KR20180037935A - 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물, 키트, 및 이를 이용한 방법 - Google Patents
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Abstract
일 양상에 따른 조성물 또는 키트, 및 이를 이용한 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 의하면, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험 수준을 예측 또는 측정할 수 있다. 예측 또는 측정된 개체의 고중성지방혈증 발병 위험 수준은 고지혈증, 고콜레스테롤혈증 및 고중성지방혈증 등을 조기에 진단하여 발병을 예방하기 위한 정보로 이용될 수 있고, 개인 맞춤의학적 치료에 적용하여 치료 효과를 증대시킬 수 있다.
Description
유전자의 변이를 검출하여 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물 및 키트, 및 이를 이용한 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
이상지질혈증 (dyslipidemia)이란, 혈중에 총콜레스테롤, LDL 콜레스테롤, 중성지방이 증가된 상태거나 HDL 콜레스테롤이 감소된 상태를 말한다. 이상지질혈증을 보이는 경우 심혈관질환의 위험이 증가한다는 것은 매우 잘 알려져 있다. 전 세계적으로 연간 1,700만 명이 심혈관계 질환으로 사망하며, 이는 전체 사망 원인의 30%에 달할 정도로 심혈관계 질환은 위험도가 높다. 우리나라에서도 심혈관계 질환은 주요 사망원인으로 2012년 관상동맥 질환 사망률은 남자는 10만 명당 31명, 여자는 10만 명당 27명이었으며, 뇌혈관 질환 사망률은 남자는 10만 명당 49명, 여자는 10만 명당 53명이었다.
이상지질혈증에는 고지혈증 (hyperlipidemia), 고콜레스테롤혈증 (hypercholesterolemia), 고중성지방혈증 (Hypertriglyceridemia) 등이 있다.
상기 고중성지방혈증은 유전적 및 환경적 요인의 상호작용에 의한 결과로 알려져 있다. 환경적 요인으로는 음주, 흡연 등에 의해서 고중성지방혈증이 발생할 수 있고, 유전적 요인으로는 유전에 의한 비만 또는 당뇨병, 또는 혈액 내 특정 지질이 증가되어 고중성지방혈증이 발생할 수 있다. 유전적 요인이 고중성지방혈증의 발병에 영향을 미치기 때문에, 유전적 특징과 고중성지방혈증의 발병은 연관성이 클 것으로 여겨진다.
개인 맞춤의학적 견지에서, 최근에 이루어진 전장유전체연구 (GWAS, genome-wide association study)를 통해서, 비만, 고혈압, 당뇨병 관련 표현형과 연관성이 있는 다수의 SNP (단일염기다형성, single nucleotide polymorphism)들이 밝혀지고 있다. 그러나, 아직 고중성지방혈증에 관한 유전적 특징을 이용하여 고중성지방혈증의 발병을 예측할 수 있는 유전적 지표에 대한 연구는 미흡한 실정이다. 따라서 지속적인 연구를 토대로 유전자 검사를 통한 고중성지방혈증의 고위험군을 조기 진단하여 예방 및 관리할 필요가 있다.
일 양상은 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물을 제공한다.
다른 양상은 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 키트를 제공한다.
다른 양상은 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
일 양상은 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드, 985번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제1 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 587번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드, 1036번째 뉴클레오티드, 1228번째 뉴클레오티드, 1621번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제3 폴리뉴클레오티드; 또는 이들의 조합을 포함하는 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물을 제공한다.
이상지질혈증에는 고지혈증, 고콜레스테롤혈증, 고중성지방혈증 등이 있다. 고지혈증은 혈액 내 지방성분이 정상 범주보다 많은 상태로, 지방성분이 혈액 내에 존재하면서 혈관벽에 쌓여 염증을 일으키거나, 심혈관계 질환을 유발할 수 있다.
고콜레스테롤혈증은 혈액 내 총콜레스테롤 또는 저밀도 지단백질 (low density lipoprotein: LDL) 콜레스테롤 (저밀도 콜레스테롤, LDL 콜레스테롤, LDL-C)이 정상 범주보다 많은 상태를 의미한다. 고콜레스테롤혈증은 혈액 내 총콜레스테롤의 농도가 200㎎/dL 미만을 정상으로 보았을 때, 그보다 높은 것일 수 있다. 혈중 수치가 200-239㎎/dL인 경우는 경계성 고콜레스테롤혈증, 240㎎/dL 이상이면 고콜레스테롤혈증으로 분류할 수 있다. 또는 혈액 내 LDL 콜레스테롤의 농도가 130㎎/dL 미만을 정상으로 보았을 때, 130-159㎎/dL이면 경계성 고콜레스테롤혈증, 160㎎/dL 이상이면 고위험 고콜레스테롤혈증으로 분류할 수 있다. 또는 혈액 내 고밀도 지단백질 (high density lipoprotein: HDL) 콜레스테롤 (고밀도 콜레스테롤, HDL 콜레스테롤, HDL-C)의 농도가 40 mg/dL (남자) 또는 50㎎/dL (여자) 이상을 정상으로 보았을 때, 그 미만이면 고위험 고콜레스테롤혈증으로 분류할 수 있다.
고중성지방혈증은 혈액 내 중성지방이 정상 범주보다 많은 상태를 의미한다. 고중성지방혈증은 혈액 내 중성지방의 농도가 150 mg/dL 미만을 정상으로 보았을 때, 그 보다 높은 것일 수 있다. 혈중 수치가 150-199 mg/dL인 경우는 경계성 고중성지방혈증, 200-499 mg/dL이면 고중성지방혈증, 500 mg/dL 이상이면 심한 (매우 높은) 고중성지방혈증으로 분류할 수 있다.
변이는 유전체에서 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산의 변경 (alteration)을 의미한다.
*14변이 위치는 유전체 상에서 상기 변이가 일어난 위치를 의미한다.
변이는 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산의, 치환 (substitution), 삽입 (insertion), 결실 (deletion) (삽입, 결실을 Insertion, Deletion: 'InDel'이라고도 함) 등을 포함할 수 있다. 치환은 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산이, 다른 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산으로 바뀌는 변경을 의미한다. 삽입은 다른 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산이 추가되는 변경을 의미한다. 결실은 염기, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산이 제거되는 변경을 의미한다.
단일염기 변이 또는 단일뉴클레오티드 변이 (single nucleotide variant: SNV)는 유전체 상에서 하나의 염기 또는 뉴클레오티드의 차이를 보이는 서열의 변경 또는 변이를 의미한다. 단일염기 변이는 단일염기 다형성 (single nucleotide polymorphism: SNP, 이하 'SNP'라고 함)과 혼용될 수 있다. SNP는 유전체 상에서 단일 염기 또는 뉴클레오티드 (A, T, C 또는 G, 뉴클레오티드 A는 아데닌, 뉴클레오티드 T는 티민, 뉴클레오티드 C는 시토신, 뉴클레오티드 G는 구아닌을 의미함)가 종의 멤버들 간 또는 한 개체 (individual)의 쌍 염색체 간에 다른 경우에 발생하는 염기 또는 뉴클레오티드 서열의 다양성을 의미한다. SNP는 한 집단 (population)에서 소수, 1% 이상 또는 5% 이상의 빈도로 존재하는 2개 이상의 대립 염기 또는 뉴클레오티드 서열일 수 있다. SNP는 인간 유전체 상에 가장 많이 존재하는 유전적 다형성으로, 유전학적으로 SNP 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 야기할 수 있다. 예를 들면, SNP가 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미쳐 단백질 기능이 달라질 수 있고, 질병을 유발할 수 있다. SNP가 단백질을 암호화하지 않는 비암호화 영역에 존재할 경우, 즉 프로모터 (promoter) 또는 인트론 (intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 증가 또는 감소할 수 있고, 선택적 이어맞추기 (alternative splicing)를 통하여 비정상적 단백질이 발현될 수도 있다.
상기 제1 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드, 985번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 제2 폴리뉴클레오티드는 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 587번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 제3 폴리뉴클레오티드는 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드, 1036번째 뉴클레오티드, 1228번째 뉴클레오티드, 1621번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 제1 폴리뉴클레오티드는 지단백질 분해효소 (lipoprotein lipase: LPL)유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 지방단백질 분해효소 (이하, 'LPL'이라고 함)은 체내 지질대사 조절에 중요한 역할을 하는데, 각 조직의 모세혈관 내 상피세포의 막에 존재하여 음식이나 간에서 유래되는 지단백질 복합체 (chylomicrons, low density lipoproteins 등)를 모노글리세리드 (monoglyceride)와 유리지방산 (free fatty acids)으로 가수분해하여, 근육세포나 지방세포에 지방산을 전달해주어 에너지 생산 (근육세포) 및 저장 (지방세포)에 기여한다. 상기 LPL는 인간의 경우 LPL 유전자에 의해 암호화되는 단백질일 수 있다. LPL은 인간의 경우, MIM No. 609708, UCSC genome browser (GRCh38): chr8:19,939,070-19,967,258, (GRCh37/hg19): chr8:19,796,582-19,824,770, GenBank Accession No. NM_000237.2, 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 폴리펩티드 또는 서열번호 4의 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드일 수 있다.
상기 제2 폴리뉴클레오티드는 아포지단백질 (Apolipoprotein A5: APOA5) 유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형, 또는 염기 치환, 삽입 및/또는 결실에 의해 유발된 격자이동의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 아포지단백질 (이하, 'APOA5'이라고 함)은 인간의 금식 및 식이 상태 모두에서 중성지방 (트리글리세리드, triglyceride: TG) 대사에 중요한 역할을 하는데, 상기 APOA 유전자는 관상동맥질환의 위험과 밀접한 연관성을 가진다. 상기 APOA5는 인간의 경우 APOA5 유전자에 의해 암호화되는 단백질일 수 있다. APOA5는 인간의 경우, MIM No. 606368, UCSC genome browser (GRCh38): chr11:116,789,369-116,792,419, (GRCh37/hg19): chr11:116,660,086-116,663,136, GenBank Accession No. NM_001166598.1, GenBank Accession No. NM_052968.4, 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 폴리펩티드 또는 서열번호 5의 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드일 수 있다.
상기 제3 폴리뉴클레오티드는 리파아제 성숙인자 1 (lipase maturation factor 1: LMF1) 유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 리파아제 성숙인자 1 (이하, 'LMF1'이라고 함)은 소포체에서 리파아제 성숙에 관여하며, 활성 지단백 리파아제 (actice lipoprotein lipase: LPL)의 성숙 및 분비 경로를 통한 이동에 요구된다. 상기 LMF1는 인간의 경우 LMF1 유전자에 의해 암호화되는 단백질일 수 있다. LMF1는 인간의 경우, MIM 611761, UCSC genome browser (GRCh38): chr16:853,631-981,614, (GRCh37/hg19): chr16:903,635-1,020,984, GenBank Accession NM_022773.2 또는 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 폴리펩티드 또는 서열번호 6의 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드일 수 있다.
통상의 기술자라면 상기 등록번호를 이용하여 변이의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. UCSC genome browser 또는 GenBank에 등록되어 있는 번호에 해당하는 구체적인 서열은 시간이 지남에 따라 다소 변경될 수 있다. 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 통상의 기술자에게 자명할 것이다.
서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이는, 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 개체들로 구성되는 한 집단에서 드문 빈도로 나타날 수 있으며, 10% 이하, 9% 이하, 8% 이하, 7% 이하, 6% 이하, 5% 이하, 또는 4% 이하로 나타날 수 있다.
서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 또는 변이는, 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 개체들로 구성되는 한 집단에서 드문 빈도로 나타날 수 있으며, 10% 이하, 9% 이하, 8% 이하, 7% 이하, 6% 이하, 5% 이하, 또는 4% 이하로 나타날 수 있다.
서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이는, 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 개체들로 구성되는 한 집단에서 드문 빈도로 나타날 수 있으며, 10% 이하, 9% 이하, 8% 이하, 7% 이하, 6% 이하, 5% 이하, 또는 4% 이하로 나타날 수 있다.
상기 조성물은, 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드, 1421번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제4 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 553번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제6 폴리뉴클레오티드; 또는 이들의 조합을 더 포함하는 것일 수 있다.
상기 제4 폴리뉴클레오티드는 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드, 1421번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 제5 폴리뉴클레오티드는 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 553번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 제6 폴리뉴클레오티드는 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열과 동일하거나 또는 상보적일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드는 T가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT가 CTT로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC가 AC로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드는 A가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드는 T가 C로 치환되거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 533번째 뉴클레오티드는 G가 T로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 제4 폴리뉴클레오티드는 LPL 유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다.
상기 제5 폴리뉴클레오티드는 APOA5 유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다.
상기 제6 폴리뉴클레오티드는 LMF1 유전자의 단일염기 변이 또는 단일염기 다형성의 유전자형을 분석하기 위한 폴리뉴클레오티드일 수 있다.
상기 제1 폴리뉴클레오티드 내지 제6 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상 (이하, '제n 폴리뉴클레오티드'라고 함)은 단수개 또는 복수개, 또는 1쌍 또는 복수의 쌍일 수 있고, 각각의 폴리뉴클레오티드는 5 내지 100 뉴클레오티드 (이하, 'nt'라고도 함)의 연속 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 상기 제n 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
상기 제n 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브일 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는, 상기 변이를 포함하는 서열에 완전하게 (perfectly) 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적으로 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 (substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다.
용어 프라이머 (primer)는 중합효소에 의한 뉴클레오티드의 중합반응에서, 개시점으로 작용할 수 있는 단일 가닥의 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 예를 들면, 상기 프라이머는 적합한 온도 및 적합한 완충액 내에서 적합한 조건, 즉, 4종의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 중합효소의 존재 하에서 주형-지시 (template-directed) DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일가닥의 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 인자, 예를 들면, 온도와 프라이머의 용도에 따라 달라질 수 있다. 상기 프라이머는 길이가 5 내지 100nt, 5 내지 70nt, 10 내지 50nt, 또는 15 내지 30nt인 것일 수 있다. 예를 들면, 프라이머의 길이가 짧을수록, 낮은 어닐링 (annealing) 온도에서 주형과 충분히 안정된 혼성화 복합체를 형성할 수 있다.
상기 프라이머는 포스포로티오에이트 (phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트와 같은 뉴클레오티드 유사체 (analogue), 펩티드 핵산 (peptide nucleic acid) 또는 삽입 물질 (intercalating agent)을 더 포함할 수 있다. 또한, 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 표지 물질을 더 포함할 수 있다. 상기 형광 표지 물질은 VIC, NED, FAM, PET, 또는 이들의 조합일 수 있다. 상기 표지 물질은 상기 폴리뉴클레오티드의 5' 말단에 표지될 수 있다. 또한, 방사성 표지 물질은, 32P 또는 35S 와 같은 방사성 동위원소가 첨가된 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction: PCR, 이하 'PCR'이라고 함) 반응액을 이용한 PCR 반응을 통해 증폭 산물에 혼입될 수 있다.
상기 프라이머는 대립유전자 특이적인 PCR (allele specific PCR), PCR 연장 분석, PCR-SSCP (PCR-single strand conformation polymorphism), TaqMan 방법 및 시퀀싱 등을 이용한 방법에 이용될 수 있다.
용어 프로브 (probe)는 상보적인 폴리뉴클레오티드 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 프로브는 길이가 5 내지 100nt, 10 내지 90nt, 15 내지 80nt, 20 내지 70nt, 또는 30 내지 50nt인 것일 수 있다. 상기 프로브는 혼성화 방법, 예를 들면 마이크로어레이 (microarray), 서던 블로팅, 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization) 및 DNA 칩 등을 이용한 방법에 이용될 수 있다. 마이크로어레이는 당업계에 알려진 의미로 사용되며, 예를 들면, 기판 상의 복수 개의 구분된 영역에 프로브 또는 프로브의 집단이 고정화되어 있는 것일 수 있다. 상기 기판은 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예를 들면, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함할 수 있다. 상기 프로브 또는 그에 상보적인 프로브는 개체로부터 수득된 핵산과 혼성화되고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정할 수 있는 방법에 이용될 수 있다.
다른 양상은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 291번째 아미노산, 329번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제1 폴리펩티드; 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산, 185번째 아미노산, 16번째 아미노산, 196번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제2 폴리펩티드; 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 36번째 아미노산, 346번째 아미노산, 410번째 아미노산, 541번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제3 폴리펩티드; 또는 이들의 조합을 포함하는 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물을 제공한다.
아미노산 치환은 하나 이상의 염기 또는 뉴클레오티드의 변경에 의하여 아미노산 서열이 변경된 것을 의미한다. 아미노산 치환은, 미스센스 변이(missense mutation, 과오 변이), 잠재성 변이 (silent mutation), 넌센스 변이 (nonsense mutation), 중립 변이 (neutral mutation), 인트론에서 일어나는 변이, 격자이동 변이 (Frame shift mutation, 프레임 쉬프트) 등을 포함할 수 있다. 미스센스 변이는 염기 또는 뉴클레오티드가 바뀌어 다른 아미노산이 암호화되는 변경을 의미한다. 잠재성 변이는 염기 또는 뉴클레오티드가 바뀌었지만, 암호화되는 아미노산이 같은 변이를 의미한다. 넌센스 변이는 염기 또는 뉴클레오티드가 바뀌어 종결코돈이 됨으로써, 아미노산을 더이상 생성하지 않는 변경을 의미한다. 중립 변이는 염기 또는 뉴클레오티드가 바뀌어 다른 아미노산이 암호화되었으나, 본래 지정된 아미노산과 성질이 같은 변경을 의미한다. 인트론에서 일어나는 변이는 암호화하지 않는 인트론 영역에서 일어나는 변경을 의미한다. 격자이동 변이는 염기, 뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드의, 치환, 삽입, 결실 등에 의하여, 유전자를 암호화하는 해독틀이 이동하여 번역되는 아미노산이 달라지는 변경을 의미한다. 따라서, 상기 아미노산 치환에 따라, 단백질의 기능에 변화가 없거나, 내성을 갖거나, 양성을 갖거나, 해롭거나, 손상을 주거나, 또는 질병이 유발될 수 있다.
아미노산 G는 글리신, 아미노산 A는 알라닌, 아미노산 V는 발린, 아미노산 L은 류신, 아미노산 I는 이소류신, 아미노산 M은 메티오닌, 아미노산 F는 페닐알라닌, 아미노산 W는 트립토판, 아미노산 P는 프롤린, 아미노산 S는 세린, 아미노산 T는 트레오닌, 아미노산 C는 시스테인, 아미노산 Y는 타이로신, 아미노산 N는 아스파라긴, 아미노산 Q는 글루타민, 아미노산 D는 아스파르테이트, 아미노산 E는 글루타메이트, 아미노산 K는 리신, 아미노산 R은 알지닌, 아미노산 H는 히스티딘을 의미한다.
상기 제1 폴리펩티드는 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 291번째 아미노산, 329번째 아미노산, 또는 이들의 조합을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 291번째 아미노산은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드인 G가 A로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 329번째 아미노산은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드인 T가 G로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다.
상기 제2 폴리펩티드는 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산, 185번째 아미노산, 16번째 아미노산, 196번째 아미노산, 또는 이들의 조합을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 184번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드 또는 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있다. 상기 184번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드인 C가 G로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 184번째 아미노산 이후의 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드가 ACC에서 AC로 치환되어 해독틀이 격자이동된 결과로 생성된 아미노산일 수 있다. 예를 들면, 상기 해독틀이 격자이동된 결과, 상기 184번째 아미노산은 T에서 코돈 서열이 상이한 T가 되며, 185번째 아미노산은 G에서 A가 될 수 있고, 199번째 아미노산 위치에서 조기 종결 (early stop)이 일어날 수 있다. 상기 16번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드가 CTTT에서 CTT로 치환되어 해독틀이 격자이동된 결과로 생성된 아미노산일 수 있다. 예를 들면, 상기 해독틀이 격자이동된 결과, 상기 16번째 아미노산은 S에서 Q가 되며, 56번째 아미노산 위치에서 조기 종결이 일어날 수 있다. 상기 196번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드에 C가 삽입되어 해독틀이 격자이동된 결과로 생성된 아미노산일 수 있다. 예를 들면, 상기 해독틀이 격자이동된 결과, 상기 196번째 아미노산은 E에서 A가 되며, 267번째 아미노산 위치에서 조기 종결이 일어날 수 있다.
상기 제3 폴리펩티드는 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 36번째 아미노산, 346번째 아미노산, 410번째 아미노산, 541번째 아미노산 또는 이들의 조합을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 36번째 아미노산은 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드인 G가 A로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 346번째 아미노산은 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드인 A가 G로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 410번째 아미노산은 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드인 G가 A로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 541번째 아미노산은 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드인 G가 A로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다.
상기 조성물은, 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 305번째 아미노산, 아미노산 종결 위치인 474번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제4 폴리펩티드; 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 153번째 아미노산, 185번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제5 폴리펩티드; 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 562번째 아미노산을 검출할 수 있는 제6 폴리펩티드; 또는 이들의 조합을 더 포함하는 것일 수 있다.
상기 제4 폴리펩티드는 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 305번째 아미노산, 474번째 아미노산 자리의 종결코돈 또는 이들의 조합을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 305번째 아미노산은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드인 T가 C로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다. 상기 474번째 아미노산 자리의 종결코돈은 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드인 C가 G로 치환되어 생성된 것일 수 있다.
상기 제5 폴리펩티드는 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 153번째 아미노산, 185번째 아미노산 또는 이들의 조합을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 153번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드인 G가 A로 치환되어 생성된 것일 수 있다. 상기 185번째 아미노산은 서열번호 2의 5' 말단으로부터 553번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 2의 5' 말단으로부터 553번째 뉴클레오티드인 G가 T로 치환되어 생성된 것일 수 있다.
상기 제6 폴리펩티드는 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 562번째 아미노산을 포함하는 아미노산 서열과 특이적으로 결합할 수 있다. 상기 562번째 아미노산은 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 암호화한 것일 수 있고, 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드인 C가 G로 치환되어 생성된 아미노산일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 291번째 아미노산은 C가 Y로 치환되거나; 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 329번째 아미노산은 Y가 D로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산은 T가 S로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 16번째 아미노산은 S가 Q로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 서열번호 5의 N 말단으로부터 185번째 아미노산은 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 196번째 아미노산은 E가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 36번째 아미노산은 G가 D로 치환되거나; 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 서열번호 6의 N 말단으로부터 346번째 아미노산은 M이 V로 치환되거나; 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 서열번호 6의 N 말단으로부터 410번째 아미노산은 G가 R로 치환되거나; 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 541번째 아미노산은 G가 R로 치환되거나; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 305번째 아미노산은 C가 R로 치환되거나; 상기 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 474번째 아미노산은 S가 종결코돈으로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 153번째 아미노산은 V가 M으로 치환되거나; 상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 185번째 아미노산은 G에서 C로 치환되거나; 상기 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 562번째 아미노산은 P가 R로 치환되거나; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 검출할 수 있는 제1 내지 제6 폴리펩티드 중 어느 하나 이상(이하, '제n 폴리펩티드'라고 함)은 항체 또는 항원 결합 단편인 것일 수 있고, 단수개 또는 복수개일 수 있다.
항체는 전체 항체 형태일 뿐 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함할 수 있다. 전체 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 구조이며 각각의 경쇄는 중쇄와 다이설파이드 결합으로 연결되어 있다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미한다.
항원 결합 단편은 면역글로불린 전체 구조에 대한 그의 단편으로, 항원이 결합할 수 있는 부분을 포함하는 폴리펩티드의 일부를 의미한다. 예를 들면, scFv 단편, (scFv)2 단편, Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편 등을 포함할 수 있다. 상기 항원 결합 단편은 단백질 가수분해 효소를 이용해서 얻을 수 있고, 예를 들면, 전체 항체를 파파인으로 제한 절단하면 Fab를 얻을 수 있고 펩신으로 절단하면 F(ab')2 단편을 얻을 수 있으며, 유전자 재조합 기술을 통하여 제작할 수 있다.
상기 제n 폴리펩티드는 검출 대상이 되는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에 항원-항체 결합으로 결합하는 것일 수 있다. 상기 제n 폴리펩티드는 검출 대상이 되는 폴리펩티드에 약 1××107M-1, 약 1××108M-1, 약 1××109M-1, 약 1××1010M-1, 또는 약 1××1011M-1의 친화도 상수 (KA)를 가지면서 결합하는 것일 수 있다.
상기 제n 폴리펩티드는 면역세포화학 및 면역조직화학, 방사선 면역 분석법 (radioimmunoassays), 효소결합면역법 (ELISA: Enzyme Linked Immunoabsorbent assay), 면역 블롯 (immunoblotting), 파아르 분석법 (Farr assay), 면역침강, 라텍스 응집, 적혈구 응집, 비탁계법, 면역확산법, 카운터-전류 전기영동법, 단일 라디칼 면역확산법, 면역크로마토그래피법, 단백질 칩 및 면역형광법 등을 이용한 방법에 이용될 수 있다. 즉 항원과 항체의 결합을 측정할 수 있는 방법에 이용될 수 있다.
다른 양상은 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드, 985번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제1 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 587번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드, 1036번째 뉴클레오티드, 1228번째 뉴클레오티드, 1621번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제3 폴리뉴클레오티드; 또는 이들의 조합을 포함하는 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 키트를 제공한다.
상기 키트는 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드, 1421번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제4 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 553번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제6 폴리뉴클레오티드; 또는 이들의 조합을 더 포함할 수 있다.
상기 키트에 있어서, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드는 T가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT가 CTT로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC가 AC로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드는 A가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 또는 이들의 조합일 수 있다.
상기 키트에 있어서, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드는 T가 C로 치환되거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 533번째 뉴클레오티드는 G가 T로 치환되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 키트 (kit)는 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 키트일 수 있다. 키트는 당업계에 알려진 의미로 사용된다. 상기 키트는 예를 들면, 상기한 바와 같은 폴리뉴클레오티드와 그의 특정 용도에 필요한 항목들을 포함하는 것일 수 있다. 상기한 바와 같은 폴리뉴클레오티드와 함께 그의 사용 방법에 필요한 시약을 포함하는 것일 수 있다.
서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 6의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 각각의 변이, 각각의 변이 위치, 각각의 변이 위치에서의 뉴클레오티드 변경, 제1 폴리뉴클레오티드 내지 제6 폴리뉴클레오티드에 대하여는 상기한 바와 같다.
다른 양상은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 4의 N 말단으로부터 291번째 아미노산, 329번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제1 폴리펩티드; 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산, 185번째 아미노산, 16번째 아미노산, 196번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제2 폴리펩티드; 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 6의 N 말단으로부터 36번째 아미노산, 346번째 아미노산, 410번째 아미노산, 541번째 아미노산 또는 이들의 조합을 검출할 수 있는 제3 폴리펩티드; 또는 이들의 조합을 포함하는 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 키트를 제공한다.
상기 키트는 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드 내지 서열번호 6의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드 중 어느 하나 이상의 발현 수준을 측정하기 위한, 폴리펩티드의 분석 방법에 적합한 하나 또는 그 이상의 다른 구성 성분 또는 장치가 포함될 수 있다. 상기 아미노산 서열 중 어느 하나 이상의 발현 수준을 측정하는 것은 유전자에서 발현되는 폴리펩티드 또는 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로서, 제1 폴리펩티드 내지 제3 폴리펩티드 중 어느 하나 이상을 이용하여 단백질의 양을 확인할 수 있다.
다른 양상은, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법으로서, 개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계; 및 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형 (genotype)을 분석하는 단계를 포함한다. 상기 방법에 있어서, 상기 변이 위치는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드, 985번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 587번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드, 1036번째 뉴클레오티드, 1228번째 뉴클레오티드, 1621번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 또는 이들의 조합인 것이다.
상기 방법은 개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계를 포함한다.
상기 개체는 인간을 포함한 포유동물일 수 있다.
상기 생물학적 시료는 생물로부터 수득된 시료를 말한다. 상기 생물학적 시료는 예를 들면 혈액, 조직, 소변, 점액, 타액, 눈물, 혈장, 혈청, 객담, 척수액, 흉수, 유두 흡인물, 림프액, 기도액, 장액, 비뇨생식관액, 모유, 림프계 체액, 정액, 뇌척수액, 기관계내 체액, 복수, 낭성 종양 체액, 양수액 또는 이들의 조합일 수 있다. 상기 조직은 혈액일 수 있다.
상기 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계는 통상의 DNA 분리방법에 의하여 수행될 수 있다. 예를 들면, 표적 핵산을 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reactionL: PCR), 리가제 연쇄 반응 (ligase chain reaction: LCR), 전사 증폭 (transcription amplification), 또는 실시간-핵산 서열 기초 증폭 (realtime-nucleic acid sequence based amplification: NASBA)을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다.
상기 방법은 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형을 분석하는 단계를 포함한다.
상기 유전자형을 분석하는 단계는 상기 변이 위치에서의 특정 대립유전자의 유무 또는 특정 유전자형의 유무에 근거하여, 개체 또는 피검체가 고중성지방혈증에 걸릴 위험성 또는 고중성지방혈증을 나타내는 환자인지를 판별할 수 있다.
상기 변이 위치는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드, 985번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 587번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드, 1036번째 뉴클레오티드, 1228번째 뉴클레오티드, 1621번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전자형을 분석하는 단계는, 수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형을 분석하는 단계를 더 포함할 수 있다.
상기 변이 위치는, 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드, 1421번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 553번째 뉴클레오티드 또는 이들의 조합; 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드; 또는 이들의 조합인 것일 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전자형을 분석하는 단계는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드는 G 또는 A이거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드는 T 또는 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C 또는 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT 또는 CTT이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC 또는 AC이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입되거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드는 G 또는 A이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드는 A 또는 G이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드는 G 또는 A이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드는 G 또는 A이거나; 또는 이들의 조합인지 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다.
상기 결정하는 단계에 따라, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 872번째 뉴클레오티드가 A이거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 985번째 뉴클레오티드가 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드가 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드가 CTT이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드가 AC이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드가 삽입된 C이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 107번째 뉴클레오티드가 A이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1036번째 뉴클레오티드가 G이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1228번째 뉴클레오티드가 A이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1621번째 뉴클레오티드가 A이거나; 또는 이들의 조합인 경우, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전자형을 분석하는 단계는, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드는 T 또는 C이거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드는 C 또는 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드는 G 또는 A이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 533번째 뉴클레오티드는 G 또는 T이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드는 C 또는 G이거나; 또는 이들의 조합인지 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다.
상기 결정하는 단계에 따라, 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 913번째 뉴클레오티드가 C이거나; 상기 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 1의 5' 말단으로부터 1421번째 뉴클레오티드가 G이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드가 A이거나; 상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 533번째 뉴클레오티드가 T이거나; 상기 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 3의 5' 말단으로부터 1685번째 뉴클레오티드가 G이거나; 또는 이들의 조합인 경우, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다.
상기 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 것은 고중성지방혈증의 발병의 상대적인 위험을 예측 또는 진단하기 위한 것일 수 있다. 예를 들면, 상기 위험은 참조 유전체 서열을 갖고 있는 군에 비하여 고중성지방혈증 발병 가능성이 증가되어 있는지를 예측 또는 진단하기 위한 것일 수 있다. 또한, 상기 위험은 다른 특정 대립유전자 또는 유전자형에 대한 특정 대립유전자 또는 유전자형을 갖는 개체에서의 위험일 수 있다. 상기 변이 위치에서 변이의 수가, 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 또는 10개 이상인 경우, 고중성지방혈증의 발병 위험이 높다고 판단할 수 있으며, 예측에 대한 정확도가 높아질 수 있다.
상기 결정하는 단계에서, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험이 높은 것은 경계성 고중성지방혈증, 고중성지방혈증 또는 심한 (매우 높은) 고중성지방혈증이 발병할 위험이 높은 것으로 판단할 수 있다. 예를 들면, 공복에서 혈중 중성지방 (triglyceride: TG) 농도가, TG > 150 mg/dL, TG > 200 mg/dL, TG > 250 mg/dL, TG > 300 mg/dL, TG > 350 mg/dL, TG > 400 mg/dL, TG > 450 mg/dL, TG > 500 mg/dL, TG > 550 mg/dL, TG > 600 mg/dL, TG > 650 mg/dL, TG > 700 mg/dL, TG > 750 mg/dL, TG > 800 mg/dL, TG > 850 mg/dL, 또는 TG > 885 mg/dL일 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다. 또는 평균 혈중 중성지방 농도가, TG > 150 mg/dL, TG > 250 mg/dL, TG > 350 mg/dL, TG > 450 mg/dL, TG > 550 mg/dL, TG > 650 mg/dL, TG > 750 mg/dL, TG > 850 mg/dL, TG > 950 mg/dL, TG > 1050 mg/dL, 또는 TG > 1150 mg/dL일 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다.
또는, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험이 높은 것은 경계성 고콜레스테롤혈증 또는 고콜레스테롤혈증이 발병할 위험이 높은 것으로도 판단할 수 있다. 예를 들면, 평균 지단백 콜레스테롤의 농도가, HDL-C < 60 mg/dL, HDL-C < 55 mg/dL, HDL-C < 50 mg/dL, HDL-C < 45 mg/dL, HDL-C < 40 mg/dL, 또는 HDL-C < 35 mg/dL일 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다.
서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 각각의 변이, 각각의 변이 위치, 각각의 변이 위치에서의 뉴클레오티드에 대하여는 상기한 바와 같다.
상기 방법에 있어서, 상기 유전형을 분석하는 단계는 뉴클레오티드 또는 염기 서열을 결정하는 방법으로서, 시퀀싱, 마이크로어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR (allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization), PCR 연장 분석, PCR-SSCP (PCR-single strand conformation polymorphism) 및 TaqMan 방법으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 기법에 의해 수행되는 것일 수 있다. 상기 유전형을 분석하는 단계는 상기 조성물 또는 키트를 이용할 수 있다.
시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자 분석기를 이용하여 수행될 수 있다. 대립유전자 특이적 PCR은 단일염기 변이가 위치하는 염기를 3' 말단으로 하여 고안한 프라이머를 포함한 프라이머 세트로 상기 단일염기 변이가 위치하는 DNA 단편을 증폭하는 PCR 방법을 의미한다. PCR 연장 분석은 먼저 단일염기 변이가 위치하는 염기를 포함하는 DNA 단편을 프라이머 쌍으로 증폭한 다음, 반응에 첨가된 모든 뉴클레오티드를 탈인산화시킴으로써 불활성화시키고, 여기에 단일염기 변이에 특이적인 연장 프라이머, dNTP 혼합물, 디디옥시뉴클레오티드, 반응 완충액 및 DNA 중합효소를 첨가하여 프라이머 연장반응을 수행함으로써 이루어진다. TaqMan 방법은 원하는 DNA 단편을 증폭할 수 있도록 프라이머 및 TaqMan 탐침을 설계 및 제작하고, 서로 다른 대립유전자의 탐침을 FAM 및 VIC로 표지 (Applied Biosystems)하여, 증폭 및 분석하는 단계로 수행된다.
상기 조성물, 키트 또는 방법은, 아시아인, 한국인, 40세 이상의 한국인 또는 45세 이상의 한국인과, 이상지질혈증, 예를 들면 고중성지방혈증, 특히 심한 고중성지방혈증과 특이적으로 연관되어 있다. 따라서, 상기 조성물, 키트 또는 방법은, 아시아인, 한국인, 40세 이상의 한국인 또는 45세 이상의 한국인의 이상지질혈증, 예를 들면 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측 또는 진단하는데 유용하게 사용될 수 있다.
일 양상에 따른 조성물 또는 키트, 및 이를 이용한 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법에 의하면, 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험 수준을 예측 또는 측정할 수 있다. 예측 또는 측정된 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험 수준은 고지혈증, 고콜레스테롤혈증, 고중성지방혈증 등을 조기에 진단하여 발병을 예방하기 위한 정보로 이용될 수 있고, 개인 맞춤의학적 치료에 적용하여 치료 효과를 증대시킬 수 있다.
본 발명은 하기 실시예에 의하여 더욱 구체적으로 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것일 뿐, 어떤 의미로든 본 발명의 범위가 이러한 실시예에 의하여 한정되는 것은 아니다.
실시예 1 : 고중성지방혈증의 마커 선별
(1) 연구 대상 선정
본 연구는 세브란스 병원의 임상 시험 심의위원회의 승인하에 수행되었으며, 모든 참가자는 서면으로 동의하였다. 높은 중성지방 (triglyceride: TG) 수준과 무관한 환자를 본 연구에 포함시켰다. 병원을 방문한 13,545명의 가운데, 병력과 신체검사 결과를 토대로, 공복에서 TG > 885 mg/dL (10 mmo/L)로 2회 이상 기록된 26명을 최종적으로 본 연구의 대상으로 선정하였다. 비만 (체질량지수 (body mass index) > 30 kg/m2), 방치된 당뇨병 (uncontrolled diabetes mellitus) (HbA1c ≥≥≥≥8%), 과알콜소모 (excessive alcohol consumption) (남성, 주당 15회 초과로 음주하는 경우, 또는 > 여성, 주당 8회 초과로 음주하는 경우), 갑상선 기능 저하증 (hypothyroidism), 단백뇨를 동반하는 신장질환, 임신, 코르티코스테로이드 (corticosteroids) 또는 경구 에스트로겐 (estrogen)과 같은 약물을 복용하는 환자는 본 연구의 대상에서 제외하였다.
(2) 샘플 채취
26명의 환자에서 총 콜레스테롤, 중성지방, 고밀도 지단백 콜레스테롤 (high-density lipoprotein-cholesterol: HDL-C)을 측정하였다. 상기 26명의 환자들은 혈액을 채취하기 전 12시간 이상 식사 및 알콜 섭취를 금지하였다. 혈액을 채취하고 4시간 이내에, 채취된 혈액을 한국 진단 검사 의학 학회로부터 인증된 실험으로 분석하였다.
(3) 표적 시퀀싱 (targeted sequencing) 및 변이 (variant) 추출
다음 5종의 표적 유전자의 서열을 분석하였다 : LPL (MIM 609708), APOC2 (MIM 608083), GPIHBP1 (MIM 612757), APOA5 (MIM 606368), 및 LMF1 (MIM 611761).
게놈 DNA (Genomic DNA)는, 퀴아젠 DNeasy 키트 (Qiagen, Valencia, CA)를 사용하여 혈액으로부터 추출하였다. 변이 분석을 위해, (주)셀레믹스 (Celemics, Inc.)의 도움을 받아, 표적 DNA 캡쳐를 위한 패널 (panel)과 높은 중성지방 수준와 관련된 5종의 유전자를 선별하여 시퀀싱을 수행하였다. 표적 시퀀싱을 위하여, 모든 암호화되는 엑손 및 엑손-인트론 접합부 (junction)을 포함하는 DNA 절편을 제작하였다. 제작된 DNA 절편은 용액을 기반으로 하는 혼성화 캡쳐 (solution-based hybridization capture) 방법으로 증폭 (enrichment)하였다. 이어서, 증폭된 DNA 절편을 일루미나 플랫폼 (Illumina Hiseq2000 platform)에서 시퀀싱하여 서열을 분석하였다. NGS (next generation sequencing) 데이터의 분석은 인하우스 분석 파이프 라인 (in-house analysis pipeline)을 이용하여 수행하였다. Hiseq2000로부터 수득된 원데이터 (raw data)로부터, 시퀀싱 리드 (read)를 인덱스 (index) 및 바코드 서열에 따라 구별하였다. 구별된 fastq 파일을 Burrows-Wheeler Aligner (BWA; ver. 0.7.12) BWA-MEM 알고리즘을 사용하여 hg19 참조 유전체에 정렬 (aligne)시켰다. 출력된 SAM 파일을 BAM 파일로 변환하고 SAMtools (ver. 1.1)을 사용하여 구별하였다. Picard tools (ver. 1.128) MarkDuplicates을 사용하여 중복 제거를 수행하였다. 중복 제거가 수행된 파일은, GATK (v3.3.0)를 사용하여 알려진 indel 자리 부근에서 재정렬 (realignment)하고, 염기 품질 점수를 재교정 (Base Quality Score Recalibration: BQSR)하여 최종적으로 BAM 파일을 수득하였다. 변이는, 시퀀싱 뎁스 (depth)가 20X 이상인 위치 (loci)에 대하여, GATK v3.3.0 통합 Genotyper 알고리즘을 사용하여 추출하였다. 유전적 변이에 대하여, ANNOVAR (ver. 2014-11-12)를 이용하여, 기능적인 주석 (annotation) 달기를 수행하였다. 단일염기변이 (single nucleotide variants : SNVs)에 대한 기능적인 효과 예측을 SIFT, PolyPhen-2 [HumVar] 및 MutationTaster로 수행하였으며, 변이의 공공 데이터 베이스 (dbSNP 138, 엑솜 변이 서버 (Exome Variant Server) 및 1000 게놈 프로젝트 SNP (Genome project SNP) (2012 4월 공개), 아시아계 및 모든 집단 데이터 베이스)에 매칭 (match)하였다.
이어서, 다음의 기준에 따라 변이를 우선적으로 선별하였다 : 1) Human Gene Mutation Database에서 질병을 유발하는 것으로 알려진 변이; 2) 파괴적 변이 (disruptive variant) [정지(nonsense), 스플라이싱-자리 (splicing-site) (인트론/엑손 경계 중 하나에 두개의 뉴클레오티드) 및 프레임 쉬프트 (frame shift)]로서, 신규하거나 또는 드물에 발생하는 변이 (공공 데이터 베이스에서 대립유전자빈도 (minor allele frequency: MAF)가 1% 미만인 변이); 및 3) SIFT, Polyphen-2 [HumVar] 및 MutationTaster에 따라 결실되는 것으로 예상되는 미스센스 변이 (missense variant)로서, 신규하거나 또는 드물게 발생하는 변이 (MAF가 1% 미만인 변이). 상기기 기준을 만족하는 변이는 PCR 증폭 산물 (amplicon)의 양방향에서 생거 시퀀싱 (Sanger sequencing)을 수행하여 확인하였다.
(4) 연구 대상의 임상적 특징 평가
26명의 환자의 임상적인 특징을 하기 표 1에 기재하였다. 개체들의 연령의 중앙값은 약 47세이며, 코호트 인구집단 (cohort population)에 비하여 남성이 약 85%로 많았다. 26명의 가운데, 약 19%인 5명은 관상동맥질환 (coronary artery disease) 병력을 가지고 있었다. 평균 중성지방 수준은 약 1213 mg/dL이었으며, 평균 고밀도 지단백 콜레스테롤은 약 32.9 mg/dL이었다.
| 총 인구집단 | 심한 (매우 높은) 중성지방 수준을 갖고 있는 환자 (Patients with very high TG) |
P | |
| (n=13,535) | (n=26) | ||
| 연령 (Age, years) | 60.4 ±± 10.6 | 46.8 ±± 8.6 | <0.001 |
| 남성 (Male) | 6722 (50) | 22 (85) | <0.001 |
| 병력 (Medical history) | |||
| 고혈압 (Hypertension) | 7234 (53) | 11 (42) | 0.25 |
| 당뇨병 (Diabetes mellitus) | 2293 (17) | 5 (19) | 0.77 |
| 흡연 (Smoking) | 2004 (15) | 11 (42) | 0.01 |
| 관상 동맥 질환(Coronary artery disease) | 4747 (35) | 5 (19) | 0.04 |
| 페질량지수 (Body mass index), kg/m2 | 24.8 ±± 3.1 | 26.7 ±± 4.4 | 0.04 |
| 임상 수치 (Laboratory values), mg/dL | |||
| 총 콜레스테롤 (Total cholesterol) | 189 ±± 43 | 282 ±± 54 | <0.001 |
| 중성지방(triglyceride:TG) | 117 (83) | 1213 (459) | <0.001 |
| 고밀도 지단백 콜레스테롤(HDL-C) | 48.8 ±± 14.7 | 32.9 ±± 11.1 | <0.001 |
| 저밀도 지단백 콜레스테롤LDL-C | 115 ±± 38 | 68 ±± 29 | <0.001 |
| 수치는 평균 ±± SD, n(%), 또는 중앙값 (IQR) | |||
(5) 후보 유전자의 변이 분석
9명의 환자에서 3종의 표적 유전자로부터 10개의 변이를 확인하였다. 상기 10개의 변이는 LPL 유전자에서 3개의 변이, APOA5 유전자에서 4개의 변이, LMF1 유전자에서 3개의 변이이다.
(5)-1 LPL 유전자 변이
3명의 환자의 LPL 유전자에서 [c.G872A], [c.T913C], 및 [c.T985G]의 단일 뉴클레오티드 변이를 확인하였다. 2명의 환자에서 [c.C1421G]의 변이를 확인하였다. [c.G872A] 및 [c.T985G]의 변이는 인 실리코 (in silico) 분석을 통하여 기능적으로 손상을 가지고 오는 것으로 나타났고, [c.T913C] 변이는 LPL 결핍과 관련되는 것으로 나타났다. [c.T985G] 변이는 동형 접합형이며, [c.G872A], [c.T913C]의 변이는 이형접합형인 것으로 확인되었다.
LPL 유전자에서 동형접합형의 변이의 출현 빈도를 살펴보면, 태국인의 약 1%, 네덜란드인의 약 20%, 이탈리아인의 약 23%이며, 이형접합형의 변이는 캐나다인의 약 6%, 네덜란드인의 약 6%, 이탈리아인의 약 10%, 태국인의 약 11%인 것과 비교하였을 때, 한국사람의 LPL 유전자에서 상기 변이들의 출현 빈도가 상대적으로 낮은 것을 알 수 있다 (표 2 및 표 3참조).
(5)-2 APOA5 유전자 변이
4명의 환자의 APOA5 유전자에서 [c.43_46CTT], [c.C551G], [c.C550_552AC], 및 [c.586_587insC]의 변이가 나타났으며, 상기 변이들은 모두 이형접합형 (heterozygous)으로 확인되었다. 이 가운데, [c.43_46CTT] 및 [c.550_552AC]의 변이는 염기 치환에 의한 격자이동 변이를 나타내었으며, [c.586_587insC]의 변이는 C 염기 삽입에 의한 격자이동 변이를 나타내었다. 또한, [c.C551G]의 변이는 단일염기 변이임을 확인하였다. 상기 4종의 변이는 예측 알고리즘에 따르면 질병을 유발하는 것으로 추정된다. 또한, 상기 6명의 환자 및 14명의 환자의 APOA5 유전자에서 각각 [c.G457A] 및 [c.G553T]의 변이를 확인하였다.
APOA5 유전자에서 변이의 출현 빈도를 살펴보면, 네덜란드인의 약 2.3%, 독일인의 약 9.2%인 것과 비교하였을 때, 한국사람의 APOA5 유전자에서 상기 변이들의 출현 빈도가 상대적으로 높은 것을 알 수 있다 (표 2 및 표 3참조).
(5)-3 LMF1 유전자 변이
3명의 환자의 LMF1 유전자에서 [c.A1036G], [cG1228A], 및 [c.G1621A]의 변이를 확인하였다. 1명의 환자의 LMF1 유전자에서 [c.G107A]의 변이를 확인하였다. 상기 변이는 모두 이형접합형인 것으로 나타났다. [c.G1228A] 및 [c.G1621A]의 변이는 인 실리코 분석을 통하여 질병을 유발할 수 있는 것으로 나타난 반면, [c.A1036G]는 양성 변이인 것으로 확인되었다. 2명의 환자 및 9명의 환자의 LMF1 유전자에서 각각 [c.G107A] 및 [c.C1685G]의 변이를 확인하였다. 상기 변이는 예측 알고리즘에 따르면 양성 변이인 것으로 판단된다.
LMF1 유전자에서 변이의 출현 빈도를 살펴보면, 심한 고중성지방혈증을 보이는 스페인인의 약 3.4%, 독일인의 약 9.3%인 것과 비교하였을 때, 한국사람의 LMF1 유전자에서 상기 변이들의 출현 빈도는 유사한 것을 알 수 있다 (표 2 및 표 3참조).
| 유전자 | 뉴클레오티드 변경 | 변이 타입 | 아미노산 변경 (rs 넘버) |
영향을 받은 환자 (빈도) |
공공 데이터 베이스에서의 빈도 | 영향을 받은 환자 (호모/헤테로) |
SIFT/Polyphen/Mutation taster 예측 |
| LPL | |||||||
| chr8: 19,813,448 | Pc.G872A | 비동의(nonsynonymous) SNV |
p.C291Y | 1 (0.038) | NA | 0 / 1 | -/ 손상(damaging)/ 질병유발 (disease_causing) |
| chr8: 19,813,489 | c.T913C | 비동의 SNV | p.C305R | 1 (0.038) | NA | 0 / 1 | -/손상/질병유발 |
| chr8: 19,813,561 | c.T985G | 비동의 SNV | p.Y329D | 1 (0.038) | NA | 1/ 0 | -/손상/질병유발 |
| chr8: 19,819,724 | c.C1421G | stopgain SNV | p.S474X (rs328) | 2 (0.077) | 0.085-0.122 | 0 / 2 | |
| APOA5 | |||||||
| chr11: 116,662,531 | c.43_46CTT | 치환에 의한 격자이동 (frameshift substitution) |
NA | 1 (0.038) | NA | 0 / 1 | |
| chr11: 116,661,488 | c.G457A | 비동의 SNV | p.V153M (rs3135507) | 6 (0.231) | 0.048-0.119 | 0 / 6 | 내성/양성/자동다형성(polymorphism automatic) |
| chr11: 116,661,394 | c.C551G | 비동의 SNV | p.T184S (rs201229911) | 1 (0.038) | ≤0.002 | 0 / 1 | 내성/ 손상가능성(possibly damiging)/질병유발 |
| chr11: 116,661,393 | c.550_552AC | 치환에 의한 격자이동 | NA | 1 (0.038) | NA | 0 / 1 | 내성/손상가능성/질병유발 |
| chr11: 116,661,392 | c.G553T | 비동의 SNV | p.G185C (rs2075291) | 14 (0.538) | 0.001-0.05 | 4 / 10 | 해로운(deleterious)/손상/다형성 |
| chr11: 116,661,358 | c.586_587insC | 삽입에 의한격자이동 (frameshift insertion) |
p.E196fs | 1 (0.038) | NA | 0 / 1 | |
| LMF1 | |||||||
| chr16: 1,020,874 | c.G107A | 비동의 SNV | p.G36D (rs111980103) | 2 (0.077) | 0.037 -0.177 |
0 / 2 | 내성/양성/자동다형성 |
| chr16: 921,203 | c.A1036G | 비동의 SNV | p.M346V (rs201767825) | 1 (0.038) | ≤0.003 | 0 / 1 | 내성/양성/질병유발 |
| chr16: 920,733 | c.G1228A | 비동의 SNV | p.G410R (rs199713950) | 1 (0.038) | ≤0.002 | 0 / 1 | 해로운/손상/질병유발 |
| chr16: 904,615 | c.G1621A | 비동의 SNV | p.G541R (rs377058908) | 1 (0.038) | ≤0.001 | 0 / 1 | 내성/손상/질병유발 |
| chr16: 904,551 | c.C1685G | 비동의 SNV | p.P562R (rs4984948) | 9 (0.346) | 0.008-0.129 | 0 / 9 | 내성/양성/질병유발 |
- SNV : 단일염기 변이 (single nucleotide variant)
- NA: 자료 없음
| 환자 | 성별 | 연령 | TC | TG | HDL-C | 유전자 및 변이 : [뉴클레오티드 변경], 아미노산 변경 | ||
| LPL | APOA5 | LMF1 | ||||||
| 1 | M | 32 | 257 | 948 | 45 | [c.C1421G], p.S474X | [c.G553T], p.G185C |
[c.C1685G], p.P562R |
| 2 | M | 31 | 366 | 1305 | 24 | [c.G553T], p.G185C | [c.C1685G], p.P562R |
|
| 3 | M | 40 | 240 | 992 | 30 | [c.C1685G], p.P562R | ||
| 4 | M | 34 | 348 | 1590 | 77 | [c.C1421G], p.S474X | [c.G553T], p.G185C |
[c.C1685G], p.P562R |
| 5 | F | 57 | 278 | 1163 | 36 | [c.G107A], p.G36D # | ||
| 6 | F | 52 | 209 | 1001 | 28 | [c.G553T], p.G185C | ||
| 7 | F | 58 | 327 | 1659 | 29 | [c.C551G], p.T184S # [c.G553T], p.G185C |
[c.A1036G], p.M346V # |
|
| 8 | M | 52 | 280 | 1040 | 34 | [c.G1621A], p.G541R # | ||
| 9 | M | 42 | 226 | 1020 | 39 | [c.43_46CTT], NA # [c.G553T], p.G185C * |
||
| 10 | M | 38 | 209 | 943 | 37 | |||
| 11 | M | 47 | 224 | 2080 | 31 | [c.G457A], p.V153M | ||
| 12 | M | 56 | 271 | 1280 | 33 | [c.G553T], p.G185C | [c.C1685G], p.P562R |
|
| 13 | M | 39 | 184 | 1022 | 32 | [c.G553T], p.G185C | ||
| 14 | M | 42 | 253 | 1370 | 28 | |||
| 15 | M | 48 | 292 | 1230 | 20 | [c.550_552AC], NA # [c.G553T], p.G185C * |
||
| 16 | M | 61 | 326 | 1489 | 22 | [c.586_587insC], p.E196fs # | [c.G107A], p.G36D # |
|
| 17 | M | 38 | 323 | 1196 | 31 | [c.G553T], p.G185C [c.G457A], p.V153M |
||
| 18 | M | 40 | 257 | 1104 | 32 | [c.G553T], p.G185C * | ||
| 19 | F | 56 | 305 | 1089 | 28 | [c.G41T], p.C14F * | ||
| 20 | M | 51 | 243 | 926 | 44 | [c.G457A], p.V153M | [c.G1228A], p.G410R # |
|
| 21 | M | 45 | 340 | 1250 | 34 | [c.C1685G], p.P562R | ||
| 22 | M | 51 | 302 | 1902 | 37 | [c.G553T], p.G185C * | ||
| 23 | M | 53 | 257 | 1440 | 33 | [c.G457A], p.V153M | [c.C1685G], p.P562R |
|
| 24 | M | 54 | 258 | 910 | 29 | [c.G872A], p.C291Y # | [c.G553T], p.G185C * |
[c.C1685G], p.P562R |
| 25 | M | 52 | 363 | 3348 | 19 | [c.T985G], p.Y329D * # | [c.G457A], p.V153M |
|
| 26 | M | 55 | 313 | 1479 | 23 | [c.T913C], p.C305R | [c.G457A], p.V153M [c.G553T], p.G185C |
[c.C1685G], p.P562R |
- TG : 중성지방, 트리글리세리드 (triglyceride)
- TC : 총 콜레스테롤 (total cholesterol)
- HDL-C : 고밀도 지단백 콜레스테롤 (high-density lipoprotein-cholesterol)
- * : 동형 접합 (homozygous)
- NA : 자료 없음
본 연구에서는 한국사람 가운데 고중성지방혈증을 나타내는 개체의, 지방분해와 관련된 유전자, 즉 LPL, APOA5 및 LMF1 유전자에서 발생하는 15종의 변이를 확인하였다. 그 결과, LPL, APOA5, 및 LMF1에서 드물게 발생하는 10종의 이형접합형 변이 및 동형접합형 변이를 규명하였다. 상기 10종의 변이 가운데, 1종의 변이는 동형접합형이고, 9종의 변이는 이형접합형이며, 9종의 변이는 인 실리코 분석 결과, 질병을 유발할 가능성이 있는 것으로 나타났다. 드물게 발생하는 이형접합형 변이는 기존의 상염색체 (autosomal) 열성 모드에 의해 일유전자성 (monogenic) 고중성지발혈증을 유발할 수 있는, 희귀한 경우에 해당하였다. 상기 유전자들에서 드물게 발생하는 이형접합형 변이는, 한국사람, 나아가 아시아인의 고중성지방혈증 연구에 기여할 수 있을 것으로 판단된다. 한편, GPIHBP1 유전자에서 [c.G41T]의 변이는 15명의 환자에서 나타났으며, APOA5 유전자에서 [c.G553T]의 변이는 14명의 다수의 환자에서 나타났다.
상기 실시예들을 종합하여 볼 때, 이러한 드물게 발생하거나 또는 빈번하게 발생하는 변이의 효과를 종합하여, 이상지질혈증 또는 매우 높은 고중성지방혈증을 보이는 한국사람을 예측하거나 진단할 수 있다. 또한, 이상지질혈증 또는 매우 높은 고중성지방혈증과 연관성이 높은 고중성지방혈증의 발병 위험도를 예측하는데 유용한 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함하는 조성물 또는 키트를 구성할 수 있다.
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atggagagca aagccctgct cgtgctgact ctggccgtgt ggctccagag tctgaccgcc 60
tcccgcggag gggtggccgc cgccgaccaa agaagagatt ttatcgacat cgaaagtaaa 120
tttgccctaa ggacccctga agacacagct gaggacactt gccacctcat tcccggagta 180
gcagagtccg tggctacctg tcatttcaat cacagcagca aaaccttcat ggtgatccat 240
ggctggacgg taacaggaat gtatgagagt tgggtgccaa aacttgtggc cgccctgtac 300
aagagagaac cagactccaa tgtcattgtg gtggactggc tgtcacgggc tcaggagcat 360
tacccagtgt ccgcgggcta caccaaactg gtgggacagg atgtggcccg gtttatcaac 420
tggatggagg aggagtttaa ctaccctctg gacaatgtcc atctcttggg atacagcctt 480
ggagcccatg ctgctggcat tgcaggaagt ctgaccaata agaaagtcaa cagaattact 540
ggcctcgatc cagctggacc taactttgag tatgcagaag ccccgagtcg tctttctcct 600
gatgatgcag attttgtaga cgtcttacac acattcacca gagggtcccc tggtcgaagc 660
attggaatcc agaaaccagt tgggcatgtt gacatttacc cgaatggagg tacttttcag 720
ccaggatgta acattggaga agctatccgc gtgattgcag agagaggact tggagatgtg 780
gaccagctag tgaagtgctc ccacgagcgc tccattcatc tcttcatcga ctctctgttg 840
aatgaagaaa atccaagtaa ggcctacagg tgcagttcca aggaagcctt tgagaaaggg 900
ctctgcttga gttgtagaaa gaaccgctgc aacaatctgg gctatgagat caataaagtc 960
agagccaaaa gaagcagcaa aatgtacctg aagactcgtt ctcagatgcc ctacaaagtc 1020
ttccattacc aagtaaagat tcatttttct gggactgaga gtgaaaccca taccaatcag 1080
gcctttgaga tttctctgta tggcaccgtg gccgagagtg agaacatccc attcactctg 1140
cctgaagttt ccacaaataa gacctactcc ttcctaattt acacagaggt agatattgga 1200
gaactactca tgttgaagct caaatggaag agtgattcat actttagctg gtcagactgg 1260
tggagcagtc ccggcttcgc cattcagaag atcagagtaa aagcaggaga gactcagaaa 1320
aaggtgatct tctgttctag ggagaaagtg tctcatttgc agaaaggaaa ggcacctgcg 1380
gtatttgtga aatgccatga caagtctctg aataagaagt caggctga 1428
<210> 2
<211> 1101
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
atggcaagca tggctgccgt gctcacctgg gctctggctc ttctttcagc gttttcggcc 60
acccaggcac ggaaaggctt ctgggactac ttcagccaga ccagcgggga caaaggcagg 120
gtggagcaga tccatcagca gaagatggct cgcgagcccg cgaccctgaa agacagcctt 180
gagcaagacc tcaacaatat gaacaagttc ctggaaaagc tgaggcctct gagtgggagc 240
gaggctcctc ggctcccaca ggacccggtg ggcatgcggc ggcagctgca ggaggagttg 300
gaggaggtga aggctcgcct ccagccctac atggcagagg cgcacgagct ggtgggctgg 360
aatttggagg gcttgcggca gcaactgaag ccctacacga tggatctgat ggagcaggtg 420
gccctgcgcg tgcaggagct gcaggagcag ttgcgcgtgg tgggggaaga caccaaggcc 480
cagttgctgg ggggcgtgga cgaggcttgg gctttgctgc agggactgca gagccgcgtg 540
gtgcaccaca ccggccgctt caaagagctc ttccacccat acgccgagag cctggtgagc 600
ggcatcgggc gccacgtgca ggagctgcac cgcagtgtgg ctccgcacgc ccccgccagc 660
cccgcgcgcc tcagtcgctg cgtgcaggtg ctctcccgga agctcacgct caaggccaag 720
gccctgcacg cacgcatcca gcagaacctg gaccagctgc gcgaagagct cagcagagcc 780
tttgcaggca ctgggactga ggaaggggcc ggcccggacc cccagatgct ctccgaggag 840
gtgcgccagc gacttcaggc tttccgccag gacacctacc tgcagatagc tgccttcact 900
cgcgccatcg accaggagac tgaggaggtc cagcagcagc tggcgccacc tccaccaggc 960
cacagtgcct tcgccccaga gtttcaacaa acagacagtg gcaaggttct gagcaagctg 1020
caggcccgtc tggatgacct gtgggaagac atcactcaca gccttcatga ccagggccac 1080
agccatctgg gggacccctg a 1101
<210> 3
<211> 1704
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
atgcgccctg acagcccaac aatggcggcg cccgcggagt cgctgaggag gcggaagact 60
gggtactcgg atccggagcc tgagtcgccg cccgcgccgg ggcgtggccc cgcaggctct 120
ccggcccatc tccacacggg caccttctgg ctgacccgga tcgtgctcct gaaggcccta 180
gccttcgtgt acttcgtggc attcctggtg gctttccatc agaacaagca gctcatcggt 240
gacagggggc tgcttccctg cagagtgttc ctgaagaact tccagcagta cttccaggac 300
aggacgagct gggaagtctt cagctacatg cccaccatcc tctggctgat ggactggtca 360
gacatgaact ccaacctgga cttgctggct cttctcggac tgggcatctc gtctttcgta 420
ctgatcacgg gctgcgccaa catgcttctc atggctgccc tgtggggcct ctacatgtcc 480
ctggttaatg tgggccatgt ctggtactct ttcggatggg agtcccagct tctggagacg 540
gggttcctgg ggatcttcct gtgccctctg tggacgctgt caaggctgcc ccagcatacc 600
cccacatccc ggattgtcct gtggggcttc cggtggctga tcttcaggat catgcttgga 660
gcaggcctga tcaagatccg gggggaccgg tgctggcgag acctcacctg catggacttc 720
cactatgaga cccagccgat gcccaatcct gtggcgtact acctgcacca ctcaccctgg 780
tggttccatc gcttcgagac gctcagcaac cacttcatcg agctcctggt gcccttcttc 840
ctcttcctcg gccggcgggc gtgcatcatc cacggggtgc tgcagatcct gttccaggcc 900
gtcctcatcg tcagcgggaa cctcagcttc ctgaactggc tgactatggt gcccagcctg 960
gcctgctttg atgacgccac cctgggattc ttgttcccct ctgggccagg cagcctgaag 1020
gaccgagttc tgcagatgca gagggacatc cgaggggccc ggcccgagcc cagattcggc 1080
tccgtggtgc ggcgtgcagc caacgtctcg ctgggcgtcc tgctggcctg gctcagcgtg 1140
cccgtggtcc tcaacttgct gagctccagg caggtcatga acacccactt caactctctt 1200
cacatcgtca acacttacgg ggccttcgga agcatcacca aggagcgggc ggaggtgatc 1260
ctgcagggca cagccagctc caacgccagc gcccccgatg ccatgtggga ggactacgag 1320
ttcaagtgca agccaggtga ccccagcaga cggccctgcc tcatctcccc gtaccactac 1380
cgcctggact ggctgatgtg gttcgcggcc ttccagacct acgagcacaa cgactggatc 1440
atccacctgg ctggcaagct cctggccagc gacgccgagg ccttgtccct gctggcacac 1500
aaccccttcg cgggcaggcc cccgcccagg tgggtccgag gagagcacta caggtacaag 1560
ttcagccgtc ctgggggcag gcacgccgcc gagggcaagt ggtgggtgcg gaagaggatc 1620
ggagcctact tccctccgct cagcctggag gagctgaggc cctacttcag ggaccgtggg 1680
tggcctctgc ccgggcccct ctag 1704
<210> 4
<211> 475
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
Met Glu Ser Lys Ala Leu Leu Val Leu Thr Leu Ala Val Trp Leu Gln
1 5 10 15
Ser Leu Thr Ala Ser Arg Gly Gly Val Ala Ala Ala Asp Gln Arg Arg
20 25 30
Asp Phe Ile Asp Ile Glu Ser Lys Phe Ala Leu Arg Thr Pro Glu Asp
35 40 45
Thr Ala Glu Asp Thr Cys His Leu Ile Pro Gly Val Ala Glu Ser Val
50 55 60
Ala Thr Cys His Phe Asn His Ser Ser Lys Thr Phe Met Val Ile His
65 70 75 80
Gly Trp Thr Val Thr Gly Met Tyr Glu Ser Trp Val Pro Lys Leu Val
85 90 95
Ala Ala Leu Tyr Lys Arg Glu Pro Asp Ser Asn Val Ile Val Val Asp
100 105 110
Trp Leu Ser Arg Ala Gln Glu His Tyr Pro Val Ser Ala Gly Tyr Thr
115 120 125
Lys Leu Val Gly Gln Asp Val Ala Arg Phe Ile Asn Trp Met Glu Glu
130 135 140
Glu Phe Asn Tyr Pro Leu Asp Asn Val His Leu Leu Gly Tyr Ser Leu
145 150 155 160
Gly Ala His Ala Ala Gly Ile Ala Gly Ser Leu Thr Asn Lys Lys Val
165 170 175
Asn Arg Ile Thr Gly Leu Asp Pro Ala Gly Pro Asn Phe Glu Tyr Ala
180 185 190
Glu Ala Pro Ser Arg Leu Ser Pro Asp Asp Ala Asp Phe Val Asp Val
195 200 205
Leu His Thr Phe Thr Arg Gly Ser Pro Gly Arg Ser Ile Gly Ile Gln
210 215 220
Lys Pro Val Gly His Val Asp Ile Tyr Pro Asn Gly Gly Thr Phe Gln
225 230 235 240
Pro Gly Cys Asn Ile Gly Glu Ala Ile Arg Val Ile Ala Glu Arg Gly
245 250 255
Leu Gly Asp Val Asp Gln Leu Val Lys Cys Ser His Glu Arg Ser Ile
260 265 270
His Leu Phe Ile Asp Ser Leu Leu Asn Glu Glu Asn Pro Ser Lys Ala
275 280 285
Tyr Arg Cys Ser Ser Lys Glu Ala Phe Glu Lys Gly Leu Cys Leu Ser
290 295 300
Cys Arg Lys Asn Arg Cys Asn Asn Leu Gly Tyr Glu Ile Asn Lys Val
305 310 315 320
Arg Ala Lys Arg Ser Ser Lys Met Tyr Leu Lys Thr Arg Ser Gln Met
325 330 335
Pro Tyr Lys Val Phe His Tyr Gln Val Lys Ile His Phe Ser Gly Thr
340 345 350
Glu Ser Glu Thr His Thr Asn Gln Ala Phe Glu Ile Ser Leu Tyr Gly
355 360 365
Thr Val Ala Glu Ser Glu Asn Ile Pro Phe Thr Leu Pro Glu Val Ser
370 375 380
Thr Asn Lys Thr Tyr Ser Phe Leu Ile Tyr Thr Glu Val Asp Ile Gly
385 390 395 400
Glu Leu Leu Met Leu Lys Leu Lys Trp Lys Ser Asp Ser Tyr Phe Ser
405 410 415
Trp Ser Asp Trp Trp Ser Ser Pro Gly Phe Ala Ile Gln Lys Ile Arg
420 425 430
Val Lys Ala Gly Glu Thr Gln Lys Lys Val Ile Phe Cys Ser Arg Glu
435 440 445
Lys Val Ser His Leu Gln Lys Gly Lys Ala Pro Ala Val Phe Val Lys
450 455 460
Cys His Asp Lys Ser Leu Asn Lys Lys Ser Gly
465 470 475
<210> 5
<211> 366
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 5
Met Ala Ser Met Ala Ala Val Leu Thr Trp Ala Leu Ala Leu Leu Ser
1 5 10 15
Ala Phe Ser Ala Thr Gln Ala Arg Lys Gly Phe Trp Asp Tyr Phe Ser
20 25 30
Gln Thr Ser Gly Asp Lys Gly Arg Val Glu Gln Ile His Gln Gln Lys
35 40 45
Met Ala Arg Glu Pro Ala Thr Leu Lys Asp Ser Leu Glu Gln Asp Leu
50 55 60
Asn Asn Met Asn Lys Phe Leu Glu Lys Leu Arg Pro Leu Ser Gly Ser
65 70 75 80
Glu Ala Pro Arg Leu Pro Gln Asp Pro Val Gly Met Arg Arg Gln Leu
85 90 95
Gln Glu Glu Leu Glu Glu Val Lys Ala Arg Leu Gln Pro Tyr Met Ala
100 105 110
Glu Ala His Glu Leu Val Gly Trp Asn Leu Glu Gly Leu Arg Gln Gln
115 120 125
Leu Lys Pro Tyr Thr Met Asp Leu Met Glu Gln Val Ala Leu Arg Val
130 135 140
Gln Glu Leu Gln Glu Gln Leu Arg Val Val Gly Glu Asp Thr Lys Ala
145 150 155 160
Gln Leu Leu Gly Gly Val Asp Glu Ala Trp Ala Leu Leu Gln Gly Leu
165 170 175
Gln Ser Arg Val Val His His Thr Gly Arg Phe Lys Glu Leu Phe His
180 185 190
Pro Tyr Ala Glu Ser Leu Val Ser Gly Ile Gly Arg His Val Gln Glu
195 200 205
Leu His Arg Ser Val Ala Pro His Ala Pro Ala Ser Pro Ala Arg Leu
210 215 220
Ser Arg Cys Val Gln Val Leu Ser Arg Lys Leu Thr Leu Lys Ala Lys
225 230 235 240
Ala Leu His Ala Arg Ile Gln Gln Asn Leu Asp Gln Leu Arg Glu Glu
245 250 255
Leu Ser Arg Ala Phe Ala Gly Thr Gly Thr Glu Glu Gly Ala Gly Pro
260 265 270
Asp Pro Gln Met Leu Ser Glu Glu Val Arg Gln Arg Leu Gln Ala Phe
275 280 285
Arg Gln Asp Thr Tyr Leu Gln Ile Ala Ala Phe Thr Arg Ala Ile Asp
290 295 300
Gln Glu Thr Glu Glu Val Gln Gln Gln Leu Ala Pro Pro Pro Pro Gly
305 310 315 320
His Ser Ala Phe Ala Pro Glu Phe Gln Gln Thr Asp Ser Gly Lys Val
325 330 335
Leu Ser Lys Leu Gln Ala Arg Leu Asp Asp Leu Trp Glu Asp Ile Thr
340 345 350
His Ser Leu His Asp Gln Gly His Ser His Leu Gly Asp Pro
355 360 365
<210> 6
<211> 567
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 6
Met Arg Pro Asp Ser Pro Thr Met Ala Ala Pro Ala Glu Ser Leu Arg
1 5 10 15
Arg Arg Lys Thr Gly Tyr Ser Asp Pro Glu Pro Glu Ser Pro Pro Ala
20 25 30
Pro Gly Arg Gly Pro Ala Gly Ser Pro Ala His Leu His Thr Gly Thr
35 40 45
Phe Trp Leu Thr Arg Ile Val Leu Leu Lys Ala Leu Ala Phe Val Tyr
50 55 60
Phe Val Ala Phe Leu Val Ala Phe His Gln Asn Lys Gln Leu Ile Gly
65 70 75 80
Asp Arg Gly Leu Leu Pro Cys Arg Val Phe Leu Lys Asn Phe Gln Gln
85 90 95
Tyr Phe Gln Asp Arg Thr Ser Trp Glu Val Phe Ser Tyr Met Pro Thr
100 105 110
Ile Leu Trp Leu Met Asp Trp Ser Asp Met Asn Ser Asn Leu Asp Leu
115 120 125
Leu Ala Leu Leu Gly Leu Gly Ile Ser Ser Phe Val Leu Ile Thr Gly
130 135 140
Cys Ala Asn Met Leu Leu Met Ala Ala Leu Trp Gly Leu Tyr Met Ser
145 150 155 160
Leu Val Asn Val Gly His Val Trp Tyr Ser Phe Gly Trp Glu Ser Gln
165 170 175
Leu Leu Glu Thr Gly Phe Leu Gly Ile Phe Leu Cys Pro Leu Trp Thr
180 185 190
Leu Ser Arg Leu Pro Gln His Thr Pro Thr Ser Arg Ile Val Leu Trp
195 200 205
Gly Phe Arg Trp Leu Ile Phe Arg Ile Met Leu Gly Ala Gly Leu Ile
210 215 220
Lys Ile Arg Gly Asp Arg Cys Trp Arg Asp Leu Thr Cys Met Asp Phe
225 230 235 240
His Tyr Glu Thr Gln Pro Met Pro Asn Pro Val Ala Tyr Tyr Leu His
245 250 255
His Ser Pro Trp Trp Phe His Arg Phe Glu Thr Leu Ser Asn His Phe
260 265 270
Ile Glu Leu Leu Val Pro Phe Phe Leu Phe Leu Gly Arg Arg Ala Cys
275 280 285
Ile Ile His Gly Val Leu Gln Ile Leu Phe Gln Ala Val Leu Ile Val
290 295 300
Ser Gly Asn Leu Ser Phe Leu Asn Trp Leu Thr Met Val Pro Ser Leu
305 310 315 320
Ala Cys Phe Asp Asp Ala Thr Leu Gly Phe Leu Phe Pro Ser Gly Pro
325 330 335
Gly Ser Leu Lys Asp Arg Val Leu Gln Met Gln Arg Asp Ile Arg Gly
340 345 350
Ala Arg Pro Glu Pro Arg Phe Gly Ser Val Val Arg Arg Ala Ala Asn
355 360 365
Val Ser Leu Gly Val Leu Leu Ala Trp Leu Ser Val Pro Val Val Leu
370 375 380
Asn Leu Leu Ser Ser Arg Gln Val Met Asn Thr His Phe Asn Ser Leu
385 390 395 400
His Ile Val Asn Thr Tyr Gly Ala Phe Gly Ser Ile Thr Lys Glu Arg
405 410 415
Ala Glu Val Ile Leu Gln Gly Thr Ala Ser Ser Asn Ala Ser Ala Pro
420 425 430
Asp Ala Met Trp Glu Asp Tyr Glu Phe Lys Cys Lys Pro Gly Asp Pro
435 440 445
Ser Arg Arg Pro Cys Leu Ile Ser Pro Tyr His Tyr Arg Leu Asp Trp
450 455 460
Leu Met Trp Phe Ala Ala Phe Gln Thr Tyr Glu His Asn Asp Trp Ile
465 470 475 480
Ile His Leu Ala Gly Lys Leu Leu Ala Ser Asp Ala Glu Ala Leu Ser
485 490 495
Leu Leu Ala His Asn Pro Phe Ala Gly Arg Pro Pro Pro Arg Trp Val
500 505 510
Arg Gly Glu His Tyr Arg Tyr Lys Phe Ser Arg Pro Gly Gly Arg His
515 520 525
Ala Ala Glu Gly Lys Trp Trp Val Arg Lys Arg Ile Gly Ala Tyr Phe
530 535 540
Pro Pro Leu Ser Leu Glu Glu Leu Arg Pro Tyr Phe Arg Asp Arg Gly
545 550 555 560
Trp Pro Leu Pro Gly Pro Leu
565
Claims (21)
- 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 또는 587번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 한국인의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물.
- 청구항 1에 있어서,
서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 또는 553번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드;를 더 포함하는 것인 조성물. - 청구항 1에 있어서,
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C가 G로 치환되거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT가 CTT로 치환되거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC가 AC로 치환되거나; 또는
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입된 것인 조성물. - 청구항 2에 있어서,
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드는 G가 A로 치환되거나; 또는
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 533번째 뉴클레오티드는 G가 T로 치환된 것인 조성물. - 청구항 1에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것인 조성물.
- 청구항 2에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드는 프라이머 또는 프로브인 것인 조성물.
- 청구항 1에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드는 길이가 5 내지 100nt인 것인 조성물.
- 청구항 2에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드는 길이가 5 내지 100nt인 것인 조성물.
- 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산, 185번째 아미노산, 16번째 아미노산, 또는 196번째 아미노산을 검출할 수 있는 제2 폴리펩티드;를 포함하는,
한국인의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 조성물. - 청구항 9에 있어서,
서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 153번째 아미노산, 또는 185번째 아미노산을 검출할 수 있는 제5 폴리펩티드;를 더 포함하는 것인 조성물. - 청구항 9에 있어서,
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 184번째 아미노산은 T가 S로 치환되거나;
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 16번째 아미노산은 S가 Q로 치환되거나;
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 서열번호 5의 N 말단으로부터 185번째 아미노산은 G가 A로 치환되거나; 또는
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 196번째 아미노산은 E가 A로 치환된 것인 조성물. - 청구항 9에 있어서,
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 153번째 아미노산은 V가 M으로 치환되거나; 또는
상기 서열번호 5의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드에서 아미노산 치환 위치인 상기 서열번호 5의 N 말단으로부터 185번째 아미노산은 G에서 C로 치환된 것인 조성물. - 청구항 9에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제2 폴리펩티드는 항체 또는 항원 결합 단편인 것인 조성물.
- 청구항 10에 있어서, 상기 검출할 수 있는 제5 폴리펩티드는 항체 또는 항원 결합 단편인 것인 조성물.
- 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 또는 587번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드;를 포함하는, 한국인의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 키트.
- 청구항 15에 있어서,
서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 또는 553번째 뉴클레오티드를 검출할 수 있는 제5 폴리뉴클레오티드;를 더 포함하는 것인 키트. - 하기 단계를 포함하는 개체의 고중성지방혈증의 발병 위험을 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법으로서,
개체의 생물학적 시료로부터 핵산 시료를 수득하는 단계; 및
수득된 핵산 시료로부터 서열번호 1의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호 3의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형 (genotype)을 분석하는 단계를 포함하고,
상기 변이 위치는,
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드, 변이 위치인 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드, 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드, 또는 587번째 뉴클레오티드인 것인 방법. - 청구항 17에 있어서,
상기 유전자형을 분석하는 단계는,
수득된 핵산 시료로부터 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 존재하는 변이 위치의 유전자형을 분석하는 단계를 더 포함하고,
상기 변이 위치는,
서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 457번째 뉴클레오티드, 또는 553번째 뉴클레오티드인 것인 방법. - 청구항 17에 있어서,
상기 유전자형을 분석하는 단계는,
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C 또는 G이거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT 또는 CTT이거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC 또는 AC이거나; 또는
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것인 방법. - 청구항 17에 있어서,
상기 유전자형을 분석하는 단계는,
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 단일염기 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 551번째 뉴클레오티드는 C 또는 G이거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 43번째 내지 46번째 뉴클레오티드는 CTTT 또는 CTT이거나;
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 550번째 내지 552번째 뉴클레오티드는 ACC 또는 AC이거나; 또는
상기 서열번호 2의 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에서 변이 위치인 상기 서열번호 2의 5' 말단으로부터 587번째 뉴클레오티드는 C가 삽입 여부를 결정하는 단계를 더 포함하는 것인 방법. - 청구항 17 내지 20 중 어느 한 항에 있어서,
상기 유전자형을 분석하는 단계는 시퀀싱, 마이크로어레이에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR (allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 (dynamic allele-specific hybridization), PCR 연장 분석, PCR-SSCP (PCR-single strand conformation polymorphism) 및 TaqMan 방법으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 기법에 의해 수행되는 것인 방법.
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|---|---|---|---|---|
| CN113981060A (zh) * | 2021-09-27 | 2022-01-28 | 首都医科大学附属北京安贞医院 | 基因型检测方法和试剂盒 |
| CN117384912A (zh) * | 2023-12-13 | 2024-01-12 | 中国人民解放军东部战区总医院 | Gpihbp1突变型基因及其应用 |
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2018
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