JPWO2013165018A1 - 皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブ又はプローブセット及び核酸マイクロアレイ - Google Patents
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Abstract
Description
(1)下記(a)、(b)又は(c)の核酸若しくはその一部を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブ又はプローブセット。
(a)GBA、GLB1、CAT、OLFM1、ASAH1、MMP14、MMP17及びCOL18A1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸
(b)前記(a)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(c)前記(a)又は(b)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
(i)GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸
(ii) MMP14、MMP17及びCOL18A1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸
(α)配列番号27、30、58、63、70、84、85及び112に示される塩基配列のうちの少なくとも1種の塩基配列からなる核酸
(β)前記(α)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(γ)前記(α)又は(β)の核酸の塩基配列に対して70%以上の相同性を有する塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
(δ)前記(α)、(β)又は(γ)の核酸の塩基配列において1から数個の塩基が付加、欠失又は置換された塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
(i)配列番号1〜130に示される塩基配列からなる核酸
(ii)配列番号131〜257に示される塩基配列からなる核酸
(6)検査対象に紫外線を照射後、上記(4)の核酸マイクロアレイを用いて遺伝子発現量を測定する工程を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価する方法。
(8)上記(4)の核酸マイクロアレイを用いて、皮膚疾患治療薬又は化粧品に有用な化合物をスクリーニングする方法。
また、本発明によれば、当該プローブ又はプローブセット及び核酸マイクロアレイを用いた、被験対象の皮膚に対する紫外線の影響の評価方法、及び、皮膚疾患治療薬(経皮吸収剤等)や化粧品の有効成分として有用な物質(化合物等)の効率的なスクリーニング方法を提供することができる。
1.本発明の概要
本発明において、外部刺激、特に紫外線の皮膚への影響を評価することとは、皮膚のハリ(弾力)やシワ等の皮膚状態を、遺伝子の発現の有無又は発現量の変化により判断及び評価することをいう。ここで、遺伝子の発現とは、mRNAの発現のことである。
<皮膚構成関連遺伝子>
CKB,CKM,EDN1,EDN2,EDN3,GDNF,NPPB,SELE,SELL,SELP,TNNT2,HAPLN1,HAS1,HAS2,HAS3,FN1,LAMA1,MMP1,MMP2,MMP3,MMP7,MMP9,MMP10,MMP11,MMP12,MMP13,MMP14,MMP15,MMP16,MMP17,MMP24,MMP25,TIMP1,TIMP2,TIMP3,TIMP4,MME,F2RL1,ACO1,ACO2,NFATC1,SUMO1,SUMO2,SUMO3,ADM,PTGES,PTGIS,ANG,TEK,TIE1,ICAM1,VCAM1,KDR,COL1A1,COL1A2,COL4A1,COL10A1,COL18A1,POMC,SOD1,SOD2,SOD3,CAT,GPX,GSR,TTPA,ELN,EMILIN1,EMILIN2,GLB1,MMRN2,ELANE,MFAP5,ATP7A,IL1A,IL1B,GM−CSF,PTGS2,TNFA,IL6,IL8,ACER1,ACER2,ASAH1,GBA,SGMS1,CEL,GALC,SPTLC1,LASS1,LASS6,DEGS1,FLG,FLG2,KRT1,KRT2,KRT3,KRT4,FGF7,CHST1,CHST2,CSTA,KLF1,EGF,HBEGF,AREG,SIRT1,SIRT2,SIRT3,SIRT4,SCEL,OLFM1,TERT,TERC,BCL2,DEFA1,DEFB1,ITGA1,ITGA2。
2.皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブ
プローブとは、一般に、検体(被験試料)中の標的とする遺伝子の核酸(mRNA)をハイブリダイゼーションにより捕捉し、当該標的核酸を検出するために使用されるものを言う。当該プローブは、通常、核酸プローブであるが、本発明においてプローブを構成する「核酸」としては、一般に、DNA、RNA、PNAなどを使用することができ、特に限定はされないが、DNAが好ましい。
(b)前記(a)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(c)前記(a)又は(b)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
[1] 下記(i)及び(ii)の核酸からなる(下記(i)及び(ii)の核酸の組合せからなる)もの:
(i)GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸;並びに
(ii) MMP14、MMP17及びCOL18A1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸;
[2] GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸であるもの;
[3] MMP14、MMP17及びCOL18A1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸であるもの;
[4] MMP14、MMP17、COL18A1、GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸であるもの
などが好ましく挙げられる。
ここで、上記(c)の核酸において、「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸」とは、例えば、前記(a)又は(b)の核酸の塩基配列と相補的な塩基配列からなる核酸の、全部又は一部をプローブとして、コロニーハイブリダイゼーション法、プラークハイブリダイゼーション法又はサザンハイブリダイゼーション法などを用いることにより得られる核酸をいう。ハイブリダイゼーションの方法としては、例えば、“Sambrook & Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual Vol. 3, Cold Spring Harbor, Laboratory Press 2001”、“Ausubel, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons 1987-1997”などに記載されている方法を利用することができる。
また、「ストリンジェントな条件」とは、低ストリンジェントな条件、中ストリンジェントな条件、及び高ストリンジェントな条件のいずれでもよい。「低ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5%SDS、50%ホルムアミド、32℃の条件が挙げられる。また、「中ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5%SDS、50%ホルムアミド、42℃の条件が挙げられる。「高ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5%SDS、50%ホルムアミド、50℃の条件が挙げられる。なお、本発明においては、具体的には、「ストリンジェントな条件」は、塩基鎖長が65塩基の場合、バッファーの1価陽イオン濃度が97.5〜3200mM、温度が37〜80℃の条件が好ましく、より好ましくは、1価陽イオン濃度が97.5〜800mM、温度が50〜70℃の条件であり、さらに好ましくは、バッファーの1価陽イオン濃度が195mM、温度が65℃等の条件であるが、これらに限定されるわけではない。
なお、ハイブリダイゼーションにおいて、市販のキットを用いる場合は、例えばAlkphos Direct Labelling Reagents(アマシャムファルマシア社製)を用いることができる。この場合は、キットに添付のプロトコールにしたがい、標識したプローブとのインキュベーションを一晩行った後、メンブレンを55℃の条件下で0.1% (w/v) SDSを含む1次洗浄バッファーで洗浄後、ハイブリダイズした核酸を検出することができる。
(β)前記(α)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(γ)前記(α)又は(β)の核酸の塩基配列に対して70%以上の相同性を有する塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
(δ)前記(α)、(β)又は(γ)の核酸の塩基配列において1から数個の塩基が付加、欠失又は置換された塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
また、上記(α)の核酸としては、例えば、配列番号27、30、58、63、70、84、85及び112に示される各塩基配列からなる核酸を全て含む態様も好ましく挙げられる。
上記(γ)の核酸は、前記(α)又は(β)の核酸の塩基配列に対して、70%以上の相同性を有する塩基配列からなる核酸であるが、さらに、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上、99.1%以上、99.2%以上、99.3%以上、99.4%以上、99.5%以上、99.6%以上、99.7%以上、99.8%以上又は99.9%以上の相同性を有する塩基配列からなる核酸であることが好ましい。なお、塩基配列の相同性に関する説明については、前述した(b)の核酸における説明を同様に適用することができる。
上記(δ)の核酸は、上記(α)、(β)及び(γ)の核酸の塩基配列において1から数個(例えば、1〜15個、1〜10個、又は1〜5個、あるいは1〜2個)の塩基が付加、欠失又は置換された塩基配列である。例えば、上記(α)、(β)及び(γ)の核酸の塩基配列の末端に、リンカーとなる塩基(ポリTなど)を修飾したものや、当該塩基配列の一部に別の塩基を挿入したり、当該塩基配列の一部の塩基を欠失させたり、当該塩基配列の一部の塩基を別の塩基に置換したもの等が挙げられる。
なお、上記(δ)の核酸において、「皮膚構成関連遺伝子を検出することができる」とは、上記(γ)の核酸に関する説明を同様に適用することができる。
(ii)配列番号131〜257に示される塩基配列からなる核酸
ここで、上記(i)の核酸は、ヒト由来の皮膚構成関連遺伝子の塩基配列からなる核酸の一部に相当するものであり、上記(ii)の核酸は、マウス由来の皮膚構成関連遺伝子の塩基配列からなる核酸の一部に相当するものである。
また、プローブとして使用し得る各種核酸は、適宜、修飾されたものであってもよく、例えば、末端ビニル化(アクリロイル化、メタクリロイル化)又は末端アミノ化がなされたものや、リンカーとなる塩基(ポリTなど)で修飾されたもの等が挙げられる。また、各種核酸の塩基配列の一部へ別の塩基を挿入したり、当該塩基配列の一部の塩基を欠失させたり、又は別の塩基に置換したり、あるいは塩基以外の物質に置換して、使用することもできる。ここで、塩基以外の物質としては、例えば、色素(蛍光色素、インターカレーター)、消光基、塩基架橋剤が挙げられる。
3.核酸マイクロアレイ
核酸マイクロアレイとは、担体上に多数の核酸プローブを高密度にそれぞれ独立に固定化したものである。核酸マイクロアレイは、複数の核酸塩基配列に関する発現量や、特定の核酸塩基配列の配列自体を解析するために利用されるシステムである。
(i)複数本の中空繊維を、中空繊維の長手方向が同一方向となるように3次元に配列して配列体を製造する工程
(ii)前記配列体を包埋し、ブロック体を製造する工程
(iii)プローブを含むゲル前駆体重合性溶液を前記ブロック体の各中空繊維の中空部に導入して重合反応を行い、プローブを含むゲル状物を中空部に保持させる工程
(iv)中空繊維の長手方向と交差する方向で切断して、ブロック体を薄片化する工程中空繊維に使用される材料としては、限定はされないが、例えば、特開2004−163211号公報等に記載の材料が好ましく挙げられる。
包埋された配列体には、各中空繊維の中空部に、プローブを含むゲル前駆体重合性溶液(ゲル形成溶液)を充填し、中空部内で重合反応を行う(工程(iii))。これにより、各中空繊維の中空部に、プローブが固定されたゲル状物を保持させることができる。
4.皮膚の状態の評価
本発明によれば、前述した本発明のプローブ又はプローブセットあるいは核酸マイクロアレイを用いて皮膚構成関連遺伝子の発現量を測定することにより、検査対象(被験対象)の皮膚に対する外部刺激、特に紫外線による、ハリやシワ等の皮膚の状態への影響を、包括的に評価することができる。
5.スクリーニング方法
本発明においては、本発明のプローブ又はプローブセットあるいは核酸マイクロアレイを用いて、皮膚疾患治療薬又は化粧品に有用な化合物をスクリーニングする方法を提供することができる。
対照としては、候補物質を接触させずに外部刺激を加えた場合、外部刺激を加えずに候補物質を接触させた場合、または外部刺激を加えず候補物質の接触もさせない場合等が挙げられる。
対照となる遺伝子の発現量データは、同一の被験対象から取得したものであっても複数の異なる同一種の被験対象から取得したものであってもよく、またデータベースに予め蓄積されたものであってもよい。また、測定された被験対象由来の発現量データを母集団(被験対象)の値に組み込んで発現量レベルを再度データ処理し(平均値化等)、母集団の例数を増やすこともできる。例数を増やすことにより、発現量の臨界値の精度を高め、場合により臨界値を適宜修正することにより、スクリーニングの精度を高めることができる。
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれら実施例によって何ら限定されるものではない。
図1に示す配列固定器具を利用して中空繊維束を製造した。なお、図中のx、y、zは直交の3次元軸であり、x軸は繊維の長手方向と一致する。
配列表より選択した遺伝子のプローブ(BEX社よりビニル化核酸を購入)を含む組成のゲル重合前駆体溶液(表5:単位はmL)をマイクロウェルプレートの各ウェルに36μL分注した。該ウェルプレートをデシゲーター内に設置し、端部から各ウェルに分注したゲル前駆体溶液を吸引し、中空繊維の中空部に導入した。
フィブロサイト(RIKEN BRC CELL BANK)を96wellプレートに2.0×104cells/wellとなるように播種し、10%FBS含有DMEM培地(シグマ アルドリッチ)で24時間培養した。UVB(紫外線B波)照射前を0時間とし、一方には培地を除去してPBS を加えUVB(30 mJ/cm2)を照射した。UVB照射後、PBS を除去し、再び培地を加え3、6、9,12、24、36、48、72時間培養した。
1mgからaRNAの調製を行った。aRNA 5μgをプラスチックチューブに入れ、Message AmpII−Biotin Enhancedキット(アプライドバイオシステムズ社製)付属の5x Array Fragmentation Buffeを4μL添加し、20μLにメスアップしてよく混合した後、94℃で7.5分間加熱してaRNAの断片化を行った。断片化後の溶液20μLに、18μLの1M Tris−HCl溶液(インビトロジェン社製)、18μLの1M NaCl溶液(ナカライテスク社製)及び15μLの0.5% Tween20溶液をそれぞれ混合し、Nuclease−free waterで150μLにメスアップして、検体液を調製した。
11 孔部
21 多孔板
31 中空繊維
41 板状物
Claims (13)
- 下記(a)、(b)又は(c)の核酸若しくはその一部を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブ又はプローブセット。
(a)GBA、GLB1、CAT、OLFM1、ASAH1、MMP14、MMP17及びCOL18A1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸
(b)前記(a)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(c)前記(a)又は(b)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸 - 前記(a)の核酸が、下記(i)及び(ii)の核酸からなるものである、請求項1記載のプローブセット。
(i)GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸
(ii) MMP14、MMP17及びCOL18A1からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸 - 前記(a)の核酸が、GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸である、請求項1記載のプローブセット。
- 前記(a)の核酸が、MMP14、MMP17及びCOL18A1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸である、請求項1記載のプローブセット。
- 前記(a)の核酸が、MMP14、MMP17、COL18A1、GBA、GLB1、CAT、OLFM1及びASAH1の各遺伝子を構成する塩基配列からなる核酸である、請求項1記載のプローブセット。
- 下記(α)、(β)又は(γ)の核酸を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブ又はプローブセット。
(α)配列番号27、30、58、63、70、84、85及び112に示される塩基配列のうちの少なくとも1種の塩基配列からなる核酸
(β)前記(α)の核酸に対し相補的な塩基配列からなる核酸
(γ)前記(α)又は(β)の核酸の塩基配列に対して70%以上の相同性を有する塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸
(δ)前記(α)、(β)又は(γ)の核酸の塩基配列において1から数個の塩基が付加、欠失又は置換された塩基配列からなり、かつ皮膚構成関連遺伝子を検出することができる核酸 - 前記(α)の核酸が、配列番号27、30、58、63、70、84、85及び112に示される塩基配列からなる核酸である、請求項6記載のプローブセット。
- 下記(i)及び/又は(ii)の核酸からなる、紫外線の皮膚に対する紫外線の影響を評価するためのプローブセット。
(i)配列番号1〜130に示される塩基配列からなる核酸
(ii)配列番号131〜257に示される塩基配列からなる核酸 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載のプローブ又はプローブセットを含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価するための核酸マイクロアレイ。
- 検査対象に紫外線を照射後、請求項1〜8のいずれか1項に記載のプローブ又はプローブセットを用いて遺伝子発現量を測定する工程を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価する方法。
- 検査対象に紫外線を照射後、請求項9記載の核酸マイクロアレイを用いて遺伝子発現量を測定する工程を含む、皮膚に対する紫外線の影響を評価する方法。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載のプローブ又はプローブセットを用いて、皮膚疾患治療薬又は化粧品に有用な化合物をスクリーニングする方法。
- 請求項9に記載の核酸マイクロアレイを用いて、皮膚疾患治療薬又は化粧品に有用な化合物をスクリーニングする方法。
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