JPWO2002024901A1 - 複合体の形成方法 - Google Patents
複合体の形成方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2002024901A1 JPWO2002024901A1 JP2002529495A JP2002529495A JPWO2002024901A1 JP WO2002024901 A1 JPWO2002024901 A1 JP WO2002024901A1 JP 2002529495 A JP2002529495 A JP 2002529495A JP 2002529495 A JP2002529495 A JP 2002529495A JP WO2002024901 A1 JPWO2002024901 A1 JP WO2002024901A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- double
- stranded nucleic
- oligonucleotide
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6839—Triple helix formation or other higher order conformations in hybridisation assays
Abstract
二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法であって、二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;を包含することを特徴とする二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法。
Description
技術分野
本発明は、遺伝子工学分野において有用な二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法、核酸の複製開始点の創成方法、ならびに核酸の複製方法に関する。
背景技術
分子生物学分野の研究の進展は種々の研究手法をもたらした。特に核酸のハイブリダイゼーション技術は、目的の核酸の検出、定量を可能にする極めて有用な手法であり、分子生物学分野にとどまらないさまざまな分野で、また、各々の目的に応じた形で利用されている。
ハイブリダイゼーションは、基本的には互いに相補的な一本鎖核酸同士が塩基対を形成する反応である。したがって、二本鎖核酸と一本鎖核酸、もしくは二本鎖核酸同士のハイブリダイゼーションにおいては、まず二本鎖核酸を2つの一本鎖に分離(変性)する必要がある。変性の方法としては加熱やアルカリ処理が使用されるが、これらの処理はタンパク質などの存在下、その活性を失わずに実施することはできない。
また、二本鎖核酸を使用するハイブリダイゼーションでは、その過程である頻度でもとどおりの二本鎖核酸が形成されることは避けられない。
変性しない二本鎖核酸と一本鎖核酸との間で三本鎖核酸(triple helix)を形成させることが可能であることが知られている[ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nucleic Acids Research)、第16巻、11431〜11440頁(1988)]。しかしながら、このような三本鎖形成は特定の配列、すなわち高プリン含量の配列と高ピリミジン含量の配列から形成された二本鎖核酸領域に限って適用可能な方法である。
相同組換えに関与するRecAタンパク質の存在下、非変性条件下で二本鎖核酸と一本鎖核酸との複合体が形成されることが知られている。しかしながらこの現象はRecAタンパク質の有する活性に基づくものであり、非酵素的に同様の複合体を形成させる技術は知られていない。
一方、遺伝子工学分野の研究においては、単離された核酸分子を維持、もしくは増幅させる技術が不可欠である。通常、上記の目的は単離された核酸を適当なベクターに挿入して組換えDNA分子とすることによって達成される。このような組換えDNA分子は単離された状態、あるいは適切な宿主に保持された状態で安定に維持することができる。また、必要に応じてこの組換えDNA分子を保持する宿主を培養し、その細胞数を増加させることで分子数を増加させることができる。
上記のベクターは、プラスミド、ファージ、ウイルス等に由来するものが数多く知られており、また、使用の目的に応じてさまざまな機能が人為的に付与されたものが開発され、市販されている。
しかし、ベクターを使用する遺伝子の維持、増幅には宿主の利用が不可欠である。このため、例えば目的とする核酸分子が宿主に対して有害であるような場合、例えば宿主に致死的な産物をコードする遺伝子を含有しているような場合には目的の核酸分子をベクターに組み込ませた組換えDNA分子を作成することが困難である。
組換えDNA分子を宿主細胞の外、すなわちインビトロ(in vitro)で複製することにより、宿主を介することなく目的の核酸分子を増幅することが考えられる。しかしながら、公知のベクターはすべて一定の複製開始点より固有のメカニズムによって複製されており、汎用性のある、人工的な核酸分子の複製手段は知られていない。
発明の目的
本発明の目的は、変性処理を伴うことなく二本鎖核酸と一本鎖核酸からなる複合体を形成する方法、ならびに宿主生物を使用することなく、汎用性があり、かつ簡便な核酸分子の複製方法を提供することにある。
発明の概要
本発明者らは鋭意研究の結果、リボヌクレオチドを含有するキメラオリゴヌクレオチドが変性処理されていない二本鎖核酸にアニーリングし、インビトロで複合体を形成すること、このような複合体が当該核酸の複製開始点として機能することを見い出した。さらにこの複製開始点より当該核酸が複製され得ることを明らかにし、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明の第1の発明は、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする。
第1の発明において使用される二本鎖核酸としては直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAが例示される。
また、オリゴヌクレオチドは上記二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成のプライマーとして機能し得るもの、および/または標識されたものであってもよい。
本発明の第2の発明は、標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸を検出する方法であって、
(a)第1の発明の方法により二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体を形成させる工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、標的とする塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記複合体を形成するオリゴヌクレオチドを検出する工程;
を包含することを特徴とする。
本発明の第3の発明は、二本鎖核酸の複製開始点の創成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、その3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能であり、さらに前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする。
第3の発明において使用される二本鎖核酸としては直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAが例示される。
本発明の第4の発明は、核酸の複製方法であって、DNAポリメラーゼの存在下、第3の発明の方法により創製された複製開始点より二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成を行う工程を包含することを特徴とする。
第4の発明に使用されるDNAポリメラーゼとしては鎖置換活性を有する酵素が例示される。
発明の詳細な説明
本明細書において二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体とは、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドが非共有結合的に結合した複合体を言うが、その形態に特に限定はなく、例えば、三本鎖核酸を形成したものや、二本鎖核酸の一方の鎖のみとオリゴヌクレオチドが塩基対を形成した状態のものを包含する。以下、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体を単に「複合体」と記載することがある。
本明細書においてヌクレオチドとは、通常、デオキシリボヌクレオチドやリボヌクレオチドである。必要に応じ、ヌクレオチドのアナログや誘導体(修飾物)を含有することができる。
本明細書においてデオキシリボヌクレオチドとは、糖部分がD−2−デオキシリボースで構成されたヌクレオチドのことをいい、例えば、塩基部分にアデニン、シトシン、グアニン、チミンを有するものが挙げられる。さらに、塩基部分に7−デアザグアノシン、イノシン等の修飾塩基を有するデオキシリボヌクレオチドアナログも上記のデオキシリボヌクレオチドに包含される。
本明細書においてリボヌクレオチドとは、糖部分がD−リボースで構成されたヌクレオチドのことをいい、塩基部分にアデニン、シトシン、グアニン、ウラシルを有するものが挙げられる。さらに、当該リボヌクレオチドにはリボヌクレオチドのアナログ、修飾リボヌクレオチドが包含され、例えばα位のリン酸基の酸素原子を硫黄原子に置き換えた修飾リボヌクレオチド[(α−S)リボヌクレオチド]も含まれる。
本明細書において複製開始点とは、二本鎖核酸の複製、すなわち該核酸の塩基配列を有するDNAの合成の反応開始点として機能しうる部位をいい、特定の塩基配列によって特徴づけられる部位に限定されるものではない。
以下、本発明を詳細に説明する。
(1)本発明に使用するキメラオリゴヌクレオチド
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドは、少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有するキメラオリゴヌクレオチドである。該キメラオリゴヌクレオチドは、修飾リボヌクレオチド、修飾デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドのアナログ、デオキシリボヌクレオチドのアナログから選択される1以上を含有するオリゴヌクレオチドも含まれる。
本発明に使用されるヌクレオチドのアナログとしては、例えば塩基部分にイノシン、7−デアザグアニン等の塩基を有するヌクレオチドアナログ、LNA[Locked Nucleic Acid、プロシーディングズ オブ ザ ナショナル アカデミー オブ サイエンシーズ オブ ザ USA(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)、第97巻、第5633〜5638頁(2000年)、国際公開第99/14226号パンフレット]のようなリボースの誘導体を有するヌクレオチドアナログを使用することができる。また、修飾ヌクレオチドとしては、リン酸基に結合する酸素原子が硫黄原子に置換された(α−S)ヌクレオチドや標識化合物が付加されたヌクレオチドなどが例示される。さらに、本発明のキメラオリゴヌクレオチドはペプチド核酸[PNA、Peptide Nucleic Acid、ネイチャー(Nature)、第365巻、第566〜568頁(1993年)]を含有するものであってもよい。
本発明に使用するキメラオリゴヌクレオチドは、目的とする二本鎖核酸と複合体を形成し得るものであれば特に限定はない。リボヌクレオチドが含有される位置にも特に限定はないが、例えば該プライマーの3’末端又は3’末端側にリボヌクレオチドが配置されたものを使用することができる。また、その数にも特に限定はなく、例えば、構成塩基の1/2以下がリボヌクレオチドであるキメラオリゴヌクレオチドが例示される。
本明細書において3’末端側とは、核酸、例えばオリゴヌクレオチドにおいてその中央より3’末端にかけての部分を指す。同様に5’末端側とは、核酸においてその中央より5’末端にかけての部分を指す。
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドは、該キメラオリゴヌクレオチドと複合体を形成する二本鎖核酸の塩基配列の一部に実質的に相補的な塩基配列を有するものである。なお、ここで「実質的に相補的な塩基配列」とは、核酸が二本鎖形態を取りうる条件、例えば、本発明が実施される条件において前記二本鎖核酸の一方の鎖にアニーリング可能な塩基配列を意味する。
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドとしては、特に限定するものではないが、例えば、12ヌクレオチドから100ヌクレオチドの長さのキメラオリゴヌクレオチド、さらに好ましくは、15ヌクレオチドから40ヌクレオチドの長さのキメラオリゴヌクレオチドが挙げられる
ヌクレオチドアナログのキメラオリゴヌクレオチドへの導入は、キメラオリゴヌクレオチド自身の高次構造形成を抑制する観点からも有効である。また、LNAのような強い塩基対結合を形成しうるヌクレオチドアナログの導入は、より高い効率での複合体の形成に有用である。
これらのキメラオリゴヌクレオチドは、任意の核酸配列を持つように、例えばアプライド バイオシステムズ社(ABI社、Applied Biosystems Inc.)のDNAシンセサイザー394型を用いて、ホスホアミダイト法により合成できる。また、別法としてリン酸トリエステル法、H−ホスホネート法、チオホスホネート法等があるが、いかなる方法で合成されたものであっても良い。
(2)本発明の複合体の形成方法
本発明は、上記(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドと、該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸とから構成される複合体の形成方法を提供する。
本発明の方法に使用される二本鎖核酸には特に限定はなく、直鎖状、環状のものに適用することができ、例えば、プラスミドDNA、ゲノムDNA、これらの断片、PCR法などによって増幅されたDNA断片等に複製開始点を創成することができる。また、天然の核酸、人為的に作製された核酸のいずれであっても本発明の方法を適用できる。
本発明においては、二本鎖核酸を一本鎖に変性する処理を行うことなく、(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドと二本鎖核酸とを適切な条件において混合するのみで、インビトロで複合体を形成させることが可能である。その条件には特に限定はないが、通常、使用される二本鎖核酸が一本鎖に変性しない条件が使用される。例えば、0〜70℃の温度範囲、pH6.0〜9.5、好ましくはpH7.0〜9.2の条件で複合体が形成されうる。
複合体の形成を行う反応液は、適切なpHを保つための緩衝成分、イオン強度を調整するための中性塩やその他の成分を含むことができる。また、形成された複合体に作用させるための酵素類や該酵素の活性の発現に必要な各種成分を含有していてもよい。さらにジメチルスルホキシド(DMSO)、グリセロール、ポリエチレングリコール、および/またはホルムアミド等の添加により、キメラオリゴヌクレオチドの非特異的なアニーリングの軽減が期待される。
使用するキメラオリゴヌクレオチドの量には特に限定はないが、例えば、反応液量50μl当たり1pmol〜1000pmolの範囲で使用することができ、特に10pmol〜150pmolの範囲が好ましい。
本発明の方法により形成された複合体を使用し、キメラオリゴヌクレオチドの3’末端からDNA合成を行うことによって、二本鎖核酸の一方の鎖に相補的な配列を有するDNA鎖を合成することができる。この場合には、DNAポリメラーゼ、基質となるデオキシヌクレオチド3リン酸、マグネシウム塩等を含む反応液中で前記複合体を形成させ、同時にDNA合成を実施することが可能である。
本発明を特に限定するものではないが、本発明の複合体の形成方法はリボヌクレアーゼH(RNaseH)の共存下に実施することができる。本発明には常温性から耐熱性のリボヌクレアーゼHのいずれもが好適に使用できる。例えば、大腸菌(E.coli)由来のRNaseHの他、例えば市販のHybridaseTM Thermostable RNaseH(エピセンターテクノロジーズ社製)や、好熱性バチルス(Bacillus)属細菌、サーマス(Thermas)属細菌、ピロコッカス(Pyrococcus)属細菌、サーモトガ(Thermotoga)属細菌等由来のRNaseHを使用することができる。さらに、該リボヌクレアーゼは、天然体および変異体のいずれもが好適に使用できる。本発明には、ピロコッカス フリオサス(Pyrococcus furiosus)由来の耐熱性RNaseHが好適に使用できる。当該RNaseHはピロコッカス フリオサス DSM3638より得ることができ、また、下記の参考例に示すように、該酵素をコードする遺伝子を利用して得ることもできる。
リボヌクレアーゼHの共存下での本発明の態様においては、使用されるリボヌクレアーゼHがその活性を有する反応液中での実施が好適である。
反応液は、使用するRNaseHの種類にもよるが、通常、適切な緩衝成分とマグネシウム塩および/またはマンガン塩を含有するものが使用される。マグネシウム塩/マンガン塩としては、特に限定はないが、例えば、塩化マグネシウム、酢酸マグネシウム、硫酸マグネシウム、塩化マンガン、酢酸マンガンあるいは硫酸マンガンが好適に使用でき、その濃度は、最終濃度で1mM〜20mM、特に好ましくは2mM〜10mMの範囲である。緩衝成分としては、例えば、ビシン(Bicine)、トリシン(Tricine)、ヘペス(Hepes)、トリス(Tris)、リン酸塩(リン酸ナトリウム、リン酸カリウム等)を含有する反応液を使用することができる。また、該緩衝成分の最終濃度は特に限定するものではないが、5mM〜100mMの範囲、好ましくは10mM〜50mMの範囲であり、またpH6.0〜9.5、特に好ましくはpH7.0〜9.2の範囲のものが使用される。
なお、本発明は複合体の形成のみに限定されるものではなく、変性操作を伴わずに前記複合体を形成させる工程を包含する種々の操作を包含する。
本発明の複合体の形成方法を利用することにより、後述する核酸の検出を行うことができる。また、特定の機能を有する核酸上の領域、例えばプロモーター領域において複合体を形成させることにより、当該機能を抑制、もしくは阻害することが可能である。
(3)本発明の核酸の検出方法
本発明は、上記の複合体の形成方法に基づいて標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸を検出する方法を提供する。
上記(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドは、該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸と複合体を形成する。したがって、前記複合体の形成を調べることにより、当該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸を検出することができる。
上記の態様においては、標識されたキメラオリゴヌクレオチドの使用が好適である。標識の種類には限定はなく、例えば放射性同位体(32P等)、色素、蛍光物質、発光物質、種々のリガンド(ビオチン、ジゴキシゲニン等)、酵素等が使用できる。標識されたキメラオリゴヌクレオチドは当該標識に応じた検出方法でその存在を確認することができる。直接検出できないリガンドの場合には、検出可能な標識を付されたリガンド結合性の物質と組み合わせればよい。例えば、リガンド標識したキメラオリゴヌクレオチドと酵素標識した抗リガンド抗体とを組み合せ、シグナルを増幅することによって標的核酸を高感度に検出することが可能である。
さらに、本発明の標的核酸の検出方法は、前記(2)に記載されたようなリボヌクレアーゼHの存在下に実施することもできる。
(4)本発明の複製開始点の創成方法
本発明の複製開始点の創成方法は、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、その3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能であり、さらに前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、二本鎖核酸にオリゴヌクレオチドをアニーリングさせる工程;
を包含することを特徴とする。
本発明の複製開始点の創成方法に使用される二本鎖核酸には特に限定はなく、上記(2)に記載されたもののいずれもが使用できる。また、反応条件も、上記(2)の本発明の複合体の形成方法に用いられるものが使用できる。
上記(1)の3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能なキメラオリゴヌクレオチドは、二本鎖核酸との間で複合体を形成した場合にはDNAポリメラーゼによるDNA合成のプライマーとなることができる。DNAポリメラーゼは当該キメラオリゴヌクレオチドの3’末端から二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNAを合成しすることにより、DNAを複製する。すなわち、前記複合体は二本鎖核酸の複製起点として機能する。
本発明によれば、キメラオリゴヌクレオチドの塩基配列に応じて、二本鎖核酸上の任意の部位に複製開始点を創成することができる。また、創成される複製開始点は1ヶ所に限定されるものではなく、複数種のキメラオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、複数の複製開始点を同時に創成することもできる。
さらに、本発明の複製開始点の創成方法は、前記(2)に記載されたようなリボヌクレアーゼHの存在下に実施することもできる。
(5)本発明の核酸の複製方法
本発明の核酸複製方法は、上記(4)に記載された方法によって二本鎖核酸上に創成された複製開始点に含有されるキメラオリゴヌクレオチドの3’末端より、DNAポリメラーゼの作用によって二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA鎖が合成されることにより行われる。
上記のDNA合成は、キメラオリゴヌクレオチドをプライマーとして開始され、二本鎖核酸のうちの該キメラオリゴヌクレオチドと実質的に相補的な塩基配列を有する鎖を鋳型として進行する。
本発明の核酸の複製方法に使用されるDNAポリメラーゼには特に限定はなく、DNA鎖を鋳型として新たなDNA鎖を合成する活性を有していればよい。例えば、ポルI(Pol I)型DNAポリメラーゼ(大腸菌DNAポリメラーゼI、クレノウ断片、Taq DNAポリメラーゼなど)、α型DNAポリメラーゼ[ピロコッカス フリオサス由来DNAポリメラーゼ(ストラタジーン社製)、VENT DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラブス社製)、KOD DNAポリメラーゼ(東洋紡社製)、DEEP VENT DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラブス社製)]、及び非α非ポルI型DNAポリメラーゼ(国際公開第97/24444号パンフレット記載のDNAポリメラーゼ)等が本発明に使用できる。さらに、複数のDNAポリメラーゼを混合して使用してもよい。なお、直鎖状の二本鎖核酸の複製にあたっては、5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を欠失したDNAポリメラーゼの使用が好適である。
本発明には、DNAの鎖置換(strand displacement)活性を有するDNAポリメラーゼを使用することができる。「鎖置換活性」とは、鋳型となる核酸配列に従ってDNA複製を行う際、DNA鎖を置き換えながら進行し、鋳型鎖にアニーリングしている相補鎖を遊離させる、即ち鎖置換することができる活性のことをいう。また、本明細書においては、鎖置換により鋳型となる核酸配列から遊離したDNA鎖のこと「置換鎖」と称する。
本発明の一つの好ましい態様においては、本発明の核酸複製方法は高温条件下、例えば45〜70℃で実施される。この態様においては耐熱性のDNAポリメラーゼ、特に好ましくはバチルス カルドテナックス(Bacillus caldotenax)やバチルス ステアロサーモフィラス(Bacillus stearothermophilus)等の好熱性バチルス属細菌由来DNAポリメラーゼ及び該DNAポリメラーゼの5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を欠失した変異体等が使用される。これらのDNAポリメラーゼは上記の鎖置換活性を有している。
複製反応は、DNAポリメラーゼの基質となる4種のdNTP(dATP、dCTP、dGTP、dTTP)や該酵素の活性発現に必要なその他の成分を含有する反応液中で、使用される酵素に適した反応条件において実施することができる。反応液中の各成分の組成、濃度、反応液のpH、反応温度、時間等を使用する酵素や複製しようとする核酸に応じて適切なものに調整できることは言うまでもない。
また複製反応の工程は、上記の複製開始点の創成工程に続いて行うことができる他、これらの両工程を同時に実施することも可能である。この場合には、使用されるDNAポリメラーゼやその他の酵素が十分な活性を示すように酵素を選択し、また、反応条件を設定すればよい。
上記の複製反応の工程を、鎖置換活性を有するDNAポリメラーゼとリボヌクレアーゼHを組み合わせた核酸増幅方法を用いることにより、連続して実施することができる。該方法は国際公開第00/56877号パンフレットに記載されており、上記のような鎖置換活性を有するDNAポリメラーゼ、リボヌクレアーゼHを使用して実施することができる。また、この場合にはキメラオリゴヌクレオチドは当該方法に適した形態で作製されることが好ましい。
さらに、向かい合った2つの複製起点より同時に核酸の複製を実施することにより、両複製起点にはさまれた領域の核酸断片を増幅することが可能となる。このような態様も本発明に包含される。
実施例
以下に実施例を示し、本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
参考例
ピロコッカス フリオサスのRNaseHII遺伝子のクローニング
(1)ピロコッカス フリオサス ゲノムDNAの調製
トリプトン(ディフコラボラトリーズ社製)1%、酵母エキス(ディフコラボラトリーズ社製)0.5%、可溶性でんぷん(ナカライテスク社製)1%、ジャマリンS・ソリッド(ジャマリンラボラトリー社製)3.5%、ジャマリンS・リキッド(ジャマリンラボラトリー社製)0.5%、MgSO4 0.003%、NaCl 0.001%、FeSO4・7H2O 0.0001%、CoSO4 0.0001%、CaCl2・7H2O 0.0001%、ZnSO4 0.0001%、CuSO4・5H2O 0.1ppm、KAl(SO4)2 0.1ppm、H3BO4 0.1ppm、Na2MoO4・2H2O 0.1ppm、NiCl2・6H2O 0.25ppmの組成の培地2リットルを2リットル容のメジュウムボトルにいれ、120℃、20分間殺菌した後、窒素ガスを吹き込み、溶存酸素を除去し、これにピロコッカス フリオサス(Pyrococcus furiosus、ドイッチェ ザムルンク フォン ミクロオルガニスメンより購入:DSM3638)を接種して、95℃、16時間静置培養した後、遠心分離によって菌体を得た。
次に、得られた菌体を4mlの25%ショ糖、50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)に懸濁し、0.4mlの10mg/ml 塩化リゾチーム(ナカライテスク社製)水溶液を加えて、20℃で1時間反応させた。反応終了後、この反応液に24mlの150mM NaCl、1mM EDTA、20mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、0.2mlの20mg/ml プロテイナーゼK(宝酒造社製)及び2mlの10%ラウリル硫酸ナトリウム水溶液を加え、37℃で1時間保温した。
反応終了後、フェノール−クロロホルム抽出、続いてエタノール沈殿を行い、約1mgのゲノムDNAを調製した。
(2)RNaseHII遺伝子のクローニング
ピロコッカス ホリコシ(Pyrococcus horikoshii)の全ゲノム配列が公開されており〔DNA リサーチ(DNA Research)、第5巻、第55−76頁(1998)〕、RNaseHIIのホモログをコードする遺伝子(PH1650)が1つ存在することが明らかになっている(配列番号1、独立行政法人 製品評価技術基盤機構 ホームページ:http://www.nite.go.jp/)。
そこで、このPH1650遺伝子(配列番号1)と一部公開されているピロコッカス フリオサスのゲノム配列(University of Utah,Utah Genome Centerホームページ:http://www.genome.utah.edu/sequence.html)でホモロジー検索をおこなった。その結果、非常にホモロジーの高い配列が見つかった。
得られた配列をもとにプライマー1650Nde(配列番号2)及び1650Bam(配列番号3)を合成した。
参考例−(1)で得たピロコッカス フリオサス ゲノムDNA 200ngを鋳型にして、20pmolの1650Nde及び20pmolの1650Bamをプライマーに用い、100μlの容量でPCRを行った。PCRでのDNAポリメラーゼはタカラExタック(宝酒造社製)を添付のプロトコールに従って用い、PCRは94℃で30秒、55℃で30秒、72℃で1分を1サイクルとし、30サイクル行った。増幅した約0.7kbのDNA断片をNdeI及びBamHI(ともに宝酒造社製)で消化し、得られたDNA断片をプラスミドベクターpET3a(ノバジェン社製)のNdeI及びBamHI間に組込んだプラスミドpPFU220を作製した。
(3)RNaseHII遺伝子を含むDNA断片の塩基配列の決定
参考例−(2)で得られたpPFU220の挿入DNA断片の塩基配列をジデオキシ法によって決定した。
得られた塩基配列の結果を解析したところ、RNaseHIIをコードすると考えられるオープンリーディングフレーム(open reading frame,ORF)が見出された。このオープンリーディングフレームの塩基配列を配列表の配列番号4に示す。また、該塩基配列から推定されるRNaseHIIのアミノ酸配列を配列表の配列番号5に示す。
なお、プラスミドpPFU220で形質転換された大腸菌JM109は、Escherichia coli JM109/pPFU220と命名、表示され、平成12年9月5日(原寄託日)より日本国〒305−8566茨城県つくば市東1丁目1番地1中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに受託番号FERM BP−7654として寄託されている。
(4)精製RNaseHII標品の調製
参考例−(2)で得られたpPFU220を用いて大腸菌HMS174(DE3)(ノバジェン社製)を形質転換し、得られたpPFU220を含む大腸菌HMS174(DE3)を100μg/mlのアンピシリンを含む2リットルのLB培地に植菌し、37℃で16時間振盪培養した。培養終了後、遠心分離によって集めた菌体を66.0mlのソニケーションバッファー〔50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM EDTA、2mM フェニルメタンスルフォニルフルオライド(PMSF)〕に懸濁し、超音波破砕機にかけた。この破砕液を12000rpmで10分間の遠心分離を行い、得られた上清を60℃、15分間の熱処理にかけた。その後、再度12000rpmで10分の遠心分離を行い、上清を集め、61.5mlの熱処理上清液を得た。
この熱処理上清液をバッファーA〔50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM EDTA〕で平衡化したRESOURSE Qカラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、FPLCシステム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)を用いてクロマトグラフィーを行なった。その結果、RNaseHIIはRESOURSE Qカラムを素通りした。
素通りしたRNaseHII画分60.0mlをバッファーAで平衡化したRESOURSE Sカラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、FPLCシステムを用いて0〜500mM NaCl直線濃度勾配により溶出し、約150mM NaClのところに溶出されたRNaseHII画分を得た。
このRNaseHII画分 2.0mlをセントリコン−10(アミコン社製)を用いた限外ろ過により濃縮し、250μlの濃縮液を100mM NaCl、0.1mM EDTAを含む50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)で平衡化したSuperdex200ゲルろ過カラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、同じバッファーで溶出を行った結果、RNaseHIIは、17キロダルトンの分子量に相当する位置に溶出された。この分子量は、RNaseHIIが1量体として存在する場合に相当する。
こうして溶出されたRNaseHIIをPfuRNaseHII標品とした。
上記で得られたPfuRNaseHII標品を用いて下記の方法によりRNaseH活性を測定した。
10mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM ジチオスレイトール(DTT、ナカライテスク社製)、0.003%ウシ血清アルブミン(フラクションV、シグマ社製)、4%グリセロール、20μg/ml ポリ(dT)(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)、30μg/ml ポリ(rA)(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)を混合し、37℃で10分間保温した。これをRNaseH活性を測定するための基質液として使用した。
100μlの基質液に1μlの1M MnCl2を加えて40℃で保温し、これに上記のPfuRNaseHII標品を適当に希釈したものを加えて反応を開始した。40℃で30分間反応を行った後、10μlの0.5M EDTAを加えて反応を停止し、260nmにおける吸光度を測定した。
その結果、上記のPfuRNaseHII標品を添加した反応液では、先に10μlの0.5M EDTAを加えた後にこれを添加したものに比べて260nmにおける吸光度の値が高かった。よって、当該標品がRNaseH活性を有することが明らかになった。
実施例1
(1)10%ウシ胎児血清(ギブコ社製)含有、ダルベッコ改良イーグル培地(バイオウィタカー社製、12−604F)にRAW264.7細胞(ATCC TIB 71)を1.5×105/mlになるように懸濁し、6穴マイクロタイタープレートのウェルに5mlずつ加えて5%炭酸ガス存在下、37℃で一晩培養した。各ウェルに50μlの100μg/mlのリポポリサッカライド(LPS、シグマ社製、L−2012)水溶液および50μlの1000U/μl インターフェロン−γ水溶液(IFN−γ、ジェンザイムテクネ社製、3485)を添加して4時間培養後、RNeasy Mini Kit(キアゲン社製、74104)を用いてキットの説明書に従いRNAを調製した。
上記により調製したRNA 3μgと10mM トリス−塩酸緩衝液(pH8.3)、50mM KCl、5mM MgCl2、1mM dNTP混合物、150pmolのランダム6mersプライマー、60Uのリボヌクレアーゼ インヒビター(宝酒造社製、2310A)、15UのReverse Transcriptase XL(AMV)(宝酒造社製、2620A)を含む全液量60μlをサーマルサイクラー(GeneAmp PCR System 9600、アプライドバイオシステムズ社製)を用いて、30℃で10分間、続いて42℃で1時間保温した後、酵素を失活させるために99℃で5分間加熱してcDNAを調製した。
(2)マウス誘導型NO合成酵素(iNOS)のmRNAの塩基配列(GeneBank accession No.NM−010927)に従って、配列表の配列番号6及び7記載の塩基配列を有するプライマー、NS−PCR1、NS−PCR2を合成した。当該プライマー対を使用し、上記実施例1−(1)のcDNAを鋳型としたPCRを実施し、741bpのDNA断片を増幅した。該断片はSurec02(宝酒造社製)を使用して精製したうえ、以下の実験に使用した。
(3)マウス誘導型NO合成酵素のmRNAの塩基配列に従って、配列表の配列番号8、9に示すキメラオリゴヌクレオチドプライマーNS5、NS6をそれぞれ作成した。
上記実施例1−(2)で得られたPCR増幅DNA断片の10fg〜100pg/μl溶液 1μlあるいは水(陰性対照)1μl、各50pmolのNS5およびNS6プライマー、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseHII、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全液量50μlの反応液をサーマルサイクラーで60℃、1時間保温した。
反応終了後、この反応液5μlを3.0%アガロースゲル電気泳動により分析した。その電気泳動写真を図1に示す。
図1は、上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)の場合、レーン3は鋳型10fgの場合、レーン4は鋳型100fgの場合、レーン5は鋳型1pgの場合、レーン6は鋳型10pgの場合、レーン7は鋳型100pgの場合である。
図1に示したように、上記の反応により、1pg以上の鋳型を使用した場合には鋳型のキメラオリゴヌクレオチドプライマー間の領域に相当するDNA断片が増幅されていることが示された。このことは、鋳型DNAの変性を行っていないにもかかわらずキメラオリゴヌクレオチドプライマーが鋳型DNAにアニーリングした複製開始点が形成されており、DNAポリメラーゼが当該複製開始点からのDNA合成を行うことによって複製開始点間のDNA断片が増幅されることを示している。
実施例2
(1)プラスミドpDON−AI DNA(宝酒造社製)のパッケージング領域の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAにしたキメラオリゴヌクレオチドプライマーpDON−AI−1、pDON−AI−2を合成した。これらのプライマーの塩基配列をそれぞれ配列表の配列番号10、11に示す。
(2)10fg〜1ng/μlのpDON−AI DNA(環状)溶液1μlあるいは水(陰性対照)1μl、前記各50pmolのプライマーpDON−AI−1、pDON−AI−2、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01% ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseH、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼを含む全液量50μlの反応液をサーマルサイクラーで60℃、1時間保温した。
この反応液5μlを3.0%アガロースゲル電気泳動により分析した。その結果を図2に示す。
図2は、上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)、レーン3は鋳型10fg、レーン4は鋳型100fg、レーン5は鋳型1pg、レーン6は鋳型10pg、レーン7は鋳型100pg、レーン8は鋳型1ngの場合である。
図2に示すように、10fg以上の鋳型量では使用したキメラオリゴヌクレオチド間の領域に相当するDNA断片が増幅されていた。すなわち、RNaseHとキメラオリゴヌクレオチドプライマーとによって環状DNA分子上にも複製開始点が創成されることが明らかとなった。
実施例3
(1)黄色ブドウ球菌エンテロトキシンA遺伝子領域の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAにしたキメラオリゴヌクレオチドプライマーSEA−1、SEA−2をそれぞれ合成した。プライマーSEA−1はセンス方向のプライマーであり、SEA−2はアンチセンス方向のプライマーである。配列表の配列番号12、13に、それぞれプライマーSEA−1、SEA−2の塩基配列を示す。
(2)0.115ngまたは1.15ngの黄色ブドウ球菌(ATCC13565)ゲノムDNAを含有する溶液1μlあるいは陰性対照の水1μlと、前記のプライマーSEA−1、SEA−2各50pmol、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseH、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全液量50μlの反応液を調製し、サーマルサイクラーで58℃、1時間保温した。
この反応液5μlを3%アガロースゲル電気泳動により分析した。その結果を図3に示す。
図3は上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)、レーン3は鋳型0.115ng、レーン4は鋳型1.15ngの場合である。上記の反応によって、1.15ngの鋳型DNAを使用した場合には特異的な増幅産物が生成していることが確認された。すなわち、本発明の方法によってゲノムDNA上に複製起点を創成することが可能であることが明らかとなった。
実施例4
(1)パッケージング細胞GP+E−86(ATCC CRL−9642)にプラスミドpDON−AIをリン酸カルシウム法にて導入し、この導入細胞の培養上清からエコトロピックレトロウイルスを調製した。NIH/3T3細胞(ATCC CRL−1658)に上記レトロウイルスを感染させ、G418を含む培地で14日間培養することにより形質転換細胞を調製した。このレトロウイルス感染細胞4×104個より常法によりゲノムDNAを調製し、27μgのゲノムDNAを得た。
(2)プライマーの作成
プラスミドpDON−AIのパッケージング領域の塩基配列に従って、3’末端の3塩基をRNAとした2種のキメラオリゴヌクレオチドプライマー、pDON−AI−68−1(センス方向のプライマー)、pDON−AI−68−2(アンチセンス方向のプライマー)をそれぞれ合成した。pDON−AI−68−1、pDON−AI−68−2の塩基配列を、配列表の配列番号14、15にそれぞれ示す。
(3)鋳型の変性を伴わないDNA断片の増幅
それぞれ10fg、1pgのpDON−AIを含む1μlの溶液、pDON−AIを組み込まれたNIH/3T3細胞由来のゲノムDNAそれぞれ1ng、10ng、100ngを含む1μlの溶液、ならびに陰性対照である1μlの水に、上記実施例4−(2)のプライマー各50pmol、0.5mMのdNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、18.5Uの参考例に記載のPfuRNaseHII、4UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全量50μlの反応液を調製した。この反応液をサーマルサイクラーにセットし、64℃で1時間保温した。
反応終了後、反応液5μlを3%アガロースゲル電気泳動に供し、増幅産物を確認した。この結果を図4に示す。
図4は上記反応産物の電気泳動写真であり、レーンMは100bp DNAラダーマーカー、レーン1は陰性対照(水)、レーン2、3はそれぞれ鋳型として10fg、1pgのpDON−AIを使用したもの、レーン4、5、6はそれぞれ鋳型としてpDON−AIを組み込まれたNIH/3T3細胞由来のゲノムDNA1ng、10ng、100ngを使用したものである。
図4に示されるように、pDON−AI、pDON−AIを組み込まれたゲノムDNAのどちらにおいても特異的なDNA断片の増幅が確認された。すなわち、鋳型としてゲノムDNAを用いる場合も、反応に先立って鋳型DNAを変性することなく目的のDNA断片を増幅することが可能であることが明らかとなった。
実施例5
(1)キメラオリゴヌクレオチド、プライマーの合成
ヒトc−Ki−ras遺伝子の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAとし、5’末端をX−ローダミンイソチオシアネート(XRITC)標識したキメラオリゴヌクレオチド k−ras−Xをデザインし、合成した。配列表の配列番号16にk−ras−Xの塩基配列を示す。
また、鋳型とするPCR断片を調製するためのPCR用プライマー対として、プライマー ras−F(センス方向)、ras−R(アンチセンス方向)を合成した。配列表の配列番号17、18にそれぞれras−F、ras−Rの塩基配列を示す。
(2)キメラオリゴヌクレオチドと鋳型の反応
ヒトゲノムDNA 1μlを鋳型とし、プライマーras−F、ras−Rを用いたPCRを行い、鋳型として使用する、k−ras−Xに相補的な配列を有するDNA断片を合成した。このDNA断片270ngと25pmolの前記k−ras−Xを含む下記組成の反応液を調製した:0.5mMのdNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、全量50μl。この反応液をサーマルサイクラーで52℃、5分間保温した。なお、陰性対照としてk−ras−Xに相補的な配列を含まない200bpのPCR増幅断片を添加した反応液を調製し、同様に保温した。
上記の反応液20μlをとり、5%非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動に供した。泳動後のゲルをFMBIO−II Multi−View(宝酒造社製)により解析し、k−ras−Xの泳動位置を確認した。その結果、相補的な塩基配列を有するDNA断片とともに保温した場合にはk−ras−X由来の蛍光が当該DNA断片のサイズに対応する泳動位置に観察され、このキメラオリゴヌクレオチドがDNA断片と複合体を形成していることが確認された。一方、陰性対照では上記のようなプライマーとDNA断片の結合は認められなかった。すなわち、DNA断片に相補的な塩基配列を有するキメラオリゴヌクレオチドは、DNA断片を変性することなく、酵素非依存的、かつDNA断片の塩基配列に特異的に結合することが明らかとなった。
産業上の利用の可能性
本発明により、人為的に核酸分子上に複製開始点を創成し、さらに、該複製開始点を利用して核酸分子を複製する方法が提供される。
本発明の方法によれば、核酸分子をベクターに挿入することなく、また生体外で簡便に複製させることが可能である。また、複製の開始点も任意に設定することができるため、核酸上の必要な部位のみを特定して複製させたり、あるいは複数の開始点から同時に複製反応を実施することも可能である。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
図1:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図2:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図3:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図4:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
本発明は、遺伝子工学分野において有用な二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法、核酸の複製開始点の創成方法、ならびに核酸の複製方法に関する。
背景技術
分子生物学分野の研究の進展は種々の研究手法をもたらした。特に核酸のハイブリダイゼーション技術は、目的の核酸の検出、定量を可能にする極めて有用な手法であり、分子生物学分野にとどまらないさまざまな分野で、また、各々の目的に応じた形で利用されている。
ハイブリダイゼーションは、基本的には互いに相補的な一本鎖核酸同士が塩基対を形成する反応である。したがって、二本鎖核酸と一本鎖核酸、もしくは二本鎖核酸同士のハイブリダイゼーションにおいては、まず二本鎖核酸を2つの一本鎖に分離(変性)する必要がある。変性の方法としては加熱やアルカリ処理が使用されるが、これらの処理はタンパク質などの存在下、その活性を失わずに実施することはできない。
また、二本鎖核酸を使用するハイブリダイゼーションでは、その過程である頻度でもとどおりの二本鎖核酸が形成されることは避けられない。
変性しない二本鎖核酸と一本鎖核酸との間で三本鎖核酸(triple helix)を形成させることが可能であることが知られている[ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nucleic Acids Research)、第16巻、11431〜11440頁(1988)]。しかしながら、このような三本鎖形成は特定の配列、すなわち高プリン含量の配列と高ピリミジン含量の配列から形成された二本鎖核酸領域に限って適用可能な方法である。
相同組換えに関与するRecAタンパク質の存在下、非変性条件下で二本鎖核酸と一本鎖核酸との複合体が形成されることが知られている。しかしながらこの現象はRecAタンパク質の有する活性に基づくものであり、非酵素的に同様の複合体を形成させる技術は知られていない。
一方、遺伝子工学分野の研究においては、単離された核酸分子を維持、もしくは増幅させる技術が不可欠である。通常、上記の目的は単離された核酸を適当なベクターに挿入して組換えDNA分子とすることによって達成される。このような組換えDNA分子は単離された状態、あるいは適切な宿主に保持された状態で安定に維持することができる。また、必要に応じてこの組換えDNA分子を保持する宿主を培養し、その細胞数を増加させることで分子数を増加させることができる。
上記のベクターは、プラスミド、ファージ、ウイルス等に由来するものが数多く知られており、また、使用の目的に応じてさまざまな機能が人為的に付与されたものが開発され、市販されている。
しかし、ベクターを使用する遺伝子の維持、増幅には宿主の利用が不可欠である。このため、例えば目的とする核酸分子が宿主に対して有害であるような場合、例えば宿主に致死的な産物をコードする遺伝子を含有しているような場合には目的の核酸分子をベクターに組み込ませた組換えDNA分子を作成することが困難である。
組換えDNA分子を宿主細胞の外、すなわちインビトロ(in vitro)で複製することにより、宿主を介することなく目的の核酸分子を増幅することが考えられる。しかしながら、公知のベクターはすべて一定の複製開始点より固有のメカニズムによって複製されており、汎用性のある、人工的な核酸分子の複製手段は知られていない。
発明の目的
本発明の目的は、変性処理を伴うことなく二本鎖核酸と一本鎖核酸からなる複合体を形成する方法、ならびに宿主生物を使用することなく、汎用性があり、かつ簡便な核酸分子の複製方法を提供することにある。
発明の概要
本発明者らは鋭意研究の結果、リボヌクレオチドを含有するキメラオリゴヌクレオチドが変性処理されていない二本鎖核酸にアニーリングし、インビトロで複合体を形成すること、このような複合体が当該核酸の複製開始点として機能することを見い出した。さらにこの複製開始点より当該核酸が複製され得ることを明らかにし、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明の第1の発明は、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする。
第1の発明において使用される二本鎖核酸としては直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAが例示される。
また、オリゴヌクレオチドは上記二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成のプライマーとして機能し得るもの、および/または標識されたものであってもよい。
本発明の第2の発明は、標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸を検出する方法であって、
(a)第1の発明の方法により二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体を形成させる工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、標的とする塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記複合体を形成するオリゴヌクレオチドを検出する工程;
を包含することを特徴とする。
本発明の第3の発明は、二本鎖核酸の複製開始点の創成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、その3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能であり、さらに前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする。
第3の発明において使用される二本鎖核酸としては直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAが例示される。
本発明の第4の発明は、核酸の複製方法であって、DNAポリメラーゼの存在下、第3の発明の方法により創製された複製開始点より二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成を行う工程を包含することを特徴とする。
第4の発明に使用されるDNAポリメラーゼとしては鎖置換活性を有する酵素が例示される。
発明の詳細な説明
本明細書において二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体とは、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドが非共有結合的に結合した複合体を言うが、その形態に特に限定はなく、例えば、三本鎖核酸を形成したものや、二本鎖核酸の一方の鎖のみとオリゴヌクレオチドが塩基対を形成した状態のものを包含する。以下、二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体を単に「複合体」と記載することがある。
本明細書においてヌクレオチドとは、通常、デオキシリボヌクレオチドやリボヌクレオチドである。必要に応じ、ヌクレオチドのアナログや誘導体(修飾物)を含有することができる。
本明細書においてデオキシリボヌクレオチドとは、糖部分がD−2−デオキシリボースで構成されたヌクレオチドのことをいい、例えば、塩基部分にアデニン、シトシン、グアニン、チミンを有するものが挙げられる。さらに、塩基部分に7−デアザグアノシン、イノシン等の修飾塩基を有するデオキシリボヌクレオチドアナログも上記のデオキシリボヌクレオチドに包含される。
本明細書においてリボヌクレオチドとは、糖部分がD−リボースで構成されたヌクレオチドのことをいい、塩基部分にアデニン、シトシン、グアニン、ウラシルを有するものが挙げられる。さらに、当該リボヌクレオチドにはリボヌクレオチドのアナログ、修飾リボヌクレオチドが包含され、例えばα位のリン酸基の酸素原子を硫黄原子に置き換えた修飾リボヌクレオチド[(α−S)リボヌクレオチド]も含まれる。
本明細書において複製開始点とは、二本鎖核酸の複製、すなわち該核酸の塩基配列を有するDNAの合成の反応開始点として機能しうる部位をいい、特定の塩基配列によって特徴づけられる部位に限定されるものではない。
以下、本発明を詳細に説明する。
(1)本発明に使用するキメラオリゴヌクレオチド
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドは、少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有するキメラオリゴヌクレオチドである。該キメラオリゴヌクレオチドは、修飾リボヌクレオチド、修飾デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドのアナログ、デオキシリボヌクレオチドのアナログから選択される1以上を含有するオリゴヌクレオチドも含まれる。
本発明に使用されるヌクレオチドのアナログとしては、例えば塩基部分にイノシン、7−デアザグアニン等の塩基を有するヌクレオチドアナログ、LNA[Locked Nucleic Acid、プロシーディングズ オブ ザ ナショナル アカデミー オブ サイエンシーズ オブ ザ USA(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)、第97巻、第5633〜5638頁(2000年)、国際公開第99/14226号パンフレット]のようなリボースの誘導体を有するヌクレオチドアナログを使用することができる。また、修飾ヌクレオチドとしては、リン酸基に結合する酸素原子が硫黄原子に置換された(α−S)ヌクレオチドや標識化合物が付加されたヌクレオチドなどが例示される。さらに、本発明のキメラオリゴヌクレオチドはペプチド核酸[PNA、Peptide Nucleic Acid、ネイチャー(Nature)、第365巻、第566〜568頁(1993年)]を含有するものであってもよい。
本発明に使用するキメラオリゴヌクレオチドは、目的とする二本鎖核酸と複合体を形成し得るものであれば特に限定はない。リボヌクレオチドが含有される位置にも特に限定はないが、例えば該プライマーの3’末端又は3’末端側にリボヌクレオチドが配置されたものを使用することができる。また、その数にも特に限定はなく、例えば、構成塩基の1/2以下がリボヌクレオチドであるキメラオリゴヌクレオチドが例示される。
本明細書において3’末端側とは、核酸、例えばオリゴヌクレオチドにおいてその中央より3’末端にかけての部分を指す。同様に5’末端側とは、核酸においてその中央より5’末端にかけての部分を指す。
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドは、該キメラオリゴヌクレオチドと複合体を形成する二本鎖核酸の塩基配列の一部に実質的に相補的な塩基配列を有するものである。なお、ここで「実質的に相補的な塩基配列」とは、核酸が二本鎖形態を取りうる条件、例えば、本発明が実施される条件において前記二本鎖核酸の一方の鎖にアニーリング可能な塩基配列を意味する。
本発明の方法において使用されるキメラオリゴヌクレオチドとしては、特に限定するものではないが、例えば、12ヌクレオチドから100ヌクレオチドの長さのキメラオリゴヌクレオチド、さらに好ましくは、15ヌクレオチドから40ヌクレオチドの長さのキメラオリゴヌクレオチドが挙げられる
ヌクレオチドアナログのキメラオリゴヌクレオチドへの導入は、キメラオリゴヌクレオチド自身の高次構造形成を抑制する観点からも有効である。また、LNAのような強い塩基対結合を形成しうるヌクレオチドアナログの導入は、より高い効率での複合体の形成に有用である。
これらのキメラオリゴヌクレオチドは、任意の核酸配列を持つように、例えばアプライド バイオシステムズ社(ABI社、Applied Biosystems Inc.)のDNAシンセサイザー394型を用いて、ホスホアミダイト法により合成できる。また、別法としてリン酸トリエステル法、H−ホスホネート法、チオホスホネート法等があるが、いかなる方法で合成されたものであっても良い。
(2)本発明の複合体の形成方法
本発明は、上記(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドと、該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸とから構成される複合体の形成方法を提供する。
本発明の方法に使用される二本鎖核酸には特に限定はなく、直鎖状、環状のものに適用することができ、例えば、プラスミドDNA、ゲノムDNA、これらの断片、PCR法などによって増幅されたDNA断片等に複製開始点を創成することができる。また、天然の核酸、人為的に作製された核酸のいずれであっても本発明の方法を適用できる。
本発明においては、二本鎖核酸を一本鎖に変性する処理を行うことなく、(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドと二本鎖核酸とを適切な条件において混合するのみで、インビトロで複合体を形成させることが可能である。その条件には特に限定はないが、通常、使用される二本鎖核酸が一本鎖に変性しない条件が使用される。例えば、0〜70℃の温度範囲、pH6.0〜9.5、好ましくはpH7.0〜9.2の条件で複合体が形成されうる。
複合体の形成を行う反応液は、適切なpHを保つための緩衝成分、イオン強度を調整するための中性塩やその他の成分を含むことができる。また、形成された複合体に作用させるための酵素類や該酵素の活性の発現に必要な各種成分を含有していてもよい。さらにジメチルスルホキシド(DMSO)、グリセロール、ポリエチレングリコール、および/またはホルムアミド等の添加により、キメラオリゴヌクレオチドの非特異的なアニーリングの軽減が期待される。
使用するキメラオリゴヌクレオチドの量には特に限定はないが、例えば、反応液量50μl当たり1pmol〜1000pmolの範囲で使用することができ、特に10pmol〜150pmolの範囲が好ましい。
本発明の方法により形成された複合体を使用し、キメラオリゴヌクレオチドの3’末端からDNA合成を行うことによって、二本鎖核酸の一方の鎖に相補的な配列を有するDNA鎖を合成することができる。この場合には、DNAポリメラーゼ、基質となるデオキシヌクレオチド3リン酸、マグネシウム塩等を含む反応液中で前記複合体を形成させ、同時にDNA合成を実施することが可能である。
本発明を特に限定するものではないが、本発明の複合体の形成方法はリボヌクレアーゼH(RNaseH)の共存下に実施することができる。本発明には常温性から耐熱性のリボヌクレアーゼHのいずれもが好適に使用できる。例えば、大腸菌(E.coli)由来のRNaseHの他、例えば市販のHybridaseTM Thermostable RNaseH(エピセンターテクノロジーズ社製)や、好熱性バチルス(Bacillus)属細菌、サーマス(Thermas)属細菌、ピロコッカス(Pyrococcus)属細菌、サーモトガ(Thermotoga)属細菌等由来のRNaseHを使用することができる。さらに、該リボヌクレアーゼは、天然体および変異体のいずれもが好適に使用できる。本発明には、ピロコッカス フリオサス(Pyrococcus furiosus)由来の耐熱性RNaseHが好適に使用できる。当該RNaseHはピロコッカス フリオサス DSM3638より得ることができ、また、下記の参考例に示すように、該酵素をコードする遺伝子を利用して得ることもできる。
リボヌクレアーゼHの共存下での本発明の態様においては、使用されるリボヌクレアーゼHがその活性を有する反応液中での実施が好適である。
反応液は、使用するRNaseHの種類にもよるが、通常、適切な緩衝成分とマグネシウム塩および/またはマンガン塩を含有するものが使用される。マグネシウム塩/マンガン塩としては、特に限定はないが、例えば、塩化マグネシウム、酢酸マグネシウム、硫酸マグネシウム、塩化マンガン、酢酸マンガンあるいは硫酸マンガンが好適に使用でき、その濃度は、最終濃度で1mM〜20mM、特に好ましくは2mM〜10mMの範囲である。緩衝成分としては、例えば、ビシン(Bicine)、トリシン(Tricine)、ヘペス(Hepes)、トリス(Tris)、リン酸塩(リン酸ナトリウム、リン酸カリウム等)を含有する反応液を使用することができる。また、該緩衝成分の最終濃度は特に限定するものではないが、5mM〜100mMの範囲、好ましくは10mM〜50mMの範囲であり、またpH6.0〜9.5、特に好ましくはpH7.0〜9.2の範囲のものが使用される。
なお、本発明は複合体の形成のみに限定されるものではなく、変性操作を伴わずに前記複合体を形成させる工程を包含する種々の操作を包含する。
本発明の複合体の形成方法を利用することにより、後述する核酸の検出を行うことができる。また、特定の機能を有する核酸上の領域、例えばプロモーター領域において複合体を形成させることにより、当該機能を抑制、もしくは阻害することが可能である。
(3)本発明の核酸の検出方法
本発明は、上記の複合体の形成方法に基づいて標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸を検出する方法を提供する。
上記(1)に記載されたキメラオリゴヌクレオチドは、該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸と複合体を形成する。したがって、前記複合体の形成を調べることにより、当該キメラオリゴヌクレオチドに実質的に相補的な塩基配列を有する二本鎖核酸を検出することができる。
上記の態様においては、標識されたキメラオリゴヌクレオチドの使用が好適である。標識の種類には限定はなく、例えば放射性同位体(32P等)、色素、蛍光物質、発光物質、種々のリガンド(ビオチン、ジゴキシゲニン等)、酵素等が使用できる。標識されたキメラオリゴヌクレオチドは当該標識に応じた検出方法でその存在を確認することができる。直接検出できないリガンドの場合には、検出可能な標識を付されたリガンド結合性の物質と組み合わせればよい。例えば、リガンド標識したキメラオリゴヌクレオチドと酵素標識した抗リガンド抗体とを組み合せ、シグナルを増幅することによって標的核酸を高感度に検出することが可能である。
さらに、本発明の標的核酸の検出方法は、前記(2)に記載されたようなリボヌクレアーゼHの存在下に実施することもできる。
(4)本発明の複製開始点の創成方法
本発明の複製開始点の創成方法は、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、その3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能であり、さらに前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、二本鎖核酸にオリゴヌクレオチドをアニーリングさせる工程;
を包含することを特徴とする。
本発明の複製開始点の創成方法に使用される二本鎖核酸には特に限定はなく、上記(2)に記載されたもののいずれもが使用できる。また、反応条件も、上記(2)の本発明の複合体の形成方法に用いられるものが使用できる。
上記(1)の3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能なキメラオリゴヌクレオチドは、二本鎖核酸との間で複合体を形成した場合にはDNAポリメラーゼによるDNA合成のプライマーとなることができる。DNAポリメラーゼは当該キメラオリゴヌクレオチドの3’末端から二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNAを合成しすることにより、DNAを複製する。すなわち、前記複合体は二本鎖核酸の複製起点として機能する。
本発明によれば、キメラオリゴヌクレオチドの塩基配列に応じて、二本鎖核酸上の任意の部位に複製開始点を創成することができる。また、創成される複製開始点は1ヶ所に限定されるものではなく、複数種のキメラオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、複数の複製開始点を同時に創成することもできる。
さらに、本発明の複製開始点の創成方法は、前記(2)に記載されたようなリボヌクレアーゼHの存在下に実施することもできる。
(5)本発明の核酸の複製方法
本発明の核酸複製方法は、上記(4)に記載された方法によって二本鎖核酸上に創成された複製開始点に含有されるキメラオリゴヌクレオチドの3’末端より、DNAポリメラーゼの作用によって二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA鎖が合成されることにより行われる。
上記のDNA合成は、キメラオリゴヌクレオチドをプライマーとして開始され、二本鎖核酸のうちの該キメラオリゴヌクレオチドと実質的に相補的な塩基配列を有する鎖を鋳型として進行する。
本発明の核酸の複製方法に使用されるDNAポリメラーゼには特に限定はなく、DNA鎖を鋳型として新たなDNA鎖を合成する活性を有していればよい。例えば、ポルI(Pol I)型DNAポリメラーゼ(大腸菌DNAポリメラーゼI、クレノウ断片、Taq DNAポリメラーゼなど)、α型DNAポリメラーゼ[ピロコッカス フリオサス由来DNAポリメラーゼ(ストラタジーン社製)、VENT DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラブス社製)、KOD DNAポリメラーゼ(東洋紡社製)、DEEP VENT DNAポリメラーゼ(ニューイングランドバイオラブス社製)]、及び非α非ポルI型DNAポリメラーゼ(国際公開第97/24444号パンフレット記載のDNAポリメラーゼ)等が本発明に使用できる。さらに、複数のDNAポリメラーゼを混合して使用してもよい。なお、直鎖状の二本鎖核酸の複製にあたっては、5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を欠失したDNAポリメラーゼの使用が好適である。
本発明には、DNAの鎖置換(strand displacement)活性を有するDNAポリメラーゼを使用することができる。「鎖置換活性」とは、鋳型となる核酸配列に従ってDNA複製を行う際、DNA鎖を置き換えながら進行し、鋳型鎖にアニーリングしている相補鎖を遊離させる、即ち鎖置換することができる活性のことをいう。また、本明細書においては、鎖置換により鋳型となる核酸配列から遊離したDNA鎖のこと「置換鎖」と称する。
本発明の一つの好ましい態様においては、本発明の核酸複製方法は高温条件下、例えば45〜70℃で実施される。この態様においては耐熱性のDNAポリメラーゼ、特に好ましくはバチルス カルドテナックス(Bacillus caldotenax)やバチルス ステアロサーモフィラス(Bacillus stearothermophilus)等の好熱性バチルス属細菌由来DNAポリメラーゼ及び該DNAポリメラーゼの5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を欠失した変異体等が使用される。これらのDNAポリメラーゼは上記の鎖置換活性を有している。
複製反応は、DNAポリメラーゼの基質となる4種のdNTP(dATP、dCTP、dGTP、dTTP)や該酵素の活性発現に必要なその他の成分を含有する反応液中で、使用される酵素に適した反応条件において実施することができる。反応液中の各成分の組成、濃度、反応液のpH、反応温度、時間等を使用する酵素や複製しようとする核酸に応じて適切なものに調整できることは言うまでもない。
また複製反応の工程は、上記の複製開始点の創成工程に続いて行うことができる他、これらの両工程を同時に実施することも可能である。この場合には、使用されるDNAポリメラーゼやその他の酵素が十分な活性を示すように酵素を選択し、また、反応条件を設定すればよい。
上記の複製反応の工程を、鎖置換活性を有するDNAポリメラーゼとリボヌクレアーゼHを組み合わせた核酸増幅方法を用いることにより、連続して実施することができる。該方法は国際公開第00/56877号パンフレットに記載されており、上記のような鎖置換活性を有するDNAポリメラーゼ、リボヌクレアーゼHを使用して実施することができる。また、この場合にはキメラオリゴヌクレオチドは当該方法に適した形態で作製されることが好ましい。
さらに、向かい合った2つの複製起点より同時に核酸の複製を実施することにより、両複製起点にはさまれた領域の核酸断片を増幅することが可能となる。このような態様も本発明に包含される。
実施例
以下に実施例を示し、本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
参考例
ピロコッカス フリオサスのRNaseHII遺伝子のクローニング
(1)ピロコッカス フリオサス ゲノムDNAの調製
トリプトン(ディフコラボラトリーズ社製)1%、酵母エキス(ディフコラボラトリーズ社製)0.5%、可溶性でんぷん(ナカライテスク社製)1%、ジャマリンS・ソリッド(ジャマリンラボラトリー社製)3.5%、ジャマリンS・リキッド(ジャマリンラボラトリー社製)0.5%、MgSO4 0.003%、NaCl 0.001%、FeSO4・7H2O 0.0001%、CoSO4 0.0001%、CaCl2・7H2O 0.0001%、ZnSO4 0.0001%、CuSO4・5H2O 0.1ppm、KAl(SO4)2 0.1ppm、H3BO4 0.1ppm、Na2MoO4・2H2O 0.1ppm、NiCl2・6H2O 0.25ppmの組成の培地2リットルを2リットル容のメジュウムボトルにいれ、120℃、20分間殺菌した後、窒素ガスを吹き込み、溶存酸素を除去し、これにピロコッカス フリオサス(Pyrococcus furiosus、ドイッチェ ザムルンク フォン ミクロオルガニスメンより購入:DSM3638)を接種して、95℃、16時間静置培養した後、遠心分離によって菌体を得た。
次に、得られた菌体を4mlの25%ショ糖、50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)に懸濁し、0.4mlの10mg/ml 塩化リゾチーム(ナカライテスク社製)水溶液を加えて、20℃で1時間反応させた。反応終了後、この反応液に24mlの150mM NaCl、1mM EDTA、20mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、0.2mlの20mg/ml プロテイナーゼK(宝酒造社製)及び2mlの10%ラウリル硫酸ナトリウム水溶液を加え、37℃で1時間保温した。
反応終了後、フェノール−クロロホルム抽出、続いてエタノール沈殿を行い、約1mgのゲノムDNAを調製した。
(2)RNaseHII遺伝子のクローニング
ピロコッカス ホリコシ(Pyrococcus horikoshii)の全ゲノム配列が公開されており〔DNA リサーチ(DNA Research)、第5巻、第55−76頁(1998)〕、RNaseHIIのホモログをコードする遺伝子(PH1650)が1つ存在することが明らかになっている(配列番号1、独立行政法人 製品評価技術基盤機構 ホームページ:http://www.nite.go.jp/)。
そこで、このPH1650遺伝子(配列番号1)と一部公開されているピロコッカス フリオサスのゲノム配列(University of Utah,Utah Genome Centerホームページ:http://www.genome.utah.edu/sequence.html)でホモロジー検索をおこなった。その結果、非常にホモロジーの高い配列が見つかった。
得られた配列をもとにプライマー1650Nde(配列番号2)及び1650Bam(配列番号3)を合成した。
参考例−(1)で得たピロコッカス フリオサス ゲノムDNA 200ngを鋳型にして、20pmolの1650Nde及び20pmolの1650Bamをプライマーに用い、100μlの容量でPCRを行った。PCRでのDNAポリメラーゼはタカラExタック(宝酒造社製)を添付のプロトコールに従って用い、PCRは94℃で30秒、55℃で30秒、72℃で1分を1サイクルとし、30サイクル行った。増幅した約0.7kbのDNA断片をNdeI及びBamHI(ともに宝酒造社製)で消化し、得られたDNA断片をプラスミドベクターpET3a(ノバジェン社製)のNdeI及びBamHI間に組込んだプラスミドpPFU220を作製した。
(3)RNaseHII遺伝子を含むDNA断片の塩基配列の決定
参考例−(2)で得られたpPFU220の挿入DNA断片の塩基配列をジデオキシ法によって決定した。
得られた塩基配列の結果を解析したところ、RNaseHIIをコードすると考えられるオープンリーディングフレーム(open reading frame,ORF)が見出された。このオープンリーディングフレームの塩基配列を配列表の配列番号4に示す。また、該塩基配列から推定されるRNaseHIIのアミノ酸配列を配列表の配列番号5に示す。
なお、プラスミドpPFU220で形質転換された大腸菌JM109は、Escherichia coli JM109/pPFU220と命名、表示され、平成12年9月5日(原寄託日)より日本国〒305−8566茨城県つくば市東1丁目1番地1中央第6、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに受託番号FERM BP−7654として寄託されている。
(4)精製RNaseHII標品の調製
参考例−(2)で得られたpPFU220を用いて大腸菌HMS174(DE3)(ノバジェン社製)を形質転換し、得られたpPFU220を含む大腸菌HMS174(DE3)を100μg/mlのアンピシリンを含む2リットルのLB培地に植菌し、37℃で16時間振盪培養した。培養終了後、遠心分離によって集めた菌体を66.0mlのソニケーションバッファー〔50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM EDTA、2mM フェニルメタンスルフォニルフルオライド(PMSF)〕に懸濁し、超音波破砕機にかけた。この破砕液を12000rpmで10分間の遠心分離を行い、得られた上清を60℃、15分間の熱処理にかけた。その後、再度12000rpmで10分の遠心分離を行い、上清を集め、61.5mlの熱処理上清液を得た。
この熱処理上清液をバッファーA〔50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM EDTA〕で平衡化したRESOURSE Qカラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、FPLCシステム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)を用いてクロマトグラフィーを行なった。その結果、RNaseHIIはRESOURSE Qカラムを素通りした。
素通りしたRNaseHII画分60.0mlをバッファーAで平衡化したRESOURSE Sカラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、FPLCシステムを用いて0〜500mM NaCl直線濃度勾配により溶出し、約150mM NaClのところに溶出されたRNaseHII画分を得た。
このRNaseHII画分 2.0mlをセントリコン−10(アミコン社製)を用いた限外ろ過により濃縮し、250μlの濃縮液を100mM NaCl、0.1mM EDTAを含む50mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)で平衡化したSuperdex200ゲルろ過カラム(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)に供し、同じバッファーで溶出を行った結果、RNaseHIIは、17キロダルトンの分子量に相当する位置に溶出された。この分子量は、RNaseHIIが1量体として存在する場合に相当する。
こうして溶出されたRNaseHIIをPfuRNaseHII標品とした。
上記で得られたPfuRNaseHII標品を用いて下記の方法によりRNaseH活性を測定した。
10mM トリス−HCl緩衝液(pH8.0)、1mM ジチオスレイトール(DTT、ナカライテスク社製)、0.003%ウシ血清アルブミン(フラクションV、シグマ社製)、4%グリセロール、20μg/ml ポリ(dT)(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)、30μg/ml ポリ(rA)(アマシャム ファルマシア バイオテク社製)を混合し、37℃で10分間保温した。これをRNaseH活性を測定するための基質液として使用した。
100μlの基質液に1μlの1M MnCl2を加えて40℃で保温し、これに上記のPfuRNaseHII標品を適当に希釈したものを加えて反応を開始した。40℃で30分間反応を行った後、10μlの0.5M EDTAを加えて反応を停止し、260nmにおける吸光度を測定した。
その結果、上記のPfuRNaseHII標品を添加した反応液では、先に10μlの0.5M EDTAを加えた後にこれを添加したものに比べて260nmにおける吸光度の値が高かった。よって、当該標品がRNaseH活性を有することが明らかになった。
実施例1
(1)10%ウシ胎児血清(ギブコ社製)含有、ダルベッコ改良イーグル培地(バイオウィタカー社製、12−604F)にRAW264.7細胞(ATCC TIB 71)を1.5×105/mlになるように懸濁し、6穴マイクロタイタープレートのウェルに5mlずつ加えて5%炭酸ガス存在下、37℃で一晩培養した。各ウェルに50μlの100μg/mlのリポポリサッカライド(LPS、シグマ社製、L−2012)水溶液および50μlの1000U/μl インターフェロン−γ水溶液(IFN−γ、ジェンザイムテクネ社製、3485)を添加して4時間培養後、RNeasy Mini Kit(キアゲン社製、74104)を用いてキットの説明書に従いRNAを調製した。
上記により調製したRNA 3μgと10mM トリス−塩酸緩衝液(pH8.3)、50mM KCl、5mM MgCl2、1mM dNTP混合物、150pmolのランダム6mersプライマー、60Uのリボヌクレアーゼ インヒビター(宝酒造社製、2310A)、15UのReverse Transcriptase XL(AMV)(宝酒造社製、2620A)を含む全液量60μlをサーマルサイクラー(GeneAmp PCR System 9600、アプライドバイオシステムズ社製)を用いて、30℃で10分間、続いて42℃で1時間保温した後、酵素を失活させるために99℃で5分間加熱してcDNAを調製した。
(2)マウス誘導型NO合成酵素(iNOS)のmRNAの塩基配列(GeneBank accession No.NM−010927)に従って、配列表の配列番号6及び7記載の塩基配列を有するプライマー、NS−PCR1、NS−PCR2を合成した。当該プライマー対を使用し、上記実施例1−(1)のcDNAを鋳型としたPCRを実施し、741bpのDNA断片を増幅した。該断片はSurec02(宝酒造社製)を使用して精製したうえ、以下の実験に使用した。
(3)マウス誘導型NO合成酵素のmRNAの塩基配列に従って、配列表の配列番号8、9に示すキメラオリゴヌクレオチドプライマーNS5、NS6をそれぞれ作成した。
上記実施例1−(2)で得られたPCR増幅DNA断片の10fg〜100pg/μl溶液 1μlあるいは水(陰性対照)1μl、各50pmolのNS5およびNS6プライマー、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseHII、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全液量50μlの反応液をサーマルサイクラーで60℃、1時間保温した。
反応終了後、この反応液5μlを3.0%アガロースゲル電気泳動により分析した。その電気泳動写真を図1に示す。
図1は、上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)の場合、レーン3は鋳型10fgの場合、レーン4は鋳型100fgの場合、レーン5は鋳型1pgの場合、レーン6は鋳型10pgの場合、レーン7は鋳型100pgの場合である。
図1に示したように、上記の反応により、1pg以上の鋳型を使用した場合には鋳型のキメラオリゴヌクレオチドプライマー間の領域に相当するDNA断片が増幅されていることが示された。このことは、鋳型DNAの変性を行っていないにもかかわらずキメラオリゴヌクレオチドプライマーが鋳型DNAにアニーリングした複製開始点が形成されており、DNAポリメラーゼが当該複製開始点からのDNA合成を行うことによって複製開始点間のDNA断片が増幅されることを示している。
実施例2
(1)プラスミドpDON−AI DNA(宝酒造社製)のパッケージング領域の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAにしたキメラオリゴヌクレオチドプライマーpDON−AI−1、pDON−AI−2を合成した。これらのプライマーの塩基配列をそれぞれ配列表の配列番号10、11に示す。
(2)10fg〜1ng/μlのpDON−AI DNA(環状)溶液1μlあるいは水(陰性対照)1μl、前記各50pmolのプライマーpDON−AI−1、pDON−AI−2、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01% ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseH、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼを含む全液量50μlの反応液をサーマルサイクラーで60℃、1時間保温した。
この反応液5μlを3.0%アガロースゲル電気泳動により分析した。その結果を図2に示す。
図2は、上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)、レーン3は鋳型10fg、レーン4は鋳型100fg、レーン5は鋳型1pg、レーン6は鋳型10pg、レーン7は鋳型100pg、レーン8は鋳型1ngの場合である。
図2に示すように、10fg以上の鋳型量では使用したキメラオリゴヌクレオチド間の領域に相当するDNA断片が増幅されていた。すなわち、RNaseHとキメラオリゴヌクレオチドプライマーとによって環状DNA分子上にも複製開始点が創成されることが明らかとなった。
実施例3
(1)黄色ブドウ球菌エンテロトキシンA遺伝子領域の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAにしたキメラオリゴヌクレオチドプライマーSEA−1、SEA−2をそれぞれ合成した。プライマーSEA−1はセンス方向のプライマーであり、SEA−2はアンチセンス方向のプライマーである。配列表の配列番号12、13に、それぞれプライマーSEA−1、SEA−2の塩基配列を示す。
(2)0.115ngまたは1.15ngの黄色ブドウ球菌(ATCC13565)ゲノムDNAを含有する溶液1μlあるいは陰性対照の水1μlと、前記のプライマーSEA−1、SEA−2各50pmol、0.5mM dNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、0.0156μgの参考例に記載のPfuRNaseH、1UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全液量50μlの反応液を調製し、サーマルサイクラーで58℃、1時間保温した。
この反応液5μlを3%アガロースゲル電気泳動により分析した。その結果を図3に示す。
図3は上記反応産物の電気泳動写真であり、レーン1は100bp DNAラダーマーカー、レーン2は陰性対照(水)、レーン3は鋳型0.115ng、レーン4は鋳型1.15ngの場合である。上記の反応によって、1.15ngの鋳型DNAを使用した場合には特異的な増幅産物が生成していることが確認された。すなわち、本発明の方法によってゲノムDNA上に複製起点を創成することが可能であることが明らかとなった。
実施例4
(1)パッケージング細胞GP+E−86(ATCC CRL−9642)にプラスミドpDON−AIをリン酸カルシウム法にて導入し、この導入細胞の培養上清からエコトロピックレトロウイルスを調製した。NIH/3T3細胞(ATCC CRL−1658)に上記レトロウイルスを感染させ、G418を含む培地で14日間培養することにより形質転換細胞を調製した。このレトロウイルス感染細胞4×104個より常法によりゲノムDNAを調製し、27μgのゲノムDNAを得た。
(2)プライマーの作成
プラスミドpDON−AIのパッケージング領域の塩基配列に従って、3’末端の3塩基をRNAとした2種のキメラオリゴヌクレオチドプライマー、pDON−AI−68−1(センス方向のプライマー)、pDON−AI−68−2(アンチセンス方向のプライマー)をそれぞれ合成した。pDON−AI−68−1、pDON−AI−68−2の塩基配列を、配列表の配列番号14、15にそれぞれ示す。
(3)鋳型の変性を伴わないDNA断片の増幅
それぞれ10fg、1pgのpDON−AIを含む1μlの溶液、pDON−AIを組み込まれたNIH/3T3細胞由来のゲノムDNAそれぞれ1ng、10ng、100ngを含む1μlの溶液、ならびに陰性対照である1μlの水に、上記実施例4−(2)のプライマー各50pmol、0.5mMのdNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、18.5Uの参考例に記載のPfuRNaseHII、4UのBcaBEST DNAポリメラーゼ(宝酒造社製)を含む全量50μlの反応液を調製した。この反応液をサーマルサイクラーにセットし、64℃で1時間保温した。
反応終了後、反応液5μlを3%アガロースゲル電気泳動に供し、増幅産物を確認した。この結果を図4に示す。
図4は上記反応産物の電気泳動写真であり、レーンMは100bp DNAラダーマーカー、レーン1は陰性対照(水)、レーン2、3はそれぞれ鋳型として10fg、1pgのpDON−AIを使用したもの、レーン4、5、6はそれぞれ鋳型としてpDON−AIを組み込まれたNIH/3T3細胞由来のゲノムDNA1ng、10ng、100ngを使用したものである。
図4に示されるように、pDON−AI、pDON−AIを組み込まれたゲノムDNAのどちらにおいても特異的なDNA断片の増幅が確認された。すなわち、鋳型としてゲノムDNAを用いる場合も、反応に先立って鋳型DNAを変性することなく目的のDNA断片を増幅することが可能であることが明らかとなった。
実施例5
(1)キメラオリゴヌクレオチド、プライマーの合成
ヒトc−Ki−ras遺伝子の塩基配列に従って、3’末端の3残基をRNAとし、5’末端をX−ローダミンイソチオシアネート(XRITC)標識したキメラオリゴヌクレオチド k−ras−Xをデザインし、合成した。配列表の配列番号16にk−ras−Xの塩基配列を示す。
また、鋳型とするPCR断片を調製するためのPCR用プライマー対として、プライマー ras−F(センス方向)、ras−R(アンチセンス方向)を合成した。配列表の配列番号17、18にそれぞれras−F、ras−Rの塩基配列を示す。
(2)キメラオリゴヌクレオチドと鋳型の反応
ヒトゲノムDNA 1μlを鋳型とし、プライマーras−F、ras−Rを用いたPCRを行い、鋳型として使用する、k−ras−Xに相補的な配列を有するDNA断片を合成した。このDNA断片270ngと25pmolの前記k−ras−Xを含む下記組成の反応液を調製した:0.5mMのdNTP混合液、32mM ヘペス−水酸化カリウム緩衝溶液(pH7.8)、100mM 酢酸カリウム、4mM 酢酸マグネシウム、0.01%ウシ血清アルブミン、1%ジメチルスルホキシド、全量50μl。この反応液をサーマルサイクラーで52℃、5分間保温した。なお、陰性対照としてk−ras−Xに相補的な配列を含まない200bpのPCR増幅断片を添加した反応液を調製し、同様に保温した。
上記の反応液20μlをとり、5%非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動に供した。泳動後のゲルをFMBIO−II Multi−View(宝酒造社製)により解析し、k−ras−Xの泳動位置を確認した。その結果、相補的な塩基配列を有するDNA断片とともに保温した場合にはk−ras−X由来の蛍光が当該DNA断片のサイズに対応する泳動位置に観察され、このキメラオリゴヌクレオチドがDNA断片と複合体を形成していることが確認された。一方、陰性対照では上記のようなプライマーとDNA断片の結合は認められなかった。すなわち、DNA断片に相補的な塩基配列を有するキメラオリゴヌクレオチドは、DNA断片を変性することなく、酵素非依存的、かつDNA断片の塩基配列に特異的に結合することが明らかとなった。
産業上の利用の可能性
本発明により、人為的に核酸分子上に複製開始点を創成し、さらに、該複製開始点を利用して核酸分子を複製する方法が提供される。
本発明の方法によれば、核酸分子をベクターに挿入することなく、また生体外で簡便に複製させることが可能である。また、複製の開始点も任意に設定することができるため、核酸上の必要な部位のみを特定して複製させたり、あるいは複数の開始点から同時に複製反応を実施することも可能である。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
図1:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図2:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図3:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
図4:本発明の方法により創成された複製開始点から増幅されたDNA断片のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
Claims (9)
- 二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体の形成方法。 - 二本鎖核酸が直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAから選択される核酸である請求項1記載の複合体の形成方法。
- オリゴヌクレオチドが二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成のプライマーとして機能し得るものである請求項1記載の複合体の形成方法。
- オリゴヌクレオチドが標識されている請求項1記載の複合体の形成方法。
- 標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸を検出する方法であって、
(a)請求項1記載の方法により二本鎖核酸とオリゴヌクレオチドからなる複合体を形成させる工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、標的とする塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記複合体を形成するオリゴヌクレオチドを検出する工程;
を包含することを特徴とする標的とする塩基配列を有する二本鎖核酸の検出方法。 - 二本鎖核酸の複製開始点の創成方法であって、
(a)二本鎖核酸および少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドを混合して反応混合物を調製する工程;ここで該オリゴヌクレオチドは少なくともデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログから選択されるものとリボヌクレオチドとを含有し、その3’末端からのDNAポリメラーゼによる伸長が可能であり、さらに前記二本鎖核酸の一方の鎖の塩基配列に実質的に相補的な配列を有するキメラオリゴヌクレオチドであり;および
(b)前記二本鎖核酸が変性しない条件下、反応混合物をインキュベートし、複合体を形成させる工程;
を包含することを特徴とする二本鎖核酸の複製開始点の創成方法。 - 二本鎖核酸が直鎖状DNA、環状DNA、ゲノムDNAから選択される核酸である請求項6記載の複製開始点の創成方法。
- DNAポリメラーゼの存在下、請求項6記載の方法により創製された複製開始点より二本鎖核酸の一方の鎖に相補的なDNA合成を行う工程を包含することを特徴とする、核酸の複製方法。
- DNAポリメラーゼが鎖置換活性を有する酵素である請求項8記載の核酸の複製方法。
Applications Claiming Priority (7)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2000284420 | 2000-09-19 | ||
JP2000284420 | 2000-09-19 | ||
JP2001139286 | 2001-05-09 | ||
JP2001139286 | 2001-05-09 | ||
JP2001177537 | 2001-06-12 | ||
JP2001177537 | 2001-06-12 | ||
PCT/JP2001/008089 WO2002024901A1 (fr) | 2000-09-19 | 2001-09-18 | Procede de formation de complexes |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2002024901A1 true JPWO2002024901A1 (ja) | 2004-04-08 |
Family
ID=27344670
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002529495A Pending JPWO2002024901A1 (ja) | 2000-09-19 | 2001-09-18 | 複合体の形成方法 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20040236094A1 (ja) |
EP (1) | EP1319710A4 (ja) |
JP (1) | JPWO2002024901A1 (ja) |
KR (1) | KR100689795B1 (ja) |
AU (2) | AU8626801A (ja) |
CA (1) | CA2422736A1 (ja) |
EA (1) | EA004630B1 (ja) |
WO (1) | WO2002024901A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2015200377A1 (en) * | 2014-06-24 | 2015-12-30 | Abbott Molecular Inc. | Detection of single nucleotide polymorphisms in human kras |
AU2018259859B2 (en) * | 2017-04-28 | 2024-02-15 | Kyowa Kirin Co., Ltd. | Oligonucleotide derivative or salt thereof |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2140081C (en) * | 1994-01-13 | 2008-04-01 | Dean L. Engelhardt | Process, construct and conjugate for producing multiple nucleic acid copies |
FR2737223B1 (fr) * | 1995-07-24 | 1997-09-12 | Bio Merieux | Procede d'amplification de sequences d'acide nucleique par deplacement, a l'aide d'amorces chimeres |
AU4312499A (en) * | 1998-05-26 | 1999-12-13 | Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The | Methods for labeling nucleic acid vectors with triplex-forming oligonucleotides and monitoring vector distribution in vivo |
ATE362532T1 (de) * | 1999-03-19 | 2007-06-15 | Takara Bio Inc | Verfahren zur amplifizierung einer nukleinsäuresequenz unter verwendung eines chimären primers |
CN1254548C (zh) * | 2000-08-23 | 2006-05-03 | 宝生物工程株式会社 | 核酸扩增方法 |
-
2001
- 2001-09-18 CA CA002422736A patent/CA2422736A1/en not_active Abandoned
- 2001-09-18 AU AU8626801A patent/AU8626801A/xx active Pending
- 2001-09-18 EA EA200300385A patent/EA004630B1/ru not_active IP Right Cessation
- 2001-09-18 JP JP2002529495A patent/JPWO2002024901A1/ja active Pending
- 2001-09-18 WO PCT/JP2001/008089 patent/WO2002024901A1/ja not_active Application Discontinuation
- 2001-09-18 AU AU2001286268A patent/AU2001286268B2/en not_active Ceased
- 2001-09-18 EP EP01965691A patent/EP1319710A4/en not_active Withdrawn
- 2001-09-18 US US10/380,829 patent/US20040236094A1/en not_active Abandoned
- 2001-09-18 KR KR1020037003766A patent/KR100689795B1/ko not_active IP Right Cessation
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EA200300385A1 (ru) | 2003-08-28 |
EA004630B1 (ru) | 2004-06-24 |
US20040236094A1 (en) | 2004-11-25 |
AU2001286268B2 (en) | 2006-04-27 |
WO2002024901A1 (fr) | 2002-03-28 |
EP1319710A4 (en) | 2005-02-09 |
KR20030034183A (ko) | 2003-05-01 |
KR100689795B1 (ko) | 2007-03-09 |
CA2422736A1 (en) | 2003-03-18 |
EP1319710A1 (en) | 2003-06-18 |
AU8626801A (en) | 2002-04-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US7056671B2 (en) | Isothermal chimeric primer nucleic acid amplification methods using blocking oglionucleotide | |
EP1539979B1 (en) | Helicase dependent amplification of nucleic acids | |
JP6690005B2 (ja) | ナノポアシーケンシングのためのポリメラーゼ−鋳型複合体 | |
Wickner et al. | Association of DNA-dependent and-independent ribonucleoside triphosphatase activities with dnaB gene product of Escherichia coli | |
CA2417798A1 (en) | Method of amplifying nucleic acid | |
JP6701450B2 (ja) | Dnaの産生方法及びdna断片連結用キット | |
JP2001511018A (ja) | 多型核酸フラグメントを分析または型分類するためのポリメラーゼおよびその使用 | |
KR100809949B1 (ko) | 염기 치환의 검출 방법 | |
JPH05505111A (ja) | Rnaレプリカーゼのdna依存性rnaポリメラーゼ活性を用いる核酸増幅 | |
JP2003535587A (ja) | 低温感受性変異体dnaポリメラーゼ | |
JP2013518598A (ja) | ランダム化配列を含むプライマー及び特異的プライマーを用いる核酸の等温増幅並びにその使用 | |
EP1876246A1 (en) | Self-complementary primers used in LAMP gene amplification method | |
CN106460040B (zh) | 在低盐条件下的等温扩增 | |
JP2003510052A (ja) | 改良されたポリヌクレオチド合成のための方法と組成物 | |
US20050118578A1 (en) | Amplified nucleic acids and immobilized products thereof | |
WO1991006679A1 (en) | An improved method for hybridizing nucleic acids using single-stranded nucleic acid binding protein | |
JP2003052380A (ja) | 核酸の増幅方法 | |
JP2002253265A (ja) | 改変された耐熱性dnaポリメラーゼ | |
JPH06133800A (ja) | 増幅方法 | |
JPWO2002024901A1 (ja) | 複合体の形成方法 | |
Biswas et al. | Properties of mitochondrial DNA polymerase in mitochondrial DNA synthesis in yeast. | |
JPH0576399A (ja) | イン ビトロで複製可能な核酸の製造方法 | |
JP2006325522A (ja) | Dnaポリメラーゼ伸長反応の不活性化制御用組成物、及び核酸の増幅方法。 | |
JP2006174722A (ja) | 核酸増幅反応における高度好熱菌由来タンパク質の活性化方法およびその利用 | |
JP2005013122A (ja) | 遺伝子増幅試薬の安定化方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20050706 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20080909 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20090203 |