JPS61502282A - 酵素剤を用いた触媒作用による核酸交雑方法 - Google Patents

酵素剤を用いた触媒作用による核酸交雑方法

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JPS61502282A JP50263585A JP50263585A JPS61502282A JP S61502282 A JPS61502282 A JP S61502282A JP 50263585 A JP50263585 A JP 50263585A JP 50263585 A JP50263585 A JP 50263585A JP S61502282 A JPS61502282 A JP S61502282A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 酵素剤を用いた触媒作用による核酸交雑技術人また1 この発明は、一般に目的とするDNA断片を処理して既知の遺伝子配列に同定す るための交雑方法に関するものであり、特に中でもReCA蛋白質、1本鎖のD NA結合蛋白質(SSB)およびアデノシントリフオスフェート(A丁P)から なる酵素交雑剤を用いて触媒作用が付与された交雑方法に関するものである。
五I]す先 特定のサンプルにおいて既知の遺伝子配列の存在を同定するために用いられる核 酸交雑技術は、近年のバイオテクノロジーの多くの工程において、およびほとん どすべての遺伝子工学の分野において必要な要素となっている。適当な条件下で は、相補的な(相同性の)1本鎖の核酸は結合して2本鎖を形成する。この交雑 のプロセスは、2重の核酸分子をほぐして(溶かして)、ゆっくりとリアニール して古典的な2本鎖のへソックスを自然に形成させる条件を利用することにより 、一般に完成させることができる。このプロセスは、その厳格な特定性(相補的 な塩基配列の鎖のみが対になる)のため、プローブとして用いられているDNA の特定な1本鎖と相補的なりNA (目的の物質)の領域を捜して同定するのに 用いられている。
交雑の応用の技術の中でもサザン・プロット法は、関心のある配列を含んだポリ ヌクレオチド断片のサイズに関しての情報をも与えてくれるので、特に価値があ る。J、Mof、 Biol 、 、 ”tサン、 E、 M、 i!、 98 :503−517 (1975)を参照されたい。はとんどの場合、DNA断片 は、アガロースゲル中の電気泳動によってその大きざに従い分離され、アルカリ で処理されて1本鎖に変性されて次に中和される。次に膜または特別に処理され たペーパマトリックスにプロッティングすることにより移される。
電気泳動により、この移動は促進されるはずである。次に核酸の断片は、ペイキ ングによりマトリックスに固定される。次に核酸を含む結合したマトリックスを 、マトリック上の無関係のDNA結合サイトをマスクして、それによってバック グラウンドを減少させるために、相補的でないDNAの交雑前処理溶液中に曝す 。次に交雑を行ない、色々な組成の媒体および、できれば65−70℃の温度で 、プルーブのDNAを目的のDNAの結合したマトリックスとアニーリングする ことにより完成させる。成る構成では、50%以上のディメチルホルムアミドま たは他の危険な物質を含み、アニーリングにより交雑が行なわれるようにDNA の融点よりも低い温度で促進されている。
(先程特記した)サザンの最初の研究論文では、上述の内容から明らかなように 、非常の多大の時間を消費する操作であって、さらに大きさの異なる断片は異な る割合で電気泳動のゲルからプロッティングマトリックスに移される傾向にある 操作が記述されている。Meth 、 Enzmol 、 。
サザン、E、M、著、68:152−176<1979)を参照されたい。した がって、この方法の以上の点を克服できる変法を捜すという基本的なテーマの下 に多くの変法が報告されている。
このような変法の中で最も将来有望なものの1つは、原位置での(in 5it u)交雑であり、シンニック等によって最初に発表された。Nucl 、 Ac 1d 、 Res、 、 シンニック等著、2:1911−1929 (197 5)を参照されたい。この方法では、他のマトリックスに移動させることなく、 電気泳動のゲル中で直接に交雑を行なう。さらに最近報告された改良法では、電 気泳動のゲルが乾燥され、この乾燥したゲルを用いて交雑が行なわれている。A na+yt 。
31ochen、 、ボレロ等著、 128 + 393−397 (1983 )を参照されたい。
現今行なわれているDNAの交雑操作は、アガロースゲル中原位置で(in 5 itu)行なわれるか、または他のマトリックスに移した後行なわれているが、 次に示す工程と最小時間を必要としている。
(1) アルカリによる変性−1X2時間(2) 中和−1X2時間 (3) プロッティング(6時間)または電気泳動く2時間)による他のマトリ ックスへの任意の移動(4) 交雑前処理−1時間 (5) 交雑−6〜8時間、しかしながらおそらくは16〜20時間 (6) 厳重な洗浄−2時間 以上のように、アニーリングによる交雑には、少なくとも12時間、多くの場合 24時間費される。
乾燥したゲル上(たとえばゲルの表面で)起こる交雑は、プルーブ物質がゲルの 内部に移動するという限定的な条件のみをたかだか意味している。したがって、 ゲルの表面で交雑を十分に行なうためには、十分な目的のDNAが存在し、なけ ればならない。後者の点を考慮すると、工程(3)におけるプロッティングまた は電気泳動移動の固有の非能率と同様に、上記の工程(1)、(2)、<4)1 5よび(5)に含まれる時間のために、目的の物質が成る程度失われることは避 けられず、ここに従来技術の重要な問題点があることに気付くはずである。
この技術分野における従来技術は、米国特許4302204号、4358535 号、4395486号、3930956号および4342833号に記載されて いる。これらは関連する背景となるものである。また、次の文献も関連する背景 となる。
“大腸菌ReCA蛋白質の再結合活性”、ラディング、Cetl、25 二 3 −4 (July 1981)“明らかにされたReCAの役割”セジイウイッ ク、Nature 287:676−677(1980年10月23日)特許H E 61−502282 (3)“RecA I白質を触媒としたATPによる DNAの変性”、ワインストック等、 Proc 、 Natl 、 Acad  、 Sci、 USA、76巻、No、1.126−130頁(1979年1 月) “大腸菌RecA蛋白質により促進された相同性対合のキネティックスおよびト ポロジー”、ラデイング等、 QoldSpringHarbor 5yip、 Quant、Biol、、45:“RecA蛋白質およびDNAによる発生期の へテロ二重構造の形成”、ウー・等、Ce1l 、30:37−44.(198 2年8月) “Rec、6.蛋白質により促進されるDNA鎖交換における蛋白質に結合した 1本鎖のDNAの役割”、コックス等。
ジャーナル・オス・バイオロジカル・ケミストリー、285巻、No、4.25 77−2585頁(1983年2月25日)、および “ゲノム融合(GenOlill Fusion )″、ボッター等。
Co1d 3prina Harbor 5ylp 、 Quant、B io l 、。
45:371−383 (1980年)1LIL この発明は、一般に酵素交雑剤を用いた触媒作用による交雑方法に関するもので ある。
さらに特定的には、この発明は、目的のDNA断片を処理して既知の遺伝子配列 と同定するための交雑方法、すなわち、 担体上に目的のDAN断片を配置し、放射性標識化されたのプルーブDNAと触 媒酸素からなる交雑剤を形成し、所定の時間この交雑剤中に担体を浸漬し、少な くとも1つの洗浄液中で担体を洗浄し、担体をX線フィルムに当て露光し、放射 性標識化されたプルーブDNAを捜し出して検知するためX線フィルムを現像し 、次に既知の遺伝子配列と同定するという工程を含む方法に関するものである。
この発明は、アデノシントリフオスフェート(ATP)存在下での大腸菌バクテ リアからの2つの蛋白質、特にReCA蛋白質および1本鎖のDNA結合蛋白質 (SSP)が、溶液中で1本鎖のDNAを刺激して相同性の二重構造に移行させ るという事実の発見に関するものである。このRecA蛋白質は、相補的なりN Aの1本鎖の熱的なディアニーリングとは動力学的に異なる機構によって、DN Aの相同性の分子と対になるものと思われる。これは、相同性の1本鎖のDNA が対になり二重鎖のDNAを形成するか、もしくは1本鎖のDNAの2本鎖のD NAへの交換が促進されるものによると思われる。SSB DNA結合蛋白質は 、1本鎖のDNAがReCA蛋白質の媒介した2本鎖のDNAへ変換するのを増 大するように、協力して、1本鎖の領域にあるDNAと結合する。
この2つの蛋白質は、従来、DNAの再結合および回復の機構の研究のために用 いられていたものである。ざらに、38B DNA結合蛋白質は、電子顕微鏡に おいてDNAの1本鎖の領域を捜し出すために用いられていたものである。しか しながら、従来技術においてはこの2つの蛋白質の生化学的活性は証明されてい たが、DNA交雑におけるこれらの有用性は従来は知られていなかった。ざらに 、目的のDNAを、溶液ではなく、マトリックスまたは担体上に配置する場合の これらの2つの蛋白質の有用性も、従来技術では知られていない。
したがって、もう1つの発明では、マトリックス上の交雑に関し物理化学的な変 性/復元に対する適切で新規な、かつ素早い酵素交換について述べるものである 。この交換 1は、上述したように、従来の技術における固定化、変性、中和、 長期のインキュベーション、高い温度および厳重な洗浄の工程を回避することが できるものである。
この発明の方法に従えば、好ましくは、担体またはマトリックスが目的のDNA 断片の置かれるゲルフィルムを含むものぞある。しかしながら、後で述べるよう に、目的のDNA断片は、サザン・プロッティング法もしくはその変法によって 、そのようなマトリックスから他のマトリックスに移し変えることができ、それ に応じて交雑方法を進めることができる。
この発明は、次に掲げる成分からなる酵素の交雑剤の有用性についても言及する 。
4ONマイクログラムのRecA蛋白質28NマイクログラムのSSB DNA 結合゛蛋白質28ONマイクログラムのアデノシン5−トリフオスフェートの2 ナトリウム塩 10ONマイクログラムのボバインアルブミン6Nマイクロモルのトリス(Tr is)4Nマイクロモルの塩化マグネシウム (ここで、Nは交雑剤のミリリッター数を示す。)それゆえに、この発明の第1 の目的は、目的のDNA断片を処理して既知の遺伝子配列と同定するための酵素 触媒による交雑方法を提供することにある。
この発明の次の目的は、中でもReCA蛋白質、5SBDNA結合蛋白質および ATPから形成される酵素の交雑剤を提供することにある。
この発−明のさらに次の目的は、従来の方法に比べ非常に速い様式で、目的のD NA断片を処理して既知の遺伝子配4Jと同定可能な交雑方法を提供することに ある。
この発明のさらに次の目的は、拡散を少なくし工程を減らすことによりDNAの 損失を削減することを含む交雑方法を提供することにある。
この発明のさらに次の目的は、交雑していない残った放射性標識化されたプルー ブのDNAを、次の酵素の操作で再び使用する交雑方法を提供することにある。
以下に明らかにする、上記のおよび他のこの発明の目的ならびにこの発明の本質 は、以下の明llI書および添付した特イ(口U61−502282 (4)請 求の範囲を参照することによりより明らかに理解されるであろう。
この発明の最も好ましい− ここでこの発明について、さらに詳細に説明する。処理される目的のDNA断片 および交雑剤wA製の際にくまた以下に開示する特定の触媒酵素とともに)用い られる放射性標識化されたプルーブDNAは、次のようにして調製された。
目的のDN△ニラムダDNA−後m消化(Hind m digeStiOn  )断片(メリーランド、ゲゼルズブルグ1株式会社ベセスダ(3ethesda  )研究所)をサンプルウェル(DNAの総11.0または0,5マイクログラ ム)の中に置き、15x15cmの大きさのガラスプレートに取付けられたアガ ロ−昇スゲル(0,6%W/V)中で水平電気泳動により分子量に従って分離さ れ、アガロースゲルは目的のDNAを供与するため乾燥された。
プルーブDNA :放射性標識化されたプルーブDNAは、試薬キット(BRL 株式会社、メリーランド、ゲゼルズブルグ)および50マイクロCiのディオキ シチジン−5−一[α−@2P]t−リフオスフェート(アメルシャム(Ame rShall )株式会社2イリノイ州、アーリントンへイン)を用いて、1゜ 0マイクログラムのラムダDNAのニック翻訳より調製した。
酵素の交雑剤(5ミリリツター)は、次のようにして製造した。
プルーブDNA ; 200マイクログラムのReCA 蛋白質(P−Lバイオケミカル株式会社(P −L Biochemicals 、 1)iv、 of Pharmacia 、T nc、 ) 、ウイスコンシン、ミルウオーキー)140マイクログラム のSSP DNA結合蛋白質(ウオーシントン・ディアグノスティック・システ ム株式会社< Worthinaton D 1aanostic S yst ms ) 、ニュジャジー、フリーホールド) 1400マイクログラムのアデノシン5−トリフオスフェートの2ナトリウム塩 〈シグマケミカル会社(S igmaCheIIlical ) 、ニューズリ −、セントルイス)500マイクログラムのベンテックス・ボバイン・アルブミ ン(株式会社マイルス研究所(Miles 1−aboratorteS)、イ ンディアナ、エルクハート) 30マイクロモルのトリス(7ris)および20マイクロモルのpH7,4の 塩化マグネシウム(M2O止、) もちろん、種々の成分の量に比例して調節するため、より多いまたはより少ない 量の試薬を調製してもよい。
第1の例として、目的のDNA断片を含んだ乾燥ゲルフィルム゛(15x15c m)を、0.5MのNa OHおよび3MのNaCfLを含んだ溶液中に15分 間浸漬し、次に0゜5Mのトリスおよび0.3MのNaCQ中に15分間浸漬し 、さらに、標識化されたプルーブDNA、酵素および助因子を含んだ酵素剤(5 mll)中に浸漬した。次に、1時間37℃でインキニーベイトした。フィルム を付けたガラスプレートをゆっくりと掻き混ぜることにより、各洗浄において5 分間、合計6回洗浄した。4回の洗浄は50n12X 5SPE−1%5DS1 5す、最終の洗浄ハ5゜l立の○、IX 5SPE−1%SDSであった。注: 5SPEは、1リツターあたり、8.7 u+、のNaCQ、1゜38gmのN a H2PO4・H20、および0.37am、のEDTA (2ナトリウム塩 )pH7,4を含んでいる。
変性されていない目的のDNAI、:酵素的に交雑される$2p−標識化された プルーブのDNAは、−70℃でX線フィルムに24時間露光した後現像して放 射けい光法(radiofluorography )によって決定した。
第2の例として、アガロースゲルフィルム中の目的のDNAに酵素的に交雑を行 なう代わりに、目的のDNAをサザン・プロッティング法によりニトロセルロー ス膜に移し、ペイキングにより固定化した。次に酵素による交雑は、上述のよう に厳密に行なった(交雑剤中への浸漬から始めて)。
この操作においてプルーブDNAのいくらかは消費されてしまうが、薬剤中の酵 素は消費されてしまわないことに注目しなければならない。
この発明の方法および薬剤を用いることにより、次に掲げる利点が得られる。
〈1) 目的のD−NA断片の処理のための時間を、従来の技術では常に12〜 24時間であったものがわずかに2時間に短縮化される。
(2) この発明の方法を用いることにより、従来の技術での損失に比べ、DN Aの損失を結果として削減することができる。この削減されたDNAの損失は、 この発明の技術中のより少ない拡散およびより少ない工程数からもたらされるも のである。
(3) この発明の技術では、交雑されずに残った放射性標識化されたプルーブ のDNAを次の酵素の操作において再使用することができ、これはプルーブDN Aの調達/製造を含んだ費用を考慮すると特に有利なものとなる。
(4) この発明の技術により、さらに温和な条件で用いることができるという 利点が得られる。たとえば、標識化されたプルーブD N A 、酵素および動 因子を含んだ交雑剤中に浸漬された乾燥ゲルフィルムおよび目的のDNA断片の インキュベーションを、37℃1時間で行なうことができる。
(5) この発明の交雑方法では、その中で用いられている酵素の手法が、従来 用いられでいる熱的なアニーリング技術よりも多くの場合より効果的であるため 、高い感度を示すことに特徴づけられている。
(6) 最後に、この発明の交雑技術に従った処方では、特にその中に含まれる 工程数が少ないことから、簡単であ特衣O胚1−502282 (5) ることに特徴プけられている。
以上のこの発明の説明において好ましい形および実1M倒について記載したが、 この開示の精神および範囲内から逸脱しない範囲において詳細には色々な変化が 可能であることは明らかである。
補正書の写しく翻訳文)提出書(特許法第184条の7第1項)1、国際出願番 号 PCT/US85101026 2、発明の名称 酵素剤を用いた触媒作用による核酸交雑方法3、特許出願人 住 所 アメリカ合衆国、20007 ワシントン、ディ・シーエヌ・ダブリュ 、リザーヴワー・ロード、3900国 籍 アメリカ合衆国 4、代理人 住 所 大阪市東区平野町2丁目8番地の1 平野町八千代ビル23日9月19 85年 6、添付8類の目録 補正された請求の範囲 [1985年9月23日国際事務局受理二元の請求の範囲1−17を新しい請求 の範囲1−17(3頁)に置き換える〕 1゜ (a) 目的のDNA断片を担体上に配置し、(b) 放射性標識化され たプルーブDNAと、ReCA蛋白質および触媒の酵素として用いる1本鎖のD NA結合蛋白質を含んだ他の成分とから、交雑剤を形成し、(C) 所定の時間 担体を交雑剤中に浸漬し、(d) 少な(とも1つの洗浄液中で担体な洗浄し、 (e)X線フィルムを担体で露光し、 <IX線フィルムを現像して放射性標識化されたプルーブDNAを捜し出して検 知し、および(a) 現像されたX線フィルムを既知の遺伝子の配列の同定に関 係付ける各工程を備える、 目的のDNA断片を処理して既知の遺伝子配列と同定する交雑方法。
2、 前記担体がゲルフィルムを備える、請求の範囲第1項の方法。
3、 工程(a )が前記ゲルフィルム上のサンプルウェルの中に前記目的の( )NA断片を置き、電気泳動により重量に従って前記目的のDNA断片を分離す ることを備える、請求の範囲第2項の方法。
4、 工程(a)がガラスプレートにゲルフィルムを取付けることを含み、前記 工程(d )がゲルフィルムおよびガラスプレートを前記の少なくとも1つの洗 浄液中で洗浄することを備える、請求の範囲第2項の方法。
5o ゲルフィルムおよびガラスプレートが、最初50 IQ(7)2X 5S PE〜1%SDS中で洗浄される、請求の範囲第4項の方法。
6、 ゲルフィルムおよびガラスを、最終的に50nlの01IX 5SPE− 1%SO8中で洗浄する、請求の範囲第4項の方法。
7、 前記交雑剤の前記他の成分が前記酵素の交雑剤1ミリリッターに対し下記 の量からなる。請求の範囲第1項の方法。
E 4’ OマイクログラムのReCA蛋白質、28マイクログラムの1本鎖D NA結合蛋白質、280マイクログラムのアデノシン5−トリフオスフェートの 2ナトリウム塩、100マイクログラムのボバインアルプミン、6マイクロモル のトリス(Trys’)および4マイクロモルの塩化マグネシウム〕 8、 工程(b)において前記放射性標識化されたブルー、プDNAが1.0マ イクログラムのラムダDNAおよび50マイクロC+のデオキシチジンー5−− [α−52P]トリフオスフニー・トのニック翻訳により得られる、請求の範囲 第1項の方法。
9、 工程(e)が−70℃で24時間XI!フィルムの露?81BU61−5 02282 (6)光を備える、請求の範囲第8項の方法3゜10、工程(e) が−70℃で24時間Xtmフィルムの露光を備える1、請求の範囲第1項の方 法。
118 前記担体がプロツアイングマトリックスを備える、請求の範囲第1項の 方法。
12、 工程<a >がプロッティング法により前記目的のDNA断片を前記プ ロッティングマトリックスに移すことを備える、請求の範囲第11項の方法。
13゜ 前記プロッティング法がサザン・プロッティング法である、請求の範囲 第12項の方法。
14、 前記工程(d)が最初に担体を50m1の2XSSPE−1%SDS中 で洗浄することを備える、請求の範囲第1項の方法。
15、 前記工程(d)が最終的に担体を50+lの○。
IX 5SPE−1%SDS中で洗浄することを備える、請求の範囲第1項の方 法。
16、 放射性標識化されたプルーブDNAおよび、触媒の酵素を含む他の成分 から製造され、前記他の成分が酵素の交雑剤1ミリリッターの対して下記の量か らなる、酵素の交雑剤。
[40マイクログラムのRec、A、蛋白質、28マイクログラムの1本鎖DN A結合蛋白質、280マイクログラムのアデノシン5′トリフオスフエートの2 ナトリウム塩、100マイクログラムのボバインアルブミン、6マイクロモルの トリスおよび4マイクロモルの塩化マグネシウム]17、 1¥I記放射性標識 化されたプループDNAが、1゜0マイクログラムのラムダDNAおよび50マ イクロCiのデオキシチジンー5−−[α−” Pl トリフオスフェートのニ ック翻訳から得られる。請求の範囲第16項の交雑剤。
閑 協 tIi 審 報 失

Claims (17)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.(A)担体上に目的のDNA断片を配置し、(B)放射性標識化されたプル ープDNAおよび触媒の酵素からなる交雑剤を製造し、 (C)所定時間交雑剤中に担体を浸漬し、(D)少なくとも1つの洗浄液中で担 体を洗浄し、(E)X線フイルムを担体で露光し、および(F)X線フイルムを 現像して放射性標識化されたプループDNAを捜し出して検知し、それによって 既知の遺伝子配列と同定する各工程を備える、 目的のDNA断片を処理して既知の遺伝子配列同定するための交雑方法。
  2. 2.前記担体がゲルフイルムを備える、請求の範囲第1項の方法。
  3. 3.前記目的のDNA断片を前記ゲルフイルム上のサンプルウェルの中に置き、 電気泳動により重量に従って前記目的のDNA断片を分離することを工程(a) が含む、請求の範囲第2項の方法。
  4. 4.工程(a)においてガラスプレートにゲルフイルムを取付け、前記工程(d )においてゲルフイルムおよびガラスプレートを前記の少なくとも1つの洗浄液 中で洗浄する、請求の範囲第2項の方法。
  5. 5.ゲルフイルムおよびガラスプレートを、最初50mlの2X SSPE−1 %SDS中で洗浄する、請求の範囲第4項の方法。
  6. 6.ゲルフイルムおよびガラスプレートを、最終的に50mlの0.1X SS PE−1%SDS中で洗浄する、請求の範囲第4項の方法。
  7. 7.前記交雑剤が、所定量のRecA蛋白質およびSSBDNA結合蛋白質から なる、請求の範囲第1項の方法。
  8. 8.Nミリリッターの前記交雑剤が、40NマイクログラムのRecA蛋白質、 28NマイクログラムのSSB DNA結合蛋白質、280Nマイクログラムの アデノシン5′トリフォスフェートの2ナトリウム塩、100Nマイクログラム のボバインアルブミン、6Nマイクロモルのトリス(Tris)および4Nマイ クモルの塩化マグネシウムからなる、請求の範囲第7項の方法。
  9. 9.工程(b)が、1.0マイクログラムのラムダDNAおよび50マイクロC iのディオキシチジン−5′−[α−■2P]トリフォスフェートのニック翻訳 を備える、請求の範囲第1項の方法。
  10. 10.工程(e)が、−70℃で24時間X線フイルムに露光されることを備え る、請求の範囲第9項の方法。
  11. 11.工程(e)が、−70℃で24時間X線フイルムに露光されることを備え る、請求の範囲第1項の方法。
  12. 12.前記担体がプロッティングマトリックスを備える、請求の範囲第1項の方 法。
  13. 13.工程(a)がプロッティング法により前記プロッティングマトリックスに 目的のDNA断片を移すことを備える、請求の範囲第12項の方法。
  14. 14.前記プロッティング法がサザン・プロッティング法である、請求の範囲第 13項の方法。
  15. 15.前記工程(d)が50mlの2X SSPE−1%SDS中で担体を最初 洗浄することを備える、請求の範囲第1項の方法。
  16. 16.前記工程(d)が50mlの0.1X SSPE−1%SDS中で担体を 最終的に洗浄することを備える、請求の範囲第1項の方法。
  17. 17.40NマイクログラムのRecA蛋白質と、28NマイクログラムのSS B DNA結合蛋白質と、280Nマイクログラムのアデノシン5′トリフォス フェートの2ナトリウム塩と、100Nマイクログラムのボバインアルブミンと 、6Nマイクロモルのトリス(Tris)と、4Nマイクロモルの塩化マグネシ ウムからなり、ここでNが交雑剤のミリリッター数である、酵素の交雑剤。
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