JPS60500817A - ヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体の製造方法 - Google Patents

ヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体の製造方法

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JPS60500817A
JPS60500817A JP59501995A JP50199584A JPS60500817A JP S60500817 A JPS60500817 A JP S60500817A JP 59501995 A JP59501995 A JP 59501995A JP 50199584 A JP50199584 A JP 50199584A JP S60500817 A JPS60500817 A JP S60500817A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 ヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体の製造方法技m1分野 この発明は、ヌクレオシド・ホスホルアミダイト(nucleoside ph osphora′’m1dite) 中間体に関する。
背景技術 オリゴヌクレオチド合成における最近の主な技術革(1〜3) 新1d、Leis”°′°′ら7 K1h?Jlす′酸塩結合性0導入であった 。この方法は、デオキシオリゴヌクレオチ(4〜8) 、(9〜12) ド 、オリゴリボヌクレオチド 、および核酸類(13〜15) 化体 の合成に採用されてきた。一般に、その方法は適当な被保護°ヌクレオシ ド、メトキンジクロロホスフィンのような二官能性亜すイ酸塩化剤、および第2 の被保珈ヌクレオシドの反応を含む。テトラヒ、ドロフラン中のヨウ素、ルチジ ンおよび水を使用したおだやかな酸化が自然のヌクレオチド間の結合を生成する 。
酸化過程を変えることによって、セレノリン酸塩(14)1、 (+4) イミドリフ酸塩 およびチオリン酸塩(+4.+5)のようなリン類似体を生成 することができる。しかしながら。
この方法の1大な制約は2反応性の中間体(ヌクレオシド・ホスホモノクロリダ イトまたはモノテトラアゾリド)が不安定で加水分解および空気酸化する傾向に あることであった。この問題は1反応性の物質全使用面前に訓製するか、または 反応性亜すン酸塩ヲ−20℃でヘキサン中の沈殿物として貯蔵することによって 回避された。
新しい類のヌクレオシド亜リン酸塩の合成が−この問題を解決するだめの試みと して提案された。(16)こ上式におけるXはリン酸塩保護基:Yばある種の第 二アミノ基:Zはヒドロキシ保護基:Aは−H−−OHおよび−02からなる群 から選ぶ;そしてBはプリンおよびピリミジン塩基からなる群から選ぶ。
さらに詳しくは、Yは飽和第二アミノ基−即ち第二アミノ基に二重結合が存在し ないものである。さらに詳しく言うならば、YばNR1R2であって−R,およ びR2は別りにとるとそれぞれ炭素原子10個まで全含むアルキル、アラルキル 、2シクロアルキルおよびシクロアルキルアルキルを表わし:R1とR2は一緒 にとると主知に炭素原子5個までを含むアルキレン連鎖を形成し、全体で10個 までの炭素原子と前記連鎖の両末端原子価結合が♀累麿子に結合され、それにR 1らが結合される窒素原子と共にとるときには、窒素。
酸素および硫黄からなる群から少なくとも1つの追加へテロ原子を含む飽和窒素 複素環を形成する。
NR,R2基を誘導することができるアミンは5ジメチルアミン、ジエチルアミ ン、ジイソプロピルアミン、ジブチルアミン、メチルプロビルアミン、メチルヘ キシルアミン、メチルシクロプロピルケミン、エチルシクロヘキシルアミン、メ チルベンジルアミン2メチルシクロヘキシルメチルアミン、プチルソクロヘキシ ルアミン、モルホリン、チオモルホリン、ピロリジン、ピペリジン、2,6−シ メチルビベリジノ、ピペラジンおよび類似の飽和単環式窒素複素環のような種々 の飽和第二アミンを含む。
前記の式においてBで°表わされるリボヌクレオシドお工びテオキシヌクレオシ ド塩基は周知であって、プリン誘導体(例えば、アテニン、ハイボチサンチノお よびグアニン)、およびピリミジン誘導体(例えば。
ノドシン、ウラシルおよびチミン)を含む。
前記の式においてZで表わされる保護基はトリチル。
メトキシトリチル、ジメトキシトリチル、ジアルキル亜リン酸塩、ビバリルーイ ノブチルオキ7カルボニル、t−ブチル・ジメチルシリル、および類似の保護基 を含む。
Xで表わされるリン酸塩保護基は一限定ではないが、約10個までの炭素原子を 含むアルキル、アルケニル2アリール、アラルキル、およびシクロアルキルを含 む種々のヒドロカルピル基を含む。代表的なラジカルはメチル、ブチル、ヘキシ ル、フェネチル、ベンジル、シクロヘキシル、フェニル5ナフチル、アリルおよ びシクロブチルである。これらの中で、低級アルキル、特にメチルおよびエチル が望ましす。
こnらの化合物は、反応性ではなく、かつ先行技術の化合物のように不安定でな いと報告された。これらの化合物は普通の条件下でヌクレオシドの保護されてい ない5′−○Hまたは5’−OHと容易に反応することが注目さnた。さらに− こ扛らのホスホルアミダイトは普通の研究呈の条件下で加水分解および空気酸化 に対して安定であって、乾燥、安定粉末として貯蔵できると言われた。
最近、アセトニトリル溶液におけるこれらヌクレオシド・ホスホルアミダイトの 安定性が間炉になってき(Is、+9) た 。さらに、これらのヌクレオシド・ホスホルアミダイトの入手は、それらの 単離が容易でなく時間がかかるので、困難であることが指摘されてきた(20″ 21tその上、そtらの価格が高くて寄りつけないことが。
それらの使用金主に熟練した人に限定させているーこれらの欠点を緩和するため に一亜リン酸塩化学を用いたデオキシヌクレオチド(DNA)同意合成に対(2 0,21) する2、5の方法が提案された 。こ扛らの方法の主な特徴は、メトキシジクロ ロホスフィンまたはビス−(テトラゾリル)メトキシホスフィンのよりな二官能 性亜リン酸塩化剤で固体支持体を亜リン酸塩化することを含む。しかしながらD NA合成に対するこれらの方法は、少量の水分が連鎖伸長工程前または中に固体 支持体上に固定された極めて反応性のリン部分を加水分解するため、再現性の間 助が起る傾向にあると思われる。
他の問題は、吸湿性アミン塩酸塩の除去、およびデオキシヌクレオシド・ホスホ ルアミダイトの調製中に生成さnた複素環リノグの有害な亜リン酸塩化を破壊す るのに必要な問題となる水性仕上げ(+6) 、低温ヘキサン(−70℃)中に おいて前記デオキシヌクレオシド・ホスホルアミダイトのトルエンまたは酢酸エ チル溶液の沈殿からなるiしい単離工程(+6) 、これらのデオキシヌクレオ シド・ホスホルアミダイトをアセトニトリル溶液に長期間保存することによって 生じる安定性の問題;および取扱いが困難で大気中の水分に極めて敏感であるク ロロ−(N、N−ジメチルアミノ)メ(+6) トキシホスフィン 、クロロ−(N、N−ジインプロ(20,21) 。
ロロホスフィン 、ヒス−(テトラゾリル)メトキシホスフィン(2′)のよう l自燃性お工び/または反応性の亜すン酸−化剤の使用を含む。
従って、単純化された製造方法の提供が切望されている。
発明の開示 本発明により、自動化が容易にできると共に1手動の固相デオキシヌクレオチド (DNA )および/またはりボヌクレオチド(RNA )合成が望ましい場合 には、非化学者によって用いることが容易な単純化された方法が提供される。さ らに詳しくは1本発明は、対応する天然および非天然のヌクレオシドから元の位 置にデオキシヌクレオシドおよびリボヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体 を調製する便利な方法を包含する。この方法で調製されたヌクレオシド・ホスホ ルアミダイト中間体は適当な作用物質で活性化することができる。そして活性化 されたヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体は適当に保護されたヌクレオシ ドとの共役反応中に過剰に使用することができ、従って溶媒および周囲の環境か らの微量の水分に対する望ましい競争全保証する。
本発明の一笑施態様におけるヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体は1次式 で表わされる化学反応によって調製される: 本発明のもう1一つの実施態様におけるヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間 体は次式で表わされる化学反応によって調製される。
上記化学反応式の両方において、Xはり/酸塩保護基;各Yは第二アミノ基;Z はヒドロキシ保す基;弱酸は第二アミノ基の1伊のアミンのみを選択的にプロト ン化できるもの;各Aは−H1−〇Hおよび−OZからなる群から選択される; Bは天然および非天然プリンおよびピリミジン塩基からなる群から選択さnる; Gは複素環塩素保護基;各りは−Hおよび−02からなる群から選択される;E は−OHおよび−OZからなる群から選ぶ(但しくa1両方のA が同一で−H または−OZであり5 Eが一〇Hのとき、およびfb1両方のA とEが全て 同時に等しくないとき);nはO〜2の数; r 、 S−およびtはそ扛ぞれ Oまたはl(但し。
r+s+t=2 );溶媒は(a) I 、 IFお工び■を可溶化し、(b) 反応を進行さすことができるもの;そして■は反応性物質lのモル濃度に少なく とも等しいモル濃度で存在する(即ち、工の若干量は反応媒質中の水分または他 の汚染物質によって破壊さnうる。そしてかく損失された部分はこの比には含ま れない)。
また1次式(式中のXはメチルでるる)を有する新規の化合物も本発明の範囲内 に含まれる:発明t−笑施するための最良の形態 Xは実質的に全てのリン酸塩保護基が可能、である。
(s+−39) 多くのリン酸塩保幀基が当業者には仰られている 。
Xは炭素p子10個までを含むアルキル、ノ・ロアルキル、シアノアルキル、ア ルキルジアリールシリルアルキル、トリアルキルシリルアルキル、アリールスル ホニルアルキル、アルキルチオアルキル、アリールチオアルキル、アルケニル、 ハロアルケニル、アリール、ハo 71J−ル、アラルキル、ハロアラルキル、 ’/り。
アルキル、ハロシクロアルキル、有枝アルキル、および有枝ハロアルキルからな る群から選ぶことが望ましい。Xがメチルであることが最も望ましい。
R1とR2は、別々にとった場合には、炭素原子10個までを含むアルキル、ハ ロアルキル、アルケニル。
アラルキル、ハロアラルキル、シクロアルキル、ハロシクロアルキル、シクロア ルキルアルキル、ハロシクロアルキルアルキル、シクロアルケニリル、ハロシク ロアルケニリルを表わす、ここで各ハロゲン置換は窒素原子から除去された少な くとも5個の炭素原子であり、各不飽和は窒素原子から除去された少なくともC 1−Cs結合である(即ち、ハロゲン置換および/または不飽和はアミノ官能性 の塩基性度を余り低下させてはならない) i R’、およびR2は、−緒にと ったときには、主鎖に炭素原子5個までを含むアルキレン、ハロアルキレン、ア ルケニレン、オヨヒハロアルケニレンからなる群から選んだ連鎖を形成する。そ して該連鎖の両末端原子価結合と共に全体で10個までの炭素原子がR1お工び R7が結合される窒素原子に結合される。そして各ハロゲン置換原子は窒素原子 から除去された少なくとも5個の炭素原子であり、各不飽和は窒素原子から除去 された少なくとも02〜C3結合であるiRlおよびR3は、それらが結合され る窒素原子と共にとったときには、N、0およびSからなる群から選んだ少なく とも1つ余分のへテロ原子を含む飽和窒素複素環を形成する。さらに望ましいの は、各Yはジメチルアミン−ジエチルアミン、ジインプロピルアミン、シフ゛チ ルアミン、メチルプロピルアミン、メチルヘキシルアミン、メチルシクロプロピ ルアミン。
エチルシクロヘキシルアミン、メチルベンジルアミン、メチルシクロヘキシルメ チルアミン、ブチルシクロヘキシルアミン、モルホリン、チオモルホリン、ピロ リジン、ピペリジン、および2.6−シメチルビペリジンからなる群から選ぶこ とである。最適のYはピロリジンである0 2は実質的に全てのヒドロキシ保護基が可能である。
当業者には多くのヒドロキシ保珈基が知られている。
2はピキシル基(例えば、9−アリールキサンチン−9−イル)、トリアリール メチル基(例えばトリチル。
メトキシトリチル、トリメトキシトリチル、ジ−p−アユシルフェニルメチル、 p−フルオロフェニル−1−ナフチルフェニルメチル、p−アユシル−1−マフ チルフェニルメチル、ジー0−アユシル−1−ナフチルメチル、ジーO−アニシ ルフェニルメチル、およびp−)リルジフェニルメチル)、ジアルキルニリン酸 塩基。アルキルカルボニル基(例工ば、ベンソイル)。
トリアルキルシリアルギルオキシカルボニル基、アリールオキシカルボニル基− アルコキ7力ルボニル基(例えば、インブチルオキシカルボニル)、了り−ルス ルホニルアルコキシカルボニル基、’!’)−にチオアルキルオキシカルボニル 基、アラルキル基、アルキル基、アルケニル基、トリアルキルシリル基、ケタル 官能基(例えば、テトラヒドロピラニル、Il−メトキシテトラヒドロプラン− 4−イル)、およびアセタール官能基からなる群から選ぶことが望ましい。
本発明に用いることができる種々のヌクレオシドは第1表に示すものを含む。
2′−A−5’−Aのときには、2’7Aおよびうr−Aは−OHでないことが 望ましい。さらに望ましくは、ヌクレオシドは第1表のヌクレオシドう、5.1 2およびillによって表わさnる式を有することである。
ヌクレオシドが2つの一02置換基を含むときは、一方の2保拘基は他方を脱保 穫することなく脱保循できることが必須である。これは周知の方法で達せられる 。例えば、1つのZがトリチルであって第2のZがベンゾイル、トリアルキルシ リル、テトラヒドロピラニル、または他のケタルまたはアセタール官能基からな る群から選ぶ場合には、トリチルは弱酸またはルイス酸(例えば、臭化亜鉛)に よって他の保護基を除去することなく除去することができる。同様に、一方の保 護基がトリチルで、他方がベンゾイルである場合5ベンゾイル基は塩基性の条件 下でトリチル基を除去することなく除去することかでさる。同様に、一方の保護 基がトリチルで他方がトリアルキルシリルである場合、トリアルキルシリル基は フッ化物イオンで処理することによってトリチル基全除去することなく除去する ことができる。
Bは実雀的にいずれの天然または非天然リボヌクレオシドまたはデオキシヌクレ オシド塩基も可能である。
そのような塩基は限定ではないがプリン誘導体2例えばアデニン。ハイポキサン チンおよびグアニン、ピリミジン誘導体1例えばシトシン、ウラシルおよびチミ ン、並びにそれらの同族体および類似体を含む。
Gは実質的にいずれの複素環塩基保護基も可能である。当業者には多くの複素環 塩基保護基が知られている(23−33)。Gは複素環塩基に対応するアミノ、 イミド。
およびアミド保護基からなる群から選ぶことが望ましい。そのようなアミノ、イ ミド、お工びアミド保腹基は、限定ではないが、トリアリールメチル、トリアル キルシリルアルキル、アリールチオアルキル、アリールアルキル、シアノアルキ ル、フタロイル、アリール。
アリールオキシカルボニル、アルコキシカルボニル。
アリールカルボニル、アルキルカルボニル、およびN−ジアルキルアミノメチレ ンを含む。
数字nは複素環りζグ上の1個以上の反応性官能基が保積されるように選ぶ。こ の点の説明を第■表に示すO 第 π 表 チミン lO〜10 シストシン 1 0〜11 グアニン 2 0〜2 1〜2 ハイポキサンチン 1 0〜10 ウラシル l O〜11 rは1であることが望ましい。
弱酸は水中約25℃において約75〜約11のpKを有することが望ましい、さ らに望ましくは約8〜約9、最適には約82〜約a5のpKfr有することが望 ましい。さらに1弱酸は、1.2.4−)リアゾール;1.2.5−)リアゾー ル;4,5−ジクロロイミダゾール:11−ニトロイミダゾール;5−クロロト リアゾール;ベンゾ) IJアゾール;およびそnらの混合物からなる群から選 ぶことが望ましい。さらに望ましくは1弱酸は4,5−ジクロロイミダゾール、 ベンゾトリアゾール、およびそれらの混合物からなる群から選ぶ。最適の弱酸は 4.5−ジクロロイミダゾールである。
溶媒はテトラメチル尿素、N、N−ジメチルアセトアミド、1−メチル−2−ピ ロリジノン、N、N−ジメチルホルムアミド(DMF)、ジオキサン、テトラヒ ドロフラン(THF)、酢酸エチル、クロロホルム。
1、う−ジメチルー2−イミダゾリジノン、N、N′−シンfk −N 、 N −プロピレン尿素、それらの同族体および類イU体、そtらの混合体からなる群 から選ぶことが望ましい。さらに望ましくは、溶媒はテトラメチル尿素、l 、  5−ジメチル−2−イミダゾリジノン。
1−メチル−2−ピロリジノン、およびそfらの混合体からなる群から選ぶ。さ らに、溶媒は無水(即ち。
0.06%以下の水を含む)であることがStしい。
その化学反応は便利な温度で行なうことができる。
この温度は反応混合体の凍結点から沸点までの範囲に及ぶ。化学反応は室温付近 での実施が望ましい。
化学反応の実施には便利な時間全採用することができろう例えば5反応時間は数 秒から1日以上にすることができる。しかしながら1反応はできるだけ速く(典 型的には約5〜15分間、さらに望ましくは約10分間)行なうことが望ましい 。
■は反応性物質Iニジも高モル濃度で存在することが望ましい。さらに望ましく は、m:反応性官能基のモル比はL2:1である。
工と■の相対的モル濃度は重要ではないが、■のモル濃度は!のモル濃度の少な くとも2倍であることが望ましい。さらに望ましくは、πのモル濃度はlのモル 濃度の約2〜5倍である。最適には、■のモル濃度 −はIのモル濃度の約4倍 である。
反応物質は便利な順序で添加することができる。しかしながら0本発明の一工程 回転実施態様に関しては。
mを含む溶液に工を添加することが望ましい−この望ましい順序は1反応の経過 中における副産物の生成を少なくすると考えられる。
か〈生成さnたヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体は、適当な剤2例えば IH−テトラゾールで活性化させることができる。そして過剰の被活性化ヌクレ オシド・ホスホルアミダイト中間体は周知の液体ま(16,22) たは固相法 における適当な被保護ヌクレオシドとの共役反応中に使用すること ができる。従ってこの方法は、溶媒並びに周囲環境からの極微量水分に対する望 ましい競走を保証する。
共役反応は固相法で実施することが望ましい。
次の実施例は5本発明の説明のためのものであって。
本発明の限定を意図するものではない。
ビス−(N、N−ジメチルアミノ)メトキシホスフィンの調製100 mlの丸 底フラスコ中で一15℃に冷却された01モルのメトキシジクロロホスフィノに 一窒素雰囲気下でN、N−ジメチルアミノトリメチルシラノ(021モル)を約 50分かけて1滴ずつ添加した。次にその反応混合体を冷浴から取り出して、環 境温度で約1時間かくはんした。反応経過中に生成したクロロトリメチルシラン は減圧(水アスピレータ−)下で除去した。
残った物質は温度58〜11O℃、圧力i5mayで蒸留した。濁った液体は中 位気孔率のガラス焼結漏斗を介してろ過した。物理的な特性は次のように固定さ れた: lHNMR(CDIJ3 )=5.5ppm(a、−0CR3,3H)JP−H −15Hzそのスペクトルは外部TMSレファレンスに関して記録された。51 PNMR(CD(J3 )ニー158.18ppm(外部85 % H3Po4 レファレンスに関シテ)。
透明液体の密度は25℃において0956II/ll1l!であつた。
100dの丸底フラスコ中で一15℃に冷却された01モルのメトキシジクロロ ホスフィンに、窒素雰囲気下でN−トリメチルシリQピロリジン(021モル) を約50分かけて1滴ずつ添加した。次にその反応混合体を冷浴から取り出して 、環境温度で約1時間がくはんした。その反応過程で生成されたクロロトリメチ ルシランは減圧(水アスピレータ−)下で除去した。
残留した物質は温度66〜68℃、圧力0.16 sm H1で蒸留した。濁っ た液体は中位気孔率のガラス焼結漏斗を介してろ過した。その収率は82%であ った。物理的特性は次のようだ同定さ扛た: lHNMR(CDC13) : s、itppm (d 、 0CH3)J p −H=15Hz3.1ppm(m、 −N−CH,) 1.8ppm(m、 −CH2−CH2)スペクトルは外部TMSレファレンス に関して記録された。
5LPNMR(CDC4)ニー1511.Olppm(85%H3P0.レファ レンスに関して)0 25℃における透明液体の密度はL 057 tt/”であ100 mlの無水 エチルエーテル中のメトキシジクロロホスフィン(15g、O,11モル)に、 窒素雰囲気下、−15℃において100 mlの無水エチルエーテル中のN、N −ジイソプロピルアミン(lI4.5 y、 0.llIIモル)を約50分か けて一滴ずつ添加した0次にそのけん濁液を冷浴から取り出して、環境温度にお いて約1時間かくはんした。次にアミン塩酸塩をろ過し7無水エーテル100  IIItで洗浄した。ろ液から過剰のニーチルは大気圧下で蒸留除去した。残っ た物質は、ろ過によって残留アミン塩酸塩から分離し、59〜61℃。
Q、 2 [HIにおいて分別沸とうを与えるために高真空下で蒸留した。その 収率は79%であった。物理的特性は次のように同定された: la NMR(CDC13): 3うppm(d、−0CH3)JP−〇=14 H,z。
5.4ppm(m、−N(CH)2) LOppm(d、−CH(CHs )x )51 NMR(CDC4)ニー13 L8ppm(外部の85%H,PO,レファレンスに関して)0 26℃における透明液体の密度は0.9119 / meであ■ [[[、B=1−チミニル d m t = シー p−アニシルフェニルメチル例2でpg t、eビス− (ピロリジノ)メトキシホスフィン(Ia:0.25mmol)io、5mJの 乾燥1−メチル−2−ピロリジノン中のゲー被保護デオキシヌクレオシド(m  ; 0.28mmol)およびヰ、5−ジクロロイミダゾール(]I ; 1. 00 mmol)の、蓄液に注入した、うIPNMRは一少量の対称的なジヌク レオシド・モノ亜リン酸塩V(−159,7ppm ; 8.8%副産物)と共 にヌクレオシド ホスホルイミダイ)■aのはソ定量的収率オリゴマーの調製 ポリヌクレオチド合成への新規合成法全試験するために1次の実験を行った。乾 燥1−メチル−2−ピロリジノン(0,5ml )中の5′−被保穫ヌクレオシ ドIa(155Mg、 0.28mmol)と4.5−ジクロロイミダゾール( It 、 1561ng、 1. OOmmol)の溶液に、窒素雰囲気下、環 境湿度において50μlのビス−(ピロリジノ)メトキシホスフィン−(Ia  ; 0.25mmoL)を添加した。約10分後、LH−テトラゾールの05M アセトニトリル溶液250μ!中にけん濁した1Lモルのジオキシチミジンで誘 導された固体支持体50119に含む14 mlのガラスびんに70μl (2 5mmol)の貯蔵溶液を注入した。その反応混合体は室温で約5分間部とすし −THF:2.6−ルチシン:H,O(2:1:2)の溶液1.5 mlで冷却 し、普通の方法に従って酸化した。標準の脱保護の後1反応生成物を高性能液体 クロマトグラフ法によって分析した。d(TpT)の高収率(〉95%)と若干 量(〈5%)の未反応チオキシチミジンが観察された。d(CpT)、d(Ap T)およびd(G T)も95%以上の収率で生成さnた。
これらの生成物は市販の本物の試料に厳密に同一であ例5に示した方法に従って 1次のオリゴヌクレオチドをうまく調製した: d(GCATC()CCA()TCACTATC)GCGT)全体の収率は約5 0%であった。これ(d平均収率99.4%が各工程で得られることを意味する (lj98nmの波長において7×10の吸光度を用いてジメトキシトリチル陽 イオ・ンから分光的に潰11定)、−その場でのヌクレオシド・ホスホルアミダ イトの調製に1式の化合物の選択的活性化を用いて、ここに開示した合成法は。
自動化さ扛た固相DNAおよびRNA合成用に優れた手段である。現存する方法 に比べて水沫の利点のいくつかは次の通りである。
デオキシヌクレオシド・ホスホルアミダイトの調製中に生成さnる複素環リング の有害な亜リン酸塩化の破壊、および吸湿性アミン塩酸塩の除去に必要′す水性 仕上げの排除(16)。
ヘキサン中における(−70℃)デオキシヌクレオシド・ホスホルアミダイトの トルエンまたは酢酸エチル溶液の沈殿からなる困難な単離操作の排除(+ 6  )。
その場所で作ら;tttデヌクレオシド・ホスホルアミダイトが一般に比較的短 期間で消費これるため、アセトニトリル溶液中にデオキシヌクレオシド・ホスホ ルアミダイトの長期放置によって生じる安定性の問題の排除。
取扱いが困難であり、大気中の水分に極めて敏感であるところのクロロ−(N、 N−ジメチルアミノ)メトキシホスフィン(16)、クロロ(N、N−ジイソプ ロピホスフィ、(20、21)−ビス−(テトラゾリル)メトキシホスフィン( 21)のような自燃性お工び/または反応性の亜リン酸塩化剤の排除。
1式の化合物は、対応するクロロホスフィンに比較して大気中の水分に対して極 めて安定であるため、容易に調製されると共に取扱いが安全である。
従って、適当な活性化剤によってその場所で生成されたヌクレオシド・ホスホル アミダイト中間体の効率的な活性化を介した高結合収率と共に、1式の化合物の 選択的活性化を介した高収率でヌクレオシド・ホスホルアミダイト中間体に変換 される安定な被保眸ヌクレオシドの使用は、本発明の方法を自動化しやすぐする と共に、固相またに液相のDNAおよび/またはRN A、の手動合成が望捷し い場合には非化学者による使用をしやすくする。
当然のことなから−この開示に基いて、多くの他の改良および分枝が当業者には 示唆さするであろう。そnらは本発明の範囲内に包含されるものである。
文 献 Poznan、Po1and、0ctober 1976、 pp、 1115 −155゜1980、Pergamon press、’ 0xford、En gland。
9、Daub et al、、J、Am、Chem、Sac、 99.5526 −5528and references therein、See also ○gi、1vie et al、。
Can、J、Chem、、 5L 26g6−2695(1980)。
12.0g1lvie et al、、Tetrahedron Lett、+  21. 11159−111.G2(1980)。
1g62(1981)。
17、Unpublished U、S、Patent Applicatio n。
18、McBride et、’a1.. Tetrahedron Lett 、、2L 2115−21186(1983)。
20、Jayaraman et 、al、、Tetrahedron Let t、、23.5577−551!0(1982)。
Setlow et、aL、、Phenum Press、N、Y、(1982 )pp、1−17゜711−711+(1985)。
2949−2955(19i) 29、Rappoport et al、、J、Am、Chem、Sac、、1 oll。
5702−57i(1982)。
47g91792(19g2)。
1う5−215(1979’)。
59、 Kossel et al。、 Fortschr、 Chem、 O rg、 Natur、。
1599(1983)。
国際調査報告 1■可・

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1 次式によって表わされる化学反応 上式におけるXはリン酸塩保護基である:各Yは第二アミンの基である: Zはヒドロキシ保j基である; 前記弱酸は前記第二アミノ基の1つのアミンだけを選択的に保誇することができ る; 各Aは−H−−OH−および−○Zからなる群から選ぶ; Bは天然および非天然のプリンおよびピリミジン塩基からなる群から選ぶ; Gは複素環塩基保護基である; 各りは−Hおよび−OZからなる群から選ぶ;Eは−○Hおよび−0,2から万 る群から選ぶ、但いa)両方のAsが同一で、かつ−Hまたは−oz。 従ってEが−○Hであるとき、および(b)両方のAsが同一で、かつ−OH, 従ってEが−OZであるとき、。 nは0〜2の数である; r、sお工びtはそnぞnoまたは1.但しr+s+t=2; 前記溶媒は(al I −1[およびmf可溶化し、(b)前記反応を進行さザ ることかできる;そして■は反応性Iのモル濃度に少なくとも等しいモル濃度で 存在する。 2、I[[が反応性Iよυ高モル濃度で存在し;■が1のモル濃度の少なくとも 2倍のモル濃度で存在することを特徴とする請求の範囲第1項に記載の化学反応 。 う ■が■のモル濃度の約2〜約5倍のモル濃度で存在することを特徴とする請 求の範囲第2項に記載の化学反応。 4 ■゛反応性Iのモル比が約L2:1であり。 ■=1のモル比が約4.1であること全特徴とする請求の範囲第う項に記載の化 学反応。 5 前記弱酸が820中約25℃において約75〜約11のpKk有することを 特徴とする請求の範囲第1頌に記載の化学反応。 6 前記弱酸のpPξが約8〜約105であることを特徴とする請求の齢囲第5 項に記載の化学反応。 7 前記弱酸のpKが約8〜約9であることを特徴とする請求の範囲第6項に記 載の化学反応。 8 前記弱酸のpKが約82〜約85であることを特徴とする請求の範囲第7項 に記載の化学反応。 R,とR2の各々は、別々にとったとき、炭素原子10個までを含むアルキル、 ハロアルキル、アルグニル、ハロアルケニル、アラルキル、ハロアラルキル、シ クロアルキル、ハロシレロアルキル、シクロアルキルアルキル、ハロシクロアル キルアルキル。 シクロアルケニル、ハロシクロアルケニル、ヲ表わし、各ハロゲン置換は窒素原 子から除去された少なくともうつの炭素原子であり、各不飽和は窒素原子から除 去さ扛り少なくとも02〜C3結合である:R,とR2は、−緒にとったとき、 主鎖に炭素原子5個までを含むアルキレン、ハロアルキレン2アルケニレン、お よびハロアルケニレン連鎖からなる群から選んだ連鎖を形成し、該連鎖の両末端 原子価結合と共に合計10個までの炭素原子が−R,お工びR2に結合さ九る前 記窒素原子に結合さ扛、各ハロゲン置換原子は窒素原子から除去さnた少なくと もう個の炭素原子であり、各不飽和は窒素原子から除去さ扛た少なくともC2〜 C1結合である;R+ とR2は、結合される前記窒素原子と一緒にとったとき −N、○、およびSつ・らなる群から選んだ少なくとも1個の追加へゾロ原子ケ 含む飽和窒素複素環を形成する; 前記弱酸はH20中25℃において約75〜約11のpKを有する。 前記溶媒はテトラメチル尿素、 N 、 N−ジメチルアセトアミド、1−メチ ル−2−ピロリジノン、N。 N−ジメチルホルムアミド、ジオキサン、テ)7ヒドロフラン、酢酸エチル、ク ロロホルム、l、う−ジメチル−2−イミダゾリジノン−N、N−ジメチルーN 、N’−プロピレン尿累、それらの同族体および類似体、およびそれらの混合体 からなる群から選ぶ: ■は反応性工より高いモル濃度で存在する;そして ■はIのモル濃度の少なくとも2倍のモル濃度で存在することを特徴とする請求 の範囲第1項に記載の化学反応。 10 各Yはジメチルアミン、ジエチルアミン、ジイソプロピルアミン、ジブチ ルアミノ、メチルプロピルアミン、メチルヘキシルアミン、メチルシクロプロピ ルアミン、エチルシクロヘキシルアミン、メチルペンジルアミノーメチルシクロ ヘキシルメチルアミン、ブチルシクロヘキシルアミン、モルホリン、チオモルホ リン、ピロリジン、ピペリジン、および2゜6−シメチルピペリジンからなる群 から選び:前記酸のpKが約8〜約105であシ;■がIのモル濃度の約2〜約 5倍のモル濃度で存在すること全特命とする請求の範囲第9項に記載の化学反応 0 11 前記弱酸のpKが約8〜約9であること全特徴とする請求の範囲第10項 に記載の化学反応、12 前記弱酸のpKが約82〜約85であることを特徴と する請求の範囲第11頌に記載の化学反応。 lう 前記弱酸は1.2.ll−トリアゾール;1.2゜5−トリアゾール;キ 、5−ジクロロイミダゾール;4−°ニトロイミダゾール、う−クロロトリアゾ ール;ベンゾトリアゾール:およびそれらの混合体からなる群から選ぶことを特 徴とする請求の範囲第12項に記載の化学反応。 111、前記弱酸はキ、5−ジクロロイミダゾール、ベンゾ) l)アゾールお よびこれらの混合体からなる群から選ぶことを特徴とする請求の範囲第1う頂に 記載の化学反応。 15 前記弱酸が4.5−シクロロイミダゾールでアリ1前記溶媒がテトラメチ ル尿素、1,5−ジメチル−2−イミダゾリジノン、1−メチル−2−ピロリジ ノン、およびこれらの混合体からなる群から選び;■:反応性工のモル比が約1 2:1であり;■:■のモル比がrllI:1であることを特徴とする請求の範 囲第6頌に記載の化学反応。 16 次式によって表わされる化学反応。 Y (I) (I[) (■)− 上式中における又はリン酸塩保護基である;@Yは第二アミノ基である; Zはヒドロキシ保護基である; 前記弱酸は前記第二アミノ基の1個のアミンだけ全選択的に保護することができ る; 各Aば−H−−OHおよび−02からなる群から選ぶ; Bは天然および非天然のプリンおよびピリミジン塩基からなる群から選ぶ; Gは複素環塩基保護基である: 各りは−Hおよび−OZからなる群から選ぶ:Eは−OHおよび−OZからなる 群から選ぶ、但しくa)両方のAsが同一で、−Hまたは○Zであり。 従ってEが−OHのとき、(b)両方のASが同一で。 −OHであり、従ってEが−O2であるとき;nは0〜2の数である: r、sおよびtはそれぞれOまたはlである。但しr→−s + t −2;前 記溶媒は(a)I−Ifおよびm2可溶化し、(b)前記反応を進行させること ができる:そして ■は反応性工のモル濃度に少なくとも等しいモル濃度で存在する。 17、IIIが反応性■より窩いモル濃度で存在し;■が工のモル濃度の少なく とも2倍のモルi度で存在することを特徴とする請求の範囲第16頌に記載の化 学反応。 18 ■がIのモル濃度の約2〜約5倍のモル濃度で存在すること全特徴とする 請求の範囲第17項に記載の化学反応。 19 ■6反応性工のモル比が約12.1であり−nilのモル比が約l+=1 であること全特徴とする請求の範囲第18項に記載の化学反応。 20 前記弱酸がH20中約2う℃において約75〜約11のpKk有すること 全特徴とする請求の範囲第16頂に記載の化学反応。 21 前記弱酸のpKが約8〜約105であることを特徴とする請求の範囲第2 0項に記載の化学反応。 22 前記弱酸のpKが約8〜約9であることを特徴とする請求の範囲第21項 に記載の化学反応。 2う 前記弱酸のpKが約82〜約85であることを特徴とする請求の範囲第2 2項に記載の化学反応。 R1とR2の各々は、別々にとったとき、炭素原子10個までを含むアルキル、 ハロアルキル、アルケニル−ハロアルケニル−アラルキル、ハロアラルキル、シ クロアルキル、ハロシクロアルキル、シクロアルキルアル、キル、ハロシクロア ルキルアルキル。 シクロアルケニル、ハロノクロアルケニル、i表。 し、各・・ロゲン置換は窒素原子から除去された少なくともうつの炭素原子であ り、各不飽和は窒素原子から除去された少なくとも02〜C3結合である;R1 とR2は、−緒にとったとき一生鎖に炭素原子5個1で全含むアルキレン、/・ ロアルキレン、アルケニレン、およびハロアルケニレン連鎖からなる群から選ん だ連鎖を形成し2該連鎖の両末端原子価結合と共に合計10個までの炭素原子が 、R1およびR2に結合される前記窒素原子に結合され、各ノ・ロゲン置換原子 は窒素原子から除去された少なくともう個の炭素原子であり2各不飽和は窒素原 子から除去された少なくとも02〜C3結合である:R1とR2は、結合される 前記窒素原子と一緒にとったとき、N、0.およびSからなる群から選んだ少な くとも1個の追加へテロ伸子を含む飽和窒素複素環全形成する: 前記弱酸はH20中25℃において約75〜約11のpKを有する; 前記溶媒はテトラメチル尿素、N、N−ジメチルアセトアミド、1−メチル−2 −ピロリジノン、N。 N−ジメチルホルムアミド、ジオキサン−テトラヒドロフラン、酢酸エチル、ク ロロホルム、1.う−ルーN、N−プロピレン尿素、それらの同族体および類似 体、およびそれらの混合体からなる群から選ぶ: ■は反応性■より高いモル濃度で存在する。そして ■は工のモル濃度の少なくとも2倍のモル儂度で存在すること全特徴とする請求 の範囲第16項に記載の化学反応。 25 各Yはジメチルアミン、ジエチルアミンージイソプロピルアミン5ジブチ ルアミン、メチルプロピルアミン、メチルヘキシルアミン、メチルシクロプロピ ルアミン、エチルンクロヘキシルアミン、メチルベンジルアミン、メチルシクロ ヘキシルメチルアミン5ブチルシクロヘキシルアミン、モルホリン、チ7オモル ホリン、ピロリジノ2ピペリジン、および2゜6−シメチルピペリジンからなる 群から選び:前記酸のpKが約8〜約105であり;■がIのモル濃度の約2〜 約5倍のモル濃度で存在することを特徴とする請求の範囲第21I項に記載の化 学反応。 26 前記弱酸のp’Kが約8〜約9であること全特命とする請求の範囲第25 項に記載の化学反応。 27 前記弱酸のpKが約82〜約85であることを特徴とする請求の範囲第2 6項に記載の化学反応。 28 前記弱酸は1,2.11−トリアノール;1,2゜ウートリアノ゛−ル; 4,5−ジクロロイミダゾール:稀−二トロイミダゾール:5−クロロトリアゾ ール;ペンツ゛トリアノ゛−ル;およびそれらの混合体からなる群から選ぶこと を特徴とする請求の範囲第27項に記載の化学反応。 2つ 前記弱酸は4,5−ジクロロイミダゾール、ベンゾトリアゾールおよびこ れらの混合体からなる群から選ぶことを特徴とする請求の範囲第28項に記載の 化学反応。 50 前記弱酸が4,5−ジクロロイミダゾールであり:前記溶媒がテトラメチ ル尿素、1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノン、1−メチル−2−ピロリジ ノン、およびこれらの混合体からなる群から選び;■:反応性■のモル比が約L 2:1であり;■:工のモル比が約4.lであることを特徴とする請求の範囲第 29項に記載の化学反応。 51 次式(式中の又はメチルである)を有する化合物。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010512169A (ja) * 2006-12-12 2010-04-22 インテグレイテッド ディーエヌエー テクノロジーズ, インク. 高濃度のグアニン・モノマーを含有するオリゴヌクレオチド

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5071974A (en) * 1986-10-31 1991-12-10 Amoco Corporation Compositions and methods for the synthesis of oligonucleotides having 5'-phosphorylated termini
EP0863910A1 (en) 1995-10-19 1998-09-16 NeXstar Pharmaceuticals, Inc. Method for solution phase synthesis of oligonucleotides
CA2226111C (en) * 1996-05-03 2005-09-20 Hybridon, Inc. In situ preparation of nucleoside phosphoramidites and their use in synthesis of oligonucleotides
WO2005097817A2 (en) 2004-04-05 2005-10-20 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Process and reagents for oligonucleotide synthesis and purification

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4415732A (en) * 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
EP0090789A1 (en) * 1982-03-26 1983-10-05 Monsanto Company Chemical DNA synthesis

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
J.AM.CHEM.SOC.103 *
TETRAHEDRON.LETTERS.105 *
TETRAHEDRON.LETTERS.22-20 *
TETRAHEDRON.LETTERS.24-19 *
TETRAHEDRON.LETTERS.24-3 *
TETRAHEDRON.LETTERS24-10 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010512169A (ja) * 2006-12-12 2010-04-22 インテグレイテッド ディーエヌエー テクノロジーズ, インク. 高濃度のグアニン・モノマーを含有するオリゴヌクレオチド

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Doszczak et al. New, efficient and chemoselective method of thioacylation, starting from carboxylic acidsPresented in part at 13th ICOS, Warsaw 2000, Poland, pp. 139.
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