KR20100105550A - 7 인자 발현 조절 - Google Patents
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Abstract
7 인자를 감소시키기 위한 안티센스 화합물 및 방법, 및 이를 필요로 하는 개체에서 혈전색전성 합병증, 과잉증식 질환 또는 염증성 병태를 치료하거나 예방하는 방법이 개시된다. 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 투여하여 개선될 수 있는 질환 상태의 예로는 혈전증, 색전증 및 혈전색전증, 예컨대 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색, 뇌졸중, 암, 류마티스 관절염 및 섬유증을 들 수 있다.
Description
서열목록
본 출원은 전자 형식의 서열목록과 함께 제출되었다. 서열목록은 2008년 11월 5일에 180 Kb 크기로 생성되어 BIOL0099WOSEQ.txt 파일명으로 제공되었다. 전자 형식의 서열목록에 있는 정보는 그의 전체가 본 원에 참고로 포함된다.
발명의 분야
본 발명의 구체예는 동물에서 7 인자 mRNA 및 단백질의 발현을 감소시키기 위한 방법, 화합물 및 조성물을 제공한다. 이러한 방법, 화합물 및 조성물은 혈전색전성 합병증, 과잉증식 질환 및 염증성 병태를 치료, 예방 또는 개선하는데 유용하다.
순환계는 실혈을 예방하는 메카니즘 및 부적절한 혈관내 폐쇄에 대응하는 메카니즘을 필요로 한다. 일반적으로, 응고는 가용성 피브리노겐이 불용성 피브린 겔로 전환되는 반응 케스케이드를 포함한다. 케스케이드 단계는 불활성 효소원이 활성화 효소로 전환되는 단계를 포함한다. 이어서, 활성 효소가 케스케이드의 다음 단계를 촉매화한다.
응고 케스케이드
응고 케스케이드는 주요 경로인 조직 인자 경로(또한 "외인적 경로")와 접촉 활성화 경로(또한 "고유 경로")로 이루어진 두 경로를 통해 개시될 수 있다.
조직 인자 경로는 혈관외 세포(혈관주위세포, 심근세포, 평활근 세포 및 각질세포)에 의해 구조적으로 발현되고, 염증성 사이토카인 또는 내독소로 유도시에 혈관 단핵세포 및 내피 세포에 의해 발현되는 세포 표면 수용체 조직 인자(TF, 또한 III 인자로도 칭해짐)에 의해 개시된다(Drake et al., Am J Pathol 1989, 134: 1087-1097). TF는 VIIa 응고 인자인 세린 프로테아제에 대한 고친화성 세포 수용체이다. TF 부재시, VIIa는 매우 낮은 촉매 활성을 지니며, VIIa가 알로스테리(allosteric) 메카니즘을 통해 기능하도록 TF로의 결합이 필요하다(Drake et al., Am J Pathol 1989, 134:1087-1097). TF-VIIa 복합체는 인자 X를 Xa로 활성화한다. 이어서, Xa는 그의 공인자인 Va 인자와 조합하여 프로트롬비나제 복합체를 형성한 후, 프로트롬빈(II 인자 또는 2 인자로도 알려져 있음)을 트롬빈(IIa 인자 또는 2a 인자로도 알려져 있음)으로 활성화한다. 트롬빈은 혈소판을 활성화하여, 피브리노겐을 피브린으로 전환시키고, XIII 인자를 활성화시킴으로써 피브린 가교결합을 촉진하고, 그에 따라 혈관외 세포상에 TF가 발현되는 부위에 안정한 플러그를 형성하게 된다. 또한, 트롬빈은 V 및 VIII 인자를 활성화시켜 응고 케스케이드 반응을 강화시킨다.
접촉 활성화 경로는 XII 인자가 XIIa로 활성화됨으로써 촉발된다. XIIa 인자는 XI를 XIa로 전환시키고, XIa는 IX를 IXa로 전환시킨다. IXa는 그의 공인자 VIIa 와 조합하여 X를 Xa로 전환시킨다. 이 시점에 Xa 인자가 Va 인자와 조합하여 프로트롬빈(II 인자)을 트롬빈(IIa 인자)으로 활성화시킴으로써 두 경로가 합류하게 된다.
응고 저해
적어도 3개의 메카니즘, 즉, 활성화 단백질 C, 항트롬빈 및 조직 인자 경로 저해제의 작용이 응고 케스케이드를 억제한다. 활성화 단백질 C는 공인자 Va 및 VIIa를 분해시키는 세린 프로테아제이다. 단백질 C는 트롬보듈린과 함께 트롬빈에 의해 활성화되며, 기능상 보조효소 단백질 S를 필요로 한다. 항트롬빈은 세린 프로테아제: 트롬빈, Xa, XIIa, XIa 및 IXa를 저해하는 세린 프로테아제 저해제(세르핀)이다. 조직 인자 경로 저해제는 Xa 및 TF-VIIa 복합체의 작용을 저해한다(Schwartz AL et al, Trends Cardiovasc Med. 1997; 7:234-239).
질환
혈전증은 병리적인 혈병 발생이며, 혈병이 신체의 다른 부위로 옮겨가 기관의 기능을 방해하게 되면 색전증이 일어난다. 혈전색전증은 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중과 같은 병태를 야기할 수 있다. 중요하게도, 혈전색전증은 매년 미국인의 이백만명 이상에 영향을 주는 이환율의 주 요인이다(Adcock et al. American Journal of Clinical Pathology. 1997; 108:434-9). 대부분의 혈전증 사례는 후천적인 외인적 문제, 예를 들어, 수술, 암, 부동에 의하지만, 일부 사례는 유전적 소인, 예를 들어, 항인지질 증후군 및 상염색체 우성 상태, V 인자 라이덴(Leiden)에 의한다(Bertina RM et al. Nature 1994; 369:64-67).
치료
가장 흔히 사용되는 항응고제인 와파린, 헤파린 및 저분자량 헤파린(LMWH)은 모두 심각한 결점을 갖고 있다.
와파린은 전형적으로 심방 세동으로 고통받는 환자를 치료하기 위해 사용된다. 약물은 인자 II, VII, IX 및 X를 포함하는 비타민 K-의존성 응고 인자와 상호반응한다. 항응고 단백질 C 및 S가 또한 와파린에 의해 저해된다. 와파린을 이용한 약물 요법은, 와파린이 아미오다론과 같은 심방 세동 치료를 위해 사용되는 약물을 포함하는 다른 약제와 상호반응한다는 사실 때문에 더 복잡하다. 와파린을 사용한 요법은 예측이 어려워, 환자는 이상 출혈의 임의의 징후를 포착하기 위해 주의하여 모니터링하여야 한다.
헤파린은 트롬빈 및 X 인자 둘 다를 저해하는 항트롬빈의 활성화에 따라 기능한다(Bjork I, Lindahl U. Mol Cell Biochem. 1982 48: 161-182). 헤파린을 사용한 치료는 혈관내 혈소판을 응집시켜 혈전증을 일으킬 수 있는 면역 반응을 불러올 수 있다. 이러한 부작용은 헤파린-유도 저혈소판증(HIT)으로 알려져 있으며, 환자의 모니터링을 요한다. 헤파린에 의한 장기 치료는 또한 골다공증을 불러 올 수 있다. LMWH가 또한 2 인자를 저해할 수 있으나, 비분획 헤파린(UFH) 보다는 그 정도가 덜하다. LMWH가 HIT 발생에 연루된다.
요컨대, 현재의 항응고제는 예측성 및 특이성이 결여되어 있어서, 출혈 합병증과 같은 불리한 부작용을 예방하기 위해서는 환자를 주의하여 모니터링할 것을 필요로 한다. 고유 또는 외인성 경로만을 표적으로 하는 항응고제는 현재 없다.
발명의 개요
본 발명에 따라 응고 장애를 치료 및 예방하기 위한 안티센스 화합물, 조성물 및 방법이 제공된다.
본 원에 기재된 안티센스 화합물은 7 인자 핵산에 표적화된 12 내지 30개의 뉴클레오시드로 구성된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산은 GENBANK® 등록번호 NT_027140.6, GENBANK® 등록번호 NM_019616.2 및 GENBANK® 등록번호 DB 184141.1의 뉴클레오티드 1255000 내지 1273000에 기재된 임의의 서열일 수 있다.
안티센스 화합물은 단일 가닥 또는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 안티센스 화합물은 7 인자 핵산에 100, 95, 90, 85, 80, 75 또는 70% 상보적일 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 변형될 수 있으며, 여기에서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연결은 변형된 뉴클레오시드간 연결이다. 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결일 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 변형될 수 있으며, 여기에서 적어도 하나의 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함한다. 변형된 당은 바이사이클릭 당일 수 있다. 변형된 당은 2'-O-메톡시에틸을 포함할 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드가 변형될 수 있으며, 여기에서 적어도 하나의 뉴클레오시드는 변형된 핵산염기(nucleobase)를 포함한다. 변형된 핵산염기는 5-메틸사이토신일 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 5-10-5 MOE 갭머(gapmer)일 수 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 20개의 연결된 뉴클레오시드로 구성될 수 있다.
본 원에 기재된 조성물은 7 인자 핵산에 표적화된 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 그의 염 및 약학적으로 허용되는 담체 또는 희석제를 포함할 수 있다.
조성물은 단일 가닥 또는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
본 원에 기재된 방법은 7 인자 핵산에 표적화된 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물을 동물에 투여하는 것을 포함할 수 있다.
화합물 투여는 응고를 느리게 하거나, 중단시킬 수 있다. 화합물은 임의의 아스피린, 클로피도그렐, 디피리다몰, 헤파린, 레피루딘, 티클로피딘 및 와파린과 공동 투여될 수 있다. 화합물 및 제2 약물의 투여는 동반될 수 있다.
화합물 및/또는 제2 약물 투여는 비경구 투여에 의할 수 있다. 비경구 투여는 피하 또는 정맥내 투여중 어떤 것일 수 있다.
또 다른 구체예에 있어서, 본 원에 기재된 방법은 또한 응고 장애가 있는 사람을 식별하고, 이 사람에게 7 인자 핵산에 표적화된 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물의 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함할 수 있다.
7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 1의 핵산염기 1147 내지 1227, 9169 내지 9278, 10982 내지 11058, 11075 내지 11117, 12084 내지 12117, 12387 내지 13796, 13847 내지 13907, 14017 내지 14051, 14093 내지 14134, 14172 내지 14287, 14331 내지 14402, 14664 내지 14746, 15098 내지 15570, 15609 내지 15819, 15899 내지 15905 또는 15957 내지 15982 범위내에서 결합하게 될 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 또한 개시된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 1에 90, 95 또는 100% 상보성일 수 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호 1에 완전 상보적일 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 1의 핵산염기 1147 내지 1227, 9169 내지 9278, 10982 내지 11058, 11075 내지 11117, 12084 내지 12117, 12387 내지 13796, 13847 내지 13907, 14017 내지 14051, 14093 내지 14134, 14172 내지 14287, 14331 내지 14402, 14664 내지 14746, 15098 내지 15570, 15609 내지 15819, 15899 내지 15905 또는 15957 내지 15982 범위내에서만 혼성화할 수 있다.
또한 7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 2의 핵산염기 102 내지 131 또는 652 내지 682 범위내에서 결합하게 될 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 개시된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 2에 90, 95 또는 100% 상보적일 수 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호 2에 완전 상보적일 수 있다.
화합물은 7 인자 핵산을 코딩하는 서열번호 2의 핵산염기 102 내지 131 또는 652 내지 682 범위내에서만 혼성화할 수 있다.
본 발명의 구체예는 서열번호 4 내지 159 및 168 내지 611의 핵산염기 서열의 적어도 12개의 인접 핵산염기를 가지는 핵산염기 서열을 함유한 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물을 제공한다.
특정 구체예에 있어서, 핵산염기 서열은 서열번호 53이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 및 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 적어도 80% 상보적이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 및 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 적어도 90% 상보적이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 및 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 100% 상보적이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는
(i) 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
(ii) 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
(iii) 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
여기에서, 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접해 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는
(i) 10개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
(ii) 5 개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
(iii) 5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
여기에서, 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접해 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는
(i) 14개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
(ii) 3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
(iii) 3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
여기에서, 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접해 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는
(i) 13개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
(ii) 2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
(iii) 5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
여기에서, 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는
(i) 12개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
(ii) 2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
(iii) 2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
여기에서, 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
본 발명의 구체예는 서열번호 4 내지 159 및 168 내지 611의 임의의 핵산염기 서열의 적어도 12개의 인접 핵산염기를 포함하는 핵산염기 서열을 가지는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 변형된 올리고뉴클레오티드 또는 그의 염 및 약학적으로 허용되는 담체 또는 희석제를 포함하는 조성물을 제공한다.
특정 구체예에 있어서, 핵산염기 서열은 서열번호 53이다.
본 발명의 구체예는 서열번호 4 내지 159 및 168 내지 611의 임의의 핵산염기 서열의 적어도 12개의 인접 핵산염기를 포함하는 핵산염기 서열을 가지는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 변형된 올리고뉴클레오티드를 동물에 투여하는 것을 포함하는 방법을 제공한다.
특정 구체예에 있어서, 핵산염기 서열은 서열번호 53이다.
특정 구체예에 있어서, 동물은 인간이다.
특정 구체예에 있어서, 투여는 심부정맥 혈전증을 예방한다.
특정 구체예에 있어서, 투여는 예방 폐색전증을 예방한다.
특정 구체예에 있어서, 투여는 과잉증식 질환을 치료한다.
특정 구체예에 있어서, 투여는 염증성 병태를 치료한다.
본 발명의 구체예는 혈전색전성 합병증의 위험이 있는 동물을 식별하고, 상기 위험이 있는 동물에 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성되고 7 인자 핵산에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물의 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함하는 방법을 제공한다.
특정 구체예에 있어서, 혈전색전성 합병증은 심부정맥 혈전증, 폐색전증 또는 이들의 조합이다.
본 발명의 구체예는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성되고 서열번호 1의 뉴클레오티드 15128 내지 15223중 동일한 수의 염기서열에 상보적인 적어도 12개의 연속 핵산염기 부분을 포함하는 핵산염기 서열을 가지며, 서열번호 1에 적어도 80% 상보적인 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물을 제공한다.
특정 구체예에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열번호 53의 핵산염기 서열을 가진다.
발명의 상세한 설명
상술한 개괄적인 설명 및 하기 상세한 설명은 예시적인 것으로서 설명만을 목적으로 하는 것이며, 청구된 발명을 제한하는 것으로 이해하여서는 안된다. 본 원에서 사용된 단수는 달리 특별한 언급이 없으면 복수의 개념도 포함한다. 본 원에 사용된 "또는"은 달리 특별한 언급이 없으면 "및/또는"을 의미한다. 또한, 사용된 용어 "포함하는"과 이의 다른 형태, 예컨대 "포함하다" 및 "포함된"은 제한이 없다. 또한, "요소" 또는 "성분"과 같은 용어들은 달리 특별한 언급이 없으면 하나의 유닛을 포함하는 요소 및 성분과 복수개의 서브유닛을 포함하는 요소 및 성분을 모두 포괄한다.
본 원에 사용된 섹션 표제는 구성적인 목적으로만 이용된 것이며, 내용을 한정하는 것으로 해석하여서는 안된다. 특허, 특허 출원, 기사, 책 및 논문을 비롯하여, 본 출원에서 인용된 모든 서류 또는 서류의 일부는 명백히 본 원에서 논의한 서류의 일부와 그의 전체내용을 참고할 목적으로 원용되었다.
정의
특정한 정의가 제공되지 않으면, 본 원에 기재된 분석 화학, 합성 유기화학, 의학 및 약학 화학과 관련되어 사용된 명명, 및 그의 절차와 기술은 당업계에 주지의 것이며, 통상적으로 이용되는 것이다. 화학적 합성 및 화학적 분석에 표준 기술이 이용될 수 있다. 허용되는 한, 모든 특허, 출원 및 공개된 출원, 다른 공개, 유전자은행 등록번호 및 미국 국립 생명 공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information, NCBI)와 같은 데이터베이스로부터 입수할 수 있는 관련 서열 정보 및 본 원에 기술되는 내용과 관련된 다른 데이터는 본 원에서 논의한 서류의 일부와 그의 전체내용에 대한 것이 참고로 원용되었다.
달리 제시되지 않으면, 하기 용어들은 다음과 같은 의미를 지닌다:
"2'-O-메톡시에틸"(또한 2'-MOE 및 2'-O(CH2)2-OCH3)은 푸로실 환의 2' 위치의 O-메톡시에틸 변형을 의미한다. 2'-O-메톡시에틸 변형된 당은 변형된 당이다.
"2'-O-메톡시에틸 뉴클레오티드"는 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 부분을 포함하는 뉴클레오티드를 의미한다.
"5-메틸사이토신"은 5' 위치에 부착된 메틸기로 변형된 사이토신을 의미한다. 5-메틸사이토신은 변형된 핵산염기이다.
"활성 안티센스 화합물"은 표적 핵산 수준 또는 단백질 수준을 감소시키는 안티센스 화합물을 의미한다.
"동시 투여되는"이란 두 약제가 양 약제의 약리학적 효과가 환자에서 동일 시기에 발현되는 임의의 방식으로 공동 투여됨을 가리킨다. 동시 투여에서 두 약제는 단일 약학 조성물, 동일 제형 또는 동일 투여 경로로 투여될 필요는 없다. 양 약제의 효과가 동일 시기에 자체 발현될 필요는 없다. 효과는 일정 시간만 겹치면 되고, 동일한 시간에 걸쳐져 있을 필요는 없다.
"투여하는"이란 개체에 약제를 제공하는 것을 의미하며, 의료 전문인에 의한 투여 및 자가 투여를 포함하나, 이들에 제한되지는 않는다.
"개선"은 관련 질환, 장애 또는 병태의 적어도 하나의 지표, 징후 또는 증상을 완화시키는 것을 의미한다. 지표 경중도는 당업자들에게 알려진 주관적 또는 객관적 척도로 결정될 수 있다.
"동물"은 인간 또는 인간 이외의 동물, 예를 들면 마우스, 래트, 토끼, 개, 고양이, 돼지 및 원숭이 및 침팬지가 예시되나 이들에 한정되지 않는 인간 이외의 영장류를 의미하나, 이들에 한정되지 않는다.
"해독 화합물"은 임의의 안티센스 활성의 강도나 기간을 감소시킬 수 있는 화합물을 의미한다.
"해독 올리고뉴클레오티드"는 안티센스 화합물과 혼성화할 수 있고, 이에 상보적인 올리고뉴클레오티드를 포함하는 해독 화합물을 의미한다.
"해독 단백질"은 펩티드를 포함하는 해독 화합물을 의미한다.
"항체"는 항원과 특정의 방식으로 특이적으로 반응하는 것을 특징으로 하는 분자를 말하며, 여기에서, 항체 및 항원은 각각 다른 면으로 정의된다. 항체는 완전 항체 분자 또는 그의 임의의 단편 또는 영역, 예컨대 중쇄, 경쇄, Fab 영역 및 Fc 영역을 의미할 수 있다.
"안티센스 활성"은 안티센스 화합물이 그의 표적 핵산으로 혼성화하는데 기여할 수 있는 임의의 검출가능하거나 측정가능한 활성을 의미할 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 활성은 이러한 표적 핵산으로 코딩되는 표적 핵산 또는 단백질의 양 또는 발현을 감소시킨다.
"안티센스 화합물"은 수소 결합을 통해 표적 핵산으로 혼성화할 수 있는 올리고머 화합물을 의미한다.
"안티센스 저해"는 표적 핵산에 상보적인 안티센스 화합물의 존재하에서 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준이 안티센스 화합물의 부재하에서의 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준에 비해 감소됨을 의미한다.
"안티센스 올리고뉴클레오티드"는 표적 핵산의 상응하는 영역 또는 세그먼트로의 혼성화를 허용하는 핵산염기 서열을 가지는 단일 가닥 올리고뉴클레오티드를 의미한다.
"바이사이클릭 당"은 2개의 비제미널(non-geminal) 환 원자의 브릿징으로 변형된 푸로실 환을 의미한다. 바이사이클릭 당은 변형된 당이다.
"바이사이클릭 핵산" 또는 "BNA" 또는 "바이사이클릭 뉴클레오시드" 또는 바이사이클릭 뉴클레오티드"란 뉴클레오시드 또는 뉴클레오티드의 푸라노스 부분이 푸라노스 환상의 두 탄소 원자를 연결하는 브릿지를 포함함으로써 바이사이클릭 환 시스템을 형성하는 뉴클레오시드 또는 뉴클레오티드를 가리킨다. 본 원에 사용된 용어 "메틸렌옥시 BNA"는 단독으로 달리 언급이 없으면, β-D-메틸렌옥시 BNA를 의미한다.
"캡 구조" 또는 "말단 캡 부분"은 안티센스 화합물의 양 말단에 편입되어 있는 화학적 변형을 의미한다.
"화학적으로 상이한 영역"이란 동일한 안티센스 화합물의 다른 영역과 특정의 방식으로 화학적으로 상이한 안티센스 화합물의 영역을 가리킨다. 예를 들어, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오티드를 가지는 영역은 2'-0-메톡시에틸 변형이 없는 뉴클레오티드를 가지는 영역과 화학적으로 상이하다.
"키메라 안티센스 화합물"은 적어도 2개의 화학적으로 상이한 영역을 포함하며, 각 위치는 다수의 서브유닛을 가지는 안티센스 화합물을 의미한다.
"공동 투여"는 2 이상의 약제를 개체에 투여하는 것을 의미한다. 2 이상의 약제는 단일 약학 조성물로 존재할 수 있거나, 상이한 약학 조성물로 존재할 수 있다. 2 이상의 각 약제는 동일하거나 상이한 투여 경로를 통해 투여될 수 있다. 공동 투여는 병행 또는 순차적 투여를 포함한다.
"응고 인자"는 혈액 응고 케스케이드에 있는 인자 I, II, III, IV, V, VII, VIII, IX, X, XI, XII 또는 XIII중 임의의 것을 의미한다. "응고 인자 핵산"은 응고 인자를 코딩하는 임의의 핵산을 의미한다. 예를 들어, 특정 구체예에 있어서, 응고 인자 핵산은 응고 인자를 코딩하는 DNA 서열(인트론 및 엑손을 포함하는 게놈 DNA 포함), 응고 인자를 코딩하는 DNA로부터 전사된 RNA 서열 및 응고 인자를 코딩하는 mRNA 서열을 포함하나, 이들에 한정되지는 않는다. "응고 인자 mRNA"는 응고 인자 단백질을 코딩하는 mRNA를 의미한다.
"상보성"은 제1 핵산 및 제2 핵산의 핵산염기 간에 쌍을 이루는 능력을 의미한다.
"인접 핵산염기"는 상호 직접 인접한 핵산염기를 의미한다.
"희석제"는 약리학적 활성을 갖지는 않지만, 약학적으로 필수적이거나 요망되는 조성물중의 성분을 의미한다. 예를 들어, 주사 약물에서, 희석제는 액체, 이를테면 식염수일 수 있디.
"용량"은 단일 투여로 제공되거나, 특정 시간에 제공되는 약제의 특정량을 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 용량은 1, 2 또는 그 이상의 볼루스, 정제 또는 주사로 투여될 수 있다. 예를 들어, 피하 투여를 원하는 특정 구체예에 있어서, 소정 용량은 단일 주사에 의해 용이하게 수용되지 않는 부피를 요하며, 따라서, 2 이상의 주사가 의도하는 용량을 달성하기 위해 사용될 수 있다. 특정 구체예에서, 약제는 장기간에 걸쳐 또는 연속적으로 주입에 의해 투여된다. 용량은 시간 단위, 일 단위, 주 단위 또는 월 단위의 약제의 양으로서 제시될 수 있다.
"효능"은 의도된 효과를 생성하는 능력을 가리킨다. "유효량"은 약제를 필요로 하는 개체에서 목적하는 생리적 결과를 유도하기에 충분한 활성 약제의 양을 의미한다. 유효량은 치료할 개체의 건강 및 물리적 상태, 치료할 개체의 분류 집단, 조성물 제제, 개체의 의학적 상태 평가 및 다른 관련 인자에 따라 개체마다 달라질 수 있다.
"7 인자 핵산" 또는 "VII 인자 핵산"은 7 인자를 코딩하는 임의의 핵산을 의미한다. 예를 들어, 특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산은 7 인자를 코딩하는 DNA 서열, 7 인자를 코딩하는 DNA로부터 전사된 RNA 서열(인트론 및 엑손을 포함하는 게놈 DNA 포함) 및 7 인자를 코딩하는 mRNA 서열을 포함하나, 이들에만 한정되지 않는다. "7 인자 mRNA"는 7 인자 단백질을 코딩하는 mRNA를 의미한다.
"7 인자 특이적 저해제"란 7 인자 mRNA 및/또는 7 인자 단백질의 발현을 분자 수준으로 특이적으로 저해할 수 있는 임의의 약제를 가리킨다. 예를 들어, 7 인자 특이적 저해제는 핵산(안티센스 화합물 포함), 펩티드, 항체, 소형 분자 및 7 인자 mRNA 및/또는 7 인자 단백질의 발현을 저해할 수 있는 그밖의 다른 약제를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제는 7 인자 mRNA 발현 및/또는 7 인자 단백질 발현을 특이적으로 조절함으로써, 하류 성분을 포함하는 응고 케스케이드의 다른 성분에 영향을 미칠 수 있다. 유사하게, 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제는 동물에서 다른 분자 과정에 영향을 미칠 수 있다.
"7 인자 특이적 저해제 해독제"는 7 인자 특이적 저해제의 효과를 감소시킬 수 있는 화합물을 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제 해독제는 7 인자 펩티드; 7 인자 해독 올리고뉴클레오티드; 7 인자 안티센스 화합물에 상보적인 7 인자 해독 화합물; 및 고유 또는 외인적 응고 경로에 영향을 미치는 임의의 화합물 또는 단백질로부터 선택된다.
"완전 상보적" 또는 "100% 상보적"은 제1 핵산의 각 핵산염기가 제2 핵산에 상보적인 핵산염기를 가짐을 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 제1 핵산은 안티센스 화합물이고, 표적 핵산은 제2 핵산이다. 이러한 특정 구체예에 있어서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 제1 핵산이고, 표적 핵산은 제2 핵산이다.
"갭머"는 RNaseH 절단을 지원하는 다수의 뉴클레오티드를 가지는 내부 위치가 내부 영역의 뉴클레오시드와 화학적으로 상이한 하나 이상의 뉴클레오티드를 가지는 외부 영역 사이에 위치해 있는 안티센스 화합물을 의미한다. "갭 세그먼트"는 갭머의 내부 영역을 구성하는 다수의 뉴클레오티드를 의미한다. "윙 세그먼트"는 갭머의 외부 영역을 의미한다.
"갭-확장"은 1 내지 6개의 뉴클레오시드를 가지는 5' 및 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접해 위치한 12 이상의 인접 2'-데옥시리보뉴클레오시드의 갭 세그먼트를 가지는 키메라 안티센스 화합물을 의미한다.
"혼성화"는 상보적 핵산 분자의 어닐링을 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 상보적 핵산 분자는 안티센스 화합물 및 표적 핵산을 포함하나 이들에 한정되지는 않는다. 이러한 특정 구체예에 있어서, 상보적 핵산 분자는 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 핵산 표적을 포함하나 이들에 한정되지는 않는다.
"과잉증식 질환"이란 세포의 이상 증식 또는 병리적 증식을 특징으로 하는 질환, 예를 들어, 암, 건선, 과다형성 등을 가리킨다.
"혈전색전성 합병증의 위험이 있는 동물의 식별"이란 혈전색전성 합병증으로 진단된 동물을 식별하거나, 혈전색전성 합병증으로 발전할 경향이 있는 동물을 식별하는 것을 가리킨다. 혈전색전성 합병증으로 발전할 경향이 있는 동물로는 부동, 수술(특히 정형외과 수술), 악성 종양, 임신, 고령, 경구 피임약 사용 및 선천적 또는 후천적 혈전 생성 촉진 응고 장애를 비롯하여, 혈전색전성 합병증에 대한 위험 인자를 하나 이상 가지는 동물을 들 수 있다. 이와 같은 식별은 개체의 병력 평가 및 표준 임상 시험 또는 평가를 포함하는 임의의 방법으로 이루어질 수 있다.
"직접 인접한"이란 직접 인접한 요소 사이에 개입 요소가 존재하지 않음을 의미한다.
"개체"는 치료 또는 요법을 위하여 선택된 인간 또는 인간 이외의 동물을 가리킨다.
"치료를 필요로 하는 개체"란 치료 또는 요법을 필요로 하는 치료 또는 요법을 위하여 선택된 인간 또는 인간 이외의 동물을 가리킨다.
"염증성 병태"란 염증을 초래하는 질환, 질환 상태, 증후군 또는 다른 증상을 가리킨다. 예를 들어, 류마티스 관절염 및 간 섬유증이 염증성 병태이다. 염증성 병태의 다른 예로는 패혈증, 심근 허혈/재관류 손상, 성인성 호흡 곤란 증후군, 신장염, 이식편거부, 염증성 장 질환, 다발경화증, 동맥경화증 및 혈관염을 들 수 있다.
"뉴클레오시드간 연결"은 뉴클레오시드들 사이의 화학 결합을 가리킨다.
"연결된 뉴클레오시드"는 함께 결합된 인접 뉴클레오시드를 의미한다.
"미스매치" 또는 "비상보적 핵산염기"는 제2 또는 표적 핵산의 상응하는 핵산염기와 쌍을 이룰 수 없는 제1 핵산의 핵산염기를 의미한다.
"변형된 뉴클레오시드간 연결"이란 자연 발생 뉴클레오시드간 연결(즉, 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 연결)로부터 치환 및/또는 임의의 변화가 일어난 것을 가리킨다.
"변형된 핵산염기"란 아데닌, 사이토신, 구아닌, 티미딘 또는 우라실 외의 임의의 핵산염기를 가리킨다. "비변형된 핵산염기"는 퓨린 기반 아데닌(A) 및 구아닌(G) 및 피리미딘 기반 티민(T), 사이토신(C) 및 우라실(U)을 의미한다.
"변형된 뉴클레오티드"는 독립적으로, 변형된 당 부분, 변형된 뉴클레오시드간 연결 또는 변형된 핵산염기를 가지는 뉴클레오티드를 의미한다. "변형된 뉴클레오시드"는 독립적으로, 변형된 당 부분 또는 변형된 핵산염기를 가지는 뉴클레오시드를 의미한다.
"변형된 올리고뉴클레오티드"는 변형된 뉴클레오시드간 연결, 변형된 당 및/또는 변형된 핵산염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 의미한다.
"변형된 당"이란 천연 당에서 치환 및/또는 임의의 변화가 일어난 것을 의미한다.
"변형된 당 부분"은 천연 당에서 임의의 치환 및/또는 변화가 있는 당 부분을 의미한다.
"모티프"는 안티센스 화합물에서 비변형 및 변형된 뉴클레오시드의 패턴, 즉, 안티센스 화합물에서 화학적으로 상이한 영역의 패턴을 의미한다.
"자연 발생 뉴클레오시드간 연결"은 3'에서 5'의 포스포디에스테르 연결을 의미한다.
"천연 당 부분"은 DNA(2'-H) 또는 RNA(2'-OH)에서 발견되는 당을 의미한다.
"핵산"은 모노머 뉴클레오티드로 구성된 분자를 가리킨다. 핵산은 리보핵산(RNA), 데옥시리보핵산(DNA), 단일 가닥 핵산, 이중 가닥 핵산, 소 간섭 리보핵산(siRNA) 및 마이크로RNAs(miRNA)를 포함한다.
"핵산염기"는 다른 핵산의 염기와 쌍을 이룰 수 있는 헤테로사이클릭 부분을 의미한다.
"핵산염기 서열"은 임의의 당, 연결 및/또는 핵산염기 변형과 독립적인 인접 핵산염기의 순서를 의미한다.
"뉴클레오시드"는 당에 연결된 핵산염기를 의미한다.
"뉴클레오티드"는 뉴클레오시드의 당 부분에 공유적으로 연결된 포스페이트 그룹을 가지는 뉴클레오시드를 의미한다.
"올리고머 화합물" 또는 "올리고머"는 적어도 핵산 분자 영역에 혼성화할 수 있는 연결 모노머 서브유닛을 포함하는 폴리머를 의미한다.
"올리고뉴클레오티드"는 상호 독립적으로 각각 변형되거나 비변형될 수 있는 연결된 뉴클레오시드의 폴리머를 의미한다.
"비경구 투여"는 주사 또는 주입을 통한 투여를 의미한다. 비경구 투여는 피하 투여, 정맥내 투여, 근육내 투여, 동맥내 투여, 복막내 투여 또는 두개내 투여, 예를 들면 수막공간내 또는 뇌실내 투여를 포함하나 이들에 한정되지는 않는다. "피하 투여"는 피부 바로 밑에 투여하는 것을 가리킨다. "정맥내 투여"는 정맥으로 투여하는 것을 가리킨다.
"펩티드"는 적어도 2개의 아미노산이 아미드 결합에 의해 연결됨으로써 형성된 분자를 의미한다. 펩티드란 폴리펩티드 및 단백질을 가리킨다.
"약제"는 개체에 투여되는 경우 치료적 유용성을 제공하는 물질을 의미한다. 예를 들어, 특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 올리고뉴클레오티드가 약제이다. "활성 약제"는 소정 효과를 제공하는 약학 조성물중의 물질(들)을 의미한다.
"약학 조성물"은 개체에 투여하기에 적합한 물질의 혼합물을 가리킨다. 예를 들어, 약학적 조성물은 하나 이상의 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 멸균 수용액을 포함할 수 있다.
"약학적으로 허용되는 염"은 안티센스 화합물의 생리적 및 약학적으로 허용되는 염, 즉, 모 올리고뉴클레오티드의 소기의 생물학적 활성을 보유하고, 바람직하지 않은 독성 효과를 부여하지 않는 염을 의미한다.
"포스포로티오에이트 연결"은 비브릿지 산소 원자중 하나가 황 원자로 대체되어 포스포디에스테르 결합이 변형된 뉴클레오시드간 연결을 의미한다. 포스포로티오에이트 연결은 변형된 뉴클레오시드간 연결이다.
"부분"은 핵산의 한정된 수의 인접(즉, 연결) 핵산염기를 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 부분은 표적 핵산의 한정된 수의 인접 핵산염기이다. 특정 구체예에 있어서, 부분은 안티센스 화합물의 한정된 수의 인접 핵산염기이다.
"예방"은 질환, 장애 또는 병태의 개시 또는 발생을 수 분 내지 무한정 기간 동안 지연시키거나 미리 막는 것을 가리킨다. "예방"은 또한 질환, 장애 또는 병태가 발생할 위험을 감소시키는 것도 또한 의미한다.
"프로드럭"은 불활성 형태로 제조되어, 내인성 효소 또는 다른 화학물질 또는 조건의 작용으로 체내 또는 그의 세포내에서 활성 형태(즉, 약물)로 전환되는 치료제를 의미한다.
"부작용"은 치료에 기인하는, 의도된 효과가 아닌 생리적 반응을 의미한다. 특정 구체예에서 부작용은 주사 부위 반응, 간 기능 검사 이상, 신 기능 이상, 간 독성, 신 독성, 중추 신경계 이상, 근육병증 및 권태감을 포함하나 이들에 한정되지 않는다. 예를 들면, 혈청에서 증가된 아미노트랜스퍼라제 수준은 간 독성 또는 간 기능 이상을 가리킬 수 있다. 예를 들어, 빌리루빈 증가는 간 독성 또는 간 기능 이상을 가리킬 수 있다.
"단일 가닥 올리고뉴클레오티드"는 상보적 가닥에 혼성화되지 않은 올리고뉴클레오티드를 의미한다. "단일 가닥의 변형된 올리고뉴클레오티드"는 상보적 가닥에 혼성화되지 않은 변형된 올리고뉴클레오티드를 의미한다.
"특이적으로 혼성화가능한"이란 표적 핵산에 혼성화하여 소정 효과를 유도하는 동시에, 비표적 핵산에는 최소의 효과를 나타내거나, 효과를 나타내지 않는 안티센스 화합물을 의미한다. 예를 들어, 특이적으로 혼성화가능한이란 특이적 결합을 목적으로 하는 조건, 즉, 생체내 어세이 경우에서의 생리적인 조건 및 치료적 치료하에서 안티센스 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산 사이에서 소정 효과를 유도하도록 충분한 정도의 상보성을 가지면서 비표적 핵산에는 최소의 효과를 나타내거나, 효과를 나타내지 않는 안티센스 화합물에 대해 적용된다.
"엄격한 혼성화 상태"는 안티센스 화합물과 같은 핵산 분자가 표적 핵산 서열에 혼성화되나, 다른 서열에는 최소한의 수로 혼성화되는 상태를 의미한다. 엄격한 상태는 서열-의존성이고 상이한 환경에서 달라질 것이다. 본 발명과 관련하여, 올리고머 화합물이 표적 서열에 혼성화하는 "엄격한 상태"는 올리고머 화합물의 본래 성질 및 조성과 그들을 조사한 어세이에 의하여 결정된다.
"표적하는" 또는 "~에 표적된"은 소정 효과를 유도하도록 표적 핵산 분자에 안티센스 화합물을 특정하게 혼성화시킬 핵산염기 서열을 가짐을 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 소정 효과는 표적 핵산의 감소이다. 특정 구체예에 있어서, 소정 효과는 7 인자 mRNA의 감소이다.
"표적화"는 표적 핵산에 특이적으로 혼성화하여 소정 효과를 유도할 수 있는 안티센스 화합물을 설계하고 선별하는 과정을 의미한다.
"표적 핵산," "표적 RNA," "표적 RNA 전사체" 및 "핵산 표적"은 모두 안티센스 화합물에 의해 표적화될 수 있는 핵산을 의미한다.
"표적 세그먼트"는 안티센스 화합물이 표적으로 하는 표적 핵산의 뉴클레오티드 서열을 의미한다. "5' 표적 부위"는 표적 세그먼트의 5'-대부분의(most) 뉴클레오티드를 가리킨다. "3' 표적 부위"는 표적 세그먼트의 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다.
"표적 영역" 또는 "활성 표적 영역"은 하나 이상의 안티센스 화합물이 표적으로 하는 표적 핵산 부분을 의미한다.
"치료적 유효량"은 개체에 치료적 유용성을 제공하는 약제의 양을 의미한다.
"혈전색전성 합병증"은 혈전에 의해 야기된 색전증을 포함하는 임의의 질환, 장애 또는 병태를 의미한다. 이러한 질환, 장애 및 병태의 예에는 혈전증, 색전증 및 혈전색전증 범주가 포함된다. 특정 구체예에 있어서, 이러한 질환, 장애 및 병태는 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중을 포함한다.
"치료"는 질환, 장애 또는 병태를 변경 또는 개선시키기 위해 본 발명의 조성물을 투여하는 것을 가리킨다.
"비변형된 뉴클레오티드"는 자연 발생 핵산염기, 당 부분 및 뉴클레오시드간 연결로 구성된 뉴클레오티드를 의미한다. 특정 구체예에 있어서, 비변형된 뉴클레오티드는 RNA 뉴클레오티드(즉, β-D-리보뉴클레오시드) 또는 DNA 뉴클레오티드(즉, β-D-데옥시리보뉴클레오시드)이다.
특정 구체예
본 발명의 구체예는 7 인자 mRNA 및 단백질의 발현을 조절하기 위한 방법, 화합물 및 조성물을 제공한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 mRNA 및 단백질의 발현이 감소된다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제는 7 인자 mRNA 및 단백질의 발현을 조절한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제는 핵산, 단백질 또는 소형 분자이다.
특정 구체예에 있어서, 조절은 세포 또는 조직에서 발생할 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 세포 또는 조직은 동물의 것이다. 특정 구체예에 있어서, 동물은 인간이다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 mRNA 수준이 감소된다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 단백질 수준이 감소된다. 이러한 감소는 시간-의존적 방식 또는 용량-의존적 방식으로 일어날 수 있다.
본 발명의 구체예는 치료를 필요로 하는 개체에서 7 인자와 관련된 질환, 장애 및 병태를 치료, 예방 또는 개선하기 위한 방법, 화합물 및 조성물을 제공한다. 특정 구체예에 있어서, 이러한 질환, 장애 및 병태는 혈전색전성 합병증이다. 이러한 혈전색전성 합병증에는 혈전증, 색전증 및 혈전색전증의 범주가 포함된다. 특정 구체예로, 이러한 혈전색전성 합병증은 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중을 포함한다.
상기 질환, 장애 및 병태는 공동으로 하나 이상의 위험 인자, 요인 또는 결과를 가질 수 있다. 혈전색전성 합병증의 발생을 위한 특정 위험 인자 및 요인에는 부동, 수술(특히 정형외과 수술), 악성 종양, 임신, 고령, 경구 피임약 사용, 심방 세동, 기존 혈전색전성 합병증, 만성 염증성 질환 및 고유 또는 후천적 혈전 생성 촉진 응고 장애가 포함된다. 혈전색전성 합병증 발생과 연관된 특정 결과는 감염 혈관을 통한 혈류 감소, 조직사 및 개체 사망을 포함한다. 과잉증식 질환의 발생을 위한 특정 위험 인자 및 요인에는 유전적이거나 유전적이지 않을 수 있는 유전자 돌연변이 및 염색체 이상과 같은 같은 유전 인자; 및 방사성 원소, X-선, 감마선, 마이크로파 및 자외선으로부터의 고 에너지 방사선과 같은 알려진 돌연변이원 노출이 포함되나 이들에 한정되지는 않는 환경 인자; 특정 공업 약품; 담배 연기와 같은 오염물질; 특정 살충제; 약물 및 바이러스가 포함된다. 과잉증식 질환 발생과 관련된 특정 결과는 개체의 비악성 종양, 악성전 종양 및 악성 조직을 들 수 있다. 염증성 병태의 발생을 위한 특정 위험 인자 및 요인에는 박테리아 및 바이러스 감염 및 알레르기 항원이 예시되나 이들에 한정되지 않는, 선행 병태 생리학적 상태에 세포 반응을 야기하는 임의의 비독성 자극이 포함된다. 염증은 숙주 대식세포, T-림프구, 내피 세포에 의해 분비되는 사이토카인에 의해 매개된다. 염증성 병태의 발생과 연관된 특정 결과는 발적, 통증, 감염 부위에 부기, 기능 상실, 개체 이환 및 사망을 들 수 있다.
특정 구체예에 있어서, 치료 방법은 치료를 필요로 하는 개체에 7 인자 특이적 저해제를 투여하는 것을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 본 발명은 7 인자와 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 예방 또는 개선용 약제를 제조하기 위한 방법 및 화합물을 제공한다. 7 인자 관련 질환, 장애 및 병태에는 혈전색전성 합병증, 과잉증식 질환 및 염증성 병태가 포함된다. 혈전색전성 합병증은 혈전증, 색전증, 혈전색전증, 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중을 포함한다. 과잉증식 질환은 암을 포함한다. 염증성 병태는 류마티스 관절염 및 섬유증을 포함한다.
본 발명의 구체예는 7 인자 관련 질환을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 7 인자 특이적 저해제를 제공한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 특이적 저해제는 핵산(안티센스 화합물 포함), 펩티드, 항체, 소형 분자 및 7 인자 mRNA 및/또는 7 인자 단백질의 발현을 저해할 수 있는 다른 제제를 포함한다.
본 발명의 구체예는 혈전증, 색전증, 혈전색전증, 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중과 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 본 원에 기재된 바와 같은 7 인자 특이적 저해제를 제공한다.
본 발명의 구체예는 본 원에 기재된 바와 같은 추가의 약제 또는 치료제와의 배합 요법에 의해 본 원에 기재된 바와 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 본 원에 기재된 바와 같은 7 인자 특이적 저해제를 제공한다. 약제 또는 치료제는 공동 투여되거나 동시 투여될 수 있다.
본 발명의 구체예는 본 원에 기재된 바와 같은 추가의 약제 또는 치료제와의 배합 요법에 의해 본 원에 기재된 바와 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 약제를 제조하는데 있어서 본 원에 기재된 바와 같은 7 인자 특이적 저해제의 용도를 제공한다.
본 발명의 구체예는 본 원에 기재된 바와 같은 추가의 약제 또는 치료제가 후속 투여되는 환자에서 본 원에 기재된 바와 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 약제를 제조하는데 있어서 본 원에 기재된 바와 같은 7 인자 특이적 저해제의 용도를 제공한다.
본 발명의 구체예는 (i) 본 원에 기재된 바와 같은 7 인자 특이적 저해제; 및 대안적으로 (ii) 본 원에 기재된 바와 같은 추가의 약제 또는 치료제를 포함하는, 본 원에 기재된 바와 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 본 원에 기재된 바와 같은 배합 요법에 의해 본 원에 기재된 바와 같은 혈전색전성 합병증을 치료, 예방 또는 개선하는데 키트를 사용하도록 지시한 설명서를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 구체예는 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물을 제공한다. 특정 구체예에 있어서, 인간 7 인자 핵산은 유전자은행 등록번호 NT_027140.6 (1255000-1273000에서 절단된 것, 서열번호 1로서 본 원에 포함됨), 유전자은행 등록번호 NM_O19616.2(서열번호 2로서 본 원에 포함됨), 유전자은행 등록번호 DB184141.1(서열번호 3으로서 본 원에 포함됨) 및 GENBANK® 등록번호 NM_000131.3 (서열번호 167로서 본 원에 포함됨)에 기재된 임의의 서열을 가진다. 특정 구체예에 있어서, 붉은털 원숭이 7 인자 핵산은 유전자은행 등록번호 NW_001104507.1(뉴클레오티드 691000-706000에서 절단된 것, 서열번호 162로서 본 원에 포함됨) 및 유전자은행 등록번호 3360_061_B(서열번호 163으로서 본 원에 포함됨)에 기재된 임의의 서열을 가진다. 특정 구체예에 있어서, 뮤린 7 인자 핵산은 뉴클레오티드 10024000-10037000에서 절단된 유전자은행 등록번호 NT_039455.6(서열번호 160으로서 본 원에 포함됨)에 기재된 서열을 가진다.
안티센스 화합물
올리고머 화합물에는 올리고뉴클레오티드, 올리고뉴클레오시드, 올리고뉴클레오티드 유사체, 올리고뉴클레오티드 모방체, 안티센스 화합물, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 siRNAs가 포함되나 이들에 한정되지는 않는다. 올리고머 화합물은 표적 핵산에 "안티센스"일 수 있으며, 이는 수소 결합을 통해 표적 핵산에 혼성화할 수 있음을 의미한다.
특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 5'에서 3' 방향으로 씌여진 경우, 표적으로 하는 표적 핵산의 표적 세그먼트의 역상보를 포함하는 핵산염기 서열을 가진다. 이러한 특정 구체예에 있어서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 씌여진 경우, 표적으로 하는 표적 핵산의 표적 세그먼트의 역상보를 포함하는 핵산염기 서열을 가진다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 12 내지 30의 서브유닛 길이를 가진다. 달리 표현하면, 안티센스 화합물은 12 내지 30 연결 서브유닛이다. 다른 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 8 내지 80, 12 내지 50, 15 내지 30, 18 내지 24, 19 내지 22 또는 20 연결 서브유닛이다. 이러한 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 또는 80 연결 서브유닛 길이 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위이다. 일부 구체예에서, 안티센스 화합물은 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 연결 서브유닛은 뉴클레오티드이다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 단축 또는 절단 안티센스 화합물은 5' 말단이 결실(5' 절단)되거나, 3' 말단이 결실된(3' 절단) 단일 서브유닛을 가진다. 7 인자 핵산에 표적화된 단축 또는 절단 안티센스 화합물은 안티센스 화합물의 5' 말단으로부터 2개의 서브유닛이 결실될 수 있거나, 또는 3' 말단으로부터 임의의 2개의 서브유닛이 결실될 수 있다. 다른 한편으로, 결실된 뉴클레오시드는 예를 들어 5' 말단으로부터 결실된 하나의 뉴클레오시드 및 3' 말단으로부터 결실된 하나의 뉴클레오시드를 가지는 안티센스 화합물에서 안티센스 화합물을 통해 분산될 수 있다.
추가의 단일 서브유닛이 연장된 안티센스 화합물에 존재하는 경우, 추가의 서브유닛은 안티센스 화합물의 5' 또는 3' 말단에 위치할 수 있다. 2 이상의 추가의 서브유닛이 존재하는 경우, 첨가된 서브유닛은 예를 들어, 안티센스 화합물의 5' 말단에 첨가되거나(5' 첨가) 3' 말단에 첨가된(3' 첨가) 2개의 서브유닛을 가지는 안티센스 화합물에서 상호 인접할 수 있다. 다른 한편으로, 첨가된 서브유닛 은, 예를 들어, 5' 말단에 첨가된 하나의 서브유닛 및 3' 말단에 첨가된 하나의 서브유닛을 가지는 안티센스 화합물에서 안티센스 화합물을 통해 분산될 수 있다.
안티센스 올리고뉴클레오티드와 같은 안티센스 화합물의 길이를 증가 또는 감소시키고/시키거나, 활성 손실없이 미스매치 염기를 도입시키는 것이 가능하다. 예를 들면, 문헌[Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992)]에서는, 난모 세포 주사 모델에서 13-25 핵산염기 길이의 일련의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 표적 RNA의 절단 유도능에 대해 시험하였다. 안티센스 올리고뉴클레오티드의 말단 부근에 8 또는 11개의 미스매치 염기를 가지는 25 핵산염기 길이의 안티센스 올리고뉴클레오티드는 비록 그 정도는 미스매치를 함유하지 않는 안티센스 올리고뉴클레오티드 보다 약하지만 표적 mRNA의 특이적 절단을 지시할 수 있다. 유사하게, 표적 특이적 절단은 1 또는 3개의 미스매치를 가지는 것을 비롯하여, 13 핵산염기 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 이뤄졌다.
가우트쉬(Gautschi) 등은 문헌[J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, March 2001]에서 bcl-2 mRNA에 100% 상보적이고, bcl-xL mRNA에 대해 3개의 미스매치를 가지는 올리고뉴클레오티드가 시험관내 및 생체내에서 bcl-2 및 bcl-xL 모두의 발현을 감소시킬 수 있는 능력이 있음을 입증하였다. 또한, 이러한 올리고뉴클레오티드는 생체내에서 강력한 항종양 활성을 가지는 것으로 증명되었다.
마허(Maher) 및 돌닉(Dolnick)은 문헌[Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988]에서 일련의 텐뎀(tandem) 14 핵산염기 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 각각 2 또는 3개의 텐뎀 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열로 구성된 28 및 42개의 핵산염기 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 토끼 세망세포 어세이에서 인간 DHFR의 번역 저지능이 있는지에 대한 시험을 실시하였다. 3개의 14 핵산염기 안티센스 올리고뉴클레오티드는 각각 단독으로 번역을 억제하였으나, 그 수준은 28 또는 42 핵산염기 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 크게 벗어나지 않았다.
안티센스 화합물 모티프
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 안티센스 화합물에 저해 활성 증가, 표적 핵산에 대한 결합 친화성 증가 또는 생체내 뉴클레아제에 의한 내분해성과 같은 특성을 부여하도록 패턴 또는 모티프로 배열된 화학적으로 변형된 서브유닛을 가진다.
키메라 안티센스 화합물은 전형적으로 뉴클레아제 내분해성 증가, 세포 흡수 증가, 표적 핵산에 대한 결합 친화성 증가 및/또는 저해 활성 증가를 부여하도록 변형된 적어도 하나의 영역을 함유한다. 키메라 안티센스 화합물의 제2 영역은 임의로 RNA:DNA 듀플렉스의 RNA 가닥을 절단하는 세포 엔도뉴클레아제 RNaseH에 대한 기질로서 제공될 수 있다.
갭머 모티프를 가지는 안티센스 화합물이 키메라 안티센스 화합물로 간주된다. 갭머에서, RNaseH 절단을 지원하는 다수의 뉴클레오티드를 가지는 내부 영역은 내부 영역의 뉴클레오시드와 화학적으로 상이한 다수의 뉴클레오티드를 가지는 외부 영역 사이에 위치한다. 갭머 모티프를 가지는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 경우, 갭 세그먼트는 표적 핵산의 절단을 지원하는 반면, 윙 세그먼트는 안정성, 친화성 및 엑소뉴클레아제 내성을 향상시키기 위한 변형된 뉴클레오시드를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 갭머 영역은 각각 상이한 영역을 포함하는 타입의 당 부분으로 구분된다. 갭머 영역을 구분하기 위해 사용되는 타입의 당 부분은 일부 구체예에 있어서, β-D-리보뉴클레오시드, β-D-데옥시리보뉴클레오시드, 2'-변형된 뉴클레오시드(여기에서 2'-변형된 뉴클레오시드는 특히 2'-MOE 및 2'-0-CH3일 수 있다) 및 바이사이클릭 당 변형된 뉴클레오시드(이러한 바이사이클릭 당 변형된 뉴클레오시드는 4'-(CH2)n-O-2' 브릿지(여기에서, n은 1 또는 2임)를 가지는 것을 포함할 수 있다)를 포함할 수 있다. 바람직하게, 상이한 각 영역은 균일한 당 부분을 포함한다. 윙-갭-윙 모티프는 종종 "X-Y-Z"(여기에서, "X"는 5' 윙 영역의 길이를 나타내고, "Y"는 갭 영역의 길이를 나타내며, "Z"는 3' 윙 영역의 길이를 나타냄)로 나타내어진다. 본 원에서 사용되는 "X-Y-Z"로서 나타내어지는 갭머는 갭 세그먼트가 5' 윙 세그먼트 및 3' 윙 세그먼트 각각에 직접 인접하여 위치한 구조를 가진다. 따라서, 5' 윙 세그먼트와 갭 세그먼트 또는 갭 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에는 뉴클레오티드가 개입되어 있지 않다. 본 원에 기재된 임의의 안티센스 화합물은 갭머 모티프를 가질 수 있다. 일부 구체예에 있어서, X 및 Z는 동일하고, 다른 구체예에 있어서 이들은 상이하다. 바람직한 구체예에 있어서, Y는 8 내지 15 뉴클레오티드이다. X, Y 또는 Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30 또는 그 이상의 뉴클레오티드의 임의의 것일 수 있다. 요컨대, 본 발명의 갭머는 예를 들어, 5-10-5, 4-8-4, 4-12-3, 4-12-4, 3-14-3, 2-13-5, 2-16-2, 1-18-1, 3-10-3, 2-10-2, 1-10-1 또는 2-8-2를 포함하나 이들에 한정되지는 않는다.
특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 윙-갭 또는 갭-윙 구조, 즉, 갭머 구조에 대해 상술된 바와 같은 X-Y 또는 Y-Z 배열의 "윙머(wingmer)" 모티프를 가진다. 요컨대 본 발명의 윙머 구조는 예를 들어, 5-10, 8-4, 4-12, 12-4, 3-14, 16-2, 18-1, 10-3, 2-10, 1-10, 8-2, 2-13 또는 5-13을 포함하나 이들에 한정되지는 않는다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 5-10-5 갭머 모티프를 지닌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 3-14-3 갭머 모티프를 지닌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 2-13-5 갭머 모티프를 지닌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 2-12-2 갭머 모티프를 지닌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 갭-확대 모티프를 지닌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 갭-확대 안티센스 올리고뉴클레오티드는 3개의 화학적으로 변형된 뉴클레오시드의 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치한 14개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 세그먼트를 가진다. 특정 구체예에 있어서, 화학적 변형은 2'-당 변형을 포함한다. 또 다른 구체예에 있어서, 화학적 변형은 2'-MOE 당 변형을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 갭-확대 안티센스 올리고뉴클레오티드는 2개의 화학적으로 변형된 뉴클레오시드의 5' 윙 세그먼트와 5개의 화학적으로 변형된 뉴클레오시드의 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치한 13개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 세그먼트를 가진다. 특정 구체예에 있어서, 화학적 변형은 2'-당 변형을 포함한다. 또 다른 구체예에 있어서, 화학적 변형은 2'-MOE 당 변형을 포함한다.
표적 핵산, 표적 영역 및 뉴클레오티드 서열
7 인자 유전자 서열을 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 GENBANK® 등록번호 NT_027140.6[1255000-1273000에서 절단, 2001년 7월 17일에 GENBANK®에 최초 기탁되고, 서열번호 1로서 본 원에 포함됨]; 유전자은행 등록번호 NM_O19616.2[2000년 10월 3일에 GENBANK®에 최초 기탁되고, 서열번호 2로서 본 원에 포함됨]; GENBANK® 등록번호 DB184141.1[2005년 12월 11일에 GENBANK®에 최초 기탁되고, 서열번호 3으로서 본 원에 포함됨]; 유전자은행 등록번호 NM_000131.3[1999년 3월 24일에 GENBANK®에 최초 기탁되고, 서열번호 167로서 본 원에 포함됨]; 유전자은행 등록번호 NT_039455.6[뉴클레오티드 10024000-10037000에서 절단, 2003년 2월 24일에 GENBANK®에 최초 기탁되고, 서열번호 160으로서 본 원에 포함됨]; 유전자은행 등록번호 NW_00104507.1[서열번호 162로서 본 원에 포함됨]; 및 유전자은행 등록번호 3360_061_B[서열번호 163으로서 본 원에 포함됨]을 포함하나, 이들에 제한되지는 않는다.
본 원에 포함된 실시예에서 각 서열번호에 기재된 서열은 당 부분, 뉴클레오시드간 연결 또는 핵산염기의 임의 변형에 독립적인 것으로 이해하여야 한다. 그에 따라, 하나의 서열번호에 의하여 정의된 안티센스 화합물은, 당 부분, 뉴클레오시드간 연결 또는 핵산염기에 대한 하나의 변형을 독립적으로 포함할 수 있다. Isis 번호(Isis NO.)로 기재된 안티센스 화합물은 핵산염기 서열과 모티프의 조합을 가리킨다.
특정 구체예에 있어서, 표적 영역은 표적 핵산의 구조적으로 정의된 영역이다. 예를 들면, 표적 영역은 3' UTR, 5' UTR, 엑손, 인트론, 엑손/인트론 연결부, 코딩 영역, 번역 시작 영역, 번역 종결 영역, 또는 다른 정의된 핵산 영역을 포함할 수 있다. 7 인자 유전자 서열의 구조적으로 정의된 영역은 NCBI와 같은 서열 데이터로부터 등록번호로 입수할 수 있으며, 이러한 정보는 본 원에 참고로 원용된다. 특정 구체예에 있어서, 표적 영역은 표적 영역내 한 표적 세그먼트의 5' 표적 부위 내지 표적 영역내 다른 표적 세그먼트의 3' 표적 부위의 서열을 포함할 수 있다.
표적화는 소정 효과를 일으키도록 안티센스 화합물이 혼성화하는 적어도 하나의 표적 세그먼트의 결정을 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 소정 효과는 mRNA 표적 핵산의 수준 감소이다. 특정 구체예에 있어서, 소정 효과는 표적 핵산과 관련된 표현형 변화 또는 표적 핵산에 의해 코딩되는 단백질의 수준 감소이다.
표적 영역은 하나 이상의 표적 세그먼트를 함유할 수 있다. 표적 영역내 다수의 표적 세그먼트가 중첩될 수 있다. 다른 한편으로, 이들은 중첩되지 않을 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 표적 영역내 표적 세그먼트는 약 300개 이하의 뉴클레오티드에 의해 분리된다. 특정 구체예에 있어서, 표적 영역내 표적 세그먼트는 표적 핵산상에 250, 200, 150, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20 또는 10이거나, 대략 상기 수이거나, 상기 수 이하이거나, 대략 상기 수 이하인 뉴클레오티드이거나, 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위의 다수의 뉴클레오티드에 의해 분리된다. 특정 구체예에 있어서, 표적 영역내 표적 세그먼트는 표적 핵산상에 5 이하의 뉴클레오티드 또는 약 5 이하의 뉴클레오티드에 의해 분리된다. 특정 구체예에 있어서, 표적 세그먼트는 인접해 있다. 출발 핵산이 본 원에 나열된 임의의 5' 표적 부위 또는 3' 표적 부위인 범위로 한정된 표적 영역이 고려된다.
적합한 표적 세그먼트는 5' UTR, 코딩 영역, 3' UTR, 인트론, 엑손 또는 엑손/인트론 연결부내에서 발견될 수 있다. 개시 코돈 또는 정지 코돈을 함유한 표적 세그먼트가 또한 적합한 표적 세그먼트이다. 적합한 표적 세그먼트는 개시 코돈 또는 정지 코돈과 같은 구조적으로 한정된 영역을 특이적으로 배제할 수 있다.
적합한 표적 세그먼트의 결정은 표적 핵산의 서열을 게놈을 통해 다른 서열과 비교하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 상이한 핵산에서 유사성 영역을 확인하는데 BLAST 알고리듬이 이용될 수 있다. 이러한 비교는 비특이적 방식으로 선택된 표적 핵산 이외의 서열(즉, 비표적 또는 표적을 벗어난 서열)에 혼성화할 수 있는 안티센스 화합물의 서열이 선택되는 것을 방지할 수 있다.
활성 표적 영역내에서 안티센스 화합물의 활성(예를 들면 표적 핵산 수준의 감소 퍼센트로 정의됨)이 변경될 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 mRNA 수준 감소가 7 인자 발현 저해의 지표이다. 7 인자 단백질 수준 감소가 또한 표적 mRNA 발현 저해의 지표이다. 그밖에, 표현형 변화가 7 인자 발현 저해의 지표이다. 예를 들어, 장기 PT 시간이 7 인자 발현 저해의 지표가 될 수 있다. 또 다른 예로서, 장기 PT 시간과 함께, 장기 aPTT 시간이 7 인자 발현 저해의 지표가 될 수 있다. 또 다른 예로서, 혈소판 4 인자(PF-4) 발현 수준 감소가 7 인자 발현 저해의 지표가 될 수 있다. 또 다른 예로서, 혈전 형성 감소 또는 혈전 형성 시간 증가가 7 인자 발현 저해의 지표가 될 수 있다.
혼성화
일부 구체예에 있어서, 본 원에 기재된 안티센스 화합물과 7 인자 핵산 사이에서 혼성화가 일어난다. 가장 보편적인 혼성화 메카니즘은 핵산 분자의 상보적 핵산염기 간 수소 결합(예: 왓슨-크릭, 훅스틴 또는 역 훅스틴 수소 결합)을 포함한다.
혼성화는 다양한 환경 하에서 일어날 수 있다. 엄격한 상태는 서열-의존성이고, 핵산의 본래 성질 및 조성과 혼성화하는 핵산 분자에 의해서 결정된다.
서열이 표적 핵산에 특이적으로 혼성화할 수 있는지를 결정하는 방법은 당업계에 주지되어 있다. 특정 구체예에 있어서, 본 원에서 제공되는 안티센스 화합물은 7 인자 핵산과 특이적으로 혼성화가능하다.
상보성
안티센스 화합물 및 표적 핵산은 소정 효과(예: 7 인자 핵산과 같은 표적 핵산의 안티센스 저해)가 일어나도록, 안티센스 화합물의 충분한 수의 핵산염기가 표적 핵산의 상응하는 핵산염기와 수소 결합을 이룰 수 있는 경우에, 상호 상보적이다.
안티센스 화합물과 7 인자 핵산 사이의 비상보적 핵산염기도 허용될 수 있으나, 단, 안티센스 화합물이 표적 핵산에 특이적으로 혼성화가능하도록 존재하여야 한다. 또한, 안티센스 화합물은 개입 또는 인접 세그먼트가 혼성화 이벤트에 연루되지 않도록 7 인자 핵산의 하나 이상의 세그먼트와 혼성화할 수 있다(예: 루프 구조, 미스매치 또는 헤어핀 구조).
특정 구체예에 있어서, 본 원에서 제공되는 안티센스 화합물 또는 그의 특정 부분은 7 인자 핵산, 표적 영역, 표적 세그먼트 또는 그의 특정 부분에 적어도, 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 상보적이다. 안티센스 화합물과 표적 핵산의 상보성 퍼센트는 일상적인 방법을 이용하여 결정될 수 있다.
예를 들어, 안티센스 화합물의 20 핵산염기중 18개가 표적 영역에 상보적이고, 따라서 특이적으로 혼성화할 수 있는 안티센스 화합물은 90% 상보성을 나타낸다. 이 예에서, 나머지 비상보적 핵산염기는 상보적 핵산염기와 군집을 이루거나, 이에 산재할 수 있으며, 상호간에 또는 상보적 핵산염기에 인접할 필요는 없다. 그에 따라, 표적 핵산과 완전 상보적인 두 영역으로 플랭킹된 4(네)개의 비상보적 핵산염기를 가지는 18 핵산염기 길이의 안티센스 화합물은 표적 핵산과 총 77.8% 상보적일 수 있으며, 따라서 본 발명의 영역내에 포함된다. 표적 핵산의 영역을 가지는 안티센스 화합물의 상보성 퍼센트는 당업계에 알려진 BLAST 프로그램(기본적인 국소 정렬 도구) 및 PowerBLAST 프로그램(Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649 656)에 따라 기계적으로 결정될 수 있다. 상동성, 서열 동일성 또는 상보성 퍼센트는, 예를 들어, Smith 및 Waterman(Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482 489)의 알고리듬을 이용하는 디폴트 설정(default setting)을 활용함으로써, 갭 프로그램(Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis)으로 결정될 수 있다.
특정 구체예에 있어서, 본 원에서 제공되는 안티센스 화합물 또는 그의 특정 부분은 표적 핵산 또는 그의 특정 부분에 완전 상보적(즉, 100% 상보적)이다. 예를 들어, 안티센스 화합물은 7 인자 핵산 또는 표적 영역 또는 그의 표적 세그먼트 또는 표적 서열에 완전 상보적일 수 있다. 본 원에 사용된 "완전 상보적"은 안티센스 화합물의 각 핵산염기가 표적 핵산의 상응하는 핵산염기와 정확한 염기쌍을 이룰 수 있음을 의미한다. 예를 들어, 20 핵산염기 안티센스 화합물의 경우, 안티센스 화합물에 완전 상보적인 표적 핵산의 상응하는 20 핵산염기 부분이 존재한다면, 400 핵산염기 길이의 표적 서열에 완전 상보적이다. 완전 상보적은 또한 제1 및/또는 제2 핵산의 특정 부분과 관련하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 30 핵산염기 안티센스 화합물의 20 핵산염기 부분은 400 핵산염기 길이의 표적 서열에 "완전 상보적"일 수 있다. 30 핵산염기 올리고뉴클레오티드의 20 핵산염기 부분은 표적 서열이 각각 안티센스 화합물의 20 핵산염기 부분의 각 핵산염기에 상보적인 상응하는 20 핵산염기 부분을 가지는 경우, 표적 서열에 완전 상보적이다. 동시에, 전체 30 핵산염기 안티센스 화합물은 안티센스 화합물의 나머지 10개의 핵산염기가 표적 서열에 또한 상보적인지 아닌지에 따라서, 표적 서열에 완전 상보적이거나, 그렇치 않을 수 있다.
비상보적 핵산염기의 위치는 안티센스 화합물의 5' 말단 또는 3' 말단일 수 있다. 다른 한편으로, 비상보적 핵산염기(들)는 안티센스 화합물의 내부 위치에 존재할 수 있다. 2 이상의 비상보적 핵산염기가 존재하는 경우, 이들은 인접(즉, 연결)해 있을 수 있거나, 인접하지 않을 수 있다. 일 구체예에 있어서, 비상보적 핵산염기는 갭머 안티센스 올리고뉴클레오티드의 윙 세그먼트에 위치한다.
특정 구체예에 있어서, 핵산염기 길이가 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20 이하인 안티센스 화합물은 7 인자 핵산 또는 그의 특정 부분과 같은 표적 핵산에 대해 4 이하, 3 이하, 2 이하, 1 이하의 비상보적 핵산염기(들)를 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 핵산염기 길이가 2, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30 이하인 안티센스 화합물은 7 인자 핵산 또는 그의 특정 부분과 같은 표적 핵산에 대해 6 이하, 5 이하, 4 이하, 3 이하, 2 이하 또는 1 이하의 비상보적 핵산염기(들)를 포함한다.
본 원에서 제공되는 안티센스 화합물은 또한 표적 핵산의 일부에 상보적인 것을 포함한다. 본 원에 사용된 "부분"은 표적 핵산의 영역 또는 세그먼트내에 지정된 수의 인접(즉, 연결) 핵산염기를 가리킬 수 있다. "부분"은 또한 안티센스 화합물의 지정된 수의 인접 핵산염기를 가리킨다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 표적 세그먼트의 적어도 8 핵산염기 부분에 상보적이다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 표적 세그먼트의 적어도 12 핵산염기 부분에 상보적이다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 표적 세그먼트의 적어도 15 핵산염기 부분에 상보적이다. 또한, 표적 세그먼트의 적어도 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 그 이상의 핵산염기 부분 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위에 상보적인 안티센스 화합물이 고려 대상이다.
동일성
본 원에서 제공되는 안티센스 화합물은 또한 특정 뉴클레오티드 서열, 서열번호, 또는 특정 Isis 번호로 표시되는 화합물 또는 그의 부분에 대해 정의된 동일성 퍼센트를 가질 수 있다. 본 원에서 사용된 안티센스 화합물은 동일한 핵산염기와 쌍을 이루는 능력을 가진다면, 본 원에 기재된 서열과 동일하다. 예를 들면, 기재된 DNA 서열에서 티미딘 대신 우라실을 함유하는 RNA는 아데닌과의 우라실 및 티미딘 쌍을 모두 가지기 때문에 DNA 서열과 동일한 것으로 간주될 수 있다. 본 원에 기재된 안티센스 화합물의 단축 및 확장 변형체 및 본 원에서 제공되는 안티센스 화합물에 대해 동일하지 않은 염기를 가지는 화합물도 또한 구상된다. 동일하지 않은 염기는 상호 인접해 있을 수 있거나, 또는 안티센스 화합물을 통해 산재해 있을 수 있다. 안티센스 화합물의 동일성 퍼센트는 비교되는 서열에 대해 동일한 염기 쌍을 가지는 염기의 수에 따라 계산된다.
특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물 또는 그의 부분은 본 원에 기재된 하나 이상의 안티센스 화합물 또는 서열번호 또는 그의 부분에 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일성이다.
변형
뉴클레오시드는 염기-당 조합이다. 뉴클레오시드의 핵산염기(또한 염기로도 공지) 부분은 보통 헤테로사이클릭 염기 부분이다. 뉴클레오티드는 뉴클레오시드의 당 부분에 공유적으로 연결된 포스페이트기를 추가로 포함하는 뉴클레오시드이다. 펜토푸라노실 당을 포함하는 뉴클레오시드의 경우, 포스페이트기는 당의 2', 3' 또는 5' 하이드록실 부분에 연결될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 인접 뉴클레오시드의 상호 공유 결합에 의해 선형 중합 올리고뉴클레오티드를 형성함으로써 생성된다. 올리고뉴클레오티드 구조내에서, 포스페이트기는 일반적으로 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드간 연결을 형성하는 것으로 평해진다.
안티센스 화합물에 대한 변형은 뉴클레오시드간 연결, 당 부분 또는 핵산염기에 대한 치환 또는 변화를 포함한다. 변형된 안티센스 화합물은, 예를 들어, 세포 흡수성 향상, 핵산 표적에 대한 친화성 증가, 뉴클레아제 존재하에 안정성 증가 또는 저해 활성 증가 등과 같은 소기 특성 때문에, 자연 형태보다 바람직하다.
화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 또한 그의 표적 핵산에 대한 단축 또는 절단 안티센스 올리고뉴클레오티드의 결합 친화성을 증가시키는데 이용될 수도 있다. 따라서, 이렇게 화학적으로 변형된 뉴클레오시드를 가지는 더 짧은 안티센스 화합물로 유사한 결과를 얻을 수 있다.
변형된 뉴클레오시드간 연결
RNA 및 DNA의 자연 발생 뉴클레오시드간 연결은 3'에서 5' 포스포디에스테르 연결이다. 예를 들어, 세포 흡수성 향상, 핵산 표적에 대한 친화성 증가, 뉴클레아제 존재하에 안정성 증가 등과 같은 소기 특성 때문에, 하나 이상의 변형, 즉 비자연 발생 뉴클레오시드간 연결을 가지는 안티센스 화합물이 자연 발생 뉴클레오시드간 연결을 가지는 안티센스 화합물에 비해 우위적으로 선택된다.
변형된 뉴클레오시드간 연결을 가지는 올리고뉴클레오티드는 인 원자를 가지는 뉴클레오시드간 연결뿐 아니라 인 원자를 갖지 않는 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 대표적인 인 함유 뉴클레오시드간 연결은 포스포디에스테르, 포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, 포스포르아미데이트 및 포스포로티오에이트를 포함하나 이들에 한정되지는 않는다. 인을 함유하는 연결 및 인을 함유하지 않는 연결의 제조방법은 익히 알려졌다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 하나 이상의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 변형된 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물의 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다.
변형된 당 부분
본 발명의 안티센스 화합물은 임의로 당 그룹이 변형된 하나 이상의 뉴클레오시드를 함유할 수 있다. 이러한 당 변형된 뉴클레오시드는 안티센스 화합물에 뉴클레아제 안정성 향상, 결합 친화성 증가 또는 그밖의 다른 특정의 유익한 생물학적 성질을 부여할 수 있다. 특정 구체예에 있어서, 뉴클레오시드는 화학적으로 변형된 리보푸라노스 환 부분을 포함한다. 화학적으로 변형된 리보푸라노스 환의 예는 치환기(5' 및 2' 치환기 포함, 비제미널 환 원자의 브릿징으로 바이사이클릭 핵산(BNA) 형성)가 첨가된 것, S, N(R) 또는 C(R1)(R)2(R은 H, C1-C12 알킬 또는 보호기임)로 리보실 환 산소 원자가 대체된 것 및 이들의 조합을 포함하나 이들에 한정되지는 않는다. 화학적으로 변형된 당의 예는 2'-F-5'-메틸 치환된 뉴클레오시드(다른 5',2'-비스 치환된 뉴클레오티드에 대해서는 8/21/08일 공개된 PCT 국제 출원 제WO 2008/101157호를 참조바람) 또는 리보실 환 산소 원자가 'S' 및 추가로 2'-위치에서 치환(2005년 6월 16일 공개된 미국 특허 출원 제US2005-0130923호 참조)된 것 또는 대안적으로 BNA의 5'-치환된 것(11/22/07일 공개된 PCT 국제 출원 제WO 2007/134181호를 참조바람, 여기에서는 LNA가 예를 들어, 5'-메틸 또는 5'-비닐기로 치환됨)을 포함한다.
변형된 당 부분을 가지는 뉴클레오시드의 예로는 5'-비닐, 5'-메틸(R 또는 S), 4'-S, 2'-F, 2'-OCH3 및 2'-O(CH2)2OCH3 치환기를 가지는 뉴클레오시드를 포함하나 이들에 한정되지는 않는다. 2' 위치에서의 치환체는 또한 알릴, 아미노, 아지도, 티오, O-알릴, O-C1-C10 알킬, OCF3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn) 및 0-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)[여기에서, 각 Rm 및 Rn은 독립적으로, H 또는 치환되거나 비치환된 C1-C10 알킬임]으로부터 선택될 수 있다.
바이사이클릭 핵산(BNA)의 예로는 4' 및 2' 리보실 환 원자 사이에 브릿지를 포함하는 뉴클레오시드를 들 수 있으나 이들에 한정되지는 않는다. 특정 구체예에 있어서, 본 원에서 제공되는 안티센스 화합물은 하나 이상의 BNA 뉴클레오시드를 포함하며, 여기에서, 브릿지는 식 4'-(CH2)-O-2'(LNA); 4'-(CH2)-S-2'; 4'-(CH2)-O-2'(LNA); 4'-(CH2)2-O-2'(ENA); 4'-C(CH3)2-O-2'(PCT/US2008/068922호 참조); 4'-CH(CH3)-O-2' 및 4'-C-H(CH2OCH3)-O-2'(2008년 7월 15일 허여된 미국 특허 제7,399,845호 참조); 4'-CH2-N(OCH3)-2'(PCT/US2008/064591호 참조); 4'-CH2-O-N(CH3)-2'(2004년 9월 2일 공개된 미국 특허 출원 US2004-0171570호 참조); 4'-CH2-N(R)-O-2'(2008년 9월 23일 허여된 미국 특허 제7,427,672호 참조); 4'-CH2-C(CH3)-2' 및 4'-CH2-C-(=CH2)-2'(PCT/US2008/066154호 참조)[여기에서, R은 독립적으로 H, C1-C12 알킬 또는 보호기임]중 하나를 포함한다. 상기 각 BNA는, 예를 들어, α-L-리보푸라노스 및 β-D-리보푸라노스를 비롯하여, 다양한 입체화학적 당 구조를 포함한다(1999년 3월 25일에 WO 99/14226호로 공개된 PCT/DK98/00393호 참조).
특정 구체예에 있어서, 뉴클레오시드는 리보실 환을 당 대용체로 대체함으로써 변형된다. 이러한 변형에는 상기 식중 하나를 가지는 것과 같은 모르폴리노 환, 사이클로헥세닐 환, 사이클로헥실 환 또는 테트라하이드로피라닐 환 등의 대용 환 시스템(때때로 DNA 유사체로 언급됨)으로 리보실 환이 대체되는 것이 포함되나, 이들에 한정되지는 않는다.
안티센스 화합물로의 도입을 위해 뉴클레오시드를 변경시키고자 사용될 수 있는 많은 다른 바이사이클로 및 트리사이클로 당 대용 환 시스템이 또한 당업계에 공지되었다(참조예: Leumann, Christian J.에 의한 기사 참조). 이러한 환 시스템은 활성 증가를 위해 다양하게 추가로 치환될 수 있다.
변형된 당의 제조 방법은 당업자들에게 주지되었다.
변형된 당 부분을 가지는 뉴클레오티드에서, 핵산염기 부분(천연, 변형 또는 이들의 조합)은 적절한 핵산 표적과 혼성화되도록 유지된다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 변형된 당 부분을 가지는 하나 이상의 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 변형된 당 부분은 2'-MOE이다. 특정 구체예에 있어서, 2'-MOE 변형된 뉴클레오티드는 갭머 모티프에 배열된다.
변형된 핵산염기
핵산염기(또는 염기) 변형 또는 치환은 자연 발생 또는 합성 비변형 핵산염기와 구조적으로는 상이하나, 기능적으로는 상호교환이 가능하다. 천연 및 변형된 핵산염기 모두가 수소 결합에 참여할 수 있다. 이러한 핵산염기 변형은 안티센스 화합물에 뉴클레아제 안정성, 결합 친화성 또는 일부 다른 유익한 생물학적 성질을 부여할 수 있다. 변형된 핵산염기는 예를 들어, 5-메틸사이토신(5-me-C) 등과 같은 합성 및 천연 핵산염기를 포함한다. 5-메틸사이토신 치환을 포함한 특정 핵산염기 치환이 표적 핵산에 대해 안티센스 화합물의 결합 친화성을 증진시키는데 특히 유용하다. 예를 들어, 5-메틸사이토신 치환은 핵산 듀플렉스 안정성을 0.6-1.2℃로 향상시키는 것으로 입증되었다(Sanghvi, Y.S., Crooke, S.T. and Lebleu, B., eds., Antisense Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278).
추가의 비변형된 핵산염기는 5-하이드록시메틸 사이토신, 크산틴, 하이포크산틴, 2-아미노아데닌, 아데닌 및 구아닌의 6-메틸 및 기타 알킬 유도체, 아데닌 및 구아닌의 2-프로필 및 기타 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오사이토신, 5-할로우라실 및 사이토신, 5-프로피닐(-C≡C-CH3) 우라실 및 사이토신 및 피리미딘 염기의 다른 알키닐 유도체, 6-아조우라실, 사이토신 및 티민, 5-우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-하이드록실 및 다른 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-할로 특히, 5-브로모, 5-트리플루오로메틸 및 기타 5-치환된 우라실 및 사이토신, 7-메틸구아닌 및 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 8-아자구아닌 및 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌 및 7-데아자아데닌 및 3-데아자구아닌 및 3-데아자아데닌을 포함한다.
헤테로사이클릭 염기 부분은 또한 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 헤테로사이클, 예를 들어 7-데아자아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘 및 2-피리돈으로 대체된 것을 포함할 수 있다. 안티센스 화합물의 결합 친화성을 증가시키기 위해 특히 유용한 핵산염기는 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘 및 N-2, N-6 및 O-6 치환된 퓨린, 예를 들어 2 아미노프로필아데닌, 5-프로피닐우라실 및 5-프로피닐사이토신 등을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 하나 이상의 변형된 핵산염기를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 갭-확대 안티센스 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 핵산염기를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 변형된 핵산염기는 5-메틸사이토신이다. 특정 구체예에 있어서, 각 사이토신은 5-메틸사이토신이다.
조성물 및 약학 조성물의 제제화 방법
안티센스 올리고뉴클레오티드는 약학 조성물 제제 또는 제형을 제조하기 위해 약학적으로 허용되는 활성 또는 불활성 물질과 혼합될 수 있다. 약학 조성물의 제제화를 위한 조성물 및 방법은 투여 경로, 질환 정도 또는 투여 용량이 포함되나 이들에 한정되지 않는 다수의 기준에 따라 달라진다.
7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물은 안티센스 화합물을 적합한 약학적으로 허용되는 희석제 또는 담체와 배합함으로써 약학 조성물에 사용될 수 있다. 약학적으로 허용되는 희석제는 포스페이트-완충 염수(PBS)를 포함한다. PBS는 비경구적으로 전달되는 조성물에 사용하기에 적합한 희석제이다. 따라서, 본 원에 기재된 방법에 사용된 일 구체예는 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물 및 약학적으로 허용되는 희석제를 포함하는 약학 조성물이다. 특정 구체예에 있어서, 약학적으로 허용되는 희석제는 PBS이다. 특정 구체예에 있어서, 안티센스 화합물은 안티센스 올리고뉴클레오티드이다.
안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 인간을 포함한 동물에 투여시 (직접 또는 간접적으로) 생물학적으로 활성인 대사물 또는 그의 잔사를 제공할 수 있는 임의의 약학적으로 허용되는 염, 에스테르 또는 이러한 에스테르의 염 또는 임의의 다른 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 따라서, 예를 들어, 안티센스 화합물의 약학적으로 허용되는 염, 프로드럭, 이러한 프로드럭의 약학적으로 허용되는 염 및 다른 생물학적 등가물과 관련한 개시가 도출된다. 약학적으로 허용되는 적합한 염은 나트륨 및 칼륨 염을 포함하나 이들에 한정되지 않는다.
프로드럭은 체내에서 내인성 뉴클레아제에 의해 절단되어 활성 안티센스 화합물을 형성하는, 안티센스 화합물의 한쪽 말단 또는 양 말단에 도입된 추가의 뉴클레오시드를 포함할 수 있다.
접합 안티센스 화합물
안티센스 화합물은 생성되는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 활성, 세포 분포 또는 세포 흡수를 향상시키는 하나 이상의 부분 또는 접합체에 공유적으로 결합될 수 있다. 전형적인 접합체 그룹은 콜레스테롤 부분 및 지질 부분을 포함한다. 추가의 접합체 그룹은 탄수화물, 인지질, 비오틴, 페나진, 폴레이트, 페난트리딘, 안트라퀴논, 아크리딘, 플루오레세인, 로다민, 쿠마린 및 염료를 포함한다.
안티센스 화합물은 또한 일반적으로 예를 들어, 뉴클레아제 안정성 등과 같은 성질을 향상시키기 위하여 안티센스 화합물의 한쪽 또는 양 말단에 부착된 하나 이상의 안정화기를 가지도록 변형될 수 있다. 안정화기에 캡 구조가 포함된다. 이들 말단 변형은 말단 핵산을 가지는 안티센스 화합물을 엑소뉴클레아제 분해로부터 보호하고, 세포내 전달 및/또는 국소화를 도울 수 있다. 캡은 5'-말단(5'-캡) 또는 3'-말단(3'-캡)에 존재할 수 있거나, 양 말단에 존재할 수 있다. 캡 구조는 당업자들에게 주지되었으며, 예를 들어, 역전 데옥시 탈염기 캡을 포함한다. 뉴클레아제 안정성을 부여하도록 안티센스 화합물의 한쪽 말단 또는 양 말단을 캡핑하기 위해 사용될 수 있는 추가의 3' 및 5'-안정화기는 2003년 1월 16일에 공개된 WO 03/004602호에 기재된 것을 포함한다.
세포 배양 및 안티센스 화합물 처리
7 인자 핵산의 수준, 활성 또는 발현에 미치는 안티센스 화합물의 효과를 다양한 세포 타입에서 시험관내로 시험할 수 있다. 이러한 분석에 사용되는 세포 타입은 상업적 공급자로부터 입수할 수 있으며(예: ATCC(American Type Culture Collection), Manassus, VA; Zen-Bio, Inc., Research Triangle Park, NC; Clonetics Corporation, Walkersville, MD), 세포는 상업적으로 이용가능한 시약(예: Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA)을 사용하여 공급자 지시에 따라 배양된다. 예시적인 세포 타입은 HepG2 세포, HepB3 세포 및 초대 간세포를 포함한다.
안티센스 올리고뉴클레오티드의 시험관내 시험
다른 안티센스 화합물로 처리하기 위해 적절히 변형될 수 있는, 안티센스 올리고뉴클레오티드로 세포를 처리하는 방법이 본 원에 기재된다.
일반적으로, 세포는 배양중에 약 60 내지 80%의 컨플루언시(confluency)가 되면 안티센스 올리고뉴클레오티드로 처리된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드를 배양 세포에 도입하기 위해 일반적으로 사용되는 한가지 시약은 양이온성 지질 형질감염 시약인 LIPOFECTIN®(Invitrogen, Carlsbad, CA)이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 전형적으로 100 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드당 2 내지 12 ug/mL 범위인 LIPOFECTIN® 농도 및 목적하는 최종 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 이루기 위해 OPTI-MEM® 1(Invitrogen, Carlsbad, CA)에서 리포펙틴®과 혼합된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드를 배양 세포에 도입하기 위해 사용되는 다른 시약은 LIPOFECTAMINE®(Invitrogen, Carlsbad, CA)이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 전형적으로 100 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드당 2 내지 12 ug/mL 범위인 LIPOFECTAMINE® 농도 및 목적하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 농도를 이루기 위해, OPTI-MEM® 1 혈청 감소 배지(Invitrogen, Carlsbad, CA)에서 LIPOFECTAMINE®과 혼합된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드를 배양 세포에 도입하기 위해 사용되는 다른 기술은 전기천공이다.
세포는 일상적인 방법에 의해 안티센스 올리고뉴클레오티드로 처리된다. 세포는 전형적으로 안티센스 올리고뉴클레오티드 처리 16 내지 24 시간 후에 수거되며, 이때 표적 핵산의 RNA 또는 단백질 수준이 당업계에 공지된 방법 및 본 원에 기재된 방법으로 측정된다. 일반적으로, 처리가 다중 반복으로 수행되는 경우, 데이터는 반복 처리 평균으로 제시된다.
사용된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 농도는 세포주마다 다르다. 특정 세포주를 위하여 최적의 안티센스 올리고뉴클레오티드 농도를 결정하는 방법은 당업계에 널리 알려져 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 LIPOFECTIN®로 형질감염되는 경우, 전형적으로 1 nM 내지 300 nM 범위의 농도로 사용된다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 전기천공을 이용하여 형질감염되는 경우, 625 내지 20,000 nM 범위의 더 높은 농도로 사용된다.
RNA 분리
RNA 분석이 총 세포 RNA 또는 폴리(A)+mRNA에 대해 수행될 수 있다. RNA 분리 방법은 당업계에 주지되었다. RNA는 당업계에 주지된 방법에 의해, 예를 들면, TRIZOL® 시약(Invitrogen, Carlsbad, CA)을 이용하여 제조업자의 추천 프로토콜에 따라 제조된다.
표적 수준 또는 발현 저해 분석
7 인자 핵산의 수준 또는 발현 저해는 당업계에 공지된 각종 방법으로 어세이될 수 있다. 예를 들어, 표적 핵산 수준은 노던 블롯 분석, 경쟁적 역 전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR) 또는 정량적 실시간 RT-PCR에 의해 정량화될 수 있다. RNA 분석은 총 세포 RNA 또는 폴리(A)+mRNA에 대해 수행될 수 있다. RNA 분리 방법은 당업계에 주지되었다. 노던 블롯 분석 또한 당업계에 전형적인 분석이다. 실시간 RT-PCR은 PE-Applied Biosystems(Foster City, CA)로부터 구입할 수 있는 상업적으로 이용가능한 ABI PRISM® 7600, 7700 또는 7900 서열 검출 시스템을 사용하여 제조업자의 지시에 따라 편리하게 수행될 수 있다.
표적 RNA 수준의 정량적 실시간 RT-PCR 분석
표적 RNA 수준의 정량화는 ABI PRISM® 7600, 7700 또는 7900 서열 검출 시스템(PE-Applied Biosystems, Foster City, CA)을 사용하여 제조업자의 지시에 따라 정량적 실시간 RT- PCR에 의해 수행될 수 있다. 실시간 RT-PCR 방법은 당업계에 주지되었다.
실시간 PCR 전에, 분리된 RNA를 역전사(RT) 반응에 적용하고, 이후 실시간 PCR 증폭 기질로 사용되는 상보적 DNA(cDNA)를 생성하였다. RT 및 실시간 PCR 반응은 동일 샘플 웰에서 일련적으로 수행된다. RT 및 실시간 PCR 시약은 Invitrogen(Carlsbad, CA)으로부터 구입한 것이다. RT 및 실시간-PCR 반응은 당업자들에게 주지된 방법으로 수행된다.
사이클로필린 A와 같이, 발현이 일정한 유전자의 발현 수준을 이용하거나, RIBOGREEN®(Invitrogen, Inc. Carlsbad, CA)을 사용해 총 RNA를 정량화함으로써, 실시간 RT-PCR로 수득한 유전자(또는 RNA) 표적 정량물들을 정규화한다. 사이클로필린 A 발현은 실시간 RT-PCR에 의해, 표적과 동시에 복합적으로 실시하거나, 별도로 실시함으로써 정량화된다. 총 RNA는 RIBOGREEN® RNA 정량화 시약(Invetrogen, Inc. Eugene, OR)을 사용하여 정량화된다. RIBOGREEN®에 의한 RNA 정량화 방법은 존스 엘.제이.(Jones, L.J.) 등에 의해 문헌[Analytical Biochemistry, 1998, 265, 368-374]에 교시되었다. CYTOFLUOR® 4000 장비(PE Applied Biosystems)가 RIBOGREEN® 형광 측정에 이용된다.
7 인자 핵산을 혼성화하도록 프로브 및 프라이머가 설계된다. 실시간 RT-PCR 프로브 및 프라이머 설계 방법은 당업계에 주지되었으며, PRIMER EXPRESS® 소프트웨어(Applied Biosystems, Foster City, CA)와 같은 소프트웨어의 이용을 포함할 수 있다.
단백질 수준 분석
7 인자 핵산의 안티센스 저해는 7 인자 단백질 수준을 측정함으로서 평가할 수 있다. 7 인자의 단백질 수준은 면역침전, 웨스턴 블롯 분석(면역블롯팅), 효소 면역 측정법(ELISA), 정량적 단백질 어세이, 단백질 활성 어세이(예를 들어, 캐스파제 활성 어세이), 면역조직화학, 면역세포화학 또는 형광-활성화 세포 분류(FACS)와 같이 당업계에 주지되어 있는 다양한 방식으로 평가 또는 정량화될 수 있다. 표적에 대한 항체는 MSRS 항체 카탈로그(Aerie Corporation, Birmingham, MI)와 같은 각종 출처로부터 확인 및 입수할 수 있거나, 당업계에 주지되어 있는 통상적인 모노클로날 또는 폴리클로날 항체 발생 방법을 통해 제조할 수 있다. 인간 및 마우스 7 인자 검출에 유용한 항체는 상업적으로 입수할 수 있다.
안티센스 화합물의 생체내 시험
안티센스 화합물, 예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드가 7 인자의 발현 저해능 및 표현형 변화 생성능, 예를 들어, 장기 PT, 장기 aPTT 시간, 혈소판 4 인자(PF-4)의 양 감소, 혈전 형성 감소 또는 혈전 형성 시간 증가 및 세포 증식 감소를 평가하고자 동물에서 시험된다. 시험은 정상적인 동물 또는 실험 질환 모델에서 수행될 수 있다. 동물 투여를 위해, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 포스페이트-완충 염수와 같은 약학적으로 허용되는 희석제중에 제제화된다. 투여는 복막내, 정맥내 및 피하와 같은 비경구 투여 경로를 포함한다. 안티센스 올리고뉴클레오티드의 용량 및 투여 빈도는 당업자들의 능력내에 있으며, 투여 경로 및 동물 체중과 같은 인자에 따른다. 안티센스 올리고뉴클레오티드의 처리 기간 후, RNA를 간 조직으로부터 분리하여 7 인자 핵산 발현에 대한 변화를 측정한다. 7 인자 단백질 수준의 변화는 또한 트롬빈 발생 어세이를 이용하여 측정된다. 또한, 혈병 시간, 예를 들면 PT 및 aPTT에 대한 효과를 치료 동물의 혈장을 사용하여 결정한다.
특정 지침
특정 구체예에 있어서, 본 발명은 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 개체의 치료 방법을 제공한다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 혈전색전성 합병증을 지니고 있다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 경색증, 혈전증, 색전증, 혈전색전증, 예컨대 심부정맥 혈전증, 폐색전증, 심근경색 및 뇌졸중을 포함하나 이들에 한정되지 않는 혈액 응고 장애의 위험이 있다. 이는 유전적 소인, 예를 들어, 항인지질 증후군 및 상염색체 우성 상태, V 인자 라이덴뿐 아니라, 예를 들어, 수술, 암, 부동, 패혈증, 죽상동맥경화증, 심방 세동과 같이 혈전증의 위험을 야기하는 후천적 문제, 질환 또는 장애가 있는 개체를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항응고 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 이러한 개체의 예에는 정형외과 대수술(예를 들면, 엉덩이/무릎 대치술 또는 엉덩이 골절술)을 받은 자 및 심방 세동을 앓고 있는 자와 같이 뇌졸중 예방을 위해 만성 치료를 필요로 하는 환자가 포함되나 이들에 한정되지는 않는다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명은 개체에서 7 인자 발현을 예방적으로 감소시키기 위한 방법을 제공한다. 특정 구체예는 개체에 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물을 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함하여, 치료를 필요로 하는 개체를 치료하는 것을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 혈전색전성 합병증을 앓고 있거나 이러한 혈전색전성 합병증이 발생하기 쉬운 환자를 치료하기 위한 약제를 제조하는데 사용된다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자가 조직 인자와 결합하여 조직 인자-7a 인자 복합체를 형성하게 되면, 염증성 병태, 예칸대 간 섬유증, 류마티스 관절염, 종양 증식 및 전이 상태에 이를 수 있다.
특정 구체예에 있어서, 개체는 섬유증 합병증에 이르는 염증성 병태를 지니고 있다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 간 섬유증, 세동맥경화증, 만성 사구체신염, 피부 켈로이드 형성, 진행성 전신 경화증(PSS), 간 섬유증, 폐 섬유증, 낭성 섬유증, 만성 이식편대 숙주 질환, 공피증(국소 및 전신), 페로니병, 음경 섬유증, 방광경을 사용한 검사후 요도협착증, 수술후 내부 유착, 골수섬유증, 특발성 복막뒤 섬유증을 들 수 있으나 이들에 한정되지 않는 섬유증 장애 및 과다 콜라겐 침착의 위험에 있다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항섬유화 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 이에는, 예를 들어, α1 -항트립신 결핍, 구리저장병(윌슨병), 과다혈증, 갈락토스혈증, 글리코겐 저장병(예컨대, 타입 II, IV, VI, IX 및 X), 철 과다부하 증후군(예컨대 혈색소침착증), 지질이상(예컨대 고쉐병), 퍼옥시좀 장애(예컨대 젤베거 증후군), 티로신혈증, 선천성 간 섬유증, 세균 감염(예컨대 브루셀라증), 기생충 감염(예컨대 포충증), 바이러스 감염(예컨대 만성 B, C형 간염), 간 혈류에 영향을 주는 장애(예컨대 바드-키아리 증후군, 심부전, 간정맥 폐색성 질환 및 간 정맥 혈전증), 알콜 및 약물(예컨대 아미오다론, 클로르프로마진, 이소니아지드, 메토트렉세이트, 메틸도파, 옥시페니사틴 및 톨부타미드)과 같이 섬유증 위험에 이르는 유전 또는 후천적 문제, 질환 또는 장애를 지니고 있는 개체가 포함된다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항섬유화 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 이러한 구체예에 있어서, 조직 인자-7a 인자(TF/F7a) 복합체가 섬유증에서 주요 응고 촉진 활성을 가지는 것으로 확인되었다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명은 개체에서 7 인자 발현을 예방적으로 감소시키는 방법을 제공한다. 특정 구체예는 치료를 필요로 하는 개체에 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물을 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함하여, 개체를 치료하는 것을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 섬유성 합병증을 앓고 있거나 이러한 섬유성 합병증이 발생하기 쉬운 환자를 치료하기 위한 약제를 제조하는데 사용된다.
특정 구체예에 있어서, 개체는 염증성 류마티스 관절염 합병증을 지니고 있다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 관절 염증 및 류마티스 관절염의 위험에 있다.이러한 구체예에 있어서, 개체는 관절에서 고통, 부기 및 압통, 피로, 식욕 부진, 미열, 근육통 및 경직으로 고통을 받는다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항염증성 관절염 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 이에는 류마티스 관절염, 재활동 관절염, 라이터 증후군, 건선성 관절염, 강직 척추염 및 염증성 장 질환과 관련된 관절염으로 고통받는 개체가 포함된다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항염증성 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 이러한 구체예에 있어서, 조직 인자-7a 인자(TF/F7a) 복합체는 관절염을 유도하는데 주요 응고 촉진 활성을 가지는 것으로 확인되었다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명은 개체에서 7 인자 발현을 예방적으로 감소시키는 방법을 제공한다. 특정 구체예는 치료를 필요로 하는 개체에 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물을 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함하여, 개체를 치료하는 것을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 염증성 관절염 합병증을 앓고 있거나 이러한 염증성 관절염 합병증이 발생하기 쉬운 환자를 치료하기 위한 약제를 제조하는데 사용된다.
특정 구체예에 있어서, 개체는 악성 합병증을 지니고 있다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 종양 증식, 혈관신생 및 전이의 위험에 있다. 이러한 구체예에 있어서, 파종 혈관내 응고 및 정맥 혈전색전증과 같이 지혈 이상으로 고통받는 개체는 원발성 및 전이성 종양 증식과 같은 추가의 합병증으로 고통받을 수 있다. 이러한 구체예에 있어서, 종양 전이 파종은 응고-의존성 과정이다. 이러한 구체예에 있어서, 조직 인자-7a 인자(TF/F7a) 복합체는 암에서 주요 응고 촉진 활성을 가지는 것으로 확인되었다. 특정 구체예에 있어서, 개체는 항-TF/F7a 요법이 필요한 것으로 확인되었다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명은 개체에서 7 인자 발현을 예방적으로 감소시키는 방법을 제공한다. 특정 구체예는 치료를 필요로 하는 개체에 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물을 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함하여, 개체를 치료하는 것을 포함한다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 악성 합병증을 앓고 있거나 이러한 악성 합병증이 발생하기 쉬운 환자를 치료하기 위한 약제를 제조하는데 사용된다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물의 치료적 유효량 투여는 안티센스 화합물 투여에 대한 개체의 반응을 결정하기 위하여, 개체 혈청에서 7 인자 수준의 모니터링을 수반한다. 치료적 개입의 양 및 기간 결정을 위해 안티센스 화합물 투여에 대한 개체 반응이 의사에 의해 활용된다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물의 투여로 7 인자 발현이 적어도 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99% 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위로 감소된다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 화합물의 투여로, 예를 들어, 활성화 부분 트롬보플라스틴 시간(aPTT) 검사, 프로트롬빈 시간(PT) 검사, 트롬빈 시간(TCT), 출혈 시간 또는 D-다이머를 들 수 있으나, 이들에 한정되지 않는 표준 검사로 측정한 바, 혈액 응고 측정에 변화가 일어난다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 안티센스 화합물의 투여로, 측정값이 적어도 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99% 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위로 증가된다. 일부 구체예에 있어서, 7 인자 안티센스 화합물의 투여로, 측정값이 적어도 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99% 또는 상기 임의의 두 값으로 한정되는 범위로 감소된다.
특정 구체예에 있어서, 7 인자에 표적화된 안티센스 화합물을 포함하는 약학 조성물은 혈전색전성 합병증을 앓고 있거나 이러한 혈전색전성 합병증이 발생하기 쉬운 환자를 치료하기 위한 약제를 제조하는데 사용된다.
특정 배합 요법
특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물은 하나 이상의 다른 약제와 공동 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 이러한 하나 이상의 다른 약제는 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물과 동일한 질환, 장애 또는 병태를 치료하도록 설계된다. 특정 구체예에 있어서, 이러한 하나 이상의 다른 약제는 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물과 상이한 질환, 장애 또는 병태를 치료하도록 설계된다. 특정 구체예에 있어서, 이러한 하나 이상의 다른 약제는 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물의 바람직하지 않은 부작용을 치료하도록 설계된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물은 다른 약제의 바람직하지 않은 효과를 치료하도록 또 다른 약제와 공동 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물은 조합 효과를 제공하도록 다른 약제와 공동 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물은 상승 효과를 제공하도록 다른 약제와 공동 투여된다.
특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물 및 하나 이상의 다른 약제는 동시에 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물 및 하나 이상의 다른 약제는 상이한 시기에 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물 및 하나 이상의 다른 약제는 단일 제제로 함께 제조된다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 하나 이상의 약학 조성물 및 하나 이상의 다른 약제는 별도로 제조된다.
특정 구체예에 있어서, 본 발명의 약학 조성물과 공동 투여될 수 있는 약제는 항응고제 또는 항혈소판제를 포함한다. 특정 구체예에 있어서, 본 발명의 약학 조성물과 공동 투여될 수 있는 약제로는 아스피린, 클로피도그렐, 디피리다몰, 티클로피딘, 와파린(및 관련 쿠마린), 헤파린, 직접 트롬빈 저해제(예컨대 레피루딘, 비발리루딘), 아픽사반, 로베녹스 및 특정 응고 인자의 효소 작용을 직접 방해하는 소형 분자 화합물(예를 들면, Xa 인자를 방해하는 리바록사반)을 들 수 있으나, 이들에 한정되는 것은 아니다. 특정 구체예에 있어서, 항응고제 또는 항혈소판제는 본 발명의 약학 조성물을 투여하기 전에 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 항응고제 또는 항혈소판제는 본 발명의 약학 조성물을 투여한 후에 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 항응고제 또는 항혈소판제는 본 발명의 약학 조성물과 동시에 투여된다. 특정 구체예로, 공동 투여되는 항응고제 또는 항혈소판제의 용량은 항응고제 또는 항혈소판제가 단독 투여되는 경우 투여될 수 있는 용량과 동일하다. 특정 구체예로, 공동 투여되는 항응고제 또는 항혈소판제의 용량은 항응고제 또는 항혈소판제가 단독 투여되는 경우 투여될 수 있는 용량보다 더 작다. 특정 구체예로, 공동 투여되는 항응고제 또는 항혈소판제의 용량은 항응고제 또는 항혈소판제가 단독 투여되는 경우 투여될 수 있는 용량보다 더 많다.
특정 구체예에 있어서, 제2 화합물의 공동 투여는 제1 화합물의 항응고 효과를 증대시킴으로써, 화합물을 공동 투여하게 되면, 제1 화합물을 단독으로 투여한 경우 보다 항응고 효과가 더 커진다. 다른 구체예에 있어서, 공동 투여하면 항응고 효과가 화합물을 단독으로 투여한 경우 보다 상가적으로 된다. 특정 구체예에 있어서, 공동 투여하면 항응고 효과가 화합물을 단독으로 투여한 경우 보다 초상가적으로 된다. 특정 구체예에 있어서, 제1 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 구체예에 있어서, 제2 화합물이 안티센스 화합물이다.
특정 구체예에 있어서, 해독제는 7 인자 특이적 저해제를 투여한 후 언제든 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 해독제는 7 인자를 표적으로 하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 투여한 후 언제든 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 해독제는 7 인자를 표적으로 하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 투여하고 수 분, 수 시간, 수 일, 수 주 또는 수 개월후에 투여된다. 특정 구체예에 있어서, 해독제는 7 인자를 표적으로 하는 안티센스 화합물에 상보적(예: 센스 가닥)이다. 특정 구체예에 있어서, 해독제는 7 인자 또는 7a 인자 단백질이다. 특정 구체예에 있어서, 7 인자 또는 7a 인자 단백질은 인간 7 인자 또는 인간 7a 인자 단백질이다.
실시예
비제한적 기재 및 참고문헌 원용
본 원에 기재된 특정 화합물, 조성물 및 방법이 특정 구체예에 따라 특정적으로 기술되었으나, 하기 실시예를 제한의 의도없이 본 원에 기재된 화합물을 단지 설명할 목적으로 제공하고자 한다. 본 원에 인용된 각 참고문헌들은 그의 전체가 본 원에 참고로 원용되었다.
실시예 1: HepB3 세포에서 인간 7 인자 mRNA의 안티센스 저해
7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 시험관내에서 7 인자 mRNA에 미치는 효과에 대해 시험하였다. 웰당 4,000 세포 밀도로 배양된 HepB3 세포를 50 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약을 사용하여 형질감염시켰다. 약 24 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA의 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
표 1에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE 갭머로 설계하였다. 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. 표 1에 수록된 각 갭머는 인간 유전자 서열, 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000), 서열번호 2(유전자은행 등록번호 NM_019616.2) 또는 서열번호 3(유전자은행 등록번호 DB184141.1)에 표적화되었다. "인간 표적 개시 부위"는 지정된 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "인간 표적 종결 부위"는 지정된 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다.
표 1에 있는 특정 갭머는 붉은털 원숭이 게놈 서열(유전자은행 등록번호 NW_00104507.1의 뉴클레오티드 691000-706000; 서열번호 162로서 본 원에 포함됨) 또는 붉은털 원숭이 mRNA 서열(유전자은행 등록번호 3360_061_B; 서열번호 163으로서 본 원에 포함됨)에 100% 상동성이다. 표 2에는 붉은털 원숭이와 상동성인 표 1의 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드가 예시되었다. 갭머는 인간 표적 개시 부위에 의해 배열된다.
실시예 2: HepB3 세포에서 인간 7 인자의 용량-의존적 안티센스 저해
시험관내에서 인간 7 인자를 적어도 80% 저해하는 것으로 나타난 실시예 1의 수개의 안티센스 올리고뉴클레오티드(표 1 참조)를 HepB3 세포에서 다양한 용량으로 시험하였다. 세포를 웰당 4,000 세포의 밀도로 플레이팅하고, 표 3에 예시된 바와 같이, 3.125 nM, 6.25 nM, 12.5 nM, 25 nM, 50 nM 및 100 nM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약으로 처리하였다. 약 16 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927(정방향 서열: GGGACCCTGATCAACACCAT, 서열번호 164로서 본 원에 포함됨; 역방향 서열: CCAGTTCTTGATTTTGTCGAAACA, 서열번호 165로서 본 원에 포함됨; 프로브 서열: TGGGTGGTCTCCGCGGCCX, 서열번호 166으로서 본 원에 포함됨)을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 3에 예시된 바와 같이, 7 인자 mRNA 수준은 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
실시예 3: HepB3 세포에서 인간 7 인자의 안티센스 저해
7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 설계하고, 시험관내 7 인자 mRNA에 대한 그의 효과를 시험하였다. 표 3의 특정 안티센스 올리고뉴클레오티드에 대해서도 시험관내 7 인자 mRNA에 대한 효과를 시험하였다. 웰당 4,000 세포 밀도로 배양된 HepB3 세포를 50 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약을 사용하여 형질감염시켰다. 약 24 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA의 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
표 4에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE 갭머로 설계하였다. 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. 표 4에 수록된 처음 7개의 갭머는 표 3의 것이고, 별표(*)로 표시하였다. "인간 표적 개시 부위"는 지정된 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "인간 표적 종결 부위"는 지정된 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 4에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(GENBANK® 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000), 서열번호 2(GENBANK® 등록번호 NM_019616.2) 또는 서열번호 167 (GENBANK® 등록번호 NM_000131.3)에 표적화되었다.
표 4에 있는 특정 갭머는 붉은털 원숭이 게놈 서열(유전자은행 등록번호 NW_00104507.1의 뉴클레오티드 691000-706000; 서열번호 162로서 본 원에 포함됨) 또는 붉은털 원숭이 mRNA 서열(유전자은행 등록번호 3360_061_B; 서열번호 163으로서 본 원에 포함됨)에 100% 상동성이다. 표 5에는 붉은털 원숭이와 상동성인 표 4의 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드가 예시되었다.
실시예 4: HepB3 세포에서 인간 7 인자의 안티센스 저해
7 인자 핵산에 표적화된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 설계하고, 시험관내 7 인자 mRNA에 대한 그의 효과를 시험하였다. 웰당 4,000 세포 밀도로 배양된 HepB3 세포를 50 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약을 사용하여 형질감염시켰다. 약 24 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA의 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
표 6에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹되었다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 6에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화되었다.
실시예 5: HepB3 세포에서 인간 응고 7 인자의 용량-의존적 안티센스 저해
시험관내에서 7 인자를 저해하는 것으로 나타난 갭머(상기 표 1 내지 6에서 선택)를 선택하고, HepB3 세포에서 다양한 용량으로 시험하였다. 세포를 웰당 4,000 세포의 밀도로 플레이팅하고, 표 7에 예시된 바와 같이, 6.25 nM, 12.5 nM, 25 nM, 50 nM 및 100 nM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약으로 형질감염시켰다. 약 16 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 7에 예시된 바와 같이, 7 인자 mRNA 수준은 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
실시예 6: HepB3 세포에서 마이크로워크로 설계된 올리고뉴클레오티드에 의한 인간 7 인자의 안티센스 저해
추가의 갭머를 표 7에 예시된 갭머에 기초해 설계하였다. 이들 갭머는 표 7의 원 갭머에서 다소 상류 및 하류로 이동되도록(즉, "마이크로워크(microwalk")) 갭머를 생성함으로써 설계되었다. 다양한 모티프, 예를 들면, 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE를 갖는 갭머가 또한 생성되었다. 이들 갭머를 시험관내에서 시험하였다. 웰당 4,000 세포 밀도로 배양된 HepB3 세포를 50 nM 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약을 사용하여 형질감염시켰다. 약 24 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA의 수준을 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
이어서, 마이크로워크로 설계된 갭머에 대한 시험관내 저해 데이터를 표 8, 9, 10, 11, 12 및 13에 예시된 바와 같이, 표 7의 갭머에 대한 시험관내 저해 데이터와 비교하였다. 올리고뉴클레오티드는 이들이 맵핑되는 인간 유전자 서열상의 영역에 따라 디스플레이된다.
표 8에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 8에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)[이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계됨]로서, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 8에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화된다.
표 8에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 4868에서 시작하고 표적 종결 부위 4899에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 4868-4899)에 표적화된 모든 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 48% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 4868-4899)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416508, 422138, 422213, 422290, 422139, 422214, 422291, 422140, 422215, 422292, 422141, 422216, 422293, 422142, 422217, 422294, 422218, 422295, 422143, 422219, 422296, 422144, 422220, 422297, 422145, 422221, 422298, 422146, 422222, 422299, 422147, 422223, 422300, 422148, 422224, 422301, 416509, 422225 및 422302는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 4868-4899)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416508, 422138, 422213, 422290, 422139, 422214, 422291, 422140, 422215, 422292, 422141, 422216, 422293, 422142, 422217, 422294, 422218, 422295, 422143, 422219, 422296, 422144, 422220, 422297, 422145, 422221, 422298, 422146, 422222, 422299, 422147, 422300, 422148, 422224, 422301, 416509, 422225 및 422302는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 4868-4899)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416508, 422138, 422213, 422139, 422140, 422215, 422292, 422141, 422216, 422293, 422142, 422217, 422294, 422218, 422295, 422143, 422219, 422296, 422297, 422298, 422299, 422147, 422300, 422224, 422301, 416509 및 422302는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 4868-4899)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 422138, 422140, 422215, 422292, 422142, 422217, 422294, 422218, 422295, 422143 및 422296은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 70% 저해하였다.
표 9에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 9에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)로서 이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계되며, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 7에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화된다.
표 9에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 11830에서 시작하고 표적 종결 부위 11869에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)에 표적화된 대부분의 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416549, 422154, 422231, 422089, 422155, 422232, 422090, 422156, 422233, 422091, 422157, 422234, 422092, 422158, 422235, 422093, 422159, 422236, 422094, 422160, 422237, 422095, 422161, 422238, 422162, 422239, 422096, 422163, 422240, 422097, 422164, 422241, 422098, 422165, 422242, 422099, 422166, 422243, 422100, 422167, 422244, 422101, 422168, 422245, 422102, 422169, 422246, 422103, 422170, 422247, 422104, 422171, 422248, 422105, 422172, 422249, 422106, 422173, 422250, 422107, 422174 및 422251은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 20% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416549, 422154, 422155, 422232, 422090, 422156, 422233, 422091, 422157, 422234, 422092, 422158, 422235, 422093, 422159, 422236, 422094, 422160, 422237, 422095, 422161, 422238, 422162, 422239, 422096, 422163, 422240, 422097, 422164, 422241, 422098, 422165, 422242, 422099, 422166, 422243, 422100, 422167, 422244, 422101, 422168, 422102, 422169, 422246, 422103, 422247, 422104, 422171, 422248, 422105, 422172, 422249, 422106, 422173, 422250, 422107, 422174 및 422251은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 30% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416549, 422232, 422090, 422233, 422091, 422157, 422234, 422158, 422235, 422093, 422159, 422236, 422094, 422160, 422237, 422095, 422161, 422238, 422162, 422239, 422096, 422163, 422240, 422097, 422164, 422241, 422098, 422165, 422242, 422099, 422166, 422243, 422100, 422167, 422244, 422101, 422102, 422169, 422246, 422104, 422171, 422248, 422105, 422249, 422173, 422250 및 422174는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416549, 422234, 422235, 422237, 422095, 422161, 422238, 422162, 422239, 422096, 422163, 422240, 422097, 422164, 422241, 422098, 422165, 422242, 422166, 422243, 422100, 422167, 422244, 422102, 422169, 422104, 422171, 422248, 422105, 422249, 422173, 422250 및 422174는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416549, 422234, 422095, 422238, 422239, 422096, 422240, 422164, 422241, 422242, 422166, 422243, 422102, 422171, 422248 및 422105는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 11830-11869)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS number 422096은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 70% 저해하였다.
표 10에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 10에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)로서 이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계되며, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 10에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화된다.
표 10에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 13760에서 시작하고 표적 종결 부위 13789에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)에 표적화된 대부분의 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 30% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호416455, 422175, 422252, 422108, 422176, 422253, 422109, 422177, 422254, 422110, 422178, 422255, 422111, 422179, 422256, 4221 12, 422180, 422257, 422113, 422181, 422258, 422114, 422259, 422115, 422183, 422260, 422116, 422184, 422261, 416456 및 422185는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 20% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416455, 422175, 422252, 422108, 422176, 422253, 422109, 422177, 422254, 422110, 422178, 422255, 422111, 422179, 422112, 422180, 422257, 422113, 422181, 422258, 422114, 422259, 422115, 422183, 422260, 422116, 422184, 422261, 416456 및 422185는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 30% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416455, 422175, 422252, 422108, 422176, 422253, 422109, 422177, 422254, 422110, 422179, 422112, 422180, 422257, 4221 13, 422181, 422258, 4221 14, 422259, 422115, 422183, 422260, 422116, 422184, 422261, 416456 및 422185는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416455, 422175, 422252, 422108, 422176, 422253, 422109, 422177, 422110, 422112, 422180, 422257, 422113, 422181, 422258, 422114, 422259, 422115, 422183, 422260, 422116, 422184, 422261 및 416456은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 422175, 422252, 422108, 422253, 422109, 422177, 422112, 422257, 422113, 422181, 422258, 422259, 422115, 422183 및 422261은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 13760-13789)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 422252, 422177, 422183 및 422261은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 70% 저해하였다.
표 11에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 11에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)로서 이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계되며, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 11에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화되었다.
표 11에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 14707에서 시작하고 표적 종결 부위 14732에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 14707-14732)에 표적화된 모든 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 48% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 14707-14732)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416477, 407641, 422200, 422277, 422130, 422201, 422278, 422131, 422202, 422279, 422203, 422280, 422132, 422204, 422281, 422133, 422205, 422282, 407642, 422206 및 422283은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 14707-14732)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416477, 407641, 422200, 422277, 422130, 422201, 422278, 422131, 422279, 422203, 422280, 422132, 422204, 422281, 422133, 422205, 407642, 422206 및 422283은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 14707-14732)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416477, 407641, 422130, 422201, 422278, 422131, 422204, 422133, 422205, 407642 및 422206은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 14707-14732)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 416477, 422130, 422201 및 422204는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 70% 저해하였다.
표 12에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 12에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)로서 이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계되며, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 10에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화된다.
표 12에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 15098에서 시작하고 표적 종결 부위 15122에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)에 표적화된 모든 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 25% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407643, 422207, 422284, 422134, 422208, 422285, 422135, 422209, 422286, 422136, 422210, 422287, 422137, 422211, 422288, 416479, 422212 및 422289는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 20% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407643, 422207, 422284, 422134, 422208, 422285, 422135, 422209, 422286, 422136, 422287, 422137, 422211, 422288, 416479, 422212 및 422289는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 30% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407643, 422207, 422284, 422134, 422208, 422135, 422209, 422286, 422136, 422287, 422137, 422211, 422288 및 416479는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407643, 422134, 422208, 422135, 422286 및 422136은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15098-15122)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407643 및 422134는 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표 13에 있는 키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE, 3-14-3 MOE 및 2-13-5 MOE 갭머로 설계하였다. 표 13에서 처음에 기술된 갭머는 원 갭머(표 7 참조)로서 이로부터 나머지 갭머가 마이크로워크를 통해 설계되며, 별표(*)로 표시되었다. 5-10-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 3-14-3 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 14개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 2-13-5 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되었다. 중앙 갭은 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 5' 말단 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 3' 말단상에 플랭킹된다. 각 모티프(5-10-5, 3-14-3 및 2-13-5)에서, 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. "표적 개시 부위"는 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. 표 11에 수록된 각 갭머는 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6의 뉴클레오티드 1255000-1273000)에 표적화된다.
표 13에 예시된 바와 같이, 서열번호 1의 표적 개시 부위 15188에서 시작하고 표적 종결 부위 15211에서 종결되는 표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)에 표적화된 모든 5-10-5 MOE 갭머, 3-14-3 MOE 갭머 및 2-13-5 MOE 갭머는 7 인자 mRNA를 적어도 41% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407935, 416482, 422149, 422226, 422085, 422150, 422227, 422086, 422151, 422228, 422152, 422229, 422087, 422153 및 422230은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 40% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407935, 416482, 422149, 422085, 422150, 422227, 422086, 422151, 422228, 422152, 422229, 422087, 422153 및 422230은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 50% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407935, 416482, 422149, 422085, 422150, 422227, 422086, 422151, 422228, 422152, 422229, 422087, 422153 및 422230은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 60% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 407935, 422085, 422150, 422086, 422228, 422152, 422229 및 422087은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 70% 저해하였다.
표적 영역(즉, 핵산염기 15188-15211)내 특정 갭머, 예를 들어, ISIS 번호 422086 및 422087은 7 인자 mRNA 발현을 적어도 80% 저해하였다.
실시예
7:
HepB3
세포에서 인간 7 인자의 용량 반응
안티센스
저해
인간 7 인자를 시험관내에서 저해하는 것으로 나타난 실시예 5 및 6의 갭머(표 7, 8, 9, 10, 11, 12 및 13 참조)를 HepB3 세포에서 다양한 용량으로 시험하였다. 세포를 웰당 4,000 세포의 밀도로 플레이팅하고, 표 14에 예시된 바와 같이, 3.125 nM, 6.25 nM, 12.5 nM, 25 nM, 50 nM 및 100 nM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드와 함께 리포펙틴 시약으로 형질감염시켰다. 약 16 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 정량적 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 14에 예시된 바와 같이, 7 인자 mRNA 수준은 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
갭머를 또한 전기천공으로 형질감염시키고, 인간 7 인자 mRNA의 용량-의존성 저해에 대해 측정하였다. 세포를 웰당 20,000 세포의 밀도로 플레이팅하고, 표 15에 예시된 바와 같이, 3.125 μM, 6.25 μM, 12.5 μM, 25 μM, 50 μM 및 100 μM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전기천공으로 형질감염시켰다. 약 16 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 정량적 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 15에 예시된 바와 같이, 7 인자 mRNA 수준은 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
실시예
8:
HepB3
세포에서 인간 7 인자의 유효한 용량-의존적
안티센스
저해의 선별 및 확인
실시예 7에서 인간 7 인자를 시험관내에서 저해하는 것으로 나타난 갭머를 선택하고 HepB3 세포에서 다양한 용량으로 시험하였다. 세포를 웰당 20,000 세포의 밀도로 플레이팅하고, 표 16에 예시된 바와 같이, 3.125 μM, 6.25 μM, 12.5 μM, 25 μM, 50 μM 및 100 μM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전기천공으로 형질감염시켰다. 약 16 시간의 처리 기간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 정량적 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 인간 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2927을 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 16에 예시된 바와 같이, 7 인자 mRNA 수준은 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
실시예 9: 짧은(14-머) 올리고뉴클레오티드에 의한 인간 7 인자의 안티센스 저해
짧은 안티센스 올리고뉴클레오티드(숏머(shortmer))를 인간 7 인자 mRNA를 표적하도록 설계하였다. 표 17에 있는 숏머를 2-10-2 MOM 갭머로 설계하였다. 갭머는 14 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다.
숏머를 HepB3 세포에서 인간 7 인자 mRNA를 감소시키는 능력에 대해 평가하고, 표 16에 있는 하나의 5-10-5 키메라 올리고뉴클레오티드, ISIS 407939와 비교하였다. 96-웰 플레이트에 웰당 20,000 세포 밀도의 HepB3 세포를 1,000 nM 농도의 안티센스 올리고뉴클레오티드로 전기천공을 이용하여 형질감염시켰다. 약 24 시간 후, RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 결과를 표 17에 비처리 대조 세포에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. ISIS 407939는 표 18의 첫번째 올리고뉴클레오티드로서, 숏머와 비교되었고, 별표(*)로 표시되었다.
표 17에 수록된 각 갭머는 인간 유전자 서열, 서열번호 1(유전자은행 등록번호 NT_027140.6 뉴클레오티드 1255000-1273000) 또는 서열번호 2(유전자은행 등록번호 NM_019616.2)에 표적화되었다. "표적 개시 부위"는 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 5'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다. "표적 종결 부위"는 인간 유전자 서열에서 갭머가 표적으로 하는 3'-대부분의 뉴클레오티드를 가리킨다.
실시예
10:
시험관내
뮤린
7 인자의
안티센스
저해
키메라 안티센스 올리고뉴클레오티드를 5-10-5 MOE 윙으로 설계하고, 데옥시 갭을 표적 뮤린 7 인자(유전자은행 등록번호 NT_039455.6의 뉴클레오티드 10024000-10037000; 서열번호 160으로서 본 원에 포함됨)에 표적화되도록 설계하였다. 갭머는 20 뉴클레오티드 길이로서, 중앙 갭 세그먼트는 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성되고, 각각 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 윙에 의해 양 측상에 플랭킹(5' 및 3' 방향으로)되었다. 5' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드 및 3' 윙 세그먼트의 각 뉴클레오티드는 2'-MOE 변형을 가진다. 각 갭머를 통한 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트(P=S) 연결이다. 각 갭머를 통한 모든 사이티딘 잔기는 5-메틸사이티딘이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드를 일차 마우스 간세포에서 뮤린 7 인자 mRNA 감소능에 대해 평가하였다. 안티센스 올리고뉴클레오티드를 일차 마우스 간세포에서 7 인자 mRNA 감소능에 대해 평가하였다.
일차 마우스 간세포를 6.25 nM, 12.5 nM, 25 nM, 50 nM, 100 nM 및 200 nM의 안티센스 올리고뉴클레오티드로 약 24 시간 처리하였다. RNA를 세포로부터 분리하고, 7 인자 mRNA의 수준을 본 원에 기재된 바와 같이 정량적 실시간 RT-PCR로 측정하였다. 뮤린 7 인자 프라이머 프로브 세트 RTS 2855(정방향 서열 AATGAGGAACAGTGCTCCTTTGA, 서열번호 612; 역방향 서열 TGTAAACAATCCAGAACTGCTTGGT, 서열번호 613; 프로브 서열 CCCGGGAGATCTTCAAGAGCCCX, 서열번호 614)를 사용하여 mRNA 수준을 측정하였다. 7 인자 mRNA 수준을 RIBOGREEN®로 측정된 총 RNA 함량에 따라 조정하였다. 특정 뮤린 안티센스 올리고뉴클레오티드는 7 인자 mRNA 수준을 용량-의존적 방식으로 감소시켰다.
실시예 11: 생체내 뮤린 7 인자의 안티센스 저해
시험관내 연구로부터 상당한 용량-의존성 저해를 나타내는 것으로 입증된 네개의 안티센스 올리고뉴클레오티드(실시예 10 참조)를 생체내 7 인자 mRNA의 감소능에 대해 평가하였다 . 안티센스 올리고뉴클레오티드는 뮤린 7 인자 mRNA(유전자은행 등록번호 NT_039455.6의 뉴클레오티드 10024000-10037000; 서열번호 160)에 표적화되었다. 네개의 안티센스 올리고뉴클레오티드에 대한 표적 개시 부위는 11326, 11336, 11613 및 11766이다.
처리
BALB/c 마우스를 ISIS 403102(CCATAGAACAGCTTCACAGG, 표적 부위 11336, 서열번호 161로서 본 원에 포함됨)로 처리하였다. BALB/c 마우스에 ISIS 403102를 5 mg/kg, 10 mg/kg, 25 mg/kg 또는 50 mg/kg으로 3주동안 1주 2회 피하 주사하였다. 대조 마우스군에는 PBS를 3주동안 1주 2회 피하 주사하였다. 처리기간 후, RNA 및 단백질 분석을 위해 전체의 간을 수집하고, 응고 분석(PT/aPTT)을 위해 혈장을 수집하였다.
RNA 분석
간 조직으로부터 RNA를 추출하여 7 인자의 실시간 RT-PCR 분석을 수행하였다. 표 18에 예시된 바와 같이, ISIS 403102는 뮤린 7 인자를 PBS 대조군에 비해 용량-의존적으로 감소시켰다. 결과를 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
단백질 분석
7 인자 비색법(Hyphen BioMed)으로 혈장 7 인자 단백질을 측정하였다. 표 19에 예시된 바와 같이, ISIS 403102는 뮤린 7 인자 단백질을 PBS 대조군에 비해 용량-의존적으로 감소시킨 것으로 나타났다. 결과를 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다.
응고 분석
ISIS 403102로 처리된 마우스로부터 얻은 혈소판이 거의 없는 혈장(PPP)을 이용하여 프로트롬빈 시간(PT) 및 활성화 부분 트롬보플라스틴 시간(aPTT)을 측정하였다. 표 20에 제공된 PT 및 aPTT 값은 국제 표준 단위(INR) 값으로 보고된 것이다. 실험군에 대한 PT 또는 aPTT 값을 PBS 처리군에 대한 PT 또는 aPTT 값으로 나누어 PT 및 aPTT에 대한 INR 값을 결정하였다. 이 비에 사용한 조직 인자의 국제 민감 지수(International Sensitivity Index, ISI)를 제곱하였다. 표 20에 예시된 바와 같이, ISIS 40310로 처리된 마우스에서의 PT가 대조군에 비해 유의적으로 연장되었다. aPTT는 ISIS 40310로 처리된 마우스에서 다소 연장되었다. 이들 데이터는 ISIS 403102가 혈액 응고의 고유 경로보다 혈액 응고의 외인적 경로에 더 큰 영향을 준다는 것을 제시한다.
실시예 12: ISIS 403102의 단회 투여 약물동태 검사
처리
마우스에서 ISIS 403102의 작용 반감기 및 기간을 평가하였다. 27 BALB/c 마우스군에 ISIS 403102을 50 mg/kg으로 주사하였다. 이 군에서 선택한 마우스 세마리에 ISIS 403102를 단회 투여하고 1, 2, 3, 4, 6, 8, 12, 24 및 56일 후에 희생시켰다. 마우스 세마리로 이루어진 대조군에는 PBS를 단회 투여하고, 이 군의 마우스를 1일째에 희생시켰다. 모든 군의 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시킨 다음, 경추 탈골시켜 희생시켰다. RNA 분석을 위해 간을 수거하고, 응고 분석(PT 및 aPTT)을 위해 혈장을 수집하였다.
RNA 분석
간 조직으로부터 RNA를 추출하여 7 인자의 실시간 RT-PCR 분석을 수행하였다. 결과를 PBS 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 21에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 처리함으로써 7 인자 mRNA가 4일째에 92% 저해되었으며, 그 후, ISIS 403102 효과는 점차 저하되어 24일째에는 11%로 감소되었다. 56일째, ISIS 403102 처리된 마우스에서 7 인자 mRNA 수준은 PBS 대조군과 동일하였다. 결과를 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 이들 데이터는 ISIS 403102를 50 mg/kg으로 단회 투여하는 경우, 피크 효과가 대략 4일째에 발생하고, 작용 기간이 적어도 24일간 지속됨을 나타낸다.
PT
및
aPTT
분석
ISIS 403102로 처리된 마우스로부터 얻은 혈소판이 거의 없는 혈장(PPP)을 이용하여 프로트롬빈 시간(PT) 및 활성화 부분 트롬보플라스틴 시간(aPTT)을 측정하였다. 표 22에 제공된 PT 및 aPTT 값은 국제 표준 단위(INR) 값으로 보고된 것이다. 실험군(즉, ISIS 403102를 50 mg/kg으로 처리)에 대한 PT 또는 aPTT 값을 PBS 처리군에 대한 PT 또는 aPTT 값으로 나누어 PT 및 aPTT에 대한 INR 값을 결정하였다. 이 비에 사용한 조직 인자의 국제 민감 지수(ISI)를 제곱하였다.
표 22에 예시된 바와 같이, PT는 1일째 1.11에서 4일째 1.97로 증가하였다. 4일후에 PT는 56일째 1.10에 도달할 때까지 점차적으로 감소하였다. aPTT는 4일째 1.00에서 1.24로 증가하였다. 4일후에 aPTT는 56일째 0.97에 도달할 때까지 점차적으로 감소하였다. mRNA 발현 데이터(상기의 것)와 마찬가지로, 이들 데이터로부터 ISIS 403102를 50 mg/kg으로 단회 투여하는 경우, 피크 효과가 대략 4일째에 발생하고, 작용 기간이 적어도 24일간 지속됨을 알 수 있다.
실시예 13: ISIS 403102의 다회 투여 약물동태 검사
처리
응고 시간 및 뮤린 7 인자의 안티센스 저해에 대한 다회 투여 ISIS 403102의 작용 기간을 평가하였다. 제1 마우스군에 ISIS 403102를 25 mg/kg으로 단회 피하 주사하였다. 제1 마우스군을 단회 투여후 1 및 3일째에 희생시켰다. 제2 마우스군에는, ISIS 403102를 25 mg/kg으로 1주동안 주 2회 피하 주사하였다. 제2 마우스군을 ISIS 403102 최종 투여후 3일째에 희생시켰다. 제3 마우스군에게는, ISIS 403102를 25 mg/kg으로 2주동안 주 2회 피하 주사하였다. 제3 마우스군을 ISIS 403102 최종 투여후 3일째에 희생시켰다. 제4 마우스군에게는, ISIS 403102를 25 mg/kg으로 3주동안 주 2회 피하 주사하였다. 제4 마우스군을 ISIS 403102 최종 투여후 2, 7, 14, 28, 42 및 56일째에 희생시켰다. 세마리 대조군 마우스에는 PBS를 단회 주사하였다. 하루 후에 대조군 마우스를 희생시켰다. 모든 군의 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시킨 다음, 경추 탈골시켜 희생시켰다. 모든 마우스군으로부터 RNA 분석을 위해 간을 수거하고, 응고 분석(PT 및 aPTT)을 위해 혈장을 수집하였다.
RNA 분석
간 조직으로부터 RNA를 추출하여 7 인자의 정량적 실시간 RT-PCR 분석을 수행하였다. 결과를 PBS 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 23에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 단회 처리함으로써 7 인자가 이미 1일째에 저해되었다. 단회 투여군에서 저해는 3일간 증가하였다. ISIS 403102가 2회 투여된 경우 3일째 저해가 ISIS 403102 단회 투여에 비해 증가되었다. 2회 투여군에서 저해는 3일간 증가하였다. ISIS 403102가 4회 투여된 경우 저해가 3일째 2회 투여군에 비해 증가되었다.
ISIS 403102가 6회 투여된 경우에는 7일째에 저해가 2일째 6회 투여된 ISIS 403102에 비해 증가되었다. 6회 투여되는 ISIS 403102로 처리된 마우스에서, 7 인자 저해는 14, 28, 42 및 56일에 점진적으로 감소하였다.
PT
및
aPTT
분석
ISIS 403102로 처리된 마우스로부터 얻은 혈소판이 거의 없는 혈장(PPP)을 이용하여 프로트롬빈 시간(PT) 및 활성화 부분 트롬보플라스틴 시간(aPTT)을 측정하였다. 표 24에 제공된 PT 및 aPTT 값은 국제 표준 단위(INR) 값으로 보고된 것이다. 실험군(즉, ISIS 403102를 50 mg/kg으로 처리)에 대한 PT 또는 aPTT 값을 PBS 처리군에 대한 PT 또는 aPTT 값으로 나누어 PT 및 aPTT에 대한 INR 값을 결정하였다. 이 비에 사용한 조직 인자의 국제 민감 지수(ISI)를 제곱하였다.
표 24에 예시된 바와 같이, 3일째 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서의 PT가 1일째 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 증가하였다. 3일째, 2회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서의 PT가 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 증가되었다. 3일째에 4회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서의 PT가 2회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 증가되었다. 6회 ISIS 403102를 투여받은 마우스에서 PT는 7일에서 56일까지 감소하였다.
aPTT는 3일째 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 3일째에 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서 다소 증가되었다. 3일째, 2회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서 aPTT는 단회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 증가되었다. 3일째에 4회 ISIS 403102로 처리된 마우스에서 aPTT가 2회 ISIS 403102로 처리된 마우스에 비해 증가되었다. 6회 ISIS 403102를 투여받은 마우스에서 aPTT는 7일에서 56일까지 감소하였다.
실시예 14: FeCl
3
으로 유발된 정맥 혈전증(VT) 모델에서 ISIS 403102에 의한 7 인자의 생체내 안티센스 저해 효과
처리
세 BALB/c 마우스군에 ISIS 403102를 25 mg/kg, 37.5 mg/kg 또는 50 mg/kg으로 3주동안 주 2회 피하 투여로 주사하였다. 두 BALB/c 대조 마우스군에는 PBS를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. 마우스 반을 FeCl3으로 혈전 형성을 유발시키고, 나머지 마우스는 꼬리 출혈에 대해 평가하였다. ISIS 403102 또는 PBS를 최종 투여하고 2일 후, 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시켰다. 제1 대조군을 제외한 모든 VT 마우스군에서 FeCl3으로 혈전 형성을 유발시켰다.
FeCl3으로 처리한 마우스에, 10% FeCl3 용액으로 사전포화된 여과지 조각(2×4 mm)을 대정맥에 직접 도포하여 혈전 형성을 유발하였다. 3분간 노출 후, 여과지를 제거하였다. 여과지를 도포하고 30분후, 혈전이 있는 고정 길이 정맥을 혈소판 분석을 위해 절개하였다. RNA 분석을 위해 간을 수집하였다.
RNA 분석
간 조직으로부터 RNA를 추출하여 7 인자의 실시간 RT-PCR 분석을 수행하였다. 결과를 PBS 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 25에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 처리된 경우 7 인자 mRNA가 PBS 대조군에 비해 용량-의존적으로 유의적으로 감소된 것으로 나타났다. 이들 데이터는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 7 인자 발현을 저해할 수 있음을 나타낸다.
혈소판 조성물의 정량화
혈전 형성 척도로서 대정맥내 혈소판을 정량화하는데 혈소판 인자-4(PF-4)의 실시간 RT-PCR 정량화를 이용하였다. 결과를 두 PBS-처리된 대조군에 대한 ISIS 403102에서의 PF-4 퍼센트로 나타내었다. 표 26에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 처리한 경우 PF-4가 PBS 대조군에 비해 감소되었다. 따라서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 혈전 및 혈병 형성을 저해하는데 유용하다.
꼬리 출혈 검사
FeCl3 용액으로 처리되지 않은 마우스를 꼬리 출혈 챔버에서 평가하였다. 마우스를 ISIS 403102 또는 PBS로 최종 처리하고 이틀 후에 출혈 챔버에 놓았다. 마우스를 챔버에서 이소플루오란으로 마취시키고, 꼬리 소편(끝에서 약 4 mm)을 멸균 가위로 절단하였다. 절단된 꼬리를 즉시 37 ℃로 가온시킨 약 10 mL의 0.9% NaCl 완충 용액을 채운 15 mL 팔콘 튜브(Falcon tube)에 놓았다. 혈액을 40분간 모았다. 출혈 전 후, 염수가 채워진 튜브의 무게를 달았다. 결과를 표 27에 나타내었다.
25 mg/kg 및 37.5 mg/kg의 ISIS 403102로 처리된 경우 출혈량이 PBS 처리된 마우스에 비해 다소 감소되었다. 출혈은 50 mg/kg ISIS 40310로 처리된 마우스 및 PBS로 처리된 마우스에서 동일하였다. 이들 데이터는 ISIS 403102 처리가 출혈 가능성을 증가시키지 않음을 제시한다.
실시예 15: 와파린과 비교한 ISIS 403102에 의한 뮤린 7 인자의 생체내 안티센스 저해
처리
ISIS 403102 및 와파린(Coumadin®)을 BALB/c 마우스에서 평가하였다. 네 BALB/c 마우스군에 5 mg/kg, 10 mg/kg, 20 mg/kg 또는 40 mg/kg의 ISIS 403102를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. ISIS 403102를 최종 투여하고 이틀 후, 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시켰다. 제5 BALB/c 마우스군은 3 mg/kg의 와파린을 6일동안 매일 복막내 투여하여 처리하였다. 와파린을 최종 투여하고 4 시간 후에, 마우스를 희생시켰다. BALB/c 대조 마우스군에 PBS를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. PBS를 최종 투여하고 이틀 후, 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사하여 마취시켰다. 제1 대조군을 제외한 군에 FeCl3으로 혈전 형성을 유발시켰다.
FeCl3으로 처리한 마우스에, 10% FeCl3 용액으로 사전포화된 여과지 조각(2×4 mm)을 대정맥에 직접 도포하여 혈전 형성을 유발하였다. 3분간 노출 후, 여과지를 제거하였다. 여과지를 도포하고 30분후, 혈전이 있는 고정 길이 정맥을 혈소판 분석을 위해 절개하였다. RNA 분석을 위해 간을 수집하였다.
RNA 분석
간 조직으로부터 RNA를 추출하여 7 인자의 실시간 RT-PCR 분석을 수행하였다. 결과를 PBS 대조군에 대한 7 인자의 저해 퍼센트로 나타내었다. 표 28에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 처리된 경우 7 인자 mRNA가 PBS 대조군에 비해 용량-의존적으로 유의적으로 감소된 것으로 나타났다. 반대로, 와파린으로 처리시에는 PBS 대조군에 비해 7 인자의 유의적인 감소가 없었다.
실시예 16: FeCl
3
으로 유발된 정맥 혈전증(VT) 모델에서 와파린과 비교한 뮤린 7 인자의 용량-의존적
안티센스
저해 효과
처리
ISIS 403102 및 와파린(Coumadin®)을 BALB/c 마우스에서 평가하였다. 네 BALB/c 마우스군에 5 mg/kg, 10 mg/kg, 20 mg/kg 또는 40 mg/kg의 ISIS 403102를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. ISIS 403102를 최종 투여하고 이틀 후, 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시켰다. 여섯개의 추가의 BALB/c 마우스군을 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2 mg/kg, 3 mg/kg, 4 mg/kg 또는 5 mg/kg의 와파린을 6일동안 매일 복막내 투여하여 처리하였다. 와파린을 최종 투여하고 4 시간 후에, 마우스를 희생시켰다. BALB/c 대조 마우스군에 PBS를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. PBS를 최종 투여하고 이틀 후, 마우스를 10 mg/kg 크실라진과 혼합된 150 mg/kg 케타민을 복막내 주사로 투여하여 마취시켰다. 제1 대조군을 제외한 마우스군에 FeCl3으로 혈전 형성을 유발시켰다.
FeCl3으로 처리한 마우스에, 10% FeCl3 용액으로 사전포화된 여과지 조각(2×4 mm)을 대정맥에 직접 도포하여 혈전 형성을 유발하였다. 3분간 노출 후, 여과지를 제거하였다. 여과지를 도포하고 30분후, 혈전이 있는 고정 길이 정맥을 혈소판 분석을 위해 절개하였다. RNA 분석을 위해 간을 수집하였다.
혈소판 조성물의 정량화
혈전 형성 척도로서 대정맥내 혈소판을 정량화하는데 혈소판 인자-4(PF-4)의 실시간 RT-PCR 정량화를 이용하였다. 결과를 두 PBS-처리된 대조군에 대한 ISIS 403102 또는 와파린 처리된 마우스에서의 PF-4 퍼센트로 나타내었다. 표 29에 예시된 바와 같이, ISIS 403102로 처리한 경우, 5 mg/kg 이상의 용량에서 PF-4가 PBS 대조군에 비해 용량-의존적으로 감소되었다. 와파린으로 처리한 경우에는, 1 mg/kg 이상의 용량에서 PF-4가 PBS 대조군에 비해 감소되었다. 따라서, ISIS 안티센스 올리고뉴클레오티드는 혈전 및 혈병 형성을 저해하는데 유용하다.
실시예 17: 꼬리 출혈 검사에서 와파린과 비교한 뮤린 7 인자의 안티센스 저해 효과
처리
ISIS 403102 또는 와파린에 의한 처리가 마우스에서 내부 출혈을 일으키는지를 알아보기 위하여 꼬리-출혈을 측정하였다. ISIS 403102 및 와파린(Coumadin®)을 꼬리 출혈 검사로 평가하였다. 여섯 BALB/c 마우스군을 1.25 mg/kg, 2.5 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 20 mg/kg 또는 40 mg/kg의 ISIS 403102를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다. 여섯개의 추가의 BALB/c 마우스군을 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2 mg.kg, 3 mg/kg, 4 mg/kg 또는 5 mg/kg의 와파린을 6일동안 매일 복막내 투여하여 처리하였다. 별도의 BALB/c 대조 마우스군에 PBS를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다.
꼬리 출혈 검사
ISIS 403102, 와파린 또는 PBS로 최종 처리하고 이틀 후에 마우스를 꼬리 출혈 챔버에 놓았다. 마우스를 챔버에서 이소플루오란으로 마취시키고, 꼬리 소편(끝에서 약 4 mm)을 멸균 가위로 절단하였다. 절단된 꼬리를 즉시 37 ℃로 가온시킨 약 10 mL의 0.9% NaCl 완충 용액을 채운 15 mL 팔콘 튜브에 놓았다. 혈액을 40분간 모았다. 출혈 전 후, 염수가 채워진 튜브의 무게를 달았다. 결과를 표 30에 나타내었다.
ISIS 403102로 처리하는 것은 PBS 대조군 마우스에 비해 출혈에 유의적인 영향을 주지 않는 것으로 나타났다. 그러나, 와파린은 마우스에서 PBS 대조군에 비해 출혈을 증가시켰다. 와파린 용량 증가는 실혈 증가와 확실한 상관관계에 있다. 이들 데이터는 ISIS 403102의 출혈 가능성이 특히 와파린에 비해 낮다는 것을 제시한다.
실시예 18: 꼬리 출혈 검사에서 아픽사반과 비교한 뮤린 7 인자의 안티센스 저해 효과
처리
ISIS 403102 및 아픽사반을 BALB/c 마우스군에서 평가하였다. 제1 BALB/c 마우스군에 ISIS 403102를 40 mg/kg으로 3주동안 주 2회 피하 투여하였다. 3개의 추가의 BALB/c 마우스군을 단회 복막내 투여되는 5 mg/kg 및 10 mg/kg의 아픽사반 및 단회 피하 투여되는 10 mg/kg의 아픽사반으로 처리하였다. BALB/c 대조 마우스군에 PBS를 3주동안 주 2회 피하 투여하여 처리하였다.
꼬리 출혈 검사
ISIS 403102 또는 PBS로 최종 처리하고 이틀 후에 마우스를 꼬리 출혈 챔버에 놓았다. 아픽사반으로 처리된 군의 마우스를 단회 투여후 30분동안 분석하였다. 마우스를 챔버에서 이소플루오란으로 마취시키고, 꼬리 소편(끝에서 약 4 mm)을 멸균 가위로 절단하였다. 절단된 꼬리를 즉시 37 ℃로 가온시킨 약 10 mL의 0.9% NaCl 완충 용액을 채운 15 mL 팔콘 튜브에 놓았다. 혈액을 40분간 모았다. 출혈 전 후, 염수가 채워진 튜브의 무게를 달았다. 결과를 표 31에 나타내었다.
ISIS 403102로 처리된 마우스는 PBS로 처리된 마우스에 비해 출혈이 덜 하였다. 5 mg/kg의 아픽사반을 복막내 주사하여 처리된 마우스는 출혈량이 PBS로 처리된 마우스와 같았다. 10 mg/kg의 아픽사반을 복막내 주사하여 처리된 마우스는 PBS로 처리된 마우스에 비해 출혈이 증가하였다. 10 mg/kg의 아픽사반을 피하 주사하여 처리된 마우스는 PBS로 처리된 마우스에 비해 출혈이 덜 하였다. 이들 데이터는 ISIS 403102의 출혈 가능성이 낮다는 것을 제시한다.
실시예 19: 암 전이에 대한 뮤린 7 인자의 생체내 안티센스 저해 효과
조직 인자-7 인자 복합체 형성에 대한 ISIS 403102의 7 인자 저해 효과 및 전이동안 암 세포의 유출에 대한 그의 역할을 평가하였다. 두 중증 복합 면역 결핍증(SCID) 마우스군에 ISIS 403102를 20 mg/kg의 용량으로 3주동안 주 2회 주사하여 처리하였다. 대조 마우스군에는 PBS를 3주동안 주 2회 주사하였다. ISIS 403102 또는 PBS를 최종 투여하고 이틀 후에, ISIS 403102 처리군 및 대조군중 하나에 5O×1O6 MDA-MB-231 유방암종 세포를 정맥내 주사하였다.
MDA-MB-231 유방암종 세포를 주사하고 2주 후에 마우스를 희생시켰다. 폐를 수거하고, 실시간 RT-PCR로 인간 GAPDH mRNA 수준을 분석하였다. 결과를 마우스 사이클로필린 A mRNA 수준으로 정규화하였다. ISIS 403102로 처리된 군 및 MDA-MB-231 유방암종 세포군에서의 인간 GAPDH 수준을 다른 두 마우스군의 인간 GAPDH 수준과 비교하였다. 이러한 실험은 폐에서 전이가 발생하는 동안 7 인자 저해 효과를 평가하기 위해 설계된다.
실시예 20: 간 섬유증에 대한 뮤린 7 인자의 생체내 안티센스 저해 효과
실험 간 섬유증에 대한 ISIS 403102의 7 인자 저해 효과를 사염화탄소 간 손상 모델에서 평가하였다.
처리
제1 BALB/c 마우스군에 ISIS 403102를 20 mg/kg으로 8주동안 주 2회 피하 주사하였다. 제2 마우스군에는 PBS를 8주동안 주 2회 피하 주사하였다. ISIS 403102 또는 PBS로 처리하고 2주 후에 양 마우스군에 광유 95 μl에 용해시킨 사염화탄소(CCl4) 5 μl를 5주동안 주 2회 복막내 투여하였다. 제3 마우스군에는 광유 100 μl만을 주사하였다. 마우스를 이소플루오란으로 마취시킨 다음에 경추 탈골시켜 희생시켰다. 모든 마우스로부터 간 조직을 수거하였다. 실시간 RT-PCR을 이용하여 1형 콜라겐, α-평활근 액틴, 기질 금속 단백 분해효소(MMP) 3, TGF-β, Timp1 및 Timp2(MMP 저해제)를 포함한 섬유증 관련 유전자 발현에 대해 결정하였다. 실험군 수준을 대조 마우스의 수준과 비교하여 간 섬유증 발생에 대한 7 인자 저해 효과를 평가하였다.
실시예 21: 콜라겐-유발 관절염에 대한 뮤린 7 인자의 생체내 안티센스 저해 효과
조직 인자-7 인자 복합체 형성에 대한 ISIS 403102의 7 인자 저해 효과 및 관절 염증 및 류마티스 관절염을 유발하는 관절내 피브린 축적에 있어서 그의 역할을 평가하였다.
처리
제1 DBA/1J 마우스군에 ISIS 403102를 20 mg/kg으로 8주동안 주 2회 피하 주사하였다. 두 마우스군에 PBS를 8주동안 주 2회 주사하였다. ISIS 403102로 최초 처리하고 2주후, II형 소 콜라겐(콘드렉스)을 완전 프로인트(Freund) 보조제와 혼합하고, 얼음상에서 균질화한 후, 콜라겐 100 μg을 함유하는 에멀젼을 실험군 및 제1 대조군에 피하 주사하였다. 이들 양 군에 콜라겐을 최초 주사하고 7일후에 완전 프로인트 보조제중에 II형 콜라겐 100 μg을 함유하는 추가의 주사량을 피하 주사하였다.
모든 군의 마우스에 대해서 콜라겐을 최초 주사한 후 18일부터 말초 관절에서의 외관상 관절염을 매일 조사하였다. 관절염의 임상적 중증도에 대해 다음과 같이 점수를 매겼다: 엄지를 제외한 부은 각 발가락(최대 4)에 대해 1 점, 발목 또는 손목 관절에 대해 1 점, 및 중족 또는 중수 관절에 대해 1 점[최대 점수 - 뒷발 6 점 및 앞발 5 점]. 각 발에 대해 개별적으로 점수를 매기는데, 마우스당 임상적 관절염 누계 점수는 최대 22점에 이른다. 실험군에 대한 관절염을 대조군과 비교하여 관절에서 관절염 발생에 대한 7 인자 저해 효과를 평가하였다.
콜라겐을 최초 주사하고 6주후에 관절염이 최대 수준에 이르렀다. 마우스를 이소플루오란으로 마취시키고, 혈장을 수집한 뒤, 마우스를 경추 탈골시켜 희생시켰다. 7 인자 mRNA를 RNA 분석하기 위해 간을 수거하였다. 3개의 모든 군에서 수집한 혈장에 대해 응고 시간(PT 및 aPTT)을 분석하였다. 또한, 혈장내 트롬빈-항트롬빈(TAT) 복합체를 ELISA로 측정하였다. 실험군의 결과를 대조군과 비교하여 TAT 복합체 형성 및 응고 시간에 대한 7 인자 저해 효과를 평가하였다.
SEQUENCE LISTING
<110> Isis Pharmaceuticals, Inc.
<120> MODULATION OF FACTOR 7 EXPRESSION
<130> IPA100274
<150> 60/986,928
<151> 2007-11-09
<160> 614
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 18001
<212> DNA
<213> H. Sapiens
<400> 1
gaagtcatca gcaatgcaac tgttcacatg gaggatactc cctgcttgag gggtcagaca 60
ggcctgctgg gcaacccagg aggcttggat gaccgtctac cccagtgttt ttgggatgga 120
aagttccaca ttctgagaac cctcagtccc tgggcaacct ggggtggtta gtcaccacag 180
cttgtggctt gggcccatga cagcaggtag aaatgacgtg gactgccgcc agccgggcac 240
agtggctcac gcctgtaatc ccagcacttt gggaggctga ggcatgtgga tcacttgagg 300
tcaggagttc gaaaccagcc tggtcaacac ggtgaaaccc catctctgct aaaaaaaaaa 360
aatatatata tataaattag ccaggcatgg tgacgtgcac ctgtggtccc agctactcag 420
gaggctgagg cacaagaatc acttgaaccc gggaggtgga ggttgcagtg agattgcacc 480
agtgcactct ccagcctggc aacagagcaa gactctgtct caaacaaaca aaacaaaaca 540
aacaaaaaga cgtaagatgt ggaccgctgg agaatggggg tgctgcctgc agtcaaaacg 600
gagtgggggt gcccagctca gggccagaat gatcctattc ccggcacttc tcagtgaggc 660
tctgtggctc acctaagaaa ccagcctccc ttgcaggcaa cggcctagct ggcctggtct 720
ggaggctctc ttcaaatatt tacatccaca cccaagatac agtcttgaga tttgactcgc 780
atgattgcta tgggacaagt tttcatctgc agtttaaatc tgtttcccaa cttacattag 840
gggtttggaa ttctagatcg tatttgaagt gttggtgcca cacacacctt aacacctgca 900
cgctggcaac aaaaccgtcc gctctgcagc acagctgggg tcacctgacc tttctcctgt 960
cccccccact tgagctcagt ggctgggcag caggggatgc atggccactg gccggccagg 1020
tgcagctctc agctggggtg ttcagaggac gcctgtgtcc tcccctcccc catccctctg 1080
tcacccttgg aggcagagaa ctttgcccgt cagtcccatg gggaatgtca acaggcaggg 1140
gcagcactgc agagatttca tcatggtctc ccaggccctc aggctcctct gccttctgct 1200
tgggcttcag ggctgcctgg ctgcaggtgc gtccggggag gttttctcca taaacttggt 1260
ggaagggcag tgggcaaatc caggagccag cccgggcttc ccaaaccccg cccttgctcc 1320
ggacaccccc atccaccagg agggttttct ggcggctcct gttcaatttc tttccttcta 1380
gaaaccagca tccaggcaca ggaggggagg cccttcttgg tggcccaggc tttggcggga 1440
ttatttttca aagaacttta ggagtgggtg gtgctttcct ggcccccatg ggcccctgcc 1500
tgtgaggtcg gacaagcgca gggagtctgg ggcctctcag agtgcaggaa gtgcgcacag 1560
ggtgctccca ggctggggag cacaggtagg ggacggtgcg tgggggatgg cgcctggggc 1620
atgggggatg gggtgtggga aacggcatgt ggggcgtagg ggatggggtg tggaggatcg 1680
ggggtgggga tggcgtgtgg ggtgtggggg atgggccgtg ggggggtggg gcctgggaaa 1740
cagcatgtgg ggcatggggt gtgggggtga ggtgtgggaa agtgtgtggg gtgtggggga 1800
tggggcatgg aaagggcgtg tggggtgcag gggatggggc atggaggtgt gggggatggg 1860
gtgtgtgggg tgtcggggat ggggcatgtg gggtgtgggg gatggggcat ggaaagggcg 1920
tgtggggtgc agaggatggg gcatgggggg gtggggatgg cgagtggggc tggggcctgg 1980
gaatggtgag tggggcatgg ggatggcgag tagggggtgt ggcgtgagga tggctagtgg 2040
ggcgtgggga tggcgtgtgg ggatggcgag tggggggtgg gctgtgaggg acagtgcctg 2100
ggatgtgggg ctgcagccct agctcacagc atggccttat gaccccggcc accttcctgc 2160
cccaggcggg gtcgctaagg cctcaggagg agaaacacgg gacatgccgt ggaagccggg 2220
gcctcacaga ggtgagcagg gactgccact ggttttgtcc tggggcccag tgggggccaa 2280
catcacctcc ttcccctccc atggcaaaga gccagcccgc ggggtggcta ctgcagtgcc 2340
ccccaaggag ggtgttccct gctcgagagg aagtgaccgc tccagcttgg ccttccctgg 2400
gactggggtg caggcgattt tatcttcttt gctccattct gttccttcca gataatcgtg 2460
tgttcttcat caggttttcc tcagttcttg agagcttttc tgatgcaaat ctgctttcac 2520
cccagggcgg tcaccggctc tgctcacacc agcctccaag ggtgtgggtg tcccgggagt 2580
gtgggtgtcc cgggggcgtg ggtgtcccag gagtgtgggt gtcccggggg cgtgggtgtc 2640
ccgggagtgt gggtgtcccg ggggcgtggg tgtcccggga gtgtgggtgt cccggaggcg 2700
agggtgtccc gggagtgtgg gtgtcccggg ggagtgggtg tcccgggagt gtgggtgtcc 2760
cggaggcgag ggtgtcccgg gagtgtgggt gtcccggggg cgtgggtgtc ccgggagtgt 2820
gggtgtcccg ggggagtggg tgtcccggga gtgtgggtgt cccggaggcg agggtgtccc 2880
gggagtgtgg gtgtcccggg ggagtgggtg tcccgggagt gtgggtgtcc cggaggcgag 2940
ggtgtcccgg gagtgtgggt gtcccggggg cgtgggtgtc ccgggagcgt gggtgtcccg 3000
ggggcgtggg tgtcccggga gtgtgggtgt cccgggggcg tgggtgtccc gggagtgtgg 3060
gtgtcccggg ggcgtgggtg tcccgggagt gtgggtgtcc cgggagtgtg ggtgttccgg 3120
aggcgagggt gtcccgggag tgtgcgtgtc ccgggggcgt gggtgtcccg ggggcgtggg 3180
tgtcccgggg gcgtgggtgt tccggaggcg agggtatccc agaagtgtga gtgtcccagg 3240
ggcgtgggtg tcccgggggt gtgggtgtcc cgggggcgtg ggtgtcccgg gagtgtgggt 3300
gttccggagg tgagggtgtc ccgggagtgt gggtgttccg gaggcgaggg tgtcccggga 3360
gtgtgggtgt cccgggggcg tgggtgtccc gggagtgtgg gtgttccgga ggtgagggtg 3420
tcccgggagt gtgggtgttc cggaggcgag ggtgtcccgg gagtgtgggt gtcccagggg 3480
cgtgggtgtc ccgggagtgt gggtgttccg gaggcgaggg tgtcccggga gtgtgggtgt 3540
tccggaggcg agggtgtccc gggagtgtgg gtgtcccggg ggcgtgggtg tcccgggggt 3600
tgtgggtgtc ccgggagtgt gggtgttccg gaggcgaggg tgtcccggga gtgtgggtgt 3660
tccggaggcg agggtgtccc gggagtgtgg gtgtcccggg ggtgtgggtg tcccgggggt 3720
gtgggtgtcc cgggagtgtg ggtgtcccgg gggagtgggt gtcccgggag tgtgggtgtt 3780
ccggaggcga gggtgtccca ggagcgtggg tgtcccggag gcgagggtgt cccgggagcg 3840
tgggtgtccc gggggcgtgg gtgtcccggg agtgtgggtg tcccggggga gtgggtgtcc 3900
cgggagtgtg ggtgtcccgg aggcgagggt gtcccaggag tgtgggtgtc ccgggggcgt 3960
gggtgtcccg ggagtgtggg tgttccagag gcgagggtat cccagaagtg tgagtgtccc 4020
gggggtgtgg gtgtcccggg ggtcgtgggt gtcccgggag tgtgggtgtt ccagaggcga 4080
gggtgtcccg ggagtgtggg tgtcccaggg gtgtgggtgt cccgggggcg tgggtgtccc 4140
gggagtgtgg gtgtcccggg ggagtgggtg tcccgggagt gtgggtgttc cggaggcgag 4200
ggtgtcccgg gagtgtgggt gttccggagg cgagggtgtc ccgggagcgt gggtgtcccg 4260
ggggcgtggg tgtcccggga gcgtgggtgt cccaggggtg tgggtgtccc gggggcgtgg 4320
gtgtcccggg agtgtgggtg tcccggggga gtggatgtcc cgggagtgtg ggtgttccgg 4380
aggcgagggt gtcccgggag tgtgggtgtt ccggaggcga gggtgtcccg ggagtgtggg 4440
tgtcccgggg gcgtgggtgt cccgggagtg tgggtgtccc gggggcgtgg gtatcccaga 4500
agtgtgagtg tcccaggggc gtgggtgtcc ggggggcgtg ggtgtcccgg gggtgtgggt 4560
gtcccggggg tcgtgggtgt cccgggagcg tgggtgtcgg ggactgcagg gacatgggcc 4620
tcccctccca ctcctgccgc ccagggcacc tcctgtgagg actcggagtc cgtgagttcc 4680
cacctccttg agcccgattc tttggtgtcc ccgcctgcat cctcagcctc cttccaaacc 4740
agaccagttc tctaggggcg tcgacgtgtg aaactgattt taaagaaaac aggcagtggc 4800
ctttctctcg gccccacgtg gcccagtagc gctcaccttc cgtcccttct tccgcgctca 4860
gtaaccaatt taggccgctc ctgcagaact cgggctcctg cccaccggcc cacagcgtcc 4920
acctgaggcc tcgtcctccc agcaaaggtc gtccctccgg aacgcgcctc ctgcggcctc 4980
tccagagccc ctcccgcgcg tcctctcagc cccgctcgcc tcctcccggg gcctccctct 5040
cccgcctgcc cccaggcccg tctcccctcg cgggctgagg caggttcggg cagcacggcc 5100
gccccggggc gggggtcact ctccaccacc gcgtggtgcc cacagctcac ggcgctcccg 5160
ggtgacggtc ccctcggctg tagggcgtcc tgaagagcgg cctgctcgga gctgagcgca 5220
cggggttgcc tcgccctggg cgtctctggc cctcaccagc cccgtcttcc catgggcaaa 5280
acggcggtcc tgtttgtcca caagtaaccg tcggggttac ggaggggcca ggagctgcgg 5340
cggggggctg tgctctcagg accggcccca ggaggatccg cgcgaggtct ggagctctca 5400
ggggtcgcgg gggacagagg ggccccaagc ggaggcgggg aaggcggcag aagcccagga 5460
ccgccaagag ctggcgagga agcccggggc tcgctgtcgg gggagccggg caggggccgc 5520
gcctcggacc aggacggagg cctggggaag gcggatctgg ccgccggaga cgcggtgcgg 5580
gtggagacga gggatttgga tttccgcggg cggctgtacg gatttccacg cgcggttcac 5640
gtgggcccca gggggttgcc cggcacccgg ggccgcgccg ccttctcctc gccggcatcg 5700
acccgcagcc tcacgtttac gcggcggcgc ccgcagcccc cttcggcccg gcttccgcgc 5760
gtgcccccga gcgcgccctc gggatcagcc cccggaagca gagaggccag gccgggaagg 5820
atgggcgacg ggggtggctg acccgggagc acggcaggga ggacacccag ccaggcccgc 5880
gagcagcgcc gctcccctcc tccaggacgg gcgggaacct gcgatgcccc cgccgcgtgg 5940
gccgtggggc ggtctccgag gcactgggcg gggcacgcgg tgggcgcttc acggaactcg 6000
catttcccag tcttcgtaac ccaggaggaa gcccacggcg tcctgcaccg gcgccggcgc 6060
gccaacgcgt tcctggagga gctgcggccg ggctccctgg agagggagtg caaggaggag 6120
cagtgctcct tcgaggaggc ccgggagatc ttcaaggacg cggagaggac ggtgagccca 6180
gcctcggggc gccccgcgcc gcggacactg caggcggcgg tgaaccaggc cgcgtggggc 6240
cgcctgcgtc tctttggctg cggctgtggg cggcgaacac gcagcggcgc ccgcgcggcg 6300
ctttctgcgg gggtcgcttt ccgcccgggg tgactccgct ttcctgggcg atgcccccca 6360
cccccaggca cgcgctctcc ccgtgcggcc gcaccgcgca tgccggtttt cacatcagaa 6420
aatacgattt gcaaagcaca cttagggtgt cccccttaac ttcccaaggg agtcccccca 6480
gtccccgaag ggtccagggc agcctgcgca tcgcagacgc gcgcggctcg cagaagggac 6540
gtggtgagaa gctggcccac agcatgccac cagcggcacc tcctcagggc acgtgtcggg 6600
gagaaacaac acttagggac ctgggacttt ctccagctca cgctcacggg tcacctcaca 6660
ctccaagatc acctcaaaga ggacacctca cacagggcac acttcacact cacaggtcac 6720
ctcacactca caggacacct cacactcaca gggcacactt cacactcacg ggtcacctca 6780
cactccaaga tcacctcaaa gaggacacct cacacagggc acacttcaca ctcacaggtc 6840
acctcacact cacaggacac ctcacactca cagggcacac ttcacactca cgggtcacct 6900
cacactccaa gatcacctca aagaggacac ctcacacagg gcacacttca cactcacggg 6960
tcacctcaca ctcacaggac acctcacaca agacacctca cacggggcac acttcacact 7020
cacaggtcac ctcacaccca caggacacct cacacagggc acacttcaca ctcacgggtc 7080
acctcacact cacaggacac ctcacacaag acacctcaca cggggcacac ttcacactca 7140
caggtcacct cacacccaca ggacacctca cacagggcac acttcacact cacgggtcac 7200
ctcacactca caggacacct cacactcagg gcgcacttca cactcacggg tcacctcaca 7260
cccacaggac acctcacaga ggtcacctca cacaggacac ctcacactca gggtgcactt 7320
caaacccaca ggtcatttca cctcacactc acaggacacc tcacacaaga taccacacgg 7380
ggcacacttc acactcacag gtcacctcac actcacagga cacctcacag aggtcacctc 7440
acacggggca cacttcacac tcacaggtca cctcacaccc acaggacacc tcacagaggt 7500
cacctcacac ccacaggaca cctcacacag gacacctcac agaggtcacc tcacacccac 7560
aggacacctc acactcatag gtcacctcag tcttacagga caactcacac tcacaggtca 7620
ccttactctc acaggacacc tcacactcac aggtcacctt actctcacag gacacctcac 7680
tctcacagga cacctcacac agggcacact tcactcccac aggtcaccat acctcacaca 7740
gatcacctca tactcacaga tcacttcatt ctcacaggat acctcacact cagggcacac 7800
ttcacactca caggtcacac ctcacacaga tcatctcatt ctcacaggac acctccctct 7860
cacaggtcac ctcacactca caggacacct cacagaggtc acctcacacc cacaggacac 7920
ctcacagagg tcacctcaca cggggcacac ttcacactca ggtcacctca cacccacagg 7980
acacctcaca gaggtcacct cacacccaca ggacaactca cagaggtcac ctcacacagg 8040
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cttacaggac aactcacact cacaggtcac cttactctca caggacacct cacactcaca 8160
ggtcacctta ctctcacagg acacctcaca cagggcacac ttcactccca caggtcacca 8220
tacctcacac agatcacctc atactcacag atcacttcat tctcacagga tacctcacac 8280
tcagggcaca cttcacactc acaggtcaca cctcacacag atcatctcat tctcacagga 8340
cacctccctc tcacaggtca ccttacactc atctcacact cacaggtcgc cacacctcac 8400
actcacagga tgcctcacac tcacagaacc acatctcata tgcacaagac acctcacact 8460
caggacacct catgctcaaa gaagcctcac actcacagga ggtccagctg tctgaggcaa 8520
aggctaacat gaccctttcc agacaaattg aggatggtca tgcctagcat ttttatacac 8580
ctagttttga aagcatttct catctgttgt attctcacag caccccgtga gtttaagttc 8640
aggtggccaa cagtttcttc agcaatcact tttttctgtg gagtgctttt gctgtttgtg 8700
gaatattttg catctgctac tgcaccctct ccccgtatgt gtggccaccc tgtcagaggt 8760
ggagctgtgg ctcagagcct gtgtacctcg tcccaggtcc acagctcagc gacagaagag 8820
tcagggttga acctcgggtg ttctgacttg ggagcaggaa atgtgtggtc acccatagtt 8880
ccagatgtcc tggggagggg ccaagattag aagaaaccta cctcagctcc agaggaaagt 8940
ctggcttcct gagcccaccc cgccagaccc aggtccaagt cccccaaccc cagttcatgg 9000
tgtgtccagt gcttaccgtt gggtgctctg gtgaaggtgc atctcacgag gcttgctctc 9060
ttgttccttc agaagctgtt ctggatttct tacagtggtg agtggatgat caccaccagt 9120
cctgcctgca acccttctca gcttactgac accagcccac tccacagatg gggaccagtg 9180
tgcctcaagt ccatgccaga atgggggctc ctgcaaggac cagctccagt cctatatctg 9240
cttctgcctc cctgccttcg agggccggaa ctgtgagacg cgtaaggccc cactttgggt 9300
cccatatttg cagagggccc tggggagctg gtggaggtgg cctggccaac cgggctgcag 9360
ggtgcacaac ctggtggggt gtgtaggccg ggcattcagg gctcagcccc agttggaaat 9420
tggtctaggt gaccttgaaa tcccttccag tctgaggtct ttgacaggga cccaaggttc 9480
tgattatcag actcagtggc cccttgggct cccggccctg ggcaattctc agccctcgag 9540
atggcccagc tgagagtccc tgtgtccctg tcccacttcc acatcccacc acgcaggacc 9600
gcttggtaaa cttccccttc tctactttcc attacaaagg tttgaggggt ttgttttttt 9660
tttaaccatc tgaatattaa attatcacaa agtttgaggc ccccaacctc ccttgggttc 9720
agtaattcac tagaaggact catagaatcc actgaagtgg atacactcac aggtaccgtt 9780
tattacagca aaggatgcag gcttaagtct gcagagggac caggcacaag cttccccttg 9840
tcctctccct gtggggtcat gtggacagtc cttaattctc ccagaatgac gtgtgacgag 9900
acgtgggaag tactgccaac ttgggaagct ctacgagccc cggtgtccag aggttttatc 9960
agggctcaat cacatagacc cagctgacca cccgcatggc tgacctcagt ctcagcccct 10020
ccagaggcta cgccgatagt gcggcccaag gccccaccat acatcacatt gtcagctaga 10080
ccatccagca tggctcaagg cccaggtaaa caccaacatt ccctcaggca agaccttcca 10140
agggcttagc ggtcatttcc caggagccaa ggcaaaggct accctttctc tggcacagca 10200
gttcatcctt gaccacccaa gaccacattc ttacactgaa tgagctctcc tgtgcagcag 10260
ccattttctt ctctaagcag aagagagccc agcaagctgg aggaggctga agagagaggc 10320
ttcctgctgg tcatctgggt ccagaatgcc tggagatctc tgctcagccc tggtgcccag 10380
cagccctggt gtgcatcctg cagggcaggc cttcccgccg gagtcctgga cttgctcagg 10440
gccactcccc ttgcccatgt caaccaaagt caggctgccg gttctgcttc ttctgtctga 10500
gcccatgacc agtgctggga ctaactgtcc ccaggcgggc tcacggtggt acgaggccag 10560
cttggagaac tgtctcagct ctctggtcct ctcgtcagtt gggtctctga ttggaaagtc 10620
ccttggacac ttttaccatc cccattggac tttcactttc ccccaggctc ccatcagctg 10680
ctcggaagag tggtcaccct ggaggccact gcccaccagc caggcacccc ccaaatgcaa 10740
ccgcagccag cactgccagc cactggcaag gctgttcaga catgtggctc ctctgatcca 10800
cgccttgtcc tttggatcag tccacggagc aggtggtgcc aagctcaggc tctgtcaccc 10860
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acaaggatga ccagctgatc tgtgtgaacg agaacggcgg ctgtgagcag tactgcagtg 11040
accacacggg caccaagcgc tcctgtcggt gccacgaggg gtactctctg ctggcagacg 11100
gggtgtcctg cacacccaca ggtgaccagg cttcatgtcc cagtcccaga tgacaccagt 11160
ccctgtccca ctacggatta tcttactgga caaaagacgg gtgggagtgg cttcacatct 11220
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caggccagag cgacagtgac taggatgggc accctggggg caatccctga atggcctcag 11340
gccccctgcc aattctaggc agaccagggg agccaagcaa ggcactatct cacgtccaac 11400
tcccactcgc aggacctccg ccagggttca tgaatctact tcggcacagc caatgtctgt 11460
actgactgct gcccactctg cattccaaaa ctcgtaaagg ctcctgggaa aatgggatgt 11520
ttctccaaac cagcctggaa cgaatgggct gcacttccaa aagcagggac accccacacc 11580
cactgtgtct caaagaggcg gacgtgccca ccctggccac acagcctggg actcagcctg 11640
ccacctcctc gggcttcctt tctggcccaa gaccttgatt gaagcagatc aaaactaagc 11700
atgggatcaa aacaacacag tttgattcat ctttaggtag aatttcattc accttctact 11760
aaagtcaaac aacacatctt ctccctgaaa agtgagcaga gggcggtttt aagacgtaag 11820
ccctctgttt cctccaaaac cagccctgac cattgtctcc tcagccagcc acttcttcaa 11880
gggcctctca tggccgggcc ccaccagtca ggcccagccg aggccctgcc ttccaccacc 11940
cctgggccct gggagctcct gctcctgggg gcctcccata gcctcggcct caaggcctct 12000
cagaggatgg gtgtttctga atctttccta gtggcacgtt catccctcac aaatctctgc 12060
atctttctga cttttgtttt acacagttga atatccatgt ggaaaaatac ctattctaga 12120
aaaaagaaat gccagcaaac cccaaggccg aattgtgggg ggcaaggtgt gccccaaagg 12180
ggagtgtcca tggcaggtaa ggcttcccct ggcttcagga ttccaagccc tgagggtctt 12240
gaagcctttt gaatgtgaac aacagctctg gaagggaaaa tgggcaggtc agccccaagc 12300
ccaccaggct ccaagtcagc acacctagca cctccagctc gcggcacccc catgctttta 12360
gtggggcaag gaaggagaaa agaaaacgac actcactgag ggtctaccct gtgcagagaa 12420
ccctgcgaga tgccccatcc gagttgtcac gtcgtcctca cggttactct ttgaggtggg 12480
atctttgcct gatctttgca aaatcaggag cattggatca aagctatgtg aagatcctgt 12540
gaggtgaaca gtgaaatctc acagcgacat ttgtattctt gggccgtgcc caagagcacg 12600
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cctgatcgcg gtgctgggtg ggtaccactc tcccctgtcc gaccgcggtg ctgggtgggt 12960
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gtgtctcagg ggctgtggct ctgggcttcg tgctgtcact tccacagaca gacagacatc 13200
cccaaaaggg gagcaaccat gctgggcacg actgctgtgg ccaccgtgct ctcagccact 13260
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gttctgctca ctgggtttat gggtgagacg agcactccca ggagggccac tgggccggga 13440
agaactgtgg agaatcgggg cacgccctgt cctcccagct gccagggcac agcatccctt 13500
ccccacctca acacccagac cccagattca ccccagttca cttgtcccca cacgagccac 13560
aggctgccac ctggggcagg ctggccccac cttggggtta gatgcaggtc cccttgcccc 13620
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ctaccggggc acgtggtacc tgacgggcat cgtcagctgg ggccagggct gcgcaaccgt 14220
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gaggatgagg ttctgcgggg cctctctggc cgcccagctc tgcctgggga aggtggggcc 18000
a 18001
<210> 2
<211> 3075
<212> DNA
<213> H. Sapiens
<400> 2
agtcccatgg ggaatgtcaa caggcagggg cagcactgca gagatttcat catggtctcc 60
caggccctca ggctcctctg ccttctgctt gggcttcagg gctgcctggc tgcagtcttc 120
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tcctgcacac ccacagttga atatccatgt ggaaaaatac ctattctaga aaaaagaaat 600
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tggcaggtcc tgttgttggt gaatggagct cagttgtgtg gggggaccct gatcaacacc 720
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tacatgttct gtgccggcta ctcggatggc agcaaggact cctgcaaggg ggacagtgga 1200
ggcccacatg ccacccacta ccggggcacg tggtacctga cgggcatcgt cagctggggc 1260
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cccttcagcc aagcccacct gcacgtgatc tgctggcctc aggctgctgc tctgccttca 1800
ttgctggaga cagtagaggc atgaacacac atggatgcac acacacacac gccaatgcac 1860
acacacagag atatgcacac acacggatgc acacacagat ggtcacacag agatacgcaa 1920
acacaccgat gcacacgcac atagagatat gcacacacag atgcacacac agatatacac 1980
atggatgcac gcacatgcca atgcacgcac acatcagtgc acacggatgc acagagatat 2040
gcacacaccg atgtgcgcac acacagatat gcacacacat ggatgagcac acacacacca 2100
atgcgcacac acaccgatgt acacacacag atgcacacac agatgcacac acaccgatgc 2160
tgactccatg tgtgctgtcc tctgaaggcg gttgtttagc tctcactttt ctggttctta 2220
tccattatca tcttcacttc agacaattca gaagcatcac catgcatggt ggcgaatgcc 2280
cccaaactct cccccaaatg tatttctccc ttcgctgggt gccgggctgc acagactatt 2340
ccccacctgc ttcccagctt cacaataaac ggctgcgtct cctccgcaca cctgtggtgc 2400
ctgccaccca ctgggttgcc catgattcat ttttggagcc cccggtgctc atcctctgag 2460
atgctctttt ctttcacaat tttcaacatc actgaaatga accctcacat ggaagctatt 2520
ttttaaaaac aaaagctgtt tgatagatgt ttgaggctgt agctcccagg atcctgtgga 2580
attggatgtt ctctccctgc cacagccctt gtcaatgata tttcacagag accctgggag 2640
cacctgctca agagtcaggg acacacgcat cactaaatgc aagttcccag gccctggctg 2700
cagtgggagg acctggcaag ctgcactctt gctgagtccc cagggtggtg gaagaagaat 2760
gagaaacaca tgaacagaga aatggggagg tgacaaacag tgcccccact cagactccgg 2820
caagcacggc tcagagagtg gactcgatgc catccctgca gggccgtcct gggcaccact 2880
ggcactcaca gcagcaaggt gggcaccatt ggcactcaca gcagcaaggc aggcaccagc 2940
aacccacctc gggggcactc aggcatcatc tacttcagag cagacagggt ctatgaacta 3000
cagccgtggg ctgcttccaa ggcaccctgc tcttgtaaat aaagttttat gggaacacaa 3060
aaaaaaaaaa aaaaa 3075
<210> 3
<211> 564
<212> DNA
<213> H. Sapiens
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 3
atcatggtct cccaggccct caggctcctc tgccttctgc ttgggcttca gggctgcctg 60
gctgcaggag gaagcccacg gcgtcctgca ccggcgccgg cgcgccaacg cgttcctgga 120
ggagctgcgg ccgggctccc tggagaggga gtgcaaggag gagcagtgct ccttcgagga 180
ggcccgggag atcttcaagg acgcggagag gacgtggtga gtggatgatc accaccagtc 240
ctgcctgcaa cccttctcag cttactgaca ccagcccact ccacagatgg ggaccagtgt 300
gcctcaagtc catgccagaa tgggggctcc tgcaaggacc agctccagtc ctatatctgc 360
ttctgcctcc ctgccttcga gggccggaac tgtgagacgc acaaggatga ccagctgatc 420
tgtgtgaacg agaacggcgg ctgtgagcag tactgcagtg accacacggg caccaagcgc 480
tcctgtcggt gccacgaggg gtactctctg ctggcagacg gggtgtcctg cacacccaca 540
gttgaatatc catgtggaaa aata 564
<210> 4
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 4
agtcctgggt catcagccgg 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 5
gagaccctgg tgtacacccc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 6
cctgcagcca ggcagccctg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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tcctgaggcc ttagcgaccc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 94
accacgggct ggtgcaggcg 20
<210> 95
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 95
aatgagaagc gcacgaaggc 20
<210> 96
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 96
ccccagccgc tgaccaatga 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 97
ccatccgagt agccggcaca 20
<210> 98
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 98
agtccttgct gccatccgag 20
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 99
ccccttgcag gagtccttgc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 100
cccggtagtg ggtggcatgt 20
<210> 101
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 101
gatgcccgtc aggtaccacg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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ccagctgacg atgcccgtca 20
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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gttgcgcagc cctggcccca 20
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gtggcccacg gttgcgcagc 20
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acaccccaaa gtggcccacg 20
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cctggtgtac accccaaagt 20
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tcgatgtact gggagaccct 20
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tgagcgcatg agcttttgca 20
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ccacaggcca gggctgctgg 20
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tcgacgcagc cttggctttc 20
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caggacagtt cgacgcagcc 20
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<211> 20
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gatttggtgc caggacagtt 20
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gaatatatgg gatttggtgc 20
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<213> Artificial Sequence
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ccaggacaac cttggcactc 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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aggtaaggag gctcagctgg 20
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cttggctgaa gggaggtaag 20
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gcagagcagc agcctgaggc 20
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caatgaaggc agagcagcag 20
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cttcagagga cagcacacat 20
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gaaccagaaa agtgagagct 20
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tgataatgga taagaaccag 20
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ctgaagtgaa gatgataatg 20
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atgcatggtg atgcttctga 20
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ggcattcgcc accatgcatg 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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gaagggagaa atacatttgg 20
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<211> 20
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cacccagcga agggagaaat 20
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tgcagcccgg cacccagcga 20
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tgtgaagctg ggaagcaggt 20
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gagacgcagc cgtttattgt 20
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<211> 20
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cacaggtgtg cggaggagac 20
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<211> 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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gcaggcacca caggtgtgcg 20
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<211> 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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ccagtgggtg gcaggcacca 20
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<211> 20
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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aatcatgggc aacccagtgg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 134
tccaaaaatg aatcatgggc 20
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<211> 20
<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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aaagagcatc tcagaggatg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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ttgtgaaaga aaagagcatc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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cagtgatgtt gaaaattgtg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 138
agcttccatg tgagggttca 20
<210> 139
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 139
aacagctttt gtttttaaaa 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 140
ggatcctggg agctacagcc 20
<210> 141
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 141
acatccaatt ccacaggatc 20
<210> 142
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 142
cagggagaga acatccaatt 20
<210> 143
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 143
tgtgaaatat cattgacaag 20
<210> 144
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 144
aacttgcatt tagtgatgcg 20
<210> 145
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 145
ggcctgggaa cttgcattta 20
<210> 146
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 146
gccgtgcttg ccggagtctg 20
<210> 147
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 147
gcagggatgg catcgagtcc 20
<210> 148
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 148
gtgcccagga cggccctgca 20
<210> 149
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 149
aagtagatga tgcctgagtg 20
<210> 150
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 150
ttggaagcag cccacggctg 20
<210> 151
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 151
agagcagggt gccttggaag 20
<210> 152
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 152
cacactggtc cccatcactg 20
<210> 153
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 153
aggacctgcc atggacactc 20
<210> 154
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 154
acaacaggac ctgccatgga 20
<210> 155
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 155
tcaccaacaa caggacctgc 20
<210> 156
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 156
gcccagcacc gcgatcaggt 20
<210> 157
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 157
cgaagactgc agccaggcag 20
<210> 158
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 158
tcctgggtta cgaagactgc 20
<210> 159
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 159
tcctgcagcc aggcagccct 20
<210> 160
<211> 13001
<212> DNA
<213> Mus musculus
<400> 160
gtagagtcct cgaggctaat acacagagca aaacagaccc agagaagaca cagacccaga 60
gcaagacagg gatccagagc aagatacaga tccagagcaa gacacagatc cagagcaaga 120
cacaaatcca gagcaagaca cagatccaga gcaagacaga tccagaggaa ataaaagtga 180
tactgacctt tctgattcag atcagctctc tagttcttaa acttcaagtt actggtggca 240
ttgccactgg tccccaacct tgcagggtgt cagaacccac aggcatcatc aaactctgtg 300
attaggactg ctccaaagat tctgcttccc catggagtga gggagcctgc atctgtgtag 360
gtgtcatgga tgatgtgagt gtgaaggtgt agcgtgcatg tatacaaggg tgtgcatagg 420
ctgtgtgtgg agtgtgtgca taggtgtaag aatggtatgc aactgtgcaa agacagtgtg 480
catgtgtaca agtccataag gaagtgtgag cataatgtat gtgtgtgtcc ccaggtaatt 540
ctgagcccac tgtcacttac gggtctctca tgtgtgtcac atgtacaagg gtgaggctga 600
catgtagcag catgctgagg gttccagtcc tgttctgcag actgtggggg agcccttggg 660
gagctggctg gggatgaggc ttagtgcttc ctatcccaga gaaggggcaa atggtccctg 720
agcacataca aggaatatcc acataagaag gactcccgga tcccagaaga agcctgttta 780
tctttcctga gaaggtaagt ggggaggagt ccaaaagacg gacagacagt gaccccatgc 840
tatccctcca tgtgtctgca ctatgtatgt acagtgctaa tggtacccat ggtacaggtg 900
tgaaaagaag accaagcaaa caaggcccct gcaggtccaa atgggatcct tgacgcctga 960
gacgcaggag ccagccaagg cacgtgccac agggaggtcg ccatctgctg aagaacttta 1020
gccagagccc aagcaccagg cgggctcagc atctgtcctc tgaagcaact ccaattgttc 1080
tgctgctcca gaaagctaaa tacacagttc ctggaactca atagggaaga gaatcctgag 1140
accaggtcca gcctcacata agagagctgg gatgaatggc tgccatctcc tctcatgtcc 1200
ctggagttac cctgtcacga gagcattgga ttttactggg tgaaatttga cctctatccc 1260
agaagaagca actggggtcc caagtgtgaa gggaccccag gagtcaaagg tgcccctggg 1320
gtacaccatg ctggcaaaga ttaaagtccc tgactagaga gggagaggta ctgtagtgtc 1380
ccacaaatga ggtctgactc ccaaaagagt ggtccagcct tgtactgccc cctccctgaa 1440
aagaacattt tcctcagagg gtccaactga agcccacagt gtagtctagg aggctgcatg 1500
accataaacc gagtgtcctt gggctagatc cagtttttac acagaaagtt tcacgtgctg 1560
agaaaccttg ttgatctcag gcaacccagt gtccacaact ccacctggag cctgggccag 1620
aggacacaaa gggacaagtc atgggccacc tgccgatagc tgtttccaca gtgtgggaag 1680
aggaggggca gggcagccct tgagagccat tgacggctgc acagcccagg tctgccctac 1740
aggtcttttc caggtcataa gcccataccc tgtgctttaa caatgtcatc actgtgaata 1800
tggacatcca tcggtgggtg agctctgttc acacctccgg tctgagccca cattgcctgc 1860
cttagctttc ctctttccct ggatgtacaa gtgccagaga cataagtggc agcctccaac 1920
cggcctccat gcttccagcc aatgctccag ctttctccac ccctctcccc tcccccctga 1980
cctttgccct cccggcagca tctggacagt caccagccag aagccacagt ctcatcatgg 2040
ttccacaggc gcatgggctg ctgcttctct gctttctgct ccagctccag ggacctctag 2100
ggactgcagg tatatatgtc tgtctgtccg gggagggttt ctctgtgcat ggagttgctg 2160
ctctttgcag aggcagctgg gacatcaaca ggaaccccct catgagcagc acacttgatg 2220
tgtgtccctg acaaaagcag atagcatctg gatgcttgcc acccggaaat aggcagctct 2280
tcacaggggt gggatctttg gctgtcgtcc tccagagacg ttttagaagt agggtgcttt 2340
cctgccctct atggacacag acacttgcct gtgaaattag agcctggggg tcactcagta 2400
cagagctctg tggcaagggg tcagatgtgt cagaacagcc acagggcaac tgcactagag 2460
ggctcgctca ctgccttggc tctacatcca catccacagc ccctcccacc aagtccccca 2520
ccacatacat acatgtgtgc ctctaaggcc ttgggggaga aagctcgtag ttatgaatca 2580
caagttgcag tcttacagaa agagatgctg ccaggaacat tcccatgcat agtgacatgg 2640
gtggtcgagc cagtactgtc ccccttggaa gcccatggca catagggatt gcagtggatt 2700
ctcctgtgga actgagtgac aacaggagca atggctttcc caagttctct gcagtggtat 2760
ggaagacctt ggggtcaggt ttgctttgga tctccaggag attggctgaa gtaaatttac 2820
cttctcctaa gggcccaccc cttacacaat cacttgctgt agaagtgtat gtgtcccagt 2880
ggctggtggc atatggatcc ttctctgcct ggtgaaggac attgattggt ccagttggac 2940
agtgtctcca tcctctctag gaacaccaga gagtgttcct cggcccttcc tcttccctct 3000
ctctgtccct tcccaaaatg gtttatctga cttccactct tgtccttcca agggaccctc 3060
ctctggggtg taccaacgtc ctcctggtaa gcagagccac ctttcaaccc cacctagacc 3120
cagctcctcc cagtaaggcc ctctgagcct cctctgcata gggaaagcct gtctctgtta 3180
gccctcctcc tgaatacatt ggatgctatt gggtcttcca taactgcctt ccttcaaggc 3240
tcttcttccc atctcagtta cacgtcttcc cgtccacaga tatcccaggc acacagttta 3300
tgtgacacag ttgtcatatg aggactttga gggcctcaac accatccttg gtttccaccc 3360
ctgactacct ttaggtgatt taaacatctg caccccatct ccacacccac tcctgggatt 3420
cagacccaaa tctttgcttt tccaaagcca agtgtggaac actgtcttct agtttctgtc 3480
gaggtcactg acattcaagg tcgtgtggta gaggctgcat ctgaaacact tccaatgtag 3540
aaaatcacag gactcagaac cccaggtgag gcagctgtgg ccatggtacc cagggctaat 3600
gctatgttat ggtaagatct gaagccccag ggctatgact tgagattctt cgattgactc 3660
cctggacaca ggatagagga cacagatggg agaagagagg gagatttaaa tatatgtttg 3720
tgcacacatt ttatgagtac ccaagaaagg ggttgcacaa tgtgtgatta actgtctctt 3780
tgtggcttgg tgtcacatgt aaacctcgtg ttcactggcc tcacaggaga ccacaccatt 3840
tggcaatctc gttactaccg atgtgtcatt tcgtgacctt ttgtaagctc tccaagcatc 3900
ttctcattat aaattcctaa gagagatata ggagaaatgc caaatcacat ggatatggta 3960
aactttcatc tcatctaata aatatgtcac catatacttc tacataatac tgtgccatgt 4020
tctctgtcac catcaatgaa agacacaccc atttttctta aagatatatt tatttaatgt 4080
atatgagtac accgtagctg tcttcagaca cacctgaaga gggcatcaga tcccattaca 4140
gatggttgtg aaccacaatg tggttgctgg gaattgaact caggacctct ggaagagcaa 4200
tcagtgctct taaccgctga gccatctctc cagcacaaca catccaattt taaattcagc 4260
tgtgcctggt ctgtgtcatt ccctgtgacc ttcagcccac agaagatggt aagccattga 4320
cggaaacaac ctatgcacct tccgttcctt gaggtgaaca ggaactcttt ggtccccacc 4380
aaagagtgga atggaaaaag attaatgtgg atcagttgtt cccatcactg cgggagatgg 4440
gtgtttctgc cactgagaga tctggtgtgg gtggttttca tgggctgacc cagtgtggtt 4500
tccttcactc actggaatga tccagtgtgg ctgtttccat tcctgatggg accaagagtg 4560
ggtggcttct gagcagcttg agggaagctg ccaggagcac atgagacctt ctgtttctca 4620
gttttcataa cccaggagga agcacatggt gtcctacaca ggcaaaggcg tgccaactca 4680
ctcctggagg agctttggcc cggctctctg gagagagagt gcaatgagga acagtgctcc 4740
tttgaggagg cccgggagat cttcaagagc cctgagagga ccgtgagtgc cccatctcgt 4800
gcctgctctt gtgtaacaca ctgagactgg aaggaagtga gctggggatt gtgagggtca 4860
cacctatgtc tctggatctg tctccccctc actgcggagg ctgccactca gtactcatag 4920
atggacagga accctgacac acacaggttt ctctctcaac catgccacaa gcagttttac 4980
aagaaataca actcataaac tacactggct gtgtctccta ttttcccaga ggggaatccc 5040
ttattcctta cgggctgccc atgaagtaaa cctgagaggg aaaattcacc tcaagaaggc 5100
aggacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacgcagg cctcactgga 5160
aacgtgtgag gaacaccaag gcttcctctg ccacacttgg ccatgtgcac agatttgcct 5220
ccactcctga gttactcttt tttatgtttg tttgtttgtt tgtggtttgt tgtttttttt 5280
tttttttgag acagggtttt gctatgtagc ccaggctgac ctccaattct tcatcttcat 5340
tgcctcccaa ttattggaat tataagtatg tgctaccccg cctggccctg tggtttcatt 5400
ttgtaaaaga tacatattta tacatcactg agcatgttcc tgtctggtta gacatctcac 5460
tctggagggt tttcccagca agggtgtgtc aggataagac aaggctttaa gacggggtcc 5520
actgtgtttc attttgtcat catctctgga aaaaatagtc agtcacagct tcaggggcgg 5580
ttgtgagggg ctggttgttc gttctccaag ggcttttctt ctcaccagcc ttggctcata 5640
tcacacctca cactcacagg aggctcccct cacactcata ggaggctccc ctcacactca 5700
caggaggatc acctcacact tacaggaagc tcacctcaca ctcataggag gatcaccttg 5760
cactcacagg aagctcacct cacactcaca ggaagctcac ctcacactcg cagaacacct 5820
ctctctctct caaaagagac ctcacattcg cagaagtcct cacacaggaa tttcacatgt 5880
actggagaat ttacacccac agaacacctc acagaggaac cctcattccc acaggatagc 5940
tcacaaaccc aaagaatgtt ccacacagga aattacaccg cacacttctc tcacaagtgc 6000
cctcacactc actcagagca actcacacag ggagcctgga gaagctgctt tcctcactga 6060
ctggagcaac cacctgacag aaataactgg aggaaagaca ggtttattct ggttggtcgt 6120
tcaggagtca gggaaggcgt gacagtcaca gcgcatccag tcaggaggta gagagtaagg 6180
gatgctggtg ttgagctcac tatctcctct ttattcagac cagaactccc atgggatgac 6240
acctcccaca tttagaggtc cagcccagaa ctggagaaag caggatcagg gtcagaactc 6300
tggtgcgctc acttgggaaa ggcaattgtg tggcgactta aatatctcta gaaagggcgt 6360
agagaaacat caacctcaga taatccctcc tcgtctccag aggaacgcta tcttcccaag 6420
ccccacacag atgcccaggt caggagcccc agccatagct cctgagctcc ctccgtggac 6480
actaagtgct acttctcatg accgtgcctc acatggcttc ttcttccctc tcagaagcag 6540
ttctggattg tttacagtgg tgagtaggtg aaagccatct gtgcccctcc cccacacccc 6600
ttctttgcag cacactaatg tcagctcacc cacagatggg gaccagtgtg cctcgaatcc 6660
atgtcagaac ggaggtacct gccaggatca tctcaagtct tacgtctgct tctgcctcct 6720
agactttgag ggtcggaact gtgagaaaag tgagaccaac ttcttgcctc cgtttgcaat 6780
ggatggagtc gggagggaag ggcctgggtg actggttcca gagaataaca gcctcatcga 6840
gtaaggagag ggtgtccagg ccagcctcgg cccctgaagg aaattgatct gggagacatt 6900
aagtatttct tttaaaccca tggcctttga tttatgagtc taagattctg ggtctcagac 6960
tcgctgtctg tcccttttga ctccttgccc tgagaattct gctgaactgg agagatttag 7020
gggagggagg gtccatctct gtccccacca ggtaagtcag ctaggtaaac ttcttctcct 7080
ctgctggttt aaaggtataa agtatttatt catctttgaa atatcaatta ttgttatgct 7140
tggagaccac caaactgctc tgggctcaac ggttcactac tggactccat agagttcact 7200
gacagcagag atacacatga gtattttatt acaccaacgt ttgccatggc cagaagcagg 7260
ctttctgttg ttctcttctg tgagctcaca tagacagctc agttcttcta gaatgcatgt 7320
aaagtgctgt gcagtatcac caatagaaag tcacttaacc ccgggcctag gtgtgagaga 7380
cctgtctcca gcccctccgg tcccaaatcc caccatcaat caaacctttg gttagccatc 7440
tggtatggcc caaggcccca gacaagtggc agtattccag ttgggggatg cccacgaggt 7500
cacctcttca gacaggacaa aagtgtcctt tctgcagacc aaggactcct tattgcccaa 7560
gtgggttctt cctggtatca gctgcctccg gttctcatca gaaagaggcc agagagagta 7620
aagggggaag gggagaaggg ctcactaaca gtcactgatc catggaggcc tgtaaggttt 7680
ggtgatcagt gactgtgaat gacaggacag tcctctatac taaaatgaac tgaccaccct 7740
cgcctgcaaa tggccagtgc tggagccaag ggcctagatg gctcacatgg tcatgagggt 7800
tgccccaaga gtaacttctc cctttgacat gtccgtgggc cagttcccca ttctattgag 7860
aacatttcct ttccttggaa atgtttgctt accacctcca gaacccttca catcttctca 7920
ttagagcctt ggaaggaaga tgtcatcaca caccagccta gcaccctcca agatttctca 7980
gacttgtgac tcccaaatcc agctctccat cccgccagat cagtccatag ggcaggtgac 8040
gcaagctcag ccttaatagc ccacagctac atgccatatt ccaaggggac aagagcaacc 8100
accaccatgg cccgtctgcc gaccttgcag agacctctca ggttgtcttc tccttttctc 8160
aggcaagaat gagcagctga tctgtgcaaa tgaaaatggt gactgtgacc agtactgcag 8220
ggaccatgta gggaccaagc gtacctgtag ctgtcatgag gactacacgc tacagccaga 8280
tgaggtgtcc tgcaaaccaa aaggtaatag actgtgggga ctggagctgt cttaggctct 8340
gaagaggcag tcacctgtgt gggcctgtgg caagttatca gctccatgat gtgtaacaag 8400
gtcagacctc tgcttatcaa gtacctggta gatgctgact gacttgaggt gaaagggtag 8460
agacttgaag gacacctgac ctgagagctg ttagtctgga accctgggcc agcatcctgc 8520
actgcctcaa gtatcctgac cattgaagcc ggccaggagt ggatgaggag gtcctacacc 8580
aactcttatg tcccacttag agtctctgag acataatcgg gagtcacata ggcacacctg 8640
gcatctgtat ccactgctgc agttaacaac ataagatgac ctattattat tattattatt 8700
attattatta ttattatatg catgtgggca gtattacaga tgatgacagt cctgaaggga 8760
tcagagaatg tcagctcccc tgggcactga cgttacaggc agttgtgagc tgcttgttgt 8820
gggtgctggg atccactctt gccccctgct ctgaaaacat atctccacaa gaagactatt 8880
cgagctctgc ttccgaaggc ggaggcttcc ccggaagagg atggggctca gtctgtctca 8940
tgaagctgga aagttggaag cccacagctc agtgttcttt cttacccgaa gccttcgcag 9000
tgggtggcgc ccgagtctgc cttaaggacc ctgtcttcct gtgctggtgg cccatgctta 9060
cacagatcgt cactttcttc atagcgaacc agaacgacac gttctccctg tgaggctctg 9120
gcagacccca gctctagaaa gcaggtcctc agctgtcccc acaccgttgt ctgcctcctc 9180
tcctagccgc tgcacaaggc cctccctgcc cactctagaa gtaagcccca agttcctctg 9240
tcctgaggcc tctcactgcc cccagcagga gccatggcag cagccaactg cttctcatcc 9300
cacagtcacc ttcgcctctg caccctgctc tctctgactt ctgtttcata cagttgagta 9360
cccgtgtggg agaatacctg ttgtagaaaa aagaaactcc agcagccgcc aaggccgcat 9420
tgtgggaggc aacgtgtgcc ccaaagggga gtgtccatgg caggtaatgc tctccgtcca 9480
gggaaaacct ctctctccag ctccggctcc cctgacatta gggtttctac tctggggtat 9540
ggaagttttg agttgggtta catttataca gaagagacat gggccagcct ccatccccct 9600
atcccctccc ccacactctt gtccagagaa agggaaagaa agcaggtatt ggggcccatc 9660
ccatgaaaac ccatgccagg cccacagttg ccttgcacaa gtcacttgaa gagctgtagt 9720
tgcacctcat catccatgca ccccaccctt ctgcacccct gttgtctacc agagccagca 9780
gatctagggc tgctctaccc tgctggggga atccccaaag ggatggtggg caggaattgt 9840
gtcaagtcag ctgcttcctt gggggcaagg agaccataaa agtagcatgg ctctctttgt 9900
ctgtgtgccc ccgcccaggc tgtgctgaaa atcaatgggt tattgctgtg tggggccgtc 9960
ctgctggacg ccagatggat agtgaccgca gcccactgct tcgataatat ccgctactgg 10020
ggaaacatca cagtggtgat gggtaggtat ggcccatccc tggcctctgg cctgagggca 10080
ttttcagatt aagattggct cagaggctga gagccaatgg cctgacaatg tctctaacca 10140
ggtgatatct tcaagagtgg cactggagat gacccacttg tcctctgggc ccccctcctg 10200
tcagagaata ggaaactggg gggctactct gtccaccttg ccctactcag attgggtgtc 10260
aaggacccca ttcactcctg caggctctgc ccattcacaa ccttccctcc agaactgcag 10320
tggaccctgg gccaggcttc tcctgagacc ctggcaagga gtcaaatcct cagacaccag 10380
aggctgaact gaccacagcc ctatccacat actctaggtt agagaagcaa gacaaacaag 10440
agctctgtgt ggggacatgg ccacacatgg taggatacgt gccatgagac atggtaggat 10500
atgtgccatg aggcatggta ggatatgtgc catgaggcat ggtaggatat gtgccatgag 10560
gcatggtagg atatgtgcca tgaggcatgg taggatatgt gccatgaggc atggtaggat 10620
acgtgccatg aggcatggta ggatatgtgc catgagtggc gtggtaggat atgtgccatg 10680
agtggcgtgg tgtcctccca ggtgaacatg acttcagtga gaaggatggg gatgagcaag 10740
tacgacgggt gacacaggtc atcatgcccg acaagtacat ccgcggcaag atcaaccacg 10800
acattgccct gctccgcctt caccggcctg tgaccttcac tgactacgtg gtgcccctgt 10860
gtctgcctga aaagtccttc tccgagaaca ccctagccag aatccgcttc tcaagggtca 10920
gtggctgggg ccagctactg gaccgtggtg ccacagccct ggaactcatg tccatcgagg 10980
tgccccggct gatgacccag gactgtctgg agcacgccaa gcacagctct aacaccccca 11040
aaatcacaga gaacatgttc tgcgctggct acatggatgg taccaaggac gcctgcaagg 11100
gtgacagcgg tggcccacat gccacgcact accatggcac atggtatctg acaggtgtgg 11160
tcagctgggg ggagggctgt gcagctattg gtcacattgg ggtgtacacc agggtctccc 11220
agtacataga ctggctggtc agacacatgg actccaagct ccaggttggg gttttccgac 11280
tcccactact gtagctcctt ggatagccca acccgtccca agaaggaagc tacggcctgt 11340
gaagctgttc tatggacttt cctgctattc ttgtgtaagg gaagagaatg agataaagag 11400
agagtgaaga aagcagaggg ggaggtaaat gagagaggct gggaaagggg aaacagaaag 11460
cagggccggg ggaagagtct aagttagaga ctcacaaaga aactcaagag gggctgggca 11520
gtgcagtcac agtcaggcag ctgaggggca gggtgtccct gagggaggcg aggctcaggc 11580
cttgctcccg tctccccgta gctgcctcct gtctgcatgc attcggtctg cagtactaca 11640
cagtaggtat gcacatgagc acgtaggaca cgtgaatgtg ccgcatgcat gtgcgtgcct 11700
gtgtgtccat cattggcact gttgctcact tgtgcttcct gtgagcaccc tgtcttggtt 11760
tcaattaaat gagaaacatg gtctccacgt gtagggtcat gcttccgggt tgcctaaggg 11820
agtgtttctg aagtacagtg tgcacccctg ccatggactg tttccccctg gcagggaccg 11880
gctgatttca gcacaccttg gggatacctg ctgttaccct gggttgtcct taagtccctg 11940
agtggagcct ctgatgtcaa gtcacataca catcggcggg gctgctcttc ctgggaaaag 12000
gaaggggaag gtggactaga gtcaaagagt aagctgagag ggcttgatca agtgcgtcat 12060
ggccttagtt tccccaatca ctagtaggta ggcaggcatc catctcacag agccaatctg 12120
agttgccacc aagggccctt gggaggcctt actgagaatc tagctccctg aagactgacg 12180
tgctcagtat gggttgtgct tattctccag tcagcatgtc ctttctgggg gtggggccat 12240
agagagggga ggcgacaaag ggaggacccc ctcaagccag ctttagtgtt tgtccctagt 12300
cccagaccac aggtctgctg tgagtacctc acagactcag tgtaggctca gtgacacagt 12360
acacgggcat catcaggcag ggcagcgatc aggcaccaga ctcctgccaa cagccaccag 12420
agcaccgcgc acatttccca agttctgtta tgtctgccac agcctaggaa atgacagtga 12480
cttccctcct ggtgagatgc cagcatcagc ctcaacatct gatgtcacgg gtgtgtgtgt 12540
ttgtcaggta cccacagcac gccaaggccc tctcagcact ggtaacagtg ataagccaag 12600
tgtcatcacc gtactctctg gctacgtgca tgcagccaca gtcatgagcc attgcctaac 12660
caaactccag tacagtgagc atgagaagcc tattgctgct cactaattag caggcatggt 12720
gcgcatgctc cgcagactca aaaatagctc tgccagatga agctttgaag gaggaagggc 12780
tcagcatgta gaaggtggag tcagggtgag cactgcctcc tcacaggcca aagttaggga 12840
gttttgttgt tgttgctgct gggactgctc ctgcagttct ctagggacac cggagcatgg 12900
gcctgtagcc ccaattacat gtacacacac actctcagaa gagtcaaatg gccacagcat 12960
gtgagaggag ctgtttccac atctatagct ctcagatggc t 13001
<210> 161
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 161
ccatagaaca gcttcacagg 20
<210> 162
<211> 15001
<212> DNA
<213> Macaca mulatta
<220>
<221> misc_feature
<222> (3049)...(4102)
<223> n = A,T,C or G
<400> 162
tcaaaacaga gtggggctgc ccagctcagg gccagaatga tcctattccc agcacttctc 60
agtcaggctc tgtggctcaa ctaagaaacc ggcctccctt gcagacaatg gcctagctgg 120
cctggtctcc tggaggctct cttcaaatat ttacatccac acccaagata tgctctccag 180
aattgactcg cattattgct atgggccaag ttttcatctg cagtttaaat ctgtttccca 240
acctacgttc ctatgtccta ggggtttgga attctagatc gtatttgaag tgttggtgtc 300
acacacacac cttaacacct gcacgctggc aacaaaacca tccgctttgc agcacaactg 360
gggccgcctg acctttctcc tgtcctccct gcttgagctc agcagctggg cagcagggga 420
tgcatggcca ctggccggcc aggtgcagct ctcagctggg gtgttcagag gacgcctctg 480
tccccccctc ccccatccct ctgtcgccct tggaggcaga gaactttgcc cgccagtccc 540
atgcggaatg tcaacaggca gaggcagcgc tgcagagatt tcatcatggt ctctcgagcc 600
ctcgggctcc tctgccttct gcttgggctt cagggctgtc tggctgcagg tgcgtccggg 660
gagattttcc ccataaactt ggtggaaggg cagtgggcaa atccaggagc cgacccgggc 720
ttcccaaacc gtccttgctc tggacacccc cattcaccag gagggttttc tggtggctcc 780
tgttcaattg ttttccttcc agaaaccagc atccaggcac aggaggggag gcccttctta 840
gtagcccagg ctttggtggg attatttttc aaagaacttt aggagtgggt ggtgctttct 900
tggcccccat gggcccctgc ctgttaggtt ggacaagcac agggagtcgg gggcctctca 960
gagtatggga ggtgctcaca ggctgctccc aggctgggga ggacaagtgt gtgggggatg 1020
gtgcctgggg catgggggat ggggtgtgga ggatgggggt tggggatggc atgtggggtg 1080
tggaggatgg gccatgaggg ggtgggtcct gggaaacggt atgtggggta tgagggatgg 1140
ggcgtggggt gcgggagggg ggtgtgggaa agtgtgtggg gtgtggggga tgggatgtgg 1200
gaagtggcat gtggagtgca aggaatgggg catggaggtg ttgagcatgg ggtgtgtcgg 1260
gtgtgtgggg tgtgggggag ggggaatgga aagggtgtgt ggtgtgtggg ggatggggtg 1320
aggggatggc gtgggaggtg gggcatgggg atggcaggtg tggcgtgggg atggcgagta 1380
gggggtgggg cgtggggatg gtgactgtgg ggtggggatg gcgagtgggg ctggggcctg 1440
ggaatggtga gtggggtggg gatggcgagt acagggtgtg gcatggggat ggcgaatggg 1500
gcatgaggat ggcgtgtggg gatggcgagc aggggggtgg gctgtgaggg acagtgcctg 1560
agatgtgggg ctgcagcccc agctcacaca tggccttatg accccagcca ccttcctgcc 1620
ccaggcgggg tcgctgaggc ctcaggagga gaaaacacag gacctgctgt ggaagccagg 1680
gcctcacaga ggtgagcagg gactgccact ggtttagtcc cggggcccag tgggggccaa 1740
catcacctcc ttggcctccc atggcaagga gccagcccgc ggggtggcta ctgcactgcc 1800
ccccaaggag ggtgttccct gctcaagagg aagtgaccgc tccagttcag ccttccctgg 1860
gactggggtg caggtgacct tatcttcttt gttaaatcct gttccttcca gacaatcctg 1920
tgttattcat caggtttgcc tcagttcttg agagcttttc tgatgcaaat ctgctttcat 1980
cccagggcgg taggggctca gctcacgcca gcctccaggg gtgtgggtgt cctagaagtg 2040
tgggtgtccc gggggcgtgg gtgtccctgg agtgtgggtg tcctgggggc atgggtgtcc 2100
cagagcgtgg gtgtccctgg agtgtgggtg tcccaggggc gtgggtgtcc cggaggcatg 2160
ggtgtcccgg ggcgtgggtg tcccggggcg tgggtgtccc aggggcgtgg gtgtcccgga 2220
agtgtgggtg tcccggggcg tgggtggctt gggggcatgg gtgtcccggg ggcgtgggtg 2280
gcttgggggc gtgggtgtcc cgggggtgtg ggtgtcccgg gagcgggtgt cccgggagtg 2340
tgagtgtcct gggggtgtgg gtgtcccggg agtgtgagtg tcccaggggc ctggatgtcg 2400
ggggactgca gggacaccct tcccactcct gctgcccggg gcacctcccc tgaggactcc 2460
gcctccaaga gctcccacct cctggattct ttggtgaccc ccgcctgcat cctcagcctc 2520
cttccaaacc agaccggttc tctagggacg tggacgtgtg aaactgattt taaaggaaac 2580
agacggtggc gtttctctgg gccccacgtg gcccagtagc gcccaccttc cgtcccttct 2640
tccgcgctca gtaaccgatt taggccgctc ctgcagaact cgggctcctg cccacctacc 2700
acctgcgtcc acctgaggcc tcgtcctccc agcaaaggtc gtccctcccg aacgcgcctc 2760
ctgcggcctc tccagagccc ctcccgcgcg tcctctcggc ctcctcccgg gcctccctct 2820
cccgcctgcc ccacggcccg gccagtctcc cctcgcgggc tgaggcgggt tcaggcagcg 2880
cggccgcccc gggggtcact cctcgtccac caccgcgtgg tgcccacagc tcacagctcc 2940
cgggagacgg tcccctcagc tgcagggcgt cctgaagaac ggcctgctca gagctgagcg 3000
cacgggcttg cctcgccctg ggcgcccttg gccctcgccg accccgttnn nnnnnnnnnn 3060
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3120
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3180
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3240
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3300
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3360
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3420
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3480
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3540
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3600
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3660
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3720
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3780
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3840
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3900
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 3960
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 4020
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 4080
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnaccctacc aggcacacgc tctccctacg cggccactcc 4140
gcgcatgccg gttttcacat cagaaaatac gatttgaaaa gcacacttag ggtgtccccc 4200
ttaacttcct aagggaggcc ccccaatccc ataaggatcc ggggcagtct gcgcatcacg 4260
gatgcgcggc tcacagaagg gacgtggtga gaagctggcc tgggggagct gctcgcggcc 4320
cacaccatgc caccagcggc acctccgcag ggcacatgtc ggggagaaaa aacatgtggg 4380
gacctggggc tttctccacc tcacactcac gggtcacctc acacaggaca cctcacactc 4440
agggtgcact tcaaactcac aggtcattac acctcacaca ggacgcctca cacaagacac 4500
ctcacatggt gcacttcaca ctcacaggtc acctcacatt cgacacctca cactgagcac 4560
acttcacact cgggacacct cacactcagg gtgcacttca aactcacagg tcattacacc 4620
tcacacagga cgcctcacac aagacacctc acacagggca cacttcacac tcacgggtca 4680
cctcacattc gacacctaac acagatcacc tcactcagag gacacctcac actgggcaca 4740
cttcacactc aggacacctc acactcaggg tgcacttcag actcacaggt catgacacct 4800
cacacagatc acctcactct tataggacac ttcacactca cagatcacct cactctcaca 4860
ggacacttcg gacaggacac acttcacaca ggccacctca ggttatgtca aactcacagg 4920
tcccctcaca cagtcacctc acacagtgta cacttcacac tcacaggtcc cctcacacag 4980
gtcacctcac acagtcacct cacacagtgt acacttcaca ctcacaggtc ccctcacaca 5040
ggacacctca cacagtcacc tcacacagtg cacacttcac acaggtcccc tcacacagtc 5100
acctcacaca cagggcacac ttcacactca caggtcccct cacacaggtc acctcacaca 5160
agatgcactt cacactcatg ggtcccatca cacacaggac acctcacact cgtcacctca 5220
cacatgttac atcaaactct caggtcccct cacacagtca cctcacacac agggcacact 5280
tcacattcgc aggtcacctc acaccaggcc cacgactctc acaggtcacc acacctcaca 5340
cacatcagct cacatagatc atctcaccct cacaggacat ccatcacact cacaggtcac 5400
gtcacactca tacctcaccc acaggtcacc tcacacaaat caccttgctc acacagatca 5460
cctcacacgc agggcacact tcacactcac aggttccctc acacaggaca cctcacactc 5520
acagatcacc tcaacaccga tcacctcaca caggggacac ttcattctca caggtcacct 5580
cacataggac atctcacaca caggtcacct cactcacaga tcacttcaca cagggcacac 5640
ttcactcaca gatcacacct cacctcccgc tcacagatca cctcactctc acagggcacc 5700
tcactctcac aggacacctc atacagggca cacttcactc ccacaggtca ccatacctca 5760
cacagatcag atcacttcat tctcacagga tacctcacac tcagggcaca cttcacactc 5820
acaggtcacc tcacacaagg cacccttcac acaggtcacc acacctcaca cagatcatct 5880
cactctcaca ggacccctca cactcagatt atctcacact caggtcacca cacctcacac 5940
tcttaggatg tctcacgcag gatgcctcac agtcacagag aaccacatct catatgcaca 6000
agacacttca cattcacagg acacctcatg ctcacaggaa gcctcacact cacaggaagt 6060
ccagctgtct gagacaaagg ctaacatgac cctttccggg caaattgagg atggtcatgc 6120
ctagcatttt tatccaccta gttttcaaag catttctcat ctgttgtatt ctcacagcac 6180
cctgtgagtt taagtttagg tggccaacag tttcttcagc aatcactttt ttctgtggag 6240
tgcttttgct gtttgtggaa gattttgcat ctgctactgc accctctccc ggtgtcagcc 6300
ggtgtgtgtg gccaccctgt cagagatgga gctgtggctc aaagcctgtg tacctcatcc 6360
caggtccaca gctcagcgac agaagagtca gggctgaacc tcgggtgttc tgacctggga 6420
gcaggaaatg tgtggtcacc catagtttca gaagtcctgg ggaggggcca agattggaag 6480
aaatctacct cagctctgca ggaaagtctg gcttcctgag cccaccccgc caggcccagg 6540
tccaagttcc ccaaccccag ctcgtggttt gtccagtgct caccgttggg tgcactggtg 6600
aaggtgctca cgaggctttc tcttttgttc cctcagaagc tgttctggat ttcttacagt 6660
ggtgagtaga tgatcgccac caatcctgcc tgcaaccctt ctcctcagcg tactgacgcc 6720
agcccattcc acagatgggg accagtgtgc ctcaaatccg tgccagaatg ggggctcctg 6780
caaggaccag ctccagtcct atatctgctt ctgcctccct tccttcgagg gccggaactg 6840
tgagaagagt gaggccccac tttgggtccc atatttgcag agggcctggc caaccgggtt 6900
gcagggtgca caacctggtg gggtgtgtgg accgggcatt ctgagctcag ccccagttgg 6960
aatttggtct aggtgacctt gaagtccctt ctagtctgag gtctttgaca gggacccaag 7020
gttctaattc tcagactcag tggccccttg ggctcccggc cctgggcaat tctcagccct 7080
cgagatggcc cagctgagag tccctgtgtc cctgtcccac ttccacgtcc caccaggcag 7140
caccgcttgg taaacttccc cttctctact ttccattaca aaggtttgag gtgttttttg 7200
ttttgtttgt ttgtttttgg ttttgttttg ttttgtttac catctgaata ttaaattatt 7260
gcaaagtttg aggcccccaa cttcccttag gttcagtaat tcactagaag gactcataga 7320
acccactgaa gtggatacac tcacagttac catttattac agcaaaggaa gctgacttaa 7380
gtctgcagag gaaccgggca caaacttccc attgtcccct ccctgtgggg tcatgtggac 7440
acttctccca gaaagacgtg tgatgagacg tgggaagtac tgccaacttg ggaagctcta 7500
tgagccccgg tgtccagagg ttttatcagg gctcaatcac acagacccag ctgaccaccc 7560
acacggctga cctcagtctc agcccctcca gaggccaagc caatagtgtg gcccgaggcc 7620
ctgccatcat cacattgtca gctagaccat ccagcatggc ccaaggtccg ggtaaacacc 7680
aacattccct cagggcttag cgatcacttc ccaggaaatg tgtggtcacc cttccaaggg 7740
cttagcgatc acttcccagg aaatgtgtgg tcacccttcc aagggcttag cgatcacttc 7800
ccaggaaatg tgtggtcacc cttccaaggg cttagtgatc acttcccagg agccaaggca 7860
aaggctaccc tttccctggg aacagcagct catccttgac cacccaaggt ggttcattct 7920
cacactgaac gagctctccg gcacagcagc cactttcttc tctaagtaga agagagccca 7980
gcaaggtggg gcaggctgaa gagagaggct tcctgctggt catctgggtc cagaatgcct 8040
ggggatctct gctcagccct ggtgcccagc agccctggtg tgcatcctgc agggcaggcc 8100
ttcccgccgg agtcctggac ttactcaggg ccactgccct tgcccacatc aatcaaagtc 8160
gggctgccgg ttctgctgct tctgtctgag cccatggcca gtgctgggac tgactgtccc 8220
taggcgggct cgcggtggca tgaggccagc ttggagaact gtctcagcgc tctggtcctc 8280
tcgtcagttg agtctctgat tggaagtccc ttggatactt ttaccatccc tacgggactt 8340
tcactttccc ccaggctccc ctcagcttcc catcagctgc tcggaagagt ggtcaccctg 8400
gaggccactg cccaccagcc aggcaccccc ccaaatgcaa ctgcagccag cgctgccccc 8460
gactggcaag gctgttcaga cgtgactcct ctgatccagg ccttgtcctt tggatcagtc 8520
cacggagcag gcggtgccaa gctcaggctc tgtcgcccac agctcagtgc cccttccagg 8580
cagaacgccg ctgctgactt agggcatggc atcccccggg gctggctctc actgacccaa 8640
agaggcccct ctcagggtat ccccttcctg tccgcagaca aggatgacca gctgatctgc 8700
gtgaacgaga acggcggctg tgagcagtac tgcagtgacc acgcgggtgc caagcgctcc 8760
tgttggtgcc acgaggggta ctcgctgctg gcagacgggg tgtcctgcat gcccacaggt 8820
gaccaggctt catgtcccag tcccagatga caccagtccc tgtcccacta cggattctct 8880
tactggacaa aagacgggtg ggggtggctt cacatctgag caccaaccat gcgctgacca 8940
accgtgaggc aggatctggg caccaagggt ggcacaggcc agagcgacag tgactaggat 9000
gggcaccctg ggggcagtcc ctgaatggcc tcaggccccc tacccatgct aggcagacca 9060
ggggagccaa gcaaggctct atctcacgtc caactcccac tcgcaggacc tccgctgggg 9120
ttcgtgaatc taccttggca caggcagtgt ctgtactgac tgctgcccgc tctgaattcc 9180
aaaacttgta aaggctcctg ggaaaatggg atgtttctcc aaaccagcct ggaacaaatg 9240
ggctgcactt ccaaaggcag ggacacccca cgcccactgt gtctcgaaga ggtggacgtg 9300
cccaccctgg ccacacagcc tgggactcag cccaccacct cctcaggttt tctttctggc 9360
ccacgacctt gattggagca gatcaaaact aagcgtggga tcaaaacaac agagttgttt 9420
gtgacgttga ttcatcttta ggtagaattt cattcacctt ttactaaagt caagcaacac 9480
attttccccc tgaaaagtga gcagagggca atattaagac gtaagccctc catctcctcc 9540
aaaaccagcc ctgaccattg tctcctcagc cagccacttc cgcaagggcc tctcatggcc 9600
cagccccacc agtcaggccc agccccacca gtcaggccca gccgaggccc tgctttccac 9660
catccctggg ccctggcagc tcctgctcct gggggcctcc catagcctcg gcctcaaggc 9720
ctctcagagg atgggtgttt ctgaatcttt cctagtggct cgttcatcct tcacaaattt 9780
ctgcatcttt ctgacttttg ttttacacag ttgaatatcc atgtggaaaa atacctattc 9840
tggaaaaaag aaatgccagc aaaccccaag gccgaattgt cgggggcagg gtgtgcccca 9900
aaggggagtg tccatggcag gtaaggcttc ccttggcttc aggattctaa gccctgaggg 9960
tcttggagcc ttttgaatgt gagctgaaca acagttctgg aagggaaaat gggcaggtca 10020
gccccaaggc caccaggctc caagtcagcc cacctagaac ctctagctcg ctgcaccccc 10080
atgctttcag tggggcaagg aaggagaaaa gaaggcgaca ctcgctgagg gtctaccctg 10140
tgcagagaac cctgcgagat gcccctcccg agttgtcacg tcgtcctcac tgttactctt 10200
tgaggtggga tctttgcctg atctttgcaa aatcaggagc attggatcaa agctatgtga 10260
agatcccgtg aggtgaacag tgaaatctca cagcgacgtt tgtattgttg ggctgtgccc 10320
aagagcacgt ctcggctaga gaggggcgca gcctcccaga gccaggtctg agcagctttg 10380
cctgggaggg atctgcaaag accccaggat ttcagaaaca aattgtgcaa tgccagaggt 10440
cccttggcgt gcccgggagg gcgagtcatc agagaaacaa tgacagtaat gtgacttcca 10500
tgcctcctgt ccccccgccc aggtcctgtt gttggtgaat ggagctcagc tgtgtggagg 10560
gaccctgata aacaccatct gggtggtctc tgcggcccac tgtttcgaca aaatcaagag 10620
ctggaggaac ttgaccgcgg tgctgggtag gtgccgctct cccctgtgtg accgcggtgc 10680
tgggtaggtg ccgctctccc ctgtgtgacc gcggtgctgg gtaggtacca ctctcctctg 10740
accgcgttgc tgggtgggta ctgctctccc atctgactgc tgtgctggtt acgcgccgtt 10800
ctcccgtctg acgatggtgc tgagtaggcg ccactctccc ctgtctgacc acggctctca 10860
agtgtctcag gggccgcagc tctgggcttc gtgctgtcac ttccacagac agacagacat 10920
ctccaaaagg ggagcaactg tgctaggcat gactgctgtg gccaccgtcc tctcagccac 10980
tttcccatgc ccaaataaaa tggtaaaaga caggggttct gcccatcctg cctcacctgg 11040
ccaagagccc ataggaggat gcaacttcca gggcttcatg ggaccactgg gtggcaggga 11100
ctgtgctcac tgggtttaca ggtgagatga acattcccag gagggcactt ggctgggaag 11160
aactgtggag aatcagggca caccctgccc ccccagctgc caggtcgcag caccccttcc 11220
ccacctcaac gcccaggccc cagattcacc ccagttcaca cgtccccatg tgagccacag 11280
gctgccacct gcggcaggct ggccaggtca ccttggggtt ggatgcaggc ccccctcacc 11340
ccaaaaggag actgcagccc ctgcagacct agaaatggcc acagcccgtc cccatgcacc 11400
agggggccag gcagcaggta gtgggatggg cctgagcaag gctccctcct tccaggcgag 11460
cacgacctca gcgagcacga aggggatgag cagagccggc gggtggcgca ggtcatcatc 11520
cccagcacgt atgtcctggg cgccaccaac cacgacatcg cgctgctccg cctgcagcag 11580
cccgtggtcc tcactgacca tgtggtgccc ctctgcctgc ccgaacggac gttctccgag 11640
aggacgctgg ccttcgtgcg cttctcgttg gtcagcggct ggggtcagct gctggaccgt 11700
ggtgccacag ccctggagct catggccctc aacgtgcccc ggctgatgac ccaggactgc 11760
ctgcagcagt cacagaaggc agaagcctcc ccgaatatca cggagtacat gttctgtgcc 11820
ggctactcgg acggcagcag ggactcctgc aagggggaca gtggaggccc acacgccacc 11880
cgctaccggg gcacgtggta cctgacaggc atcgtcagct ggggccaggg ctgcgcggcc 11940
gtgggccact tcggggtgta caccagggtc tcccagtaca tcgagtggct gcaaaagctc 12000
atgcactcag agccacgccc aggcgtcctc ctgcgagccc catttcccta gcctagcagc 12060
cctgccccct ggagagaaag ccaaggctgt gtagaactgt tctggcacaa aatcccatcg 12120
attcttctgc agttcatggg gtagaggagg gcatgggagg gagggagagg tggggaggga 12180
gacagagaca gaaacagaga gacaaagaga cagggagaga ctgagggaga ggttctgagg 12240
acatggagag actcaaagag actccaagat tcaaagagcc taatagagac acagagaagg 12300
aatcgaaaag atgagatgca gaggcagaca ggcgctggac agaggggcag gggaatgctg 12360
cggttgtcct ggaggcagac agcccagctg agcctcctta tctctcttca gccaagccca 12420
cctgcccgtg atctgctggc ctcaggctgc tgttctgcct tcattgctgg agacactaga 12480
ggcatgtaca cacgtggatg catacacaca caccaatgca cacacacaga gatatgcaca 12540
cacacggatg cacacacaga gggtcacaca gagatatgca aacacactga cacacacata 12600
cagagatatg cacatacaca gatgcatata cacagatatg cgcacacacg gatgcgtgca 12660
caccacacca atgcacacac acactaatgc acccacacgg atgcagagag atatgcacac 12720
accgatgtgc acatacacag atatgcacac acatggatga gtgcacacac accaatgtac 12780
acacacagat atgcacacac ggatgcacac acaccgatgc tgactccatg tgtgctgtcc 12840
tccaaaggcg gttgtttagc tctcactttt ctcgttctta tccattatca tcttcatttc 12900
agacaattca gaagcatcac catgcatgtt ggcaaatgcc ccaaactctc ccccaaatgt 12960
gccgggctgc acaggccgtt ccccaccggc ttcccaactt cacaataaat ggctgcatct 13020
cctccgcacg cctgtggggc ctgccaccca ccgtgtagcc tgtgattcat tttcagagcc 13080
tccagtgctc atcctctgag atgctttttt ctttcacagt tttcagcatc actgaaatga 13140
accctcacat ggcagctgtt ctttttaaaa acaaaagctc tttgatagat gtttgaggct 13200
gtagctccca ggaccctgtg gaattggttg ttctctccct gccacagccc ttgtcaatga 13260
tatttcgcag agaccctggg agcacctgct tgagaatcag ggacatacca ctaaatgcag 13320
gttcccaggc cctggctgca gtgggaggac ctggcaagct gcactcttgc tgagtcccca 13380
gggtggtggg ggaagaatga gaaacacatg agcagagaaa tggggaggtg acagacactg 13440
cccgcactca gactccagca agcatggctc agagagcgga ctcaacgcca tccctgtagg 13500
gccgtcctgg gcaccagtgg cgctcacagc agcaaggcag gcaccagcaa cccacctcgg 13560
gggcactcag gcaacatcta ctttagagca gacagggtcc gtgaactaca gctgagggct 13620
gcttctaagc cacccggctc ttgtaaataa agttttatgg gaacacaccc acgttagtgt 13680
ccatggagtg gccgtgacag agatgtctag ccagacagac cagctgacct gccaagccca 13740
gcatgattag tgtcaggacc tctgccgaag atgctggctg accctggcca gaccccagtt 13800
cctaatgccc ccacacaggg acgggggcca gtggcgggcc ctgatcaggt cagagctggc 13860
tctgctttct cttttgtccg agtgactggg gagtcatgcg gggtcctggt ggggtgccag 13920
cctcccttct tgccaatggg aaatgcaggc acccacctca cggtgctgct gaaggagggg 13980
gcccgggact ctccagaaac tttgctgaag ggcctgggca ccctcgaagg ctacatttct 14040
tatgggacgt gccacctgcc atggctcagc tccagctttc tgtgagtggc gagatagaat 14100
acagggaggc cactggccat gggcctgcga cagggtgggg cgaggcagca ggctcgggcc 14160
tccaaagcca gcatcaccac ccagcgttga tgaaaaagac tgcatgtctg ccatgagcat 14220
cctgctgctg gtgcacacac cacattggtc tctccataca aacgtgccta gaggcgatgt 14280
cggagtgtgg agaccacgag aggcaggagt cagacatctg gtgccaccag gaaggcccct 14340
ctcagaggac tgggctgtgc gtggtgccca ccgtgggagg ctaccctggc gttggcaccc 14400
agtgccatca gtttgtgtag tcgggtgggg cccagtgagc acctcctgtg tgccaggcac 14460
aatgacgcac aatgtgtgca caccaggccc aggtgcaggt ggctgcgaga cgggcaacac 14520
atcaaggcag acacaccgtg aggcagtggc cagcactgtg ggttttaggg gcgttgctcc 14580
ggccactacg gcatagcagg tagtgattgc cacactggcc aagttttaga ccatttattc 14640
cagggacccc agaagcaaaa atcctggctg cacctcccgg tgactcccac agccattgag 14700
tggagacgct cagggacctg gtgacaggag gtttctgtgc tggacaatga gcccagaagc 14760
cctctcagcc ttggaacagt gtggccagtg gtgggcaggt caggaggggt ttcagacaga 14820
gcctgtccct ccagatggtc aggggagggc tactccccac agaagtacat gttgggacca 14880
tgtgggcaca gaaggtttgg gggtgggtgg ggcaggtacc agcctggcct gtgggagacc 14940
gtggtgcaga tgccaagccc ccccgtgaca tcagaccacc tgacaccacc cagagaatgg 15000
c 15001
<210> 163
<211> 3068
<212> DNA
<213> Macaca mulatta
<220>
<221> misc_feature
<222> (182)...(342)
<223> n = A,T,C or G
<400> 163
agtcccatgc ggaatgtcaa caggcagagg cagcgctgca gagatttcat catggtctct 60
cgagccctcg ggctcctctg ccttctgctt gggcttcagg gctgtctggc tgcaggcggg 120
gtcgctgagg cctcaggagg agaaacacag gacctgctgt ggaagccagg gcctcacaga 180
gnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 240
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 300
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnaagctgtt ctggatttct 360
tacagtgatg gggaccagtg tgcctcaaat ccgtgccaga atgggggctc ctgcaaggac 420
cagctccagt cctatatctg cttctgcctc ccttccttcg agggccggaa ctgtgagaag 480
aacaaggatg accagctgat ctgcgtgaac gagaacggcg gctgtgagca gtactgcagt 540
gaccacgcgg gtgccaagcg ctcctgttgg tgccacgagg ggtactcgct gctggcagac 600
ggggtgtcct gcatgcccac agttgaatat ccatgtggaa aaatacctat tctggaaaaa 660
agaaatgcca gcaaacccca aggccgaatt gtcgggggca gggtgtgccc caaaggggag 720
tgtccatggc aggtcctgtt gttggtgaat ggagctcagc tgtgtggagg gaccctgata 780
aacaccatct gggtggtctc tgcggcccac tgtttcgaca aaatcaagag ctggaggaac 840
ttgaccgcgg tgctgggcga gcacgacctc agcgagcacg aaggggatga gcagagccgg 900
cgggtggcgc aggtcatcat ccccagcacg tatgtcctgg gcgccaccaa ccacgacatc 960
gcgctgctcc gcctgcagca gcccgtggtc ctcactgacc atgtggtgcc cctctgcctg 1020
cccgaacgga cgttctccga gaggacgctg gccttcgtgc gcttctcgtt ggtcagcggc 1080
tggggtcagc tgctggaccg tggtgccaca gccctggagc tcatggccct caacgtgccc 1140
cggctgatga cccaggactg cctgcagcag tcacagaagg cagaagcctc cccgaatatc 1200
acggagtaca tgttctgtgc cggctactcg gacggcagca gggactcctg caagggggac 1260
agtggaggcc cacacgccac ccgctaccgg ggcacgtggt acctgacagg catcgtcagc 1320
tggggccagg gctgcgcggc cgtgggccac ttcggggtgt acaccagggt ctcccagtac 1380
atcgagtggc tgcaaaagct catgcactca gagccacgcc caggcgtcct cctgcgagcc 1440
ccatttccct agcctagcag ccctgccccc tggagagaaa gccaaggctg tgtagaactg 1500
ttctggcaca aaatcccatc gattcttctg cagttcatgg ggtagaggag ggcatgggag 1560
ggagggagag gtggggaggg agacagagac agaaacagag agacaaagag acagggagag 1620
actgagggag aggttctgag gacatggaga gactcaaaga gactccaaga ttcaaagagc 1680
ctaatagaga cacagagaag gaatcgaaaa gatgagatgc agaggcagac aggcgctgga 1740
cagaggggca ggggaatgct gcggttgtcc tggaggcaga cagcccagct gagcctcctt 1800
atctctcttc agccaagccc acctgcccgt gatctgctgg cctcaggctg ctgttctgcc 1860
ttcattgctg gagacactag aggcatgtac acacgtggat gcatacacac acaccaatgc 1920
acacacacag agatatgcac acacacggat gcacacacag agggtcacac agagatatgc 1980
aaacacactg acacacacat acagagatat gcacatacac agatgcatat acacagatat 2040
gcgcacacac ggatgcgtgc acaccacacc aatgcacaca cacactaatg cacccacacg 2100
gatgcagaga gatatgcaca caccgatgtg cacatacaca gatatgcaca cacatggatg 2160
agtgcacaca caccaatgta cacacacaga tatgcacaca cggatgcaca cacaccgatg 2220
ctgactccat gtgtgctgtc ctccaaaggc ggttgtttag ctctcacttt tctcgttctt 2280
atccattatc atcttcattt cagacaattc agaagcatca ccatgcatgt tggcaaatgc 2340
cccaaactct cccccaaatg tgccgggctg cacaggccgt tccccaccgg cttcccaact 2400
tcacaataaa tggctgcatc tcctccgcac gcctgtgggg cctgccaccc accgtgtagc 2460
ctgtgattca ttttcagagc ctccagtgct catcctctga gatgcttttt tctttcacag 2520
ttttcagcat cactgaaatg aaccctcaca tggcagctgt tctttttaaa aacaaaagct 2580
ctttgataga tgtttgaggc tgtagctccc aggaccctgt ggaattggtt gttctctccc 2640
tgccacagcc cttgtcaatg atatttcgca gagaccctgg gagcacctgc ttgagaatca 2700
gggacatacc actaaatgca ggttcccagg ccctggctgc agtgggagga cctggcaagc 2760
tgcactcttg ctgagtcccc agggtggtgg gggaagaatg agaaacacat gagcagagaa 2820
atggggaggt gacagacact gcccgcactc agactccagc aagcatggct cagagagcgg 2880
actcaacgcc atccctgtag ggccgtcctg ggcaccagtg gcgctcacag cagcaaggca 2940
ggcaccagca acccacctcg ggggcactca ggcaacatct actttagagc agacagggtc 3000
cgtgaactac agctgagggc tgcttctaag ccacccggct cttgtaaata aagttttatg 3060
ggaacaca 3068
<210> 164
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer
<400> 164
gggaccctga tcaacaccat 20
<210> 165
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer
<400> 165
ccagttcttg attttgtcga aaca 24
<210> 166
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe
<400> 166
tgggtggtct ccgcggcc 18
<210> 167
<211> 3141
<212> DNA
<213> H. Sapiens
<400> 167
agtcccatgg ggaatgtcaa caggcagggg cagcactgca gagatttcat catggtctcc 60
caggccctca ggctcctctg ccttctgctt gggcttcagg gctgcctggc tgcaggcggg 120
gtcgctaagg cctcaggagg agaaacacgg gacatgccgt ggaagccggg gcctcacaga 180
gtcttcgtaa cccaggagga agcccacggc gtcctgcacc ggcgccggcg cgccaacgcg 240
ttcctggagg agctgcggcc gggctccctg gagagggagt gcaaggagga gcagtgctcc 300
ttcgaggagg cccgggagat cttcaaggac gcggagagga cgaagctgtt ctggatttct 360
tacagtgatg gggaccagtg tgcctcaagt ccatgccaga atgggggctc ctgcaaggac 420
cagctccagt cctatatctg cttctgcctc cctgccttcg agggccggaa ctgtgagacg 480
cacaaggatg accagctgat ctgtgtgaac gagaacggcg gctgtgagca gtactgcagt 540
gaccacacgg gcaccaagcg ctcctgtcgg tgccacgagg ggtactctct gctggcagac 600
ggggtgtcct gcacacccac agttgaatat ccatgtggaa aaatacctat tctagaaaaa 660
agaaatgcca gcaaacccca aggccgaatt gtggggggca aggtgtgccc caaaggggag 720
tgtccatggc aggtcctgtt gttggtgaat ggagctcagt tgtgtggggg gaccctgatc 780
aacaccatct gggtggtctc cgcggcccac tgtttcgaca aaatcaagaa ctggaggaac 840
ctgatcgcgg tgctgggcga gcacgacctc agcgagcacg acggggatga gcagagccgg 900
cgggtggcgc aggtcatcat ccccagcacg tacgtcccgg gcaccaccaa ccacgacatc 960
gcgctgctcc gcctgcacca gcccgtggtc ctcactgacc atgtggtgcc cctctgcctg 1020
cccgaacgga cgttctctga gaggacgctg gccttcgtgc gcttctcatt ggtcagcggc 1080
tggggccagc tgctggaccg tggcgccacg gccctggagc tcatggtcct caacgtgccc 1140
cggctgatga cccaggactg cctgcagcag tcacggaagg tgggagactc cccaaatatc 1200
acggagtaca tgttctgtgc cggctactcg gatggcagca aggactcctg caagggggac 1260
agtggaggcc cacatgccac ccactaccgg ggcacgtggt acctgacggg catcgtcagc 1320
tggggccagg gctgcgcaac cgtgggccac tttggggtgt acaccagggt ctcccagtac 1380
atcgagtggc tgcaaaagct catgcgctca gagccacgcc caggagtcct cctgcgagcc 1440
ccatttccct agcccagcag ccctggcctg tggagagaaa gccaaggctg cgtcgaactg 1500
tcctggcacc aaatcccata tattcttctg cagttaatgg ggtagaggag ggcatgggag 1560
ggagggagag gtggggaggg agacagagac agaaacagag agagacagag acagagagag 1620
actgagggag agactctgag gacatggaga gagactcaaa gagactccaa gattcaaaga 1680
gactaataga gacacagaga tggaatagaa aagatgagag gcagaggcag acaggcgctg 1740
gacagagggg caggggagtg ccaaggttgt cctggaggca gacagcccag ctgagcctcc 1800
ttacctccct tcagccaagc ccacctgcac gtgatctgct ggcctcaggc tgctgctctg 1860
ccttcattgc tggagacagt agaggcatga acacacatgg atgcacacac acacacgcca 1920
atgcacacac acagagatat gcacacacac ggatgcacac acagatggtc acacagagat 1980
acgcaaacac accgatgcac acgcacatag agatatgcac acacagatgc acacacagat 2040
atacacatgg atgcacgcac atgccaatgc acgcacacat cagtgcacac ggatgcacag 2100
agatatgcac acaccgatgt gcgcacacac agatatgcac acacatggat gagcacacac 2160
acaccaatgc gcacacacac cgatgtacac acacagatgc acacacagat gcacacacac 2220
cgatgctgac tccatgtgtg ctgtcctctg aaggcggttg tttagctctc acttttctgg 2280
ttcttatcca ttatcatctt cacttcagac aattcagaag catcaccatg catggtggcg 2340
aatgccccca aactctcccc caaatgtatt tctcccttcg ctgggtgccg ggctgcacag 2400
actattcccc acctgcttcc cagcttcaca ataaacggct gcgtctcctc cgcacacctg 2460
tggtgcctgc cacccactgg gttgcccatg attcattttt ggagcccccg gtgctcatcc 2520
tctgagatgc tcttttcttt cacaattttc aacatcactg aaatgaaccc tcacatggaa 2580
gctatttttt aaaaacaaaa gctgtttgat agatgtttga ggctgtagct cccaggatcc 2640
tgtggaattg gatgttctct ccctgccaca gcccttgtca atgatatttc acagagaccc 2700
tgggagcacc tgctcaagag tcagggacac acgcatcact aaatgcaagt tcccaggccc 2760
tggctgcagt gggaggacct ggcaagctgc actcttgctg agtccccagg gtggtggaag 2820
aagaatgaga aacacatgaa cagagaaatg gggaggtgac aaacagtgcc cccactcaga 2880
ctccggcaag cacggctcag agagtggact cgatgccatc cctgcagggc cgtcctgggc 2940
accactggca ctcacagcag caaggtgggc accattggca ctcacagcag caaggcaggc 3000
accagcaacc cacctcgggg gcactcaggc atcatctact tcagagcaga cagggtctat 3060
gaactacagc cgtgggctgc ttccaaggca ccctgctctt gtaaataaag ttttatggga 3120
acacaaaaaa aaaaaaaaaa a 3141
<210> 168
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 168
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 169
tcttgggtgt ggatgtaaat 20
<210> 170
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 170
cagatttaaa ctgcagatga 20
<210> 171
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 171
tctagaattc caaaccccta 20
<210> 172
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 172
caacacttca aatacgatct 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 173
cgtgcaggtg ttaaggtgtg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 174
ggccagtggc catgcatccc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 175
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 176
ctgaacaccc cagctgagag 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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gagaccatga tgaaatctct 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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agcccaagca gaaggcagag 20
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ccctgaagcc caagcagaag 20
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ctgcccttcc accaagttta 20
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gttctttgaa aaataatccc 20
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gtgtttctcc tcctgaggcc 20
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tagccacccc gcgggctggc 20
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tcagaaaagc tctcaagaac 20
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gcagatttgc atcagaaaag 20
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ctttaaaatc agtttcacac 20
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aggagcccga gttctgcagg 20
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ttgctgggag gacgaggcct 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gacgaccttt gctgggagga 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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acgccgtggg cttcctcctg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gcagctcctc caggaacgcg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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agcactgctc ctccttgcac 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ctgatgtgaa aaccggcatg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gtattttctg atgtgaaaac 20
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 204
ctgtaagaaa tccagaacag 20
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gtccttgcag gagcccccat 20
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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ggactggagc tggtccttgc 20
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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agatatagga ctggagctgg 20
<210> 210
<211> 20
<212> DNA
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<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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agcagatata ggactggagc 20
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<211> 20
<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<220>
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tgataaaacc tctggacacc 20
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<212> DNA
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agaaacatcc cattttccca 20
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ccaggctggt ttggagaaac 20
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tttttccaca tggatattca 20
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<212> DNA
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taggtatttt tccacatgga 20
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ggtttgctgg catttctttt 20
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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gccatggaca ctcccctttg 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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tctgcacagg gtagaccctc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ggttctctgc acagggtaga 20
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<212> DNA
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aaagatccca cctcaaagag 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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aaagatcagg caaagatccc 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<400> 442
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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cagtacttcc cacg 14
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
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Claims (33)
12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성되고 핵산염기 서열을 가지는 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 상기 핵산염기 서열은 서열번호 1의 뉴클레오티드 15128 내지 15223중 동일한 수의 핵산염기에 상보적인 적어도 12 연속 핵산염기 부분을 포함하고, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열번호 1에 적어도 80% 상보적인 화합물.
제 1 항에 있어서, 단일 가닥의 변형된 올리고뉴클레오티드로 구성된 화합물.
제 2 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열번호 53의 핵산염기 서열을 가지는 화합물.
제 2 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 적어도 80% 상보적인 화합물.
제 2 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 적어도 90% 상보적인 화합물.
제 2 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드의 핵산염기 서열이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 167중 임의의 핵산염기 서열에 100% 상보적인 화합물.
제 2 항에 있어서, 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연결이 변형된 뉴클레오시드간 연결인 화합물.
제 7 항에 있어서, 각 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결인 화합물.
제 2 항에 있어서, 적어도 하나의 뉴클레오시드가 변형된 당을 포함하는 화합물.
제 9 항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당이 바이사이클릭 당인 화합물.
제 9 항에 있어서, 적어도 하나의 변형된 당이 2'-O-메톡시에틸을 포함하는 화합물.
제 2 항에 있어서, 적어도 하나의 뉴클레오시드가 변형된 핵산염기를 포함하는 화합물.
제 12 항에 있어서, 상기 변형된 핵산염기가 5-메틸사이토신인 화합물.
제 2 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가
연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함하는 화합물.
연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함하는 화합물.
제 14 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가
10개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
10개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
제 14 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가
14개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
14개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
3개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 직접 인접하여 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
제 14 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가
13개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
13개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
5개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
제 13 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가
12개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
12개의 연결된 데옥시뉴클레오시드로 구성된 갭 세그먼트;
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 5' 윙 세그먼트; 및
2개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 3' 윙 세그먼트를 포함하고,
상기 갭 세그먼트는 5' 윙 세그먼트와 3' 윙 세그먼트 사이에 위치하며, 각 윙 세그먼트의 각 뉴클레오시드는 2'-O-메톡시에틸 당을 포함하고; 각 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인 화합물.
서열번호 53의 핵산염기 서열의 적어도 12개의 인접 핵산염기들을 포함하는 핵산염기 서열을 포함하는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 변형된 올리고뉴클레오티드 또는 그의 염 및 약학적으로 허용되는 담체 또는 희석제를 포함하는 조성물.
제 19 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가 단일 가닥의 변형된 올리고뉴클레오티드로 구성된 조성물.
제 19 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오티드가 20개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 조성물.
서열번호 53의 핵산염기 서열의 적어도 12개의 인접 핵산염기들을 포함하는 핵산염기 서열을 포함하는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성된 변형된 올리고뉴클레오티드를 동물에 투여하는 것을 포함하는 방법.
제 22 항에 있어서, 상기 동물이 인간인 방법.
제 23 항에 있어서, 상기 투여에 의해 심부정맥 혈전증을 예방하는 것인 방법.
제 23 항에 있어서, 상기 투여에 의해 폐색전증을 예방하는 것인 방법.
제 23 항에 있어서, 상기 투여에 의해 과잉증식 질환을 치료하는 것인 방법.
제 23 항에 있어서, 상기 투여에 의해 염증성 병태를 치료하는 것인 방법.
제 23 항에 있어서, 화합물과, 아스피린, 클로피도그렐, 디피리다몰, 헤파린, 레피루딘, 티클로피딘, 와파린, 아픽사반, 리바록사반 및 로베녹스로 구성된 군으로부터 선택된 임의의 성분을 공동 투여하는 것을 포함하는 방법.
제 23 항에 있어서, 화합물과, 아스피린, 클로피도그렐, 디피리다몰, 헤파린, 레피루딘, 티클로피딘, 와파린, 아픽사반, 리바록사반 및 로베녹스로 구성된 군으로부터 선택된 임의의 성분이 동시 투여되는 방법.
제 23 항에 있어서, 상기 투여가 비경구 투여인 방법.
제 30 항에 있어서, 상기 비경구 투여가 피하 투여 또는 정맥내 투여중 어느 하나인 방법.
혈전색전성 합병증의 위험이 있는 동물을 식별하고; 또한
상기 위험이 있는 동물에 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성되고 9 인자 핵산에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물의 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함하는 방법.
상기 위험이 있는 동물에 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오시드로 구성되고 9 인자 핵산에 상보적인 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물의 치료적 유효량을 투여하는 것을 포함하는 방법.
제 32 항에 있어서, 상기 혈전색전성 합병증이 심부정맥 혈전증, 폐색전증 또는 이들의 조합인 방법.
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