JPWO2019168961A5

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Publication number: JPWO2019168961A5
Application number: JP2020545160A
Authority: JP
Publication date: 2022-02-18

Claims

組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）の混合集団を含む組成物であって、前記ｒＡＡＶの各々が、
（ａ）約６０個のカプシドｖｐ１タンパク質、ｖｐ２タンパク質、およびｖｐ３タンパク質を含むＡＡＶカプシドであって、前記ｖｐ１、ｖｐ２、およびｖｐ３タンパク質が、
選択されるＡＡＶｖｐ１アミノ酸配列をコードする核酸配列から産生されるｖｐ１タンパク質の異種集団、
選択されるＡＡＶｖｐ２アミノ酸配列をコードする核酸配列から産生されるｖｐ２タンパク質の異種集団、
選択されるＡＡＶｖｐ３アミノ酸配列をコードする核酸配列から産生されるｖｐ３タンパク質の異種集団であり、
前記ｖｐ１、ｖｐ２、およびｖｐ３タンパク質が、前記ＡＡＶカプシド中のアスパラギン－グリシン対中の少なくとも２つの高度脱アミド化アスパラギン（Ｎ）を含むアミノ酸修飾を有する亜集団を含み、任意で他の脱アミド化アミノ酸を含む亜集団をさらに含み、前記脱アミド化が、アミノ酸変化をもたらすが、ただし、前記ｒＡＡＶが、ＡＡＶｈｕ６８ではない、ＡＡＶカプシドと、
（ｂ）前記ＡＡＶカプシド中のベクターゲノムであって、前記ベクターゲノムが、ＡＡＶ逆方向末端反復配列を含む核酸分子、および宿主細胞中で産物の発現を指示する配列と作動可能に連結される前記産物をコードする非ＡＡＶ核酸配列を含む、ベクターゲノムと、を含む、組成物。
（ａ）前記脱アミド化アスパラギンが、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸、相互変換アスパラギン酸／イソアスパラギン酸対、またはそれらの組み合わせに脱アミド化されるか、または、
（ｂ）前記カプシドが、（α）－グルタミン酸、γ－グルタミン酸、相互変換（α）－グルタミン酸／γ－グルタミン酸対、またはそれらの組み合わせに脱アミド化される脱アミド化グルタミンをさらに含む、
請求項１に記載の組成物。
前記カプシドが、
（ａ）アスパラギン－グリシン対中にある４～５個の高度脱アミド化アスパラギンを含むか、または、
（ｂ）質量分析を使用して決定されたときに、ＡＡＶ８またはＡＡＶ９の番号付けに対して５７位に６５％～１００％の脱アミド化アスパラギンを含む、
請求項１または２に記載の組成物。
（ａ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づく、配列番号１の番号付けに基づいて、Ｎ５７位、Ｎ３８３位、Ｎ５１２位、Ｎ７１８位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ＡＡＶ１カプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｂ）前記組成物が、最初のＭを伴うＡＡＶ８ｖｐ１の番号付けに基づいて、配列番号６（ＡＡＶ８ｖｐ１をコードする］のＮ５７位、Ｎ２６３位、Ｎ３８５位、Ｎ５１４位、および／またはＮ５４０位で前記カプシド中のＮの少なくとも７０％～１００％が脱アミド化されている亜集団をさらに含む、ＡＡＶ８カプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｃ）最初のＭを伴う配列番号７（ＡＡＶ９ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７位、Ｎ３２９位、Ｎ４５２位、および／またはＮ５１２位で前記カプシド中のＮの少なくとも６５％～１００％が脱アミド化されている亜集団をさらに含む、ＡＡＶ９カプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｄ）最初のＭを伴う配列番号１１２（ＡＡＶｒｈ１０ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ２６３位、Ｎ３８５位、および／またはＮ５１４位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団をさらに含む、ＡＡＶｒｈ１０カプシド（ＡＡＶｒｈ１０）を有するｒＡＡＶ、
（ｅ）最初のＭを伴う配列番号３６（ＡＡＶｈｕ３７ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ２６３位、Ｎ３８５位、および／またはＮ５１４位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団をさらに含む、ＡＡＶｈｕ３７カプシド（ＡＡＶｈｕ３７）を有するｒＡＡＶ、
（ｆ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号２の番号付けを参照して、Ｎ５７位、Ｎ３８２位、Ｎ５１２位、Ｎ７１８位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ＡＡＶ３Ｂカプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｇ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号３の番号付けを参照して、Ｎ５６位、Ｎ３４７位、Ｎ３４７位、Ｎ５０９位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ＡＡＶ５カプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｈ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号４の番号付けを参照して、Ｎ４１位、Ｎ５７位、Ｎ３８４位、Ｎ５１４位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ＡＡＶ７カプシドを有するｒＡＡＶ、
（ｉ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号５の番号付けを参照して、Ｎ５７位、Ｎ２６４位、Ｎ２９２位、Ｎ３１８位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ＡＡＶｒｈ３２．３３カプシドを有するｒＡＡＶ、あるいは
（ｊ）最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号１１１の番号付けを参照して、Ｎ５６位、Ｎ２６４位、Ｎ３１８位、Ｎ５４６位のうちの１つ以上のＮ－Ｇ対で少なくとも７０％～１００％のＮが脱アミド化されているｖｐ１、ｖｐ２、および／またはｖｐ３の亜集団を含む、ｒＡＡＶ４ベクター、を含む、
請求項１～３いずれかに記載の組成物。
前記カプシドが、ＡＡＶ８またはＡＡＶ９の番号付けに対して５７位に８０％～１００％の脱アミド化アスパラギンを含む、請求項１～４のいずれかに記載の組成物。
前記ＡＡＶｖｐ１タンパク質および／またはｖｐ３タンパク質のすべてもしくは亜集団が、そのＮおよび／またはＣ末端に約１～約５個のアミノ酸のトランケーションを有する、請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物。
ＡＡＶカプシドの脱アミド化を低減するための方法であって、前記方法が、修飾されたＡＡＶｖｐコドンを含む核酸配列からＡＡＶカプシドを産生することを含み、前記核酸配列が、
（ａ）前記修飾されたコドンがグリシン以外のアミノ酸をコードするように、参照ＡＡＶｖｐ１配列に対して前記アスパラギン－グリシン対のうちの１～３個で独立して修飾されたグリシンコドンを含むか、または、
（ｂ）前記修飾されたコドンがアスパラギン以外のアミノ酸をコードするように、参照ＡＡＶｖｐ１配列に対して少なくとも１つのアスパラギン－グリシン対で独立して修飾されたアスパラギンコドンを含む、
方法。
組換えＡＡＶの力価、効力、または形質導入を増加させるための方法であって、前記方法が、カプシド中の少なくとも１つのアスパラギン－グリシン対のアスパラギンまたはグリシンを異なるアミノ酸に変更するように修飾された少なくとも１つのＡＡＶｖｐコドンを含む核酸配列からＡＡＶカプシドを産生することを含む、方法。
（ａ）前記修飾されたコドンが、ｖ２および／またはｖｐ３領域内にあるか、または、
（ｂ）ｖｐ１固有領域内の前記アスパラギン－グリシン対が、修飾されたｒＡＡＶ中に保持される、
請求項７または８に記載の方法。
脱アミド化部位が、
（ａ）ＡＡＶ１カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づく、配列番号１の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ３８３、Ｎ５１２、および／またはＮ７１８、
（ｂ）ＡＡＶ８カプシドについて、最初のＭを伴うＡＡＶ８ｖｐ１の番号付けに基づいて、配列番号６（ＡＡＶ８ｖｐ１をコードする）のＮ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、Ｎ５１４、および／またはＮ５４０、
（ｃ）ＡＡＶ９カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号７（ＡＡＶ９ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ３２９、Ｎ４５２、および／またはＮ５１２、
（ｄ）ＡＡＶｒｈ１０カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号１１２（ＡＡＶｒｈ１０ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、および／またはＮ５１４、
（ｅ）ＡＡＶｈｕ３７カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号３６（ＡＡＶｈｕ３７ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、および／またはＮ５１４、
（ｆ）ＡＡＶ３Ｂカプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号２の番号付けを参照して、Ｎ５７、Ｎ３８２、Ｎ５１２、および／またはＮ７１８、
（ｇ）ＡＡＶ５カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号３の番号付けを参照して、Ｎ５６、Ｎ３４７、Ｎ３４７、および／またはＮ５０９、
（ｈ）ＡＡＶ７カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号４の番号付けを参照して、Ｎ４１、Ｎ５７、Ｎ３８４、および／またはＮ５１４、
（ｉ）ＡＡＶｒｈ３２．３３カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号５の番号付けを参照して、Ｎ５７、Ｎ２６４、Ｎ２９２、および／またはＮ３１８、あるいは
（ｊ）ＡＡＶ４カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号１１１の番号付けを参照して、Ｎ５６、Ｎ２６４、Ｎ３１８、および／またはＮ５４６、
以外の位置で修飾され、
任意に、前記修飾された脱アミド化部位が、（ｂ）－（ｅ）項については表Ｆ、表Ｇ、または表Ｈの部位から選択され、（ａ）及び（ｆ）－（ｊ）項については表Ａ、表Ｂ、表Ｃ、表Ｄ、表Ｅ、表Ｆ、表Ｇ、または表Ｈの部位から選択される、
請求項７～９のいずれか一項に記載の方法。
（ａ）各修飾されたコドンが、異なるアミノ酸をコードするか、または、
（ｂ）２つ以上の修飾されたコドンが、同じアミノ酸をコードする、
請求項７～１０のいずれかに記載の方法。
請求項７～１１のいずれか一項に記載の方法を使用して産生される、未修飾ＡＡＶカプシドと比較して、低減した脱アミド化を有するＡＡＶカプシドを含む、変異ｒＡＡＶ。
ＶＰ１の番号付けに基づいて、
（Ｉ）
（ａ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ（配列番号２３）、
（ｂ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ４９９Ｑ（配列番号１１５）、
（ｃ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ４５９Ｑ（配列番号１１６）、
（ｄ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ３０５Ｑ／Ｎ４５９Ｑ（配列番号１１７）、
（ｅ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ３０５Ｑ／Ｎ４９９Ｑ（配列番号１１８）、
（ｆ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ４５９Ｑ／Ｎ４９９Ｑ（配列番号１１９）、
（ｇ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５４１Ａ／Ｎ３０５Ｑ／Ｎ４５９Ｑ／Ｎ４９９Ｑ（配列番号１２０）、
（ｈ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５１５Ａ（配列番号２１）、
（ｉ）ＡＡＶ８Ｇ５１５Ａ／Ｇ５４１Ａ（配列番号２５）、
（ｊ）ＡＡＶ８Ｇ２６４Ａ／Ｇ５１５Ａ／Ｇ５４１Ａ（配列番号２７）、
（ｋ）ＡＡＶ９Ｇ３３０／Ｇ４５３Ａ（配列番号２９）、
（ｌ）ＡＡＶ９Ｇ３３０Ａ／Ｇ５１３Ａ（配列番号３１）、
（ｍ）ＡＡＶ９Ｇ４５３Ａ／Ｇ５１３Ａ（配列番号３３）、および／または
（ｎ）Ｇ３３０／Ｇ４５３Ａ／Ｇ５１３Ａ（配列番号３５）の置換のうちの１つ以上を有する、
（ＩＩ）
ＡＡＶ８ＶＰ１の番号付けに基づいて、Ｎ２６３Ａ、Ｎ５１４Ａ、またはＡＡＶＮ５４０Ａの置換のうちの１つ以上を有する、または、
（ＩＩＩ）
Ｎ５７、Ｎ９４、Ｎ２６３、Ｎ３０５、Ｇ３８６、Ｑ４６７、Ｎ４７９、および／またはＮ６５３の位置で野生型ＮＧ対が保持される、
カプシドタンパク質を有する変異ＡＡＶカプシドを有する、請求項１２に記載の変異ｒＡＡＶ。
増加した力価、効力、または形質導入を有するｒＡＡＶの集団を含む組成物であって、前記組成物が、表Ａ（ＡＡＶ１）、表Ｂ（ＡＡＶ３Ｂ）、表Ｃ（ＡＡＶ５）、表Ｄ（ＡＡＶ７）、表Ｅ（ＡＡＶｒｈ３２．３３）、表Ｆ（ＡＡＶ８）、表Ｇ（ＡＡＶ９）、または表Ｈ（ＡＡＶｈｕ３７）のうちのいずれか１つに従うカプシド脱アミド化パターンを有する脱アミド化パターンを有するｒＡＡＶと比較して、減少した総脱アミド化を有するように修飾されたカプシドを有するｒＡＡＶを含むが、ただし、前記ｒＡＡＶがＡＡＶｈｕ６８ではない、組成物。
前記ｒＡＡＶが、
（ａ）ＡＡＶ１カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づく、配列番号１の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ３８３、Ｎ５１２、および／またはＮ７１８、
（ｂ）ＡＡＶ８カプシドについて、最初のＭを伴うＡＡＶ８ｖｐ１の番号付けに基づいて、配列番号６（ＡＡＶ８ｖｐ１をコードする）のＮ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、Ｎ５１４、および／またはＮ５４０、
（ｃ）ＡＡＶ９カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号７（ＡＡＶ９ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ３２９、Ｎ４５２、および／またはＮ５１２、
（ｄ）ＡＡＶｒｈ１０カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号１１２（ＡＡＶｒｈ１０ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、および／またはＮ５１４、
（ｅ）ＡＡＶｈｕ３７カプシドについて、最初のＭを伴う配列番号３６（ＡＡＶｈｕ３７ｖｐ１をコードする）の番号付けに基づいて、Ｎ５７、Ｎ２６３、Ｎ３８５、および／またはＮ５１４、
（ｆ）ＡＡＶ３Ｂカプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号２の番号付けを参照して、Ｎ５７、Ｎ３８２、Ｎ５１２、および／またはＮ７１８、
（ｇ）ＡＡＶ５カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号３の番号付けを参照して、Ｎ５６、Ｎ３４７、Ｎ３４７、および／またはＮ５０９、
（ｈ）ＡＡＶ７カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号４の番号付けを参照して、Ｎ４１、Ｎ５７、Ｎ３８４、および／またはＮ５１４、
（ｉ）ＡＡＶｒｈ３２．３３カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号５の番号付けを参照して、Ｎ５７、Ｎ２６４、Ｎ２９２、および／またはＮ３１８、あるいは
（ｊ）ＡＡＶ４カプシドについて、最初のＭを伴う予測されたｖｐ１アミノ酸配列の番号付けに基づいて、配列番号１１１の番号付けを参照して、Ｎ５６、Ｎ２６４、Ｎ３１８、および／またはＮ５４６、
以外の位置で修飾された脱アミド化部位を有する、請求項１４に記載の組成物。