KR102074903B1

KR102074903B1 - 수박 왜성 개체 선발용 분자마커 및 이의 이용

Info

Publication number: KR102074903B1
Application number: KR1020180120646A
Authority: KR
Inventors: 이긍표; 장윤정; 윤현식
Original assignee: 중앙대학교 산학협력단
Priority date: 2018-10-10
Filing date: 2018-10-10
Publication date: 2020-02-07

Abstract

본 발명은 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 분자마커 및 이의 이용에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 조성물, 프라이머 세트, 및 키트와 이를 이용하여 수박 왜성 개체를 판별하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 수박 왜성 분자마커의 제공으로, 왜성 계통 및 품종 개발시 어린 식물체 또는 종자의 DNA를 추출하여 바로 왜성 유무를 확인하여, 왜성을 나타내는 수박 품종을 효율적으로 판별 및 육성할 수 있으므로, 육종에 소요되는 시간, 비용, 및 노력을 절감하는데 매우 유용할 것으로 기대된다.

Description

수박 왜성 개체 선발용 분자마커 및 이의 이용{Molecular Markers for Selection of Watermelon Dwarf Entities and Their Use}

본 발명은 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 분자마커 및 이의 이용에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 조성물, 프라이머 세트, 및 키트와 이를 이용하여 수박 왜성 개체를 판별하는 방법에 관한 것이다.

수박은 아시아(82.4%), 유럽(5.8%), 오세아니아(0.1%), 아프리카(5.3%), 아메리카(6.3%) 전세계적으로 생산되고 있으며, 아시아 중에서도 중국(약 5천만 톤)에서 가장 많은 수박을 생산하고 있다. 우리나라에서도 수박은 여름뿐만이 아니라 연중내내 소비되는 과채류이다. 그러나 지구 온난화에 따른 이상기후 현상에 의해 재배지의 온도가 상승하고 과습한 기후 조건이 조성됨에 따라 수박 재배지에서 탄저병, 덩굴마름병, 역병 등이 빈번하게 발생함에 따라 그 생산량이 줄어들고 있는 실정이다.

한편, 최근 차세대 염기서열 분석법의 발달에 따라 염기서열 분석 비용이 절감되어 식물의 염기서열 분석 또한 빠르게 진행되고 있으며, 박과 식물의 경우 오이(2009년), 멜론(2012년), 수박(2013년)의 전장 염기서열이 공개되었다. 수박의 경우 최근 게놈의 서열분석을 통한 게놈서열 기반 고밀도 유전자지도가 작성되고 있으며, 이를 기반으로 한 다량의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 정보의 결과로 다양한 식물 계통, 품종의 구분뿐만 아니라, 분자마커로서의 활용도가 증가되고 있다. 과거 전통육종에서는 원하는 형질의 게놈부위를 교배육종을 통해 형질도입을 하였는데, 이를 확인하기 위해서 해당 표현형까지 관찰하기까지 노동력과 시간이 많이 걸리는 문제점이 있었다. 이를 해결하기 위해 원하는 형질과 연관된 분자마커의 개발이 이루어 지고 있으며, 나아가 개발된 마커로 유묘기때 개체를 선발하여 노동력 절감, 육종효율 증진, 및 육종기간 단축을 위한 연구 개발이 이루어지고 있다.

왜성 형질은 식물계에서 중요한 형질 중 하나다. 벼, 보리 등의 작물에서는 왜성의 표현형이 포복성, 내병성, 수량에 중요한 형질로 여겨지고 있다. 수박의 경우, 단위면적 당 수확량 및 과 크기가 중요한 채소이기 때문에 해당작물의 재배를 위해서 많은 농경지가 필요하다. 반면에 수박 왜성의 형질을 가지고 있다면 단위면적 당, 고밀도 재배가 가능하며 초세가 강하고 수확량 개선에 있어 중요한 형질이다. 또한, 수박재배 시 측지 재거 및 가지 정리에 많은 노동력이 투여되는데, 수박 왜성의 경우 마디 간 길이가 짧기 때문에 식물체 관리에 있어 노동력이 절감되는 장점이 있다. 하지만 수박왜성을 유도하는 유전요인에 대해 많은 연구가 미비한 실정이다.

대한민국 공개특허공보 10-2018-0077871

본 발명은 상기와 같은 종래 기술상의 문제점을 해결하기 위해 안출된 것으로서, 본 발명의 목적은 수박 왜성(Dwarf) 개체를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물을 제공하는데 있다.

본 발명의 다른 목적은 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트를 제공하는데 있다.

본 발명의 또 다른 목적은 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 키트를 제공하는데 있다.

본 발명의 또 다른 목적은 수박 왜성 개체를 판별하는 방법을 제공하는데 있다.

그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 본 발명이 속한 기술분야의 통상의 기술자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.

상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은

서열번호 1의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism: SNP)을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 2의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 3의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 4의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 5의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 6의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 및 서열번호 7의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 수박 왜성(Dwarf) 개체를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물을 제공한다.

또한, 본 발명은 서열번호 1의 501번째 염기, 서열번호2의 501번째 염기, 서열번호 3의 501번째 염기, 서열번호 4의 501번째 염기, 서열번호 5의 501번째 염기, 서열번호 6의 501번째 염기, 또는 서열번호 7의 501번째 염기를 포함하는 8-100개의 연속된 염기서열 또는 이의 상보적인 염기서열을 갖는 폴리뉴클레오타이드에 특이적으로 결합하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.

본 발명의 일 구현예로서, 상기 프라이머 세트는, 서열번호 8 및 9으로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 10 및 11로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 12 및 13으로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 14 및 15로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 16 및 17로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 18 및 19로 이루어진 프라이머 세트; 및 서열번호 20 및 21로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 키트를 제공한다.

또한, 본 발명은 (a) 판별하고자 하는 수박 품종으로부터 게놈(genomic) DNA를 얻는 단계; (b) 상기 게놈 DNA에서 서열번호 1의 501번째 염기, 서열번호2의 501번째 염기, 서열번호 3의 501번째 염기, 서열번호 4의 501번째 염기, 서열번호 5의 501번째 염기, 서열번호 6의 501번째 염기, 또는 서열번호 7의 501번째 염기 타입을 검출하는 단계; 및 (c) 상기 검출한 염기 타입으로부터 수박 왜성 개체를 판별하는 단계를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하는 방법을 제공한다.

본 발명의 일 구현예로서, 상기 단계 (b)는 제 2항의 프라이머 세트를 사용한 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 이용하여 수행되는 것을 특징으로 한다.

본 발명의 다른 구현예로서, 상기 단계 (c)는 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔-전기영동, 서열분석, 방사선 측정, 형광 측정, 및 인광 측정으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 방법으로 수행되는 것을 특징으로 한다.

본 발명에 따른 수박 왜성 분자마커의 제공으로, 왜성 계통 및 품종 개발시 어린 식물체 또는 종자의 DNA를 추출하여 바로 왜성 유무를 확인하여, 왜성을 나타내는 수박 품종을 효율적으로 판별 및 육성할 수 있으므로, 육종에 소요되는 시간, 비용, 및 노력을 절감하는데 매우 유용할 것으로 기대된다.

도 1은 Hs54450(정상계통; P1), DwfHS4450(왜성계통; P2), 및 DwfHS4450

Hs54450(왜성계통과 정상계통 교배; F₁)의 표현형을 나타낸 도이다.
도 2는 DwfHS4450

Hs54450 F₂집단의 가계도이다.
도 3은 Hs54450(정상계통; P1)과 DwfHS4450

Hs54450(왜성계통과 정상계통 교배; F₁)의 0마디서부터 5마디까지 간의 길이를 나타낸 도이다.
도 4는 수박왜성 연관유전자 선발을 위한 delta SNP index 분석결과를 나타낸 도이다.
도 5는 서열번호 1의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 6은 서열번호 2의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 7은 서열번호 3의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 8은 서열번호 4의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 9는 서열번호 5의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 10은 서열번호 6의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.
도 11은 서열번호 7의 염기서열 및 해당 염기서열 내에서 SNP의 위치 및 프라이머 세트의 위치를 나타낸 것이다.

본 발명자들은 수박 왜성(Dwarf)과 연관된 유의미한 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)을 발굴하고, 상기 단일염기다형성을 이용한 분자마커를 사용하여 왜성을 갖는 수박 품종을 선별하기 위한 판별방법을 개발하기 위해 연구 노력한 결과, 수박 왜성과 연관된 SNP를 확인하였고, 이에 따라 해당 SNP를 확인할 수 있는 프라이머 세트를 개발하여 F₂ 분리집단에서 검정한 결과 모든 개체에서 수박 왜성 여부를 정확하게 판별할 수 있음을 실험적으로 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.

이하, 본 발명을 상세히 설명한다.

본 발명은 수박 왜성 유전자좌에서 특이적으로 차별화되어 나타나는 단일염기다형성 마커 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 SNP 마커 조성물은 수박에 적용되나, 이에 한정되지는 않는다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "수박(Citrullus lanatus, watermelon)"은 한반도에서 재배되거나 혹은 품종 개량을 목적으로 육종된 수박을 의미하나, 이에 한정되지는 않는다.

본 발명은 서열번호 1의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 2의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 3의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 4의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 5의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 서열번호 6의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열; 및 서열번호 7의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개로 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물을 제공한다.

본 발명에 따른 서열번호 1 내지 서열번호 7의 염기서열은 수박의 9번 염색체에 존재하는 염기서열일 수 있으며, 바람직하게는 1.6Mb ~ 2.0Mb 또는 5.6Mb ~ 6.1Mb 영역일 수 있으나 이에 제한되지 않는다.

본 발명에 따른 SNP 마커는, 서열번호 1의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 염기가 (A->G)이고, 서열번호 2의 염기서열 내에서 501번째 염기가 (A->C)이며, 서열번호 3의 염기서열 내에서 501번째 염기가 (C->A)이며, 서열번호 4의 염기서열 내에서 501번째 염기가 (C->T)이며, 서열번호 5의 염기서열 내에서 501번재 염기가 (A->C)이며, 서열번호 6의 염기서열 내에서 501번째 염기가 (G->A)이며, 서열번호 7의 염기서열 내에서 501번째 염기가 (C->A)인 경우, 수박 왜성 개체인 것으로 판별할 수 있는바, 상기 SNP 마커를 증폭시킬 수 있는 프라이머 세트를 분자마커로 사용함으로써 품종 개발시 어린 식물체 또는 종자의 DNA를 추출하여 바로 왜성 유무를 확인할 수 있다.

이에, 본 발명의 다른 양태로서, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 증폭시킬 수 있는 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트를 제공하며, 바람직하게는, 상기 프라이머 세트는, 서열번호 8 및 9으로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 10 및 11로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 12 및 13으로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 14 및 15로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 16 및 17로 이루어진 프라이머 세트; 서열번호 18 및 19로 이루어진 프라이머 세트; 및 서열번호 20 및 21로 이루어진 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트를 포함할 수 있다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "뉴클레오타이드" 또는 "폴리뉴클레오타이드"는 단일가닥 또는 이중가닥의 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드이며, 특별히 다르게 언급되어 있지 않은 한 자연의 (폴리)뉴클레오타이드의 유사체를 포함한다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "프라이머"는 단일가닥의 올리고뉴클레오타이드로서, 적합한 조건(4가지의 상이한 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 DNA 또는 RNA 폴리머라아제와 같은 중합효소의 존재), 적합한 온도, 및 적합한 버퍼하에서 주형-지시적 DNA 합성을 개시할 수 있는 개시점으로서 작용하는 것을 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 사용하고자 하는 프라이머의 특성에 의해 결정하지만, 통상적으로 15bp 내지 30bp의 길이로서 사용한다. 프라이머는 주형의 서열과 정확하게 상보적일 필요는 없지만 주형과 혼성복합체(hybrid-complex)를 형성할 수 있을 정도로 상보적이어야 한다.

본 발명의 일 실시예에서는, 7개의 프라이머 세트를 이용하여 F₂ 분리집단의 각 개체를 대상으로 유전자형 및 표현형 검정을 수행하였고, 그 결과 서열번호 2 및 3 의 경우 개발된 마커와 표현형 결과가 100% 일치하는 경향을 확인하였다(실시예 3-2 및 표 8 참조).

상기와 같이, 본 발명에 따른 프라이머 세트는 HRM(High resolution melting) 분석을 통하여 염기 서열에서의 변이를 확인하는데 사용될 수 있는바, 본 발명의 또 다른 양태로서, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 HRM 분석용 PCR 키트를 제공한다.

본 발명에서 “HRM”은 PCR 영역 내에 존재하는 DNA 상의 SNP에 따라서, 형광시약과 결합한 증폭산물 DNA를 약 60℃에서 90℃까지 온도를 변화시키며 단일가닥의 DNA로 변성될 때의 형광강도 변화를 측정하는 방법을 의미한다.

또한, 본 발명의 또 다른 양태로서, (a) 판별하고자 하는 수박 품종으로부터 게놈(genomic) DNA를 얻는 단계; (b) 상기 게놈 DNA에서 서열번호 1의 501번째 염기, 서열번호2의 501번째 염기, 서열번호 3의 501번째 염기, 서열번호 4의 501번째 염기, 서열번호 5의 501번째 염기, 서열번호 6의 501번째 염기, 또는 서열번호 7의 501번째 염기 타입을 검출하는 단계; 및 (c) 상기 검출한 염기 타입으로부터 수박 왜성 개체를 판별하는 단계를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하는 방법을 제공한다.

이 때, 상기 단계 (b)는 제 2항의 프라이머 세트를 사용한 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 이용하여 수행될 수 있고, 상기 단계 (c)는 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔-전기영동, 서열분석, 방사선 측정, 형광 측정, 및 인광 측정으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 방법으로 수행될 수 있으나 이에 제한되지 않는다.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.

[실시예]

실시예 1. 정상계통, 왜성계통, F ₁ , 및 F ₂ 집단의 확보 및 표현형 분석

이하 실시예에서는 도 1 및 도 2에 나타낸 바와 같이 HS4450의 경우 정상계통(P1), DwfHS4450은 왜성계통(P2), 해당계통을 이용하여 교배한 F₁ 및 F₂을 활용하였다. 각 계통의 특징은 유묘기부터 질적형질로 식물체 전체 길이 및 0에서부터 5절까지의 길이에서부터 차이가 난다. 도 3에 나타낸 바와 같이 육안으로도 정상계통과 왜성계통을 구분 할 수 있으며, 유묘기때의 경우 0에서부터 5절까지의 길이를 측정하여 구체적인 기준을 이용한 검정방법을 확립하고자 하였다. 각 계통 및 집단의 표현형은 절간 마디 사이의 길이를 측정하여 확인한 것을 하기 표 1 내지 4에 나타내었다. 이때, 표현형 H는 왜성 형질을 가지고 있지 않아 키가 킨 표현형을 가지는 개체를 의미하고, 표현형 L은 왜성 형질을 가지고 있어 키가 작고 덤불(Bush) 형태로 자라나는 표현형을 가지고 있는 개체를 의미한다.

	절간 마디사이의 길이(cm)
P2(HS4450)	0~1 마디	1~2 마디	2~3 마디	3~4마디	4~5마디	5~6마디	6~7마디	7~8마디	8~9마디	9~10마디	10~11마디	표현형
1	0	0.3	0.5	2	7	5						H
2	0	0.5	0.2	2	2.3	4.5	4.7	5.2	4			H
3	0	0.5	0.2	1.8	4.3	4.7	5.8	5	5.3			H
4	0	0.5	0.2	1.8	3.9	10.2	3.3	5.3	3.1	2.8		H
5	0	0.6	0.3	4.6	7.5	6	5.4	6	3.9			H
6	0	0.1	0.7	0.1	1.1	1.9						H
7	0	0.5	0.3	2.8	5.5	7	5.6	5.6	3.7	2.2		H
8	0	0.8	0.8	1.1	8	4	4.3	4				H
9	0	0.6	0.3	6.2	0	6.3	10	7.7				H

절간 마디사이의 길이(cm)

P1(DwfHS4450)

0~1
마디

1~2
마디

2~3
마디

3~4마디

4~5마디

5~6마디

6~7마디

7~8마디

8~9마디

9~10마디

10~11마디

표현형

1

L

2

L

3

L

4

L

5

L

6

L

7

L

8

L

9

L

10

L

11

L

12

L

13

L

	절간 마디사이의 길이(cm)
F₁ (DwfHS4450 Hs54450)	0~1 마디	1~2 마디	2~3 마디	3~4마디	4~5마디	5~6마디	6~7마디	7~8마디	8~9마디	9~10마디	10~11마디	표현형
1	0	0.3	0.3	0.7	3	4	3.5	3.9				H
2	0	0.4	0.3	1.1	7	5.5	5.1	3.5				H
3	0	0.2	0.3	0.7	3.3	4.7	4					H
4	0	0.2	0.2	0.4	2.9	6.8	4.9					H
5	0	0.2	0.5	2	6.1	6.8	5					H

	절간 마디사이의 길이(cm)
F₂ (DwfHS4450 Hs54450)	0~1 마디	1~2 마디	2~3 마디	3~4마디	4~5마디	5~6마디	6~7마디	7~8마디	8~9마디	9~10마디	10~11마디	표현형
1												L
2	0	0.3	0.3	0.8	4.8	4.8	3.5					H
3	0	0.4	0.3	2.4	6.4	6.9	6.6	6.8				H
4	0	0.2	0.3	0.1	0.8	2.3	7.9	3.8	3.5			H
5	0	0.1	0.3	0.2	1.2	3.4	8	6	4			H
6												L
7	0	0.2	0.3	1.1	5	4.1						H
8												L
9	0	0.3	0.3	1.2	4.2	6.8						H
10	0	0.6	0.3	2	4.5	5.8	4.5					H
11												L
12	0	0.1	0.3	0.2	5.4	5.6	7.6	4.4	1.9			H
13	0	0.4	0.4	2	5.4	6.8	6	2.5				H
14	0	0.2	0.3	0	1.1	3.8	9.5	5.8	2.5			H
15	0	0.1	0.1	0.6	2.8	2.5	8.7	3.8				H
16	0	0	0.7	0.2	2.8	5.8	3.1	2.8				H
17	0	0.1	0.4	0.4	2.5	5.8	6.7	3.5				H
18												L
19	0	0.2	0.4	2.5	0.2	10.5	4.2	2.3				H
20												L
21												L
22	0	0.4	0.5	0.8	3.8	0	7.8	6.7	3.1			H
23	0	0.3	1.3	6	8.5	3						H
24	0	0.1	0.3	0.6	1.3	6	5					H
25	0	0.3	0.4	1.3	5.3	6	2.5					H
26	0	0.1	0.7	0.6	6.5	5	6.5	4.1				H
27	0	0.1	0.4	0.5	2	6.1	5.2					H
28	0	0.2	0.4	0.5	4.2	6.2						H
29	0	0.1	0.2	0.1	0.7	2	8.2	2.8				H
30	0	0.5	0.2	1.2	4.1	7.5	5.8					H
31	0	0.2	0.2	0.3	0.1	1.8	5.6	5.4				H
32	0	0.2	0.5	0.2	1.5	3.5	2.3	4.1	3.3			H
33	0	0.4	0.3	0.8	2,7	7	4	2.1				H
34	0	0.1	0.2	0.5	2	4.7	3.2					H
35	0	0.2	0.3	0.2	1.2	2.4	5.1	3.7	2.7	2.6	2.1	H
36	0	0.4	0.2	0.5	1.1	3.3	3	2.7	2.5			H
37	0	0.3	0.3	0.6	2.1	7.5	4.1	1	2.7	2.2		H
38	0	0.3	0.5	3.8	6.5	4.4	2.4					H
39												L
40												L
41	0	0.5	0.3	2	6.3	9.4	5.7	4				H
42	0	0.4	0.3	1	5.8	4.5	3.4	2				H
43	0	0.4	0.3	1.1	3,6	3.7	4.2	4.2	1.8			H
44												L
45	0	0.3	0.3	0.4	3.3	5.7	5.2					H
46												L
47	0	0.4	0.3	1	4.9	4.6	2.5					H
48	0	0.3	0.2	0.3	0.8	3.5	2.8					H
49	0	0.3	0.3	0.7	4	4.3	2					H
50	0	0.2	0.3	0.2	0.7	2.7	3	3,2				H
51	0	0.2	0.2	0.4	2.5	5.3	4	4				H
52	0	0.1	1	4.5	7.5	7	4.5	4.4	2			H
53	0	0.4	0.2	2	5	8.8	6	4.2	2.5			H
54	0	0.1	0.3	0.1	1.5	1.8	6	3.7	2.7	3.7		H
55	0	0.3	0.4	0.9	3	3.9	3.6	6.5				H
56	0	0	0.4	0.6	2.6	4.6	7.1	3.5	3			H
57	0	0.1	0.2	0.3	1.3	1.8	2.7	4.5	2.5	2.5		H
58	0	0.2	0.4	1.2	4	4.5	0.2	7.5	3.2	4		H
59												L
60												L
61	0	0.1	0.3	0.4	0	2.8	5.8	2				H
62	0	0.3	0.1	1.1	2.9	5.8						H
63	0	0.4	0.5	1.7	4.3	1.7						H
64	0	0.3	0.6	2	4.5							H
65												L
66	0	0.7	0.3	0.1	3	4.5	6	3.4				H
67	0	0.3	0.6	1.5	4.5	5						H
68												L
69	0	0.3	0.4	1.5	3.2	7.3	3					H
70	0	0.1	0.3	0.1	1	3	7.7	3				H
71												L
72	0	0.1	0.7	0.4	4.2	3.5	3					H
73												L
74	0	0.1	0.2	0.1	0.8	2.1	6.2					H
75	0	0.2	0.3	0.4	3.8	5.7	6	2.6				H
76	0	0.1	0.3	0.5	2.6	4.8	3					H
77	0	0	0.5	1.5	1.5							H
78												L
79												L
80												L
81	0	0.3	0.4	1.5	5.5	7	3.3					H
82	0	0.6	0.6	2.3	6.6	6.8	2.5					H
83												L
84												L
85												L
86	0	0.4	0.4	1	1.8	5.8	3.5					H
87	0	0.4	0.4	0.8	5.8	6						H
88	0	0.4	0.3	0.8	2.8	5.2						H
89	0	0.4	0.4	0.9	3.2	7	2.8					H
90												L
91	0	0.2	1.5	1	0.8	7.5	5	4.7	4.2			H
92	0	0.1	0.4	0.4	2.5	6.7	4.4					H
93	0	0.1	0.3	0.4	1.7	3.8	5.6					H
94	0	0.5	0.4	2.2	3.8	3.8						H
95	0	0.2	1.7	1.4	2.5							H
96												L
97	0	0.6	0.4	3.5	5	5.5	4.7					H
98												L
99	0	0.1	0.5	0.5	3.8	6	6.4					H
100	0	0	0.6	0.1	3.3	2.8	5.2	2.8				H
101	0	1	0.8	3.9	6	5.5	5.4	2.5				H
102												L
103	0	0.3	0.5	0.1	0.9	4	6.4	2.9	2.2			H
104												L
105	0	0.7	1.4	3.8	8.5	6.5	3.6					H
106	0	0.1	0.7	1	4.3	4.2	5.7	2.9				H
107	0	0.4	0.3	0.6	1.2	2.5						H
108												L
109	0	0.1	0.3	0.2	1.5	1.3	8.2	3.2	4			H
110	0	0	0.5	0.4	4	5.8	2.8					H
111	0	0.1	0.6	0	1.2	2.8	9	5.4	3.8	3.7		H
112	0	0.4	0.3	1	2.7	4.5	5.8					H
113												L
114	0	0.5	0.4	2.7	6	4.6	3.8	4	2.5	2		H
115	0	0.3	0.4	1	2.8	7.2	6.8	2				H
116	0	0.1	0.3	0.4	2.4	3.2	5.6	2.4				H
117	0	0.2	0.3	0	0.6	2.3	8	7.3	5.2	2		H

실시예 2. 수박 왜성 유전양상 분석

수박왜성 F₂, F₁ 분리집단을 이용하여 표현형 검정을 실시한 결과, 생육 초기(유묘기)에서 0에서 5까지의 절간 길이를 기준으로 한 유전 분석(표 5) 및 생육후기 육안검정을 기준으로 한 유전분석(표 6)에 나타난 바와 같이, 유의수준 0.05에서 본 실험의 분리집단의 수박왜성 유전양상은 단인자 열성으로 유전됨을 확인 할 수 있었다.

Normal : Semi dwarf : dwarf = 1 : 2 : 1
	정상(Normal) (AA)	중간-왜성(Semi-Dwarf) (Aa)	왜성(Dwarf) (aa)	총합(total)	유의수준	0.05
0~4 절간길이	39	48	30	117	χ²	5.13
0~5 절간길이	26	61	30		χ²	0.719
예상비율(Expectation ratio)	29.25	58.5	29.25		자유도(Degree of free)	2

Logan(P2) Dwarf(P1) 3 : 1 카이스퀘어 검정
	Logan (AA,Aa)	Dwarf(aa)	total	유의수준	0.05
측정비율 (Observation ratio)	87	30	117	자유도	1
예상비율(Expectation ratio)	87.75	29.25	117	χ²	0.026

실시예 3. 수박 왜성 연관 분자마커의 개발

3-1. 수박 왜성 유전자의 탐색 및 수박 게놈(genome) 상의 위치 확인

Dwfhs4450 x Hs4450 F₂ 집단에서 생육초기 및 생육후기 표현형검정을 완료하였으며, 생육후기까지 표현형이 명확한 개체들을 이용하여 정상표현형을 보이는 20개, 왜성표현형을 보이는 20개의 개체들을 각각 DNA 추출 후 이를 동량으로 pooling하여 Illumina Hiseq 2500을 이용, Whole genome resequencing을 수행하였다. 생산된 결과를 기반으로 수박 97103 참조 게놈(reference genome)서열에 각 염색체별 VCF(Variant Calling Format)를 생산하고, 이후 delta SNP-index를 구하여 발굴된 SNP와 표현형과의 연관성 확인하였다. 지역을 확인한 결과 다른 염색체상에는 유의미한 peak가 도출되지 않았으며, 도 3에 나타난 바와 같이 9번 염색체에서 1.6M~2M, 5.6M~6.1M 지역을 후보 유전자좌로 결정할 수 있었다.

3-2. HRM 마커 분석

이를 기반으로 Tablet 프로그램을 이용하여 후보 유전자좌 지역의 염기서열을 확인 후 프라이머 3(primer 3) 오픈소스를 이용하여 HRM 마커(marker)를 개발하여 F₂ 분리세대에서 HRM 마커 검정을 실시하였다. HRM 마커는 표 7에 나타내었고, HRM 검정 결과는 표 8에 나타내었다. 표 8에서 표현형 결과와 유전자형 결과가 일치하지 않는 개체들은 빨간색으로 표시하였다.

Primer		location	SNP	Sequence
Set 1	Dwarf 9-756 F	1785756	A->G	CAAAGTGATAAACCCCTGCAT
	Dwarf 9-756 R			TGAGCTTTTGCGAGTTCTCAT
Set 2	Dwarf 9-186 F	1827186	A->C	GCGGAACTTTTTAACGACACA
	Dwarf 9-186 R			TGGGAAGAGGTGGAGGTTATT
Set 3	Dwarf 9-359 F	1857359	C->A	CTTTCAGAAACTCTGGCCTCA
	Dwarf 9-359 R			AAGAAGCCAATGTGCCTTTA
Set 4	Dwarf 9-608 F	1903608	C->T	ATGTTTGAATTGGGCGTTTT
	Dwarf 9-608 R			TTGCGAACTAGATGAGCGTTT
Set 5	Dwarf 9-053 F	1988053	A->C	CCCACCATGAATAGCAGACC
	Dwarf 9-053 R			GCCCTGAAAAACTCCCTGAT
Set 6	Dwarf 9-222 F	5819222	G->A	TGACAGTGAAGGCCTATTGC
	Dwarf 9-222 R			CGAGACTTTTGGCTTCCAAT
Set 7	Dwarf 9-850 F	6180850	C->A	CAAGGTGTCAAGCAAAAGCA
	Dwarf 9-850 R			TTGCTTTGGCAACTGTTCTG

F₂ 개체번호	F₂ 표현형	Dwarf 9-756 SNpid : 1,785,756	Dwarf 9-186 SNpid : 1,827,186	Dwarf 9-359 SNpid : 1,857,359	Dwarf 9-608 SNpid : 1,903,608	Dwarf 9-053 SNpid : 1,988,053	Dwarf 9-222 SNpid : 5,819,222	Dwarf 9-850 SNpid : 6,180,850
F₂ 개체번호	F₂ 표현형	불일치=3	불일치=0	불일치=0	불일치=4	불일치=6	불일치=46	불일치=46
1	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
2	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
3	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
4	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
5	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group2
6	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
7	H	Group1	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
8	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
9	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
10	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
11	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
12	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2
13	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
14	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
15	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
16	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
17	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2
18	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
19	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
20	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
21	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
22	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
23	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
24	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
25	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
26	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
27	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
28	H	Group1	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
29	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
30	H	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1	Group2	Group2
31	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
32	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
33	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
34	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group3
35	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
36	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
37	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
38	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
39	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
40	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
41	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
42	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
43	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
44	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
45	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
46	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
47	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
48	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
49	H	Group2	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
50	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
51	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
52	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
53	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
54	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
55	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
56	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
57	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
58	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
59	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3
60	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
61	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
62	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
63	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
64	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
65	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
66	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
67	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group3
68	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
69	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
70	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
71	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
72	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group3
73	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group1
74	H	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1	Group3	Group3
75	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
76	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
77	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
78	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
79	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
80	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
81	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2	Group2
82	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
83	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
84	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
85	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
86	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
87	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
88	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
89	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
90	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
91	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
92	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
93	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
94	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
95	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
96	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
97	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
98	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group3	Group3
99	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group2	Group2
100	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
101	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2
102	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group2	Group2
103	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3	Group1	Group1
104	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
105	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group1	Group1
106	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2
107	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
108	L	Group1	Group1	Group1	Group1	Group1
109	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
110	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
111	H	Group2	Group2	Group2	Group2	Group2
112	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
113	L	Group3	Group1	Group1	Group1	Group1
114	H	Group2	Group2	Group2	Group3	Group3
115	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group2
116	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3
117	H	Group3	Group3	Group3	Group3	Group3

*Group1=aa(수박왜성), Group2=Aa(semi-dwarf or 정상), Group3=AA(정상)

그 결과 2군데의 후보유전자 지역 중 1.6M~2M 지역 중 1,827,186~1,857,359에서 유전자형과 표현형의 결과가 100% 일치하는 것을 확인 할 수 있었다.

전술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다름 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 아닌 것으로 이해해야 한다.

<110> Chung-Ang University Industry-Academy Cooperation Foundation <120> Molecular Markers for Selection of Watermelon Dwarf Entities and Their Use <130> MP18-219 <160> 21 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 1 ggttgattgg cttgtagagg ttagtgttgc ttcattaagc cttctttaat taatcttttt 60 tttttccctt tattttgttg gtaaaaagaa atcatagact aatagttgat ttcatggagc 120 tgtgggatga tacttgtatt ttttatatca cctagttttt ccaaatttct taaatttaac 180 gaactcatat cttgaaagaa aagaagttcc atgagcattc atcttgaagc agaagcacaa 240 ttatgcaatg gctgatccac gaattcttgg tttcaggtgt cggaggaata caagttagta 300 ccagatacac tctacctaac tgtttttttc atcgattggt ttctctccca aaattacatc 360 gagagacaaa agcttcaact gttgggtatc tcttgcatgt taattgcctc gtaagtttct 420 cagattcaga gcatagttgt ctatgtactt catccaaaag tctaaattgt gttctacgca 480 aagtgataaa cccctgcatt atgcaacaat tgatgatatt aagtgaacaa atttgatgtt 540 ctcataacaa gtatcttgca aatattattt acaatgagaa ctcgcaaaag ctcatccaaa 600 aagatcagtt gtgctatatt aattaatatg aaggaagtaa caccagtggt ccttgtgccc 660 tccaggaagt atgaagaaat ttgtgcacca cgtgttgaag acttttgttt catcactgac 720 agcacctaca caaaagagga ggtatgacat atttgccata cagaacagtg gatggtatat 780 aagatgaatt gatgttaatc attgcttgat aagtggttgg atggctgatt cctggagaaa 840 agaaagagca ataatgagag gaatgaaatg ggaaggaaac aatacaattc tttaacttga 900 ttagtccaac aggatgttta ctgctcttcg aagagaaaca tataagagag agaatgattt 960 gttagcgtgg tctgcctcaa ataatgaatg agttttggac t 1001 <210> 2 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 2 gattaggggg cttagggata acccgagagg acgtggagtg ggccgggcct gatggggatt 60 tcaagactag tcatgtagca attcagttca actcctaccc ggtttgcccg gacccggatc 120 gagccatggg tctcggggcc cacaccgaca ccagcctctt aaccattgtg taccaaaaca 180 acacaagtgg gttacaactt ttgcgggaag ggaaccggtg ggtgacagtg gagccggtac 240 ccggtgcact tgtggttcaa gtgggagact tgttccacat tctcgcaaac gggttgtacc 300 ctagttcgtt acatcaggcc tttgtgaacc ggacccgaaa gcgcctctcg atggcttact 360 tttttggacc gccggaaacc gctcaaattt caccgcttaa gaaacttgtg ggcccaactc 420 aaccaccact ttaccgcacc gtaacttgga ctgagtacct ccgtaaaaaa gcggaacttt 480 ttaacgacac actctcatct atccgtctct acactcctct cactggactg ttagatgtca 540 acgatcatag ccaggtgaaa gtaggctaat aacctccacc tcttcccaca actctagact 600 tcttcctttt cttgtccaac gtttcaaatc ttctccattt tggctaacta tataataaat 660 attaatgtaa ctaaagccaa tttggattta agtgcttttc atttttaatc aaagggaggt 720 ttgtgcttgg tgggtgtaag tgagaaatat gtatctaatc cacggtgtgt ttgtgtaagt 780 ttggattata taggtgtgtg gaaagtaaat gtaaatgaaa tatgatttga agaaaattaa 840 aaaaagaaaa aaaaatgttt atgttttggc ctatgtagga cacataatca tgagttatat 900 cttcatatct atgaaaatgt atgtttgtgt tgtgtattta ataaatggac ctaatctcga 960 gattattctt ctctcccaat tcccaaccaa atcacgcaca t 1001 <210> 3 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 3 aaaataaccg aagtcttcaa atcccacccg gtccacatcc ccgcccacaa aaacctcgac 60 tttgactctc ttcatgaact ccctgattcc tatgattgga ttcaacccga ttctttccct 120 tcttccctca atattaataa taataatctc atctctctct ccgactcctt ccctctcatt 180 gacctttctc tccctaacgc ccctcatctc attggcaatg ccttccgtac ttggggggct 240 ttccaagtca ttaaccacgg tgtccccatt tccctccttc actccattga atccgccgcc 300 aattccctct tctcccttcc ccctccccac aaactcaaag ccgctcgtcc ccccgatggc 360 atctccggct acggcctcgt tcgtatctcc tccttcttcc ctaaacgtat gtggtccgaa 420 ggcttcacca tcgttggctc ccctctcgaa cactttcaga aactctggcc tcacgactac 480 gttcaatact ggtagtgtga caatcacatt gaataattta cttttttttt tttaattatt 540 tttttaatat aaaggcacat tggcttctta tattaaacta gttaattaac attattatat 600 tattaaattt ttagtgatat tatggaggaa tatgaccgag agatgaagag tctatgtgga 660 aggctgatgt ggcttgcgtt gggggaatta ggcataacac gagaggatgt gaattgggct 720 gggccgaatg gggatttcaa gacaagtaat gcagcgaccc aattgaactc ttacccggtt 780 tgcccggacc cggaccgggc catgggactt ggggctcata ccgacaccag cctcttaacc 840 attgtatacc aaaacaacac gagagggtta caagttttga gagaagggaa ccggtgggtg 900 acggtggagc cggtacccgg tgcactggtg gttcaagttg gagacttgct acatattctt 960 acaaacgggt tgtacccgag tcccgttcat caagccgttg t 1001 <210> 4 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 4 accagagtga gagtgagaac gatggggatg taagtcccga ggtcgccgac ggcacctgat 60 atctctgcga ggatggaagt tttggggatg agggtcgccg gaaggcggcg gaaccaccgg 120 tttgcgaggg gggaatggtc ggaagcgggt tcctccatag ttggagatcg gccagtggcg 180 tactacactc tggcaaaagc caatgtgctg cgtgtccaaa atttggtgaa ggatgggaat 240 atttaaggag cgtactatga agttatcaac gaccaatgat tttttttttt tttttttcat 300 tcttgttatt attattttga ctcttcctca actcgaatgg ccatggcaaa gagaatcatt 360 gtttgagtta tttgggaaaa ttaatggaat aaaattataa tgtaatataa tttaaaattc 420 atgtttgaat tgggcgtttt aagttctatt tgtaatataa aattcatttg tttccatttt 480 taactcaact ctcaattttt cactcattca aacgctcatc tagttcgcaa taatcttgat 540 tatatttcaa ctcaaaaaga gccgcttcga attgcaaaaa gaaaaaaaaa actaacaata 600 ttggactttt tctaaatata ttaaaatgag tccaactatt tacaaatatc tattggcgat 660 agacggtgat aaaattctat agccaataaa taataaaatt ttttaatatt tataaataat 720 ttgatatttt tttctattta taataatttt tataatatta aattttgagg catttcattt 780 tcaaatattc aatgtgattc catggcattg tttcttgatg tgaagtcatc ttccctcctt 840 cccataatat ctaagattga actaaaaaaa tatctaagat gctggattgg atctgtatca 900 tgtaaacttg gcccacttat attaaactac ctgtgaactc gaaaaattat aattaaaaaa 960 atataaaaaa taaataaata aaccctactc aggtaacctc a 1001 <210> 5 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 5 gaaagtcctg caacattcat taacgtataa atttacataa gatattattc acattagcca 60 acaataaatg ttttcaagtt aacgaatatt tggttctctg caataggaat acgagatgta 120 ggagatgtct gcttaagaaa gtaagatgca cctgctattc caaagtatgt gtgatagaca 180 tcaacagcat catctggtct atctgaaatt cctccatttt ctgtatcctg catttttaca 240 attaccgaga acaatgttat ggaacttatc tagatcagaa acaatacaat ccccaattta 300 caagccgtgt taggtaatga aacaatttgg cctaagtaac ctggcagtct aagatgaact 360 taatcagctt ttccttatta atccagtgga ccctgtcaat catgatcaag ctagaaagaa 420 cccaccatga atagcagacc tgaacaagaa aaacaaaatc tctaggtaga agttcaaaag 480 caacaaactt ggtaaaaatg atctgtccca aacccacatc agggagtttt tcagggcgac 540 cattaagacc tccagattta acttgacgct cacacaacca ccatccaaga agatccttat 600 ccacatggtg aagagacccc gtaagagcaa gagcaccgac acaacagaaa actgtattta 660 cagcaatgca ttgacattta gacatttgta ttggattaaa ggacaatgta aataattgct 720 cggtgggctt acatcaacag tactatgcaa atcaaaaaca tattctcaca cgaacacttt 780 agttgcaagt tattattcaa cattgtaaag tttatagacc aaaagcaaca ttgttcacca 840 acactgatag catattatcc gctatctcac tttgtaaatc gatcattttt aggaacaatt 900 ttggagtact tgaaacaaaa aggaagaaat agctacatac tttgcccaga atgtgactct 960 ccaccaggtg tacatccaaa accaccatcc atatttttgc a 1001 <210> 6 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 6 gaaaaaaaaa agtttaagat gaacaaagga aaaagaaaac tatcaaatac acatccctca 60 gctctaaata gccagtaaaa gcttgatata aaactaccta actgatttca aactatttat 120 cagattgtaa ctaattacaa gcttatctgt tacacttaat acgtgtattt tgattggcta 180 taaaaacttt gaagtcttgt atttgaaaag attgagatca ttgttatcag ttactttttt 240 attaaaaaaa aacagcacaa ggacaagaaa aatagaaagc catccttgag tgtgaagttg 300 attggtgatg ttgagtttgc ttgaatatag aagaaatata tggatgcagc tgaactgttt 360 tgaatctttg atttggtata ttttcaaaat tttcatgctg gatcttctcg gtcttttgtt 420 tgtgatactg cctcatataa ttttcggaag aatatttctc tgagtcattc acttgtgttg 480 acagtgaagg cctattgcac gaagcccttg tcttctgaga cttaaagatg gtgaagagga 540 gcaaaagtaa gtgggttcta tttataatat tggaagccaa aagtctcgct ctctctctgc 600 agcatgtaga cacacttggt tttcttctaa atgttttgtt tcttgtagag agtaaaagca 660 agagggttag tttaaagaaa aagtacaaga tcattagaaa ggtgaaggag catcacaaga 720 agaaggcgaa ggaagccaag aagctaagct tcaaggggaa gagcaaagtt gagaaggacc 780 cgggtattcc caatgattgg cccttcaagg aacaggagct caaggcactt gaagctcgcc 840 gtgcccgtgc tcttgatgag atggaacaaa agaaagcagc tcggaaggag agggtattat 900 aattttagac tttttgtcat ggacattttt agatttttaa tgtatgtata tacttatgag 960 cctgtgaatg gtgtatgtat tttggtatgc catgtatatt a 1001 <210> 7 <211> 1001 <212> DNA <213> Citrullus lanatus <400> 7 ttcaagaact aaattgttgc tttcatgaaa gtttagggac caaaagtatt ttttaaccaa 60 gatctacaac agactatcta gaattcttct taaccttcca aataagtagg cttagtttca 120 gagaagaatc aagaccaaaa tcttgggaag tcgaagttgt ttgtctttgt gaataatagc 180 aggagtagct caaatggttt tctgaagcta gtcactagag gcgagtatga atgatacgac 240 tatatagatc ttgcgaatgt ggaaattcta actgattgga ttattctaat agattatatc 300 ttggcccgaa gctccctttt ttatcccccc caaaataagc ataaaacttg aacgataatt 360 aaatcttgga gctcatagct attgtccact tcctgtatta taatttaaaa cttaaaacga 420 tgaattcttt ttagctatga aaatcacaag gtgtcaagca aaagcaacaa ttgacatgat 480 gaaaatataa agctgtgacg cctcacagtc tcaggtaggt tgtagataag cacagaactc 540 agaacagttg ccaaagcaaa gatcctgcac acgcatcaaa acggaaggtg gttaaaggga 600 ataaacaaca agtattacca cctaaaactg actcacaaat tcagattacc gatcatcata 660 tacatttgac tttccaacac tttcaaaacc ctctgtatca aggtaaaaaa cagaagtttt 720 gactccatca atcatcaact ccaaaggagt accccatacc cagatccctg tgcaaaagaa 780 attgacaaac tgcataaata cccaacgagt aaatataaca cattcacaac caccacatca 840 ttgcaactgc atttaccttt tgttttggtg tcacgcaggt gtcctacacc aaaccctgaa 900 acacaaaata tttgatttat acaataaatg atatatatac aggatcatta atttttaaac 960 aagagaaatg gtacaaattc ataggagtta acgcaccttc a 1001 <210> 8 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-756 F <400> 8 caaagtgata aacccctgca t 21 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-756 R <400> 9 tgagcttttg cgagttctca t 21 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-186 F <400> 10 gcggaacttt ttaacgacac a 21 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-186 R <400> 11 tgggaagagg tggaggttat t 21 <210> 12 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-359 F <400> 12 ctttcagaaa ctctggcctc a 21 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-359 R <400> 13 aagaagccaa tgtgccttta 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-608 F <400> 14 atgtttgaat tgggcgtttt 20 <210> 15 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-608 R <400> 15 ttgcgaacta gatgagcgtt t 21 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-053 F <400> 16 cccaccatga atagcagacc 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-053 R <400> 17 gccctgaaaa actccctgat 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-222 F <400> 18 tgacagtgaa ggcctattgc 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-222 R <400> 19 cgagactttt ggcttccaat 20 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-850 F <400> 20 caaggtgtca agcaaaagca 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dwarf 9-850 R <400> 21 ttgctttggc aactgttctg 20

Claims

서열번호 2의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism: SNP)을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 수박 왜성(Dwarf) 개체를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물.
제 1항에 있어서,
상기 조성물은 서열번호 3의 염기서열 내에서 501번째 염기에 위치하는 단일염기다형성을 포함하는 8-100개의 연속된 염기로 구성되는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오타이드 서열을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 수박 왜성(Dwarf) 개체를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물.
서열번호 2의 501번째 염기를 포함하는 8-100개의 연속된 염기서열 또는 이의 상보적인 염기서열을 갖는 폴리뉴클레오타이드에 특이적으로 결합하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트.
제 3항에 있어서,
상기 프라이머 세트는, 서열번호 10 및 11로 이루어진 프라이머 세트를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 프라이머 세트.
제 3항의 프라이머 세트를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하기 위한 키트.
다음의 단계를 포함하는, 수박 왜성 개체를 판별하는 방법:
(a) 판별하고자 하는 수박 품종으로부터 게놈(genomic) DNA를 얻는 단계;
(b) 상기 게놈 DNA에서 서열번호 2의 501번째 염기 타입을 검출하는 단계; 및
(c) 상기 검출한 염기 타입으로부터 수박 왜성 개체를 판별하는 단계.
제 6항에 있어서,
상기 단계 (b)는 단계 (a)에서 얻은 게놈 DNA에서 서열번호 3의 501번째 염기 타입을 검출하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 수박 왜성 개체를 판별하는 방법.
제 6항에 있어서,
상기 단계 (c)는 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔-전기영동, 서열분석, 방사선 측정, 형광 측정, 및 인광 측정으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는, 수박 왜성 개체를 판별하는 방법.