JP2020502179A - クロストリジウム・ディフィシレ毒素ｂを標的化する治療に対する応答に関連したヒト遺伝的マーカー - Google Patents

クロストリジウム・ディフィシレ毒素ｂを標的化する治療に対する応答に関連したヒト遺伝的マーカー Download PDF

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Abstract

本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）を標的化する治療（例えば、ＴｃｄＢ抗体）に対する有益な応答に関連したヒト第６染色体上の遺伝的マーカーを提供する。これらのＴｃｄＢ治療応答マーカーは、とりわけ、ＴｃｄＢ抗体での治療に感受性である疾患を有する患者の治療方法において、およびそのような患者に対する最適療法を選択するための方法において、ＴｃｄＢを標的化する治療から利益を受ける可能性が最も高い患者を特定するのに有用である。本発明はまた、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの使用に有用な抗体、薬品およびキットを提供する。【選択図】図１

Description

本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂを標的化する分子での治療に対する、それを要する患者における有益な応答を予測する、ヒト第６染色体上の遺伝的マーカーに関する。本発明はまた、該患者の診断および／または治療のための遺伝的マーカーの使用方法を提供する。
関連出願に対する相互参照
本出願は、現在係属中の２０１７年５月１８日付け出願の米国仮特許出願第６２／５０８，０６６号および現在係属中の２０１６年１２月１４日付け出願の国際出願番号ＰＣＴ／ＣＮ１６／１０９９００の利益を主張するものである。
発明の背景
クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）は嫌気性胞子形成性グラム陽性菌であり、米国（Ｕ．Ｓ．）および欧州における医療関連感染症の最も一般的な原因である（Ｌｅｓｓａら，Ｂｕｒｄｅｎ ｏｆ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１５ ３７２（９）：８２５−３４）。米国疾病管理予防センター（Ｕ．Ｓ．Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ）（ＣＤＣ）は、クロストリジウム・ディフィシレが緊急の公衆衛生上の脅威であると明言した（Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｈｒｅａｔｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ，２０１３．Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ：Ｕ．Ｓ．，Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ）。ＣＤＣによると、２０１１年に、クロストリジウム・ディフィシレは、米国における４５３，０００例の推定クロストリジウム・ディフィシレ感染（ＣＤＩ）および追加的な８３，０００例の再発例を含む約５０万例の感染を引き起こしたと推定されている（Ｌｅｓｓａら，前掲）。ＣＤＩは約２９，０００人の死亡にも関連していた（Ｌｅｓｓａら，２０１５，前掲）。欧州での研究も同様のＣＤＩ再発率の推定値を報告している（Ｂａｕｅｒら，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｅｕｒｏｐｅ：ａ ｈｏｓｐｉｔａｌ−ｂａｓｅｄ ｓｕｒｖｅｙ．Ｌａｎｃｅｔ ２０１１；３７７：６３−７３）。
クリンダマイシン、セファロスポリン、ペニシリンおよびフルオロキノロンを含むほとんど全ての抗生物質は、毒素産生性クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）により引き起こされる症候性疾患に関連づけられている（Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｊ．Ｇ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．４６（１０）：１４８９−９２（２００８）；Ｇｏｒｂａｃｈ，Ｓ．Ｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，３４１（２２）：１６９０−１（１９９９）；Ｋｅｌｌｙら，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３０（４）：２５７−６２（１９９４））。クロストリジウム・ディフィシレ関連疾患（ＣＤＡＤ）は抗生物質関連下痢、大腸炎および偽膜性大腸炎を含み、場合によっては、中毒性巨大結腸症、敗血症および死亡へと進行しうる。ＣＤＩに罹患している幾人かの患者は抗生物質療法の中断に応答するが、ほとんどはメトロニダゾールまたはバンコマイシンのような更なる薬剤での治療を要する（ＤｕＰｏｎｔら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ２１：５００−５０７（２００８）に概説されている）。既存療法は、しばしば、ＣＤＩを排除できず、あるいは再発性疾患につながり、したがって、予防または治療の新規方法が必要とされている。
ＣＤＩの処置における最大の課題の１つは再発予防である。最初のＣＤＩの治療が成功した後、患者の１５％〜３５％に再発が生じる（Ｂｏｕｚａら，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉａｒｒｈｅａ．Ｍｅｄ Ｃｌｉｎ Ｎ Ａｍ ２００６；９０：１１４１−６３；ＭｃＦａｒｌａｎｄ ＬＶ．Ｒｅｎｅｗｅｄ ｉｎｔｅｒｅｓｔ ｉｎ ａ ｄｉｆｆｉｃｕｌｔ ｄｉｓｅａｓｅ：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ−ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｕｒｒｅｎｔ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２００９，２５（１）：２４−３５）。これらの再発の大多数は最初のエピソードの治療から６０日以内に生じる（Ｂｏｕｚａら，２００６，前掲；ＭｃＦａｒｌａｎｄ ２００９，前掲）。最初の再発の後、４０％は更なる再発を引き起こし、２回の再発の後、ＣＤＩの追加的なエピソードが生じる可能性が更に増加する（Ｂｏｕｚａら，２００６，前掲；ＭｃＦａｒｌａｎｄ ２００９，前掲）。
ベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）に結合しそれを中和するヒトモノクローナル抗体（ｍＡｂ）であり、ＣＤＩの抗菌薬治療を受けておりＣＤＩ再発の高いリスクを有する１８歳以上の患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ感染（ＣＤＩ）の再発を低減するためにＦＤＡにより最近承認された。第３相臨床試験は、抗生物質療法を受けているＣＤＩ患者において、１０ｍｇ／ｋｇの単回用量のベズロトクスマブの静脈内（ＩＶ）投与は安全であり、ＣＤＩの再発予防に有効であることを示した。ＣＤＩ再発の予防のための新規処置の利用可能性により予想される有益な影響にもかかわらず、クロストリジウム・ディフィシレ毒素Ｂを標的化する医薬の治療効果は、クロストリジウム・ディフィシレ感染に罹患している患者の間で大きく異なりうる。ＣＤＩに対する、より良好かつより費用効果的な治療を提供するためには、クロストリジウム・ディフィシレ毒素Ｂを標的化する医薬、例えばＴｃｄＢ抗体での治療による利益を得る可能性が最も高い患者を特定するための方法が必要とされている。
発明の概略
本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染（ＣＤＩ）および／またはクロストリジウム・ディフィシレ関連疾患（ＣＤＡＤ）および／またはそれらの症状に罹患している患者において、ヒト第６染色体上の遺伝的変異、例えば一塩基多型（ＳＮＰ）、および種々のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子が、クロストリジウム・ディフィシレ毒素Ｂ（「ＴｃｄＢ」）抗体での治療に対する応答に有意に関連しているという知見に基づく。ＴｃｄＢを標的化する医薬による治療に対する応答に関連した遺伝的多型および変異対立遺伝子は本明細書においては「ＴｃｄＢ治療応答マーカー」と称される。
本発明の１つの実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーは、ＮＣＢＩ ＳＮＰデータベースにおいてｒｓ２５１６５１３として特定されているＣ／Ｔ多型であるＳＮＰである。Ｔ対立遺伝子の存在は、ホモ接合（Ｔ／Ｔ）またはヘテロ接合（Ｃ／Ｔ）状態のどちらで存在するかにかかわらず、より良好な治療応答に関連している。全体として、Ｔ／ＴおよびＣ／Ｔ遺伝子型は、ＣＤＩに対してベズロトクスマブで治療された非層別患者集団全体と比較して、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発率における約２倍の減少に関連している。Ｔ対立遺伝子はほとんどの民族集団においてＣ対立遺伝子より低い頻度を有するが（マイナー対立遺伝子）、それは多数の民族集団において一般的であり、ＴｃｄＢ医薬、例えばＴｃｄｂ抗体から利益を受けうるクロストリジウム・ディフィシレ感染患者の適切な集団を選択する際の指針を医療従事者、保健当局および医療保険提供者にもたらしうる。
本発明者らはまた、ＴｃｄＢを標的化する医薬での治療に対する有益な応答、例えば、ＣＤＩ患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ再発率の改善との第６染色体上の他の遺伝的変異間の関連性を特定した。ＴｃｄＢを標的化する治療（例えば、ＴｃｄＢ抗体）に対する有益な応答に関連した遺伝的変異体を以下の表１に示す。ここで、ＰＳはＳＮＰ ＮＣＢＩデータベースによる多型部位を意味する。
Figure 2020502179
本発明者らは本発明において、表１におけるＴｃｄＢ治療応答マーカーの１以上の存在に関して個体を試験することが、ＣＤＩ患者においてＴｃｄＢを標的化する医薬での治療に応答する可能性が最も高い患者を特定することを含む種々の薬理遺伝学的製品および方法において、ならびにＣＤＩ患者またはＣＤＩに罹患したことのある患者にそのような医薬（例えば、ＴｃｄＢ抗体）を処方すべきかどうかを医療提供者が決定するのを補助するのに有用であると想定している。例えば、本発明者らは、表１に記載されているＴｃｄＢ治療応答マーカーの１以上の少なくとも１つのコピー（すなわち、ヘテロ接合性またはホモ接合性）、すなわち、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰに関するＴ対立遺伝子、ｒｓ１１３３７９３０６に関するＡ対立遺伝子、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰに関するＡ対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子の存在に関する被験者（対象）の試験が、そのような製品および方法ならびにそのような医療提供者の補助に有用であると想定している。
表１におけるＳＮＰおよび対立遺伝子（ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１、ｒｓ２５１６５１３、ｒｓ１１３３７９３０６、ｒｓ７６１６６８７１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２およびＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１）の全ては、単独で又は組合せて、ＣＤＩ再発を予測するのに有用である。また、表１におけるＳＮＰとの連鎖不平衡（ＬＤ）におけるＳＮＰおよび遺伝的変異体は、単独で、または表１におけるＳＮＰおよび対立遺伝子と組合せて使用されうる。
また、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰに関して前記に記載されているとおり、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの集団内の総頻度は、集団全体においては、特定の下位群または民族集団におけるより低い頻度の分布を示しうる。例えば、以下の表１Ａを参照されたい。この表は例示的な民族集団におけるＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子の頻度を示す。示されている頻度は種々の特定の下位群に関するものであり、代表的集団のサンプリングを表す。挙げられていない他の集団における頻度は様々であり、Ｇｏｎｚａｌｅｚ−Ｇａｌａｒｚａら，Ａｌｌｅｌｅ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ Ｎｅｔ ２０１５ Ｕｐｄａｔｅ：Ｎｅｗ Ｆｅａｔｕｒｅｓ ｆｏｒ ＨＬＡ Ｅｐｉｔｏｐｅｓ，ＫＩＲ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ ａｎｄ ＨＬＡ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｄｒｕｇ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１５，２８，Ｄ７８４−８から得られうる。そのような情報は、ＴｃｄＢ医薬（例えば、ＴｃｄＢ抗体）から利益を受けうるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染患者の適切な集団を選択するのに有用でありうる。
Figure 2020502179
本明細書における「ＴｃｄＢ治療応答マーカーの１以上の、少なくとも１つのコピーの存在に関して被験体を試験する」は、本発明の方法における使用のために、被験体（対象）が、本発明のＴｃｄ治療応答マーカーの１、２、３、４、５または６個に関して、任意の組合せで、および後記の本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体と組合せて試験されうることを意味する。
したがって、本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂを標的化する治療（ＴｃｄＢ治療）の治療的有効量を、それを要する患者に投与することを含む、クロストリジウム・ディフィシレ感染の再発の予防方法に関する。ここで、該患者は、ＴｃｄＢ治療の投与の前に、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたはＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体（すなわち、高ＬＤにおける変異体）からの、より良好な応答の対立遺伝子の、少なくとも１つのコピー（または「コピーの少なくとも１つ」）に関して、陽性試験結果を示しており、ここで、前記の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーは、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択される。
また、本発明は、ヒト患者においてクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）を標的化する医薬に患者が応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を提供し、該方法は、（ａ）患者から生物学的サンプルを得、または既に得ており、（ｂ）本発明の少なくとも１つのＴｃｄＢ応答マーカーまたは連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子が、生物学的サンプル中に存在するかどうかを決定し、（ｃ）より良好な応答の対立遺伝子の、１以上のコピーの存在が生物学的サンプル中に検出された場合には、ＴｃｄＢ医薬での治療から利益を受ける可能性がより高いと患者を診断することを含む。
本発明のこの態様の幾つかの実施形態においては、該方法は、診断された患者にＴｃｄＢ医薬の治療的有効量を投与することを含む工程（ｄ）を更に含む。
本発明で提供する方法の好ましい実施形態においては、ＴｃｄＢを標的化する治療はＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントである。更なる好ましい実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体はベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。
本発明は更に、医薬組成物と処方情報とを含む薬品に関するものであり、ここで、医薬組成物はＴｃｄＢ抗体を含み、処方情報は薬理遺伝学的適応を含み、ここで、薬理遺伝学的適応は、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体から選択される、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つに関して陽性試験結果を示すクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ感染の治療またはクロストリジウム・ディフィシレ再発の予防を含む。
本発明はまた、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーから選択される、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つの存在または非存在に関して、患者を試験するためのキットを提供し、該キットは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの少なくとも１つを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドを含みうる試薬のセットを含む。
本発明はまた、ヒト患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防のための医薬の製造におけるベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）の使用を含み、ここで、該患者は、本明細書に開示されているＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子に関して、陽性試験結果を示している。
発明の詳細な説明
Ｉ．定義および略語
本発明がより容易に理解されうるように、幾つかの科学技術用語を以下に具体的に定義する。本明細書中の他の箇所で特に定義されていない限り、本明細書中で用いられる他の全ての科学技術用語は、本明細書中で用いられるのに類似した文脈で用いられる場合に本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解される意味を有する。
添付の特許請求の範囲を含む本明細書において用いる単数形の語は、文脈に明らかに矛盾しない限り、その対応複数対象物を含む。
数的に定められるパラメーター（例えば、本明細書に記載されている治療用物質の投与量または治療時間の長さ）を修飾するために用いられる「約」は、該パラメーターが、そのパラメーターに関して示されている数値より上または下に１０％変動しうることを意味する。
「アクトクスマブ」（Ａｃｔｏｘｕｍａｂ）（あるいは、本明細書においては「ＡＣＴ」と称され、ＭＫ３４１５としても公知である）は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ａの受容体結合ドメインに特異的に結合する完全ヒトＩｇＧ１モノクローナル抗体（ｍＡｂ）である。アクトクスマブは、それぞれ配列番号１０、１１および１２に記載されているアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）と、それぞれ配列番号１０、１１および１２のアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）とを含む。アクトクスマブは、配列番号９に記載されているアミノ酸配列を含むＶＬ領域と、配列番号１３に記載されているアミノ酸配列を含むＶＨ領域とを含む。
「アクトクスマブ／ベズロトクスマブ」（あるいは、本明細書においては「ＡＣＴ＋ＢＥＺ」と称され、ＭＫ３４１５Ａとしても公知である）は、アクトクスマブ抗体とベズロトクスマブ抗体との組合せ、および／またはＣＤＩの再発予防を含む、ＣＤＩ患者の治療のための、そのような組合せの使用を意味する。
「対立遺伝子」は、ヌクレオチド配列のその特定の置換によって他の形態から区別される、遺伝子または他の遺伝子座の特定の形態であり、対立遺伝子なる語はその遺伝子座における遺伝子の代替多型のいずれかをも含む。
「有益な結果」は、ＴｃｄＢを標的化する医薬（例えば、ＴｃｄＢ抗体）での治療の所望の臨床的結果を意味し、１以上の疾患症状の軽減、疾患の度合の低減（例えば、ＣＤＩの治療の場合のクロストリジウム・ディフィシレ再発率の改善）、疾患の安定化（すなわち、悪化していない）状態、疾患進行の緩徐化、病態の改善または緩和、生存期間の延長（治療されなかった場合の予想生存期間との比較）、無再発生存期間、寛解（部分的または完全）および治癒（すなわち、疾患の排除）を包含するが、これらに限定されるものではない。
「より良好な応答の対立遺伝子」は、遺伝子または他の遺伝子座のそのような形態が存在しない患者における尺度と比較して改善した臨床尺度（例えば、改善したクロストリジウム・ディフィシレ再発率の尺度）を、患者に存在する場合にもたらす遺伝子または他の遺伝子座の特定の形態である。
「ベズロトクスマブ」（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）（あるいは、本明細書においては「ＢＥＺ」と称され、ＭＫ−６０７２としても公知である）は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素ＢのＣ末端リガンド結合領域に高いアフィニティ（Ｋｄ＝１９ｐＭ）で結合するＩｇＧ１／カッパアイソタイプサブクラスの完全ヒトｍＡｂである（米国特許第８，３９４，８１９号（その開示の全体を参照により本明細書に組み入れることとする））。ベズロトクスマブは、ＣＤＩに対する抗生物質療法を受けている１８歳以上の患者におけるＣＤＩ再発の予防のために現在開発中である。ベズロトクスマブは、それぞれ配列番号２、３および４に記載されているアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）と、それぞれ配列番号６、７および８のアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）とを含む。ベズロトクスマブは、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含むＶＬ領域と、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含むＶＨ領域とを含む。
「ＣＤＩ再発」は、一般に、患者における既に消散した以前のエピソードの後の、患者におけるＣＤＩの新しいエピソードを意味する。より詳細には、患者におけるＣＤＩ再発は、以前のエピソードの消散の後および標準治療療法の中止の後のＣＤＡＤの新たな症状の発生、例えば、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）便毒素試験陽性を示す下痢の新たなエピソードの発生により診断される。
本明細書および特許請求の範囲の全体において用いられる「から実質的になる」およびその派生語、例えば「から実質的になり」または「から実質的になっており」は、任意の列挙されている要素または要素群の包含、および特定されている投与レジメン、方法または組成物の基本的または新規特性を実質的に変化させない、列挙要素と類似した又は異なる性質の他の要素の随意的（すなわち、所望により含んでいてもよい）包含を示す。
「患者」（あるいは、本明細書においては「被験者」または「個体」と称される）は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）に感染しうる哺乳動物を意味する。好ましい実施形態において、患者はヒトである。追加的な好ましい実施形態においては、個体は成人、すなわち、少なくとも１８歳のヒトである。患者は予防的または治療的に治療されうる。予防的治療は、クロストリジウム・ディフィシレの感染もしくは再発またはその影響（すなわち、ＣＤＡＤ）の可能性または重症度を低減するのに十分な活性医薬成分（例えば、ＴｃｄＢ抗体）を与える。治療的治療（例えば、抗生物質）は、クロストリジウム・ディフィシレ感染またはその影響を改善または阻止するために、あるいはクロストリジウム・ディフィシレ感染またはＣＤＡＤの重症度を低減するために行われうる。
「高リスク」患者は、再発性ＣＤＩに関する以下のリスク因子の１以上を有する患者である：過去６ヶ月間のＣＤＩの事前エピソード、ベースラインにおける重度のＣＤＩ［Ｚａｒら，Ａ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ ａｎｄ ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉａｒｒｈｅａ，ｓｔｒａｔｉｆｉｅｄ ｂｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｓｅｖｅｒｉｔｙ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．４５：３０２−３０７（２００７）に記載されているザー（Ｚａｒ）スコアに従う］、６５歳以上の年齢、高毒性株（０２７、０７８または２４４リボタイプ）によるＣＤＩ、免疫無防備状態、全身性抗生物質の同時投与。
「治療を要する」者には、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を既に有する者、および感染する傾向にある者、または感染の可能性の低下が望まれる任意の者、またはＣＤＡＤの症状を示している個体が含まれる。ＣＤＩに罹患しやすい個体には、個々の治療が行われる時点で個体がＣＤＩに関して陽性試験結果を示すか否かにかかわらず、クロストリジウム・ディフィシレ感染に最近罹患した者が含まれる。例えば、ＴｃｄＢを標的化する医薬での治療を要する患者には、ＣＤＩに現在罹患している患者、または治療時に検出不可能であるＣＤＩに最近罹患した者、例えば、ＴｃｄＢ医薬での治療の１か月前、またはＴｃｄＢ医薬での治療の３週間前、２週間前、１週間前、６日前、５日前、４日前、３日前、２日前もしくは１日前にＣＤＩに関して陽性試験結果を示した者が含まれうる。クロストリジウム・ディフィシレ感染の高いリスクを有する者には、抗生物質治療、例えば特定のクリンダマイシン、セファロスポリンおよびフルオロキノロンでの治療を受けている者、ならびに高齢（６５歳以上）の患者、免疫抑制患者、医療従事者である患者、および長期入院している患者が含まれる。
「単離（された）」は、典型的には、生物学的分子、例えばＲＮＡ、ＤＮＡ、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質の精製状態を表すために用いられ、そのような文脈において、該分子が他の生物学的分子、例えば核酸、タンパク質、脂質、炭水化物または他の物質、例えば細胞残渣および増殖培地を実質的に含有しないことを意味する。一般に、「単離（された）」なる語は他の生物学的分子もしくは物質の完全な非存在、または水、バッファーもしくは塩の非存在を意図したものではないが、それらは、本発明の方法を実質的に妨げる量で存在してはならない。
「遺伝子座」は、遺伝子、多型部位のような物理的特徴または表現型特徴に関連した位置に対応する、染色体またはＤＮＡ分子上の位置を意味する。
「ヌクレオチドペア」は、個体からの染色体の２つのコピー上の多型部位において見出される（同じ又は異なりうる）２つのヌクレオチドのセットである。
「オリゴヌクレオチド」は、通常は５〜１００個の連続塩基長、最も頻繁には１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１５〜５０、１５〜４０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２０、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０または２０〜２５個の連続塩基長である核酸を意味する。オリゴヌクレオチドの配列は、遺伝子座の対立遺伝子形態のいずれかに特異的にハイブリダイズするように設計可能であり、そのようなオリゴヌクレオチドは対立遺伝子（アレル）特異的プローブと称される。遺伝子座が、ＳＮＰを含むＰＳである場合、そのＳＮＰの相補的対立遺伝子は対立遺伝子特異的プローブ内の任意の位置に存在しうる。本発明の実施において有用な他のオリゴヌクレオチドは、ＰＳに隣接した標的領域に特異的にハイブリダイズし、それらの３’末端はＰＳから１個〜約１０個以下、好ましくは約５個のヌクレオチドの位置に位置する。ＰＳの隣接部にハイブリダイズするそのようなオリゴヌクレオチドはポリメラーゼ媒介性プライマー伸長法において有用であり、本明細書においては「プライマー伸長オリゴヌクレオチド」と称される。好ましい実施形態においては、プライマー伸長オリゴヌクレオチドの３’末端は、ＰＳに直に隣接して位置するヌクレオチドに相補的なデオキシヌクレオチドである。
「医薬上許容される」は、ヒトに投与された場合に「概ね安全とみなされる」、例えば、生理的に許容され、アレルギーまたは同様の望ましくない反応、例えば急性胃蠕動などを典型的には引き起こさない分子および組成物を意味する。もう１つの実施形態においては、この語は、動物、より詳細にはヒトにおける使用に関して、連邦政府もしくは州政府の規制機関によって承認された又は米国薬局方もしくは別の一般に認識されている薬局方に収載されている分子および組成物を意味する。
「多型部位」または「ＰＳ」は、例えば一塩基多型（ＳＮＰ）、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）、様々な数のタンデムリピート（ＶＮＴＲ）、ジヌクレオチド反復、トリヌクレオチド反復、テトラヌクレオチド反復、単純配列反復、Ａｌｕのような挿入エレメントおよび１以上のヌクレオチドの欠失または挿入のような多型が見出される遺伝子座または遺伝子における位置を意味する。ＰＳは、通常、関心のある集団における高度に保存された配列の前および後に存在し、したがって、ＰＳの位置は、典型的には、ＰＳを一括して含む３０〜４０ヌクレオチドのコンセンサス核酸配列に関して定められ、これはＳＮＰの場合には「ＳＮＰコンテクスト配列」と一般に称される。ＰＳの位置はコンセンサスまたは参照配列におけるその位置によっても特定されうる。コンセンサスまたは参照配列と比較した場合の個体における１以上の挿入または欠失の存在ゆえに、個々のＰＳの位置は関心集団内の各個体における参照またはコンテクスト配列において厳密に同じ位置には存在しない可能性がある、と当業者は理解している。更に、ＰＳが存在するコンテクスト配列または参照配列の一方または両方および検出すべきＰＳにおける代替対立遺伝子の同一性が当業者に与えられれば、任意の与えられた個体の多型部位における代替対立遺伝子を検出するための頑強で特異的で高精度のアッセイを設計することは当業者にとって常套的なことである。したがって、参照またはコンテクスト配列における特定の位置に関する本明細書に記載の任意のＰＳの位置の特定は便宜上のことに過ぎず、具体的に列挙されている任意のヌクレオチド位置は、本明細書に記載されている遺伝子型決定法または当技術分野でよく知られた他の遺伝子型決定法のいずれかを用いて本発明の遺伝的マーカーの存在または非存在に関して試験される任意の個体における同じ遺伝子座内に同じＰＳが実際に位置するどのようなヌクレオチド位置をも事実上含む、と当業者は理解するであろう。
「参照ＳＮＰ」または「ｒｓ」番号は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）によって個々のＳＮＰに割り当てられたアクセッション番号を意味する。
「ＴｃｄＡ」は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の毒素産生性単離物に由来する大型クロストリジウム毒素である、クロストリジウム・ディフィシレの毒素Ａを意味する。
「ＴｃｄＢ」は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の毒素産生性単離物に由来する大型クロストリジウム毒素である、クロストリジウム・ディフィシレの毒素Ｂを意味する。
「ＴｃｄＡ抗体」は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の毒素Ａに特異的に結合する抗体、例えばアクトクスマブ（ａｃｔｏｘｕｍａｂ）を意味する。
「ＴｃｄＢ抗体」は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の毒素Ｂに特異的に結合する抗体、例えばベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）を意味する。
「ＴｃｄＢ医薬」は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂを標的化する薬学的または生物学的治療用物質を意味する。本明細書で定義されているＴｃｄＢ医薬は小分子および生物学的薬物（例えば、抗体またはその抗原結合性フラグメント）の両方を含む。
「ＴｃｄＢ治療応答マーカー」または「ＴｃｄＢ医薬応答マーカー」は、ＴｃｄＢ医薬に対する患者の応答を予測するのに有用である、本発明の遺伝的マーカーを意味する。
「治療」または「治療する」は、例えば本明細書に記載されているＴｃｄＢ抗体を含有する組成物のような治療用物質を、該治療用物質を要する個体に内的または外的に投与することを意味する。典型的には、治療用物質は治療的有効量で投与され、治療的有効量は、１以上の有益な結果をもたらす有効な量を意味する。個々の物質の治療的有効量は、治療される患者の病態、年齢および体重、ならびに治療用物質に対する患者の感受性、例えば応答能のような要因によって変動しうる。有益な又は臨床上の結果が達成されたかどうかは、標的疾患、症状または有害な作用の存在、重症度または進行状態を評価するために医師、医師の助手または他の熟練した医療提供者によって典型的に用いられる任意の臨床的測定により評価されうる。典型的には、物質の治療的有効量は、ベースライン状態、または治療されなかった場合の予想状態と比較した場合の関連臨床尺度における、少なくとも５％、通常は少なくとも１０％、更に通常は少なくとも２０％、更に通常は少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、最も好ましくは少なくとも６０％、理想的には少なくとも７０％、より理想的には少なくとも８０％、最も理想的には少なくとも９０％の改善をもたらすであろう。例えば、状態または障害がクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染である１つの実施形態においては、改善の臨床的尺度はクロストリジウム・ディフィシレ再発率の尺度における改善である。本発明の実施形態（例えば、治療方法または製造品）は所望の臨床利益または結果を全ての患者において達成するとは限らないかもしれないが、当技術分野で公知のいずれかの統計検定、例えば、自由度２の尤度比検定に基づくロジスティック回帰分析などにより決定される統計的に有意な数の患者において、それを達成するはずである。
本明細書の全体にわたって以下の略語を用いる。それらの略語は以下の意味を有する。
ＡＳＯ： 対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド
ＣＤＡＤ： クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）関連疾患
ＣＤＩ： クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染
ＣＤＲ： 相補性決定領域
ＧＷＡＳ： ゲノムワイド関連研究
ＨＬＡ： ヒト白血球抗原
ＬＤ： 連鎖不平衡
ｍＡＢ： モノクローナル抗体
ＰＣＲ： ポリメラーゼ連鎖反応
ＰＳ： 多型部位
ｒＣＤＩ： 再発性ＣＤＩ
ＲＦＬＰ： 制限断片長多型
ＳＮＰ： 一塩基多型
ＴｃｄＡ： クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ａ
ＴｃｄＢ： クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ
ＶＨ： 抗体の可変重鎖領域
ＶＬ： 抗体の可変軽鎖領域
ＶＮＴＲ： タンデムリピートの可変数
ＩＩ．本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの有用性
本明細書に記載されている応答マーカーの表現型効果は、本発明の遺伝的応答マーカーの存在または非存在に基づいて選択された患者における研究用の又は既に承認されているＴｃｄＢ医薬の臨床試験、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーを有する患者を治療するためのＴｃｄＢ治療用物質（例えば、小分子、抗体またはその抗原結合性フラグメント）を含む医薬組成物および薬品、診断方法ならびに薬理遺伝学的治療方法（これらは、本発明の少なくとも１つのＴｃｄＢ治療応答マーカーを患者が有するかどうかに基づいて患者の薬物療法を適合化することを含む）（これらに限定されるものではない）を含む種々の商業的用途におけるこれらのマーカーの使用を支持する。
本出願で特許請求している商業的用途のいずれの有用性も、本発明の応答マーカーの存在とＴｃｄＢ医薬またはＴｃｄＢ抗体に対する所望の応答の発生との間の相関性が、ＴｃｄＢ医薬またはＴｃｄＢ抗体の投与を受けた個体の１００％において認められることを要さず、また、診断方法またはキットが各個体における応答マーカーの存在または非存在の決定において特定の度合の特異性または感度を有することも要さず、また、本出願で特許請求している診断方法が、個体がＴｃｄＢ医薬またはＴｃｄＢ抗体に対する有益な応答を示す可能性があるかどうかを全ての個体に関して予測することにおいて１００％正確であることも要さない。したがって、「決定する」、「決定」および「予測」なる語は、確定的な又は一定の結果を要すると解釈されるべきではなく、これらの語は、特許請求している方法が、大多数の個体に関して正確な結果をもたらすこと、またはいずれかの与えられた個体に関する結果もしくは予測が正確である可能性が、不正確である可能性より高いことを意味すると解釈されるべきである、と本発明者らは本発明で意図している。
好ましくは、本発明の診断方法によりもたらされる結果の精度は、当業者または規制当局が、該方法が用いられる個々の用途に適しているとみなす精度である。同様に、特許請求している薬品および治療方法の有用性は、それらが、特許請求している又は所望の効果を全ての個体においてもたらすことを要さず、要求される全ては、臨床実施者が、全ての適用可能な基準に合致した彼らの専門的判断を適用した場合に、特許請求している方法に従い又は特許請求している薬品で所与個体を治療する特許請求している効果を達成する可能性が、該治療または薬品を処方することを正当化するのに十分に高いと判断することである。
Ａ．本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの試験
本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーの存在または非存在は、当技術分野で一般に用いられる任意の種々の遺伝子型決定または配列決定技術により検出されうる。本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーのゲノム位置において個体を遺伝子型決定するのに用いられうる技術には、配列決定および次世代配列決定技術、ＲＮＡ配列決定、質量分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＳＮＰに基づくアレイ、制限断片長多型、サンガー配列決定、化学的配列決定（例えば、マクサムおよびギルバート）、変性高速液体クロマトグラフィー、ＤＮＡハイブリダイゼーション技術およびＰＣＲが含まれるが、これらに限定されるものではない。当業者は、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの個体の遺伝子型を決定するために利用可能な多数の技術のいずれかを選択することが可能である。これらの技術は、本発明の特定のＴｃｄＢ治療応答マーカーの存在または非存在の検出だけでなく、個体がその部位においてヘテロ接合性またはホモ接合性であるかどうかの決定をも可能にする。
典型的な遺伝子型決定または配列決定技術は、関心のあるＰＳを含有する又はそれに隣接する領域に相補的な１以上のオリゴヌクレオチドを使用しうるが、ハイブリダイゼーション方法および変異体または多型部位を検出するための代替方法が使用されうる。関心のある特定のＰＳの遺伝子型を決定するために使用されるオリゴヌクレオチドの配列は、典型的には、ＰＳに関するコンテクスト配列に基づいて設計される。
前記で特定された多型部位の、個々の個体における位置は、関心のあるＰＳを包囲する参照コード化またはゲノムＤＮＡ配列、または以下の表２に示されているコンテクスト配列もしくはそれらの相補的配列の１つに存在する。表２は、本発明によりＴｃｄＢ治療応答マーカーであると決定されたＳＮＰに関するコンテクスト核酸配列を示す。３つのＨＬＡ対立遺伝子、すなわち、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２およびＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１は本発明によるＴｃｄＢ治療応答マーカーであることもここで示された。
Figure 2020502179
当業者により認識されているとおり、個々のＰＳを含有する核酸サンプルは相補的二本鎖分子であることが可能であり、したがって、センス鎖上の個々の部位に対する言及は相補的アンチセンス鎖上の対応部位をも指す。同様に、染色体の一方の鎖の両方のコピー上のＰＳに関して得られる個々の遺伝子型に対する言及は、他方の鎖の両方のコピー上の同じＰＳに関して得られる相補的遺伝子型と同等である。例えば、遺伝子のセンス鎖上のｒｓ２５１６５１３ ＰＳに関するＣ／Ｃ遺伝子型はアンチセンス鎖上のそのＰＳに関するＧ／Ｇ遺伝子型と同等である。
本明細書中に挙げられているコンテクスト配列およびそれらの相補的配列は、本明細書中に特定されている１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つを個体が有するかどうかの決定を可能にする当技術分野でよく知られた種々の方法のいずれかを用いて、関心のあるヒト対象から得られた核酸サンプルにおけるＴｃｄＢ治療応答マーカーを遺伝子型決定するためのプローブおよびプライマーを設計するために使用されうる。そのような方法において使用される核酸分子には、一般には、ＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはＲＮＡ由来のｃＤＮＡが含まれる。
典型的には、遺伝子型決定方法は、関心のある１以上の多型部位に存在するヌクレオチドまたはヌクレオチドペアの同一性を決定するために、個体から得られた生物学的サンプルから調製された核酸サンプルをアッセイすることを含む。核酸サンプルは実質的に全ての生物学的サンプルから調製されうる。例えば、簡便なサンプルには、全血 血清、精液、唾液、涙、糞便、尿、汗、頬側物質、皮膚および毛が含まれる。非悪性体細胞が好ましい。なぜなら、それは、腫瘍特異的突然変異による汚染を伴うことなく、関心のあるＰＳに存在する両方の対立遺伝子の同一性の決定を可能にするからである。
核酸サンプルは、当業者に公知の任意の技術を用いて、分析用に調製されうる。好ましくは、そのような技術は、核酸分子における所望の多型部位の遺伝子型を決定するのに十分に純粋なゲノムＤＮＡの単離をもたらす。その決定の感度および特異性を増強するために、遺伝子型決定すべきＰＳを含有する標的領域を核酸サンプルから増幅することがしばしば望ましい。核酸の単離および増幅技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（２００１）において見出されうる。
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）技術（これに限定されるものではない）を含む当業者に公知の任意の増幅技術が本発明の実施において使用されうる。ＰＣＲは、当業者に公知の材料および方法を用いて行われうる（全般的には、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐａｌｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ編，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．，１９９２）；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら編，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．，１９９０）；Ｍａｔｉｌｌａら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：４９６７（１９９１）；Ｅｃｋｅｒｔら，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １：１７（１９９１）；ＰＣＲ（ＭｃＰｈｅｒｓｏｎら編，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ）；および米国特許第４，６８３，２０２号を参照されたい）。他の適当な増幅方法には、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０（１９８９）ならびにＬａｎｄｅｇｒｅｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７（１９８８）を参照されたい）、転写増幅（Ｋｗｏｈら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３（１９８９））、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：１８７４（１９９０））、等温法（Ｗａｌｋｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：３９２−６（１９９２））、および核酸ベース配列増幅（ＮＡＳＢＡ）が含まれる。
増幅された標的領域は、標的領域内のＰＳに存在する対立遺伝子の少なくとも１つの同一性を決定するためにアッセイされる。遺伝子座の両対立遺伝子が増幅標的内に表されている場合、そのＰＳにおいてホモ接合である個体のＰＳにおいては１つの対立遺伝子だけが検出され、一方、個体がそのＰＳに関してヘテロ接合であれば、２つの異なる対立遺伝子が検出される、と当業者によって容易に理解されるであろう。
対立遺伝子の同一性（正体）は、陽性型特定として公知の方法で直接的に特定可能であり、あるいは陰性型特定と称される方法で推定により特定可能である。例えば、参照集団においてＳＮＰがグアニンまたはシトシンであることが知られている場合、ＰＳは、その部位における個々のホモ接合に関してグアニンまたはシトシンのいずれかであると陽性法で決定可能であり、あるいは個体がその部位でヘテロ接合である場合には、グアニンおよびシトシンの両方であると決定可能である。あるいは、ＰＳはグアニンではない（したがってシトシン／シトシン）またはシトシンではない（したがってグアニン／グアニン）と陰性法で決定可能である。いずれの場合も、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つが表１に記載のとおりに存在すると判定された場合には、その判定は、本明細書に記載されている方法、使用、薬品またはキットにおける、より良好な応答の対立遺伝子に関する陽性試験結果であるとみなされる。
個体から得られた核酸サンプルにおけるＰＳにおける対立遺伝子または対立遺伝子ペア（例えば、ＳＮＰの場合の２つのヌクレオチド）の特定は、当業者に公知の任意の技術を用いて達成されうる。好ましい技術は、最小限度のサンプル処理で、複数のＰＳの迅速で正確なアッセイを可能にする。適切な技術の幾つかの例には、増幅標的領域の直接ＤＮＡ配列決定（増幅を伴う又は伴わないもの）、キャピラリー電気泳動、対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーション、一本鎖コンホメーション多型分析、変性勾配ゲル電気泳動、温度勾配電気泳動、ミスマッチ検出、核酸アレイ、プライマー特異的伸長、タンパク質検出、インピュテーション、および当技術分野においてよく知られた他の技術が含まれるが、これらに限定されるものではない。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（２００１）；Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）（１９９７）；Ｏｒｉｔａら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６，２７６６−２７７０（１９８９）；Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら，ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，ｐｐ．３２ １−３４０，１９９６；Ｗａｒｔｅｌｌら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：２６９９−７０６（１９９０）；Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７−１６６２；Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２３２−６（１９８９）；Ｗｉｎｔｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：７５７５（１９８５）；Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５；ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３；Ｍｏｄｒｉｃｈ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２５：２２９−５３（１９９１）；Ｈｏｗｉｅら，Ｆａｓｔ ａｎｄ ａｃｃｕｒａｔｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ｉｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｐｒｅ−ｐｈａｓｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ４４（８）：９５５−９５９（２０１２）；米国特許第６，３００，０６３号；米国特許第５，８３７，８３２号；米国特許第５，４５９，０３９号；ならびにＨｕＳＮＰ Ｍａｐｐｉｎｇ Ａｓｓａｙ，ｒｅａｇｅｎｔ ｋｉｔ ａｎｄ ｕｓｅｒ ｍａｎｕａｌ，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｐａｒｔ Ｎｏ．９００９４（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）を参照されたい。
幾つかの実施形態においては、ＰＳにおける対立遺伝子の同一性は、ポリメラーゼ媒介プライマー伸長法を用いて決定される。幾つかのそのような方法が特許および科学文献に記載されており、「遺伝子ビット分析（Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｂｉｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ）」法（ＷＯ ９２／１５７１２）およびリガーゼ／ポリメラーゼ媒介遺伝子ビット分析（米国特許第５，６７９，５２４号）を含む。関連方法はＷＯ ９１／０２０８７、ＷＯ ９０／０９４５５、ＷＯ ９５／１７６７６ならびに米国特許第５，３０２，５０９号および第５，９４５，２８３号に開示されている。多型の相補体を含有する伸長プライマーは、米国特許第５，６０５，７９８号に記載されている質量分析により検出されうる。
もう１つのプライマー伸長法は対立遺伝子特異的ＰＣＲを用いる（Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：８３９２（１９８９）；Ｒｕａｎｏ，Ｇ．ら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：６８７７−８２（１９９１）；ＷＯ ９３／２２４５６；Ｔｕｒｋｉら，Ｊ．Ｇｕｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：１６３５−４１（１９９５））。
多型を特定し分析するための更にもう１つのプライマー伸長法は、付加塩基の標識とプライマーの標識との間の蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）と共役した蛍光標識プライマーの一塩基伸長（ＳＢＥ）を用いる。典型的には、Ｃｈｅｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：１０７５６−６１（１９９７）に記載されているような方法は、５’末端上で５−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）で標識された遺伝子座特異的オリゴヌクレオチドプライマーを使用する。この標識プライマーは、３’末端が関心多型部位に直に隣接するように設計される。標識プライマーを遺伝子座にハイブリダイズさせ、ダイ−ターミネーター・シークエンシング法により、蛍光標識ジデオキシリボヌクレオチド（ｄｄＮＴＰ）を使用して標識プライマーの一塩基伸長を行う。ただし、デオキシリボヌクレオチドは存在しない。標識プライマーの波長における励起に応答した付加ｄｄＮＴＰの蛍光の増強を用いて、付加ヌクレオチドの同一性（正体）を推定する。
遺伝子型決定アッセイの一例はＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡのＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ（Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ａｓｓａｙ）、またはほぼ同じ信頼性、精度および特異性を有するアッセイである。そのようなアッセイの或る実施形態においては、２つの対立遺伝子特異的プローブを使用して、特定のＰＳを標的化する。この場合、各プローブは、それに結合した異なる蛍光標識および消光分子を有する。また、２つの対立遺伝子特異的プライマーを使用する。ＤＮＡ鎖の伸長に際して、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼは蛍光標識を切断し、その切断は、検出可能な蛍光発光をもたらす。
前記方法の全てにおいて、任意のＰＳにおける対立遺伝子の同一性を検出するように設計されたアッセイの精度および特異性は、典型的には、そのＰＳにおける対立遺伝子の同一性が既知であるＤＮＡサンプルに対するアッセイを行うことにより妥当性評価される。好ましくは、それぞれの可能な対立遺伝子を代表するサンプルを該妥当性評価プロセスに含める。二倍体遺伝子座（例えば、常染色体上のもの）に関しては、妥当性評価サンプルは、典型的には、ＰＳにおいてメジャー（ｍａｊｏｒ）対立遺伝子に関してホモ接合であるサンプル、ＰＳにおいてマイナー対立遺伝子に関してホモ接合であるサンプル、およびそのＰＳにおいてヘテロ接合であるサンプルを含む。これらの妥当性評価サンプルは、典型的には、試験サンプル（すなわち、ＰＳにおける対立遺伝子の同一性が未知であるサンプル）に対してアッセイを行う場合の対照としても含まれる。アッセイの特異性は、試験サンプルに関するアッセイ結果を、異なるタイプのアッセイを用いて同じサンプルに関して得られた結果と比較することによっても確認可能であり、例えば、関心のあるＰＳを含有すると考えられる増幅標的領域の配列を決定し、該決定配列を、当技術分野で認められたコンテクスト配列（例えば、本明細書に記載されているコンテクスト配列）と比較することによっても確認可能である。
適切なゲノム位置がアッセイされていることを確認するのに必要なコンテクスト配列の長さは標的領域における配列の特有性によって変動するであろう（例えば、１以上の高度に相同な配列が他のゲノム領域内に存在しうる）。当業者は、公知技術を用いて（例えば、公的に利用可能な配列データベースに対してコンテクスト配列をＢＬＡＳＴ処理することにより）、任意のＰＳのコンテクスト配列の適切な長さを容易に決定可能である。一次レベルの特異性をもたらす増幅標的領域に関しては、アッセイ設計が関心ＰＳに特異的であることを保証するためには、典型的には、既知サンプルにおけるＰＳの各側の約３０〜６０塩基のコンテクスト配列の検査で十分である。場合によっては、妥当性評価されたアッセイは、試験サンプルに関して明確な結果をもたらさない可能性がある。これは、通常、不十分な純度または量のＤＮＡをサンプルが含有することによって生じ、明確な結果は、通常、ＤＮＡサンプルを再精製または再単離することにより、あるいは異なるタイプのアッセイを用いてサンプルをアッセイすることにより得られる。
挿入／欠失変異により特徴づけられるＰＳを検出するためには、幾つかのアッセイ技術が使用されうる。挿入／欠失変異体は、ジデオキシヌクレオシド三リン酸を使用するサンガー配列決定法により検出されうる。幾つかの実施形態においては、商業的に入手可能なソフトウェアパッケージ、例えば、ＳｏｆｔＧｅｎｅｔｉｃｓ ＬＬＣ，Ｓｔａｔｅ Ｃｏｌｌｅｇｅ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，ＵＳＡから入手可能なＭｕｔａｔｉｏｎ Ｓｕｒｖｅｙｏｒ（登録商標）ソフトウェアがホモ接合およびヘテロ接合挿入／欠失変異体を検出しうる。また、Ｈｊｅｌｍら，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ １２（５），ｐｐ ６０７−６１０（２０１０）に開示されている断片分析法が、挿入および欠失変異体を特徴づけるために使用されうる。
更に、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの存在または非存在の決定を要する本明細書に記載されている方法のいずれかを行う際には、そのような決定は、患者が該マーカーを有するかどうかを決定するために、患者の遺伝的組成に関する十分な情報を含有するデータリポジトリを調べることにより行われうる。好ましくは、データリポジトリには、ＴｃｄＢ治療応答マーカーが個体において存在する及び存在しないかどうかが列挙される。データリポジトリは、個体の病歴、医療データカード、コンピュータによりアクセス可能なファイル（例えば、フラットＡＳＣＩＩファイル）、または適切な情報もしくは遺伝的データが保存されうる他の電子もしくは非電子媒体を含みうる。本明細書中で用いる医療データカードはポータブルストレージデバイス、例えば磁気データカード、スマートカード（これはオンボード処理装置を有しており、Ｓｉｅｍｅｎｓ（Ｍｕｎｉｃｈ Ｇｅｒｍａｎｙ）のようなベンダーにより販売されている）、またはフラッシュメモリーカードである。データレポジトリが、コンピュータによりアクセス可能なファイルである場合には、そのようなファイルは、サーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、携帯情報端末、例えばスマートフォン、テープ、ｚｉｐディスク、コンピュータの内部ＲＯＭ（読取り専用メモリ）またはインターネットもしくはワールドワイドウェブを含む種々の媒体上に配置されうる。コンピュータによりアクセス可能なファイルを格納するための他の媒体は当業者に明らかであろう。
本発明はまた、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰまたは前記表１に特定されているその他のＴｃｄＢ治療応答マーカーの１つに関して、より良好な応答の対立遺伝子との高い連鎖不平衡（ＬＤ）状態にある異なる遺伝子座において個体が対立遺伝子（例えば、特定のヌクレオチド配列）を有するかどうかを調べることにより、ＴｃｄＢ治療応答マーカーに関する試験が決定されうると想定している。同じ染色体上の異なる遺伝子座における２つの特定の対立遺伝子は、１つの遺伝子座におけるそれらの対立遺伝子の１つの存在が他方の遺伝子座における他方の対立遺伝子の存在を予測する傾向にある場合、ＬＤ状態にあると称される。そのような変異体は本明細書においては連鎖変異体またはプロキシ（ｐｒｏｘｙ）変異体と称され、より良好な応答の関心対立遺伝子との高いＬＤ状態にある任意のタイプの変異体（例えば、ＳＮＰ、挿入または欠失変異体）でありうる。
連鎖変異体は、例えばｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰまたはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのより良好な応答の対立遺伝子と候補連鎖対立遺伝子との間の連鎖不平衡（ＬＤ）の度合を決定することによって容易に特定される。候補連鎖変異体は現在公知の多型の対立遺伝子でありうる。他の候補連鎖変異体は、多型を発見するための当技術分野でよく知られた任意の技術を用いて当業者によって容易に特定されうる。
ＴｃｄＢ治療応答マーカー（例えば、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰおよび／またはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ）の１つにおける、より良好な応答の対立遺伝子と候補連鎖変異体との間のＬＤの度合は、当技術分野で公知の任意のＬＤ測定を用いて決定されうる。ゲノム領域におけるＬＤパターンは、任意の２つの対立遺伝子（例えば、異なるＰＳにおけるヌクレオチド間）が連鎖不平衡状態にあるかどうかを決定するための当技術分野で公知の種々の技術（例えば、ＧＥＮＥＴＩＣ ＤＡＴＡ ＡＮＡＬＹＳＩＳ ＩＩ，Ｗｅｉｒ，Ｓｉｎｅｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，ＭＡ １９９６を参照されたい）を用いて、適切に選択されたサンプルにおいて経験的に容易に決定される。ＬＤを決定するためのどの方法が個々の集団サンプルサイズおよびゲノム領域に最も適しているかを当業者は容易に選択しうる。連鎖不平衡の最も頻繁に用いられる尺度の１つはｒ２であり、これは、Ｄｅｖｌｉｎら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２９（２）：３１１−２２（１９９５））により記載されている式を用いて計算される。ｒ２は、第１遺伝子座における対立遺伝子Ｘが同一染色体上の第２遺伝子座における対立遺伝子Ｙの存在をどの程度良く予測するかの尺度である。推測が完全な場合にだけ（例えば、Ｙの場合かつその場合に限りＸ）、該尺度は１．０に達する。
１つの実施形態においては、連鎖変異体の遺伝子座は、関心のあるＴｃｄＢ治療応答マーカー、例えばｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子のＰＳのいずれかにわたって伸長する約１００キロベース、より好ましくは約１０ｋｂのゲノム領域内に存在する。他の連鎖変異体は、より良好な応答の対立遺伝子とのＬＤが、適切な参照集団において測定された場合に、少なくとも０．５、より好ましくは少なくとも０．７５、より一層好ましくは少なくとも０．８５または少なくとも０．９０、更に好ましくは少なくとも０．９５、最も好ましくは１．０のｒ２値を有するものである。このｒ２測定に用いられる参照集団は一般集団、ＴｃｄＢ医薬を使用する集団、ＣＤＡＤおよび／もしくはＣＤＩと診断された集団、または例えば白人、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック、ラテン系、ネイティブアメリカンなどのような同一民族群に属すると自己認識しているメンバーの集団、またはこれらの範疇の任意の組合せでありうる。好ましくは、参照集団は、ＴｃｄＢ医薬で治療される患者の集団の遺伝的多様性を反映する。例えば、図５Ａ、５Ｂおよび５Ｃにおいては、ＳＮＰ ｒｓ２５１６５１３、ｒｓ１１３３７９３０６およびｒｓ７６１６６８７１に関して、幾つかのｒ２値が観察されうる。また、互いに高いＬＤ状態にある幾つかのＨＬＡ対立遺伝子が存在することが公知であり、例えば、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１およびＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１は、ＧＷＡＳデータにおいて、互いにほぼ完全なＬＤ状態（ｒ２＝０．９８）にある。
幾つかの実施形態においては、医療提供者は、表１におけるＴｃｄＢ治療応答マーカー（例えば、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子）の１以上のより良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つを患者が有するかどうかを決定するように設計された診断試験を指示することにより、本明細書に記載されているＴｃｄＢ治療応答マーカーを患者が有するかどうかを決定する。好ましくは、試験は、このＰＳにおける応答対立遺伝子と代替対立遺伝子との両方の同一性（正体）、すなわち、遺伝子型を決定する。幾つかの実施形態においては、試験検査所は、患者から得られた生物学的サンプル（例えば、血液サンプルまたは頬側スワブ）から核酸サンプルを調製する。幾つかの実施形態においては、患者からの血液サンプルは医療提供者、例えば医師、または医師のスタッフによって、または診断検査所の技術者によって採取される。幾つかの実施形態においては、頬の内側から頬側スワブを採取するためのキットを患者に提供し、ついで患者はそれを医療提供者のスタッフに提出し、または診断検査所に直接送付する。
幾つかの実施形態においては、試験検査所は、それが試験しているサンプルの個体の正体（誰であるか）を知らない。すなわち、検査所により受領されたサンプルは、検査所に送付される前に何らかの様態で匿名化される。例えば、サンプルは番号または何らかの他のコード（「サンプルＩＤ」）によってのみ識別可能であり、診断方法の結果は、サンプルＩＤを用いて、試験依頼者に報告されうる。
幾つかの実施形態においては、試験結果が得られた後、試験検査所は試験報告を作成し、これは、より良好な応答の対立遺伝子が遺伝子型決定多型部位に存在するか存在しないかを示し、好ましくは、患者が、より良好な応答の対立遺伝子に関してヘテロ接合であるかホモ接合であるかを示す。幾つかの実施形態においては、試験報告は文書であり、これは試験検査所によって作成され、ハードコピーとして又は電子メールにより患者または患者の医療提供者に送付される。他の実施形態においては、試験報告はコンピュータプログラムによって作成され、医療提供者の事業所内のビデオモニター上に表示される。試験報告は患者または患者の医療提供者、例えば医師、または医療提供者の事業所内の権限のある従業員への直接的な試験結果の口頭伝達を含みうる。同様に、試験報告は、医療提供者が患者のファイル内に作成する試験結果の記録を含みうる。
１つの実施形態においては、患者がより良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つに関して陽性試験結果を示した場合には、試験報告は更に、患者がＴｃｄＢ治療応答マーカーに関して陽性試験結果を示したことを示し、一方、個体がより良好な応答の対立遺伝子に関して陰性試験結果を示した場合には、試験報告は更に、患者が、ＴｃｄＢ治療応答マーカーに関して陰性試験結果を示したことを示す。
典型的には、個体はＴｃｄＢ医薬、例えばＴｃｄＢ抗体で療法の開始の前にＴｃｄＢ治療応答マーカーの存在に関して試験されるが、そのような試験は、ＴｃｄＢ医薬の最初の用量が個体に投与された後の任意の時点で行われうると予想される。例えば、医療提供者（例えば、医師または医師の助手）は、患者が適切に応答していないのではないかと懸念する可能性があり、ＴｃｄＢ医薬での継続治療が妥当であるかどうかを判定するために個体を試験することを望むかもしれない。幾つかの実施形態においては、医療提供者は、ＴｃｄＢ治療応答マーカーに関して個体が試験されるべきか否かを決定しうる。例えば、医療提供者は、ＴｃｄＢ治療応答マーカーに関して陽性試験結果を示す患者に適応する医薬品を患者に処方すべきかどうかを考慮するかもしれない。
いずれかの個々の患者の治療においてＴｃｄＢ治療応答マーカー試験結果の利用方法を決める際に、医療提供者は、他の関連状況、患者がＣＤＩ再発の「高いリスク」を有するとみなされるか否か、患者の年齢、体重、性別、遺伝的バックグラウンドおよび人種をも考慮することが可能であり、例えば、療法および／またはその療法での治療レジメンを選択する際に医療提供者を導くのを助けるモデルにこれらの要因と遺伝的マーカー試験結果との組合せを入力することが可能である。
ＴｃｄＢ治療応答マーカーのいずれかの存在または非存在の検出は、この目的のために特別に設計されたキットを使用して行われうる。１つの実施形態においては、本発明のキットは、例えばｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子におけるＰＳにおける対立遺伝子のそれぞれを特定するように設計されたオリゴヌクレオチドのセットを含む。
したがって、本発明は、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つの存在または非存在に関して患者を試験するためのキットに関するものであり、ここで、前記の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーは、
ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および
ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子
またはＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体からなる群から選択され、該キットは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの少なくとも１つを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドの、１以上のセットを含む。
本発明のこの態様の１つの実施形態においては、患者は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を有する、またはクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を有する疑いがある、またはＣＤＡＤの症状を示していると診断されている。もう１つの実施形態においては、患者はｒＣＤＩの高いリスクを有する。
本発明のこの態様の第１の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰであり、より良好な応答の対立遺伝子はＴ対立遺伝子である。
第２の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰであり、より良好な応答の対立遺伝子はＡ対立遺伝子である。
第３の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰであり、より良好な応答の対立遺伝子はＡ対立遺伝子である。
第４の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子であり、より良好な応答の対立遺伝子はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子である。
第５の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子であり、より良好な応答の対立遺伝子はＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子である。
第６の実施形態においては、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子であり、より良好な応答の対立遺伝子はＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子である。
第７の実施形態においては、該キットは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの少なくとも２つを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドの、少なくとも２つのセットを含む。
第７の実施形態の下位実施形態においては、前記の２つのＴｃｄＢ治療応答マーカーは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１の遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子を含む。
前記実施形態のいずれかの好ましい下位実施形態においては、オリゴヌクレオチドは対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブである。
前記のとおり、本発明の１つの態様は、前記の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つの存在または非存在に関して、患者を試験するためのキットに関する。前記の実施形態のいずれかの下位実施形態においては、キットは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの１つを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドの、１つのセットを含む。他の下位実施形態においては、キットは、本発明の複数のＴｃｄＢ治療応答マーカーを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドの、２、３、４、５、６個またはそれ以上のセットを含む。
幾つかの実施形態においては、キットにおけるオリゴヌクレオチドは対立遺伝子特異的プローブまたは対立遺伝子特異的プライマーである。他の実施形態においては、キットはプライマー伸長オリゴヌクレオチドを含む。更に他の実施形態においては、オリゴヌクレオチドのセットは対立遺伝子特異的プローブ、対立遺伝子特異的プライマーおよびプライマー伸長オリゴヌクレオチドの組合せである。キットは、ＴｃｄＢ医薬に対する応答に関連した他の遺伝的マーカーの存在を検出するように設計されたオリゴヌクレオチドを含みうる。
本発明のキットにおけるオリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドの標的領域に特異的にハイブリダイズしうるものでなければならない。本明細書中で用いる特異的ハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチドが或るハイブリダイゼーション条件下で標的領域とは逆平行二本鎖構造を形成するが、同じハイブリダイゼーション条件下で該ポリヌクレオチドと共にインキュベートされた場合に非標的領域とはそのような構造を形成しないことを意味する。幾つかの実施形態においては、標的領域は、関心のあるＰＳを含有し、一方、他の実施形態においては、標的領域はＰＳから１〜１０ヌクレオチドの隣接位置に位置する。
キットにおける各オリゴヌクレオチドの組成および長さは、ＰＳを含有するゲノム領域の性質、およびオリゴヌクレオチドを使用して行われるアッセイのタイプに左右され、当業者によって容易に決定される。
例えば、アッセイにおいて使用されるポリヌクレオチドは増幅産物を構成することが可能であり、したがって、オリゴヌクレオチドに要求される特異性は、個体から単離されたゲノムまたはｃＤＮＡにおけるものではなく、増幅産物における標的領域に対するハイブリダイゼーションに関するものである。もう１つの例としては、キットが、２以上の多型部位を同時に遺伝子型決定するように設計されている場合には、キットにおける各ＰＳに対するオリゴヌクレオチドの融解温度は、典型的には、狭い範囲内のもの、好ましくは約５℃未満、より好ましくは約２℃未満の範囲内のものである。
幾つかの実施形態においては、キットにおける各オリゴヌクレオチドはその標的領域の完全な相補体である。オリゴヌクレオチドが別の核酸分子の「完全」または「完璧」な相補体と言えるのは、該分子の１つの各ヌクレオチドが他方の分子の対応位置におけるヌクレオチドに相補的である場合である。多型を検出するためには、完全に相補的なオリゴヌクレオチドが好ましいが、完全な相補性からの逸脱が想定される。ただし、そのような逸脱は、前記の標的領域に該分子が特異的にハイブリダイズすることを妨げるものであってはならない。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーはその５’末端に非相補的断片を有することが可能であり、プライマーの残部は標的領域に完全に相補的である。あるいは、プローブまたはプライマー内に非相補的ヌクレオチドが点在していてもよいが、この場合、生じるプローブまたはプライマーは標的領域に尚も特異的にハイブリダイズしうることが必要である。
幾つかの好ましい実施形態においては、キットにおける各オリゴヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、その標的領域に特異的にハイブリダイズする。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は配列依存的であり、状況に応じて様々である。一般に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、一定のイオン強度およびｐＨにおいて特異的配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度（一定のイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度におけるもの）である。標的配列は一般に過剰に存在するため、Ｔｍにおいては、プローブの５０％が平衡状態で占拠される。
典型的には、ストリンジェントな条件はｐＨ７．０〜８．３において少なくとも約０．０１〜１．０Ｍのナトリウムイオン濃度（または他の塩）の塩濃度を含み、温度は短いオリゴヌクレオチドプローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）では少なくとも約２５℃である。ストリンジェントな条件は、不安定化剤、例えばホルムアミドの添加によっても達成されうる。例えば、５×ＳＳＰＥ（７５０ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭ リン酸Ｎａ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４）の条件および２５〜３０℃の温度は対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーションに適している。追加的なストリンジェントな条件はＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９８９），第７，９および１１章、ならびにＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ，Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ，Ｈａｙｍｅｓら，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，１９８５に見出されうる。
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例には、約６５〜７０℃での４×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中のハイブリダイゼーション（あるいは、約４２〜５０℃での４×ＳＳＣ＋５０％ ホルムアミド中のハイブリダイゼーション）、およびそれに続く、約６５〜７０℃での１×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄が含まれる。高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例には、約６５〜７０℃での１×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーション（あるいは、約４２〜５０℃での１×ＳＳＣ＋５０％ ホルムアミド中のハイブリダイゼーション）、およびそれに続く、約６５〜７０℃での０．３×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄が含まれる。低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の非限定的な一例には、約５０〜６０℃での４×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーション（あるいは、約４０〜４５℃での６×ＳＳＣ＋５０％ ホルムアミド中のハイブリダイゼーション）、およびそれに続く、約５０〜６０℃での２×ＳＳＣ中の１回以上の洗浄が含まれる。中等度〜前記値（例えば、６５〜７０℃または４２〜５０℃）の範囲のストリンジェンシー条件も本発明に含まれると意図される。ハイブリダイゼーションおよび洗浄バッファーにおいてはＳＳＰＥ（１×ＳＳＰＥは０．１５Ｍ ＮａＣ１、１０ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４および１．２５ｍＭ ＥＤＴＡ，ｐＨ７．４である）がＳＳＣ（１×ＳＳＣは０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび１５ｍＭ クエン酸ナトリウムである）の代わりに使用されることが可能であり、洗浄は、ハイブリダイゼーションが完了した後、それぞれ１５分間行われる。
５０塩基対長未満であると予想されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度はハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）より５〜１０℃低いべきであり、ここで、Ｔｍは以下の式に従い決定される。１８塩基対長未満のハイブリッドの場合、Ｔｍ（℃）＝２（Ａ＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ＋Ｃ塩基の数）。１８〜４９塩基対長のハイブリッドの場合、Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）であり、ここで、Ｎはハイブリッド中の塩基の数であり、［Ｎａ＋］はハイブリダイゼーションバッファー中のナトリウムイオンの濃度である（１×ＳＳＣの場合の［Ｎａ＋］＝０．１６５Ｍ）。
本発明のキットにおけるオリゴヌクレオチドは、任意のリン酸化状態のリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、および非環状ヌクレオチド誘導体、および他の機能的等価誘導体を含みうる。あるいはオリゴヌクレオチドはホスファート非含有バックボーンを有することが可能であり、これはカルボキシメチル、アセトアミド、カルバマート、ポリアミド（ペプチド核酸（ＰＮＡ））などのような結合を含みうる（Ｖａｒｍａ，ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，Ｍｅｙｅｒｓ編，ｐｐ．６ １７−２０，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５）。オリゴヌクレオチドは、当技術分野で公知の任意の適当な方法を用いる化学合成により製造可能であり、あるいは生物学的サンプルから、例えば制限消化により、誘導可能である。オリゴヌクレオチドは、放射能標識、蛍光標識、酵素標識、タンパク質、ハプテン、抗体、配列タグなどの使用を含む、当技術分野で公知の任意の技術に従う、検出可能な標識を含有しうる。キットにおけるオリゴヌクレオチドはアナライト特異的試薬（ＡＳＲ）として製造され、販売されることが可能であり、あるいは、承認された診断装置の構成成分でありうる。
幾つかの実施形態においては、キットにおけるオリゴヌクレオチドのセットは、２以上の多型部位における対立遺伝子の同一性（正体）の同時決定を可能にする異なる標識を有する。オリゴヌクレオチドは、例えばマイクロチップ、シリカビーズ（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡのＢｅａｄＡｒｒａｙテクノロジー）またはガラススライドのような固体表面上に固定化されたオリゴヌクレオチドの秩序だったアレイをも含みうる（例えば、ＷＯ ９８／２００２０およびＷＯ ９８／２００１９を参照されたい）。そのような固定化オリゴヌクレオチドを含むキットは、プローブハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ伸長アッセイ（これらに限定されるものではない）を含む種々の多型検出アッセイを行うように設計されうる。
本発明のキットは、他の試薬、例えばハイブリダイゼーションバッファー（例えば、オリゴヌクレオチドを対立遺伝子特異的プローブとして使用しようとする場合）またはジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ；例えば、多型部位における対立遺伝子をプライマー伸長により検出しようとする場合）をも含有しうる。ポリメラーゼ媒介遺伝子型決定アッセイにおける使用のために設計されたキットは、実施されるポリメラーゼ媒介アッセイのために最適化された反応バッファーおよびポリメラーゼをも含有しうる。
本発明のキットはまた、特異的ハイブリダイゼーションが生じた場合または特異的ポリメラーゼ媒介伸長が生じた場合に検出するための試薬を含みうる。そのような検出試薬は、ビオチンタグ化もしくは蛍光タグ化オリゴヌクレオチドまたはｄｄＮＴＰおよび／または酵素標識抗体、ならびに酵素作用に際して検出可能なシグナルを生成する１以上の基質を含みうる。
アッセイを行うための試薬およびオリゴヌクレオチドのセットは、生物学的または化学的活性を維持しアッセイにおける適切な使用を可能にするのに適当であるならば、キット容器内に配置された別々の容器内で提供される、と当業者に理解される。
他の実施形態においては、キットにおけるオリゴヌクレオチドのそれぞれ及び全ての他の試薬は、前記表１におけるＰＳの少なくとも１以上（例えば、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子）に関して遺伝子型を決定するように設計されたアッセイにおける最適な性能に関して品質検査されている。幾つかの実施形態においては、キットは、応答マーカーの存在または非存在を試験核酸サンプルに割り当てるための決定遺伝子型の利用方法を記載した説明マニュアルを含む。
幾つかの好ましい実施形態においては、キットにおけるオリゴヌクレオチドのセットは対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドである。本明細書中で用いる対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）なる語は、十分にストリンジェントな条件下、ＰＳを含有する標的領域におけるＰＳの対立遺伝子の１つには特異的にハイブリダイズしうるが、異なる対立遺伝子を含有する同じ領域にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドを意味する。当業者に理解されるとおり、対立遺伝子特異性は、塩およびホルムアミド濃度ならびに温度（ハイブリダイゼーション工程および洗浄工程の両方に関するもの）を含む、容易に最適化される種々のストリンジェンシー条件に左右される。
ＡＳＯプローブおよびプライマーに典型的に用いられるハイブリダイゼーションおよび洗浄条件の例は、Ｋｏｇａｎら，“Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ Ａ” ｉｎ ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０、およびＲｕａｆｌｏら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６２９６−３００（１９９０）に記載されている。
典型的には、ＡＳＯは一方の対立遺伝子には完全に相補的であるが、他方の対立遺伝子に対しては単一ミスマッチを含有する。ＡＳＯプローブにおいては、単一ミスマッチは、好ましくは、それが標的領域内の多型部位と整列するように、オリゴヌクレオチドプローブの中央位置に存在する（例えば、１５マーにおける約７番目または８番目の位置、１６マーにおける８番目または９番目の位置、および２０マーにおける１０番目または１１番目の位置）。ＡＳＯプライマーにおける単一ミスマッチは３’末端ヌクレオチド、または好ましくは３’末端から２番目のヌクレオチドに位置する。コードまたは非コード鎖にハイブリダイズするＡＳＯプローブおよびプライマーは本発明に含まれる。
幾つかの実施形態においては、キットは、アッセイされる各ＰＳに対する対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドのペアを含み、該ペアの一方のメンバーは一方の対立遺伝子（例えば、より良好な応答の対立遺伝子）に特異的であり、他方のメンバーは他方の対立遺伝子に特異的である。そのような実施形態においては、アッセイされるＰＳの遺伝子型をキットの使用者が決定することが可能となるよう、該ペアにおけるオリゴヌクレオチドは、異なる長さを有し、または異なる検出可能標識を有しうる。
更に他の好ましい実施形態においては、キットにおけるオリゴヌクレオチドはプライマー伸長オリゴヌクレオチドである。これらのオリゴヌクレオチドのいずれかからのポリメラーゼ媒介伸長のための終結混合物は、ＰＳに存在する代替ヌクレオチドに応じて、関心のあるＰＳにおいて、またはそれより１塩基後で、オリゴヌクレオチドの伸長を終結するように選択される。
もう１つの実施形態においては、キットは、表１における多型部位の少なくとも１つを遺伝子型決定するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブのペアを含む。１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、表２に示されているコンテクスト配列の、より良好な応答の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、表２に示されているコンテクスト配列の他方の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。
もう１つの実施形態においては、キットは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰまたはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰを遺伝子型決定するための、第１ ＡＳＯプローブと第２ ＡＳＯプローブとを含むＡＳＯプローブのペアを含む。１つの実施形態においては、該ペアにおける第１ ＡＳＯプローブは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰまたはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰの、より良好な応答の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける第２ ＡＳＯプローブは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰまたはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰの他方の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。
もう１つの実施形態においては、キットはＡＳＯプローブの２以上のペアを含む。特定の実施形態においては、キットは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第１のペアと、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第２のペアとを含む。もう１つの実施形態においては、キットは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第１のペアと、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第２のペアとを含む。もう１つの実施形態においては、キットは、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第１のペアと、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第２のペアとを含む。更にもう１つの実施形態においては、キットは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第１のペアと、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第２のペアと、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰを遺伝子型決定するためのＡＳＯプローブの第３のペアとを含む。
もう１つの実施形態においては、キットは、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子を遺伝子型決定するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブのペアを含む。１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、（１）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子の、異なる対立遺伝子、例えば、被験集団において共通であるＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である、あるいは（２）高いストリンジェンシーの条件下、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子にはハイブリダイズしないが、ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子（例えば、コンセンサスオリゴヌクレオチド配列）には結合する、少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。もう１つの実施形態においては、キットは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子と同一である又は完全に相補的であるＡＳＯプローブを含み、そしてＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子に結合する２以上のＡＳＯプローブを含むカクテルを含む。もう１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、対照配列、すなわち、陽性または陰性対照である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。
もう１つの実施形態においては、キットは、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子を遺伝子型決定するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブのペアを含む。１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、（１）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子の、異なる対立遺伝子、例えば、被験集団において共通であるＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である、あるいは（２）高いストリンジェンシーの条件下、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子にはハイブリダイズしないが、ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子（例えば、コンセンサスオリゴヌクレオチド配列）には結合する、少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。もう１つの実施形態においては、キットは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である１つのＡＳＯプローブを含み、そしてＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子に結合する２以上のＡＳＯプローブを含むカクテルを含む。もう１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、対照配列、すなわち、陽性または陰性対照である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。
もう１つの実施形態においては、キットは、ＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子を遺伝子型決定するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブのペアを含む。１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、（１）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子の、異なる対立遺伝子、例えば、被験集団において共通であるＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子の対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である、あるいは（２）高いストリンジェンシーの条件下、ＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子にはハイブリダイズしないが、ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子（例えば、コンセンサスオリゴヌクレオチド配列）には結合する、少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。もう１つの実施形態においては、キットは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である１つのＡＳＯプローブを含み、そしてＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子の、２以上の異なる対立遺伝子に結合する２以上のＡＳＯプローブを含むカクテルを含む。もう１つの実施形態においては、該ペアにおける一方のＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子と同一である又は完全に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、該ペアにおける他方のＡＳＯプローブは、対照配列、すなわち、陽性または陰性対照である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。
前記のキットのいずれかの更に詳細な実施形態においては、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子に結合するＡＳＯプローブは、より良好な応答のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子と同一ではなく又は完全には相補的ではないが、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子に高度に相同性である又はＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の相補体に高度に相同性である少なくとも１５ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む。「高度に相同性」は、該プローブが、高いストリンジェンシーの条件下、標的配列に特異的に結合するのに、すなわち、ハイブリダイズするのに十分な、標的配列に対する相同性を有することを意味する。
前記の本発明のキットのいずれかの幾つかの実施形態においては、キットは、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ、ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰ、ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子を検出するためのＡＳＯプローブの、１つのセットを含む。他の実施形態においては、キットは、本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたはＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体の２以上を検出するためのＡＳＯプローブの、２、３、４、５、６個またはそれ以上のセットを含む。
Ｂ．医薬組成物、薬品および治療レジメン
１つの態様においては、本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂを標的化する治療（ＴｃｄＢ治療またはＴｃｄＢ医薬）の治療的有効量を、それを要する患者に投与することを含む、クロストリジウム・ディフィシレ感染の再発の予防方法を提供する。ここで、該患者は、ＴｃｄＢ治療の投与の前に、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体からの、より良好な応答の対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーに関して陽性試験結果を示しており、ここで、前記の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーは、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択される。
前記方法の第１の実施形態（実施形態Ｅ１）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療はＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントである。
前記方法の第２の実施形態（実施形態Ｅ２）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は小分子薬品である。
前記方法の第３の実施形態（実施形態Ｅ３）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療はＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）と３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）とを含み、ここで、
ａ）ＣＤＲＨ１は、配列番号７に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号７の変異体である；
ｂ）ＣＤＲＨ２は、配列番号８に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号８の変異体である；
ｃ）ＣＤＲＨ３は、配列番号９に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号９の変異体である；
ｄ）ＣＤＲＬ１は、配列番号２に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号２の変異体である；
ｅ）ＣＤＲＬ２は、配列番号３に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号３の変異体である；および
ｆ）ＣＤＲＬ３は、配列番号４に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号４の変異体である。
前記方法の第４の実施形態（実施形態Ｅ４）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療はＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。
前記方法の第５の実施形態（実施形態Ｅ５）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療はベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。
前記方法の第６の実施形態（実施形態Ｅ６）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は、ＴｃｄＢ治療の投与の前にＣＤＩに関して陽性試験結果を示したヒト患者である。
前記方法の第７の実施形態（実施形態Ｅ７）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は、ＴｃｄＢ治療の投与の前に、ＣＤＩを有する疑いがある、またはＣＤＡＤの症状を示す、またはＣＤＩを有する疑いがあった、またはＣＤＡＤの症状を示していたヒト患者である。
前記方法の第８の実施形態（実施形態Ｅ８）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーは、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択される１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーを含む。
前記方法の第９の実施形態（実施形態Ｅ９）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１０の実施形態（実施形態Ｅ１０）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１１の実施形態（実施形態Ｅ１１）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１２の実施形態（実施形態Ｅ１２）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１３の実施形態（実施形態Ｅ１３）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１４の実施形態（実施形態Ｅ１４）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子または連鎖変異体を含む。
前記方法の第１５の実施形態（実施形態Ｅ１５）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の両方を含む。
前記方法の第１６の実施形態（実施形態Ｅ１６）においては、ＴｃｄＢを標的化する治療は実施形態Ｅ１〜Ｅ５のいずれか１項記載のとおりであり、患者は実施形態Ｅ６またはＥ７に記載のとおりであり、ＴｃｄＢ治療応答マーカーは、表１に記載されているＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体の２以上を含む。
前記方法および実施形態（例えば、実施形態Ｅ１〜Ｅ１６）のいずれかのもう１つの実施形態においては、該方法は更に、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染に対して有効である抗生物質で該患者を治療することを含む。
前記方法および実施形態（例えば、実施形態Ｅ１〜Ｅ１６）のいずれかのもう１つの実施形態においては、患者は高リスク患者である。
幾つかの実施形態においては、抗生物質は、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される。
前記実施形態のいずれかの下位実施形態においては、患者は、本発明の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子の、１つのコピーに関して、陽性試験結果を示す。代替的な下位実施形態においては、患者は、本発明の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子の、２つのコピーに関して、陽性試験結果を示す。
本発明は更に、ヒト患者においてクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）を標的化する医薬に患者が応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を提供し、該方法は、（ａ）患者から生物学的サンプルを得、または既に得ており、（ｂ）少なくとも１つのＴｃｄＢ応答マーカーまたは連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子が、生物学的サンプル中に存在するかどうかを決定し、ここで、ＴｃｄＢ応答マーカーは、（ｉ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、（ｉｉ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｉｉｉ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｉｖ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｖ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｖｉ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択され、（ｃ）生物学的サンプルにおいて、より良好な応答の対立遺伝子の存在が検出された場合、ＴｃｄＢ医薬での治療に感受性であると患者を診断することを含む。
前記の本発明の幾つかの実施形態においては、該方法は更に、診断された患者にＴｃｄＢ医薬の治療的有効量を投与することを含む工程（ｄ）を含む。
前記方法の１つの実施形態においては、ＴｃｄＢ医薬はＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントである。特定の実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントはベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。
追加的な実施形態においては、該方法は更に、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染に対して有効な抗生物質を患者に投与することを含む。特定の実施形態においては、抗生物質は、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される。
前記方法のいずれかの幾つかの実施形態においては、工程（ｂ）において、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子を検出し、そして工程（ｃ）において、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子が検出された場合、あるいはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の両方が検出された場合に、ＴｃｄＢ抗体での治療に感受性であると患者を診断する。
前記の決定方法の実施形態においては、患者は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を有すると診断された、またはクロストリジウム・ディフィシレ関連疾患の症状を示すヒトである。特定の実施形態においては、患者は成人である。
前記の決定方法の実施形態においては、工程（ｂ）は、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子が、サンプル中に存在するかどうかを決定するために、生物学的サンプルを診断検査所に送ることを含む。
本発明はまた、医薬組成物と処方情報とを含む薬品に関するものであり、ここで、医薬組成物はＴｃｄＢ抗体を含み、処方情報は薬理遺伝学的適応を含み、ここで、薬理遺伝学的適応は、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択されるＴｃｄＢ治療応答マーカーまたは連鎖変異体から選択される、より良好な応答の対立遺伝子のコピーの少なくとも１つに関して陽性試験結果を示すクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ感染の治療またはクロストリジウム・ディフィシレ再発の予防を含む。
本発明のこの態様の実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体応答マーカーはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子および／またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子である。
本発明の薬品の他の実施形態においては、薬理遺伝学的適応は更に、抗生物質でのクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染の治療を含む。特定の実施形態においては、抗生物質は、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される。
本発明の薬品のいずれかの幾つかの実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体はベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。
本発明はまた、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択されるＴｃｄＢ治療応答マーカー、または該ＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子に関して陽性試験結果を示した患者の亜群におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防におけるベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）の使用を提供する。
更に、本発明は、ヒト患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防のための医薬の製造におけるベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）の使用を提供し、ここで、該患者は、（ａ）ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子、（ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、（ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、（ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および（ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子からなる群から選択されるＴｃｄＢ治療応答マーカー、または該ＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子に関して陽性試験結果を示している。
前記使用の幾つかの実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子は、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子である。前記使用の追加的な実施形態においては、患者は、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の両方に関して陽性試験結果を示している。
幾つかの実施形態においては、本発明の医薬組成物、薬品、方法および使用において使用されるＴｃｄＢ医薬は任意の公知ＴｃｄＢ医薬、例えば抗体でありうる。１つの実施形態においては、ＴｃｄＢ医薬はＴｃｄＢ抗体である。幾つかの好ましい実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体はベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。追加的な実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は、ＴｃｄＢに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、それぞれ配列番号２、３および４に記載されているアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）と、それぞれ配列番号６、７および８のアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）とを含む。更に詳細な実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は、ＴｃｄＢに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含むＶＬ領域と、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含むＶＨ領域とを含む。
本発明の方法および使用の幾つかの実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は抗生物質と組合せて投与される。更に詳細な実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される抗生物質と組合せて投与される。ＴｃｄＢ抗体および抗生物質は同じ又は別々の剤形で投与されうる。
本発明に従い本発明の医薬組成物、薬品、キット、方法および使用で治療されうる障害は、一般に、ＴｃｄＢ医薬での治療に対して感受性であるものであり、すなわち、ＴｃｄＢ抗体は、該疾患を有する患者の群において、臨床的に測定可能な有益な結果を達成する。ＴｃｄＢ医薬での治療に対して感受性である典型的な疾患および状態には、抗生物質関連下痢、大腸炎および偽膜性大腸炎、ならびに／またはクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染が含まれる。
ある実施形態においては、本発明は、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を治療するための医薬組成物、薬品、キット、方法および使用を提供し、それらは、そのような治療を要する患者にＴｃｄＢ抗体の治療的有効量を投与するための説明を含む。特定の実施形態においては、治療される疾患または状態はクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染である。他の実施形態においては、患者はＣＤＡＤの症状を示している。
好ましい実施形態においては、本発明のＴｃｄＢ抗体応答マーカーは、アレルギー性喘息を含む喘息を治療するために、ＴｃｄＢ抗体と抗生物質とを含む任意のＴｃｄＢ抗体単独療法または併用療法治療レジメンと共に使用される。特定の実施形態においては、抗生物質は、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される。
ＴｃｄＢ抗体による治療に対して感受性である障害の治療のための本発明の併用療法において使用されるその他の物質の用量および投与レジメンは、添付文書における承認された用量および投与レジメンならびに患者の年齢、性別および全身健康状態を考慮して、担当医師によって決定される。併用療法において投与される物質は、同時に（すなわち、同じ組成物において、または次々と投与される別々の組成物において）または連続的に投与されうる。その組合せの成分を、異なる投与スケジュールで投与する場合（例えば、１つの成分を１日１回投与し、別の成分を週１回投与する場合）、またはそれらの好ましい医薬組成物が異なる場合（例えば、一方は錠剤であり、一方はカプセル剤または注入液である場合）、これは特に有用である。したがって、別々の剤形を含むキットが好都合である。
患者におけるＴｃｄＢ抗体応答マーカーの存在または非存在に基づいて患者を治療するように選択された併用療法を行う場合、組合された治療用物質、またはそれらの治療用物質を含む医薬組成物もしくは組成物は、任意の順序で、例えば連続的に、共に、一緒に、同時になどで投与されうる。そのような併用療法における種々の治療用物質の量は、異なる量（異なる投与量）、または同じ量（同じ投与量）でありうる。幾つかの実施形態においては、組合された物質は、患者の疾患または状態を治療するためにそのような物質が単独療法で使用される場合に一般に用いられる用量で投与され、一方、他の実施形態においては、該物質は、該疾患または状態を治療するためにそのような物質が単独療法で使用される場合に一般に用いられる用量より低い用量で投与される。
本発明者らは、薬理遺伝学的適応（すなわち、疾患成分とＴｃｄＢ治療マーカー成分とを含む適応）に関する、新規ＴｃｄＢ医薬またはＴｃｄＢ抗体を販売するための規制機関の承認を得るために、本明細書に記載されているＴｃｄＢ治療応答マーカーが使用されうることも本発明で想定している。疾患成分は、ＴｃｄＢ医薬での治療に感受性である疾患、例えばＣＤＩであり、遺伝的マーカー成分は、表１に記載されている、より良好な応答の対立遺伝子の１つの、少なくとも１つのコピーに関して（例えば、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子の、１つのコピーの少なくとも１つに関して）、陽性試験結果を示す患者である。同様に、本発明者らは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーが、一般集団における当該疾患に対する当該薬物の限界的な利益／リスク比に基づいて或る疾患に対して医療提供者が処方したがらない現在承認されているＴｃｄＢ医薬またはＴｃｄＢ抗体に関して、そのような薬理遺伝学的適応の承認を得るのに有用であることを本発明で想定している。
薬理遺伝学的適応の承認を得ることは、薬物で治療された２つの別々の患者群において薬物に対する所望の応答の頻度を測定することを含みうる。それらの群の１つにおける各個体は、提示されている薬理遺伝学的適応内に個体を配置する疾患および遺伝的プロファイルを有する。他方の群における個体は、提示されている薬理遺伝学的適応の遺伝的マーカー成分を彼らが有するかどうかには関係なく無作為に選択されうる。あるいは、遺伝的マーカー成分を満足する個体と満足しない個体との比率が、一般集団、または提示されている薬理遺伝学的適応の疾患成分を有する患者の集団において観察されるものに類似している、「対照」群を与える様態で、個体がその他の群に割り付けされる。承認が求められている薬品は、前向き（プロスペクティブ）治験において、それらの２つの群に投与されうるであろう。あるいは、該薬物で既に治療された患者の後向き（レトロスペクティブ）薬理遺伝学的分析が行われうるであろう。当業者は、関心のある個々の薬理遺伝学的適応を試験するための代替的な研究設計を容易に決定しうる。
薬理遺伝学的適応が求められている薬品は、治療的に活性な他の物質、例えば、提示されている薬理遺伝学的適応における疾患または状態に対する治療有効性を有する別の薬物、あるいは薬物により引き起こされる有害な作用の頻度を減少させることを意図した物質で評価されうるであろう。幾つかの実施形態においては、規制機関による承認が求められている薬理遺伝学的適応は他のマーカー（遺伝的マーカーまたはバイオマーカー）または薬物に対する応答の予測因子を含みうる。
薬理遺伝学的研究は、個々の国において薬理遺伝学的薬品を販売する前に承認を要求している規制当局または政府の代表者と協議して設計されうるであろう。好ましくは、規制当局は、例えばオーストラリア、カナダ、中国、欧州連合加盟国、日本、韓国、台湾などのような主要先進国の政府によって権限が与えられている。最も好ましくは、規制当局は米国の政府によって権限が与えられており、提出される承認のための出願の種類は、薬品に適用可能な食品医薬品化粧品法の最新版に記載されている法的要件によって決まり、規制当局への出願の費用および薬品の販売戦略のような他の考慮事項をも含みうる。例えば、薬品における医薬製剤が、提示されている薬理遺伝学的適応の疾患成分に関して既に承認されている場合には、出願は紙書類ＮＤＡ、または公衆衛生法（Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ ｓｅｒｖｉｃｅｓ Ａｃｔ）の第３５１（ｋ）節に基づき提出される出願、補足的ＮＤＡもしくはＢＬＡまたは簡略化ＮＤＡもしくはＢＬＡでありうるが、医薬製剤が過去に承認されたことがない場合には、出願は完全ＮＤＡもしくはＢＬＡであることを要しうるであろう。これらの用語は、医薬分野の当業者によってそれらに適用される意味、または１９８４年の医薬品価格競争および特許期間回復法（Ｄｒｕｇ Ｐｒｉｃｅ Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐａｔｅｎｔ Ｔｅｒｍ Ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ Ａｃｔ）または医療保険制度改革法（Ｐａｔｉｅｎｔ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ａｆｆｏｒｄａｂｌｅ Ｃａｒｅ Ａｃｔ）（２０１０）の２００９年の生物製剤価格競争およびイノベーション法（Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ Ｐｒｉｃｅ Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ａｃｔ）（ＢＰＣＩＡ）において定義されている意味を有する。
本発明のＴｃｄＢ治療応答マーカーを使用する薬理遺伝学的臨床試験の、１つの所望の結果は、（１）ＴｃｄＢ医薬組成物と、（２）該医薬組成物が推奨される薬理遺伝学的適応を含む処方情報とを含む、薬品を販売するための承認である。処方情報は、典型的には、その薬物に関する製品インサート（添付文書と称されることも多い）またはラベルにおいて見出される。
前記のとおり、薬理遺伝学的適応は疾患成分とＴｃｄＢ治療応答マーカー成分との２つの成分を有する。したがって、処方情報は、１以上の疾患、症状または医学的状態に対して該薬物が有効性を示している遺伝的に定められた患者群を記載するであろう。幾つかの実施形態においては、処方情報は、遺伝的に定められた群に含まれる個体の特定方法を示す。例えば、幾つかの実施形態においては、処方情報は、本明細書に記載されているＴｃｄＢ抗体応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子に関して陽性試験結果を示す個体に該薬物が適応することを示す。あるいは、処方情報は、本明細書に記載されているＴｃｄＢ抗体応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子に関して陰性試験結果を示す個体に関しては該薬物が禁忌であることを示しうる。他の実施形態においては、承認されたラベルは、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの特定の遺伝子型を有する患者、例えば、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰにおいてホモ接合（Ｔ／Ｔ）またはヘテロ接合（Ｃ／Ｔ）である患者、または本明細書に記載されている別のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子を有する患者において、ＴｃｄＢ医薬がＣＤＩの再発の予防に適応することを示しうる。幾つかの好ましい実施形態においては、処方情報は、薬理遺伝的適応に要求される遺伝的マーカー成分の存在または非存在を検出するために使用される少なくとも１つの承認された診断試験の名称を含む。前記のとおり、本発明の薬理遺伝学的薬品における薬理遺伝学的適応はＴｃｄＢ医薬組成物に対する応答の追加的マーカーもしくは予測因子、および／または１以上の他の治療活性物質（例えば、抗生物質）と組合せて該薬物を使用するための要件を含みうる。処方情報は推奨投与量および治療レジメンに関する情報を含みうる。
本発明の好ましい薬理遺伝学的薬品においては、医薬組成物はＴｃｄＢ医薬を含む。本発明のこの態様の好ましい実施形態においては、ＴｃｄＢ医薬はＴｃｄＢ抗体である。もう１つの好ましい実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体はベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である。追加的な実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は、ＴｃｄＢに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、それぞれ配列番号２、３および４に記載されているアミノ酸配列からなる軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）と、それぞれ配列番号６、７および８のアミノ酸配列からなる重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）とを含む。更に詳細な実施形態においては、ＴｃｄＢ抗体は、ＴｃｄＢに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、これは、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含むＶＬ領域と、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含むＶＨ領域とを含む。本発明の薬品の好ましい薬理遺伝学的適応は、表１に記載されているＴｃｄＢ抗体応答マーカーに関する、より良好な応答の対立遺伝子の１つの、少なくとも１つのコピー、およびクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染に罹患した患者の治療のための、該医薬組成物の使用を含む。好ましい実施形態においては、患者はｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰに関するＴ対立遺伝子のコピーの少なくとも１つに関して陽性試験結果を示す。幾つかの実施形態においては、処方情報は、ＴｃｄＢ抗体医薬組成物が、クロストリジウム・ディフィシレ感染に罹患した患者を治療するための、抗生物質［例えば、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）］との組合せにおいて適応することを記載している。
本明細書に記載されている方法および使用を行う際または本明細書に記載されているキット、組成物および薬品を使用する際に含まれる分析的および数学的操作の全てはコンピュータにより実行されうる。例えば、コンピュータは、ＴｃｄＢ抗体応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子の存在または非存在を、試験検査所の従業員または治療医療提供者により入力された遺伝子型データに基づいて、個体に割り当てるコンピュータプログラムを実行しうる。また、同じコンピュータまたは異なるコンピュータが、その応答マーカー割り当てに基づいて、ＴｃｄＢ抗体療法に対する推定応答を出力しうる。個体におけるＴｃｄＢ抗体応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子の存在または非存在に関するデータは、個体に関する他の臨床的および／または遺伝的データを含有するリレーショナルデータベース（例えば、ＯｒａｃｌｅデータベースまたはＡＳＣＩＩフラットファイルのセットの場合）の一部として保存されうる。これらのデータは、コンピュータのハードドライブ上に保存されることが可能であり、あるいは、例えば、ＣＤ ＲＯＭ上に、またはコンピュータによってアクセス可能な１以上の他の記憶装置上に保存されうる。例えば、データは、ネットワークを介してコンピュータに接続された１以上のデータベース上に保存されうる。
本明細書に挙げられている全ての刊行物を、本発明に関して使用されうる方法および材料を記載し開示する目的で、参照により本明細書に組み入れることとする。
本明細書には添付図面を参照して本発明の種々の実施形態が記載されているが、本発明はそれらの厳密な実施形態に限定されるものではなく、それらにおいては、特許請求の範囲に定められている本発明の範囲および精神から逸脱することなく、種々の変更および修飾が当業者により施されうる、と理解されるべきである。
図１は、ＴｃｄＢ抗体、すなわち、ベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）で治療された患者の有効性を測定する際に用いた研究設計ＭＯＤＩＦＹ Ｉ（ＰＮ００１）およびＭＯＤＩＦＹ ＩＩ（ＰＮ００２）の図示である。 図２は、アクトクスマブ（ａｃｔｏｘｕｍａｂ）／ベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）（ＭＫ３４１５Ａ）、ベズロトクスマブ（ＭＫ−６０７２）またはプラセボでの治療の後のＣＤＩ再発を有する被験者（ＰＮ００１＋ＰＮ００２、ＦＡＳ集団）の百分率の分析を示す。 図３は高リスク亜群（ＰＮ００１＋ＰＮ００２、ＦＡＳ集団）によるＣＤＩ再発の概要を示す。 図４は、ＰＮ００１およびＰＮ００２の種々の治療群におけるＣＤＩ再発を有する被験者、およびＧＷＡＳ分析において用いた被験者の百分率および数を示す。 図５Ａはｒｓ２５１６５１３との連鎖不平衡（ＬＤ）におけるＳＮＰの例を示し、図５Ｂはｒｓ１１３３７９３０６とのＬＤにおけるＳＮＰの例を示し、図５Ｃはｒｓ７６１６６８７１とのＬＤにおけるＳＮＰの例を示す。 図６は、ＰＮ００１およびＰＮ００２からプールされたｘＭＨＣにおけるＧＷＡＳデータからの帰属ＨＬＡデータを示す（Ｎ＝１００１）。２１９個のＨＬＡ対立遺伝子が３つのクラスＩ ＨＬＡ遺伝子および４つのクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子に帰属され、そのうちの１１２個はＭＡＦ＞０．０１で共通であった。 図７は、治療応答およびＣＤＩ再発率に関連した遺伝的変異体のｐ値を特定する「マンハッタンプロット（Ｍａｎｈａｔｔａｎ ｐｌｏｔ）」を示す。 図８は再発ＣＤＩ ＧＷＡＳ分析のＱＱプロットを示す。 図９は、治療応答およびＣＤＩ再発との関連性を示す、ｒｓ２５１６５１３付近の遺伝的変異体のｐ値の領域プロットを示す。菱形の点は標的ＳＮＰ ｒｓ２５１６５１３を表す。グレースケールはｒｓ１１２０９０２６に関するＳＮＰのＬＤ情報を表す。曲線は組換え率（ＨａｐＭａｐデータによるｃＭ／Ｍｂ）を表す。 遺伝子型およびリスクカテゴリーにより層別化されたｒＣＤＩ。図１０は、ｒｓ２５１６５１３のＴ対立遺伝子（ｐ値＝３．０４Ｅ−０５では−２１．５％のリスク差であり、一方、遺伝子型層別化を伴わない場合には全体で−１０．７％のリスク差）およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子（ｐ値＝１．９５Ｅ−０５では−３２．３％のリスク差であり、一方、遺伝子型層別化を伴わない場合には全体で−１０．５％のリスク差）を保有するＢＥＺ治療参加者において生じたｒＣＤＩの割合の、ＰＢＯレシピエントと比較した場合の有意な減少を示す。 遺伝子型およびｒＣＤＩリスクカテゴリーにより層別化されたｒＣＤＩ。図１１は、ＰＢＯレシピエントと比較した場合のｒｓ２５１６５１３のＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１を保有するＢＥＺ治療参加者におけるｒＣＤＩのリスクの減少がリスク因子に応じて変動したことを示す。
実施例１
ＣＤＩを有する被験者におけるアクトクスマブ／ベズロトクスマブおよびベズロトクスマブの臨床試験
治療応答に対する遺伝的寄与を特定するために、本発明者らは、ゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）アプローチを用いて、遺伝的変異体により定められた患者亜群の間で平均治療差異（ｍｅａｎ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）が変動するかどうかを評価するために、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂに対する抗体を使用する臨床試験を受けていたクロストリジウム・ディフィシレ感染被験者に関して薬理遺伝学的（ＰＧｘ）分析を行った。ＭＯＤＩＦＹ Ｉ（ＰＮ００１）およびＭＯＤＩＦＹ ＩＩ（ＰＮ００２）と称される２つの臨床試験の臨床試験設計を図１に示す。
ＰＮ００１は適応設計第３相試験であった。確認されたＣＤＩを有し、ＣＤＩの標準治療（メトロニダゾール、バンコマイシンまたはフィダクソマイシン）を受けている被験者を１：１：１：１の比で４つの治療群（ベズロトクスマブ、アクトクスマブ、アクトクスマブ／ベズロトクスマブ、またはプラセボ）の１つに無作為化した。予め定められた中間分析において、アクトクスマブ群を中止した。これは、有効性が低いことと、プラセボと比較して死亡数およびＳＡＥ数の増加が観察されたことによる決定であった。全体として、確認されたＣＤＩを有する合計１４１２名の患者が無作為化され、試験薬の投与を受けた（ベズロトクスマブ群は３９０名、アクトクスマブ群は２３５名、アクトクスマブ／ベズロトクスマブ群は３８７名、そしてプラセボ群は４００名）。ＰＮ００１は有効性の主要目的を達成し、ベズロトクスマブでの治療がプラセボでの治療と比較してＣＤＩ再発被験者の割合を１２週間にわたり有意に減少させることを示した（片側ｐ＝０．０００３）。ＣＤＩ再発率はベズロトクスマブ群では１７．４％、そしてプラセボ群では２７．６％であった。アクトクスマブ／ベズロトクスマブ群では、ＣＤＩ再発率は１５．９％であり、プラセボよりも有意（片側ｐ＜０．０００１）に良好であったが、ベズロトクスマブよりは有意に良好ではなかった（ｐ＝０．２９９７）。したがって、治療へのアクトクスマブ／ベズロトクスマブの追加（すなわち、アクトクスマブ／ベズロトクスマブ）は、ベズロトクスマブ単独の場合を上回る有効性の利益をもたらさなかった。プラセボ群と比較した場合のベズロトクスマブ群のＣＤＩ再発率の低下は、再発の高いリスクおよび／またはＣＤＩ関連有害事象を有する予め特定された被験者亜群においても観察された（すなわち、６５歳以上、ベースラインエピソード前の過去６ヶ月におけるＣＤＩの既往歴、臨床的に重篤なＣＤＩ、０２７リボタイプ、流行株または免疫無防備状態を有する患者）。全体的治癒（持続的臨床応答としても公知である）の主要副次的エンドポイントに関して、プラセボ群（５５．２％）と比較してベズロトクスマブ治療群（６０．１％）にとって好都合な数的差異が認められたが、統計的有意性は得られなかった（ｐ＝０．０８６１）。全体的治癒エンドポイントに関して、アクトクスマブ／ベズロトクスマブはベズロトクスマブより優れた点を示さなかった（片側ｐ＝０．６５３２）（アクトクスマブ／ベズロトクスマブに関しては５８．７％、ベズロトクスマブに関しては６０．１％）。ＰＮ００２は、設計および実施において、以下の３つの点を除いて、ＰＮ００１と同じであった。すなわち、ＰＮ００２は３つの治療群（ベズロトクスマブ、アクトクスマブ／ベズロトクスマブ、およびプラセボ）を含み、一定の設計の伝統的臨床試験であり、ＣＤＩ再発および毒素原性クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）でのコロニー形成を評価するために、被験者のサブセット（〜３００名）の、延長された９ヶ月の追跡期間を有していた。他の全ての設計上の特徴はＰＮ００１とＰＮ００２との間で同一であった。確認されたＣＤＩを有する合計１１６７名の患者が無作為化され、試験薬の投与を受けた（ベズロトクスマブ群は３９６名、アクトクスマブ／ベズロトクスマブ群は３９０名、そしてプラセボ群は３８１名）。ＰＮ００２も有効性の主要目的を達成し、ベズロトクスマブでの治療がプラセボでの治療と比較してＣＤＩ再発被験者の割合を１２週間にわたり有意に減少させることを証明した（片側ｐ＝０．０００３）。ＣＤＩ再発率は、ベズロトクスマブ群およびプラセボ群において、それぞれ１５．７％および２５．７％であった［−９．９（９５％ ＣＩ：−１５．５、−４．３）］。アクトクスマブ／ベズロトクスマブ群におけるＣＤＩ再発率は１４．９％であり、プラセボ群よりも有意（片側ｐ＜０．０００１）に良好であったが、ベズロトクスマブ群よりは有意に良好ではなかった（ｐ＝０．３７１８）。ＰＮ００１の場合に合致して、プラセボ群と比較した場合のベズロトクスマブ群のＣＤＩ再発率の低下が、全ての予め特定された被験者亜群において観察された。全体的治癒の主要副次的エンドポイントに関して、ベズロトクスマブは、プラセボに比べて優れた点を示した（ベズロトクスマブ群では６６．８％、およびプラセボ群では５２．１％；片側ｐ＜０．０００１［１４．６（９５％ ＣＩ：７．７、２１．４）］）。全体的治癒の達成に関してアクトクスマブ／ベズロトクスマブをベズロトクスマブ単独と比較した場合、アクトクスマブ／ベズロトクスマブがベズロトクスマブより優れていることを示すために設計された計画された片側ｐ値は０．９９６９であり、ベズロトクスマブがアクトクスマブ／ベズロトクスマブより優れていたかどうかを評価するための片側ｐ値は０．００３１であった。
統合統計分析計画（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｌａｎ）（ＩＳＡＰ）に従い、前記の２つの第３相試験からのデータをプールして、有効性および安全性の統合統計分析を得た。プールされたデータセット（ＰＮ００１＋ＰＮ００２）から、ＣＤＩ再発率はベズロトクスマブにおいては１６．５％、およびプラセボにおいては２６．６％であり、ベズロトクスマブ群とプラセボ群との間のＣＤＩ再発率における補正された差は１０．０％であった（９５％ ＣＩ：−１４．０％〜−６．０％、片側ｐ＜０．０００１）（図２に示されている）。
予め特定された被験者亜群（すなわち、６５歳以上、ベースラインエピソード前の過去６ヶ月におけるＣＤＩの既往歴、臨床的に重篤なＣＤＩ、０２７リボタイプ、流行株または免疫無防備状態を有する患者）において、ベズロトクスマブは、プラセボと比較してＣＤＩ再発率を低下させた（図３）。
例えば、ベズロトクスマブ群の６５歳以上の患者におけるＣＤＩ再発率は１５．４％であり、一方、プラセボ群においては３１．４％であった（差：−１６．０［９５％ ＣＩ、−２１．７、−１０．２］）。ベースラインエピソード前の過去６ヶ月間にＣＤＩの既往歴を有する患者においては、ＣＤＩ再発率はベズロトクスマブ群で２５．０％であり、一方、プラセボ群で４１．１％であった（差：−１６．１［９５％ ＣＩ、−２４．７、−７．３］）。全体的治癒の副次的エンドポイントに関するプール化データセットからの結果は、ベズロトクスマブでの治療が、１２週間にわたって全体的治癒を達成する被験者の割合を、プラセボと比較して有意に増加させるという強力な支持証拠を示している。全体的治癒率はベズロトクスマブにおいては６３．５％、およびプラセボにおいては５３．７％であった。ベズロトクスマブ群とプラセボ群との間の推定補正差は９．７％であった（９５％ ＣＩ：４．８％〜１４．５％、片側ｐ＜０．０００１）。
結論としては、第３相治験は、ＣＤＩに対する標準治療を受けている患者において、ベズロトクスマブでの治療が１２週間にわたるＣＤＩ再発（主要エンドポイント）の予防においてプラセボより優れていることを示した。両方の第３相治験において、治験集団全体で、ならびにＣＤＩ再発および／またはＣＤＩ関連有害事象の高いリスクを有するとみなされる患者の全亜群で、ベズロトクスマブは有効であった。ＰＮ００２において、およびプール化ＰＮ００１＋ＰＮ００２データセットにおいて、副次的エンドポイントの全体的グローバル治癒に関しても、プラセボと比較した場合のベズロトクスマブ単独の優れた有効性が実証された。ベズロトクスマブは忍容性が高く、プラセボと同様の安全性プロファイルを示した。
実施例２
ＴｃｄＢ抗体と抗生物質とを含む治療に対する応答に関連したＳＮＰを特定するためのゲノムワイド関連研究
ヒトゲノムにわたる遺伝的変異体が、種々の試験群に無作為化された患者にわたる治療差異に関連しているかどうかを評価するために、ゲノムワイド関連研究を行った。治療利益は主にベズロトクスマブに由来するものであり、アクトクスマブに由来するものではないことを臨床試験の分析が示したため、ベズロトクスマブを含む治療群（ベズロトクスマブ単独およびベズロトクスマブ＋アクトクスマブ）からの被験者をプールし、プラセボ（モノクローナル抗体の投与無し；０．９％ ＮａＣｌのみ）と比較した。ＧＷＡＳ分析のためのプール化データセットは、ＭＯＤＩＦＹ ＩおよびＩＩ（ＰＮ００１およびＰＮ００２；本明細書においては「ＰＧｘデータセット」とも称される）の両方からの約８９７名の患者に基づくものであった。アクトクスマブ群のみからの被験者は、ＧＷＡＳ分析には使用しなかった。遺伝的解析に適切に同意した被験者のみがＧＷＡＳ解析に加えられた。ＧＷＡＳ分析において用いられた被験者および被験者群のそれぞれにおけるＣＤＩ再発率の要約を図４に示す。
遺伝子型および臨床データ
標準的な方法を用いて、同意被験者の末梢血からＤＮＡを抽出した。ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ Ａｘｉｏｍ（登録商標）Ａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ）ならびに製造業者が推奨する試薬および条件を使用して、ＤＮＡサンプルから遺伝的データを作成した。該アレイはゲノムわたる約８００，０００個の多型部位を調べる。適切な遺伝的品質管理手順およびインピュテーション法をデータセットに適用した。
実施例３
統計手法
標準治療の抗生物質を服用中の患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防に関してベズロトクスマブ（ＭＫ−６０７２）、アクトクスマブ（ＭＫ−３４１５）、ベズロトクスマブとアクトクスマブとの組合せ（ＭＫ−３４１５Ａ）およびプラセボを評価するために、２つの極めて重要な試験ＭＯＤＩＦＹ ＩおよびＩＩ（ＰＮ００１およびＰＮ００２）を行った。関心のある主要臨床エンドポイントはｒＣＤＩであった。これは、最初のＣＤＩエピソードの臨床的治癒の後の毒素原性クロストリジウム・ディフィシレに関する、地域または中央検査室での便検査の陽性に関連した下痢（２４時間以内に３回以上の軟便）の新たなエピソードの発生として定義される。主要有効性エンドポイントは、第１２週までに評価されたＣＤＩ再発患者の割合であった。それらの２つの研究からの初期有効性結果が示したところによると、ＣＤＩ再発率の低下において、ベズロトクスマブはプラセボより優れており（ｐ＜０．０００１）、アクトクスマブ単独は、プラセボと比較して有効性を示さなかった（ｐ＝０．３１８２）。
ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋアレイを使用して、市販のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ａｘｉｏｍｒプラットフォーム上で遺伝的データを作成した。Ａｘｉｏｍアレイは約８３６，０００個の遺伝的変異体を有する。１０００ゲノム第３相参照データおよびＩｍｐｕｔｅ２ソフトウェア（Ｈｏｗｉｅら，Ｆａｓｔ ａｎｄ ａｃｃｕｒａｔｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ｉｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｐｒｅ−ｐｈａｓｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ４４（８）：９５５−９５９（２０１２））を使用するＰＮ００１およびＰＮ００２試験の両方からの遺伝子型決定サンプルに関する遺伝子型インピュテーションを遺伝的品質管理（ＱＣ）後かつ遺伝的分析前に行った。後記の分析への入力として使用される一次遺伝的変異体セットは、アッセイされた及びインピュテーションされたＳＮＰの両方を含んでいた。研究目的は、ＣＤＩ再発のリスクの低下により定められる治療応答に関連した遺伝的変異を特定するためにゲノムワイド単一変異分析を行うことであった。
遺伝的主成分（ＰＣ）を、ＥＩＧＥＮＳＯＦＴ（Ｐｒｉｃｅら，（２００６）Ｐｒｉｎｃｉｐａｌ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｃｏｒｒｅｃｔｓ ｆｏｒ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ ３８：９０４−９０９）を使用して計算し、複数の人種群からの患者を含む、サンプルにおける集団層別化による交絡を制御するための統計モデルにおける共変量として、最初の５つのＰＣを用いた。ＣＤＩ再発エンドポイントの分析のために、尤度比検定（ＬＲＴ）に基づくロジスティック回帰を用いて、応答に対する各遺伝的変異体の、組合された予後および治療に関連した関連性を評価した。上位５つのＰＣおよびＨＯＳＰＳＴＲ（入院フラグ、入院患者または外来患者）およびＳＯＣＳＴＲ（標準治療（ＳＯＣ）フラグ、フィダクソマイシン、メトロニダゾールまたはバンコマイシン）を含む関連共変量をモデルに含め、相加的遺伝効果を検出するために遺伝子型をコード化した。各遺伝的変異体において、マイナー対立遺伝子のコピー数に応じて、０、１または２として、個々の患者に関して遺伝子型を数的にコード化した。試験または比較に関して、それぞれ、プラセボ＋ＳＯＣ療法、単剤療法（それぞれ、アクトトクスマブまたはベズロトクスマブ単独、ＭＫ−３４１５またはＭＫ−６０７２）＋ＳＯＣ療法、または組合せ療法（アクトトクスマブ＋ベズロトクスマブ ＭＫ−３４１５Ａ）＋ＳＯＣ療法のいずれの投与を患者が受けたかに応じて、０、１および２として、治療を数的に記録した。完全モデルは以下のとおりであった。
Figure 2020502179
比較モデルは以下のとおりであった。
Figure 2020502179
−２×ｌｏｇ（ＬＲ）における差を自由度２のカイ２乗分布と比較した。低いＭＡＦを有するＳＮＰにおける、限られた検出力ゆえに、この分析においては、０．０１以上のマイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）を有する一般的なＳＮＰのみを検定した。多重度補正にはボンフェローニ（Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ）を用いた。ｐ値閾値５Ｅ−８の基準を用いて、統計的有意性を宣言した。これは、５Ｅ−８未満のｐ値を有するＳＮＰがゲノムワイド統計的に有意であるとみなされることを意味する。
伝統的なＧＷＡＳ分析に加えて、ｘＭＨＣ（拡張主要組織適合遺伝子複合体）におけるＨＬＡ関連分析を行った。３つのクラスＩ遺伝子座（ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃ）および４つのクラスＩＩ遺伝子座（ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１およびＨＬＡ−ＤＰＢ１）におけるＨＬＡ対立遺伝子を、ＨＩＢＡＧ（Ｚｈｅｎｇら，ＨＩＢＡＧ−ＨＬＡ Ｇｅｎｏｔｙｐｅ Ｉｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ａｔｔｒｉｂｕｔｅ Ｂａｇｇｉｎｇ， Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｊｏｕｒｎａｌ，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｔｐｊ．２０１３．１８）を用いてインピュテーションした。コールレート（ｃａｌｌ ｒａｔｅ）閾値を０．５に設定すること（これは、インピュテーション遺伝子型が、それらのインピュテーション事後確率が０．５未満である場合には、欠失として設定されたことを意味する）により、最良推量インピュテーション（ｂｅｓｔ−ｇｕｅｓｓ ｉｍｐｕｔｅｄ）ＨＬＡ型を用いた。多対立遺伝子ＨＬＡ型を、各ユニークＨＬＡ対立遺伝子に関して、二対立遺伝子ＨＬＡ対立遺伝子に変換した。ついで、相加的遺伝的モデルを仮定することにより、二対立遺伝子ＨＬＡ対立遺伝子を、それらのマイナー対立遺伝子保有者の数に関して、０、１および２として記録した。例えば、ＨＬＡ対立遺伝子がＨＬＡ−Ａ＊１１：０１である場合、その遺伝子型Ｘ／Ｘ、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１／ＸおよびＨＬＡ−Ａ＊１１：０１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１は、それぞれ０、１および２として割り当てられるであろう。３つのクラスＩおよび４つのクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子からの合計２１９個のＨＬＡ対立遺伝子をＨＩＢＡＧによりインピュテーションし、そのうちの１１２個はＭＡＦ＞１％で共通であり、分析に用いた。ＨＬＡ対立遺伝子に関する統計分析方法は、ＧＷＡＳ ＳＮＰに関して前記に記載されているものと全く同じであった。多重度補正にはボンフェローニ（Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ）を用い、統計的に有意なｐ値閾値をＨＬＡ関連分析には４．４６Ｅ−０４（０．０５／１１２）と設定した。
実施例４
ベズロトクスマブを含む群をプラセボと比較した場合のＣＤＩ再発に対するＧＷＡＳの結果の評価
元のＧＷＡＳデータをＱＣ化し、更に、Ｉｍｐｕｔｅ２ソフトウェアを使用してインピュテーションした。被験者のフィルタリングのために、遺伝子座の９７％以下の遺伝子型、問題のある性別確認（男性と称するＦ＞０．８、女性と称するＦ＜０．２は）、ペアワイズＩＢＤ（Ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｂｙ Ｄｅｓｃｅｎｔ）値の全てを確認することによる重複または少なくとも第２度近親および大きなヘテロ接合性（平均からの標準偏差の３倍以上）を有する被験者を除外した。ＳＮＰフィルタリング（サンプルフィルタリング後）のために、９７％以下のコールレートを有するＳＮＰと非常染色体ＳＮＰを除外した。ＱＣおよびインピュテーションの後、１，００１名の被験者および７，５７０，２６４個の変異体が分析に利用可能であった。アクトクスマブは、プラセボと比較して有効性を示さなかったため（ｐ＝０．３１８２）、アクトクスマブ単独の投与を受けた１０４名の被験者を該分析において更に除外した。定義に基づけば、ｒＣＤＩ患者は臨床的治癒に最初に達しなければならず［１４日以下のＳＯＣ療法および最初のＣＤＩエピソードのためのＳＯＣ療法の完了後に２日連続の下痢の非存在（２４時間当たり２回以下の軟便）として定義される］、したがって、最初の臨床的治癒を示さなかった１９３名の患者は分析に加えなかった。ＰＮ００１およびＰＮ００２（Ｎ＝１，００１）の両方からプールされたｘＭＨＣにおけるＧＷＡＳデータからのインピュテーションＨＬＡデータのＭＡＦまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度分布を図６に可視化した。
ゲノムワイド関連性の結果をマンハッタン（Ｍａｎｈａｔｔａｎ）プロット（図７）およびＱＱプロット（図８）において要約した。ＧＷＡＳ分析から、３つのＳＮＰがｒＣＤＩエンドポイントに関連していることが確認された。この場合、ｒｓ２５１６５１３（６：３１４４７５８８）はｘＭＨＣに位置し、ｒｓ１１３３７９３０６（６：１７３３３３５１）およびｒｓ７６１６６８７１（６：１７３２９９４０）はｘＭＨＣの外部の、ｘＭＨＣの近くに位置していた。また、ＨＬＡ関連分析は、同様にｒＣＤＩエンドポイントに関連した３つのＨＬＡ対立遺伝子を特定した。これら６つのマーカーの詳細な関連性の結果を表３に要約する。感度分析として臨床的治癒に達しなかった患者およびヨーロッパ人祖先の患者を含むサブセットデータを加えてＧＷＡＳデータを分析したところ、同様の結果が得られた（結果は非表示）。ｒｓ２５１６５１３の局所プロットを図９に示す。
Figure 2020502179
６つのＳＮＰおよびＨＬＡ対立遺伝子に関する比較的独立したシグナルを特定するために追加的な条件付き分析を行った。表４は、６つのマーカーに関するＧＷＡＳおよびＨＬＡ関連分析からの統計的に有意なＳＮＰおよびＨＬＡ対立遺伝子の対連鎖不平衡（ＬＤ）情報を示す。ｒｓ７６１６６８７１およびｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰは互いにほぼ完全なＬＤ（ＬＤ ｒ２＝０．９９）にあり、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１およびＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１は互いにほぼ完全なＬＤ（ＬＤ ｒ２＝０．９８）にあり、一方、ｒｓ２５１６５１３およびｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰは互いに完全に独立していた（ＬＤ ｒ２＝０）。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１およびＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子は中程度のＬＤにあった（ＬＤ ｒ２＝０．６８）。条件付き分析からの唯一の特有の統計的に有意な知見は、ＧＷＡＳ結果に基づくｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰであった。なぜなら、ｒｓ２５１６５１３に対して条件付けした場合、ｒｓ７６１６６８７１のｐ値は有意ではなかったからである（ｐ＞０．０５）。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１およびＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２は０．６８のＬＤ相関性ｒ２を有し、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１は単一マーカー分析においてより有意である。また、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１は、ｒｓ２５１６５１３と組合された場合のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２より多くの変異を説明しうるであろう。上位２つのシグナルであるｒｓ２５１６５１３およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１の間の条件付き分析の結果を表５に示す。これは、それらが互いに比較的独立していたことを示している。
Figure 2020502179
ｘＭＨＣ領域におけるｒｓ２５１６５１３（６：３１４４７５８８、アッセイされた）のＳＮＰ関連領域プロットを図９に示す。ｒｓ２５１６５１３はＨＣＰ５遺伝子近傍の遺伝子間および下流変異体である。ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰ周辺の幾つかのＳＮＰもｒＣＤＩエンドポイントとの関連を示したが、これは主にこのＳＮＰとの高いＬＤのためである。ｒｓ２５１６５１３およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１マーカーに関する遺伝的影響を、それぞれ、表６および表７に要約する。Ｔ保有者の亜集団におけるｒＣＤＩ発生のリスク差（（ベズロトクスマブ＋（ベズロトクスマブ／アクトクスマブの組合せ））−プラセボ）は−２１．５０％であり、これは集団全体からの割合（−１０．７０％）の約２倍である。同様に、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１保有者の亜集団におけるｒＣＤＩ発生のリスク差は−３２．３０％であり、これは集団全体からの割合（−１０．７０％）の約３倍である。これらの結果は、ベズロトクスマブ治療からの利益の改善を示す被験者を予測するための、ＧＷＡＳおよびＨＬＡ関連分析から特定されたマーカーの関連性を示している。また、ＳＮＰおよびＨＬＡ対立遺伝子の組合せも、ベズロトクスマブ治療からの利益の改善を示す被験者の予測における有用性をもたらしうる。一例として、表８は、ｒｓ２５１６５１３ Ｔ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子のいずれかを保有する被験者、ならびにｒｓ２５１６５１３ Ｔ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の両方を保有する被験者の遺伝的影響を示す。
Figure 2020502179
Figure 2020502179
Figure 2020502179
実施例５
遺伝子型およびリスクカテゴリーにより層別化されたｒＣＤＩ
ＰＧｘ集団のｒＣＤＩ率を、ＳＮＰ ｒｓ２５１６５１３により層別化されたｒＣＤＩの高／低リスクの亜群と比較した。ｒＣＤＩの高リスクは、以下の６つの因子の１以上を有することにより定義された：過去６ヶ月間のＣＤＩの１以上のエピソードの既往歴、ベースラインにおける重度のＣＤＩ［ザー（Ｚａｒ）スコアに従う］、６５歳以上の年齢、高毒性株（０２７、０７８または２４４リボタイプ）により引き起こされたＣＤＩ、免疫無防備状態、または全身性抗生物質の同時投与。ｒＣＤＩの低リスクは、ｒＣＤＩの高リスク因子のいずれも有さないことと定義された。
ＰＢＯレシピエントと比較して、ｒｓ２５１６５１３のＴ対立遺伝子（ｐ値＝３．０４Ｅ−０５でリスク差−２１．５％、一方、遺伝子型層別化を伴わない場合には全体で−１０．７％のリスク差）およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子（ｐ値＝１．９５Ｅ−０５で−３２．３％のリスク差、一方、遺伝子型層別化を伴わない場合には全体で−１０．５％のリスク差）を保有するベズロトクスマブ（「ＢＥＺ」）治療参加者においては、ｒＣＤＩ率の有意な低下が見出された（図１０を参照されたい）。ＴおよびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の効果の大きさは、ｒＣＤＩの高いリスクを有するＢＥＺ治療参加者において、より顕著であった（それぞれ、ＰＢＯに対するリスク差 −２４．６％、ｐ値＝５．６９Ｅ−０５；およびＰＢＯに対するリスク差 −３３．２％、ｐ値＝９．８１Ｅ−０５）。ＣＣホモ接合患者においては、ｒＣＤＩ率は、両方の治療群において、ならびにｒＣＤＩの高リスクおよび低リスクの患者において、類似していた。
これらの対立遺伝子の効果における傾向は低リスク亜群の参加者においても観察された。尤も、それらは統計的に有意ではなかった（Ｔ対立遺伝子：ＰＢＯに対するリスク差 −１０．６％、ｐ値＝０．１５；およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子：ＰＢＯに対するリスク差 −２８．３％、ｐ値＝０．０８５）。これは、これらの亜群の参加者数が少なかったからであろう
図１１は、ＰＢＯレシピエントと比較した場合のｒｓ２５１６５１３のＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１を保有するＢＥＺ治療参加者におけるｒＣＤＩのリスクの減少がリスク因子に応じて変動したことを示す。ｒｓ２５１６５１３遺伝子型からの結果は、Ｔ対立遺伝子を保有する参加者が、ｒＣＤＩリスクカテゴリーに無関係に、ＢＥＺ治療の利益の、強い傾向を示したことを示している。一方、ｒＣＤＩの高いリスクを有するＣＣ遺伝子型保有参加者の４７％はＢＥＺ治療による利益が限られていた。ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１遺伝子型を有する高リスク参加者は、遺伝的層別化に無関係に、ＢＥＺ治療の利益を受けたが、関連性は、低リスク亜群においては、統計的に有意ではなかった（ｐ値＝０．０８５）。低リスク亜群においては、Ｔ対立遺伝子を保有する参加者の約９％およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子を保有する約４％はＢＥＺ治療から利益を受けた可能性がある。

Claims (31)

  1. クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂを標的化する治療（ＴｃｄＢ治療）の治療的有効量を、それを要する患者に投与することを含む、クロストリジウム・ディフィシレ感染の再発の予防方法であって、
    該患者が、ＴｃｄＢ治療の投与の前に、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーからの、より良好な応答の対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーに関して陽性試験結果を示しており、前記の１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーが、
    ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、
    ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子、および
    ｇ）ａ）〜ｆ）に記載されている１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体
    からなる群から選択される、方法。
  2. ＴｃｄＢを標的化する治療がＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントである、請求項１記載の方法。
  3. ＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントが３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３）と３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３）とを含み、
    ａ）ＣＤＲＨ１が、配列番号７に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号７の変異体であり、
    ｂ）ＣＤＲＨ２が、配列番号８に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号８の変異体であり、
    ｃ）ＣＤＲＨ３が、配列番号９に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号９の変異体であり、
    ｄ）ＣＤＲＬ１が、配列番号２に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号２の変異体であり、
    ｅ）ＣＤＲＬ２が、配列番号３に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号３の変異体であり、および
    ｆ）ＣＤＲＬ３が、配列番号４に記載されているアミノ酸配列からなり、または１個もしくは２個の保存的アミノ酸置換を有する、配列番号４の変異体である、請求項２記載の方法。
  4. ＴｃｄＢ抗体が、配列番号５に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号１に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む、請求項２または３記載の方法。
  5. ＴｃｄＢ治療がベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である、請求項２〜４のいずれか１項記載の方法。
  6. 該患者が、ＴｃｄＢ抗体の投与の前に、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーに関して陽性試験結果を示している、請求項２〜５のいずれか１項記載の方法。
  7. 該患者が、ＴｃｄＢ抗体の投与の前に、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子およびＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーに関して陽性試験結果を示している、請求項２〜６のいずれか１項記載の方法。
  8. 該方法が、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染に対して有効な抗生物質で患者を治療することを更に含む、前記請求項のいずれか１項記載の方法。
  9. 抗生物質が、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される、請求項８記載の方法。
  10. ヒト患者においてクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ｂ（ＴｃｄＢ）を標的化する医薬に患者が応答する可能性が高いかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）患者から生物学的サンプルを得、または既に得ており、
    （ｂ）少なくとも１つのＴｃｄＢ応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子が、生物学的サンプル中に存在するかどうかを決定し、ここで、ＴｃｄＢ応答マーカーは、
    ｉ．ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｉｉ．ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｉｉｉ．ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｉｖ．ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｖ．ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、
    ｖｉ．ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子、および
    ｖｉｉ．ｉ）〜ｖｉ）に記載されている１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体
    からなる群から選択され、
    （ｃ）生物学的サンプルにおいて、より良好な応答の対立遺伝子の存在が検出された場合には、ＴｃｄＢ医薬での治療に対して感受性であると患者を診断することを含む、方法。
  11. 診断された患者にＴｃｄＢ医薬の治療的有効量を投与することを含む工程（ｄ）を更に含む、請求項１０記載の方法。
  12. ＴｃｄＢ医薬がＴｃｄＢ抗体またはその抗原結合性フラグメントである、請求項１１記載の方法。
  13. 工程（ｄ）が、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染に対して有効な抗生物質を患者に投与することを更に含む、請求項１２記載の方法。
  14. 抗生物質が、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される、請求項１３記載の方法。
  15. 工程（ｂ）において、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子を検出し、そして工程（ｃ）において、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子が検出された場合、あるいはｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰおよびＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子の両方が検出された場合に、ＴｃｄＢ抗体での治療に対して感受性であると患者を診断する、請求項１０〜１４のいずれか１項記載の方法。
  16. ＴｃｄＢ抗体がベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である、請求項１２〜１５のいずれか１項記載の方法。
  17. 患者が、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染を有すると診断された、またはクロストリジウム・ディフィシレ関連疾患の症状を示すヒトである、請求項１０〜１６のいずれか１項記載の方法。
  18. 工程（ｂ）が、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子が、サンプル中に存在するかどうかを決定するために、生物学的サンプルを診断検査所に送ることを含む、請求項１０〜１７のいずれか１項記載の方法。
  19. 患者が再発性ＣＤＩの高いリスクを有する、請求項１〜１８のいずれか１項記載の方法。
  20. 医薬組成物と処方情報とを含む医薬製品であって、
    医薬組成物がＴｃｄＢ抗体を含み、処方情報が薬理遺伝学的適応を含み、
    薬理遺伝学的適応が、
    ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、
    ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子、
    ｇ）ａ）〜ｆ）に記載されている１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体
    からなる群から選択される１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーに関して陽性試験結果を示すクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ感染の治療またはクロストリジウム・ディフィシレ再発の予防を含む、医薬製品。
  21. ＴｃｄＢ抗体応答マーカーがｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子である、請求項２０記載の医薬製品。
  22. 薬理遺伝学的適応が抗生物質でのクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染の治療を更に含む、請求項２０または２１記載の医薬製品。
  23. 抗生物質が、バンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）、メトロニダゾール（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）およびフィダクソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）からなる群から選択される、請求項２２記載の医薬製品。
  24. ＴｃｄＢ抗体がベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）である、請求項２０〜２３のいずれか１項記載の医薬製品。
  25. ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および
    ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子
    またはＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体
    からなる群から選択される１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子の、少なくとも１つのコピーの存在または非存在に関して患者を試験するためのキットであって、ＴｃｄＢ治療応答マーカーの少なくとも１つを遺伝子型決定するように設計されたオリゴヌクレオチドのセットを含むキット。
  26. ＴｃｄＢ治療応答マーカーがｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰである、請求項２５記載のキット。
  27. オリゴヌクレオチドが対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブである、請求項２５または２６記載のキット。
  28. ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、
    ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子、および
    ｇ）ａ）〜ｆ）に記載されている１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカーの連鎖変異体
    からなる群から選択されるＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子に関して陽性試験結果を示した患者の亜群におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防における使用のためのベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）。
  29. ヒト患者におけるクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）再発の予防のための医薬の製造におけるベズロトクスマブ（ｂｅｚｌｏｔｏｘｕｍａｂ）の使用であって、該患者が、１以上のＴｃｄＢ治療応答マーカー、またはＴｃｄＢ治療応答マーカーの、１以上の連鎖変異体の、より良好な応答の対立遺伝子に関して陽性試験結果を示しており、ＴｃｄＢ治療応答マーカーが、
    ａ）ｒｓ２５１６５１３ 一塩基多型（ＳＮＰ）のＴ対立遺伝子、
    ｂ）ｒｓ１１３３７９３０６ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｃ）ｒｓ７６１６６８７１ ＳＮＰのＡ対立遺伝子、
    ｄ）ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子、
    ｅ）ＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０２：０２対立遺伝子、および
    ｆ）ＨＬＡ−ＤＱＡ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０２：０１対立遺伝子
    からなる群から選択される、使用。
  30. ＴｃｄＢ治療応答マーカーの、より良好な応答の対立遺伝子が、ｒｓ２５１６５１３ ＳＮＰのＴ対立遺伝子またはＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子のＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７：０１対立遺伝子である、請求項２９記載の使用。
  31. 患者がＣＤＩ再発の高いリスクを有する、請求項２９または３０記載の使用。
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ANTIMICROB.AGENTS CHEMOTHER., vol. 60, JPN6021047651, November 2016 (2016-11-01), pages 6471 - 6482, ISSN: 0005049373 *

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