ES2825675T3 - Marcadores genéticos para predecir la reactividad al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL - Google Patents

Marcadores genéticos para predecir la reactividad al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL Download PDF

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Abstract

Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto, en el que se sabe que el sujeto porta un genotipo de respuesta mejorada rs11647778/CC o rs11647778/CG y opcionalmente un genotipo de respuesta mejorada en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 y rs2238448.

Description

DESCRIPCIÓN
Marcadores genéticos para predecir la reactividad al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
El campo de la divulgación se refiere al tratamiento o profilaxis de un sujeto con trastorno cardiovascular.
Aunque hace 20 años, un tratamiento igual para todos era el enfoque adoptado que dio lugar a fármacos "superventas" extraordinarios. Hoy en día con la secuenciación del genoma humano y los avances en tecnologías de identificación molecular, los enfoques para el desarrollo de fármacos están adoptando un enfoque más estratificado o personalizado. Estos avances permiten cada vez más la clasificación de individuos en subpoblaciones con riesgo de una enfermedad específica, que responden a un tratamiento específico, no responden a un tratamiento específico o con riesgo alto de un acontecimiento adverso cuando se tratan. Como tales, se pueden usar pruebas genéticas para informar del diagnóstico, pronóstico y selección de tratamiento. Numerosos estudios han demostrado una relación entre el genotipo y la respuesta a tratamientos farmacéuticos. Este enfoque se ha aceptado ampliamente durante los últimos años, en particular en oncología, donde se han desarrollado con éxito numerosos enfoques de medicina personalizada y han proporcionado una gran mejora en los resultados clínicos. En los trastornos cardiovasculares, se ha limitado la estratificación de la población por genotipo para una intervención terapéutica específica. Uno de los objetivos de la presente invención es demostrar que la población que padece trastornos cardiovasculares se puede comportar de manera diferente y en consecuencia puede responder de manera diferente a un tratamiento específico. La reducción de las LDL es una estrategia terapéutica importante en el tratamiento de cardiovasculopatía. De hecho, los fármacos de estatinas, que reducen las LDL, tales como Crestor, Lipitor, Pravachol y Zocar, se usan ampliamente y están entre los fármacos más recetados. Durante algún tiempo, también se ha aceptado en general que incrementar las HDL también podría ser terapéutico en cardiovasculopatías. Se han desarrollado varios fármacos que aumentan las HDL incluyendo: niacina e inhibidores de CETP tales como torcetrapib, anacetrapib, evacetrapib y dalcetrapib.
La proteína de transferencia de ésteres de colesterol (CETP) también llamada proteína de transferencia de lípidos plasmáticos es una glucoproteína hidrófoba que se sintetiza en varios tejidos pero principalmente en el hígado. La CETP promueve la transferencia bidireccional de ésteres de colesterol y triglicéridos entre todas las partículas de lipoproteínas plasmáticas. La primera prueba del efecto de la actividad de CETP sobre las lipoproteínas plasmáticas se proporcionó por observaciones en personas con carencias genéticas de CETP. La primera mutación de CETP se identificó en Japón en 1989 como una causa del C-HDL notablemente elevado. Desde entonces se han identificado diez mutaciones asociadas con la carencia de CETP en asiáticos y una en personas de raza blanca. En Japón se descubrió que un 57 % de los sujetos con niveles de C-HDL > 100 mg/dl tienen mutaciones del gen CETP. Además, un 37 % de los japoneses con niveles de C-HDL entre 75-100 mg/dl tienen mutaciones del gen CETP. Posteriormente, los estudios de animales tratados con un anticuerpo anti-CETP mostraron que la inhibición de CETP dio como resultado un incremento sustancial en la concentración de C-HDL. En concordancia con estas observaciones en pacientes carentes de CETP y conejos tratados con un anticuerpo anti-CETP, desde entonces se ha descubierto que el tratamiento de seres humanos con fármacos inhibidores de CETP incrementa la concentración del colesterol de las HDL y apoA-I (la principal apolipoproteína en las HDL). Numerosos estudios epidemiológicos han correlacionado los efectos de variaciones en la actividad de CETP con un riesgo de cardiopatía coronaria incluyendo estudios de mutaciones humanas (Hirano, K.I. Yamishita, S. y Matsuzawa Y. (2000) Curr. Opin. Lipido. 11(4), 389-396).
La ateroesclerosis y sus consecuencias clínicas, incluyendo cardiopatía coronaria (CC), apoplejía y vasculopatía periférica, representan una enorme carga para los sistemas sanitarios a nivel internacional. Los fármacos que inhiben la CETP (inhibidores de CETP) han estado en desarrollo durante algún tiempo con la expectativa de que sean útiles para tratar o prevenir la ateroesclerosis. Se ha demostrado que una serie de clases de fármacos inhibidores de CETP incrementan las HDL, disminuyen las LDL en seres humanos y tienen efectos terapéuticos para tratar ateroesclerosis y cardiovasculopatía incluyendo dalcetrapib, torcetrapib, anacetrapib, evacetrapib, BA Y60-5521 y otros (tabla 1).
Tabla 1: visión general de fármacos inhibidores de CETP principales y estado clínico
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Sin embargo, existen pruebas de que estos fármacos pueden no ser seguros y eficaces en todos los pacientes. El ensayo clínico para torcetrapib se finalizó en la fase III debido a la incidencia de mortalidad en pacientes a los que se les administraron simultáneamente torcetrapib y atorvastatina en comparación con pacientes tratados con atorvastatina sola. El ensayo clínico para dalcetrapib también se suspendió en la fase III, en este caso debido a la falta de eficacia en relación con las estatinas solas. Todavía se están buscando inhibidores de CETP adicionales en ensayos clínicos y en desarrollo en etapas más tempranas. En las estrategias de tratamiento generales que usan inhibidores de CETP que proporcionan una mejor eficacia, una reducción en los efectos colaterales sería clínicamente beneficiosa. Existe una necesidad de obtener biomarcadores, procedimientos y enfoques para predecir la respuesta a inhibidores de CETP y evaluar el riesgo de acontecimientos adversos asociados con la administración de inhibidores de CETP.
Los inhibidores de CETP son útiles para el tratamiento y/o profilaxis de ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, trastornos cardiovasculares, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y complicaciones vasculares de diabetes, obesidad o endotoxemia.
Los ensayos clínicos han demostrado que la respuesta del paciente al tratamiento con productos farmacéuticos a menudo es heterogénea. Existe una necesidad apremiante de mejorar el desarrollo de fármacos, desarrollo clínico y el impacto terapéutico de los fármacos para individuos o subpoblaciones de pacientes. Se pueden usar polimorfismos mononucleotídicos (SNP) para identificar a los pacientes más adecuados para tratamiento con agentes farmacéuticos particulares (esto a menudo se denomina "farmacogenómica"). De forma similar, se pueden usar SNP para excluir a los pacientes de determinado tratamiento debido al incremento en la probabilidad del paciente de desarrollar efectos secundarios tóxicos o a su probabilidad de no responder al tratamiento. También se puede usar la farmacogenómica en la investigación farmacéutica para contribuir al procedimiento de desarrollo y selección de fármacos. Linder et al., Clinical Chemistry 43:254 (1997); Marshall, Nature Biotechnology 15:1249 (1997); solicitud de patente internacional WO 97/40462, Spectra Biomedical; y Schafer et al., Nature Biotechnology 16:3 (1998).
El ensayo de morbimortalidad de dalcetrapib (dal-OUTCOMES) fue un estudio con enmascaramiento doble, aleatorizado, controlado con placebo, con grupos paralelos, multicéntrico, en pacientes con CC estables hospitalizados recientemente por síndrome coronario agudo (SCA). El estudio se realizó para someter a prueba la hipótesis de que la inhibición de CETP reducirá el riesgo de episodios cardiovasculares recidivantes en pacientes con SCA reciente elevando los niveles de C-HDL a través de la inhibición de CETP. Los pacientes idóneos entraron en un período de preinclusión con placebo enmascarado de aproximadamente 4 a 6 semanas para permitir que los pacientes se estabilizaran y para la finalización de los procedimientos de revascularización planificados. Al final del período de preinclusión, se aleatorizaron los pacientes idóneos en situación estable en una proporción 1:1 para 600 mg de dalcetrapib o placebo bajo atención médica basada en pruebas para SCA. Dalcetrapib es un inhibidor de la proteína de transferencia de ésteres de colesterol (CETP). Se ha demostrado que induce disminuciones relacionadas con la dosis en la actividad de CETP e incrementos en los niveles de C-HDL en varias especies animales y en seres humanos. La disminución en la actividad de CETP, a través de diferentes enfoques, ha demostrado efectos antiateroescleróticos en varios modelos animales. Se suspendió el ensayo en mayo de 2012 por el CVDS por razones de inutilidad. El estudio dal-OUTCOMES dio como resultado observaciones no esperadas relacionadas con la progresión de la cardiovasculopatía. A pesar de un incremento notable del C-HDL, los pacientes en tratamiento no mostraron una reducción significativa en los episodios cardiovasculares y el estudio se finalizó.
Tras la finalización del estudio dal-OUTCOMES, se planteó la hipótesis de que un subgrupo de los pacientes en estudio respondiera de manera diferente a dalcetrapib y que dalcetrapib podría estar teniendo un efecto terapéutico significativo en una subpoblación de pacientes. Se realizó un estudio farmacogenómico de la población del estudio dal-OUTCOMES para estudiar la variación interindividual en la respuesta a dalcetrapib y para identificar marcadores genéticos para predecir la respuesta terapéutica a dalcetrapib u otros inhibidores de CETP, para la estratificación de los pacientes y para la selección del tratamiento.
La presente invención proporciona procedimientos de genotipado, reactivos y composiciones para seleccionar individuos que se pueden beneficiar del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, con un inhibidor/modulador de CETP, en particular, en los que los individuos tienen un trastorno cardiovascular. La divulgación también proporciona procedimientos para tratar pacientes con un trastorno cardiovascular que comprenden genotipado y selección de pacientes que se pueden beneficiar del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular con un inhibidor/modulador de CETP. Sorprendentemente el estudio farmacogenómico de la cohorte de pacientes de dal-OUTCOMES descubrió polimorfismos mononucleotídicos (SNP), marcadores genéticos, asociados con la respuesta de un individuo a dalcetrapib y útiles para predecir la respuesta terapéutica a un agente que aumenta las h Dl o que imita las HDL (en particular, un inhibidor/modulador de CETP) y en el tratamiento de pacientes con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL (en particular, un inhibidor/modulador de CETP).
La divulgación proporciona además procedimientos para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprenden administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular, en los que el sujeto tiene un polimorfismo en rs11647778 en el gen ADCY9 del sujeto. En algunos modos de realización, el sujeto tiene un genotipo de CC en rs11647778. En determinados modos de realización, el agente que aumenta las HDL o que imita las h Dl es niacina, fibratos, glitazona, dalcetrapib, anacetrapib, evacetrapib, DEZ-001, ATH-03, DRL-17822 (Dr. Reddy's), DLBS-1449, RVX-208, CSL-112, CER-001 o ApoA1-Milano.
Los marcadores genéticos detectados en los procedimientos de genotipado de la invención incluyen: 20 SNP que se producen en el gen de la adenilato ciclasa de tipo 9 (ADCY9) en el cromosoma 16, rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2531971, rs2238448, rs12599911, rs12920508, o rs13337675, en particular rs11647778 o rs1967309, que están ambos en fuerte desequilibrio de ligamiento conjuntamente (r2=0,79) y fuertemente asociados con la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP. Otros marcadores génicos de la invención incluyen un SNP en el gen ADCY9 que están en desequilibrio de ligamiento con rs11647778 o rs1967309 o bien proporcionaron una señal de asociación con acontecimientos clínicos con un P estadístico <0,05 y pueden proporcionar biomarcadores sustitutos útiles de rs11647778 o rs1967309. En un modo de realización, se detecta un biomarcador sustituto, que consiste en un SNP heredado en desequilibrio de ligamiento con rs11647778 o rs1967309, y se infiere el genotipo de rs11647778 o rs1967309.
La presente divulgación se refiere a procedimientos de genotipado de pacientes y/o tratamiento de pacientes con un fármaco que aumenta las HDL, en particular un inhibidor de CETP. En modos de realización particulares, los procedimientos comprenden evaluar el genotipo de un paciente en rs11647778. Tres genotipos en rs11647778 predicen la respuesta de un individuo a un fármaco que aumenta las HDL, en particular un inhibidor de CETP: CC, CG y GG. De estos, el genotipo CC se asocia con una respuesta terapéutica mejorada en pacientes tratados con un fármaco que aumenta las HDL, el genotipo CG se asocia con una respuesta parcial y el genotipo GG se asocia con una falta de respuesta (ausencia de respuesta). Para el propósito de la presente invención, los pacientes que portan el genotipo CC se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL; los pacientes que portan el genotipo CG se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL y los pacientes que portan el genotipo GG no se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL. Dos genotipos en rs11647778, CC y CG, indican una respuesta terapéutica a un inhibidor de CETP, en particular, dalcetrapib, en pacientes con trastorno cardiovascular. En particular, el genotipo CC para rs11647778 es indicativo de una mayor respuesta terapéutica a un inhibidor de CETP, en particular, dalcetrapib, en pacientes con trastorno cardiovascular. La presente invención se refiere a moléculas de ácido nucleico que contienen polimorfismos o variantes génicas, proteínas variantes codificadas por estas moléculas de ácido nucleico, reactivos para detectar las moléculas de ácido nucleico polimórficas y procedimientos de uso de moléculas de ácido nucleico y proteínas así como procedimientos de uso de reactivos para su detección (por ejemplo, cebadores y sondas para su uso en los procedimientos de genotipado de la invención).
En un modo de realización, la invención proporciona: procedimientos de detección de las variantes génicas de la invención y reactivos de detección, tales como sondas o cebadores, para su uso en estos procedimientos.
La invención proporciona específicamente marcadores genéticos asociados con una respuesta terapéutica a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP, y moléculas de ácido nucleico sintéticas (incluyendo moléculas de ADN y ARN) que contienen las variantes génicas de la invención. La divulgación proporciona además proteínas variantes codificadas por moléculas de ácido nucleico que contienen dichas variantes génicas, anticuerpos para las proteínas variantes codificadas, sistemas de almacenamiento de datos y basados en ordenador que contienen información de SNP o variante génica novedosa, procedimientos de detección de estos SNP en una muestra de prueba, procedimientos de identificación de individuos que responden terapéuticamente cuando se les administra un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP, en base a la presencia o ausencia de una o más de las variantes génicas de la invención o la detección de uno o más productos variantes codificados (por ejemplo, transcritos de ARNm variantes o proteínas variantes), y procedimientos de tratamiento de individuos que tienen una cardiovasculopatía que portan una o más de las variantes génicas de la invención.
Los modos de realización ejemplares de la presente invención proporcionan además procedimientos para seleccionar o formular un régimen de tratamiento (por ejemplo, procedimientos para determinar si se administra o no un agente que aumenta las HDL o que imita las h Dl , en particular, un tratamiento con inhibidor/modulador de CETP a un individuo).
Diversos modos de realización de la presente invención también proporcionan procedimientos para seleccionar individuos a los que se puede administrar terapéuticamente un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL (en particular inhibidor/modulador de CETP) en base al genotipo del individuo, y procedimientos para seleccionar individuos para su participación en un ensayo clínico de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL (en particular, un inhibidor/modulador de CETP) en base a los genotipos de los individuos (por ejemplo, seleccionar individuos para participar en el ensayo que es más probable que respondan positivamente y/o excluir individuos del ensayo que es improbable que respondan positivamente al tratamiento en base a su(s) genotipo(s), en particular su genotipo es CC en rs11647778, TT en rs2238448 y/o AA en rs1967309, o seleccionar individuos que es improbable que respondan positivamente para su participación en un ensayo clínico de un fármaco alternativo que les pueda beneficiar.
Las moléculas de ácido nucleico de la invención se pueden insertar en un vector de expresión para producir una proteína variante en una célula huésped. Por tanto, la presente invención también proporciona un vector que comprende una molécula de ácido nucleico que contiene SNP de la invención, células huésped genomanipuladas que contienen el vector, y procedimientos para expresar una proteína variante recombinante usando dichas células huésped. En otro modo de realización específico, las células huésped, moléculas de ácido nucleico que contiene SNP y/o proteínas variantes se pueden usar como dianas en un procedimiento para cribar o identificar agentes terapéuticos que sean agentes que aumentan las HDL o que imitan las HDL (en particular, inhibidor/modulador de CETP).
Los SNP ejemplares de ADCY9 que se pueden determinar/evaluar en el procedimiento proporcionado en el presente documento para la identificación de una respuesta mejorada a dalcetrapib o para tratar o prevenir una cardiovasculopatía en un paciente son aquellos donde la mutación da como resultado un cambio en la secuencia de nucleótidos en la posición 4.062.592, 4.065.583, 4.059.439 y 4.051.380, (ensamblaje del genoma GRCh37.p5) también conocido como polimorfismos mononucleotídicos con identificadores rs12595857, rs1967309, rs2238448 y rs11647778, respectivamente, como se muestra en SEQ. ID. NO. 21, 19 y 21.
La presente invención se basa en la identificación de polimorfismos genéticos que predicen un incremento en la probabilidad de que el tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, inhibidor/modulador de CETP, pueda beneficiar a pacientes con trastornos cardiovasculares.
Figura 1: el SNP rs1967309 está fuertemente asociado con una reducción de episodios cardiovasculares (muerte por cardiopatía coronaria, paro cardíaco reanimado, infarto de miocardio no mortal, apoplejía isquémica no mortal, angina inestable o revascularización coronaria imprevista) en pacientes tratados con el inhibidor de CETP dalcetrapib. Las figuras muestran los resultados del estudio de asociación hologenómica de pacientes de la rama de dalcetrapib del ensayo dal-OUTCOMES. A muestra los resultados en una curva de Manhattan con una señal fuerte en la región del gen ADCY9 en el cromosoma 16. Cada punto representa un valor de P para la asociación de SNP con frecuencias de alelos secundarios > 0,05 sometido a prueba con el modelo de riesgos proporcionales de Cox para la aparición de episodios cardiovasculares durante el tratamiento y ajustado por sexo y 5 componentes principales por ascendencia genética. B muestra los resultados de polimorfismos mononucleotídicos en la región de ADCY9 junto con 6 SNP imputados con P<10-6. El eje x muestra la localización genómica del gen ADCY9 en el cromosoma 16. El eje y de la izquierda muestra el log10 negativo de los valores de P para la comparación entre episodios cardiovasculares frente a ningún episodio ponderado por probabilidad de imputación en un marco de modelo de regresión logística. El eje y de la derecha muestra la tasa de recombinación. El grado de desequilibrio de ligamiento se presenta en un gradiente de escala de grises de acuerdo con r2 como se estima de las muestras de CEU de referencia de HapMap.
Figura 2: frecuencia de episodios cardiovasculares (episodio compuesto primario o revascularización coronaria imprevista de dal-OUTCOMES) por la finalización del estudio en las ramas de tratamiento de dalcetrapib y de placebo por separado y por los genotipos rs1967309 en el gen ADCY9. Se informa de los porcentajes de episodios con un IC al 95 %.
Figura 3: incidencia acumulada de episodios cardiovasculares (episodio compuesto primario o revascularización coronaria imprevista de dal-OUTCOMES) para la rama de tratamiento de dalcetrapib y la rama de placebo por separado y estratificada por los tres genotipos en el SNP rs1967309 en el gen ADCY9 (g G, AG, AA).
Figura 4: muestra cambios en niveles lipídicos de acuerdo con el genotipo durante 24 meses de tratamiento con dalcetrapib. Panel A. Media ± DE (mg/dl) del cambio de valores lipídicos del inicio a 1 mes por grupos de genotipo del SNP en ADCY9 rs1967309 para la rama de dalcetrapib. Se muestran los valores de P para estadísticas univariantes entre el cambio en lípidos y genotipos. Panel B. Media ± IC al 95 % para valores absolutos de colesterol de las LDL durante el período de seguimiento del ensayo dal-Outcomes para pacientes en la rama de dalcetrapib. Valor de P para el modelo de regresión mixta multivariante.
Figura 5: curva de escalamiento multidimensional (MDS) que muestra las primeras dos dimensiones (C1, C2) de 76.854 SNP para 6297 individuos del estudio genético de dal-Outcomes y 83 fundadores CEU, 186 JPT-CHB y 88 fundadores YRI del conjunto de datos de 1000 Genomas. Se retiraron 436 valores atípicos étnicos del conjunto de datos (mostrados con ) y se muestran las muestras de dal-Outcomes conservadas para el análisis.
Figura 6: curva de la varianza genómica explicada por los primeros diez componentes del análisis de componentes principales de 76.854 SNP para 6297 individuos del estudio genético de dal-Outcomes y 83 fundadores CEU, 186
JPT-CHB y 88 fundadores YRI del conjunto de datos de 1000 Genomas.
Figura 7: curva de cuantil-cuantil (QQ) del -log10 observado (valores de P) frente a la expectativa bajo la hipótesis de nulidad de la asociación hologenómica de SNP con MAF >0,05. La región sombreada es la banda de concentración de un 95 % formada calculando los percentiles 2,5 y 97,5 de la distribución bajo la hipótesis de nulidad. Los puntos representan los valores de P clasificados del modelo de riesgos proporcionales de Cox para el tiempo hasta la aparición de episodios cardiovasculares de participantes en la rama de dalcetrapib y ajustados por sexo y 5 componentes principales por ascendencia genética. El factor de inflación genómico observado fue de 1,01.
Figura 8: desequilibrio de ligamiento de 27 SNP genotipados en el gen ADCY9 que muestran valores de r2, los bloques de desequilibrio de ligamiento calculados usando el procedimiento de intervalo de confianza se muestran en negro y D' estadístico se muestra en tonos de rojo. Desequilibrio de ligamiento en 5686 individuos de raza blanca del estudio dal-Outcomes.
Figura 9: desequilibrio de ligamiento de 27 SNP genotipados en el gen ADCY9 que muestran valores de r2, los bloques de desequilibrio de ligamiento calculados usando el procedimiento de intervalo de confianza se muestran en negro y D' estadístico se muestra en tonos de rojo. Desequilibrio de ligamiento en 386 participantes del estudio dal-Plaque-2.
Figura 10: curva de Manhattan de asociación para variantes genéticas con acontecimientos (criterio de valoración compuesto principal) en la rama de dalcetrapib de dal-Outcomes, sometido a prueba usando datos de dosificación de SNP imputados dentro de un marco de regresión logística con el programa informático PLINK y ajustados por género y 5 componentes principales por ascendencia genética.
Diversos rasgos característicos y modos de realización de la presente divulgación se divulgan en el presente documento, sin embargo, otros rasgos característicos de la divulgación, modificaciones y equivalentes serán evidentes para un experto en la técnica pertinente, en base a las enseñanzas proporcionadas. La divulgación descrita no se limita a los ejemplos y modos de realización proporcionados, diversos equivalentes alternativos se apreciarán por los expertos en la técnica. Como se usa en el presente documento, las formas en singular "un", "una" y "el/la" incluyen el plural a menos que el contexto lo indique claramente de otro modo. Por ejemplo, "una" célula también incluirá "células".
El término "aproximadamente" cuando se usa en conexión con una indicación numérica referenciada quiere decir la indicación numérica referenciada más o menos hasta un 10 % de esa indicación numérica referenciada. Por ejemplo, "aproximadamente 100" significa de 90 a 110.
Un "alelo" se define como una cualquiera o más formas alternativas de un gen dado. En una célula u organismo diploide, los miembros de un par alélico (es decir, los dos alelos de un gen dado) ocupan las correspondientes posiciones (locus) en un par de cromosomas homólogos y si estos alelos son genéticamente idénticos se dice que la célula u organismo es "homocigótico" pero si son genéticamente diferentes se dice que la célula u organismo es "heterocigótico" con respecto al gen particular.
Un "gen" es una secuencia ordenada de nucleótidos localizados en una posición particular en un cromosoma particular que codifica un producto funcional específico y puede incluir secuencias no traducidas y no transcritas en la proximidad de las regiones codificantes. Dichas secuencias no codificantes pueden contener secuencias reguladoras necesarias para la transcripción y traducción de la secuencia o intrones, etc., o todavía pueden tener cualquier función que se les atribuya más allá de la aparición del SNP de interés.
"Genotipado" se refiere a la determinación de la información genética que porta un individuo en una o más posiciones en el genoma. Por ejemplo, el genotipado puede comprender la determinación de qué alelo o alelos porta un individuo para un único SNP o la determinación de qué alelo o alelos porta un individuo para una pluralidad de SNP. Por ejemplo, en rs1967309 los nucleótidos pueden ser una A en algunos individuos y una G en otros individuos. Los individuos que tienen una A en la posición tienen el alelo A y los que tienen una G tienen el alelo G. En un organismo diploide el individuo tendrá dos copias de la secuencia que contiene la posición polimórfica de modo que el individuo puede tener un alelo A y un alelo G o, de forma alternativa, dos copias del alelo A o dos copias del alelo G. Los individuos que tienen dos copias del alelo G son homocigóticos para el alelo G, los individuos que tienen dos copias del alelo A son homocigóticos para el alelo A y los individuos que tienen una copia de cada alelo son heterocigóticos. A menudo los alelos se denominan, el alelo A, a menudo el alelo principal, y el alelo B, a menudo el alelo secundario.
Los genotipos pueden ser AA (A homocigótico), BB (B homocigótico) o AB (heterocigótico). Los procedimientos de genotipado proporcionan en general la identificación de la muestra como AA, BB o AB.
Se entiende que el término "que comprende" quiere decir que las composiciones y procedimientos incluyen los elementos enumerados, pero no excluyen otros.
"Agente que aumenta las HDL o que imita las HDL" se refiere a compuestos que incrementan los niveles de las HDL por uno cualquiera de los siguientes mecanismos: inhibición/modulación de CETP, agonismo de PPAR, agonismo de LXR, agonismo de HM74 (receptor de niacina), agonismo del receptor de la hormona tirotropina, inhibidores de la lipasa y catabolismo de las HDL, inductores de ApoA1, compuestos que proporcionan al menos una de las actividades ateroprotectoras de las HDL tales como compuestos que incrementarían la salida lipídica celular (colesterol y/o fosfolípidos) y que tienen actividades antioxidantes y antinflamatorias. En particular, el agente que imita las HDL es ApoA1 y derivados de ApoA1 (tales como apoA1 Milano, ApoA1 Paris) y otros análogos, HDL reconstituidas que contienen ApoA1 y/o ApoAII y los lípidos apropiados tales como fosfolípidos. ApoE, derivados, análogos y peptidomiméticos de lipoproteínas anfipáticas. Los ejemplos de "agente que aumenta las HDL o que imita las HDL" son niacina, fibratos, glitazona, dalcetrapib, anacetrapib, evacetrapib, DEZ-001 (anteriormente conocido como TA-8995) (Mitsubishi Tanabe Pharma), ATH-03 (Affris), DRL-17822 (Dr. Reddy's), DLBS-1449 (Dexa Medica), RVX-208 (Resverlogix), CSL-112 (Cls Behring), CER-001 (Cerenis), ApoA1-Milano (Medicine Company). Los ejemplos particulares de "agente que aumenta las HDL o que imita las HDL" son niacina, fibratos, glitazona, dalcetrapib, anacetrapib, evacetrapib, torcetrapib, preferentemente niacina, fibratos, glitazona, dalcetrapib, anacetrapib o evacetrapib. Más en particular, el agente que aumenta o que imita las HDL se selecciona de un inhibidor/modulador de CETP. Los ejemplos de inhibidores/moduladores de CETP son dalcetrapib, anacetrapib, evacetrapib, DEZ-001 (anteriormente conocido como TA-8995) (Mitsubishi Tanabe Pharma), ATH-03 (Affris), DRL-17822 (Dr. Reddy's), DLBS-1449 (Dexa Medica). Más en particular, los ejemplos de inhibidores/moduladores de CETP son dalcetrapib, anacetrapib, evacetrapib y torcetrapib, preferentemente dalcetrapib, anacetrapib y evacetrapib. Lo más en particular, el agente que aumenta o que imita las HDL de acuerdo con la invención se referirá a un inhibidor/modulador de CETP, en especial cuando el inhibidor/modulador de CETP es dalcetrapib. "Inhibidor/modulador de CETP" se refiere a un compuesto que disminuye la actividad de CETP (evaluada por ensayos de transferencia estándar) inhibiendo CETP y/o induciendo cambios conformacionales del polipéptido CETP una vez unido al polipéptido CETP. Los cambios conformacionales en CETP del polipéptido de CETP permiten que la actividad de CETP avance entre las partículas de HDL e incrementa su reciclado/recambio incrementando la producción de formación de pre-beta-HDL activas. Preferentemente, el inhibidor/modulador de CETP se refiere a todos los compuestos que se unirían a cisteína 13 del polipéptido de CETP. Más preferentemente, el "inhibidor/modulador de CETP" se selecciona de 2-metiltiopropionato de S-[2-[1-(2-etilbutil)ciclohexilcarbonilamino]-fenilo], (2-mercapto-fenil)-amida del ácido 1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarboxílico y/o disulfuro de bis[2-[1-(2-etilbutil)ciclohexilcarbonilamino]fenilo]. Lo más preferentemente, el "inhibidor/modulador de CETP" es 2-metiltiopropionato de S-[2-[1-(2-etilbutil)ciclohexilcarbonilamino]-fenilo] como profármaco o (2-mercaptofenil)-amida del ácido 1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarboxílico como su metabolito activo.
"Anacetrapib" se refiere a ((4S,5R)-5-[3,5-bis(trifluorometil)fenil]-3-{[4'-fluoro-2'-metoxi-5'-(propan-2-il)-4-(trifluorometil)[1,1 '-bifenil]-2-il]metM}-4-metil-1,3-oxazolidin-2-ona) también conocido como MK 0859, cAs 875446-37­ 0 o un compuesto de fórmula (XA).
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Anacetrapib así como los procedimientos de preparación y uso del compuesto, se describen en los documentos WO2006/014413, WO2006/014357, WO2007005572.
"Evacatrapib" se refiere a ácido trans-4-({(5S)-5-[{[3,5-bis(trifluorometil)fenil]metil}(2-metil-2H-tetrazol-5-il)amino]-7,9-dimetil-2,3,4,5-tetrahidro-1H-benzacepin-1-il}metil)ciclohexanocarboxílico también conocido como LY2484595, CAS1186486-62-3 o un compuesto de fórmula (Xb)
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Evacetrapib así como los procedimientos de preparación y uso del compuesto, se describen en el documento WO2011002696.
"Torcetrapib" se refiere a éster etílico del ácido (2R,4S)-4-[(3,5-bistrifluorometilbencil)metoxicarbonilamino]-2-etil-6-trifluorometil-3,4-dihidro-2H-quinolin-1-carboxílico, también conocido como CP-529,414, CAS 262352-17-0 o un compuesto de fórmula (Xc)
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Torcetrapib así como los procedimientos de preparación y uso del compuesto, se describen en los documentos WO0017164 o WO0140190.
"AY 60-5521" se refiere a (5S)-4-ciclohexil-2-ciclopentil-3-[(S)-fluoro[4-(trifluorometil)fenil]metil]-5,6,7,8-tetrahidro-7,7-dimetil-5-quinolinol, también conocido como CAS 893409-49-9 o un compuesto de fórmula (Xd)
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"Tratamiento" se refiere tanto al tratamiento terapéutico como a medidas profilácticas o preventivas. Aquellos que necesitan tratamiento incluyen aquellos que ya tienen el trastorno, así como aquellos en los que el trastorno se va a prevenir o retrasar.
El término "polimorfismo", "sitio de polimorfismo", "sitio polimórfico" o "sitio de polimorfismo mononucleotídico" (sitio de SNP) o "polimorfismo mononucleotídico" se refiere a una localización en la secuencia de un gen que varía dentro de una población. Un polimorfismo es la aparición de dos o más formas de un gen o posición dentro de un gen "alelo", en una población, en frecuencias tales que la presencia de la más rara de las formas no se pueda explicar por una mutación sola. Los sitios polimórficos preferentes tienen al menos dos alelos. La implicación es que los alelos polimórficos confieren cierta variabilidad de fenotipo en el huésped. El polimorfismo se puede producir tanto en las regiones codificantes como en la región no codificante de los genes. El polimorfismo se puede producir en un sitio nucleotídico único o puede implicar una inserción o una deleción. La localización de un polimorfismo de este tipo se puede identificar por su posición nucleotídica en el gen, en el cromosoma o en el transcriptor por los aminoácidos que se altera por el polimorfismo nucleotídico. A los polimorfismos individuales también se les asignan identificadores únicos ("SNP de referencia", "refSNP" o "rs n.°") conocidos por un experto en la técnica y usados, por ejemplo, en la base de datos de polimorfismos mononucleotídicos (dbSNP) de variación de secuencia de nucleótidos disponible en la página web del NCBI.
Los términos "desequilibrio de ligamiento" o "en desequilibrio de ligamiento" o "DL" se refieren a la asociación no aleatoria de alelos en un grupo de individuos, en otras palabras es la segregación preferente de una forma polimórfica particular con otra forma polimórfica en una localización cromosómica diferente con más frecuencia de lo esperado por probabilidad. Por oposición, se dice que los alelos que se producen conjuntamente en frecuencias esperadas están en "equilibrio de ligamiento".
El prefijo "rs" se refiere a un SNP en la base de datos encontrado en la base de datos de SNP de NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/7term. Los números "rs" son la forma de ID de rsSNP de NCBI.
El término "muestra" incluye cualquier muestra biológica tomada de un paciente o individuo incluyendo una célula, muestra tisular o líquido corporal. Por ejemplo, una muestra puede incluir una muestra de piel, una muestra celular de mejilla, saliva o glóbulos sanguíneos. Una muestra puede incluir, sin limitación, una única célula, múltiples células, fragmentos de células, una alícuota de un líquido corporal, sangre completa, plaquetas, suero, plasma, glóbulos rojos, glóbulos blancos, células endoteliales, biopsias tisulares, líquido sinovial y líquido linfático. En particular, "muestra" se refiere a glóbulos sanguíneos.
El término "agentes terapéuticos" se refiere a agentes que pueden tratar o prevenir un trastorno cardiovascular. Como se usa en el presente documento, un agente "que puede tratar o prevenir un trastorno cardiovascular" se refiere a una molécula que puede tratar y/o prevenir un trastorno cardiovascular en seres humanos y/o en un modelo celular o animal de dicho trastorno cardiovascular.
Un "polimorfismo de respuesta mejorada", "genotipo de respuesta mejorada" o "genotipo sensible" como se usa en el presente documento se refiere a una variante alélica o genotipo en uno o más sitios polimórficos dentro del gen ADCY9 como se describe en el presente documento (por ejemplo, rs11647778/CC) que predice que un sujeto responderá terapéuticamente y se beneficiará del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL (lo que se puede medir por una disminución en el número de episodios cardiovasculares) en comparación con una variante alélica o genotipo o polimorfismo (por ejemplo, rs11647778/CG o rs11647778/GG) que predice que un sujeto responderá menos a la administración de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL. La "respuesta reducida", "respuesta parcial", "sin respuesta", o "falta de eficacia terapéutica" se pueden medir por un incremento relativo en el número de episodios cardiovasculares en relación con los sujetos que tienen un "genotipo de respuesta mejorada". De forma alternativa, la "respuesta mejorada", "paciente que responde al tratamiento" o "eficacia terapéutica" se pueden medir por una disminución relativa en el número de episodios cardiovasculares en relación con los sujetos que portan polimorfismos asociados con la "ausencia de respuesta" o la "respuesta parcial" a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL. En particular rs11647778/CC, y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA y rs2238448/TT son genotipos de respuesta mejorada. Más en particular, rs11647778/CC y opcionalmente rs1967309/AA y rs2238448/TT es un genotipo de respuesta mejorada. Lo más en particular, rs11647778/CC y rs1967309/AA es un genotipo de respuesta mejorada.
"Episodios cardiovasculares" como se usa en el presente documento se refiere a muerte por causas cardiovasculares, infarto de miocardio (IM) no mortal, apoplejía no mortal de origen isquémico, hospitalización por angina inestable y revascularización coronaria.
"Oligonucleótidos" como se usa en el presente documento son ácidos nucleicos o polinucleótidos de longitud variable. Dichos oligonucleótidos pueden ser útiles como sondas, cebadores y en la fabricación de micromatrices (matrices) para la detección y/o amplificación de ácidos nucleicos específicos. Dichas hebras de ADN o ARN se pueden sintetizar por la adición secuencial (5'-3' o 3'-5') de monómeros activados a una cadena creciente, que se puede unir a un soporte insoluble. Numerosos procedimientos son conocidos en la técnica para sintetizar oligonucleótidos para su uso individual posterior o como parte del soporte insoluble, por ejemplo en matrices (BERNFIELD MR. y ROTTMAN FM. J. Biol. Chem. (1967) 242(18):4134-43; SULSTON J. et al. PNAS (1968) 60(2):409-415; GILLAM S. et al. NucleicAcidRes.(1975) 2(5):613-624; BONORA GM. et al. NucleicAcidRes.(1990) 18(11 ):3155-9; LASHKARI DA. et al. PNAS (1995) 92(17):7912-5; MCGALL G. et al. PNAS (1996) 93(24): 13555-60; ALBERT TJ. et al. Nucleic Acid Res.(2003) 31(7):e35; GAO X. et al. Biopolymers (2004) 73(5):579-96; y MOORCROFT MJ. et al. Nucleic Acid Res.(2005) 33(8):e75). En general, los oligonucleótidos se sintetizan a través de la adición en etapas de monómeros activados y protegidos en una variedad de condiciones dependiendo del procedimiento que se use. Posteriormente, se pueden retirar los grupos protectores específicos para permitir otro alargamiento y posteriormente, y una vez se completa la síntesis, se pueden retirar todos los grupos protectores y retirar los oligonucleótidos de sus soportes sólidos para la purificación de las cadenas completas si se desea.
El término "genotipo" se refiere a la constitución genética de un organismo, normalmente con respecto a un gen o unos pocos genes o una región de un gen pertinente para un contexto particular (es decir, los locus genéticos responsables de un fenotipo particular). En particular, la combinación específica de alelos en una posición dada en un gen, tal como por ejemplo, los genotipos AA, AG o GG que son genotipos posibles del SNP rs1967309.
Un "fenotipo" se define como los caracteres observables de un organismo. Las tablas 2, 3, 4 y 5 muestran una correlación de genotipo para SNP ADCY9 con valores que representan una indicación de la reactividad al tratamiento de trastornos cardiovasculares con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL.
El término "biomarcador" como se usa en el presente documento se refiere a una secuencia característica de un alelo variante (sitio polimórfico, tal como un SNP) o alelo natural particular. El biomarcador también se refiere a un péptido o epítopo codificado por un alelo variante o natural particular.
El término "marcador indirecto" como se usa en el presente documento se refiere a una variante genética, incluyendo un SNP, que está presente en desequilibrio de ligamiento con un genotipo de respuesta mejorada de la invención, en particular, rs11647778/CC.
El término "marcador genético" como se usa en el presente documento se refiere a variantes de sitios polimórficos de un gen particular que se asocian con la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP. En particular, "marcador genético" como se usa en el presente documento se refiere a variantes de sitios polimórficos en el gen ADCY9 que se asocian con la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
Tres genotipos en rs11647778 predicen la respuesta de un individuo a un fármaco que aumenta las HDL, en particular, un inhibidor de CETP: CC, CG y GG. De estos, el genotipo CC se asocia con una respuesta terapéutica mejorada en pacientes a un fármaco que aumenta las HDL, el genotipo CG se asocia con una respuesta parcial y el genotipo GG se asocia con una falta de respuesta (ausencia de respuesta). Para el propósito de la presente invención, los pacientes que portan el genotipo CC se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL; los pacientes que portan el genotipo CG se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL y los pacientes que portan el genotipo GG no se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL. Los genotipos CC y CG en rs11647778 en pacientes con un trastorno cardiovascular indican una respuesta terapéutica a un inhibidor de CETP, en particular dalcetrapib. En particular, el genotipo CC en rs11647778 en pacientes con un trastorno cardiovascular es indicativo de una mayor respuesta terapéutica a un inhibidor de CETP, en particular dalcetrapib.
Tres genotipos en rs2238448 predicen la respuesta de un individuo a un fármaco que aumenta las HDL, en particular, un inhibidor de CETP: TT, TC y CC. De estos tres genotipos, el genotipo TT se asocia con una respuesta terapéutica mejorada en pacientes tratados con un fármaco que aumenta las HDL, mientras que el genotipo CC se asocia con una falta de respuesta (ausencia de respuesta). Los pacientes que portan el genotipo TC se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL, ya que este genotipo se asocia con una respuesta parcial. Para el propósito de la presente invención: los pacientes que portan el genotipo TT o CT se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL y los pacientes que portan el genotipo c C no se pueden beneficiar del tratamiento con un fármaco que aumenta las HDL. El genotipo tT en rs2238448 en pacientes con un trastorno cardiovascular indica una mayor respuesta terapéutica a un inhibidor de CETP, en particular dalcetrapib, en comparación con otros genotipos.
En determinados procedimientos descritos en el presente documento, se usan uno o más biomarcadores para identificar o seleccionar individuos que se beneficiarán del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP. Un biomarcador de SNP para su uso en la invención puede predecir una respuesta terapéutica (R) al tratamiento o bien una ausencia de respuesta (NR) al tratamiento. La tabla 2 muestra los genotipos observados en la cohorte para dal-Outcomes, presentes en el sitio polimórfico rs1967309, que se pueden usar como un biomarcador para predecir la respuesta a dalcetrapib o agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, a otro inhibidor/modulador de CETP. La tabla 4 muestra los genotipos observados en las cohortes de dal-Outcomes y dal-Plaque-2, presentes en el sitio polimórfico rs11647778, que se pueden usar como biomarcador para predecir la respuesta a dalcetrapib o agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular a otro inhibidor/modulador de CETP. Se puede usar cada genotipo mostrado en las tablas 2-5 solo o en combinación con genotipos en otros sitios polimórficos como biomarcador para predecir la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, a un inhibidor/modulador de CETP).
Tabla 2: marcadores genéticos y respuesta predicha al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
Figure imgf000011_0001
R: Sensible
PR: Sensible parcial
NR: No sensible
Tabla 3: marcadores genéticos y respuesta predicha al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
Figure imgf000011_0002
R: Sensible
PR: Sensible parcial
NR: No sensible
Tabla 4: marcadores genéticos y respuesta predicha al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
Figure imgf000012_0001
R: Sensible
PR: Sensible parcial
NR: No sensible
Tabla 5: marcadores genéticos y respuesta predicha al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL
Figure imgf000012_0002
R: Sensible
PR: Sensible parcial
NR: No sensible
Rs11647778, rs1967309 y rs12595857 se localizan en una región intrónica (no codificante) del gen ADCY9 en una región que es concordante con tener actividad reguladora sobre la expresión génica de ADCY9.
En determinados procedimientos descritos en el presente documento, los individuos que responderán terapéuticamente al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular con un inhibidor/modulador de CETP, se identifican y seleccionan para su tratamiento usando los procedimientos de genotipado de la invención. En particular, los pacientes que portan rs11647778/CC y, opcionalmente, uno o más de los siguientes genotipos de respuesta mejorada, se seleccionan para su tratamiento en los procedimientos de la invención: rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA,rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs2238448/TT. Más en particular, los pacientes que portan los genotipos rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs2238448/TT y/o rs1967309/AA se seleccionan para su tratamiento en los procedimientos de la invención: Lo más en particular, los pacientes que portan los genotipos rs11647778/CC y rs1967309/AA se seleccionan para su tratamiento en los procedimientos de la invención.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para identificar un sujeto que se beneficia de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, comprendiendo el procedimiento determinar un genotipo de dicho sujeto (por ejemplo, por genotipado) en uno o más de los sitios polimórficos en el gen ADCY9.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar la reactividad de un individuo a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor de CETP, comprendiendo el procedimiento determinar un genotipo de dicho sujeto (por ejemplo, por genotipado) en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448, usando uno o más de los cebadores o sondas divulgados en el presente documento.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar la reactividad de un individuo a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor de CETP, comprendiendo el procedimiento determinar un genotipo de dicho sujeto (por ejemplo, por genotipado) en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967 o rs3730119, rs13337675, usando uno o más de los cebadores o sondas divulgados en el presente documento.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento en el que los sitios polimórficos comprenden rs11647778 y opcionalmente uno o más de los siguientes sitios seleccionados del grupo que consiste en: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448, en particular en el que el sitio polimórfico se selecciona del grupo que consiste en rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 y rs13337675, más en particular en el que el sitio polimórfico es rs11647778 y opcionalmente rs1967309 o rs12595857, más en particular en el que el sitio polimórfico es rs11647778 y opcionalmente rs1967309, en particular en el que los correspondientes genotipos son CC y AA, respectivamente.
En un modo de realización particular, la invención proporciona procedimientos para genotipar uno o más sitios polimórficos, en los que al menos un sitio polimórfico es rs11647778 y opcionalmente uno o más sitios polimórficos seleccionados del grupo que consiste en: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448, en particular en los que el sitio opcionalmente polimórfico se elige del grupo que consiste en rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 y rs13337675 más en particular en los que el sitio polimórfico opcional es rs1967309 o rs12595857, más en particular en el que el sitio polimórfico opcional es rs1967309.
En un modo de realización particular, la invención proporciona un procedimiento en el que un sujeto que porta rs11647778/CC y opcionalmente uno o más de rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, o rs2238448/TT se beneficia del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es un inhibidor/modulador de CETP, y más en particular en el que el agente que aumenta las HDL o que imita HDL es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico).
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento en el que un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL se administra a dicho sujeto.
En un modo de realización particular, la invención proporciona un procedimiento en el que un sujeto que porta rs11647778/CC y opcionalmente uno o más de rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, o rs2238448/TT se trata con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es un inhibidor/modulador de CETP, y más en particular, en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico).
En un modo de realización particular, la invención proporciona un procedimiento en el que un sujeto que porta rs11647778/CC y opcionalmente uno o más de rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, o rs2238448/TT se administra con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es un inhibidor/modulador de CETP, y más en particular, en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico).
En modos de realización particulares, la invención proporciona un procedimiento en el que el sujeto tiene un trastorno cardiovascular, en particular, en el que el trastorno cardiovascular se selecciona del grupo que consiste en ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y complicaciones vasculares de diabetes, obesidad o endotoxemia en un mamífero, más en particular en el que el trastorno cardiovascular se selecciona del grupo que consiste en cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hipoalfalipoproteinemia, hiperbetalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hiperlipidemia, ateroesclerosis, hipertensión, hipertrigliceridemia, hiperlipidoproteinemia, vasculopatía periférica, angina de pecho, isquemia e infarto de miocardio.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) seleccionar un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448;
(b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) seleccionar un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675;
(b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En un modo de realización particular, la divulgación proporciona un procedimiento de tratamiento de un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) seleccionar un sujeto que tiene un polimorfismo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309 y/o rs2238448, en particular en el que el sujeto tiene genotipo CC en rs11647778 genotipo AA en rs1967309 y genotipo TT en rs2238448;
(b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En un modo de realización particular, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) seleccionar un sujeto que tiene un polimorfismo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, en particular en el que el sujeto tiene el genotipo CC en rs11647778 y el genotipo AA en rs1967309; (b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) genotipar un sujeto en t rs11647778 y opcionalmente en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448; (b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, comprendiendo el procedimiento:
(a) genotipar un sujeto en rs11647778 y opcionalmente uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675;
(b) administrar a dicho sujeto un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
La invención también proporciona un procedimiento de tratamiento o prevención de un paciente que comprende: a. analizar una muestra de paciente para detectar la presencia del marcador genético rs11647778/CC y, opcionalmente, uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo que consiste en rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG y rs8061182/AA y
b. administrar a un paciente que porta uno o más de dichos marcadores genéticos un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP.
La divulgación también proporciona un procedimiento de tratamiento de un paciente que comprende:
a. analizar una muestra de paciente para detectar la presencia del marcador genético rs11647778/CC y, opcionalmente, uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo que consiste en rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG y rs8061182/AA y
b. tratar a un paciente que porta uno o más de dichos marcadores genéticos con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento en el que se determina un genotipo en rs11647778 y opcionalmente uno o más sitios seleccionados de: rs1967309 y rs12595857.
En un modo de realización particular, la presente invención proporciona un procedimiento de determinación de la reactividad de los individuos a un fármaco que aumenta las HDL que comprende:
a. obtener una muestra del individuo, en el que la muestra comprende material genético;
b. poner en contacto la muestra con un reactivo, tal como sondas o cebadores, generando un complejo entre el reactivo y un marcador genético seleccionado de la tabla 10;
c. detectar el complejo para obtener un conjunto de datos asociado con la muestra y
d. analizar el conjunto de datos para determinar la presencia o ausencia de un marcador genético.
En un modo de realización particular, la presente invención proporciona un procedimiento de determinación de la reactividad a un fármaco que aumenta las HDL en un paciente que tiene uno o más síntomas de una cardiovasculopatía que comprende:
a. obtener una muestra del paciente, en el que la muestra comprende material genético;
b. poner en contacto el material genético con un reactivo, tal como una sonda o un conjunto de cebadores para generar un complejo entre el reactivo y un marcador genético seleccionado de la tabla 10;
c. detectar el complejo para obtener un conjunto de datos asociado con la muestra;
d. analizar el conjunto de datos para determinar la presencia o ausencia de un marcador genético; e e. identificar a un paciente que tiene uno o más marcadores genéticos como candidato para recibir un fármaco que aumenta las HDL.
El complejo entre el reactivo (tal como sondas o cebadores) y un marcador genético generado en los procedimientos de genotipado proporcionados se puede generar por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o bien secuenciación de ADN. Dichos procedimientos se describen en el presente documento y son bien conocidos para los expertos en la técnica.
La invención proporciona reactivos (tales como sondas o cebadores) para genotipar un marcador genético seleccionado de rs11647778/CC, rs12595857/GG; rs1967309/AA;rs111590482/AG; rs111590482/GG; rs11647828/GG; rs12935810/GG; rs17136707/GG; rs2239310/GG; rs2283497/AA; rs2531967/AA; rs3730119/AA; rs4786454/AA; rs74702385/GA; rs74702385/AA; rs8049452/GG; rs11647778/CG, rs8061182/AA;rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG,rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs11647778/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs2238448/TT, rs2238448/TC, rs2238448/CC, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA y rs11647828/AG, preferentemente rs11647778, en particular un cebador o una sonda.
En un modo de realización particular, el cebador que comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 adyacente a rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448.
En un modo de realización particular, el cebador comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 adyacente a rs11647778. En un modo de realización particular, el cebador comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 adyacente a rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 o rs13337675.
En un modo de realización particular, el cebador comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 adyacente a rs11647778. En otro modo de realización, el reactivo es un cebador que comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448.
En otro modo de realización, el reactivo es un cebador que comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778.
En otro modo de realización, el reactivo es un cebador que comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 o rs13337675.
En otro modo de realización, el reactivo es un cebador que comprende una hebra de ADN que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 o rs2238448. En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 o rs13337675.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a una región del cromosoma 16 que se solapa con rs11647778.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a un oligonucleótido seleccionado de SEQ. ID. NO. 1 a SEQ. ID. NO 21.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene una longitud de 15 a 30 nucleótidos y se hibrida en condiciones de restricción alta a un oligonucleótido que tiene la secuencia de SEQ. ID NO 21.
En otro modo de realización, la sonda es un ácido nucleico que tiene de 15 a 30 nucleótidos de longitud y se hibrida en condiciones de restricción alta a un oligonucleótido que tiene la secuencia de SEQ. ID NO. 19.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento en el que los agentes que aumentan las HDL o que imitan las HDL son un inhibidor/modulador de CETp , en particular, en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico).
Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un uso de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, en la fabricación de un medicamento para el tratamiento o prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, en el que el sujeto tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y, opcionalmente, uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 o rs13337675.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el uso como se define en el presente documento, en el que el sujeto tiene un polimorfismo de respuesta mejorada en rs11647778.
En otro modo de realización, la invención proporciona un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETp para su uso en el tratamiento o prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, en el que el sujeto porta el marcador genético rs11647778/CC y opcionalmente uno o más marcadores genéticos seleccionados de: rs12595857/GG; rs1967309/AA;rs111590482/AG; rs111590482/GG; rs11647828/GG; rs12935810/GG; rs17136707/GG; rs2239310/GG; rs2283497/AA; rs2531967/AA; rs3730119/AA; rs4786454/AA; rs74702385/GA; rs74702385/AA; rs8049452/GG; rs8061182/AA;rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG,rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA, rs2238448/TT y rs11647828/AG. En otro modo de realización, la divulgación proporciona procedimientos para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprenden administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, en los que el sujeto tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 rs2238448 y rs13337675.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona procedimientos para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprenden administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular, en los que el sujeto tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y, opcionalmente, en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 y rs13337675.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448 una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448 una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular.
En un modo de realización particular, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un paciente que lo necesita una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, en el que los sujetos tratados tienen un genotipo de respuesta mejorada, en el que el genotipo es rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA;, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG y/o rs8061182/AA.
En un modo de realización particular, la divulgación proporciona procedimientos para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprenden administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular, en el que el sujeto porta el genotipo rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT, y/o rs8061182/AA.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG y/o rs8061182/AA, una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP. En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene el genotipo rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT, y/o rs8061182/AA, una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, en el que los sujetos tratados tienen un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs2238448 o rs12595857.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular, en el que el sujeto tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs2238448 o rs12595857.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs2238448 o rs12595857, una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs2238448 o rs12595857, una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, en el que los sujetos tratados tienen un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que lo necesita una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular, en el que el sujeto tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, una cantidad terapéuticamente eficaz de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP.
En otro modo de realización, la divulgación proporciona un procedimiento para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular, que comprende administrar a un sujeto que tiene un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, una cantidad de un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP que es eficaz para tratar o prevenir el trastorno cardiovascular.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP para su uso en el tratamiento o prevención de un trastorno cardiovascular, en el que el sujeto tratado porta un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL como se define en el presente documento en el que el genotipo de respuesta mejorada es CC.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, para su uso en el tratamiento o prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto, en el que el sujeto porta un genotipo de respuesta mejorada rs11647778. En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL como se define en el presente documento, en el que el genotipo de respuesta mejorada en rs11647778 es CC.
En un modo de realización particular, la invención proporciona un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL como se describe en el presente documento, en el que el trastorno cardiovascular se selecciona del grupo que consiste en ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y complicaciones vasculares de diabetes, obesidad o endotoxemia en un mamífero.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL como se describe en el presente documento, en el que el trastorno cardiovascular es cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hipoalfalipoproteinemia, hiperbetalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hiperlipidemia, ateroesclerosis, hipertensión, hipertrigliceridemia, hiperlipidoproteinemia, vasculopatía periférica, angina de pecho, isquemia o infarto de miocardio.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL como se describe en el presente documento, en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es un agente que aumenta las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, más en particular es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico).
En otro modo de realización, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita, que tiene la genotipo rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT, o rs8061182/AA, más en particular en el que el genotipo es rs11647778/CC y opcionalmente rs1967309/AA.
En otro modo de realización, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir a un paciente con trastorno cardiovascular, que porta un genotipo de respuesta mejorada, en particular en el que el genotipo es rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG o rs8061182/AA, más en particular en el que el genotipo es rs11647778/CC y opcionalmente rs1967309/AA.
En un modo de realización particular, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir a un paciente con un trastorno cardiovascular que porta un genotipo de respuesta mejorada, en el que el trastorno cardiovascular se selecciona del grupo que consiste en ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y complicaciones vasculares de diabetes, obesidad o endotoxemia en un mamífero.
En un modo de realización particular, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita que tiene un genotipo de respuesta mejorada, en el que el trastorno cardiovascular es ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y una complicación vascular de diabetes, obesidad o endotoxemia.
En un modo de realización particular, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir a un paciente con un trastorno cardiovascular que porta un genotipo de respuesta mejorada, en el que el trastorno cardiovascular se selecciona del grupo que consiste en cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hipoalfalipoproteinemia, hiperbetalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hiperlipidemia, ateroesclerosis, hipertensión, hipertrigliceridemia, hiperlipidoproteinemia, vasculopatía periférica, angina de pecho, isquemia e infarto de miocardio.
En un modo de realización particular, la invención proporciona éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) para tratar o prevenir un trastorno cardiovascular en un sujeto que lo necesita que tiene un genotipo de respuesta mejorada, en el que el trastorno cardiovascular es cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hipoalfalipoproteinemia, hiperbetalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hiperlipidemia, ateroesclerosis, hipertensión, hipertrigliceridemia, hiperlipidoproteinemia, vasculopatía periférica, angina de pecho, isquemia o infarto de miocardio.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para predecir si un paciente diagnosticado con o que tiene uno o más síntomas de una cardiovasculopatía tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con un agente que incrementa las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que comprende cribar una muestra obtenida de dicho paciente para determinar un marcador genético en el gen de la adenilato ciclasa de tipo 9 (ADCY9) seleccionado de rs11647778/CC, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT o rs8061182/AA, en el que la presencia del marcador genético indica que el paciente tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse de dicho tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL. En un modo de realización particular, el marcador genético cribado es rs11647778/CC y opcionalmente rs12595857/GG, rs2238448/TT y/o rs1967309/AA. Más en particular, el marcador genético cribado es rs11647778/CC y opcionalmente rs1967309/AA.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento de predicción de si un paciente con trastorno cardiovascular tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP, que comprende cribar una muestra aislada de dicho paciente para determinar un marcador genético en el gen de la adenilatociclasa de tipo 9 (ADCY9) seleccionado de rs11647778/CC, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, en el que el paciente tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse de dicho tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL. En un modo de realización particular, el marcador genético cribado es rs11647778/CC y se selecciona opcionalmente de rs12595857/GG; rs1967309/AA. Más en particular, el marcador genético cribado es rs11647778/CC y opcionalmente rs1967309/AA.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento de selección de un paciente que es probable que responda a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, comprendiendo el procedimiento: (a) determinar el genotipo en rs11647778 en una muestra de un paciente diagnosticado con o que tiene uno o más síntomas de un trastorno cardiovascular, y
(b) seleccionar un paciente con genotipo CC como más probable que responda a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL.
Aún en otro modo de realización, el procedimiento comprende además determinar el genotipo en rs1967309 y/o rs2238448, y seleccionar un paciente con genotipo AA en rs1967309 y/o genotipo TT en rs2238448 que es probable que responda a un agente que aumenta las h Dl o que imita las h Dl . En determinados modos de realización, el procedimiento comprende además administrar un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL (por ejemplo, dalcetrapib) al paciente seleccionado.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento de selección de un paciente con un trastorno cardiovascular que es probable que responda a un tratamiento que comprende un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, comprendiendo el procedimiento:
(a) detectar un genotipo CC en rs11647778 en una muestra del paciente,
(b) seleccionar el paciente que es más probable que responda a un tratamiento que comprende un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL cuando se detecta rs11647778 con genotipo CC en la muestra del paciente. Aún en otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento de selección de un paciente con un trastorno cardiovascular que es probable que responda a un tratamiento que comprende un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, comprendiendo el procedimiento:
(a) detectar un genotipo CC en rs11647778 y un genotipo AA en rs1967309 en una muestra del paciente, (b) seleccionar el paciente que es más probable que responda a un tratamiento que comprende un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL cuando se detecta rs11647778 con CC y rs1967309 con genotipo AA en la muestra del paciente.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento, en el que la presencia de un genotipo CC en rs11647778 en una muestra de referencia (antes del tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL de acuerdo con la invención) indica que el paciente es más probable que responda al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento, en el que la presencia del genotipo CC en rs11647778 y el genotipo AA en rs1967309 en una muestra de referencia indica que el paciente es más probable que responda al tratamiento con un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento que comprende además c) seleccionar el tratamiento que comprende un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento en el que determinar el genotipo en rs11647778 en una muestra del paciente comprende poner en contacto la muestra con un reactivo específico de genotipo (por ejemplo, cebador y/o sonda) que se une a la secuencia rs11647778, formando de este modo un complejo entre el reactivo y la secuencia rs11647778, y detectar el complejo formado, determinando de este modo el genotipo en rs11647778.
Un procedimiento para determinar el pronóstico de una respuesta clínica en un paciente humano a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, que comprende determinar la presencia de al menos un polimorfismo en el gen ADCY9 del paciente en el que el sitio de polimorfismo se asocia con una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta las HDL o que imita las HDL en el que al menos un sitio de polimorfismo es rs11647778.
Un procedimiento para determinar el pronóstico de una respuesta clínica en un paciente humano a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, que comprende determinar la presencia de al menos un polimorfismo en el gen ADCY9 del paciente en el que el sitio de polimorfismo se asocia con una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta las HDL o que imita las HDL en el que al menos dos sitios de polimorfismo son rs11647778 y rs1967309.
En otro modo de realización, la invención proporciona un procedimiento para determinar el pronóstico de una respuesta clínica en un paciente humano a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, que comprende determinar el genotipo de al menos un sitio de polimorfismo en el gen ADCY9 del paciente en el que el sitio de polimorfismo se asocia con una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta o que imita las HDL. En un modo de realización, el sitio de polimorfismo es rs11647778 y el genotipo GG es indicativo de una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta o que imita las HDL. En otro modo de realización, el sitio de polimorfismo es rs1967309 y el genotipo Gg es indicativo de una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta o que imita las HDL. En otro modo de realización, el sitio de polimorfismo es rs2238448 y el genotipo CC es indicativo de una respuesta clínica retardada, subóptima parcial o carente a dicho agente que aumenta o que imita las HDL.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento, en el que el polimorfismo se determina por un análisis de genotipado.
En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento, en el que el análisis de genotipado comprende un análisis de micromatrices o un análisis espectrométrico de masas o el uso de cebadores y/o sondas específicos de polimorfismo, en particular, una reacción de extensión de cebador. En un modo de realización particular, la invención proporciona el procedimiento descrito en el presente documento, en el que el agente que aumenta las HDL o que imita las HDL es un agente que aumenta las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP, más en particular éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico). En un modo de realización particular, el "inhibidor/modulador de CETP" es éster S-(2-{[1-(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) del ácido tioisobutírico, también conocido como 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo], dalcetrapib o un compuesto de fórmula I
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Se ha demostrado que 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)ciclohexil]carbonil]amino)fenilo] es un inhibidor de la actividad de CETP en seres humanos (de Grooth et al., Circulation, 105, 2159-2165 (2002)) y conejos (Shinkai et al., J. Med. Chem., 43, 3566-3572 (2000); Kobayashi et al., Atherosclerosis, 162, 131-135 (2002); y Okamoto et al., Nature, 406 (13), 203-207 (2000)). Se ha demostrado que 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)ciclohexil]carbonil]amino)fenilo] incrementa el colesterol de las HDL en plasma en seres humanos (de Grooth et al., supra) y en conejos (Shinkai et al., supra; Kobayashi et al., supra; Okamoto et al., supra). Además, se ha demostrado que 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)ciclohexil]carbonil]amino)fenilo] disminuye el colesterol de las LDL en seres humanos (de Grooth et al., supra) y conejos (Okamoto et al., supra). 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)ciclohexil]carbonil]amino)fenilo], así como los procedimientos de preparación y uso del compuesto, se describen en el documento EP1020439, Shinkai et al., J. Med. Chem. 43:3566-3572 (2000) o los documentos WO 2007/051714, WO 2008/074677 o WO2011/000793.
En un modo de realización preferente, el inhibidor/modulador de CETP (por ejemplo, el compuesto de fórmula I) es un sólido en forma cristalina o amorfa, o más preferentemente en forma cristalina. En un modo de realización particular, 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo] está en la forma cristalina A como se divulga en el documento WO2012/069087. La forma A se caracteriza por un patrón de difracción en polvo de rayos X que tiene picos a aproximadamente 7,9°, 8,5°, 11,7°, 12,7°, 17,1°, 18,0°, 18,5°, 20,2°, 22,1°, 24,7° ± 0,2°, en particular por picos de XRPD observados a un ángulo de difracción 2zeta de 7,9°, 11,7°, 17,1°, 18,5° (± 0,2°). Otros inhibidores de CETP conocidos en la técnica y útiles en la presente invención incluyen: evacetrapib, anacetrapib y torcetrapib, en particular evacetrapib y anacetrapib.
En consecuencia, la invención proporciona un procedimiento para el tratamiento o prevención de un trastorno cardiovascular en un mamífero, procedimiento que comprende administrar a un mamífero (preferentemente un mamífero que lo necesita) una cantidad terapéuticamente eficaz de la composición farmacéutica. El mamífero preferentemente es un ser humano (es decir, un ser humano hombre o mujer). El ser humano puede ser de cualquier raza (por ejemplo, raza blanca o asiática).
El trastorno cardiovascular en particular es ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión y complicaciones vasculares de diabetes, obesidad o endotoxemia. Más en particular, el trastorno cardiovascular es cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hipoalfalipoproteinemia, hiperbetalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hiperlipidemia, ateroesclerosis, hipertensión, hipertrigliceridemia, hiperlipidoproteinemia, vasculopatía periférica, angina de pecho, isquemia o infarto de miocardio.
En determinados modos de realización de la presente invención, a los sujetos o pacientes se les administran entre 100 mg y 600 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo]. En particular, a los sujetos o pacientes se les administran entre 150 mg y 450 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo]. Más en particular, a los sujetos o pacientes se les administran entre 250 mg a 350 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo]. Lo más en particular, a los sujetos o pacientes se les administran entre 250 mg a 350 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo].
En otro modo de realización de la presente invención, al sujeto para uso pediátrico se le administran entre 25 mg a 300 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo]. En particular, al sujeto para uso pediátrico se le administran de 75 mg a 150 mg de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo].
El inhibidor de CETP se puede administrar al mamífero en cualquier dosificación adecuada (por ejemplo, para lograr una cantidad terapéuticamente eficaz). Por ejemplo, una dosis adecuada de una cantidad terapéuticamente eficaz de 2-metilpropanotioato de S-[2-([[1-(2-etilbutil)-ciclohexil]-carbonil]amino)fenilo] para la administración a un paciente estará entre aproximadamente 100 mg a aproximadamente 1800 mg por día. Una dosis deseable es preferentemente de aproximadamente 300 mg a aproximadamente 900 mg por día. Una dosis preferente es de aproximadamente 600 mg por día.
Procedimientos de genotipado
La identificación del genotipo particular de una muestra de ADN se puede realizar por cualquiera de una serie de procedimientos bien conocidos para los expertos en la técnica. Por ejemplo, se puede lograr la identificación del polimorfismo por clonación del alelo y su secuenciación usando técnicas bien conocidas en la técnica. De forma alternativa, se pueden amplificar las secuencias génicas a partir de ADN genómico, por ejemplo, usando PCR, y secuenciar el producto. Numerosos procedimientos son conocidos en la técnica para aislar y analizar el ADN de un sujeto para un marcador genético dado incluyendo reacción en cadena de la polimerasa (PCR), reacción en cadena de la ligasa (LCR) o amplificación de ligación y procedimientos de amplificación tales como replicación de secuencia autosostenida. Varios procedimientos no limitantes para analizar el a Dn de un paciente para determinar mutaciones en un locus genético dado se describen a continuación.
Se puede usar la tecnología de micromatrices de ADN, por ejemplo, dispositivos de chips de ADN y micromatrices de densidad alta para aplicaciones de cribado de alto rendimiento y micromatrices de densidad menor. Los procedimientos para la fabricación de micromatrices son conocidos en la técnica e incluyen diversas tecnologías y procedimientos de depósito o impresión con chorro y microchorro, procedimientos de síntesis oligonucleotídica por fotolitografia in situ o en chip y procedimientos de direccionamiento electrónico de sondas de ADN. Las aplicaciones de hibridación de micromatrices de ADN se han aplicado con éxito en las áreas de análisis de expresión de genes y genotipado para mutaciones puntuales, polimorfismos mononucleotídicos (SNP) y repeticiones cortas en tándem (STR). Los procedimientos adicionales incluyen micromatrices de ARN de interferencia y combinaciones de micromatrices y otros procedimientos tales como microdisección por captura con láser (LCM), hibridación genómica comparativa (CGH) e inmunoprecipitación de cromatina (ChiP). Véase, por ejemplo, He et al. (2007) Adv. Exp. Med. Biol. 593:117-133 y Heller (2002) Annu. Rev. Biomed. Eng. 4:129-153. Otros procedimientos incluyen PCR, xMAP, ensayo invasor, espectrometría de masas y pirosecuenciación (Wang et al. (2007) Microarray Technology and Cancer Gene Profiling, vol. 593, de la serie de libros Advances in Experimental Medicine and Biology, pub. Springer, New York).
Otro procedimiento de detección es la hibridación específica de alelo usando sondas que solapan el sitio polimórfico y que tienen aproximadamente 5, o de forma alternativa 10, o de forma alternativa 20, o de forma alternativa 25, o de forma alternativa 30 nucleótidos alrededor de la región polimórfica. Por ejemplo, varias sondas que se pueden hibridar específicamente a la variante alélica o marcador genético de interés se fijan a un soporte en fase sólida, por ejemplo, un "chip". Se pueden unir sondas oligonucleotídicas a un soporte sólido por una variedad de procedimientos, incluyendo litografía. El análisis de detección de mutaciones que usa estos chips que comprenden oligonucleótidos, también llamados "matrices de sondas de ADN", se describe, por ejemplo, en Cronin et al. (1996) Human Mutation 7':244.
En otros procedimientos de detección, es necesario amplificar en primer lugar al menos una porción del gen antes de identificar la variante alélica. La amplificación se puede realizar, por ejemplo, por PCR y/o LCR u otros procedimientos bien conocidos en la técnica.
En algunos casos, la presencia del alelo específico en el ADN de un sujeto se puede mostrar por análisis con enzimas de restricción. Por ejemplo, el polimorfismo nucleotídico específico puede dar como resultado una secuencia de nucleótidos que comprende un sitio de restricción que está ausente de la secuencia de nucleótidos de otra variante alélica.
En otro modo de realización, se puede usar la protección de agentes de escisión (tales como una nucleasa, hidroxilamina o tetróxido de osmio y con piperidina) para detectar bases con emparejamiento erróneo en heterodúplex de ARN/ARN, ADN/ADN o de a RN/ADN (véase, por ejemplo, Myers et al. (1985) Science 230:1242). En general, la técnica de "escisión por emparejamiento erróneo" comienza proporcionando dúplex formados hibridando una sonda, por ejemplo, ARN o ADN, que se marca opcionalmente, comprendiendo una secuencia de nucleótidos de la variante alélica del gen con un ácido nucleico de muestra, obtenido de una muestra de tejido. Los dúplex bicatenarios se tratan con un agente que escinde las regiones monocatenarias del dúplex tales como las formadas de emparejamientos erróneos de pares de bases entre las hebras de control y de muestra. Por ejemplo, se pueden tratar dúplex de ARN/ADN con RNasa y tratar híbridos de ADN/ADN con nucleasa S1 para digerir enzimáticamente las regiones con emparejamiento erróneo. De forma alternativa, se pueden tratar dúplex de ADN/ADN o bien ARN/ADN con hidroxilamina o tetróxido de osmio y con piperidina para digerir regiones con emparejamiento erróneo. Después de la digestión de las regiones con emparejamiento erróneo, a continuación se separa el material resultante por tamaño sobre geles de poliacrilamida de desnaturalización para determinar si los ácidos nucleicos de control y de muestra tienen una secuencia de nucleótidos idéntica o en la que los nucleótidos son diferentes. Véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 6.455.249; Cotton et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4397; Saleeba et al. (1992) Meth.Enzymol. 217:286-295.
También se pueden usar alteraciones en la movilidad electroforética para identificar la variante alélica particular. Por ejemplo, se puede usar el polimorfismo de conformación de hebra simple (SSCP) para detectar diferencias en la movilidad electroforética entre ácidos nucleicos mutantes y naturales (Orita et al. (1989) Proc Natl. Acad. Sci USA86:2766; Cotton (1993) Mutat. Res. 285:125-144 y Hayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73-79). Los fragmentos de ADN monocatenario de los ácidos nucleicos de muestra y de control se desnaturalizan y se deja que se renaturalicen. La estructura secundaria de los ácidos nucleicos monocatenarios varía de acuerdo con la secuencia; la alteración resultante en la movilidad electroforética permite la detección incluso de un cambio de base individual. Los fragmentos de ADN se pueden marcar o detectar con sondas marcadas. La sensibilidad del ensayo se puede potenciar usando ARN (en lugar de ADN), en el que la estructura secundaria es más sensible a un cambio en la secuencia. En otro modo de realización preferente, el procedimiento objeto utiliza análisis de heterodúplex para separar moléculas de heterodúplex bicatenarias sobre la base de cambios en la movilidad electroforética (Keen et al. (1991) Trends Genet. 7:5).
La identidad de la variante alélica o marcador genético también se puede obtener analizando el movimiento de un ácido nucleico que comprende la región polimórfica en geles de poliacrilamida que contienen un gradiente de desnaturalizante, que se somete a ensayo usando electroforesis en gel con gradiente de desnaturalización (DGGE) (Myers et al. (1985) Nature 313:495). Cuando se usa DGGE como procedimiento de análisis, el ADN se modificará para garantizar que no se desnaturaliza completamente, por ejemplo, añadiendo una abrazadera GC de aproximadamente 40 pb de ADN rico en GC de punto de fusión alto por PCR. En otro modo de realización, se usa un gradiente de temperatura en lugar de un gradiente de agente de desnaturalización para identificar diferencias en la movilidad del ADN de control y de muestra (Rosenbaum y Reissner (1987) Biophys. Chem. 265:1275).
Los ejemplos de técnicas para detectar diferencias de al menos un nucleótido entre 2 ácidos nucleicos incluyen, pero no se limitan a, hibridación oligonucleotídica selectiva, amplificación selectiva o extensión de cebador selectiva. Por ejemplo, se pueden preparar sondas oligonucleotídicas en las que el nucleótido polimórfico conocido se dispone centralmente (sondas específicas de alelo) y a continuación se hibrida a ADN diana en condiciones que permiten la hibridación solo si se encuentra un emparejamiento perfecto (Saiki et al. (1986) Nature 324:163); Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA86:6230). Dichas técnicas de hibridación oligonucleotídica específica de alelo se usan para la detección de los cambios nucleotídicos en la región polimórfica del gen. Por ejemplo, las sondas oligonucleotídicas que tienen la secuencia de nucleótidos de la variante alélica específica se fijan a una membrana de hibridación y a continuación esta membrana se hibrida con ácido nucleico de muestra marcado. El análisis de la señal de hibridación revelará a continuación la identidad de los nucleótidos del ácido nucleico de muestra.
De forma alternativa, la tecnología de amplificación específica de alelo que depende de la amplificación por PCR selectiva se puede usar conjuntamente con la presente invención. Los oligonucleótidos usados como cebadores para la amplificación específica pueden llevar la variante alélica de interés en el centro de la molécula (de modo que la amplificación depende de la hibridación diferencial) (Gibbs et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2437-2448) o en el extremo 3' de un cebador donde, en condiciones apropiadas, el emparejamiento erróneo puede prevenir o reducir la extensión de la polimerasa (Prossner (1993)
Tibtech11 :238 y Newton et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2503). Esta técnica también se llama "PROBE", por PRobeOligo Base Extension. Además, puede ser deseable introducir un sitio de restricción novedoso en la región de la mutación para crear una detección basada en escisión (Gasparini et al. (1992) Mol. Cell. Probes 6:1).
En otro modo de realización, la identificación de la variante alélica o marcador genético se lleva a cabo usando un ensayo de ligación oligonucleotídica (OLA), como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.998.617 y en Laridegren, U. et al. Science 241 : 1077-1080 (1988). El protocolo OLA usa dos sondas oligonucleotídicas que se diseñan para poder hibridarse a secuencias contiguas de una sola hebra de una diana. Uno de los oligonucleótidos se une a un marcador de separación, por ejemplo, biotinilado y el otro se marca de forma detectable. Si la secuencia complementaria precisa se encuentra en una molécula diana, los oligonucleótidos se hibridarán de modo que sus extremos sean contiguos y creen un sustrato de ligación. La ligación permite a continuación que el oligonucleótido marcado se recupere usando avidina u otro ligando de biotina. Nickerson, D. A. et al. han descrito un ensayo de detección de ácido nucleico que combina atributos de PCR y OLA (Nickerson, D. A. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA87:8923-8927). En este procedimiento, se usa PCR para lograr la amplificación exponencial del ADN diana, que a continuación se detecta usando OLA. En una variación del procedimiento OLA como se describe en Tobe et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24:3728 cada cebador específico de alelo se marca con un hapteno único, es decir, digoxigenina y fluoresceína, y cada reacción de OLA se detecta usando anticuerpos específicos de hapteno marcados con enzimas indicadoras.
La invención proporciona procedimientos para detectar un polimorfismo mononucleotídico (SNP) en ADCY9. Debido a que los polimorfismos mononucleotídicos se flanquean por regiones de secuencia invariante, su análisis no requiere más que la determinación de la identidad del único nucleótido variante y es innecesario determinar una secuencia génica completa para cada paciente. Se han desarrollado varios procedimientos para facilitar el análisis de SNP.
Se puede detectar el polimorfismo de una única base usando un nucleótido resistente a exonucleasas especializado, como se divulga, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.656.127. De acuerdo con el procedimiento, se permite que un cebador complementario a la secuencia alélica inmediatamente en 3' con respecto al sitio polimórfico se hibride a una molécula diana obtenida de un animal o ser humano particular. Si el sitio polimórfico en la molécula diana contiene un nucleótido que es complementario al derivado nucleotídico resistente a exonucleasas particular presente, entonces ese derivado se incorporará en el extremo del cebador hibridado. Dicha incorporación hace que el cebador sea resistente a la exonucleasa y permite de este modo su detección. Puesto que la identidad del derivado resistente a exonucleasas de la muestra es conocida, un hallazgo de que el cebador se ha vuelto resistente a exonucleasas revela que el nucleótido presente en el sitio polimórfico de la molécula diana fue complementario al del derivado nucleotídico usado en la reacción. Este procedimiento tiene la ventaja de que no requiere la determinación de grandes cantidades de datos de secuencias exógenas.
También se puede usar un procedimiento basado en solución para determinar la identidad del nucleótido del sitio polimórfico (documento WO 91/02087). Como anteriormente, se emplea un cebador que es complementario a secuencias alélicas inmediatamente en 3' con respecto a un sitio polimórfico. El procedimiento determina la identidad del nucleótido de ese sitio usando derivados didesoxinucleotídicos marcados, que, si son complementarios al nucleótido del sitio polimórfico, se incorporarán al extremo del cebador.
Un procedimiento alternativo se describe en el documento WO 92/15712. Este procedimiento usa mezclas de finalizadores marcados y un cebador que es complementario a la secuencia en 3' con respecto a un sitio polimórfico. Por tanto, el finalizador marcado que se incorpora se determina por, y es complementario a, el nucleótido presente en el sitio polimórfico de la molécula diana que se está evaluando. El procedimiento normalmente es un ensayo de fase heterogéneo, en el que el cebador o la molécula diana se inmoviliza a una fase sólida.
Se han descrito muchos otros procedimientos de incorporación nucleotídica guiada por cebadores para someter a ensayo sitios polimórficos en a Dn (Komher, J. S. et al. (1989) Nucl. Acids. Res. 17:7779-7784; Sokolov, B. P. (1990) Nucl. AcidsRes. 18:3671; Syvanen, A.-C, et al. (1990) Genomics 8:684-692; Kuppuswamy, M. N. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 1143-1147; Prezant, T. R. et al. (1992) Hum. Mutat. 1 : 159-164; Ugozzoli, L. et al. (1992) GATA 9: 107-112; Nyren, P. et al. (1993) Anal.Biochem. 208: 171-175). Todos estos procedimientos se basan en la incorporación de desoxinucleótidos marcados para discriminar entre bases en un sitio polimórfico.
Además, se entenderá que se puede usar cualquiera de los procedimientos anteriores para detectar alteraciones en un gen o producto génico o variantes polimórficas para el seguimiento del ciclo de tratamiento.
Los procedimientos descritos en el presente documento se pueden realizar, por ejemplo, utilizando kits de diagnóstico preenvasados, tales como los descritos a continuación, que comprenden al menos una sonda, ácido nucleico de cebador o reactivo que se puede usar convenientemente para genotipar, por ejemplo, analizar un marcador genético presente en el gen ADCY9 para determinar si un individuo tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con un agente que aumenta o que imita las HDL, incluyendo un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, un inhibidor/modulador de CETP. En particular, los marcadores genéticos son como se describen en el presente documento.
Los cebadores o sondas de la presente invención, para su uso como reactivos para genotipar marcadores genéticos presentes en el gen ADCY9, comprenden una secuencia de nucleótidos sintética que es complementaria a y se hibrida con una secuencia contigua dentro del gen ADCY9, de preferentemente 12 a 30 nucleótidos, adyacente a o que engloba uno o más SNP seleccionados de rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 y rs13337675, preferentemente rs11647778. En otros aspectos, un cebador comprende 100 nucleótidos o menos, en determinados aspectos de 12 a 50 nucleótidos o de 12 a 30 nucleótidos. El cebador es al menos un 70 % idéntico a la secuencia contigua o al complemento de la secuencia de nucleótidos contigua, preferentemente al menos un 80 % idéntico, y más preferentemente al menos un 90 % idéntico. Un cebador o sonda de la invención tiene preferentemente de 15 - 50 nucleótidos de longitud comprendiendo una región de 15 a 20 nucleótidos que es complementaria a una secuencia seleccionada de SEQ. ID. NO 1 - 21, en particular es complementaria a la secuencia SEQ. ID NO 1, 19 o 21. El grado de complementariedad entre una sonda o cebador y SEQ. ID. NO. 1 - 21 puede ser de un 100 %, 95 %, 90 %, 85 %, 80 % o 75 %.
Los oligonucleótidos, incluyendo sondas y cebadores, "específicos para" un alelo genético o marcador genético se unen a la región polimórfica de un gen o bien se unen adyacentes a la región polimórfica del gen. Para los oligonucleótidos que se van a usar como cebadores para la amplificación, los cebadores son adyacentes si están lo suficientemente cerca para usarse para producir un polinucleótido que comprende la región polimórfica. En un modo de realización, los oligonucleótidos son adyacentes si se unen dentro de aproximadamente 1-2 kb, por ejemplo, menos de 1 kb del polimorfismo. Los oligonucleótidos específicos se pueden hibridar a una secuencia, y en condiciones adecuadas no se unirán a una secuencia que difiere en un único nucleótido.
Los oligonucleótidos de la invención, se usen como sondas o cebadores, se pueden marcar de forma detectable. Los marcadores se pueden detectar directamente, por ejemplo por marcadores fluorescentes, o bien indirectamente. La detección indirecta puede incluir cualquier procedimiento de detección conocido para un experto en la técnica, incluyendo las interacciones biotina-avidina, unión a anticuerpos y similares. Los oligonucleótidos marcados de manera fluorescente también pueden contener una molécula de extinción. Los oligonucleótidos se pueden unir a una superficie. En algunos modos de realización, la superficie es sílice o vidrio. En algunos modos de realización, la superficie es un electrodo metálico.
Se pueden usar sondas para determinar directamente el genotipo de la muestra o se pueden usar simultáneamente con o posteriormente a la amplificación. El término "sondas" incluye ácidos nucleicos naturales o recombinantes mono o bicatenarios o ácidos nucleicos sintetizados químicamente. Se pueden marcar por desplazamiento de mella, reacción de relleno de Klenow, PCR u otros procedimientos conocidos en la técnica. Las sondas de la presente invención, su preparación y/o marcaje se describen en Sambrook et al. (1989) supra. Una sonda puede ser un polinucleótido de cualquier longitud adecuado para la hibridación selectiva a un ácido nucleico que contiene una región polimórfica de la invención. La longitud de la sonda usada dependerá, en parte, de la naturaleza del ensayo usado y las condiciones de hibridación empleadas.
Las sondas marcadas también se pueden usar junto con la amplificación de un polimorfismo. (Holland et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280). La patente de EE. UU. n.° 5.210.015 describe enfoques basados en fluorescencia para proporcionar mediciones en tiempo real de productos de amplificación durante la PCR. Dichos enfoques han empleado tintes de intercalación (tales como bromuro de etidio) para indicar la cantidad de ADN bicatenario presente o bien han empleado sondas que contienen pares de fluorescencia-extinción (también denominado enfoque "TaqMan®") donde se escinde la sonda durante la amplificación para liberar una molécula fluorescente con una concentración que es proporcional a la cantidad de ADN bicatenario presente. Durante la amplificación, se digiere la sonda por la actividad nucleasa de una polimerasa cuando se hibrida a la secuencia diana para provocar que la molécula fluorescente se separe de la molécula de extinción, provocando de este modo que aparezca fluorescencia de la molécula indicadora. El enfoque TaqMan® usa una sonda que contiene un par de molécula indicadora-molécula de extinción que se hibrida específicamente a una región de un polinucleótido diana que contiene el polimorfismo.
Las sondas se pueden fijar a superficies para su uso como "genochips". Se pueden usar dichos genochips para detectar variaciones genéticas por una serie de técnicas conocidas para un experto en la técnica. En una técnica, los oligonucleótidos se disponen en matrices en un genochip para determinar la secuencia de ADN por secuenciación por un enfoque de hibridación, tal como se expone en las patentes de EE. UU. n.os 6.025.136 y 6.018.041. Las sondas de la invención también se pueden usar para detección fluorescente de una secuencia genética. Dichas técnicas se han descrito, por ejemplo, en las patentes de EE. UU. nos. Las sondas de la invención también se pueden usar para detección fluorescente de una secuencia genética. Dichas técnicas se han descrito, por ejemplo, en las patentes de EE. UU. n.os 5.968.740 y 5.858.659. Una sonda también se puede fijar a una superficie de electrodo para la detección electroquímica de secuencias de ácido nucleico tal como se describe en la patente de EE. UU. n.° 5.952.172 y por Kelley, S. O. et al. (1999) Nucl. Acids Res. 27:4830-4837. Una o más sondas para detectar el SNP de la invención (tabla 2, 3, 4, 5 o 10, en particular tabla 4) se pueden fijar a un chip y usar un dispositivo de este tipo para predecir la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular inhibidor/modulador de CETP y seleccionar un tratamiento eficaz para un individuo con cardiovasculopatía. Es concebible que las sondas para detectar el SNP de la invención se puedan incluir en un chip con una variedad de otras sondas para usos distintos a predecir la respuesta a un agente que aumenta las HDL o que imita las HDL, en particular, inhibidor/modulador de CETP.
Adicionalmente, los oligonucleótidos sintéticos usados como sondas o cebadores se pueden modificar para volverse más estables. Las moléculas de ácido nucleico ejemplares que se modifican incluyen enlaces no cargados tales como análogos de fosforamidato, fosfotioato y metilfosfonato de ADN (véanse también las patentes de EE. UU. nos 5.176.996; 5.264.564 y 5.256.775). Los cebadores y sondas de la invención pueden incluir por ejemplo, metilación por marcaje, modificación internucleotídica tal como restos laterales (por ejemplo, polipéptidos), intercaladores (por ejemplo, acridina, psoraleno), quelantes, alquilantes y enlaces modificados (por ejemplo, ácidos nucleicos alfaanoméricos). También se incluyen moléculas sintéticas que imitan moléculas de ácido nucleico en la capacidad para unirse a una secuencia designada por enlaces de hidrógeno y otras interacciones químicas, incluyendo enlaces peptídicos que sustituyen a los enlaces de fosfato en la cadena principal del nucleótido.
La invención se refiere a moléculas oligonucleotídicas sintéticas, cebadores y sondas, que se hibridan en condiciones de hibridación de restricción alta con oligonucleótidos naturales descritos en el presente documento, marcadores génicos del gen ADCY9. Los oligonucleótidos se pueden detectar y/o aislar por hibridación específica en condiciones de restricción alta. Las "condiciones de restricción alta" son conocidas en la técnica y permiten la hibridación específica de un primer oligonucleótido a un segundo oligonucleótido, donde existe un grado alto de complementariedad entre el primer y segundo oligonucleótido. Para los procedimientos de genotipado divulgados en el presente documento, este grado de complementariedad está entre un 80 % y un 100 % y preferentemente entre un 90 % y un 100 %.
Los SNP de la invención también se pueden detectar a partir de datos preexistentes, tales como los datos de secuencias hologenómicas presentes en una base de datos. La invención proporciona un procedimiento implementado por ordenador de consulta de datos genómicos para determinar un genotipo para predecir la respuesta de un paciente a un inhibidor de CETP y tratar a dicho paciente en consecuencia, es decir, tratar a pacientes que responden al tratamiento con un inhibidor de CETP.
Se puede obtener ácido nucleico de muestra para su uso en los procedimientos de genotipado, selección de tratamiento o procedimientos de tratamiento de cualquier tipo de célula o tejido de un sujeto. Por ejemplo, el líquido corporal de un sujeto, una muestra (por ejemplo, sangre), se puede obtener por técnicas conocidas. De forma alternativa, se pueden realizar pruebas de ácido nucleico sobre muestras secas (por ejemplo, cabello o piel). Más en particular, el ácido nucleico de muestra para procedimientos de genotipado, selección de tratamiento o procedimientos de tratamiento se obtendrá del tipo de células sanguíneas.
La invención descrita en el presente documento se refiere a procedimientos y reactivos útiles para determinar e identificar el alelo presente en el gen ADCY9 en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs2238448 o rs12595857, o cualquier otra variante genética en desequilibrio de ligamiento con estos SNP como se muestra en las figuras 8 y 9, que abarca de la posición chr16:4049365 a chr16:4077178 (conjunto GRCh37/hg19). En particular, la invención también se refiere a procedimientos y reactivos para determinar e identificar el alelo presente en el gen ADCY9 en rs11647778 y opcionalmente rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448 más en particular en rs11647778 y opcionalmente rs1967309 y/o rs12595857, y lo más en particular en rs11647778 y opcionalmente rs1967309.
Como se expone en el presente documento, la invención también proporciona procedimientos de selección de tratamiento que comprenden detectar uno o más marcadores genéticos presentes en el gen ADCY9. En algunos modos de realización, los procedimientos usan sondas o cebadores que comprenden secuencias de nucleótidos que son complementarias a una región polimórfica de ADCY9. En consecuencia, la invención proporciona kits que comprenden sondas y cebadores para realizar los procedimientos de genotipado de la invención.
En algunos modos de realización, la invención proporciona kits útiles para determinar si un paciente con un trastorno cardiovascular tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con un agente que incrementa las HDL o que imita las HDL, en particular un inhibidor/modulador de CETP. Dichos kits contienen uno o más de los reactivos, en particular, cebadores o sondas, descritos en el presente documento e instrucciones para su uso. Solo como ejemplo, la invención también proporciona kits útiles para determinar si un paciente con trastorno cardiovascular tiene un incremento en la probabilidad de beneficiarse del tratamiento con éster S-(2-{[1 -(2-etil-butil)-ciclohexanocarbonil]-amino}-fenílico) del ácido tioisobutírico que comprende un primer oligonucleótido y un segundo oligonucleótido específico para un polimorfismo CC en el SNP rs11647778 ADCY9 y opcionalmente para un polimorfismo AA en el SNP rs1967309 ADCY9.
Los kits pueden comprender al menos una sonda o cebador que se pueda hibridar específicamente a la región polimórfica de ADCY9 e instrucciones para su uso. Los kits pueden comprender al menos uno de los ácidos nucleicos descritos anteriormente. Los kits útiles para amplificar al menos una porción de ADCY9 comprenden en general dos cebadores, de los que al menos uno se puede hibridar a la secuencia variante alélica. Dichos kits son adecuados para la detección de genotipo, por ejemplo, por detección de fluorescencia, por detección electroquímica, o por otra detección.
Aún otros kits de la invención comprenden al menos un reactivo útil para realizar el ensayo. Por ejemplo, el kit puede comprender una enzima. De forma alternativa, el kit puede comprender un tampón o cualquier otro reactivo útil.
Los kits pueden incluir todos o algunos de los controles positivos, controles negativos, reactivos, cebadores, marcadores de secuenciación, sondas y anticuerpos descritos en el presente documento para determinar el genotipo del sujeto en la región polimórfica de ADCY9.
Se entiende que los siguientes ejemplos ilustran meramente la práctica de la presente invención y no se proporcionan a modo de limitación.
La presente invención se refiere a las siguientes secuencias de nucleótidos y aminoácidos:
Las secuencias proporcionadas en el presente documento están disponibles en la base de datos de NCBI y se pueden obtener de www.ncbi.nlm.n¡h.gov/sites/entrez?db=gene; estas secuencias también se refieren a secuencias anotadas y modificadas. La presente invención también proporciona técnicas y procedimientos en los que se usan secuencias homólogas y variantes de las secuencias concisas proporcionadas en el presente documento. Preferentemente, dichas "variantes" son variantes genéticas. En la base de datos de NCBi, está disponible la secuencia de nucleótidos que codifica la adenilato ciclasa de tipo 9 (ACDY9) de Homo sapiens.
Adenilato ciclasa de tipo 9 (ADCY9) de Homo sapiens, RefSeqGene en la secuencia de referencia de NCBI en el cromosoma 16: Número de acceso de NCBI NG_011434.1
Cóntigo genómico del cromosoma 16 de Homo sapiens, ensamblaje primario GRCh37.p10
Secuencia de referencia de NCBI: Número de acceso de NCBI NT_010393.16
Las secuencias intrónicas para los SNP del gen ACDY9 de Homo sapiens que proporcionan la designación "rs", alelos y designaciones de SEQ ID NO correspondientes se divulgan en las tablas 6, 7 y 8. Los polimorfismos se identifican en negrita y entre corchetes.
Tabla 6: SNP en ACDY9 y secuencia intrónica respectiva
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1. Fuente de NCBI Genome Reference Build 37.3
Tabla 7: lista de variantes genéticas en el gen ADCY9 en el cr16 que han proporcionado pruebas de asociación (P < 0,05) con respuesta al tratamiento con dalcetrapib del estudio GWAS, con la secuencia de referencia del chip de genotipado usada para el experimento (Illumina OMNI2.5S):
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Cr: número de cromosoma; valor de P: para la asociación con episodios cardiovasculares (episodio mixto primario o revascularización coronaria imprevista) en pacientes tratados con el inhibidor de CETP dalcetrapib; 1: Secuencia de referencia de la base de datos pública de 1000 Genomas, como se presenta en el archivo de anotación ILLUMINA para OMNI 2.5S Chip HumanOmni25Exome-8v1_A.csv; 2: secuencia de referencia de la base de datos pública de dbSNP versión 131 de NCBI, como se presenta en el archivo de anotación de ILLUMINA para OMNI 2.5S Chip HumanOmni25Exome-8v1 A.csv.
Tabla8: lista de variantes genéticas adicionales en el gen ADCY9 en cr16:
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Referencias:
a. rs1967309
1. Valores de r2 y D' de localización de la base de datos pública de 1000 Genomas
2. Secuencia de referencia y nombres HGV de la base de datos pública de dbSNP versión 137 de NCBI Ejemplo 1
El ensayo dal-OUTCOMES (NC20971) fue un estudio con enmascaramiento doble, aleatorizado, controlado con placebo, con grupos paralelos, multicéntrico, de fase III, para evaluar la seguridad y eficacia del inhibidor de CETP dalcetrapib en pacientes hospitalizados recientemente por un síndrome coronario agudo (SCA). En el momento del análisis intermedio, el estudio incluyó a 15871 pacientes aleatorizados, distribuidos en dos ramas de tratamiento: placebo (7933 pacientes) y dalcetrapib (600 mg al día; 7938 pacientes). El estudio no ha demostrado pruebas de reducción de la tasa de episodios en el criterio de valoración de eficacia principal en la rama de dalcetrapib en comparación con la rama de placebo. Los detalles del estudio dal-OUTCOMES se pueden encontrar en G. Schwartz et al., N. Engl. J. Med.367;22, 2012.
Los pacientes de dal-Outcomes se preseleccionaron de 4 a 12 semanas después de la hospitalización por síndrome coronario agudo caracterizado por biomarcadores cardíacos elevados, con síntomas de isquemia miocárdica aguda, anomalías electrocardiográficas isquémicas que eran nuevas o se presumía que eran nuevas, o pérdida de miocardio viable en la obtención de imágenes. Los pacientes sin biomarcadores cardíacos elevados fueron idóneos para participar si los síntomas de isquemia miocárdica aguda se acompañaban de cambios electrocardiográficos que eran nuevos o se presumía que eran nuevos y de pruebas adicionales de enfermedad coronaria obstructiva. (Schwartz GG et al. Am Heart J 2009;158:896-901 e3). Los pacientes que tuvieron un infarto de miocardio asociado con una intervención coronaria percutánea también fueron idóneos. Todos los pacientes seguían programas individualizados para alcanzar niveles de colesterol de las LDL de 100 mg por decilitro (2,6 mmol por litro) o menos por estatinas si se toleraban y dieta. No se especificó ningún agente de estatinas específico y los pacientes no se excluyeron en base a los valores de colesterol de las LDL. Se excluyeron los pacientes con niveles de triglicéridos séricos de 400 mg por decilitro (4,5 mmol por litro) o mayores. (Schwartz GG et al. N Engl J Med 2012; 367:2089-99) Los participantes idóneos para el ensayo dal-Outcomes entraron en un período de preinclusión con placebo enmascarado de aproximadamente 4 a 6 semanas para permitir que los pacientes se estabilizaran y para la finalización de los procedimientos de revascularización planificados. Al final del período de preinclusión, se aleatorizaron los pacientes idóneos en situación estable en una proporción 1:1 para 600 mg de dalcetrapib o placebo bajo atención médica basada en pruebas para síndrome coronario agudo. Los episodios cardiovasculares se adjudicaron por un comité de criterio de valoración clínico independiente. Para el estudio de farmacogenómica, se preseleccionaron 6338 pacientes de abril de 2008 a julio de 2010 en 461 sitios en 14 países y proporcionaron su consentimiento informado por escrito para participar en el estudio genético del ensayo dal-OUTCOMES. Se extrajo ADN de sangre completa. Después de limpiar los datos genómicos, se usaron muestras de 5749 pacientes de raza blanca para el estudio de asociación hologenómica (GWAS) de descubrimiento.
GENOTIPADO
Se usó el Illumina Infinium HumanOmni2.5Exome-8v1_A BeadChip que incluye 2.567.845 variantes genéticas (Illumina, San Diego, California) para el GWAS de descubrimiento de 5749 participantes de raza blanca para el estudio dal-OUTCOMES. La región del cromosoma 16 que incluye 5 genes en dirección 5' y en dirección 3' del gen de la adenilato ciclasa de tipo 9 (ADCY9) (CHR16: 3.400.000-4.600.000) se imputó usando IMPUTE2, proporcionando 17.764 variantes para el análisis con una tasa de finalización promedio de un 99,76 %. Se usó un panel Sequenom para la confirmación de polimorfismos mononucleotídicos (SNP) imputados en el gen ADCY9 identificado en dal-OUTCOMES y se sometieron a prueba en el estudio dal-PLAQUE-2, incluyendo 20 SNP con valores de P <0,05 del GWAS de descubrimiento.
Se extrajo ADN de 1 ml de sangre completa usando el kit QiaSymphony DNA Midi Kit versión 1.1 (Qiagen, Garstilgweg, Suiza) y se cuantificó usando el sistema QuantiFluor™ dsDNA System (Promega, Madison, WI) con una concentración promedio de 91,5 ng/pl y rendimiento promedio de 18,3 pg. Un 97,9 % de las muestras de ADN tuvieron concentraciones por encima de 25 ng/pl. La electroforesis en gel de agarosa confirmó la alta calidad del ADN sin signos de degradación. El ADN se normalizó a 50 ng/pl.
Estudio de asociación hologenómica (GWAS): el genotipado hologenómico se realizó usando 200 ng de ADN genómico en entorno GEP en el Beaulieu-Saucier Pharmacogenomics Centre (Montreal, Canadá). Se usó el Illumina Infinium HumanOmni2.5Exome-8v1_A BeadChip (Illumina, San Diego, CA) incluyendo 2.567.845 marcadores genómicos y se procesó de acuerdo con las especificaciones del fabricante. Este chip incluye más de 200.000 variantes de exoma identificadas a través del Exome Chip Consortium. El contenido de BeadChip restante es una mezcla de SNP raros y comunes del Proyecto 1000 Genomas diseñado para dar la máxima información para diversas poblaciones mundiales. Se examinó cada BeadChip y se analizó usando el lector Illumina iScan Reader. Las imágenes examinadas se analizaron usando GenomeStudio de Illumina, versión 2011.1, con el algoritmo de agrupación GenTrain 2.0, usando un valor umbral sin llamada de 0,15, sin ajuste de agrupación manual y usando el archivo de agrupación Illumina HumanOmni25Exome-8v1_A del fabricante. Se produjeron archivos de datos de genotipos en tres partas de tamaño comparable a medida que los datos estaban disponibles.
Sequenom: se diseñó un único panel Sequenom y se validó usando muestras de ADN de HapMap. El panel incluyó 27 SNP en el gen ADCY9 seleccionados de acuerdo con: un valor de P <0,05 en el GWAS de descubrimiento (n=15), un valor de P <10'6 por imputación (n=6; 1 falló en el desarrollo), función reguladora predicha (n=5; 1 excluido por MAP baja), o literatura (n=4; 1 falló en la producción). Se usó el sistema MassArray Maldi-TOF de Sequenom (Sequenom, La Jolla, CA) con el programa informático Typer 0/4/22 de Sequenom. Cada placa se agrupó usando autoagrupación y se modificó manualmente cuando fue necesario. Dos muestras de ADN del Instituto Coriell (NA11993 y NA07357) usadas como controles en cada placa de genotipado mostraron una concordancia de un 100 % en todos los replicados de placa y una concordancia de un 100 % de llamadas de genotipo con expectativas para los SNP correspondientes en la base de datos de referencia de 1000 Genomas y HapMap. 17 SNP genotipados tanto en el panel GWAS como Sequenom proporcionaron una concordancia genotípica media de un 99,95 % (mín: 99,41, máx: 100,00 %), y 11 SNP imputados previamente proporcionaron una concordancia genotípica media con el genotipo más probable (> 0,80 probabilidad de imputación) de 99,75 (mín: 98,48, máx: 99,96).
Comprobaciones de calidad genómica
GWAS de descubrimiento de Dal-Outcomes. Se combinaron tres archivos de genotipado en formato de PLINK generados por GenomeStudio y se transformaron a un formato de PLINK binario. Los archivos del informe final de GenomeStudio se usaron para generar curvas de género, gráficos LRR y BAF. Se usaron PyGenClean (Lemieux Perreault LP et al. Bioinformatics 2013;29:1704-5) y PLINK versión 1.07 para las comprobaciones de calidad (QC) y el procedimiento de limpieza de datos genéticos. El experimento de genotipado consistió en 68 placas de muestras de ADN. En cada placa, había dos controles, un ADN de Coriell alternado de cuatro muestras preseleccionadas (NA11993, NA11992, NA10860 y NA12763) y un control de ADN interno de cuatro muestras preseleccionadas. La concordancia por pares de las muestras de Coriell varió de 0,999807 a 0,999958. La concordancia por pares de los cuatro controles internos varío de 0,99976 a 0,99995. La comparación de genotipos de Coriell con la expectativa de los datos de 1000 Genomas proporcionó una concordancia que varía de 0,996028 a 0,997783.
Las etapas de limpieza de datos genéticos detalladas se presentan en la tabla 9. Los SNP duplicados se evaluaron para determinar su concordancia, tasa de finalización, llamada de alelos y MAF. Se conservaron los SNP con diferentes llamadas de alelos o diferentes MAF. Se fusionaron SNP idénticos y concordantes. La tasa de finalización de genotipado para muestras y SNP se estableció en un 98 %. Los SNP con sesgo de placa de genotipado (en base a las placas de 96 pocillos usadas para diluir muestras de ADN) se marcaron pero no se retiraron ya que no se pudo excluir el efecto de ascendencia genética. Se usó identidad por estado (IBD) por pares para realizar comprobaciones de relaciones familiares cercanas. Todos menos un miembro de par de los pares relacionados y duplicados de muestra (IBS2*proporción > 0,80) se marcaron y se retiraron en base a una selección de SNP no correlacionados (r2 < 0,1). La matriz IBS por pares se usó como métrica de distancia para identificar la relación críptica entre muestras y valores atípicos de muestras por escalamiento multidimensional (MDS). Se representaron los dos primeros componentes de MDS de cada sujeto incluyendo los genotipos de los datos de CEU, JPT-CHB y YRI de HapMap (manteniendo únicamente individuos fundadores). Los valores atípicos del grupo de raza blanca principal se marcaron y se retiraron por su vecino k más cercano (figura 5). La curva de criba y la varianza explicada acumulada se calcularon usando el programa smartpca del paquete EIGENSOFT (versión 3.0). Las opciones usadas fueron un numoutlieriter (número máximo de iteraciones de retirada de valores atípicos) de 0 (desactivado) y altnormstyle (fórmula de normalización) igual a NO. (Price AL Nat Genet 2006;38:904-9) (figura 6)
Imputación
La región del cromosoma 16 que incluye 5 genes en dirección 5' y en dirección 3' de ADCY9 (CHR16:3.401.847 -4.598.558; NCBI Build GRCh37) se imputó usando los programas iMp UTE2 (versión 2.3.0) y Gt Oo L (versión 0.7.0) en Linux con 1096 SNP genotipados y 5749 muestras de raza blanca de dal-Outcomes. (Howie BN et al. PLoS Genet 2009;5;e1000529) La alineación de hebras se resolvió volteando automáticamente los SNP distintos de A/T y C/G de acuerdo con la posición. Los SNP A/T y C/G ambiguos se consideraron ausentes y se imputaron. Se usó el paquete de referencia Impute2 ALL_1000G_phaselintegrated_v3_chr16_impute para la imputación. Se usó un punto de corte de 0,80 para las probabilidades de genotipo imputadas por genotipo y por individuo y una tasa de finalización de un 98 % o mayor. Quedaron 17.764 variantes para su análisis con una tasa de finalización promedio de un 99,76 %.
De 1.223.798 SNP comunes analizados, se encontró que una sola región con significación hologenómica estaba asociada con episodios cardiovasculares por el modelado de riesgos proporcionales de Cox en la rama de dalcetrapib, identificando un SNP en el gen ADCY9 en el cromosoma 16: rs1967309 (P=2,41x10‘8) (figura 1A). La variante genética en esta posición tiene una frecuencia de alelo secundario de 0,41, y el efecto genético aditivo de un alelo (A) tiene un CRI=0,65 (IC al 95 %: 0,56; 0,76) para los episodios cardiovasculares en la rama de dalcetrapib (tabla 12a). Los SNP vecinos en desequilibrio de ligamiento con rs1967309 y que proporcionaron pruebas menores, pero que respaldaban la asociación, se localizaron en un bloque de recombinación común (figura 1B). La imputación en esta región identificó 9 SNP adicionales en el gen ADCY9 con P <10'5, incluyendo 6 con P<10'6 (figura 10). Ninguno de los 835.255 SNP raros analizados en 36.268 conjuntos de genes SKAT pasó el valor umbral de significación para el seguimiento.
No hubo ningún efecto genético detectable para rs1967309 en la rama de placebo solo (riesgos proporcionales de Cox, CRI=0,92; P=0,25) (tabla 12b). El término de interacción gen-por-rama de tratamiento fue indicativo de una interacción estadística (P=0.0014; beta: -0,340). La estratificación por genotipos en la rama de dalcetrapib muestra que los homocigotos para el alelo secundario (AA) y heterocigotos (AG) en rs 1967309 tienen respectivamente Cr I=0,40 (IC al 95 %: 0,28; 0,57) y CRI=0,68 (IC al 95 %: 0,55; 0,84). para episodios cardiovasculares en comparación con los homocigotos GG de referencia (figura 3). Considerando solo pacientes con el genotipo homocigótico AA en rs1967309 (n=961), hubo una reducción de un 39 % en el criterio de valoración compuesto preespecificado de muerte por cardiopatía coronaria, paro cardíaco reanimado, infarto de miocardio no mortal, apoplejía isquémica no mortal, angina inestable o revascularización coronaria imprevista con dalcetrapib en comparación con placebo (CRI=0,61; IC al 95 %: 0,41, 0,92). Se observaron resultados similares cuando se retiraron las revascularizaciones coronarias del criterio de valoración principal (CRI-0,60; IC al 95 %: 0,35, 1,02). Al considerar solo a pacientes con el genotipo homocigótico GG en rsl967309 (n=1984), hubo un incremento de un 27 % en episodios cardiovasculares por tratamiento con dalcetrapib frente a placebo (CRI-1,27; IC al 95 %: 1,02, 1,58). Los portadores heterocigotos tuvieron una respuesta intermedia (n-2796; CRI=0,94; IC al 95 % 0,77, 1,16). Los resultados se confirmaron genotipando 27 SNP en el gen ADCY9 por tecnología Sequenom (tabla 10).
Un total de ocho polimorfismos (genotipados o imputados) se asociaron con valores de P menores de 10'6 en la cohorte de descubrimiento de 5749 pacientes del estudio farmacogenómico del ensayo dal-OUTCOMES, con el criterio de valoración compuesto principal preespecificado de muerte por cardiopatía coronaria, paro cardíaco reanimado, infarto de miocardio no mortal, apoplejía isquémica no mortal, angina inestable con pruebas objetivas de isquemia o revascularización coronaria. En este análisis hologenómico de descubrimiento, dos de estos ocho SNP en el gen ADCY9 se asociaron con valores de P menores de 5x10'8. Para el nucleótido polimórfico rs1967309, los pacientes con el genotipo AA (alelo secundario o menos común) se beneficiaron de una reducción en episodios cardiovasculares de un 39 % cuando se trataron con dalcetrapib en comparación con placebo, mientras que aquellos con el genotipo GG (alelo principal) estuvieron expuestos a un incremento de un 27 % del riesgo. Los pacientes heterocigotos con el genotipo a G tuvieron una respuesta intermedia. Estos resultados solo se observaron con dalcetrapib, no en la rama de placebo, y hubo interacciones estadísticas entre los polimorfismos y la rama de estudio (dalcetrapib frente a placebo) en la asociación con episodios clínicos fortaleciendo así el vínculo con el gen ADCY9. Los cocientes de riesgos instantáneos fueron similares cuando se retiraron las revascularizaciones coronarias del análisis, lo que proporcionó una comparación directa con el criterio de valoración compuesto principal del ensayo dal-OUTCOMES global (cardiopatía coronaria, paro cardíaco reanimado, infarto de miocardio no mortal, apoplejía isquémica no mortal o angina inestable). Los ocho polimorfismos estaban en fuerte desequilibrio de ligamiento (r2>0,77), lo que refuerza el postulado de que esta región del gen ADCY9 determina las respuestas clínicas a dalcetrapib.
LÍPIDOS PLASMÁTICOS
Los genotipos de los SNP rs1967309 se asociaron significativamente con cambios con el tiempo en lípidos inducidos por dalcetrapib en dal-OUTCOMES. Usando estadísticas univariadas, los genotipos se asociaron con cambios en el colesterol total en 1 mes (P=0,0001; P=0,004 cuando se controla por género y ascendencia genética): los portadores del genotipo GG tuvieron un incremento más pequeño (10,0±23,3 mg/dl) en comparación con los portadores de AG (12,9±30,3) y AA (13,8±24,0). Este efecto no se observó en la rama de placebo. Se observó un resultado similar para el cambio en colesterol de las LDL después de 1 mes de tratamiento con dalcetrapib: los cambios fueron -2,0±20,0, -1,0±20,0 y 0,6±21,0 mg/dl en portadores de genotipo GG, AG y AA de rs1967309 respectivamente (P=0,003 univariante; P ajustado=0,006). Durante el período de tratamiento con dalcetrapib, los portadores de GG tenían niveles de colesterol de las LDL ligeramente menores globales (P ajustado=0,048; análisis de medidas repetidas, figura 4).
Tabla 9. información resumida de los procedimientos de limpieza de datos genéticos realizados antes del análisis estadístico
Etapa de limpieza N Procedimiento
SNP ID
Número de SNP en el archivo de genotipado 2.567.845
Número de muestras en el archivo de genotipado 6.528
SNP sin posición física retirados 6.913 -6.913
Variantes de inserción/deleción retiradas 169 -169
Controles de genotipado
NA10860 17
NA11992 17 -67 NA11993 17
NA12763 16
Controles de calidad internos 68 -68 Muestras destruidas debido a id. duplicados 68 -68 Muestras fallidas en laboratorio 25 -25 SNP duplicados (por posición física) 42.360
SNP triplicados (por posición física) 460
SNP cuadriplicados (por posición física) 2
SNP replicados fusionados (mismos alelos) 42.722 -42.722
SNP replicados no fusionados 458
SNP replicados con un <98 % de concordancia 46 -46
Muestras con >10 % de genotipos ausentes 3 -3 SNP con >2 % de genotipos ausentes 46.542 -46.542
Muestras con >2 % de genotipos ausentes 0
SNP con sesgo de placa P < 110-7 275 marcado
SNP usados para el análisis de IBS 77.689
SNP usados para el análisis de MDS 76.854
Sin sexo (falta en el expediente clínico) 64
Problema con género 301
Pares relacionados 16
Etnia distinta a raza blanca por grupo de MDS 436 5482 Controles QC internos 12
Genotipos haploides (después de procesar aspectos de 3.063.235 Establecer como
género) ausente
SNP con MAF=0 408.652 -408.652
Prueba HWE 2,46-10'8 < P < 10'4 3.993 marcado
Prueba HWE P < 2,4610'8 (0.05/ 2.062.801) 3748 - 3.748
Número total de SNP para análisis 2.059.053
Número total de muestras para análisis 5.749
1 Se identificó una muestra como posible mosaico XO/XX y se retiró del conjunto de análisis.
2 Hubo 10 muestras que tenían más de un motivo de exclusión del conjunto de datos.
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Ejemplo 2
El estudio dal-PLAQUE-2 (Tardif JC et al, Circulation Cardiovascular Imaging 2011; 4:319-33) fue un ensayo de fase 3b multicéntrico, con enmascaramiento doble, aleatorizado, controlado con placebo, de grupos paralelos, diseñado para evaluar el efecto de dalcetrapib sobre la progresión de enfermedad ateroesclerótica en pacientes con pruebas de arteriopatía coronaria y un grosor de la íntima-media carotídea de al menos 0,65 mm en la pared lejana de las arterias carótidas comunes, como se evalúa por ecografía en modo B. Se aleatorizaron un total de 931 pacientes para recibir 600 mg de dalcetrapib al día o un placebo equivalente con una duración de tratamiento prevista de 24 meses. Sin embargo, el ensayo se finalizó prematuramente al mismo tiempo que la finalización de dal-OUTCOMES (este último debido a inutilidad). Los pacientes continuaron con la medicación de estudio hasta que volvieron para la obtención de imágenes carotídeas de seguimiento a los 12 meses. Los registros de ecografía en modo B carotídea al inicio, mes 6 y mes 12 se analizaron de forma centralizada en el laboratorio principal del Montrea1Heart Institute. Se analizó el grosor de la íntima-media (GIM) en la pared lejana de las arterias carótidas comunes. Se analizó un segmento de 10 mm de longitud de la arteria carótida común en exámenes en serie usando un programa informático de detección de bordes automatizado (Carotid Analyzer, Medical Imaging Applications, Coralville, Iowa). Entre los 411 participantes en el ensayo dal-PLAQUE-2 que dieron su consentimiento para el estudio genético, 386 tenían medidas de imágenes al inicio, 6 meses y 12 meses (194 y 192 en las ramas de dalcetrapib y placebo, respectivamente). Se extrajo ADN de sangre completa. Los protocolos de investigación se aprobaron por las juntas de revisión institucional pertinentes o comités de ética y todos los participantes humanos dieron su consentimiento informado por escrito.
Análisis centralizado de exámenes de imágenes carotídeas en el ensayo dal-Plaque-2
Todos los registros de ecografía carotídea adquiridos se analizaron en el laboratorio principal del Montrea1Heart Institute por técnicos experimentados supervisados por un médico. Se requirió que las imágenes cumplieran con los criterios de calidad y de inclusión y exclusión de elegibilidad antes de la asignación aleatoria al tratamiento del estudio. Los procedimientos para el análisis del grosor de la íntima-media carotídea incluyeron la visualización en paralelo de estudios iniciales y de seguimiento.
Se evaluaron segmentos de pared arterial carotídea en una vista longitudinal, perpendicular al haz de ultrasonido, con una visualización horizontal de la imagen arterial para ver las interfaces entre la sangre y las estructuras vasculares en el segmento más largo posible. La localización del final de la arteria carótida común se usó como referencia para reposicionar y analizar la longitud comparativa de los segmentos en los estudios iniciales y de seguimiento. Se analizó el grosor de la íntima-media en la pared lejana de las arterias carótidas comunes derecha e izquierda, para reducir la variabilidad de las mediciones. Se usó el promedio de los valores de la media del grosor de la íntima-media de las arterias carótidas comunes derecha e izquierda. Se analizó un segmento emparejado de 10 mm de longitud de la arteria carótida común en exámenes en serie (inicio, 6 meses y 12 meses), comenzando 5 mm proximal a la bifurcación carotídea. Se usó el programa informático de detección de bordes Carotid Analyzer (Medical Imaging Applications LLC, Coralville, Iowa) para analizar el grosor de la íntima-media usando la opción automatizada. Se identificaron dos conjuntos de bordes de arteria carótida: en primer lugar, los bordes mediaadventicia se determinaron y verificaron por el lector. Cuando se requirió, sus localizaciones se modificaron semiautomáticamente a la localización correcta. Cuando se aprobaron estos bordes, se detectaron automáticamente los límites luz-íntima usando los bordes media-adventicia como guía. Se seleccionaron fotogramas de secuencias en bucle del grosor de la íntima-media para la lectura y los fotogramas atípicos de baja calidad se retiraron del análisis cuando se requirió.
De los 27 SNP seleccionados para genotipado por Sequenom, 20 SNP en el gen ADCY9 tenían P<0,05 en la cohorte de descubrimiento. Se sometió a prueba la asociación con esos SNP en el ensayo dal-PLAQUE-2 para obtener pruebas de apoyo para la asociación basándose en datos de imágenes obtenidos después de 6 y 12 meses de tratamiento en la rama de dalcetrapib (n=194). Diez de los 20 SNP proporcionaron asociación con medidas de GIM en dal-PLAQUE-2 (P <0,05, tabla 13). De forma notable, el marcador rs2238448 (que estaba en desequilibrio de ligamiento con rs1967309 (r2=0,80)) se asoció con GIM en dal-PLaQUE-2 (P=0,009) y con episodios en dal-OUTCOMES (P=8,88x10‘8; CRI=0,67; iC al 95 %: 0,58; 0,78). Después de 12 meses de tratamiento con dalcetrapib, los cambios en el GIM fueron de -0,027±0,079 mm en portadores homocigotos del alelo secundario (Tt ), 0,000±0,048 mm para heterocigotos y 0,009±0,038 mm para portadores homocigóticos del alelo común (CC) en rs2238448 (P=0,009). Este efecto surgió a los 6 meses. Los 20 SNP mostraron una disminución en el GIM de acuerdo con el grupo de genotipo que mostró un riesgo cardiovascular reducido en el ensayo dal-OUTCOMES (tabla 13). Ninguno de los SNP genotipados mostró asociación en la rama de placebo (todos P> 0,05). Solo el término de interacción gen-por-tratamiento de rs2531967 alcanzó significación (P=0,024) en dal-PLAQUE-2, probablemente debido al pequeño tamaño de muestra. El SNP rs1967309 no alcanzó significación en dal-PLAQUE-2 (P=0,114), pero la reducción en GIM fue de magnitud similar a la de rs2238448 y consecuente con los hallazgos en dal-OUTCOMES. Después de 12 meses de tratamiento con dalcetrapib, los cambios en el GIM fueron de -0,021±0,083 mm en homocigotos AA, -0,001±0,048 mm para heterocigotos y 0,005±0,042 mm para homocigotos GG en rs1967309.
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Análisis estadísticos para ambos ejemplos 1 y 2
Se realizaron pruebas de asociación hologenómica usando el programa informático JMP Genomics versión 6.1. Se validaron resultados significativos en el programa informático SAS (v. 9.3) (SAS Institute Inc., Cary, NC, EE. UU.). Se usó la prueba genética aditiva de 1 grado de libertad donde se codificaron los genotipos como 0, 1 o 2, de acuerdo con el recuento de alelos secundarios. En presencia de covariables, se ajusta el valor de P para la prueba genética aditiva para la covariable de modo que lo g ( ^ ) = b0 bí ad X¡ bjcovj o log (tasa de episodios) = b0 b1ad XjbjC0Vj; donde r es la probabilidad de tener el episodio y donde la nulidad (Ho) bajo la prueba genética aditiva es de b1=0. Se usó un modelo de regresión de riesgos proporcionales de Cox para someter a prueba la interacción gen-por-tratamiento de acuerdo con: log (tasa de episodios) ~ genotipo rama de tratamiento genotipo*rama de tratamiento sexo componentes principales, usando ambas muestras de la rama de tratamiento y placebo. Los modelos de descubrimiento de GWAS incluyeron el ajuste por sexo y los 5 componentes principales de ascendencia genética. Se calcularon las MAF usando muestras de ambas ramas de tratamiento. Se analizaron variantes raras (MAF <0,05) conjuntamente dentro de los genes usando la prueba de asociación de núcleos de secuencia (SKAT) (Wu MC et al., Am J Hum Genet 2011; 89:82-93) incluyendo covariables y usando una función de ponderación beta con los parámetros a1 establecidos en 1 y a2 establecidos en 25. Las variantes colocadas entre dos genes se analizaron como un conjunto distinto.
Para la población de dal-Plaque-2, se sometieron a prueba modelos de regresión mixtos para análisis de medidas repetidas en el programa informático SAS. El criterio de valoración sometido a prueba de dal-Plaque-2 fue la media de medidas de GIM de arterias carótidas comunes en las visitas a los 6 meses y 12 meses, usando la medida de referencia como covariable. No se realizó el ajuste del valor umbral de significación para pruebas múltiples de los 27 SNP genotipados en el panel Sequenom, debido a la naturaleza altamente correlacionada de los SNP seleccionados. Como referencia, se estimó el número de pruebas independientes (Mef) usando el procedimiento de Gao et al., Genet Epidemiol 2008;32:361-9, a Mef=8, usando la muestra de población de dal-Outcomes.
Para las curvas de desequilibrio de ligamiento (figuras 8 y 9), se usó Haploview (versión 4.2) (Barrett JC et al. Bioinformatics 2005;21:263-5) para presentar los valores de r2 de desequilibrio de ligamiento en una gráfica de matriz de pares con una representación cromática de colores de valores de D'. Se construyeron bloques de desequilibrio de ligamiento usando el procedimiento del intervalo de confianza establecido en [0,70, 0,98], el máximo de confianza superior para recombinación fuerte 0,9 y la fracción de LD fuerte en comparaciones informativas > 0,95.

Claims (14)

REIVINDICACIONES
1. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto, en el que se sabe que el sujeto porta un genotipo de respuesta mejorada rs11647778/CC o rs11647778/CG y opcionalmente un genotipo de respuesta mejorada en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 y rs2238448.
2. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1, en el que se sabe que el sujeto porta un genotipo de respuesta mejorada en rs11647778/CC o rs11647778/CG y opcionalmente un genotipo de respuesta mejorada en uno o más de los siguientes sitios: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 y rs13337675.
3. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que el genotipo de respuesta mejorada es rs11647778/CC, y opcionalmente uno o más de rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA y rs2238448/TT.
4. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que el genotipo de respuesta mejorada es rs11647778/CC y opcionalmente uno o más de rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG y rs8061182/AA.
5. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que el genotipo de respuesta mejorada es rs11647778/CC.
6. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que el genotipo de respuesta mejorada es rs11647778/CG.
7. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que el genotipo de respuesta mejorada también está en rs1967309.
8. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que los genotipos de respuesta mejorada son rs11647778/CC y rs1967309/AA.
9. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, en el que los genotipos de respuesta mejorada son rs11647778/CC, rs2238448/TT y rs1967309/AA.
10. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que el trastorno cardiovascular es ateroesclerosis, vasculopatía periférica, dislipidemia, hiperbetalipoproteinemia, hipoalfalipoproteinemia, hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia hereditaria, angina de pecho, isquemia, isquemia cardíaca, apoplejía, infarto de miocardio, lesión por reperfusión, reestenosis angioplásica, hipertensión, cardiovasculopatía, cardiopatía coronaria, arteriopatía coronaria, hiperlipidemia, hiperlipidoproteinemia o una complicación vascular de diabetes, obesidad o endotoxemia.
11. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que el trastorno cardiovascular es el síndrome coronario agudo (SCA).
12. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en el que se administra dalcetrapib al sujeto en una dosis de entre 100 mg a 1800 mg por día.
13. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11, en el que se administra dalcetrapib al sujeto en una dosis de entre 300 mg a 900 mg por día.
14. Dalcetrapib para su uso en el tratamiento o la prevención de un trastorno cardiovascular en un sujeto de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, en el que se administra dalcetrapib al sujeto a una dosis de 600 mg por día.
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