JPWO2021158858A5 - - Google Patents

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この試験では、G012267を用いたKLKB1のノックダウンにより、NHP群におけるカリクレイン活性が最大65%低下したことが示された。この応答は、NHPでは、9ヶ月まで持続した。循環カリクレインタンパク質および活性レベルは、表24および25、ならびに図13A~13Bに提供される。

以下に、本願の当初の特許請求の範囲に記載の発明を列挙する。
[発明1]
ガイドRNAであって、
a.配列番号15、8、および41から選択される配列に対して少なくとも95%、90%、もしくは85%同一を含むガイド配列、
b.配列番号15、8、および41から選択される配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続ヌクレオチドを含むガイド配列、または
c.配列番号15、8、および41から選択されるガイド配列を含む、
前記ガイドRNA。
[発明2]
配列番号202のヌクレオチド配列をさらに含む、発明1に記載のガイドRNA。
[発明3]
前記ガイドRNAが、配列番号170、171、172、および173から選択されるヌクレオチド配列をさらに含み、前記配列番号170、171、172、または173の配列が、前記ガイド配列の3’である、発明1に記載のガイドRNA。
[発明4]
前記ガイドRNAが、3’テールをさらに含む、発明1~3のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明5]
前記ガイドRNAが、少なくとも1つの修飾を含む、発明1~4のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明6]
前記修飾が、5’末端修飾を含む、発明5に記載のガイドRNA。
[発明7]
前記修飾が、3’末端修飾を含む、発明5または6に記載のガイドRNA。
[発明8]
前記ガイドRNAが、ヘアピン領域における修飾を含む、発明1~7のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明9]
前記修飾が、2’-O-メチル(2’-O-Me)修飾ヌクレオチドを含む、発明1~8のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明10]
前記修飾が、ヌクレオチド間ホスホロチオエート(PS)結合を含む、発明1~9のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明11]
前記修飾が、2’-フルオル(fluor)(2’F)修飾ヌクレオチドを含む、発明1~10のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明12]
配列番号171のヌクレオチド配列をさらに含む、発明1または3~11のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明13]
配列番号405のヌクレオチド配列のパターンに従って修飾された、発明12に記載のガイドRNA。
[発明14]
配列番号173のヌクレオチド配列をさらに含む、発明1または3~11のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明15]
配列番号248~255または450のパターンに従って修飾された、発明14に記載のガイドRNA。
[発明16]
前記ガイド配列が、配列番号15である、発明12~15のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明17]
前記ガイド配列が、配列番号8である、発明12~15のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明18]
前記ガイド配列が、配列番号41である、発明12~15のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明19]
前記ガイドRNAが、配列番号300のパターンに従って修飾され、Nが、まとめて、発明1に記載のガイド配列である、発明1または4~11のいずれか一つに記載のガイドRNA。
[発明20]
配列番号300中の各Nが、任意の天然または非天然ヌクレオチドである、発明19に記載のガイドRNA。
[発明21]
前記ガイド配列が、配列番号15であり、前記ガイドRNAが、mG*mG*mA*UUGCGUAUGGGACACAAGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mUに従って修飾され、「mA」、「mC」、「mU」または「mG」が、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、*が、ホスホロチオエート結合を示し、Nが、天然ヌクレオチドである、発明19に記載のガイドRNA。
[発明22]
前記ガイド配列が、配列番号8であり、前記ガイドRNAが、mU*mA*mC*CCGGGAGUUGACUUUGGGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mUに従って修飾され、「mA」、「mC」、「mU」または「mG」が、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、*が、ホスホロチオエート結合を示し、Nが、天然ヌクレオチドである、発明19に記載のガイドRNA。
[発明23]
前記ガイド配列が、配列番号41であり、前記ガイドRNAが、mU*mA*mU*UAUCAAAUCACAUUACCGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mUに従って修飾され、「mA」、「mC」、「mU」または「mG」が、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、*が、ホスホロチオエート結合を示し、Nが、天然ヌクレオチドである、発明19に記載のガイドRNA。
[発明24]
発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNAを含む、組成物。
[発明25]
RNAガイドDNA結合剤、またはRNAガイドDNA結合剤をコードする核酸をさらに含む、発明24に記載の組成物。
[発明26]
前記RNAガイドDNA結合剤をコードする核酸が、RNAガイドDNA結合剤をコードするオープンリーディングフレーム(ORF)を含むmRNAを含む、発明25に記載の組成物。
[発明27]
前記RNAガイドDNA結合剤が、Cas9である、発明25または26に記載の組成物。
[発明28]
前記Cas9が、S.pyogenes Cas9である、発明27に記載の組成物。
[発明29]
前記ORFが、修飾ORFである、発明26~28のいずれか一つに記載の組成物。
[発明30]
薬学的賦形剤をさらに含む、発明24~29のいずれか一つに記載の組成物。
[発明31]
前記ガイドRNAが、脂質ナノ粒子(LNP)と会合している、発明24~30のいずれか一つに記載の組成物。
[発明32]
前記LNPが、陽イオン性脂質を含む、発明31に記載の組成物。
[発明33]
前記陽イオン性脂質が、(9Z,12Z)-3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピルオクタデカ-9,12-ジエノエートであり、3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピル(9Z,12Z)-オクタデカ-9,12-ジエノエートとも呼ばれる、発明32に記載の組成物。
[発明34]
前記LNPが、(9Z,12Z)-3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピルオクタデカ-9,12-ジエノエート(3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピル(9Z,12Z)-オクタデカ-9,12-ジエノエートとも呼ばれる)と、DSPCと、コレステロールと、PEG2k-DMGと、を含む、発明31~33のいずれか一つに記載の組成物。
[発明35]
発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNAまたは発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を含む、薬学的組成物。
[発明36]
細胞内のKLKB1遺伝子内の二本鎖切断もしくは一本鎖切断を誘導するか、または細胞内のKLKB1の発現を低下させるための、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を含む薬学的組成物、またはその使用。
[発明37]
細胞または対象において前記KLKB1遺伝子の発現を低下させるための、発明36に記載の薬学的組成物、またはその使用。
[発明38]
遺伝性血管浮腫(HAE)を有する対象を治療するための、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を含む薬学的組成物、またはその使用。
[発明39]
HAE発作の頻度および/または重症度を低下させることを含む、発明38に記載の薬学的組成物、またはその使用。
[発明40]
HAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、または窒息を治療または予防するための、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を含む薬学的組成物、またはその使用。
[発明41]
対象において、総血漿カリクレイン活性を低下させるか、またはプレカリクレインおよび/もしくはカリクレインレベルを低下させるための、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を含む薬学的組成物、またはその使用。
[発明42]
前記総血漿カリクレイン活性が、60%より大きく低下する、発明41に記載の薬学的組成物、またはその使用。
[発明43]
細胞内のKLKB1遺伝子内の二本鎖切断もしくは一本鎖切断を誘導する、または細胞内のKLKB1の発現を低下する方法であって、細胞を、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物と接触させることを含む、方法。
[発明44]
前記細胞が、対象内のものである、発明43に記載の方法。
[発明45]
遺伝性血管浮腫(HAE)を有する対象を治療する方法であって、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNAまたは発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を投与することを含み、それによって前記対象を治療する、前記方法。
[発明46]
前記対象を治療することが、HAE発作の頻度および/または重症度を低下させることを含む、発明45に記載の方法。
[発明47]
HAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、または窒息を治療または予防する方法であって、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を前記対象に投与することを含み、それによって、前記対象においてHAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、または窒息を治療または予防する、前記方法。
[発明48]
対象における総血漿カリクレイン活性を低下させる方法であって、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNAまたは発明24~34のいずれか一つに記載の組成物を投与することを含み、それによって対象における総血漿カリクレイン活性を低下させる、前記方法。
[発明49]
前記総血漿カリクレイン活性が、前記対象において60%より大きく低下する、発明48に記載の方法。
[発明50]
発明43~49のいずれか一つに記載の方法を実施するための医薬の調製における、発明1~23のいずれか一つに記載のガイドRNA、または発明24~34のいずれか一つに記載の組成物の使用。

Claims (50)

  1. ガイドRNAであって、
    a.配列番号15、8、および41から選択される配列に対して少なくとも95%、90%、もしくは85%同一であるガイド配列、
    b.配列番号15、8、および41から選択される配列の少なくとも17、18、もしくは9個の連続ヌクレオチドを含むガイド配列、または
    c.配列番号15、8、および41から選択されるガイド配列を含む、
    前記ガイドRNA。
  2. 前記ガイドRNAが、5’から3’への順で(1)前記ガイド配列および(2)配列番号202の配を含シングルガイドRNA(sgRNA)である、請求項1に記載のガイドRNA。
  3. 前記ガイドRNAが、5’から3’への順で(1)前記ガイド配列ならびに(2)配列番号171、170、172、および173から選択される配を含むシングルガイドRNA(sgRNA)である、請求項1に記載のガイドRNA。
  4. 前記ガイドRNAが、3’テールをさらに含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  5. 前記ガイドRNAが、修飾を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  6. 前記修飾が、(1)5’末端修飾、(2)3’末端修飾、および(3)ヘアピン領域における修飾のうちの少なくとも1つを含む、請求項5に記載のガイドRNA。
  7. 前記修飾が、(1)2’-O-メチル(2’-O-Me)修飾ヌクレオチド、(2)ヌクレオチド間ホスホロチオエート(PS)結合、および(3)2’-フルオル(fluor)(2’F)修飾ヌクレオチドのうちの少なくとも1つを含む、請求項1~のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  8. 前記ガイドRNAが、5’から3’への順で(1)前記ガイド配列および(2)配列番号171の配を含シングルガイドRNA(sgRNA)である、請求項1および3~のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  9. 配列番号171の前記配列が、配列番号405の配列のパターンに従って修飾されたものである、請求項に記載のガイドRNA。
  10. 前記ガイドRNAが、5’から3’への順で(1)前記ガイド配列および(2)配列番号173の配を含シングルガイドRNA(sgRNA)である、請求項1に記載のガイドRNA。
  11. 配列番号173の前記配列が、配列番号248~255および450の配列のいずれか1つのパターンに従って修飾されたものである、請求項10に記載のガイドRNA。
  12. 前記ガイド配列が、配列番号15の配列である、請求項11のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  13. 前記ガイド配列が、配列番号8の配列である、請求項11のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  14. 前記ガイド配列が、配列番号41の配列である、請求項11のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  15. 前記ガイドRNAが、配列番号300の配列の修飾パターンを含み配列番号300の配列中のNが、前記ガイド配列を形成する、請求項1および4~のいずれか一項に記載のガイドRNA。
  16. 配列番号300の配列中の各Nが、任意の天然または非天然ヌクレオチドである、請求項15に記載のガイドRNA。
  17. 前記ガイド配列が、配列番号15の配列であり、前記ガイドRNAが、mG*mG*mA*UUGCGUAUGGGACACAAGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mU(ここで、「mA」、「mC」、「mU」および「mG」、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、かつ、、ホスホロチオエート結合を示す。)の配列を含む、請求項15に記載のガイドRNA。
  18. 前記ガイド配列が、配列番号8の配列であり、前記ガイドRNAが、mU*mA*mC*CCGGGAGUUGACUUUGGGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mU(ここで、「mA」、「mC」、「mU」および「mG」、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、かつ、、ホスホロチオエート結合を示す。)の配列を含む、請求項15に記載のガイドRNA。
  19. 前記ガイド配列が、配列番号41の配列であり、前記ガイドRNAが、mU*mA*mU*UAUCAAAUCACAUUACCGUUUUAGAmGmCmUmAmGmAmAmAmUmAmGmCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAmAmCmUmUmGmAmAmAmAmAmGmUmGmGmCmAmCmCmGmAmGmUmCmGmGmUmGmCmU*mU*mU*mU(ここで、「mA」、「mC」、「mU」および「mG」、2’-O-Meで修飾されたヌクレオチドを示し、かつ、、ホスホロチオエート結合を示す。)の配列を含む、請求項15に記載のガイドRNA。
  20. 請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAを含む、組成物。
  21. RNAガイドDNA結合剤、またはRNAガイドDNA結合剤をコードする核酸をさらに含む、請求項20に記載の組成物。
  22. 前記RNAガイドDNA結合剤をコードする核酸が、RNAガイドDNA結合剤をコードするオープンリーディングフレーム(ORF)を含むmRNAを含む、請求項21に記載の組成物。
  23. 前記RNAガイドDNA結合剤が、Cas9である、請求項21または22に記載の組成物。
  24. 前記Cas9が、S.pyogenes Cas9である、請求項23に記載の組成物。
  25. 前記RNAガイドDNA結合剤が、Cas9であり、前記Cas9をコードする前記ORFが、配列番号501~516の配列から選択されるmRNA由来のORFを含む、請求項22に記載の組成物。
  26. 前記Cas9をコードする前記ORFが、配列番号511の配列のmRNA由来のORFを含む、請求項25に記載の組成物。
  27. 前記ORFが、修飾ORFである、請求項2226のいずれか一項に記載の組成物。
  28. 薬学的賦形剤をさらに含む、請求項2027のいずれか一項に記載の組成物。
  29. 前記ガイドRNAが、脂質ナノ粒子(LNP)と会合している、請求項2028のいずれか一項に記載の組成物。
  30. 前記LNPが、イオン化可能な脂質を含む、請求項29に記載の組成物。
  31. 前記イオン化可能な脂質が、(9Z,12Z)-3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピルオクタデカ-9,12-ジエノエートであり、3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピル(9Z,12Z)-オクタデカ-9,12-ジエノエートとも呼ばれる、請求項30に記載の組成物。
  32. 前記LNPが、(9Z,12Z)-3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピルオクタデカ-9,12-ジエノエート(3-((4,4-ビス(オクチルオキシ)ブタノイル)オキシ)-2-((((3-(ジエチルアミノ)プロポキシ)カルボニル)オキシ)メチル)プロピル(9Z,12Z)-オクタデカ-9,12-ジエノエートとも呼ばれる)と、DSPCと、コレステロールと、PEG2k-DMGと、を含む、請求項2931のいずれか一項に記載の組成物。
  33. 請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を含む、薬学的組成物。
  34. 請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAを含む、薬学的組成物であって、Cas9またはCas9をコードする核酸を含み、前記Cas9をコードする前記核酸が、配列番号501~516の配列から選択されるmRNA由来のORFを含む、前記薬学的組成物。
  35. 前記Cas9をコードする前記ORFが、配列番号511の配列のmRNA由来のORFを含む、請求項34に記載の組成物。
  36. 細胞内のKLKB1遺伝子内の二本鎖切断もしくは一本鎖切断を誘導する、および/または細胞内のKLKB1の発現を低下させることに使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を含む薬学的組成物。
  37. 細胞または対象において前記KLKB1遺伝子の発現を低下させることに使用するための、請求項36に記載の薬学的組成物。
  38. 遺伝性血管浮腫(HAE)を有する対象を治療することに使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を含む薬学的組成物。
  39. 前記治療が、HAE発作の頻度および/または重症度を低下させることを含む、請求項38に記載の薬学的組成物。
  40. HAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および/または蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、ならびに窒息のうちの少なくとも1つを治療および/または予防することに使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を含む薬学的組成物。
  41. 対象において、総血漿カリクレイン活性を低下させる、および/またはプレカリクレインおよび/もしくはカリクレインレベルを低下させることに使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を含む薬学的組成物。
  42. 前記総血漿カリクレイン活性が、60%より大きく低下する、請求項41に記載の薬学的組成物。
  43. 胞内のKLKB1遺伝子内の二本鎖切断もしくは一本鎖切断を誘導する、および/または細胞内のKLKB1の発現を低下する方法に使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項20~32のいずれか一項に記載の組成物であって、前記方法は、細胞を、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物と接触させることを含む、前記ガイドRNAまたは組成物
  44. 前記細胞が、対象内のものである、請求項43に記載のガイドRNAまたは組成物
  45. 遺伝性血管浮腫(HAE)を有する対象を治療する方法に使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項20~32のいずれか一項に記載の組成物であって、前記方法は、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含み、それによって前記対象を治療する、前記ガイドRNAまたは組成物
  46. 前記対象を治療することが、HAE発作の頻度および/または重症度を低下させることを含む、請求項45に記載のガイドRNAまたは組成物
  47. HAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および/または蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、ならびに窒息のうちの少なくとも1つを治療および/または予防する方法に使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項20~32のいずれか一項に記載の組成物であって、前記方法は、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含み、それによって、前記対象においてHAEに関連する血管浮腫、ブラジキニン産生および/または蓄積、ブラジキニン誘発性腫脹、気道の血管浮腫閉塞、ならびに窒息のうちの少なくとも1つを治療および/または予防する、前記ガイドRNAまたは組成物
  48. 対象における総血漿カリクレイン活性を低下させる方法に使用するための、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項20~32のいずれか一項に記載の組成物であって、前記方法は、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは請求項2032のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含み、それによって前記対象における総血漿カリクレイン活性を低下させる、前記ガイドRNAまたは組成物
  49. 前記総血漿カリクレイン活性が、前記対象において60%より大きく低下する、請求項48に記載のガイドRNAまたは組成物
  50. 請求項43~49のいずれか一項に記載のガイドRNAまたは組成物が使用される方法を実施するための医薬の調製における、請求項1~19のいずれか一項に記載のガイドRNA、または請求項2032のいずれか一項に記載の組成物の使用。
JP2022547680A 2020-02-07 2021-02-05 カリクレイン(klkb1)遺伝子編集のための組成物および方法 Pending JP2023512758A (ja)

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