JPWO2014045781A1 - ブタンジオール類の製造方法 - Google Patents
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Abstract
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、をコードする遺伝子を含む微生物を培養するステップ、を含む、ブタンジオール類の製造方法。
Description
本発明はブタンジオール類の製造方法に関する。
近年、化石資源の枯渇や地球温暖化対策などの観点から、再生可能資源を原料とした化合物製造プロセスが注目されている。特に、バイオマスを原料として、生物化学的プロセスで種々のポリマー原料化合物や化学品原料化合物を製造する、所謂バイオリファイナリーが広く検討されている。
バイオマスの原料転換が期待されている化合物として、ブタンジオール類(1,3−ブタンジオール及び1,4−ブタンジオールを指す。)が挙げられる。例えば、1,4−ブタンジオールは、有機化学品の合成原料、ポリエステル及びエンジニアリングプラスチックのモノマー単位などに使用され、1,3−ブタンジオールは、有機溶媒や化粧品基材などで使用される。これらブタンジオール類の需要は大きく、バイオマスなどの再生可能資源を原料とした、生物化学的プロセスでのブタンジオール類の製造方法に対する要求が大きくなっている。
生物化学的プロセスを用いたブタンジオール類の製造方法としては、例えば、特許文献1乃至3及び非特許文献1に記載された方法が挙げられる。
Harry Yim et al., Metabolic engineering of Escherichia coli for direct production of 1,4−butanediol, Nature Chemical Biology, 7, 445−452 (2011).
しかしながら、特許文献1乃至3及び非特許文献1に記載された方法は、プロセスが複雑である。
上記課題に対して、経済的にブタンジオール類を得ることができる、新たなブタンジオール類の製造方法を提供する。
本発明は以下のものを含む。
[1]アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、
をコードする遺伝子を含む微生物を培養するステップ、
を含む、ブタンジオール類の製造方法。
[2]3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、
3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒するエノイルCoAヒドラターゼ、
クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、及び
4−ヒドロキシブチリルCoAから4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,4−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
である[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[3]3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,3−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼである[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[4]アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子が、下記(a)〜(c)のいずれかに記載の遺伝子である[1]乃至[3]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
[1]アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、
をコードする遺伝子を含む微生物を培養するステップ、
を含む、ブタンジオール類の製造方法。
[2]3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、
3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒するエノイルCoAヒドラターゼ、
クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、及び
4−ヒドロキシブチリルCoAから4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,4−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
である[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[3]3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,3−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼである[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[4]アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子が、下記(a)〜(c)のいずれかに記載の遺伝子である[1]乃至[3]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
(a)配列番号1の塩基配列を有する遺伝子
(b)配列番号1の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号1の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(c)配列番号1に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子
[5]前記微生物が、下記(d)〜(f)のいずれかに記載の4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼをコードする遺伝子を含む、[1]、[2]又は[4]に記載のブタンジオール類の製造方法。
(b)配列番号1の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号1の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(c)配列番号1に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子
[5]前記微生物が、下記(d)〜(f)のいずれかに記載の4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼをコードする遺伝子を含む、[1]、[2]又は[4]に記載のブタンジオール類の製造方法。
(d)配列番号8の塩基配列を有する遺伝子
(e)配列番号8の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号8の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(f)配列番号8に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子
[6]前記微生物が更に、アセチルCoAを基質としてマロニルCoAを生成する反応を触媒するアセチルCoAカルボキシラーゼをコードする遺伝子を含む、
[1]乃至[5]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
[7]前記培養するステップが、前記微生物を好気条件下で培養するステップを含む、[1]乃至[6]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
[8]前記微生物が、大腸菌、酵母、コリネバクテリウム又はクロストリジウムである、
[1]乃至[7]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
(e)配列番号8の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号8の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(f)配列番号8に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子
[6]前記微生物が更に、アセチルCoAを基質としてマロニルCoAを生成する反応を触媒するアセチルCoAカルボキシラーゼをコードする遺伝子を含む、
[1]乃至[5]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
[7]前記培養するステップが、前記微生物を好気条件下で培養するステップを含む、[1]乃至[6]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
[8]前記微生物が、大腸菌、酵母、コリネバクテリウム又はクロストリジウムである、
[1]乃至[7]のいずれかに記載のブタンジオール類の製造方法。
経済的にブタンジオール類を得ることができる、ブタンジオール類の製造方法を提供できる。
以下、本発明を詳細に説明する。なお、本明細書において、CoAとは、コエンザイムAを意味する。また、%は、特に記載のない限り、質量%を示す。
図1に、本実施形態に係るブタンジオール類の製造方法の例を説明するための概略図を示す。
本実施形態においては、
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応(S101)を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応(S103)を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。なお、ここで「供給」には、外から物質を与えることの他、微生物体内でその物質を合成できる状態にすることも含む。また、後者の場合、本来、微生物が持っている遺伝子系を利用しても良く、新たに遺伝子系を導入して合成できるようにしても良い(以下、同様。)
ここで、3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応とは、例えば図1のS105で示すように3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類へと1段階で変換しても良く、図1のS107、S109及びS111で示すように、複数の段階で変換しても良い。
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応(S101)を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応(S103)を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。なお、ここで「供給」には、外から物質を与えることの他、微生物体内でその物質を合成できる状態にすることも含む。また、後者の場合、本来、微生物が持っている遺伝子系を利用しても良く、新たに遺伝子系を導入して合成できるようにしても良い(以下、同様。)
ここで、3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応とは、例えば図1のS105で示すように3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類へと1段階で変換しても良く、図1のS107、S109及びS111で示すように、複数の段階で変換しても良い。
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類への反応が1段階の場合、例えば、
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,3−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoA及びマロニルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。3−ヒドロキシブタナールを生成するアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いる場合、生じる3−ヒドロキシブタナールは宿主微生物のもつアルコールデヒドロゲナーゼの作用によってブタンジオール類に導かれてもよく、3−ヒドロキシブタナールをブタンジオール類に導くアルコールデヒドロゲナーゼを併せて微生物体内で発現させてもよい。
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,3−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoA及びマロニルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。3−ヒドロキシブタナールを生成するアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いる場合、生じる3−ヒドロキシブタナールは宿主微生物のもつアルコールデヒドロゲナーゼの作用によってブタンジオール類に導かれてもよく、3−ヒドロキシブタナールをブタンジオール類に導くアルコールデヒドロゲナーゼを併せて微生物体内で発現させてもよい。
後述する微生物体内に、アセチルCoA及びマロニルCoAが供給されると、前記の遺伝子の作用により、アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAが生成し(S101)、生成したアセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAが生成し(S103)、生成した3−ヒドロキシブチリルCoAから1,3−ブタンジオールが生成する(S105)。
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類への反応が複数の段階である場合、例えば、
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、
3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、
クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、及び
4−ヒドロキシブチリルCoAから4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,4−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoA及びマロニルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。4−ヒドロキシブタナールを生成するアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いる場合、生じる4−ヒドロキシブタナールは宿主微生物のもつアルコールデヒドロゲナーゼの作用によってブタンジオール類に導かれてもよく、4−ヒドロキシブタナールをブタンジオール類に導くアルコールデヒドロゲナーゼを併せて微生物体内で発現させてもよい。
アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、
3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、
クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、及び
4−ヒドロキシブチリルCoAから4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,4−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
をコードする遺伝子を形質転換などにより微生物体内で発現させ、この微生物体内にアセチルCoA及びマロニルCoAを供給することでブタンジオール類を得ることができる。4−ヒドロキシブタナールを生成するアルデヒドデヒドロゲナーゼを用いる場合、生じる4−ヒドロキシブタナールは宿主微生物のもつアルコールデヒドロゲナーゼの作用によってブタンジオール類に導かれてもよく、4−ヒドロキシブタナールをブタンジオール類に導くアルコールデヒドロゲナーゼを併せて微生物体内で発現させてもよい。
図1に示されるように、後述する微生物体内に、アセチルCoA及びマロニルCoAが供給されると、前記の遺伝子の作用により、アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAが生成し(S101)、生成したアセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAが生成し(S103)、生成した3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAが生成し(S107)、生成したクロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAが生成し(S109)、生成した4−ヒドロキシブチリルCoAから1,4−ブタンジオールが生成する(S111)。
次に、各々の反応を触媒する酵素と、該酵素をコードする遺伝子について、詳細に説明する。
(アセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子)
本実施形態で得られるブタンジオール類は、アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子を含む微生物を用いて、アセトアセチルCoAから誘導される。
本実施形態で得られるブタンジオール類は、アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子を含む微生物を用いて、アセトアセチルCoAから誘導される。
本実施形態で使用できるアセトアセチルCoA合成酵素は、アセチルCoA及びマロニルCoAを基質として、不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するものであれば、任意に選択することができる。具体例としては、例えば、Unprecedented acetoacetyl−coenzyme A synthesizing enzyme of the thiolase superfamily involved in the mevalonate pathway., Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 107, 11265−11270 (2010).に記載されたアセチルCoA:マロニルCoAアシルトランスフェラーゼ(Enzyme Commission numbers(EC番号):2.3.1.194)又はそのホモログが挙げられる。
上述のアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子の塩基配列は、日本DNAデータバンク(DDBJ)のアクセッションNo.AB540131で参照することができる(配列番号1)。
従来、アセトアセチルCoAを生成する酵素としては、β−ケトチオラーゼが知られている。β−ケトチオラーゼは、アセチルCoA2分子を基質として、アセトアセチルCOAを生成する反応を触媒する酵素であり、thiL、phaAなどの遺伝子によってコードされる。しかしながら、β−ケトチオラーゼは、前述のアセトアセチルCoAを合成する反応と、アセトアセチルCoAを加水分解してアセチルCoA2分子を生成する反応と、を可逆的に触媒する酵素である。本実施形態のアセトアセチルCoA合成酵素は、アセトセチルCoAを合成する反応を不可逆的に触媒するため、この酵素を使用した本実施形態の製造方法においては、アセトアセチルCoAの収率が高い。
また、本実施形態においては、アセチルCoAを基質としてマロニルCoAを生成する反応を触媒するアセチルCoAカルボキシラーゼをコードする遺伝子を使用しても良い。アセチルCoAカルボキシラーゼを使用することで、マロニルCoAの供給が増加するため、前述のアセトアセチルCoAの不可逆反応が促進される。そのため、生成物への炭素フラックスを増大することができるため、より効率良くブタンジオール類を製造することができる。なお、本実施形態においてアセチルCoAは、宿主が有する解糖系により、培養に用いる任意の炭素源、例えばグルコースなどの糖質を由来として、供給される。
本実施形態で用いられるアセチルCoAカルボキシラーゼは、アセチルCoAを基質としてマロニルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。具体例としては、Efficient production of (2S)−flavanones by Escherichia coli containing an artificial biosynthetic gene cluster, Applied Microbiology and Biotechnology, 68 498−504 (2005).の非特許文献に記載される、コリネバクテリウム由来アセチルCoAカルボキシラーゼ(EC番号:6.4.1.2)又はそのホモログが挙げられる。コリネバクテリウム由来のアセチルCoAカルボキシラーゼは、複数のサブユニットにより活性を発現することが知られている。アセチルCoAカルボキシラーゼをコードする遺伝子の塩基配列の一例としては、DDBJのアクセッションNo.YP224999、CCH23890で参照することができる。
(アセトアセチルCoAレダクターゼをコードする遺伝子)
本実施形態で用いられるアセトアセチルCoAレダクターゼは、アセトアセチルCoAを還元して3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。具体例としては、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)、3−ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.157)又はこれらのホモログなどが挙げられる。例えば、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)、及びその遺伝子についての詳細は、Poly−beta−hydroxybutyrate biosynthesis in Alcaligenes eutrophus H16. Characterization of the genes encoding beta−ketothiolase and acetoacetyl−CoA reductase., The Journal of Biological Chemistry, 264, 15293-15297(1989)に記載されている。
本実施形態で用いられるアセトアセチルCoAレダクターゼは、アセトアセチルCoAを還元して3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。具体例としては、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)、3−ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.157)又はこれらのホモログなどが挙げられる。例えば、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)、及びその遺伝子についての詳細は、Poly−beta−hydroxybutyrate biosynthesis in Alcaligenes eutrophus H16. Characterization of the genes encoding beta−ketothiolase and acetoacetyl−CoA reductase., The Journal of Biological Chemistry, 264, 15293-15297(1989)に記載されている。
なお、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)を使用した場合、(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAを得ることができ、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)又は3−ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.157)を使用した場合、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAを得ることができる。本実施形態では、1,3−ブタンジオールの製造において、所望のキラリティに応じて、上述の酵素を使い分けることができる。
(エノイルCoAヒドラターゼをコードする遺伝子)
本実施形態で用いられるエノイルCoAヒドラターゼは、3−ヒドロキシブチリルCoAを脱水してクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。具体例としては、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)又はそのホモログなどが挙げられる。エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子の詳細については、The complete stereochemistry of the enzymatic dehydration of 4−hydroxybutyryl coenzyme A to crotonyl coenzyme. A., Friedrich P, Darley DJ, Golding BT, Buckel W., Angewandte Chemie International Edition, 2008 47(17) 3254−3257 (2008).の非特許文献などで参照することができる。また、(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.119)又はそのホモログなどが挙げられる。エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.119)をコードする遺伝子の詳細については、Metabolism of poly−beta−hydroxybutyrate. II. Enzymatic synthesis of D−(−)−beta hydroxybutyryl coenzyme A by an enoyl hydrase from Rhodospirillum rubrum., Moskowitz GJ, Merrick JM. Journal Biochemistry., 8 2748−2755 (1969).の非特許文献などで参照することができる。
本実施形態で用いられるエノイルCoAヒドラターゼは、3−ヒドロキシブチリルCoAを脱水してクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。具体例としては、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)又はそのホモログなどが挙げられる。エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子の詳細については、The complete stereochemistry of the enzymatic dehydration of 4−hydroxybutyryl coenzyme A to crotonyl coenzyme. A., Friedrich P, Darley DJ, Golding BT, Buckel W., Angewandte Chemie International Edition, 2008 47(17) 3254−3257 (2008).の非特許文献などで参照することができる。また、(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.119)又はそのホモログなどが挙げられる。エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.119)をコードする遺伝子の詳細については、Metabolism of poly−beta−hydroxybutyrate. II. Enzymatic synthesis of D−(−)−beta hydroxybutyryl coenzyme A by an enoyl hydrase from Rhodospirillum rubrum., Moskowitz GJ, Merrick JM. Journal Biochemistry., 8 2748−2755 (1969).の非特許文献などで参照することができる。
前述した通り、アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼは、適用する酵素の種類によって、(R)体及び/又は(S)体の3−ヒドロキシブチリルCoAを生成することができる。また、3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒するエノイルCoAヒドラターゼも、同様の光学異性体の選択性を有する。即ち、本実施形態に係るブタンジオール類の製造方法では、アセトアセチルCoAレダクターゼとエノイルCoAヒドラターゼの光学選択性を適切に組み合わせることができ、アセトアセチルCoAからクロトニルCoAを生成するまでの反応を制御することができる。
(4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼをコードする遺伝子)
本実施形態では、クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素をコードする遺伝子として、例えば、配列番号8で示す遺伝子を使用する。本実施形態では、クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素をコードする遺伝子であれば、配列番号8で示す遺伝子のホモログでも良く、好ましくは配列番号8に記載の塩基配列又はその塩基の1若しくは数個が欠失、置換又は付加された塩基配列を有する遺伝子である。
本実施形態では、クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素をコードする遺伝子として、例えば、配列番号8で示す遺伝子を使用する。本実施形態では、クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素をコードする遺伝子であれば、配列番号8で示す遺伝子のホモログでも良く、好ましくは配列番号8に記載の塩基配列又はその塩基の1若しくは数個が欠失、置換又は付加された塩基配列を有する遺伝子である。
配列番号8で示す遺伝子の、アミノ酸配列への翻訳結果は、GenBankのアクセッションNo.AJ250267で参照することができるクロストリジウム アミノブチリカム由来abfD遺伝子の翻訳結果と相同であった。
abfD遺伝子がコードする酵素の詳細は、Fermentation of 4−aminobutyrate by Clostridium aminobutyricum: cloning of two genes involved in the formation and dehydration of 4−hydroxybutyryl−CoA, Archives of Microbiology, 174(3) 189−199 (2000).などの非特許文献に記載されている。配列番号8で示す遺伝子は、翻訳配列及び前記遺伝子が提供する反応から、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒトラターゼ活性を有する酵素をコードすると考えられる。しかしながら、比較例として、abfD遺伝子配列を含む組換え体を用いた場合では、ブタンジオール類を製造することができなかった。即ち、本実施形態においては、組換え体において、配列番号8の塩基配列を有する遺伝子と他の遺伝子との共発現によって、1,4−ブタンジオールを製造することができると考えられる。なお、本実施形態の配列番号8で示す遺伝子と前述のabfD遺伝子とは、コードするアミノ酸配列は相同であるが、遺伝子情報処理ソフトウェア(GENETYX;GENETYX CORPORATION製)を用いた塩基配列の相同性は75%と大きく異なる。塩基配列が大きく異なる遺伝子を適用した本実施形態では、効率の良いブタンジオール類の製造方法を提供することができる。
(アルデヒドデヒドロゲナーゼ又はアルコールデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子)
本実施形態で用いられるアルデヒドデヒドロゲナーゼは、ヒドロキシブチリルCoAを還元してヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。なお、生成されたヒドロキシブタナールは、宿主微生物由来のアルコールデヒドロゲナーゼにより更に還元され、ブタンジオール類が生成される。また、目的とするブタンジオールによって、3−ヒドロキシブチリルCoA及び/又は4−ヒドロキシブチリルCoAを基質とするものを選択することができる。アルデヒドデヒドロゲナーゼの一例としては、Clostridium beijerinckii strain NRRL B592株のアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.2.1.10)又はそのホモログが挙げられる。アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子の塩基配列は、DDBJのアクセッションNo.AY20821で参照することができる。
本実施形態で用いられるアルデヒドデヒドロゲナーゼは、ヒドロキシブチリルCoAを還元してヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。なお、生成されたヒドロキシブタナールは、宿主微生物由来のアルコールデヒドロゲナーゼにより更に還元され、ブタンジオール類が生成される。また、目的とするブタンジオールによって、3−ヒドロキシブチリルCoA及び/又は4−ヒドロキシブチリルCoAを基質とするものを選択することができる。アルデヒドデヒドロゲナーゼの一例としては、Clostridium beijerinckii strain NRRL B592株のアルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.2.1.10)又はそのホモログが挙げられる。アルデヒドデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子の塩基配列は、DDBJのアクセッションNo.AY20821で参照することができる。
本実施形態で用いられるアルコールデヒドロゲナーゼは、ヒドロキシブチリルCoAを還元してブタンジオール類を生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。目的とするブタンジオールによって、3−ヒドロキシブチリルCoA及び/又は4‐ヒドロキシブチリルCoAを基質とするものを選択することができる。アルコールデヒドロゲナーゼの一例としては、Clostridium acetobutylicum ATCC 824株のアルコールデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.1)又はそのホモログが挙げられる。アルコールデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.1)をコードする遺伝子の塩基配列は、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のGene ID No.1116040で参照することができる。
本実施形態のブタンジオールの製造方法における、好ましい形態では、所望のブタンジオールに応じて選択される一連の酵素群を、遺伝子組み換えにより形質転換された微生物体内で共発現させる。例えば、1,3−ブタンジオールの製造においては、アセトアセチルCoA合成酵素、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ又はアルコールデヒドロゲナーゼ又はこれらのホモログをコードする遺伝子を、個別に又は一連のクラスターとして任意のベクターに挿入し、宿主微生物を形質転換する。得られた形質転換体を、例えばグルコースを炭素源とする培地中で培養することにより、各遺伝子を発現させる。宿主で構成発現し得る遺伝子の場合には、培地中で形質転換体を培養することで、遺伝子が発現する。一方、各遺伝子をベクター上に配されたレギュレーターの制御下で構成した場合には、誘導基質を添加し、誘導的環境へ移行することにより、各々のコードする遺伝子が発現する。宿主の解糖系により供給されるアセチルCoAを反応原料として反応が進行し、1,3−ブタンジオールなどのブタンジオール類が効率良く製造される。なお、本実施形態における培養とは、通常の微生物培養の培養条件を全て含み、また、培養するステップとは、微生物がブタンジオール類を製造するための十分な時間及び条件で培養することを意味する。
本実施形態で使用される各々の酵素をコードする遺伝子において、元の微生物に由来する塩基配列を有する遺伝子をそのまま使用する構成であっても良い。また、遺伝子が由来する微生物とは異なる宿主微生物を用いる場合、宿主微生物における遺伝子発現を良好にするために、一部の塩基配列が置換された遺伝子を使用しても良い。この場合、先ず、公知のデータベースに登録されている元の塩基配列を用いて、コドン利用頻度及び/又はGC含量に応じて当業者が置換する塩基配列を決定する。当業者が決定した一部の塩基配列が置換された遺伝子は、化学的に合成することで得られる。
各々の酵素をコードする遺伝子の例としては、例えば、ストレプトマイセス(Streptomyces)属微生物に由来するアセトアセチルCoA合成酵素(NphT7)遺伝子、ラルストニア(Ralstonia)属微生物に由来するアセトアセチルCoAレダクターゼ(PhaB)遺伝子、クロストリジウム(Crostridium)属微生物に由来するアルデヒドデヒドロゲナーゼ(Ald)遺伝子及び/又はアルコールデヒドロゲナーゼ(AdhE)遺伝子、コリネバクテリウム属微生物に由来するアセチルCoAカルボキシラーゼ(Acc)遺伝子、クロストリジウム(Crostridium)属微生物に由来する3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(Crt)遺伝子が挙げられる。
また、前述の通り、クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素をコードする遺伝子としては、配列番号8で示す遺伝子を使用することができる。配列番号8で示す遺伝子は、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼをコードする遺伝子(abfD)の翻訳結果と相同する。
(微生物)
本実施形態で使用される形質転換宿主微生物の例としては、遺伝子組み換え技術を適用することができる微生物であれば、特に限定されない。産業上の利用の観点から、具体例としては、大腸菌、酵母、コリネ型細菌、クロストリジウム属細菌が挙げられる。酵母としては、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、クリベロマイセス・ラクティス、クリベロマイセス・マルキシアヌス等が挙げられる。コリネ型細菌としては、コリネバクテリウム・グルタミカム、コリネバクテリウム・エフィシエンス、ブレビバクテリウム・ディバリカタム、ブレビバクテリウム・サッカロリティカム、ブレビバクテリウム・インマリオフィルム、ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム、ブレビバクテリウム・ロゼウム、ブレビバクテリウム・フラバム、ブレビバクテリウム・チオゲニタリス、コリネバクテリウム・アセトアシドフィラム、コリネバクテリウム・アセトグルタミカム、コリネバクテリウム・カルナエ、コリネバクテリウム・リリウム、コリネバクテリウム・メラセコーラ、ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム等が挙げられる。クロストリジウム属細菌としては、クロストリジウム・クリベリ、クロストリジウム・アセトブチリカム、クロストリジウム・アミノブチリカム、クロストリジウム・ベイジェリンキー、クロストリジウム・サッカロパーブチルアセトニカムなどが挙げられる。これらの中でも、大腸菌、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、コリネバクテリウム・グルタミカムを使用することが、形質転換が容易であるため、好ましく、大腸菌を使用することが、より好ましい。
本実施形態で使用される形質転換宿主微生物の例としては、遺伝子組み換え技術を適用することができる微生物であれば、特に限定されない。産業上の利用の観点から、具体例としては、大腸菌、酵母、コリネ型細菌、クロストリジウム属細菌が挙げられる。酵母としては、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、クリベロマイセス・ラクティス、クリベロマイセス・マルキシアヌス等が挙げられる。コリネ型細菌としては、コリネバクテリウム・グルタミカム、コリネバクテリウム・エフィシエンス、ブレビバクテリウム・ディバリカタム、ブレビバクテリウム・サッカロリティカム、ブレビバクテリウム・インマリオフィルム、ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム、ブレビバクテリウム・ロゼウム、ブレビバクテリウム・フラバム、ブレビバクテリウム・チオゲニタリス、コリネバクテリウム・アセトアシドフィラム、コリネバクテリウム・アセトグルタミカム、コリネバクテリウム・カルナエ、コリネバクテリウム・リリウム、コリネバクテリウム・メラセコーラ、ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム等が挙げられる。クロストリジウム属細菌としては、クロストリジウム・クリベリ、クロストリジウム・アセトブチリカム、クロストリジウム・アミノブチリカム、クロストリジウム・ベイジェリンキー、クロストリジウム・サッカロパーブチルアセトニカムなどが挙げられる。これらの中でも、大腸菌、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、コリネバクテリウム・グルタミカムを使用することが、形質転換が容易であるため、好ましく、大腸菌を使用することが、より好ましい。
なお、本実施形態に係るブタンジオール類の製造方法においては、目的とする生合成経路を構成する酵素遺伝子の全てを、外来遺伝子として形質転換により提供する必要はなく、宿主が元来保有する酵素遺伝子を利用して、生合成経路を構成しても良い。また、本実施形態では、宿主由来の代謝経路を利用してアセチルCoAを供給したが、遺伝子増幅又は外来遺伝子の導入、分岐経路のノックアウトなどの、代謝工学的手法を使用して、アセチルCoAの供給能を向上させても良い。
なお、本実施形態において、各々の反応を触媒する酵素をコードする遺伝子は、前述で具体例を挙げた遺伝子に限定されず、そのホモログ遺伝子を使用しても良い。本明細書で言うホモログとは、オーソログ及びパラログを含む。オーソログとは、共通祖先の遺伝子から種分化により生じた種間で対応する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素の組を指す。パラログとは、同種内において、種分化でなく遺伝子重複によって生じた種間で対応する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素の組を指す。ホモログとは、オーソログ、パラログに関係なく配列に同一性を有する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素を指す。
本実施形態におけるホモログ遺伝子とは、より具体的には、90%以上の同一性、好ましくは95%以上の同一性のある塩基配列を有する遺伝子、より好ましくは、その遺伝子と全く同一又はその塩基の1個若しくは数個が欠失、置換又は付加された遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素である。
また、前記ホモログ遺伝子は、対象の遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子を含む。具体的には、公知のデータベースに対するホモロジー検索プログラム(例えば、BLAST、FASTA)を適用して、又は、同定遺伝子の少なくとも一部から成るプローブ(当該遺伝子の塩基配列からなるDNAと相補的な塩基配列からなるDNA)を用いたストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーション若しくはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)などの常法に基づいて、遺伝子又はその遺伝子による形質転換で得られる酵素として取得することができる。また、当業者であれば、塩基配列を置換等することによって、自ら設計することが可能である。なお、ここで言うストリンジェントな条件としては、例えば、Molecular Cloning −A LABORATORY MANUAL THIRD EDITION(Joseph Sambrook, David W. Russell., Cold Spring Harbor Laboratory Press)の非特許文献に記載されたハイブリダイズさせる条件が挙げられる。具体的には、6×SSC(1×SSCの組成:0.15M 塩化ナトリウム、0.015M クエン酸ナトリウムで、pH:7.0)、0.5% SDS、5×デンハート溶液及び100mg/mLニシン精子DNAを含む溶液に、プローブとともに65℃で8〜16時間恒温保持し、ハイブリダイズさせる条件である。
なお、本実施形態で得られるブタンジオールの光学選択性は、ブタンジオールを得るための前駆体である有機酸CoA体の光学選択性、又は、その有機酸CoA体の生合成経路において、選択された酵素の光学選択性に依存する。つまり、有機酸CoAを得る反応経路のキラリティを選択することにより、所望の光学選択性を有するブタンジオールを製造することができる。例えば、アセトアセチルCoAより、ラルストニア(Ralstonia)属微生物に由来するアセトアセチルCoAレダクターゼ(PhaB)を使用することにより、(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAが得られる。また、例えばクロストリジウム(Clostridium)属微生物に由来するアセトアセチルCoAレダクターゼ(hbd)を使用することにより、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAが得られる。したがって、これらの酵素を、本実施形態の製造方法として選択することにより、(R)−1,3−ブタンジオール又は(S)−1,3−ブタンジオールを得ることができる。
(培養条件)
上で説明した遺伝子を形質転換などにより微生物体内に導入して発現させ、この微生物を培養することにより、ブタンジオール類を得ることができる。
上で説明した遺伝子を形質転換などにより微生物体内に導入して発現させ、この微生物を培養することにより、ブタンジオール類を得ることができる。
本発明の反応は、もっとも簡便には、例えば形質転換体をLB培地などの栄養培地で15℃〜40℃、望ましくは18℃〜37℃の温度で24時間程度培養したのち、通常の炭素源、例えば0.01〜50%、望ましくは0.1〜30%のグルコースを炭素源とする培地に移殖し、引き続き同様の温度で1時間〜200時間程度培養し、その過程で培養液中にブタンジオール類を蓄積させることにより達せられる。また菌の増殖・反応の進行による炭素源の消費に応じて、連続的あるいは間欠的に炭素源を添加してもよく、この場合の炭素源の反応液中濃度は前記の限りではない。
微生物を培養するための培地炭素源としては、グルコースやシュークロース、フルクトース等の糖類、 グリセロール等のポリオール、エタノールや酢酸、クエン酸、コハク酸、乳酸、安息香酸、脂肪酸などの有機物またはこれらのアルカリ金属塩、n-パラフィンなどの脂肪族炭化水素類、芳香族炭化水素類、または例えばペプトン、肉エキス、魚エキス、大豆粉、ふすま等の天然有機物を、単独、あるいはこれらの組み合わせにより、通常0.01%〜30%、望ましくは0.1%〜20%程度の濃度で用いることができる。
微生物を培養するための培地窒素源としては、例えば硫酸アンモニウム、リン酸アンモニウム、硝酸ナトリウム、硝酸カリウムなどの無機窒素化合物、また尿素、尿酸などの含窒素有機物、ペプトン、肉エキス、魚エキス、大豆粉等の天然有機物を単独、あるいはこれらの組み合わせにより、通常0.01%〜20%、望ましくは0.1%〜10%程度の濃度で用いることができる。
さらに必要に応じて、リン酸2水素カリウム等のリン酸塩、硫酸マグネシウム、硫酸第一鉄、酢酸カルシウム、塩化マンガン、硫酸銅、硫酸亜鉛、硫酸コバルト、硫酸ニッケルなどの金属塩を菌の生育、酵素活性の改善のために添加することができる。添加濃度は培養条件により異なるが、通常、リン酸塩に関しては0.01%〜5%、マグネシウム塩においては10ppm〜1%、他の化合物では0.1ppm〜1,000ppm程度である。また選択する培地により、ビタミン類、アミノ酸、核酸などの供給源として例えば酵母エキス、カザミノ酸、酵母核酸を1ppm〜100ppm程度、菌の生育、酵素活性を改善のために添加することができる。
培地のpHは、4.5〜9、望ましくは5〜8に調整することが望ましい。また前記のような培地であらかじめ培養された微生物菌体を、遠心分離、膜ろ過などの方法により培養液から分取し、反応原料を含む水、生理食塩水、または培養のpHと同等のpHに調整されたリン酸、酢酸、ホウ酸、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタンなどとこれらの塩よりなる緩衝液などに再度懸濁し、反応させることは、反応液中の夾雑物を低減し、後の生成物の分取を簡便にするために有用である。反応中のpHは、充分な濃度の緩衝液を用いる場合においては通常維持されうるが、反応の進行により上記pHを逸脱する場合においては、同様のpHとなるよう水酸化ナトリウム、アンモニアなどを用いて適宜調整することが望ましい。
反応液中に生成したブタンジオール類の分離回収および精製は、ブタンジオール類の生成量が実質的な量に達した時点で、反応液から菌体を遠心分離により除去してから、あるいはそのままの反応液に、一般の有機化合物の分離回収および精製の手段を用いることで行うことができる。例えば、培養液から菌体その他を除去したろ液より、適当な有機溶媒を用いて抽出する。この抽出物をそのまま留去するほか、更に適当な溶媒で再抽出する、あるいはシリカゲル等のクロマトグラフィーを用いて精製する、もしくは多段蒸留等に供することにより、高純度のブタンジオール類が得られる。
反応液中にブタンジオール類が蓄積することにより、反応速度が低下する場合、生成物の濃度に応じて反応液中に、水、生理食塩水、反応緩衝液等を追加し連続的に希釈してゆく方法は好適である。また反応速度が低下した時点で菌を分取し、上清を生産物溶液として回収し、分取した菌は再度反応原料を含む溶液あるいは懸濁液に戻すことにより、反応速度を回復することができる。この操作は、遠心分離器や分離膜等を用いて連続的に、あるいは回分的にも実施することができる。
(実施例1)
配列番号3で示される遺伝子配列(アルデヒドレダクターゼに対応)の、5'末端にCAT(開始コドンATGと合わせて制限酵素NdeIサイト相当)を、3'末端にGAGCTC(SacIサイト相当)を付加した平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドを制限酵素処理し、配列3の領域を含むNdeI−SacI断片を得た。この遺伝子断片を、発現ベクターpET17b(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト中、NdeI−SacIサイトに常法により挿入して、pETBD3を得た。
配列番号3で示される遺伝子配列(アルデヒドレダクターゼに対応)の、5'末端にCAT(開始コドンATGと合わせて制限酵素NdeIサイト相当)を、3'末端にGAGCTC(SacIサイト相当)を付加した平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドを制限酵素処理し、配列3の領域を含むNdeI−SacI断片を得た。この遺伝子断片を、発現ベクターpET17b(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト中、NdeI−SacIサイトに常法により挿入して、pETBD3を得た。
配列番号1で示される遺伝子配列(アセトアセチルCoAシンターゼに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとしたPCRにより、配列番号1領域前後にpET17bのマルチクローニングサイト中、NdeIサイト前後に相補する配列を付加した増幅断片を調製し、In−Fusion HD Cloning Kit(タカラバイオ社製)でpET17bのNdeIサイトに挿入することにより、配列1を含むpETBD1を得た。
pETBD1と同様の方法により、配列番号2で示される遺伝子配列(アセトアセチルCoAレダクターゼに対応)をpET17bに挿入した、配列2を含むpETBD2を得た。
pETBD3の配列1の終止コドン下流に位置する、pET17bマルチクローニングサイト由来のEcoRIサイトを制限酵素処理により切断し、pETBD3の開環断片を調製した。次にpETBD1の配列1の領域と上流のpET17b由来T7プロモーターを含む領域の上下流に、前記pETBD3のEcoRIサイトを含む上流側15bp分、下流側15bp分に対応する配列を付加した断片を、PCRにより調製した。得られた2つの断片を、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列3及び1を含むpETBD31を得た。同様に、pETBD31の配列1の下流に位置するXhoIサイトを用いたpETBD31の開環断片に対し、pETBD2をテンプレートとして調製したT7プロモーターと配列2を含むPCR断片を挿入することで、配列3、1、2を含むpETBD312を得た。
なお、各々の工程で用いたPCR増幅産物は、電気泳動により、所定のサイズのバンドを分画、切り出し及び精製して、ライゲーション工程で使用した。
得られたpETBD312を用いて常法により、大腸菌JM109(DE3)株を形質転換した。形質転換体pETBD312/JM109(DE3)を、アンピシリン100mg/Lを含むLB培地5mLで37℃、12時間、好気下で培養した。培養液0.1mLを、グルコース1%、アンピシリン100mg/L、IPTG0.2mMを含むLB培地5mLに移植し、30℃、48時間、好気下で培養した。培養液上清を、高速液体クロマトグラフィー(HPLC:カラム;Shodex SH−1011(昭和電工製)、カラム温度:60℃、溶離液:25mM硫酸水溶液、流速0.6mL/min、検出:示差屈折検出器)に供試した。培養液中には、140mg/Lの1,3−ブタンジオールが検出された。
(実施例2)
配列番号4で示される遺伝子配列(アルコール/アルデヒドデヒドロゲナーゼに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとして、実施例1と同様の方法で調製したpETBD312の、配列番号3に対応する部分の上流側・下流側各15bpを付加した平滑末端断片を、PCRにより調製した。
配列番号4で示される遺伝子配列(アルコール/アルデヒドデヒドロゲナーゼに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとして、実施例1と同様の方法で調製したpETBD312の、配列番号3に対応する部分の上流側・下流側各15bpを付加した平滑末端断片を、PCRにより調製した。
実施例1と同様の方法で調製したpETBD312の、配列番号3に対応する部分の上流側・下流側より外向きにアニールするプライマーを用いたインバースPCRにより、pETBD312から配列3が除かれた直鎖平滑断片を調製した。
得られた2つの平滑末端断片をIn−Fusion HD Cloning Kitにより結合して、pETBD312の配列3を配列4に置換したpETBD412を調製した。得られたpETBD412を用いて常法により大腸菌JM109(DE3)株を形質転換した。
大腸菌JM109(DE3)株を実施例1と同様の方法で培養・分析に供試した。培養液中には、90mg/Lの1,3−ブタンジオールが検出された。
(実施例3)
配列番号5で示される遺伝子配列(アセチルCoAカルボキシラーゼのDtsRIサブユニットに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとし、配列4の5'末端、3'末端各15bpに加え、各々、pRSFDuet(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト2のNdeIサイト中「TA」を含む上流側15bp分、下流側15bp分に対応する配列を付加した両端各30bpのプライマーを調製して増幅反応を行い、配列5を含む平滑末端断片を得た。得られた平滑末端断片と、pRSFDuetを制限酵素NdeIで制限酵素処理して得た直鎖断片とを、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列5を含むpRSBD05を得た。
配列番号5で示される遺伝子配列(アセチルCoAカルボキシラーゼのDtsRIサブユニットに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとし、配列4の5'末端、3'末端各15bpに加え、各々、pRSFDuet(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト2のNdeIサイト中「TA」を含む上流側15bp分、下流側15bp分に対応する配列を付加した両端各30bpのプライマーを調製して増幅反応を行い、配列5を含む平滑末端断片を得た。得られた平滑末端断片と、pRSFDuetを制限酵素NdeIで制限酵素処理して得た直鎖断片とを、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列5を含むpRSBD05を得た。
配列番号6で示される遺伝子配列(アセチルCoAカルボキシラーゼのAccBCサブユニットに対応)の平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドをテンプレートとし、配列6の5'末端、3'末端各15bpに加え、pRSFDuetのマルチクローニングサイト1のNcoIサイト中「CC」を含む上流側、「ATGG」を含む下流側に対応する配列を付加したプライマーを調製して増幅反応を行い、配列6を含む平滑末端断片を得た。得られた平滑末端断片と、pRSBD05を制限酵素NcoIサイトの外向きにインバースPCRした直鎖平滑断片とを、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列5、配列6を含むpRSBD65を得た。
得られたpRSBD65と実施例1で得られたpETBD312とにより、常法を用いて大腸菌JM109(DE3)株を形質転換した。
得られた形質転換体pETBD312+pRSBD65/JM109(DE3)を、アンピシリン100mg/L、カナマイシン50mg/Lを含むLB培地5mLで37℃、12時間、好気下で培養した。培養液0.1mLを、グルコース1%、アンピシリン100mg/L、カナマイシン50mg/L、IPTG0.2mMを含むLB培地5mLに移植し、30℃、好気下で48時間培養した。培養液を、実施例1と同様の方法によりHPLCに供試した。培養液中には、360mg/Lの1,3−ブタンジオールが検出された。
(実施例4)
配列番号8で示される遺伝子配列(人工合成遺伝子、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼに対応)の、5'末端にCATATG(NdeIサイト相当)、3'末端にAAGCTT(HindIIIサイト相当)を付加した平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドを制限酵素処理し、配列8の領域を含むNdeI‐HindIII断片を得た。この遺伝子断片を、発現ベクターpET17b(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト中、NdeI‐HindIIIサイトに、常法を用いて挿入して、pETSD8を得た。このpETSD8をテンプレートとして、pETSD8のpET17bベクター由来T7プロモーター上流にアニールし、更にGGATCC(BamHIサイト相当)を5'側に追加したプライマー及びpETSD8の配列8の3'末端を相補し、更にGAGCTC(SacIサイト相当)を5'側に追加したプライマーにより、PCRを行った。得られた増幅物をSacI処理して、断片8を得た。
配列番号8で示される遺伝子配列(人工合成遺伝子、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼに対応)の、5'末端にCATATG(NdeIサイト相当)、3'末端にAAGCTT(HindIIIサイト相当)を付加した平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドを制限酵素処理し、配列8の領域を含むNdeI‐HindIII断片を得た。この遺伝子断片を、発現ベクターpET17b(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト中、NdeI‐HindIIIサイトに、常法を用いて挿入して、pETSD8を得た。このpETSD8をテンプレートとして、pETSD8のpET17bベクター由来T7プロモーター上流にアニールし、更にGGATCC(BamHIサイト相当)を5'側に追加したプライマー及びpETSD8の配列8の3'末端を相補し、更にGAGCTC(SacIサイト相当)を5'側に追加したプライマーにより、PCRを行った。得られた増幅物をSacI処理して、断片8を得た。
配列番号7で示される遺伝子配列(エノイルCoAヒドラターゼに対応)の、5'末端にCATATG(NdeIサイト相当)、3'末端にCTCGAG(XhoIサイト相当)を付加した平滑末端断片を常法により全合成し、pUC18のマルチクローニングサイト中のSmaIサイトに挿入したプラスミドを得た。得られたプラスミドを制限酵素処理し、配列7の領域を含むNdeI‐XhoI断片を得た。得られた遺伝子断片を、発現ベクターpETDuet(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト2中、NdeI‐XhoIサイトに、常法により挿入して、pEDSD07を得た。このpEDSD07をテンプレートとして、pEDSD07のpETDuetベクター由来T7Lacプロモーター上流にアニールし、更にGAGCTC(SacIサイト相当)を5'側に追加したプライマー及びpEDSD07の配列7の3'末端を相補し、更にGGATCC(BamHIサイト相当)の相補配列を5'側に追加したプライマーとを用いてPCRを行った。得られた増幅物をSacI処理した断片7を得た。
断片8と断片7とを常法によりSacIサイト同士でライゲーションし、配列8及び配列7を含む一連の断片87とした。断片87を更にPCRにより増幅した後、BamHI処理したBamHI処理断片を得た。得られたBamHI処理断片と、pETBD312のBamHI処理断片とを常法でライゲーションしたのち、PCRを用いたマッピングによりインサート方向を確認し、すべての挿入配列の翻訳方向が同方向に構成されたpETBD38712を得た。
得られたpETBD38712を用いて、常法により大腸菌Rosetta Blue(DE3)株(ノバジェン社製)を形質転換した。
形質転換体pETBD38712/Rosetta Blue(DE3)を、アンピシリン100mg/L、クロラムフェニコール32mg/Lを含むLB培地5mLで37℃、好気下で12時間培養した。培養液0.1mLを、アンピシリン100mg/L、クロラムフェニコール32mg/L、IPTG0.2mMを含む5mLの評価培地1中に移植し、30℃、好気下で48時間培養した。評価培地1の詳細は下記の通りである。
評価培地1の組成は:
2% グルコース、
1% ペプトン(Difco社製)、
0.5% 酵母エキス(Difco社製)、
2.4% K2HPO4、
0.6% KH2PO4、
600ppm クエン酸鉄、
100ppm リボフラビン /蒸留水 pH 7.2、
である。
2% グルコース、
1% ペプトン(Difco社製)、
0.5% 酵母エキス(Difco社製)、
2.4% K2HPO4、
0.6% KH2PO4、
600ppm クエン酸鉄、
100ppm リボフラビン /蒸留水 pH 7.2、
である。
上述の組成物を全て混合し、常温下2時間撹拌した後、0.45μmのフィルターを用いてろ過滅菌した。
培養後の培養液を、実施例1と同様の方法により、HPLCに供した。培養液中には、220mg/Lの1,3−ブタンジオール及び18mg/Lの1,4−ブタンジオールが検出された。
(実施例5)
実施例3で得られたpRSBD65と、実施例4で得られたpETBD38712により、常法を用いて大腸菌Rosetta Blue(DE3)株を形質転換した。
実施例3で得られたpRSBD65と、実施例4で得られたpETBD38712により、常法を用いて大腸菌Rosetta Blue(DE3)株を形質転換した。
得られた形質転換体pRSBD65+pETBD38712/Rosetta Blue(DE3)を、アンピシリン100mg/L、カナマイシン50mg/L、クロラムフェニコール32mg/Lを含むLB培地5mLで37℃、好気下で12時間培養した。
培養液0.1mLを、アンピシリン100mg/L、カナマイシン50mg/L、クロラムフェニコール32mg/L、IPTG0.2mMを含む、5mLの評価培地1に移植し、30℃、好気下で48時間培養した。
培養液を、実施例1と同様の方法によりHPLCに供試した。培養液中には、410mg/Lの1,3−ブタンジオール及び50mg/Lの1,4−ブタンジオールが検出された。
本出願は、2012年9月24日に日本国特許庁に出願された特願2012−209981号に基づく優先権を主張するものであり、特願2012−209981号の全内容を本出願に援用する。
Claims (8)
- アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素、
アセトアセチルCoAから3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ、及び
3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素、
をコードする遺伝子を含む微生物を培養するステップ、
を含む、ブタンジオール類の製造方法。 - 3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、
3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒するエノイルCoAヒドラターゼ、
クロトニルCoAから4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ、及び
4−ヒドロキシブチリルCoAから4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,4−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼ、
である請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。 - 3−ヒドロキシブチリルCoAからブタンジオール類を生成するための反応を触媒する酵素が、3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ又は1,3−ブタンジオールを生成する反応を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼである請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
- アセチルCoAとマロニルCoAとから不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素をコードする遺伝子が、下記(a)〜(c)のいずれかに記載の遺伝子である請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
(a)配列番号1の塩基配列を有する遺伝子
(b)配列番号1の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号1の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(c)配列番号1に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子 - 前記微生物が、下記(d)〜(f)のいずれかに記載の4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼをコードする遺伝子を含む、請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
(d)配列番号8の塩基配列を有する遺伝子
(e)配列番号8の塩基配列において1若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子であって、配列番号8の塩基配列に対して90%以上の同一性の塩基配列を有する遺伝子
(f)配列番号8に記載の塩基配列を有する遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子 - 前記微生物が更に、アセチルCoAを基質としてマロニルCoAを生成する反応を触媒するアセチルCoAカルボキシラーゼをコードする遺伝子を含む、
請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。 - 前記培養するステップが、前記微生物を好気条件下で培養するステップを含む、請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 前記微生物が、大腸菌、酵母、コリネバクテリウム又はクロストリジウムである、
請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
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