. 대상체의 DNA를 단리하고 주어진 유전 마커에 대해 분석하는 다수의 방법들(중합효소 연쇄 반응(PCR), 라이게이션(ligation) 연쇄 반응(LCR) 또는 라이게이션 증폭 및 증폭 방법, 예컨대, 자가 지속 서열 복제를 포함함)이 당분야에서 공지되어 있다. 주어진 유전 좌위에서 돌연변이에 대해 환자의 DNA를 분석하는 여러 비-한정적 방법들이 이하에 기재되어 있다.
DNA 마이크로어레이 기술, 예를 들면, 고처리율 스크리닝 적용을 위한 DNA 칩 장치 및 고밀도 마이크로어레이, 및 저밀도 마이크로어레이가 사용될 수 있다. 마이크로어레이 제작 방법은 당분야에서 공지되어 있고 다양한 잉크젯(inkjet) 및 마이크로젯(microjet) 침착 또는 스폿팅 기술 및 공정, 제자리 또는 온-칩 포토리쏘그래픽(photolithographic) 올리고뉴클레오티드 합성 공정, 및 전자 DNA 프로브 어드레싱(addressing) 공정을 포함한다. DNA 마이크로어레이 혼성화 기술은 점 돌연변이, 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP들) 및 짧은 탠덤(tandem) 반복부(STR들)에 대한 유전자 발현 분석 및 유전형 분석의 분야에서 성공적으로 적용되고 있다. 추가 방법은 간섭 RNA 마이크로어레이, 및 마이크로어레이와 다른 방법, 예컨대, 레이저 포획 마이크로-절개(LCM), 비교 게놈 혼성화(CGH) 및 염색질 면역침전(ChiP)의 병용을 포함한다. 예를 들면, 문헌(He et al. (2007) Adv. Exp. Med. Biol. 593:117-133) 및 문헌(Heller (2002) Annu. Rev. Biomed. Eng. 4:129-153)을 참조한다. 다른 방법은 PCR, xMAP, 인베이더(invader) 분석, 질량-분광측정 및 피로서열결정을 포함한다(Wang et al. (2007) Microarray Technology and Cancer Gene Profiling Vol 593 of book series Advances in Experimental Medicine and Biology, pub. Springer New York).
또 다른 검출 방법은 다형성 부위와 중첩되고 다형성 영역 주위에서 약 5개, 대안적으로 10개, 대안적으로 20개, 대안적으로 25개 또는 대안적으로 30개의 뉴클레오티드를 갖는 프로브를 사용한 대립형질 특이적 혼성화이다. 예를 들면, 관심있는 대립형질 변이체 또는 유전 마커에 특이적으로 혼성화할 수 있는 여러 프로브들이 고체상 지지체, 예를 들면, "칩"에 부착된다. 올리고뉴클레오티드는 리쏘그래피를 비롯한 다양한 공정들에 의해 고체 지지체에 결합될 수 있다. "DNA 프로브 어레이"로서도 지칭되는, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 이들 칩들을 사용한 돌연변이 검출 분석은 예를 들면, 문헌(Cronin et al. (1996) Human Mutation 7':244)에 기재되어 있다.
다른 검출 방법에서, 대립형질 변이체를 확인하기 전에 유전자의 적어도 일부를 먼저 증폭할 필요가 있다. 증폭은 예를 들면, PCR 및/또는 LCR, 또는 당분야에서 잘 공지된 다른 방법에 의해 수행될 수 있다.
일부 경우, 특정 대립형질이 대상체로부터의 DNA에 존재한다는 것은 제한효소 분석에 의해 입증될 수 있다. 예를 들면, 특정 뉴클레오티드 다형성은 또 다른 대립형질 변이체의 뉴클레오티드 서열에 존재하지 않는 제한부위를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 발생시킬 수 있다.
추가 실시양태에서, 절단제(예컨대, 뉴클레아제(nuclease), 하이드록실아민 또는 오스뮴 테트록사이드, 및 피페리딘)로부터의 보호를 이용하여 RNA/RNA, DNA/DNA 또는 RNA/DNA 이종이중체에서 불일치된 염기를 검출할 수 있다(예를 들면, 문헌(Myers et al. (1985) Science 230:1242) 참조). 일반적으로, "불일치 절단"의 기법은 유전자의 대립형질 변이체의 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 임의적으로 표지된 프로브, 예를 들면, RNA 또는 DNA를 조직 샘플로부터 수득된 샘플 핵산과 혼성화시킴으로써 형성된 이중체를 제공함으로써 시작한다. 대조군과 샘플 가닥 사이의 염기쌍 불일치에 근거하여 이중체, 예컨대, 형성된 이중체의 단일 가닥 영역을 절단하는 물질로 이중 가닥 이중체를 처리한다. 예를 들면, 불일치된 영역을 효소로 절단하기 위해 RNA/DNA 이중체를 RNase로 처리할 수 있고 DNA/DNA 혼성체를 SI 뉴클레아제로 처리할 수 있다. 대안적으로, 불일치된 영역을 절단하기 위해 DNA/DNA 또는 RNA/DNA 이중체를 하이드록실아민 또는 오스뮴 테트록사이드 및 피페리딘으로 처리할 수 있다. 불일치된 영역의 절단 후, 대조군과 샘플 핵산이 동일한 뉴클레오티드 서열을 갖는지 아니면 이들이 상이한 뉴클레오티드 서열을 갖는지를 확인하기 위해 수득된 물질을 변성 폴리아크릴아미드 겔 상에서 크기별로 분리한다. 예를 들면, 미국 특허 제6,455,249호, 문헌(Cotton et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4397) 및 문헌(Saleeba et al. (1992) Meth. Enzymol. 217:286-295)을 참조한다.
전기영동 이동성의 변경을 이용하여 특정 대립형질 변이체를 확인할 수도 있다. 예를 들면, 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP)을 이용하여 돌연변이체 핵산과 야생형 핵산 사이에 전기영동 이동성의 차이를 검출할 수 있다(Orita et al. (1989) Proc Natl. Acad. Sci USA 86:2766; Cotton (1993) Mutat. Res. 285:125-144 and Hayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73-79). 샘플 및 대조군 핵산의 단일 가닥 DNA 단편을 변성시키고 재생시킨다. 단일 가닥 핵산의 이차 구조는 서열에 따라 달라지고, 전기영동 이동성의 변경은 단일 염기 변화조차도 검출할 수 있게 한다. DNA 단편을 표지할 수 있거나 표지된 프로브로 검출할 수 있다. 이차 구조가 서열의 변화에 (DNA보다) 더 민감한 RNA를 사용함으로써 분석의 민감성을 향상시킬 수 있다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, 본 방법은 전기영동 이동성의 변화에 근거하여 이중 가닥 이종이중체 분자를 분리하기 위해 이종이중체 분석을 이용한다(Keen et al. (1991) Trends Genet. 7:5).
대립형질 변이체 또는 유전 마커의 확인은 변성 구배 겔 전기영동(DGGE)의 이용에 의해 분석되는, 변성제 구배를 함유하는 폴리아크릴아미드 겔에서 다형성 영역을 포함하는 핵산의 이동을 분석함으로써 수득될 수도 있다(Myers et al. (1985) Nature 313:495). DGGE가 분석 방법으로서 이용될 때, 예를 들면, 약 40 bp의 고융점 GC 풍부 DNA의 GC 클램프를 PCR로 추가함으로써 DNA가 완전히 변성되지 않도록 DNA를 변경시킬 것이다. 추가 실시양태에서, 대조군 및 샘플 DNA의 이동성의 차이를 확인하기 위해 변성제 구배 대신에 온도 구배를 사용한다(Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys. Chem. 265:1275).
2개의 핵산들 사이에 하나 이상의 뉴클레오티드의 차이를 검출하는 기법의 예에는 선택적 올리고뉴클레오티드 혼성화, 선택적 증폭 또는 선택적 프라이머 연장이 포함되나 이들로 한정되지 않는다. 예를 들면, 공지된 다형성 뉴클레오티드가 중심에 놓여있고(대립형질 특이적 프로브) 완전한 일치가 발견된 경우에만 혼성화를 허용하는 조건 하에서 표적 DNA에 혼성화되는 올리고뉴클레오티드 프로브를 제조할 수 있다(Saiki et al. (1986) Nature 324:163; Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6230). 이러한 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 기법은 유전자의 다형성 영역에서 뉴클레오티드 변화를 검출하는 데에 사용된다. 예를 들면, 특정 대립형질 변이체의 뉴클레오티드 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드 프로브를 혼성화 막에 부착시킨 후, 이 막을 표지된 샘플 핵산과 혼성화시킨다. 그 다음, 혼성화 신호의 분석은 샘플 핵산의 뉴클레오티드의 정체를 보여줄 것이다.
대안적으로, 선택적 PCR 증폭에 의존하는 대립형질 특이적 증폭 기술이 본 발명과 함께 사용될 수 있다. 특이적 증폭을 위한 프라이머로서 사용되는 올리고뉴클레오티드는 (증폭이 상이한 혼성화에 의해 좌우되도록)(Gibbs et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2437-2448) 분자의 중심에서 관심있는 대립형질 변이체를 보유할 수 있거나, 한 프라이머의 마지막 3' 말단에서 관심있는 대립형질 변이체를 보유할 수 있고, 이때 적절한 조건 하에서 불일치는 중합효소 연장을 방해할 수 있거나 감소시킬 수 있다(Prossner (1993) Tibtech 11:238 and Newton et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2503). 이 기법은 프로브올리고 염기 연장을 위한 "프로브"로서도 지칭된다. 또한, 신규 제한부위를 돌연변이 영역 내에 도입하여 절단에 근거한 검출을 달성하는 것이 바람직할 수 있다(Gasparini et al. (1992) Mol. Cell. Probes 6:1).
또 다른 실시양태에서, 예를 들면, 미국 특허 제4,998,617호 및 문헌(Laridegren, U. et al. Science 241:1077-1080 (1988))에 기재된 바와 같이 올리고뉴클레오티드 라이게이션 분석(OLA)을 이용하여 대립형질 변이체 또는 유전 마커의 확인을 수행한다. OLA 프로토콜은 표적의 단일 가닥의 인접 서열에 혼성화할 수 있도록 디자인된 2개의 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용한다. 상기 올리고뉴클레오티드들 중 하나는 예를 들면, 바이오티닐화된 분리 마커에 연결되고, 나머지는 검출가능하게 표지된다. 표적 분자에서 정확한 상보적 서열이 발견된 경우, 상기 올리고뉴클레오티드들은 그들의 말단들이 인접하고 라이게이션 기질을 생성하도록 혼성화할 것이다. 그 다음, 라이게이션은 표지된 올리고뉴클레오티드가 아비딘 또는 또 다른 바이오틴 리간드의 사용에 의해 회수되게 한다. 문헌(Nickerson, D. A. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8923-8927)에는 PCR의 특성과 OLA의 특성을 겸비한 핵산 검출 분석이 기재되어 있다. 이 방법에서, PCR을 이용하여 표적 DNA의 기하급수적 증폭을 달성한 후, OLA를 이용하여 상기 표적 DNA를 검출한다. 문헌(Tobe et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24:3728)에 기재된 OLA 방법의 변법에서, 각각의 대립형질 특이적 프라이머를 독특한 햅텐, 즉 디곡시게닌 및 플루오레세인으로 표지하고 레포터 효소로 표지된 햅텐 특이적 항체를 사용하여 각각의 OLA 반응을 검출한다.
본 발명은 ADCY9에서 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)을 검출하는 방법을 제공한다. 단일 뉴클레오티드 다형성이 불변 서열의 영역에 의해 플랭킹되어 있기 때문에, 이의 분석은 단일 변이체 뉴클레오티드의 정체의 확인만을 요구하고 각각의 환자에 대한 완전한 유전자 서열을 결정하는 것은 불필요하다. SNP들의 분석을 용이하게 하는 여러 방법들이 개발되었다.
예를 들면, 미국 특허 제4,656,127호에 개시된 바와 같이 특수한 엑소뉴클레아제(exonuclease) 내성 뉴클레오티드를 사용함으로써 단일 염기 다형성을 검출할 수 있다. 상기 방법에 따라, 다형성 부위에 3' 방향으로 바로 인접한 대립형질 서열에 상보적인 프라이머는 특정 동물 또는 인간으로부터 수득된 표적 분자에 혼성화하도록 허용된다. 표적 분자 상의 다형성 부위가 존재하는 특정 엑소뉴클레아제 내성 뉴클레오티드 유도체에 상보적인 뉴클레오티드를 함유하는 경우, 상기 유도체는 혼성화된 프라이머의 말단 상으로 도입될 것이다. 이러한 도입은 프라이머가 엑소뉴클레아제에 대한 내성을 갖게 함으로써 그의 검출을 허용한다. 샘플의 엑소뉴클레아제 내성 유도체의 정체가 공지되어 있기 때문에, 프라이머가 엑소뉴클레아제에 대한 내성을 갖게 되었다는 발견은 표적 분자의 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드가 반응에서 사용된 뉴클레오티드 유도체에 상보적이었다는 것을 시사한다. 이 방법은 다량의 무관한 서열 데이터의 확인을 요구하지 않는다는 장점을 갖는다.
용액-기반 방법을 이용하여 다형성 부위의 뉴클레오티드의 정체를 확인할 수도 있다(국제 특허출원 공개 제WO91/02087호). 전술된 바와 같이, 다형성 부위에 3' 방향으로 바로 인접한 대립형질 서열에 상보적인 프라이머가 사용된다. 상기 방법은 다형성 부위의 뉴클레오티드에 상보적인 경우 프라이머의 말단 상으로 도입될 표지된 다이데옥시뉴클레오티드 유도체를 사용하여 그 부위의 뉴클레오티드의 정체를 확인한다.
대안적인 방법은 국제 특허출원 공개 제WO92/15712호에 기재되어 있다. 이 방법은 표지된 종결서열과, 다형성 부위의 3' 서열에 상보적인 프라이머의 혼합물을 사용한다. 따라서, 도입되는 표지된 종결서열은 평가되는 표적 분자의 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드에 의해 결정되고 이 뉴클레오티드에 상보적이다. 상기 방법은 통상적으로 프라이머 또는 표적 분자가 고체상에 고정되는 불균질한 상 분석이다.
DNA에서 다형성 부위를 분석하는 많은 다른 프라이머-안내된(guided) 뉴클레오티드 도입 절차가 기재되어 있다(Komher, J. S. et al. (1989) Nucl. Acids. Res. 17:7779-7784; Sokolov, B. P. (1990) Nucl. AcidsRes. 18:3671; Syvanen, A.-C, et al. (1990) Genomics 8:684-692; Kuppuswamy, M. N. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:1143-1147; Prezant, T. R. et al. (1992) Hum. Mutat. 1:159-164; Ugozzoli, L. et al. (1992) GATA 9:107-112; Nyren, P. et al. (1993) Anal.Biochem. 208:171-175). 이 방법들은 모두 다형성 부위에서 염기들을 구별하기 위해 표지된 데옥시뉴클레오티드의 도입에 의존한다.
나아가, 유전자 또는 유전자 생성물, 또는 다형성 변이체에서 변경을 검출하는 상기 방법들 중 임의의 방법을 이용하여 치료 또는 요법의 과정을 모니터링할 수 있다는 것이 이해될 것이다.
본원에 기재된 방법은 예를 들면, 개체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 비롯한 HDL 상승 또는 모방 물질을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는지를 확인하기 위해, 유전형 분석, 예를 들면, ADCY9 유전자에 존재하는 유전 마커를 분석하는 데에 편리하게 사용될 수 있는 하나 이상의 프로브, 프라이머 핵산 또는 시약을 포함하는 미리 포장된 진단 키트, 예컨대, 이하에 기재된 진단 키트를 사용함으로써 수행될 수 있다. 구체적으로, 유전 마커는 본원에 기재된 바와 같다.
ADCY9 유전자에 존재하는 유전 마커를 유전형 분석하는 데에 시약으로서 사용되는 본 발명의 프라이머 또는 프로브는 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675로부터 선택된 하나 이상의 SNP, 바람직하게는 rs1967309에 인접하거나 이러한 SNP를 포괄하는, ADCY9 유전자 내의 연속 서열(바람직하게는 12개 내지 30개의 뉴클레오티드로 구성됨)에 상보적이고 혼성화하는 합성 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 다른 양태에서, 프라이머는 100개 이하의 뉴클레오티드, 일부 양태에서 12개 내지 50개의 뉴클레오티드 또는 12개 내지 30개의 뉴클레오티드를 포함한다. 프라이머는 상기 연속 서열 또는 상기 연속 뉴클레오티드 서열의 상보체와 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 보다 바람직하게는 90% 이상 동일하다. 본 발명의 프라이머 또는 프로브는 바람직하게는 서열번호 1 내지 15로부터 선택된 서열에 상보적인, 구체적으로 서열번호 1의 서열에 상보적인 15개 내지 20개 뉴클레오티드의 영역을 포함하는 15개 내지 50개 뉴클레오티드의 길이를 갖는다. 프로브 또는 프라이머와 서열번호 1 내지 15 사이의 상보성 정도는 100%, 95%, 90%, 85%, 80% 또는 75%일 수 있다.
유전 대립형질 또는 유전 마커에 "대해 특이적인" 프로브 및 프라이머를 비롯한 올리고뉴클레오티드는 유전자의 다형성 영역에 결합하거나 유전자의 다형성 영역에 인접한 위치에서 결합한다. 증폭을 위한 프라이머로서 사용되는 올리고뉴클레오티드의 경우, 프라이머는 다형성 영역을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 생성하는 데에 사용되기에 충분히 가까운 경우 인접한다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 다형성 영역으로부터 약 1 내지 2 kb, 예를 들면, 1 kb 미만 이내에서 결합하는 경우 인접한다. 특정 올리고뉴클레오티드는 서열과 혼성화할 수 있고 적합한 조건 하에서 단일 뉴클레오티드에 의해 상이한 서열에 결합하지 않을 것이다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 프로브로서 사용되든 아니면 프라이머로서 사용되든 검출가능하게 표지될 수 있다. 표지는 직접적으로(예를 들면, 형광 표지의 경우) 또는 간접적으로 검출될 수 있다. 간접적인 검출은 바이오틴-아비딘 상호작용, 항체 결합 등을 비롯한 당업자에게 공지된 임의의 검출 방법을 포함할 수 있다. 형광 표지된 올리고뉴클레오티드는 소광(quenching) 분자도 함유할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 표면에 결합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 표면은 실리카 또는 유리이다. 일부 실시양태에서, 표면은 금속 전극이다.
프로브는 샘플의 유전형을 직접적으로 확인하는 데에 사용될 수 있거나, 증폭과 동시에 또는 증폭 후에 사용될 수 있다. 용어 "프로브"는 천연 또는 재조합 단일 또는 이중 가닥 핵산, 또는 화학적으로 합성된 핵산을 포함한다. 이들은 닉(nick) 번역, 클레나우(Klenow) 충전 반응, PCR 또는 당분야에서 공지된 다른 방법에 의해 표지될 수 있다. 본 발명의 프로브, 이의 제조 및/또는 표지부착은 상기 문헌(Sambrook et al. (1989))에 기재되어 있다. 프로브는 본 발명의 다형성 영역을 함유하는 핵산에 선택적으로 혼성화하기에 적합한 임의의 길이의 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 사용되는 프로브의 길이는 부분적으로 사용되는 분석의 성질 및 사용되는 혼성화 조건에 의해 좌우될 것이다.
표지된 프로브는 다형성의 증폭과 함께 사용될 수도 있다(Holland et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280). 미국 특허 제5,210,015호에는 PCR 동안 증폭 생성물의 실시간 측정을 제공하는 형광-기반 방법이 기재되어 있다. 이러한 방법은 존재하는 이중 가닥 DNA의 양을 표시하기 위해 인터칼레이팅 염료(예컨대, 에티듐 브로마이드)를 사용하거나, 형광-소광자 쌍을 함유하는 프로브를 사용하는데("택맨(TaqMan: 등록상표)" 방법으로서도 지칭됨), 이때 상기 프로브는 증폭 동안 절단되어 존재하는 이중 가닥 DNA의 양에 비례하는 농도를 갖는 형광 분자를 방출한다. 증폭 동안 프로브는 표적 서열과 혼성화될 때 중합효소의 뉴클레아제 활성에 의해 절단되어 형광 분자가 소광자 분자로부터 분리되게 함으로써 레포터 분자로부터의 형광이 나타나게 한다. 택맨(등록상표) 방법은 다형성을 함유하는 표적 폴리뉴클레오티드의 영역에 특이적으로 어닐링하는 레포터 분자-소광자 분자 쌍을 함유하는 프로브를 사용한다.
프로브는 "유전자 칩"으로서 사용되기 위해 표면에 고착될 수 있다. 이러한 유전자 칩은 당업자에게 공지된 다수의 기법들로 유전 변경을 검출하는 데에 사용될 수 있다. 한 기법에서, 올리고뉴클레오티드는 혼성화 방법, 예컨대, 미국 특허 제6,025,136호 및 제6,018,041호에 요약된 혼성화 방법에 의한 서열결정으로 DNA 서열을 결정하기 위해 유전자 칩 상에서 정렬된다. 본 발명의 프로브는 유전 서열의 형광 검출을 위해 사용될 수도 있다. 이러한 기법은 예를 들면, 미국 특허 제5,968,740호 및 제5,858,659호에 기재되어 있다. 프로브는 예컨대, 미국 특허 제5,952,172호 및 문헌(Kelley, S. O. et al. (1999) Nucl. Acids Res. 27:4830-4837)에 기재된 바와 같이 핵산 서열의 전기화학 검출을 위해 전극 표면에 고착될 수도 있다. 본 발명의 SNP를 검출하기 위한 하나 이상의 프로브(표 2, 3, 4 또는 5, 특히 표 2)는 칩에 고착될 수 있고, 이러한 장치는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응을 예측하고 심혈관 질환을 갖는 개체를 위한 효과적인 치료를 선택하는 데에 사용될 수 있다. 본 발명의 SNP를 검출하기 위한 프로브는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제에 대한 반응의 예측 이외의 용도를 위해 다양한 다른 프로브와 함께 칩 상에 포함될 수 있다고 생각된다.
추가로, 프로브 또는 프라이머로서 사용되는 합성 올리고뉴클레오티드는 보다 더 안정되도록 변경될 수 있다. 변경되는 예시적 핵산 분자는 비-하전된 연결, 예컨대, DNA의 포스포라미데이트, 포스포티오에이트 및 메틸포스포네이트 유사체를 포함한다(미국 특허 제5,176,996호, 5,264,564호 및 제5,256,775호 또한 참조). 본 발명의 프라이머 및 프로브는 예를 들면, 표지부착 메틸화, 뉴클레오티드간 변경, 예컨대, 펜던트 모이어티(pendent moietie)(예를 들면, 폴리페이타이드(polypeitide)), 인터칼레이터(예를 들면, 아크리딘(acridine), 소랄렌(psoralen)), 킬레이터, 알킬레이터 및 변경된 연결(예를 들면, 알파 아노머성 핵산)을 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 골격에서 포스페이트 연결을 대체하는 펩티드 연결을 비롯한 수소 결합 및 다른 화학적 상호작용에 의해 지정된 서열에 결합하는 능력에서 뉴클레오티드 산 분자와 유사한 합성 분자도 포함된다.
본 발명은 고엄격성 혼성화 조건 하에서 본원에 기재된 천연 올리고뉴클레오티드인 ADCY9 유전자의 유전 마커에 혼성화하는 합성 올리고뉴클레오티드 분자, 프라이머 및 프로브에 관한 것이다. 올리고뉴클레오티드는 고엄격성 조건 하에서 특이적 혼성화에 의해 검출될 수 있고/있거나 단리될 수 있다. "고엄격성 조건"은 당분야에서 공지되어 있고, 제1 올리고뉴클레오티드와 제2 올리고뉴클레오티드 사이에 고도의 상보성이 존재하는 경우 제1 올리고뉴클레오티드와 제2 올리고뉴클레오티드의 특이적 혼성화를 허용한다. 본원에 개시된 유전형 분석 방법의 경우, 이 상보성 정도는 80% 내지 100%, 바람직하게는 90% 내지 100%이다.
본 발명의 SNP는 기존 데이터, 예컨대, 데이터베이스에 존재하는 전체 게놈 서열 데이터로부터 검출될 수도 있다. 본 발명은 유전형을 확인하여 CETP 억제제에 대한 환자의 반응을 예측하고 그에 따라 상기 환자를 치료하는, 즉 반응자 환자를 CETP 억제제로 치료하기 위해 게놈 데이터를 조회하는 컴퓨터 실행 방법을 제공한다.
유전형 분석 방법, 치료 선택 또는 치료 방법에서 사용될 본 발명의 샘플 핵산은 대상체의 임의의 종류의 세포 또는 조직으로부터 수득될 수 있다. 예를 들면, 대상체의 체액 또는 샘플(예를 들면, 혈액)은 공지된 기법에 의해 수득될 수 있다. 대안적으로, 핵산 검사는 건조 샘플(예를 들면, 모발 또는 피부)에 대해 수행될 수 있다. 보다 구체적으로, 유전형 분석 방법, 치료 선택 또는 치료 방법은 혈액 세포 종류의 세포를 사용할 것이다.
본원에 기재된 본 발명은 rs1967309 또는 rs12595857에서 ADCY9 유전자에 존재하는 대립형질, 또는 예컨대, 도 8에 표시된 바와 같이 위치 chr16:4049365부터 chr16:4077178(어셈블리 GRCh37/hg19)까지 걸쳐있는 2개의 SNP들과 연관 비평형으로 존재하는 임의의 다른 유전 변이체를 결정하고 확인하는 방법 및 시약에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명은 ADCY9 유전자 rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 또는 rs13337675, 보다 구체적으로 rs1967309 또는 rs12595857, 가장 구체적으로 rs1967309에 존재하는 대립형질을 결정하고 확인하는 방법 및 시약에 관한 것이다.
본원에 기재된 바와 같이, 본 발명은 ADCY9 유전자에 존재하는 하나 이상의 유전 마커를 검출하는 단계를 포함하는 치료 선택 방법도 제공한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 ADCY9의 다형성 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 프로브 또는 프라이머를 사용한다. 따라서, 본 발명은 본 발명의 유전형 분석 방법을 수행하기 위한 프로브 및 프라이머를 포함하는 키트를 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 발명은 심혈관 장애를 갖는 환자가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는지를 확인하는 키트를 제공한다. 이러한 키트는 본원에 기재된 시약들, 구체적으로 프라이머들 또는 프로브들 중 하나 이상 및 사용 설명서를 함유한다. 예를 들면, 본 발명은 심혈관 장애를 갖는 환자가 티오이소부티르산 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는지를 확인하는 키트로서, ADCY9 rs1967309 SNP에서의 AA 다형성에 대해 특이적인 제1 올리고뉴클레오티드 및 제2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키트도 제공한다.
상기 키트는 ADCY9의 다형성 영역에 특이적으로 혼성화할 수 있는 하나 이상의 프로브 또는 프라이머 및 사용 설명서를 포함할 수 있다. 키트는 통상적으로 전술된 핵산들 중 하나 이상을 포함한다. ADCY9의 적어도 일부를 증폭하는 키트는 일반적으로 2개의 프라이머들을 포함하고, 이 프라이머들 중 하나 이상은 대립형질 변이체 서열에 혼성화할 수 있다. 이러한 키트는 예를 들면, 형광 검출, 전기화학 검출 또는 다른 검출에 의한 유전형의 검출에 적합하다.
본 발명의 다른 키트는 분석을 수행하는 데에 필요한 하나 이상의 시약을 포함한다. 예를 들면, 키트는 효소를 포함할 수 있다. 대안적으로, 키트는 완충제 또는 임의의 다른 필요한 시약을 포함할 수 있다.
키트는 ADCY9의 다형성 영역에서 대상체의 유전형을 확인하기 위한 본원에 기재된 양성 대조군, 음성 대조군, 시약, 프라이머, 서열결정 마커, 프로브 및 항체의 전부 또는 일부를 포함할 수 있다.
하기 실시예는 단지 본 발명의 실시를 예시하기 위한 것이고 한정하기 위해 제공되는 것이 아니다.
본 발명은 하기 뉴클레오티드 및 아미노산 서열에 관한 것이다: 본원에서 제공된 서열들은 NCBI 데이터베이스에서 입수가능하고 웹사이트(www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene)로부터 검색될 수 있다. 또한, 이 서열들은 해독된 및 변경된 서열들에 관한 것이다. 본 발명은 본원에서 제공된 정확한 서열들의 상동성 서열 및 변이체가 사용되는 기법 및 방법도 제공한다. 바람직하게는, 이러한 "변이체"는 유전 변이체이다. 호모 사피엔스 아데닐레이트 사이클라제 9형(ACDY9)을 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 NCBI 데이터베이스 상에서 입수가능하다.
16번 염색체 상의 호모 사피엔스 아데닐레이트 사이클라제 9형(ADCY9), RefSeqGene
NCBI 기준 서열: NCBI 수탁번호 NG_011434.1
호모 사피엔스 16번 염색체 게놈 콘티그, GRCh37.p10 일차 어셈블리
NCBI 기준 서열: NCBI 수탁번호 NT_010393.16
"rs"로 표기되어 있는 호모 사피엔스 ADCY9 유전자 SNP들에 대한 인트론 서열, 대립형질 및 상응하는 서열번호 표기는 표 2에 개시되어 있다. 다형성은 굵은 글자체 및 밑줄로 표시된 문자열로 확인되어 있다.
[표 5]
Figure pct00010
[표 6]
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
Figure pct00014
Figure pct00015
Figure pct00016
[표 7]
Figure pct00017
실시예 1
dal-OUTCOMES 시험(NC20971)은 급성 관상 증후군(ACS) 때문에 최근에 입원한 환자들에서 CETP 억제제 달세트라핍의 안전성 및 효능을 평가하기 위한 이중-맹검 무작위배정 플라세보-대조 병렬 군 다중심 III 기 연구이었다. 중간 분석 시, 상기 연구는 2개의 치료 아암에 걸쳐 분포된 15871명의 무작위배정된 환자들을 포함하였다: 플라세보(7933명의 환자들) 및 달세트라핍(매일 600 mg; 7938명의 환자들). 상기 연구는 플라세보 아암에 비해 달세트라핍 아암에서 일차 효능 종점의 발생률이 감소되었다는 증거를 보이지 않았다. dal-OUTCOMES 연구 세부사항은 문헌(G. Schwartz et al., N. Engl. J. Med. 367;22, 2012. Genotyping)에서 발견될 수 있다.
볼리외-소시어 약학유전체학 센터(Beaulieu-Saucier Pharmacogenomics Centre)에서 GLP 환경 하에서 전체 게놈 분석을 수행하였다. 2,567,845개의 게놈 마커를 포함하는 인피늄 휴면옴니25엑솜(HumanOmni25Exome)-8v1_A 비드칩(일루미나(Illumina), 미국 캘리포니아주 샌 디에고 소재)을 제조자의 설명서에 따라 사용하고 프로세싱하였다. 약 200 ng의 게놈 DNA를 전체 게놈 증폭하고 단편화하고 각각의 비드칩의 표면에 결합된 좌위 특이적 프로브와 혼성화시켰다. 형광 표지된 단일 염기 연장 분석을 이용하여 DNA를 유전형 분석하였다. 일루미나 iScan 판독기를 이용하여 비드칩을 스캐닝하고 분석하였다. 인피늄 프로세스 조절을 모니터링하였고, 모든 결과는 제조자의 설명서 내에 있었다. 젠트레인(GenTrain) 2.0 클러스터 알고리즘을 갖는 일루미나 게놈스튜디오(GenomeStudio) 버전 2011.1을 사용하고 수동 클러스터 조절 없이 0.15의 No-Call 역치를 사용하고 제조자의 일루미나 휴먼옴니25엑솜-8v1_A 클러스터 파일을 사용하여 스캐닝된 영상을 분석하였다. 데이터가 이용가능하게 되었을 때 필적할만 크기의 3개 인스톨먼트(instalments)에서 유전형 데이터 파일을 생성하였다. 게놈스튜디오에 의해 생성된 PLINK 포맷의 3개 유전형 분석 파일들을 조합하고 이원 PLINK 포맷으로 변환시켰다.
샘플들 및 SNP들에 유전형 분석 완료율을 98%로 설정하였다. (DNA 샘플을 희석하는 데에 사용된 96웰 플레이트에 근거하여) 유전형 분석 플레이트 바이어스(bias)를 갖는 SNP들을 표시하되, 유전 혈통의 효과가 배제될 수 없기 때문에 제거하지 않았다. 쌍별 IBD를 이용하여 가까운 가족 관계 조사를 수행하였다. 본 발명자들은 상호관련되지 않은 SNP들(r2<0.1)의 선택에 근거하여 관련된 쌍 및 샘플 중복물 중 하나를 제외한 모두(IBS2*비>0.80)를 표시하고 제거하였다. 다차원적 스케일링(MDS)으로 샘플들 및 샘플 이상치(outlier) 사이의 숨은 관련성을 확인하기 위한 거리 메트릭으로서 쌍별 IBS 매트릭스를 사용하였다. (파운더 개체들만을 유지하는) HapMap CEU, JPT-CHB 및 YRI 데이터의 유전형을 비롯한 각각의 대상체의 처음 2개 MDS 성분들을 작도하였다. 주요 백인 클러스터로부터의 이상치를 표시하고 k-최단 이웃으로 제거하였다(보충 도 1). EIGENSOFT 스위트(버전 3.0)의 smartpca 프로그램을 이용하여 스크리 플롯(scree plot) 및 누적 설명 분산(cumulative explained variance)을 산출하였다. 이용된 옵션은 0의 누마우트라이어리터(numoutlieriter)(이상치 제거 반복의 최대 수)(턴 오프) 및 번호에 해당하는 알트노름스타일(altnormstyle)(표준화 식)이었다4(보충 도 2).
통계적 방법
통계적 분석 계획은 볼리외-소시어 약학유전체학 센터에서 개발되었고, 최종 버전은 2012년 10월에 유전형 분석 완료 전에 승인되었다. 유전 데이터에 대해 수행된 통계적 검증은 양측 검정이었고 SNP들의 다중 검증을 설명하도록 조절되었다. p<5·10-8의 게놈 범위 유의성 역치를 유의한 발견에 대한 허용 역치로서 사용하였다. p<1·10-6을 갖는 결과를 잠재적 후보로서 간주하였다. 다변량 모델은 공변량으로서 성별, 및 집단 구조에 의한 혼동을 피하기 위한 집단 구조의 처음 5개 주요 성분들(PC)을 포함하였다. 분석 세트는 달세트라핍 치료 아암에의 참가자로서 정의되었고, 이때 효과의 부재를 확인하고 조합된 세트에서 치료 아암별 유전자 상호작용에 대해 검사하기 위해 플라세보 아암에서 검증하였다.
PLINK 소프트웨어 버전 1.07을 이용하여 빈번한 유전 변이체를 갖는 게놈 범위 관련성 검정(MAF≥0.05)을 수행하였다. 10-6 이하의 P 값을 갖는 모든 결과를 SAS 소프트웨어에서 검증하였다. 자유 가산적 유전 검정(freedom additive genetic test)의 1-도를 이용하였다. 유전형은 소수 대립형질의 수에 따라 0, 1 또는 2로서 암호화되었다. 공변량의 존재 하에서 가산적 유전 검정을 위한 P 값은 공변량에 대해 조절되고(예컨대,
Figure pct00018
또는
Figure pct00019
), 가산적 검정 하에서 널(H O )은 b1=0이다. PLINK 소프트웨어를 사용한 로지스틱 회귀 모델을 사용하여 사건의 비-발생에 비해 사건의 발생에 대한 게놈 범위 분석을 먼저 수행하였다. 10-6 이하의 P 값을 제공한 로지스틱 회귀 검정으로부터의 모든 결과들을 SAS 소프트웨어 v.9.3(SAS 인스티튜트 인코포레이티드(SAS Institute Inc.), 미국 노쓰캐롤라이나주 캐리 소재)에서 검증하고, 콕스 비례 위험 회귀를 이용하여 검정하였다. 콕스 회귀의 결과는 로지스틱 회귀의 결과보다 연구 목적에 더 적절하다고 미리 정의되었고, 일차 결과로서 보고되도록 계획되었다. 콕스 비례 위험 회귀 모델은 치료 아암 샘플 및 플라세보 아암 샘플 둘다를 사용하여 하기 식에 따라 치료별 유전자 상호작용을 검증하는 데에도 사용되었다: log(발생률) ~ 유전형 + 치료 아암 + 유전형 * 치료 아암 + 성별 + PC.
아데닐레이트 사이클라제 9형 유전자인 ADCY9 내의 인트론 변이체 rs1967309는 사건과 유의하게 관련되어 있었다(콕스 비례 위험 p=2.4·10-8). 이 위치에서의 유전 변이체는 0.45의 소수 대립형질 빈도를 갖고, 한 대립형질의 가산적 유전 효과는 dal-OUTCOMES 치료 아암에서 사건에 대해 HR=0.65(95%CI 0.55, 0.76)를 갖는다. 치료 아암별 유전자 상호작용 p-값은 0.0013이고, 플라세보 아암 단독에서 변이체의 검출가능한 유전 효과는 없었다(p=0.25). 스타틴에 대해 조절된 민감성 분석은 일관성이 있다(p=5.4·10-8). 연관 비평형(r2=0.86)으로 존재하는 인접 SNP인 rs12595857은 상호관련된 결과를 갖는다. 유전형에 의한 분류는 HR=0.68(95%CI 0.55, 0.84)을 갖는 기준 동형접합체 GG 및 이형접합체 AG에 비해 dal-OUTCOMES 치료 아암에서 사건에 대한 HR=0.40(95%CI 0.28, 0.57)을 갖는다는 것을 보여준다. rs1967309에서 동형접합체 AA의 하위군에서, 플라세보에 비해 달세트라핍을 사용한 치료는 HR=0.61(95%CI 0.41, 0.92)을 가졌다.
[표 8]
Figure pct00020
Figure pct00021
[표 9]
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
<110> F. Hoffmann-la Roche AG <120> Genetic Markers for Predicting Responsiveness to Therapy <130> 31530 EP <140> PCT/EP2014/055790 <141> 2014-03-24 <150> EP 13161386.1 <151> 2013-03-27 <160> 20 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=A/G <400> 1 ttcatgcacc cagcagacta aatgtttact gagtacttac cgaaggttag gatctgggct 60 yagggttgaa agaaataaat aggttaaaaa agaaaaaaag ccacctaggt gactttcact 120 c 121 <210> 2 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (27)..(27) <223> Y=A/G <400> 2 cattgatttt aaacctcaac aacagcyatg tcttttatca gcttaatttt ac 52 <210> 3 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=A/G <400> 3 cctgtgtgga gcccattacc tgaagagggg ccaagaggac aagcaggtat gactatggtc 60 yggcgtgcca agtcccagga caaggaagga cgggtgctcc aggaagcaca ggagggggca 120 t 121 <210> 4 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=T/C <400> 4 taccggatgg cagtgagcag ggaggctcac ctggatcatt tggtgaaggt ggcatctgcc 60 yggtttgtcc actgtgaagt tcctattcct accccgcccc ccacctttct tttttgagat 120 g 121 <210> 5 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=T/C <400> 5 acttaactat ttgttgggtg aatatagaaa tgaatgaatg aatggatgga tgagcagata 60 yatcaagaag ttaattcaca aattaaagcc cattatgaaa ctaaagtaga ggctgggcgc 120 g 121 <210> 6 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=A/G <400> 6 acccgtgaac aagtcgggcc cccatccacg caatatctgc agtctcgact gtatgatctc 60 ytcctttgca gccacactgt gaggcagcaa tgatcattcc gcagacggcc acagactcca 120 g 121 <210> 7 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=T/C <400> 7 gacgacaccc agcacaccca gcacacccag cacaccagcg aacagcccac caggtgctat 60 ygctgtcatt catttgctca ttcgctcgtt catgcaccca gcagactaaa tgtttactga 120 g 121 <210> 8 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> Y <222> (61)..(61) <223> Y=T/C <400> 8 aaaacagtgc tccaaaggca aagaaatagc aaagacagaa gtaaggcact taactatttg 60 ytgggtgaat atagaaatga atgaatgaat ggatggatga gcagatacat caagaagtta 120 a 121 <210> 9 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> Y <222> (61)..(61) <223> Y=T/C <400> 9 ggcagctatg taggaagcag tgaagatcca catccttcct tattggtgaa aggaatgaat 60 yggaaacaga aagttctttt ttacctttat taaataaacg tgaagtcata agaactacta 120 a 121 <210> 10 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=T/C <400> 10 agactttgtc tcaaaaaaga aaaaaaaaaa aaaagaagtc ccaaataata aaatatgaga 60 yggatttatg gaagaaagtg aaagaaacaa agggtaggca ccttgcctgt ttaatttgat 120 c 121 <210> 11 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=A/G <400> 11 tggatggatg agcagataca tcaagaagtt aattcacaaa ttaaagccca ttatgaaact 60 yaagtagagg ctgggcgcgg tggatcacgc ctataatccc agcactttgg gaggtcaagg 120 c 121 <210> 12 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=T/G <400> 12 tgtgatatga tggtcatatc atagcacagg gctgttgtga ggattaaatg agttgattca 60 ygtaaacagg gacatccgaa aaagggaaag acggtgcttg tcctgagaac agctgtgaat 120 g 121 <210> 13 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=A/G <400> 13 aggtgagtgg ccttaaaggg gaaggagaaa ccttttgaaa gcaggacagg tcctctctga 60 ytcatccccg tatgggtaaa tctacatcac tagcttcatt actgactggt ccatgtagaa 120 a 121 <210> 14 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> Y=A/G <400> 14 caggtatgtc ttcaaaccta tgatggataa aagttacagt cagcacagat tgaaagcacc 60 ytctgttgaa acgcagctcc gtcttgctct ctggagagga ctcactcctg gaaagttgag 120 a 121 <210> 15 <211> 121 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (61)..(61) <223> y=A/G <400> 15 tgtaaccaag taaccaatgg taaacctcta cagggtatta aggctccaga aaattctcta 60 ytcagccact tgctcctgct cgagcctgct cccactccgt ggagtgtact ttcatttcag 120 t 121 <210> 16 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (27)..(27) <223> y=C/G/T <400> 16 tttggggtga cgaaaatgta aaattaygtt gtggtgatgg ttgcacaaca cc 52 <210> 17 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (27)..(27) <223> y=G/T <400> 17 gaataaccac acacatggac cctgggytcc aagttcatta gaatggctct tt 52 <210> 18 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (27)..(27) <223> Y=G/T <400> 18 aagacagagg aacccccata ggctggyggt gagcaggggg catgagggct aa 52 <210> 19 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> y <222> (27)..(27) <223> y=c/t <400> 19 tgtccaacta tttctttctt tcttttytga gatgggggtc tcactgtgtt gg 52 <210> 20 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc_feature <222> (27)..(27) <223> X = C/T <400> 20 ttaacctatt tatttctttc aaccctyagc ccagatccta accttcggta ag 52

Claims (53)

  1. HDL 상승 또는 HDL 모방 물질로부터 이익을 얻는 대상체를 확인하는 방법으로서, 대상체의 단백질 ADCY9 유전자 내의 다형성(polymorphic) 부위 중 하나 이상의 다형성 부위에서 상기 대상체의 유전형(genotype)을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  2. 제1항에 있어서,
    다형성 부위가 하기 부위 중 하나 이상을 포함하는, 방법: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 및 rs2238448.
  3. 제1항에 있어서,
    다형성 부위가 하기 부위 중 하나 이상을 포함하는, 방법: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675.
  4. 제1항 또는 제3항에 있어서,
    다형성 부위가 rs1967309 또는 rs12595857을 포함하는, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
    다형성 부위가 rs1967309를 포함하는, 방법.
  6. 제1항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질로부터 이익을 얻는 대상체를 확인하는 방법으로서, 대상체의 단백질 ADCY9 유전자 내의 rs1967309에서 유전형 AA를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
    대상체가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질로부터 이익을 얻는, 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 니아신(niacin), 피브레이트(fibrates), 글리타존(glitazone), 달세트라핍(dalcetrapib), 아나세트라핍(anacetrapib), 에바세트라핍(evacetrapib), DEZ-001, ATH-03, DRL-17822(닥터 레디스(Dr. Reddy's)), DLBS-1449, RVX-208, CSL-112, CER-001 또는 ApoA1-밀나노(Milnano)인, 방법.
  9. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 CETP 억제제/조절제인, 방법.
  10. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, DEZ-001, ATH-03, DRL-17822 또는 DLBS-1449인, 방법.
  11. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인, 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 대상체에게 투여되는, 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서,
    이익을 얻는 대상체가 심혈관 장애를 갖는, 방법.
  14. 심혈관 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 심혈관 장애를 치료하는 방법으로서,
    (a) 하기 부위 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는 대상체를 선택하는 단계: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675; 및
    (b) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 상기 대상체에게 투여하는 단계
    를 포함하는 방법.
  15. 심혈관 장애의 치료를 위한 약제의 제조에 있어서 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제의 용도로서, 이때 치료받는 대상체가 하기 부위 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는, 용도: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675.
  16. 심혈관 장애의 치료에 사용되는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제로서, 이때 치료받는 대상체가 하기 부위 중 하나 이상에서 개선된 반응 유전형을 갖는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 및 rs13337675.
  17. 개선된 반응 유전형을 보유하는 심혈관 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터로서, 이때 유전형이 rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA로부터 선택되는, S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터.
  18. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  19. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  20. 제14항에 있어서,
    부위 중 하나가 rs1967309 또는 rs12595857인, 방법.
  21. 제14항에 있어서,
    개선된 반응 유전형을 갖는 대상체가 rs1967309/AA를 갖는, 방법.
  22. 제14항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 CETP 억제제/조절제인, 방법.
  23. 제14항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인, 방법.
  24. 제15항에 있어서,
    치료받는 대상체가 rs1967309에서 개선된 반응 유전형을 갖는, 용도.
  25. 심혈관 장애의 치료에 사용되는 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제로서, 이때 치료받는 대상체가 rs1967309에서 개선된 반응 유전형을 갖는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제.
  26. 제25항에 있어서,
    유전형이 AA인, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  27. 제25항 또는 제26항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  28. 제25항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  29. 제25항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제, 보다 구체적으로 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  30. 제17항에 있어서,
    개선된 반응 유전형이 rs1967309/AA인, S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터.
  31. 제17항 또는 제30항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터.
  32. 제17항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터.
  33. 심혈관 장애 환자가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질, 구체적으로 CETP 억제제/조절제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는지를 예측하는 방법으로서, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG 및 rs8061182/AA로부터 선택된 아데닐레이트 사이클라제 9형(Adenylate Cyclase Type 9) 유전자(ADCY9) 내의 유전 마커에 대해 상기 환자로부터 단리된 샘플을 스크리닝하는 단계를 포함하고, 이때 상기 환자가 상기 치료로부터 이익을 얻을 증가된 가능성을 갖는, 방법.
  34. 제33항에 있어서,
    유전 마커가 rs12595857/GG 또는 rs1967309/AA, 바람직하게는 rs1967309/AA인, 방법.
  35. HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 포함하는 치료에 반응할 가능성을 갖는 환자로서 심혈관 장애 환자를 선택하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자로부터의 샘플에서 rs1967309에서의 AA 유전형을 검출하는 단계; 및
    (b) rs1967309에서의 AA 유전형이 상기 환자로부터의 샘플에서 검출될 때 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 포함하는 치료에 반응할 보다 더 큰 가능성을 갖는 환자로서 상기 환자를 선택하는 단계
    를 포함하는 방법.
  36. 제35항에 있어서,
    기준 샘플에서 rs1967309에서의 AA 유전형의 존재가, 환자가 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 사용한 치료에 반응할 보다 더 큰 가능성을 갖는다는 것을 표시하는, 방법.
  37. 제35항 또는 제36항에 있어서,
    (c) HDL 상승 또는 HDL 모방 물질을 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  38. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서,
    rs1967309의 검출이, 환자로부터의 샘플에서 rs1967309를 검출하고 상기 샘플을 rs1967309에 결합하는 시약과 접촉시켜 상기 시약과 rs1967309 사이에 복합체를 형성하고 형성된 복합체를 검출하여 rs1967309를 검출함으로써 수행되는, 방법.
  39. 인간 환자에서 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질에 대한 임상 반응의 예후를 결정하는 방법으로서, 이때 상기 HDL 상승 또는 HDL 모방 물질에 대한 지연된, 부분적인 최적 미만의 또는 결여된 임상 반응과 관련된, 상기 환자의 ADCY9 유전자 내의 하나 이상의 다형성의 존재가 확인되고, 하나 이상의 제1 다형성 rs1967309가 확인되는, 방법.
  40. 제39항에 있어서,
    다형성이 유전형 분석에 의해 확인되는, 방법.
  41. 제39항 또는 제40항에 있어서,
    유전형 분석이 마이크로어레이 분석, 질량-분광측정 분석, 또는 다형성 특이적 프라이머 및/또는 프로브의 사용, 구체적으로 프라이머 연장 반응을 포함하는, 방법.
  42. 제39항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 HDL 상승 물질인, 방법.
  43. 제39항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 CETP 억제제/조절제인, 방법.
  44. 제39항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 달세트라핍, 아나세트라핍, 에바세트라핍, DEZ-001, ATH-03, DRL-17822 또는 DLBS-1449인, 방법.
  45. 제39항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 S-(2-{[1-(2-에틸-부틸)-사이클로헥산카보닐]-아미노}-페닐)에스터인, 방법.
  46. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    HDL 상승 또는 HDL 모방 물질이 CETP 억제/조절, PPAR 작용기능(agonism), LXR 작용기능, HM74 작용기능(니아신 수용체), 티로트로핀(thyrotropin) 호르몬 수용체 작용기능, 리파제(lipase)의 억제제 또는 HDL 이화작용 ApoA1 유도제로 HDL 수준을 증가시키는 화합물인, 방법.
  47. 제14항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  48. 제14항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  49. 제15항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, 용도.
  50. 제15항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, 용도.
  51. 제16항에 있어서,
    심혈관 장애가 포유동물에서 죽상동맥경화증, 말초 혈관 질환, 이상지질혈증, 고베타지질단백혈증, 저알파지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고트라이글리세라이드혈증, 가족성-고콜레스테롤혈증, 협심증, 허혈, 심장 허혈, 뇌졸중, 심근경색, 재관류 손상, 혈관성형 재협착증, 고혈압, 및 당뇨병, 비만 또는 내독소혈증의 혈관 합병증으로 구성된 군으로부터 선택되는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  52. 제16항에 있어서,
    심혈관 장애가 심혈관 질환, 관상 심장 질환, 관상 동맥 질환, 저알파지질단백혈증, 고베타지질단백혈증, 고콜레스테롤혈증, 고지질혈증, 죽상동맥경화증, 고혈압, 고트라이글리세라이드혈증, 고지질단백혈증, 말초 혈관 질환, 협심증, 허혈 및 심근경색으로 구성된 군으로부터 선택되는, HDL 상승 또는 HDL 모방 물질.
  53. 본 명세서에 기재된 발명.
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Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8053440B2 (en) 2007-02-01 2011-11-08 Resverlogix Corporation Compounds for the prevention and treatment of cardiovascular diseases
JP5795304B2 (ja) 2009-03-18 2015-10-14 レスバーロジックス コーポレイション 新規抗炎症剤
KR102153557B1 (ko) 2013-03-27 2020-09-09 에프. 호프만-라 로슈 아게 치료에 대한 반응성을 예측하기 위한 유전 마커
ES2825675T3 (es) 2014-07-30 2021-05-17 Hoffmann La Roche Marcadores genéticos para predecir la reactividad al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
KR102662814B1 (ko) 2015-03-13 2024-05-03 리스버로직스 코퍼레이션 보체 관련 질환을 치료하기 위한 조성물 및 치료 방법
WO2019043018A1 (en) 2017-08-29 2019-03-07 Dalcor Pharma Uk Ltd., Stockport Zug Branch METHODS OF TREATING OR PREVENTING CARDIOVASCULAR DISORDERS AND REDUCING THE RISK OF CARDIOVASCULAR EVENTS
CN108004312B (zh) * 2017-12-20 2019-01-01 德诺杰亿（北京）生物科技有限公司 检测心血管疾病相关基因多态性的引物组、试剂盒及方法
SG11202101086YA (en) * 2018-08-09 2021-03-30 Dalcor Pharma Uk Ltd Leatherhead Methods for delaying occurrence of new-onset type 2 diabetes and for slowing progression of and treating type 2 diabetes
WO2020178443A1 (en) 2019-03-07 2020-09-10 Dalcor Pharma Uk Ltd., Leatherhead, Zug Branch Methods for treating or preventing heart failure and reducing risk of heart failure
WO2021140358A1 (en) * 2020-01-08 2021-07-15 Universitatea De Medicina Şi Farmacie "Victor Babes" (In English: University Of Medicine And Pharmacy "Victor Babes") Method to identify patients who would respond favourably to hypolipidemic treatment

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004067763A2 (en) * 2003-01-27 2004-08-12 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Genetic diagnosis of alcoholism subtypes
WO2006099142A2 (en) * 2005-03-10 2006-09-21 The Trustees Of Boston University Prognostic method for vascular diseases
JP2006288279A (ja) * 2005-04-11 2006-10-26 Otsuka Pharmaceut Co Ltd 出血時間延長傾向判定方法
WO2012110469A1 (en) * 2011-02-17 2012-08-23 F. Hoffmann-La Roche Ag A process for controlled crystallization of an active pharmaceutical ingredient from supercooled liquid state by hot melt extrusion
WO2012112720A2 (en) * 2011-02-15 2012-08-23 The Ohio University Research Foundaton Methods for predicting cardiovascular risks and responsiveness to statin therapy using snps

Family Cites Families (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2894445B2 (ja) 1997-02-12 1999-05-24 日本たばこ産業株式会社 Ｃｅｔｐ活性阻害剤として有効な化合物
EP1185160B1 (en) 1999-06-04 2006-08-23 Consejo Superior de Investigaciones Cientificas High oleic and high stearic acid sunflower plants, seeds and oils
US20030092647A1 (en) 2001-08-08 2003-05-15 Crooke Rosanne M. Antisense modulation of cholesteryl ester transfer protein expression
US20030138444A1 (en) 2001-08-18 2003-07-24 Myriad Genetics, Incorporated Composition and method for treating HIV infection
CA2519458A1 (en) 2003-03-17 2004-09-30 Japan Tobacco Inc. Method for increasing the oral bioavailability of s-[2-([[1-(2-ethylbutyl)cyclohexyl]carbonyl]amino)phenyl]-2-methylpropanethioate
TWI393560B (zh) 2003-05-02 2013-04-21 Japan Tobacco Inc 包含ｓ-〔２（〔〔１-（２-乙基丁基）環己基〕羰基〕胺基）苯基〕２-甲基丙烷硫酯及ｈｍｇ輔酶ａ還原酶抑制劑之組合
WO2005007111A2 (en) 2003-07-11 2005-01-27 Bristol-Myers Squibb Company Tetrahydroquinoline derivatives as cannabinoid receptor modulators
US7326706B2 (en) 2003-08-15 2008-02-05 Bristol-Myers Squibb Company Pyrazine modulators of cannabinoid receptors
WO2005030185A2 (en) 2003-09-26 2005-04-07 Japan Tobacco Inc. Method of inhibiting remnant lipoprotein production
US7517900B2 (en) 2003-10-10 2009-04-14 Bristol-Myers Squibb Company Pyrazole derivatives as cannabinoid receptor modulators
US7420059B2 (en) 2003-11-20 2008-09-02 Bristol-Myers Squibb Company HMG-CoA reductase inhibitors and method
KR20060103265A (ko) 2003-12-19 2006-09-28 브리스톨-마이어스 스큅 컴퍼니 카나비노이드 수용체 조절제인 아자비시클릭 헤테로사이클
RU2006126122A (ru) 2003-12-19 2008-01-27 Бристол-Маерс Сквибб Компани (Us) Азабициклические гетероциклы как модуляторы каннабиоидного рецептора
KR20070010151A (ko) 2004-03-30 2007-01-22 사파이어 세라퓨틱스, 인크. 성장 호르몬 분비촉진제를 이용하여 ｃ-반응성 단백질을감소시키는 방법
US7375112B2 (en) 2005-01-05 2008-05-20 Medicure International Inc. Compounds and methods for regulating triglyceride levels
RU2008119687A (ru) 2005-10-21 2009-11-27 Новартис АГ (CH) Комбинации органических соединений
US7435849B2 (en) 2005-10-31 2008-10-14 Hoffmann-La Roche Inc. Process for the production of acid chlorides
AU2006313430B2 (en) 2005-11-08 2012-09-06 Ranbaxy Laboratories Limited Process for (3R,5R)-7-[2-(4-fluorophenyl)-5-isopropyl-3-phenyl-4- [(4-hydroxy methyl phenyl amino) carbonyl]-pyrrol-1-yl]-3, 5-dihydroxy-heptanoic acid hemi calcium salt
US20070213274A1 (en) * 2005-12-20 2007-09-13 Oy Jurilab Ltd Novel genes and markers associated with high-density lipoprotein-cholesterol (HDL-C)
PE20110235A1 (es) 2006-05-04 2011-04-14 Boehringer Ingelheim Int Combinaciones farmaceuticas que comprenden linagliptina y metmorfina
US20090035306A1 (en) 2006-11-29 2009-02-05 Kalypsys, Inc. Quinazolinone modulators of tgr5
EP1935867A1 (en) 2006-12-20 2008-06-25 F. Hoffmann-La Roche Ag Process for preparing 1-(2-ethyl-butyl)-cyclohexanecarboxylic acid
US20080221161A1 (en) 2007-02-09 2008-09-11 Kalypsys, Inc. Heterocyclic modulators of tgr5 for treatment of disease
CA2684067A1 (en) 2007-04-25 2008-11-06 F. Hoffmann-La Roche Ag Novel process for the preparation of acid chlorides
US20090054304A1 (en) 2007-08-23 2009-02-26 Kalypsys, Inc. Heterocyclic modulators of tgr5 for treatment of disease
WO2009026241A1 (en) 2007-08-23 2009-02-26 Kalypsys, Inc. Heterocyclic modulators of tgr5
ES2592727T3 (es) 2008-04-04 2016-12-01 F. Hoffmann-La Roche Ag Nuevo proceso para la preparación de derivados del ácido ciclohexanocarboxílico
MX2010009876A (es) 2008-04-04 2010-09-28 Hoffmann La Roche Nuevo proceso para la preparacion de derivados de acido ciclohexanocarboxilico por medio del derivado de ciclohexanocarboxamida correspondiente.
MX2010013403A (es) 2008-06-17 2010-12-22 Hoffmann La Roche Ester del acido 1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarboxilico como un intermediario en la preparacion de amidas farmaceuticamente activas.
EP2177615A1 (en) * 2008-10-10 2010-04-21 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Method for a genome wide identification of expression regulatory sequences and use of genes and molecules derived thereof for the diagnosis and therapy of metabolic and/or tumorous diseases
WO2010056910A2 (en) 2008-11-12 2010-05-20 Carolus Therapeutics, Inc. Methods of treating cardiovascular disorders
AU2009326326B2 (en) 2008-12-08 2015-05-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Combined drug administration
EP3791880A1 (en) 2009-04-29 2021-03-17 Amarin Pharmaceuticals Ireland Limited Pharmaceutical compositions comprising epa
US20110004011A1 (en) 2009-07-01 2011-01-06 Declan Costello Novel process
WO2011008996A2 (en) 2009-07-15 2011-01-20 The Regents Of The University Of California Peptides whose uptake in cells is controllable
CA2806606A1 (en) 2010-07-28 2012-02-02 Institut De Cardiologie De Montreal Pharmaceutical compositions for the treatment of left ventricular diastolic dysfunction comprising an apolipoprotein peptide/phospholipid complex
CA2809215A1 (en) 2010-09-16 2012-03-22 F. Hoffmann-La Roche Ag New process
UA110117C2 (uk) 2010-11-04 2015-11-25 Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг Композиція, що містить s-[2-([[1-(2-етилбутил)-циклогексил]-карбоніл]аміно)феніл]2-метилпропантіоат і кроскармелозу натрію
CA2818018C (en) 2010-12-08 2016-02-02 F. Hoffmann-La Roche Ag Liposomal formulation of dalcetrapib
ES2705496T3 (es) 2010-12-16 2019-03-25 Hoffmann La Roche Procedimiento para la preparación de derivados de tiol aromáticos por hidrogenación de disulfuros
US9541565B2 (en) 2011-04-08 2017-01-10 Zora Biosciences Oy Biomarkers for sensitive detection of statin-induced muscle toxicity
US9664698B2 (en) 2011-04-08 2017-05-30 Zora Biosciences Oy Biomarkers for sensitive detection of statin-induced muscle toxicity
US20120301439A1 (en) 2011-05-24 2012-11-29 Washington University Inhibition of choroidal neovascularization
US8975438B2 (en) 2011-07-13 2015-03-10 Hoffmann-La Roche Inc. Process for the preparation of cyclohexanecarboxylic acid derivatives
AR089853A1 (es) 2012-02-01 2014-09-24 Boehringer Ingelheim Int Inhibidores de oxadiazol de la produccion de leucotrienos para terapia de combinacion, composicion farmaceutica, uso
MX2014010563A (es) 2012-03-06 2014-12-05 Boehringer Ingelheim Int Benzodioxanos en combinacion con otros activos para inhibir la produccion de leucotrieno.
CA2869525A1 (en) 2012-04-30 2013-11-07 F. Hoffmann-La Roche Ag New formulation
MX351059B (es) 2012-08-17 2017-09-29 Laboratorios Senosiain S A De C V Star Composicion farmaceutica oral en forma de microesferas y proceso de elaboracion.
KR102153557B1 (ko) 2013-03-27 2020-09-09 에프. 호프만-라 로슈 아게 치료에 대한 반응성을 예측하기 위한 유전 마커
CN105792820A (zh) 2013-12-19 2016-07-20 豪夫迈·罗氏有限公司 用于治疗眼疾病的cetp调节剂
ES2825675T3 (es) 2014-07-30 2021-05-17 Hoffmann La Roche Marcadores genéticos para predecir la reactividad al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
WO2019043018A1 (en) 2017-08-29 2019-03-07 Dalcor Pharma Uk Ltd., Stockport Zug Branch METHODS OF TREATING OR PREVENTING CARDIOVASCULAR DISORDERS AND REDUCING THE RISK OF CARDIOVASCULAR EVENTS
SG11202101086YA (en) * 2018-08-09 2021-03-30 Dalcor Pharma Uk Ltd Leatherhead Methods for delaying occurrence of new-onset type 2 diabetes and for slowing progression of and treating type 2 diabetes

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004067763A2 (en) * 2003-01-27 2004-08-12 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Genetic diagnosis of alcoholism subtypes
WO2006099142A2 (en) * 2005-03-10 2006-09-21 The Trustees Of Boston University Prognostic method for vascular diseases
JP2006288279A (ja) * 2005-04-11 2006-10-26 Otsuka Pharmaceut Co Ltd 出血時間延長傾向判定方法
WO2012112720A2 (en) * 2011-02-15 2012-08-23 The Ohio University Research Foundaton Methods for predicting cardiovascular risks and responsiveness to statin therapy using snps
WO2012110469A1 (en) * 2011-02-17 2012-08-23 F. Hoffmann-La Roche Ag A process for controlled crystallization of an active pharmaceutical ingredient from supercooled liquid state by hot melt extrusion

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