KR101943487B1 - 감염성 폐질환 진단 마커 및 이의 용도 - Google Patents

감염성 폐질환 진단 마커 및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

일 양상에 따른 조성물 또는 키트, 및 이를 이용한 개체의 저지단백혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 의하면, 개체의 저지단백혈증의 발병 위험 수준을 예측 또는 측정할 수 있다. 예측 또는 측정된 개체의 저지단백혈증 발병 위험 수준은 저지단백혈증 등을 조기에 진단하여 발병을 예방하기 위한 정보로 이용될 수 있고, 개인 맞춤의학적 치료에 적용하여 치료 효과를 증대시킬 수 있다.

Description

감염성 폐질환 진단 마커 및 이의 용도 {Marker for diagnosing infectious lung disease and use thereof}
감염성 폐질환의 발병 위험을 진단하기 위한 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
전 세계적으로 비결핵 항산균에 의한 감염증은 1950년대까지는 보고되지 않았으나 1980년대 이후 지난 20년 동안 지속적으로 증가해왔다. 세계보건기구의 자료에 의하면 범세계적 결핵퇴치사업으로 인하여 결핵 사망률은 점차 감소하고 있으나, 비결핵 항산균 감염증 환자가 최근 급증하면서 비결핵 항산균 질환에 의한 사망률은 증가하고 있다. 최근에는 기저 질환이 없는 정상 성인에서도 비결핵 항산균에 의한 폐질환이 증가하고 있어 관심이 증대되고 있다. 비결핵 항산균에 의한 질환은 임상상에 의해 폐질환, 림프절염, 피부, 연조직, 골감염증, 파종성 질환의 네 가지로 분류되며, 이 중 폐질환이 90% 이상을 차지하고 있다. 종래 비결핵성 항산균을 성장 속도, 형태, 색소침착 등의 특징으로 균을 분류하였는데, 이 분류법은 임상적 의미와 연관성이 적고 확실한 균종 구분이 어렵다. 또한, 각 국가별로 보고되는 발생 빈도와 주요 감염균의 종류에 따라 차이가 있을 수 있다.
한편, 폐결핵과 달리 비결핵 항산균 (nontuberculous mycobacteria: NTM) 폐질환은 타인에 대한 전염력이 없으며, 일부 환자에서는 질병의 진행이 매우 느려 임상적, 방사선학적 변화를 관찰하기 위해 수년 이상의 추적관찰이 필요하다. 종래 비결핵 항산균 감염증의 진단은 임상적 특징과 함께 미생물학적, 방사선학적, 그리고 조직학적 검사 결과를 근거로 하였다. 그러나, 아직까지 효율적인 비결핵 항산균의 진단 방법은 보고된 바가 없으며, 조기에 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험을 파악할 수 있는, 정확한 유전적 진단법이 요구되고 있는 실정이다. 이에 본 발명자들은 비결핵 항산균 폐질환의 발병 원인을 규명하고자 예의 연구 노력한 결과, 신규한 유전자 변이를 규명하였으며, 상기 유전자 변이가 감염성 폐질환의 진단에 유용하게 이용될 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
일 양상은 감염성 폐질환 발병 위험을 진단하기 위한 조성물을 제공한다.
다른 양상은 감염성 폐질환 발병 위험을 진단하기 위한 키트를 제공한다.
다른 양상은 개체의 감염성 폐질환 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
일 양상은 감염성 폐질환 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 대식세포 발현 유전자 1 단백질 전구체 (Macrophage-expressed gene 1 protein precursor: MPEG1) 유전자의 변이를 검출하기 위한 폴리뉴클레오티드인 것일 수 있다. 상기 조성물은 MPEG1 유전자의 변이 위치에서 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드인 것일 수 있다.
상기 조성물은 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다.
상기 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드의 변이 위치를 포함하고 상기 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드로서, 상기 변이 위치는 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 것일 수 있다.
하나의 단일 가닥 폴리뉴클레오티드가 감염성 폐질환의 발병 위험과 연관되어 있는 경우, 상기 단일 가닥 폴리뉴클레오티드에 상보적인 폴리뉴클레오티드도 당연히 감염성 폐질환의 발병 위험과 연관되어 있는 것으로 판단할 수 있다. 따라서, 상기 조성물은 하나의 특정한 서열을 가진 감염성 폐질환의 발병 위험과 연관되어 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드 및/또는 그에 상보적인 서열을 가진 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다.
상기 감염성 폐질환은 비결핵 항산균 (nontuberculous mycobacteria: NTM)의 감염에 의한 폐질환 (이하, '비결핵 항산균 폐질환'이라고도 함)인 것일 수 있다. 상기 감염성 폐질환은 결핵균 (Mycobacterium tuberculosis complex)과 나병균 (M. leprae)을 제외한 항산균의 감염에 의한 감염성 폐질환인 것일 수 있다. 상기 감염성 폐질환은 섬유공동형 (fibrocavitary form), 기관지확장증형 (nodular bronchiectatic form), 또는 이들의 조합인 것일 수 있다. 상기 감염성 폐질환은 기침, 객담, 혈담, 발열, 호흡곤란, 흉통 또는 이들의 조합을 동반하는 것일 수 있다. 상기 감염성 폐질환은 감염성 폐질환을 일으키는 균, 예를 들면, Mycobacterium avium complex (Mycobacterium avium , Mycobacterium intracellulare 등) Mycobacterium kansasii , Mycobacterium abscessus (Mycobacterium abscessus subspecies abscessus , Mycobacterium abscessus subspecies massiliense , Mycobacterium abscessus subspecies bolletii 등), Mycobacterium xenopi , Mycobacterium malmoense , Mycobacterium fortuitum , Mycobacterium marinum , Mycobacterium chelonae , Mycobacterium gordonae , Mycobacterium szulgai , Mycobacterium celatum , Mycobacterium scrofulaceum , Mycobacterium terrae, Mycobacterium simiae 등에 의한 감염성 폐질환인 것일 수 있다. 상기 감염성 폐질환은 한국인에서 특이적으로 나타나는 것일 수 있다.
상기 감염성 폐질환의 발병 위험은 감염성 폐질환의 발병 위험의 상대적인 위험인 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 위험은 발병의 확률이 건강한 정상인 군에 비하여 증가되어 있는지, 또는 유사한지를 나타내는 것일 수 있다. 또한, 상기 위험은 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체가 다른 특정 대립인자 또는 유전형을 갖는 개체에 비하여 감염성 폐질환의 발병 확률이 증가되어 있는지, 유사한지, 또는 감소되어 있는지를 나타내는 것일 수 있다.
변이는 유전체에서 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산의 변경 (alteration)을 의미한다. 변이 위치는 유전체 상에서 상기 변이가 일어난 위치를 의미한다. 변이는, 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산의, 치환 (substitution), 삽입 (insertion), 중복 (duplication), 결실 (deletion) (삽입 및 결실을 Insertion and Deletion: 'InDel'이라고도 함) 등을 포함하는 것일 수 있다. 상기 변이는 결실 (deletion)인 것일 수 있다.
상기 뉴클레오티드는 대식세포 발현 유전자 1 단백질 전구체 (Macrophage-expressed gene 1 protein precursor: MPEG1) 유전자의 변이를 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드인 것일 수 있다. MPEG1는 성숙한 대식세포에서 높은 수준으로 발현되는 단백질로서, 병원체에 대한 숙주의 방어와 관련된 막 공격 복합체 (membrane attack complex) / 퍼포린 (perforin) 도메인을 갖는 보존된 단백질을 암호화하는 것일 수 있다. 상기 MPEG1는 인간의 경우, MPEG1 유전자에 의해 암호화되는 단백질인 것일 수 있다. MPEG1은 인간의 경우, GenBank Accession No. NM_001039396.1, CCDS 41650.1, 또는 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 폴리펩티드, 또는 GenBank Accession No. NP_001034485.1, 또는 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드인 것일 수 있다. MPEG1은 마우스의 경우, GenBank Accession No. NM_010821.1, CCDS 37926.1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 폴리펩티드, 또는 GenBank Accession No. NP_034951.1의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드인 것일 수 있다.
통상의 기술자라면 상기 등록번호를 이용하여 변이의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. UCSC genome browser 또는 GenBank에 등록되어 있는 번호에 해당하는 구체적인 서열은 시간이 지남에 따라 다소 변경될 수 있다. 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 통상의 기술자에게 자명할 것이다.
서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 변이는, 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 개체들로 구성되는 한 집단에서 약 5% 이하로 나타날 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드는 아데닌(A) 또는 결실된 것일 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 단수개 또는 복수개, 또는 1쌍 또는 복수의 쌍일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 5 뉴클레오티드 (이하, 'nt'라고도 함), 10 nt, 11 nt, 12 nt, 15 nt, 또는 20 nt 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 5 nt 내지 100 nt의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥의 형태인 것일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 또한, 상보적 뉴클레오티드에 수소 결합에 의하여 혼성화될 수 있는 성질을 갖는 것이면, 천연 뉴클레오티드로 구성된 것뿐만 아니라, 천연 뉴클레오티드, 천연 뉴클레오티드의 유사체, 천연 뉴클레오티드의 당, 염기 또는 인산 부위가 변형되어 있는 뉴클레오티드 및 이들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다 (Scheit, Nucleotide Analogs, John Wiley, New York (1980); Uhlman 및 Peyman, Chemical Reviews, 90:543-584 (1990)). 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
상기 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것일 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는, 상기 변이를 포함하는 서열에 완전하게 (perfectly) 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적으로 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 (substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다.
용어 '프라이머 (primer)'는 중합효소에 의한 뉴클레오티드의 중합반응에서, 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 예를 들면, 상기 프라이머는 적합한 온도 및 적합한 완충액 내에서 적합한 조건, 즉, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합효소의 존재 하에서 주형-지시 (template-directed) DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드인 것일 수 있다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 인자, 예를 들면, 온도와 프라이머의 용도에 따라 달라질 수 있다. 상기 프라이머는 길이가 5 nt 내지 100 nt, 5 nt 내지 70 nt, 10 nt 내지 50 nt, 또는 15 nt 내지 30 nt인 것일 수 있다. 예를 들면, 프라이머의 길이가 짧을수록, 낮은 어닐링 (annealing) 온도에서 주형과 충분히 안정된 혼성화 복합체를 형성할 수 있다. 프라이머의 뉴클레오티드 서열은 주형의 일부 뉴클레오티드 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 상보성을 가지면 충분하다. 따라서, 상기 프라이머는 상기한 폴리뉴클레오티드 자체 뿐만 아니라, 상기한 폴리뉴클레오티드에 특이적으로 혼성화하는 서열로서 중합반응에서 개시점으로 작용할 수 있는 것도 포함된다. 예를 들면, 서열번호 1의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 완벽하게 상보적인 서열뿐만 아니라, 이 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 상보성을 갖는 서열인 것일 수 있다. 프라이머의 설계는 주어진 증폭하고자 하는 표적 핵산의 서열을 참조하여 통상의 기술자에 의해 용이하게 실시할 수 있다. 예를 들면, 상업적으로 구입가능한 프라이머 설계용 프로그램을 사용하여 설계할 수 있다. 상기 상업적으로 구입가능한 프라이머 설계용 프로그램의 예는 PRIMER 3 프로그램이 포함된다.
상기 프라이머는 포스포로티오에이트 (phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트와 같은 뉴클레오티드 유사체 (analogue), 펩티드 핵산 (peptide nucleic acid) 또는 삽입 물질 (intercalating agent)을 더 포함하는 것일 수 있다. 또한, 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 표지 물질을 더 포함하는 것일 수 있다. 상기 형광 표지 물질은 VIC, NED, FAM, PET, 또는 이들의 조합인 것일 수 있다. 상기 표지 물질은 상기 폴리뉴클레오티드의 5' 말단에 표지되는 것일 수 있다. 또한, 방사성 표지 물질은, 32P 또는 35S와 같은 방사성 동위원소가 첨가된 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR)의 반응액을 이용한 PCR 반응을 통해 증폭 산물에 혼입될 수 있다.
상기 프라이머는 대립유전자 특이적인 중합효소 연쇄 반응 (allele specific polymerase chain reaction: allele specific PCR), PCR 연장 분석, PCR 단일 가닥 고차 구조 다형성 (PCR-single strand conformation polymorphism: PCR-SSCP), TaqMan 방법 및 시퀀싱 등을 이용한 방법에 이용되는 것일 수 있다.
용어 '프로브 (probe)'는 상보적인 폴리뉴클레오티드 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 상기 프로브는 길이가 5 nt 내지 100 nt, 10 nt 내지 90 nt, 15 nt 내지 80 nt, 20 nt 내지 70 nt, 또는 30 nt 내지 50 nt인 것일 수 있다. 상기 프로브는, 변이 위치를 포함하는 표적 서열에 완전하게 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것일 수 있다. 또한, 상기 프로브는, 변이 위치를 포함하는 표적 서열에 대한 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것일 수 있다. 또한, 상기 프로브는, 변이 위치를 포함하는 표적 서열에 대한 특이적 혼성화를 손상하지 않는 범위 내에서, 변형된 뉴클레오티드를 갖는 것일 수 있다. 상기 프로브의 예는, 변이 위치를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 완전 상보적인 서열로 이루어진 완전 매치 프로브 (perfect match probe) 및 변이 위치를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 대하여, 상기 변이 위치를 제외한 모든 서열에 대하여 완전 상보적인 서열을 포함하는 프로브로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
상기 프로브는 혼성화 방법, 예를 들면, 마이크로어레이 (microarray), 서던 블로팅, 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization) 및 DNA 칩 등을 이용한 방법에 이용되는 것일 수 있다. 마이크로어레이는 당업계에 알려진 의미로 사용되며, 예를 들면, 기판 상의 복수 개의 구분된 영역에 프로브 또는 프로브의 집단이 고정화되어 있는 것일 수 있다. 상기 기판은 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예를 들면, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼 (wafer), 파이버 (fiber), 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함하는 것일 수 있다. 상기 프로브 또는 그에 상보적인 프로브는 개체로부터 수득된 핵산과 혼성화되고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정할 수 있는 방법에 이용되는 것일 수 있다.
다른 양상은 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 폴리펩티드를 포함하는 조성물을 제공한다.
상기 조성물은 MPEG1 아미노산의 변이를 검출하기 위한 폴리펩티드인 것일 수 있다. 상기 조성물은 MPEG1 단백질의 아미노산 변이 위치에서 아미노산 서열을 분석하기 위한 폴리펩티드인 것일 수 있다.
상기 조성물은 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산을 검출할 수 있는 폴리펩티드를 포함하는 것일 수 있다.
상기 검출할 수 있는 폴리펩티드는 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에 있어서, 상기 폴리펩티드의 아미노산 변이 위치를 포함하는 폴리펩티드를 특이적으로 검출하기 위한 폴리펩티드로서, 상기 아미노산 변이 위치는 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산인 것일 수 있다.
아미노산 변이는 하나 이상의 염기 또는 뉴클레오티드의 변경에 의하여 아미노산 서열이 변경된 것을 의미한다. 상기 변이는 뉴클레오티드가 결실되어 종결코돈을 생성함으로써, 아미노산을 더 이상 생성하지 않는 것일 수 있다.
상기 폴리펩티드는 상기 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산과 특이적으로 결합하는 것일 수 있다. 상기 373번째의 아미노산은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있다. 상기 373번째의 아미노산은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 아데닌 (A)를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 메티오닌 (M)이거나, 또는 아데닌 (A)이 결실되면서, 그에 의해 유발된 격자이동으로 인하여 종결된 것일 수 있다.
상기 검출할 수 있는 폴리펩티드는 항체 또는 항원 결합 단편인 것일 수 있고, 단수개 또는 복수개일 수 있다.
항체는 전체 항체 형태일 뿐 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함하는 것일 수 있다. 전체 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 구조이며 각각의 경쇄는 중쇄와 다이설파이드 결합으로 연결되어 있다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미한다. 항원 결합기능을 보유하고 있는 단편은 면역글로불린 전체 구조에 대한 그의 단편으로, 항원이 결합할 수 있는 부분을 포함하는 폴리펩티드의 일부를 의미한다. 예를 들면, scFv 단편, (scFv)2 단편, Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편 등을 포함하는 것일 수 있다. 상기 항원 결합 단편은 단백질 가수분해 효소를 이용해서 얻을 수 있고, 예를 들면, 전체 항체를 파파인으로 제한 절단하면 Fab를 얻을 수 있고 펩신으로 절단하면 F(ab')2 단편을 얻을 수 있으며, 유전자 재조합 기술을 통하여 제작할 수 있다.
상기 폴리펩티드는 면역세포화학 및 면역조직화학, 방사선 면역분석법 (radio immunoassays), 효소 결합 면역분석법 (Enzyme Linked Immunoabsorbent assay: ELISA), 면역블롯 (immunoblotting), 파아르 분석법 (Farr assay), 면역침강, 라텍스 응집, 적혈구 응집, 비탁계법, 면역확산법, 카운터-전류 전기영동법, 단일 라디칼 면역확산법, 면역크로마토그래피법, 단백질 칩 및 면역형광법 등을 이용한 방법에 이용되는 것일 수 있다. 즉 항원과 항체의 결합을 측정할 수 있는 방법에 이용될 수 있다.
다른 양상은 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트를 제공한다.
상기 키트는 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다.
상기 키트 (kit)는 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 키트일 수 있다. 키트는 당업계에 알려진 의미로 사용된다. 상기 키트는 예를 들면, 상기한 바와 같은 폴리뉴클레오티드와 그의 특정 용도에 필요한 구성들을 포함하는 것일 수 있다. 상기한 바와 같은 폴리뉴클레오티드와 함께 그의 사용 방법에 필요한 시약을 포함하는 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 키트는 표적 서열을 특이적으로 증폭하고, 증폭 산물의 존재 유무를 통하여, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 진단하기 위한 키트일 수 있다. 또는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그로부터 유래된 프로브를 시료 중의 핵산과 혼성화시키고, 그 혼성화 결과로부터 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 진단하기 위한 키트인 것일 수 있다. 상기 키트는 또한, 사용 설명서를 포함할 수 있다. 상기 사용 설명서는 예를 들면, 상기 특이적 프라이머를 사용한 증폭 반응에서 표적 서열이 증폭되고, 상기 비특이적 프라이머를 사용한 증폭 반응에서 표적 서열이 증폭되지 않는 경우, 증폭에 사용된 시료 중에서 감염성 폐질환과 연관된 표적 서열이 존재하는 것으로 결정하고, 그 결과로부터 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 결정하는 것에 대한 설명을 포함한, 결과 판정에 대한 설명을 포함하는 것일 수 있다.
서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 변이, 변이 위치, 변이 위치에서의 뉴클레오티드 변경, 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드, 및 감염성 폐질환 발병 위험에 대하여는 상기한 바와 같다.
다른 양상은 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 폴리펩티드를 포함하는 키트를 제공한다.
상기 키트는 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째 아미노산을 검출할 수 있는 폴리펩티드를 포함하는 것일 수 있다.
상기 키트는 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드의 발현 수준을 측정하기 위한, 폴리펩티드의 분석 방법에 적합한 하나 또는 그 이상의 다른 구성 성분 또는 장치가 포함되는 것일 수 있다. 상기 아미노산 서열의 발현 수준을 측정하는 것은 유전자에서 발현되는 폴리펩티드 또는 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로서, 감염성 폐질환 발병 위험을 진단하기 위한 폴리펩티드를 이용하여 유전자의 발현양 또는 단백질의 양을 확인할 수 있다.
서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드, 변이, 변이 위치, 변이 위치에서의 아미노산 변경, 검출할 수 있는 폴리펩티드, 및 감염성 폐질환 발병 위험에 대하여는 상기한 바와 같다.
다른 양상은, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 방법은 개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계; 및 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드의 유전자형 (genotype)을 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.
상기 방법은 개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계를 포함한다.
상기 개체는 인간을 포함한 포유동물인 것일 수 있다. 상기 개체는 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 대상을 의미한다. 상기 개체는 척추동물, 포유동물, 또는 인간 (Homo sapiens)을 포함할 수 있다. 예를 들면, 상기 인간은 아시아계 인, 또는 한국인일 수 있다.
상기 생물학적 시료는 개체로부터 수득된 시료를 의미한다. 상기 생물학적 시료는 혈액, 조직, 소변, 점액, 타액, 눈물, 혈장, 혈청, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합인 것일 수 있다. 상기 생물학적 시료는 호흡기 검체인 것일 수 있으며, 예를 들면 객담, 폐조직, 기도액, 기관계내 체액, 기관지 세척액 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계는 통상의 핵산 분리방법에 의하여 수행될 수 있다. 예를 들면, 표적 핵산을 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR), 리가제 연쇄 반응 (ligase chain reaction: LCR), 전사 매개 증폭 (transcription mediated amplification), 또는 실시간-핵산 서열 기초 증폭 (realtime-nucleic acid sequence based amplification: NASBA)을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 또는 표적 핵산은 조 분리된 핵산으로서 생물학적 시료의 파쇄물로부터 얻을 수 있다.
상기 방법은 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드의 유전자형 (genotype)을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 방법은 수득된 핵산 시료로부터 MPEG1 유전자에 존재하는 변이 위치의 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 방법은 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형을 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 유전자형을 분석하는 단계는 상기 변이 위치에서의 특정 대립유전자의 유무 또는 특정 유전자형의 유무에 근거하여, 개체 또는 피검체가 감염성 폐질환에 걸릴 위험성 또는 감염성 폐질환을 나타내는 환자인지를 판별할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전자형을 분석하는 단계는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드가 아데닌 (A)인지 또는 결실되었는지 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다. 상기 결정하는 단계에 따라, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드가 결실된 경우, 즉 아데닌 (A)이 결실되면서 그에 의해 유발된 격자이동으로 인하여 T가 위치하고 종결 코돈이 되는 경우, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전형을 분석하는 단계는 뉴클레오티드 또는 염기 서열을 결정하는 방법으로서, 시퀀싱, 마이크로어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR (allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization), PCR 연장 분석, PCR-단일 가닥 고차 구조 다형성 (PCR-single strand conformation polymorphism) 및 TaqMan 방법으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 기법에 의해 수행되는 것일 수 있다. 상기 유전형을 분석하는 단계는 상기 조성물 또는 키트를 이용할 수 있다.
시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자 분석기를 이용하여 수행될 수 있다. 대립유전자 특이적 PCR은 단일 염기 변이가 위치하는 염기를 3' 말단으로 하여 고안한 프라이머를 포함한 프라이머 세트로 상기 단일 염기 변이가 위치하는 DNA 단편을 증폭하는 PCR 방법을 의미한다. PCR 연장 분석은 먼저 단일 염기 변이가 위치하는 염기를 포함하는 DNA 단편을 프라이머 쌍으로 증폭한 다음, 반응에 첨가된 모든 뉴클레오티드를 탈인산화시킴으로써 불활성화시키고, 여기에 단일 염기 변이에 특이적인 연장 프라이머, dNTP 혼합물, 디디옥시뉴클레오티드, 반응 완충액 및 DNA 중합효소를 첨가하여 프라이머 연장반응을 수행함으로써 이루어진다. TaqMan 방법은 원하는 DNA 단편을 증폭할 수 있도록 프라이머 및 TaqMan 탐침을 설계 및 제작하고, 서로 다른 대립유전자의 탐침을 FAM 및 VIC로 표지하여, 증폭 및 분석하는 단계로 수행된다.
상기 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 것은 감염성 폐질환의 발병의 상대적인 위험을 예측 또는 진단하기 위한 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 위험은 참조 유전체 서열을 갖고 있는 군에 비하여 감염성 폐질환 발병 가능성이 증가되어 있는지를 예측 또는 진단하기 위한 것일 수 있다. 또한, 상기 위험은 다른 특정 대립유전자 또는 유전자형에 대한 특정 대립유전자 또는 유전자형을 갖는 개체에서의 위험일 수 있다. 상기 변이 위치에서 변이를 갖고 있는 경우, 감염성 폐질환의 발병 위험이 높다고 판단할 수 있으며, 예측에 대한 정확도 및 신뢰도가 우수하다.
상기 결정하는 단계에서, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험이 높은 것은, 예를 들면, 기관지확장증형 감염성 폐질환의 발병 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다.
다른 양상은, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 방법은 개체의 생물학적 시료로부터 폴리펩티드 시료를 수득하는 단계; 및 수득된 폴리펩티드 시료로부터 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산 잔기를 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.
상기 방법은 개체의 생물학적 시료로부터 폴리펩티드 시료를 수득하는 단계를 포함한다.
상기 개체, 및 생물학적 시료에 대하여는 상기한 바와 같다. 상기 생물학적 시료로부터 폴리펩티드 시료를 수득하는 단계는 통상의 단백질 추출 또는 분리 방법에 의하여 수행될 수 있다.
상기 방법은 수득된 폴리펩티드 시료로부터 MPEG1 단백질에 존재하는 변이 위치의 아미노산 잔기를 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 방법은 수득된 폴리펩티드 시료로부터 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에 존재하는 변이 위치의 아미노산 잔기를 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 아미노산 잔기를 분석하는 단계는 상기 변이 위치에서의 특정 아미노산 잔기의 유무에 근거하여, 개체 또는 피검체가 감염성 폐질환에 걸릴 위험성 또는 감염성 폐질환을 나타내는 환자인지를 판별할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 아미노산 잔기를 분석하는 단계는, 상기 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산이 메티오닌 (M)인지 또는 종결되었는지 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다. 상기 결정하는 단계에 따라, 상기 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산이 종결된 경우, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다.
아미노산 잔기 분석은 아미노산 서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있다. 예를 들면, 펩티드 서열분석기 또는 단백질 서열분석기를 이용하여 아미노산 변이 위치의 아미노산을 직접적으로 결정할 수 있다. 또한, 항원과 항체의 결합을 측정하면서 아미노산 변이 위치의 아미노산을 검출할 수 있는, 단백질 칩, 효소결합면역법 등을 이용하여 아미노산 서열을 결정할 수 있다.
상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 염기 변이 위치인 1117번째의 뉴클레오티드, 및/또는 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 변이 위치인 373번째의 아미노산 잔기는 감염성 폐질환의 발병 위험을 진단 또는 예측하기 위한 마커로 사용될 수 있다.
상기 조성물, 키트 또는 방법은, 아시아인 또는 한국인과, 감염성 폐질환, 예를 들면, 기관지확장증형 감염성 폐질환과 특이적으로 연관되어 있다. 따라서, 상기 조성물, 키트 또는 방법은, 아시아인 또는 한국인의 감염성 폐질환, 예를 들면, 기관지확장증형 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측 또는 진단하는데 유용하게 사용될 수 있다.
일 양상에 따른 조성물 또는 키트, 및 이를 이용한 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 의하면, 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험 수준을 예측 또는 측정할 수 있다. 예측 또는 측정된 개체의 감염성 폐질환의 발병 위험 수준은 감염성 폐질환 등을 조기에 진단하여 발병을 예방하기 위한 정보로 이용될 수 있고, 개인 맞춤의학적 치료에 적용하여 치료 효과를 증대시킬 수 있다.
도 1은 비결핵 항산균 폐질환 환자를 대상으로 차세대 염기서열 분석을 이용한 유전자 패널 검사를 시행하여 MPEG1 유전자의 변이를 확인한 결과이다.
도 2는 비결핵 항산균 폐질환 환자를 대상으로 생거 염기서열 분석을 시행하여 MPEG1 유전자의 변이를 확인한 결과이다.
본 발명은 하기 실시예에 의하여 더욱 구체적으로 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것일 뿐, 어떤 의미로든 본 발명의 범위가 이러한 실시예에 의하여 한정되는 것은 아니다.
실시예 1 : 감염성 폐질환의 마커 선별
1. 연구 대상 선정, 및 감염성 폐질환 환자에서 MPEG1 유전자의 서열 변이 확인
(1) 연구 대상 선정
본 연구는 삼성서울병원의 임상 시험 심의위원회의 승인하에 수행되었으며, 모든 참가자는 서면으로 동의하였다. 비결핵 항산균 폐질환 환자 5명을 본 연구에 포함시켰다. 비결핵 항산균 폐질환 환자는 호흡기 검체에서 Mycobacterium avium 또는 Mycobacterium intracellulare가 배양된 환자 중에서 2007년 미국흉부학회 (American Thoracic Society)와 미국감염학회 (Infectious Diseases Society of America)의 진단기준에 따라 선정하였다. 구체적으로, 임상적으로 호흡기 증상을 가지고 있으면서, 방사선학적으로 흉부엑스레이에서 결절성 병변이 있거나 고해상도 전산화단층촬영에서 다병소의 기관 지확장증 혹은 이에 동반된 다발성 소결절을 가진 환자를 선정하였다. 환자 5명의 평균연령은 60세 (50세 내지 70세)로 3명이 여자 환자였다. 감염 미생물은 모두 Mycobacterium avium complex로써 이 중 3명은 Mycobacterium intracellulare, 나머지 2명은 Mycobacterium avium에 감염되었다.
(2) 감염성 폐질환 환자에서 MPEG1유전자의 서열 변이 확인 1
감염성 폐질환 환자의 혈액을 대상으로 차세대 염기서열 분석을 이용하여 MPEG1 유전자의 변이를 확인하였다. 감염성 폐질환에 대한 유전적 감수성과 연관성이 있을 것으로 예상되는 152개의 후보 유전자를 선정하였다.
상기 5명의 환자들에서 말초 혈액을 약 3 ㎖ 채취하였다. 이어서, QiAmp DNA 키트 (Qiagen, Germany)를 이용하여, 상기 혈액으로부터 유전체 DNA (genomic DNA: gDNA)을 수득하였다. Agilent SureSelect Custom 표적 농축 시스템 (Agilent Technologies, Santa Clara, CA)을 이용하여 상기 유전체 DNA 샘플에서 후보 유전자 152개의 엑손을 수득하고, HiSeq2500 (Illumina, Inc., San Diego, CA) 시퀀싱 플랫폼을 이용하여 서열을 분석하였다. 이 때, UCSC assembly hg19 (GRCh37)를 참조 게놈 (http://genome.ucsc.edu)으로 사용하였다. 게놈 분석기에서 획득한 시퀀싱 리드 (reads) 데이터를 버로우-휠러-정렬 (Burrows-Wheeler Aligner : BWA) 알고리즘을 사용하여 UCSC assembly hg19 (GRCh37) 참조 게놈에 정렬하였다 (http://genome.ucsc.edu). 중복된 리드는 Picard-tools-1.8 (http://picard.sourceforge.net/)를 사용하여 제거하였으며, 게놈 분석 툴 키트 (Genome Analysis Tool kit: GATK)로 로컬 정렬을 최적화하였다. GATK Unified Genotyper 프로그램을 사용하여 단일 뉴클레오티드 변이 (Single Nucleotide Variation : SNV), 결실 및 삽입-결실 변이 (Indel)를 검출하였다.
도 1은 비결핵 항산균 폐질환 환자를 대상으로 차세대 염기서열 분석을 이용한 유전자 패널 검사를 시행하여 MPEG1 유전자의 변이를 확인한 결과이다. 도 1에 나타낸 바와 같이, 비결핵 항산균 폐질환 환자는 NM_001039396.1의 c.1117delA; p.M373* 변이를 갖고 있으며, 이러한 변이는 한국 참조 게놈 데이터 베이스 (Korean Reference Genome Database: KRGDB)에서 확인한 결과 정상인 한국인 1722명에서는 발견되지 않은 것으로, 상기 변이는 비결핵 항산균 폐질환 환자에서 특이적으로 발견되는 것을 알 수 있다.
(3) 감염성 폐질환 환자에서 MPEG1 유전자의 서열 변이 확인 2
감염성 폐질환 환자의 혈액을 대상으로 생거 (Sanger) 염기서열 분석을 이용하여 MPEG 유전자의 변이를 재확인하였다.
상기 (2)에서 수득된 유전체 DNA에서, MPEG1 유전자의 코딩 엑손을 증폭하기 위하여 MPEG1에 특이적인 프라이머 세트를 디자인하였다. 하기 표의 프라이머 세트, 및 수득된 유전체 DNA를 이용하여 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR)을 수행하였다. PCR 조건은 다음과 같다: 94℃에서 5분, 94℃에서 30초 및 60℃에서 30초, 32회 반복.
정방향 프라이머 역방향 프라이머
5'-CTTCCTCCAAGACAGCCAGAG-3' 5'-TCCTCGTGGATCTGGGATAAC-3'
BigDye Terminator cycle Sequencing Ready 반응 키트 (Applied Biosystems, Foster City, CA) 및 ABI 3730xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems)를 이용하여, 정제된 PCR 증폭 산물의 서열을 분석하였다.
도 2는 비결핵 항산균 폐질환 환자를 대상으로 생거 염기서열 분석을 시행하여 MPEG1 유전자의 변이를 확인한 결과이다. 도 2에 나타낸 바와 같이, 비결핵 항산균 폐질환 환자는 NM_001039396.1의 c.1117delA; p.M373* 변이를 갖고 있는 것을 알 수 있다.
<110> Samsung Life Public Welfare Foundation <120> Marker for diagnosing infectious lung disease and use thereof <130> PN118347 <160> 2 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 2151 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 atgaacaact tcagggccac catcctcttc tgggcagcgg cagcatgggc taaatcaggc 60 aagccttcgg gagagatgga cgaagttgga gttcaaaaat gcaagaatgc cttgaaacta 120 cctgtcctgg aagtcctacc tggagggggc tgggacaatc tgcggaatgt ggacatggga 180 cgagttatgg aattgactta ctccaactgc aggacaacag aggatggaca gtatatcatc 240 cctgatgaaa tcttcaccat tccccagaaa cagagcaacc tggagatgaa ctcagaaatc 300 ctggaatcct gggcaaatta ccagagtagc acctcctact ccatcaacac agaactctct 360 cttttttcca aagtcaatgg caagttttcc actgagttcc agaggatgaa gaccctccaa 420 gtgaaggacc aagctataac tacccgagtt caggtaagaa acctcgtcta cacagtcaaa 480 atcaacccaa ctttagagct aagctcaggt tttaggaagg aactccttga catctctgac 540 cgtctagaga acaaccagac gaggatggcc acctacctgg cagaactcct ggtgctcaac 600 tatggcaccc acgtcaccac cagtgtcgac gctggggctg ctcttattca ggaggaccac 660 ctcagggcct 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Val Leu Pro Gly 35 40 45 Gly Gly Trp Asp Asn Leu Arg Asn Val Asp Met Gly Arg Val Met Glu 50 55 60 Leu Thr Tyr Ser Asn Cys Arg Thr Thr Glu Asp Gly Gln Tyr Ile Ile 65 70 75 80 Pro Asp Glu Ile Phe Thr Ile Pro Gln Lys Gln Ser Asn Leu Glu Met 85 90 95 Asn Ser Glu Ile Leu Glu Ser Trp Ala Asn Tyr Gln Ser Ser Thr Ser 100 105 110 Tyr Ser Ile Asn Thr Glu Leu Ser Leu Phe Ser Lys Val Asn Gly Lys 115 120 125 Phe Ser Thr Glu Phe Gln Arg Met Lys Thr Leu Gln Val Lys Asp Gln 130 135 140 Ala Ile Thr Thr Arg Val Gln Val Arg Asn Leu Val Tyr Thr Val Lys 145 150 155 160 Ile Asn Pro Thr Leu Glu Leu Ser Ser Gly Phe Arg Lys Glu Leu Leu 165 170 175 Asp Ile Ser Asp Arg Leu Glu Asn Asn Gln Thr Arg Met Ala Thr Tyr 180 185 190 Leu Ala Glu Leu Leu Val Leu Asn Tyr Gly Thr His Val Thr Thr Ser 195 200 205 Val Asp Ala Gly Ala Ala Leu Ile Gln Glu Asp His Leu Arg Ala Ser 210 215 220 Phe Leu Gln Asp Ser Gln Ser Ser Arg Ser Ala Val Thr Ala Ser Ala 225 230 235 240 Gly Leu Ala Phe Gln Asn Thr Val Asn Phe Lys Phe Glu Glu Asn Tyr 245 250 255 Thr Ser Gln Asn Val Leu Thr Lys Ser Tyr Leu Ser Asn Arg Thr Asn 260 265 270 Ser Arg Val Gln Ser Ile Gly Gly Val Pro Phe Tyr Pro Gly Ile Thr 275 280 285 Leu Gln Ala Trp Gln Gln Gly Ile Thr Asn His Leu Val Ala Ile Asp 290 295 300 Arg Ser Gly Leu Pro Leu His Phe Phe Ile Asn Pro Asn Met Leu Pro 305 310 315 320 Asp Leu Pro Gly Pro Leu Val Lys Lys Val Ser Lys Thr Val Glu Thr 325 330 335 Ala Val Lys Arg Tyr Tyr Thr Phe Asn Thr Tyr Pro Gly Cys Thr Asp 340 345 350 Leu Asn Ser Pro Asn Phe Asn Phe Gln Ala Asn Thr Asp Asp Gly Ser 355 360 365 Cys Glu Gly Lys Met Thr Asn Phe Ser Phe Gly Gly Val Tyr Gln Glu 370 375 380 Cys Thr Gln Leu Ser Gly Asn Arg Asp Val Leu Leu Cys Gln Lys Leu 385 390 395 400 Glu Gln Lys Asn Pro Leu Thr Gly Asp Phe Ser Cys Pro Ser Gly Tyr 405 410 415 Ser Pro Val His Leu Leu Ser Gln Ile His Glu Glu Gly Tyr Asn His 420 425 430 Leu Glu Cys His Arg Lys Cys Thr Leu Leu Val Phe Cys Lys Thr Val 435 440 445 Cys Glu Asp Val Phe Gln Val Ala Lys Ala Glu Phe Arg Ala Phe Trp 450 455 460 Cys Val Ala Ser Ser Gln Val Pro Glu Asn Ser Gly Leu Leu Phe Gly 465 470 475 480 Gly Leu Phe Ser Ser Lys Ser Ile Asn Pro Met Thr Asn Ala Gln Ser 485 490 495 Cys Pro Ala Gly Tyr Phe Pro Leu Arg Leu Phe Glu Asn Leu Lys Val 500 505 510 Cys Val Ser Gln Asp Tyr Glu Leu Gly Ser Arg Phe Ala Val Pro Phe 515 520 525 Gly Gly Phe Phe Ser Cys Thr Val Gly Asn Pro Leu Val Asp Pro Ala 530 535 540 Ile Ser Arg Asp Leu Gly Ala Pro Ser Leu Lys Lys Cys Pro Gly Gly 545 550 555 560 Phe Ser Gln His Pro Ala Leu Ile Ser Asp Gly Cys Gln Val Ser Tyr 565 570 575 Cys Val Lys Ser Gly Leu Phe Thr Gly Gly Ser Leu Pro Pro Ala Arg 580 585 590 Leu Pro Pro Phe Thr Arg Pro Pro Leu Met Ser Gln Ala Ala Thr Asn 595 600 605 Thr Val Ile Val Thr Asn Ser Glu Asn Ala Arg Ser Trp Ile Lys Asp 610 615 620 Ser Gln Thr His Gln Trp Arg Leu Gly Glu Pro Ile Glu Leu Arg Arg 625 630 635 640 Ala Met Asn Val Ile His Gly Asp Gly Gly Gly Leu Ser Gly Gly Ala 645 650 655 Ala Ala Gly Val Thr Val Gly Val Thr Thr Ile Leu Ala Val Val Ile 660 665 670 Thr Leu Ala Ile Tyr Gly Thr Arg Lys Phe Lys Lys Lys Ala Tyr Gln 675 680 685 Ala Ile Glu Glu Arg Gln Ser Leu Val Pro Gly Thr Ala Ala Thr Gly 690 695 700 Asp Thr Thr Tyr Gln Glu Gln Gly Gln Ser Pro Ala 705 710 715

Claims (16)

  1. 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 아데닌(A)의 결실 여부를 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 1117번째의 뉴클레오티드인 아데닌(A)의 결실은 종결코돈을 생성함으로써, 상기 아데닌(A)에 의하여 지정되는 아미노산인 메티오닌(M)이 생성되지 않고 종결되는 것인 조성물.
  3. 청구항 1에 있어서, 상기 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것인 조성물.
  4. 청구항 1에 있어서, 상기 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드는 길이가 5 nt 내지 100nt인 것인 조성물.
  5. 삭제
  6. 청구항 1에 있어서, 상기 비결핵 항산균 폐질환은 Mycobacterium avium complex, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium abscessus, Mycobacterium xenopi, Mycobacterium malmoense, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium marinum, Mycobacterium chelonae, Mycobacterium gordonae, Mycobacterium szulgai, Mycobacterium celatum, Mycobacterium scrofulaceum, Mycobacterium terrae, Mycobacterium simiae 또는 이들의 조합에 의한 감염성 폐질환인 것인 조성물.
  7. 삭제
  8. 삭제
  9. 삭제
  10. 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 아데닌(A)의 결실 여부를 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 키트.
  11. 삭제
  12. 하기 단계를 포함하는 개체의 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법으로서,
    개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계; 및
    수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 아데닌(A)의 결실 여부를 분석하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  13. 삭제
  14. 청구항 12에 있어서,
    상기 아데닌(A)의 결실 여부를 분석하는 단계는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1117번째의 뉴클레오티드인 A가 결실된 경우, 개체의 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험이 높은 것으로 판단하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  15. 청구항 12에 있어서,
    상기 아데닌(A)의 결실 여부를 분석하는 단계는, 시퀀싱, 마이크로어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR (allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization), PCR 연장 분석, PCR-단일 가닥 고차 구조 다형성 (PCR-single strand conformation polymorphism) 및 TaqMan 방법으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 기법에 의해 수행되는 것인 방법.
  16. 하기 단계를 포함하는 개체의 비결핵 항산균 폐질환의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법으로서,
    개체의 생물학적 시료로부터 폴리펩티드 시료를 수득하는 단계; 및
    수득된 폴리펩티드 시료로부터 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 상기 서열번호 2의 N 말단으로부터 373번째의 아미노산인 메티오닌(M)이 생성되지 않고 종결되었는지 여부를 분석하는 단계를 포함하는 것인 방법.
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