JPWO2018199275A1 - 卵巣腫瘍の検出のためのキット、デバイス及び方法 - Google Patents
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Abstract
Description
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p及びmiR−642a−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸を含む、卵巣腫瘍の検出用キット。
であり、miR−6800−3pがhsa−miR−6800−3pであり、miR−722−5pがhsa−miR−4722−5pであり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6795−5pがhsa−miR−6795−5pであり、miR−365a−5pがhsa−miR−365a−5pであり、miR−498がhsa−miR−498であり、miR−6797−5pがhsa−miR−6797−5pであり、miR−1470がhsa−miR−1470であり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−5196−5pがhsa−miR−5196−5pであり、miR−208a−5pがhsa−miR−208a−5pであり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−6510−5pがhsa−miR−6510−5pであり、miR−504−3pがhsa−miR−504−3pであり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−4430がhsa−miR−4430であり、miR−3195がhsa−miR−3195であり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−6515−5pがhsa−miR−6515−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−1181がhsa−miR−1181であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5010−5pがhsa−miR−5010−5pであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−6124がhsa−miR−6124であり、miR−1249−5pがhsa−miR−1249−5pであり、miR−6511b−5pがhsa−miR−6511b−5pであり、miR−1254がhsa−miR−1254であり、miR−4727−3pがhsa−miR−4727−3pであり、miR−4259がhsa−miR−4259であり、miR−4771がhsa−miR−4771であり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−4480がhsa−miR−4480であり、miR−4740−5pがhsa−miR−4740−5pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pであり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−6743−5pがhsa−miR−6743−5pであり、miR−6771−5pがhsa−miR−6771−5pであり、miR−3141がhsa−miR−3141であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、miR−6891−5pがhsa−miR−6891−5pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pである、(1)に記載のキット。
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)上記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)上記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
であり、miR−6800−3pがhsa−miR−6800−3pであり、miR−722−5pがhsa−miR−4722−5pであり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6795−5pがhsa−miR−6795−5pであり、miR−365a−5pがhsa−miR−365a−5pであり、miR−498がhsa−miR−498であり、miR−6797−5pがhsa−miR−6797−5pであり、miR−1470がhsa−miR−1470であり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−5196−5pがhsa−miR−5196−5pであり、miR−208a−5pがhsa−miR−208a−5pであり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−6510−5pがhsa−miR−6510−5pであり、miR−504−3pがhsa−miR−504−3pであり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−4430がhsa−miR−4430であり、miR−3195がhsa−miR−3195であり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−6515−5pがhsa−miR−6515−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−1181がhsa−miR−1181であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5010−5pがhsa−miR−5010−5pであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−6124がhsa−miR−6124であり、miR−1249−5pがhsa−miR−1249−5pであり、miR−6511b−5pがhsa−miR−6511b−5pであり、miR−1254がhsa−miR−1254であり、miR−4727−3pがhsa−miR−4727−3pであり、miR−4259がhsa−miR−4259であり、miR−4771がhsa−miR−4771であり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−4480がhsa−miR−4480であり、miR−4740−5pがhsa−miR−4740−5pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pであり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−6743−5pがhsa−miR−6743−5pであり、miR−6771−5pがhsa−miR−6771−5pであり、miR−3141がhsa−miR−3141であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、miR−6891−5pがhsa−miR−6891−5pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pである、(8)に記載のデバイス。
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)上記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(8)又は(9)に記載のデバイス。
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)上記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバイス。
pであり、miR−6800−3pがhsa−miR−6800−3pであり、miR−722−5pがhsa−miR−4722−5pであり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6795−5pがhsa−miR−6795−5pであり、miR−365a−5pがhsa−miR−365a−5pであり、miR−498がhsa−miR−498であり、miR−6797−5pがhsa−miR−6797−5pであり、miR−1470がhsa−miR−1470であり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−5196−5pがhsa−miR−5196−5pであり、miR−208a−5pがhsa−miR−208a−5pであり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−6510−5pがhsa−miR−6510−5pであり、miR−504−3pがhsa−miR−504−3pであり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−4430がhsa−miR−4430であり、miR−3195がhsa−miR−3195であり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−6515−5pがhsa−miR−6515−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−1181がhsa−miR−1181であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5010−5pがhsa−miR−5010−5pであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−6124がhsa−miR−6124であり、miR−1249−5pがhsa−miR−1249−5pであり、miR−6511b−5pがhsa−miR−6511b−5pであり、miR−1254がhsa−miR−1254であり、miR−4727−3pがhsa−miR−4727−3pであり、miR−4259がhsa−miR−4259であり、miR−4771がhsa−miR−4771であり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−4480がhsa−miR−4480であり、miR−4740−5pがhsa−miR−4740−5pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pであり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−6743−5pがhsa−miR−6743−5pであり、miR−6771−5pがhsa−miR−6771−5pであり、miR−3141がhsa−miR−3141であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、miR−6891−5pがhsa−miR−6891−5pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pである、(17)〜(19)のいずれかに記載の方法。
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)上記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(17)〜(19)のいずれかに記載の方法。
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)上記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(22)又は(23)に記載の方法。
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、DNA、RNAなどの略号による表示は、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(日本国特許庁編)及び当技術分野における慣用に従うものとする。
本明細書において「Tm値」とは、ポリヌクレオチドの二本鎖部分が一本鎖へと変性し、二本鎖と一本鎖が1:1の比で存在する温度を意味する。
本明細書で使用される「hsa−miR−1307−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1307−3p」という用語は、配列番号8に記載のhsa−miR−1307−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005951)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−1307−3p遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610−621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1307−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1307」(miRBase Accession No.MI0006444、配列番号283)が知られている。
1.卵巣腫瘍の標的核酸
本発明の上記定義の卵巣腫瘍検出用の核酸プローブ又はプライマーなどの核酸を使用して、卵巣腫瘍又は卵巣腫瘍細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、卵巣腫瘍マーカーとしての主要な標的核酸には、hsa−miR−4675、hsa−miR−4783−3p、hsa−miR−1228−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−320b、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−4730、hsa−miR−6885−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−1203、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−373−5p、hsa−miR−1268a、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4258、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−4515、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−885−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−4787−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−4706、hsa−miR−1249−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4690−5p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4710、hsa−miR−6775−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−7977、hsa−miR−8069、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−4687−5p、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−4525、hsa−miR−3158−5p、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−614、hsa−miR−4689、hsa−miR−1185−2−3p、hsa−miR−1268b、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−1185−1−3p、hsa−miR−940、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−1275、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−4718、hsa−miR−4286、hsa−miR−8059、hsa−miR−4447、hsa−miR−4448、hsa−miR−658、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−6742−5p、hsa−miR−6729−3p、hsa−miR−5090、hsa−miR−7975、hsa−miR−4505、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−4708−3p、hsa−miR−6131、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−4734、hsa−miR−3194−3p、hsa−miR−638、hsa−miR−2467−3p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−4429、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−3160−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−1913、hsa−miR−8071、hsa−miR−3648、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−4787−5p、hsa−miR−3917、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−4433a−5p、hsa−miR−6766−5p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−6798−3p、hsa−miR−665、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−5008−5p、hsa−miR−4294、hsa−miR−6511a−5p、hsa−miR−4435、hsa−miR−4747−3p、hsa−miR−6880−3p、hsa−miR−6869−5p、hsa−miR−7150、hsa−miR−1260a、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−1229−5p、hsa−miR−4433a−3p、hsa−miR−4274、hsa−miR−4419b、hsa−miR−4674、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−6763−3p、hsa−miR−6762−5p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4513、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−4736、hsa−miR−718、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−760、hsa−miR−1199−5p、hsa−miR−6813−5p、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−1193、hsa−miR−7108−3p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−4298、hsa−miR−6796−3p、hsa−miR−4750−5p、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−1292−3p、hsa−miR−4749−3p、hsa−miR−6800−3p、hsa−miR−4722−5p、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6795−5p、hsa−miR−365a−5p、hsa−miR−498、hsa−miR−6797−5p、hsa−miR−1470、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−5196−5p、hsa−miR−208a−5p、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−3135b、hsa−miR−3131、hsa−miR−4792、hsa−miR−6510−5p、hsa−miR−504−3p、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−4430、hsa−miR−3195、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−6076、hsa−miR−6515−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−4634、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−1181、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5010−5p、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−6124、hsa−miR−1249−5p、hsa−miR−6511b−5p、hsa−miR−1254、hsa−miR−4727−3p、hsa−miR−4259、hsa−miR−4771、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−4480、hsa−miR−4740−5p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−6794−5p、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−6743−5p、hsa−miR−6771−5p、hsa−miR−3141、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−4271、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−4257、hsa−miR−4270、hsa−miR−4516、hsa−miR−4651、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6819−5p、hsa−miR−6891−5p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−642b−3p及びhsa−miR−642a−3pからなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAが含まれる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の卵巣腫瘍マーカー、すなわち、hsa−miR−320a、hsa−miR−663a、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−191−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−296−5p、hsa−miR−1246、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−422a、hsa−miR−483−5p、hsa−miR−652−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−92b−3p、hsa−miR−22−3pからなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
本発明において、卵巣腫瘍を検出するための核酸、例えば卵巣腫瘍を診断するために使用可能な核酸プローブ又はプライマーは、卵巣腫瘍の標的核酸としての、ヒト由来のhsa−miR−4675、hsa−miR−4783−3p、hsa−miR−1228−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−320b、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−4730、hsa−miR−6885−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−1203、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−373−5p、hsa−miR−1268a、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4258、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−4515、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−885−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−4787−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−4706、hsa−miR−1249−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4690−5p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4710、hsa−miR−6775−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−7977、hsa−miR−8069、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−4687−5p、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−4525、hsa−miR−3158−5p、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−614、hsa−miR−4689、hsa−miR−1185−2−3p、hsa−miR−1268b、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−1185−1−3p、hsa−miR−940、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−1275、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−4718、hsa−miR−4286、hsa−miR−8059、hsa−miR−4447、hsa−miR−4448、hsa−miR−658、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−6742−5p、hsa−miR−6729−3p、hsa−miR−5090、hsa−miR−7975、hsa−miR−4505、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−4708−3p、hsa−miR−6131、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−4734、hsa−miR−3194−3p、hsa−miR−638、hsa−miR−2467−3p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−4429、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−3160−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−1913、hsa−miR−8071、hsa−miR−3648、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−4787−5p、hsa−miR−3917、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−4433a−5p、hsa−miR−6766−5p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−6798−3p、hsa−miR−665、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−5008−5p、hsa−miR−4294、hsa−miR−6511a−5p、hsa−miR−4435、hsa−miR−4747−3p、hsa−miR−6880−3p、hsa−miR−6869−5p、hsa−miR−7150、hsa−miR−1260a、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−1229−5p、hsa−miR−4433a−3p、hsa−miR−4274、hsa−miR−4419b、hsa−miR−4674、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−6763−3p、hsa−miR−6762−5p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4513、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−4736、hsa−miR−718、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−760、hsa−miR−1199−5p、hsa−miR−6813−5p、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−1193、hsa−miR−7108−3p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−4298、hsa−miR−6796−3p、hsa−miR−4750−5p、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−1292−3p、hsa−miR−4749−3p、hsa−miR−6800−3p、hsa−miR−4722−5p、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6795−5p、hsa−miR−365a−5p、hsa−miR−498、hsa−miR−6797−5p、hsa−miR−1470、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−5196−5p、hsa−miR−208a−5p、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−3135b、hsa−miR−3131、hsa−miR−4792、hsa−miR−6510−5p、hsa−miR−504−3p、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−4430、hsa−miR−3195、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−6076、hsa−miR−6515−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−4634、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−1181、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5010−5p、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−6124、hsa−miR−1249−5p、hsa−miR−6511b−5p、hsa−miR−1254、hsa−miR−4727−3p、hsa−miR−4259、hsa−miR−4771、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−4480、hsa−miR−4740−5p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−6794−5p、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−6743−5p、hsa−miR−6771−5p、hsa−miR−3141、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−4271、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−4257、hsa−miR−4270、hsa−miR−4516、hsa−miR−4651、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6819−5p、hsa−miR−6891−5p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−642b−3p及びhsa−miR−642a−3p、あるいはそれらの組み合わせ、並びに、それらと場合により組み合わせることができる、hsa−miR−320a、hsa−miR−663a、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−191−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−296−5p、hsa−miR−1246、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−422a、hsa−miR−483−5p、hsa−miR−652−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−92b−3p、hsa−miR−22−3p、あるいはそれらの組み合わせ、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体の存在、発現量又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
本発明はまた、卵巣腫瘍マーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片、又は誘導体を含みうる。)の1つ又は複数を含む卵巣腫瘍検出用キット又はデバイスを提供する。
群A:
hsa−miR−4675、hsa−miR−4783−3p、hsa−miR−1228−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−320b、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−4730、hsa−miR−6885−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−1203、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−373−5p、hsa−miR−1268a、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4258、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−4515、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−885−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−4787−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−4706、hsa−miR−1249−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4690−5p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4710、hsa−miR−6775−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−7977、hsa−miR−8069、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−4687−5p、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−4525、hsa−miR−3158−5p、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−614、hsa−miR−4689、hsa−miR−1185−2−3p、hsa−miR−1268b、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−1185−1−3p、hsa−miR−940、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−1275、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−4718、hsa−miR−4286、hsa−miR−8059、hsa−miR−4447、hsa−miR−4448、hsa−miR−658、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−6742−5p、hsa−miR−6729−3p、hsa−miR−5090、hsa−miR−7975、hsa−miR−4505、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−4708−3p、hsa−miR−6131、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−4734、hsa−miR−3194−3p、hsa−miR−638、hsa−miR−2467−3p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−4429、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−3160−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−1913、hsa−miR−8071、hsa−miR−3648、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−4787−5p、hsa−miR−3917、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−4433a−5p、hsa−miR−6766−5p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−6798−3p、hsa−miR−665、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−5008−5p、hsa−miR−4294、hsa−miR−6511a−5p、hsa−miR−4435、hsa−miR−4747−3p、hsa−miR−6880−3p、hsa−miR−6869−5p、hsa−miR−7150、hsa−miR−1260a、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−1229−5p、hsa−miR−4433a−3p、hsa−miR−4274、hsa−miR−4419b、hsa−miR−4674、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−6763−3p、hsa−miR−6762−5p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4513、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−4736、hsa−miR−718、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−760、hsa−miR−1199−5p、hsa−miR−6813−5p、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−1193、hsa−miR−7108−3p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−4298、hsa−miR−6796−3p、hsa−miR−4750−5p、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−1292−3p、hsa−miR−4749−3p、hsa−miR−6800−3p、hsa−miR−4722−5p、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6795−5p、hsa−miR−365a−5p、hsa−miR−498、hsa−miR−6797−5p、hsa−miR−1470、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−5196−5p、hsa−miR−208a−5p、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−3135b、hsa−miR−3131、hsa−miR−4792、hsa−miR−6510−5p、hsa−miR−504−3p、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−4430、hsa−miR−3195、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−6076、hsa−miR−6515−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−4634、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−1181、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5010−5p、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−6124、hsa−miR−1249−5p、hsa−miR−6511b−5p、hsa−miR−1254、hsa−miR−4727−3p、hsa−miR−4259、hsa−miR−4771、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−4480、hsa−miR−4740−5p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−6794−5p、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−6743−5p、hsa−miR−6771−5p、hsa−miR−3141、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−4271、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−4257、hsa−miR−4270、hsa−miR−4516、hsa−miR−4651、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6819−5p、hsa−miR−6891−5p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−642b−3p及びhsa−miR−642a−3p。
群B:
hsa−miR−320a、hsa−miR−663a、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−191−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−296−5p、hsa−miR−1246、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−422a、hsa−miR−483−5p、hsa−miR−652−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−92b−3p、hsa−miR−22−3p。
(2)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(1)配列番号256、228の組合せ
(2)配列番号47、228の組合せ
(3)配列番号228、9、229の組合せ
(4)配列番号228、9、78の組合せ
(5)配列番号228、9、82の組合せ
(6)配列番号228、9、268の組合せ
(7)配列番号229、260、228の組合せ
(8)配列番号228、9、247の組合せ
(9)配列番号228、9、62の組合せ
(10)配列番号228、9、217の組合せ
(11)配列番号256、228、9の組合せ
(12)配列番号256、228、260の組合せ
(13)配列番号228、9、234の組合せ
(14)配列番号229、20、228の組合せ
(15)配列番号47、228、82の組合せ
(16)配列番号145、260、228の組合せ
(17)配列番号228、9、145の組合せ
(18)配列番号228、9、268、160の組合せ
(19)配列番号228、9、82、268の組合せ
(20)配列番号228、9、268、196の組合せ
(21)配列番号145、260、228、250の組合せ
(22)配列番号145、260、228、62の組合せ
(23)配列番号228、9、268、230の組合せ
(24)配列番号229、260、228、2の組合せ
(25)配列番号228、9、268、62の組合せ
(26)配列番号229、260、228、172の組合せ
(27)配列番号229、260、228、4の組合せ
(28)配列番号229、260、228、34の組合せ
(29)配列番号229、260、228、56の組合せ
(30)配列番号229、20、228、4の組合せ
(31)配列番号229、20、228、102の組合せ
(32)配列番号145、260、228、89の組合せ
(33)配列番号228、9、229、82の組合せ
(34)配列番号228、9、78、62の組合せ
(35)配列番号229、260、228、157の組合せ
(36)配列番号229、260、228、231の組合せ
(37)配列番号256、228、260、232の組合せ
(38)配列番号228、9、229、117の組合せ
(39)配列番号228、9、229、62の組合せ
(40)配列番号228、9、78、172の組合せ
(41)配列番号228、9、78、3の組合せ
(42)配列番号228、9、82、268、196の組合せ
(43)配列番号229、20、228、4、172の組合せ
(44)配列番号228、9、82、268、233の組合せ
(45)配列番号228、9、268、196、89の組合せ
(46)配列番号228、9、268、160、82の組合せ
(47)配列番号228、9、268、196、256の組合せ
(48)配列番号228、9、78、62、238の組合せ
(49)配列番号228、9、268、196、172の組合せ
(50)配列番号256、228、260、232、196の組合せ
(51)配列番号228、9、268、160、230の組合せ
(52)配列番号256、196、260、268、228の組合せ
(53)配列番号228、9、268、196、62の組合せ
(54)配列番号228、9、268、196、244の組合せ
(55)配列番号228、9、268、196、135の組合せ
(56)配列番号229、260、228、2、217の組合せ
(57)配列番号228、9、268、62、233の組合せ
(58)配列番号229、260、228、172、230の組合せ
(59)配列番号229、260、228、56、33の組合せ
(60)配列番号229、260、228、56、231の組合せ
(61)配列番号229、260、228、231、91の組合せ
(62)配列番号228、9、268、160、245の組合せ
(63)配列番号228、9、82、268、237の組合せ
(64)配列番号228、9、82、268、236の組合せ
(1)配列番号228、9、229の組合せ
(2)配列番号228、9、78の組合せ
(3)配列番号228、9、82の組合せ
(4)配列番号228、9、268の組合せ
(5)配列番号228、9、247の組合せ
(6)配列番号228、9、62の組合せ
(7)配列番号228、9、217の組合せ
(8)配列番号256、228、9の組合せ
(9)配列番号228、9、234の組合せ
(10)配列番号228、9、145の組合せ
(11)配列番号256、196、9の組合せ
(12)配列番号228、9、268、160の組合せ
(13)配列番号256、196、9、68の組合せ
(14)配列番号228、9、82、268の組合せ
(15)配列番号228、9、268、196の組合せ
(16)配列番号228、9、268、230の組合せ
(17)配列番号228、9、268、62の組合せ
(18)配列番号228、9、229、82の組合せ
(19)配列番号228、9、78、62の組合せ
(20)配列番号228、9、229、117の組合せ
(21)配列番号228、9、229、62の組合せ
(22)配列番号228、9、78、172の組合せ
(23)配列番号228、9、78、3の組合せ
(24)配列番号228、9、82、268、196の組合せ
(25)配列番号228、9、82、268、233の組合せ
(26)配列番号228、9、268、196、89の組合せ
(27)配列番号228、9、268、160、82の組合せ
(28)配列番号256、196、9、68、86の組合せ
(29)配列番号228、9、268、196、256の組合せ
(30)配列番号228、9、78、62、238の組合せ
(31)配列番号228、9、268、196、172の組合せ
(32)配列番号228、9、268、160、230の組合せ
(33)配列番号228、9、268、196、62の組合せ
(34)配列番号228、9、268、196、244の組合せ
(35)配列番号228、9、268、196、135の組合せ
(36)配列番号228、9、268、62、233の組合せ
(37)配列番号228、9、268、160、245の組合せ
(38)配列番号256、196、9、68、268の組合せ
(39)配列番号228、9、82、268、237の組合せ
(40)配列番号228、9、82、268、236の組合せ
(1)配列番号256、196の組合せ
(2)配列番号256、196、260の組合せ
(3)配列番号256、196、172の組合せ
(4)配列番号256、196、47の組合せ
(5)配列番号256、196、11の組合せ
(6)配列番号256、196、136の組合せ
(7)配列番号256、196、80の組合せ
(8)配列番号256、196、9の組合せ
(9)配列番号256、196、260、268の組合せ
(10)配列番号256、196、9、68の組合せ
(11)配列番号256、196、260、216の組合せ
(12)配列番号256、196、260、11の組合せ
(13)配列番号228、9、268、196の組合せ
(14)配列番号256、196、260、217の組合せ
(15)配列番号228、9、82、268、196の組合せ
(16)配列番号228、9、268、196、89の組合せ
(17)配列番号256、196、9、68、86の組合せ
(18)配列番号228、9、268、196、256の組合せ
(19)配列番号256、196、260、268、252の組合せ
(20)配列番号228、9、268、196、172の組合せ
(21)配列番号256、228、260、232、196の組合せ
(22)配列番号256、196、260、268、228の組合せ
(23)配列番号256、196、260、268、218の組合せ
(24)配列番号256、196、260、268、267の組合せ
(25)配列番号228、9、268、196、62の組合せ
(26)配列番号228、9、268、196、244の組合せ
(27)配列番号228、9、268、196、135の組合せ
(28)配列番号256、196、260、217、199の組合せ
(29)配列番号256、196、260、268、161の組合せ
(30)配列番号256、196、9、68、268の組合せ
(1)配列番号228、9、229の組合せ
(2)配列番号229、260、228の組合せ
(3)配列番号229、260、230の組合せ
(4)配列番号229、260、169の組合せ
(5)配列番号229、260、160の組合せ
(6)配列番号229、20、228の組合せ
(7)配列番号229、260、228、2の組合せ
(8)配列番号229、260、169、2の組合せ
(9)配列番号229、260、228、172の組合せ
(10)配列番号229、260、228、4の組合せ
(11)配列番号229、260、228、34の組合せ
(12)配列番号229、260、228、56の組合せ
(13)配列番号229、20、228、4の組合せ
(14)配列番号229、20、228、102の組合せ
(15)配列番号228、9、229、82の組合せ
(16)配列番号229、260、228、157の組合せ
(17)配列番号229、260、228、231の組合せ
(18)配列番号228、9、229、117の組合せ
(19)配列番号228、9、229、62の組合せ
(20)配列番号229、20、228、4、172の組合せ
(21)配列番号229、260、228、2、217の組合せ
(22)配列番号229、260、228、172、230の組合せ
(23)配列番号229、260、228、56、33の組合せ
(24)配列番号229、260、228、56、231の組合せ
(25)配列番号229、260、228、231、91の組合せ
(1)配列番号145、260、164の組合せ
(2)配列番号145、260、230の組合せ
(3)配列番号145、260、211の組合せ
(4)配列番号145、260、228の組合せ
(5)配列番号228、9、145の組合せ
(6)配列番号145、260、228、250の組合せ
(7)配列番号145、260、228、62の組合せ
(8)配列番号145、260、228、89の組合せ
(1)配列番号11、164、260の組合せ
(2)配列番号11、164、20の組合せ
(3)配列番号145、260、164の組合せ
本発明はさらに、本発明で使用可能な上記の核酸(或いは、例えば上記3.で説明した本発明のキット又はデバイス)を用いて、検体中のhsa−miR−4675、hsa−miR−4783−3p、hsa−miR−1228−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−320b、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−4730、hsa−miR−6885−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−1203、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−373−5p、hsa−miR−1268a、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4258、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−4515、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−885−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−4787−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−4706、hsa−miR−1249−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4690−5p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4710、hsa−miR−6775−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−7977、hsa−miR−8069、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−4687−5p、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−4525、hsa−miR−3158−5p、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−614、hsa−miR−4689、hsa−miR−1185−2−3p、hsa−miR−1268b、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−1185−1−3p、hsa−miR−940、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−1275、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−4718、hsa−miR−4286、hsa−miR−8059、hsa−miR−4447、hsa−miR−4448、hsa−miR−658、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−6742−5p、hsa−miR−6729−3p、hsa−miR−5090、hsa−miR−7975、hsa−miR−4505、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−4708−3p、hsa−miR−6131、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−4734、hsa−miR−3194−3p、hsa−miR−638、hsa−miR−2467−3p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−4429、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−3160−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−1913、hsa−miR−8071、hsa−miR−3648、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−4787−5p、hsa−miR−3917、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−4433a−5p、hsa−miR−6766−5p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−6798−3p、hsa−miR−665、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−5008−5p、hsa−miR−4294、hsa−miR−6511a−5p、hsa−miR−4435、hsa−miR−4747−3p、hsa−miR−6880−3p、hsa−miR−6869−5p、hsa−miR−7150、hsa−miR−1260a、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−1229−5p、hsa−miR−4433a−3p、hsa−miR−4274、hsa−miR−4419b、hsa−miR−4674、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−6763−3p、hsa−miR−6762−5p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4513、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−4736、hsa−miR−718、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−760、hsa−miR−1199−5p、hsa−miR−6813−5p、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−1193、hsa−miR−7108−3p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−4298、hsa−miR−6796−3p、hsa−miR−4750−5p、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−1292−3p、hsa−miR−4749−3p、hsa−miR−6800−3p、hsa−miR−4722−5p、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6795−5p、hsa−miR−365a−5p、hsa−miR−498、hsa−miR−6797−5p、hsa−miR−1470、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−5196−5p、hsa−miR−208a−5p、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−3135b、hsa−miR−3131、hsa−miR−4792、hsa−miR−6510−5p、hsa−miR−504−3p、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−4430、hsa−miR−3195、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−6076、hsa−miR−6515−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−4634、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−1181、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5010−5p、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−6124、hsa−miR−1249−5p、hsa−miR−6511b−5p、hsa−miR−1254、hsa−miR−4727−3p、hsa−miR−4259、hsa−miR−4771、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−4480、hsa−miR−4740−5p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−6794−5p、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−6743−5p、hsa−miR−6771−5p、hsa−miR−3141、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−4271、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−4257、hsa−miR−4270、hsa−miR−4516、hsa−miR−4651、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6819−5p、hsa−miR−6891−5p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−642b−3p及びhsa−miR−642a−3pで表される卵巣腫瘍由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、hsa−miR−320a、hsa−miR−663a、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−191−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−296−5p、hsa−miR−1246、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−422a、hsa−miR−483−5p、hsa−miR−652−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−92b−3p、hsa−miR−22−3pで表される卵巣腫瘍由来の遺伝子の発現量の1つ以上(例えば発現プロフィール)をin vitroで測定し、該測定された発現量(及び任意に同様に測定された健常者の対照発現量)を用いて被験体が卵巣腫瘍に罹患しているか否かをin vitroで評価することを含む、卵巣腫瘍の検出方法を提供する。本方法において、例えば、卵巣腫瘍の罹患が疑われる被験体と、卵巣腫瘍に罹患していない被験体とから採取した血液、血清、血漿等の検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、卵巣腫瘍に罹患していない被験体の対照発現量とを用いて、(例えば両発現量を比較して、)当該検体中の標的核酸の発現量に差がある場合、被験体が、卵巣腫瘍に罹患していると評価することができる。
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイスのポリヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の卵巣腫瘍(細胞)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
749−3pがhsa−miR−4749−3pであり、miR−6800−3pがhsa−miR−6800−3pであり、miR−4722−5pがhsa−miR−4722−5pであり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6795−5pがhsa−miR−6795−5pであり、miR−365a−5pがhsa−miR−365a−5pであり、miR−498がhsa−miR−498であり、miR−6797−5pがhsa−miR−6797−5pであり、miR−1470がhsa−miR−1470であり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−5196−5pがhsa−miR−5196−5pであり、miR−208a−5pがhsa−miR−208a−5pであり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−6510−5pがhsa−miR−6510−5pであり、miR−504−3pがhsa−miR−504−3pであり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−4430がhsa−miR−4430であり、miR−3195がhsa−miR−3195であり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−6515−5pがhsa−miR−6515−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−1181がhsa−miR−1181であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5010−5pがhsa−miR−5010−5pであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−6124がhsa−miR−6124であり、miR−1249−5pがhsa−miR−1249−5pであり、miR−6511b−5pがhsa−miR−6511b−5pであり、miR−1254がhsa−miR−1254であり、miR−4727−3pがhsa−miR−4727−3pであり、miR−4259がhsa−miR−4259であり、miR−4771がhsa−miR−4771であり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−4480がhsa−miR−4480であり、miR−4740−5pがhsa−miR−4740−5pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pであり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−6743−5pがhsa−miR−6743−5pであり、miR−6771−5pがhsa−miR−6771−5pであり、miR−3141がhsa−miR−3141であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、miR−6891−5pがhsa−miR−6891−5pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pである。
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されてもよい。
(a)被験体の検体から調製されたRNA(ここでステップ(b)の定量RT−PCRのために、例えばRNAの3'末端はポリアデニル化されてもよい。)又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド(cDNA)を、本発明のキットのポリヌクレオチドと結合させるステップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成されたcDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーションによって、あるいは上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT−PCRによって、測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、卵巣腫瘍(又は卵巣腫瘍由来の遺伝子)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
(a)卵巣腫瘍患者由来であること及び卵巣腫瘍を含まない被験体であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用もしくは診断用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1〜3、5及び6の判別式を作成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用もしくは診断用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて被験体が卵巣腫瘍を含むこと又は卵巣腫瘍を含まないことを決定又は評価する、或いは卵巣腫瘍由来発現量を、卵巣腫瘍に罹患していない被験体(例えば健常者を含む。)由来の対照と比較し評価する、ステップを含むことができる。
(1)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含む核酸(例えばDNA、RNAなど)のいずれかによって測定される卵巣腫瘍患者及び卵巣腫瘍に罹患していない被験者の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含む核酸(例えばDNA、RNAなど)のいずれかによって測定される卵巣腫瘍患者及び卵巣腫瘍に罹患していない被験者の血清における遺伝子発現量。
<検体の採取>
インフォームドコンセントを得た健常者400人、良性骨軟部腫瘍患者327人、乳良性疾患患者41人、卵巣がん患者406人、卵巣良性腫瘍患者28人、乳がん・胆道がん・膵臓がん・大腸がん・食道がん・胃がん・肝臓がん・肺がん患者各50人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社(日本))を用いてそれぞれ血清を採取した。なお、以下では、乳がん・胆道がん・膵臓がん・大腸がん・食道がん・胃がん・肝臓がん・肺がん患者を包括して「卵巣がん以外のがん患者」とする。
検体として上記健常者400人、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者368人、卵巣腫瘍患者434人、卵巣がん以外のがん患者400人の合計1,602人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D−Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit(東レ株式会社(日本))中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従ってtotal RNAを得た。
検体として上記健常者400人、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者368人、卵巣腫瘍患者434人、卵巣がん以外のがん患者400人の合計1,602人の血清から得たtotal RNAに対して、3D−Gene(登録商標)miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプロトコールに基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチップとして、miRBase release 21に登録されているmiRNAの中で、2,565種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D−Gene(登録商標)Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件でハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D−Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D−Gene(登録商標)Extraction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値はシグナル値0.1で置換した。その結果、健常者400人、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者368人、卵巣腫瘍患者434人、卵巣がん以外のがん患者400人の血清に対する、網羅的なmiRNAの遺伝子発現量を得た。次に、各検体群の70%の検体を学習検体群に、30%の検体をテスト検体群に振り分けた。すなわち、健常者280人、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者257人、卵巣腫瘍患者303人、卵巣がん以外のがん患者280人を学習検体群として、健常者120人、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者111人、卵巣腫瘍患者131人、卵巣がん以外のがん患者120人をテスト検体群とした。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統計解析は、R言語3.3.1(R Core Team(2016).R:A language and environment for statistical computing.R Foundation for Statistical Computing、Vienna、Austria.URL https://www.R−project.org/.)及びMASSパッケージ7.3.45(Venables、W.N.&Ripley、B.D.(2002)Modern Applied Statistics with S.Fourth Edition.Springer、New York.ISBN 0−387−95457−0)を用いて実施した。
<健常者との比較による卵巣腫瘍遺伝子マーカーの選定と単独の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍判別性能の評価方法>
本実施例では、卵巣腫瘍患者と健常者において発現量に有意差が見られるmiRNAを卵巣腫瘍遺伝子マーカーとして選定し、学習検体群を用いて1個または2個の遺伝子マーカーによる判別式を作成した上で、テスト検体群の判別精度を計算することで、上記の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍患者と健常者の判別性能を評価した。
<良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者との比較による卵巣腫瘍遺伝子マーカーの選定と単独の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍判別性能の評価方法>
本実施例では、卵巣腫瘍と良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患において発現量に有意差が見られるmiRNAを卵巣腫瘍遺伝子マーカーとして選定し、学習検体群を用いて1個または2個の遺伝子マーカーによる判別式を作成した上で、テスト検体群の判別精度を計算することで、上記の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍と良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患の判別性能を評価した。
<卵巣がん以外のがん患者との比較による卵巣腫瘍遺伝子マーカーの選定と単独の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍の判別性能の評価方法>
本実施例では、卵巣腫瘍と卵巣がん以外のがんである、乳がん・胆道がん・膵臓がん・大腸がん・食道がん・胃がん・肝臓がん・肺がんにおいて発現量に有意差が見られるmiRNAを卵巣腫瘍遺伝子マーカーとして選定し、学習検体群を用いて1個または2個の遺伝子マーカーによる判別式を作成した上で、テスト検体群の判別精度を計算することで、上記の遺伝子マーカーによる卵巣腫瘍と卵巣がん以外のがんの判別性能を評価した。
<複数の遺伝子マーカーの組合せによる卵巣腫瘍判別性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1、実施例2及び実施例3で用いた健常者、良性骨軟部腫瘍及び乳良性疾患患者及び卵巣がん以外のがん患者(すなわち、卵巣腫瘍に罹患していない被験者)を陰性検体群、卵巣腫瘍患者を陽性検体群として、卵巣腫瘍の判別性能が高い遺伝子マーカーの組み合せを探索した。
本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願はそのまま引用により本明細書に組み入れられるものとする。
Claims (18)
- 卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p及びmiR−642a−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸を含む、卵巣腫瘍の検出用キット。
- 前記核酸が、下記の(a)〜(e)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項1に記載のキット。 - 前記キットが、別の卵巣腫瘍マーカーである、miR−320a、miR−663a、miR−328−5p、miR−128−2−5p、miR−125a−3p、miR−191−5p、miR−92b−5p、miR−296−5p、miR−1246、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−1290、miR−211−3p、miR−744−5p、miR−135a−3p、miR−451a、miR−625−3p、miR−92a−3p、miR−422a、miR−483−5p、miR−652−5p、miR−24−3p、miR−23b−3p、miR−23a−3p、miR−92b−3p、miR−22−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸をさらに含む、請求項1又は2に記載のキット。
- 前記核酸が、下記の(f)〜(j)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項3に記載のキット。 - 卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p及びmiR−642a−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸を含む、卵巣腫瘍の検出用デバイス。
- 前記核酸が、下記の(a)〜(e)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項5に記載のデバイス。 - 前記デバイスが、別の卵巣腫瘍マーカーである、miR−320a、miR−663a、miR−328−5p、miR−128−2−5p、miR−125a−3p、miR−191−5p、miR−92b−5p、miR−296−5p、miR−1246、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−1290、miR−211−3p、miR−744−5p、miR−135a−3p、miR−451a、miR−625−3p、miR−92a−3p、miR−422a、miR−483−5p、miR−652−5p、miR−24−3p、miR−23b−3p、miR−23a−3p、miR−92b−3p、miR−22−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸をさらに含む、請求項5又は6に記載のデバイス。
- 前記核酸が、下記の(f)〜(j)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項7に記載のデバイス。 - 前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項5〜8のいずれか1項に記載のデバイス。
- 前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項9に記載のデバイス。
- 被験体の検体において、卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p、miR−642a−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドの発現量を測定し、該測定された発現量を用いて被験体が卵巣腫瘍に罹患していること、又は卵巣腫瘍に罹患していないことをin vitroで評価することを含む、卵巣腫瘍の検出方法。
- 卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p、miR−642a−3pから選択される少なくとも1つ又は少なくとも2つのポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの相補鎖のそれぞれと特異的に結合可能な核酸を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のキット又は請求項5〜10のいずれか1項に記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常者の対照発現量とを用いて被験体が卵巣腫瘍に罹患していること、又は卵巣腫瘍に罹患していないことをin vitroで評価することを含む、卵巣腫瘍の検出方法。
- 卵巣腫瘍マーカーである、miR−4675、miR−4783−3p、miR−1228−5p、miR−4532、miR−6802−5p、miR−6784−5p、miR−3940−5p、miR−1307−3p、miR−8073、miR−3184−5p、miR−1233−5p、miR−6088、miR−5195−3p、miR−320b、miR−4649−5p、miR−6800−5p、miR−1343−3p、miR−4730、miR−6885−5p、miR−5100、miR−1203、miR−6756−5p、miR−373−5p、miR−1268a、miR−1260b、miR−4258、miR−4697−5p、miR−1469、miR−4515、miR−6861−5p、miR−6821−5p、miR−575、miR−6805−5p、miR−4758−5p、miR−3663−3p、miR−4530、miR−6798−5p、miR−6781−5p、miR−885−3p、miR−1273g−3p、miR−4787−3p、miR−4454、miR−4706、miR−1249−3p、miR−887−3p、miR−6786−5p、miR−1238−5p、miR−6749−5p、miR−6729−5p、miR−6825−5p、miR−663b、miR−6858−5p、miR−4690−5p、miR−6765−5p、miR−4710、miR−6775−5p、miR−371a−5p、miR−6816−5p、miR−296−3p、miR−7977、miR−8069、miR−6515−3p、miR−4687−5p、miR−1343−5p、miR−7110−5p、miR−4525、miR−3158−5p、miR−6787−5p、miR−614、miR−4689、miR−1185−2−3p、miR−1268b、miR−1228−3p、miR−1185−1−3p、miR−940、miR−939−5p、miR−6757−5p、miR−1275、miR−5001−5p、miR−6826−5p、miR−6765−3p、miR−3679−3p、miR−4718、miR−4286、miR−8059、miR−4447、miR−4448、miR−658、miR−6766−3p、miR−197−5p、miR−6887−5p、miR−6742−5p、miR−6729−3p、miR−5090、miR−7975、miR−4505、miR−6889−5p、miR−4708−3p、miR−6131、miR−1225−3p、miR−6132、miR−4734、miR−3194−3p、miR−638、miR−2467−3p、miR−4728−5p、miR−5572、miR−6789−5p、miR−8063、miR−4429、miR−6840−3p、miR−4476、miR−675−5p、miR−711、miR−6875−5p、miR−3160−5p、miR−1908−5p、miR−6726−5p、miR−1913、miR−8071、miR−3648、miR−4732−5p、miR−4787−5p、miR−3917、miR−619−5p、miR−1231、miR−342−5p、miR−4433a−5p、miR−6766−5p、miR−4707−5p、miR−7114−5p、miR−6872−3p、miR−6780b−5p、miR−7845−5p、miR−6798−3p、miR−665、miR−6848−5p、miR−5008−5p、miR−4294、miR−6511a−5p、miR−4435、miR−4747−3p、miR−6880−3p、miR−6869−5p、miR−7150、miR−1260a、miR−6877−5p、miR−6721−5p、miR−4656、miR−1229−5p、miR−4433a−3p、miR−4274、miR−4419b、miR−4674、miR−6893−5p、miR−6763−3p、miR−6762−5p、miR−6738−5p、miR−4513、miR−6746−5p、miR−6880−5p、miR−4736、miR−718、miR−6717−5p、miR−7847−3p、miR−760、miR−1199−5p、miR−6813−5p、miR−6769a−5p、miR−1193、miR−7108−3p、miR−6741−5p、miR−4298、miR−6796−3p、miR−4750−5p、miR−6785−5p、miR−1292−3p、miR−4749−3p、miR−6800−3p、miR−4722−5p、miR−4746−3p、miR−4450、miR−6795−5p、miR−365a−5p、miR−498、miR−6797−5p、miR−1470、miR−6851−5p、miR−1247−3p、miR−5196−5p、miR−208a−5p、miR−6842−5p、miR−150−3p、miR−4534、miR−3135b、miR−3131、miR−4792、miR−6510−5p、miR−504−3p、miR−3619−3p、miR−671−5p、miR−4667−5p、miR−4430、miR−3195、miR−3679−5p、miR−6076、miR−6515−5p、miR−6820−5p、miR−4634、miR−187−5p、miR−6763−5p、miR−1908−3p、miR−1181、miR−6782−5p、miR−5010−5p、miR−6870−5p、miR−6124、miR−1249−5p、miR−6511b−5p、miR−1254、miR−4727−3p、miR−4259、miR−4771、miR−3622a−5p、miR−4480、miR−4740−5p、miR−6777−5p、miR−6794−5p、miR−4687−3p、miR−6743−5p、miR−6771−5p、miR−3141、miR−3162−5p、miR−4271、miR−1227−5p、miR−4257、miR−4270、miR−4516、miR−4651、miR−4725−3p、miR−6125、miR−6732−5p、miR−6791−5p、miR−6819−5p、miR−6891−5p、miR−7108−5p、miR−7109−5p、miR−642b−3p、miR−642a−3pから選択される少なくとも1つ又は少なくとも2つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖のそれぞれと特異的に結合可能な核酸を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のキット又は請求項5〜10いずれか1項に記載のデバイスを用いて被験体の検体における標的遺伝子の発現量を測定し、卵巣腫瘍を有することが既知である被験体由来の検体の遺伝子発現量と卵巣腫瘍に罹患していない被験体由来の検体の遺伝子発現量を教師サンプルとして作成された、かつ卵巣腫瘍の存在または不存在を区別的に判別することが可能である判別式に、前記被験体由来の検体における標的遺伝子の発現量を代入し、それによって、卵巣腫瘍の存在又は不存在をin vitroで評価することを含む、卵巣腫瘍の検出方法。
- 前記核酸が、下記の(a)〜(e)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜247、251及び268のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項11〜13のいずれか1項に記載の方法。 - 前記キットまたはデバイスが、別の卵巣腫瘍マーカーである、miR−320a、miR−663a、miR−328−5p、miR−128−2−5p、miR−125a−3p、miR−191−5p、miR−92b−5p、miR−296−5p、miR−1246、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−1290、miR−211−3p、miR−744−5p、miR−135a−3p、miR−451a、miR−625−3p、miR−92a−3p、miR−422a、miR−483−5p、miR−652−5p、miR−24−3p、miR−23b−3p、miR−23a−3p、miR−92b−3p、miR−22−3pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチド、又は当該ポリヌクレオチドの相補鎖と特異的に結合可能な核酸をさらに含む、請求項11〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 前記核酸が、下記の(f)〜(j)のいずれかに示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号248〜250、252〜267及び269〜275のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、請求項15に記載の方法。 - 前記被験体が、ヒトである、請求項11〜16のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項11〜17のいずれか1項に記載の方法。
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