하나의 양태로서, 본 발명은 활성이 증진된 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 제공한다. 상기 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 바람직하게 에세리키아 콜리 유래의 야생형 5'-크산틸산 아미나아제 또는 이의 활성 증진된 변이체로부터 제조될 수 있다.
구체적으로, 에세리키아 콜리 유래의 야생형 5'-크산틸산 아미나아제 및 이의 무작위 돌연변이에 의해 활성이 증진된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체에, 각각 암모니아 특이적인 성질을 부여하기 위한 위치 특이적 돌연변이(site-directed mutagenesis)를 수행함으로써, 암모니아 특이적이며 활성이 증진된 에세리키아 콜리 유래의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체들을 제조할 수 있다.
이를 위하여, 구체적인 실시에 있어 본 발명자는, 먼저 에세리키아 콜리 K12로부터 유래된 5'-크산틸산 아미나아제를 코딩하는 1578 bp의 유전자(서열번호 1)를 포함하는 벡터를 제조한 후, 이를 주형으로 하여 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응(error-prone PCR)을 수행하였다. 이로부터 무작위적으로 돌연변이가 도입된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 DNA들을 수득하였다. 그 후 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 발현시키기 적합한 발현 벡터에 상기 변이체 DNA들을 접합시킨 후, 이를 이용하여 5'-크산틸산 아미나아제 유전자가 결핍된 에세리키아 콜리를 형질전환시켜 돌연변이 라이브러리를 제작하였다.
5'-크산틸산 아미나아제 유전자가 결핍된 에세리키아 콜리의 경우 5'-크산틸산 아미나아제의 활성을 갖고 있는 변이체를 지닌 벡터에 의해 형질전환된 경우만 성장이 가능하기 때문에, 돌연변이 라이브러리 중 활성이 있는 5'-크산틸산 아미나아제 돌연변이만이 얻어진다.
돌연변이 라이브러리로부터 성장이 이뤄진 에세리키아 콜리 중 활성이 높은 5'-크산틸산 아미나아제 돌연변이를 갖고 있는 벡터로 형질전환된 에세리키아 콜리를 선별하기 위하여, 98 웰 마이크로 플레이트에서 5'-크산틸산을 5'-구아닐산으로 전환시키는 반응을 수행하였다. 상기 반응 후 흡광 정도를 비교하여 활성이 증가된 5'-크산틸산 아미나아제를 생산하는 에세리키아 콜리를 선별하였다.
활성이 증진된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 유전자의 염기 서열은 공지된 방법을 통해 결정하였다. 이로부터, 유래된 5'-크산틸산 아미나아제의 염기서열을 야생형의 5'-크산틸산 아미나아제의 염기서열과 비교할 경우, 각각 2 개, 2 개, 4 개, 4 개, 3 개 및 6 개의 아미노산이 변환된 새로운 아미노산 배열을 갖는 단백질들임을 확인하고, 이들을 각각 '5'-크산틸산 아미나아제 G3', '5'-크산틸산 아미나아제 F12', '5'-크산틸산 아미나아제 F63', '5'-크산틸산 아미나아제 G3-1', '5'-크산틸산 아미나아제 F12-1' 및 '5'-크산틸산 아미나아제 F63-1'로 명명하였다.
각 변이체의 아미노산 배열의 변화를 구체적으로 설명하면, G3의 경우 52번째 및 191 번째 아미노산 서열이 각각 시스틴 및 쓰레오닌으로 치환된 변이체(서열번호 4)이고, F12의 경우 93번째 및 152번째 아미노산 서열이 각각 발린 및 프롤린으로 치환된 변이체(서열번호 6)이며, F63의 경우 93번째, 113번째, 191번째, 및 467번째 아미노산 서열이 각각 발린, 알라닌, 쓰레오닌, 및 글리신으로 치환된 변이체(서열번호 8)임을 확인할 수 있었다. G3-1의 경우 52번째, 191 번째, 253 번째, 및 454 번째 아미노산 서열이 각각 시스틴, 쓰레오닌, 아르기닌, 및 이소로이신으로 치환된 변이체(서열번호 10)이고, F12-1의 경우 93번째, 152번째, 및 454번째 아미노산 서열이 각각 발린, 프롤린, 및 이소로이신으로 치환된 변이체(서열번호 12)이며, F63-1의 경우 93번째, 100번째, 113번째, 191번째, 454번째, 및 467번째 아미노산 서열이 각각 발린, 이소로이신, 알라닌, 쓰레오닌, 이소로이신, 및 글리신으로 치환된 변이체(서열번호 14)임을 확인할 수 있었다.
연속하여, 본 발명자는 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제를 제조하기 위하여, 상기한 에세리키아 콜리 유래의 5'-크산틸산 아미나아제의 야생형 및 이로부터 유래된 상기 활성 증진된 돌연변이체 중 G3-1, F12-1, 및 F63-1에 각각, 글루타미나제 활성 부위에 존재하는 86번째 시스테인을 위치 특이적 돌연변이법(site-directed mutagenesis)에 의해 알라닌으로 치환하였다. 상기 위치 특이적 돌연변이에 의해 제조된 돌연변이체를 각각 G1C (서열번호 16), G3C (서열번호 18), F12C (서열번호 20), 및 F63C (서열번호 22)라고 명명하였다. 상기의 염기 변이는 통상의 염기서열 결정법을 이용하여 결정하였다. 결과 제조된 변이체들은 글루타민은 아민 공여체로서 효율적으로 이용하지 못하고 외부의 암모니아만을 아민 공여체로 이용할 수 있음을 확인하였다.
따라서, 본 발명은 바람직한 한 양태로서, 서열 번호 16, 18, 20 또는 22의 아미노산 서열을 갖는 암모니아 특이적 5'-크산틸산 변이체를 제공한다.
본 발명의 실시예에서는 서열번호 16, 18, 20 또는 22의 아미노산 서열을 갖 는 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체들의 제조방법 및 그 활성만을 개시하였으나, 이들 실시예에 기재한 것과 동일한 방법으로 상기한 서열번호 4, 6 또는 8의 아미노산 서열을 가지는 활성 증진된 5'-크산틸산 아미나아제에도 암모니아 특이적 성질을 부여함으로써, 활성이 증진된 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체를 제조할 수 있음을 당업자라면 충분히 이해할 수 있을 것이다.
한편, 본원 실시예에서는 5'-크산틸산 아미나아제의 86번 위치의 시스테인을 알라닌으로 치환한 예만을 개시하였으나, 널리 알려진 분자 생물학적 방법을 통한 위치 특이적 돌연변이를 통해 세린이나 글리신 등 다른 아미노산을 도입하는 경우에도 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제를 얻을 수 있음은 당업계의 종사자라면 충분히 알 수 있을 것이다.
나아가, 본 발명에 따른 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 상기한 서열번호 16, 18, 20 또는 22의 아미노산 서열을 갖는 단백질 뿐만 아니라 이러한 변이체 단백질과 기능적으로 동등한 활성을 나타낼 수 있는 이의 등가물을 포함한다. 본원에서 용어 "기능적 등가물"이란 본 발명의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 아미노산 서열과 하나 이상의 아미노산 잔기가 결실, 삽입, 비보전적 또는 보전적 치환 또는 이들의 조합에 의하여 상이한 서열을 가지되, 동일하게 암모니아 특이적 성질을 가지며 동등한 정도의 활성을 가지는 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 활성을 나타내는 단백질을 의미한다. 분자의 활성을 전체적으로 변경시키지 않는 단백질 및 펩티드에서의 아미노산 교환은 당해 분야에 공지되어 있다(H.Neurath, R.L.Hill, The Proteins, Academic Press, New York, 1979).
후술할 바와 같이, 본 발명에 따른 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 상시발현 시스템을 이용하여 발현시켰을 때 반응액 당 활성이 야생형에 비해 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 G1C의 활성은 1.6 배, G3C는 1.4 배, F12C는 1.67배, 그리고 F63C는 1.45 배 활성이 증가함을 확인할 수 있으므로, 이들 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 5'-구아닐산의 생성에 효율적으로 이용될 수 있을 것이다.
본 발명에 따른 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 합성(Merrifleld, J. Amer. chem. Soc.. 85:2149-2156, 1963) 또는 DNA 서열을 기본으로 하는 재조합 방법에 의해 제조될 수 있다(Sambrook et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbour Laboratory Press, New York, USA, 2판, 1989). 유전자 재조합 기술을 이용할 경우, 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 코딩하는 핵산을 적절한 발현 벡터에 삽입하고, 재조합 발현 벡터를 숙주세포로 형질전환하여 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체가 발현되도록 숙주 세포를 배양한 뒤, 숙주세포로부터 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 회수하는 과정으로 수득할 수 있다.
따라서, 또 하나의 바람직한 양태로서, 본 발명은 활성이 증진된 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 제조하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 본 발명은 5'-크산틸산 아미나아제의 글루타미나아제 활성을 억제함으로써, 글루타미나제 활성이 제거된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체가 세포 내에서는 활성을 최 소화하여 세포에 대한 독성이 감소되면서도, 암모니아에 대한 활성은 변성되지 않아 5'-크산틸산을 5'-구아닐산으로 효율적으로 전환시킬 수 있는 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 제조방법을 제공한다.
바람직한 양태에 있어서, 본 발명은 에세리키아 콜리 유래의 5'-크산틸산 아미나아제의 글루타미나제 활성부위에 존재하는 86번째 시스테인을 위치 특이적 돌연변이법(site-directed mutagenesis)에 의해 상이한 아미노산으로 대체함으로써, 대체된 86번 위치의 아미노산과 183번 위치의 글루탐산이 감마 글루타민 티오에스터((g-glutamyl thioester)를 형성하지 못함으로써 글루타미나제 활성이 억제되고 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 제조하는 방법을 제공한다. 더욱 바람직한 양태에서, 본 발명에 따른 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 제조 방법은, 에세리키아 콜리 유래의 5'-크산틸산 아미나아제의 86번 시스테인을 알라닌으로 치환하는 것을 포함한다.
특히 바람직한 양태에 있어서, 본 발명에 따른 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 제조 방법은 에세리키아 콜리로부터 유래되는 야생형 5'-크산틸산 아미나아제 또는 이의 활성 증진된 변이체로부터 제조되는 것을 특징으로 한다.
더욱 특히 바람직한 양태에 있어서, 본 발명에 따른 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제 변이체는 에세리키아 콜리로부터 유래되는 야생형 5'-크산틸산 아미나아제 또는 본 발명의 구체적인 실시예에 따라 제조되는 서열번호 4, 6, 8, 10, 12 또는 14의 아미노산 서열을 가지는 에세리키아 콜리 유래의 활성 증진된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 86번 시스테인 잔기를 알라닌으로 치환시킴으로써 제조하는 방법을 제공한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 코딩하는 핵산 분자에 관한 것이다.
바람직한 양태로서, 본 발명의 구체적 실시예에 따라 제조되는 서열번호 16의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 G1C는 서열번호 15의 핵산 분자에 의해 코딩되며, 서열번호 18의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 G3C는 서열번호 17의 핵산 분자에 의해 코딩되고, 서열번호 20의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 F12C은 서열번호 19의 핵산 분자에 의해 코딩되며, 서열번호 22의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 F63C은 서열번호 21의 핵산 분자에 의해 코딩된다. 이러한 핵산 분자의 서열은 단쇄 또는 이중쇄일 수 있으며, DNA 분자 또는 서열상의 티민(T)이 우라실로 치환된 RNA(mRNA) 분자일 수 있다.
본 발명의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 코딩하는 핵산 서열은 이를 발현하는 벡터에 의해 제공되어 단백질로 발현될 수 있다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 상기한 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 코딩하는 핵산 분자를 포함하는 발현벡터에 관한 것이다.
본 발명에서 "발현벡터"란 적당한 숙주세포에서 목적 단백질을 발현할 수 있는 벡터로서, 유전자 삽입물이 발현되도록 작동가능하게 연결된 필수적인 조절 요소를 포함하는 유전자 작제물을 말한다.
본원에서 용어 "작동가능하게 연결된(operably linked)"은 일반적 기능을 수행하도록 핵산 발현 조절 서열과 목적하는 단백질을 코딩하는 핵산 서열이 기능적으로 연결되어(functionally linked) 있는 것을 말한다. 예를 들어 프로모터와 단백질을 코딩하는 핵산 서열이 작동가능하게 연결되어 코딩하는 핵산 서열의 발현에 영향을 미칠 수 있다. 재조합 발현벡터와의 작동적 연결은 당해 기술분야에서 잘 알려진 유전자 재조합 기술을 이용하여 제조할 수 있으며, 부위-특이적 DNA 절단 및 연결은 당해 기술 분야에서 일반적으로 알려진 효소 등을 사용한다. 발현벡터에 사용되는 프로모터에는, 예를 들어 숙주가 에세리키아 속 균인 경우에는 trc 프로모터, trp 프로모터, lac 프로모터, recA 프로모터, λP L 프로모터, lpp 프로모터, T7 프로모터 등이, 숙주가 바실러스 속 균인 경우에는 SPO1 프로모터, SPO2 프로모터, penP 프로모터 등이 바람직하다. 개시 코돈 및 종결 코돈은 유전자 작제물이 투여되었을 때 개체에서 반드시 작용을 나타내야 하며 코딩 서열과 인프레임(in frame)에 있어야 한다. 발현벡터는 또한 벡터를 함유하는 숙주 세포를 선택하기 위한 선택성 마커를 포함하고, 복제가능한 발현벡터인 경우 복제 기원을 포함할 수 있다.
본 발명의 구체적 실시에서는 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 유전자를 포함하는 발현벡터 pCJ1-G1C, pCJ1-G3C, pCJ1-F12C, 및 pCJ1-F63C를 제작하였으며, 이들 제작된 벡터의 개요를 도 4e, 4f, 4g, 및 4h에 나타내었다. 이들 발현벡터를 각각 에세리키아 콜리DH5α도입하여 최종적으로 형질전환된 에세리키아 콜리를 수득하였다. 전기 형질전환체를 각각 "Escherichia coli DH5α /pCJ1-G1C", "Escherichia coli DH5α/pCJ1-G3C", "Escherichia coli DH5α/pCJ1-F12C" 및 "Escherichia coli DH5α/pCJ1-F63C"로 명명하였으며, 이들 균체를 2005년 12월 2일자로 한국종균협회에 각각 기탁번호 KCCM-10715P, KCCM-10717P, KCCM-10721P 및 KCCM-10720로 기탁하였다. 또 다른 양태에서, 본 발명은 상기한 발현벡터로 형질전환된 형질전환체에 관한 것이다.
형질전환은 핵산 분자를 유기체, 세포, 조직 또는 기관에 도입하는 어떤 방법도 포함되며, 당 분야에서 공지된 바와 같이 숙주 세포에 따라 적합한 표준 기술을 선택하여 수행할 수 있다. 이런 방법에는 전기충격유전자전달법(electroporation), 원형질 융합, 인산칼슘(CaPO4) 침전, 염화칼슘(CaCl2) 침전, 실리콘 카바이드 섬유를 이용한 교반, 아그로 박테리아 매개된 형질전환, PEG, 덱스트란 설페이트, 리포펙타민 등이 포함되나 이들로 제한되지 않는다.
본 발명의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 발현하는 발현벡터로 형질전환되는 숙주세포에 따라서 단백질의 발현량과 수식 등이 다르게 나타나므로, 목적에 가장 적합한 숙주세포를 선택하여 사용하면 된다. 숙주세포로는 원핵세포가 바람직하며, 예를 들어 에세리키아 콜리(Escherichia coli), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 슈도모나스(Pseudomonas), 프로테우스 미라빌리스(Proteus mirabilis) 또는 스타필로코쿠스(Staphylococcus)와 같은 원핵 숙주 세포가 있으나 이들로 제한되는 것은 아니다.
또한, 진균(예를 들어, 아스페르길러스(Aspergillus)), 효모(예를 들어, 피 치아 파스토리스(Pichia pastoris), 사카로마이세스 세르비시애(Saccharomyces cerevisiae), 쉬조사카로마세스(Schizosaccharomyces), 뉴로스포라 크라사(Neurospora crassa)) 등과 같은 하등 진핵세포 등도 이용할 수 있다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 상기한 형질전환체를 배양한 후, 이로부터 5'-크산틸산 아미나아제의 변이 단백질을 분리하는 단계를 포함하는, 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체를 제조하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 발현하는 발현벡터로 형질전환된 숙주세포(형질전환체)의 배양은 목적 단백질인 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 발현을 가능하게 하는 적절한 조건하에서 수행하며, 이러한 조건은 당업자에게 익히 공지된 방법에 따라 수행할 수 있다.
숙주세포에서 발현시킨 단백질은 통상의 방식으로 정제될 수 있으며, 예를 들어, 염석(예를 들어 황산암모늄 침전, 인산나트륨 침전), 용매 침전(아세톤, 에탄올 등을 이용한 단백질 분획 침전), 투석, 겔 여과, 이온 교환, 역상 칼럼 크로마토그래피와 같은 칼럼 크로마토그래피 및 한외여과 등의 기법을 단독 또는 조합시켜 적용하여 본 발명의 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 단백질을 정제할 수 있다.
이하, 본 발명의 바람직한 실시예를 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오직 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위는 이들 실시예에 국한되지 않는다.
실시예
1: 5'-
크산틸산
아미나아제
돌연변이 라이브러리 구축
5'-크산틸산 아미나아제의 유전자에 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응(error-prone PCR)을 수행하여 무작위적인 돌연변이를 유발함으로써 다양한 5'-크산틸산 아미나아제 돌연변이를 다음과 같이 제조하였다.
우선, 에세리키아 콜리로부터 유래된 1,578bp의 5'-크산틸산 아미나아제 유전자(서열번호 1)를 trc 프로모터를 지니고 에세리키아 콜리에서 증폭이 가능한 복제 기원을 지닌 발현벡터인 pTrc99a에 작동가능하도록 연결한 재조합 플라스미드 pG1을 제작하여 이를 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응의 주형으로 준비하였다. 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응에 사용된 프라이머는 서열번호 23의 N-말단 프라이머와 서열번호 24의 C-말단 프라이머를 사용하였으며, 이는 에세리키아 콜리로부터 유래된 5'-크산틸산 아미나아제 유전자의 염기서열에 근거하여 합성하였다.
서열번호 23: 5' CGCGAATTCATGACGGAAAACATTCATAA 3'
서열번호 24: 5' CTAGTCTAGATCATTCCCACTCAATGGT 3'
PCR 반응액은 각각 0.4 mM의 상기 N-프라이머 및 C-프라이머, 주형으로 상기 재조합 플라스미드 pG1 5 ng, 10 mM 트리스 완충액 (Tris-HCl, pH 8.3), 50 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.1 mM MnCl2, 0.2 mM dATP, 0.2 mM dGTP, 1 mM dCTP, 1 mM dTTP 및 Taq 중합효소 5 효소단위(unit)를 포함하도록 50 mL를 조제하였다. 이어 반응 액을 94oC에서 1분, 50oC에서 1분, 72oC에서 1분의 조건으로 25회 수행 후, 72oC에서 7분간 돌연변이 유발형 PCR을 수행하여 돌연변이 유전자를 얻었다.
상기와 같이 증폭된 PCR 산물들은 한천 겔 전기 영동법을 통해 분리하였고, 증폭 분리된 DNA 단편을 제한효소 EcoRI 과 HindIII으로 절단한 후, 5'-크산틸산 아미나아제 발현 벡터로 유용한 pTrc99a에 접합시켜 재조합 플라스미드를 제작하였다. 전기 제작된 돌연변이 유전자를 함유하는 벡터들을 에세리키아 콜리 BW(guaA knock-out 균주)에 도입하여 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 라이브러리를 제작하였다. guaA 유전자가 제거된 균주인 에세리키아 콜리 BW는 통상의 분자 생물학적 방법을 통하여 얻어졌다(Datsenko KA, 2000, Proc. Nat l Acad. Sci., 97(12), 6640-6645).
실시예
2: 5'-
크산틸산
아미나아제의
변이체의
탐색
실시예 1에서 제조된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 라이브러리를 0.5 % 박토 트립톤, 1 % 효모 추출물, 1 % NaCl, 1.5 % 아가 및 0.2 mM IPTG를 포함하는 LB 평판배지에 도말하였다. 이어 성장이 일어난 에세리키아 콜리 콜로니를 K웰 마이크로플레이트(deep well microplate)에 LB 배지를 넣어 배양한 후, 세포의 성장 정도에 따라 100 mL로 희석하였다. 각 웰에 크실렌 5 mL를 첨가하고 37oC에서 30분간 처리한 후, 42oC로 미리 예열한 기질 혼합물을 100 mL 첨가하고 42oC에서 20 분간 반응시켰다. 기질 혼합물은 30 mM XMP, 13 mM ATP, 16 mM MgSO4 7H2O, 40 mM (NH4)2SO4를 16 mM Trizma HCl 완충액(pH 8.6)에 녹인 반응액이다. 3.5%의 퍼클로릭산 800 mL를 첨가하여 반응을 종료시킨 후, 200 mL를 UV 측정용 96 웰 플레이트로 옮겨 290 nm 파장에서의 흡광도를 측정하였다. 5'-구아닐산의 생성량을 측정하고 효소 활성을 비교하여, 활성이 증진된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 지닌 에세리키아 콜리 JM105 형질전환체를 획득하였다.
전기의 탐색과정을 통하여 얻어진 5'-크산틸산 아미나아제 돌연변이 유전자를 지닌 플라스미드 pG3와 야생형의 5'-크산틸산 아미나아제 유전자를 지닌 플라스미드 pG1을 적절한 제한 효소 처리 및 라이게이션을 수행하고 실시예 1과 동일한 조건으로 돌연변이 유발형 PCR을 수행한 후, 전기의 활성 비교 스크리닝법을 통해, 활성이 모 효소에 비해 증진된 유전자를 지닌 플라스미드 pF12, pF63, pCJ-G3-1, pCJ-F12-1 및 pCJ-F63-1을 얻었다.
전기 실시예 1과 실시예 2에 기술된 활성이 증진된 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체를 제조하는 과정을 도1에 개략적으로 도시하였다.
실시예 2에 기술된 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체의 라이브러리 규모 및 변이체에 대한 기술을 표 1에 정리하였다.
5'-크산틸산 아미나아제의 분자 진화 과정 및 선택된 변이체
|
1R |
2R |
모계 유전자 |
guaA 야생형 유전자 |
야생형 유전자, G3 |
라이브러리 제조법 |
돌연변이 유발형 PCR |
제한 효소 절단, 돌연변이 유발형 PCR |
라이브러리 크기 |
> ~ 10 5 |
> ~ 1,500 |
1차 스크리닝 |
~ 2 X 10 3 |
~ 1,500 |
2차 스크리닝 |
73 개 콜로니 |
66 개 콜로니 |
얻어진 변이체 |
G3 |
F12, F63, G3-1, F12-1, F63-1 |
실시예
3: 5'-
크산틸산
아미나아제
변이체를
암호화하는 유전자의 염기서열 결정
실시예 1 및 2에서 제조된 5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 유전자 서열은 Applied Biosystem 사의 automatic sequencer ABI3730xl을 사용하여 결정하였다. 각각의 염기서열은 서열번호 3(G3), 서열번호 5(F12), 서열번호 7(F63), 서열번호 9(G3-1), 서열번호 11(F12-1) 및 서열번호 13(F63-1)으로 확인되었는 바, 각각의 아미노산 서열을 추정하여 서열번호 4(G3), 서열번호 6(F12), 서열번호 8(F63), 서열번호 10(G3-1), 서열번호 12(F12-1) 및 서열번호 14(F63-1)로 나타내었다. 아울러, 전기 G3, F12, F63, G3-1, F12-1 및 F63-1을 각각 포함하는 플라즈미드 지도를 도 3a, 3b, 3c, 3d, 3e 및 3f에 각각 나타내었다.
전기 pG3에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 G3 유전자의 염기배열로부터 G3의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 4로 나타내었다. 또한, pF12에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 F12 유전자의 염기배열로부터 F12의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 6으로 나타내었다. 마찬가지로, pF63에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 F63 유전자의 염기배열로부터 F63의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 8로 나타내었다. 또한, pG3-1에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 G3-1 유전자의 염기배열로부터 G3-1의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 10으로 나타내었다. 또한, pCJ-F12-1에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 F12-1 유전자의 염기배열로부터 F12-1의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 12로 나타내었다. 마찬가지로, pCJ-F63-1에 포함된 고활성의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 F63-1 유전자의 염기배열로부터 F63-1의 아미노산 배열을 추정하여 이를 서열번호 14로 나타내었다.
본 발명의 고활성 5'-크산틸산 아미나아제인 G3, F12, F63, G3-1, F12-1 및 F63-1의 아미노산 서열을 서열번호 2의 야생형 5'-크산틸산 아미나아제의 아미노산 서열과 비교할 경우, 각각 2개, 2개, 4개, 4개, 3개 및 6개의 아미노산이 치환되어 새로운 아미노산 배열을 갖는 단백질임을 확인할 수 있었다.
즉, G3의 경우 52번째 및 191 번째 아미노산 서열이 각각 시스틴 및 쓰레오닌으로, F12의 경우 93번째 및 152번째 아미노산 서열이 각각 발린 및 프롤린으로, F63의 경우 93번째, 113번째, 191번째, 및 467번째 아미노산 서열이 각각 발린, 알라닌, 쓰레오닌, 및 글리신으로 치환되었음을 확인할 수 있었고, G3-1의 경우 52번째, 191 번째, 153 번째, 및 454 번째 아미노산 서열이 각각 시스틴, 쓰레오닌, 아르기닌, 및 이소로이신으로, F12-1의 경우 93번째, 152번째, 및 454번째 아미노산 서열이 각각 발린, 프롤린, 및 이소로이신으로, 그리고 F63-1의 경우 93번째, 100번째, 113번째, 191번째, 454번째, 및 467번째 아미노산 서열이 각각 발린, 이소로이신, 알라닌, 쓰레오닌, 이소로이신, 및 글리신으로 치환되었음을 확인할 수 있었다.
상술한 아미노산 서열 및 활성 측정 탐색법에 의하여, 본 발명의 G3, F12, F63, G3-1, F12-1 및 F63-1은 아미노산 배열이 기존의 에세리키아 콜리 5'-크산틸산 아미나아제와 상이할 뿐 아니라 고활성을 지닌 신규의 5'-크산틸산 아미나아제로 판단할 수 있다.
실시예
4: 5'-
크산틸산
아미나아제
변이체의
상시발현 벡터 제조
상기 얻어진 고활성 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 상시 발현 벡터를 이용하여 발현시키기 위하여 아래의 과정을 수행하였다.
5'-크산틸산 아미나아제 야생형 및 변이체의 유전자를 CJ1 프로모터를 지니고 에세리키아 콜리와 코리네박테리움 암모니아게네스에서 증폭이 가능한 복제 기원을 지닌 상시 발현벡터인 pECG117-CJ1에 작동 가능하도록 연결한 재조합 플라스미드를 제작하였다. 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응을 수행하였다. 돌연변이 유발형 중합효소 연쇄반응에 사용된 프라이머는 서열번호 25의 N-말단 프라이머(guaA-f)와 서열번호 26의 C-말단 프라이머(guaA-r)를 사용하였으며, 이는 에세리키아 콜리로부터 유래된 5'-크산틸산 아미나아제 유전자의 염기서열에 근거하여 합성하였다.
서열번호 25: 5' ACGTGCCGGCATGACGGAAAACATTCATAAGC 3'
서열번호 26: 5' ACGTGGATCCTCATTCCCACTCAATGGTAGC 3'
PCR 반응액은 각각 0.4 mM의 상기 N-프라이머 및 C-프라이머, 주형으로 pG1, pCJ-G3-1, pCJ-F12-1 및 pCJ-F63-1 각각 5 ng, 10 mM 트리스 완충액 (Tris-HCl, pH 8.3), 50 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.2 mM dATP, 0.2 mM dGTP, 0.2 mM dCTP, 0.2 mM dTTP 및 Pfu 중합효소 5 효소단위(unit)를 포함하도록 50 mL를 조제하였다. 이어 반응액을 94oC에서 1분, 50oC에서 1분, 72oC 에서 1분의 조건으로 25회 수행 후, 72oC에서 5분간 PCR을 수행하여 유전자를 얻었다.
상기와 같이 증폭된 PCR 산물들은 한천 겔 전기 영동법을 통해 분리하였고, 증폭 분리된 DNA 단편을 제한효소 NaeI 과 BamHI로 절단한 후, 5'-크산틸산 아미나아제 발현 벡터로 유용한 pECG117-CJ1에 접합시켜 재조합 플라스미드를 제작하였다(도 2). 상기 5'-크산틸산 아미나아제의 야생형 및 변이체를 포함하는 발현벡터를 각각 pCJ1-G1 (야생형), pCJ1-G3-1, pCJ1-F12-1 및 pCJ1-F63-1로 명명하였으며, 상기 제작된 벡터의 개요를 도 4a, 4b, 4c 및 4d에 나타내었다.
실시예
5: 암모니아 특이적 5'-
크산틸산
아미나아제의
제조
5'-크산틸산 아미나아제의 야생형 및 전기 실시예에서 얻은 고활성 5'-크산틸산 돌연변이체를 이용하여 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 제조하기 위하여, 이들 단백질의 86 번째 시스테인을 알라닌으로 특이적으로 변이시키기 위한 프라이머를 제작하고 이를 서열번호 27 및 서열번호 28로 나타내었다.
서열번호 27: 5'CCGGTATTCGGCGTTGCATATGGCATGCAGACCATG 3'
서열번호 28: 5'CATGGTCTGCATGCCATATGCAACGCCGAATACCGG 3'
상기 프라이머를 이용하여 위치 특이적 변이(site-directed mutagenesis)를 수행하였다. 이를 위하여 Stratagene 사의 QuickChange II XL Site-Directed Mutagenesis kit를 이용하였다. 수행 방법은 제조사에서 제공한 방법에 의하여 실시되었다. 얻어진 콜로니에서 플라스미드를 공지의 방법을 통하여 추출하고, 이를 이용하여 염기서열을 결정하였다. 이를 통해 5'-크산틸산 아미나아제 야생형 및 상기 변이체의 돌연변이를 유지하고 추가로 86 번째의 시스테인이 알라닌으로 치환된 신규의 5'-크산틸산 아미나아제 변이체를 얻었으며, 이들을 각각 G1C, G3C, F12C 및 F63C로 명명하였다.
원하는 위치에 정확한 변이를 획득하였는지 평가하기 위하여, 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체의 유전자의 서열을 Applied Biosystem 사의 automatic sequencer ABI3730xl을 사용하여 결정하였다. 각각의 염기서열은 서열번호 15(G1C), 서열번호 17(G3C), 서열번호 19(F12C), 및 서열번호 21(F63C)로 확인되었는 바, 각각의 아미노산 서열을 추정하여 서열번호 16(G1C), 서열번호 18(G3C), 서열번호 20(F12C) 및 서열번호 22(F63C)로 나타내었다. 상기 5'-크산틸산 아미나아제의 변이체를 포함하는 발현벡터를 제작하고 이들을 각각 pCJ1-G1C, pCJ1-G3C, pCJ1-F12C, 및 pCJ1-F63C로 명명하였으며, 상기 제작된 벡터의 개요를 도 4e, 4f, 4g 및 4h에 나타내었다.
실시예
6: 5'-
크산틸산
아미나아제
변이체의
활성 평가
5'-크산틸산 아미나아제의 비활성 증가를 확인하기 위하여, 우선 SDS-PAGE 겔상의 단백질 발현 양을 농도 분석기를 통하여 확인하였다. 이 때, 각 변이체의 발현량은 유사한 것으로 나타나 5'-크산틸산 아미나아제 활성의 증가가 비활성의 증가에 의한 것임을 알 수 있었다.
5'-크산틸산 아미나아제 변이체의 활성을 비교하기 위하여 아래의 과정을 진행하였다. 우선 박토 트립톤 16 g/L, 효모 추출물 10 g/L, NaCl 5 g/L, 카나마이신 50 mg/L 로 한 25 mL 배지에 각 변이체를 접종하고 37oC에서 12 시간 배양하였다. 변이체를 회수한 후, 1mL의 변이체 배양액에 20 mL의 크실렌을 첨가하고 이를 37oC에서 20 분간 250 rpm으로 방치하였다. 이를 1/10 희석하고 암모니아에 대한 반응 활성을 측정하기 위하여 30 mM XMP, 13 mM ATP, 16 mM MgSO4 7H2O, 10 mM (NH4)2SO4를 200 mM Trizma HCl 완충액(pH 8.6)에 녹인 반응액 800 mL에 200 mL의 효소액을 섞고, 42 oC에서 15 분간 반응을 진행 시켰다. L-글루타민에 대한 활성을 측정하기 위하여 시료 200 mL를 0.175 % TCA 용액 3.8 mL에 섞어 반응을 중지시켰다. 30 mM XMP, 13 mM ATP, 16 mM MgSO4 7H2O, 5 mM L-글루타민을 200 mM Trizma HCl 완충액 (pH 8.6)에 녹인 반응액 800 mL에 200 mL의 1/10 희석된 효소액을 섞고, 42 oC에서 15 분간 반응을 진행시켰다. 상기 반응액을 HPLC를 이용해서 생성된 GMP 량을 비교하였다. 이 때, 5'-크산틸산 아미나아제의 효소활성은 1 분당 1 mmol의 5'-구아닐산이 생성되는 조건을 1 단위활성으로 정하였다. HPLC 분석 조건은 다음과 같다.
Eluent: A: 0.02 % 테트라부틸암모늄 디히드로젠인산,
0.2 % 암모늄 디히드로젠인산, pH 2.4
Eluent B: 아세토니트릴
A : B = 97 : 3
측정 파장: 254 nm
유속 : 1.0 mL/min
분석된 변이체의 활성은 암모니아를 기질로 이용하였을 경우 반응액 1mL 당 야생형의 5'-크산틸산 아미나아제가 13.61 단위활성(U/ml)이었고, 변이체인 G3-1는 17.62 단위활성(U/ml), 변이체인 F12-1는 20.82 단위활성(U/ml), 변이체 F63-1은 16.47(U/ml)이었다. 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 아미나아제 변이체인 G1C는 22.64 (U/mL), G3C는 19.30 (U/mL), F12C는 22.76 (U/mL), 그리고 F63C는 19.62 (U/mL)이었다.
반면 L-글루타민을 기질로 이용하였을 경우, 야생형 균주의 활성은 단위액 당 8.32(U/mL)이고, 변이체인 G3-1의 경우는 19.15(U/mL), F12-1의 경우는 4.31(U/mL), F63-1의 경우는 0.54(U/mL)의 활성을 보인 반면, 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 변이체인 G1C는 0.21(U/mL), G3C는 0.16 (U/mL), F12C는 0.24 (U/mL), 그리고 F63는 0.40(U/mL)으로 나타났다.
상기 결과로부터, 암모니아 특이적인 5'-크산틸산 변이체는 L-글루타민을 기질로 하는 경우에는 5'-크산틸산의 5'-구아닐산으로의 전환 활성을 거의 나타내지 못하는 반면, 암모니아를 기질로 하는 경우, 상응하는 야생형 또는 무작위 돌연변이체에 비해 약 1.4 배 내지 1.7 배 정도 증진된 전환 활성을 보임을 확인할 수 있었다(도 5).
실시예
7. 암모니아 특이적 5'-
크산틸산
아미나제
변이체의
발현벡터의 안정성 비교
암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나제 변이체의 발현벡터의 세포내 안정성을 비교하기 위하여, 배양 후 남아 있는 발현벡터의 양을 비교하였다.
배양 후 발현벡터의 유지량을 비교하기 위하여, 배양 종결 후 배양액을 10-5으로 희석하고, 이를 카나마이신 50 g/mL를 포함하는 LB 배지(Bacto-Trypton 1 %, Yeast Extract 1 %, NaCl 0.5 %)와 항생제를 포함하지 않은 LB 배지에 도말한 후, 30℃에서 16 시간 배양하여 형성된 콜로니의 수를 비교하였다. 이를 상대 수치화하여 도 6에 나타내었다.
그 결과, 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제 변이체 중 G1C 유전자를 포함하는 발현 벡터의 경우 54.3 %의 콜로니가 상기 발현 벡터를 포함하고 있는 반면, 야생형의 5'-크산틸산 아미나아제의 경우 36.0 %의 콜로니만이 상기 유전자의 발현 벡터를 포함하고 있었다. 이로부터, 암모니아 특이적 5'-크산틸산 아미나아제의 경우 세포 내에 발현 벡터를 더욱 잘 유지하고 있고, 그 결과 활성의 증진이 일어남을 알 수 있다.