CN116615540A - 用于调节血管紧张素原表达的化合物和方法 - Google Patents

用于调节血管紧张素原表达的化合物和方法 Download PDF

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CN116615540A CN202180077880.0A CN202180077880A CN116615540A CN 116615540 A CN116615540 A CN 116615540A CN 202180077880 A CN202180077880 A CN 202180077880A CN 116615540 A CN116615540 A CN 116615540A
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A·慕利克
S·M·弗赖尔
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Ionis Pharmaceuticals Inc
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Abstract

提供了用于减少细胞或受试者中的AGT RNA的量或活性并且在某些情况下减少细胞或受试者中的AGT的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善心血管疾病的至少一种症状或标志。此类化合物和药物组合物可用于改善RAAS途径相关的疾病或病症的至少一种症状或标志。此类症状和标志包括高血压、慢性肾病、中风、心肌梗塞、心力衰竭、心脏瓣膜疾病、血管动脉瘤、外周动脉疾病和器官损伤。此类心血管疾病包括高血压、顽固性高血压、马凡综合征和心力衰竭。

Description

用于调节血管紧张素原表达的化合物和方法
序列表
本申请与呈电子格式的序列表一起提出申请。所述序列表以创建于2021年11月3日的标题为BIOL0393WOSEQ_ST25.txt的文件形式提供,其大小为32KB。所述序列表的电子格式中的信息通过引用整体并入本文。
技术领域
提供了用于减少细胞或受试者中的血管紧张素原RNA的量或活性并且在某些情况下减少细胞或受试者中的血管紧张素原(AGT)的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物和药物组合物可用于改善RAAS途径相关的疾病或病症的至少一种症状或标志。此类疾病和病症包括高血压、高血压急症(即恶性高血压)、顽固性高血压、肾病(例如慢性肾病、多囊性肾病)、子痫前症、马凡综合征(Marfan Syndrome)、中风、心脏病(例如心肌梗塞、心力衰竭、充血性心力衰竭、心脏瓣膜疾病)、血管动脉瘤、腹部动脉瘤、外周动脉疾病、器官损伤、肺动脉高血压、肥胖症、代谢综合征、NASH、NAFLD和其他RAAS相关的疾病、病症和/或疾患或其症状。
背景技术
血管紧张素原(AGT)也称为SERPINA8或ANHU,其是丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)家族的成员并且是肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAAS)的组分。其主要在肝脏中产生,并释放至循环中,在循环中肾素将其转化成血管紧张素I。血管紧张素I随后由血管紧张素转化酶(ACE)转化成血管紧张素II。血管紧张素II是一种肽激素,其引起血管收缩,继而可使血压升高。血管紧张素II也刺激肾上腺皮质分泌激素醛固酮。醛固酮使肾脏提高对钠和水的再吸收,从而导致体内流体体积增加,其继而可使血压升高。RAAS途径的过度刺激或活性可导致高血压。慢性高血压称为高血压。高血压受试者的高血压需要心脏更努力地工作,以使血液经由血管循环。
高血压仍是全球心血管疾病和中风所致死亡和失能的主要原因。尽管已进行广泛研究并存在多种有效的治疗性干预,但在美国,高血压仍是一项重要的公共健康挑战(Sigmund等人,Hypertension 2020,75:902-917)。目前经批准用于治疗高血压的疗法存在局限性,这是因为所有高血压患者中有很大一部分未实现足够的血压控制。举例来说,例如ACE抑制剂和血管紧张素受体阻断剂(ARB)的靶向肾素-血管紧张素系统(RAS)途径的部分的药物抑制RAAS途径的能力有限(Nobakht等人,Nat Rev Nephrol,2011,7:356-359)。另外,某些抗高血压药物(例如ACE抑制剂)禁用于患有肾病的高血压患者,这是因为其可能损害患者的肾功能。
因此,需要找到抑制RAAS途径并且治疗高血压的替代治疗。因此,本文的目标是提供用于治疗此类疾病的化合物、方法和药物组合物。
发明内容
本文提供了用于减少细胞或受试者中的AGT RNA的量或活性并且在某些实施方案中减少AGT蛋白的表达的化合物、方法和药物组合物。在某些实施方案中,所述受试者患有心血管疾病。在某些实施方案中,所述受试者患有高血压。在某些实施方案中,所述受试者患有顽固性高血压。在某些实施方案中,所述受试者患有马凡综合征。在某些实施方案中,所述受试者患有肾病。在某些实施方案中,可用于减少AGT RNA的量或活性的化合物是寡聚化合物。在某些实施方案中,可用于减少AGT RNA的量或活性的化合物是经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,可用于降低AGT蛋白的表达的化合物是寡聚化合物。在某些实施方案中,可用于降低AGT蛋白的表达的化合物是经修饰的寡核苷酸。
还提供了可用于改善RAAS途径相关的疾病或适应症的至少一种症状或标志的方法。在某些实施方案中,所述疾病是高血压。在某些实施方案中,所述疾病是顽固性高血压。在某些实施方案中,所述疾病是马凡综合征。在某些实施方案中,所述适应症是心力衰竭。在某些实施方案中,所述症状或标志包括高血压、高血压急症(即恶性高血压)、子痫前症、中风、心脏病(例如心肌梗塞、心力衰竭、充血性心力衰竭、心脏瓣膜疾病)、血管动脉瘤、腹部动脉瘤、器官损伤、肺动脉高血压、肥胖症和其他RAAS途径相关的疾病、病症和/或疾患或其症状。
具体实施方式
应理解,前述一般说明和以下详细说明都只是示例性和解释性的,而不具有限制性。在本文中,除非另有明确说明,否则单数的使用包括复数。除非另有说明,否则如本文所用,使用“或”意指“和/或”。此外,术语“包括(including)”以及例如“包括(includes和included)”等其他形式的使用不是限制性的。同样,除非另有明确说明,否则例如“要素”或“组分”的术语涵盖构成一个单元的要素和组分以及构成一个以上亚单元的要素和组分。
本文所用的章节标题仅用于组织目的,而不应解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文件或文件部分,包括(但不限于)专利、专利申请、文章、书籍、专著和GenBank、ENSEMBL和NCBI参考序列记录在此关于本文所论述的文件部分以及全文通过引用明确地并入。
定义
除非提供具体定义,否则与本文所阐述的分析化学、合成有机化学以及医学和医药化学结合使用的命名法以及其中的程序和技术是本领域中众所周知并且常用的那些命名法以及程序和技术。在允许的情形下,本公开中通篇所提及的所有专利、申请、公开申请和其他出版物以及其他数据都是通过引用整体并入本文。
除非另有指示,否则以下术语具有以下含义:
定义
如本文所用,“2'-脱氧核苷”意指包含2'-H(H)脱氧呋喃糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中,2'-脱氧核苷是2'-β-D-脱氧核苷并且包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,其具有如在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中所发现的β-D构型。在某些实施方案中,2'-脱氧核苷可包含经修饰的核碱基或可包含RNA核碱基(尿嘧啶)。
如本文所用,“2'-MOE”意指2'-OCH2CH2OCH3基团代替呋喃糖基糖部分的2'-OH基团。“2'-MOE糖部分”意指2'-OCH2CH2OCH3基团代替呋喃糖基糖部分的2'-OH基团的糖部分。除非另有指示,否则2'-MOE糖部分呈β-D-核糖基构型。“MOE”意指O-甲氧基乙基。
如本文所用,“2'-MOE核苷”意指包含2'-MOE糖部分的核苷。
如本文所用,“2'-OMe”意指代替呋喃糖基糖部分的2'-OH基团的2'-OCH3基团。如本文所用,“2'-O-甲基糖部分”或“2'-OMe糖部分”意指2'-OCH3基团代替呋喃糖基糖部分的2'-OH基团的糖部分。除非另有指示,否则2'-OMe糖部分呈β-D-核糖基构型。
如本文所用,“2'-OMe核苷”意指包含2'-OMe糖部分的核苷。
如本文所用,“2'-取代的核苷”意指包含2'-取代的糖部分的核苷。如本文所用,关于糖部分的“2'-取代”意指糖部分包含至少一个不是H或OH的2'-取代基。
如本文所用,“5-甲基胞嘧啶”意指胞嘧啶经连接至5位的甲基修饰。5-甲基胞嘧啶是经修饰的核碱基。
如本文所用,“约”意指在值的±10%内。例如,如果陈述“化合物影响约70%的AGT抑制”,则其暗示,AGT水平受抑制的范围是63%至77%。
如本文所用,“施用”意指向受试者提供医药剂。
如本文所用,“血管紧张素原”和“AGT”在本文中可互换使用。血管紧张素原也称为SERPINA8和ANHU。
如本文所用,“抗高血压药物”是指能够降低血压的药物。此类药物的实例包括(但不限于)RAAS抑制剂、利尿剂、钙通道阻断剂、肾上腺素能受体拮抗剂、肾上腺素能激动剂和血管舒张剂。在一个实例中,抗高血压药物卡托普利(captopril)可与本文所阐述的AGT化合物组合使用,以治疗患有RAAS途径相关的疾病、病症和/或疾患或处于患有RAAS途径相关的疾病、病症和/或疾患的风险下的动物。
如本文所用,“反义活性”意指可归因于反义化合物与其靶核酸的杂交的任何可检测和/或可测量的变化。在某些实施方案中,反义活性是靶核酸或由此种靶核酸编码的蛋白质的量或表达与在不存在反义化合物情形下的靶核酸水平或靶蛋白水平相比降低。
如本文所用,“反义化合物”意指能够实现至少一种反义活性的寡聚化合物或寡聚双链体。
如本文所用,关于治疗的“改善”意指至少一种症状相对于不存在所述治疗的情形下的相同症状得以改进。在某些实施方案中,改善是症状的严重程度或频率降低,或症状延迟出现或其严重程度或频率的进展减缓。指标的进展或严重程度可通过本领域技术人员已知的主观或客观量度来确定。
如本文所用,“血压”是指循环系统中血液对血管壁的压力。动物的血压主要由心脏跳动引起。在每次心跳期间,血压在最大(收缩)血压(SBP)与最小(舒张)血压(DBP)之间变化。平均动脉压(MAP)是在心跳周期期间的平均动脉压。可通过血压计(blood pressuremeter)(即血压计(sphygmomanometer))测量血压。正常静息状态下的血压收缩压小于120mmHg并且舒张压小于80mmHg,并且通常表示为收缩压(最高读数)/舒张压(最低读数)mmHg。
如本文所用,“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。
如本文所用,“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的经修饰的糖部分,其中经由连结第一个环中的两个原子的桥形成第二个环,由此形成双环结构。在某些实施方案中,双环糖部分的第一个环是呋喃糖基部分。在某些实施方案中,呋喃糖基糖部分是核糖基部分。在某些实施方案中,双环糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用,“cEt”意指4'至2'桥代替核糖基糖部分的2'OH-基团,其中所述桥具有式4'-CH(CH3)-O-2',并且其中所述桥的甲基是呈S构型。“cEt糖部分”是4'至2'桥代替核糖基糖部分的2'OH-基团的双环糖部分,其中所述桥具有式4'-CH(CH3)-O-2',并且其中所述桥的甲基是呈S构型。“cEt”意指受约束乙基。
如本文所用,“cEt核苷”意指包含cEt糖部分的核苷。
如本文所用,“可裂解部分”意指在例如细胞内、受试者、动物或人类体内的生理条件下裂解的键或原子团。
如本文所用,关于寡核苷酸的“互补”意指,当所述寡核苷酸与另一核酸的核碱基序列以相对方向对齐时,所述寡核苷酸或其一个或多个部分的至少70%的核碱基能够与另一核酸或其一个或多个部分的核碱基彼此氢键结。如本文所用,“互补核碱基”意指能够彼此形成氢键的核碱基。互补核碱基对包括腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)和5-甲基胞嘧啶(mC)与鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或靶核酸不需要在每个核苷处具有核碱基互补性。相反地,一些错配是容许的。如本文所用,关于寡核苷酸或其一部分的“完全互补”或“100%互补”意指,所述寡核苷酸或其一部分与另一寡核苷酸或靶核酸在所述两个寡核苷酸中的较短者的每个核碱基处互补,或者如果所述寡核苷酸具有相同长度,则在每个核苷处互补。
如本文所用,“接合基团”意指直接或间接地连接至寡核苷酸的原子团。接合基团包括接合部分和将所述接合部分连接至寡核苷酸的接合接头。
如本文所用,“接合接头”意指单键或包含至少一个将接合部分连结至寡核苷酸的键的原子团。
如本文所用,“接合部分”意指经由接合接头连接至寡核苷酸的原子团。
如本文所用,寡核苷酸背景中的“邻接”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间键联。例如,“邻接核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。
如本文所用,“手性富集群体”意指多个具有相同分子式的分子,其中群体内在特定手性中心处含有特定立体化学构型的分子的数目或百分比大于在所述特定手性中心为立构无规的情况下群体内在相同特定手性中心处预期含有相同特定立体化学构型的分子的数目或百分比。在每个分子内具有多个手性中心的分子的手性富集群体可含有一个或多个立构无规手性中心。在某些实施方案中,分子是经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,分子是包含经修饰的寡核苷酸的化合物。
如本文所用,关于核苷间键联的“手性控制”意指,在所述键联处对于特定立体化学构型而言手性是富集的。
如本文所用,“脱氧区”意指5-12个邻接核苷酸的区域,其中至少70%的核苷是2'-β-D-脱氧核苷。在某些实施方案中,每个核苷选自2'-β-D-脱氧核苷、双环核苷和2'-取代的核苷。在某些实施方案中,脱氧区支持RNase H活性。在某些实施方案中,脱氧区是间隙聚体的间隙或内部区域。
如本文所用,“间隙聚体”意指包含内部区域的经修饰的寡核苷酸,所述内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域之间,具有多个支持RNase H裂解的核苷,其中构成内部区域的核苷在化学上不同于构成外部区域的一个或多个核苷。内部区域可称为“间隙”,并且外部区域可称为“翼”。内部区域是脱氧区。内部区域或间隙的位置是指内部区域的核苷的顺序并且从内部区域的5'端开始计数。除非另有指示,否则“间隙聚体”是指糖基序。在某些实施方案中,间隙的每个核苷是2'-β-D-脱氧核苷。在某些实施方案中,间隙包含在间隙的1位、2位、3位、4位或5位处的一个2'-取代的核苷,并且间隙的其余核苷是2'-β-D-脱氧核苷。如本文所用,术语“MOE间隙聚体”指示具有包含2'-β-D-脱氧核苷的间隙和包含2'-MOE核苷的翼的间隙聚体。如本文所用,术语“混合翼间隙聚体”指示具有翼的间隙聚体,所述翼包含含有至少两种不同的糖修饰的经修饰的核苷。除非另有指示,否则间隙聚体可包含一个或多个经修饰的核苷间键联和/或经修饰的核碱基,并且此类修饰不一定遵循糖修饰的间隙聚体模式。
如本文所用,“热点区”是靶核酸上的一系列核碱基,其易受寡聚化合物介导的靶核酸量或活性降低的影响。
如本文所用,“杂交”意指互补寡核苷酸和/或核酸的配对或粘接。虽然不限于特定机制,但最常见的杂交机制涉及互补核碱基之间的氢键结,其可为沃森-克里克(Watson-Crick)、胡斯坦(Hoogsteen)或反向胡斯坦氢键结。
如本文所用,“高血压”或“HTN”是指动物血压升高的慢性医学疾患。升高的血压需要心脏更努力地工作,以使血液经由血管循环。如果血压持续处于或高于130/80mmHg(阶段1)或140/90mmHg(阶段2),则称存在高血压。高血压分为原发性(primary/essential)或继发性的。原发性高血压没有明确原因,并且认为与遗传学、饮食、缺乏锻炼和肥胖有关。继发性高血压由另一种医学疾患引起。高血压是预期寿命缩短、慢性肾病、中风、心肌梗塞、心力衰竭、血管动脉瘤(例如主动脉动脉瘤)、外周动脉疾病、器官损伤(例如心脏扩大或肥大)和其他心血管疾病、病症和/或疾患或其症状的主要风险因素。抗高血压药物、饮食改变和生活方式改变可降低高血压,并减少与高血压相关的疾病、病症和/或疾患。高血压可对药物干预(即能通过市售药物疗法控制)无抗性,或对药物干预有抗性。
如本文所用,“核苷间键联”意指寡核苷酸中邻接核苷之间的共价键联。如本文所用,“经修饰的核苷间键联”意指除磷酸二酯核苷间键联以外的任何核苷间键联。“硫代磷酸酯核苷间键联”是经修饰的核苷间键联,其中磷酸二酯核苷间键联的一个非桥接氧原子被硫原子代替。
如本文所用,“接头核苷”意指将寡核苷酸直接或间接地连接至接合部分的核苷。接头核苷位于寡聚化合物的接合接头内。接头核苷不被视为寡聚化合物的寡核苷酸部分的一部分,即使其与寡核苷酸邻接。
如本文所用,“非双环的经修饰糖部分”意指包含修饰(例如取代基)的经修饰的糖部分,其在糖的两个原子之间不会形成桥以致形成第二个环。
如本文所用,“错配”或“非互补”意指当将第一寡核苷酸与第二寡核苷酸对齐时,第一寡核苷酸的核碱基不与第二寡核苷酸或靶核酸的相应核碱基互补。
如本文所用,“基序”意指寡核苷酸中未经修饰和/或经修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间键联的模式。
如本文所用,“核碱基”意指未经修饰的核碱基或经修饰的核碱基。如本文所用,“未经修饰的核碱基”是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)或鸟嘌呤(G)。如本文所用,“经修饰的核碱基”是除未经修饰的A、T、C、U或G以外的能够与至少一种未经修饰的核碱基配对的原子团。“5-甲基胞嘧啶”是经修饰的核碱基。通用碱基是经修饰的核碱基,其可与所述五种未经修饰的核碱基中的任一者配对。如本文所用,“核碱基序列”意指靶核酸或寡核苷酸中邻接核碱基的顺序,所述顺序与任何糖或核苷间键联修饰无关。
如本文所用,“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物或化合物片段。核碱基和糖部分各自独立地未经修饰或经修饰。如本文所用,“经修饰的核苷”意指包含经修饰的核碱基和/或经修饰的糖部分的核苷。经修饰的核苷包括缺少核碱基的无碱基核苷。“连接的核苷”是以邻接序列相连结的核苷(即,在那些连接的核苷之间不存在其他核苷)。
如本文所用,“寡聚化合物”意指寡核苷酸和任选地一种或多种额外特征,例如接合基团或末端基团。寡聚化合物可与同第一寡聚化合物互补的第二寡聚化合物配对或可能不配对。“单链寡聚化合物”是未配对的寡聚化合物。术语“寡聚双链体”意指由两种具有互补核碱基序列的寡聚化合物形成的双链体。寡聚双链体的每个寡聚化合物可称为“双链体化的寡聚化合物”。
如本文所用,“寡核苷酸”意指经由核苷间键联连结的一条连接核苷链,其中每个核苷和核苷间键联可经修饰或未经修饰。除非另有指示,否则寡核苷酸由8-50个连接的核苷组成。如本文所用,“经修饰的寡核苷酸”意指其中至少一个核苷或核苷间键联经修饰的寡核苷酸。如本文所用,“未经修饰的寡核苷酸”意指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的寡核苷酸。
如本文所用,“器官损伤”或“终末器官损伤”是指在由循环系统供给的主要器官中发生的损伤,例如心脏(例如心肌肥大、心脏功能减退和/或心力衰竭)、肾脏(例如白蛋白尿、蛋白尿、肾功能减退和/或肾衰竭)、眼睛(例如高血压性视网膜病变)、脑(例如中风)等。高血压可损害动物的器官。在某些实施方案中,心脏损伤是纤维化、心脏细胞和/或肌肉肥大,从而导致心脏扩大。
如本文所用,“药学上可接受的载体或稀释剂”意指适用于施用给受试者的任何物质。某些此类载体使得能够将药物组合物配制为例如片剂、丸剂、糖衣药丸、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、悬浮液和糖锭以供由受试者口服摄取。在某些实施方案中,药学上可接受的载体或稀释剂是无菌水、无菌盐水、无菌缓冲溶液或无菌人工脑脊髓液。
如本文所用,“药学上可接受的盐”意指化合物的生理学和药学上可接受的盐。药学上可接受的盐保留母体化合物的期望生物活性,并且不赋予其不期望的毒理学效应。
如本文所用,“药物组合物”意指适于向受试者施用的物质混合物。例如,药物组合物可包含寡聚化合物和无菌水溶液。在某些实施方案中,药物组合物在某些细胞系中在自由摄取测定中显示活性。
如本文所用,“前药”意指在受试者或其细胞内转化成与体外形式不同形式的治疗剂。通常,通过存在于细胞或组织中的酶(例如内源性或病毒酶)或化学品的作用和/或通过生理条件促进前药在受试者体内的转化。
如本文所用,“减少量或活性”是指相对于未经处理的样品或对照样品中的转录表达或活性减少或阻断转录表达或活性,并且不一定指示转录表达或活性的完全消除。
如本文所用,“肾素-血管紧张素-醛固酮系统”、“肾素-血管紧张素-醛固酮系统途径”、“RAAS途径”或“RAAS”是指多组分酶促途径,其中前体组分(血管紧张素原)被各种酶(例如肾素和酶血管紧张素转化酶(ACE))转化成下游组分,例如血管紧张素I和血管紧张素II。血管紧张素I刺激途径中类固醇醛固酮的分泌。RAAS途径调控血压和流体平衡。
如本文所用,“肾素-血管紧张素系统”或“RAS”或“RAS途径”是指RAAS途径的一部分。激动剂或拮抗剂已靶向此途径的各种组分以阻断所述组分的产生。例如,已开发肾素抑制剂、ACE抑制剂、血管紧张素-受体阻断剂(ARB)等,以抑制或阻断RAS途径。然而,由于各种机制或不良效应,靶向各种RAS途径组分的市售疗法在完全抑制或阻断RAS途径方面无效(Nobakht等人,Nat Rev Nephrol,2011,7:356-359)。
如本文所用,“RAAS相关的疾病、病症和/或疾患”或“RAAS途径相关的疾病、病症和/或疾患”是指动物中与RAAS相关的任何疾病、病症或疾患。RAAS相关的疾病、病症和/或疾患的实例包括预期寿命缩短、高血压(例如非顽固性高血压、顽固性高血压)、肾病(例如慢性肾病、多囊性肾病)、中风、心脏病(例如心肌梗塞、心力衰竭、心脏瓣膜疾病)、血管动脉瘤(例如主动脉动脉瘤)、外周动脉疾病、器官损伤(例如心脏损伤或肥大)、组织纤维化和其他心血管疾病、病症和/或疾患或其症状。在某些实施方案中,RAAS相关的疾病、病症和/或疾患不包括高血压。
如本文所用,“顽固性高血压”或“RHTN”定义为a)尽管同时使用3种或更多种来自不同药物类别的抗高血压剂并且以最大耐受剂量施用,但血压仍高于治疗目标(通常≥130/80mmHg);或b)仅在施用至少4种不同类别的抗高血压剂以实现控制后,才将血压控制在治疗目标或低于治疗目标。
除非另有指定,否则如本文所用,“RNA”意指RNA转录物并且包括前mRNA和成熟mRNA。
如本文所用,“RNAi化合物”意指反义化合物,其至少部分地经由RISC或Ago2起作用以调节靶核酸和/或由靶核酸编码的蛋白质。RNAi化合物包括(但不限于)双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微RNA,包括微RNA模拟物。在某些实施方案中,RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物不包括经由RNase H起作用的反义化合物。
如本文所用,关于寡核苷酸的“自互补”意指寡核苷酸至少部分地与自身杂交。
如本文所用,“标准体外测定”意指实施例中所阐述的测定和其合理变化形式。
如本文所用,“标准体内测定”意指实施例中所阐述的测定和其合理变化形式。
如本文所用,“立构无规手性中心”在具有相同分子式的分子群体背景下意指具有无规立体化学构型的手性中心。例如,在包含立构无规手性中心的分子群体中,具有立构无规手性中心(S)构型的分子的数目可与具有立构无规手性中心(R)构型的分子的数目相同,但不一定相同。当手性中心的立体化学构型是并非为控制立体化学构型而设计的合成方法的结果时,可将其视为无规的。在某些实施方案中,立构无规手性中心是立构无规硫代磷酸酯核苷间键联。
如本文所用,“受试者”意指人类或非人类动物。
如本文所用,“糖部分”意指未经修饰的糖部分或经修饰的糖部分。如本文所用,“未经修饰的糖部分”意指如在RNA中发现的2'-OH(H)β-D-核糖基部分(“未经修饰的RNA糖部分”),或如在DNA中发现的2'-H(H)β-D-脱氧核糖基糖部分(“未经修饰的DNA糖部分”)。未经修饰的糖部分在1'位、3'位和4'位中的每一者处具有一个氢,在3'位处具有氧并且在5'位处具有两个氢。如本文所用,“经修饰的糖部分”或“经修饰的糖”意指经修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用,“糖替代物”意指经修饰的糖部分,其具有除呋喃糖基部分以外的可将核碱基连接至另一基团的部分,例如寡核苷酸中的核苷间键联、接合基团或末端基团。包含糖替代物的经修饰核苷可并入至寡核苷酸内的一个或多个位置中,并且此类寡核苷酸能够与互补寡聚化合物或靶核酸杂交。
如本文所用,“症状”或“标志”意指指示疾病或病症的存在或程度的任何身体特征或测试结果。在某些实施方案中,症状对于受试者或者检查或测试所述受试者的医学专业人士来说是显而易见的。在某些实施方案中,标志在进行包括(但不限于)死后测试的侵入性诊断测试时是显而易见的。
如本文所用,“靶核酸”和“靶RNA”意指反义化合物经设计以影响的核酸。
如本文所用,“靶区”意指寡聚化合物经设计以与其杂交的靶核酸的一部分。
如本文所用,“末端基团”意指共价连接至寡核苷酸末端的化学基团或原子团。
如本文所用,“治疗有效量”意指医药剂为受试者提供治疗益处的量。例如,治疗有效量改善疾病的症状。
某些实施方案
本公开提供了以下非限制性编号实施方案:
实施方案1:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12-15的核碱基序列中的任一者的至少14个、至少15个或16个邻接核碱基的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案2:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含至少14个、至少15个或至少16个与以下互补的邻接核碱基的核碱基序列:
SEQ ID NO:1的核碱基2046-2061的等长部分;
SEQ ID NO:1的核碱基2271-2286的等长部分;
SEQ ID NO:1的核碱基2272-2287的等长部分;
其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案3:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案4:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:13的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案5:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:14的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案6:一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:15的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案7:如实施方案1-6中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中当在所述经修饰的寡核苷酸的整个核碱基序列上测量时,所述经修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中的任一者的核碱基序列至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互补的核碱基序列。
实施方案8:如实施方案1-7中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个双环糖部分。
实施方案9:如实施方案8所述的寡聚化合物,其中所述双环糖部分具有4'-2'桥,其中所述4'-2'桥选自-CH2-O-和-CH(CH3)-O-。
实施方案10:如实施方案1-9中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个非双环的经修饰糖部分。
实施方案11:如实施方案10所述的寡聚化合物,其中所述非双环的经修饰糖部分是2'-MOE糖部分或2'-OMe糖部分。
实施方案12:如实施方案1-11中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个糖替代物。
实施方案13:如实施方案12所述的寡聚化合物,其中所述糖替代物是吗啉基、经修饰的吗啉基、PNA、THP和F-HNA中的任一者。
实施方案14:如实施方案1-13中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸是间隙聚体。
实施方案15:如实施方案14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案16:如实施方案14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-脱氧核糖基糖部分。
实施方案17:如实施方案14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由3个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含2'-MOE糖部分或经cEt修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案18:如实施方案14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由3个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经2'-MOE修饰的糖部分或经cEt修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案19:如实施方案1-18中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有选自以下的糖基序(5'至3'):eek ddddddddddkke、ekkddddddddddkke、kkkdyddddddddkkk、kkkddyddd ddddkkk、kkkdddyddddddkkk、kkkddddddddddkkk或eeeeeddddddddd deeeee;其中‘e’表示2'-MOE糖部分,‘k’表示cEt糖部分,‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,并且‘y’表示2'-OMe糖部分。
实施方案20:如实施方案1-19中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联。
实施方案21:如实施方案20所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联是经修饰的核苷间键联。
实施方案22:如实施方案20或实施方案21所述的寡聚化合物,其中至少一个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案23:如实施方案20和22中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键联。
实施方案24:如实施方案20、22和23中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案25:如实施方案21所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案26:如实施方案1-20或22-24中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有soossssssssssos的核苷间键联基序;其中,
s=硫代磷酸酯核苷间键联并且o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案27:如实施方案1-26中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
实施方案28:如实施方案27所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
实施方案29:如实施方案1-28中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由12-30个、12-22个、12-20个、14-18个、14-20个、15-17个、15-25个或16-20个连接的核苷组成。
实施方案30:如实施方案1-28中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
实施方案31:如实施方案1-30中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含接合基团。
实施方案32:如实施方案31所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。
实施方案33:如实施方案31和32中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含由单键组成的接合接头。
实施方案34:如实施方案31-33中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含可裂解接头。
实施方案35:如实施方案31-34中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个接头核苷的接合接头。
实施方案36:如实施方案31-35中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的5'端处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案37:如实施方案31-35中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的3'端处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案38:如实施方案1-37中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述寡聚化合物是单链寡聚化合物。
实施方案39:如实施方案1-30或38中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
实施方案40:一种寡聚双链体,所述寡聚双链体包含实施方案1-37中任一实施方案所述的寡聚化合物。
实施方案41:一种反义化合物,所述反义化合物包含实施方案1-39中任一实施方案所述的寡聚化合物或实施方案40所述的寡聚双链体,或由其组成。
实施方案42:一种药物组合物,所述药物组合物包含实施方案1-39中任一实施方案所述的寡聚化合物或实施方案40所述的寡聚双链体以及药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案43:一种根据以下化学结构的化合物:
(SEQ ID NO:12),或其盐。
实施方案44:一种根据以下化学结构的化合物:
实施方案45:一种根据以下化学结构的化合物:
(SEQ ID NO:13),或其盐。
实施方案46:一种根据以下化学结构的化合物:
实施方案47:一种根据以下化学结构的化合物:
(SEQ ID NO:14),或其盐。
实施方案48:一种根据以下化学结构的化合物:
实施方案49:一种根据以下化学结构的化合物:
/>
(SEQ ID NO:15),或其盐。
实施方案50:一种根据以下化学结构的化合物:
实施方案51:如实施方案43、45、47和49中任一实施方案所述的经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸是所述化学结构的钠盐或钾盐。
实施方案52:一种药物组合物,所述药物组合物包含实施方案43-51中任一实施方案所述的经修饰的寡核苷酸以及药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案53:一种化合物,所述化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:mCesGeo mCkoTdsGdsAdsTdsTdsTdsGdsTds mCds mCdsGko GksGe(SEQ ID NO:12),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案54:一种化合物,所述化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tes mCkoGkoGdsTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTks Te(SEQ ID NO:13),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案55:一种化合物,所述化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:GksTks mCksGdsGysTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCksTks Tk(SEQ ID NO:15),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,并且
s=硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案56:一种化合物,所述化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tks mCkoGkoGdsUysTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTks Tk(SEQ ID NO:14),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
U=尿嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案57:如实施方案53-56中任一实施方案所述的化合物,所述化合物包含共价连接至接合基团的所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案58:如实施方案53-56中任一实施方案所述的药物组合物,和药学上可接受的稀释剂或载体。
实施方案59:一种如实施方案53-56中任一实施方案所述的经修饰的寡核苷酸的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸。
实施方案60:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸。
实施方案61:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸。
实施方案62:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有特定独立选择的立体化学构型的经修饰的寡核苷酸。
实施方案63:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型的经修饰的寡核苷酸或富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型的经修饰的寡核苷酸。
实施方案64:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集在一个特定硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型并且在其余硫代磷酸酯核苷间键联中的每一者处具有(Sp)构型的经修饰的寡核苷酸。
实施方案65:如实施方案59所述的手性富集群体,其中所述群体富集沿5'至3'方向具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的邻接硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸。
实施方案66:一种如实施方案59-65中任一实施方案所述的经修饰的寡核苷酸的群体,其中所述经修饰的寡核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
实施方案67:一种方法,所述方法包括向个体施用任何前述实施方案所述的药物组合物。
实施方案68:一种治疗与RAAS途径相关的疾病的方法,所述方法包括向患有与RAAS途径相关的疾病或处于患有所述疾病风险下的个体施用治疗有效量的根据任何前述实施方案所述的药物组合物,由此治疗所述与RAAS途径相关的疾病。
实施方案69:如实施方案68所述的方法,其中所述疾病是心血管疾病。
实施方案70:如实施方案68和69中任一实施方案所述的方法,其中所述疾病选自高血压、顽固性高血压、马凡综合征、心力衰竭、肾病、肥胖症、代谢综合征、NASH和NAFLD。
实施方案71:如实施方案68-70中任一实施方案所述的方法,其中所述疾病的至少一种症状或标志得以改善。
实施方案72:如实施方案71所述的方法,其中所述症状或标志是以下中的任一者:高血压、高血压急症(即恶性高血压)、中风、子痫前症、血管动脉瘤、腹部动脉瘤、外周动脉疾病、器官损伤或肺动脉高血压。
实施方案73:如实施方案67-72中任一实施方案所述的方法,其中所述药物组合物是全身施用的。
实施方案74:如实施方案73中任一实施方案所述的方法,其中所述药物组合物是以皮下或肌内任一方式施用的。
实施方案75:一种如实施方案1-37中任一实施方案所述的寡聚化合物或如实施方案40所述的寡聚双链体的用途,其用于减少细胞中的AGT表达。
实施方案76:如实施方案75所述的用途,其中AGT RNA的水平降低。
实施方案77:如实施方案75所述的用途,其中AGT蛋白的水平降低。
实施方案78.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12-15的核碱基序列中的任一者的至少14个、至少15个或至少16个邻接核碱基的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案79.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含至少14个、至少15个或至少16个与以下互补的邻接核碱基的核碱基序列:
a.SEQ ID NO:1的核碱基2046-2061的等长部分;
b.SEQ ID NO:1的核碱基2271-2286的等长部分;
c.SEQ ID NO:1的核碱基2272-2287的等长部分;
其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案80.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案81.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:13的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案82.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:14的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案83.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:15的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
实施方案84.如实施方案78-83中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中当在所述经修饰的寡核苷酸的整个核碱基序列上测量时,所述经修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中的任一者的核碱基序列至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互补的核碱基序列。
实施方案85.如实施方案78-84中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个双环糖部分。
实施方案86.如实施方案85所述的寡聚化合物,其中所述双环糖部分具有4'-2'桥,其中所述4'-2'桥选自-CH2-O-和-CH(CH3)-O-。
实施方案87.如实施方案78-86中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个非双环的经修饰糖部分。
实施方案88.如实施方案87所述的寡聚化合物,其中所述非双环的经修饰糖部分是2'-MOE糖部分或2'-OMe糖部分。
实施方案89.如实施方案78-88中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个糖替代物。
实施方案90.如实施方案89所述的寡聚化合物,其中所述糖替代物是吗啉基、经修饰的吗啉基、PNA、THP和F-HNA中的任一者。
实施方案91.如实施方案78-90中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸是间隙聚体。
实施方案92.如实施方案78-91中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案93.如实施方案78-91中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-脱氧核糖基糖部分。
实施方案94.如实施方案78-91中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由3个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含2'-MOE糖部分或cEt糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案95.如实施方案78-91中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由43个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经2'-MOE修饰的糖部分或cEt糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案96.如实施方案78-95中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有选自以下的糖基序(5'至3'):eek ddddddddddkke、ekkddddddddddkke、kkkdyddddddddkkk、kkkddyddd ddddkkk、kkkdddyddddddkkk、kkkddddddddddkkk或eeeeeddddddddd deeeee;其中‘e’表示2'-MOE糖部分,‘k’表示cEt糖部分,‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,并且‘y’表示2'-OMe糖部分。
实施方案97.如实施方案78-96中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联。
实施方案98.如实施方案97所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联是经修饰的核苷间键联。
实施方案99.如实施方案97或实施方案98所述的寡聚化合物,其中至少一个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案100.如实施方案97和实施方案99中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键联。
实施方案101.如实施方案97、99和100中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案102.如实施方案98所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案103.如实施方案78-97或99-101中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有soossssssssssos的核苷间键联基序;其中,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案104.如实施方案78-103中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
实施方案105.如实施方案104所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
实施方案106.如实施方案78-105中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由14-30个、14-22个、14-20个、14-18个、14-20个、15-17个、15-25个或16-20个连接的核苷组成。
实施方案107.如实施方案78-106中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
实施方案108.如实施方案78-107中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含接合基团。
实施方案109.如实施方案108所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。
实施方案110.如实施方案108和109中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含由单键组成的接合接头。
实施方案111.如实施方案108-110中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含可裂解接头。
实施方案112.如实施方案108-111中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个接头核苷的接合接头。
实施方案113.如实施方案108-112中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的5'端处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案114.如实施方案108-113中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的3'端处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案115.如实施方案78-114中任一实施方案所述的寡聚化合物,其中所述寡聚化合物是单链寡聚化合物。
实施方案116.如实施方案78-107或115中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
实施方案117.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:12),或其盐。
实施方案118.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:12)。
实施方案119.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:13),或其盐。
实施方案120.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:13)。
实施方案121.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:14),或其盐。
实施方案122.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:14)。
实施方案123.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
(SEQ ID NO:15),或其盐。
实施方案124.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
实施方案125.如实施方案117、119、121或123中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物是钠盐或钾盐。
实施方案126.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:mCesGeo mCkoTdsGdsAdsTdsTdsTdsGdsTds mC ds mCdsGkoGksGe(SEQ ID NO:12),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案127.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tes mCkoGkoGdsTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTe(SEQ ID NO:13),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案128.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:GksTks mCksGdsGysTdsTdsGdsGdsAdsAdsTds Tds mCksTksTk(SEQ ID NO:15),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,并且
s=硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案129.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tks mCkoGkoGdsUysTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTk(SEQ ID NO:14),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
U=尿嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
实施方案130.如实施方案126-129中任一实施方案所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含共价连接至接合基团的所述经修饰的寡核苷酸。
实施方案131.一种寡聚双链体,所述寡聚双链体包含实施方案78-130中任一实施方案所述的寡聚化合物。
实施方案132.一种反义化合物,所述反义化合物包含实施方案78-130中任一实施方案所述的寡聚化合物或实施方案131所述的寡聚双链体,或由其组成。
实施方案133.一种如实施方案117-130中任一实施方案所述的寡聚化合物的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
实施方案134.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
实施方案135.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
实施方案136.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有特定独立选择的立体化学构型的化合物。
实施方案137.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型的化合物或富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型的经修饰的寡核苷酸。
实施方案138.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集在一个特定硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型并且在其余硫代磷酸酯核苷间键联中的每一者处具有(Sp)构型的化合物。
实施方案139.如实施方案133所述的手性富集群体,其中所述群体富集沿5'至3'方向具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的邻接硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
实施方案140.一种如实施方案117-130中任一实施方案所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
实施方案141.一种药物组合物,所述药物组合物包含实施方案78-130中任一实施方案所述的寡聚化合物、实施方案131所述的寡聚双链体、实施方案132所述的反义化合物或实施方案133-140中任一实施方案所述的群体以及药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案142.一种方法,所述方法包括向个体施用实施方案141所述的药物组合物。
实施方案143.一种治疗与RAAS途径相关的疾病的方法,所述方法包括向患有与RAAS途径相关的疾病或处于患有所述疾病风险下的个体施用治疗有效量的根据实施方案142所述的药物组合物,由此治疗所述与RAAS途径相关的疾病。
实施方案144.如实施方案143所述的方法,其中所述疾病是心血管疾病。
实施方案145.如实施方案143和144中任一实施方案所述的方法,其中所述疾病选自高血压、顽固性高血压、马凡综合征、心力衰竭、肾病、肥胖症、代谢综合征、NASH和NAFLD。
实施方案146.如实施方案143-145中任一实施方案所述的方法,其中所述疾病的至少一种症状或标志得以改善。
实施方案147.如实施方案146所述的方法,其中所述症状或标志是以下中的任一者:高血压、高血压急症(即恶性高血压)、中风、子痫前症、血管动脉瘤、腹部动脉瘤、外周动脉疾病、器官损伤或肺动脉高血压。
实施方案148.如实施方案142-147中任一实施方案所述的方法,其中所述药物组合物是全身施用的。
实施方案149.如实施方案142-148中任一实施方案所述的方法,其中所述药物组合物是皮下或肌内施用的。
实施方案150.一种如实施方案78-130中任一实施方案所述的寡聚化合物、如实施方案131所述的寡聚双链体、如实施方案132所述的反义化合物或如实施方案133-140中任一实施方案所述的群体的用途,其用于减少细胞中的AGT表达。
实施方案151.如实施方案150所述的用途,其中AGT RNA的水平降低。
实施方案152.如实施方案150所述的用途,其中AGT蛋白的水平降低。
I.某些寡核苷酸
在某些实施方案中,本文提供了寡聚化合物,所述寡聚化合物包含由连接的核苷组成的寡核苷酸。寡核苷酸可为未经修饰的寡核苷酸(RNA或DNA)或可为经修饰的寡核苷酸。相对于未经修饰的RNA或DNA,经修饰的寡核苷酸包含至少一种修饰。也就是说,经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷(包含经修饰的糖部分和/或经修饰的核碱基)和/或至少一个经修饰的核苷间键联。
A.某些经修饰的核苷
经修饰的核苷包含经修饰的糖部分或经修饰的核碱基或者经修饰的糖部分和经修饰的核碱基二者。
1.某些糖部分
在某些实施方案中,经修饰的糖部分是非双环的经修饰糖部分。在某些实施方案中,经修饰的糖部分是双环或三环糖部分。在某些实施方案中,经修饰的糖部分是糖替代物。此类糖替代物可包含一个或多个取代,所述取代对应于其他类型的经修饰的糖部分的那些取代。
在某些实施方案中,经修饰的糖部分是非双环的经修饰糖部分,其包含具有一个或多个取代基的呋喃糖基环,所述取代基均不桥接所述呋喃糖基环的两个原子以形成双环结构。此类非桥接取代基可位于呋喃糖基的任何位置,包括(但不限于)位于2'位、4'位和/或5'位的取代基。在某些实施方案中,非双环的经修饰糖部分的一个或多个非桥接取代基具有支链。适于非双环的经修饰糖部分的2'-取代基的实例包括(但不限于):2'-F、2'-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2'-O(CH2)2OC H3(“MOE”或“O-甲氧基乙基”)。在某些实施方案中,2'-取代基选自:卤基、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、被取代的O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10烷基、被取代的O-C1-C10烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-亚烷基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn),其中每个Rm和Rn独立地是H、氨基保护基团、或被取代或未被取代的C1-C10烷基,以及Cook等人,U.S.6,531,584;Cook等人,U.S.5,859,221;和Cook等人,U.S.6,005,087中所阐述的2'-取代基。这些2'-取代基的某些实施方案可进一步被一个或多个独立地选自以下的取代基取代:羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基(NO2)、硫醇、硫代烷氧基、硫基烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适于非双环的经修饰糖部分的4'-取代基的实例包括(但不限于)烷氧基(例如甲氧基)、烷基和Manoharan等人,WO 2015/106128中所阐述的那些基团。适于非双环的经修饰糖部分的5'-取代基的实例包括(但不限于):5'-甲基(R或S)、5'-乙烯基和5'-甲氧基。在某些实施方案中,非双环的经修饰糖部分包含一个以上非桥接糖取代基,例如2'-F-5'-甲基糖部分以及Migawa等人,WO 2008/101157和Rajeev等人,US2013/0203836中所阐述的经修饰的糖部分和经修饰的核苷。
在某些实施方案中,2'-取代的非双环的经修饰核苷包含糖部分,所述糖部分包含选自以下的非桥接2'-取代基:F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH=CH2、OCH2CH=CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N-取代的乙酰胺(OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)),其中每个Rm和Rn独立地是H、氨基保护基团、或被取代或未被取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中,2'-取代的非双环的经修饰核苷包含糖部分,所述糖部分包含选自以下的非桥接2'-取代基:F、OCF3、OCH3、OC H2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(=O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中,2'-取代的非双环的经修饰核苷包含糖部分,所述糖部分包含选自以下的非桥接2'-取代基:F、OCH3和OCH2CH2OCH3
在某些实施方案中,经修饰的呋喃糖基糖部分和并有此类经修饰的呋喃糖基糖部分的核苷进一步由异构构型定义。例如,2'-脱氧呋喃糖基糖部分可呈除天然存在的β-D-脱氧核糖基构型外的七种异构构型。此类经修饰的糖部分阐述于例如WO 2019/157531中,所述文献通过引用并入本文。2'-经修饰的糖部分相对于2'-脱氧呋喃糖基糖部分在2'位具有另一立体中心;因此,此类糖部分具有总计十六种可能的异构构型。除非另有指定,否则本文所阐述的2'-经修饰的糖部分呈β-D-核糖基异构构型。
某些经修饰的糖部分包含取代基,所述取代基桥接呋喃糖基环的两个原子以形成第二个环,从而产生双环糖部分。在某些此类实施方案中,双环糖部分在4'与2'呋喃糖环原子之间包含桥。此类4'至2'桥接糖取代基的实例包括(但不限于):4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'(“LNA”)、4'-CH2-S-2'、4'-(CH2)2-O-2'(“ENA”)、4'-CH(CH3)-O-2'(称为“受约束乙基”或“cEt”)、4'-CH2-O-CH2-2'、4'-CH2-N(R)-2'、4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(“受约束MOE”或“cMOE”)和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.7,399,845;Bhat等人,U.S.7,569,686;Swayze等人,U.S.7,741,457;和Swayze等人,U.S.8,022,193)、4'-C(CH3)(CH3)-O-2'和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,283)、4'-CH2-N(OCH3)-2'和其类似物(参见例如Prakash等人,U.S.8,278,425)、4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见例如Allerson等人,U.S.7,696,345和Allerson等人,U.S.8,124,745)、4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见例如Zhou等人,J.Org.Chem.,2009,74,118-134)、4'-CH2-C(=CH2)-2'和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,426)、4'-C(RaRb)-N(R)-O-2'、4'-C(RaRb)-O-N(R)-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'和4'-CH2-N(R)-O-2',其中每个R、Ra和Rb独立地是H、保护基团或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人,U.S.7,427,672)。
在某些实施方案中,此类4'至2'桥独立地包含1至4个独立地选自以下的连接基团:-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-和-N(Ra)-;
其中:
x是0、1或2;
n是1、2、3或4;
每个Ra和Rb独立地是H、保护基团、羟基、C1-C12烷基、被取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、被取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、被取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、被取代的C5-C20芳基、杂环基团、被取代的杂环基团、杂芳基、被取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、被取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、被取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或亚砜基(sulfoxyl)(S(=O)-J1);并且
每个J1和J2独立地是H、C1-C12烷基、被取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、被取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、被取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、被取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、被取代的酰基、杂环基团、被取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、被取代的C1-C12氨基烷基或保护基团。
其他双环糖部分是本领域中已知的,参见例如:Freier等人,Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443;Albaek等人,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740;Singh等人,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin等人,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Kumar等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh等人,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039;Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc.,2007,129,8362-8379;Wengel等人,U.S.7,053,207;Imanishi等人,U.S.6,268,490;Imanishi等人,U.S.6,770,748;Imanishi等人,U.S.RE44,779;Wengel等人,U.S.6,794,499;Wengel等人,U.S.6,670,461;Wengel等人,U.S.7,034,133;Wengel等人,U.S.8,080,644;Wengel等人,U.S.8,034,909;Wengel等人,U.S.8,153,365;Wengel等人,U.S.7,572,582;Ramasamy等人,U.S.6,525,191;Torsten等人,WO 2004/106356;Wengel等人,WO 1999/014226;Seth等人,WO 2007/134181;Seth等人,U.S.7,547,684;Seth等人,U.S.7,666,854;Seth等人,U.S.8,088,746;Seth等人,U.S.7,750,131;Seth等人,U.S.8,030,467;Seth等人,U.S.8,268,980;Seth等人,U.S.8,546,556;Seth等人,U.S.8,530,640;Migawa等人,U.S.9,012,421;Seth等人,U.S.8,501,805;以及Allerson等人,美国专利公开第US2008/0039618号和Migawa等人,美国专利公开第US2015/0191727号。
在某些实施方案中,双环糖部分和并有此类双环糖部分的核苷进一步由异构构型定义。例如,LNA核苷(本文所阐述)可呈α-L构型或呈β-D构型。
α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')或α-L-LNA双环核苷已并入至显示反义活性的寡核苷酸中(Frieden等人,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。在本文中,双环核苷的一般描述包括两种异构构型。除非另有指定,否则当在本文中所示例的实施方案中鉴定出特定双环核苷(例如LNA或cEt)的位置时,其呈β-D构型。
在某些实施方案中,经修饰的糖部分包含一个或多个非桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如,5'-取代的糖和4'-2'桥接糖)。
在某些实施方案中,经修饰的糖部分是糖替代物。在某些此类实施方案中,糖部分的氧原子被例如硫、碳或氮原子代替。在某些此类实施方案中,此类经修饰的糖部分也包含如本文所阐述的桥接和/或非桥接取代基。例如,某些糖替代物包含4'-硫原子和位于2'位(参见例如Bhat等人,U.S.7,875,733和Bhat等人,U.S.7,939,677)和/或5'位的取代。
在某些实施方案中,糖替代物包含具有并非5个原子的环。例如,在某些实施方案中,糖替代物包含6元四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃可进一步被修饰或被取代。包含此类经修饰的四氢吡喃的核苷包括(但不限于)己糖醇核酸(“HNA”)、安醇(anitol)核酸(“ANA”)、甘露醇核酸(“MNA”)(参见例如Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟HNA:
(“F-HNA”,参见例如Swayze等人,U.S.8,088,904;Swayze等人,U.S.8,440,803;Swayze等人,U.S.8,796,437;和Swayze等人,U.S.9,005,906;F-HNA也可称为F-THP或3'-氟四氢吡喃)和具有下式的包含其他经修饰的THP化合物的核苷:
其中,独立地,对于每个经修饰的THP核苷:
Bx是核碱基部分;
T3和T4各自独立地是将经修饰的THP核苷连接至寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团,或T3和T4中的一者是将经修饰的THP核苷连接至寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团并且T3和T4中的另一者是H、羟基保护基团、连接的接合基团或5'或3'末端基团;
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地是H、C1-C6烷基、被取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、被取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或被取代的C2-C6炔基;并且
R1和R2各自独立地选自:氢、卤素、被取代或未被取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2和CN,其中X是O、S或NJ1,并且每个J1、J2和J3独立地是H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中,提供了经修饰的THP核苷,其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自是H。在某些实施方案中,q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一者不是H。在某些实施方案中,q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一者是甲基。在某些实施方案中,提供了经修饰的THP核苷,其中R1和R2中的一者是F。在某些实施方案中,R1是F并且R2是H,在某些实施方案中,R1是甲氧基并且R2是H,并且在某些实施方案中,R1是甲氧基乙氧基并且R2是H。
在某些实施方案中,糖替代物包含具有5个以上原子和一个以上杂原子的环。例如,已报道包含吗啉基糖部分的核苷和其在寡核苷酸中的用途(参见例如Braasch等人,Biochemistry,2002,41,4503-4510和Summerton等人,U.S.5,698,685;Summerton等人,U.S.5,166,315;Summerton等人,U.S.5,185,444;和Summerton等人,U.S.5,034,506)。如本文所用,术语“吗啉基”意指具有以下结构的糖替代物:
在某些实施方案中,可例如通过相较于以上吗啉基结构添加或改变各种取代基对吗啉基进行修饰。此类糖替代物在本文中称为“经修饰的吗啉基”。
在某些实施方案中,糖替代物包含非环状部分。包含此类非环状糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括(但不限于):肽核酸(“PNA”)、非环状丁基核酸(参见例如Kumar等人,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)以及Manoharan等人,WO2011/133876中所阐述的核苷和寡核苷酸。
本领域中已知许多其他双环和三环糖和糖替代物环系统可用于经修饰的核苷中。
2.某些经修饰的核碱基
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含未经修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个不包含核碱基的核苷,称为无碱基核苷。
在某些实施方案中,经修饰的核碱基选自:5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中,经修饰的核碱基选自:2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶;8-卤基、8-氨基、8-硫醇、8-硫基烷基、8-羟基、8-氮杂和其他8-取代的嘌呤;5-卤基、特别是5-溴、5-三氟甲基、5-卤基尿嘧啶和5-卤基胞嘧啶;7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-去氮鸟嘌呤、7-去氮腺嘌呤、3-去氮鸟嘌呤、3-去氮腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水性碱基、混杂碱基、大小扩大的碱基和氟化碱基。其他经修饰的核碱基包括三环嘧啶,例如1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、1,3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G-钳)。经修饰的核碱基还可包括嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环代替的那些核碱基,所述其他杂环例如7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。其他核碱基包括Meriga n等人,U.S.3,687,808中所公开的那些核碱基;The ConciseEncycl opedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.编辑,JohnWiley&Sons,1990,858-859;Englisch等人,Angewandte Che mie,国际版,1991,30,613;Sanghvi,Y.S.,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.和Lebleu,B.编辑,CRC Press,第15章,1993,273-288中所公开的那些核碱基;和Antisense DrugTechnology,Crooke S.T.编辑,CRC Press,第6章和第15章,2008,163-166和442-443中所公开的那些核碱基。
教导某些上述经修饰的核碱基以及其他经修饰的核碱基的制备的公开包括(但不限于)Manoharan等人,US2003/0158403;Manoharan等人,US2003/0175906;Dinh等人,U.S.4,845,205;Spielvogel等人,U.S.5,130,302;Rogers等人,U.S.5,134,066;Bischofberger等人,U.S.5,175,273;Urdea等人,U.S.5,367,066;Benner等人,U.S.5,432,272;Matteucci等人,U.S.5,434,257;Gmeiner等人,U.S.5,457,187;Cook等人,U.S.5,459,255;Froehler等人,U.S.5,484,908;Matteucci等人,U.S.5,502,177;Hawkins等人,U.S.5,525,711;Haralambidis等人,U.S.5,552,540;Cook等人,U.S.5,587,469;Froehler等人,U.S.5,594,121;Switzer等人,U.S.5,596,091;Cook等人,U.S.5,614,617;Froehler等人,U.S.5,645,985;Cook等人,U.S.5,681,941;Cook等人,U.S.5,811,534;Cook等人,U.S.5,750,692;Cook等人,U.S.5,948,903;Cook等人,U.S.5,587,470;Cook等人,U.S.5,457,191;Matteucci等人,U.S.5,763,588;Froehler等人,U.S.5,830,653;Cook等人,U.S.5,808,027;Cook等人,6,166,199;和Matteucci等人,U.S.6,005,096。
3.某些经修饰的核苷间键联
在某些实施方案中,可使用任何核苷间键联将经修饰的寡核苷酸的核苷连接在一起。根据存在或不存在磷原子来定义两种主要类别的核苷间连接基团。代表性含磷核苷间键联包括(但不限于)磷酸二酯,其含有磷酸二酯键(“P(O2)=O”)(也称为未经修饰的键联或天然存在的键联);磷酸三酯;甲基膦酸酯;氨基磷酸酯;硫代磷酸酯(“P(O2)=S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P=S”)。代表性的不含磷核苷间连接基团包括(但不限于)亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫代二酯、硫羰氨基甲酸酯(-O-C(=O)(NH)-S-);硅氧烷(-O-SiH2-O-);和N,N'-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。经修饰的核苷间键联与天然存在的磷酸二酯核苷间键联相比可用于改变、通常增加寡核苷酸的核酸酶抗性。在某些实施方案中,可将具有手性原子的核苷间键联制备成外消旋混合物或分开的对映异构体。制备含磷和不含磷核苷间键联的方法是本领域技术人员众所周知的。
具有手性中心的代表性核苷间键联包括(但不限于)烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。可将包含具有手性中心的核苷间键联的经修饰的寡核苷酸制备成包含立构无规核苷间键联的经修饰的寡核苷酸的群体,或制备成包含呈特定立体化学构型的硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸的群体。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体包含硫代磷酸酯核苷间键联,其中所有所述硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。此类经修饰的寡核苷酸可使用随机选择每个硫代磷酸酯核苷间键联的立体化学构型的合成方法来生成。尽管如此,如本领域技术人员所充分理解,每个个别寡核苷酸分子的每个个别硫代磷酸酯具有确定的立体构型。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体富集包含一个或多个呈特定独立选择的立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,群体中至少65%的分子中存在特定构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,群体中至少70%的分子中存在特定构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,群体中至少80%的分子中存在特定构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,群体中至少90%的分子中存在特定构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,群体中至少99%的分子中存在特定构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联。经修饰的寡核苷酸的此类手性富集群体可使用本领域中已知的合成方法来生成,例如以下文献中所阐述的方法:Oka等人,JACS 125,8307(2003);Wan等人,Nuc.Acid.Res.42,13456(2014);和WO 2017/015555。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体富集具有至少一种呈(Sp)构型的所指示硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体富集具有至少一种呈(Rp)构型的硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的经修饰的寡核苷酸分别包含以下各式中的一者或多者,其中“B”指示核碱基:
除非另有指示,否则本文所阐述的经修饰的寡核苷酸的手性核苷间键联可为立构无规的或呈特定立体化学构型。
中性核苷间键联包括(但不限于)磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH2-N(CH3)-O-5')、酰胺-3(3'-CH2-C(=O)-N(H)-5')、酰胺-4(3'-CH2-N(H)-C(=O)-5')、甲缩醛(3'-O-CH2-O-5')、甲氧基丙基(MOP)和硫基甲缩醛(3'-S-CH2-O-5')。其他中性核苷间键联包括非离子键联,其包含硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、羧酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺(参见例如Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Y.S.Sang hvi和P.D.Cook编辑,ACS Symposium Series 580;第3章和第4章,40-65)。其他中性核苷间键联包括包含混合的N、O、S和CH2组成部分的非离子键联。
B.某些基序
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的糖部分的经修饰的核苷。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含经修饰的核碱基的经修饰的核苷。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷间键联。在此类实施方案中,经修饰的寡核苷酸的经修饰、未经修饰和经不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间键联定义模式或基序。在某些实施方案中,糖部分、核碱基和核苷间键联的模式各自彼此独立。因此,经修饰的寡核苷酸可由其糖基序、核碱基基序和/或核苷间键联基序来描述(如本文所用,核碱基基序描述对核碱基的修饰,与核碱基的序列无关)。
1.某些糖基序
在某些实施方案中,寡核苷酸包含以限定模式或糖基序沿寡核苷酸或其一部分排列的一种或多种类型的经修饰的糖和/或未经修饰的糖部分。在某些情况下,此类糖基序包括(但不限于)本文所论述的糖修饰中的任一者。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有间隙聚体基序,所述间隙聚体基序由两个外部区或“翼”和中央或内部区或“间隙”定义。间隙聚体基序的三个区(5'翼、间隙和3'翼)形成核苷的邻接序列,其中每个翼的核苷的至少一些糖部分不同于间隙的核苷的至少一些糖部分。具体而言,每个翼中最靠近间隙的核苷(5'翼的最3'端核苷和3'翼的最5'端核苷)的至少糖部分不同于相邻间隙核苷的糖部分,由此界定翼与间隙之间的边界(即,翼/间隙交界)。在某些实施方案中,间隙内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中,间隙包括一个或多个核苷,所述核苷所具有的糖部分不同于间隙的一个或多个其他核苷的糖部分。在某些实施方案中,两个翼的糖基序彼此相同(对称间隙聚体)。在某些实施方案中,5'翼的糖基序不同于3'翼的糖基序(不对称间隙聚体)。
在某些实施方案中,间隙聚体的翼包含1-6个核苷。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的每个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的至少一个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的至少两个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的至少三个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的至少四个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的至少五个核苷包含经修饰的糖部分。
在某些实施方案中,间隙聚体的间隙包含7-12个核苷。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的至少六个核苷包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的每个核苷包含2'-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的每个核苷包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的至少一个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的至少一个核苷包含2'-OMe糖部分。
在某些实施方案中,间隙聚体是脱氧间隙聚体。在某些实施方案中,在每个翼/间隙交界的间隙侧的核苷包含2'-脱氧核糖基糖部分,并且在每个翼/间隙交界的翼侧的核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的间隙的至少六个核苷包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,间隙的每个核苷包含2'-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,间隙聚体的每个翼的每个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,间隙的一个核苷包含经修饰的糖部分并且间隙的每个其余核苷包含2'-脱氧核糖基糖部分。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含具有完全经修饰的糖基序的部分或由其组成。在此类实施方案中,经修饰的寡核苷酸的完全经修饰的部分的每个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,整个经修饰的寡核苷酸的每个核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含具有完全经修饰的糖基序的部分或由其组成,其中完全经修饰的部分内的每个核苷包含相同的经修饰的糖部分,在本文中称为均匀经修饰的糖基序。在某些实施方案中,完全经修饰的寡核苷酸是均匀经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中,均匀经修饰的寡核苷酸的每个核苷包含相同的2'-修饰。
在本文中,间隙聚体的三个区的长度(核苷数目)可使用记法[5'翼中的核苷数目]-[间隙中的核苷数目]-[3'翼中的核苷数目]来提供。因此,5-10-5间隙聚体由每个翼中的5个连接的核苷和间隙中的10个连接的核苷组成。如果此命名法之后接着是特定修饰,则所述修饰是每个翼的每个糖部分中的修饰并且间隙核苷包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。因此,5-10-5MOE间隙聚体由5'翼中的5个连接的2'-MOE核苷、间隙中的10个连接的2'-β-D-脱氧核苷和3'翼中的5个连接的2'-MOE核苷组成。3-10-3cEt间隙聚体由5'翼中的3个连接的cEt核苷、间隙中的10个连接的2'-β-D-脱氧核苷和3'翼中的3个连接的cEt核苷组成。5-8-5间隙聚体由5'翼中的包含经修饰的糖部分的5个连接的核苷、间隙中的8个连接的2'-脱氧核苷和3'翼中的包含经修饰的糖部分的5个连接的核苷组成。混合翼间隙聚体在5'翼和/或3'翼中具有至少两个不同的经修饰糖。5-8-5或5-8-4混合翼间隙聚体在5'翼和/或3'翼中具有至少两个不同的经修饰的糖部分。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸是5-10-5MOE间隙聚体。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸是4-10-6MOE间隙聚体。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸是6-10-4MOE间隙聚体。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸是5-8-5MOE间隙聚体。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸是X-Y-Z MOE间隙聚体,其中X和Z独立地选自1、2、3、4、5或6个连接的2'-MOE核苷,并且Y是7、8、9、10或11个连接的脱氧核苷。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有选自以下的糖基序(5'至3'):meeemddddddddddmmmmm,其中‘d’表示2'-脱氧核糖基糖部分,‘e’表示2'-MOE糖部分,并且‘m’表示2'-OMe糖部分。
2.某些核碱基基序
在某些实施方案中,寡核苷酸包含以所定义的模式或基序沿寡核苷酸或其一部分排列的经修饰和/或未经修饰的核碱基。在某些实施方案中,每个核碱基均经修饰。在某些实施方案中,核碱基均不经修饰。在某些实施方案中,每个嘌呤或每个嘧啶均经修饰。在某些实施方案中,每个腺嘌呤均经修饰。在某些实施方案中,每个鸟嘌呤均经修饰。在某些实施方案中,每个胸腺嘧啶均经修饰。在某些实施方案中,每个尿嘧啶均经修饰。在某些实施方案中,每个胞嘧啶均经修饰。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的所有胞嘧啶核碱基都是5-甲基胞嘧啶并且所有其他核碱基都是未经修饰的核碱基。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含经修饰的核碱基的区段。在某些此类实施方案中,区段位于寡核苷酸的3'端。在某些实施方案中,区段位于寡核苷酸的3'端的3个核苷内。在某些实施方案中,区段位于寡核苷酸的5'端。在某些实施方案中,区段位于寡核苷酸的5'端的3个核苷内。
在某些实施方案中,具有间隙聚体基序的寡核苷酸包含含有经修饰的核碱基的核苷。在某些此类实施方案中,一个包含经修饰的核碱基的核苷位于具有间隙聚体基序的寡核苷酸的中央间隙中。在某些此类实施方案中,核苷的糖部分是2'-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中,经修饰的核碱基选自:2-硫嘧啶和5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷间键联基序
在某些实施方案中,寡核苷酸包含以所定义的模式或基序沿寡核苷酸或其一部分排列的经修饰和/或未经修饰的核苷间键联。在某些实施方案中,每个核苷间连接基团是磷酸二酯核苷间键联(P(O2)=O)。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的每个核苷间连接基团是硫代磷酸酯核苷间键联(P(O2)=S)。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联独立地选自硫代磷酸酯核苷间键联和磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,每个硫代磷酸酯核苷间键联独立地选自立构无规硫代磷酸酯、(Sp)硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的糖基序是间隙聚体并且间隙内的核苷间键联全部均经修饰。在某些此类实施方案中,翼中的一些或所有核苷间键联是未经修饰的磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,末端核苷间键联经修饰。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的糖基序是间隙聚体,并且核苷间键联基序在至少一个翼中包含至少一个磷酸二酯核苷间键联,其中所述至少一个磷酸二酯核苷间键联不是末端核苷间键联,并且其余核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。在某些此类实施方案中,所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。在某些实施方案中,翼中的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是(Sp)硫代磷酸酯,并且间隙包含至少一个Sp,Sp,Rp基序。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体富集包含此类核苷间键联基序的经修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中,所有核苷间键联都是磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联,并且手性基序是(5'至3'):Sp-o-o-o-Sp-Sp-Sp-Rp-Sp-Sp-Rp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp或Sp-o-o-o-Sp-Sp-Sp-Rp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp-Sp,其中每个‘Sp’表示(Sp)硫代磷酸酯核苷间键联,每个‘Rp’是Rp核苷间键联,并且每个‘o’表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的群体富集包含此类核苷间键联基序的经修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有sooosssssssssssooss的核苷间键联基序,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有如下核苷间键联基序(5'至3'):sooooossssssssssoss,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联,并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有如下核苷间键联基序(5'至3'):soooossssssssssooss,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联,并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有如下核苷间键联基序(5'至3'):sooosssssssssooss,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联,并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有如下核苷间键联基序(5'至3'):sooossssssssssoooss,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联,并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸具有如下核苷间键联基序(5'至3'):sooosssssssssssssss,其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键联,并且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键联。
C.某些长度
可增加或减小寡核苷酸的长度,而不消除活性。例如,在Woolf等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992中,测试了一系列长度为13-25个核碱基的寡核苷酸在卵母细胞注射模型中诱导靶核酸裂解的能力。长度为25个核碱基并且在寡核苷酸末端附近具有8个或11个错配碱基的寡核苷酸能够引导靶核酸的特异性裂解,但程度较不含错配的寡核苷酸低。类似地,使用13个核碱基寡核苷酸(包括具有1或3个错配的那些寡核苷酸)实现靶标特异性裂解。
在某些实施方案中,寡核苷酸(包括经修饰的寡核苷酸)可具有多种长度范围中的任一者。在某些实施方案中,寡核苷酸由X至Y个连接的核苷组成,其中X表示范围内最少的核苷数目,并且Y表示范围内最大的核苷数目。在某些此类实施方案中,X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50;条件是X≤Y。例如,在某些实施方案中,寡核苷酸由12至13、12至14、12至15、12至16、12至17、12至18、12至19、12至20、12至21、12至22、12至23、12至24、12至25、12至26、12至27、12至28、12至29、12至30、13至14、13至15、13至16、13至17、13至18、13至19、13至20、13至21、13至22、13至23、13至24、13至25、13至26、13至27、13至28、13至29、13至30、14至15、14至16、14至17、14至18、14至19、14至20、14至21、14至22、14至23、14至24、14至25、14至26、14至27、14至28、14至29、14至30、15至16、15至17、15至18、15至19、15至20、15至21、15至22、15至23、15至24、15至25、15至26、15至27、15至28、15至29、15至30、16至17、16至18、16至19、16至20、16至21、16至22、16至23、16至24、16至25、16至26、16至27、16至28、16至29、16至30、17至18、17至19、17至20、17至21、17至22、17至23、17至24、17至25、17至26、17至27、17至28、17至29、17至30、18至19、18至20、18至21、18至22、18至23、18至24、18至25、18至26、18至27、18至28、18至29、18至30、19至20、19至21、19至22、19至23、19至24、19至25、19至26、19至29、19至28、19至29、19至30、20至21、20至22、20至23、20至24、20至25、20至26、20至27、20至28、20至29、20至30、21至22、21至23、21至24、21至25、21至26、21至27、21至28、21至29、21至30、22至23、22至24、22至25、22至26、22至27、22至28、22至29、22至30、23至24、23至25、23至26、23至27、23至28、23至29、23至30、24至25、24至26、24至27、24至28、24至29、24至30、25至26、25至27、25至28、25至29、25至30、26至27、26至28、26至29、26至30、27至28、27至29、27至30、28至29、28至30或29至30个连接的核苷组成。
D.某些经修饰的寡核苷酸
在某些实施方案中,将上述修饰(糖、核碱基、核苷间键联)并入至经修饰的寡核苷酸中。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸的特征在于其修饰基序和总长度。在某些实施方案中,此类参数各自彼此独立。因此,除非另有指示,否则具有间隙聚体糖基序的寡核苷酸的每个核苷间键联可经修饰或未经修饰,并且可遵循或可不遵循糖修饰的间隙聚体修饰模式。例如,糖间隙聚体的翼区内的核苷间键联可彼此相同或不同,并且可与糖基序的间隙区的核苷间键联相同或不同。同样,此类糖间隙聚体寡核苷酸可包含一个或多个经修饰的核碱基,这与糖修饰的间隙聚体模式无关。除非另有指示,否则所有修饰均与核碱基序列无关。
E.经修饰的寡核苷酸的某些群体
群体中所有经修饰的寡核苷酸均具有相同分子式的经修饰的寡核苷酸的群体可为立构无规群体或手性富集群体。在立构无规群体中,所有经修饰的寡核苷酸的所有手性中心都是立构无规的。在手性富集群体中,至少一个特定手性中心在所述群体的经修饰的寡核苷酸中不是立构无规的。在某些实施方案中,手性富集群体的经修饰的寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分,并且所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。在某些实施方案中,手性富集群体的经修饰的寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分和至少一个呈特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联二者。
F.核碱基序列
在某些实施方案中,寡核苷酸(未经修饰或经修饰的寡核苷酸)进一步由其核碱基序列描述。在某些实施方案中,寡核苷酸具有与第二寡核苷酸或鉴定的参照核酸(例如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些此类实施方案中,寡核苷酸的一部分具有与第二寡核苷酸或鉴定的参照核酸(例如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些实施方案中,寡核苷酸的一部分或整个长度上的核碱基序列与第二寡核苷酸或核酸(例如靶核酸)至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互补。
II.某些寡聚化合物
在某些实施方案中,本文提供了寡聚化合物,其由寡核苷酸(经修饰或未经修饰)和任选地一个或多个接合基团和/或末端基团组成。接合基团由一个或多个接合部分和将接合部分连接至寡核苷酸的接合接头组成。接合基团可连接至寡核苷酸的任一端或两端和/或连接在任何内部位置。在某些实施方案中,接合基团连接至经修饰的寡核苷酸的核苷的2'位。在某些实施方案中,连接至寡核苷酸的任一端或两端的接合基团是末端基团。在某些此类实施方案中,接合基团或末端基团连接在寡核苷酸的3'端和/或5'端。在某些此类实施方案中,接合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的3'端。在某些实施方案中,接合基团连接在寡核苷酸的3'端附近。在某些实施方案中,接合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的5'端。在某些实施方案中,接合基团连接在寡核苷酸的5'端附近。
末端基团的实例包括(但不限于)接合基团、封端基团、磷酸酯部分、保护基团、无碱基核苷、经修饰或未经修饰的核苷和两个或更多个独立地经修饰或未经修饰的核苷。
A.某些接合基团
在某些实施方案中,寡核苷酸共价连接至一个或多个接合基团。在某些实施方案中,接合基团改变所连接的寡核苷酸的一种或多种性质,包括(但不限于)药效学、药物动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除。在某些实施方案中,接合基团赋予所连接的寡核苷酸新的性质,例如使得能够检测寡核苷酸的荧光团或报告基团。某些接合基团和接合部分先前已予以阐述,例如:胆固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556);胆酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060);硫醚,例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309;Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770);硫胆固醇(Oberhauser等人,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538);脂族链,例如十二烷-二醇或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人,EMBO J.,1991,10,1111-1118;Kabanov等人,FEBS Lett.,1990,259,327-330;Svinarchuk等人,Biochimie,1993,75,49-54);磷脂,例如二-十六烷基-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油-3-H-膦酸三乙基铵(Manoharan等人,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654;Shea等人,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783);聚胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973);或金刚烷乙酸、棕榈基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237);十八烷基胺或己氨基-羰基-羟胆固醇部分(Crooke等人,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937);生育酚基团(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220;和Nishina等人,Molecular Therapy,2008,16,734-740);或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.接合部分
接合部分包括(但不限于)嵌插物、报告分子、聚胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫胆固醇、胆酸部分、叶酸盐、脂质、亲脂基团、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中,接合部分包含活性原料药,例如阿司匹林(aspirin)、华法林(warfarin)、苯丁吡唑酮(phenylbutazone)、布洛芬(ibup rofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fen-bufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S)-(+)-普拉洛芬(pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺酰肌氨酸(dansyl sarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟芬那酸(flufe namic acid)、亚叶酸、苯并噻二嗪、氯噻嗪、二氮杂卓、吲哚美辛(indo-methicin)、巴比妥酸盐(barbiturate)、头孢菌素(cephalosporin)、磺胺药、抗糖尿病药、抗细菌剂或抗生素。
2.接合接头
接合部分经由接合接头连接至寡核苷酸。在某些寡聚化合物中,接合接头是单一化学键(即,接合部分经由单键直接连接至寡核苷酸)。在某些寡聚化合物中,接合部分经由更复杂的接合接头连接至寡核苷酸,所述更复杂的接合接头包含一个或多个接合接头部分,所述接合接头部分是构成接合接头的亚单元。在某些实施方案中,接合接头包含例如烃基链的链结构或例如乙二醇、核苷或氨基酸单元的重复单元的寡聚体。
在某些实施方案中,接合接头包含一个或多个选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基。在某些此类实施方案中,接合接头包含选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺和醚基。在某些实施方案中,接合接头包含选自烷基和酰胺基团的基团。在某些实施方案中,接合接头包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中,接合接头包含至少一个磷部分。在某些实施方案中,接合接头包含至少一个磷酸基。在某些实施方案中,接合接头包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中,接合接头、包括上文所阐述的接合接头是双官能连接部分,例如本领域中已知可用于将接合基团连接至母体化合物的那些双官能连接部分,例如本文所提供的寡核苷酸。一般而言,双官能连接部分包含至少两个官能团。选择一个官能团结合至母体化合物上的特定位点,并且选择另一个官能团结合至接合基团。双官能连接部分中所用官能团的实例包括(但不限于)用于与亲核基团反应的亲电子试剂和用于与亲电子基团反应的亲核试剂。在某些实施方案中,双官能连接部分包含一个或多个选自以下的基团:氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基。
接合接头的实例包括(但不限于)吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酰亚胺基酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其他接合接头包括(但不限于)被取代或未被取代的C1-C10烷基、被取代或未被取代的C2-C10烯基或被取代或未被取代的C2-C10炔基,其中优选取代基的非限制性列表包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中,接合接头包含1-10个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含2-5个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含恰好3个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含TCA基序。在某些实施方案中,此类接头核苷是经修饰的核苷。在某些实施方案中,此类接头核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,接头核苷未经修饰。在某些实施方案中,接头核苷包含选自以下的任选地被保护的杂环碱基:嘌呤、被取代的嘌呤、嘧啶或被取代的嘧啶。在某些实施方案中,可裂解部分是选自以下的核苷:尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤。通常期望接头核苷在寡聚化合物到达靶组织后从寡聚化合物裂解。因此,接头核苷通常经由可裂解键彼此连接和连接至寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中,此类可裂解键是磷酸二酯键。
在本文中,接头核苷不视为寡核苷酸的一部分。因此,在寡聚化合物包含由指定数目或范围的连接核苷组成和/或与参照核酸具有指定互补性百分比的寡核苷酸并且寡聚化合物也包含含有接合接头(包含接头核苷)的接合基团的实施方案中,那些接头核苷不计入寡核苷酸的长度并且不用于确定寡核苷酸对于参照核酸的互补性百分比。例如,寡聚化合物可包含(1)经修饰的寡核苷酸,其由8-30个核苷组成和(2)接合基团,其包含1-10个与经修饰的寡核苷酸的核苷邻接的接头核苷。在这种寡聚化合物中,邻接的连接核苷总数大于30。或者,寡聚化合物可包含由8-30个核苷组成的经修饰的寡核苷酸并且无接合基团。在这种寡聚化合物中,邻接的连接核苷总数不超过30。除非另有指示,否则接合接头包含不超过10个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过5个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过3个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过2个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过1个接头核苷。
在某些实施方案中,期望接合基团从寡核苷酸裂解。例如,在某些情况中,包含特定接合部分的寡聚化合物更佳由特定细胞类型摄取,但一旦寡聚化合物已被摄取,则期望裂解接合基团以释放未接合的寡核苷酸或母体寡核苷酸。因此,某些接合接头可包含一个或多个可裂解部分。在某些实施方案中,可裂解部分是可裂解键。在某些实施方案中,可裂解部分是包含至少一个可裂解键的原子团。在某些实施方案中,可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或四个以上可裂解键的原子团。在某些实施方案中,可裂解部分在细胞或亚细胞区室(例如溶酶体)内部选择性裂解。在某些实施方案中,可裂解部分由内源性酶(例如核酸酶)选择性裂解。
在某些实施方案中,可裂解键选自:酰胺、酯、醚、磷酸二酯的一个或两个酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中,可裂解键是磷酸二酯的一个或两个酯。在某些实施方案中,可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中,可裂解部分是寡核苷酸与接合部分或接合基团之间的磷酸酯或磷酸二酯键联。
在某些实施方案中,可裂解部分包含一个或多个接头核苷或由其组成。在某些此类实施方案中,所述一个或多个接头核苷经由可裂解键彼此连接和/或连接至寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中,此类可裂解键是未经修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中,可裂解部分是2'-脱氧核苷,所述2'-脱氧核苷通过磷酸二酯核苷间键联连接至寡核苷酸的3'或5'末端核苷并且通过磷酸酯或硫代磷酸酯核苷间键联共价连接至接合接头或接合部分的其余部分。在某些此类实施方案中,可裂解部分是2'-脱氧腺苷。
3.细胞靶向部分
在某些实施方案中,接合基团包含细胞靶向部分。在某些实施方案中,接合基团具有以下通式:
其中n是1至约3,当n是1时m是0,当n是2或大于2时m是1,j是1或0,并且k是1或0。
在某些实施方案中,n是1,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是1,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是1,j是1并且k是1。在某些实施方案中,n是2,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是2,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是2,j是1并且k是1。在某些实施方案中,n是3,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是3,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是3,j是1并且k是1。
在某些实施方案中,接合基团包含具有至少一个栓系配体的细胞靶向部分。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含两个共价连接至分支基团的栓系配体。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含三个共价连接至分支基团的栓系配体。
B.某些末端基团
在某些实施方案中,寡聚化合物包含一个或多个末端基团。在某些此类实施方案中,寡聚化合物包含稳定化的5'-磷酸酯。稳定化的5'-磷酸酯包括(但不限于)5'-膦酸酯,包括(但不限于)5'-乙烯基膦酸酯。在某些实施方案中,末端基团包含一个或多个无碱基核苷和/或反向核苷。在某些实施方案中,末端基团包含一个或多个2'连接的核苷。在某些此类实施方案中,2'连接的核苷是无碱基核苷。
III.寡聚双链体
在某些实施方案中,本文所阐述的寡聚化合物包含具有与靶核酸的核碱基序列互补的核碱基序列的寡核苷酸。在某些实施方案中,寡聚化合物与第二寡聚化合物配对以形成寡聚双链体。此类寡聚双链体包含具有与靶核酸互补的部分的第一寡聚化合物和具有与所述第一寡聚化合物互补的部分的第二寡聚化合物。在某些实施方案中,寡聚双链体的第一寡聚化合物包含以下或由其组成:(1)经修饰或未经修饰的寡核苷酸和任选地接合基团,和(2)第二经修饰或未经修饰的寡核苷酸和任选地接合基团。寡聚双链体的任一种或两种寡聚化合物可包含接合基团。寡聚双链体的每个寡聚化合物的寡核苷酸可包括非互补悬垂核苷。
IV.反义活性
在某些实施方案中,寡聚化合物和寡聚双链体能够与靶核酸杂交,从而产生至少一种反义活性;此类寡聚化合物和寡聚双链体是反义化合物。在某些实施方案中,当反义化合物在标准细胞测定中使靶核酸的量或活性降低25%或更多时,其具有反义活性。在某些实施方案中,反义化合物选择性地影响一种或多种靶核酸。此类反义化合物包含如下核碱基序列:其与一种或多种靶核酸杂交,从而产生一种或多种期望的反义活性,并且不与一种或多种非靶核酸杂交或不以导致产生显著不期望的反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交。
在某些反义活性中,反义化合物与靶核酸的杂交使得裂解靶核酸的蛋白质募集。例如,某些反义化合物导致RNase H介导的靶核酸裂解。RNase H是细胞内核酸酶,其裂解RNA:DNA双链体的RNA链。这种RNA:DNA双链体中的DNA无需是未经修饰的DNA。在某些实施方案中,本文阐述了充分“DNA样”以引发RNase H活性的反义化合物。在某些实施方案中,容许间隙聚体的间隙中存在一个或多个非DNA样核苷。
在某些反义活性中,反义化合物或反义化合物的一部分加载至RNA诱导的沉默复合物(RISC)中,最终导致靶核酸裂解。例如,某些反义化合物使得靶核酸由亚古尔蛋白(Argonaute)裂解。加载至RISC中的反义化合物是RNAi化合物。RNAi化合物可为双链(siRNA)或单链(ssRNA)。
在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交不会使裂解所述靶核酸的蛋白质募集。在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸的剪接改变。在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交导致抑制靶核酸与蛋白质或其他核酸之间的结合相互作用。在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸的翻译改变。
可直接或间接地观察反义活性。在某些实施方案中,观察或检测反义活性涉及观察或检测靶核酸或由所述靶核酸编码的蛋白质的量的变化、核酸或蛋白质的剪接变体的比率的变化和/或细胞或受试者的表型变化。
V.某些靶核酸
在某些实施方案中,寡聚化合物包含含有与靶核酸互补的部分的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中,靶核酸是内源性RNA分子。在某些实施方案中,靶核酸编码蛋白质。在某些此类实施方案中,靶核酸选自:成熟mRNA和前mRNA,包括内含子、外显子和非翻译区。在某些实施方案中,靶核酸是成熟mRNA。在某些实施方案中,靶核酸是前mRNA。在某些实施方案中,靶区完全位于内含子内。在某些实施方案中,靶区跨内含子/外显子交界。在某些实施方案中,靶区至少50%位于内含子内。
A.与靶核酸的互补性/错配
可引入错配碱基而不消除活性。例如,Gautschi等人(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,2001年3月)展示与bcl-2mRNA具有100%互补性并与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸能够降低bcl-2和bcl-xL二者在体外和体内的表达。此外,这种寡核苷酸展示强效体内抗肿瘤活性。Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)测试了一系列串联的14核碱基寡核苷酸和包含两个或三个串联寡核苷酸的序列的28和42核碱基寡核苷酸分别在兔网织红细胞测定中阻止人类DHFR的翻译的能力。三个14核碱基寡核苷酸中的每一者单独地能够抑制翻译,但相较于28或42核碱基寡核苷酸处于更适中的水平。
在某些实施方案中,寡核苷酸在寡核苷酸的整个长度上与靶核酸互补。在某些实施方案中,寡核苷酸与靶核酸99%、95%、90%、85%或80%互补。在某些实施方案中,寡核苷酸在寡核苷酸的整个长度上与靶核酸至少80%互补并且包含与靶核酸100%或完全互补的部分。在某些实施方案中,完全互补的部分的长度为6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核碱基。
在某些实施方案中,寡核苷酸相对于靶核酸包含一个或多个错配核碱基。在某些实施方案中,针对靶标的反义活性因所述错配而降低,但针对非靶标的活性所降低的量更大。因此,在某些实施方案中,寡核苷酸的选择性得以改进。在某些实施方案中,错配特定地定位于具有间隙聚体基序的寡核苷酸内。在某些实施方案中,错配位于距间隙区5'端的1位、2位、3位、4位、5位、6位、7位、8位、9位、10位或11位处。在某些实施方案中,错配位于距5'翼区或3'翼区的5'端的1位、2位、3位、4位、5位或6位处。
B.AGT
在某些实施方案中,寡聚化合物包含与靶核酸互补的寡核苷酸或由其组成,其中所述靶核酸是AGT核酸。在某些实施方案中,AGT核酸具有SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_000029.3)或SEQ ID NO:2(从核苷酸230700001至230718000截短的GENBANK登录号NC_000001.11的互补序列)中所示的序列。
在某些实施方案中,使细胞与同SEQ ID NO:1和2中的任一者互补的寡聚化合物接触使AGT RNA的量降低,并且在某些实施方案中使AGT蛋白的量降低。在某些实施方案中,寡聚化合物由经修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中,使细胞与同SEQ ID NO:1和2中的任一者互补的寡聚化合物接触使细胞中AGT RNA的量降低,并且在某些实施方案中使细胞中AGT蛋白的量降低。在某些实施方案中,细胞在体外。在某些实施方案中,细胞在受试者体内。在某些实施方案中,寡聚化合物由经修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中,使受试者中的细胞与同SEQ ID NO:1和2中的任一者互补的寡聚化合物接触改善心血管疾病的一种或多种症状或标志。在某些实施方案中,疾病是高血压。在某些实施方案中,疾病是顽固性高血压。在某些实施方案中,疾病是马凡综合征。在某些实施方案中,疾病是心力衰竭。在某些实施方案中,症状或标志选自高血压、慢性肾病、中风、心肌梗塞、心力衰竭、心脏瓣膜疾病、血管动脉瘤、外周动脉疾病和器官损伤。
在某些实施方案中,当根据标准细胞测定施用时,与SEQ ID NO:1和2中的任一者互补的寡聚化合物能够使体外AGT RNA的可检测量降低至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些实施方案中,当根据标准体外测定施用时,与SEQ ID NO:1或2互补的寡聚化合物能够使体外AGT的量降低至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。在某些实施方案中,与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补的寡聚化合物能够使受试者的AGT RNA的可检测量降低至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%。
VI.某些接合化合物
在某些实施方案中,本文所阐述的寡聚化合物包含寡核苷酸(经修饰或未经修饰)和任选地一个或多个接合基团和/或末端基团,或由其组成。接合基团由一个或多个接合部分和将接合部分连接至寡核苷酸的接合接头组成。接合基团可连接至寡核苷酸的任一端或两端和/或连接在任一内部位置。在某些实施方案中,接合基团连接至经修饰的寡核苷酸的核苷的2'位。在某些实施方案中,连接至寡核苷酸的任一端或两端的接合基团是末端基团。在某些此类实施方案中,接合基团或末端基团连接在寡核苷酸的3'端和/或5'端。在某些此类实施方案中,接合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的3'端。在某些实施方案中,接合基团连接在寡核苷酸的3'端附近。在某些实施方案中,接合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的5'端。在某些实施方案中,接合基团连接在寡核苷酸的5'端附近。
在某些实施方案中,寡核苷酸经修饰。在某些实施方案中,化合物的寡核苷酸具有与靶核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中,寡核苷酸与信使RNA(mRNA)互补。在某些实施方案中,寡核苷酸与前mRNA互补。在某些实施方案中,寡核苷酸与有义转录物互补。
末端基团的实例包括(但不限于)接合基团、封端基团、磷酸酯部分、保护基团、经修饰或未经修饰的核苷和两个或更多个独立地经修饰或未经修饰的核苷。
在某些实施方案中,寡核苷酸共价连接至一个或多个接合基团。在某些实施方案中,接合基团改变所连接的寡核苷酸的一种或多种性质,包括(但不限于)药效学、药物动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除。在某些实施方案中,接合基团赋予所连接的寡核苷酸新的性质,例如使得能够检测寡核苷酸的荧光团或报告基团。某些接合基团和接合部分先前已予以阐述,例如:胆固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556);胆酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060);硫醚,例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309;Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770);硫胆固醇(Oberhauser等人,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538);脂族链,例如十二烷-二醇或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人,EMBO J.,1991,10,1111-1118;Kabanov等人,FEBS Lett.,1990,259,327-330;Svinarchuk等人,Biochimie,1993,75,49-54);磷脂,例如二-十六烷基-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油-3-H-膦酸三乙基铵(Manoharan等人,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654;Shea等人,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783);聚胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973);或金刚烷乙酸、棕榈基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237);十八烷基胺或己氨基-羰基-羟胆固醇部分(Crooke等人,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937);生育酚基团(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220;和Nishina等人,Molecular Therapy,2008,16,734-740);或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.接合部分
接合部分包括(但不限于)嵌插物、报告分子、聚胺、聚酰胺、肽、碳水化合物(例如GalNAc)、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫胆固醇、胆酸部分、叶酸盐、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中,接合部分包含活性原料药,例如阿司匹林、华法林、苯丁吡唑酮、布洛芬、舒洛芬、芬布芬、酮洛芬、(S)-(+)-普拉洛芬、卡洛芬、丹磺酰肌氨酸、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德、氟芬那酸、亚叶酸、苯并噻二嗪、氯噻嗪、二氮杂卓、吲哚美辛、巴比妥酸盐、头孢菌素、磺胺药、抗糖尿病药、抗细菌剂或抗生素。
2.接合接头
接合部分经由接合接头连接至寡核苷酸。在某些化合物中,接合接头是单一化学键(即,接合部分经由单键直接连接至寡核苷酸)。在某些化合物中,接合部分经由更复杂的接合接头连接至寡核苷酸,所述更复杂的接合接头包含一个或多个接合接头部分,所述接合接头部分是构成接合接头的亚单元。在某些实施方案中,接合接头包含例如烃基链的链结构或例如乙二醇、核苷或氨基酸单元的重复单元的寡聚体。
在某些实施方案中,接合接头包含一个或多个选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基。在某些此类实施方案中,接合接头包含选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺和醚基。在某些实施方案中,接合接头包含选自烷基和酰胺基团的基团。在某些实施方案中,接合接头包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中,接合接头包含至少一个磷部分。在某些实施方案中,接合接头包含至少一个磷酸基。在某些实施方案中,接合接头包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中,接合接头、包括上文所阐述的接合接头是双官能连接部分,例如本领域中已知可用于将接合基团连接至母体化合物的那些双官能连接部分,例如本文所提供的寡核苷酸。一般而言,双官能连接部分包含至少两个官能团。选择一个官能团结合至母体化合物上的特定位点,并且选择另一个官能团结合至接合基团。双官能连接部分中所用官能团的实例包括(但不限于)用于与亲核基团反应的亲电子试剂和用于与亲电子基团反应的亲核试剂。在某些实施方案中,双官能连接部分包含一个或多个选自以下的基团:氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基。
接合接头的实例包括(但不限于)吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酰亚胺基酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其他接合接头包括(但不限于)被取代或未被取代的C1-C10烷基、被取代或未被取代的C2-C10烯基或被取代或未被取代的C2-C10炔基,其中优选取代基的非限制性列表包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中,接合接头包含1-10个接头核苷。在某些实施方案中,此类接头核苷是经修饰的核苷。在某些实施方案中,此类接头核苷包含经修饰的糖部分。在某些实施方案中,接头核苷未经修饰。在某些实施方案中,接头核苷包含选自以下的任选地被保护的杂环碱基:嘌呤、被取代的嘌呤、嘧啶或被取代的嘧啶。在某些实施方案中,可裂解部分是选自以下的核苷:尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤。通常期望接头核苷在化合物到达靶组织后从化合物裂解。因此,接头核苷通常经由可裂解键彼此连接和连接至化合物的其余部分。在某些实施方案中,此类可裂解键是磷酸二酯键。
在本文中,接头核苷不视为寡核苷酸的一部分。因此,在化合物包含由指定数目或范围的连接核苷组成和/或与参照核酸具有指定互补性百分比的寡核苷酸并且化合物还包含含有接合接头(包含接头核苷)的接合基团的实施方案中,那些接头核苷不计入寡核苷酸的长度并且不用于确定寡核苷酸对于参照核酸的互补性百分比。例如,化合物可包含(1)经修饰的寡核苷酸,其由8-30个核苷组成和(2)接合基团,其包含1-10个与经修饰的寡核苷酸的核苷邻接的接头核苷。在这种化合物中,邻接的连接核苷总数大于30。或者,化合物可包含由8-30个核苷组成的经修饰的寡核苷酸并且无接合基团。在这种化合物中,邻接的连接核苷总数不超过30。除非另有指示,否则接合接头包含不超过10个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过5个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过3个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过2个接头核苷。在某些实施方案中,接合接头包含不超过1个接头核苷。
在某些实施方案中,期望接合基团从寡核苷酸裂解。例如,在某些情况中,包含特定接合部分的化合物更佳由特定细胞类型摄取,但一旦化合物已被摄取,则期望裂解接合基团以释放未接合的寡核苷酸或母体寡核苷酸。因此,某些接合接头可包含一个或多个可裂解部分。在某些实施方案中,可裂解部分是可裂解键。在某些实施方案中,可裂解部分是包含至少一个可裂解键的原子团。在某些实施方案中,可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或四个以上可裂解键的原子团。在某些实施方案中,可裂解部分在细胞或亚细胞区室(例如溶酶体)内部选择性裂解。在某些实施方案中,可裂解部分由内源性酶(例如核酸酶)选择性裂解。
在某些实施方案中,可裂解键选自:酰胺、酯、醚、磷酸二酯的一个或两个酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中,可裂解键是磷酸二酯的一个或两个酯。在某些实施方案中,可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中,可裂解部分是寡核苷酸与接合部分或接合基团之间的磷酸酯键联。
在某些实施方案中,可裂解部分包含一个或多个接头核苷或由其组成。在某些此类实施方案中,所述一个或多个接头核苷经由可裂解键彼此连接和/或连接至化合物的其余部分。在某些实施方案中,此类可裂解键是未经修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中,可裂解部分是2'-脱氧核苷,所述2'-脱氧核苷通过磷酸酯核苷间键联连接至寡核苷酸的3'或5'末端核苷并且通过磷酸酯或硫代磷酸酯键联共价连接至接合接头或接合部分的其余部分。在某些此类实施方案中,可裂解部分是2'-脱氧腺苷。
3.某些细胞靶向接合部分
在某些实施方案中,接合基团包含细胞靶向接合部分。在某些实施方案中,接合基团具有以下通式:
其中n是1至约3,当n是1时m是0,当n是2或大于2时m是1,j是1或0,并且k是1或0。
在某些实施方案中,n是1,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是1,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是1,j是1并且k是1。在某些实施方案中,n是2,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是2,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是2,j是1并且k是1。在某些实施方案中,n是3,j是1并且k是0。在某些实施方案中,n是3,j是0并且k是1。在某些实施方案中,n是3,j是1并且k是1。
在某些实施方案中,接合基团包含具有至少一个栓系配体的细胞靶向部分。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含两个共价连接至分支基团的栓系配体。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含三个共价连接至分支基团的栓系配体。
在某些实施方案中,细胞靶向部分包含分支基团,所述分支基团包含一个或多个选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基。在某些实施方案中,分支基团包含分支脂族基团,所述分支脂族基团包含选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基。在某些此类实施方案中,分支脂族基团包含选自以下的基团:烷基、氨基、氧代基、酰胺和醚基。在某些此类实施方案中,分支脂族基团包含选自烷基、氨基和醚基的基团。在某些此类实施方案中,分支脂族基团包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中,分支基团包含单环或多环系统。
在某些实施方案中,细胞靶向部分的每个系链包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基、被取代的烷基、醚、硫醚、二硫化物、氨基、氧代基、酰胺、磷酸二酯和聚乙二醇。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基、醚、硫醚、二硫化物、氨基、氧代基、酰胺和聚乙二醇。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基、磷酸二酯、醚、氨基、氧代基和酰胺。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基、醚、氨基、氧代基和酰胺。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基、氨基和氧代基。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基和氧代基。在某些实施方案中,每个系链是直链脂族基团,其包含一个或多个选自以下的呈任何组合的基团:烷基和磷酸二酯。在某些实施方案中,每个系链包含至少一个磷连接基团或中性连接基团。在某些实施方案中,每个系链包含长度为约6至约20个原子的链。在某些实施方案中,每个系链包含长度为约10至约18个原子的链。在某些实施方案中,每个系链包含长度为约10个原子的链。
在某些实施方案中,细胞靶向部分的每个配体对靶细胞上的至少一种类型的受体具有亲和力。在某些实施方案中,每个配体对哺乳动物肝脏细胞表面上的至少一种类型的受体具有亲和力。在某些实施方案中,每个配体对肝去唾液酸糖蛋白受体(ASGP-R)具有亲和力。在某些实施方案中,每个配体是碳水化合物。在某些实施方案中,每个配体独立地选自半乳糖、N-乙酰基半乳糖胺(GalNAc)、甘露糖、葡萄糖、葡萄糖胺和岩藻糖。在某些实施方案中,每个配体是N-乙酰基半乳糖胺(GalNAc)。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含3个GalNAc配体。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含2个GalNAc配体。在某些实施方案中,细胞靶向部分包含1个GalNAc配体。
在某些实施方案中,细胞靶向部分的每个配体是碳水化合物、碳水化合物衍生物、经修饰的碳水化合物、多糖、经修饰的多糖或多糖衍生物。在某些此类实施方案中,接合基团包含碳水化合物簇(参见例如Maier等人,“Synthesis of Antisense OligonucleotidesConjugated to a Multivalent Carbohydrate Cluster for Cellular Targeting”,Bioconjugate Chemistry,2003,14,18-29或Rensen等人,“Design and Synthesis ofNovel N-Acetylgalactosamine-Terminated Glycolipids for Targeting ofLipoproteins to the Hepatic Asiaglycoprotein Receptor”,J.Med.Chem.2004,47,5798-5808)。在某些此类实施方案中,每个配体是氨基糖或硫糖。例如,氨基糖可选自本领域中已知的诸多化合物,例如唾液酸、α-D-半乳糖胺、β-胞壁酸、2-脱氧-2-甲基氨基-L-葡萄吡喃糖、4,6-二脱氧-4-甲酰胺基-2,3-二-O-甲基-D-吡喃甘露糖、2-脱氧-2-磺氨基-D-葡萄吡喃糖和N-磺基-D-葡糖胺和N-乙醇酰基-α-神经氨酸。例如,硫糖可选自5-硫基-β-D-葡萄吡喃糖、甲基2,3,4-三-O-乙酰基-1-硫基-6-O-三苯甲基-α-D-葡萄吡喃糖苷、4-硫基-β-D-半乳吡喃糖和乙基3,4,6,7-四-O-乙酰基-2-脱氧-1,5-二硫基-α-D-葡萄-庚糖吡喃糖苷。
在某些实施方案中,接合基团包含具有下式的细胞靶向部分:
在某些实施方案中,接合基团包含具有下式的细胞靶向部分:
在某些实施方案中,接合基团包含具有下式的细胞靶向部分:
在某些实施方案中,接合基团包含具有下式的细胞靶向部分:
在某些实施方案中,接合基团包含具有下式的细胞靶向部分:
在某些实施方案中,化合物包含在本文中描述为“LICA-1”的接合基团。LICA-1具有下式:
在某些实施方案中,本文所阐述的包含LICA-1和位于接合接头内的可裂解部分的化合物具有下式:
其中oligo是寡核苷酸。
代表性美国专利、美国专利申请公开、国际专利申请公开和教导某些上述接合基团、包含接合基团的化合物、系链、接合接头、分支基团、配体、可裂解部分以及其他修饰的制备的其他出版物包括(但不限于)US 5,994,517、US 6,300,319、US 6,660,720、US 6,906,182、US 7,262,177、US 7,491,805、US 8,106,022、US 7,723,509、US 2006/0148740、US 2011/0123520、WO 2013/033230和WO 2012/037254;Biessen等人,J.Med.Chem.1995,38,1846-1852;Lee等人,Bioorganic&Medicinal Chemistry 2011,19,2494-2500;Rensen等人,J.Biol.Chem.2001,276,37577-37584;Rensen等人,J.Med.Chem.2004,47,5798-5808;Sliedregt等人,J.Med.Chem.1999,42,609-618;和Valentijn等人,Tetrahedron,1997,53,759-770。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸包含间隙聚体或完全经修饰的糖基序以及包含至少一个、两个或三个GalNAc配体的接合基团。在某些实施方案中,化合物包含在以下参考文献中的任一者中所发现的接合基团:Lee,Carbohydr Res,1978,67,509-514;Connolly等人,J Biol Chem,1982,257,939-945;Pavia等人,Int J Pep Protein Res,1983,22,539-548;Lee等人,Biochem,1984,23,4255-4261;Lee等人,Glycoconjugate J,1987,4,317-328;Toyokuni等人,Tetrah edron Lett,1990,31,2673-2676;Biessen等人,JMed Chem,1995,38,1538-1546;Valentijn等人,Tetrahedron,1997,53,759-770;Ki m等人,Tetrahedron Lett,1997,38,3487-3490;Lee等人,BioconjugChem,1997,8,762-765;Kato等人,Glycobiol,2001,11,821-829;Rensen等人,J Biol Chem,2001,276,37577-37584;Lee等人,Met hods Enzymol,2003,362,38-43;Westerlind等人,Glycoconj J,2004,21,227-241;Lee等人,Bioorg Med Chem Lett,2006,16(19),5132-5135;Maierhofer等人,Bioorg Med Chem,2007,15,7661-7676;Khorev等人,Bioorg Med Chem,2008,16,5216-5231;Lee等人,Bi oorg Med Chem,2011,19,2494-2500;Kornilova等人,AnalytBioc hem,2012,425,43-46;Pujol等人,Angew Chemie Int Ed Engl,2012,51,7445-7448;Biessen等人,J Med Chem,1995,38,1846-1852;Sliedregt等人,J Med Chem,1999,42,609-618;Rensen等人,JMed Chem,2004,47,5798-5808;Rensen等人,Arterioscler ThrombVasc Biol,2006,26,169-175;van Rossenberg等人,Gene Ther,2004,11,457-464;Sato等人,J Am Chem Soc,2004,126,14013-14022;Lee等人,J Org Chem,2012,77,7564-7571;Biessen等人,FAS EB J,2000,14,1784-1792;Rajur等人,Bioconjug Chem,1997,8,935-940;Duff等人,Methods Enzymol,2000,313,297-321;Maier等人,Bioconjug Chem,2003,14,18-29;Jayaprakash等人,Org Lett,2010,12,5410-5413;Manoharan,AntisenseNucleic Acid Drug De v,2002,12,103-128;Merwin等人,Bioconjug Chem,1994,5,612-620;Tomiya等人,Bioorg Med Chem,2013,21,5275-5281;国际申请WO1998/013381;WO2011/038356;WO1997/046098;WO2008/098788;WO2004/101619;WO2012/037254;WO2011/120053;WO2011/100131;WO2011/163121;WO2012/177947;WO2013/033230;WO2013/075035;WO2012/083185;WO2012/083046;WO2009/082607;WO2009/134487;WO2010/144740;WO2010/148013;WO1997/020563;WO2010/088537;WO2002/043771;WO2010/129709;WO2012/068187;WO2009/126933;WO2004/024757;WO2010/054406;WO2012/089352;WO2012/089602;WO2013/166121;WO2013/165816;美国专利4,751,219;8,552,163;6,908,903;7,262,177;5,994,517;6,300,319;8,106,022;7,491,805;7,491,805;7,582,744;8,137,695;6,383,812;6,525,031;6,660,720;7,723,509;8,541,548;8,344,125;8,313,772;8,349,308;8,450,467;8,501,930;8,158,601;7,262,177;6,906,182;6,620,916;8,435,491;8,404,862;7,851,615;已公开的美国专利申请公开US2011/0097264;US2011/0097265;US2013/0004427;US2005/0164235;US2006/0148740;US2008/0281044;US2010/0240730;US2003/0119724;US2006/0183886;US2008/0206869;US2011/0269814;US2009/0286973;US2011/0207799;US2012/0136042;US2012/0165393;US2008/0281041;US2009/0203135;US2012/0035115;US2012/0095075;US2012/0101148;US2012/0128760;US2012/0157509;US2012/0230938;US2013/0109817;US2013/0121954;US2013/0178512;US2013/0236968;US2011/0123520;US2003/0077829;US2008/0108801;和US2009/0203132。
VII.某些药物组合物
在某些实施方案中,本文阐述了包含一种或多种寡聚化合物的药物组合物。在某些实施方案中,所述一种或多种寡聚化合物各自由经修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中,药物组合物包含药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中,药物组合物包含盐水溶液和一种或多种寡聚化合物,或由其组成。在某些实施方案中,药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种寡聚化合物,或由其组成。在某些实施方案中,无菌盐水是医药级盐水。在某些实施方案中,药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和水,或由其组成。在某些实施方案中,药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和无菌水,或由其组成。在某些实施方案中,无菌水是医药级水。在某些实施方案中,药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS),或由其组成。在某些实施方案中,无菌PBS是医药级PBS。
在某些实施方案中,药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和一种或多种赋形剂。在某些实施方案中,赋形剂选自水、盐溶液、醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。
在某些实施方案中,寡聚化合物可与药学上可接受的活性和/或惰性物质混合以供制备药物组合物或制剂。用于配制药物组合物的组合物和方法取决于多种标准,包括(但不限于)施用途径、疾病程度或待施用的剂量。
在某些实施方案中,包含寡聚化合物的药物组合物涵盖所述寡聚化合物的任何药学上可接受的盐、所述寡聚化合物的酯或此类酯的盐。在某些实施方案中,包含含有一种或多种寡核苷酸的寡聚化合物的药物组合物在施用于受试者(包括人类)时能够提供(直接或间接地)生物活性代谢物或其残余物。因此,例如,本公开也涉及寡聚化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐和其他生物等效形式。适宜的药学上可接受的盐包括(但不限于)钠盐和钾盐。在某些实施方案中,前药包含一个或多个连接至寡核苷酸的接合基团,其中接合基团由体内的内源性核酸酶裂解。
在多种方法中已将脂质部分用于核酸疗法中。在某些此类方法中,将核酸(例如寡聚化合物)引入至由阳离子脂质和中性脂质的混合物制得的预形成的脂质体或脂质复合物(lipoplex)中。在某些方法中,在不存在中性脂质的情形下形成具有单阳离子脂质或聚阳离子脂质的DNA复合物。在某些实施方案中,选择脂质部分以增加医药剂至特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中,选择脂质部分以增加医药剂至脂肪组织的分布。在某些实施方案中,选择脂质部分以增加医药剂至肌肉组织的分布。
在某些实施方案中,药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括(但不限于)脂质体和乳液。某些递送系统可用于制备某些药物组合物,包括那些包含疏水性化合物的药物组合物。在某些实施方案中,使用某些有机溶剂,例如二甲亚砜。
在某些实施方案中,药物组合物包含一种或多种组织特异性递送分子,所述递送分子经设计以将一种或多种包含本文所提供的寡聚化合物的医药剂递送至特定组织或细胞类型。例如,在某些实施方案中,药物组合物包括包覆有组织特异性抗体的脂质体。
在某些实施方案中,药物组合物包含共溶剂体系。某些此类共溶剂体系包含例如苄醇、非极性表面活性剂、水可混溶性有机聚合物和水相。在某些实施方案中,此类共溶剂体系用于疏水性化合物。这种共溶剂体系的非限制性实例是VPD共溶剂体系,其是包含3%w/v苄醇、8%w/v非极性表面活性剂聚山梨醇酯80TM和65%w/v聚乙二醇300的无水乙醇溶液。此类共溶剂体系的比例可相当大地改变,而不显著地改变其溶解性和毒性特征。此外,共溶剂组分的属性(identity)可改变:例如,可使用其他表面活性剂代替聚山梨醇酯80TM;聚乙二醇的分率大小可改变;其他生物相容性聚合物可代替聚乙二醇,例如聚乙烯吡咯烷酮;并且可用其他糖或多糖取代右旋糖。
在某些实施方案中,药物组合物经制备用于口服施用。在某些实施方案中,药物组合物经制备用于经颊施用。在某些实施方案中,药物组合物经制备用于通过注射施用(例如静脉内、皮下、肌内、鞘内(IT)、脑室内(ICV)、神经内、神经周等)。在某些此类实施方案中,药物组合物包含载体并在水溶液中配制,所述水溶液是例如水或生理学相容性缓冲液,例如汉克氏溶液(Hanks's solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理盐水缓冲液。在某些实施方案中,包括其他成分(例如帮助溶解或充当防腐剂的成分)。在某些实施方案中,使用适当液体载体、悬浮剂等来制备可注射悬浮液。某些注射用药物组合物是以单位剂型(例如于安瓿中或于多剂量容器中)呈现。某些注射用药物组合物是于油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液,并且可含有例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂的配制剂。适用于注射用药物组合物中的某些溶剂包括(但不限于)亲脂性溶剂和脂肪油(例如芝麻油)、合成脂肪酸酯(例如油酸乙酯或甘油三酯)和脂质体。
在某些条件下,本文所公开的某些化合物充当酸。尽管此类化合物可以质子化(游离酸)形式、或电离和与阳离子缔合(盐)形式来绘制或描述,但此类化合物的水溶液以此类形式平衡存在。例如,水溶液中寡核苷酸的磷酸酯键联以游离酸、阴离子和盐形式平衡存在。除非另有指示,否则本文所阐述的化合物意在包括所有此类形式。此外,某些寡核苷酸具有若干此类键联,其各自处于平衡状态。因此,溶液中的寡核苷酸以一系列形式存在于多个位置,全部处于平衡状态。术语“寡核苷酸”意在包括所有此类形式。所绘制的结构必然绘示单一形式。然而,除非另有指示,否则此类附图同样意在包括对应形式。在本文中,绘示化合物的游离酸的结构继之以术语“或其盐”明确地包括可为完全或部分质子化/去质子化/与阳离子缔合的所有此类形式。在某些情况下,鉴定出一种或多种特定阳离子。
在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在含钠水溶液中。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在含钾水溶液中。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在PBS中。在某些实施方案中,经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在水中。在某些此类实施方案中,利用NaOH和/或HCl调整溶液的pH以实现期望pH。
在本文中,对某些具体剂量进行阐述。剂量可呈剂量单位形式。为清晰起见,经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物的剂量(或剂量单位)(以毫克计)指示所述经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物的游离酸形式的质量。如上文所阐述,在水溶液中,游离酸与阴离子和盐形式处于平衡状态。然而,出于计算剂量的目的,假定经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物以无溶剂、无乙酸钠、无水的游离酸形式存在。例如,如果经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在包含钠的溶液(例如盐水)中,则所述经修饰的寡核苷酸或寡聚化合物可部分或完全去质子化并与Na+离子缔合。然而,质子的质量仍然计入剂量的重量,而Na+离子的质量不计入剂量的重量。当寡聚化合物包含接合基团时,在计算此寡聚化合物的剂量时包括接合基团的质量。如果接合基团也具有酸,则出于计算剂量的目的,同样假定接合基团完全质子化。
VIII.某些组合物
1. 1205407号化合物
在某些实施方案中,1205407号化合物表征为3-10-3MOE/cEt混合翼间隙聚体,其在5'端与接合基团接合。化合物1205407具有CGCTGATTTGTCCGGG(SEQ ID NO:12)的序列(从5'至3'),其中核苷1至3具有e-e-k(从5'至3')的糖修饰,其中核苷14至16具有k-k-e的糖修饰,其中每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’是指cEt糖部分;并且核苷4至13中的每一者是2'-β-D-脱氧核苷;其中核苷2至3、3至4和14至15之间的核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联并且核苷1至2、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14和15至16之间的核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联,并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。1205407号化合物具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
在某些实施方案中,1205407号化合物由以下化学记法表示:THA-C6-GalNAc3-mCe sGeo mCkoTdsGdsAdsTdsTdsTdsGdsTds mCds mCdsGkoGksGe(SEQ ID NO:12),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
在某些实施方案中,1205407号化合物由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:12),或其盐。
在某些实施方案中,1205407号化合物的钠盐由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:12)。
在某些实施方案中,1205407号化合物呈阴离子形式。
2. 1205408号化合物
在某些实施方案中,1205408号化合物表征为3-10-3MOE/cEt混合翼间隙聚体,其在5'端与接合基团接合。化合物1205408具有TCGGTTGGAATTCTTT(SEQ ID NO:13)的序列(从5'至3'),其中核苷1至3具有e-k-k(从5'至3')的糖修饰并且其中核苷14至16具有k-k-e的糖修饰;其中每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’是指cEt糖部分;并且核苷4至13中的每一者是2'-β-D-脱氧核苷;其中核苷2至3、3至4和14至15之间的核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联并且核苷1至2、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14和15至16之间的核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联,并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。1205408号化合物具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
在某些实施方案中,1205408号化合物由以下化学记法表示:THA-C6-GalNAc3-Tes mCkoGkoGdsTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTe(SEQ ID NO:13),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
在某些实施方案中,1205408号化合物由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:13),或其盐。
在某些实施方案中,1205408号化合物的钠盐由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:13)。
在某些实施方案中,1205408号化合物呈阴离子形式。
3. 1250837号化合物
在某些实施方案中,1250837号化合物表征为3-10-3间隙聚体,其在5'端与接合基团接合。化合物1250837具有GTCGGTTGGAATT CTT(SEQ ID NO:15)的序列(从5'至3'),其中核苷1至3和14至16具有cEt糖修饰,其中核苷5具有2'-OMe核糖,并且其中核苷4和6至13中的每一者是2'-β-D-脱氧核苷;其中核苷之间的每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联,并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。1250837号化合物具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
在某些实施方案中,1250837号化合物由以下化学记法表示:THA-C6-GalNAc3-Gk sTks mCksGdsGysTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCksTksTk(SEQ ID NO:15),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,并且
s=硫代磷酸酯核苷间键联。
在某些实施方案中,1250837号化合物由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:15),或其盐。
在某些实施方案中,1250837号化合物的钠盐由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:15)。
在某些实施方案中,1250837号化合物呈阴离子形式。
4. 1250851号化合物
在某些实施方案中,1250851号化合物表征为3-10-3间隙聚体,其在5'端与接合基团接合。化合物1250851具有TCGGUTGGAATTC TTT(SEQ ID NO:14)的序列(从5'至3'),其中核苷1至3和14至16具有cEt糖修饰,其中核苷5具有2'-OMe核糖,并且其中核苷4和6至13中的每一者是2'-β-D-脱氧核苷;其中核苷2至3、3至4和14至15之间的核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联并且核苷1至2、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14和15至16之间的核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联,并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。1250851号化合物具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
在某些实施方案中,1250851号化合物由以下化学记法表示:THA-C6-GalNAc3-Tks mCkoGkoGdsUysTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTk(SEQ ID NO:14),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
U=尿嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
在某些实施方案中,1250851号化合物由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:14),或其盐。
在某些实施方案中,1250851号化合物的钠盐由以下化学结构表示:
(SEQ ID NO:14)。
在某些实施方案中,1250851号化合物呈阴离子形式。
VI.某些比较组合物
在某些实施方案中,757456号化合物是比较化合物。757456号化合物先前阐述于通过引用并入本文的WO2017062816中,并具有CACAAACAAGCTGGTCGGTT(SEQ ID NO:28)的序列(从5'至3'),其中所述化合物包含接合基团和经修饰的寡核苷酸;其中所述经修饰的寡核苷酸是5-10-5MOE间隙聚体,其中所述中央间隙区段由十个2'-β-D-脱氧核苷组成并且5'翼和3'翼区段各自由五个经2'-MOE修饰的核苷组成。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。757456号化合物具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
在某些实施方案中,568637号化合物是比较化合物。568637号化合物先前阐述于通过引用并入本文的WO2017062816中,并具有CGCTGATTTGTCCGGG(SEQ ID NO:12)的序列(从5'至3'),其中所述化合物由经修饰的寡核苷酸组成;其中所述经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如由糖基序eekddddddddddkke所描述的混合糖部分;其中每个‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’表示cEt糖部分。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,1176644号化合物是比较化合物。1176644号化合物是具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端的568637号化合物。与568637号化合物类似,1176644号化合物具有CGCTGATT TGTCCGGG(SEQ ID NO:12)的序列(从5'至3'),其中所述化合物包含经修饰的寡核苷酸;其中所述经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如由糖基序eekddddddddddkke所描述的混合糖部分;其中每个‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’表示cEt糖部分。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,本文所阐述的化合物优于WO2017062816中所阐述的化合物,这是因为它们展示一种或多种改进的性质,例如效力。
例如,与757456号化合物相比,1205407号化合物展示改进的体内效力。如实施例5中所示,在2.7mg/kg的剂量下,1205407号化合物分别实现93%和90%的AGT RNA和蛋白质抑制。相比之下,在3.3mg/kg的剂量下,757456号化合物分别实现65%和60%的AGT RNA和蛋白质抑制。因此,在此测定中,1205407号化合物相较于757456号化合物更强效。例如,如实施例6的研究1中所示,1205407号化合物在肝脏和血浆中的ED50为0.1。相比之下,757456号化合物在肝脏和血浆中的ED50为1.3。因此,在此测定中,1205407号化合物相较于757456号化合物更强效。
例如,与757456号化合物相比,1205407号化合物展示改进的离体效力。如实施例8中所示,使用Hepatopac系统,1205407号化合物的离体IC50为0.04nM。相比之下,757456号化合物的离体IC50>20μM。因此,在此测定中,1205407号化合物相较于757456号化合物更强效。
例如,与757456号化合物或1176644号化合物相比,1205407号化合物展示改进的体外效力。如实施例7中所示,当在体外利用两种不同的引物探针集测试时,1205407号化合物的IC50为8nM和12nM。相比之下,在相同的体外培养条件下,757456号化合物的IC50为868nM和709nM。相比之下,在相同的体外培养条件下,1176644号化合物的IC50为35nM和43nM。因此,在此测定中,1205407号化合物相较于757456号化合物或1176644号化合物更强效。
例如,与757456号化合物或1176644号化合物相比,1205407号化合物展示改进的体内效力。如实施例6的研究2中所示,1205407号化合物在转基因小鼠研究中的ED50为0.11并且ED75为0.38。相比之下,757456号化合物的ED50为2.1并且ED75为2.68。相比之下,1176644号化合物的ED50为0.38并且ED75为0.61。因此,在此测定中,1205407号化合物相较于757456号化合物或1176644号化合物更强效。
非限制性公开内容和通过引用并入
本文所列示的每个文献和专利公开都是通过引用整体并入。
虽然已根据某些实施方案具体地阐述本文所阐述的某些化合物、组合物和方法,但以下实施例仅用于阐释本文所阐述的化合物并且不旨在限制所述化合物。本申请中所列举的每个参考文献、GenBank登录号等都是通过引用整体并入本文。
尽管伴随此申请的序列表根据需要将每个序列鉴定为“RNA”或“DNA”,但实际上,那些序列可用任何化学修饰组合加以修饰。本领域技术人员将容易地了解,在某些情况下,例如“RNA”或“DNA”的描述经修饰的寡核苷酸的名称是任意的。例如,可将包含含有2'-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的寡核苷酸描述为具有经修饰的糖部分(2'-OH代替DNA的一个2'-H)的DNA或描述为具有经修饰的碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)代替RNA的尿嘧啶)的RNA。因此,本文所提供的核酸序列(包括(但不限于)序列表中的那些核酸序列)旨在涵盖含有天然或经修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸,包括(但不限于)具有经修饰的核碱基的此类核酸。作为另一实例但无限制性,具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡聚化合物涵盖具有此核碱基序列的任何寡聚化合物,无论是经修饰或未经修饰,包括(但不限于)包含RNA碱基的此类化合物,例如具有序列“AUCGAUCG”的那些化合物;和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基的那些化合物,例如“AUCGATCG”;和具有其他经修饰的核碱基的寡聚化合物,例如“ATmCGAUCG”,其中mC指示在5位包含甲基的胞嘧啶碱基。
本文所阐述的某些化合物(例如经修饰的寡核苷酸)具有一个或多个非对称中心,并且由此产生对映异构体、非对映异构体和其他立体异构构型,所述构型可就绝对立体化学而言定义为(R)或(S)、α或β(例如对于糖变旋异构体)或者(D)或(L)(例如对于氨基酸等)。本文所提供的绘制或描述为具有某些立体异构构型的化合物仅包括所指示的化合物。除非另有指定,否则本文所提供的以未定义的立体化学绘制或描述的化合物包括所有此类可能的异构体,包括其立构无规形式和光学纯形式。同样,除非另有指示,否则还包括本文化合物的所有顺式和反式异构体以及互变异构形式。本文所阐述的寡聚化合物包括手性纯或富集混合物以及外消旋混合物。例如,具有多个硫代磷酸酯核苷间键联的寡聚化合物包括硫代磷酸酯核苷间键联的手性受控或无规的此类化合物。除非另有指示,否则本文所阐述的化合物意在包括相应的盐形式。
本文所阐述的化合物包括一个或多个原子被指示元素的非放射性同位素或放射性同位素代替的变化形式。例如,包含氢原子的本文化合物涵盖针对每个1H氢原子的所有可能的氘取代。本文化合物所涵盖的同位素取代包括(但不限于):2H或3H代替1H,13C或14C代替12C,15N代替14N,17O或18O代替16O以及33S、34S、35S或36S代替32S。在某些实施方案中,非放射性同位素取代可赋予寡聚化合物新的性质,所述新的性质对于用作治疗或研究工具是有益的。在某些实施方案中,放射性同位素取代可使化合物适于研究或诊断目的,例如成像。
实施例
以下实施例阐释本公开的某些实施方案并且不具有限制性。此外,在提供具体实施方案的情形下,本发明人考虑了那些具体实施方案的通用应用。
实施例1:与人类AGT核酸互补的经修饰的寡核苷酸的设计
如以下各表中所阐述,设计与人类AGT核酸互补的经修饰的寡核苷酸。所有以下各表中的“起始位点”指示靶核酸序列中与经修饰的寡核苷酸互补的最5'端核苷。“终止位点”指示靶核酸序列中与经修饰的寡核苷酸互补的最3'端核苷。以下各表中所列示的每个经修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:1(GENBANK登录号NM_000029.3)或与SEQ ID NO:2(从核苷酸230700001至230718000截短的GENBANK登录号NC_000001.11的互补序列)或与所述二者100%互补。
表1中的经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如下表中所指示的混合糖部分,其中每个‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’表示cEt糖部分。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。568637是先前在WO 2017/062816中所描述的比较化合物。
表1
与人类AGT RNA互补的具有统一PS核苷间键联的3-10-3MOE/cEt
混合翼间隙聚体
表2至表6中的经修饰的寡核苷酸均具有5'-三己基氨基-(THA)-C6GalNAc3封端,其由如下结构表示,其中磷酸基连接至5'-核苷的5'-氧原子:
表2中的经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如所指示的混合糖部分,其中每个‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,每个‘e’表示2'-MOE糖部分,并且每个‘k’是指cEt糖部分。间隙聚体的核苷间基序是(从5'至3'):soossssssssssos;其中每个‘o’表示磷酸二酯核苷间键联,并且每个‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。
表2
与人类AGT RNA互补的具有混合PO/PS核苷间键联的GalNAc接合的3-10-3MOE/cEt混合翼间隙聚体
表3中的经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如所指示的混合糖部分,其中每个‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,每个‘e’表示2'-MOE糖部分,每个‘k’是指cEt糖部分,并且每个‘y’是指2'-OMe核糖。间隙聚体的核苷间基序是(从5'至3'):soossssssssssos;其中每个‘o’表示磷酸二酯核苷间键联,并且每个‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶,除非由加粗加下划线的指示,在所述情形下,胞嘧啶未经甲基化。
表3
与人类AGT RNA互补并具有混合PO/PS核苷间键联的在间隙中具有2'-OMe的GalNAc接合的3-10-3cEt间隙聚体
/>
表4中的经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如所指示的混合糖基序,其中‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,‘e’表示2'-MOE糖部分,并且‘k’是指cEt糖部分。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。
表4
与人类AGT RNA互补的具有统一PS核苷间键联的GalNAc接合的3-10-3MOE/cEt混合翼间隙聚体
表5中的经修饰的寡核苷酸的长度为16个核苷并具有如所指示的混合糖基序,其中‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,‘e’表示2'-MOE糖部分,‘k’是指cEt糖部分,并且‘y’是指2'-OMe核糖。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶,除非由加粗加下划线的指示,在所述情形下,胞嘧啶未经甲基化。
表5
与人类AGT RNA互补并具有统一PS核苷间键联的在间隙中具有2'-OMe的GalNAc接合的3-10-3cEt间隙聚体
表6中的经修饰的寡核苷酸是具有统一硫代磷酸酯核苷间键联的5-10-5MOE间隙聚体。所述化合物的长度为20个核苷,其中所述中央间隙区段由十个2'-β-D-脱氧核苷组成并且5'翼和3'翼区段各自由五个经2'-MOE修饰的核苷组成。每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。757456是先前在WO 2017/062816中所描述的比较化合物。
表6
与人类AGT RNA互补的具有统一PS核苷间键联的GalNAc接合的5-10-5MOE间隙聚体
实施例2:HepG2细胞中人类AGT的剂量依赖性体外抑制
通过电穿孔,用稀释至如以下各表中所指定的不同浓度的经修饰的寡核苷酸处理密度为每孔10,000个细胞的经培养HepG2细胞。在大约24小时的处理期后,如先前所阐述使用人类AGT引物-探针集RTS3721(阐述于上文中)测量AGT RNA水平。使用引物探针集RTS104(正向序列GAAGGTGAAGGTCGGAGTC,在本文中指定为SEQ ID NO:9;反向序列GAAGATGGTGATGGGATTTC,在本文中指定为SEQ ID NO:10;探针序列CAAGCTTCCCGTTCTCAGCC,在本文中指定为SEQ ID NO:11),相对于人类GAPDH表达水平对AGT RNA水平进行归一化。结果在以下各表中呈现为相对于未经处理的对照细胞的AGT抑制百分比。如本文所用,值‘0’指示利用经修饰的寡核苷酸处理不抑制AGT mRNA水平。
表7HepG2细胞中经修饰的寡核苷酸的多剂量测定
实施例3:靶向人类AGT的经修饰的寡核苷酸在CD-1小鼠中的耐受性
CD1小鼠是常用于安全性和功效测试的多用途小鼠模型。利用选自上述研究的经修饰的寡核苷酸治疗小鼠,并且评估各种血浆化学标志物的水平变化。
治疗
利用15mg/kg经修饰的寡核苷酸皮下注射6至8周龄雄性CD-1小鼠组,每周一次,持续六周(总计7次治疗)。一组雄性CD-1小鼠被注射盐水。在最后一次施用后72小时,使小鼠安乐死。
血浆化学标志物
为了评估经修饰的寡核苷酸对肝脏功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量血尿素氮(BUN)、白蛋白、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、肌酐(CREA)和总胆红素(TBIL)的血浆水平。结果呈现于下表中。
表8雄性CD-1小鼠中的血浆化学标志物
将在第6周从小鼠组获得的血液送至IDEXX BioResearch,以测量血细胞计数。所取计数包括红细胞(RBC)计数、白细胞(WBC)计数、血红蛋白(HGB)、血细胞比容(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白(MCH)、平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)和个别白细胞计数,例如单核细胞(MON)、中性粒细胞(NEU)、淋巴细胞(LYM)和血小板(PLT)的计数。结果呈现于下以下各表中。
表9雄性CD-1小鼠中的血细胞计数
在第1天和第35天测量小鼠体重,并且每个组的平均体重呈现于下表中。在研究结束时测量肝脏、脾和肾脏重量,并呈现于下表中。所引起的器官重量的任何变化超出经修饰的寡核苷酸的预期范围的经修饰的寡核苷酸被排除在进一步研究之外
表10体重和器官重量(g)
实施例4:靶向人类AGT的经修饰的寡核苷酸在Sprague-Dawl ey大鼠中的耐受性
Sprague-Dawley大鼠是用于安全性和功效评估的多用途模型。利用来自上文实施例中所阐述研究的Ionis经修饰的寡核苷酸治疗大鼠,并评估各种血浆化学标志物的水平变化。
研究1
治疗
使雄性Sprague-Dawley大鼠维持在12小时明/暗循环下,并随意喂食Purina正常大鼠饲料。每组4只Sprague-Dawley大鼠各自每周皮下注射15mg/kg Ionis寡核苷酸,持续6周(总计6个剂量)。在最后一次剂量后72小时,使大鼠安乐死;并且收获器官、尿液和血浆以供进一步分析。
血浆化学标志物
为评估Ionis寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平,并且结果以IU/L表示呈现于下表中。也使用同一临床化学分析仪测量总胆红素(TBIL)、肌酐、白蛋白和血尿素氮(BUN)的血浆水平,并且结果也呈现于下表中。
表11Sprague-Dawley大鼠中的血浆化学标志物
器官重量
在研究结束时测量肝脏、心脏、脾和肾脏重量,并且呈现于下表中。
表12器官重量(g)
肾脏功能
为评估Ionis经修饰的寡核苷酸对肾脏功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量尿总蛋白质和肌酐水平。总蛋白质对肌酐的比率(P/C比率)呈现于下表中。
表13Sprague-Dawley大鼠中的总蛋白质对肌酐比率
研究2
治疗
使雄性Sprague-Dawley大鼠维持在12小时明/暗循环下,并随意喂食Purina正常大鼠饲料。每组4只Sprague-Dawley大鼠各自每周皮下注射15mg/kg Ionis寡核苷酸,持续6周(总计6个剂量)。在最后一次剂量后72小时,使大鼠安乐死;并且收获器官、尿液和血浆以供进一步分析。
血浆化学标志物
为评估Ionis寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400c,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平,并且结果以IU/L表示呈现于下表中。也使用同一临床化学分析仪测量总胆红素(TBIL)、肌酐、白蛋白和血尿素氮(BUN)的血浆水平,并且结果也呈现于下表中。
表14
Sprague-Dawley大鼠中的血浆化学标志物
器官重量
在研究结束时测量肝脏、心脏、脾和肾脏重量,并呈现于下表中。
表15器官重量(g)
肾脏功能
为评估Ionis经修饰的寡核苷酸对肾脏功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400c,Melville,NY)测量尿总蛋白质和肌酐水平。总蛋白质对肌酐的比率(P/C比率)呈现于下表中。
表16Sprague-Dawley大鼠中的总蛋白质对肌酐比率
实施例5:与人类AGT互补的经修饰的寡核苷酸在转基因小鼠中的活性
Curt Sigmund博士的实验室通过插入含有整个人类血管紧张素原基因(大约11.5kb)以及5'(1.2kb)和3'(1.4kb)侧接序列的14kb转基因构建体而开发出转基因AGT小鼠模型(Yang G等人,1994.J Biol Chem 269(51):32497-502),并且使用所述模型进一步测试上文所阐述的经修饰的寡核苷酸。
治疗
将AGT转基因小鼠分组,每组2只小鼠。每个小鼠每周皮下注射2.7mg/kg经修饰的寡核苷酸(第0天和第7天,总计2个剂量)。一组2只小鼠接受盐水作为阴性对照。另外,一组2只小鼠接受3.3mg/kg的比较经修饰寡核苷酸757456(第0天和第7天,总计2个剂量)。在最后一次剂量后三天(第10天),将小鼠处死。收集肝脏和血浆以供分析。
RNA和蛋白质分析
从肝脏组织中提取RNA用于实时PCR分析,以使用人类引物探针集RTS3721(阐述于上文中)测量AGT RNA的量。结果呈现为相对于盐水对照的AGT RNA抑制百分比,其相对于如通过 />所测量的总RNA含量进行归一化。另外,提取血浆,以使用ELISA试剂盒(人类总血管紧张素原测定试剂盒,IBL,目录号27412)测量血浆中的人类AGT蛋白水平。结果呈现为相对于盐水对照的AGT蛋白抑制百分比。
表17转基因小鼠中人类AGT RNA和蛋白质的减少
实施例6:与人类AGT RNA互补的经修饰的寡核苷酸在转基因小鼠中的效力,多剂量
在上文所阐述的转基因小鼠模型中,以剂量依赖性方式进一步测试经修饰的寡核苷酸。
治疗
将AGT转基因小鼠分组,每组2只小鼠。每个小鼠以下表中所指示的浓度皮下注射两个剂量(在第0天和第7天)的经修饰的寡核苷酸。一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照。在最后一次剂量后72小时(第10天),使小鼠安乐死。收集肝脏和血浆以供分析。在一些研究中添加757456号化合物作为比较化合物。
研究1
RNA和蛋白质分析
从肝脏组织中提取RNA用于实时PCR分析,以使用人类引物探针集RTS3721(阐述于上文中)测量AGT RNA的量。结果呈现为相对于盐水对照的AGT RNA抑制百分比,其相对于如通过所测量的总RNA含量进行归一化。另外,提取血浆,以使用ELISA试剂盒(人类总血管紧张素原测定试剂盒,IBL,目录号27412)测量血浆中的人类AGT蛋白水平。结果呈现为相对于盐水对照的AGT蛋白抑制百分比。
表18
转基因小鼠中人类AGT RNA和蛋白质的减少(%)
/>
研究2
RNA和蛋白质分析
从肝脏组织中提取RNA用于实时PCR分析,以使用人类引物探针集RTS3721(阐述于上文中)测量AGT RNA的量。结果呈现为相对于盐水对照的AGT RNA抑制百分比,其相对于如通过所测量的总RNA含量进行归一化。另外,提取血浆,以使用ELISA试剂盒(人类总血管紧张素原测定试剂盒,IBL,目录号27412)测量血浆中的人类AGT蛋白水平。结果呈现为相对于盐水对照的AGT蛋白抑制百分比。
表19
转基因小鼠中人类AGT RNA和蛋白质的减少
研究3
RNA和蛋白质分析
从肝脏组织中提取RNA用于实时PCR分析,以使用人类引物探针集RTS3721(阐述于上文中)测量AGT RNA的量。结果呈现为相对于盐水对照的AGT RNA抑制百分比,其相对于如通过所测量的总RNA含量进行归一化。另外,提取血浆,以使用ELISA试剂盒(人类总血管紧张素原测定试剂盒,IBL,目录号27412)测量血浆中的人类AGT蛋白水平。结果呈现为相对于盐水对照的AGT蛋白抑制百分比。如本文所用,值‘0’指示利用经修饰的寡核苷酸处理不抑制AGT水平。
表20
转基因小鼠中人类AGT RNA和蛋白质的减少
实施例7:转基因小鼠肝细胞中人类AGT的剂量依赖性体外抑制
本研究中使用上文所阐述的转基因AGT小鼠模型。在从这些转基因小鼠中提取的原代小鼠肝细胞中,测试以上研究中所阐述的经修饰的寡核苷酸在各种剂量下对AGT RNA的抑制。
将原代小鼠转基因肝细胞以20,000个细胞/孔的密度铺板,并通过自由摄取稀释至如以下各表中所指定的不同浓度的经修饰的寡核苷酸进行处理。在温育过夜后,使用人类AGT引物-探针集RTS3721(正向序列CCCTGATGGGAGCCAGTGT,在本文中指定为SEQ ID NO:3;反向序列AGCAGGGAGAAGCCCTTCA,在本文中指定为SEQ ID NO:4;探针序列CCCTGGCTTTCAACACCTACGTCCACT,在本文中指定为SEQ ID NO:5)测量AGT RNA水平。另外,使用第二人类AGT引物探针集RTS4039(正向序列GGACAAGGTGGAGGGTCTCA,在本文中指定为SEQID NO:6;反向序列AGATCCTTGCAGCACCAGTTG,在本文中指定为SEQ ID NO:7;探针序列ATGAAGAAACTATCTCCCCGGACCATCCA,在本文中指定为SEQ ID NO:8)测量人类AGT RNA水平证实数据。相对于如通过 所测量的总RNA含量对AGT RNA水平进行归一化。结果在以下各表中呈现为相对于未经处理的对照细胞的AGT抑制百分比。如本文所用,值‘0’指示利用经修饰的寡核苷酸处理不抑制AGTmRNA水平。也呈现了每个经修饰的寡核苷酸的半最大抑制浓度(IC50)。使用非线性回归,使用log(抑制剂)对反应的4参数可变斜率法,将底值和顶值分别固定为0和100来计算IC50(Prism)。
表21原代小鼠肝细胞中经修饰的寡核苷酸的多剂量测定
表22原代小鼠肝细胞中经修饰的寡核苷酸的多剂量测定
实施例8:中人类AGT的剂量依赖性离体抑制
试剂盒是可从BIOIVT获得的市售肝脏模型系统,其由与支持性基质细胞共培养的微图案化肝细胞“岛”组成。在处理之前,使96孔HepatoPac板在新鲜维持培养基中在37℃和10% CO2下平衡48小时。将经修饰的寡核苷酸以下表中所描述的浓度稀释至维持培养基中48小时。48小时后,用不含额外寡核苷酸的新鲜维持培养基更换培养基。在寡核苷酸添加后96小时收集细胞溶解物,并使用引物探针集RTS3721(阐述于上文中)通过RT-PCR进行分析。结果在以下各表中呈现为相对于未经处理的对照细胞的AGT抑制百分比。如本文所用,值‘0’指示利用经修饰的寡核苷酸处理不抑制AGT mRNA水平。在Prism中使用可变斜率4参数逻辑式回归计算IC50,将曲线的底值和顶值分别设为5和100。
表23细胞中经修饰的寡核苷酸的多剂量测定/>
实施例9:靶向人类AGT的经修饰的寡核苷酸在食蟹猴中的影响
利用选自上文实施例中所阐述研究中的经修饰的寡核苷酸治疗食蟹猴。
治疗
在研究之前,将猴子保持隔离,接着是适应期,在此期间每天观察动物的一般健康情况。所述猴子年龄为2-4岁并且重2-4kg。九组4只随机分配的雄性食蟹猴各自在背部四个不同的部位之间以顺时针旋转方式皮下注射Ionis寡核苷酸或盐水。在第1天、第4天和第8天的负载剂量后,每周一次(在第15天、第22天、第29天、第36天、第43天、第50天、第57天、第64天、第71天、第78天和第85天)向猴子给与20mg/kg Ionis寡核苷酸。4只食蟹猴的对照组以类似方式注射0.9%盐水并用作对照组。
在研究期间,至少每天一次观察猴子是否有生病或痛苦的征象。任何显示严重虚弱或毒性征象的动物,特别是如果似乎濒临死亡,则出于人道原因,在咨询主治兽医师后尽快实施安乐死。在最后一次剂量后大约48小时的第87天,通过在深度麻醉下放血对动物进行排定的安乐死。实施例中所阐述的方案已获机构动物照护和使用委员会(InstitutionalAnimal Care and Use Committee,IACUC)批准。
体重和器官重量测量
为评估Ionis寡核苷酸对动物整体健康的影响,测量体重和器官重量。在尸体剖检之前测量终末体重。也测量了器官重量,并且所有重量测量值均呈现于下表中。
表24体重和器官重量(g)
肾脏和肝脏功能
为评估Ionis寡核苷酸对肝功能和肾脏功能的影响,在第87天从所有研究组收集血液样品。猴子在血液收集前禁食过夜。在不含抗凝剂的管中收集血液以用于血清分离。使管在室温下保持最少90分钟,然后以3000rpm离心10分钟以获得血清。使用Toshiba 200FRNEO化学分析仪(日本Toshiba公司)测量各种肝脏功能标志物的水平。测量血尿素氮(BUN)、肌酐(CREA)、总蛋白质(TP)、白蛋白(ALB)、球蛋白(GLO)、白蛋白/球蛋白(A/G)计算比、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、总胆红素(TBIL)的血浆水平,并且结果呈现于下表中。
表25食蟹猴血浆中的肝脏功能标志物
促炎性蛋白质分析
为评估Ionis经修饰的寡核苷酸在食蟹猴中的任何炎性作用,采集血液样品以供分析。猴子在血液收集前禁食过夜。在第85天(给药前,和给药后24小时),从每个动物收集大约0.8mL血液并置于不含抗凝剂的管中以用于血清分离。使管在室温下保持最少90min,然后在室温下以3,000rpm离心10min以获得血清。使用Toshiba 120FR NEO化学分析仪(日本Toshiba公司)测量补体C3。另一种炎症标志物C反应蛋白(CRP)与上文针对肝脏功能所测试的临床化学参数一起测试。
表26
食蟹猴的促炎性蛋白质分析
血液学
为评估Ionis经修饰的寡核苷酸对食蟹猴血液学参数的任何影响,在第87天从每个可用研究动物收集大约0.5mL血液的血液样品。样品收集在含有K2-EDTA的管中。使用ADVIA2120i血液分析仪(Siemens,USA)分析样品的红细胞(RBC)计数、血红蛋白(HGB)、血细胞比容(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白(MCH)、平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)、血小板计数(PLT)、白细胞(WBC)计数、个别白细胞计数(例如单核细胞(MON)、中性粒细胞(NEU)和淋巴细胞(LYM)的计数)。
表27
食蟹猴的血细胞计数
尿液分析
在收集新鲜尿液之前一天,将食物取出过夜,但供应水。在第87天,使用湿冰上的清洁笼盘从所有动物收集新鲜尿液样品(清晨第一次尿),以用于尿分析和尿液化学。尿分析/尿液化学参数包括肌酐(UCRE)、蛋白质/肌酐(P/C)比率、微量蛋白(UTP)和尿液微量白蛋白(UALB),所述参数使用Toshiba 120FR自动化化学分析仪(日本Toshiba公司)测量。
表28食蟹猴的尿分析和尿液化学标志物
/>
序列表
<110> IONIS制药公司(Ionis Pharmaceuticals, Inc.)
<120> 用于调节血管紧张素原表达的化合物和方法
<130> BIOL0393WO
<150> 63/232,109
<151> 2021-08-11
<150> 63/115,499
<151> 2020-11-18
<160> 28
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2587
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
atcccatgag cgggcagcag ggtcagaagt ggcccccgtg ttgcctaagc aagactctcc 60
cctgccctct gccctctgca cctccggcct gcatgtccct gtggcctctt gggggtacat 120
ctcccggggc tgggtcagaa ggcctgggtg gttggcctca ggctgtcaca cacctaggga 180
gatgctcccg tttctgggaa ccttggcccc gactcctgca aacttcggta aatgtgtaac 240
tcgaccctgc accggctcac tctgttcagc agtgaaactc tgcatcgatc actaagactt 300
cctggaagag gtcccagcgt gagtgtcgct tctggcatct gtccttctgg ccagcctgtg 360
gtctggccaa gtgatgtaac cctcctctcc agcctgtgca caggcagcct gggaacagct 420
ccatccccac ccctcagcta taaatagggc atcgtgaccc ggccggggga agaagctgcc 480
gttgttctgg gtactacagc agaagggtat gcggaagcga gcaccccagt ctgagatggc 540
tcctgccggt gtgagcctga gggccaccat cctctgcctc ctggcctggg ctggcctggc 600
tgcaggtgac cgggtgtaca tacacccctt ccacctcgtc atccacaatg agagtacctg 660
tgagcagctg gcaaaggcca atgccgggaa gcccaaagac cccaccttca tacctgctcc 720
aattcaggcc aagacatccc ctgtggatga aaaggcccta caggaccagc tggtgctagt 780
cgctgcaaaa cttgacaccg aagacaagtt gagggccgca atggtcggga tgctggccaa 840
cttcttgggc ttccgtatat atggcatgca cagtgagcta tggggcgtgg tccatggggc 900
caccgtcctc tccccaacgg ctgtctttgg caccctggcc tctctctatc tgggagcctt 960
ggaccacaca gctgacaggc tacaggcaat cctgggtgtt ccttggaagg acaagaactg 1020
cacctcccgg ctggatgcgc acaaggtcct gtctgccctg caggctgtac agggcctgct 1080
agtggcccag ggcagggctg atagccaggc ccagctgctg ctgtccacgg tggtgggcgt 1140
gttcacagcc ccaggcctgc acctgaagca gccgtttgtg cagggcctgg ctctctatac 1200
ccctgtggtc ctcccacgct ctctggactt cacagaactg gatgttgctg ctgagaagat 1260
tgacaggttc atgcaggctg tgacaggatg gaagactggc tgctccctga tgggagccag 1320
tgtggacagc accctggctt tcaacaccta cgtccacttc caagggaaga tgaagggctt 1380
ctccctgctg gccgagcccc aggagttctg ggtggacaac agcacctcag tgtctgttcc 1440
catgctctct ggcatgggca ccttccagca ctggagtgac atccaggaca acttctcggt 1500
gactcaagtg cccttcactg agagcgcctg cctgctgctg atccagcctc actatgcctc 1560
tgacctggac aaggtggagg gtctcacttt ccagcaaaac tccctcaact ggatgaagaa 1620
actatctccc cggaccatcc acctgaccat gccccaactg gtgctgcaag gatcttatga 1680
cctgcaggac ctgctcgccc aggctgagct gcccgccatt ctgcacaccg agctgaacct 1740
gcaaaaattg agcaatgacc gcatcagggt gggggaggtg ctgaacagca ttttttttga 1800
gcttgaagcg gatgagagag agcccacaga gtctacccaa cagcttaaca agcctgaggt 1860
cttggaggtg accctgaacc gcccattcct gtttgctgtg tatgatcaaa gcgccactgc 1920
cctgcacttc ctgggccgcg tggccaaccc gctgagcaca gcatgaggcc agggccccag 1980
aacacagtgc ctggcaaggc ctctgcccct ggcctttgag gcaaaggcca gcagcagata 2040
acaaccccgg acaaatcagc gatgtgtcac ccccagtctc ccaccttttc ttctaatgag 2100
tcgactttga gctggaaagc agccgtttct ccttggtcta agtgtgctgc atggagtgag 2160
cagtagaagc ctgcagcggc acaaatgcac ctcccagttt gctgggttta ttttagagaa 2220
tgggggtggg gaggcaagaa ccagtgttta gcgcgggact actgttccaa aaagaattcc 2280
aaccgaccag cttgtttgtg aaacaaaaaa gtgttccctt ttcaagttga gaacaaaaat 2340
tgggttttaa aattaaagta tacatttttg cattgccttc ggtttgtatt tagtgtcttg 2400
aatgtaagaa catgacctcc gtgtagtgtc tgtaatacct tagttttttc cacagatgct 2460
tgtgattttt gaacaatacg tgaaagatgc aagcacctga atttctgttt gaatgcggaa 2520
ccatagctgg ttatttctcc cttgtgttag taataaacgt cttgccacaa taagcctcca 2580
aaaaaaa 2587
<210> 2
<211> 18000
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 2
cagagcaaga ccccaactct aaaacaacac acaaaaatac agccatttct cctgggtgaa 60
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atgggcagca atgaggacca gaaatgctgg gaagtgtcct tgtcatgcaa ggaaaacttg 300
gaacttcaag gatccatcat gggatgcagg acagtaggct ccacccctct tcctgctttc 360
cagtaaatga tgttcagggc tcacatgcct cttccaaggc atgatgtggg gttgcagttc 420
tgatcccagc agagaacaag gctcctgtga aacaattagt tttggctcag aggcaaaaaa 480
tggaaacccc attcctgtat ttacccttca ttctttcctt acctcataca gctggttcca 540
ggtttgattg catcatatac ataaataaat aatctgcttt cctggtttgg tttagttttg 600
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gtaggagttc tagtttagac caagtctcat ctcagaaacc acagagtaga actgatccca 720
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aaagggaaga cataagagac tccattttga aaaagagcta tactttaaac aattgctttg 840
ctgagatgtt gttaatttgt agctttgccc cagccacttt gacccaacct ggagctcaca 900
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gtgttccacg tggctgggga ggcctcacaa tcatggtgga aggtgaagga ggagcaaaag 1320
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ctacaattgg agatttgggt ggggacacag ccaaaccata tcagatggct tatttggttt 1560
ctatgtagaa cctctgcttt tcattcaaca gtcttcattt agccacagat aagctctgtc 1620
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aattaaatta aaattgtcta tttatttaga gacagagtct tactctgtag cccaggctcg 2520
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tgcttgtgtt gaagcaggat cttccttcct gtcccttcag tgccctaata ccatgtattt 3000
aaggctggac acatcaccac tcccaacctg cctcacccac tgcgtcactt gtgatcactg 3060
gcttctggcg actctcacca aggtctctgt catgccctgt tataatgact acaaaagcaa 3120
gtcttaccta taggaaaata agaattataa cccttttact ggtcatgtga aacttaccat 3180
ttgcaatttg tacagcataa acacagaaca gcacatcttt caatgcctgc atcctgaagg 3240
cattttgttt gtgtctttca atctggctgt gctattgttg gtgtttaaca gtctccccag 3300
ctacactgga aacttccaga aggcactttt cacttgcttg tgtgttttcc ccagtgtcta 3360
ttagaggcct ttgcacaggg taggctcttt ggagcagctg aaggtcacac atcccatgag 3420
cgggcagcag ggtcagaagt ggcccccgtg ttgcctaagc aagactctcc cctgccctct 3480
gccctctgca cctccggcct gcatgtccct gtggcctctt gggggtacat ctcccggggc 3540
tgggtcagaa ggcctgggtg gttggcctca ggctgtcaca cacctaggga gatgctcccg 3600
tttctgggaa ccttggcccc gactcctgca aacttcggta aatgtgtaac tcgaccctgc 3660
accggctcac tctgttcagc agtgaaactc tgcatcgatc actaagactt cctggaagag 3720
gtcccagcgt gagtgtcgct tctggcatct gtccttctgg ccagcctgtg gtctggccaa 3780
gtgatgtaac cctcctctcc agcctgtgca caggcagcct gggaacagct ccatccccac 3840
ccctcagcta taaatagggc atcgtgaccc ggccggggga agaagctgcc gttgttctgg 3900
gtactacagc agaaggtaag ccgggggccc cctcagctcc ttctcggtct tgtctctctc 3960
agatgtaact gagctgtggg ctaggaggaa aaggccggga ggaggcacgg tgatgactga 4020
aaaacctctc ccctctcata agaccagtca tccggacgcg ggctttcccc cactcggtgc 4080
ccacctgggg tcttacagga ggagctgctc ctcctcagca ataggacaag atggtcaggt 4140
cttcctgctt ccgctgagaa aagttagggt cctcaggaac ggagcagact ggtacaggaa 4200
cagagtcatc atggccaaga gtccaccggg tcctcttgcc atcaggagga atagcagggc 4260
ttgtgcagga attggggctg gagggaaggg ccgggctcgg tcagtctcca gctgggatcc 4320
ccagagtggt caccctaccc ctccctcgag acagactgcc tgactgtgtg tcatcaggct 4380
ggtcaccatc tccctgaacc tcgatttgct cacctataaa atggaactaa taacgatgcc 4440
tgggctccct gtctcagggg ctctggtata gctgaagaga actaatataa catgaaagtg 4500
ctttctaagc tttgggataa gctaaaaggc agattccaat tttattcgag ggcagcgtag 4560
attggtgctt cagctcgtgg atgacagagt cagggggcct ggttctgagt cctagttctg 4620
tctcttccca gctgtgtgac gttgaacaag tcactggacc tctctgttcc tctgcaaaac 4680
agcatgaacc aattcattaa ctacttctcc aggatgcagt aggtcccagg gactatccta 4740
ggaatgtggg ctgtattagt aaacacaaca gcgggaaccc tgttccgggg ctcacattca 4800
catcagagca aacagacaaa gacgctggac agaataagtg cataactaca tggtacagag 4860
ggttataagg agggaaaagg ggagctggat gagagagttg agagtgcccg gtgtggtggg 4920
gaaagctgca gggtgaaata ctgcatcagg gaaacctcag ggaaggtgag gactatggtg 4980
aggtcagagg ggttgatatg agaacagtgc cctgcaaatg gcaggcacca caggagcatg 5040
agccgtcatc ttcaccttta gcattcagcc cgggagaagt agggagacat agaaggggca 5100
ggtgctggcc aagaggcagg ggcaggagag gagaaggcgg aggggcactc agggcgaggg 5160
tgtcaggccc gccaccccag agcaccatta ctcccaggac gcggctgcgt gcagacctgg 5220
aaccagccta gggagcagcc gcagatcaca actgagaaca aacgacagtc tctgcctcaa 5280
aaatggccca tggaattgcg tctctggaga cgctgcctga gcaggagcag cacagtgagc 5340
gggctgcatc gaccagcgcc atccaaaccc cgaacagttg gcgcttgtca ggcaggactt 5400
cccagcagtc ggttcccaca ggtttcccct gttgacctga tttgatgtga ctgtctagat 5460
taggtgtgaa ctggtggctt aggcttctct gcacagaaag gcctgcaagc agcagagaga 5520
gttttctgtt ccatttttcc atgtcatgtg gctcttcctg agaacagcgg atggagtcaa 5580
atgcatgggg agtggggtga gatggtagct gaggtcagaa tttggcattt gaatgactga 5640
agcagaacaa aacacaccag gtacttcagc agctgcaccg tgttgagggc aggtgctggt 5700
tacgggtctg ggtgagggaa gccagctgcc aatgtaagaa gaatgactgg gtatgcttag 5760
atgaagcaga aaaatctagg catcaaggtg gccttgagtc agtgatgaca cgctacagct 5820
ccaaggaagc ctggcctagc cctgggggga cagaaaaggc caagaagtga cgatattgca 5880
gtacaccccc ctccacaaga aatgagtgag atgtggtaca aaatgttaga attgaatgaa 5940
tcaatagaat aaacgttcat cccttcaatc aagaagagtc agatgaaatg aattagcagg 6000
gccagcccaa gaacctcttc tgggggtctc agggtagctt tcatttgtag cagctgaggc 6060
tgaagcccag ctgcaaggcc tttgagagaa cgtggtgctg gacccgtgtc tagggcaggg 6120
gttctaaacc ctgcttacat atcagagtca cctgagaatt ttctattttt tttttttttt 6180
ttttatacgt ggtcccagca cagactaagg aatccaacta tcattgggca agccatgcta 6240
ggtatgcatg cctttggggc tctgcagggg atagcgctat gcagggatgg ttgagagctg 6300
gttttggggt tgagacacgt gggaaatact tggactttgg gctgagcctg tggtgctcaa 6360
tcccggctgc atgttgggac cacagggaga tgacaaaacc atccccagcc ctcaccctag 6420
ggccctcgaa tgagcatctc aggggtctag gaggcctcca caaagaccta ctgattggca 6480
cacacttgtt tctctaggaa gagaacttac agctgcaggc aggagcatgt cttaatctgc 6540
ttgggctgcc ataagtacca cagactggga gggtttaaca acagaaatgt gttatctcac 6600
agttctggaa gctagaagcc tgggagccag ccatcagcag agttggtttc ctctgggtcc 6660
tctatccttg gcttgtagat ggccgtcttc tctctgtgtc cccacatggt cttccctctg 6720
tgtccccaca tggtcttccc tctgtgtgtg tccatgtcct catctcctct tctcataagg 6780
acacaggtca tattagatca gggctcaccc tcatggcctc attttaactt aatcatctct 6840
ttaaagatcc tgtctccaaa taatggtcac attctgaggt cctggggttg aggacttcaa 6900
cacgggcatt atggccgttg ggggaggtag gacataattc agctgatatt ggtgcatttt 6960
gcacttggat catgtagata ttttccatgg agctttgaat ccatttcttc ttttttttgt 7020
agacatgaat ggatttattc tgggctaaat ggtgacaggg aatattgaga caatgaaaga 7080
tctggttaga tggcacttaa aggtcagtta ataaccacct ttcacccttt gcaaaatgat 7140
atttcagggt atgcggaagc gagcacccca gtctgagatg gctcctgccg gtgtgagcct 7200
gagggccacc atcctctgcc tcctggcctg ggctggcctg gctgcaggtg accgggtgta 7260
catacacccc ttccacctcg tcatccacaa tgagagtacc tgtgagcagc tggcaaaggc 7320
caatgccggg aagcccaaag accccacctt catacctgct ccaattcagg ccaagacatc 7380
ccctgtggat gaaaaggccc tacaggacca gctggtgcta gtcgctgcaa aacttgacac 7440
cgaagacaag ttgagggccg caatggtcgg gatgctggcc aacttcttgg gcttccgtat 7500
atatggcatg cacagtgagc tatggggcgt ggtccatggg gccaccgtcc tctccccaac 7560
ggctgtcttt ggcaccctgg cctctctcta tctgggagcc ttggaccaca cagctgacag 7620
gctacaggca atcctgggtg ttccttggaa ggacaagaac tgcacctccc ggctggatgc 7680
gcacaaggtc ctgtctgccc tgcaggctgt acagggcctg ctagtggccc agggcagggc 7740
tgatagccag gcccagctgc tgctgtccac ggtggtgggc gtgttcacag ccccaggcct 7800
gcacctgaag cagccgtttg tgcagggcct ggctctctat acccctgtgg tcctcccacg 7860
ctctctggac ttcacagaac tggatgttgc tgctgagaag attgacaggt tcatgcaggc 7920
tgtgacagga tggaagactg gctgctccct gatgggagcc agtgtggaca gcaccctggc 7980
tttcaacacc tacgtccact tccaaggtaa ggcaaacctc tctgctggct ctggccctag 8040
gacttagtat ccaatgtgta gctgagatca gccagtcagg ccttggagat gggcaggggg 8100
cagccctgcg gacatacctg gtgaccaccc ttgagaagtg gggaagtggc tgctccgctg 8160
ggtccctgga tgggccgtcc acctcctgga cctgctgccc tactatgtgc acgactatac 8220
aacatccttt ttcttacatc atttaatccc cttatgatgt ggtgaagagg tatttgtgcc 8280
tttgtttacc agtgaagaaa tagagactcg gagaaacaaa gtgccttgct caagatggca 8340
cagccaccag tgggggtcct gggattgaaa cccacatctc ctggccccac agcccagttc 8400
tacactcaga agggtcaggt tcatatctct tgagaaggtc aggaactggg gtccctggcc 8460
catgcagaaa taagcaattg gcttgcttaa atccctttca tgttaggagg ggcattactg 8520
aaaaccctct actacaaaga ttgttgattt tttttttttt ttttattgag acagggtctt 8580
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cactgcaccc agccacagat tgcttaaagc attcatttaa caaatacttg ttgaggattt 8760
gctacttgta agactttaag cctggcatct cagaggaggc cagaggaggg ctgtataggc 8820
cctgcctcca ggcttttaaa ggtcaatggg caaatgccta ggatttggag ctgcagggaa 8880
acgtgctcca caaggtaact cagggaagcc tcggggctct cagaggacag aggtcactgg 8940
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agcatgatga gcccagcctg cagagtttgg ggcaaggaac gaggatgggg cggttggctt 9060
ggcatgagtg ttgaaccaga aaatgggcct ggggagggca gagctggaga cactttgaac 9120
gccatgcttg gtaggtgtgg gaatggggac gcgttctgtt cagaggtcat cccggaagcc 9180
tgccgtgtgc agactggagg cagggaggat tgtttgaagg ttacgcaaga gtccaggcac 9240
acagtcacgg gaacacgtgc tcagggagca gctcggcaaa tccatgggtg gggtggggct 9300
gaggggtgtg tctaagagac actgaggagg ctctgtcaag atgttaacct cgtgagggac 9360
agagagccag gcgggaggtg aaagacaaga ctgtggagaa agaggttcag tggcgcatag 9420
tgatttttct taccacaaca acctccttga ggtctttccc ttcgggttca gggagaggtg 9480
atagatgggg ggattgctca gccctggcac tgactggtca caggggcaga ggccagcccg 9540
agggttgccc ggttgagggt ggcagcacac tgtgcagggc agagcaggga cacatggact 9600
tagcctgctg tccctaggag aagtgctggg aggagcgctc actgagaagg agggtcctgc 9660
agaaggcaaa ggcaagaaag ccagtggcat ctgaaatggg tctcccttcg aaagagagca 9720
catccacctg acccagaccg cagagccagg ccaggaggaa gaggaggaag aataaaaaag 9780
ccaaccacat cgggactcaa aggaagccca ggatcctcgc cggcctccac cgcatgctgc 9840
cctgaccctg ccccacttcc taactttgct ggcctcagtt tccgtcaaag gaggcagcca 9900
cttcctgccc acatggtctg tccagtgagg agatcggggg ctgtctcggg acctctaggt 9960
ttccctttag caatgatgtt ctatttacat gacctcagca ggcagctaga tgtgtcccac 10020
tagagaggac ctgaggatct ggggcctgat gggctccagg gtaccgtctg cccagtgctt 10080
gctgtgctcc tgagcatggg gcgctggccc tggtggtttc catgacacca ggtcctgact 10140
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gcagagggaa gacggcagcc actctcatgt caaatcccag cgtcttttgg gaggcagctt 10260
ccctttttta gtttagtttg ttggaagaaa agaattgtcc ctttcccccc tctaaactaa 10320
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aaatatgcca ggtctgccac tgccttctta cgagacccgg acccagggga ggcacagcca 10500
tgcccagctc ctgcctgcca gttctgtcct cccagctgcc ctactttcat gctgggacct 10560
ccaattcagt acaaagggag acctcactgt ttctgaacca tctctactca gactcccaag 10620
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ggggagggtg ggggccacag gacagctggt gggctctgcc atggctgggg ctagacatgg 11100
attaaaaagt gagtatgagc aggggcctct aggagtggtg ggatagtgcg gtggtggcca 11160
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tatatgggaa ctttctgtac tttctgctcg attttgctgt gaacctaaag tcactctaaa 11400
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ctctctggca tgggcacctt ccagcactgg agtgacatcc aggacaactt ctcggtgact 11940
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ctggacaagg tggagggtct cactttccag caaaactccc tcaactggat gaagaaacta 12060
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agggccgcgg tggcacgggg ctgggcaggc ggcctgtgtg tctgtctacc agtcctctat 12240
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ggagaggaag aatgcttttt ctacacttac acttgcctgg tagttttgga gggggagaaa 12360
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ggcggctggg tggggatagg tgttgttagc tcctctttcc tgctgcaatt cctttccaca 12600
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aaaattgtga tggtaaaata tacgtaacaa aatttgccat cgtaaccatt ttcgagtgca 12780
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gcggcagctg ccctgggagc ttgttagaat gtggcttctc acgcccctcc tggacctaca 16500
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atgggatata cactatatgg gccactttac cttcctaaaa tctgaaaaac ttcaactact 17280
gaaacatgga ctgaaggttt tgaatagtgg atggtgaatt tgaataccat cccgtgtgat 17340
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ttactcaacg tccatagttt acattagggt tggctcttgg tgttgtacat tctatgggtt 17580
tagacaattt tcaggagttt cactgacctg aaaatcctct gtgtccctcc tattcacccc 17640
tccttccctc ctaaccactg gtaaccaccg atcctattcc catcttctcc atagttttgc 17700
ctttcccacc caggatgtca tatagtggaa tcattcagta tgtggccttt ccagattagc 17760
ctctttcact tagtaatgtg catttaagtt tcctccatgt cttttcatga tcgctcattt 17820
cttttttatt gctaaatact atgccactgt ctggatgtgt cacagtttat ttattcacct 17880
actgaaggac atcttgcttg tttccaagtt gtggcaattg cgaattaagc tgctacagac 17940
acccatgtgt gggtttttgt gtggacatgt ttaccccaca caatttttaa agttgctcaa 18000
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 3
ccctgatggg agccagtgt 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 4
agcagggaga agcccttca 19
<210> 5
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 探针
<400> 5
ccctggcttt caacacctac gtccact 27
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 6
ggacaaggtg gagggtctca 20
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 7
agatccttgc agcaccagtt g 21
<210> 8
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 探针
<400> 8
atgaagaaac tatctccccg gaccatcca 29
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 9
gaaggtgaag gtcggagtc 19
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 引物
<400> 10
gaagatggtg atgggatttc 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 探针
<400> 11
caagcttccc gttctcagcc 20
<210> 12
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 12
cgctgatttg tccggg 16
<210> 13
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 13
tcggttggaa ttcttt 16
<210> 14
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> 这些位置处的碱基是RNA
<400> 14
tcggutggaa ttcttt 16
<210> 15
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 15
gtcggttgga attctt 16
<210> 16
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (6)..(6)
<223> 这些位置处的碱基是RNA
<400> 16
ctcatugtgg atgacg 16
<210> 17
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 17
ctcattgtgg atgacg 16
<210> 18
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (6)..(6)
<223> 这些位置处的碱基是RNA
<400> 18
tgaatuggag caggta 16
<210> 19
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 19
tgaattggag caggta 16
<210> 20
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 20
cggtgtcaag ttttgc 16
<210> 21
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 21
gttgggtaga ctctgt 16
<210> 22
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 22
gttggaattc tttttg 16
<210> 23
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 23
gttaagctgt tgggta 16
<210> 24
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> 这些位置处的碱基是RNA
<400> 24
tgaautggag caggta 16
<210> 25
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 25
ttgcaggttc agctcg 16
<210> 26
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 26
ggtagactct gtgggc 16
<210> 27
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 27
gttggaattc tttttg 16
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial sequence)
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 28
cacaaacaag ctggtcggtt 20

Claims (100)

1.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12-15的核碱基序列中的任一者的至少14个、至少15个或至少16个邻接核碱基的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
2.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由14至30个连接的核苷组成并具有包含至少14个、至少15个或至少16个与以下互补的邻接核碱基的核碱基序列:
SEQ ID NO:1的核碱基2046-2061的等长部分;
SEQ ID NO:1的核碱基2271-2286的等长部分;
SEQ ID NO:1的核碱基2272-2287的等长部分;
其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
3.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:12的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
4.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:13的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
5.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:14的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
6.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成并具有包含SEQ ID NO:15的核碱基序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种选自经修饰的糖部分和经修饰的核苷间键联的修饰。
7.如权利要求1-6中任一项所述的寡聚化合物,其中当在所述经修饰的寡核苷酸的整个核碱基序列上测量时,所述经修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2中的任一者的核碱基序列至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互补的核碱基序列。
8.如权利要求1-7中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个双环糖部分。
9.如权利要求8所述的寡聚化合物,其中所述双环糖部分具有4'-2'桥,其中所述4'-2'桥选自-CH2-O-和-CH(CH3)-O-。
10.如权利要求1-9中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个非双环的经修饰糖部分。
11.如权利要求10所述的寡聚化合物,其中所述非双环的经修饰糖部分是2'-MOE糖部分或2'-OMe糖部分。
12.如权利要求1-11中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一种糖替代物。
13.如权利要求12所述的寡聚化合物,其中所述糖替代物是吗啉基、经修饰的吗啉基、PNA、THP和F-HNA中的任一者。
14.如权利要求1-13中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸是间隙聚体。
15.如权利要求14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
16.如权利要求14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由1-6个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由6-10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由1-6个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-脱氧核糖基糖部分。
17.如权利要求14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由3个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经2'-MOE修饰的糖部分或经cEt修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的每一者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
18.如权利要求14所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有包含以下的糖基序:
5'区,其由3个连接的5'区核苷组成;
中央区,其由10个连接的中央区核苷组成;和
3'区,其由43个连接的3'区核苷组成;其中
所述5'区核苷中的每一者和所述3'区核苷中的每一者包含经2'-MOE修饰的糖部分或经cEt修饰的糖部分,并且所述中央区核苷中的至少6者包含2'-β-D-脱氧核糖基糖部分。
19.如权利要求1-18中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有选自以下的糖基序(5'至3'):eekddddddddddkke、e kkddddddddddkke、kkkdyddddddddkkk、kkkddydddddddkkk、kkkddd yddddddkkk、kkkddddddddddkkk或eeeeeddddddddddeeeee;其中‘e’表示2'-MOE糖部分,‘k’表示cEt糖部分,‘d’表示2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,并且‘y’表示2'-OMe糖部分。
20.如权利要求1-19中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联。
21.如权利要求20所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联是经修饰的核苷间键联。
22.如权利要求20或权利要求21所述的寡聚化合物,其中至少一个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
23.如权利要求20和权利要求22中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键联。
24.如权利要求20、22和23中任一项所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是磷酸二酯核苷间键联或硫代磷酸酯核苷间键联。
25.如权利要求21所述的寡聚化合物,其中每个核苷间键联是硫代磷酸酯核苷间键联。
26.如权利要求1-20或22-24中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸具有soossssssssssos的核苷间键联基序;其中,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
27.如权利要求1-26中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
28.如权利要求27所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
29.如权利要求1-28中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由14-30个、14-22个、14-20个、14-18个、14-20个、15-17个、15-25个或16-20个连接的核苷组成。
30.如权利要求1-28中任一项所述的寡聚化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由16个连接的核苷组成。
31.如权利要求1-30中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含接合基团。
32.如权利要求31所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。
33.如权利要求31和32中任一项所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含由单键组成的接合接头。
34.如权利要求31-33中任一项所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含可裂解接头。
35.如权利要求31-34中任一项所述的寡聚化合物,其中所述接合基团包含含有1-3个接头核苷的接合接头。
36.如权利要求31-35中任一项所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的5'-核苷处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
37.如权利要求31-35中任一项所述的寡聚化合物,其中所述接合基团在所述经修饰的寡核苷酸的3'-核苷处连接至所述经修饰的寡核苷酸。
38.如权利要求1-37中任一项所述的寡聚化合物,其中所述寡聚化合物是单链寡聚化合物。
39.如权利要求1-30中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
40.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
或其盐。
41.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
42.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
或其盐。
43.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
44.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
或其盐。
45.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
46.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
或其盐。
47.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
48.如权利要求40、42、44和47中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物是钠盐或钾盐。
49.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:mCesGeo mCkoTdsGdsAdsTdsTdsTdsGdsTds mCds mCdsGkoGksGe(SEQ ID NO:12),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
50.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tes mCkoGkoGdsTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTe(SEQ ID NO:13),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
51.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Gk sTks mCksGdsGysTdsTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCksTksTk(SEQ ID NO:15),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,并且
s=硫代磷酸酯核苷间键联。
52.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:Tks mCkoGkoGdsUysTdsGdsGdsAdsAdsTdsTds mCdsTkoTksTk(SEQ ID NO:14),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
U=尿嘧啶核碱基,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
y=2'-OMe核糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
53.如权利要求49-52中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含共价连接至接合基团的所述经修饰的寡核苷酸。
54.一种寡聚双链体,所述寡聚双链体包含权利要求1-53中任一项所述的寡聚化合物。
55.一种反义化合物,所述反义化合物包含权利要求1-53中任一项所述的寡聚化合物或权利要求54所述的寡聚双链体,或由其组成。
56.一种如权利要求40-53中任一项所述的寡聚化合物的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
57.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
58.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
59.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有特定独立选择的立体化学构型的化合物。
60.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型的化合物或在每个硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型的经修饰的寡核苷酸。
61.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集在一个特定硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Rp)构型并且在每个其余硫代磷酸酯核苷间键联处具有(Sp)构型的化合物。
62.如权利要求56所述的手性富集群体,其中所述群体富集沿5'至3'方向具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的邻接硫代磷酸酯核苷间键联的化合物。
63.一种如权利要求40-53中任一项所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
64.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求1-53中任一项所述的寡聚化合物、权利要求54所述的寡聚双链体、权利要求55所述的反义化合物或权利要求56-63中任一项所述的群体以及药学上可接受的载体或稀释剂。
65.一种方法,所述方法包括向个体施用权利要求64所述的药物组合物。
66.一种治疗与RAAS途径相关的疾病的方法,所述方法包括向患有与RAAS途径相关的疾病或处于患有所述疾病风险下的个体施用治疗有效量的根据权利要求64所述的药物组合物,由此治疗所述与RAAS途径相关的疾病。
67.如权利要求66所述的方法,其中所述疾病是心血管疾病。
68.如权利要求66和67中任一项所述的方法,其中所述疾病选自高血压、顽固性高血压、马凡综合征、心力衰竭、肾病、肥胖症、代谢综合征、NASH和NAFLD。
69.如权利要求66-68中任一项所述的方法,其中所述疾病的至少一种症状或标志得以改善。
70.如权利要求69所述的方法,其中所述症状或标志是以下中的任一者:高血压、高血压急症(即恶性高血压)、中风、子痫前症、血管动脉瘤、腹部动脉瘤、外周动脉疾病、器官损伤或肺动脉高血压。
71.如权利要求65至70中任一项所述的方法,其中所述药物组合物是全身施用的。
72.如权利要求65至71中任一项所述的方法,其中所述药物组合物是皮下或肌内施用的。
73.一种如权利要求1-53中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求54所述的寡聚双链体、如权利要求55所述的反义化合物或如权利要求56-63中任一项所述的群体的用途,其用于减少细胞中的AGT表达。
74.如权利要求73所述的用途,其中AGT RNA的水平降低。
75.如权利要求73所述的用途,其中AGT蛋白的水平降低。
76.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
或其盐。
77.如权利要求76所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物是钠盐或钾盐。
78.一种根据以下化学结构的寡聚化合物:
79.一种寡聚化合物,所述寡聚化合物包含根据以下化学记法的经修饰的寡核苷酸:mCesGeo mCkoTdsGdsAdsTdsTdsTdsGdsTds mCds mCdsGkoGksGe(SEQ ID NO:12),其中:
A=腺嘌呤核碱基,
mC=5-甲基胞嘧啶核碱基,
G=鸟嘌呤核碱基,
T=胸腺嘧啶核碱基,
e=2'-β-D-MOE糖部分,
k=cEt糖部分,
d=2'-β-D-脱氧核糖基糖部分,
s=硫代磷酸酯核苷间键联,并且
o=磷酸二酯核苷间键联。
80.如权利要求79所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含共价连接至接合基团的所述经修饰的寡核苷酸。
81.一种如权利要求76所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
82.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求76所述的寡聚化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
83.如权利要求82所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水或PBS。
84.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求81所述的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
85.一种如权利要求77所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
86.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求77所述的寡聚化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
87.如权利要求86所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水或PBS。
88.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求85所述的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
89.一种如权利要求78所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
90.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求78所述的寡聚化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
91.如权利要求90所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水或PBS。
92.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求89所述的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
93.一种如权利要求79所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
94.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求79所述的寡聚化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
95.如权利要求94所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水或PBS。
96.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求93所述的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
97.一种如权利要求80所述的寡聚化合物的群体,其中所述寡聚化合物的所有硫代磷酸酯核苷间键联都是立构无规的。
98.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求80所述的寡聚化合物和药学上可接受的载体或稀释剂。
99.如权利要求98所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的稀释剂是水或PBS。
100.一种药物组合物,所述药物组合物包含权利要求97所述的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
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