JPS63154696A - 生体試料から核酸を単離し精製する方法 - Google Patents
生体試料から核酸を単離し精製する方法Info
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
(産業上の利用分野)
本発明の利用分野は、生体試料からの核酸、 DNAお
よび/またはRNAの迅速な分離、単離および精製に関
する。この方法は特に、核酸ハイブリダイゼーション技
術を用いる臨床的診断のための2体液または組織からの
核酸の迅速かつ簡便な精製に関する。
よび/またはRNAの迅速な分離、単離および精製に関
する。この方法は特に、核酸ハイブリダイゼーション技
術を用いる臨床的診断のための2体液または組織からの
核酸の迅速かつ簡便な精製に関する。
(従来の技術)
生体試料からDNAまたはI’lNΔを単離する方法が
いくつか公表されている。細菌のDNA単離の最も初期
の方法の1つは、アルキルトリメチルアンモニウムプロ
ミドとの沈澱を利用している。Jones+財肛遅工、
駐卯坤ルー税頃(1953) 10 : 607−61
2゜およびJones、 Nature (1963)
、 199 : 280−282を参照のこと。Jon
esの方法では、アルキルトリメデルアンモニウムプロ
ミドは他の成分をも沈澱させる。この塩を完全に除去し
なければならず、精製DNAを得るのにその後の一連の
抽出と沈澱が必要であり、この操作に1〜2日かかる。
いくつか公表されている。細菌のDNA単離の最も初期
の方法の1つは、アルキルトリメチルアンモニウムプロ
ミドとの沈澱を利用している。Jones+財肛遅工、
駐卯坤ルー税頃(1953) 10 : 607−61
2゜およびJones、 Nature (1963)
、 199 : 280−282を参照のこと。Jon
esの方法では、アルキルトリメデルアンモニウムプロ
ミドは他の成分をも沈澱させる。この塩を完全に除去し
なければならず、精製DNAを得るのにその後の一連の
抽出と沈澱が必要であり、この操作に1〜2日かかる。
複雑な生体試料は用いられなかった。
微生物からのDNA単離の後期の方法は、最初にMar
+++ur、 J、 Mo1. Biol、 (196
1) 3 : 20B−218に記載された。Marm
arの方法もまた苛性試薬、フェノールおよびクロロホ
ルムを用いる一連の抽出と沈澱を包含する。Marmu
rおよびJonesのどちらの方法もエタノールを沈澱
試薬として用いる。Marmarの方法はまだ当該分野
で位置をしめていると考えられているが、実施に1〜2
日間を要する。どちらの方法も有害な有機溶媒を用い、
この有機溶媒はこれらの方法を臨床的に受は入れられな
いものとしている。
+++ur、 J、 Mo1. Biol、 (196
1) 3 : 20B−218に記載された。Marm
arの方法もまた苛性試薬、フェノールおよびクロロホ
ルムを用いる一連の抽出と沈澱を包含する。Marmu
rおよびJonesのどちらの方法もエタノールを沈澱
試薬として用いる。Marmarの方法はまだ当該分野
で位置をしめていると考えられているが、実施に1〜2
日間を要する。どちらの方法も有害な有機溶媒を用い、
この有機溶媒はこれらの方法を臨床的に受は入れられな
いものとしている。
尿または血液のようないくつかの体液からの。
直接溶解およびスポツティングのような、他の直接的か
つ迅速な調製法が公知である。例えば、 G11les
ら、 BioTechni ues Nov、/De
c、 174−192(1983)およびBarker
ら、 5cience 231 : 1434−14
36(1986)を参照のこと。またル瓜υ壮免」劇A
」柱石1倶ヱ酎ユ幻づ−A Practical A
roach、 B、■anesおよびS、 )Iig
gins43、 TRL Press、 Washin
gton (1985)に記載の一般技術も参照のこと
。しかし、著者ら自身が議論しているように、この方法
は臨床的に適切なサンプル量では直接使用できず、これ
ら比較的単純なサンプルでさえ、許容されない核酸以外
の成分の干渉がある。
つ迅速な調製法が公知である。例えば、 G11les
ら、 BioTechni ues Nov、/De
c、 174−192(1983)およびBarker
ら、 5cience 231 : 1434−14
36(1986)を参照のこと。またル瓜υ壮免」劇A
」柱石1倶ヱ酎ユ幻づ−A Practical A
roach、 B、■anesおよびS、 )Iig
gins43、 TRL Press、 Washin
gton (1985)に記載の一般技術も参照のこと
。しかし、著者ら自身が議論しているように、この方法
は臨床的に適切なサンプル量では直接使用できず、これ
ら比較的単純なサンプルでさえ、許容されない核酸以外
の成分の干渉がある。
これらの抽出/沈澱精製法に加えて、いくつかの特別に
設計されたカラム充填材を用いたクロマトグラフカラム
分離法が提案されている。すなわち、 DuPont
NEN Products、 Boston+ MA+
により市販されており主として逆相吸着による機能が
あり生体試料には勧められない”NENSORB 20
”′カートリッジ、 Machery−Nagel、
Duren、 West Germanyから市販され
ているHPLC用のDEAE弱陰イオン交換体”NUC
LEOGEN” 、およびWhatman Parti
sil 5AXpieのようなHPLC用の強陰イオン
交換体を用いる方法が提案されている。しかし、これま
でに用いられたクロマトグラフカラム系は、十分な分離
を得るためには長く、高圧を要する肝LC装置を必要と
し。
設計されたカラム充填材を用いたクロマトグラフカラム
分離法が提案されている。すなわち、 DuPont
NEN Products、 Boston+ MA+
により市販されており主として逆相吸着による機能が
あり生体試料には勧められない”NENSORB 20
”′カートリッジ、 Machery−Nagel、
Duren、 West Germanyから市販され
ているHPLC用のDEAE弱陰イオン交換体”NUC
LEOGEN” 、およびWhatman Parti
sil 5AXpieのようなHPLC用の強陰イオン
交換体を用いる方法が提案されている。しかし、これま
でに用いられたクロマトグラフカラム系は、十分な分離
を得るためには長く、高圧を要する肝LC装置を必要と
し。
糞便、血液、または他の体液もしくは組織から調製され
るような核酸以外の多くの成分を含む複雑な生体試料か
らの核酸の単離は不可能であった。
るような核酸以外の多くの成分を含む複雑な生体試料か
らの核酸の単離は不可能であった。
このような試料をこれらのカラム系に添加すると。
カラムの避けることのできない劣化1分解損失および閉
塞を引き起こす。そこで、核酸の十分な単離についてこ
れらの系を実用化するためには、試料の前処理がかなり
必要であり、そして機械的背圧には精巧なポンプの作動
と供給系の使用が必要である。
塞を引き起こす。そこで、核酸の十分な単離についてこ
れらの系を実用化するためには、試料の前処理がかなり
必要であり、そして機械的背圧には精巧なポンプの作動
と供給系の使用が必要である。
DNA /RNA単離の技術の現状は、 Marmar
により記載された20年前の方法の変法が引続き利用さ
れている。この方法は多くの単調で時間のかかるステッ
プを要し、受は入れ難い有機溶媒での多数の処理を必要
とし、そして臨床研究室でのハイブリダイゼーション分
析に必要な十分に単離された核酸を提供しない。生体試
料中の夾雑物は、 DNA /RNAハイブリダイゼー
ションの固定および検出を妨害する。結論として、有用
な臨床のハイブリダイゼーション分析を提供するために
、生体試料からハイブリダイゼーション核酸を得るため
の迅速法が必要とされる。現在、このような系は存在し
ない。このような方法は以下のようであるべきである:
(1)迅速・・・時間または日ではなく分;(2)効果
的・・・ハイブリダイゼーションを検出するのに十分な
RNAまたはDNAを回収可能;(3)試料の前処理が
殆どいらないかまたは不要;(4)高価な装置またはポ
ンプは不必要;(5)有機溶媒または過激な条件を用い
ない:(g)木質的に自然界で万能・・・RNAまたは
ONへのどのような長さにも、−末鎖または二本鎖にも
用いることが可能;および(7)高い純度のDNAまた
はRNAが得られる。このように、生体材料から夾雑物
のバックグランドを除去すべきである。
により記載された20年前の方法の変法が引続き利用さ
れている。この方法は多くの単調で時間のかかるステッ
プを要し、受は入れ難い有機溶媒での多数の処理を必要
とし、そして臨床研究室でのハイブリダイゼーション分
析に必要な十分に単離された核酸を提供しない。生体試
料中の夾雑物は、 DNA /RNAハイブリダイゼー
ションの固定および検出を妨害する。結論として、有用
な臨床のハイブリダイゼーション分析を提供するために
、生体試料からハイブリダイゼーション核酸を得るため
の迅速法が必要とされる。現在、このような系は存在し
ない。このような方法は以下のようであるべきである:
(1)迅速・・・時間または日ではなく分;(2)効果
的・・・ハイブリダイゼーションを検出するのに十分な
RNAまたはDNAを回収可能;(3)試料の前処理が
殆どいらないかまたは不要;(4)高価な装置またはポ
ンプは不必要;(5)有機溶媒または過激な条件を用い
ない:(g)木質的に自然界で万能・・・RNAまたは
ONへのどのような長さにも、−末鎖または二本鎖にも
用いることが可能;および(7)高い純度のDNAまた
はRNAが得られる。このように、生体材料から夾雑物
のバックグランドを除去すべきである。
本発明は、試料の迅速な溶解と、それに続く簡便化した
陰イオン交換分離による夾雑物が多い生体試料に含まれ
る核酸の単離とを組み合わせた新規な方法を用い、これ
らの要求を満たしている。
陰イオン交換分離による夾雑物が多い生体試料に含まれ
る核酸の単離とを組み合わせた新規な方法を用い、これ
らの要求を満たしている。
試料中に存在する硫酸塩エステル化ムコ多糖類からDN
Aを分離する電気泳動により、アガロースゲルからDN
Aを回収し得る実験室操作法が知られている。この方法
は、一般にムコ多糖類が試料からDNAと共に抽出され
ることを容認しており、この特別な電気泳動法をこれら
成分の分離に用いる。
Aを分離する電気泳動により、アガロースゲルからDN
Aを回収し得る実験室操作法が知られている。この方法
は、一般にムコ多糖類が試料からDNAと共に抽出され
ることを容認しており、この特別な電気泳動法をこれら
成分の分離に用いる。
電気泳動によるDNAとムコ多糖類との分離に引続き、
DNA画分を切り出し、電気的に溶出する。ゲル内容
物をさらに精製するために、“’DEAE−Sepha
ce+ ’”に溶出物を通すことが提案されている。こ
の方法では、カラムに添加したDNAを0.3M Na
C1水溶液で洗浄し、その後0.6M NaCl水溶液
でDNAを溶出する。この溶出液をフェノールで2回、
フェノール/クロロホルムで1回、そしてクロロホルム
で1回抽出する。次いでDNAを精製された溶出液から
エタノール沈澱により回収する。Maniattsら。
DNA画分を切り出し、電気的に溶出する。ゲル内容
物をさらに精製するために、“’DEAE−Sepha
ce+ ’”に溶出物を通すことが提案されている。こ
の方法では、カラムに添加したDNAを0.3M Na
C1水溶液で洗浄し、その後0.6M NaCl水溶液
でDNAを溶出する。この溶出液をフェノールで2回、
フェノール/クロロホルムで1回、そしてクロロホルム
で1回抽出する。次いでDNAを精製された溶出液から
エタノール沈澱により回収する。Maniattsら。
”Mo1ecular Cloning” (198
2) 164−166頁を参照のこと。上述の操作は所
望のDNAからムコ多糖類を分離するが、この方法は労
力を要する方法である。この方法は電気泳動溶出、カラ
ム分離、そしてフェノール−クロロホルム抽出を包含す
る。
2) 164−166頁を参照のこと。上述の操作は所
望のDNAからムコ多糖類を分離するが、この方法は労
力を要する方法である。この方法は電気泳動溶出、カラ
ム分離、そしてフェノール−クロロホルム抽出を包含す
る。
(発明の要旨)
本発明の方法は、生体試料からのDNAまたはRNAの
迅速分離、単離および精製に適用し得る。このDNA
/RNAは二本鎖または一本鎖の形でもよい。
迅速分離、単離および精製に適用し得る。このDNA
/RNAは二本鎖または一本鎖の形でもよい。
この方法は細菌、ウィルスおよび哺乳類細胞の遺伝子D
NAまたはRNAの分析、および大便、痰、尿および血
液試料を包含するヒト体液および組織試料を用いるのに
特に有利である。
NAまたはRNAの分析、および大便、痰、尿および血
液試料を包含するヒト体液および組織試料を用いるのに
特に有利である。
このような生体試料は、酸性ムコ多糖類、および上述の
従来法ではDNA/RNAからの分離が特に困難である
夾雑した妨害分子を含有している。酸性ムコ多tiI類
は規則正しく配置された糖および負電荷を有するポリマ
ーであり、従って核酸に非常に似ている。病原微生物(
細菌またはウィルス)由来のDNA/RNAを検査する
必要のある臨床試料には、カルボキシル化および/また
は硫酸エステル化ムコ多糖類が存在し、ハイブリダイゼ
ーション分析に高いバックグランドを生ずることが知ら
れている。これらのムコ多糖類は膜への結合について望
ましくない様式でDNA/RNAと拮抗し、そのためハ
イブリダイゼーションの結果を減じる。
従来法ではDNA/RNAからの分離が特に困難である
夾雑した妨害分子を含有している。酸性ムコ多tiI類
は規則正しく配置された糖および負電荷を有するポリマ
ーであり、従って核酸に非常に似ている。病原微生物(
細菌またはウィルス)由来のDNA/RNAを検査する
必要のある臨床試料には、カルボキシル化および/また
は硫酸エステル化ムコ多糖類が存在し、ハイブリダイゼ
ーション分析に高いバックグランドを生ずることが知ら
れている。これらのムコ多糖類は膜への結合について望
ましくない様式でDNA/RNAと拮抗し、そのためハ
イブリダイゼーションの結果を減じる。
DNAまたはRNAを妨害成分9特にタンパク、生物色
素、およびヒアルロン酸、コンドロイチン、デルマタン
、ヘパリン、およびケラチンなどのムコ多糖類から効果
的に分離し得ることは9本発明の重要な特徴である。
素、およびヒアルロン酸、コンドロイチン、デルマタン
、ヘパリン、およびケラチンなどのムコ多糖類から効果
的に分離し得ることは9本発明の重要な特徴である。
病原体の臨床的同定には、 DNA/RNAを細菌/
ウィルスを含有する体液1組織、または排泄物から回収
することが望まれる。このような試料は。
ウィルスを含有する体液1組織、または排泄物から回収
することが望まれる。このような試料は。
例えば、糞便、尿、血液、痰および傷からの浸出液から
得られる。これらの試料は全て、水溶性成分でかなり汚
染されている。大便試料は、ムコ多糖類に加えて胆汁色
素や他の物質を含有しており。
得られる。これらの試料は全て、水溶性成分でかなり汚
染されている。大便試料は、ムコ多糖類に加えて胆汁色
素や他の物質を含有しており。
これらをハイブリダイゼーション分析の前にDNA/R
NAから除去しなければ、望ましくない蛍光や吸収のバ
ックグランド効果を生じ得る。本発明のさらに重要な特
徴は、このような妨害物質を分析されるべきDNA/R
NAから容易に分離し得ることである。
NAから除去しなければ、望ましくない蛍光や吸収のバ
ックグランド効果を生じ得る。本発明のさらに重要な特
徴は、このような妨害物質を分析されるべきDNA/R
NAから容易に分離し得ることである。
本発明の方法は、市販されている陰イオン交換体を利用
し得る。強陰イオン交換体または弱陰イオン交換体は、
どちらも水溶液で使用し得る。選択された溶液を吸着お
よび溶出に用いることにより、核酸(DNAまたはRN
A)を精製、濃縮、および十分に単離し得る。
し得る。強陰イオン交換体または弱陰イオン交換体は、
どちらも水溶液で使用し得る。選択された溶液を吸着お
よび溶出に用いることにより、核酸(DNAまたはRN
A)を精製、濃縮、および十分に単離し得る。
核酸を陰イオン交換のカラム充填剤へ最初に結合するの
に既知のイオン強度の溶液を用いることにより、タンパ
ク(比較的弱い結合の夾雑物)のような他の電気的に陰
性の分子を含む大部分の水溶性成分をカラムから洗い出
し得る。溶出のために、必要なイオン強度がNaC1の
ような既知の塩により調製され、 pH強度を制御する
ために緩衝液と混合される。このイオン強度は、理想的
には核酸が完全に溶出される最低限のイオン強度に相当
する。核酸と同じ条件下で吸着される夾雑物質は。
に既知のイオン強度の溶液を用いることにより、タンパ
ク(比較的弱い結合の夾雑物)のような他の電気的に陰
性の分子を含む大部分の水溶性成分をカラムから洗い出
し得る。溶出のために、必要なイオン強度がNaC1の
ような既知の塩により調製され、 pH強度を制御する
ために緩衝液と混合される。このイオン強度は、理想的
には核酸が完全に溶出される最低限のイオン強度に相当
する。核酸と同じ条件下で吸着される夾雑物質は。
これによりカラム内に停まる。つまり、より強く結合し
た夾雑物が核酸と分離される。
た夾雑物が核酸と分離される。
ある一つの好ましい実施態様では、2つのカラム(また
ばカラム区分)がDNAまたはRNAの分離に用いられ
る。異なった陰イオン交換体の2つのベッドが用いられ
る。流出方向の最初のベッドは弱陰イオン交換体であり
、2番目のベッドは強陰イオン交換体である。好ましい
弱陰イオン交換体は1級、2級、または3級アミン基(
つまりプロトン化できるアミン類)の1つであり、交換
基を提供する。強塩基性陰イオン交換体は、4級アンモ
ニウム基(つまり、プロトン化できず常に正に荷電して
いる)を交換基として有している。DNAまたはRNA
を分離するために1両方の交換体は。
ばカラム区分)がDNAまたはRNAの分離に用いられ
る。異なった陰イオン交換体の2つのベッドが用いられ
る。流出方向の最初のベッドは弱陰イオン交換体であり
、2番目のベッドは強陰イオン交換体である。好ましい
弱陰イオン交換体は1級、2級、または3級アミン基(
つまりプロトン化できるアミン類)の1つであり、交換
基を提供する。強塩基性陰イオン交換体は、4級アンモ
ニウム基(つまり、プロトン化できず常に正に荷電して
いる)を交換基として有している。DNAまたはRNA
を分離するために1両方の交換体は。
それぞれの吸着および溶出のイオン強度および/または
pHに関して選択される。溶液の強度は、結合の強度よ
りも高い。
pHに関して選択される。溶液の強度は、結合の強度よ
りも高い。
別々のカラム、または1つのカラムにベッドを積み重ね
て配置しである2ベツド系では、最初のベッドの溶出条
件が第2ベツドの効果的な結合条件でなければならない
。この条件は、全ての核酸を最初のベッドから溶出し得
る最低のイオン強度が、十分に全ての核酸を第2のベッ
ドに結合させるイオン強度および/またはpFIである
ように、関連づけられ得る。
て配置しである2ベツド系では、最初のベッドの溶出条
件が第2ベツドの効果的な結合条件でなければならない
。この条件は、全ての核酸を最初のベッドから溶出し得
る最低のイオン強度が、十分に全ての核酸を第2のベッ
ドに結合させるイオン強度および/またはpFIである
ように、関連づけられ得る。
核酸の全てが十分に溶出される最低のイオン強度に溶離
液の条件を限定することにより、ムコ多糖類のようなよ
り強く結合する夾雑成分をベッド内に残し得る。2ベツ
ド系では、第1のベッドに結合されない成分を洗い出す
のに用いられる洗浄液を、第2のベッドに流し得る。こ
のことは、第1のベッドで固定されない核酸のいずれも
が、第2のベッドに結合されることを確実にする。
液の条件を限定することにより、ムコ多糖類のようなよ
り強く結合する夾雑成分をベッド内に残し得る。2ベツ
ド系では、第1のベッドに結合されない成分を洗い出す
のに用いられる洗浄液を、第2のベッドに流し得る。こ
のことは、第1のベッドで固定されない核酸のいずれも
が、第2のベッドに結合されることを確実にする。
本発明の方法の好ましい実施態様では、核酸は。
カルボキシル化および/または硫酸エステル化ムコ多糖
類を含有する溶解した細胞またはウィルスの水溶性成分
と共に、該核酸を含む水溶液試料として単離および精製
される。イオン交換のカラム材料は、目的の核酸が該カ
ラムから溶出されるモル濃度より低いモル濃度の塩で、
2本鎖DNAのような目的の核酸を効果的に結合するも
のを選ぶ。
類を含有する溶解した細胞またはウィルスの水溶性成分
と共に、該核酸を含む水溶液試料として単離および精製
される。イオン交換のカラム材料は、目的の核酸が該カ
ラムから溶出されるモル濃度より低いモル濃度の塩で、
2本鎖DNAのような目的の核酸を効果的に結合するも
のを選ぶ。
調製した試料を、カラム材料の陰イオン基が塩化物また
は他の陰イオン型である1選択された陰イオン交換体を
詰めたカラムに添加する。核酸をカラム材料に結合させ
2次いで該核酸がカラム材料に結合して残るような塩化
物モル濃度の塩化物塩水溶液で該カラムを洗浄する。
は他の陰イオン型である1選択された陰イオン交換体を
詰めたカラムに添加する。核酸をカラム材料に結合させ
2次いで該核酸がカラム材料に結合して残るような塩化
物モル濃度の塩化物塩水溶液で該カラムを洗浄する。
特に、酸性ムコ多糖類からのDNA分離を包含する本発
明の精製の結果を達成するために、最初の洗浄のモル濃
度は、核酸が溶出し始める最低の塩化物モル濃度に近い
べきである。次いで、特にカルボキシル化ムコ多W類を
含む非結合成分をカラムから洗い出すために、この洗浄
を十分な量で行う。次いで結合した核酸を、核酸が完全
に溶出される最低の塩化物モル濃度に相当する溶離用塩
化物モル濃度を有する2塩化物塩の水溶液をカラムに流
して溶出させる。この溶離液を、硫酸エステル化ムコ多
糖類や他の妨害物質をカラム内に残しつつ、核酸をカラ
ムから遊離させるのに十分な容量で流す。次いで溶出さ
れた核酸を、カルボキシル化型および硫酸エステル化型
の両方の種類のムコ多糖類、タンパク、および他の妨害
分子と本質的に遊離した状態で回収する。これは、これ
まで陰イオン交換体を充填したクロマトグラフカラムを
用いることにより達成されなかった。新しくそして予期
されなかった結果である。
明の精製の結果を達成するために、最初の洗浄のモル濃
度は、核酸が溶出し始める最低の塩化物モル濃度に近い
べきである。次いで、特にカルボキシル化ムコ多W類を
含む非結合成分をカラムから洗い出すために、この洗浄
を十分な量で行う。次いで結合した核酸を、核酸が完全
に溶出される最低の塩化物モル濃度に相当する溶離用塩
化物モル濃度を有する2塩化物塩の水溶液をカラムに流
して溶出させる。この溶離液を、硫酸エステル化ムコ多
糖類や他の妨害物質をカラム内に残しつつ、核酸をカラ
ムから遊離させるのに十分な容量で流す。次いで溶出さ
れた核酸を、カルボキシル化型および硫酸エステル化型
の両方の種類のムコ多糖類、タンパク、および他の妨害
分子と本質的に遊離した状態で回収する。これは、これ
まで陰イオン交換体を充填したクロマトグラフカラムを
用いることにより達成されなかった。新しくそして予期
されなかった結果である。
カルボキシル化ムコ多糖類をカラムを通過させながら、
同時に核酸および硫酸エステル化ムコ多糖類を選択的に
固定できる塩化物のモル濃度が存在することは、これ迄
知られていなかった。硫酸エステル化ムコ多糖類をカラ
ムに残しながら、結合した核酸をカラムから溶出できる
塩化物のモル濃度が存在することも知られていなかった
。このような分別モル濃度の実用性の発見は1本発明の
重要な部分である。
同時に核酸および硫酸エステル化ムコ多糖類を選択的に
固定できる塩化物のモル濃度が存在することは、これ迄
知られていなかった。硫酸エステル化ムコ多糖類をカラ
ムに残しながら、結合した核酸をカラムから溶出できる
塩化物のモル濃度が存在することも知られていなかった
。このような分別モル濃度の実用性の発見は1本発明の
重要な部分である。
タンパク、色素、カルボキシル化ムコ多糖類。
硫酸エステル化ムコ多糖頬、およびこれらの混合物でな
る群から選択された水溶性夾雑成分と共に。
る群から選択された水溶性夾雑成分と共に。
核酸を含有する生体試料の水溶液から核酸を単離し精製
する本発明の方法は。
する本発明の方法は。
(a)目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低い塩化物
のモル濃度で該目的の核酸を有効に結合する陰イオン交
換体カラム材料を選択すること;(b)該核酸が結合す
るような、」1記の選択された陰イオン交換体材料であ
り、陰イオン基が塩化物の形である陰イオン交換体材料
を充填したカラムに該試料を注入すること; (c)該核酸が該カラム材料に結合し続ける塩化物モル
濃度であり、該核酸が溶離し始める最低の塩化物モル濃
度に接近した洗浄液濃度の塩化物水溶液によって、カル
ボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該カラムから
洗い流すのに十分な容量で該カラムを洗浄すること; (d)該目的の核酸が完全に溶離する最低の塩化物モル
濃度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水
溶液を、該カラムから該核酸を取り出すのに十分な容量
で該カラムに通過させることによって、該結合した核酸
を溶離させる一方で。
のモル濃度で該目的の核酸を有効に結合する陰イオン交
換体カラム材料を選択すること;(b)該核酸が結合す
るような、」1記の選択された陰イオン交換体材料であ
り、陰イオン基が塩化物の形である陰イオン交換体材料
を充填したカラムに該試料を注入すること; (c)該核酸が該カラム材料に結合し続ける塩化物モル
濃度であり、該核酸が溶離し始める最低の塩化物モル濃
度に接近した洗浄液濃度の塩化物水溶液によって、カル
ボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該カラムから
洗い流すのに十分な容量で該カラムを洗浄すること; (d)該目的の核酸が完全に溶離する最低の塩化物モル
濃度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水
溶液を、該カラムから該核酸を取り出すのに十分な容量
で該カラムに通過させることによって、該結合した核酸
を溶離させる一方で。
硫酸エステル化されたムコ多Ii類を含む夾雑成分を該
カラム中に残留させること;および(e)ムコ多糖類お
よび他の夾雑成分を実質的に含有せずに溶離された核酸
を回収すること。
カラム中に残留させること;および(e)ムコ多糖類お
よび他の夾雑成分を実質的に含有せずに溶離された核酸
を回収すること。
を包含する。
溶解した細胞またはウィルスの水溶性夾雑成分であり、
タンパク、色素、カルボキシル化ムコ多糖類、硫酸エス
テル化ムコ多糖類、およびこれらの混合物でなる群から
選択された水溶性夾雑成分と共に、核酸を含有する水溶
液試料から、細胞またはウィルスの核酸を単離し精製す
る本発明の方法は。
タンパク、色素、カルボキシル化ムコ多糖類、硫酸エス
テル化ムコ多糖類、およびこれらの混合物でなる群から
選択された水溶性夾雑成分と共に、核酸を含有する水溶
液試料から、細胞またはウィルスの核酸を単離し精製す
る本発明の方法は。
(a)目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低い塩化物
モル濃度の水溶液で該目的の核酸をを効に結合する弱塩
基陰イオン交換体を含む第1のイオン交換体カラム材料
を選択すること; (b)該目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低I い水性塩化物モル濃度であり、該第1のカラム材料の溶
離モル濃度に対応する結合モル濃度で該目的の核酸を有
効に結合する強塩基陰イオン交換体を含む第2のイオン
交換体カラム材料を選択すること; (c)塩化物の形の該第1のカラム材料および該第2の
カラム材料をそれぞれ充填した第1のカラムおよび第2
のカラムを1分離カラムまたは堆積カラムのどちらかと
して調製すること;(d)該目的の核酸が該第1のカラ
ム材料に結合する該第1のカラムであり、該弱塩基交換
体を含む該第Iのカラムに該試料を注入すること;(e
)Fj核酸が該第1のカラム材料に結合し続ける塩化物
モル濃度であり、該核酸が溶離し始める塩化物モル濃度
に接近した洗浄液モル濃度の塩化物水溶液によって、カ
ルボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該第1のカ
ラムから洗い流すのに十分な容量で該第1のカラムを洗
浄すること;(f)該目的の核酸が溶出し始める最低の
塩化物モル濃度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する
塩化物の水溶液を、該第1のカラムから該核酸を取り出
すのに十分な容量で該第1のカラムに通過させることに
よって、該結合した核酸を溶離させる一方で、硫酸エス
テル化されたムコ多糖類を該第1のカラム中に残留させ
ること; (員該第1のカラム材料から溶離された該核酸を含む該
第1のカラムの溶出液を、該核酸が結合する該第2のカ
ラム材料を含む該第2のカラムに通過させること: (h)該核酸が該第2の材料から完全に溶離する最低の
塩化物モル濃度に対応し、該第10カラムの溶離液より
も高い溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水溶液を、
該第2のカラムから該核酸を取り出すのに十分な容量で
該第2のカラムに通過させることによって、該結合した
核酸を溶離させること;および (i)ムコ多FT類および他の夾雑成分を実質的に含有
せずに単離され精製された核酸を回収すること。
モル濃度の水溶液で該目的の核酸をを効に結合する弱塩
基陰イオン交換体を含む第1のイオン交換体カラム材料
を選択すること; (b)該目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低I い水性塩化物モル濃度であり、該第1のカラム材料の溶
離モル濃度に対応する結合モル濃度で該目的の核酸を有
効に結合する強塩基陰イオン交換体を含む第2のイオン
交換体カラム材料を選択すること; (c)塩化物の形の該第1のカラム材料および該第2の
カラム材料をそれぞれ充填した第1のカラムおよび第2
のカラムを1分離カラムまたは堆積カラムのどちらかと
して調製すること;(d)該目的の核酸が該第1のカラ
ム材料に結合する該第1のカラムであり、該弱塩基交換
体を含む該第Iのカラムに該試料を注入すること;(e
)Fj核酸が該第1のカラム材料に結合し続ける塩化物
モル濃度であり、該核酸が溶離し始める塩化物モル濃度
に接近した洗浄液モル濃度の塩化物水溶液によって、カ
ルボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該第1のカ
ラムから洗い流すのに十分な容量で該第1のカラムを洗
浄すること;(f)該目的の核酸が溶出し始める最低の
塩化物モル濃度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する
塩化物の水溶液を、該第1のカラムから該核酸を取り出
すのに十分な容量で該第1のカラムに通過させることに
よって、該結合した核酸を溶離させる一方で、硫酸エス
テル化されたムコ多糖類を該第1のカラム中に残留させ
ること; (員該第1のカラム材料から溶離された該核酸を含む該
第1のカラムの溶出液を、該核酸が結合する該第2のカ
ラム材料を含む該第2のカラムに通過させること: (h)該核酸が該第2の材料から完全に溶離する最低の
塩化物モル濃度に対応し、該第10カラムの溶離液より
も高い溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水溶液を、
該第2のカラムから該核酸を取り出すのに十分な容量で
該第2のカラムに通過させることによって、該結合した
核酸を溶離させること;および (i)ムコ多FT類および他の夾雑成分を実質的に含有
せずに単離され精製された核酸を回収すること。
を包含する。
(発明の構成)
本発明の実施に必要な原材料は、市販の陰イオン交換カ
ラム材料、塩、およびpHを制御するための適当な緩衝
液である。カラム吸着材には、4級アンモニウム型の強
塩基イオン交換体、アミン型弱塩基陰イオン交換体が包
含される。弱塩基陰イオン交換体は、1級アミン交換部
位を有するものも用いることができるが、3級アミン交
換部位を有するものが好適である。そのような陰イオン
交換体は、土弟孔体として、一般にはクロマトグラフィ
ーカラムで用いられるサイズの球状または不規則な粒状
で、供給される。適当な粒子径は約20μmから200
μmの範囲であり得る。有効な孔径は、目的とするDN
A/RNAおよび混入物のサイズに依存し、約50人か
ら数千人の範囲である。市販材料は、 Bio−Rad
Chemjcal、Pierce Chemical
Company+Toyo 5oda Mfg、Co
、+およびPharmacia Fine Chemi
calsを含む数社から得られる。弱塩基交換体は、ア
ガロース、シリカガラス、ビニルポリマーなどを含むマ
トリックスを基本として有し得る。シリカガラスは被覆
され得、それには例えば、 “グリコフェーズ”被覆物
、グリセロールガラスなどがある。
ラム材料、塩、およびpHを制御するための適当な緩衝
液である。カラム吸着材には、4級アンモニウム型の強
塩基イオン交換体、アミン型弱塩基陰イオン交換体が包
含される。弱塩基陰イオン交換体は、1級アミン交換部
位を有するものも用いることができるが、3級アミン交
換部位を有するものが好適である。そのような陰イオン
交換体は、土弟孔体として、一般にはクロマトグラフィ
ーカラムで用いられるサイズの球状または不規則な粒状
で、供給される。適当な粒子径は約20μmから200
μmの範囲であり得る。有効な孔径は、目的とするDN
A/RNAおよび混入物のサイズに依存し、約50人か
ら数千人の範囲である。市販材料は、 Bio−Rad
Chemjcal、Pierce Chemical
Company+Toyo 5oda Mfg、Co
、+およびPharmacia Fine Chemi
calsを含む数社から得られる。弱塩基交換体は、ア
ガロース、シリカガラス、ビニルポリマーなどを含むマ
トリックスを基本として有し得る。シリカガラスは被覆
され得、それには例えば、 “グリコフェーズ”被覆物
、グリセロールガラスなどがある。
3級アミン基は1通常、 Di!AH交換体と呼ばれる
ジエチルアミノエチル基である。他の3級アミン基も採
用され得る。1級アミン基は9通常、アミノエチル型で
あるが、他の1級または2級アミングループも存在し得
る。強塩基陰イオン交換体は。
ジエチルアミノエチル基である。他の3級アミン基も採
用され得る。1級アミン基は9通常、アミノエチル型で
あるが、他の1級または2級アミングループも存在し得
る。強塩基陰イオン交換体は。
被覆されていない、またはグリコフェーズ被覆が施され
たシリカガラスのマトリックスを基本として、もしくは
、アガロースを基本として供給される。4級基は通常、
ジエチルメチルアンモニウムまたはトリメチルアンモニ
ウムであり、それぞれ“QAE”または“IIIMA”
交換体と呼ばれる。
たシリカガラスのマトリックスを基本として、もしくは
、アガロースを基本として供給される。4級基は通常、
ジエチルメチルアンモニウムまたはトリメチルアンモニ
ウムであり、それぞれ“QAE”または“IIIMA”
交換体と呼ばれる。
本発明の好適な実施態様においては、塩化物形の陰イオ
ン交換カラム材料が用いられ、そして試料をカラムにか
けること、洗浄すること2および核酸を溶出することの
ために5選択された臨界モル濃度の塩化物が用いられる
。好ましい塩化物は塩化ナトリウムであるが、塩化物の
陽イオンは変えることができる。つまり、塩化ナトリウ
ムの代わりに塩化アンモニウムおよび塩化カリウムのよ
うな他のアルカリ金属塩化物を使用することができる。
ン交換カラム材料が用いられ、そして試料をカラムにか
けること、洗浄すること2および核酸を溶出することの
ために5選択された臨界モル濃度の塩化物が用いられる
。好ましい塩化物は塩化ナトリウムであるが、塩化物の
陽イオンは変えることができる。つまり、塩化ナトリウ
ムの代わりに塩化アンモニウムおよび塩化カリウムのよ
うな他のアルカリ金属塩化物を使用することができる。
好ましくはないが、その陽イオンにはまた。
アンモニウムイオン、または2価イオン(例えばマグネ
シウム)も含まれ得る。選択された弱塩基および/また
は強塩基交換体の分別結合および溶出の塩化物モル濃度
は、試験される試料(目的とする核酸を含む)のDNA
またはRN^の分子型に相当する。純粋のDNAまたは
RNAの試験物質を用いて決定され得る。選択された陰
イオン交換体のそれぞれの結合および溶出のモル濃度を
決定するには、標準的なりロフトグラフィー法が採用さ
れ得。
シウム)も含まれ得る。選択された弱塩基および/また
は強塩基交換体の分別結合および溶出の塩化物モル濃度
は、試験される試料(目的とする核酸を含む)のDNA
またはRN^の分子型に相当する。純粋のDNAまたは
RNAの試験物質を用いて決定され得る。選択された陰
イオン交換体のそれぞれの結合および溶出のモル濃度を
決定するには、標準的なりロフトグラフィー法が採用さ
れ得。
試験物質の吸着と溶出とが検出される。例えば。
DNAまたはRNAは、それらがカラムから出るときに
溶液を連続的にモニターできるように、および/または
溶出濃度を分光光学的に追跡し得るように。
溶液を連続的にモニターできるように、および/または
溶出濃度を分光光学的に追跡し得るように。
適当なマーカーで標識され得る。
典型的には、調べられるべき特異的目標DNAまたはR
NAの純水溶液(50+ng/mff 〜250mg/
ml)は。
NAの純水溶液(50+ng/mff 〜250mg/
ml)は。
充分に結合することが確かな充分低い既知量が。
塩の形で実験カラムにかけられる。次に、拮抗する塩の
濃度を段階的にまたは勾配をつけて上げることにより、
核酸が溶出し始める。そしてそれらが最大に回収される
モル濃度の範囲が見出される。
濃度を段階的にまたは勾配をつけて上げることにより、
核酸が溶出し始める。そしてそれらが最大に回収される
モル濃度の範囲が見出される。
次に、測定の感度を上げ、そして容量/回収測定が行わ
れる。溶出開始と完全回収との間のモル濃度範囲が狭い
マトリックスを使うことが有利である。
れる。溶出開始と完全回収との間のモル濃度範囲が狭い
マトリックスを使うことが有利である。
本性は自然流出カラムを使用することが有効であり、こ
のカラム操作の方法が単純であるため好ましい。
のカラム操作の方法が単純であるため好ましい。
結合および溶出の塩化物モル濃度は2代表的な市販陰イ
オン交換体では、 DNAおよびRNA試験材料およ
び塩化ナトリウム水溶液を用いて決定されている。本発
明の方法のこれら陰イオジ交換体を用いての実施に使う
ことができる分別モル濃度は次の表に要約される。
オン交換体では、 DNAおよびRNA試験材料およ
び塩化ナトリウム水溶液を用いて決定されている。本発
明の方法のこれら陰イオジ交換体を用いての実施に使う
ことができる分別モル濃度は次の表に要約される。
(以下余白)
十J開”a6J−1546ati L日ノ上の表におい
て、結合塩化物モル濃度はまた。
て、結合塩化物モル濃度はまた。
好適な洗浄モル濃度でもある。これらの結合/洗浄モル
濃度は実質的に全ての目的とするDNAまたはRNAが
結合するモル濃度であるが、これは、核酸が溶出し始め
るモル濃度に近いモル濃度である。
濃度は実質的に全ての目的とするDNAまたはRNAが
結合するモル濃度であるが、これは、核酸が溶出し始め
るモル濃度に近いモル濃度である。
完全な結合と溶出開始との間の差は、少なくとも塩化物
が0.1Mの点であり、そして通常、約0.1Mと0.
3Mの間である。表に示す完全溶出のモル濃度は。
が0.1Mの点であり、そして通常、約0.1Mと0.
3Mの間である。表に示す完全溶出のモル濃度は。
溶出が開始される最低のモル濃度より実質的に高く、核
酸の完全な溶出が起きる最低のモル濃度を包含する。こ
こに示すよりも高い溶出モル濃度も採用され得る。しか
し、 0.1Mから0.2Mを越える増加は他の吸着成
分の溶出を引き起こし、最終産物の純度を低下させる。
酸の完全な溶出が起きる最低のモル濃度を包含する。こ
こに示すよりも高い溶出モル濃度も採用され得る。しか
し、 0.1Mから0.2Mを越える増加は他の吸着成
分の溶出を引き起こし、最終産物の純度を低下させる。
陰イオン交換体の単一ベッドを分離に用いる場合には、
4級または3級アミン交換体が好適である。2つのベッ
ドを用いる場合、第1のベッドは3級アミン型のような
弱塩基陰イオン交換体を含み、そして第2のベッドは強
塩基4級アンモニウム交換体を含まねばならない。この
2つのベッドリ0 は分離した別々のカラムであっても、または両方のベッ
ドを単一のカラム内に積層したものであってもよい。
4級または3級アミン交換体が好適である。2つのベッ
ドを用いる場合、第1のベッドは3級アミン型のような
弱塩基陰イオン交換体を含み、そして第2のベッドは強
塩基4級アンモニウム交換体を含まねばならない。この
2つのベッドリ0 は分離した別々のカラムであっても、または両方のベッ
ドを単一のカラム内に積層したものであってもよい。
2つのベッドを使用する実施態様においては。
第1のベッドの溶出に用いるモル濃度は、核酸が第2の
ベッドに完全に結合するモル濃度に対応し得る。例えば
、上記の表を参照すると、“°フラクトゲル゛3級アミ
ン吸着剤は、第2ベツドの[lAEグリコフェーズ4級
アンモニウム交換体と組み合わせて、第1ベツドとして
用いられる。上記表に示されるように、 dsDNA
は゛°フラクトゲル0、5Mで溶出する。その濃度は,
QAE交換体の有効結合モル濃度である。第1のベ
ッドに用いられる洗浄溶液は,第2のベッドに入り,第
1のベッドに同定されない可溶性成分をそこに保持させ
得る。
ベッドに完全に結合するモル濃度に対応し得る。例えば
、上記の表を参照すると、“°フラクトゲル゛3級アミ
ン吸着剤は、第2ベツドの[lAEグリコフェーズ4級
アンモニウム交換体と組み合わせて、第1ベツドとして
用いられる。上記表に示されるように、 dsDNA
は゛°フラクトゲル0、5Mで溶出する。その濃度は,
QAE交換体の有効結合モル濃度である。第1のベ
ッドに用いられる洗浄溶液は,第2のベッドに入り,第
1のベッドに同定されない可溶性成分をそこに保持させ
得る。
核酸の完全な溶出を確実にするために,有機溶媒を,溶
離液に少量加えてもよい。この目的にはメタノールが好
ましいが,他の低級アルコール(エタノール、プロパツ
ール、およびイソプロパツールを包含する)も使用され
得る。尿素またはホルムアミドのような他の有機成分も
さらに用いられ得る。表の脚注に示すように溶離液のあ
るものでは.メタノールが加えられるが,メタノールの
そのような使用は必要に応じて行われる。しかし。
離液に少量加えてもよい。この目的にはメタノールが好
ましいが,他の低級アルコール(エタノール、プロパツ
ール、およびイソプロパツールを包含する)も使用され
得る。尿素またはホルムアミドのような他の有機成分も
さらに用いられ得る。表の脚注に示すように溶離液のあ
るものでは.メタノールが加えられるが,メタノールの
そのような使用は必要に応じて行われる。しかし。
それによりマトリックスの望ましくない結合性を減する
ことにより, DNAまたはRNAのより完全な回収
がなされ得る。
ことにより, DNAまたはRNAのより完全な回収
がなされ得る。
本発明の実施に用いられるカラムは小さいサイズと容量
のものでよい。例えば、典型的にはベッド容量は約0.
1から1.Oc[ (cc)が用いられ得。
のものでよい。例えば、典型的にはベッド容量は約0.
1から1.Oc[ (cc)が用いられ得。
カラムまたはカートリッジに含まれるベッドは内径が約
0.3から3cmである。本発明を用いた市販品として
は,小さくコンパクトなカートリッジが調製され得る。
0.3から3cmである。本発明を用いた市販品として
は,小さくコンパクトなカートリッジが調製され得る。
積層したベッド系を用いる場合には,各ベッドの容量は
指示されているものと同じでよい。陰イオン交換体を溶
液に懸濁させる回分操作もまた使用され得るが,溶出カ
ラムが一般に速くかつより効果的である。本発明の特定
の実施態様においては,重力による流れを良好にし,夾
雑物の捕捉を最大にするために,樹脂のメツシュサイズ
と孔径サイズとを選択することにより,流出特性が最適
化され得る。
指示されているものと同じでよい。陰イオン交換体を溶
液に懸濁させる回分操作もまた使用され得るが,溶出カ
ラムが一般に速くかつより効果的である。本発明の特定
の実施態様においては,重力による流れを良好にし,夾
雑物の捕捉を最大にするために,樹脂のメツシュサイズ
と孔径サイズとを選択することにより,流出特性が最適
化され得る。
結合のための上記塩化ナトリウム水溶液は,好ましくは
中性附近のpHを有する。つまり強塩基性でも酸性でも
ない。例えば、既知の緩衝液を用いて,約5から9の範
囲のpHとしたものを使用することができる。しかし、
ある実施態様(例えば。
中性附近のpHを有する。つまり強塩基性でも酸性でも
ない。例えば、既知の緩衝液を用いて,約5から9の範
囲のpHとしたものを使用することができる。しかし、
ある実施態様(例えば。
DEAE樹脂に有効なp)l勾配に必要とされるような
場合)においては、よりアルカリ性または酸性のpl+
が用いられ得る。
場合)においては、よりアルカリ性または酸性のpl+
が用いられ得る。
本発明の方法に用いる試料を調製し得る生物材料には,
細菌培養物.ウィルスに感染した細胞。
細菌培養物.ウィルスに感染した細胞。
単離ウィルス、そして培養物,細胞系列,および細菌に
汚染された食品を包含するが,これらに限定されない。
汚染された食品を包含するが,これらに限定されない。
本方法は特に病原体の診断のための臨床試料に対して設
計されている。例えば、試料は大便.血液または血清,
細菌に感染した尿,または他の排出物(例えば痰や傷の
滲出液)から調製され得る。
計されている。例えば、試料は大便.血液または血清,
細菌に感染した尿,または他の排出物(例えば痰や傷の
滲出液)から調製され得る。
試験試料は,細胞またはウィルスの核酸水溶液を得るた
めに細胞および/またはウィルスを溶解させるのに用い
られる既知の操作により、調製され得る。そのような溶
液は核酸および他の溶解細胞またはウィルスの水溶性成
分を含有する。体液や、滲出液の場合、その試料は通常
、酸性ムコ多糖類を含む。大便が試料の場合、存在する
全核酸はさらに、患者が食べた肉または野菜細胞に由来
する核酸および正常な腸内および大便の菌相に由来する
核酸を含み得る。
めに細胞および/またはウィルスを溶解させるのに用い
られる既知の操作により、調製され得る。そのような溶
液は核酸および他の溶解細胞またはウィルスの水溶性成
分を含有する。体液や、滲出液の場合、その試料は通常
、酸性ムコ多糖類を含む。大便が試料の場合、存在する
全核酸はさらに、患者が食べた肉または野菜細胞に由来
する核酸および正常な腸内および大便の菌相に由来する
核酸を含み得る。
粗製物質は水性懸濁液として調製され、または得られる
。例えば、固体便は、試料をカラム材料にかけるのに相
当するイオン強度および/またはpHで、水溶液に懸濁
させる。例えば、望ましいモル濃度にするために、塩化
ナトリウムが水溶液中の物質に加えられる。ラウリル硫
酸ナトリウムまたは溶解酵素剤のような、細胞またはウ
ィルス溶解剤が加えられる。ブロテイナーゼにのような
溶解酵素が陰イオン、非イオン、または両性イオン界面
活性剤と共に用いられても良い。DNA/ RNAを保
護するために、エチレンジアミンテトラ酢酸(EDTA
)のようなキレート剤が加えられてもよい。
。例えば、固体便は、試料をカラム材料にかけるのに相
当するイオン強度および/またはpHで、水溶液に懸濁
させる。例えば、望ましいモル濃度にするために、塩化
ナトリウムが水溶液中の物質に加えられる。ラウリル硫
酸ナトリウムまたは溶解酵素剤のような、細胞またはウ
ィルス溶解剤が加えられる。ブロテイナーゼにのような
溶解酵素が陰イオン、非イオン、または両性イオン界面
活性剤と共に用いられても良い。DNA/ RNAを保
護するために、エチレンジアミンテトラ酢酸(EDTA
)のようなキレート剤が加えられてもよい。
ヌクレアーゼおよび/または2価金属イオンによるDN
A/ RNAの分解が阻止される。制御された温度(2
0〜70℃)において短時間(5〜60分間)インキュ
ベートするのもまた。有効である。溶解後。
A/ RNAの分解が阻止される。制御された温度(2
0〜70℃)において短時間(5〜60分間)インキュ
ベートするのもまた。有効である。溶解後。
固体成分は遠心分離または濾過により除去され得る。上
清を本発明の方法に用いる試料に供する。
清を本発明の方法に用いる試料に供する。
必要に応じて、試料のpHはより中性のpi(に調整さ
れる。イオン強度を上げるために塩が、またはイオン強
度を下げるために水が加えられ得る。
れる。イオン強度を上げるために塩が、またはイオン強
度を下げるために水が加えられ得る。
試料を血液から調製する場合には、抗凝固剤が加えられ
ねばならない。DNA/ RNAが分離するのを保護す
るために用いられるEDTAはまた。抗凝固能を有する
。酸性ムコ多糖類であり、そのように夾雑物のバックグ
ランドに寄与し得るヘパリンの添加が好ましい。
ねばならない。DNA/ RNAが分離するのを保護す
るために用いられるEDTAはまた。抗凝固能を有する
。酸性ムコ多糖類であり、そのように夾雑物のバックグ
ランドに寄与し得るヘパリンの添加が好ましい。
尿から試料を調製する場合には、尿中の細菌細胞をまず
遠心分離(ベレット化)により集め1次に溶菌剤中に懸
濁させる。
遠心分離(ベレット化)により集め1次に溶菌剤中に懸
濁させる。
培養細胞は、平板プレートまたは培養液から集められる
。細胞がグリセロールまたはジメチルスルホキシド(D
MSO)中に存在する場合には、これら試薬を除くため
に細胞が洗浄される。ベレット化した細胞を再懸濁し、
尿中の細菌細胞について述べたように処理が行われる。
。細胞がグリセロールまたはジメチルスルホキシド(D
MSO)中に存在する場合には、これら試薬を除くため
に細胞が洗浄される。ベレット化した細胞を再懸濁し、
尿中の細菌細胞について述べたように処理が行われる。
ウィルス感染細胞については、ウィルスは通常細胞内に
存在する。細胞を溶解すると、ウィルスは遊離する。う
イルスT)NA/ RNAは適当な既知の条件により遊
離される。試料調製のための添加物および処理は特に但
書のない限り上記のとおりである。溶解終了後、固体を
除き、上澄を得る。
存在する。細胞を溶解すると、ウィルスは遊離する。う
イルスT)NA/ RNAは適当な既知の条件により遊
離される。試料調製のための添加物および処理は特に但
書のない限り上記のとおりである。溶解終了後、固体を
除き、上澄を得る。
陰イオン交換体は使用時の形で供給されるか。
または塩の水溶液をそれに通すことにより所望の形に変
えられ得る。例えば、カラム内で、ベッドまたは樹脂を
塩化物形に変えるために、 NaC1溶液を使用するこ
とができる。あるいは、カラムにつめる前に交換体Na
C1溶液に浸漬するか、もしくはHCIおよびNaOH
を用いる既知の方法を繰り返すこともできる。
えられ得る。例えば、カラム内で、ベッドまたは樹脂を
塩化物形に変えるために、 NaC1溶液を使用するこ
とができる。あるいは、カラムにつめる前に交換体Na
C1溶液に浸漬するか、もしくはHCIおよびNaOH
を用いる既知の方法を繰り返すこともできる。
カラム(または連結したカラム)を調製後、清透な、固
形物を含まない試料がカラムに添加される。重力を利用
した流出系を用いる場合には、または好ましくは、試料
はカラム上に注がれる。添加された試料は結合/洗浄工
程に用いるよりも低いNaClモル濃度(例えば0.I
M NaC1)である。試料は、上記のように、核酸が
溶出し始めるイオン強度および/またはpiのNaCl
水溶液で、カラム内へ洗い込まれる。洗浄容量は、結合
しにくい成分をカラムから洗い出すのに充分でなければ
ならない。
形物を含まない試料がカラムに添加される。重力を利用
した流出系を用いる場合には、または好ましくは、試料
はカラム上に注がれる。添加された試料は結合/洗浄工
程に用いるよりも低いNaClモル濃度(例えば0.I
M NaC1)である。試料は、上記のように、核酸が
溶出し始めるイオン強度および/またはpiのNaCl
水溶液で、カラム内へ洗い込まれる。洗浄容量は、結合
しにくい成分をカラムから洗い出すのに充分でなければ
ならない。
通常1から5カラム容量で洗浄すれば充分である。
洗浄液は単一ベッドを用いる場合、および第2ベツドを
用いる場合にも、廃棄される。しかし。
用いる場合にも、廃棄される。しかし。
好ましくは、第2ベツドを用いる場合には、洗浄液は第
2ベツドを通過する。
2ベツドを通過する。
結合した核酸は、カラムまたは第1ベツトにイオン強度
の高い溶離水溶液を通すことにより溶出する。上記水溶
液は、核酸が完全に溶出するような最低条件に相当する
。好ましくはより高い塩化物モル濃度の水溶液である。
の高い溶離水溶液を通すことにより溶出する。上記水溶
液は、核酸が完全に溶出するような最低条件に相当する
。好ましくはより高い塩化物モル濃度の水溶液である。
溶離液は、その充分な量が流され、カラムまたは第1ベ
ツドから核酸が除去される。通常、溶離液はカラム容量
の約1から5容量が必要である。単一のベッドを使用す
る実施態様においては、核酸は溶離液中に回収される。
ツドから核酸が除去される。通常、溶離液はカラム容量
の約1から5容量が必要である。単一のベッドを使用す
る実施態様においては、核酸は溶離液中に回収される。
しかし、その溶離液は5例えば、核酸沈澱試薬を加える
ことにより、さらに処理され得る。
ことにより、さらに処理され得る。
2つの分離されたベッドまたは1本のカラムに積層した
ベッドを用いる場合には、第1ベツドからの溶離液は第
2ベツドを通過する。溶離液のイオン強度は、第2ベツ
ドに有効に結合させるような条件の強度であり、そして
核酸は第2のベッドに結合する。さらに水溶液を第2の
ベッドに、または第1および第2のベッドに引き続いて
流し。
ベッドを用いる場合には、第1ベツドからの溶離液は第
2ベツドを通過する。溶離液のイオン強度は、第2ベツ
ドに有効に結合させるような条件の強度であり、そして
核酸は第2のベッドに結合する。さらに水溶液を第2の
ベッドに、または第1および第2のベッドに引き続いて
流し。
非結合成分を洗い出すこともできる。この洗浄工程にお
いては2通常約1から5カラム容量が充分な量である。
いては2通常約1から5カラム容量が充分な量である。
第2のベッドに吸着した核酸は、第1カラム溶離液より
も高い塩化物モル濃度を有する水性溶離液を積層カラム
または分離カラムの第2のベッドに通すことにより、溶
出する。上記の、より高いモル濃度は、好ましくは、核
酸が第2のベッドから完全に溶出するときの最低の塩化
物モル濃度に相当する。この溶離液は、核酸をカラムか
ら除去するのに充分な容量だけカラムまたは第2ベツド
を通過する。
も高い塩化物モル濃度を有する水性溶離液を積層カラム
または分離カラムの第2のベッドに通すことにより、溶
出する。上記の、より高いモル濃度は、好ましくは、核
酸が第2のベッドから完全に溶出するときの最低の塩化
物モル濃度に相当する。この溶離液は、核酸をカラムか
ら除去するのに充分な容量だけカラムまたは第2ベツド
を通過する。
特に、2本鎖DNAのような目的とする核酸を含む試料
が、カルボキシル化ムコ多l!類および硫酸エステル化
ムコ多糖類を、他の水溶性成分(溶解細胞またはウィル
ス水溶性成分)と共に含む実施態様においては2分別し
得る塩化物モル濃度を用いることにより、目的の核酸を
酸性ムコ多Vla類のいずれかもしくは両者から分離し
得る。実質的にすべての核酸がカラム材料に結合する塩
化物モル濃度で試料をカラムにかけた後、そのカラムを
臨界的な塩化物モル濃度で洗浄することにより、カルボ
キシル化ムコ多糖類が分離される。洗浄液として、核酸
がカラム材料に結合して残留する塩化物モル濃度の塩化
物水溶液を用い、そして、該核酸が溶出し始める最低の
塩化物モル濃度に近いモル濃度を選択することにより、
カラムは、充分な量の洗浄液で洗浄され得、比較的弱く
結合している成分(特に、カルボキシル化ムコ多Pi類
を包含する)が除去される。この方法の次の工程におい
ては、結合している核酸は、該核酸が溶出する最低の塩
化物モル濃度に相当する塩化物モル濃度を有する塩化物
の水溶液をカラムに通すことにより。
が、カルボキシル化ムコ多l!類および硫酸エステル化
ムコ多糖類を、他の水溶性成分(溶解細胞またはウィル
ス水溶性成分)と共に含む実施態様においては2分別し
得る塩化物モル濃度を用いることにより、目的の核酸を
酸性ムコ多Vla類のいずれかもしくは両者から分離し
得る。実質的にすべての核酸がカラム材料に結合する塩
化物モル濃度で試料をカラムにかけた後、そのカラムを
臨界的な塩化物モル濃度で洗浄することにより、カルボ
キシル化ムコ多糖類が分離される。洗浄液として、核酸
がカラム材料に結合して残留する塩化物モル濃度の塩化
物水溶液を用い、そして、該核酸が溶出し始める最低の
塩化物モル濃度に近いモル濃度を選択することにより、
カラムは、充分な量の洗浄液で洗浄され得、比較的弱く
結合している成分(特に、カルボキシル化ムコ多Pi類
を包含する)が除去される。この方法の次の工程におい
ては、結合している核酸は、該核酸が溶出する最低の塩
化物モル濃度に相当する塩化物モル濃度を有する塩化物
の水溶液をカラムに通すことにより。
選択的に溶出する。この溶離液は1次に、充分な量でカ
ラム内に流され、核酸がカラムから除去される。他方、
硫酸エステル化ムコ多Ii類はカラム内に残留する。こ
こで得られたこの回収溶出核酸は、実質的にムコ多糖類
を含まない。
ラム内に流され、核酸がカラムから除去される。他方、
硫酸エステル化ムコ多Ii類はカラム内に残留する。こ
こで得られたこの回収溶出核酸は、実質的にムコ多糖類
を含まない。
本発明の方法は、さらに1本発明を実施するのに対して
現在のところ好ましい様式である1次の代表的な実施例
により示される。
現在のところ好ましい様式である1次の代表的な実施例
により示される。
(以下余白)
(実施例)
本発明の方法は、以下の実施例によってさらに例証され
るが、これら実施例は本発明の好ましい実施態様である
。
るが、これら実施例は本発明の好ましい実施態様である
。
1、l!艶Iq屋Mコ
(a)約8.Odの0.5M NaC110,02M
NaJDT八を含む封入管に、約1.0gの大便(好ま
しくは新鮮なものであるが、核酸の分解を防ぐために冷
蔵されるかまたは冷凍されたものでもよい)を加える。
NaJDT八を含む封入管に、約1.0gの大便(好ま
しくは新鮮なものであるが、核酸の分解を防ぐために冷
蔵されるかまたは冷凍されたものでもよい)を加える。
この封入管には2激しく振盪する場合に固い健康型の大
便中の大きな線維状塊状物を粉砕するのに役立つ少量の
不活性な弾丸(projectile)を含有させても
よい。(下痢の大便は2通常、微生物をNaC1/ED
TA溶液中に懸濁するために、このような激しい振盪工
程を必要としない)。
便中の大きな線維状塊状物を粉砕するのに役立つ少量の
不活性な弾丸(projectile)を含有させても
よい。(下痢の大便は2通常、微生物をNaC1/ED
TA溶液中に懸濁するために、このような激しい振盪工
程を必要としない)。
上記試験管は、塊状物を粉砕する必要があるので2手で
3〜8分間激しく振盪する。次いで、大きな破片を穏や
かに遠心分離することによってペレット化する(臨床用
遠心分離機を用いて低速度で5分間)。可溶性の上清が
次の溶解の手順で用いられる。この上清は、懸濁した微
生物、可溶性の夾雑物、および小さな粒子状の夾雑物を
含有している。
3〜8分間激しく振盪する。次いで、大きな破片を穏や
かに遠心分離することによってペレット化する(臨床用
遠心分離機を用いて低速度で5分間)。可溶性の上清が
次の溶解の手順で用いられる。この上清は、懸濁した微
生物、可溶性の夾雑物、および小さな粒子状の夾雑物を
含有している。
(b)各カラムに対して、500μPの試料を以下のも
のに添加するニ ア50uEのプロテイナーゼK(濃度10mg/d)
;100μ!の20%SDS ;および 150μ!08M尿素。
のに添加するニ ア50uEのプロテイナーゼK(濃度10mg/d)
;100μ!の20%SDS ;および 150μ!08M尿素。
最終容量=1.5雇
最終濃度−0,01,3M NaC1
0,05M Na2EDTA
5mg/戚 プロテイナーゼに
1.3%5OS
O08ヒ尿素
そして大便の成分および塩類。
この試料を今度は、水浴中で中程度に撹拌しながら15
〜20分間、50〜60°Cに加熱する。
〜20分間、50〜60°Cに加熱する。
二の試料を取り出し、 15mflの脱イオン水を用
いて1:2に希釈する。大便の溶液自身は自然に緩衝さ
れた溶液であり、従って付加的な緩衝液は用いられてい
ない。典型的には、 pHは6.5〜7.5の範囲を維
持している。
いて1:2に希釈する。大便の溶液自身は自然に緩衝さ
れた溶液であり、従って付加的な緩衝液は用いられてい
ない。典型的には、 pHは6.5〜7.5の範囲を維
持している。
2、左旦人久側1:
(a)表Aに示された第4アンモニウム陰イオン交換体
(ピアースQABグリコフェーズガラス;75〜125
μmの不規則粒子、小孔サイズ200人)を乾燥したま
ま、 0.IM NaC1を含むフラスコに加える。
(ピアースQABグリコフェーズガラス;75〜125
μmの不規則粒子、小孔サイズ200人)を乾燥したま
ま、 0.IM NaC1を含むフラスコに加える。
真空ポンプまたはアスピレータ−を用いて10〜15分
間脱ガスする。次いで、これを0.7cm X 1.o
cmOカラムに充填し、ベッド容積を3.0mとした。
間脱ガスする。次いで、これを0.7cm X 1.o
cmOカラムに充填し、ベッド容積を3.0mとした。
振動を加えることによって充填を容易にした。
(ハ)マトリックスが塩化物の形に変換されることを確
実にするために、このカラムに15m2の2.0MNa
C1,次いで6.0dのHzO、15m1の洗浄溶液(
0,5M NaC117%MeOH) 、および15d
の溶離溶液(0,8M NaC117%MeOH)を通
過させ1次いで6 mllのHzOですすぎ、そして0
.5M NaCl 17%MeOH(9滅)で平衡化し
た。こうして、このカラムは試料を適用する準備がなさ
れた。このカラムは乾燥させてはならない。(本実施例
および以下の実施例におけるすべての溶液のモル濃度は
、特に断らない限り、水溶液について言及している。) ゛ 36猜製至王皿: (a) 814製された試料(3,0d)を上記のカラ
ムにゆっくりと注入し、場合によっては重力によって。
実にするために、このカラムに15m2の2.0MNa
C1,次いで6.0dのHzO、15m1の洗浄溶液(
0,5M NaC117%MeOH) 、および15d
の溶離溶液(0,8M NaC117%MeOH)を通
過させ1次いで6 mllのHzOですすぎ、そして0
.5M NaCl 17%MeOH(9滅)で平衡化し
た。こうして、このカラムは試料を適用する準備がなさ
れた。このカラムは乾燥させてはならない。(本実施例
および以下の実施例におけるすべての溶液のモル濃度は
、特に断らない限り、水溶液について言及している。) ゛ 36猜製至王皿: (a) 814製された試料(3,0d)を上記のカラ
ムにゆっくりと注入し、場合によっては重力によって。
あるいは栓をしたシリンジを用いて手動で穏やかに圧力
を印加することによって流す。
を印加することによって流す。
(b)このカラムを今度は、5カラム容量の水性洗浄溶
液(0,5M NaCl ; 17%MeOH、この洗
浄に先立って0.5M NaC1だけによる洗浄を行い
得る)で洗浄する。ポリカルボキシル化ムコ多Ii類お
よびタンパクは、このようにしてカラムから洗い流され
るが、 DNA/RNAはカラムに結合したままである
。
液(0,5M NaCl ; 17%MeOH、この洗
浄に先立って0.5M NaC1だけによる洗浄を行い
得る)で洗浄する。ポリカルボキシル化ムコ多Ii類お
よびタンパクは、このようにしてカラムから洗い流され
るが、 DNA/RNAはカラムに結合したままである
。
硫酸エステル化ムコ多糖類もカラムに残留している。
(c)核酸(DNA )は、9dの水性0.8M Na
C1,17%MeOHで溶離し、0.5dずつの両分を
採集して分析z した。得られた核酸は、要求されるいかなる目的にも直
接用い得る程度のものである。硫酸エステル化ムコ多糖
類は、カラムに結合したままである。
C1,17%MeOHで溶離し、0.5dずつの両分を
採集して分析z した。得られた核酸は、要求されるいかなる目的にも直
接用い得る程度のものである。硫酸エステル化ムコ多糖
類は、カラムに結合したままである。
このようにして得られたDNA/RNAは、実質的に酸
ムコ多Ii類を含まない。
ムコ多Ii類を含まない。
4、■:
純度および濃度に関する典型的な核酸の分析は。
分光光度計による走査(210nm→300nm)、
260nm/280nmにおける吸光度比の比較、およ
び230nm/260nmにおける吸光度比の比較を包
含する。アガロースゲル電気泳動によってDNAの状態
(完全な状能)が測定され、スティン−オールを用いた
染色は。
260nm/280nmにおける吸光度比の比較、およ
び230nm/260nmにおける吸光度比の比較を包
含する。アガロースゲル電気泳動によってDNAの状態
(完全な状能)が測定され、スティン−オールを用いた
染色は。
タンパクおよび酸ムコ多糖類からの精製を確認する助け
となる。螢光スキャンを用いて夾雑物の螢光を検出し得
る。また、 DNAのハイブリダイゼーション試験を
行うことによって、採集されたDNAの完全な目的領域
が存在することを決定し得る。
となる。螢光スキャンを用いて夾雑物の螢光を検出し得
る。また、 DNAのハイブリダイゼーション試験を
行うことによって、採集されたDNAの完全な目的領域
が存在することを決定し得る。
5、庭果:
これらの手順によって、有意な量の核酸が糞便から単離
され、そして精製される。単離された核酸の80%を越
える部分は、全容量が1.0〜2.0mlの溶液中に濃
縮されて見い出され得る。
され、そして精製される。単離された核酸の80%を越
える部分は、全容量が1.0〜2.0mlの溶液中に濃
縮されて見い出され得る。
1、試料勿皿製:
糞便試料は、実施例■に記述したように調製する。
2、h5罠すj」裂:
表Aに示された第3アミン陰イオン交換体(TSKフラ
クトゲルDEAII!−65OS)を用いる。該陰イオ
ン交換体は、予め膨潤され、 20〜50pmの粒子と
されている。0.IM NaC1を含むフラスコに、こ
の樹脂の濃縮量を添加する。真空ポンプまたはアスピレ
ータ−を用いて10〜15分間脱ガスし1次いで0.7
CI11×4CIIlOカラムに充填し、ベッド容量を
1.0dとした。これらの球状粒子の充填は1重力によ
る沈降によって達成され得る(他方、実施例Iの不規則
なガラス粒子は、良好で稠密な一定のベッドを用意する
ために、トラップを行いおよび/または穏やかな振動を
加える必要がある)。
クトゲルDEAII!−65OS)を用いる。該陰イオ
ン交換体は、予め膨潤され、 20〜50pmの粒子と
されている。0.IM NaC1を含むフラスコに、こ
の樹脂の濃縮量を添加する。真空ポンプまたはアスピレ
ータ−を用いて10〜15分間脱ガスし1次いで0.7
CI11×4CIIlOカラムに充填し、ベッド容量を
1.0dとした。これらの球状粒子の充填は1重力によ
る沈降によって達成され得る(他方、実施例Iの不規則
なガラス粒子は、良好で稠密な一定のベッドを用意する
ために、トラップを行いおよび/または穏やかな振動を
加える必要がある)。
0))次に、二〇カラムは、必要に応じて、5カラム容
量の2.OM NaC1を通過させ1次いで3カラム容
量(3InI!、)のH2Oですすぎ、そして3カラム
容量(3d)の0.3M NaC1で平衡化することに
よって。
量の2.OM NaC1を通過させ1次いで3カラム容
量(3InI!、)のH2Oですすぎ、そして3カラム
容量(3d)の0.3M NaC1で平衡化することに
よって。
塩化物の対イオンの形に変換する。こうして、二〇カラ
ムは試料を適用する準備がなされた。二〇カラムは乾燥
させてはならない。
ムは試料を適用する準備がなされた。二〇カラムは乾燥
させてはならない。
3、葺製■手皿:
(a)調製された糞便試料(実施例I、1..aおよび
bを参照;全容量3.Omf)を上記のカラムにゆっく
りと注入し1重力によって、あるいは栓をしたシリンジ
を用いて手動で穏やかに圧力を印加することによって流
す。
bを参照;全容量3.Omf)を上記のカラムにゆっく
りと注入し1重力によって、あるいは栓をしたシリンジ
を用いて手動で穏やかに圧力を印加することによって流
す。
(b)このカラムを今度は、15カラム容量(15mf
f)の0.3M NaC1で洗浄する。ポリカルボキモ
ル化ムコ多tl1Mはカラムから洗い流されるが、 D
NA/RNAはカラムに結合したままである。
f)の0.3M NaC1で洗浄する。ポリカルボキモ
ル化ムコ多tl1Mはカラムから洗い流されるが、 D
NA/RNAはカラムに結合したままである。
(c)次いで、このカラムを3カラム容量(3mB )
の0.5M NaClで溶離する。画分を採集すると2
通常、80%を越える量の回収された核酸が約1 、
Orytlの容量中に見い出される。溶出したDNAは
、要求されるいかなる目的にも直接用い得る程度のもの
である。硫酸エステル化ムコ多糖類はカラムに結合した
ままである。
の0.5M NaClで溶離する。画分を採集すると2
通常、80%を越える量の回収された核酸が約1 、
Orytlの容量中に見い出される。溶出したDNAは
、要求されるいかなる目的にも直接用い得る程度のもの
である。硫酸エステル化ムコ多糖類はカラムに結合した
ままである。
4、分析:
分析は実施例I、 4と同様である。DNA/RNA
は。
は。
実質的に酸ムコ多糖類を含まずに得られる。
■
1、跋料Ω■製:
試料の調製は、実施例1,1.aおよびbの記述と同様
である。
である。
2、左プ人■■裂;
使用した第3アミンおよび第4アンモニウム交換体は、
実施例■および■に記述したものと同様である。この調
製は、実施例12. a )および実施例II 2.
a )と実質的に同様である。強塩基ガラス交換体をま
ず0.7cmX10cmOカラムに入れ、振動を加えて
2.0−の容積高さまで充填する。次いで。
実施例■および■に記述したものと同様である。この調
製は、実施例12. a )および実施例II 2.
a )と実質的に同様である。強塩基ガラス交換体をま
ず0.7cmX10cmOカラムに入れ、振動を加えて
2.0−の容積高さまで充填する。次いで。
ポリエチレンのカラムディスクをベッドの上部に載せ、
さらに弱塩基フラクトゲルを重力によって1.0dのベ
ッド高さまで充填する(全カラム容積は3.0戚)。
さらに弱塩基フラクトゲルを重力によって1.0dのベ
ッド高さまで充填する(全カラム容積は3.0戚)。
(b)5.0カラム容量(15d)の0.2M NaC
lを、この複合カラムに通過させてイオン交換を行う。
lを、この複合カラムに通過させてイオン交換を行う。
次いで、 61R1n、o、 5.0カラム容量(1
5成)の0.5MNaC117%MeOH、および15
m2の0.8M NaC117%MeOH,さらに6d
lo、oを通過させ、そして最後に9ml! (3容量
)の0,3M NaC1で平衡化する。こうして、この
カラムは使用する準備がなされた。
5成)の0.5MNaC117%MeOH、および15
m2の0.8M NaC117%MeOH,さらに6d
lo、oを通過させ、そして最後に9ml! (3容量
)の0,3M NaC1で平衡化する。こうして、この
カラムは使用する準備がなされた。
3、簾翌少王皿:
試料を注入した後、このカラムを5カラム容量(15戚
)の水性0.3M NaC1で洗浄すること以外は。
)の水性0.3M NaC1で洗浄すること以外は。
実施例Iおよび■と同様の手順である。核酸は。
今度は上方の弱塩基カラム(フラクトゲル)に結合する
。DNAは、今度は5.0カラム容量(15m)の0.
5M NaC1,17%M e OHを用いることによ
り。
。DNAは、今度は5.0カラム容量(15m)の0.
5M NaC1,17%M e OHを用いることによ
り。
上方のカラムから下方のカラム(強塩基グリコフェーズ
ガラス)に溶離する。この溶離液は、下方のカラムを洗
浄する役目も果たす。最後に、 DNA/RNAは、
3.0カラム容量(9,(ld)の0.8M NaC1
17%Mooreを用いて下方のカラムから溶離する。
ガラス)に溶離する。この溶離液は、下方のカラムを洗
浄する役目も果たす。最後に、 DNA/RNAは、
3.0カラム容量(9,(ld)の0.8M NaC1
17%Mooreを用いて下方のカラムから溶離する。
画分の分析によって、核酸が1.0〜2.0mlの容積
中に濃縮されていることが確認されるはずである。
中に濃縮されていることが確認されるはずである。
核酸の回収率が向上し、純度も実施例■および■より高
い。裏施孤互 全皇試皿X遣まれるダ の および゛ 11、拭料皇
皿製: (a)抗凝血剤EDTA(K3) (最終濃度251)
を含む血液採集バイアルに新鮮血を採取する。次いで、
以下の混合物を調製する: 250μ2の血液溶液 250uAの0.IX SSC(=15mM NaC1
1,5nMクエン酸ナトリウム) 500μlのプロテイナーゼK(濃度10+ng/戚)
100μlの1%5O5 L100μ!合計 (I))この溶液を中程度に穏やかに撹拌しながら。
い。裏施孤互 全皇試皿X遣まれるダ の および゛ 11、拭料皇
皿製: (a)抗凝血剤EDTA(K3) (最終濃度251)
を含む血液採集バイアルに新鮮血を採取する。次いで、
以下の混合物を調製する: 250μ2の血液溶液 250uAの0.IX SSC(=15mM NaC1
1,5nMクエン酸ナトリウム) 500μlのプロテイナーゼK(濃度10+ng/戚)
100μlの1%5O5 L100μ!合計 (I))この溶液を中程度に穏やかに撹拌しながら。
50°Cにて10〜20分間インキュベートする。この
混合物は清浄となり、澄んだ濃褐色になる。
混合物は清浄となり、澄んだ濃褐色になる。
2、左旦ムq皿製:
カラムの調製は、実施例I、■または■の記述と同様で
あり得る。
あり得る。
3、籠製皇手皿:
精製の手順は、実施例I、■または■の記述と同様であ
り得る。
り得る。
4、ゴ:
分析の手順は、実施例■の記述と同様であり得る。
5、猪果:
このように全血をスクリーニングすることによって、血
球、および血球の内側または外側のいずれかの病原体(
存在すれば)から核酸が採取される。目的の核酸が、単
に細胞内に存在するか、あるいは細胞外、すなわち被膜
形成リンパ球の外側に存在することが知られている場合
には、適当な血液分別技術を用いて、まずこれら目的の
核酸を含有する成分を単離し、その後で本発明の方法を
利用し得る。例えば、デュポンアイソレーター10マイ
クロバイアルチユーブを用いて、細菌をベレット化し得
る。酸ムコ多糖類を実質的に含まない精製されたRN^
/DNAが得られる。
球、および血球の内側または外側のいずれかの病原体(
存在すれば)から核酸が採取される。目的の核酸が、単
に細胞内に存在するか、あるいは細胞外、すなわち被膜
形成リンパ球の外側に存在することが知られている場合
には、適当な血液分別技術を用いて、まずこれら目的の
核酸を含有する成分を単離し、その後で本発明の方法を
利用し得る。例えば、デュポンアイソレーター10マイ
クロバイアルチユーブを用いて、細菌をベレット化し得
る。酸ムコ多糖類を実質的に含まない精製されたRN^
/DNAが得られる。
1、跋粁■皿製:
(a)感染した尿は細胞培養液として考え得る。好まし
い方法は、まず細胞を遠心分離によって採集することで
あり、これより非常に濃縮され、多量の夾雑物が取り除
かれる。次いで、これら細胞を懸濁させ、そして典型的
な細胞培養物の溶解のように溶解させ得る。例えば、ベ
レット化された細胞を、 160μffiの0.25
M NaJDTA 、 80μmの1.0%SDS、お
よび250μ!のプロテイナーゼK(濃度1.0mg/
ml)を含む500μfiの0.31’l NaCl中
に懸濁させ得る。次いで、この溶液を湯浴中で50°C
に10〜20分間加熱する。
い方法は、まず細胞を遠心分離によって採集することで
あり、これより非常に濃縮され、多量の夾雑物が取り除
かれる。次いで、これら細胞を懸濁させ、そして典型的
な細胞培養物の溶解のように溶解させ得る。例えば、ベ
レット化された細胞を、 160μffiの0.25
M NaJDTA 、 80μmの1.0%SDS、お
よび250μ!のプロテイナーゼK(濃度1.0mg/
ml)を含む500μfiの0.31’l NaCl中
に懸濁させ得る。次いで、この溶液を湯浴中で50°C
に10〜20分間加熱する。
(b)必要に応じて、最初に細胞をベレット化して濃縮
することなく、全尿をスクリーニングすること可能であ
る。単に、 250ufiの0.3M NaCl 0
.2MNaJDTA、 500μlプロテイナーゼK(
濃度10 mg /戚)および100μ!の1%SDS
を、250μ!の尿に添加して、この溶液を50℃にて
10〜20分間インキュベートする。
することなく、全尿をスクリーニングすること可能であ
る。単に、 250ufiの0.3M NaCl 0
.2MNaJDTA、 500μlプロテイナーゼK(
濃度10 mg /戚)および100μ!の1%SDS
を、250μ!の尿に添加して、この溶液を50℃にて
10〜20分間インキュベートする。
以後のすべての手順については、実施例1. Ifお
よび/または■に与えられている。精製された核酸は、
実質的に酸ムコ多糖類を含まずに得られる。
よび/または■に与えられている。精製された核酸は、
実質的に酸ムコ多糖類を含まずに得られる。
1、試率しυ」裂:
このNaOHによる手順は、上述の試料および他の試料
のいずれに対しても行い得る。塩基性の条件ではRNA
が分解されるので、 NaOH溶解はDNAの採取に用
いられるべきである。グリコフェーズQAHのようなガ
ラスのカラムマトリックスは、塩基性の条件によって害
を受ける。従って、 NaOHによって溶解させた試料
はカラムにかける前に中和すべきである。
のいずれに対しても行い得る。塩基性の条件ではRNA
が分解されるので、 NaOH溶解はDNAの採取に用
いられるべきである。グリコフェーズQAHのようなガ
ラスのカラムマトリックスは、塩基性の条件によって害
を受ける。従って、 NaOHによって溶解させた試料
はカラムにかける前に中和すべきである。
典型的には、大便、′尿、または血液を、 NaCl。
EDTA 、およびNaOHに懸濁するかまたは混合し
て。
て。
それぞれO,LMおよび0.5Mの濃度にする。これに
より、 pHは、約13となって溶解が容易になる。室
温で5〜20分間インキュベートし1次いで500μ!
の0.5M )リスアセテ−1・でpus、oに中和
する(最終容量1.0rd)。
より、 pHは、約13となって溶解が容易になる。室
温で5〜20分間インキュベートし1次いで500μ!
の0.5M )リスアセテ−1・でpus、oに中和
する(最終容量1.0rd)。
以後の手順については 実施例I、Ifおよび/または
■に記述した通りである。
■に記述した通りである。
1、拭對至■裂:
この実施例は全〈実施例■に従う。大便、尿。
または他の試料が用いられ得る。簡単には9例えば尿か
ら細胞を採取する。これらの細胞は、200μ2の8M
尿素に懸濁して溶解させる。必要に応ら 9 じて、(50°Cにて)5〜20分間加熱することによ
って、この溶解を促進させ得る。澄んだ溶解物は。
ら細胞を採取する。これらの細胞は、200μ2の8M
尿素に懸濁して溶解させる。必要に応ら 9 じて、(50°Cにて)5〜20分間加熱することによ
って、この溶解を促進させ得る。澄んだ溶解物は。
直ちに微小遠心して微粒子を除去し9次いで実施例■〜
■のように調製したカラムに直接注入する。
■のように調製したカラムに直接注入する。
以後の手順については、実施例1.■および/または■
に記述したとおりである。
に記述したとおりである。
上の実施例1−Vおよび■に記述された条件は。
特にDNAの単離と精製に関するものである。しかしな
がら、実施例■におけるNaOH溶解の手順がRNAの
単離には用いられないことを除けば、夾雑物を多く含ん
だ同種の生体試料からRNAを単離し精製するために、
実質的に同様の手順を用い得る。最適な精製に用いられ
るべき正確なNaC1のモル濃度は、調整する必要があ
るが、これは容易に行い得る。適当な注入/洗浄/溶離
のモル濃度は2本発明の原理に基づいて容易に決定し得
る。
がら、実施例■におけるNaOH溶解の手順がRNAの
単離には用いられないことを除けば、夾雑物を多く含ん
だ同種の生体試料からRNAを単離し精製するために、
実質的に同様の手順を用い得る。最適な精製に用いられ
るべき正確なNaC1のモル濃度は、調整する必要があ
るが、これは容易に行い得る。適当な注入/洗浄/溶離
のモル濃度は2本発明の原理に基づいて容易に決定し得
る。
同様に、 NaC1に代わる別のアルカリ金属の塩化物
を塩化アンモニウムとして用いる場合9本発明の目的を
達成するために必要なモル濃度は、最適なTIINA/
RNAの精製に必要なように予め決定し調整し得る。
を塩化アンモニウムとして用いる場合9本発明の目的を
達成するために必要なモル濃度は、最適なTIINA/
RNAの精製に必要なように予め決定し調整し得る。
実m
E、 co旦のDNAを0.2M NaClに懸濁して
、カラムに添加する。このカラムを少量の0.3M塩化
ナトリウム、および0.4M塩化ナトリウムで洗浄する
。
、カラムに添加する。このカラムを少量の0.3M塩化
ナトリウム、および0.4M塩化ナトリウムで洗浄する
。
これらの濃度では、 DNAは溶離しない。0.5M
NaC1を用いると、 DNAが溶出する。NaCl
をMCIに代えても、同じ溶出パターンが観察される。
NaC1を用いると、 DNAが溶出する。NaCl
をMCIに代えても、同じ溶出パターンが観察される。
LcoltのDNAを0.2M NH4Clに懸濁しカ
ラムに注入すると、やはりDNAは0.5M NH4C
lで溶離する。
ラムに注入すると、やはりDNAは0.5M NH4C
lで溶離する。
本発明の方法が発明の原理を依然として用いるように変
更し得ることは当業者に明らかである。
更し得ることは当業者に明らかである。
上述したように、陰イオン交換体カラム材料は。
塩化物の形であり、そして吸着、洗浄および溶離に対し
て9次第に増加するモル濃度の塩化物を用いるのが好ま
しいが、他のハロゲン化物(例えば。
て9次第に増加するモル濃度の塩化物を用いるのが好ま
しいが、他のハロゲン化物(例えば。
臭化物またはヨウ化物)も使用し得る。例えば。
ナトリウムまたはカリウムの臭化物またはヨウ化は、塩
化ナトリウムに対して述べたように使用し得る。この場
合、カラムは塩と同じ陰イオンの形。
化ナトリウムに対して述べたように使用し得る。この場
合、カラムは塩と同じ陰イオンの形。
すなわち臭化物を用いる時は臭化物の形、ヨウ化物を用
いる時はヨウ化物の形を用いる。
いる時はヨウ化物の形を用いる。
(発明の要約)
生体試料から核酸を単離し精製する本発明の方法は、陰
イオン交換体材料、好ましくはこのような材料の塩化物
形のものを用いて核酸を結合させる。次いで9次第にモ
ル濃度を上昇させたハロゲン化物、好ましくは塩化物を
用いて、核酸を吸着させ、洗浄し、そして溶出させる。
イオン交換体材料、好ましくはこのような材料の塩化物
形のものを用いて核酸を結合させる。次いで9次第にモ
ル濃度を上昇させたハロゲン化物、好ましくは塩化物を
用いて、核酸を吸着させ、洗浄し、そして溶出させる。
以上
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1、タンパク、色素、カルボキシル化ムコ多糖類、硫酸
エステル化ムコ多糖類、およびこれらの混合物でなる群
から選択された水溶性夾雑成分と共に、核酸を含有する
生体試料の水溶液から核酸を単離し精製する方法であっ
て、 (a)目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低い塩化物
のモル濃度で該目的の核酸を有効に結合する陰イオン交
換体カラム材料を選択すること; (b)該核酸が結合するような、上記の選択された陰イ
オン交換体材料であり、陰イオン基が塩化物の形である
陰イオン交換体材料を充填したカラムに該試料を注入す
ること; (c)該核酸が該カラム材料に結合し続ける塩化物モル
濃度であり、該核酸が溶離し始める最低の塩化物モル濃
度に接近した洗浄液濃度の塩化物水溶液によって、カル
ボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該カラムから
洗い流すのに十分な容量で該カラムを洗浄すること; (d)該目的の核酸が完全に溶離する最低の塩化物モル
濃度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水
溶液を、該カラムから該核酸を取り出すのに十分な容量
で該カラムに通過させることによって、該結合した核酸
を溶離させる一方で、硫酸エステル化されたムコ多糖類
を含む夾雑成分を該カラム中に残留させること;および (e)ムコ多糖類および他の夾雑成分を実質的に含有せ
ずに溶離された核酸を回収すること、を包含する方法。 2、前記核酸が、一本鎖のDNAおよびRNA、そして
ニ本鎖のDNAおよびRNAでなる群から選択される、
特許請求の範囲第1項に記載の方法。 3、前記核酸が、細胞またはウィルスの起源に由来する
、特許請求の範囲第1項または第2項に記載の方法。 4、前記試料が、病原体の検査を必要とする体液または
排泄物から調製される、特許請求の範囲第1項から第3
項までのいずれかに記載の方法。 5、前記試料が、糞便、血液、尿、または唾液から調製
される、特許請求の範囲第4項に記載の方法。 6、前記陰イオン交換体材料が、交換部位として第3ア
ミン基を有する、特許請求の範囲第1項から第5項まで
のいずれかに記載の方法。 7、前記陰イオン交換体材料が、交換部位として第4ア
ンモニウム基を有する、特許請求の範囲第1項から第5
項までのいずれかに記載の方法。 8、前記洗浄溶液および溶離溶液が、重力による流れに
よって前記カラムを通過する、特許請求の範囲第1項か
ら第7項までのいずれかに記載の方法。 9、前記洗浄溶液および溶離溶液が、塩化ナトリウムの
溶液である、特許請求の範囲第1項から第8項までのい
ずれかに記載の方法。 10、溶解した細胞またはウィルスの水溶性夾雑成分で
あり、タンパク、色素、カルボキシル化ムコ多糖類、硫
酸エステル化ムコ多糖類、およびこれらの混合物でなる
群から選択された水溶性夾雑成分と共に、核酸を含有す
る水溶液試料から、細胞またはウィルスの核酸を単離し
精製する方法であって、 (a)目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低い塩化物
モル濃度の水溶液で該目的の核酸を有効に結合する弱塩
基陰イオン交換体を含む第1のイオン交換体カラム材料
を選択すること; (b)該目的の核酸が溶離するモル濃度よりも低い水性
塩化物モル濃度であり、該第1のカラム材料の溶離モル
濃度に対応する結合モル濃度で該目的の核酸を有効に結
合する強塩基陰イオン交換体を含む第2のイオン交換体
カラム材料を選択すること; (c)塩化物の形の該第1のカラム材料および該第2の
カラム材料をそれぞれ充填した第1のカラムおよび第2
のカラムを、分離カラムまたは堆積カラムのどちらかと
して調製すること; (d)該目的の核酸が該第1のカラム材料に結合する該
第1のカラムであり、該弱塩基交換体を含む該第1のカ
ラムに該試料を注入すること; (e)該核酸が該第1のカラム材料に結合し続ける塩化
物モル濃度であり、該核酸が溶離し始める塩化物モル濃
度に接近した洗浄液モル濃度の塩化物水溶液によって、
カルボキシル化ムコ多糖類を含む非結合成分を該第1の
カラムから洗い流すのに十分な容量で該第1のカラムを
洗浄すること; (f)該目的の核酸が溶出し始める最低の塩化物モル濃
度に対応する溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水溶
液を、該第1のカラムから該核酸を取り出すのに十分な
容量で該第1のカラムに通過させることによって、該結
合した核酸を溶離させる一方で、硫酸エステル化された
ムコ多糖類を該第1のカラム中に残留させること; (g)該第1のカラム材料から溶離された該核酸を含む
該第1のカラムの溶出液を、該核酸が結合する該第2の
カラム材料を含む該第2のカラムに通過させること; (h)該核酸が該第2の材料から完全に溶離する最低の
塩化物モル濃度に対応し、該第1のカラムの溶離液より
も高い溶離塩化物モル濃度を有する塩化物の水溶液を、
該第2のカラムから該核酸を取り出すのに十分な容量で
該第2のカラムに通過させることによって、該結合した
核酸を溶離させること;および (i)ムコ多糖類および他の夾雑成分を実質的に含有せ
ずに単離され精製された核酸を回収すること、 を包含する方法。 11、前記カラムの両方が重力による流れによって操作
され、前記工程(d)の洗浄が前記第2のカラムについ
て行われる、特許請求の範囲第10項に記載の方法。 12、前記ムコ多糖類がカルボキシル化ムコ多糖類およ
び硫酸エステル化ムコ多糖類の両方を含み、該カルボキ
シル化ムコ多糖類が前記カラムの両方から洗い流され、
そして前記核酸が前記第2のカラムから取り出された後
も該硫酸エステル化ムコ多糖類が前記第1のカラムまた
は該第2のカラムのいずれかに残留している、特許請求
の範囲第10項または第11項に記載の方法。 13、前記試料が、糞便、血液、尿、および唾液でなる
群から選択された体液または排泄物から調製される、特
許請求の範囲第10項から第12項までのいずれかに記
載の方法。 14、前記第1の材料が陰イオン交換部位として第3ア
ミン基を有し、前記第2の材料が陰イオン交換部位とし
て第4アンモニウム基を有する、特許請求の範囲第10
項から第13項までのいずれかに記載の方法。 15、前記核酸が、一本鎖のDNAおよびRNA、そし
て二本鎖のDNAおよびRNAでなる群から選択される
、特許請求の範囲第10項から第14項までのいずれか
に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US936,163 | 1986-12-01 | ||
US06/936,163 US4935342A (en) | 1986-12-01 | 1986-12-01 | Method of isolating and purifying nucleic acids from biological samples |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPS63154696A true JPS63154696A (ja) | 1988-06-27 |
JP2564335B2 JP2564335B2 (ja) | 1996-12-18 |
Family
ID=25468257
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP62304407A Expired - Lifetime JP2564335B2 (ja) | 1986-12-01 | 1987-12-01 | 生体試料から核酸を単離し精製する方法 |
Country Status (8)
Country | Link |
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