JPWO2020132408A5

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Publication number: JPWO2020132408A5
Application number: JP2021536091A
Authority: JP
Publication date: 2022-12-21

Claims

試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種核酸を特異的に検出するための方法であって、
（１）試料であって、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種核酸を含有する疑いがある試料を、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも２つのオリゴマーと接触させることであって、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（ａ）
（ｉ）長さが約１４～約２０個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６２の配列に含有され、配列番号１６３の配列を含むか、または
（ｉｉ）長さが約１４～約２５個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６６の配列に含有され、配列番号１６７もしくは配列番号１６８の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも１つの第１の増幅オリゴマー、および
（ｂ）長さが約１５～約３３個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６９に含有され、配列番号１７１、配列番号１７２、または配列番号１７３の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも１つの第２の増幅オリゴマー、を含む、接触させることと、
（２）インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、前記試料中に存在する任意のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ標的核酸が、増幅産物を生成するためのテンプレートとして使用される、実施することと、
（３）前記増幅産物の存在または非存在を検出し、それによって前記試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の存在または非存在を示すことと、を含む、方法。
前記少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号２１、２３～２５、３２、３３、３５、５４、および５５からなる群から選択されるか、
（Ｂ）配列番号１６４の配列に含有され、配列番号１６５の配列を含むか、
（Ｃ）配列番号１６７の配列を含むか、
（Ｄ）配列番号２８～３１、３４、４０、４１、および４９～５１からなる群から選択されるか、
（Ｅ）配列番号１６８の配列を含むか、または
（Ｆ）配列番号３８、３９、４３、４４、および５３からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号８０～８２および８５～１００からなる群から選択されるか、または
（Ｂ）配列番号１７０に含有され、配列番号１７１もしくは配列番号１７２の配列を含む、請求項１または２に記載の方法。
前記第２の増幅オリゴマーが、
（Ａ）プロモータープライマーか、
（Ｂ）前記標的ハイブリダイズ配列の５'に位置するプロモーター配列を含むプロモータープロバイダーか、
（Ｃ）前記標的ハイブリダイズ配列の５'に位置するプロモーター配列を含むプロモータープロバイダーであって、前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列であるか、または
（Ｄ）配列番号５７～５９および６２～７７からなる群から選択される配列、を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
前記第１および第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列がそれぞれ、
（Ａ）配列番号３０および配列番号８２、
（Ｂ）配列番号３３および配列番号８２、
（Ｃ）配列番号４９および配列番号８２、
（Ｄ）配列番号２１および配列番号８９、
（Ｅ）配列番号３０および配列番号８９、
（Ｆ）配列番号３３および配列番号８９、
（Ｇ）配列番号４９および配列番号８９、
（Ｈ）配列番号２１および配列番号９２、
（Ｉ）配列番号３０および配列番号９２、
（Ｊ）配列番号２１および配列番号９４、
（Ｋ）配列番号３４および配列番号９４、
（Ｌ）配列番号５３および配列番号９４、
（Ｍ）配列番号２１および配列番号９５、
（Ｎ）配列番号３４および配列番号９５、または
（Ｏ）配列番号５３および配列番号９５、である、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーが、少なくとも２つの第１の増幅オリゴマーを含み、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（Ａ）配列番号１６７の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマーか、または配列番号３４の配列の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、および
（Ｂ）配列番号１６８の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマーか、配列番号５３の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマーか、配列番号１６４の配列に含有され、配列番号１６５の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマーか、または配列番号２１の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーが、少なくとも２つの第２の増幅オリゴマーを含み、前記少なくとも２つの第２の増幅オリゴマーが、
配列番号９４の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、および配列番号９５の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、からなる群から選択される、請求項１または６に記載の方法。
ステップ（１）の前に前記試料中の他の構成成分から前記標的核酸を精製することをさらに含み、前記精製ステップが、前記試料を、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、長さが最大約３０個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１１～１５、１７、１９、および２０からなる群から選択される配列（そのＤＮＡ等価物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
前記検出するステップ（３）が、前記インビトロ核酸増幅反応を、少なくとも１つの検出プローブオリゴマーと、前記増幅産物の前記存在または非存在が判定される条件下で接触させ、
前記検出プローブオリゴマーが、標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出プローブオリゴマー標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）長さ約１３～約４０個のヌクレオチドであり、配列番号１９６の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、および配列番号１７８からなる群から選択される配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）を含むか、または
（Ｂ）配列番号１３１、１３２、１３５、１４０、１４５、１４７～１５７、および１５９～１６１（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）からなる群から選択され、
それによって前記試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種の前記存在または非存在を示すことを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
前記検出プローブオリゴマー標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７４または配列番号１７５の配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）を含むか、
（Ｂ）配列番号１３１、１３２、１３５、１４０、１４７～１５７、１６０、および１６１（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）からなる群から選択されるか、あるいは
（Ｃ）配列番号１７７および１７８（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）からなる群から選択される配列を含む、請求項９に記載の方法。
前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが、第１の検出プローブオリゴマーおよび第２の検出プローブオリゴマーを含み、
（Ａ）前記第１の検出プローブオリゴマーが、配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７５の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、標的ハイブリダイズ配列を含むか、または配列番号１５７の標的ハイブリダイズ配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含み、
（Ｂ）前記第２の検出プローブオリゴマーが、配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７６の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、標的ハイブリダイズ配列を含むか、または配列番号１４８および配列番号１５２からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）を含む、請求項１０に記載の方法。
ステップ（２）での前記増幅反応が、等温増幅反応、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応、リアルタイム増幅反応、またはリアルタイムＴＭＡ反応である、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種の存在または非存在を判定するための少なくとも２つのオリゴマーの組み合わせであって、前記オリゴマーの組み合わせが、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも２つのオリゴマーを含み、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（ａ）
（ｉ）長さが約１４～約２０個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６２の配列に含有され、配列番号１６３の配列を含むか、または
（ｉｉ）長さが約１４～約２５個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６６の配列に含有され、配列番号１６７もしくは配列番号１６８の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーと、
（ｂ）長さが約１５～約３３個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１６９に含有され、配列番号１７１、配列番号１７２、または配列番号１７３の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーと、を含む、オリゴマーの組み合わせ。
前記少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号２１、２３～２５、３２、３３、３５、５４、および５５からなる群から選択されるか、
（Ｂ）配列番号１６４の配列に含有され、配列番号１６５の配列を含むか、
（Ｃ）配列番号１６７の配列を含むか、
（Ｄ）配列番号２８～３１、３４、４０、４１、および４９～５１からなる群から選択されるか、
（Ｅ）配列番号１６８の配列を含むか、または
（Ｆ）配列番号３８、３９、４３、４４、および５３からなる群から選択される、請求項１３に記載の組み合わせ。
前記少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号８０～８２および８５～１００からなる群から選択されるか、または
（Ｂ）配列番号１７０に含有され、配列番号１７１もしくは配列番号１７２の配列を含む、請求項１３または１４に記載の組み合わせ。
前記第２の増幅オリゴマーが、
（Ａ）プロモータープライマーか、
（Ｂ）前記標的ハイブリダイズ配列の５'に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープロバイダーか、
（Ｃ）前記標的ハイブリダイズ配列の５'に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープロバイダーであって、前記プロモーター配列が、Ｔ７プロモーター配列であるか、または
（Ｄ）配列番号５７～５９および６２～７７からなる群から選択される配列、を含む、請求項１３～１５のいずれか一項に記載の組み合わせ。
前記第１および第２の増幅オリゴマーの前記標的ハイブリダイズ配列がそれぞれ、
（Ａ）配列番号３０および配列番号８２、
（Ｂ）配列番号３３および配列番号８２、
（Ｃ）配列番号４９および配列番号８２、
（Ｄ）配列番号２１および配列番号８９、
（Ｅ）配列番号３０および配列番号８９、
（Ｆ）配列番号３３および配列番号８９、
（Ｇ）配列番号４９および配列番号８９、
（Ｈ）配列番号２１および配列番号９２、
（Ｉ）配列番号３０および配列番号９２、
（Ｊ）配列番号２１および配列番号９４、
（Ｋ）配列番号３４および配列番号９４、
（Ｌ）配列番号５３および配列番号９４、
（Ｍ）配列番号２１および配列番号９５、
（Ｎ）配列番号３４および配列番号９５、または
（Ｏ）配列番号５３および配列番号９５、である、請求項１６に記載の組み合わせ。
前記少なくとも１つの第１の増幅オリゴマーが、少なくとも２つの第１の増幅オリゴマーを含み、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（Ａ）配列番号１６７の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、または配列番号３４である標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、および
（Ｂ）配列番号１６８の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、配列番号５３である標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、配列番号１６４に含有され、配列番号１６５の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、または配列番号２１を含む標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマーである、請求項１３に記載の組み合わせ。
前記少なくとも１つの第２の増幅オリゴマーが、少なくとも２つの第２の増幅オリゴマーを含み、前記少なくとも２つの第２の増幅オリゴマーが、
配列番号９４の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、および配列番号９５の標的ハイブリダイズ配列を含む増幅オリゴマー、からなる群から選択される、請求項１３または１８に記載の組み合わせ。
少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含み、前記捕捉プローブオリゴマーが、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している標的ハイブリダイズ配列を含み、前記標的ハイブリダイズ配列が、長さが最大約３０個の連続するヌクレオチドであり、配列番号１１～１５、１７、１９、および２０からなる群から選択される配列（そのＤＮＡ等価物およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）を含む、請求項１３～１９のいずれか一項に記載の組み合わせ。
少なくとも１つの検出プローブオリゴマーをさらに含み、前記検出プローブオリゴマーが標的ハイブリダイズ配列を含み、前記検出プローブオリゴマー標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）長さ約１３～約４０個のヌクレオチドであり、配列番号１９６の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、および配列番号１７８からなる群から選択される配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）を含むか、または
（Ｂ）配列番号１３１、１３２、１３５、１４０、１４５、１４７～１５７、および１５９～１６１（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む）からなる群から選択される、請求項１３～２０のいずれか一項に記載の組み合わせ。
前記検出プローブオリゴマー標的ハイブリダイズ配列が、
（Ａ）配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、配列番号１７４および配列番号１７５からなる群から選択される配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）を含むか、
（Ｂ）配列番号１３１、１３２、１３５、１４０、１４７～１５７、１６０、および１６１（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）からなる群から選択されるか、あるいは
（Ｃ）配列番号１７７および１７８（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）からなる群から選択される配列を含む、請求項２１に記載の組み合わせ。
前記少なくとも１つの検出プローブオリゴマーが、第１の検出プローブオリゴマーおよび第２の検出プローブオリゴマーを含み、
（Ａ）前記第１の検出プローブオリゴマーが、配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７５の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、標的ハイブリダイズ配列を含むか、または配列番号１５７の標的ハイブリダイズ配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含み、
（Ｂ）前記第２の検出プローブオリゴマーが、配列番号１９７の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラに含有され、かつ配列番号１７６の配列もしくはその相補体、またはそのＤＮＡ等価物もしくはＤＮＡ／ＲＮＡキメラを含む、標的ハイブリダイズ配列を含むか、または配列番号１４８および配列番号１５２からなる群から選択される標的ハイブリダイズ配列（その相補体、ＤＮＡ等価物、およびＤＮＡ／ＲＮＡ等価物を含む）を含む、請求項２１に記載の組み合わせ。
前記少なくとも２つのオリゴマーが、キットまたは反応混合物から提供される、請求項１３～２３のいずれか一項に記載の組み合わせ。
試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種核酸を特異的に検出するための方法であって、
（１）試料であって、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種核酸を含有する疑いがある試料を、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも２つのオリゴマーと接触させることであって、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（ａ）配列番号１８５の配列に含有され、配列番号３７、配列番号４６、または配列番号１８７の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、増幅オリゴマー、および
（ｂ）配列番号１８８に含有され、配列番号８３、配列番号８４、または配列番号１８２の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、増幅オリゴマーを含む、接触させることと、
（２）インビトロ核酸増幅反応を実施することであって、前述の試料中に存在する任意のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ標的核酸が、増幅産物を生成するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を実施することと、
（３）前記増幅産物の存在または非存在を検出し、それによって前記試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の存在または非存在を示すことと、を含む、方法。
試料中のＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ種の存在または非存在を判定するための少なくとも２つのオリゴマーの組み合わせであって、前記オリゴマーの組み合わせが、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ種標的核酸の標的領域を増幅するための少なくとも２つのオリゴマーを含み、前記少なくとも２つの増幅オリゴマーが、
（ａ）配列番号１８５の配列に含有され、配列番号３７、配列番号４６、または配列番号１８７の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、増幅オリゴマーと、
（ｂ）配列番号１８８に含有され、配列番号８３、配列番号８４、または配列番号１８２の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、増幅オリゴマーと、を含む、オリゴマーの組み合わせ。