JPWO2013035824A1

JPWO2013035824A1 - 癌幹細胞の分離

Info

Publication number: JPWO2013035824A1
Application number: JP2013532659A
Authority: JP
Inventors: 達美山崎; 岡部　尚文; 尚文岡部; 慎太小林; 渡邉　剛; 剛渡邉; 亨一松原; 淳彦加藤; 鈴木　雅実; 雅実鈴木
Original assignee: Chugai Pharmaceutical Co Ltd
Current assignee: Chugai Pharmaceutical Co Ltd
Priority date: 2011-09-07
Filing date: 2012-09-07
Publication date: 2015-03-23
Anticipated expiration: 2032-09-07
Also published as: US10018630B2; JP6077997B2; EP2749641A1; EP2749641B1; EP2749641A4; JP6387383B2; US20140314675A1; WO2013035824A1; JP2017123836A

Abstract

本発明は、細胞マーカーを用いて分離された癌幹細胞であって、該癌幹細胞を含む実質的に均一な癌幹細胞集団、該癌幹細胞集団の製造方法を提供することを課題とする。また本発明は、増殖能の高い癌幹細胞と低い癌幹細胞とを分離する方法、増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法、またこれらの分離方法あるいは誘導方法により分離・誘導された癌幹細胞を提供することを課題とする。さらに本発明は、上記癌幹細胞または上記癌幹細胞集団を用いた医薬品のスクリーニング方法、上記癌幹細胞または癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量する方法を提供することを課題とする。本発明者らは高純度結腸ＣＳＣが大量に得られることを見出し、Ｌｇｒ５の発現によって判別される結腸ＣＳＣの２種類の状態を同定した。

Description

本発明は、細胞マーカーを用いて分離された癌幹細胞であって、該癌幹細胞を含む実質的に均一な癌幹細胞集団、該癌幹細胞集団の製造方法に関する。また本発明は、増殖能の高い癌幹細胞と低い癌幹細胞とを分離する方法、増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法、またこれらの分離方法あるいは誘導方法により分離・誘導された癌幹細胞に関する。さらに本発明は、上記癌幹細胞または上記癌幹細胞集団を用いた医薬品のスクリーニング方法、上記癌幹細胞または癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量する方法に関する。

癌幹細胞（Cancer Stem Cell:CSC）は、癌の起源であると考えられている。なぜなら、これらは、自己再生能と、腫瘍階層（非特許文献１）への分化能とを有しているからである。さらに、CSCは移動することができ、抗癌剤治療に耐えることができる（非特許文献１）。腫瘍においてはまれなサブセットと考えられるので、CSCは細胞表面マーカーおよび異種移植における腫瘍開始活性により性質決定された。CSCは、急性骨髄性白血病（AML）（非特許文献２、３）、乳癌（非特許文献４）、神経膠腫（非特許文献５）、頭頚部癌（非特許文献６）、膵臓癌（非特許文献７、８）、肺癌（非特許文献９）、前立腺癌（非特許文献１０、１１）、間葉性新生物（非特許文献１２）、およびメラノーマ（非特許文献１３、１４）を含むいくつかの癌において同定及び特徴決定されている。結腸癌においては、O'Brienら（非特許文献１５）およびRicci-Vitianiら（非特許文献１６）による初期の研究においてCD133がCSCマーカーであることが示された。その後、他の研究グループによってさらなるマーカーとしてCD44、EpCAM、CD166（非特許文献１７）、およびALDH（非特許文献１８、１９）が同定された。近年、Pangらは、CD26が、転移活性を有するCSCの亜集団のマーカーとなることを実証した（非特許文献２０）。

CSCを単離するために、多くの研究では、EpCAM ^high/CD44⁺/ CD166⁺（非特許文献１７）、CD133⁺/CD44⁺（非特許文献２１）、CD44^high/ALDH⁺（非特許文献１８）、およびALDH1⁺/CD133⁺（非特許文献１９）などのCSCマーカーの組み合わせを使用した細胞選別アプローチをとってきた。またCSCの濃縮のために、インビトロでのスフェロイド（細胞塊）培養物および免疫欠損マウスへの癌細胞の直接異種移植も用いられてきた（非特許文献２２）。しかしながら、CSCの性質をさらに理解するためには、幹細胞の数および純度が未だ不十分である。

CSC単離における問題の1つは、CSC表現型の不均一性および/または不安定性に起因するものと考えられる（非特許文献２９）。CSCの供給源として、3次元スフェロイド培養物が使用されることが多い。このスフェロイド培養物は、臨床的に切除された標本の原発性腫瘍細胞に直接適用することができ、したがって、CSCの不均一集団の維持は、異種移植に対して一定の利点を有しうる。しかしその不均一性のために、生化学的解析における結果はCSCの複雑な特徴を示すことが多い。CSCを単離するために、細胞表面マーカータンパク質に対する抗体を用いたCSC選択が広く用いられているが、この方法によって得られる細胞の数および純度は限られている。異種移植片の表現型は多数回継代しても安定に維持されるので、CSCの供給源として異種移植片を使用することもまた、一般的なアプローチである。しかし、マウスにおける異種移植片の継代は、マウス中で生存可能な細胞しか選択できず、これにより、そのような環境に対して影響を受けにくい細胞が排除されているという議論もある。言うまでもなく、異種移植腫瘍内に存在するCSCは、それらが自己複製能および元の腫瘍の分化株の産生能を維持している限り、CSCの元の特徴を反映する。

Lgr5（ロイシン-リッチ-リピート含有Gタンパク質共役受容体5）は、当初、糖タンパク質ホルモン受容体ファミリーのオーファンGタンパク質共役受容体として同定され（非特許文献２３、２４）、クリプト（crypt）において発現が制限されるWnt標的遺伝子であることが示された（非特許文献２５）。Lgr5陽性の円柱状の細胞があらゆる上皮系統を再生でき（非特許文献２５）、単一のLgr5陽性細胞が間葉ニッチなしにインビトロでクリプト-ウイルスオルガノイドを形成することができる（非特許文献２６）という発見は、Lgr5陽性細胞が、正常な腸および結腸で幹細胞であることを明確に証明した。さらにLgr5陽性細胞はApcの欠失下で腺腫が形成され（非特許文献２７）、Lgr5が結腸癌細胞株で発現することが報告された（非特許文献２５）。総合すれば、これらの結果は、Lgr5陽性細胞が腸および結腸癌の起源であることを示している（非特許文献２５）。正常な結腸および腸の幹細胞におけるのと同じく、インビトロおよびインビボでのCSCの増殖にとってWnt活性が必須であること、ならびに外因性HGFがWnt活性を刺激することが実証された（非特許文献２８）。

Lgr5は正常な結腸および腸の幹細胞マーカーとして同定され、結腸癌の起源に対するマーカーとなることが示されており（特許文献１、非特許文献３０）、またLgr5は結腸癌幹細胞において過剰発現されるタンパク質であることが示されている（特許文献２）が、結腸癌発生におけるLgr5の生理学的な役割は未だ不明のままである。

これまで、癌治療のための治療方法や抗がん剤が種々開発されているものの、効果が必ずしも十分でない、副作用が生じる、効果を示す患者が限られる、といった問題が依然として解決すべき課題として残っている。近年、癌幹細胞を標的とした治療方法が注目されているが、その効果や副作用に関しては不明な点が多い（非特許文献３１）。

US20100275280 WO09/005809

Reya T, Morrison SJ, Clarke MF, Weissman IL (2001) Stem cells, cancer, and cancer stem cells. Nature 414:105-111. Bonnet D, Dick JE (1997) Human acute myeloid leukemia is organized as a hierarchy that originates from a primitive hematopoietic cell. Nat Med 3:730-737. Lapidot T, et al. (1994) A cell initiating human acute myeloid leukaemia after transplantation into SCID mice. Nature 367:645-648. Al-Hajj M, Wicha MS, Benito-Hernandez A, Morrison SJ, Clarke MF (2003) Prospective identification of tumorigenic breast cancer cells. Proc Natl Acad Sci USA 100:3983-3988. Singh SK, et al. (2004) Identification of human brain tumour initiating cells. Nature 432:396-401. Prince ME, et al. (2007) Identification of a subpopulation of cells with cancer stem cell properties in head and neck squamous cell carcinoma. Proc Natl Acad Sci USA 104:973-978. Hermann PC, et al. (2007) Distinct populations of cancer stem cells determine tumor growth and metastatic activity in human pancreatic cancer. Cell Stem Cell 1: 313-323. Li C, et al. (2007) Identification of pancreatic cancer stem cells. Cancer Res 67:1030-1037. Eramo A, et al. (2008) Identification and expansion of the tumorigenic lung cancer stem cell population. Cell Death Differ 15:504-514. Collins AT, Berry PA, Hyde C, Stower MJ, Maitland NJ (2005) Prospective identification of tumorigenic prostate cancer stem cells. Cancer Res 65:10946-10951. Patrawala L, et al. (2006) Highly purified CD44+ prostate cancer cells from xenograft human tumors are enriched in tumorigenic and metastatic progenitor cells. Oncogene 25:1696-1708. Wu C, et al. (2007) Side population cells isolated from mesenchymal neoplasms have tumor initiating potential. Cancer Res 1:8216-8222. Schatton T, et al. (2008) Identification of cells initiating human melanomas. Nature 451:345-349. Boiko AD, et al. (2010) Human melanoma-initiating cells express neural crest nerve growth factor receptor CD271. Nature 446:133-137. O'Brien CA, Pollett A, Gallinger S, Dick JE (2007) A human colon cancer cell capable of initiating tumour growth in immunodeficient mice. Nature 445:106-110. Ricci-Vitiani L, et al. (2007) Identification and expansion of human colon-cancer-initiating cells. Nature 445:111-115 Dalerba P, et al. (2007) Phenotypic characterization of human colorectal cancer stem cells. Proc Natl Acad Sci USA 104:10158-10163. Chu P, et al. (2009) Characterization of a subpopulation of colon cancer cells with stem cell-like properties. Int J Cancer 124:1312-1321. Huang EH, et al. (2009) Aldehyde dehydrogenase 1 is a marker for normal and malignant human colonic stem cells (SC) and tracks SC overpopulation during colon tumorigenesis. Cancer Res 69:3382-3389. Pang R, et al. (2010) A subpopulation of CD26+ cancer stem cells with metastatic capacity in human colorectal cancer. Cell Stem Cell 6:603-615. Haraguchi N, et al. (2008) CD133+CD44+ population efficiently enriches colon cancer initiating cells. Ann Surg Oncol 15:2927-2933. Ishizawa K, et al. (2010) Tumor-initiating cells are rare in many human tumors. Cell Stem Cell 7:279-282. McDonald T, et al. (1998) Identification and cloning of an orphan G protein-coupled receptor of the glycoprotein hormone receptor subfamily. Biochem Biophys Res Commun 247:266-270. Hsu SY, Liang SG, Hsueh AJ (1998) Characterization of two LGR genes homologous to gonadotropin and thyrotropin receptors with extracellular leucine-rich repeats and a G protein-coupled, seven-transmembrane region. Mol Endcrinol 12:1830-1845. Barker N, et al. (2007) Identification of stem cells in small intestine and colon by marker gene Lgr5. Nature 449:1003-1007. Sato T, et al. (2009) Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche. Nature 459:262-265. Barker N, et al. (2009) Crypt stem cells as the cells-of-origin of intestinal cancer. Nature 457:608-611. Vermeulen L, et al. (2010) Wnt activity defines colon cancer stem cells and is regulated by the microenvironment. Nat Cell Biol 12:468-476. Clevers H (2011) The cancer stem cell: premises, promises and challenges. Nat Med 17:313-319. Barker N, et al. (2007) Identification of stem cells in small intestine and colon by marker gene Lgr5. Nature 449:1003-1007. Park CY, et al.(2009) Cancer stem cell-directed therapies:recent data from the laboratory and clinic. Mol Ther 17(2):219-230.

本発明はこのような状況に鑑みてなされたものであり、本発明は細胞マーカーを用いて分離された癌幹細胞であって、該癌幹細胞を含む実質的に均一な癌幹細胞集団、該癌幹細胞集団の製造方法を提供することを課題とする。また本発明は、増殖能の高い癌幹細胞と低い癌幹細胞とを分離する方法、増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法、またこれらの分離方法あるいは誘導方法により分離・誘導された癌幹細胞を提供することを課題とする。さらに本発明は、上記癌幹細胞または上記癌幹細胞集団を用いた医薬品のスクリーニング方法、上記癌幹細胞または癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量する方法を提供することを課題とする。

発癌機序を説明可能な幹細胞理論を証明するため、癌幹細胞(CSC）の同定、単離および性質決定に最大限の努力がされてきた。しかし性質決定するのに十分な量の純度の高いCSCを得るのは難しいままであった。本発明者らは、上記課題を解決するために鋭意研究を行った。

本発明者らはNOGマウス中で維持した異種移植片から結腸CSCを単離するために、血清を用いずEGFおよびFGFを用いるインビトロ単層培養を適用することによって、高純度の結腸CSCを大量に入手する方法を初めて確立した。具体的には、本発明者らは、NOD/Shi-scid、IL-2Rγnull（NOG）マウスで維持された中分化型ヒト結腸癌異種移植片由来の細胞をインビトロ培養することによって、高純度結腸CSCが大量に得られることを見出した。この条件下では結腸CSCのみが増殖、生存、および拡張可能であり、これによって高純度かつ均一な結腸CSCが得られた。本方法によって入手した結腸CSCは、1ヶ月間にわたり表現型を変化させることなく安定に維持された。これらは報告された全ての結腸癌幹細胞マーカーを発現し、かつ、腫瘍開始活性を示し、元の原発性腫瘍と同じ組織病理学的特性を有する腫瘍を再構築した。

Vermeulenらは、スフェロイド培養によって入手した結腸CSCがCD133、CD24、CD29、CD44、およびCD166を発現することを示し、不均一集団においてLgr5抗体により染色される細胞の存在を認めた（Vermeulen L, et al. (2008) Single-cell cloning of colon cancer stem cells reveals a multi-lineage differentiation capacity. Proc Natl Acad Sci USA 105:13427-13432.）。

本発明では、単層培養下で迅速に増殖している単離された純粋な結腸CSCにおいて、Lgr5の発現が見出された。超低接着プレートを使用することにより、本発明者らは、Lgr5を発現せず増殖の遅いCSCも単離することができた。最も重要なのは自己交替機能の発見である。この能力によって、CSCを培養条件を変化させるか抗癌剤に曝露した後、活発に増殖するLgr5陽性の結腸CSCは、静止したLgr5陰性状態へと転換した。あるいは、Lgr5陰性CSCが、活発に増殖するLgr5陽性CSCになった。CSCの、環境変化による2種類の状態間でのこの自己交替は、癌の薬物抵抗性および再発を説明する助けとなりうる。メラノーマの発癌プロセスは結腸癌の発癌プロセスとは異なるようだが、マーカー、細胞増殖、および薬物抵抗性に関連する類似の可逆的な表現型転換も報告された（Quintana E, et al. (2008) Efficient tumor formation by single human melanoma cells. Nature 456:593-598., Roesch A, et al. (2010) A temporarily distinct subpopulation of slow-cycling melanoma cells is required for continuous tumor growth. Cell 141:583-594., Sharma SV, et al. (2010) A chromatin-mediated reversible drug-tolerant state in cancer cell subpopulations. Cell 141:69-80.）。これらの研究において、ヒストンデメチラーゼJARID1Bの発現を特徴とする周期の遅い細胞の小さな亜集団は抗癌剤に耐性があり、かつ該薬物の放出後に、CSCは細胞増殖を再開し、薬物感受性の表現型を再獲得する。興味深いことに、増殖の遅いARID1B陽性細胞は増殖が迅速な子孫を生じ、これが、JARID1Bに対して陽性および陰性の集団からなる混合物を再構築する。同じく、Apc欠損Lgr5陽性幹細胞に由来するアデノーマ発生においては、大多数のTA細胞内のLgr5発現が減少したが、その後、アデノーマ内に散在する細胞で検出された（Barker N, et al. (2009) Crypt stem cells as the cells-of-origin of intestinal cancer. Nature 457:608-611.）。したがって、増殖が迅速な状態と周期が遅い状態との間の可逆的交替が、CSCの一般的な特徴であり得る。

Lgr5発現を理解するためのもう一つの重要な要素とは、Wntシグナル伝達がTCF4によって仲介されるということであり、ドミナントネガティブTCF4は、細胞系におけるLgr5発現を減少させた（Barker N, et al. (2007) Identification of stem cells in small intestine and colon by marker gene Lgr5. Nature 449:1003-1007.）。この報告と一致して、TCFインヒビターが結腸CSCの増殖を遮断するため、Lgr5陽性の結腸CSCの増殖はTCFによって仲介されることが、本発明者らの結果により示された。他の場所では、インビトロで原発性結腸腫瘍のスフェロイド培養物において、結腸CSCの維持および増殖には外因性HGFが必須であること、ならびにインビボでHGFがニッチ細胞から分泌されることが実証されている（Vermeulen L, et al. (2010) Wnt activity defines colon cancer stem cells and is regulated by the microenvironment. Nat Cell Biol 12:468-476.）。これらの以前の知見を考慮に入れて、本発明者らは、結腸CSCの増殖におけるEGF、FGF、およびHGFの必要量を調べた。予想外なことに、結腸CSCの増殖および生存には、いかなる外因的要素およびニッチ細胞も必要ではなかった。その結果、Wntシグナル伝達を調節するための内因的機序または自己分泌機序の存在が示され、これにより、結腸CSCにおけるWntシグナル伝達の活性化機序に対する新たな知見が提供されうる。

CSCの分野において、環境ストレスを克服可能な攻撃的な表現型（例えばEMT）を獲得したCSCの特定の亜集団は、生存して転移性腫瘍を生じると推定される（Mani SA, et al. (2008) The epithelial-mesenchymal transition generates cells with properties of stem cells. Cell 133:704-715.）。本発明者らは、Lgr5陽性の結腸CSCの注射による高分化型腫瘍の発生が、転移部位に左右されることを見出した。上記のように、CD26⁺ CSCの亜集団は転移活性を有する（Pang R, et al. (2010) A subpopulation of CD26+ cancer stem cells with metastatic capacity in human colorectal cancer. Cell Stem Cell 6:603-615.）。本発明において、本発明者らはLgr5陽性およびLgr5陰性の結腸CSCにおけるCD26の発現を解析し、該結腸CSCの両方がCD26に対して陽性であることを見出した。転移に関するマーカーとしてのCD26の重要性を理解するためには、さらなる研究が必要である。Hermannらは、CD133⁺ /CXCR4⁺膵臓CSCが循環血において検出されたと記載し、これにより転移に関するマーカーとしてCXCR4が示された（Hermann PC, et al. (2007) Distinct populations of cancer stem cells determine tumor growth and metastatic activity in human pancreatic cancer. Cell Stem Cell 1: 313-323.）。
発癌におけるLgr5陰性CSCの存在は、基本的な幹細胞の性質と関連しうる。1つの可能性のある仮説とは、攻撃的な抗癌剤治療などの環境変化の下で細胞集団の別個のサブセットに交替するための内因的な手段を、CSCが利用できるということである。このことは、CSCが、内因的な機序によって新たな環境に適応するための自己防御能を有することを意味しうる（図３６）。

本発明はより具体的には、以下を提供するものである。
〔１〕細胞マーカーであるLgr5が陽性であり、無血清培養で付着性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞。
〔２〕間葉性細胞である、〔１〕に記載の癌幹細胞。
〔３〕細胞マーカーであるLgr5が陰性であり、無血清培養で浮遊性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞。
〔４〕上皮細胞である、〔３〕に記載の癌幹細胞。
〔５〕消化器癌由来である、〔１〕〜〔４〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔６〕消化器癌が大腸癌である、〔５〕に記載の癌幹細胞。
〔７〕細胞マーカーであるCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29、EREGのいずれか一つ以上が陽性である、〔１〕〜〔６〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔８〕細胞マーカーであるCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29およびEREGが陽性である、〔７〕に記載の癌幹細胞。
〔９〕 ALDH活性の細胞マーカーが陽性もしくはLCK、FGFBP1、ROR1および/またはPIGUの細胞マーカーが陽性である、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔８〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１０〕 ALDH活性の細胞マーカーが陰性もしくはHLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1、および/またはGPR110の細胞マーカーが陽性である、〔３〕〜〔８〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１１〕癌組織の階層構造を再現する特徴を有する癌幹細胞である、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１２〕癌組織の階層構造を再現する特徴を有する癌幹細胞である、〔３〕〜〔８〕、〔１０〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１３〕上皮間葉移行能を有する癌幹細胞である、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１４〕上皮間葉移行能を有する癌幹細胞である、〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕のいずれかに記載の癌幹細胞。
〔１５〕〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む、実質的に均質な癌幹細胞集団。
〔１６〕〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む、実質的に均質な癌幹細胞集団。
〔１７〕癌幹細胞または癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養する工程を含む、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１５〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を製造する方法。
〔１８〕癌幹細胞または癌幹細胞を含む細胞集団を浮遊培養する工程または増殖抑制剤存在下において培養する工程を含む、〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１６〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を製造する方法。
〔１９〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程、
（ｃ）前記被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。
〔２０〕医薬品が抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤である、〔１９〕に記載のスクリーニング方法。
〔２１〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程、
（ｃ）前記被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。
〔２２〕医薬品が抗癌剤である、〔２１〕に記載のスクリーニング方法。
〔２３〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程、
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
〔２４〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程、
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
〔２５〕以下の（ａ）〜（ｄ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および増殖抑制剤を投与する工程、
（ｃ）被験物質を投与する工程、
（ｄ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
〔２６〕前記細胞集団を投与する工程が皮下投与あるいは静脈内投与である、〔２３〕〜〔２５〕のいずれかに記載のスクリーニング方法。
〔２７〕医薬品が抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤である、〔２３〕〜〔２５〕のいずれかに記載のスクリーニング方法。
〔２８〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１５〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陽性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
〔２９〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１５〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、FGFBP1抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、および/またはβカテニン抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、LCKが陽性である、FGFBP1が陽性である、ROR1が陽性である、PIGUが陽性である、および/またはβカテニンが核に局在している細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
〔３０〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１６〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陰性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
〔３１〕以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、〔３〕〜〔８〕、〔１０〕、〔１２〕、〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１６〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
〔３２〕 Lgr5抗体を含有することを特徴とする、〔２８〕〜〔３１〕に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
〔３３〕以下の（ａ）および（ｂ）の工程を含む、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１５〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程。
〔３４〕 Lgr5抗体を含有することを特徴とする、〔３３〕に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
〔３５〕高い増殖能を有する癌幹細胞と低い増殖能を有する癌幹細胞とを分離または検出する方法。
〔３６〕付着培養により分離することを特徴とする、〔３５〕に記載の方法。
〔３７〕増殖抑制剤存在下における培養により分離または検出することを特徴とする、〔３５〕に記載の方法。
〔３８〕浮遊培養により分離することを特徴とする、〔３５〕に記載の方法。
〔３９〕細胞マーカーであるLgr5を用いて分離することを特徴とする、〔３５〕〜〔３８〕のいずれかに記載の方法。
〔４０〕さらに、細胞マーカーであるHLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1、および/またはGPR110を用いて分離することを特徴とする、〔３９〕に記載の方法。
〔４１〕増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法。
〔４２〕高い増殖能を有する癌幹細胞を浮遊培養することにより、低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、〔４１〕に記載の方法。
〔４３〕高い増殖能を有する癌幹細胞を低接着性プレートで培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、〔４１〕または〔４２〕に記載の方法。
〔４４〕増殖抑制剤を用いることにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、〔４１〕に記載の方法。
〔４５〕増殖抑制剤の存在下において培養することを特徴とする、〔４４〕に記載の方法。
〔４６〕高い増殖能を有する癌幹細胞を保持する非ヒト動物に増殖抑制剤を投与することを特徴とする、〔４４〕に記載の方法。
〔４７〕低い増殖能を有する癌幹細胞を付着培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、〔４１〕に記載の方法。
〔４８〕低い増殖能を有する癌幹細胞を接着性プレートで培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、〔４１〕または〔４７〕に記載の方法。
〔４９〕低い増殖能を有する癌幹細胞を非ヒト動物に移植することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する〔４１〕に記載の方法。
〔５０〕〔３５〕、〔３６〕、〔３９〕〜〔４１〕、〔４７〕〜〔４９〕のいずれかに記載の方法により分離および／または誘導された、高い増殖能を有する癌幹細胞。
〔５１〕〔３５〕、〔３８〕〜〔４６〕のいずれかに記載の方法により分離および／または誘導された、低い増殖能を有する癌幹細胞。
〔５２〕〔３５〕、〔３８〕〜〔４６〕のいずれかに記載の方法により分離および／または誘導された癌幹細胞を用いた、抗癌剤のスクリーニング方法。
〔５３〕〔３５〕、〔３６〕、〔３９〕〜〔４１〕、〔４７〕〜〔４９〕のいずれかに記載の方法により分離および／または誘導された癌幹細胞を用いた、化合物の評価方法。
〔５４〕 βカテニン抑制剤およびTCF阻害剤とを組み合わせてなる、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞の増殖抑制剤。
〔５５〕癌幹細胞の増殖抑制剤が抗癌剤である、〔５４〕に記載の癌細胞の増殖抑制剤。
〔５６〕 5-FU、オキサリプラチン、またはイリノテカンを有効成分として含有する、〔１〕、〔２〕、〔５〕〜〔９〕、〔１１〕、〔１３〕のいずれかに記載の癌幹細胞の転移または再発抑制剤。
〔５７〕以下の（ａ）および（ｂ）の工程を含む、〔１〕〜〔１４〕のいずれかに記載の癌幹細胞または〔１５〕もしくは〔１６〕に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量するための方法。
（ａ）癌患者から取得したサンプルを準備する工程、
（ｂ）前記サンプルとLgr5抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および／またはGPR110抗体とを接触させる工程。
〔５８〕検出・同定又は定量するための方法が、癌の診断、癌患者の選別、薬剤の有効性の予見、治療のモニタリング、癌のイメージングである〔５７〕に記載の方法。
〔５９〕 Lgr5抗体を含有することを特徴とする、〔５７〕または〔５８〕に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
〔６０〕以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の調節剤を含有する癌幹細胞阻害剤。
（ａ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドであって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の少なくとも一つのアミノ酸残基が付加、欠失、又は置換されたタンパク質であって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
〔６１〕前記調節剤が、前記タンパク質に結合する抗体である、〔６０〕に記載の癌幹細胞阻害剤。
〔６２〕前記抗体が、キメラ抗体、ヒト型化抗体、ヒト抗体、抗体断片、又は二重特異性抗体である、〔６１〕に記載の癌幹細胞阻害剤。
〔６３〕前記調節剤が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、アプタマー、およびsiRNA、からなる群から選択される、1個またはそれ以上の物質を含む、〔６０〕に記載の癌幹細胞阻害剤。
〔６４〕抗癌剤と組み合わせて用いることを特徴とする、〔５３〕〜〔５６〕〔６０〕〜〔６３〕のいずれかに記載の癌幹細胞阻害剤。
〔６５〕以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド又は該ヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質、それらの一部、又はそれらの修飾体を含有する癌幹細胞ワクチン。
（ａ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドであって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の少なくとも一つのアミノ酸残基が付加、欠失、又は置換されたタンパク質であって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド

中分化型結腸腫瘍に由来する、結腸腫瘍異種移植片であるPLR59およびPLR123の組織像（HE染色）を示す写真である。PLR59およびPLR123異種移植片に由来する細胞は、15回の継代後でさえ、杯細胞（挿入図）を含む管構造と出芽性クラスタ（矢印）を有する、元の腫瘍とかなり類似した形態をもつ腫瘍を再構築した。オリジナルとは、外科的に切除した腫瘍を示し、継代初期とは、4回継代したPLR59異種移植片およびPLR123異種移植片を示し、継代後期とは、15回継代したPLR59異種移植片および19回継代したPLR123異種移植片を示す。スケールバーは100μmを示す。 PLR59およびPLR123異種移植片の細胞における公知のCSCマーカーのフローサイトメトリー解析結果を示す図である。示したマーカーに対する抗体を用いて細胞を染色し、フローサイトメトリーにより解析した。灰色は、記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDH活性を示し、白色は、対照アイソタイプ抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDHインヒビターでのALDH活性を示す。 PLR59およびPLR123細胞100個の注射により形成した腫瘍の組織像（HE染色）を示す写真である。PLR59およびPLR123の細胞100個に由来する腫瘍の形態は、元の腫瘍と高度に類似していた。矢印は出芽性クラスタを示す。スケールバーは100μmを示す。浮遊細胞および付着細胞の位相差顕微鏡観察結果を示す写真である。上記細胞を、EGFおよびFGFを添加した無血清培地中で培養した。浮遊細胞は互いに緊密に相互作用してスフェロイド様構造を形成していたが、付着細胞は細胞クラスタを形成することなく増殖した。スケールバーは25μmを示す。浮遊CSCおよび付着CSCの増殖を示す図である。3日間培養した後の生細胞の数（黒色カラム）を、0日目の数（白色カラム）に対するパーセンテージとして示す。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。浮遊細胞および付着細胞における公知のCSCマーカーのフローサイトメトリー解析結果を示す図である。両細胞は、CD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26およびCD29などの公知CSCマーカーに対して陽性となったが、Lgr5およびALDH活性が陽性であったのは付着細胞のみであった。灰色は、記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDH活性を示し、白色は、対照アイソタイプ抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDHインヒビターでのALDH活性を示す。原発性細胞、浮遊CSC、および付着CSCにおけるβ-カテニン、TCF1、TCF3、TCF4およびリン酸化c-JUNタンパク質のウエスタンブロット解析結果を示す写真である。原発性細胞と比較して、Lgr5陽性の付着CSCにおいては全てのタンパク質の発現がアップレギュレーションされた。タンパク質ローディング用の参照タンパク質としてのGAPDHも可視化された。 FH535（50μM）およびカルダモニン（50μM）によるLgr5陽性の付着CSCの増殖阻害を示す図である。FH535（灰色カラム）およびカルダモニン（黒色カラム）と共に3日間培養した後の生細胞の数を、DMSOのみの数（白色カラム）に対するパーセンテージとして示す。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。 EGFおよびFGFの存在下または非存在下での細胞の増殖を示す図である。付着CSCを、存在下または非存在下で3日間（黒色カラム）培養した。生細胞の数を、0日目の数に対するパーセンテージとして示す（白色カラム）。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。 Lgr5陽性の付着CSCおよびLgr5陰性の浮遊CSCの増殖に対する化学療法剤の効果を示す図である。5-FU（10μg/mL、灰色カラム）またはイリノテカン（10μg/mL、黒色カラム）による処理後の生細胞の数を、化学療法剤を用いずに培養した生細胞数（白色カラム）のパーセンテージとして示す。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。化学療法剤によって細胞を処理した後の付着性CSCのLgr5発現の変化を示す図である。フローサイトメトリーの結果を示す。上部は化学療法剤無し（対照）を示し、中央は5-FU処理細胞を示し、下部はイリノテカン処理細胞を示す。灰色は、記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDH活性を示し、白色は、対照アイソタイプ抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDHインヒビターでのALDH活性を示す。付着培養および浮遊培養の移行前（1として示す）および後の細胞のLgr5 mRNAのレベルを示す図である。F→Aは、浮遊培養から付着培養への移行を示し、A→Fは付着培養から浮遊培養への移行を示す。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。 Lgr5陰性の浮遊CSCおよびLgr5陽性の付着CSCにおけるE-カドヘリンおよびSnailのウエスタンブロット解析結果を示す写真である。浮遊CSCは高レベルのE-カドヘリンを発現した一方、付着CSCは高レベルのSnailを発現した。GADPHをローディング対照として用いた。 E-カドヘリン抗体、Snail抗体、およびβ-カテニン抗体によるLgr5陰性の浮遊CSCおよびLgr5陽性の付着CSCの免疫細胞化学の結果を示す写真である。浮遊CSCは、細胞表面のE-カドヘリンおよびβ-カテニンが高発現している上皮様細胞であったが、付着CSCは、Snailおよびβ-カテニンが核局在している間葉様細胞であった。スケールバーは25μmを示す。抗Lgr5抗体および抗Snail抗体による異種移植組織の免疫組織化学の結果を示す写真である。出芽性領域のEMT様細胞において核Snailと細胞質Lgr5の同時発現が検出された（左側パネル）が、管においては検出されなかった（右側パネル）。矢印はLgr5陽性の出芽性細胞を示す。スケールバーは10μmを示す。異種移植片組織の組織病理学的特徴を示す写真である。低分化型結腸癌（PDCC）異種移植片の組織病理学PDCC異種移植片は、元の腫瘍とほぼ同じ組織病理学的形態を再構築し、PDCC異種移植片は明確な上皮管構造を含まなかった（継代4、13）。スケールバーは100μmを示す。 PLR123由来のLgr5陽性細胞1個および10個ならびにPLR123由来のLgr5陰性細胞10個に由来する異種移植片腫瘍の組織病理学の結果を示す写真である。全ての腫瘍の組織病理学的特徴は、元の腫瘍とかなり類似していた。スケールバーは100μmを示す。浮遊結腸CSCおよび付着結腸CSCの位相差顕微鏡観察結果を示す写真である。上記細胞を、EGFおよびFGFを添加した無血清培地中で培養した。浮遊細胞はスフェロイド様構造を形成するため互いに緊密に相互作用していたが、付着細胞は細胞クラスタを形成することなく増殖した。スケールバーは25μmを示す。浮遊CSCおよび付着CSCの増殖を示す図である。3日間培養した後の生細胞の数（黒色カラム）を、0日目の数（白色カラム）に対するパーセンテージとして示す。結果は3回の実験の平均である。各カラム上部のバーは標準偏差を示す。浮遊細胞および付着細胞における報告されたCSCマーカーのフローサイトメトリー解析の結果を示す図である。付着細胞は報告された全マーカーについて陽性であったが、浮遊細胞はLgr5およびALDHについて陰性であった。灰色は、記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDH活性を示し、白色は、対照アイソタイプ抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDHインヒビターでのALDH活性を示す。原発性細胞、浮遊CSC、および付着CSCにおけるβ-カテニン、TCF1、TCF3、TCF4およびリン酸化c-JUNタンパク質のウエスタンブロット解析結果を示す写真である。原発性細胞と比較して、Lgr5陽性の付着CSCにおいては全てのタンパク質の発現がアップレギュレーションされた。タンパク質ローディングのための参照としてのGAPDHも可視化された。 FH535（50μm）およびカルダモニン（50μm）によるLgr5陽性の付着CSCの増殖阻害を示す図である。FH535（灰色カラム）およびカルダモニン（黒色カラム）と共に3日間培養した後の生細胞の数を、0日目の数（白色カラム）に対するパーセンテージとして示す。 EGFおよびFGFの存在下および非存在下での細胞の増殖を示す図である。付着CSCを、存在下または非存在下で3日間（黒色カラム）培養した。生細胞の数を、0日目（白色カラム）の数に対するパーセンテージとして示す図である。 Lgr5陽性の付着CSCおよびLgr5陰性の浮遊CSCの増殖に対する5-FU（10μg/mL）およびイリノテカン（10μg/mL）の効果を示す図である。5-FU（灰色カラム）またはイリノテカン（黒色カラム）による処理後の生細胞の数を、上記薬物の非存在下で培養した場合（白色カラム）に対するパーセンテージとして示す。細胞を5-FUまたはイリノテカンによって処理した後のCSCマーカーのフローサイトメトリー解析の結果を示す図である。上部は5-FU処理細胞を示し、下部はイリノテカン処理細胞を示す。灰色は、記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDH活性を示し、白色は、対照アイソタイプ抗体で細胞を染色した後の蛍光強度またはALDHインヒビターでのALDH活性を示す。 Lgr5陰性の浮遊CSCおよびLgr5陽性の付着CSCにおけるE-カドヘリンおよびSnailのウエスタンブロット解析結果を示す図である。浮遊CSCは高レベルのE-カドヘリンを発現した一方、付着CSCは高レベルのSnailを発現した。GADPHをローディング対照として用いた。純粋なCSCにおけるLgr5 mRNAのレベルを示す図である。付着CSCおよび浮遊CSCにおけるLgr5 mRNAの量を、PLR59およびPLR123の異種移植腫瘍の原発性細胞におけるLgr5 mRNAの量に対する比率として示す。付着CSC（白色カラム）のLgr5 mRNAレベルは、異種移植片の原発性細胞（黒色カラム）におけるレベルと比較して著しく増大したが、浮遊CSC（灰色カラム）では増大しなかった。Lgr5 mRNAの量は、GAPDHおよびACTBの発現の標準化および定量的PCRによって測定した。実験はすべて3回ずつ行った。エラーバーは標準偏差を示す。抗ヒトLgr5モノクローナル抗体（mAb）である2U2E-2および2L36の特異性を、Lgr4、Lgr5、またはLgr6 cDNAをトランスフェクトしたDG44細胞において、免疫蛍光顕微鏡観察により確認した結果を示す写真である。非トランスフェクト親細胞およびトランスフェクタントを固定し、5 μg/mLの抗体で処理した。Lgr5 cDNAを包含する細胞においては強力な蛍光（右側の緑色シグナル）が観察されたが、親細胞、およびLgr4またはLgr6 cDNAを包含する細胞では観察されなかった。スケールバーは5μmを示す。抗ヒトLgr5モノクローナル抗体（mAb）である2T15E-2の特異性を、Lgr4、Lgr5、またはLgr6 cDNAをトランスフェクトしたDG44細胞において、フローサイトメトリーにより確認した結果を示す図である。非トランスフェクト親細胞およびトランスフェクタントをモノクローナル2T15E-2抗体と共にインキュベーションし、FACSにより解析した。2T15E-2抗体は、Lgr5 cDNAを包含する細胞とは反応したが、親細胞、およびLgr4またはLgr6 cDNAを包含する細胞とは反応しなかった。トランスフェクタントにおけるLgr4、Lgr5、およびLgr6の発現は、ウエスタンブロット解析によって確認した。 PLR59およびPLR123異種移植片に由来する付着CSCを1ヶ月間培養し、報告された癌幹細胞マーカーのフローサイトメトリー解析の結果を示す図である。インビトロで1ヶ月間培養後でさえ、PLR59およびPLR123に由来する付着CSCはどちらも、報告された全ての癌幹細胞マーカーに対して陽性であった。灰色は、示された抗体で細胞を染色後の蛍光強度、またはALDHの活性を示し、白色は対照アイソタイプ抗体で細胞を染色後の蛍光強度、またはALDHインヒビターでのALDH活性による細胞の処理を示す。 PLR59およびPLR123異種移植片に由来する付着CSCを1ヶ月間培養した後、フローサイトメトリーで解析し（図３０）、かつNOGマウスに注射した。図に示した数の付着CSCをNOGマウスの側腹部に皮下注射し、NOGマウスにおける腫瘍形成活性を検討した。接種から47時間後、腫瘍形成を判定した結果を示す図である。付着CSC10個の皮下注射によってさえ、全ての注射部位で腫瘍が生じたが、該腫瘍の組織病理学的形態は元の腫瘍と高度に類似していた。培養条件および化学療法剤処置による、結腸CSCの表現型の交互変化を示す写真である。5-FUおよびイリノテカンに対するLgr5陽性CSCの感受性を調べた。5-FUおよびイリノテカンはどちらも、Lgr5陽性の結腸CSCの増殖を有意に阻害した。5-FUまたはイリノテカンに3日間曝露後、これらの化学療法剤に対し抵抗性を有する細胞が現れた。該薬物耐性細胞の形態は、高密度に圧縮されていた。スケールバーは25μmを示す。 CSCの形態の交互変化を示す写真である。Lgr5陰性の結腸CSCを解離させて平底プレートで培養したところ、一部の細胞がプレートの底に付着し、Lgr5陽性となり、間葉細胞様形態を示した（左側）。一方、Lgr5陽性の付着結腸CSCを超低接着プレートで培養したところ、一部の細胞が増殖を停止し、スフェロイド様構造を形成した。スケールバーは10μmを示す。多数の器官における付着CSCの腫瘍形成活性を示す図である。PLR 123の付着CSCを5×10⁵個、尾静脈に注射した（n=5）。様々な器官における投与後40日目の腫瘍形成の出現率を示す。肺、肝臓、リンパ節、および皮下組織における腫瘍の組織病理学的実験の結果を示す写真である。肺において、腫瘍細胞は未分化の腫瘍巣を示したが、肝臓およびその他器官においては、腫瘍細胞は、複数の分化ステージを伴う管構造を示した。スケールバーは100μmを示す。結腸CSCの提唱モデルの模式図である。CSCの2種類の別個の状態は、抗癌剤の存在などの環境変化の下で内因的に交替する。以前の知見によると、Lgr5を発現する正常な結腸幹細胞は、複数の遺伝子の変異によって形質転換され、CSCとなる。増殖期のCSC樹立株はLgr5を発現し、EMTを受ける。特定のストレス環境下で、これらはLgr5陰性の静止状態へと変化することができる。ニッチ環境による関与は、分化ステージへのCSCの移行を刺激する。外科的に切除された腫瘍（PLR123）におけるLgr5の免疫染色、ならびにPLR123由来の異種移植モデル（継代数が5（図３７Ｂ）、継代数が10（図３７Ｃ）および継代数が15（図３７Ｄ））におけるLgr5の免疫染色を表す写真である。組織切片は抗Lgr5抗体によって染色された。「オリジナル」は患者から外科的に切除された腫瘍を示す（図３７Ａ）。スケールバーは25μmを示す。 PLR59（図３８ＡおよびＢ）およびPLR123（図３８ＣおよびＤ）のLgr5陽性細胞に由来する異種移植片腫瘍の組織病理学の結果（HE染色）を示す写真である。PLR59およびPLR123の付着培養から10細胞（図３８ＡおよびＣ）または1細胞（図３８ＢおよびＤ）のLgr5陽性細胞がNOGマウスの皮下に注射された。全ての腫瘍の組織病理学的特徴は、元の腫瘍とかなり類似していた。スケールバーは50μmを示す。 Lgr5陽性細胞の対称な細胞分裂を示す写真である。PKH67色素で染色されて72時間培養されたLgr5陽性細胞が蛍光顕微鏡で観察された。図３９Ａ、ＢおよびＣはそれぞれ0時間、48時間および72時間の染色像を示す。スケールバーは20μmを示す。マトリゲルおよび血清の非存在下におけるLgr5陽性細胞の対称分裂（図４０ＡおよびＢ）ならびにマトリゲルおよび血清の存在下におけるLgr5陽性細胞の非対称分裂（図４０ＣおよびＤ）を示す写真である。図４０Ａおよび図４０Ｃは１回の分裂像を示し、図４０Ｂおよび図４０Ｄは２回ないし３回の分裂像を示す。 HLA-DMA（Ａ）、およびTMEM173（Ｂ）、に対する特異的抗体を用いた、イリノテカンに3日暴露しLgr5が陰性化した結腸CSCの免疫染色像を示す写真である。 ZMAT3（Ｃ）およびGPR110（Ｄ）に対する特異的抗体を用いた、イリノテカンに3日暴露しLgr5が陰性化した結腸CSCの免疫染色像を示す写真である。イリノテカンで処理されたLgr5陽性のCSC（PLR123）のLgr5の免疫染色像を示す写真である。イリノテカン処理前（図４２Ａ）、イリノテカン処理後（図４２Ｂ）、および再度播種されイリノテカン非存在下で培養されたLgr5陰性細胞から、Lgr5陽性細胞が再播種後遅くとも4日の時点で現れ（図４２Ｃ）、再播種後8日までに増加した（図４２Ｄ）免疫染色像が示される。スケールバーは50μmを示す。定量リアルタイムPCRによるLgr5遺伝子の転写量の測定を示す図である。Lgr5のmRNAレベルは付着培養におけるLgr5陽性細胞では高かったが、スフェロイド培養の条件下では減少し、イリノテカン処理後のLgr陰性細胞においては殆ど検出されなかった。その一方で、CK20遺伝子のmRNAレベルはLgr5陽性細胞および陰性細胞において検出レベルに満たなかったが、スフェロイド培養の条件下のLgr5陽性細胞においては上昇していた。組織免疫染色によって確認されたLgr5およびCK20タンパク質の発現を示す写真である。固定化されたスフェロイド培養中のLgr5陽性のCSC（PLR59（図４４Ａ）およびPLR123（図４４Ｂ））の薄切切片を、Lgr5抗体（2L36）およびCK20抗体（DAKO社）と反応させた。スフェロイドは少数のLgr5陽性細胞とLgr5陰性である多数のCK20陽性細胞を含んでいた。 Lgr5陽性およびLgr5陰性のCSC（PLR59およびPLR123）をイリノテカンまたは5-FUの存在または非存在下で3日間、横軸で示される各濃度で培養したときの、Lgr5陽性（黒線）およびLgr5陰性（灰色線）の生残細胞の未処理の対照細胞に対する割合を示す図である。Lgr5陰性細胞は両増殖抑制剤に対して完全に抵抗性であった。 CSCマーカーの発現を示す図である。「処理前」は、PLR123異種移植モデル由来の付着培養から取得されたLgr5陽性の細胞におけるCSCマーカーの発現を表し、「イリノテカン処理後」は、イリノテカン処理によって取得されたLgr5陰性細胞におけるCSCマーカーの発現を表し、「イリノテカン除去後の再播種」は、イリノテカンが除去された培地中に再播種されたLgr5陰性細胞におけるCSCマーカーの発現を表す。灰色はALDH活性または記載の抗体で細胞を染色した後の蛍光強度を示し、白色はALDH阻害剤存在下でのALDH活性を示す。 Lgr5陽性細胞および陰性細胞の交替を表す図である。FACSによって回収され限界希釈されたLgr5陽性細胞が播種されイリノテカン存在下で3日間付着培養条件にて培養された。一方、イリノテカンで処理され限界希釈されたLgr5陰性細胞が播種されイリノテカン非存在下で4日間付着培養条件にて培養された。Lgr5の発現はPE標識された抗マウスIgG抗体（赤で示される）またはAlexaFluo 488標識された抗マウスIgG抗体（緑で示される）を用いて可視化された。 Lgr5陽性細胞に比べてLgr5陰性細胞においてその発現が顕著にアップレギュレートされている7遺伝子（Ａ）、および異種移植動物由来の初発細胞と比較してLgr5陽性細胞およびLgr5陰性細胞においてその発現が上昇している20遺伝子（Ｂ）のヒートマップ（Heat map）を表す図である。PLR59およびPLR123由来のLgr5陽性およびLgr5陰性CSCならびに異種移植動物から単離された初発細胞から調製されたRNAがアフィメトリックスU133を用いて解析された。組織免疫染色による抗HLA-DMA抗体および抗EREG抗体のLgr5陽性CSCおよびLgr5陰性CSCに対する結合を示す写真である。固定化されたCSC（ PLR123）が抗HLA-DMA抗体（Dako）および抗EREG抗体（EP27）で処理された。抗HLA-DMA抗体で処理されたLgr5陰性の細胞からは強い蛍光シグナル（HLA-DMAおよびEREGともに赤色）が検出されたのに対して、Lgr5陽性の細胞からは僅かな蛍光（緑色）が検出されたか、または蛍光は検出されなかった。抗EREG抗体で処理されたLgr5陰性およびLgr5陽性の細胞からはともに蛍光シグナルが検出された。腫瘍形成の初期段階でのLgr5陰性CSCからLgr5陽性CSCへの移行を示す写真である。PLR123異種移植動物由来のLGR5陰性CSCが注射されたNOGマウスにおけるLgr5陰性CSCから由来する腫瘍がLgr5（緑色）、HLA-DMA（赤色）およびEREG（緑色）に対する抗体で染色された。5日目にLgr5低発現、HLA-DMA陽性、およびEREG陽性の細胞、ならびにLgr5陽性、HLA-DMA陰性、およびEREG陽性の細胞が存在した。スケールバーは10μmを示す。 LGR5陰性CSCからの腫瘍階層の再構築を示す。組織構造（図５１Ａ）および抗Lgr5抗体および抗E-カドヘリン抗体を用いた免疫蛍光顕微観察像を示す（図５１Ｂ）写真である。緑色はLgr5、赤色はE-カドヘリンの存在を示す。スケールバーは50μmを示す。イリノテカン処理後の腫瘍の組織病態学（HE）（一列目）、Lgr5抗体（緑色）およびE-カドヘリン抗体（赤色）を用いた免疫染色（二列目）、Lgr5抗体（緑色）およびHLA-DMA抗体（赤色）を用いた免疫染色（三列目）ならびにEREG抗体（赤色）を用いた免疫染色（四列目）を示す写真である。LGR5陽性CSC（PLR123）由来の腫瘍を保持したマウスのイリノテカン処理後の腫瘍が観察された。腫瘍移植後12日、15日および18日の時点でイリノテカンまたはベヒクルがマウスに投与された。スケールバーは25μmを示す。 LGR5陽性CSC（PLR123）由来の腫瘍がNOGマウスに移植後12日、15日および18日の時点でイリノテカン（120 mg/kg/日）の用量で投与された。ベヒクルが投与された対照マウスおよびイリノテカンが投与されたマウスの腫瘍体積をそれぞれ菱形（◆）および四角（■）または三角（▲）で示すグラフである。各値は平均値＋標準偏差を表す。異種移植された腫瘍組織におけるLgr5陽性およびHLA-DMA陽性細胞の数を表すグラフである。組織薄切切片がLgr5抗体およびHLA-DMA抗体で処理された後に、Lgr5陽性およびHLA-DMA陽性の細胞の数が計測された。数値は各群（n=3）中で計測された細胞の合計数を表す。患者から単離された原発性（プライマリー）および肝転移性の大腸癌組織の同切片がHE（２列目および４列目）またはLgr5（緑色）、HLA-DMA（赤色）およびEREG（緑色）に対する抗体（１列目および３列目）で染色された写真である。Lgr5陽性は増殖性CSCを表し、EREG陽性およびHLA-DMA陽性はLgr5陰性の休止CSCを表す。Lgr5陰性および陽性のCSCは、原発性および肝転移性の腫瘍の管構造および出芽性領域でともに検出された。Lgr5陽性のCSCは単一細胞（single cell）として間質領域にも見出された。同様の染色パターンが異なる患者から単離された複数の腫瘍組織で観察された。矢印はCSCを表す。スケールバーは10μmを表す。 Lgr5陽性細胞の移植によって生成されたPLR123の異種移植片の初発細胞から分取された（sorted）Lgr5陽性および陰性細胞集団のフローサイトメトリー解析を表す。パーセントは分取された細胞集団の純度を表す。分取されてマトリゲル中に懸濁されたLgr5陽性および陰性各1000細胞が皮下に移植されたNOGマウス中に形成された腫瘍の腫瘍体積で表された腫瘍形成を表す。平均値および標準偏差値は6つの腫瘍から得られた数値である。抗Lgr5抗体、抗CD133抗体、抗CD166抗体、または抗CD44抗体を用いたPLR123の異種移植片からの初発細胞のフローサイトメトリー解析を表す。 PLR123の異種移植片の初発細胞から取得されたLgr5陰性/CD133陰性、Lgr5陰性または低発現/CD133陽性およびLgr5陽性/CD133陽性細胞集団のフローサイトメトリー解析を表す。パーセントは分取された細胞集団の純度を表す。分取されたLgr5陰性/CD133陰性、Lgr5陰性または低発現/CD133陽性およびLgr5陽性/CD133陽性細胞集団がマトリゲル上に播種されて6日の培養の後に形成されたコロニー数によって示された、Lgr5陰性/CD133陰性、Lgr5陰性または低発現/CD133陽性およびLgr5陽性/CD133陽性細胞集団のコロニー形成活性を表す図である。平均値および標準偏差値は3つの試験から得られた数値である。幹細胞マーカーの発現量を示す図である。PLR123細胞の異種移植片から得られた付着培養から単離されたLgr5陽性細胞のイリノテカン処理前ならびに処理後およびイリノテカン処理後に再播種された細胞の幹細胞マーカーの発現量がフローサイトメーターを用いて解析された。X軸は蛍光強度を表し、Y軸は側方散乱光（Side Scatter）を表す。 RT-qPCRを用いて調べられたLgr5、CD133、CD44、CD166およびEPCAMの発現量を表す図である。付着Lgr5陽性細胞をイリノテカンで処理することによって取得されたLgr5陽性および陰性細胞のin vitro培養細胞が、抗Lgr5抗体および抗Ki67抗体を用いて二重に染色された染色像を示す図である。スケールバーは50μmを表す。 5-FUまたはオキサリプラチンによるLgr5陰性状態への移行を表す写真を示す。スケールバーは50μmを表す。 Lgr5陽性細胞移植後21日後の異種移植片におけるLgr5陽性細胞およびHLA-DMA陽性細胞のKi67染色を示す写真である。矢印はLgr5陽性細胞を、矢じりはHLA-DMA陽性を表す。スケールバーは25μmを表す。 Lgr5陽性細胞において高発現する遺伝子のヒートマップを表す図である。患者から単離された結腸癌組織におけるLgr5陽性細胞およびHLA-DMA陽性細胞のKi67染色を示す写真である。矢印はLgr5陽性細胞を、矢じりはHLA-DMA陽性を表す。スケールバーは10μmを表す。

本発明において、「および/または」との用語の意義は、「および」と「または」が適宜組み合わされたあらゆる組合せを含む。具体的には、例えば「E-カドヘリン抗体、Snail抗体、および/またはGPR110抗体」とは以下の7通りの抗体のバリエーションが含まれる；
(a) E-カドヘリン抗体、(b) Snail抗体、(c) GPR110抗体、(d) E-カドヘリン抗体およびSnail抗体、(e) E-カドヘリン抗体およびGPR110抗体、(f) Snail抗体およびGPR110抗体、(g) E-カドヘリン抗体およびSnail抗体およびGPR110抗体。

本発明は、細胞マーカーによって分離される癌幹細胞に関する。
本発明において「癌」とは、典型的には制御されない細胞増殖により特徴づけられる哺乳動物の生理学的状態を意味し、又はかかる生理学的状態を言う。本発明において、癌の種類は、特に限定されるものではないが、次のものが挙げられる。癌腫（上皮癌）としては、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、皮膚癌、消化管の癌、肺癌、肝細胞癌、子宮頸癌、子宮体癌、卵巣癌、卵管癌、膣癌、肝臓癌、胆管癌、膀胱癌、尿管の癌、甲状腺癌、副腎癌、腎臓癌、又はその他の腺組織の癌が挙げられる。肉腫（非上皮癌）としては、脂肪肉腫、平滑筋肉腫、黄紋筋肉腫、滑膜肉腫、血管肉腫、線維肉腫、悪性末梢神経腫瘍、消化管間質系腫瘍、類腱腫、ユーイング肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、白血病、リンパ腫、骨髄腫、その他の実質臓器の腫瘍、例えばメラノーマ又は脳腫瘍が挙げられる（Kumar V, Abbas AK, Fausio N. Robbins and Cotran Pathologic Basis of Disease. 7th Ed. Unit I: General Pathology, 7: Neoplasia, Biology of tumor growth: Benign and malignant neoplasms. 269-342, 2005）。

本発明において、癌幹細胞とは、以下のｉ）及び／又はｉｉ）に記載された能力を有する細胞をいう。
i）自己複製能を保有する。自己複製能とは、分裂した２つの娘細胞のどちらか１つ又は両方の細胞が、細胞系譜上、親細胞と同等の能力及び分化程度を保持している細胞を産出できる能力をいう。
ii）癌細胞塊を構成する複数種の癌細胞へ分化できる。癌幹細胞から分化した複数種の癌細胞は、正常幹細胞と同様に、細胞系譜上、癌幹細胞を頂点とする階層構造を形成する。癌幹細胞から段階的に多種癌細胞が産出されることにより多様な特徴を有する癌細胞塊が形成される。

癌幹細胞とは癌形成能をもち、正常幹細胞と同様に多分化能と自己複製能を持つ癌細胞である。癌幹細胞は、癌幹細胞を頂点とする階層構造を形成する。癌幹細胞から段階的に多種癌細胞が産出されることにより多様な特徴を有する癌細胞塊が形成される。癌細胞塊とは、細胞などがヒト腫瘍組織と同様にバラバラでなく相互に接着して形成する塊であり、癌細胞、間質細胞や血球細胞などの癌細胞以外の細胞、コラーゲンやラミニンなどの細胞外基質などで構築される塊をいう。

本発明の癌幹細胞の由来は特に限定されるものではなく、ヒト、サル、チンパンジー、イヌ、ウシ、ブタ、ウサギ、ラット、マウス等の哺乳動物等に由来するものを用いることができるが、ヒト由来のものが好ましく、ヒト腫瘍組織由来であることがさらに好ましい。

癌幹細胞としては、SV40などの癌ウイルス遺伝子若しくはRasなどの癌遺伝子を導入した細胞、癌組織から株化した細胞などを用いることができる。

癌幹細胞としては、癌組織の階層構造を再現する細胞群から得られた癌幹細胞を用いることが好ましく、例えば採取した癌組織を用いることができるが、好ましくは非ヒト動物に癌を移植し継代して作製した樹立癌細胞株で、さらに好ましくは免疫不全動物に癌を移植し継代して作製した樹立癌細胞株で、最も好ましくは、機能的なT細胞、B細胞、ナチュラルキラー細胞を欠損したNOGマウスに癌組織を移植し継代して作製したNOG樹立癌細胞株を用いることができる。

さらに、癌幹細胞としては、スフェロイド培養により形成されたスフェロイド（細胞塊）を用いてもよい。スフェロイド培養とは、癌幹細胞を培養できる培地を用いて非付着性もしくは低接着性の培養フラスコ、プレート、またはディッシュ等の培養容器に細胞を播種後、細胞を三次元的に浮遊した状態で細胞を培養することであり、この方法で形成された細胞塊をスフェロイドという。

NOG樹立癌細胞株は当業者に知られた方法で作製することができ、例えばFujii E. et al., Pathol int. 2008; 58: 559-567に記載された方法などを用いることができ、外科手術で摘出したヒト大腸癌、胃癌、肺癌、乳癌、膵臓癌などをハサミで物理的にミンスし、NOGマウスに皮下移植・継代することにより樹立できる。NOG樹立癌細胞株では継代を経てもオリジナルであるヒト癌組織の特徴が維持される。

本発明の癌幹細胞は、細胞マーカーを用いて選択することができる。本発明にて用いられる細胞マーカーとしては、例えばLgr5（ロイシン-リッチ-リピート含有Gタンパク質共役受容体5）、CD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29、EREGを挙げることができる。

本発明は、細胞マーカーであるLgr5の発現が陽性であり、無血清培養で付着性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞を提供する。以下本明細書では、当該癌幹細胞を「Lgr5陽性の付着性癌幹細胞」と記載する場合がある。本発明において、「単離された」は、その自然環境の少なくともいくつかの成分から分離された細胞または細胞集団、例えば後述されるような実質的に均質な細胞集団をいう。

一方で、本発明は細胞マーカーであるLgr5の発現が陰性であり、無血清培養で浮遊性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞を提供する。以下本明細書では、当該癌幹細胞を「Lgr5陰性の浮遊性癌幹細胞」と記載する場合がある。

本発明の癌幹細胞の培養に用いられる培地あるいは培養液は、無血清であれば、癌幹細胞を培養できる限りどのような培地あるいは培養液でもよく、特に限定されない。例えばEGF、bFGF、hLIF、HGF、NGF、NSF-1、TGFβ、TNFα、ヘパリン、BSA、インスリン、Transferrin、Putrescine、Selenite、Progesterone、Hydrocortisone、D-(+)-Glucose、Sodium Bicarbonate、 HEPES、L-Glutamine、N-acetylcysteineを加えた従来公知の基礎培養液又はこれらの混合物を培養液として用いることができる。EGFの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは0.5〜50 ng/mL、より好ましくは1〜20 ng/mLである。bFGFの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは0.5〜50 ng/mL、より好ましくは1〜20 ng/mLである。hLIFの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは0.5〜50 ng/mL、より好ましくは1〜20 ng/mLである。HGFの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは1〜50 ng/mLである。NGFの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは1〜50 ng/mLである。NSF-1の濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは1〜50 ng/mLである。TGFβの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは1〜50 ng/mLである。TNFαの濃度は特に限定されないが、0.1〜100 ng/mL、好ましくは1〜50 ng/mLである。Heparinの濃度は特に限定されないが、10 ng/mL〜10μg/mL、好ましくは2〜5μg/mLである。BSAの濃度は特に限定されないが、0.1〜10 mg/mL、好ましくは1〜8 mg/mLである。Insulinの濃度は特に限定されないが、1〜100μg/mL、好ましくは10〜50μg/mLである。Transferrinの濃度は特に限定されないが、10〜500μg/mL、好ましく50〜200μg/mLである。Putrescineの濃度は特に限定されないが、1〜50μg/mL、好ましくは10〜20μg/mLである。Seleniteの濃度は特に限定されないが、1〜50 nM、好ましくは20〜40 nMである。Progesteroneの濃度は特に限定されないが、1〜50 nM、好ましくは10〜30 nMである。Hydrocortisoneの濃度は特に限定されないが、10 ng/mL〜10μg/mL、好ましくは100 ng/mL〜1μg/mLである。D-(+)-Glucoseの濃度は特に限定されないが、1〜20 mg/mL、好ましくは5〜10 mg/mLである。Sodium Bicarbonateの濃度は特に限定されないが、0.1〜5 mg/mL、好ましくは0.5〜2 mg/mLである。HEPESの濃度は特に限定されないが、0.1〜50 mM、好ましくは1〜20 mMである。L-Glutamineの濃度は特に限定されないが、0.1〜10 mM、好ましくは1〜5 mMである。N-acetylcysteineの濃度は特に限定されないが、1〜200μg/mL、好ましく10〜100μg/mLである。公知の基礎培養液としては、癌幹細胞のもととなる癌細胞の培養に適したものであれば特に限定されないが、例えばDMEM/F12、DMEM、F10、F12、IMDM、EMEM、RPMI-1640、MEM、BME、Mocoy's 5A、MCDB131等が挙げられる。この中では、DMEM/F12が好ましい。

最も好ましい幹細胞培地として、DMEM/F12培地に、最終濃度が20 ng/mLのヒトEGF、10 ng/mL のヒトbFGF、4μg/mLのヘパリン、4 mg/mLのBSA、25μg/mLのヒトインスリン、2.9 mg/mL グルコースを加えた培地が挙げられる。

本発明によって得られた、Lgr5陽性の付着性癌幹細胞は、間葉性細胞（間葉系細胞）の性質を示す。一方で、本発明によって得られた、Lgr5陰性の浮遊性癌幹細胞は、上皮細胞の性質を示す。本発明における上皮細胞とは、生体内において上皮組織を構成する細胞を指す。

本発明における癌幹細胞の由来は特に制限されないが、好ましくは消化器癌由来である。消化器癌としては、例えば食道癌、胃癌、十二指腸癌、膵臓癌、胆管癌、胆嚢癌、胆道癌、大腸癌、結腸癌、直腸癌などが挙げられるが、好ましくは大腸癌であり、さらに好ましくは結腸癌である。

また本発明の癌幹細胞は、好ましくは細胞マーカーであるCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29、EREGのいずれか一つ以上が陽性であり、さらに好ましくはCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29およびEREGが陽性である。

さらに本発明においては、細胞マーカーとしてALDH（アセトアルデヒド脱水素酵素）活性を用いることができる。本発明においては、Lgr5陽性の付着性癌幹細胞は、ALDH活性の細胞マーカーが陽性であり、Lgr5陰性の癌幹細胞はALDH活性が陰性である。

本発明においては、細胞マーカーとしてLCK、ROR1、PIGUまたはSTX8のいずれかひとつ以上を用いることができる。Lgr5陽性の付着性癌幹細胞は、LCK、ROR1、PIGUまたはSTX8のいずれかの細胞マーカーが陽性であり、Lgr5陰性の癌幹細胞は、LCK、ROR1、PIGUまたはSTX8のいずれかの細胞マーカーが陰性である。

また、本発明においては、細胞マーカーとしてHLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1またはGPR110のいずれかひとつ以上を用いることができる。Lgr5陽性の付着性癌幹細胞は、HLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1またはGPR110のいずれかの細胞マーカーが陰性であり、Lgr5陰性の癌幹細胞は、HLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1またはGPR110のいずれかの細胞マーカーが陽性である。

本発明の癌幹細胞は、癌組織の階層構造を再現する特徴を有する癌幹細胞であることが好ましい。

本発明において階層構造とは、正常組織に見られる特徴的な固有構造の一部が、当該組織を発生元とする腫瘍構造に病理組織学的に検出されることを言い、一般に高分化型の癌でこの階層構造がより高度に再現し、例えば、腺腔形成臓器の腫瘍(胃癌、大腸癌、膵臓癌、肝癌、胆管癌、乳癌、肺腺癌、前立腺癌など)の場合、管腔形成や粘液細胞の出現等が見られ、扁平上皮構造を取る腫瘍(肺、皮膚、膣粘膜等の扁平上皮癌)の場合、上皮の重層構造形成と角化傾向等が見られることを言う。一方で、低分化型の癌ではこの階層構造の再現が不十分で、異型性に富むと言われている(Kumar V, Abbas AK, Fausio N. Robbins and Cotran Pathologic Basis of Disease. 7th Ed. Unit I: General Pathology, 7: Neoplasia, Biology of tumor growth: Benign and malignant neoplasms. 272-281, 2005)。この階層構造は癌の種々の生物反応の結果、再現されたものであると考えられることから、これを再現する癌幹細胞の利用価値は高いと考えられる。

階層構造を再現するとは、元となる癌幹細胞が持っていた特長的な固有構造が、癌幹細胞を分離または誘導後にも、同様に観察されることをいう。

また本発明の癌幹細胞は、上皮間葉移行能（Epithelial to Mesenchymal Transition, EMT）を有する癌幹細胞であることが好ましい。本発明において、上皮間葉移行能とは、上皮細胞が間葉細胞の性質を得て移行すること、あるいは間葉細胞が上皮細胞の性質を得て移行することの両方の意を含む。EMTは、胚形成の過程以外、正常細胞においては起こらない。互いに強固に結合して極性を示す上皮細胞が、互いにより緩く結合し、極性の消失を示し、および移動能力を有する間葉細胞を生じさせる。これらの間葉系細胞は、原発腫瘍の周辺の組織に拡散して行くことができるばかりでなく、該腫瘍から分離して血管やリンパ管に浸潤し、新たな場所に移動して、そこで分裂してさらなる腫瘍を形成することができる。さらなる腫瘍の形成は癌の薬物抵抗性または転移もしくは再発を説明する助けとなる。

また本発明は、上記本発明の癌幹細胞を含む、実質的に均質な癌幹細胞集団を提供する。「実質的に均質」とは、Hu Y & Smyth GK., J Immunol Methods. 2009 Aug 15;347(1-2):70-8やIshizawa K & Rasheed ZA. et al., Cell Stem Cell. 2010 Sep 3;7(3):279-82に記載された方法などを用いて、1000細胞、100細胞、10細胞を免疫不全動物に移植し、癌細胞集団が形成される頻度をExtreme Limiting Dilution Analysis (Hu Y & Smyth GK., J Immunol Methods. 2009 Aug 15; 347(1-2): 70-8)を用いて解析することにより、癌幹細胞の頻度が1/20以上、好ましくは1/10以上、より好ましくは1/5以上、さらに好ましくは1/3以上、さらに好ましくは1/2以上、最も好ましくは1/1であることをいう。

本発明の癌幹細胞集団は、例えば本発明の癌幹細胞を含む細胞あるいは癌幹細胞を含む細胞群を培養することにより作製することができる。

また本発明は、上記本発明の癌幹細胞または上記本発明の実質的に均質な癌幹細胞集団を製造する方法を提供する。ここで細胞集団の製造とは、例えば、該細胞集団を構成する細胞を培養により増やすこと、多数の細胞から細胞集団を精製分離すること、を意味するが、これらに限定されない。上記本発明の癌幹細胞または上記本発明の実質的に均質な癌幹細胞集団は、癌幹細胞または癌幹細胞を含む細胞群を付着培養または浮遊培養することにより得ることができる。

本発明において付着培養とは、付着培養用の培養容器に細胞を播種後、付着した状態で細胞を培養、継代することをいい、浮遊細胞を除いた培養である。コンフルエントに増殖した細胞は、Accutaseを用いて剥がし新しい付着培養フラスコ、付着培養プレート、付着培養ディシュに継代し培養を続ける。付着培養用の培養容器は、付着培養に用いる容器であれば特に限定されず、付着培養用あるいは接着性の高いフラスコ、付着培養用あるいは接着性の高いプレート、付着培養用あるいは接着性の高い平底プレート、付着培養用あるいは接着性の高いディッシュなどを適宜選択して用いることができる。

付着培養に使用する培地は特に制限されないが、無血清の幹細胞培地を用いることが好ましい。
本発明において付着性とは、付着培養用の培養容器で培養した場合に培養容器に付着する性質のことをいう。

本発明において浮遊培養とは、浮遊培養用の培養容器に細胞を播種後、浮遊した状態で細胞を培養、継代することをいい、付着細胞を除いた培養である。コンフルエントに増殖した細胞は、新しい低接着性細胞培養フラスコ、超低接着性細胞培養フラスコ、低接着性プレート、超低接着性プレート、低接着性ディッシュ、超低接着性ディッシュに継代し培養を続ける。浮遊培養用の培養容器は、浮遊培養用に用いる容器であれば特に限定されず、低接着性細胞培養フラスコ、超低接着性細胞培養フラスコ、低接着性プレート、超低接着性プレート、低接着性ディッシュ、超低接着性ディッシュなどを適宜選択して用いることができる。

浮遊培養に使用する培地は特に制限されないが、無血清の幹細胞培地を用いることが好ましい。
なお付着培養または浮遊培養を行う前に、癌幹細胞を含む細胞群は増殖させることが好ましい。

本発明において浮遊性とは、浮遊培養用の培養容器で培養した場合に、培養容器に付着せず浮遊状態で培養できる性質のことをいう。

細胞群を増殖させるとは、例えば、スフェロイド培養や非ヒト動物に移植し継代することにより増殖させることをいうが、特にこれらに限定されるものではない。

本発明の移植においては、非ヒト動物としては拒絶反応が起こりにくい点で免疫不全動物を用いることができる。免疫不全動物としては、機能的なT細胞を欠損している非ヒト動物、例えばヌードマウスやヌードラット、機能的なT細胞とB細胞とを欠損している非ヒト動物、例えばSCIDマウスやNOD-SCIDマウスの使用が好適であり、なかでも優れた可移植性を有するT細胞、B細胞、NK細胞とを欠損しているマウス（例えば、NOGマウスなどが含まれる）の使用がより好適である。

非ヒト動物の週齢は、例えば無胸腺ヌードマウス、SCIDマウス、NOD/SCIDマウス、NOGマウスの場合、4〜100週齢のものを用いることが好ましい。

NOGマウスは、例えばWO 2002/043477に記載の方法により作製可能であり、（財）実験動物中央研究所やThe Jackson Laboratory(NSGマウス)から入手することも可能である。

移植する細胞は細胞塊、組織片、個々に分散した細胞、単離後一旦培養された細胞、他の動物に移植されるという過程を経て再びその動物から単離された細胞など、どのようなものでもよいが、分散した細胞が好ましい。また、移植される細胞数は、10⁶以下の数でよいが、それ以上の数の細胞を移植しても構わない。

皮下移植は移植手技が簡便であるという点から好適な移植部位ではあるが、移植部位は特に制限されるものではなく、使用する動物によって適宜移植部位を選択することが好ましい。なお、NOG樹立癌細胞株の移植操作は、特に制限されず、慣用の移植操作に従って行うことができる。

本発明の癌幹細胞または癌幹細胞集団は、例えば患者から採取した癌組織を無血清の幹細胞培地を用い付着培養または浮遊培養することで作製することができる。また、患者から採取した癌組織をスフェロイド培養し、その後無血清の幹細胞培地を用い付着培養または浮遊培養することで作製することもできる。また、患者から採取した癌組織を非ヒト動物に移植・継代した後に、無血清の幹細胞培地を用い付着培養または浮遊培養することで作製することもできる。さらには、患者から採取した癌組織をNOGマウスに移植・継代し作製したNOG樹立癌細胞株を、無血清の幹細胞培地を用い付着培養または浮遊培養する方法を用いることもできる。

本発明の癌幹細胞または癌幹細胞集団は、医薬品や抗癌剤のスクリーニング方法などに使用することができる。
本発明の医薬品のスクリーニング方法の一態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む方法を提供する；
（ａ）Lgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程、
（ｃ）被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。

本方法においては、まずLgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、作製された癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する。本方法において、被検物質で癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を処理する方法は特に制限されない。例えば、被検物質で癌幹細胞集団の培養細胞、または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を処理することができる。当該処理は、細胞の培養液又は該細胞抽出液に被検物質を添加することにより行うことができる。被検物質がタンパク質の場合には、例えば、該タンパク質をコードするDNAを含むベクターを、癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞へ導入する、又は該ベクターを癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞の細胞抽出液に添加することで行うことも可能である。また、例えば、酵母又は動物細胞等を用いた2ハイブリッド法を利用することも可能である。

本方法においては、次いで、被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する。ここで、生物学的特性の変化とは、例えば、癌幹細胞集団または癌幹細胞の癌進展プロセスにおいて特徴的に認められる組織構造の変化、当該癌幹細胞集団または癌幹細胞に含まれるDNA、RNA、タンパク質、又は代謝産物の発現の変化などを挙げることができる。また、生物学的特徴の変化の検出は、例えば以下の方法で行うことができる。

癌進展プロセスにおいて特徴的に認められる組織又は細胞株の構造観察は、AMeX法等により薄切組織標本を作製した上で、HE染色及び免疫組織化学染色（IHC）を実施することで行うことができる。

DNA、RNA、タンパク質、ペプチド及び代謝産物の発現確認については、特に制限はされず、慣用の発現確認方法に従って行うことができる。RNAとしては、マイクロRNA、siRNA、tRNA、snRNA、mRNA、又はノンコーディングRNA等が挙げられる。例えば、各遺伝子のmRNAを定法に従って抽出し、このmRNAを鋳型としたノーザンハイブリダイゼーション法、又はRT-PCR法を実施することによって各遺伝子の転写レベルの測定を行うことができる。さらに、DNAアレイ技術を用いて、各遺伝子の発現レベルを測定することも可能である。また、各遺伝子からコードされるタンパク質を含む画分を定法に従って回収し、各タンパク質の発現をSDS-PAGE等の電気泳動法で検出することにより、遺伝子の翻訳レベルの測定を行うこともできる。また、各タンパク質に対する抗体を用いて、ウエスタンブロッティング法を実施し、各タンパク質の発現を検出することにより、遺伝子の翻訳レベルの測定を行うことも可能である。これらの方法により医薬品のスクリーニングを行うことができる。

例えば、被検物質で処理した後の癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性が、処理前と比較して変化を示さない、またはその変化の割合が低下したとき、被検物質は癌の進展や転移または再発を抑制する働きを有する医薬品（例えば抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤）として有用であると考えられ、それらの被検物質を、癌疾患の治療又は予防効果を有する有効物質として選択することができる。このように癌の進展を抑制する働きを有する医薬品は、抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤として用いられる。

本発明において、前記医薬品は抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤に特に限定されるものではなく、他に、血管新生抑制剤、細胞増殖抑制剤などとしても用いることができる。なお、前記医薬品は特に限定されるものではないが、タンパク質薬剤、核酸薬剤、低分子薬剤、細胞性薬剤などが挙げられる。

本発明のスクリーニング方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法を提供する；
（ａ）Lgr5陰性の浮遊性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程
（ｃ）被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。

本方法においてはまずLgr5陰性の浮遊性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する。次いで、作製された癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する。次いで、被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する。

当該スクリーニング方法により得られる医薬品は特に限定されるものではないが、抗癌剤として用いることができる。

本発明のスクリーニング方法の、さらに別の態様として、本発明の癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与した非ヒト動物を使用する方法が挙げられる。具体的には以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法を提供する；
（ａ）Lgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。

本方法においては、まずLgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する。次いで、非ヒト動物に、作製された癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する。

また、本方法の非限定の別の一態様では、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法を提供する；
（ａ）Lgr5陰性の浮遊性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。

本方法においては、まずLgr5陰性の浮遊性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する。次いで、非ヒト動物に、作製された癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する。

また、本方法の非限定の別の一態様では、以下の（ａ）〜（ｄ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法を提供する；
（ａ）Lgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および増殖抑制剤を投与する工程
（ｃ）被験物質を投与する工程、
（ｄ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。

本方法においては、まずLgr5陽性の付着性癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を作製する。次いで、非ヒト動物に、作製された癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および増殖抑制剤を投与する。次に被検物質を投与する。

本方法において、非ヒト動物に対する被検物質の投与方法は特に制限されない。投与する被検物質の種類に応じて、経口投与又は皮下、静脈、局所、経皮若しくは経腸（直腸）などの非経口投与を適宜選択することができる。

また本方法において、非ヒト動物に対する癌幹細胞集団または癌幹細胞を投与する方法は特に制限されない。投与する細胞集団に応じて、適宜投与方法を選択することができるが、好ましくは皮下投与あるいは静脈内投与である。

本方法においては次いで、該非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する。

被検物質の評価は、当該非ヒト動物について、癌幹細胞集団または癌幹細胞および被検物質が投与された組織を摘出し、該投与組織の組織学的特徴を観察し、腫瘍が形成されているか否かを測定することによって行うことができる。ここで腫瘍が形成されていない場合、被検物質は癌の進展や転移または再発を抑制する働きを有する医薬品（例えば抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤）として有用であると考えられ、それらの被検物質を、癌疾患の治療又は予防効果を有する有効物質として選択することができる。即ち、当該スクリーニング方法により得られる医薬品は特に限定されるものではないが、抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤として用いることができる。

また本発明の方法における「被検物質」としては、特に制限はなく、例えば、天然化合物、有機化合物、無機化合物、タンパク質、抗体、ペプチド、アミノ酸等の単一化合物、並びに、化合物ライブラリー、遺伝子ライブラリーの発現産物、細胞抽出物、細胞培養上清、発酵微生物産生物、海洋生物抽出物、植物抽出物、原核細胞抽出物、真核単細胞抽出物若しくは動物細胞抽出物等を挙げることができる。これらは精製物であっても、また植物、動物又は微生物等の抽出物等のように粗精製物であってもよい。また被検物質の製造方法も特に制限されず、天然物から単離されたものであっても、化学的又は生化学的に合成されたものであっても、また遺伝子工学的に調製されたものであってもよい。

上記被検物質は必要に応じて適宜標識して用いることができる。標識としては、例えば、放射標識、蛍光標識等を挙げることができる。また、上記被検物質に加えて、これらの標識を複数種混合した混合物も、本発明の被検物質に含まれる。

なお、本発明のスクリーニング方法により選抜される医薬品は、必要に応じて、さらに他の薬効試験や安全性試験などを行うことにより、またさらにヒト癌疾患患者への臨床試験を行うことにより、より効果の高い、また実用性の高い予防有効物質又は治療有効物質として選別することができる。このようにして選別される医薬品は、さらにその構造解析結果に基づいて、化学的合成、生化学的合成（発酵）又は遺伝子学的操作によって、工業的に製造することもできる。

また本発明は癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法を提供する。一態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5陽性の付着性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陽性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を準備する。次いで、該細胞集団または該細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる。ここで、細胞マーカーであるLgr5が陽性である細胞集団または細胞を選択することにより、細胞マーカーであるLgr5が陽性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。この分離または検出は、例えば、蛍光標識されたLgr5抗体を用いて、セルソーターによりLgr5抗体が結合する細胞を回収することにより行うことができる。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様としては、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5陽性の付着性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、Lgr5が陽性な実質的に均質な癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず、癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、癌幹細胞集団または癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる。ここで、Lgr5が陽性な実質的に均質な癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陽性な実質的に均質な癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出することができる。

また本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陽性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、および/またはβカテニン抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、βカテニンが核に局在している細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本明細書において、「および/または」とは、「および/または」の前後に記載される各対象またはそれらの任意の組合せを示す。例えば、「A、Bおよび/またはC」には、「A」、「B」、「C」の各対象のほか、「AおよびB」、「AおよびC」、「BおよびC」、ならびに「AおよびBおよびC」の中から選択される任意の組合せも含む。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を準備する。次いで、該細胞集団または該細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、およびβカテニン抗体とを接触させる。ここで例えば、E-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体を用いて、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、LCKが陽性である、ROR1が陽性である、PIGUが陽性である、および/またはβカテニンが核に局在している細胞集団または細胞を、免疫蛍光染色やウェスタンブロット分析を行い選択することにより、Lgr5が陽性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。このようにして分離または検出された癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団は、上皮間葉移行能（EMT）も有している。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陽性の付着性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、および/またはβカテニン抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、LCKが陽性である、ROR1が陽性である、PIGUが陽性である、および/またはβカテニンが核に局在している癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、該癌幹細胞集団または該癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、およびβカテニン抗体とを接触させる。ここで、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、LCKが陽性である、ROR1が陽性である、PIGUが陽性である、および/またはβカテニンが核に局在している癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陽性の付着性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5陰性の浮遊性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陰性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を準備する。次いで、該細胞集団または該細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる。ここで、細胞マーカーであるLgr5が陰性である細胞集団または細胞を選択することにより、Lgr5が陰性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。この分離または検出は、例えば、蛍光標識されたLgr5抗体を用いて、セルソーターによりLgr5抗体が結合しない細胞を回収する、あるいはLgr5抗体が結合する細胞を除去することにより行うことができる。

セルソーターとしては、例えば、次のような装置が知られている。
BD InFlux^TM
BD FACSAria^TM III
BD FACSAria^TM II
FACSAria^TM
FACSVantage^TM SE（いずれもBD Biosciences社の商品名）
EPICS ALTRA HyPerSort
MoFlo AstriosCytomics FC 500
MoFlo XDP（いずれもBeckman Coulter社の商品名）

本発明に使用される細胞マーカーを検出するための抗体としては、市販された抗体のほか、本発明の細胞マーカーの部分または全部を脊椎動物に免疫することによって得られる抗血清、当該抗血清をProtein A等によって精製することによって得られるポリクローナル抗体、または公知のハイブリドーマ法によって作製されたモノクローナル抗体等が適宜使用され得る。このような市販抗体のうちセルソーターで使用可能な抗体の非限定な一態様として下記の抗体が例示される；
LCK抗体：クローンY123（EMD Millipore）、クローンLck-01（Lifespan Biosiences）、
ROR1抗体：クローンRB14753（Aviva Systems Biology）、
PIGU抗体：ウサギpAb（Lifescience Biosiences, LS-C146514 ）。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の浮遊性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を浮遊培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、Lgr5が陰性な実質的に均質な癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を浮遊培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、該癌幹細胞集団または該癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる。ここで、Lgr5が陰性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陰性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。この分離または検出は、例えば、蛍光標識されたLgr5抗体を用いて、セルソーターによりLgr5抗体が結合しない細胞を回収する、あるいはLgr5抗体が結合する細胞を除去することにより行うことができる。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の浮遊性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を準備する。次いで、該細胞集団または該細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる。ここで例えば、E-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体を用いて、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を選択することにより、Lgr5が陰性の浮遊性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

本発明の分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の浮遊性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を浮遊培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を浮遊培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、該癌幹細胞集団または該癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる。ここで、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陰性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5陰性の増殖抑制剤耐性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陰性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本発明に使用される細胞マーカーを検出するための抗体としては、市販された抗体のほか、本発明の細胞マーカーの部分または全部を脊椎動物に免疫することによって得られる抗血清、当該抗血清をProtein A等によって精製することによって得られるポリクローナル抗体、または公知のハイブリドーマ法によって作製されたモノクローナル抗体等が適宜使用され得る。このような市販抗体のうちセルソーターで使用可能な抗体の非限定な一態様として下記の抗体が例示される；
E-カドヘリン抗体：クローン24E10（Cell Signaling Technology）、クローン67A4（Merck）、クローンDECMA-1（Affymetrics）、クローンMB2（Santa cruz）、クローン180224（R&D Systems）、
HLA-DMA抗体：クローンMaP.DM1（BD Biosciences）、クローンTAL18.1（Abcam）、クローンIBL-3/5（Abcam）、クローンER-TR 2（Abcam）、クローンNIMR-4（Abcam）、クローン2G11（Abcam）、クローンER-TR 3（Abcam）、クローン3D6（Abcam）、クローンMRC OX-6（Abcam）、
TMEM173抗体：クローン723505（R&D Systems）、クローン2C9（Abcam）、
TNFSF15抗体：クローンL4G9（Abnova）、
PROM2抗体：クローン244029（R&D Systems）、
GPR87抗体：ウサギpAb（WO2008/031842）
BLNK抗体：クローン5G9（Abnova）、
HLA-DMB抗体：クローンEPR7981（Abcam）、
GPR172B抗体：ウサギpAb（antibodies-online.com、ABIN763170）
FAS抗体：5E2（Santa cruz）、6D50（Santa cruz）、2R2（Santa cruz）、LT95（Santa cruz）、UT-1（Abnova）、DX2（R&D Systems）、4F8D6（Abcam）、B-R17（Abcam）、H11（Abcam）、10F2（Abcam）、MFL7（Abcam）、Alf1.2（Abcam）、DX2（Abcam）、BD29（Abcam）、
STOM抗体：マウスpAb（Abcam, ab67880）
ABCA1抗体：クローンAB.H10（Abcam）、HJ1（Abcam）、
SLC6A14抗体：ウサギpAb（MBL International, BMP052）
BMPR2抗体：クローンMM0060-9A10（Abcam）、
CLDN1抗体：クローン421203（R&D Systems）。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の増殖抑制剤耐性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を、増殖抑制剤を含む培地中で培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、Lgr5が陰性な実質的に均質な癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を、増殖抑制剤を含む培地中で培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、該癌幹細胞集団または該癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とLgr5抗体とを接触させる。ここで、Lgr5が陰性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陰性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

本発明における分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の増殖抑制剤耐性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を準備する。次いで、該細胞集団または該細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる。ここで例えば、E-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体を用いて、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を選択することにより、Lgr5が陰性の増殖抑制剤耐性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

本発明の分離方法または検出方法の別の態様として、以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、Lgr5が陰性の増殖抑制剤耐性の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法が挙げられる；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を、増殖抑制剤を含む培地中で培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記癌幹細胞集団または癌幹細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を分離または検出する工程。

本方法においては、まず癌幹細胞を含む細胞集団を、増殖抑制剤を含む培地中で培養し、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する。次いで、該癌幹細胞集団または該癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる。ここで、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である癌幹細胞集団または癌幹細胞を選択することにより、Lgr5が陰性な癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出することができる。

前記の方法において用いられる増殖抑制剤の種類は、特に限定されない。こうした増殖抑制剤として、非限定の態様では癌の治療に用いられる化学療法剤等の抗癌剤の中から適宜選択され得る。抗癌剤には、アルキル化剤、代謝拮抗剤、天然産物、白金錯体、およびその他の増殖抑制剤が含まれる。アルキル化剤としては、ナイトロジェンマスタード類（Nitrogen Mustards）、エチレンイミン類（Ethylenimines）、メチルメラミン類（Methylmelamines）、スルホン酸アルキル類（Alkyl Sulfonates）、ニトロソウレア類（Nitrosoureas）、トリアゼン類（Triazens）が挙げられる。ナイトロジェンマスタード類としては、例えば、メクロルエタミン(Mechlorethamine)、シクロフォスファミド(Cyclophosphamide)、イフォスファミド(Ifosfamide)、メルファラン(Melphalan)、クロラムブシル(Chlorambucil)が挙げられる。エチレンイミン類とメチルメラミン類としては、例えば、ヘキサメチルメラミン(Hexamethylmelamine)、チオテパ(Thiotepa)が挙げられる。スルホン酸アルキル類としては、ブスルファン(Busulfan)が挙げられる。ニトロソウレア類としては、例えば、カルムスチン(Carmustine: BCNU)、ロムスチン(Lomustine: CCNU)、セムスチン(Semustine: methyl-CCNU)、ストレプトゾシン(Streptozocin)が挙げられる。トリアゼン類としては、ダカルバジン(Dacarbazine: DTIC)が挙げられる。代謝拮抗剤としては、葉酸類似物質、ピリミジン類似物質、プリン類似物質が挙げられる。葉酸類似物質としては、メトトレキセート(Methotrexate)が挙げられる。ピリミジン類似物質としては、例えば、フルオロウラシル(Fluorouracil: 5-FU)、ドキシフルリジン(Doxifluridine: 5'-DFUR、商品名フルツロン)、カペシタビン(Capecitabine、商品名ゼローダ)、フロクスウリジン(Floxuridine: FudR)、シタラビン(Cytarabine)が挙げられる。プリン類似物質としては、例えば、メルカプトプリン(Mercaptopurine: 6-MP)、チオグアニン(Thioguanine: TG)、ペントスタチン(Pentostatin)が挙げられる。天然産物としては、ビンカアルカロイド類(Vinca Alkaloids)、エピポドフィロトキシン類(Epipodophyllotoxins)、抗生物質類が挙げられる。ビンカアルカロイド類としては、例えば、ビンブラスチン(Vinblastine: VLB)、ビンクリスチン(Vincristine: VCR)が挙げられる。エピポドフィロトキシン類としては、例えば、エトポシド(Etoposide)、テニポシド(Teniposide)が挙げられる。抗生物質としては、例えば、ダクチノマイシン(Dactinomycin: actinomycin D)、ダウノルビシン(Daunorubicin)、ドキソルビシン(Doxorubicin)、ブレオマイシン(Bleomycin)、プリカマイシン(Plicamycin)、マイトマイシン(Mitomycin)が挙げられる。白金錯体とは、プラチナ配位複合体を指し、例えば、シスプラチン(Cisplatin: CDDP)、カルボプラチン(Carboplatin)、オキサリプラチン（Oxaliplatin）が挙げられる。その他の増殖抑制剤としては、イリノテカン、カンプトテシン等のトポイソメラーゼ阻害剤、タキソール類、例えばパクリタキセル、ドセタキセル、アントラセネジオン類(Anthracenediones)、例えばミトキサントロン(Mitoxantrone)、尿素置換体類、例えばヒドロキシウレア(Hydroxyurea)、メチルヒドラジン類(Methyl Hydrazines)、例えば塩酸プロカルバジン(Procarbazine Hydrochloride、商品名ナツラン)、ビタミンＡ代謝物類、例えばトレチノイン(Tretinoin、商品名ベサノイド)が挙げられる。また、リツキシマブ、アレムツズマブ、トラスツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、トラツズマブ、ゲムツズマブ等が挙げられる。非限定の一態様として、5-FUまたはイリノテカンが好適に使用される。

さらに本発明は、高い増殖能を有する癌幹細胞と低い増殖能を有する癌幹細胞とを分離する方法を提供する。本発明においては、付着培養と浮遊培養とを用いることにより癌幹細胞を分離することが可能である。付着培養を行えば高い増殖能を有する癌幹細胞を、浮遊培養を行えば低い増殖能を有する癌幹細胞を分離することができる。

また、本発明においては、培養を行う際に用いられる培地中の前記増殖抑制剤の有無により癌幹細胞を分離することが可能である。増殖抑制剤を含まない培地中で付着培養を行えば高い増殖能を有する癌幹細胞を、増殖抑制剤を含む培地中で培養を行えば低い増殖能を有する癌幹細胞を分離することができる。培地中に添加される増殖抑制剤の濃度は当業者が適宜選択することができる。

高い増殖能とは、本明細書記載の方法を用いてEGFおよびFGFを添加した無血清培地で培養した場合に、倍加時間が６日以下、好ましくは４日以下、さらに好ましくは３日以下であることをいう。

低い増殖能とは、本明細書記載の方法を用いてEGFおよびFGFを添加した無血清培地で培養した場合に、倍加時間が７日以上、好ましくは14日以上であり、さらに好ましくは有意な増殖を示さないことをいう。

当該分離方法においては、細胞マーカーであるLgr5を用いて分離することができる。この分離方法には、癌幹細胞を含む細胞集団をLgr5抗体を用いて分離する方法と、癌幹細胞を含む集団をいったん付着培養あるいは浮遊培養することにより、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備した後でLgr5抗体を用いて分離する方法、癌幹細胞を含む集団を、増殖抑制剤を含むまたは含まない培地中で付着培養することにより、実質的に均質な癌幹細胞集団を準備した後でLgr5抗体を用いて分離する方法、とが挙げられる。本発明においては、どちらの方法を用いても構わない。

さらに本発明は、増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法を提供する。即ち、増殖能が低い癌幹細胞を高い増殖能を有する癌幹細胞へ誘導し、あるいは増殖能が高い癌幹細胞を増殖能が低い癌幹細胞へ誘導する方法である。

すなわち、本発明では高い増殖能を有する癌幹細胞を、浮遊培養、増殖抑制剤との接触等種々のストレス下に維持することによって単離される低い増殖能を有する癌幹細胞が提供される。また、高い増殖能を有する癌幹細胞を、個々の肝癌細胞への分散、浮遊培養、増殖抑制剤との接触等種々のストレス下に維持することによって、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する方法を提供する。例えば、高い増殖能を有する癌幹細胞を浮遊培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導することができる。あるいは高い増殖能を有する癌幹細胞を、低接着性プレート、超低接着性プレート、低接着性ディッシュ、超低接着性ディッシュ、低接着性フラスコ、超低接着性細胞培養フラスコなどの低接着性または超低接着性の細胞培養容器で培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導することもできる。すなわち、高い増殖能を有する癌幹細胞を、低接着性プレート、超低接着性プレート、低接着性ディッシュ、超低接着性ディッシュ、低接着性フラスコ、超低接着性細胞培養フラスコなどの低接着性または超低接着性の細胞培養容器で培養することにより、低い増殖能を有する癌幹細胞を製造することもできる。

非限定の一態様では、5-FU、オキサリプラチンあるいはイリノテカン等の増殖抑制剤を用いることにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導することもできる。すなわち、高い増殖能を有する癌幹細胞を5-FUあるいはイリノテカン等の増殖抑制剤に曝露することにより、低い増殖能を有する癌幹細胞を製造することができる。増殖抑制剤への曝露は、試験管内での培養または移植された非ヒト動物内等の生体内のいずれの環境下においても実施され得る。この場合において、当業者は癌幹細胞の増殖抑制剤に対する曝露量を適宜選択することが可能である。また、低い増殖能を有する癌幹細胞を5-FUあるいはイリノテカン等の増殖抑制剤を含まない培地中に再播種することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を製造することができる。別の非限定の一態様では、低い増殖能を有する癌幹細胞を保持した非ヒト動物に対する増殖抑制剤の投与を中止することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を製造することもできる。

例えば、低い増殖能を有する癌幹細胞を付着培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導することができる。あるいは低い増殖能を有する癌幹細胞を平底プレート、プレート、付着培養プレート、付着培養フラスコ、ディッシュ、付着培養ディシュなどの低接着性ではない接着性の高い細胞培養容器で培養することにより、低い増殖能を有する癌幹細胞を高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導することもできる。すなわち、低い増殖能を有する癌幹細胞を平底プレート、プレート、付着培養プレート、付着培養フラスコ、ディッシュ、付着培養ディシュなどの低接着性ではない接着性の高い細胞培養容器で培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を製造することもできる。

さらに本発明は、上記の分離・誘導方法により分離・誘導された高い増殖能を有する癌幹細胞、または低い増殖能を有する癌幹細胞を提供する。

さらに本発明は、上記本発明の方法により分離・誘導された癌幹細胞を用いた、抗癌剤のスクリーニング方法に関する。

さらに本発明は、上記本発明の方法により分離・誘導された癌幹細胞を用いた、化合物の評価方法に関する。

また本発明は、本発明の癌幹細胞の増殖抑制剤を提供する。本発明の癌幹細胞の増殖抑制剤は、好ましくはβカテニン抑制剤およびTCF阻害剤とを組み合わせてなるものである。ここで癌幹細胞としては、Lgr5陽性の付着性癌幹細胞が好ましい。このような癌細胞増殖抑制剤は、抗癌剤として用いられる。

βカテニン抑制剤としては、βカテニンの発現を抑制する物質、βカテニンの機能を阻害する物質、βカテニンの分解を誘発する物質などが挙げられ、具体的にはβカテニン抗体、βカテニンに対するsiRNA、カルダモニンなどが挙げられる。

TCF阻害剤としては、TCFの発現を抑制する物質、TCFの機能を阻害する物質、TCFの分解を誘発する物質などが挙げられ、具体的にはTCF抗体、TCFに対するsiRNA、FH535などが挙げられる。

また本発明は、本発明の癌幹細胞の転移または再発抑制剤を提供する。ここで癌幹細胞としては、Lgr5陽性の付着性癌幹細胞が好ましい。本発明の転移または再発抑制剤は、好ましくは5-FUまたはイリノテカンを有効成分として含有する。

また本発明は、Lgr5陽性の付着性癌幹細胞またはLgr5陰性の付着性癌幹細胞の両者で高発現するCD133（配列番号：７および１４）、CD44（配列番号：８および１５）、EpCAM（配列番号：９および１６）、CD166（配列番号：１０および１７）、CD24（配列番号：１１および１８）、CD26（配列番号：１２および１９）、CD29（配列番号：１３および２０）等のタンパク質の調節剤を含む本発明の癌幹細胞の増殖抑制剤または転移もしくは再発抑制剤を提供する。

また本発明は、本発明の癌幹細胞の存在を検出・同定又は定量するための方法を提供する。具体的には、以下の（ａ）および（ｂ）の工程を含む本発明の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞の集団の存在を検出・同定又は定量するための方法を提供する；
（ａ）癌患者から取得したサンプルを準備する工程、
（ｂ）該サンプルとLgr5抗体とを接触させる工程。

本方法においては、まず癌患者から取得したサンプルを準備する。本発明において「サンプル」とは、好ましくは癌患者由来の臓器または組織であれば特に制限されず、凍結または未凍結の臓器または組織を用いることができる。例えば癌患者から取得した癌（腫瘍）組織を挙げることができる。本方法においては次いで該サンプルとLgr5抗体とを接触させる。

上記本発明の癌幹細胞または実質的に均質な癌幹細胞の集団の存在を検出・同定又は定量するための方法は、例えば癌の診断、癌患者の選別、薬剤の有効性の予見、治療のモニタリング、癌のイメージングに用いることができる。

具体的には、例えば、癌患者から臓器又は組織を摘出し、標本を作製し、標本を用いて癌幹細胞の存在を検出・同定又は定量することができる。標本の作製は公知の方法を適宜使用でき、例えばPFA-AMeX-Paraffin法(WO 09/078386)を用いることができる。サンプルとしては、例えば、凍結又は未凍結の臓器又は組織を用いることができる。癌患者のサンプルをまずPFA液で固定する。PFA液とはパラホルムアルデヒドの1〜6％水溶液にリン酸緩衝液などの緩衝液を加えた細胞固定溶液であり、好ましくは4％PFA固定液(4%パラホルムアルデヒド/0.01 M PBS(pH7.4))を用いる。PFA固定液による固定は、目的とする臓器又は組織を1〜6％、好ましくは4％のパラホルムアルデヒドを含むPFA固定液に、0〜8℃、好ましくは約4℃の温度で、2〜40時間、好ましくは6〜30時間浸漬することにより行うことができる。次いで固定した臓器又は組織をリン酸緩衝食塩水などで洗浄する。このとき、観察した臓器又は組織の部分を切り出した後、洗浄してもよい。

このようにして調製した臓器又は組織を次にAMeX法でパラフィン包埋を行う。AMeX法は、冷アセトン固定、アセトンによる脱水、安息香酸メチルとキシレンによる透徹及びパラフィン包埋を一連の操作とする、パラフィン包埋法である。具体的には、−25〜8℃、好ましくは−20〜6℃のアセトンに2〜24時間、好ましくは4〜16時間浸漬し、次に組織を入れたアセトンを室温に戻す、あるいは室温のアセトンに臓器又は組織を移した後、室温で0.5〜5時間、好ましくは1〜4時間脱水する。次に、安息香酸メチル中に室温で0.5〜3時間、好ましくは0.5〜2時間浸漬、キシレン中に室温で0.5〜3時間、好ましくは0.5〜2時間浸漬して透徹を行い、その後55〜65℃、好ましくは58〜62℃のパラフィンに1〜4時間、好ましくは1〜3時間浸透して包埋する。このようにしてPFA-AMeX法で得られた臓器又は組織のパラフィンブロックは使用時まで低温で保存する。

使用時には、上記で得られたパラフィンブロックを、ミクロトームなどを用いて薄切切片を作製し、さらに薄切切片の脱パラフィン及び親水化を行う。脱パラフィン及び親水化は公知の方法により実施することができる。例えば、脱パラフィンはキシレン、トルエンにより実施し、また親水化はアルコール、アセトンにより実施することができる。

このようにして得られた薄切切片は、例えば、組織染色、免疫組織化学的染色又は酵素組織化学的染色を行って検出・同定又は定量に供する。

作製した標本を組織染色（特殊染色）するときには、通常のパラフィン包埋切片で可能な染色は何でも使用することができる（例えば、PAS染色、ギムザ染色、トルイジンブルー染色など）。酵素組織化学的染色は、切片上で可能な染色が使用できる（例えば、ALP、ACP、TRAP、エステラーゼなどの種々の染色）。また、病理組織を染色するには、一般染色として、ヘマトキシリン、エオジン（Hematoxylin-Eosin）染色；膠原線維用として、ワン・ギーソン（Van Gieson）染色、アザン（Azan）染色、マッソントリクローム（Masson Trichrome）染色；弾性線維用として、ワイゲルト（Weigert）染色、エラスチカワンギーソン（Elastica Van Gieson）染色；細網線維・基底膜用として、渡辺の鍍銀染色、PAM染色（Periodic acid methenamine silver stain）などを用いることができる。

免疫組織化学的染色又は酵素組織化学的染色は、一次抗体を酵素や標識物質で標識したものを用いる直接法と一次抗体を標識せずに二次抗体を標識する間接法などを用いて行うことができるが、これに限定されない。抗体は、通常知られる方法により標識されることができる。標識物質としては、例えば放射性同位元素、酵素、蛍光物質、ビオチン／アビジン等が挙げられる。これらの標識物質は市販の標識物質を使用することができる。放射性同位元素しては、例えば³²P、³³P、¹³¹I、¹²⁵I、³H、¹⁴C、³⁵Sが挙げられる。酵素としては、例えばアルカリフォスファターゼ、ホースラディッシュパーオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコシダーゼ等が挙げられる。蛍光物質としては、例えばフロオロセインイソチオシアネート（FITC）、ローダミンが挙げられる。これらは市販のものを入手することができ、公知の方法によって標識される。

また薄切切片は、例えば、組織染色、免疫組織化学的染色又は酵素組織化学的染色を行って検出・同定又は定量に供する。

また、検出・同定又は定量は、臓器または組織標本は、臓器または組織標本中の細胞におけるDNA、RNAを定量することによっても行うことができる。これらの発現確認については、特に制限はされず、慣用の発現確認方法に従って行うことができる。RNAとしては、マイクロRNA、siRNA、tRNA、snRNA、mRNA、又はノンコーディングRNA等が挙げられる。例えば、Lgr5のmRNAを定法に従って抽出し、このmRNAを鋳型としたノーザンハイブリダイゼーション法、又はRT-PCR法を実施することによって各遺伝子の転写レベルの測定を行うことができる。さらに、DNAアレイ技術を用いて、Lgr5の発現レベルを測定することも可能である。

標本から所望の組織又は細胞などを採取するにはマイクロダイセクション法、特にレーザーマイクロダイセクション（LMD）法を用いることができる。LMD法は、生体組織から標的細胞群を採取することができるため、生体内において特定の遺伝子が、組織を構成する様々な細胞のうち、どの細胞にどれだけ発現しているのかを正確に知ることができる。マイクロダイセクションを行う機器として、例えばAS-LMDシステム(Leica Microsystems社製)を用いることができる。

また本発明は、上記本発明の各種方法に用いるためのキット又はセットを提供する。キットまたはセットには、細胞マーカーであるLgr5抗体が含まれる。キット又はセットには、適当な容器（例えばボトル、バイアル、試験管）やラベルが含まれていてよい。ラベルには、説明等が示されていてよい。

本発明のキット又はセットは、さらに任意で、フィルター、針、注射器、および使用説明書を含む、その他の材料を含んでいてもよい。

上記のキット又はセットにおいては、有効成分であるLgr5抗体以外に、例えば、滅菌水、生理食塩水、植物油、界面活性剤、脂質、溶解補助剤、緩衝剤、タンパク質安定剤（BSAやゼラチンなど）、保存剤、ブロッキング溶液、反応溶液、反応停止液、試料を処理するための試薬等が必要に応じて混合されていてもよい。

さらに、本発明は、以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の調節剤を含有する癌幹細胞阻害剤を提供する。
（ａ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドであって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の少なくとも一つのアミノ酸残基が付加、欠失、又は置換されたタンパク質であって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド

「タンパク質の調節剤」とはタンパク質の生物学的活性やタンパク質の発現量を調節する化合物などを意味し、「調節」とは活性や発現量を増加させることや減少させることなどを意味する。

調節剤は、特に制限はなく、例えば、天然化合物、有機化合物、無機化合物、タンパク質、抗体、ペプチド、アミノ酸等の単一化合物、並びに、化合物ライブラリー、遺伝子ライブラリーの発現産物、細胞抽出物、細胞培養上清、発酵微生物産生物、海洋生物抽出物、植物抽出物、原核細胞抽出物、真核単細胞抽出物若しくは動物細胞抽出物等を挙げることができる。これらは精製物であっても、また植物、動物又は微生物等の抽出物等のように粗精製物であってもよい。また調整剤の製造方法も特に制限されず、天然物から単離されたものであっても、化学的又は生化学的に合成されたものであっても、また遺伝子工学的に調製されたものであってもよい。好ましくは、調節剤は、抗体、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、アプタマー、siRNAである。

癌幹細胞阻害剤とは、例えば、癌幹細胞の増殖の抑制、癌幹細胞の転移または再発の抑制、癌幹細胞の死滅などの効果を有する剤を意味し、癌細胞の増殖の抑制、癌細胞の転移または再発の抑制、癌細胞の死滅などの効果を有していてもよい。本発明において「転移」は、癌が体の原発部位から他の領域に広がるか移って新しい場所に類似した癌性の病巣が発達する過程を指す。「転移性」または「転移する」細胞は、隣接細胞との接着性接触を失い、血流またはリンパを通して疾患の原発部位から移動して、近隣の体構造に侵入する細胞である。「再発」とは、癌患者から悪性腫瘍を摘出するための臓器の部分切除後、または当該切除の後の術後化学療法後、残存臓器に同じ悪性腫瘍が再現することをいう。

上記の配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド及び該ヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質、その一部のアミノ酸が欠失、置換又は付加したアミノ酸配列から成るタンパク質、又は前記タンパク質をコードするDNAは、当業者に周知の方法により適宜作成することが可能であり、欠失、置換又は付加は、例えば、部位特異的変異導入法、遺伝子相同組換え法、プライマー伸長法、及びPCR法等の当業者に周知の方法を適宜組み合わせて、容易に行うことができる。

「機能的に同等」とは同等の生物学的活性を有することを意味する。同等の生物学的活性を有するためには、当該タンパク質を構成するアミノ酸のうち、同族アミノ酸（極性・非極性アミノ酸、疎水性・親水性アミノ酸、陽性・陰性荷電アミノ酸、芳香族アミノ酸など）同士の置換が可能性として考えられる。又、同等の生物学的活性の維持のためには、本発明の各タンパク質に含まれる機能ドメイン内のアミノ酸は保持されることが望ましい。

配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドとしては、例えば、該ポリヌクレオチドの全塩基配列との相同性の程度が、全体の平均で約80％以上、好ましくは約90％以上、より好ましくは約95％以上、さらに好ましくは96％、97％、98％、99％である塩基配列を含有するポリヌクレオチドを挙げることが出来る。

ハイブリダイゼーションは、カレント・プロトコールズ・イン・モレキュラー・バイオロジー（Current protocols in molecular biology（edited by Frederick M. Ausubel et al．，1987））に記載の方法等、当業界で公知の方法あるいはそれに準じる方法に従って行なうことができる。

ここで、「ストリンジェントな条件」とは、例えば、「1 X SSC、0.1％ SDS、37℃」程度の条件であり、より厳しい条件としては「0.5 X SSC、0.1％ SDS、42℃」程度の条件であり、さらに厳しい条件としては「0.2 X SSC、0.1％ SDS、65℃」程度の条件である。このようにハイブリダイゼーションの条件が厳しくなるほどプローブ配列と高い相同性を有するポリヌクレオチドの単離を期待しうる。ただし、上記のSSC、SDSおよび温度の条件の組み合わせは例示であり、当業者であればハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定する上記もしくは他の要素（例えば、プローブ濃度、プローブの長さ、ハイブリダイゼーションの反応時間など）を適宜組み合わせることにより、上記と同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。

＜タンパク質＞
本発明で使用されるタンパク質は、当業者に公知の任意の方法によって、該タンパク質をコードするDNAを含む遺伝子を含有する発現ベクターを作成し、該発現ベクターにより形質転換させた形質転換体を培養し、該タンパク質を生成、蓄積せしめ、これを採取することによって、容易に調製することが出来る。

上記発現ベクターは、当該技術分野で公知の方法に従って作成することが出来る。例えば、
（１）タンパク質をコードするDNAを含む遺伝子を含有するDNA断片を切り出し、
（２）該DNA断片を適当な発現ベクター中のプロモーターの下流に連結する、
ことにより製造することができる。

ベクターとしては、大腸菌由来のプラスミド（例、pBR322，pBR325，pUC18，pUC118）、枯草菌由来のプラスミド（例、pUB110，pTP5，pC194）、酵母由来プラスミド（例、pSH19，pSH15）、λファージなどのバクテリオファージ、レトロウイルス、ワクシニアウイルス、バキュロウイルスなどの動物ウイルス等を利用することが出来る。

本発明で用いられるプロモーターとしては、遺伝子の発現に用いる宿主に対応した適切なプロモーターであればいかなるものでもよい。例えば、宿主が大腸菌である場合は、trpプロモーター、lacプロモーター、recAプロモーター、λPLプロモーター、lppプロモーターなどが、宿主が枯草菌である場合は、SPO1プロモーター、SPO2プロモーター、penPプロモーターなど、宿主が酵母である場合は、PHO5プロモーター、PGKプロモーター、GAPプロモーター、ADHプロモーターなどが好ましい。動物細胞を宿主として用いる場合は、SRαプロモーター、SV40プロモーター、LTRプロモーター、CMVプロモーター、HSV-TKプロモーターなどが挙げられる。

発現ベクターには、以上の他に、所望により当該技術分野で公知の、エンハンサー、スプライシングシグナル、ポリA付加シグナル、選択マーカー、SV40複製オリジン等を付加することができる。また、必要に応じて、本発明で使用されるタンパク質を他のタンパク質（例えば、グルタチオンSトランスフェラーゼ及びプロテインA）との融合タンパク質として発現させることも可能である。このような融合タンパク質は、適当なプロテアーゼを使用して切断し、それぞれのタンパク質に分離することが出来る。

宿主細胞としては、例えば、エシェリヒア属菌、バチルス属菌、酵母、昆虫細胞、昆虫、動物細胞などが用いられる。

エシェリヒア属菌の具体例としては、エシェリヒア・コリ（Escherichia coli）K12・DH1（Proc.Natl.Acad.Sci,USA, 60巻, 160（1968））、JM103（Nucleic Acids Research, 9巻, 309（1981））、JA221（Journal of Molecular Biology, 120巻, 517（1978））、及びHB101（Journal of Molecular Biology, 41巻, 459（1969））等が用いられる。

バチルス属菌としては、例えば、バチルス・サチルス（Bacillus subtilis）MI114（Gene, 24巻, 255（1983））、207-21〔Journal of Biochemistry, 95巻, 87（1984）〕等が用いられる。

酵母としては、例えば、サッカロマイセスセレビシエ（Saccaromyces cerevisiae）AH22、AH22R-、NA87-11A、DKD-5D、20B-12、スキゾサッカロマイセスポンベ（Schizosaccaromyces pombe）NCYC1913、NCYC2036、ピキアパストリス（Pichia pastoris）等が用いられる。

動物細胞としては、例えば、サル細胞COS-7、Vero、チャイニーズハムスター細胞CHO（以下、CHO細胞と略記）、dhfr遺伝子欠損CHO細胞、マウスL細胞，マウスAtT-20細胞、マウスミエローマ細胞、ラットGH3細胞、ヒトFL細胞などが用いられる。

これら宿主細胞の形質転換は、当該技術分野で公知の方法に従って行うことが出来る。例えば、以下に記載の文献を参照することが出来る。
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 69巻, 2110（1972）；Gene, 17巻, 107（1982）；Molecular & General Genetics, 168巻, 111（1979）；Methods in Enzymology, 194巻, 182-187（1991）；Proc.Natl.Acad.Sci.USA）, 75巻, 1929（1978）；及びVirology，52巻，456（1973）。

このようにして得られた形質転換体は、当該技術分野で公知の方法に従って培養することが出来る。

例えば、宿主がエシェリヒア属菌の場合、培養は通常約15〜43℃で約3〜24時間行ない、必要により、通気や撹拌を加えることもできる。宿主がバチルス属菌の場合、培養は通常、約30〜40℃で約6〜24時間行ない、必要により通気や撹拌を加えることもできる。

宿主が酵母である形質転換体を培養する際、培養は通常、pHが約5〜8に調整された培地を用いて約20℃〜35℃で約24〜72時間行ない、必要に応じて通気や撹拌を加えることもできる。

宿主が動物細胞である形質転換体を培養する際、pHは約6〜8に調整された培地を用いて、通常約30℃〜40℃で約15〜60時間行ない、必要に応じて通気や撹拌を加えることもできる。

上記培養物から本発明で使用されるタンパク質を分離精製するには、例えば、培養後、公知の方法で菌体あるいは細胞を集め、これを適当な緩衝液に懸濁し、超音波、リゾチームおよび／または凍結融解などによって菌体あるいは細胞を破壊したのち、遠心分離やろ過によりタンパク質の粗抽出液を得る。緩衝液の中に尿素や塩酸グアニジンなどの蛋白質変性剤や、トリトンX-100^TMなどの界面活性剤が含まれていてもよい。培養液中にタンパク質が分泌される場合には、培養終了後、公知の方法で菌体あるいは細胞と上清とを分離し、上清を集める。このようにして得られた培養上清、あるいは抽出液中に含まれるタンパク質の精製は、公知の分離・精製法を適切に組み合わせて行なうことができる。

こうして得られたタンパク質は、公知の方法あるいはそれに準じる方法によって、組換え体が産生するタンパク質を、精製前または精製後に、トリプシン及びキモトリプシンのような適当な蛋白修飾酵素を作用させることにより、任意に修飾を加えたり、ポリペプチドを部分的に除去することもできる。

本発明で使用されるタンパク質の存在は、様々な結合アッセイ及び特異抗体を用いたエンザイムイムノアッセイ等により測定することができる。

＜抗体＞
本発明で使用される抗体は、本発明で使用されるタンパク質と結合する限り特に制限はなく、公知の手段を用いてポリクローナルまたはモノクローナル抗体として得ることができる。本発明で使用される抗体として、特に哺乳動物由来のモノクローナル抗体が好ましい。哺乳動物由来のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマにより産生されるもの、および遺伝子工学的手法により抗体遺伝子を含む発現ベクターで形質転換した宿主に産生されるもの等を含む。尚、本発明で使用される抗体は、本発明で使用されるタンパク質と特異的に結合することが好ましい。

モノクローナル抗体産生ハイブリドーマは、基本的には公知技術を使用し、以下のようにして作製できる。すなわち、本発明で使用されるタンパク質を感作抗原として使用して、これを通常の免疫方法にしたがって免疫し、得られる免疫細胞を通常の細胞融合法によって公知の親細胞と融合させ、通常のスクリーニング法により、モノクローナルな抗体産生細胞をスクリーニングすることによって作製できる。具体的には、モノクローナル抗体を作製するには次のようにすればよい。

該タンパク質をコードする遺伝子配列を公知の発現ベクター系に挿入して適当な宿主細胞を形質転換させた後、その宿主細胞中または培養上清中から該タンパク質を公知の方法で精製する。

次に、該タンパク質を感作抗原として用いる。あるいは、該タンパク質の部分ペプチドを感作抗原として使用することもできる。この際、部分ペプチドは該タンパク質のアミノ酸配列より当業者に公知の一般的な方法による化学合成により得ることができる。

ここで、該タンパク質の部分ポリペプチドとしては、例えば、該タンパク質の構成アミノ酸配列のうち少なくとも10個以上、好ましくは50個以上、さらに好ましくは70個以上、より好ましくは100個以上、最も好ましくは200個以上のアミノ酸配列を有し、例えば、該タンパク質の機能と実質的に同等の生物学的活性を有するペプチドなどが用いられる。該部分ペプチドはＣ末端が通常カルボキシル基（-COOH）またはカルボキシレート（-COO-）であるが、Ｃ末端がアミド（-CONH₂）またはエステル（-COOR）であってもよい。さらに、該部分ペプチドには、Ｎ末端のメチオニン残基のアミノ基が保護基で保護されているもの、Ｎ端側が生体内で切断され生成したグルタミル基がピログルタミン酸化したもの、分子内のアミノ酸の側鎖上の置換基が適当な保護基で保護されているもの、あるいは糖鎖が結合したいわゆる糖ペプチドなどの複合ペプチドなども含まれる。

感作抗原で免疫される哺乳動物としては、特に限定されるものではないが、細胞融合に使用する親細胞との適合性を考慮して選択するのが好ましく、一般的にはげっ歯類の動物、例えば、マウス、ラット、ハムスター等が使用される。

感作抗原を動物に免疫するには、公知の方法にしたがって行われる。例えば、一般的方法として、感作抗原を哺乳動物の腹腔内または皮下に注射することにより行われる。具体的には、感作抗原をPBS（Phosphate−Buffered Saline）や生理食塩水等で適当量に希釈、懸濁したものに所望により通常のアジュバント、例えばフロイント完全アジュバントを適量混合し、乳化後、哺乳動物に4〜21日毎に数回投与する。また、感作抗原免疫時に適当な担体を使用することもできる。

このように哺乳動物を免疫し、血清中に所望の抗体レベルが上昇するのを確認した後に、哺乳動物から免疫細胞を採取し、細胞融合に付されるが、好ましい免疫細胞としては、特に脾細胞が挙げられる。

前記免疫細胞と融合される他方の親細胞として、哺乳動物のミエローマ細胞を用いる。このミエローマ細胞は、公知の種々の細胞株、例えば、Ｐ３（P3x63Ag8.653）（J.Immnol.（1979）123，1548−1550）、P3x63Ag8U.1（Current Topics in Microbiology and Immunology（1978）81，1-7）、NS-1（Kohler.G.and Milstein,C.Eur.J.Immunol.（1976）6, 511-519）、MPC-11（Margulies.D.H.et al., Cell（1976）8，405-415）、SP2/0（Shulman,M. et al．，Nature（1978）276，269-270）、F0（de St.Groth,S.F.et al．，J.Immunol.Methods（1980）35，1-21）、S194（Trowbridge,I.S. J. Exp. Med.（1978）148，313-323）、R210（Galfre，G．et al．，Nature（1979）277，131-133）等が好適に使用される。

前記免疫細胞とミエローマ細胞との細胞融合は、基本的には公知の方法、たとえば、ケーラーとミルステインらの方法（Kohler.G. and Milstein，C.、Methods Enzymol.（1981）73，3-46）等に準じて行うことができる。

より具体的には、前記細胞融合は、例えば細胞融合促進剤の存在下に通常の栄養培養液中で実施される。融合促進剤としては、例えばポリエチレングリコール（PEG）、センダイウィルス（HVJ）等が使用され、更に所望により融合効率を高めるためにジメチルスルホキシド等の補助剤を添加使用することもできる。

免疫細胞とミエローマ細胞との使用割合は任意に設定することができる。例えば、ミエローマ細胞に対して免疫細胞を1−10倍とするのが好ましい。前記細胞融合に用いる培養液としては、例えば、前記ミエローマ細胞株の増殖に好適なRPMI1640培養液、MEM培養液、その他、この種の細胞培養に用いられる通常の培養液が使用可能であり、さらに、牛胎児血清（FCS）等の血清補液を併用することもできる。
細胞融合は、前記免疫細胞とミエローマ細胞との所定量を前記培養液中でよく混合し、予め37℃程度に加温したPEG溶液（例えば平均分子量1000−6000程度）を通常30−60％（w/v）の濃度で添加し、混合することによって目的とする融合細胞（ハイブリドーマ）を形成する。続いて、適当な培養液を逐次添加し、遠心して上清を除去する操作を繰り返すことによりハイブリドーマの生育に好ましくない細胞融合剤等を除去する。

このようにして得られたハイブリドーマは、通常の選択培養液、例えばHAT培養液（ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む培養液）で培養することにより選択される。上記HAT培養液での培養は、目的とするハイブリドーマ以外の細胞（非融合細胞）が死滅するのに十分な時間（通常、数日〜数週間）継続する。ついで、通常の限界希釈法を実施し、本発明で使用される抗体を産生するハイブリドーマのスクリーニングおよび単一クローニングを行う。

また、ヒト以外の動物に抗原を免疫して上記ハイブリドーマを得る他に、ヒトリンパ球をin vitroで該タンパク質に感作し、感作リンパ球をヒト由来の永久分裂能を有するミエローマ細胞と融合させ、該タンパク質への結合活性を有する所望のヒト抗体を得ることもできる（特公平1−59878号公報参照）。さらに、ヒト抗体遺伝子の全てのレパートリーを有するトランスジェニック動物に抗原となる該タンパク質を投与して抗体産生細胞を取得し、これを不死化させた細胞から該タンパク質に対するヒト抗体を取得してもよい（国際特許出願公開番号WO 94/25585号公報、WO 93/12227号公報、WO 92/03918号公報、WO 94/02602号公報参照）。

ヒト抗体ライブラリーを用いて、パンニングによりヒト抗体を取得する技術も知られている。例えば、ヒト抗体のV領域が一本鎖抗体（scFv）としてファージディスプレイ法によりファージの表面に発現される。抗原に結合するscFvを発現するファージが選択され得る。選択されたファージの遺伝子を解析することにより、抗原に結合するヒト抗体のV領域をコードするDNA配列が決定できる。抗原に結合するscFvのDNA配列を決定した後、当該V領域配列を所望のヒト抗体C領域の配列とインフレームで融合させた後に適当な発現ベクターに挿入することによって発現ベクターが作製され得る。当該発現ベクターを上記に挙げたような好適な発現細胞中に導入し、該ヒト抗体をコードする遺伝子を発現させることにより当該ヒト抗体が取得される。これらの方法は既に公知である（国際公開WO 1992/001047、WO 1992/020791、WO 1993/006213、WO 1993/011236、WO 1993/019172、WO 1995/001438、WO 1995/015388参照）。

このようにして作製されるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマは、通常の培養液中で継代培養することが可能であり、また、液体窒素中で長期保存することが可能である。

当該ハイブリドーマからモノクローナル抗体を取得するには、当該ハイブリドーマを通常の方法にしたがい培養し、その培養上清として得る方法、あるいはハイブリドーマをこれと適合性がある哺乳動物に投与して増殖させ、その腹水として得る方法などが採用される。前者の方法は、高純度の抗体を得るのに適しており、一方、後者の方法は、抗体の大量生産に適している。

本発明で使用されるモノクローナル抗体は、例えば、抗体遺伝子をハイブリドーマからクローニングし、適当なベクターに組み込んで、これを宿主に導入し、遺伝子組換え技術を用いて産生させた組換え型のものであってもよい（例えば、Vandamme, A.M. et al., Eur.J.Biochem. （1990）192, 767-775, 1990参照）。

具体的には、抗体を産生するハイブリドーマから、抗体の可変（V）領域をコードするmRNAを単離する。mRNAの単離は、公知の方法、例えば、グアニジン超遠心法（Chirgwin，J．M．et al．，Biochemistry（1979）18，5294-5299）、AGPC法（Chomczynski,P. et al., Anal．Biochem. （1987）162, 156-159）等により行って全RNAを調製し、mRNA Purification Kit（Pharmacia製）等を使用して目的のmRNAを調製する。また、QuickPrep mRNA Purification Kit（Pharmacia製）を用いることによりmRNAを直接調製することもできる。

得られたmRNAから逆転写酵素を用いて抗体V領域のcDNAを合成する。cDNAの合成は、AMV Reverse Transcriptase First-strand cDNA Synthesis Kit（生化学工業社製）等を用いて行う。また、cDNAの合成および増幅を行うには、5'-Ampli FINDER RACE Kit（Clontech製）およびPCRを用いた5'-RACE法（Frohman,M.A.et al．，Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1988）85, 8998-9002、Belyavsky, A. et al., Nucleic Acids Res. (1989) 17, 2919-2932）等を使用することができる。

得られたPCR産物から目的とするDNA断片を精製し、ベクターDNAと連結する。さらに、これより組換えベクターを作製し、大腸菌等に導入してコロニーを選択して所望の組換えベクターを調製する。そして、目的とするDNAの塩基配列を公知の方法、例えば、ジデオキシヌクレオチドチェインターミネーション法等により確認する。

目的とする抗体のV領域をコードするDNAを得たのち、これを、所望の抗体定常領域（C領域）をコードするDNAを含有する発現ベクターへ組み込む。

本発明で使用される抗体を製造するには、抗体遺伝子を発現制御領域、例えば、エンハンサー、プロモーターの制御のもとで発現するよう発現ベクターに組み込む。次に、この発現ベクターにより、宿主細胞を形質転換し、抗体を発現させる。

抗体遺伝子の発現は、抗体重鎖（H鎖）または軽鎖（L鎖）をコードするDNAを別々に発現ベクターに組み込んで宿主細胞を同時形質転換させてもよいし、あるいはH鎖およびL鎖をコードするDNAを単一の発現ベクターに組み込んで宿主細胞を形質転換させてもよい（WO 94/11523号公報参照）。

また、組換え型抗体の産生には上記宿主細胞だけではなく、トランスジェニック動物を使用することができる。例えば、抗体遺伝子を、乳汁中に固有に産生される蛋白質（ヤギのカゼインなど）をコードする遺伝子の途中に挿入して融合遺伝子として調製する。抗体遺伝子が挿入された融合遺伝子を含むDNA断片をヤギの胚へ注入し、この胚を雌のヤギへ導入する。胚を受容したヤギから生まれるトランスジェニックヤギまたはその子孫が産生する乳汁から所望の抗体を得る。また、トランスジェニックヤギから産生される所望の抗体を含む乳汁量を増加させるために、適宜ホルモンをトランスジェニックヤギに使用してもよい（Ebert, K.M. et al．，Bio/Technology（1994）12, 699-702）。

本発明では、上記抗体のほかに、ヒトに対する異種抗原性を低下させること等を目的として人為的に改変した遺伝子組換え型抗体、例えば、キメラ抗体、ヒト型化（Humanized）抗体、ヒト抗体を使用できる。これらの改変抗体は、既知の方法を用いて製造することができる。そして本発明のモノクローナル抗体には、上記動物由来のモノクローナル抗体だけでなく、キメラ抗体、ヒト化抗体、bispecific抗体など人為的に改変した遺伝子組み換え型抗体も含まれる。

キメラ抗体は、前記のようにして得た抗体V領域をコードするDNAをヒト抗体C領域をコードするDNAと連結し、これを発現ベクターに組み込んで宿主に導入し産生させることにより得られる。この既知の方法を用いて、有用なキメラ抗体を得ることができる。

ヒト型化抗体は、再構成（reshaped）ヒト抗体とも称され、これは、ヒト以外の哺乳動物、例えばマウス抗体の相補性決定領域（CDR:complementarity determining region）をヒト抗体の相補性決定領域へ移植したものであり、その一般的な遺伝子組換え手法も知られている（欧州特許出願公開番号EP 125023号公報、WO 96/02576号公報参照）。

具体的には、マウス抗体のCDRとヒト抗体のフレームワーク領域（framework region;FR）とを連結するように設計したDNA配列を、CDR及びFR両方の末端領域にオーバーラップする部分を有するように作製した数個のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてPCR法により合成する（WO98/13388号公報に記載の方法を参照）。

CDRを介して連結されるヒト抗体のフレームワーク領域は、相補性決定領域が良好な抗原結合部位を形成するものが選択される。必要に応じ、再構成ヒト抗体の相補性決定領域が適切な抗原結合部位を形成するように、抗体の可変領域におけるフレームワーク領域のアミノ酸を置換してもよい（Sato, K. et al.,Cancer Res.(1993)53,851-856）。

キメラ抗体及びヒト型化抗体のC領域には、ヒト抗体のものが使用され、例えばH鎖では、CH1、CH2、CH3、CH4を、L鎖ではCκ、Cλを使用することができる。また、抗体またはその産生の安定性を改善するために、ヒト抗体C領域を修飾してもよい。

キメラ抗体は、ヒト以外の哺乳動物由来抗体の可変領域とヒト抗体由来の定常領域とからなる。一方、ヒト型化抗体は、ヒト以外の哺乳動物由来抗体の相補性決定領域と、ヒト抗体由来のフレームワーク領域およびC領域とからなる。ヒト型化抗体はヒト体内における抗原性が低下されているため、本発明の治療剤の有効成分として有用である。

本発明で使用される抗体は、抗体の全体分子に限られず、本発明で使用されるタンパク質に結合する限り、抗体断片又はその修飾物であってもよく、二価抗体も一価抗体も含まれる。例えば、抗体断片としては、Fab、F(ab')2、Fv、1個のFabと完全なFcを有するFab/c、またはH鎖若しくはL鎖のFvを適当なリンカーで連結させたシングルチェインFv（scFv）、Diabodyが挙げられる。具体的には、抗体を酵素、例えばパパイン、ペプシンで処理し抗体断片を生成させるか、または、これら抗体断片をコードする遺伝子を構築し、これを発現ベクターに導入した後、適当な宿主細胞で発現させる（例えば、Co, M. S. et al, J. Immunol. (1994) 152, 2968-2976、Better, M. & Horwitz, A. H. Methods in Enzymology (1989) 178, 476-496, Academic Press,Inc., Plueckthun,A. & Skerra,A. Methods in Enzymology (1989) 178, 476-496, Academic Press,Inc., Lamoyi,E., Methods in Enzymology (1989) 121, 652-663、Rousseaux,J.et al., Methods in Enzymology (1989) 121, 663-669、Bird, R. E. et al., TIBTECH (1991) 9, 132-137参照）。

scFvは、抗体のH鎖V領域とL鎖V領域とを連結することにより得られる。このscFvにおいて、H鎖V領域とL鎖V領域は、リンカー、好ましくはペプチドリンカーを介して連結される（Huston, J. S. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (1988) 85, 5879-5883）。scFvにおけるH鎖V領域およびL鎖V領域は、本明細書に抗体として記載されたもののいずれの由来であってもよい。V領域を連結するペプチドリンカーとしては、例えばアミノ酸12-19残基からなる任意の一本鎖ペプチドが用いられる。

scFvをコードするDNAは、前記抗体のH鎖またはH鎖V領域をコードするDNA、およびL鎖またはL鎖V領域をコードするDNAのうち、それらの配列のうちの全部又は所望のアミノ酸配列をコードするDNA部分を鋳型とし、その両端を規定するプライマー対を用いてPCR法により増幅し、次いで、さらにペプチドリンカー部分をコードするDNA、およびその両端が各々H鎖、L鎖と連結されるように規定するプライマー対を組み合せて増幅することにより得られる。

また、一旦scFvをコードするDNAが作製されると、それらを含有する発現ベクター、および該発現ベクターにより形質転換された宿主を常法に従って得ることができ、また、その宿主を用いることにより、常法に従ってscFvを得ることができる。

Diabodyは、可変領域と可変領域をリンカー等で結合したフラグメント（例えば、scFv等）を２つ結合させて二量体化させたものであり、通常、２つのVLと２つのVHを含む（P.Holliger et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90, 6444-6448 (1993)、EP 404097号、WO 93/11161号、Johnson et al., Method in Enzymology, 203, 88-98, (1991)、Holliger et al., Protein Engineering, 9, 299-305, (1996)、Perisic et al., Structure, 2, 1217-1226, (1994)、John et al., Protein Engineering, 12(7), 597-604, (1999)、Holliger et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 90, 6444-6448, (1993)、Atwell et al., Mol.Immunol., 33, 1301-1312, (1996)、等）。

これら抗体断片は、前記と同様にしてその遺伝子を取得し発現させ、宿主により産生させることができる。本発明における「抗体」にはこれらの抗体の断片も包含される。

抗体の修飾物として、ポリエチレングリコール（PEG）等の各種分子と結合した本発明抗体を使用することもできる。抗体に放射性同位元素、化学療法剤、細菌由来トキシンまたは毒性ペプチド或いは放射性化学物質等の細胞傷害性物質などを結合することも可能である。本発明における「抗体」にはこれらの抗体修飾物も包含される。このような抗体修飾物は、得られた抗体に化学的な修飾を施すことによって得ることができる。なお、抗体の修飾方法はこの分野においてすでに確立されている。また、毒性ペプチドが結合された抗体修飾物は、当該毒性ペプチドをコードする遺伝子と抗体遺伝子がインフレームで連結された融合遺伝子を、適切な宿主細胞中で発現させた後に、当該細胞の培養液から単離することによって、取得され得る。

本発明の抗体に結合させて細胞傷害活性を機能させる化学療法剤としては、たとえば次のような化学療法剤が例示できる：アザリビン（azaribine）、アナストロゾール（anastrozole）、アザシチジン（azacytidine）、ブレオマイシン（bleomycin）、ボルテゾミブ（bortezomib）、ブリオスタチン-1（bryostatin-1）、ブスルファン（busulfan）、カンプトテシン（camptothecin）、10-ヒドロキシカンプトテシン（10-hydroxycamptothecin）、カルムスチン（carmustine）、セレブレックス（celebrex）、クロラムブシル（chlorambucil）、シスプラチン（cisplatin）、イリノテカン（irinotecan）、カルボプラチン（carboplatin）、クラドリビン（cladribine）、シクロフォスファミド（cyclophosphamide）、シタラビン（cytarabine）、ダカルバジン（dacarbazine）、ドセタキセル（docetaxel）、ダクチノマイシン（dactinomycin）、ダウノマイシングルクロニド（daunomycin glucuronide）、ダウノルビシン（daunorubicin）、デキサメタゾン（dexamethasone）、ジエチルスチルベストロール（diethylstilbestrol）、ドキソルビシン（doxorubicin）、ドキソルビシンブルクロニド（doxorubicin glucuronide）、エピルビシン（epirubicin）、エチニルエストラジオール（ethinyl estradiol）、エストラムスチン（estramustine）、エトポシド（etoposide）、エトポシドグルクロニド（etoposide glucuronide）、フロキシウリジン（floxuridine）、フルダラビン（fludarabine）、フルタミド（flutamide）、フルオロウラシル（fluorouracil）、フルオキシメステロン（fluoxymesterone）、ゲムシタビン（gemcitabine）、ヒドロキシプロゲステロンカプロエート（hydroxyprogesterone caproate）、ヒドロキシウレア（hydroxyurea）、イダルビシン（idarubicin）、イフォスファミド（ifosfamide）、ロイコボリン（leucovorin）、ロムスチン（lomustine）、マイタンシノイド（maytansinoid）、メクロレタミン（mechlorethamine）、メドロキシプロゲステロンアセテート（medroxyprogesterone acetate）、メゲストロールアセテート（megestrol acetate）、メルファラン（melphalan）、メルカプトプリン（mercaptopurine）、メトトレキセート（methotrexate）、ミトキサントロン（mitoxantrone）、ミトラマイシン（mithramycin）、ミトマイシン（mitomycin）、ミトタン（mitotane）、フェニルブチレート（phenylbutyrate）、プレドニゾン（prednisone）、プロカルバジン（procarbazine）、パクリタキセル（paclitaxel）、ペントスタチン（pentostatin）、セムスチン（semustine）、ストレプトゾシン（streptozocin）、タモキシフェン（tamoxifen）、タキサン類（taxanes）、タキソール（taxol）、テストステロンプロピオネート（testosterone propionate）、サリドマイド（thalidomide）、チオグアニン（thioguanine）、チオテパ（thiotepa）、テニポシド（teniposide）、トポテカン（topotecan）、ウラシルマスタード（uracil mustard）、ビンブラスチン（vinblastine）、ビノレルビン（vinorelbine）、ビンクリスチン（vincristine）。

本発明において、好ましい化学療法剤は、低分子の化学療法剤である。低分子の化学療法剤は、抗体への結合の後も、抗体の機能に干渉する可能性が低い。本発明において、低分子の化学療法剤は、通常100〜2000、好ましくは200〜1000の分子量を有する。ここに例示した化学療法剤は、いずれも低分子の化学療法剤である。これらの本発明における化学療法剤は、生体内で活性な化学療法剤に変換されるプロドラッグを含む。プロドラッグの活性化は酵素的な変換であり得るし、非酵素的な変換でもあり得る。

また、抗体は毒性ペプチド（トキシン）で修飾され得る。毒性ペプチドの例としては、例えば、次のものが好適に挙げられる。
ジフテリアトキシンＡ鎖（Diphtheria toxin A Chain）（Langone J.J.,et al., Methods
in Enzymology (1983) 93, 307-308）
シュードモナスエンドトキシン（Pseudomonas Exotoxin）（Nature Medicine (1996) 2, 350-353）
リシン鎖（Ricin A Chain）（Fulton R.J. et al., J.Biol.Chem. (1986) 261, 5314-5319; Sivam G. et al., Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173; Cumber A.J. et al., J.Immunol.Methods (1990) 135,15-24; Wawrzynczak E.J. et al., Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562; Gheeite V. et al., J.Immunol.Methods (1991) 142,223-230）
無糖鎖リシンＡ鎖（Deglicosylated Ricin A Chain）（Thorpe P.E. et al., Cancer Res. (1987) 47, 5924-5931）
アブリンＡ鎖（Abrin A Chain）（Wawrzynczak E.J. et al., Br.J.Cancer (1992) 66, 361-366; Wawrzynczak E.J.,et al. Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562; Sivam G.,et al. Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173; Thorpe P.E. et al., Cancer Res. (1987) 47, 5924-5931）
ゲロニン（Gelonin）（Sivam G. et al., Cancer Res. (1987) 47, 3169-3173; Cumber A.J. et al., J.Immunol.Methods (1990) 135, 15-24; WawrzynczakE.J. et al. Cancer Res., (1990) 50, 7519-7562; Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
ポークウイード抗ウィルス蛋白（PAP-s; Pokeweed anti-viral protein fromseeds）（Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
ブリオジン（Briodin）（Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
サポリン（Saporin）（Bolognesi A.,et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）モモルジン（Momordin）（Cumber A.J. et al., J.Immunol.Methods (1990) 135, 15-24;
Wawrzynczak E.J. et al., Cancer Res. (1990) 50, 7519-7562; Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
モモルコキン（Momorcochin）（Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
ジアンシン３２（Dianthin 32）（Bolognesi A. et al., Clin.exp.Immunol. (1992) 89, 341-346）
ジアンシン３０（Dianthin 30）（Stirpe F.,Barbieri L., FEBS letter (1986) 195, 1-8）
モデッシン（Modeccin）（Stirpe F., Barbieri L., FEBS letter (1986) 195, 1-8）
ビスカミン（Viscumin）（Stirpe F., Barbieri L.,FEBS letter (1986) 195, 1-8）
ボルケシン（Volkesin）（Stirpe F., Barbieri L., FEBS letter (1986) 195, 1-8)
ドデカンドリン（Dodecandrin）（Stirpe F., Barbieri L., FEBS letter (1986) 195,1-8）
トリチン（Tritin）（Stirpe F., Barbieri L., FEBS letter (1986) 195,1-8）
ルフィン（Luffin）（Stirpe F., Barbieri L., FEBS letter (1986) 195,1-8）
トリコキリン（Trichokirin）（Casellas P., et al., Eur.J.Biochem. (1988) 176, 581-588; Bolognesi A., et al., Clin.exp.Immunol., (1992) 89, 341-346)。

本発明において放射性化学物質とは、放射性同位体を含む化学物質のことをいう。使用される放射性同位体は特に限定されず、如何なる放射性同位体をも使用され得るが、例えば、32P、14C、125I、3H、131I、186Re、188Reなどが好適に例示され得る。

また別の態様では、一または二以上の低分子化学療法剤と毒性ペプチドをそれぞれ組み合わせることによって、抗体が修飾され得る。本発明の抗体と上記の低分子化学療法剤との結合は共有結合または非共有結合が利用され得る。これら化学療法剤を結合した抗体の作製方法は公知である。

さらに、本発明で使用される抗体は、二重特異性抗体（bispecific antibody）であってもよい。二重特異性抗体は本発明で使用されるタンパク質上の異なるエピトープを認識する抗原結合部位を有する二重特異性抗体や本発明で使用されるタンパク質と他のタンパク質を認識する二重特異性抗体であってもよいし、一方の抗原結合部位が本発明で使用されるタンパク質を認識し、他方の抗原結合部位が化学療法剤、細胞由来トキシン等の細胞傷害性物質を認識してもよい。この場合、本発明で使用されるタンパク質を発現している癌幹細胞に直接細胞傷害性物質を作用させ癌幹細胞に特異的に傷害を与え、癌幹細胞の増殖を抑えることが可能である。二重特異性抗体は２種類の抗体のHL対を結合させて作製することもできるし、異なるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを融合させて二重特異性抗体産生融合細胞を作製し、得ることもできる。さらに、遺伝子工学的手法により二重特異性抗体を作製することも可能である。

前記のように構築した抗体遺伝子は、公知の方法により発現させ、取得することができる。哺乳類細胞の場合、常用される有用なプロモーター、発現させる抗体遺伝子、その3'側下流にポリAシグナルを機能的に結合させて発現させることができる。例えばプロモーター／エンハンサーとしては、ヒトサイトメガロウィルス前期プロモーター／エンハンサー（human cytomegalovirus immediate early promoter / enhancer）を挙げることができる。

また、その他に本発明で使用される抗体発現に使用できるプロモーター／エンハンサーとして、レトロウィルス、ポリオーマウィルス、アデノウィルス、シミアンウィルス40（SV40）等のウィルスプロモーター／エンハンサー、あるいはヒトエロンゲーションファクター1α（HEF1α）などの哺乳類細胞由来のプロモーター／エンハンサー等が挙げられる。

SV40プロモーター／エンハンサーを使用する場合はMulliganらの方法（Nature（1979）277, 108）により、また、HEF1αプロモーター／エンハンサーを使用する場合はMizushimaらの方法（Nucleic Acids Res. （1990）18, 5322）により、容易に遺伝子発現を行うことができる。

複製起源としては、SV40、ポリオーマウィルス、アデノウィルス、ウシパピローマウィルス（BPV）等の由来のものを用いることができ、さらに、宿主細胞系で遺伝子コピー数増幅のため、発現ベクターは、選択マーカーとしてアミノグリコシドトランスフェラーゼ（APH）遺伝子、チミジンキナーゼ（TK）遺伝子、大腸菌キサンチングアニンホスホリボシルトランスフエラーゼ（Ecogpt）遺伝子、ジヒドロ葉酸還元酵素（dhfr）遺伝子等を含むことができる。

大腸菌の場合、常用される有用なプロモーター、抗体分泌のためのシグナル配列及び発現させる抗体遺伝子を機能的に結合させて当該遺伝子を発現させることができる。プロモーターとしては、例えばlaczプロモーター、araBプロモーターを挙げることができる。laczプロモーターを使用する場合はWardらの方法（Nature（1098）341，544-546；FASEB J．（1992）6，2422−2427）により、あるいはaraBプロモーターを使用する場合はBetterらの方法（Science（1988）240，1041−1043）により発現することができる。

抗体分泌のためのシグナル配列としては、大腸菌のペリプラズムに産生させる場合、pelBシグナル配列（Lei,S.P. et al., J.Bacteriol.（1987）169, 4379）を使用すればよい。そして、ペリプラズムに産生された抗体を分離した後、抗体の構造を適切に組み直して（refold）使用する。

本発明で使用される抗体の製造のために、任意の発現系、例えば真核細胞又は原核細胞系を使用することができる。真核細胞としては、例えば樹立された哺乳類細胞系、昆虫細胞系、真糸状菌細胞および酵母細胞などの動物細胞等が挙げられ、原核細胞としては、例えば大腸菌細胞等の細菌細胞が挙げられる。好ましくは、本発明で使用される抗体は、哺乳類細胞、例えばCHO、COS、ミエローマ、BHK、Vero、HeLa細胞中で発現される。

次に、形質転換された宿主細胞をin vitroまたはin vivoで培養して目的とする抗体を産生させる。宿主細胞の培養は公知の方法に従い行う。例えば、培養液として、DMEM、MEM、RPMI1640、IMDMを使用することができ、牛胎児血清（FCS）等の血清補液を併用することもできる。

前記のように発現、産生された抗体は、細胞、宿主動物から分離し均一にまで精製することができる。本発明で使用される抗体の分離、精製はアフィニティーカラムを用いて行うことができる。例えば、プロテインAカラムを用いたカラムとして、Hyper D、POROS、Sepharose F.F.（Pharmacia製）等が挙げられる。その他、通常のタンパク質で使用されている分離、精製方法を使用すればよく、何ら限定されるものではない。例えば、上記アフィニティーカラム以外のクロマトグラフィーカラム、フィルター、限外濾過、塩析、透析等を適宜選択、組み合わせることにより、抗体を分離、精製することができる（Antibodies A Laboratory Manual. Ed Harlow,David Lane, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988）。

本発明で使用される抗体の抗原結合活性（Antibodies A Laboratory Manual. Ed Harlow, David Lane, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988）、リガンドレセプター結合阻害活性（Harada,A.et al., International Immunology (1993) 5, 681-690）の測定には公知の手段を使用することができる。

本抗体の抗原結合活性を測定する方法として、ELISA（酵素結合免疫吸着検定法）、EIA（酵素免疫測定法）、RIA（放射免疫測定法）あるいは蛍光抗体法を用いることができる。例えば、酵素免疫測定法を用いる場合、本発明で使用されるタンパク質をコーティングしたプレートに、前記抗体を含む試料、例えば、前記抗体産生細胞の培養上清や精製抗体を加える。アルカリフォスファターゼ等の酵素で標識した二次抗体を添加し、プレートをインキュベートし、洗浄した後、p-ニトロフェニル燐酸などの酵素基質を加えて吸光度を測定することで抗原結合活性を評価することができる。

本発明で使用される抗体は細胞傷害活性を有していてもよい。本発明における細胞傷害活性とは、例えば補体依存性細胞傷害（complement-dependent cytotoxicity:CDC）活性、抗体依存性細胞介在性細胞傷害（antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity:ADCC）活性などを挙げることができる。本発明において、CDC活性とは補体系による細胞傷害活性を意味し、ADCC活性とは標的細胞の細胞表面抗原に特異的抗体が付着した際、そのFc部分にFcγ受容体保有細胞（免疫細胞等）がFcγ受容体を介して結合し、標的細胞に傷害を与える活性を意味する。

本発明で使用される抗体がADCC活性を有するか否か、又はCDC活性を有するか否かは公知の方法により測定することができる（例えば、Current protocols in Immunology, Chapter7. Immunologic studies in humans, Editor, John E, Coligan et al., John Wiley & Sons,Inc.,(1993)等）。

具体的には、例えば、細胞傷害活性の測定は以下の方法により行うことが可能である。
・エフェクター細胞の調製
CBA／Nマウスなどから脾臓を摘出し、RPMI1640培地（GIBCO社製）中で脾臓細胞を分離する。10％ウシ胎児血清（FBS、HyClone社製）を含む同培地で洗浄後、細胞濃度を5×10⁶／mlに調製し、エフェクター細胞を調製する。

・補体溶液の調製
Baby Rabbit Complement（CEDARLANE社製）を10％ FBS含有培地（GIBCO社製）にて10倍希釈し、補体溶液を調製する。

・標的細胞の調製
本発明で使用されるタンパク質発現細胞（癌幹細胞など）を0.2 mCiの⁵¹Cr-sodium chromate（Amersham Pharmacia Biotech社製）とともに、10％ FBS含有DMEM培地中で37℃にて1時間培養することにより放射性標識する。放射性標識後、細胞を10％ FBS含有RPMI1640培地にて3回洗浄し、細胞濃度を2×10⁵／mlに調製して、標的細胞を調製する。

・ADCC活性の測定
96ウェルＵ底プレート（Becton Dickinson社製）に、標的細胞と、本発明で使用される抗体を50μlずつ加え、氷上にて15分間反応させる。その後、エフェクター細胞100μlを加え、炭酸ガスインキュベーター内で4時間培養する。抗体の終濃度は0または10μg/mlとする。培養後、100μlの上清を回収し、ガンマカウンター（COBRAIIAUTO-GMMA、MODEL D5005、Packard Instrument Company社製）で放射活性を測定する。細胞傷害活性（％）は
（Ａ−Ｃ）／（Ｂ−Ｃ）×100
により求めることができる。Ａは各試料における放射活性（cpm）、Ｂは１％NP-40（半井社製）を加えた試料における放射活性（cpm）、Ｃは標的細胞のみを含む試料の放射活性（cpm）を示す。

・CDC活性の測定
96ウェル平底プレート（Becton Dickinson社製）に、標的細胞と、本発明で使用される抗体を50μlずつ加え、氷上にて15分間反応させる。その後、補体溶液100μlを加え、炭酸ガスインキュベーター内で4時間培養する。抗体の終濃度は0または3μg/mlとする。培養後、100μlの上清を回収し、ガンマカウンターで放射活性を測定する。細胞傷害活性はADCC活性の測定と同様にして求めることができる。

一方、抗体コンジュゲートによる細胞傷害活性を測定する場合は、各ウェルに、標的細胞と、抗ITM2A抗体コンジュゲートが50μlずつ加えられた96ウェル平底プレート（Becton Dickinson社製）が、氷上にて15分間静置される。次いで、当該プレートが炭酸ガスインキュベーター内で1から4時間インキュベートされる。抗体の最終濃度は0または3μg/mlに調製される。インキュベーションの後、各ウェルから回収された100μlの上清の放射活性が、ガンマカウンターを用いて測定される。ADCC活性の測定と同様の計算式に基づいて、抗体コンジュゲートによる細胞傷害活性が計算され得る。

本発明の抗体の非限定の一態様として、配列番号：１５で表されるタンパク質に結合する抗体であるHuARH460-16-2抗体等が好適に挙げられる（WO2007/098575、J.Clin.Oncol. 26: 2008 (abstr 14581)）。また、異なる非限定の一態様として、配列番号：１４で表されるタンパク質に結合する293AC1C3H9抗体、またはW6B3H10抗体等が好適に挙げられる（WO2011089211）。別の異なる非限定の一態様として、配列番号：１６で表されるタンパク質に結合する抗体であるCatumaxomab (Removab（登録商標）)等が好適に挙げられる。また、配列番号：１７で表されるタンパク質に結合する抗体であるEJ212/007-CI2-5抗体等が好適に挙げられる（WO2008117049）。さらに、異なる非限定の一態様として、配列番号：１８で表されるタンパク質に結合する抗体であるSN3抗体等が好適に挙げられる（US2010-0166649）。別の異なる非限定の一態様として、配列番号：１９で表されるタンパク質に結合する抗体であるYSCMA（YS110）抗体等が好適に挙げられる（WO2007014169）。また、異なる非限定の一態様として、配列番号：２０で表されるタンパク質に結合する抗体である22B5、24C7,1D9または2D2抗体等が好適に挙げられる（WO2009100110）。

本発明で用いるアンチセンスオリゴヌクレオチドとしては、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドの一部又は全部に対して相補的な、又はハイブリダイズするポリヌクレオチドを挙げることができる。さらに、アンチセンスオリゴヌクレオチドはDNA又はRNAのいずれであっても良く、また機能に支障がない限りにおいて修飾されたものであってもよい。本発明で使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドとは、DNA又はmRNAの所定の領域を構成するヌクレオチドに対応するヌクレオチドがすべて相補的であるもののみならず、DNA又はmRNAとオリゴヌクレオチドとが安定にハイブリダイズできる限り、ミスマッチが存在してもよい。

相補的なヌクレオチドとは、例えば、当該DNAに相補的な塩基配列の全塩基配列または部分塩基配列と好ましくは約90％以上、より好ましくは約95％以上、最も好ましくは100％の相同性を有するヌクレオチドが挙げられる。

アンチセンスオリゴヌクレオチドの塩基数は、5〜50であることが好ましく、9〜25であることがより好ましい。これらのアンチセンスDNAは、公知のDNA合成装置などを用いて製造することができる。

本発明におけるリボザイムは、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質のmRNAを切断するものをいい、該タンパク質の翻訳を阻害するものをいう。

リボザイムは該タンパク質をコードする遺伝子配列より設計可能であり、例えば、ハンマーヘッド型リボザイムとしては、フェブスレター（FEBS Letter）、第228巻、第228-230頁（1988）に記載の方法が用いることができる。また、ハンマーヘッド型リボザイムだけでなく、ヘアピン型リボザイム、デルタ型リボザイムなどのリボザイムの種類に関わらず、該タンパク質のmRNAを切断するもので、該タンパク質の翻訳を阻害するものであれば本明細書で言うリボザイムに含まれる。

本発明におけるアプタマーは、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質に特異的に結合し、そのタンパク質の生物学的活性を阻害する機能を有する核酸分子であればいかなるものでも用いることができる。アプタマーとしては、RNAアプタマーやDNAアプタマーが挙げられる。

該アプタマーは、二本鎖からなる核酸分子または、一本鎖からなる核酸分子のいずれでもよいが、一本鎖からなる核酸分子が好ましい。

本発明で用いるアプタマーの塩基数は、目的とするタンパク質に特異的に結合し、そのタンパク質の生物学的活性を阻害する機能を有する塩基長を有していれば、特に制限はないが、例えば、10〜200塩基、好ましくは、20〜150塩基、より好ましくは30〜100塩基である。

本発明におけるアプタマーは、公知の方法により作製することができ、例えばSELEX法を用いることができる（Ellington et al., (1990) Nature, 346, 818-822; Tuerk et al., (1990) Science, 249, 505-510）。

siRNA（small interfering RNA）はElbashirらにより報告された細胞内の遺伝子の発現を抑制する遺伝子に相補的な21塩基からなる二本鎖のRNAである（Elbashir SM, Harborth J, Lendeckel W, Yalcin A, Weber K, Tuschl T(2001). Nature 411: 494-498.）。

本発明で使用されるsiRNAは、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質をコードするmRNAに相補的な塩基配列を有し、該タンパク質の発現を抑制し得る作用を有するものであれば、いずれのsiRNAであってもよい。

siRNAは、例えば、3'端にオーバーハングしたUUまたはTTの２塩基を持ち、本発明の遺伝子に相補的な19塩基からなるセンスRNAとアンチセンスRNAをハイブリダイズした二本鎖のRNAであり、市販のキットを用いて作製することができる。あるいは、化学合成によって作製することも挙げられる。siRNAの鎖長は21塩基以上が特に好ましいが、25塩基以上でもよく、該mRNAの発現を抑制し得る作用を有するものであればいずれの長さのものでもよい。また、siRNAをCy3、FAMなどでラベルしたものでも同じ程度の抑制作用があることが報告されており、これらで修飾されたものでもよい。

また、siRNAを安定に発現するために発現ベクターにより発現させることも挙げられる（Brummelkamp,TRら (2002)., Science 296: 550-553, Paddison,PJら(2002) Genes & Dev.16:948-958, Paul,CPら.(2002). Nature Biotechnol. 20: 505-508, Sui,Gら,(2002).Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99(6):5515-5520, Yu,J-Yら(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 99(9):6047-6052, Miyagishi,M,and Taira,K(2002). Nature Biotechnol. 20: 497-500, Lee,NSら(2002). Nature Biotechnol. 20: 500-505）。例えば、RNAポリメラーゼIIIが認識するプロモーターとしてpolymerase III H1 RNAやU6のプロモーターを利用して、転写終結シグナル配列との間に目的とする遺伝子の20塩基以上の長さの配列をインバーテッドリピートが形成されるように挿入して発現することが挙げられる。挿入する配列は当該mRNAの塩基配列に相補的な塩基配列を有し、該mRNAの発現を抑制し得る作用を有するものであれば、いずれの配列であってもよい。

本発明で使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、siRNA、アプタマーは生体内における安定性を高めるために、ヌクレオシド間結合、塩基および／または糖において化学的に修飾されていてもよく、5'末端および／または3'末端に修飾基を有していてもよい。例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホルアミドチオエート、ホスホルアミデート、ホスホルジアミデート、メチルホスホネート、アルキルホスホトリエステル、およびホルムアセタール等が挙げられる。塩基修飾の例としては、5-フルオロウラシル、5-ブロモウラシル、5-クロロウラシル、5-ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4-アセチルシトシン、および5-（カルボキシヒドロキシエチル）ウラシル等が挙げられる。糖修飾の例としては、2'-O-アルキル、2'-O-アルキル-O-アルキルまたは2'-フルオロ修飾等が挙げられる。また、アラビノース、2-フルオロアラビノース、キシルロースおよびヘキソース等の糖を用いてもよい。

患者へ投与する場合、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、アプタマー、siRNAを直接該患者体内に導入する方法のほか、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノウイルスアソシエーテッドウイルスベクターなどの適当なベクターをベヒクルとして使用する遺伝子治療による導入方法も挙げられる。又は、摂取促進のための補助剤とともに、遺伝子銃やハイドロゲルカテーテルのようなカテーテルによって投与することも可能である。

尚、本明細書および表において、塩基やアミノ酸などを略号で表示する場合、IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclatureによる略号あるいは当該分野における慣用略号に基づくものであり、またアミノ酸に関し光学異性体があり得る場合は、特に明示しなければL体を示すものとする。

＜本発明の癌幹細胞阻害剤＞
本発明の癌幹細胞阻害剤の有効投与量は、一回につき体重1 kgあたり0.001 mgから1000 mgの範囲で選ばれる。あるいは、患者あたり0.01〜100000 mg/bodyの投与量を選ぶことができる。しかしながら、本発明の阻害剤はこれらの投与量に制限されるものではない。また、本発明の阻害剤の投与時期としては、疾患の臨床症状が生ずる前後を問わず投与することができる。本発明の阻害剤は、常法にしたがって製剤化することができ（Remington's Pharmaceutical Science, latest edition, Mark Publishing Company, Easton, 米国）、医薬的に許容される担体や添加物を共に含むものであってもよい。このような担体および医薬添加物の例として、水、医薬的に許容される有機溶剤、コラーゲン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、カルボキシビニルポリマー、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリル酸ナトリウム、アルギン酸ナトリウム、水溶性デキストラン、カルボキシメチルスターチナトリウム、ペクチン、メチルセルロース、エチルセルロース、キサンタンガム、アラビアゴム、カゼイン、寒天、ポリエチレングリコール、ジグリセリン、グリセリン、プロピレングリコール、ワセリン、パラフィン、ステアリルアルコール、ステアリン酸、ヒト血清アルブミン（HSA）、マンニトール、ソルビトール、ラクトース、医薬添加物として許容される界面活性剤等が挙げられる。実際の添加物は、本発明の阻害剤の剤型に応じて上記の中から単独で又は適宜組み合わせて選ばれるが、もちろんこれらに限定するものではない。例えば、注射用製剤として使用する場合には、溶剤、例えば生理食塩水、緩衝液、ブドウ糖溶液等に溶解し、これに吸着防止剤、例えばTween80、Tween20、ゼラチン、ヒト血清アルブミン等を加えたものを使用することができる。あるいは、使用前に溶解再構成する剤形とするために凍結乾燥したものであってもよく、凍結乾燥のための賦形剤としては、例えば、マンニトール、ブドウ糖等の糖アルコールや糖類を使用することができる。本発明の阻害剤は通常非経口投与経路で、例えば注射剤（皮下注、静注、筋注、腹腔内注など）、経皮、経粘膜、経鼻、経肺などで投与されるが、経口投与も可能である。

本発明において癌幹細胞阻害剤を抗癌剤と「組み合わせて用いる」とは、これらの薬剤を同時に、連続して、あるいは、一方を先に投与した後、時間をおいて投与してもよいことを意味する。

本発明において癌幹細胞阻害剤は、適応として例えば、癌の再発予防、癌の再発抑制、癌の転移または再発予防、癌の転移または再発抑制、術後再発予防の補助療法、等の様々な態様で使用される得る。

本発明の癌幹細胞阻害剤と組み合わせて用いる抗癌剤には、アルキル化剤、代謝拮抗剤、天然産物、白金錯体、およびその他の薬剤が含まれる。アルキル化剤としては、ナイトロジェンマスタード類（Nitrogen Mustards）、エチレンイミン類（Ethylenimines）、メチルメラミン類（Methylmelamines）、スルホン酸アルキル類（Alkyl Sulfonates）、ニトロソウレア類（Nitrosoureas）、トリアゼン類（Triazens）が挙げられる。ナイトロジェンマスタード類としては、例えば、メクロルエタミン(Mechlorethamine)、シクロフォスファミド(Cyclophosphamide)、イフォスファミド(Ifosfamide)、メルファラン(Melphalan)、クロラムブシル(Chlorambucil)が挙げられる。エチレンイミン類とメチルメラミン類としては、例えば、ヘキサメチルメラミン(Hexamethylmelamine)、チオテパ(Thiotepa)が挙げられる。スルホン酸アルキル類としては、ブスルファン(Busulfan)が挙げられる。ニトロソウレア類としては、例えば、カルムスチン(Carmustine: BCNU)、ロムスチン(Lomustine: CCNU)、セムスチン(Semustine: methyl-CCNU)、ストレプトゾシン(Streptozocin)が挙げられる。トリアゼン類としては、ダカルバジン(Dacarbazine: DTIC)が挙げられる。代謝拮抗剤としては、葉酸類似物質、ピリミジン類似物質、プリン類似物質が挙げられる。葉酸類似物質としては、メトトレキセート(Methotrexate)が挙げられる。ピリミジン類似物質としては、例えば、フルオロウラシル(Fluorouracil: 5-FU)、ドキシフルリジン(Doxifluridine: 5'-DFUR、商品名フルツロン)、カペシタビン(Capecitabine、商品名ゼローダ)、フロクスウリジン(Floxuridine: FudR)、シタラビン(Cytarabine)が挙げられる。プリン類似物質としては、例えば、メルカプトプリン(Mercaptopurine: 6-MP)、チオグアニン(Thioguanine: TG)、ペントスタチン(Pentostatin)が挙げられる。天然産物としては、ビンカアルカロイド類(Vinca Alkaloids)、エピポドフィロトキシン類(Epipodophyllotoxins)、抗生物質類が挙げられる。ビンカアルカロイド類としては、例えば、ビンブラスチン(Vinblastine: VLB)、ビンクリスチン(Vincristine: VCR)が挙げられる。エピポドフィロトキシン類としては、例えば、エトポシド(Etoposide)、テニポシド(Teniposide)が挙げられる。抗生物質としては、例えば、ダクチノマイシン(Dactinomycin: actinomycin D)、ダウノルビシン(Daunorubicin)、ドキソルビシン(Doxorubicin)、ブレオマイシン(Bleomycin)、プリカマイシン(Plicamycin)、マイトマイシン(Mitomycin)が挙げられる。白金錯体とは、プラチナ配位複合体を指し、例えば、シスプラチン(Cisplatin: CDDP)、カルボプラチン(Carboplatin) 、オキサリプラチン（Oxaliplatin）が挙げられる。その他の薬剤としては、イリノテカン、カンプトテシン等のトポイソメラーゼ阻害剤、タキソール類、例えばパクリタキセル、ドセタキセル、アントラセネジオン類(Anthracenediones)、例えばミトキサントロン(Mitoxantrone)、尿素置換体類、例えばヒドロキシウレア(Hydroxyurea)、メチルヒドラジン類(Methyl Hydrazines)、例えば塩酸プロカルバジン(Procarbazine Hydrochloride、商品名ナツラン)、ビタミンＡ代謝物類、例えばトレチノイン(Tretinoin、商品名ベサノイド)が挙げられる。また、リツキシマブ、アレムツズマブ、トラスツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、トラツズマブ、ゲムツズマブ等が挙げられる。

本発明の癌幹細胞ワクチンは、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質を免疫原として使用することができ、その場合CD8⁺T細胞抗原の他にCD4⁺T細胞認識抗原の使用が好ましく、このような抗原（ヘルパーエピトープ）として、KLHやテタヌストキソイドの如き免疫原性が強い外来抗原が使用され、あるいは癌抗原自体のヘルパーエピトープが使用される。

抗原となるタンパク質をコレステロール・多糖複合体やビーズなどの顆粒状にして投与することにより、樹状細胞などに取り込まれ、MHCクラスI抗原提示経路に効率よくペプチドを乗せてCD8⁺T細胞を誘導することが出来る。強いアジュバント作用をもつ細菌由来の熱ショック蛋白質との融合タンパク質として用いることにより、CD8+T細胞を強く誘導することもできる。

このワクチンは、有効成分としてのタンパク質の外に、医薬として許容されるキャリヤー、例えばアジュバント、例えば水酸化アルミニウムの如き鉱物ゲル；リソレシチン、プルロニックポリオールの如き界面活性剤；ポリアニオン；ペプチド；又は油乳濁液を含むことが出来る。あるいは、リポゾ−ム中へ混入し、又は多糖、及び／又はワクチン中に配合される他の集合体を含むことが出来る。

本発明の癌幹細胞ワクチンは更に、例えば、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを免疫源として使用することもできる。ポリヌクレオチドとしては、例えばDNAを用いることができるが、これに限定されない。抗原DNAを含む組換えウイルスは、抗原の細胞内多量発現により、強い抗腫瘍免疫を誘導できる。多数のCTL及びヘルパーエピトープを同時発現させることもでき、HLAタイプに拘わらず多くの患者に使用可能である。頻回の免疫が必要な場合、多数の異なるウイルスベクターを準備するのが好ましい。脂肪内寄生性細菌はMHCクラスIとクラスIIの両方に抗原を乗せることができ、ワクチン用ベクターとして有用である。

DNAの直接投与は、DNA免疫法として、予防接腫の一方法として効果が認められている。プラスミドのような細菌由来DNAの非メチル化CpG配列には、IL-12産生などを介して腫瘍拒絶に重要なTh1活性化を行なうアジュバント作用がある。抗原遺伝子を含むプラスミドを筋注や遺伝子銃(gene gun)を用いて免疫する方法は、１回の免疫効果は弱いが反復投与が可能であり、他の免疫法との併用が考えられる。免疫効率を上げるには、エピトープにリーダー配列を結合させたり、エピトープをHLA分子に直接結合させた融合遺伝子を用いたりすることが出来る。

また、本発明の癌幹細胞ワクチンは、前記DNAが導入された、あるいは前記DNAによりコードされるタンパク質がパルスされた、抗原特異的樹状細胞を有効成分とするワクチンであってもよい。

本発明の癌幹細胞ワクチンの製造に使用する樹状細胞は末梢血から比重遠心法により直接分離し、あるいは前駆細胞からサイトカインなどで誘導することができる。比重遠心法による直接分離においては、末梢血をアフェレーシスし、それから樹状細胞を比重遠心法により分離、調製する。サイトカインで誘導する場合、前駆細胞としては、末梢血単核球付着細胞分画、末梢血単球であるCD14⁺細胞、骨髄又は末梢血中の造血前駆細胞であるCD34⁺細胞が用いられる。

本発明において、樹状細胞に「パルスする」とは、目的とするタンパク質を単独で、又はリポゾームなどの医薬として許容されるキャリヤーと共に、樹状細胞と所定の時間にわたって所定の条件下で接触せしめる事を意味し、例えば、接触時間は数分間〜数日間であり、接触条件及び接触方法は、例えば、Chiriva-Internati, M. et.al. Blood (2002) 100, p.961-965（蛋白質)、Thuner, B. et.al., J. Exp. Med. (1999) 190, p.1669-1678（ペプチド）に記載の方法の通りに行なうことが出来る。

なお本明細書において引用された全ての先行技術文献は、参照として本明細書に組み入れられる。

以下、実施例により本発明を詳細に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。

免疫欠損NOGマウスにおけるヒト結腸直腸癌細胞株の樹立
結腸癌検体は、PharmaLogicals Research（シンガポール）およびParkway Laboratory Services（シンガポール）の倫理委員会の承認の下で、同意を得た患者から入手したものである。腫瘍片を剪刀で細かく刻み、NOGマウスの側腹部に移植した。ヒト結腸癌異種移植片は、実験動物中央研究所（日本）より供与されたNOGマウス中で継代することにより維持した。本実験で使用したマウスは、PharmaLogicals Researchの動物実験ガイドラインに従って処置した。組織病理学的試験のため、ヒト組織の外科的検体の小片および異種移植腫瘍の小片を、4℃で16〜24時間、4%パラホルムアルデヒドで固定し、AMeX法によりパラフィンに包埋した（Sato Y, et al., (1986) Am J Pathol, 125; 431-435.、Sato Y, et al., (1992) Am J Pathol, 140; 775-779.、Suzuki M, et al. (2002) J Toxicol Sci, 27; 165-172.）。エオシンおよびヘマトキシリンで薄片を染色し、顕微鏡観察によって調べた。

結腸CSCの単離およびインビトロ培養
異種移植片からの癌細胞の単一細胞浮遊液を、組織を剃刀で刻むことによって調製し、コラゲナーゼ/ディスパーゼ（Roche）およびDNaseI（Roche）を含むDPBS中、37℃で3時間インキュベーションした後、40μmセルストレーナー（BD Biosciences）で濾過し、溶解バッファー（BD Biosciences）に懸濁して、赤血球を除いた。得られた異種移植片由来の細胞を、5% CO₂雰囲気下、37℃で、N-2サプリメント（Invitrogen）、20 ng/mL ヒトEGF（Invitrogen）、10 ng/mL ヒト塩基性線維芽細胞増殖因子（Sigma）、4 μg/mL ヘパリン（Sigma）、4 mg/mL BSA（Invitrogen）、20 μg/mL ヒトインスリン、亜鉛溶液（Invitrogen）、および2.9 mg/mL グルコース（Sigma）を含む、DMEM/F12培地（Invitrogen）で培養した（Todaro M, et al. (2007) Cell Stem Cell 1; 389-402.）。付着CSCおよび浮遊CSCを培養するために、ポリスチレン処理した通常の細胞培養フラスコ（BD Biosciences）および超低接着細胞培養フラスコ（Corning）をそれぞれ使用した。

インビボ腫瘍形成分析
連続希釈によって、細胞懸濁液を調製した。Hanks平衡塩溶液（Invitrogen）中の癌細胞懸濁液100μLを、50%マトリゲル（BD Bioscience）を用いてマウスの側腹部に皮下接種した。腫瘍の発達を、7週間モニタリングした。単一細胞の接種のために、細胞をFITC標識マウス抗ヒトCD326（EpCAM）抗体（Miltenyi Biotec）で標識し、テラサキプレート（Termo Fisher Scientific）に播種した。単一細胞は蛍光顕微鏡下で確認した。単一細胞を、50%マトリゲル50μlを用いてマウスの側腹部に接種した。腫瘍の発達を、10週間モニタリングした。

全長ヒトLgr4、Lgr5、およびLgr6を発現する細胞の樹立
NM_018490（Lgr4）、NM_001017403（Lgr5）、およびNM_003667（Lgr6）の配列に基づくPCRによって、全長ヒトLgr4、Lgr5、およびLgr6 cDNAをクローニングした。クローニングした遺伝子のN末端にHAタグを付加または付加せずに、発現させた。Gene Pulser（BioRad）を用いて、チャイニーズハムスター卵巣細胞株CHO DG44（Invitrogen）に発現プラスミドをトランスフェクトした。G418を用いて、安定な細胞株であるHA-Lgr4/DG、HA-Lgr5/DG、およびHA-Lgr6/DGを選択した。

可溶性Lgr5-Fcタンパク質の調製
可溶性のLgr5（アミノ酸1〜555）タンパク質を、CHO DG44のマウスIgG2aのFc部分との融合タンパク質として発現させた。ヤギ抗マウスIgG2a（Bethyl labotratories）およびHRPラット抗マウスIgG2amAb（Serotec）を用いるサンドイッチELISAにより、トランスフェクタントをスクリーニングした。sLgr5-Fcを最も豊富に生じたクローンを2D3と命名した。2D3培養上清を回収し、Lgr5-Fcタンパク質をプロテインA-セファロースカラムによってアフィニティ精製した（Pharmacia）。Lgr5-Fcはタンパク質免疫化およびELISAスクリーニングのための抗原として働いた。

Lgr5-Fcタンパク質免疫化による抗Lgr5モノクローナル抗体の生成
完全フロイントアジュバント中に乳化させた50μgのLgr5-Fcを用いて、Balb/cマウス（Charles River Japan）を皮下免疫した。2週間後、フロイント不完全アジュバント中の同量を用いて2週間にわたり週1回の注射を繰り返した。細胞融合の3日前、マウスに25μgのLgr5Fcを静脈注射した。免疫化マウスに由来する脾臓リンパ球を、従来法(Kremer L and Marquez G (2004) Methods Mol Biol., 239; 243 - 260)により、P3-X63Ag8U1マウスミエローマ細胞（ATCC）と融合させた。ELISAを用いて、sLgr5-Fcとの反応性を有する抗体についてハイブリドーマ培養上清をスクリーニングした。Lgr5特異的マウスmAb 2L36、2T15E-2および2U2E-2を樹立した。

フローサイトメトリー解析
結腸CSCを標識抗体でインキュベーションし、EPICS ALTRA（Beckman Coulter）およびFACSCalibur（Becton Dickinson）を用いて解析した。使用した抗体は、PE標識マウス抗ヒトCD133抗体（Miltenyi Biotec）、PE標識マウス抗ヒトCD44抗体（BD Pharmingen）、FITC標識マウス抗ヒトCD326（EpCAM）抗体（Miltenyi Biotec）、PE標識マウス抗ヒトCD166抗体（R&D Systems）、PE標識マウス抗ヒトCD24抗体（BD Pharmingen）、PE標識マウス抗ヒトCD26抗体（BD Pharmingen）、およびPE標識マウス抗ヒトCD29抗体（BD Pharmingen）であった。

Lgr5を染色するために、結腸CSCを、マウス抗ヒトLgr5抗体（2T15E-2）と、次にPR標識ラット抗マウスIgG抗体（Invitrogen）と、インキュベーションした。アルデヒドデヒドロゲナーゼの活性は、AldeFluor Kit（Stemcell Technologies）を用いて測定した。抗マウスMHCクラスI抗体（Abcam）およびPEまたはAPC標識したヤギ抗ヒトIgG2a抗体（BioLegend）で染色することによって、マウス細胞とヒト結腸CSCを区別した。死細胞も、7-AAD Viability Dye（Beckman Coulter）によって除去した。

ウェスタンブロット分析
Complete Miniプロテアーゼインヒビターカクテル（Roche）を添加したRIPAバッファー（Sigma）を用いて、タンパク質を抽出した。タンパク質をNuPAGEゲル（Invitrogen）で分画し、PVDF膜に転写した。1%スキムミルク含有PBSでブロッキングした後、膜を、ウサギ抗ヒトβカテニン抗体(Sigma)、ウサギ抗ヒトホスホc-JUN抗体 (Sigma)、ウサギ抗ヒトTCF1抗体 (Cell Signaling)、ウサギ抗ヒトTCF3抗体 (Cell Signaling)、ウサギ抗ヒトTCF4抗体 (Cell Signaling)、ウサギ抗ヒトLgr5抗体 (Abcam)、マウス抗ヒトEカドヘリン抗体 (Abcam)、ウサギ抗ヒトSnail 抗体(Abcam)、および、マウス抗ヒトGAPDH抗体 (Santa Cruz)でプローブした。BCIP/NBT基質（KPL）を用いて反応性のバンドを検出した。

定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応
RNeasy Mini Kit including DNAase treatment（Qiagen）を用いて、全RNAを単離した。cDNAは、First-Strand cDNA Synthesis Kit（SABiosciences）を用いて合成した。定量的リアルタイムPCR（QRT-PCR）解析は、Mx3005P Real-Time PCR System（Stratagene）において、SYBR Green/Rox qPCR（SABiosciences）を用いて実施した。誘導倍率の値は、2-ΔΔCt法を用いて算出した。GAPDHおよびACTBを参照として用いた。実験はすべて3回ずつ行った。

定量的リアルタイムPCR解析のためのプライマー
以下のプライマーを、反応性の転写産物を増幅するために用いた。
Lgr5:
フォワードプライマー5'-AGTTTATCCTTCTGGTGGTAGTCC-3'（配列番号：１）、
リバースプライマー5'-CAAGATGTAGAGAAGGGGATTGA-3'（配列番号：２）、
GAPDH:
フォワードプライマー5'-CTCTGCTCCTCCTGTTCGAC-3'（配列番号：３）、
リバースプライマー5'-ACGACCAAATCCGTTGACTC-3'（配列番号：４）、
ACTB：
フォワードプライマー5'-AAGTCCCTTGCCATCCTAAAA-3'（配列番号：５）、
リバースプライマー5'-ATGCTATCACCTCCCCTGTG-3'（配列番号：６）、
Bmi1：
フォワードプライマー5'-AACCATTGTTTGGATTTGGAAG-3'（配列番号：２１）
リバースプライマー5'-ACAAACTATGGCCCAATGCT-3'（配列番号：２２）
Hopx：
フォワードプライマー5'-CGTAACCTCGGCATACTTTCA-3'（配列番号：２３）
リバースプライマー5'-CGAGCAAGGACCTGAAAAAC-3'（配列番号：２４）

細胞増殖アッセイ
浮遊細胞および付着細胞を、それぞれウェルあたり浮遊細胞約100個および付着細胞1×10⁴個で、96ウェルプレートに播種した。0および3日目に、製造元のプロトコールに従って、Cell Counting Kit-8アッセイ（Doujindo）により生細胞数を測定した。0日目の平均吸光度を100%と表した。化学感受性分析のため、浮遊細胞および付着細胞を、それぞれウェルあたり浮遊細胞約100個および付着細胞1×10⁴個で、96ウェルプレートに播種し、24時間インキュベーションした後、10μg/mLの5-FU (Hospira)、10μg/mLのイリノテカン(Hospira)、50 mMのTCFインヒビターFH535 (Merck)、および50 mMのβカテニンインヒビターであるカルダモニン(Merck)を添加した。薬物存在下で3日間培養した後、Cell Counting Kit-8を細胞に加えた。DMSOまたは培地のみに曝露した細胞の平均吸光度を100%と表した。実験はすべて3回ずつ行った。

培養細胞および異種移植組織に関する免疫蛍光染色
免疫蛍光細胞化学のために、4%パラホルムアルデヒドおよびメタノールで固定した細胞を、マウス抗ヒトE-カドヘリン抗体（Abcam）、ウサギ抗ヒトSnail抗体（Abcam）、またはウサギ抗ヒトβ-カテニン抗体（Sigma）と共にインキュベーションし、その後、それぞれAlexaFluor 488で標識したヤギ抗マウスIgG抗体またはヤギ抗ウサギIgG抗体を用いて可視化した。免疫蛍光組織化学のために、上記の固定細胞および異種移植腫瘍のパラフィンブロック由来の薄片をマウス抗ヒトLgr5抗体（2U2E-2）またはウサギ抗ヒトSnail抗体（Abcam）、ウサギ抗ヒトHLA-DMA抗体（Sigma）、ウサギ抗TMEM173抗体（Abcam）、ウサギ抗ヒトZMAT3抗体（Abcam）、ウサギ抗ヒトGPR110抗体（Abcam）とと共にそれぞれインキュベーションした。一次抗体とインキュベーションした後、Lgr5タンパク質を、ポリマー-HRP(DAKO)と結合したヤギ抗マウス抗体によって検出し、AlexaFluor 488標識チラミド（tyramide）（Invitrogen）によって可視化した。ビオチン化ヤギ抗ウサギ抗体（VECTOR）によってSnailタンパク質、HLA-DMAタンパク質、およびTMEM173タンパク質を検出し、AlexaFluor 568標識ストレプトアビジン（Invitrogen）によって可視化した。これらの細胞および検体も、DAPI（Invitrogen）で染色した。ポリマーHRP（DAKO）と結合したヤギ抗ウサギ抗体によってZMAT3タンパク質およびGPR110タンパク質を検出し、ジアミノベンチジンによって可視化した。これらの細胞および検体はマイヤーヘマトキシリン（武藤化学薬品）で染色した。

対称および非対称細胞分裂アッセイ
Lgr5陽性CSCがpKH67色素（Sigma）で教示書にしたがって染色された。Lgr5陽性CSCの分化のために、96ウェルプレート中の各ウェルの50%マトリゲル（BD Bioscience）レイヤー上に播種された当該細胞が、熱不活化された5%の仔牛血清および5%のマトリゲルを含むstem cell培地中で培養された。対称および非対称の細胞分裂は蛍光顕微鏡によってモニターされた。

〔実施例１〕結腸癌異種移植片の樹立
既報（Fujii E. et al. (2008) Establishment and characterization of in vivo human tumor models in the NOD/SCID/gamma(c)(null) mouse. Pathol Int 58:559-567.）のとおり、本発明者らは、NOD/Shi-scid、IL-2Rγnull（NOG）マウスを用いて11種のヒト結腸癌異種移植片を樹立した（表１；免疫欠損NOGマウスにおいて樹立したヒト結腸直腸癌細胞株の数）。

上記表１中、アスタリスクは樹立されたが実験に適さないもの、短剣印は感染などを示す。
表１に示すように、53例のヒト結腸直腸癌患者の試料から、17例の結腸癌異種移植片が樹立された。17例の異種移植片の他に、19例において、付随するEBV感染リンパ腫細胞（これはNOGマウスの状態を悪化させた）が生じ、14例において他の種類の感染が起こり、3例においては腫瘍増殖が起こらなかった。これら17例の異種移植片のうち、11例の異種移植片は、凍結融解後でさえ生存し、腫瘍再構築能を保持し、かつ元の腫瘍と類似した組織病理学的特徴を示した。これら11例の異種移植片のうち、10例はグレード2の中分化型腺癌に由来し、1例はグレード3の低分化型腺癌に由来した。

11種の異種移植片のうち10種は、中分化型結腸癌（MDCC）由来であり、残り1種は、低分化型結腸癌（PDCC）由来であった（表２；11例の異種移植片の樹立に使用した元のヒト結腸癌の組織病理学的分類）。

MDCC異種移植片およびPDCC異種移植片のどちらも元の腫瘍とほぼ同じ組織病理学的形態を再構築したが、MDCC異種移植片が杯細胞を有する明確な上皮管および小さな出芽性（budding）クラスタ（上皮から間葉性への移行（EMT）を受けるようである）を形成した。対照的にPDCC異種移植片は明確な上皮管構造を示さなかった（図１および図１６）。

〔実施例２〕結腸CSCの単離
本発明者らは、結腸CSCを単離するために2種類のMDCC異種移植片、すなわちPLR59およびPLR123を使用した。これらの異種移植片を本発明者らが選択したのは、NOGマウスで10回の継代を経た後でさえ、迅速に増殖する一方で上皮管および小さな出芽クラスタを有する腫瘍を再構築する能力を保持していた（図１）からである。したがってこれらの異種移植片から安定なCSCが得られると考えられた。

PLR59およびPLR123に由来する原発性（プライマリー）細胞のフローサイトメトリー解析によって、CD44、ALDH、CD26、およびLgr5のシグナルのレベルが、CD133、EpCAM、CD166、CD24、およびCD29より低いことが見出され、これにより、CSCの集団が少し存在することが示された（図２）。NOGマウスに皮下移植した際、注射部位の約半数（12箇所の注射部位のうち5箇所；表３）において、いずれかの異種移植片に由来する細胞100個によって腫瘍が生じ、これらの腫瘍の組織病理学的形態は元の腫瘍と高度に類似していた（図３）。PLR59およびPLR123に由来する細胞10個の皮下注射ではNOGマウスにおいて腫瘍を形成できなかった（表３）。表３に、接種から49時間後の、精製CSCの腫瘍形成活性を示す。

上記表３中、アスタリスクはNOGマウスで樹立した腫瘍異種移植片、短剣印は細胞調製物を示す。原発性とは、NOGマウスで増殖させた異種移植腫瘍組織の単一細胞懸濁液を示し、浮遊とは、非付着条件下でインビトロ培養した細胞を示し、付着とは、付着条件下でインビトロ培養した細胞を示す。プラス（１個）は腫瘍を示した動物の数であり、プラス（２個）は動物の総数である。括弧は、腫瘍を有する動物のパーセンテージを示す。Lgr5+とはLgr5陽性を示し、Lgr5-とはLgr5陰性を示す。

PLR59およびPLR123に由来する細胞を、EGFおよびFGFを添加した無血清培地で培養したところ、付着細胞および浮遊細胞が生じた。本発明者らは付着細胞および浮遊細胞を回収し、これらを別々に培養した。付着細胞は倍加時間約2.5日で増殖し、間葉細胞様形態を示したが、一方、浮遊細胞は有意な増殖を示さず、スフェロイド様細胞クラスタを形成した（図４、図５、図１８、および図１９）。1週間を超える培養の後、結腸CSCマーカーで判定したところ、付着細胞および浮遊細胞の両方が高度に均一となり、付着細胞はLgr5⁺、ALDH⁺、CD133⁺、CD44⁺、EpCAM⁺、CD166⁺、CD24⁺、CD26⁺、およびCD29⁺であった。浮遊細胞はLgr5^-、およびALDH^-であることから付着細胞と比較して異なっていた（図６および図２０）。

Wnt活性もまたスフェロイド培養物における結腸CSCの特徴であること、および、Lgr5はWntシグナル伝達によって調節されることが、報告されている（Vermeulen L, et al. (2010) Wnt activity defines colon cancer stem cells and is regulated by the microenvironment. Nat Cell Biol 12:468-476.）。付着細胞においては有意なレベルのLgr5 mRNAが検出されたが、浮遊細胞におけるLgr5 mRNAは検出不可能なレベルであった（図２７）。

〔実施例３〕Lgr5タンパク質発現解析
Lgr5タンパク質の発現を調べるため、本発明者らは、それぞれ免疫組織化学分析用およびフローサイトメトリー分析用の、3種類のLgr5特異的モノクローナル抗体（2L36、2T15E-2および2U2E-2）を作製した。本発明者らの抗体はLgr5に高度に特異的であったが、Lgr5に対して両方とも高い相同性を有するLgr4およびLgr6に対しては交差反応しなかった（図２８、２９）。これらの抗体を用いることにより、本発明者らは、付着性のCSCにLgr5が発現することを立証した。いくつかの研究では、ALDHは腫瘍発生において結腸直腸癌幹細胞に特異的なマーカーとなることが記載されているが他方では、マーカーとしてのALDH活性の関与は、CD44陽性またはCD133陽性に関する該マーカーの共存と共にしか示されていなかったことが報告されている（Chu P, et al. (2009) Characterization of a subpopulation of colon cancer cells with stem cell-like properties. Int J Cancer 124:1312-1321.，Huang EH, et al. (2009) Aldehyde dehydrogenase 1 is a marker for normal and malignant human colonic stem cells (SC) and tracks SC overpopulation during colon tumorigenesis. Cancer Res 69:3382-3389.）。本発明者らの実験において、Lgr5陽性の付着細胞はALDH陽性である一方、Lgr5陰性の浮遊細胞はALDH陰性であった。

Lgr5陽性細胞はPLR59およびPLR123のもととなる腫瘍組織ならびにその異種移植癌組織の継代を通じて検出された（図３７）。前記のもととなる腫瘍組織におけるLgr5陽性細胞の頻度は低かった（PLR59では0.01％でありPLR123では0.04％であった）。その異種移植癌組織においては、継代につれてLgr5陽性細胞の頻度は増大したが10世代以降は変化がなかった（図３７）。一方、PLR123異種移植モデルからの初発細胞の腫瘍再構築能力も継代につれて増大した。腫瘍再構築能力から評価された初発細胞中のCSCの割合の見積りは5継代後におよそ0.1％であったのに対して、14継代ではおよそ0.4％に増大した。

〔実施例４〕Lgr5陽性およびLgr5陰性の結腸CSCの腫瘍再構築能力
結腸癌の幹細胞群の特徴がWntシグナル伝達であるならば、インビボではLgr5陽性の付着細胞しか腫瘍を形成することができない。これが本当なのかどうか確かめるため、本発明者らは、Lgr5陽性の付着細胞およびLgr5陰性の浮遊細胞の腫瘍形成能を調べた。

結果、腫瘍形成活性は、Lgr5陰性の浮遊細胞よりもLgr5陽性の付着細胞において強力であったが、Lgr5陽性細胞およびLgr5陰性細胞のどちらもNOGマウスにおける腫瘍形成能を保持していた。Lgr5陽性細胞10個の皮下注射により全ての注射部位（6箇所のうち6箇所）で腫瘍が生じたが、Lgr5陰性細胞では注射部位6箇所のうち2箇所（PLR123由来細胞）または1箇所（PLR59由来細胞）で腫瘍が形成された（表３）。Lgr5陽性細胞たった1個の注射でさえ、注射部位12箇所のうち2箇所（PLR123由来細胞）または1箇所（PLR59由来細胞）で腫瘍が再構築され、Lgr5陽性細胞およびLgr5陰性細胞に由来する腫瘍の組織病理学的形態は、元の腫瘍とほぼ同じであった（図１７、３８）。さらに細胞表面マーカーの発現およびLgr5陽性CSCの腫瘍形成活性は、1ヶ月の培養を経た後でさえ変化しなかった（図３０、３１）。

Lgr5陽性細胞は付着培養の条件下では対称に細胞分裂した（図３９）。一方で、マトリゲルおよび血清の存在下では、非対称に細胞分裂を行うことが、同条件下の培養においてLgr5タンパク質が二つの娘細胞のうちの一方に分配されたことによって示された（図４０ＣおよびＤ）。CSCの一つの特徴は自己複製（self-renewal）のための対称細胞分裂であり、CSCのもう一つの顕著な特徴は非対象細胞分裂である。Lgr5陽性の付着細胞は付着培養条件下で対称に分裂した（図３９）一方で、マトリゲルおよびFBSの存在下では、Lgr5タンパク質が一方の娘細胞に分配された（図４０）ことから示されるように、Lgr5陽性細胞は非対称分裂を経ることによって二つの異なる子孫を生じたことが示された。

次に、Lgr5陽性細胞の移植によって作製された異種移植片の初代細胞からLgr陽性細胞集団とLgr5陰性細胞集団が2L36抗体を用いて分取（sort）された。Lgr5陽性画分の細胞のおよそ93％がLgr5陽性細胞で、Lgr5陰性画分の細胞の99％以上がLgr5陰性細胞だった（図５６）。分取されたLgr5陽性細胞はマトリゲル上のin vitroの条件下で効率よくコロニーを形成し、NOGマウス中では腫瘍を形成した。その一方で、Lgr5陰性細胞はin vitroの条件下でのコロニー、およびNOGマウス中での腫瘍を形成しなかった。分取された1000細胞のLgr5陽性細胞がNOGマウスの皮下に注射された場合、移植後34日までに大きく目に見える腫瘍が形成されたが、分取されたLgr5陰性細胞が同様に注射された場合、移植後34日まででは非常に小さいコロニーのみが形成された（図５７）。

さらにLgr5とCD133、CD166またはCD44の二重染色によって、Lgr5の発現とその他の癌幹細胞マーカーとの関連が調べられた。Lgr5陽性細胞のほとんどはCD133およびCD166共に陽性であったがLgr5陰性細胞の大部分がCD133またはCD166であった（図５８）ことから、Lgr5マーカーで規定される細胞集団はCD133陽性およびCD166細胞で規定される細胞集団の亜集団（subpopulation）であることが示唆された。

次にLgr5陰性細胞集団が分取されてその特徴が調べられた。異種移植片から得られた細胞を抗Lgr5抗体および抗CD133抗体を用いて染色することによって、Lgr5陰性/CD133陰性、Lgr5陰性または低発現/CD133陽性、およびLgr5陽性/CD133陽性の細胞集団が分取された。分取された画分には目的とするマーカーで規定される細胞が90％以上存在した（図５９）。単離されたLgr5陰性または低発現/CD133陽性、およびLgr5陽性/CD133陽性の細胞はマトリゲル上でコロニーを形成したが、Lgr5陰性/CD133陰性細胞は培養プレートに播種された後死滅した。分取されたLgr5陰性/CD133陰性、Lgr5陰性または低発現/CD133陽性、およびLgr5陽性/CD133陽性の細胞のコロニー形成効率は、それぞれ0.03％、1.6％および4.3％であった（図６０）。

これらの結果により、PLR59およびPLR123に由来するLgr5陽性細胞およびLgr5陰性細胞は高純度の結腸CSCであること、および、Lgr5陽性およびLgr5陰性細胞は結腸癌における2種類の別個の状態のCSCを意味することが実証された。

〔実施例５〕TCFおよびβ-カテニンの効果
Lgr5の発現と一致して、Lgr5陽性細胞ではβ-カテニン、TCF1、TCF3、およびTCF4タンパク質のレベルがアップレギュレーションされたが、Lgr5陰性細胞では認められなかった（図７および図２１）。

近年、Lgr5遺伝子はそのプロモーター中にAP1ボックスを含むこと、および、c-JunのN末端領域のリン酸化はLgr5の転写を活性化することが、Aguileraらにより実証された（Aguilera C, et al. (2011) c-Jun N-terminal phosphorylation antagonises recruitment of the Mbd3/NuRD repressor complex. Nature 469:231-235.）。対照的に本発明者らは、c-JunのN末端領域のリン酸化は、Lgr5陰性CSCと比べてLgr5陽性CSCでは検出されなかった（図７および図２１）ということを見出した。

Wntシグナル伝達が結腸CSCの増殖を駆動するかどうかとの疑問を解決するため、本発明者らは、β-カテニン/TCFインヒビターであるFH535、およびWnt/β-カテニンインヒビターであるカルダモニン（β-カテニンの分解を誘発する）が結腸CSCの増殖に与える効果を調べた。

結果、50μMのFH535はLgr5陽性の結腸CSCの増殖を有意に低下させたが、Lgr5陰性の結腸CSCの増殖には影響を与えなかった（図８および図２２）。一方、50μMのカルダモニンはLgr5陽性の結腸CSCにおいて生細胞数を70%まで減少させ、Lgr5陰性の結腸CSCにおいて約50%まで減少させた（図８および図２２）。

この結果は、TCFがLgr5陽性細胞の増殖を仲介すること、およびβ-カテニンが結腸CSCの生存に関与することを実証するものである。興味深いことに、Lgr5陽性細胞はEGFおよびFGFの供給が無くても増殖し（図９および２３）、このことは、結腸CSCが、その増殖に関してWntシグナル伝達を活性化するための内因的/自己分泌機序を包含していることを示すものである。

〔実施例６〕結腸CSCのLgr5陽性状態からLgr5陰性状態への交替能力
CSCの特徴の1つは、化学療法剤に対する抵抗性であるため、本発明者らは、5-FUおよびイリノテカンに対する結腸CSCの感受性を調べた。前述のように、Lgr5陽性細胞は倍加時間約2.5日で増殖したが、Lgr5陰性CSCは増殖という観点からは静止状態であった。5-FUおよびイリノテカンはどちらもLgr5陽性の結腸CSCの増殖を有意に阻害したが、Lgr5陰性の結腸CSCの増殖および生存には影響を与えなかった（図１０および図２４）。Lgr5陽性の結腸CSCを5-FUまたはイリノテカンに3日間曝露した後、これらの化学療法剤に対して抵抗性を有する細胞が現れた。驚くべきことに、該薬物抵抗性細胞はLgr5陰性であり、かつその形態が変化しており（図１１、図３２、および図２５）、これは、Lgr5陽性状態からLgr5陰性状態への変化を示すものである。

これらLgr5陰性常態化したCSCを特異的に検出するマーカーとして、HLA-DMA、TMEM173、ZMAT3およびGPR110を選定し、同分子に対する特異的抗体を用いた免疫染色を試みたところ、上記のイリノテカンに3日暴露しLgr5が陰性化した結腸CSCで特異的な染色像が得られた（図４１）。また、この免疫染色法が一般に汎用されるパラフィンブロックから得られた組織切片に対しても適用可能であることも確認された（図４１）。以上から、HLA-DMA、TMEM173、ZMAT3およびGPR110が、Lgr5が陰性化したCSCの特異的マーカーとなり得ることを示すものである。

イリノテカン処理前に観察されたLgr5陽性を表す蛍光（図４２Ａ）は、イリノテカン処理によって消失した（図４２Ｂ）。再度播種されイリノテカン非存在下で培養されたLgr5陰性細胞から、Lgr5陽性細胞が再播種後4日の時点で現れ（図４２Ｃ）、再播種後8日までに増加した（図４２Ｄ）。Lgr5陰性の該薬物抵抗性細胞の全てが、Lgr5陰性であり（図４２、および図４３）、CK20陰性のままであった（図４４）ことから、活発に増殖する状態から静止状態への結腸CSCの移行はLgr5分子の消失と関連していることが示唆された。前記の関連性はin vitroにおける増殖抑制剤抵抗性アッセイの結果によっても確認された（図４５）。また、ALDH活性は減少していたが、他のCSCマーカーは変化が観察されなかった（図４６、図６１および図６２）。

イリノテカン処理によって取得されたLgr5陰性細胞の腫瘍形成活性を調べたところ、PLR59およびPLR123に由来する細胞10個の皮下注射ではNOGマウスにおいてそれぞれ2および1匹のマウスで腫瘍が形成された（表４）。表４に、接種から49時間後の、Lgr5陰性CSCの腫瘍形成活性を示す。下記表４中、アスタリスクはNOGマウスで樹立した腫瘍異種移植片を示す。プラス（１個）は腫瘍を示した動物の数であり、プラス（２個）は動物の総数である。

本発明者らはまた、Lgr5陰性の結腸CSCがLgr5陽性状態に変化するのかどうか確認するため調査を行った。Lgr5陰性の結腸CSCを分離させて通常の細胞培養プレートで培養したところ、以下が観察された；プレートの底に付着した細胞のいくつかがLgr5陽性となり、間葉細胞様形態を示し（図１２および図３３）、かつ細胞増殖を開始した。一方、Lgr5陽性の付着結腸CSCを超低接着プレートで培養したところ、本発明者らは細胞のいくつかが増殖を停止し、スフェロイド様構造を形成し、非常に低レベルのLgr5 mRNAを示したことを観察した（図１２および図３３）。Lgr5陽性状態からLgr5陰性状態への交替（およびその逆）は培養中の単一細胞を用いた観察でも確認された。単一のLgr5陽性細胞をマルチウェルプレートで培養したときは、イリノテカン処理後3日以内に細胞はLgr5陰性状態に移行した。イリノテカン処理によって取得された単一のLgr5陰性細胞をマルチウェルプレートでイリノテカン非存在下にて培養したときは、4日以内に19から43％の細胞がLgr5陽性状態に移行した（図４７および表５）。

表５は、抗Lgr5抗体（2L36抗体）を用いて免疫細胞染色の結果染色されたLgr5陽性および陰性の細胞数の比率を表す。かっこ内の数字はLgr5陽性または陰性の細胞数の割合を示す。

また、Lgr5陽性および陰性細胞の増殖の確認を目的とする、抗Lgr5抗体および抗Ki67抗体を用いて、Lgr5陽性および陰性細胞のin vitro培養細胞が二重に染色された。その結果、Lgr5の発現はKi67染色と関連していた；すなわち、Lgr5陽性細胞はKi67陽性であり、Lgr5陰性細胞はKi67陰性であった（図６３）。

次に、Lgr5陽性状態からLgr5陰性状態への交替（およびその逆）がイリノテカン以外の薬剤でも観察されるか否かを検討された。Lgr5陽性細胞を5-FUまたはオキサリプラチン（oxaliplatin）の存在下24時間付着培養された後、これらの薬剤非存在下で48時間培養された抗Lgr5抗体（2L36抗体）を用いたIHC解析によって、当該細胞中のLgr5の発現が解析された。5-FUまたはオキサリプラチン（oxaliplatin）処理の後、殆どのLgr5陽性細胞がLgr5陰性状態へ移行した。次に、MoFlo XDPセルソーターを用いて分取された、5-FUまたはオキサリプラチン（oxaliplatin）で処理されたLgr5陰性細胞がこれらの薬剤の非存在下で4日間培養された。当該細胞中のLgr5の発現が解析された結果、分取されたLgr5陰性細胞集団において4日以内に少数のLgr5陽性細胞が出現したことが観察された（図６４）。

したがって本発明者らは、結腸CSCはLgr5陽性状態とLgr5陰性状態の間を交替し、そのような変化は外因的な要素およびニッチ環境を必要としないと結論づけた。

〔実施例７〕Lgr5陽性の結腸CSCのインビトロおよびインビボにおけるEMT
核β-カテニンを発現している間葉様細胞は、EMTを受ける、移動性CSCおよび転移形成CSCであると考えられる（Brabletz T, Jung A, Spaderna S, Hlubek F, Kirchner T (2005) Opinion: migrating cancer stem cells - an integrated concept of malignant tumour progression. Nat Rev Cancer 5:744-749.）。Lgr5陽性の結腸CSCの形態が間葉細胞に似ているため、本発明者らはLgr5陽性の結腸CSCは移動性CSCに相当するかどうか試験した。ウエスタンブロット分析によって、Lgr5陽性の結腸CSCにおける、低レベルの細胞表面E-カドヘリン、高レベルのSnail、および核局在β-カテニンの発現（これはEMTの特徴である）が明らかになった（図１３、図１４、および図２６）。これに対して、Lgr5陰性の結腸CSCはいかなるEMTの兆候も示さず、すなわち、細胞表面E-カドヘリンが高発現し、Snailが低発現し、かつβ-カテニンの核局在は認められなかった。さらに、異種移植腫瘍組織で、出芽性領域でEMTを受けている細胞における、SnailとLgr5の同時発現が観察され（図１５）、これは、Lgr5陽性の結腸CSCが移動性幹細胞に相当するとの見解を支持するものである。近年、Pangらにより、CD26⁺ CSCの亜集団が高度な転移能を有していることが報告された（Pang R, et al. (2010) A subpopulation of CD26+ cancer stem cells with metastatic capacity in human colorectal cancer. Cell Stem Cell 6:603-615.）。本発明者らの結果により、Lgr5陽性およびLgr5陰性のCSCのどちらも細胞表面でCD26を発現していたことが明らかになり、このことは、転移におけるCD26の重要性をさらに調査する必要があることを示唆するものである。

本発明者らによる以前の実験において、Lgr5陽性の結腸CSCは、肺、肝臓、リンパ節、および皮下を含む複数の組織において腫瘍を形成することができた。興味深いことに、腫瘍細胞の静脈注射から少なくとも40日後までに、肝臓、リンパ節、および皮下においては上皮管構造をもつ腫瘍が再構成されたが、肺では再構成されなかった（図３４、３５）。

次に、Lgr5陰性CSCが直接癌の階層構造を生成するのか、または最初にin vivoにおいてLgr5陽性細胞に変換されるのかが調べられた。Lgr5陰性CSCを検出するために用いられるマーカーを探索するため、Lgr5陽性細胞、Lgr5陰性細胞および異種移植された腫瘍の初発細胞を用いた遺伝子発現のプロファイリング（profiling）が行われた。その結果、Lgr5陽性CSCおよび初発細胞と比較してLgr5陰性CSCにおいてその発現が高いレベルで検出可能な分子の中からHLA-DMAが選択された（図４８）。Lgr5抗体、HLA-DMA抗体およびEREG抗体を用いた組織免疫染色によってHLA-DMAがLgr5陰性CSCにおいて特異的に発現していることが確認された（図４９）。HLA-DMAはマクロファージでも発現するため、HLA-DMA抗体によって組織免疫染色において染色された細胞がマクロファージである可能性を排除するため、CSCで発現する別のマーカーもまた探索された。Lgr5陽性CSCおよび陰性CSCの双方で発現する（図４８）EREGに対する抗体を用いたLgr5陽性CSCおよび陰性のCSCの免疫組織染色によって、EREGがLgr5陽性CSCおよびLgr5陰性CSCの双方に発現することも確認された（図４９）。両マーカーを組み合わせて検出することによって、Lgr5陰性CSCはHLA-DMAおよびEREGがともに陽性である細胞として同定され得ることが確認された。Lgr陰性のCSCの均一な集団がNOGマウスに注入後、1日の間はLgr5を僅かに発現するがHLA-DMAおよびEREGが依然として陽性の細胞が出現した。注入後5日までにはHLA-DMA陰性でLgr5陽性およびEREG陽性の細胞が出現した（図５０）。Lgr5陰性のCSC由来の腫瘍は明らかに管構造を有し、Lgr5陽性の細胞を含んでいた（図５１）。

in vivoでの増殖抑制剤耐性状態への変換の可能性を探るため、Lgr5陽性のCSCから由来する腫瘍を含むNOGマウスの腹腔内に最大耐性量（MTD）用量（120 mg/kg）のイリノテカンが投与された。腫瘍の成長はほぼ完全に阻害され（図５３）、管構造は極度に破壊された（図５２）。この状態ではLgr5陽性細胞は極端に減少した（図５２および図５４）。イリノテカン処理後Lgr5陰性でありHLA-DMA陽性細胞の数が顕著に増加した。対照的に、ベヒクルで処理された対照のマウスでは、管と出芽性領域の双方における癌細胞のおよそ1/3がLgr5陽性であった（図５２）。Lgr5陽性の細胞ならびにHLA-DMA陽性でLgr5陰性の細胞はともにEREG陽性であり、これらはCSCであることが確認された（図５２）。イリノテカン処理の終了後、Lgr5陽性細胞は再度出現した（図５２）。また、イリノテカン処理または無処理のLgr5陽性細胞の移植後21日目に当該マウスから切り出された異種移植片の切片が抗Ki67抗体と抗Lgr5抗体または抗HLA-DMA抗体とを用いて二重に染色された。Ki67とLgr5またはLgr5陰性細胞のマーカーであるHLA-DMAとの二重染色の結果、in vitroの培養細胞を用いて観察された場合と同様に、異種移植片においてもLgr5の発現とKi67の染色の間に関連性が確認された。すなわち、Lgr5陽性細胞はKi67陽性である一方で、Lgr5陰性/HLA-DMA陽性細胞はKi67陰性であった（図６５）。これらの結果を併せるとLgr5陰性のCSCが増殖抑制剤処理後の大腸癌の起源となりLgr5陽性細胞を経て癌の階層を再構成することが示された。

また、異種移植片から単離された初発細胞、付着性Lgr5陽性細胞、およびLgr5陽性細胞をイリノテカンで3日処理することによって調製されたLgr5陰性細胞から抽出されたRNAを用いたDNAマイクロアレイ解析およびRT-qPCR解析によって、これらの細胞で差示的に発現するマーカーが探索された。その結果、付着性Lgr5陽性細胞において、異種移植片から単離された初発細胞、およびLgr5陽性細胞をイリノテカンで3日処理することによって調製されたLgr5陰性細胞と比較して、LCK、FGFBP1、ROR1、PIGU等が高発現していることが示された（図６６）。

〔実施例８〕臨床腫瘍検体におけるLgr5陰性および陽性CSCの存在
増殖型および休止型のCSCはLgr5抗体（2U2E-2）、HLA-DMA抗体およびEREG抗体を用いた組織免疫染色によって決定された（図５５および表６）。増殖型CSCはLgr5陽性細胞を表し、休止型HLA-DMA陽性かつEREG陽性の細胞を表す（表６）。HLA-DMAおよびEREGに対してともに陽性を示すLgr5陽性細胞、ならびにHLA-DMAおよびEREGに対してともに陽性を示すLgr5陰性細胞は、大腸癌患者から単離された原発性（プライマリー）および転移性の大腸癌検体に僅かであったが存在した（図５５）。ヒト大腸癌組織の12検体のうち、8例ではLgr5陽性細胞およびLgr5陰性細胞の双方が検出され、残る4例ではLgr5陽性細胞またはLgr5陰性細胞のいずれかが観察された。全検体中0.003から1.864％がLgr5陽性細胞で、0.001-10.243％がLgr5陰性細胞であった（表６）。

（P^†：増殖型または休止型CSCが検出されたことを示す。N：増殖型または休止型CSCが検出されなかったことを示す。）
（頻度：細胞の百分率を表す。）

Lgr5陽性および陰性のCSCはともに管および出芽性領域で検出された（図５５）。加えて、管におけるLgr5陽性および陰性のCSCは特定の領域にとどまらず、管全体にわたってランダムに観察された。また、患者由来の大腸癌組織におけるLgr5陽性細胞およびHLA-DMA陽性細胞のKi67染色が解析された。その結果、臨床腫瘍検体においても、Lgr5陽性細胞はKi67陽性であり、Lgr5陰性/HLA-DMA陽性細胞はKi67陰性であることが示された（図６７）

本発明によって、細胞マーカーを用いて分離された癌幹細胞、該癌幹細胞を含む実質的に均一な癌幹細胞集団、該癌幹細胞集団の製造方法が提供された。本発明によって均質で大量の癌幹細胞や癌幹細胞集団を得ることが可能となり、当該癌幹細胞や癌幹細胞集団を用いた医薬品候補物質のハイスループットスクリーニング解析により、癌患者における癌の再発や転移に効果のある薬剤や診断マーカーを見出す確立が格段に向上することが期待される。また、本発明により新たな癌幹細胞マーカー、新たな癌幹細胞阻害剤が提供された。

Claims

細胞マーカーであるLgr5が陽性であり、無血清培養で付着性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞。
間葉性細胞である、請求項１に記載の癌幹細胞。
細胞マーカーであるLgr5が陰性であり、無血清培養で浮遊性であることを特徴とする、単離された癌幹細胞。
上皮細胞である、請求項３に記載の癌幹細胞。
消化器癌由来である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
消化器癌が大腸癌である、請求項５に記載の癌幹細胞。
細胞マーカーであるCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29、EREGのいずれか一つ以上が陽性である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
細胞マーカーであるCD133、CD44、EpCAM、CD166、CD24、CD26、CD29およびEREGが陽性である、請求項７に記載の癌幹細胞。
ALDH活性の細胞マーカーが陽性もしくはLCK、FGFBP1、ROR1および/またはPIGUの細胞マーカーが陽性である、請求項１、２、５〜８のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
ALDH活性の細胞マーカーが陰性もしくはHLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1、および/またはGPR110の細胞マーカーが陽性である、請求項３〜８のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
癌組織の階層構造を再現する特徴を有する癌幹細胞である、請求項１、２、５〜９のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
癌組織の階層構造を再現する特徴を有する癌幹細胞である、請求項３〜８、１０のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
上皮間葉移行能を有する癌幹細胞である、請求項１、２、５〜９、１１のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
上皮間葉移行能を有する癌幹細胞である、請求項３〜８、１０、１２のいずれか一項に記載の癌幹細胞。
請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む、実質的に均質な癌幹細胞集団。
請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む、実質的に均質な癌幹細胞集団。
癌幹細胞または癌幹細胞を含む細胞集団を付着培養する工程を含む、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１５に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を製造する方法。
癌幹細胞または癌幹細胞を含む細胞集団を、浮遊培養する工程または増殖抑制剤存在下において培養する工程を含む、請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１６に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を製造する方法。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程、
（ｃ）前記被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。
医薬品が抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤である、請求項１９に記載のスクリーニング方法。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記癌幹細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞を被検物質で処理する工程、
（ｃ）前記被検物質で処理された癌幹細胞集団または癌幹細胞の生物学的特性の変化を検出する工程。
医薬品が抗癌剤である、請求項２１に記載のスクリーニング方法。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程、
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および被検物質を投与する工程、
（ｃ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
以下の（ａ）〜（ｄ）の工程を含む医薬品のスクリーニング方法；
（ａ）請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞を含む実質的に均質な癌幹細胞集団を準備する工程、
（ｂ）非ヒト動物に前記細胞集団または前記癌幹細胞集団に含まれる癌幹細胞および増殖抑制剤を投与する工程、
（ｃ）被験物質を投与する工程、
（ｄ）前記非ヒト動物における腫瘍の形成を検出する工程。
前記細胞集団を投与する工程が皮下投与あるいは静脈内投与である、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
医薬品が抗癌剤または転移もしくは再発抑制剤である、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１５に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陽性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１５に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、LCK抗体、FGFBP1抗体、ROR1抗体、PIGU抗体、および/またはβカテニン抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陰性である、Snailが陽性である、LCKが陽性である、FGFBP1が陽性である、ROR1が陽性である、PIGUが陽性である、および/またはβカテニンが核に局在している細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１６に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、Lgr5が陰性な細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
以下の（ａ）〜（ｃ）の工程を含む、請求項３〜８、１０、１２、１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１６に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団を分離または検出する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とE-カドヘリン抗体、Snail抗体、βカテニン抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程、
（ｃ）前記細胞集団または細胞から、細胞表面のE-カドヘリンが陽性である、Snailが陰性である、βカテニンが核に局在していない、HLA-DMAが陽性である、TMEM173が陽性である、ZMAT3が陽性である、TNFSF15が陽性である、AMIGO2が陽性である、PROM2が陽性である、GPR87が陽性である、BLNKが陽性である、HLA-DMBが陽性である、GPR172Bが陽性である、GNAI1が陽性である、FASが陽性である、GM2Aが陽性である、FLRT3が陽性である、STOMが陽性である、GJB5が陽性である、ABCA1が陽性である、SLC6A14が陽性である、BMPR2が陽性である、CLDN1が陽性である、および/またはGPR110が陽性である細胞集団または細胞を分離または検出する工程。
Lgr5抗体を含有することを特徴とする、請求項２８〜３１に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
以下の（ａ）および（ｂ）の工程を含む、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１５に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量する方法；
（ａ）癌幹細胞を含む細胞集団を準備する工程、
（ｂ）前記細胞集団または前記細胞集団に含まれる細胞とLgr5抗体とを接触させる工程。
Lgr5抗体を含有することを特徴とする、請求項３３に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
高い増殖能を有する癌幹細胞と低い増殖能を有する癌幹細胞とを分離または検出する方法。
付着培養により分離することを特徴とする、請求項３５に記載の方法。
増殖抑制剤存在下における培養により分離または検出することを特徴とする、請求項３５に記載の方法。
浮遊培養により分離することを特徴とする、請求項３５に記載の方法。
細胞マーカーであるLgr5を用いて分離することを特徴とする、請求項３５〜３８のいずれか一項に記載の方法。
さらに、細胞マーカーであるHLA-DMA、TMEM173、ZMAT3、TNFSF15、AMIGO2、PROM2、GPR87、BLNK、HLA-DMB、GPR172B、GNAI1、FAS、GM2A、FLRT3、STOM、GJB5、ABCA1、SLC6A14、BMPR2、CLDN1、および/またはGPR110を用いて分離することを特徴とする、請求項３９に記載の方法。
増殖能が異なる癌幹細胞へと誘導する方法。
高い増殖能を有する癌幹細胞を浮遊培養することにより、低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、請求項４１に記載の方法。
高い増殖能を有する癌幹細胞を低接着性プレートで培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、請求項４１または４２に記載の方法。
増殖抑制剤を用いることにより、高い増殖能を有する癌幹細胞を低い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、請求項４１に記載の方法。
増殖抑制剤の存在下において培養することを特徴とする、請求項４４に記載の方法。
高い増殖能を有する癌幹細胞を保持する非ヒト動物に増殖抑制剤を投与することを特徴とする、請求項４４に記載の方法。
低い増殖能を有する癌幹細胞を付着培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、請求項４１に記載の方法。
低い増殖能を有する癌幹細胞を接着性プレートで培養することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する、請求項４１または４７に記載の方法。
低い増殖能を有する癌幹細胞を非ヒト動物に移植することにより、高い増殖能を有する癌幹細胞へと誘導する請求項４１に記載の方法。
請求項３５、３６、３９〜４１、４７〜４９のいずれか一項に記載の方法により分離および／または誘導された、高い増殖能を有する癌幹細胞。
請求項３５、３８〜４６のいずれか一項に記載の方法により分離および／または誘導された、低い増殖能を有する癌幹細胞。
請求項３５、３８〜４６のいずれか一項に記載の方法により分離および／または誘導された癌幹細胞を用いた、抗癌剤のスクリーニング方法。
請求項３５、３６、３９〜４１、４７〜４９のいずれか一項に記載の方法により分離および／または誘導された癌幹細胞を用いた、化合物の評価方法。
βカテニン抑制剤およびTCF阻害剤とを組み合わせてなる、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞の増殖抑制剤。
癌幹細胞の増殖抑制剤が抗癌剤である、請求項５４に記載の癌細胞の増殖抑制剤。
5-FU、オキサリプラチン、またはイリノテカンを有効成分として含有する、請求項１、２、５〜９、１１、１３のいずれか一項に記載の癌幹細胞の転移または再発抑制剤。
以下の（ａ）および（ｂ）の工程を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の癌幹細胞または請求項１５もしくは１６に記載の実質的に均質な癌幹細胞集団の存在を検出・同定又は定量するための方法。
（ａ）癌患者から取得したサンプルを準備する工程、
（ｂ）前記サンプルとLgr5抗体、HLA-DMA抗体、TMEM173抗体、ZMAT3抗体、TNFSF15抗体、AMIGO2抗体、PROM2抗体、GPR87抗体、BLNK抗体、HLA-DMB抗体、GPR172B抗体、GNAI1抗体、FAS抗体、GM2A抗体、FLRT3抗体、STOM抗体、GJB5抗体、ABCA1抗体、SLC6A14抗体、BMPR2抗体、CLDN1抗体、および/またはGPR110抗体とを接触させる工程。
検出・同定又は定量するための方法が、癌の診断、癌患者の選別、薬剤の有効性の予見、治療のモニタリング、癌のイメージングである請求項５７に記載の方法。
Lgr5抗体を含有することを特徴とする、請求項５７または５８に記載の方法に用いるためのキット又はセット。
以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の調節剤を含有する癌幹細胞阻害剤。
（ａ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドであって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の少なくとも一つのアミノ酸残基が付加、欠失、又は置換されたタンパク質であって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
前記調節剤が、前記タンパク質に結合する抗体である、請求項６０に記載の癌幹細胞阻害剤。
前記抗体が、キメラ抗体、ヒト型化抗体、ヒト抗体、抗体断片、又は二重特異性抗体である、請求項６１に記載の癌幹細胞阻害剤。
前記調節剤が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、アプタマー、およびsiRNA、からなる群から選択される、1個またはそれ以上の物質を含む、請求項６０に記載の癌幹細胞阻害剤。
抗癌剤と組み合わせて用いることを特徴とする、請求項６０〜６３のいずれか一項に記載の癌幹細胞阻害剤。
以下の（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド又は該ヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質、それらの一部、又はそれらの修飾体を含有する癌幹細胞ワクチン。
（ａ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドと相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドであって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ）配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質の少なくとも一つのアミノ酸残基が付加、欠失、又は置換されたタンパク質であって、配列番号：７〜１３のいずれかに記載のヌクレオチド配列からなる遺伝子によりコードされるタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド